lowQualScore : 11111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 1 00000 2 1 111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3333333333333333333333333 222222 222222222222222222 44444444444444444444444444444444444444444444444444 4444 111111111 1 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 44444 55
lowQualScore : 6 5 6 00000 3 4 7 000 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 66 0 44 55 5555555555555555555555555 333333 777 99 888888888888888888 3 0 88 55 666 888 0 2 2 4 4 88888888888888888888888888888888888888888888888888 0000 222222222 2 0 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 6 88888 3 4 6 6 6 55
lowQualScore : . . . ..... . . . ... ...................................................... . .. . .. .. ......................... ...... ... .. .................. . . .. .. ... ... . . . . . .................................................. .... ......... . . ............................................................................................................................................... . ..... . . . . . ..
lowQualScore : 0 0 0 00000 7 0 3 444 111111111111111111111111111111111111111111111111111111 5 11 8 99 00 3333333333333333333333333 333333 000 22 888888888888888888 6 2 66 00 444 999 9 8 3 0 6 00000000000000000000000000000000000000000000000000 2222 555555555 5 5 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 55555 0 0 0 0 0 00
consensus : ATAATTCAGACAAACTAGGTGGTATNCGCCATATGTGCATGNCTTTTCTCC-AGTTAT--ATGAAACA--C--GTGTNA-GGN-CC--ACA---TTA--TCACTCTTTCTTG--CTTACAGTTGTAAC--N--------TTA--A--ACT-CTAAAATGGGG--TCN-GGGGAACTT--GA--TT-TAT-------GGGGGA-CTAT--A--T---TTT--CGGTGGAATCAACGG-CGTAGT-A-A-AT-ATCAC---TTTAN--TCCTTC-A---TT-------------TGAAAGTTCTGACTTTCGTTNTC-AGTAGAANAAA---ATC-----AAGA----TCATC-GA--A-----AGAA--GTT--NTN----AC--TG--ACG-AA--NT---AAATG---AA---TACAGAAAATTTGCATAAATGCATANTGCGGNATACNTNCCATCCCTCCCAGAA--ATCATTTTAGATGCCCCTNCACNCGGTTCGATCAAAATT
Reference ( gi|2 ) : ACAATGCAGGCAAACT-----GTATGTGACATACGTGCATGACTTTTCTTT-AGTTAT--ATGAAACATAC--GTGTAATGGTGCC--ACA---TTA-ATCAGTCTTTCTTG--CTTACAGTTATAAC--T--------TTA--A--ACT-CCAAAATGGGG--ACA-GGGAAACTT--GA--TT-CAT-------GGTGGA-CTAT--A--T---TTC--CAGTGGAATCAACAG-CGTAGC-A-A-ATGATCGC---TTTAA--TCCCTC-A---TT-------------TGAAAGTTTTTCCTTTCGTCCTC-AGTAGAAGAAA---A-------AAGA----TTATT-GA--A-----ATAA--GTT--GTT----AC--TG--ACA-AA--TTC--AAATG---AA---TACAGTAAATTTCCATAAA---ATATT----TATACTTGATATCCCACTTAGGGTCATTATTTTAAATTT---TACACTCAGCTTGA--AAAATT
gi|17 : ATAATTCAGACAAACTAGGTGGTATACATTATATGTGCATGCCTTTCCTAC-AATTAC---T--------C--G------GGAGTC--ACA---TT---TT--TATTTCTTA--CTTACAGTTA
gi|1 : TATGTG-CATA--TGCAT-ATTTTTCTC--AG--GT--ATGA------CCGGTGTA--GGT--C--ACAGAGTCACGTCACTCTTTCTTA--CTTATGTTTGTAAT--G--------TCA--A--ACT-CTAAAATGGGA--TCA-GGGGAAGTT--AA--
gi|10 : taaatactgttgatggtttttgtttgattgttaattgtttgttttacaattcattcaagtacccaagcttggcctaccggtagaccagcgtcgacagagcattgatatggacgaaaaaaaaatgaacgacagtgatataatcgtttcttgtgttacttttttcccgcggatgctgattacttattaaatgtggttcgtgtactccataactttttggtgtatgaatatggtttcttgtcatcattcagacaaagtagttgacatgcaccataagccATCTGCCATGTGTACATGTATTTTCTTC-AGTTA---AT-AAAC---C--TTGTAA--GT-CCTGATA---TTGCATTATTCCTTCTTC--CTAACATTTAGAAC--A--------TTG--A--ATA-CTATGATGGAGTCACA-GG---ATTTTAGA--TT--AT-------AGGGGA-C-ATTAA--T---TTT--T-GAGGAATCAATGG-C----------ACG-TCAC---TGTAT--TCCTTT-G---TT-------------TGAAAGTT
gi|6 : ACTCTTCTCCCAATTAT----GAAACATAG--GGGTTATGGAGCC--GTA---C-----CACTCTTTCTTT--CTTAATGTCAAAAC--TGTTGTCAATTA--AC-ACT----AAATAGAG--ATGTGGG--------GA--GT-TAT-------AGGGGA-CTCT--A--T---GTT--CAGTGAAATCAACAG-TATAGT-AGA-AT-ATCATGAATGTAA--TA--TC-A---TT-------------TGAAAATTCTGACTTTCGTTGTC-AGTAGAACAAA--------------A----TCATTAGAAGA-----ATAG--ATT--TTC----A---------G-AA--CTG--AAATG---A
gi|11 : ttaagcttttgccatcattcacacaaaatatagaatatttgcactgtttgtacaaacaatattat-AGTTATTTATGAAACAATT--GGGTCATGGTTCC--AAA---TTG-AT-----TTTCTTG--TTTACAGTTGTAAC--A--------ATC--A--ACT-CGAAAAAGTGG--AAT-GGAGAACGT--CC--TT-TAT-------ATCGGA-CTAT--ATGT---TTCATCATTT---TCACCAG-CACGGT-A-A-ATTATCAC---TCTAT--TCCTTC-ACTTTT-------------TAAAA
gi|5 : AAACAT----GTGTCAGGGATCC--ACT---TTA--T---TCCTTCCTG--CTTCC-TTTCCAAC--A--------TTT--A--ATG-CTAAAATGGGC--TCC-GGGGAACTT--AA--TT--AC-------AGGGGA-CTAT--A--T---GTA--CAATGGAATCAACA--CAAGAT-A-ACAT-ATCAT---TTTGC--TTCCTC-A---AT-------------TGAAGGTTTaagt
gi|15 : gtatgtacccttaatatattcttgtggtaatcataattcagaccagttagagcacatgtatcaagtgtgcatacataaattccaCC--ACA---TTA-CT-----TTTCCTGACCTT-CA-TTGTAACA-T--------TTA------TTGCTAAAATAGGT--TTG-GAGAA--TT--GAAATT-AAA-------GG--GATCTATC-A--TAAATTT--CAGTGGAATCAACAagtcctggttattaaaaataaatgatttttgtcgagacagcaaagaaatactttcaaaactatggga
gi|13 : aacatgggtttgaaaTCACTGCTCCTTG--CCTACAGTTCTA-C--T--------TAATTA--ACA-CAAACATGGAT--TCT-GAGGAACTT--GA--AT-TAG-------AATGAA-CTAT--A--T---TTT--TGAAAGAAGCAACGG-CGTAGT-A-A-A--ATA-------TAA----CTTC-A---TT-------------TGAAATTTT
gi|12 : TTTTTG--CTTGTAGTTA-AAT--T--------GTA--ACAATG-CTAAAATGGGG--TAA-GGGAAATTT--GA--AT-TATAGGGGGGGGGGGG-CTAT--A--T---TTT--TATTGGGATCAGT-G-CATAGT-A-A-AT-ATCAC---TTTAAC-TCCCTC-A---AT-------------TGAA
gi|3 : TAACATT--------TTA--T--GCT---AAAATGGGT---CA-AGGGGACTTTGGA--TTACAC-------AA--GA-CAAT--A--T---TTC--TAGTGCAATCAACAGTTATAGT-A-AGAT-ATTTA---TTTAA--TTTCTCAA---TTAGAAAA-------TGAAAGTACAGACTT---TACTCAAGTAGAAAAAA---ATC-----ACAA----TTATT-GA--A-----GGAAAGGTTACGTA----AC--TG--ACA-AAAGTT----AATG---TA---CATAGAAAA-------AAATGCATAGTGCGGTATACTTTTCATCCTTCCCAA----ATCATTTTAGATGTCCCTACACACGGTTCGATCAAAATT
gi|7 : --------TTG--A--ACT-CTAAAATATGG--CCT-GGGAA-CTT--GA--TT-TAT-------GGTGGA-CAAC--A--T---TTT--CGGT-GAATCAACGA-CATAATGA-A-AT-ATCAA---GTTAT--TTCTTC-A---TTTGAAAAAAAAAAATGAAAGTGCTGATTTGTGTCTCC-AGTGAAACAAAATCA-------AAG------CA-T-GA--A-------AA--GAT--TTTCAAAACCATGGAACG-AA--GTCTTAAATGGCTAATGTTACAATAAATTTGTATAAAT--ATATT----GA-ACATGCTA-CCCTTCTAGAA--ATCATTTTAAATGC---TCTACTCatttcctctctcatttccaccttacctttactcaacaattggaa
gi|9 : ca-CTAGAATGAGG--TCT-AAGTAACTT--GAAATA-TAT-------GGGGCA-CTAT--A--T---TTT--TGGTGG-TTCAGCGG-TGTAGT-A-A-A--ATCA-----TTAAAGTCCTTG-G---TT-------------TGAAAAAT----CTGTCATTATG-A-TAAAAAAAA---ATCAAAGCAAGAACGCTT-TC-AA--ACCACGAGAA--GTC--GTA----AT--TG--ACATAA--GT----AAC----AA---TACAGATAATTTGCATc
gi|14 : AAAATGGAG--TCT-GTGAA-CTT--GA--AT-TAT-------GAGGTA-TTGT--A--T---TTT--TGATG-AATCAACGG-CGTAGT-A-A-gttacttctcgtgaacttgctactctgcatatataccattgtgaatggcctacccca
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): AAATACTGTTGATGGTTTTTGTTTGATTGTCAATTGTTTGTTTTACGTTTCATTCAAGTACCCAAGCTTGACCTACCGGTAGACCAGCGCATTGATATGGACGAAAAATGAACGAAAGTGATATAATCGTTTCTTGTGTTACTTTTTTCCACGGATGCTGATTACTTATTATATGTGGTTCGTGTACTCCATAAATGTTTGGTGTATAAATATGGTTTCTTGTCATCATTCAGACAAAGTAGTTGACATGCACCATAGGCCTATGTGCATATGCATATTTTTCTCAGGTATGATCAATGTAGGTCACGGAGTCATG
Unaligned ( gi|8 ): TTAAACTCTTTTCATCATTCATACAAAGTATTAGATGCTATATGTGTGTAGTTCCTTCAGTTGTGAACCATATGGGTATTGACTGTTTGTTGGTTACAATTGTAATTATACTGAACGCTTAAAATAAGGTCTTGGGCACTTAGAATTACAAGGGACTGTATATTTAGTAAATCATGGGCTAAGTAAATTATTACCCAATTCCCTTATTTTAAAGTACCGAGTTCTATCAGTAGAACAAAATCAATTGAAGCAAGATATTTC
Unaligned ( gi|16 ): TACTTTTCATCCTTCCCAAATCATTTTAGATATATCCCTACACACGGTTCGATAAAAATTATTTCCTCTCTCGTTTCCACCTTACCTTTACTCAACAATTGGA
Unaligned ( gi|18 ): AAAAAATAAAGACTTTGTTTTCAGTAAAACAAAATCATGACCAGGAAAGATTTTCCGAACTATGAGGTCTTAGATGG
Alignments
lowQualScore : 11111111 22222222222222 333333333333 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 11111111111 1111111 1 11111111 111 3333333333333 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111 222 44444 33333 22222 11
lowQualScore : 3 33333333 1 22222222222222 444444444444 888 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 7777 111111 99999 4 00000000000 2 33 4 2 1 9999999 0000000 44 3 888 4 3 77 6 3 0 777 00000000 2 000 0000000000000 22 999 1 77 1 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 88888888 4 3 22 999 1 00000 3 1 55 3 00000 44444 1 1 44
lowQualScore : . ........ . .............. ............ ... ..................................................... . .... ...... ..... . ........... . .. . . . ....... ....... .. . ... . . .. . . . ... ........ . ... ............. .. ... . .. . ................................................................ . ........ . . .. ... . ..... . . .. . ..... ..... . . ..
lowQualScore : 0 22222222 0 99999999999999 333333333333 111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888 6 7777 999999 11111 2 22222222222 9 99 1 0 2 2222222 0000000 22 1 555 0 7 66 7 3 0 666 77777777 3 000 5555555555555 22 111 0 55 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 8 77777777 0 2 88 000 0 77777 2 0 22 2 22222 88888 0 0 00
consensus : ATNATTCAGACAAANTAGNTGACATGCGCCA------TA------TGTGCATG-----N-----CTTTTCTCC-AGTTAT--ATGAAACA--C--GTGT-A--GGT--CC--ACA---TT--A--TCACTCTTTCTTGCTTA----CA-----GTT-----GTAACATTN---A---ACGC-TAAAA--TGGGGTCNGGGGAACTT--GA--NTTAC-------GGGGGAC--TAT-AT---TTTCGGTGGAATCAACGGC-GTAGT-A-A-A-T-ATCAC---TTT-ANTCCCTCA---TT-------------TGAAAGTTCTGACTTTCGTTNTCA-GTAGAACAAAATCA--A-----GANCA---TCGAA-----AGAA--GTTN--T---NAC--TG--ACG-AA---N-T-AAATG---AA---TACAGNAAATTTGCATAAAT--ATATTG---TATACTTNTCATCCCTCCCAGGA--ATCATTTTAGATGT--CCCTACACACGGTTCGAT-AAAATT
Reference ( family-575 ) : ATAATTCAGACAAACTAGGTGGTATNCGCCA------TA------TGTGCATG-----N-----CTTTTCTCC-AGTTAT--ATGAAACA--C--GTGTNA--GGN--CC--ACA---TT--A--TCACTCTTTCTTGCTTA----CA-----GTT-----GTAACNTTA---A---ACTC-TAAAA--TGGGGTCNGGGGAACTT--GA--TTTAT-------GGGGGAC--TAT-AT---TTTCGGTGGAATCAACGGC-GTAGT-A-A-A-T-ATCAC---TTT-ANTCCTTCA---TT-------------TGAAAGTTCTGACTTTCGTTNTCA-GTAGAANAAAATCA--A-----GATCA---TCGAA-----AGAA--GTTN--T---NAC--TG--ACG-AA---N-T-AAATG---AA---TACAGAAAATTTGCATAAATGCATANTGCGGNATACNTNCCATCCCTCCCAGAA--ATCATTTTAGATGC--CCCTNCACNCGGTTCGATCAAAATT
gi|1 : ATCATTCAGACAAAGTAGTTGACATGCACCA------TAAGCCTATGTGCATA-----TGCATATTTTTCTC--AG--GT--ATGA--CC--G--GTGT-A--GGT--C---ACAGAGTC--ACGTCACTCTTTCTTACTTA----TG-----TTT-----GTAATGTCA---A---ACTC-TAAAA--TGGGATCAGGGGAAGTT--AA--
gi|10 : taaatactgttgatggtttttgtttgattgttaattgtttgttttacaattcattcaagtacccaagcttggcctaccggtagaccagcgtcgacagagcattgatatggacgaaaaaaaaatgaacgacagtgatataatcgtttcttgtgttacttttttcccgcggatgctgattacttattaaatgtggttcgtgtactccataactttttggtgtatgaatatggtttcttgtcATCTGCCA------TG------TGTACATG-----T-----ATTTTCTTC-AGTTA---AT-AAAC---C--TTGTAA--G-T--CCTGATA---TTGCA--TTATTCCTTCTTCCTAA----CA-----TTT-----AGAACATTG---A---ATAC-TATGA--TGGAGTCACAGGATTTT--AG--ATTAT-------AGGGGACATTA--AT---TTTTGA-GGAATCAATGGC-----------A-C-GTCAC---TGT-ATTCCTTTG---TT-------------TGAAAGTT
gi|11 : -AGTTATTTATGAAACAATT--GGGTCAT-GGTT-CC--AAA---TTG-A--T-----TTTCTTGTTTA----CA-----GTT-----GTAACAATC---A---ACTC-GAAAAAGTGGAAT--GGAGAACGT--CC--TTTAT-------ATCGGAC--TAT-ATG--TTTCATCATTTTCACCAGC-ACGGT-A-A-A-TTATCAC---TCT-ATTCCTTCACTTTT-------------TAAAA
gi|12 : TTTTTGCTTG----TA-----GTTAAATTGTAAC-------A---ATGC-TAAAA--TGGGGTAAGGGAAATTT--GA--ATTATAGGGGGGGGGGGGC--TAT-AT---TTTTATTGGGATCAGT-GC-ATAGT-A-A-A-T-ATCAC---TTTAACTCCCTCA---AT-------------TGAAaagt
gi|13 : --TCACTGCTCCTTGCCTA----CA-----GTT-----CTA--CTTA---ATTAACAC-AAACA--TGGATTCTGAGGAACTT--GA--ATTAG-------AATGAAC--TAT-AT---TTTTGAAAGAAGCAACGGC-GTAGTAA-A-A-T-ATAA------------CTTCA---TT-------------TGAAATTT
gi|14 : -TAAAA--TGGAGTCTGTG-AACTT--GA--ATTAT-------GAGGTAT--TGT-AT---TTTTGAT-GAATCAACGGC-GTAGT-A-AGA-C-ATCt
gi|15 : AACA--T--GGGTTT--GAAA-CC--ACA---TT--A-----CTTTTCCTGACCTT----CA------TT-----GTAACATTT---A---TTGC-TAAAA--TAGG-TTTGGAGAATTG--AA--ATTAA-------AGGGATC--TATCATAAATTTCAGTGGAATCAACtccacatcagaaaaatatattattagtgcttcgtcataaaacaaa
gi|16 : TACTTTTCATCCTTCCCA--A--ATCATTTTAGATATATCCCTACACACGGTTCGATAAAAATTa
gi|17 : ATAATTCAGACAAACTAGGTGGTATACATTA------TA------TGTGCATG-----C-----CTTTCCTAC-AATT---------ACT--C--G----G--GAG--TC--ACA---TT--T--TTA---TTTCTTACTTA----CA-----GTT-----atttcctctctcgtttccaccttacctttactcaacaattgga
gi|18 : GACTTT-GTTTTCA-GTAAAACAAAATCA--T-----GACCA----GGAA-----AGA----TTT--T---C---------CG-AA---C-T-Aa
gi|2 : aaaaaataaaACAATGCAGGCAAACT-----GTATGTGACA------TA------CGTGCATG-----A-----CTTTTCTTT-AGTTAT--ATGAAACATAC--GTGTAAT-GGTG-CC--ACA---TT--AA-TCAGTCTTTCTTGCTTA----CA-----GTT-----ATAACTTTA---A---ACTC-CAAAA--TGGGGACAGGGAAACTT--GA--TTCAT-------GGTGGAC--TAT-AT---TTCCAGTGGAATCAACAGC-GTAGC-A-A-A-TGATCGC---TTT-AATCCCTCA---TT-------------TGAAAGTTTTTCCTTTCGTCCTCA-GTAGAAGAAAA--A--A-----GATTA---TTGAA-----ATAA--GTTG--T---TAC--TG--ACA-AA---T-TCAAATG---AA---TACAGTAAATTTCCATAAA---ATATT----TATACTTGATATCCCACTTAGGGTCATTATTTTAAAT-----TTTACACTCAGCTTGA--AAAATTtgaggtcttagatgg
gi|3 : TAACATTT---T---ATGC-TAAAA--TGGG-TCAAGGGGACTTTGGA--TT-AC-------ACAAGAC--AAT-AT---TTCTAGTGCAATCAACAGTTATAGT-A-AGA-T-ATTTA---TTT-AATTTCTCAA--TTAGAAAA-------TGAAAGTACAGACTTTA---CTCAAGTAGAAAAAAATCA--C-----AATTA---TTGAA-----GGAAAGGTTACGT---AAC--TG--ACA-AA---AGT-TAATG---TA---CATAGAAAA-------AAATGCATAGTGCGGTATACTTTTCATCCTTCCCA--A--ATCATTTTAGATGT--CCCTACACACGGTTCGATCAAAATT
gi|4 : ATCATTCAGACAAAGTAGTTGACATGCACCATAGGCCTA------TGTGCATATGCATA-----TTTTTCT-C-AGGTAT--atttcctctctcatttccaccttacctttactcaacaattggaa
gi|5 : aaatactgttgatggtttttgtttgattgtcaattgtttgttttacgtttcattcaagtacccaagcttgacctaccggtagaccagcgcattgatatggacgaaaaatgaacgaaagtgatataatcgtttcttgtgttacttttttccacggatgctgattacttattatatgtggttcgtgtactccataaatgtttggtgtataaatatggtttcttgtcATAATTCAGACCAGTTAGAGCACATGTATCA------AG------TGTGCATA-----C-----ATAAATTCC-A----------AAACA--T--GTGTCA--GGGATCC--ACT---TT--A--T---TCCTTCCTGCTTC----C------TTT-----CCAACATTT---A---ATGC-TAAAA--TGGGCTCCGGGGAACTT--AA--TT-AC-------AGGGGAC--TAT-AT---GTACAATGGAATCAAC-AC-AAGAT-A-ACA-T-ATCAT---TTT-GCTTCCTCA---AT-------------TGAAGGTT-TAGTCCTGGTTATTA---AAAATAAAgatcaatgtaggtcacggagtcatg
gi|6 : gtatgtacccttaatatattcttgtggtaatc-----CTCTTCTCCCAATTAT----GAAACA--TAGGGGTTATGGAG--CC--G------T--A--CCACTCTTTCTTTCTTAATGTCAAAACTGTT-----GTCA-ATTA---A----CAC-TAAAT--AGAGATGTGGGGAG----------TTAT-------AGGGGAC--TCT-AT---GTTCAGTGAAATCAACAGT-ATAGT-AGA-A-T-ATCATGAATGT-AATA--TCA---TT-------------TGAAAATTCTGACTTTCGTTGTCA-GTAGAACAAAATCATTA-----GA--A-----GAAT----AGA----TTT--T---CA---------G-AA---C-TGAAATG---Atgatttttgtcgagacagcaaagaaatactttcaaaactatggga
gi|7 : ttaagcttttgccatcattcacacaaaatatagaatatttgcactgtttgtacaaacaatattataCATTG---A---ACTC-TAAAA--TATGGCCTGGG-AACTT--GA--TTTAT-------GGTGGAC--AAC-AT---TTTCGGT-GAATCAACGAC-ATAATGA-A-A-T-ATCAA---GTT-ATTTCTTCA---TTTGAAAAAAAAAAATGAAAGTGCTGATTTGTGTCTCCA-GTGAAACAAAATCA--A------AGCA---TGAAA-----AGA----TTT--TCAAAACCATGGAACG-AAGTCT-T-AAATGGCTAATGTTACAATAAATTTGTATAAAT--ATATTG----A-ACATGCTA-CCCTTCTAGAA--ATCATTTTAAATGC--TC
gi|8 : ATCATTCATACAAA----GTATTAGATGCTA------TA------TGTGTGTA-----G-------TTCCTTC-AGT--T--GTGAACCA--T--ATG-----GGT--------A---TT--G----ACTGTTTGTTGGTTA----CA-----ATT-----GTAATTATACTGA---ACGCTTAAAA--TAAGGTCTTGGGCACTTA-GA--ATTAC-------AAGGGAC--TGT-AT---ATTTAGT-AAATCATGGGC-TAAGT-A-A-ATT-ATTAC---CCA-ATTCCCTTA---TT-------------TTAAAGTACCGAGTT---CTATCA-GTAGAACAAAATCA--A-----tactcc
gi|9 : ttaaactcttttcC-TAGAA--TGAGGTCTAAGTAACTT--GAAATATAT-------GGGGCAC--TAT-AT---TTTTGGTGGT-TCAGCGGT-GTAGT-A-A-A---ATCAT---TAA-AGTCCTTGG---TT-------------TGAAAAATCTG----TCATTATGA--TAAAAAAAAATCA--AAGCAAGAACGCTTTCAAACCACGAGAA--GTCG--T---AAT--TG--ACATAA---G-T-AAC-----AA---TACAGATAATTTGCATttgaagcaagatatttc
Alignments
lowQualScore : 1111 22222222222222 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111 11111111 1 111 111111 2222222222222 11 11111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111 1 22 33333 222222 22
lowQualScore : 1 1 1111 1 77 66 11111111111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 7777 111111 99999 7777777 2 2 2 33 0 2 1 66666 3 33333333 44 3 888 2 3 77 6 3 0 777 7777777 2 0 000 000000 2222222222222 1 33 1 5 0 44444 77 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 88888888 1 0 22 6 2 22 3 00000 000000 00
lowQualScore : . . .... . .. .. .............. ............................................................................................... . .... ...... ..... ....... . . . .. . . . ..... . ........ .. . ... . . .. . . . ... ....... . . ... ...... ............. . .. . . . ..... .. . ...................................................... . ........ . . .. . . .. . ..... ...... ..
lowQualScore : 0 0 6666 7 99 55 00000000000000 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 6 7777 999999 11111 7777777 2 3 9 99 6 0 2 99999 1 77777777 22 1 555 8 7 66 7 3 0 666 4444444 3 4 000 555555 0000000000000 4 11 0 7 7 33333 99 0 222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8 77777777 0 0 77 7 5 22 2 00000 000000 77
consensus : ATCATTCAGACAAANTAGNTGACAT--GCACCA------TA------TGTGCA--------TA-----N-----CTTTTCTCC-AGTTAT--ATGAAACA--CG-----TG-----T-A--GG--T-CC--ACA---TT--A--TCACTCTTTCTTGCTTA----CA-----GTT-----GTAAC---AT--TNAACGCT-AAAA--TGGGGTCNGGGGAACTT-GAA-T-TAC-------GGGGGAC--TAT-AT---TTTCGGTGGAATCAACGGC-GTAGT-A-A-A-T-ATCAC---TTT-ANTCCCTCA---TT------TGAAA-------------GTTCTGACTTTCGTTNTCA-GTAGAACAAAAT-----CA--AGANCA---TCGAA-----AGAA--GTTN--T---NAC--TG--ACG-AA---N-T-AAATG---AA---TACAGNAAATT-TGCATAAA-ATATTGTATACTTNTCATCCCTCCCAGGA--ATCATTTTAGATGT--CCCTACACACGGTTCGAT-AAAATT
Reference ( family-575 ) : ATNATTCAGACAAANTAGNTGACAT--GCGCCA------TA------TGTGCA--------TG-----N-----CTTTTCTCC-AGTTAT--ATGAAACA--CG-----TG-----T-A--GG--T-CC--ACA---TT--A--TCACTCTTTCTTGCTTA----CA-----GTT-----GTAAC---AT--TNAACGCT-AAAA--TGGGGTCNGGGGAACTT-GAN-T-TAC-------GGGGGAC--TAT-AT---TTTCGGTGGAATCAACGGC-GTAGT-A-A-A-T-ATCAC---TTT-ANTCCCTCA---TT------TGAAA-------------GTTCTGACTTTCGTTNTCA-GTAGAACAAAAT-----CA--AGANCA---TCGAA-----AGAA--GTTN--T---NAC--TG--ACG-AA---N-T-AAATG---AA---TACAGNAAATT-TGCATAAATATATTGTATACTTNTCATCCCTCCCAGGA--ATCATTTTAGATGT--CCCTACACACGGTTCGAT-AAAATT
gi|1 : ATCATTCAGACAAAGTAGTTGACAT--GCACCA------TAAGCCTATGTGCA--------TA-----TGCATATTTTTCTC--AG--GT--ATGA--CC--GG-----TG-----T-A--GG--T-C---ACAGAGTC--ACGTCACTCTTTCTTACTTA----TG-----TTT-----GTAAT---GT--CAAACTCT-AAAA--TGGGATCAGGGGAAGTT-AA
gi|10 : taaatactgttgatggtttttgtttgattgttaattgtttgttttacaattcattcaagtacccaagcttggcctaccggtagaccagcgtcgacagagcattgatatggacgaaaaaaaaatgaacgacagtgatataatcgtttcttgtgttacttttttcccgcggatgctgattacttattaaatgtggttcgtgtactccataactttttggtgtatgaatatggtttcttgtcGCCA------TG------TGTACA--------TG-----T-----ATTTTCTTC-AGTTA---AT-AAAC---CT-----TG-----T-A--AG--T-CCTGATA---TTGCA--TTATTCCTTCTTCCTAA----CA-----TTT-----AGAAC---AT--TGAATACT-ATGA--TGGAGTCACAGGATTTT-AGA-T-TAT-------AGGGGACATTA--AT---TTTTGA-GGAATCAATGGC-----------A-C-GTCAC---TGT-ATTCCTTTG---TT------TGAAA-------------GTT
gi|11 : atct-AGTTATTTATGAAACA--AT-----TGGGTCAT-G--GT--T-CC--AAA---TTG-A--T-----TTTCTTGTTTA----CA-----GTT-----GTAAC---AA--TCAACTCG-AAAAAGTGGAAT--GGAGAACGT-CCT-T-TAT-------ATCGGAC--TAT-ATG--TTTCATCATTTTCACCAGC-ACGGT-A-A-ATT-ATCAC---TCT-ATTCCTTCACTTTT------TAAAA-------------
gi|12 : TTTTTGCTTG----TA-----GTTAAATTGTAAC---A------ATGCT-AAAA--TGGGGTAAGGGAAATTT-GAA-T-TATAGGGGGGGGGGGGC--TAT-AT---TTTTATTGGGATCAGT-GC-ATAGT-A-A-A-T-ATCAC---TTTAACTCCCTCA---AT------TGAAaagt
gi|13 : --TCACTGCTCCTTGCCTA----CA-----GTT-----CTA-C---TTAATTAACACA-AACA--TGGATTCTGAGGAACTT-GAA-T-TAG-------AATGAAC--TAT-AT---TTTTGAAAGAAGCAACGGC-GTAGTAA-A-A-T-ATAAC---T---------TCA---TT------TGAAA-------------TTT
gi|14 : T-AAAA--TGGAGTCTGTG-AACTT-GAA-T-TAT-------GAGGTAT--TGT-AT---TTTTGAT-GAATCAACGGC-GTAGT-A-AGA-C-ATCt
gi|15 : -CC--ACA---TT--A-----CTTTTCCTGACCTT----CA------TT-----GTAAC---AT--TTATTGCT-AAAA--T-AGGTTTGGAGAATTG-AAA-T-TAA-------AGGGATC--TATCATAAATTTCAGTGGAATCAACtccacatcagaaaaatatattattagtgcttcgtcataaaacaaa
gi|16 : aacatgggtttgaaaTACTTTTCATCCTTCCCA--A--ATCATTTTAGATATATCCCTACACACGGTTCGAT-AAAAa
gi|17 : ATAATTCAGACAAACTAGGTGGTAT--ACATTA------TA------TGTGCA--------TG-----C-----CTTTCCTAC-AATT---------ACT--CG------G-----G-A--G-----TC--ACA---TT--T--TTA---TTTCTTACTTA----CA-----GTT-----attatttcctctctcgtttccaccttacctttactcaacaattgga
gi|18 : GACTTT-GTTTTCA-GTAAAACAAAAT-----CA--TGACCA----GGAA-----AGA----TTT--T---C---------CG-AA---C-T-Aa
gi|2 : aaaaaataaaACAATGCAGGCAAACT-GT----AT--GTGACA------TA------CGTGCA--------TG-----A-----CTTTTCTTT-AGTTAT--ATGAAACATACG-----TG-----T-AATGG--TGCC--ACA---TT--AA-TCAGTCTTTCTTGCTTA----CA-----GTT-----ATAAC---TT--TAAACTCC-AAAA--TGGGGACAGGGAAACTT-GAT-T-CAT-------GGTGGAC--TAT-AT---TTCCAGTGGAATCAACAGC-GTAGC-A-A-A-TGATCGC---TTT-AATCCCTCA---TT------TGAAA-------------GTTTTTCCTTTCGTCCTCA-GTAGAAGAAAA-------A--AGATTA---TTGAA-----ATAA--GTTG--T---TAC--TG--ACA-AA---T-TCAAATG---AA---TACAGTAAATT-TCCATAAA-ATATT-TATACTTGATATCCCACTTAGGGTCATTATTTTAAATTT-----TACACTCAGCTTGA--AAAATTtgaggtcttagatgg
gi|3 : TAAC---AT--TTTATGCT-AAAA--TGGG-TCAAGGGGACTTTGGA-T-TAC-------ACAAGAC--AAT-AT---TTCTAGTGCAATCAACAGTTATAGT-A-AGA-T-ATTTA---TTT-AATTTCTCAA--TTAGAAAATGAAA-------------GTACAGACTTTA---CTCAAGTAGAAAAAAAT-----CA--CAATTA---TTGAA-----GGAAAGGTTACGT---AAC--TG--ACA-AA---AGT-TAATG---TA---CATAGAAAAAAATGCATAG---TGCGGTATACTTTTCATCCTTCCCA--A--ATCATTTTAGATGT--CCCTACACACGGTTCGATCAAAATT
gi|4 : ATCATTCAGACAAAGTAGTTGACAT--GCACCATAGGCCTA------TGTGCA--------TATGCATA-----TTTTTCT-C-AGGTATG-ATCAA------------TG-----T-A--GG--T-Catttcctctctcatttccaccttacctttactcaacaattggaa
gi|5 : aaatactgttgatggtttttgtttgattgtcaattgtttgttttacgtttcattcaagtacccaagcttgacctaccggtagaccagcgcattgatatggacgaaaaatgaacgaaagtgatataatcgtttcttgtgttacttttttccacggatgctgattacttattatatgtggttcgtgtactccataaatgtttggtgtataaatatggtttcttgtcATAATTCAGACCAGTTAGAGCACAT--GTATCA------AG------TGTGCA--------TA-----C-----ATAAATTCC-A----------AAACA--TG-----TG-----TCA--GGGAT-CC--ACT---TT--A--T---TCCTTCCTGCTTC----C------TTT-----CCAAC---AT--TTAATGCT-AAAA--TGGGCTCCGGGGAACTT--AA-T-TAC-------AGGGGAC--TAT-AT---GTACAATGGAATCAAC-AC-AAGAT-A-ACA-T-ATCAT---TTT-GCTTCCTCA---AT------TGAAG-------------GTTacggagtcatg
gi|6 : gtatgtacccttaatatattcttgtggtaatcATCATTCACACAAAATATAGAATATTTGCACTG------TT------TGTACAAACAATATTA-----TA----CTCTTCTCCCAATTAT----GAAACA--TAGGGGTTA-----T-G--GA--G-CC--G------T--A--CCACTCTTTCTTTCTTAATGTCAAAACTGTT-----GT--C---AA--TTAACACT-AAAT--AGAGATGTGGGGA-------G-T-TAT-------AGGGGAC--TCT-AT---GTTCAGTGAAATCAACAGT-ATAGT-AGA-A-T-ATCATGAATGT-AATA--TCA---TT------TGAAA-------------ATTCTGACTTTCGTTGTCA-GTAGAACAAAAT-----CATTAGAA-------GAAT----AGA----TTT--T---CA---------G-AA---C-TGAAATG---Atagtcctggttattaaaaataaatgatttttgtcgagacagcaaagaaatactttcaaaactatggga
gi|7 : ttaagcttttgccC---AT--TGAACTCT-AAAA--TATGGCCTGGG-AACTT-GAT-T-TAT-------GGTGGAC--AAC-AT---TTTCGGTG-AATCAACGAC-ATAATGA-A-A-T-ATCAA---GTT-ATTTCTTCA---TT------TGAAAAAAAAAAATGAAAGTGCTGATTTGTGTCTCCA-GTGAAACAAAAT-----CA--A-AGCA---TGAAA-----AGA----TTT--TCAAAACCATGGAACG-AAGTCT-T-AAATGGCTAATGTTACAATAAATT-TGTATAAATATATTGAACA--TGCTA-CCCTTCTAGAA--ATCATTTTAAATG---CTCTAC
gi|8 : ATCATTCATACAAAGTA--TTAGAT--GC--TA------TA------TGTGTG--------TA-----G-------TTCCTTC-AGTTGT----GAACCA--TA-----TG----------GG--T-------A---TT--G----ACTGTTTGTTGGTTA----CA-----ATT-----GTAATTATAC--TGAACGCTTAAAA--TAAGGTCTTGGGCACTTAGAA-T-TAC-------AAGGGAC--TGT-AT---ATTTAGTA-AATCATGGGC-TAAGT-A-A-A-TTATTAC---CCA-ATTCCCTTA---TT------TTAAA-------------GTACCGAGTTC---TATCA-GTAGAACAAAAT-----CA--Atcc
gi|9 : ttaaactcttttcCT-AGAA--TGAGGTCTAAGTAACTT-GAAATATAT-------GGGGCAC--TAT-AT---TTTTGGTGG-TTCAGCGGT-GTAGT-A-A-A---ATCAT---TAA-AGTCCTTGG---TT------TGAAA-------------AATCTG----TCATTATGA--TAAAAAAAAATCAAAGCA--AGAACGCTTTCAAACCACGAGAA--GTCG--T---AAT--TG--ACATAA---G-T-AA--C---AA---TACAGATAATT-TGCATttgaagcaagatatttc
Alignments
lowQualScore : 1111 22222222222222 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 11111111 1 111 3333333333333 11 11111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111 1 222222 33333 222222 22
lowQualScore : 1 1111 1 77 00 11111111111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 7777 111111 99999 7777777 2 2 2 33 0 2 1 66 3 3 33333333 44 3 888 1 3 77 6 3 0 777 7777777 2 0 000 0000000000000 1 33 1 5 0 44444 77 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 88888888 1 0 333333 11 2 3 1 0 00000 000000 00
lowQualScore : . .... . .. .. .............. ............................................................................................... . .... ...... ..... ....... . . . .. . . . .. . . ........ .. . ... . . .. . . . ... ....... . . ... ............. . .. . . . ..... .. . ...................................................... . ........ . . ...... .. . . . . ..... ...... ..
lowQualScore : 0 6666 7 99 44 00000000000000 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6 7777 999999 11111 7777777 2 3 9 99 6 0 2 33 1 1 77777777 22 1 555 4 7 66 7 3 0 666 4444444 3 4 000 5555555555555 4 11 0 7 7 33333 99 0 222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8 77777777 0 0 222222 55 5 2 0 8 00000 000000 77
consensus : ATCATTCAGACAAANTAGNTGACAT--GCACCA------TA------TGTGCA--------TA-----N-----CTTTTCTCC-AGTTAT--ATGAAACA--CG-----TG-----T-A--GG--T-CC--ACA---TT--A--TCACTCTTTCTTGCTTA----CA-----GTT-----GTAAC---AT--TNAACGCT-AAAA--TGGGGTCNGGGGAACTT-GAA-T-TAC-------GGGGGAC--TAT-AT---TTTCGGTGGAATCAACGGC-GTAGT-A-A-A-T-ATCAC---TTT-ANTCCCTCA---TT-------------TGAAAGTTCTGACTTTCGTTNTCA-GTAGAACAAAAT-----CA--AGANCA---TCGAA-----AGAA--GTTN--T---NAC--TG--ACG-AA---N-T-AAATG---AA---TACAGNAAATT-TGCATAAA-ATATTGTATACTTNTCATCCCTCCCAGGA--ATCATTTTAGATGT--CCCTACACACGGTTCGAT-AAAATT
Reference ( family-575 ) : ATCATTCAGACAAANTAGNTGACAT--GCACCA------TA------TGTGCA--------TA-----N-----CTTTTCTCC-AGTTAT--ATGAAACA--CG-----TG-----T-A--GG--T-CC--ACA---TT--A--TCACTCTTTCTTGCTTA----CA-----GTT-----GTAAC---AT--TNAACGCT-AAAA--TGGGGTCNGGGGAACTT-GAA-T-TAC-------GGGGGAC--TAT-AT---TTTCGGTGGAATCAACGGC-GTAGT-A-A-A-T-ATCAC---TTT-ANTCCCTCA---TT-------------TGAAAGTTCTGACTTTCGTTNTCA-GTAGAACAAAAT-----CA--AGANCA---TCGAA-----AGAA--GTTN--T---NAC--TG--ACG-AA---N-T-AAATG---AA---TACAGNAAATT-TGCATAAA-ATATTGTATACTTNTCATCCCTCCCAGGA--ATCATTTTAGATGT--CCCTACACACGGTTCGAT-AAAATT
gi|1 : ATCATTCAGACAAAGTAGTTGACAT--GCACCA------TAAGCCTATGTGCA--------TA-----TGCATATTTTTCTC--AG--GT--ATGA--CC--GG-----TG-----T-A--GG--T-C---ACAGAGTC--ACGTCACTCTTTCTTACTTA----TG-----TTT-----GTAAT---GT--CAAACTCT-AAAA--TGGGATCAGGGGAAGTT-AA
gi|10 : taaatactgttgatggtttttgtttgattgttaattgtttgttttacaattcattcaagtacccaagcttggcctaccggtagaccagcgtcgacagagcattgatatggacgaaaaaaaaatgaacgacagtgatataatcgtttcttgtgttacttttttcccgcggatgctgattacttattaaatgtggttcgtgtactccataactttttggtgtatgaatatggtttcttgtcCCA------TG------TGTACA--------TG-----T-----ATTTTCTTC-AGTTA---AT-AAAC---CT-----TG-----T-A--AG--T-CCTGATA---TTGCA--TTATTCCTTCTTCCTAA----CA-----TTT-----AGAAC---AT--TGAATACT-ATGA--TGGAGTCACAGGATTTT-AGA-T-TAT-------AGGGGACATTA--AT---TTTTGA-GGAATCAATGGC-----------A-C-GTCAC---TGT-ATTCCTTTG---TT-------------TGAAAGTT
gi|11 : atctg-AGTTATTTATGAAACA--AT-----TGGGTCAT-G--GT--T-CC--AAA---TTG-A--T-----TTTCTTGTTTA----CA-----GTT-----GTAAC---AA--TCAACTCG-AAAAAGTGGAAT--GGAGAACGT-CCT-T-TAT-------ATCGGAC--TAT-ATG--TTTCATCATTTTCACCAGC-ACGGT-A-A-ATT-ATCAC---TCT-ATTCCTTCACTTTT-------------TAAAA
gi|12 : TTTTTGCTTG----TA-----GTTAAATTGTAAC---A------ATGCT-AAAA--TGGGGTAAGGGAAATTT-GAA-T-TATAGGGGGGGGGGGGC--TAT-AT---TTTTATTGGGATCAGT-GC-ATAGT-A-A-A-T-ATCAC---TTTAACTCCCTCA---AT-------------TGAAaagt
gi|13 : --TCACTGCTCCTTGCCTA----CA-----GTT-----CTA-C---TTAATTAACACA-AACA--TGGATTCTGAGGAACTT-GAA-T-TAG-------AATGAAC--TAT-AT---TTTTGAAAGAAGCAACGGC-GTAGTAA-A-A-T-ATAAC---T---------TCA---TT-------------TGAAATTT
gi|14 : T-AAAA--TGGAGTCTGTG-AACTT-GAA-T-TAT-------GAGGTAT--TGT-AT---TTTTGAT-GAATCAACGGC-GTAGT-A-AGA-C-ATCt
gi|15 : -CC--ACA---TT--A-----CTTTTCCTGACCTT----CA------TT-----GTAAC---AT--TTATTGCT-AAAA--T-AGGTTTGGAGAATTG-AAA-T-TAA-------AGGGATC--TATCATAAATTTCAGTGGAATCAACtccacatcagaaaaatatattattagtgcttcgtcataaaacaaa
gi|16 : aacatgggtttgaaaTACTTTTCATCCTTCCCA--A--ATCATTTTAGATATATCCCTACACACGGTTCGAT-AAAAa
gi|17 : ATAATTCAGACAAACTAGGTGGTAT--ACATTA------TA------TGTGCA--------TG-----C-----CTTTCCTAC-AATT---------ACT--CG------G-----G-A--G-----TC--ACA---TT--T--TTA---TTTCTTACTTA----CA-----GTT-----attatttcctctctcgtttccaccttacctttactcaacaattgga
gi|18 : GACTTT-GTTTTCA-GTAAAACAAAAT-----CA--TGACCA----GGAA-----AGA----TTT--T---C---------CG-AA---C-T-Aa
gi|2 : aaaaaataaaATGCAGGCAAACT-GT----AT--GTGACA------TA------CGTGCA--------TG-----A-----CTTTTCTTT-AGTTAT--ATGAAACATACG-----TG-----T-AATGG--TGCC--ACA---TT--AA-TCAGTCTTTCTTGCTTA----CA-----GTT-----ATAAC---TT--TAAACTCC-AAAA--TGGGGACAGGGAAACTT-GAT-T-CAT-------GGTGGAC--TAT-AT---TTCCAGTGGAATCAACAGC-GTAGC-A-A-A-TGATCGC---TTT-AATCCCTCA---TT-------------TGAAAGTTTTTCCTTTCGTCCTCA-GTAGAAGAAAA-------A--AGATTA---TTGAA-----ATAA--GTTG--T---TAC--TG--ACA-AA---T-TCAAATG---AA---TACAGTAAATT-TCCATAAA-ATATT-TATACTTGATATCCCACTTAGGGTCATTATTTTAAATTT-----TACACTCAGCTTGA--AAAATTtgaggtcttagatgg
gi|3 : acaTAAC---AT--TTTATGCT-AAAA--TGGG-TCAAGGGGACTTTGGA-T-TAC-------ACAAGAC--AAT-AT---TTCTAGTGCAATCAACAGTTATAGT-A-AGA-T-ATTTA---TTT-AATTTCTCAA--TTAGAAAA-------TGAAAGTACAGACTTTA---CTCAAGTAGAAAAAAAT-----CA--CAATTA---TTGAA-----GGAAAGGTTACGT---AAC--TG--ACA-AA---AGT-TAATG---TA---CATAGAAAAAAATGCATAG---TGCGGTATACTTTTCATCCTTCCCA--A--ATCATTTTAGATGT--CCCTACACACGGTTCGATCAAAATT
gi|4 : ATCATTCAGACAAAGTAGTTGACAT--GCACCATAGGCCTA------TGTGCA--------TATGCATA-----TTTTTCT-C-AGGTATG-ATCAA------------TG-----T-A--GG--T-Catttcctctctcatttccaccttacctttactcaacaattggaa
gi|5 : aaatactgttgatggtttttgtttgattgtcaattgtttgttttacgtttcattcaagtacccaagcttgacctaccggtagaccagcgcattgatatggacgaaaaatgaacgaaagtgatataatcgtttcttgtgttacttttttccacggatgctgattacttattatatgtggttcgtgtactccataaatgtttggtgtataaatatggtttcttgtcATAATTCAGACCAGTTAGAGCACAT--GTATCA------AG------TGTGCA--------TA-----C-----ATAAATTCC-A----------AAACA--TG-----TG-----TCA--GGGAT-CC--ACT---TT--A--T---TCCTTCCTGCTTC----C------TTT-----CCAAC---AT--TTAATGCT-AAAA--TGGGCTCCGGGGAACTT--AA-T-TAC-------AGGGGAC--TAT-AT---GTACAATGGAATCAAC-AC-AAGAT-A-ACA-T-ATCAT---TTT-GCTTCCTCA---AT-------------TGAAGGTTacggagtcatg
gi|6 : gtatgtacccttaatatattcttgtggtaatcATCATTCACACAAAATATAGAATATTTGCACTG------TT------TGTACAAACAATATTA-----TA----CTCTTCTCCCAATTAT----GAAACA--TAGGGGTTA-----T-G--GA--G-CC--G------T--A--CCACTCTTTCTTTCTTAATGTCAAAACTGTT-----GT--C---AA--TTAACACT-AAAT--AGAGATGTGGGGAG--------T-TAT-------AGGGGAC--TCT-AT---GTTCAGTGAAATCAACAGT-ATAGT-AGA-A-T-ATCATGAATGT-AATA--TCA---TT-------------TGAAAATTCTGACTTTCGTTGTCA-GTAGAACAAAAT-----CATTAGAA-------GAAT----AGA----TTT--T---CA---------G-AA---C-TGAAATG---Atagtcctggttattaaaaataaatgatttttgtcgagacagcaaagaaatactttcaaaactatggga
gi|7 : ttaagcttttgccC---AT--TGAACTCT-AAAA--TATGGCCTGGG-AACTT-GAT-T-TAT-------GGTGGAC--AAC-AT---TTTCGGT-GAATCAACGAC-ATAATGA-A-A-T-ATCAA---GTT-ATTTCTTCA---TTTGAAAAAAAAAAATGAAAGTGCTGATTTGTGTCTCCA-GTGAAACAAAAT-----CA--A-AGCA---TGAAA-----AGA----TTT--TCAAAACCATGGAACG-AAGTCT-T-AAATGGCTAATGTTACAATAAATT-TGTATAAATATATTGAACA--TGCTA-CCCTTCTAGAA--ATCATTTTAAATG---CTCTAC
gi|8 : ATCATTCATACAAAGTA--TTAGAT--GC--TA------TA------TGTGTG--------TA-----G-------TTCCTTC-AGTTGT----GAACCA--TA-----TG----------GG--T-------A---TT--G----ACTGTTTGTTGGTTA----CA-----ATT-----GTAATTATAC--TGAACGCTTAAAA--TAAGGTCTTGGGCACTTAGAA-T-TAC-------AAGGGAC--TGT-AT---ATTTAGTA-AATCATGGGC-TAAGT-A-A-A-TTATTAC---CCA-ATTCCCTTA---TT-------------TTAAAGTACCGAGTTC---TATCA-GTAGAACAAAAT-----CA--Atcc
gi|9 : ttaaactcttttcCT-AGAA--TGAGGTCTAAGTAACTT-GAAATATAT-------GGGGCAC--TAT-AT---TTTTGGTGG-TTCAGCGGT-GTAGT-A-A-A---ATCAT---TAA-AGTCCTTGG---TT-------------TGAAAAATCTG----TCATTATGA--TAAAAAAAAATCAAAGCA--AGAACGCTTTCAAACCACGAGAA--GTCG--T---AAT--TG--ACATAA---G-T-AA--C---AA---TACAGATAATT-TGCA---------TGT-TACTTCTCGTttgaagcaagatatttc
Alignments
lowQualScore : 1111 22222222222222 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 11111111 1 111 3333333333333 11 11111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111 1 222222 33333 222222 22
lowQualScore : 1 1111 1 77 00 11111111111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 7777 111111 99999 7777777 2 2 2 33 0 2 1 66 3 3 33333333 44 3 888 1 3 77 6 3 0 777 7777777 2 0 000 0000000000000 1 33 1 5 0 44444 77 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 88888888 1 0 333333 11 2 3 1 0 00000 000000 00
lowQualScore : . .... . .. .. .............. ............................................................................................... . .... ...... ..... ....... . . . .. . . . .. . . ........ .. . ... . . .. . . . ... ....... . . ... ............. . .. . . . ..... .. . ...................................................... . ........ . . ...... .. . . . . ..... ...... ..
lowQualScore : 0 6666 7 99 44 00000000000000 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6 7777 999999 11111 7777777 2 3 9 99 6 0 2 33 1 1 77777777 22 1 555 4 7 66 7 3 0 666 4444444 3 4 000 5555555555555 4 11 0 7 7 33333 99 0 222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8 77777777 0 0 222222 55 5 2 0 8 00000 000000 77
consensus : ATCATTCAGACAAANTAGNTGACAT--GCACCA------TA------TGTGCA--------TA-----N-----CTTTTCTCC-AGTTAT--ATGAAACA--CG-----TG-----T-A--GG--T-CC--ACA---TT--A--TCACTCTTTCTTGCTTA----CA-----GTT-----GTAAC---AT--TNAACGCT-AAAA--TGGGGTCNGGGGAACTT-GAA-T-TAC-------GGGGGAC--TAT-AT---TTTCGGTGGAATCAACGGC-GTAGT-A-A-A-T-ATCAC---TTT-ANTCCCTCA---TT-------------TGAAAGTTCTGACTTTCGTTNTCA-GTAGAACAAAAT-----CA--AGANCA---TCGAA-----AGAA--GTTN--T---NAC--TG--ACG-AA---N-T-AAATG---AA---TACAGNAAATT-TGCATAAA-ATATTGTATACTTNTCATCCCTCCCAGGA--ATCATTTTAGATGT--CCCTACACACGGTTCGAT-AAAATT
Reference ( family-575 ) : ATCATTCAGACAAANTAGNTGACAT--GCACCA------TA------TGTGCA--------TA-----N-----CTTTTCTCC-AGTTAT--ATGAAACA--CG-----TG-----T-A--GG--T-CC--ACA---TT--A--TCACTCTTTCTTGCTTA----CA-----GTT-----GTAAC---AT--TNAACGCT-AAAA--TGGGGTCNGGGGAACTT-GAA-T-TAC-------GGGGGAC--TAT-AT---TTTCGGTGGAATCAACGGC-GTAGT-A-A-A-T-ATCAC---TTT-ANTCCCTCA---TT-------------TGAAAGTTCTGACTTTCGTTNTCA-GTAGAACAAAAT-----CA--AGANCA---TCGAA-----AGAA--GTTN--T---NAC--TG--ACG-AA---N-T-AAATG---AA---TACAGNAAATT-TGCATAAA-ATATTGTATACTTNTCATCCCTCCCAGGA--ATCATTTTAGATGT--CCCTACACACGGTTCGAT-AAAATT
gi|1 : ATCATTCAGACAAAGTAGTTGACAT--GCACCA------TAAGCCTATGTGCA--------TA-----TGCATATTTTTCTC--AG--GT--ATGA--CC--GG-----TG-----T-A--GG--T-C---ACAGAGTC--ACGTCACTCTTTCTTACTTA----TG-----TTT-----GTAAT---GT--CAAACTCT-AAAA--TGGGATCAGGGGAAGTT-AA
gi|10 : taaatactgttgatggtttttgtttgattgttaattgtttgttttacaattcattcaagtacccaagcttggcctaccggtagaccagcgtcgacagagcattgatatggacgaaaaaaaaatgaacgacagtgatataatcgtttcttgtgttacttttttcccgcggatgctgattacttattaaatgtggttcgtgtactccataactttttggtgtatgaatatggtttcttgtcCCA------TG------TGTACA--------TG-----T-----ATTTTCTTC-AGTTA---AT-AAAC---CT-----TG-----T-A--AG--T-CCTGATA---TTGCA--TTATTCCTTCTTCCTAA----CA-----TTT-----AGAAC---AT--TGAATACT-ATGA--TGGAGTCACAGGATTTT-AGA-T-TAT-------AGGGGACATTA--AT---TTTTGA-GGAATCAATGGC-----------A-C-GTCAC---TGT-ATTCCTTTG---TT-------------TGAAAGTT
gi|11 : atctg-AGTTATTTATGAAACA--AT-----TGGGTCAT-G--GT--T-CC--AAA---TTG-A--T-----TTTCTTGTTTA----CA-----GTT-----GTAAC---AA--TCAACTCG-AAAAAGTGGAAT--GGAGAACGT-CCT-T-TAT-------ATCGGAC--TAT-ATG--TTTCATCATTTTCACCAGC-ACGGT-A-A-ATT-ATCAC---TCT-ATTCCTTCACTTTT-------------TAAAA
gi|12 : TTTTTGCTTG----TA-----GTTAAATTGTAAC---A------ATGCT-AAAA--TGGGGTAAGGGAAATTT-GAA-T-TATAGGGGGGGGGGGGC--TAT-AT---TTTTATTGGGATCAGT-GC-ATAGT-A-A-A-T-ATCAC---TTTAACTCCCTCA---AT-------------TGAAaagt
gi|13 : --TCACTGCTCCTTGCCTA----CA-----GTT-----CTA-C---TTAATTAACACA-AACA--TGGATTCTGAGGAACTT-GAA-T-TAG-------AATGAAC--TAT-AT---TTTTGAAAGAAGCAACGGC-GTAGTAA-A-A-T-ATAAC---T---------TCA---TT-------------TGAAATTT
gi|14 : T-AAAA--TGGAGTCTGTG-AACTT-GAA-T-TAT-------GAGGTAT--TGT-AT---TTTTGAT-GAATCAACGGC-GTAGT-A-AGA-C-ATCt
gi|15 : -CC--ACA---TT--A-----CTTTTCCTGACCTT----CA------TT-----GTAAC---AT--TTATTGCT-AAAA--T-AGGTTTGGAGAATTG-AAA-T-TAA-------AGGGATC--TATCATAAATTTCAGTGGAATCAACtccacatcagaaaaatatattattagtgcttcgtcataaaacaaa
gi|16 : aacatgggtttgaaaTACTTTTCATCCTTCCCA--A--ATCATTTTAGATATATCCCTACACACGGTTCGAT-AAAAa
gi|17 : ATAATTCAGACAAACTAGGTGGTAT--ACATTA------TA------TGTGCA--------TG-----C-----CTTTCCTAC-AATT---------ACT--CG------G-----G-A--G-----TC--ACA---TT--T--TTA---TTTCTTACTTA----CA-----GTT-----attatttcctctctcgtttccaccttacctttactcaacaattgga
gi|18 : GACTTT-GTTTTCA-GTAAAACAAAAT-----CA--TGACCA----GGAA-----AGA----TTT--T---C---------CG-AA---C-T-Aa
gi|2 : aaaaaataaaATGCAGGCAAACT-GT----AT--GTGACA------TA------CGTGCA--------TG-----A-----CTTTTCTTT-AGTTAT--ATGAAACATACG-----TG-----T-AATGG--TGCC--ACA---TT--AA-TCAGTCTTTCTTGCTTA----CA-----GTT-----ATAAC---TT--TAAACTCC-AAAA--TGGGGACAGGGAAACTT-GAT-T-CAT-------GGTGGAC--TAT-AT---TTCCAGTGGAATCAACAGC-GTAGC-A-A-A-TGATCGC---TTT-AATCCCTCA---TT-------------TGAAAGTTTTTCCTTTCGTCCTCA-GTAGAAGAAAA-------A--AGATTA---TTGAA-----ATAA--GTTG--T---TAC--TG--ACA-AA---T-TCAAATG---AA---TACAGTAAATT-TCCATAAA-ATATT-TATACTTGATATCCCACTTAGGGTCATTATTTTAAATTT-----TACACTCAGCTTGA--AAAATTtgaggtcttagatgg
gi|3 : acaTAAC---AT--TTTATGCT-AAAA--TGGG-TCAAGGGGACTTTGGA-T-TAC-------ACAAGAC--AAT-AT---TTCTAGTGCAATCAACAGTTATAGT-A-AGA-T-ATTTA---TTT-AATTTCTCAA--TTAGAAAA-------TGAAAGTACAGACTTTA---CTCAAGTAGAAAAAAAT-----CA--CAATTA---TTGAA-----GGAAAGGTTACGT---AAC--TG--ACA-AA---AGT-TAATG---TA---CATAGAAAAAAATGCATAG---TGCGGTATACTTTTCATCCTTCCCA--A--ATCATTTTAGATGT--CCCTACACACGGTTCGATCAAAATT
gi|4 : ATCATTCAGACAAAGTAGTTGACAT--GCACCATAGGCCTA------TGTGCA--------TATGCATA-----TTTTTCT-C-AGGTATG-ATCAA------------TG-----T-A--GG--T-Catttcctctctcatttccaccttacctttactcaacaattggaa
gi|5 : aaatactgttgatggtttttgtttgattgtcaattgtttgttttacgtttcattcaagtacccaagcttgacctaccggtagaccagcgcattgatatggacgaaaaatgaacgaaagtgatataatcgtttcttgtgttacttttttccacggatgctgattacttattatatgtggttcgtgtactccataaatgtttggtgtataaatatggtttcttgtcATAATTCAGACCAGTTAGAGCACAT--GTATCA------AG------TGTGCA--------TA-----C-----ATAAATTCC-A----------AAACA--TG-----TG-----TCA--GGGAT-CC--ACT---TT--A--T---TCCTTCCTGCTTC----C------TTT-----CCAAC---AT--TTAATGCT-AAAA--TGGGCTCCGGGGAACTT--AA-T-TAC-------AGGGGAC--TAT-AT---GTACAATGGAATCAAC-AC-AAGAT-A-ACA-T-ATCAT---TTT-GCTTCCTCA---AT-------------TGAAGGTTacggagtcatg
gi|6 : gtatgtacccttaatatattcttgtggtaatcATCATTCACACAAAATATAGAATATTTGCACTG------TT------TGTACAAACAATATTA-----TA----CTCTTCTCCCAATTAT----GAAACA--TAGGGGTTA-----T-G--GA--G-CC--G------T--A--CCACTCTTTCTTTCTTAATGTCAAAACTGTT-----GT--C---AA--TTAACACT-AAAT--AGAGATGTGGGGAG--------T-TAT-------AGGGGAC--TCT-AT---GTTCAGTGAAATCAACAGT-ATAGT-AGA-A-T-ATCATGAATGT-AATA--TCA---TT-------------TGAAAATTCTGACTTTCGTTGTCA-GTAGAACAAAAT-----CATTAGAA-------GAAT----AGA----TTT--T---CA---------G-AA---C-TGAAATG---Atagtcctggttattaaaaataaatgatttttgtcgagacagcaaagaaatactttcaaaactatggga
gi|7 : ttaagcttttgccC---AT--TGAACTCT-AAAA--TATGGCCTGGG-AACTT-GAT-T-TAT-------GGTGGAC--AAC-AT---TTTCGGT-GAATCAACGAC-ATAATGA-A-A-T-ATCAA---GTT-ATTTCTTCA---TTTGAAAAAAAAAAATGAAAGTGCTGATTTGTGTCTCCA-GTGAAACAAAAT-----CA--A-AGCA---TGAAA-----AGA----TTT--TCAAAACCATGGAACG-AAGTCT-T-AAATGGCTAATGTTACAATAAATT-TGTATAAATATATTGAACA--TGCTA-CCCTTCTAGAA--ATCATTTTAAATG---CTCTAC
gi|8 : ATCATTCATACAAAGTA--TTAGAT--GC--TA------TA------TGTGTG--------TA-----G-------TTCCTTC-AGTTGT----GAACCA--TA-----TG----------GG--T-------A---TT--G----ACTGTTTGTTGGTTA----CA-----ATT-----GTAATTATAC--TGAACGCTTAAAA--TAAGGTCTTGGGCACTTAGAA-T-TAC-------AAGGGAC--TGT-AT---ATTTAGTA-AATCATGGGC-TAAGT-A-A-A-TTATTAC---CCA-ATTCCCTTA---TT-------------TTAAAGTACCGAGTTC---TATCA-GTAGAACAAAAT-----CA--Atcc
gi|9 : ttaaactcttttcCT-AGAA--TGAGGTCTAAGTAACTT-GAAATATAT-------GGGGCAC--TAT-AT---TTTTGGTGG-TTCAGCGGT-GTAGT-A-A-A---ATCAT---TAA-AGTCCTTGG---TT-------------TGAAAAATCTG----TCATTATGA--TAAAAAAAAATCAAAGCA--AGAACGCTTTCAAACCACGAGAA--GTCG--T---AAT--TG--ACATAA---G-T-AA--C---AA---TACAGATAATT-TGCA---------TGT-TACTTCTCGTttgaagcaagatatttc
blockSeqs : C GGTG T TT TAGGCCTA AACAATATTATACTCTTCTCCCAATTATGAAACATAGGGGTTATGGAGCCGTACCAC C ATGT AAACTG AAATT TATAC G A T AG A G TG A A TAGGGGGG . C AAA A A TA A G G TT GAATGT T CTT TGAAAAAAAAAAA C CG C A CAAAG TT G ACGCTTTCAAACCACGAGAAGTCGTAATTGACATAAGT GCTAATGT A A TAAATA GC G A G GGGTC GTCC TC
blockSeqs : C GTTG C . TG TGACTTTTCTTTAGTTATATGAAACATACGTGTAATGGTGCCACATTAATCAG G . T . TTAA C T . . A G AG . . T . . G G G A G . G TG TTTA C A AGAAAA A CG C . . . A GCATGAAAAGATTTTCAAAACCATGGAACGAAGTCTT TA T . TAG AT G A T GAA GCT .
blockSeqs : G GAGC C . TA TGTATTTTCTTCAGTTAATAAACCTTGTAAGTCCTGATATTGCATTAT T . G . AT T G . . T A A . . G . . . A G A . . C TT TCT A . . A TG G . . . G TTATTGAAGGAAAGGTTACGTAACTGACAAAAGT AA A . . . G . G A TT
blockSeqs : T TAGA T . TA TACATAAATTCCAAAACATGTGTCAGGGATCCACTTTAT C . G . AA T A . . T G C . . T . . . G A G . . . T TTT A . . A CA T . . . G TTATTGAAATAAGTTGTTACTGACAAATTC C
blockSeqs : A GT G . AG TGCCTTTCCTACAATTACTCGGGAGTCACATTTTTA C . G . AT A G . . T G G . . A . . . G A G . . . T TTT C . . A A A . . . . AGAATAGATTTTCAGAACTG
blockSeqs : G TT . . TT TAGTTCCTTCAGTTGTGAACCATATGGGTATTGAC C . G . TT T T . . A A G . . T . . . G A G . . . C TTT A . . . . A . . .
blockSeqs : TA G . G . AT T G . . A G G . . C . . . G G A . . . T GTT T . .
blockSeqs : . . T . AT T G . . C G A . . C . . . G G A . . . T CCA T . .
blockSeqs : . . A . AA G A . . T G G . . T . . . A G A . . . T TAA G . .
blockSeqs : . . . AT G T . . T G G . . T . . . G . T . . . T T . . .
blockSeqs : A . G . . T T G . . C . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . T . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : TA************ ** G* CG
originalCons : ATCATTCAGACAAANTAGNTGACAT--GCACCA------TA------TGTGCA--------TA-----N-----CTTTTCTCC-AGTTAT--ATGAAACA--CG-----TG-----T-A--GG--T-CC--ACA---TT--A--TCACTCTTTCTTGCTTA----CA-----GTT-----GTAAC---AT--TNAACGCT-AAAA--TGGGGTCNGGGGAACTT-GAA-T-TAC-------GGGGGAC--TAT-AT---TTTCGGTGGAATCAACGGC-GTAGT-A-A-A-T-ATCAC---TTT-ANTCCCTCA---TT-------------TGAAAGTTCTGACTTTCGTTNTCA-GTAGAACAAAAT-----CA--AGANCA---TCGAA-----AGAA--GTTN--T---NAC--TG--ACG-AA---N-T-AAATG---AA---TACAGNAAATT-TGCATAAA-ATATTGTATACTTNTCATCCCTCCCAGGA--ATCATTTTAGATGT--CCCTACACACGGTTCGAT-AAAATT
finalCons : ATCATTCAGACAAANTAGNTGACAT--GCACCATA------------TGTGCA--------TA-----N-----CTTTTCTCC-AGTTAT--ATGAAACA--CG-----TG-----T-A--GG--T-CC--ACA---TT--A--TCACTCTTTCTTGCTTA----CA-----GTT-----GTAAC---AT--TNAACGCT-AAAA--TGGGGTCNGGGGAACTT-GAA-T-TAC-------GGGGGAC--TAT-AT---TTTCGGTGGAATCAACGGCG-TAGT-A-A-A-T-ATCAC---TTT-ANTCCCTCA---TT-------------TGAAAGTTCTGACTTTCGTTNTCA-GTAGAACAAAAT-----CA--AGANCA---TCGAA-----AGAA--GTTN--T---NAC--TG--ACG-AA---N-T-AAATG---AA---TACAGNAAATT-TGCATAAA-ATATTGTATACTTNTCATCCCTCCCAGGA--ATCATTTTAGATGT--CCCTACACACGGTTCGAT-AAAATT
Alignments
lowQualScore : 1111 22222222222222 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 11111111 1 111 3333333333333 11 11111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111 1 222222 33333 222222 22
lowQualScore : 1 1111 1 77 00 11111111111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 7777 111111 99999 7777777 2 2 2 33 0 2 1 66 3 3 33333333 44 3 888 1 3 77 6 3 0 777 7777777 2 0 000 0000000000000 1 33 1 5 0 44444 77 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 88888888 1 0 333333 11 2 3 1 0 00000 000000 00
lowQualScore : . .... . .. .. .............. ............................................................................................... . .... ...... ..... ....... . . . .. . . . .. . . ........ .. . ... . . .. . . . ... ....... . . ... ............. . .. . . . ..... .. . ...................................................... . ........ . . ...... .. . . . . ..... ...... ..
lowQualScore : 0 6666 7 99 44 00000000000000 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6 7777 999999 11111 7777777 2 3 9 99 6 0 2 33 1 1 77777777 22 1 555 4 7 66 7 3 0 666 4444444 3 4 000 5555555555555 4 11 0 7 7 33333 99 0 222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8 77777777 0 0 222222 55 5 2 0 8 00000 000000 77
consensus : ATCATTCAGACAAANTAGNTGACAT--GCACCA------TA------TGTGCA--------TA-----N-----CTTTTCTCC-AGTTAT--ATGAAACA--CG-----TG-----T-A--GG--T-CC--ACA---TT--A--TCACTCTTTCTTGCTTA----CA-----GTT-----GTAAC---AT--TNAACGCT-AAAA--TGGGGTCNGGGGAACTT-GAA-T-TAC-------GGGGGAC--TAT-AT---TTTCGGTGGAATCAACGGC-GTAGT-A-A-A-T-ATCAC---TTT-ANTCCCTCA---TT-------------TGAAAGTTCTGACTTTCGTTNTCA-GTAGAACAAAAT-----CA--AGANCA---TCGAA-----AGAA--GTTN--T---NAC--TG--ACG-AA---N-T-AAATG---AA---TACAGNAAATT-TGCATAAA-ATATTGTATACTTNTCATCCCTCCCAGGA--ATCATTTTAGATGT--CCCTACACACGGTTCGAT-AAAATT
Reference ( family-575 ) : ATCATTCAGACAAANTAGNTGACAT--GCACCA------TA------TGTGCA--------TA-----N-----CTTTTCTCC-AGTTAT--ATGAAACA--CG-----TG-----T-A--GG--T-CC--ACA---TT--A--TCACTCTTTCTTGCTTA----CA-----GTT-----GTAAC---AT--TNAACGCT-AAAA--TGGGGTCNGGGGAACTT-GAA-T-TAC-------GGGGGAC--TAT-AT---TTTCGGTGGAATCAACGGC-GTAGT-A-A-A-T-ATCAC---TTT-ANTCCCTCA---TT-------------TGAAAGTTCTGACTTTCGTTNTCA-GTAGAACAAAAT-----CA--AGANCA---TCGAA-----AGAA--GTTN--T---NAC--TG--ACG-AA---N-T-AAATG---AA---TACAGNAAATT-TGCATAAA-ATATTGTATACTTNTCATCCCTCCCAGGA--ATCATTTTAGATGT--CCCTACACACGGTTCGAT-AAAATT
gi|1 : ATCATTCAGACAAAGTAGTTGACAT--GCACCA------TAAGCCTATGTGCA--------TA-----TGCATATTTTTCTC--AG--GT--ATGA--CC--GG-----TG-----T-A--GG--T-C---ACAGAGTC--ACGTCACTCTTTCTTACTTA----TG-----TTT-----GTAAT---GT--CAAACTCT-AAAA--TGGGATCAGGGGAAGTT-AA
gi|10 : taaatactgttgatggtttttgtttgattgttaattgtttgttttacaattcattcaagtacccaagcttggcctaccggtagaccagcgtcgacagagcattgatatggacgaaaaaaaaatgaacgacagtgatataatcgtttcttgtgttacttttttcccgcggatgctgattacttattaaatgtggttcgtgtactccataactttttggtgtatgaatatggtttcttgtcCCA------TG------TGTACA--------TG-----T-----ATTTTCTTC-AGTTA---AT-AAAC---CT-----TG-----T-A--AG--T-CCTGATA---TTGCA--TTATTCCTTCTTCCTAA----CA-----TTT-----AGAAC---AT--TGAATACT-ATGA--TGGAGTCACAGGATTTT-AGA-T-TAT-------AGGGGACATTA--AT---TTTTGA-GGAATCAATGGC-----------A-C-GTCAC---TGT-ATTCCTTTG---TT-------------TGAAAGTT
gi|11 : atctg-AGTTATTTATGAAACA--AT-----TGGGTCAT-G--GT--T-CC--AAA---TTG-A--T-----TTTCTTGTTTA----CA-----GTT-----GTAAC---AA--TCAACTCG-AAAAAGTGGAAT--GGAGAACGT-CCT-T-TAT-------ATCGGAC--TAT-ATG--TTTCATCATTTTCACCAGC-ACGGT-A-A-ATT-ATCAC---TCT-ATTCCTTCACTTTT-------------TAAAA
gi|12 : TTTTTGCTTG----TA-----GTTAAATTGTAAC---A------ATGCT-AAAA--TGGGGTAAGGGAAATTT-GAA-T-TATAGGGGGGGGGGGGC--TAT-AT---TTTTATTGGGATCAGT-GC-ATAGT-A-A-A-T-ATCAC---TTTAACTCCCTCA---AT-------------TGAAaagt
gi|13 : --TCACTGCTCCTTGCCTA----CA-----GTT-----CTA-C---TTAATTAACACA-AACA--TGGATTCTGAGGAACTT-GAA-T-TAG-------AATGAAC--TAT-AT---TTTTGAAAGAAGCAACGGC-GTAGTAA-A-A-T-ATAAC---T---------TCA---TT-------------TGAAATTT
gi|14 : T-AAAA--TGGAGTCTGTG-AACTT-GAA-T-TAT-------GAGGTAT--TGT-AT---TTTTGAT-GAATCAACGGC-GTAGT-A-AGA-C-ATCt
gi|15 : -CC--ACA---TT--A-----CTTTTCCTGACCTT----CA------TT-----GTAAC---AT--TTATTGCT-AAAA--T-AGGTTTGGAGAATTG-AAA-T-TAA-------AGGGATC--TATCATAAATTTCAGTGGAATCAACtccacatcagaaaaatatattattagtgcttcgtcataaaacaaa
gi|16 : aacatgggtttgaaaTACTTTTCATCCTTCCCA--A--ATCATTTTAGATATATCCCTACACACGGTTCGAT-AAAAa
gi|17 : ATAATTCAGACAAACTAGGTGGTAT--ACATTA------TA------TGTGCA--------TG-----C-----CTTTCCTAC-AATT---------ACT--CG------G-----G-A--G-----TC--ACA---TT--T--TTA---TTTCTTACTTA----CA-----GTT-----attatttcctctctcgtttccaccttacctttactcaacaattgga
gi|18 : GACTTT-GTTTTCA-GTAAAACAAAAT-----CA--TGACCA----GGAA-----AGA----TTT--T---C---------CG-AA---C-T-Aa
gi|2 : aaaaaataaaATGCAGGCAAACT-GT----AT--GTGACA------TA------CGTGCA--------TG-----A-----CTTTTCTTT-AGTTAT--ATGAAACATACG-----TG-----T-AATGG--TGCC--ACA---TT--AA-TCAGTCTTTCTTGCTTA----CA-----GTT-----ATAAC---TT--TAAACTCC-AAAA--TGGGGACAGGGAAACTT-GAT-T-CAT-------GGTGGAC--TAT-AT---TTCCAGTGGAATCAACAGC-GTAGC-A-A-A-TGATCGC---TTT-AATCCCTCA---TT-------------TGAAAGTTTTTCCTTTCGTCCTCA-GTAGAAGAAAA-------A--AGATTA---TTGAA-----ATAA--GTTG--T---TAC--TG--ACA-AA---T-TCAAATG---AA---TACAGTAAATT-TCCATAAA-ATATT-TATACTTGATATCCCACTTAGGGTCATTATTTTAAATTT-----TACACTCAGCTTGA--AAAATTtgaggtcttagatgg
gi|3 : acaTAAC---AT--TTTATGCT-AAAA--TGGG-TCAAGGGGACTTTGGA-T-TAC-------ACAAGAC--AAT-AT---TTCTAGTGCAATCAACAGTTATAGT-A-AGA-T-ATTTA---TTT-AATTTCTCAA--TTAGAAAA-------TGAAAGTACAGACTTTA---CTCAAGTAGAAAAAAAT-----CA--CAATTA---TTGAA-----GGAAAGGTTACGT---AAC--TG--ACA-AA---AGT-TAATG---TA---CATAGAAAAAAATGCATAG---TGCGGTATACTTTTCATCCTTCCCA--A--ATCATTTTAGATGT--CCCTACACACGGTTCGATCAAAATT
gi|4 : ATCATTCAGACAAAGTAGTTGACAT--GCACCATAGGCCTA------TGTGCA--------TATGCATA-----TTTTTCT-C-AGGTATG-ATCAA------------TG-----T-A--GG--T-Catttcctctctcatttccaccttacctttactcaacaattggaa
gi|5 : aaatactgttgatggtttttgtttgattgtcaattgtttgttttacgtttcattcaagtacccaagcttgacctaccggtagaccagcgcattgatatggacgaaaaatgaacgaaagtgatataatcgtttcttgtgttacttttttccacggatgctgattacttattatatgtggttcgtgtactccataaatgtttggtgtataaatatggtttcttgtcATAATTCAGACCAGTTAGAGCACAT--GTATCA------AG------TGTGCA--------TA-----C-----ATAAATTCC-A----------AAACA--TG-----TG-----TCA--GGGAT-CC--ACT---TT--A--T---TCCTTCCTGCTTC----C------TTT-----CCAAC---AT--TTAATGCT-AAAA--TGGGCTCCGGGGAACTT--AA-T-TAC-------AGGGGAC--TAT-AT---GTACAATGGAATCAAC-AC-AAGAT-A-ACA-T-ATCAT---TTT-GCTTCCTCA---AT-------------TGAAGGTTacggagtcatg
gi|6 : gtatgtacccttaatatattcttgtggtaatcATCATTCACACAAAATATAGAATATTTGCACTG------TT------TGTACAAACAATATTA-----TA----CTCTTCTCCCAATTAT----GAAACA--TAGGGGTTA-----T-G--GA--G-CC--G------T--A--CCACTCTTTCTTTCTTAATGTCAAAACTGTT-----GT--C---AA--TTAACACT-AAAT--AGAGATGTGGGGAG--------T-TAT-------AGGGGAC--TCT-AT---GTTCAGTGAAATCAACAGT-ATAGT-AGA-A-T-ATCATGAATGT-AATA--TCA---TT-------------TGAAAATTCTGACTTTCGTTGTCA-GTAGAACAAAAT-----CATTAGAA-------GAAT----AGA----TTT--T---CA---------G-AA---C-TGAAATG---Atagtcctggttattaaaaataaatgatttttgtcgagacagcaaagaaatactttcaaaactatggga
gi|7 : ttaagcttttgccC---AT--TGAACTCT-AAAA--TATGGCCTGGG-AACTT-GAT-T-TAT-------GGTGGAC--AAC-AT---TTTCGGT-GAATCAACGAC-ATAATGA-A-A-T-ATCAA---GTT-ATTTCTTCA---TTTGAAAAAAAAAAATGAAAGTGCTGATTTGTGTCTCCA-GTGAAACAAAAT-----CA--A-AGCA---TGAAA-----AGA----TTT--TCAAAACCATGGAACG-AAGTCT-T-AAATGGCTAATGTTACAATAAATT-TGTATAAATATATTGAACA--TGCTA-CCCTTCTAGAA--ATCATTTTAAATG---CTCTAC
gi|8 : ATCATTCATACAAAGTA--TTAGAT--GC--TA------TA------TGTGTG--------TA-----G-------TTCCTTC-AGTTGT----GAACCA--TA-----TG----------GG--T-------A---TT--G----ACTGTTTGTTGGTTA----CA-----ATT-----GTAATTATAC--TGAACGCTTAAAA--TAAGGTCTTGGGCACTTAGAA-T-TAC-------AAGGGAC--TGT-AT---ATTTAGTA-AATCATGGGC-TAAGT-A-A-A-TTATTAC---CCA-ATTCCCTTA---TT-------------TTAAAGTACCGAGTTC---TATCA-GTAGAACAAAAT-----CA--Atcc
gi|9 : ttaaactcttttcCT-AGAA--TGAGGTCTAAGTAACTT-GAAATATAT-------GGGGCAC--TAT-AT---TTTTGGTGG-TTCAGCGGT-GTAGT-A-A-A---ATCAT---TAA-AGTCCTTGG---TT-------------TGAAAAATCTG----TCATTATGA--TAAAAAAAAATCAAAGCA--AGAACGCTTTCAAACCACGAGAA--GTCG--T---AAT--TG--ACATAA---G-T-AA--C---AA---TACAGATAATT-TGCA---------TGT-TACTTCTCGTttgaagcaagatatttc