lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111111 111111
lowQualScore : 1 33333 1111 111 666666666666 11 666666666666666666666666666666 11 22 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 1 222 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 222222222222 222 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 11 1 1111 33333333333333 11 4 1 2 11111111111111111 22 2 2 66666 333 111111 4
lowQualScore : 6 99 5 3 66666 6 6 4444 111 99 777777777777 6 6 6 99 8 99 2 8 222222222222222222222222222222 22 0 3 8 66 8 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 5 5 2 5 33333 5 1 5 0 1 0 000 3 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7777 555555555555 99 777 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 7 0 11 2 0 4444 22222222222222 33 6 0 5 0 3 88888888888888888 44 4 0 0 2 88888 4 555 6 555555 0
lowQualScore : . .. . . ..... . . .... ... .. ............ . . . .. . .. . . .............................. .. . . . .. . ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . . . . . ..... . . . . . . ... . ............................................................................ .... ............ .. ... ........................................................................................ . . .. . . .... .............. .. . . . . . ................. .. . . . . ..... . ... . ...... .
lowQualScore : 7 22 2 2 55555 7 7 2222 777 22 222222222222 7 7 7 22 0 00 2 0 888888888888888888888888888888 22 8 0 0 00 0 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7 0 7 3 7 77777 7 4 7 1 4 1 111 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8888 222222222222 22 000 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 0 00 2 0 8888 88888888888888 88 0 0 5 0 0 55555555555555555 00 0 0 0 5 55555 0 000 0 000000 0
consensus : ACGGACTTG-TCTTAGGACGC--GTCTTTGGTTTGGTTTGG-TG-ATAT-CAGCCTG-TTTC----ACTTC---AA--ATCGT-GGT-----AG-CATC-ACGATT-TTT--CGCCAC-TG--GGGGTT-TTCGG-C-TGTTCTTTT-G--GTGATG-------NTCATTACATTTCT-CGAC-AGTGCGTGT-CNT-TGTGTATTGAAACCATATT--AATATA-----T---AAG---AT----CCT-N-------A----T-AC--AG------TAT--------TAAG--T-GC-------ATGTAGAT-GGAA-CACAC--AT-CAG-AATAAAAAAAAN-T-C----TACAGATG-GA------------A--ATTAG-GA-AAAAATT-TCCAT-NCCATTAAT-GTGC--AA-GCTGT---TT-TT-G-ATT---C---ACG-----GNTGAAAGTTTT-------TGACATGGGC-AGATTAGAGGG--GGTG--GGTGNGG----G-----N---G-------------AAA--T---N--ATG---------------GA--AT----------AAGT--A-----GTNCG-AATGAG-GTTT-ATAA-AATG-AACGC-TTTTCTC-GCTAGTGG-CGTCGTTG--T---GGATTTTTAA-C--ATGAGAAA----GGN--GT-T--TGG-ACATN-TGT----------ATA------CATGTCG-GCATTGTATT---T-TTGACA--TTGTTTTGA-AATTTA-C--A--T----------AA-CCCGTTCCT-TA-AGAGAGGNTNTAAGAGTTGGTGTCAACAATN--GANCA-AGGTG-CACGG----GGTGTTTGTTGTGAG-GACTCGC-TCACT--A-TAG-GA----CAA-TGGGGAG--AGGGTCGTA-AAAGTGAATACAGAAGANAGAGAGGAAGAGGAGGTGGGAGAAGAANATNTTCAAATTATGTNTATTATTATTGCTAANAGACTACATTGGACGAGTGGATGATTGTTAAGA
Reference ( gi|2 ) : ACGGACTTG-TCTTAGGACGC--GTCTTTTGTTTGGTTTGGTTG-ATAT-CAGCCTG-TTTC----ACTTC---AA--AT----GGT----TAG-CATC-ACGATT-TTT--CGCCAC-TG--GAAGTT-TTCGG-C-TGTTTTTTTTG--GTGATG-------ATCATAACATTTTT-CGACAAGTGTGTGT-CTT-TGTG-ATTGAAACCATACT--AATATA-----T---A-G---AT----CCT-C-------A----T-AC--AG------TAT--------TAAG--T-GC-------ATATAGAT-GGAA-CACA---AT-CAG-AATAAAAAAAAC-T-C----C-CACATG-GA------------A--ATCAG-GA-AAAAATT-TCCAT-CCAATTAAT-GTGC--AA-GCTG----TT-TT-G-ATT---C---ACA-----GCTGAAAGTTTT-------TGACATGGGC-AGATTAGAGGG--GGTG--GGGGGGG----G-----G---G-------------GGA--T---A--ATG---------------GG--AT----------AAGT--A-----GTGCG-AATGAG-GTTT-ATAA-AATG-AGCGC-TTTTCTC-GCTAGTGG-CGTTGTTG--T---GGATTTTTGA-C--ATGAGCAA----GGA--GC-T--TGG-ACATT-TGT----------ATAC-----CATGCCG-GCATTGTATT---T-TTGACA--TTGTTTTTA-AATTTA-C--A--T----------AA-CCCGTTCCT-TATAGAGAGAGTGAAAGAGTTGGTGTCAACAA-G--GACCA-AGGTGGCACGG---AGGTGTTTGTTG-GAA-GACTCAC-TCACT--A-TAG-GA----CAA-T-GGGAG--AGGATCGTACAAAGTGAATACAGA-GATAGAGAG--------------AG-AGAAT-TATTCAAA-TAT-TCTATTG----TGCTAAAAGACT---TTGAAC------ATGATT-TTAAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTAA
gi|10 : ACAGACTTG-TAATAGGACGC--GTCTTTGGTTTGGTTTGG----ATAT-CAGCCTG-TTTC----ACTTC---AA--AT----CGTGG--TAG-CATC-ACGAAT-TTT--CGCCAC-TG--GAAGTT-TTCAG---TATT-----------------------TCATTACATTTCC-TGAC-AGTGTGTGT-CGTATGT--ATTG-AACTAT-TT--AAT
gi|3 : ACGGACTTGGTCTTAGTACGCATGTCTTTTGGTTGATATGACTC-ATTC-CAGCCTG-TCTTATCAACTTCATTAA--ATCGTAGGT----GAGCCATC-ATGATTGTTT--CGCCACTTGC-GAAGTTACTCGA-C--GTGTTTTTTGCTATGATGTTCATTAATTATCACATTTCTACGAC-AGTGTGTGTACGA-TAT--ATTGAA--CATA-T--GATATA-----T---A-A---ATATTCCCT-A-------A----TAAC--AG------CCA--------TAAT--T-CT-------A---AGATAGGAATCACAC--AT-CAGCAATAAAAAATA--T-CATAAT-CAGATG-CA------------AACATTAGTGAGAAAAATG-TTCAT-GCCATTAAT-G-ACAAAA-GCTG----TTCTT-G-ACTTGAC---ACA-----G-TGAAA
gi|21 : ACGGACTAG-TCTTAAGACGC--GTCTTTGGTATGGTTTGGtaatgggcgatgagtccgttaagagcgttttataagaatatagcgccttttctctgctaggtgtcgtgttggattttgaaccaatcagcaaggagtattggtacatttgttcaaagtggtataacatgtcgtgcatgtattaccttggacaatttgtatgaaatttaacaaataacccgtctcttgagaccagatatgaagaga
gi|5 : ccaGGACTTG-TCTTAGGACGC--GTCTTT-----GGTTTGG----ATAT-CAGCCTG-TTTC----ACTTC---AA--ATCAT-GGT-----AG-CATT-ACGATT-TTT--CGCCAC-GG--GGGGTT-TTCGGGC-TGTTCTT---G--GTGATG-------TTCATTACATTTCT-CAACA-GTGCGTGT-CTT--GTGTATTGAA-------C--GATATA-----TTTGA-GTGCAT----TAT-T-------AGTGTT-AC--AGGTGTAATAC--------CAAGAAT-CCCTA----ATGTAGGT-GCTA-TACA---ATGTAG-A-TGGAA--------C----C-CACATC-AG------------A--ATAAA-AA-AAATATT-TCAAT----AGGAAT-GTGC--AA-ACTG----TT-TT-TTATT---C---ACA-----GCTGAA-GTTTT-------TG--ATGTGC----CTCCAAGG--AGTG--TGTTTGA----A-----A---CCCCAT--------AAA--T---G--ATG---------------GA--AT----------AAG---A-----GTCCG-AATGAG-GTTT-ATAA-A-TG-GACAC-TTTTCTC-GCTAGTG---GTTGTT---T-----ATT---------ATAAAAAAAAATGGT--GC-TTCTG----ATG-TGT----------ATA------CATGTCA-GCA-TGTA-T---T-TTGACA--TTGTTTT---AATT
gi|1 : GACTTG-CTCTAAGACGC--GTCTTTGGTT-GGTTTGGTTGGATAT-CA-CCTG-TT------AATTC---AA--ATCGT-GGTGGGGTAC-TATCTACGAAT-TTT--CGCCAC-TGACGTGGTG-TTCAG-C-TGGTTGTTT-G--GTAATG-------ATCATA-CATTTTT-CGACCAGTTTGTGT-CTT--ATG-CT---AACCA-A-T--AATATA-----T---AAG---ATTC--CCT-A-------A----T-AC--AG------TAT---------AGG--T-GC--------TATAGAT-GGAA-CACACACAT-CAA-GATATAAAAAAA-T-C----TACAGATG------------------------------AATT-TC-ATGCCAAT-AAT-GTCC--AAAGCTG----TT-TTTG-ATT---C---ACGAGAGGGGTGAA-GTTGTGGGGATGTGACATGGGCCAGATTAAAGGGAGGGTGTTGGTGGAG----G-----GATTG-------------GGAAAT---A--ATG---------------GG--AT----------AAG---A-----GC-CG-AA-AAC-GTTT-A--G-AATG-AGCGT-TTTTC-C-GCTAGCTG-CGTCGTTG--TTTTGGATTT--GA-CCCATGAGCAA----GGACAGT-T--AAG-ACATTGTGT----------ATAA-----CATGTCG-GCATGTTATT---G-TGGACA--TTGTTTTGA-AAATTG-TGGA--T----------AAATCTGTTCCTGTATAGAGAGGATTTA----TTGGT--CAACAA-TATGATCACAAGTG-CACGGCGTGGGTGTT-GTTGTGAGTGTCTCGCCTCACTGGA-TAGTGATCTGCAAGT-AGGTGGAAGGGTCGTA-AAAGTGAA-ATAGAAGATAGAGAGGAAGAGGAGGTGGGAG-AGAATATTTTCAAATTATGTCTATTAT---TGCTAATAGACTACATTGGACGAGTGGATGATTGTTAAGA
gi|4 : aacTTG-TCTTAGGACGC--GTC-----TTTGGTTTG---G-ATATCCAGCCTGTTTTC----ACTTC---AATCAT----GGT------A-CATT-ACGATT-TTTTCCG-CAC-CG--GGGGTT-TCGGG-CTTGTTCTT------GTGATG-------TTCATTACA-TTCT-CAAC-AGTGCGTGT-C-T-TGTGTATTGAACGTATATTTGAGTGCATTAATT---A-G---AT----GTTACAGGTGTAA----T-ACCAAG------AATCCCTAATGTAGG--T-GCTATAGCAATGTAGAT-GAAA-CCCAC--AT-CAG-AATAAAAAAAACAT-T----A-CAGATT-G------------------CA-----------T-TTCA----AATAGACAGTGC--AA-ACTATTTTTT-TT-T-ATT---C---ACA-----GCTGAAGTTTTT-------TGG-ATGTGC----TCCAAGGC--AGTG--TGTTTGA----AACCCCA---T-------------AAA--T---G--ATG---------------G---------------AAGTAGA-----GTACGAAATGAG-G-TT-AT-A-AATG-GACAC-TTTTCTCGGCTAGTG---GTCGTT--------CATTTATAA-A--AAAAAAAA----TGT--TT-C--TG----ATG-TGT----------ATAC-----TGT---A-GCA-TGTATT---T-TTGACA--TTGTTTTTA-AAagagagaaggttgaggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttataacccataatgcaaattaattgtttgatgtgaataacaaaaatcttcagacaagacatttaagatgatcttatttaagattataactgagaccttctatgatgggggttgacgaggggtactgcctaagatgcgatcaagaatagtcctaagatgtagtcactaagaatcctcgtaagatatgatcttaggggtatatcttaatagtag
gi|20 : act-ATAC-CAGTCTG-TTTT----ACTTT---AA--ATCAT-GGT-----AG-CATT-ACGATT-TTT--
gi|13 : T--AATATA-----T---AAG---AT----CCC-CTA-----A----T-AC--AG------TAT----------AG--TTGC--------TATTGAT-GGAA-CATAC--AT-CAG-AATAAACAAAAA-T-C----TATAGATG-GA------------C--ATTAG-GA-AAAAGTT-TCT-T-GCCATTAAT-GTGC--AA-GCTGT---TT-TT-G-ATT---C---
gi|19 : TAGAT-GGAA-CACAC--AT-CGG-AATAAAAAAAAA-TAT----A-CAGATG-AA------------C--ATTAG-GA-TAA
gi|15 : AGAT-GGAA-CCCAC--AT-CAG-AATAAAAAACCC-T-C----TACAGATG-AACACTTGTATGTCA--AT-AA-GA-CAAAATT-T-CAT-TACATTAA-------------------TT-TT-G-ATT---CACAACA-----GCTG-AAGTTT
gi|6 : -CACA----T-CAG-AATAAAAA---C-C-CAT--C-TACAAAAGA------------AC-ATTAG-GA-AAA--TTGTTCAT-TCTATTAAT-GTGC--AA-GCTG----TT-TTTA-ATT---C---ACG-----GATCAA-GATTT-------TGACATGGTC-AGATTAGAAAG--GG-----GGGGGG----G-----G---G-------------CAA--TTTTA--ATGTGTTCGAAATCACACGA--ATTATGAAAAAAAAG---A-----GTTCG-AATAAG-GCTT-ATAA-A-TT-AATGC-TTTTCCC-GCTAGTGGTCGTGGTT---T---GG-TTTTTAACC--ATGAAAAA----GGA--A--T--TGG-ACATT-TGTTTCAA-----ATATATAAACAGGTCT-GCATTG-ATG---TATTGACA--TTGTTTTGGCAATTTA-C--A--TCAATGAATGAAA-CCCATT-CT-TA-AGAAAGATTG--AGAGTTG--GTCAACAATA--GACCA-A-GT-GCATGG----GGTGTTTGTTGTGAG-GACTCAA-TCACT--A-TA--GA----CAA-TGGGGAG--AGGGT
gi|7 : TAAT-GTGC--AA-GCTGT---TT-TT-A-ATT---C---ACG-----GATG-AAGTTTT-------AGACATGGAC-AGATT---GGG--AGGG--GGGGGGGCAATG-----T---GTTTTAAATTCCATGAA--T---T--ATG---------------AA--AA----------AAGT--------GTTTG-AATAAG-GCTC-GT-A-AATG-AATGC-TTTTCTC-GCTAGTGG-C--CGTAGGCT---GAATTTTAAC-C--ATGAGAAA----TGA--Gattcaa
gi|8 : T-------TGACATGGAC-AGATTAGAGGG--GG----GATGTGT----T-----C---G-------------AAA--T---CCTATG---------------AATTAT----------AA-T--AAAAAAGTTTG-AATAAG-ATTT-ATCA-A-TT-AATGC-TTTTCTC-GCTAGTG---GTTGGTGT-T---TGAATTTTGACC--ATGAG-AA----TTT--GT-T--TCA-A-ATA-TGT----------ATA------CAGGTCG-GTA-TGCA-T---G-TTGACA--TTGTTTTaaaggaattcgactttt
gi|3 : A--T---A--ATG---------------GGCGAT----------GAGT--C------CGTT-AA-GAGCGTTTTATAAGAATATAGCGCCTTTTCTCTGCTAG--G-TGTCGTGT--T---GGATTTTGAA-CCAATCAGCAA----GGA--GTAT--TGGTACATT-TGTTCAAAGTGGTATAA-----CATGTCGTGCAT-GTATTACCT-TGGACAATTTGTATG-A-AATTTAAC--AAAT----------AA-CCCGTCTCT-T---GAGAggaa
gi|18 : acggacttggtcttagtacgcatgtcttttggttgatatgactcattccagcctgtcttatcaacttcattaaatcgtaggtgagccatcatgattgtttcgccacttgcgaagttactcgacgtgttttttgctatgatgttcattaattatcacatttctacgacagtgtgtgtacgatatattgaacatatgatatataaatattccctaataacagccataattctaagataggaatcacacatcagcaataaaaaatatcataatcagatgcaaacattagtgagaaaaatgttcatgccattaatgacaaaagctgttcttgacttgacacagtgaa--GAGCA-AG-TGCGACGG----GGTGTTTGTTGTGAA-GACTCGC-TCGAT--ACTAG-GA-----AA-T-GGGAT--AGGGTccagatatgaagaga
gi|17 : att-GACTCGC-TCACT--A-TAG--A----CAA-TAGGGAG--AAGGTTGTA-AAAGTGAATACAGA-GAGAGAAAG--------------AGAAAAAA-TATTCAAA-TAT-TATATTATTATTGCTAAAAGACT---at
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TAACCCAAAATTAATGTTTGATTAAATAACAAAGATCTTAAGACGACATTTAAGACATCTTAATTTAAGATATCACTGAGATCCTTTTATTTTACATCCTAAGATACATCTTAAGATAATCTTCGTAAGATATATCTTAAGGTACGATATCTTAATA
Unaligned ( gi|11 ): GGCACATAATGCAAATTTAATTTTGATTCGAATAACAAAAATCTTAACAGACAACAATTTAAGAGTCTTAATTAAGATTAACTGATAGACCCTTTTATTTTACATCCTAAGATGCATCATTAGCATGTTCTAAA
Unaligned ( gi|12 ): ACCAATAACGCAAATTTAATGTTGATTTGAATAACAAAAATCTTAGACAACATTTTAAGACATCTTAATTTAAGATTATAACTGAGGAGCCCTTTTATTTTACATCCTAAGTGATGCTTAAGATAGTCC
Unaligned ( gi|14 ): TCTTAAGACAACATTTAAGATATCTTAATTCAAGATATCACTGAGACCCGTTTATGACCGTTTATTTTACATCCTAAGACGCATCCTTAAGATAGTCCTAAGATATGTC
Unaligned ( gi|16 ): ACCAAATAACCCACATTTAATGTTTTGATTGTAAACAAAAAATCTTAAGACAACATTTAGACATCTTAATTGAAGATATCACTGAGACCTTTATTTTACATCCTA
Alignments
lowQualScore : 33333 1111 111 11111 1 333333333 2222222 22 444444444444444 111 88888888888888888888888888888888888888888888888888 6666666666666666666666666666666666666 11111 11111 1111111 111111111 88888888888888888888888888888888888888888 44444444444444444444444 11 111 1 111 2222222 11 11111111 3333333333 1111111111 11 11111 555555555555555555 1 1 2 22222 33 111 1 111 1 3333 11 1111 1 1 22222 1 99999999999999 2 2 333 222 222222 1
lowQualScore : 5 77 33 11111 5 5 2222 000 5 5 44444 5 5 5 77 99 3 99 6 6 3 444444444 3 3 1111111 6 6 6 0 6 77 1 3 555555555555555 6 222 77 99 6 6 11111111111111111111111111111111111111111111111111 5 5 66 4 1 22 0 6666666666666666666666666666666666666 3 11111 4 777 66 777 22222 1 9 5 888 6666666 88 333333333 66 3 66666666666666666666666666666666666666666 777 5 11111111111111111111111 1 11 3 5 0 5 999 5 5 0 222 0 1111111 0 66 88 0 6 777 5 99999999 66 9999999999 8888888888 5 33 0 5 33333 77 888 777777777777777777 0 2 0 0 0 1 11111 00 444 1 0 666 0 1111 3 3 8 8 11 8 8 7777 8 6 8 3 7 55555 2 66666666666666 88 1 3 3 1 444 1 111 888888 5
lowQualScore : . .. .. ..... . . .... ... . . ..... . . . .. .. . .. . . . ......... . . ....... . . . . . .. . . ............... . ... .. .. . . .................................................. . . .. . . .. . ..................................... . ..... . ... .. ... ..... . . . ... ....... .. ......... .. . ......................................... ... . ....................... . .. . . . . ... . . . ... . ....... . .. .. . . ... . ........ .. .......... .......... . .. . . ..... .. ... .................. . . . . . . ..... .. ... . . ... . .... . . . . .. . . .... . . . . . ..... . .............. .. . . . . ... . ... ...... .
lowQualScore : 7 99 00 22222 7 7 1111 000 7 7 33333 7 7 7 99 22 7 22 7 7 3 555555555 3 5 7777777 7 7 7 7 7 88 7 2 000000000000000 7 999 99 22 7 7 88888888888888888888888888888888888888888888888888 0 0 11 4 0 66 1 0000000000000000000000000000000000000 4 11111 4 888 11 888 55555 0 4 1 888 2222222 22 666666666 99 0 99999999999999999999999999999999999999999 999 0 99999999999999999999999 0 99 2 0 9 0 444 0 0 0 888 2 5555555 2 99 88 4 1 999 7 99999999 77 3333333333 3333333333 7 44 1 0 66666 99 777 222222222222222222 0 5 0 0 2 0 00000 33 222 0 0 000 0 2222 2 2 0 0 00 0 0 0000 0 4 0 3 3 77777 0 00000000000000 33 0 7 3 0 777 0 000 555555 0
consensus : ACGGACTTG-TCTTAGGACGC--GTCTTTGGTTTGGTTTGG-T--GATAT-CAGCCTG-TTTCA----CTTCA---AATCGT-GGT-AG-----C-ATC-ACGATT-TTT--CGCCACTG--GNG--GTT-TTC-GGC-TGTTCTTTT-G--GTGATGTTCATTA-------CATTTCT-CGAC-A-GTGCGTGT-C-TTGTGTATTGAA--AC-----------CA-TATT--AAT--AT--ATA-AG-ATTC------CCTAATA-C--AGNAT--------TAGG-TGC-------ATATAGAT-GGAA-CACACA--TCAG-AATAAAAAAAAATCTACAGATGGACAT-----------TAGGA-AAAATT-TCCATTCCATTAAT-----GTGCAA-GCTG---TTTTTG--ATTC---ACG-----GCTGAAAG---TTTT-------TGACATGGGC-AGATT-AGA-----GGG--GGTG--GG---------TGTGNN-----N-----GA---------AAT--NATG-GA--AT----------AAGT-----AGTCCG--AATGAG-GTTT-ATAA-AATG-AACGC-TTTTCTC-GCTAGTGG-CGTCGTTG--T---GGATTTTNAACC-ATGAGAAAGGA--GT-TTGG-AC--ATT-TGT----------ATA-CAT------GTCG-GCATTGTATT---T-TTGACA--TTGTTTTGA-AATTTA-C--A--T----------AA-CCCGTTCCT-TATAGAGAGGATGT-AAGAGTTGGT--CAACAATA-GACCA-AGGT-GC-ACGG----GGTGTTTGTTGTGAG-GACTCGC-TCACT--A-TAG-GA----CAA-TAGG-GAGAGGGTCGTA-AAAGTGAATACAG-AGATAGAGAGGAAGAG-----------AGAATATATTCAAA-TAT-TCTATTG--ATTGCTAAAAGACTACATTGGACGAGTGGATGATTGTTAAGA
Reference ( family-570 ) : ACGGACTTG-TCTTAGGACGC--GTCTTTGGTTTGGTTTGG-T--GATAT-CAGCCTG-TTTCA----CTTCA---AATCGT-GGT-AG-----C-ATC-ACGATT-TTT--CGCCACTG--GGG--GTT-TTC-GGC-TGTTCTTTT-G--GTGATGNTCATTA-------CATTTCT-CGAC-A-GTGCGTGT-CNTTGTGTATTGAA--AC-----------CA-TATT--AAT--AT--ATA-AG-AT--------CCTNATA-C--AGTAT--------TAAG-TGC-------ATGTAGAT-GGAA-CACACA--TCAG-AATAAAAAAAANTCTACAGATGGAAAT-----------TAGGAAAAAATT-TCCATNCCATTAAT-----GTGCAA-GCTG---TTTTTG--ATTC---ACG-----GNTGAAAG---TTTT-------TGACATGGGC-AGATT-AGA-----GGG--GGTG--GG---------TGNGGG-----N-----GA---------AAT--NATG-GA--AT----------AAGT-----AGTNCG--AATGAG-GTTT-ATAA-AATG-AACGC-TTTTCTC-GCTAGTGG-CGTCGTTG--T---GGATTTTTAAC--ATGAGAAAGGN--GT-TTGG-AC--ATN-TGT----------ATA-CAT------GTCG-GCATTGTATT---T-TTGACA--TTGTTTTGA-AATTTA-C--A--T----------AA-CCCGTTCCT-TA-AGAGAGGNTNT-AAGAGTTGGTGTCAACAATN-GANCA-AGGT-GC-ACGG----GGTGTTTGTTGTGAG-GACTCGC-TCACT--A-TAG-GA----CAA-TGGG-GAGAGGGTCGTA-AAAGTGAATACAGAAGANAGAGAGGAAGAGGAGGTGGGAGAAGAANATNTTCAAATTATGTNTATTATTATTGCTAANAGACTACATTGGACGAGTGGATGATTGTTAAGA
gi|1 : GACTTG-CTCTAAGACGC--GTCTTTGGTT-GGTTTGG-TTGGATAT-CA-CCTG-TT--A----ATTCA---AATCGT-GGT-GGGGTACT-ATCTACGAAT-TTT--CGCCACTGACGTG--GTG-TTC-AGC-TGGTTGTTT-G--GTAATGATCAT-A-------CATTTTT-CGACCA-GTTTGTGT-C-TTATGC--T--A--AC-----------CA--AT---AAT--AT--ATA-AG-ATTC------CCTAATA-C--AGTAT---------AGG-TGC--------TATAGAT-GGAA-CACACACATCAA-GATATAAAAAAATCTACAGATG------------------------AATT-TC-ATGCCAATAAT-----GTCCAAAGCTG---TTTTTG--ATTC---ACGAGAGGGGTGAA-G---TTGTGGGGATGTGACATGGGCCAGATT-AAA-----GGGAGGGTGTTGG---------TGGAGG-----GATTGGGA---------AAT--AATG-GG--AT----------AAG------AG-CCG--AA-AAC-GTTT-A--G-AATG-AGCGT-TTTTC-C-GCTAGCTG-CGTCGTTG--TTTTGGATTT--GACCCATGAGCAAGGACAGT-TAAG-AC--ATTGTGT----------ATAACAT------GTCG-GCATGTTATT---G-TGGACA--TTGTTTTGA-AAATTG-TGGA--T----------AAATCTGTTCCTGTATAGAGAGGATTT-A----TTGGT--CAACAATATGATCACAAGT-GC-ACGGCGTGGGTGTT-GTTGTGAGTGTCTCGCCTCACTGGA-TAGTGATCTGCAAGTAGGTGGAAGGGTCGTA-AAAGTGAA-ATAGAAGATAGAGAGGAAGAGGAGGTGGGAGA-GAATATTTTCAAATTATGTCTATT---ATTGCTAATAGACTACATTGGACGAGTGGATGATTGTTAAGA
gi|10 : aacACAGACTTG-TAATAGGACGC--GTCTTTGGTTTGGTTTGG-----ATAT-CAGCCTG-TTTCA----CTTCA---AATCGT-GGT-AG-----C-ATC-ACGAAT-TTT--CGCCACTG--GAA--GTT-TTC-AG--TATT----------------TCATTA-------CATTTCC-TGAC-A-GTGTGTGT-CG-TATGTATTG-A--AC-----------TA-T-TT--AAT--agagagaaggttgaggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttataacccataatgcaaattaattgtttgatgtgaataacaaaaatcttcagacaagacatttaagatgatcttatttaagattataactgagaccttctatgatgggggttgacgaggggtactgcctaagatgcgatcaagaatagtcctaagatgtagtcactaagaatcctcgtaagatatgatcttaggggtatatcttaatagtag
gi|13 : T--AAT--AT--ATA-AG-ATCC------CCTAATA-C--AGTAT----------AGTTGC--------TATTGAT-GGAA-CATACA--TCAG-AATAAACAAAAATCTATAGATGGACAT-----------TAGGAAAAAGTT-TCT-TGCCATTAAT-----GTGCAA-GCTG---TTTTTG--ATTC---
gi|15 : AGAT-GGAA-CCCACA--TCAG-AATAAAAAACCCTCTACAGATGAACACTTGTATGTCAATAAGACAAAATT-T-CATTACATTAA---------------------TTTTG--ATTCACAACA-----GCTG-AAG---TTT
gi|17 : -GACTCGC-TCACT--A-TAG--A----CAA-TAGG-GAGAAGGTTGTA-AAAGTGAATACAG-----AGAGAGAAAGAG-----------AAAAAATATTCAAA-TAT-TATATTATTATTGCTAAAAGACT
gi|18 : ATT-GAGCA-AG-T-GCGACGG----GGTGTTTGTTGTGAA-GACTCGC-TCGAT--ACTAG-GA-----AA-T-GG-GATAGGGT
gi|19 : TAGAT-GGAA-CACACA--TCGG-AATAAAAAAAAATATACAGATGAACAT-----------TAGGATAAat
gi|2 : ACGGACTTG-TCTTAGGACGC--GTCTTTTGTTTGGTTTGG-TT-GATAT-CAGCCTG-TTTCA----CTTCA---AATGGT---T-AG-----C-ATC-ACGATT-TTT--CGCCACTG--GAA--GTT-TTC-GGC-TGTTTTTTTTG--GTGATGATCATAA-------CATTTTT-CGAC-AAGTGTGTGT-CTTTGTG-ATTGAA--AC-----------CA-TACT--AAT--AT--ATA--G-AT--------CCTCATA-C--AGTAT--------TAAG-TGC-------ATATAGAT-GGAA-CACA-A--TCAG-AATAAAAAAAACTCC-CACATGGAAAT-----------CAGGAAAAAATT-TCCATCCAATTAAT-----GTGCAA-GCTG---TTTT-G--ATTC---ACA-----GCTGAAAG---TTTT-------TGACATGGGC-AGATT-AGA-----GGG--GGTG--GG---------GGGGGG-----G-----GG---------GAT--AATG-GG--AT----------AAGT-----AGTGCG--AATGAG-GTTT-ATAA-AATG-AGCGC-TTTTCTC-GCTAGTGG-CGTTGTTG--T---GGATTTTTGAC--ATGAGCAAGGA--GC-TTGG-AC--ATT-TGT----------ATACCAT------GCCG-GCATTGTATT---T-TTGACA--TTGTTTTTA-AATTTA-C--A--T----------AA-CCCGTTCCT-TATAGAGAGAGTGA-AAGAGTTGGTGTCAACAA-G-GACCA-AGGTGGC-ACGGA---GGTGTTTGTTG-GAA-GACTCAC-TCACT--A-TAG-GA----CAA-T-GG-GAGAGGATCGTACAAAGTGAATACAG-AGATAGAGAG--AG-------------AGAAT-TATTCAAA-TAT-TCTATTG----TGCTAAAAGACT---TTGAAC------ATGATT-TTAAGA
gi|20 : ATAC-CAGTCTG-TTTTA----CTTTA---AATCAT-GGT-AG-----C-ATT-ACGATT-TTT--nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattaa
gi|21 : ACGGACTAG-TCTTAAGACGC--GTCTTTGGTATGGTTTGG-
gi|3 : ccaACGGACTTGGTCTTAGTACGCATGTCTTTTGGTTGATATGACT--CATTC-CAGCCTG-TCTTATCAACTTCATTAAATCGTAGGTGAG-----CCATC-ATGATTGTTT--CGCCACTT--GCGAAGTTACTC-GACGTGTT-TTTT-GCTATGATGTTCATTAATTATCACATTTCTACGAC-A-GTGTGTGTACG--ATATATTGAA---------------CA-TAT---GAT--AT--ATA-AATATTC------CCTAATAAC--AGCCA--------TAAT-TCT-------A---AGATAGGAATCACACA--TCAGCAATAAA-AAATATC-----AT---AAT-----------CAGATGCAAA----------CATTAGT-----GAGAAA-AATG---TTCATGCCATTA---ATG-----AC-AAAAGCTGTTCT-------TGAC-TTGAC-ACA--------------------------------------G-----T-----GA---------AAT--AATG-GG--CG----------ATG------AGTCCGTTAA-GAGCGTTTTATAAGAATATAGCGCCTTTTCTCTGCTAG--G-TGTCGTGT--T---GGATTTTGAACCAATCAGCAAGGA--GTATTGGTAC--ATT-TGTTCAAAGTGGTATAACAT------GTCGTGCAT-GTATTACCT-TGGACAATTTGTAT-GA-AATTTAAC--AAAT----------AA-CCCGTCTCT-TG-AGACCAGATATGAAGAG
gi|4 : TTG-TCTTAGGACGC--GTCTTTGGTTTG----------GATATCCAGCCTGTTTTCA----CTTC----AATCAT-GGT-A------C-ATT-ACGATT-TTTTCCG-CACCG--GGG--GTT-TCG-GGCTTGTTCTT------GTGATGTTCATTA-------CA-TTCT-CAAC-A-GTGCGTGT-C-TTGTGTATTGAA--CG-----------TA-TATTTGAGTGCATTAATT-AG-ATGTTACAGGTGTAATA-CCAAGAATCCCTAATGTAGG-TGCTATAGCAATGTAGAT-GAAA-CCCACA--TCAG-AATAAAAAAAACATTACAGATTG------------------------------CATTTCA--AATAGACAGTGCAA-ACTATTTTTTTTT--ATTC---ACA-----GCTGAAGT---TTTT-------TGG-ATGTGC----TC-CAA-----GGC--AGTG--TG---------TTTGAAACCCCA-----TA---------AAT--GATG-GA--AG----------TAG------AGTACGA-AATGAG-G-TT-AT-A-AATG-GACAC-TTTTCTCGGCTAGTG---GTCGTT--------CATTTATAAA--AAAAAAAATGT--TT-CTG------ATG-TGT----------ATA-C-T------GT-A-GCA-TGTATT---T-TTGACA--TTGTTTTTA-AAa
gi|5 : actGGACTTG-TCTTAGGACGC--GTCTTTGGTTTGG----------ATAT-CAGCCTG-TTTCA----CTTCA---AATCAT-GGT-AG-----C-ATT-ACGATT-TTT--CGCCACGG--GGG--GTT-TTCGGGC-TGTTC--TT-G--GTGATGTTCATTA-------CATTTCT-CAAC-A-GTGCGTGT-C-TTGTGTATTGAACGATATATTTGAGTGCATTATT--AGT--GT---TACAG-GT---------GTAATA-CCAAGAATCCCTAATGTAGG-TGCTATACA-ATGTAGAT-GGAA-CCCACA--TCAG-AATAAAAAAAAT-----------------------------------ATT-TCAAT---AGGAAT-----GTGCAA-ACTG---TTTTTT--ATTC---ACA-----GCTG-AAG---TTTT-------TG--ATGTGC----CT-CCA-----AGG--AGTG--TG---------TTTGAAACCCCA-----TA---------AAT--GATG-GA--AT----------AAG------AGTCCG--AATGAG-GTTT-AT-A-AATG-GACAC-TTTTCTC-GCTAGTG------GTTG--T---TTATTATAAAA--A--AAAATGGT--GC-TT----CTGATG-TGT----------ATA-CAT------GTCA-GCA-TGTA-T---T-TTGACA--TTGTTTT---AATT
gi|6 : CACA--TCAG-AATAAAAACCCATCTACAAAAGAACAT-----------TAGGAAAA--TTGTTCATTCTATTAAT-----GTGCAA-GCTG---TTTTTA--ATTC---ACG-----GATCAA-G---ATTT-------TGACATGGTC-AGATT-AGAAAGGGGGG--GGGG--GGCAATTTTAATGTGTT-----C-----GA---------AAT--CACACGA--ATTATGAAAAAAAAG------AGTTCG--AATAAG-GCTT-ATAA-A-TT-AATGC-TTTTCCC-GCTAGTGGTCGTGGTT---T---GG-TTTTTAACC-ATGAAAAAGGA--AT-T-GG-AC--ATT-TGTTTCAA-----ATA-TATAAACAGGTCT-GCATTG-ATG---TATTGACA--TTGTTTTGGCAATTTA-C--A--TCAATGAATGAAA-CCCATTC-T-TA-AGAAAGATTG---AGAGTTGGT--CAACAATA-GACCA-AG-T-GC-ATGG----GGTGTTTGTTGTGAG-GACTCAA-TCACT--A-TA--GA----CAA-TGGG-GAGAGGGT
gi|7 : TAAT-----GTGCAA-GCTG---TTTTTA--ATTC---ACG-----GATG-AAG---TTTT-------AGACATGGAC-AGATTGGGA-----GGG--GGGG--GGGCAA-----TGTGTT-----T-----TAAATTCCATGAAT--TATG-AA--AA----------AAGT------GTTTG--AATAAG-GCTC-GT-A-AATG-AATGC-TTTTCTC-GCTAGTGG-C--CGTAGGCT---GAATTTTAACC--ATGAGAAATGA--Gattcaa
gi|8 : T-------TGACATGGAC-AGATT-AGA-----GGG--G--G--GA---------TGTGTT-----C-----GA---------AATCCTATG-AATTAT----------AA-TAAAAAAGTTTG--AATAAG-ATTT-AT-C-AATT-AATGC-TTTTCTC-GCTAGTGGTTGGTGTT---T---GAATTTTGACC--ATGAG-AATTT--GT-TTCA-A---ATA-TGT----------ATA-CAG------GTCG-GTA-TGCA-T---G-TTGACA--TTGTTTTGG-AAaaaggaattcgactttt
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TAACCCAAAATTAATGTTTGATTAAATAACAAAGATCTTAAGACGACATTTAAGACATCTTAATTTAAGATATCACTGAGATCCTTTTATTTTACATCCTAAGATACATCTTAAGATAATCTTCGTAAGATATATCTTAAGGTACGATATCTTAATA
Unaligned ( gi|11 ): GGCACATAATGCAAATTTAATTTTGATTCGAATAACAAAAATCTTAACAGACAACAATTTAAGAGTCTTAATTAAGATTAACTGATAGACCCTTTTATTTTACATCCTAAGATGCATCATTAGCATGTTCTAAA
Unaligned ( gi|12 ): ACCAATAACGCAAATTTAATGTTGATTTGAATAACAAAAATCTTAGACAACATTTTAAGACATCTTAATTTAAGATTATAACTGAGGAGCCCTTTTATTTTACATCCTAAGTGATGCTTAAGATAGTCC
Unaligned ( gi|14 ): TCTTAAGACAACATTTAAGATATCTTAATTCAAGATATCACTGAGACCCGTTTATGACCGTTTATTTTACATCCTAAGACGCATCCTTAAGATAGTCCTAAGATATGTC
Unaligned ( gi|16 ): ACCAAATAACCCACATTTAATGTTTTGATTGTAAACAAAAAATCTTAAGACAACATTTAGACATCTTAATTGAAGATATCACTGAGACCTTTATTTTACATCCTA
Alignments
lowQualScore : 3333333333 1111 111 11111 333333333 2222222 555555555555555555555555555555555555555 11111 333333333333333333 44444444 7777777777777777777777777777777777777 11111 11111 1111111 111111111 8888888888888888888888888888888888888888888 44444444444444444444444 11 111 1 111 2222222 11111111 11 33333333333333333333333333 11111 1 111111 1 11111 1 55555555555555 1 1111 1111 222 11 111 1 111 1 3333 11 1111 1 1 22 5555555555 1 1 3333 222 222222 1
lowQualScore : 5 77 6666666666 5 5 2222 000 5 5 44444 5 5 5 77 99 1 99 6 6 6 6 000000000 3 1111111 6 6 6 0 6 1 3 999999999999999999999999999999999999999 99 6 6 88 66666 666666666666666666 88888888 5 5 66 4 8 44 888 1111111111111111111111111111111111111 3 11111 4 777 66 777 22222 9 5 888 6666666 88 333333333 66 3 3333333333333333333333333333333333333333333 777 5 11111111111111111111111 2 11 3 5 0 5 999 5 5 0 222 0 1111111 0 11111111 5 11 5 77777777777777777777777777 44444 5 1 666666 5 9 0 5 33333 77 888 0 33333333333333 0 2 3333 4444 000 3 88 444 0 0 666 0 1111 3 3 8 8 11 8 8 7777 8 3 8 3 7 00 999 8888888888 7 3 3 7777 111 888888 5
lowQualScore : . .. .......... . . .... ... . . ..... . . . .. .. . .. . . . . ......... . ....... . . . . . . . ....................................... .. . . .. ..... .................. ........ . . .. . . .. ... ..................................... . ..... . ... .. ... ..... . . ... ....... .. ......... .. . ........................................... ... . ....................... . .. . . . . ... . . . ... . ....... . ........ . .. . .......................... ..... . . ...... . . . . ..... .. ... . .............. . . .... .... ... . .. ... . . ... . .... . . . . .. . . .... . . . . . .. ... .......... . . . .... ... ...... .
lowQualScore : 7 99 4444444444 7 7 1111 000 7 7 33333 7 7 7 99 22 0 22 7 7 7 7 333333333 5 7777777 7 7 7 7 7 7 2 333333333333333333333333333333333333333 22 7 7 33 77777 555555555555555555 22222222 0 0 11 4 9 66 000 2222222222222222222222222222222222222 4 11111 4 888 11 888 55555 4 1 888 2222222 22 666666666 99 0 9999999999999999999999999999999999999999999 999 0 99999999999999999999999 2 99 2 0 9 0 444 0 0 0 888 2 5555555 2 00000000 0 99 7 11111111111111111111111111 33333 7 4 444444 7 0 1 0 66666 99 777 0 22222222222222 0 5 5555 2222 222 2 33 555 2 0 000 0 2222 2 2 0 0 00 0 0 0000 0 6 0 3 3 77 333 3333333333 3 3 3 7777 000 555555 0
consensus : ACGGACTTG-TCTTAGGACGC--GTCTTTGGTTTGGTTTGG-T---ATATC-AGCCTGTTT-CA----CTTCA---AATCGT-GGT-AG-----C-ATC-ACGATT-TTT--CGCCACTG--GNG--GTT-TTC-GGC-T-GTTCTTTT-G--GTGATGTTCATTA-------CATTTCT-CGAC-A-GTGCGTGTCTT-GTGTATTGAA--AC-----------CA-TATT--AAT------------AT--A-TAAG-AT-TCCC-----TAATA-C--AGTAT--------TAGGTGC-------ATATAGAT-GGAA-CACACA--TCAG-AATAAAAAAAA-ATC-TA--CAGATGGACAT-----------TAGGA-AAAA-TTTCCATTCCATTAAT-----GTGCAA-GCTG---TTTTTG--ATTC---ACG-----GCTGAAAG---TTTT-------TGACATGGGC-AGATT-AGA-----GGG--GGTG--GG---------TG-------TG-----NTNGA---------AAT--NATG-GA--AT----------AAGT-----AGTCCG--AATGAG-GTTT-ATAA-AATG-AACGC-TTTTCTC-GCTAGTGG-CGTCGTTG--T---GGATTT-TGAACC-ATGAGAAA-GGA--GT-TTG---G-AC--ATT-T----------GT-----AT-A-CAT------GTCG-GCATTGTATT---T-TTGACA--TTGTTTTGA-AATTT-ACGGAT----------AA-CCCGTTCCT-TATAGAGA--GGATNT-AAGAGTTG--GTCAACAATA-GACCA-AGGT-GC-ACGG----GGTGTTTGTTGTGAG-GACTCGC-TCACT--A-TAG-GA----CAA-TAGG-GAGAGGGTCGTA-AAAGTGAATACAGA-GATAGAGAGGAAGAG----------AGAATATATTCAAAT-AT-TCTATTG--ATTGCTAAAAGACTACATTGGACGAGTGGATGATTGTTAAGA
Reference ( family-570 ) : ACGGACTTG-TCTTAGGACGC--GTCTTTGGTTTGGTTTGG-T--GATATC-AGCCTGTTT-CA----CTTCA---AATCGT-GGT-AG-----C-ATC-ACGATT-TTT--CGCCACTG--GNG--GTT-TTC-GGC-T-GTTCTTTT-G--GTGATGTTCATTA-------CATTTCT-CGAC-A-GTGCGTGTCTT-GTGTATTGAA--AC-----------CA-TATT--AAT------------AT--A-TAAG-AT-TCCC-----TAATA-C--AGNAT--------TAGGTGC-------ATATAGAT-GGAA-CACACA--TCAG-AATAAAAAAAA-ATC-TA--CAGATGGACAT-----------TAGGA-AAAA-TTTCCATTCCATTAAT-----GTGCAA-GCTG---TTTTTG--ATTC---ACG-----GCTGAAAG---TTTT-------TGACATGGGC-AGATT-AGA-----GGG--GGTG--GG---------TG-------TG-----NNNGA---------AAT--NATG-GA--AT----------AAGT-----AGTCCG--AATGAG-GTTT-ATAA-AATG-AACGC-TTTTCTC-GCTAGTGG-CGTCGTTG--T---GGATTT-TNAACC-ATGAGAAA-GGA--GT-TTG---G-AC--ATT-T----------GT-----AT-A-CAT------GTCG-GCATTGTATT---T-TTGACA--TTGTTTTGA-AATTT-AC--AT----------AA-CCCGTTCCT-TATAGAGA--GGATGT-AAGAGTTG--GTCAACAATA-GACCA-AGGT-GC-ACGG----GGTGTTTGTTGTGAG-GACTCGC-TCACT--A-TAG-GA----CAA-TAGG-GAGAGGGTCGTA-AAAGTGAATACAGA-GATAGAGAGGAAGAG----------AGAATATATTCAAAT-AT-TCTATTG--ATTGCTAAAAGACTACATTGGACGAGTGGATGATTGTTAAGA
gi|1 : GACTTG-CTCTAAGACGC--GTCTTTGGTT-GGTTTGG-TTGGATATC-A-CCTGTT---A----ATTCA---AATCGT-GGT-GGGGTACT-ATCTACGAAT-TTT--CGCCACTGACGTG--GTG-TTC-AGC-T-GGTTGTTT-G--GTAATGATCAT-A-------CATTTTT-CGACCA-GTTTGTGTCTT-ATGC--T--A--AC-----------CA--AT---AAT------------AT--A-TAAG-AT-TCCC-----TAATA-C--AGTAT---------AGGTGC--------TATAGAT-GGAA-CACACACATCAA-GATATAAAAAA-ATC-TA--CAGATG------------------------AA-TTTC-ATGCCAATAAT-----GTCCAAAGCTG---TTTTTG--ATTC---ACGAGAGGGGTGAA-G---TTGTGGGGATGTGACATGGGCCAGATT-AAA-----GGGAGGGTGTTGG---------TGGAGGGATTG-----G--GA---------AAT--AATG-GG--AT----------AAG------AG-CCG--AA-AAC-GTTT-A--G-AATG-AGCGT-TTTTC-C-GCTAGCTG-CGTCGTTG--TTTTGGATTT--GACCC-ATGAGCAA-GGACAGT-TAA---G-AC--ATTGT----------GT-----AT-AACAT------GTCG-GCATGTTATT---G-TGGACA--TTGTTTTGA-AAATT-GTGGAT----------AAATCTGTTCCTGTATAGAGA--GGATTT-A----TTG--GTCAACAATATGATCACAAGT-GC-ACGGCGTGGGTGTT-GTTGTGAGTGTCTCGCCTCACTGGA-TAGTGATCTGCAAGTAGGTGGAAGGGTCGTA-AAAGTGAA-ATAGAAGATAGAGAGGAAGAGGAGGTGGGAGAGAATATTTTCAAATTATGTCTATT---ATTGCTAATAGACTACATTGGACGAGTGGATGATTGTTAAGA
gi|10 : aacACAGACTTG-TAATAGGACGC--GTCTTTGGTTTGGTTTGG-----ATATC-AGCCTGTTT-CA----CTTCA---AATCGT-GGT-AG-----C-ATC-ACGAAT-TTT--CGCCACTG--GAA--GTT-TTC-AG--T-AT----------------TTCATTA-------CATTTCC-TGAC-A-GTGTGTGTCGT-ATGTATTG-A--AC-----------TA-T-TT--AAT------------agagagaaggttgaggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttataacccataatgcaaattaattgtttgatgtgaataacaaaaatcttcagacaagacatttaagatgatcttatttaagattataactgagaccttctatgatgggggttgacgaggggtactgcctaagatgcgatcaagaatagtcctaagatgtagtcactaagaatcctcgtaagatatgatcttaggggtatatcttaatagtag
gi|13 : T--AAT------------AT--A-TAAG-AT-CCCC-----TAATA-C--AGTAT---------AGTTGC--------TATTGAT-GGAA-CATACA--TCAG-AATAAACAAAA-ATC-TA--TAGATGGACAT-----------TAGGA-AAAA-GTTTCTTGCCATTAAT-----GTGCAA-GCTG---TTTTTG--ATTC---
gi|15 : AGAT-GGAA-CCCACA--TCAG-AATAAAAAACC-CTC-TA--CAGATGAACACTTGTATGTCAATAAGACAAAA-TTT-CATTACATTAA---------------------TTTTG--ATTCACAACA-----GCTG-AAG---TTT
gi|17 : -GACTCGC-TCACT--A-TAG--A----CAA-TAGG-GAGAAGGTTGTA-AAAGTGAATACAG-----AGAGAGAAAGAG----------AAAAAATATTCAAAT-AT-TATATTATTATTGCTAAAAGACT
gi|18 : ATT-GAGCA-AG-T-GCGACGG----GGTGTTTGTTGTGAA-GACTCGC-TCGAT--ACTAG-GA-----AA-T-GG-GATAGGGT
gi|19 : TAGAT-GGAA-CACACA--TCGG-AATAAAAAAAA-ATA-TA--CAGATGAACAT-----------TAGGA-TAAat
gi|2 : ACGGACTTG-TCTTAGGACGC--GTCTTTTGTTTGGTTTGG-TT-GATATC-AGCCTGTTT-CA----CTTCA---AATGGT---T-AG-----C-ATC-ACGATT-TTT--CGCCACTG--GAA--GTT-TTC-GGC-T-GTTTTTTTTG--GTGATGATCATAA-------CATTTTT-CGAC-AAGTGTGTGTCTTTGTG-ATTGAA--AC-----------CA-TACT--AAT------------AT--A-TA-G-AT---CC-----TCATA-C--AGTAT--------TAAGTGC-------ATATAGAT-GGAA-CACA-A--TCAG-AATAAAAAAAA-CTC-C---CACATGGAAAT-----------CAGGA-AAAAATTTCCATCCAATTAAT-----GTGCAA-GCTG---TTTT-G--ATTC---ACA-----GCTGAAAG---TTTT-------TGACATGGGC-AGATT-AGA-----GGG--GGTG--GG---------GG-------GG-----GGGGG---------GAT--AATG-GG--AT----------AAGT-----AGTGCG--AATGAG-GTTT-ATAA-AATG-AGCGC-TTTTCTC-GCTAGTGG-CGTTGTTG--T---GGATTT-TTGA-C-ATGAGCAA-GGA--GC-TTG---G-AC--ATT-T----------GT-----AT-ACCAT------GCCG-GCATTGTATT---T-TTGACA--TTGTTTTTA-AATTT-AC--AT----------AA-CCCGTTCCT-TATAGAGA--GAGTGA-AAGAGTTGGTGTCAACAA-G-GACCA-AGGTGGC-ACGGA---GGTGTTTGTTG-GAA-GACTCAC-TCACT--A-TAG-GA----CAA-T-GG-GAGAGGATCGTACAAAGTGAATACAGA-GATAGAG----AGAG----------AGAAT-TATTCAAAT-AT-TCTATTG----TGCTAAAAGACT---TTGAAC------ATGATT-TTAAGA
gi|20 : ATACC-AGTCTGTTT-TA----CTTTA---AATCAT-GGT-AG-----C-ATT-ACGATT-TTT--nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattaa
gi|21 : ACGGACTAG-TCTTAAGACGC--GTCTTTGGTATGGTTTGG-
gi|3 : ccaACGGACTTGGTCTTAGTACGCATGTCTTTTGGTTGATATGACT--CATTCC-AGCCTGTCT-TATCAACTTCATTAAATCGTAGGTGAG-----CCATC-ATGATTGTTT--CGCCACTT--GCGAAGTTACTC-GACGT-GTT-TTTT-GCTATGATGTTCATTAATTATCACATTTCTACGAC-A-GTGTGTGTACG-ATATATTGAA---------------CA-TAT---GAT------------AT--A-TAAATAT-TCCC-----TAATAAC--AGCCA--------TAATTCT-------A---AGATAGGAATCACACA--TCAGCAATAAAAA-AT-ATCATAATCAGAT--------------------GC-AAA-----------CATTAGT-----GAGAAA-AATG---TTCATGCCATTA---ATG-----AC-AAAAGCTGTTCT-------TGAC-TTGAC-ACA----------------------------------G-------TG---------A---------AAT--AATG-GG--CG----------ATG------AGTCCGTTAA-GAGCGTTTTATAAGAATATAGCGCCTTTTCTCTGCTAG--G-TGTCGTGT--T---GGATTT-TGAACCAATCAGCAA-GGA--GTATTG---GTAC--ATT-TGTTCAAAGTGGT-----ATAA-CAT------GTCGTGCA-TGTATTACCT-TGGACAATTTG-TATGA-AATTTAACAAAT----------AA-CCCGTCTCT-T---GAGACCAGATATGAAGAG
gi|4 : TTG-TCTTAGGACGC--GTCTTTGGTTTGG----------ATATCCAGCCTGTTTTCA----CTTCA---A-TCAT-GGT-A------C-ATT-ACGATT-TTTTCCGC-ACCG--GGG--GTT-TCG-GGC-TTGTTCTT------GTGATGTTCATTA-------CATT-CT-CAAC-A-GTGCGTGTCTT-GTGTATTGAA--CG-----------TA-TATTTGAGTGC----------ATTAA-TTAG-ATGTTACAGGTGTAATA-CCAAGAATCCCTAATGTAGGTGCTATAGCAATGTAGAT-GAAA-CCCACA--TCAG-AATAAAAAAAACAT--TA--CAGATTG------------------------------CATTTCA--AATAGACAGTGCAA-ACTATTTTTTTTT--ATTC---ACA-----GCTGAAGT---TTTT-------TGG-ATGTGC----TC-CAA-----GGC--AGTG--TG---------TT-------TGAAACCCCATA---------AAT--GATG-GA--AG----------TAG------AGTACGA-AATGAG-G-TT-AT-A-AATG-GACAC-TTTTCTCGGCTAGTG---GTCGTT--------CATTTATAAA------AAAAA-AAAT-GT-TT-------CTGATG-T----------GT-----AT-A-C-T------GT-A-GCA-TGTATT---T-TTGACA--TTGTTTTTA-AAa
gi|5 : actGGACTTG-TCTTAGGACGC--GTCTTTGGTTTGG----------ATATC-AGCCTGTTT-CA----CTTCA---AATCAT-GGT-AG-----C-ATT-ACGATT-TTT--CGCCACGG--GGG--GTT-TTCGGGC-T-GTTC--TT-G--GTGATGTTCATTA-------CATTTCT-CAAC-A-GTGCGTGTCTT-GTGTATTGAACGATATATTTGAGTGCATTATT--AGTGTTACAGGTGTAAT--ACCAAG-AA-TCCC-----TAATG-----------------TAGGTGCTATACA-ATGTAGAT-GGAA-CCCACA--TCAG-AATAAAAAAAATATT-T-----------CAA-----------TAGG--------------------AAT-----GTGCAA-ACTG---TTTTTT--ATTC---ACA-----GCTG-AAG---TTTT-------TG--ATGTGC----CT-CCA-----AGG--AGTG--TG---------TT-------TGAAACCCCATA---------AAT--GATG-GA--AT----------AAG------AGTCCG--AATGAG-GTTT-AT-A-AATG-GACAC-TTTTCTC-GCTAGTG------GTTG--T---TTATTA-TAAA-----AAAAAATGGT--GC-TT-------CTGATG-T----------GT-----AT-A-CAT------GTCA-GCA-TGTA-T---T-TTGACA--TTGTTTT---AATT
gi|6 : CACA--TCAG-AATAAAAACCC-ATC-TA--CAAAAGAACAT-----------TAGGA-AAAT-TGTTCATTCTATTAAT-----GTGCAA-GCTG---TTTTTA--ATTC---ACG-----GATCAA-G---ATTT-------TGACATGGTC-AGATT-AGAAAGGGGGG--GGGG--GGCAATTTTAATG-------TG-----TTCGA---------AAT--CACACGA--ATTATGAAAAAAAAG------AGTTCG--AATAAG-GCTT-ATAA-A-TT-AATGC-TTTTCCC-GCTAGTGGTCGTGGTT---T---GG-TTT-TTAACC-ATGAAAAA-GGA--AT-T-G---G-AC--ATT-T----------GTTTCAAAT-A-TATAAACAGGTCT-GCATTG-ATG---TATTGACA--TTGTTTTGGCAATTT-AC--ATCAATGAATGAAA-CCCATTC-T-TA-AGAAA--G-AT-T-GAGAGTTG--GTCAACAATA-GACCA-AG-T-GC-ATGG----GGTGTTTGTTGTGAG-GACTCAA-TCACT--A-TA--GA----CAA-TGGG-GAGAGGGT
gi|7 : TAAT-----GTGCAA-GCTG---TTTTTA--ATTC---ACG-----GATG-AAG---TTTT-------AGACATGGAC-AGATTGGGA-----GGG--GGGG--GGGCAA-----TG-------TG-----TTTTAAATTCCATGAAT--TATG-AA--AA----------AAGT------GTTTG--AATAAG-GCTC-GT-A-AATG-AATGC-TTTTCTC-GCTAGTGG-C--CGTAGGCT---GAATTT-T-AACC-ATGAGAAA-TGA--Gattcaa
gi|8 : T-------TGACATGGAC-AGATT-AGA-----GGG--G--G--GA---------TG-------TG-----TTCGA---------AATCCTATG-AATTAT----------AA-TAAAAAAGTTTG--AATAAG-ATTT-AT-C-AATT-AATGC-TTTTCTC-GCTAGTGGTTGGTGTT---T---GAATTT-TG-ACC-ATGAGAA--------T-TTGTTTC-AA--ATA-T----------GT-----AT-A-CAG------GTCG-GTA-TGCA-T---G-TTGACA--TTGTTTTGG-AAaaaggaattcgactttt
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TAACCCAAAATTAATGTTTGATTAAATAACAAAGATCTTAAGACGACATTTAAGACATCTTAATTTAAGATATCACTGAGATCCTTTTATTTTACATCCTAAGATACATCTTAAGATAATCTTCGTAAGATATATCTTAAGGTACGATATCTTAATA
Unaligned ( gi|11 ): GGCACATAATGCAAATTTAATTTTGATTCGAATAACAAAAATCTTAACAGACAACAATTTAAGAGTCTTAATTAAGATTAACTGATAGACCCTTTTATTTTACATCCTAAGATGCATCATTAGCATGTTCTAAA
Unaligned ( gi|12 ): ACCAATAACGCAAATTTAATGTTGATTTGAATAACAAAAATCTTAGACAACATTTTAAGACATCTTAATTTAAGATTATAACTGAGGAGCCCTTTTATTTTACATCCTAAGTGATGCTTAAGATAGTCC
Unaligned ( gi|14 ): TCTTAAGACAACATTTAAGATATCTTAATTCAAGATATCACTGAGACCCGTTTATGACCGTTTATTTTACATCCTAAGACGCATCCTTAAGATAGTCCTAAGATATGTC
Unaligned ( gi|16 ): ACCAAATAACCCACATTTAATGTTTTGATTGTAAACAAAAAATCTTAAGACAACATTTAGACATCTTAATTGAAGATATCACTGAGACCTTTATTTTACATCCTA
Alignments
lowQualScore : 222222222 1111 111 11111 333333333 2222222 55555555555555555555555555555555555555555 111 11111 333333333333333333 44444444 7777777777777777777777777777777777777 11111 11111 1111111 111111111 77777777777777777777777777777777777777777 44444444444444444444444 11 111 1 111 2222222 1111111 333333333333333333333333333333333 11111 1 111111 1 11111 1 33333333 11 1 1111 1111 111 11 111 1 111 1 3333 11 1111 1 1 22 5555555555 1 1 3333 222 222222 1
lowQualScore : 5 77 888888888 77 5 5 2222 000 5 5 44444 5 5 5 77 99 1 99 6 6 6 6 000000000 3 1111111 6 6 6 0 6 1 3 22222222222222222222222222222222222222222 111 6 88 66666 555555555555555555 88888888 5 5 66 4 8 44 888 1111111111111111111111111111111111111 3 11111 4 777 66 777 22222 9 5 888 6666666 88 333333333 66 3 77777777777777777777777777777777777777777 777 5 11111111111111111111111 2 11 3 5 0 5 999 5 5 0 222 0 1111111 0 5 4444444 5 999999999999999999999999999999999 44444 5 1 666666 5 9 0 5 33333 77 888 0 99999999 33 0 2 3333 4444 888 3 88 444 0 0 666 0 1111 3 3 8 8 11 8 8 7777 8 3 8 3 7 00 999 8888888888 7 3 3 7777 111 888888 5
lowQualScore : . .. ......... .. . . .... ... . . ..... . . . .. .. . .. . . . . ......... . ....... . . . . . . . ......................................... ... . .. ..... .................. ........ . . .. . . .. ... ..................................... . ..... . ... .. ... ..... . . ... ....... .. ......... .. . ......................................... ... . ....................... . .. . . . . ... . . . ... . ....... . . ....... . ................................. ..... . . ...... . . . . ..... .. ... . ........ .. . . .... .... ... . .. ... . . ... . .... . . . . .. . . .... . . . . . .. ... .......... . . . .... ... ...... .
lowQualScore : 7 99 555555555 99 7 7 1111 000 7 7 33333 7 7 7 99 22 0 22 7 7 7 7 333333333 5 7777777 7 7 7 7 7 7 2 88888888888888888888888888888888888888888 777 7 33 77777 000000000000000000 22222222 0 0 11 4 9 66 000 2222222222222222222222222222222222222 4 11111 4 888 11 888 55555 4 1 888 2222222 22 666666666 99 0 66666666666666666666666666666666666666666 999 0 99999999999999999999999 2 99 2 0 9 0 444 0 0 0 888 2 5555555 2 0 8888888 0 999999999999999999999999999999999 33333 7 4 444444 7 0 1 0 66666 99 777 0 55555555 88 0 5 5555 2222 222 2 33 555 2 0 000 0 2222 2 2 0 0 00 0 0 0000 0 6 0 3 3 77 333 3333333333 3 3 3 7777 000 555555 0
consensus : ACGGACTTG-TCTTAGGACGC--GTCTTTGGTTTGGTTTGGT---ATAT--C-AGCCTGTTT-CA----CTTCA---AATCGT-GGT-AG-----C-ATC-ACGATT-TTT--CGCCACTG--GNG--GTT-TTC-GGC-T-GTTCTTTT-G--GTGATGTTCATTA-------CATTTCT-CGAC-A-GTGCGTGTCTT-GTGTATTGAA--AC-----------CA-TATT--AAT--AT----------ATA---AG-AT-TCCC-----TAATA-C--AGTAT--------TAGGTGC-------ATATAGAT-GGAA-CACACA--TCAG-AATAAAAAAAA-ATC-TA--CAGATGGACAT-----------TAGGA-AAAA-TTTCCATTCCATTAAT-----GTGCAA-GCTG---TTTTTG--ATTC---ACG-----GCTGAAAG---TTTT-------TGACATGGGC-AGATT-AGA-----GGG--GGTG--GG---------TGT---G-----NTNG--A---------AAT--NATG-GA--AT----------AAGT-----AGTCCG--AATGAG-GTTT-ATAA-AATG-AACGC-TTTTCTC-GCTAGTGG-CGTCGTTG--T---GGA-TTTTGAACC-ATGAGAAA-GGA---GT-TTG---G-AC--ATT-T----------GT-----AT-A-CAT------GTCG-GCATTGTATT---T-TTGACA--TTGTTTTGA-AATTT-AC------GAAT--AA-CCCGTTCCT-TATAGAGA--GGATNT-AAGAGTTG--GTCAACAATA-GACCA-AGGT-GC-ACGG----GGTGTTTGTTGTGAG-GACTCGC-TCACT--A-TAG-GA----CAA-TAGG-GAGAGGGTCGTA-AAAGTGAATACAGA-GATAGAGAGGAAGAG----------AGAATATATTCAAAT-AT-TCTATTG--ATTGCTAAAAGACTACATTGGACGAGTGGATGATTGTTAAGA
Reference ( family-570 ) : ACGGACTTG-TCTTAGGACGC--GTCTTTGGTTTGGTTTGGT---ATAT--C-AGCCTGTTT-CA----CTTCA---AATCGT-GGT-AG-----C-ATC-ACGATT-TTT--CGCCACTG--GNG--GTT-TTC-GGC-T-GTTCTTTT-G--GTGATGTTCATTA-------CATTTCT-CGAC-A-GTGCGTGTCTT-GTGTATTGAA--AC-----------CA-TATT--AAT--AT----------ATA---AG-AT-TCCC-----TAATA-C--AGTAT--------TAGGTGC-------ATATAGAT-GGAA-CACACA--TCAG-AATAAAAAAAA-ATC-TA--CAGATGGACAT-----------TAGGA-AAAA-TTTCCATTCCATTAAT-----GTGCAA-GCTG---TTTTTG--ATTC---ACG-----GCTGAAAG---TTTT-------TGACATGGGC-AGATT-AGA-----GGG--GGTG--GG---------TGT---G-----NTNG--A---------AAT--NATG-GA--AT----------AAGT-----AGTCCG--AATGAG-GTTT-ATAA-AATG-AACGC-TTTTCTC-GCTAGTGG-CGTCGTTG--T---GGA-TTTTGAACC-ATGAGAAA-GGA---GT-TTG---G-AC--ATT-T----------GT-----AT-A-CAT------GTCG-GCATTGTATT---T-TTGACA--TTGTTTTGA-AATTT-AC------GGAT--AA-CCCGTTCCT-TATAGAGA--GGATNT-AAGAGTTG--GTCAACAATA-GACCA-AGGT-GC-ACGG----GGTGTTTGTTGTGAG-GACTCGC-TCACT--A-TAG-GA----CAA-TAGG-GAGAGGGTCGTA-AAAGTGAATACAGA-GATAGAGAGGAAGAG----------AGAATATATTCAAAT-AT-TCTATTG--ATTGCTAAAAGACTACATTGGACGAGTGGATGATTGTTAAGA
gi|1 : GACTTG-CTCTAAGACGC--GTCTTTGGTT-GGTTTGGTTGGATAT--C-A-CCTGTT---A----ATTCA---AATCGT-GGT-GGGGTACT-ATCTACGAAT-TTT--CGCCACTGACGTG--GTG-TTC-AGC-T-GGTTGTTT-G--GTAATGATCAT-A-------CATTTTT-CGACCA-GTTTGTGTCTT-ATGC--T--A--AC-----------CA--AT---AAT--AT----------ATA---AG-AT-TCCC-----TAATA-C--AGTAT---------AGGTGC--------TATAGAT-GGAA-CACACACATCAA-GATATAAAAAA-ATC-TA--CAGATG------------------------AA-TTTC-ATGCCAATAAT-----GTCCAAAGCTG---TTTTTG--ATTC---ACGAGAGGGGTGAA-G---TTGTGGGGATGTGACATGGGCCAGATT-AAA-----GGGAGGGTGTTGG---------TGGAGGG-----ATTGGGA---------AAT--AATG-GG--AT----------AAG------AG-CCG--AA-AAC-GTTT-A--G-AATG-AGCGT-TTTTC-C-GCTAGCTG-CGTCGTTG--TTTTGGA-TTT-GACCC-ATGAGCAA-GGACA-GT-TAA---G-AC--ATTGT----------GT-----AT-AACAT------GTCG-GCATGTTATT---G-TGGACA--TTGTTTTGA-AAATT-GT------GGAT--AAATCTGTTCCTGTATAGAGA--GGATTT-A----TTG--GTCAACAATATGATCACAAGT-GC-ACGGCGTGGGTGTT-GTTGTGAGTGTCTCGCCTCACTGGA-TAGTGATCTGCAAGTAGGTGGAAGGGTCGTA-AAAGTGAA-ATAGAAGATAGAGAGGAAGAGGAGGTGGGAGAGAATATTTTCAAATTATGTCTATT---ATTGCTAATAGACTACATTGGACGAGTGGATGATTGTTAAGA
gi|10 : aacACAGACTTG-TAATAGGACGC--GTCTTTGGTTTGGTTTGG----ATAT--C-AGCCTGTTT-CA----CTTCA---AATCGT-GGT-AG-----C-ATC-ACGAAT-TTT--CGCCACTG--GAA--GTT-TTC-AG--T-AT----------------TTCATTA-------CATTTCC-TGAC-A-GTGTGTGTCGT-ATGTATTG-A--AC-----------TA-T-TT--AAT--agagagaaggttgaggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttataacccataatgcaaattaattgtttgatgtgaataacaaaaatcttcagacaagacatttaagatgatcttatttaagattataactgagaccttctatgatgggggttgacgaggggtactgcctaagatgcgatcaagaatagtcctaagatgtagtcactaagaatcctcgtaagatatgatcttaggggtatatcttaatagtag
gi|13 : T--AAT--AT----------ATA---AG-AT-CCCC-----TAATA-C--AGTAT---------AGTTGC--------TATTGAT-GGAA-CATACA--TCAG-AATAAACAAAA-ATC-TA--TAGATGGACAT-----------TAGGA-AAAA-GTTTCTTGCCATTAAT-----GTGCAA-GCTG---TTTTTG--ATTC---
gi|15 : AGAT-GGAA-CCCACA--TCAG-AATAAAAAACC-CTC-TA--CAGATGAACACTTGTATGTCAATAAGACAAAA-TTT-CATTACATTAA---------------------TTTTG--ATTCACAACA-----GCTG-AAG---TTT
gi|17 : -GACTCGC-TCACT--A-TAG--A----CAA-TAGG-GAGAAGGTTGTA-AAAGTGAATACAG-----AGAGAGAAAGAG----------AAAAAATATTCAAAT-AT-TATATTATTATTGCTAAAAGACT
gi|18 : ATT-GAGCA-AG-T-GCGACGG----GGTGTTTGTTGTGAA-GACTCGC-TCGAT--ACTAG-GA-----AA-T-GG-GATAGGGT
gi|19 : TAGAT-GGAA-CACACA--TCGG-AATAAAAAAAA-ATA-TA--CAGATGAACAT-----------TAGGA-TAAat
gi|2 : ACGGACTTG-TCTTAGGACGC--GTCTTTTGTTTGGTTTGGTTG-ATAT--C-AGCCTGTTT-CA----CTTCA---AATGGT---T-AG-----C-ATC-ACGATT-TTT--CGCCACTG--GAA--GTT-TTC-GGC-T-GTTTTTTTTG--GTGATGATCATAA-------CATTTTT-CGAC-AAGTGTGTGTCTTTGTG-ATTGAA--AC-----------CA-TACT--AAT--AT----------ATA----G-AT---CC-----TCATA-C--AGTAT--------TAAGTGC-------ATATAGAT-GGAA-CACA-A--TCAG-AATAAAAAAAA-CTC-C---CACATGGAAAT-----------CAGGA-AAAAATTTCCATCCAATTAAT-----GTGCAA-GCTG---TTTT-G--ATTC---ACA-----GCTGAAAG---TTTT-------TGACATGGGC-AGATT-AGA-----GGG--GGTG--GG---------GGG---G-----GGGG--G---------GAT--AATG-GG--AT----------AAGT-----AGTGCG--AATGAG-GTTT-ATAA-AATG-AGCGC-TTTTCTC-GCTAGTGG-CGTTGTTG--T---GGATTTTTGA--C-ATGAGCAA-GGA---GC-TTG---G-AC--ATT-T----------GT-----AT-ACCAT------GCCG-GCATTGTATT---T-TTGACA--TTGTTTTTA-AATTT-AC--------AT--AA-CCCGTTCCT-TATAGAGA--GAGTGA-AAGAGTTGGTGTCAACAA-G-GACCA-AGGTGGC-ACGGA---GGTGTTTGTTG-GAA-GACTCAC-TCACT--A-TAG-GA----CAA-T-GG-GAGAGGATCGTACAAAGTGAATACAGA-GATAGAG----AGAG----------AGAAT-TATTCAAAT-AT-TCTATTG----TGCTAAAAGACT---TTGAAC------ATGATT-TTAAGA
gi|20 : ---ATAC--C-AGTCTGTTT-TA----CTTTA---AATCAT-GGT-AG-----C-ATT-ACGATT-TTT--nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattaa
gi|21 : ACGGACTAG-TCTTAAGACGC--GTCTTTGGTATGGTTTGG
gi|3 : ccaACGGACTTGGTCTTAGTACGCATGTCTTTTGGTTGATATGAC---TCATTCC-AGCCTGTCT-TATCAACTTCATTAAATCGTAGGTGAG-----CCATC-ATGATTGTTT--CGCCACTT--GCGAAGTTACTC-GACGT-GTT-TTTT-GCTATGATGTTCATTAATTATCACATTTCTACGAC-A-GTGTGTGTACG-ATATATTGAA---------------CA-TAT---GAT--AT----------ATA---AATAT-TCCC-----TAATAAC--AGCCA--------TAATTCT-------A---AGATAGGAATCACACA--TCAGCAATAAAAA-AT-ATCATAATCAGAT--------------------GC-AAA-----------CATTAGT-----GAGAAA-AATG---TTCATGCCATTA---ATG-----AC-AAAAGCTGTTCT-------TGAC-TTGAC-ACA----------------------------------GT---G-----------A---------AAT--AATG-GG--CG----------ATG------AGTCCGTTAA-GAGCGTTTTATAAGAATATAGCGCCTTTTCTCTGCTAG--G-TGTCGTGT--T---GGA-TTTTGAACCAATCAGCAA-GGA---GTATTG---GTAC--ATT-TGTTCAAAGTGGT-----ATAA-CAT------GTCGTGCA-TGTATTACCT-TGGACAATTTG-TATGA-AATTTAAC------AAAT--AA-CCCGTCTCT-T---GAGACCAGATATGAAGAG
gi|4 : TTG-TCTTAGGACGC--GTCTTTGGTTTGG---------ATAT--CCAGCCTGTTTTCA----CTTCA---A-TCAT-GGT-A------C-ATT-ACGATT-TTTTCCGC-ACCG--GGG--GTT-TCG-GGC-TTGTTCTT------GTGATGTTCATTA-------CATT-CT-CAAC-A-GTGCGTGTCTT-GTGTATTGAA--CG-----------TA-TATTTGAGTGCATTA--------ATT---AG-ATGTTACAGGTGTAATA-CCAAGAATCCCTAATGTAGGTGCTATAGCAATGTAGAT-GAAA-CCCACA--TCAG-AATAAAAAAAACAT--TA--CAGATTG------------------------------CATTTCA--AATAGACAGTGCAA-ACTATTTTTTTTT--ATTC---ACA-----GCTGAAGT---TTTT-------TGG-ATGTGC----TC-CAA-----GGC--AGTG--TG---------TTT---GAAACCCCAT--A---------AAT--GATG-GA--AG----------TAG------AGTACGA-AATGAG-G-TT-AT-A-AATG-GACAC-TTTTCTCGGCTAGTG---GTCGTT--------CA-TTT-------ATAAAAAA-AAAAATGT-TT-------CTGATG-T----------GT-----AT-A-C-T------GT-A-GCA-TGTATT---T-TTGACA--TTGTTTTTA-AAa
gi|5 : actGGACTTG-TCTTAGGACGC--GTCTTTGGTTTGG---------ATAT--C-AGCCTGTTT-CA----CTTCA---AATCAT-GGT-AG-----C-ATT-ACGATT-TTT--CGCCACGG--GGG--GTT-TTCGGGC-T-GTTC--TT-G--GTGATGTTCATTA-------CATTTCT-CAAC-A-GTGCGTGTCTT-GTGTATTGAACGATATATTTGAGTGCATTATT--AGT--GTTACAGGTGTAATACCAAG-AA-TCCC-----TAATG-----------------TAGGTGCTATACA-ATGTAGAT-GGAA-CCCACA--TCAG-AATAAAAAAAATATT-T-----------CAA-----------TAGG--------------------AAT-----GTGCAA-ACTG---TTTTTT--ATTC---ACA-----GCTG-AAG---TTTT-------TG--ATGTGC----CT-CCA-----AGG--AGTG--TG---------TTT---GAAACCCCAT--A---------AAT--GATG-GA--AT----------AAG------AGTCCG--AATGAG-GTTT-AT-A-AATG-GACAC-TTTTCTC-GCTAGTG------GTTG--T---TTA-TTATAAA-----AAAAAATGGT---GC-TT-------CTGATG-T----------GT-----AT-A-CAT------GTCA-GCA-TGTA-T---T-TTGACA--TTGTTTT---AATT
gi|6 : CACA--TCAG-AATAAAAACCC-ATC-TA--CAAAAGAACAT-----------TAGGA-AAAT-TGTTCATTCTATTAAT-----GTGCAA-GCTG---TTTTTA--ATTC---ACG-----GATCAA-G---ATTT-------TGACATGGTC-AGATT-AGAAAGGGGGG--GGGG--GGCAATTTTAATGT---G-----TTCG--A---------AAT--CACACGA--ATTATGAAAAAAAAG------AGTTCG--AATAAG-GCTT-ATAA-A-TT-AATGC-TTTTCCC-GCTAGTGGTCGTGGTT---T---GG--TTTTTAACC-ATGAAAAA-GGA---AT-T-G---G-AC--ATT-T----------GTTTCAAAT-A-TATAAACAGGTCT-GCATTG-ATG---TATTGACA--TTGTTTTGGCAATTT-ACATCAATGAATGAAA-CCCATTC-T-TA-AGAAA--G-AT-T-GAGAGTTG--GTCAACAATA-GACCA-AG-T-GC-ATGG----GGTGTTTGTTGTGAG-GACTCAA-TCACT--A-TA--GA----CAA-TGGG-GAGAGGGT
gi|7 : TAAT-----GTGCAA-GCTG---TTTTTA--ATTC---ACG-----GATG-AAG---TTTT-------AGACATGGAC-AGATTGGGA-----GGG--GGGG--GGGCAA-----TGT---G-----TTTT--AAATTCCATGAAT--TATG-AA--AA----------AAGT------GTTTG--AATAAG-GCTC-GT-A-AATG-AATGC-TTTTCTC-GCTAGTGG-C--CGTAGGCT---GAA-TTTT-AACC-ATGAGAAA-TGA---Gattcaa
gi|8 : T-------TGACATGGAC-AGATT-AGA-----GGG--G--G--GA---------TGT---G-----TTCG--A---------AATCCTATG-AATTAT----------AA-TAAAAAAGTTTG--AATAAG-ATTT-AT-C-AATT-AATGC-TTTTCTC-GCTAGTGGTTGGTGTT---T---GAA-TTTTG-ACC-ATGAGAA---------T-TTGTTTC-AA--ATA-T----------GT-----AT-A-CAG------GTCG-GTA-TGCA-T---G-TTGACA--TTGTTTTGG-AAaaaggaattcgactttt
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TAACCCAAAATTAATGTTTGATTAAATAACAAAGATCTTAAGACGACATTTAAGACATCTTAATTTAAGATATCACTGAGATCCTTTTATTTTACATCCTAAGATACATCTTAAGATAATCTTCGTAAGATATATCTTAAGGTACGATATCTTAATA
Unaligned ( gi|11 ): GGCACATAATGCAAATTTAATTTTGATTCGAATAACAAAAATCTTAACAGACAACAATTTAAGAGTCTTAATTAAGATTAACTGATAGACCCTTTTATTTTACATCCTAAGATGCATCATTAGCATGTTCTAAA
Unaligned ( gi|12 ): ACCAATAACGCAAATTTAATGTTGATTTGAATAACAAAAATCTTAGACAACATTTTAAGACATCTTAATTTAAGATTATAACTGAGGAGCCCTTTTATTTTACATCCTAAGTGATGCTTAAGATAGTCC
Unaligned ( gi|14 ): TCTTAAGACAACATTTAAGATATCTTAATTCAAGATATCACTGAGACCCGTTTATGACCGTTTATTTTACATCCTAAGACGCATCCTTAAGATAGTCCTAAGATATGTC
Unaligned ( gi|16 ): ACCAAATAACCCACATTTAATGTTTTGATTGTAAACAAAAAATCTTAAGACAACATTTAGACATCTTAATTGAAGATATCACTGAGACCTTTATTTTACATCCTA
Alignments
lowQualScore : 222222222 1111 111 11111 333333333 2222222 55555555555555555555555555555555555555555 111 11111 333333333333333333 44444444 7777777777777777777777777777777777777 11111 11111 1111111 111111111 77777777777777777777777777777777777777777 44444444444444444444444 11 111 1 111 2222222 1111111 333333333333333333333333333333333 11111 1 111111 1 11111 1 33333333 11 1 1111 1111 111 11 111 1 111 1 3333 11 1111 1 1 22 5555555555 1 1 3333 222 222222 1
lowQualScore : 5 77 888888888 77 5 5 2222 000 5 5 44444 5 5 5 77 99 1 99 6 6 6 6 000000000 3 1111111 6 6 6 0 6 1 3 22222222222222222222222222222222222222222 111 6 88 66666 555555555555555555 88888888 5 5 66 4 8 44 888 1111111111111111111111111111111111111 3 11111 4 777 66 777 22222 9 5 888 6666666 88 333333333 66 3 77777777777777777777777777777777777777777 777 5 11111111111111111111111 2 11 3 5 0 5 999 5 5 0 222 0 1111111 0 5 4444444 5 999999999999999999999999999999999 44444 5 1 666666 5 9 0 5 33333 77 888 0 66666666 33 0 2 3333 4444 888 3 88 444 0 0 666 0 1111 3 3 8 8 11 8 8 7777 8 3 8 3 7 00 999 8888888888 7 3 3 7777 111 888888 5
lowQualScore : . .. ......... .. . . .... ... . . ..... . . . .. .. . .. . . . . ......... . ....... . . . . . . . ......................................... ... . .. ..... .................. ........ . . .. . . .. ... ..................................... . ..... . ... .. ... ..... . . ... ....... .. ......... .. . ......................................... ... . ....................... . .. . . . . ... . . . ... . ....... . . ....... . ................................. ..... . . ...... . . . . ..... .. ... . ........ .. . . .... .... ... . .. ... . . ... . .... . . . . .. . . .... . . . . . .. ... .......... . . . .... ... ...... .
lowQualScore : 7 99 555555555 99 7 7 1111 000 7 7 33333 7 7 7 99 22 0 22 7 7 7 7 333333333 5 7777777 7 7 7 7 7 7 2 88888888888888888888888888888888888888888 777 7 33 77777 000000000000000000 22222222 0 0 11 4 9 66 000 2222222222222222222222222222222222222 4 11111 4 888 11 888 55555 4 1 888 2222222 22 666666666 99 0 66666666666666666666666666666666666666666 999 0 99999999999999999999999 2 99 2 0 9 0 444 0 0 0 888 2 5555555 2 0 8888888 0 999999999999999999999999999999999 33333 7 4 444444 7 0 1 0 66666 99 777 0 00000000 88 0 5 5555 2222 222 2 33 555 2 0 000 0 2222 2 2 0 0 00 0 0 0000 0 6 0 3 3 77 333 3333333333 3 3 3 7777 000 555555 0
consensus : ACGGACTTG-TCTTAGGACGC--GTCTTTGGTTTGGTTTGGT---ATAT--C-AGCCTGTTT-CA----CTTCA---AATCGT-GGT-AG-----C-ATC-ACGATT-TTT--CGCCACTG--GNG--GTT-TTC-GGC-T-GTTCTTTT-G--GTGATGTTCATTA-------CATTTCT-CGAC-A-GTGCGTGTCTT-GTGTATTGAA--AC-----------CA-TATT--AAT--AT----------ATA---AG-AT-TCCC-----TAATA-C--AGTAT--------TAGGTGC-------ATATAGAT-GGAA-CACACA--TCAG-AATAAAAAAAA-ATC-TA--CAGATGGACAT-----------TAGGA-AAAA-TTTCCATTCCATTAAT-----GTGCAA-GCTG---TTTTTG--ATTC---ACG-----GCTGAAAG---TTTT-------TGACATGGGC-AGATT-AGA-----GGG--GGTG--GG---------TGT---G-----NTNG--A---------AAT--NATG-GA--AT----------AAGT-----AGTCCG--AATGAG-GTTT-ATAA-AATG-AACGC-TTTTCTC-GCTAGTGG-CGTCGTTG--T---GGA-TTTTGAACC-ATGAGAAA-GGA---GT-TTG---G-AC--ATT-T----------GT-----AT-A-CAT------GTCG-GCATTGTATT---T-TTGACA--TTGTTTTGA-AATTT-AC------GAAT--AA-CCCGTTCCT-TATAGAGA--GGATNT-AAGAGTTG--GTCAACAATA-GACCA-AGGT-GC-ACGG----GGTGTTTGTTGTGAG-GACTCGC-TCACT--A-TAG-GA----CAA-TAGG-GAGAGGGTCGTA-AAAGTGAATACAGA-GATAGAGAGGAAGAG----------AGAATATATTCAAAT-AT-TCTATTG--ATTGCTAAAAGACTACATTGGACGAGTGGATGATTGTTAAGA
Reference ( family-570 ) : ACGGACTTG-TCTTAGGACGC--GTCTTTGGTTTGGTTTGGT---ATAT--C-AGCCTGTTT-CA----CTTCA---AATCGT-GGT-AG-----C-ATC-ACGATT-TTT--CGCCACTG--GNG--GTT-TTC-GGC-T-GTTCTTTT-G--GTGATGTTCATTA-------CATTTCT-CGAC-A-GTGCGTGTCTT-GTGTATTGAA--AC-----------CA-TATT--AAT--AT----------ATA---AG-AT-TCCC-----TAATA-C--AGTAT--------TAGGTGC-------ATATAGAT-GGAA-CACACA--TCAG-AATAAAAAAAA-ATC-TA--CAGATGGACAT-----------TAGGA-AAAA-TTTCCATTCCATTAAT-----GTGCAA-GCTG---TTTTTG--ATTC---ACG-----GCTGAAAG---TTTT-------TGACATGGGC-AGATT-AGA-----GGG--GGTG--GG---------TGT---G-----NTNG--A---------AAT--NATG-GA--AT----------AAGT-----AGTCCG--AATGAG-GTTT-ATAA-AATG-AACGC-TTTTCTC-GCTAGTGG-CGTCGTTG--T---GGA-TTTTGAACC-ATGAGAAA-GGA---GT-TTG---G-AC--ATT-T----------GT-----AT-A-CAT------GTCG-GCATTGTATT---T-TTGACA--TTGTTTTGA-AATTT-AC------GAAT--AA-CCCGTTCCT-TATAGAGA--GGATNT-AAGAGTTG--GTCAACAATA-GACCA-AGGT-GC-ACGG----GGTGTTTGTTGTGAG-GACTCGC-TCACT--A-TAG-GA----CAA-TAGG-GAGAGGGTCGTA-AAAGTGAATACAGA-GATAGAGAGGAAGAG----------AGAATATATTCAAAT-AT-TCTATTG--ATTGCTAAAAGACTACATTGGACGAGTGGATGATTGTTAAGA
gi|1 : GACTTG-CTCTAAGACGC--GTCTTTGGTT-GGTTTGGTTGGATAT--C-A-CCTGTT---A----ATTCA---AATCGT-GGT-GGGGTACT-ATCTACGAAT-TTT--CGCCACTGACGTG--GTG-TTC-AGC-T-GGTTGTTT-G--GTAATGATCAT-A-------CATTTTT-CGACCA-GTTTGTGTCTT-ATGC--T--A--AC-----------CA--AT---AAT--AT----------ATA---AG-AT-TCCC-----TAATA-C--AGTAT---------AGGTGC--------TATAGAT-GGAA-CACACACATCAA-GATATAAAAAA-ATC-TA--CAGATG------------------------AA-TTTC-ATGCCAATAAT-----GTCCAAAGCTG---TTTTTG--ATTC---ACGAGAGGGGTGAA-G---TTGTGGGGATGTGACATGGGCCAGATT-AAA-----GGGAGGGTGTTGG---------TGGAGGG-----ATTGGGA---------AAT--AATG-GG--AT----------AAG------AG-CCG--AA-AAC-GTTT-A--G-AATG-AGCGT-TTTTC-C-GCTAGCTG-CGTCGTTG--TTTTGGA-TTT-GACCC-ATGAGCAA-GGACA-GT-TAA---G-AC--ATTGT----------GT-----AT-AACAT------GTCG-GCATGTTATT---G-TGGACA--TTGTTTTGA-AAATT-GT------GGAT--AAATCTGTTCCTGTATAGAGA--GGATTT-A----TTG--GTCAACAATATGATCACAAGT-GC-ACGGCGTGGGTGTT-GTTGTGAGTGTCTCGCCTCACTGGA-TAGTGATCTGCAAGTAGGTGGAAGGGTCGTA-AAAGTGAA-ATAGAAGATAGAGAGGAAGAGGAGGTGGGAGAGAATATTTTCAAATTATGTCTATT---ATTGCTAATAGACTACATTGGACGAGTGGATGATTGTTAAGA
gi|10 : aacACAGACTTG-TAATAGGACGC--GTCTTTGGTTTGGTTTGG----ATAT--C-AGCCTGTTT-CA----CTTCA---AATCGT-GGT-AG-----C-ATC-ACGAAT-TTT--CGCCACTG--GAA--GTT-TTC-AG--T-AT----------------TTCATTA-------CATTTCC-TGAC-A-GTGTGTGTCGT-ATGTATTG-A--AC-----------TA-T-TT--AAT--agagagaaggttgaggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttataacccataatgcaaattaattgtttgatgtgaataacaaaaatcttcagacaagacatttaagatgatcttatttaagattataactgagaccttctatgatgggggttgacgaggggtactgcctaagatgcgatcaagaatagtcctaagatgtagtcactaagaatcctcgtaagatatgatcttaggggtatatcttaatagtag
gi|13 : T--AAT--AT----------ATA---AG-AT-CCCC-----TAATA-C--AGTAT---------AGTTGC--------TATTGAT-GGAA-CATACA--TCAG-AATAAACAAAA-ATC-TA--TAGATGGACAT-----------TAGGA-AAAA-GTTTCTTGCCATTAAT-----GTGCAA-GCTG---TTTTTG--ATTC---
gi|15 : AGAT-GGAA-CCCACA--TCAG-AATAAAAAACC-CTC-TA--CAGATGAACACTTGTATGTCAATAAGACAAAA-TTT-CATTACATTAA---------------------TTTTG--ATTCACAACA-----GCTG-AAG---TTT
gi|17 : -GACTCGC-TCACT--A-TAG--A----CAA-TAGG-GAGAAGGTTGTA-AAAGTGAATACAG-----AGAGAGAAAGAG----------AAAAAATATTCAAAT-AT-TATATTATTATTGCTAAAAGACT
gi|18 : ATT-GAGCA-AG-T-GCGACGG----GGTGTTTGTTGTGAA-GACTCGC-TCGAT--ACTAG-GA-----AA-T-GG-GATAGGGT
gi|19 : TAGAT-GGAA-CACACA--TCGG-AATAAAAAAAA-ATA-TA--CAGATGAACAT-----------TAGGA-TAAat
gi|2 : ACGGACTTG-TCTTAGGACGC--GTCTTTTGTTTGGTTTGGTTG-ATAT--C-AGCCTGTTT-CA----CTTCA---AATGGT---T-AG-----C-ATC-ACGATT-TTT--CGCCACTG--GAA--GTT-TTC-GGC-T-GTTTTTTTTG--GTGATGATCATAA-------CATTTTT-CGAC-AAGTGTGTGTCTTTGTG-ATTGAA--AC-----------CA-TACT--AAT--AT----------ATA----G-AT---CC-----TCATA-C--AGTAT--------TAAGTGC-------ATATAGAT-GGAA-CACA-A--TCAG-AATAAAAAAAA-CTC-C---CACATGGAAAT-----------CAGGA-AAAAATTTCCATCCAATTAAT-----GTGCAA-GCTG---TTTT-G--ATTC---ACA-----GCTGAAAG---TTTT-------TGACATGGGC-AGATT-AGA-----GGG--GGTG--GG---------GGG---G-----GGGG--G---------GAT--AATG-GG--AT----------AAGT-----AGTGCG--AATGAG-GTTT-ATAA-AATG-AGCGC-TTTTCTC-GCTAGTGG-CGTTGTTG--T---GGATTTTTGA--C-ATGAGCAA-GGA---GC-TTG---G-AC--ATT-T----------GT-----AT-ACCAT------GCCG-GCATTGTATT---T-TTGACA--TTGTTTTTA-AATTT-AC--------AT--AA-CCCGTTCCT-TATAGAGA--GAGTGA-AAGAGTTGGTGTCAACAA-G-GACCA-AGGTGGC-ACGGA---GGTGTTTGTTG-GAA-GACTCAC-TCACT--A-TAG-GA----CAA-T-GG-GAGAGGATCGTACAAAGTGAATACAGA-GATAGAG----AGAG----------AGAAT-TATTCAAAT-AT-TCTATTG----TGCTAAAAGACT---TTGAAC------ATGATT-TTAAGA
gi|20 : ---ATAC--C-AGTCTGTTT-TA----CTTTA---AATCAT-GGT-AG-----C-ATT-ACGATT-TTT--nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattaa
gi|21 : ACGGACTAG-TCTTAAGACGC--GTCTTTGGTATGGTTTGG
gi|3 : ccaACGGACTTGGTCTTAGTACGCATGTCTTTTGGTTGATATGAC---TCATTCC-AGCCTGTCT-TATCAACTTCATTAAATCGTAGGTGAG-----CCATC-ATGATTGTTT--CGCCACTT--GCGAAGTTACTC-GACGT-GTT-TTTT-GCTATGATGTTCATTAATTATCACATTTCTACGAC-A-GTGTGTGTACG-ATATATTGAA---------------CA-TAT---GAT--AT----------ATA---AATAT-TCCC-----TAATAAC--AGCCA--------TAATTCT-------A---AGATAGGAATCACACA--TCAGCAATAAAAA-AT-ATCATAATCAGAT--------------------GC-AAA-----------CATTAGT-----GAGAAA-AATG---TTCATGCCATTA---ATG-----AC-AAAAGCTGTTCT-------TGAC-TTGAC-ACA----------------------------------GT---G-----------A---------AAT--AATG-GG--CG----------ATG------AGTCCGTTAA-GAGCGTTTTATAAGAATATAGCGCCTTTTCTCTGCTAG--G-TGTCGTGT--T---GGA-TTTTGAACCAATCAGCAA-GGA---GTATTG---GTAC--ATT-TGTTCAAAGTGGT-----ATAA-CAT------GTCGTGCA-TGTATTACCT-TGGACAATTTG-TATGA-AATTTAAC------AAAT--AA-CCCGTCTCT-T---GAGACCAGATATGAAGAG
gi|4 : TTG-TCTTAGGACGC--GTCTTTGGTTTGG---------ATAT--CCAGCCTGTTTTCA----CTTCA---A-TCAT-GGT-A------C-ATT-ACGATT-TTTTCCGC-ACCG--GGG--GTT-TCG-GGC-TTGTTCTT------GTGATGTTCATTA-------CATT-CT-CAAC-A-GTGCGTGTCTT-GTGTATTGAA--CG-----------TA-TATTTGAGTGCATTA--------ATT---AG-ATGTTACAGGTGTAATA-CCAAGAATCCCTAATGTAGGTGCTATAGCAATGTAGAT-GAAA-CCCACA--TCAG-AATAAAAAAAACAT--TA--CAGATTG------------------------------CATTTCA--AATAGACAGTGCAA-ACTATTTTTTTTT--ATTC---ACA-----GCTGAAGT---TTTT-------TGG-ATGTGC----TC-CAA-----GGC--AGTG--TG---------TTT---GAAACCCCAT--A---------AAT--GATG-GA--AG----------TAG------AGTACGA-AATGAG-G-TT-AT-A-AATG-GACAC-TTTTCTCGGCTAGTG---GTCGTT--------CA-TTT-------ATAAAAAA-AAAAATGT-TT-------CTGATG-T----------GT-----AT-A-C-T------GT-A-GCA-TGTATT---T-TTGACA--TTGTTTTTA-AAa
gi|5 : actGGACTTG-TCTTAGGACGC--GTCTTTGGTTTGG---------ATAT--C-AGCCTGTTT-CA----CTTCA---AATCAT-GGT-AG-----C-ATT-ACGATT-TTT--CGCCACGG--GGG--GTT-TTCGGGC-T-GTTC--TT-G--GTGATGTTCATTA-------CATTTCT-CAAC-A-GTGCGTGTCTT-GTGTATTGAACGATATATTTGAGTGCATTATT--AGT--GTTACAGGTGTAATACCAAG-AA-TCCC-----TAATG-----------------TAGGTGCTATACA-ATGTAGAT-GGAA-CCCACA--TCAG-AATAAAAAAAATATT-T-----------CAA-----------TAGG--------------------AAT-----GTGCAA-ACTG---TTTTTT--ATTC---ACA-----GCTG-AAG---TTTT-------TG--ATGTGC----CT-CCA-----AGG--AGTG--TG---------TTT---GAAACCCCAT--A---------AAT--GATG-GA--AT----------AAG------AGTCCG--AATGAG-GTTT-AT-A-AATG-GACAC-TTTTCTC-GCTAGTG------GTTG--T---TTA-TTATAAA-----AAAAAATGGT---GC-TT-------CTGATG-T----------GT-----AT-A-CAT------GTCA-GCA-TGTA-T---T-TTGACA--TTGTTTT---AATT
gi|6 : CACA--TCAG-AATAAAAACCC-ATC-TA--CAAAAGAACAT-----------TAGGA-AAAT-TGTTCATTCTATTAAT-----GTGCAA-GCTG---TTTTTA--ATTC---ACG-----GATCAA-G---ATTT-------TGACATGGTC-AGATT-AGAAAGGGGGG--GGGG--GGCAATTTTAATGT---G-----TTCG--A---------AAT--CACACGA--ATTATGAAAAAAAAG------AGTTCG--AATAAG-GCTT-ATAA-A-TT-AATGC-TTTTCCC-GCTAGTGGTCGTGGTT---T---GG--TTTTTAACC-ATGAAAAA-GGA---AT-T-G---G-AC--ATT-T----------GTTTCAAAT-A-TATAAACAGGTCT-GCATTG-ATG---TATTGACA--TTGTTTTGGCAATTT-ACATCAATGAATGAAA-CCCATTC-T-TA-AGAAA--G-AT-T-GAGAGTTG--GTCAACAATA-GACCA-AG-T-GC-ATGG----GGTGTTTGTTGTGAG-GACTCAA-TCACT--A-TA--GA----CAA-TGGG-GAGAGGGT
gi|7 : TAAT-----GTGCAA-GCTG---TTTTTA--ATTC---ACG-----GATG-AAG---TTTT-------AGACATGGAC-AGATTGGGA-----GGG--GGGG--GGGCAA-----TGT---G-----TTTT--AAATTCCATGAAT--TATG-AA--AA----------AAGT------GTTTG--AATAAG-GCTC-GT-A-AATG-AATGC-TTTTCTC-GCTAGTGG-C--CGTAGGCT---GAA-TTTT-AACC-ATGAGAAA-TGA---Gattcaa
gi|8 : T-------TGACATGGAC-AGATT-AGA-----GGG--G--G--GA---------TGT---G-----TTCG--A---------AATCCTATG-AATTAT----------AA-TAAAAAAGTTTG--AATAAG-ATTT-AT-C-AATT-AATGC-TTTTCTC-GCTAGTGGTTGGTGTT---T---GAA-TTTTG-ACC-ATGAGAA---------T-TTGTTTC-AA--ATA-T----------GT-----AT-A-CAG------GTCG-GTA-TGCA-T---G-TTGACA--TTGTTTTGG-AAaaaggaattcgactttt
blockSeqs : G AT TTTGGTTG TC C T TCAA TTA A G . C . G TC . A AA A G G T TTTTTTG T ATTATCA A . A T T A CGATATATTTGAGTGCATTATTAGTGTTACAGGTGTA CCA T GT AGGTG CCAAGAATCCCTAATGT TATAGCAA A T . C C CA AAT GAACACTTGTATGTCAATAAGACAAAATTTCATTA T AGACA . TTT CC ACA . A A CTG . A AGAAAGGG . T GGGCAATGTGTTTTAAATTCCATG CCT C ATTATGAAAAAAAAG G TT T C T AAG T C T GTC GGCT T TGAACCA T GTATTGGTACATTTGTTCAAAGTG TTCAA A C AAACAG T T T ACCT AT GGC A ATCAATGA GA . C TAT CCAG ATG A GT TT . GTG G A T T . . . C . . . A . C T A AGA . A . . ATTA . . .
blockSeqs : . . TATGAC . . . . . . . . . . . . . A . . . . . TTTTGCT A . . . . . T A CGTATATTTGAGTGCATTA . . C . ACAGCCAT TATACAA . . . . T C A GGAAATCAGGAAAAAATTTCCATCC T . . . . . . A A . . A GGGA . T GGCAATTTTAATGTGTTCGA A . TTATAATAAAAA C A T . . AA . . G GTT GT . TTAACC . AATGTTTCTGATGT . . . . . T T TA . TA . AA . . C TA GA GA A . TA . T . . T T . . . . . . . G . . T . . . . . . G
blockSeqs : . . TTTGG . . . . . . . . . . . . . C . . . . . CTTG T . . . . . T A ACCATACTAATAT . . T . CAGTATT A . . . . . C A GGACATTAGGAAAAAGTTTCTTGC T . . . . . . A A . . A AGA . T TGTTTGAAACCCCATA A . ATAAGT A . T . . AA . . . GC TT . TAACC . TTTGTTTCAAATAT . . . . . . T T . GA . . . . . T G T A G . T . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . CTT T . . . . . T A CATATGATAT . . T . CAGTAT A . . . . . A A GAACATTAGGAAAATTGTTCATTC T . . . . . . A G . . A CAA . G TGTTTGAAACCCCATA G . AAAAGT C . T . . A . . . GT GT . TGACC . GCTTGGACATTT . . . . . . T T . TA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . T . . . . . . . . . . . T . . . . . . C A TGCATTT T . . . . . . . A . . A CCA . G GGGGGGGGGGG G . CGATG T . T . . A . . . GC T . TGAC . GCTTCTGATGT . . . . . . . T . GG
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T A CAATAGG . . . . . . . . A . . . AGA . . GATGTGTTCGA C . AGTAG T . T . . A . . . . T . TAAA . ATTGGACATTT . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . C . GCAAA . . . . . . . . . . . . . . . GTGA T . ATAAG T . . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqCons : TTGG***** ***** ** TTTTG**** CGTATACTGAGTCAT************************** A******* ** GGACATTAGGAAAATTCATTC**************** ***** ******* A* ** TGTTTGAAACGTA**************************** T****** TGTTTGGACTGATNT****************** ** ****
originalCons : ACGGACTTG-TCTTAGGACGC--GTCTTTGGTTTGGTTTGGT---ATAT--C-AGCCTGTTT-CA----CTTCA---AATCGT-GGT-AG-----C-ATC-ACGATT-TTT--CGCCACTG--GNG--GTT-TTC-GGC-T-GTTCTTTT-G--GTGATGTTCATTA-------CATTTCT-CGAC-A-GTGCGTGTCTT-GTGTATTGAA--AC-----------CA-TATT--AAT--AT----------ATA---AG-AT-TCCC-----TAATA-C--AGTAT--------TAGGTGC-------ATATAGAT-GGAA-CACACA--TCAG-AATAAAAAAAA-ATC-TA--CAGATGGACAT-----------TAGGA-AAAA-TTTCCATTCCATTAAT-----GTGCAA-GCTG---TTTTTG--ATTC---ACG-----GCTGAAAG---TTTT-------TGACATGGGC-AGATT-AGA-----GGG--GGTG--GG---------TGT---G-----NTNG--A---------AAT--NATG-GA--AT----------AAGT-----AGTCCG--AATGAG-GTTT-ATAA-AATG-AACGC-TTTTCTC-GCTAGTGG-CGTCGTTG--T---GGA-TTTTGAACC-ATGAGAAA-GGA---GT-TTG---G-AC--ATT-T----------GT-----AT-A-CAT------GTCG-GCATTGTATT---T-TTGACA--TTGTTTTGA-AATTT-AC------GAAT--AA-CCCGTTCCT-TATAGAGA--GGATNT-AAGAGTTG--GTCAACAATA-GACCA-AGGT-GC-ACGG----GGTGTTTGTTGTGAG-GACTCGC-TCACT--A-TAG-GA----CAA-TAGG-GAGAGGGTCGTA-AAAGTGAATACAGA-GATAGAGAGGAAGAG----------AGAATATATTCAAAT-AT-TCTATTG--ATTGCTAAAAGACTACATTGGACGAGTGGATGATTGTTAAGA
finalCons : ACGGACTTG-TCTTAGGACGC--GTCTTTGGTTTGGTTGG-----ATAT--C-AGCCTGTTT-CA----CTTCA---AATCGT-GGT-AG-----C-ATC-ACGATT-TTT--CGCCACTG--GNG--GTT-TTC-GGC-T-GTTTTTTG----GTGATGTTCATTA-------CATTTCT-CGAC-A-GTGCGTGTCTT-GTGTATTGAACGTATACTGAGTCAT--------------------------ATA---AG-AT-TCCC-----TAATA-C--AGTAT--------TAGGTGCA-------TATAGAT-GGAA-CACACA--TCAG-AATAAAAAAAA-ATC-TA--CAGATGGACATTAGGAAAATTCATTC----------------CATTAAT-----GTGCAA-GCTG---TTTTTG--ATTC---ACG-----GCTGAAAG---TTTT-------TGACATGGGCA-GATT-AGA-----GGG--GGTGTGTTTGAAACGTA----------------------------AAT--NATG-GA--AT----------AAGT-----AGTCCG--AATGAG-GTTT-ATAA-AATG-AACGC-TTTTCTC-GCTAGTGG-CGTCGTTT------GGA-TTTTGAACC-ATGAGAAA-GGATGTTTGGACTGATNT------------------GT-----AT-A-CAT------GTCG-GCATTGTATT---T-TTGACA--TTGTTTTGA-AATTT-AC------GAAT--AA-CCCGTTCCT-TATAGAGA--GGATNT-AAGAGTTG--GTCAACAATA-GACCA-AGGT-GC-ACGG----GGTGTTTGTTGTGAG-GACTCGC-TCACT--A-TAG-GA----CAA-TAGG-GAGAGGGTCGTA-AAAGTGAATACAGA-GATAGAGAGGAAGAG----------AGAATATATTCAAAT-AT-TCTATTG--ATTGCTAAAAGACTACATTGGACGAGTGGATGATTGTTAAGA
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TAACCCAAAATTAATGTTTGATTAAATAACAAAGATCTTAAGACGACATTTAAGACATCTTAATTTAAGATATCACTGAGATCCTTTTATTTTACATCCTAAGATACATCTTAAGATAATCTTCGTAAGATATATCTTAAGGTACGATATCTTAATA
Unaligned ( gi|11 ): GGCACATAATGCAAATTTAATTTTGATTCGAATAACAAAAATCTTAACAGACAACAATTTAAGAGTCTTAATTAAGATTAACTGATAGACCCTTTTATTTTACATCCTAAGATGCATCATTAGCATGTTCTAAA
Unaligned ( gi|12 ): ACCAATAACGCAAATTTAATGTTGATTTGAATAACAAAAATCTTAGACAACATTTTAAGACATCTTAATTTAAGATTATAACTGAGGAGCCCTTTTATTTTACATCCTAAGTGATGCTTAAGATAGTCC
Unaligned ( gi|14 ): TCTTAAGACAACATTTAAGATATCTTAATTCAAGATATCACTGAGACCCGTTTATGACCGTTTATTTTACATCCTAAGACGCATCCTTAAGATAGTCCTAAGATATGTC
Unaligned ( gi|16 ): ACCAAATAACCCACATTTAATGTTTTGATTGTAAACAAAAAATCTTAAGACAACATTTAGACATCTTAATTGAAGATATCACTGAGACCTTTATTTTACATCCTA
Alignments
lowQualScore : 11111 1111 22222 222222222 1111 111 11111 111111 2222222 11 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 7777777777777777777777777777777777 11111 111 11111 1 1111111 2222222222222 66666666666666666666666666666666666666 2 11 111 11 1111 66666666666666666666666666666666666666 1 11 11111 1 444444444444 1111 1111 111 11 111 1 111 1 2222 1 11 1111 1 1 22 5555555555 1 1 3333 222 222222 1
lowQualScore : 5 44444 2222 11111 222222222 5 5 2222 000 5 5 44444 5 5 5 77 99 1 99 6 6 6 6 3 6 999999 3 1111111 6 6 6 0 6 1 66 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 66 5 4 00 44 888 7777777777777777777777777777777777 0 66 3 11111 4 333 777 22222 5 888 6666666 55 6 1111111111111 44444444444444444444444444444444444444 1 88 66 4 2 66 88 5 00 000 3 5 5 5 5 88 2 0000 5 5 22 5 5 777777 1 55555555555555555555555555555555555555 1 5 5 33 0 5 33333 77 888 0 111111111111 2 3333 4444 888 3 88 444 0 0 666 0 1111 0 3 3 8 8 11 8 8 7777 8 3 8 3 7 00 999 8888888888 7 3 3 7777 111 888888 5
lowQualScore : . ..... .... ..... ......... . . .... ... . . ..... . . . .. .. . .. . . . . . . ...... . ....... . . . . . . .. ........................................................................... . .. . . .. .. ... .................................. . .. . ..... . ... ... ..... . ... ....... .. . ............. ...................................... . .. .. . . .. .. . .. ... . . . . . .. . .... . . .. . . ...... . ...................................... . . . .. . . ..... .. ... . ............ . .... .... ... . .. ... . . ... . .... . . . . . .. . . .... . . . . . .. ... .......... . . . .... ... ...... .
lowQualScore : 7 33333 1111 99999 999999999 7 7 1111 000 7 7 33333 7 7 7 99 22 0 22 7 7 7 7 2 7 888888 5 7777777 7 7 7 7 7 7 00 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 99 0 4 77 66 000 3333333333333333333333333333333333 2 22 4 11111 4 999 888 55555 5 888 2222222 22 2 1111111111111 99999999999999999999999999999999999999 0 55 99 9 2 99 22 0 11 222 2 0 0 0 0 44 2 6666 0 0 88 0 0 555555 4 00000000000000000000000000000000000000 4 7 7 44 1 0 66666 99 777 0 888888888888 5 5555 2222 222 2 33 555 2 0 000 0 2222 0 2 2 0 0 00 0 0 0000 0 6 0 3 3 77 333 3333333333 3 3 3 7777 000 555555 0
consensus : ACGGACTTG-TCTTAGGACGCGTCTTT-----GGTT----TGGTT-G-ATAT---------C-AGCCTGTTT-CA----CTTCA---AATCGT-GGT-AG-----C-ATC-ACGATT-TTT--CGCCACTG--GNG--GTT-TTC-GGC-T-GTTT-TTT--G--GTGATGTTCATTA-------CATTTCT-CGAC-A-GTGCGTGTCTT-GTGTATTGAACG-TATA-TT-GAGTGCA-T--ATAAG-AT-TCC----C-----TAATA-C--AGNAT--------TAGGTGC-------ATATAGAT-GGA--A-CACACATCAG-AATAAAAAAAA-ATC-TA--CAGATGGACAT-----------TAGGA-AAA----TT---CATTCCATTAAT-----GTGC-AAGCTGTTTTTG---ATTC---AC-----GGCTGAAAG---TT-------TTTGACATGGG-CAGATT-AGA---------GGGGG---------TGTGTT--CGAA---AT--C---GT-A--AATNATGGAAN-AA--G-AGTCCG--AA-TGAG-GTTT-ATAA-AATG-AACGC-TTTTCTC-G-CTAGTGG-CGTCG----T-T-TGGA-TTT-TGAACC-ATGAGAAAGGAT-GT-TTGG-AC---TG------A-TGT----------GTAT-A-CATGTCG-GCATTGTATT---T-TTGACA--TTGTTTTGA-AATTT-AC------GAATG-AACCCGTTCCT-TATAGAGA--GGATNT-AAGAGTTG--GTCAACAATA-GACCA-AGGT-GC-ACG----G-GGTGTTTGTTGTGAG-GACTCG-CTCACT--A-TAG-GA----CAA-TAGG-GAGAGGGTCGTA-AAAGTGAATACAG-AGATAGAGAGGAA----------GAGAGAATATATTCAAA-TAT-TCTATTG--ATTGCTAAAAGACTACATTGGACGAGTGGATGATTGTTAAGA
Reference ( family-570 ) : ACGGACTTG-TCTTAGGACGCGTCTTT-----GGTT----TGGTT-GGATAT---------C-AGCCTGTTT-CA----CTTCA---AATCGT-GGT-AG-----C-ATC-ACGATT-TTT--CGCCACTG--GNG--GTT-TTC-GGC-T-GTTT-TTT--G--GTGATGTTCATTA-------CATTTCT-CGAC-A-GTGCGTGTCTT-GTGTATTGAACG-TATA-CT-GAGT-CA-T--ATAAG-AT-TCC----C-----TAATA-C--AGTAT--------TAGGTGC-------ATATAGAT-GGA--A-CACACATCAG-AATAAAAAAAA-ATC-TA--CAGATGGACAT-----------TAGGA-AAA----TT---CATTCCATTAAT-----GTGC-AAGCTGTTTTTG---ATTC---AC-----GGCTGAAAG---TT-------TTTGACATGGG-CAGATT-AGA---------GGGGG---------TGTGTT--TGAA---A---C---GT-A--AATNATGGAAT-AA--GTAGTCCG--AA-TGAG-GTTT-ATAA-AATG-AACGC-TTTTCTC-G-CTAGTGG-CGTCG----T-T-TGGA-TTT-TGAACC-ATGAGAAAGGAT-GT-TTGG-AC---TG------A-TNT----------GTAT-A-CATGTCG-GCATTGTATT---T-TTGACA--TTGTTTTGA-AATTT-AC------GAAT--AACCCGTTCCT-TATAGAGA--GGATNT-AAGAGTTG--GTCAACAATA-GACCA-AGGT-GC-ACG----G-GGTGTTTGTTGTGAG-GACTCG-CTCACT--A-TAG-GA----CAA-TAGG-GAGAGGGTCGTA-AAAGTGAATACAG-AGATAGAGAGGAA----------GAGAGAATATATTCAAA-TAT-TCTATTG--ATTGCTAAAAGACTACATTGGACGAGTGGATGATTGTTAAGA
gi|1 : GACTTG-CTCTAAGACGCGTCTTT-----GGTTGGTTTGGTT-GGATAT---------C-A-CCTGTT---A----ATTCA---AATCGT-GGT-GGGGTACT-ATCTACGAAT-TTT--CGCCACTGACGTG--GTG-TTC-AGC-T-GGTTGTTT--G--GTAATGATCAT-A-------CATTTTT-CGACCA-GTTTGTGTCTT-ATGC--T-AACC-AATA-AT-------A-T--ATAAG-AT-TCC----C-----TAATA-C--AGTA---------TAGGTGC--------TATAGAT-GGAACA-CACACATCAA-GATATAAAAAA-ATC-TA--CAGATG----------------------AAT----TT---CATGCCAATAAT-----GTCCAAAGCTGTTTTTG---ATTC---ACGAGAGGGGTG-AAG---TTGTGGGGATGTGACATGGGCCAGATT-AAA---------GGGAG---------GGTGTTGGTGGAGGGA---TTG-GG-A--AATAATGGGAT-AA--G-AG-CCG--AA--AAC-GTT---TAG-AATG-AGCGT-TTTTC-C-G-CTAGCTG-CGTCGTTGTT-T-TGGA--TT-TGACCC-ATGAGCAAGGACAGT-TAAG-AC-----------ATTGT----------GTATAA-CATGTCG-GCATGTTATT---G-TGGACA--TTGTTTTGA-AAATT-GT------GGATA-AATCTGTTCCTGTATAGAGA--GGATTT-A----TTG--GTCAACAATATGATCACAAGT-GC-ACGGCGTG-GGTG-TTGTTGTGAGTGTCTCGCCTCACTGGA-TAGTGATCTGCAAGTAGGTGGAAGGGTCGTA-AAAGTGAA-ATAGAAGATAGAGAGGAAGAGGAGGTGGGAGAGAATATTTTCAAATTATGTCTATT---ATTGCTAATAGACTACATTGGACGAGTGGATGATTGTTAAGA
gi|10 : aacACAGACTTG-TAATAGGACGCGTCTTT-----GGTT----TGGTTTGGATAT---------C-AGCCTGTTT-CA----CTTCA---AATCGT-GGT-AG-----C-ATC-ACGAAT-TTT--CGCCACTG--GAA--GTT-TTC-AG--T-AT-----------------TTCATTA-------CATTTCC-TGAC-A-GTGTGTGTCGT-ATGTATTGAAC--TATagagagaaggttgaggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttataacccataatgcaaattaattgtttgatgtgaataacaaaaatcttcagacaagacatttaagatgatcttatttaagattataactgagaccttctatgatgggggttgacgaggggtactgcctaagatgcgatcaagaatagtcctaagatgtagtcactaagaatcctcgtaagatatgatcttaggggtatatcttaatagtag
gi|13 : A-T--ATAAG-AT-CCC----C-----TAATA-C--AGTAT---------AGTTGC--------TATTGAT-GGA--A-CATACATCAG-AATAAACAAAA-ATC-TA--TAGATGGACAT-----------TAGGA-AAAAGT-TT---CTTGCCATTAAT-----GTGC-AAGCTGTTTTTG---ATTC---ttaat
gi|15 : taatAGAT-GGA--A-CCCACATCAG-AATAAAAAACC-CTC-TA--CAGATGAACACTTGTATGTCAATAAGACAAAAT--TT---CATTACATTAA------------------TTTTG---ATTCACAAC-----AGCTG-AAG---TT-------T
gi|17 : -GACTCG-CTCACT--A-TAG--A----CAA-TAGG-GAGAAGGTTGTA-AAAGTGAATACAG-----AGAGAGAAA----------GAGAAAAAATATTCAAA-TAT-TATATTATTATTGCTAAAAGACT
gi|18 : ATT-GAGCA-AG-T-GCGACG----G-GGTGTTTGTTGTGAA-GACTCG-CTCGAT--ACTAG-GA-----AA-T-GG-GATAGGGT
gi|19 : TAGAT-GGA--A-CACACATCGG-AATAAAAAAAA-ATA-TA--CAGATGAACAT-----------TAGGA-TAA----at
gi|2 : ACGGACTTG-TCTTAGGACGCGTCTTTTGTTTGGTT----TGGTT-G-ATAT---------C-AGCCTGTTT-CA----CTTCA---AATGGT---T-AG-----C-ATC-ACGATT-TTT--CGCCACTG--GAA--GTT-TTC-GGC-T-GTTT-TTTTTG--GTGATGATCATAA-------CATTTTT-CGAC-AAGTGTGTGTCTTTGTG-ATTGAAAC-CATA-CT-AA---TA-T--ATA-G-AT---C----C-----TCATA-C--AGTAT--------TAAGTGC-------ATATAGAT-GGA--A-CACA-ATCAG-AATAAAAAAAA-CTC-C---CACATGGAAAT-----------CAGGA-AAAAATTTC---CATCCAATTAAT-----GTGC-AAGCTGTTTT-G---ATTC---AC-----AGCTGAAAG---TT-------TTTGACATGGG-CAGATT-AGA---------GGGGG---------TGGGG----GGG---G---G---GG-G--GATAATGGGAT-AA--GTAGTGCG--AA-TGAG-GTTT-ATAA-AATG-AGCGC-TTTTCTC-G-CTAGTGG-CGTTG----T-TGTGGATTTT-TGA--C-ATGAGCAAGGA--GC-TTGG-AC-----------A-TTT----------GTAT-ACCATGCCG-GCATTGTATT---T-TTGACA--TTGTTTTTA-AATTT-AC--------AT--AACCCGTTCCT-TATAGAGA--GAGTGA-AAGAGTTGGTGTCAACAA-G-GACCA-AGGTGGC-ACG----GAGGTGTTTGTTG-GAA-GACTCA-CTCACT--A-TAG-GA----CAA-T-GG-GAGAGGATCGTACAAAGTGAATACAG-AGATAGAG----A----------GAGAGAAT-TATTCAAA-TAT-TCTATTG----TGCTAAAAGACT---TTGAAC------ATGATT-TTAAGA
gi|20 : ATAC---------C-AGTCTGTTT-TA----CTTTA---AATCAT-GGT-AG-----C-ATT-ACGATT-TTT--nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattaa
gi|21 : ACGGACTAG-TCTTAAGACGCGTCTTT-----GGTA----TGGTT-
gi|3 : ccaACGGACTTGGTCTTAGTACGCATGTCT-------TT----TGGTT-G-ATATGACTCATTCC-AGCCTGTCT-TATCAACTTCATTAAATCGTAGGTGAG-----CCATC-ATGATTGTTT--CGCCACTT--GCGAAGTTACTC-GACGT-GTTT-TTT--GCTATGATGTTCATTAATTATCACATTTCTACGAC-A-GTGTGTGTACG-ATATATTGAACA-TAT-----GA---TA-T--ATAAATAT-TCC----C-----TAATAAC--AGCCA--------TAATTCT-------A---AGATAGGA--ATCACACATCAGCAATAAAAAATA--TCATAATCAGATG--CA-------------------AA--------------CATTAGT-----GAGA-AAAATGTTCATGCC-ATTA---AT-----GAC-AAAAGCTGTT-------CTTGAC--------------------------------------------T--TGAC---A---CA--GTGA--AATAATGGGCG-AT--G-AGTCCGTTAA--GAGCGTTTTATAAGAATATAGCGCCTTTTCTCTG-CTAG--G-TGTCG----TGT-TGGA-TTT-TGAACCAATCAGCAAGGA--GTATTGGTAC-----------A-TTTGTTCAAAGTGGTATAA-CATGTCGTGCA-TGTATTACCT-TGGACAATTTG-TATGA-AATTTAAC------AAAT--AACCCGTCTCT-T---GAGACCAGATATGAAGAGtgg
gi|4 : TTG-TCTTAGGACGCGTCTTT-----GGTT----TGG-----ATAT---------CCAGCCTGTTTTCA----CTTCA---A-TCAT-GGT-A------C-ATT-ACGATT-TTTTCCGC-ACCG--GGG--GTT-TCG-GGC-TTGTTC-TT------GTGATGTTCATTA-------CATT-CT-CAAC-A-GTGCGTGTCTT-GTGTATTGAACG-TATA-TTTGAGTGCA-TTAATTAG-ATGTTA----CAGGTGTAATA-CCAAGAATCCCTAATGTAGGTGCTATAGCAATGTAGAT-GAA--A-CCCACATCAG-AATAAAAAAAACAT--TA--CAGATTG---------------------------------CATTTCA--AATAGACAGTGC-AAACTATTTTTTTTTATTC---AC-----AGCTGAAGT---TT-------TTTGG-ATGTG-C---TC-CAA---------GGCAG---------TGTGTT--TGAA---A---CCCCAT-A--AATGATGGAAG-TA--G-AGTACG--AAATGAG-GTT--ATAA-A-TG-GACAC-TTTTCTC-GGCTAGTGG---TCG----T-T-C--A-TTTATAAA------AAAAAAAAT-GT-TT----C---TG------A-TGT----------GTAT-A-C-TGT-A-GCAT-GTATT---T-TTGACA--TTGTTTTTA-AAa
gi|5 : actGGACTTG-TCTTAGGACGCGTCTTT-----GGTT----TGG-----ATAT---------C-AGCCTGTTT-CA----CTTCA---AATCAT-GGT-AG-----C-ATT-ACGATT-TTT--CGCCACGG--GGG--GTT-TTCGGGC-T-G-TT-CTT--G--GTGATGTTCATTA-------CATTTCT-CAAC-A-GTGCGTGTCTT-GTGTATTGAACGATATATTT-GAGTGCATT--ATTAGTGT-TACAGGTG-----TAATA-CCAAGAATCCCTAATGTAGGTGCTATACA-ATGTAGAT-GGA--A-CCCACATCAG-AATAAAAAAAATATT-T-----------CAA-----------TAGG-----------------------AAT-----GTGC-AAACTGTTTTTT---ATTC---AC-----AGCTG-AAG---TT-------TTTG--ATGTG-C---CT-CCA---------AGGAG---------TGTGTT--TGAA---ACCCC---AT-A--AATGATGGAAT-AA--G-AGTCCG--AA-TGAG-GTTT-AT-A-AATG-GACAC-TTTTCTC-G-CTAGTG---GTTG----T-T-T--A-TTA-TAAA-----AAAAAATGGT-GC-TT----C---TG------A-TGT----------GTAT-A-CATGTCA-GCA-TGTA-T---T-TTGACA--TTGTTTT---AATT
gi|6 : CACATCAG-AATAAAAACCC-ATC-TA--CAAAAGAACAT-----------TAGGA-AAA----TTGTTCATTCTATTAAT-----GTGC-AAGCTGTTTTTA---ATTC---AC-----GGATCAA-G---AT-------TTTGACATGGT-CAGATT-AGAAAGGGGGGGGGGGGCAATTTTAATGTGTT--CGAA---ATCAC---AC-G--AATTATGAAAA-AAAAG-AGTTCG--AA-TAAG-GCTT-ATAA-A-TT-AATGC-TTTTCCC-G-CTAGTGGTCGTGG----T-T-TGG--TTT-TTAACC-ATGAAAAAGGAA----TTGG-ACATTTGTTTCAAA-TAT----------ATAA-A-CAGGTCT-GCATTG-ATG---TATTGACA--TTGTTTTGGCAATTT-ACATCAATGAATGAAACCCATTC-T-TA-AGAAA--G-AT-T-GAGAGTTG--GTCAACAATA-GACCA-AG-T-GC-ATG----G-GGTGTTTGTTGTGAG-GACTCA-ATCACT--A-TA--GA----CAA-TGGG-GAGAGGGT
gi|7 : TAAT-----GTGC-AAGCTGTTTTTA---ATTC---AC-----GGATG-AAG---TT-------TTAGACATGGA-CAGATTGGGA---------GGGGGGGGGGCAA-TGTGTT--TTAA---ATTCC---AT-G--AATTATGAAAA-AA--GT-GTTTG--AA-TAAG-GCTC-GT-A-AATG-AATGC-TTTTCTC-G-CTAGTGGCCGTAG----G-C-TGAA-TTT-T-AACC-ATGAGAAATGAattcaa
gi|8 : TTGACATGGA-CAGATT-AGA---------GGGGGGA-------TGTGTT--CGAA---AT--C---CT-ATGAATTAT--AATAAA--AAAGTTTG--AA-TAAG-ATTT-AT-C-AATT-AATGC-TTTTCTC-G-CTAGTGGTTGGTG----T-T-TGAA-TTT-TG-ACC-ATGAGAA--TTT-GT-TTCA-A------------A-TAT----------GTAT-A-CAGGTCG-GTA-TGCA-T---G-TTGACA--TTGTTTTGG-AAgaaaggaattcgactttt
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TAACCCAAAATTAATGTTTGATTAAATAACAAAGATCTTAAGACGACATTTAAGACATCTTAATTTAAGATATCACTGAGATCCTTTTATTTTACATCCTAAGATACATCTTAAGATAATCTTCGTAAGATATATCTTAAGGTACGATATCTTAATA
Unaligned ( gi|11 ): GGCACATAATGCAAATTTAATTTTGATTCGAATAACAAAAATCTTAACAGACAACAATTTAAGAGTCTTAATTAAGATTAACTGATAGACCCTTTTATTTTACATCCTAAGATGCATCATTAGCATGTTCTAAA
Unaligned ( gi|12 ): ACCAATAACGCAAATTTAATGTTGATTTGAATAACAAAAATCTTAGACAACATTTTAAGACATCTTAATTTAAGATTATAACTGAGGAGCCCTTTTATTTTACATCCTAAGTGATGCTTAAGATAGTCC
Unaligned ( gi|14 ): TCTTAAGACAACATTTAAGATATCTTAATTCAAGATATCACTGAGACCCGTTTATGACCGTTTATTTTACATCCTAAGACGCATCCTTAAGATAGTCCTAAGATATGTC
Unaligned ( gi|16 ): ACCAAATAACCCACATTTAATGTTTTGATTGTAAACAAAAAATCTTAAGACAACATTTAGACATCTTAATTGAAGATATCACTGAGACCTTTATTTTACATCCTA