lowQualScore : 111111111111111111111111 2222222222222222222222222222222 2222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 333333 111 11 1 444 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 1 11111111 33333 222222 2222222222 11111 2222222 1111 1 999999999999999999999999999999999 1 666666666666666666666666666666 1 1 333333 1 11 111111111111111111111111 3333333 2 111 1 222222222 1 11 2222 7777777777777777 1 22222 0000000000000000000000000000000 2 111 1 111 6666666666666666 8888888888888888 2222222 11 1 222222 1 2222222222222222222222222222222222 44444444 111111 111111 3333333333333333333333333 1 11111 11 222222 1 888888888 11111 44444444 333 11 1 1 1 44444
lowQualScore : 2 2 222222 6 333 0 33 0 666 3 9 3 9 6 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 66 2 5 8 66 22222222 11111 555555 6 0 5555555555 22222 5 66 5 2 6 5 5 1111111 5 77 77 77 8888 5 6 0 1 777777777777777777777777777777777 3 0 8 999999999999999999999999999999 5 7 111111 7 7 6 3 44 999999999999999999999999 2222222 2 9 777 3 5 2 3 4 999999999 5 7 33 3 6 3333 4444444444444444 999 0 0 55555 3333333333333333333333333333333 8 1 777 6 5 5 0 3 0 0 8 666 2222222222222222 1 99 6 3 8 4444444444444444 7777777 6 55 0 333333 8 3 5 9999999999999999999999999999999999 3 33333333 0 666666 0 7 3 999999 1 7777777777777777777777777 6 0 7 55555 2 6 66 1 2 333333 1 000000000 66666 44444444 111 2 22 7 0 2 0 3 44444
lowQualScore : . . ...... . ... . .. . ... . . . . . ....................................................................... .. . . . .. ........ ..... ...... . . .......... ..... . .. . . . . . ....... . .. .. .. .... . . . . ................................. . . . .............................. . . ...... . . . . .. ........................ ....... . . ... . . . . . ......... . . .. . . .... ................ ... . . ..... ............................... . . ... . . . . . . . . ... ................ . .. . . . ................ ....... . .. . ...... . . . .................................. . ........ . ...... . . . ...... . ......................... . . . ..... . . .. . . ...... . ......... ..... ........ ... . .. . . . . . .....
lowQualScore : 2 5 888888 5 000 2 22 0 999 8 8 2 3 7 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 99 0 0 1 11 44444444 44444 999999 0 7 0000000000 55555 0 99 0 2 0 7 7 6666666 7 99 99 99 9999 0 7 8 4 999999999999999999999999999999999 5 0 2 222222222222222222222222222222 0 0 777777 3 3 0 3 77 111111111111111111111111 5555555 8 0 222 2 0 0 2 5 888888888 0 3 55 7 7 7777 3333333333333333 444 5 2 00000 0000000000000000000000000000000 8 2 555 0 0 6 8 0 8 8 0 666 9999999999999999 7 22 7 5 0 2222222222222222 4444444 0 88 2 000000 0 0 0 7777777777777777777777777777777777 0 11111111 3 444444 7 8 5 222222 7 0000000000000000000000000 7 8 3 33333 5 7 44 4 2 000000 8 000000000 00000 88888888 000 2 55 0 0 5 0 3 55555
consensus : GAATACGCTGTTCAAGTGTGGTNTG--GG--TGCACAAAAGCGGAAATAG-AAAAAT-TAGAAAAA-AGGTTCAACTACACGCAGCCAGA-AT-NGTA-ACT---G-----GTCTT-A--A---A--T--ATT-GCTT--C---AAAA------------T---TCAT--TATATTTAGAAACAGGCTGGGAACCTTT--AGA-AGTT---AGGAGAAATAGAGCTAA-----GCTTGTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TT--ATCT--A--CAGAATA-T-GCACCA-AATATTAGAAGCACTATTCCTGGATAATGC--C--TCGAAAT-TCT-TGAATTATTCAT-TACCAAAATGTAGG---CTGGAA--AT-TTAATAAATCCATTATTCCTGACACTGCCGGAGATTGGAATAATCTTAGTAT--CCACACAAGGGAAGCAACTTCCATTAAATC-TTTTTAAAAATGTTTGCAAAGCAC-G--GAA--A-ACCACCAAGATATTTT-------TCATTTGGGAAAAGATT--NTTTAATATAATCCATACAAGGTTA----AGA--CACAATTGTATTTTAAACTCC-GACTT-ATTTCG--TTGTAA---C--------T---TAGTAGAC-AATCCAAATTGTTCG-----TGTGGACTACCG-AAGATGCTTACCATTTGTTTTTTGTCTGTAAAAAATATAC---TACTGCTAGACATTGTTTAATGAACAAATT-ACTATCATTCAAC---GTATTTATTATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGGAATGAA-TCTCTTTC----------TGATG-----TTCAAAATGTA-GAACTTTTC-----AAAGTTATTCAATCT-TTTCTTGGTGAATGTGGTCG-----TTTCTTCTAAAAAC-AG-AAA--AATAA-TAATGCACTATCTTACTTTTTTATTCTATACGTTAC------TTGTACACTCTGAAAACACAATTGG------TATTAA--------TG---TA---TTGC---ATTAACTTGT-ATATGTTGTAA---AATACTCAAAATGT-ATG-GCAATCTTATA------AATTATTGTGATTATGAGAAGGGGAGANGA--CAA--TNTACGTTTTTGA-ACTTGTGCCC-AATCCTTTTGGCACTAT-TGTCAAT-AA-ATGTNTTCAATTCAA
Reference ( gi|2 ) : GAATACGCTGTTCAAGTATGGTCTG--TG--TGCACAAAAGCGGAAATAG-AAAAAT-TAGAAAAAAAGGTTCAACTATATGCAGCTAGA-AT-CTTA-ATT---T-----GTCTT-A--A---A--T--ATT-GCTT--C---AAA-------------T---TCAT--TATGTTTAGAAACAGCCTGGGACCCTTT--AAA-AGTT---AGGAAATATAGAGCTAA-----TCCTGTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--T-ACATAGTA-ATT-TAGT------TCCTCT-TT--ATCT--A--CAAAATA-T-GCACAA-AATATTAGAAGCACAATTTCTGGGTAATGT--C--TCGAAAT-TTAATGAATTATTCAT-TACCAAAATGCAGG---TTGGAATTAT-TTAATAAAGCCTTTATTTCTGACACTGCCAAACATTGGAATAATCATAGTAT--TCAGACAAGGGAAGCAACTTCCATTAAACC-TTTTTAAAAATGTTTGCAAAGCACTGTTGAA--AAACCTCCAAGATATTTT-------TCATTTGGGATAATATT--TTTTAATATAATGCACACAAAGTTA----ATA--CATAATGGTATTTTAAACTCT-GACTT-ATTTTT--TTGTAA---C--------TTTATAGTAGAC-AATCCAAGTTGTTCA-----TGTG----------------------TTT-----TTGTGTGTAACAAATATAC---TACTGTTACACATTGTTTAATAAACAAATT-ATTATCATTTAACGAAATATTTATCATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGAAATGAA-TC----TC----------TGATG-----TACAAAGTGTG-GAAATTTTT-----AAAGTTATTCAATCT-TTTCTTAGTTAATGTGGTCGAGGGTTTTTTTTTGGTGGT-GGTGAGGGGGTGA-TAATGTACTATCTTATTTTTTTCTTCTATATGTTAC------TTGTACGCTCTGAAAACACAATTGG------TATTAA--------TA---TA---TTGC---ATTAACTTGT-ATCTGTTGTTA---AATACTCAAAATGT-ATG-TCAATTTTATA------AATAATTGTAAT---------GGGAGATAA--CAA--TCAAAATTTTTGA-A-TTGTGTCC-AATCCTTTTGGCACTAT-TGTCAAT-AA-ATATA--CAATTCAAAATTCAATCGTCGT
gi|4 : GAATATGCTGTTCAAGTGTGGCATG--GG--TACACAAAAACGGAAATAG-AAAAAT-TAGAAAAAGA---TCAACTACATGGAGCCCGATACACTTA---T---T-----GCTTT-A--A---A-----A-------------AAA-------------T---TCAT--TATATTTAGAAACAGGCTGGGAACCTTT--AGA-AGTT---AGAA-------------------CTTGTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT---------TCT-TT--ATCT--A--TAGAATATT-GCACCA-AATATTAGAAGCACTATTTCTGGAT-ATGCTAC--TCGAAA--------------TCAA-TACCAAGCTGGAAGTAATTGGAATAATCTTAGTA
gi|1 : acaacttGAATACGCTGTTCAAGTGTGATCTT--GG--TGCACAAAAGCGGAAATAG-AAAAAA-TAGAAAAA---GTTCAACTACATGCAGCCAGA-AT-TGTA-ACT---G-----GTCAT-A--C---ACTT--ATT-GCTTAAA---AAA-------------T---TCAT--TATATTTAAAAATAGGCTGGGAACCTGT--AGA-AGTT---AGAAGAAATAGAGCTAA-----GCTTGTAAA-----------ATGTAC-----AAG-A--T-AAACAATA-A------------------T-TT--ATCT--A--CAGAATATT-GCACCA-AATATTAAAAGCACTATtccacacaagggaagcagcttccattaaatcttttaaaaatgtttgaaaagcaggggaagcagaccaccaagatatttttcatttgggaaaatattttttaatataatccatacaaggttaagatatgcacaattgtatttttttttttcgttgtaacttagtagacaatccaaattgttcgtgtggactaccgtaagatgcttaccatttgttttttgtctgtaaaaaatatactactgctagacattgttaaaatgaatacattgtattattattgatgtcaatttttgtttgggggaatga
gi|3 : aatgatttttgtcctgacagaacaagaaattaatgacattatatttattattcctataaacaaagctataggtccagacggcatcagtcacacaatgttaaagtcctgtaaggacacaatttcaaaaccattatgtaaactttttaataaatcactttcattaaaaacctttccagactgttggaaattagcacgcgtaattcctttattaaagcaagatgacccctctgctccttgcaattacagaccagtgtcgttgctgagttgtatttataaaatatttgaaaggataatttttaaacatattcttttataaatatcaagcaagatttttaccaggtcattctacagtgtatcagttcctagaaacatatcactttattgttgaaagtattgacaatggtgattattgttgtatggtcgttagtgatttatctaaagcttttgatatattttggcataagagtctaattcacaaacttcatatgtatggtatcattggttcaattttacaatggtttagtagttacttaattaacaaaacgcaaaaagtaatgtacagaaacttaaattcctctgtgagaagtgtataagctggtgtgcctcaaggctctgttcttgaaccaattttatttttgttgtatgtaggtgacgtagcttacatcatggtgtctgtttgcagattatacgctgatgataattcgctacaacaatgctcagataacatatgtattattgagcaaaaacttaataatgagatggatggtcaaaaaatggttattgaaatttaagccccactaacaaaactatactttttcatctaaaaaatgtgcaacaacttcctgaattatattttgataattgtcagttaaagtatgttacacaccacaaacacctgttctcgtcaaaattaggatggtctgattacatcgaaggcattgtgaaaaaggcttacaaaaaaaggtttattcaaaagattaaaatttactatatcaaaagaaatcctatctcagaatcctatctcagatgtatatttcatttatcaaaccgcaacttGAATACGCTGTTGAAGTATGGTCTGCATGGATGTACAA------AAATAG-----ATGTAGAAAAA---GTCCAACTACATGCTGCAAGA-AT-AGTACATG---CAACAGGTCTT-A--C---A--TTAATT-GCCT--CTAGAAA-------------T---TCAC--TATATATAGAAACAGGTTGAGAACCTTT--
gi|6 : tactctactgtgaaaagtattgatgatggtaaatatggtttcctgtaatttatctaaagtttttggcggggtctatcacaaaggcccaatatacagacttaaaatgtacggaataaacagacatatcttaaaatggtttggtatttattgaagtaacagaatacaaaaagttatgtacaggaatttattttcctctgtgagatatgttagagctggagtgcctcaagaatcagttcttggaccacttttgtttttgctatatgtgaatgatgttgctagaaagatgatctcagtttgcagatatatgcagacggttactcattacaaaattgctcagataatataagctatattgaacaagtccttaatcatgacctaggaatattagatgaatggtcaaagatataggtactacccccccccaaaaaaaaaccccaacaacaaacaaacaaaaaaccaaagctgttttatttcatctagaaatatatatcccaatctatcttttgataattgccaattagaatatgtctattatcacagacgtttaggaatcctgtcgtcttcaaaactagagcggtctgaatacaatgacaacattgtatagaaagcatacaccccccccgcccccaaaccccccccccccccccgagttgatttacttaaaatcagtttcaaggatattctgtcccaaatgtatatatcttttattagaccacaacttATACGCTGTTCGGGGGTGGTATG---G--TG-ACAAAA-CGAAAATAGGAAAAAT-TAGGAAAA--GGT-CAACTA-AC-CAGCCAAA-AT-G--G-AAC---T-----GTCT--ACCA---C--T--ATT-GCT---C---AAAAGCTAATGTATAAT---ACATGTTATGATTA-AAACAGGCTGGGAACCTTT--AAA----------GAA--ATAGAGCTAAGGAAGTCTT-TAAC----------TATGTACTTGCTAAGTAGTT-ACACAATATATTATAGTTTTCGATCCTCCGTT--ATCT--A--C-AGATA-T-
gi|27 : ctgattagagtacatgcccttacacacacaacaccgggatactgtccgtcaacagataatccataggaggtctgattacatcggaagaaacttcaataaggattacaactagggttcactccaattaaattaagtacctgttcagaatatcatatctcaaaatgttattaatttcatttatcagccacaacttaagAGATTCAGTCATACACAGCGAGA-AT----A-GTTACAG-----GCCTTTC--A---A--T--GCTAGATT--CCAGAAA-------------T---TCAC--TGTGTTTGGAAACCGAATGGGAACCTTT--At
gi|17 : CCAGA-AT-TGTA-ACT---G-----GTCTT-AC-ACTTA--T--ATT-GCTT--C---AAA-------------AAGATCAT--TATATTTAGAAACAGGCTGGGAACCTTT--AAA-AGTT---AGAAGAAATAGAGGTAA-----GCTTGTAACTACATGAGTGTATGTAC-----AAA-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TT--ATCT--A--CAGAATA-TCGCACCA-AATATg
gi|25 : TA-ACT---G-----GTCTT-A--C---ACTT--ATT-GCTT--C---AAAACA----------T---TCAT--TATAGTTAGAAACAGGCTGGGAACCTTT--AGA-AGCT---AGAAGAAATAGAGCTAA-----GCTTGTAAC----------TATGTAC-----ACG-A--T-ATATA
gi|7 : gTT-GCTT--C---AAAAAA----------T---TCAT--TATATTTAGAAACAGGCTGAGA-CCTTT--AGA-A-TTAGAAGGAAA---AGAGCTAA-----GCTTTTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--TAACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTAAATTC--AGGAAAAAT--T-TCACCATAATATTAGAAACACTATC------TAA--T--C--TCAAAATCTT--TGAATTATTCATCTACCAAAATGTAGG---CT------------ATAA---------TTCTGACACTGCCGAAGATTGGAATAATCTTTCTATCATC--ACAAGGGATGCAAC-CCCA-TAAATC-TTTTT-CAAATATTTGCAAAGCACTGTTGAA--A----T--------TTTT-------TTATTTGGAA-AAGACTTGTTTTAATA-AATCCATAC-AAGTTC----AGAGCTATAAACGTATGTT-AACTCC-GATTTCATTTCG--TCGTAA---C--------T---TAGTAGA
gi|5 : aatcgtaacgtcttgtgcagtttCTTTGGAAACAGT----AGGAAA---AGAGCTAA-----GCTTGTAAC----------TATGTAC-----AGG-A--T-AAATAATA-ATT-TAGT------ACCTCT-TT--AACT--A--CAGAATA-TTGCACCA-AATAT--------------CTGGATA-TGC--TATTCGAAAT-TCTATGAAATATTCAT-TTCCGAAATGTAGA---CTGGAAGTAT-TTAATAAATCCATTATTCTTGACACTGTCAGAAATTGGAATAATCTTAGTAT--CCACACAAGGGAAGCAACTTCCATTAAATCATTTTTAAAAATGTTTGCAAAGCAC-----------------------TTTT-------TCATTTGGGAAAAGATT--GTTTAATATAATCCATACAACGTTA----AGA--CGCAATTGCATTTAAAGCTCC-GATTT-ATTTCG--TTGTAT---C--------T---TAGTGGAC-AATCCAAATTGTTAG-----TGTGGACTACCGAAAGATGCTTACCATTTATTTTTTGTCTGTAAAAAATATACTAGTACTGCTAGACATTGTTTAATGA--AAATT-ACTATCATTCA
gi|23 : atC-----AAG-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TT--ATCTTCA--GAAAAT--T-TCACCA-AATATTAGAAACACTATTC-----TAAT-T--C-----AAAT-TCTTTGAATTATTCAT-TACCAAAATGTAGG---CT
gi|4 : ATTGGAATAATCTTAGTAT--CCACACAAGGGAAGCAGCTTCCATTAAATC-TTTT-AAAAATGTTTGAAAAGCA--GGGGAAGCAGACCACCAAGATATTTT-------TCATTTGGGAAAATATT--TTTTAATATAATCCATACAAGGTTAAGATATG--CACAATTGTATTTT-----------TT--TTTTTCGTTGTAA---C--------T---TAGTAGAC-AATCCAAATTGTTCG-----TGTGGACTACCGTAAGATGCTTACCATTTGTTTTTTGTCTGTAAAAAATATAC---TACTGCTAGACATTG-TTA--AAATGAA-T-A----CATT-------GTA-TTATTATTGATGTCAATTT-T--T-GTT-TGGGGGAATGAataaattcctgacac
gi|24 : acaacttgaatatgctgttcaagtgtggcatgggtacacaaaaacggaaatagaaaaattagaaaaagatcaactacatggagcccgatacacttattgctttaaaaaaattcattatatttagaaacaggctgggaacctttagaagttagaacttgtaactatgtacaagatacacaataatttagttctttatctatagaatattgcaccaaatattagaagcactatttctggatatgctactcgaaatcaataccaagctggaagtaACCACCAAAATATTTTTTGTTTTTCATTTGGAAAAAGATT--ATTAAATGTAATCCACACAAGGTAA----AGA--TATAATTGCATTTTAAACTTA-GACTT-ATTTCG--TTTTAA---C--------T---TAGTAGAC-AATC
gi|11 : ATTGTATTTTAAACTCC-GACTA-AAATCG--TTGTAA---TCCAAATTGTTCGT-GTGGACTACTGGAAGATGCTTACTATCTGT-----------------------TTT-----TTGTGTGTAA-AAATATAC---TTCTGCTAGACATT----AATGAACAAATT-ACTATCATTGAAC--AATA----------A-----ATTTAT--T-GTTATGGGGAAATGAA-TC----TCTCTC------TGATG-----TACAAAATGTA-GAACTTTTC-----AAAGTTATTCAATCT-TTTCATAGTGAATATGGT
gi|14 : TTTTAAACTCTCGAATT-ATTTCG--TTGTAATAAC--------TT---AGTAGAC---CCCAA-TTGTTCA-----ttttcatgaaaaaaaaaaatacttaacaatcttaattttacgaatattctaca
gi|8 : atacataggttaaggcaccacaatcggggaccactG----------------------TTT-----TTGTCTGAAAACAATATAC---TACTGCTAGACATTGTTTAATGAACAAATTTAATATCATT---------ATT-AT-ATCGATGTGCATTTGTACT-CTTA-GAGGGAATGAAATC----TTCTGGTTCAAATGATGACTTTTTCAAAATGTAAGCAACTTTTCTTCAAAAATTATTCAATCT-TTTCTTGGTGAATGCGGTCG------TTTTTCTAACGAC-AA-------ATAA-TAATGCACTATCTTACTTAT--ATTCTATATGTTACATATACTTGTACACCTTGAAA-CACAATTTG------TATTGA--------TG---TA---TTGC---ACTAACTTGT-ATATATTGTAA---AATACTCAAAATGT-ATG-GCAATCCTATA------AATTGTTGTActtggatggaactgaaactcgagaagatgacttacatgtatatgttttctgagctctgatatatgtacaaaatataaataacttggctattgtgactcgataaggattatat
gi|9 : tgcttaccatttgCTGCTAGACATTGTTTAATGAACAAATT-ACGTTCATTCAACGATATATTTATTATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGGAATGAA-TCTCTTTC----------TGATG-----TTCAAAATGTT-GAACTTTTC-----AAAGTTATTCAATCT-TTTCTTGATGAATGTGGTCG------TTTTTCTAA--------AAACAAG----TAATGCACTATCTTACTTTT---ATCTATAAGTTAC------TTGTACACTCT-AAAACACAACTGG------AATTAATTTACATGTG---TA---TTGCATAATTAATGTGT-AAATG--GTAA---AATACTCAAAATGT-ATG-GCAATTTTATATACTATAATAAT
gi|12 : TATTTATTATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGGAATG-A-TCTCT-TC----------TAATG-----T-TAAAATGTA-GAACTTTTC-----AAAGCTATTTAATCT-TTCCTTGGTGAATGTGGTCG-----TTTCTTCTAAAAAC-----AAGTAATAATTAATGCAATATCTTA--CTTTTATTCTATTCGTTAC------TTGTa
gi|16 : aaaaaacctgatatacggATTTAT-ATTGATGTGCATTTAT--TTGTTATGGGGGAATGAA-TCTCTTTC----------TAATG-----TTCAAAAT-TA-GAACTTTTC-----AAAGCTATTTAATCTCTTCCTTGGTGAATGTGGTCG-----TTTCTTCTAAAAACAAGTAA---AATAA-TAATGCAATATCTTA--CTTTTATTCTATTCGTTAC------TTGTctaacaatctatgtttttgaacttgtgcccgatccttttgacactattgtcaatacaaaaaggcaacgttaacattgtgtcaagtaaattg
gi|20 : GTAA-TAATGTACTATCTTACTTAT--ATTCTATATGTTAC------TTGTACACTCTGAAAACACAATTGG------TATTAA--------TG---TA---GTGC---ATTAATTTGT-ATATGTTGTAA---AATACTCAAAATGT-ATctaacaatct
gi|22 : gaatgagaatacacttttctaaaaacaaTTTATTCTATATGCTAT------TT-TGCTCTCTGGAAACGCATTTGG------TATC---------------TA----------ATTAACTTAT-ATATGTTGTAA---AATGCACAATATGT-ATG-CCATTCCTATA------AATTACTGT
gi|26 : ttaatgatagattgtaaattataca------TTTTACACTCTGAAAACACAATTGA------CATTAA--------TAATGTA---TTGC---ATTAATTTGT-ATATGTTGTAA---AGTAGTTAAAAAGT-ATG-GCAATTTTATA------AATTATTGTAA
gi|18 : AAACACA--TGGGTGAGTTATGAA--------TG---TAGAGTTACC--ATTAACTAGTTATCTG--ATTAGAGAATA-TCAAA-TGTTATGGTCATTATTATA------ACTTATTGTGATTATGAGAAGGGGAGGGGC--CAG--TG------TTTGATA-TTGTGTC--AACTTTTTTGGCACTATGTGT-AAT-AA-AT
gi|29 : ctccTGTGAT---------GGGAGAGGG--CAAGATCTAAGTTTATGA-ACTTGTGCCCCAATCCTTTTGGCATT-T-TGTCAATAAA-ATGTT--C-ATTCAA
gi|28 : GATAAGACAA--TATACGTTTTTGA-AATTGTGCCC-ATTCCTTTTAGCACTGT-TGTCAAT-AAGATATGTTCAATTCAAt
gi|12 : catactgtTAA--CAA--TCTATGTTTTTGA-ACTTGTGCCC-GATCCTTTTGACACTAT-TGTCAAT-Attc
8 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TTTAGATGAATGGTAAAAAAAAAATGGTTATTGAAAACCCCCCACAAAACTAAAGCTATATTTTTAACATCTCAAAAATATGCAACAACTTCCTGAATTATTTTTTGATAACTGTCAGAGTATGTTACACATCACAACACCTGGGGATACTGTTCTCGTCAAAATTAGGGTGGTCTGATTACAATGAAAGCATTGTAAAAGGAAAAAAAGTCTTACAAAAAACTAGGTTTACTCAAAAAATTAAAATTTACTGTATCAAGAGAAATCCTATTTCAAATGTATATTTCATTTATCAGACCACAA
Unaligned ( gi|13 ): TATATTAGATACTTCCAGTAAACCAAGCTGTAGGCCCAGATTGCATAATTCATAACCTGTTAAACTGTCTCTAAACCACTATTCATCATTGTCAGAAAAAAATGTGTCCATCTTTTTGGAAAACAGCTCATGTTATCTCTCCCTTATAAATAAGACGATCCCTCGATGGCTTCAAAGTATAGACCAGTGTCGCTATTGTCTTGTATCAGTACAATTATAGAGAGAATCGTTTT
Unaligned ( gi|15 ): ACAAAACAAGAAATTACTTGATATTGATTTTCAATAATCACTGTCATAAAGCAATGAGGTCTTGACATCATTATCATTGTAAAGATATTTTCTAAACCACTCTGCATATTAATCAACAAATCACCATCAAGTGCTATGCACTTTTCCACATTATTGGAAAATAGCACATGTTCTTCCATTATTCAAGAAGG
Unaligned ( gi|19 ): ATGATATTTTGGGGCGAAGAATTTATGATATCCACCCTCCCTGTAAACAAAGCTATTGGATCCGATTGTATTAGACATAGGATGTTGAAATCAAGTGTATGCTTTTCAATAAATCTCTTCGTGAAAAATCCTTGCCAAATTATTGGAAA
Unaligned ( gi|21 ): TTGGACTTTTATTTTTGTTGTATGTAAATGACGTAGCTGACAACATGGTGTCTGTATACAGATTATAAGCAGATGATAATTCGCTACAACAATGTTCAAACGATATCTGTCTTATTGAGCAAGAACTTAA
Unaligned ( gi|30 ): TATGTAAATGACGTAGCTGACAGCATGATGTCTGTTTGCAGATTATACGCTGATGATAATTCGCTACAACAATGTTCT
Unaligned ( gi|31 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCACTACTGTTCAATTCAAAATCTAAGTATAAA
Unaligned ( gi|32 ): GTGGATTACCGGAAGATGCTTACCATTTGTTATTT
Alignments
lowQualScore : 22222 1 2222 111111 3333333333333 222 11111 111111 11111 11111 2222222222 11111 1111111 1111 111 33333333333333333 33333 1 333333 11111 2222 1 77777777777777777 2222222 111 1111 111 11111 111 111 3333333333333333333 111 222222222222 111 333333333 1 111 11111 1111 11111 1 5555555 111111111 111111 111 111111 222222222222 1111 111 333333333 11111111 1 11 1111
lowQualScore : 1 22222 3 3 8 0 8 8888 3 11 2 777777 88 4 9999999999999 66 4 000 88888 222222 4 11111 1 0 9 0 22222 1111111111 11111 4 66 4 5 5 7777777 5 0000 666 5 77777777777777777 3 11111 0 000000 88888 0 1111 3 3 0 66 22222222222222222 1 5 6666666 222 0 6 6 4444 111 44444 77 5 5 0 5 000 000 3 6666666666666666666 5 000 0 222222222222 444 6 6 1 666666666 8 0 0 77 5 6 6 99 111 66666 99 4444 6 66666 1 5 5 0000000 5 999999999 2 444444 777 1 666666 0 555555555555 1111 555 5 5 0 5 6 2 0 888888888 1 66666666 0 11 3 8 0000 88 7
lowQualScore : . ..... . . . . . .... . .. . ...... .. . ............. .. . ... ..... ...... . ..... . . . . ..... .......... ..... . .. . . . ....... . .... ... . ................. . ..... . ...... ..... . .... . . . .. ................. . . ....... ... . . . .... ... ..... .. . . . . ... ... . ................... . ... . ............ ... . . . ......... . . . .. . . . .. ... ..... .. .... . ..... . . . ....... . ......... . ...... ... . ...... . ............ .... ... . . . . . . . ......... . ........ . .. . . .... .. .
lowQualScore : 0 00000 2 2 0 8 0 2222 7 77 8 222222 99 4 9999999999999 11 4 000 33333 888888 4 11111 4 1 4 5 55555 9999999999 11111 4 11 4 0 0 8888888 0 6666 000 7 66666666666666666 2 22222 0 555555 77777 7 8888 2 2 0 55 66666666666666666 4 6 0000000 000 8 7 7 2222 777 33333 99 0 7 4 7 000 000 2 3333333333333333333 7 000 3 777777777777 000 7 7 0 444444444 4 9 1 99 7 7 7 22 777 77777 22 2222 7 77777 1 7 7 1111111 7 888888888 7 444444 555 7 444444 1 111111111111 4444 777 7 7 7 7 7 2 7 000000000 0 44444444 0 22 8 0 2222 33 3
consensus : GAATACGCTGTTCAAGTGTGGTCTG----GGTGCACAAAAGCGGAAATA-GAAAAAT-TAGAAAAAA-GGTTCAACTACACGCAGCCAGAATNGTA------ACTGGTCT-T----A-N---A--T--ATT-GCTTC---AAAA--T--TCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAGAAGTTAGAAGAAATAGAGCTAAG-----CTTGTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTACAG----AATATT-GCACCA-AATATTAGAAGCACTATTTCTGGATAATGC--C--TCGAAATTC-TA-TGAATTATTCAT-TACCAAAATGTAGGCTGGAA-TATTTAATAAA-CC-TTATTTCTGACACTGCCGGAA---ATTGGAATAATCTTAGTATCCACACAAGGGAAGCAACTTCCATTAAATC-TTTTTAAAAATGTTTGCAAAGCAC----GGGAA----ACCACCGAGATATTTT-------TCATTTGGGAAAAGATT--TTTTAATATAATCCATACA-AGGTTA-AGA----CAC---AATCG-----CA--TTTTAAACTC-CGACTT-ATTTCGTTG---TAACT---TAGTAGACAATCCAAATTGTTCGTGTGG-----ACT---ACC---GGAAGATG-CTTAC---CATTTGTTTTTTG---TC-------TGTAAAAAATATAC---TACTGCTAGACATTGTTTAA-TGAACAAATT-ACTATCATTCAACG---TATTTATTATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGGAATGAA-TCT-CT--TTC---TGATG-----TTCAAAATGTAG--AACTTTTC----AAAGTTATTCAATCT-TTTCTTGGTGAATGTGGTCG-----TTTTTTC-TAAAAAC-A--GA---AATAA-TAATGCACTATCTTACTTTT----TTATTCTATACGTTAC------TTGT---ACACTCTGAAAACACAATTGG------TATTAA--------T---GTA---TTGC---ATTAACTTGT-ATATG-TTGTAAAATACTCAAAATGT-ATGG-CAATTTTATAAATTATTGTAATTATGAGAAGGGGAGAGGACAA--TCTANGTTTTTGAANTTGTG-CCCAATCCTTTTGGCACTAT-TGTCAATAA-ATATGTTCAATTCAA
Reference ( family-5692 ) : GAATACGCTGTTCAAGTGTGGTNTG----GGTGCACAAAAGCGGAAATA-GAAAAAT-TAGAAAAAA-GGTTCAACTACACGCAGCCAGAATNGTA------ACTGGTCT-T----A-A---A--T--ATT-GCTTC---AAAA--T--TCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAGAAGTTAGGAGAAATAGAGCTAAG-----CTTGTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTACAG----AATA-T-GCACCA-AATATTAGAAGCACTATTCCTGGATAATGC--C--TCGAAATTC-T--TGAATTATTCAT-TACCAAAATGTAGGCTGGAA--ATTTAATAAATCCATTATTCCTGACACTGCCGGAG---ATTGGAATAATCTTAGTATCCACACAAGGGAAGCAACTTCCATTAAATC-TTTTTAAAAATGTTTGCAAAGCAC----GGAAA----ACCACCAAGATATTTT-------TCATTTGGGAAAAGATT--NTTTAATATAATCCATACA-AGGTTA-AGA----CAC---AATTG-----TA--TTTTAAACTC-CGACTT-ATTTCGTTG---TAACT---TAGTAGACAATCCAAATTGTTCGTGTGG-----ACT---ACC---G-AAGATG-CTTAC---CATTTGTTTTTTG---TC-------TGTAAAAAATATAC---TACTGCTAGACATTGTTTAA-TGAACAAATT-ACTATCATTCAACG---TATTTATTATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGGAATGAA-TCT-CT--TTC---TGATG-----TTCAAAATGTAG--AACTTTTC----AAAGTTATTCAATCT-TTTCTTGGTGAATGTGGTCG-----TTTCTTC-TAAAAAC-AGAAA---AATAA-TAATGCACTATCTTACTTTT----TTATTCTATACGTTAC------TTGT---ACACTCTGAAAACACAATTGG------TATTAA--------T---GTA---TTGC---ATTAACTTGT-ATATG-TTGTAAAATACTCAAAATGT-ATGG-CAATCTTATAAATTATTGTGATTATGAGAAGGGGAGANGACAA--TNTACGTTTTTGAACTTGTG-CCCAATCCTTTTGGCACTAT-TGTCAATAA-ATGTNTTCAATTCAA
gi|1 : GAATACGCTGTTCAAGTGTGATCTT----GGTGCACAAAAGCGGAAATA-GAAAAAA-TAGAAAAA---GTTCAACTACATGCAGCCAGAATTGTA------ACTGGTCA-T----A-C---ACTT--ATT-GCTTA---AAAAA-T--TCAT------TATAT-TTA-----AAAATAGGCTGGGAACCTGTAGAAGTTAGAAGAAATAGAGCTAAG-----CTTGTAAA-----------ATGTAC-----AAG-A--T-AAACAATA-A------------------T-TTATCTACAG----AATATT-GCACCA-AATATTAAAAGCACTAT
gi|11 : aatgatttttgtcctgacagaacaagaaattaatgacattatatttattattcctataaacaaagctataggtccagacggcatcagtcacacaatgttaaagtcctgtaaggacacaatttcaaaaccattatgtaaactttttaataaatcactttcattaaaaacctttccagactgttggaaattagcacgcgtaattcctttattaaagcaagatgacccctctgctccttgcaattacagaccagtgtcgttgctgagttgtatttataaaatatttgaaaggataatttttaaacatattcttttataaatatcaagcaagatttttaccaggtcattctacagtgtatcagttcctagaaacatatcactttattgttgaaagtattgacaatggtgattattgttgtatggtcgttagtgatttatctaaagcttttgatatattttggcataagagtctaattcacaaacttcatatgtatggtatcattggttcaattttacaatggtttagtagttacttaattaacaaaacgcaaaaagtaatgtacagaaacttaaattcctctgtgagaagtgtataagctggtgtgcctcaaggctctgttcttgaaccaattttatttttgttgtatgtaggtgacgtagcttacatcatggtgtctgtttgcagattatacgctgatgataattcgctacaacaatgctcagataacatatgtattattgagcaaaaacttaataatgagatggatggtcaaaaaatggttattgaaatttaagccccactaacaaaactatactttttcatctaaaaaatgtgcaacaacttcctgaattatattttgataattgtcagttaaagtatgttacacaccacaaacacctgttctcgtcaaaattaggatggtctgattacatcgaaggcattgtgaaaaaggcttacaaaaaaaggtttattcaaaagattaaaatttactatatcaaaagaaatcctatctcagaatcctatctcagatgtatatttcatttatcaaaccgcaacttATTG-----TA--TTTTAAACTC-CGACTA-AAATCGTTG---TAA---------------TCCAAATTGTTCGTGTGG-----ACT---ACT---GGAAGATG-CTTAC---TATCTGTTTTTTG---TG-------TGTAAAAA-TATAC---TTCTGCTAGACATT----AA-TGAACAAATT-ACTATCATTGAACA--------ATAA---------ATTTAT--T-GTTATGGGGAAATGAA-TCT-CT--CTC---TGATG-----TACAAAATGTAG--AACTTTTC----AAAGTTATTCAATCT-TTTCATAGTGAATATGG---------TTTTTCATGAAAA--AAAAA---AATAC-TTA---ACAATCTTAATTTTACGAATATTCTACA
gi|12 : G---TATTTATTATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGGAATGA--TCT-CT--T-C---TAATG-----TT-AAAATGTAG--AACTTTTC----AAAGCTATTTAATCT-TTCCTTGGTGAATGTGGTCG-----TTTCTTC-TAAAAAC-A-AGT---AATAATTAATGCAATATCTTAC--TT----TTATTCTATTCGTTAC------TTGTCTAACAATCT
gi|12 : aaaaaacctgatatacgACAA--TCTATGTTTTTGAACTTGTG-CCCGATCCTTTTGACACTAT-TGTCAATAatgtttttgaacttgtgcccgatccttttgacactattgtcaatacaaaaaggcaacgttaacattgtgtcaagtaaattg
gi|14 : aaaaaacctgatatacggtatttattattgatgtgcatttattgttatgggggaatgatctcttctaatgttaaaatgtagaacttttcaaagctatttaatctttccttggtgaatgtggtcgtttcttctaaaaacaagtaataattaatgcaatatcttacttttattctattcgttacttgtctaATACATAGGTTA-AGG----CACCACAATCGGGGACCACTTTTTAAACTCTCGAATT-ATTTCGTTGTAATAACT---TAGTAGAC---CCCAATTGTTCACTTGGATGGAACTGAAACTCGAG-AAGATGACTTACATGTATATGTTTTCTGAGCTCTGATATATGTACAAAATATAcaaaaaggcaacgttaacattgtgtcaagtaaattg
gi|16 : ATTTAT-ATTGATGTGCATTTAT--TTGTTATGGGGGAATGAA-TCT-CT--TTC---TAATG-----TTCAAAAT-TAG--AACTTTTC----AAAGCTATTTAATCTCTTCCTTGGTGAATGTGGTCG-----TTTCTTC-TAAAAACAAGTAA---AATAA-TAATGCAATATCTTAC--TT----TTATTCTATTCGTTAC------TTGTCTAACAATCTaataacttggctattgtgactcgataaggattatat
gi|17 : CCAGAATTGTA------ACTGGTCT-T----ACACTTA--T--ATT-GCTTC---AAAA--AGATCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAAAAGTTAGAAGAAATAGAGGTAAG-----CTTGTAACTACATGAGTGTATGTAC-----AAA-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTACAG----AATA-TCGCACCA-AATAT
gi|18 : AAACACA--TGGGTGAGTTATGAA--------T---GTAGAGTTACC--ATTAACTAGTTATCTGATTAGAGAATA-TCAAA-TGTTATGGTCATTATTATAACTTATTGTGATTATGAGAAGGGGAGGGGCCA--------GTGTTTGATATTGTG--TCAACTTTTTTGGCACTATGTGT-AATAA-AT
gi|2 : ctccGAATACGCTGTTCAAGTATGGTCTG----TGTGCACAAAAGCGGAAATA-GAAAAAT-TAGAAAAAAAGGTTCAACTATATGCAGCTAGAATCTTA------ATTTGTCT-T----A-A---A--T--ATT-GCTTC---AAA---T--TCAT------TATGT-TTA-----GAAACAGCCTGGGACCCTTTAAAAGTTAGGAAATATAGAGCTAAT-----CCTGTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--T-ACATAGTA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTACAA----AATA-T-GCACAA-AATATTAGAAGCACAATTTCTGGGTAATGT--C--TCGAAATT--TAATGAATTATTCAT-TACCAAAATGCAGGTTGGAATTATTTAATAAAGCCTTTATTTCTGACACTGCCAAAC---ATTGGAATAATCATAGTATTCAGACAAGGGAAGCAACTTCCATTAAACC-TTTTTAAAAATGTTTGCAAAGCACTGTTGAAAA----ACCTCCAAGATATTTT-------TCATTTGGGATAATATT--TTTTAATATAATGCACACA-AAGTTA-ATA----CAT---AATGG-----TA--TTTTAAACTC-TGACTT-ATTTTTTTG---TAACTTTATAGTAGACAATCCAAGTTGTTCATGTG------------------------------------------TTTTTG---TG-------TGTAACAAATATAC---TACTGTTACACATTGTTTAA-TAAACAAATT-ATTATCATTTAACGAAATATTTATCATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGAAATGAA-TC-------TC---TGATG-----TACAAAGTGTGG--AAATTTTT----AAAGTTATTCAATCT-TTTCTTAGTTAATGTGGTCGAGGGTTTTTTTT-TGGTGGT-GGTGAGGGGGTGA-TAATGTACTATCTTATTTTT----TTCTTCTATATGTTAC------TTGT---ACGCTCTGAAAACACAATTGG------TATTAA--------T---ATA---TTGC---ATTAACTTGT-ATCTG-TTGTTAAATACTCAAAATGT-ATGT-CAATTTTATAAATAATTGTAAT---------GGGAGATAACAA--TCAAAATTTTTGAA-TTGTG-TCCAATCCTTTTGGCACTAT-TGTCAATAA-ATATA--CAATTCAA
gi|20 : TTTTC-TAAAAAC-A-------AGTAA-TAATGTACTATCTTACTTAT------ATTCTATATGTTAC------TTGT---ACACTCTGAAAACACAATTGG------TATTAA--------T---GTA---GTGC---ATTAATTTGT-ATATG-TTGTAAAATACTCAAAATGT-ATaattcaatcgtcgt
gi|22 : gaatgagaatacacT----TTATTCTATATGCTAT------TT-T---GCTCTCTGGAAACGCATTTGG------TATC---------------TA----------ATTAACTTAT-ATATG-TTGTAAAATGCACAATATGT-ATGC-CATTCCTATAAATTACTGT
gi|23 : ttaatgatagattgtaaattatacaC-----AAG-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTTCAG----AAAATT-TCACCA-AATATTAGAAACACTATTC-----TAAT-------TC-AAATTCTT--TGAATTATTCAT-TACCAAAATGTAGGCTATAA--ATT
gi|24 : ----ACCACCAAAATATTTTTTGTTTTTCATTTGGAAAAAGATT--ATTAAATGTAATCCACACA-AGGTAA-AGA----TAT---AATTG-----CA--TTTTAAACTT-AGACTT-ATTTCGTTT---TAACT---TAGTAGACAATCcctgacac
gi|25 : GTA------ACTGGTCT-T----A-C---ACTT--ATT-GCTTC---AAAACAT--TCAT------TATAG-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAGAAGCTAGAAGAAATAGAGCTAAG-----CTTGTAAC----------TATGTAC-----ACG-A--T-ATATA
gi|26 : ------TTTT---ACACTCTGAAAACACAATTGA------CATTAA--------TAATGTA---TTGC---ATTAATTTGT-ATATG-TTGTAAAGTAGTTAAAAAGT-ATGG-CAATTTTATAAATTATTGTAA
gi|27 : A-GATTCAGTCATACACAGCGAGAATAGTT------ACAGGCCT-TT---C-A---A--T--GCTAGATTCCA-GAAA--T--TCAC------TGTGT-TTG-----GAAACCGAATGGGAACCTTTAG
gi|28 : GATAAGACAA--TATACGTTTTTGAAATTGTG-CCCATTCCTTTTAGCACTGT-TGTCAATAAGATATGTTCAATTCAA
gi|29 : catactgtGGGAGAGGGCAAGATCTAAGTTTATGAACTTGTGCCCCAATCCTTTTGGCATT-T-TGTCAATAA-A-ATGTTC-ATTCAAttc
gi|3 : tgtgatGAATACGCTGTTGAAGTATGGTCTGCATGGATGTACAAAA------ATA-GA----TGTAGAAAAA---GTCCAACTACATGCTGCAAGAATAGTACATGCAACAGGTCT-T----A-C---A--TTAATT-GCCTCTA-GAAA--T--TCAC------TATAT-ATA-----GAAACAGGTTGAGAACCTTTt
gi|32 : tactctactgtgaaaagtattgatgatggtaaatatggtttcctgtaatttatctaaagtttttggcggggtctatcacaaaggcccaatatacagacttaaaatgtacggaataaacagacatatcttaaaatggtttggtatttattgaagtaacagaatacaaaaagttatgtacaggaatttattttcctctgtgagatatgttagagctggagtgcctcaagaatcagttcttggaccacttttgtttttgctatatgtgaatgatgttgctagaaagatgatctcagtttgcagatatatgcagacggttactcattacaaaattgctcagataatataagctatattgaacaagtccttaatcatgacctaggaatattagatgaatggtcaaagatataggtactacccccccccaaaaaaaaaccccaacaacaaacaaacaaaaaaccaaagctgttttatttcatctagaaatatatatcccaatctatcttttgataattgccaattagaatatgtctattatcacagacgtttaggaatcctgtcgtcttcaaaactagagcggtctgaatacaatgacaacattgtatagaaagcatacaccccccccgcccccaaaccccccccccccccccgagttgatttacttaaaatcagtttcaaggatattctgtcccaaatgtatatatcttttattagaccacaacttGTGG-----ATT---ACC---GGAAGATG-CTTAC---CATTTGTTATTT
gi|4 : GAATATGCTGTTCAAGTGTGGCATG----GGTACACAAAAACGGAAATA-GAAAAAT-TAGAAAAA---GATCAACTACATGGAGCCCGA----TAC-----ACT--------------------T--ATT-GCTTTAAAAAAA--T--TCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAGAAGTTAG--------------AA-----CTTGTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT---------TCT-TTATCTATAG----AATATT-GCACCA-AATATTAGAAGCACTATTTCTGGAT-ATGCTAC--TCGAAAT
gi|4 : acaacttGCTGGAAGTAATTGGAATAATCTTAGTATCCACACAAGGGAAGCAGCTTCCATTAAATC-TTTT-AAAAATGTTTGAAAAGCAG----GGGAAGCAGACCACCAAGATATTTT-------TCATTTGGGAAAATATT--TTTTAATATAATCCATACA-AGGTTA-AGATATGCAC---AATTG-----TA--TTTT----------TTT-TTTTCGTTG---TAACT---TAGTAGACAATCCAAATTGTTCGTGTGG-----ACT---ACC---GTAAGATG-CTTAC---CATTTGTTTTTTG---TC-------TGTAAAAAATATAC---TACTGCTAGACATTGTTAAAATGAATA----------CATT----G---TATT-ATTATTGATGTCAATTT-T--T-GTT-TGGGGGAATGAcaataccaagctggaagtaattggaataatcttagtatccacacaagggaagcagcttccattaaatcttttaaaaatgtttgaaaagcaggggaagcagaccaccaagatatttttcatttgggaaaatattttttaatataatccatacaaggttaagatatgcacaattgtatttttttttttcgttgtaacttagtagacaatccaaattgttcgtgtggactaccgtaagatgcttaccatttgttttttgtctgtaaaaaatatactactgctagacattgttaaaatgaatacattgtattattattgatgtcaatttttgtttgggggaatga
gi|5 : acaacttgaatatgctgttcaagtgtggcatgggtacacaaaaacggaaatagaaaaattagaaaaagatcaactacatggagcccgatacacttattgctttaaaaaaattcattatatttagaaacaggctgggaacctttagaagttagaacttgtaactatgtacaagatacacaataatttagttctttatctatagaatattgcaccaaatattagaagcactatttctggatatgctactcgaaatcaataccaaATCTTTGGAAAC-AGTAGGAAAAGAGCTAAG-----CTTGTAAC----------TATGTAC-----AGG-A--T-AAATAATA-ATT-TAGT------ACCTCT-TTAACTACAG----AATA-TTGCACCA-AATAT--------------CTGGATA-TGC--TATTCGAAATTC-TA-TGAAATATTCAT-TTCCGAAATGTAGACTGGAAGTATTTAATAAATCCATTATTCTTGACACTGTCAGAA---ATTGGAATAATCTTAGTATCCACACAAGGGAAGCAACTTCCATTAAATCATTTTTAAAAATGTTTGCAAAGCAC-------------------------TTTT-------TCATTTGGGAAAAGATT--GTTTAATATAATCCATACA-ACGTTA-AGA----CGC---AATTG-----CA--TTTAAAGCTC-CGATTT-ATTTCGTTG---TATCT---TAGTGGACAATCCAAATTGTTAGTGTGG-----ACT---ACC---GAAAGATG-CTTAC---CATTTATTTTTTG---TC-------TGTAAAAAATATACTAGTACTGCTAGACATTGTTTAA-TGA--AAATT-ACTATCATTCA
gi|6 : ATACGCTGTTCGGGGGTGGTAT-----GGTG-ACAAAA-CGAAAATAGGAAAAAT-TAGGAAAAG-G--TCAACTA-AC-CAGCCAAAATGG-A------ACT-GTCTAC----C-A---C--T--ATT-GCTCA---AAAG--C--TAATGTATAATACATGTTATGATTAAAACAGGCTGGGAACCTTTA--------AAGAAATAGAGCTAAGGAAGTCTT-TAAC----------TATGTACTTGCTAAGTAGTT-ACACAATATATTATAGTTTTCGATCCTCCGTTATCTACAG-----ATA-T-
gi|7 : ctgattagagtacatgcccttacacacacaacaccgggatactgtccgtcaacagataatccataggaggtctgattacatcggaagaaacttcaataaggattacaactagggttcactccaattaaattaagtacctgttcagaatatcatatctcaaaatgttattaatttcatttatcagccacaacttaagAATCGTA------AC--GTCT-TGTGCA-G---T--T--TTT-GCTTC---AAAAAAT--TCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGAG-ACCTTTAGAA-TTAGAAGGAAAAGAGCTAAG-----CTTTTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--TAACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTAAATTCAGGAAAAAT--T-TCACCATAATATTAGAAACACTATC------TAAT----C--TCAAAATCT-T--TGAATTATTCATCTACCAAAATGTAGGCT-----------ATAA---------TTCTGACACTGCCGAAG---ATTGGAATAATCTTTCTATCATCACAAGGGATGCAAC-CCCA-TAAATC-TTTTT-CAAATATTTGCAAAGCAC----TG-----------TTGAAAT-TTTT-------TTATTT-GGAAAAGACTTGTTTTAATA-AATCCATACA-AGTTCAGAGC----TAT---AAACG-----TA--TGTT-AACTC-CGATTTCATTTCGTCG---TAACT---TAGTAGAt
gi|8 : TG-CTTAC---CATTTGGTTTTTG---TC-------TGAAAACAATATAC---TACTGCTAGACATTGTTTAA-TGAACAAATTTAATATCATT---------ATT-AT-ATCGATGTGCATTTGTACT-CTTA-GAGGGAATGAAATCTTCTGGTTCAAATGATGACTTTTTCAAAATGTAAGCAACTTTTCTTCAAAAATTATTCAATCT-TTTCTTGGTGAATGCGGTCG-----TTT-TTC-TAACGAC-A-------AATAA-TAATGCACTATCTTACTTAT------ATTCTATATGTTACATATACTTGT---ACACCTTGAAA-CACAATTTG------TATTGA--------T---GTA---TTGC---ACTAACTTGT-ATATA-TTGTAAAATACTCAAAATGT-ATGG-CAATCCTATAAATTGTTGT
gi|9 : CTGCTAGACATTGTTTAA-TGAACAAATT-ACGTTCATTCAACGATATATTTATTATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGGAATGAA-TCT-CT--TTC---TGATG-----TTCAAAATGTTG--AACTTTTC----AAAGTTATTCAATCT-TTTCTTGATGAATGTGGTCG-----TTT-TTC-TAAAAAC-A----------AG-TAATGCACTATCTTAC--TT----TTA-TCTATAAGTTAC------TTGT---ACACTCT-AAAACACAACTGG------AATTAATTTACATGT---GTA---TTGCATAATTAATGTGT-AAATG---GTAAAATACTCAAAATGT-ATGG-CAATTTTATATACTATa
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TTTAGATGAATGGTAAAAAAAAAATGGTTATTGAAAACCCCCCACAAAACTAAAGCTATATTTTTAACATCTCAAAAATATGCAACAACTTCCTGAATTATTTTTTGATAACTGTCAGAGTATGTTACACATCACAACACCTGGGGATACTGTTCTCGTCAAAATTAGGGTGGTCTGATTACAATGAAAGCATTGTAAAAGGAAAAAAAGTCTTACAAAAAACTAGGTTTACTCAAAAAATTAAAATTTACTGTATCAAGAGAAATCCTATTTCAAATGTATATTTCATTTATCAGACCACAA
Unaligned ( gi|13 ): TATATTAGATACTTCCAGTAAACCAAGCTGTAGGCCCAGATTGCATAATTCATAACCTGTTAAACTGTCTCTAAACCACTATTCATCATTGTCAGAAAAAAATGTGTCCATCTTTTTGGAAAACAGCTCATGTTATCTCTCCCTTATAAATAAGACGATCCCTCGATGGCTTCAAAGTATAGACCAGTGTCGCTATTGTCTTGTATCAGTACAATTATAGAGAGAATCGTTTT
Unaligned ( gi|15 ): ACAAAACAAGAAATTACTTGATATTGATTTTCAATAATCACTGTCATAAAGCAATGAGGTCTTGACATCATTATCATTGTAAAGATATTTTCTAAACCACTCTGCATATTAATCAACAAATCACCATCAAGTGCTATGCACTTTTCCACATTATTGGAAAATAGCACATGTTCTTCCATTATTCAAGAAGG
Unaligned ( gi|19 ): ATGATATTTTGGGGCGAAGAATTTATGATATCCACCCTCCCTGTAAACAAAGCTATTGGATCCGATTGTATTAGACATAGGATGTTGAAATCAAGTGTATGCTTTTCAATAAATCTCTTCGTGAAAAATCCTTGCCAAATTATTGGAAA
Unaligned ( gi|21 ): TTGGACTTTTATTTTTGTTGTATGTAAATGACGTAGCTGACAACATGGTGTCTGTATACAGATTATAAGCAGATGATAATTCGCTACAACAATGTTCAAACGATATCTGTCTTATTGAGCAAGAACTTAA
Unaligned ( gi|30 ): TATGTAAATGACGTAGCTGACAGCATGATGTCTGTTTGCAGATTATACGCTGATGATAATTCGCTACAACAATGTTCT
Unaligned ( gi|31 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCACTACTGTTCAATTCAAAATCTAAGTATAAA
Alignments
lowQualScore : 22222 1 2222 111111 3333333333333333 11 222222 111111 11111 11111 2222222222 11111 111111 33333333333333333 11111 77777777777777777777777777 1 77777777777777777 2222222 111 1111 111 11111 111 111 11111 111 111 222222222222 111 333333333 1 111 11111 1111 222222 444444444444444 22 11111 111111 111 111111 222222222222 1111 111 333333333 111 1
lowQualScore : 22222 3 3 8 0 8 8888 3 11 2 777777 88 0000000000000000 4 22 666666 222222 4 11111 1 0 0 22222 1111111111 11111 4 66 4 5 5 444444 5 66 5 44444444444444444 3 11111 1 8 0 22222222222222222222222222 0 8 3 0 88 0 3 999 33 2 3 3 2 3 1 0 7 33 22222222222222222 1 5 6666666 222 0 6 6 4444 111 2 44444 77 5 5 0 5 000 000 3 66666 111 6 77 5 000 222222222222 444 6 6 1 666666666 1 1 0 0 77 5 6 6 99 111 66666 99 4444 6 888888 5 222222222222222 5 33 44444 2 666666 777 1 1 666666 0 555555555555 1111 555 5 5 0 5 6 888888888 0 111 1 3 8 3 8 3 8 0 3 7 7
lowQualScore : ..... . . . . . .... . .. . ...... .. ................ . .. ...... ...... . ..... . . . ..... .......... ..... . .. . . . ...... . .. . ................. . ..... . . . .......................... . . . . .. . . ... .. . . . . . . . . .. ................. . . ....... ... . . . .... ... . ..... .. . . . . ... ... . ..... ... . .. . ... ............ ... . . . ......... . . . . .. . . . .. ... ..... .. .... . ...... . ............... . .. ..... . ...... ... . . ...... . ............ .... ... . . . . . ......... . ... . . . . . . . . . . .
lowQualScore : 00000 2 2 0 8 0 2222 7 77 8 222222 99 0000000000000000 4 22 111111 888888 4 11111 4 1 5 55555 9999999999 11111 4 11 4 0 0 444444 0 99 7 88888888888888888 2 88888 0 0 8 22222222222222222222222222 6 0 2 2 55 8 2 222 55 5 5 2 5 2 2 0 0 55 99999999999999999 4 6 0000000 000 8 7 7 2222 777 7 33333 99 0 7 4 7 000 000 2 77777 777 7 77 7 000 777777777777 000 7 7 0 444444444 4 4 9 1 99 7 7 7 22 777 77777 22 2222 7 000000 7 444444444444444 7 77 22222 7 444444 555 7 7 444444 1 111111111111 4444 777 7 7 7 7 7 000000000 2 888 0 8 8 2 0 8 0 0 2 3 3
consensus : GAATACGCTGTTCAAGTGTGGTCTG----GGTGCACAAAAGCGGAAATA-GAAAAAT-TAGAAAAAA-GGTTCAACTACACGCAGCCAGAATNGTA------ACTGGTCTT-ACAC---T--A----TT-GCTTC--AAAA---T--TCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAGAAGTTAGAAGAAATAGAGCTAAG-----CTTGTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTACAG--AATATTGCACCA-AATATTAGAAGCACTATTTCTGGATAATGC--C--TCGAAATTCTNTGAATTATTCAT-TACCAAAATGTAGGCTGGAAGTATTT--AATAAA--TC--TTATT-TCTGACACTGCCGAAAATTGGAATAATCTTAGTATCCACACAAGGGAAGCAACTTCCATTAAATC-TTTTTAAAAATGTTTGCAAAGCAC----NG-AGACCACCGAGATATTTT-------TCATTTGGGAAAAGATT--TTTTAATATAATCCATACA-AGGTTA-AGA----CAC---AATCG-----CA--TTTTAAACTC-CGACTT-ATTTCGTTG---TAACT---TAGTAGACAATCCAAATTGTTCGTGTGG-----ACT---AC-CG-GAAGATG-CTTAC---CATTTGTTTTTTG---TC-------TGTAAAAAATATAC---TACTGCTAGACATTGTT-TAATGAACAAATT-ACTATCATTCAACG---TATTTATTATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGGAATGAA-TCT-CT--TTC---TGATG-----TTCAAAATGTAG--AACTTTTC----AAAGTTATTCAATCT-TTTCTTGGTGAATGTGGTCG-----TTTTTTC-TAAAAAC-A---GAAA-----TAA-TAATGCACTATCTTACTTTT----TTATTCTATACGT------TACTTGT---ACACTCTGAAAACACAATTGG------TATTAA--------T---GTA---TTGC---ATTAACTTGT-ATATG-TTGTAAAATACTCAAAATGT-ATGGCAATT-TTATAAATTATTGTAATTATGAGAAGGGGAGAGGACAA--TCTANGTTTTTGAANTTGTGCCC-AATCCTTTTGGCACTAT-TGTCAATAA-ATATGTTCAATTCAA
Reference ( family-5692 ) : GAATACGCTGTTCAAGTGTGGTCTG----GGTGCACAAAAGCGGAAATA-GAAAAAT-TAGAAAAAA-GGTTCAACTACACGCAGCCAGAATNGTA------ACTGGTCTT-ANA----T--A----TT-GCTTC--AAAA---T--TCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAGAAGTTAGAAGAAATAGAGCTAAG-----CTTGTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTACAG--AATATTGCACCA-AATATTAGAAGCACTATTTCTGGATAATGC--C--TCGAAATTCTATGAATTATTCAT-TACCAAAATGTAGGCTGGAA-TATTT--AATAAA--CC--TTATT-TCTGACACTGCCGGAAATTGGAATAATCTTAGTATCCACACAAGGGAAGCAACTTCCATTAAATC-TTTTTAAAAATGTTTGCAAAGCAC----GGGAAACCACCGAGATATTTT-------TCATTTGGGAAAAGATT--TTTTAATATAATCCATACA-AGGTTA-AGA----CAC---AATCG-----CA--TTTTAAACTC-CGACTT-ATTTCGTTG---TAACT---TAGTAGACAATCCAAATTGTTCGTGTGG-----ACT---AC-CG-GAAGATG-CTTAC---CATTTGTTTTTTG---TC-------TGTAAAAAATATAC---TACTGCTAGACATTGTT-TAATGAACAAATT-ACTATCATTCAACG---TATTTATTATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGGAATGAA-TCT-CT--TTC---TGATG-----TTCAAAATGTAG--AACTTTTC----AAAGTTATTCAATCT-TTTCTTGGTGAATGTGGTCG-----TTTTTTC-TAAAAAC-A---GAAA-----TAA-TAATGCACTATCTTACTTTT----TTATTCTATACGT------TACTTGT---ACACTCTGAAAACACAATTGG------TATTAA--------T---GTA---TTGC---ATTAACTTGT-ATATG-TTGTAAAATACTCAAAATGT-ATGGCAATT-TTATAAATTATTGTAATTATGAGAAGGGGAGAGGACAA--TCTANGTTTTTGAANTTGTGCCC-AATCCTTTTGGCACTAT-TGTCAATAA-ATATGTTCAATTCAA
gi|1 : GAATACGCTGTTCAAGTGTGATCTT----GGTGCACAAAAGCGGAAATA-GAAAAAA-TAGAAAAA---GTTCAACTACATGCAGCCAGAATTGTA------ACTGGTCAT-ACACT--T--A----TT-GCTTA--AAAAA--T--TCAT------TATAT-TTA-----AAAATAGGCTGGGAACCTGTAGAAGTTAGAAGAAATAGAGCTAAG-----CTTGTAAA-----------ATGTAC-----AAG-A--T-AAACAATA-A------------------T-TTATCTACAG--AATATTGCACCA-AATATTAAAAGCACTAT
gi|11 : aatgatttttgtcctgacagaacaagaaattaatgacattatatttattattcctataaacaaagctataggtccagacggcatcagtcacacaatgttaaagtcctgtaaggacacaatttcaaaaccattatgtaaactttttaataaatcactttcattaaaaacctttccagactgttggaaattagcacgcgtaattcctttattaaagcaagatgacccctctgctccttgcaattacagaccagtgtcgttgctgagttgtatttataaaatatttgaaaggataatttttaaacatattcttttataaatatcaagcaagatttttaccaggtcattctacagtgtatcagttcctagaaacatatcactttattgttgaaagtattgacaatggtgattattgttgtatggtcgttagtgatttatctaaagcttttgatatattttggcataagagtctaattcacaaacttcatatgtatggtatcattggttcaattttacaatggtttagtagttacttaattaacaaaacgcaaaaagtaatgtacagaaacttaaattcctctgtgagaagtgtataagctggtgtgcctcaaggctctgttcttgaaccaattttatttttgttgtatgtaggtgacgtagcttacatcatggtgtctgtttgcagattatacgctgatgataattcgctacaacaatgctcagataacatatgtattattgagcaaaaacttaataatgagatggatggtcaaaaaatggttattgaaatttaagccccactaacaaaactatactttttcatctaaaaaatgtgcaacaacttcctgaattatattttgataattgtcagttaaagtatgttacacaccacaaacacctgttctcgtcaaaattaggatggtctgattacatcgaaggcattgtgaaaaaggcttacaaaaaaaggtttattcaaaagattaaaatttactatatcaaaagaaatcctatctcagaatcctatctcagatgtatatttcatttatcaaaccgcaacttATTG-----TA--TTTTAAACTC-CGACTA-AAATCGTTG---TAA---------------TCCAAATTGTTCGTGTGG-----ACT---AC-TG-GAAGATG-CTTAC---TATCTGTTTTTTG---TG-------TGT-AAAAATATAC---TTCTGCTAGACA----T-TAATGAACAAATT-ACTATCATTGAACA--------ATAA---------ATTTAT--T-GTTATGGGGAAATGAA-TCT-CT--CTC---TGATG-----TACAAAATGTAG--AACTTTTC----AAAGTTATTCAATCT-TTTCATAGTGAATATGG---------TTTTTCATGAAAA--A---AAAA------AA-TACTTAACAATCTTAATTTTACGAATATTCTACA
gi|12 : G---TATTTATTATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGGAATGA--TCT-CT--T-C---TAATG-----TT-AAAATGTAG--AACTTTTC----AAAGCTATTTAATCT-TTCCTTGGTGAATGTGGTCG-----TTTCTTC-TAAAAACAA---GTAA-----TAATTAATGCAATATCTTAC--TT----TTATTCTATTCGT------TACTTGTCTAACAATCT
gi|12 : aaaaaacctgatatacgACAA--TCTATGTTTTTGAACTTGTGCCC-GATCCTTTTGACACTAT-TGTCAATAatgtttttgaacttgtgcccgatccttttgacactattgtcaatacaaaaaggcaacgttaacattgtgtcaagtaaattg
gi|14 : aaaaaacctgatatacggtatttattattgatgtgcatttattgttatgggggaatgatctcttctaatgttaaaatgtagaacttttcaaagctatttaatctttccttggtgaatgtggtcgtttcttctaaaaacaagtaataattaatgcaatatcttacttttattctattcgttacttgtctaATACATAGGTTA-AGG----CACCACAATCGGGGACCACTTTTTAAACTCTCGAATT-ATTTCGTTGTAATAACT---TAGTAGAC---CCCAATTGTTCACTTGGATGGAACTGAAACTCGAGAAGATGACTTACATGTATATGTTTTCTGAGCTCTGATATATGTACAAAATATAcaaaaaggcaacgttaacattgtgtcaagtaaattg
gi|16 : ATTTAT-ATTGATGTGCATTTAT--TTGTTATGGGGGAATGAA-TCT-CT--TTC---TAATG-----TTCAAAAT-TAG--AACTTTTC----AAAGCTATTTAATCTCTTCCTTGGTGAATGTGGTCG-----TTTCTTC-TAAAAAC-AAGTAAAA-----TAA-TAATGCAATATCTTAC--TT----TTATTCTATTCGT------TACTTGTCTAACAATCTaataacttggctattgtgactcgataaggattatat
gi|17 : CCAGAATTGTA------ACTGGTCTT-ACACTTAT--A----TT-GCTTC--AAAA---AGATCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAAAAGTTAGAAGAAATAGAGGTAAG-----CTTGTAACTACATGAGTGTATGTAC-----AAA-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTACAG--AATATCGCACCA-AATAT
gi|18 : AAACACA--TGGGTGAGTTATGAA--------T---GTAGAGTTACC--ATTAACTAGTTATCTGATTAGAGAATA-TCAAA-TGTTATGGTCATTATTATAACTTATTGTGATTATGAGAAGGGGAGGGGCCA--------GTGTTTGATATTGTG-TC-AACTTTTTTGGCACTATGTGT-AATAA-AT
gi|2 : ctccGAATACGCTGTTCAAGTATGGTCTG----TGTGCACAAAAGCGGAAATA-GAAAAAT-TAGAAAAAAAGGTTCAACTATATGCAGCTAGAATCTTA------ATTTGTCTT-AAA----T--A----TT-GCTTC--AAA----T--TCAT------TATGT-TTA-----GAAACAGCCTGGGACCCTTTAAAAGTTAGGAAATATAGAGCTAAT-----CCTGTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--T-ACATAGTA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTACAA--AATA-TGCACAA-AATATTAGAAGCACAATTTCTGGGTAATGT--C--TCGAAATTTAATGAATTATTCAT-TACCAAAATGCAGGTTGGAATTATTT--AATAAAGCCT--TTATT-TCTGACACTGCCAAACATTGGAATAATCATAGTATTCAGACAAGGGAAGCAACTTCCATTAAACC-TTTTTAAAAATGTTTGCAAAGCACTGTTGAAAAACCTCCAAGATATTTT-------TCATTTGGGATAATATT--TTTTAATATAATGCACACA-AAGTTA-ATA----CAT---AATGG-----TA--TTTTAAACTC-TGACTT-ATTTTTTTG---TAACTTTATAGTAGACAATCCAAGTTGTTCATGTG------------------------------------TTT-----TTG---TG-------TGTAACAAATATAC---TACTGTTACACATTGTT-TAATAAACAAATT-ATTATCATTTAACGAAATATTTATCATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGAAATGAA-TC-------TC---TGATG-----TACAAAGTGTGG--AAATTTTT----AAAGTTATTCAATCT-TTTCTTAGTTAATGTGGTCGAGGGTTTTTTTT-TGGTGGT-G---GTGAGGGGGTGA-TAATGTACTATCTTATTTTT----TTCTTCTATATGT------TACTTGT---ACGCTCTGAAAACACAATTGG------TATTAA--------T---ATA---TTGC---ATTAACTTGT-ATCTG-TTGTTAAATACTCAAAATGT-ATGTCAATT-TTATAAATAATTGTAAT---------GGGAGATAACAA--TCAAAATTTTTGAA-TTGTGTCC-AATCCTTTTGGCACTAT-TGTCAATAA-ATATA--CAATTCAA
gi|20 : TTTTC-TAAAAAC-A-----AG-----TAA-TAATGTACTATCTTACTTAT------ATTCTATATGT------TACTTGT---ACACTCTGAAAACACAATTGG------TATTAA--------T---GTA---GTGC---ATTAATTTGT-ATATG-TTGTAAAATACTCAAAATGT-ATaattcaatcgtcgt
gi|22 : gaatgagaatacacT----TTATTCTATATGC------TATTT-T---GCTCTCTGGAAACGCATTTGG------TATC---------------TA----------ATTAACTTAT-ATATG-TTGTAAAATGCACAATATGT-ATGCCATTC-CTATAAATTACTGT
gi|23 : ttaatgatagattgtaaattatacaC-----AAG-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTTCAG--AAAATTTCACCA-AATATTAGAAACACTATTC-----TAAT-------TC-AAATTCTTTGAATTATTCAT-TACCAAAATGTAGGCT-------------ATAA---------ATT-CCTGACAC
gi|24 : ACCACCAAAATATTTTTTGTTTTTCATTTGGAAAAAGATT--ATTAAATGTAATCCACACA-AGGTAA-AGA----TAT---AATTG-----CA--TTTTAAACTT-AGACTT-ATTTCGTTT---TAACT---TAGTAGACAATC
gi|25 : GTA------ACTGGTCTT-ACACT--T--A----TT-GCTTC--AAAACA-T--TCAT------TATAG-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAGAAGCTAGAAGAAATAGAGCTAAG-----CTTGTAAC----------TATGTAC-----ACG-A--T-ATATA
gi|26 : TTTT---ACACTCTGAAAACACAATTGA------CATTAA--------TAATGTA---TTGC---ATTAATTTGT-ATATG-TTGTAAAGTAGTTAAAAAGT-ATGGCAATT-TTATAAATTATTGTAA
gi|27 : A-GATTCAGTCATACACAGCGAGAATAGTT------ACAGGCCTTTCAA----T--G----CTAGATTCCAGAAA---T--TCAC------TGTGT-TTG-----GAAACCGAATGGGAACCTTTAG
gi|28 : GATAAGACAA--TATACGTTTTTGAAATTGTGCCC-ATTCCTTTTAGCACTGT-TGTCAATAAGATATGTTCAATTCAA
gi|29 : catactgtGGGAGAGGGCAAGATCTAAGTTTATGAACTTGTGCCCCAATCCTTTTGGCATT-T-TGTCAATAA-A-ATGTTC-ATTCAAttc
gi|3 : tgtgatGAATACGCTGTTGAAGTATGGTCTGCATGGATGTACAAAA------ATA-GA----TGTAGAAAAA---GTCCAACTACATGCTGCAAGAATAGTACATGCAACAGGTCTT-ACA----TTAA----TT-GCCTCTAGAAA---T--TCAC------TATAT-ATA-----GAAACAGGTTGAGAACCTTTt
gi|32 : tactctactgtgaaaagtattgatgatggtaaatatggtttcctgtaatttatctaaagtttttggcggggtctatcacaaaggcccaatatacagacttaaaatgtacggaataaacagacatatcttaaaatggtttggtatttattgaagtaacagaatacaaaaagttatgtacaggaatttattttcctctgtgagatatgttagagctggagtgcctcaagaatcagttcttggaccacttttgtttttgctatatgtgaatgatgttgctagaaagatgatctcagtttgcagatatatgcagacggttactcattacaaaattgctcagataatataagctatattgaacaagtccttaatcatgacctaggaatattagatgaatggtcaaagatataggtactacccccccccaaaaaaaaaccccaacaacaaacaaacaaaaaaccaaagctgttttatttcatctagaaatatatatcccaatctatcttttgataattgccaattagaatatgtctattatcacagacgtttaggaatcctgtcgtcttcaaaactagagcggtctgaatacaatgacaacattgtatagaaagcatacaccccccccgcccccaaaccccccccccccccccgagttgatttacttaaaatcagtttcaaggatattctgtcccaaatgtatatatcttttattagaccacaacttGTGG-----ATT---AC-CG-GAAGATG-CTTAC---CATTTGTTATTT
gi|4 : GAATATGCTGTTCAAGTGTGGCATG----GGTACACAAAAACGGAAATA-GAAAAAT-TAGAAAAA---GATCAACTACATGGAGCCCGA----TAC-----ACT--------------T--A----TT-GCTTT--AAAAAAAT--TCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAGAAGTTAGAA-------------------CTTGTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TC---T-TTATCTATAG--AATATTGCACCA-AATATTAGAAGCACTATTTCTGGAT-ATGCTAC--TCGAAA-------------TCAA-TACCAA-------GCTGGAAGTAATTGGAAT-AA--TC--TTAGTATCC-ACAC------AAG--GGAAGCAGCT-----TCCAT-TAA-------ATCTT---TTAAAAA-TGTTTGAAAA-----GCAGGGGA-----AGCAGACCACCAAGATATTTT-------TCATTTGGGAAAATATT--TTTTAATATAATCCATACA-AGGTTA-AGATATGCAC---AATTG-----TA--TTTT----------TTT-TTTTCGTTG---TAACT---TAGTAGACAATCCAAATTGTTCGTGTGG-----ACT---AC-CG-TAAGATG-CTTAC---CATTTGTTTTTTG---TC-------TGTAAAAAATATAC---TACTGCTAGACATTGTTAAAATGAATA----------CATT----G---TA-TTATTATTGATGTCAATTT-T--T-GTT-TGGGGGAATGA
gi|5 : acaacttATCTTTGGAAAC-AGTAGGAAAAGAGCTAAG-----CTTGTAAC----------TATGTAC-----AGG-A--T-AAATAATA-ATT-TAGT------ACCTCT-TTAACTACAG--AATATTGCACCA-AATAT--------------CTGGATA-TGC--TATTCGAAATTCTATGAAATATTCAT-TTCCGAAATGTAGACTGGAAGTATTT--AATAAA--TCCATTATT-CTTGACACTGTCAGAAATTGGAATAATCTTAGTATCCACACAAGGGAAGCAACTTCCATTAAATCATTTTTAAAAATGTTTGCAAAGCAC---------------------TTTT-------TCATTTGGGAAAAGATT--GTTTAATATAATCCATACA-ACGTTA-AGA----CGC---AATTG-----CA--TTTAAAGCTC-CGATTT-ATTTCGTTG---TATCT---TAGTGGACAATCCAAATTGTTAGTGTGG-----ACT---AC-CG-AAAGATG-CTTAC---CATTTATTTTTTG---TC-------TGTAAAAAATATACTAGTACTGCTAGACATTGTT-TAATGA--AAATT-ACTATCATTCA
gi|6 : ATACGCTGTTCGGGGGTGGTAT-----GGTG-ACAAAA-CGAAAATAGGAAAAAT-TAGGAAAAG-G--TCAACTA-AC-CAGCCAAAATGG-A------ACT-GTCTA-CCAC---T--A----TT-GCTCA--AAAG---C--TAATGTATAATACATGTTATGATTAAAACAGGCTGGGAACCTTTA--------AAGAAATAGAGCTAAGGAAGTCTT-TAAC----------TATGTACTTGCTAAGTAGTT-ACACAATATATTATAGTTTTCGATCCTCCGTTATCTACAG---ATATT
gi|7 : ctgattagagtacatgcccttacacacacaacaccgggatactgtccgtcaacagataatccataggaggtctgattacatcggaagaaacttcaataaggattacaactagggttcactccaattaaattaagtacctgttcagaatatcatatctcaaaatgttattaatttcatttatcagccacaacttaagAATCGTA------AC--GTCTT-GTG----C--AGTTTTT-GCTTC--AAAAAA-T--TCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGAG-ACCTTTAGAA-TTAGAAGGAAAAGAGCTAAG-----CTTTTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--TAACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTAAATTCAGGAAAAATTTCACCATAATATTAGAAACACTATC------TAAT----C--TCAAAA-TCTTTGAATTATTCATCTACCAAAATGTAGGCT-------------ATAA-----------T-TCTGACACTGCCGAAGATTGGAATAATCTTTCTATCATCACAAGGGATGCAAC-CCCA-TAAATC-TTTTT-CAAATATTTGCAAAGCAC----TG-------TTGAAAT-TTTT-------TTATTT-GGAAAAGACTTGTTTTAATA-AATCCATACA-AGTTCAGAGC----TAT---AAACG-----TA--TGTT-AACTC-CGATTTCATTTCGTCG---TAACT---TAGTAGA
gi|8 : TG-CTTAC---CATTTGGTTTTTG---TC-------TGAAAACAATATAC---TACTGCTAGACATTGTT-TAATGAACAAATTTAATATCATT---------ATT-AT-ATCGATGTGCATTTGTACT-CTTA-GAGGGAATGAAATCTTCTGGTTCAAATGATGACTTTTTCAAAATGTAAGCAACTTTTCTTCAAAAATTATTCAATCT-TTTCTTGGTGAATGCGGTCG------TTTTTC-TAACGAC------AAA-----TAA-TAATGCACTATCTTAC--TT----ATATTCTATATGTTACATATACTTGT---ACACCTTG-AAACACAATTTG------TATTGA--------T---GTA---TTGC---ACTAACTTGT-ATATA-TTGTAAAATACTCAAAATGT-ATGGCAATC-CTATAAATTGTTGTA
gi|9 : CTGCTAGACATTGTT-TAATGAACAAATT-ACGTTCATTCAACGATATATTTATTATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGGAATGAA-TCT-CT--TTC---TGATG-----TTCAAAATGTTG--AACTTTTC----AAAGTTATTCAATCT-TTTCTTGATGAATGTGGTCG------TTTTTC-TAAAAAC-A-------------AG-TAATGCACTATCTTAC--TT----TTA-TCTATAAGT------TACTTGT---ACACTCT-AAAACACAACTGG------AATTAATTTACATGT---GTA---TTGCATAATTAATGTGT-AAATG---GTAAAATACTCAAAATGT-ATGGCAATT-TTATATACTATAATAAT
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TTTAGATGAATGGTAAAAAAAAAATGGTTATTGAAAACCCCCCACAAAACTAAAGCTATATTTTTAACATCTCAAAAATATGCAACAACTTCCTGAATTATTTTTTGATAACTGTCAGAGTATGTTACACATCACAACACCTGGGGATACTGTTCTCGTCAAAATTAGGGTGGTCTGATTACAATGAAAGCATTGTAAAAGGAAAAAAAGTCTTACAAAAAACTAGGTTTACTCAAAAAATTAAAATTTACTGTATCAAGAGAAATCCTATTTCAAATGTATATTTCATTTATCAGACCACAA
Unaligned ( gi|13 ): TATATTAGATACTTCCAGTAAACCAAGCTGTAGGCCCAGATTGCATAATTCATAACCTGTTAAACTGTCTCTAAACCACTATTCATCATTGTCAGAAAAAAATGTGTCCATCTTTTTGGAAAACAGCTCATGTTATCTCTCCCTTATAAATAAGACGATCCCTCGATGGCTTCAAAGTATAGACCAGTGTCGCTATTGTCTTGTATCAGTACAATTATAGAGAGAATCGTTTT
Unaligned ( gi|15 ): ACAAAACAAGAAATTACTTGATATTGATTTTCAATAATCACTGTCATAAAGCAATGAGGTCTTGACATCATTATCATTGTAAAGATATTTTCTAAACCACTCTGCATATTAATCAACAAATCACCATCAAGTGCTATGCACTTTTCCACATTATTGGAAAATAGCACATGTTCTTCCATTATTCAAGAAGG
Unaligned ( gi|19 ): ATGATATTTTGGGGCGAAGAATTTATGATATCCACCCTCCCTGTAAACAAAGCTATTGGATCCGATTGTATTAGACATAGGATGTTGAAATCAAGTGTATGCTTTTCAATAAATCTCTTCGTGAAAAATCCTTGCCAAATTATTGGAAA
Unaligned ( gi|21 ): TTGGACTTTTATTTTTGTTGTATGTAAATGACGTAGCTGACAACATGGTGTCTGTATACAGATTATAAGCAGATGATAATTCGCTACAACAATGTTCAAACGATATCTGTCTTATTGAGCAAGAACTTAA
Unaligned ( gi|30 ): TATGTAAATGACGTAGCTGACAGCATGATGTCTGTTTGCAGATTATACGCTGATGATAATTCGCTACAACAATGTTCT
Unaligned ( gi|31 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCACTACTGTTCAATTCAAAATCTAAGTATAAA
Alignments
lowQualScore : 22222 1 2222 111111 222 11 222222 111111 11111 11111 2222222222 11111 111111 11111111 3333 1 444444444444444444444444 1 6666666666666666 2222222 111 1111 111 11111 111 111 11111 111 111 222222222222 111 333333333 1 111 11111 1111 222222 444444444444444 22 11111 111111 111 111111 222222222222 1111 111 333333333 111 1
lowQualScore : 22222 3 3 8 0 8 8888 3 11 2 222222 88 7777 111 4 4 22 666666 222222 4 11111 1 0 0 22222 1111111111 11111 4 66 4 5 5 444444 5 66 5 44444444 5555 3 0 44 1 8 0 999999999999999999999999 0 8 3 0 4 77 999 33 2 3 3 2 3 1 0 7 33 1111111111111111 1 5 6666666 222 0 6 6 4444 111 2 44444 77 5 5 0 5 000 000 3 66666 111 6 77 5 000 222222222222 444 6 6 1 666666666 1 1 0 0 77 5 6 6 99 111 66666 99 4444 6 888888 5 222222222222222 5 33 44444 2 666666 777 1 1 666666 0 555555555555 1111 555 5 5 0 5 6 888888888 0 111 1 3 8 3 8 3 8 0 3 7 7
lowQualScore : ..... . . . . . .... . .. . ...... .. .... ... . . .. ...... ...... . ..... . . . ..... .......... ..... . .. . . . ...... . .. . ........ .... . . .. . . . ........................ . . . . . .. ... .. . . . . . . . . .. ................ . . ....... ... . . . .... ... . ..... .. . . . . ... ... . ..... ... . .. . ... ............ ... . . . ......... . . . . .. . . . .. ... ..... .. .... . ...... . ............... . .. ..... . ...... ... . . ...... . ............ .... ... . . . . . ......... . ... . . . . . . . . . . .
lowQualScore : 00000 2 2 0 8 0 2222 7 77 8 888888 88 9999 111 4 4 22 111111 888888 4 11111 4 1 5 55555 9999999999 11111 4 11 4 0 0 444444 0 99 7 66666666 2222 2 6 88 0 0 8 000000000000000000000000 6 0 2 2 2 88 222 55 5 5 2 5 2 2 0 0 55 4444444444444444 4 6 0000000 000 8 7 7 2222 777 7 33333 99 0 7 4 7 000 000 2 77777 777 7 77 7 000 777777777777 000 7 7 0 444444444 4 4 9 1 99 7 7 7 22 777 77777 22 2222 7 000000 7 444444444444444 7 77 22222 7 444444 555 7 7 444444 1 111111111111 4444 777 7 7 7 7 7 000000000 2 888 0 8 8 2 0 8 0 0 2 3 3
consensus : GAATACGCTGTTCAAGTGTGGTCTG----GGTGCACAAAAGCGGAAATA-GAAAAAT-TAGAAAAAA-GGTTCAACTACACGCAGCCAGAATNGTA------ACTGGTCTTACAC---TT--A-TT-GCTTC--AAAA---T--TCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAGAAGTTAGAAGAAATAGAGCTAAG-----CTTGTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTACAG--AATATTGCACCA-AATATTAGAAGCACTATTTCTGGATAATGCTACTCGAAATTCTNTGAATTATTCAT-TACCAAAATGTAGGCTGGAAGTATTT--AATAAATCC-TTATT-TCTGACACTGCCGAAGATTGGAATAATCTTAGTATCCACACAAGGGAAGCAACTTCCATTAAATC-TTTTTAAAAATGTTTGCAAAGCACTG-----AGACCACCGAGATATTTT-------TCATTTGGGAAAAGATT--TTTTAATATAATCCATACA-AGGTTA-AGA----CAC---AATCG-----CA--TTTTAAACTC-CGACTT-ATTTCGTTG---TAACT---TAGTAGACAATCCAAATTGTTCGTGTGG-----ACT---AC-CG-GAAGATG-CTTAC---CATTTGTTTTTTG---TC-------TGTAAAAAATATAC---TACTGCTAGACATTGTT-TAATGAACAAATT-ACTATCATTCAACG---TATTTATTATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGGAATGAA-TCT-CT--TTC---TGATG-----TTCAAAATGTAG--AACTTTTC----AAAGTTATTCAATCT-TTTCTTGGTGAATGTGGTCG-----TTTTTTC-TAAAAAC-A---GAAA-----TAA-TAATGCACTATCTTACTTTT----TTATTCTATACGT------TACTTGT---ACACTCTGAAAACACAATTGG------TATTAA--------T---GTA---TTGC---ATTAACTTGT-ATATG-TTGTAAAATACTCAAAATGT-ATGGCAATT-TTATAAATTATTGTAATTATGAGAAGGGGAGAGGACAA--TCTANGTTTTTGAANTTGTGCCC-AATCCTTTTGGCACTAT-TGTCAATAA-ATATGTTCAATTCAA
Reference ( family-5692 ) : GAATACGCTGTTCAAGTGTGGTCTG----GGTGCACAAAAGCGGAAATA-GAAAAAT-TAGAAAAAA-GGTTCAACTACACGCAGCCAGAATNGTA------ACTGGTCTTACAC---T---A-TT-GCTTC--AAAA---T--TCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAGAAGTTAGAAGAAATAGAGCTAAG-----CTTGTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTACAG--AATATTGCACCA-AATATTAGAAGCACTATTTCTGGATAATGC--CTCGAAATTCTNTGAATTATTCAT-TACCAAAATGTAGGCTGGAAGTATTT--AATAAATC--TTATT-TCTGACACTGCCGAAAATTGGAATAATCTTAGTATCCACACAAGGGAAGCAACTTCCATTAAATC-TTTTTAAAAATGTTTGCAAAGCACNG-----AGACCACCGAGATATTTT-------TCATTTGGGAAAAGATT--TTTTAATATAATCCATACA-AGGTTA-AGA----CAC---AATCG-----CA--TTTTAAACTC-CGACTT-ATTTCGTTG---TAACT---TAGTAGACAATCCAAATTGTTCGTGTGG-----ACT---AC-CG-GAAGATG-CTTAC---CATTTGTTTTTTG---TC-------TGTAAAAAATATAC---TACTGCTAGACATTGTT-TAATGAACAAATT-ACTATCATTCAACG---TATTTATTATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGGAATGAA-TCT-CT--TTC---TGATG-----TTCAAAATGTAG--AACTTTTC----AAAGTTATTCAATCT-TTTCTTGGTGAATGTGGTCG-----TTTTTTC-TAAAAAC-A---GAAA-----TAA-TAATGCACTATCTTACTTTT----TTATTCTATACGT------TACTTGT---ACACTCTGAAAACACAATTGG------TATTAA--------T---GTA---TTGC---ATTAACTTGT-ATATG-TTGTAAAATACTCAAAATGT-ATGGCAATT-TTATAAATTATTGTAATTATGAGAAGGGGAGAGGACAA--TCTANGTTTTTGAANTTGTGCCC-AATCCTTTTGGCACTAT-TGTCAATAA-ATATGTTCAATTCAA
gi|1 : GAATACGCTGTTCAAGTGTGATCTT----GGTGCACAAAAGCGGAAATA-GAAAAAA-TAGAAAAA---GTTCAACTACATGCAGCCAGAATTGTA------ACTGGTCATACAC---TT--A-TT-GCTTA--AAAAA--T--TCAT------TATAT-TTA-----AAAATAGGCTGGGAACCTGTAGAAGTTAGAAGAAATAGAGCTAAG-----CTTGTAAA-----------ATGTAC-----AAG-A--T-AAACAATA-A------------------T-TTATCTACAG--AATATTGCACCA-AATATTAAAAGCACTAT
gi|11 : aatgatttttgtcctgacagaacaagaaattaatgacattatatttattattcctataaacaaagctataggtccagacggcatcagtcacacaatgttaaagtcctgtaaggacacaatttcaaaaccattatgtaaactttttaataaatcactttcattaaaaacctttccagactgttggaaattagcacgcgtaattcctttattaaagcaagatgacccctctgctccttgcaattacagaccagtgtcgttgctgagttgtatttataaaatatttgaaaggataatttttaaacatattcttttataaatatcaagcaagatttttaccaggtcattctacagtgtatcagttcctagaaacatatcactttattgttgaaagtattgacaatggtgattattgttgtatggtcgttagtgatttatctaaagcttttgatatattttggcataagagtctaattcacaaacttcatatgtatggtatcattggttcaattttacaatggtttagtagttacttaattaacaaaacgcaaaaagtaatgtacagaaacttaaattcctctgtgagaagtgtataagctggtgtgcctcaaggctctgttcttgaaccaattttatttttgttgtatgtaggtgacgtagcttacatcatggtgtctgtttgcagattatacgctgatgataattcgctacaacaatgctcagataacatatgtattattgagcaaaaacttaataatgagatggatggtcaaaaaatggttattgaaatttaagccccactaacaaaactatactttttcatctaaaaaatgtgcaacaacttcctgaattatattttgataattgtcagttaaagtatgttacacaccacaaacacctgttctcgtcaaaattaggatggtctgattacatcgaaggcattgtgaaaaaggcttacaaaaaaaggtttattcaaaagattaaaatttactatatcaaaagaaatcctatctcagaatcctatctcagatgtatatttcatttatcaaaccgcaacttATTG-----TA--TTTTAAACTC-CGACTA-AAATCGTTG---TAA---------------TCCAAATTGTTCGTGTGG-----ACT---AC-TG-GAAGATG-CTTAC---TATCTGTTTTTTG---TG-------TGT-AAAAATATAC---TTCTGCTAGACA----T-TAATGAACAAATT-ACTATCATTGAACA--------ATAA---------ATTTAT--T-GTTATGGGGAAATGAA-TCT-CT--CTC---TGATG-----TACAAAATGTAG--AACTTTTC----AAAGTTATTCAATCT-TTTCATAGTGAATATGG---------TTTTTCATGAAAA--A---AAAA------AA-TACTTAACAATCTTAATTTTACGAATATTCTACA
gi|12 : G---TATTTATTATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGGAATGA--TCT-CT--T-C---TAATG-----TT-AAAATGTAG--AACTTTTC----AAAGCTATTTAATCT-TTCCTTGGTGAATGTGGTCG-----TTTCTTC-TAAAAACAA---GTAA-----TAATTAATGCAATATCTTAC--TT----TTATTCTATTCGT------TACTTGTCTAACAATCT
gi|12 : aaaaaacctgatatacgACAA--TCTATGTTTTTGAACTTGTGCCC-GATCCTTTTGACACTAT-TGTCAATAatgtttttgaacttgtgcccgatccttttgacactattgtcaatacaaaaaggcaacgttaacattgtgtcaagtaaattg
gi|14 : aaaaaacctgatatacggtatttattattgatgtgcatttattgttatgggggaatgatctcttctaatgttaaaatgtagaacttttcaaagctatttaatctttccttggtgaatgtggtcgtttcttctaaaaacaagtaataattaatgcaatatcttacttttattctattcgttacttgtctaATACATAGGTTA-AGG----CACCACAATCGGGGACCACTTTTTAAACTCTCGAATT-ATTTCGTTGTAATAACT---TAGTAGAC---CCCAATTGTTCACTTGGATGGAACTGAAACTCGAGAAGATGACTTACATGTATATGTTTTCTGAGCTCTGATATATGTACAAAATATAcaaaaaggcaacgttaacattgtgtcaagtaaattg
gi|16 : ATTTAT-ATTGATGTGCATTTAT--TTGTTATGGGGGAATGAA-TCT-CT--TTC---TAATG-----TTCAAAAT-TAG--AACTTTTC----AAAGCTATTTAATCTCTTCCTTGGTGAATGTGGTCG-----TTTCTTC-TAAAAAC-AAGTAAAA-----TAA-TAATGCAATATCTTAC--TT----TTATTCTATTCGT------TACTTGTCTAACAATCTaataacttggctattgtgactcgataaggattatat
gi|17 : CCAGAATTGTA------ACTGGTCTTACAC---TTATA-TT-GCTTC--AAAA---AGATCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAAAAGTTAGAAGAAATAGAGGTAAG-----CTTGTAACTACATGAGTGTATGTAC-----AAA-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTACAG--AATATCGCACCA-AATAT
gi|18 : AAACACA--TGGGTGAGTTATGAA--------T---GTAGAGTTACC--ATTAACTAGTTATCTGATTAGAGAATA-TCAAA-TGTTATGGTCATTATTATAACTTATTGTGATTATGAGAAGGGGAGGGGCCA--------GTGTTTGATATTGTG-TC-AACTTTTTTGGCACTATGTGT-AATAA-AT
gi|2 : ctccGAATACGCTGTTCAAGTATGGTCTG----TGTGCACAAAAGCGGAAATA-GAAAAAT-TAGAAAAAAAGGTTCAACTATATGCAGCTAGAATCTTA------ATTTGTCTTAAA----T---A-TT-GCTTC--AAA----T--TCAT------TATGT-TTA-----GAAACAGCCTGGGACCCTTTAAAAGTTAGGAAATATAGAGCTAAT-----CCTGTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--T-ACATAGTA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTACAA--AATA-TGCACAA-AATATTAGAAGCACAATTTCTGGGTAATGT--CTCGAAATTTAATGAATTATTCAT-TACCAAAATGCAGGTTGGAATTATTT--AATAAAGCCTTTATT-TCTGACACTGCCAAACATTGGAATAATCATAGTATTCAGACAAGGGAAGCAACTTCCATTAAACC-TTTTTAAAAATGTTTGCAAAGCACTGTTGAAAAACCTCCAAGATATTTT-------TCATTTGGGATAATATT--TTTTAATATAATGCACACA-AAGTTA-ATA----CAT---AATGG-----TA--TTTTAAACTC-TGACTT-ATTTTTTTG---TAACTTTATAGTAGACAATCCAAGTTGTTCATGTG------------------------------------TTT-----TTG---TG-------TGTAACAAATATAC---TACTGTTACACATTGTT-TAATAAACAAATT-ATTATCATTTAACGAAATATTTATCATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGAAATGAA-TC-------TC---TGATG-----TACAAAGTGTGG--AAATTTTT----AAAGTTATTCAATCT-TTTCTTAGTTAATGTGGTCGAGGGTTTTTTTT-TGGTGGT-G---GTGAGGGGGTGA-TAATGTACTATCTTATTTTT----TTCTTCTATATGT------TACTTGT---ACGCTCTGAAAACACAATTGG------TATTAA--------T---ATA---TTGC---ATTAACTTGT-ATCTG-TTGTTAAATACTCAAAATGT-ATGTCAATT-TTATAAATAATTGTAAT---------GGGAGATAACAA--TCAAAATTTTTGAA-TTGTGTCC-AATCCTTTTGGCACTAT-TGTCAATAA-ATATA--CAATTCAA
gi|20 : TTTTC-TAAAAAC-A-----AG-----TAA-TAATGTACTATCTTACTTAT------ATTCTATATGT------TACTTGT---ACACTCTGAAAACACAATTGG------TATTAA--------T---GTA---GTGC---ATTAATTTGT-ATATG-TTGTAAAATACTCAAAATGT-ATaattcaatcgtcgt
gi|22 : gaatgagaatacacT----TTATTCTATATGC------TATTT-T---GCTCTCTGGAAACGCATTTGG------TATC---------------TA----------ATTAACTTAT-ATATG-TTGTAAAATGCACAATATGT-ATGCCATTC-CTATAAATTACTGT
gi|23 : ttaatgatagattgtaaattatacaC-----AAG-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTTCAG--AAAATTTCACCA-AATATTAGAAACACTATTC-----TAAT-----TC-AAATTCTTTGAATTATTCAT-TACCAAAATGTAGGCT-------------ATAA-------ATT-CCTGACAC
gi|24 : ACCACCAAAATATTTTTTGTTTTTCATTTGGAAAAAGATT--ATTAAATGTAATCCACACA-AGGTAA-AGA----TAT---AATTG-----CA--TTTTAAACTT-AGACTT-ATTTCGTTT---TAACT---TAGTAGACAATC
gi|25 : GTA------ACTGGTCTTACAC---TT--A-TT-GCTTC--AAAACA-T--TCAT------TATAG-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAGAAGCTAGAAGAAATAGAGCTAAG-----CTTGTAAC----------TATGTAC-----ACG-A--T-ATATA
gi|26 : TTTT---ACACTCTGAAAACACAATTGA------CATTAA--------TAATGTA---TTGC---ATTAATTTGT-ATATG-TTGTAAAGTAGTTAAAAAGT-ATGGCAATT-TTATAAATTATTGTAA
gi|27 : A-GATTCAGTCATACACAGCGAGAATAGTT------ACAGGCCTTTCAA---T---G-CTAGATTCCAGAAA---T--TCAC------TGTGT-TTG-----GAAACCGAATGGGAACCTTTAG
gi|28 : GATAAGACAA--TATACGTTTTTGAAATTGTGCCC-ATTCCTTTTAGCACTGT-TGTCAATAAGATATGTTCAATTCAA
gi|29 : catactgtGGGAGAGGGCAAGATCTAAGTTTATGAACTTGTGCCCCAATCCTTTTGGCATT-T-TGTCAATAA-A-ATGTTC-ATTCAAttc
gi|3 : tgtgatGAATACGCTGTTGAAGTATGGTCTGCATGGATGTACAAAA------ATA-GA----TGTAGAAAAA---GTCCAACTACATGCTGCAAGAATAGTACATGCAACAGGTCTTACAT---T---AATT-GCCTCTAGAAA---T--TCAC------TATAT-ATA-----GAAACAGGTTGAGAACCTTTt
gi|32 : tactctactgtgaaaagtattgatgatggtaaatatggtttcctgtaatttatctaaagtttttggcggggtctatcacaaaggcccaatatacagacttaaaatgtacggaataaacagacatatcttaaaatggtttggtatttattgaagtaacagaatacaaaaagttatgtacaggaatttattttcctctgtgagatatgttagagctggagtgcctcaagaatcagttcttggaccacttttgtttttgctatatgtgaatgatgttgctagaaagatgatctcagtttgcagatatatgcagacggttactcattacaaaattgctcagataatataagctatattgaacaagtccttaatcatgacctaggaatattagatgaatggtcaaagatataggtactacccccccccaaaaaaaaaccccaacaacaaacaaacaaaaaaccaaagctgttttatttcatctagaaatatatatcccaatctatcttttgataattgccaattagaatatgtctattatcacagacgtttaggaatcctgtcgtcttcaaaactagagcggtctgaatacaatgacaacattgtatagaaagcatacaccccccccgcccccaaaccccccccccccccccgagttgatttacttaaaatcagtttcaaggatattctgtcccaaatgtatatatcttttattagaccacaacttGTGG-----ATT---AC-CG-GAAGATG-CTTAC---CATTTGTTATTT
gi|4 : GAATATGCTGTTCAAGTGTGGCATG----GGTACACAAAAACGGAAATA-GAAAAAT-TAGAAAAA---GATCAACTACATGGAGCCCGA--------------------TACAC---TT--A-TT-GCTTT--AAAAAAAT--TCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAGAAGTTAGAA-------------------CTTGTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TC---T-TTATCTATAG--AATATTGCACCA-AATATTAGAAGCACTATTTCTGGAT-ATGCTACTCGAAA-------------TCAA-TACCAA-------GCTGGAAGTAATTGGAAT-AATC--TTAGTATCC-ACAC-----AAG---GGAAGCAGCT-----TCCAT-TAA-------ATCTT---TTAAAAA-TGTTTGAAAA-----GCAGGGGAAGC-----AGACCACCAAGATATTTT-------TCATTTGGGAAAATATT--TTTTAATATAATCCATACA-AGGTTA-AGATATGCAC---AATTG-----TA--TTTT----------TTT-TTTTCGTTG---TAACT---TAGTAGACAATCCAAATTGTTCGTGTGG-----ACT---AC-CG-TAAGATG-CTTAC---CATTTGTTTTTTG---TC-------TGTAAAAAATATAC---TACTGCTAGACATTGTTAAAATGAATA----------CATT----G---TA-TTATTATTGATGTCAATTT-T--T-GTT-TGGGGGAATGA
gi|5 : acaacttATCTTTGGAAAC-AGTAGGAAAAGAGCTAAG-----CTTGTAAC----------TATGTAC-----AGG-A--T-AAATAATA-ATT-TAGT------ACCTCT-TTAACTACAG--AATATTGCACCA-AATA--------------TCTGGAT-ATGCTATTCGAAATTCTATGAAATATTCAT-TTCCGAAATGTAGACTGGAAGTATTT--AATAAATCCATTATT-CTTGACACTGTCAGAAATTGGAATAATCTTAGTATCCACACAAGGGAAGCAACTTCCATTAAATCATTTTTAAAAATGTTTGCAAAGCAC---------------------TTTT-------TCATTTGGGAAAAGATT--GTTTAATATAATCCATACA-ACGTTA-AGA----CGC---AATTG-----CA--TTTAAAGCTC-CGATTT-ATTTCGTTG---TATCT---TAGTGGACAATCCAAATTGTTAGTGTGG-----ACT---AC-CG-AAAGATG-CTTAC---CATTTATTTTTTG---TC-------TGTAAAAAATATACTAGTACTGCTAGACATTGTT-TAATGA--AAATT-ACTATCATTCA
gi|6 : ATACGCTGTTCGGGGGTGGTAT-----GGTG-ACAAAA-CGAAAATAGGAAAAAT-TAGGAAAAG-G--TCAACTA-AC-CAGCCAAAATGG-A------ACT-GTCTACCAC---T---A-TT-GCTCA--AAAG---C--TAATGTATAATACATGTTATGATTAAAACAGGCTGGGAACCTTTA--------AAGAAATAGAGCTAAGGAAGTCTT-TAAC----------TATGTACTTGCTAAGTAGTT-ACACAATATATTATAGTTTTCGATCCTCCGTTATCTACAG---ATATT
gi|7 : ctgattagagtacatgcccttacacacacaacaccgggatactgtccgtcaacagataatccataggaggtctgattacatcggaagaaacttcaataaggattacaactagggttcactccaattaaattaagtacctgttcagaatatcatatctcaaaatgttattaatttcatttatcagccacaacttaagAATCGTA------AC--GTCTTGTGCAGTT---T-TT-GCTTC--AAAAAA-T--TCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGAG-ACCTTTAGAA-TTAGAAGGAAAAGAGCTAAG-----CTTTTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--TAACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTAAATTCAGGAAAAATTTCACCATAATATTAGAAACACTATC------TAAT----CTCAAAA-TCTTTGAATTATTCATCTACCAAAATGTAGGCT-------------ATAA---------T-TCTGACACTGCCGAAGATTGGAATAATCTTTCTATCATCACAAGGGATGCAAC-CCCA-TAAATC-TTTTT-CAAATATTTGCAAAGCACTG-----------TTGAAAT-TTTT-------TTATTT-GGAAAAGACTTGTTTTAATA-AATCCATACA-AGTTCAGAGC----TAT---AAACG-----TA--TGTT-AACTC-CGATTTCATTTCGTCG---TAACT---TAGTAGA
gi|8 : TG-CTTAC---CATTTGGTTTTTG---TC-------TGAAAACAATATAC---TACTGCTAGACATTGTT-TAATGAACAAATTTAATATCATT---------ATT-AT-ATCGATGTGCATTTGTACT-CTTA-GAGGGAATGAAATCTTCTGGTTCAAATGATGACTTTTTCAAAATGTAAGCAACTTTTCTTCAAAAATTATTCAATCT-TTTCTTGGTGAATGCGGTCG------TTTTTC-TAACGAC------AAA-----TAA-TAATGCACTATCTTAC--TT----ATATTCTATATGTTACATATACTTGT---ACACCTTG-AAACACAATTTG------TATTGA--------T---GTA---TTGC---ACTAACTTGT-ATATA-TTGTAAAATACTCAAAATGT-ATGGCAATC-CTATAAATTGTTGTA
gi|9 : CTGCTAGACATTGTT-TAATGAACAAATT-ACGTTCATTCAACGATATATTTATTATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGGAATGAA-TCT-CT--TTC---TGATG-----TTCAAAATGTTG--AACTTTTC----AAAGTTATTCAATCT-TTTCTTGATGAATGTGGTCG------TTTTTC-TAAAAAC-A-------------AG-TAATGCACTATCTTAC--TT----TTA-TCTATAAGT------TACTTGT---ACACTCT-AAAACACAACTGG------AATTAATTTACATGT---GTA---TTGCATAATTAATGTGT-AAATG---GTAAAATACTCAAAATGT-ATGGCAATT-TTATATACTATAATAAT
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TTTAGATGAATGGTAAAAAAAAAATGGTTATTGAAAACCCCCCACAAAACTAAAGCTATATTTTTAACATCTCAAAAATATGCAACAACTTCCTGAATTATTTTTTGATAACTGTCAGAGTATGTTACACATCACAACACCTGGGGATACTGTTCTCGTCAAAATTAGGGTGGTCTGATTACAATGAAAGCATTGTAAAAGGAAAAAAAGTCTTACAAAAAACTAGGTTTACTCAAAAAATTAAAATTTACTGTATCAAGAGAAATCCTATTTCAAATGTATATTTCATTTATCAGACCACAA
Unaligned ( gi|13 ): TATATTAGATACTTCCAGTAAACCAAGCTGTAGGCCCAGATTGCATAATTCATAACCTGTTAAACTGTCTCTAAACCACTATTCATCATTGTCAGAAAAAAATGTGTCCATCTTTTTGGAAAACAGCTCATGTTATCTCTCCCTTATAAATAAGACGATCCCTCGATGGCTTCAAAGTATAGACCAGTGTCGCTATTGTCTTGTATCAGTACAATTATAGAGAGAATCGTTTT
Unaligned ( gi|15 ): ACAAAACAAGAAATTACTTGATATTGATTTTCAATAATCACTGTCATAAAGCAATGAGGTCTTGACATCATTATCATTGTAAAGATATTTTCTAAACCACTCTGCATATTAATCAACAAATCACCATCAAGTGCTATGCACTTTTCCACATTATTGGAAAATAGCACATGTTCTTCCATTATTCAAGAAGG
Unaligned ( gi|19 ): ATGATATTTTGGGGCGAAGAATTTATGATATCCACCCTCCCTGTAAACAAAGCTATTGGATCCGATTGTATTAGACATAGGATGTTGAAATCAAGTGTATGCTTTTCAATAAATCTCTTCGTGAAAAATCCTTGCCAAATTATTGGAAA
Unaligned ( gi|21 ): TTGGACTTTTATTTTTGTTGTATGTAAATGACGTAGCTGACAACATGGTGTCTGTATACAGATTATAAGCAGATGATAATTCGCTACAACAATGTTCAAACGATATCTGTCTTATTGAGCAAGAACTTAA
Unaligned ( gi|30 ): TATGTAAATGACGTAGCTGACAGCATGATGTCTGTTTGCAGATTATACGCTGATGATAATTCGCTACAACAATGTTCT
Unaligned ( gi|31 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCACTACTGTTCAATTCAAAATCTAAGTATAAA
Alignments
lowQualScore : 22222 1 2222 111111 11 222222 111111 11111 11111 2222222222 11111 111111 11111111 2222 1 11 44444 1 1 2222 5555555555555555 2222222 111 1111 111 11111 111 111 11111 111 111 222222222222 111 333333333 1 111 11111 1111 222222 444444444444444 22 11111 111111 111 111111 222222222222 1111 111 333333333 111 1
lowQualScore : 22222 3 3 8 0 8 8888 3 11 2 222222 88 66 2 66 22 666666 222222 4 11111 1 0 0 22222 1111111111 11111 4 66 4 5 5 444444 5 66 5 44444444 9999 3 0 44 1 8 0 2 2 3 33 11111 3 0 2 3 0 4 33 999 33 2 3 3 2 3 1 0 7 33 1111 3 9999999999999999 1 5 6666666 222 0 6 6 4444 111 2 44444 77 5 5 0 5 000 000 3 66666 111 6 77 5 000 222222222222 444 6 6 1 666666666 1 1 0 0 77 5 6 6 99 111 66666 99 4444 6 888888 5 222222222222222 5 33 44444 2 666666 777 1 1 666666 0 555555555555 1111 555 5 5 0 5 6 888888888 0 111 1 3 8 3 8 3 8 0 3 7 7
lowQualScore : ..... . . . . . .... . .. . ...... .. .. . .. .. ...... ...... . ..... . . . ..... .......... ..... . .. . . . ...... . .. . ........ .... . . .. . . . . . . .. ..... . . . . . . .. ... .. . . . . . . . . .. .... . ................ . . ....... ... . . . .... ... . ..... .. . . . . ... ... . ..... ... . .. . ... ............ ... . . . ......... . . . . .. . . . .. ... ..... .. .... . ...... . ............... . .. ..... . ...... ... . . ...... . ............ .... ... . . . . . ......... . ... . . . . . . . . . . .
lowQualScore : 00000 2 2 0 8 0 2222 7 77 8 888888 88 11 9 11 22 111111 888888 4 11111 4 1 5 55555 9999999999 11111 4 11 4 0 0 444444 0 99 7 66666666 0000 2 6 88 0 0 8 5 5 5 88 00000 0 0 5 2 2 2 55 222 55 5 5 2 5 2 2 0 0 55 2222 2 9999999999999999 4 6 0000000 000 8 7 7 2222 777 7 33333 99 0 7 4 7 000 000 2 77777 777 7 77 7 000 777777777777 000 7 7 0 444444444 4 4 9 1 99 7 7 7 22 777 77777 22 2222 7 000000 7 444444444444444 7 77 22222 7 444444 555 7 7 444444 1 111111111111 4444 777 7 7 7 7 7 000000000 2 888 0 8 8 2 0 8 0 0 2 3 3
consensus : GAATACGCTGTTCAAGTGTGGTCTG----GGTGCACAAAAGCGGAAATA-GAAAAAT-TAGAAAAAA-GGTTCAACTACACGCAGCCAGAATNGTA------ACTGGTCTTA--CACTTAT--TGCTTC--AAAA---T--TCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAGAAGTTAGAAGAAATAGAGCTAAG-----CTTGTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTACAG--AATATTGCACCA-AATATTAGAAGCACTATTTCTGGATAATGCTACTCGAAATTCTNTGAATTATTCAT-TACCAAAATGTAGGCTGGAAGTATTT--AATAAA-CC-TTATT-TCTGACACTGCCGAAGATTGGAATAATCTTAGTATCCACACAAGGGAAGCAACTTCCATTAAATC-TTTTTAAAAATGTTTGCA----AAGCACTG-----AGACCACCGAGATATTTT-------TCATTTGGGAAAAGATT--TTTTAATATAATCCATACA-AGGTTA-AGA----CAC---AATCG-----CA--TTTTAAACTC-CGACTT-ATTTCGTTG---TAACT---TAGTAGACAATCCAAATTGTTCGTGTGG-----ACT---AC-CG-GAAGATG-CTTAC---CATTTGTTTTTTG---TC-------TGTAAAAAATATAC---TACTGCTAGACATTGTT-TAATGAACAAATT-ACTATCATTCAACG---TATTTATTATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGGAATGAA-TCT-CT--TTC---TGATG-----TTCAAAATGTAG--AACTTTTC----AAAGTTATTCAATCT-TTTCTTGGTGAATGTGGTCG-----TTTTTTC-TAAAAAC-A---GAAA-----TAA-TAATGCACTATCTTACTTTT----TTATTCTATACGT------TACTTGT---ACACTCTGAAAACACAATTGG------TATTAA--------T---GTA---TTGC---ATTAACTTGT-ATATG-TTGTAAAATACTCAAAATGT-ATGGCAATT-TTATAAATTATTGTAATTATGAGAAGGGGAGAGGACAA--TCTANGTTTTTGAANTTGTGCCC-AATCCTTTTGGCACTAT-TGTCAATAA-ATATGTTCAATTCAA
Reference ( family-5692 ) : GAATACGCTGTTCAAGTGTGGTCTG----GGTGCACAAAAGCGGAAATA-GAAAAAT-TAGAAAAAA-GGTTCAACTACACGCAGCCAGAATNGTA------ACTGGTCTTA--CACTTAT--TGCTTC--AAAA---T--TCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAGAAGTTAGAAGAAATAGAGCTAAG-----CTTGTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTACAG--AATATTGCACCA-AATATTAGAAGCACTATTTCTGGATAATGCTACTCGAAATTCTNTGAATTATTCAT-TACCAAAATGTAGGCTGGAAGTATTT--AATAAATCC-TTATT-TCTGACACTGCCGAAGATTGGAATAATCTTAGTATCCACACAAGGGAAGCAACTTCCATTAAATC-TTTTTAAAAATGTTTGCA----AAGCACTG-----AGACCACCGAGATATTTT-------TCATTTGGGAAAAGATT--TTTTAATATAATCCATACA-AGGTTA-AGA----CAC---AATCG-----CA--TTTTAAACTC-CGACTT-ATTTCGTTG---TAACT---TAGTAGACAATCCAAATTGTTCGTGTGG-----ACT---AC-CG-GAAGATG-CTTAC---CATTTGTTTTTTG---TC-------TGTAAAAAATATAC---TACTGCTAGACATTGTT-TAATGAACAAATT-ACTATCATTCAACG---TATTTATTATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGGAATGAA-TCT-CT--TTC---TGATG-----TTCAAAATGTAG--AACTTTTC----AAAGTTATTCAATCT-TTTCTTGGTGAATGTGGTCG-----TTTTTTC-TAAAAAC-A---GAAA-----TAA-TAATGCACTATCTTACTTTT----TTATTCTATACGT------TACTTGT---ACACTCTGAAAACACAATTGG------TATTAA--------T---GTA---TTGC---ATTAACTTGT-ATATG-TTGTAAAATACTCAAAATGT-ATGGCAATT-TTATAAATTATTGTAATTATGAGAAGGGGAGAGGACAA--TCTANGTTTTTGAANTTGTGCCC-AATCCTTTTGGCACTAT-TGTCAATAA-ATATGTTCAATTCAA
gi|1 : GAATACGCTGTTCAAGTGTGATCTT----GGTGCACAAAAGCGGAAATA-GAAAAAA-TAGAAAAA---GTTCAACTACATGCAGCCAGAATTGTA------ACTGGTCATA--CACTTAT--TGCTTA--AAAAA--T--TCAT------TATAT-TTA-----AAAATAGGCTGGGAACCTGTAGAAGTTAGAAGAAATAGAGCTAAG-----CTTGTAAA-----------ATGTAC-----AAG-A--T-AAACAATA-A------------------T-TTATCTACAG--AATATTGCACCA-AATATTAAAAGCACTAT
gi|11 : aatgatttttgtcctgacagaacaagaaattaatgacattatatttattattcctataaacaaagctataggtccagacggcatcagtcacacaatgttaaagtcctgtaaggacacaatttcaaaaccattatgtaaactttttaataaatcactttcattaaaaacctttccagactgttggaaattagcacgcgtaattcctttattaaagcaagatgacccctctgctccttgcaattacagaccagtgtcgttgctgagttgtatttataaaatatttgaaaggataatttttaaacatattcttttataaatatcaagcaagatttttaccaggtcattctacagtgtatcagttcctagaaacatatcactttattgttgaaagtattgacaatggtgattattgttgtatggtcgttagtgatttatctaaagcttttgatatattttggcataagagtctaattcacaaacttcatatgtatggtatcattggttcaattttacaatggtttagtagttacttaattaacaaaacgcaaaaagtaatgtacagaaacttaaattcctctgtgagaagtgtataagctggtgtgcctcaaggctctgttcttgaaccaattttatttttgttgtatgtaggtgacgtagcttacatcatggtgtctgtttgcagattatacgctgatgataattcgctacaacaatgctcagataacatatgtattattgagcaaaaacttaataatgagatggatggtcaaaaaatggttattgaaatttaagccccactaacaaaactatactttttcatctaaaaaatgtgcaacaacttcctgaattatattttgataattgtcagttaaagtatgttacacaccacaaacacctgttctcgtcaaaattaggatggtctgattacatcgaaggcattgtgaaaaaggcttacaaaaaaaggtttattcaaaagattaaaatttactatatcaaaagaaatcctatctcagaatcctatctcagatgtatatttcatttatcaaaccgcaacttATTG-----TA--TTTTAAACTC-CGACTA-AAATCGTTG---TAA---------------TCCAAATTGTTCGTGTGG-----ACT---AC-TG-GAAGATG-CTTAC---TATCTGTTTTTTG---TG-------TGT-AAAAATATAC---TTCTGCTAGACA----T-TAATGAACAAATT-ACTATCATTGAACA--------ATAA---------ATTTAT--T-GTTATGGGGAAATGAA-TCT-CT--CTC---TGATG-----TACAAAATGTAG--AACTTTTC----AAAGTTATTCAATCT-TTTCATAGTGAATATGG---------TTTTTCATGAAAA--A---AAAA------AA-TACTTAACAATCTTAATTTTACGAATATTCTACA
gi|12 : G---TATTTATTATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGGAATGA--TCT-CT--T-C---TAATG-----TT-AAAATGTAG--AACTTTTC----AAAGCTATTTAATCT-TTCCTTGGTGAATGTGGTCG-----TTTCTTC-TAAAAACAA---GTAA-----TAATTAATGCAATATCTTAC--TT----TTATTCTATTCGT------TACTTGTCTAACAATCT
gi|12 : aaaaaacctgatatacgACAA--TCTATGTTTTTGAACTTGTGCCC-GATCCTTTTGACACTAT-TGTCAATAatgtttttgaacttgtgcccgatccttttgacactattgtcaatacaaaaaggcaacgttaacattgtgtcaagtaaattg
gi|14 : aaaaaacctgatatacggtatttattattgatgtgcatttattgttatgggggaatgatctcttctaatgttaaaatgtagaacttttcaaagctatttaatctttccttggtgaatgtggtcgtttcttctaaaaacaagtaataattaatgcaatatcttacttttattctattcgttacttgtctaATACATAGGTTA-AGG----CACCACAATCGGGGACCACTTTTTAAACTCTCGAATT-ATTTCGTTGTAATAACT---TAGTAGAC---CCCAATTGTTCACTTGGATGGAACTGAAACTCGAGAAGATGACTTACATGTATATGTTTTCTGAGCTCTGATATATGTACAAAATATAcaaaaaggcaacgttaacattgtgtcaagtaaattg
gi|16 : ATTTAT-ATTGATGTGCATTTAT--TTGTTATGGGGGAATGAA-TCT-CT--TTC---TAATG-----TTCAAAAT-TAG--AACTTTTC----AAAGCTATTTAATCTCTTCCTTGGTGAATGTGGTCG-----TTTCTTC-TAAAAAC-AAGTAAAA-----TAA-TAATGCAATATCTTAC--TT----TTATTCTATTCGT------TACTTGTCTAACAATCTaataacttggctattgtgactcgataaggattatat
gi|17 : CCAGAATTGTA------ACTGGTCTTA--CACTTATATTGCTTC--AAAA---AGATCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAAAAGTTAGAAGAAATAGAGGTAAG-----CTTGTAACTACATGAGTGTATGTAC-----AAA-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTACAG--AATATCGCACCA-AATAT
gi|18 : AAACACA--TGGGTGAGTTATGAA--------T---GTAGAGTTACC--ATTAACTAGTTATCTGATTAGAGAATA-TCAAA-TGTTATGGTCATTATTATAACTTATTGTGATTATGAGAAGGGGAGGGGCCA--------GTGTTTGATATTGTG-TC-AACTTTTTTGGCACTATGTGT-AATAA-AT
gi|2 : ctccGAATACGCTGTTCAAGTATGGTCTG----TGTGCACAAAAGCGGAAATA-GAAAAAT-TAGAAAAAAAGGTTCAACTATATGCAGCTAGAATCTTA------ATTTGTCTTA--AA--TAT--TGCTTC--AAA----T--TCAT------TATGT-TTA-----GAAACAGCCTGGGACCCTTTAAAAGTTAGGAAATATAGAGCTAAT-----CCTGTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--T-ACATAGTA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTACAA--AATA-TGCACAA-AATATTAGAAGCACAATTTCTGGGTAATGT--CTCGAAATTTAATGAATTATTCAT-TACCAAAATGCAGGTTGGAATTATTT--AATAAAGCCTTTATT-TCTGACACTGCCAAACATTGGAATAATCATAGTATTCAGACAAGGGAAGCAACTTCCATTAAACC-TTTTTAAAAATGTTTGCA----AAGCACTGTTGAAAAACCTCCAAGATATTTT-------TCATTTGGGATAATATT--TTTTAATATAATGCACACA-AAGTTA-ATA----CAT---AATGG-----TA--TTTTAAACTC-TGACTT-ATTTTTTTG---TAACTTTATAGTAGACAATCCAAGTTGTTCATGTG------------------------------------TTT-----TTG---TG-------TGTAACAAATATAC---TACTGTTACACATTGTT-TAATAAACAAATT-ATTATCATTTAACGAAATATTTATCATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGAAATGAA-TC-------TC---TGATG-----TACAAAGTGTGG--AAATTTTT----AAAGTTATTCAATCT-TTTCTTAGTTAATGTGGTCGAGGGTTTTTTTT-TGGTGGT-G---GTGAGGGGGTGA-TAATGTACTATCTTATTTTT----TTCTTCTATATGT------TACTTGT---ACGCTCTGAAAACACAATTGG------TATTAA--------T---ATA---TTGC---ATTAACTTGT-ATCTG-TTGTTAAATACTCAAAATGT-ATGTCAATT-TTATAAATAATTGTAAT---------GGGAGATAACAA--TCAAAATTTTTGAA-TTGTGTCC-AATCCTTTTGGCACTAT-TGTCAATAA-ATATA--CAATTCAA
gi|20 : TTTTC-TAAAAAC-A-----AG-----TAA-TAATGTACTATCTTACTTAT------ATTCTATATGT------TACTTGT---ACACTCTGAAAACACAATTGG------TATTAA--------T---GTA---GTGC---ATTAATTTGT-ATATG-TTGTAAAATACTCAAAATGT-ATaattcaatcgtcgt
gi|22 : gaatgagaatacacT----TTATTCTATATGC------TATTT-T---GCTCTCTGGAAACGCATTTGG------TATC---------------TA----------ATTAACTTAT-ATATG-TTGTAAAATGCACAATATGT-ATGCCATTC-CTATAAATTACTGT
gi|23 : ttaatgatagattgtaaattatacaC-----AAG-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTTCAG--AAAATTTCACCA-AATATTAGAAACACTATTC-----TAAT-----TC-AAATTCTTTGAATTATTCAT-TACCAAAATGTAGGCT
gi|24 : ACCACCAAAATATTTTTTGTTTTTCATTTGGAAAAAGATT--ATTAAATGTAATCCACACA-AGGTAA-AGA----TAT---AATTG-----CA--TTTTAAACTT-AGACTT-ATTTCGTTT---TAACT---TAGTAGACAATCataaattcctgacac
gi|25 : GTA------ACTGGTCTTA--CACTTAT--TGCTTC--AAAACA-T--TCAT------TATAG-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAGAAGCTAGAAGAAATAGAGCTAAG-----CTTGTAAC----------TATGTAC-----ACG-A--T-ATATA
gi|26 : TTTT---ACACTCTGAAAACACAATTGA------CATTAA--------TAATGTA---TTGC---ATTAATTTGT-ATATG-TTGTAAAGTAGTTAAAAAGT-ATGGCAATT-TTATAAATTATTGTAA
gi|27 : A-GATTCAGTCATACACAGCGAGAATAGTT------ACAGGCCTTT--CAATGCT--AGATTCCAGAAA---T--TCAC------TGTGT-TTG-----GAAACCGAATGGGAACCTTTAG
gi|28 : GATAAGACAA--TATACGTTTTTGAAATTGTGCCC-ATTCCTTTTAGCACTGT-TGTCAATAAGATATGTTCAATTCAA
gi|29 : catactgtGGGAGAGGGCAAGATCTAAGTTTATGAACTTGTGCCCCAATCCTTTTGGCATT-T-TGTCAATAA-A-ATGTTC-ATTCAAttc
gi|3 : tgtgatGAATACGCTGTTGAAGTATGGTCTGCATGGATGTACAAAA------ATA-GA----TGTAGAAAAA---GTCCAACTACATGCTGCAAGAATAGTACATGCAACAGGTCTTA--CATTAAT--TGCCTCTAGAAA---T--TCAC------TATAT-ATA-----GAAACAGGTTGAGAACCTTTt
gi|32 : tactctactgtgaaaagtattgatgatggtaaatatggtttcctgtaatttatctaaagtttttggcggggtctatcacaaaggcccaatatacagacttaaaatgtacggaataaacagacatatcttaaaatggtttggtatttattgaagtaacagaatacaaaaagttatgtacaggaatttattttcctctgtgagatatgttagagctggagtgcctcaagaatcagttcttggaccacttttgtttttgctatatgtgaatgatgttgctagaaagatgatctcagtttgcagatatatgcagacggttactcattacaaaattgctcagataatataagctatattgaacaagtccttaatcatgacctaggaatattagatgaatggtcaaagatataggtactacccccccccaaaaaaaaaccccaacaacaaacaaacaaaaaaccaaagctgttttatttcatctagaaatatatatcccaatctatcttttgataattgccaattagaatatgtctattatcacagacgtttaggaatcctgtcgtcttcaaaactagagcggtctgaatacaatgacaacattgtatagaaagcatacaccccccccgcccccaaaccccccccccccccccgagttgatttacttaaaatcagtttcaaggatattctgtcccaaatgtatatatcttttattagaccacaacttGTGG-----ATT---AC-CG-GAAGATG-CTTAC---CATTTGTTATTT
gi|4 : GAATATGCTGTTCAAGTGTGGCATG----GGTACACAAAAACGGAAATA-GAAAAAT-TAGAAAAA---GATCAACTACATGGAGCCCGA--------------------TA--CACTTAT--TGCTTT--AAAAAAAT--TCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAGAAGTTAGAA-------------------CTTGTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TC---T-TTATCTATAG--AATATTGCACCA-AATATTAGAAGCACTATTTCTGGAT-ATGCTACTCGAAA-------------TCAA-TACCAA-------GCTGGAAGTAATTGGAATAA--TC-TTAGTATCC-ACAC-----AAG---GGAAGCAGCT-----TCCAT-TAA-------ATCTT---TTAAAAA-TGTTTGAAAA-----GCAGGGGAAGC---------AGACCACCAAGATATTTT-------TCATTTGGGAAAATATT--TTTTAATATAATCCATACA-AGGTTA-AGATATGCAC---AATTG-----TA--TTTT----------TTT-TTTTCGTTG---TAACT---TAGTAGACAATCCAAATTGTTCGTGTGG-----ACT---AC-CG-TAAGATG-CTTAC---CATTTGTTTTTTG---TC-------TGTAAAAAATATAC---TACTGCTAGACATTGTTAAAATGAATA----------CATT----G---TA-TTATTATTGATGTCAATTT-T--T-GTT-TGGGGGAATGA
gi|5 : acaacttATCTTTGGAAAC-AGTAGGAAAAGAGCTAAG-----CTTGTAAC----------TATGTAC-----AGG-A--T-AAATAATA-ATT-TAGT------ACCTCT-TTAACTACAG--AATATTGCACCA-AATA--------------TCTGGAT-ATGCTATTCGAAATTCTATGAAATATTCAT-TTCCGAAATGTAGACTGGAAGTATTT--AATAAATCCATTATT-CTTGACACTGTCAGAAATTGGAATAATCTTAGTATCCACACAAGGGAAGCAACTTCCATTAAATCATTTTTAAAAATGTTTGCA----AAGCAC---------------------TTTT-------TCATTTGGGAAAAGATT--GTTTAATATAATCCATACA-ACGTTA-AGA----CGC---AATTG-----CA--TTTAAAGCTC-CGATTT-ATTTCGTTG---TATCT---TAGTGGACAATCCAAATTGTTAGTGTGG-----ACT---AC-CG-AAAGATG-CTTAC---CATTTATTTTTTG---TC-------TGTAAAAAATATACTAGTACTGCTAGACATTGTT-TAATGA--AAATT-ACTATCATTCA
gi|6 : ATACGCTGTTCGGGGGTGGTAT-----GGTG-ACAAAA-CGAAAATAGGAAAAAT-TAGGAAAAG-G--TCAACTA-AC-CAGCCAAAATGG-A------ACT-GTCTAC--CAC-TAT--TGCTCA--AAAG---C--TAATGTATAATACATGTTATGATTAAAACAGGCTGGGAACCTTTA--------AAGAAATAGAGCTAAGGAAGTCTT-TAAC----------TATGTACTTGCTAAGTAGTT-ACACAATATATTATAGTTTTCGATCCTCCGTTATCTACAG---ATATT
gi|7 : ctgattagagtacatgcccttacacacacaacaccgggatactgtccgtcaacagataatccataggaggtctgattacatcggaagaaacttcaataaggattacaactagggttcactccaattaaattaagtacctgttcagaatatcatatctcaaaatgttattaatttcatttatcagccacaacttaagAATCGTA------AC--GTCTTGTGCAGTTTT--TGCTTC--AAAAAA-T--TCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGAG-ACCTTTAGAA-TTAGAAGGAAAAGAGCTAAG-----CTTTTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--TAACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTAAATTCAGGAAAAATTTCACCATAATATTAGAAACACTATC------TAAT----CTCAAAA-TCTTTGAATTATTCATCTACCAAAATGTAGGCT-------------ATAA---------T-TCTGACACTGCCGAAGATTGGAATAATCTTTCTATCATCACAAGGGATGCAAC-CCCA-TAAATC-TTTTT-CAAATATTTGCA----AAGCACTG-----------TTGAAAT-TTTT-------TTATTT-GGAAAAGACTTGTTTTAATA-AATCCATACA-AGTTCAGAGC----TAT---AAACG-----TA--TGTT-AACTC-CGATTTCATTTCGTCG---TAACT---TAGTAGA
gi|8 : TG-CTTAC---CATTTGGTTTTTG---TC-------TGAAAACAATATAC---TACTGCTAGACATTGTT-TAATGAACAAATTTAATATCATT---------ATT-AT-ATCGATGTGCATTTGTACT-CTTA-GAGGGAATGAAATCTTCTGGTTCAAATGATGACTTTTTCAAAATGTAAGCAACTTTTCTTCAAAAATTATTCAATCT-TTTCTTGGTGAATGCGGTCG------TTTTTC-TAACGAC------AAA-----TAA-TAATGCACTATCTTAC--TT----ATATTCTATATGTTACATATACTTGT---ACACCTTG-AAACACAATTTG------TATTGA--------T---GTA---TTGC---ACTAACTTGT-ATATA-TTGTAAAATACTCAAAATGT-ATGGCAATC-CTATAAATTGTTGTA
gi|9 : CTGCTAGACATTGTT-TAATGAACAAATT-ACGTTCATTCAACGATATATTTATTATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGGAATGAA-TCT-CT--TTC---TGATG-----TTCAAAATGTTG--AACTTTTC----AAAGTTATTCAATCT-TTTCTTGATGAATGTGGTCG------TTTTTC-TAAAAAC-A-------------AG-TAATGCACTATCTTAC--TT----TTA-TCTATAAGT------TACTTGT---ACACTCT-AAAACACAACTGG------AATTAATTTACATGT---GTA---TTGCATAATTAATGTGT-AAATG---GTAAAATACTCAAAATGT-ATGGCAATT-TTATATACTATAATAAT
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TTTAGATGAATGGTAAAAAAAAAATGGTTATTGAAAACCCCCCACAAAACTAAAGCTATATTTTTAACATCTCAAAAATATGCAACAACTTCCTGAATTATTTTTTGATAACTGTCAGAGTATGTTACACATCACAACACCTGGGGATACTGTTCTCGTCAAAATTAGGGTGGTCTGATTACAATGAAAGCATTGTAAAAGGAAAAAAAGTCTTACAAAAAACTAGGTTTACTCAAAAAATTAAAATTTACTGTATCAAGAGAAATCCTATTTCAAATGTATATTTCATTTATCAGACCACAA
Unaligned ( gi|13 ): TATATTAGATACTTCCAGTAAACCAAGCTGTAGGCCCAGATTGCATAATTCATAACCTGTTAAACTGTCTCTAAACCACTATTCATCATTGTCAGAAAAAAATGTGTCCATCTTTTTGGAAAACAGCTCATGTTATCTCTCCCTTATAAATAAGACGATCCCTCGATGGCTTCAAAGTATAGACCAGTGTCGCTATTGTCTTGTATCAGTACAATTATAGAGAGAATCGTTTT
Unaligned ( gi|15 ): ACAAAACAAGAAATTACTTGATATTGATTTTCAATAATCACTGTCATAAAGCAATGAGGTCTTGACATCATTATCATTGTAAAGATATTTTCTAAACCACTCTGCATATTAATCAACAAATCACCATCAAGTGCTATGCACTTTTCCACATTATTGGAAAATAGCACATGTTCTTCCATTATTCAAGAAGG
Unaligned ( gi|19 ): ATGATATTTTGGGGCGAAGAATTTATGATATCCACCCTCCCTGTAAACAAAGCTATTGGATCCGATTGTATTAGACATAGGATGTTGAAATCAAGTGTATGCTTTTCAATAAATCTCTTCGTGAAAAATCCTTGCCAAATTATTGGAAA
Unaligned ( gi|21 ): TTGGACTTTTATTTTTGTTGTATGTAAATGACGTAGCTGACAACATGGTGTCTGTATACAGATTATAAGCAGATGATAATTCGCTACAACAATGTTCAAACGATATCTGTCTTATTGAGCAAGAACTTAA
Unaligned ( gi|30 ): TATGTAAATGACGTAGCTGACAGCATGATGTCTGTTTGCAGATTATACGCTGATGATAATTCGCTACAACAATGTTCT
Unaligned ( gi|31 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCACTACTGTTCAATTCAAAATCTAAGTATAAA
Alignments
lowQualScore : 22222 1 2222 111111 11 222222 111111 11111 11111 2222222222 11111 111111 11111111 2222 1 55555555555555555555555555 1 2222 5555555555555555 2222222 111 1111 111 11111 111 111 11111 111 111 222222222222 111 333333333 1 111 11111 1111 222222 444444444444444 22 11111 111111 111 111111 222222222222 1111 111 333333333 111 1
lowQualScore : 22222 3 3 8 0 8 8888 3 11 2 222222 88 66 2 66 22 666666 222222 4 11111 1 0 0 22222 1111111111 11111 4 66 4 5 5 444444 5 66 5 44444444 9999 3 0 44 1 8 0 33333333333333333333333333 0 8 3 0 4 33 999 33 2 3 3 2 3 1 0 7 33 1111 3 9999999999999999 1 5 6666666 222 0 6 6 4444 111 2 44444 77 5 5 0 5 000 000 3 66666 111 6 77 5 000 222222222222 444 6 6 1 666666666 1 1 0 0 77 5 6 6 99 111 66666 99 4444 6 888888 5 222222222222222 5 33 44444 2 666666 777 1 1 666666 0 555555555555 1111 555 5 5 0 5 6 888888888 0 111 1 3 8 3 8 3 8 0 3 7 7
lowQualScore : ..... . . . . . .... . .. . ...... .. .. . .. .. ...... ...... . ..... . . . ..... .......... ..... . .. . . . ...... . .. . ........ .... . . .. . . . .......................... . . . . . .. ... .. . . . . . . . . .. .... . ................ . . ....... ... . . . .... ... . ..... .. . . . . ... ... . ..... ... . .. . ... ............ ... . . . ......... . . . . .. . . . .. ... ..... .. .... . ...... . ............... . .. ..... . ...... ... . . ...... . ............ .... ... . . . . . ......... . ... . . . . . . . . . . .
lowQualScore : 00000 2 2 0 8 0 2222 7 77 8 888888 88 11 9 11 22 111111 888888 4 11111 4 1 5 55555 9999999999 11111 4 11 4 0 0 444444 0 99 7 66666666 0000 2 6 88 0 0 8 22222222222222222222222222 6 0 2 2 2 55 222 55 5 5 2 5 2 2 0 0 55 2222 2 9999999999999999 4 6 0000000 000 8 7 7 2222 777 7 33333 99 0 7 4 7 000 000 2 77777 777 7 77 7 000 777777777777 000 7 7 0 444444444 4 4 9 1 99 7 7 7 22 777 77777 22 2222 7 000000 7 444444444444444 7 77 22222 7 444444 555 7 7 444444 1 111111111111 4444 777 7 7 7 7 7 000000000 2 888 0 8 8 2 0 8 0 0 2 3 3
consensus : GAATACGCTGTTCAAGTGTGGTCTG----GGTGCACAAAAGCGGAAATA-GAAAAAT-TAGAAAAAA-GGTTCAACTACACGCAGCCAGAATNGTA------ACTGGTCTTA--CACTTAT--TGCTTC--AAAA---T--TCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAGAAGTTAGAAGAAATAGAGCTAAG-----CTTGTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTACAG--AATATTGCACCA-AATATTAGAAGCACTATTTCTGGATAATGCTACTCGAAATTCTNTGAATTATTCAT-TACCAAAATGTAGGCTGGAAGTATTT--AATAAA--TC--TTATT-TCTGACACTGCCGAAGATTGGAATAATCTTAGTATCCACACAAGGGAAGCAACTTCCATTAAATC-TTTTTAAAAATGTTTGCA----AAGCACTG-----AGACCACCGAGATATTTT-------TCATTTGGGAAAAGATT--TTTTAATATAATCCATACA-AGGTTA-AGA----CAC---AATCG-----CA--TTTTAAACTC-CGACTT-ATTTCGTTG---TAACT---TAGTAGACAATCCAAATTGTTCGTGTGG-----ACT---AC-CG-GAAGATG-CTTAC---CATTTGTTTTTTG---TC-------TGTAAAAAATATAC---TACTGCTAGACATTGTT-TAATGAACAAATT-ACTATCATTCAACG---TATTTATTATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGGAATGAA-TCT-CT--TTC---TGATG-----TTCAAAATGTAG--AACTTTTC----AAAGTTATTCAATCT-TTTCTTGGTGAATGTGGTCG-----TTTTTTC-TAAAAAC-A---GAAA-----TAA-TAATGCACTATCTTACTTTT----TTATTCTATACGT------TACTTGT---ACACTCTGAAAACACAATTGG------TATTAA--------T---GTA---TTGC---ATTAACTTGT-ATATG-TTGTAAAATACTCAAAATGT-ATGGCAATT-TTATAAATTATTGTAATTATGAGAAGGGGAGAGGACAA--TCTANGTTTTTGAANTTGTGCCC-AATCCTTTTGGCACTAT-TGTCAATAA-ATATGTTCAATTCAA
Reference ( family-5692 ) : GAATACGCTGTTCAAGTGTGGTCTG----GGTGCACAAAAGCGGAAATA-GAAAAAT-TAGAAAAAA-GGTTCAACTACACGCAGCCAGAATNGTA------ACTGGTCTTA--CACTTAT--TGCTTC--AAAA---T--TCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAGAAGTTAGAAGAAATAGAGCTAAG-----CTTGTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTACAG--AATATTGCACCA-AATATTAGAAGCACTATTTCTGGATAATGCTACTCGAAATTCTNTGAATTATTCAT-TACCAAAATGTAGGCTGGAAGTATTT--AATAAA--CC--TTATT-TCTGACACTGCCGAAGATTGGAATAATCTTAGTATCCACACAAGGGAAGCAACTTCCATTAAATC-TTTTTAAAAATGTTTGCA----AAGCACTG-----AGACCACCGAGATATTTT-------TCATTTGGGAAAAGATT--TTTTAATATAATCCATACA-AGGTTA-AGA----CAC---AATCG-----CA--TTTTAAACTC-CGACTT-ATTTCGTTG---TAACT---TAGTAGACAATCCAAATTGTTCGTGTGG-----ACT---AC-CG-GAAGATG-CTTAC---CATTTGTTTTTTG---TC-------TGTAAAAAATATAC---TACTGCTAGACATTGTT-TAATGAACAAATT-ACTATCATTCAACG---TATTTATTATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGGAATGAA-TCT-CT--TTC---TGATG-----TTCAAAATGTAG--AACTTTTC----AAAGTTATTCAATCT-TTTCTTGGTGAATGTGGTCG-----TTTTTTC-TAAAAAC-A---GAAA-----TAA-TAATGCACTATCTTACTTTT----TTATTCTATACGT------TACTTGT---ACACTCTGAAAACACAATTGG------TATTAA--------T---GTA---TTGC---ATTAACTTGT-ATATG-TTGTAAAATACTCAAAATGT-ATGGCAATT-TTATAAATTATTGTAATTATGAGAAGGGGAGAGGACAA--TCTANGTTTTTGAANTTGTGCCC-AATCCTTTTGGCACTAT-TGTCAATAA-ATATGTTCAATTCAA
gi|1 : GAATACGCTGTTCAAGTGTGATCTT----GGTGCACAAAAGCGGAAATA-GAAAAAA-TAGAAAAA---GTTCAACTACATGCAGCCAGAATTGTA------ACTGGTCATA--CACTTAT--TGCTTA--AAAAA--T--TCAT------TATAT-TTA-----AAAATAGGCTGGGAACCTGTAGAAGTTAGAAGAAATAGAGCTAAG-----CTTGTAAA-----------ATGTAC-----AAG-A--T-AAACAATA-A------------------T-TTATCTACAG--AATATTGCACCA-AATATTAAAAGCACTAT
gi|11 : aatgatttttgtcctgacagaacaagaaattaatgacattatatttattattcctataaacaaagctataggtccagacggcatcagtcacacaatgttaaagtcctgtaaggacacaatttcaaaaccattatgtaaactttttaataaatcactttcattaaaaacctttccagactgttggaaattagcacgcgtaattcctttattaaagcaagatgacccctctgctccttgcaattacagaccagtgtcgttgctgagttgtatttataaaatatttgaaaggataatttttaaacatattcttttataaatatcaagcaagatttttaccaggtcattctacagtgtatcagttcctagaaacatatcactttattgttgaaagtattgacaatggtgattattgttgtatggtcgttagtgatttatctaaagcttttgatatattttggcataagagtctaattcacaaacttcatatgtatggtatcattggttcaattttacaatggtttagtagttacttaattaacaaaacgcaaaaagtaatgtacagaaacttaaattcctctgtgagaagtgtataagctggtgtgcctcaaggctctgttcttgaaccaattttatttttgttgtatgtaggtgacgtagcttacatcatggtgtctgtttgcagattatacgctgatgataattcgctacaacaatgctcagataacatatgtattattgagcaaaaacttaataatgagatggatggtcaaaaaatggttattgaaatttaagccccactaacaaaactatactttttcatctaaaaaatgtgcaacaacttcctgaattatattttgataattgtcagttaaagtatgttacacaccacaaacacctgttctcgtcaaaattaggatggtctgattacatcgaaggcattgtgaaaaaggcttacaaaaaaaggtttattcaaaagattaaaatttactatatcaaaagaaatcctatctcagaatcctatctcagatgtatatttcatttatcaaaccgcaacttATTG-----TA--TTTTAAACTC-CGACTA-AAATCGTTG---TAA---------------TCCAAATTGTTCGTGTGG-----ACT---AC-TG-GAAGATG-CTTAC---TATCTGTTTTTTG---TG-------TGT-AAAAATATAC---TTCTGCTAGACA----T-TAATGAACAAATT-ACTATCATTGAACA--------ATAA---------ATTTAT--T-GTTATGGGGAAATGAA-TCT-CT--CTC---TGATG-----TACAAAATGTAG--AACTTTTC----AAAGTTATTCAATCT-TTTCATAGTGAATATGG---------TTTTTCATGAAAA--A---AAAA------AA-TACTTAACAATCTTAATTTTACGAATATTCTACA
gi|12 : G---TATTTATTATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGGAATGA--TCT-CT--T-C---TAATG-----TT-AAAATGTAG--AACTTTTC----AAAGCTATTTAATCT-TTCCTTGGTGAATGTGGTCG-----TTTCTTC-TAAAAACAA---GTAA-----TAATTAATGCAATATCTTAC--TT----TTATTCTATTCGT------TACTTGTCTAACAATCT
gi|12 : aaaaaacctgatatacgACAA--TCTATGTTTTTGAACTTGTGCCC-GATCCTTTTGACACTAT-TGTCAATAatgtttttgaacttgtgcccgatccttttgacactattgtcaatacaaaaaggcaacgttaacattgtgtcaagtaaattg
gi|14 : aaaaaacctgatatacggtatttattattgatgtgcatttattgttatgggggaatgatctcttctaatgttaaaatgtagaacttttcaaagctatttaatctttccttggtgaatgtggtcgtttcttctaaaaacaagtaataattaatgcaatatcttacttttattctattcgttacttgtctaATACATAGGTTA-AGG----CACCACAATCGGGGACCACTTTTTAAACTCTCGAATT-ATTTCGTTGTAATAACT---TAGTAGAC---CCCAATTGTTCACTTGGATGGAACTGAAACTCGAGAAGATGACTTACATGTATATGTTTTCTGAGCTCTGATATATGTACAAAATATAcaaaaaggcaacgttaacattgtgtcaagtaaattg
gi|16 : ATTTAT-ATTGATGTGCATTTAT--TTGTTATGGGGGAATGAA-TCT-CT--TTC---TAATG-----TTCAAAAT-TAG--AACTTTTC----AAAGCTATTTAATCTCTTCCTTGGTGAATGTGGTCG-----TTTCTTC-TAAAAAC-AAGTAAAA-----TAA-TAATGCAATATCTTAC--TT----TTATTCTATTCGT------TACTTGTCTAACAATCTaataacttggctattgtgactcgataaggattatat
gi|17 : CCAGAATTGTA------ACTGGTCTTA--CACTTATATTGCTTC--AAAA---AGATCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAAAAGTTAGAAGAAATAGAGGTAAG-----CTTGTAACTACATGAGTGTATGTAC-----AAA-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTACAG--AATATCGCACCA-AATAT
gi|18 : AAACACA--TGGGTGAGTTATGAA--------T---GTAGAGTTACC--ATTAACTAGTTATCTGATTAGAGAATA-TCAAA-TGTTATGGTCATTATTATAACTTATTGTGATTATGAGAAGGGGAGGGGCCA--------GTGTTTGATATTGTG-TC-AACTTTTTTGGCACTATGTGT-AATAA-AT
gi|2 : ctccGAATACGCTGTTCAAGTATGGTCTG----TGTGCACAAAAGCGGAAATA-GAAAAAT-TAGAAAAAAAGGTTCAACTATATGCAGCTAGAATCTTA------ATTTGTCTTA--AA--TAT--TGCTTC--AAA----T--TCAT------TATGT-TTA-----GAAACAGCCTGGGACCCTTTAAAAGTTAGGAAATATAGAGCTAAT-----CCTGTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--T-ACATAGTA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTACAA--AATA-TGCACAA-AATATTAGAAGCACAATTTCTGGGTAATGT--CTCGAAATTTAATGAATTATTCAT-TACCAAAATGCAGGTTGGAATTATTT--AATAAAGCCT--TTATT-TCTGACACTGCCAAACATTGGAATAATCATAGTATTCAGACAAGGGAAGCAACTTCCATTAAACC-TTTTTAAAAATGTTTGCA----AAGCACTGTTGAAAAACCTCCAAGATATTTT-------TCATTTGGGATAATATT--TTTTAATATAATGCACACA-AAGTTA-ATA----CAT---AATGG-----TA--TTTTAAACTC-TGACTT-ATTTTTTTG---TAACTTTATAGTAGACAATCCAAGTTGTTCATGTG------------------------------------TTT-----TTG---TG-------TGTAACAAATATAC---TACTGTTACACATTGTT-TAATAAACAAATT-ATTATCATTTAACGAAATATTTATCATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGAAATGAA-TC-------TC---TGATG-----TACAAAGTGTGG--AAATTTTT----AAAGTTATTCAATCT-TTTCTTAGTTAATGTGGTCGAGGGTTTTTTTT-TGGTGGT-G---GTGAGGGGGTGA-TAATGTACTATCTTATTTTT----TTCTTCTATATGT------TACTTGT---ACGCTCTGAAAACACAATTGG------TATTAA--------T---ATA---TTGC---ATTAACTTGT-ATCTG-TTGTTAAATACTCAAAATGT-ATGTCAATT-TTATAAATAATTGTAAT---------GGGAGATAACAA--TCAAAATTTTTGAA-TTGTGTCC-AATCCTTTTGGCACTAT-TGTCAATAA-ATATA--CAATTCAA
gi|20 : TTTTC-TAAAAAC-A-----AG-----TAA-TAATGTACTATCTTACTTAT------ATTCTATATGT------TACTTGT---ACACTCTGAAAACACAATTGG------TATTAA--------T---GTA---GTGC---ATTAATTTGT-ATATG-TTGTAAAATACTCAAAATGT-ATaattcaatcgtcgt
gi|22 : gaatgagaatacacT----TTATTCTATATGC------TATTT-T---GCTCTCTGGAAACGCATTTGG------TATC---------------TA----------ATTAACTTAT-ATATG-TTGTAAAATGCACAATATGT-ATGCCATTC-CTATAAATTACTGT
gi|23 : ttaatgatagattgtaaattatacaC-----AAG-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTTCAG--AAAATTTCACCA-AATATTAGAAACACTATTC-----TAAT-----TC-AAATTCTTTGAATTATTCAT-TACCAAAATGTAGGCT-------------ATAA---------ATT-CCTGACAC
gi|24 : ACCACCAAAATATTTTTTGTTTTTCATTTGGAAAAAGATT--ATTAAATGTAATCCACACA-AGGTAA-AGA----TAT---AATTG-----CA--TTTTAAACTT-AGACTT-ATTTCGTTT---TAACT---TAGTAGACAATC
gi|25 : GTA------ACTGGTCTTA--CACTTAT--TGCTTC--AAAACA-T--TCAT------TATAG-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAGAAGCTAGAAGAAATAGAGCTAAG-----CTTGTAAC----------TATGTAC-----ACG-A--T-ATATA
gi|26 : TTTT---ACACTCTGAAAACACAATTGA------CATTAA--------TAATGTA---TTGC---ATTAATTTGT-ATATG-TTGTAAAGTAGTTAAAAAGT-ATGGCAATT-TTATAAATTATTGTAA
gi|27 : A-GATTCAGTCATACACAGCGAGAATAGTT------ACAGGCCTTT--CAATGCT--AGATTCCAGAAA---T--TCAC------TGTGT-TTG-----GAAACCGAATGGGAACCTTTAG
gi|28 : GATAAGACAA--TATACGTTTTTGAAATTGTGCCC-ATTCCTTTTAGCACTGT-TGTCAATAAGATATGTTCAATTCAA
gi|29 : catactgtGGGAGAGGGCAAGATCTAAGTTTATGAACTTGTGCCCCAATCCTTTTGGCATT-T-TGTCAATAA-A-ATGTTC-ATTCAAttc
gi|3 : tgtgatGAATACGCTGTTGAAGTATGGTCTGCATGGATGTACAAAA------ATA-GA----TGTAGAAAAA---GTCCAACTACATGCTGCAAGAATAGTACATGCAACAGGTCTTA--CATTAAT--TGCCTCTAGAAA---T--TCAC------TATAT-ATA-----GAAACAGGTTGAGAACCTTTt
gi|32 : tactctactgtgaaaagtattgatgatggtaaatatggtttcctgtaatttatctaaagtttttggcggggtctatcacaaaggcccaatatacagacttaaaatgtacggaataaacagacatatcttaaaatggtttggtatttattgaagtaacagaatacaaaaagttatgtacaggaatttattttcctctgtgagatatgttagagctggagtgcctcaagaatcagttcttggaccacttttgtttttgctatatgtgaatgatgttgctagaaagatgatctcagtttgcagatatatgcagacggttactcattacaaaattgctcagataatataagctatattgaacaagtccttaatcatgacctaggaatattagatgaatggtcaaagatataggtactacccccccccaaaaaaaaaccccaacaacaaacaaacaaaaaaccaaagctgttttatttcatctagaaatatatatcccaatctatcttttgataattgccaattagaatatgtctattatcacagacgtttaggaatcctgtcgtcttcaaaactagagcggtctgaatacaatgacaacattgtatagaaagcatacaccccccccgcccccaaaccccccccccccccccgagttgatttacttaaaatcagtttcaaggatattctgtcccaaatgtatatatcttttattagaccacaacttGTGG-----ATT---AC-CG-GAAGATG-CTTAC---CATTTGTTATTT
gi|4 : GAATATGCTGTTCAAGTGTGGCATG----GGTACACAAAAACGGAAATA-GAAAAAT-TAGAAAAA---GATCAACTACATGGAGCCCGA--------------------TA--CACTTAT--TGCTTT--AAAAAAAT--TCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAGAAGTTAGAA-------------------CTTGTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TC---T-TTATCTATAG--AATATTGCACCA-AATATTAGAAGCACTATTTCTGGAT-ATGCTACTCGAAA-------------TCAA-TACCAA-------GCTGGAAGTAATTGGAAT-AA--TC--TTAGTATCC-ACAC-----AAG---GGAAGCAGCT-----TCCAT-TAA-------ATCTT---TTAAAAA-TGTTTGAAAA-----GCAGGGGAAGC---------AGACCACCAAGATATTTT-------TCATTTGGGAAAATATT--TTTTAATATAATCCATACA-AGGTTA-AGATATGCAC---AATTG-----TA--TTTT----------TTT-TTTTCGTTG---TAACT---TAGTAGACAATCCAAATTGTTCGTGTGG-----ACT---AC-CG-TAAGATG-CTTAC---CATTTGTTTTTTG---TC-------TGTAAAAAATATAC---TACTGCTAGACATTGTTAAAATGAATA----------CATT----G---TA-TTATTATTGATGTCAATTT-T--T-GTT-TGGGGGAATGA
gi|5 : acaacttATCTTTGGAAAC-AGTAGGAAAAGAGCTAAG-----CTTGTAAC----------TATGTAC-----AGG-A--T-AAATAATA-ATT-TAGT------ACCTCT-TTAACTACAG--AATATTGCACCA-AATA--------------TCTGGAT-ATGCTATTCGAAATTCTATGAAATATTCAT-TTCCGAAATGTAGACTGGAAGTATTT--AATAAA--TCCATTATT-CTTGACACTGTCAGAAATTGGAATAATCTTAGTATCCACACAAGGGAAGCAACTTCCATTAAATCATTTTTAAAAATGTTTGCA----AAGCAC---------------------TTTT-------TCATTTGGGAAAAGATT--GTTTAATATAATCCATACA-ACGTTA-AGA----CGC---AATTG-----CA--TTTAAAGCTC-CGATTT-ATTTCGTTG---TATCT---TAGTGGACAATCCAAATTGTTAGTGTGG-----ACT---AC-CG-AAAGATG-CTTAC---CATTTATTTTTTG---TC-------TGTAAAAAATATACTAGTACTGCTAGACATTGTT-TAATGA--AAATT-ACTATCATTCA
gi|6 : ATACGCTGTTCGGGGGTGGTAT-----GGTG-ACAAAA-CGAAAATAGGAAAAAT-TAGGAAAAG-G--TCAACTA-AC-CAGCCAAAATGG-A------ACT-GTCTAC--CAC-TAT--TGCTCA--AAAG---C--TAATGTATAATACATGTTATGATTAAAACAGGCTGGGAACCTTTA--------AAGAAATAGAGCTAAGGAAGTCTT-TAAC----------TATGTACTTGCTAAGTAGTT-ACACAATATATTATAGTTTTCGATCCTCCGTTATCTACAG---ATATT
gi|7 : ctgattagagtacatgcccttacacacacaacaccgggatactgtccgtcaacagataatccataggaggtctgattacatcggaagaaacttcaataaggattacaactagggttcactccaattaaattaagtacctgttcagaatatcatatctcaaaatgttattaatttcatttatcagccacaacttaagAATCGTA------AC--GTCTTGTGCAGTTTT--TGCTTC--AAAAAA-T--TCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGAG-ACCTTTAGAA-TTAGAAGGAAAAGAGCTAAG-----CTTTTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--TAACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTAAATTCAGGAAAAATTTCACCATAATATTAGAAACACTATC------TAAT----CTCAAAA-TCTTTGAATTATTCATCTACCAAAATGTAGGCT-------------ATAA-----------T-TCTGACACTGCCGAAGATTGGAATAATCTTTCTATCATCACAAGGGATGCAAC-CCCA-TAAATC-TTTTT-CAAATATTTGCA----AAGCACTG-----------TTGAAAT-TTTT-------TTATTT-GGAAAAGACTTGTTTTAATA-AATCCATACA-AGTTCAGAGC----TAT---AAACG-----TA--TGTT-AACTC-CGATTTCATTTCGTCG---TAACT---TAGTAGA
gi|8 : TG-CTTAC---CATTTGGTTTTTG---TC-------TGAAAACAATATAC---TACTGCTAGACATTGTT-TAATGAACAAATTTAATATCATT---------ATT-AT-ATCGATGTGCATTTGTACT-CTTA-GAGGGAATGAAATCTTCTGGTTCAAATGATGACTTTTTCAAAATGTAAGCAACTTTTCTTCAAAAATTATTCAATCT-TTTCTTGGTGAATGCGGTCG------TTTTTC-TAACGAC------AAA-----TAA-TAATGCACTATCTTAC--TT----ATATTCTATATGTTACATATACTTGT---ACACCTTG-AAACACAATTTG------TATTGA--------T---GTA---TTGC---ACTAACTTGT-ATATA-TTGTAAAATACTCAAAATGT-ATGGCAATC-CTATAAATTGTTGTA
gi|9 : CTGCTAGACATTGTT-TAATGAACAAATT-ACGTTCATTCAACGATATATTTATTATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGGAATGAA-TCT-CT--TTC---TGATG-----TTCAAAATGTTG--AACTTTTC----AAAGTTATTCAATCT-TTTCTTGATGAATGTGGTCG------TTTTTC-TAAAAAC-A-------------AG-TAATGCACTATCTTAC--TT----TTA-TCTATAAGT------TACTTGT---ACACTCT-AAAACACAACTGG------AATTAATTTACATGT---GTA---TTGCATAATTAATGTGT-AAATG---GTAAAATACTCAAAATGT-ATGGCAATT-TTATATACTATAATAAT
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TTTAGATGAATGGTAAAAAAAAAATGGTTATTGAAAACCCCCCACAAAACTAAAGCTATATTTTTAACATCTCAAAAATATGCAACAACTTCCTGAATTATTTTTTGATAACTGTCAGAGTATGTTACACATCACAACACCTGGGGATACTGTTCTCGTCAAAATTAGGGTGGTCTGATTACAATGAAAGCATTGTAAAAGGAAAAAAAGTCTTACAAAAAACTAGGTTTACTCAAAAAATTAAAATTTACTGTATCAAGAGAAATCCTATTTCAAATGTATATTTCATTTATCAGACCACAA
Unaligned ( gi|13 ): TATATTAGATACTTCCAGTAAACCAAGCTGTAGGCCCAGATTGCATAATTCATAACCTGTTAAACTGTCTCTAAACCACTATTCATCATTGTCAGAAAAAAATGTGTCCATCTTTTTGGAAAACAGCTCATGTTATCTCTCCCTTATAAATAAGACGATCCCTCGATGGCTTCAAAGTATAGACCAGTGTCGCTATTGTCTTGTATCAGTACAATTATAGAGAGAATCGTTTT
Unaligned ( gi|15 ): ACAAAACAAGAAATTACTTGATATTGATTTTCAATAATCACTGTCATAAAGCAATGAGGTCTTGACATCATTATCATTGTAAAGATATTTTCTAAACCACTCTGCATATTAATCAACAAATCACCATCAAGTGCTATGCACTTTTCCACATTATTGGAAAATAGCACATGTTCTTCCATTATTCAAGAAGG
Unaligned ( gi|19 ): ATGATATTTTGGGGCGAAGAATTTATGATATCCACCCTCCCTGTAAACAAAGCTATTGGATCCGATTGTATTAGACATAGGATGTTGAAATCAAGTGTATGCTTTTCAATAAATCTCTTCGTGAAAAATCCTTGCCAAATTATTGGAAA
Unaligned ( gi|21 ): TTGGACTTTTATTTTTGTTGTATGTAAATGACGTAGCTGACAACATGGTGTCTGTATACAGATTATAAGCAGATGATAATTCGCTACAACAATGTTCAAACGATATCTGTCTTATTGAGCAAGAACTTAA
Unaligned ( gi|30 ): TATGTAAATGACGTAGCTGACAGCATGATGTCTGTTTGCAGATTATACGCTGATGATAATTCGCTACAACAATGTTCT
Unaligned ( gi|31 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCACTACTGTTCAATTCAAAATCTAAGTATAAA
Alignments
lowQualScore : 22222 1 2222 111111 11 222222 111111 11111 11111 2222222222 11111 111111 11111111 2222 1 444444444444444444444444 1 2222 5555555555555555 2222222 111 1111 111 11111 111 111 11111 111 111 222222222222 111 333333333 1 111 11111 1111 222222 444444444444444 22 11111 111111 111 111111 222222222222 1111 111 333333333 111 1
lowQualScore : 22222 3 3 8 0 8 8888 3 11 2 222222 88 66 2 66 22 666666 222222 4 11111 1 0 0 22222 1111111111 11111 4 66 4 5 5 444444 5 66 5 44444444 9999 3 0 44 1 8 0 999999999999999999999999 0 8 3 0 4 33 999 33 2 3 3 2 3 1 0 7 33 1111 3 9999999999999999 1 5 6666666 222 0 6 6 4444 111 2 44444 77 5 5 0 5 000 000 3 66666 111 6 77 5 000 222222222222 444 6 6 1 666666666 1 1 0 0 77 5 6 6 99 111 66666 99 4444 6 888888 5 222222222222222 5 33 44444 2 666666 777 1 1 666666 0 555555555555 1111 555 5 5 0 5 6 888888888 0 111 1 3 8 3 8 3 8 0 3 7 7
lowQualScore : ..... . . . . . .... . .. . ...... .. .. . .. .. ...... ...... . ..... . . . ..... .......... ..... . .. . . . ...... . .. . ........ .... . . .. . . . ........................ . . . . . .. ... .. . . . . . . . . .. .... . ................ . . ....... ... . . . .... ... . ..... .. . . . . ... ... . ..... ... . .. . ... ............ ... . . . ......... . . . . .. . . . .. ... ..... .. .... . ...... . ............... . .. ..... . ...... ... . . ...... . ............ .... ... . . . . . ......... . ... . . . . . . . . . . .
lowQualScore : 00000 2 2 0 8 0 2222 7 77 8 888888 88 11 9 11 22 111111 888888 4 11111 4 1 5 55555 9999999999 11111 4 11 4 0 0 444444 0 99 7 66666666 0000 2 6 88 0 0 8 000000000000000000000000 6 0 2 2 2 55 222 55 5 5 2 5 2 2 0 0 55 2222 2 9999999999999999 4 6 0000000 000 8 7 7 2222 777 7 33333 99 0 7 4 7 000 000 2 77777 777 7 77 7 000 777777777777 000 7 7 0 444444444 4 4 9 1 99 7 7 7 22 777 77777 22 2222 7 000000 7 444444444444444 7 77 22222 7 444444 555 7 7 444444 1 111111111111 4444 777 7 7 7 7 7 000000000 2 888 0 8 8 2 0 8 0 0 2 3 3
consensus : GAATACGCTGTTCAAGTGTGGTCTG----GGTGCACAAAAGCGGAAATA-GAAAAAT-TAGAAAAAA-GGTTCAACTACACGCAGCCAGAATNGTA------ACTGGTCTTA--CACTTAT--TGCTTC--AAAA---T--TCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAGAAGTTAGAAGAAATAGAGCTAAG-----CTTGTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTACAG--AATATTGCACCA-AATATTAGAAGCACTATTTCTGGATAATGCTACTCGAAATTCTNTGAATTATTCAT-TACCAAAATGTAGGCTGGAAGTATTT--AATAAATCC-TTATT-TCTGACACTGCCGAAGATTGGAATAATCTTAGTATCCACACAAGGGAAGCAACTTCCATTAAATC-TTTTTAAAAATGTTTGCA----AAGCACTG-----AGACCACCGAGATATTTT-------TCATTTGGGAAAAGATT--TTTTAATATAATCCATACA-AGGTTA-AGA----CAC---AATCG-----CA--TTTTAAACTC-CGACTT-ATTTCGTTG---TAACT---TAGTAGACAATCCAAATTGTTCGTGTGG-----ACT---AC-CG-GAAGATG-CTTAC---CATTTGTTTTTTG---TC-------TGTAAAAAATATAC---TACTGCTAGACATTGTT-TAATGAACAAATT-ACTATCATTCAACG---TATTTATTATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGGAATGAA-TCT-CT--TTC---TGATG-----TTCAAAATGTAG--AACTTTTC----AAAGTTATTCAATCT-TTTCTTGGTGAATGTGGTCG-----TTTTTTC-TAAAAAC-A---GAAA-----TAA-TAATGCACTATCTTACTTTT----TTATTCTATACGT------TACTTGT---ACACTCTGAAAACACAATTGG------TATTAA--------T---GTA---TTGC---ATTAACTTGT-ATATG-TTGTAAAATACTCAAAATGT-ATGGCAATT-TTATAAATTATTGTAATTATGAGAAGGGGAGAGGACAA--TCTANGTTTTTGAANTTGTGCCC-AATCCTTTTGGCACTAT-TGTCAATAA-ATATGTTCAATTCAA
Reference ( family-5692 ) : GAATACGCTGTTCAAGTGTGGTCTG----GGTGCACAAAAGCGGAAATA-GAAAAAT-TAGAAAAAA-GGTTCAACTACACGCAGCCAGAATNGTA------ACTGGTCTTA--CACTTAT--TGCTTC--AAAA---T--TCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAGAAGTTAGAAGAAATAGAGCTAAG-----CTTGTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTACAG--AATATTGCACCA-AATATTAGAAGCACTATTTCTGGATAATGCTACTCGAAATTCTNTGAATTATTCAT-TACCAAAATGTAGGCTGGAAGTATTT--AATAAATC--TTATT-TCTGACACTGCCGAAGATTGGAATAATCTTAGTATCCACACAAGGGAAGCAACTTCCATTAAATC-TTTTTAAAAATGTTTGCA----AAGCACTG-----AGACCACCGAGATATTTT-------TCATTTGGGAAAAGATT--TTTTAATATAATCCATACA-AGGTTA-AGA----CAC---AATCG-----CA--TTTTAAACTC-CGACTT-ATTTCGTTG---TAACT---TAGTAGACAATCCAAATTGTTCGTGTGG-----ACT---AC-CG-GAAGATG-CTTAC---CATTTGTTTTTTG---TC-------TGTAAAAAATATAC---TACTGCTAGACATTGTT-TAATGAACAAATT-ACTATCATTCAACG---TATTTATTATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGGAATGAA-TCT-CT--TTC---TGATG-----TTCAAAATGTAG--AACTTTTC----AAAGTTATTCAATCT-TTTCTTGGTGAATGTGGTCG-----TTTTTTC-TAAAAAC-A---GAAA-----TAA-TAATGCACTATCTTACTTTT----TTATTCTATACGT------TACTTGT---ACACTCTGAAAACACAATTGG------TATTAA--------T---GTA---TTGC---ATTAACTTGT-ATATG-TTGTAAAATACTCAAAATGT-ATGGCAATT-TTATAAATTATTGTAATTATGAGAAGGGGAGAGGACAA--TCTANGTTTTTGAANTTGTGCCC-AATCCTTTTGGCACTAT-TGTCAATAA-ATATGTTCAATTCAA
gi|1 : GAATACGCTGTTCAAGTGTGATCTT----GGTGCACAAAAGCGGAAATA-GAAAAAA-TAGAAAAA---GTTCAACTACATGCAGCCAGAATTGTA------ACTGGTCATA--CACTTAT--TGCTTA--AAAAA--T--TCAT------TATAT-TTA-----AAAATAGGCTGGGAACCTGTAGAAGTTAGAAGAAATAGAGCTAAG-----CTTGTAAA-----------ATGTAC-----AAG-A--T-AAACAATA-A------------------T-TTATCTACAG--AATATTGCACCA-AATATTAAAAGCACTAT
gi|11 : aatgatttttgtcctgacagaacaagaaattaatgacattatatttattattcctataaacaaagctataggtccagacggcatcagtcacacaatgttaaagtcctgtaaggacacaatttcaaaaccattatgtaaactttttaataaatcactttcattaaaaacctttccagactgttggaaattagcacgcgtaattcctttattaaagcaagatgacccctctgctccttgcaattacagaccagtgtcgttgctgagttgtatttataaaatatttgaaaggataatttttaaacatattcttttataaatatcaagcaagatttttaccaggtcattctacagtgtatcagttcctagaaacatatcactttattgttgaaagtattgacaatggtgattattgttgtatggtcgttagtgatttatctaaagcttttgatatattttggcataagagtctaattcacaaacttcatatgtatggtatcattggttcaattttacaatggtttagtagttacttaattaacaaaacgcaaaaagtaatgtacagaaacttaaattcctctgtgagaagtgtataagctggtgtgcctcaaggctctgttcttgaaccaattttatttttgttgtatgtaggtgacgtagcttacatcatggtgtctgtttgcagattatacgctgatgataattcgctacaacaatgctcagataacatatgtattattgagcaaaaacttaataatgagatggatggtcaaaaaatggttattgaaatttaagccccactaacaaaactatactttttcatctaaaaaatgtgcaacaacttcctgaattatattttgataattgtcagttaaagtatgttacacaccacaaacacctgttctcgtcaaaattaggatggtctgattacatcgaaggcattgtgaaaaaggcttacaaaaaaaggtttattcaaaagattaaaatttactatatcaaaagaaatcctatctcagaatcctatctcagatgtatatttcatttatcaaaccgcaacttATTG-----TA--TTTTAAACTC-CGACTA-AAATCGTTG---TAA---------------TCCAAATTGTTCGTGTGG-----ACT---AC-TG-GAAGATG-CTTAC---TATCTGTTTTTTG---TG-------TGT-AAAAATATAC---TTCTGCTAGACA----T-TAATGAACAAATT-ACTATCATTGAACA--------ATAA---------ATTTAT--T-GTTATGGGGAAATGAA-TCT-CT--CTC---TGATG-----TACAAAATGTAG--AACTTTTC----AAAGTTATTCAATCT-TTTCATAGTGAATATGG---------TTTTTCATGAAAA--A---AAAA------AA-TACTTAACAATCTTAATTTTACGAATATTCTACA
gi|12 : G---TATTTATTATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGGAATGA--TCT-CT--T-C---TAATG-----TT-AAAATGTAG--AACTTTTC----AAAGCTATTTAATCT-TTCCTTGGTGAATGTGGTCG-----TTTCTTC-TAAAAACAA---GTAA-----TAATTAATGCAATATCTTAC--TT----TTATTCTATTCGT------TACTTGTCTAACAATCT
gi|12 : aaaaaacctgatatacgACAA--TCTATGTTTTTGAACTTGTGCCC-GATCCTTTTGACACTAT-TGTCAATAatgtttttgaacttgtgcccgatccttttgacactattgtcaatacaaaaaggcaacgttaacattgtgtcaagtaaattg
gi|14 : aaaaaacctgatatacggtatttattattgatgtgcatttattgttatgggggaatgatctcttctaatgttaaaatgtagaacttttcaaagctatttaatctttccttggtgaatgtggtcgtttcttctaaaaacaagtaataattaatgcaatatcttacttttattctattcgttacttgtctaATACATAGGTTA-AGG----CACCACAATCGGGGACCACTTTTTAAACTCTCGAATT-ATTTCGTTGTAATAACT---TAGTAGAC---CCCAATTGTTCACTTGGATGGAACTGAAACTCGAGAAGATGACTTACATGTATATGTTTTCTGAGCTCTGATATATGTACAAAATATAcaaaaaggcaacgttaacattgtgtcaagtaaattg
gi|16 : ATTTAT-ATTGATGTGCATTTAT--TTGTTATGGGGGAATGAA-TCT-CT--TTC---TAATG-----TTCAAAAT-TAG--AACTTTTC----AAAGCTATTTAATCTCTTCCTTGGTGAATGTGGTCG-----TTTCTTC-TAAAAAC-AAGTAAAA-----TAA-TAATGCAATATCTTAC--TT----TTATTCTATTCGT------TACTTGTCTAACAATCTaataacttggctattgtgactcgataaggattatat
gi|17 : CCAGAATTGTA------ACTGGTCTTA--CACTTATATTGCTTC--AAAA---AGATCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAAAAGTTAGAAGAAATAGAGGTAAG-----CTTGTAACTACATGAGTGTATGTAC-----AAA-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTACAG--AATATCGCACCA-AATAT
gi|18 : AAACACA--TGGGTGAGTTATGAA--------T---GTAGAGTTACC--ATTAACTAGTTATCTGATTAGAGAATA-TCAAA-TGTTATGGTCATTATTATAACTTATTGTGATTATGAGAAGGGGAGGGGCCA--------GTGTTTGATATTGTG-TC-AACTTTTTTGGCACTATGTGT-AATAA-AT
gi|2 : ctccGAATACGCTGTTCAAGTATGGTCTG----TGTGCACAAAAGCGGAAATA-GAAAAAT-TAGAAAAAAAGGTTCAACTATATGCAGCTAGAATCTTA------ATTTGTCTTA--AA--TAT--TGCTTC--AAA----T--TCAT------TATGT-TTA-----GAAACAGCCTGGGACCCTTTAAAAGTTAGGAAATATAGAGCTAAT-----CCTGTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--T-ACATAGTA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTACAA--AATA-TGCACAA-AATATTAGAAGCACAATTTCTGGGTAATGT--CTCGAAATTTAATGAATTATTCAT-TACCAAAATGCAGGTTGGAATTATTT--AATAAAGCCTTTATT-TCTGACACTGCCAAACATTGGAATAATCATAGTATTCAGACAAGGGAAGCAACTTCCATTAAACC-TTTTTAAAAATGTTTGCA----AAGCACTGTTGAAAAACCTCCAAGATATTTT-------TCATTTGGGATAATATT--TTTTAATATAATGCACACA-AAGTTA-ATA----CAT---AATGG-----TA--TTTTAAACTC-TGACTT-ATTTTTTTG---TAACTTTATAGTAGACAATCCAAGTTGTTCATGTG------------------------------------TTT-----TTG---TG-------TGTAACAAATATAC---TACTGTTACACATTGTT-TAATAAACAAATT-ATTATCATTTAACGAAATATTTATCATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGAAATGAA-TC-------TC---TGATG-----TACAAAGTGTGG--AAATTTTT----AAAGTTATTCAATCT-TTTCTTAGTTAATGTGGTCGAGGGTTTTTTTT-TGGTGGT-G---GTGAGGGGGTGA-TAATGTACTATCTTATTTTT----TTCTTCTATATGT------TACTTGT---ACGCTCTGAAAACACAATTGG------TATTAA--------T---ATA---TTGC---ATTAACTTGT-ATCTG-TTGTTAAATACTCAAAATGT-ATGTCAATT-TTATAAATAATTGTAAT---------GGGAGATAACAA--TCAAAATTTTTGAA-TTGTGTCC-AATCCTTTTGGCACTAT-TGTCAATAA-ATATA--CAATTCAA
gi|20 : TTTTC-TAAAAAC-A-----AG-----TAA-TAATGTACTATCTTACTTAT------ATTCTATATGT------TACTTGT---ACACTCTGAAAACACAATTGG------TATTAA--------T---GTA---GTGC---ATTAATTTGT-ATATG-TTGTAAAATACTCAAAATGT-ATaattcaatcgtcgt
gi|22 : gaatgagaatacacT----TTATTCTATATGC------TATTT-T---GCTCTCTGGAAACGCATTTGG------TATC---------------TA----------ATTAACTTAT-ATATG-TTGTAAAATGCACAATATGT-ATGCCATTC-CTATAAATTACTGT
gi|23 : ttaatgatagattgtaaattatacaC-----AAG-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTTCAG--AAAATTTCACCA-AATATTAGAAACACTATTC-----TAAT-----TC-AAATTCTTTGAATTATTCAT-TACCAAAATGTAGGCT-------------ATAA-------ATT-CCTGACAC
gi|24 : ACCACCAAAATATTTTTTGTTTTTCATTTGGAAAAAGATT--ATTAAATGTAATCCACACA-AGGTAA-AGA----TAT---AATTG-----CA--TTTTAAACTT-AGACTT-ATTTCGTTT---TAACT---TAGTAGACAATC
gi|25 : GTA------ACTGGTCTTA--CACTTAT--TGCTTC--AAAACA-T--TCAT------TATAG-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAGAAGCTAGAAGAAATAGAGCTAAG-----CTTGTAAC----------TATGTAC-----ACG-A--T-ATATA
gi|26 : TTTT---ACACTCTGAAAACACAATTGA------CATTAA--------TAATGTA---TTGC---ATTAATTTGT-ATATG-TTGTAAAGTAGTTAAAAAGT-ATGGCAATT-TTATAAATTATTGTAA
gi|27 : A-GATTCAGTCATACACAGCGAGAATAGTT------ACAGGCCTTT--CAATGCT--AGATTCCAGAAA---T--TCAC------TGTGT-TTG-----GAAACCGAATGGGAACCTTTAG
gi|28 : GATAAGACAA--TATACGTTTTTGAAATTGTGCCC-ATTCCTTTTAGCACTGT-TGTCAATAAGATATGTTCAATTCAA
gi|29 : catactgtGGGAGAGGGCAAGATCTAAGTTTATGAACTTGTGCCCCAATCCTTTTGGCATT-T-TGTCAATAA-A-ATGTTC-ATTCAAttc
gi|3 : tgtgatGAATACGCTGTTGAAGTATGGTCTGCATGGATGTACAAAA------ATA-GA----TGTAGAAAAA---GTCCAACTACATGCTGCAAGAATAGTACATGCAACAGGTCTTA--CATTAAT--TGCCTCTAGAAA---T--TCAC------TATAT-ATA-----GAAACAGGTTGAGAACCTTTt
gi|32 : tactctactgtgaaaagtattgatgatggtaaatatggtttcctgtaatttatctaaagtttttggcggggtctatcacaaaggcccaatatacagacttaaaatgtacggaataaacagacatatcttaaaatggtttggtatttattgaagtaacagaatacaaaaagttatgtacaggaatttattttcctctgtgagatatgttagagctggagtgcctcaagaatcagttcttggaccacttttgtttttgctatatgtgaatgatgttgctagaaagatgatctcagtttgcagatatatgcagacggttactcattacaaaattgctcagataatataagctatattgaacaagtccttaatcatgacctaggaatattagatgaatggtcaaagatataggtactacccccccccaaaaaaaaaccccaacaacaaacaaacaaaaaaccaaagctgttttatttcatctagaaatatatatcccaatctatcttttgataattgccaattagaatatgtctattatcacagacgtttaggaatcctgtcgtcttcaaaactagagcggtctgaatacaatgacaacattgtatagaaagcatacaccccccccgcccccaaaccccccccccccccccgagttgatttacttaaaatcagtttcaaggatattctgtcccaaatgtatatatcttttattagaccacaacttGTGG-----ATT---AC-CG-GAAGATG-CTTAC---CATTTGTTATTT
gi|4 : GAATATGCTGTTCAAGTGTGGCATG----GGTACACAAAAACGGAAATA-GAAAAAT-TAGAAAAA---GATCAACTACATGGAGCCCGA--------------------TA--CACTTAT--TGCTTT--AAAAAAAT--TCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAGAAGTTAGAA-------------------CTTGTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TC---T-TTATCTATAG--AATATTGCACCA-AATATTAGAAGCACTATTTCTGGAT-ATGCTACTCGAAA-------------TCAA-TACCAA-------GCTGGAAGTAATTGGAAT-AATC--TTAGTATCC-ACAC-----AAG---GGAAGCAGCT-----TCCAT-TAA-------ATCTT---TTAAAAA-TGTTTGAAAA-----GCAGGGGAAGC---------AGACCACCAAGATATTTT-------TCATTTGGGAAAATATT--TTTTAATATAATCCATACA-AGGTTA-AGATATGCAC---AATTG-----TA--TTTT----------TTT-TTTTCGTTG---TAACT---TAGTAGACAATCCAAATTGTTCGTGTGG-----ACT---AC-CG-TAAGATG-CTTAC---CATTTGTTTTTTG---TC-------TGTAAAAAATATAC---TACTGCTAGACATTGTTAAAATGAATA----------CATT----G---TA-TTATTATTGATGTCAATTT-T--T-GTT-TGGGGGAATGA
gi|5 : acaacttATCTTTGGAAAC-AGTAGGAAAAGAGCTAAG-----CTTGTAAC----------TATGTAC-----AGG-A--T-AAATAATA-ATT-TAGT------ACCTCT-TTAACTACAG--AATATTGCACCA-AATA--------------TCTGGAT-ATGCTATTCGAAATTCTATGAAATATTCAT-TTCCGAAATGTAGACTGGAAGTATTT--AATAAATCCATTATT-CTTGACACTGTCAGAAATTGGAATAATCTTAGTATCCACACAAGGGAAGCAACTTCCATTAAATCATTTTTAAAAATGTTTGCA----AAGCAC---------------------TTTT-------TCATTTGGGAAAAGATT--GTTTAATATAATCCATACA-ACGTTA-AGA----CGC---AATTG-----CA--TTTAAAGCTC-CGATTT-ATTTCGTTG---TATCT---TAGTGGACAATCCAAATTGTTAGTGTGG-----ACT---AC-CG-AAAGATG-CTTAC---CATTTATTTTTTG---TC-------TGTAAAAAATATACTAGTACTGCTAGACATTGTT-TAATGA--AAATT-ACTATCATTCA
gi|6 : ATACGCTGTTCGGGGGTGGTAT-----GGTG-ACAAAA-CGAAAATAGGAAAAAT-TAGGAAAAG-G--TCAACTA-AC-CAGCCAAAATGG-A------ACT-GTCTAC--CAC-TAT--TGCTCA--AAAG---C--TAATGTATAATACATGTTATGATTAAAACAGGCTGGGAACCTTTA--------AAGAAATAGAGCTAAGGAAGTCTT-TAAC----------TATGTACTTGCTAAGTAGTT-ACACAATATATTATAGTTTTCGATCCTCCGTTATCTACAG---ATATT
gi|7 : ctgattagagtacatgcccttacacacacaacaccgggatactgtccgtcaacagataatccataggaggtctgattacatcggaagaaacttcaataaggattacaactagggttcactccaattaaattaagtacctgttcagaatatcatatctcaaaatgttattaatttcatttatcagccacaacttaagAATCGTA------AC--GTCTTGTGCAGTTTT--TGCTTC--AAAAAA-T--TCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGAG-ACCTTTAGAA-TTAGAAGGAAAAGAGCTAAG-----CTTTTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--TAACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTAAATTCAGGAAAAATTTCACCATAATATTAGAAACACTATC------TAAT----CTCAAAA-TCTTTGAATTATTCATCTACCAAAATGTAGGCT-------------ATAA---------T-TCTGACACTGCCGAAGATTGGAATAATCTTTCTATCATCACAAGGGATGCAAC-CCCA-TAAATC-TTTTT-CAAATATTTGCA----AAGCACTG-----------TTGAAAT-TTTT-------TTATTT-GGAAAAGACTTGTTTTAATA-AATCCATACA-AGTTCAGAGC----TAT---AAACG-----TA--TGTT-AACTC-CGATTTCATTTCGTCG---TAACT---TAGTAGA
gi|8 : TG-CTTAC---CATTTGGTTTTTG---TC-------TGAAAACAATATAC---TACTGCTAGACATTGTT-TAATGAACAAATTTAATATCATT---------ATT-AT-ATCGATGTGCATTTGTACT-CTTA-GAGGGAATGAAATCTTCTGGTTCAAATGATGACTTTTTCAAAATGTAAGCAACTTTTCTTCAAAAATTATTCAATCT-TTTCTTGGTGAATGCGGTCG------TTTTTC-TAACGAC------AAA-----TAA-TAATGCACTATCTTAC--TT----ATATTCTATATGTTACATATACTTGT---ACACCTTG-AAACACAATTTG------TATTGA--------T---GTA---TTGC---ACTAACTTGT-ATATA-TTGTAAAATACTCAAAATGT-ATGGCAATC-CTATAAATTGTTGTA
gi|9 : CTGCTAGACATTGTT-TAATGAACAAATT-ACGTTCATTCAACGATATATTTATTATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGGAATGAA-TCT-CT--TTC---TGATG-----TTCAAAATGTTG--AACTTTTC----AAAGTTATTCAATCT-TTTCTTGATGAATGTGGTCG------TTTTTC-TAAAAAC-A-------------AG-TAATGCACTATCTTAC--TT----TTA-TCTATAAGT------TACTTGT---ACACTCT-AAAACACAACTGG------AATTAATTTACATGT---GTA---TTGCATAATTAATGTGT-AAATG---GTAAAATACTCAAAATGT-ATGGCAATT-TTATATACTATAATAAT
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TTTAGATGAATGGTAAAAAAAAAATGGTTATTGAAAACCCCCCACAAAACTAAAGCTATATTTTTAACATCTCAAAAATATGCAACAACTTCCTGAATTATTTTTTGATAACTGTCAGAGTATGTTACACATCACAACACCTGGGGATACTGTTCTCGTCAAAATTAGGGTGGTCTGATTACAATGAAAGCATTGTAAAAGGAAAAAAAGTCTTACAAAAAACTAGGTTTACTCAAAAAATTAAAATTTACTGTATCAAGAGAAATCCTATTTCAAATGTATATTTCATTTATCAGACCACAA
Unaligned ( gi|13 ): TATATTAGATACTTCCAGTAAACCAAGCTGTAGGCCCAGATTGCATAATTCATAACCTGTTAAACTGTCTCTAAACCACTATTCATCATTGTCAGAAAAAAATGTGTCCATCTTTTTGGAAAACAGCTCATGTTATCTCTCCCTTATAAATAAGACGATCCCTCGATGGCTTCAAAGTATAGACCAGTGTCGCTATTGTCTTGTATCAGTACAATTATAGAGAGAATCGTTTT
Unaligned ( gi|15 ): ACAAAACAAGAAATTACTTGATATTGATTTTCAATAATCACTGTCATAAAGCAATGAGGTCTTGACATCATTATCATTGTAAAGATATTTTCTAAACCACTCTGCATATTAATCAACAAATCACCATCAAGTGCTATGCACTTTTCCACATTATTGGAAAATAGCACATGTTCTTCCATTATTCAAGAAGG
Unaligned ( gi|19 ): ATGATATTTTGGGGCGAAGAATTTATGATATCCACCCTCCCTGTAAACAAAGCTATTGGATCCGATTGTATTAGACATAGGATGTTGAAATCAAGTGTATGCTTTTCAATAAATCTCTTCGTGAAAAATCCTTGCCAAATTATTGGAAA
Unaligned ( gi|21 ): TTGGACTTTTATTTTTGTTGTATGTAAATGACGTAGCTGACAACATGGTGTCTGTATACAGATTATAAGCAGATGATAATTCGCTACAACAATGTTCAAACGATATCTGTCTTATTGAGCAAGAACTTAA
Unaligned ( gi|30 ): TATGTAAATGACGTAGCTGACAGCATGATGTCTGTTTGCAGATTATACGCTGATGATAATTCGCTACAACAATGTTCT
Unaligned ( gi|31 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCACTACTGTTCAATTCAAAATCTAAGTATAAA
Alignments
lowQualScore : 22222 1 2222 111111 11 222222 111111 11111 11111 2222222222 11111 111111 11111111 2222 1 11 44444 1 1 2222 5555555555555555 2222222 111 1111 111 11111 111 111 11111 111 111 222222222222 111 333333333 1 111 11111 1111 222222 444444444444444 22 11111 111111 111 111111 222222222222 1111 111 333333333 111 1
lowQualScore : 22222 3 3 8 0 8 8888 3 11 2 222222 88 66 2 66 22 666666 222222 4 11111 1 0 0 22222 1111111111 11111 4 66 4 5 5 444444 5 66 5 44444444 9999 3 0 44 1 8 0 2 2 3 33 11111 3 0 2 3 0 4 33 999 33 2 3 3 2 3 1 0 7 33 1111 3 9999999999999999 1 5 6666666 222 0 6 6 4444 111 2 44444 77 5 5 0 5 000 000 3 66666 111 6 77 5 000 222222222222 444 6 6 1 666666666 1 1 0 0 77 5 6 6 99 111 66666 99 4444 6 888888 5 222222222222222 5 33 44444 2 666666 777 1 1 666666 0 555555555555 1111 555 5 5 0 5 6 888888888 0 111 1 3 8 3 8 3 8 0 3 7 7
lowQualScore : ..... . . . . . .... . .. . ...... .. .. . .. .. ...... ...... . ..... . . . ..... .......... ..... . .. . . . ...... . .. . ........ .... . . .. . . . . . . .. ..... . . . . . . .. ... .. . . . . . . . . .. .... . ................ . . ....... ... . . . .... ... . ..... .. . . . . ... ... . ..... ... . .. . ... ............ ... . . . ......... . . . . .. . . . .. ... ..... .. .... . ...... . ............... . .. ..... . ...... ... . . ...... . ............ .... ... . . . . . ......... . ... . . . . . . . . . . .
lowQualScore : 00000 2 2 0 8 0 2222 7 77 8 888888 88 11 9 11 22 111111 888888 4 11111 4 1 5 55555 9999999999 11111 4 11 4 0 0 444444 0 99 7 66666666 0000 2 6 88 0 0 8 5 5 5 88 00000 0 0 5 2 2 2 55 222 55 5 5 2 5 2 2 0 0 55 2222 2 9999999999999999 4 6 0000000 000 8 7 7 2222 777 7 33333 99 0 7 4 7 000 000 2 77777 777 7 77 7 000 777777777777 000 7 7 0 444444444 4 4 9 1 99 7 7 7 22 777 77777 22 2222 7 000000 7 444444444444444 7 77 22222 7 444444 555 7 7 444444 1 111111111111 4444 777 7 7 7 7 7 000000000 2 888 0 8 8 2 0 8 0 0 2 3 3
consensus : GAATACGCTGTTCAAGTGTGGTCTG----GGTGCACAAAAGCGGAAATA-GAAAAAT-TAGAAAAAA-GGTTCAACTACACGCAGCCAGAATNGTA------ACTGGTCTTA--CACTTAT--TGCTTC--AAAA---T--TCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAGAAGTTAGAAGAAATAGAGCTAAG-----CTTGTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTACAG--AATATTGCACCA-AATATTAGAAGCACTATTTCTGGATAATGCTACTCGAAATTCTNTGAATTATTCAT-TACCAAAATGTAGGCTGGAAGTATTT--AATAAA-CC-TTATT-TCTGACACTGCCGAAGATTGGAATAATCTTAGTATCCACACAAGGGAAGCAACTTCCATTAAATC-TTTTTAAAAATGTTTGCA----AAGCACTG-----AGACCACCGAGATATTTT-------TCATTTGGGAAAAGATT--TTTTAATATAATCCATACA-AGGTTA-AGA----CAC---AATCG-----CA--TTTTAAACTC-CGACTT-ATTTCGTTG---TAACT---TAGTAGACAATCCAAATTGTTCGTGTGG-----ACT---AC-CG-GAAGATG-CTTAC---CATTTGTTTTTTG---TC-------TGTAAAAAATATAC---TACTGCTAGACATTGTT-TAATGAACAAATT-ACTATCATTCAACG---TATTTATTATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGGAATGAA-TCT-CT--TTC---TGATG-----TTCAAAATGTAG--AACTTTTC----AAAGTTATTCAATCT-TTTCTTGGTGAATGTGGTCG-----TTTTTTC-TAAAAAC-A---GAAA-----TAA-TAATGCACTATCTTACTTTT----TTATTCTATACGT------TACTTGT---ACACTCTGAAAACACAATTGG------TATTAA--------T---GTA---TTGC---ATTAACTTGT-ATATG-TTGTAAAATACTCAAAATGT-ATGGCAATT-TTATAAATTATTGTAATTATGAGAAGGGGAGAGGACAA--TCTANGTTTTTGAANTTGTGCCC-AATCCTTTTGGCACTAT-TGTCAATAA-ATATGTTCAATTCAA
Reference ( family-5692 ) : GAATACGCTGTTCAAGTGTGGTCTG----GGTGCACAAAAGCGGAAATA-GAAAAAT-TAGAAAAAA-GGTTCAACTACACGCAGCCAGAATNGTA------ACTGGTCTTA--CACTTAT--TGCTTC--AAAA---T--TCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAGAAGTTAGAAGAAATAGAGCTAAG-----CTTGTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTACAG--AATATTGCACCA-AATATTAGAAGCACTATTTCTGGATAATGCTACTCGAAATTCTNTGAATTATTCAT-TACCAAAATGTAGGCTGGAAGTATTT--AATAAATCC-TTATT-TCTGACACTGCCGAAGATTGGAATAATCTTAGTATCCACACAAGGGAAGCAACTTCCATTAAATC-TTTTTAAAAATGTTTGCA----AAGCACTG-----AGACCACCGAGATATTTT-------TCATTTGGGAAAAGATT--TTTTAATATAATCCATACA-AGGTTA-AGA----CAC---AATCG-----CA--TTTTAAACTC-CGACTT-ATTTCGTTG---TAACT---TAGTAGACAATCCAAATTGTTCGTGTGG-----ACT---AC-CG-GAAGATG-CTTAC---CATTTGTTTTTTG---TC-------TGTAAAAAATATAC---TACTGCTAGACATTGTT-TAATGAACAAATT-ACTATCATTCAACG---TATTTATTATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGGAATGAA-TCT-CT--TTC---TGATG-----TTCAAAATGTAG--AACTTTTC----AAAGTTATTCAATCT-TTTCTTGGTGAATGTGGTCG-----TTTTTTC-TAAAAAC-A---GAAA-----TAA-TAATGCACTATCTTACTTTT----TTATTCTATACGT------TACTTGT---ACACTCTGAAAACACAATTGG------TATTAA--------T---GTA---TTGC---ATTAACTTGT-ATATG-TTGTAAAATACTCAAAATGT-ATGGCAATT-TTATAAATTATTGTAATTATGAGAAGGGGAGAGGACAA--TCTANGTTTTTGAANTTGTGCCC-AATCCTTTTGGCACTAT-TGTCAATAA-ATATGTTCAATTCAA
gi|1 : GAATACGCTGTTCAAGTGTGATCTT----GGTGCACAAAAGCGGAAATA-GAAAAAA-TAGAAAAA---GTTCAACTACATGCAGCCAGAATTGTA------ACTGGTCATA--CACTTAT--TGCTTA--AAAAA--T--TCAT------TATAT-TTA-----AAAATAGGCTGGGAACCTGTAGAAGTTAGAAGAAATAGAGCTAAG-----CTTGTAAA-----------ATGTAC-----AAG-A--T-AAACAATA-A------------------T-TTATCTACAG--AATATTGCACCA-AATATTAAAAGCACTAT
gi|11 : aatgatttttgtcctgacagaacaagaaattaatgacattatatttattattcctataaacaaagctataggtccagacggcatcagtcacacaatgttaaagtcctgtaaggacacaatttcaaaaccattatgtaaactttttaataaatcactttcattaaaaacctttccagactgttggaaattagcacgcgtaattcctttattaaagcaagatgacccctctgctccttgcaattacagaccagtgtcgttgctgagttgtatttataaaatatttgaaaggataatttttaaacatattcttttataaatatcaagcaagatttttaccaggtcattctacagtgtatcagttcctagaaacatatcactttattgttgaaagtattgacaatggtgattattgttgtatggtcgttagtgatttatctaaagcttttgatatattttggcataagagtctaattcacaaacttcatatgtatggtatcattggttcaattttacaatggtttagtagttacttaattaacaaaacgcaaaaagtaatgtacagaaacttaaattcctctgtgagaagtgtataagctggtgtgcctcaaggctctgttcttgaaccaattttatttttgttgtatgtaggtgacgtagcttacatcatggtgtctgtttgcagattatacgctgatgataattcgctacaacaatgctcagataacatatgtattattgagcaaaaacttaataatgagatggatggtcaaaaaatggttattgaaatttaagccccactaacaaaactatactttttcatctaaaaaatgtgcaacaacttcctgaattatattttgataattgtcagttaaagtatgttacacaccacaaacacctgttctcgtcaaaattaggatggtctgattacatcgaaggcattgtgaaaaaggcttacaaaaaaaggtttattcaaaagattaaaatttactatatcaaaagaaatcctatctcagaatcctatctcagatgtatatttcatttatcaaaccgcaacttATTG-----TA--TTTTAAACTC-CGACTA-AAATCGTTG---TAA---------------TCCAAATTGTTCGTGTGG-----ACT---AC-TG-GAAGATG-CTTAC---TATCTGTTTTTTG---TG-------TGT-AAAAATATAC---TTCTGCTAGACA----T-TAATGAACAAATT-ACTATCATTGAACA--------ATAA---------ATTTAT--T-GTTATGGGGAAATGAA-TCT-CT--CTC---TGATG-----TACAAAATGTAG--AACTTTTC----AAAGTTATTCAATCT-TTTCATAGTGAATATGG---------TTTTTCATGAAAA--A---AAAA------AA-TACTTAACAATCTTAATTTTACGAATATTCTACA
gi|12 : G---TATTTATTATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGGAATGA--TCT-CT--T-C---TAATG-----TT-AAAATGTAG--AACTTTTC----AAAGCTATTTAATCT-TTCCTTGGTGAATGTGGTCG-----TTTCTTC-TAAAAACAA---GTAA-----TAATTAATGCAATATCTTAC--TT----TTATTCTATTCGT------TACTTGTCTAACAATCT
gi|12 : aaaaaacctgatatacgACAA--TCTATGTTTTTGAACTTGTGCCC-GATCCTTTTGACACTAT-TGTCAATAatgtttttgaacttgtgcccgatccttttgacactattgtcaatacaaaaaggcaacgttaacattgtgtcaagtaaattg
gi|14 : aaaaaacctgatatacggtatttattattgatgtgcatttattgttatgggggaatgatctcttctaatgttaaaatgtagaacttttcaaagctatttaatctttccttggtgaatgtggtcgtttcttctaaaaacaagtaataattaatgcaatatcttacttttattctattcgttacttgtctaATACATAGGTTA-AGG----CACCACAATCGGGGACCACTTTTTAAACTCTCGAATT-ATTTCGTTGTAATAACT---TAGTAGAC---CCCAATTGTTCACTTGGATGGAACTGAAACTCGAGAAGATGACTTACATGTATATGTTTTCTGAGCTCTGATATATGTACAAAATATAcaaaaaggcaacgttaacattgtgtcaagtaaattg
gi|16 : ATTTAT-ATTGATGTGCATTTAT--TTGTTATGGGGGAATGAA-TCT-CT--TTC---TAATG-----TTCAAAAT-TAG--AACTTTTC----AAAGCTATTTAATCTCTTCCTTGGTGAATGTGGTCG-----TTTCTTC-TAAAAAC-AAGTAAAA-----TAA-TAATGCAATATCTTAC--TT----TTATTCTATTCGT------TACTTGTCTAACAATCTaataacttggctattgtgactcgataaggattatat
gi|17 : CCAGAATTGTA------ACTGGTCTTA--CACTTATATTGCTTC--AAAA---AGATCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAAAAGTTAGAAGAAATAGAGGTAAG-----CTTGTAACTACATGAGTGTATGTAC-----AAA-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTACAG--AATATCGCACCA-AATAT
gi|18 : AAACACA--TGGGTGAGTTATGAA--------T---GTAGAGTTACC--ATTAACTAGTTATCTGATTAGAGAATA-TCAAA-TGTTATGGTCATTATTATAACTTATTGTGATTATGAGAAGGGGAGGGGCCA--------GTGTTTGATATTGTG-TC-AACTTTTTTGGCACTATGTGT-AATAA-AT
gi|2 : ctccGAATACGCTGTTCAAGTATGGTCTG----TGTGCACAAAAGCGGAAATA-GAAAAAT-TAGAAAAAAAGGTTCAACTATATGCAGCTAGAATCTTA------ATTTGTCTTA--AA--TAT--TGCTTC--AAA----T--TCAT------TATGT-TTA-----GAAACAGCCTGGGACCCTTTAAAAGTTAGGAAATATAGAGCTAAT-----CCTGTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--T-ACATAGTA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTACAA--AATA-TGCACAA-AATATTAGAAGCACAATTTCTGGGTAATGT--CTCGAAATTTAATGAATTATTCAT-TACCAAAATGCAGGTTGGAATTATTT--AATAAAGCCTTTATT-TCTGACACTGCCAAACATTGGAATAATCATAGTATTCAGACAAGGGAAGCAACTTCCATTAAACC-TTTTTAAAAATGTTTGCA----AAGCACTGTTGAAAAACCTCCAAGATATTTT-------TCATTTGGGATAATATT--TTTTAATATAATGCACACA-AAGTTA-ATA----CAT---AATGG-----TA--TTTTAAACTC-TGACTT-ATTTTTTTG---TAACTTTATAGTAGACAATCCAAGTTGTTCATGTG------------------------------------TTT-----TTG---TG-------TGTAACAAATATAC---TACTGTTACACATTGTT-TAATAAACAAATT-ATTATCATTTAACGAAATATTTATCATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGAAATGAA-TC-------TC---TGATG-----TACAAAGTGTGG--AAATTTTT----AAAGTTATTCAATCT-TTTCTTAGTTAATGTGGTCGAGGGTTTTTTTT-TGGTGGT-G---GTGAGGGGGTGA-TAATGTACTATCTTATTTTT----TTCTTCTATATGT------TACTTGT---ACGCTCTGAAAACACAATTGG------TATTAA--------T---ATA---TTGC---ATTAACTTGT-ATCTG-TTGTTAAATACTCAAAATGT-ATGTCAATT-TTATAAATAATTGTAAT---------GGGAGATAACAA--TCAAAATTTTTGAA-TTGTGTCC-AATCCTTTTGGCACTAT-TGTCAATAA-ATATA--CAATTCAA
gi|20 : TTTTC-TAAAAAC-A-----AG-----TAA-TAATGTACTATCTTACTTAT------ATTCTATATGT------TACTTGT---ACACTCTGAAAACACAATTGG------TATTAA--------T---GTA---GTGC---ATTAATTTGT-ATATG-TTGTAAAATACTCAAAATGT-ATaattcaatcgtcgt
gi|22 : gaatgagaatacacT----TTATTCTATATGC------TATTT-T---GCTCTCTGGAAACGCATTTGG------TATC---------------TA----------ATTAACTTAT-ATATG-TTGTAAAATGCACAATATGT-ATGCCATTC-CTATAAATTACTGT
gi|23 : ttaatgatagattgtaaattatacaC-----AAG-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTTCAG--AAAATTTCACCA-AATATTAGAAACACTATTC-----TAAT-----TC-AAATTCTTTGAATTATTCAT-TACCAAAATGTAGGCT
gi|24 : ACCACCAAAATATTTTTTGTTTTTCATTTGGAAAAAGATT--ATTAAATGTAATCCACACA-AGGTAA-AGA----TAT---AATTG-----CA--TTTTAAACTT-AGACTT-ATTTCGTTT---TAACT---TAGTAGACAATCataaattcctgacac
gi|25 : GTA------ACTGGTCTTA--CACTTAT--TGCTTC--AAAACA-T--TCAT------TATAG-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAGAAGCTAGAAGAAATAGAGCTAAG-----CTTGTAAC----------TATGTAC-----ACG-A--T-ATATA
gi|26 : TTTT---ACACTCTGAAAACACAATTGA------CATTAA--------TAATGTA---TTGC---ATTAATTTGT-ATATG-TTGTAAAGTAGTTAAAAAGT-ATGGCAATT-TTATAAATTATTGTAA
gi|27 : A-GATTCAGTCATACACAGCGAGAATAGTT------ACAGGCCTTT--CAATGCT--AGATTCCAGAAA---T--TCAC------TGTGT-TTG-----GAAACCGAATGGGAACCTTTAG
gi|28 : GATAAGACAA--TATACGTTTTTGAAATTGTGCCC-ATTCCTTTTAGCACTGT-TGTCAATAAGATATGTTCAATTCAA
gi|29 : catactgtGGGAGAGGGCAAGATCTAAGTTTATGAACTTGTGCCCCAATCCTTTTGGCATT-T-TGTCAATAA-A-ATGTTC-ATTCAAttc
gi|3 : tgtgatGAATACGCTGTTGAAGTATGGTCTGCATGGATGTACAAAA------ATA-GA----TGTAGAAAAA---GTCCAACTACATGCTGCAAGAATAGTACATGCAACAGGTCTTA--CATTAAT--TGCCTCTAGAAA---T--TCAC------TATAT-ATA-----GAAACAGGTTGAGAACCTTTt
gi|32 : tactctactgtgaaaagtattgatgatggtaaatatggtttcctgtaatttatctaaagtttttggcggggtctatcacaaaggcccaatatacagacttaaaatgtacggaataaacagacatatcttaaaatggtttggtatttattgaagtaacagaatacaaaaagttatgtacaggaatttattttcctctgtgagatatgttagagctggagtgcctcaagaatcagttcttggaccacttttgtttttgctatatgtgaatgatgttgctagaaagatgatctcagtttgcagatatatgcagacggttactcattacaaaattgctcagataatataagctatattgaacaagtccttaatcatgacctaggaatattagatgaatggtcaaagatataggtactacccccccccaaaaaaaaaccccaacaacaaacaaacaaaaaaccaaagctgttttatttcatctagaaatatatatcccaatctatcttttgataattgccaattagaatatgtctattatcacagacgtttaggaatcctgtcgtcttcaaaactagagcggtctgaatacaatgacaacattgtatagaaagcatacaccccccccgcccccaaaccccccccccccccccgagttgatttacttaaaatcagtttcaaggatattctgtcccaaatgtatatatcttttattagaccacaacttGTGG-----ATT---AC-CG-GAAGATG-CTTAC---CATTTGTTATTT
gi|4 : GAATATGCTGTTCAAGTGTGGCATG----GGTACACAAAAACGGAAATA-GAAAAAT-TAGAAAAA---GATCAACTACATGGAGCCCGA--------------------TA--CACTTAT--TGCTTT--AAAAAAAT--TCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAGAAGTTAGAA-------------------CTTGTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TC---T-TTATCTATAG--AATATTGCACCA-AATATTAGAAGCACTATTTCTGGAT-ATGCTACTCGAAA-------------TCAA-TACCAA-------GCTGGAAGTAATTGGAATAA--TC-TTAGTATCC-ACAC-----AAG---GGAAGCAGCT-----TCCAT-TAA-------ATCTT---TTAAAAA-TGTTTGAAAA-----GCAGGGGAAGC---------AGACCACCAAGATATTTT-------TCATTTGGGAAAATATT--TTTTAATATAATCCATACA-AGGTTA-AGATATGCAC---AATTG-----TA--TTTT----------TTT-TTTTCGTTG---TAACT---TAGTAGACAATCCAAATTGTTCGTGTGG-----ACT---AC-CG-TAAGATG-CTTAC---CATTTGTTTTTTG---TC-------TGTAAAAAATATAC---TACTGCTAGACATTGTTAAAATGAATA----------CATT----G---TA-TTATTATTGATGTCAATTT-T--T-GTT-TGGGGGAATGA
gi|5 : acaacttATCTTTGGAAAC-AGTAGGAAAAGAGCTAAG-----CTTGTAAC----------TATGTAC-----AGG-A--T-AAATAATA-ATT-TAGT------ACCTCT-TTAACTACAG--AATATTGCACCA-AATA--------------TCTGGAT-ATGCTATTCGAAATTCTATGAAATATTCAT-TTCCGAAATGTAGACTGGAAGTATTT--AATAAATCCATTATT-CTTGACACTGTCAGAAATTGGAATAATCTTAGTATCCACACAAGGGAAGCAACTTCCATTAAATCATTTTTAAAAATGTTTGCA----AAGCAC---------------------TTTT-------TCATTTGGGAAAAGATT--GTTTAATATAATCCATACA-ACGTTA-AGA----CGC---AATTG-----CA--TTTAAAGCTC-CGATTT-ATTTCGTTG---TATCT---TAGTGGACAATCCAAATTGTTAGTGTGG-----ACT---AC-CG-AAAGATG-CTTAC---CATTTATTTTTTG---TC-------TGTAAAAAATATACTAGTACTGCTAGACATTGTT-TAATGA--AAATT-ACTATCATTCA
gi|6 : ATACGCTGTTCGGGGGTGGTAT-----GGTG-ACAAAA-CGAAAATAGGAAAAAT-TAGGAAAAG-G--TCAACTA-AC-CAGCCAAAATGG-A------ACT-GTCTAC--CAC-TAT--TGCTCA--AAAG---C--TAATGTATAATACATGTTATGATTAAAACAGGCTGGGAACCTTTA--------AAGAAATAGAGCTAAGGAAGTCTT-TAAC----------TATGTACTTGCTAAGTAGTT-ACACAATATATTATAGTTTTCGATCCTCCGTTATCTACAG---ATATT
gi|7 : ctgattagagtacatgcccttacacacacaacaccgggatactgtccgtcaacagataatccataggaggtctgattacatcggaagaaacttcaataaggattacaactagggttcactccaattaaattaagtacctgttcagaatatcatatctcaaaatgttattaatttcatttatcagccacaacttaagAATCGTA------AC--GTCTTGTGCAGTTTT--TGCTTC--AAAAAA-T--TCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGAG-ACCTTTAGAA-TTAGAAGGAAAAGAGCTAAG-----CTTTTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--TAACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTAAATTCAGGAAAAATTTCACCATAATATTAGAAACACTATC------TAAT----CTCAAAA-TCTTTGAATTATTCATCTACCAAAATGTAGGCT-------------ATAA---------T-TCTGACACTGCCGAAGATTGGAATAATCTTTCTATCATCACAAGGGATGCAAC-CCCA-TAAATC-TTTTT-CAAATATTTGCA----AAGCACTG-----------TTGAAAT-TTTT-------TTATTT-GGAAAAGACTTGTTTTAATA-AATCCATACA-AGTTCAGAGC----TAT---AAACG-----TA--TGTT-AACTC-CGATTTCATTTCGTCG---TAACT---TAGTAGA
gi|8 : TG-CTTAC---CATTTGGTTTTTG---TC-------TGAAAACAATATAC---TACTGCTAGACATTGTT-TAATGAACAAATTTAATATCATT---------ATT-AT-ATCGATGTGCATTTGTACT-CTTA-GAGGGAATGAAATCTTCTGGTTCAAATGATGACTTTTTCAAAATGTAAGCAACTTTTCTTCAAAAATTATTCAATCT-TTTCTTGGTGAATGCGGTCG------TTTTTC-TAACGAC------AAA-----TAA-TAATGCACTATCTTAC--TT----ATATTCTATATGTTACATATACTTGT---ACACCTTG-AAACACAATTTG------TATTGA--------T---GTA---TTGC---ACTAACTTGT-ATATA-TTGTAAAATACTCAAAATGT-ATGGCAATC-CTATAAATTGTTGTA
gi|9 : CTGCTAGACATTGTT-TAATGAACAAATT-ACGTTCATTCAACGATATATTTATTATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGGAATGAA-TCT-CT--TTC---TGATG-----TTCAAAATGTTG--AACTTTTC----AAAGTTATTCAATCT-TTTCTTGATGAATGTGGTCG------TTTTTC-TAAAAAC-A-------------AG-TAATGCACTATCTTAC--TT----TTA-TCTATAAGT------TACTTGT---ACACTCT-AAAACACAACTGG------AATTAATTTACATGT---GTA---TTGCATAATTAATGTGT-AAATG---GTAAAATACTCAAAATGT-ATGGCAATT-TTATATACTATAATAAT
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TTTAGATGAATGGTAAAAAAAAAATGGTTATTGAAAACCCCCCACAAAACTAAAGCTATATTTTTAACATCTCAAAAATATGCAACAACTTCCTGAATTATTTTTTGATAACTGTCAGAGTATGTTACACATCACAACACCTGGGGATACTGTTCTCGTCAAAATTAGGGTGGTCTGATTACAATGAAAGCATTGTAAAAGGAAAAAAAGTCTTACAAAAAACTAGGTTTACTCAAAAAATTAAAATTTACTGTATCAAGAGAAATCCTATTTCAAATGTATATTTCATTTATCAGACCACAA
Unaligned ( gi|13 ): TATATTAGATACTTCCAGTAAACCAAGCTGTAGGCCCAGATTGCATAATTCATAACCTGTTAAACTGTCTCTAAACCACTATTCATCATTGTCAGAAAAAAATGTGTCCATCTTTTTGGAAAACAGCTCATGTTATCTCTCCCTTATAAATAAGACGATCCCTCGATGGCTTCAAAGTATAGACCAGTGTCGCTATTGTCTTGTATCAGTACAATTATAGAGAGAATCGTTTT
Unaligned ( gi|15 ): ACAAAACAAGAAATTACTTGATATTGATTTTCAATAATCACTGTCATAAAGCAATGAGGTCTTGACATCATTATCATTGTAAAGATATTTTCTAAACCACTCTGCATATTAATCAACAAATCACCATCAAGTGCTATGCACTTTTCCACATTATTGGAAAATAGCACATGTTCTTCCATTATTCAAGAAGG
Unaligned ( gi|19 ): ATGATATTTTGGGGCGAAGAATTTATGATATCCACCCTCCCTGTAAACAAAGCTATTGGATCCGATTGTATTAGACATAGGATGTTGAAATCAAGTGTATGCTTTTCAATAAATCTCTTCGTGAAAAATCCTTGCCAAATTATTGGAAA
Unaligned ( gi|21 ): TTGGACTTTTATTTTTGTTGTATGTAAATGACGTAGCTGACAACATGGTGTCTGTATACAGATTATAAGCAGATGATAATTCGCTACAACAATGTTCAAACGATATCTGTCTTATTGAGCAAGAACTTAA
Unaligned ( gi|30 ): TATGTAAATGACGTAGCTGACAGCATGATGTCTGTTTGCAGATTATACGCTGATGATAATTCGCTACAACAATGTTCT
Unaligned ( gi|31 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCACTACTGTTCAATTCAAAATCTAAGTATAAA
Alignments
lowQualScore : 22222 1 2222 111111 11 222222 111111 11111 11111 2222222222 11111 111111 11111111 2222 1 55555555555555555555555555 1 2222 5555555555555555 2222222 111 1111 111 11111 111 111 11111 111 111 222222222222 111 333333333 1 111 11111 1111 222222 444444444444444 22 11111 111111 111 111111 222222222222 1111 111 333333333 111 1
lowQualScore : 22222 3 3 8 0 8 8888 3 11 2 222222 88 66 2 66 22 666666 222222 4 11111 1 0 0 22222 1111111111 11111 4 66 4 5 5 444444 5 66 5 44444444 9999 3 0 44 1 8 0 33333333333333333333333333 0 8 3 0 4 33 999 33 2 3 3 2 3 1 0 7 33 1111 3 9999999999999999 1 5 6666666 222 0 6 6 4444 111 2 44444 77 5 5 0 5 000 000 3 66666 111 6 77 5 000 222222222222 444 6 6 1 666666666 1 1 0 0 77 5 6 6 99 111 66666 99 4444 6 888888 5 222222222222222 5 33 44444 2 666666 777 1 1 666666 0 555555555555 1111 555 5 5 0 5 6 888888888 0 111 1 3 8 3 8 3 8 0 3 7 7
lowQualScore : ..... . . . . . .... . .. . ...... .. .. . .. .. ...... ...... . ..... . . . ..... .......... ..... . .. . . . ...... . .. . ........ .... . . .. . . . .......................... . . . . . .. ... .. . . . . . . . . .. .... . ................ . . ....... ... . . . .... ... . ..... .. . . . . ... ... . ..... ... . .. . ... ............ ... . . . ......... . . . . .. . . . .. ... ..... .. .... . ...... . ............... . .. ..... . ...... ... . . ...... . ............ .... ... . . . . . ......... . ... . . . . . . . . . . .
lowQualScore : 00000 2 2 0 8 0 2222 7 77 8 888888 88 11 9 11 22 111111 888888 4 11111 4 1 5 55555 9999999999 11111 4 11 4 0 0 444444 0 99 7 66666666 0000 2 6 88 0 0 8 22222222222222222222222222 6 0 2 2 2 55 222 55 5 5 2 5 2 2 0 0 55 2222 2 9999999999999999 4 6 0000000 000 8 7 7 2222 777 7 33333 99 0 7 4 7 000 000 2 77777 777 7 77 7 000 777777777777 000 7 7 0 444444444 4 4 9 1 99 7 7 7 22 777 77777 22 2222 7 000000 7 444444444444444 7 77 22222 7 444444 555 7 7 444444 1 111111111111 4444 777 7 7 7 7 7 000000000 2 888 0 8 8 2 0 8 0 0 2 3 3
consensus : GAATACGCTGTTCAAGTGTGGTCTG----GGTGCACAAAAGCGGAAATA-GAAAAAT-TAGAAAAAA-GGTTCAACTACACGCAGCCAGAATNGTA------ACTGGTCTTA--CACTTAT--TGCTTC--AAAA---T--TCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAGAAGTTAGAAGAAATAGAGCTAAG-----CTTGTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTACAG--AATATTGCACCA-AATATTAGAAGCACTATTTCTGGATAATGCTACTCGAAATTCTNTGAATTATTCAT-TACCAAAATGTAGGCTGGAAGTATTT--AATAAA--TC--TTATT-TCTGACACTGCCGAAGATTGGAATAATCTTAGTATCCACACAAGGGAAGCAACTTCCATTAAATC-TTTTTAAAAATGTTTGCA----AAGCACTG-----AGACCACCGAGATATTTT-------TCATTTGGGAAAAGATT--TTTTAATATAATCCATACA-AGGTTA-AGA----CAC---AATCG-----CA--TTTTAAACTC-CGACTT-ATTTCGTTG---TAACT---TAGTAGACAATCCAAATTGTTCGTGTGG-----ACT---AC-CG-GAAGATG-CTTAC---CATTTGTTTTTTG---TC-------TGTAAAAAATATAC---TACTGCTAGACATTGTT-TAATGAACAAATT-ACTATCATTCAACG---TATTTATTATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGGAATGAA-TCT-CT--TTC---TGATG-----TTCAAAATGTAG--AACTTTTC----AAAGTTATTCAATCT-TTTCTTGGTGAATGTGGTCG-----TTTTTTC-TAAAAAC-A---GAAA-----TAA-TAATGCACTATCTTACTTTT----TTATTCTATACGT------TACTTGT---ACACTCTGAAAACACAATTGG------TATTAA--------T---GTA---TTGC---ATTAACTTGT-ATATG-TTGTAAAATACTCAAAATGT-ATGGCAATT-TTATAAATTATTGTAATTATGAGAAGGGGAGAGGACAA--TCTANGTTTTTGAANTTGTGCCC-AATCCTTTTGGCACTAT-TGTCAATAA-ATATGTTCAATTCAA
Reference ( family-5692 ) : GAATACGCTGTTCAAGTGTGGTCTG----GGTGCACAAAAGCGGAAATA-GAAAAAT-TAGAAAAAA-GGTTCAACTACACGCAGCCAGAATNGTA------ACTGGTCTTA--CACTTAT--TGCTTC--AAAA---T--TCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAGAAGTTAGAAGAAATAGAGCTAAG-----CTTGTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTACAG--AATATTGCACCA-AATATTAGAAGCACTATTTCTGGATAATGCTACTCGAAATTCTNTGAATTATTCAT-TACCAAAATGTAGGCTGGAAGTATTT--AATAAA--CC--TTATT-TCTGACACTGCCGAAGATTGGAATAATCTTAGTATCCACACAAGGGAAGCAACTTCCATTAAATC-TTTTTAAAAATGTTTGCA----AAGCACTG-----AGACCACCGAGATATTTT-------TCATTTGGGAAAAGATT--TTTTAATATAATCCATACA-AGGTTA-AGA----CAC---AATCG-----CA--TTTTAAACTC-CGACTT-ATTTCGTTG---TAACT---TAGTAGACAATCCAAATTGTTCGTGTGG-----ACT---AC-CG-GAAGATG-CTTAC---CATTTGTTTTTTG---TC-------TGTAAAAAATATAC---TACTGCTAGACATTGTT-TAATGAACAAATT-ACTATCATTCAACG---TATTTATTATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGGAATGAA-TCT-CT--TTC---TGATG-----TTCAAAATGTAG--AACTTTTC----AAAGTTATTCAATCT-TTTCTTGGTGAATGTGGTCG-----TTTTTTC-TAAAAAC-A---GAAA-----TAA-TAATGCACTATCTTACTTTT----TTATTCTATACGT------TACTTGT---ACACTCTGAAAACACAATTGG------TATTAA--------T---GTA---TTGC---ATTAACTTGT-ATATG-TTGTAAAATACTCAAAATGT-ATGGCAATT-TTATAAATTATTGTAATTATGAGAAGGGGAGAGGACAA--TCTANGTTTTTGAANTTGTGCCC-AATCCTTTTGGCACTAT-TGTCAATAA-ATATGTTCAATTCAA
gi|1 : GAATACGCTGTTCAAGTGTGATCTT----GGTGCACAAAAGCGGAAATA-GAAAAAA-TAGAAAAA---GTTCAACTACATGCAGCCAGAATTGTA------ACTGGTCATA--CACTTAT--TGCTTA--AAAAA--T--TCAT------TATAT-TTA-----AAAATAGGCTGGGAACCTGTAGAAGTTAGAAGAAATAGAGCTAAG-----CTTGTAAA-----------ATGTAC-----AAG-A--T-AAACAATA-A------------------T-TTATCTACAG--AATATTGCACCA-AATATTAAAAGCACTAT
gi|11 : aatgatttttgtcctgacagaacaagaaattaatgacattatatttattattcctataaacaaagctataggtccagacggcatcagtcacacaatgttaaagtcctgtaaggacacaatttcaaaaccattatgtaaactttttaataaatcactttcattaaaaacctttccagactgttggaaattagcacgcgtaattcctttattaaagcaagatgacccctctgctccttgcaattacagaccagtgtcgttgctgagttgtatttataaaatatttgaaaggataatttttaaacatattcttttataaatatcaagcaagatttttaccaggtcattctacagtgtatcagttcctagaaacatatcactttattgttgaaagtattgacaatggtgattattgttgtatggtcgttagtgatttatctaaagcttttgatatattttggcataagagtctaattcacaaacttcatatgtatggtatcattggttcaattttacaatggtttagtagttacttaattaacaaaacgcaaaaagtaatgtacagaaacttaaattcctctgtgagaagtgtataagctggtgtgcctcaaggctctgttcttgaaccaattttatttttgttgtatgtaggtgacgtagcttacatcatggtgtctgtttgcagattatacgctgatgataattcgctacaacaatgctcagataacatatgtattattgagcaaaaacttaataatgagatggatggtcaaaaaatggttattgaaatttaagccccactaacaaaactatactttttcatctaaaaaatgtgcaacaacttcctgaattatattttgataattgtcagttaaagtatgttacacaccacaaacacctgttctcgtcaaaattaggatggtctgattacatcgaaggcattgtgaaaaaggcttacaaaaaaaggtttattcaaaagattaaaatttactatatcaaaagaaatcctatctcagaatcctatctcagatgtatatttcatttatcaaaccgcaacttATTG-----TA--TTTTAAACTC-CGACTA-AAATCGTTG---TAA---------------TCCAAATTGTTCGTGTGG-----ACT---AC-TG-GAAGATG-CTTAC---TATCTGTTTTTTG---TG-------TGT-AAAAATATAC---TTCTGCTAGACA----T-TAATGAACAAATT-ACTATCATTGAACA--------ATAA---------ATTTAT--T-GTTATGGGGAAATGAA-TCT-CT--CTC---TGATG-----TACAAAATGTAG--AACTTTTC----AAAGTTATTCAATCT-TTTCATAGTGAATATGG---------TTTTTCATGAAAA--A---AAAA------AA-TACTTAACAATCTTAATTTTACGAATATTCTACA
gi|12 : G---TATTTATTATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGGAATGA--TCT-CT--T-C---TAATG-----TT-AAAATGTAG--AACTTTTC----AAAGCTATTTAATCT-TTCCTTGGTGAATGTGGTCG-----TTTCTTC-TAAAAACAA---GTAA-----TAATTAATGCAATATCTTAC--TT----TTATTCTATTCGT------TACTTGTCTAACAATCT
gi|12 : aaaaaacctgatatacgACAA--TCTATGTTTTTGAACTTGTGCCC-GATCCTTTTGACACTAT-TGTCAATAatgtttttgaacttgtgcccgatccttttgacactattgtcaatacaaaaaggcaacgttaacattgtgtcaagtaaattg
gi|14 : aaaaaacctgatatacggtatttattattgatgtgcatttattgttatgggggaatgatctcttctaatgttaaaatgtagaacttttcaaagctatttaatctttccttggtgaatgtggtcgtttcttctaaaaacaagtaataattaatgcaatatcttacttttattctattcgttacttgtctaATACATAGGTTA-AGG----CACCACAATCGGGGACCACTTTTTAAACTCTCGAATT-ATTTCGTTGTAATAACT---TAGTAGAC---CCCAATTGTTCACTTGGATGGAACTGAAACTCGAGAAGATGACTTACATGTATATGTTTTCTGAGCTCTGATATATGTACAAAATATAcaaaaaggcaacgttaacattgtgtcaagtaaattg
gi|16 : ATTTAT-ATTGATGTGCATTTAT--TTGTTATGGGGGAATGAA-TCT-CT--TTC---TAATG-----TTCAAAAT-TAG--AACTTTTC----AAAGCTATTTAATCTCTTCCTTGGTGAATGTGGTCG-----TTTCTTC-TAAAAAC-AAGTAAAA-----TAA-TAATGCAATATCTTAC--TT----TTATTCTATTCGT------TACTTGTCTAACAATCTaataacttggctattgtgactcgataaggattatat
gi|17 : CCAGAATTGTA------ACTGGTCTTA--CACTTATATTGCTTC--AAAA---AGATCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAAAAGTTAGAAGAAATAGAGGTAAG-----CTTGTAACTACATGAGTGTATGTAC-----AAA-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTACAG--AATATCGCACCA-AATAT
gi|18 : AAACACA--TGGGTGAGTTATGAA--------T---GTAGAGTTACC--ATTAACTAGTTATCTGATTAGAGAATA-TCAAA-TGTTATGGTCATTATTATAACTTATTGTGATTATGAGAAGGGGAGGGGCCA--------GTGTTTGATATTGTG-TC-AACTTTTTTGGCACTATGTGT-AATAA-AT
gi|2 : ctccGAATACGCTGTTCAAGTATGGTCTG----TGTGCACAAAAGCGGAAATA-GAAAAAT-TAGAAAAAAAGGTTCAACTATATGCAGCTAGAATCTTA------ATTTGTCTTA--AA--TAT--TGCTTC--AAA----T--TCAT------TATGT-TTA-----GAAACAGCCTGGGACCCTTTAAAAGTTAGGAAATATAGAGCTAAT-----CCTGTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--T-ACATAGTA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTACAA--AATA-TGCACAA-AATATTAGAAGCACAATTTCTGGGTAATGT--CTCGAAATTTAATGAATTATTCAT-TACCAAAATGCAGGTTGGAATTATTT--AATAAAGCCT--TTATT-TCTGACACTGCCAAACATTGGAATAATCATAGTATTCAGACAAGGGAAGCAACTTCCATTAAACC-TTTTTAAAAATGTTTGCA----AAGCACTGTTGAAAAACCTCCAAGATATTTT-------TCATTTGGGATAATATT--TTTTAATATAATGCACACA-AAGTTA-ATA----CAT---AATGG-----TA--TTTTAAACTC-TGACTT-ATTTTTTTG---TAACTTTATAGTAGACAATCCAAGTTGTTCATGTG------------------------------------TTT-----TTG---TG-------TGTAACAAATATAC---TACTGTTACACATTGTT-TAATAAACAAATT-ATTATCATTTAACGAAATATTTATCATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGAAATGAA-TC-------TC---TGATG-----TACAAAGTGTGG--AAATTTTT----AAAGTTATTCAATCT-TTTCTTAGTTAATGTGGTCGAGGGTTTTTTTT-TGGTGGT-G---GTGAGGGGGTGA-TAATGTACTATCTTATTTTT----TTCTTCTATATGT------TACTTGT---ACGCTCTGAAAACACAATTGG------TATTAA--------T---ATA---TTGC---ATTAACTTGT-ATCTG-TTGTTAAATACTCAAAATGT-ATGTCAATT-TTATAAATAATTGTAAT---------GGGAGATAACAA--TCAAAATTTTTGAA-TTGTGTCC-AATCCTTTTGGCACTAT-TGTCAATAA-ATATA--CAATTCAA
gi|20 : TTTTC-TAAAAAC-A-----AG-----TAA-TAATGTACTATCTTACTTAT------ATTCTATATGT------TACTTGT---ACACTCTGAAAACACAATTGG------TATTAA--------T---GTA---GTGC---ATTAATTTGT-ATATG-TTGTAAAATACTCAAAATGT-ATaattcaatcgtcgt
gi|22 : gaatgagaatacacT----TTATTCTATATGC------TATTT-T---GCTCTCTGGAAACGCATTTGG------TATC---------------TA----------ATTAACTTAT-ATATG-TTGTAAAATGCACAATATGT-ATGCCATTC-CTATAAATTACTGT
gi|23 : ttaatgatagattgtaaattatacaC-----AAG-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTTCAG--AAAATTTCACCA-AATATTAGAAACACTATTC-----TAAT-----TC-AAATTCTTTGAATTATTCAT-TACCAAAATGTAGGCT-------------ATAA---------ATT-CCTGACAC
gi|24 : ACCACCAAAATATTTTTTGTTTTTCATTTGGAAAAAGATT--ATTAAATGTAATCCACACA-AGGTAA-AGA----TAT---AATTG-----CA--TTTTAAACTT-AGACTT-ATTTCGTTT---TAACT---TAGTAGACAATC
gi|25 : GTA------ACTGGTCTTA--CACTTAT--TGCTTC--AAAACA-T--TCAT------TATAG-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAGAAGCTAGAAGAAATAGAGCTAAG-----CTTGTAAC----------TATGTAC-----ACG-A--T-ATATA
gi|26 : TTTT---ACACTCTGAAAACACAATTGA------CATTAA--------TAATGTA---TTGC---ATTAATTTGT-ATATG-TTGTAAAGTAGTTAAAAAGT-ATGGCAATT-TTATAAATTATTGTAA
gi|27 : A-GATTCAGTCATACACAGCGAGAATAGTT------ACAGGCCTTT--CAATGCT--AGATTCCAGAAA---T--TCAC------TGTGT-TTG-----GAAACCGAATGGGAACCTTTAG
gi|28 : GATAAGACAA--TATACGTTTTTGAAATTGTGCCC-ATTCCTTTTAGCACTGT-TGTCAATAAGATATGTTCAATTCAA
gi|29 : catactgtGGGAGAGGGCAAGATCTAAGTTTATGAACTTGTGCCCCAATCCTTTTGGCATT-T-TGTCAATAA-A-ATGTTC-ATTCAAttc
gi|3 : tgtgatGAATACGCTGTTGAAGTATGGTCTGCATGGATGTACAAAA------ATA-GA----TGTAGAAAAA---GTCCAACTACATGCTGCAAGAATAGTACATGCAACAGGTCTTA--CATTAAT--TGCCTCTAGAAA---T--TCAC------TATAT-ATA-----GAAACAGGTTGAGAACCTTTt
gi|32 : tactctactgtgaaaagtattgatgatggtaaatatggtttcctgtaatttatctaaagtttttggcggggtctatcacaaaggcccaatatacagacttaaaatgtacggaataaacagacatatcttaaaatggtttggtatttattgaagtaacagaatacaaaaagttatgtacaggaatttattttcctctgtgagatatgttagagctggagtgcctcaagaatcagttcttggaccacttttgtttttgctatatgtgaatgatgttgctagaaagatgatctcagtttgcagatatatgcagacggttactcattacaaaattgctcagataatataagctatattgaacaagtccttaatcatgacctaggaatattagatgaatggtcaaagatataggtactacccccccccaaaaaaaaaccccaacaacaaacaaacaaaaaaccaaagctgttttatttcatctagaaatatatatcccaatctatcttttgataattgccaattagaatatgtctattatcacagacgtttaggaatcctgtcgtcttcaaaactagagcggtctgaatacaatgacaacattgtatagaaagcatacaccccccccgcccccaaaccccccccccccccccgagttgatttacttaaaatcagtttcaaggatattctgtcccaaatgtatatatcttttattagaccacaacttGTGG-----ATT---AC-CG-GAAGATG-CTTAC---CATTTGTTATTT
gi|4 : GAATATGCTGTTCAAGTGTGGCATG----GGTACACAAAAACGGAAATA-GAAAAAT-TAGAAAAA---GATCAACTACATGGAGCCCGA--------------------TA--CACTTAT--TGCTTT--AAAAAAAT--TCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAGAAGTTAGAA-------------------CTTGTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TC---T-TTATCTATAG--AATATTGCACCA-AATATTAGAAGCACTATTTCTGGAT-ATGCTACTCGAAA-------------TCAA-TACCAA-------GCTGGAAGTAATTGGAAT-AA--TC--TTAGTATCC-ACAC-----AAG---GGAAGCAGCT-----TCCAT-TAA-------ATCTT---TTAAAAA-TGTTTGAAAA-----GCAGGGGAAGC---------AGACCACCAAGATATTTT-------TCATTTGGGAAAATATT--TTTTAATATAATCCATACA-AGGTTA-AGATATGCAC---AATTG-----TA--TTTT----------TTT-TTTTCGTTG---TAACT---TAGTAGACAATCCAAATTGTTCGTGTGG-----ACT---AC-CG-TAAGATG-CTTAC---CATTTGTTTTTTG---TC-------TGTAAAAAATATAC---TACTGCTAGACATTGTTAAAATGAATA----------CATT----G---TA-TTATTATTGATGTCAATTT-T--T-GTT-TGGGGGAATGA
gi|5 : acaacttATCTTTGGAAAC-AGTAGGAAAAGAGCTAAG-----CTTGTAAC----------TATGTAC-----AGG-A--T-AAATAATA-ATT-TAGT------ACCTCT-TTAACTACAG--AATATTGCACCA-AATA--------------TCTGGAT-ATGCTATTCGAAATTCTATGAAATATTCAT-TTCCGAAATGTAGACTGGAAGTATTT--AATAAA--TCCATTATT-CTTGACACTGTCAGAAATTGGAATAATCTTAGTATCCACACAAGGGAAGCAACTTCCATTAAATCATTTTTAAAAATGTTTGCA----AAGCAC---------------------TTTT-------TCATTTGGGAAAAGATT--GTTTAATATAATCCATACA-ACGTTA-AGA----CGC---AATTG-----CA--TTTAAAGCTC-CGATTT-ATTTCGTTG---TATCT---TAGTGGACAATCCAAATTGTTAGTGTGG-----ACT---AC-CG-AAAGATG-CTTAC---CATTTATTTTTTG---TC-------TGTAAAAAATATACTAGTACTGCTAGACATTGTT-TAATGA--AAATT-ACTATCATTCA
gi|6 : ATACGCTGTTCGGGGGTGGTAT-----GGTG-ACAAAA-CGAAAATAGGAAAAAT-TAGGAAAAG-G--TCAACTA-AC-CAGCCAAAATGG-A------ACT-GTCTAC--CAC-TAT--TGCTCA--AAAG---C--TAATGTATAATACATGTTATGATTAAAACAGGCTGGGAACCTTTA--------AAGAAATAGAGCTAAGGAAGTCTT-TAAC----------TATGTACTTGCTAAGTAGTT-ACACAATATATTATAGTTTTCGATCCTCCGTTATCTACAG---ATATT
gi|7 : ctgattagagtacatgcccttacacacacaacaccgggatactgtccgtcaacagataatccataggaggtctgattacatcggaagaaacttcaataaggattacaactagggttcactccaattaaattaagtacctgttcagaatatcatatctcaaaatgttattaatttcatttatcagccacaacttaagAATCGTA------AC--GTCTTGTGCAGTTTT--TGCTTC--AAAAAA-T--TCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGAG-ACCTTTAGAA-TTAGAAGGAAAAGAGCTAAG-----CTTTTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--TAACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTAAATTCAGGAAAAATTTCACCATAATATTAGAAACACTATC------TAAT----CTCAAAA-TCTTTGAATTATTCATCTACCAAAATGTAGGCT-------------ATAA-----------T-TCTGACACTGCCGAAGATTGGAATAATCTTTCTATCATCACAAGGGATGCAAC-CCCA-TAAATC-TTTTT-CAAATATTTGCA----AAGCACTG-----------TTGAAAT-TTTT-------TTATTT-GGAAAAGACTTGTTTTAATA-AATCCATACA-AGTTCAGAGC----TAT---AAACG-----TA--TGTT-AACTC-CGATTTCATTTCGTCG---TAACT---TAGTAGA
gi|8 : TG-CTTAC---CATTTGGTTTTTG---TC-------TGAAAACAATATAC---TACTGCTAGACATTGTT-TAATGAACAAATTTAATATCATT---------ATT-AT-ATCGATGTGCATTTGTACT-CTTA-GAGGGAATGAAATCTTCTGGTTCAAATGATGACTTTTTCAAAATGTAAGCAACTTTTCTTCAAAAATTATTCAATCT-TTTCTTGGTGAATGCGGTCG------TTTTTC-TAACGAC------AAA-----TAA-TAATGCACTATCTTAC--TT----ATATTCTATATGTTACATATACTTGT---ACACCTTG-AAACACAATTTG------TATTGA--------T---GTA---TTGC---ACTAACTTGT-ATATA-TTGTAAAATACTCAAAATGT-ATGGCAATC-CTATAAATTGTTGTA
gi|9 : CTGCTAGACATTGTT-TAATGAACAAATT-ACGTTCATTCAACGATATATTTATTATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGGAATGAA-TCT-CT--TTC---TGATG-----TTCAAAATGTTG--AACTTTTC----AAAGTTATTCAATCT-TTTCTTGATGAATGTGGTCG------TTTTTC-TAAAAAC-A-------------AG-TAATGCACTATCTTAC--TT----TTA-TCTATAAGT------TACTTGT---ACACTCT-AAAACACAACTGG------AATTAATTTACATGT---GTA---TTGCATAATTAATGTGT-AAATG---GTAAAATACTCAAAATGT-ATGGCAATT-TTATATACTATAATAAT
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TTTAGATGAATGGTAAAAAAAAAATGGTTATTGAAAACCCCCCACAAAACTAAAGCTATATTTTTAACATCTCAAAAATATGCAACAACTTCCTGAATTATTTTTTGATAACTGTCAGAGTATGTTACACATCACAACACCTGGGGATACTGTTCTCGTCAAAATTAGGGTGGTCTGATTACAATGAAAGCATTGTAAAAGGAAAAAAAGTCTTACAAAAAACTAGGTTTACTCAAAAAATTAAAATTTACTGTATCAAGAGAAATCCTATTTCAAATGTATATTTCATTTATCAGACCACAA
Unaligned ( gi|13 ): TATATTAGATACTTCCAGTAAACCAAGCTGTAGGCCCAGATTGCATAATTCATAACCTGTTAAACTGTCTCTAAACCACTATTCATCATTGTCAGAAAAAAATGTGTCCATCTTTTTGGAAAACAGCTCATGTTATCTCTCCCTTATAAATAAGACGATCCCTCGATGGCTTCAAAGTATAGACCAGTGTCGCTATTGTCTTGTATCAGTACAATTATAGAGAGAATCGTTTT
Unaligned ( gi|15 ): ACAAAACAAGAAATTACTTGATATTGATTTTCAATAATCACTGTCATAAAGCAATGAGGTCTTGACATCATTATCATTGTAAAGATATTTTCTAAACCACTCTGCATATTAATCAACAAATCACCATCAAGTGCTATGCACTTTTCCACATTATTGGAAAATAGCACATGTTCTTCCATTATTCAAGAAGG
Unaligned ( gi|19 ): ATGATATTTTGGGGCGAAGAATTTATGATATCCACCCTCCCTGTAAACAAAGCTATTGGATCCGATTGTATTAGACATAGGATGTTGAAATCAAGTGTATGCTTTTCAATAAATCTCTTCGTGAAAAATCCTTGCCAAATTATTGGAAA
Unaligned ( gi|21 ): TTGGACTTTTATTTTTGTTGTATGTAAATGACGTAGCTGACAACATGGTGTCTGTATACAGATTATAAGCAGATGATAATTCGCTACAACAATGTTCAAACGATATCTGTCTTATTGAGCAAGAACTTAA
Unaligned ( gi|30 ): TATGTAAATGACGTAGCTGACAGCATGATGTCTGTTTGCAGATTATACGCTGATGATAATTCGCTACAACAATGTTCT
Unaligned ( gi|31 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCACTACTGTTCAATTCAAAATCTAAGTATAAA
Alignments
lowQualScore : 22222 1 2222 111111 11 222222 111111 11111 11111 2222222222 11111 111111 11111111 2222 1 444444444444444444444444 1 2222 5555555555555555 2222222 111 1111 111 11111 111 111 11111 111 111 222222222222 111 333333333 1 111 11111 1111 222222 444444444444444 22 11111 111111 111 111111 222222222222 1111 111 333333333 111 1
lowQualScore : 22222 3 3 8 0 8 8888 3 11 2 222222 88 66 2 66 22 666666 222222 4 11111 1 0 0 22222 1111111111 11111 4 66 4 5 5 444444 5 66 5 44444444 9999 3 0 44 1 8 0 999999999999999999999999 0 8 3 0 4 33 999 33 2 3 3 2 3 1 0 7 33 1111 3 9999999999999999 1 5 6666666 222 0 6 6 4444 111 2 44444 77 5 5 0 5 000 000 3 66666 111 6 77 5 000 222222222222 444 6 6 1 666666666 1 1 0 0 77 5 6 6 99 111 66666 99 4444 6 888888 5 222222222222222 5 33 44444 2 666666 777 1 1 666666 0 555555555555 1111 555 5 5 0 5 6 888888888 0 111 1 3 8 3 8 3 8 0 3 7 7
lowQualScore : ..... . . . . . .... . .. . ...... .. .. . .. .. ...... ...... . ..... . . . ..... .......... ..... . .. . . . ...... . .. . ........ .... . . .. . . . ........................ . . . . . .. ... .. . . . . . . . . .. .... . ................ . . ....... ... . . . .... ... . ..... .. . . . . ... ... . ..... ... . .. . ... ............ ... . . . ......... . . . . .. . . . .. ... ..... .. .... . ...... . ............... . .. ..... . ...... ... . . ...... . ............ .... ... . . . . . ......... . ... . . . . . . . . . . .
lowQualScore : 00000 2 2 0 8 0 2222 7 77 8 888888 88 11 9 11 22 111111 888888 4 11111 4 1 5 55555 9999999999 11111 4 11 4 0 0 444444 0 99 7 66666666 0000 2 6 88 0 0 8 000000000000000000000000 6 0 2 2 2 55 222 55 5 5 2 5 2 2 0 0 55 2222 2 9999999999999999 4 6 0000000 000 8 7 7 2222 777 7 33333 99 0 7 4 7 000 000 2 77777 777 7 77 7 000 777777777777 000 7 7 0 444444444 4 4 9 1 99 7 7 7 22 777 77777 22 2222 7 000000 7 444444444444444 7 77 22222 7 444444 555 7 7 444444 1 111111111111 4444 777 7 7 7 7 7 000000000 2 888 0 8 8 2 0 8 0 0 2 3 3
consensus : GAATACGCTGTTCAAGTGTGGTCTG----GGTGCACAAAAGCGGAAATA-GAAAAAT-TAGAAAAAA-GGTTCAACTACACGCAGCCAGAATNGTA------ACTGGTCTTA--CACTTAT--TGCTTC--AAAA---T--TCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAGAAGTTAGAAGAAATAGAGCTAAG-----CTTGTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTACAG--AATATTGCACCA-AATATTAGAAGCACTATTTCTGGATAATGCTACTCGAAATTCTNTGAATTATTCAT-TACCAAAATGTAGGCTGGAAGTATTT--AATAAATCC-TTATT-TCTGACACTGCCGAAGATTGGAATAATCTTAGTATCCACACAAGGGAAGCAACTTCCATTAAATC-TTTTTAAAAATGTTTGCA----AAGCACTG-----AGACCACCGAGATATTTT-------TCATTTGGGAAAAGATT--TTTTAATATAATCCATACA-AGGTTA-AGA----CAC---AATCG-----CA--TTTTAAACTC-CGACTT-ATTTCGTTG---TAACT---TAGTAGACAATCCAAATTGTTCGTGTGG-----ACT---AC-CG-GAAGATG-CTTAC---CATTTGTTTTTTG---TC-------TGTAAAAAATATAC---TACTGCTAGACATTGTT-TAATGAACAAATT-ACTATCATTCAACG---TATTTATTATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGGAATGAA-TCT-CT--TTC---TGATG-----TTCAAAATGTAG--AACTTTTC----AAAGTTATTCAATCT-TTTCTTGGTGAATGTGGTCG-----TTTTTTC-TAAAAAC-A---GAAA-----TAA-TAATGCACTATCTTACTTTT----TTATTCTATACGT------TACTTGT---ACACTCTGAAAACACAATTGG------TATTAA--------T---GTA---TTGC---ATTAACTTGT-ATATG-TTGTAAAATACTCAAAATGT-ATGGCAATT-TTATAAATTATTGTAATTATGAGAAGGGGAGAGGACAA--TCTANGTTTTTGAANTTGTGCCC-AATCCTTTTGGCACTAT-TGTCAATAA-ATATGTTCAATTCAA
Reference ( family-5692 ) : GAATACGCTGTTCAAGTGTGGTCTG----GGTGCACAAAAGCGGAAATA-GAAAAAT-TAGAAAAAA-GGTTCAACTACACGCAGCCAGAATNGTA------ACTGGTCTTA--CACTTAT--TGCTTC--AAAA---T--TCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAGAAGTTAGAAGAAATAGAGCTAAG-----CTTGTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTACAG--AATATTGCACCA-AATATTAGAAGCACTATTTCTGGATAATGCTACTCGAAATTCTNTGAATTATTCAT-TACCAAAATGTAGGCTGGAAGTATTT--AATAAATC--TTATT-TCTGACACTGCCGAAGATTGGAATAATCTTAGTATCCACACAAGGGAAGCAACTTCCATTAAATC-TTTTTAAAAATGTTTGCA----AAGCACTG-----AGACCACCGAGATATTTT-------TCATTTGGGAAAAGATT--TTTTAATATAATCCATACA-AGGTTA-AGA----CAC---AATCG-----CA--TTTTAAACTC-CGACTT-ATTTCGTTG---TAACT---TAGTAGACAATCCAAATTGTTCGTGTGG-----ACT---AC-CG-GAAGATG-CTTAC---CATTTGTTTTTTG---TC-------TGTAAAAAATATAC---TACTGCTAGACATTGTT-TAATGAACAAATT-ACTATCATTCAACG---TATTTATTATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGGAATGAA-TCT-CT--TTC---TGATG-----TTCAAAATGTAG--AACTTTTC----AAAGTTATTCAATCT-TTTCTTGGTGAATGTGGTCG-----TTTTTTC-TAAAAAC-A---GAAA-----TAA-TAATGCACTATCTTACTTTT----TTATTCTATACGT------TACTTGT---ACACTCTGAAAACACAATTGG------TATTAA--------T---GTA---TTGC---ATTAACTTGT-ATATG-TTGTAAAATACTCAAAATGT-ATGGCAATT-TTATAAATTATTGTAATTATGAGAAGGGGAGAGGACAA--TCTANGTTTTTGAANTTGTGCCC-AATCCTTTTGGCACTAT-TGTCAATAA-ATATGTTCAATTCAA
gi|1 : GAATACGCTGTTCAAGTGTGATCTT----GGTGCACAAAAGCGGAAATA-GAAAAAA-TAGAAAAA---GTTCAACTACATGCAGCCAGAATTGTA------ACTGGTCATA--CACTTAT--TGCTTA--AAAAA--T--TCAT------TATAT-TTA-----AAAATAGGCTGGGAACCTGTAGAAGTTAGAAGAAATAGAGCTAAG-----CTTGTAAA-----------ATGTAC-----AAG-A--T-AAACAATA-A------------------T-TTATCTACAG--AATATTGCACCA-AATATTAAAAGCACTAT
gi|11 : aatgatttttgtcctgacagaacaagaaattaatgacattatatttattattcctataaacaaagctataggtccagacggcatcagtcacacaatgttaaagtcctgtaaggacacaatttcaaaaccattatgtaaactttttaataaatcactttcattaaaaacctttccagactgttggaaattagcacgcgtaattcctttattaaagcaagatgacccctctgctccttgcaattacagaccagtgtcgttgctgagttgtatttataaaatatttgaaaggataatttttaaacatattcttttataaatatcaagcaagatttttaccaggtcattctacagtgtatcagttcctagaaacatatcactttattgttgaaagtattgacaatggtgattattgttgtatggtcgttagtgatttatctaaagcttttgatatattttggcataagagtctaattcacaaacttcatatgtatggtatcattggttcaattttacaatggtttagtagttacttaattaacaaaacgcaaaaagtaatgtacagaaacttaaattcctctgtgagaagtgtataagctggtgtgcctcaaggctctgttcttgaaccaattttatttttgttgtatgtaggtgacgtagcttacatcatggtgtctgtttgcagattatacgctgatgataattcgctacaacaatgctcagataacatatgtattattgagcaaaaacttaataatgagatggatggtcaaaaaatggttattgaaatttaagccccactaacaaaactatactttttcatctaaaaaatgtgcaacaacttcctgaattatattttgataattgtcagttaaagtatgttacacaccacaaacacctgttctcgtcaaaattaggatggtctgattacatcgaaggcattgtgaaaaaggcttacaaaaaaaggtttattcaaaagattaaaatttactatatcaaaagaaatcctatctcagaatcctatctcagatgtatatttcatttatcaaaccgcaacttATTG-----TA--TTTTAAACTC-CGACTA-AAATCGTTG---TAA---------------TCCAAATTGTTCGTGTGG-----ACT---AC-TG-GAAGATG-CTTAC---TATCTGTTTTTTG---TG-------TGT-AAAAATATAC---TTCTGCTAGACA----T-TAATGAACAAATT-ACTATCATTGAACA--------ATAA---------ATTTAT--T-GTTATGGGGAAATGAA-TCT-CT--CTC---TGATG-----TACAAAATGTAG--AACTTTTC----AAAGTTATTCAATCT-TTTCATAGTGAATATGG---------TTTTTCATGAAAA--A---AAAA------AA-TACTTAACAATCTTAATTTTACGAATATTCTACA
gi|12 : G---TATTTATTATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGGAATGA--TCT-CT--T-C---TAATG-----TT-AAAATGTAG--AACTTTTC----AAAGCTATTTAATCT-TTCCTTGGTGAATGTGGTCG-----TTTCTTC-TAAAAACAA---GTAA-----TAATTAATGCAATATCTTAC--TT----TTATTCTATTCGT------TACTTGTCTAACAATCT
gi|12 : aaaaaacctgatatacgACAA--TCTATGTTTTTGAACTTGTGCCC-GATCCTTTTGACACTAT-TGTCAATAatgtttttgaacttgtgcccgatccttttgacactattgtcaatacaaaaaggcaacgttaacattgtgtcaagtaaattg
gi|14 : aaaaaacctgatatacggtatttattattgatgtgcatttattgttatgggggaatgatctcttctaatgttaaaatgtagaacttttcaaagctatttaatctttccttggtgaatgtggtcgtttcttctaaaaacaagtaataattaatgcaatatcttacttttattctattcgttacttgtctaATACATAGGTTA-AGG----CACCACAATCGGGGACCACTTTTTAAACTCTCGAATT-ATTTCGTTGTAATAACT---TAGTAGAC---CCCAATTGTTCACTTGGATGGAACTGAAACTCGAGAAGATGACTTACATGTATATGTTTTCTGAGCTCTGATATATGTACAAAATATAcaaaaaggcaacgttaacattgtgtcaagtaaattg
gi|16 : ATTTAT-ATTGATGTGCATTTAT--TTGTTATGGGGGAATGAA-TCT-CT--TTC---TAATG-----TTCAAAAT-TAG--AACTTTTC----AAAGCTATTTAATCTCTTCCTTGGTGAATGTGGTCG-----TTTCTTC-TAAAAAC-AAGTAAAA-----TAA-TAATGCAATATCTTAC--TT----TTATTCTATTCGT------TACTTGTCTAACAATCTaataacttggctattgtgactcgataaggattatat
gi|17 : CCAGAATTGTA------ACTGGTCTTA--CACTTATATTGCTTC--AAAA---AGATCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAAAAGTTAGAAGAAATAGAGGTAAG-----CTTGTAACTACATGAGTGTATGTAC-----AAA-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTACAG--AATATCGCACCA-AATAT
gi|18 : AAACACA--TGGGTGAGTTATGAA--------T---GTAGAGTTACC--ATTAACTAGTTATCTGATTAGAGAATA-TCAAA-TGTTATGGTCATTATTATAACTTATTGTGATTATGAGAAGGGGAGGGGCCA--------GTGTTTGATATTGTG-TC-AACTTTTTTGGCACTATGTGT-AATAA-AT
gi|2 : ctccGAATACGCTGTTCAAGTATGGTCTG----TGTGCACAAAAGCGGAAATA-GAAAAAT-TAGAAAAAAAGGTTCAACTATATGCAGCTAGAATCTTA------ATTTGTCTTA--AA--TAT--TGCTTC--AAA----T--TCAT------TATGT-TTA-----GAAACAGCCTGGGACCCTTTAAAAGTTAGGAAATATAGAGCTAAT-----CCTGTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--T-ACATAGTA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTACAA--AATA-TGCACAA-AATATTAGAAGCACAATTTCTGGGTAATGT--CTCGAAATTTAATGAATTATTCAT-TACCAAAATGCAGGTTGGAATTATTT--AATAAAGCCTTTATT-TCTGACACTGCCAAACATTGGAATAATCATAGTATTCAGACAAGGGAAGCAACTTCCATTAAACC-TTTTTAAAAATGTTTGCA----AAGCACTGTTGAAAAACCTCCAAGATATTTT-------TCATTTGGGATAATATT--TTTTAATATAATGCACACA-AAGTTA-ATA----CAT---AATGG-----TA--TTTTAAACTC-TGACTT-ATTTTTTTG---TAACTTTATAGTAGACAATCCAAGTTGTTCATGTG------------------------------------TTT-----TTG---TG-------TGTAACAAATATAC---TACTGTTACACATTGTT-TAATAAACAAATT-ATTATCATTTAACGAAATATTTATCATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGAAATGAA-TC-------TC---TGATG-----TACAAAGTGTGG--AAATTTTT----AAAGTTATTCAATCT-TTTCTTAGTTAATGTGGTCGAGGGTTTTTTTT-TGGTGGT-G---GTGAGGGGGTGA-TAATGTACTATCTTATTTTT----TTCTTCTATATGT------TACTTGT---ACGCTCTGAAAACACAATTGG------TATTAA--------T---ATA---TTGC---ATTAACTTGT-ATCTG-TTGTTAAATACTCAAAATGT-ATGTCAATT-TTATAAATAATTGTAAT---------GGGAGATAACAA--TCAAAATTTTTGAA-TTGTGTCC-AATCCTTTTGGCACTAT-TGTCAATAA-ATATA--CAATTCAA
gi|20 : TTTTC-TAAAAAC-A-----AG-----TAA-TAATGTACTATCTTACTTAT------ATTCTATATGT------TACTTGT---ACACTCTGAAAACACAATTGG------TATTAA--------T---GTA---GTGC---ATTAATTTGT-ATATG-TTGTAAAATACTCAAAATGT-ATaattcaatcgtcgt
gi|22 : gaatgagaatacacT----TTATTCTATATGC------TATTT-T---GCTCTCTGGAAACGCATTTGG------TATC---------------TA----------ATTAACTTAT-ATATG-TTGTAAAATGCACAATATGT-ATGCCATTC-CTATAAATTACTGT
gi|23 : ttaatgatagattgtaaattatacaC-----AAG-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTTCAG--AAAATTTCACCA-AATATTAGAAACACTATTC-----TAAT-----TC-AAATTCTTTGAATTATTCAT-TACCAAAATGTAGGCT-------------ATAA-------ATT-CCTGACAC
gi|24 : ACCACCAAAATATTTTTTGTTTTTCATTTGGAAAAAGATT--ATTAAATGTAATCCACACA-AGGTAA-AGA----TAT---AATTG-----CA--TTTTAAACTT-AGACTT-ATTTCGTTT---TAACT---TAGTAGACAATC
gi|25 : GTA------ACTGGTCTTA--CACTTAT--TGCTTC--AAAACA-T--TCAT------TATAG-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAGAAGCTAGAAGAAATAGAGCTAAG-----CTTGTAAC----------TATGTAC-----ACG-A--T-ATATA
gi|26 : TTTT---ACACTCTGAAAACACAATTGA------CATTAA--------TAATGTA---TTGC---ATTAATTTGT-ATATG-TTGTAAAGTAGTTAAAAAGT-ATGGCAATT-TTATAAATTATTGTAA
gi|27 : A-GATTCAGTCATACACAGCGAGAATAGTT------ACAGGCCTTT--CAATGCT--AGATTCCAGAAA---T--TCAC------TGTGT-TTG-----GAAACCGAATGGGAACCTTTAG
gi|28 : GATAAGACAA--TATACGTTTTTGAAATTGTGCCC-ATTCCTTTTAGCACTGT-TGTCAATAAGATATGTTCAATTCAA
gi|29 : catactgtGGGAGAGGGCAAGATCTAAGTTTATGAACTTGTGCCCCAATCCTTTTGGCATT-T-TGTCAATAA-A-ATGTTC-ATTCAAttc
gi|3 : tgtgatGAATACGCTGTTGAAGTATGGTCTGCATGGATGTACAAAA------ATA-GA----TGTAGAAAAA---GTCCAACTACATGCTGCAAGAATAGTACATGCAACAGGTCTTA--CATTAAT--TGCCTCTAGAAA---T--TCAC------TATAT-ATA-----GAAACAGGTTGAGAACCTTTt
gi|32 : tactctactgtgaaaagtattgatgatggtaaatatggtttcctgtaatttatctaaagtttttggcggggtctatcacaaaggcccaatatacagacttaaaatgtacggaataaacagacatatcttaaaatggtttggtatttattgaagtaacagaatacaaaaagttatgtacaggaatttattttcctctgtgagatatgttagagctggagtgcctcaagaatcagttcttggaccacttttgtttttgctatatgtgaatgatgttgctagaaagatgatctcagtttgcagatatatgcagacggttactcattacaaaattgctcagataatataagctatattgaacaagtccttaatcatgacctaggaatattagatgaatggtcaaagatataggtactacccccccccaaaaaaaaaccccaacaacaaacaaacaaaaaaccaaagctgttttatttcatctagaaatatatatcccaatctatcttttgataattgccaattagaatatgtctattatcacagacgtttaggaatcctgtcgtcttcaaaactagagcggtctgaatacaatgacaacattgtatagaaagcatacaccccccccgcccccaaaccccccccccccccccgagttgatttacttaaaatcagtttcaaggatattctgtcccaaatgtatatatcttttattagaccacaacttGTGG-----ATT---AC-CG-GAAGATG-CTTAC---CATTTGTTATTT
gi|4 : GAATATGCTGTTCAAGTGTGGCATG----GGTACACAAAAACGGAAATA-GAAAAAT-TAGAAAAA---GATCAACTACATGGAGCCCGA--------------------TA--CACTTAT--TGCTTT--AAAAAAAT--TCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAGAAGTTAGAA-------------------CTTGTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TC---T-TTATCTATAG--AATATTGCACCA-AATATTAGAAGCACTATTTCTGGAT-ATGCTACTCGAAA-------------TCAA-TACCAA-------GCTGGAAGTAATTGGAAT-AATC--TTAGTATCC-ACAC-----AAG---GGAAGCAGCT-----TCCAT-TAA-------ATCTT---TTAAAAA-TGTTTGAAAA-----GCAGGGGAAGC---------AGACCACCAAGATATTTT-------TCATTTGGGAAAATATT--TTTTAATATAATCCATACA-AGGTTA-AGATATGCAC---AATTG-----TA--TTTT----------TTT-TTTTCGTTG---TAACT---TAGTAGACAATCCAAATTGTTCGTGTGG-----ACT---AC-CG-TAAGATG-CTTAC---CATTTGTTTTTTG---TC-------TGTAAAAAATATAC---TACTGCTAGACATTGTTAAAATGAATA----------CATT----G---TA-TTATTATTGATGTCAATTT-T--T-GTT-TGGGGGAATGA
gi|5 : acaacttATCTTTGGAAAC-AGTAGGAAAAGAGCTAAG-----CTTGTAAC----------TATGTAC-----AGG-A--T-AAATAATA-ATT-TAGT------ACCTCT-TTAACTACAG--AATATTGCACCA-AATA--------------TCTGGAT-ATGCTATTCGAAATTCTATGAAATATTCAT-TTCCGAAATGTAGACTGGAAGTATTT--AATAAATCCATTATT-CTTGACACTGTCAGAAATTGGAATAATCTTAGTATCCACACAAGGGAAGCAACTTCCATTAAATCATTTTTAAAAATGTTTGCA----AAGCAC---------------------TTTT-------TCATTTGGGAAAAGATT--GTTTAATATAATCCATACA-ACGTTA-AGA----CGC---AATTG-----CA--TTTAAAGCTC-CGATTT-ATTTCGTTG---TATCT---TAGTGGACAATCCAAATTGTTAGTGTGG-----ACT---AC-CG-AAAGATG-CTTAC---CATTTATTTTTTG---TC-------TGTAAAAAATATACTAGTACTGCTAGACATTGTT-TAATGA--AAATT-ACTATCATTCA
gi|6 : ATACGCTGTTCGGGGGTGGTAT-----GGTG-ACAAAA-CGAAAATAGGAAAAAT-TAGGAAAAG-G--TCAACTA-AC-CAGCCAAAATGG-A------ACT-GTCTAC--CAC-TAT--TGCTCA--AAAG---C--TAATGTATAATACATGTTATGATTAAAACAGGCTGGGAACCTTTA--------AAGAAATAGAGCTAAGGAAGTCTT-TAAC----------TATGTACTTGCTAAGTAGTT-ACACAATATATTATAGTTTTCGATCCTCCGTTATCTACAG---ATATT
gi|7 : ctgattagagtacatgcccttacacacacaacaccgggatactgtccgtcaacagataatccataggaggtctgattacatcggaagaaacttcaataaggattacaactagggttcactccaattaaattaagtacctgttcagaatatcatatctcaaaatgttattaatttcatttatcagccacaacttaagAATCGTA------AC--GTCTTGTGCAGTTTT--TGCTTC--AAAAAA-T--TCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGAG-ACCTTTAGAA-TTAGAAGGAAAAGAGCTAAG-----CTTTTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--TAACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTAAATTCAGGAAAAATTTCACCATAATATTAGAAACACTATC------TAAT----CTCAAAA-TCTTTGAATTATTCATCTACCAAAATGTAGGCT-------------ATAA---------T-TCTGACACTGCCGAAGATTGGAATAATCTTTCTATCATCACAAGGGATGCAAC-CCCA-TAAATC-TTTTT-CAAATATTTGCA----AAGCACTG-----------TTGAAAT-TTTT-------TTATTT-GGAAAAGACTTGTTTTAATA-AATCCATACA-AGTTCAGAGC----TAT---AAACG-----TA--TGTT-AACTC-CGATTTCATTTCGTCG---TAACT---TAGTAGA
gi|8 : TG-CTTAC---CATTTGGTTTTTG---TC-------TGAAAACAATATAC---TACTGCTAGACATTGTT-TAATGAACAAATTTAATATCATT---------ATT-AT-ATCGATGTGCATTTGTACT-CTTA-GAGGGAATGAAATCTTCTGGTTCAAATGATGACTTTTTCAAAATGTAAGCAACTTTTCTTCAAAAATTATTCAATCT-TTTCTTGGTGAATGCGGTCG------TTTTTC-TAACGAC------AAA-----TAA-TAATGCACTATCTTAC--TT----ATATTCTATATGTTACATATACTTGT---ACACCTTG-AAACACAATTTG------TATTGA--------T---GTA---TTGC---ACTAACTTGT-ATATA-TTGTAAAATACTCAAAATGT-ATGGCAATC-CTATAAATTGTTGTA
gi|9 : CTGCTAGACATTGTT-TAATGAACAAATT-ACGTTCATTCAACGATATATTTATTATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGGAATGAA-TCT-CT--TTC---TGATG-----TTCAAAATGTTG--AACTTTTC----AAAGTTATTCAATCT-TTTCTTGATGAATGTGGTCG------TTTTTC-TAAAAAC-A-------------AG-TAATGCACTATCTTAC--TT----TTA-TCTATAAGT------TACTTGT---ACACTCT-AAAACACAACTGG------AATTAATTTACATGT---GTA---TTGCATAATTAATGTGT-AAATG---GTAAAATACTCAAAATGT-ATGGCAATT-TTATATACTATAATAAT
blockSeqs : GCATG C G G G AAGG T TG T CATGCA TG TG C AT CA AAAT GTATAA G TGATT G GAAGT TACATGAGTG TTGCT T GT A T A TTTCGA G GA T TCTGGAT GCTA G T TT T C GGAAGTATTTAATAAATCCATT A T A AA TAG CA G A T C T A A G TG GGGG A AGACCACCA A A TTGTTTT TGT . G TATG . C GGGAC CT A T C TAA TTA A ATGGA GAA T AG A ATG AGCTCTGATATA TAG A T T TAACGAAAT T T T AC T A T GG AAA ACTTT GC TTCA C AGGGTT . GGTGAGGGGGT T TT T C TACATA CTA A A . TTTACATGT T ATA . . . . . AGA A A A T C A G G T T A
blockSeqs : G T A . . AGA T CA C . TT . C . TA AGA . . . G . . . . . . . . . . . . TCTGGAT GCTA G T TA A . GGAAGTAATTGGAATAATCTT . T G GA TTC CA G T T C T T . A TA . A TGTTG G A . A . . . . G . . A . . . . A . . . G . . TG . . . C CAACGATAT T T C . . . . . . . . . . T . AAGTAAAAT . TT T T . . G A . TAAT G . . . . . A T C A C . A . . T T .
blockSeqs : G C . . . GG C TG A . TG . A . . CAT . . . G . . . . . . . . . . . . CTA . A . TT T . ATAA . . . G . T . . . . . T . . . . . . A . . T . . . . T . . A . . . . A . . . T . . TC . . . A GT T T T . . . . . . . . . . T . AAGTAAT . . T T . . A T . T T . . . . . A T A C C . G . . .
blockSeqs : . . . . . G C TG A . AG . T . . AAT . . . G . . . . . . . . . . . . TA . . . . . . ATAA . . . . G . . . . T . . A . . . . A . . . A . . TC . . . C . T T T . . . . . . . . . . . . AAGT . . T T . . A A . T T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G . C G . AG . C . . T . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . TC . . . T T . . . . . . . . . . . . . AAAT . . A T . . . A . T T . . . . .
blockSeqs : C . T . C . . T . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . A . . T A . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . .
blockSeqCons : AAT*** TCTGA*** **** ATAA******************** *** GT******* T***** AAGAT********** ** T**** *** ****** T*** ***
originalCons : GAATACGCTGTTCAAGTGTGGTCTG----GGTGCACAAAAGCGGAAATA-GAAAAAT-TAGAAAAAA-GGTTCAACTACACGCAGCCAGAATNGTA------ACTGGTCTTA--CACTTAT--TGCTTC--AAAA---T--TCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAGAAGTTAGAAGAAATAGAGCTAAG-----CTTGTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTACAG--AATATTGCACCA-AATATTAGAAGCACTATTTCTGGATAATGCTACTCGAAATTCTNTGAATTATTCAT-TACCAAAATGTAGGCTGGAAGTATTT--AATAAATCC-TTATT-TCTGACACTGCCGAAGATTGGAATAATCTTAGTATCCACACAAGGGAAGCAACTTCCATTAAATC-TTTTTAAAAATGTTTGCA----AAGCACTG-----AGACCACCGAGATATTTT-------TCATTTGGGAAAAGATT--TTTTAATATAATCCATACA-AGGTTA-AGA----CAC---AATCG-----CA--TTTTAAACTC-CGACTT-ATTTCGTTG---TAACT---TAGTAGACAATCCAAATTGTTCGTGTGG-----ACT---AC-CG-GAAGATG-CTTAC---CATTTGTTTTTTG---TC-------TGTAAAAAATATAC---TACTGCTAGACATTGTT-TAATGAACAAATT-ACTATCATTCAACG---TATTTATTATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGGAATGAA-TCT-CT--TTC---TGATG-----TTCAAAATGTAG--AACTTTTC----AAAGTTATTCAATCT-TTTCTTGGTGAATGTGGTCG-----TTTTTTC-TAAAAAC-A---GAAA-----TAA-TAATGCACTATCTTACTTTT----TTATTCTATACGT------TACTTGT---ACACTCTGAAAACACAATTGG------TATTAA--------T---GTA---TTGC---ATTAACTTGT-ATATG-TTGTAAAATACTCAAAATGT-ATGGCAATT-TTATAAATTATTGTAATTATGAGAAGGGGAGAGGACAA--TCTANGTTTTTGAANTTGTGCCC-AATCCTTTTGGCACTAT-TGTCAATAA-ATATGTTCAATTCAA
finalCons : GAATACGCTGTTCAAGTGTGGTCTG----GGTGCACAAAAGCGGAAATA-GAAAAAT-TAGAAAAAA-GGTTCAACTACACGCAGCCAGAATNGTA------ACTGGTCTTA--CACTTAT--TGCTTC--AAAAAAT---TCAT------TATAT-TTA-----GAAACAGGCTGGGAACCTTTAGAAGTTAGAAGAAATAGAGCTAAG-----CTTGTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--T-ACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTACAG--AATATTGCACCA-AATATTAGAAGCACTATTTCTGA---AT----CTCGAAATTCTNTGAATTATTCAT-TACCAAAATGTAGGCTATAA--------------------ATT-TCTGACACTGCCGAAGATTGGAATAATCTTAGTATCCACACAAGGGAAGCAACTTCCATTAAATC-TTTTTAAAAATGTTTGCA----AAGCACTG-----AGACCACCGAGATATTTT-------TCATTTGGGAAAAGATT--TTTTAATATAATCCATACA-AGGTTA-AGA----CAC---AATCG-----CA--TTTTAAACTC-CGACTT-ATTTCGTTG---TAACT---TAGTAGACAATCCAAATTGTTCGTGTGG-----ACT---AC-CG-GAAGATG-CTTAC---CATTTGTTTTTTG---TC-------TGTAAAAAATATAC---TACTGCTAGACATTGTT-TAATGAACAAATT-ACTATCATTGT-------ATTTATTATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGGAATGAA-TCT-CT--TTC---TGATG-----TTCAAAATGTAG--AACTTTTC----AAAGTTATTCAATCT-TTTCTTGGTGAATGTGGTCGT-----TTTTTC-TAAAAACAAGAT----------AA-TAATGCACTATCTTAC--TTT----TATTCTATACGT------TACTTGT---ACACTCTGAAAACACAATTGG------TATTAA--------T---GTAT---TGC---ATTAACTTGT-ATATG-TTGTAAAATACTCAAAATGT-ATGGCAATT-TTATAAATTATTGTAATTATGAGAAGGGGAGAGGACAA--TCTANGTTTTTGAANTTGTGCCC-AATCCTTTTGGCACTAT-TGTCAATAA-ATATGTTCAATTCAA
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TTTAGATGAATGGTAAAAAAAAAATGGTTATTGAAAACCCCCCACAAAACTAAAGCTATATTTTTAACATCTCAAAAATATGCAACAACTTCCTGAATTATTTTTTGATAACTGTCAGAGTATGTTACACATCACAACACCTGGGGATACTGTTCTCGTCAAAATTAGGGTGGTCTGATTACAATGAAAGCATTGTAAAAGGAAAAAAAGTCTTACAAAAAACTAGGTTTACTCAAAAAATTAAAATTTACTGTATCAAGAGAAATCCTATTTCAAATGTATATTTCATTTATCAGACCACAA
Unaligned ( gi|13 ): TATATTAGATACTTCCAGTAAACCAAGCTGTAGGCCCAGATTGCATAATTCATAACCTGTTAAACTGTCTCTAAACCACTATTCATCATTGTCAGAAAAAAATGTGTCCATCTTTTTGGAAAACAGCTCATGTTATCTCTCCCTTATAAATAAGACGATCCCTCGATGGCTTCAAAGTATAGACCAGTGTCGCTATTGTCTTGTATCAGTACAATTATAGAGAGAATCGTTTT
Unaligned ( gi|15 ): ACAAAACAAGAAATTACTTGATATTGATTTTCAATAATCACTGTCATAAAGCAATGAGGTCTTGACATCATTATCATTGTAAAGATATTTTCTAAACCACTCTGCATATTAATCAACAAATCACCATCAAGTGCTATGCACTTTTCCACATTATTGGAAAATAGCACATGTTCTTCCATTATTCAAGAAGG
Unaligned ( gi|19 ): ATGATATTTTGGGGCGAAGAATTTATGATATCCACCCTCCCTGTAAACAAAGCTATTGGATCCGATTGTATTAGACATAGGATGTTGAAATCAAGTGTATGCTTTTCAATAAATCTCTTCGTGAAAAATCCTTGCCAAATTATTGGAAA
Unaligned ( gi|21 ): TTGGACTTTTATTTTTGTTGTATGTAAATGACGTAGCTGACAACATGGTGTCTGTATACAGATTATAAGCAGATGATAATTCGCTACAACAATGTTCAAACGATATCTGTCTTATTGAGCAAGAACTTAA
Unaligned ( gi|30 ): TATGTAAATGACGTAGCTGACAGCATGATGTCTGTTTGCAGATTATACGCTGATGATAATTCGCTACAACAATGTTCT
Unaligned ( gi|31 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCACTACTGTTCAATTCAAAATCTAAGTATAAA
Alignments
lowQualScore : 1111 1 2222 111111 1111111111 11111 2222222222 11111 111111 6666666666666 11 9999999999999999999999999999999 1 777777777777777 2222222 111 1111 111 11111 111 111 11111 111 111 222222222222 111 44444444444 111 11111 1111 1111 2222222 222222 111111 111 111111 222222222222 1111 111 333333333 111 1
lowQualScore : 7777 3 3 3 8 0 8 8888 3 11 2 222222 4 66 2 2 66 9999999999 4 66 1 0 0 22222 1111111111 11111 4 66 4 5 5 444444 5 66 5 5 8888888888888 3 5 1 11 6 0 8 0 7777777777777777777777777777777 8 0 6666 3 3 0 66 555555555555555 1 5 6666666 222 0 6 6 4444 111 2 44444 77 5 5 0 5 000 000 3 66666 111 6 77 5 000 222222222222 444 6 6 1 00000000000 9 0 77 5 6 6 99 111 66666 99 4444 6 4444 3 4444444 888888 5 66 2 444444 777 1 666666 0 555555555555 1111 555 5 5 0 5 6 888888888 0 111 1 3 8 3 8 3 8 0 3 7 7
lowQualScore : .... . . . . . . .... . .. . ...... . .. . . .. .......... . .. . . . ..... .......... ..... . .. . . . ...... . .. . . ............. . . . .. . . . . ............................... . . .... . . . .. ............... . . ....... ... . . . .... ... . ..... .. . . . . ... ... . ..... ... . .. . ... ............ ... . . . ........... . . .. . . . .. ... ..... .. .... . .... . ....... ...... . .. . ...... ... . ...... . ............ .... ... . . . . . ......... . ... . . . . . . . . . . .
lowQualScore : 0000 2 2 2 0 8 0 2222 7 77 8 888888 9 11 9 0 11 4444444444 4 11 4 1 5 55555 9999999999 11111 4 11 4 0 0 444444 0 99 7 7 0000000000000 2 6 0 00 0 8 0 8 2222222222222222222222222222222 0 2 2222 2 2 0 55 666666666666666 4 6 0000000 000 8 7 7 2222 777 7 33333 99 0 7 4 7 000 000 2 77777 777 7 77 7 000 777777777777 000 7 7 0 66666666666 3 1 99 7 7 7 22 777 77777 22 2222 7 2222 2 3333333 666666 7 99 7 444444 555 7 444444 1 111111111111 4444 777 7 7 7 7 7 000000000 2 888 0 8 8 2 0 8 0 0 2 3 3
consensus : GAATACGCTGTTCAAGTGTGGTCTG----GGTGCACAAAAGCGGAAATAG-AAAAAT-TAGAAAAAA-GGTTCAACTACACGCAGCCAGAATNGTA------ACTGGTCTTA--CACTTAT--TGCTTCAAAA----------AA-TTCAT--TATATTTAGAAACAGGCTGGGAACCTTTAGAAGTTAGAAGAAATAGAGCTAAG-----CTTGTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--TA-CACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTACAG--AATATTGCACCA-AATAT-TAGAAGCACTATTTCT----AA--TCTCGAAATTCTAT--GAATTATTCAT-TACCAAAATGTAGGCTGGAA-TATTTAATAA-------AT------TTCT-GACACTGCCGAAAATTGGAATAATCTTAGTATCCACACAAGGGAAGCAACTTCCATTAAATC-TTTTTAAAAATGTTTGCAAAGCACTG--GG-AGACCACCGAGATATTTT-------TCATTTGGGAAAAGATT--TTTTAATATAATCCATACA-AGGTTA-AGA----CAC---AATCG-----CA--TTTTAAACTC-CGACTT-ATTTCGTTG---TAACT---TAGTAGACAATCCAAATTGTTCGTGTGG-----ACT---AC-CG-GAAGATG-CTTAC---CATTTGTTTTTTG---TC-------TGTAAAAAATATAC---TACTGCTAGACATTGTT-TAATGAACAAATT-ACTATCATT-------GTATTTATTATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGGAATGAA-TCT-CT--TTC---TGATG-----TTCAAAATGTAG--AACTTTTC----AAAGTTATTCAATCT-TTTCTTGGTGAATGTGGTC----GTTTTTTC-------TAAAAACAAG----ATAA-TAATGCACTATCTTA--CTTTTATTCTATACGTTAC------TTGT---ACACTCTGAAAACACAATTGG------TATTAA--------T---GTA---TTGC---ATTAACTTGT-ATATG-TTGTAAAATACTCAAAATGT-ATGGCAATT-TTATAAATTATTGTAATTATGAGAAGGGGAGAGGACAA--TCTANGTTTTTGAANTTGTGCCC-AATCCTTTTGGCACTAT-TGTCAATAA-ATATGTTCAATTCAA
Reference ( family-5692 ) : GAATACGCTGTTCAAGTGTGGTCTG----GGTGCACAAAAGCGGAAATAG-AAAAAT-TAGAAAAAA-GGTTCAACTACACGCAGCCAGAATNGTA------ACTGGTCTTA--CACTTAT--TGCTTCAAAA----------AA-TTCAT--TATATTTAGAAACAGGCTGGGAACCTTTAGAAGTTAGAAGAAATAGAGCTAAG-----CTTGTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--TA-CACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTACAG--AATATTGCACCA-AATAT-TAGAAGCACTATTTCTG---AA--TCTCGAAATTCTNT--GAATTATTCAT-TACCAAAATGTAGGCT-----------ATAA-------AT------TTCT-GACACTGCCGAAGATTGGAATAATCTTAGTATCCACACAAGGGAAGCAACTTCCATTAAATC-TTTTTAAAAATGTTTGCAAAGCACTG-----AGACCACCGAGATATTTT-------TCATTTGGGAAAAGATT--TTTTAATATAATCCATACA-AGGTTA-AGA----CAC---AATCG-----CA--TTTTAAACTC-CGACTT-ATTTCGTTG---TAACT---TAGTAGACAATCCAAATTGTTCGTGTGG-----ACT---AC-CG-GAAGATG-CTTAC---CATTTGTTTTTTG---TC-------TGTAAAAAATATAC---TACTGCTAGACATTGTT-TAATGAACAAATT-ACTATCATT-------GTATTTATTATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGGAATGAA-TCT-CT--TTC---TGATG-----TTCAAAATGTAG--AACTTTTC----AAAGTTATTCAATCT-TTTCTTGGTGAATGTGGTC----GTTTTTTC-------TAAAAACAAG----ATAA-TAATGCACTATCTTA--CTTTTATTCTATACGTTAC------TTGT---ACACTCTGAAAACACAATTGG------TATTAA--------T---GTA---TTGC---ATTAACTTGT-ATATG-TTGTAAAATACTCAAAATGT-ATGGCAATT-TTATAAATTATTGTAATTATGAGAAGGGGAGAGGACAA--TCTANGTTTTTGAANTTGTGCCC-AATCCTTTTGGCACTAT-TGTCAATAA-ATATGTTCAATTCAA
gi|1 : GAATACGCTGTTCAAGTGTGATCTT----GGTGCACAAAAGCGGAAATAG-AAAAAA-TAGAAAAA---GTTCAACTACATGCAGCCAGAATTGTA------ACTGGTCATA--CACTTAT--TGCTT-AAAA----------AA-TTCAT--TATATTTAAAAATAGGCTGGGAACCTGTAGAAGTTAGAAGAAATAGAGCTAAG-----CTTGTAAA-----------ATGTAC-----AAG-A--TA-AACAATA-A------------------T-TTATCTACAG--AATATTGCACCA-AATAT-TAAAAGCACTAT
gi|11 : aatgatttttgtcctgacagaacaagaaattaatgacattatatttattattcctataaacaaagctataggtccagacggcatcagtcacacaatgttaaagtcctgtaaggacacaatttcaaaaccattatgtaaactttttaataaatcactttcattaaaaacctttccagactgttggaaattagcacgcgtaattcctttattaaagcaagatgacccctctgctccttgcaattacagaccagtgtcgttgctgagttgtatttataaaatatttgaaaggataatttttaaacatattcttttataaatatcaagcaagatttttaccaggtcattctacagtgtatcagttcctagaaacatatcactttattgttgaaagtattgacaatggtgattattgttgtatggtcgttagtgatttatctaaagcttttgatatattttggcataagagtctaattcacaaacttcatatgtatggtatcattggttcaattttacaatggtttagtagttacttaattaacaaaacgcaaaaagtaatgtacagaaacttaaattcctctgtgagaagtgtataagctggtgtgcctcaaggctctgttcttgaaccaattttatttttgttgtatgtaggtgacgtagcttacatcatggtgtctgtttgcagattatacgctgatgataattcgctacaacaatgctcagataacatatgtattattgagcaaaaacttaataatgagatggatggtcaaaaaatggttattgaaatttaagccccactaacaaaactatactttttcatctaaaaaatgtgcaacaacttcctgaattatattttgataattgtcagttaaagtatgttacacaccacaaacacctgttctcgtcaaaattaggatggtctgattacatcgaaggcattgtgaaaaaggcttacaaaaaaaggtttattcaaaagattaaaatttactatatcaaaagaaatcctatctcagaatcctatctcagatgtatatttcatttatcaaaccgcaacttATTG-----TA--TTTTAAACTC-CGACTA-AAATCGTTG---TAA---------------TCCAAATTGTTCGTGTGG-----ACT---AC-TG-GAAGATG-CTTAC---TATCTGTTTTTTG---TG-------TGT-AAAAATATAC---TTCTGCTAGACA----T-TAATGAACAAATT-ACTATCATT-------G-----AACAATAA-----ATTTAT--T-GTTATGGGGAAATGAA-TCT-CT--CTC---TGATG-----TACAAAATGTAG--AACTTTTC----AAAGTTATTCAATCT-TTTCATAGTGAATATGG--------TTTTTCA------TGAAAAAAAA----A-AA-TACTTAACAATCTTA--ATTTTA
gi|12 : -------GTATTTATTATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGGAATGA--TCT-CT--T-C---TAATG-----TT-AAAATGTAG--AACTTTTC----AAAGCTATTTAATCT-TTCCTTGGTGAATGTGGTC----GTTTCTTC-------TAAAAACAAGTA--ATAATTAATGCAATATCTTA--CTTTTATTCTATTCGTTAC------TTGTCTAACAATCTcgaatattctaca
gi|12 : aaaaaacctgatatacgACAA--TCTATGTTTTTGAACTTGTGCCC-GATCCTTTTGACACTAT-TGTCAATAatgtttttgaacttgtgcccgatccttttgacactattgtcaatacaaaaaggcaacgttaacattgtgtcaagtaaattg
gi|14 : aaaaaacctgatatacggtatttattattgatgtgcatttattgttatgggggaatgatctcttctaatgttaaaatgtagaacttttcaaagctatttaatctttccttggtgaatgtggtcgtttcttctaaaaacaagtaataattaatgcaatatcttacttttattctattcgttacttgtctaATACATAGGTTA-AGG----CACCACAATCGGGGACCACTTTTTAAACTCTCGAATT-ATTTCGTTGTAATAACT---TAGTAGAC---CCCAATTGTTCACTTGGATGGAACTGAAACTCGAGAAGATGACTTACATGTATATGTTTTCTGAGCTCTGATATATGTACAAAATATAcaaaaaggcaacgttaacattgtgtcaagtaaattg
gi|16 : ATTTAT-ATTGATGTGCATTTAT--TTGTTATGGGGGAATGAA-TCT-CT--TTC---TAATG-----TTCAAAAT-TAG--AACTTTTC----AAAGCTATTTAATCTCTTCCTTGGTGAATGTGGTC----GTTTCTTC-------TAAAAACAAGTAAAATAA-TAATGCAATATCTTA--CTTTTATTCTATTCGTTAC------TTGTCTAACAATCTaataacttggctattgtgactcgataaggattatat
gi|17 : CCAGAATTGTA------ACTGGTCTTA--CACTTATATTGCTTCAAAA----------AG-ATCAT--TATATTTAGAAACAGGCTGGGAACCTTTAAAAGTTAGAAGAAATAGAGGTAAG-----CTTGTAACTACATGAGTGTATGTAC-----AAA-A--TA-CACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTACAG--AATATCGCACCA-AATAT-
gi|18 : AAACACA--TGGGTGAGTTATGAA--------T---GTAGAGTTACC--ATTAACTAGTTATCTGATTAGAGAATA-TCAAA-TGTTATGGTCATTATTATAACTTATTGTGATTATGAGAAGGGGAGGGGCCA--------GTGTTTGATATTGTG-TC-AACTTTTTTGGCACTATGTGT-AATAA-AT
gi|2 : ctccGAATACGCTGTTCAAGTATGGTCTG----TGTGCACAAAAGCGGAAATAG-AAAAAT-TAGAAAAAAAGGTTCAACTATATGCAGCTAGAATCTTA------ATTTGTCTTA--AA--TAT--TGCTTCAAA--------------TTCAT--TATGTTTAGAAACAGCCTGGGACCCTTTAAAAGTTAGGAAATATAGAGCTAAT-----CCTGTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--TA-CATAGTA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTACAA--AATA-TGCACAA-AATAT-TAGAAGCACAATTTCTGGGTAATGTCTCGAAATTTAAT--GAATTATTCAT-TACCAAAATGCAGGTTGGAATTATTTAATAAAGCCTTTAT------TTCT-GACACTGCCAAACATTGGAATAATCATAGTATTCAGACAAGGGAAGCAACTTCCATTAAACC-TTTTTAAAAATGTTTGCAAAGCACTGTTGAAAAACCTCCAAGATATTTT-------TCATTTGGGATAATATT--TTTTAATATAATGCACACA-AAGTTA-ATA----CAT---AATGG-----TA--TTTTAAACTC-TGACTT-ATTTTTTTG---TAACTTTATAGTAGACAATCCAAGTTGTTCATGTG------------------------------------TTT-----TTG---TG-------TGTAACAAATATAC---TACTGTTACACATTGTT-TAATAAACAAATT-ATTATCATTTAACGAAATATTTATCATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGAAATGAA-TC-------TC---TGATG-----TACAAAGTGTGG--AAATTTTT----AAAGTTATTCAATCT-TTTCTTAGTTAATGTGGTCGAGGGTTTTTTTTTGGTGGTGGTGAGGGG----GTGA-TAATGTACTATCTTATTTTTTTCTTCTATATGTTAC------TTGT---ACGCTCTGAAAACACAATTGG------TATTAA--------T---ATA---TTGC---ATTAACTTGT-ATCTG-TTGTTAAATACTCAAAATGT-ATGTCAATT-TTATAAATAATTGTAAT---------GGGAGATAACAA--TCAAAATTTTTGAA-TTGTGTCC-AATCCTTTTGGCACTAT-TGTCAATAA-ATATA--CAATTCAA
gi|20 : TTTTC-------TAAAAACAAG-----TAA-TAATGTACTATCTTA--CTTATATTCTATATGTTAC------TTGT---ACACTCTGAAAACACAATTGG------TATTAA--------T---GTA---GTGC---ATTAATTTGT-ATATG-TTGTAAAATACTCAAAATGT-ATaattcaatcgtcgt
gi|22 : gaatgagaatacacTA--CATTTATTCTATATGCTAT------TT-T---GCTCTCTGGAAACGCATTTGG------TATC---------------TA----------ATTAACTTAT-ATATG-TTGTAAAATGCACAATATGT-ATGCCATTC-CTATAAATTACTGT
gi|23 : ttaatgatagattgtaaattaC-----AAG-A--TA-CACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTATCTTCAG--AAAATTTCACCA-AATAT-TAGAAACACTA-TTCT----AA--T-TC-AAATTCTTT--GAATTATTCAT-TACCAAAATGTAGGCT-----------ATAA-------AT------TCCT-GACAC
gi|24 : ACCACCAAAATATTTTTTGTTTTTCATTTGGAAAAAGATT--ATTAAATGTAATCCACACA-AGGTAA-AGA----TAT---AATTG-----CA--TTTTAAACTT-AGACTT-ATTTCGTTT---TAACT---TAGTAGACAATC
gi|25 : GTA------ACTGGTCTTA--CACTTAT--TGCTTCAAAA----------CA-TTCAT--TATAGTTAGAAACAGGCTGGGAACCTTTAGAAGCTAGAAGAAATAGAGCTAAG-----CTTGTAAC----------TATGTAC-----ACG-A--TA-TATA
gi|26 : ------TTTT---ACACTCTGAAAACACAATTGA------CATTAA--------TAATGTA---TTGC---ATTAATTTGT-ATATG-TTGTAAAGTAGTTAAAAAGT-ATGGCAATT-TTATAAATTATTGTAA
gi|27 : A-GATTCAGTCATACACAGCGAGAATAGTT------ACAGGCCTTT--CAATGCT--AGATTCCAGA----------AA-TTCAC--TGTGTTTGGAAACCGAATGGGAACCTTTAG
gi|28 : GATAAGACAA--TATACGTTTTTGAAATTGTGCCC-ATTCCTTTTAGCACTGT-TGTCAATAAGATATGTTCAATTCAA
gi|29 : catactgtGGGAGAGGGCAAGATCTAAGTTTATGAACTTGTGCCCCAATCCTTTTGGCATT-T-TGTCAATAA-A-ATGTTC-ATTCAAttc
gi|3 : tgtgatGAATACGCTGTTGAAGTATGGTCTGCATGGATGTACAAAA------ATAG-A----TGTAGAAAAA---GTCCAACTACATGCTGCAAGAATAGTACATGCAACAGGTCTTA--CATTAAT--TGCCTCTAGA----------AA-TTCAC--TATATATAGAAACAGGTTGAGAACCTTTt
gi|32 : tactctactgtgaaaagtattgatgatggtaaatatggtttcctgtaatttatctaaagtttttggcggggtctatcacaaaggcccaatatacagacttaaaatgtacggaataaacagacatatcttaaaatggtttggtatttattgaagtaacagaatacaaaaagttatgtacaggaatttattttcctctgtgagatatgttagagctggagtgcctcaagaatcagttcttggaccacttttgtttttgctatatgtgaatgatgttgctagaaagatgatctcagtttgcagatatatgcagacggttactcattacaaaattgctcagataatataagctatattgaacaagtccttaatcatgacctaggaatattagatgaatggtcaaagatataggtactacccccccccaaaaaaaaaccccaacaacaaacaaacaaaaaaccaaagctgttttatttcatctagaaatatatatcccaatctatcttttgataattgccaattagaatatgtctattatcacagacgtttaggaatcctgtcgtcttcaaaactagagcggtctgaatacaatgacaacattgtatagaaagcatacaccccccccgcccccaaaccccccccccccccccgagttgatttacttaaaatcagtttcaaggatattctgtcccaaatgtatatatcttttattagaccacaacttGTGG-----ATT---AC-CG-GAAGATG-CTTAC---CATTTGTTATTT
gi|4 : GAATATGCTGTTCAAGTGTGGCATG----GGTACACAAAAACGGAAATAG-AAAAAT-TAGAAAAA---GATCAACTACATGGAGCCCGA--------------------TA--CACTTAT--TGCTTTAAAA----------AAATTCAT--TATATTTAGAAACAGGCTGGGAACCTTTAGAAGTTAGAA-------------------CTTGTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--TA-CACAATA-ATT-TAGT------TC---T-TTATCTATAG--AATATTGCACCA-AATAT-TAGAAGCACTATTT-----------CTGGATATGCTACTCGAA--AT-CAA-TACCAA-------GCT-----------GGAA-------GT-----------------------AATTGGAATAATCTTAGTATCCACACAAGGGAAGCAGCTTCCATTAAATC-TTTT-AAAAATGTTTGAAAAGCAGGGGAAGCAGACCACCAAGATATTTT-------TCATTTGGGAAAATATT--TTTTAATATAATCCATACA-AGGTTA-AGATATGCAC---AATTG-----TA--TTTT----------TTT-TTTTCGTTG---TAACT---TAGTAGACAATCCAAATTGTTCGTGTGG-----ACT---AC-CG-TAAGATG-CTTAC---CATTTGTTTTTTG---TC-------TGTAAAAAATATAC---TACTGCTAGACATTGTTAAAATGAATA----------CATT-------GTA-TTATTATTGATGTCAATTT-T--T-GTT-TGGGGGAATGA
gi|5 : acaacttATCTTTGGAAAC-AGTAGGAAAAGAGCTAAG-----CTTGTAAC----------TATGTAC-----AGG-A--TA-AATAATA-ATT-TAGT------ACCTCT-TTAACTACAG--AATATTGCACCA-AATATCTGGATATGCTATT--------------CGAAATTCTAT--GAAATATTCAT-TTCCGAAATGTAGACTGGAAGTATTTAATAA-------ATCCATTATTCTTGACACTGTCAGAAATTGGAATAATCTTAGTATCCACACAAGGGAAGCAACTTCCATTAAATCATTTTTAAAAATGTTTGCAAAGCACT---------------------TTT-------TCATTTGGGAAAAGATT--GTTTAATATAATCCATACA-ACGTTA-AGA----CGC---AATTG-----CA--TTTAAAGCTC-CGATTT-ATTTCGTTG---TATCT---TAGTGGACAATCCAAATTGTTAGTGTGG-----ACT---AC-CG-AAAGATG-CTTAC---CATTTATTTTTTG---TC-------TGTAAAAAATATACTAGTACTGCTAGACATTGTT-TAATGA--AAATT-ACTATCATT-------
gi|6 : ATACGCTGTTCGGGGGTGGTATG----G-TG-ACAAAA-CGAAAATAGGAAAAAT-TAGGAAAAG-G--TCAACTA-AC-CAGCCAAAATGG-A------ACTG-TCTAC--CACT-AT--TGCT-CAAAAGCTAATGTATAA-TACATGTTATGATTA-AAACAGGCTGGGAACCTTTA--------AAGAAATAGAGCTAAGGAAGTCTT-TAAC----------TATGTACTTGCTAAGTAGTTA-CACAATATATTATAGTTTTCGATCCTCCGTTATCTACAG---ATATTca
gi|7 : ctgattagagtacatgcccttacacacacaacaccgggatactgtccgtcaacagataatccataggaggtctgattacatcggaagaaacttcaataaggattacaactagggttcactccaattaaattaagtacctgttcagaatatcatatctcaaaatgttattaatttcatttatcagccacaacttaagAATCGTA------AC--GTCTTGTGCAGTTTT--TGCTTCAAAA----------AA-TTCAT--TATATTTAGAAACAGGCTGAGA-CCTTTAGAA-TTAGAAGGAAAAGAGCTAAG-----CTTTTAAC----------TATGTAC-----AAG-A--TAACACAATA-ATT-TAGT------TCCTCT-TTAAATTCAGGAAAAATTTCACCATAATAT-TAGAAACACTATCT------AA--TCTCAAAAT-CTTT--GAATTATTCATCTACCAAAATGTAGGCT-----------ATAA---------------TTCT-GACACTGCCGAAGATTGGAATAATCTTTCTATCATCACAAGGGATGCAAC-CCCA-TAAATC-TTTTT-CAAATATTTGCAAAGCACTG-----------TTGAAAT-TTTT-------TTATTT-GGAAAAGACTTGTTTTAATA-AATCCATACA-AGTTCAGAGC----TAT---AAACG-----TA--TGTT-AACTC-CGATTTCATTTCGTCG---TAACT---TAGTAGA
gi|8 : TG-CTTAC---CATTTGGTTTTTG---TC-------TGAAAACAATATAC---TACTGCTAGACATTGTT-TAATGAACAAATTTAATATCATT-------AT---TAT-ATCGATGTGCATTTGTACT-CTTA-GAGGGAATGAAATCTTCTGGTTCAAATGATGACTTTTTCAAAATGTAAGCAACTTTTCTTCAAAAATTATTCAATCT-TTTCTTGGTGAATGCGGTC----GTTTTT-C-------TAACGACAA-----ATAA-TAATGCACTATCTTA--CTTATATTCTATATGTTACATATACTTGT---ACACCTTGAAA-CACAATTTG------TATTGA--------T---GTA---TTGC---ACTAACTTGT-ATATA-TTGTAAAATACTCAAAATGT-ATGGCAATC-CTATAAATTGTTGTA
gi|9 : CTGCTAGACATTGTT-TAATGAACAAATT-ACGTTCATTCAACGATATATTTATTATTGATGTGCATTTAT--T-GTTATGGGGGAATGAA-TCT-CT--TTC---TGATG-----TTCAAAATGTTG--AACTTTTC----AAAGTTATTCAATCT-TTTCTTGATGAATGTGGTC----G-TTTTTC-------TAAAAACAAG---------TAATGCACTATCTTA--CTTTTA-TCTATAAGTTAC------TTGT---ACACTCT-AAAACACAACTGG------AATTAATTTACATGT---GTA---TTGCATAATTAATGTGT-AAATG---GTAAAATACTCAAAATGT-ATGGCAATT-TTATATACTATAATAAT
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TTTAGATGAATGGTAAAAAAAAAATGGTTATTGAAAACCCCCCACAAAACTAAAGCTATATTTTTAACATCTCAAAAATATGCAACAACTTCCTGAATTATTTTTTGATAACTGTCAGAGTATGTTACACATCACAACACCTGGGGATACTGTTCTCGTCAAAATTAGGGTGGTCTGATTACAATGAAAGCATTGTAAAAGGAAAAAAAGTCTTACAAAAAACTAGGTTTACTCAAAAAATTAAAATTTACTGTATCAAGAGAAATCCTATTTCAAATGTATATTTCATTTATCAGACCACAA
Unaligned ( gi|13 ): TATATTAGATACTTCCAGTAAACCAAGCTGTAGGCCCAGATTGCATAATTCATAACCTGTTAAACTGTCTCTAAACCACTATTCATCATTGTCAGAAAAAAATGTGTCCATCTTTTTGGAAAACAGCTCATGTTATCTCTCCCTTATAAATAAGACGATCCCTCGATGGCTTCAAAGTATAGACCAGTGTCGCTATTGTCTTGTATCAGTACAATTATAGAGAGAATCGTTTT
Unaligned ( gi|15 ): ACAAAACAAGAAATTACTTGATATTGATTTTCAATAATCACTGTCATAAAGCAATGAGGTCTTGACATCATTATCATTGTAAAGATATTTTCTAAACCACTCTGCATATTAATCAACAAATCACCATCAAGTGCTATGCACTTTTCCACATTATTGGAAAATAGCACATGTTCTTCCATTATTCAAGAAGG
Unaligned ( gi|19 ): ATGATATTTTGGGGCGAAGAATTTATGATATCCACCCTCCCTGTAAACAAAGCTATTGGATCCGATTGTATTAGACATAGGATGTTGAAATCAAGTGTATGCTTTTCAATAAATCTCTTCGTGAAAAATCCTTGCCAAATTATTGGAAA
Unaligned ( gi|21 ): TTGGACTTTTATTTTTGTTGTATGTAAATGACGTAGCTGACAACATGGTGTCTGTATACAGATTATAAGCAGATGATAATTCGCTACAACAATGTTCAAACGATATCTGTCTTATTGAGCAAGAACTTAA
Unaligned ( gi|30 ): TATGTAAATGACGTAGCTGACAGCATGATGTCTGTTTGCAGATTATACGCTGATGATAATTCGCTACAACAATGTTCT
Unaligned ( gi|31 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCACTACTGTTCAATTCAAAATCTAAGTATAAA