lowQualScore                  :                                    1              111                                                                                                                               1111                                                                                                                                                                      555555555555555555555555555555                      11111111111111111111111111                    1111                
lowQualScore                  :                              1     7   3     1 1  444      5555 2     444444 222    4444444444   3333   11   333333  11 22222     2222   4  4444444  11 1 1 4444444  33 77777  2 1  9999  1 1  1 1  3 1  11 1 1 555  2   1  333   333 44  444444444 88 2  2  2 444     1 2222 444 55  11 11 3 1 1   2  1 1 44444 1  3333333  1  888888888888    1 33   1  1   444444444444444444444444444444 888888888 2 11 33333 11111111111111111111111111  444   1 77 222    0000 333 1  11 1    
lowQualScore                  :                              .     .   .     . .  ...      .... .     ...... ...    ..........   ....   ..   ......  .. .....     ....   .  .......  .. . . .......  .. .....  . .  ....  . .  . .  . .  .. . . ...  .   .  ...   ... ..  ......... .. .  .  . ...     . .... ... ..  .. .. . . .   .  . . ..... .  .......  .  ............    . ..   .  .   .............................. ......... . .. ..... ..........................  ...   . .. ...    .... ... .  .. .    
lowQualScore                  :                              9     3   6     8 8  222      3333 4     111111 111    3333333333   4444   55   222222  55 99999     7777   0  3333333  88 3 3 3333333  22 88888  6 3  1111  2 2  2 2  6 2  77 2 2 999  4   2  222   222 44  777777777 44 4  4  4 333     2 5555 777 77  66 66 4 1 1   3  1 1 00000 1  0000000  1  333333333333    4 88   3  3   222222222222222222222222222222 777777777 7 88 33333 55555555555555555555555555  111   3 44 333    4444 888 4  99 6    
consensus                     :                          TGCG-CGGATTCTA-GAGGG-G-GGT-CGGGGGG----G-GGGGG---T--C---CGGA-------C--CCC----CCC--CCC------CC--C-----CCCTG----GAA-TT-------TG--C-A-A-------AG--C-----TT-A-AT-A--TC-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--T-AG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-G-CAC-TT-C-C-----A-CA--G----TT-AT------------ACTT-A--AGG-TT-GGA--CC------C-------------------C---------C-C--C-----C-----T--------------------GG--AAAA-AN-T---TTCT--G-G---A-TC--C-GCGC
Reference ( gi|13 )           :                          TGCG-CGGATTCTA-GAGGG-G-GGT-CGGGGGG----G-GGGGG---T--C---CGGA-------C--CCC----CCC--CCC------CC--C-----CCCTG----GAA-TT-------TG--C-A-A-------AG--C-----TT-A-AT-T--TC-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--T-AG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-G-CAC-TT-C-C-----A-CA--G----TT-AT------------ACTT-A--AGG-TT-GGA----------C-------------------C---------C-C--C-----C-----T--------------------GG--AAAA-AA-T---TTCT--A-G---A-TC--C-GCGC
gi|12                         :                          TGCG-CGGAT-CTA-GAGGG-G-GGT-CGGGGGG----G-GGGGG---T--C---CGGA-------C--CCC----CCC--CCC------CC--C-----CCCTG----GAA-TT-------TG--C-A-A-------AG--C-----TT-A-AT-T--TC-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--T-AG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-G-CAC-TT-C-C-----A-CA--G----TT-AT------------ACTT-A--AGG-TT-GGA----------C-------------------C---------C-C--C-----C-----T--------------------GG--AAAA-AA-T---TTCT--A-G---A-TC--C-GCGC
gi|19                         :                          TGCG-CGGAT-CTA-GAGGG-G----------GG----G-GGGGG---T--C---CGGA-----------------CCC--CCC------CC--C-----CCCTG----GAA-TT-------T---C-A-A-------AG--C-----TT-A-AT-A--TC-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG--AA-TG---AAA---A--AA---------A--T-AG-CT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-TGG-CAC-TT-C-C-----A-CA--G----TT-AT------------ACTT-A--AGG-TT-GGA----------CA------------------T---------C-C--C-----C-----T--------------------GG---AAA-AT-T---TTCT--G-G---A-TC--C-GCGct
gi|8                          :                          TGCG-CGGAT-CTA-GAAGG-G-GG----GGGGGTC--G-GGGCG---C--G---CGGG-------T--CCC----C----CCC------CC--C-----CCCTG----GAATTT-------TG--C-A-A-------AG--CT----TT-A-AT-A--TC-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--T-AG-TT-A-T-TTTTCGA----T---A--TC--T--G-T-G-CAC-TT-C-C-----A-CA--G----TT-ATA-----------ACTT-A--AGG-TTGGGA----------CCCTCCCCCCCCCCCCCCCAC---------C-C--C-----C-----T--------------------GG--AAAA-AT-T---TTCT--G-G---A-TC--C-GCGC
gi|18                         :                         aTGCG-CAGAT-CTA-GAGGG-GAGGT-CGGGGGGC---G-GGGGG----------CGGA-------C--CCC-----------------------------CCTG----GAA-TT-------TG--C-A-A-------AG--C-----TT-A-AT-A--TC-G-GC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TA---AAA---A--AA---------A--T-AG-CT-A---TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-G-CAC-TT---C-----A-CA--G----TT-AT------------ACTT-A--AGG-TT-GGACCCC------C-------------------C---------C-C--C-----C-----T--------------------GG---AAA-AA-T---TTCT--G-G---A-TC--ct
gi|2                          :                         aTGCG-CGGGATCTA-GAGGG-G-G-T-CGGGGGG----G-GGGGGGG-T--C---CGGA-------C--CCC----CCC--CC-----------------CCCTG----GAA-TT-------TG--C-A-A-------AG--C-----TT-A-AT-A--TC-A-CC-G-AT-A-TT--G-C-T---GG-AAA-TG---AAAG--A--AA---------A--T-AG-TT-A---TTTTC-A----TA--A--TT--T--G-T-G-CAC-TT-CAC-----A-CA--G----TT-AT------------GCgct
gi|9                          :                          TGCG-CGGATTCTA-GAACG-G-GGT---------------GGGG---T-------GGA-------A--CAC----CCC---CC------CC--C-----CCCTG----GGA-AT-------TG--C-A-A-------AG--C-----TT---AT-A--TC-G-CC-G-AT-A-TA--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------AT-T-AGATC-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--GTT-G-CAC-TT-C-C-----A-CA--GAACTTT-AT------------ACTT-A--AGG-TT-GGACGCCCCT---C-------------------C---------C-C--C-----C-----TCCCCCCCCCCCCCCCCCTCAGG--GAA--AA-T---TTCT--G-G---A-TC--C-GCGCgtcaaaccagaatcaatccacaataacaaaaatcaaataactgtgtgtaatgggttttttcttactaggttggaaacccccccccccccctggaaaattttttctggatccgccgcc
gi|21                         :                          TGCG-CGGAT-CTA-GAGGG-G-GG-------GG----G-GGGGG---T--C---CGGA-------C--ACC----CCC--CCC------C------------TG----GAA-TT-------TG--C-A-A-------AG--CT----TT-A-AT-A--TC-G-CCGG-AA-A-TT--A-C-T---GG-AAA--G---AAA---A--AA---------A--T-AG--T-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-G-CAC-TT-C-C-----A-CA--G----TT-AT------------GCct
gi|34                         :                         aTGCG-CGGAT-CTA-GATGG-G-GGT-TGGAGGG----G---------T--C---CGGA-------C--CCC-----------------------------CCTG----GAA-TT-------TG--T-A-A-------AG--C-----TT-A-CT-A--TC-A-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--T-Agtcaaacaaaaataacaatcaaataactagta
gi|11                         :                         aTGCG-CGGA--CTAAGATGG-G-GGTTCGGAGGG--------------T--C---CGGG-------A--CCC----CCC--G---------------------TG----GAA-AT-------TG--T-A-A-------AG--C-----TC----C-T--AC-AACC-G-ATGA-TT--ATC-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--TCAG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-T-CAT-CT-C-C-----ATCAGTG----TT-ATC-----------ACTT-A--TG---T-GCC----------C-------------------CCTTTCCCCTC-C--C-----C-----C--------------------GA--AAAA-TT-T---TTCT--A-GT--A-TCGTC-GCAC
gi|35                         :                         aTGCG-CGGAT-CTA-GA------------GGGGG----G-GGGGG---T--C---CGGA------------C----CCC--CCC------CC--C-----CCCTG----GAA-TT-------TC--C-A-A-------AT--C-----TT-A-AT-A--TC-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-c
gi|38                         :                          TGCG-CGGAT-CTA-GAGGG-G-G-T-GGGTGGG----GTGGGGG---T--G---GGG--------------------------------------------TTG----GAA-TT-------TG--C-A-A-------AG--C-----TT-A-AT-A--TC-G-CC-G-AT-
gi|43                         :                         aTGCG-CGGAT-CTA-GAAGG-G-GGG-CGGGGGG----GGGGGGA---T--C---CGGC-------C--CCC----CCC--
gi|46                         :                        caTGCG-CGGAT-CTA-GAGGG-G----------------------G---T--C---CGGA-------C--CCC----CCC--CCC------C
gi|14                         :                         caGCGTCGGAATCTA-GAGGAAG-GGT-CGGGCGG----G-GGGGG---G--G---GGGG-------G--TCC----CCG--ACC------CC--C-----CCCTG----GAA-TT-------TG--C---A-------AG--C-----TTAA-ATAT--CC-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-TG--GG-AAA-TG-----A---A--AA---------A--T-AG-TT-A----TTTC-A----T---A--TT--TTGG-T-G-CCCTTT-C-C-----A-CA----------------------------------G-TT-GGAGCCCC-----C-------------------C---------C-C--C-----C-----T--------------------GG--AAAA-AT-T---TTCT--G-G---A-TC--C-GCGC
gi|16                         :                            CG-CAGATCTTA-GAGAG-G-GGT-C-----G----G-GGGGA---TTCC---CGGA-------------------C--ACT------CC--C-----CCCTG----GAAGTT-------TG--CAA-A-------AG--CAG---TA-A-AT-A--TC-G-CC-G-AT-A-----A-C-TA--GG-AAA-TG----AA---A--AA---------A--T-A-----A-G-TTTTC-A----T---A--TTGCT--G-C-C-CAC-TT-C-C-----A-CAG-G----TT-AC------------ACTT-A--A---TT-GGA----------C-------------------C---------CTC--C-----C-----T--------------------GAC-AAAA-AA-T---TTC---G-G---A-TC--C-GCACc
gi|15                         :                           tCG-CGGAT-CTA-GAGGC-G-GG--CGAGTCG-----------------C---CGCC-------C--CCCCCCCCCC--CCC------CC--C-----CCCCG----AAA-TT-------TG--C-A-A-------AG--C-----TT-A-ATAT--TC-G-C----AT-A-TT--A-C-TATGGA-AAA-AG---AAA---A--AG---------A----AG-TT-ATT-TTTTC-A----T---ATTTT--T--T-T-G-CAC-TA-C---------CA--G----TT-AT------------AC
gi|12                         :                             G-CAAATTCCA-GGGGG-G-GG-------GG----G-GGGGG---T--C---CGGA-------C--CCC----CCC--CCC------CCGAC-----CCCgtcaaccaaataacaatcaaataactgtgtgtgtaatgg
gi|17                         :             tgcgcggatctagaggG-CAAATTCCA-G--GG-G-GGT-CGGGGGG----G-GGGGGGGGT--C---CGGC-------C--CCC----CTC--aaagcttaatttcgccgatattactggaaatgaaaaaaatagttatttttcatatttgtgcacttccacagttatacttaaggttggacccccctggaaaaaatttctagatccgcgcct
gi|14                         :                     gcgatctaG-CAAATTCCA-GGGGG-G-GGT-CGG--------------------------GGA-------C--CCC----CCC--CCC------CC--C-----CCaaagcttaatattgccgatattactggaaattgaaaaaattagtttattttcatatttgtgcacttccacatatataacttaaggttggaccccccccccctgaaaaaatttctggatccg
gi|3                          : gcgtcggaatctagaggaagggtcgggcG-CGGATTCTATGAGGG-G-GG------GGG----G-GGACG---T--C---CGGA-------CATCCA----CTC--TCC------CG--C-----CCGTG----AGA-TT--------G--C-A-A-------AG--C-----TT-A-AT-A--TC-G-C--G-AA-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--T--G-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-G-CAC-TT-C-CA----A-CA--G----TT-AT------------GCaagcttaaatatccgccgatattactgggaaatgaaaaatagttatttcatattttggtgccctttccacagttggagcccccccccctggaaaaattttctggatccgcgcc
gi|31                         :                         catgG-CAAATTCCA-G-GGG-G-GGT-GGGGGGG----G-GGGGG---T--C---CGGA-------C--CCC----CCT--ATT------CC--C-----CCTCA----GAgtcaaacagaaattcacaaaaaacaatcaaataaatagtattcatagttttttttcttacttaggttggaccccccccccctggaaaaaaaatttcttgggatctcgacc
gi|4                          :                             gcgcgaTTCGA-GTGGC-G-GG---GGGGGG----G-TGGGG---TTTC---CGGA-------C--CCC----CCC--CCC------CC--aaagcttatatgccgataattactggaaaatgaaaaaaaaaatagcctatttttcatat
gi|21                         :                                               atcta-CAGGGGG----G-GGGTG---T--C---CGGA-------C--CCC----CCC--CCC------CC--C-----CTCTA----GAatttgcaaagccctcaatatcgccaatattactagaatgaaaaaaaatagtccattttcatatttgtgcactttccacagttatacgtcaaacagaatcaatccacaaataacaatcaaatactagtattcatgggtttttttcttacttaggttggaaacccccccccccctggaaaagtttctggatccg
gi|19                         :                                             atgcgcggaGGGGGG----G-GGGGG---T--C---CGGA-------C--CCC----CCC--CCC------CC--T-----Cgaatttgcaaagctttaatatcgccggaaattactggaaagaaaaaaatagtatttttcatatttgtgcacttccacagttatgcgtcaaacaaaaataacaatcaaataactagta
gi|2                          :                                          tgcgcggatctaGGGGGG----G-GGGGG---T--C---CGGA-------C--CCC----CCC--CCC------CC--C-----Ctggaatttcaaagcttaatatcgccgatattactggaatgaaaaaaatagctatttttcatatttgtggcacttccacagttatacttaaggttggacatcccctggaaaattttctggatccgcg
gi|22                         :                                tgcgcgggatctagagggggtcGAGGGG----G-GGGGG---T--C---CGGA-----------------CCC--CCC------CC--C-----CCCTG----GAA-TT-------TG--C---A-------AG--C-----TT-A-AT-A--TC---CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---GAA---A--AA---------AT-T-AG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-G----------------------------T-AT------------ACTT-A----G-TT-GGACCCCCCC---C-------------------C---------C-C--C-----C-----C--------------------GG--AAAA-AATT---TTCT--G-G---A-TC--C-GCtggaatttgcaaagcttaatatcaccgatattgctggaaatgaaagaaaatagttattttcataatttgtgcacttcacacagttatgcgtcaaaccagaatcaatccacaataacaaaaatcaaataactgtgtgtaatgggttttttcttactaggttggaaacccccccccccccctggaaaattttttctggatccgccgcc
gi|22                         :                                            ccgcgatctaGGGGGG----G-GGGGG---T--C---CGGA-------C--CCC----CCC--CCC------TC--cctg
gi|4                          :                                            ccgcgatctaGGGGGG----G-GGGGG---T--C---CGGAAACCCCAC--CCC----CCC--CCC------GC--C-----ACTCG----AAA-TT-------TG--C-A-A-------AGCCC-----TC-A-AT-A--TC-G-CC-A-AT-A-TT--A-C-T---AG--AA-TGA--AAA---A--AA---------A--T-AG-TC-C-A-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-G-CACTTT-C-C-----A-CA--G----TT-AT------------ACtggaatttgcaagcttaatatcccgatattactggaaatggaaaaaattagttatttttcatatttgtgtatacttagttggaccccccccccccccggaaaaaattttctggatccgccctg
gi|23                         :                                                 atctaGAGGGG----G-GGGGG-----------GGA-------C--CC--------------------------------TG----GAA-TT-------TG--C-A-A-------AG--------TT-A-ATAT--TG-G-CC-G-AT-A-TT--A--------G-GAA-TG---AAA---A--AA---------A--T-AG-TT---T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-T-GAC-TT-C-C-------CA--G----TT-AT-------------CTT-A--AGG-TT-TGACCCCCC----C-------------------C---------C-C--C-----C-----T--------------------GG---AAA-AT-T---TTCT--G-G---A-TC--gtcaaacagaatcaatccacaaataacaatcaaatactagtattcatgggtttttttcttacttaggttggaaacccccccccccctggaaaagtttctggatccg
gi|35                         :                                           gcgggatgcagGGGGGG----G-GGGGG---T--C---CGGA-------C--CCC----CCC--CCC------CT--C-----gtgcc
gi|31                         :                                           tgcgcggatctaGGGGGAATAG-GGGGG---T--C---CGGA-------C--CCC----CCC--CCC------CC--CACCCCCCCTG----GAA-TT-------TG--C-A-A-------AG--C-----TT-ATAT-------G-CC-G-ATAA-TT--A-C-T---GGAAAA-TGAAAAAA---A--AA---------A--T-AGCCT-A-T-TTTTC-A----T---A--Tctggaatttccaaatcttaatatcgccgatattactgg
gi|20                         :                                              gcgcgatctgaGAG----G-GGGGG---T--C---CG-A-------C--CCC----CCCAACCC------CC--C-----CCTCG----GAA-TT-------TGGGC-A-A-------AG--C-----TT-A-AT-C---C-G-CC-G-GT-A-TT--A-C-T---GG-AAA--G---AAA---A--AG---------AT-T-AG-TTAA-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GAAAC-TTAT-CTTATGA-CA--G----TT-A-------------AC-T-A--AGG----GAC----------C-------------------C---------C-C--C-----C-----T--------------------GG--AAAA-AA-T---
gi|17                         :                                         catgcgcgtaacggattaG----A-GGGGG---G--C---CGGA-------C--CCCC---CCC--CCCCCCCGACC--C-----CCCTG----GAA-TT-------TG--C-A-A-------AG--C-----TT-A-AT-A--TT-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAATTG---AAA---A--AA---------T--T-AG-TT-T-A-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-G-CAC-TT-C-C-----A-CA--T----AT-ATA-----------ACTT-A--AGG-TT-GGACCCC------C-------------------C---------C-C--C-----C-----C--------------------TG--AAAA-AA-T---TTCT--G-G---A-TC--C-
gi|5                          :                                                   gcgatctaG----G-GGGGG---T--CACCCCCC-------C--CCC----CCC--CCC------C------------------GAA-TT-------TG--C-A-A-------AG--C------T-A-A-------------G-AT-C-CA--A-C-T---GA-AAA-TG---AAA---A--AA---------AATT-AG-TT-A-T-TTTTC-A----A---A--TT--T--T-T-G-CAC--T-C-C-----A-CA-------TT-AT------------AC
gi|32                         :                                                                            gcggatcta-------C--CCC----CCC--CCC------CC--C-----CCCCGCCCTGAA-TT-------TA--C-A-A-------AG--TGAAAATT-A-AT-TTATG-G-CA-GCAC-A-GT--A-C-T---GG-AAgtcaaacagaatcaatccacaaataacattcaaaaactagtatctcgatggttttttttctcacttaaggttgaccccaccctggaaaaattttctggatccgcgcc
gi|7                          :                                                                                      caaaccccccgC----CCC--CCC------CC--C-----CCCTG----G-A-TT-------CG--C-AGA-------AG--C-----TT-A-AT-A--TC-G-CC-G-AT-A-TC--A-C-T----G-AAA-TG---AAA---A--TA---------ATCT-AG-TT-A-TATTTTC-A----T---A--TT--T--GTT-G-CAC----C-C-----A-CA-------TT-AT------------ACgaattttattgtataaaattaatttattt
gi|6                          :                                                                                                  ----CCC--CCC------CC--C-----CTGTG----AAA-TTTTTGCTATA--C-A-G-------AGA-C-----TTAA-AT-A--TG-G-CC-G-AT-A-TTCAA-CGTG--GG-AAA-TG---AAATAGG--AACCTTGAGTTA--T-AA-AT-A-T-TCTTC-ACTGGT---A---T--T--G-T-G-CAC-TT-C-C-----A-CA--G----TC-TT------------ACTT-A--AGG-TT-GGAACACCCCCCCC-------------------C---------C-C--C-----T-----T--------------------GG--AAAA-AA-GGAATTCT--G-GTGTA-TC--C-GCGCgtcaaacagaatcaatccacaaaataacaatcaataactagtattcaggtgtgtgtgtgtgtgtaatgggttagctggctggaccccctggaaaaaatttctggatccgcggcc
gi|27                         :                                                                           tgcgcggatctcacagggtgcacaaaggaacaaCC------CC--C-----CCCTG----GAAATT-------TG--C-A-ATTGCACAAG--C-----TT-A-AT-AA-TC---CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---AT-AA---------A--T-AG-TT-A-T-TTCT-----------A--TT--T--G-T-G-CAC-CT-C-C-----A-CA--G----TT-AT------------ACTTAA--AGG-TT-GGA----------C-------------------C---------C-C--CCCCCTC-----C--------------------GG--GAAA-AT-T---TTTTG-G-G---A-TC--c
gi|29                         :                                                                                                                     C--C-----CCTTG----GAA-TT-------TG--C-A-A-------AG--C-----TT-A-AT-A--TC-G--C-G-AT-A-TT--A-C-T---GGAAAA-TG---AAA---A--AA---------A--T-AG-TT-ATT-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-G-CAC-TT-C-C-----A-CA--G----TT-AT------------CCGT-C--AGGTTT-GGACAC-------C-------------------C---------C-C--C-----C-----T--------------------GA--AAAA-AT-T---TTCT--G-G---ATTC--C-GCG
gi|24                         :                                                                                                                     C--C-----CCCTG----GAA-TT-------TG--C-A-A-------AG--C-----TT---AT-A--TCAG-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AA-------AGA---A--AA---------T--T-AG-TT-A-T-TCTTC-A----T---ATTTT--T--T-T-G-CAC-TT-C-C-----A-CA--G----TT-AT------------ACaacc
gi|26                         :                                                                                                                               cgTG----GAA-TT-------TG--C-A-A-------AG--C-----TT-A-AT-A--TC-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------T--T-AG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-G-CAC-TT-C-C-----A-CA--G----TT-ATACGTCAAACAGAACTT-A--AGG-TT-GGACACCCC----C-------------------C---------C-C--C-----C-----T--------------------GG--AAAA-AT-G---TTCT--G-G---A-TC--C-GCGCgtcagaacagaatcaatccgccacaaaataacaatgcaaataactagtattcagg
gi|10                         :                                                                                                                                  G----GAA-TT-------TG--C-A-A-------AG--C-----TT-A-AT-A--TC-G--C-G-AT-ATTT--A-C-T---GG-AAA-TG----AA---A--AA---------A--T-TG-TTAA-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--GTT-G-CAC-TT-C-C-----A-CA--G----TT-AT------------ACc
gi|30                         :                                                                                                                                                                                -A-AT-A--TC-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-----GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------AATT-AG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-G-CAC-TT-C-C-----A-CA--G----TT-AT------------ACatcaaacataatcaatccacaaaataacaatcaaataactagtattcatggattttttcttacttaaggttggaccccccccctggaaaaaattttctgatccagcgc
gi|33                         :                                                                                                                                                                                       --TC-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--TTAG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-G-CAC-CC-C-T-----A-CC--G----TT-A-------------ACTT-A--AGG-TT-GGA----------C-------------------C---------C-C--C-----C-----gttcaaacagaatcaatccacaaataacaatcaaataactaagtattcagga
gi|1                          :                                                                                                                                                                                        taC-G-CC-G-ATTA-TT----C-T---GG-AA--TG---AAA---A----------------C-CG-TT-A-T-TTTTC-A----T---AATTT--T--G-T-G-CAC-TT-C-C-----A-CA--G----TTAAT------------ACccccccttga
gi|10                         :                                                                                                           ggatggagggagttgggggggaggggagcgggggatcagtagaacccgccgggtttgaggaattttgcagcaggaacgggcgcttatattgatctctctcaaatcac-AAA-TA---ACA---ATCAA---------A--T-AA-CT-A-G-TATTC-A----TGG-A--TT--T----------T-TT-C-T--------------------T------------ACTT-A--AGG-TT-GGACCC-------C-------------------C---------C-C--C-----C-----T--------------------GG--AAAA-AA-T---TTTC--T-G---A-TC--CAGCGCgtcaaaacagtataatcagcaaaataacaatcaaataacagtattcatggggttttttttcttttaagtttggacccccccccttgaaaattttctggatcgcgcctgtacattataataaatttgaaattgaaataaagtcatggcttcgtca
gi|25                         :                                                                                                          ggaatttgcaaagcttaatatcgcgatatttactggaaatgaaaaaattgttaatttttcatatttgttgcacttccacagttatacatcaaacataatcaatccaca-AAA-TA---ACA---ATCAA---------A--T-AA-CT-A-G-TATTC-A----TGGGA--TT--T------------TT-C-T--------------------T------------ACTT-A--AGG-TT-GGA----------C-------------------C---------C-C--C-----C-----T--------------------GG--AAAA-AA-----TTCT--G-G---A-TC--C-GCGC
gi|3                          :                                                                                                                                                       gaaaaaaatagttatttttcatatttgtgcacttccacagtatacgtcaaacagaatcaatccacAA-TC---AAA---T--AA---------A--T-AG--T-A-----TTC-A----T---AG-TT--T--T-T-----T-TT-C-T--------------------T------------ACTT----AGG-TT-GGACCCCC-----C-------------------C---------C-C--C-----C-----T--------------------GGAAAAAA-AA-T---TTCTTGG-G---A-TC--
gi|25                         :                                                       catggcggattctatgaggggggggggggacgtccggacatccactctcccgcccgtgagattgcaaagcttaatatcgcgaaattactggaaatgaaaaaaatgttatttttcatatttgtgcacttccaacagttatgcgtcaaacagaaattcacaaaaaacG---AAA---A--AA---------A--T-AG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-G-CAC-TT-C-C-----A-CA--G-----T-AT------------ACtcgacc
gi|39                         :                                                                                                                                                                                                                                                                      TC-A----T---A--TT--T--G-T-G-CAC-TT-C-C-----A-----G----TT-AT------------ACTT-G--AGG-TT-GGAC---------C-------------------C---------C-C--C-----C-----C--------------------AT--AAAA-AT-T---TTCT--G-G---A-TC--T-GCGCgtcaaacagaatcaatccacaaataacaatcaaataactagtattcatgggatttttcttacttaaggttggacccccctggaaaaaattctggatccgcgc
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                                               ---A--TT--T--G-T-G-CAC-TT-C-C-----A-CA--G----TA-AT------------ACTT-A--AGG-TT-GGA----------CA------------------CCTCCG----C-C--C-----C-----C--------------------GT--AAAA-AC-T---TTCT--G-G---A-TC--C-GCGCct
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                   --TT--T--G-T-G-CAT-TT-C-C-----A-CA--G----TT-AT------------ACc
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                T------------ACTT-A---GG-TT-GGAAACCCCCC--C-------------------C---------C-C--C-----C-----T--------------------GG---AAA-AG-T---TTCT--G-G---A-TC--C-gtcaaacagaatcaatccacaataacgtttctaaacgaatttatac
gi|28                         :                                                                                                                             atctaggggggggggggtccggaaaccccaccccccccccgccactcgaaatttgcaaagccctcaatatcgccaatattactagaatgaaaaaaaatagtccattttcatatttgtgcactttccacagttatacgtcaaacagaatcaatccacaaataacaatcaaatactagtattcatgggtttttttctT------------ACTT-A--AGG-TT-GGA----------C-------------------C---------C-C--C-----CCCCCCT--------------------GG--AAAA-A--T---TTCT--G-G---A-TC--C-GCGC
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                    tccacagttatacgtcaaaccagatcatccaataacaatcaaataactagtattcagatgtgtgtgcgtgtgtgtgtgtaataggttttttct------------ACTT-A--AGG-TT-GAC----------C-------------------C---------CAC--C-----C-----T--------------------GG--AAAA-AT-T---TTCT--G-G---A-TC--C-GCGCct
gi|45                         :                                                                                                                                                  gcggatctagggggggtcacccccccccccccccccgaatttgcaaagctaagatccaactgaaaatgaaaaaaaattagttatttttcaaatttttgcactccacattatacgtcaaacagaatcaatccacaaataacattcaaaaactagtatctcgatggttttttttctc------------ACTT-A---GG-TT-GGA----------C-------------------T---------C-CCAC-----C-----T--------------------GG---AAC-AT-T---TTCT--GCG---A-AT--C-GCGCc
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              CTT-ACTAGG-TT-GGAAACCCCCCCCC-------------------C---------C-C--C-----C-----T--------------------GG--AAAATTT-T---TTCT--G-G---A-TC--C-GC
gi|42                         :                                                                                                                                   tgcgcgggatctagagggggtcggggggggggggggtccggacccccccccccctggaatttgcaaagcttaatatcaccgatattgctggaaatgaaagaaaatagttattttcataatttgtgcacttcacacagttatgcgtcaaaccagaatcaatccacaataacaaaaatcaaataactgtgtgtaatgggttttttCTT-ATTAGG-TT-GAC----------C-------------------C---------C-C--C-----C-----T--------------------G---AAAA-AA-T---TTTC--T-G---A-TC--C-GCGcgcc
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                taatcgttttttttcTT-A--AGT-TT-GGA----------C-------------------C---------C-C--C-----CCCCT-T--------------------G----AAA-AT-T---TTCT--G-G---A-T---C-GCGCtcctg
gi|7                          :                                                                                                            ggatggagggagttgggggggaggggagcgggggatcagtagaacccgccgggtttgaggaattttgcagcaggaacgggcgcttatattgatctctctcaaatcaccgccgattattctggaatgaaaaccgttatttttcataattttgtgcacttccacagttaatacgtcaaaacagtataatcagcaaaataacaatcaaataacagtattcatggggttttttttcttGG-CT-GGA----------C-------------------C---------C-C--------C-----T--------------------GG--AAAA-AA-T---TTCT--G-G---A-TC--C-GCGctgtacattataataaatttgaaattgaaataaagtcatggcttcgtca
gi|41                         :                                                                                                                                                                                                                                                              ccccccccccccctggattcgcagaagcttaatatcgccgatatcactgaaatgaaaataatctagttatattttcatatttgttgcacccacattatacgtcaaacagaatcaatccacaaaataacaatcaataactagtattcaggtgtgtgtgtgtgtgtaatgggttagctG--AAAA-AT-T---TTCT--G-G---A-TC--C-GCGCgcc
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|36 ): CCCTCTTTGAAAATCTTCCGGATTCGCCCCTGTGATTATAATATTGGAATCTGTCAAGCATGGCAATTTGTCA
Unaligned ( gi|44 ): TACATTCTGTGTTTTAGAAATTTGAACCCCCCCCCCCCCGCATAAAAAA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                           2           111111                               1111111111                                                                                                                                                                                                                                                            4444444444444444444444                                  111111111111                                       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                     2     3   4     2 444444      7777 3    1 22222 222    1111111111   1   22   444444   33333     2222   2  4444444 1 11 1 1 4444444  33 66666  3  11 1 2 1 2   1 1  3 1  11 1 1 555  2   1  333   333 44  444444444 77 3  2  1 555     1 2222 444 55  11 11 3 1   1 2  11 1 3333 1  22 2222  1  777777777777 1   1 11   1     2222222222222222222222   555555555 66666666666  222 444 000000000000  33     4 222  1  33 1 333 1  11 1    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                     .     .   .     . ......      .... .    . ..... ...    ..........   .   ..   ......   .....     ....   .  ....... . .. . . .......  .. .....  .  .. . . . .   . .  . .  .. . . ...  .   .  ...   ... ..  ......... .. .  .  . ...     . .... ... ..  .. .. . .   . .  .. . .... .  .. ....  .  ............ .   . ..   .     ......................   ......... ...........  ... ... ............  ..     . ...  .  .. . ... .  .. .    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                     2     1   4     2 555555      2222 2    6 44444 888    2222222222   4   00   111111   44444     7777   6  2222222 3 88 3 3 2222222  11 33333  6  66 2 4 2 4   2 2  5 2  77 2 2 888  3   2  111   111 33  666666666 00 4  4  2 111     1 4444 666 55  55 55 3 1   1 2  55 1 5555 1  66 4444  1  000000000000 0   3 88   3     1111111111111111111111   222222222 11111111111  333 000 777777777777  11     8 333  3  22 3 777 3  88 5    
consensus                     :                                                                                                                                                                                 TGCG-CGGAT-CTA-GAGGG-G-GGT-CGGGGGG----G-GGGG-G--T--C---CGGA-------C--CCC-CCC--CCC------CCC-----CCCTG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C-GCC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--T-AG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TT-AT------------A-CTT-A--AGG-TTGGA--------C-------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GG--AAAAATT---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGC
Reference ( family-569 )      :                                                                                                                                                                                 TGCG-CGGATTCTA-GAGGG-G-GGT-CGGGGGG----G-GGGG-G--T--C---CGGA-------C--CCC-CCC--CCC------CCC-----CCCTG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C-GCC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--T-AG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TT-AT------------A-CTT-A--AGG-TTGGA--------C-------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GG--AAAAANT---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGC
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   -AA--TCA-C-C-GCC-G-ATTA-TT----C-T---GG-AA--TG---AAA---A----------------C-CG-TT-A-T-TTTTC-A----T---AATTT--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TTAAT------------A-C
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ggatggagggagttgggggggaggggagcgggggatcagtagaacccgccgggtttgaggaattttgcagcaggaacgggcgcttatattgatctctctcaTT-A--AGT-TTGGA--------C-------------CCC---------C-----------CC---CCT-T------------G----AAAATT---TT-CT--G-G---A-T---C-GCGCgtcaaaacagtataatcagcaaaataacaatcaaataacagtattcatggggttttttttcttttaagtttggacccccccccttgaaaattttctggatcgcgcctgtacattataataaatttgaaattgaaataaagtcatggcttcgtca
gi|10                         :                                          ggatggagggagttgggggggaggggagcgggggatcagtagaacccgccgggtttgaggaattttgcagcaggaacgggcgcttatattgatctctctcaaatcaccgccgattattctggaatgaaaaccgttatttttcataattttgtgcacttccacagttaatacgtcaaaacagtataatcagcaaaataacaatcaaataacagtattcatggggttttttttcttG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C-G-C-G-AT-ATTT--A-C-T---GG-AAA-TG----AA---A--AA---------A--T-TG-TTAA-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--GTT-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TT-AT------------A-Cctgtacattataataaatttgaaattgaaataaagtcatggcttcgtca
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         -AAA-TA---ACA---ATCAA---------A--T-AA-CT-A-G-TATTC-A----TGG-A--TT--T----------T-TT--C-T-------------------T------------A-CTT-A--AGG-TTGGAC-------C-------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GG--AAAAAAT---TT-TC--T-G---A-TC--CAGCGCatcaaacataatcaatccacaaaataacaatcaaataactagtattcatggattttttcttacttaaggttggaccccccccctggaaaaaattttctgatccagcgc
gi|11                         :                                                                     ggaatttgcaaagcttaatatcgcgatatttactggaaatgaaaaaattgttaatttttcatatttgttgcacttccacagttatacatcaaacataatcaatccacaTGCG-CGGA--CTAAGATGG-G-GGTTCGGAGGG--------------T--C---CGGG-------A--CCC-CCC--G-------------------TG----GAA-AT-------T-G--T-A-A-------AG--C-----TC-C---T-A-C-A-ACC-G-ATGA-TT--ATC-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--TCAG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-TCA-T-CT--C-C----ATCAGTG----TT-ATC-----------A-CTT-A-------TGTG--------C-------------CCCCTTTCCCCTC-----------CC---C---C------------GA--AAAATTT---TT-CT--A-GT--A-TCGTC-GCAC
gi|12                         :                                                                                                                                                                                aTGCG-CGGAT-CTA-GAGGG-G-GGT-CGGGGGG----G-GGGG-G--T--C---CGGA-------C--CCC-CCC--CCC------CCC-----CCCTG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-T-T-C-GCC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--T-AG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TT-AT------------A-CTT-A--AGG-TTGGA-----------------------CC---------C-----------CC---C---T------------GG--AAAAAAT---TT-CT--A-G---A-TC--C-GCGCc
gi|13                         :                                                                                                                                                                                 TGCG-CGGATTCTA-GAGGG-G-GGT-CGGGGGG----G-GGGG-G--T--C---CGGA-------C--CCC-CCC--CCC------CCC-----CCCTG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-T-T-C-GCC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--T-AG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TT-AT------------A-CTT-A--AGG-TTGGA-----------------------CC---------C-----------CC---C---T------------GG--AAAAAAT---TT-CT--A-G---A-TC--C-GCGCct
gi|14                         :                                                                                                                                                                                  GCGTCGGAATCTA-GAGGAAG-GGT-CGGGCGG----G-GGGG-G--G--G---GGGG-------G--TCC-CCG--ACC------CCC-----CCCTG----GAA-TT-------T-G--C---A-------AG--C-----TTAAA--T-A-TCC-GCC-G-AT-A-TT--A-C-TG--GG-AAA-TG-----A---A--AA---------A--T-AG-TT-A----TTTC-A----T---A--TT--TTGG-T-GCC-CTTT--C-C----A-CA-----------------------------------G-TTGGAGCC-----C-------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GG--AAAAATT---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGC
gi|15                         :                                                                                                                                                                                   CG-CGGAT-CTA-GAGG--------CGGGCGA----G-TCGCCG--C--C---CCCC-------C--CCC-CCC--CCC------CCC-----CCCCG----AAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-ATT-C-GC----AT-A-TT--A-C-TATGGA-AAA-AG---AAA---A--AG---------A----AG-TT-ATT-TTTTC-A----T---ATTTT--T--T-T-GCA-C-TA--C--------CA--G----TT-AT------------A-Cc
gi|16                         :                                                                                                                                                                                   CG-CAGATCTTA-GAGAG-G-GGT-C-----G----G-GGGG-A--TTCC---CGGA----------------C--ACT------CCC-----CCCTG----GAAGTT-------T-G--CAA-A-------AG--CAG---TA-AA--T-A-T-C-GCC-G-AT-A-----A-C-TA--GG-AAA-TG----AA---A--AA---------A--T-A-----A-G-TTTTC-A----T---A--TTGCT--G-C-CCA-C-TT--C-C----A-CAG-G----TT-AC------------A-CTT-A--A---TTGGA----------------------CCC---------T-----------CC---C---T------------GAC-AAAAAAT---TT-C---G-G---A-TC--C-GCACgtcaaccaaataacaatcaaataactgtgtgtgtaatgg
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                 tG----A-GGGG-G--G--C---CGGA-------C--CCCCCCC--CCCCCCCGACCC-----CCCTG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-T-GCC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAATTG---AAA---A--AA---------T--T-AG-TT-T-A-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--T----AT-ATA-----------A-CTT-A--AGG-TTGGACC------C-------------CCC---------C-----------CC---C---C------------TG--AAAAAAT---TT-CT--G-G---A-TC--C-
gi|18                         :                                                                                                                                                                         gcgatctaTGCG-CAGAT-CTA-GAGGG-GAGGT-CGGGGGGC---G-GGGG-G---------CGGA-------C--CCC------------------------CCTG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C-GGC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TA---AAA---A--AA---------A--T-AG-CT-A---TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-C-TT----C----A-CA--G----TT-AT------------A-CTT-A--AGG-TTGGACC------C-------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GG--AAAAA-T---TT-CT--G-G---A-TC--
gi|19                         :                                                                                                                                                                                aTGCG-CGGAT-CTA-GAGGG-G----------GG----G-GGGG-G--T--C---CGGA--------------CCC--CCC------CCC-----CCCTG----GAA-TT-------T----C-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C-GCC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG--AA-TG---AAA---A--AA---------A--T-AG-CT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-TGGCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TT-AT------------A-CTT-A--AGG-TTGGA----------------------CAT---------C-----------CC---C---T------------GG---AAAATT---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGgct
gi|2                          :                                                                                                                                                                                 TGCG-CGGGATCTA-GAGGG-G-G-T-CGGGGGG----G-GGGG-GGGT--C---CGGA-------C--CCC-CCC--CC---------------CCCTG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C-ACC-G-AT-A-TT--G-C-T---GG-AAA-TG---AAAG--A--AA---------A--T-AG-TT-A---TTTTC-A----TA--A--TT--T--G-T-GCA-C-TT--CAC----A-CA--G----TT-AT------------G-C
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   T------------A-CT-----AGG-TTGGAAACCCCCCC-------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GG--AAAATTT---TTTCT--G-G---A-TC--C-GCgtcaaaccagaatcaatccacaataacaaaaatcaaataactgtgtgtaatgggttttttcttactaggttggaaacccccccccccccctggaaaattttttctggatccgccgcc
gi|20                         :   tgcgcgggatctagagggggtcggggggggggggggtccggacccccccccccctggaatttgcaaagcttaatatcaccgatattgctggaaatgaaagaaaatagttattttcataatttgtgcacttcacacagttatgcgtcaaaccagaatcaatccacaataacaaaaatcaaataactgtgtgtaatgggttttttctGAG----G-GGGG-G--T--C---CG-A-------C--CCC-CCCAACCC------CCC-----CCTCG----GAA-TT-------T-GGGC-A-A-------AG--C-----TT-AA--T---C-C-GCC-G-GT-A-TT--A-C-T---GG-AAA--G---AAA---A--AG---------A--TTAG-TT-AAT-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GAAAC-TTATC-TTATGA-CA--G----TT-A-------------A-CT--A--AGG----GA--------C-------------CC----------C-----------CC---C---T------------GG--AAAAAAT---cgcc
gi|21                         :                                                                                                                                                               catgcgcgtaacggattaTGCG-CGGAT-CTA-GAGG---------GGGGGG----G-GGGG-G--T--C---CGGA---------------CA--CCC------CCC-----CCCTG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--CT----TT-AA--T-A-T-C-GCCGG-AA-A-TT--A-C-T---GG-AAA--G---AAA---A--AA---------A--T-AG--T-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TT-AT------------G-C
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                            aGAGGGG----G-GGGG-G--T--C---CGGA--------------CCC--CCC------CCC-----CCCTG----GAA-TT-------T-G--C---A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C--CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---GAA---A--AA---------AT-T-AG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-G----------------------------T-AT------------A-CTT-A----G-TTGGA--------C-------------CCC---------C-----------CC---C---CCCCCCG------GA--AAAAATT---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCgtcaaacaaaaataacaatcaaataactagta
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                   ccgcgatctaGAGGGG----G-GGGG-G----------GGA-------C--CC---------------------------TG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--------TT-AA--T-A-T-TGGCC-G-AT-A-TT--A--------G-GAA-TG---AAA---A--AA---------A--T-AG-TT---T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-TGA-C-TT--C-C------CA--G----TT-AT--------------CTT-A--AGG-TTTGACCCC----C-------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GG---AAAATT---TT-CT--G-G---A-TC--cctg
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                              gcgggatgcagCC-----CCCTG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C-----TT--A--T-A-T-CAGCC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AA-------AGA---A--AA---------T--T-AG-TT-A-T-TCTTC-A----T---ATTTT--T--T-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TT-AT------------A-Cgtgcc
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             cgG---AAA---A--AA---------A--T-AG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G-----T-AT------------A-Cgtcagaacagaatcaatccgccacaaaataacaatgcaaataactagtattcagg
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         -AAA-TA---ACA---ATCAA---------A--T-AA-CT-A-G-TATTC-A----TGGGA--TT--T------------TT--C-T-------------------T------------A-CTT-A--AGG-TTGGA-----------------------CC---------C-----------CC---C---T------------GG--AAAAAA----TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGCgtcaaacagaatcaatccacaaataacaatcaaataactagtattcatgggatttttcttacttaaggttggacccccctggaaaaaattctggatccgcgc
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                  gaaaaaaatagttatttttcatatttgtgcacttccacagtatacgtcaaacagaatcaatccacTG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C-GCC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------T--T-AG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TT-ATACGTCAAACAGAA-CTT-A--AGG-TTGGACACC----C-------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GG--AAAAATG---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGC
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                CC------CCC-----CCCTG----GAAATT-------T-G--C-A-ATTGCACAAG--C-----TT-AA--T-AAT-C--CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---AT-AA---------A--T-AG-TT-A-T-TTCT-----------A--TT--T--G-T-GCA-C-CT--C-C----A-CA--G----TT-AT------------A-CTTAA--AGG-TTGGA--------C-------------CCC---------C-----------CCCCTC---C------------GG--GAAAATT---TT-TTG-G-G---A-TC--c
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   T------------A-CTT-A--AGG-TTGGA--------C-------------CCC---------C-----------CC---CCCCT------------GG--AAAAA-T---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGC
gi|29                         :                                                                                                                                                                            tccacagttatacgtcaaaccagatcatccaataacaatcaaataactagtattcagatgtgtgtgcgtgtgtgtgtgtaataggttttttctCC-----CCTTG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C-G-C-G-AT-A-TT--A-C-T---GGAAAA-TG---AAA---A--AA---------A--T-AG-TT-ATT-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TT-AT------------C-CGT-C--AGGTTTGGA--------CA------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GA--AAAAATT---TT-CT--G-G---ATTC--C-GCGct
gi|3                          :                                                                                                                                                                                    G-CGGATTCTATGAGGG-G-GG------GGG----G-GGAC-G--T--C---CGGA-------CATCCA-CTC--TCC------CGC-----CCGTG----AGA-TT---------G--C-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C-GC--G-AA-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--T--G-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-C-TT--C-CA---A-CA--G----TT-AT------------G-Caacc
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       catgAA-TC---AAA---T--AA---------A--T-AG--T-A-----TTC-A----T---AG-TT--T--T-T-----T-TT--C-T-------------------T------------A-CTT----AGG-TTGGACCC-----C-------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GGAAAAAAAAT---TT-CTTGG-G---A-TC--gtcaaacagaaattcacaaaaaacaatcaaataaatagtattcatagttttttttcttacttaggttggaccccccccccctggaaaaaaaatttcttgggatctcgacc
gi|30                         :                                                                                                                                                              catggcggattctatgaggggggggggggacgtccggacatccactctcccgcccgtgagattgcaaagcttaatatcgcgaaattactggaaatgaaaaaaatgttatttttcatatttgtgcacttccaacagttatgcgtcaaacagaaattcacaaaaaac-AA--T-A-T-C-GCC-G-AT-A-TT--A-C-----GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------AATT-AG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TT-AT------------A-Ctcgacc
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                              GGGGGAATAG-GGGG-G--T--C---CGGA-------C--CCC-CCC--CCC------CCCACCCCCCCTG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C-----TT--A--T-A-T---GCC-G-ATAA-TT--A-C-T---GGAAAA-TGAAAAAA---A--AA---------A--T-AGCCT-A-T-TTTTC-A----T---A--Tgttcaaacagaatcaatccacaaataacaatcaaataactaagtattcagga
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                 gcgcgatctga-------C--CCC-CCC--CCC------CCC-----CCCCGCCCTGAA-TT-------T-A--C-A-A-------AG--TGAAAATT-AATTT-A-T-G-GCA-GCAC-A-GT--A-C-T---GG-AA
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           caaaccccccg--T-A-T-C-GCC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--TTAG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-C-CC--C-T----A-CC--G----TT-A-------------A-CTT-A--AGG-TTGGA--------C-------------CCC---------C-----------CC---C---gaattttattgtataaaattaatttattt
gi|34                         :                                                                                                                                                                                 TGCG-CGGAT-CTA-GATGG-G-GGT-TGGAGGG----G---------T--C---CGGA-------C--CCC------------------------CCTG----GAA-TT-------T-G--T-A-A-------AG--C-----TT-AC--T-A-T-C-ACC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--T-Accccttga
gi|35                         :                                                                                                                                                                                aTGCG-CGGAT-CTA-GA------------GGGGG----G-GGGG-G--T--C---CGGA------------C-CCC--CCC------CCC-----CCCTG----GAA-TT-------T-C--C-A-A-------AT--C-----TT-AA--T-A-T-C-GCC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ---A--TT--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TA-AT------------A-CTT-A--AGG-TTGGA--------CACCT---------CCG---------C-----------CC---C---C------------GT--AAAAACT---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGC
gi|38                         :                                                                                                                                                                                 TGCG-CGGAT-CTA-GAGGG-G-G-T-GGGTGGG----GTGGGG-G--T--G---GGG---------------------------------------TTG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C-GCC-G-AT-c
gi|39                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        aTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-----G----TT-AT------------A-CTT-G--AGG-TTGGA--------C-------------CCC---------C-----------CC---C----------------AT--AAAAATT---TT-CT--G-G---A-TC--T-GCGC
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                             GGGGGG----G-GGGG-G--T--C---CGGAAACCCCAC--CCC-CCC--CCC------GCC-----ACTCG----AAA-TT-------T-G--C-A-A-------AGCCC-----TC-AA--T-A-T-C-GCC-A-AT-A-TT--A-C-T---AG--AA-TGA--AAA---A--AA---------A--T-AG-TC-C-A-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-CTTT--C-C----A-CA--G----TT-AT------------A-Cct
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              atctaT------------A-CTT-A---GG-TTGGAAACCCC--C-------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GG--AAAA-GT---TT-CT--G-G---A-TC--C-gtcaaacagaatcaatccacaaataacaatcaaatactagtattcatgggtttttttcttacttaggttggaaacccccccccccctggaaaagtttctggatccg
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                   atctaggggggggggggtccggaaaccccaccccccccccgccactcgaaatttgcaaagccctcaatatcgccaatattactagaatgaaaaaaaatagtccattttcatatttgtgcactttccacagttatacgtcaaacagaatcaatccacaaataacaatcaaatactagtattcatgggtttttttct--TT--T--G-T-GCA-T-TT--C-C----A-CA--G----TT-AT------------A-C
gi|41                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       G--AAAAATT---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGCgtcaaacagaatcaatccacaataacgtttctaaacgaatttatac
gi|42                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -CTT-ATTAGG-TTGA-----------------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GA--AAAAATT---TT-CT----G---A-TC--C-GCGctgtttagtattataatataattaatgcaatgctgaaatgaagt
gi|43                         :                                                                                                                                                                  taatcgttttttttcTGCG-CGGAT-CTA-GAAGG-G-GGG-CGGGGGG----GGGGGG-A--T--C---CGGC-------C--CCC-CCC--tcctg
gi|45                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ca------------A-CTT-A---GG-TTGGA--------C-------------TCC---------C-----------AC---C---T------------GG---AACATT---TT-CT--GCG---A-AT--C-GCGC
gi|46                         :                                                                                                                                                                                 TGCG-CGGAT-CTA-GAGGG-G-----------------------G--T--C---CGGA-------C--CCC-CCC--CCC------C
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                caG----G-GGGG-G--T--CACCCCCC-------C--CCC-CCC--CCC------C----------------GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C------T-AA--G-A-T----CC-A----------A-C-T---GA-AAA-TG---AAA---A--AA---------AATT-AG-TT-A-T-TTTTC-A----A---A--TT--T--T-T-GCA-C--T--C-C----A-CA-------TT-AT------------A-C
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           gcggatcta------------A-CTT-A--AGG-TTG-A--------C-------------CCC---------A-----------CC---C---T------------GG--AAAAATT---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGCgtcaaacagaatcaatccacaaataacattcaaaaactagtatctcgatggttttttttctcacttaaggttgaccccaccctggaaaaattttctggatccgcgcc
gi|6                          :                                                                          gcggatctagggggggtcacccccccccccccccccgaatttgcaaagctaagatccaactgaaaatgaaaaaaaattagttatttttcaaatttttgcactccacattatacgtcaaacagaatcaatccacaaataacattcaaaaactagtatctcgatggttttttttctc-CCC--CCC------CCC-----CTGTG----AAA-TTTTTGCTAT-A--C-A-G-------AGA-C-----TTAAA--T-A-T-G-GCC-G-AT-A-TTCAA-CGTG--GG-AAA-TG---AAATAGG--AACCTTGAGTTA--T-AA-AT-A-T-TCTTC-ACTGGT---A---T--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TC-TT------------A-CTT-A--AGG-TTGGAACACCCCCC-------------CCC---------C-----------CC---T---T------------GG--AAAAAAGGAATT-CT--G-GTGTA-TC--C-GCGCc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                       tgcgcggatctcacagggtgcacaaaggaacaaC-CCC--CCC------CCC-----CCCTG----G-A-TT-------C-G--C-AGA-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C-GCC-G-AT-A-TC--A-C-T----G-AAA-TG---AAA---A--TA---------ATCT-AG-TT-A-TATTTTC-A----T---A--TT--T--GTT-GCA-C-----C-C----A-CA-------TT-AT------------A-Cc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          GG-CTGGA--------C-------------CCC--------------------------C---T------------GG--AAAAAAT---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGgtcaaacagaatcaatccacaaaataacaatcaataactagtattcaggtgtgtgtgtgtgtgtaatgggttagctggctggaccccctggaaaaaatttctggatccgcggcc
gi|8                          : ccccccccccccctggattcgcagaagcttaatatcgccgatatcactgaaatgaaaataatctagttatattttcatatttgttgcacccacattatacgtcaaacagaatcaatccacaaaataacaatcaataactagtattcaggtgtgtgtgtgtgtgtaatgggttagctTGCG-CGGAT-CTA-GAAGG-G-GG----GGGGGTC--G-GGGC-G--C--G---CGGG-------T--CCC-CCC--CCC------CCC-----C--TG----GAA-TT-------TTG--C-A-A-------AG--C-----TTTAA--T-A-T-C-GCC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--T-AG-TT-A-T-TTTTCGA----T---A--TC--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TT-AT------------AACTT-A--AGG-TTGGGACCCTCC-C-------------CCC---------CCCCCCCCCACCCC---C---T------------GG--AAAAATT---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGCgcc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                aTGCG-CGGATTCTA-GAACG-G-GGT---------------GGG-G--T-------GGA-------A--CAC-CCC--CCC------CCC-----CCTGG----GAA--T-------T-G--C-A-A-------AG--C-----TT--A--T-A-T-C-GCC-G-AT-A-TA--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------AT-T-AGATC-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--GTT-GCA-C-TT--C-C----A-CA--GAACTTT-AT------------A-CTT-A--AGG-TTGGA--------CGCCCCTCCCCCCTCCC---------C-----------CC---C---CCCCCCCCCCTCAGG--GAAAA-T---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGCct
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|36 ): CCCTCTTTGAAAATCTTCCGGATTCGCCCCTGTGATTATAATATTGGAATCTGTCAAGCATGGCAATTTGTCA
Unaligned ( gi|44 ): TACATTCTGTGTTTTAGAAATTTGAACCCCCCCCCCCCCGCATAAAAAA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                          2222222222                       1111111111                                                                                                                                                                                                                                                                 4444444444444444444444                                  111111111111                                       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                     1   1 1 5  1 1     1 6666666666   33 1     44444 1    1111111111   55555   22   444444   33333     2222   2  4444444 1 11 1 1 4444444  33 66666  3  11 1 2 1 1 1  1 1  3 1  11 1 1 555  2   1  333   333 44  444444444 55 4  2  1 555     1 2222 444 55  11 11 2 2   1 2  11 1 3333 1  22 2222  1  777777777777 1   1 11   1     2222222222222222222222   555555555 66666666666  222 444 000000000000  44     3 222  1  33 1 333 1  11 1    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                     .   . . .  . .     . ..........   .. .     ..... .    ..........   .....   ..   ......   .....     ....   .  ....... . .. . . .......  .. .....  .  .. . . . . .  . .  . .  .. . . ...  .   .  ...   ... ..  ......... .. .  .  . ...     . .... ... ..  .. .. . .   . .  .. . .... .  .. ....  .  ............ .   . ..   .     ......................   ......... ...........  ... ... ............  ..     . ...  .  .. . ... .  .. .    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                     9   8 8 5  8 8     8 3333333333   88 6     00000 6    2222222222   00000   00   111111   44444     7777   6  2222222 3 88 3 3 2222222  11 33333  6  66 2 4 2 2 2  2 2  5 2  77 2 2 888  3   2  111   111 33  666666666 99 6  4  2 111     1 4444 666 55  55 55 2 2   1 2  55 1 5555 1  66 4444  1  000000000000 0   3 88   3     6666666666666666666666   222222222 11111111111  333 000 777777777777  44     2 333  3  22 3 777 3  88 5    
consensus                     :                                                                                                                                                                                 TGCG-CGG-A-T-CT-A-GAGGG-G-GG-T-CGGGGGG--G-GGGGG--T--C-CGGA-------C--CCC-----CCC--CCC------CCC-----CCCTG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--T-AG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TT-AT------------A-CTT-A--AGG-TTGGA--------C-------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GG--AAAAATT---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGC
Reference ( family-569 )      :                                                                                                                                                                                 TGCG-CGG-A-T-CT-A-GAGGG-G-GG-T-CGGGGGG--G-GGGGG--T--C-CGGA-------C--CCC-----CCC--CCC------CCC-----CCCTG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--T-AG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TT-AT------------A-CTT-A--AGG-TTGGA--------C-------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GG--AAAAATT---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGC
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -AA--TCA-C-C-G-CC-G-ATTA-TT----C-T---GG-AA--TG---AAA---A----------------C-CG-TT-A-T-TTTTC-A----T---AATTT--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TTAAT------------A-C
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ggatggagggagttgggggggaggggagcgggggatcagtagaacccgccgggtttgaggaattttgcagcaggaacgggcgcttatattgatctctctcaTT-A--AGT-TTGGA--------C-------------CCC---------C-----------CC---CCT-T------------G----AAAATT---TT-CT--G-G---A-T---C-GCGCgtcaaaacagtataatcagcaaaataacaatcaaataacagtattcatggggttttttttcttttaagtttggacccccccccttgaaaattttctggatcgcgcctgtacattataataaatttgaaattgaaataaagtcatggcttcgtca
gi|10                         :                                             ggatggagggagttgggggggaggggagcgggggatcagtagaacccgccgggtttgaggaattttgcagcaggaacgggcgcttatattgatctctctcaaatcaccgccgattattctggaatgaaaaccgttatttttcataattttgtgcacttccacagttaatacgtcaaaacagtataatcagcaaaataacaatcaaataacagtattcatggggttttttttcttG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C-G--C-G-AT-ATTT--A-C-T---GG-AAA-TG----AA---A--AA---------A--T-TG-TTAA-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--GTT-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TT-AT------------A-Cctgtacattataataaatttgaaattgaaataaagtcatggcttcgtca
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             -AAA-TA---ACA---ATCAA---------A--T-AA-CT-A-G-TATTC-A----TGG-A--TT--T----------T-TT--C-T-------------------T------------A-CTT-A--AGG-TTGGAC-------C-------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GGA-AAAAATT---TT-CT----G---A-TC--CAGCGCatcaaacataatcaatccacaaaataacaatcaaataactagtattcatggattttttcttacttaaggttggaccccccccctggaaaaaattttctgatccagcgc
gi|11                         :                                                                     ggaatttgcaaagcttaatatcgcgatatttactggaaatgaaaaaattgttaatttttcatatttgttgcacttccacagttatacatcaaacataatcaatccacaTGCG-CGG-A-C-TA-A-GATGG-G-GG-TTCGGAGGG-----------T--C-CGGG-------A--CCC-----CCC--G-------------------TG----GAA-AT-------T-G--T-A-A-------AG--C-----TC-C---T-A-C-A-A-CC-G-ATGA-TT--ATC-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--TCAG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-TCA-T-CT--C-C----ATCAGTG----TT-ATC-----------A-CTT-A-------TGTG--------C-------------CCCCTTTCCCCTC-----------CC---C---C------------GA--AAAATTT---TT-CT--A-GT--A-TCGTC-GCAC
gi|12                         :                                                                                                                                                                                aTGCG-CGG-A-T-CT-A-GAGGG-G-GG-T-CGGGGGG--G-GGGGG--T--C-CGGA-------C--CCC-----CCC--CCC------CCC-----CCCTG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-T-T-C-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--T-AG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TT-AT------------A-CTT-A--AGG-TTGGA-----------------------CC---------C-----------CC---C---T------------GG--AAAAAAT---TT-CT--A-G---A-TC--C-GCGCc
gi|13                         :                                                                                                                                                                                 TGCG-CGG-A-TTCT-A-GAGGG-G-GG-T-CGGGGGG--G-GGGGG--T--C-CGGA-------C--CCC-----CCC--CCC------CCC-----CCCTG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-T-T-C-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--T-AG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TT-AT------------A-CTT-A--AGG-TTGGA-----------------------CC---------C-----------CC---C---T------------GG--AAAAAAT---TT-CT--A-G---A-TC--C-GCGCct
gi|14                         :                                                                                                                                                                                  GCGTCGG-AAT-CT-A-GAGGAAG-GG-T-CGGGCGG--G-GGGGG--G--G-GGGG-------G--TCC-----CCG--ACC------CCC-----CCCTG----GAA-TT-------T-G--C---A-------AG--C-----TTAAA--T-A-TCC-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-TG--GG-AAA-TG-----A---A--AA---------A--T-AG-TT-A----TTTC-A----T---A--TT--TTGG-T-GCC-CTTT--C-C----A-CA-----------------------------------G-TTGGAGCC-----C-------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GG--AAAAATT---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGC
gi|15                         :                                                                                                                                                                                   CG-CGG-A-T-CT-A-GAGGC-G-GG-C--------------GAG--T--CGCCGC-------C--CCCCCCCCCCC--CCC------CCC-----CCCCG----AAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-ATT-C-G-C----AT-A-TT--A-C-TATGGA-AAA-AG---AAA---A--AG---------A----AG-TT-ATT-TTTTC-A----T---ATTTT--T--T-T-GCA-C-TA--C--------CA--G----TT-AT------------A-Cc
gi|16                         :                                                                                                                                                                                   CG-CAG-A-T-CTTA-GAGAG-G-GG-T-C-----G--G-GGGGA--TTCC-CGGA--------------------C--ACT------CCC-----CCCTG----GAAGTT-------T-G--CAA-A-------AG--CAG---TA-AA--T-A-T-C-G-CC-G-AT-A-----A-C-TA--GG-AAA-TG----AA---A--AA---------A--T-A-----A-G-TTTTC-A----T---A--TTGCT--G-C-CCA-C-TT--C-C----A-CAG-G----TT-AC------------A-CTT-A--A---TTGGA----------------------CCC---------T-----------CC---C---T------------GAC-AAAAAAT---TT-C---G-G---A-TC--C-GCACgtcaaccaaataacaatcaaataactgtgtgtgtaatgg
gi|17                         :                                                                                                                                                                                       tG-A-T-CT-A-GAGGG-G-GG------------------------C-CGGA-------C--CCCC----CCC--CCCCCCCGACCC-----CCCTG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-T-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAATTG---AAA---A--AA---------T--T-AG-TT-T-A-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--T----AT-ATA-----------A-CTT-A--AGG-TTGGACCC-----C-------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GA--AAAAA-T---TT-CT--G-G---A-TC--C-
gi|18                         :                                                                                                                                                                               gcTGCG-CAG-A-T-CT-A-GAGGG-GAGG-T-CGGGGGGC-G-GGGGG-------CGGA-------C--CCC----------------------------CCTG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C-G-GC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TA---AAA---A--AA---------A--T-AG-CT-A---TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-C-TT----C----A-CA--G----TT-AT------------A-CTT-A--AGG-TTGGACC------C-------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GG--AAAAA-T---TT-CT--G-G---A-TC--
gi|19                         :                                                                                                                                                                                aTGCG-CGG-A-T-CT-A-GAGGG-G-----------GG--G-GGGGG--T--C-CGGA------------------CCC--CCC------CCC-----CCCTG----GAA-TT-------T----C-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG--AA-TG---AAA---A--AA---------A--T-AG-CT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-TGGCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TT-AT------------A-CTT-A--AGG-TTGGA----------------------CAT---------C-----------CC---C---T------------GG---AAAATT---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGgct
gi|2                          :                                                                                                                                                                                 TGCG-CGGGA-T-CT-A-GAGGG-G-G--T-CGGGGGG--G-GGGGGGGT--C-CGGA-------C--CCC-----CCC--CC---------------CCCTG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C-A-CC-G-AT-A-TT--G-C-T---GG-AAA-TG---AAAG--A--AA---------A--T-AG-TT-A---TTTTC-A----TA--A--TT--T--G-T-GCA-C-TT--CAC----A-CA--G----TT-AT------------G-C
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       T------------A-CT-----AGG-TTGGAAACCCCCCC-------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GG--AAAATTT---TTTCT--G-G---A-TC--C-GCgtcaaaccagaatcaatccacaataacaaaaatcaaataactgtgtgtaatgggttttttcttactaggttggaaacccccccccccccctggaaaattttttctggatccgccgcc
gi|20                         :       tgcgcgggatctagagggggtcggggggggggggggtccggacccccccccccctggaatttgcaaagcttaatatcaccgatattgctggaaatgaaagaaaatagttattttcataatttgtgcacttcacacagttatgcgtcaaaccagaatcaatccacaataacaaaaatcaaataactgtgtgtaatgggttttttctGAG--G-GGGGG--T--C-CG-A-------C--CCC-----CCCAACCC------CCC-----CCTCG----GAA-TT-------T-GGGC-A-A-------AG--C-----TT-AA--T---C-C-G-CC-G-GT-A-TT--A-C-T---GG-AAA--G---AAA---A--AG---------A--TTAG-TT-AAT-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GAAAC-TTATC-TTATGA-CA--G----TT-A-------------A-CT--A--AGG----GA--------C-------------CC----------C-----------CC---C---T------------GG--AAAAAcgcc
gi|21                         :                                                                                                                                                               catgcgcgtaacggattaTGCG-CGG-A-T-CT-A-GAGG----------GGGGGG--G-GGGGG--T--C-CGGA-------------------CA--CCC------CCC-----CCCTG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--CT----TT-AA--T-A-T-C-G-CCGG-AA-A-TT--A-C-T---GG-AAA--G---AAA---A--AA---------A--T-AG--T-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TT-AT------------G-Cat
gi|22                         :                                                                                                                                                                                  aCG-CG--A-T-CT-A-GAGGG-G---------------G-GGGGG--T--C-CGGA------------------CCC--CCC------CCC-----CCCTG----GAA-TT-------T-G--C---A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C---CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---GAA---A--AA---------AT-T-AG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-G----------------------------T-AT------------A-CTT-A----G-TTGGA--------C-------------CCC---------C-----------CC---C---CCCCCCG------GA--AAAAATT---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCgtcaaacaaaaataacaatcaaataactagta
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                cGAGGGG--G-GGGGG--------GGA-------C--CC-------------------------------TG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--------TT-AA--T-A-T-T-GGCC-G-AT-A-TT--A--------G-GAA-TG---AAA---A--AA---------A--T-AG-TT---T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-TGA-C-TT--C-C------CA--G----TT-AT--------------CTT-A--AGG-TTTGACCCC----C-------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GG---AAAATT---TT-CT--G-G---A-TC--cctg
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                 gcgggatgcagCC-----CCCTG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C-----TT--A--T-A-T-CAG-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AA-------AGA---A--AA---------T--T-AG-TT-A-T-TCTTC-A----T---ATTTT--T--T-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TT-AT------------A-Cgtgcc
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 cgG---AAA---A--AA---------A--T-AG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G-----T-AT------------A-Cgtcagaacagaatcaatccgccacaaaataacaatgcaaataactagtattcagg
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             -AAA-TA---ACA---ATCAA---------A--T-AA-CT-A-G-TATTC-A----TGGGA--TT--T------------TT--C-T-------------------T------------A-CTT-A--AGG-TTGGA-----------------------CC---------C-----------CC---C---T------------GG--AAAAA-A---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGCgtcaaacagaatcaatccacaaataacaatcaaataactagtattcatgggatttttcttacttaaggttggacccccctggaaaaaattctggatccgcgc
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                     gaaaaaaatagttatttttcatatttgtgcacttccacagtatacgtcaaacagaatcaatccacTG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------T--T-AG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TT-ATACGTCAAACAGAA-CTT-A--AGG-TTGGACACC----C-------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GG--AAAAATG---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGC
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                   CC------CCC-----CCCTG----GAAATT-------T-G--C-A-ATTGCACAAG--C-----TT-AA--T-AAT-C---CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---AT-AA---------A--T-AG-TT-A-T-TTCT-----------A--TT--T--G-T-GCA-C-CT--C-C----A-CA--G----TT-AT------------A-CTTAA--AGG-TTGGA--------C-------------CCC---------C-----------CCCCTC---C------------GG--GAAAATT---TT-TTG-G-G---A-TC--c
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       T------------A-CTT-A--AGG-TTGGA--------C-------------CCC---------C-----------CC---CCCCT------------GG--AAAAATT---T--CT--G-G---A-TC--C-GCGC
gi|29                         :                                                                                                                                                                               tccacagttatacgtcaaaccagatcatccaataacaatcaaataactagtattcagatgtgtgtgcgtgtgtgtgtgtaataggttttttctCC-----CCTTG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C-G--C-G-AT-A-TT--A-C-T---GGAAAA-TG---AAA---A--AA---------A--T-AG-TT-ATT-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TT-AT------------C-CGT-C--AGGTTTGGA--------CA------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GA--AAAAATT---TT-CT--G-G---ATTC--C-GCGct
gi|3                          :                                                                                                                                                                                    G-CGG-A-TTCT-ATGAGGG-G-GG-------GGG--G-GGACG--T--C-CGGA-------CATCCA-----CTC--TCC------CGC-----CCGTG----AGA-TT---------G--C-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C-G-C--G-AA-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--T--G-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-C-TT--C-CA---A-CA--G----TT-AT------------G-Caacc
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           catgAA-TC---AAA---T--AA---------A--T-AG--T-A-----TTC-A----T---AG-TT--T--T-T-----T-TT--C-T-------------------T------------A-CTT----AGG-TTGGACCC-----C-------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GGAAAAAAAAT---TT-CTTGG-G---A-TC--gtcaaacagaaattcacaaaaaacaatcaaataaatagtattcatagttttttttcttacttaggttggaccccccccccctggaaaaaaaatttcttgggatctcgacc
gi|30                         :                                                                                                                                                                 catggcggattctatgaggggggggggggacgtccggacatccactctcccgcccgtgagattgcaaagcttaatatcgcgaaattactggaaatgaaaaaaatgttatttttcatatttgtgcacttccaacagttatgcgtcaaacagaaattcacaaaaaac-AA--T-A-T-C-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-----GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------AATT-AG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TT-AT------------A-Ctcgacc
gi|31                         :                                                                                                                                                                                  GCG-CG--A-T-CT---GAGGG-G-GAAT-------A--G-GGGGG--T--C-CGGA-------C--CCC-----CCC--CCC------CCCACCCCCCCTG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C-----TT--A--T-A-T---G-CC-G-ATAA-TT--A-C-T---GGAAAA-TGAAAAAA---A--AA---------A--T-AGCCT-A-T-TTTTC-A----T---A--Tgttcaaacagaatcaatccacaaataacaatcaaataactaagtattcagga
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                           -------C--CCC-----CCC--CCC------CCC-----CCCCGCCCTGAA-TT-------T-A--C-A-A-------AG--TGAAAATT-AATTT-A-T-G-G-CA-GCAC-A-GT--A-C-T---GG-AA
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              caaaccccccg--T-A-T-C-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--TTAG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-C-CC--C-T----A-CC--G----TT-A-------------A-CTT-A--AGG-TTGGA--------C-------------CCC---------C-----------CC---C---gaattttattgtataaaattaatttattt
gi|34                         :                                                                                                                                                                                 TGCG-CGG-A-T-CT-A-GATGG-G-GG-T-TGGAGGG--G--------T--C-CGGA-------C--CCC----------------------------CCTG----GAA-TT-------T-G--T-A-A-------AG--C-----TT-AC--T-A-T-C-A-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--T-Accccttga
gi|35                         :                                                                                                                                                                                aTGCG-CGG-A-T-CT-A-GA-------------GGGGG--G-GGGGG--T--C-CGGA------------C-----CCC--CCC------CCC-----CCCTG----GAA-TT-------T-C--C-A-A-------AT--C-----TT-AA--T-A-T-C-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ---A--TT--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TA-AT------------A-CTT-A--AGG-TTGGA--------CACCT---------CCG---------C-----------CC---C---C------------GT--AAAAACT---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGC
gi|38                         :                                                                                                                                                                                 TGCG-CGG-A-T-CT-A-GAGGG-G-G--T-GGGTGGG--GTGGGGG--T--G-GGG-------------------------------------------TTG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C-G-CC-G-AT-c
gi|39                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            aTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-----G----TT-AT------------A-CTT-G--AGG-TTGGA--------C-------------CCC---------C-----------CC---C----------------AT--AAAAATT---TT-CT--G-G---A-TC--T-GCGC
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                 GGGGGG--G-GGGGG--T--C-CGGAAACCCCAC--CCC-----CCC--CCC------GCC-----ACTCG----AAA-TT-------T-G--C-A-A-------AGCCC-----TC-AA--T-A-T-C-G-CC-A-AT-A-TT--A-C-T---AG--AA-TGA--AAA---A--AA---------A--T-AG-TC-C-A-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-CTTT--C-C----A-CA--G----TT-AT------------A-Cct
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  atctaT------------A-CTT-A---GG-TTGGAAACCCC--C-------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GG--AAAAGTT---T--CT--G-G---A-TC--C-gtcaaacagaatcaatccacaaataacaatcaaatactagtattcatgggtttttttcttacttaggttggaaacccccccccccctggaaaagtttctggatccg
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                       atctaggggggggggggtccggaaaccccaccccccccccgccactcgaaatttgcaaagccctcaatatcgccaatattactagaatgaaaaaaaatagtccattttcatatttgtgcactttccacagttatacgtcaaacagaatcaatccacaaataacaatcaaatactagtattcatgggtttttttct--TT--T--G-T-GCA-T-TT--C-C----A-CA--G----TT-AT------------A-C
gi|41                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           G--AAAAATT---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGCgtcaaacagaatcaatccacaataacgtttctaaacgaatttatac
gi|42                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -CTT-ATTAGG-TTGA-----------------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GA--AAAAATT---TT-CT----G---A-TC--C-GCGctgtttagtattataatataattaatgcaatgctgaaatgaagt
gi|43                         :                                                                                                                                                                  taatcgttttttttcTGCG-CGG-A-T-CT-A-GAAGG-G-GG-G-CGGGGGG--G-GGGGGA-T--C-CGGC-------C--CCC-----CCC--tcctg
gi|45                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ca------------A-CTT-A---GG-TTGGA--------C-------------TCC---------C-----------AC---C---T------------GG---AACATT---TT-CT--GCG---A-AT--C-GCGC
gi|46                         :                                                                                                                                                                                 TGCG-CGG-A-T-CT-A-GAGGG-G---------------------G--T--C-CGGA-------C--CCC-----CCC--CCC------C
gi|5                          :                                                                                                                                                                                  caG-CGG-A-T-CT-A-G-GGG-G-GG-T-CA----------------C--C-CCCC-------C--CCC-----CCC--CCC------C----------------GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C------T-AA--G-A-T-----CC-A----------A-C-T---GA-AAA-TG---AAA---A--AA---------AATT-AG-TT-A-T-TTTTC-A----A---A--TT--T--T-T-GCA-C--T--C-C----A-CA-------TT-AT------------A-C
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ------------A-CTT-A--AGG-TTG-A--------C-------------CCC---------A-----------CC---C---T------------GG--AAAAATT---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGCgtcaaacagaatcaatccacaaataacattcaaaaactagtatctcgatggttttttttctcacttaaggttgaccccaccctggaaaaattttctggatccgcgcc
gi|6                          :                                                                         gcggatctagggggggtcacccccccccccccccccgaatttgcaaagctaagatccaactgaaaatgaaaaaaaattagttatttttcaaatttttgcactccacattatacgtcaaacagaatcaatccacaaataacattcaaaaactagtatctcgatggttttttttctc-----CCC--CCC------CCC-----CTGTG----AAA-TTTTTGCTAT-A--C-A-G-------AGA-C-----TTAAA--T-A-T-G-G-CC-G-AT-A-TTCAA-CGTG--GG-AAA-TG---AAATAGG--AACCTTGAGTTA--T-AA-AT-A-T-TCTTC-ACTGGT---A---T--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TC-TT------------A-CTT-A--AGG-TTGGAACACCCCCC-------------CCC---------C-----------CC---T---T------------GG--AAAAAAGGAATT-CT--G-GTGTA-TC--C-GCGCc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                      tgcgcggatctcacagggtgcacaaaggaacaaC-----CCC--CCC------CCC-----CCCTG----G-A-TT-------C-G--C-AGA-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C-G-CC-G-AT-A-TC--A-C-T----G-AAA-TG---AAA---A--TA---------ATCT-AG-TT-A-TATTTTC-A----T---A--TT--T--GTT-GCA-C-----C-C----A-CA-------TT-AT------------A-Cc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GG-CTGGA--------C-------------CCC--------------------------C---T------------GG--AAAAAAT---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGgtcaaacagaatcaatccacaaaataacaatcaataactagtattcaggtgtgtgtgtgtgtgtaatgggttagctggctggaccccctggaaaaaatttctggatccgcggcc
gi|8                          : ccccccccccccctggattcgcagaagcttaatatcgccgatatcactgaaatgaaaataatctagttatattttcatatttgttgcacccacattatacgtcaaacagaatcaatccacaaaataacaatcaataactagtattcaggtgtgtgtgtgtgtgtaatgggttagctTGCG-CGG-A-T-CT-A-GAAGG-G-GG-----GGGGGTCG-GGGCG--C--G-CGGG-------T--CCC-----CCC--CCC------CCC-----C--TG----GAA-TT-------TTG--C-A-A-------AG--C-----TTTAA--T-A-T-C-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--T-AG-TT-A-T-TTTTCGA----T---A--TC--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TT-AT------------AACTT-A--AGG-TTGGGACCCTCC-C-------------CCC---------CCCCCCCCCACCCC---C---T------------GG--AAAAATT---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGCgcc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                aTGCG-CGG-A-TTCT-A-GAACG-G-GG-T-------------GGGG--T-----GGA-------A--CAC-----CCC--CCC------CCC-----CCTGG----GAA-TT---------G--C-A-A-------AG--C-----TT-A---T-A-T-C-G-CC-G-AT-A-TA--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--TTAGATC-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-TTGCA-C-TT--C-C----A-CA--GAACTTT-AT------------A-CTT-A--AGG-TTGGA--------CGCCCCTCCCCCCTCCC---------C-----------CC---C---CCCCCCCCCCTCAGG--GAAAA-T---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGCct
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|36 ): CCCTCTTTGAAAATCTTCCGGATTCGCCCCTGTGATTATAATATTGGAATCTGTCAAGCATGGCAATTTGTCA
Unaligned ( gi|44 ): TACATTCTGTGTTTTAGAAATTTGAACCCCCCCCCCCCCGCATAAAAAA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                          2222222222                       1111111111                                                                                                                                                                                                                                                                 4444444444444444444444                                  111111111111                                       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                     1   1 1 5  1 1     1 6666666666   33 1     44444 1    1111111111   55555   22   444444   33333     2222   2  4444444 1 11 1 1 4444444  33 66666  3  11 1 2 1 1 1  1 1  3 1  11 1 1 555  2   1  333   333 44  444444444 55 4  2  1 555     1 2222 444 55  11 11 2 2   1 2  11 1 3333 1  22 2222  1  777777777777 1   1 11   1     2222222222222222222222   555555555 66666666666  222 444 000000000000  44     3 222  1  33 1 333 1  11 1    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                     .   . . .  . .     . ..........   .. .     ..... .    ..........   .....   ..   ......   .....     ....   .  ....... . .. . . .......  .. .....  .  .. . . . . .  . .  . .  .. . . ...  .   .  ...   ... ..  ......... .. .  .  . ...     . .... ... ..  .. .. . .   . .  .. . .... .  .. ....  .  ............ .   . ..   .     ......................   ......... ...........  ... ... ............  ..     . ...  .  .. . ... .  .. .    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                     9   8 8 5  8 8     8 3333333333   88 6     00000 6    2222222222   00000   00   111111   44444     7777   6  2222222 3 88 3 3 2222222  11 33333  6  66 2 4 2 2 2  2 2  5 2  77 2 2 888  3   2  111   111 33  666666666 99 6  4  2 111     1 4444 666 55  55 55 2 2   1 2  55 1 5555 1  66 4444  1  000000000000 0   3 88   3     6666666666666666666666   222222222 11111111111  333 000 777777777777  44     2 333  3  22 3 777 3  88 5    
consensus                     :                                                                                                                                                                                 TGCG-CGG-A-T-CT-A-GAGGG-G-GG-T-CGGGGGG--G-GGGGG--T--C-CGGA-------C--CCC-----CCC--CCC------CCC-----CCCTG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--T-AG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TT-AT------------A-CTT-A--AGG-TTGGA--------C-------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GG--AAAAATT---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGC
Reference ( family-569 )      :                                                                                                                                                                                 TGCG-CGG-A-T-CT-A-GAGGG-G-GG-T-CGGGGGG--G-GGGGG--T--C-CGGA-------C--CCC-----CCC--CCC------CCC-----CCCTG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--T-AG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TT-AT------------A-CTT-A--AGG-TTGGA--------C-------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GG--AAAAATT---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGC
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -AA--TCA-C-C-G-CC-G-ATTA-TT----C-T---GG-AA--TG---AAA---A----------------C-CG-TT-A-T-TTTTC-A----T---AATTT--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TTAAT------------A-C
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ggatggagggagttgggggggaggggagcgggggatcagtagaacccgccgggtttgaggaattttgcagcaggaacgggcgcttatattgatctctctcaTT-A--AGT-TTGGA--------C-------------CCC---------C-----------CC---CCT-T------------G----AAAATT---TT-CT--G-G---A-T---C-GCGCgtcaaaacagtataatcagcaaaataacaatcaaataacagtattcatggggttttttttcttttaagtttggacccccccccttgaaaattttctggatcgcgcctgtacattataataaatttgaaattgaaataaagtcatggcttcgtca
gi|10                         :                                             ggatggagggagttgggggggaggggagcgggggatcagtagaacccgccgggtttgaggaattttgcagcaggaacgggcgcttatattgatctctctcaaatcaccgccgattattctggaatgaaaaccgttatttttcataattttgtgcacttccacagttaatacgtcaaaacagtataatcagcaaaataacaatcaaataacagtattcatggggttttttttcttG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C-G--C-G-AT-ATTT--A-C-T---GG-AAA-TG----AA---A--AA---------A--T-TG-TTAA-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--GTT-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TT-AT------------A-Cctgtacattataataaatttgaaattgaaataaagtcatggcttcgtca
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             -AAA-TA---ACA---ATCAA---------A--T-AA-CT-A-G-TATTC-A----TGG-A--TT--T----------T-TT--C-T-------------------T------------A-CTT-A--AGG-TTGGAC-------C-------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GGA-AAAAATT---TT-CT----G---A-TC--CAGCGCatcaaacataatcaatccacaaaataacaatcaaataactagtattcatggattttttcttacttaaggttggaccccccccctggaaaaaattttctgatccagcgc
gi|11                         :                                                                     ggaatttgcaaagcttaatatcgcgatatttactggaaatgaaaaaattgttaatttttcatatttgttgcacttccacagttatacatcaaacataatcaatccacaTGCG-CGG-A-C-TA-A-GATGG-G-GG-TTCGGAGGG-----------T--C-CGGG-------A--CCC-----CCC--G-------------------TG----GAA-AT-------T-G--T-A-A-------AG--C-----TC-C---T-A-C-A-A-CC-G-ATGA-TT--ATC-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--TCAG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-TCA-T-CT--C-C----ATCAGTG----TT-ATC-----------A-CTT-A-------TGTG--------C-------------CCCCTTTCCCCTC-----------CC---C---C------------GA--AAAATTT---TT-CT--A-GT--A-TCGTC-GCAC
gi|12                         :                                                                                                                                                                                aTGCG-CGG-A-T-CT-A-GAGGG-G-GG-T-CGGGGGG--G-GGGGG--T--C-CGGA-------C--CCC-----CCC--CCC------CCC-----CCCTG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-T-T-C-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--T-AG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TT-AT------------A-CTT-A--AGG-TTGGA-----------------------CC---------C-----------CC---C---T------------GG--AAAAAAT---TT-CT--A-G---A-TC--C-GCGCc
gi|13                         :                                                                                                                                                                                 TGCG-CGG-A-TTCT-A-GAGGG-G-GG-T-CGGGGGG--G-GGGGG--T--C-CGGA-------C--CCC-----CCC--CCC------CCC-----CCCTG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-T-T-C-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--T-AG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TT-AT------------A-CTT-A--AGG-TTGGA-----------------------CC---------C-----------CC---C---T------------GG--AAAAAAT---TT-CT--A-G---A-TC--C-GCGCct
gi|14                         :                                                                                                                                                                                  GCGTCGG-AAT-CT-A-GAGGAAG-GG-T-CGGGCGG--G-GGGGG--G--G-GGGG-------G--TCC-----CCG--ACC------CCC-----CCCTG----GAA-TT-------T-G--C---A-------AG--C-----TTAAA--T-A-TCC-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-TG--GG-AAA-TG-----A---A--AA---------A--T-AG-TT-A----TTTC-A----T---A--TT--TTGG-T-GCC-CTTT--C-C----A-CA-----------------------------------G-TTGGAGCC-----C-------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GG--AAAAATT---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGC
gi|15                         :                                                                                                                                                                                   CG-CGG-A-T-CT-A-GAGGC-G-GG-C--------------GAG--T--CGCCGC-------C--CCCCCCCCCCC--CCC------CCC-----CCCCG----AAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-ATT-C-G-C----AT-A-TT--A-C-TATGGA-AAA-AG---AAA---A--AG---------A----AG-TT-ATT-TTTTC-A----T---ATTTT--T--T-T-GCA-C-TA--C--------CA--G----TT-AT------------A-Cc
gi|16                         :                                                                                                                                                                                   CG-CAG-A-T-CTTA-GAGAG-G-GG-T-C-----G--G-GGGGA--TTCC-CGGA--------------------C--ACT------CCC-----CCCTG----GAAGTT-------T-G--CAA-A-------AG--CAG---TA-AA--T-A-T-C-G-CC-G-AT-A-----A-C-TA--GG-AAA-TG----AA---A--AA---------A--T-A-----A-G-TTTTC-A----T---A--TTGCT--G-C-CCA-C-TT--C-C----A-CAG-G----TT-AC------------A-CTT-A--A---TTGGA----------------------CCC---------T-----------CC---C---T------------GAC-AAAAAAT---TT-C---G-G---A-TC--C-GCACgtcaaccaaataacaatcaaataactgtgtgtgtaatgg
gi|17                         :                                                                                                                                                                                       tG-A-T-CT-A-GAGGG-G-GG------------------------C-CGGA-------C--CCCC----CCC--CCCCCCCGACCC-----CCCTG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-T-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAATTG---AAA---A--AA---------T--T-AG-TT-T-A-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--T----AT-ATA-----------A-CTT-A--AGG-TTGGACCC-----C-------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GA--AAAAA-T---TT-CT--G-G---A-TC--C-
gi|18                         :                                                                                                                                                                               gcTGCG-CAG-A-T-CT-A-GAGGG-GAGG-T-CGGGGGGC-G-GGGGG-------CGGA-------C--CCC----------------------------CCTG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C-G-GC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TA---AAA---A--AA---------A--T-AG-CT-A---TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-C-TT----C----A-CA--G----TT-AT------------A-CTT-A--AGG-TTGGACC------C-------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GG--AAAAA-T---TT-CT--G-G---A-TC--
gi|19                         :                                                                                                                                                                                aTGCG-CGG-A-T-CT-A-GAGGG-G-----------GG--G-GGGGG--T--C-CGGA------------------CCC--CCC------CCC-----CCCTG----GAA-TT-------T----C-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG--AA-TG---AAA---A--AA---------A--T-AG-CT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-TGGCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TT-AT------------A-CTT-A--AGG-TTGGA----------------------CAT---------C-----------CC---C---T------------GG---AAAATT---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGgct
gi|2                          :                                                                                                                                                                                 TGCG-CGGGA-T-CT-A-GAGGG-G-G--T-CGGGGGG--G-GGGGGGGT--C-CGGA-------C--CCC-----CCC--CC---------------CCCTG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C-A-CC-G-AT-A-TT--G-C-T---GG-AAA-TG---AAAG--A--AA---------A--T-AG-TT-A---TTTTC-A----TA--A--TT--T--G-T-GCA-C-TT--CAC----A-CA--G----TT-AT------------G-C
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       T------------A-CT-----AGG-TTGGAAACCCCCCC-------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GG--AAAATTT---TTTCT--G-G---A-TC--C-GCgtcaaaccagaatcaatccacaataacaaaaatcaaataactgtgtgtaatgggttttttcttactaggttggaaacccccccccccccctggaaaattttttctggatccgccgcc
gi|20                         :       tgcgcgggatctagagggggtcggggggggggggggtccggacccccccccccctggaatttgcaaagcttaatatcaccgatattgctggaaatgaaagaaaatagttattttcataatttgtgcacttcacacagttatgcgtcaaaccagaatcaatccacaataacaaaaatcaaataactgtgtgtaatgggttttttctGAG--G-GGGGG--T--C-CG-A-------C--CCC-----CCCAACCC------CCC-----CCTCG----GAA-TT-------T-GGGC-A-A-------AG--C-----TT-AA--T---C-C-G-CC-G-GT-A-TT--A-C-T---GG-AAA--G---AAA---A--AG---------A--TTAG-TT-AAT-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GAAAC-TTATC-TTATGA-CA--G----TT-A-------------A-CT--A--AGG----GA--------C-------------CC----------C-----------CC---C---T------------GG--AAAAAcgcc
gi|21                         :                                                                                                                                                               catgcgcgtaacggattaTGCG-CGG-A-T-CT-A-GAGG----------GGGGGG--G-GGGGG--T--C-CGGA-------------------CA--CCC------CCC-----CCCTG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--CT----TT-AA--T-A-T-C-G-CCGG-AA-A-TT--A-C-T---GG-AAA--G---AAA---A--AA---------A--T-AG--T-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TT-AT------------G-Cat
gi|22                         :                                                                                                                                                                                  aCG-CG--A-T-CT-A-GAGGG-G---------------G-GGGGG--T--C-CGGA------------------CCC--CCC------CCC-----CCCTG----GAA-TT-------T-G--C---A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C---CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---GAA---A--AA---------AT-T-AG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-G----------------------------T-AT------------A-CTT-A----G-TTGGA--------C-------------CCC---------C-----------CC---C---CCCCCCG------GA--AAAAATT---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCgtcaaacaaaaataacaatcaaataactagta
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                cGAGGGG--G-GGGGG--------GGA-------C--CC-------------------------------TG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--------TT-AA--T-A-T-T-GGCC-G-AT-A-TT--A--------G-GAA-TG---AAA---A--AA---------A--T-AG-TT---T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-TGA-C-TT--C-C------CA--G----TT-AT--------------CTT-A--AGG-TTTGACCCC----C-------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GG---AAAATT---TT-CT--G-G---A-TC--cctg
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                 gcgggatgcagCC-----CCCTG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C-----TT--A--T-A-T-CAG-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AA-------AGA---A--AA---------T--T-AG-TT-A-T-TCTTC-A----T---ATTTT--T--T-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TT-AT------------A-Cgtgcc
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 cgG---AAA---A--AA---------A--T-AG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G-----T-AT------------A-Cgtcagaacagaatcaatccgccacaaaataacaatgcaaataactagtattcagg
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             -AAA-TA---ACA---ATCAA---------A--T-AA-CT-A-G-TATTC-A----TGGGA--TT--T------------TT--C-T-------------------T------------A-CTT-A--AGG-TTGGA-----------------------CC---------C-----------CC---C---T------------GG--AAAAA-A---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGCgtcaaacagaatcaatccacaaataacaatcaaataactagtattcatgggatttttcttacttaaggttggacccccctggaaaaaattctggatccgcgc
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                     gaaaaaaatagttatttttcatatttgtgcacttccacagtatacgtcaaacagaatcaatccacTG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------T--T-AG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TT-ATACGTCAAACAGAA-CTT-A--AGG-TTGGACACC----C-------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GG--AAAAATG---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGC
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                   CC------CCC-----CCCTG----GAAATT-------T-G--C-A-ATTGCACAAG--C-----TT-AA--T-AAT-C---CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---AT-AA---------A--T-AG-TT-A-T-TTCT-----------A--TT--T--G-T-GCA-C-CT--C-C----A-CA--G----TT-AT------------A-CTTAA--AGG-TTGGA--------C-------------CCC---------C-----------CCCCTC---C------------GG--GAAAATT---TT-TTG-G-G---A-TC--c
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       T------------A-CTT-A--AGG-TTGGA--------C-------------CCC---------C-----------CC---CCCCT------------GG--AAAAATT---T--CT--G-G---A-TC--C-GCGC
gi|29                         :                                                                                                                                                                               tccacagttatacgtcaaaccagatcatccaataacaatcaaataactagtattcagatgtgtgtgcgtgtgtgtgtgtaataggttttttctCC-----CCTTG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C-G--C-G-AT-A-TT--A-C-T---GGAAAA-TG---AAA---A--AA---------A--T-AG-TT-ATT-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TT-AT------------C-CGT-C--AGGTTTGGA--------CA------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GA--AAAAATT---TT-CT--G-G---ATTC--C-GCGct
gi|3                          :                                                                                                                                                                                    G-CGG-A-TTCT-ATGAGGG-G-GG-------GGG--G-GGACG--T--C-CGGA-------CATCCA-----CTC--TCC------CGC-----CCGTG----AGA-TT---------G--C-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C-G-C--G-AA-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--T--G-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-C-TT--C-CA---A-CA--G----TT-AT------------G-Caacc
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           catgAA-TC---AAA---T--AA---------A--T-AG--T-A-----TTC-A----T---AG-TT--T--T-T-----T-TT--C-T-------------------T------------A-CTT----AGG-TTGGACCC-----C-------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GGAAAAAAAAT---TT-CTTGG-G---A-TC--gtcaaacagaaattcacaaaaaacaatcaaataaatagtattcatagttttttttcttacttaggttggaccccccccccctggaaaaaaaatttcttgggatctcgacc
gi|30                         :                                                                                                                                                                 catggcggattctatgaggggggggggggacgtccggacatccactctcccgcccgtgagattgcaaagcttaatatcgcgaaattactggaaatgaaaaaaatgttatttttcatatttgtgcacttccaacagttatgcgtcaaacagaaattcacaaaaaac-AA--T-A-T-C-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-----GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------AATT-AG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TT-AT------------A-Ctcgacc
gi|31                         :                                                                                                                                                                                  GCG-CG--A-T-CT---GAGGG-G-GAAT-------A--G-GGGGG--T--C-CGGA-------C--CCC-----CCC--CCC------CCCACCCCCCCTG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C-----TT--A--T-A-T---G-CC-G-ATAA-TT--A-C-T---GGAAAA-TGAAAAAA---A--AA---------A--T-AGCCT-A-T-TTTTC-A----T---A--Tgttcaaacagaatcaatccacaaataacaatcaaataactaagtattcagga
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                           -------C--CCC-----CCC--CCC------CCC-----CCCCGCCCTGAA-TT-------T-A--C-A-A-------AG--TGAAAATT-AATTT-A-T-G-G-CA-GCAC-A-GT--A-C-T---GG-AA
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              caaaccccccg--T-A-T-C-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--TTAG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-C-CC--C-T----A-CC--G----TT-A-------------A-CTT-A--AGG-TTGGA--------C-------------CCC---------C-----------CC---C---gaattttattgtataaaattaatttattt
gi|34                         :                                                                                                                                                                                 TGCG-CGG-A-T-CT-A-GATGG-G-GG-T-TGGAGGG--G--------T--C-CGGA-------C--CCC----------------------------CCTG----GAA-TT-------T-G--T-A-A-------AG--C-----TT-AC--T-A-T-C-A-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--T-Accccttga
gi|35                         :                                                                                                                                                                                aTGCG-CGG-A-T-CT-A-GA-------------GGGGG--G-GGGGG--T--C-CGGA------------C-----CCC--CCC------CCC-----CCCTG----GAA-TT-------T-C--C-A-A-------AT--C-----TT-AA--T-A-T-C-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ---A--TT--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TA-AT------------A-CTT-A--AGG-TTGGA--------CACCT---------CCG---------C-----------CC---C---C------------GT--AAAAACT---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGC
gi|38                         :                                                                                                                                                                                 TGCG-CGG-A-T-CT-A-GAGGG-G-G--T-GGGTGGG--GTGGGGG--T--G-GGG-------------------------------------------TTG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C-G-CC-G-AT-c
gi|39                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            aTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-----G----TT-AT------------A-CTT-G--AGG-TTGGA--------C-------------CCC---------C-----------CC---C----------------AT--AAAAATT---TT-CT--G-G---A-TC--T-GCGC
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                 GGGGGG--G-GGGGG--T--C-CGGAAACCCCAC--CCC-----CCC--CCC------GCC-----ACTCG----AAA-TT-------T-G--C-A-A-------AGCCC-----TC-AA--T-A-T-C-G-CC-A-AT-A-TT--A-C-T---AG--AA-TGA--AAA---A--AA---------A--T-AG-TC-C-A-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-CTTT--C-C----A-CA--G----TT-AT------------A-Cct
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  atctaT------------A-CTT-A---GG-TTGGAAACCCC--C-------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GG--AAAAGTT---T--CT--G-G---A-TC--C-gtcaaacagaatcaatccacaaataacaatcaaatactagtattcatgggtttttttcttacttaggttggaaacccccccccccctggaaaagtttctggatccg
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                       atctaggggggggggggtccggaaaccccaccccccccccgccactcgaaatttgcaaagccctcaatatcgccaatattactagaatgaaaaaaaatagtccattttcatatttgtgcactttccacagttatacgtcaaacagaatcaatccacaaataacaatcaaatactagtattcatgggtttttttct--TT--T--G-T-GCA-T-TT--C-C----A-CA--G----TT-AT------------A-C
gi|41                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           G--AAAAATT---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGCgtcaaacagaatcaatccacaataacgtttctaaacgaatttatac
gi|42                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -CTT-ATTAGG-TTGA-----------------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GA--AAAAATT---TT-CT----G---A-TC--C-GCGctgtttagtattataatataattaatgcaatgctgaaatgaagt
gi|43                         :                                                                                                                                                                  taatcgttttttttcTGCG-CGG-A-T-CT-A-GAAGG-G-GG-G-CGGGGGG--G-GGGGGA-T--C-CGGC-------C--CCC-----CCC--tcctg
gi|45                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ca------------A-CTT-A---GG-TTGGA--------C-------------TCC---------C-----------AC---C---T------------GG---AACATT---TT-CT--GCG---A-AT--C-GCGC
gi|46                         :                                                                                                                                                                                 TGCG-CGG-A-T-CT-A-GAGGG-G---------------------G--T--C-CGGA-------C--CCC-----CCC--CCC------C
gi|5                          :                                                                                                                                                                                  caG-CGG-A-T-CT-A-G-GGG-G-GG-T-CA----------------C--C-CCCC-------C--CCC-----CCC--CCC------C----------------GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C------T-AA--G-A-T-----CC-A----------A-C-T---GA-AAA-TG---AAA---A--AA---------AATT-AG-TT-A-T-TTTTC-A----A---A--TT--T--T-T-GCA-C--T--C-C----A-CA-------TT-AT------------A-C
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ------------A-CTT-A--AGG-TTG-A--------C-------------CCC---------A-----------CC---C---T------------GG--AAAAATT---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGCgtcaaacagaatcaatccacaaataacattcaaaaactagtatctcgatggttttttttctcacttaaggttgaccccaccctggaaaaattttctggatccgcgcc
gi|6                          :                                                                         gcggatctagggggggtcacccccccccccccccccgaatttgcaaagctaagatccaactgaaaatgaaaaaaaattagttatttttcaaatttttgcactccacattatacgtcaaacagaatcaatccacaaataacattcaaaaactagtatctcgatggttttttttctc-----CCC--CCC------CCC-----CTGTG----AAA-TTTTTGCTAT-A--C-A-G-------AGA-C-----TTAAA--T-A-T-G-G-CC-G-AT-A-TTCAA-CGTG--GG-AAA-TG---AAATAGG--AACCTTGAGTTA--T-AA-AT-A-T-TCTTC-ACTGGT---A---T--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TC-TT------------A-CTT-A--AGG-TTGGAACACCCCCC-------------CCC---------C-----------CC---T---T------------GG--AAAAAAGGAATT-CT--G-GTGTA-TC--C-GCGCc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                      tgcgcggatctcacagggtgcacaaaggaacaaC-----CCC--CCC------CCC-----CCCTG----G-A-TT-------C-G--C-AGA-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C-G-CC-G-AT-A-TC--A-C-T----G-AAA-TG---AAA---A--TA---------ATCT-AG-TT-A-TATTTTC-A----T---A--TT--T--GTT-GCA-C-----C-C----A-CA-------TT-AT------------A-Cc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GG-CTGGA--------C-------------CCC--------------------------C---T------------GG--AAAAAAT---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGgtcaaacagaatcaatccacaaaataacaatcaataactagtattcaggtgtgtgtgtgtgtgtaatgggttagctggctggaccccctggaaaaaatttctggatccgcggcc
gi|8                          : ccccccccccccctggattcgcagaagcttaatatcgccgatatcactgaaatgaaaataatctagttatattttcatatttgttgcacccacattatacgtcaaacagaatcaatccacaaaataacaatcaataactagtattcaggtgtgtgtgtgtgtgtaatgggttagctTGCG-CGG-A-T-CT-A-GAAGG-G-GG-----GGGGGTCG-GGGCG--C--G-CGGG-------T--CCC-----CCC--CCC------CCC-----C--TG----GAA-TT-------TTG--C-A-A-------AG--C-----TTTAA--T-A-T-C-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--T-AG-TT-A-T-TTTTCGA----T---A--TC--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TT-AT------------AACTT-A--AGG-TTGGGACCCTCC-C-------------CCC---------CCCCCCCCCACCCC---C---T------------GG--AAAAATT---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGCgcc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                aTGCG-CGG-A-TTCT-A-GAACG-G-GG-T-------------GGGG--T-----GGA-------A--CAC-----CCC--CCC------CCC-----CCTGG----GAA-TT---------G--C-A-A-------AG--C-----TT-A---T-A-T-C-G-CC-G-AT-A-TA--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--TTAGATC-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-TTGCA-C-TT--C-C----A-CA--GAACTTT-AT------------A-CTT-A--AGG-TTGGA--------CGCCCCTCCCCCCTCCC---------C-----------CC---C---CCCCCCCCCCTCAGG--GAAAA-T---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGCct


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                     T   G A T  T T     A AGGTCGGG     TC T     TTC   G    AACCCCAC     CCCCC   AA   CCCCGA   ACCCC     CCCT   G  TTTGCTA T GG A G TTGCACA  CC GAAAA  A  TT . T C A G  G C  G T  CA T G ATG  A   T  AAA   TAG TC  CCTTGAGTT AT C  C  A TT      G CTGG GGG TT  GC TG T G   A T  AT A TATG T  GT AACT  .  ACGTCAAACAGA     A TT   T     CGCCCCTCCCCCCT           CTTTCCCCT CCCCCCCCACC  CCT CCC CCCCCCCCCTCA  AA     T GAA  T  TG C TGT T  GT A
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                     .   . . T  . .     . GGTCGGG      C  .     GGT   .    CAT          C       .    .        .         .      A  .       . .  . . .        A  AG     A  .  . A . . .  . .  A .  .  . . G    A   .  A     G   TC  .         AT T  A  . AT      . .    GG  TT  .  .  T T   . T  .  . A    .  G  .     .  C                . .    .     AACCCCCCC                .         .            .   .   CCCCCG        A      T .    .  G  . T   .  .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                     .   . . T  . .     . GGTCGGG      .  .     AT    .    C            .       .    .        .         .      .  .       . .  . . .        .  T      T  .  . . . . .  . .  . .  .  . . A    .   .  .     .   T   .         TC T  .  . TT      . .    A   G   .  .  . .   . .  .  . .    .  .  .     .  A                . .    .     ACACCCCCC                .         .            .   .   .             C      A .    .  .  . .   .  .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                     .   . . .  . .     . GGTCGGG      .  .     T     .    C            .       .    .        .         .      .  .       . .  . . .        .  .      .  .  . . . . .  . .  . .  .  . . G    .   .  .     .   .   .         T  T  .  . TA      . .    .   .   .  .  . .   . .  .  . .    .  .  .     .  .                . .    .     ACCCTCCC                 .         .            .   .   .             .      A .    .  .  . .   .  .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                     .   . . .  . .     . GGTTGGA      .  .     T     .    G            .       .    .        .         .      .  .       . .  . . .        .  .      .  .  . . . . .  . .  . .  .  . . .    .   .  .     .   .   .         .  .  .  . T       . .    .   .   .  .  . .   . .  .  . .    .  .  .     .  .                . .    .     AACCCCC                  .         .            .   .   .             .      T .    .  .  . .   .  .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                     .   . . .  . .     . GGGCGGG      .  .     G     .    C            .       .    .        .         .      .  .       . .  . . .        .  .      .  .  . . . . .  . .  . .  .  . . .    .   .  .     .   .   .         .  .  .  . G       . .    .   .   .  .  . .   . .  .  . .    .  .  .     .  .                . .    .     CCCCC                    .         .            .   .   .             .      A .    .  .  . .   .  .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                     .   . . .  . .     . GTCGGG       .  .     T     .    C            .       .    .        .         .      .  .       . .  . . .        .  .      .  .  . . . . .  . .  . .  .  . . .    .   .  .     .   .   .         .  .  .  . T       . .    .   .   .  .  . .   . .  .  . .    .  .  .     .  .                . .    .     CACCC                    .         .            .   .   .             .      T .    .  .  . .   .  .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                     .   . . .  . .     . GTGGGT       .  .     T     .    C            .       .    .        .         .      .  .       . .  . . .        .  .      .  .  . . . . .  . .  . .  .  . . .    .   .  .     .   .   .         .  .  .  . T       . .    .   .   .  .  . .   . .  .  . .    .  .  .     .  .                . .    .     CACCT                    .         .            .   .   .             .      T .    .  .  . .   .  .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                     .   . . .  . .     . GGTCA        .  .     T     .    C            .       .    .        .         .      .  .       . .  . . .        .  .      .  .  . . . . .  . .  . .  .  . . .    .   .  .     .   .   .         .  .  .  . T       . .    .   .   .  .  . .   . .  .  . .    .  .  .     .  .                . .    .     GCCC                     .         .            .   .   .             .      T .    .  .  . .   .  .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                     .   . . .  . .     . GGTC         .  .     T     .    C            .       .    .        .         .      .  .       . .  . . .        .  .      .  .  . . . . .  . .  . .  .  . . .    .   .  .     .   .   .         .  .  .  . G       . .    .   .   .  .  . .   . .  .  . .    .  .  .     .  .                . .    .     CCCC                     .         .            .   .   .             .      T .    .  .  . .   .  .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                     .   . . .  . .     . GAAT         .  .     T     .    C            .       .    .        .         .      .  .       . .  . . .        .  .      .  .  . . . . .  . .  . .  .  . . .    .   .  .     .   .   .         .  .  .  . A       . .    .   .   .  .  . .   . .  .  . .    .  .  .     .  .                . .    .     CCCC                     .         .            .   .   .             .      T .    .  .  . .   .  .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                     .   . . .  . .     . GGGG         .  .     T     .    C            .       .    .        .         .      .  .       . .  . . .        .  .      .  .  . . . . .  . .  . .  .  . . .    .   .  .     .   .   .         .  .  .  . T       . .    .   .   .  .  . .   . .  .  . .    .  .  .     .  .                . .    .     CCC                      .         .            .   .   .             .      T .    .  .  . .   .  .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                     .   . . .  . .     . GGC          .  .     T     .    C            .       .    .        .         .      .  .       . .  . . .        .  .      .  .  . . . . .  . .  . .  .  . . .    .   .  .     .   .   .         .  .  .  . T       . .    .   .   .  .  . .   . .  .  . .    .  .  .     .  .                . .    .     CC                       .         .            .   .   .             .      T .    .  .  . .   .  .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                     .   . . .  . .     . GGG          .  .     T     .    C            .       .    .        .         .      .  .       . .  . . .        .  .      .  .  . . . . .  . .  . .  .  . . .    .   .  .     .   .   .         .  .  .  . T       . .    .   .   .  .  . .   . .  .  . .    .  .  .     .  .                . .    .     CA                       .         .            .   .   .             .      T .    .  .  . .   .  .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                     .   . . .  . .     . GGT          .  .     T     .    C            .       .    .        .         .      .  .       . .  . . .        .  .      .  .  . . . . .  . .  . .  .  . . .    .   .  .     .   .   .         .  .  .  . T       . .    .   .   .  .  . .   . .  .  . .    .  .  .     .  .                . .    .     C                        .         .            .   .   .             .      A .    .  .  . .   .  .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                     .   . . .  . .     . GG           .  .     T     .    C            .       .    .        .         .      .  .       . .  . . .        .  .      .  .  . . . . .  . .  . .  .  . . .    .   .  .     .   .   .         .  .  .  . T       . .    .   .   .  .  . .   . .  .  . .    .  .  .     .  .                . .    .     C                        .         .            .   .   .             .      C .    .  .  . .   .  .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                     .   . . .  . .     . GG           .  .     T     .    C            .       .    .        .         .      .  .       . .  . . .        .  .      .  .  . . . . .  . .  . .  .  . . .    .   .  .     .   .   .         .  .  .  . T       . .    .   .   .  .  . .   . .  .  . .    .  .  .     .  .                . .    .     C                        .         .            .   .   .             .      T .    .  .  . .   .  .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                     .   . . .  . .     . GG           .  .     T     .    T            .       .    .        .         .      .  .       . .  . . .        .  .      .  .  . . . . .  . .  . .  .  . . .    .   .  .     .   .   .         .  .  .  . G       . .    .   .   .  .  . .   . .  .  . .    .  .  .     .  .                . .    .     C                        .         .            .   .   .             .      T .    .  .  . .   .  .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                     .   . . .  . .     . .            .  .     C     .    A            .       .    .        .         .      .  .       . .  . . .        .  .      .  .  . . . . .  . .  . .  .  . . .    .   .  .     .   .   .         .  .  .  . T       . .    .   .   .  .  . .   . .  .  . .    .  .  .     .  .                . .    .     C                        .         .            .   .   .             .      T .    .  .  . .   .  .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                     .   . . .  . .     . .            .  .     C     .    .            .       .    .        .         .      .  .       . .  . . .        .  .      .  .  . . . . .  . .  . .  .  . . .    .   .  .     .   .   .         .  .  .  . T       . .    .   .   .  .  . .   . .  .  . .    .  .  .     .  .                . .    .     C                        .         .            .   .   .             .      T .    .  .  . .   .  .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                         . . .  . .     . .            .  .     T     .    .            .       .    .        .         .      .  .       . .  . . .        .  .      .  .  . . . . .  . .  . .  .  . . .    .   .  .     .   .   .         .  .  .  . T       . .    .   .   .  .  . .   . .  .  . .    .  .  .     .  .                . .    .     C                        .         .            .   .   .             .      T .    .  .  . .   .  .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                       .  .     .     .    .            .       .    .        .         .      .  .       . .  . . .        .  .      .  .  . . . . .  . .  . .  .  . . .    .   .  .     .   .   .         .  .  .  . T       . .    .   .   .  .  . .   . .  .  . .    .  .  .     .  .                . .    .     C                        .         .            .   .   .             .      T .    .  .  . .   .  .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                       .  .     .     .    .            .       .    .        .         .      .  .       . .  . . .        .  .      .  .  . . . . .  . .  . .  .  . . .    .   .  .     .   .   .         .  .  .  . T       . .    .   .   .  .  . .   . .  .  . .    .  .  .     .  .                . .    .     C                        .         .            .   .   .             .      A .    .  .  . .   .  .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                       .  .     .     .    .            .       .    .        .         .      .  .       . .  . . .        .  .      .  .  . . . . .  . .  . .  .  . . .    .   .  .     .   .   .         .  .  .  . T       . .    .   .   .  .  . .   . .  .  . .    .  .  .     .  .                . .    .     C                        .         .            .   .   .             .      A .    .  .  . .   .  .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                           .            .       .    .        .         .      .  .       . .  . . .        .  .      .  .  . . . . .  . .  . .  .  . . .    .   .  .     .   .   .         .  .  .  . A       . .    .   .   .  .  . .   . .  .  . .    .  .  .     .  .                . .    .     .                        .         .            .   .   .             .      T .    .  .  . .   .  .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                        .       .    .        .         .      .  .       . .  . . .        .  .      .  .  . . . . .  . .  . .  .  . . .    .   .  .     .   .   .         .  .  .  . T       . .    .   .   .  .  . .   . .  .  . .    .  .  .     .  .                . .    .     .                        .         .            .   .   .             .      . .    .  .  . .   .  .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                        .       .    .        .         .      .  .       . .  . . .        .  .      .  .  . . . . .  . .  . .  .  . . .    .   .  .     .   .   .         .  .  .  . T       . .    .   .   .  .  . .   . .  .  . .    .  .  .     .  .                . .    .     .                        .         .            .   .   .             .      . .    .  .  . .   .  .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                              .         .      .  .       . .  . . .        .  .      .  .  . . . . .  . .  . .  .  . . .    .   .  .     .   .   .         .  .  .  . T       . .    .   .   .  .  . .   . .  .  . .    .  .  .     .  .                . .    .     .                        .         .            .   .   .             .      . .    .  .  . .   .  .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                        .      .  .       . .  . . .        .  .      .  .  . . . . .  . .  . .  .  . . .    .   .  .     .   .   .         .  .  .  . T       . .    .   .   .  .  . .   . .  .  . .    .  .  .     .  .                . .    .     .                        .         .            .   .   .             .      . .    .  .  . .   .  .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                        .      .  .       . .  . . .        .  .      .  .  . . . . .  . .  . .  .  . . .    .   .  .     .   .   .         .  .  .  . .       . .    .   .   .  .  . .   . .  .  . .    .  .  .     .  .                       .     .                        .         .            .   .                 .                                
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .  .  . . . . .  . .  . .  .  . . .    .   .  .     .   .   .         .  .  .  . .       . .    .   .   .  .  . .   . .  .  . .    .  .  .     .  .                                                                                                                                    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .  .  . . . . .  . .  . .  .  . . .    .   .  .     .   .   .         .  .  .  . .       . .    .   .   .  .  . .   . .  .  . .    .  .  .     .  .                                                                                                                                    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         .  . . . . .  . .  .                .   .  .     .   .   .         .  .  .  . .       . .    .   .   .  .  . .   . .  .  . .    .  .  .     .  .                                                                                                                                    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             .      .     .   .   .         .  .               . .    .   .   .  .  . .   . .  .  . .    .  .  .     .  .                                                                                                                                    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .   .   .  .  . .   . .  .  . .    .  .  .     .  .                                                                                                                                    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          .                                             .                                                                                                                                    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        .                                                                                                                                    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        .                                                                                                                                    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        .                                                                                                                                    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        .                                                                                                                                    


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                          GGTCGG****                                                                                                                                                                                                                      **                                                                                                                              ***
originalCons                  :                                                                                                                                                                                 TGCG-CGG-A-T-CT-A-GAGGG-G-GG-T-CGGGGGG--G-GGGGG--T--C-CGGA-------C--CCC-----CCC--CCC------CCC-----CCCTG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--T-AG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TT-AT------------A-CTT-A--AGG-TTGGA--------C-------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GG--AAAAATT---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGC
finalCons                     :                                                                                                                                                                                 TGCG-CGG-A-T-CT-A-GAGGG-GGGTCGG----GGG--G-GGGGG--T--C-CGGA-------C--CCC-----CCC--CCC------CCC-----CCCTG----GAA-TT-------T-G--C-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--T-AG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GCA-C-TT--C-C----A-CA--G----TT-AT------------A-CTT-A--AGG-TTGGA--------C-------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GG--AAAAATT---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|36 ): CCCTCTTTGAAAATCTTCCGGATTCGCCCCTGTGATTATAATATTGGAATCTGTCAAGCATGGCAATTTGTCA
Unaligned ( gi|44 ): TACATTCTGTGTTTTAGAAATTTGAACCCCCCCCCCCCCGCATAAAAAA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                            22222222222222                                                                                                                                                                                                                                                                                             4444444444444444444444                                  111111111111                                       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                     1   1 1 5  1 1     1 1 33333333333333 22     22 555555     44444   1   22  1 444444   33333  2222  1 2222   2  4444444 33  1 1 4444444  33 66666  3  11 1 2 1 1 1  1 1  3 1  11 1 1 555  2   1  333   333 44  444444444 88 2  2  2 333     1 2222 444 55  11 11 3 1 1   2  1 1 33333 1  22 2222  1  777777777777 1   1 11   1     4444444444444444444444   555555555 66666666666  222 444 000000000000  44     3 222  1  33 1 333 1  11 1    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                     .   . . .  . .     . . .............. ..     .. ......     .....   .   ..  . ......   .....  ....  . ....   .  ....... ..  . . .......  .. .....  .  .. . . . . .  . .  . .  .. . . ...  .   .  ...   ... ..  ......... .. .  .  . ...     . .... ... ..  .. .. . . .   .  . . ..... .  .. ....  .  ............ .   . ..   .     ......................   ......... ...........  ... ... ............  ..     . ...  .  .. . ... .  .. .    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                     9   8 8 5  8 8     8 8 33333333333333 22     22 222222     55555   4   00  1 111111   44444  9999  3 7777   6  2222222 11  3 3 2222222  11 33333  6  66 2 4 2 2 2  2 2  5 2  77 2 2 888  3   2  111   111 33  666666666 11 3  4  4 999     1 4444 666 55  55 55 3 1 1   2  1 1 99999 1  66 4444  1  000000000000 0   3 88   3     2222222222222222222222   222222222 11111111111  333 000 777777777777  44     2 333  3  22 3 777 3  88 5    
consensus                     :                                                                                                                                                                                 TGCG-CGG-A-T-CT-A-GAGGG-G-G---G-T-CGGG-G-G--GGGGG--G---T--CCGGA--C--CCC-CCC--CC-C------CCC-----CC----CT-G----GAA-TT-------T--GC-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--T-AG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-G-CAC-TT-C-C-----A-CA--G----TT-AT------------A-CTT-A--AGG-TTGGA--------C-------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GG--AAAAATT---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGC
Reference ( family-569 )      :                                                                                                                                                                                 TGCG-CGG-A-T-CT-A-GAGGG-G-G---G-T-CGGG-G-G--GGGGG--G---T--CCGGA--C--CCC-CCC--CC-C------CCC-----CC----CT-G----GAA-TT-------T--GC-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--T-AG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-G-CAC-TT-C-C-----A-CA--G----TT-AT------------A-CTT-A--AGG-TTGGA--------C-------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GG--AAAAATT---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGC
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       -AA--TCA-C-C-G-CC-G-ATTA-TT----C-T---GG-AA--TG---AAA---A----------------C-CG-TT-A-T-TTTTC-A----T---AATTT--T--G-T-G-CAC-TT-C-C-----A-CA--G----TTAAT------------A-C
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ggatggagggagttgggggggaggggagcgggggatcagtagaacccgccgggtttgaggaattttgcagcaggaacgggcgcttatattgatctctctcaTT-A--AGT-TTGGA--------C-------------CCC---------C-----------CC---CCT-T------------G----AAAATT---TT-CT--G-G---A-T---C-GCGCgtcaaaacagtataatcagcaaaataacaatcaaataacagtattcatggggttttttttcttttaagtttggacccccccccttgaaaattttctggatcgcgcctgtacattataataaatttgaaattgaaataaagtcatggcttcgtca
gi|10                         :                                              ggatggagggagttgggggggaggggagcgggggatcagtagaacccgccgggtttgaggaattttgcagcaggaacgggcgcttatattgatctctctcaaatcaccgccgattattctggaatgaaaaccgttatttttcataattttgtgcacttccacagttaatacgtcaaaacagtataatcagcaaaataacaatcaaataacagtattcatggggttttttttctt-G----GAA-TT-------T--GC-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C-G--C-G-AT-ATTT--A-C-T---GG-AAA-TG----AA---A--AA---------A--T-TG-TTAA-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--GTT-G-CAC-TT-C-C-----A-CA--G----TT-AT------------A-Cctgtacattataataaatttgaaattgaaataaagtcatggcttcgtca
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              -AAA-TA---ACA---ATCAA---------A--T-AA-CT-A-G-TATTC-A----TGG-A--TT--T----------T-TT-C-T--------------------T------------A-CTT-A--AGG-TTGGAC-------C-------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GGA-AAAAATT---TT-CT----G---A-TC--CAGCGCatcaaacataatcaatccacaaaataacaatcaaataactagtattcatggattttttcttacttaaggttggaccccccccctggaaaaaattttctgatccagcgc
gi|11                         :                                                                     ggaatttgcaaagcttaatatcgcgatatttactggaaatgaaaaaattgttaatttttcatatttgttgcacttccacagttatacatcaaacataatcaatccacaTGCG-CGG-A-C-TA-A-GATGG-G-G---G-TTCGGA-G-G--G----------T--CCGGG--A--CCC-CCC--G------------------------T-G----GAA-AT-------T--GT-A-A-------AG--C-----TC-C---T-A-C-A-A-CC-G-ATGA-TT--ATC-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--TCAG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-T-CAT-CT-C-C-----ATCAGTG----TT-ATC-----------A-CTT-A-------TGTG--------C-------------CCCCTTTCCCCTC-----------CC---C---C------------GA--AAAATTT---TT-CT--A-GT--A-TCGTC-GCAC
gi|12                         :                                                                                                                                                                                aTGCG-CGG-A-T-CT-A-GAGGG-G-G---G-T-CGGG-GGG--GGGGG--G---T--CCGGA--C--CCC-CCC--CC-C------CCC-----CC----CT-G----GAA-TT-------T--GC-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-T-T-C-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--T-AG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-G-CAC-TT-C-C-----A-CA--G----TT-AT------------A-CTT-A--AGG-TTGGA-----------------------CC---------C-----------CC---C---T------------GG--AAAAAAT---TT-CT--A-G---A-TC--C-GCGCc
gi|13                         :                                                                                                                                                                                 TGCG-CGG-A-TTCT-A-GAGGG-G-G---G-T-CGGG-GGG--GGGGG--G---T--CCGGA--C--CCC-CCC--CC-C------CCC-----CC----CT-G----GAA-TT-------T--GC-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-T-T-C-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--T-AG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-G-CAC-TT-C-C-----A-CA--G----TT-AT------------A-CTT-A--AGG-TTGGA-----------------------CC---------C-----------CC---C---T------------GG--AAAAAAT---TT-CT--A-G---A-TC--C-GCGCct
gi|14                         :                                                                                                                                                                                  GCGTCGG-AAT-CT-A-GAGGAAG-G---G-T-CGGGCG-G--GGGGG--G---G--GGGGG--G--TCC-CCG--AC-C------CCC-----CC----CT-G----GAA-TT-------T--GC---A-------AG--C-----TTAAA--T-A-TCC-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-TG--GG-AAA-TG-----A---A--AA---------A--T-AG-TT-A----TTTC-A----T---A--TT--TTGG-T-G-CCCTTT-C-C-----A-CA-----------------------------------G-TTGGAGCC-----C-------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GG--AAAAATT---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGC
gi|15                         :                                                                                                                                                                                   CG-CGG-A-T-CT-A-GAGG------------CGGG-C-G--AGTCGCCG---C--CCCCC--C--CCC-CCC--CC-C------CCC-----CC----CC-G----AAA-TT-------T--GC-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-ATT-C-G-C----AT-A-TT--A-C-TATGGA-AAA-AG---AAA---A--AG---------A----AG-TT-ATT-TTTTC-A----T---ATTTT--T--T-T-G-CAC-TA-C---------CA--G----TT-AT------------A-Cc
gi|16                         :                                                                                                                                                                                   CG-CAG-A-T-CTTA-GAGAG-G-G---G-T-C------G--GGGGG--A---TTCCCGGA-----------C--AC-T------CCC-----CC----CT-G----GAAGTT-------T--GCAA-A-------AG--CAG---TA-AA--T-A-T-C-G-CC-G-AT-A-----A-C-TA--GG-AAA-TG----AA---A--AA---------A--T-A-----A-G-TTTTC-A----T---A--TTGCT--G-C-C-CAC-TT-C-C-----A-CAG-G----TT-AC------------A-CTT-A--A---TTGGA----------------------CCC---------T-----------CC---C---T------------GAC-AAAAAAT---TT-C---G-G---A-TC--C-GCACgtcaaccaaataacaatcaaataactgtgtgtgtaatgg
gi|17                         :                                                                                                                                                                                       tG-A-T-CT-A-GAGGG-G-G---G---------------------------CCGGA--C--CCCCCCC--CC-CCCCCGACCC-----CC----CT-G----GAA-TT-------T--GC-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-T-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAATTG---AAA---A--AA---------T--T-AG-TT-T-A-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-G-CAC-TT-C-C-----A-CA--T----AT-ATA-----------A-CTT-A--AGG-TTGGACCC-----C-------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GA--AAAAA-T---TT-CT--G-G---A-TC--C-
gi|18                         :                                                                                                                                                                               gcTGCG-CAG-A-T-CT-A-GAGGG-GAG---G-T-CGGG-G-G--GCGGG--G---G--GCGGA--C--CCC-------------------------C----CT-G----GAA-TT-------T--GC-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C-G-GC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TA---AAA---A--AA---------A--T-AG-CT-A---TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-G-CAC-TT---C-----A-CA--G----TT-AT------------A-CTT-A--AGG-TTGGACC------C-------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GG--AAAAA-T---TT-CT--G-G---A-TC--
gi|19                         :                                                                                                                                                                                aTGCG-CGG-A-T-CT-A-GAG--------------GGG-G-G--GGGGG--G---T--CCGGA---------CCC--CC-C------CCC-----CC----CT-G----GAA-TT-------T---C-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG--AA-TG---AAA---A--AA---------A--T-AG-CT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-TGG-CAC-TT-C-C-----A-CA--G----TT-AT------------A-CTT-A--AGG-TTGGA----------------------CAT---------C-----------CC---C---T------------GG---AAAATT---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGgct
gi|2                          :                                                                                                                                                                                 TGCG-CGGGA-T-CT-A-GAGGG-G-G-----T-CGGG-G-G--GGGGG--GGGGT--CCGGA--C--CCC-CCC--CC----------------CC----CT-G----GAA-TT-------T--GC-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C-A-CC-G-AT-A-TT--G-C-T---GG-AAA-TG---AAAG--A--AA---------A--T-AG-TT-A---TTTTC-A----TA--A--TT--T--G-T-G-CAC-TT-CAC-----A-CA--G----TT-AT------------G-C
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        T------------A-CT-----AGG-TTGGAAACCCCCCC-------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GG--AAAATTT---TTTCT--G-G---A-TC--C-GCgtcaaaccagaatcaatccacaataacaaaaatcaaataactgtgtgtaatgggttttttcttactaggttggaaacccccccccccccctggaaaattttttctggatccgccgcc
gi|20                         :         tgcgcgggatctagagggggtcggggggggggggggtccggacccccccccccctggaatttgcaaagcttaatatcaccgatattgctggaaatgaaagaaaatagttattttcataatttgtgcacttcacacagttatgcgtcaaaccagaatcaatccacaataacaaaaatcaaataactgtgtgtaatgggttttttctG-A-G--GGGGG--G---T--CC-GA--C--CCC-CCCAACC-C------CCC-----CC----TC-G----GAA-TT-------TGGGC-A-A-------AG--C-----TT-AA--T---C-C-G-CC-G-GT-A-TT--A-C-T---GG-AAA--G---AAA---A--AG---------AT-T-AG-TTAA-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-GAAAC-TTAT-CTTATGA-CA--G----TT-A-------------A-C-T-A--AG----GGA----------------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GG--AAAAAcgcc
gi|21                         :                                                                                                                                                               catgcgcgtaacggattaTGCG-CGG-A-T-CT-A-GAGGG-G-G---G--------G-G--GGGGG--G---T--CCGGA--C--ACC-CCC--CC-C------C--------------T-G----GAA-TT-------T--GC-A-A-------AG--CT----TT-AA--T-A-T-C-G-CCGG-AA-A-TT--A-C-T---GG-AAA--G---AAA---A--AA---------A--T-AG--T-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-G-CAC-TT-C-C-----A-CA--G----TT-AT------------G-Cat
gi|22                         :                                                                                                                                                                                  aCG-CG--A-T-CT-A-GAGGG-G-G---G---------------GGG--G---T--CCGGA--C--CCC--------CC------CCC-----CC----CT-G----GAA-TT-------T--GC---A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C---CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---GAA---A--AA---------AT-T-AG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-G----------------------------T-AT------------A-CTT-A----G-TTGGA--------C-------------CCC---------C-----------CC---C---CCCCCCG------GA--AAAAATT---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCgtcaaacaaaaataacaatcaaataactagta
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                    cGG-G-G--GGGGG--G--------GGA--C--CC--------------------------------T-G----GAA-TT-------T--GC-A-A-------AG--------TT-AA--T-A-T-T-GGCC-G-AT-A-TT--A--------G-GAA-TG---AAA---A--AA---------A--T-AG-TT---T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-T-GAC-TT-C-C-------CA--G----TT-AT--------------CTT-A--AGG-TTTGACCCC----C-------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GG---AAAATT---TT-CT--G-G---A-TC--cctg
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                            gcgggatgcaggaCC-----CC----CT-G----GAA-TT-------T--GC-A-A-------AG--C-----TT--A--T-A-T-CAG-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AA-------AGA---A--AA---------T--T-AG-TT-A-T-TCTTC-A----T---ATTTT--T--T-T-G-CAC-TT-C-C-----A-CA--G----TT-AT------------A-Cgtgcc
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  cgG---AAA---A--AA---------A--T-AG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-G-CAC-TT-C-C-----A-CA--G-----T-AT------------A-Cgtcagaacagaatcaatccgccacaaaataacaatgcaaataactagtattcagg
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              -AAA-TA---ACA---ATCAA---------A--T-AA-CT-A-G-TATTC-A----TGGGA--TT--T------------TT-C-T--------------------T------------A-CTT-A--AGG-TTGGA-----------------------CC---------C-----------CC---C---T------------GG--AAAAA-A---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGCgtcaaacagaatcaatccacaaataacaatcaaataactagtattcatgggatttttcttacttaaggttggacccccctggaaaaaattctggatccgcgc
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                      gaaaaaaatagttatttttcatatttgtgcacttccacagtatacgtcaaacagaatcaatccacT-G----GAA-TT-------T--GC-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------T--T-AG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-G-CAC-TT-C-C-----A-CA--G----TT-ATACGTCAAACAGAA-CTT-A--AGG-TTGGACACC----C-------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GG--AAAAATG---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGC
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                               C-C------CCC-----CC----CT-G----GAAATT-------T--GC-A-ATTGCACAAG--C-----TT-AA--T-AAT-C---CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---AT-AA---------A--T-AG-TT-A-T-TTCT-----------A--TT--T--G-T-G-CAC-CT-C-C-----A-CA--G----TT-AT------------A-CTTAA--AGG-TTGGA--------C-------------CCC---------C-----------CCCCTC---C------------GG--GAAAATT---TT-TTG-G-G---A-TC--c
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        T------------A-CTT-A--AGG-TTGGA--------C-------------CCC---------C-----------CC---CCCCT------------GG--AAAAATT---T--CT--G-G---A-TC--C-GCGC
gi|29                         :                                                                                                                                                                            tccacagttatacgtcaaaccagatcatccaataacaatcaaataactagtattcagatgtgtgtgcgtgtgtgtgtgtaataggttttttctCC-----CC----TT-G----GAA-TT-------T--GC-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C-G--C-G-AT-A-TT--A-C-T---GGAAAA-TG---AAA---A--AA---------A--T-AG-TT-ATT-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-G-CAC-TT-C-C-----A-CA--G----TT-AT------------C-CGT-C--AGGTTTGGA--------CA------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GA--AAAAATT---TT-CT--G-G---ATTC--C-GCGct
gi|3                          :                                                                                                                                                                                    G-CGG-A-TTCT-ATGAGGG-G-G---G------G-G-G--GGGAC--G---T--CCGGA--CATCCA-CTC--TC-C------CGC-----CC----GT-G----AGA-TT----------GC-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C-G-C--G-AA-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--T--G-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-G-CAC-TT-C-CA----A-CA--G----TT-AT------------G-Caacc
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            catgAA-TC---AAA---T--AA---------A--T-AG--T-A-----TTC-A----T---AG-TT--T--T-T-----T-TT-C-T--------------------T------------A-CTT----AGG-TTGGACCC-----C-------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GGAAAAAAAAT---TT-CTTGG-G---A-TC--gtcaaacagaaattcacaaaaaacaatcaaataaatagtattcatagttttttttcttacttaggttggaccccccccccctggaaaaaaaatttcttgggatctcgacc
gi|30                         :                                                                                                                                                                  catggcggattctatgaggggggggggggacgtccggacatccactctcccgcccgtgagattgcaaagcttaatatcgcgaaattactggaaatgaaaaaaatgttatttttcatatttgtgcacttccaacagttatgcgtcaaacagaaattcacaaaaaac-AA--T-A-T-C-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-----GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------AATT-AG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-G-CAC-TT-C-C-----A-CA--G----TT-AT------------A-Ctcgacc
gi|31                         :                                                                                                                                                                                  GCG-CG--A-T-CT---GAGGG-G-G---AAT--------A--GGGGG--G---T--CCGGA--C--CCC-CCC--CC-C------CCCACCCCCC----CT-G----GAA-TT-------T--GC-A-A-------AG--C-----TT--A--T-A-T---G-CC-G-ATAA-TT--A-C-T---GGAAAA-TGAAAAAA---A--AA---------A--T-AGCCT-A-T-TTTTC-A----T---A--Tgttcaaacagaatcaatccacaaataacaatcaaataactaagtattcagga
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                --C--CCC-CCC--CC-C------CCC-----CC----CC-GCCCTGAA-TT-------T--AC-A-A-------AG--TGAAAATT-AATTT-A-T-G-G-CA-GCAC-A-GT--A-C-T---GG-AA
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               caaaccccccg--T-A-T-C-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--TTAG-TT-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-G-CAC-CC-C-T-----A-CC--G----TT-A-------------A-CTT-A--AGG-TTGGA--------C-------------CCC---------C-----------CC---C---gaattttattgtataaaattaatttattt
gi|34                         :                                                                                                                                                                                 TGCG-CGG-A-T-CT-A-GATGG-G-G---G-T-TGGA-G-G--GG---------T--CCGGA--C--CCC-------------------------C----CT-G----GAA-TT-------T--GT-A-A-------AG--C-----TT-AC--T-A-T-C-A-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--T-Accccttga
gi|35                         :                                                                                                                                                                                aTGCG-CGG-A-T-CT-A-GA---------------GGG-G-G--GGGGG--G---T--CCGGA-------C-CCC--CC-C------CCC-----CC----CT-G----GAA-TT-------T--CC-A-A-------AT--C-----TT-AA--T-A-T-C-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ---A--TT--T--G-T-G-CAC-TT-C-C-----A-CA--G----TA-AT------------A-CTT-A--AGG-TTGGA--------CACCT---------CCG---------C-----------CC---C---C------------GT--AAAAACT---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGC
gi|38                         :                                                                                                                                                                                 TGCG-CGG-A-T-CT-A-GAGGG-G-GTGGG-T---GG-G-G--TGGGG--G---T--GGGG---------------------------------------TT-G----GAA-TT-------T--GC-A-A-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C-G-CC-G-AT-c
gi|39                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aTC-A----T---A--TT--T--G-T-G-CAC-TT-C-C-----A-----G----TT-AT------------A-CTT-G--AGG-TTGGA--------C-------------CCC---------C-----------CC---C----------------AT--AAAAATT---TT-CT--G-G---A-TC--T-GCGC
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                    GGG-G-G--GGGGG--G---T--CCGGAAAC--CCC-ACC--CC-C------CCC-----CCGCCACTCG----AAA-TT-------T--GC-A-A-------AGCCC-----TC-AA--T-A-T-C-G-CC-A-AT-A-TT--A-C-T---AG--AA-TGA--AAA---A--AA---------A--T-AG-TC-C-A-TTTTC-A----T---A--TT--T--G-T-G-CACTTT-C-C-----A-CA--G----TT-AT------------A-Cct
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  atctagT------------A-CTT-A---GG-TTGGAAACCCC--C-------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GG--AAAAGTT---T--CT--G-G---A-TC--C-gtcaaacagaatcaatccacaaataacaatcaaatactagtattcatgggtttttttcttacttaggttggaaacccccccccccctggaaaagtttctggatccg
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                        atctaggggggggggggtccggaaaccccaccccccccccgccactcgaaatttgcaaagccctcaatatcgccaatattactagaatgaaaaaaaatagtccattttcatatttgtgcactttccacagttatacgtcaaacagaatcaatccacaaataacaatcaaatactagtattcatgggtttttttct--TT--T--G-T-G-CAT-TT-C-C-----A-CA--G----TT-AT------------A-C
gi|41                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            G--AAAAATT---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGCgtcaaacagaatcaatccacaataacgtttctaaacgaatttatac
gi|42                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -CTT-ATTAGG-TTGA-----------------------CCC---------C-----------CC---C---T------------GA--AAAAATT---TT-CT----G---A-TC--C-GCGctgtttagtattataatataattaatgcaatgctgaaatgaagt
gi|43                         :                                                                                                                                                                  taatcgttttttttcTGCG-CGG-A-T-CT-A-GAAGG-G-G---G-G-CGGG-G-G--GGGGG--GGA-T--CCGGC--C--CCC-CCC--tcctg
gi|45                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ca------------A-CTT-A---GG-TTGGA--------C-------------TCC---------C-----------AC---C---T------------GG---AACATT---TT-CT--GCG---A-AT--C-GCGC
gi|46                         :                                                                                                                                                                                 TGCG-CGG-A-T-CT-A-GAGGG-G--------------------------G---T--CCGGA--C--CCC-CCC--CC-C------C
gi|5                          :                                                                                                                                                                                  caG-CGG-A-T-CT-A-G-GGG-G-G---G-T-CA----------------------CCCCC--C--CCC-CCC--CC-C------CC--------------------GAA-TT-------T--GC-A-A-------AG--C------T-AA--G-A-T-----CC-A----------A-C-T---GA-AAA-TG---AAA---A--AA---------AATT-AG-TT-A-T-TTTTC-A----A---A--TT--T--T-T-G-CAC--T-C-C-----A-CA-------TT-AT------------A-C
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ------------A-CTT-A--AGG-TTG-A--------C-------------CCC---------A-----------CC---C---T------------GG--AAAAATT---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGCgtcaaacagaatcaatccacaaataacattcaaaaactagtatctcgatggttttttttctcacttaaggttgaccccaccctggaaaaattttctggatccgcgcc
gi|6                          :                                                                         gcggatctagggggggtcacccccccccccccccccgaatttgcaaagctaagatccaactgaaaatgaaaaaaaattagttatttttcaaatttttgcactccacattatacgtcaaacagaatcaatccacaaataacattcaaaaactagtatctcgatggttttttttctc-CCC--CC-C------CCC-----CT----GT-G----AAA-TTTTTGCTAT--AC-A-G-------AGA-C-----TTAAA--T-A-T-G-G-CC-G-AT-A-TTCAA-CGTG--GG-AAA-TG---AAATAGG--AACCTTGAGTTA--T-AA-AT-A-T-TCTTC-ACTGGT---A---T--T--G-T-G-CAC-TT-C-C-----A-CA--G----TC-TT------------A-CTT-A--AGG-TTGGAACACCCCCC-------------CCC---------C-----------CC---T---T------------GG--AAAAAAGGAATT-CT--G-GTGTA-TC--C-GCGCc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                      tgcgcggatctcacagggtgcacaaaggaacaaC-CCC--CC-C------CCC-----CC----CT-G----G-A-TT-------C--GC-AGA-------AG--C-----TT-AA--T-A-T-C-G-CC-G-AT-A-TC--A-C-T----G-AAA-TG---AAA---A--TA---------ATCT-AG-TT-A-TATTTTC-A----T---A--TT--T--GTT-G-CAC----C-C-----A-CA-------TT-AT------------A-Cc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GG-CTGGA--------C-------------CCC--------------------------C---T------------GG--AAAAAAT---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGgtcaaacagaatcaatccacaaaataacaatcaataactagtattcaggtgtgtgtgtgtgtgtaatgggttagctggctggaccccctggaaaaaatttctggatccgcggcc
gi|8                          : ccccccccccccctggattcgcagaagcttaatatcgccgatatcactgaaatgaaaataatctagttatattttcatatttgttgcacccacattatacgtcaaacagaatcaatccacaaaataacaatcaataactagtattcaggtgtgtgtgtgtgtgtaatgggttagctTGCG-CGG-A-T-CT-A-GAAGG-G-G---G----GGG-G-GTCGGGGC--G---C--GCGGG--T--CCC-CCC--CC-C------CCC-----C------T-G----GAA-TT-------TT-GC-A-A-------AG--C-----TTTAA--T-A-T-C-G-CC-G-AT-A-TT--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------A--T-AG-TT-A-T-TTTTCGA----T---A--TC--T--G-T-G-CAC-TT-C-C-----A-CA--G----TT-AT------------AACTT-A--AGG-TTGGGACCCTCC-C-------------CCC---------CCCCCCCCCACCCC---C---T------------GG--AAAAATT---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGCgcc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                aTGCG-CGG-A-TTCT-A-GAACG-G-G---G-T-------------GGG--G---T----GGA--A--CAC-CCC----CC------CCC-----CC----CT-G----GGA-AT-------T--GC-A-A-------AG--C-----TT--A--T-A-T-C-G-CC-G-AT-A-TA--A-C-T---GG-AAA-TG---AAA---A--AA---------AT-T-AGATC-A-T-TTTTC-A----T---A--TT--T--GTT-G-CAC-TT-C-C-----A-CA--GAACTTT-AT------------A-CTT-A--AGG-TTGGA--------CGCCCCTCCCCCCTCCC---------C-----------CC---C---CCCCCCCCCCTCAGG--GAAAA-T---TT-CT--G-G---A-TC--C-GCGCct
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|36 ): CCCTCTTTGAAAATCTTCCGGATTCGCCCCTGTGATTATAATATTGGAATCTGTCAAGCATGGCAATTTGTCA
Unaligned ( gi|44 ): TACATTCTGTGTTTTAGAAATTTGAACCCCCCCCCCCCCGCATAAAAAA