lowQualScore                  :          2  1  1 1  1 2222 2222 333    2 33   1 1    2222 22 1 88888 222222  11  444444    1 1  3333   22  1  1 22   999      
lowQualScore                  :          .  .  . .  . .... .... ...    . ..   . .    .... .. . ..... ......  ..  ......    . .  ....   ..  .  . ..   ...      
lowQualScore                  :          2  1  0 0  0 0000 0000 555    9 22   9 0    0000 33 0 22222 777777  33  000000    0 9  3333   33  9  0 88   333      
consensus                     :    AGACAT-TT-AT-G-TT-G----A----T--ATAAA-T--CAT-T-CAAA----A--T-T-N---T------TC--AT-----CATCC-C-TT----CGT--TA-TA-C--ATT-G-AATACC
Reference ( gi|21 )           :    AGACAT-TT-AT-G-TT-G----A----T--ATAAA-T--CAT-T-CAAA----A--T-T-C---T------TC--AT-----CATCC-C-TT----CAT--TA-TA-C--ATT-T-AATACC
gi|44                         :    AGACAT-TT-AT-G-TT-G----A----T--ATAAA-T--CAT-T-CAAA----A--T-T-C---T------TC--AT-----CA-CC-C-TT----CAT--TA-TA-
gi|18                         :    AGACAT-TT-AT-G-TT-G----A----T--ATAA--T--CAT-T-CAAT----A--T-T-C---T------TC--AT-----TATCC-C-TT----CAT--TA-TA-C--ATG-A-AATACCt
gi|13                         :    AGACAT-TT-AT-GATT-G----T----T--ATAAA-T--CAT-T-CAAA----AA-T-T-C---T------TC--AT-----CACCC-C-TT----CAT--TA-TA-C--ATC-T-AATAtt
gi|10                         :  atAGACAT-TT-AT-G-TT-G----A----T--ATATA-T--CAA-T-CAAT----A--T-T-C---T------TC--TT-----TATCC-C-TT----CAT--TA-TA-C--ATG-T-AATACC
gi|15                         :   tAGGCAT-TT-AT-G-TT-G----A----T--ATAAA-T--AAT-T-CTAA----A--T-T-C---T------TC--TT-----CACCT-C-TT----CAT--TA-CA-C--ATC-T-AATACCtt
gi|34                         :  atAGACAT-TT-AT-G-TT-G----A----T--TTAAG-T--CAT-T-AAAA----A------C---T------GC--AT-----TATCC-T-TT----CAT--TA-TA-T--ATT-G-AATACC
gi|2                          :    AGACAT-TT-AT-G-TT-G----A----T--AT-AA-T--CAT-T-CAAA----A--T-T-C---T------GC--ATACAAACACAA-C-CT----CAT--TA-TA-C--ATTCT-AATACC
gi|19                         :   cAGACAT-TT-AT-G-TT-G----A----T--TTAAA-T--CAA-T-TAAA----A--C-T-G---T------TC--AT-----TATCC-T-CT----CCT--TA-TA-C--ATT-G-AATACttaa
gi|1                          :   tAGACAT-TT-AA-A-TT-G----A----T--AAAAA-T--CAT-T-CAAA----A--T-T-C---T------TC--AG-----TATCA-C-TTTGAACATTATA-TA-C--ATT-G-AATATCt
gi|7                          : tagAGAC---TT-AT-G-TT-G----A----T--ATAAA-C--CAT-T-CACACCCTA--T-T-A---T------AC--AT-----GACCC-C-TT----CAT--TA-TA-C--ATC-T-AAAACCttagt
gi|24                         :  atAGACAT-TT-GT-G-AT-G----A----T--TTAAA-T--CAT-C-AAAA----A--G-T-G---T------TC--AC-----CATCC-T-TT----AAT--TA-TA-C--ATT-G-AATAac
gi|37                         :   tAGACAT-TT-AT-G-TT-G----A----T--TAAAA-T--CA-----------------------T------TC--AT-----TATCC-T-TT----TGT--AA-TA-C--ATT-G-CATACCg
gi|33                         :   gtGACAT-TT-AT-G-TT-G----A----T--ATAAA-T--CAT-T-C-AA----A--T-T-C---T------GC--AT-----CA-CC-C-TT----CAT--TA-TA-C--ATC-T-AATAttaa
gi|38                         :    tGACAT-TT-AT-G-TT-G----A----T--AAAAA-T--CAT-T-CAAA----A--T-T-C---T------TC--AC-----CACCC-C-TT----CAT--TA-Tac
gi|23                         :     GACAT-TT-AT-G-TC-G----G----T--ATAAA-T--TAT-T-CAAA----A--T-T-G---T------TC--AT-----AATCA-T-TT----CGT--TA-TA-C--ATT-G-AATACCtataaga
gi|22                         :     GACAA-TT-AT-G-AT-G----A----T--ATAAA-C--CAT-T-CAAA----A--T-T-C---T------TC--AT-----TACCC-C-TT----CAT--TA-TA-T--ATT-G-AAAACt
gi|9                          :     GACAT-TT-AT-G-CT-G----A----T--TTAAA-T--CAT-T-CAAA----A--T-T-G---TTCATGATC--AT-----TATCT-T-TT----CGT--TA-TA-C--ATT-G-AATACtt
gi|30                         :     GACAT-TT-AT-G-TT-G----A----T--TGAAA-C--CAT-T-CCAA----A--T-T-G---T------TT--AA-----TATCC-T-TT----CGT--TG-TA-T--ATT-G-AATACC
gi|25                         :     GACAT-TT-AT-G-TT-G----A----T---TGAA-A--CAT-T-CCAA----A--T-T-G---T------TT--AA-----TATCC-T-TT----CGT--TG-TA-T--ATT-G-AATAC
gi|16                         :  atgGACAT-TT-AT-G-TT-G----A----G--TTAAA-T--CAT-CACAAA----A--T-T-G---T------TC--AT-----TATTCAT-TT----CGT--TA-TA-TAAATT-G-AATAC
gi|8                          :     GACAT-TT-CT-G-TT-G----ATTTTT--AAAAA-T--CAT-T--GAA----A--T-T-G---T------TC--AT-----TATCT-G-TT----TGTA-AA-TA-C--ATT-G-AATACC
gi|32                         :      ACAT-TT-AT-G-TT-G----A----T--AAAAA-T--CAT-T-CAAA-------T-T-C---T------TC--AT-----CACCC-C-TT----CAT--TT-TA-C--ATT-T-AATACtt
gi|27                         :     tACAT-TT--T-G-TT-G----A----T--ATAAA-T--CAT-T-CAAT----A--T-T-C---T------TC--AT------ATCC-CTTT----CAT--TA-TA-C--ATG-T-AATACCa
gi|5                          :      ACAT-TT-AT-G-TT-G----A----T--ATAAAAT--CAT-T-CAAT----A--G-T-C---T------TC--AT-----TATCC-C-TT----CAT--TA-TA-C--ATG-T-AATtt
gi|14                         :  atatACAT-TT-AT-A-T--G----A----T--ATAAA-T--CATGT-CAAA----AATT-T-C---T------TC--AT-----CACCC-C-TT----CAT--TATTA-C--A-T-T-AATACCtatcctt
gi|4                          :     aACATGTT-AT-G-TT-G----A----TTTATAAAATG-CAT-T--AAA----A--T-T-CA--T------TC--AT-----CATCC-C-TT----TAT--TA-TA-C--ATC-G-AATACCt
gi|3                          : atagaACATGTT-AT-G-TT-G----A----TTTATAAAATG-CAT-T--AAA----A--T-T-CA--T------TC--AT-----CATCC-C-TT----TAT--TA-TA-C--ATC-G-AATACCtt
gi|6                          : atagaACAT-TT-AT-G-TT-G----G----T--TTAAA-T--CAT-T-CAAA----A--T-TGCATGT------TC--AT-----TATCA-T-GT----CAT--CA-TA-C--ATT-G-AAGACCtt
gi|43                         :     aACAT-TT-AT-G-TT-G----A----T--TTAAA-T--CAT-T-CAAA----A--T-T-----------------------------T-TT----CGT--TA-TA-C--ATT-G-AATACCttg
gi|28                         :    atACAT-TT-AT-G-TT-G----A----T--ATAAA-T--CAT-T-CAAA----A--T-A-G---C------CA--AT-----AATCC-G-TT----CCT--TC-TA-C--ATC-G-AATACt
gi|11                         :      ACAT-TTTAT-G-TT-G----A----G--TTAAA-T--CAT-C-CAAA----A--T-T-G---T------TC--AT-----TATCA-T-TT----CGT--TA-TA-TAAATT-TGAATACCat
gi|29                         :       CAT-TT-AT-G-TT-G----A----T--ACAAA-T--CAT-T-CCAA----A--T-T-G---T------AC--AT-----TATCC-T-TT----CGT--TG-CA-C--ATT-G-AATt
gi|36                         :  ataagCAT-TT-AT-G-TT-G----G----T--TTAAA-T--CAT-T-AAAA----A----T-G---T------TC--AT-----TAGCC-T-TT----CCC--TA-TA-T--ATT----ATACC
gi|20                         :        AT-TT-AT-G-TC-G----G----T--ATAAA-T--CAT-T-CAAA----A--T-T-G---T------TC--AT-----TATCC-T-TTAG--AAT--T--TA-C--ATtt
gi|17                         :     tttaT-TT-AT-G-TC-G----G----T--ATAAA-T--CAT-T-CAAA----G--T-T-G---T------TCAAAT-----CA------TT----AGT--TA-TA-C--A-T-G-AATACaaactcaa
gi|41                         : gacattaat-TT-ATTG-TTAG----G----T--ATAAA-T--CAT-T-CAAA----A--T-T-G---T-----------T-----CATCT-C-TT----CGT--TA-TA-C--ATtt
gi|31                         :          -TT-AT-G-TT-GTCAGA----T--TTTAA-T--CAT-T-CAAA----A--T-T-G---C------TC--AT-----TGTAC-G-TT----CGT--TA-TA-C--ATT-G-AATACggagtag
gi|45                         :               T-G-TT-G----A----T--ATAAA-T--CAT-T-CAAA----A--T-T-C---G------TC--AC-----CACTC-C-TT----CAT--TA-TA-T--Att
gi|39                         :                -G-CT-G----A----T--ATAAA-T--CAT-T-CAAT----A--T-T-A---T------TC--AT-----TATCC-C-TT----CAT--TA-TA-C--ATG-T-AACACCc
gi|35                         :                  -TT-G----G----T--TTAAA-T--CAT-T-CAAA----A--T-T-G---G------TC--AT-----TATTC-T-TT----CAT--TA-TA-C--ATT-tta
gi|40                         :                    T-G----A----T--ATACA-TTTCAG-T-CAAA----A--T-T-G---T------TC--AT-----CATCC-T-TT----CAT--TT-TA-C--TTT-G-AATACCgtacattgaatacc
gi|26                         :                     -G----A----T--TTAAA-T--CATAT-CAAA----A--TCT-C---T------TC--AT-----CACCC-CATT----CAT--TATTATC--ATC-T-AGTACCttt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): AATAAACATCTTTCTTGATTGAAATCATTTGAAATTGTTCAATTTTCTTTTGTTAAACATTGAATACT
Unaligned ( gi|42 ): AAGATTTATGTTAGATAAAATCATTCAAAATCGTATTTTGTCCTTTTGTTAGACAT






Alignments
lowQualScore                  :                2  1  1 0  1 1111  444 1111   2 33   1 0    1111 22 4444 22 222222  11  333333    111  1111 222 22  4444444  0 11 111  11      
lowQualScore                  :                .  .  . .  . ....  ... ....   . ..   . .    .... .. .... .. ......  ..  ......    ...  .... ... ..  .......  . .. ...  ..      
lowQualScore                  :                0  0  0 9  8 9999  333 9999   7 00   8 9    9999 11 0000 88 666666  22  777777    888  9999 111 11  7777777  9 33 666  11      
consensus                     :          AGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----TG-T------TC--AT-----CATCC-C-TT----CG--T--TA-------TA-C--A---TT-GAATACC
Reference ( family-5455 )     :          AGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----TN-T------TC--AT-----CATCC-C-TT----CG--T--TA-------TA-C--A---TT-GAATACC
gi|1                          :          AGACAT-TT-AA-A-TT-G----AT--AA----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----TC-T------TC--AG-----TATCA-C-TTTGAACA--TTATA-------TA-C--A---TT-GAATATC
gi|10                         :       tagAGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AT----ATA-T--CAA-T-CAAT----A--T----TC-T------TC--TT-----TATCC-C-TT----CA--T--TA-------TA-C--A---TG-TAATACCttagt
gi|11                         :           tACAT-TTTAT-G-TT-G----AG--TT----AAA-T--CAT-C-CAAA----A--T----TG-T------TC--AT-----TATCA-T-TT----CG--T--TA-------TA-T--AAATTT-GAATACCtt
gi|12                         :          AAACAT-CT-TT-C-TT-G----AT--TG----AAA-T--CAT-T-TGAA----A--T----TG-T------TC--AA-----TTTTC-T-TT----TG--T--TA-------AA-C--A---TT-GAATACt
gi|13                         :       aatAGACAT-TT-AT-GATT-G----TT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAA----AA-T----TC-T------TC--AT-----CACCC-C-TT----CA--T--TA-------TA-C--A---TC-TAATAt
gi|14                         :          atACAT-TT-AT-A-T--G----AT--AT----AAA-T--CATGT-CAAA----AATT----TC-T------TC--AT-----CACCC-C-TT----CA--T--TAT------TA-C--A---TT--AATACC
gi|15                         :         aAGGCAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AT----AAA-T--AAT-T-CTAA----A--T----TC-T------TC--TT-----CACCT-C-TT----CA--T--TA-------CA-C--A---TC-TAATACCt
gi|16                         :         atGACAT-TT-AT-G-TT-G----AG--TT----AAA-T--CAT-CACAAA----A--T----TG-T------TC--AT-----TATTCAT-TT----CG--T--TA-------TA-TAAA---TT-GAATAC
gi|17                         :               T-TT-AT-G-TC-G----GT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAA----G--T----TG-T------TCAAAT-----CA------TT----AG--T--TA-------TA-C--A----T-GAATAC
gi|18                         : gacattaatAGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AT----AA--T--CAT-T-CAAT----A--T----TC-T------TC--AT-----TATCC-C-TT----CA--T--TA-------TA-C--A---TG-AAATACCtt
gi|19                         :          AGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--TT----AAA-T--CAA-T-TAAA----A--C----TG-T------TC--AT-----TATCC-T-CT----CC--T--TA-------TA-C--A---TT-GAATACtt
gi|2                          :         tAGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AT-----AA-T--CAT-T-CAAA----A--T----TC-T------GC--ATACAAACACAA-C-CT----CA--T--TA-------TA-C--A---TTCTAATACCt
gi|20                         :             cAT-TT-AT-G-TC-G----GT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----TG-T------TC--AT-----TATCC-T-TT----AGAAT--T--------TA-C--A---Tttaa
gi|21                         :      tttaAGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----TC-T------TC--AT-----CATCC-C-TT----CA--T--TA-------TA-C--A---TT-TAATACCaaactcaa
gi|22                         :           GACAA-TT-AT-G-AT-G----AT--AT----AAA-C--CAT-T-CAAA----A--T----TC-T------TC--AT-----TACCC-C-TT----CA--T--TA-------TA-T--A---TT-GAAAAC
gi|23                         :           GACAT-TT-AT-G-TC-G----GT--AT----AAA-T--TAT-T-CAAA----A--T----TG-T------TC--AT-----AATCA-T-TT----CG--T--TA-------TA-C--A---TT-GAATACCtt
gi|24                         :          AGACAT-TT-GT-G-AT-G----AT--TT----AAA-T--CAT-C-AAAA----A--G----TG-T------TC--AC-----CATCC-T-TT----AA--T--TA-------TA-C--A---TT-GAATAt
gi|25                         :          tGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT---T----GAA-A--CAT-T-CCAA----A--T----TG-T------TT--AA-----TATCC-T-TT----CG--T--TG-------TA-T--A---TT-GAATACg
gi|26                         :                        atg-G----AT--TT----AAA-T--CATAT-CAAA----A--TC---TC-T------TC--AT-----CACCC-CATT----CA--T--TAT------TATC--A---TC-TAGTACC
gi|27                         :      attttaACAT-TT--T-G-TT-G----AT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAT----A--T----TC-T------TC--AT------ATCC-CTTT----CA--T--TA-------TA-C--A---TG-TAATACCtt
gi|28                         :            ACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----AG-C------CA--AT-----AATCC-G-TT----CC--T--TC-------TA-C--A---TC-GAATACtt
gi|29                         :             CAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AC----AAA-T--CAT-T-CCAA----A--T----TG-T------AC--AT-----TATCC-T-TT----CG--T--TG-------CA-C--A---TT-GAATat
gi|3                          :       ataagACATGTT-AT-G-TT-G----ATTTAT----AAAATG-CAT-T--AAA----A--T----TCAT------TC--AT-----CATCC-C-TT----TA--T--TA-------TA-C--A---TC-GAATACC
gi|30                         :      atagaGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--TG----AAA-C--CAT-T-CCAA----A--T----TG-T------TT--AA-----TATCC-T-TT----CG--T--TG-------TA-T--A---TT-GAATACCtt
gi|31                         :                -TT-AT-G-TT-GTCAGAT--TT----TAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----TG-C------TC--AT-----TGTAC-G-TT----CG--T--TA-------TA-C--A---TT-GAATAC
gi|32                         :            ACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AA----AAA-T--CAT-T-C-AA----A--T----TC-T------TC--AT-----CACCC-C-TT----CA--T--TT-------TA-C--A---TT-TAATACtt
gi|33                         :          tGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AT----AAA-T--CAT-T-C-AA----A--T----TC-T------GC--AT-----CA-CC-C-TT----CA--T--TA-------TA-C--A---TC-TAATAa
gi|34                         :         tAGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--TT----AAG-T--CAT-T-AAAA----A--C----TG---------C--AT-----TATCC-T-TT----CA--T--TA-------TA-T--A---TT-GAATACCac
gi|35                         :                        -TT-G----GT--TT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----TG-G------TC--AT-----TATTC-T-TT----CA--T--TATACATTGTA-C--A---TT-GAATACC
gi|36                         :             CAT-TT-AT-G-TT-G----GT--TT----AAA-T--CAT-T-AAAA----A-------TG-T------TC--AT-----TAGCC-T-TT----CC--C--TA-------TA-T--A---TT---ATACC
gi|37                         :          AGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT---------------------TAAA----A--T----CA-T------TC--AT-----TATCC-T-TT----TG--T--AA-------TA-C--A---TT-GCATACCtt
gi|38                         :         gtGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AA----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----TC-T------TC--AC-----CACCC-C-TT----CA--T--TA-------Tttaa
gi|39                         :                      -G-CT-G----AT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAT----A--T----TA-T------TC--AT-----TATCC-C-TT----CA--T--TA-------TA-C--A---TG-TAACACCtataaga
gi|4                          :            ACATGTT-AT-G-TT-G----ATTTAT----AAAATG-CAT-T--AAA----A--T----TCAT------TC--AT-----CATCC-C-TT----TA--T--TA-------TA-C--A---TC-GAATACCtta
gi|40                         :                     atagaT-G----AT--AT----ACA-TTTCAG-T-CAAA----A--T----TG-T------TC--AT-----CATCC-T-TT----CA--T--TT-------TA-C--T---TT-GAATACCtt
gi|41                         :                -TT-ATTG-TTAG----GT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----TG-T-----------T-----CATCT-C-TT----CG--T--TA-------TA-C--A---TG-GAGTAttt
gi|42                         :              AT-TT-AT-G-TTAG----AT--A-----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--TCG--TA-T------T----T-----TGTCC-T-TT----TG--T--TA-------GA-C--A---Tg
gi|43                         :         aagACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--TT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----TT---------------------------TT----CG--T--TA-------TA-C--A---TT-GAATACC
gi|44                         :        atAGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----TC-T------TC--AT-----CA-CC-C-TT----CA--T--TA-------TA-t
gi|45                         :                     T-G-TT-G----AT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----TC-G------TC--AC-----CACTC-C-TT----CA--T--TA-------TA-T--A---t
gi|5                          :            ACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AT----AAAAT--CAT-T-CAAT----A--G----TC-T------TC--AT-----TATCC-C-TT----CA--T--TA-------TA-C--A---Tc
gi|6                          :        atatACAT-TT-AT-G-TT-G----GT--TT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--TTGCATG-T------TC--AT-----TATCA-T-GT----CA--T--CA-------TA-C--A---TT-GAAGACCgtaattatcctt
gi|7                          :         aAGAC---TT-AT-G-TT-G----AT--AT----AAA-C--CAT-T-CACACCCTA--T----TA-T------AC--AT-----GACCC-C-TT----CA--T--TA-------TA-C--A---TC-TAAAACCttg
gi|8                          :         atGACAT-TT-CT-G-TT-G----AT--TTTTAAAAA-T--CAT-T--GAA----A--T----TG-T------TC--AT-----TATCT-G-TT----TG--TA-AA-------TA-C--A---TT-GAATACCac
gi|9                          :           GACAT-TT-AT-G-CT-G----AT--TT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----TG-TTCATGATC--AT-----TATCT-T-TT----CG--T--TA-------TA-C--A---TT-GAATACtt





Alignments
lowQualScore                  :                2  1  1 0  1 1111  444 1111   2 33   1 0    1111 22 2222 44 222222  11  333333    0 1  1111 222 22  4444444  0 11 111  11      
lowQualScore                  :                .  .  . .  . ....  ... ....   . ..   . .    .... .. .... .. ......  ..  ......    . .  .... ... ..  .......  . .. ...  ..      
lowQualScore                  :                0  0  0 9  8 9999  333 9999   7 00   8 9    9999 11 8888 11 666666  22  777777    9 8  9999 111 11  7777777  9 33 666  11      
consensus                     :          AGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----T-GT------TC--AT-----CATCC-C-TT----CG--T--TA-------TA-C--A---TT-GAATACC
Reference ( family-5455 )     :          AGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----T-GT------TC--AT-----CATCC-C-TT----CG--T--TA-------TA-C--A---TT-GAATACC
gi|1                          :          AGACAT-TT-AA-A-TT-G----AT--AA----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----T-CT------TC--AG-----TATCA-C-TTTGAACA--TTATA-------TA-C--A---TT-GAATATC
gi|10                         :       tagAGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AT----ATA-T--CAA-T-CAAT----A--T----T-CT------TC--TT-----TATCC-C-TT----CA--T--TA-------TA-C--A---TG-TAATACCttagt
gi|11                         :           tACAT-TTTAT-G-TT-G----AG--TT----AAA-T--CAT-C-CAAA----A--T----T-GT------TC--AT-----TATCA-T-TT----CG--T--TA-------TA-T--AAATTT-GAATACCtt
gi|12                         :          AAACAT-CT-TT-C-TT-G----AT--TG----AAA-T--CAT-T-TGAA----A--T----T-GT------TC--AA-----TTTTC-T-TT----TG--T--TA-------AA-C--A---TT-GAATACt
gi|13                         :       aatAGACAT-TT-AT-GATT-G----TT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAA----AA-T----T-CT------TC--AT-----CACCC-C-TT----CA--T--TA-------TA-C--A---TC-TAATAt
gi|14                         :          atACAT-TT-AT-A-T--G----AT--AT----AAA-T--CATGT-CAAA----AATT----T-CT------TC--AT-----CACCC-C-TT----CA--T--TAT------TA-C--A---TT--AATACC
gi|15                         :         aAGGCAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AT----AAA-T--AAT-T-CTAA----A--T----T-CT------TC--TT-----CACCT-C-TT----CA--T--TA-------CA-C--A---TC-TAATACCt
gi|16                         :         atGACAT-TT-AT-G-TT-G----AG--TT----AAA-T--CAT-CACAAA----A--T----T-GT------TC--AT-----TATTCAT-TT----CG--T--TA-------TA-TAAA---TT-GAATAC
gi|17                         :               T-TT-AT-G-TC-G----GT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAA----G--T----T-GT------TCAAAT-----CA------TT----AG--T--TA-------TA-C--A----T-GAATAC
gi|18                         : gacattaatAGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AT----AA--T--CAT-T-CAAT----A--T----T-CT------TC--AT-----TATCC-C-TT----CA--T--TA-------TA-C--A---TG-AAATACCtt
gi|19                         :          AGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--TT----AAA-T--CAA-T-TAAA----A--C----T-GT------TC--AT-----TATCC-T-CT----CC--T--TA-------TA-C--A---TT-GAATACtt
gi|2                          :         tAGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AT-----AA-T--CAT-T-CAAA----A--T----T-CT------GC--ATACAAACACAA-C-CT----CA--T--TA-------TA-C--A---TTCTAATACCt
gi|20                         :             cAT-TT-AT-G-TC-G----GT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----T-GT------TC--AT-----TATCC-T-TT----AGAAT--T--------TA-C--A---Tttaa
gi|21                         :      tttaAGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----T-CT------TC--AT-----CATCC-C-TT----CA--T--TA-------TA-C--A---TT-TAATACCaaactcaa
gi|22                         :           GACAA-TT-AT-G-AT-G----AT--AT----AAA-C--CAT-T-CAAA----A--T----T-CT------TC--AT-----TACCC-C-TT----CA--T--TA-------TA-T--A---TT-GAAAAC
gi|23                         :           GACAT-TT-AT-G-TC-G----GT--AT----AAA-T--TAT-T-CAAA----A--T----T-GT------TC--AT-----AATCA-T-TT----CG--T--TA-------TA-C--A---TT-GAATACCtt
gi|24                         :          AGACAT-TT-GT-G-AT-G----AT--TT----AAA-T--CAT-C-AAAA----A--G----T-GT------TC--AC-----CATCC-T-TT----AA--T--TA-------TA-C--A---TT-GAATAt
gi|25                         :          tGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT---T----GAA-A--CAT-T-CCAA----A--T----T-GT------TT--AA-----TATCC-T-TT----CG--T--TG-------TA-T--A---TT-GAATACg
gi|26                         :                        atg-G----AT--TT----AAA-T--CATAT-CAAA----A--TC---T-CT------TC--AT-----CACCC-CATT----CA--T--TAT------TATC--A---TC-TAGTACC
gi|27                         :      attttaACAT-TT--T-G-TT-G----AT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAT----A--T----T-CT------TC--AT------ATCC-CTTT----CA--T--TA-------TA-C--A---TG-TAATACCtt
gi|28                         :            ACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----A-GC------CA--AT-----AATCC-G-TT----CC--T--TC-------TA-C--A---TC-GAATACtt
gi|29                         :             CAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AC----AAA-T--CAT-T-CCAA----A--T----T-GT------AC--AT-----TATCC-T-TT----CG--T--TG-------CA-C--A---TT-GAATat
gi|3                          :       ataagACATGTT-AT-G-TT-G----ATTTAT----AAAATG-CAT-T--AAA----A--T----TCAT------TC--AT-----CATCC-C-TT----TA--T--TA-------TA-C--A---TC-GAATACC
gi|30                         :      atagaGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--TG----AAA-C--CAT-T-CCAA----A--T----T-GT------TT--AA-----TATCC-T-TT----CG--T--TG-------TA-T--A---TT-GAATACCtt
gi|31                         :                -TT-AT-G-TT-GTCAGAT--TT----TAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----T-GC------TC--AT-----TGTAC-G-TT----CG--T--TA-------TA-C--A---TT-GAATAC
gi|32                         :            ACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AA----AAA-T--CAT-T-C-AA----A--T----T-CT------TC--AT-----CACCC-C-TT----CA--T--TT-------TA-C--A---TT-TAATACtt
gi|33                         :          tGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AT----AAA-T--CAT-T-C-AA----A--T----T-CT------GC--AT-----CA-CC-C-TT----CA--T--TA-------TA-C--A---TC-TAATAa
gi|34                         :         tAGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--TT----AAG-T--CAT-T-AAAA----A--C----T-G--------C--AT-----TATCC-T-TT----CA--T--TA-------TA-T--A---TT-GAATACCac
gi|35                         :                        -TT-G----GT--TT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----T-GG------TC--AT-----TATTC-T-TT----CA--T--TATACATTGTA-C--A---TT-GAATACC
gi|36                         :             CAT-TT-AT-G-TT-G----GT--TT----AAA-T--CAT-T-AAAA----A-------T-GT------TC--AT-----TAGCC-T-TT----CC--C--TA-------TA-T--A---TT---ATACC
gi|37                         :          AGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT---------------------TAAA----A--T----C-AT------TC--AT-----TATCC-T-TT----TG--T--AA-------TA-C--A---TT-GCATACCtt
gi|38                         :         gtGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AA----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----T-CT------TC--AC-----CACCC-C-TT----CA--T--TA-------Tttaa
gi|39                         :                      -G-CT-G----AT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAT----A--T----T-AT------TC--AT-----TATCC-C-TT----CA--T--TA-------TA-C--A---TG-TAACACCtataaga
gi|4                          :            ACATGTT-AT-G-TT-G----ATTTAT----AAAATG-CAT-T--AAA----A--T----TCAT------TC--AT-----CATCC-C-TT----TA--T--TA-------TA-C--A---TC-GAATACCtta
gi|40                         :                     atagaT-G----AT--AT----ACA-TTTCAG-T-CAAA----A--T----T-GT------TC--AT-----CATCC-T-TT----CA--T--TT-------TA-C--T---TT-GAATACCtt
gi|41                         :                -TT-ATTG-TTAG----GT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----T-GT-----------T-----CATCT-C-TT----CG--T--TA-------TA-C--A---TG-GAGTAttt
gi|42                         :              AT-TT-AT-G-TTAG----AT--A-----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----C-GT------AT--TT-----TGTCC-T-TT----TG--T--TA-------GA-C--A---Tg
gi|43                         :         aagACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--TT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----T--------------------------T-TT----CG--T--TA-------TA-C--A---TT-GAATACC
gi|44                         :        atAGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----T-CT------TC--AT-----CA-CC-C-TT----CA--T--TA-------TA-t
gi|45                         :                     T-G-TT-G----AT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----T-CG------TC--AC-----CACTC-C-TT----CA--T--TA-------TA-T--A---t
gi|5                          :            ACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AT----AAAAT--CAT-T-CAAT----A--G----T-CT------TC--AT-----TATCC-C-TT----CA--T--TA-------TA-C--A---Tc
gi|6                          :        atatACAT-TT-AT-G-TT-G----GT--TT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--TTGCAT-GT------TC--AT-----TATCA-T-GT----CA--T--CA-------TA-C--A---TT-GAAGACCgtaattatcctt
gi|7                          :         aAGAC---TT-AT-G-TT-G----AT--AT----AAA-C--CAT-T-CACACCCTA--T----T-AT------AC--AT-----GACCC-C-TT----CA--T--TA-------TA-C--A---TC-TAAAACCttg
gi|8                          :         atGACAT-TT-CT-G-TT-G----AT--TTTTAAAAA-T--CAT-T--GAA----A--T----T-GT------TC--AT-----TATCT-G-TT----TG--TA-AA-------TA-C--A---TT-GAATACCac
gi|9                          :           GACAT-TT-AT-G-CT-G----AT--TT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----T-GTTCATGATC--AT-----TATCT-T-TT----CG--T--TA-------TA-C--A---TT-GAATACtt





Alignments
lowQualScore                  :                2  1  1 0  1 1111  444 1111   2 33   1 0    1111 22 2222 44 222222  11  333333    0 1  1111 222 22  4444444  0 11 111  11      
lowQualScore                  :                .  .  . .  . ....  ... ....   . ..   . .    .... .. .... .. ......  ..  ......    . .  .... ... ..  .......  . .. ...  ..      
lowQualScore                  :                0  0  0 9  8 9999  333 9999   7 00   8 9    9999 11 8888 11 666666  22  777777    9 8  9999 111 11  7777777  9 33 666  11      
consensus                     :          AGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----T-GT------TC--AT-----CATCC-C-TT----CG--T--TA-------TA-C--A---TT-GAATACC
Reference ( family-5455 )     :          AGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----T-GT------TC--AT-----CATCC-C-TT----CG--T--TA-------TA-C--A---TT-GAATACC
gi|1                          :          AGACAT-TT-AA-A-TT-G----AT--AA----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----T-CT------TC--AG-----TATCA-C-TTTGAACA--TTATA-------TA-C--A---TT-GAATATC
gi|10                         :       tagAGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AT----ATA-T--CAA-T-CAAT----A--T----T-CT------TC--TT-----TATCC-C-TT----CA--T--TA-------TA-C--A---TG-TAATACCttagt
gi|11                         :           tACAT-TTTAT-G-TT-G----AG--TT----AAA-T--CAT-C-CAAA----A--T----T-GT------TC--AT-----TATCA-T-TT----CG--T--TA-------TA-T--AAATTT-GAATACCtt
gi|12                         :          AAACAT-CT-TT-C-TT-G----AT--TG----AAA-T--CAT-T-TGAA----A--T----T-GT------TC--AA-----TTTTC-T-TT----TG--T--TA-------AA-C--A---TT-GAATACt
gi|13                         :       aatAGACAT-TT-AT-GATT-G----TT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAA----AA-T----T-CT------TC--AT-----CACCC-C-TT----CA--T--TA-------TA-C--A---TC-TAATAt
gi|14                         :          atACAT-TT-AT-A-T--G----AT--AT----AAA-T--CATGT-CAAA----AATT----T-CT------TC--AT-----CACCC-C-TT----CA--T--TAT------TA-C--A---TT--AATACC
gi|15                         :         aAGGCAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AT----AAA-T--AAT-T-CTAA----A--T----T-CT------TC--TT-----CACCT-C-TT----CA--T--TA-------CA-C--A---TC-TAATACCt
gi|16                         :         atGACAT-TT-AT-G-TT-G----AG--TT----AAA-T--CAT-CACAAA----A--T----T-GT------TC--AT-----TATTCAT-TT----CG--T--TA-------TA-TAAA---TT-GAATAC
gi|17                         :               T-TT-AT-G-TC-G----GT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAA----G--T----T-GT------TCAAAT-----CA------TT----AG--T--TA-------TA-C--A----T-GAATAC
gi|18                         : gacattaatAGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AT----AA--T--CAT-T-CAAT----A--T----T-CT------TC--AT-----TATCC-C-TT----CA--T--TA-------TA-C--A---TG-AAATACCtt
gi|19                         :          AGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--TT----AAA-T--CAA-T-TAAA----A--C----T-GT------TC--AT-----TATCC-T-CT----CC--T--TA-------TA-C--A---TT-GAATACtt
gi|2                          :         tAGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AT-----AA-T--CAT-T-CAAA----A--T----T-CT------GC--ATACAAACACAA-C-CT----CA--T--TA-------TA-C--A---TTCTAATACCt
gi|20                         :             cAT-TT-AT-G-TC-G----GT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----T-GT------TC--AT-----TATCC-T-TT----AGAAT--T--------TA-C--A---Tttaa
gi|21                         :      tttaAGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----T-CT------TC--AT-----CATCC-C-TT----CA--T--TA-------TA-C--A---TT-TAATACCaaactcaa
gi|22                         :           GACAA-TT-AT-G-AT-G----AT--AT----AAA-C--CAT-T-CAAA----A--T----T-CT------TC--AT-----TACCC-C-TT----CA--T--TA-------TA-T--A---TT-GAAAAC
gi|23                         :           GACAT-TT-AT-G-TC-G----GT--AT----AAA-T--TAT-T-CAAA----A--T----T-GT------TC--AT-----AATCA-T-TT----CG--T--TA-------TA-C--A---TT-GAATACCtt
gi|24                         :          AGACAT-TT-GT-G-AT-G----AT--TT----AAA-T--CAT-C-AAAA----A--G----T-GT------TC--AC-----CATCC-T-TT----AA--T--TA-------TA-C--A---TT-GAATAt
gi|25                         :          tGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT---T----GAA-A--CAT-T-CCAA----A--T----T-GT------TT--AA-----TATCC-T-TT----CG--T--TG-------TA-T--A---TT-GAATACg
gi|26                         :                        atg-G----AT--TT----AAA-T--CATAT-CAAA----A--TC---T-CT------TC--AT-----CACCC-CATT----CA--T--TAT------TATC--A---TC-TAGTACC
gi|27                         :      attttaACAT-TT--T-G-TT-G----AT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAT----A--T----T-CT------TC--AT------ATCC-CTTT----CA--T--TA-------TA-C--A---TG-TAATACCtt
gi|28                         :            ACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----A-GC------CA--AT-----AATCC-G-TT----CC--T--TC-------TA-C--A---TC-GAATACtt
gi|29                         :             CAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AC----AAA-T--CAT-T-CCAA----A--T----T-GT------AC--AT-----TATCC-T-TT----CG--T--TG-------CA-C--A---TT-GAATat
gi|3                          :       ataagACATGTT-AT-G-TT-G----ATTTAT----AAAATG-CAT-T--AAA----A--T----TCAT------TC--AT-----CATCC-C-TT----TA--T--TA-------TA-C--A---TC-GAATACC
gi|30                         :      atagaGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--TG----AAA-C--CAT-T-CCAA----A--T----T-GT------TT--AA-----TATCC-T-TT----CG--T--TG-------TA-T--A---TT-GAATACCtt
gi|31                         :                -TT-AT-G-TT-GTCAGAT--TT----TAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----T-GC------TC--AT-----TGTAC-G-TT----CG--T--TA-------TA-C--A---TT-GAATAC
gi|32                         :            ACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AA----AAA-T--CAT-T-C-AA----A--T----T-CT------TC--AT-----CACCC-C-TT----CA--T--TT-------TA-C--A---TT-TAATACtt
gi|33                         :          tGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AT----AAA-T--CAT-T-C-AA----A--T----T-CT------GC--AT-----CA-CC-C-TT----CA--T--TA-------TA-C--A---TC-TAATAa
gi|34                         :         tAGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--TT----AAG-T--CAT-T-AAAA----A--C----T-G--------C--AT-----TATCC-T-TT----CA--T--TA-------TA-T--A---TT-GAATACCac
gi|35                         :                        -TT-G----GT--TT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----T-GG------TC--AT-----TATTC-T-TT----CA--T--TATACATTGTA-C--A---TT-GAATACC
gi|36                         :             CAT-TT-AT-G-TT-G----GT--TT----AAA-T--CAT-T-AAAA----A-------T-GT------TC--AT-----TAGCC-T-TT----CC--C--TA-------TA-T--A---TT---ATACC
gi|37                         :          AGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT---------------------TAAA----A--T----C-AT------TC--AT-----TATCC-T-TT----TG--T--AA-------TA-C--A---TT-GCATACCtt
gi|38                         :         gtGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AA----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----T-CT------TC--AC-----CACCC-C-TT----CA--T--TA-------Tttaa
gi|39                         :                      -G-CT-G----AT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAT----A--T----T-AT------TC--AT-----TATCC-C-TT----CA--T--TA-------TA-C--A---TG-TAACACCtataaga
gi|4                          :            ACATGTT-AT-G-TT-G----ATTTAT----AAAATG-CAT-T--AAA----A--T----TCAT------TC--AT-----CATCC-C-TT----TA--T--TA-------TA-C--A---TC-GAATACCtta
gi|40                         :                     atagaT-G----AT--AT----ACA-TTTCAG-T-CAAA----A--T----T-GT------TC--AT-----CATCC-T-TT----CA--T--TT-------TA-C--T---TT-GAATACCtt
gi|41                         :                -TT-ATTG-TTAG----GT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----T-GT-----------T-----CATCT-C-TT----CG--T--TA-------TA-C--A---TG-GAGTAttt
gi|42                         :              AT-TT-AT-G-TTAG----AT--A-----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----C-GT------AT--TT-----TGTCC-T-TT----TG--T--TA-------GA-C--A---Tg
gi|43                         :         aagACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--TT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----T--------------------------T-TT----CG--T--TA-------TA-C--A---TT-GAATACC
gi|44                         :        atAGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----T-CT------TC--AT-----CA-CC-C-TT----CA--T--TA-------TA-t
gi|45                         :                     T-G-TT-G----AT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----T-CG------TC--AC-----CACTC-C-TT----CA--T--TA-------TA-T--A---t
gi|5                          :            ACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AT----AAAAT--CAT-T-CAAT----A--G----T-CT------TC--AT-----TATCC-C-TT----CA--T--TA-------TA-C--A---Tc
gi|6                          :        atatACAT-TT-AT-G-TT-G----GT--TT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--TTGCAT-GT------TC--AT-----TATCA-T-GT----CA--T--CA-------TA-C--A---TT-GAAGACCgtaattatcctt
gi|7                          :         aAGAC---TT-AT-G-TT-G----AT--AT----AAA-C--CAT-T-CACACCCTA--T----T-AT------AC--AT-----GACCC-C-TT----CA--T--TA-------TA-C--A---TC-TAAAACCttg
gi|8                          :         atGACAT-TT-CT-G-TT-G----AT--TTTTAAAAA-T--CAT-T--GAA----A--T----T-GT------TC--AT-----TATCT-G-TT----TG--TA-AA-------TA-C--A---TT-GAATACCac
gi|9                          :           GACAT-TT-AT-G-CT-G----AT--TT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----T-GTTCATGATC--AT-----TATCT-T-TT----CG--T--TA-------TA-C--A---TT-GAATACtt


blockSeqs                     :                G  T       A TCAG  TTA TTAA   A TT   G      CCCT AT TGCA CA TCATGA  AA  ACAAAC      A  .    GAA A   TACATTG    AA AAT  CT
blockSeqs                     :                G  .       A .     TTA .      A G    A      .    A  C    CA .       .   T           T  .    A   .   T          .  .    T 
blockSeqs                     :                .  .       . .     A   .      A G    .      .    .  .    C  .       .   T           .  .    G   .   T          .  .    G 
blockSeqs                     :                .  .       . .     T   .      . .    .      .    .  .    G  .       .   T           .  .    G   .   .          .  .    G 
blockSeqs                     :                .  .       . .     T   .      . .    .      .    .  .    G  .       .   C           .  .    A   .   .          .  .    T 
blockSeqs                     :                .  .       . .     A   .      . .    .      .    .  .    C  .       .   C           .  .    A   .   .          .  .    T 
blockSeqs                     :                .  .       . .     A   .      . .    .      .    .  .    C  .       .   C           .  .    A   .   .          .  .    G 
blockSeqs                     :                .  .       . .     A   .      . .    .      .    .  .    C  .       .   T           .  .    G   .   .          .  .    G 
blockSeqs                     :                .  .       . .     T   .      . .    .      .    .  .    G  .       .   C           .  .    G   .   .          .  .    A 
blockSeqs                     :                .  .       . .     A   .      . .    .      .    .  .    G  .       .   T           .  .    A   .   .          .  .    G 
blockSeqs                     :                .  .       . .     A   .      . .    .      .    .  .    C  .       .   T           .  .    C   .   .          .  .    T 
blockSeqs                     :                .  .       . .     T   .      . .    .      .    .  .    G  .       .   T           .  .    A   .   .          .  .    G 
blockSeqs                     :                .  .       . .     A   .      . .    .      .    .  .    C  .       .   C           .  .    A   .   .          .  .    G 
blockSeqs                     :                .  .       . .     A   .      . .    .      .    .  .    G  .       .   T           .  .    A   .   .          .  .    G 
blockSeqs                     :                .  .       . .     A   .      . .    .      .    .  .    C  .       .   A           .  .    G   .   .          .  .    G 
blockSeqs                     :                .  .       . .     A   .      . .    .      .    .  .    C  .       .   C           .  .    A   .   .          .  .    T 
blockSeqs                     :                .  .       . .     A   .      . .    .      .    .  .    G  .       .   T           .  .    G   .   .          .  .    T 
blockSeqs                     :                .  .       . .     T   .      . .    .      .    .  .    G  .       .   C           .  .    A   .   .          .  .    G 
blockSeqs                     :                .  .       . .     T   .      . .    .      .    .  .    G  .       .   A           .  .    A   .   .          .  .    G 
blockSeqs                     :                .  .       . .     A   .      . .    .      .    .  .    C  .       .   T           .  .    C   .   .          .  .    G 
blockSeqs                     :                .  .       . .     A   .      . .    .      .    .  .    C  .       .   C           .  .    G   .   .          .  .    G 
blockSeqs                     :                .  .       . .     A   .      . .    .      .    .  .    G  .       .   T           .  .    A   .   .          .  .    G 
blockSeqs                     :                .  .       . .     T   .      . .    .      .    .  .    G  .       .   T           .  .    G   .   .          .  .    T 
blockSeqs                     :                .  .       . .     T   .      . .    .      .    .  .    G  .       .   C           .  .    G   .   .          .  .    T 
blockSeqs                     :                .  .       . .     A   .      . .    .      .    .  .    G  .       .   C           .  .    A   .   .          .  .    G 
blockSeqs                     :                .  .       . .     A   .      . .    .      .    .  .    C  .       .   T           .  .    A   .   .          .  .    G 
blockSeqs                     :                .  .       . .     T   .      . .    .      .    .  .    C  .       .   T           .  .    A   .   .          .  .    G 
blockSeqs                     :                .  .       . .     T   .      . .    .      .    .  .    G  .       .   T           .  .    A   .   .          .  .    T 
blockSeqs                     :                .  .       . .     T   .      . .    .      .    .  .    G  .       .   T           .  .    C   .   .          .  .    G 
blockSeqs                     :                .  .       . .     A   .      . .    .      .    .  .    G  .       .   C           .  .    G   .   .          .  .    G 
blockSeqs                     :                .  .       . .     A   .      . .    .      .    .  .    A  .       .   T           .  .    A   .   .          .  .    G 
blockSeqs                     :                .  .       . .     A   .      . .    .      .    .  .    C  .       .   C           .  .    A   .   .          .  .    G 
blockSeqs                     :                .  .       . .     A   .      . .    .      .    .  .    A  .       .   C           .  .    A   .   .          .  .    G 
blockSeqs                     :                .  .       . .     A   .      . .    .      .    .  .    G  .       .   C           .  .    A   .   .          .  .    T 
blockSeqs                     :                .  .       . .     T   .      . .    .      .    .  .    G  .       .   T           .  .    G   .   .          .  .    G 
blockSeqs                     :                .  .       . .     A   .      . .    .      .    .  .    G  .       .   C           .  .    G   .   .          .  .    G 
blockSeqs                     :                .  .       . .     A   .      . .    .      .    .  .    C  .       .   C           .  .    G   .   .          .  .    . 
blockSeqs                     :                .  .       . .     A   .      . .    .      .    .  .    C  .       .   T           .  .    A   .   .          .  .    . 
blockSeqs                     :                .  .       . .     T   .      . .    .      .    .  .    C  .       .   T           .  .    A   .   .          .  .      
blockSeqs                     :                           . .     A   .      . .    .      .    .  .    G  .       .   G           .  .    A   .   .          .  .      
blockSeqs                     :                           . .     T   .      . .    .      .    .  .    A  .       .   T           .  .    A   .   .          .  .      
blockSeqs                     :                           . .     T   .      . .    .      .    .  .    G  .       .   T           .  .    A   .   .          .  .      
blockSeqs                     :                           . .     .   .      . .    .      .    .  .    G  .       .   .           .  .    G   .   .                    
blockSeqs                     :                           . .     .   .      . .    .      .    .  .    .  .       .   .           .  .    G   .   .                    


blockSeqCons                  :                                                                                                       ****     **
originalCons                  :          AGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----T-GT------TC--AT-----CATCC-C-TT----CG--T--TA-------TA-C--A---TT-GAATACC
finalCons                     :          AGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----T-GT------TC--AT-----CATCC-C-TT----CG--T--TA-------TA-C--A---TT-GAATACC





Alignments
lowQualScore                  :                2  1  1 0  1 1111  444 1111   2 33   1 0    1111 22 2222 44 222222  11  333333    0 1  1111 222 22  4444444  0 11 111  11      
lowQualScore                  :                .  .  . .  . ....  ... ....   . ..   . .    .... .. .... .. ......  ..  ......    . .  .... ... ..  .......  . .. ...  ..      
lowQualScore                  :                0  0  0 9  8 9999  333 9999   7 00   8 9    9999 11 8888 11 666666  22  777777    9 8  9999 111 11  7777777  9 33 666  11      
consensus                     :          AGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----T-GT------TC--AT-----CATCC-C-TT----CG--T--TA-------TA-C--A---TT-GAATACC
Reference ( family-5455 )     :          AGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----T-GT------TC--AT-----CATCC-C-TT----CG--T--TA-------TA-C--A---TT-GAATACC
gi|1                          :          AGACAT-TT-AA-A-TT-G----AT--AA----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----T-CT------TC--AG-----TATCA-C-TTTGAACA--TTATA-------TA-C--A---TT-GAATATC
gi|10                         :       tagAGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AT----ATA-T--CAA-T-CAAT----A--T----T-CT------TC--TT-----TATCC-C-TT----CA--T--TA-------TA-C--A---TG-TAATACCttagt
gi|11                         :           tACAT-TTTAT-G-TT-G----AG--TT----AAA-T--CAT-C-CAAA----A--T----T-GT------TC--AT-----TATCA-T-TT----CG--T--TA-------TA-T--AAATTT-GAATACCtt
gi|12                         :          AAACAT-CT-TT-C-TT-G----AT--TG----AAA-T--CAT-T-TGAA----A--T----T-GT------TC--AA-----TTTTC-T-TT----TG--T--TA-------AA-C--A---TT-GAATACt
gi|13                         :       aatAGACAT-TT-AT-GATT-G----TT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAA----AA-T----T-CT------TC--AT-----CACCC-C-TT----CA--T--TA-------TA-C--A---TC-TAATAt
gi|14                         :          atACAT-TT-AT-A-T--G----AT--AT----AAA-T--CATGT-CAAA----AATT----T-CT------TC--AT-----CACCC-C-TT----CA--T--TAT------TA-C--A---TT--AATACC
gi|15                         :         aAGGCAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AT----AAA-T--AAT-T-CTAA----A--T----T-CT------TC--TT-----CACCT-C-TT----CA--T--TA-------CA-C--A---TC-TAATACCt
gi|16                         :         atGACAT-TT-AT-G-TT-G----AG--TT----AAA-T--CAT-CACAAA----A--T----T-GT------TC--AT-----TATTCAT-TT----CG--T--TA-------TA-TAAA---TT-GAATAC
gi|17                         :               T-TT-AT-G-TC-G----GT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAA----G--T----T-GT------TCAAAT-----CA------TT----AG--T--TA-------TA-C--A----T-GAATAC
gi|18                         : gacattaatAGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AT----AA--T--CAT-T-CAAT----A--T----T-CT------TC--AT-----TATCC-C-TT----CA--T--TA-------TA-C--A---TG-AAATACCtt
gi|19                         :          AGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--TT----AAA-T--CAA-T-TAAA----A--C----T-GT------TC--AT-----TATCC-T-CT----CC--T--TA-------TA-C--A---TT-GAATACtt
gi|2                          :         tAGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AT-----AA-T--CAT-T-CAAA----A--T----T-CT------GC--ATACAAACACAA-C-CT----CA--T--TA-------TA-C--A---TTCTAATACCt
gi|20                         :             cAT-TT-AT-G-TC-G----GT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----T-GT------TC--AT-----TATCC-T-TT----AGAAT--T--------TA-C--A---Tttaa
gi|21                         :      tttaAGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----T-CT------TC--AT-----CATCC-C-TT----CA--T--TA-------TA-C--A---TT-TAATACCaaactcaa
gi|22                         :           GACAA-TT-AT-G-AT-G----AT--AT----AAA-C--CAT-T-CAAA----A--T----T-CT------TC--AT-----TACCC-C-TT----CA--T--TA-------TA-T--A---TT-GAAAAC
gi|23                         :           GACAT-TT-AT-G-TC-G----GT--AT----AAA-T--TAT-T-CAAA----A--T----T-GT------TC--AT-----AATCA-T-TT----CG--T--TA-------TA-C--A---TT-GAATACCtt
gi|24                         :          AGACAT-TT-GT-G-AT-G----AT--TT----AAA-T--CAT-C-AAAA----A--G----T-GT------TC--AC-----CATCC-T-TT----AA--T--TA-------TA-C--A---TT-GAATAt
gi|25                         :          tGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT---T----GAA-A--CAT-T-CCAA----A--T----T-GT------TT--AA-----TATCC-T-TT----CG--T--TG-------TA-T--A---TT-GAATACg
gi|26                         :                        atg-G----AT--TT----AAA-T--CATAT-CAAA----A--TC---T-CT------TC--AT-----CACCC-CATT----CA--T--TAT------TATC--A---TC-TAGTACC
gi|27                         :      attttaACAT-TT--T-G-TT-G----AT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAT----A--T----T-CT------TC--AT------ATCC-CTTT----CA--T--TA-------TA-C--A---TG-TAATACCtt
gi|28                         :            ACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----A-GC------CA--AT-----AATCC-G-TT----CC--T--TC-------TA-C--A---TC-GAATACtt
gi|29                         :             CAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AC----AAA-T--CAT-T-CCAA----A--T----T-GT------AC--AT-----TATCC-T-TT----CG--T--TG-------CA-C--A---TT-GAATat
gi|3                          :       ataagACATGTT-AT-G-TT-G----ATTTAT----AAAATG-CAT-T--AAA----A--T----TCAT------TC--AT-----CATCC-C-TT----TA--T--TA-------TA-C--A---TC-GAATACC
gi|30                         :      atagaGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--TG----AAA-C--CAT-T-CCAA----A--T----T-GT------TT--AA-----TATCC-T-TT----CG--T--TG-------TA-T--A---TT-GAATACCtt
gi|31                         :                -TT-AT-G-TT-GTCAGAT--TT----TAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----T-GC------TC--AT-----TGTAC-G-TT----CG--T--TA-------TA-C--A---TT-GAATAC
gi|32                         :            ACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AA----AAA-T--CAT-T-C-AA----A--T----T-CT------TC--AT-----CACCC-C-TT----CA--T--TT-------TA-C--A---TT-TAATACtt
gi|33                         :          tGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AT----AAA-T--CAT-T-C-AA----A--T----T-CT------GC--AT-----CA-CC-C-TT----CA--T--TA-------TA-C--A---TC-TAATAa
gi|34                         :         tAGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--TT----AAG-T--CAT-T-AAAA----A--C----T-G--------C--AT-----TATCC-T-TT----CA--T--TA-------TA-T--A---TT-GAATACCac
gi|35                         :                        -TT-G----GT--TT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----T-GG------TC--AT-----TATTC-T-TT----CA--T--TATACATTGTA-C--A---TT-GAATACC
gi|36                         :             CAT-TT-AT-G-TT-G----GT--TT----AAA-T--CAT-T-AAAA----A-------T-GT------TC--AT-----TAGCC-T-TT----CC--C--TA-------TA-T--A---TT---ATACC
gi|37                         :          AGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT---------------------TAAA----A--T----C-AT------TC--AT-----TATCC-T-TT----TG--T--AA-------TA-C--A---TT-GCATACCtt
gi|38                         :         gtGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AA----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----T-CT------TC--AC-----CACCC-C-TT----CA--T--TA-------Tttaa
gi|39                         :                      -G-CT-G----AT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAT----A--T----T-AT------TC--AT-----TATCC-C-TT----CA--T--TA-------TA-C--A---TG-TAACACCtataaga
gi|4                          :            ACATGTT-AT-G-TT-G----ATTTAT----AAAATG-CAT-T--AAA----A--T----TCAT------TC--AT-----CATCC-C-TT----TA--T--TA-------TA-C--A---TC-GAATACCtta
gi|40                         :                     atagaT-G----AT--AT----ACA-TTTCAG-T-CAAA----A--T----T-GT------TC--AT-----CATCC-T-TT----CA--T--TT-------TA-C--T---TT-GAATACCtt
gi|41                         :                -TT-ATTG-TTAG----GT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----T-GT-----------T-----CATCT-C-TT----CG--T--TA-------TA-C--A---TG-GAGTAttt
gi|42                         :              AT-TT-AT-G-TTAG----AT--A-----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----C-GT------AT--TT-----TGTCC-T-TT----TG--T--TA-------GA-C--A---Tg
gi|43                         :         aagACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--TT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----T--------------------------T-TT----CG--T--TA-------TA-C--A---TT-GAATACC
gi|44                         :        atAGACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----T-CT------TC--AT-----CA-CC-C-TT----CA--T--TA-------TA-t
gi|45                         :                     T-G-TT-G----AT--AT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----T-CG------TC--AC-----CACTC-C-TT----CA--T--TA-------TA-T--A---t
gi|5                          :            ACAT-TT-AT-G-TT-G----AT--AT----AAAAT--CAT-T-CAAT----A--G----T-CT------TC--AT-----TATCC-C-TT----CA--T--TA-------TA-C--A---Tc
gi|6                          :        atatACAT-TT-AT-G-TT-G----GT--TT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--TTGCAT-GT------TC--AT-----TATCA-T-GT----CA--T--CA-------TA-C--A---TT-GAAGACCgtaattatcctt
gi|7                          :         aAGAC---TT-AT-G-TT-G----AT--AT----AAA-C--CAT-T-CACACCCTA--T----T-AT------AC--AT-----GACCC-C-TT----CA--T--TA-------TA-C--A---TC-TAAAACCttg
gi|8                          :         atGACAT-TT-CT-G-TT-G----AT--TTTTAAAAA-T--CAT-T--GAA----A--T----T-GT------TC--AT-----TATCT-G-TT----TG--TA-AA-------TA-C--A---TT-GAATACCac
gi|9                          :           GACAT-TT-AT-G-CT-G----AT--TT----AAA-T--CAT-T-CAAA----A--T----T-GTTCATGATC--AT-----TATCT-T-TT----CG--T--TA-------TA-C--A---TT-GAATACtt