lowQualScore : 55 33333 1 111 11111 222222 2222222222 11111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111 2222222 1111111111 111111 22222222222 111111 1111 1 55555555555555 1 6666666666666
lowQualScore : 55 3 33333 4 2 6 99 4 4 55 000 4 00000 1 444444 3 3 3 8888888888 1 555 33 2 33 2 33 66 77777777 44 77 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 00000 44 44 3 2222222 0 2 3 2 4 555 0 666 3 8888888888 000000 00000000000 444444 3 3333 5 4 44444444444444 5 77 77 7 1111111111111 4 2 4
lowQualScore : .. . ..... . . . .. . . .. ... . ..... . ...... . . . .......... . ... .. . .. . .. .. ........ .. .. ................................................................. ..... .. .. . ....... . . . . . ... . ... . .......... ...... ........... ...... . .... . . .............. . .. .. . ............. . . .
lowQualScore : 00 0 55555 0 0 0 11 0 0 55 888 0 00000 2 444444 3 3 3 8888888888 8 444 77 7 77 7 77 33 66666666 22 22 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 88888 22 22 1 4444444 7 9 5 7 7 444 5 444 6 6666666666 555555 88888888888 111111 6 3333 0 7 99999999999999 7 99 99 0 5555555555555 0 5 0
consensus : NNNNNNNAATGA--ATNAAGAGG-CTCAT-GG-CCACATCGC-TCA-CCT--GA--GCA-GC-----AGTTCCT---N--GCAATA-A-ACA-AGC--TT---AA-GCAA---AA--CT-AT--CAT-T--AT--A-C-NA---GC--AGCTTGGT---T----CA--------------GA------------------A--AAA---C--TT--TT---CAAA-----GGT--AACG--ACT-AAAAA------TTCATTAATT-ATCAAACT-TAATT---ATCAAACTTGAC---TA-AAA--TTCA-T-TAA------TTATC-A--------TATGCCCTTGTAGAGGGGT----AT-GGCCT---TTCATTTTAACAAATTTC-ATCTAAGGATGCTT-T--GTGCCAAGTT--TGGTTCCCTATACATTCGCA---A--AA-ATTTGTNAAANCTTGGNCAC
Reference ( gi|2 ) : AAATTTTAATGACAATTAAGAGA-CAAAT-GG-CCATATCAC-TCA-CCT--GG--GCA-GC-----AGTTCCT---T--GCAATA-A-ACA-AGC--GT---AG-GCAA---AA--CT-AT--CAT-T--AT--A-T-TA---GC--AGTTTGGT---T----TA--------------GA------------------A--AAA---C--TT--TT---CAAA-----GGT--AACA--ACT-AAAAA------TTCATTAATT-ATCAAACT-TAATT---ATCAAACTTGAC---TA-AAA--TTCA-T-CAA------TTATC-A--------CATGCCCTTGTAGAGGGAT----AT-GGCCT---TTCATTTTCACAAGTGTT-ATTTATGAATGCTT-T--GTGCCAAGTT--TGGTTCCCAATACATTTGCA---A--AACATTTGTTAAACTTTAATCAC
gi|3 : AATGA--ATGAACAGAACA----GG-CCACATTGCCTTATCCTAAGT--GCATGT-----AGTT---------GTAGTG-ATACAGAGC--TTG--AG-GCAA---A---TT-AT--CAA-T--GC--A-C-AA---GC--AGCTTAGT---T----TA--------------GACTTCTTTTCTTTTGGTTCA--AA--------T--TT---TAAG-----AAT--AACG--ACA-AAAAA------TTCATTAATT-ACCAAATT-T--------TTAA---TAGC-------AA--TTCA-T-ATA------TTATT-A--------TATACTCCCATAGAGGGGTATGCAT-GACCC---TAGACTTTGAAAAATTTC-ATCTAAGGATGTTTATAAATGCCAAGTT--TGATTCTCTATACTTCTG
gi|16 : gTTAAGAGG-CCCATGGG-TCACATTGC-TCA-CAT--GA--GCA-GC-----ATTTTCT---t
gi|6 : tcacaaattaatttatgtttAGAGG-CTCAT-GGGTCACATTGC-GCA-CCT--GA--GAA-GC-----AGCTCCTACTT--ATTATA-T-ACA-AGC--TT---GA-GCAA---AA--CT-AT--CAT-T--AT--A-C-TA---GC--AGCTTGGT---G----TATCATATAGCAGCATGGTTCAGTT-----------A--AAA---T--TT--TT---CAAT-----GGT-----A--ACT-AAAAT------TTCA-TAATC-A--AAA--------------------GAA---TA-AAAATTTCT-T-TAA------TTTTC-A--------TATTCTCTTCTAGAAGTGT----AT-aaatgttacacaattttgaacaaaatatgat
gi|14 : aagaaccAGAGG-CTCAT-GGGTCACATTGC-TCA-CCT--GA--GAA-GC-----AGTTCCTACTT--ATTATA-C-ACA-AGC--TT---GA-GCAA---AA--CT-AT--CAT-T--AT--A-C-T
gi|22 : aaaaataagattcatttcttataagaaccAT-GG-CCACATCAC-TCA-TCT--AGAGGCA-GCGTTGAAGTTTCT---A--GCAATA-A-ACA-AGC--AT---AG-G
gi|18 : AT-GGATCACATGGC-TCA-GCT--GA--GGA-GC-----AGTTCTA---A--ACAAT--G-ACA-AGC--TT---GA-GCAA---AA--AT-TT--AAT-C--AT--G-C-TA---Gt
gi|1 : agcataatggaatacgagtcttT-GA-CCACATCGC-TCA-ACT--GA--GCA-CC-----AATGCTC---A--GCAAAA-A-ACA-ATT--TTT--AG-G-AA---AA--CTTAT--TAT-T--AT--ACT-TACT-GCTAAGTTCAGAAAAT----TA--------------AA------------------A--AAA----------TC---CAAAA----GGT--AACA--AAT-AAAA--------TTATTAATC-ATCAAATT-TGATT---ATTAAACTTAAC---TA-AAA-----A-TGCAA------TTATC-A--------TATGCCCTTGTATAAGGGT----AT-GGCCA---TTCATTTTAACAAA---C-ATCT----ATGCTT-T--GCACAACATT--TGGTTTCCTATACAATCGCA---AGTAAAATTT
gi|5 : ttaaaataaattggccactggttcttaacaaaaaaccctt-GG-CTACATAGC-TCA-CTT--GA--GTA-TC-----ACTTTCT---T--GCAGTA-A-AGA-CGC-------------------------T--CAT-T--AT--A-C-AA---AT--AGCTTGGT---TCAAATA--------------AA------------------A--AAAT--C--GT--TT---CAAA-----GGT--AACG--ACT-AAAA-------------------CCG---T-TAATT---ATCAAACTTGAC---TA-AAA--TTC------A------TTATA-A--------TTTGCCCTTGTAGAGGGGC----AT-GACTT---TTTATTTT-A---------------GGATGCTT-T--GTGCCAAGTTTATAATTCCCTATACATTTGCA---cgatctcc
gi|11 : cctttg-GG-CCACATTGC-TCA-CCT--GA--GCT-GA-----GGTTACT---TAAGCAATA-A-ACA-AGC--TT---AA-ATGA---AA--CT-AT--CAT-T--AT--A-A-CA---GC--AA-TTGGT---T----TA--------------GA------------------A--AAA---A--TA--T-----GAA-----AGT--AACC--ACT-AAAAA------CTCATC-ATC-TTGAAATT-TAATC---ATC
gi|8 : cccata-GG-CTACATTGC-TCA-CCA--GA--GCA-GC-----AATTCCT---G--GCA-TGTA-ACA-A-----T---AA-G--------------T--CAT-T--AT--A-C-CA---GC--AGTTAGAT---G----CA--------------GA------------------A--AAA---A-------A---CAAA-----GGT--AACA--GTT-AAAAT------TGCATTA--T-AT-AAATTATAATtccccttataaaca
gi|7 : gcacgtgGTTCCT---A--GCAATA-A-TCA-AGC--TT---CA-GCAA---AA--CC-AT--CAT-T--GT--A-C-TT---AC--A--TTAAT---T----------------------------------------ATCAAA---C--TTAATTA--CAAA-----AAT----TG--ACT-AAAAA------TCCATTAATT-ATCctttccttagagaggtcatttctttaagcaaatttagtctgagaatgttttcttccaagttag
gi|9 : aaataaaacaaacgaaataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA-A-ACA-AGCTTGTTAAAGAGCAACCTAG--CT-AT--CAT-T--AC--A-C-AA---GC--AACTCGAT---T----CA--------------GA------------------A--AAA---CACTT--TT---TAA------GGT--AATG--ACT-AAAA-------TTAATTAATT-ATCAAACT-TCATT---ATCTAACTTGAC---GGCAAA--TTCA-T-TAA-------TATCAA--------GAAGTCCTTGTCTAGGGGC----ATGGGTCTGCATTAATTATCAGAAGTttatgcccttgtagaggggtatggcttttcattttaacaaat
gi|12 : A-A-ACA-AGC--TT---GA-GCAA---AA--CG-AT--CAT-A--ACGAA-T-------C--AGCTCGGT---A----AA--------------GA------------------A--AAA----------------AAAGCAATGGT--AACA--GCTAAAAAA------TCCAT-------TCAAAAT-GCATT---ATCA
gi|15 : -GCAA---AA--CT-AT--CAT-T--AT--A-C-AG---GC--AATTTGTT---T----CAGG------------GG------------------A--AAA-------T--AT---CAAA-----GGT--GACG--ACT-AGAAA------TTAATTAATTGATTGA--T-TGATT---ATTCAAC--GAC---Ttatgcccttgtagagaggcatggccttcattttaacaaatttcatcta
gi|20 : AA---AAGTCC-AT--CAT-TTTAT--A-T-AA---GC--AGCTTGGT---CA---CA--------------AA------------------A--AAAACCC--TT--TT---CAAA-----GGT--AACA--ACT-AA---------------AATT-ATTAAACT-T
gi|4 : at--CT-ATGACATCT--GT--A-T-CA---TC--A-CTTGGT---T----CA--------------GA---------------------------T--TT--TTTTTCAAA-----GATTAAACG---CT-AAAAAATA---TGTATTAATT-ATCAAACT-TTATTCAAATCAAATTTTAC---AA-AAAGCCTCA-T-TAA------TTATC-A--------TAT-CTCTT-TAGAGGG-T----AT-G--------TCACTAT-ATGAATTTTCATCTAAGGA-GCTT-T--ATG-CATGCT--T-GTTCCCTATACATTTGC-------------TGTTAAAACTTAGACACc
gi|19 : aagcattg--CT-AT--CAT-T--ATT-A-TATACAAGC--AGCTTGAT---T----CA--------------GA------------------A--AAA---A--AA--AT---CTAT-----GGT--AACATGACT-AAAAAATAAAATTCATTAATT-ATCAAACtctaa
gi|7 : CATTAATT-ATCAAACT-TAATT---ACAAAAATTGAC---TA-AAAA-TCCA-T-TAA------TTATC-T--------TATGCCCTTGTAGAGGGGT----AT-GGCTT---TTCATTTTAACAAAT
gi|10 : aaataaaacaaacgaaataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttcctagcaataatcaagcttcagcaaaaccatcattgtacttaTCAAACT-TGATT---CTTAAACTTCAC---TA-AAAA-TTCA-T-TAA------TCAAC-ATGCATGTACGTGCCTTTGTAAAAGGGT----AT-GGCCT---T-CATTTAAACAAATTTC-GTCCAAAGATGCTT-T--GTGCTAAGTT--TGGTTCCCTATACATTTGCA------------TGTAAAACTTTGAT
gi|17 : T-TAAGA---ATCAAACTCAAC---TA-AAA--TTTAAT-AAA------TTATC-A--------TATGCCCTTGTCGAAGGGC----AT-GACCC---GTCATTTTcatcct
gi|13 : gttta-TAATA---ATCAAAGTTGACAACTA-AAA-----A-T-CAG------TTATC------------TAC--TTGTAGAGGTCT----AT-TG------TTC---TCCATAA------AGTTAAGAATGATT-T--GTACCAAGTT--TGGTgaaaaaaaaaattaatct
gi|12 : A-AAA--TCCA-TTCAAAATGCATTATC-A--------TATGCCCTTGTAGAGAGGC----AT-GGCC----TTCATTTTAACAAATTTC-ATCTAagaacctgacctaccacggtgcaatgcatttgt
gi|24 : aaacaagcttgagcaaaacgatcataacgaatcagctcggtaaagaaaaaaaagcaatggtaacagctaaT-T--GAGCCAAGTT--TGGTTCCCTATACATTCGCATGCA--AACATTT
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): GATCTAAAAGTACTAAAGACCCATGGGCCACATCACTCAACCGAGAAAGGAAGCTCTTATGTGTTGTAT
Unaligned ( gi|23 ): TATGACTGAAAAAAACAACATCAATCCCAAACAAGAGGCCCATGGGTCACATTGCT
Unaligned ( gi|25 ): TTCTTGAAATATCGATTAGTCCAGGTTTTCAACA
Alignments
lowQualScore : 11 1 1111 1111111 6666666666666666666666666666666666666666 11111 1111 11111 11111111 4444444444
lowQualScore : 88 1 6 3 4 3 3 3 3 88 3 99999 7777 0 555 33 2 0000000 444 33 2 33 2 33 66666 1 2 0 888 2 33 7777777777777777777777777777777777777777 00000 33 33 2 888888 1111 2 4 2 3 5555 11 555 3 55555 3 8888888 3 11111111 0 0 77777 4 0 44 4444 0 2 0 4 66 66 7777777777 1 11 222
lowQualScore : .. . . . . . . . . .. . ..... .... . ... .. . ....... ... .. . .. . .. ..... . . . ... . .. ........................................ ..... .. .. . ...... .... . . . . .... .. ... . ..... . ....... . ........ . . ..... . . .. .... . . . . .. .. .......... . .. ...
lowQualScore : 33 0 0 6 5 3 6 6 6 66 6 11111 2222 7 888 77 9 6666666 444 22 4 22 4 44 22222 0 7 6 999 9 99 6666666666666666666666666666666666666666 00000 99 99 9 222222 9999 7 3 5 8 9999 22 000 1 11111 1 5555555 1 22222222 8 8 33333 2 5 66 7777 7 9 8 4 11 11 9999999999 0 77 333
consensus : NNNNNNNAATGA--ATTAAGAGGCTCAT-GG-CCACATCGC-TCA-CCT-GAG--CA-GC-----AGTTCCTA---GCAA---TA-AACA-AGCTTG------AGCAA---AA--CT-AT--CAT-T--AT-----ACNAG-CAGCTTGGT---T-CA--GA------------------AAAA---C--TT-------TT-CAAA-----GGT--AAC--GACT-A------AAAA---TTCATTAATT-ATCAAACT-TAATT---ATCAAACTTGAC---TA-AAA--TT-CAT-TA-----A-TTATC-ATA--------TGCCCTTGTAGAGGGGTATG----GCCCTTCATT--TTAA-CAAATTTCATCTAAGGATGCTT-T--GTGCCAAGTT--TGGTTCCCTATACATTCGCA---AAACATTTGTTAAACTTTAATCAC
Reference ( family-5402 ) : NNNNNNNAATGA--ATNAAGAGGCTCAT-GG-CCACATCGC-TCA-CCT-GAG--CA-GC-----AGTTCCTN---GCAA---TA-AACA-AGCTTA------AGCAA---AA--CT-AT--CAT-T--AT-----ACNAG-CAGCTTGGT---T-CA--GA------------------AAAA---C--TT-------TT-CAAA-----GGT--AAC--GACT-A------AAAA---TTCATTAATT-ATCAAACT-TAATT---ATCAAACTTGAC---TA-AAA--TT-CAT-TA-----A-TTATC-ATA--------TGCCCTTGTAGAGGGGTATG----GCCTTTCATT--TTAA-CAAATTTCATCTAAGGATGCTT-T--GTGCCAAGTT--TGGTTCCCTATACATTCGCA---AAA-ATTTGTNAAANCTTGGNCAC
gi|1 : T-GA-CCACATCGC-TCA-ACT-GAG--CA-CC-----AATGCTCA---GCAA---AA-AACA-ATTTTT------AGGAA---AA--CTTAT--TAT-T--AT-----ACTTA-CTGCTAAGT---T-CA--GA------------------AAA-------TTAAAAAAATC-CAAAA----GGT--AAC--AAAT-A------AAA-----TTATTAATC-ATCAAATT-TGATT---ATTAAACTTAAC---TA-AAA------ATGCA-----A-TTATC-ATA--------TGCCCTTGTATAAGGGTATG----GCCATTCATT--TTAA-CAAA---CATCT----ATGCTT-T--GCACAACATT--TGGTTTCCTATACAATCGCAAGTAAA-ATTT
gi|10 : ttaaaataaattggccactggttcttaacaaaaaacccttTCAAACT-TGATT---CTTAAACTTCAC---TA-AAAA-TT-CAT-TA-----A-TCAAC-ATGCATGTACGTGCCTTTGTAAAAGGGTATG----GCCTT-CATT--TAAA-CAAATTTCGTCCAAAGATGCTT-T--GTGCTAAGTT--TGGTTCCCTATACATTTGCA----------TGTAAAACTTTGATcgatctcc
gi|11 : CCCATAGG-CCACATTGC-TCA-CCT-GAG--CT-GA-----GGTTACTTAA-GCAA---TA-AACA-AGCTTA------AATGA---AA--CT-AT--CAT-T--AT-----AACAG-CAA-TTGGT---T-TA--GA------------------AAAA---A--TA-------T---GAA-----AGT--AAC--CACT-A------AAAA---CTCATC-ATC-TTGAAATT-TAATC---ATCcatcct
gi|12 : A-AACA-AGCTTG------AGCAA---AA--CG-AT--CA--T--A------ACGAATCAGCTCGGT---A-AA--GA------------------AAAA-------------------AAAGCAATGGT--AAC--AGCTAA------AAAA---TCCAT-------TCAAA-------------------------------A--TG-CAT-T----------ATC-ATA--------TGCCCTTGTAGAGAGGCATG----GCC-TTCATT--TTAA-CAAATTTCATCTAtccccttataaaca
gi|13 : -TAATA---ATCAAAGTTGACAACTA-AAA------AT-CA-----G-TTATC--TA------------CTTGTAGAGGTCTATT----GTTCTCCAT---------AAAGTT-----AAGAATGATT-T--GTACCAAGTT--TGGT
gi|14 : AGAGGCTCAT-GGGTCACATTGC-TCA-CCT-GAG--AA-GC-----AGTTCCTACTTATTA---TA-CACA-AGCTTG------AGCAA---AA--CT-AT--CAT-T--AT-----ACagaacctgacctaccacggtgcaatgcatttgt
gi|15 : aaaaataagattcatttcttataagaaccGCAA---AA--CT-AT--CAT-T--AT-----ACAGG-CAATTTGTT---T-CAGGGG------------------AAAA-------T-------AT-CAAA-----GGT--GAC--GACT-A------GAAA---TTAATTAATTGATTGA--T-TGATT---ATTCAAC--GAC---Tt
gi|16 : TTAAGAGGCCCAT-GGGTCACATTGC-TCA-CAT-GAG--CA-GC-----ATTTTCTA-----AATGTTA-CACA-ATTTTG------AACAA---AA---T-AT--GAT-
gi|17 : tcacaaattaatttatgtttT-TAAGA---ATCAAACTCAAC---TA-AAA--TT-TAA-TA-----AATTATC-ATA--------TGCCCTTGTCGAAGGGCATG----ACCCGTCATT--TTGA-AAAA
gi|18 : gtttaAATGG--AATACGAGTCTTAT-GGATCACATGGC-TCA-GCT-GAG--GA-GC-----AGTTCTAA---ACAA---T--GACA-AGCTTG------AGCAA---AA--AT-TT--AAT-C--AT-----GCTAG-aaaaattaatct
gi|19 : agcat--CT-AT--CAT-T--ATTATATACAAG-CAGCTTGAT---T-CA--GA------------------AAAA---A--AA-------AT-CTAT-----GGT--AACATGACT-AAAAAATAAAA---TTCATTAATT-ATCAAAC
gi|2 : AATGACAATTAAGAGACAAAT-GG-CCATATCAC-TCA-CCT-GGG--CA-GC-----AGTTCCTT---GCAA---TA-AACA-AGCGTA------GGCAA---AA--CT-AT--CAT-T--AT-----ATTAG-CAGTTTGGT---T-TA--GA------------------AAAA---C--TT-------TT-CAAA-----GGT--AAC--AACT-A------AAAA---TTCATTAATT-ATCAAACT-TAATT---ATCAAACTTGAC---TA-AAA--TT-CAT-CA-----A-TTATC-ACA--------TGCCCTTGTAGAGGGATATG----GCCTTTCATT--TTCA-CAAGTGTTATTTATGAATGCTT-T--GTGCCAAGTT--TGGTTCCCAATACATTTGCA---AAACATTTGTTAAACTTTAATCAC
gi|20 : aaattttAA---AAGTCC-AT--CAT-TTTAT-----ATAAG-CAGCTTGGT---CACA--AA------------------AAAAACCC--TT-------TT-CAAA-----GGT--AAC--AACT-A------A------------AATT-ATTAAACT-T
gi|22 : atAT-GG-CCACATCAC-TCA-TCTAGAGG-CA-GCGTTGAAGTTTCTA---GCAA---TA-AACA-AGCATA------GGc
gi|24 : T-T--GAGCCAAGTT--TGGTTCCCTATACATTCGCATGCAAACATTTt
gi|3 : AATGA--ATGAACAGAA-CA--GG-CCACATTGCCTTATCCT-AAGTGCATGT-----AGTTG-TA---GTGA---TA---CAGAGCTTG------AGGCA---AA--TT-AT--CAA-T--GC-----ACAAG-CAGCTTAGT---T-TA--GACTTCTTTTCTTTTGGTTCAAA--------T-------TT-TAAG-----AAT--AAC--GACA-A------AAAA---TTCATTAATT-ACCAAATT-T--------TTAA---TAGC-------AA--TT-CAT-AT-----A-TTATT-ATA--------TACTCCCATAGAGGGGTATGCATGACCCTAGACT--TTGA-AAAATTTCATCTAAGGATGTTTATAAATGCCAAGTT--TGATTCTCTATAC-TTCtgatcccct
gi|4 : gA------AGCAT---TG--CT-ATGACATCT--GT-----ATCAT-CA-CTTGGT---T-CA--GATTT----------------------T--TT-------TT-CAAA-----GATTAAAC--G-CT-A------AAAAATATGTATTAATT-ATCAAACT-TTATTCAAATCAAATTTTAC---AA-AAAGCCT-CAT-TA-----A-TTATC-ATA--------T-CTCTT-TAGA-GGGTATG---------TCACT--ATAT-GAATTTTCATCTAAGGA-GCTT-T--ATG-CATGCT--T-GTTCCCTATACATTTGC-----------TGTTAAAACTTAGACACtgt
gi|5 : -GG-CTACATAGC-TCA-CTT-GAG--TA-TC-----ACTTTCTT---GCAG---TA-AAGA-CGCT---------------------------CAT-T--AT-----ACAAA-TAGCTTGGT---T-CA--AATAAA--------------AAAAT--C--GT-------TT-CAAA-----GGT--AAC--GACT-A------AAA----------------CCG---T-TAATT---ATCAAACTTGAC---TA-AAA--TT-CAT-TA--------TA---ATT--------TGCCCTTGTAGAGGGGCATG----ACTTTTTATT--TT----------------AGGATGCTT-T--GTGCCAAGTTTATAATTCCCTATACATTTGCA---tctaa
gi|6 : cctttgAGAGGCTCAT-GGGTCACATTGC-GCA-CCT-GAG--AA-GC-----AGCTCCTACTTATTA---TA-TACA-AGCTTG------AGCAA---AA--CT-AT--CAT-T--AT-----ACTAG-CAGCTTGGTGTAT-CA--TATAGCAGCATGGTTCAGTTAAAA---T--TT-------TT-CAAT-----GGT--A-----ACT-A------AAAT---TTCA-TAATC-A--AAA--------------------GAA---TA-AAAATTT-CTT-TA-----A-TTTTC-ATA--------TTCTCTTCTAGAAGTGTAT
gi|7 : aagaaccGTTCCTA---GCAA---TA-ATCA-AGCTTC------AGCAA---AA--CC-AT--CAT-T--GT-----ACTTA-CA--TTAATTA-T-C------------------------AAA---C--TTAA-----TTACAAA-----AAT----T--GACT-A------AAAA---TCCATTAATT-ATC
gi|7 : aaataaaacaaacgaaataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCATTAATT-ATCAAACT-TAATT---ACAAAAATTGAC---TA-AAAA-TC-CAT-TA-----A-TTATC-TTA--------TGCCCTTGTAGAGGGGTATG----GCTTTTCATT--TTAA-CAAATttatgcccttgtagaggggtatggcttttcattttaacaaat
gi|8 : aaataaaacaaacgaaataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttcctagcaataatcaagcttcagcaaaaccatcattgtactta-GG-CTACATTGC-TCA-CCA-GAG--CA-GC-----AATTCCTG---GC-A---TGTAACA-A---TA------AG--------------T--CAT-T--AT-----ACCAG-CAGTTAGAT---G-CA--GA------------------AAAA---A------------A-CAAA-----GGT--AAC--AGTT-A------AAAT---TGCATTA--T-AT-AAATTATAAT
gi|8 : gcacgtg---TA-AAA--TTGCAT-TATATAAA-TTATA-ATC--------TTTCCTT--AGAGAGGT--------CATTTC--T--TTAAGCAAATTTAGTCTGAGAATGTTT-T--CTTCCAAGTT--ctttccttagagaggtcatttctttaagcaaatttagtctgagaatgttttcttccaagttag
gi|9 : gcacgtgggctacattgctcaccagagcagcaattcctggcatgtaacaataagtcattataccagcagttagatgcagaaaaaaacaaaggtaacagtA-AACA-AGCTTGTTAAAGAGCAACCTAG--CT-AT--CAT-T--AC-----ACAAG-CAACTCGAT---T-CA--GA------------------AAAA---CACTT-------TT-TAA------GGT--AAT--GACT-A------AAA----TTAATTAATT-ATCAAACT-TCATT---ATCTAACTTGAC---GGCAAA--TT-CAT-TA-----A--TATCAAGA--------AGTCCTTGTCTAGGGGCATG----GGTCTGCATTAATTAT-CAGAag
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): GATCTAAAAGTACTAAAGACCCATGGGCCACATCACTCAACCGAGAAAGGAAGCTCTTATGTGTTGTAT
Unaligned ( gi|23 ): TATGACTGAAAAAAACAACATCAATCCCAAACAAGAGGCCCATGGGTCACATTGCT
Unaligned ( gi|25 ): TTCTTGAAATATCGATTAGTCCAGGTTTTCAACA
Alignments
lowQualScore : 11 1 111111 6666666666666666666666666666666666666666 11111 1111 11111 11111111 11111111 333333333333
lowQualScore : 88 6 3 4 3 3 3 3 88 3 99999 222222 0 555 33 2 888888 0 444 33 2 33 2 33 66666 1 2 0 888 2 33 7777777777777777777777777777777777777777 00000 33 33 2 888888 1111 2 4 2 3 5555 11 555 3 55555 3 8888888 3 11111111 0 0 00000000 44 4444 0 2 0 4 66 66 666666666666
lowQualScore : .. . . . . . . . .. . ..... ...... . ... .. . ...... . ... .. . .. . .. ..... . . . ... . .. ........................................ ..... .. .. . ...... .... . . . . .... .. ... . ..... . ....... . ........ . . ........ .. .... . . . . .. .. ............
lowQualScore : 33 0 6 5 3 6 6 6 66 6 11111 888888 7 888 77 9 888888 1 777 22 4 22 4 44 22222 0 7 6 999 9 99 6666666666666666666666666666666666666666 00000 99 99 9 222222 9999 7 3 5 8 9999 22 000 1 11111 1 5555555 1 22222222 8 8 22222222 66 7777 7 9 8 4 11 11 333333333333
consensus : NNNNNNNAATGA--ATTAAGAGGCTCAT-GG-CCACATCGC-TCA-CCT-GAG--CA-GC-----AGTTCCT--A---GCAA---TA-AACA-AGCTTG------AGCAA---AA--CT-AT--CAT-T--AT-----ACNAG-CAGCTTGGT---T-CA--GA------------------AAAA---C--TT-------TT-CAAA-----GGT--AAC--GACT-A------AAAA---TTCATTAATT-ATCAAACT-TAATT---ATCAAACTTGAC---TA-AAA--TT-CAT-TA-----A-TTATC-ATA--------TGCCCTTGTAGAGGGGTATG----GCCCTTCATT--TTAA-CAAATTTCATCTAAGGATGCTT-T--GTGCCAAGTT--TGGTTCCCTATACATTCGCA---A--AACATTTGTTAAACTTTAATCAC
Reference ( family-5402 ) : NNNNNNNAATGA--ATTAAGAGGCTCAT-GG-CCACATCGC-TCA-CCT-GAG--CA-GC-----AGTTCCT--A---GCAA---TA-AACA-AGCTTG------AGCAA---AA--CT-AT--CAT-T--AT-----ACNAG-CAGCTTGGT---T-CA--GA------------------AAAA---C--TT-------TT-CAAA-----GGT--AAC--GACT-A------AAAA---TTCATTAATT-ATCAAACT-TAATT---ATCAAACTTGAC---TA-AAA--TT-CAT-TA-----A-TTATC-ATA--------TGCCCTTGTAGAGGGGTATG----GCCCTTCATT--TTAA-CAAATTTCATCTAAGGATGCTT-T--GTGCCAAGTT--TGGTTCCCTATACATTCGCA---A--AACATTTGTTAAACTTTAATCAC
gi|1 : T-GA-CCACATCGC-TCA-ACT-GAG--CA-CC-----AATGCTC--A---GCAA---AA-AACA-ATTTTT------AGGAA---AA--CTTAT--TAT-T--AT-----ACTTA-CTGCTAAGT---T-CA--GA------------------AAA-------TTAAAAAAATC-CAAAA----GGT--AAC--AAAT-A------AAA-----TTATTAATC-ATCAAATT-TGATT---ATTAAACTTAAC---TA-AAA------ATGCA-----A-TTATC-ATA--------TGCCCTTGTATAAGGGTATG----GCCATTCATT--TTAA-CAAA---CATCT----ATGCTT-T--GCACAACATT--TGGTTTCCTATACAATCGCA---AGTAAAATT
gi|10 : ttaaaataaattggccactggttcttaacaaaaaacccttTCAAACT-TGATT---CTTAAACTTCAC---TA-AAAA-TT-CAT-TA-----A-TCAAC-ATGCATGTACGTGCCTTTGTAAAAGGGTATG----GCC-TTCATT--TAAA-CAAATTTCGTCCAAAGATGCTT-T--GTGCTAAGTT--TGGTTCCCTATACATTTGCA------------TGTAAAACTTTGATCcgatctcc
gi|11 : CCCATAGG-CCACATTGC-TCA-CCT-GAG--CT-GA-----GGTTACTTAA---GCAA---TA-AACA-AGCTTA------AATGA---AA--CT-AT--CAT-T--AT-----AACAG-CAA-TTGGT---T-TA--GA------------------AAAA---A--TA-------T---GAA-----AGT--AAC--CACT-A------AAAA---CTCATC-ATC-TTGAAATT-TAATC---ATCcatcct
gi|12 : A-AACA-AGCTTG------AGCAA---AA--CG-AT--CA--T--A------ACGAATCAGCTCGGT---A-AA--GA------------------AAAA-------------------AAAGCAATGGT--AAC--AGCTAA------AAAA---TCCAT-------TCAAA-------------------------------A--TG-CAT-T----------ATC-ATA--------TGCCCTTGTAGAGAGGCATG----G-CCTTCATT--TTAA-CAAATTTCATCTAtccccttataaaca
gi|13 : -TAATA---ATCAAAGTTGACAACTA-AAA------AT-CA-----G-TTATC--TA------------CTTGTAGAGGTCTATT----GTTCTCCAT---------AAAGTT-----AAGAATGATT-T--GTACCAAGTT--TGGT
gi|14 : AGAGGCTCAT-GGGTCACATTGC-TCA-CCT-GAG--AA-GC-----AGTTCCT--ACTTATTA---TA-CACA-AGCTTG------AGCAA---AA--CT-AT--CAT-T--AT-----ACagaacctgacctaccacggtgcaatgcatttgt
gi|15 : aaaaataagattcatttcttataagaaccGCAA---AA--CT-AT--CAT-T--AT-----ACAGG-CAATTTGTT---T-CAGGGG------------------AAAA-------T-------AT-CAAA-----GGT--GAC--GACT-A------GAAA---TTAATTAATTGATTGA--T-TGATT---ATTCAAC--GAC---Tt
gi|16 : TTAAGAGGCCCAT-GGGTCACATTGC-TCA-CAT-GAG--CA-GC-----ATTTTCT--A-----AATGTTA-CACA-ATTTTG------AACAA---AA---T-AT--GAT-
gi|17 : tcacaaattaatttatgtttT-TAAGA---ATCAAACTCAAC---TA-AAA--TT-TAA-TA-----AATTATC-ATA--------TGCCCTTGTCGAAGGGCATG----ACCCGTCATT--TTGA-AAAA
gi|18 : gtttaAATGG--AATACGAGTCTTAT-GGATCACATGGC-TCA-GCT-GAG--GA-GC-----AGTTCTA--A---ACAA---T--GACA-AGCTTG------AGCAA---AA--AT-TT--AAT-C--AT-----GCTAG-aaaaattaatct
gi|19 : agcat--CT-AT--CAT-T--ATTATATACAAG-CAGCTTGAT---T-CA--GA------------------AAAA---A--AA-------AT-CTAT-----GGT--AACATGACT-AAAAAATAAAA---TTCATTAATT-ATCAAAC
gi|2 : AATGACAATTAAGAGACAAAT-GG-CCATATCAC-TCA-CCT-GGG--CA-GC-----AGTTCCT--T---GCAA---TA-AACA-AGCGTA------GGCAA---AA--CT-AT--CAT-T--AT-----ATTAG-CAGTTTGGT---T-TA--GA------------------AAAA---C--TT-------TT-CAAA-----GGT--AAC--AACT-A------AAAA---TTCATTAATT-ATCAAACT-TAATT---ATCAAACTTGAC---TA-AAA--TT-CAT-CA-----A-TTATC-ACA--------TGCCCTTGTAGAGGGATATG----GCCTTTCATT--TTCA-CAAGTGTTATTTATGAATGCTT-T--GTGCCAAGTT--TGGTTCCCAATACATTTGCA---A--AACATTTGTTAAACTTTAATCAC
gi|20 : aaattttAA---AAGTCC-AT--CAT-TTTAT-----ATAAG-CAGCTTGGT---CACA--AA------------------AAAAACCC--TT-------TT-CAAA-----GGT--AAC--AACT-A------A------------AATT-ATTAAACT-T
gi|22 : atAT-GG-CCACATCAC-TCA-TCTAGAGG-CA-GCGTTGAAGTTTCT--A---GCAA---TA-AACA-AGCc
gi|24 : T-T--GAGCCAAGTT--TGGTTCCCTATACATTCGCATGCA--AACATTataggt
gi|3 : AATGA--ATGAACAGAA-CA--GG-CCACATTGCCTTATCCT-AAGTGCATGT-----AGTTG-T--A---GTGA---TA---CAGAGCTTG------AGGCA---AA--TT-AT--CAA-T--GC-----ACAAG-CAGCTTAGT---T-TA--GACTTCTTTTCTTTTGGTTCAAA--------T-------TT-TAAG-----AAT--AAC--GACA-A------AAAA---TTCATTAATT-ACCAAATT-T--------TTAA---TAGC-------AA--TT-CAT-AT-----A-TTATT-ATA--------TACTCCCATAGAGGGGTATGCATGACCCTAGACT--TTGA-AAAATTTCATCTAAGGATGTTTATAAATGCCAAGTT--TGATTCTCTATAC-TTCtgatcccct
gi|4 : g--CT-ATGACATCT--GT-----ATCAT-CA-CTTGGT---T-CA--GATTT----------------------T--TT-------TT-CAAA-----GATTAAAC--G-CT-A------AAAAATATGTATTAATT-ATCAAACT-TTATTCAAATCAAATTTTAC---AA-AAAGCCT-CAT-TA-----A-TTATC-ATA--------T-CTCTT-TAGA-GGGTATG---------TCACT--ATAT-GAATTTTCATCTAAGGA-GCTT-T--ATG-CATGCT--T-GTTCCCTATACATTTGC-------------TGTTAAAACTTAGACACtgt
gi|5 : aagcattg-GG-CTACATAGC-TCA-CTT-GAG--TA-TC-----ACTTTCT--T---GCAG---TA-AAGA-CGCT---------------------------CAT-T--AT-----ACAAA-TAGCTTGGT---T-CA--AATAAA--------------AAAAT--C--GT-------TT-CAAA-----GGT--AAC--GACT-A------AAA-----CCG--------------T-TAATT---ATCAAACTTGAC---TA-AAA--TT-CAT-TA--------TA---ATT--------TGCCCTTGTAGAGGGGCATG----ACTTTTTATT--TT----------------AGGATGCTT-T--GTGCCAAGTTTATAATTCCCTATACATTTGCA---tctaa
gi|6 : cctttgAGAGGCTCAT-GGGTCACATTGC-GCA-CCT-GAG--AA-GC-----AGCTCCT--ACTTATTA---TA-TACA-AGCTTG------AGCAA---AA--CT-AT--CAT-T--AT-----ACTAG-CAGCTTGGTGTAT-CA--TATAGCAGCATGGTTCAGTTAAAA---T--TT-------TT-CAAT-----GGT--A-----ACT-A------AAAT---TTCA-TAATC-A--AAA--------------------GAA---TA-AAAATTT-CTT-TA-----A-TTTTC-ATA--------TTCTCTTCTAGAAGTGTAT
gi|7 : aagaaccGTTCCT--A---GCAA---TA-ATCA-AGCTTC------AGCAA---AA--CC-AT--CAT-T--GT-----ACTTA-CA--TTAATTA-T-C------------------------AAA---C--TTAA-----TTACAAA-----AAT----T--GACT-A------AAAA---TCCATTAATT-ATC
gi|7 : aaataaaacaaacgaaataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCATTAATT-ATCAAACT-TAATT---ACAAAAATTGAC---TA-AAAA-TC-CAT-TA-----A-TTATC-TTA--------TGCCCTTGTAGAGGGGTATG----GCTTTTCATT--TTAA-CAAATttatgcccttgtagaggggtatggcttttcattttaacaaat
gi|8 : aaataaaacaaacgaaataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttcctagcaataatcaagcttcagcaaaaccatcattgtactta-GG-CTACATTGC-TCA-CCA-GAG--CA-GC-----AATTCCT--G---GC-A---TGTAACA-A---TA------AG--------------T--CAT-T--AT-----ACCAG-CAGTTAGAT---G-CA--GA------------------AAAA---A------------A-CAAA-----GGT--AAC--AGTT-A------AAAT---TGCATTA--T-AT-AAATTATAAT
gi|8 : gcacgtg---TA-AAA--TTGCAT-TATATAAA-TTATA-ATC--------TTTCCTT--AGAGAGGT--------CATTTC--T--TTAAGCAAATTTAGTCTGAGAATGTTT-T--CTTCCAAGTT--ctttccttagagaggtcatttctttaagcaaatttagtctgagaatgttttcttccaagttag
gi|9 : gcacgtgggctacattgctcaccagagcagcaattcctggcatgtaacaataagtcattataccagcagttagatgcagaaaaaaacaaaggtaacagtA-AACA-AGCTTGTTAAAGAGCAACCTAG--CT-AT--CAT-T--AC-----ACAAG-CAACTCGAT---T-CA--GA------------------AAAA---CACTT-------TT-TAA------GGT--AAT--GACT-A------AAA----TTAATTAATT-ATCAAACT-TCATT---ATCTAACTTGAC---GGCAAA--TT-CAT-TA-----A--TATCAAGA--------AGTCCTTGTCTAGGGGCATG----GGTCTGCATTAATTAT-CAGAag
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): GATCTAAAAGTACTAAAGACCCATGGGCCACATCACTCAACCGAGAAAGGAAGCTCTTATGTGTTGTAT
Unaligned ( gi|23 ): TATGACTGAAAAAAACAACATCAATCCCAAACAAGAGGCCCATGGGTCACATTGCT
Unaligned ( gi|25 ): TTCTTGAAATATCGATTAGTCCAGGTTTTCAACA
Alignments
lowQualScore : 11 1 111111 6666666666666666666666666666666666666666 11111 1111 11111 11111111 11111111 333333333333
lowQualScore : 88 6 3 4 3 3 3 3 88 3 99999 222222 0 555 33 2 888888 0 444 33 2 33 2 33 66666 1 2 0 888 2 33 7777777777777777777777777777777777777777 00000 33 33 2 888888 1111 2 4 2 3 5555 11 555 3 55555 3 8888888 3 11111111 0 0 00000000 44 4444 0 2 0 4 66 66 666666666666
lowQualScore : .. . . . . . . . .. . ..... ...... . ... .. . ...... . ... .. . .. . .. ..... . . . ... . .. ........................................ ..... .. .. . ...... .... . . . . .... .. ... . ..... . ....... . ........ . . ........ .. .... . . . . .. .. ............
lowQualScore : 33 0 6 5 3 6 6 6 66 6 11111 888888 7 888 77 9 888888 1 777 22 4 22 4 44 22222 0 7 6 999 9 99 6666666666666666666666666666666666666666 00000 99 99 9 222222 9999 7 3 5 8 9999 22 000 1 11111 1 5555555 1 22222222 8 8 22222222 66 7777 7 9 8 4 11 11 333333333333
consensus : NNNNNNNAATGA--ATTAAGAGGCTCAT-GG-CCACATCGC-TCA-CCT-GAG--CA-GC-----AGTTCCT--A---GCAA---TA-AACA-AGCTTG------AGCAA---AA--CT-AT--CAT-T--AT-----ACNAG-CAGCTTGGT---T-CA--GA------------------AAAA---C--TT-------TT-CAAA-----GGT--AAC--GACT-A------AAAA---TTCATTAATT-ATCAAACT-TAATT---ATCAAACTTGAC---TA-AAA--TT-CAT-TA-----A-TTATC-ATA--------TGCCCTTGTAGAGGGGTATG----GCCCTTCATT--TTAA-CAAATTTCATCTAAGGATGCTT-T--GTGCCAAGTT--TGGTTCCCTATACATTCGCA---A--AACATTTGTTAAACTTTAATCAC
Reference ( family-5402 ) : NNNNNNNAATGA--ATTAAGAGGCTCAT-GG-CCACATCGC-TCA-CCT-GAG--CA-GC-----AGTTCCT--A---GCAA---TA-AACA-AGCTTG------AGCAA---AA--CT-AT--CAT-T--AT-----ACNAG-CAGCTTGGT---T-CA--GA------------------AAAA---C--TT-------TT-CAAA-----GGT--AAC--GACT-A------AAAA---TTCATTAATT-ATCAAACT-TAATT---ATCAAACTTGAC---TA-AAA--TT-CAT-TA-----A-TTATC-ATA--------TGCCCTTGTAGAGGGGTATG----GCCCTTCATT--TTAA-CAAATTTCATCTAAGGATGCTT-T--GTGCCAAGTT--TGGTTCCCTATACATTCGCA---A--AACATTTGTTAAACTTTAATCAC
gi|1 : T-GA-CCACATCGC-TCA-ACT-GAG--CA-CC-----AATGCTC--A---GCAA---AA-AACA-ATTTTT------AGGAA---AA--CTTAT--TAT-T--AT-----ACTTA-CTGCTAAGT---T-CA--GA------------------AAA-------TTAAAAAAATC-CAAAA----GGT--AAC--AAAT-A------AAA-----TTATTAATC-ATCAAATT-TGATT---ATTAAACTTAAC---TA-AAA------ATGCA-----A-TTATC-ATA--------TGCCCTTGTATAAGGGTATG----GCCATTCATT--TTAA-CAAA---CATCT----ATGCTT-T--GCACAACATT--TGGTTTCCTATACAATCGCA---AGTAAAATT
gi|10 : ttaaaataaattggccactggttcttaacaaaaaacccttTCAAACT-TGATT---CTTAAACTTCAC---TA-AAAA-TT-CAT-TA-----A-TCAAC-ATGCATGTACGTGCCTTTGTAAAAGGGTATG----GCC-TTCATT--TAAA-CAAATTTCGTCCAAAGATGCTT-T--GTGCTAAGTT--TGGTTCCCTATACATTTGCA------------TGTAAAACTTTGATCcgatctcc
gi|11 : CCCATAGG-CCACATTGC-TCA-CCT-GAG--CT-GA-----GGTTACTTAA---GCAA---TA-AACA-AGCTTA------AATGA---AA--CT-AT--CAT-T--AT-----AACAG-CAA-TTGGT---T-TA--GA------------------AAAA---A--TA-------T---GAA-----AGT--AAC--CACT-A------AAAA---CTCATC-ATC-TTGAAATT-TAATC---ATCcatcct
gi|12 : A-AACA-AGCTTG------AGCAA---AA--CG-AT--CA--T--A------ACGAATCAGCTCGGT---A-AA--GA------------------AAAA-------------------AAAGCAATGGT--AAC--AGCTAA------AAAA---TCCAT-------TCAAA-------------------------------A--TG-CAT-T----------ATC-ATA--------TGCCCTTGTAGAGAGGCATG----G-CCTTCATT--TTAA-CAAATTTCATCTAtccccttataaaca
gi|13 : -TAATA---ATCAAAGTTGACAACTA-AAA------AT-CA-----G-TTATC--TA------------CTTGTAGAGGTCTATT----GTTCTCCAT---------AAAGTT-----AAGAATGATT-T--GTACCAAGTT--TGGT
gi|14 : AGAGGCTCAT-GGGTCACATTGC-TCA-CCT-GAG--AA-GC-----AGTTCCT--ACTTATTA---TA-CACA-AGCTTG------AGCAA---AA--CT-AT--CAT-T--AT-----ACagaacctgacctaccacggtgcaatgcatttgt
gi|15 : aaaaataagattcatttcttataagaaccGCAA---AA--CT-AT--CAT-T--AT-----ACAGG-CAATTTGTT---T-CAGGGG------------------AAAA-------T-------AT-CAAA-----GGT--GAC--GACT-A------GAAA---TTAATTAATTGATTGA--T-TGATT---ATTCAAC--GAC---Tt
gi|16 : TTAAGAGGCCCAT-GGGTCACATTGC-TCA-CAT-GAG--CA-GC-----ATTTTCT--A-----AATGTTA-CACA-ATTTTG------AACAA---AA---T-AT--GAT-
gi|17 : tcacaaattaatttatgtttT-TAAGA---ATCAAACTCAAC---TA-AAA--TT-TAA-TA-----AATTATC-ATA--------TGCCCTTGTCGAAGGGCATG----ACCCGTCATT--TTGA-AAAA
gi|18 : gtttaAATGG--AATACGAGTCTTAT-GGATCACATGGC-TCA-GCT-GAG--GA-GC-----AGTTCTA--A---ACAA---T--GACA-AGCTTG------AGCAA---AA--AT-TT--AAT-C--AT-----GCTAG-aaaaattaatct
gi|19 : agcat--CT-AT--CAT-T--ATTATATACAAG-CAGCTTGAT---T-CA--GA------------------AAAA---A--AA-------AT-CTAT-----GGT--AACATGACT-AAAAAATAAAA---TTCATTAATT-ATCAAAC
gi|2 : AATGACAATTAAGAGACAAAT-GG-CCATATCAC-TCA-CCT-GGG--CA-GC-----AGTTCCT--T---GCAA---TA-AACA-AGCGTA------GGCAA---AA--CT-AT--CAT-T--AT-----ATTAG-CAGTTTGGT---T-TA--GA------------------AAAA---C--TT-------TT-CAAA-----GGT--AAC--AACT-A------AAAA---TTCATTAATT-ATCAAACT-TAATT---ATCAAACTTGAC---TA-AAA--TT-CAT-CA-----A-TTATC-ACA--------TGCCCTTGTAGAGGGATATG----GCCTTTCATT--TTCA-CAAGTGTTATTTATGAATGCTT-T--GTGCCAAGTT--TGGTTCCCAATACATTTGCA---A--AACATTTGTTAAACTTTAATCAC
gi|20 : aaattttAA---AAGTCC-AT--CAT-TTTAT-----ATAAG-CAGCTTGGT---CACA--AA------------------AAAAACCC--TT-------TT-CAAA-----GGT--AAC--AACT-A------A------------AATT-ATTAAACT-T
gi|22 : atAT-GG-CCACATCAC-TCA-TCTAGAGG-CA-GCGTTGAAGTTTCT--A---GCAA---TA-AACA-AGCc
gi|24 : T-T--GAGCCAAGTT--TGGTTCCCTATACATTCGCATGCA--AACATTataggt
gi|3 : AATGA--ATGAACAGAA-CA--GG-CCACATTGCCTTATCCT-AAGTGCATGT-----AGTTG-T--A---GTGA---TA---CAGAGCTTG------AGGCA---AA--TT-AT--CAA-T--GC-----ACAAG-CAGCTTAGT---T-TA--GACTTCTTTTCTTTTGGTTCAAA--------T-------TT-TAAG-----AAT--AAC--GACA-A------AAAA---TTCATTAATT-ACCAAATT-T--------TTAA---TAGC-------AA--TT-CAT-AT-----A-TTATT-ATA--------TACTCCCATAGAGGGGTATGCATGACCCTAGACT--TTGA-AAAATTTCATCTAAGGATGTTTATAAATGCCAAGTT--TGATTCTCTATAC-TTCtgatcccct
gi|4 : g--CT-ATGACATCT--GT-----ATCAT-CA-CTTGGT---T-CA--GATTT----------------------T--TT-------TT-CAAA-----GATTAAAC--G-CT-A------AAAAATATGTATTAATT-ATCAAACT-TTATTCAAATCAAATTTTAC---AA-AAAGCCT-CAT-TA-----A-TTATC-ATA--------T-CTCTT-TAGA-GGGTATG---------TCACT--ATAT-GAATTTTCATCTAAGGA-GCTT-T--ATG-CATGCT--T-GTTCCCTATACATTTGC-------------TGTTAAAACTTAGACACtgt
gi|5 : aagcattg-GG-CTACATAGC-TCA-CTT-GAG--TA-TC-----ACTTTCT--T---GCAG---TA-AAGA-CGCT---------------------------CAT-T--AT-----ACAAA-TAGCTTGGT---T-CA--AATAAA--------------AAAAT--C--GT-------TT-CAAA-----GGT--AAC--GACT-A------AAA-----CCG--------------T-TAATT---ATCAAACTTGAC---TA-AAA--TT-CAT-TA--------TA---ATT--------TGCCCTTGTAGAGGGGCATG----ACTTTTTATT--TT----------------AGGATGCTT-T--GTGCCAAGTTTATAATTCCCTATACATTTGCA---tctaa
gi|6 : cctttgAGAGGCTCAT-GGGTCACATTGC-GCA-CCT-GAG--AA-GC-----AGCTCCT--ACTTATTA---TA-TACA-AGCTTG------AGCAA---AA--CT-AT--CAT-T--AT-----ACTAG-CAGCTTGGTGTAT-CA--TATAGCAGCATGGTTCAGTTAAAA---T--TT-------TT-CAAT-----GGT--A-----ACT-A------AAAT---TTCA-TAATC-A--AAA--------------------GAA---TA-AAAATTT-CTT-TA-----A-TTTTC-ATA--------TTCTCTTCTAGAAGTGTAT
gi|7 : aagaaccGTTCCT--A---GCAA---TA-ATCA-AGCTTC------AGCAA---AA--CC-AT--CAT-T--GT-----ACTTA-CA--TTAATTA-T-C------------------------AAA---C--TTAA-----TTACAAA-----AAT----T--GACT-A------AAAA---TCCATTAATT-ATC
gi|7 : aaataaaacaaacgaaataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCATTAATT-ATCAAACT-TAATT---ACAAAAATTGAC---TA-AAAA-TC-CAT-TA-----A-TTATC-TTA--------TGCCCTTGTAGAGGGGTATG----GCTTTTCATT--TTAA-CAAATttatgcccttgtagaggggtatggcttttcattttaacaaat
gi|8 : aaataaaacaaacgaaataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttcctagcaataatcaagcttcagcaaaaccatcattgtactta-GG-CTACATTGC-TCA-CCA-GAG--CA-GC-----AATTCCT--G---GC-A---TGTAACA-A---TA------AG--------------T--CAT-T--AT-----ACCAG-CAGTTAGAT---G-CA--GA------------------AAAA---A------------A-CAAA-----GGT--AAC--AGTT-A------AAAT---TGCATTA--T-AT-AAATTATAAT
gi|8 : gcacgtg---TA-AAA--TTGCAT-TATATAAA-TTATA-ATC--------TTTCCTT--AGAGAGGT--------CATTTC--T--TTAAGCAAATTTAGTCTGAGAATGTTT-T--CTTCCAAGTT--ctttccttagagaggtcatttctttaagcaaatttagtctgagaatgttttcttccaagttag
gi|9 : gcacgtgggctacattgctcaccagagcagcaattcctggcatgtaacaataagtcattataccagcagttagatgcagaaaaaaacaaaggtaacagtA-AACA-AGCTTGTTAAAGAGCAACCTAG--CT-AT--CAT-T--AC-----ACAAG-CAACTCGAT---T-CA--GA------------------AAAA---CACTT-------TT-TAA------GGT--AAT--GACT-A------AAA----TTAATTAATT-ATCAAACT-TCATT---ATCTAACTTGAC---GGCAAA--TT-CAT-TA-----A--TATCAAGA--------AGTCCTTGTCTAGGGGCATG----GGTCTGCATTAATTAT-CAGAag
blockSeqs : CA T A G T C T A TG T GTTGA ACTT TGT TA G TTAAAG CCT GT . GA C TT TATAT C T GTA A GG TAGCAGCATGGTTCAGTTAAAATTTTT GCAAT TA AT A AAAAAT AATA G C A G TCAA CT AAC C GCCT . TATAAA A CATGTACG CATGACCC AA AAGC C A AA TA TGCAAACATT
blockSeqs : . C . G T . . . G . . ACTT . A . . . . . . . . . G . TA . . CTTCTTTTCTTTTGGTTCAAATTT . . . . . A . T . A T GT . . ATTT . AA . . GTTC . AAC C . . . AAACATT
blockSeqs : T . A T . . . . . . TAA . A . . . . . . . . . A . . . . TAAAAAAATCGTTT . . . . . A . C . A C CT . . ATT . A . . ACCC . AAC T . . . .
blockSeqs : A . G G . . . . . . A . C . . . . . . . . . T . . . . AAAAACCCTTTT . . . . . A . C . G A CT . . ATC . G . . GCCT . GAA C . . . .
blockSeqs : T . . C . . . . . . A . C . . . . . . . . . A . . . . AAACTTAATTA . . . . . A . C . A T TT . . TTG . A . . ACTT . CAC C . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . T . G . . . . . . . . . T . . . . AAAACACTTTT . . . . . A . T . A A CT . . TG . A . . GCTT . GAA A . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . A . A . . . . . . . . . A . . . . AAAAAAAAT . . . . . A . C . T T AT . . TT . A . . GGTC . ATG . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . A . A . . . . . . . . . A . . . . AAAACTTTT . . . . . T . C . A T CT . . TT . A . . GCC . AAC . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . T . A . . . . . . . . . C . . . . AAAAATAT . . . . . A . T . A T C . . TT . A . . GCC . ATC
blockSeqs : . . T . . . . . . A . T . . . . . . . . . A . . . . TTTTTTTT . . . . . T . C . A T . . . TT . A . . CAT . .
blockSeqs : G . A . . . . . . . . . T . . . . AAAATAT . . . . . . . . . C . . . . TT . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . T . . . . AAAAAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . . . AAAA . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : AAAACTTTT******************************* ***** A*** TT*** ************
originalCons : NNNNNNNAATGA--ATTAAGAGGCTCAT-GG-CCACATCGC-TCA-CCT-GAG--CA-GC-----AGTTCCT--A---GCAA---TA-AACA-AGCTTG------AGCAA---AA--CT-AT--CAT-T--AT-----ACNAG-CAGCTTGGT---T-CA--GA------------------AAAA---C--TT-------TT-CAAA-----GGT--AAC--GACT-A------AAAA---TTCATTAATT-ATCAAACT-TAATT---ATCAAACTTGAC---TA-AAA--TT-CAT-TA-----A-TTATC-ATA--------TGCCCTTGTAGAGGGGTATG----GCCCTTCATT--TTAA-CAAATTTCATCTAAGGATGCTT-T--GTGCCAAGTT--TGGTTCCCTATACATTCGCA---A--AACATTTGTTAAACTTTAATCAC
finalCons : NNNNNNNAATGA--ATTAAGAGGCTCAT-GG-CCACATCGC-TCA-CCT-GAG--CA-GC-----AGTTCCT--A---GCAA---TA-AACA-AGCTTG------AGCAA---AA--CT-AT--CAT-T--AT-----ACNAG-CAGCTTGGT---T-CA--GAAAAACTTTT-------------------------------CAAA-----GGT--AAC--GACT-A------AAAA---TTCATTAATT-ATCAAACT-TAATT---ATCAAACTTGAC---TA-AAATT---CAT-TA-----A-TTATC-ATA--------TGCCCTTGTAGAGGGGTATG----GCCCTTCATT--TTAA-CAAATTTCATCTAAGGATGCTT-T--GTGCCAAGTT--TGGTTCCCTATACATTCGCA------------TGTTAAACTTTAATCAC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): GATCTAAAAGTACTAAAGACCCATGGGCCACATCACTCAACCGAGAAAGGAAGCTCTTATGTGTTGTAT
Unaligned ( gi|23 ): TATGACTGAAAAAAACAACATCAATCCCAAACAAGAGGCCCATGGGTCACATTGCT
Unaligned ( gi|25 ): TTCTTGAAATATCGATTAGTCCAGGTTTTCAACA
Alignments
lowQualScore : 11 1 111111 6666666666666666666666666666666666666666 11111 1111 11111 11111111 11111111 2222222 11
lowQualScore : 88 6 3 4 3 3 3 3 88 3 99999 222222 0 555 33 2 888888 0 444 33 2 33 2 33 66666 1 2 0 888 2 33 7777777777777777777777777777777777777777 00000 33 33 2 888888 1111 2 4 2 3 5555 11 555 3 55555 3 8888888 3 11111111 0 0 00000000 44 4444 0 2 0 4 66 66 1111111 55 11
lowQualScore : .. . . . . . . . .. . ..... ...... . ... .. . ...... . ... .. . .. . .. ..... . . . ... . .. ........................................ ..... .. .. . ...... .... . . . . .... .. ... . ..... . ....... . ........ . . ........ .. .... . . . . .. .. ....... .. ..
lowQualScore : 33 0 6 5 3 6 6 6 66 6 11111 888888 7 888 77 9 888888 1 777 22 4 22 4 44 22222 0 7 6 999 9 99 6666666666666666666666666666666666666666 00000 99 99 9 222222 9999 7 3 5 8 9999 22 000 1 11111 1 5555555 1 22222222 8 8 22222222 66 7777 7 9 8 4 11 11 7777777 22 00
consensus : NNNNNNNAATGA--ATTAAGAGGCTCAT-GG-CCACATCGC-TCA-CCT-GAG--CA-GC-----AGTTCCT--A---GCAA---TA-AACA-AGCTTG------AGCAA---AA--CT-AT--CAT-T--AT-----ACNAG-CAGCTTGGT---T-CA--GA------------------AAAA---C--TT-------TT-CAAA-----GGT--AAC--GACT-A------AAAA---TTCATTAATT-ATCAAACT-TAATT---ATCAAACTTGAC---TA-AAA--TT-CAT-TA-----A-TTATC-ATA--------TGCCCTTGTAGAGGGGTATG----GCCCTTCATT--TTAA-CAAATTTCATCTAAGGATGCTT-T--GTGCCAAGTT--TGGTTCCCTATACATTCGCA-------TGTNAAAC--TTTGATCAC
Reference ( family-5402 ) : NNNNNNNAATGA--ATTAAGAGGCTCAT-GG-CCACATCGC-TCA-CCT-GAG--CA-GC-----AGTTCCT--A---GCAA---TA-AACA-AGCTTG------AGCAA---AA--CT-AT--CAT-T--AT-----ACNAG-CAGCTTGGT---T-CA--GA------------------AAAA---C--TT-------TT-CAAA-----GGT--AAC--GACT-A------AAAA---TTCATTAATT-ATCAAACT-TAATT---ATCAAACTTGAC---TA-AAA--TT-CAT-TA-----A-TTATC-ATA--------TGCCCTTGTAGAGGGGTATG----GCCCTTCATT--TTAA-CAAATTTCATCTAAGGATGCTT-T--GTGCCAAGTT--TGGTTCCCTATACATTCGCA-------TGTTAAAC--TTTAATCAC
gi|1 : T-GA-CCACATCGC-TCA-ACT-GAG--CA-CC-----AATGCTC--A---GCAA---AA-AACA-ATTTTT------AGGAA---AA--CTTAT--TAT-T--AT-----ACTTA-CTGCTAAGT---T-CA--GA------------------AAA-------TTAAAAAAATC-CAAAA----GGT--AAC--AAAT-A------AAA-----TTATTAATC-ATCAAATT-TGATT---ATTAAACTTAAC---TA-AAA------ATGCA-----A-TTATC-ATA--------TGCCCTTGTATAAGGGTATG----GCCATTCATT--TTAA-CAAA---CATCT----ATGCTT-T--GCACAACATT--TGGTTTCCTATACAATCGCA-------AGTAAAAT--TTCGATC
gi|10 : ttaaaataaattggccactggttcttaacaaaaaacccttTCAAACT-TGATT---CTTAAACTTCAC---TA-AAAA-TT-CAT-TA-----A-TCAAC-ATGCATGTACGTGCCTTTGTAAAAGGGTATG----GCC-TTCATT--TAAA-CAAATTTCGTCCAAAGATGCTT-T--GTGCTAAGTT--TGGTTCCCTATACATTTGCA-------TGTAAAAC--TTTGATCtcc
gi|11 : CCCATAGG-CCACATTGC-TCA-CCT-GAG--CT-GA-----GGTTACTTAA---GCAA---TA-AACA-AGCTTA------AATGA---AA--CT-AT--CAT-T--AT-----AACAG-CAA-TTGGT---T-TA--GA------------------AAAA---A--TA-------T---GAA-----AGT--AAC--CACT-A------AAAA---CTCATC-ATC-TTGAAATT-TAATC---ATCcatcct
gi|12 : A-AACA-AGCTTG------AGCAA---AA--CG-AT--CA--T--A------ACGAATCAGCTCGGT---A-AA--GA------------------AAAA-------------------AAAGCAATGGT--AAC--AGCTAA------AAAA---TCCAT-------TCAAA-------------------------------A--TG-CAT-T----------ATC-ATA--------TGCCCTTGTAGAGAGGCATG----G-CCTTCATT--TTAA-CAAATTTCATCTAtccccttataaaca
gi|13 : -TAATA---ATCAAAGTTGACAACTA-AAA------AT-CA-----G-TTATC--TA------------CTTGTAGAGGTCTATT----GTTCTCCAT---------AAAGTT-----AAGAATGATT-T--GTACCAAGTT--TGGT
gi|14 : AGAGGCTCAT-GGGTCACATTGC-TCA-CCT-GAG--AA-GC-----AGTTCCT--ACTTATTA---TA-CACA-AGCTTG------AGCAA---AA--CT-AT--CAT-T--AT-----ACagaacctgacctaccacggtgcaatgcatttgt
gi|15 : aaaaataagattcatttcttataagaaccGCAA---AA--CT-AT--CAT-T--AT-----ACAGG-CAATTTGTT---T-CAGGGG------------------AAAA-------T-------AT-CAAA-----GGT--GAC--GACT-A------GAAA---TTAATTAATTGATTGA--T-TGATT---ATTCAAC--GAC---Tt
gi|16 : TTAAGAGGCCCAT-GGGTCACATTGC-TCA-CAT-GAG--CA-GC-----ATTTTCT--A-----AATGTTA-CACA-ATTTTG------AACAA---AA---T-AT--GAT-
gi|17 : tcacaaattaatttatgtttT-TAAGA---ATCAAACTCAAC---TA-AAA--TT-TAA-TA-----AATTATC-ATA--------TGCCCTTGTCGAAGGGCATG----ACCCGTCATT--TTGA-AAAA
gi|18 : gtttaAATGG--AATACGAGTCTTAT-GGATCACATGGC-TCA-GCT-GAG--GA-GC-----AGTTCTA--A---ACAA---T--GACA-AGCTTG------AGCAA---AA--AT-TT--AAT-C--AT-----GCTAG-aaaaattaatct
gi|19 : agcat--CT-AT--CAT-T--ATTATATACAAG-CAGCTTGAT---T-CA--GA------------------AAAA---A--AA-------AT-CTAT-----GGT--AACATGACT-AAAAAATAAAA---TTCATTAATT-ATCAAAC
gi|2 : AATGACAATTAAGAGACAAAT-GG-CCATATCAC-TCA-CCT-GGG--CA-GC-----AGTTCCT--T---GCAA---TA-AACA-AGCGTA------GGCAA---AA--CT-AT--CAT-T--AT-----ATTAG-CAGTTTGGT---T-TA--GA------------------AAAA---C--TT-------TT-CAAA-----GGT--AAC--AACT-A------AAAA---TTCATTAATT-ATCAAACT-TAATT---ATCAAACTTGAC---TA-AAA--TT-CAT-CA-----A-TTATC-ACA--------TGCCCTTGTAGAGGGATATG----GCCTTTCATT--TTCA-CAAGTGTTATTTATGAATGCTT-T--GTGCCAAGTT--TGGTTCCCAATACATTTGCAAAACATTTGTTAAAC--TTTAATCAC
gi|20 : aaattttAA---AAGTCC-AT--CAT-TTTAT-----ATAAG-CAGCTTGGT---CACA--AA------------------AAAAACCC--TT-------TT-CAAA-----GGT--AAC--AACT-A------A------------AATT-ATTAAACT-T
gi|22 : atAT-GG-CCACATCAC-TCA-TCTAGAGG-CA-GCGTTGAAGTTTCT--A---GCAA---TA-AACA-AGCc
gi|24 : T-T--GAGCCAAGTT--TGGTTCCCTATACATTCGCA-------TG-CAAACATTTTGATCataggt
gi|3 : AATGA--ATGAACAGAA-CA--GG-CCACATTGCCTTATCCT-AAGTGCATGT-----AGTTG-T--A---GTGA---TA---CAGAGCTTG------AGGCA---AA--TT-AT--CAA-T--GC-----ACAAG-CAGCTTAGT---T-TA--GACTTCTTTTCTTTTGGTTCAAA--------T-------TT-TAAG-----AAT--AAC--GACA-A------AAAA---TTCATTAATT-ACCAAATT-T--------TTAA---TAGC-------AA--TT-CAT-AT-----A-TTATT-ATA--------TACTCCCATAGAGGGGTATGCATGACCCTAGACT--TTGA-AAAATTTCATCTAAGGATGTTTATAAATGCCAAGTT--TGATTCTCTATAC-TTCccct
gi|4 : g--CT-ATGACATCT--GT-----ATCAT-CA-CTTGGT---T-CA--GATTT----------------------T--TT-------TT-CAAA-----GATTAAAC--G-CT-A------AAAAATATGTATTAATT-ATCAAACT-TTATTCAAATCAAATTTTAC---AA-AAAGCCT-CAT-TA-----A-TTATC-ATA--------T-CTCTT-TAGA-GGGTATG---------TCACT--ATAT-GAATTTTCATCTAAGGA-GCTT-T--ATG-CATGCT--T-GTTCCCTATACATTTGC--------TGTTAAAA--CTTAGACACtgt
gi|5 : aagcattg-GG-CTACATAGC-TCA-CTT-GAG--TA-TC-----ACTTTCT--T---GCAG---TA-AAGA-CGCT---------------------------CAT-T--AT-----ACAAA-TAGCTTGGT---T-CA--AATAAA--------------AAAAT--C--GT-------TT-CAAA-----GGT--AAC--GACT-A------AAA-----CCG--------------T-TAATT---ATCAAACTTGAC---TA-AAA--TT-CAT-TA--------TA---ATT--------TGCCCTTGTAGAGGGGCATG----ACTTTTTATT--TT----------------AGGATGCTT-T--GTGCCAAGTTTATAATTCCCTATACATTTGCA-------tctaa
gi|6 : cctttgAGAGGCTCAT-GGGTCACATTGC-GCA-CCT-GAG--AA-GC-----AGCTCCT--ACTTATTA---TA-TACA-AGCTTG------AGCAA---AA--CT-AT--CAT-T--AT-----ACTAG-CAGCTTGGTGTAT-CA--TATAGCAGCATGGTTCAGTTAAAA---T--TT-------TT-CAAT-----GGT--A-----ACT-A------AAAT---TTCA-TAATC-A--AAA--------------------GAA---TA-AAAATTT-CTT-TA-----A-TTTTC-ATA--------TTCTCTTCTAGAAGTGTAT
gi|7 : aagaaccGTTCCT--A---GCAA---TA-ATCA-AGCTTC------AGCAA---AA--CC-AT--CAT-T--GT-----ACTTA-CA--TTAATTA-T-C------------------------AAA---C--TTAA-----TTACAAA-----AAT----T--GACT-A------AAAA---TCCATTAATT-ATC
gi|7 : aaataaaacaaacgaaataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCATTAATT-ATCAAACT-TAATT---ACAAAAATTGAC---TA-AAAA-TC-CAT-TA-----A-TTATC-TTA--------TGCCCTTGTAGAGGGGTATG----GCTTTTCATT--TTAA-CAAATttatgcccttgtagaggggtatggcttttcattttaacaaat
gi|8 : aaataaaacaaacgaaataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttcctagcaataatcaagcttcagcaaaaccatcattgtactta-GG-CTACATTGC-TCA-CCA-GAG--CA-GC-----AATTCCT--G---GC-A---TGTAACA-A---TA------AG--------------T--CAT-T--AT-----ACCAG-CAGTTAGAT---G-CA--GA------------------AAAA---A------------A-CAAA-----GGT--AAC--AGTT-A------AAAT---TGCATTA--T-AT-AAATTATAAT
gi|8 : gcacgtg---TA-AAA--TTGCAT-TATATAAA-TTATA-ATC--------TTTCCTT--AGAGAGGT--------CATTTC--T--TTAAGCAAATTTAGTCTGAGAATGTTT-T--CTTCCAAGTT--ctttccttagagaggtcatttctttaagcaaatttagtctgagaatgttttcttccaagttag
gi|9 : gcacgtgggctacattgctcaccagagcagcaattcctggcatgtaacaataagtcattataccagcagttagatgcagaaaaaaacaaaggtaacagtA-AACA-AGCTTGTTAAAGAGCAACCTAG--CT-AT--CAT-T--AC-----ACAAG-CAACTCGAT---T-CA--GA------------------AAAA---CACTT-------TT-TAA------GGT--AAT--GACT-A------AAA----TTAATTAATT-ATCAAACT-TCATT---ATCTAACTTGAC---GGCAAA--TT-CAT-TA-----A--TATCAAGA--------AGTCCTTGTCTAGGGGCATG----GGTCTGCATTAATTAT-CAGAag
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): GATCTAAAAGTACTAAAGACCCATGGGCCACATCACTCAACCGAGAAAGGAAGCTCTTATGTGTTGTAT
Unaligned ( gi|23 ): TATGACTGAAAAAAACAACATCAATCCCAAACAAGAGGCCCATGGGTCACATTGCT
Unaligned ( gi|25 ): TTCTTGAAATATCGATTAGTCCAGGTTTTCAACA