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gi|25                         :                                                                                                                                                                                                         ctcaaaaTTAAC-T-TAAGTCCGTCAGTC-CGTG
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                       gagctcgaaaTAAC-T-GAAGTCCGTCAGTC-CGTGACTGGTTA-TA-ATCCTGG-CGGACTGA--CTG-ATATTTG---T-CCCTA-TCAG--T--C--CG----TG---------ACT-GG--T
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                 agggctcgaagttacagAAC-TTCAAGTCCGTCAGTCGCGTGACTGGTT--TT-ATCCTGGACGGACTGA--CT--ATGTTCG---TTCCCAA-TCAG--T--CTCCGACT-G----------ACTCAG--TAGGATGA-ATATTTTTAAAGCT-TC--A-TTTGGTGGAAA-CC-C-TCAAATAT------T--A-CAAT-----AAAATGA---TTC-AGTA-----------GATTATTGAA-TAA-TC--AATAA-AGTCTATAAC--T---A-CTATTATC--TGA-TT--CA-AAAAAT-CATCCAGT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                  tgC-T-CAAGTCCATCAGTC-CATGACTGGTTA-TT-ATCCTGG-CGGACTGA--CTG-ATGTTTG---T-CTCAA-TCAG--T--C--CGACC-GG---------CCT-GG--TAA----A-ATATTTGTAAA-CT-TC--A-TTTGG-CAAAA-CC-T-TCAAATAT------G--A-AAAT-----GAAATGT---ATC-AGTT-----------GATGATTGAA-C-A-TC--AATAA-AATCTGTCAC--T---agatgattgaacaatcaataaatctcactatctattatctgattcaaatctacagacttttcttattggtgtatttcaataaccccacaataagctgcatcattacggactggtaacttttcgtgcagactgttggttgactatccaaccagtcctgctggaactgtgtttacttaaaagttcgttccaagccc
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                            TCCGTCAGTC-CGTGACTGGTTA-TT-ATCCTGG-TGGACTGA--CTG-ATGTTTG---T-CTCTG-TCAG--T--C--TGACT-GG---------ATT-GG--T------A-ATATTTTCAAA-CT-TA--A-TTTGA-GAAAA-CC-
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                               tTCAGTC-CGTGACTGGTTA-TA-ATCCTGG-CGGACTGA--CCG-ATATTTG---T-CCCAA-ATAG--T--C--CGACC-GGTCTGACCGGACC-GG--AAG----A-GTATTTTTAAA-CT-TC--A-TTTGG-GAAAA-CC-C-AAAAATAT------G--A-AAAT-----AAAATGT---ATC-AGTA-----------GATGATTGAA-C-A-TC--AATAA-AGTCTGCCGC--T---ATCTGTAATC--TGA-TT--CAT---AAT-T-TAGAATCT-TT-C---GTACT--------T-TATA--TT-TGAAT----AACC---C----CCAAAAA-TATGCTTGATC-A-ATCT-G-GACTGGT---AGT---TTGTTt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                            cctaTCAATC-TG-GACTGGTAACTT-TTTCT-G-CAGACTGG--TT---TGTTTGA--TATCAAA-CCAG--T--C--CTGTC-GG---------Atgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggactggttcgtttgatagccaaccagtccaccgggctggcgacttaaaaacttcgtttcaagccct
gi|16                         :                                                                                                                         cagtagatttaacgtcaataatatctgtcactatctataatctgattcataattaacagtctttcttattttgtattttaataacccccaaaaatatgcttgaTCAGTC-TG-GACTGGTAACTT-TTCCTG--CGGACTGG--TT---CGTTTGA--TATCCAA-CCAG--T--C--CAGTT-G-----------CT-GG--T
gi|15                         :                                                                                                                                                               tcataatttacagatatctatctttgaagttattttattttaataacccccaaaaacatgtttgaTCAATC-TGGGACTG-TTA-AC-ATTTTTG-CGGACTG---TTC-AT-TTTGAAAT--CCAA-CCAG-----C--CGATC-TG---------ACT-Ggacttaaaaaagtagtttcaagtctt
gi|11                         :                                                                                                                                       tatgggaaaaccctcaaatatttaatcaaatgctcaaggtacttgacgtcaataaaatattcatttcaattaacccccaaatatgcttaTCAATC-TGGGACTG-TTA-AC-ATTTTTG-CGGACTG---TTC-AT-TTTGAAAT--CCAA-CCAG-----C--CGATC-TG---------ACT-Gtcactta
gi|2                          :                                                                                                                actggacaaaaataaggattttaattcgggaaaaccctcaaatatttaatcaaatgctcaaggtacttgacgtcaataaaatattcatttcaattaacccccaaatatgcttaCAGTCGCGCGACT----A-TTCATCCTG--CGGACT-A--CTGTATGTTTG---T-CC-AA-TCAG--T--T--CGACC-CG---------ACA-GA--TAG----ATATTTTTTTAAA-CTCTC--A-TT-GG-GAAAG-CC-C-TCAAATATGACAAAT--ACAAATGTATTAAAATGTCCAATC-AGTA-----------G-TGACTTAA-CCA-T---AATATCAATCTAGCAC--T---AACTCTGATTATCGA-TT--CAT-----TAT-TATAGTCTTTT-C---TTATTATCAGATAT-T--A--TT-TAAATCCCCCACCCAAC----CC-AATA-TATGCTTAATT-ATATCT-GCGACTGGT---AAC---TTTT-----CGGGGATACTG---GT--TTTCTGTT-TTTG--ATAATC-C-A-A-TCATACCATCGCACGA-CCTC-C-TT--A----T-TAAAAATTTAA-GTTTCAAGTCtcactta
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                     ataaacttccagccgtcaaaaGACAGGTAACTT-TTTCTG--CGGACTGG--TT---CGTTTGA--TATCCAA-CCAG--T--C--CAGCC-GG---------ACT-GG--T
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                           cataatttacagtttttaataacctccaaaaatatgcttgatcaatatgAA-CCAG--T--C--CAGCA-GG---------ACT-GG--TTG----G-ATATcacttaaaaagttaagtttcaagccct
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                          ttgA-CCAG--T--C--CGACC-GG---------ACT-GG--TTG----G-ATATacttaaaagtcgtttcaagccct
gi|17                         : ttaactcaagtccgtcggtctgcgactggttattatcttgatagactgactaatgtttgtcccaatcagtccgaccggatttgtagaatatatttaaacttcatttgggaaaaccctcaaatattaaaataatatgtatcagcagatgattgaacatcaataaaatatgtcactatatctcttatctgattaataatttacagcctttcctattttgtatttcaataaaccctaaaaatatgtttgatcaatctagtaactttttctgcggactggttcgtttgA-CCAG--T--C--CGGCT-GG---------ACT-GG--TTG----G-ATATcacttaaaaagttagtttcaagccct
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                       cataatttacagtttttaataacctccaaaaatatgcttgatcaatatggacaggtaactttttctgcggactggttcgtttgT-TA--A-TTCGG-GAAAA-CC-C-TCAAATAT------T----TAAT-----CAAATGC----TC-A--A-----------GGTACTTG-A-C-G-TC--AATAA-AATcacttaaaaagttaagtttcaagccct
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                actggacaaaaataaggattTGG-GAAAA-CC-C-TCAAATAT------T----TAAT-----CAAATGC----TC-A--A-----------GGTACTTG-A-C-G-TC--AATAA-AATattcatttcaattaacccccaaatatgcttatcaatctgggactgttaacatttttgcggactgttcattttgaaatccaaccagccgatctgactgtcactta
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ta-----AAAAT-C---ATCCAGTA-----------GATGATTGAA-C-AATC--AATA--AATCTC--AC--T---ATCTATTATC--TGA-TT--CA----AAT-C-TACAGACT-TTTC---TTATT--------GGTGTA--TT-TCAAT----AACC---C----C--ACAA-TAAGCTGCATC-A-TTAC-G-GACTGGT---AAC---TTTTCGTG-CAG----ACT----GT--T---GG---TTGA--CT-ATC-C-A-A-CCAGTCCT--GC-TGGAACTGTGTTT--A---CT-TAAA-AGTT-C-GTTCCAAGCCCattcatttcaattaacccccaaatatgcttatcaatctgggactgttaacatttttgcggactgttcattttgaaatccaaccagccgatctgactgtcactta
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                 tgaacttcaagtccgtcagtcgcgtgactggttttatcctggacggactgactatgttcgttcccaatcagtctccgactgactcagtaggatgaatatttttaaagcttcatttggtggaaaccctcaaatattacaataaaatgattcagtagattattgaataatcaataaagtctataactactattatctgattcaaC-AGTA-----------GAT--TT-AA-C-G-TC--AATAA-TATCTGTCAC--T---ATCTATAATC--TGA-TT--CATA---AT-T-AACAGTCT-TT-C---TTATT--------T-TGTA--TT-TTAAT----AACC---C----CC-AAAAATATGCTTGATC-A-ATCT-G-GACTGGT---AAC---TTTTTCTG-CAG----ACTG---GT--T---TG---TTTG--AT-ATC-A-A-A-CCAGTCCT--GT-CGG-A
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               --TAA-TT--TACAGATAT-C-TA---TCT-TT-GAAGTTATT--------T-T--A--TT-TTAAT----AACC---C----CC-AAAAACATGTTTGATC-A-GTCT-G-GACTGGT---AAC---TTTTCCTG-CGG----ACTG---GT--T---CG---TTTG--AT-ATC-C-A-A-CCAGTCCA--GT-TG---CTG-G-TG--A---CT-TAAAAAAGT-A-GTTTCAAGTCTT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tcaTAAT--------T-TACAGTTT-TTAAT----AACC---T----CC-AAAAATATGCTTGATC-A-ATAT-G-GACAGGT---AAC---TTTTTCTG-CGG----ACTG---GT--T---CG---TTTG--AT-ATC-C-A-A-CCAGTCCA--GC-CGG-ACTG-G-TC--A---CT-TAAAAAGTTAA-GTTTCAAGCCCT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    caTATT------------CA--TT-TCAATT---AACC---C----CC-AAA--TATGCTT-ATC-A-ATCTGG-GACTGTT---AAC---ATTTT-TG-CGG----ACT----GT--T---CAT--TTTG--AA-ATC-C-A-A-CCAG-CCG--AT-CTG-ACT--G-TC--A---CT-TACAAAACT-A-G-TTCAAGCCC
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ctcaaaattaactcaagtccgtcagtccgtaactggttattatcctggcggacggatagatgtttgtcccaatcagtccgaccggactgggaaaaccctcaaatatttaatcaaatgctcaaggtacttgacgtcaataaaaTATT------------CA--TT-TCAATT---AACC---C----CC-AAA--TATGCTT-ATC-A-ATCTGG-GACTGTT---AAC---ATTTT-TG-CGG----ACT----GT--T---CAT--TTTG--AA-ATC-C-A-A-CCAG-CCG--AT-CTG-ACT--G-TC--A---CT-TA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tatgggaaaaccctcaaatatttaatcaaatgctcaaggtacttgacgtcaataaaaTATT------------CA--TT-TCAATT---AACC---C----CC-AAA--TATGCTT-ATC-A-ATCTGG-GACTGTT---AAC---ATTTT-TG-CGG----ACT----GT--T---CAT--TTTG--AA-ATC-C-A-A-CCAG-CCG--AT-CTG-ACT--G-TC--A---CT-TA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 actggacaaaaataaggattttaattcgggaaaaccctcaaatatttaatcaaatgctcaaggtacttgacgtcaataaaaATC-A-GTCC-GTGACTGGTTATAA-------TCCTGGCGG----ACTG---A---C---CGATATTT---GT--CC-C-A-A-ATAGTCCG--AC-CGG-TCTG-A-CCGGA---CC-GGAAGAG-T-A-TTTTTAAAC
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               cctATC-A-GTCC-ATGACTGGT---TA----TTATCCTGGCGG----ACTG---AC--TGA-TG---TTTG------TCTC-A-A-TCAGTCCG--AC-CGG-CCTG-G-Tttcatttgggaaaacccaaaaatatgaaaataaaatgtatcagtagatgattgaacatcaataaagtctgccgctatctgtaatctgattcataatttagaatctttcgtactttatatttgaataacccccaaaaatatgcttgatcaatctggactggtagtttgtttgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggactggttcgtttgatagccaaccagtccaccgggctggcgacttaaaaacttcgtttcaagccct
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ctcaagtccTC-A-GTCC-ATGACTGGT---TAT---TATCTTGG-CGG----ACTGACAGA--T----G---TTTG------TC-CTG-A-TCAGTCCG--AC-CGG-ACTG-G-Taaaatatttgtaaacttcatttggcaaaaccttcaaatatgaaaatgaaatgtatcagttgatgattgaacatcaataaaatctgtcact
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              agggctcaaaattaatttaaatctg-CGG----ACTG---GT--T---CG---TTTG--AT-AGC-C-A-A-CCAGTCCA---C-CGG-GCTG-G-CG--A---CT-TAAAAACTT-C-GTTTCAAGCCCTagaatatttttatcaaacttgggaaaacccacaaatattaatgcattgatcagtaaatgattgagcaccaa
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             cctatcagtccgtgactggttataatcctggcggactgaccgatatttgtcccaaatagtccgaccggtctgaccggaccggaagagtatttttaaacttcatttgggaaaacccaaaaatatgaaaataaaatgtatcagtagatgattgaacatcaataaagtctgccgctatctgtaatctgattcataatttagaatctttcgtactttatatttgaataacccccaaaaatatgcttgatcaatctggactggtagtttgtttgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTG--AT-ATC-C-A-A-CCAGTCCT--GC-TGG-ACTG-G-TT--A---CT-TAAA-AGTC---GTTTCAAGCCCT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          T-ATT-C-T-A-CCAGTCCA--GT-CGG-ACTG-A-T
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     gatattaactcaagtccgtcagtccgtgactggttattatcctggcggattgactgatgtttgtctcaaT-ATT-C-T-A-CCAGTCCG--GT-CGG-ACTG-A-TC--A---tttttaaactttatatggggaaacccctcaaatattaaaataaaatgcatcagaaaatgattgtcaataaaatctatcactatctattatctgattcataatttacttattttgtatttcaataaccccccaaaatatgcttgatcaatctgggctggtaactttttctgtggactggtttgtttgatatccaaccagttcagctggactggtcacttaaaaagttagtttcaagccct
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gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ttgatatcca-A-CCAGTCCG--AC-CGG-ACTG-G-Tacttaaaagtcgtttcaagccct
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2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Unaligned ( gi|24 ): CTGAACTCCCGTAAAATTTGGATGTTTACCTCTATCTAT






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Reference ( family-5399 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TTAAC-T-CAAGTCCGTCAGTC-CGTGACTGGTTATT-ATCCTGG-CGGACTGA--CTG-ATGTTTGT-CCCAA-TCAG--T--C--CGACC-GG---------ACT-GG--TAG----A-ATATTTTTAAA-CT-TC--A-TTTGG-GAAAA-CC-C-TCAAATAT------T--A-AAAT-----AAAATGC---ATC-AGTA-----------GATGATTGAA-C-A-TC--AATA-AAATCTGTCAC--T---A--TCT-ATNATCTGA-TT--CAT---AATTTACAG-------TC-TTT-C---TTATT-TT--G----TATT-TCAAT-A----ACCC----C-C-AAAA-TATGCTTGATC-A-ATCT-G-GACTGGTAAC---TTTTTCTGCGG----ACTGGT--T---CG--TTTGA--T-ATCCA-A-CCAGTCC-G--GC-CGG-ACTG-G-TCA---CT-TAAAAAGTT-A-GTTTCAAGCCCT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          AAC-TTCAAGTCCGTCAGTCGCGTGACTGGTT-TT-ATCCTGGACGGACTGA--CT--ATGTTCGTTCCCAA-TCAG--T--CTCCGACT-G----------ACTCAG--TAGGATGA-ATATTTTTAAAGCT-TC--A-TTTGGTGGAAA-CC-C-TCAAATAT------T--A-CAAT-----AAAATGA---TTC-AGTA-----------GATTATTGAA-TAA-TC--AATA-AAGTCTATAAC--T---A---CT-ATTATCTGA-TT--CAA---AA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tg-----AAAAT-C---ATCCAGTA-----------GATGATTGAA-C-AATC--AATA-AA-TCT--CAC--T---A--TCT-ATTATCTGA-TT--CA----AATCTACAG-------ACTTTT-C---TTATTGGT--G----TATT-TCAAT-A----A-CC----C-C-ACAA-TAAGCTGCATC-A-TTAC-G-GACTGGTAAC---TTTTCGTGCAG----ACTG----T---TG--GTTGAC-T-ATCCA-A-CCAGTCC-T--GC-TGGAACTGTGTTTA---CT-T-AAAAGTT-C-GTTCCAAGCCCaatcatccagtagatgattgaacaatcaataaatctcactatctattatctgattcaaatctacagacttttcttattggtgtatttcaataaccccacaataagctgcatcattacggactggtaacttttcgtgcagactgttggttgactatccaaccagtcctgctggaactgtgtttacttaaaagttcgttccaagccc
gi|10                         :                                                                                                              tgaacttcaagtccgtcagtcgcgtgactggttttatcctggacggactgactatgttcgttcccaatcagtctccgactgactcagtaggatgaatatttttaaagcttcatttggtggaaaccctcaaatattacaataaaatgattcagtagattattgaataatcaataaagtctataactactattatctgattcaaTTAAC-T-CAAGTCCGTCAGTC-CGTAACTGGTTATT-ATCCTGG-CGGACGGA--TAG-ATGTTTGT-CCCAA-TCAG--T--C--CGACC-GG---------AC--------------------------------------TGG-GAAAA-CC-C-TCAAATAT------T----TAAT-----CAAATGC----TC-A--A-----------GGTACTTG-A-C-G-TC--AATA-AAATAT-TCAT--T------TCA-ATTA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ctcaaaaATT-TCAATTA----ACCC----C-C-AAA--TATGCTT-ATC-A-ATCTGG-GACTGTTAAC---ATTTT-TGCGG----ACT-GT--T---CAT-TTTGA--A-ATCCA-A-CCAG-CC-G--AT-CTG-ACT--G-TCA---CT-TACAAAACT-A-G-TTCAAGCCCacccccaaatatgcttatcaatctgggactgttaacatttttgcggactgttcattttgaaatccaaccagccgatctgactgtcacttacaaaactagttcaagccc
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ctcaaaattaactcaagtccgtcagtccgtaactggttattatcctggcggacggatagatgtttgtcccaatcagtccgaccggactgggaaaaccctcaaatatttaatcaaatgctcaaggtacttgacgtcaataaaatattcT-TA--A-TTCGG-GAAAA-CC-C-TCAAATAT------T----TAAT-----CAAATGC----TC-A--A-----------GGTACTTG-A-C-G-TC--AATA-AAATAT-TCAT--T------TCA-ATTA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           actggacaaaaataaggattATT-TCAATTA----ACCC----C-C-AAA--TATGCTT-ATC-A-ATCTGG-GACTGTTAAC---ATTTT-TGCGG----ACT-GT--T---CAT-TTTGA--A-ATCCA-A-CCAG-CC-G--AT-CTG-ACT--G-TCA---CT-TAacccccaaatatgcttatcaatctgggactgttaacatttttgcggactgttcattttgaaatccaaccagccgatctgactgtcactta
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                      actggacaaaaataaggattttaattcgggaaaaccctcaaatatttaatcaaatgctcaaggtacttgacgtcaataaaatattcC-T-CAAGTCCATCAGTC-CATGACTGGTTATT-ATCCTGG-CGGACTGA--CTG-ATGTTTGT-CTCAA-TCAG--T--C--CGACC-GG---------CCT-GG--TAA----A-ATATTTGTAAA-CT-TC--A-TTTGG-CAAAA-CC-T-TCAAATAT------G--A-AAAT-----GAAATGT---ATC-AGTT-----------GATGATTGAA-C-A-TC--AATA-AAATCTGTCAC--T---
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               C-AGTA-----------GAT--TT-AA-C-G-TC--AATA-ATATCTGTCAC--T---A--TCT-ATAATCTGA-TT--CAT---AATTAACAG-------TC-TTT-C---TTATT-TT--G----TATT-TTAAT-A----ACCC----C-CAAAAA-TATGCTTGATC-A-ATCT-G-GACTGGTAAC---TTTTTCTGCAG----ACTGGT--T---TG--TTTGA--T-ATCAA-A-CCAGTCC-T--GT-CGG-A
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TTAAT-T-TAAATCTGTCAGTC-CATGACTGGTTATT-ATCTTGG-CGGACTGA--CAG-ATGTTTGT-CCTGA-TCAG--T--C--CGACC-GG---------ACT-GG--TAG----A-ATATTTTTA------TCAAA-CTTGG-GAAAA-CC-C-ACAAATAT------T-----AAT-----GCATTG----ATC-AGTA-----------AATGATTGAG-C-A-CC--AA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             agggctcaaaaTGG-GAAAA-CC-C-TCAAATAT------T----TAAT-----CAAATGC----TC-A--A-----------GGTACTTG-A-C-G-TC--AATA-AAATAT-TCAT--T------TCA-ATTA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             taATT-TCAATTA----ACCC----C-C-AAA--TATGCTT-ATC-A-ATCTGG-GACTGTTAAC---ATTTT-TGCGG----ACT-GT--T---CAT-TTTGA--A-ATCCA-A-CCAG-CC-G--AT-CTG-ACT--G-TCA---CT-TAacccccaaatatgcttatcaatctgggactgttaacatttttgcggactgttcattttgaaatccaaccagccgatctgactgtcactta
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tatgggaaaaccctcaaatatttaatcaaatgctcaaggtacttgacgtcaataaaatattcT--CAT---AATTTACAGATATCTATC-TTT-GAAGTTATT-TT--------ATT-TTAAT-A----ACCC----C-C-AAAAACATGTTTGATC-A-GTCT-G-GACTGGTAAC---TTTTCCTGCGG----ACTGGT--T---CG--TTTGA--T-ATCCA-A-CCAGTCC-A--GT-TG---CTG-G-TGA---CT-TAAAAAAGT-A-GTTTCAAGTCTT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            --CAT---AATTTACAG-------TT-TTT---------------------------AAT-A----ACCT----C-C-AAAAATATGCTTGATC-A-ATAT-G-GACAGGTAAC---TTTTTCTGCGG----ACTGGT--T---CG--TTTGA--T-ATCCA-A-CCAGTCC-A--GC-CGG-ACTG-G-TCA---CT-TAAAAAGTTAA-GTTTCAAGCCCT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TCCGTCAGTC-CGTGACTGGTTATT-ATCCTGG-TGGACTGA--CTG-ATGTTTGT-CTCTG-TCAG--T--C--TGACT-GG---------ATT-GG--T------A-ATATTTTCAAA-CT-TA--A-TTTGA-GAAAA-CC-
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tCAGTCGCGCGACT----ATTCATCCTG--CGGACT-A--CTGTATGTTTGT-CC-AA-TCAG--T--T--CGACC-CG---------ACA-GA--TAG----ATATTTTTTTAAA-CTCTC--A-TT-GG-GAAAG-CC-C-TCAAATATGACAAAT--ACAAATGTATTAAAATGTCCAATC-AGTA-----------G-TGACTTAA-CCA-T---AATATCAATCTAGCAC--T---AACTCTGATTATC-GA-TT--CAT---TATT-ATAG-------TC-TTTTC---TTATT-ATCAGATATTATT-TAAAT-CCCCCACCCAAC-C-C-AATA-TATGCTTAATT-ATATCT-GCGACTGGTAAC---TTTT----CGGGGATACTGGT--TTTCTGTTTTTGA--TAATCCA-A-TCATACC-ATCGCACGA-CCTC-C-TTA----T-TAAAAATTTAA-GTTTCAAGTCt
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ataaacttccagccgtcaaaaTAAC-T-GAAGTCCGTCAGTC-CGTGACTGGTTATA-ATCCTGG-CGGACTGA--CTG-ATATTTGT-CCCTA-TCAG--T--C--CG----TG---------ACT-GG--T
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       agggctcgaagttacagTTAAC-T-TAAGTCTGTCAGTC-CGTGACTGGTTATT-ATCCTGG-CGG
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aggactcgacaTTGA--T-ATCCA-A-CCAGTCC-T--GC-TGG-ACTG-G-TTA---CT-T-AAAAGTC---GTTTCAAGCCCT
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TTAAC-T-CGCGTCCGTCAGTC-CGTGACTTGTTATT-ATCATGG-CG
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ctcaaaaTTAAC-T-TAAGTCCGTCAGTC-CGTG
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              gagctcgaaaTCAGTC-CGTGACTGGTTATA-ATCCTGG-CGGACTGA--CCG-ATATTTGT-CCCAA-ATAG--T--C--CGACC-GGTCTGACCGGACC-GG--AAG----A-GTATTTTTAAA-CT-TC--A-TTTGG-GAAAA-CC-C-AAAAATAT------G--A-AAAT-----AAAATGT---ATC-AGTA-----------GATGATTGAA-C-A-TC--AATA-AAGTCTGCCGC--T---A--TCT-GTAATCTGA-TT--CAT---AATTTAGAA-------TC-TTT-C---GTACT-TT--A----TATT-TGAAT-A----ACCC----C-CAAAAA-TATGCTTGATC-A-ATCT-G-GACTGGTAGT---TTGTT
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gi|4                          : cctatcagtccgtgactggttataatcctggcggactgaccgatatttgtcccaaatagtccgaccggtctgaccggaccggaagagtatttttaaacttcatttgggaaaacccaaaaatatgaaaataaaatgtatcagtagatgattgaacatcaataaagtctgccgctatctgtaatctgattcataatttagaatctttcgtactttatatttgaataacccccaaaaatatgcttgatcaatctggactggtagtttgtttgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTAACCT-CGAG-CTGTCAGGC-CGTGACTGGTTATT-ATC-TGG-CGGACTGAGACTG-ATGGTT-T-ACCAA-TCAGATTAAC--CGACCAGG---------ACT-GAGTTAA----T-ATATTTTAAAA-TT-TT--AATTTGG-GAAAAACCAC-ACAAGTAT------T--CCAAAT-----AAAATTT---ATC-AGTA-----------GATGATTGAAAC-A-TCCAAATA-AA-TC-GCCAT--TC--A--TCT-ATAATTTAAATTAGCAT---AATTTACAG-------TC-TTT-C---TTATT-TT--G----TACTCTTAAT-A----ACCC----C-C-CAAA-TATGTTTGATCGA-ATCT-G--ACTGGTAACTTTTTTTTCTGCAG----ACTGGTGGT---CG--TTTGAAGT-ATCCACACCCAGTCCAG--GCACGGTACTG-G-TGAAATCTATAAAAAGTT-ATGTTTCAAGCCC
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gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TTAAT-T-TAAATCTGTCAGTC-CATGACTGGTTATT-ATCTTGG-CGGACTGA--CAG-ATGTTTGT-CCTGA-TCAG--T--C--CGACC-GG---------ACT-GG--TAG----A-ATATTTTTA------TCAAA-CTTGG-GAAAA-CC-C-ACAAATAT------T-----AAT-----GCATTG----ATC-AGTA-----------AATGATTGAG-C-A-CC--AA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             agggctcaaaaTGG-GAAAA-CC-C-TCAAATAT------T----TAAT-----CAAATGC----TC-A--A-----------GGTACTTG-A-C-G-TC--AATA-AAATAT-TCAT--T------TCA-ATTA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             taATT-TCAATTA----ACCC----C-C-AAA--TATGCTT-ATC-A-ATCTGG-GACTGTTAAC---ATTTT-TGCGG----ACT-GT--T---CAT-TTTGA--A-ATCCA-A-CCAG-CC-G--AT-CTG-ACT--G-TCA---CT-TAacccccaaatatgcttatcaatctgggactgttaacatttttgcggactgttcattttgaaatccaaccagccgatctgactgtcactta
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tatgggaaaaccctcaaatatttaatcaaatgctcaaggtacttgacgtcaataaaatattcT--CAT---AATTTACAGATATCTATC-TTT-GAAGTTATT-TT--------ATT-TTAAT-A----ACCC----C-C-AAAAACATGTTTGATC-A-GTCT-G-GACTGGTAAC---TTTTCCTGCGG----ACTGGT--T---CG--TTTGA--T-ATCCA-A-CCAGTCC-A--GT-TG---CTG-G-TGA---CT-TAAAAAAGT-A-GTTTCAAGTCTT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            --CAT---AATTTACAG-------TT-TTT---------------------------AAT-A----ACCT----C-C-AAAAATATGCTTGATC-A-ATAT-G-GACAGGTAAC---TTTTTCTGCGG----ACTGGT--T---CG--TTTGA--T-ATCCA-A-CCAGTCC-A--GC-CGG-ACTG-G-TCA---CT-TAAAAAGTTAA-GTTTCAAGCCCT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TCCGTCAGTC-CGTGACTGGTTATT-ATCCTGG-TGGACTGA--CTG-ATGTTTGT-CTCTG-TCAG--T--C--TGACT-GG---------ATT-GG--T------A-ATATTTTCAAA-CT-TA--A-TTTGA-GAAAA-CC-
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tCAGTCGCGCGACT----ATTCATCCTG--CGGACT-A--CTGTATGTTTGT-CC-AA-TCAG--T--T--CGACC-CG---------ACA-GA--TAG----ATATTTTTTTAAA-CTCTC--A-TT-GG-GAAAG-CC-C-TCAAATATGACAAAT--ACAAATGTATTAAAATGTCCAATC-AGTA-----------G-TGACTTAA-CCA-T---AATATCAATCTAGCAC--T---AACTCTGATTATC-GA-TT--CAT---TATT-ATAG-------TC-TTTTC---TTATT-ATCAGATATTATT-TAAAT-CCCCCACCCAAC-C-C-AATA-TATGCTTAATT-ATATCT-GCGACTGGTAAC---TTTT----CGGGGATACTGGT--TTTCTGTTTTTGA--TAATCCA-A-TCATACC-ATCGCACGA-CCTC-C-TTA----T-TAAAAATTTAA-GTTTCAAGTCt
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ataaacttccagccgtcaaaaTAAC-T-GAAGTCCGTCAGTC-CGTGACTGGTTATA-ATCCTGG-CGGACTGA--CTG-ATATTTGT-CCCTA-TCAG--T--C--CG----TG---------ACT-GG--T
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       agggctcgaagttacagTTAAC-T-TAAGTCTGTCAGTC-CGTGACTGGTTATT-ATCCTGG-CGG
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gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TTAAC-T-CGCGTCCGTCAGTC-CGTGACTTGTTATT-ATCATGG-CG
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ctcaaaaTTAAC-T-TAAGTCCGTCAGTC-CGTG
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              gagctcgaaaTCAGTC-CGTGACTGGTTATA-ATCCTGG-CGGACTGA--CCG-ATATTTGT-CCCAA-ATAG--T--C--CGACC-GGTCTGACCGGACC-GG--AAG----A-GTATTTTTAAA-CT-TC--A-TTTGG-GAAAA-CC-C-AAAAATAT------G--A-AAAT-----AAAATGT---ATC-AGTA-----------GATGATTGAA-C-A-TC--AATA-AAGTCTGCCGC--T---A--TCT-GTAATCTGA-TT--CAT---AATTTAGAA-------TC-TTT-C---GTACT-TT--A----TATT-TGAAT-A----ACCC----C-CAAAAA-TATGCTTGATC-A-ATCT-G-GACTGGTAGT---TTGTT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     cctaCGG----ACTGGT--T---CG--TTTGA--T-AGCCA-A-CCAGTCC----AC-CGG-GCTG-G-CGA---CT-TAAAAACTT-C-GTTTCAAGCCCTtgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggactggttcgtttgatagccaaccagtccaccgggctggcgacttaaaaacttcgtttcaagccct
gi|4                          : cctatcagtccgtgactggttataatcctggcggactgaccgatatttgtcccaaatagtccgaccggtctgaccggaccggaagagtatttttaaacttcatttgggaaaacccaaaaatatgaaaataaaatgtatcagtagatgattgaacatcaataaagtctgccgctatctgtaatctgattcataatttagaatctttcgtactttatatttgaataacccccaaaaatatgcttgatcaatctggactggtagtttgtttgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTAACCT-CGAG-CTGTCAGGC-CGTGACTGGTTATT-ATC-TGG-CGGACTGAGACTG-ATGGTT-T-ACCAA-TCAGATTAAC--CGACCAGG---------ACT-GAGTTAA----T-ATATTTTAAAA-TT-TT--AATTTGG-GAAAAACCAC-ACAAGTAT------T--CCAAAT-----AAAATTT---ATC-AGTA-----------GATGATTGAAAC-A-TCCAAATA-AA-TC-GCCAT--TC--A--TCT-ATAATTTAAATTAGCAT---AATTTACAG-------TC-TTT-C---TTATT-TT--G----TACTCTTAAT-A----ACCC----C-C-CAAA-TATGTTTGATCGA-ATCT-G--ACTGGTAACTTTTTTTTCTGCAG----ACTGGTGGT---CG--TTTGAAGT-ATCCACACCCAGTCCAG--GCACGGTACTG-G-TGAAATCTATAAAAAGTT-ATGTTTCAAGCCC
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aaTTAAC-T-CAAGTCTGTCAGTC-CGTGACTGGTTATT-TTCCTGG-CAGAC-----------GTTTGT-CCCAA-TCAG--T--C--CGACC-GG---------ACT-AG--TAG----A-ATATTTCTAAA-CT-TG--A-TGTGG-GAAAAACC-C-TCAAATAT------T--A-AAAT-----AACATGT---ATC-AGTACTCATTCAGTAGATGATTGAA-C-A-TC--GATA-AAATCTGTCAC--TTATA--TCT-ATAATCTGA-TT--CAT---AATTTACAG-------TC-TTT-A---TTATC-TT--------ATT-TGAAT-A----ACCC----C-C-AAAAATATGCT----C-A-ATCT-A-GACTGGTAAC---TTTTTCTGCGG----ACTGGT--T---CG--TTTGA--T-ATCCA-T-CCAGTCC-A--GC-CGG-ACTG-G-TCA---CT-TAAAAAGTTAA-GTTTCAAGCC
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   cgaaaTTAAC-T-CAAGTCCGTCAGTC-CGTGACTGGTTATT-ATCCTGG-CGGACTGA--CTG-ATGTTTGT-CCCAA-TCAG--T--C--CGACC-GG---------ACT-GG--TAG----A-ATATTTTTAAA-CT-TC--A-TTTGG-GAAAA-CC-C-TCAAATAT------T--A-AAAT-----AAAATGT---ATC-AGTA-----------GATGATTGAA-C-A-TC--AATA-GAATCTGTAAC--T---G--TCT-ATAATTTGA-TT--CATAGAAATTTACAG-------TC-TTT-C---TTATT-TT--G----CATT-TTAAT-A----ACCC----C-C-AAAA-CATGCTTGATC-A-ATCT-G-GACTGGTAAC---TTTTTCTGCGG----ACTGGT--T---CG--TTTGG--T-ATCCA-A-CCAGTCC-A--GC-CGG-ACTG-G-TCA---CT-TAAAGAGTT-A-GTTTCAAGCCCT
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TTAAC-T-CAAGTCCGTCGGTC-TGCGACTGGTTATT-ATCTTGA-TAGACTGA--CTA-ATGTTTGT-CCCAA-TCAG--T--C--CGACC-GG---------ATT-TG--TAG----A-ATATATTTAAA-CT-TC--A-TTTGG-GAAAA-CC-C-TCAAATAT------T--A-AAAT-----AATATGT---ATC-AGCA-----------GATGATTGAA-C-A-TC--AATA-AAATATGTCACTAT---A--TCT-CTTATCTGA-TT--AAT---AATTTACAG-------CC-TTT-C---CTATT-TT--G----TATT-TCAATAA----ACCC----T-A-AAAA-TATGTTTGATC-A-AT-------CTAGTAAC---TTTTTCTGCGG----ACTGGT--T---CG--TTTGA--T-ATCCA-A-CCAGTCC-G--GT-CGG-ACTG-G-TCA---CT-TAAAAAGTT-A-GTTTCAAGCCCT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TTAAC-T-CAAGTCCGTCAGTC-CGTGACTGGTTATT-ATCCTGG-CGGATTGA--CTG-ATGTTTGT-CTCAAATCAG--T--C--CGACT-GG---------ACT-GG--TAG----A-ATATTTTTAAA-CT-TT--A-TATGG-GGAAA-CC-CCTCAAATAT------T--A-AAAT-----AAAATGC---ATC-AGAA-----------AATGATTG-------TC--AATA-AAATCTATCAC--T---A--TCT-ATTATCTGA-TT--CAT---AATTTAC--------------------TTATT-TT--G----TATT-TCAAT-A----ACCC----CCC-AAAA-TATGCTTGATC-A-ATCT-G-GGCTGGTAAC---TTTTTCTGTGG----ACTGGT--T---TG--TTTGA--T-ATCCA-A-CCAGTTC-A--GC-TGG-ACTG-G-TCA---CT-TAAAAAGTT-A-GTTTCAAGCCCT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    gataTTAAC-T-CACGTCCGTCAGTC-CGTGAC------------------GGACTGA--C-----GTTTAT-CCCAA-TCAG--T--T--CGACT-GG---------ATT-GG--TAG----A-ATATTTTTAAA-CT-TC--A-TTTGG-GAAAA-CC-A-TCAAATAT------TTTA-AGAA-----AAAATTT---ATC-AGTA-----------GTTGATTGAA-C-A-TC--AATA-AAATCTGTCAC--C---A--TCT-ATTATCAGA-TT--CAT---CATTTA--G-------TC-TTT-C---TTATT-AT--G----TATT-TCAAT-A----CCCCTCCCC-C-AATA--ATGCTTGATC-A-ATCT-G-GATTGGTAAC---TTTTTCTGTGG----ACTGGT--T---CG--TTTGA--T-ATCCA-A-CCAGTAC-A--GC-TGG-ACTG-G-TCC---CT-TAAAAATTT-A-GTTTCAAGCCCT


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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             . .              .              .       .        .  T .        .     .    .  .  .      .  .           .  .    .    .           .  .  .  .     .     .  . .        GA             .          TA     .    .                  A . . .  .     .      G    .  A        .         .  .    .           .        .   C         .  G          .     A .       .    . .   A        A   . .    . .          .       C     .         .  .    T      .  .     . .    A  G     .   .   G  .   .    .         AA 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             . .              .              .       .        .  T .        .     .    .  .  .      .  .           .  .    .    .           .  .  .  .     .     .  . .        GA             .          TA     .    .                  A . . .  .     .      G    .  A        .         .  .    .           .        .   C         .  G          .     . .       .    . .   A        G   . .    . .          .       C     .         .  .    .      .  .     . .    T  T     .   .   G  .   .    .         A  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             . .              .              .       .        .  T .        .     .    .  .  .      .  .           .  .    .    .           .  .  .  .     .     .  . .        TA             .          TA     .    .                  A . . .  .     .      G    .  A        .         .  .    .           .        .   A         .  G          .     . .       .    . .   A        G   . .    . .          .       C     .         .  .    .      .  .     . .    T  G     .   .   G  .   .    .         A  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             . .              .              .       .        .  C .        .     .    .  .  .      .  .           .  .    .    .           .  .  .  .     .     .  . .        TA             .          TA     .    .                  A . . .  .     .      G    .  G        .         .  .    .           .        .   C         .  G          .     . .       .    . .   A        G   . .    . .          .       C     .         .  .    .      .  .     . .    T  A     .   .   G  .   .    .         C  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             . .              .              .       .        .  T .        .     .    .  .  .      .  .           .  .    .    .           .  .  .  .     .     .  . .        TA             .          TA     .    .                  A . . .  .     .      G    .  A        .         .  .    .           .        .   C         .  G          .     . .       .    . .   A        G   . .    . .          .       C     .         .  .    .      .  .     . .    T  A     .   .   G  .   .    .         A  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             . .              .              .       .        .  T .        .     .    .  .  .      .  .           .  .    .    .           .  .  .  .     .     .  . .        TA             .          CA     .    .                  A . . .  .     .      A    .  A        .         .  .    .           .        .   C         .  .          .     . .       .    . .   A        G   . .    . .          .       C     .         .  .    .      .  .     . .    T  T     .   .   G  .   .    .         A  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             . .              .              .       .        .  T .        .     .    .  .  .      .  .           .  .    .    .           .  .  .  .     .     .  . .        T              .          TA     .    .                  A . . .  .     .      G    .  A        .         .  .    .           .        .   .         .  .          .     . .       .    . .   A        G   . .    . .          .       .     .         .  .    .      .  .     . .    T  A     .   .   G  .   .    .         A  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             . .              .              .       .        .  T .        .     .    .  .  .      .  .           .  .    .    .           .  .  .  .     .     .  . .        T              .          C      .    .                  A . . .  .     .      .    .  .        .            .    .           .        .   .         .  .          .     . .       .    . .   A        .   . .    . .          .       .     .         .  .    .      .  .     . .    T  A     .   .   G  .   .    .         A  
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Reference ( family-5399 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TTAAC-T-CAAGTCCGTCAGTC-CGTGACTGGTTATT-ATCCTGG-CGGACTGA--CTG-ATGTTTGT-CCCAA-TCAG--T--C--CGACC-GG---------ACT-GG--TAG----A-ATATTTTTAAA-CT-TC--A-TTTGG-GAAAA-CC-C-TCAAATAT------T--A-AAAT-----AAAATGT---ATC-AGTA-----------GATGATTGAA-C-A-TC--AATA-AAATCTGTCAC--T---A--TCT-ATTATCTGA-TT--CAT---AATTTACAG-------TC-TTT-C---TTATT-TT--G----TATT-TCAAT-A----ACCC----C-C-AAAA-TATGCTTGATC-A-ATCT-G-GACTGGTAAC---TTTTTCTGCGG----ACTGGT--T---CG--TTTGA--T-ATCCA-A-CCAGTCC-G--GC-CGG-ACTG-G-TCA---CT-TAAAAAGTT-A-GTTTCAAGCCCT
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gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           actggacaaaaataaggattATT-TCAATTA----ACCC----C-C-AAA--TATGCTT-ATC-A-ATCTGG-GACTGTTAAC---ATTTT-TGCGG----ACT-GT--T---CAT-TTTGA--A-ATCCA-A-CCAG-CC-G--AT-CTG-ACT--G-TCA---CT-TAacccccaaatatgcttatcaatctgggactgttaacatttttgcggactgttcattttgaaatccaaccagccgatctgactgtcactta
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                      actggacaaaaataaggattttaattcgggaaaaccctcaaatatttaatcaaatgctcaaggtacttgacgtcaataaaatattcC-T-CAAGTCCATCAGTC-CATGACTGGTTATT-ATCCTGG-CGGACTGA--CTG-ATGTTTGT-CTCAA-TCAG--T--C--CGACC-GG---------CCT-GG--TAA----A-ATATTTGTAAA-CT-TC--A-TTTGG-CAAAA-CC-T-TCAAATAT------G--A-AAAT-----GAAATGT---ATC-AGTT-----------GATGATTGAA-C-A-TC--AATA-AAATCTGTCAC--T---
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               C-AGTA-----------GAT--TT-AA-C-G-TC--AATA-ATATCTGTCAC--T---A--TCT-ATAATCTGA-TT--CAT---AATTAACAG-------TC-TTT-C---TTATT-TT--G----TATT-TTAAT-A----ACCC----C-CAAAAA-TATGCTTGATC-A-ATCT-G-GACTGGTAAC---TTTTTCTGCAG----ACTGGT--T---TG--TTTGA--T-ATCAA-A-CCAGTCC-T--GT-CGG-A
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TTAAT-T-TAAATCTGTCAGTC-CATGACTGGTTATT-ATCTTGG-CGGACTGA--CAG-ATGTTTGT-CCTGA-TCAG--T--C--CGACC-GG---------ACT-GG--TAG----A-ATATTTTTA------TCAAA-CTTGG-GAAAA-CC-C-ACAAATAT------T-----AAT-----GCATTG----ATC-AGTA-----------AATGATTGAG-C-A-CC--AA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             agggctcaaaaTGG-GAAAA-CC-C-TCAAATAT------T----TAAT-----CAAATGC----TC-A--A-----------GGTACTTG-A-C-G-TC--AATA-AAATAT-TCAT--T------TCA-ATTA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             taATT-TCAATTA----ACCC----C-C-AAA--TATGCTT-ATC-A-ATCTGG-GACTGTTAAC---ATTTT-TGCGG----ACT-GT--T---CAT-TTTGA--A-ATCCA-A-CCAG-CC-G--AT-CTG-ACT--G-TCA---CT-TAacccccaaatatgcttatcaatctgggactgttaacatttttgcggactgttcattttgaaatccaaccagccgatctgactgtcactta
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tatgggaaaaccctcaaatatttaatcaaatgctcaaggtacttgacgtcaataaaatattcT--CAT---AATTTACAGATATCTATC-TTT-GAAGTTATT-TT--------ATT-TTAAT-A----ACCC----C-C-AAAAACATGTTTGATC-A-GTCT-G-GACTGGTAAC---TTTTCCTGCGG----ACTGGT--T---CG--TTTGA--T-ATCCA-A-CCAGTCC-A--GT-TG---CTG-G-TGA---CT-TAAAAAAGT-A-GTTTCAAGTCTT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            --CAT---AATTTACAG-------TT-TTT---------------------------AAT-A----ACCT----C-C-AAAAATATGCTTGATC-A-ATAT-G-GACAGGTAAC---TTTTTCTGCGG----ACTGGT--T---CG--TTTGA--T-ATCCA-A-CCAGTCC-A--GC-CGG-ACTG-G-TCA---CT-TAAAAAGTTAA-GTTTCAAGCCCT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TCCGTCAGTC-CGTGACTGGTTATT-ATCCTGG-TGGACTGA--CTG-ATGTTTGT-CTCTG-TCAG--T--C--TGACT-GG---------ATT-GG--T------A-ATATTTTCAAA-CT-TA--A-TTTGA-GAAAA-CC-
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tCAGTCGCGCGACT----ATTCATCCTG--CGGACT-A--CTGTATGTTTGT-CC-AA-TCAG--T--T--CGACC-CG---------ACA-GA--TAG----ATATTTTTTTAAA-CTCTC--A-TT-GG-GAAAG-CC-C-TCAAATATGACAAAT--ACAAATGTATTAAAATGTCCAATC-AGTA-----------G-TGACTTAA-CCA-T---AATATCAATCTAGCAC--T---AACTCTGATTATC-GA-TT--CAT---TATT-ATAG-------TC-TTTTC---TTATT-ATCAGATATTATT-TAAAT-CCCCCACCCAAC-C-C-AATA-TATGCTTAATT-ATATCT-GCGACTGGTAAC---TTTT----CGGGGATACTGGT--TTTCTGTTTTTGA--TAATCCA-A-TCATACC-ATCGCACGA-CCTC-C-TTA----T-TAAAAATTTAA-GTTTCAAGTCt
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ataaacttccagccgtcaaaaTAAC-T-GAAGTCCGTCAGTC-CGTGACTGGTTATA-ATCCTGG-CGGACTGA--CTG-ATATTTGT-CCCTA-TCAG--T--C--CG----TG---------ACT-GG--T
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       agggctcgaagttacagTTAAC-T-TAAGTCTGTCAGTC-CGTGACTGGTTATT-ATCCTGG-CGG
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aggactcgacaTTGA--T-ATCCA-A-CCAGTCC-T--GC-TGG-ACTG-G-TTA---CT-T-AAAAGTC---GTTTCAAGCCCT
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TTAAC-T-CGCGTCCGTCAGTC-CGTGACTTGTTATT-ATCATGG-CG
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ctcaaaaTTAAC-T-TAAGTCCGTCAGTC-CGTG
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              gagctcgaaaTCAGTC-CGTGACTGGTTATA-ATCCTGG-CGGACTGA--CCG-ATATTTGT-CCCAA-ATAG--T--C--CGACC-GGTCTGACCGGACC-GG--AAG----A-GTATTTTTAAA-CT-TC--A-TTTGG-GAAAA-CC-C-AAAAATAT------G--A-AAAT-----AAAATGT---ATC-AGTA-----------GATGATTGAA-C-A-TC--AATA-AAGTCTGCCGC--T---A--TCT-GTAATCTGA-TT--CAT---AATTTAGAA-------TC-TTT-C---GTACT-TT--A----TATT-TGAAT-A----ACCC----C-CAAAAA-TATGCTTGATC-A-ATCT-G-GACTGGTAGT---TTGTT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     cctaCGG----ACTGGT--T---CG--TTTGA--T-AGCCA-A-CCAGTCC----AC-CGG-GCTG-G-CGA---CT-TAAAAACTT-C-GTTTCAAGCCCTtgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggactggttcgtttgatagccaaccagtccaccgggctggcgacttaaaaacttcgtttcaagccct
gi|4                          : cctatcagtccgtgactggttataatcctggcggactgaccgatatttgtcccaaatagtccgaccggtctgaccggaccggaagagtatttttaaacttcatttgggaaaacccaaaaatatgaaaataaaatgtatcagtagatgattgaacatcaataaagtctgccgctatctgtaatctgattcataatttagaatctttcgtactttatatttgaataacccccaaaaatatgcttgatcaatctggactggtagtttgtttgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTAACCT-CGAG-CTGTCAGGC-CGTGACTGGTTATT-ATC-TGG-CGGACTGAGACTG-ATGGTT-T-ACCAA-TCAGATTAAC--CGACCAGG---------ACT-GAGTTAA----T-ATATTTTAAAA-TT-TT--AATTTGG-GAAAAACCAC-ACAAGTAT------T--CCAAAT-----AAAATTT---ATC-AGTA-----------GATGATTGAAAC-A-TCCAAATA-AA-TC-GCCAT--TC--A--TCT-ATAATTTAAATTAGCAT---AATTTACAG-------TC-TTT-C---TTATT-TT--G----TACTCTTAAT-A----ACCC----C-C-CAAA-TATGTTTGATCGA-ATCT-G--ACTGGTAACTTTTTTTTCTGCAG----ACTGGTGGT---CG--TTTGAAGT-ATCCACACCCAGTCCAG--GCACGGTACTG-G-TGAAATCTATAAAAAGTT-ATGTTTCAAGCCC
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aaTTAAC-T-CAAGTCTGTCAGTC-CGTGACTGGTTATT-TTCCTGG-CAGAC-----------GTTTGT-CCCAA-TCAG--T--C--CGACC-GG---------ACT-AG--TAG----A-ATATTTCTAAA-CT-TG--A-TGTGG-GAAAAACC-C-TCAAATAT------T--A-AAAT-----AACATGT---ATC-AGTACTCATTCAGTAGATGATTGAA-C-A-TC--GATA-AAATCTGTCAC--TTATA--TCT-ATAATCTGA-TT--CAT---AATTTACAG-------TC-TTT-A---TTATC-TT--------ATT-TGAAT-A----ACCC----C-C-AAAAATATGCT----C-A-ATCT-A-GACTGGTAAC---TTTTTCTGCGG----ACTGGT--T---CG--TTTGA--T-ATCCA-T-CCAGTCC-A--GC-CGG-ACTG-G-TCA---CT-TAAAAAGTTAA-GTTTCAAGCC
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   cgaaaTTAAC-T-CAAGTCCGTCAGTC-CGTGACTGGTTATT-ATCCTGG-CGGACTGA--CTG-ATGTTTGT-CCCAA-TCAG--T--C--CGACC-GG---------ACT-GG--TAG----A-ATATTTTTAAA-CT-TC--A-TTTGG-GAAAA-CC-C-TCAAATAT------T--A-AAAT-----AAAATGT---ATC-AGTA-----------GATGATTGAA-C-A-TC--AATA-GAATCTGTAAC--T---G--TCT-ATAATTTGA-TT--CATAGAAATTTACAG-------TC-TTT-C---TTATT-TT--G----CATT-TTAAT-A----ACCC----C-C-AAAA-CATGCTTGATC-A-ATCT-G-GACTGGTAAC---TTTTTCTGCGG----ACTGGT--T---CG--TTTGG--T-ATCCA-A-CCAGTCC-A--GC-CGG-ACTG-G-TCA---CT-TAAAGAGTT-A-GTTTCAAGCCCT
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TTAAC-T-CAAGTCCGTCGGTC-TGCGACTGGTTATT-ATCTTGA-TAGACTGA--CTA-ATGTTTGT-CCCAA-TCAG--T--C--CGACC-GG---------ATT-TG--TAG----A-ATATATTTAAA-CT-TC--A-TTTGG-GAAAA-CC-C-TCAAATAT------T--A-AAAT-----AATATGT---ATC-AGCA-----------GATGATTGAA-C-A-TC--AATA-AAATATGTCACTAT---A--TCT-CTTATCTGA-TT--AAT---AATTTACAG-------CC-TTT-C---CTATT-TT--G----TATT-TCAATAA----ACCC----T-A-AAAA-TATGTTTGATC-A-AT-------CTAGTAAC---TTTTTCTGCGG----ACTGGT--T---CG--TTTGA--T-ATCCA-A-CCAGTCC-G--GT-CGG-ACTG-G-TCA---CT-TAAAAAGTT-A-GTTTCAAGCCCT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TTAAC-T-CAAGTCCGTCAGTC-CGTGACTGGTTATT-ATCCTGG-CGGATTGA--CTG-ATGTTTGT-CTCAAATCAG--T--C--CGACT-GG---------ACT-GG--TAG----A-ATATTTTTAAA-CT-TT--A-TATGG-GGAAA-CC-CCTCAAATAT------T--A-AAAT-----AAAATGC---ATC-AGAA-----------AATGATTG-------TC--AATA-AAATCTATCAC--T---A--TCT-ATTATCTGA-TT--CAT---AATTTAC--------------------TTATT-TT--G----TATT-TCAAT-A----ACCC----CCC-AAAA-TATGCTTGATC-A-ATCT-G-GGCTGGTAAC---TTTTTCTGTGG----ACTGGT--T---TG--TTTGA--T-ATCCA-A-CCAGTTC-A--GC-TGG-ACTG-G-TCA---CT-TAAAAAGTT-A-GTTTCAAGCCCT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    gataTTAAC-T-CACGTCCGTCAGTC-CGTGAC------------------GGACTGA--C-----GTTTAT-CCCAA-TCAG--T--T--CGACT-GG---------ATT-GG--TAG----A-ATATTTTTAAA-CT-TC--A-TTTGG-GAAAA-CC-A-TCAAATAT------TTTA-AGAA-----AAAATTT---ATC-AGTA-----------GTTGATTGAA-C-A-TC--AATA-AAATCTGTCAC--C---A--TCT-ATTATCAGA-TT--CAT---CATTTA--G-------TC-TTT-C---TTATT-AT--G----TATT-TCAAT-A----CCCCTCCCC-C-AATA--ATGCTTGATC-A-ATCT-G-GATTGGTAAC---TTTTTCTGTGG----ACTGGT--T---CG--TTTGA--T-ATCCA-A-CCAGTAC-A--GC-TGG-ACTG-G-TCC---CT-TAAAAATTT-A-GTTTCAAGCCCT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA
Unaligned ( gi|24 ): CTGAACTCCCGTAAAATTTGGATGTTTACCTCTATCTAT