lowQualScore : 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
lowQualScore : 3 3 3 999999 3 88888 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33 66 2 2 2 2 2 2 33 2 2 2
lowQualScore : . . . ...... . ..... ............................................................... .. .. . . . . . . .. . . .
lowQualScore : 3 3 3 666666 3 33333 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 77 33 7 7 7 7 7 7 77 7 7 7
consensus : TTGAT-TTGAA-GT-A------T-GAC-----AAAA-----TGTNNTNTAC-AGCGNCNNNCAGGNANNNNNNGGNCGATNANAAGNNTNTNTGTT---CATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-C-GGC-T--C-G-G-GAAATA
Reference ( gi|7 ) : TTGAT-TTGAA-GT-A------T-GAC-----AAAA-----TNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---CATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-C-GGC-T--C-G-G-GAAATA
gi|6 : TTGAT-TTGAA-GC-A------T-GAC-----AAAA-----GNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---CATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-C-GGA-T--C-G-G-GAAAT
gi|11 : TTGAT-TTGAA-GTTA------T-GAC-----AAA--------TANNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---CATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-C-GGC-T--C-G-G-GAAAt
gi|2 : TTGAT-TTGAA-GT-ACATGTAT-GAC-----AAAA-----TNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---CATATTT--CT--CT-TG-CC-TT-C-GAC-T--C-G-G-GAAATA
gi|10 : TTGATGTTGAA-GT-A------T-GAC-----AAAA-----TNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----CATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-C-GGC-T----G-G-GAAt
gi|1 : TTGAT-TTGAA-GT-A------T-GAC-----AAAAATTNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT---CATATTT--CCT-CT-CG-CCGTT-C-GGC-T--CGG-G-GAAATAt
gi|12 : TTTAT-TTGAA-TT-A------T-GAC-----AAAA-----TNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---CATATTC--CC--AT-CG-CC-TT-C-GGC-T--C-G-A-GA
gi|5 : TTGAT-CTGAA-GT-A------T-GAC-----AAAA-----TTGNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----CATATTT--CC--CT-CG-CG-CT-T-GGC-TTGC-G-G-GAAA
gi|8 : TTTAT-TTGAA-TT-A------T-GAC-----AAAA-----NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------CATATTC--CC--AT-CG-CC-TT-C-GGC-T--C-G-A-GAAATat
gi|4 : TTGAT-TTGAA-GT-A------T-GAC-----AAAA-----TNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---CATATTT--TCCACTGCG-CC--T-C-GGC-T--C-G-GAGAAATAtt
gi|13 : AT-TTGAA-GT-A------T-GAT-----AAAA-----TNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------CAAATTC--CC--TT-CG-CC-TT-C-GGC-G--C-G-G-GAAATAtg
gi|3 : AT-TTGGACGT-A------T-GACTGACTAAAA-----TGTTCTGTAC-AGCACCAGGCAGGTATTTCTGGGGCGATGAAAAGTGTCTGTGTTT--CATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-CAAGC-T--C-G-G-GAAATA
gi|9 : T-TTGAA-GT-A------TTGAC-----AAAT-----TGTTATATAC-AACGGCCCACAGGCAGGATATGGCTGATTAGAAGGTTGTCTGTGTTTCATATTC--CC--AT-AGACC-TT-C-GGC-T--C-G-G-GAAa
gi|15 : ---CATATTT--CC--CT--G-CT-TT-C-GGC-T--C-G-A-GAA
gi|16 : gaaagttgtctgtgtttATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-C-GGCTT--C-G-G-AGAATAg
gi|14 : ATATTTATCC--CT-CG-CC-TTCC-GGC-T--C-GAG-GAAAtg
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 3 3 3 888888 3 77777 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 33 55 2 2 2 2 2 2 33 2 2 2
lowQualScore : . . . ...... . ..... ................................................................ . .. .. . . . . . . .. . . .
lowQualScore : 1 1 1 888888 1 77777 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 44 99 5 5 5 5 5 5 44 5 5 5
consensus : TTGAT-TTGAA-GT-A------T-GAC-----AAAA-----TGTNNTNTACANCGNCNNNCAGGNANNNNNNGGCCGATNANAAGTN-TCTGTG---TT-C-ATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-C-GGC-T--C-G-G-GAAATA
Reference ( family-539 ) : TTGAT-TTGAA-GT-A------T-GAC-----AAAA-----TGTNNTNTACAGCGNCNNNCAGGNANNNNNNGGNCGATNANAAGNN-TNTNTG---TT-C-ATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-C-GGC-T--C-G-G-GAAATA
gi|1 : TTGAT-TTGAA-GT-A------T-GAC-----AAAAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN---NT-C-ATATTT--CCT-CT-CG-CCGTT-C-GGC-T--CGG-G-GAAATA
gi|10 : TTGATGTTGAA-GT-A------T-GAC-----AAAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN---N--C-ATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-C-GGC-T----G-G-GAA
gi|11 : TTGAT-TTGAA-GTTA------T-GAC-----AAA--------TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN---NN-C-ATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-C-GGC-T--C-G-G-GAAAt
gi|12 : TTTAT-TTGAA-TT-A------T-GAC-----AAAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN---NN-C-ATATTC--CC--AT-CG-CC-TT-C-GGC-T--C-G-A-GA
gi|13 : AT-TTGAA-GT-A------T-GAT-----AAAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNN--------C-AAATTC--CC--TT-CG-CC-TT-C-GGC-G--C-G-G-GAAATA
gi|14 : GGCTGATAA-AAGTG-T-TGTG---TT-TTATATTTATCC--CT-CG-CC-TTCC-GGC-T--C-GAG-GAAA
gi|15 : tgAAGTTGTCTGTG---TTTC-ATATTT--CC--CT--G-CT-TT-C-GGC-T--C-G-A-GAAgggaaaat
gi|16 : ga-ATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-C-GGCTT--C-G-G-AGAATAg
gi|2 : TTGAT-TTGAA-GT-ACATGTAT-GAC-----AAAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN---NN-C-ATATTT--CT--CT-TG-CC-TT-C-GAC-T--C-G-G-GAAATAtg
gi|3 : AT-TTGGACGT-A------T-GACTGACTAAAA-----TGTTCTGTACAGCACCAGGCAGGTATTTCTGGGGCGATGAAAAGTG-TCTGTG---TTTC-ATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-CAAGC-T--C-G-G-GAAATAt
gi|4 : TTGAT-TTGAA-GT-A------T-GAC-----AAAA-----T-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN---NN-C-ATATTT--TCCACTGCG-CC--T-C-GGC-T--C-G-GAGAAATAa
gi|5 : TTGAT-CTGAA-GT-A------T-GAC-----AAAA-----T-TGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN---NN-C-ATATTT--CC--CT-CG-CG-CT-T-GGC-TTGC-G-G-GAAAtg
gi|6 : TTGAT-TTGAA-GC-A------T-GAC-----AAAA-----GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN---NN-C-ATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-C-GGA-T--C-G-G-GAAATat
gi|7 : TTGAT-TTGAA-GT-A------T-GAC-----AAAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN---NN-C-ATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-C-GGC-T--C-G-G-GAAATAt
gi|8 : TTTAT-TTGAA-TT-A------T-GAC-----AAAA-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN-------C-ATATTC--CC--AT-CG-CC-TT-C-GGC-T--C-G-A-GAAAT
gi|9 : T-TTGAA-GT-A------TTGAC-----AAAT-----TGTTATATACAACGGCCCACAGGCAGGATATGGCTGATTAGAAGGT-TGTCTGTGTTT-C-ATATTC--CC--AT-AGACC-TT-C-GGC-T--C-G-G-GAAtt
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 3 3 3 888888 3 77777 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 33 55 2 2 2 2 2 2 33 2 2 2
lowQualScore : . . . ...... . ..... ................................................................ . .. .. . . . . . . .. . . .
lowQualScore : 1 1 1 888888 1 77777 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 44 99 5 5 5 5 5 5 44 5 5 5
consensus : TTGAT-TTGAA-GT-A------T-GAC-----AAAA-----TGTNNTNTACANCGNCNNNCAGGNANNNNNNGGCCGATNANAAG--TG-TCTGTG-TT-C-ATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-C-GGC-T--C-G-G-GAAATA
Reference ( family-539 ) : TTGAT-TTGAA-GT-A------T-GAC-----AAAA-----TGTNNTNTACANCGNCNNNCAGGNANNNNNNGGCCGATNANAAG--TN-TCTGTG-TT-C-ATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-C-GGC-T--C-G-G-GAAATA
gi|1 : TTGAT-TTGAA-GT-A------T-GAC-----AAAAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN-NNNNNN-NT-C-ATATTT--CCT-CT-CG-CCGTT-C-GGC-T--CGG-G-GAAATA
gi|10 : TTGATGTTGAA-GT-A------T-GAC-----AAAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN-NNNNNN-N--C-ATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-C-GGC-T----G-G-GAA
gi|11 : TTGAT-TTGAA-GTTA------T-GAC-----AAA--------TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN-NNNNNN-NN-C-ATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-C-GGC-T--C-G-G-GAAAt
gi|12 : TTTAT-TTGAA-TT-A------T-GAC-----AAAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN-NNNNNN-NN-C-ATATTC--CC--AT-CG-CC-TT-C-GGC-T--C-G-A-GA
gi|13 : AT-TTGAA-GT-A------T-GAT-----AAAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN-NNNN------C-AAATTC--CC--TT-CG-CC-TT-C-GGC-G--C-G-G-GAAATA
gi|14 : GGCTGATAA-AAG--TG-T-TGTG-TT-TTATATTTATCC--CT-CG-CC-TTCC-GGC-T--C-GAG-GAAA
gi|15 : tgAAG--TTGTCTGTG-TTTC-ATATTT--CC--CT--G-CT-TT-C-GGC-T--C-G-A-GAAgggaaaat
gi|16 : ga-ATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-C-GGCTT--C-G-G-AGAATAg
gi|2 : TTGAT-TTGAA-GT-ACATGTAT-GAC-----AAAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN-NNNNNN-NN-C-ATATTT--CT--CT-TG-CC-TT-C-GAC-T--C-G-G-GAAATAtg
gi|3 : AT-TTGGACGT-A------T-GACTGACTAAAA-----TGTTCTGTACAGCACCAGGCAGGTATTTCTGGGGCGATGAAAAG--TG-TCTGTGTTT-C-ATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-CAAGC-T--C-G-G-GAAATAt
gi|4 : TTGAT-TTGAA-GT-A------T-GAC-----AAAA-----T-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN-NNNNNN-NN-C-ATATTT--TCCACTGCG-CC--T-C-GGC-T--C-G-GAGAAATAa
gi|5 : TTGAT-CTGAA-GT-A------T-GAC-----AAAA-----T-TGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN-NNNNNN-NN-C-ATATTT--CC--CT-CG-CG-CT-T-GGC-TTGC-G-G-GAAAtg
gi|6 : TTGAT-TTGAA-GC-A------T-GAC-----AAAA-----GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN-NNNNNN-NN-C-ATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-C-GGA-T--C-G-G-GAAATat
gi|7 : TTGAT-TTGAA-GT-A------T-GAC-----AAAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN-NNNNNN-NN-C-ATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-C-GGC-T--C-G-G-GAAATAt
gi|8 : TTTAT-TTGAA-TT-A------T-GAC-----AAAA-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN-NNNNN-----C-ATATTC--CC--AT-CG-CC-TT-C-GGC-T--C-G-A-GAAAT
gi|9 : T-TTGAA-GT-A------TTGAC-----AAAT-----TGTTATATACAACGGCCCACAGGCAGGATATGGCTGATTAGAAGGTTG-TCTGTGTTT-C-ATATTC--CC--AT-AGACC-TT-C-GGC-T--C-G-G-GAAtt
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 3 3 3 888888 3 77777 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 33 55 2 2 2 2 2 2 33 2 2 2
lowQualScore : . . . ...... . ..... ............................................................... . .. .. . . . . . . .. . . .
lowQualScore : 1 1 1 888888 1 77777 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 44 99 5 5 5 5 5 5 44 5 5 5
consensus : TTGAT-TTGAA-GT-A------T-GAC-----AAAA-----TGTNNTNTACANCGNCNNNCAGGNANNNNNNGGCCGATNANAAG--T-GTCTGTG-TTC-ATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-C-GGC-T--C-G-G-GAAATA
Reference ( family-539 ) : TTGAT-TTGAA-GT-A------T-GAC-----AAAA-----TGTNNTNTACANCGNCNNNCAGGNANNNNNNGGCCGATNANAAG--T-GTCTGTG-TTC-ATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-C-GGC-T--C-G-G-GAAATA
gi|1 : TTGAT-TTGAA-GT-A------T-GAC-----AAAAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNN-NTC-ATATTT--CCT-CT-CG-CCGTT-C-GGC-T--CGG-G-GAAATA
gi|10 : TTGATGTTGAA-GT-A------T-GAC-----AAAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNN-N-C-ATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-C-GGC-T----G-G-GAA
gi|11 : TTGAT-TTGAA-GTTA------T-GAC-----AAA--------TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNN-NNC-ATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-C-GGC-T--C-G-G-GAAAt
gi|12 : TTTAT-TTGAA-TT-A------T-GAC-----AAAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNN-NNC-ATATTC--CC--AT-CG-CC-TT-C-GGC-T--C-G-A-GA
gi|13 : AT-TTGAA-GT-A------T-GAT-----AAAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNN-----C-AAATTC--CC--TT-CG-CC-TT-C-GGC-G--C-G-G-GAAATA
gi|14 : GGCTGATAA-AAG--T-GT-TGTG-TTTTATATTTATCC--CT-CG-CC-TTCC-GGC-T--C-GAG-GAAA
gi|15 : tgAAG--TTGTCTGTGTTTC-ATATTT--CC--CT--G-CT-TT-C-GGC-T--C-G-A-GAAgggaaaat
gi|16 : ga-ATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-C-GGCTT--C-G-G-AGAATAg
gi|2 : TTGAT-TTGAA-GT-ACATGTAT-GAC-----AAAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNN-NNC-ATATTT--CT--CT-TG-CC-TT-C-GAC-T--C-G-G-GAAATAtg
gi|3 : AT-TTGGACGT-A------T-GACTGACTAAAA-----TGTTCTGTACAGCACCAGGCAGGTATTTCTGGGGCGATGAAAAG--T-GTCTGTGTTTC-ATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-CAAGC-T--C-G-G-GAAATAt
gi|4 : TTGAT-TTGAA-GT-A------T-GAC-----AAAA-----T-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNN-NNC-ATATTT--TCCACTGCG-CC--T-C-GGC-T--C-G-GAGAAATAa
gi|5 : TTGAT-CTGAA-GT-A------T-GAC-----AAAA-----T-TGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNN-NNC-ATATTT--CC--CT-CG-CG-CT-T-GGC-TTGC-G-G-GAAAtg
gi|6 : TTGAT-TTGAA-GC-A------T-GAC-----AAAA-----GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNN-NNC-ATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-C-GGA-T--C-G-G-GAAATat
gi|7 : TTGAT-TTGAA-GT-A------T-GAC-----AAAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNN-NNC-ATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-C-GGC-T--C-G-G-GAAATAt
gi|8 : TTTAT-TTGAA-TT-A------T-GAC-----AAAA-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNN----C-ATATTC--CC--AT-CG-CC-TT-C-GGC-T--C-G-A-GAAAT
gi|9 : T-TTGAA-GT-A------TTGAC-----AAAT-----TGTTATATACAACGGCCCACAGGCAGGATATGGCTGATTAGAAGGTT-GTCTGTGTTTC-ATATTC--CC--AT-AGACC-TT-C-GGC-T--C-G-G-GAAtt
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 3 3 3 888888 3 77777 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 33 55 2 2 2 2 2 2 33 2 2 2
lowQualScore : . . . ...... . ..... ............................................................... . .. .. . . . . . . .. . . .
lowQualScore : 1 1 1 888888 1 77777 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 44 99 5 5 5 5 5 5 44 5 5 5
consensus : TTGAT-TTGAA-GT-A------T-GAC-----AAAA-----TGTNNTNTACANCGNCNNNCAGGNANNNNNNGGCCGATNANAAG--T-GTCTGTG-TTC-ATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-C-GGC-T--C-G-G-GAAATA
Reference ( family-539 ) : TTGAT-TTGAA-GT-A------T-GAC-----AAAA-----TGTNNTNTACANCGNCNNNCAGGNANNNNNNGGCCGATNANAAG--T-GTCTGTG-TTC-ATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-C-GGC-T--C-G-G-GAAATA
gi|1 : TTGAT-TTGAA-GT-A------T-GAC-----AAAAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNN-NTC-ATATTT--CCT-CT-CG-CCGTT-C-GGC-T--CGG-G-GAAATA
gi|10 : TTGATGTTGAA-GT-A------T-GAC-----AAAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNN-N-C-ATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-C-GGC-T----G-G-GAA
gi|11 : TTGAT-TTGAA-GTTA------T-GAC-----AAA--------TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNN-NNC-ATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-C-GGC-T--C-G-G-GAAAt
gi|12 : TTTAT-TTGAA-TT-A------T-GAC-----AAAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNN-NNC-ATATTC--CC--AT-CG-CC-TT-C-GGC-T--C-G-A-GA
gi|13 : AT-TTGAA-GT-A------T-GAT-----AAAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNN-----C-AAATTC--CC--TT-CG-CC-TT-C-GGC-G--C-G-G-GAAATA
gi|14 : GGCTGATAA-AAG--T-GT-TGTG-TTTTATATTTATCC--CT-CG-CC-TTCC-GGC-T--C-GAG-GAAA
gi|15 : tgAAG--TTGTCTGTGTTTC-ATATTT--CC--CT--G-CT-TT-C-GGC-T--C-G-A-GAAgggaaaat
gi|16 : ga-ATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-C-GGCTT--C-G-G-AGAATAg
gi|2 : TTGAT-TTGAA-GT-ACATGTAT-GAC-----AAAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNN-NNC-ATATTT--CT--CT-TG-CC-TT-C-GAC-T--C-G-G-GAAATAtg
gi|3 : AT-TTGGACGT-A------T-GACTGACTAAAA-----TGTTCTGTACAGCACCAGGCAGGTATTTCTGGGGCGATGAAAAG--T-GTCTGTGTTTC-ATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-CAAGC-T--C-G-G-GAAATAt
gi|4 : TTGAT-TTGAA-GT-A------T-GAC-----AAAA-----T-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNN-NNC-ATATTT--TCCACTGCG-CC--T-C-GGC-T--C-G-GAGAAATAa
gi|5 : TTGAT-CTGAA-GT-A------T-GAC-----AAAA-----T-TGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNN-NNC-ATATTT--CC--CT-CG-CG-CT-T-GGC-TTGC-G-G-GAAAtg
gi|6 : TTGAT-TTGAA-GC-A------T-GAC-----AAAA-----GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNN-NNC-ATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-C-GGA-T--C-G-G-GAAATat
gi|7 : TTGAT-TTGAA-GT-A------T-GAC-----AAAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNN-NNC-ATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-C-GGC-T--C-G-G-GAAATAt
gi|8 : TTTAT-TTGAA-TT-A------T-GAC-----AAAA-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNN----C-ATATTC--CC--AT-CG-CC-TT-C-GGC-T--C-G-A-GAAAT
gi|9 : T-TTGAA-GT-A------TTGAC-----AAAT-----TGTTATATACAACGGCCCACAGGCAGGATATGGCTGATTAGAAGGTT-GTCTGTGTTTC-ATATTC--CC--AT-AGACC-TT-C-GGC-T--C-G-G-GAAtt
blockSeqs : G C T CATGTA T TGACT TGTTATATACAACGGCCCACAGGCAGGATATGGCTGATTAGAAGGTTGTCTGTGTTT T AT CA G A . C A T TG . A A
blockSeqs : . . . . . . TGTTCTGTACAGCACCAGGCAGGTATTTCTGGGGCGATGAAAAGTGTCTGTGTTT . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : **
originalCons : TTGAT-TTGAA-GT-A------T-GAC-----AAAA-----TGTNNTNTACANCGNCNNNCAGGNANNNNNNGGCCGATNANAAG--T-GTCTGTG-TTC-ATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-C-GGC-T--C-G-G-GAAATA
finalCons : TTGAT-TTGAA-GT-A------T-GAC-----AAAA-----TGTNNTNTACANCGNCNNNCAGGNANNNNNNGGCCGATNANAAG--T-GTCTGTG-TTC-ATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-C-GGC-T--C-G-G-GAAATA
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 3 3 3 888888 3 77777 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 33 55 2 2 2 2 2 2 33 2 2 2
lowQualScore : . . . ...... . ..... ............................................................... . .. .. . . . . . . .. . . .
lowQualScore : 1 1 1 888888 1 77777 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 44 99 5 5 5 5 5 5 44 5 5 5
consensus : TTGAT-TTGAA-GT-A------T-GAC-----AAAA-----TGTNNTNTACANCGNCNNNCAGGNANNNNNNGGCCGATNANAAG--T-GTCTGTG-TTC-ATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-C-GGC-T--C-G-G-GAAATA
Reference ( family-539 ) : TTGAT-TTGAA-GT-A------T-GAC-----AAAA-----TGTNNTNTACANCGNCNNNCAGGNANNNNNNGGCCGATNANAAG--T-GTCTGTG-TTC-ATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-C-GGC-T--C-G-G-GAAATA
gi|1 : TTGAT-TTGAA-GT-A------T-GAC-----AAAAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNN-NTC-ATATTT--CCT-CT-CG-CCGTT-C-GGC-T--CGG-G-GAAATA
gi|10 : TTGATGTTGAA-GT-A------T-GAC-----AAAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNN-N-C-ATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-C-GGC-T----G-G-GAA
gi|11 : TTGAT-TTGAA-GTTA------T-GAC-----AAA--------TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNN-NNC-ATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-C-GGC-T--C-G-G-GAAAt
gi|12 : TTTAT-TTGAA-TT-A------T-GAC-----AAAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNN-NNC-ATATTC--CC--AT-CG-CC-TT-C-GGC-T--C-G-A-GA
gi|13 : AT-TTGAA-GT-A------T-GAT-----AAAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNN-----C-AAATTC--CC--TT-CG-CC-TT-C-GGC-G--C-G-G-GAAATA
gi|14 : GGCTGATAA-AAG--T-GT-TGTG-TTTTATATTTATCC--CT-CG-CC-TTCC-GGC-T--C-GAG-GAAA
gi|15 : tgAAG--TTGTCTGTGTTTC-ATATTT--CC--CT--G-CT-TT-C-GGC-T--C-G-A-GAAgggaaaat
gi|16 : ga-ATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-C-GGCTT--C-G-G-AGAATAg
gi|2 : TTGAT-TTGAA-GT-ACATGTAT-GAC-----AAAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNN-NNC-ATATTT--CT--CT-TG-CC-TT-C-GAC-T--C-G-G-GAAATAtg
gi|3 : AT-TTGGACGT-A------T-GACTGACTAAAA-----TGTTCTGTACAGCACCAGGCAGGTATTTCTGGGGCGATGAAAAG--T-GTCTGTGTTTC-ATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-CAAGC-T--C-G-G-GAAATAt
gi|4 : TTGAT-TTGAA-GT-A------T-GAC-----AAAA-----T-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNN-NNC-ATATTT--TCCACTGCG-CC--T-C-GGC-T--C-G-GAGAAATAa
gi|5 : TTGAT-CTGAA-GT-A------T-GAC-----AAAA-----T-TGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNN-NNC-ATATTT--CC--CT-CG-CG-CT-T-GGC-TTGC-G-G-GAAAtg
gi|6 : TTGAT-TTGAA-GC-A------T-GAC-----AAAA-----GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNN-NNC-ATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-C-GGA-T--C-G-G-GAAATat
gi|7 : TTGAT-TTGAA-GT-A------T-GAC-----AAAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNN-NNC-ATATTT--CC--CT-CG-CC-TT-C-GGC-T--C-G-G-GAAATAt
gi|8 : TTTAT-TTGAA-TT-A------T-GAC-----AAAA-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNN----C-ATATTC--CC--AT-CG-CC-TT-C-GGC-T--C-G-A-GAAAT
gi|9 : T-TTGAA-GT-A------TTGAC-----AAAT-----TGTTATATACAACGGCCCACAGGCAGGATATGGCTGATTAGAAGGTT-GTCTGTGTTTC-ATATTC--CC--AT-AGACC-TT-C-GGC-T--C-G-G-GAAtt