lowQualScore                  :                                                                                        11111111      22222   222                                  
lowQualScore                  :                                       77   33       2 33 2     0    555     55   33 22 00000000    2 00000   222     2    2 22 2       33       6 
lowQualScore                  :                                       ..   ..       . .. .     .    ...     ..   .. .. ........    . .....   ...     .    . .. .       ..       . 
lowQualScore                  :                                       55   77       2 11 2     6    555     00   22 99 99999999    7 66666   888     1    1 99 1       44       0 
consensus                     :                                    TCTC-TAC--CCAGAGT-T--A-TCGTTCCCGC---TACGC--TCC--AC-TT---A---GTGG-A--G--CGTAG-CGGGA-ACGA-T--A-ACTCTGG--GTAGAGATT
Reference ( gi|2 )            :                                    TCTT-TAC--CCAGAGT-T--A-TCGTTCCCGC---TACGC--TCC--AC-TT---A---GTGG-A--T--CGTTA-CGGGA-ACGA-T--A-ACTCTGG--GTAGAGACTTGG
gi|8                          :                                    TCTC-TAC--CCAGAGT-T--A-TCGTTGCCGC---TACG----CC--A--TA---A---GTGG-A--G--CGTAG-CGGGA-ACGA-T--A-ACT
gi|1                          :                                  aaTCTC-TAC--CCAGAGT-T--A-TCGTT-CCGC---TACGC--TCC--AC-TTATAA---GTGG-A--G--C-TTAGCGGAA-ACGATT--ATACTCTGG--
gi|6                          :                         gatctcacgaaTCTC-TAC--CCTGAGT-T--A-TCGTTCCCGC---TACGC--TC---AC-TT---CT--GTGG-A--G--CGTAG-CGGGA-ACGA-T--A-Att
gi|12                         :                                   aTCTC-TAC--CCAGAGT-T--A-TCGTTCCCGC---TACGC--TCC--Atta
gi|4                          :                                    TCTC-TAC--CTAGAGT-T--A-TCGTTCCCGC---TACGC--TTC--AC-Tt
gi|3                          :    aatctctcaccagagggcgtattacgctgcatTTTC-TAC--CCAGAGT-T--G-TCGTTCCCTC---TACGC--TTC--AC-TA---A---ATAC-A--TAGCGTAG-CGTAATACGC-C-----CTCTGG--TGAGAGATttg
gi|9                          :                                    TCTTCTAC--CCAGAGT-T--A-TCGTTCCCACT--TACGCCTTCC--AC-TT---A---t
gi|7                          :                                  aaTCTC-TAC--CCAGAGT-T--A-TCGTTCCCGC---TAC
gi|5                          : tctcacgagagggcgtattacgctgcggtacaacaTCTC-TAC--CAGGAGT-T----TCGTTCCCGC---TACGCT-TCC--AC-T-----------------------------A-ACGA-TAAA-ACTCT-G--GTAAAGA
gi|5                          :                              ccaatcTCTT-TAC--C-AGAGT-TTTA-TCGTT----------------------------A---GTGGAA--G--CGTAG-CGGGA-ACGA----A-ACTCCTG--GTAGAGAtgat
gi|15                         :                              ccaatcTCTC-TAC--CCAGAGT-T--A-TCGTT-CCGC---TACGC--Ttgat
gi|10                         :                                    TCTC-TAC--CCAGAGT-T--A-TCGTTCCCGCTTATACGC--Tttg
gi|13                         :                                 caaTCTA-TAG--CCAGAGT-T--A-TCGTTCCCGC---TACGT--TTC--
gi|11                         :                                      TC-TACTACCAGAGT-T--A-TCGTTCCCGC---AACGT--TTC--Att
gi|1                          :                                            --CCAGAGTAT--AATCGTTTCCGC---TAAGC--TCC--AC-TT---ATAAGTGG-A--G--CGTAG-CGG-A-ACGA-T--A-ACTCTGG--GTAGAGATtt
gi|18                         :                                     gatctcacgaaAGAGT-T--A-TCGTTCCCGC---TACGC--TCC--AC-T
gi|8                          :                                                  AGT-T--A-TCGTTCCCGC---TACGC--TCC--AC-TT---A----TGG-------CGTAG-CGGCA-ACGA-T--A-ACTCTGG--GTAGAGAT
gi|6                          :                                                    T-T--A-TCGTTCCCGC---TACGC--TCC--ACAGA---A---GT-G-A--G--CGTAG-CGGGA-ACGA-T--A-ACTCAGG--GTAGAGAT
gi|3                          :                                                                 aCGC---TACGC--TATGTAT-TT---A---GTGA-A--G--CGTAG-AGGGA-ACGA-C--A-ACTCTGG--GTAGAAAa
gi|4                          :                                             aatctctcaccagagggcgtatta---TACGC--TGC--A---T---A---GTGA-A--G--CGTAG-CGGGA-ACGA-T--A-ACTCTAG--GTAGAGATt
gi|18                         :                                                                   aatctctcaccagagggcgtat---A---GTGG-A--G--CGTAG-CGGGA-ACGA-T--A-ACTCTg
gi|9                          :                                                                                         ---A---GTGG-AAGG--CGTAAGTGGGA-ACGA-T--A-ACTCTGG--GTAGA
gi|12                         :                                                                                            aatctTGG-A--G--CGTAG-CGGGA-ACGA-T--A-ACTCTGG--GTAGAGAta
gi|11                         :                                                                                                 TGA-A--A--CGTTG-CGGGA-ACGA-T--A-ACTCTGGTAGTAGAt
gi|13                         :                                                                                                         --CGTAG-CGGGA-ACGA-T--A-ACTCTGG--CTATAGATtt
gi|7                          :                                                                                                            gaaa-CGGGA-ACGA-T--A-ACTCTGG--GTAGAGA
gi|10                         :                                                                         tctcacgagagggcgtattacgctgcggtacaacagtag-CGGGA-ACGA-T--A-ACTCTGG--GTAGAGAT
gi|15                         :                                                                                                                  cGGA-ACGA-T--A-ACTCTGG--GTAGAGATcttatacgct
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CCAATATCTCACCAGAGGGCGTATTACGCTGCGCT
Unaligned ( gi|16 ): ATATTCACCAGAGGGCGTATTACGCTGCGCTAC
Unaligned ( gi|17 ): ATGCTCTTTTATAAACAAGTTATTATATAAG






Alignments
lowQualScore                  :                                                              11          111                                               
lowQualScore                  :                                        44  4    4      4     00 1 66     222     3     555    1      44      1   44  3     
lowQualScore                  :                                        ..  .    .      .     .. . ..     ...     .     ...    .      ..      .   ..  .     
lowQualScore                  :                                        88  0    0      0     66 1 11     222     1     444    5      22      8   66  3     
consensus                     :                           TCTCTACCCAGAGT-TA-TCGT-TCCCGC-TACGC--TCC--ACTTA---GTGGA-GCGTA---GCGGGAACGAT--AACTCTGGGT--AG-AGATT
Reference ( family-5387 )     :                           TCTCTACCCAGAGT-TA-TCGT-TCCCGC-TACGC--TCC--ACTTA---GTGGA-GCGTA---GCGGGAACGAT--AACTCTGGGT--AG-AGATT
gi|1                          :                                  CCAGAGTATAATCGT-TTCCGC-TAAGC--TCC--ACTTATAAGTGGA-GCGTA---GCGG-AACGAT--AACTCTGGGT--AG-AGATT
gi|10                         :                                                                      gatctcacgaaA-GCGTATAAGCGGGAACGAT--AACTCTGGGT--AG-AGATT
gi|11                         :                                                                             cTGAA-ACGTT---GCGGGAACGAT--AACTCT-GGT--AGTAGATT
gi|12                         :                                                                              TGGA-GCGTA---GCGGGAACGAT--AACTCTGGGT--AG-AGAT
gi|13                         :                                                                               GAA-ACGTA---GCGGGAACGAT--AACTCTGGCT--AT-AGATT
gi|15                         :                                                                                 A-GCGTA---GCGG-AACGAT--AACTCTGGGT--AG-AGATT
gi|18                         :                                    AGAGT-TA-TCGT-TCCCGC-TACGC--TCC--ACTg
gi|2                          :                           TCTTTACCCAGAGT-TA-TCGT-TCCCGC-TACGC--TCC--ACTTA---GTGGA-TCGTT---ACGGGAACGAT--AACTCTGGGT--AG-AGACT
gi|3                          :                           TCTCTCACCAGAG---G-GCGTATTACGC-TACGC--TATGTATTTA---GTGAA-GCGTA---GAGGGAACGAC--AACTCTGGGT--AG-AAATtgg
gi|4                          :                         aaTCTCTCACCAGAG---G-GCGT-----AT-TACGC--TGC--A--TA---GTGAA-GCGTA---GCGGGAACGAT--AACTCTAGGT--AG-AGATT
gi|5                          :                         aaTCTCTACCAGGAGT-T--TCGT-TCCCGC-TACGCT-TCC--ACT------------------------AACGATAAAACTCT-GGTAAAG-AGATTg
gi|5                          :                                                                     ccTTA---GTGGAAGCGTA---GCGGGAACGA---AACTCCTGGT--AG-AGATtgat
gi|6                          : ccaatctctttaccagagttttatcgTCTCTACCCTGAGT-TA-TCGT-TCCCGC-TACGC--T-C--ACTTCT--GTGGA-GCGTA---GCGGGAACGAT--AAgat
gi|7                          :                          aTCTCTACCCAGAGT-TA-TCGT-TCCCGC-TACtta
gi|8                          :   tctcacgagagggcgtattacgctgcggtacaacaAGT-TA-TCGT-TCCCGC-TACGC--TCC--ACTTA----TGG---CGTA---GCGGCAACGAT--AACTCTGGGT--AG-AGATT
gi|9                          :                             TCTACCCAGAGT-TA-TCGT-TCCCACTTACGCCTTCC--ACTTA---
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CCAATATCTCACCAGAGGGCGTATTACGCTGCGCT
Unaligned ( gi|16 ): ATATTCACCAGAGGGCGTATTACGCTGCGCTAC
Unaligned ( gi|17 ): ATGCTCTTTTATAAACAAGTTATTATATAAG






Alignments
lowQualScore                  :                                                              11          111                                               
lowQualScore                  :                                        44  4    4      4     00 1 66     222     3     555    1      44      1   44  3     
lowQualScore                  :                                        ..  .    .      .     .. . ..     ...     .     ...    .      ..      .   ..  .     
lowQualScore                  :                                        88  0    0      0     66 1 11     222     1     444    5      22      8   66  3     
consensus                     :                           TCTCTACCCAGAGT-TA-TCGT-TCCCGC-TACGC--TCC--ACTTA---GTGGA-GCGTA---GCGGGAACGAT--AACTCTGGGT--AG-AGATT
Reference ( family-5387 )     :                           TCTCTACCCAGAGT-TA-TCGT-TCCCGC-TACGC--TCC--ACTTA---GTGGA-GCGTA---GCGGGAACGAT--AACTCTGGGT--AG-AGATT
gi|1                          :                                  CCAGAGTATAATCGT-TTCCGC-TAAGC--TCC--ACTTATAAGTGGA-GCGTA---GCGG-AACGAT--AACTCTGGGT--AG-AGATT
gi|10                         :                                                                      gatctcacgaaA-GCGTATAAGCGGGAACGAT--AACTCTGGGT--AG-AGATT
gi|11                         :                                                                             cTGAA-ACGTT---GCGGGAACGAT--AACTCT-GGT--AGTAGATT
gi|12                         :                                                                              TGGA-GCGTA---GCGGGAACGAT--AACTCTGGGT--AG-AGAT
gi|13                         :                                                                               GAA-ACGTA---GCGGGAACGAT--AACTCTGGCT--AT-AGATT
gi|15                         :                                                                                 A-GCGTA---GCGG-AACGAT--AACTCTGGGT--AG-AGATT
gi|18                         :                                    AGAGT-TA-TCGT-TCCCGC-TACGC--TCC--ACTg
gi|2                          :                           TCTTTACCCAGAGT-TA-TCGT-TCCCGC-TACGC--TCC--ACTTA---GTGGA-TCGTT---ACGGGAACGAT--AACTCTGGGT--AG-AGACT
gi|3                          :                           TCTCTCACCAGAG---G-GCGTATTACGC-TACGC--TATGTATTTA---GTGAA-GCGTA---GAGGGAACGAC--AACTCTGGGT--AG-AAATtgg
gi|4                          :                         aaTCTCTCACCAGAG---G-GCGT-----AT-TACGC--TGC--A--TA---GTGAA-GCGTA---GCGGGAACGAT--AACTCTAGGT--AG-AGATT
gi|5                          :                         aaTCTCTACCAGGAGT-T--TCGT-TCCCGC-TACGCT-TCC--ACT------------------------AACGATAAAACTCT-GGTAAAG-AGATTg
gi|5                          :                                                                     ccTTA---GTGGAAGCGTA---GCGGGAACGA---AACTCCTGGT--AG-AGATtgat
gi|6                          : ccaatctctttaccagagttttatcgTCTCTACCCTGAGT-TA-TCGT-TCCCGC-TACGC--T-C--ACTTCT--GTGGA-GCGTA---GCGGGAACGAT--AAgat
gi|7                          :                          aTCTCTACCCAGAGT-TA-TCGT-TCCCGC-TACtta
gi|8                          :   tctcacgagagggcgtattacgctgcggtacaacaAGT-TA-TCGT-TCCCGC-TACGC--TCC--ACTTA----TGG---CGTA---GCGGCAACGAT--AACTCTGGGT--AG-AGATT
gi|9                          :                             TCTACCCAGAGT-TA-TCGT-TCCCACTTACGCCTTCC--ACTTA---


blockSeqs                     :                                        T   .    A      T     CT C GT     T       A     TAA    G      AA      G   AA  T
blockSeqs                     :                                        T   .    .      .     T  C .      .       .     .      G      .       G   .   .
blockSeqs                     :                                        T   .    .      .     .  A .      .       .     .      G      .       G   .   .
blockSeqs                     :                                        T   .    .      .     .  G .      .       .     .      G      .       G   .   .
blockSeqs                     :                                        T   .    .      .     .  C .      .       .     .      G      .       G   .   .
blockSeqs                     :                                        T   .    .      .     .  C .      .       .     .      G      .       G   .   .
blockSeqs                     :                                        T   .    .      .     .  C .      .       .     .      G      .       A   .   .
blockSeqs                     :                                        .   .    .      .     .  . .      .       .     .      G      .       T   .   .
blockSeqs                     :                                        .   .    .      .                         .     .      G      .       G   .   .
blockSeqs                     :                                                                                  .     .      C      .       .   .   .
blockSeqs                     :                                                                                  .     .      .      .       .   .   .
blockSeqs                     :                                                                                  .     .      .      .                


blockSeqCons                  :                                        T*                                ***
originalCons                  :                           TCTCTACCCAGAGT-TA-TCGT-TCCCGC-TACGC--TCC--ACTTA---GTGGA-GCGTA---GCGGGAACGAT--AACTCTGGGT--AG-AGATT
finalCons                     :                           TCTCTACCCAGAGT-TA-TCGT-TCCCGC-TACGC--TCC--ACTTA---GTGGA-GCGTA---GCGGGAACGAT--AACTCTGGGT--AG-AGATT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CCAATATCTCACCAGAGGGCGTATTACGCTGCGCT
Unaligned ( gi|16 ): ATATTCACCAGAGGGCGTATTACGCTGCGCTAC
Unaligned ( gi|17 ): ATGCTCTTTTATAAACAAGTTATTATATAAG






Alignments
lowQualScore                  :                                                              11          111                                               
lowQualScore                  :                                        44  4    4      4     00 1 66     222     3     555    1      44      1   44  3     
lowQualScore                  :                                        ..  .    .      .     .. . ..     ...     .     ...    .      ..      .   ..  .     
lowQualScore                  :                                        88  0    0      0     66 1 11     222     1     444    5      22      8   66  3     
consensus                     :                           TCTCTACCCAGAGT-TA-TCGT-TCCCGC-TACGC--TCC--ACTTA---GTGGA-GCGTA---GCGGGAACGAT--AACTCTGGGT--AG-AGATT
Reference ( family-5387 )     :                           TCTCTACCCAGAGT-TA-TCGT-TCCCGC-TACGC--TCC--ACTTA---GTGGA-GCGTA---GCGGGAACGAT--AACTCTGGGT--AG-AGATT
gi|1                          :                                  CCAGAGTATAATCGT-TTCCGC-TAAGC--TCC--ACTTATAAGTGGA-GCGTA---GCGG-AACGAT--AACTCTGGGT--AG-AGATT
gi|10                         :                                                                      gatctcacgaaA-GCGTATAAGCGGGAACGAT--AACTCTGGGT--AG-AGATT
gi|11                         :                                                                             cTGAA-ACGTT---GCGGGAACGAT--AACTCT-GGT--AGTAGATT
gi|12                         :                                                                              TGGA-GCGTA---GCGGGAACGAT--AACTCTGGGT--AG-AGAT
gi|13                         :                                                                               GAA-ACGTA---GCGGGAACGAT--AACTCTGGCT--AT-AGATT
gi|15                         :                                                                                 A-GCGTA---GCGG-AACGAT--AACTCTGGGT--AG-AGATT
gi|18                         :                                    AGAGT-TA-TCGT-TCCCGC-TACGC--TCC--ACTg
gi|2                          :                           TCTTTACCCAGAGT-TA-TCGT-TCCCGC-TACGC--TCC--ACTTA---GTGGA-TCGTT---ACGGGAACGAT--AACTCTGGGT--AG-AGACT
gi|3                          :                           TCTCTCACCAGAG---G-GCGTATTACGC-TACGC--TATGTATTTA---GTGAA-GCGTA---GAGGGAACGAC--AACTCTGGGT--AG-AAATtgg
gi|4                          :                         aaTCTCTCACCAGAG---G-GCGT-----AT-TACGC--TGC--A--TA---GTGAA-GCGTA---GCGGGAACGAT--AACTCTAGGT--AG-AGATT
gi|5                          :                         aaTCTCTACCAGGAGT-T--TCGT-TCCCGC-TACGCT-TCC--ACT------------------------AACGATAAAACTCT-GGTAAAG-AGATTg
gi|5                          :                                                                     ccTTA---GTGGAAGCGTA---GCGGGAACGA---AACTCCTGGT--AG-AGATtgat
gi|6                          : ccaatctctttaccagagttttatcgTCTCTACCCTGAGT-TA-TCGT-TCCCGC-TACGC--T-C--ACTTCT--GTGGA-GCGTA---GCGGGAACGAT--AAgat
gi|7                          :                          aTCTCTACCCAGAGT-TA-TCGT-TCCCGC-TACtta
gi|8                          :   tctcacgagagggcgtattacgctgcggtacaacaAGT-TA-TCGT-TCCCGC-TACGC--TCC--ACTTA----TGG---CGTA---GCGGCAACGAT--AACTCTGGGT--AG-AGATT
gi|9                          :                             TCTACCCAGAGT-TA-TCGT-TCCCACTTACGCCTTCC--ACTTA---
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CCAATATCTCACCAGAGGGCGTATTACGCTGCGCT
Unaligned ( gi|16 ): ATATTCACCAGAGGGCGTATTACGCTGCGCTAC
Unaligned ( gi|17 ): ATGCTCTTTTATAAACAAGTTATTATATAAG