lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 11 1 333333333333333 222222222 1111111 1111 33333333333 222222 11 11111111 111 11 22222 1 1 1 11 11 11 1 2222 1 22 1 11 3 22222222 11 3 333 22 22 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 222222 55555 22 1 111 111 111 33333 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 66666666666 11 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 33 1 5555555 1 11 555555555555 222 222 444 4444444444444444 11111111111 0000000000000000000000000000000 1 1 11 111 11 111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11 33333
lowQualScore : 3 77 2 6 3 0 5 5 0 0 4 66 8 00 55 7 4 5 333333333333333 55 4 66 4 555555555 4 66 4 6666666 5 5 0000 33333333333 333333 11 8 6 5 3 77777777 5 333 2 6 1 55 33333 6 6 6 6 6 99 77 0 3 1 5 0 5 11 999 0 6 11 8 11 0 0 8 2 8 0 8 1111 8 6 55 6 8 8 0 11 8 3 3 8 8 88888888 11 8 0 2 8 8 8 1 000 11 2 2 1 00 6 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 777777 99 3 33333 11 0 111 4 1 4 999 777 0 1 4 99999 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 9 0 6 99 0 22222222222 8 1 0 0 00 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 66 5 1 5 5 2 3 0000000 777 5 1 0 5 77 77 0 777777777777 5 111 0 111 5 77 4 444 5 0 8888888888888888 5 5 6 99999999999 1111111111111111111111111111111 5 7 5 3 88 6 6 000 6 6 6 999 0 5 999 77 5 5 22 3 77 999 66 33 5 33 2 2 88 2 8 44 4 66 2 7 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 00 2 2 2 6 2 5 2 2 22222
lowQualScore : . .. . . . . . . . . . .. . .. .. . . . ............... .. . .. . ......... . .. . ....... . . .... ........... ...... .. . . . . ........ . ... . . . .. ..... . . . . . .. .. . . . . . . .. ... . . .. . .. . . . . . . . .... . . .. . . . . .. . . . . . ........ .. . . . . . . . ... .. . . . .. . ............................................................................................................ ...... .. . ..... .. . ... . . . ... ... . . . ..... ............................................................................. . . . .. . ........... . . . . .. ...................................................................................................................................... .. . . . . . . ....... ... . . . . .. .. . ............ . ... . ... . .. . ... . . ................ . . . ........... ............................... . . . . .. . . ... . . . ... . . ... .. . . .. . .. ... .. .. . .. . . .. . . .. . .. . . .......................................................................... .. . . . . . . . . .....
lowQualScore : 0 00 5 7 2 2 0 2 2 4 4 11 9 66 11 6 4 0 777777777777777 99 4 11 4 666666666 4 11 4 2222222 0 0 6666 88888888888 000000 00 0 7 0 2 22222222 0 555 5 7 0 22 33333 7 7 7 7 7 22 99 1 6 4 7 9 0 00 666 8 8 00 0 00 8 8 0 8 0 8 0 4444 0 0 00 0 0 0 8 00 0 2 2 0 0 22222222 00 0 8 0 0 0 0 4 444 66 5 5 8 77 7 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 333333 22 2 88888 77 0 777 4 9 4 777 333 9 9 4 33333 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 8 4 88 8 66666666666 0 4 8 8 44 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 77 7 4 7 7 3 0 0000000 666 7 4 7 7 99 66 7 999999999999 7 444 7 444 7 99 9 333 7 1 0000000000000000 7 7 0 66666666666 6666666666666666666666666666666 7 1 5 3 22 7 7 222 7 7 7 444 7 7 111 99 7 7 33 6 99 333 11 77 3 77 7 5 44 5 2 66 7 55 4 1 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 99 5 5 5 5 5 0 5 7 00000
consensus : CTTGCATCATGGTTNTGGTGTTTTTCTTTC-GTTAACTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAA-GGAGGCGGAGCTTA-GCCCGTGC--GGTATTG-T--CCG-ATTTT-GGAA-A-GA--------------G-TCTGTG-CGGTA--TTGTCCG-G---------TTT-TTG--TA-AGTT-------AA-T-G----GACA-----------GTTCATAGT------AC--TCCG-ATTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA----T---TTCACA-CCTG-TCAGAATCGATGGGAGGTGGA-TCCAGGAC-CTTTA-----CTA-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-TC--GG--ACGATTCTTTATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGCC--ATAA-TTTCATGTTTGATTAA--A-GCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTT-CCATGGTCACATAAGC-TTC-AATATTTTTAGTC-CTG-CAG-AACGTCTTCCGTG-ACG-AATA-GGTTGTCG--A-TGAACAGA-TGAA-GGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTT--G--AAGAAA--CATC-TACGATATTCTGTTC-G-TC-TGTCATAAGAAAATT-AAAAAAAATCTTATGTAAAATTACTCCTACAGAT-A-CAAC-GTTAGATA-CAATA-----NATGCATTCATACATGTAAATCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACTATGCATAATTCATTGAT--ATGGAAATACGCTT---AAGTGCGTCATT-AAAATTACTCCTACAGAT-AAC-A--NTTAGC-TAGATGCATT-CATAAC-ACGTAAATA----TNNNNNCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGACTATGCCA-ACTATGCATAATCATGG-TATGGAAATACGCTTTCAGAGTNGTCA-TAAAAATTACTCCTACAGATAA-A----CTAGCTAGATGCAT-TCATACACGTAAATATNATACATGTAAATATGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCAATCTTCAC-CATCTCACCATTTCGG-C-AATA-ATTT-GTTGTCTATCTCCGGATTATT---TTCGG-ATGTA-A-TGCAGCTCAT-T--ATCTNATTCTGTGCAC---T--GT-C--ACGGTCTGGAACA-CGG---GGAAATTG-TTTAAAACC-ACGG--TTTGCTCACA--CAC-TTCCAACAATG-------T--AC-GT-AC-GAT-GCCTTTAG------T-C-ACGTGTTCATAA-ATAGAA-T-C-GGTACCTGACT-AGCCCTCCAT-CACGCACGGAAATATGA-CAGAGTG-TTAT-ATAATT--GG-GGT-GGAGCTATAGG-AATAGTTT-A-CGTGATCAGT-GA-TTGAC--ATG-AT-ACAAGTTC--TT-A--TT-GAACA-TAT--AT-T--TTGG-GT-ATC--A-CATGA-TATT-CTGATG--GG-T-GTG------A-AAC--T-C-G--------TCGC-T-TAGC---G--------C--G-ACTCGT------C-NC-CACCC--ATCA-G-AATA-TCNT-GT-GA-TAC-CCAAAATATA----TGTTCAA
Reference ( gi|1 ) : CTTGTATCATGGTTTTGGTGTTTTTCTTTT-GTTAACTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAA-GGAGGAGGAGCTTA-GCCCGTGC--GGTATTG-T--CCG-ATTTTCGGAA-A-GC--------------G-TCTGTG-CGGTA--TTGTCCG-G---------TTT-TTG--TA-AGTT-------AA-T-G----GACA-----------GTTCATAGT------AC--TCCG-ATTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA----T---TTCACA-CCTG-TCAGAATCGATGGGAGGTGGA-TCCAGGAC-TTTTA-----CTA-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-TC--GG--ACGATTCTTTATATTTTTCTCAGACCTACAACAAGGTGTCGCC--ATAA-TTTCATGTTTAATTAA--A-GCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTT-CCATGGTCACACAAGC-TTC-AATATTTTCAGTC-CTG-CAG-TACGTCTTCCGTG-ACG-AATA-GGTTGTCG--A-TGAACAGAGTGAA-GGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTT--G--A--AAA--CATC-TACGAT-TTCTGTTC-G-TC-TGTCATAAGAAAATA-AAAAAAAATCGAATGTAAAATTACTCCTACAGAT-A-CAACTGCTAGAT--CAATA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATGCATAATTCATTGAT--ATGGAAATACGCTTAC-AAGTGTGTCATT-AAAATTACTCCTACAGAT-AAC-A--GTTAGC-CAGATGCATT-CATAACAATGTAAATAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAATATGCATAATCATGA-TATGGAAATACGCTT---GAGTTGT-A-TAAAAATTACTTCTACAG---A-A----TTAGC--AAT---T-TCATACATGTAAATATGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCATCTC--CATTTCGG-C-AATA-ATTT-GTTGTCTATCTCCGGATTATTG-GTTCGG-ATGTA-A-TGCAGCTCAT-T--ATCTAATTCTGTATAC---T--GTGC--ACGGTCTGGAACA-CGG---GGAAATTG-GTTAAAACC-ACGG--TTTGCTCAC---CAC-TTCCAACAATG-------T--AC-G--AC-AAT-GTCTTTAG------T-C-ACGTGTTCATAA-ATAGAAATGCGGGTACCTGACTTAGCCCTCCAT-CACGCACGGAAATATGA-CAGAGTG-TTAT-ATAATT--GG-GGT-GGAGCTATAGG-AATAGTTT-A-CGTGATCAGT-GA-TTGAC--ATG-AT-ACAAGTTC--TT-A--T--AAACA-TAT--AT-T--TTGG-GT-ATC--A-CATGA-CATT-CTGATG--GG-T-GTG------A-AAC--T-C-G--------TCGC-T-TAGC---G--------C--G-ACTCGT------C-TC-CA-CC--ATCA-G-AATA-TCCT-GT-GA-TAC-CCAAAATATAG---TGTTCAA
gi|14 : CTTGTATCATGGTTTTGGTGTTTTTCTTTT-GTTAACTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAA-GGAGGCGGAGCTTA-GCCCGTGC--GGTATTG-T--CCG-ATTTTTGGAA-T-GC--------------A-TCTGTG-CGGTA--TTGTCCG-G---------TTT-TTG--TA-AG
gi|12 : aTTGCATCATGGTTGTGATGTTTTTCTTTC-ATCAACTGT-TGATCAATAATTTTTCGTACCTGCAC-GGAGGCGGAGTTTA-GACTGTGC--GGCATTG-T--CAG-CTTTT-GAAA-A-GTTATTGGACATCTTAG-CCTGTG-CGGTG--TTGTCTA-G---------TTT-TGG--AA-AGTT-------AT-C-G----GACA-----------GTT
gi|5 : gtGTTTTTCTTT--GTTAA-TGC-TGTTCAGTA-TTCC-CATACCCGCAA-GGAGGCGGAGCTTAGGACCGT-C--GGTATTG-T--CCG-ACTTTGGGAA-A-GA--------------G--CTGT--C-GT---TTGTCC--G---------TTT-TTGAATA-AGTT-------AA-T-GCAATGGCA-----------GTTCATAGT------ACTTTTCG-ATTT-C-TGTCTGCGCTTCAGTGAG---T---TTCACA-CCTG-TCAGAATCGA-GGGA-GTGGT-GTCAGGAC-TTTTAG----CTA-CCTTTCTT-TCT-AAATGTTT-TCTGGA--ACGA-TCGTTATATTTTTCTCAGA-TTAC-ACCAGGTGTCGCC--ATAA-TTTCATGTTT-ATTAA--A-GCT--GAGTCGCACGACTTTG-TTT-CCATGGTCACATAAGC-TTCAAATTTTTTTAGTC-CTGCCAGAAACGTCTT-TGTG-ATGAAATAGGGTTGTCG--ATTGAACAGA-TGAA-GGGGTTGCTTCAATGTATGTTTT--G--A--AAAAGCATC-T-CGATATTCGGTTCGG-TC-TGTCATAAGAAAATATAAAAAAAATCTTAT-TAAAATTA---CCACAGATAA-CAAC-GTTAGATA-CAATA-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTATGCATAA-TCA-TGGT--ATGGAAATACGCTTTCAAAGTGC-TCATT-AAAATTACTCCTACAGAT-A---A--ACTAGC-TAGATGCATT-CAT-AC-ACGTAAATAtcgaagt
gi|2 : TTTCTTTTAGTTAACTGCATGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAA-GGAGGAGGAGTTAA-GCCCGTGCTGGATATTG-TT-CCG-CTTTT-GGAA-A-GA--------------G-CCTGTG-CGATA--TTGTT-G-G---------TTT-TTG--TA-AGTT-------AA-T-G----GACA-----------GTTCATAGT------AC--TCCGCATTTCCGTGTC-GCGTTTCAGTGA----T---TTCACAACCTG-TCAGAATCGATGGGAGGTGGAATCCAGGAC-TTTTA-----CTAACCTTT-TTGTCTTAAATGTTCCTC--GGGGACG-TTCTTTA-ATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGGC--ATAA-TTTCATGTTTGATTAA--AAGAT--GAGTCGC-CGACTTTGTTTT-CCATTGTCACATAAGC-TTC-AATATTTTTAGTCACTG-CAG-AACGTCTCCTGTGAATG-AATA-GGTTG-CG--A-TGAACAGA-TGAAGGGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTT--GGAA--AAA--CATCTTAC-ATATTCTGTTC-G-TCTTGTCATAAGAAAAAT-AAAAAAAATCTTATGAAAAATTACTCCTACAGA--A-TAACGTTTAGAT--
gi|3 : cagttattgaacagatattttgggtatcacggatattcctgatgttggtgacgagtcgcgctagcgaagcagttcaacaccccatcagaatgtcatgtggatacccaaaatatatgtttaataaggaacttgtatcatgtcatcactgatcacgtaaaactattcctatagctccaccctcaaattatatacactctgatcatattccgtgcgtgatggtgggcttgtcagtactatgaacacgtgataaaggcattgttacgtacattgttgaagtgtgtgagcaaccgtggttttaaacaatttccacgcagtgttccagaccgttagtgcacagaaatagataatgagctgcatttacattcgaagtagacaacaaattattggccgaaagatggtgaagattgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattcatatttacatgtatgaaatgcatttatgctaagtgttgtctgtaggtctttatgacactcaagcgtattccatattcataattatgcatagtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgatttacatgtatgaatgcatttgctaagtgttatctgttagagtaattttaaatgatcacctcaagcgtattttcctaaatcatagaattatgcatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgggctctccatctccctctcctttcttcctcctcactctcttccccttcttctatttgtaaTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGGGAGGCGGAGCTTA-GCCCGTGC--GGTATTG-T---CG-ATTTTCGGAA-A-GC--------------G-TCTGTGCCGGTA--TTTTCCG-G---------TTT-TTG--T--AGTT-------AA-T-G----GACA-----------GTTCATAGT------GC--TCCG-ATTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA----T---TTCACA-CCTG------ATCGATGGGAGGTGGA-T-CAGGAC-CTTTA-----CTG-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-TC--TG--ACGATTCTTCATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGCC--AT-A-TTTCATGTTTAATTAA--A-GCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCCCATGGTCACATAAGC-TTC-ACTAT----AGTC-CTG-CAG-AACGTCTTCCGTG-ACA-AATA-GGTTGTCG--A-TGAACA-AATGAA-AGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTT--G--AAGAAA--CATC-TACGATATTCTGTTC-G-TC-TGACATAAGAAAAAT-GAAAAAAATCTAATGTAAAATTACTCCTACAGATAA-CAAC-GCTAGATA-CAAT
gi|17 : -TGTTCTGTAAT-CCTCATACCTGC---GGAGG-GGAGCTTA-GCC-GTGC--GGTATTGGT--ACACACTTTTGGAA-AAGA--------------G-TTTGTG-TGGTA--TTGTCCGTT---------TTT-TTT--TA-AGTT-------AA-T-G----GACAG----------GTTCAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgacttttatgcagaattacgcatatccataggaatttataatgcttatgtacaaaatgtgtcattaaaaatcactccaagagataacgacgctagatacattcatgaatatgtaaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatgcatgattatgatatggaaatacgcttgtgtgtcattaaaaattactctacaggtaacatttagctagatgcattcatacatgtacaagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatctcaccatttcggccaataattttgttgtctatctccggattgtaatgcagctcattattctattctgtatatacataagtgcgacggtctggaacacgggaaattgtttaaaacccgtttggctcacacacttccacaatgtacgtacaatgcctttgtccacgtgttcataatagaaatgcgggtactgacttaccctccatcacgcacggaatatgatagagtgttattataattggggtggagctatagggaatagtttacatgatcagtgattgacatgattacaagttcctttatttaaacatatatttggtatcaatgacattctgatgggtgtgaaactcgtcgctatcgcgactcgtcaccacccatcagaatgttcttgtgataccaaaatatattgttcaata
gi|16 : GTTCTGTAAT-CCTCATACC-GCAA-GGAGG-GGAGCT-A-GCTCGTGC--GGTATTGGTGACAC-ACTTATGAAACA-GA--------------GATTTGTG-TGGTAAACTGTCCG-AGTT------TTT-TTT--TA-AGTT-------AATT-G----GACAG----------GTTCACAGc
gi|4 : TTCAGTAATTCCT---ATCCGCAA-GGAGGAGGAG-TTA-GCCCGTGC--GGTATTG-T--CCG-CTTTT-GGAA-A-GA--------------G-CCTGTG-CG-TA--TTGTCTG-G---------TTT-TTG--TA-AGTT-------AA-T-G----GACA-----------GTTCATAGT------AC--TCCG-ATTTCC-TGTC-GCGTTTCAGTGA----T---TTCACA-CCTGTTCAGAATCGATGGGAGGTGGA-TCC-GGAC--TTTA-----CTA-CCTTT-TT---C-AAATGGTC-TC--GG--ACGATTCTTTATATTTTTCTCAGA-CTACGACCA-GTGTCGGC--ATAATTTTCATGTTTGATTAA--A-GCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTT-CCATTGTCACATAAGCTTTC-AATATTTTTA-TC-CTG-CAG-AACGTCTCCTGTGTATG-AATA-GGTTGTCG--A-TGAACAGA-TGAA-GGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTTGA--A--AAA--CATC-TACGTA-TTCTGTTC-GTTC-TGTCATAAGAAAAT--AAAAAAAATCTTATGAAAAATTACTCCTACAGA--A-TAAC-GTTAGATTACAATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATGCATA--TCA-TGAT--ATGAAACTACGCTT---GAGTA-GTCATT-AAAATTACTCC-ACAGAT-AAC-A--CTTAGC-TAAATGCATT-CAT-AC-ATGTAAATA----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGACTATGCCATAAT---TATGAT-------ATGGAAATACGCTT---GAG-TGTCA-TAAAA--TGATCCTACAG---ACAACACTTAGCTAAATGCAT-TCATACATGTAAATAT
gi|11 : -GTCTGTCC--GGTATTG-T--CCG-GTTTTGGGAA-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaatctcaccatttcggcaataatttgttgtctatcttcgaatgtaatgcagctcattatctattctgtgcactaacggtctggaacacggtggaaatgttttaaaaccacggtttgctcacacacttccaacaatgtacgtacaatgcctttagtccacgtgttcatagtacctgactaagccaccatcacgcacggaatatgaacaggtgttatataattggggtggagctataggaatagtttacgtgatcagtgatgacatgatacagttcctttaaacatatattttgggtatcacatgacattctgatgggtgtgaactcgtcgctagcgcgactcgtcaccaccatcagaatatcctgtgatacccaaatattctgtcaataactg
gi|11 : gtcatagatccgagaaaaggtgtctgcaagtttataaagtagcaaattgtcctggatccgtgtcccatcgatccagatataaaatcactgaagcgcgacagggaatcggagtccggtgattatcagcacaacagtgtacgtccaattggatgtgaactgtccaataaa--------------G-TCTGTC-CGGTA--TTGTCCG-GTTTTGGGAATTTATTG--GACAGTTCACATCCAA-TTG----GACGTACACTGTTGTGCTGATAATCACCGGAC--TCCG-ATTCCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA----T---TTTATA-TCT-----GGATCGATGGGACACGGA-TCCAGGACAATTTG-----CTA-C-----TT-TAT-AAA----C-TT--GC--A-GACAC------CTTTTCTCGGATCTATGAC
gi|15 : TTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA----T---TTCACA-CCTA-----AATCGATGGGAGGTGGA-TCCAGGAC-CTTTAAATTACTG-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-GC--GG--ACGATTCCTTATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTG
gi|4 : GTC-GCGCT--AGCGA----CGAGTTCACA-CCCA-TCAGAAT
gi|3 : ttcagtaattcctatccgcaaggaggaggagttagcccgtgcggtattgtccgcttttggaaagagcctgtgcgtattgtctggtttttgtaagttaatggacagttcatagtactccgatttcctgtcgcgtttcagtgatttcacacctgttcagaatcgatgggaggtggatccggactttactacctttttcaaatggtctcggacgattctttatatttttctcagactacgaccagtgtcggcataattttcatgtttgattaaagctgagtcgcacgactttgttttccattgtcacataagctttcaatatttttatcctgcagaacgtctcctgtgtatgaataggttgtcgatgaacagatgaaggggttgcttcaatgtattttttgaaaaacatctacgtattctgttcgttctgtcataagaaaataaaaaaaatcttatgaaaaattactcctacagaataacgttagattacaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatgcatatcatgatatgaaactacgcttgagtagtcattaaaattactccacagataacacttagctaaatgcattcatacatgtaaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggactatgccataattatgatatggaaatacgcttgagtgtcataaaatgatcctacagacaacacttagctaaatgcattcatacatgtaaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaatctcaccatttcggcaataatttgttgtctatcttcgaatgtaatgcagctcattatctattctgtgcactaacggtctggaacacggtggaaatgttttaaaaccacggtttgctcacacacttccaacaatgtacgtacaatgcctttagtccacgtgttcatagtacctgactaagccaccatcacgcacggaatatgaacaggtgttatataattggggtggagctataggaatagtttacgtgatcagtgatgacatgatacagttcctttaaacatatattttgggtatcacatgacGTC-GCGAT--AGCGACGAGT---TTCACA-CCCA-TCAGAATtcgtcaccaccatcagaatatcctgtgatacccaaatattctgtcaataactg
gi|9 : tgctgttcagtaattcctcatacccgcaagggaggcggagcttagcccgtgcggtattgtcgattttcggaaagcgtctgtgccggtattttccggtttttgtagttaatggacagttcatagtgctccgatttcctgtcgcgcttcagtgatttcacacctgatcgatgggaggtggatcaggacctttactgccttttttctaaatgttctctgacgattcttcatatttttctcagatctacgaccaggtgtcgccatatttcatgtttaattaaagctgagtcgcacgactttgttttcccatggtcacataagcttcactatagtcctgcagaacgtcttccgtgacaaataggttgtcgatgaacaaatgaaagggttgcttcaatgtatttttgaagaaacatctacgatattctgttcgtctgacataagaaaaatgaaaaaaatctaatgtaaaattactcctacagataacaacgctagatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgacttttatgcagaattacgcatatccataggaatttataatgcttatgtacaaaatgtgtcattaaaaatcactccaagagataacgacgctagatacattcatgaatatgtaaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatgcatgattatgatatggaaatacgcttgtgtgtcattaaaaattactctacaggtaacatttagctagatgcattcatacatgtacaagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatctcaccatttcggccaataattttgttgtctatctccggattgtaatgcagctcattattctattctgtatatacataagtgcgacggtctggaacacgggaaattgtttaaaacccgtttggctcacacacttccacaatgtacgtacaatgcctttgtccacgtgttcataatagaaatgcgggtactgacttaccctccatcacgcacggaatatgatagagtgttattataattggggtggagctatagggaatagtttacatgatcagtgattgacatgattacaagttcctttatttaaacatatatttggtatcaatgac--ACGATTCTTCATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGCCGCATA---TTC-TGTTTAATTAAGAA-GCCTGGAGTCGCACGACTTGGTTTT-CCATGGTCACA-AAGC-T-C-AATATG---AGTC-CTGTCAG-AACGTCTTCCGTG-ACA-AATA-GGTTGTCGGTA-TGAACAAA-TGAA-AGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTT--G--AAGAAA--CATC-TACGATATTCTGTTC-G-TC-TGACATAAGAAAAT--GAAAAAAATCTAATGTAAAAtcgtcaccacccatcagaatgttcttgtgataccaaaatatattgttcaata
gi|2 : ATTTAAAATTACTCTAACAGAT-A-ACACT--TAG----CAA--------ATGCATTCATACATGTAAATCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACTATGCATAATT-ATGAAT--ATGGAA-TACGCTT-----GAGTGTCATA-AAGA-----CCTACAGAC-AAC-A--CTTAGCATAAATGCATTTCATA-CA-TGTAAATA
gi|6 : cagttattgaacagatattttgggtatcacggatattcctgatgttggtgacgagtcgcgctagcgaagcagttcaacaccccatcagaatgtcatgtggatacccaaaatatatgtttaataaggaacttgtatcatgtcatcactgatcacgtaaaactattcctatagctccaccctcaaattatatacactctgatcatattccgtgcgtgatggtgggcttgtcagtactatgaacacgtgataaaggcattgttacgtacattgttgaagtgtgtgagcaaccgtggttttaaacaatttccacgcagtgttccagaccgttagtgcacagaaatagataatgagctgcatttacattcgaagtagacaacaaattattggccgaaagatggtgaagattgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattcaTAAAATTACC---ACAGAT-AACAAC-GTTAGATA-CAATA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-CTATGCATAAT-CAT-GGT--ATGGAAATACGCTTTCAAAGTGC-TCATT-AAAATTACTCCTACAGAT-A---A--ACTAGC-TAGATGCATT-CAT-AC-ACGTAAATAgatcacctcaagcgtattttcctaaatcatagaattatgcatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgggctctccatctccctctcctttcttcctcctcactctcttccccttcttctatttgtaaatctaaacgttattctgtaggagtaatttttcataagattttttttatttttcttatgacaagacgaacagaatatgtaagatgtttttccaaaaatacattgaagcaacccccttcatctgttcatcgcaacctattcattcacaggagacgttctgcagtgactaaaaatattgaagcttatgtgacaatggaaaacaaagtcggcgactcatcttttaatcaaacatgaaattatgccgacacctggtcgtagatctgagaaaaattaaagaacgtccccgaggaacatttaagacaaaaaggttagtaaaagtcctggattccacctcccatcgattctgacaggttgtgaaatcactgaaacgcgacacggaaatgcggagtactatgaactgtccattaacttacaaaaaccaacaatatcgcacaggctctttccaaaagcggaacaatatccagcacgggcttaactcctcctccttgcgggtatgaggaattactgaacatgcagttaactaaaagaaa
gi|3 : atCTATGCATGATT-AT-GAT--ATGGAAATACGCTT-----GTGTGTCATTAAAAATTACT-CTACAGGT-AAC-A--TTTAGC-TAGATGCATT-CAT-AC-ATGTAtggagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttaatctcaccattggcaatacatttgttgtctatctccggattattgtatcggtgtaatgcagctatgtatcgtatttggtgctgcactaacggtctggaacaccggggaaattgtttaaaaccacgggtcttgctcacacactttccagcaatgtgactgtacaatggcctttagtcccgtgttcattagtacctgatagccacatcacgcccggaatatgacaagtgtttatatattggggtaggagctataggaatagtttacgtgatcatgatttgacaaatgaatacaagttcttaatcaaccaatatgttggtgtatcgacatgacattctgatggtgtgatcgtcgctaagcgcgatcggtccccacccatcagaatatctgttagaacccaaatatcgatctgttcataaa
gi|2 : tgctgttcagtaattcctcatacccgcaagggaggcggagcttagcccgtgcggtattgtcgattttcggaaagcgtctgtgccggtattttccggtttttgtagttaatggacagttcatagtgctccgatttcctgtcgcgcttcagtgatttcacacctgatcgatgggaggtggatcaggacctttactgccttttttctaaatgttctctgacgattcttcatatttttctcagatctacgaccaggtgtcgccatatttcatgtttaattaaagctgagtcgcacgactttgttttcccatggtcacataagcttcactatagtcctgcagaacgtcttccgtgacaaataggttgtcgatgaacaaatgaaagggttgcttcaatgtatttttgaagaaacatctacgatattctgttcgtctgacataagaaaaatgaaaaaaatctaatgtaaaattactcctacagataacaacgctagatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgacttttatgcagaattacgcatatccataggaatttataatgcttatgtacaaaatgtgtcattaaaaatcactccaagagataacgacgctagatacattcatgaatatgtaaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATGCATAATTCTATGATTTAGGAAAATACGCTTG--AGGTG-ATCATTTAAAATTACTCTAACAGAT-AAC-A--CTTAGC--AAATGCATT-CATA-CA-TGTAAAT-----------CATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACTATGCATAATTATGAATATGGAA-TACGCTT---GAGT-GTCA-TAAAGAC-----CTACAG---A-------CAAC--ACT---TAGCATAAATGCA--TTTCATACATGTAAATATGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCAATCTTCAC-CATCT------TTCGG-CCAATA-ATTT-GTTGTCTAC---------------TTCGA-ATGTA-AATGCAGCTCAT-T--ATCTATTTCTGTGCAC---T--A-----ACGGTCTGGAACA-CTGCGTGGAAATTG-TTTAAAACC-ACGG--TT-GCTCACA--CAC-TTC-AACAATG-------T--AC-GTAAC-AAT-GCCTTTA-------T-C-ACGTGTTCATA--------------GTAC-TGACA-AGCCCACCAT-CACGCACGGAA-TATGATCAGAGTG-T-AT-ATAATTTGAG-GGT-GGAGCTATAGG-AATAGTTTTA-CGTGATCAGT-GA-T-GAC--ATG-AT-ACAAGTTCC-TT-A--TT-AAACA-TAT--AT-T--TTGG-GT-ATCC-A-CATGA-CATT-CTGATG--GGGT-GTT------G-AAC--TGC-T--------TCGC-T--AGC---G--------C--G-ACTCGT------C-AC-CA-AC--ATCA-GGAATA-TCC--GT-GA-TAC-CCAAAATAT-C---TGTTCAAcaagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatctcaccatttcggccaataattttgttgtctatctccggattgtaatgcagctcattattctattctgtatatacataagtgcgacggtctggaacacgggaaattgtttaaaacccgtttggctcacacacttccacaatgtacgtacaatgcctttgtccacgtgttcataatagaaatgcgggtactgacttaccctccatcacgcacggaatatgatagagtgttattataattggggtggagctatagggaatagtttacatgatcagtgattgacatgattacaagttcctttatttaaacatatatttggtatcaatgacattctgatgggtgtgaaactcgtcgctatcgcgactcgtcaccacccatcagaatgttcttgtgataccaaaatatattgttcaata
gi|5 : cagttaTTATT-AAAATTACC---ACAGAT-AAC-AACGTTAG-----ATACA----ATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-ACTATGCATAATCATGG-TATGGAAATACGCTTTCAAAGTGCTCA-TTAAAATTACTCCTACAGATAA-A----CTAGCTAGATGCAT-TCATACACGTAAATAgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgggctctccatctccctctcctttcttcctcctcactctcttccccttcttctatttgtaaatctaaacgttattctgtaggagtaatttttcataagattttttttatttttcttatgacaagacgaacagaatatgtaagatgtttttccaaaaatacattgaagcaacccccttcatctgttcatcgcaacctattcattcacaggagacgttctgcagtgactaaaaatattgaagcttatgtgacaatggaaaacaaagtcggcgactcatcttttaatcaaacatgaaattatgccgacacctggtcgtagatctgagaaaaattaaagaacgtccccgaggaacatttaagacaaaaaggttagtaaaagtcctggattccacctcccatcgattctgacaggttgtgaaatcactgaaacgcgacacggaaatgcggagtactatgaactgtccattaacttacaaaaaccaacaatatcgcacaggctctttccaaaagcggaacaatatccagcacgggcttaactcctcctccttgcgggtatgaggaattactgaacatgcagttaactaaaagaaa
gi|6 : gtttttctttgttaatgctgttcagtattcccatacccgcaaggaggcggagcttaggaccgtcggtattgtccgactttgggaaagagctgtcgtttgtccgtttttgaataagttaatgcaatggcagttcatagtacttttcgatttctgtctgcgcttcagtgagtttcacacctgtcagaatcgagggagtggtgtcaggacttttagctacctttctttctaaatgttttctggaacgatcgttatatttttctcagattacaccaggtgtcgccataatttcatgtttattaaagctgagtcgcacgactttgtttccatggtcacataagcttcaaatttttttagtcctgccagaaacgtctttgtgatgaaatagggttgtcgattgaacagatgaaggggttgcttcaatgtatgttttgaaaaagcatctcgatattcggttcggtctgtcataagaaaatataaaaaaaatcATT-AAAATTACC---ACAGAT-AAC-AACGTTAG-----ATACA----ATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-ACTATGCATAATCATGG-TATGGAAATACGCTTTCAAAGTGCTCA-TTAAAATTACTCCTACAGATAA-A----CTAGCTAGATGCAT-TCATACACGTAAATATG
gi|7 : TACAGATTAACGA--CTTA-C-TAGATGCATT-CAT-AC-ATGTAAAgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttaatctcaccattggcaatacatttgttgtctatctccggattattgtatcggtgtaatgcagctatgtatcgtatttggtgctgcactaacggtctggaacaccggggaaattgtttaaaaccacgggtcttgctcacacactttccagcaatgtgactgtacaatggcctttagtcccgtgttcattagtacctgatagccacatcacgcccggaatatgacaagtgtttatatattggggtaggagctataggaatagtttacgtgatcatgatttgacaaatgaatacaagttcttaatcaaccaatatgttggtgtatcgacatgacattctgatggtgtgatcgtcgctaagcgcgatcggtccccacccatcagaatatctgttagaacccaaatatcgatctgttcataaa
gi|3 : ttggaacatatattttgggtatcacagatattcctgatgggtggtgcggtcgcgctagcggggggggaccggatttattccccaccccaccatcagagtcatgtgattacccaaaatatatgcttaataaggaattgtatcatgtcaatctactgatcacggtaaactattgctatagctcaccaccaattatataacacttgcatattccgtgcgtggatggtcgggcctgtagcgatactatgagcacgttgactataagcattcgtacgtttacattgttggaagtgttagtgagcaaaccgtcggttttaaaacactttcctccgtgtctcagaccgttagtgcacagaatagataatgagctgcaattacataccgaacacaataatccggagtagacaacaaattattgcccgaaatggtgcgattaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattcatTATGCATGATTATGA-TATGGAAATACGCTT---GTG-TGTCATTAAAAATTAC-TCTACAGGT-A-ACAT-TTAGCTAGATGCAT-TCATACATGTA
gi|4 : tgctgttcagtaattcctcatacccgcaagggaggcggagcttagcccgtgcggtattgtcgattttcggaaagcgtctgtgccggtattttccggtttttgtagttaatggacagttcatagtgctccgatttcctgtcgcgcttcagtgatttcacacctgatcgatgggaggtggatcaggacctttactgccttttttctaaatgttctctgacgattcttcatatttttctcagatctacgaccaggtgtcgccatatttcatgtttaattaaagctgagtcgcacgactttgttttcccatggtcacataagcttcactatagtcctgcagaacgtcttccgtgacaaataggttgtcgatgaacaaatgaaagggttgcttcaatgtatttttgaagaaacatctacgatattctgttcgtctgacataagaaaaatgaaaaaaatctaatgtaaaattactcctacagataacaacgctagatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgacttttatgcagaattacgcatatccataggaatttataatgcttatgtacaaaatgtgtcattaaaaatcactccaagagataacgacgctagatacattcatgaatatgtaaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncATCTCACCATTTCGG-C-AATA-ATTT-GTTGTCTATCT--------------TCGA-ATGTA-A-TGCAGCTCAT-T--ATCTA-TTCTGTGCAC---T--A-----ACGGTCTGGAACA-CGGT--GGAAATGT-TTTAAAACC-ACGG--TTTGCTCACA--CAC-TTCCAACAATG-------T--AC-GT-AC-AAT-GCCTTTAG------T-CCACGTGTTCATA--------------GTACCTGACTAAGCCA-CCAT-CACGCACGGAA-TATGAACAG-GTG-TTAT-ATAATT--GG-GGT-GGAGCTATAGG-AATAGTTT-A-CGTGATCAGT-GA--TGAC--ATG-AT-AC-AGTTC--CT-T--T--AAACA-TAT--AT-T--TTGG-GT-ATC--A-CATGA-CATT-CTGATG--GG-T-GTG--------AAC--T-C-G--------TCGC---TAGC---G--------C--G-ACTCGT------C-AC-CA-CC--ATCA-G-AATA-TCCT-GT-GA-TAC-CC-AAATATcaagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatctcaccatttcggccaataattttgttgtctatctccggattgtaatgcagctcattattctattctgtatatacataagtgcgacggtctggaacacgggaaattgtttaaaacccgtttggctcacacacttccacaatgtacgtacaatgcctttgtccacgtgttcataatagaaatgcgggtactgacttaccctccatcacgcacggaatatgatagagtgttattataattggggtggagctatagggaatagtttacatgatcagtgattgacatgattacaagttcctttatttaaacatatatttggtatcaatgacattctgatgggtgtgaaactcgtcgctatcgcgactcgtcaccacccatcagaatgttcttgtgataccaaaatatattgttcaata
gi|3 : ttcagtaattcctatccgcaaggaggaggagttagcccgtgcggtattgtccgcttttggaaagagcctgtgcgtattgtctggtttttgtaagttaatggacagttcatagtactccgatttcctgtcgcgtttcagtgatttcacacctgttcagaatcgatgggaggtggatccggactttactacctttttcaaatggtctcggacgattctttatatttttctcagactacgaccagtgtcggcataattttcatgtttgattaaagctgagtcgcacgactttgttttccattgtcacataagctttcaatatttttatcctgcagaacgtctcctgtgtatgaataggttgtcgatgaacagatgaaggggttgcttcaatgtattttttgaaaaacatctacgtattctgttcgttctgtcataagaaaataaaaaaaatcttatgaaaaattactcctacagaataacgttagattacaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatgcatatcatgatatgaaactacgcttgagtagtcattaaaattactccacagataacacttagctaaatgcattcatacatgtaaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggactatgccataattatgatatggaaatacgcttgagtgtcataaaatgatcctacagacaacacttagctaaatgcattcatacatgtaaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaATCTCACCATTTCGG-CCAATA-ATTTTGTTGTCTATCTCCGGATT--------------GTA-A-TGCAGCTCAT-T--ATTCTATTCTGTATATACATAAGTGCG-ACGGTCTGGAACA-CGG---G-AAATTG-TTTAAAACC--CGT--TTGGCTCACA--CAC-TTCCA-CAATG-------T--AC-GT-AC-AAT-GCCTTTGT------C-C-ACGTGTTCATAA--TAGAAATGCGGGTAC-TGACTTA-CCCTCCAT-CACGCACGGAA-TATGA-TAGAGTG-TTATTATAATT--GG-GGT-GGAGCTATAGGGAATAGTTT-A-CATGATCAGT-GA-TTGAC--ATG-ATTACAAGTTCCTTT-A--TTTAAACA-TAT--AT-T--T--G-GT-ATC--A--ATGA-CATT-CTGATG--GG-T-GTG------A-AAC--T-C-G--------TCGC---TATC---G--------C--G-ACTCGT------C-AC-CACCC--ATCA-G-AATGTTCTT-GT-GA-TA--CCAAAATATAT---TGTTCAAtctgtcaataactg
gi|6 : tgctgttcagtaattcctcatacccgcaagggaggcggagcttagcccgtgcggtattgtcgattttcggaaagcgtctgtgccggtattttccggtttttgtagttaatggacagttcatagtgctccgatttcctgtcgcgcttcagtgatttcacacctgatcgatgggaggtggatcaggacctttactgccttttttctaaatgttctctgacgattcttcatatttttctcagatctacgaccaggtgtcgccatatttcatgtttaattaaagctgagtcgcacgactttgttttcccatggtcacataagcttcactatagtcctgcagaacgtcttccgtgacaaataggttgtcgatgaacaaatgaaagggttgcttcaatgtatttttgaagaaacatctacgatattctgttcgtctgacataagaaaaatgaaaaaaatctaatgtaaaattactcctacagataacaacgctagatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgacttttatgcagaattacgcatatccataggaatttataatgcttatgtacaaaatgtgtcattaaaaatcactccaagagataacgacgctagatacattcatgaatatgtaaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatgcatgattatgatatggaaatacgcttgtgtgtcattaaaaattactctacaggtaacatttagctagatgcattcatacatgtacaagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATCTCACCATT--GG-C-AATACATTT-GTTGTCTATCTCCGGATTATTG-TATCGG--TGTA-A-TGCAGCT-ATGT--ATCGTATT-TG-GTGC---T--GCACTAACGGTCTGGAACACCGG---GGAAATTG-TTTAAAACC-ACGGGTCTTGCTCACA--CACTTTCCAGCAATG-------TG-ACTGT-AC-AATGGCCTTTAG------T-C-CCGTGTTCAT----TA---------GTACCTGA--TAGCC--ACAT-CACGCCCGG-AATATGA-CA-AGTGTTTAT-AT-ATT--GG-GGTAGGAGCTATAGG-AATAGTTT-A-CGTGATCA-T-GATTTGACAAATGAAT-ACAAGTTC--TTAA--T--CAACC-AAT--AT-G--TTGGTGT-ATCG-A-CATGA-CATT-CTGAT---GG-T-GTG------A------T-C-G--------TCGC-T-AAGC---G--------C--G-ATCGGT------C-CC-CACCC--ATCA-G-AATA-T-CT-GT-TA-GAA-CCCAAATATCGATCTGTTCAta
gi|10 : attaaaattaccacagataacaacgttagatacaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactatgcataatcatggtatggaaatacgctttcaaagtgctcattaaaattactcctacagataaactagctagatgcattcatacacgtaaatatggagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttaATCTCACCGTTTAAG-C-TATA-ATTT-GTTGTCCACCTCCGGATT-------TCGG-ATGTACA-TGT-----AT-TGCAGCTCATTATCTATTC---T--GT--------TAT---ACA-TG----------TG---------C-ATCG--TTGGCTCACA--CAC-TTGCAACAATGCGCAATGT--AC-GT-AT-GAT-GCCTT-AGACCTGTC-C-ATGTGTTCAGAA-ATAGAAATGCGGGTACCTGAATCACCCCTCCAT-CGCGCACGGAAtaaa
gi|7 : taC--CATTTCGGGC-AATA-ATTT-GTTGTCTA-CTCCGGATTATTGTGTTCGGTATGTA-ATTGCAGCTCAT-T--ATCT-ATTCTGTGCAC---T--A-----ACGGTCTGAGACA-CGGA--GGAAAGTGTTTTAAAACCGACGG--TTTGCTCACTAACAC-TTCCAACAATG-------TAAAC-GT-ACGAAT-GCTTATAG------T-CAACGTGCTCATAGTATCG--CTACAGG--CCCGA---------CCATCCACGCACGG-AATATG--CA-AGTG-TTAT-ATAATT--GGTGGT--GAGCTATAGC-AATAGTTT-ACCGTGATCAGTAGA-TTGAC--ATG-AT-ACAATTCC--TT-AT-T--AAGCA-TAT--AT-T--TTGG-GTAATC--A-CATGA-C--T-CTGATGGTGG-G-GTGGGGAATA-AAT--C-C-GGTCCCCCCCCGC---TAGC---G--------C--G-AC-CG-------C-AC-CACCC--ATCAGG-AATA-T-CT-GT-GA-TAC-CCAAAATATA----TGTTCt
gi|8 : ttg-C-AATA-ATTT-GTTGCCTATCTTCGGATTATTA-TTTCGA-ATGTT-A-TGCAGCTCAT-T--ATCT-ATTCTGTATATACAT--GTGC--ACGGTCTGGAACA-CGG---GGAAATT--GTTAAAACC-ACGG--TTTGCTCACT--CAC-TTCCAACAATG-------A--AT-GT-AC-GAT-GCCTTTAG------TCC-ACGTGTTTAAAA-ATAGAA----------------------TCCAT-CCCGCACGGGAATATGA-CA----G-TTAT--TAATT---G-GGT-GGAGCTATACG-AATAGTTT---CGTGATCAGT-GA-TTGAC--AT--CT-ACAAGTCC--TT-ATCT--AAGCA-TAT--AG-TGCTTGG-GT-ATC--ACCATGA-TATT-CTGATG--GG-T-GT---------AAC--T-C-G----------------------------------------GT------CAAC-CA-CCCTATCA-G-AATA-TCTT-GT-GA--A--CCAAAATtgcgattaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattcattttacatgtatgaatgcatctagtaagtcgttaatctgta
gi|13 : TC-A-CGTGATTATC-GA-AAAAC--ATG-AT-GCAAGTTCC-TT-A--TT-GCACA--GT--AT-T--TTGC-TT-TTC--A-CGTTA-TATT-CGGATG--GG-T-GT-------A-GAC--T-C-GT-------TCGC---TGGT---G--------C--GAACTCGT------C-TC-TA-CC--ATCA-C-AATA-CCTC-GT-AA-TAC-CCAAACTAT
gi|4 : --TT-A--T--TGACA-GA---ATAT--TTGG-GT-ATC--A-CAGGA-TATT-CTGATG--GT-G-GTG------ACGAG--T-C-G---------CGC-T--AGC---GA-------C--G-A---GT------T-CA-CA-CCC-ATCA-G-AATG-TCAT-GT-GA-TAC-CCAAAATATA----TGTTTAActcttcaataac
gi|2 : ttcagtaattcctatccgcaaggaggaggagttagcccgtgcggtattgtccgcttttggaaagagcctgtgcgtattgtctggtttttgtaagttaatggacagttcatagtactccgatttcctgtcgcgtttcagtgatttcacacctgttcagaatcgatgggaggtggatccggactttactacctttttcaaatggtctcggacgattctttatatttttctcagactacgaccagtgtcggcataattttcatgtttgattaaagctgagtcgcacgactttgttttccattgtcacataagctttcaatatttttatcctgcagaacgtctcctgtgtatgaataggttgtcgatgaacagatgaaggggttgcttcaatgtattttttgaaaaacatctacgtattctgttcgttctgtcataagaaaataaaaaaaatcttatgaaaaattactcctacagaataacgttagattacaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatgcatatcatgatatgaaactacgcttgagtagtcattaaaattactccacagataacacttagctaaatgcattcatacatgtaaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggactatgccataattatgatatggaaatacgcttgagtgtcataaaatgatcctacagacaacacttagctaaatgcattcatacatgtaaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaatctcaccatttcggcaataatttgttgtctatcttcgaatgtaatgcagctcattatctattctgtgcactaacggtctggaacacggtggaaatgttttaaaaccacggtttgctcacacacttccaacaatgtacgtacaatgcctttagtccacgtgttcatagtacctgactaagccaccatcacgcacggaatatgaacaggtgttatataattggggtggagctataggaatagtttacgtgatcagtgatgacatgatacagttcct--TT-A--TT-GAACA-GAT--AT-T--TTGG-GT-ATC--A-CG-GA-TATTCCTGATGTTGG-T-G-----------AC--G-A-G--------TCGCGC-TAGCGAAG--------C--A-GTTCAA------C-AC-C--CC--ATCA-G-AATG-TCAT-GTGGA-TAC-CCAAAATATA----TGTTTAActg
gi|6 : cag--TT-A--T--GAACA-GATCGATAT--TTGG-GT--TCTAA-CA-GA-TATT-CTGATG--GG-T-GGG------G-ACCGAT-C-G---------CGC-T-TAGC---GA-------C--G-A-TCA------------CA-CC--ATCA-G-AATG-TCAT-GTCGA-TACACCAACATATtaaggaacttgtatcatgtcatcactgatcacgtaaaactattcctatagctccaccctcaaattatatacactctgatcatattccgtgcgtgatggtgggcttgtcagtactatgaacacgtgataaaggcattgttacgtacattgttgaagtgtgtgagcaaccgtggttttaaacaatttccacgcagtgttccagaccgttagtgcacagaaatagataatgagctgcatttacattcgaagtagacaacaaattattggccgaaagatggtgaagattgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattcatatttacatgtatgaaatgcatttatgctaagtgttgtctgtaggtctttatgacactcaagcgtattccatattcataattatgcatagtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgatttacatgtatgaatgcatttgctaagtgttatctgttagagtaattttaaatgatcacctcaagcgtattttcctaaatcatagaattatgcatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgggctctccatctccctctcctttcttcctcctcactctcttccccttcttctatttgtaaatctaaacgttattctgtaggagtaatttttcataagattttttttatttttcttatgacaagacgaacagaatatgtaagatgtttttccaaaaatacattgaagcaacccccttcatctgttcatcgcaacctattcattcacaggagacgttctgcagtgactaaaaatattgaagcttatgtgacaatggaaaacaaagtcggcgactcatcttttaatcaaacatgaaattatgccgacacctggtcgtagatctgagaaaaattaaagaacgtccccgaggaacatttaagacaaaaaggttagtaaaagtcctggattccacctcccatcgattctgacaggttgtgaaatcactgaaacgcgacacggaaatgcggagtactatgaactgtccattaacttacaaaaaccaacaatatcgcacaggctctttccaaaagcggaacaatatccagcacgggcttaactcctcctccttgcgggtatgaggaattactgaacatgcagttaactaaaagaaa
gi|13 : attaaaattaccacagataacaacgttagatacaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactatgcataatcatggtatggaaatacgctttcaaagtgctcattaaaattactcctacagataaactagctagatgcattcatacacgtaaatatggagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttaatctcaccattggcaatacatttgttgtctatctccggattattgtatcggtgtaatgcagctatgtatcgtatttggtgctgcactaacggtctggaacaccggggaaattgtttaaaaccacgggtcttgctcacacactttccagcaatgtgactgtacaatggcctttagtcccgtgttcattagtacctgatagccacatcacgcccggaatatgacaagtgtttatatattggggtaggagctataggaatagtttacgtgatcatgatttgacaaatgaatacaagttcttaatcaacca--TT-A--TT-GAAGA-GAT--AG-T--TTGG-GT-ATT--A-CGAGG-TATT-GTGAT---GG-T-A-G------A-GAC--G-A-GT-------TCGCAC-CAGC---GAA------C--G-A---GT------C-TA-CACCC--ATCC-G-AATA-TAAC-GT-GA-AAA-GCAAAATACTG---TGa
gi|3 : tcacgtgattatcgaaaaacatgatgcaagttccttattg--T--GAACAATAT--AT-T--TTGG--T-ATC--A-CAAGAACATT-CTGATG--GG-TGGTG---------AC--G-A-G--------TCGC-GATAGC---GA-------C--G-A---GT------T-TCACACCC--ATCA-G-AATG-TCAT--T-GA-TAC-C--AAATATA----TGTTTAAc
gi|7 : tgctgttcagtaattcctcatacccgcaagggaggcggagcttagcccgtgcggtattgtcgattttcggaaagcgtctgtgccggtattttccggtttttgtagttaatggacagttcatagtgctccgatttcctgtcgcgcttcagtgatttcacacctgatcgatgggaggtggatcaggacctttactgccttttttctaaatgttctctgacgattcttcatatttttctcagatctacgaccaggtgtcgccatatttcatgtttaattaaagctgagtcgcacgactttgttttcccatggtcacataagcttcactatagtcctgcagaacgtcttccgtgacaaataggttgtcgatgaacaaatgaaagggttgcttcaatgtatttttgaagaaacatctacgatattctgttcgtctgacataagaaaaatgaaaaaaatctaatgtaaaattactcctacagataacaacgctagatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgacttttatgcagaattacgcatatccataggaatttataatgcttatgtacaaaatgtgtcattaaaaatcactccaagagataacgacgctagatacattcatgaatatgtaaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatgcatgattatgatatggaaatacgcttgtgtgtcattaaaaattactctacaggtaacatttagctagatgcattcatacatgtacaagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatctcaccatttcggccaataattttgttgtctatctccggattgtaatgcagctcattattctattctgtatatacataagtgcgacggtctggaacacgggaaattgtttaaaacccgtttggctcacacacttccacaatgtacgtacaatgcctttgtccacgtgttcataatagaaatgcgggtactgacttaccctccatcacgcacggaatatgatagagtgttattataattggggtggagctatagggaatagtttacatgatcagtgattgacatgattacaagttcctttatAACA-TAT--AT-T--TTGG-GT-ATC--A-CA-GA-TATTCCTGATG--GG-TGGTG---------------CGG--------TCGCGC-TAGC---GGGGGGGGACCGG-ATTTATTCCCCAC-CC-CA-CC--ATCA-G-A--G-TCAT-GT-GATTAC-CCAAAATATA----TGCTTAAata
gi|18 : ttggCA-TAT--AT-T--TTGG-GT-ATC--A-CAAGA--ATT-CTGATG--GG-TGGTG---------AC--G-A-G--------T--C-T-TA---------------------TAGT------T-CA-CACCC--ATCA-G-AATA-TCAT-GT-GA-Ttaaggaattgtatcatgtcaatctactgatcacggtaaactattgctatagctcaccaccaattatataacacttgcatattccgtgcgtggatggtcgggcctgtagcgatactatgagcacgttgactataagcattcgtacgtttacattgttggaagtgttagtgagcaaaccgtcggttttaaaacactttcctccgtgtctcagaccgttagtgcacagaatagataatgagctgcaattacataccgaacacaataatccggagtagacaacaaattattgcccgaaatggtgcgattaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattcattttacatgtatgaatgcatctagtaagtcgttaatctgta
gi|8 : --AT-T--TTGG--T--TC--A-CAAGA-TATT-CTGATA--GG---GTG------G------------------------T-TGAC------------C--G-A---GT--------TA-CA-CCC-ATCA-G-AATA-TCATGGT-GA-TAC-CCAA
gi|18 : -ATC--A-CATGA-TATT-CTGATG--GG-T-GTG------A-A--------------------C-TATAA----------------G-ACTCGT------C-AC-CA-CCC-ATCA-G-AAT--TCTT-GT-GA-TAC-CCAAAATATAgcactatatgcttagataaggacttgtagatgtcaatcactgatcacgaaactattcgtatagctccacccaattaataactgtcatattcccgtgcgggatggattctatttttaaacacgtggactaaaggcatcgtacattcattgttggaagtgagtgagcaaaccgtggttttaacaatttccccgtgttccagaccgtgcacatgtatatacagaatagataatgagctgcataacattcgaaataataatccgaagataggcaacaaattattg
gi|5 : caATT-CTGACA--GG-T-GTG------A-AAC--T-C-
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TCGATCTGACACCAGACATCGTAAAATCTGATGACTTAAATTGTGTCGTCCGCAAACGGGTTGACGTACATGTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 22222222222222 222222222 1111111 1111 22222 11 1 1 22 22 11 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2222222 11 11111 44444444444 111 1 11 11 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11 555 2 33333333 6666666666666 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 1 44444444 11111 1 2 444444444444 1 1111111 11111111 7777777777777 1111 111 1 11 11 11 111 33333333333333333333333333333 1 11
lowQualScore : 0 1 77 5 1 4 9 4 55 4 99 7777777 4 2 4 4 33333333333333 44 777 4 111111111 3333333 55 4 9999 8 99 6 5 5 5 5 6666 0 5 66 00000 5 5 5 5 5 77 66 2 0 99 44 6 6 99 99 6 1 6 6 6666 6 3 6 3 6 6 99 6 6 6 6 2 6 6 6 6 22 4 00 6 6 6 55 6 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 4444444 88 66666 66666666666 444 5 1 11 1 5 0 77 99 5 3 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 00 0 000 4 8 66 3 888 88888888 6 1 5555555555555 3 5 1 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 000 0 5 5 5 5 0 33333333 55 5 22222 0 5 0 66 5 999999999999 888 5 0 0 55 5 66 777 5 6666666 5 66 5 5 5 5 99999999 5 6666666666666 5 5555 0 222 5 5 2 999 22 5 5 77 5 5 5 5 5 5 11 66 5 5 5 11 000 5 0 66 5 4 4 4 4 2 4 66 00000000000000000000000000000 0 4 0 55 2 4 8 4 9 66 1 1 4 66 22
lowQualScore : . . .. . . . . . .. . .. ....... . . . . .............. .. ... . ......... ....... .. . .... . .. . . . . . .... . . .. ..... . . . . . .. .. . . .. .. . . .. .. . . . . .... . . . . . . .. . . . . . . . . . .. . .. . . . .. . .............................................................................................. . ....... .. ..... ........... ... . . .. . . . .. .. . . .............................................................................. .. . ... . . .. . ... ........ . . ............. . . . .......................................................................... ... . . . . . . ........ .. . ..... . . . .. . ............ ... . . . .. . .. ... . ....... . .. . . . . ........ . ............. . .... . ... . . . ... .. . . .. . . . . . . .. .. . . . .. ... . . .. . . . . . . . .. ............................. . . . .. . . . . . .. . . . .. ..
lowQualScore : 7 0 66 7 9 4 4 0 55 0 55 2222222 0 0 0 0 55555555555555 44 000 0 555555555 7777777 55 4 4444 9 22 7 7 7 7 7 1111 7 7 11 00000 7 7 7 7 7 99 99 0 1 22 00 3 7 22 22 7 7 7 7 8888 7 3 7 3 7 7 22 7 7 7 7 2 7 7 7 7 77 0 77 7 7 7 88 7 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 3333333 33 77777 77777777777 000 7 4 99 0 0 1 99 11 7 0 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 88 8 444 4 0 44 2 333 88888888 7 0 2222222222222 8 8 8 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 444 0 0 0 0 1 1 66666666 11 0 55555 0 0 5 99 0 000000000000 888 0 0 1 11 0 99 222 0 2222222 0 99 0 0 0 0 11111111 0 5555555555555 6 9999 2 444 0 1 0 444 99 7 7 99 7 7 7 7 0 0 55 99 0 0 0 99 444 1 4 99 0 4 4 4 4 0 4 11 77777777777777777777777777777 1 4 8 44 2 4 9 4 7 11 9 1 4 11 77
consensus : CTTGTATCATGGTTTTGGTGTTTTTCTTTC-GTTAACTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGCGGAGCTTA-GCCCGTGC--GGTATT-GT--C---CGN-TTT-T-GGAA-A-G--------------AG-TCTGT---GC-GGT---------ATTGTCCG---G---TTTTTG--TAAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTAC--TCCG-ATTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTG-TCAGAATCGATGGGAGGTGGA-TCCAGGAC-CTTTA-----CTA-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-TC--GG--ACGATTCTTTATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGCC--ATAA-TTTCATGTTTAATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCC-ATGGTCACATAAGC-TTC-AATATTTTTAGTC-CTG-CAG-AACGTCTTCCGTG-ACG-AATA-GGTTGTCG--A-TGAACAGA-TGAA-GGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGAAAAAACATC-TACGATATTCTGTTC-G-TC-TGTCATAAGAAAA--TAAAAAAAATCTNATGTAAAATTACTCCTACAGAT-A-CAAC-G-CTAGA--TAC-AATA-----GANNNNTTCAT--ATATGTAAATNNNNNNATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTATGCATAATT---CATTGAT--ATGGAAAT-----ACGCTT---A-------AGTGTG-TCATT-AAAA-TTACTCCTACAGATAACANCTAGCTAGATGCATT--CAT-AAC-ATGTAAATA----TNNNNNCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGACTATGC-AGACTATGCATAATTATGA-TATGGAAATACGCTT---GAGT-GTCA-TAAAAATTACTCCTACAGAT-AAC-A-C-T-AGC-TAGATGCATTCATACATGTAAA-ATNATACACGTAAATATGAATATGGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTCAATCTTCAC-CATCTCACCATTTCGG-C-AATA-ATTT-GTTGTCTATCTCCGGATTATTG--T-TCGG-ATGT-A-----AT-GCAGCTCAT-TATCT-ATTC--TG-TGCAC-------TGT--ACGGTCTGGAACA---C-GG-GGAAATTGTTT-AAAACC-ACGG--TTTGCTCAC--ACACTT-CCAA-------CAATGT-A--C-GT-ACGA-TG-CCTTTAG------T-CA-CGTGTTCATAAATAGAAATGCGGGTACCTGAC-T-AGCCCT--CCATC-ACGCACGGAAATATG-A-CAGAGTGTT-AT-ATAATT--GG-GGT-GGAGCTATAGG-AATAG-TTTAC-GTGATCAGT-GA-TTGAC--ATG-A-TACAAGTT-C--TTA-T-TAAACATATATT--TTGG-GT-AT-C-A-CATGACATTCTGAT-G--GGTGTG------AAACT-CG--------TCGC--TAGCGCG-ACTCGTC-ACCACCC-ATCA-GAATA-TCCTGT--GATACCCAAA-AT--ATA-TGTTCAA
Reference ( family-5370 ) : CTTGCATCATGGTTNTGGTGTTTTTCTTTC-GTTAACTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGCGGAGCTTA-GCCCGTGC--GGTATT-GT--C---CGA-TTT-T-GGAA-A-G--------------AG-TCTGT---GC-GGT---------ATTGTCCG---G---TTTTTG--TAAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTAC--TCCG-ATTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTG-TCAGAATCGATGGGAGGTGGA-TCCAGGAC-CTTTA-----CTA-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-TC--GG--ACGATTCTTTATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGCC--ATAA-TTTCATGTTTGATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCC-ATGGTCACATAAGC-TTC-AATATTTTTAGTC-CTG-CAG-AACGTCTTCCGTG-ACG-AATA-GGTTGTCG--A-TGAACAGA-TGAA-GGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGAAGAAACATC-TACGATATTCTGTTC-G-TC-TGTCATAAGAAAAT-TAAAAAAAATCTTATGTAAAATTACTCCTACAGAT-A-CAAC-G-TTAGA--TAC-AATA-----NATGCATTCAT--ACATGTAAATCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACTATGCATAATT---CATTGAT--ATGGAAAT-----ACGCTT---A-------AGTGCG-TCATT-AAAA-TTACTCCTACAGATAACANTTAGCTAGATGCATT--CAT-AAC-ACGTAAATA----TNNNNNCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGACTATGCCA-ACTATGCATAATCATGG-TATGGAAATACGCTTTCAGAGTNGTCA-TAAAAATTACTCCTACAGAT-AA--A-C-T-AGC-TAGATGCATTCATACACGTAAATATNATACATGTAAATATGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCAATCTTCAC-CATCTCACCATTTCGG-C-AATA-ATTT-GTTGTCTATCTCCGGATTATT---T-TCGG-ATGT-A-----AT-GCAGCTCAT-TATCTNATTC--TG-TGCAC-------TGT-CACGGTCTGGAACA---C-GG-GGAAATTGTTT-AAAACC-ACGG--TTTGCTCAC--ACACTT-CCAA-------CAATGT-A--C-GT-ACGA-TG-CCTTTAG------T-CA-CGTGTTCATAAATAGAA---TCGGTACCTGAC-T-AGCCCT--CCATC-ACGCACGGAAATATG-A-CAGAGTGTT-AT-ATAATT--GG-GGT-GGAGCTATAGG-AATAG-TTTAC-GTGATCAGT-GA-TTGAC--ATG-A-TACAAGTT-C--TTA-T-TGAACATATATT--TTGG-GT-AT-C-A-CATGATATTCTGAT-G--GGTGTG------AAACT-CG--------TCGCT-TAGCGCG-ACTCGTC-NCCACCC-ATCA-GAATA-TCNTGT--GATACCCAAA-AT--ATA-TGTTCAA
gi|1 : CTTGTATCATGGTTTTGGTGTTTTTCTTTT-GTTAACTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGAGGAGCTTA-GCCCGTGC--GGTATT-GT--C---CGA-TTT-TCGGAA-A-G--------------CG-TCTGT---GC-GGT---------ATTGTCCG---G---TTTTTG--TAAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTAC--TCCG-ATTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTG-TCAGAATCGATGGGAGGTGGA-TCCAGGAC-TTTTA-----CTA-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-TC--GG--ACGATTCTTTATATTTTTCTCAGACCTACAACAAGGTGTCGCC--ATAA-TTTCATGTTTAATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCC-ATGGTCACACAAGC-TTC-AATATTTTCAGTC-CTG-CAG-TACGTCTTCCGTG-ACG-AATA-GGTTGTCG--A-TGAACAGAGTGAA-GGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGA--AAACATC-TACGAT-TTCTGTTC-G-TC-TGTCATAAGAAAAT-AAAAAAAAATCGAATGTAAAATTACTCCTACAGAT-A-CAACTG-CTAGA--T-C-AATAN----NNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATGCATAATT---CATTGAT--ATGGAAAT-----ACGCTTAC-A-------AGTGTG-TCATT-AAAA-TTACTCCTACAGATAACAGTTAGCCAGATGCATT--CAT-AACAATGTAAATAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAATATGCATAATCATGA-TATGGAAATACGCTT---GAGTTGT-A-TAAAAATTACTTCTACAG----A--A-T-T-AGC---AAT---TTCATACATGTAAATATGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCATCT--CCATTTCGG-C-AATA-ATTT-GTTGTCTATCTCCGGATTATTGG-T-TCGG-ATGT-A-----AT-GCAGCTCAT-TATCTAATTC--TG-TATAC-------TGTGCACGGTCTGGAACA---C-GG-GGAAATTGGTT-AAAACC-ACGG--TTTGCTCAC---CACTT-CCAA-------CAATGT-A--C-G--ACAA-TG-TCTTTAG------T-CA-CGTGTTCATAAATAGAAATGCGGGTACCTGACTT-AGCCCT--CCATC-ACGCACGGAAATATG-A-CAGAGTGTT-AT-ATAATT--GG-GGT-GGAGCTATAGG-AATAG-TTTAC-GTGATCAGT-GA-TTGAC--ATG-A-TACAAGTT-C--TTA---TAAACATATATT--TTGG-GT-AT-C-A-CATGACATTCTGAT-G--GGTGTG------AAACT-CG--------TCGCT-TAGCGCG-ACTCGTC-TCCA-CC-ATCA-GAATA-TCCTGT--GATACCCAAA-AT--ATAGTGTTCAA
gi|10 : ATCTCACCGTTTAAG-C-TATA-ATTT-GTTGTCCACCTCCGGATT--------TCGG-ATGT-ACATGTATTGCAGCTCAT-TATCT-ATT----------C-------TGT-TAT--------ACA---T-G--------TG---------C-ATCG--TTGGCTCAC--ACACTT-GCAACAATGCGCAATGT-A--C-GT-ATGA-TG-CC-TTAGACCTGTC-CA-TGTGTTCAGAAATAGAAATGCGGGTACCTGAA-TCACCCCT--CCATC-GCGCACGGAA
gi|11 : ta-GTCTGTCC--GGTATT-GT--C---CGG-TTT-T-GG-----G--------------AA-TTTATTGGAC-AGTTCACATCCAATTGGACGTACA---CTGTTG--T--GCTGA-TA----A------TCACCGGAC--TCCG-ATTCCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTTATA-TCT-----GGATCGATGGGACACGGA-TCCAGGACAATTTG-----CTA-C-----TT-TAT-AAA----C-TT--GC--A-GACAC------CTTTTCTCGGATCTATGACt
gi|12 : TTGCATCATGGTTGTGATGTTTTTCTTTC-ATCAACTGT-TGATCAATAATTTTTCGTACCTGCACGG-AGGCGGAGTTTA-GACTGTGC--GGCATT-GT--C---AGC-TTT-T-GAAA-A-GTTATTGGACATCTTAG-CCTGT---GC-GGT---------GTTGTCTA---G---TTTTGG--AAAGTTAT-CG----GACA-GTT
gi|13 : gtTCAC-GTGATTATC-GA-AAAAC--ATG-A-TGCAAGTT-CC-TTA-T-TGCACA-GTATT--TTGC-TT-TT-C-A-CGTTATATTCGGAT-G--GGTGT-------AGACT-CGT-------TCGC--TGGTGCGAACTCGTC-TCTA-CC-ATCA-CAATA-CCTCGT--AATACCCAAA-CT--ATC-TCTTCAAtcgaagt
gi|14 : CTTGTATCATGGTTTTGGTGTTTTTCTTTT-GTTAACTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGCGGAGCTTA-GCCCGTGC--GGTATT-GT--C---CGATTTT-T-GGAA-T-G--------------CA-TCTGT---GC-GGT---------ATTGTCCG---G---TTTTTG--TAAGtaac
gi|15 : aTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTA-----AATCGATGGGAGGTGGA-TCCAGGAC-CTTTAAATTACTG-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-GC--GG--ACGATTCCTTATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTG
gi|16 : GTTCTGTAAT-CCTCATACC-GCAAGG-AGG-GGAGCT-A-GCTCGTGC--GGTATTGGTGAC---ACA-CTTAT-GAAACA-G--------------AGATTTGT---GT-GGTAA-------ACTGTCCG---AGTTTTTTTT--TAAGTTAATTG----GACAGGTTCACAG
gi|17 : -TGTTCTGTAAT-CCTCATACCTGC--GG-AGG-GGAGCTTA-GCC-GTGC--GGTATT-GG--TACACAC-TTT-T-GGAA-AAG--------------AG-TTTGT---GT-GGT---------ATTGTCCGT--T---TTTTTT--TAAGTTAA-TG----GACAGGTTCA
gi|18 : -AT-C-A-CATGATATTCTGAT-G--GGTGTG------AA-----------------CTATAA---G-ACTCGTC-ACCACCC-ATCA-GAAT--TCTTGT--GATACCCAAA-AT--ATA-TGc
gi|2 : ATGCATAATT---CTATGATTTAGGAAAAT-----ACGCTT---G-------AG-GTGATCATTTAAAA-TTACTCTAACAGATAACACTTAGC-AAATGCATT--CAT-A-C-ATGTAAAT-----------CATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACTATGCATAATTATGAATATGGAA-TACGCTT---GAGT-GTCA-TAAAGA-----CCTACAGAC-AAC-A-C-TTAGCATAAATGCATT--------------TCATACATGTAAATATGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCAATCTTCAC-CATC------TTTCGGCC-AATA-ATTT-GTTGTCTA------------C---T-TCGA-ATGTAA-----AT-GCAGCTCAT-TATCTATTTC--TG-TGCAC-------TA---ACGGTCTGGAACACTGC-GT-GGAAATTGTTT-AAAACC-ACGG---TTGCTCAC--ACACTT--CAA-------CAATGT-A--C-GTAACAA-TG-CCTTTA-------T-CA-CGTGTTCATA-------------GTA-CTGAC-A-AGCCCA--CCATC-ACGCACGG-AATATG-ATCAGAGTG-T-AT-ATAATTTGAG-GGT-GGAGCTATAGG-AATAGTTTTAC-GTGATCAGT-GA--TGAC--ATG-A-TACAAGTTCC--TTA-T-TAAACATATATT--TTGG-GT-ATCC-A-CATGACATTCTGATGG--GGTGTT------GAACTGCT--------TCGC--TAGCGCG-ACTCGTC-ACCA-AC-ATCAGGAATA-TCC-GT--GATACCCAAA-AT--ATC-TGTTCAA
gi|2 : cagttaTTTCTTTTAGTTAACTGCATGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGAGGAGTTAA-GCCCGTGCTGGATATT-GTT-C---CGC-TTT-T-GGAA-A-G--------------AG-CCTGT---GC-GAT---------ATTGTT-G---G---TTTTTG--TAAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTAC--TCCGCATTTCCGTGTC-GCGTTTCAGTGA-TTTCACAACCTG-TCAGAATCGATGGGAGGTGGAATCCAGGAC-TTTTA-----CTAACCTTT-TTGTCTTAAATGTTCCTC--GGGGACG-TTCTTTA-ATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGGC--ATAA-TTTCATGTTTGATTAAA--AGAT--GAGTCGC-CGACTTTGTTTTCC-ATTGTCACATAAGC-TTC-AATATTTTTAGTCACTG-CAG-AACGTCTCCTGTGAATG-AATA-GGTTG-CG--A-TGAACAGA-TGAAGGGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGGAAAAACATCTTAC-ATATTCTGTTC-G-TCTTGTCATAAGAAAAA-TAAAAAAAATCTTATGAAAAATTACTCCTACAGA--A-TAAC-GTTTAGATTTACAAATA-----GAgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgggctctccatctccctctcctttcttcctcctcactctcttccccttcttctatttgtaaatctaaacgttattctgtaggagtaatttttcataagattttttttatttttcttatgacaagacgaacagaatatgtaagatgtttttccaaaaatacattgaagcaacccccttcatctgttcatcgcaacctattcattcacaggagacgttctgcagtgactaaaaatattgaagcttatgtgacaatggaaaacaaagtcggcgactcatcttttaatcaaacatgaaattatgccgacacctggtcgtagatctgagaaaaattaaagaacgtccccgaggaacatttaagacaaaaaggttagtaaaagtcctggattccacctcccatcgattctgacaggttgtgaaatcactgaaacgcgacacggaaatgcggagtactatgaactgtccattaacttacaaaaaccaacaatatcgcacaggctctttccaaaagcggaacaatatccagcacgggcttaactcctcctccttgcgggtatgaggaattactgaacatgcagttaactaaaagaaa
gi|3 : cagttattgaacagatattttgggtatcacggatattcctgatgttggtgacgagtcgcgctagcgaagcagttcaacaccccatcagaatgtcatgtggatacccaaaatatatgtttaataaggaacttgtatcatgtcatcactgatcacgtaaaactattcctatagctccaccctcaaattatatacactctgatcatattccgtgcgtgatggtgggcttgtcagtactatgaacacgtgataaaggcattgttacgtacattgttgaagtgtgtgagcaaccgtggttttaaacaatttccacgcagtgttccagaccgttagtgcacagaaatagataatgagctgcatttacattcgaagtagacaacaaattattggccgaaagatggtgaagattgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattcatatttacatgtatgaaatgcatttatgctaagtgttgtctgtaggtctttatgacactcaagcgtattccatattcataattatgcatagtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgatttacatgtatgaatgcatttgctaagtgttatctgttagagtaattttaaatgatcacctcaagcgtattttcctaaatcatagaattatgcatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgggctctccatctccctctcctttcttcctcctcactctcttccccttctTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGGGAGGCGGAGCTTA-GCCCGTGC--GGTATT-GT--C----GA-TTT-TCGGAA-A-G--------------CG-TCTGT---GCCGGT---------ATTTTCCG---G---TTTTTG--TA-GTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTGC--TCCG-ATTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTG------ATCGATGGGAGGTGGA-TC-AGGAC-CTTTA-----CTG-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-TC--TG--ACGATTCTTCATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGCC--ATA--TTTCATGTTTAATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCCCATGGTCACATAAGC-TTC-ACTAT----AGTC-CTG-CAG-AACGTCTTCCGTG-ACA-AATA-GGTTGTCG--A-TGAACAAA-TGAA-AGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGAAGAAACATC-TACGATATTCTGTTC-G-TC-TGACATAAGAAAAA-TGAAAAAAATCTAATGTAAAATTACTCCTACAGATAA-CAAC-G-CTAGA--TAC-AAT
gi|3 : TATGCAGAATTACGCAT--ATCCATAGGAATTTATAATGCTT---ATGTACAAAATGTG-TCATT-AAAAATCACTCCAAGAGATAACGAC--GCTAGATACATT--CATGAAT-ATGTAAATA----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------------CTATGCATGATTATGA-TATGGAAATACGCTT---GTGT-GTCATTAAAAATTACT-CTACAGGT-AAC-ATT-T-AGC-TAGATGCATTCATACATGTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgacttttatgcagaattacgcatatccataggaatttataatgcttatgtacaaaatgtgtcattaaaaatcactccaagagataacgacgctagatacattcatgaatatgtaaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatgcatgattatgatatggaaatacgcttgtgtgtcattaaaaattactctacaggtaacatttagctagatgcattcatacatgtacaagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatctcaccatttcggccaataattttgttgtctatctccggattgtaatgcagctcattattctattctgtatatacataagtgcgacggtctggaacacgggaaattgtttaaaacccgtttggctcacacacttccacaatgtacgtacaatgcctttgtccacgtgttcataatagaaatgcgggtactgacttaccctccatcacgcacggaatatgatagagtgttattataattggggtggagctatagggaatagtttacatgatcagtgattgacatgattacaagttcctttatttaaacatatatttggtatcaatgacattctgatgggtgtgaaactcgtcgctatcgcgactcgtcaccacccatcagaatgttcttgtgataccaaaatatattgttcaata
gi|3 : tgctgttcagtaattcctcatacccgcaagggaggcggagcttagcccgtgcggtattgtcgattttcggaaagcgtctgtgccggtattttccggtttttgtagttaatggacagttcatagtgctccgatttcctgtcgcgcttcagtgatttcacacctgatcgatgggaggtggatcaggacctttactgccttttttctaaatgttctctgacgattcttcatatttttctcagatctacgaccaggtgtcgccatatttcatgtttaattaaagctgagtcgcacgactttgttttcccatggtcacataagcttcactatagtcctgcagaacgtcttccgtgacaaataggttgtcgatgaacaaatgaaagggttgcttcaatgtatttttgaagaaacatctacgatattctgttcgtctgacataagaaaaatgaaaaaaatctaatgtaaaattactcctacagataacaacgctagatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgactttAAAATCACTCCAAGAGAT-AACGAC-G-CTAGA--TAC-A--------------TTCATGAATATGTAAAT------ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATGCATGATT----AT-GAT--ATGGAAAT-----ACGCTT------------GTGTG-TCATT-AAAAATTACTC-TACAGGTAACATTTAGCTAGATGCATT--CAT--AC-ATGTAcaagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatctcaccatttcggccaataattttgttgtctatctccggattgtaatgcagctcattattctattctgtatatacataagtgcgacggtctggaacacgggaaattgtttaaaacccgtttggctcacacacttccacaatgtacgtacaatgcctttgtccacgtgttcataatagaaatgcgggtactgacttaccctccatcacgcacggaatatgatagagtgttattataattggggtggagctatagggaatagtttacatgatcagtgattgacatgattacaagttcctttatttaaacatatatttggtatcaatgacattctgatgggtgtgaaactcgtcgctatcgcgactcgtcaccacccatcagaatgttcttgtgataccaaaatatattgttcaata
gi|3 : tgctgttcagtaattcctcatacccgcaagggaggcggagcttagcccgtgcggtattgtcgattttcggaaagcgtctgtgccggtattttccggtttttgtagttaatggacagttcatagtgctccgatttcctgtcgcgcttcagtgatttcacacctgatcgatgggaggtggatcaggacctttactgccttttttctaaatgttctctgacgattcttcatatttttctcagatctacgaccaggtgtcgccatatttcatgtttaattaaagctgagtcgcacgactttgttttcccatggtcacataagcttcactatagtcctgcagaacgtcttccgtgacaaataggttgtcgatgaacaaatgaaagggttgcttcaatgtatttttgaagaaacatctacgatattctgttcgtctgacataagaaaaatgaaaaaaatctaatgtaaaattactcctacagataacaacgctagatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgacttttatgcagaattacgcatatccataggaatttataatgcttatgtacaaaatgtgtcattaATCTCACCATTTCGG-CCAATA-ATTTTGTTGTCTATCTCCGGATT---------------GT-A-----AT-GCAGCTCAT-TATTCTATTC--TG-TATATACATAAGTGC-GACGGTCTGGAACA---C-GG-G-AAATTGTTT-AAAACC--CGT--TTGGCTCAC--ACACTT-CCA--------CAATGT-A--C-GT-ACAA-TG-CCTTTGT------C-CA-CGTGTTCATAA-TAGAAATGCGGGTAC-TGAC-T-TACCCT--CCATC-ACGCACGGAA-TATG-A-TAGAGTGTT-ATTATAATT--GG-GGT-GGAGCTATAGGGAATAG-TTTAC-ATGATCAGT-GA-TTGAC--ATG-ATTACAAGTT-CCTTTATT-TAAACATATATT--T--G-GT-AT-C-A--ATGACATTCTGAT-G--GGTGTG------AAACT-CG--------TCGC--TATCGCG-ACTCGTC-ACCACCC-ATCA-GAATGTTCTTGT--GATA-CCAAA-AT--ATATTGTTCAAcaagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatctcaccatttcggccaataattttgttgtctatctccggattgtaatgcagctcattattctattctgtatatacataagtgcgacggtctggaacacgggaaattgtttaaaacccgtttggctcacacacttccacaatgtacgtacaatgcctttgtccacgtgttcataatagaaatgcgggtactgacttaccctccatcacgcacggaatatgatagagtgttattataattggggtggagctatagggaatagtttacatgatcagtgattgacatgattacaagttcctttatttaaacatatatttggtatcaatgacattctgatgggtgtgaaactcgtcgctatcgcgactcgtcaccacccatcagaatgttcttgtgataccaaaatatattgttcaata
gi|4 : tgctgttcagtaattcctcatacccgcaagggaggcggagcttagcccgtgcggtattgtcgattttcggaaagcgtctgtgccggtattttccggtttttgtagttaatggacagttcatagtgctccgatttcctgtcgcgcttcagtgatttcacacctgatcgatgggaggtggatcaggacctttactgccttttttctaaatgttctctgacgattcttcatatttttctcagatctacgaccaggtgtcgccatatttcatgtttaattaaagctgagtcgcacgactttgttttcccatggtcacataagcttcactatagtcctgcagaacgtcttccgtgacaaataggttgtcgatgaacaaatgaaagggttgcttcaatgtatttttgaagaaacatctacgatattctgttcgtctgacataagaaaaatgaaaaaaatctaatgtaaaattactcctacagataacaacgctagatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgacttttatgcagaattacgcatatccataggaatttataatgcttatgtacaaaatgtgtcattaaaaatcactccaagagataacgacgctagatacattcatgaatatgtaaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatgcatgattatgatatggaaatacgcttgtgtgtcattaaaaattactctacaggtaacatttagctagatgcattcatacatgtacaagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCAGTAATTCCT---ATCCGCAAGG-AGGAGGAG-TTA-GCCCGTGC--GGTATT-GT--C---CGC-TTT-T-GGAA-A-G--------------AG-CCTGT---GC-G-T---------ATTGTCTG---G---TTTTTG--TAAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTAC--TCCG-ATTTCC-TGTC-GCGTTTCAGTGA-TTTCACA-CCTGTTCAGAATCGATGGGAGGTGGA-TCC-GGA--CTTTA-----CTA-CCTTT-TT---C-AAATGGTC-TC--GG--ACGATTCTTTATATTTTTCTCAGA-CTACGACCA-GTGTCGGC--ATAATTTTCATGTTTGATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCC-ATTGTCACATAAGCTTTC-AATATTTTTA-TC-CTG-CAG-AACGTCTCCTGTGTATG-AATA-GGTTGTCG--A-TGAACAGA-TGAA-GGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTTGAAAAACATC-TACG-TATTCTGTTC-GTTC-TGTCATAAGAAAA--TAAAAAAAATCTTATGAAAAATTACTCCTACAGA--A-TAAC-G-TTAGAT-TAC-AATANNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATGCATA--T---CA-TGAT--ATGAAACT-----ACGCTT---G-------AGTA-G-TCATT-AAAA-TTACTCC-ACAGATAACACTTAGCTAAATGCATT--CAT--AC-ATGTAAATA----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGACTATGC---------CATAATTATGA-TATGGAAATACGCTT---GAGT-GTCA-TAAAA--TGATCCTACAGAC-AAC-A-CTT-AGC-TAAATGCATTC---------------ATACATGTAAATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATC-TCAC-C--------ATTTCGG-C-AATA-ATTT-GTTGTCTATC--------------T-TCGA-ATGT-A-----AT-GCAGCTCAT-TATCT-ATTC--TG-TGCAC-------TA---ACGGTCTGGAACA---C-GGTGGAAATGTTTT-AAAACC-ACGG--TTTGCTCAC--ACACTT-CCAA-------CAATGT-A--C-GT-ACAA-TG-CCTTTAG------TCCA-CGTGTTCATA-------------GTACCTGAC-T-AAGCCA--CCATC-ACGCACGG-AATATGAA-CAG-GTGTT-AT-ATAATT--GG-GGT-GGAGCTATAGG-AATAG-TTTAC-GTGATCAGT-GA--TGAC--ATG-A-TAC-AGTT-C--CT--T-TAAACATATATT--TTGG-GT-AT-C-A-CATGACATTCTGAT-G--GGTGTG-------AACT-CG--------TCGC--TAGCGCG-ACTCGTC-ACCA-CC-ATCA-GAATA-TCCTGT--GATACCC-AA-AT--ATta
gi|5 : GTTTTTCTTT--GTTAA-TGC-TGTTCAGTA-TTCC-CATACCCGCAAGG-AGGCGGAGCTTAGGACCGT-C--GGTATT-GT--C---CGA-CTT-TGGGAA-A-G--------------AG--CTGT----C--GT----------TTGTCC----G---TTTTTGAATAAGTTAA-TGCAATGGCA-GTTCATAGTACTTTTCG-ATTT-C-TGTCTGCGCTTCAGTGAGTTTCACA-CCTG-TCAGAATCGA-GGGA-GTGGT-GTCAGGAC-TTTTAG----CTA-CCTTTCTT-TCT-AAATGTTT-TCTGGA--ACGA-TCGTTATATTTTTCTCAGAT-TAC-ACCAGGTGTCGCC--ATAA-TTTCATGTTT-ATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTG-TTTCC-ATGGTCACATAAGC-TTCAAATTTTTTTAGTC-CTGCCAGAAACGTCTT-TGTG-ATGAAATAGGGTTGTCG--ATTGAACAGA-TGAA-GGGGTTGCTTCAATGTATGTTTTGAAAAAGCATC-T-CGATATTCGGTTCGG-TC-TGTCATAAGAAAATATAAAAAAAATCTTAT-TAAAATTA---CCACAGATAA-CAAC-G-TTAGA--TAC-AATA-----NNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTATGCATAA-T---CA-TGGT--ATGGAAAT-----ACGCTTTCAA-------AGTGC--TCATT-AAAA-TTACTCCTACAGATA--AACTAGCTAGATGCATT--CAT--AC-ACGTAAATA----tctgtcaataactg
gi|6 : ATT-AAAA-TTACC---ACAGATAACAAC--GTTAGATACAATANNNN-NNN-NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-ACTATGCATAATCATGG-TATGGAAATACGCTTTCAAAGTGCTCA-TTAAAATTACTCCTACAGAT-AA--A-------C-TAGCTAGATGCAT-----------TCATACACGTA------AATATGGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTT--------A---ATCTCACCATT--GG-C-AATACATTT-GTTGTCTATCTCCGGATTATTG--TATCGG--TGT-A-----AT-GCAGCT-ATGTATCGTATTTGGTGCTGCAC-------TA---ACGGTCTGGAACA---CCGG-GGAAATTGTTT-AAAACC-ACGGGTCTTGCTCAC--ACACTTTCCAG-------CAATGTGA--CTGT-ACAA-TGGCCTTTAG------T-CC-CGTGTTCAT---TAG---------TACCTGA--T-AGCCA----CATC-ACGCCCGGAA-TATG-A-CA-AGTGTTTAT-ATA-TT--GG-GGTAGGAGCTATAGG-AATAG-TTTAC-GTGATCA-T-GATTTGACAAATGAA-TACAAGTT-C--TTA-A-TCAACCAATATG--TTGGTGT-AT-CGA-CATGACATTCTGAT----GGTGTG------A---T-CG--------TCGCT-AAGCGCG-ATCGGTC-CCCACCC-ATCA-GAATA-TC-TGTTAGA-ACCCAAATATCGATC-TGTTCA
gi|7 : ATCGCACCATTTCGGGC-AATA-ATTT-GTTGTCTA-CTCCGGATTATTGTGT-TCGGTATGT-A-----ATTGCAGCTCAT-TATCT-ATTC--TG-TGCAC-------TA---ACGGTCTGAGACA---C-GGAGGAAAGTGTTTTAAAACCGACGG--TTTGCTCACTAACACTT-CCAA-------CAATGT-AAAC-GT-ACGAATG-CTTATAG------T-CAACGTGCTCATA----GTA---TCGCTAC--------AGGCCCGACCATCCACGCACGGAA-TATG---CA-AGTGTT-AT-ATAATT--GGTGGT-G-AGCTATAGC-AATAG-TTTACCGTGATCAGTAGA-TTGAC--ATG-A-TACAATTC-C--TTA-T-TAAGCATATATT--TTGG-GTAAT-C-A-CATG--ACTCTGAT-GGTGGGGTGGGGAATAAATC-CGGTCCCCCCCCGC--TAGCGCG-AC-CG-C-ACCACCC-ATCAGGAATA-TC-TGT--GATACCCAAA-AT--ATA-TGTTCtaaa
gi|7 : ttgTACAGATTAACGA-C-T-TAC-TAGATGCATTCATACATGTAAA-ATGAtaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattcattttacatgtatgaatgcatctagtaagtcgttaatctgta
gi|8 : ttggaacatatattttgggtatcacagatattcctgatgggtggtgcggtcgcgctagcggggggggaccggatttattccccaccccaccatcagagtcatgtgattacccaaaatatatgcttaataaggaattgtatcatgtcaatctactgatcacggtaaactattgctatagctcaccaccaattatataacacttgcatattccgtgcgtggatggtcgggcctgtagcgatactatgagcacgttgactataagcattcgtacgtttacattgttggaagtgttagtgagcaaaccgtcggttttaaaacactttcctccgtgtctcagaccgttagtgcacagaatagataatgagctgcaattacataccgaacacaataatccggagtagacaacaaattattgcccgaaatggtgcgattaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnat-C-AATA-ATTT-GTTGCCTATCTTCGGATTATTAT-T-TCGA-ATGT-T-----AT-GCAGCTCAT-TATCT-ATTC--TG-TATATACA----TGTGCACGGTCTGGAACA---C-GG-GGAAATTGTT--AAAACC-ACGG--TTTGCTCAC--TCACTT-CCAA-------CAATGA-A--T-GT-ACGA-TG-CCTTTAG------TCCA-CGTGTTTAAAAATAGAA-----------------------T--CCATC-CCGCACGGGAATATG-A-CA----GTT-AT--TAATT---G-GGT-GGAGCTATACG-AATAG-TTT-C-GTGATCAGT-GA-TTGAC--AT--C-TACAAGTC-C--TTA-TCTAAGCATATAGTGCTTGG-GT-AT-C-ACCATGATATTCTGAT-G--GGTGT--------AACT-CG--------------------------GTCAACCACCCTATCA-GAATA-TCTTGT--GA-A-CCAAA-AT--
gi|9 : --ACGATTCTTCATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGCCGCATA---TTC-TGTTTAATT-AAGAAGCCTGGAGTCGCACGACTTGGTTTTCC-ATGGTCACA-AAGC-T-C-AATATG---AGTC-CTGTCAG-AACGTCTTCCGTG-ACA-AATA-GGTTGTCGGTA-TGAACAAA-TGAA-AGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGAAGAAACATC-TACGATATTCTGTTC-G-TC-TGACATAAGAAAA--TGAAAAAAATCTAATGTAAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TCGATCTGACACCAGACATCGTAAAATCTGATGACTTAAATTGTGTCGTCCGCAAACGGGTTGACGTACATGTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 22222222222222 222222222 1111111 1111 11 22222 11 1 1 22 11 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111 22 22222 44444444444 111 1 11111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 11 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 333333333 11111 555555555555 111 1111111 11 11111111 55555555555555 111111 1 11 11 11 222222222222222222222222 1 11
lowQualScore : 77 5 1 4 9 4 55 8888 4 777 55 4 4 4 4 33333333333333 44 777 4 1 111111111 4444444 55 4 4 9999 8 99 6 5 5 5 5 6666 5 33 00000 5 5 5 0 5 5 77 66 0 2 0 99 44 6 99 99 6 1 6 6 6666 6 6 6 6 3 3 6 6 99 6 6 6 6 4 6 6 6 6 3 99 6 1 66 8 8 99 0 8 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66 6666666 22 00000 88888888888 0 111 6 6 1 1 7 1 99 77777 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8 0 444 8 8 8 66 3 00 99 888 6 6 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 5 0 5 5 0 0 000000000 5 55 5 77777 5 5 5 5 5 5 66 5 2 000000000000 5 888 5 3 55 66 2 777 5 6666666 11 5 5 5 5 99999999 5 00000000000000 0 5 555555 3 5 2 999 22 5 5 77 5 5 5 777 5 11 66 5 5 5 11 5 5 5 3 66 5 4 4 4 4 4 66 111111111111111111111111 4 4 1 4 0 4 2 4 8 4 1 66 1 1 4 66 22
lowQualScore : .. . . . . . .. .... . ... .. . . . . .............. .. ... . . ......... ....... .. . . .... . .. . . . . . .... . .. ..... . . . . . . .. .. . . . .. .. . .. .. . . . . .... . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . .. . . .. . . .. . . ............................................................................................ .. ....... .. ..... ........... . ... . . . . . . .. ..... ............................................................................... . . ... . . . .. . .. .. ... . . ...................................................................................................... . . . . . . . ......... . .. . ..... . . . . . . .. . . ............ . ... . . .. .. . ... . ....... .. . . . . ........ . .............. . . ...... . . . ... .. . . .. . . . ... . .. .. . . . .. . . . . .. . . . . . . .. ........................ . . . . . . . . . . . .. . . . .. ..
lowQualScore : 66 7 9 4 4 0 55 5555 0 000 00 0 0 0 0 55555555555555 44 000 0 6 555555555 7777777 55 0 4 4444 9 22 7 7 7 7 7 1111 7 33 00000 7 7 7 7 7 7 99 99 4 0 1 22 00 7 22 22 7 7 7 7 8888 7 7 7 7 7 3 7 7 22 7 7 7 7 2 7 7 7 7 3 22 7 0 66 0 0 00 8 0 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 44 8888888 00 00000 00000000000 8 888 7 7 8 0 3 7 22 77777 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 8 000 0 0 0 44 2 88 22 777 7 7 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 0 0 0 0 9 1 666666666 0 11 0 55555 0 0 0 0 0 0 99 0 2 999999999999 0 888 0 2 11 99 0 222 0 2222222 99 0 0 0 0 11111111 0 99999999999999 1 6 444444 6 1 0 444 99 7 7 99 7 7 7 111 0 55 99 0 0 0 99 0 0 0 2 99 0 4 4 4 4 4 11 444444444444444444444444 4 4 1 4 8 4 2 4 9 4 1 11 9 1 4 11 77
consensus : CTTGTATCATGGTTTTGGTGTTTTTCTTTC-GTTAACTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGCGGAGCTTAGC-CCGTGC--GGTATTG----T-C---CG-CTTTT-GG-AA-A-G--------------AG-TCTGT---GC-GGT---------ATTGTCCG---G---TTTTTG--T-AAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTACTC--CG-ATTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTGT-CAGAATCGATGGGAGGTGGA-TCCAGGAC-TTTTA-----CTA-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-TC--GG--ACGATTCTTTATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGCC--ATAA-TTTCATGTTTAATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCC-ATGGTCACATAAGC-TTCAA-TATTTTTAGTC-CTG-C-AGAA-CGTCTTCCGTG-ACGAA-TAGG-TTGTCG--AT-GAACAGA-TGAA-GGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGAAAAAACATC-TACGATATTCTGTTC-G-TC-TGTCATAAG-AAA--AT-AAAAAAAATCTNATGTAAAATTACTCCTACAGATAACAAC-G-TTAGAT-TAC-AATA-----GANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTATGCATAATT---CATTGAT--ATGGAAAT-----ACGCTT-C-G-------AGTGTG-TCATT-AAAA-TTACTCC-ACAGATAACAACTAGCTAGATGCATT--CAT-AAC-ATGTAAATA-----TNNNNNCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGACTATGCA-GACTATGCATAATTATGA-TATGGAAATACGCTT---GAG-TG-TCA-TAAAAATTACTCCTACAGAT-AAC-A-C-T-AGC-TAGATGCATTCATACATGTA-A-AT-ATACATGTAAATATGAATATGGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTCAATCTTCAC-CATCTCACCATTTCGG-C-AATA-ATTT-GTTGTCTATCTCCGGATTATT-GT--T-CGG-ATGTA-A-----T-GCAGCTCAT-TAT-C-T-ATT-C--TG-TGCAC-------TAC--ACGGTCTGGAACAC-GG---GGAAATTG-TTTAAAACC-ACGG--TTTGCTCAC--ACACTT-CCAACA-------ATGT--AC-GTA-CG-ATG-CCTTTAG------T-C-ACGTGTTCATAA-ATAGAAATGCGGGTACCTGAC-T-AGCCCTCCATCACGCACGGAAATATG-A-CAGAGTGTT-AT-ATAATT--GG-GGT-GGAGCTATAGG-AATAGTTT-A-CGTGATCAGT-GA-TTGAC--ATG-AT-ACAAGTT-C--TT-AT-T-AAACATATATT--TTGG-GT-AT-C-A-CATGACATTCTGAT-G--GGTGTG------AAACT-CG--------TCGC-T-AGCGCG-ACTCGTC-ACCACCC-ATCA-GAATA-TCCTGT--GATACCCAAA-AT--ATA-TGTTCAA
Reference ( family-5370 ) : CTTGTATCATGGTTTTGGTGTTTTTCTTTC-GTTAACTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGCGGAGCTTAGC-CCGTGC--GGTATTG----T-C---CG-NTTTT-GG-AA-A-G--------------AG-TCTGT---GC-GGT---------ATTGTCCG---G---TTTTTG--T-AAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTACTC--CG-ATTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTGT-CAGAATCGATGGGAGGTGGA-TCCAGGAC-CTTTA-----CTA-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-TC--GG--ACGATTCTTTATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGCC--ATAA-TTTCATGTTTAATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCC-ATGGTCACATAAGC-TTCAA-TATTTTTAGTC-CTG-C-AGAA-CGTCTTCCGTG-ACGAA-TAGG-TTGTCG--AT-GAACAGA-TGAA-GGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGAAAAAACATC-TACGATATTCTGTTC-G-TC-TGTCATAAG-AAA--AT-AAAAAAAATCTNATGTAAAATTACTCCTACAGAT-ACAAC-G-CTAGA--TAC-AATA-----GANNNNTTCATATATGTAAATNNNNNNATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTATGCATAATT---CATTGAT--ATGGAAAT-----ACGCTT---A-------AGTGTG-TCATT-AAAA-TTACTCCTACAGATAACANCTAGCTAGATGCATT--CAT-AAC-ATGTAAATA-----TNNNNNCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGACTATGCA-GACTATGCATAATTATGA-TATGGAAATACGCTT---GAG-TG-TCA-TAAAAATTACTCCTACAGAT-AAC-A-C-T-AGC-TAGATGCATTCATACATGTAAA-ATNATACACGTAAATATGAATATGGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTCAATCTTCAC-CATCTCACCATTTCGG-C-AATA-ATTT-GTTGTCTATCTCCGGATTATT-GT--T-CGG-ATGTA-A-----T-GCAGCTCAT-TAT-C-T-ATT-C--TG-TGCAC-------TGT--ACGGTCTGGAACAC-GG---GGAAATTG-TTTAAAACC-ACGG--TTTGCTCAC--ACACTT-CCAACA-------ATGT--AC-GTA-CG-ATG-CCTTTAG------T-C-ACGTGTTCATAA-ATAGAAATGCGGGTACCTGAC-T-AGCCCTCCATCACGCACGGAAATATG-A-CAGAGTGTT-AT-ATAATT--GG-GGT-GGAGCTATAGG-AATAGTTT-A-CGTGATCAGT-GA-TTGAC--ATG-AT-ACAAGTT-C--TT-AT-T-AAACATATATT--TTGG-GT-AT-C-A-CATGACATTCTGAT-G--GGTGTG------AAACT-CG--------TCGC-T-AGCGCG-ACTCGTC-ACCACCC-ATCA-GAATA-TCCTGT--GATACCCAAA-AT--ATA-TGTTCAA
gi|1 : CTTGTATCATGGTTTTGGTGTTTTTCTTTT-GTTAACTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGAGGAGCTTAGC-CCGTGC--GGTATTG----T-C---CG-ATTTTCGG-AA-A-G--------------CG-TCTGT---GC-GGT---------ATTGTCCG---G---TTTTTG--T-AAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTACTC--CG-ATTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTGT-CAGAATCGATGGGAGGTGGA-TCCAGGAC-TTTTA-----CTA-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-TC--GG--ACGATTCTTTATATTTTTCTCAGACCTACAACAAGGTGTCGCC--ATAA-TTTCATGTTTAATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCC-ATGGTCACACAAGC-TTCAA-TATTTTCAGTC-CTG-C-AGTA-CGTCTTCCGTG-ACGAA-TAGG-TTGTCG--AT-GAACAGAGTGAA-GGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTG--AAAACATC-TACGAT-TTCTGTTC-G-TC-TGTCATAAG-AAA--ATAAAAAAAAATCGAATGTAAAATTACTCCTACAGAT-ACAACTG-CTAGA--T-C-AATAN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATGCATAATT---CATTGAT--ATGGAAAT-----ACGCTTAC-A-------AGTGTG-TCATT-AAAA-TTACTCCTACAGATAACAGTTAGCCAGATGCATT--CAT-AACAATGTAAATAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-GAATATGCATAATCATGA-TATGGAAATACGCTT---GAGTTG-T-A-TAAAAATTACTTCTACAGA------A-T-T-AGC---AAT---TTCATACATGTAAATATGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCATCT--CCATTTCGG-C-AATA-ATTT-GTTGTCTATCTCCGGATTATTGGT--T-CGG-ATGTA-A-----T-GCAGCTCAT-TAT-C-TAATT-C--TG-TATAC-------TGTGCACGGTCTGGAACAC-GG---GGAAATTG-GTTAAAACC-ACGG--TTTGCTCAC---CACTT-CCAACA-------ATGT--AC-G-A-CA-ATG-TCTTTAG------T-C-ACGTGTTCATAA-ATAGAAATGCGGGTACCTGACTT-AGCCCTCCATCACGCACGGAAATATG-A-CAGAGTGTT-AT-ATAATT--GG-GGT-GGAGCTATAGG-AATAGTTT-A-CGTGATCAGT-GA-TTGAC--ATG-AT-ACAAGTT-C--TT-A--T-AAACATATATT--TTGG-GT-AT-C-A-CATGACATTCTGAT-G--GGTGTG------AAACT-CG--------TCGCTT-AGCGCG-ACTCGTC-TCCA-CC-ATCA-GAATA-TCCTGT--GATACCCAAA-AT--ATAGTGTTCAA
gi|10 : ATCTCACCGTTTAAG-C-TATA-ATTT-GTTGTCCACCTCCGGAT------T--T-CGG-ATGTACATGTATT-GCAGCTCAT-TAT-C-T-ATT-C--TG-T-----------TAT--AC-ATGTG---C------------ATCG-TT----------GG--CTCAC--AC--A--CTT-GCAACAATGCGCAATGT--AC-GTA-TG-ATG-CC-TTAGACCTGTC-C-ATGTGTTCAGAA-ATAGAAATGCGGGTACCTGAA-TCACCCCTCCATCGCGCACGGAA
gi|11 : taGT-CTGTCC--GGTATTG----T-C---CG-GTTTT-GG------G--------------AA-TTTATTGGAC-AGTTCACATCCAATTGGACGTACA---CTGTTG--T---GCTGA-TA----A------TCACCGGACTC--CG-ATTCCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTTATA-TCT-----GGATCGATGGGACACGGA-TCCAGGACAATTTG-----CTA-C-----TT-TAT-AAA----C-TT--GC--A-GACAC------CTTTTCTCGGATCTATGACt
gi|12 : TTGCATCATGGTTGTGATGTTTTTCTTTC-ATCAACTGT-TGATCAATAATTTTTCGTACCTGCACGG-AGGCGGAGTTTAGA-CTGTGC--GGCATTG----T-C---AG-CTTTT-GA-AA-A-GTTATTGGACATCTTAG-CCTGT---GC-GGT---------GTTGTCTA---G---TTTTGG--A-AAGTTAT-CG----GACA-GTT
gi|13 : gtTC-A-CGTGATTATC-GA-AAAAC--ATG-AT-GCAAGTT-CC-TT-AT-T-GCACA-GTATT--TTGC-TT-TT-C-A-CGTTATATTCGGAT-G--GGTGT-------AGACT-CGT-------TCGC-T-GGTGCGAACTCGTC-TCTA-CC-ATCA-CAATA-CCTCGT--AATACCCAAA-CT--ATC-TCTTCAAtcgaagt
gi|14 : CTTGTATCATGGTTTTGGTGTTTTTCTTTT-GTTAACTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGCGGAGCTTAGC-CCGTGC--GGTATTG----T-C---CGATTTTT-GG-AA-T-G--------------CA-TCTGT---GC-GGT---------ATTGTCCG---G---TTTTTG--T-AAGtaac
gi|15 : aTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTA-----AATCGATGGGAGGTGGA-TCCAGGAC-CTTTAAATTACTG-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-GC--GG--ACGATTCCTTATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTG
gi|16 : GTTCTGTAAT-CCTCATACC-GCAAGG-AGG-GGAGCT-AGC-TCGTGC--GGTATTGGTGAC-A---CA-CTTAT-GA-AACA-G--------------AGATTTGT---GT-GGTAA-------ACTGTCCG---AGTTTTTTTT--T-AAGTTAATTG----GACAGGTTCACAG
gi|17 : -TGTTCTGTAAT-CCTCATACCTGC--GG-AGG-GGAGCTTAGC-C-GTGC--GGTATTG----G-TACACA-CTTTT-GG-AA-AAG--------------AG-TTTGT---GT-GGT---------ATTGTCCG---T---TTTTTT--TTAAGTTAA-TG----GACAGGTTCA
gi|18 : -AT-C-A-CATGATATTCTGAT-G--GGTGTG------AA-----------------C-T-A-TAAG-ACTCGTC-ACCACCC-ATCA-GAAT--TCTTGT--GATACCCAAA-AT--ATA-TGc
gi|2 : ATGCATAATT---CTATGATTTAGGAAAAT-----ACGCTT---G-------AG-GTGATCATTTAAAA-TTACTCTAACAGATAACACTTAGC-AAATGCATT--CAT-A-C-ATGTAAAT------------CATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACTATGCATAATTATGAATATGGAA-TACGCTT---GAG-TG-TCA-TAAAGA-----CCTACAGAC-AAC-A-C-TTAGCATAAATGCATT--------------TCATACATGTAAATATGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCAATCTTCAC-CATCT------TTCGG-CCAATA-ATTT-GTTGTCTAC--------------T--T-CGA-ATGTA-AA----T-GCAGCTCAT-TAT-C-T-ATTTC--TG-TGCAC-------TA---ACGGTCTGGAACAC-TGCGTGGAAATTG-TTTAAAACC-ACGG--TT-GCTCAC--ACACTT-C-AACA-------ATGT--AC-GTAACA-ATG-CCTTTA-------T-C-ACGTGTTCATA--------------GTAC-TGAC-A-AGCCCACCATCACGCACGGAA-TATG-ATCAGAGTGT--AT-ATAATTTGAG-GGT-GGAGCTATAGG-AATAGTTTTA-CGTGATCAGT-GA--TGAC--ATG-AT-ACAAGTTCC--TT-AT-T-AAACATATATT--TTGG-GT-ATCC-A-CATGACATTCTGATGG--GGTGTT------GAACTGCT--------TCGC-T-AGCGCG-ACTCGTC-ACCA-AC-ATCAGGAATA-TCC-GT--GATACCCAAA-AT--ATC-TGTTCAA
gi|2 : cagttaTTTCTTTTAGTTAACTGCATGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGAGGAGTTAAGC-CCGTGCTGGATATTG----TTC---CG-CTTTT-GG-AA-A-G--------------AG-CCTGT---GC-GAT---------ATTGTT-G---G---TTTTTG--T-AAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTACTC--CGCATTTCCGTGTC-GCGTTTCAGTGA-TTTCACAACCTGT-CAGAATCGATGGGAGGTGGAATCCAGGAC-TTTTA-----CTAACCTTT-TTGTCTTAAATGTTCCTC--GGGGACG-TTCTTTA-ATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGGC--ATAA-TTTCATGTTTGATTAAA--AGAT--GAGTCGC-CGACTTTGTTTTCC-ATTGTCACATAAGC-TTCAA-TATTTTTAGTCACTG-C-AGAA-CGTCTCCTGTGAATGAA-TAGG-TTG-CG--AT-GAACAGA-TGAAGGGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGGAAAAACATCTTAC-ATATTCTGTTC-G-TCTTGTCATAAGAAAA--AT-AAAAAAAATCTTATGAAAAATTACTCCTACAGA--ATAAC-GTTTAGATTTACAAATA-----GAgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgggctctccatctccctctcctttcttcctcctcactctcttccccttcttctatttgtaaatctaaacgttattctgtaggagtaatttttcataagattttttttatttttcttatgacaagacgaacagaatatgtaagatgtttttccaaaaatacattgaagcaacccccttcatctgttcatcgcaacctattcattcacaggagacgttctgcagtgactaaaaatattgaagcttatgtgacaatggaaaacaaagtcggcgactcatcttttaatcaaacatgaaattatgccgacacctggtcgtagatctgagaaaaattaaagaacgtccccgaggaacatttaagacaaaaaggttagtaaaagtcctggattccacctcccatcgattctgacaggttgtgaaatcactgaaacgcgacacggaaatgcggagtactatgaactgtccattaacttacaaaaaccaacaatatcgcacaggctctttccaaaagcggaacaatatccagcacgggcttaactcctcctccttgcgggtatgaggaattactgaacatgcagttaactaaaagaaa
gi|3 : cagttattgaacagatattttgggtatcacggatattcctgatgttggtgacgagtcgcgctagcgaagcagttcaacaccccatcagaatgtcatgtggatacccaaaatatatgtttaataaggaacttgtatcatgtcatcactgatcacgtaaaactattcctatagctccaccctcaaattatatacactctgatcatattccgtgcgtgatggtgggcttgtcagtactatgaacacgtgataaaggcattgttacgtacattgttgaagtgtgtgagcaaccgtggttttaaacaatttccacgcagtgttccagaccgttagtgcacagaaatagataatgagctgcatttacattcgaagtagacaacaaattattggccgaaagatggtgaagattgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattcatatttacatgtatgaaatgcatttatgctaagtgttgtctgtaggtctttatgacactcaagcgtattccatattcataattatgcatagtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgatttacatgtatgaatgcatttgctaagtgttatctgttagagtaattttaaatgatcacctcaagcgtattttcctaaatcatagaattatgcatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgggctctccatctccctctcctttcttcctcctcactctcttccccttctTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGGGAGGCGGAGCTTAGC-CCGTGC--GGTATTG----T-C---GA-TTTTC-GG-AA-A-G--------------CG-TCTGT---GCCGGT---------ATTTTCCG---G---TTTTTG--T-A-GTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTGCTC--CG-ATTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTG------ATCGATGGGAGGTGGA-TC-AGGAC-CTTTA-----CTG-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-TC--TG--ACGATTCTTCATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGCC--ATA--TTTCATGTTTAATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCCCATGGTCACATAAGC-TTCAC-TAT----AGTC-CTG-C-AGAA-CGTCTTCCGTG-ACAAA-TAGG-TTGTCG--AT-GAACAAA-TGAA-AGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGAAGAAACATC-TACGATATTCTGTTC-G-TC-TGACATAAGAAAA--AT-GAAAAAAATCTAATGTAAAATTACTCCTACAGATAACAAC-G-CTAGA--TAC-AAT
gi|3 : TATGCAGAATTACGCAT--ATCCATAGGAATTTATAATGCTT---ATGTACAAAATGTG-TCATT-AAAAATCACTCCAAGAGATAACGAC--GCTAGATACATT--CATGAAT-ATGTAAATA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------------CTATGCATGATTATGA-TATGGAAATACGCTT---GTG-TG-TCATTAAAAATTACT-CTACAGGT-AAC-ATT-T-AGC-TAGATGCATTCATACATGTACA-AGTATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgacttttatgcagaattacgcatatccataggaatttataatgcttatgtacaaaatgtgtcattaaaaatcactccaagagataacgacgctagatacattcatgaatatgtaaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatgcatgattatgatatggaaatacgcttgtgtgtcattaaaaattactctacaggtaacatttagctagatgcattcatacatgtacaagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatctcaccatttcggccaataattttgttgtctatctccggattgtaatgcagctcattattctattctgtatatacataagtgcgacggtctggaacacgggaaattgtttaaaacccgtttggctcacacacttccacaatgtacgtacaatgcctttgtccacgtgttcataatagaaatgcgggtactgacttaccctccatcacgcacggaatatgatagagtgttattataattggggtggagctatagggaatagtttacatgatcagtgattgacatgattacaagttcctttatttaaacatatatttggtatcaatgacattctgatgggtgtgaaactcgtcgctatcgcgactcgtcaccacccatcagaatgttcttgtgataccaaaatatattgttcaata
gi|3 : tgctgttcagtaattcctcatacccgcaagggaggcggagcttagcccgtgcggtattgtcgattttcggaaagcgtctgtgccggtattttccggtttttgtagttaatggacagttcatagtgctccgatttcctgtcgcgcttcagtgatttcacacctgatcgatgggaggtggatcaggacctttactgccttttttctaaatgttctctgacgattcttcatatttttctcagatctacgaccaggtgtcgccatatttcatgtttaattaaagctgagtcgcacgactttgttttcccatggtcacataagcttcactatagtcctgcagaacgtcttccgtgacaaataggttgtcgatgaacaaatgaaagggttgcttcaatgtatttttgaagaaacatctacgatattctgttcgtctgacataagaaaaatgaaaaaaatctaatgtaaaattactcctacagataacaacgctagatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgactttATCTCACCATTTCGG-CCAATA-ATTTTGTTGTCTATCTCCGGATT----------------GTA-A-----T-GCAGCTCAT-TATTC-T-ATT-C--TG-TATATACATAAGTGCG-ACGGTCTGGAACAC-GG---G-AAATTG-TTTAAAACC--CGT--TTGGCTCAC--ACACTT-CCA-CA-------ATGT--AC-GTA-CA-ATG-CCTTTGT------C-C-ACGTGTTCATAA--TAGAAATGCGGGTAC-TGAC-T-TACCCTCCATCACGCACGGAA-TATG-A-TAGAGTGTT-ATTATAATT--GG-GGT-GGAGCTATAGGGAATAGTTT-A-CATGATCAGT-GA-TTGAC--ATG-ATTACAAGTT-CCTTT-AT-TTAAACATATATT--T--G-GT-AT-C-A--ATGACATTCTGAT-G--GGTGTG------AAACT-CG--------TCGC-T-ATCGCG-ACTCGTC-ACCACCC-ATCA-GAATGTTCTTGT--GATA-CCAAA-AT--ATATTGTTCAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatctcaccatttcggccaataattttgttgtctatctccggattgtaatgcagctcattattctattctgtatatacataagtgcgacggtctggaacacgggaaattgtttaaaacccgtttggctcacacacttccacaatgtacgtacaatgcctttgtccacgtgttcataatagaaatgcgggtactgacttaccctccatcacgcacggaatatgatagagtgttattataattggggtggagctatagggaatagtttacatgatcagtgattgacatgattacaagttcctttatttaaacatatatttggtatcaatgacattctgatgggtgtgaaactcgtcgctatcgcgactcgtcaccacccatcagaatgttcttgtgataccaaaatatattgttcaata
gi|4 : tgctgttcagtaattcctcatacccgcaagggaggcggagcttagcccgtgcggtattgtcgattttcggaaagcgtctgtgccggtattttccggtttttgtagttaatggacagttcatagtgctccgatttcctgtcgcgcttcagtgatttcacacctgatcgatgggaggtggatcaggacctttactgccttttttctaaatgttctctgacgattcttcatatttttctcagatctacgaccaggtgtcgccatatttcatgtttaattaaagctgagtcgcacgactttgttttcccatggtcacataagcttcactatagtcctgcagaacgtcttccgtgacaaataggttgtcgatgaacaaatgaaagggttgcttcaatgtatttttgaagaaacatctacgatattctgttcgtctgacataagaaaaatgaaaaaaatctaatgtaaaattactcctacagataacaacgctagatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgacttttatgcagaattacgcatatccataggaatttataatgcttatgtacaaaatgtgtcattaaaaatcactccaagagataacgacgctagatacattcatgaatatgtaaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatgcatgattatgatatggaaatacgcttgtgtgtcattaaaaattactctacaggtaacatttagctagatgcattcatacatgtacaagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCAGTAATTCCT---ATCCGCAAGG-AGGAGGAG-TTAGC-CCGTGC--GGTATTG----T-C---CG-CTTTT-GG-AA-A-G--------------AG-CCTGT---GC-G-T---------ATTGTCTG---G---TTTTTG--T-AAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTACTC--CG-ATTTCC-TGTC-GCGTTTCAGTGA-TTTCACA-CCTGTTCAGAATCGATGGGAGGTGGA-TCC-GGAC--TTTA-----CTA-CCTTT-TT-C---AAATGGTC-TC--GG--ACGATTCTTTATATTTTTCTCAGA-CTACGACCA-GTGTCGGC--ATAATTTTCATGTTTGATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCC-ATTGTCACATAAGCTTTCAA-TATTTTTA-TC-CTG-C-AGAA-CGTCTCCTGTGTATGAA-TAGG-TTGTCG--AT-GAACAGA-TGAA-GGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTTGAAAAACATC-TACG-TATTCTGTTC-GTTC-TGTCATAAG-AAA--AT-AAAAAAAATCTTATGAAAAATTACTCCTACAGA--ATAAC-G-TTAGAT-TAC-AATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATGCATA--T---CA-TGAT--ATGAAACT-----ACGCTT---G-------AGTA-G-TCATT-AAAA-TTACTCC-ACAGATAACACTTAGCTAAATGCATT--CAT--AC-ATGTAAATA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGACTATGC---------CATAATTATGA-TATGGAAATACGCTT---GAG-TG-TCA-TAAAA--TGATCCTACAGAC-AAC-A-CTT-AGC-TAAATGCATTCATACAT---------------GTAAATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATCT----------CACCATTTCGG-C-AATA-ATTT-GTTGTCTATC-------------T--T-CGA-ATGTA-A-----T-GCAGCTCAT-TAT-C-T-ATT-C--TG-TGCAC-------TA---ACGGTCTGGAACAC-GGT--GGAAATGT-TTTAAAACC-ACGG--TTTGCTCAC--ACACTT-CCAACA-------ATGT--AC-GTA-CA-ATG-CCTTTAG------TCC-ACGTGTTCATA--------------GTACCTGAC-T-AAGCCACCATCACGCACGG-AATATGAA-CAG-GTGTT-AT-ATAATT--GG-GGT-GGAGCTATAGG-AATAGTTT-A-CGTGATCAGT-GA--TGAC--ATG-AT-AC-AGTT-C--CT--T-T-AAACATATATT--TTGG-GT-AT-C-A-CATGACATTCTGAT-G--GGTGTG-------AACT-CG--------TCGC-T-AGCGCG-ACTCGTC-ACCA-CC-ATCA-GAATA-TCCTGT--GATACCC-AA-AT--ATta
gi|5 : GTTTTTCTTT--GTTAA-TGC-TGTTCAGTA-TTCC-CATACCCGCAAGG-AGGCGGAGCTTAGGACCGT-C--GGTATTG----T-C---CG-ACTTT-GGGAA-A-G--------------AG--CTGT----C-G-T----------TTGTCCG-------TTTTTGAAT-AAGTTAA-TGCAATGGCA-GTTCATAGTACTTTTCG-ATTTC--TGTCTGCGCTTCAGTGAGTTTCACA-CCTGT-CAGAATCGA-GGGAG-TGGT-GTCAGGAC-TTTTAG----CTA-CCTTTCTT-TCT-AAATGTTT-TCTGGA--ACGAT-CGTTATATTTTTCTCAGAT-TAC-ACCAGGTGTCGCC--ATAA-TTTCATGTTTA-TT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTT-CC-ATGGTCACATAAGC-TTCAAATTTTTTTAGTC-CTG-CCAGAAACGTCTTT-GTG-ATGAAATAGGGTTGTCG--ATTGAACAGA-TGAA-GGGGTTGCTTCAATGTATGTTTTGAAAAAGCATC-T-CGATATTCGGTTCGG-TC-TGTCATAAG-AAAATAT-AAAAAAAATCTTAT-TAAAATTA---CCACAGATAACAAC-G-TTAGA--TAC-AATA-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTATGCATAA-T---CA-TGGT--ATGGAAAT-----ACGCTTTCAA-------AGTGC--TCATT-AAAA-TTACTCCTACAGATA--AACTAGCTAGATGCATT--CAT--AC-ACGTAAATA-----tctgtcaataactg
gi|6 : ATT-AAAA-TTACC---ACAGATAACAAC--GTTAGATACAATANNNN-NNN-NNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NACTATGCATAATCATGG-TATGGAAATACGCTTTCAAAG-TGCTCA-TTAAAATTACTCCTACAGAT-AA--A-C-T-AGC-TAGATGCATTCATACACGTA---------------------AATATGGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTT--------A---ATCTCACCATT--GG-C-AATACATTT-GTTGTCTATCTCCGGATTATT-GTA-T-CGG--TGTA-A-----T-GCAGCT-ATGTAT-CGT-ATT-TGGTGCTGCAC-------TA---ACGGTCTGGAACACCGG---GGAAATTG-TTTAAAACC-ACGGGTCTTGCTCAC--ACACTTTCCAGCA-------ATGTG-ACTGTA-CA-ATGGCCTTTAG------T-C-CCGTGTTCAT----TAG---------TACCTGA--T-AGCCA--CATCACGCCCGGAA-TATG-A-CA-AGTGTTTAT-ATA-TT--GG-GGTAGGAGCTATAGG-AATAGTTT-A-CGTGATCA-T-GATTTGACAAATGAAT-ACAAGTT-C--TTAAT-C-AACCA-ATATG--TTGGTGT-AT-CGA-CATGACATTCTGAT----GGTGTG------A---T-CG--------TCGC-TAAGCGCG-ATCGGTC-CCCACCC-ATCA-GAATA-T-CTGTTAGA-ACCCAAATATCGATC-TGTTCA
gi|7 : ATCGCACCATTTCGGGC-AATA-ATTT-GTTGTCTA-CTCCGGATTATT-GTGTT-CGGTATGTA-A-----TTGCAGCTCAT-TAT-C-T-ATT-C--TG-TGCAC-------TA---ACGGTCTGAGACAC-GGA--GGAAAGTGTTTTAAAACCGACGG--TTTGCTCACTAACACTT-CCAACA-------ATGTAAAC-GTA-CGAATG-CTTATAG------T-CAACGTGCTCATAGTATCG--CTACAGG--CCCGAC-C-A----TC---CACGCACGG-AATATG---CA-AGTGTT-AT-ATAATT--GGTGGT--GAGCTATAGC-AATAGTTT-ACCGTGATCAGTAGA-TTGAC--ATG-AT-ACAATTC-C--TT-AT-T-AAGCATATATT--TTGG-GTAAT-C-A-CATGAC--TCTGAT-GGTGGGGTGGGGAATAAATC-CGGTCCCCCCCCGC-T-AGCGCG-AC-CG-C-ACCACCC-ATCAGGAATA-T-CTGT--GATACCCAAA-AT--ATA-TGTTCtaaa
gi|7 : ttgTACAGATTAACGA-C-T-TAC-TAGATGCATTCATACATGTAAA-ATGAtaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattcattttacatgtatgaatgcatctagtaagtcgttaatctgta
gi|8 : ttggaacatatattttgggtatcacagatattcctgatgggtggtgcggtcgcgctagcggggggggaccggatttattccccaccccaccatcagagtcatgtgattacccaaaatatatgcttaataaggaattgtatcatgtcaatctactgatcacggtaaactattgctatagctcaccaccaattatataacacttgcatattccgtgcgtggatggtcgggcctgtagcgatactatgagcacgttgactataagcattcgtacgtttacattgttggaagtgttagtgagcaaaccgtcggttttaaaacactttcctccgtgtctcagaccgttagtgcacagaatagataatgagctgcaattacataccgaacacaataatccggagtagacaacaaattattgcccgaaatggtgcgattaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnat-C-AATA-ATTT-GTTGCCTATCTTCGGATTATT-AT--TTCGA-ATGTT-A-----T-GCAGCTCAT-TAT-C-T-ATT-C--TG-TATATACATG--TGC--ACGGTCTGGAACAC-GG---GGAAATTG-TT-AAAACC-ACGG--TTTGCTCAC--TCACTT-CCAACA-------ATGA--AT-GTA-CG-ATG-CCTTTAG------TCC-ACGTGTTTAAAA-ATAGAA-----------------------TCCATCCCGCACGGGAATATG-A-CA----GTT-AT--TAATT---G-GGT-GGAGCTATACG-AATAGTTT---CGTGATCAGT-GA-TTGAC--AT--CT-ACAAGTC-C--TT-ATCT-AAGCATATAGTGCTTGG-GT-AT-C-ACCATGATATTCTGAT-G--GGTGT--------AACT-CG--------------------------GTCAACCACCCTATCA-GAATA-TCTTGT--GA-A-CCAAA-AT--
gi|9 : --ACGATTCTTCATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGCCGCATA---TTC-TGTTTAATT-AAGAAGCCTGGAGTCGCACGACTTGGTTTTCC-ATGGTCACA-AAGC-T-CAA-TATG---AGTC-CTGTC-AGAA-CGTCTTCCGTG-ACAAA-TAGG-TTGTCGGTAT-GAACAAA-TGAA-AGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGAAGAAACATC-TACGATATTCTGTTC-G-TC-TGACATAAG-AAA--AT-GAAAAAAATCTAATGTAAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TCGATCTGACACCAGACATCGTAAAATCTGATGACTTAAATTGTGTCGTCCGCAAACGGGTTGACGTACATGTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 22222222222222 222222222 1111111 1111 22222 1 1 1 111 111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111 22 22222 44444444444 1 1 11111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 11 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 333333333 11111 444444444444444444 111111 1111111 11 11111111 444444444444444 111111 1 11 11 11 222222222222222222222222 1 11
lowQualScore : 77 5 1 4 9 4 55 8888 4 777 8 4 4 4 33333333333333 44 777 4 111111111 3333333 55 4 9999 8 99 6 5 5 5 5 6666 0 5 5 00000 5 5 5 0 5 5 77 66 2 0 99 7 6 4 6 99 99 6 1 6 6 6666 6 3 6 3 6 6 99 6 6 6 6 4 6 6 6 6 3 99 6 1 222 8 8 999 8 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66 6666666 22 00000 44444444444 0 6 6 6 3 777 1 7 1 99 77777 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8 0 444 8 8 8 66 3 00 99 888 6 6 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 5 5 5 0 0 333333333 5 55 5 77777 5 5 5 5 5 5 66 5 2 444444444444444444 999999 5 3 55 777 0 777 5 6666666 11 5 5 5 5 99999999 5 888888888888888 0 5 555555 3 7 999 22 5 5 77 5 5 5 5 5 5 11 66 5 5 5 11 99999 3 66 5 4 4 4 4 4 66 111111111111111111111111 4 4 1 4 0 4 2 4 8 4 1 66 1 1 4 66 22
lowQualScore : .. . . . . . .. .... . ... . . . . .............. .. ... . ......... ....... .. . .... . .. . . . . . .... . . . ..... . . . . . . .. .. . . .. . . . . .. .. . . . . .... . . . . . . .. . . . . . . . . . . .. . . ... . . ... . ............................................................................................ .. ....... .. ..... ........... . . . . . ... . . . .. ..... ............................................................................... . . ... . . . .. . .. .. ... . . ................................................................................................................... . . . . . . ......... . .. . ..... . . . . . . .. . . .................. ...... . . .. ... . ... . ....... .. . . . . ........ . ............... . . ...... . . ... .. . . .. . . . . . . .. .. . . . .. ..... . .. . . . . . . .. ........................ . . . . . . . . . . . .. . . . .. ..
lowQualScore : 66 7 9 4 4 0 55 5555 0 000 0 0 0 0 55555555555555 44 000 0 555555555 7777777 55 4 4444 9 22 7 7 7 7 7 1111 7 7 7 00000 7 7 7 7 7 7 99 99 0 1 22 3 7 2 7 22 22 7 7 7 7 8888 7 3 7 3 7 7 22 7 7 7 7 2 7 7 7 7 3 22 7 0 000 0 0 444 0 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 44 8888888 00 00000 00000000000 8 0 7 7 3 555 5 3 7 22 77777 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 8 000 0 0 0 44 2 88 22 777 7 7 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 0 0 0 9 1 666666666 0 11 0 55555 0 0 0 0 0 0 99 0 2 666666666666666666 444444 0 2 11 888 1 222 0 2222222 99 0 0 0 0 11111111 0 000000000000000 1 6 444444 6 4 444 99 7 7 99 7 7 7 7 0 0 55 99 0 0 0 99 22222 2 99 0 4 4 4 4 4 11 444444444444444444444444 4 4 1 4 8 4 2 4 9 4 1 11 9 1 4 11 77
consensus : CTTGTATCATGGTTTTGGTGTTTTTCTTTC-GTTAACTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGCGGAGCTTA-GCCCGTGC--GGTATTG----T-C---CG-CTTTT-GGAA-A-G--------------AG-TCTGT---GC-GGT---------ATTGTCCG---G---TTTTTG--TAAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTAC--TCCG-ATTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTGT-CAGAATCGATGGGAGGTGGA-TCCAGGAC-TTTTA-----CTA-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-TC--GG--ACGATTCTTTATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGCC--ATAATTT-CATGTTTAATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCC-ATGGTCACATAAGCTT-C-AATATTTTTAGTC-CTG-CAG-AACGTCTTCCGTG-ACG-AATA-GGTTGTCG--A-TGAACAGA-TGAA-GGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGAAAAAACATC-TACGATATTCTGTTC-G-TC-TGTCATAAG-AAA--AT-AAAAAAAATCTNATGTAAAATTACTCCTACAGATAACAAC-G-TTAGA-TTAC-AATA-----GANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTATGCATAATT---CATTGAT--ATGGAAAT-----ACGCTTA----CGAG-TGTG-TCATT-AAAA-TTACTCC-A-C-AGATAACAACTAGCTAGATGCATT--CAT-AAC-ATGTAAATA-----TNNNNNCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGACTATGCA-GACTATGCATAATTATGA-TATGGAAATACGCTT---GAG-TG-TCA-TAAAAATTACTCCTACAGAT-AAC-A-C-T-AGC-TAGATGCATTCATACACGTAA--ATACATGTAAATATGAATATGGAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTAATCTTCACCATCTCA---CCATTTCGG-C-AATA-A-TTTGTTGTCTATCTCCGGATTATT-GT--T-CGG-ATGTA-A-----T-GCAGCTCAT-TA-TC-T-ATT-C--TG-TGCAC-----TAC---------ACGGTCTGGAACAC-GG---GGAAATTG-TTTAAAACC-ACGG--TTTGCTCAC--ACACTT-CCAA-------CAATGT--AC-GT-ACG-ATG-CCTTTAG------T-C-ACGTGTTCATAA-ATAGAAATGCGGGTACCTGAC-T-AGCCCTCCATCACGCACGGAAATATG-A-CAGAGTGTT-A-TATAATT--GG-GGT-GGAGCTATA-GGAATAG-TTTA-CGTGATCAGT-GA-TTGAC--ATG-A-TACAAGTT-C--TT-A-T-TAAACATATATT--TTGG-GT-AT-C-A-CATGACATTCTGAT-G--GGTGTG------AAACT-CG--------TCGC-T-AGCGCG-ACTCGTC-ACCACCC-ATCA-GAATA-TCCTGT--GATACCCAAA-AT--ATA-TGTTCAA
Reference ( family-5370 ) : CTTGTATCATGGTTTTGGTGTTTTTCTTTC-GTTAACTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGCGGAGCTTA-GCCCGTGC--GGTATTG----T-C---CG-CTTTT-GGAA-A-G--------------AG-TCTGT---GC-GGT---------ATTGTCCG---G---TTTTTG--TAAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTAC--TCCG-ATTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTGT-CAGAATCGATGGGAGGTGGA-TCCAGGAC-TTTTA-----CTA-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-TC--GG--ACGATTCTTTATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGCC--ATAATTT-CATGTTTAATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCC-ATGGTCACATAAGCTT-C-AATATTTTTAGTC-CTG-CAG-AACGTCTTCCGTG-ACG-AATA-GGTTGTCG--A-TGAACAGA-TGAA-GGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGAAAAAACATC-TACGATATTCTGTTC-G-TC-TGTCATAAG-AAA--AT-AAAAAAAATCTNATGTAAAATTACTCCTACAGATAACAAC-G-TTAGA-TTAC-AATA-----GANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTATGCATAATT---CATTGAT--ATGGAAAT-----ACGCTT-----CGAG-TGTG-TCATT-AAAA-TTACTCC-A-C-AGATAACAACTAGCTAGATGCATT--CAT-AAC-ATGTAAATA-----TNNNNNCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGACTATGCA-GACTATGCATAATTATGA-TATGGAAATACGCTT---GAG-TG-TCA-TAAAAATTACTCCTACAGAT-AAC-A-C-T-AGC-TAGATGCATTCATACATGTAAATATACATGTAAATATGAATATGGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTCAATCTTCACCATCTCA---CCATTTCGG-C-AATA-A-TTTGTTGTCTATCTCCGGATTATT-GT--T-CGG-ATGTA-A-----T-GCAGCTCAT-TA-TC-T-ATT-C--TG-TGCAC-----TAC---------ACGGTCTGGAACAC-GG---GGAAATTG-TTTAAAACC-ACGG--TTTGCTCAC--ACACTT-CCAA-------CAATGT--AC-GT-ACG-ATG-CCTTTAG------T-C-ACGTGTTCATAA-ATAGAAATGCGGGTACCTGAC-T-AGCCCTCCATCACGCACGGAAATATG-A-CAGAGTGTT-A-TATAATT--GG-GGT-GGAGCTATA-GGAATAG-TTTA-CGTGATCAGT-GA-TTGAC--ATG-A-TACAAGTT-C--TT-A-T-TAAACATATATT--TTGG-GT-AT-C-A-CATGACATTCTGAT-G--GGTGTG------AAACT-CG--------TCGC-T-AGCGCG-ACTCGTC-ACCACCC-ATCA-GAATA-TCCTGT--GATACCCAAA-AT--ATA-TGTTCAA
gi|1 : CTTGTATCATGGTTTTGGTGTTTTTCTTTT-GTTAACTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGAGGAGCTTA-GCCCGTGC--GGTATTG----T-C---CG-ATTTTCGGAA-A-G--------------CG-TCTGT---GC-GGT---------ATTGTCCG---G---TTTTTG--TAAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTAC--TCCG-ATTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTGT-CAGAATCGATGGGAGGTGGA-TCCAGGAC-TTTTA-----CTA-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-TC--GG--ACGATTCTTTATATTTTTCTCAGACCTACAACAAGGTGTCGCC--ATAATTT-CATGTTTAATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCC-ATGGTCACACAAGCTT-C-AATATTTTCAGTC-CTG-CAG-TACGTCTTCCGTG-ACG-AATA-GGTTGTCG--A-TGAACAGAGTGAA-GGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTG--AAAACATC-TACGAT-TTCTGTTC-G-TC-TGTCATAAG-AAA--ATAAAAAAAAATCGAATGTAAAATTACTCCTACAGAT-ACAACTG-CTAGA-T--C-AATAN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATGCATAATT---CATTGAT--ATGGAAAT-----ACGCTTA----CAAG-TGTG-TCATT-AAAA-TTACTCCTA-C-AGATAACAGTTAGCCAGATGCATT--CAT-AACAATGTAAATAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-GAATATGCATAATCATGA-TATGGAAATACGCTT---GAGTTG-T-A-TAAAAATTACTTCTACAGA------A-T-T-AGC---AAT---TTCATACATGTAAATATG-ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCATCTCCATTTCGG-C-AATA-A-TTTGTTGTCTATCTCCGGATTATTGGT--T-CGG-ATGTA-A-----T-GCAGCTCAT-TA-TC-TAATT-C--TG-TATACTG---TGC---------ACGGTCTGGAACAC-GG---GGAAATTG-GTTAAAACC-ACGG--TTTGCTCAC---CACTT-CCAA-------CAATGT--AC-G--ACA-ATG-TCTTTAG------T-C-ACGTGTTCATAA-ATAGAAATGCGGGTACCTGACTT-AGCCCTCCATCACGCACGGAAATATG-A-CAGAGTGTT-A-TATAATT--GG-GGT-GGAGCTATA-GGAATAG-TTTA-CGTGATCAGT-GA-TTGAC--ATG-A-TACAAGTT-C--TT-A---TAAACATATATT--TTGG-GT-AT-C-A-CATGACATTCTGAT-G--GGTGTG------AAACT-CG--------TCGCTT-AGCGCG-ACTCGTC-TCCA-CC-ATCA-GAATA-TCCTGT--GATACCCAAA-AT--ATAGTGTTCAA
gi|10 : ATCTCA---CCGTTTAAG-C-TATA-A-TTTGTTGTCCACCTCCGGAT------T--T-CGG-ATGTACATGTATT-GCAGCTCAT-TA-TC-T-ATT-C--TG-T-TA------TAC---------ATG---TG---C------------ATCG-TT----------GG--CT----CAC--ACACTT-GCAACAATGCGCAATGT--AC-GT-ATG-ATG-CC-TTAGACCTGTC-C-ATGTGTTCAGAA-ATAGAAATGCGGGTACCTGAA-TCACCCCTCCATCGCGCACGGAA
gi|11 : ta-GTCTGTCC--GGTATTG----T-C---CG-GTTTT-GG-----G--------------AA-TTTATTGGAC-AGTTCACATCCAATTGGACGTACA---CTGTTG--T--GCTGA-TA----A------TCACCGGAC--TCCG-ATTCCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTTATA-TCT-----GGATCGATGGGACACGGA-TCCAGGACAATTTG-----CTA-C-----TT-TAT-AAA----C-TT--GC--A-GACAC------CTTTTCTCGGATCTATGACt
gi|12 : TTGCATCATGGTTGTGATGTTTTTCTTTC-ATCAACTGT-TGATCAATAATTTTTCGTACCTGCACGG-AGGCGGAGTTTA-GACTGTGC--GGCATTG----T-C---AG-CTTTT-GAAA-A-GTTATTGGACATCTTAG-CCTGT---GC-GGT---------GTTGTCTA---G---TTTTGG--AAAGTTAT-CG----GACA-GTT
gi|13 : gtTCA-CGTGATTATC-GA-AAAAC--ATG-A-TGCAAGTT-CC-TT-A-T-TGCACA-GTATT--TTGC-TT-TT-C-A-CGTTATATTCGGAT-G--GGTGT-------AGACT-CGT-------TCGC-T-GGTGCGAACTCGTC-TCTA-CC-ATCA-CAATA-CCTCGT--AATACCCAAA-CT--ATC-TCTTCAAtcgaagt
gi|14 : CTTGTATCATGGTTTTGGTGTTTTTCTTTT-GTTAACTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGCGGAGCTTA-GCCCGTGC--GGTATTG----T-C---CGATTTTT-GGAA-T-G--------------CA-TCTGT---GC-GGT---------ATTGTCCG---G---TTTTTG--TAAGtaac
gi|15 : aTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTA-----AATCGATGGGAGGTGGA-TCCAGGAC-CTTTAAATTACTG-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-GC--GG--ACGATTCCTTATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTG
gi|16 : GTTCTGTAAT-CCTCATACC-GCAAGG-AGG-GGAGCT-A-GCTCGTGC--GGTATTGGTGAC-A---CA-CTTAT-GAAACA-G--------------AGATTTGT---GT-GGTAA-------ACTGTCCG---AGTTTTTTTT--TAAGTTAATTG----GACAGGTTCACAG
gi|17 : -TGTTCTGTAAT-CCTCATACCTGC--GG-AGG-GGAGCTTA-GCC-GTGC--GGTATTG----G-TACACA-CTTTT-GGAA-AAG--------------AG-TTTGT---GT-GGT---------ATTGTCCGT--T---TTTTTT--TAAGTTAA-TG----GACAGGTTCA
gi|18 : -AT-C-A-CATGATATTCTGAT-G--GGTGTG------AA-----------------C-T-A-TAAG-ACTCGTC-ACCACCC-ATCA-GAAT--TCTTGT--GATACCCAAA-AT--ATA-TGc
gi|2 : ATGCATAATT---CTATGATTTAGGAAAAT-----ACGCTT------GAG--GTGATCATTTAAAA-TTACTCT-AAC-AGATAACACTTAGC-AAATGCATT--CAT-A-C-ATGTAAAT------------CATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACTATGCATAATTATGAATATGGAA-TACGCTT---GAG-TG-TCA-TAAAGA-----CCTACAGAC-AAC-A-C-TTAGCATAAATGCATTT-----------CATACATGTAAATATGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCAATCTTCACCATCT---------TTCGG-CCAATA-A-TTTGTTGTCTAC--------------T--T-CGA-ATGTA-AA----T-GCAGCTCAT-TA-TC-T-ATTTC--TG-TGCAC-----TA----------ACGGTCTGGAACAC-TGCGTGGAAATTG-TTTAAAACC-ACGG---TTGCTCAC--ACACTT--CAA-------CAATGT--AC-GTAACA-ATG-CCTTTA-------T-C-ACGTGTTCATA--------------GTA-CTGAC-A-AGCCCACCATCACGCACGG-AATATG-ATCAGAGTG-T-A-TATAATTTGAG-GGT-GGAGCTATA-GGAATAGTTTTA-CGTGATCAGT-GA--TGAC--ATG-A-TACAAGTTCC--TT-A-T-TAAACATATATT--TTGG-GT-ATCC-A-CATGACATTCTGATGG--GGTGTT------GAACTGCT--------TCGC-T-AGCGCG-ACTCGTC-ACCA-AC-ATCAGGAATA-TCC-GT--GATACCCAAA-AT--ATC-TGTTCAA
gi|2 : cagttaTTTCTTTTAGTTAACTGCATGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGAGGAGTTAA-GCCCGTGCTGGATATTG----TTC---CG-CTTTT-GGAA-A-G--------------AG-CCTGT---GC-GAT---------ATTGTT-G---G---TTTTTG--TAAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTAC--TCCGCATTTCCGTGTC-GCGTTTCAGTGA-TTTCACAACCTGT-CAGAATCGATGGGAGGTGGAATCCAGGAC-TTTTA-----CTAACCTTT-TTGTCTTAAATGTTCCTC--GGGGACG-TTCTTTA-ATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGGC--ATAATTT-CATGTTTGATTAAA--AGAT--GAGTCGC-CGACTTTGTTTTCC-ATTGTCACATAAGCTT-C-AATATTTTTAGTCACTG-CAG-AACGTCTCCTGTGAATG-AATA-GGTTG-CG--A-TGAACAGA-TGAAGGGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGGAAAAACATCTTAC-ATATTCTGTTC-G-TCTTGTCATAAGAAAA--AT-AAAAAAAATCTTATGAAAAATTACTCCTACAG--AATAAC-GTTTAGATTTACAAATA-----GAgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgggctctccatctccctctcctttcttcctcctcactctcttccccttcttctatttgtaaatctaaacgttattctgtaggagtaatttttcataagattttttttatttttcttatgacaagacgaacagaatatgtaagatgtttttccaaaaatacattgaagcaacccccttcatctgttcatcgcaacctattcattcacaggagacgttctgcagtgactaaaaatattgaagcttatgtgacaatggaaaacaaagtcggcgactcatcttttaatcaaacatgaaattatgccgacacctggtcgtagatctgagaaaaattaaagaacgtccccgaggaacatttaagacaaaaaggttagtaaaagtcctggattccacctcccatcgattctgacaggttgtgaaatcactgaaacgcgacacggaaatgcggagtactatgaactgtccattaacttacaaaaaccaacaatatcgcacaggctctttccaaaagcggaacaatatccagcacgggcttaactcctcctccttgcgggtatgaggaattactgaacatgcagttaactaaaagaaa
gi|3 : cagttattgaacagatattttgggtatcacggatattcctgatgttggtgacgagtcgcgctagcgaagcagttcaacaccccatcagaatgtcatgtggatacccaaaatatatgtttaataaggaacttgtatcatgtcatcactgatcacgtaaaactattcctatagctccaccctcaaattatatacactctgatcatattccgtgcgtgatggtgggcttgtcagtactatgaacacgtgataaaggcattgttacgtacattgttgaagtgtgtgagcaaccgtggttttaaacaatttccacgcagtgttccagaccgttagtgcacagaaatagataatgagctgcatttacattcgaagtagacaacaaattattggccgaaagatggtgaagattgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattcatatttacatgtatgaaatgcatttatgctaagtgttgtctgtaggtctttatgacactcaagcgtattccatattcataattatgcatagtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgatttacatgtatgaatgcatttgctaagtgttatctgttagagtaattttaaatgatcacctcaagcgtattttcctaaatcatagaattatgcatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgggctctccatctccctctcctttcttcctcctcactctcttccccttctTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGGGAGGCGGAGCTTA-GCCCGTGC--GGTATTG----T-C---GA-TTTTC-GGAA-A-G--------------CG-TCTGT---GCCGGT---------ATTTTCCG---G---TTTTTG--TA-GTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTGC--TCCG-ATTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTG------ATCGATGGGAGGTGGA-TC-AGGAC-CTTTA-----CTG-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-TC--TG--ACGATTCTTCATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGCC--ATA-TTT-CATGTTTAATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCCCATGGTCACATAAGCTT-C-ACTAT----AGTC-CTG-CAG-AACGTCTTCCGTG-ACA-AATA-GGTTGTCG--A-TGAACAAA-TGAA-AGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGAAGAAACATC-TACGATATTCTGTTC-G-TC-TGACATAAGAAAA--AT-GAAAAAAATCTAATGTAAAATTACTCCTACAGATAACAAC-G-CTAGA--TAC-AAT
gi|3 : TATGCAGAATTACGCAT--ATCCATAGGAATTTATAATGCTTATGTACAAAATGTG-TCATT-AAAAATCACTCC-A-AGAGATAACGAC--GCTAGATACATT--CATGAAT-ATGTAAATA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------------CTATGCATGATTATGA-TATGGAAATACGCTT---GTG-TG-TCATTAAAAATTACT-CTACAGGT-AAC-ATT-T-AGC-TAGATGCATTCATACATGTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgacttttatgcagaattacgcatatccataggaatttataatgcttatgtacaaaatgtgtcattaaaaatcactccaagagataacgacgctagatacattcatgaatatgtaaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatgcatgattatgatatggaaatacgcttgtgtgtcattaaaaattactctacaggtaacatttagctagatgcattcatacatgtacaagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatctcaccatttcggccaataattttgttgtctatctccggattgtaatgcagctcattattctattctgtatatacataagtgcgacggtctggaacacgggaaattgtttaaaacccgtttggctcacacacttccacaatgtacgtacaatgcctttgtccacgtgttcataatagaaatgcgggtactgacttaccctccatcacgcacggaatatgatagagtgttattataattggggtggagctatagggaatagtttacatgatcagtgattgacatgattacaagttcctttatttaaacatatatttggtatcaatgacattctgatgggtgtgaaactcgtcgctatcgcgactcgtcaccacccatcagaatgttcttgtgataccaaaatatattgttcaata
gi|3 : tgctgttcagtaattcctcatacccgcaagggaggcggagcttagcccgtgcggtattgtcgattttcggaaagcgtctgtgccggtattttccggtttttgtagttaatggacagttcatagtgctccgatttcctgtcgcgcttcagtgatttcacacctgatcgatgggaggtggatcaggacctttactgccttttttctaaatgttctctgacgattcttcatatttttctcagatctacgaccaggtgtcgccatatttcatgtttaattaaagctgagtcgcacgactttgttttcccatggtcacataagcttcactatagtcctgcagaacgtcttccgtgacaaataggttgtcgatgaacaaatgaaagggttgcttcaatgtatttttgaagaaacatctacgatattctgttcgtctgacataagaaaaatgaaaaaaatctaatgtaaaattactcctacagataacaacgctagatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgactttATCT-CACC-----------ATTTCGGCC-AATA-ATTTTGTTGTCTATCTCCGGAT----------------TGTA-A-----T-GCAGCTCAT-TATTC-T-ATT-C--TG-TATA------TACATAAGTGCGACGGTCTGGAACAC--G---GGAAATTG-TTTAAAACC--CGT--TTGGCTCAC--ACACTT-CC-A-------CAATGT--AC-GT-ACA-ATG-CCTTTGT------C-C-ACGTGTTCAT-A-ATAGAAATGCGGGTA-CTGAC-T-TACCCTCCATCACGCACGG-AATATG-A-TAGAGTGTT-ATTATAATT--GG-GGT-GGAGCTATAGGGAATAG-TTTA-CATGATCAGT-GA-TTGAC--ATG-ATTACAAGTT-CCTTT-ATT-TAAACATATATT--T--G-GT-AT-C-A--ATGACATTCTGAT-G--GGTGTG------AAACT-CG--------TCGC-T-ATCGCG-ACTCGTC-ACCACCC-ATCA-GAATGTTCTTGT--GATA-CCAAA-AT--ATATTGTTCAAcaagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatctcaccatttcggccaataattttgttgtctatctccggattgtaatgcagctcattattctattctgtatatacataagtgcgacggtctggaacacgggaaattgtttaaaacccgtttggctcacacacttccacaatgtacgtacaatgcctttgtccacgtgttcataatagaaatgcgggtactgacttaccctccatcacgcacggaatatgatagagtgttattataattggggtggagctatagggaatagtttacatgatcagtgattgacatgattacaagttcctttatttaaacatatatttggtatcaatgacattctgatgggtgtgaaactcgtcgctatcgcgactcgtcaccacccatcagaatgttcttgtgataccaaaatatattgttcaata
gi|4 : tgctgttcagtaattcctcatacccgcaagggaggcggagcttagcccgtgcggtattgtcgattttcggaaagcgtctgtgccggtattttccggtttttgtagttaatggacagttcatagtgctccgatttcctgtcgcgcttcagtgatttcacacctgatcgatgggaggtggatcaggacctttactgccttttttctaaatgttctctgacgattcttcatatttttctcagatctacgaccaggtgtcgccatatttcatgtttaattaaagctgagtcgcacgactttgttttcccatggtcacataagcttcactatagtcctgcagaacgtcttccgtgacaaataggttgtcgatgaacaaatgaaagggttgcttcaatgtatttttgaagaaacatctacgatattctgttcgtctgacataagaaaaatgaaaaaaatctaatgtaaaattactcctacagataacaacgctagatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgacttttatgcagaattacgcatatccataggaatttataatgcttatgtacaaaatgtgtcattaaaaatcactccaagagataacgacgctagatacattcatgaatatgtaaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatgcatgattatgatatggaaatacgcttgtgtgtcattaaaaattactctacaggtaacatttagctagatgcattcatacatgtacaagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCAGTAATTCCT---ATCCGCAAGG-AGGAGGAG-TTA-GCCCGTGC--GGTATTG----T-C---CG-CTTTT-GGAA-A-G--------------AG-CCTGT---GC-G-T---------ATTGTCTG---G---TTTTTG--TAAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTAC--TCCG-ATTTCC-TGTC-GCGTTTCAGTGA-TTTCACA-CCTGTTCAGAATCGATGGGAGGTGGA-TCC-GGAC-TTT-A-----CTA-CCTTT-TT-C---AAATGGTC-TC--GG--ACGATTCTTTATATTTTTCTCAGA-CTACGACCAG-TGTCGGC--ATAATTTTCATGTTTGATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCC-ATTGTCACATAAGCTTTC-AATATTTTTA-TC-CTG-CAG-AACGTCTCCTGTGTATG-AATA-GGTTGTCG--A-TGAACAGA-TGAA-GGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTTGAAAAACATC-TACG-TATTCTGTTC-GTTC-TGTCATAAG-AAA--AT-AAAAAAAATCTTATGAAAAATTACTCCTACAG--AATAAC-G-TTAGA-TTAC-AATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATGCATA--T---CA-TGAT--ATGAAACT-----ACGCTT------GAG-TA-G-TCATT-AAAA-TTACTCC-A-C-AGATAACACTTAGCTAAATGCATT--CAT--AC-ATGTAAATA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGACTATGC---------CATAATTATGA-TATGGAAATACGCTT---GAG-TG-TCA-TAAAA--TGATCCTACAGAC-AAC-A-CTT-AGC-TAAATGCATTC------------ATACATGTAAATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATC-TCACC-----------ATTTCGG-C-AATA-A-TTTGTTGTCTATC-------------T--T-CGA-ATGTA-A-----T-GCAGCTCAT-TA-TC-T-ATT-C--TG-TGCAC-----TA----------ACGGTCTGGAACAC-GGT--GGAAATGT-TTTAAAACC-ACGG--TTTGCTCAC--ACACTT-CCAA-------CAATGT--AC-GT-ACA-ATG-CCTTTAG------TCC-ACGTGTTCATA--------------GTACCTGAC-T-AAGCCACCATCACGCACGG-AATATGAA-CAG-GTGTT-A-TATAATT--GG-GGT-GGAGCTATA-GGAATAG-TTTA-CGTGATCAGT-GA--TGAC--ATG-A-TAC-AGTT-C--CT---T-TAAACATATATT--TTGG-GT-AT-C-A-CATGACATTCTGAT-G--GGTGTG-------AACT-CG--------TCGC-T-AGCGCG-ACTCGTC-ACCA-CC-ATCA-GAATA-TCCTGT--GATACCC-AA-AT--ATta
gi|5 : GTTTTTCTTT--GTTAA-TGC-TGTTCAGTA-TTCC-CATACCCGCAAGG-AGGCGGAGCTTAGGACCGT-C--GGTATTG----T-C---CGACTTTG-GGAA-A-G--------------AG--CTGT----C--GT----------TTGTCC----G---TTTTTGAATAAGTTAA-TGCAATGGCA-GTTCATAGTACTTTTCG-ATTT-C-TGTCTGCGCTTCAGTGAGTTTCACA-CCTGT-CAGAATCGA-GGGA-GTGGT-GTCAGGAC-TTTTAG----CTA-CCTTTCTT-TCT-AAATGTTT-TCTGGA--ACGA-TCGTTATATTTTTCTCAGAT-TAC-ACCAGGTGTCGCC--ATAATTT-CATGTTT-ATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTG-TTTCC-ATGGTCACATAAGCTT-CAAATTTTTTTAGTC-CTGCCAGAAACGTCTT-TGTG-ATGAAATAGGGTTGTCG--ATTGAACAGA-TGAA-GGGGTTGCTTCAATGTATGTTTTGAAAAAGCATC-T-CGATATTCGGTTCGG-TC-TGTCATAAG-AAAATAT-AAAAAAAATCTTAT-TAAAATTA---CCACAGATAACAAC-G-TTAGA--TAC-AATA-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTATGCATAA-T---CA-TGGT--ATGGAAAT-----ACGCTT-----TCAA-AGTGCTCATT-AAAA-TTACTCCTA-C-AGATA--AACTAGCTAGATGCATT--CAT--AC-ACGTAAATA-----tctgtcaataactg
gi|6 : ATT-AAAA-TTAC--C-A-C-AGATAACAAC--GTTAGATACAATANNNN-NNN-NNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NACTATGCATAATCATGG-TATGGAAATACGCTTTCAAAG-TGCTCA-TTAAAATTACTCCTACAGAT-AA--A-C-T-AGC-TAGATGCATTCATACACGTAA------------------ATATGGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTT--------A--ATCTCA---CCATT--GG-C-AATACA-TTTGTTGTCTATCTCCGGATTATT-GTA-T-CGG--TGTA-A-----T-GCAGCT-ATGTA-TCGT-ATT-TGGTGCTGCAC-----TA----------ACGGTCTGGAACACCGG---GGAAATTG-TTTAAAACC-ACGGGTCTTGCTCAC--ACACTTTCCAG-------CAATGTG-ACTGT-ACA-ATGGCCTTTAG------T-C-CCGTGTTCAT----TAG---------TACCTGA--T-AGCCA--CATCACGCCCGGAA-TATG-A-CA-AGTGTTTA-TATA-TT--GG-GGTAGGAGCTATA-GGAATAG-TTTA-CGTGATCA-T-GATTTGACAAATGAA-TACAAGTT-C--TTAA-T-CAACCA-ATATG--TTGGTGT-AT-CGA-CATGACATTCTGAT----GGTGTG------A---T-CG--------TCGC-TAAGCGCG-ATCGGTC-CCCACCC-ATCA-GAATA-T-CTGTTAGA-ACCCAAATATCGATC-TGTTCA
gi|7 : TACAGATTAACGA-C-T-TAC-TAGATGCATTCA------------TACATGTAA-----AAT---GAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATCG---------CA---CCATTTCGGGC-AATA-A-TTTGTTGTCTA-CTCCGGATTATT-GTGTT-CGGTATGTA-A-----TTGCAGCTCAT-TA-TC-T-ATT-C--TG-TGCAC-----TA----------ACGGTCTGAGACAC-GGA--GGAAAGTGTTTTAAAACCGACGG--TTTGCTCACTAACACTT-CCAA-------CAATGTAAAC-GT-ACGAATG-CTTATAG------T-CAACGTGCTCATAGTATCG--CTACAGG--CCCGAC-C-A----TC---CACGCACGG-AATATG---CA-AGTGTT-A-TATAATT--GGTGGT--GAGCTATA-GCAATAG-TTTACCGTGATCAGTAGA-TTGAC--ATG-A-TACAATTC-C--TT-A-T-TAAGCATATATT--TTGG-GTAAT-C-A-CATGAC--TCTGAT-GGTGGGGTGGGGAATAAATC-CGGTCCCCCCCCGC-T-AGCGCG-AC-CG-C-ACCACCC-ATCAGGAATA-T-CTGT--GATACCCAAA-AT--ATA-TGTTCtaaa
gi|8 : ttg-C-AATA-A-TTTGTTGCCTATCTTCGGATTATT-AT--TTCGA-ATGTT-A-----T-GCAGCTCAT-TA-TC-T-ATT-C--TG-TATATACATGTGC---------ACGGTCTGGAACAC-GG---GGAAATTG-TT-AAAACC-ACGG--TTTGCTCAC--TCACTT-CCAA-------CAATGA--AT-GT-ACG-ATG-CCTTTAG------TCC-ACGTGTTTAAAA-ATAGAA-----------------------TCCATCCCGCACGGGAATATG-A-CA----GTT-A-T-TAATT---G-GGT-GGAGCTATA-CGAATAG-TTT--CGTGATCAGT-GA-TTGAC--AT--C-TACAAGTC-C--TT-A-TCTAAGCATATAGTGCTTGG-GT-AT-C-ACCATGATATTCTGAT-G--GGTGT--------AACT-CG--------------------------GTCAACCACCCTATCA-GAATA-TCTTGT--GA-A-CCAAA-AT--
gi|9 : --ACGATTCTTCATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGCCGCATA--TT-C-TGTTTAATT-AAGAAGCCTGGAGTCGCACGACTTGGTTTTCC-ATGGTCACA-AAGCT--C-AATATG---AGTC-CTGTCAG-AACGTCTTCCGTG-ACA-AATA-GGTTGTCGGTA-TGAACAAA-TGAA-AGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGAAGAAACATC-TACGATATTCTGTTC-G-TC-TGACATAAG-AAA--AT-GAAAAAAATCTAATGTAAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TCGATCTGACACCAGACATCGTAAAATCTGATGACTTAAATTGTGTCGTCCGCAAACGGGTTGACGTACATGTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 22222222222222 222222222 1111111 1111 22222 1 1 1 111 111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111 22 22222 33333333 1 1 1 11111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 11 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 333333333 11111 444444444444444444 111111 1111111 11 11111111 444444444444444 111111 1 11 11 11 222222222222222222222222 1 11
lowQualScore : 77 5 1 4 9 4 55 8888 4 777 8 4 4 4 33333333333333 44 777 4 111111111 3333333 55 4 9999 8 99 6 5 5 5 5 6666 0 5 5 00000 5 5 5 0 5 5 77 66 2 0 99 7 6 4 6 99 99 6 1 6 6 6666 6 3 6 3 6 6 99 6 6 6 6 4 6 6 6 6 3 99 6 1 222 8 8 999 8 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66 6666666 22 00000 55555555 0 0 6 6 6 3 777 1 7 1 99 77777 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8 0 444 8 8 8 66 3 00 99 888 6 6 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 5 5 5 0 0 333333333 5 55 5 77777 5 5 5 5 5 5 66 5 2 444444444444444444 999999 5 3 55 777 0 777 5 6666666 11 5 5 5 5 99999999 5 888888888888888 0 5 555555 3 7 999 22 5 5 77 5 5 5 5 5 5 11 66 5 5 5 11 99999 3 66 5 4 4 4 4 4 66 111111111111111111111111 4 4 1 4 0 4 2 4 8 4 1 66 1 1 4 66 22
lowQualScore : .. . . . . . .. .... . ... . . . . .............. .. ... . ......... ....... .. . .... . .. . . . . . .... . . . ..... . . . . . . .. .. . . .. . . . . .. .. . . . . .... . . . . . . .. . . . . . . . . . . .. . . ... . . ... . ............................................................................................ .. ....... .. ..... ........ . . . . . . ... . . . .. ..... ............................................................................... . . ... . . . .. . .. .. ... . . ................................................................................................................ . . . . . . ......... . .. . ..... . . . . . . .. . . .................. ...... . . .. ... . ... . ....... .. . . . . ........ . ............... . . ...... . . ... .. . . .. . . . . . . .. .. . . . .. ..... . .. . . . . . . .. ........................ . . . . . . . . . . . .. . . . .. ..
lowQualScore : 66 7 9 4 4 0 55 5555 0 000 0 0 0 0 55555555555555 44 000 0 555555555 7777777 55 4 4444 9 22 7 7 7 7 7 1111 7 7 7 00000 7 7 7 7 7 7 99 99 0 1 22 3 7 2 7 22 22 7 7 7 7 8888 7 3 7 3 7 7 22 7 7 7 7 2 7 7 7 7 3 22 7 0 000 0 0 444 0 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 44 8888888 00 00000 44444444 6 8 0 7 7 3 555 5 3 7 22 77777 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 8 000 0 0 0 44 2 88 22 777 7 7 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 0 0 0 9 1 666666666 0 11 0 55555 0 0 0 0 0 0 99 0 2 666666666666666666 444444 0 2 11 888 1 222 0 2222222 99 0 0 0 0 11111111 0 000000000000000 1 6 444444 6 4 444 99 7 7 99 7 7 7 7 0 0 55 99 0 0 0 99 22222 2 99 0 4 4 4 4 4 11 444444444444444444444444 4 4 1 4 8 4 2 4 9 4 1 11 9 1 4 11 77
consensus : CTTGTATCATGGTTTTGGTGTTTTTCTTTC-GTTAACTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGCGGAGCTTA-GCCCGTGC--GGTATTG----T-C---CG-CTTTT-GGAA-A-G--------------AG-TCTGT---GC-GGT---------ATTGTCCG---G---TTTTTG--TAAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTAC--TCCG-ATTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTGT-CAGAATCGATGGGAGGTGGA-TCCAGGAC-TTTTA-----CTA-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-TC--GG--ACGATTCTTTATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGCC--ATAATTT-CATGTTTAATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCC-ATGGTCACATAAGCTT-C-AATATTTTTAGTC-CTG-CAG-AACGTCTTCCGTG-ACG-AATA-GGTTGTCG--A-TGAACAGA-TGAA-GGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGAAAAAACATC-TACGATATTCTGTTC-G-TC-TGTCATAAG-AAA--AT-AAAAAAAATCTNATGTAAAATTACTCCTACAGATAACAAC-G-TTAGA-TTAC-AATA-----GANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTATGCATAATT---CATTGAT--ATGGAAAT-----ACGCTTACG-----AGTGTG-TCATT-AAAA-TTACTCC-A-C-AGATAACAACTAGCTAGATGCATT--CAT-AAC-ATGTAAATA-----TNNNNNCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGACTATGCA-GACTATGCATAATTATGA-TATGGAAATACGCTT---GAG-TG-TCA-TAAAAATTACTCCTACAGAT-AAC-A-C-T-AGC-TAGATGCATTCATACACGTAAATAC-ATGTAAATATGAATATGGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTAATCT-CACCATCTCA---CCATTTCGG-C-AATA-A-TTTGTTGTCTATCTCCGGATTATT-GT--T-CGG-ATGTA-A-----T-GCAGCTCAT-TA-TC-T-ATT-C--TG-TGCAC-----TAC---------ACGGTCTGGAACAC-GG---GGAAATTG-TTTAAAACC-ACGG--TTTGCTCAC--ACACTT-CCAA-------CAATGT--AC-GT-ACG-ATG-CCTTTAG------T-C-ACGTGTTCATAA-ATAGAAATGCGGGTACCTGAC-T-AGCCCTCCATCACGCACGGAAATATG-A-CAGAGTGTT-A-TATAATT--GG-GGT-GGAGCTATA-GGAATAG-TTTA-CGTGATCAGT-GA-TTGAC--ATG-A-TACAAGTT-C--TT-A-T-TAAACATATATT--TTGG-GT-AT-C-A-CATGACATTCTGAT-G--GGTGTG------AAACT-CG--------TCGC-T-AGCGCG-ACTCGTC-ACCACCC-ATCA-GAATA-TCCTGT--GATACCCAAA-AT--ATA-TGTTCAA
Reference ( family-5370 ) : CTTGTATCATGGTTTTGGTGTTTTTCTTTC-GTTAACTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGCGGAGCTTA-GCCCGTGC--GGTATTG----T-C---CG-CTTTT-GGAA-A-G--------------AG-TCTGT---GC-GGT---------ATTGTCCG---G---TTTTTG--TAAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTAC--TCCG-ATTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTGT-CAGAATCGATGGGAGGTGGA-TCCAGGAC-TTTTA-----CTA-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-TC--GG--ACGATTCTTTATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGCC--ATAATTT-CATGTTTAATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCC-ATGGTCACATAAGCTT-C-AATATTTTTAGTC-CTG-CAG-AACGTCTTCCGTG-ACG-AATA-GGTTGTCG--A-TGAACAGA-TGAA-GGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGAAAAAACATC-TACGATATTCTGTTC-G-TC-TGTCATAAG-AAA--AT-AAAAAAAATCTNATGTAAAATTACTCCTACAGATAACAAC-G-TTAGA-TTAC-AATA-----GANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTATGCATAATT---CATTGAT--ATGGAAAT-----ACGCTTACG-----AGTGTG-TCATT-AAAA-TTACTCC-A-C-AGATAACAACTAGCTAGATGCATT--CAT-AAC-ATGTAAATA-----TNNNNNCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGACTATGCA-GACTATGCATAATTATGA-TATGGAAATACGCTT---GAG-TG-TCA-TAAAAATTACTCCTACAGAT-AAC-A-C-T-AGC-TAGATGCATTCATACACGTAAATAC-ATGTAAATATGAATATGGAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTAATCTTCACCATCTCA---CCATTTCGG-C-AATA-A-TTTGTTGTCTATCTCCGGATTATT-GT--T-CGG-ATGTA-A-----T-GCAGCTCAT-TA-TC-T-ATT-C--TG-TGCAC-----TAC---------ACGGTCTGGAACAC-GG---GGAAATTG-TTTAAAACC-ACGG--TTTGCTCAC--ACACTT-CCAA-------CAATGT--AC-GT-ACG-ATG-CCTTTAG------T-C-ACGTGTTCATAA-ATAGAAATGCGGGTACCTGAC-T-AGCCCTCCATCACGCACGGAAATATG-A-CAGAGTGTT-A-TATAATT--GG-GGT-GGAGCTATA-GGAATAG-TTTA-CGTGATCAGT-GA-TTGAC--ATG-A-TACAAGTT-C--TT-A-T-TAAACATATATT--TTGG-GT-AT-C-A-CATGACATTCTGAT-G--GGTGTG------AAACT-CG--------TCGC-T-AGCGCG-ACTCGTC-ACCACCC-ATCA-GAATA-TCCTGT--GATACCCAAA-AT--ATA-TGTTCAA
gi|1 : CTTGTATCATGGTTTTGGTGTTTTTCTTTT-GTTAACTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGAGGAGCTTA-GCCCGTGC--GGTATTG----T-C---CG-ATTTTCGGAA-A-G--------------CG-TCTGT---GC-GGT---------ATTGTCCG---G---TTTTTG--TAAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTAC--TCCG-ATTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTGT-CAGAATCGATGGGAGGTGGA-TCCAGGAC-TTTTA-----CTA-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-TC--GG--ACGATTCTTTATATTTTTCTCAGACCTACAACAAGGTGTCGCC--ATAATTT-CATGTTTAATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCC-ATGGTCACACAAGCTT-C-AATATTTTCAGTC-CTG-CAG-TACGTCTTCCGTG-ACG-AATA-GGTTGTCG--A-TGAACAGAGTGAA-GGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTG--AAAACATC-TACGAT-TTCTGTTC-G-TC-TGTCATAAG-AAA--ATAAAAAAAAATCGAATGTAAAATTACTCCTACAGAT-ACAACTG-CTAGA-T--C-AATAN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATGCATAATT---CATTGAT--ATGGAAAT-----ACGCTTACA-----AGTGTG-TCATT-AAAA-TTACTCCTA-C-AGATAACAGTTAGCCAGATGCATT--CAT-AACAATGTAAATAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-GAATATGCATAATCATGA-TATGGAAATACGCTT---GAGTTG-T-A-TAAAAATTACTTCTACAGA------A-T-T-AGC---AAT---TTCATACATGTAAATATGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCATCTCCATTTCGG-C-AATA-A-TTTGTTGTCTATCTCCGGATTATTGGT--T-CGG-ATGTA-A-----T-GCAGCTCAT-TA-TC-TAATT-C--TG-TATACTG---TGC---------ACGGTCTGGAACAC-GG---GGAAATTG-GTTAAAACC-ACGG--TTTGCTCAC---CACTT-CCAA-------CAATGT--AC-G--ACA-ATG-TCTTTAG------T-C-ACGTGTTCATAA-ATAGAAATGCGGGTACCTGACTT-AGCCCTCCATCACGCACGGAAATATG-A-CAGAGTGTT-A-TATAATT--GG-GGT-GGAGCTATA-GGAATAG-TTTA-CGTGATCAGT-GA-TTGAC--ATG-A-TACAAGTT-C--TT-A---TAAACATATATT--TTGG-GT-AT-C-A-CATGACATTCTGAT-G--GGTGTG------AAACT-CG--------TCGCTT-AGCGCG-ACTCGTC-TCCA-CC-ATCA-GAATA-TCCTGT--GATACCCAAA-AT--ATAGTGTTCAA
gi|10 : ATCTCA---CCGTTTAAG-C-TATA-A-TTTGTTGTCCACCTCCGGAT------T--T-CGG-ATGTACATGTATT-GCAGCTCAT-TA-TC-T-ATT-C--TG-T-TA------TAC---------ATG---TG---C------------ATCG-TT----------GG--CT----CAC--ACACTT-GCAACAATGCGCAATGT--AC-GT-ATG-ATG-CC-TTAGACCTGTC-C-ATGTGTTCAGAA-ATAGAAATGCGGGTACCTGAA-TCACCCCTCCATCGCGCACGGAA
gi|11 : ta-GTCTGTCC--GGTATTG----T-C---CG-GTTTT-GG-----G--------------AA-TTTATTGGAC-AGTTCACATCCAATTGGACGTACA---CTGTTG--T--GCTGA-TA----A------TCACCGGAC--TCCG-ATTCCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTTATA-TCT-----GGATCGATGGGACACGGA-TCCAGGACAATTTG-----CTA-C-----TT-TAT-AAA----C-TT--GC--A-GACAC------CTTTTCTCGGATCTATGACt
gi|12 : TTGCATCATGGTTGTGATGTTTTTCTTTC-ATCAACTGT-TGATCAATAATTTTTCGTACCTGCACGG-AGGCGGAGTTTA-GACTGTGC--GGCATTG----T-C---AG-CTTTT-GAAA-A-GTTATTGGACATCTTAG-CCTGT---GC-GGT---------GTTGTCTA---G---TTTTGG--AAAGTTAT-CG----GACA-GTT
gi|13 : gtTCA-CGTGATTATC-GA-AAAAC--ATG-A-TGCAAGTT-CC-TT-A-T-TGCACA-GTATT--TTGC-TT-TT-C-A-CGTTATATTCGGAT-G--GGTGT-------AGACT-CGT-------TCGC-T-GGTGCGAACTCGTC-TCTA-CC-ATCA-CAATA-CCTCGT--AATACCCAAA-CT--ATC-TCTTCAAtcgaagt
gi|14 : CTTGTATCATGGTTTTGGTGTTTTTCTTTT-GTTAACTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGCGGAGCTTA-GCCCGTGC--GGTATTG----T-C---CGATTTTT-GGAA-T-G--------------CA-TCTGT---GC-GGT---------ATTGTCCG---G---TTTTTG--TAAGtaac
gi|15 : aTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTA-----AATCGATGGGAGGTGGA-TCCAGGAC-CTTTAAATTACTG-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-GC--GG--ACGATTCCTTATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTG
gi|16 : GTTCTGTAAT-CCTCATACC-GCAAGG-AGG-GGAGCT-A-GCTCGTGC--GGTATTGGTGAC-A---CA-CTTAT-GAAACA-G--------------AGATTTGT---GT-GGTAA-------ACTGTCCG---AGTTTTTTTT--TAAGTTAATTG----GACAGGTTCACAG
gi|17 : -TGTTCTGTAAT-CCTCATACCTGC--GG-AGG-GGAGCTTA-GCC-GTGC--GGTATTG----G-TACACA-CTTTT-GGAA-AAG--------------AG-TTTGT---GT-GGT---------ATTGTCCGT--T---TTTTTT--TAAGTTAA-TG----GACAGGTTCA
gi|18 : -AT-C-A-CATGATATTCTGAT-G--GGTGTG------AA-----------------C-T-A-TAAG-ACTCGTC-ACCACCC-ATCA-GAAT--TCTTGT--GATACCCAAA-AT--ATA-TGc
gi|2 : ATGCATAATT---CTATGATTTAGGAAAAT-----ACGCTT--G-----AG-GTGATCATTTAAAA-TTACTCT-AAC-AGATAACACTTAGC-AAATGCATT--CAT-A-C-ATGTAAAT------------CATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACTATGCATAATTATGAATATGGAA-TACGCTT---GAG-TG-TCA-TAAAGA-----CCTACAGAC-AAC-A-C-TTAGCATAAATGCATTT-----C----ATAC-ATGTAAATATGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCAATCTTCACCATCT---------TTCGG-CCAATA-A-TTTGTTGTCTAC--------------T--T-CGA-ATGTA-AA----T-GCAGCTCAT-TA-TC-T-ATTTC--TG-TGCAC-----TA----------ACGGTCTGGAACAC-TGCGTGGAAATTG-TTTAAAACC-ACGG---TTGCTCAC--ACACTT--CAA-------CAATGT--AC-GTAACA-ATG-CCTTTA-------T-C-ACGTGTTCATA--------------GTA-CTGAC-A-AGCCCACCATCACGCACGG-AATATG-ATCAGAGTG-T-A-TATAATTTGAG-GGT-GGAGCTATA-GGAATAGTTTTA-CGTGATCAGT-GA--TGAC--ATG-A-TACAAGTTCC--TT-A-T-TAAACATATATT--TTGG-GT-ATCC-A-CATGACATTCTGATGG--GGTGTT------GAACTGCT--------TCGC-T-AGCGCG-ACTCGTC-ACCA-AC-ATCAGGAATA-TCC-GT--GATACCCAAA-AT--ATC-TGTTCAA
gi|2 : cagttaTTTCTTTTAGTTAACTGCATGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGAGGAGTTAA-GCCCGTGCTGGATATTG----TTC---CG-CTTTT-GGAA-A-G--------------AG-CCTGT---GC-GAT---------ATTGTT-G---G---TTTTTG--TAAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTAC--TCCGCATTTCCGTGTC-GCGTTTCAGTGA-TTTCACAACCTGT-CAGAATCGATGGGAGGTGGAATCCAGGAC-TTTTA-----CTAACCTTT-TTGTCTTAAATGTTCCTC--GGGGACG-TTCTTTA-ATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGGC--ATAATTT-CATGTTTGATTAAA--AGAT--GAGTCGC-CGACTTTGTTTTCC-ATTGTCACATAAGCTT-C-AATATTTTTAGTCACTG-CAG-AACGTCTCCTGTGAATG-AATA-GGTTG-CG--A-TGAACAGA-TGAAGGGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGGAAAAACATCTTAC-ATATTCTGTTC-G-TCTTGTCATAAGAAAA--AT-AAAAAAAATCTTATGAAAAATTACTCCTACAG--AATAAC-GTTTAGATTTACAAATA-----GAgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgggctctccatctccctctcctttcttcctcctcactctcttccccttcttctatttgtaaatctaaacgttattctgtaggagtaatttttcataagattttttttatttttcttatgacaagacgaacagaatatgtaagatgtttttccaaaaatacattgaagcaacccccttcatctgttcatcgcaacctattcattcacaggagacgttctgcagtgactaaaaatattgaagcttatgtgacaatggaaaacaaagtcggcgactcatcttttaatcaaacatgaaattatgccgacacctggtcgtagatctgagaaaaattaaagaacgtccccgaggaacatttaagacaaaaaggttagtaaaagtcctggattccacctcccatcgattctgacaggttgtgaaatcactgaaacgcgacacggaaatgcggagtactatgaactgtccattaacttacaaaaaccaacaatatcgcacaggctctttccaaaagcggaacaatatccagcacgggcttaactcctcctccttgcgggtatgaggaattactgaacatgcagttaactaaaagaaa
gi|3 : cagttattgaacagatattttgggtatcacggatattcctgatgttggtgacgagtcgcgctagcgaagcagttcaacaccccatcagaatgtcatgtggatacccaaaatatatgtttaataaggaacttgtatcatgtcatcactgatcacgtaaaactattcctatagctccaccctcaaattatatacactctgatcatattccgtgcgtgatggtgggcttgtcagtactatgaacacgtgataaaggcattgttacgtacattgttgaagtgtgtgagcaaccgtggttttaaacaatttccacgcagtgttccagaccgttagtgcacagaaatagataatgagctgcatttacattcgaagtagacaacaaattattggccgaaagatggtgaagattgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattcatatttacatgtatgaaatgcatttatgctaagtgttgtctgtaggtctttatgacactcaagcgtattccatattcataattatgcatagtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgatttacatgtatgaatgcatttgctaagtgttatctgttagagtaattttaaatgatcacctcaagcgtattttcctaaatcatagaattatgcatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgggctctccatctccctctcctttcttcctcctcactctcttccccttctTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGGGAGGCGGAGCTTA-GCCCGTGC--GGTATTG----T-C---GA-TTTTC-GGAA-A-G--------------CG-TCTGT---GCCGGT---------ATTTTCCG---G---TTTTTG--TA-GTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTGC--TCCG-ATTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTG------ATCGATGGGAGGTGGA-TC-AGGAC-CTTTA-----CTG-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-TC--TG--ACGATTCTTCATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGCC--ATA-TTT-CATGTTTAATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCCCATGGTCACATAAGCTT-C-ACTAT----AGTC-CTG-CAG-AACGTCTTCCGTG-ACA-AATA-GGTTGTCG--A-TGAACAAA-TGAA-AGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGAAGAAACATC-TACGATATTCTGTTC-G-TC-TGACATAAGAAAA--AT-GAAAAAAATCTAATGTAAAATTACTCCTACAGATAACAAC-G-CTAGA--TAC-AAT
gi|3 : TATGCAGAATTACGCAT--ATCCATAGGAATTTATAATGCTTATGTACAAAATGTG-TCATT-AAAAATCACTCC-A-AGAGATAACGAC--GCTAGATACATT--CATGAAT-ATGTAAATA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------------CTATGCATGATTATGA-TATGGAAATACGCTT---GTG-TG-TCATTAAAAATTACT-CTACAGGT-AAC-ATT-T-AGC-TAGATGCATTCATACATGTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgacttttatgcagaattacgcatatccataggaatttataatgcttatgtacaaaatgtgtcattaaaaatcactccaagagataacgacgctagatacattcatgaatatgtaaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatgcatgattatgatatggaaatacgcttgtgtgtcattaaaaattactctacaggtaacatttagctagatgcattcatacatgtacaagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatctcaccatttcggccaataattttgttgtctatctccggattgtaatgcagctcattattctattctgtatatacataagtgcgacggtctggaacacgggaaattgtttaaaacccgtttggctcacacacttccacaatgtacgtacaatgcctttgtccacgtgttcataatagaaatgcgggtactgacttaccctccatcacgcacggaatatgatagagtgttattataattggggtggagctatagggaatagtttacatgatcagtgattgacatgattacaagttcctttatttaaacatatatttggtatcaatgacattctgatgggtgtgaaactcgtcgctatcgcgactcgtcaccacccatcagaatgttcttgtgataccaaaatatattgttcaata
gi|3 : tgctgttcagtaattcctcatacccgcaagggaggcggagcttagcccgtgcggtattgtcgattttcggaaagcgtctgtgccggtattttccggtttttgtagttaatggacagttcatagtgctccgatttcctgtcgcgcttcagtgatttcacacctgatcgatgggaggtggatcaggacctttactgccttttttctaaatgttctctgacgattcttcatatttttctcagatctacgaccaggtgtcgccatatttcatgtttaattaaagctgagtcgcacgactttgttttcccatggtcacataagcttcactatagtcctgcagaacgtcttccgtgacaaataggttgtcgatgaacaaatgaaagggttgcttcaatgtatttttgaagaaacatctacgatattctgttcgtctgacataagaaaaatgaaaaaaatctaatgtaaaattactcctacagataacaacgctagatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgactttATCT-CACC-----------ATTTCGGCC-AATA-ATTTTGTTGTCTATCTCCGGAT----------------TGTA-A-----T-GCAGCTCAT-TATTC-T-ATT-C--TG-TATA------TACATAAGTGCGACGGTCTGGAACAC--G---GGAAATTG-TTTAAAACC--CGT--TTGGCTCAC--ACACTT-CC-A-------CAATGT--AC-GT-ACA-ATG-CCTTTGT------C-C-ACGTGTTCAT-A-ATAGAAATGCGGGTA-CTGAC-T-TACCCTCCATCACGCACGG-AATATG-A-TAGAGTGTT-ATTATAATT--GG-GGT-GGAGCTATAGGGAATAG-TTTA-CATGATCAGT-GA-TTGAC--ATG-ATTACAAGTT-CCTTT-ATT-TAAACATATATT--T--G-GT-AT-C-A--ATGACATTCTGAT-G--GGTGTG------AAACT-CG--------TCGC-T-ATCGCG-ACTCGTC-ACCACCC-ATCA-GAATGTTCTTGT--GATA-CCAAA-AT--ATATTGTTCAAcaagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatctcaccatttcggccaataattttgttgtctatctccggattgtaatgcagctcattattctattctgtatatacataagtgcgacggtctggaacacgggaaattgtttaaaacccgtttggctcacacacttccacaatgtacgtacaatgcctttgtccacgtgttcataatagaaatgcgggtactgacttaccctccatcacgcacggaatatgatagagtgttattataattggggtggagctatagggaatagtttacatgatcagtgattgacatgattacaagttcctttatttaaacatatatttggtatcaatgacattctgatgggtgtgaaactcgtcgctatcgcgactcgtcaccacccatcagaatgttcttgtgataccaaaatatattgttcaata
gi|4 : tgctgttcagtaattcctcatacccgcaagggaggcggagcttagcccgtgcggtattgtcgattttcggaaagcgtctgtgccggtattttccggtttttgtagttaatggacagttcatagtgctccgatttcctgtcgcgcttcagtgatttcacacctgatcgatgggaggtggatcaggacctttactgccttttttctaaatgttctctgacgattcttcatatttttctcagatctacgaccaggtgtcgccatatttcatgtttaattaaagctgagtcgcacgactttgttttcccatggtcacataagcttcactatagtcctgcagaacgtcttccgtgacaaataggttgtcgatgaacaaatgaaagggttgcttcaatgtatttttgaagaaacatctacgatattctgttcgtctgacataagaaaaatgaaaaaaatctaatgtaaaattactcctacagataacaacgctagatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgacttttatgcagaattacgcatatccataggaatttataatgcttatgtacaaaatgtgtcattaaaaatcactccaagagataacgacgctagatacattcatgaatatgtaaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatgcatgattatgatatggaaatacgcttgtgtgtcattaaaaattactctacaggtaacatttagctagatgcattcatacatgtacaagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCAGTAATTCCT---ATCCGCAAGG-AGGAGGAG-TTA-GCCCGTGC--GGTATTG----T-C---CG-CTTTT-GGAA-A-G--------------AG-CCTGT---GC-G-T---------ATTGTCTG---G---TTTTTG--TAAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTAC--TCCG-ATTTCC-TGTC-GCGTTTCAGTGA-TTTCACA-CCTGTTCAGAATCGATGGGAGGTGGA-TCC-GGAC-TTT-A-----CTA-CCTTT-TT-C---AAATGGTC-TC--GG--ACGATTCTTTATATTTTTCTCAGA-CTACGACCAG-TGTCGGC--ATAATTTTCATGTTTGATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCC-ATTGTCACATAAGCTTTC-AATATTTTTA-TC-CTG-CAG-AACGTCTCCTGTGTATG-AATA-GGTTGTCG--A-TGAACAGA-TGAA-GGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTTGAAAAACATC-TACG-TATTCTGTTC-GTTC-TGTCATAAG-AAA--AT-AAAAAAAATCTTATGAAAAATTACTCCTACAG--AATAAC-G-TTAGA-TTAC-AATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATGCATA--T---CA-TGAT--ATGAAACT-----ACGCTT--G-----AGTA-G-TCATT-AAAA-TTACTCC-A-C-AGATAACACTTAGCTAAATGCATT--CAT--AC-ATGTAAATA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGACTATGC---------CATAATTATGA-TATGGAAATACGCTT---GAG-TG-TCA-TAAAA--TGATCCTACAGAC-AAC-A-CTT-AGC-TAAATGCATTC----------ATAC-ATGTAAATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTA---------ATCTCA---CCATTTCGG-C-AATA-A-TTTGTTGTCTATC-------------T--T-CGA-ATGTA-A-----T-GCAGCTCAT-TA-TC-T-ATT-C--TG-TGCAC-----TA----------ACGGTCTGGAACAC-GGT--GGAAATGT-TTTAAAACC-ACGG--TTTGCTCAC--ACACTT-CCAA-------CAATGT--AC-GT-ACA-ATG-CCTTTAG------TCC-ACGTGTTCATA--------------GTACCTGAC-T-AAGCCACCATCACGCACGG-AATATGAA-CAG-GTGTT-A-TATAATT--GG-GGT-GGAGCTATA-GGAATAG-TTTA-CGTGATCAGT-GA--TGAC--ATG-A-TAC-AGTT-C--CT---T-TAAACATATATT--TTGG-GT-AT-C-A-CATGACATTCTGAT-G--GGTGTG-------AACT-CG--------TCGC-T-AGCGCG-ACTCGTC-ACCA-CC-ATCA-GAATA-TCCTGT--GATACCC-AA-AT--ATta
gi|5 : GTTTTTCTTT--GTTAA-TGC-TGTTCAGTA-TTCC-CATACCCGCAAGG-AGGCGGAGCTTAGGACCGT-C--GGTATTG----T-C---CGACTTTG-GGAA-A-G--------------AG--CTGT----C--GT----------TTGTCC----G---TTTTTGAATAAGTTAA-TGCAATGGCA-GTTCATAGTACTTTTCG-ATTT-C-TGTCTGCGCTTCAGTGAGTTTCACA-CCTGT-CAGAATCGA-GGGA-GTGGT-GTCAGGAC-TTTTAG----CTA-CCTTTCTT-TCT-AAATGTTT-TCTGGA--ACGA-TCGTTATATTTTTCTCAGAT-TAC-ACCAGGTGTCGCC--ATAATTT-CATGTTT-ATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTG-TTTCC-ATGGTCACATAAGCTT-CAAATTTTTTTAGTC-CTGCCAGAAACGTCTT-TGTG-ATGAAATAGGGTTGTCG--ATTGAACAGA-TGAA-GGGGTTGCTTCAATGTATGTTTTGAAAAAGCATC-T-CGATATTCGGTTCGG-TC-TGTCATAAG-AAAATAT-AAAAAAAATCTTAT-TAAAATTA---CCACAGATAACAAC-G-TTAGA--TAC-AATA-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTATGCATAA-T---CA-TGGT--ATGGAAAT-----ACGCTTTCA-----AA-GTGCTCATT-AAAA-TTACTCCTA-C-AGATA--AACTAGCTAGATGCATT--CAT--AC-ACGTAAATA-----tctgtcaataactg
gi|6 : ATT-AAAA-TTAC--C-A-C-AGATAACAAC--GTTAGATACAATANNNN-NNN-NNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NACTATGCATAATCATGG-TATGGAAATACGCTTTCAAAG-TGCTCA-TTAAAATTACTCCTACAGAT-AA--A-C-T-AGC-TAGATGCATTCATACACGTAAA-----------------TATGGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTT--------A--ATCTCA---CCATT--GG-C-AATACA-TTTGTTGTCTATCTCCGGATTATT-GTA-T-CGG--TGTA-A-----T-GCAGCT-ATGTA-TCGT-ATT-TGGTGCTGCAC-----TA----------ACGGTCTGGAACACCGG---GGAAATTG-TTTAAAACC-ACGGGTCTTGCTCAC--ACACTTTCCAG-------CAATGTG-ACTGT-ACA-ATGGCCTTTAG------T-C-CCGTGTTCAT----TAG---------TACCTGA--T-AGCCA--CATCACGCCCGGAA-TATG-A-CA-AGTGTTTA-TATA-TT--GG-GGTAGGAGCTATA-GGAATAG-TTTA-CGTGATCA-T-GATTTGACAAATGAA-TACAAGTT-C--TTAA-T-CAACCA-ATATG--TTGGTGT-AT-CGA-CATGACATTCTGAT----GGTGTG------A---T-CG--------TCGC-TAAGCGCG-ATCGGTC-CCCACCC-ATCA-GAATA-T-CTGTTAGA-ACCCAAATATCGATC-TGTTCA
gi|7 : TACAGATTAACGA-C-T-TAC-TAGATGCATTCATACA-----------TGTAAA-ATGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------TTAATCG---------CA---CCATTTCGGGC-AATA-A-TTTGTTGTCTA-CTCCGGATTATT-GTGTT-CGGTATGTA-A-----TTGCAGCTCAT-TA-TC-T-ATT-C--TG-TGCAC-----TA----------ACGGTCTGAGACAC-GGA--GGAAAGTGTTTTAAAACCGACGG--TTTGCTCACTAACACTT-CCAA-------CAATGTAAAC-GT-ACGAATG-CTTATAG------T-CAACGTGCTCATAGTATCG--CTACAGG--CCCGAC-C-A----TC---CACGCACGG-AATATG---CA-AGTGTT-A-TATAATT--GGTGGT--GAGCTATA-GCAATAG-TTTACCGTGATCAGTAGA-TTGAC--ATG-A-TACAATTC-C--TT-A-T-TAAGCATATATT--TTGG-GTAAT-C-A-CATGAC--TCTGAT-GGTGGGGTGGGGAATAAATC-CGGTCCCCCCCCGC-T-AGCGCG-AC-CG-C-ACCACCC-ATCAGGAATA-T-CTGT--GATACCCAAA-AT--ATA-TGTTCtaaa
gi|8 : ttg-C-AATA-A-TTTGTTGCCTATCTTCGGATTATT-AT--TTCGA-ATGTT-A-----T-GCAGCTCAT-TA-TC-T-ATT-C--TG-TATATACATGTGC---------ACGGTCTGGAACAC-GG---GGAAATTG-TT-AAAACC-ACGG--TTTGCTCAC--TCACTT-CCAA-------CAATGA--AT-GT-ACG-ATG-CCTTTAG------TCC-ACGTGTTTAAAA-ATAGAA-----------------------TCCATCCCGCACGGGAATATG-A-CA----GTT-A-T-TAATT---G-GGT-GGAGCTATA-CGAATAG-TTT--CGTGATCAGT-GA-TTGAC--AT--C-TACAAGTC-C--TT-A-TCTAAGCATATAGTGCTTGG-GT-AT-C-ACCATGATATTCTGAT-G--GGTGT--------AACT-CG--------------------------GTCAACCACCCTATCA-GAATA-TCTTGT--GA-A-CCAAA-AT--
gi|9 : --ACGATTCTTCATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGCCGCATA--TT-C-TGTTTAATT-AAGAAGCCTGGAGTCGCACGACTTGGTTTTCC-ATGGTCACA-AAGCT--C-AATATG---AGTC-CTGTCAG-AACGTCTTCCGTG-ACA-AATA-GGTTGTCGGTA-TGAACAAA-TGAA-AGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGAAGAAACATC-TACGATATTCTGTTC-G-TC-TGACATAAG-AAA--AT-GAAAAAAATCTAATGTAAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TCGATCTGACACCAGACATCGTAAAATCTGATGACTTAAATTGTGTCGTCCGCAAACGGGTTGACGTACATGTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 22222222222222 222222222 1111111 1111 22222 1 1 1 111 111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111 22 22222 33333333 1 1 1 11111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 11 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 333333333 11111 444444444444444444 111111 1111111 11 11111111 444444444444444 111111 1 11 11 11 222222222222222222222222 1 11
lowQualScore : 77 5 1 4 9 4 55 8888 4 777 8 4 4 4 33333333333333 44 777 4 111111111 3333333 55 4 9999 8 99 6 5 5 5 5 6666 0 5 5 00000 5 5 5 0 5 5 77 66 2 0 99 7 6 4 6 99 99 6 1 6 6 6666 6 3 6 3 6 6 99 6 6 6 6 4 6 6 6 6 3 99 6 1 222 8 8 999 8 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66 6666666 22 00000 55555555 0 0 6 6 6 3 777 1 7 1 99 77777 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8 0 444 8 8 8 66 3 00 99 888 6 6 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 5 5 5 5 0 0 333333333 5 55 5 77777 5 5 5 5 5 5 66 5 2 444444444444444444 999999 5 3 55 777 0 777 5 6666666 11 5 5 5 5 99999999 5 888888888888888 0 5 555555 3 7 999 22 5 5 77 5 5 5 5 5 5 11 66 5 5 5 11 99999 3 66 5 4 4 4 4 4 66 111111111111111111111111 4 4 1 4 0 4 2 4 8 4 1 66 1 1 4 66 22
lowQualScore : .. . . . . . .. .... . ... . . . . .............. .. ... . ......... ....... .. . .... . .. . . . . . .... . . . ..... . . . . . . .. .. . . .. . . . . .. .. . . . . .... . . . . . . .. . . . . . . . . . . .. . . ... . . ... . ............................................................................................ .. ....... .. ..... ........ . . . . . . ... . . . .. ..... ............................................................................... . . ... . . . .. . .. .. ... . . ....................................................................................................................... . . . . . . . ......... . .. . ..... . . . . . . .. . . .................. ...... . . .. ... . ... . ....... .. . . . . ........ . ............... . . ...... . . ... .. . . .. . . . . . . .. .. . . . .. ..... . .. . . . . . . .. ........................ . . . . . . . . . . . .. . . . .. ..
lowQualScore : 66 7 9 4 4 0 55 5555 0 000 0 0 0 0 55555555555555 44 000 0 555555555 7777777 55 4 4444 9 22 7 7 7 7 7 1111 7 7 7 00000 7 7 7 7 7 7 99 99 0 1 22 3 7 2 7 22 22 7 7 7 7 8888 7 3 7 3 7 7 22 7 7 7 7 2 7 7 7 7 3 22 7 0 000 0 0 444 0 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 44 8888888 00 00000 44444444 6 8 0 7 7 3 555 5 3 7 22 77777 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 8 000 0 0 0 44 2 88 22 777 7 7 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 0 0 0 0 9 1 666666666 0 11 0 55555 0 0 0 0 0 0 99 0 2 666666666666666666 444444 0 2 11 888 1 222 0 2222222 99 0 0 0 0 11111111 0 000000000000000 1 6 444444 6 4 444 99 7 7 99 7 7 7 7 0 0 55 99 0 0 0 99 22222 2 99 0 4 4 4 4 4 11 444444444444444444444444 4 4 1 4 8 4 2 4 9 4 1 11 9 1 4 11 77
consensus : CTTGTATCATGGTTTTGGTGTTTTTCTTTC-GTTAACTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGCGGAGCTTA-GCCCGTGC--GGTATTG----T-C---CG-CTTTT-GGAA-A-G--------------AG-TCTGT---GC-GGT---------ATTGTCCG---G---TTTTTG--TAAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTAC--TCCG-ATTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTGT-CAGAATCGATGGGAGGTGGA-TCCAGGAC-TTTTA-----CTA-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-TC--GG--ACGATTCTTTATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGCC--ATAATTT-CATGTTTAATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCC-ATGGTCACATAAGCTT-C-AATATTTTTAGTC-CTG-CAG-AACGTCTTCCGTG-ACG-AATA-GGTTGTCG--A-TGAACAGA-TGAA-GGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGAAAAAACATC-TACGATATTCTGTTC-G-TC-TGTCATAAG-AAA--AT-AAAAAAAATCTNATGTAAAATTACTCCTACAGATAACAAC-G-TTAGA-TTAC-AATA-----GANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTATGCATAATT---CATTGAT--ATGGAAAT-----ACGCTTACG-----AGTGTG-TCATT-AAAA-TTACTCC-A-C-AGATAACAACTAGCTAGATGCATT--CAT-AAC-ATGTAAATA-----TNNNNNCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGACTATGCA-GACTATGCATAATTATGA-TATGGAAATACGCTT---GAG-TG-TCA-TAAAAATTACTCCTACAGAT-AAC-A-C-T-AGC-TAGATGCATTCATACACGTAAATA-------CATGTAAATATGAATNTGGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTAATCT-CACCATCTC-CCATTTCGG-C-AATA-A-TTTGTTGTCTATCTCCGGATTATT-GT--T-CGG-ATGTA-A-----T-GCAGCTCAT-TA-TC-T-ATT-C--TG-TGCAC-----TAC---------ACGGTCTGGAACAC-GG---GGAAATTG-TTTAAAACC-ACGG--TTTGCTCAC--ACACTT-CCAA-------CAATGT--AC-GT-ACG-ATG-CCTTTAG------T-C-ACGTGTTCATAA-ATAGAAATGCGGGTACCTGAC-T-AGCCCTCCATCACGCACGGAAATATG-A-CAGAGTGTT-A-TATAATT--GG-GGT-GGAGCTATA-GGAATAG-TTTA-CGTGATCAGT-GA-TTGAC--ATG-A-TACAAGTT-C--TT-A-T-TAAACATATATT--TTGG-GT-AT-C-A-CATGACATTCTGAT-G--GGTGTG------AAACT-CG--------TCGC-T-AGCGCG-ACTCGTC-ACCACCC-ATCA-GAATA-TCCTGT--GATACCCAAA-AT--ATA-TGTTCAA
Reference ( family-5370 ) : CTTGTATCATGGTTTTGGTGTTTTTCTTTC-GTTAACTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGCGGAGCTTA-GCCCGTGC--GGTATTG----T-C---CG-CTTTT-GGAA-A-G--------------AG-TCTGT---GC-GGT---------ATTGTCCG---G---TTTTTG--TAAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTAC--TCCG-ATTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTGT-CAGAATCGATGGGAGGTGGA-TCCAGGAC-TTTTA-----CTA-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-TC--GG--ACGATTCTTTATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGCC--ATAATTT-CATGTTTAATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCC-ATGGTCACATAAGCTT-C-AATATTTTTAGTC-CTG-CAG-AACGTCTTCCGTG-ACG-AATA-GGTTGTCG--A-TGAACAGA-TGAA-GGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGAAAAAACATC-TACGATATTCTGTTC-G-TC-TGTCATAAG-AAA--AT-AAAAAAAATCTNATGTAAAATTACTCCTACAGATAACAAC-G-TTAGA-TTAC-AATA-----GANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTATGCATAATT---CATTGAT--ATGGAAAT-----ACGCTTACG-----AGTGTG-TCATT-AAAA-TTACTCC-A-C-AGATAACAACTAGCTAGATGCATT--CAT-AAC-ATGTAAATA-----TNNNNNCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGACTATGCA-GACTATGCATAATTATGA-TATGGAAATACGCTT---GAG-TG-TCA-TAAAAATTACTCCTACAGAT-AAC-A-C-T-AGC-TAGATGCATTCATACACGTAAATA-------CATGTAAATATGAATATGGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTAATCT-CACCATCTCACCATTTCGG-C-AATA-A-TTTGTTGTCTATCTCCGGATTATT-GT--T-CGG-ATGTA-A-----T-GCAGCTCAT-TA-TC-T-ATT-C--TG-TGCAC-----TAC---------ACGGTCTGGAACAC-GG---GGAAATTG-TTTAAAACC-ACGG--TTTGCTCAC--ACACTT-CCAA-------CAATGT--AC-GT-ACG-ATG-CCTTTAG------T-C-ACGTGTTCATAA-ATAGAAATGCGGGTACCTGAC-T-AGCCCTCCATCACGCACGGAAATATG-A-CAGAGTGTT-A-TATAATT--GG-GGT-GGAGCTATA-GGAATAG-TTTA-CGTGATCAGT-GA-TTGAC--ATG-A-TACAAGTT-C--TT-A-T-TAAACATATATT--TTGG-GT-AT-C-A-CATGACATTCTGAT-G--GGTGTG------AAACT-CG--------TCGC-T-AGCGCG-ACTCGTC-ACCACCC-ATCA-GAATA-TCCTGT--GATACCCAAA-AT--ATA-TGTTCAA
gi|1 : CTTGTATCATGGTTTTGGTGTTTTTCTTTT-GTTAACTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGAGGAGCTTA-GCCCGTGC--GGTATTG----T-C---CG-ATTTTCGGAA-A-G--------------CG-TCTGT---GC-GGT---------ATTGTCCG---G---TTTTTG--TAAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTAC--TCCG-ATTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTGT-CAGAATCGATGGGAGGTGGA-TCCAGGAC-TTTTA-----CTA-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-TC--GG--ACGATTCTTTATATTTTTCTCAGACCTACAACAAGGTGTCGCC--ATAATTT-CATGTTTAATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCC-ATGGTCACACAAGCTT-C-AATATTTTCAGTC-CTG-CAG-TACGTCTTCCGTG-ACG-AATA-GGTTGTCG--A-TGAACAGAGTGAA-GGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTG--AAAACATC-TACGAT-TTCTGTTC-G-TC-TGTCATAAG-AAA--ATAAAAAAAAATCGAATGTAAAATTACTCCTACAGAT-ACAACTG-CTAGA-T--C-AATAN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATGCATAATT---CATTGAT--ATGGAAAT-----ACGCTTACA-----AGTGTG-TCATT-AAAA-TTACTCCTA-C-AGATAACAGTTAGCCAGATGCATT--CAT-AACAATGTAAATAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-GAATATGCATAATCATGA-TATGGAAATACGCTT---GAGTTG-T-A-TAAAAATTACTTCTACAGA------A-T-T-AGC---AAT---TTCATACATGTAAATATGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNTCATCT--CCATTTCGG-C-AATA-A-TTTGTTGTCTATCTCCGGATTATTGGT--T-CGG-ATGTA-A-----T-GCAGCTCAT-TA-TC-TAATT-C--TG-TATACTG---TGC---------ACGGTCTGGAACAC-GG---GGAAATTG-GTTAAAACC-ACGG--TTTGCTCAC---CACTT-CCAA-------CAATGT--AC-G--ACA-ATG-TCTTTAG------T-C-ACGTGTTCATAA-ATAGAAATGCGGGTACCTGACTT-AGCCCTCCATCACGCACGGAAATATG-A-CAGAGTGTT-A-TATAATT--GG-GGT-GGAGCTATA-GGAATAG-TTTA-CGTGATCAGT-GA-TTGAC--ATG-A-TACAAGTT-C--TT-A---TAAACATATATT--TTGG-GT-AT-C-A-CATGACATTCTGAT-G--GGTGTG------AAACT-CG--------TCGCTT-AGCGCG-ACTCGTC-TCCA-CC-ATCA-GAATA-TCCTGT--GATACCCAAA-AT--ATAGTGTTCAA
gi|10 : ATCTCACCGTTTAAG-C-TATA-A-TTTGTTGTCCACCTCCGGAT------T--T-CGG-ATGTACATGTATT-GCAGCTCAT-TA-TC-T-ATT-C--TG-T-TA------TAC---------ATG---TG---C------------ATCG-TT----------GG--CT----CAC--ACACTT-GCAACAATGCGCAATGT--AC-GT-ATG-ATG-CC-TTAGACCTGTC-C-ATGTGTTCAGAA-ATAGAAATGCGGGTACCTGAA-TCACCCCTCCATCGCGCACGGAA
gi|11 : ta-GTCTGTCC--GGTATTG----T-C---CG-GTTTT-GG-----G--------------AA-TTTATTGGAC-AGTTCACATCCAATTGGACGTACA---CTGTTG--T--GCTGA-TA----A------TCACCGGAC--TCCG-ATTCCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTTATA-TCT-----GGATCGATGGGACACGGA-TCCAGGACAATTTG-----CTA-C-----TT-TAT-AAA----C-TT--GC--A-GACAC------CTTTTCTCGGATCTATGACt
gi|12 : TTGCATCATGGTTGTGATGTTTTTCTTTC-ATCAACTGT-TGATCAATAATTTTTCGTACCTGCACGG-AGGCGGAGTTTA-GACTGTGC--GGCATTG----T-C---AG-CTTTT-GAAA-A-GTTATTGGACATCTTAG-CCTGT---GC-GGT---------GTTGTCTA---G---TTTTGG--AAAGTTAT-CG----GACA-GTT
gi|13 : gtTCA-CGTGATTATC-GA-AAAAC--ATG-A-TGCAAGTT-CC-TT-A-T-TGCACA-GTATT--TTGC-TT-TT-C-A-CGTTATATTCGGAT-G--GGTGT-------AGACT-CGT-------TCGC-T-GGTGCGAACTCGTC-TCTA-CC-ATCA-CAATA-CCTCGT--AATACCCAAA-CT--ATC-TCTTCAAtcgaagt
gi|14 : CTTGTATCATGGTTTTGGTGTTTTTCTTTT-GTTAACTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGCGGAGCTTA-GCCCGTGC--GGTATTG----T-C---CGATTTTT-GGAA-T-G--------------CA-TCTGT---GC-GGT---------ATTGTCCG---G---TTTTTG--TAAGtaac
gi|15 : aTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTA-----AATCGATGGGAGGTGGA-TCCAGGAC-CTTTAAATTACTG-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-GC--GG--ACGATTCCTTATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTG
gi|16 : GTTCTGTAAT-CCTCATACC-GCAAGG-AGG-GGAGCT-A-GCTCGTGC--GGTATTGGTGAC-A---CA-CTTAT-GAAACA-G--------------AGATTTGT---GT-GGTAA-------ACTGTCCG---AGTTTTTTTT--TAAGTTAATTG----GACAGGTTCACAG
gi|17 : -TGTTCTGTAAT-CCTCATACCTGC--GG-AGG-GGAGCTTA-GCC-GTGC--GGTATTG----G-TACACA-CTTTT-GGAA-AAG--------------AG-TTTGT---GT-GGT---------ATTGTCCGT--T---TTTTTT--TAAGTTAA-TG----GACAGGTTCA
gi|18 : -AT-C-A-CATGATATTCTGAT-G--GGTGTG------AA-----------------C-T-A-TAAG-ACTCGTC-ACCACCC-ATCA-GAAT--TCTTGT--GATACCCAAA-AT--ATA-TGc
gi|2 : ATGCATAATT---CTATGATTTAGGAAAAT-----ACGCTT--G-----AG-GTGATCATTTAAAA-TTACTCT-AAC-AGATAACACTTAGC-AAATGCATT--CAT-A-C-ATGTAAAT------------CATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACTATGCATAATTATGAATATGGAA-TACGCTT---GAG-TG-TCA-TAAAGA-----CCTACAGAC-AAC-A-C-TTAGCATAAATGCATTT-----C----ATA-------CATGTAAATATGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCAATCTTCACCATCT------TTCGG-CCAATA-A-TTTGTTGTCTAC--------------T--T-CGA-ATGTA-AA----T-GCAGCTCAT-TA-TC-T-ATTTC--TG-TGCAC-----TA----------ACGGTCTGGAACAC-TGCGTGGAAATTG-TTTAAAACC-ACGG---TTGCTCAC--ACACTT--CAA-------CAATGT--AC-GTAACA-ATG-CCTTTA-------T-C-ACGTGTTCATA--------------GTA-CTGAC-A-AGCCCACCATCACGCACGG-AATATG-ATCAGAGTG-T-A-TATAATTTGAG-GGT-GGAGCTATA-GGAATAGTTTTA-CGTGATCAGT-GA--TGAC--ATG-A-TACAAGTTCC--TT-A-T-TAAACATATATT--TTGG-GT-ATCC-A-CATGACATTCTGATGG--GGTGTT------GAACTGCT--------TCGC-T-AGCGCG-ACTCGTC-ACCA-AC-ATCAGGAATA-TCC-GT--GATACCCAAA-AT--ATC-TGTTCAA
gi|2 : cagttaTTTCTTTTAGTTAACTGCATGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGAGGAGTTAA-GCCCGTGCTGGATATTG----TTC---CG-CTTTT-GGAA-A-G--------------AG-CCTGT---GC-GAT---------ATTGTT-G---G---TTTTTG--TAAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTAC--TCCGCATTTCCGTGTC-GCGTTTCAGTGA-TTTCACAACCTGT-CAGAATCGATGGGAGGTGGAATCCAGGAC-TTTTA-----CTAACCTTT-TTGTCTTAAATGTTCCTC--GGGGACG-TTCTTTA-ATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGGC--ATAATTT-CATGTTTGATTAAA--AGAT--GAGTCGC-CGACTTTGTTTTCC-ATTGTCACATAAGCTT-C-AATATTTTTAGTCACTG-CAG-AACGTCTCCTGTGAATG-AATA-GGTTG-CG--A-TGAACAGA-TGAAGGGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGGAAAAACATCTTAC-ATATTCTGTTC-G-TCTTGTCATAAGAAAA--AT-AAAAAAAATCTTATGAAAAATTACTCCTACAG--AATAAC-GTTTAGATTTACAAATA-----GAgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgggctctccatctccctctcctttcttcctcctcactctcttccccttcttctatttgtaaatctaaacgttattctgtaggagtaatttttcataagattttttttatttttcttatgacaagacgaacagaatatgtaagatgtttttccaaaaatacattgaagcaacccccttcatctgttcatcgcaacctattcattcacaggagacgttctgcagtgactaaaaatattgaagcttatgtgacaatggaaaacaaagtcggcgactcatcttttaatcaaacatgaaattatgccgacacctggtcgtagatctgagaaaaattaaagaacgtccccgaggaacatttaagacaaaaaggttagtaaaagtcctggattccacctcccatcgattctgacaggttgtgaaatcactgaaacgcgacacggaaatgcggagtactatgaactgtccattaacttacaaaaaccaacaatatcgcacaggctctttccaaaagcggaacaatatccagcacgggcttaactcctcctccttgcgggtatgaggaattactgaacatgcagttaactaaaagaaa
gi|3 : cagttattgaacagatattttgggtatcacggatattcctgatgttggtgacgagtcgcgctagcgaagcagttcaacaccccatcagaatgtcatgtggatacccaaaatatatgtttaataaggaacttgtatcatgtcatcactgatcacgtaaaactattcctatagctccaccctcaaattatatacactctgatcatattccgtgcgtgatggtgggcttgtcagtactatgaacacgtgataaaggcattgttacgtacattgttgaagtgtgtgagcaaccgtggttttaaacaatttccacgcagtgttccagaccgttagtgcacagaaatagataatgagctgcatttacattcgaagtagacaacaaattattggccgaaagatggtgaagattgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattcatatttacatgtatgaaatgcatttatgctaagtgttgtctgtaggtctttatgacactcaagcgtattccatattcataattatgcatagtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgatttacatgtatgaatgcatttgctaagtgttatctgttagagtaattttaaatgatcacctcaagcgtattttcctaaatcatagaattatgcatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgggctctccatctccctctcctttcttcctcctcactctcttccccttctTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGGGAGGCGGAGCTTA-GCCCGTGC--GGTATTG----T-C---GA-TTTTC-GGAA-A-G--------------CG-TCTGT---GCCGGT---------ATTTTCCG---G---TTTTTG--TA-GTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTGC--TCCG-ATTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTG------ATCGATGGGAGGTGGA-TC-AGGAC-CTTTA-----CTG-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-TC--TG--ACGATTCTTCATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGCC--ATA-TTT-CATGTTTAATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCCCATGGTCACATAAGCTT-C-ACTAT----AGTC-CTG-CAG-AACGTCTTCCGTG-ACA-AATA-GGTTGTCG--A-TGAACAAA-TGAA-AGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGAAGAAACATC-TACGATATTCTGTTC-G-TC-TGACATAAGAAAA--AT-GAAAAAAATCTAATGTAAAATTACTCCTACAGATAACAAC-G-CTAGA--TAC-AAT
gi|3 : TATGCAGAATTACGCAT--ATCCATAGGAATTTATAATGCTTATGTACAAAATGTG-TCATT-AAAAATCACTCC-A-AGAGATAACGAC--GCTAGATACATT--CATGAAT-ATGTAAATA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------------CTATGCATGATTATGA-TATGGAAATACGCTT---GTG-TG-TCATTAAAAATTACT-CTACAGGT-AAC-ATT-T-AGC-TAGATGCATTCATACATGTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgacttttatgcagaattacgcatatccataggaatttataatgcttatgtacaaaatgtgtcattaaaaatcactccaagagataacgacgctagatacattcatgaatatgtaaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatgcatgattatgatatggaaatacgcttgtgtgtcattaaaaattactctacaggtaacatttagctagatgcattcatacatgtacaagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatctcaccatttcggccaataattttgttgtctatctccggattgtaatgcagctcattattctattctgtatatacataagtgcgacggtctggaacacgggaaattgtttaaaacccgtttggctcacacacttccacaatgtacgtacaatgcctttgtccacgtgttcataatagaaatgcgggtactgacttaccctccatcacgcacggaatatgatagagtgttattataattggggtggagctatagggaatagtttacatgatcagtgattgacatgattacaagttcctttatttaaacatatatttggtatcaatgacattctgatgggtgtgaaactcgtcgctatcgcgactcgtcaccacccatcagaatgttcttgtgataccaaaatatattgttcaata
gi|3 : tgctgttcagtaattcctcatacccgcaagggaggcggagcttagcccgtgcggtattgtcgattttcggaaagcgtctgtgccggtattttccggtttttgtagttaatggacagttcatagtgctccgatttcctgtcgcgcttcagtgatttcacacctgatcgatgggaggtggatcaggacctttactgccttttttctaaatgttctctgacgattcttcatatttttctcagatctacgaccaggtgtcgccatatttcatgtttaattaaagctgagtcgcacgactttgttttcccatggtcacataagcttcactatagtcctgcagaacgtcttccgtgacaaataggttgtcgatgaacaaatgaaagggttgcttcaatgtatttttgaagaaacatctacgatattctgttcgtctgacataagaaaaatgaaaaaaatctaatgtaaaattactcctacagataacaacgctagatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgactttATCT-CA--------CCATTTCGGCC-AATA-ATTTTGTTGTCTATCTCCGGAT----------------TGTA-A-----T-GCAGCTCAT-TATTC-T-ATT-C--TG-TATA------TACATAAGTGCGACGGTCTGGAACAC--G---GGAAATTG-TTTAAAACC--CGT--TTGGCTCAC--ACACTT-CC-A-------CAATGT--AC-GT-ACA-ATG-CCTTTGT------C-C-ACGTGTTCAT-A-ATAGAAATGCGGGTA-CTGAC-T-TACCCTCCATCACGCACGG-AATATG-A-TAGAGTGTT-ATTATAATT--GG-GGT-GGAGCTATAGGGAATAG-TTTA-CATGATCAGT-GA-TTGAC--ATG-ATTACAAGTT-CCTTT-ATT-TAAACATATATT--T--G-GT-AT-C-A--ATGACATTCTGAT-G--GGTGTG------AAACT-CG--------TCGC-T-ATCGCG-ACTCGTC-ACCACCC-ATCA-GAATGTTCTTGT--GATA-CCAAA-AT--ATATTGTTCAAcaagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatctcaccatttcggccaataattttgttgtctatctccggattgtaatgcagctcattattctattctgtatatacataagtgcgacggtctggaacacgggaaattgtttaaaacccgtttggctcacacacttccacaatgtacgtacaatgcctttgtccacgtgttcataatagaaatgcgggtactgacttaccctccatcacgcacggaatatgatagagtgttattataattggggtggagctatagggaatagtttacatgatcagtgattgacatgattacaagttcctttatttaaacatatatttggtatcaatgacattctgatgggtgtgaaactcgtcgctatcgcgactcgtcaccacccatcagaatgttcttgtgataccaaaatatattgttcaata
gi|4 : tgctgttcagtaattcctcatacccgcaagggaggcggagcttagcccgtgcggtattgtcgattttcggaaagcgtctgtgccggtattttccggtttttgtagttaatggacagttcatagtgctccgatttcctgtcgcgcttcagtgatttcacacctgatcgatgggaggtggatcaggacctttactgccttttttctaaatgttctctgacgattcttcatatttttctcagatctacgaccaggtgtcgccatatttcatgtttaattaaagctgagtcgcacgactttgttttcccatggtcacataagcttcactatagtcctgcagaacgtcttccgtgacaaataggttgtcgatgaacaaatgaaagggttgcttcaatgtatttttgaagaaacatctacgatattctgttcgtctgacataagaaaaatgaaaaaaatctaatgtaaaattactcctacagataacaacgctagatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgacttttatgcagaattacgcatatccataggaatttataatgcttatgtacaaaatgtgtcattaaaaatcactccaagagataacgacgctagatacattcatgaatatgtaaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatgcatgattatgatatggaaatacgcttgtgtgtcattaaaaattactctacaggtaacatttagctagatgcattcatacatgtacaagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCAGTAATTCCT---ATCCGCAAGG-AGGAGGAG-TTA-GCCCGTGC--GGTATTG----T-C---CG-CTTTT-GGAA-A-G--------------AG-CCTGT---GC-G-T---------ATTGTCTG---G---TTTTTG--TAAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTAC--TCCG-ATTTCC-TGTC-GCGTTTCAGTGA-TTTCACA-CCTGTTCAGAATCGATGGGAGGTGGA-TCC-GGAC-TTT-A-----CTA-CCTTT-TT-C---AAATGGTC-TC--GG--ACGATTCTTTATATTTTTCTCAGA-CTACGACCAG-TGTCGGC--ATAATTTTCATGTTTGATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCC-ATTGTCACATAAGCTTTC-AATATTTTTA-TC-CTG-CAG-AACGTCTCCTGTGTATG-AATA-GGTTGTCG--A-TGAACAGA-TGAA-GGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTTGAAAAACATC-TACG-TATTCTGTTC-GTTC-TGTCATAAG-AAA--AT-AAAAAAAATCTTATGAAAAATTACTCCTACAG--AATAAC-G-TTAGA-TTAC-AATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATGCATA--T---CA-TGAT--ATGAAACT-----ACGCTT--G-----AGTA-G-TCATT-AAAA-TTACTCC-A-C-AGATAACACTTAGCTAAATGCATT--CAT--AC-ATGTAAATA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGACTATGC---------CATAATTATGA-TATGGAAATACGCTT---GAG-TG-TCA-TAAAA--TGATCCTACAGAC-AAC-A-CTT-AGC-TAAATGCATTC----------ATA-------CATGTAAATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTA---------ATCTCACCATTTCGG-C-AATA-A-TTTGTTGTCTATC-------------T--T-CGA-ATGTA-A-----T-GCAGCTCAT-TA-TC-T-ATT-C--TG-TGCAC-----TA----------ACGGTCTGGAACAC-GGT--GGAAATGT-TTTAAAACC-ACGG--TTTGCTCAC--ACACTT-CCAA-------CAATGT--AC-GT-ACA-ATG-CCTTTAG------TCC-ACGTGTTCATA--------------GTACCTGAC-T-AAGCCACCATCACGCACGG-AATATGAA-CAG-GTGTT-A-TATAATT--GG-GGT-GGAGCTATA-GGAATAG-TTTA-CGTGATCAGT-GA--TGAC--ATG-A-TAC-AGTT-C--CT---T-TAAACATATATT--TTGG-GT-AT-C-A-CATGACATTCTGAT-G--GGTGTG-------AACT-CG--------TCGC-T-AGCGCG-ACTCGTC-ACCA-CC-ATCA-GAATA-TCCTGT--GATACCC-AA-AT--ATta
gi|5 : GTTTTTCTTT--GTTAA-TGC-TGTTCAGTA-TTCC-CATACCCGCAAGG-AGGCGGAGCTTAGGACCGT-C--GGTATTG----T-C---CGACTTTG-GGAA-A-G--------------AG--CTGT----C--GT----------TTGTCC----G---TTTTTGAATAAGTTAA-TGCAATGGCA-GTTCATAGTACTTTTCG-ATTT-C-TGTCTGCGCTTCAGTGAGTTTCACA-CCTGT-CAGAATCGA-GGGA-GTGGT-GTCAGGAC-TTTTAG----CTA-CCTTTCTT-TCT-AAATGTTT-TCTGGA--ACGA-TCGTTATATTTTTCTCAGAT-TAC-ACCAGGTGTCGCC--ATAATTT-CATGTTT-ATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTG-TTTCC-ATGGTCACATAAGCTT-CAAATTTTTTTAGTC-CTGCCAGAAACGTCTT-TGTG-ATGAAATAGGGTTGTCG--ATTGAACAGA-TGAA-GGGGTTGCTTCAATGTATGTTTTGAAAAAGCATC-T-CGATATTCGGTTCGG-TC-TGTCATAAG-AAAATAT-AAAAAAAATCTTAT-TAAAATTA---CCACAGATAACAAC-G-TTAGA--TAC-AATA-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTATGCATAA-T---CA-TGGT--ATGGAAAT-----ACGCTTTCA-----AA-GTGCTCATT-AAAA-TTACTCCTA-C-AGATA--AACTAGCTAGATGCATT--CAT--AC-ACGTAAATA-----tctgtcaataactg
gi|6 : ATT-AAAA-TTAC--C-A-C-AGATAACAAC--GTTAGATACAATANNNN-NNN-NNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NACTATGCATAATCATGG-TATGGAAATACGCTTTCAAAG-TGCTCA-TTAAAATTACTCCTACAGAT-AA--A-C-T-AGC-TAGATGCATTCATACACGTAAATA-----------------------TGGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTT-AATCT-CACCATT----------GG-C-AATACA-TTTGTTGTCTATCTCCGGATTATT-GTA-T-CGG--TGTA-A-----T-GCAGCT-ATGTA-TCGT-ATT-TGGTGCTGCAC-----TA----------ACGGTCTGGAACACCGG---GGAAATTG-TTTAAAACC-ACGGGTCTTGCTCAC--ACACTTTCCAG-------CAATGTG-ACTGT-ACA-ATGGCCTTTAG------T-C-CCGTGTTCAT----TAG---------TACCTGA--T-AGCCA--CATCACGCCCGGAA-TATG-A-CA-AGTGTTTA-TATA-TT--GG-GGTAGGAGCTATA-GGAATAG-TTTA-CGTGATCA-T-GATTTGACAAATGAA-TACAAGTT-C--TTAA-T-CAACCA-ATATG--TTGGTGT-AT-CGA-CATGACATTCTGAT----GGTGTG------A---T-CG--------TCGC-TAAGCGCG-ATCGGTC-CCCACCC-ATCA-GAATA-T-CTGTTAGA-ACCCAAATATCGATC-TGTTCA
gi|7 : TACAGATTAACGA-C-T-TAC-TAGATGCATTCATACA-----------------TGTAAA-ATGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------TTAATCG-CACCATTTCG-------GG-C-AATA-A-TTTGTTGTCTA-CTCCGGATTATT-GTGTT-CGGTATGTA-A-----TTGCAGCTCAT-TA-TC-T-ATT-C--TG-TGCAC-----TA----------ACGGTCTGAGACAC-GGA--GGAAAGTGTTTTAAAACCGACGG--TTTGCTCACTAACACTT-CCAA-------CAATGTAAAC-GT-ACGAATG-CTTATAG------T-CAACGTGCTCATAGTATCG--CTACAGG--CCCGAC-C-A----TC---CACGCACGG-AATATG---CA-AGTGTT-A-TATAATT--GGTGGT--GAGCTATA-GCAATAG-TTTACCGTGATCAGTAGA-TTGAC--ATG-A-TACAATTC-C--TT-A-T-TAAGCATATATT--TTGG-GTAAT-C-A-CATGAC--TCTGAT-GGTGGGGTGGGGAATAAATC-CGGTCCCCCCCCGC-T-AGCGCG-AC-CG-C-ACCACCC-ATCAGGAATA-T-CTGT--GATACCCAAA-AT--ATA-TGTTCtaaa
gi|8 : ttg-C-AATA-A-TTTGTTGCCTATCTTCGGATTATT-AT--TTCGA-ATGTT-A-----T-GCAGCTCAT-TA-TC-T-ATT-C--TG-TATATACATGTGC---------ACGGTCTGGAACAC-GG---GGAAATTG-TT-AAAACC-ACGG--TTTGCTCAC--TCACTT-CCAA-------CAATGA--AT-GT-ACG-ATG-CCTTTAG------TCC-ACGTGTTTAAAA-ATAGAA-----------------------TCCATCCCGCACGGGAATATG-A-CA----GTT-A-T-TAATT---G-GGT-GGAGCTATA-CGAATAG-TTT--CGTGATCAGT-GA-TTGAC--AT--C-TACAAGTC-C--TT-A-TCTAAGCATATAGTGCTTGG-GT-AT-C-ACCATGATATTCTGAT-G--GGTGT--------AACT-CG--------------------------GTCAACCACCCTATCA-GAATA-TCTTGT--GA-A-CCAAA-AT--
gi|9 : --ACGATTCTTCATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGCCGCATA--TT-C-TGTTTAATT-AAGAAGCCTGGAGTCGCACGACTTGGTTTTCC-ATGGTCACA-AAGCT--C-AATATG---AGTC-CTGTCAG-AACGTCTTCCGTG-ACA-AATA-GGTTGTCGGTA-TGAACAAA-TGAA-AGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGAAGAAACATC-TACGATATTCTGTTC-G-TC-TGACATAAG-AAA--AT-GAAAAAAATCTAATGTAAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TCGATCTGACACCAGACATCGTAAAATCTGATGACTTAAATTGTGTCGTCCGCAAACGGGTTGACGTACATGTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 22222222222222 222222222 1111111 1111 22222 1 1 1 111 111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111 22 22222 33333333 1 1 1 11111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 11 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 333333333 11111 1 444444444444444444 111 1111111 11 11111111 555555555555555 111111 2 11 11 11 222222222222222222222222 1 11
lowQualScore : 77 5 1 4 9 4 55 8888 4 777 8 4 4 4 33333333333333 44 777 4 111111111 3333333 55 4 9999 8 99 6 5 5 5 5 6666 0 5 5 00000 5 5 5 0 5 5 77 66 2 0 99 7 6 4 6 99 99 6 1 6 6 6666 6 3 6 3 6 6 99 6 6 6 6 4 6 6 6 6 3 99 6 1 222 8 8 999 8 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66 6666666 22 00000 55555555 0 0 6 6 6 3 777 1 7 1 99 77777 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8 0 444 8 8 8 66 3 00 99 888 6 6 7 44 0 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 5 5 5 0 0 333333333 5 55 22222 5 0 5 5 5 5 5 66 5 2 444444444444444444 5 2 888 5 3 55 777 0 777 5 6666666 11 5 5 5 5 99999999 5 111111111111111 0 5 555555 33 3 999 22 5 5 77 5 5 5 5 5 5 11 66 5 5 5 11 99999 3 66 5 4 4 4 4 4 66 111111111111111111111111 4 4 1 4 0 4 2 4 8 4 1 66 1 1 4 66 22
lowQualScore : .. . . . . . .. .... . ... . . . . .............. .. ... . ......... ....... .. . .... . .. . . . . . .... . . . ..... . . . . . . .. .. . . .. . . . . .. .. . . . . .... . . . . . . .. . . . . . . . . . . .. . . ... . . ... . ............................................................................................ .. ....... .. ..... ........ . . . . . . ... . . . .. ..... ............................................................................... . . ... . . . .. . .. .. ... . . . .. . . .......................................................................................................... . . . . . . ......... . .. ..... . . . . . . . .. . . .................. . . ... . . .. ... . ... . ....... .. . . . . ........ . ............... . . ...... .. . ... .. . . .. . . . . . . .. .. . . . .. ..... . .. . . . . . . .. ........................ . . . . . . . . . . . .. . . . .. ..
lowQualScore : 66 7 9 4 4 0 55 5555 0 000 0 0 0 0 55555555555555 44 000 0 555555555 7777777 55 4 4444 9 22 7 7 7 7 7 1111 7 7 7 00000 7 7 7 7 7 7 99 99 0 1 22 3 7 2 7 22 22 7 7 7 7 8888 7 3 7 3 7 7 22 7 7 7 7 2 7 7 7 7 3 22 7 0 000 0 0 444 0 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 44 8888888 00 00000 44444444 6 8 0 7 7 3 555 5 3 7 22 77777 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 8 000 0 0 0 44 2 88 22 777 7 7 3 77 6 8 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 0 0 0 9 1 666666666 0 11 55555 0 0 0 0 0 0 0 99 0 2 666666666666666666 0 5 888 0 2 11 888 1 222 0 2222222 99 0 0 0 0 11111111 0 111111111111111 1 6 444444 00 5 444 99 7 7 99 7 7 7 7 0 0 55 99 0 0 0 99 22222 2 99 0 4 4 4 4 4 11 444444444444444444444444 4 4 1 4 8 4 2 4 9 4 1 11 9 1 4 11 77
consensus : CTTGTATCATGGTTTTGGTGTTTTTCTTTC-GTTAACTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGCGGAGCTTA-GCCCGTGC--GGTATTG----T-C---CG-CTTTT-GGAA-A-G--------------AG-TCTGT---GC-GGT---------ATTGTCCG---G---TTTTTG--TAAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTAC--TCCG-ATTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTGT-CAGAATCGATGGGAGGTGGA-TCCAGGAC-TTTTA-----CTA-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-TC--GG--ACGATTCTTTATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGCC--ATAATTT-CATGTTTAATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCC-ATGGTCACATAAGCTT-C-AATATTTTTAGTC-CTG-CAG-AACGTCTTCCGTG-ACG-AATA-GGTTGTCG--A-TGAACAGA-TGAA-GGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGAAAAAACATC-TACGATATTCTGTTC-G-TC-TGTCATAAG-AAA--AT-AAAAAAAATCTNATGTAAAATTACTCCTACAGATAACAAC-G-TTAGA-TTAC-AATA-----GANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTATGCATAATT---CATTGAT--ATGGAAAT-----ACGCTTACG-----AGTGTG-TCATT-AAAA-TTACTCC-A-C-AGATAACAACTAGCTAGATGCATT--CAT-AAC-ATGTAAATA-----TNNNNNCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGACTATGCA-GACTATGCATAATTATGA-TATGGAAATACGCTT---GAG-TG-TCA-TAAAAATTACTCCTACAGAT-AAC-A-C-T-AGC-TAGATGCATTCATACACGTAAATA-------CATGTAAATATGAATNTGGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTAATCT-CACCATCT--CCATTTCGG-C-AATA-A-TTTGTTGTCTATCTCCGGATTATT-GT--T-CGG-ATGTA-----A-T-GCAGCTCAT-TA-TC-T-ATT-C--TG-TGCAC-----TAC---------ACGGTCTGGAACA-CGG---GGAAATTG-TTTAAAACC-ACGG--TTTGCTCAC--ACAC-TTCCAA-------CAATGT--AC-GT-ACG-AT-GCCTTTAG------T-C-ACGTGTTCATAA-ATAGAAATGCGGGTACCTGAC-T-AGCCCTCCATCACGCACGG-AATATG-A-CAGAGTGTTA-TATA-ATT--GG-GGT-GGAGCTATA-GGAATAG-TTTA-CGTGATCAGT-GA-TTGAC--ATG-A-TACAAGTT-C--TT-A-T-TAAACATATATT--TTGG-GT-AT-C-A-CATGACATTCTGAT-G--GGTGTG------AAACT-CG--------TCGC-T-AGCGCG-ACTCGTC-ACCACCC-ATCA-GAATA-TCCTGT--GATACCCAAA-AT--ATA-TGTTCAA
Reference ( family-5370 ) : CTTGTATCATGGTTTTGGTGTTTTTCTTTC-GTTAACTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGCGGAGCTTA-GCCCGTGC--GGTATTG----T-C---CG-CTTTT-GGAA-A-G--------------AG-TCTGT---GC-GGT---------ATTGTCCG---G---TTTTTG--TAAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTAC--TCCG-ATTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTGT-CAGAATCGATGGGAGGTGGA-TCCAGGAC-TTTTA-----CTA-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-TC--GG--ACGATTCTTTATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGCC--ATAATTT-CATGTTTAATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCC-ATGGTCACATAAGCTT-C-AATATTTTTAGTC-CTG-CAG-AACGTCTTCCGTG-ACG-AATA-GGTTGTCG--A-TGAACAGA-TGAA-GGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGAAAAAACATC-TACGATATTCTGTTC-G-TC-TGTCATAAG-AAA--AT-AAAAAAAATCTNATGTAAAATTACTCCTACAGATAACAAC-G-TTAGA-TTAC-AATA-----GANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTATGCATAATT---CATTGAT--ATGGAAAT-----ACGCTTACG-----AGTGTG-TCATT-AAAA-TTACTCC-A-C-AGATAACAACTAGCTAGATGCATT--CAT-AAC-ATGTAAATA-----TNNNNNCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGACTATGCA-GACTATGCATAATTATGA-TATGGAAATACGCTT---GAG-TG-TCA-TAAAAATTACTCCTACAGAT-AAC-A-C-T-AGC-TAGATGCATTCATACACGTAAATA-------CATGTAAATATGAATNTGGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTAATCT-CACCATCTC-CCATTTCGG-C-AATA-A-TTTGTTGTCTATCTCCGGATTATT-GT--T-CGG-ATGTA-----A-T-GCAGCTCAT-TA-TC-T-ATT-C--TG-TGCAC-----TAC---------ACGGTCTGGAACA-CGG---GGAAATTG-TTTAAAACC-ACGG--TTTGCTCAC--ACAC-TTCCAA-------CAATGT--AC-GT-ACG-AT-GCCTTTAG------T-C-ACGTGTTCATAA-ATAGAAATGCGGGTACCTGAC-T-AGCCCTCCATCACGCACGGAAATATG-A-CAGAGTGTTA-TATA-ATT--GG-GGT-GGAGCTATA-GGAATAG-TTTA-CGTGATCAGT-GA-TTGAC--ATG-A-TACAAGTT-C--TT-A-T-TAAACATATATT--TTGG-GT-AT-C-A-CATGACATTCTGAT-G--GGTGTG------AAACT-CG--------TCGC-T-AGCGCG-ACTCGTC-ACCACCC-ATCA-GAATA-TCCTGT--GATACCCAAA-AT--ATA-TGTTCAA
gi|1 : CTTGTATCATGGTTTTGGTGTTTTTCTTTT-GTTAACTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGAGGAGCTTA-GCCCGTGC--GGTATTG----T-C---CG-ATTTTCGGAA-A-G--------------CG-TCTGT---GC-GGT---------ATTGTCCG---G---TTTTTG--TAAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTAC--TCCG-ATTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTGT-CAGAATCGATGGGAGGTGGA-TCCAGGAC-TTTTA-----CTA-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-TC--GG--ACGATTCTTTATATTTTTCTCAGACCTACAACAAGGTGTCGCC--ATAATTT-CATGTTTAATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCC-ATGGTCACACAAGCTT-C-AATATTTTCAGTC-CTG-CAG-TACGTCTTCCGTG-ACG-AATA-GGTTGTCG--A-TGAACAGAGTGAA-GGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTG--AAAACATC-TACGAT-TTCTGTTC-G-TC-TGTCATAAG-AAA--ATAAAAAAAAATCGAATGTAAAATTACTCCTACAGAT-ACAACTG-CTAGA-T--C-AATAN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATGCATAATT---CATTGAT--ATGGAAAT-----ACGCTTACA-----AGTGTG-TCATT-AAAA-TTACTCCTA-C-AGATAACAGTTAGCCAGATGCATT--CAT-AACAATGTAAATAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-GAATATGCATAATCATGA-TATGGAAATACGCTT---GAGTTG-T-A-TAAAAATTACTTCTACAGA------A-T-T-AGC---AAT---TTCATACATGTAAATATGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNTCATCT--CCATTTCGG-C-AATA-A-TTTGTTGTCTATCTCCGGATTATTGGT--T-CGG-ATGTA-----A-T-GCAGCTCAT-TA-TC-TAATT-C--TG-TATACTG---TGC---------ACGGTCTGGAACA-CGG---GGAAATTG-GTTAAAACC-ACGG--TTTGCTCAC---CAC-TTCCAA-------CAATGT--AC-G--ACA-AT-GTCTTTAG------T-C-ACGTGTTCATAA-ATAGAAATGCGGGTACCTGACTT-AGCCCTCCATCACGCACGGAAATATG-A-CAGAGTGTTA-TATA-ATT--GG-GGT-GGAGCTATA-GGAATAG-TTTA-CGTGATCAGT-GA-TTGAC--ATG-A-TACAAGTT-C--TT-A---TAAACATATATT--TTGG-GT-AT-C-A-CATGACATTCTGAT-G--GGTGTG------AAACT-CG--------TCGCTT-AGCGCG-ACTCGTC-TCCA-CC-ATCA-GAATA-TCCTGT--GATACCCAAA-AT--ATAGTGTTCAA
gi|10 : ATCTCACCGTTTAAG-C-TATA-A-TTTGTTGTCCACCTCCGGATT--------T-CGG-ATGTACATGTA-TTGCAGCTCAT-TA-TC-T-ATT-C--TG-T-TA------TAC---------ATG---TG---C------------ATCG-TT----------GG--CT----CAC--ACAC-TTGCAACAATGCGCAATGT--AC-GT-ATG-AT-GCC-TTAGACCTGTC-C-ATGTGTTCAGAA-ATAGAAATGCGGGTACCTGAA-TCACCCCTCCATCGCGCACGGAA
gi|11 : ta-GTCTGTCC--GGTATTG----T-C---CG-GTTTT-GG-----G--------------AA-TTTATTGGAC-AGTTCACATCCAATTGGACGTACA---CTGTTG--T--GCTGA-TA----A------TCACCGGAC--TCCG-ATTCCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTTATA-TCT-----GGATCGATGGGACACGGA-TCCAGGACAATTTG-----CTA-C-----TT-TAT-AAA----C-TT--GC--A-GACAC------CTTTTCTCGGATCTATGACt
gi|12 : TTGCATCATGGTTGTGATGTTTTTCTTTC-ATCAACTGT-TGATCAATAATTTTTCGTACCTGCACGG-AGGCGGAGTTTA-GACTGTGC--GGCATTG----T-C---AG-CTTTT-GAAA-A-GTTATTGGACATCTTAG-CCTGT---GC-GGT---------GTTGTCTA---G---TTTTGG--AAAGTTAT-CG----GACA-GTT
gi|13 : gtTCA-CGTGATTATC-GA-AAAAC--ATG-A-TGCAAGTT-CC-TT-A-T-TGCACA-GTATT--TTGC-TT-TT-C-A-CGTTATATTCGGAT-G--GGTGT-------AGACT-CGT-------TCGC-T-GGTGCGAACTCGTC-TCTA-CC-ATCA-CAATA-CCTCGT--AATACCCAAA-CT--ATC-TCTTCAAtcgaagt
gi|14 : CTTGTATCATGGTTTTGGTGTTTTTCTTTT-GTTAACTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGCGGAGCTTA-GCCCGTGC--GGTATTG----T-C---CGATTTTT-GGAA-T-G--------------CA-TCTGT---GC-GGT---------ATTGTCCG---G---TTTTTG--TAAGtaac
gi|15 : aTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTA-----AATCGATGGGAGGTGGA-TCCAGGAC-CTTTAAATTACTG-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-GC--GG--ACGATTCCTTATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTG
gi|16 : GTTCTGTAAT-CCTCATACC-GCAAGG-AGG-GGAGCT-A-GCTCGTGC--GGTATTGGTGAC-A---CA-CTTAT-GAAACA-G--------------AGATTTGT---GT-GGTAA-------ACTGTCCG---AGTTTTTTTT--TAAGTTAATTG----GACAGGTTCACAG
gi|17 : -TGTTCTGTAAT-CCTCATACCTGC--GG-AGG-GGAGCTTA-GCC-GTGC--GGTATTG----G-TACACA-CTTTT-GGAA-AAG--------------AG-TTTGT---GT-GGT---------ATTGTCCGT--T---TTTTTT--TAAGTTAA-TG----GACAGGTTCA
gi|18 : -AT-C-A-CATGATATTCTGAT-G--GGTGTG------AA-----------------C-T-A-TAAG-ACTCGTC-ACCACCC-ATCA-GAAT--TCTTGT--GATACCCAAA-AT--ATA-TGc
gi|2 : ATGCATAATT---CTATGATTTAGGAAAAT-----ACGCTT--G-----AG-GTGATCATTTAAAA-TTACTCT-AAC-AGATAACACTTAGC-AAATGCATT--CAT-A-C-ATGTAAAT------------CATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACTATGCATAATTATGAATATGGAA-TACGCTT---GAG-TG-TCA-TAAAGA-----CCTACAGAC-AAC-A-C-TTAGCATAAATGCATTT-----C----ATA-------CATGTAAATATGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCAATCTTCACCATCT------TTCGG-CCAATA-A-TTTGTTGTCTAC--------------T--T-CGA-ATGTA-----AAT-GCAGCTCAT-TA-TC-T-ATTTC--TG-TGCAC-----TA----------ACGGTCTGGAACA-CTGCGTGGAAATTG-TTTAAAACC-ACGG---TTGCTCAC--ACAC-TT-CAA-------CAATGT--AC-GTAACA-AT-GCCTTTA-------T-C-ACGTGTTCATA--------------GTA-CTGAC-A-AGCCCACCATCACGCACGG-AATATG-ATCAGAGTG-TA-TATA-ATTTGAG-GGT-GGAGCTATA-GGAATAGTTTTA-CGTGATCAGT-GA--TGAC--ATG-A-TACAAGTTCC--TT-A-T-TAAACATATATT--TTGG-GT-ATCC-A-CATGACATTCTGATGG--GGTGTT------GAACTGCT--------TCGC-T-AGCGCG-ACTCGTC-ACCA-AC-ATCAGGAATA-TCC-GT--GATACCCAAA-AT--ATC-TGTTCAA
gi|2 : cagttaTTTCTTTTAGTTAACTGCATGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGAGGAGTTAA-GCCCGTGCTGGATATTG----TTC---CG-CTTTT-GGAA-A-G--------------AG-CCTGT---GC-GAT---------ATTGTT-G---G---TTTTTG--TAAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTAC--TCCGCATTTCCGTGTC-GCGTTTCAGTGA-TTTCACAACCTGT-CAGAATCGATGGGAGGTGGAATCCAGGAC-TTTTA-----CTAACCTTT-TTGTCTTAAATGTTCCTC--GGGGACG-TTCTTTA-ATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGGC--ATAATTT-CATGTTTGATTAAA--AGAT--GAGTCGC-CGACTTTGTTTTCC-ATTGTCACATAAGCTT-C-AATATTTTTAGTCACTG-CAG-AACGTCTCCTGTGAATG-AATA-GGTTG-CG--A-TGAACAGA-TGAAGGGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGGAAAAACATCTTAC-ATATTCTGTTC-G-TCTTGTCATAAGAAAA--AT-AAAAAAAATCTTATGAAAAATTACTCCTACAG--AATAAC-GTTTAGATTTACAAATA-----GAgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgggctctccatctccctctcctttcttcctcctcactctcttccccttcttctatttgtaaatctaaacgttattctgtaggagtaatttttcataagattttttttatttttcttatgacaagacgaacagaatatgtaagatgtttttccaaaaatacattgaagcaacccccttcatctgttcatcgcaacctattcattcacaggagacgttctgcagtgactaaaaatattgaagcttatgtgacaatggaaaacaaagtcggcgactcatcttttaatcaaacatgaaattatgccgacacctggtcgtagatctgagaaaaattaaagaacgtccccgaggaacatttaagacaaaaaggttagtaaaagtcctggattccacctcccatcgattctgacaggttgtgaaatcactgaaacgcgacacggaaatgcggagtactatgaactgtccattaacttacaaaaaccaacaatatcgcacaggctctttccaaaagcggaacaatatccagcacgggcttaactcctcctccttgcgggtatgaggaattactgaacatgcagttaactaaaagaaa
gi|3 : cagttattgaacagatattttgggtatcacggatattcctgatgttggtgacgagtcgcgctagcgaagcagttcaacaccccatcagaatgtcatgtggatacccaaaatatatgtttaataaggaacttgtatcatgtcatcactgatcacgtaaaactattcctatagctccaccctcaaattatatacactctgatcatattccgtgcgtgatggtgggcttgtcagtactatgaacacgtgataaaggcattgttacgtacattgttgaagtgtgtgagcaaccgtggttttaaacaatttccacgcagtgttccagaccgttagtgcacagaaatagataatgagctgcatttacattcgaagtagacaacaaattattggccgaaagatggtgaagattgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattcatatttacatgtatgaaatgcatttatgctaagtgttgtctgtaggtctttatgacactcaagcgtattccatattcataattatgcatagtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgatttacatgtatgaatgcatttgctaagtgttatctgttagagtaattttaaatgatcacctcaagcgtattttcctaaatcatagaattatgcatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgggctctccatctccctctcctttcttcctcctcactctcttccccttctTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGGGAGGCGGAGCTTA-GCCCGTGC--GGTATTG----T-C---GA-TTTTC-GGAA-A-G--------------CG-TCTGT---GCCGGT---------ATTTTCCG---G---TTTTTG--TA-GTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTGC--TCCG-ATTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTG------ATCGATGGGAGGTGGA-TC-AGGAC-CTTTA-----CTG-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-TC--TG--ACGATTCTTCATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGCC--ATA-TTT-CATGTTTAATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCCCATGGTCACATAAGCTT-C-ACTAT----AGTC-CTG-CAG-AACGTCTTCCGTG-ACA-AATA-GGTTGTCG--A-TGAACAAA-TGAA-AGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGAAGAAACATC-TACGATATTCTGTTC-G-TC-TGACATAAGAAAA--AT-GAAAAAAATCTAATGTAAAATTACTCCTACAGATAACAAC-G-CTAGA--TAC-AAT
gi|3 : TATGCAGAATTACGCAT--ATCCATAGGAATTTATAATGCTTATGTACAAAATGTG-TCATT-AAAAATCACTCC-A-AGAGATAACGAC--GCTAGATACATT--CATGAAT-ATGTAAATA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------------CTATGCATGATTATGA-TATGGAAATACGCTT---GTG-TG-TCATTAAAAATTACT-CTACAGGT-AAC-ATT-T-AGC-TAGATGCATTCATACATGTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgacttttatgcagaattacgcatatccataggaatttataatgcttatgtacaaaatgtgtcattaaaaatcactccaagagataacgacgctagatacattcatgaatatgtaaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatgcatgattatgatatggaaatacgcttgtgtgtcattaaaaattactctacaggtaacatttagctagatgcattcatacatgtacaagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatctcaccatttcggccaataattttgttgtctatctccggattgtaatgcagctcattattctattctgtatatacataagtgcgacggtctggaacacgggaaattgtttaaaacccgtttggctcacacacttccacaatgtacgtacaatgcctttgtccacgtgttcataatagaaatgcgggtactgacttaccctccatcacgcacggaatatgatagagtgttattataattggggtggagctatagggaatagtttacatgatcagtgattgacatgattacaagttcctttatttaaacatatatttggtatcaatgacattctgatgggtgtgaaactcgtcgctatcgcgactcgtcaccacccatcagaatgttcttgtgataccaaaatatattgttcaata
gi|3 : tgctgttcagtaattcctcatacccgcaagggaggcggagcttagcccgtgcggtattgtcgattttcggaaagcgtctgtgccggtattttccggtttttgtagttaatggacagttcatagtgctccgatttcctgtcgcgcttcagtgatttcacacctgatcgatgggaggtggatcaggacctttactgccttttttctaaatgttctctgacgattcttcatatttttctcagatctacgaccaggtgtcgccatatttcatgtttaattaaagctgagtcgcacgactttgttttcccatggtcacataagcttcactatagtcctgcagaacgtcttccgtgacaaataggttgtcgatgaacaaatgaaagggttgcttcaatgtatttttgaagaaacatctacgatattctgttcgtctgacataagaaaaatgaaaaaaatctaatgtaaaattactcctacagataacaacgctagatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgactttATCT-CA--------CCATTTCGGCC-AATA-ATTTTGTTGTCTATCTCCGGAT----------------TGTA-----A-T-GCAGCTCAT-TATTC-T-ATT-C--TG-TATA------TACATAAGTGCGACGGTCTGGAACA-C-G---GGAAATTG-TTTAAAACC--CGT--TTGGCTCAC--ACAC-TTCC-A-------CAATGT--AC-GT-ACA-AT-GCCTTTGT------C-C-ACGTGTTCAT-A-ATAGAAATGCGGGTA-CTGAC-T-TACCCTCCATCACGCACGG-AATATG-A-TAGAGTGTTATTATA-ATT--GG-GGT-GGAGCTATAGGGAATAG-TTTA-CATGATCAGT-GA-TTGAC--ATG-ATTACAAGTT-CCTTT-ATT-TAAACATATATT--T--G-GT-AT-C-A--ATGACATTCTGAT-G--GGTGTG------AAACT-CG--------TCGC-T-ATCGCG-ACTCGTC-ACCACCC-ATCA-GAATGTTCTTGT--GATA-CCAAA-AT--ATATTGTTCAAcaagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatctcaccatttcggccaataattttgttgtctatctccggattgtaatgcagctcattattctattctgtatatacataagtgcgacggtctggaacacgggaaattgtttaaaacccgtttggctcacacacttccacaatgtacgtacaatgcctttgtccacgtgttcataatagaaatgcgggtactgacttaccctccatcacgcacggaatatgatagagtgttattataattggggtggagctatagggaatagtttacatgatcagtgattgacatgattacaagttcctttatttaaacatatatttggtatcaatgacattctgatgggtgtgaaactcgtcgctatcgcgactcgtcaccacccatcagaatgttcttgtgataccaaaatatattgttcaata
gi|4 : tgctgttcagtaattcctcatacccgcaagggaggcggagcttagcccgtgcggtattgtcgattttcggaaagcgtctgtgccggtattttccggtttttgtagttaatggacagttcatagtgctccgatttcctgtcgcgcttcagtgatttcacacctgatcgatgggaggtggatcaggacctttactgccttttttctaaatgttctctgacgattcttcatatttttctcagatctacgaccaggtgtcgccatatttcatgtttaattaaagctgagtcgcacgactttgttttcccatggtcacataagcttcactatagtcctgcagaacgtcttccgtgacaaataggttgtcgatgaacaaatgaaagggttgcttcaatgtatttttgaagaaacatctacgatattctgttcgtctgacataagaaaaatgaaaaaaatctaatgtaaaattactcctacagataacaacgctagatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgacttttatgcagaattacgcatatccataggaatttataatgcttatgtacaaaatgtgtcattaaaaatcactccaagagataacgacgctagatacattcatgaatatgtaaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatgcatgattatgatatggaaatacgcttgtgtgtcattaaaaattactctacaggtaacatttagctagatgcattcatacatgtacaagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCAGTAATTCCT---ATCCGCAAGG-AGGAGGAG-TTA-GCCCGTGC--GGTATTG----T-C---CG-CTTTT-GGAA-A-G--------------AG-CCTGT---GC-G-T---------ATTGTCTG---G---TTTTTG--TAAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTAC--TCCG-ATTTCC-TGTC-GCGTTTCAGTGA-TTTCACA-CCTGTTCAGAATCGATGGGAGGTGGA-TCC-GGAC-TTT-A-----CTA-CCTTT-TT-C---AAATGGTC-TC--GG--ACGATTCTTTATATTTTTCTCAGA-CTACGACCAG-TGTCGGC--ATAATTTTCATGTTTGATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCC-ATTGTCACATAAGCTTTC-AATATTTTTA-TC-CTG-CAG-AACGTCTCCTGTGTATG-AATA-GGTTGTCG--A-TGAACAGA-TGAA-GGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTTGAAAAACATC-TACG-TATTCTGTTC-GTTC-TGTCATAAG-AAA--AT-AAAAAAAATCTTATGAAAAATTACTCCTACAG--AATAAC-G-TTAGA-TTAC-AATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATGCATA--T---CA-TGAT--ATGAAACT-----ACGCTT--G-----AGTA-G-TCATT-AAAA-TTACTCC-A-C-AGATAACACTTAGCTAAATGCATT--CAT--AC-ATGTAAATA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGACTATGC---------CATAATTATGA-TATGGAAATACGCTT---GAG-TG-TCA-TAAAA--TGATCCTACAGAC-AAC-A-CTT-AGC-TAAATGCATTC----------ATA-------CATGTAAATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATCT-CA--------CCATTTCGG-C-AATA-A-TTTGTTGTCTATC-------------T--T-CGA-ATGTA-----A-T-GCAGCTCAT-TA-TC-T-ATT-C--TG-TGCAC-----TA----------ACGGTCTGGAACA-CGGT--GGAAATGT-TTTAAAACC-ACGG--TTTGCTCAC--ACAC-TTCCAA-------CAATGT--AC-GT-ACA-AT-GCCTTTAG------TCC-ACGTGTTCATA--------------GTACCTGAC-T-AAGCCACCATCACGCACGG-AATATGAA-CAG-GTGTTA-TATA-ATT--GG-GGT-GGAGCTATA-GGAATAG-TTTA-CGTGATCAGT-GA--TGAC--ATG-A-TAC-AGTT-C--CT---T-TAAACATATATT--TTGG-GT-AT-C-A-CATGACATTCTGAT-G--GGTGTG-------AACT-CG--------TCGC-T-AGCGCG-ACTCGTC-ACCA-CC-ATCA-GAATA-TCCTGT--GATACCC-AA-AT--ATta
gi|5 : GTTTTTCTTT--GTTAA-TGC-TGTTCAGTA-TTCC-CATACCCGCAAGG-AGGCGGAGCTTAGGACCGT-C--GGTATTG----T-C---CGACTTTG-GGAA-A-G--------------AG--CTGT----C--GT----------TTGTCC----G---TTTTTGAATAAGTTAA-TGCAATGGCA-GTTCATAGTACTTTTCG-ATTT-C-TGTCTGCGCTTCAGTGAGTTTCACA-CCTGT-CAGAATCGA-GGGA-GTGGT-GTCAGGAC-TTTTAG----CTA-CCTTTCTT-TCT-AAATGTTT-TCTGGA--ACGA-TCGTTATATTTTTCTCAGAT-TAC-ACCAGGTGTCGCC--ATAATTT-CATGTTT-ATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTG-TTTCC-ATGGTCACATAAGCTT-CAAATTTTTTTAGTC-CTGCCAGAAACGTCTT-TGTG-ATGAAATAGGGTTGTCG--ATTGAACAGA-TGAA-GGGGTTGCTTCAATGTATGTTTTGAAAAAGCATC-T-CGATATTCGGTTCGG-TC-TGTCATAAG-AAAATAT-AAAAAAAATCTTAT-TAAAATTA---CCACAGATAACAAC-G-TTAGA--TAC-AATA-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTATGCATAA-T---CA-TGGT--ATGGAAAT-----ACGCTTTCA-----AA-GTGCTCATT-AAAA-TTACTCCTA-C-AGATA--AACTAGCTAGATGCATT--CAT--AC-ACGTAAATA-----tctgtcaataactg
gi|6 : ATT-AAAA-TTAC--C-A-C-AGATAACAAC--GTTAGATACAATANNNN-NNN-NNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NACTATGCATAATCATGG-TATGGAAATACGCTTTCAAAG-TGCTCA-TTAAAATTACTCCTACAGAT-AA--A-C-T-AGC-TAGATGCATTCATACACGTAAATA-----------------------TGGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTT-AATCT-CACCA----------TTGG-C-AATACA-TTTGTTGTCTATCTCCGGATTATT-GTA-T-CGG--TGTA-----A-T-GCAGCT-ATGTA-TCGT-ATT-TGGTGCTGCAC-----TA----------ACGGTCTGGAACACCGG---GGAAATTG-TTTAAAACC-ACGGGTCTTGCTCAC--ACACTTTCCAG-------CAATGTG-ACTGT-ACA-ATGGCCTTTAG------T-C-CCGTGTTCAT----TA---------GTACCTGA--T-AGCC--ACATCACGCCCGG-AATATG-A-CA-AGTGTT--TATATATT--GG-GGTAGGAGCTATA-GGAATAG-TTTA-CGTGATCA-T-GATTTGACAAATGAA-TACAAGTT-C--TTAA-T-CAACCA-ATATG--TTGGTGT-AT-CGA-CATGACATTCTGAT----GGTGTG------A---T-CG--------TCGC-TAAGCGCG-ATCGGTC-CCCACCC-ATCA-GAATA-T-CTGTTAGA-ACCCAAATATCGATC-TGTTCA
gi|7 : TACAGATTAACGA-C-T-TAC-TAGATGCATTCATACATGTAAA------------------ATGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------TTAATCG-CACCATTTC-G------GG-C-AATA-A-TTTGTTGTCTA-CTCCGGATTATT-GTGTT-CGGTATGTA-----A-TTGCAGCTCAT-TA-TC-T-ATT-C--TG-TGCAC-----TA----------ACGGTCTGAGACA-CGGA--GGAAAGTGTTTTAAAACCGACGG--TTTGCTCACTAACAC-TTCCAA-------CAATGTAAAC-GT-ACGAAT-GCTTATAG------T-CAACGTGCTCATAGTATCG--CTACAGG--CCCGAC-C-A----TC---CACGCACGG-AATATG---CA-AGTGTTA-TATA-ATT--GGTGGT--GAGCTATA-GCAATAG-TTTACCGTGATCAGTAGA-TTGAC--ATG-A-TACAATTC-C--TT-A-T-TAAGCATATATT--TTGG-GTAAT-C-A-CATGAC--TCTGAT-GGTGGGGTGGGGAATAAATC-CGGTCCCCCCCCGC-T-AGCGCG-AC-CG-C-ACCACCC-ATCAGGAATA-T-CTGT--GATACCCAAA-AT--ATA-TGTTCtaaa
gi|8 : ttg-C-AATA-A-TTTGTTGCCTATCTTCGGATTATT-AT--TTCGA-ATGTT-----A-T-GCAGCTCAT-TA-TC-T-ATT-C--TG-TATATACATGTGC---------ACGGTCTGGAACA-CGG---GGAAATTG-TT-AAAACC-ACGG--TTTGCTCAC--TCAC-TTCCAA-------CAATGA--AT-GT-ACG-AT-GCCTTTAG------TCC-ACGTGTTTAAAA-ATAGAA-----------------------TCCATCCCGCACGGGAATATG-A-CA----GTTA-T-TA-ATT---G-GGT-GGAGCTATA-CGAATAG-TTT--CGTGATCAGT-GA-TTGAC--AT--C-TACAAGTC-C--TT-A-TCTAAGCATATAGTGCTTGG-GT-AT-C-ACCATGATATTCTGAT-G--GGTGT--------AACT-CG--------------------------GTCAACCACCCTATCA-GAATA-TCTTGT--GA-A-CCAAA-AT--
gi|9 : --ACGATTCTTCATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGCCGCATA--TT-C-TGTTTAATT-AAGAAGCCTGGAGTCGCACGACTTGGTTTTCC-ATGGTCACA-AAGCT--C-AATATG---AGTC-CTGTCAG-AACGTCTTCCGTG-ACA-AATA-GGTTGTCGGTA-TGAACAAA-TGAA-AGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGAAGAAACATC-TACGATATTCTGTTC-G-TC-TGACATAAG-AAA--AT-GAAAAAAATCTAATGTAAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TCGATCTGACACCAGACATCGTAAAATCTGATGACTTAAATTGTGTCGTCCGCAAACGGGTTGACGTACATGTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 22222222222222 222222222 1111111 1111 22222 1 1 1 111 111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111 22 22222 33333333 1 1 1 11111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 11 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4444444444 333333333 11111 1 444444444444444444 111111 1111111 11 11111111 444444444444444 111111 11 11 11 222222222222222222222222 1 11
lowQualScore : 77 5 1 4 9 4 55 8888 4 777 8 4 4 4 33333333333333 44 777 4 111111111 3333333 55 4 9999 8 99 6 5 5 5 5 6666 0 5 5 00000 5 5 5 0 5 5 77 66 2 0 99 7 6 4 6 99 99 6 1 6 6 6666 6 3 6 3 6 6 99 6 6 6 6 4 6 6 6 6 3 99 6 1 222 8 8 999 8 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66 6666666 22 00000 55555555 0 0 6 6 6 3 777 1 7 1 99 77777 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8 0 444 8 8 8 66 3 00 99 888 6 6 7 44 0 0 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 5 0000000000 0 5 5 5 5 0 0 333333333 5 55 22222 5 0 5 5 5 5 5 66 5 2 444444444444444444 999999 5 3 55 777 0 777 5 6666666 11 5 5 5 5 99999999 5 888888888888888 0 5 555555 3 5 5 999 22 5 5 77 5 5 5 5 5 5 11 66 5 5 5 11 99999 3 66 5 4 4 4 4 4 66 111111111111111111111111 4 4 1 4 0 4 2 4 8 4 1 66 1 1 4 66 22
lowQualScore : .. . . . . . .. .... . ... . . . . .............. .. ... . ......... ....... .. . .... . .. . . . . . .... . . . ..... . . . . . . .. .. . . .. . . . . .. .. . . . . .... . . . . . . .. . . . . . . . . . . .. . . ... . . ... . ............................................................................................ .. ....... .. ..... ........ . . . . . . ... . . . .. ..... ............................................................................... . . ... . . . .. . .. .. ... . . . .. . . ................................................................................... . . .......... . . . . . . . ......... . .. ..... . . . . . . . .. . . .................. ...... . . .. ... . ... . ....... .. . . . . ........ . ............... . . ...... . . . ... .. . . .. . . . . . . .. .. . . . .. ..... . .. . . . . . . .. ........................ . . . . . . . . . . . .. . . . .. ..
lowQualScore : 66 7 9 4 4 0 55 5555 0 000 0 0 0 0 55555555555555 44 000 0 555555555 7777777 55 4 4444 9 22 7 7 7 7 7 1111 7 7 7 00000 7 7 7 7 7 7 99 99 0 1 22 3 7 2 7 22 22 7 7 7 7 8888 7 3 7 3 7 7 22 7 7 7 7 2 7 7 7 7 3 22 7 0 000 0 0 444 0 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 44 8888888 00 00000 44444444 6 8 0 7 7 3 555 5 3 7 22 77777 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 8 000 0 0 0 44 2 88 22 777 7 7 3 77 6 8 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 7 3333333333 7 0 0 0 0 9 1 666666666 0 11 55555 0 0 0 0 0 0 0 99 0 2 666666666666666666 444444 0 2 11 888 1 222 0 2222222 99 0 0 0 0 11111111 0 000000000000000 1 6 444444 6 0 0 444 99 7 7 99 7 7 7 7 0 0 55 99 0 0 0 99 22222 2 99 0 4 4 4 4 4 11 444444444444444444444444 4 4 1 4 8 4 2 4 9 4 1 11 9 1 4 11 77
consensus : CTTGTATCATGGTTTTGGTGTTTTTCTTTC-GTTAACTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGCGGAGCTTA-GCCCGTGC--GGTATTG----T-C---CG-CTTTT-GGAA-A-G--------------AG-TCTGT---GC-GGT---------ATTGTCCG---G---TTTTTG--TAAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTAC--TCCG-ATTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTGT-CAGAATCGATGGGAGGTGGA-TCCAGGAC-TTTTA-----CTA-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-TC--GG--ACGATTCTTTATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGCC--ATAATTT-CATGTTTAATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCC-ATGGTCACATAAGCTT-C-AATATTTTTAGTC-CTG-CAG-AACGTCTTCCGTG-ACG-AATA-GGTTGTCG--A-TGAACAGA-TGAA-GGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGAAAAAACATC-TACGATATTCTGTTC-G-TC-TGTCATAAG-AAA--AT-AAAAAAAATCTNATGTAAAATTACTCCTACAGATAACAAC-G-TTAGA-TTAC-AATA-----GANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTATGCATAATT---CATTGAT--ATGGAAAT-----ACGCTTACG-----AGTGTG-TCATT-AAAA-TTACTCC-A-C-AGATAACAACTAGCTAGATGCATT--CAT-AAC-ATGTAAATA-----TNNNNNCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGACTATGCA-GACTATGCATAATTATGA-TATGGAAATACGCTT---GAG-TG-TCA-TAAAAATTACTCCTACAGAT-AAC-A-C-T-AGC-TAGATGCATTCATACACGTAAATA-------CATGTAAATATGAATNTGGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTAATCT-CACCATCTCCATTTCGG-C-AATA-A-TTTGTTGTCTATCTCCGGATTATT-GT--T-CGG-ATGTA-----A-T-GCAGCTCAT-TA-TC-T-ATT-C--TG-TGCAC-----TAC---------ACGGTCTGGAACAC-GG---GGAAATTG-TTTAAAACC-ACGG--TTTGCTCAC--ACACTT-CCAA-------CAATGT--AC-GT-ACG-ATG-CCTTTAG------T-C-ACGTGTTCATAA-ATAGAAATGCGGGTACCTGAC-T-AGCCCTCCATCACGCAC-GG-AATATG-A-CAGAGTGTT-A-TATAATT--GG-GGT-GGAGCTATA-GGAATAG-TTTA-CGTGATCAGT-GA-TTGAC--ATG-A-TACAAGTT-C--TT-A-T-TAAACATATATT--TTGG-GT-AT-C-A-CATGACATTCTGAT-G--GGTGTG------AAACT-CG--------TCGC-T-AGCGCG-ACTCGTC-ACCACCC-ATCA-GAATA-TCCTGT--GATACCCAAA-AT--ATA-TGTTCAA
Reference ( family-5370 ) : CTTGTATCATGGTTTTGGTGTTTTTCTTTC-GTTAACTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGCGGAGCTTA-GCCCGTGC--GGTATTG----T-C---CG-CTTTT-GGAA-A-G--------------AG-TCTGT---GC-GGT---------ATTGTCCG---G---TTTTTG--TAAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTAC--TCCG-ATTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTGT-CAGAATCGATGGGAGGTGGA-TCCAGGAC-TTTTA-----CTA-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-TC--GG--ACGATTCTTTATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGCC--ATAATTT-CATGTTTAATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCC-ATGGTCACATAAGCTT-C-AATATTTTTAGTC-CTG-CAG-AACGTCTTCCGTG-ACG-AATA-GGTTGTCG--A-TGAACAGA-TGAA-GGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGAAAAAACATC-TACGATATTCTGTTC-G-TC-TGTCATAAG-AAA--AT-AAAAAAAATCTNATGTAAAATTACTCCTACAGATAACAAC-G-TTAGA-TTAC-AATA-----GANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTATGCATAATT---CATTGAT--ATGGAAAT-----ACGCTTACG-----AGTGTG-TCATT-AAAA-TTACTCC-A-C-AGATAACAACTAGCTAGATGCATT--CAT-AAC-ATGTAAATA-----TNNNNNCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGACTATGCA-GACTATGCATAATTATGA-TATGGAAATACGCTT---GAG-TG-TCA-TAAAAATTACTCCTACAGAT-AAC-A-C-T-AGC-TAGATGCATTCATACACGTAAATA-------CATGTAAATATGAATNTGGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTAATCT-CACCATCTCCATTTCGG-C-AATA-A-TTTGTTGTCTATCTCCGGATTATT-GT--T-CGG-ATGTA-----A-T-GCAGCTCAT-TA-TC-T-ATT-C--TG-TGCAC-----TAC---------ACGGTCTGGAACAC-GG---GGAAATTG-TTTAAAACC-ACGG--TTTGCTCAC--ACACTT-CCAA-------CAATGT--AC-GT-ACG-ATG-CCTTTAG------T-C-ACGTGTTCATAA-ATAGAAATGCGGGTACCTGAC-T-AGCCCTCCATCACGCAC-GG-AATATG-A-CAGAGTGTT-A-TATAATT--GG-GGT-GGAGCTATA-GGAATAG-TTTA-CGTGATCAGT-GA-TTGAC--ATG-A-TACAAGTT-C--TT-A-T-TAAACATATATT--TTGG-GT-AT-C-A-CATGACATTCTGAT-G--GGTGTG------AAACT-CG--------TCGC-T-AGCGCG-ACTCGTC-ACCACCC-ATCA-GAATA-TCCTGT--GATACCCAAA-AT--ATA-TGTTCAA
gi|1 : CTTGTATCATGGTTTTGGTGTTTTTCTTTT-GTTAACTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGAGGAGCTTA-GCCCGTGC--GGTATTG----T-C---CG-ATTTTCGGAA-A-G--------------CG-TCTGT---GC-GGT---------ATTGTCCG---G---TTTTTG--TAAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTAC--TCCG-ATTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTGT-CAGAATCGATGGGAGGTGGA-TCCAGGAC-TTTTA-----CTA-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-TC--GG--ACGATTCTTTATATTTTTCTCAGACCTACAACAAGGTGTCGCC--ATAATTT-CATGTTTAATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCC-ATGGTCACACAAGCTT-C-AATATTTTCAGTC-CTG-CAG-TACGTCTTCCGTG-ACG-AATA-GGTTGTCG--A-TGAACAGAGTGAA-GGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTG--AAAACATC-TACGAT-TTCTGTTC-G-TC-TGTCATAAG-AAA--ATAAAAAAAAATCGAATGTAAAATTACTCCTACAGAT-ACAACTG-CTAGA-T--C-AATAN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATGCATAATT---CATTGAT--ATGGAAAT-----ACGCTTACA-----AGTGTG-TCATT-AAAA-TTACTCCTA-C-AGATAACAGTTAGCCAGATGCATT--CAT-AACAATGTAAATAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-GAATATGCATAATCATGA-TATGGAAATACGCTT---GAGTTG-T-A-TAAAAATTACTTCTACAGA------A-T-T-AGC---AAT---TTCATACATGTAAATATGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNTCATCTCCATTTCGG-C-AATA-A-TTTGTTGTCTATCTCCGGATTATTGGT--T-CGG-ATGTA-----A-T-GCAGCTCAT-TA-TC-TAATT-C--TG-TATACTG---TGC---------ACGGTCTGGAACAC-GG---GGAAATTG-GTTAAAACC-ACGG--TTTGCTCAC---CACTT-CCAA-------CAATGT--AC-G--ACA-ATG-TCTTTAG------T-C-ACGTGTTCATAA-ATAGAAATGCGGGTACCTGACTT-AGCCCTCCATCACGCAC-GGAAATATG-A-CAGAGTGTT-A-TATAATT--GG-GGT-GGAGCTATA-GGAATAG-TTTA-CGTGATCAGT-GA-TTGAC--ATG-A-TACAAGTT-C--TT-A---TAAACATATATT--TTGG-GT-AT-C-A-CATGACATTCTGAT-G--GGTGTG------AAACT-CG--------TCGCTT-AGCGCG-ACTCGTC-TCCA-CC-ATCA-GAATA-TCCTGT--GATACCCAAA-AT--ATAGTGTTCAA
gi|10 : TAATCT-CACCGT------TTAAG-C-TATA-A-TTTGTTGTCCACCTCCGGATT--------T-CGG-ATGTACATGTA-TTGCAGCTCAT-TA-TC-T-ATT-C--TG-T-TA------TAC---------ATG---TG---C------------ATCG-TT----------GG--CT----CAC--ACACTT-GCAACAATGCGCAATGT--AC-GT-ATG-ATG-CC-TTAGACCTGTC-C-ATGTGTTCAGAA-ATAGAAATGCGGGTACCTGAA-TCACCCCTCCATCGCGCAC-GG-AAT
gi|11 : -GTCTGTCC--GGTATTG----T-C---CG-GTTTT-GG-----G--------------AA-TTTATTGGAC-AGTTCACATCCAATTGGACGTACA---CTGTTG--T--GCTGA-TA----A------TCACCGGAC--TCCG-ATTCCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTTATA-TCT-----GGATCGATGGGACACGGA-TCCAGGACAATTTG-----CTA-C-----TT-TAT-AAA----C-TT--GC--A-GACAC------CTTTTCTCGGATCTATGAC
gi|12 : TTGCATCATGGTTGTGATGTTTTTCTTTC-ATCAACTGT-TGATCAATAATTTTTCGTACCTGCACGG-AGGCGGAGTTTA-GACTGTGC--GGCATTG----T-C---AG-CTTTT-GAAA-A-GTTATTGGACATCTTAG-CCTGT---GC-GGT---------GTTGTCTA---G---TTTTGG--AAAGTTAT-CG----GACA-GTT
gi|13 : gtTCA-CGTGATTATC-GA-AAAAC--ATG-A-TGCAAGTT-CC-TT-A-T-TGCACA-GTATT--TTGC-TT-TT-C-A-CGTTATATTCGGAT-G--GGTGT-------AGACT-CGT-------TCGC-T-GGTGCGAACTCGTC-TCTA-CC-ATCA-CAATA-CCTCGT--AATACCCAAA-CT--ATC-TCTTCAAtcgaagt
gi|14 : CTTGTATCATGGTTTTGGTGTTTTTCTTTT-GTTAACTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGCGGAGCTTA-GCCCGTGC--GGTATTG----T-C---CGATTTTT-GGAA-T-G--------------CA-TCTGT---GC-GGT---------ATTGTCCG---G---TTTTTG--TAAGtaac
gi|15 : aTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTA-----AATCGATGGGAGGTGGA-TCCAGGAC-CTTTAAATTACTG-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-GC--GG--ACGATTCCTTATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTG
gi|16 : GTTCTGTAAT-CCTCATACC-GCAAGG-AGG-GGAGCT-A-GCTCGTGC--GGTATTGGTGAC-A---CA-CTTAT-GAAACA-G--------------AGATTTGT---GT-GGTAA-------ACTGTCCG---AGTTTTTTTT--TAAGTTAATTG----GACAGGTTCACAG
gi|17 : -TGTTCTGTAAT-CCTCATACCTGC--GG-AGG-GGAGCTTA-GCC-GTGC--GGTATTG----G-TACACA-CTTTT-GGAA-AAG--------------AG-TTTGT---GT-GGT---------ATTGTCCGT--T---TTTTTT--TAAGTTAA-TG----GACAGGTTCA
gi|18 : -AT-C-A-CATGATATTCTGAT-G--GGTGTG------AA-----------------C-T-A-TAAG-ACTCGTC-ACCACCC-ATCA-GAAT--TCTTGT--GATACCCAAA-AT--ATA-TGc
gi|2 : ATGCATAATT---CTATGATTTAGGAAAAT-----ACGCTT--G-----AG-GTGATCATTTAAAA-TTACTCT-AAC-AGATAACACTTAGC-AAATGCATT--CAT-A-C-ATGTAAAT------------CATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACTATGCATAATTATGAATATGGAA-TACGCTT---GAG-TG-TCA-TAAAGA-----CCTACAGAC-AAC-A-C-TTAGCATAAATGCATTT-----C----ATA-------CATGTAAATATGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCAATCTTCACCATCT----TTCGG-CCAATA-A-TTTGTTGTCTAC--------------T--T-CGA-ATGTA-----AAT-GCAGCTCAT-TA-TC-T-ATTTC--TG-TGCAC-----TA----------ACGGTCTGGAACAC-TGCGTGGAAATTG-TTTAAAACC-ACGG---TTGCTCAC--ACACTT--CAA-------CAATGT--AC-GTAACA-ATG-CCTTTA-------T-C-ACGTGTTCATA--------------GTA-CTGAC-A-AGCCCACCATCACGCAC-GG-AATATG-ATCAGAGTG-T-A-TATAATTTGAG-GGT-GGAGCTATA-GGAATAGTTTTA-CGTGATCAGT-GA--TGAC--ATG-A-TACAAGTTCC--TT-A-T-TAAACATATATT--TTGG-GT-ATCC-A-CATGACATTCTGATGG--GGTGTT------GAACTGCT--------TCGC-T-AGCGCG-ACTCGTC-ACCA-AC-ATCAGGAATA-TCC-GT--GATACCCAAA-AT--ATC-TGTTCAA
gi|2 : cagttaTTTCTTTTAGTTAACTGCATGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGAGGAGTTAA-GCCCGTGCTGGATATTG----TTC---CG-CTTTT-GGAA-A-G--------------AG-CCTGT---GC-GAT---------ATTGTT-G---G---TTTTTG--TAAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTAC--TCCGCATTTCCGTGTC-GCGTTTCAGTGA-TTTCACAACCTGT-CAGAATCGATGGGAGGTGGAATCCAGGAC-TTTTA-----CTAACCTTT-TTGTCTTAAATGTTCCTC--GGGGACG-TTCTTTA-ATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGGC--ATAATTT-CATGTTTGATTAAA--AGAT--GAGTCGC-CGACTTTGTTTTCC-ATTGTCACATAAGCTT-C-AATATTTTTAGTCACTG-CAG-AACGTCTCCTGTGAATG-AATA-GGTTG-CG--A-TGAACAGA-TGAAGGGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGGAAAAACATCTTAC-ATATTCTGTTC-G-TCTTGTCATAAGAAAA--AT-AAAAAAAATCTTATGAAAAATTACTCCTACAG--AATAAC-GTTTAGATTTACAAATA-----GAgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgggctctccatctccctctcctttcttcctcctcactctcttccccttcttctatttgtaaatctaaacgttattctgtaggagtaatttttcataagattttttttatttttcttatgacaagacgaacagaatatgtaagatgtttttccaaaaatacattgaagcaacccccttcatctgttcatcgcaacctattcattcacaggagacgttctgcagtgactaaaaatattgaagcttatgtgacaatggaaaacaaagtcggcgactcatcttttaatcaaacatgaaattatgccgacacctggtcgtagatctgagaaaaattaaagaacgtccccgaggaacatttaagacaaaaaggttagtaaaagtcctggattccacctcccatcgattctgacaggttgtgaaatcactgaaacgcgacacggaaatgcggagtactatgaactgtccattaacttacaaaaaccaacaatatcgcacaggctctttccaaaagcggaacaatatccagcacgggcttaactcctcctccttgcgggtatgaggaattactgaacatgcagttaactaaaagaaa
gi|3 : cagttattgaacagatattttgggtatcacggatattcctgatgttggtgacgagtcgcgctagcgaagcagttcaacaccccatcagaatgtcatgtggatacccaaaatatatgtttaataaggaacttgtatcatgtcatcactgatcacgtaaaactattcctatagctccaccctcaaattatatacactctgatcatattccgtgcgtgatggtgggcttgtcagtactatgaacacgtgataaaggcattgttacgtacattgttgaagtgtgtgagcaaccgtggttttaaacaatttccacgcagtgttccagaccgttagtgcacagaaatagataatgagctgcatttacattcgaagtagacaacaaattattggccgaaagatggtgaagattgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattcatatttacatgtatgaaatgcatttatgctaagtgttgtctgtaggtctttatgacactcaagcgtattccatattcataattatgcatagtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgatttacatgtatgaatgcatttgctaagtgttatctgttagagtaattttaaatgatcacctcaagcgtattttcctaaatcatagaattatgcatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgggctctccatctccctctcctttcttcctcctcactctcttccccttctTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGGGAGGCGGAGCTTA-GCCCGTGC--GGTATTG----T-C---GA-TTTTC-GGAA-A-G--------------CG-TCTGT---GCCGGT---------ATTTTCCG---G---TTTTTG--TA-GTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTGC--TCCG-ATTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTG------ATCGATGGGAGGTGGA-TC-AGGAC-CTTTA-----CTG-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-TC--TG--ACGATTCTTCATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGCC--ATA-TTT-CATGTTTAATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCCCATGGTCACATAAGCTT-C-ACTAT----AGTC-CTG-CAG-AACGTCTTCCGTG-ACA-AATA-GGTTGTCG--A-TGAACAAA-TGAA-AGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGAAGAAACATC-TACGATATTCTGTTC-G-TC-TGACATAAGAAAA--AT-GAAAAAAATCTAATGTAAAATTACTCCTACAGATAACAAC-G-CTAGA--TAC-AAT
gi|3 : TATGCAGAATTACGCAT--ATCCATAGGAATTTATAATGCTTATGTACAAAATGTG-TCATT-AAAAATCACTCC-A-AGAGATAACGAC--GCTAGATACATT--CATGAAT-ATGTAAATA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------------CTATGCATGATTATGA-TATGGAAATACGCTT---GTG-TG-TCATTAAAAATTACT-CTACAGGT-AAC-ATT-T-AGC-TAGATGCATTCATACATGTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgacttttatgcagaattacgcatatccataggaatttataatgcttatgtacaaaatgtgtcattaaaaatcactccaagagataacgacgctagatacattcatgaatatgtaaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatgcatgattatgatatggaaatacgcttgtgtgtcattaaaaattactctacaggtaacatttagctagatgcattcatacatgtacaagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatctcaccatttcggccaataattttgttgtctatctccggattgtaatgcagctcattattctattctgtatatacataagtgcgacggtctggaacacgggaaattgtttaaaacccgtttggctcacacacttccacaatgtacgtacaatgcctttgtccacgtgttcataatagaaatgcgggtactgacttaccctccatcacgcacggaatatgatagagtgttattataattggggtggagctatagggaatagtttacatgatcagtgattgacatgattacaagttcctttatttaaacatatatttggtatcaatgacattctgatgggtgtgaaactcgtcgctatcgcgactcgtcaccacccatcagaatgttcttgtgataccaaaatatattgttcaata
gi|3 : tgctgttcagtaattcctcatacccgcaagggaggcggagcttagcccgtgcggtattgtcgattttcggaaagcgtctgtgccggtattttccggtttttgtagttaatggacagttcatagtgctccgatttcctgtcgcgcttcagtgatttcacacctgatcgatgggaggtggatcaggacctttactgccttttttctaaatgttctctgacgattcttcatatttttctcagatctacgaccaggtgtcgccatatttcatgtttaattaaagctgagtcgcacgactttgttttcccatggtcacataagcttcactatagtcctgcagaacgtcttccgtgacaaataggttgtcgatgaacaaatgaaagggttgcttcaatgtatttttgaagaaacatctacgatattctgttcgtctgacataagaaaaatgaaaaaaatctaatgtaaaattactcctacagataacaacgctagatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgactttATCT-CA------CCATTTCGGCC-AATA-ATTTTGTTGTCTATCTCCGGAT----------------TGTA-----A-T-GCAGCTCAT-TATTC-T-ATT-C--TG-TATA------TACATAAGTGCGACGGTCTGGAACAC--G---GGAAATTG-TTTAAAACC--CGT--TTGGCTCAC--ACACTT-CC-A-------CAATGT--AC-GT-ACA-ATG-CCTTTGT------C-C-ACGTGTTCAT-A-ATAGAAATGCGGGTA-CTGAC-T-TACCCTCCATCACGCAC-GG-AATATG-A-TAGAGTGTT-ATTATAATT--GG-GGT-GGAGCTATAGGGAATAG-TTTA-CATGATCAGT-GA-TTGAC--ATG-ATTACAAGTT-CCTTT-ATT-TAAACATATATT--T--G-GT-AT-C-A--ATGACATTCTGAT-G--GGTGTG------AAACT-CG--------TCGC-T-ATCGCG-ACTCGTC-ACCACCC-ATCA-GAATGTTCTTGT--GATA-CCAAA-AT--ATATTGTTCAAcaagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatctcaccatttcggccaataattttgttgtctatctccggattgtaatgcagctcattattctattctgtatatacataagtgcgacggtctggaacacgggaaattgtttaaaacccgtttggctcacacacttccacaatgtacgtacaatgcctttgtccacgtgttcataatagaaatgcgggtactgacttaccctccatcacgcacggaatatgatagagtgttattataattggggtggagctatagggaatagtttacatgatcagtgattgacatgattacaagttcctttatttaaacatatatttggtatcaatgacattctgatgggtgtgaaactcgtcgctatcgcgactcgtcaccacccatcagaatgttcttgtgataccaaaatatattgttcaata
gi|4 : tgctgttcagtaattcctcatacccgcaagggaggcggagcttagcccgtgcggtattgtcgattttcggaaagcgtctgtgccggtattttccggtttttgtagttaatggacagttcatagtgctccgatttcctgtcgcgcttcagtgatttcacacctgatcgatgggaggtggatcaggacctttactgccttttttctaaatgttctctgacgattcttcatatttttctcagatctacgaccaggtgtcgccatatttcatgtttaattaaagctgagtcgcacgactttgttttcccatggtcacataagcttcactatagtcctgcagaacgtcttccgtgacaaataggttgtcgatgaacaaatgaaagggttgcttcaatgtatttttgaagaaacatctacgatattctgttcgtctgacataagaaaaatgaaaaaaatctaatgtaaaattactcctacagataacaacgctagatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgacttttatgcagaattacgcatatccataggaatttataatgcttatgtacaaaatgtgtcattaaaaatcactccaagagataacgacgctagatacattcatgaatatgtaaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatgcatgattatgatatggaaatacgcttgtgtgtcattaaaaattactctacaggtaacatttagctagatgcattcatacatgtacaagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCAGTAATTCCT---ATCCGCAAGG-AGGAGGAG-TTA-GCCCGTGC--GGTATTG----T-C---CG-CTTTT-GGAA-A-G--------------AG-CCTGT---GC-G-T---------ATTGTCTG---G---TTTTTG--TAAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTAC--TCCG-ATTTCC-TGTC-GCGTTTCAGTGA-TTTCACA-CCTGTTCAGAATCGATGGGAGGTGGA-TCC-GGAC-TTT-A-----CTA-CCTTT-TT-C---AAATGGTC-TC--GG--ACGATTCTTTATATTTTTCTCAGA-CTACGACCAG-TGTCGGC--ATAATTTTCATGTTTGATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCC-ATTGTCACATAAGCTTTC-AATATTTTTA-TC-CTG-CAG-AACGTCTCCTGTGTATG-AATA-GGTTGTCG--A-TGAACAGA-TGAA-GGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTTGAAAAACATC-TACG-TATTCTGTTC-GTTC-TGTCATAAG-AAA--AT-AAAAAAAATCTTATGAAAAATTACTCCTACAG--AATAAC-G-TTAGA-TTAC-AATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATGCATA--T---CA-TGAT--ATGAAACT-----ACGCTT--G-----AGTA-G-TCATT-AAAA-TTACTCC-A-C-AGATAACACTTAGCTAAATGCATT--CAT--AC-ATGTAAATA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGACTATGC---------CATAATTATGA-TATGGAAATACGCTT---GAG-TG-TCA-TAAAA--TGATCCTACAGAC-AAC-A-CTT-AGC-TAAATGCATTC----------ATA-------CATGTAAATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATCT-CA------CCATTTCGG-C-AATA-A-TTTGTTGTCTATC-------------T--T-CGA-ATGTA-----A-T-GCAGCTCAT-TA-TC-T-ATT-C--TG-TGCAC-----TA----------ACGGTCTGGAACAC-GGT--GGAAATGT-TTTAAAACC-ACGG--TTTGCTCAC--ACACTT-CCAA-------CAATGT--AC-GT-ACA-ATG-CCTTTAG------TCC-ACGTGTTCATA--------------GTACCTGAC-T-AAGCCACCATCACGCAC-GG-AATATGAA-CAG-GTGTT-A-TATAATT--GG-GGT-GGAGCTATA-GGAATAG-TTTA-CGTGATCAGT-GA--TGAC--ATG-A-TAC-AGTT-C--CT---T-TAAACATATATT--TTGG-GT-AT-C-A-CATGACATTCTGAT-G--GGTGTG-------AACT-CG--------TCGC-T-AGCGCG-ACTCGTC-ACCA-CC-ATCA-GAATA-TCCTGT--GATACCC-AA-AT--ATta
gi|5 : GTTTTTCTTT--GTTAA-TGC-TGTTCAGTA-TTCC-CATACCCGCAAGG-AGGCGGAGCTTAGGACCGT-C--GGTATTG----T-C---CGACTTTG-GGAA-A-G--------------AG--CTGT----C--GT----------TTGTCC----G---TTTTTGAATAAGTTAA-TGCAATGGCA-GTTCATAGTACTTTTCG-ATTT-C-TGTCTGCGCTTCAGTGAGTTTCACA-CCTGT-CAGAATCGA-GGGA-GTGGT-GTCAGGAC-TTTTAG----CTA-CCTTTCTT-TCT-AAATGTTT-TCTGGA--ACGA-TCGTTATATTTTTCTCAGAT-TAC-ACCAGGTGTCGCC--ATAATTT-CATGTTT-ATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTG-TTTCC-ATGGTCACATAAGCTT-CAAATTTTTTTAGTC-CTGCCAGAAACGTCTT-TGTG-ATGAAATAGGGTTGTCG--ATTGAACAGA-TGAA-GGGGTTGCTTCAATGTATGTTTTGAAAAAGCATC-T-CGATATTCGGTTCGG-TC-TGTCATAAG-AAAATAT-AAAAAAAATCTTAT-TAAAATTA---CCACAGATAACAAC-G-TTAGA--TAC-AATA-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTATGCATAA-T---CA-TGGT--ATGGAAAT-----ACGCTTTCA-----AA-GTGCTCATT-AAAA-TTACTCCTA-C-AGATA--AACTAGCTAGATGCATT--CAT--AC-ACGTAAATA-----tctgtcaataactg
gi|6 : ATT-AAAA-TTAC--C-A-C-AGATAACAAC--GTTAGATACAATANNNN-NNN-NNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NACTATGCATAATCATGG-TATGGAAATACGCTTTCAAAG-TGCTCA-TTAAAATTACTCCTACAGAT-AA--A-C-T-AGC-TAGATGCATTCATACACGTAAATA-----------------------TGGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTT-AATCT-CACCATT--------GG-C-AATACA-TTTGTTGTCTATCTCCGGATTATT-GTA-T-CGG--TGTA-----A-T-GCAGCT-ATGTA-TCGT-ATT-TGGTGCTGCAC-----TA----------ACGGTCTGGAACACCGG---GGAAATTG-TTTAAAACC-ACGGGTCTTGCTCAC--ACACTTTCCAG-------CAATGTG-ACTGT-ACA-ATGGCCTTTAG------T-C-CCGTGTTCAT----TAG---------TACCTGA--T-AGCCA--CATCACGCCC-GG-AATATG-A-CA-AGTGTTTA-TATA-TT--GG-GGTAGGAGCTATA-GGAATAG-TTTA-CGTGATCA-T-GATTTGACAAATGAA-TACAAGTT-C--TTAA-T-CAACCA-ATATG--TTGGTGT-AT-CGA-CATGACATTCTGAT----GGTGTG------A---T-CG--------TCGC-TAAGCGCG-ATCGGTC-CCCACCC-ATCA-GAATA-T-CTGTTAGA-ACCCAAATATCGATC-TGTTCA
gi|7 : TACAGATTAACGA-C-T-TAC-TAGATGCATTCATACATGTAAA------------------ATGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------TTAATCG-CACCATTTCG-----GG-C-AATA-A-TTTGTTGTCTA-CTCCGGATTATT-GTGTT-CGGTATGTA-----A-TTGCAGCTCAT-TA-TC-T-ATT-C--TG-TGCAC-----TA----------ACGGTCTGAGACAC-GGA--GGAAAGTGTTTTAAAACCGACGG--TTTGCTCACTAACACTT-CCAA-------CAATGTAAAC-GT-ACGAATG-CTTATAG------T-CAACGTGCTCATAGTATCG--CTACAGG--CCCGAC-C-A----TC---CACGCAC-GG-AATATG---CA-AGTGTT-A-TATAATT--GGTGGT--GAGCTATA-GCAATAG-TTTACCGTGATCAGTAGA-TTGAC--ATG-A-TACAATTC-C--TT-A-T-TAAGCATATATT--TTGG-GTAAT-C-A-CATGAC--TCTGAT-GGTGGGGTGGGGAATAAATC-CGGTCCCCCCCCGC-T-AGCGCG-AC-CG-C-ACCACCC-ATCAGGAATA-T-CTGT--GATACCCAAA-AT--ATA-TGTTCtaaa
gi|8 : ttg-C-AATA-A-TTTGTTGCCTATCTTCGGATTATT-AT--TTCGA-ATGTT-----A-T-GCAGCTCAT-TA-TC-T-ATT-C--TG-TATATACATGTGC---------ACGGTCTGGAACAC-GG---GGAAATTG-TT-AAAACC-ACGG--TTTGCTCAC--TCACTT-CCAA-------CAATGA--AT-GT-ACG-ATG-CCTTTAG------TCC-ACGTGTTTAAAA-ATAGAA-----------------------TCCATCCCGCACGGG-AATATG-A-CA----GTT-A-T-TAATT---G-GGT-GGAGCTATA-CGAATAG-TTT--CGTGATCAGT-GA-TTGAC--AT--C-TACAAGTC-C--TT-A-TCTAAGCATATAGTGCTTGG-GT-AT-C-ACCATGATATTCTGAT-G--GGTGT--------AACT-CG--------------------------GTCAACCACCCTATCA-GAATA-TCTTGT--GA-A-CCAAA-AT--
gi|9 : --ACGATTCTTCATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGCCGCATA--TT-C-TGTTTAATT-AAGAAGCCTGGAGTCGCACGACTTGGTTTTCC-ATGGTCACA-AAGCT--C-AATATG---AGTC-CTGTCAG-AACGTCTTCCGTG-ACA-AATA-GGTTGTCGGTA-TGAACAAA-TGAA-AGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGAAGAAACATC-TACGATATTCTGTTC-G-TC-TGACATAAG-AAA--AT-GAAAAAAATCTAATGTAAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TCGATCTGACACCAGACATCGTAAAATCTGATGACTTAAATTGTGTCGTCCGCAAACGGGTTGACGTACATGTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 22222222222222 222222222 1111111 1111 22222 1 1 1 111 111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111 22 22222 33333333 1 1 1 11111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 11 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4444444444 333333333 11111 1 444444444444444444 111111 1111111 11 11111111 444444444444444 111111 11 11 11 222222222222222222222222 1 11
lowQualScore : 77 5 1 4 9 4 55 8888 4 777 8 4 4 4 33333333333333 44 777 4 111111111 3333333 55 4 9999 8 99 6 5 5 5 5 6666 0 5 5 00000 5 5 5 0 5 5 77 66 2 0 99 7 6 4 6 99 99 6 1 6 6 6666 6 3 6 3 6 6 99 6 6 6 6 4 6 6 6 6 3 99 6 1 222 8 8 999 8 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66 6666666 22 00000 55555555 0 0 6 6 6 3 777 1 7 1 99 77777 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8 0 444 8 8 8 66 3 00 99 888 6 6 7 44 0 0 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 5 0000000000 0 5 5 5 5 0 0 333333333 5 55 22222 5 0 5 5 5 5 5 66 5 2 444444444444444444 999999 5 3 55 777 0 777 5 6666666 11 5 5 5 5 99999999 5 888888888888888 0 5 555555 3 5 5 999 22 5 5 77 5 5 5 5 5 5 11 66 5 5 5 11 99999 3 66 5 4 4 4 4 4 66 111111111111111111111111 4 4 1 4 0 4 2 4 8 4 1 66 1 1 4 66 22
lowQualScore : .. . . . . . .. .... . ... . . . . .............. .. ... . ......... ....... .. . .... . .. . . . . . .... . . . ..... . . . . . . .. .. . . .. . . . . .. .. . . . . .... . . . . . . .. . . . . . . . . . . .. . . ... . . ... . ............................................................................................ .. ....... .. ..... ........ . . . . . . ... . . . .. ..... ............................................................................... . . ... . . . .. . .. .. ... . . . .. . . ................................................................................... . . .......... . . . . . . . ......... . .. ..... . . . . . . . .. . . .................. ...... . . .. ... . ... . ....... .. . . . . ........ . ............... . . ...... . . . ... .. . . .. . . . . . . .. .. . . . .. ..... . .. . . . . . . .. ........................ . . . . . . . . . . . .. . . . .. ..
lowQualScore : 66 7 9 4 4 0 55 5555 0 000 0 0 0 0 55555555555555 44 000 0 555555555 7777777 55 4 4444 9 22 7 7 7 7 7 1111 7 7 7 00000 7 7 7 7 7 7 99 99 0 1 22 3 7 2 7 22 22 7 7 7 7 8888 7 3 7 3 7 7 22 7 7 7 7 2 7 7 7 7 3 22 7 0 000 0 0 444 0 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 44 8888888 00 00000 44444444 6 8 0 7 7 3 555 5 3 7 22 77777 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 8 000 0 0 0 44 2 88 22 777 7 7 3 77 6 8 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 7 3333333333 7 0 0 0 0 9 1 666666666 0 11 55555 0 0 0 0 0 0 0 99 0 2 666666666666666666 444444 0 2 11 888 1 222 0 2222222 99 0 0 0 0 11111111 0 000000000000000 1 6 444444 6 0 0 444 99 7 7 99 7 7 7 7 0 0 55 99 0 0 0 99 22222 2 99 0 4 4 4 4 4 11 444444444444444444444444 4 4 1 4 8 4 2 4 9 4 1 11 9 1 4 11 77
consensus : CTTGTATCATGGTTTTGGTGTTTTTCTTTC-GTTAACTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGCGGAGCTTA-GCCCGTGC--GGTATTG----T-C---CG-CTTTT-GGAA-A-G--------------AG-TCTGT---GC-GGT---------ATTGTCCG---G---TTTTTG--TAAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTAC--TCCG-ATTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTGT-CAGAATCGATGGGAGGTGGA-TCCAGGAC-TTTTA-----CTA-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-TC--GG--ACGATTCTTTATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGCC--ATAATTT-CATGTTTAATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCC-ATGGTCACATAAGCTT-C-AATATTTTTAGTC-CTG-CAG-AACGTCTTCCGTG-ACG-AATA-GGTTGTCG--A-TGAACAGA-TGAA-GGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGAAAAAACATC-TACGATATTCTGTTC-G-TC-TGTCATAAG-AAA--AT-AAAAAAAATCTNATGTAAAATTACTCCTACAGATAACAAC-G-TTAGA-TTAC-AATA-----GANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTATGCATAATT---CATTGAT--ATGGAAAT-----ACGCTTACG-----AGTGTG-TCATT-AAAA-TTACTCC-A-C-AGATAACAACTAGCTAGATGCATT--CAT-AAC-ATGTAAATA-----TNNNNNCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGACTATGCA-GACTATGCATAATTATGA-TATGGAAATACGCTT---GAG-TG-TCA-TAAAAATTACTCCTACAGAT-AAC-A-C-T-AGC-TAGATGCATTCATACACGTAAATA-------CATGTAAATATGAATNTGGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTAATCT-CACCATCTCCATTTCGG-C-AATA-A-TTTGTTGTCTATCTCCGGATTATT-GT--T-CGG-ATGTA-----A-T-GCAGCTCAT-TA-TC-T-ATT-C--TG-TGCAC-----TAC---------ACGGTCTGGAACAC-GG---GGAAATTG-TTTAAAACC-ACGG--TTTGCTCAC--ACACTT-CCAA-------CAATGT--AC-GT-ACG-ATG-CCTTTAG------T-C-ACGTGTTCATAA-ATAGAAATGCGGGTACCTGAC-T-AGCCCTCCATCACGCAC-GG-AATATG-A-CAGAGTGTT-A-TATAATT--GG-GGT-GGAGCTATA-GGAATAG-TTTA-CGTGATCAGT-GA-TTGAC--ATG-A-TACAAGTT-C--TT-A-T-TAAACATATATT--TTGG-GT-AT-C-A-CATGACATTCTGAT-G--GGTGTG------AAACT-CG--------TCGC-T-AGCGCG-ACTCGTC-ACCACCC-ATCA-GAATA-TCCTGT--GATACCCAAA-AT--ATA-TGTTCAA
Reference ( family-5370 ) : CTTGTATCATGGTTTTGGTGTTTTTCTTTC-GTTAACTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGCGGAGCTTA-GCCCGTGC--GGTATTG----T-C---CG-CTTTT-GGAA-A-G--------------AG-TCTGT---GC-GGT---------ATTGTCCG---G---TTTTTG--TAAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTAC--TCCG-ATTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTGT-CAGAATCGATGGGAGGTGGA-TCCAGGAC-TTTTA-----CTA-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-TC--GG--ACGATTCTTTATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGCC--ATAATTT-CATGTTTAATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCC-ATGGTCACATAAGCTT-C-AATATTTTTAGTC-CTG-CAG-AACGTCTTCCGTG-ACG-AATA-GGTTGTCG--A-TGAACAGA-TGAA-GGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGAAAAAACATC-TACGATATTCTGTTC-G-TC-TGTCATAAG-AAA--AT-AAAAAAAATCTNATGTAAAATTACTCCTACAGATAACAAC-G-TTAGA-TTAC-AATA-----GANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTATGCATAATT---CATTGAT--ATGGAAAT-----ACGCTTACG-----AGTGTG-TCATT-AAAA-TTACTCC-A-C-AGATAACAACTAGCTAGATGCATT--CAT-AAC-ATGTAAATA-----TNNNNNCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGACTATGCA-GACTATGCATAATTATGA-TATGGAAATACGCTT---GAG-TG-TCA-TAAAAATTACTCCTACAGAT-AAC-A-C-T-AGC-TAGATGCATTCATACACGTAAATA-------CATGTAAATATGAATNTGGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTAATCT-CACCATCTCCATTTCGG-C-AATA-A-TTTGTTGTCTATCTCCGGATTATT-GT--T-CGG-ATGTA-----A-T-GCAGCTCAT-TA-TC-T-ATT-C--TG-TGCAC-----TAC---------ACGGTCTGGAACAC-GG---GGAAATTG-TTTAAAACC-ACGG--TTTGCTCAC--ACACTT-CCAA-------CAATGT--AC-GT-ACG-ATG-CCTTTAG------T-C-ACGTGTTCATAA-ATAGAAATGCGGGTACCTGAC-T-AGCCCTCCATCACGCAC-GG-AATATG-A-CAGAGTGTT-A-TATAATT--GG-GGT-GGAGCTATA-GGAATAG-TTTA-CGTGATCAGT-GA-TTGAC--ATG-A-TACAAGTT-C--TT-A-T-TAAACATATATT--TTGG-GT-AT-C-A-CATGACATTCTGAT-G--GGTGTG------AAACT-CG--------TCGC-T-AGCGCG-ACTCGTC-ACCACCC-ATCA-GAATA-TCCTGT--GATACCCAAA-AT--ATA-TGTTCAA
gi|1 : CTTGTATCATGGTTTTGGTGTTTTTCTTTT-GTTAACTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGAGGAGCTTA-GCCCGTGC--GGTATTG----T-C---CG-ATTTTCGGAA-A-G--------------CG-TCTGT---GC-GGT---------ATTGTCCG---G---TTTTTG--TAAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTAC--TCCG-ATTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTGT-CAGAATCGATGGGAGGTGGA-TCCAGGAC-TTTTA-----CTA-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-TC--GG--ACGATTCTTTATATTTTTCTCAGACCTACAACAAGGTGTCGCC--ATAATTT-CATGTTTAATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCC-ATGGTCACACAAGCTT-C-AATATTTTCAGTC-CTG-CAG-TACGTCTTCCGTG-ACG-AATA-GGTTGTCG--A-TGAACAGAGTGAA-GGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTG--AAAACATC-TACGAT-TTCTGTTC-G-TC-TGTCATAAG-AAA--ATAAAAAAAAATCGAATGTAAAATTACTCCTACAGAT-ACAACTG-CTAGA-T--C-AATAN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATGCATAATT---CATTGAT--ATGGAAAT-----ACGCTTACA-----AGTGTG-TCATT-AAAA-TTACTCCTA-C-AGATAACAGTTAGCCAGATGCATT--CAT-AACAATGTAAATAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-GAATATGCATAATCATGA-TATGGAAATACGCTT---GAGTTG-T-A-TAAAAATTACTTCTACAGA------A-T-T-AGC---AAT---TTCATACATGTAAATATGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNTCATCTCCATTTCGG-C-AATA-A-TTTGTTGTCTATCTCCGGATTATTGGT--T-CGG-ATGTA-----A-T-GCAGCTCAT-TA-TC-TAATT-C--TG-TATACTG---TGC---------ACGGTCTGGAACAC-GG---GGAAATTG-GTTAAAACC-ACGG--TTTGCTCAC---CACTT-CCAA-------CAATGT--AC-G--ACA-ATG-TCTTTAG------T-C-ACGTGTTCATAA-ATAGAAATGCGGGTACCTGACTT-AGCCCTCCATCACGCAC-GGAAATATG-A-CAGAGTGTT-A-TATAATT--GG-GGT-GGAGCTATA-GGAATAG-TTTA-CGTGATCAGT-GA-TTGAC--ATG-A-TACAAGTT-C--TT-A---TAAACATATATT--TTGG-GT-AT-C-A-CATGACATTCTGAT-G--GGTGTG------AAACT-CG--------TCGCTT-AGCGCG-ACTCGTC-TCCA-CC-ATCA-GAATA-TCCTGT--GATACCCAAA-AT--ATAGTGTTCAA
gi|10 : TAATCT-CACCGT------TTAAG-C-TATA-A-TTTGTTGTCCACCTCCGGATT--------T-CGG-ATGTACATGTA-TTGCAGCTCAT-TA-TC-T-ATT-C--TG-T-TA------TAC---------ATG---TG---C------------ATCG-TT----------GG--CT----CAC--ACACTT-GCAACAATGCGCAATGT--AC-GT-ATG-ATG-CC-TTAGACCTGTC-C-ATGTGTTCAGAA-ATAGAAATGCGGGTACCTGAA-TCACCCCTCCATCGCGCAC-GG-AAT
gi|11 : -GTCTGTCC--GGTATTG----T-C---CG-GTTTT-GG-----G--------------AA-TTTATTGGAC-AGTTCACATCCAATTGGACGTACA---CTGTTG--T--GCTGA-TA----A------TCACCGGAC--TCCG-ATTCCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTTATA-TCT-----GGATCGATGGGACACGGA-TCCAGGACAATTTG-----CTA-C-----TT-TAT-AAA----C-TT--GC--A-GACAC------CTTTTCTCGGATCTATGAC
gi|12 : TTGCATCATGGTTGTGATGTTTTTCTTTC-ATCAACTGT-TGATCAATAATTTTTCGTACCTGCACGG-AGGCGGAGTTTA-GACTGTGC--GGCATTG----T-C---AG-CTTTT-GAAA-A-GTTATTGGACATCTTAG-CCTGT---GC-GGT---------GTTGTCTA---G---TTTTGG--AAAGTTAT-CG----GACA-GTT
gi|13 : gtTCA-CGTGATTATC-GA-AAAAC--ATG-A-TGCAAGTT-CC-TT-A-T-TGCACA-GTATT--TTGC-TT-TT-C-A-CGTTATATTCGGAT-G--GGTGT-------AGACT-CGT-------TCGC-T-GGTGCGAACTCGTC-TCTA-CC-ATCA-CAATA-CCTCGT--AATACCCAAA-CT--ATC-TCTTCAAtcgaagt
gi|14 : CTTGTATCATGGTTTTGGTGTTTTTCTTTT-GTTAACTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGCGGAGCTTA-GCCCGTGC--GGTATTG----T-C---CGATTTTT-GGAA-T-G--------------CA-TCTGT---GC-GGT---------ATTGTCCG---G---TTTTTG--TAAGtaac
gi|15 : aTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTA-----AATCGATGGGAGGTGGA-TCCAGGAC-CTTTAAATTACTG-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-GC--GG--ACGATTCCTTATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTG
gi|16 : GTTCTGTAAT-CCTCATACC-GCAAGG-AGG-GGAGCT-A-GCTCGTGC--GGTATTGGTGAC-A---CA-CTTAT-GAAACA-G--------------AGATTTGT---GT-GGTAA-------ACTGTCCG---AGTTTTTTTT--TAAGTTAATTG----GACAGGTTCACAG
gi|17 : -TGTTCTGTAAT-CCTCATACCTGC--GG-AGG-GGAGCTTA-GCC-GTGC--GGTATTG----G-TACACA-CTTTT-GGAA-AAG--------------AG-TTTGT---GT-GGT---------ATTGTCCGT--T---TTTTTT--TAAGTTAA-TG----GACAGGTTCA
gi|18 : -AT-C-A-CATGATATTCTGAT-G--GGTGTG------AA-----------------C-T-A-TAAG-ACTCGTC-ACCACCC-ATCA-GAAT--TCTTGT--GATACCCAAA-AT--ATA-TGc
gi|2 : ATGCATAATT---CTATGATTTAGGAAAAT-----ACGCTT--G-----AG-GTGATCATTTAAAA-TTACTCT-AAC-AGATAACACTTAGC-AAATGCATT--CAT-A-C-ATGTAAAT------------CATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACTATGCATAATTATGAATATGGAA-TACGCTT---GAG-TG-TCA-TAAAGA-----CCTACAGAC-AAC-A-C-TTAGCATAAATGCATTT-----C----ATA-------CATGTAAATATGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCAATCTTCACCATCT----TTCGG-CCAATA-A-TTTGTTGTCTAC--------------T--T-CGA-ATGTA-----AAT-GCAGCTCAT-TA-TC-T-ATTTC--TG-TGCAC-----TA----------ACGGTCTGGAACAC-TGCGTGGAAATTG-TTTAAAACC-ACGG---TTGCTCAC--ACACTT--CAA-------CAATGT--AC-GTAACA-ATG-CCTTTA-------T-C-ACGTGTTCATA--------------GTA-CTGAC-A-AGCCCACCATCACGCAC-GG-AATATG-ATCAGAGTG-T-A-TATAATTTGAG-GGT-GGAGCTATA-GGAATAGTTTTA-CGTGATCAGT-GA--TGAC--ATG-A-TACAAGTTCC--TT-A-T-TAAACATATATT--TTGG-GT-ATCC-A-CATGACATTCTGATGG--GGTGTT------GAACTGCT--------TCGC-T-AGCGCG-ACTCGTC-ACCA-AC-ATCAGGAATA-TCC-GT--GATACCCAAA-AT--ATC-TGTTCAA
gi|2 : cagttaTTTCTTTTAGTTAACTGCATGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGAGGAGTTAA-GCCCGTGCTGGATATTG----TTC---CG-CTTTT-GGAA-A-G--------------AG-CCTGT---GC-GAT---------ATTGTT-G---G---TTTTTG--TAAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTAC--TCCGCATTTCCGTGTC-GCGTTTCAGTGA-TTTCACAACCTGT-CAGAATCGATGGGAGGTGGAATCCAGGAC-TTTTA-----CTAACCTTT-TTGTCTTAAATGTTCCTC--GGGGACG-TTCTTTA-ATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGGC--ATAATTT-CATGTTTGATTAAA--AGAT--GAGTCGC-CGACTTTGTTTTCC-ATTGTCACATAAGCTT-C-AATATTTTTAGTCACTG-CAG-AACGTCTCCTGTGAATG-AATA-GGTTG-CG--A-TGAACAGA-TGAAGGGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGGAAAAACATCTTAC-ATATTCTGTTC-G-TCTTGTCATAAGAAAA--AT-AAAAAAAATCTTATGAAAAATTACTCCTACAG--AATAAC-GTTTAGATTTACAAATA-----GAgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgggctctccatctccctctcctttcttcctcctcactctcttccccttcttctatttgtaaatctaaacgttattctgtaggagtaatttttcataagattttttttatttttcttatgacaagacgaacagaatatgtaagatgtttttccaaaaatacattgaagcaacccccttcatctgttcatcgcaacctattcattcacaggagacgttctgcagtgactaaaaatattgaagcttatgtgacaatggaaaacaaagtcggcgactcatcttttaatcaaacatgaaattatgccgacacctggtcgtagatctgagaaaaattaaagaacgtccccgaggaacatttaagacaaaaaggttagtaaaagtcctggattccacctcccatcgattctgacaggttgtgaaatcactgaaacgcgacacggaaatgcggagtactatgaactgtccattaacttacaaaaaccaacaatatcgcacaggctctttccaaaagcggaacaatatccagcacgggcttaactcctcctccttgcgggtatgaggaattactgaacatgcagttaactaaaagaaa
gi|3 : cagttattgaacagatattttgggtatcacggatattcctgatgttggtgacgagtcgcgctagcgaagcagttcaacaccccatcagaatgtcatgtggatacccaaaatatatgtttaataaggaacttgtatcatgtcatcactgatcacgtaaaactattcctatagctccaccctcaaattatatacactctgatcatattccgtgcgtgatggtgggcttgtcagtactatgaacacgtgataaaggcattgttacgtacattgttgaagtgtgtgagcaaccgtggttttaaacaatttccacgcagtgttccagaccgttagtgcacagaaatagataatgagctgcatttacattcgaagtagacaacaaattattggccgaaagatggtgaagattgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattcatatttacatgtatgaaatgcatttatgctaagtgttgtctgtaggtctttatgacactcaagcgtattccatattcataattatgcatagtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgatttacatgtatgaatgcatttgctaagtgttatctgttagagtaattttaaatgatcacctcaagcgtattttcctaaatcatagaattatgcatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgggctctccatctccctctcctttcttcctcctcactctcttccccttctTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGGGAGGCGGAGCTTA-GCCCGTGC--GGTATTG----T-C---GA-TTTTC-GGAA-A-G--------------CG-TCTGT---GCCGGT---------ATTTTCCG---G---TTTTTG--TA-GTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTGC--TCCG-ATTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTG------ATCGATGGGAGGTGGA-TC-AGGAC-CTTTA-----CTG-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-TC--TG--ACGATTCTTCATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGCC--ATA-TTT-CATGTTTAATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCCCATGGTCACATAAGCTT-C-ACTAT----AGTC-CTG-CAG-AACGTCTTCCGTG-ACA-AATA-GGTTGTCG--A-TGAACAAA-TGAA-AGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGAAGAAACATC-TACGATATTCTGTTC-G-TC-TGACATAAGAAAA--AT-GAAAAAAATCTAATGTAAAATTACTCCTACAGATAACAAC-G-CTAGA--TAC-AAT
gi|3 : TATGCAGAATTACGCAT--ATCCATAGGAATTTATAATGCTTATGTACAAAATGTG-TCATT-AAAAATCACTCC-A-AGAGATAACGAC--GCTAGATACATT--CATGAAT-ATGTAAATA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------------CTATGCATGATTATGA-TATGGAAATACGCTT---GTG-TG-TCATTAAAAATTACT-CTACAGGT-AAC-ATT-T-AGC-TAGATGCATTCATACATGTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgacttttatgcagaattacgcatatccataggaatttataatgcttatgtacaaaatgtgtcattaaaaatcactccaagagataacgacgctagatacattcatgaatatgtaaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatgcatgattatgatatggaaatacgcttgtgtgtcattaaaaattactctacaggtaacatttagctagatgcattcatacatgtacaagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatctcaccatttcggccaataattttgttgtctatctccggattgtaatgcagctcattattctattctgtatatacataagtgcgacggtctggaacacgggaaattgtttaaaacccgtttggctcacacacttccacaatgtacgtacaatgcctttgtccacgtgttcataatagaaatgcgggtactgacttaccctccatcacgcacggaatatgatagagtgttattataattggggtggagctatagggaatagtttacatgatcagtgattgacatgattacaagttcctttatttaaacatatatttggtatcaatgacattctgatgggtgtgaaactcgtcgctatcgcgactcgtcaccacccatcagaatgttcttgtgataccaaaatatattgttcaata
gi|3 : tgctgttcagtaattcctcatacccgcaagggaggcggagcttagcccgtgcggtattgtcgattttcggaaagcgtctgtgccggtattttccggtttttgtagttaatggacagttcatagtgctccgatttcctgtcgcgcttcagtgatttcacacctgatcgatgggaggtggatcaggacctttactgccttttttctaaatgttctctgacgattcttcatatttttctcagatctacgaccaggtgtcgccatatttcatgtttaattaaagctgagtcgcacgactttgttttcccatggtcacataagcttcactatagtcctgcagaacgtcttccgtgacaaataggttgtcgatgaacaaatgaaagggttgcttcaatgtatttttgaagaaacatctacgatattctgttcgtctgacataagaaaaatgaaaaaaatctaatgtaaaattactcctacagataacaacgctagatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgactttATCT-CA------CCATTTCGGCC-AATA-ATTTTGTTGTCTATCTCCGGAT----------------TGTA-----A-T-GCAGCTCAT-TATTC-T-ATT-C--TG-TATA------TACATAAGTGCGACGGTCTGGAACAC--G---GGAAATTG-TTTAAAACC--CGT--TTGGCTCAC--ACACTT-CC-A-------CAATGT--AC-GT-ACA-ATG-CCTTTGT------C-C-ACGTGTTCAT-A-ATAGAAATGCGGGTA-CTGAC-T-TACCCTCCATCACGCAC-GG-AATATG-A-TAGAGTGTT-ATTATAATT--GG-GGT-GGAGCTATAGGGAATAG-TTTA-CATGATCAGT-GA-TTGAC--ATG-ATTACAAGTT-CCTTT-ATT-TAAACATATATT--T--G-GT-AT-C-A--ATGACATTCTGAT-G--GGTGTG------AAACT-CG--------TCGC-T-ATCGCG-ACTCGTC-ACCACCC-ATCA-GAATGTTCTTGT--GATA-CCAAA-AT--ATATTGTTCAAcaagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatctcaccatttcggccaataattttgttgtctatctccggattgtaatgcagctcattattctattctgtatatacataagtgcgacggtctggaacacgggaaattgtttaaaacccgtttggctcacacacttccacaatgtacgtacaatgcctttgtccacgtgttcataatagaaatgcgggtactgacttaccctccatcacgcacggaatatgatagagtgttattataattggggtggagctatagggaatagtttacatgatcagtgattgacatgattacaagttcctttatttaaacatatatttggtatcaatgacattctgatgggtgtgaaactcgtcgctatcgcgactcgtcaccacccatcagaatgttcttgtgataccaaaatatattgttcaata
gi|4 : tgctgttcagtaattcctcatacccgcaagggaggcggagcttagcccgtgcggtattgtcgattttcggaaagcgtctgtgccggtattttccggtttttgtagttaatggacagttcatagtgctccgatttcctgtcgcgcttcagtgatttcacacctgatcgatgggaggtggatcaggacctttactgccttttttctaaatgttctctgacgattcttcatatttttctcagatctacgaccaggtgtcgccatatttcatgtttaattaaagctgagtcgcacgactttgttttcccatggtcacataagcttcactatagtcctgcagaacgtcttccgtgacaaataggttgtcgatgaacaaatgaaagggttgcttcaatgtatttttgaagaaacatctacgatattctgttcgtctgacataagaaaaatgaaaaaaatctaatgtaaaattactcctacagataacaacgctagatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgacttttatgcagaattacgcatatccataggaatttataatgcttatgtacaaaatgtgtcattaaaaatcactccaagagataacgacgctagatacattcatgaatatgtaaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatgcatgattatgatatggaaatacgcttgtgtgtcattaaaaattactctacaggtaacatttagctagatgcattcatacatgtacaagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCAGTAATTCCT---ATCCGCAAGG-AGGAGGAG-TTA-GCCCGTGC--GGTATTG----T-C---CG-CTTTT-GGAA-A-G--------------AG-CCTGT---GC-G-T---------ATTGTCTG---G---TTTTTG--TAAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTAC--TCCG-ATTTCC-TGTC-GCGTTTCAGTGA-TTTCACA-CCTGTTCAGAATCGATGGGAGGTGGA-TCC-GGAC-TTT-A-----CTA-CCTTT-TT-C---AAATGGTC-TC--GG--ACGATTCTTTATATTTTTCTCAGA-CTACGACCAG-TGTCGGC--ATAATTTTCATGTTTGATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCC-ATTGTCACATAAGCTTTC-AATATTTTTA-TC-CTG-CAG-AACGTCTCCTGTGTATG-AATA-GGTTGTCG--A-TGAACAGA-TGAA-GGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTTGAAAAACATC-TACG-TATTCTGTTC-GTTC-TGTCATAAG-AAA--AT-AAAAAAAATCTTATGAAAAATTACTCCTACAG--AATAAC-G-TTAGA-TTAC-AATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATGCATA--T---CA-TGAT--ATGAAACT-----ACGCTT--G-----AGTA-G-TCATT-AAAA-TTACTCC-A-C-AGATAACACTTAGCTAAATGCATT--CAT--AC-ATGTAAATA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGACTATGC---------CATAATTATGA-TATGGAAATACGCTT---GAG-TG-TCA-TAAAA--TGATCCTACAGAC-AAC-A-CTT-AGC-TAAATGCATTC----------ATA-------CATGTAAATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATCT-CA------CCATTTCGG-C-AATA-A-TTTGTTGTCTATC-------------T--T-CGA-ATGTA-----A-T-GCAGCTCAT-TA-TC-T-ATT-C--TG-TGCAC-----TA----------ACGGTCTGGAACAC-GGT--GGAAATGT-TTTAAAACC-ACGG--TTTGCTCAC--ACACTT-CCAA-------CAATGT--AC-GT-ACA-ATG-CCTTTAG------TCC-ACGTGTTCATA--------------GTACCTGAC-T-AAGCCACCATCACGCAC-GG-AATATGAA-CAG-GTGTT-A-TATAATT--GG-GGT-GGAGCTATA-GGAATAG-TTTA-CGTGATCAGT-GA--TGAC--ATG-A-TAC-AGTT-C--CT---T-TAAACATATATT--TTGG-GT-AT-C-A-CATGACATTCTGAT-G--GGTGTG-------AACT-CG--------TCGC-T-AGCGCG-ACTCGTC-ACCA-CC-ATCA-GAATA-TCCTGT--GATACCC-AA-AT--ATta
gi|5 : GTTTTTCTTT--GTTAA-TGC-TGTTCAGTA-TTCC-CATACCCGCAAGG-AGGCGGAGCTTAGGACCGT-C--GGTATTG----T-C---CGACTTTG-GGAA-A-G--------------AG--CTGT----C--GT----------TTGTCC----G---TTTTTGAATAAGTTAA-TGCAATGGCA-GTTCATAGTACTTTTCG-ATTT-C-TGTCTGCGCTTCAGTGAGTTTCACA-CCTGT-CAGAATCGA-GGGA-GTGGT-GTCAGGAC-TTTTAG----CTA-CCTTTCTT-TCT-AAATGTTT-TCTGGA--ACGA-TCGTTATATTTTTCTCAGAT-TAC-ACCAGGTGTCGCC--ATAATTT-CATGTTT-ATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTG-TTTCC-ATGGTCACATAAGCTT-CAAATTTTTTTAGTC-CTGCCAGAAACGTCTT-TGTG-ATGAAATAGGGTTGTCG--ATTGAACAGA-TGAA-GGGGTTGCTTCAATGTATGTTTTGAAAAAGCATC-T-CGATATTCGGTTCGG-TC-TGTCATAAG-AAAATAT-AAAAAAAATCTTAT-TAAAATTA---CCACAGATAACAAC-G-TTAGA--TAC-AATA-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTATGCATAA-T---CA-TGGT--ATGGAAAT-----ACGCTTTCA-----AA-GTGCTCATT-AAAA-TTACTCCTA-C-AGATA--AACTAGCTAGATGCATT--CAT--AC-ACGTAAATA-----tctgtcaataactg
gi|6 : ATT-AAAA-TTAC--C-A-C-AGATAACAAC--GTTAGATACAATANNNN-NNN-NNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NACTATGCATAATCATGG-TATGGAAATACGCTTTCAAAG-TGCTCA-TTAAAATTACTCCTACAGAT-AA--A-C-T-AGC-TAGATGCATTCATACACGTAAATA-----------------------TGGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTT-AATCT-CACCATT--------GG-C-AATACA-TTTGTTGTCTATCTCCGGATTATT-GTA-T-CGG--TGTA-----A-T-GCAGCT-ATGTA-TCGT-ATT-TGGTGCTGCAC-----TA----------ACGGTCTGGAACACCGG---GGAAATTG-TTTAAAACC-ACGGGTCTTGCTCAC--ACACTTTCCAG-------CAATGTG-ACTGT-ACA-ATGGCCTTTAG------T-C-CCGTGTTCAT----TAG---------TACCTGA--T-AGCCA--CATCACGCCC-GG-AATATG-A-CA-AGTGTTTA-TATA-TT--GG-GGTAGGAGCTATA-GGAATAG-TTTA-CGTGATCA-T-GATTTGACAAATGAA-TACAAGTT-C--TTAA-T-CAACCA-ATATG--TTGGTGT-AT-CGA-CATGACATTCTGAT----GGTGTG------A---T-CG--------TCGC-TAAGCGCG-ATCGGTC-CCCACCC-ATCA-GAATA-T-CTGTTAGA-ACCCAAATATCGATC-TGTTCA
gi|7 : TACAGATTAACGA-C-T-TAC-TAGATGCATTCATACATGTAAA------------------ATGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------TTAATCG-CACCATTTCG-----GG-C-AATA-A-TTTGTTGTCTA-CTCCGGATTATT-GTGTT-CGGTATGTA-----A-TTGCAGCTCAT-TA-TC-T-ATT-C--TG-TGCAC-----TA----------ACGGTCTGAGACAC-GGA--GGAAAGTGTTTTAAAACCGACGG--TTTGCTCACTAACACTT-CCAA-------CAATGTAAAC-GT-ACGAATG-CTTATAG------T-CAACGTGCTCATAGTATCG--CTACAGG--CCCGAC-C-A----TC---CACGCAC-GG-AATATG---CA-AGTGTT-A-TATAATT--GGTGGT--GAGCTATA-GCAATAG-TTTACCGTGATCAGTAGA-TTGAC--ATG-A-TACAATTC-C--TT-A-T-TAAGCATATATT--TTGG-GTAAT-C-A-CATGAC--TCTGAT-GGTGGGGTGGGGAATAAATC-CGGTCCCCCCCCGC-T-AGCGCG-AC-CG-C-ACCACCC-ATCAGGAATA-T-CTGT--GATACCCAAA-AT--ATA-TGTTCtaaa
gi|8 : ttg-C-AATA-A-TTTGTTGCCTATCTTCGGATTATT-AT--TTCGA-ATGTT-----A-T-GCAGCTCAT-TA-TC-T-ATT-C--TG-TATATACATGTGC---------ACGGTCTGGAACAC-GG---GGAAATTG-TT-AAAACC-ACGG--TTTGCTCAC--TCACTT-CCAA-------CAATGA--AT-GT-ACG-ATG-CCTTTAG------TCC-ACGTGTTTAAAA-ATAGAA-----------------------TCCATCCCGCACGGG-AATATG-A-CA----GTT-A-T-TAATT---G-GGT-GGAGCTATA-CGAATAG-TTT--CGTGATCAGT-GA-TTGAC--AT--C-TACAAGTC-C--TT-A-TCTAAGCATATAGTGCTTGG-GT-AT-C-ACCATGATATTCTGAT-G--GGTGT--------AACT-CG--------------------------GTCAACCACCCTATCA-GAATA-TCTTGT--GA-A-CCAAA-AT--
gi|9 : --ACGATTCTTCATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGCCGCATA--TT-C-TGTTTAATT-AAGAAGCCTGGAGTCGCACGACTTGGTTTTCC-ATGGTCACA-AAGCT--C-AATATG---AGTC-CTGTCAG-AACGTCTTCCGTG-ACA-AATA-GGTTGTCGGTA-TGAACAAA-TGAA-AGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGAAGAAACATC-TACGATATTCTGTTC-G-TC-TGACATAAG-AAA--AT-GAAAAAAATCTAATGTAAAA
blockSeqs : TA A T G C G TG GTGA T ACA A . C A TTATTGGACATCTT AT TGG C TCACATCCA TACA AA T CAAT G TT C G T G A TTCA A A AATTA A C G T C TG GG C GC A T G A GA TG C T T A TTTT A C A A A G GT T . G G G T G T T A AT . T ATA . T TTT A NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN AT ACGCAT TT TTATA ATGTACAA T A T A T AC C T T AN GAAT NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA A TCA . C T AT C TT CG TT T A A TG CATGTAAATATGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN T T CCATTTCG C C C T TATTGTGT T TA CATGT A T G T G . T GG C G TACATAAGTGCG TGCGT T T GA GTC TAA T CAATGCG AA T A A G ACCTGTC A AAATAGAAATGCGG C ATCAC T G . AT GA T T TG T A G T C A TT AA A T C CT ATT T GC T A C G C G GT GGGGAATAAATCCGGTCCCCCCC . A G A A C T G T C TA T C T CG AT
blockSeqs : C . T . C . . . . . A . . . . T . . AA AGTT . . . G . . . . . . TCA . . G . . . . . . . T . A . A . . . . T . . TTTT . T . T . . . . . . . A . . . . A . . A ATA . . TT . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN AT CTAT CC . TCA T C . . . AG A T T . NNN ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGACTATGC . . . . . AT C C C CT . . A CG CATGTAAATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN C . CCATCT . . . . TATTGTA . A . . T . . . . . . . A TACATGTGC GGT . T A C A . . G . . . . TC . AATAGAAATGCGG C CAAG A . . AA GA . . . . . . . . . A . . . . C AAT T . . . . . . . . TGAACTGCTT . . G . . C . G . C . T C . . C
blockSeqs : T . T . A . . . . . . . . . . C . . . TT . . . . . . . . . . TCA . . . . . . . . . . T . A . G . . . . T . . TTTT . . . . . . . . . . . G . . . . . . . T A . . T . A CAT . . G . . . . . C C T T . AC CATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA . . . . . A C T C C . . A TG ATGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN T . CCATT . . . . TATTAT . A . . . . . . . . . . G TAC CGG . T A T A . . . . . . . TC . AGTATCGCTACAG C CTTA T . . A G . . . . . . . . . T . . . . . ATC T . . . . . . . . AGACTCGTT . . T . . C . . . C . T C . . A
blockSeqs : . . T . C . . . . . . . . . . T . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . A . . . . T . . G . . . . . . . . . . . A . . . . . . . T A . . T . . CAT . . G . . . . . C A . T . AC ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . C C C . . . C TGGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT T . CCGT . . . . T . A . . . . . . . . . . G CTA GGA . T A T A . . . . . . . T . AAATAGAA C CTAA A . . A A . . . . . . . . . T . . . . . AT T . . . . . . . . GAAACTCGT . . G . . C . . . C . T C . . C
blockSeqs : . T . A . . . . . . . . . . T . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . A . . . C A . . . AC T . C . . . . . . CCAT . . . . T . A . . . . . . . . . . G CTA GG . T A T A . . . . . . . C . TAG . TAG T . . A A . . . . . . . . . T . . . . . AT T . . . . . . . . GAACTCGT . . G . . C . . . C . T C . . C
blockSeqs : . T . C . . . . . . . . . . C . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . CCAT . . . . T . . . . . . . . . . . . A CTA G . . . T A . . . . . . . T . A . CCA T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . GATCGT . . G . . . . . . C . T C . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CTA . . . . . T . . . . . . . T . A . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . AACTCG . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . C . . . G . . . . . . . . . . GAA . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . G .
blockSeqCons : TCA* A** CAT**** CG****** AC*** C* C* CCATT***** T******** CTA*************** GG**** A** AATAAG********* CTAG** GA AT*** C*
originalCons : CTTGTATCATGGTTTTGGTGTTTTTCTTTC-GTTAACTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGCGGAGCTTA-GCCCGTGC--GGTATTG----T-C---CG-CTTTT-GGAA-A-G--------------AG-TCTGT---GC-GGT---------ATTGTCCG---G---TTTTTG--TAAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTAC--TCCG-ATTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTGT-CAGAATCGATGGGAGGTGGA-TCCAGGAC-TTTTA-----CTA-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-TC--GG--ACGATTCTTTATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGCC--ATAATTT-CATGTTTAATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCC-ATGGTCACATAAGCTT-C-AATATTTTTAGTC-CTG-CAG-AACGTCTTCCGTG-ACG-AATA-GGTTGTCG--A-TGAACAGA-TGAA-GGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGAAAAAACATC-TACGATATTCTGTTC-G-TC-TGTCATAAG-AAA--AT-AAAAAAAATCTNATGTAAAATTACTCCTACAGATAACAAC-G-TTAGA-TTAC-AATA-----GANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTATGCATAATT---CATTGAT--ATGGAAAT-----ACGCTTACG-----AGTGTG-TCATT-AAAA-TTACTCC-A-C-AGATAACAACTAGCTAGATGCATT--CAT-AAC-ATGTAAATA-----TNNNNNCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGACTATGCA-GACTATGCATAATTATGA-TATGGAAATACGCTT---GAG-TG-TCA-TAAAAATTACTCCTACAGAT-AAC-A-C-T-AGC-TAGATGCATTCATACACGTAAATA-------CATGTAAATATGAATNTGGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTAATCT-CACCATCTCCATTTCGG-C-AATA-A-TTTGTTGTCTATCTCCGGATTATT-GT--T-CGG-ATGTA-----A-T-GCAGCTCAT-TA-TC-T-ATT-C--TG-TGCAC-----TAC---------ACGGTCTGGAACAC-GG---GGAAATTG-TTTAAAACC-ACGG--TTTGCTCAC--ACACTT-CCAA-------CAATGT--AC-GT-ACG-ATG-CCTTTAG------T-C-ACGTGTTCATAA-ATAGAAATGCGGGTACCTGAC-T-AGCCCTCCATCACGCAC-GG-AATATG-A-CAGAGTGTT-A-TATAATT--GG-GGT-GGAGCTATA-GGAATAG-TTTA-CGTGATCAGT-GA-TTGAC--ATG-A-TACAAGTT-C--TT-A-T-TAAACATATATT--TTGG-GT-AT-C-A-CATGACATTCTGAT-G--GGTGTG------AAACT-CG--------TCGC-T-AGCGCG-ACTCGTC-ACCACCC-ATCA-GAATA-TCCTGT--GATACCCAAA-AT--ATA-TGTTCAA
finalCons : CTTGTATCATGGTTTTGGTGTTTTTCTTTC-GTTAACTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGCGGAGCTTA-GCCCGTGC--GGTATTG----T-C---CG-CTTTT-GGAA-A-G--------------AG-TCTGT---GC-GGT---------ATTGTCCG---G---TTTTTG--TAAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTAC--TCCG-ATTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTGTCA-GAATCGATGGGAGGTGGA-TCCAGGAC-TTTTA-----CTA-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-TC--GG--ACGATTCTTTATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGCC--ATAATTT-CATGTTTAATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCC-ATGGTCACATAAGCTT-C-AATATTTTTAGTC-CTG-CAG-AACGTCTTCCGTG-ACG-AATA-GGTTGTCG--A-TGAACAGA-TGAA-GGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGAAAAAACATC-TACGATATTCTGTTC-G-TC-TGTCATAAG-AAA--AT-AAAAAAAATCTNATGTAAAATTACTCCTACAGA--ACAAC-G-TTAGA-TTAC-AATA-----GANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTATGCATAATTCAT----GAT--ATGGAAAT-----ACGCTTCG------AGTGTG-TCATT-AAAA-TTACTCC-A-C-AGATAACAACTAGCTAGATGCATT--CATAC---ATGTAAATA-----TNNNNNCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGACTATGCA-GACTATGCATAATTATGA-TATGGAAATACGCTT---GAG-TG-TCA-TAAAAATTACTCCTACAGAC-AAC-A-C-T-AGC-TAGATGCATTCATACACGTAAATA-------CATGTAAATATGAATNTGGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTAATCT-CACCATT-----TTCGG-C-AATA-A-TTTGTTGTCTATCTCCGGATT--------T-CGG-ATGTA-----A-T-GCAGCTCAT-TA-TC-T-ATT-C--TG-TGCACTA---------------ACGGTCTGGAACACGG----GGAAATTG-TTTAAAACC-ACGG--TTTGCTCACA--CACTT-CCAA-------CAATGT--AC-GT-ACG-ATG-CCTTTAG------T-C-ACGTGTTCATAATAAG---------GTACCTGACTAG--CCCTCCATCACGCAC-GG-AATATG-A-CAGAGTGTT-A-TATAATT--GG-GGT-GGAGCTATA-GGAATAG-TTTA-CGTGATCAGT-GA-TTGAC--ATG-A-TACAAGTT-C--TTAT---TAAACATATATT--TTGG-GT-AT-C-A-CATGACATTCTGAT-G--GGTGTG------AAACT-CG--------TCGC-T-AGCGCG-ACTCGTC-ACCACCC-ATCA-GAATA-TCCTGT--GATACCCAAA-AT--ATC-TGTTCAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TCGATCTGACACCAGACATCGTAAAATCTGATGACTTAAATTGTGTCGTCCGCAAACGGGTTGACGTACATGTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 22222222222222 222222222 1111111 1111 22222 1 1 1 22 111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111 22 22222 44444444444 1 1 111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 11 2222222 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 1 5555555 11111 1111 33333333333333 111 1111111 11 11111111 77777777777777777777777 111 11 11 11 222222222222222222222222 1 11
lowQualScore : 77 5 1 4 9 4 55 8888 4 777 8 4 4 4 33333333333333 44 777 4 111111111 3333333 55 4 9999 8 99 6 5 5 5 5 6666 0 5 5 00000 5 5 5 0 5 5 77 66 2 0 99 7 6 4 6 99 99 6 1 6 6 6666 6 3 6 3 6 6 99 6 6 6 6 6 6 6 6 3 99 6 1 22 8 8 8 999 8 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 66 444 8 8 22 00000 44444444444 0 6 6 6 3 777 1 7 1 111 99 6 6 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8 0 444 8 8 8 66 3 33 99 888 6 8888888 99 6 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 5 5 88 0 5 5 0 0 9999999 55 5 77777 5 5 5 5 5 5 66 5 2 0000 66666666666666 5 888 2 5 3 55 66 2 777 5 6666666 11 5 5 5 5 99999999 5 99999999999999999999999 2 666 3 88 5 5 5 999 22 5 5 77 5 5 5 5 5 5 11 66 5 5 5 11 5 5 5 3 66 5 4 4 4 4 4 66 111111111111111111111111 4 4 1 4 0 4 2 4 8 4 1 66 1 1 4 66 5 11
lowQualScore : .. . . . . . .. .... . ... . . . . .............. .. ... . ......... ....... .. . .... . .. . . . . . .... . . . ..... . . . . . . .. .. . . .. . . . . .. .. . . . . .... . . . . . . .. . . . . . . . . . .. . . .. . . . ... . .............................................................................................. .. ... . . .. ..... ........... . . . . . ... . . . ... .. . . ............................................................................... . . ... . . . .. . .. .. ... . ....... .. . ......................................................................................... . . . .. . . . . . ....... .. . ..... . . . . . . .. . . .... .............. . ... . . . .. .. . ... . ....... .. . . . . ........ . ....................... . ... . .. . . . ... .. . . .. . . . . . . .. .. . . . .. . . . . .. . . . . . . .. ........................ . . . . . . . . . . . .. . . . .. . ..
lowQualScore : 66 7 9 4 4 0 55 5555 0 000 0 0 0 0 55555555555555 44 000 0 555555555 7777777 55 4 4444 9 22 7 7 7 7 7 1111 7 7 7 00000 7 7 7 7 7 7 99 99 0 1 22 3 7 2 7 22 22 7 7 7 7 8888 7 3 7 3 7 7 22 7 7 7 7 7 7 7 7 3 22 7 0 00 0 0 0 444 0 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 44 000 0 0 00 00000 00000000000 8 0 7 7 3 555 5 3 7 777 22 7 7 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 8 000 0 0 0 44 2 00 22 777 7 3333333 22 7 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 7 7 33 0 0 0 9 1 4444444 11 0 55555 0 0 0 0 0 0 99 0 2 1111 55555555555555 0 888 5 0 2 11 99 0 222 0 2222222 99 0 0 0 0 11111111 0 44444444444444444444444 5 111 4 55 0 0 0 444 99 7 7 99 7 7 7 7 0 0 55 99 0 0 0 99 0 0 0 2 99 0 4 4 4 4 4 11 444444444444444444444444 4 4 1 4 8 4 2 4 9 4 1 11 9 1 4 11 0 44
consensus : CTTGTATCATGGTTTTGGTGTTTTTCTTTC-GTTAACTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGCGGAGCTTA-GCCCGTGC--GGTATTG----T-C---CG-CTTTT-GGAA-A-G--------------AG-TCTGT---GC-GGT---------ATTGTCCG---G---TTTTTG--TAAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTAC--TCCG-ATTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTGT-CAGAATCGATGGGAGGTGGA-TCCAGGAC-TTTTA-----CTA-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-TC--GG--ACGATTCTTTATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGCC--ATAATTT-CATGTTTAATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCC-ATGGTCACATAAGCTT-C-AATATTTTTAGTC-CTG-CAG-AACGTCTTCCGTG-ACG-AATA-GGTTGTCG--A-TGAACAGA-TGAA-GGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGAAAAAACATC-TACGATATTCTGTTC-G-TC-TGTCATAAG-AAA--ATAAAAAAAA-TCTNATGTAAAATTACTCCTACAGATA-ACAAC-G-TTAGA-TTAC-AATA-----GANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-CTATGCATAATT---C-AT-GAT--ATGGAAAT-----ACGCTTA----CGAG-TGTG-TCATT-AAAA-TTACTCC-A-C-AGATAACAACTAGCTAGATGCA---TTCAT--A-CA-TGTAAATA-----TNNNNNCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGACTATGCA-GACTATGCATAATTATGA-TATGGAAATACGCTT---GAGT-G-TCA-TAAAAATTACTCCTACAGAT-AAC-A-C-T-AGC-------TAGATGCA--T-TCATACACGTAAATACATGTAAATATGAATNTGGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTAATCT-CACCAT-TT-CGGC-AATA-ATTT-GTTGTCTATCTCCGGATTATTGT--TCGG-ATGTA-A-----T-GCAGCTCAT-TAT-C-TA-TT-C--TG-TGCAC---TA-------A------CGGTCTGGAACA-CGG---GGAAATTG-TTTAAAACC-ACGG--TTTGCTCAC--ACAC-TTCCAACA-------ATGT--AC-GTA-CG-AT-GCCTTTAG------T-C-ACGTGTTCAT-AA-TA-------G-------GGTACCTGACT-AGCCCT-CCAT-CACGCAC-GGAA-TATG-A-CAGAGTGTTAT-ATA-ATT--GG-GGT-GGAGCTATAGG-AATAG-TTTA-CGTGATCAGT-GA-TTGAC--ATG-AT-ACAAGTT-C--TT-AT-T-AAACATATATT--TTGG-GT-AT-C-A-CATGACATTCTGAT-G--GGTGTG------AAACT-CG--------TCGC-T-AGCGCG-ACTCGTC-ACCACCC-ATCA-GAATA-TCCTGT--GATACCCAAA-AT--A-T-CTGTTCAA
Reference ( family-5370 ) : CTTGTATCATGGTTTTGGTGTTTTTCTTTC-GTTAACTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGCGGAGCTTA-GCCCGTGC--GGTATTG----T-C---CG-CTTTT-GGAA-A-G--------------AG-TCTGT---GC-GGT---------ATTGTCCG---G---TTTTTG--TAAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTAC--TCCG-ATTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTGT-CAGAATCGATGGGAGGTGGA-TCCAGGAC-TTTTA-----CTA-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-TC--GG--ACGATTCTTTATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGCC--ATAATTT-CATGTTTAATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCC-ATGGTCACATAAGCTT-C-AATATTTTTAGTC-CTG-CAG-AACGTCTTCCGTG-ACG-AATA-GGTTGTCG--A-TGAACAGA-TGAA-GGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGAAAAAACATC-TACGATATTCTGTTC-G-TC-TGTCATAAG-AAA--ATAAAAAAAA-TCTNATGTAAAATTACTCCTACAG--A-ACAAC-G-TTAGA-TTAC-AATA-----GANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-CTATGCATAATT---C-AT-GAT--ATGGAAAT-----ACGCTT-----CGAG-TGTG-TCATT-AAAA-TTACTCC-A-C-AGATAACAACTAGCTAGATGCA---TTCAT--A-CA-TGTAAATA-----TNNNNNCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGACTATGCA-GACTATGCATAATTATGA-TATGGAAATACGCTT---GAGT-G-TCA-TAAAAATTACTCCTACAGAC-AAC-A-C-T-AGC-------TAGATGCA--T-TCATACACGTAAATACATGTAAATATGAATNTGGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTAATCT-CACCAT-TTTCGGC-AATA-ATTT-GTTGTCTATCTCCGGATT-------TCGG-ATGTA-A-----T-GCAGCTCAT-TAT-C-TA-TT-C--TG-TGCAC---TA-------A------CGGTCTGGAACA-CGG---GGAAATTG-TTTAAAACC-ACGG--TTTGCTCAC--ACAC-TTCCAACA-------ATGT--AC-GTA-CG-AT-GCCTTTAG------T-C-ACGTGTTCAT-AA-TA-------A-------GGTACCTGACT-AGCCCT-CCAT-CACGCAC-GGAA-TATG-A-CAGAGTGTTAT-ATA-ATT--GG-GGT-GGAGCTATAGG-AATAG-TTTA-CGTGATCAGT-GA-TTGAC--ATG-AT-ACAAGTT-C--TT-AT-T-AAACATATATT--TTGG-GT-AT-C-A-CATGACATTCTGAT-G--GGTGTG------AAACT-CG--------TCGC-T-AGCGCG-ACTCGTC-ACCACCC-ATCA-GAATA-TCCTGT--GATACCCAAA-AT--A-T-CTGTTCAA
gi|1 : CTTGTATCATGGTTTTGGTGTTTTTCTTTT-GTTAACTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGAGGAGCTTA-GCCCGTGC--GGTATTG----T-C---CG-ATTTTCGGAA-A-G--------------CG-TCTGT---GC-GGT---------ATTGTCCG---G---TTTTTG--TAAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTAC--TCCG-ATTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTGT-CAGAATCGATGGGAGGTGGA-TCCAGGAC-TTTTA-----CTA-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-TC--GG--ACGATTCTTTATATTTTTCTCAGACCTACAACAAGGTGTCGCC--ATAATTT-CATGTTTAATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCC-ATGGTCACACAAGCTT-C-AATATTTTCAGTC-CTG-CAG-TACGTCTTCCGTG-ACG-AATA-GGTTGTCG--A-TGAACAGAGTGAA-GGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGAAAA--CATC-TACGAT-TTCTGTTC-G-TC-TGTCATAAG-AAA--ATAAAAAAAAATCGAATGTAAAATTACTCCTACAG--ATACAACTG-CTAGA-T--C-AATA-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATGCATAATT---C-ATTGAT--ATGGAAAT-----ACGCTTA----CAAG-TGTG-TCATT-AAAA-TTACTCCTA-C-AGATAACAGTTAGCCAGATGCA---TTCAT--AACAATGTAAATAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-GAATATGCATAATCATGA-TATGGAAATACGCTT---GAGTTG-T-A-TAAAAATTACTTCTACAGA------A-T-T-AGCAATTTCATACATGTAAATATGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCATCT-C--CAT-TT-CGGC-AATA-ATTT-GTTGTCTATCTCCGGATTATTGGT-TCGG-ATGTA-A-----T-GCAGCTCAT-TAT-C-TAATT-C--TG-TATAC---TGTGC----A------CGGTCTGGAACA-CGG---GGAAATTG-GTTAAAACC-ACGG--TTTGCTCAC---CAC-TTCCAACA-------ATGT--AC-G-A-CA-AT-GTCTTTAG------T-C-ACGTGTTCAT-AAATA-------GAAATGCGGGTACCTGACTTAGCCCT-CCAT-CACGCAC-GGAAATATG-A-CAGAGTGTTAT-ATA-ATT--GG-GGT-GGAGCTATAGG-AATAG-TTTA-CGTGATCAGT-GA-TTGAC--ATG-AT-ACAAGTT-C--TT-A--T-AAACATATATT--TTGG-GT-AT-C-A-CATGACATTCTGAT-G--GGTGTG------AAACT-CG--------TCGCTT-AGCGCG-ACTCGTC-TCCA-CC-ATCA-GAATA-TCCTGT--GATACCCAAA-AT--A-TAGTGTTCAA
gi|10 : TAATCT-CACCGT-TT-AAGC-TATA-ATTT-GTTGTCCACCTCCGGATT-------TCGG-ATGTACATGTATT-GCAGCTCAT-TAT-C-TA-TT-C--TG-T-------TA-----------------T-----ACA-TGT---G--CATCG-TT----------GG--CTCAC--AC--AC---TTGCAACAATGCGCAATGT--AC-GTA-TG-AT-GCC-TTAGACCTGTC-C-ATGTGTTCAGAAA-TAGAAATGCG-------GGTACCTGAATCACCCCT-CCAT-CGCGCAC-GGAA-T
gi|11 : -GTCTGTCC--GGTATTG----T-C---CG-GTTTT-GG-----G--------------AA-TTTATTGGAC-AGTTCACATCCAATTGGACGTACA---CTGTTG--T--GCTGA-TA----A------TCACCGGAC--TCCG-ATTCCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTTATA-TCT-----GGATCGATGGGACACGGA-TCCAGGACAATTTG-----CTA-C-----TT-TAT-AAA----C-TT--GC--A-GACAC------CTTTTCTCGGATCTATGAC
gi|12 : TTGCATCATGGTTGTGATGTTTTTCTTTC-ATCAACTGT-TGATCAATAATTTTTCGTACCTGCACGG-AGGCGGAGTTTA-GACTGTGC--GGCATTG----T-C---AG-CTTTT-GAAA-A-GTTATTGGACATCTTAG-CCTGT---GC-GGT---------GTTGTCTA---G---TTTTGG--AAAGTTAT-CG----GACA-GTT
gi|13 : gtTCA-CGTGATTATC-GA-AAAAC--ATG-AT-GCAAGTT-CC-TT-AT-T-GCACA-GTATT--TTGC-TT-TT-C-A-CGTTATATTCGGAT-G--GGTGT-------AGACT-CGT-------TCGC-T-GGTGCGAACTCGTC-TCTA-CC-ATCA-CAATA-CCTCGT--AATACCCAAA-CT--A-T-CTCTTCAAtcgaagt
gi|14 : CTTGTATCATGGTTTTGGTGTTTTTCTTTT-GTTAACTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGCGGAGCTTA-GCCCGTGC--GGTATTG----T-C---CGATTTTT-GGAA-T-G--------------CA-TCTGT---GC-GGT---------ATTGTCCG---G---TTTTTG--TAAGtaac
gi|15 : aTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTA-----AATCGATGGGAGGTGGA-TCCAGGAC-CTTTAAATTACTG-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-GC--GG--ACGATTCCTTATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTG
gi|16 : GTTCTGTAAT-CCTCATACC-GCAAGG-AGG-GGAGCT-A-GCTCGTGC--GGTATTGGTGAC-A---CA-CTTAT-GAAACA-G--------------AGATTTGT---GT-GGTAA-------ACTGTCCG---AGTTTTTTTT--TAAGTTAATTG----GACAGGTTCACAG
gi|17 : -TGTTCTGTAAT-CCTCATACCTGC--GG-AGG-GGAGCTTA-GCC-GTGC--GGTATTG----G-TACACA-CTTTT-GGAA-AAG--------------AG-TTTGT---GT-GGT---------ATTGTCCGT--T---TTTTTT--TAAGTTAA-TG----GACAGGTTCA
gi|18 : -AT-C-A-CATGATATTCTGAT-G--GGTGTG------AA-----------------C-T-A-TAAG-ACTCGTC-ACCACCC-ATCA-GAAT--TCTTGT--GATACCCAAA-AT--A-T-ATGc
gi|2 : ATGCATAATT---CTAT-GATTTAGGAAAAT-----ACGCTT------GAG--GTGATCATTTAAAA-TTACTCT-AAC-AGATAACACTTAGC-AAATGCA---TTCAT--A-CA-TGTAAAT------------CATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACTATGCATAATTATGAATATGGAA-TACGCTT---GAGT-G-TCA-TAAAGA-----CCTACAGAC-AAC-A-C-TTAGCA------TAAATGCA--T-TT-----C----ATACATGTAAATATGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCAATCTTCACCATCTTTCGGCCAATA-ATTT-GTTGTCTAC--------T-------TCGA-ATGTA-AA----T-GCAGCTCAT-TAT-C-TA-TTTC--TG-TGCAC---TA-------A------CGGTCTGGAACA-CTGCGTGGAAATTG-TTTAAAACC-ACGG--TT-GCTCAC--ACAC-TTC-AACA-------ATGT--AC-GTAACA-AT-GCCTTTA-------T-C-ACGTGTTCAT-AG-TA--------------------CTGACA-AGCCCA-CCAT-CACGCAC-GGAA-TATG-ATCAGAGTG-TAT-ATA-ATTTGAG-GGT-GGAGCTATAGG-AATAGTTTTA-CGTGATCAGT-GA--TGAC--ATG-AT-ACAAGTTCC--TT-AT-T-AAACATATATT--TTGG-GT-ATCC-A-CATGACATTCTGATGG--GGTGTT------GAACTGCT--------TCGC-T-AGCGCG-ACTCGTC-ACCA-AC-ATCAGGAATA-TCC-GT--GATACCCAAA-AT--A-T-CTGTTCAA
gi|2 : cagttaTTTCTTTTAGTTAACTGCATGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGG-AGGAGGAGTTAA-GCCCGTGCTGGATATTG----TTC---CG-CTTTT-GGAA-A-G--------------AG-CCTGT---GC-GAT---------ATTGTT-G---G---TTTTTG--TAAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTAC--TCCGCATTTCCGTGTC-GCGTTTCAGTGA-TTTCACAACCTGT-CAGAATCGATGGGAGGTGGAATCCAGGAC-TTTTA-----CTAACCTTT-TTGTCTTAAATGTTCCTC--GGGGACG-TTCTTTA-ATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGGC--ATAATTT-CATGTTTGATTAAA--AGAT--GAGTCGC-CGACTTTGTTTTCC-ATTGTCACATAAGCTT-C-AATATTTTTAGTCACTG-CAG-AACGTCTCCTGTGAATG-AATA-GGTTG-CG--A-TGAACAGA-TGAAGGGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGGAAAAACATCTTAC-ATATTCTGTTC-G-TCTTGTCATAAGAAAA--ATAAAAAAAA-TCTTATGAAAAATTACTCCTACAG--A-ATAAC-GTTTAGATTTACAAATA-----GAgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgggctctccatctccctctcctttcttcctcctcactctcttccccttcttctatttgtaaatctaaacgttattctgtaggagtaatttttcataagattttttttatttttcttatgacaagacgaacagaatatgtaagatgtttttccaaaaatacattgaagcaacccccttcatctgttcatcgcaacctattcattcacaggagacgttctgcagtgactaaaaatattgaagcttatgtgacaatggaaaacaaagtcggcgactcatcttttaatcaaacatgaaattatgccgacacctggtcgtagatctgagaaaaattaaagaacgtccccgaggaacatttaagacaaaaaggttagtaaaagtcctggattccacctcccatcgattctgacaggttgtgaaatcactgaaacgcgacacggaaatgcggagtactatgaactgtccattaacttacaaaaaccaacaatatcgcacaggctctttccaaaagcggaacaatatccagcacgggcttaactcctcctccttgcgggtatgaggaattactgaacatgcagttaactaaaagaaa
gi|3 : cagttattgaacagatattttgggtatcacggatattcctgatgttggtgacgagtcgcgctagcgaagcagttcaacaccccatcagaatgtcatgtggatacccaaaatatatgtttaataaggaacttgtatcatgtcatcactgatcacgtaaaactattcctatagctccaccctcaaattatatacactctgatcatattccgtgcgtgatggtgggcttgtcagtactatgaacacgtgataaaggcattgttacgtacattgttgaagtgtgtgagcaaccgtggttttaaacaatttccacgcagtgttccagaccgttagtgcacagaaatagataatgagctgcatttacattcgaagtagacaacaaattattggccgaaagatggtgaagattgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattcatatttacatgtatgaaatgcatttatgctaagtgttgtctgtaggtctttatgacactcaagcgtattccatattcataattatgcatagtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgatttacatgtatgaatgcatttgctaagtgttatctgttagagtaattttaaatgatcacctcaagcgtattttcctaaatcatagaattatgcatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgggctctccatctccctctcctttcttcctcctcactctcttccccttctTGC-TGTTCAGTAATTCCTCATACCCGCAAGGGAGGCGGAGCTTA-GCCCGTGC--GGTATTG----T-C---GA-TTTTC-GGAA-A-G--------------CG-TCTGT---GCCGGT---------ATTTTCCG---G---TTTTTG--TA-GTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTGC--TCCG-ATTTCC-TGTC-GCGCTTCAGTGA-TTTCACA-CCTG------ATCGATGGGAGGTGGA-TC-AGGAC-CTTTA-----CTG-CCTTT-TT-TCT-AAATGTTC-TC--TG--ACGATTCTTCATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGCC--ATA-TTT-CATGTTTAATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCCCATGGTCACATAAGCTT-C-ACTAT----AGTC-CTG-CAG-AACGTCTTCCGTG-ACA-AATA-GGTTGTCG--A-TGAACAAA-TGAA-AGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGAAGAAACATC-TACGATATTCTGTTC-G-TC-TGACATAAGAAAA--ATGAAAAAAA-TCTAATGTAAAATTACTCCTACAGATA-ACAAC-G-CTAGA--TAC-AAT
gi|3 : TATGCAGAATTACGC-AT--ATCCATAGGAATTTATAATGCTTATGTACAAAATGTG-TCATT-AAAAATCACTCC-A-AGAGATAACGAC--GCTAGATACA---TTCATGAA-TA-TGTAAATA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------------CTATGCATGATTATGA-TATGGAAATACGCTT---GTGT-G-TCATTAAAAATTACT-CTACAGGT-AAC-ATT-T-AGC-------TAGATGCA--T-TCATACATGTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgacttttatgcagaattacgcatatccataggaatttataatgcttatgtacaaaatgtgtcattaaaaatcactccaagagataacgacgctagatacattcatgaatatgtaaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatgcatgattatgatatggaaatacgcttgtgtgtcattaaaaattactctacaggtaacatttagctagatgcattcatacatgtacaagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatctcaccatttcggccaataattttgttgtctatctccggattgtaatgcagctcattattctattctgtatatacataagtgcgacggtctggaacacgggaaattgtttaaaacccgtttggctcacacacttccacaatgtacgtacaatgcctttgtccacgtgttcataatagaaatgcgggtactgacttaccctccatcacgcacggaatatgatagagtgttattataattggggtggagctatagggaatagtttacatgatcagtgattgacatgattacaagttcctttatttaaacatatatttggtatcaatgacattctgatgggtgtgaaactcgtcgctatcgcgactcgtcaccacccatcagaatgttcttgtgataccaaaatatattgttcaata
gi|3 : tgctgttcagtaattcctcatacccgcaagggaggcggagcttagcccgtgcggtattgtcgattttcggaaagcgtctgtgccggtattttccggtttttgtagttaatggacagttcatagtgctccgatttcctgtcgcgcttcagtgatttcacacctgatcgatgggaggtggatcaggacctttactgccttttttctaaatgttctctgacgattcttcatatttttctcagatctacgaccaggtgtcgccatatttcatgtttaattaaagctgagtcgcacgactttgttttcccatggtcacataagcttcactatagtcctgcagaacgtcttccgtgacaaataggttgtcgatgaacaaatgaaagggttgcttcaatgtatttttgaagaaacatctacgatattctgttcgtctgacataagaaaaatgaaaaaaatctaatgtaaaattactcctacagataacaacgctagatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgactttATCT-CACCAT-TT-CGGCCAATA-ATTTTGTTGTCTATCTCCGGATT--------------GTA-A-----T-GCAGCTCAT-TATTC-TA-TT-C--TG-TATATACATA-------AGTGCGACGGTCTGGAACA-CGG---G-AAATTG-TTTAAAACC--CGT--TTGGCTCAC--ACAC-TTCCA-CA-------ATGT--AC-GTA-CA-AT-GCCTTTGT------C-C-ACGTGTTCAT-AA-TA-------GAAATGCGGGTAC-TGACT-TACCCT-CCAT-CACGCAC-GGAA-TATG-A-TAGAGTGTTATTATA-ATT--GG-GGT-GGAGCTATAGGGAATAG-TTTA-CATGATCAGT-GA-TTGAC--ATG-ATTACAAGTT-CCTTT-AT-TTAAACATATATT--T--G-GT-AT-C-A--ATGACATTCTGAT-G--GGTGTG------AAACT-CG--------TCGC-T-ATCGCG-ACTCGTC-ACCACCC-ATCA-GAATGTTCTTGT--GATA-CCAAA-AT--A-TATTGTTCAAcaagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatctcaccatttcggccaataattttgttgtctatctccggattgtaatgcagctcattattctattctgtatatacataagtgcgacggtctggaacacgggaaattgtttaaaacccgtttggctcacacacttccacaatgtacgtacaatgcctttgtccacgtgttcataatagaaatgcgggtactgacttaccctccatcacgcacggaatatgatagagtgttattataattggggtggagctatagggaatagtttacatgatcagtgattgacatgattacaagttcctttatttaaacatatatttggtatcaatgacattctgatgggtgtgaaactcgtcgctatcgcgactcgtcaccacccatcagaatgttcttgtgataccaaaatatattgttcaata
gi|4 : tgctgttcagtaattcctcatacccgcaagggaggcggagcttagcccgtgcggtattgtcgattttcggaaagcgtctgtgccggtattttccggtttttgtagttaatggacagttcatagtgctccgatttcctgtcgcgcttcagtgatttcacacctgatcgatgggaggtggatcaggacctttactgccttttttctaaatgttctctgacgattcttcatatttttctcagatctacgaccaggtgtcgccatatttcatgtttaattaaagctgagtcgcacgactttgttttcccatggtcacataagcttcactatagtcctgcagaacgtcttccgtgacaaataggttgtcgatgaacaaatgaaagggttgcttcaatgtatttttgaagaaacatctacgatattctgttcgtctgacataagaaaaatgaaaaaaatctaatgtaaaattactcctacagataacaacgctagatacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgacttttatgcagaattacgcatatccataggaatttataatgcttatgtacaaaatgtgtcattaaaaatcactccaagagataacgacgctagatacattcatgaatatgtaaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatgcatgattatgatatggaaatacgcttgtgtgtcattaaaaattactctacaggtaacatttagctagatgcattcatacatgtacaagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCAGTAATTCCT---ATCCGCAAGG-AGGAGGAG-TTA-GCCCGTGC--GGTATTG----T-C---CG-CTTTT-GGAA-A-G--------------AG-CCTGT---GC-G-T---------ATTGTCTG---G---TTTTTG--TAAGTTAA-TG----GACA-GTTCATAGTAC--TCCG-ATTTCC-TGTC-GCGTTTCAGTGA-TTTCACA-CCTGTTCAGAATCGATGGGAGGTGGA-TCC-GGAC-TTT-A-----CTA-CCTTT-TT-C---AAATGGTC-TC--GG--ACGATTCTTTATATTTTTCTCAGA-CTACGACCAG-TGTCGGC--ATAATTTTCATGTTTGATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTGTTTTCC-ATTGTCACATAAGCTTTC-AATATTTTTA-TC-CTG-CAG-AACGTCTCCTGTGTATG-AATA-GGTTGTCG--A-TGAACAGA-TGAA-GGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTTGAAAAACATC-TACG-TATTCTGTTC-GTTC-TGTCATAAG-AAA--ATAAAAAAAA-TCTTATGAAAAATTACTCCTACAG--A-ATAAC-G-TTAGA-TTAC-AATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CTATGCATA--T---C-AT-GAT--ATGAAACT-----ACGCTT------GAG-TA-G-TCATT-AAAA-TTACTCC-A-C-AGATAACACTTAGCTAAATGCA---TTCAT--A-CA-TGTAAATA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGACTATGC---------CATAATTATGA-TATGGAAATACGCTT---GAGT-G-TCA-TAAAA--TGATCCTACAGAC-AAC-A-CTT-AGC-------TAAATGCA--T-TC----------ATACATGTAAATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATCT-CACCA--TTTCGGC-AATA-ATTT-GTTGTCTATC-------T-------TCGA-ATGTA-A-----T-GCAGCTCAT-TAT-C-TA-TT-C--TG-TGCAC---TA-------A------CGGTCTGGAACA-CGGT--GGAAATGT-TTTAAAACC-ACGG--TTTGCTCAC--ACAC-TTCCAACA-------ATGT--AC-GTA-CA-AT-GCCTTTAG------TCC-ACGTGTTCAT-A--------------------GTACCTGACT-AAGCCA-CCAT-CACGCAC-GGAA-TATGAA-CAG-GTGTTAT-ATA-ATT--GG-GGT-GGAGCTATAGG-AATAG-TTTA-CGTGATCAGT-GA--TGAC--ATG-AT-AC-AGTT-C--CT--T-T-AAACATATATT--TTGG-GT-AT-C-A-CATGACATTCTGAT-G--GGTGTG-------AACT-CG--------TCGC-T-AGCGCG-ACTCGTC-ACCA-CC-ATCA-GAATA-TCCTGT--GATACCC-AA-AT--ATT-CTG-TCAAta
gi|5 : GTTTTTCTTT--GTTAA-TGC-TGTTCAGTA-TTCC-CATACCCGCAAGG-AGGCGGAGCTTAGGACCGT-C--GGTATTG----T-C---CGACTTTG-GGAA-A-G--------------AG--CTGT----C--GT----------TTGTCC----G---TTTTTGAATAAGTTAA-TGCAATGGCA-GTTCATAGTACTTTTCG-ATTT-C-TGTCTGCGCTTCAGTGAGTTTCACA-CCTGT-CAGAATCGA-GGGA-GTGGT-GTCAGGAC-TTTTAG----CTA-CCTTTCTT-TCT-AAATGTTT-TCTGGA--ACGA-TCGTTATATTTTTCTCAGAT-TAC-ACCAGGTGTCGCC--ATAATTT-CATGTTT-ATT-AA--AGCT--GAGTCGCACGACTTTG-TTTCC-ATGGTCACATAAGCTT-CAAATTTTTTTAGTC-CTGCCAGAAACGTCTT-TGTG-ATGAAATAGGGTTGTCG--ATTGAACAGA-TGAA-GGGGTTGCTTCAATGTATGTTTTGAAAAAGCATC-T-CGATATTCGGTTCGG-TC-TGTCATAAG-AAAATATAAAAAAAA-TCTTAT-TAAAATTA---CCACAGATA-ACAAC-G-TTAGA--TAC-AATA-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-CTATGCATAA-T---C-AT-GGT--ATGGAAAT-----ACGCTT-----TCAA-AGTGCTCATT-AAAA-TTACTCCTA-C-AGATA--AACTAGCTAGATGCA---TTCAT--A-CA-CGTAAATA-----taactg
gi|6 : ATT-AAAA-TTAC--C-A-C-AGATAACAAC--GTTAGATACAATANNNNN--N-NN-NNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NACTATGCATAATCATGG-TATGGAAATACGCTTTCAAAGT-GCTCA-TTAAAATTACTCCTACAGAT-AA--A-C-T-AGC-------TAGATGCA--T-TCATACACGTAAATA----------------TGGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTT-AATCT-CACCAT-T---GGC-AATACATTT-GTTGTCTATCTCCGGATTATTGTA-TCGG--TGTA-A-----T-GCAGCT-ATGTAT-CGTA-TT-TGGTGCTGCAC---TA-------A------CGGTCTGGAACACCGG---GGAAATTG-TTTAAAACC-ACGGGTCTTGCTCAC--ACACTTTCCAGCA-------ATGTG-ACTGTA-CA-ATGGCCTTTAG------T-C-CCGTGTTCAT----TA----------------GTACCTGA-T-AGCC---ACAT-CACGCCC-GGAA-TATG-A-CA-AGTGTT-T-ATATATT--GG-GGTAGGAGCTATAGG-AATAG-TTTA-CGTGATCA-T-GATTTGACAAATGAAT-ACAAGTT-C--TTAAT-C-AACCA-ATATG--TTGGTGT-AT-CGA-CATGACATTCTGAT----GGTGTG------A---T-CG--------TCGC-TAAGCGCG-ATCGGTC-CCCACCC-ATCA-GAATA-T-CTGTTAGA-ACCCAAATATCGA-T-CTGTTCA
gi|7 : TACAGATTAACGA-C-T-TAC-------TAGATGCA--T-TCATACATGTAAA-----------ATGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------TTAATCG-CACCAT-TTCGGGC-AATA-ATTT-GTTGTCTA-CTCCGGATTATTGTGTTCGGTATGTA-A-----TTGCAGCTCAT-TAT-C-TA-TT-C--TG-TGCAC---TA-------A------CGGTCTGAGACA-CGGA--GGAAAGTGTTTTAAAACCGACGG--TTTGCTCACTAACAC-TTCCAACA-------ATGTAAAC-GTA-CGAAT-GCTTATAG------T-CAACGTGCTCAT-AG-TA-----------------TCGCT-ACA-GGCCCGACCATCCACGCAC-GGAA-TATG---CA-AGTGTTAT-ATA-ATT--GGTGGT--GAGCTATAGC-AATAG-TTTACCGTGATCAGTAGA-TTGAC--ATG-AT-ACAATTC-C--TT-AT-T-AAGCATATATT--TTGG-GTAAT-C-A-CATGAC--TCTGAT-GGTGGGGTGGGGAATAAATC-CGGTCCCCCCCCGC-T-AGCGCG-AC-CG-C-ACCACCC-ATCAGGAATA-T-CTGT--GATACCCAAA-AT--A-T-ATGTTCtaaa
gi|8 : ttgC-AATA-ATTT-GTTGCCTATCTTCGGATTATTATT-TCGA-ATGTT-A-----T-GCAGCTCAT-TAT-C-TA-TT-C--TG-TATA----TACATGTGCA------CGGTCTGGAACA-CGG---GGAAATTG-TT-AAAACC-ACGG--TTTGCTCAC--TCAC-TTCCAACA-------ATGA--AT-GTA-CG-AT-GCCTTTAG------TCC-ACGTGTTTA------A-------A-------AATA---GA---A----T-CCAT-CCCGCACGGGAA-TATG-A-CA----GTTAT--TA-ATT---G-GGT-GGAGCTATACG-AATAG-TTT--CGTGATCAGT-GA-TTGAC--AT--CT-ACAAGTC-C--TT-ATCT-AAGCATATAGTGCTTGG-GT-AT-C-ACCATGATATTCTGAT-G--GGTGT--------AACT-CG--------------------------GTCAACCACCCTATCA-GAATA-TCTTGT--GA-A-CCAAA-AT--
gi|9 : --ACGATTCTTCATATTTTTCTCAGATCTACGACCAGGTGTCGCCGCATA--TT-C-TGTTTAATT-AAGAAGCCTGGAGTCGCACGACTTGGTTTTCC-ATGGTCACA-AAGCT--C-AATATG---AGTC-CTGTCAG-AACGTCTTCCGTG-ACA-AATA-GGTTGTCGGTA-TGAACAAA-TGAA-AGGGTTGCTTCAATGTAT-TTTTGAAGAAACATC-TACGATATTCTGTTC-G-TC-TGACATAAG-AAA--ATGAAAAAAA-TCTAATGTAAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TCGATCTGACACCAGACATCGTAAAATCTGATGACTTAAATTGTGTCGTCCGCAAACGGGTTGACGTACATGTA