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lowQualScore                  :                                                                         000000               22222222                         2               
lowQualScore                  :                                                                         ......               ........                         .               
lowQualScore                  :                                                                         000000               55555555                         9               
consensus                     :                                                                   GGTGTTTTTTAATTCTATATGCATTTCTTTCTTCAAAGTTACCGCGATCAACACGGCTAT-ATGAATAACGTTTAT
Reference ( gi|9 )            :                                                                   GGTGTTATCT--TTCTATATGCATTTC--------AAGTTACCACGATCAACACGGCTAT-ATGAATAACGTTTAT
gi|2                          :                                                                   GGTGTTTTTTAATTCTATATGCATTTCTTTCTTCAAATTTAACACGATCAACACGGCTGC-TTAAATAA
gi|1                          :                           tttaaagaacactcgatggagggattcgggctagatctgtcatatgaaatgcataattggtcaaacC--------AAGTTACCACGATCAACACGGCTAT-ATGAATAACGTT
gi|16                         : cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaccaAGTTACTACGATCAACACGGCTAT-ATGAATAAC
gi|11                         :                                                                                                         TTAGCGCGATCAACACGGCTATCATGAA-AACATT
gi|12                         :                                                                                                           ACCGCGATCAACACGGCTAT-ATGAATAACGTTAATatag
gi|6                          :                                                                                                           ACCGCGATCAACACGGCTAT-ATGAATGACGc
gi|14                         :           cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACCACGGTCAACACGGTTAT-ATGAATAACG
gi|10                         :                                                                                                           ACCACGATCAACACAGCTAT-ATGAGTAACGaata
gi|5                          :                                                                                                           ACCACGATCAACATGGCTAT-ATGAATAAgtatacaaaagcctt
gi|15                         :        accnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACCACGATCAACACGGCTGC-CTGAATACCGTTT
gi|3                          :                                                                                                           ACCACGATCAACACAGCTGC-CTGAATAACGTTg
gi|8                          :        caannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACCACGATCAACACGGCTAT-ATG
gi|13                         :         ccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCCGCGATCAACACGGCTAT-ATGATTAACGTTTA
gi|17                         :                                                                                                            CCGCGATCAACACGGCTAT-ATGAATACCATTTcc
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): CAGACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCATGATCAACCGGCTTTATTGTAA
Unaligned ( gi|7 ): TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCGGCTCAACCATGGCTATATGAATAA






Alignments
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lowQualScore                  :                                                                                                          4   88               55555555                 2        2               
lowQualScore                  :                                                                                                          .   ..               ........                 .        .               
lowQualScore                  :                                                                                                          0   55               55555555                 5        5               
consensus                     :                                                                                                    GGTGTTNTCTAATTCTATATGCATTTCTTTCTTCAAAGTTACCGCGATCAAC-ACGGCTAT-ATGAATAACGTTTAT
Reference ( family-5366 )     :                                                                                                    GGTGTTTTTTAATTCTATATGCATTTCTTTCTTCAAAGTTACCGCGATCAAC-ACGGCTAT-ATGAATAACGTTTAT
gi|1                          :                                                                                                                                       AAGTTACCACGATCAAC-ACGGCTAT-ATGAATAACGTT
gi|10                         :                                     cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaccacACCACGATCAAC-ACAGCTAT-ATGAGTAACG
gi|11                         :                                                                                                                                          TTAGCGCGATCAAC-ACGGCTATCATGAA-AACATTgtatacaaaagcctt
gi|12                         :                                                                                                                                            ACCGCGATCAAC-ACGGCTAT-ATGAATAACGTTAATatag
gi|13                         :                                                                                                                                             CCGCGATCAAC-ACGGCTAT-ATGATTAACGTTTAc
gi|14                         :                                                                                                                                            ACCACGGTCAAC-ACGGTTAT-ATGAATAACGcc
gi|15                         :                                                                                                                                            ACCACGATCAAC-ACGGCTGC-CTGAATACCGTTTaata
gi|16                         :                                                                                                                                        AGTTACTACGATCAAC-ACGGCTAT-ATGAATAACg
gi|17                         :                                                                                                                                             CCGCGATCAAC-ACGGCTAT-ATGAATACCATTT
gi|2                          :                                                                                                    GGTGTTTTTTAATTCTATATGCATTTCTTTCTTCAAATTTAACACGATCAAC-ACGGCTGC-TTAAATAA
gi|3                          :                                                                          tttaaagaacactcgatggagggattcgggctagatctgtcatatgaaatgcataattggtcaaacACCACGATCAAC-ACAGCTGC-CTGAATAACGTT
gi|5                          :                                         caannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACCACGATCAAC-ATGGCTAT-ATGAATAA
gi|6                          :                                         accnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACCGCGATCAAC-ACGGCTAT-ATGAATGACG
gi|7                          :                                            cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACCG-GCTCAACCATGGCTAT-ATGAATAA
gi|8                          :                                            tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACCACGATCAAC-ACGGCTAT-ATG
gi|9                          : ccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGTGTTATCT--TTCTATATGCATTTC--------AAGTTACCACGATCAAC-ACGGCTAT-ATGAATAACGTTTAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): CAGACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCATGATCAACCGGCTTTATTGTAA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                              11               33333333                                          
lowQualScore                  :                                                                                                          1   88               55555555                 2        2               
lowQualScore                  :                                                                                                          .   ..               ........                 .        .               
lowQualScore                  :                                                                                                          0   55               55555555                 5        5               
consensus                     :                                                                                                    GGTGTTNTCTAATTCTATATGCATTTCTTTCTTCAAAGTTACCGCGATCAAC-ACGGCTAT-ATGAATAACGTTTAT
Reference ( family-5366 )     :                                                                                                    GGTGTTNTCTAATTCTATATGCATTTCTTTCTTCAAAGTTACCGCGATCAAC-ACGGCTAT-ATGAATAACGTTTAT
gi|1                          :                                                                                                                                       AAGTTACCACGATCAAC-ACGGCTAT-ATGAATAACGTT
gi|10                         :                                     cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaccacACCACGATCAAC-ACAGCTAT-ATGAGTAACG
gi|11                         :                                                                                                                                          TTAGCGCGATCAAC-ACGGCTATCATGAA-AACATTgtatacaaaagcctt
gi|12                         :                                                                                                                                            ACCGCGATCAAC-ACGGCTAT-ATGAATAACGTTAATatag
gi|13                         :                                                                                                                                             CCGCGATCAAC-ACGGCTAT-ATGATTAACGTTTAc
gi|14                         :                                                                                                                                            ACCACGGTCAAC-ACGGTTAT-ATGAATAACGcc
gi|15                         :                                                                                                                                            ACCACGATCAAC-ACGGCTGC-CTGAATACCGTTTaata
gi|16                         :                                                                                                                                        AGTTACTACGATCAAC-ACGGCTAT-ATGAATAACg
gi|17                         :                                                                                                                                             CCGCGATCAAC-ACGGCTAT-ATGAATACCATTT
gi|2                          :                                                                                                    GGTGTTTTTTAATTCTATATGCATTTCTTTCTTCAAATTTAACACGATCAAC-ACGGCTGC-TTAAATAA
gi|3                          :                                                                          tttaaagaacactcgatggagggattcgggctagatctgtcatatgaaatgcataattggtcaaacACCACGATCAAC-ACAGCTGC-CTGAATAACGTT
gi|5                          :                                         caannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACCACGATCAAC-ATGGCTAT-ATGAATAA
gi|6                          :                                         accnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACCGCGATCAAC-ACGGCTAT-ATGAATGACG
gi|7                          :                                            cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACCG-GCTCAACCATGGCTAT-ATGAATAA
gi|8                          :                                            tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACCACGATCAAC-ACGGCTAT-ATG
gi|9                          : ccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGTGTTATCT--TTCTATATGCATTTC--------AAGTTACCACGATCAAC-ACGGCTAT-ATGAATAACGTTTAT


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blockSeqs                     :                                                                                                                                                        .        .
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blockSeqs                     :                                                                                                                                                        .        .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                        .        .


blockSeqCons                  :                                                                                                    
originalCons                  :                                                                                                    GGTGTTNTCTAATTCTATATGCATTTCTTTCTTCAAAGTTACCGCGATCAAC-ACGGCTAT-ATGAATAACGTTTAT
finalCons                     :                                                                                                    GGTGTTNTCTAATTCTATATGCATTTCTTTCTTCAAAGTTACCGCGATCAAC-ACGGCTAT-ATGAATAACGTTTAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): CAGACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCATGATCAACCGGCTTTATTGTAA






Alignments
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lowQualScore                  :                                                                                                          1   88               55555555                 2        2               
lowQualScore                  :                                                                                                          .   ..               ........                 .        .               
lowQualScore                  :                                                                                                          0   55               55555555                 5        5               
consensus                     :                                                                                                    GGTGTTNTCTAATTCTATATGCATTTCTTTCTTCAAAGTTACCGCGATCAAC-ACGGCTAT-ATGAATAACGTTTAT
Reference ( family-5366 )     :                                                                                                    GGTGTTNTCTAATTCTATATGCATTTCTTTCTTCAAAGTTACCGCGATCAAC-ACGGCTAT-ATGAATAACGTTTAT
gi|1                          :                                                                                                                                       AAGTTACCACGATCAAC-ACGGCTAT-ATGAATAACGTT
gi|10                         :                                     cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaccacACCACGATCAAC-ACAGCTAT-ATGAGTAACG
gi|11                         :                                                                                                                                          TTAGCGCGATCAAC-ACGGCTATCATGAA-AACATTgtatacaaaagcctt
gi|12                         :                                                                                                                                            ACCGCGATCAAC-ACGGCTAT-ATGAATAACGTTAATatag
gi|13                         :                                                                                                                                             CCGCGATCAAC-ACGGCTAT-ATGATTAACGTTTAc
gi|14                         :                                                                                                                                            ACCACGGTCAAC-ACGGTTAT-ATGAATAACGcc
gi|15                         :                                                                                                                                            ACCACGATCAAC-ACGGCTGC-CTGAATACCGTTTaata
gi|16                         :                                                                                                                                        AGTTACTACGATCAAC-ACGGCTAT-ATGAATAACg
gi|17                         :                                                                                                                                             CCGCGATCAAC-ACGGCTAT-ATGAATACCATTT
gi|2                          :                                                                                                    GGTGTTTTTTAATTCTATATGCATTTCTTTCTTCAAATTTAACACGATCAAC-ACGGCTGC-TTAAATAA
gi|3                          :                                                                          tttaaagaacactcgatggagggattcgggctagatctgtcatatgaaatgcataattggtcaaacACCACGATCAAC-ACAGCTGC-CTGAATAACGTT
gi|5                          :                                         caannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACCACGATCAAC-ATGGCTAT-ATGAATAA
gi|6                          :                                         accnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACCGCGATCAAC-ACGGCTAT-ATGAATGACG
gi|7                          :                                            cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACCG-GCTCAACCATGGCTAT-ATGAATAA
gi|8                          :                                            tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACCACGATCAAC-ACGGCTAT-ATG
gi|9                          : ccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGTGTTATCT--TTCTATATGCATTTC--------AAGTTACCACGATCAAC-ACGGCTAT-ATGAATAACGTTTAT
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Unaligned ( gi|4 ): CAGACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCATGATCAACCGGCTTTATTGTAA