lowQualScore                  :                           111111111                                                44444444                                          
lowQualScore                  :              4444    1    888888888  33333 2222            2222       3333333 11 1 33333333 444 44  444444444  11 1 3333 1 3   1     
lowQualScore                  :              ....    .    .........  ..... ....            ....       ....... .. . ........ ... ..  .........  .. . .... . .   .     
lowQualScore                  :              2222    8    999999999  44444 8888            4444       7777777 66 1 55555555 888 00  888888888  77 2 8888 2 6   3     
consensus                     :       TCCCCCA----TACA-ATAT------N--TA-----G----GCAAAGTCCATG----TTTTGCT-------A--T-GG-------GA--A-CCC---------CC--A-A----A-A-TCA-TTCAG
Reference ( gi|6 )            :       TCCCCCA----TACA-ATAT------T--TA-----G----GCAAAGTCCATG----TTTTGCT-------A--T-GG--TT---GG--A-CCC---------CC--A-A----A-A-TCA-TTCAG
gi|12                         :       TCCGCC-----TACA-ATGT------A--TA-----G----GCATAATCCATG----TTTTGTT-------G--T-GG--T-----A--A-CGC---------CC--A-A----A-A-
gi|11                         : gaacacaCCCCCA----TACA-ATAC------A--TA-----G----GCAAAGGCCATG----TTTTGCT-------A--T-GA-------GA--A-CCC---------TC--A-A----A-A-TCA-TTTAGg
gi|14                         :        CCCCTA----TACA-ACTT------A--TA-----G----GCAAAGTCCATG----TTTTGAT-------A--T-GG-------GG--A-ACT---------CC--A-A----A-A-TCA-TTCA
gi|1                          :       aCCCCCA----TACA-ACACAA----T--TA-----G----GCAAAGTCCATG----TTTTGCT-------AATT-GG--GTCAGGA--A-CAC---------CC--A-A----A-A-TCT-TTCAG
gi|13                         :       aCCCCAA----AAAA-ATAT------A--TG-----G----GCAAAGTCCATG----TTTTTCT-------A--T-GG-------AA--A-CCC---------CC--A-A----A-A-TCA-TTCAG
gi|9                          :        CCCCCA----TATA-GTAT------A--AT-----G----GCACAGTCCATG----TGTTGCT-------A--T-GG-------GA--A-CCC---------CT--A-A----A-ATTCA-TTCA
gi|4                          :        CCCCCA----TCCA--TAT------T--TAATCATG----GCAAAGTCTATG----TTTTGCT-------A--TAGG--AA---GG-----TC---------CA--A-A----A-A-TCA-TTCAGa
gi|8                          :        CCCCCA----TACA-ATATAAATGTT--TA-----A----GCAATGTCAATG----TTTTGCT-------A--T-G--------GA--A-CCA---------CC--A-A----A-A-TTA-
gi|22                         :       aCCCCCA----TATA--------------TA-----G----ACAAAGTCCATG----TGTTGCT-------A--T-G--------GG--ATCCT---------TT--A-A----T-A-TCA-GTCAG
gi|17                         :        CCCCCAATGGTACA-AT------------------G----GCAAAGTCCATG----TTATGCT-------A--A-G--------GA--A-TCC---------CT--A-A----A-A-TCA-ATCAa
gi|21                         :       cCCCCCA----TATG-GTAT----------------G----GCAAAGACCATG----TTGAGGT-------A--------TT---GGAAA-CTC---------CA--A-A----A-A-GCA-TCC
gi|2                          :        aCCCCA----CACA-ATAT------CGATA-----AAAATGCAAAGTCCATG----TTTTGTT-------A--T-GG-------GA--A-CCC---------CC--A-A----A-A-TCC-CTCAG
gi|16                         :     cctgCCTCA----TGCA-ATAT------A--TA-----G----TCAAAGTTCATG----TTTTGCT-------A--T-G--------CG--A-TCC---------CC----A----A-A-TCA-TTCAG
gi|3                          :         CTCCA----TACA-ATAA------T---A-----G----GCAAAGTCCATG----TTTTGCA-------A--A-GG-------GA--A-CCCCATCCCCTTCC--C-A----A-A-TCA-TTCAGa
gi|5                          :         CCCCA-----ACA-A-AT------G--TA-----T----GCAATATCCA-G----TTTTGCT-------A--T-G--------GA--A-ACC---------CC--A-ATTTTA-ATTCATTTCAGa
gi|20                         :        caCCCA----TACA-ATAG------A--TA-----G----TCAAAGTCCATG----TTTTGCT-------A----GG-------GA--ACCCC---------CC--A-A----A-A-TCT-TTCAa
gi|24                         :          CCCA----TATGGATAA------T---------G----ACAAAGTCCACG----TTTTGCT-------A--C-AG--GA---AA--A-CCC---------CA--A-A----ATA-TCA-
gi|23                         :           CCG----TACA-ATAT------A--TA-----G----GCAAAGCCCATG----TTTTGAT-------C--T-GG-------GA--A-ACC---------CC--C-A----A-A-TCA-TTCAa
gi|27                         :              ----TACA-ATAG------A--TA-----G----GCAAAGTCCATG----TTTTGCA-------A--T-GG-------GA--A-ACC---------CA--A-A----A-A-TCA-TTCA
gi|26                         :             t----TACA-ATAT------T--TA-----A----GCAAAGTCTGTG----TTTTGCT-------A--T-GG--C-----A--A-GCC---------TT--A-A----A-A-TCA-TTC
gi|30                         :                  cACA-ATAT------A--TA-----C----GCAAAGTCCATG----TTTTGCT-------A--T-GG-------GA--A-ACC---------CC--A-A----A-T-TCA-ATCcg
gi|29                         :                    CA-ATAT------A--TA-----A----GCAAAGTCCATG----CTTTGAT-------A--T-GG-------GA--A-ACC---------CC--A-A----A-A-TCA-TTCAG
gi|32                         :                          c------T--TA-----G----GCAAAGTCCATGTTTTTTTTGCT-------T--T-GG-------GA--A-CCC---------CT--A-A----A-A-TCA-ATCA
gi|34                         :                                  --TA-----G----GCAAAGTCCATG----CTTTGCT-------A--T-G--------GA--A-ACC---------CC--A-A----A-G-TCA-TTCAG
gi|33                         :                                 a--TA-----G----ACGAAGTCCATG----TTTTGCT-------A--T-GG-------GA--A-GCC---------CC--A-A----A-A-TCA-TACAG
gi|7                          :                                   taA-----G----GTAAAGTCTATC----TTTTGCT-------A--T-GG--
gi|25                         :                              atggtata-----G----GCAAAGTCCATG----TTTTGCT-------A--T-GG-------GA--A-ACC---------CC--A-AT---A-A-TCA-TTCAaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|28                         :                          atgtggtgtaac-----G----GCAGAGTCCATG----TTTTGCT-------A--------TT---AA--A-CCC---------CCCAA-A----A-A-T
gi|18                         :                          caatggtatagt-----G----GCAAAGTCCATG----TTTTGCA-------A--T-GG--gaatc
gi|19                         :                               cttatggtgtaat----GCAAGGTCCATG----TTTTGCT-------A--A-GGGATT---GA--A-CCC---------CA--A-A----A-T-TCA-gaaacctttaaaaaagtaattc
gi|31                         :                                catgtggtacattaataCAAAGTCCATG----TTTTGCT-------A--T-GG-------GA--A-ACT---------CC--AGA----A-A-TTA-ATCAG
gi|15                         :                                          taatgacaAAAGTCCATG----TTTTGCA-------A--G-GG--AG---GG--A-ACC---------CC--A-A----A-A-T
gi|35                         :                            tttcccgctatggtcccaatggtaAGTTCATG----TTTTGCC-------A--T-GG-------GA--A-CCA---------CC--A-A----G-A-TCA-TTCAGt
gi|10                         :                                                     GTCCATG----TTTTGCTAATTCACA--T-GG-------GA--A-ATC---------CT--A-A----A-ACTCA-TTCAa
gi|36                         :                                         accacctccacatgCCATG----TTTTGCT-------A--T-AG-------GA--A-CCC---------TC--C-A----A-A-TCA-TTCAGtat





Alignments
lowQualScore                  :                                          111111111                                                                                                 
lowQualScore                  :                              3333    1   222222222  33333 4444                2222   3333333 22 1 44444 11 1 111 44  444444444   3333 1  2   1     
lowQualScore                  :                              ....    .   .........  ..... ....                ....   ....... .. . ..... .. . ... ..  .........   .... .  .   .     
lowQualScore                  :                              9999    6   444444444  22222 5555                4444   6666666 66 1 33333 55 1 999 11  666666666   6666 1  3   4     
consensus                     :                       TCCCCCA----TACA-ATA-TA------TA-----G----GCAAAGTCCATGTTTT----GCT-------A--T-G-----G--G-A---A-CCC---------CCA----A-AA-TCA-TTCAG
Reference ( family-5319 )     :                       TCCCCCA----TACA-ATA-TN------TA-----G----GCAAAGTCCATGTTTT----GCT-------A--T-G-----G--G-A---A-CCC---------CCA----A-AA-TCA-TTCAG
gi|1                          :                        CCCCCA----TACA-ACA-CAAT----TA-----G----GCAAAGTCCATGTTTT----GCT-------AATT-GGGTCAG--G-A---A-CAC---------CCA----A-AA-TCT-TTCAG
gi|10                         :                                                                   aGTCCATGTTTT----GCTAATTCACA--T-G-----G--G-A---A-ATC---------CTA----A-AACTCA-TTCA
gi|11                         :          accacctccacatgCCCCCA----TACA-ATA-CA------TA-----G----GCAAAGGCCATGTTTT----GCT-------A--T-G-----A--G-A---A-CCC---------TCA----A-AA-TCA-TTTAGtat
gi|12                         :                       TCCGCC-----TACA-ATG-TA------TA-----G----GCATAATCCATGTTTT----GTT-------G--T-G-----G--T-A---A-CGC---------CCA----A-AA-
gi|13                         :                 gaacacaCCCCAA----AAAA-ATA-TA------TG-----G----GCAAAGTCCATGTTTT----TCT-------A--T-G-----G--A-A---A-CCC---------CCA----A-AA-TCA-TTCAGg
gi|14                         :                        CCCCTA----TACA-ACT-TA------TA-----G----GCAAAGTCCATGTTTT----GAT-------A--T-G-----G--G-G---A-ACT---------CCA----A-AA-TCA-TTCA
gi|15                         :                                                                aAAAGTCCATGTTTT----GCA-------A--G-GGA---G--G-G---A-ACC---------CCA----A-AA-T
gi|16                         : tttcccgctatggtcccaatggtaCCTCA----TGCA-ATA-TA------TA-----G----TCAAAGTTCATGTTTT----GCT-------A--T-G-----C--G-A---T-CCC---------C------A-AA-TCA-TTCAGt
gi|17                         :                        CCCCCAATGGTACA-AT-----------------G----GCAAAGTCCATGTTAT----GCT-------A----A-----G--G-A---A-TCC---------CTA----A-AA-TCA-ATCAa
gi|18                         :                                                    c-----G----GCAAAGTCCATGTTTT----GCA-------A--T-G-----G--GAA---A-CCT---------TTA----A-AA-
gi|19                         :                 cttatggtgtaat----TACA-TTA--A------TA-----G-----CAAGGTCCATGTTTT----GCT-------A--A-G-----G--G-ATTGA-ACC---------CCA----A-AA-Taagtaattc
gi|2                          :                  catgtggCCCCA----CACA-ATA-TCGA----TA-----AAAATGCAAAGTCCATGTTTT----GTT-------A--T-G-----G--G-A---A-CCC---------CCA----A-AA-TCC-CTCAGtca
gi|20                         :                      cctgCCCA----TACA-ATA-GA------TA-----G----TCAAAGTCCATGTTTT----GCT-------A----G-----G--G-A---ACCCC---------CCA----A-AA-TCT-TTCA
gi|21                         :                        CCCCCA----TATG-GTA-T--------------G----GCAAAGACCATGTTGA----GGT-------AT-T-G-----G--A-A---A-CTC---------CAA----A-AA-GCA-TCC
gi|22                         :                       aCCCCCA----TA-------TA------TA-----G----ACAAAGTCCATGTGTT----GCT-------A--T-G-----G--G-A---T-CCT---------TTA----A-TA-TCA-GTCAG
gi|23                         :                           CCG----TACA-ATA-TA------TA-----G----GCAAAGCCCATGTTTT----GAT-------C--T-G-----G--G-A---A-ACC---------CCC----A-AA-TCA-TTCAa
gi|24                         :                          CCCA----TATGGATA--A------T------G----ACAAAGTCCACGTTTT----GCT-------A--CAG-----G--A-A---A-ACC---------CCA----A-AA-T
gi|25                         :                                                     -----G----GCAAAGTCCATGTTTT----GCT-------A--T-G-----G--G-A---A-ACC---------CCA----ATAA-TCA-TTCAatcaa
gi|26                         :                  atgtggtgtaac----TACA-ATA-TT------TA-----A----GCAAAGTCTGTGTTTT----GCT-------A--T-G-----G--C-A---A-GCC---------TTA----A-AA-TCA-TTC
gi|27                         :                             c----TACA-ATA-GA------TA-----G----GCAAAGTCCATGTTTT----GCA-------A--T-G-----G--G-A---A-ACC---------CAA----A-AA-TCA-TTCAcg
gi|28                         :                                   tCA-ATGGTA------TA-----GTG--GCAGAGTCCATGTTTT----GCT-------A--T-T-----A--A-A---C-CCC---------CCA----A-AA-
gi|29                         :                                    CA-ATA-TA------TA-----A----GCAAAGTCCATGCTTT----GAT-------A--T-G-----G--G-A---A-ACC---------CCA----A-AA-TCA-TTCAGatgaatc
gi|3                          :                        cCTCCA----TACA-ATA--A------TA-----G----GCAAAGTCCATGTTTT----GCA-------A--A-G-----G--G-A---A-CCCCATCCCCTTCCC----A-AA-TCA-TTCAG
gi|30                         :                                   ACA-ATA-TA------TA-----C----GCAAAGTCCATGTTTT----GCT-------A--T-G-----G--G-A---A-ACC---------CCA----A-AT-TCA-ATCa
gi|31                         :                                                                CAAAGTCCATGTTTT----GCT-------A--T-G-----G--G-A---A-ACT---------CCAG---A-AA-TTA-ATCAG
gi|32                         :                                     taatgaca------TA-----G----GCAAAGTCCATGTTTTTTTTGCT-------T--T-G-----G--G-A---A-CCC---------CTA----A-AA-TCA-ATCA
gi|33                         :                                         t-TA------TA-----G----ACGAAGTCCATGTTTT----GCT-------A--T-G-----G--G-A---A-GCC---------CCA----A-AA-TCA-TACAG
gi|34                         :                                             ------TA-----G----GCAAAGTCCATGCTTT----GCT-------A--T-G-----G--A-A---A--CC---------CCA----A-AG-TCA-TTCAG
gi|35                         :                                                                  aAGTTCATGTTTT----GCC-------A--T-G-----G--G-A---A-CCA---------CCA----A-GA-TCA-TTCAG
gi|36                         :                                                                      CCATGTTTT----GCT-------A--T-A-----G--G-A---A-CCC---------TCC----A-AA-TCA-TTCAGa
gi|4                          :                        CCCCCA----TCCA--TA-TT------TAATCATG----GCAAAGTCTATGTTTT----GCT-------A--T-A-----G--G-A---AGGTC---------CAA----A-AA-TCA-TTCAG
gi|5                          :                         CCCCA-----ACA-A-A-TG------TA-----T----GCAATATCCA-GTTTT----GCT-------A--T-G-----G--A-A---A-CCC---------CAATTTTA-AT-TCATTTCAG
gi|6                          :                     caTCCCCCA----TACA-ATA-TT------TA-----G----GCAAAGTCCATGTTTT----GCT-------A--T-G-----GTTG-G---A-CCC---------CCA----A-AA-TCA-TTCAGa
gi|7                          :                                        TA-TA-------A-----G----GTAAAGTCTATCTTTT----GCT-------A--T-G-----G--A-A---A-
gi|8                          :                    atggCCCCCA----TACA-ATA-TAAATGTTTA-----A----GCAATGTCAATGTTTT----GCT-------A--T-------G--G-A---A-CCA---------CCA----A-AA-TTA-annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|9                          :                       aCCCCCA----TATA-GTA-TA------AT-----G----GCACAGTCCATGTGTT----GCT-------A--T-G-----G--G-A---A-CCC---------CTA----A-AATTCA-TTCA





Alignments
lowQualScore                  :                              3333    1   66666666666  33333 4444                2222   3333333 22 1 44444 11 1 111 44  444444444   3333 1  2   1     
lowQualScore                  :                              ....    .   ...........  ..... ....                ....   ....... .. . ..... .. . ... ..  .........   .... .  .   .     
lowQualScore                  :                              9999    6   55555555555  22222 5555                4444   6666666 66 1 33333 55 1 999 11  666666666   6666 1  3   4     
consensus                     :                       TCCCCCA----TACA-ATA-T--A------TA-----G----GCAAAGTCCATGTTTT----GCT-------A--T-G-----G--G-A---A-CCC---------CCA----A-AA-TCA-TTCAG
Reference ( family-5319 )     :                       TCCCCCA----TACA-ATA-T--A------TA-----G----GCAAAGTCCATGTTTT----GCT-------A--T-G-----G--G-A---A-CCC---------CCA----A-AA-TCA-TTCAG
gi|1                          :                        CCCCCA----TACA-ACA-C--AAT----TA-----G----GCAAAGTCCATGTTTT----GCT-------AATT-GGGTCAG--G-A---A-CAC---------CCA----A-AA-TCT-TTCAG
gi|10                         :                                                                     aGTCCATGTTTT----GCTAATTCACA--T-G-----G--G-A---A-ATC---------CTA----A-AACTCA-TTCA
gi|11                         :          accacctccacatgCCCCCA----TACA-ATA-C--A------TA-----G----GCAAAGGCCATGTTTT----GCT-------A--T-G-----A--G-A---A-CCC---------TCA----A-AA-TCA-TTTAGtat
gi|12                         :                       TCCGCC-----TACA-ATG-T--A------TA-----G----GCATAATCCATGTTTT----GTT-------G--T-G-----G--T-A---A-CGC---------CCA----A-AA-
gi|13                         :                 gaacacaCCCCAA----AAAA-ATA-T--A------TG-----G----GCAAAGTCCATGTTTT----TCT-------A--T-G-----G--A-A---A-CCC---------CCA----A-AA-TCA-TTCAGg
gi|14                         :                        CCCCTA----TACA-ACT-T--A------TA-----G----GCAAAGTCCATGTTTT----GAT-------A--T-G-----G--G-G---A-ACT---------CCA----A-AA-TCA-TTCA
gi|15                         :                                                                  aAAAGTCCATGTTTT----GCA-------A--G-GGA---G--G-G---A-ACC---------CCA----A-AA-T
gi|16                         : tttcccgctatggtcccaatggtaCCTCA----TGCA-ATA-T--A------TA-----G----TCAAAGTTCATGTTTT----GCT-------A--T-G-----C--G-A---T-CCC---------C------A-AA-TCA-TTCAGt
gi|17                         :                        CCCCCAATGGTACA-AT-------------------G----GCAAAGTCCATGTTAT----GCT-------A----A-----G--G-A---A-TCC---------CTA----A-AA-TCA-ATCAa
gi|18                         :                                                      c-----G----GCAAAGTCCATGTTTT----GCA-------A--T-G-----G--GAA---A-CCT---------TTA----A-AA-
gi|19                         :                 cttatggtgtaat----TACA-TTA----A------TA-----G-----CAAGGTCCATGTTTT----GCT-------A--A-G-----G--G-ATTGA-ACC---------CCA----A-AA-Taagtaattc
gi|2                          :                  catgtggCCCCA----CACA-ATA-TCGA------TA-----AAAATGCAAAGTCCATGTTTT----GTT-------A--T-G-----G--G-A---A-CCC---------CCA----A-AA-TCC-CTCAGtca
gi|20                         :                      cctgCCCA----TACA-ATA-G--A------TA-----G----TCAAAGTCCATGTTTT----GCT-------A----G-----G--G-A---ACCCC---------CCA----A-AA-TCT-TTCA
gi|21                         :                        CCCCCA----TATG-GTA-T----------------G----GCAAAGACCATGTTGA----GGT-------AT-T-G-----G--A-A---A-CTC---------CAA----A-AA-GCA-TCC
gi|22                         :                       aCCCCCA----TA-------T--A------TA-----G----ACAAAGTCCATGTGTT----GCT-------A--T-G-----G--G-A---T-CCT---------TTA----A-TA-TCA-GTCAG
gi|23                         :                           CCG----TACA-ATA-T--A------TA-----G----GCAAAGCCCATGTTTT----GAT-------C--T-G-----G--G-A---A-ACC---------CCC----A-AA-TCA-TTCAa
gi|24                         :                          CCCA----TATGGATA----A------T------G----ACAAAGTCCACGTTTT----GCT-------A--CAG-----G--A-A---A-ACC---------CCA----A-AA-T
gi|25                         :                                                       -----G----GCAAAGTCCATGTTTT----GCT-------A--T-G-----G--G-A---A-ACC---------CCA----ATAA-TCA-TTCAatcaa
gi|26                         :                  atgtggtgtaac----TACA-ATA-T--T------TA-----A----GCAAAGTCTGTGTTTT----GCT-------A--T-G-----G--C-A---A-GCC---------TTA----A-AA-TCA-TTC
gi|27                         :                             c----TACA-ATA-G--A------TA-----G----GCAAAGTCCATGTTTT----GCA-------A--T-G-----G--G-A---A-ACC---------CAA----A-AA-TCA-TTCAcg
gi|28                         :                                   tCA-ATGGT--A------TA-----GTG--GCAGAGTCCATGTTTT----GCT-------A--T-T-----A--A-A---C-CCC---------CCA----A-AA-
gi|29                         :                                    CA-ATA-T--A------TA-----A----GCAAAGTCCATGCTTT----GAT-------A--T-G-----G--G-A---A-ACC---------CCA----A-AA-TCA-TTCAGatgaatc
gi|3                          :                        cCTCCA----TACA-ATA----A------TA-----G----GCAAAGTCCATGTTTT----GCA-------A--A-G-----G--G-A---A-CCCCATCCCCTTCCC----A-AA-TCA-TTCAG
gi|30                         :                                   ACA-ATA-T--A------TA-----C----GCAAAGTCCATGTTTT----GCT-------A--T-G-----G--G-A---A-ACC---------CCA----A-AT-TCA-ATCa
gi|31                         :                                                                  CAAAGTCCATGTTTT----GCT-------A--T-G-----G--G-A---A-ACT---------CCAG---A-AA-TTA-ATCAG
gi|32                         :                                       taatgaca------TA-----G----GCAAAGTCCATGTTTTTTTTGCT-------T--T-G-----G--G-A---A-CCC---------CTA----A-AA-TCA-ATCA
gi|33                         :                                         t-T--A------TA-----G----ACGAAGTCCATGTTTT----GCT-------A--T-G-----G--G-A---A-GCC---------CCA----A-AA-TCA-TACAG
gi|34                         :                                            --A------TA-----G----GCAAAGTCCATGCTTT----GCT-------A--T-G-----G--A-A---A--CC---------CCA----A-AG-TCA-TTCAG
gi|35                         :                                                                     AGTTCATGTTTT----GCC-------A--T-G-----G--G-A---A-CCA---------CCA----A-GA-TCA-TTCAG
gi|36                         :                                                                        CCATGTTTT----GCT-------A--T-A-----G--G-A---A-CCC---------TCC----A-AA-TCA-TTCAGa
gi|4                          :                        CCCCCA----TCCA--TA-T--T------TAATCATG----GCAAAGTCTATGTTTT----GCT-------A--T-A-----G--G-A---AGGTC---------CAA----A-AA-TCA-TTCAG
gi|5                          :                         CCCCA-----ACA-A-A-T--G------TA-----T----GCAATATCCA-GTTTT----GCT-------A--T-G-----G--A-A---A-CCC---------CAATTTTA-AT-TCATTTCAG
gi|6                          :                     caTCCCCCA----TACA-ATA-T--T------TA-----G----GCAAAGTCCATGTTTT----GCT-------A--T-G-----GTTG-G---A-CCC---------CCA----A-AA-TCA-TTCAGa
gi|7                          :                                        TA-T--A-------A-----G----GTAAAGTCTATCTTTT----GCT-------A--T-G-----G--A-A---A-
gi|8                          :                    atggCCCCCA----TACA-ATA-T--AAATGTTTA-----A----GCAATGTCAATGTTTT----GCT-------A--T-------G--G-A---A-CCA---------CCA----A-AA-TTA-annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|9                          :                       aCCCCCA----TATA-GTA-T--A------AT-----G----GCACAGTCCATGTGTT----GCT-------A--T-G-----G--G-A---A-CCC---------CTA----A-AATTCA-TTCA





Alignments
lowQualScore                  :                              3333    1   66666666666  33333 4444                2222   3333333 22 1 44444 11 1 111 44  444444444   3333 1  2   1     
lowQualScore                  :                              ....    .   ...........  ..... ....                ....   ....... .. . ..... .. . ... ..  .........   .... .  .   .     
lowQualScore                  :                              9999    6   55555555555  22222 5555                4444   6666666 66 1 33333 55 1 999 11  666666666   6666 1  3   4     
consensus                     :                       TCCCCCA----TACA-ATA-T--A------TA-----G----GCAAAGTCCATGTTTT----GCT-------A--T-G-----G--G-A---A-CCC---------CCA----A-AA-TCA-TTCAG
Reference ( family-5319 )     :                       TCCCCCA----TACA-ATA-T--A------TA-----G----GCAAAGTCCATGTTTT----GCT-------A--T-G-----G--G-A---A-CCC---------CCA----A-AA-TCA-TTCAG
gi|1                          :                        CCCCCA----TACA-ACA-C--AAT----TA-----G----GCAAAGTCCATGTTTT----GCT-------AATT-GGGTCAG--G-A---A-CAC---------CCA----A-AA-TCT-TTCAG
gi|10                         :                                                                     aGTCCATGTTTT----GCTAATTCACA--T-G-----G--G-A---A-ATC---------CTA----A-AACTCA-TTCA
gi|11                         :          accacctccacatgCCCCCA----TACA-ATA-C--A------TA-----G----GCAAAGGCCATGTTTT----GCT-------A--T-G-----A--G-A---A-CCC---------TCA----A-AA-TCA-TTTAGtat
gi|12                         :                       TCCGCC-----TACA-ATG-T--A------TA-----G----GCATAATCCATGTTTT----GTT-------G--T-G-----G--T-A---A-CGC---------CCA----A-AA-
gi|13                         :                 gaacacaCCCCAA----AAAA-ATA-T--A------TG-----G----GCAAAGTCCATGTTTT----TCT-------A--T-G-----G--A-A---A-CCC---------CCA----A-AA-TCA-TTCAGg
gi|14                         :                        CCCCTA----TACA-ACT-T--A------TA-----G----GCAAAGTCCATGTTTT----GAT-------A--T-G-----G--G-G---A-ACT---------CCA----A-AA-TCA-TTCA
gi|15                         :                                                                  aAAAGTCCATGTTTT----GCA-------A--G-GGA---G--G-G---A-ACC---------CCA----A-AA-T
gi|16                         : tttcccgctatggtcccaatggtaCCTCA----TGCA-ATA-T--A------TA-----G----TCAAAGTTCATGTTTT----GCT-------A--T-G-----C--G-A---T-CCC---------C------A-AA-TCA-TTCAGt
gi|17                         :                        CCCCCAATGGTACA-AT-------------------G----GCAAAGTCCATGTTAT----GCT-------A----A-----G--G-A---A-TCC---------CTA----A-AA-TCA-ATCAa
gi|18                         :                                                      c-----G----GCAAAGTCCATGTTTT----GCA-------A--T-G-----G--GAA---A-CCT---------TTA----A-AA-
gi|19                         :                 cttatggtgtaat----TACA-TTA----A------TA-----G-----CAAGGTCCATGTTTT----GCT-------A--A-G-----G--G-ATTGA-ACC---------CCA----A-AA-Taagtaattc
gi|2                          :                  catgtggCCCCA----CACA-ATA-TCGA------TA-----AAAATGCAAAGTCCATGTTTT----GTT-------A--T-G-----G--G-A---A-CCC---------CCA----A-AA-TCC-CTCAGtca
gi|20                         :                      cctgCCCA----TACA-ATA-G--A------TA-----G----TCAAAGTCCATGTTTT----GCT-------A----G-----G--G-A---ACCCC---------CCA----A-AA-TCT-TTCA
gi|21                         :                        CCCCCA----TATG-GTA-T----------------G----GCAAAGACCATGTTGA----GGT-------AT-T-G-----G--A-A---A-CTC---------CAA----A-AA-GCA-TCC
gi|22                         :                       aCCCCCA----TA-------T--A------TA-----G----ACAAAGTCCATGTGTT----GCT-------A--T-G-----G--G-A---T-CCT---------TTA----A-TA-TCA-GTCAG
gi|23                         :                           CCG----TACA-ATA-T--A------TA-----G----GCAAAGCCCATGTTTT----GAT-------C--T-G-----G--G-A---A-ACC---------CCC----A-AA-TCA-TTCAa
gi|24                         :                          CCCA----TATGGATA----A------T------G----ACAAAGTCCACGTTTT----GCT-------A--CAG-----G--A-A---A-ACC---------CCA----A-AA-T
gi|25                         :                                                       -----G----GCAAAGTCCATGTTTT----GCT-------A--T-G-----G--G-A---A-ACC---------CCA----ATAA-TCA-TTCAatcaa
gi|26                         :                  atgtggtgtaac----TACA-ATA-T--T------TA-----A----GCAAAGTCTGTGTTTT----GCT-------A--T-G-----G--C-A---A-GCC---------TTA----A-AA-TCA-TTC
gi|27                         :                             c----TACA-ATA-G--A------TA-----G----GCAAAGTCCATGTTTT----GCA-------A--T-G-----G--G-A---A-ACC---------CAA----A-AA-TCA-TTCAcg
gi|28                         :                                   tCA-ATGGT--A------TA-----GTG--GCAGAGTCCATGTTTT----GCT-------A--T-T-----A--A-A---C-CCC---------CCA----A-AA-
gi|29                         :                                    CA-ATA-T--A------TA-----A----GCAAAGTCCATGCTTT----GAT-------A--T-G-----G--G-A---A-ACC---------CCA----A-AA-TCA-TTCAGatgaatc
gi|3                          :                        cCTCCA----TACA-ATA----A------TA-----G----GCAAAGTCCATGTTTT----GCA-------A--A-G-----G--G-A---A-CCCCATCCCCTTCCC----A-AA-TCA-TTCAG
gi|30                         :                                   ACA-ATA-T--A------TA-----C----GCAAAGTCCATGTTTT----GCT-------A--T-G-----G--G-A---A-ACC---------CCA----A-AT-TCA-ATCa
gi|31                         :                                                                  CAAAGTCCATGTTTT----GCT-------A--T-G-----G--G-A---A-ACT---------CCAG---A-AA-TTA-ATCAG
gi|32                         :                                       taatgaca------TA-----G----GCAAAGTCCATGTTTTTTTTGCT-------T--T-G-----G--G-A---A-CCC---------CTA----A-AA-TCA-ATCA
gi|33                         :                                         t-T--A------TA-----G----ACGAAGTCCATGTTTT----GCT-------A--T-G-----G--G-A---A-GCC---------CCA----A-AA-TCA-TACAG
gi|34                         :                                            --A------TA-----G----GCAAAGTCCATGCTTT----GCT-------A--T-G-----G--A-A---A--CC---------CCA----A-AG-TCA-TTCAG
gi|35                         :                                                                     AGTTCATGTTTT----GCC-------A--T-G-----G--G-A---A-CCA---------CCA----A-GA-TCA-TTCAG
gi|36                         :                                                                        CCATGTTTT----GCT-------A--T-A-----G--G-A---A-CCC---------TCC----A-AA-TCA-TTCAGa
gi|4                          :                        CCCCCA----TCCA--TA-T--T------TAATCATG----GCAAAGTCTATGTTTT----GCT-------A--T-A-----G--G-A---AGGTC---------CAA----A-AA-TCA-TTCAG
gi|5                          :                         CCCCA-----ACA-A-A-T--G------TA-----T----GCAATATCCA-GTTTT----GCT-------A--T-G-----G--A-A---A-CCC---------CAATTTTA-AT-TCATTTCAG
gi|6                          :                     caTCCCCCA----TACA-ATA-T--T------TA-----G----GCAAAGTCCATGTTTT----GCT-------A--T-G-----GTTG-G---A-CCC---------CCA----A-AA-TCA-TTCAGa
gi|7                          :                                        TA-T--A-------A-----G----GTAAAGTCTATCTTTT----GCT-------A--T-G-----G--A-A---A-
gi|8                          :                    atggCCCCCA----TACA-ATA-T--AAATGTTTA-----A----GCAATGTCAATGTTTT----GCT-------A--T-------G--G-A---A-CCA---------CCA----A-AA-TTA-annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|9                          :                       aCCCCCA----TATA-GTA-T--A------AT-----G----GCACAGTCCATGTGTT----GCT-------A--T-G-----G--G-A---A-CCC---------CTA----A-AATTCA-TTCA


blockSeqs                     :                              ATGG    G   TAAATGTT     ATCAT AAAT                TTTT   AATTCAC T  A GA    TT A TTG CC  CATCCCCTT   TTTT T  C   T
blockSeqs                     :                              .       .   TCGA         .     TG                  .      .       .  . .     .  . .   GG  .           G    .  T   .
blockSeqs                     :                              .       .   GTA          .     .                   .      .       .  . .     .  . .   A   .           .    .  .   .
blockSeqs                     :                              .       .   CA           .     .                   .      .       .  . .     .  . .   C   .           .    .  .   .
blockSeqs                     :                              .       .   TA           .     .                   .      .       .  . .     .  . .   C   .           .    .  .   .
blockSeqs                     :                              .       .   TA           .     .                   .      .       .  . .     .  . .   C   .           .    .  .   .
blockSeqs                     :                              .       .   TA           .     .                   .      .       .  . .     .  . .   A   .           .    .  .   .
blockSeqs                     :                              .       .   TA           .     .                   .      .       .  . .     .  . .   A   .           .    .  .   .
blockSeqs                     :                              .       .   GA           .     .                   .      .       .  . .     .  . .   C   .           .    .  .   .
blockSeqs                     :                              .       .   TA           .     .                   .      .       .  . .     .  . .   T   .           .    .  .   .
blockSeqs                     :                              .       .   TA           .     .                   .      .       .  . .     .  . .   C   .           .    .  .   .
blockSeqs                     :                              .       .   TT           .     .                   .      .       .  . .     .  . .   A   .           .    .  .   .
blockSeqs                     :                              .       .   GA           .     .                   .      .       .  . .     .  . .   C   .           .    .  .   .
blockSeqs                     :                              .       .   TA           .     .                   .      .       .  . .     .  . .   C   .           .    .  .   .
blockSeqs                     :                              .       .   TA           .     .                   .      .       .  . .     .  . .   C   .           .    .  .   .
blockSeqs                     :                              .       .   TA           .     .                   .      .       .  . .     .  . .   A   .           .    .  .   .
blockSeqs                     :                              .       .   TT           .     .                   .      .       .  . .     .  . .   A   .           .    .  .   .
blockSeqs                     :                              .       .   TG           .     .                   .      .       .  . .     .  . .   A   .           .    .  .   .
blockSeqs                     :                              .       .   TT           .     .                   .      .       .  . .     .  . .   G   .           .    .  .   .
blockSeqs                     :                              .       .   TA           .     .                   .      .       .  . .     .  . .   A   .           .    .  .   .
blockSeqs                     :                              .       .   TA           .     .                   .      .       .  . .     .  . .   C   .           .    .  .   .
blockSeqs                     :                                      .   A            .     .                   .      .       .  . .     .  . .   A   .           .    .  .   .
blockSeqs                     :                                      .   T            .     .                   .      .       .  . .     .  . .   C   .           .    .  .   .
blockSeqs                     :                                      .   A            .     .                   .      .       .  . .     .  . .   A   .           .    .  .   .
blockSeqs                     :                                          A            .     .                   .      .       .  . .     .  . .   A   .           .    .  .   .
blockSeqs                     :                                          .            .     .                   .      .       .  . .     .  . .   C   .           .    .  .   .
blockSeqs                     :                                                       .     .                   .      .       .  . .     .  . .   G   .           .    .  .   .
blockSeqs                     :                                                       .     .                   .      .       .  . .     .  . .   C   .           .    .  .   .
blockSeqs                     :                                                       .     .                   .      .       .  . .     .  . .   C   .           .    .  .    
blockSeqs                     :                                                       .     .                   .      .       .  . .     .  . .   C   .           .    .  .    
blockSeqs                     :                                                                                 .      .       .  . .     .  . .   C   .           .    .  .    
blockSeqs                     :                                                                                 .      .       .  . .     .  . .   C   .           .    .  .    
blockSeqs                     :                                                                                 .      .       .  . .     .  . .   C   .           .    .  .    
blockSeqs                     :                                                                                 .      .       .  . .     .  . .   .   .           .    .  .    
blockSeqs                     :                                                                                 .      .       .  . .     .  . .                                


blockSeqCons                  :                                          TA*********                                           **   *****
originalCons                  :                       TCCCCCA----TACA-ATA-T--A------TA-----G----GCAAAGTCCATGTTTT----GCT-------A--T-G-----G--G-A---A-CCC---------CCA----A-AA-TCA-TTCAG
finalCons                     :                       TCCCCCA----TACA-ATATA---------TA-----G----GCAAAGTCCATGTTTT----GCT-------A--T-G-----G--G-A---A-CCC---------CCA----A-AA-TCA-TTCAG





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lowQualScore                  :                              3333    1   66666666666  33333 4444                2222   3333333 22 1 44444 11 1 111 44  444444444   3333 1  2   1     
lowQualScore                  :                              ....    .   ...........  ..... ....                ....   ....... .. . ..... .. . ... ..  .........   .... .  .   .     
lowQualScore                  :                              9999    6   55555555555  22222 5555                4444   6666666 66 1 33333 55 1 999 11  666666666   6666 1  3   4     
consensus                     :                       TCCCCCA----TACA-ATA-T--A------TA-----G----GCAAAGTCCATGTTTT----GCT-------A--T-G-----G--G-A---A-CCC---------CCA----A-AA-TCA-TTCAG
Reference ( family-5319 )     :                       TCCCCCA----TACA-ATA-T--A------TA-----G----GCAAAGTCCATGTTTT----GCT-------A--T-G-----G--G-A---A-CCC---------CCA----A-AA-TCA-TTCAG
gi|1                          :                        CCCCCA----TACA-ACA-C--AAT----TA-----G----GCAAAGTCCATGTTTT----GCT-------AATT-GGGTCAG--G-A---A-CAC---------CCA----A-AA-TCT-TTCAG
gi|10                         :                                                                     aGTCCATGTTTT----GCTAATTCACA--T-G-----G--G-A---A-ATC---------CTA----A-AACTCA-TTCA
gi|11                         :          accacctccacatgCCCCCA----TACA-ATA-C--A------TA-----G----GCAAAGGCCATGTTTT----GCT-------A--T-G-----A--G-A---A-CCC---------TCA----A-AA-TCA-TTTAGtat
gi|12                         :                       TCCGCC-----TACA-ATG-T--A------TA-----G----GCATAATCCATGTTTT----GTT-------G--T-G-----G--T-A---A-CGC---------CCA----A-AA-
gi|13                         :                 gaacacaCCCCAA----AAAA-ATA-T--A------TG-----G----GCAAAGTCCATGTTTT----TCT-------A--T-G-----G--A-A---A-CCC---------CCA----A-AA-TCA-TTCAGg
gi|14                         :                        CCCCTA----TACA-ACT-T--A------TA-----G----GCAAAGTCCATGTTTT----GAT-------A--T-G-----G--G-G---A-ACT---------CCA----A-AA-TCA-TTCA
gi|15                         :                                                                  aAAAGTCCATGTTTT----GCA-------A--G-GGA---G--G-G---A-ACC---------CCA----A-AA-T
gi|16                         : tttcccgctatggtcccaatggtaCCTCA----TGCA-ATA-T--A------TA-----G----TCAAAGTTCATGTTTT----GCT-------A--T-G-----C--G-A---T-CCC---------C------A-AA-TCA-TTCAGt
gi|17                         :                        CCCCCAATGGTACA-AT-------------------G----GCAAAGTCCATGTTAT----GCT-------A----A-----G--G-A---A-TCC---------CTA----A-AA-TCA-ATCAa
gi|18                         :                                                      c-----G----GCAAAGTCCATGTTTT----GCA-------A--T-G-----G--GAA---A-CCT---------TTA----A-AA-
gi|19                         :                 cttatggtgtaat----TACA-TTA----A------TA-----G-----CAAGGTCCATGTTTT----GCT-------A--A-G-----G--G-ATTGA-ACC---------CCA----A-AA-Taagtaattc
gi|2                          :                  catgtggCCCCA----CACA-ATA-TCGA------TA-----AAAATGCAAAGTCCATGTTTT----GTT-------A--T-G-----G--G-A---A-CCC---------CCA----A-AA-TCC-CTCAGtca
gi|20                         :                      cctgCCCA----TACA-ATA-G--A------TA-----G----TCAAAGTCCATGTTTT----GCT-------A----G-----G--G-A---ACCCC---------CCA----A-AA-TCT-TTCA
gi|21                         :                        CCCCCA----TATG-GTA-T----------------G----GCAAAGACCATGTTGA----GGT-------AT-T-G-----G--A-A---A-CTC---------CAA----A-AA-GCA-TCC
gi|22                         :                       aCCCCCA----TA-------T--A------TA-----G----ACAAAGTCCATGTGTT----GCT-------A--T-G-----G--G-A---T-CCT---------TTA----A-TA-TCA-GTCAG
gi|23                         :                           CCG----TACA-ATA-T--A------TA-----G----GCAAAGCCCATGTTTT----GAT-------C--T-G-----G--G-A---A-ACC---------CCC----A-AA-TCA-TTCAa
gi|24                         :                          CCCA----TATGGATA----A------T------G----ACAAAGTCCACGTTTT----GCT-------A--CAG-----G--A-A---A-ACC---------CCA----A-AA-T
gi|25                         :                                                       -----G----GCAAAGTCCATGTTTT----GCT-------A--T-G-----G--G-A---A-ACC---------CCA----ATAA-TCA-TTCAatcaa
gi|26                         :                  atgtggtgtaac----TACA-ATA-T--T------TA-----A----GCAAAGTCTGTGTTTT----GCT-------A--T-G-----G--C-A---A-GCC---------TTA----A-AA-TCA-TTC
gi|27                         :                             c----TACA-ATA-G--A------TA-----G----GCAAAGTCCATGTTTT----GCA-------A--T-G-----G--G-A---A-ACC---------CAA----A-AA-TCA-TTCAcg
gi|28                         :                                   tCA-ATGGT--A------TA-----GTG--GCAGAGTCCATGTTTT----GCT-------A--T-T-----A--A-A---C-CCC---------CCA----A-AA-
gi|29                         :                                    CA-ATA-T--A------TA-----A----GCAAAGTCCATGCTTT----GAT-------A--T-G-----G--G-A---A-ACC---------CCA----A-AA-TCA-TTCAGatgaatc
gi|3                          :                        cCTCCA----TACA-ATA----A------TA-----G----GCAAAGTCCATGTTTT----GCA-------A--A-G-----G--G-A---A-CCCCATCCCCTTCCC----A-AA-TCA-TTCAG
gi|30                         :                                   ACA-ATA-T--A------TA-----C----GCAAAGTCCATGTTTT----GCT-------A--T-G-----G--G-A---A-ACC---------CCA----A-AT-TCA-ATCa
gi|31                         :                                                                  CAAAGTCCATGTTTT----GCT-------A--T-G-----G--G-A---A-ACT---------CCAG---A-AA-TTA-ATCAG
gi|32                         :                                       taatgaca------TA-----G----GCAAAGTCCATGTTTTTTTTGCT-------T--T-G-----G--G-A---A-CCC---------CTA----A-AA-TCA-ATCA
gi|33                         :                                         t-T--A------TA-----G----ACGAAGTCCATGTTTT----GCT-------A--T-G-----G--G-A---A-GCC---------CCA----A-AA-TCA-TACAG
gi|34                         :                                            --A------TA-----G----GCAAAGTCCATGCTTT----GCT-------A--T-G-----G--A-A---A--CC---------CCA----A-AG-TCA-TTCAG
gi|35                         :                                                                     AGTTCATGTTTT----GCC-------A--T-G-----G--G-A---A-CCA---------CCA----A-GA-TCA-TTCAG
gi|36                         :                                                                        CCATGTTTT----GCT-------A--T-A-----G--G-A---A-CCC---------TCC----A-AA-TCA-TTCAGa
gi|4                          :                        CCCCCA----TCCA--TA-T--T------TAATCATG----GCAAAGTCTATGTTTT----GCT-------A--T-A-----G--G-A---AGGTC---------CAA----A-AA-TCA-TTCAG
gi|5                          :                         CCCCA-----ACA-A-A-T--G------TA-----T----GCAATATCCA-GTTTT----GCT-------A--T-G-----G--A-A---A-CCC---------CAATTTTA-AT-TCATTTCAG
gi|6                          :                     caTCCCCCA----TACA-ATA-T--T------TA-----G----GCAAAGTCCATGTTTT----GCT-------A--T-G-----GTTG-G---A-CCC---------CCA----A-AA-TCA-TTCAGa
gi|7                          :                                        TA-T--A-------A-----G----GTAAAGTCTATCTTTT----GCT-------A--T-G-----G--A-A---A-
gi|8                          :                    atggCCCCCA----TACA-ATA-T--AAATGTTTA-----A----GCAATGTCAATGTTTT----GCT-------A--T-------G--G-A---A-CCA---------CCA----A-AA-TTA-annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|9                          :                       aCCCCCA----TATA-GTA-T--A------AT-----G----GCACAGTCCATGTGTT----GCT-------A--T-G-----G--G-A---A-CCC---------CTA----A-AATTCA-TTCA