lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22222222 11 4444444444444444 11111 1111111 111 777777777 222222222222222222222222222222222222 11111111111 1 1 777777777777777777777777777777777 111 22 11 1111111 1111 1 3333333333 1
lowQualScore : 3 8 8 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 00000000 5 5 66 11 4 5 8888888888888888 1 11111 1111111 3 0 888 111 555555555 1 6 333333333333333333333333333333333333 8 1 2 55555555555 8 6 6 1 444444444444444444444444444444444 5 111 44 7 11 5 2 6666666 5 6 4444 5 77 0 1111111111 6 7
lowQualScore : . . . .............................................................. ........ . . .. .. . . ................ . ..... ....... . . ... ... ......... . . .................................... . . . ........... . . . . ................................. . ... .. . .. . . ....... . . .... . .. . .......... . .
lowQualScore : 0 0 0 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 00000000 4 0 99 00 1 0 8888888888888888 1 11111 6666666 0 2 888 777 000000000 0 7 555555555555555555555555555555555555 0 4 8 00000000000 0 7 3 2 333333333333333333333333333333333 6 888 66 3 77 7 1 8888888 7 7 2222 0 99 7 3333333333 3 8
consensus : TGTNATCAGTGGAATTG-T-AAGA--T-GTA-------TNA---------GTGTTTCGGACCG------------T----------AATTAA-------NCTGAAAA-T--ACCACGG-TTCATGGCATT-ACTATGGATAAGCATTGT--TTGTGTTTGTGATTG-----TTACGTAAGCGATGG-AAAACGAAACACCATGGAA---AGCGAC---ATTTTGCTGTGTATGCGA----AATGGAGAACCGAAGTGTCT-CGGG-----TA--A-TAA------GAAA-----------CAACA-TTGCCAAACTCTTACTGATA---TATAT---T-GATCTGAAT-ATATTTAAAGGTTATCTCTGT-------CG-----------GT-----------AAACTTTTTAAAAAA--CTATCCCATAATGCTGTGCGAGTATT-AACCAA-TCAGANGACA--G----GAA-CGCTT-GTA----ATCCACCTGGCT--CTACTGCCTTTAGTCAGG-----G-AGCCAGGGGACCAGGCT
Reference ( gi|2 ) : TGTTATCAGTGGAATTG-T-AAGA--T-GTA-------TTA---------GCGTTTTGGACTG------------T----------AATTAA-------TCTGAAAA-T--ACCACGG-CTCATGGTATT-ACTATGGATAAACATTGTCATTGTGTTTGTGATTG-----TTACGTAAGCGATGG-AAAACAAAACACCATGGAA---AGCGAC---ATTTTGCTGTGTATACAA-ATTAATGGAGAACCGAAGTGTCT-CGGG-----TA-------------GAAA-----------CAACA-TTGCCAAACTCTTACCGATA---TATAT---T-GATCTGAAT-ATATATAAATGTTATCTCTGT-------CG-----------AT-----------AAACTTTTTAAAAAA--CTATCCCTCAATGCTGTGCGAGTGTC-AACCAA-TCAGAAGACA--G----GAA-CGCTT-GTA----ATCAACCTGGCT--CTACTGCCTTTAGTCTGG-----G-AGCCTGAGGACCAGGCT
gi|1 : TGTGATCAGTGGAATTGCT-AGGA--T--TG-------TTACGAGCACAGGTGTTT---ACCAACA---------T----------AATTAA-------ACTGACAG-TTCAGCACAG-TCCATGGCATT-ACTATGGATAAGCATCGT------GTCTGTGAGTA-----TTACGTTAACGATGGTAAAACGAAGCACCATTGAATGCAACGAA---AGTTTGCTGTGTATACAA------TGTAGACCTGAGGTATCC-CGGGATGAATAAAGTCAG------GAAA-----------GAACA-TTGCCAATCTCTTACTGATG---G-------T-GATCTGAAT-ATATCTAAAGGTTTTCTCTGT-------CG-----------GTTCTACTACGACAAACTTTT--AGAAA--TTATTTCATAATGCTGTGCGGGTTTT-AACCAG-TCAGAAGACA--G----GAA-CGATT-GTA----ATCCACATGGCT--CTTCTGTGTTTAGTC-AG-----G-AGCCAGTGGACCA
gi|6 : tgaaaaattgtgacGTTACCAGTGGAATTC-T-TAGAATT-GTAA------CGA---------GTATTTTA-ATTG------------TTTGTTAACATAATTAA-------TCTGGAAA-T--ACCACGG-TTCATGGCAGT-ACTATGGATAAG------CATTATGTTTGTGATTG-----TTACGTAAGCGTTGG------------------AA---AGCAGC---ATTTTGCTGTGTATATGGCACT-ATGGAGAAATGAAGTGTAT--GAA-----TA-------------AAAA-----------
gi|11 : aaaATTAGTGGAATGG-TTAGGA--TTGTAACGAGAATCA---------GTGTTTCGGACTG------------T----------A---------------------T--ACCACGG-TTCATGGTATC-ACTATTGATAAG------CACTGTGTTTGTGATCG-----tc
gi|8 : ttgaaaaattgcacctgtctggaatgTG-T-AAGA--A-ATA-------TAA---------GTGCTTTGGACTGTTTTATTAACATT----------AATTAA-------TCTAAAAATT--ACCGCGGTTTCAGGGCATTAACTATGGATAAAC
gi|5 : G-T-AAGA--A-GTA-------CAA---------GTGTTTCGGACTG------------TT---------CATTAACTAGTTTTCTAAAAA-T--TCCGCGG-TTCATGGCATT-ACTATGGATAAGCATAGTTTTTGTGTTGGTGATTG-----TTACGTAAGCGATGG------------------AA---AGCGAC---ATTTTGCTGTATAT------TCAATGGATAACCGAAGTGTCT-CGG----------------------AAA-----------CAACT-TTGCTAAACTTCTACCGATA---TATATATATAGATATGAAT-ATATTTAAATGTTACCTATGT-------CGGTTTTGCTATGAT-----------AAACTTTtcttgaaaaaaaactatccataatgcagtgcgagtattaaccaatcagatgacatgaaccgcttgtaatccacctggcttcttactgcctt
gi|3 : -GTA-------TAA---------GTGTTTTGGAA-------------------------AGTTAA-------TCTGAAAA-T--ACCATGG-TTCATGGCATT-ACTATGGATAAGCTTTGTGTTTGTGT--GTGATTG-----TTACATAAGTGATGG-AAAACGAAACCCCATGGAA---AGCAAC---ATTTTGCTGTGTATGC------AATGGAGAACCGAAGTGTCT-CGGG-----TAAAAATAAAGTCAGGAAA-----------CAACATTTGCCAAACTCTTACTGATA---TATAT---T-GATCTGAAT-ATATTTAAATATTATCTCTGT-------TG-----------GT---------------TCTTTAAAAAA--CTATCCCATAATGCTTTGCGACTATT-AAACAA-TCAGATGACA--G----GAA-CGCTG-GAA----ATCCACCTGGCT--C---------TAGTCCGG-----G-AGCCAGGGGACCAGGCT
gi|10 : tagcgaTTTTCAACCA------------C----------AATGAA-------ATT-AAAA-T--ACGACAG-TTTATGGCATT-ACTATG-ATAAGCATT-----------TGT--TTG-----TTACGTAAGCGATGA-AAAATGAAACACCATGGAA---AGCGAaa
gi|9 : tgtaacgagtataagactac----------AATGAA-------ATTAAAAA-T--ACGACAG-TTTATGGCATT-ACTATGGATAAGCATTGT----------GT--TTG-----TTACGTAAGCGATGA-AAAATGAAACACCATGGAA---AGCGAaaatact
gi|4 : tgtaacgagtataagactacttttcaacacTGTGATGGGGGCTTTACGTAAGCGATGG-AAAACGAAACCCCATGAAA---AGCGAC---ATTTTGCTGTGCATGCAA------TGGAGAATTGAAGTAACT-CGGG-----TA-------------AAAATAGTCAGAAAACAACA-TTGGCAAACTCTTACTGATAAATTATAT---T-GATCTGAAT-ATATTTAAAGGTTTTCTCTGT-------CGGCTCTGCTACGAT-----------AAACTTTTTAAAAAA--CTATCCCATAATGCTGTGCGAGTATT-AACCAA-TCAGATGACA--ATCCTGAA-CGCCT-GTA----ATCCACCTGGCT--CTACTGCCTTTAGTCAGGTACATGTAGCCAGGGGACCAGGCTaaatact
gi|7 : GATTG-----TTATGTTAACGATGG-AAAGTGAAACACCAAGGAA---AGCGCCGAAAGTTTGATGTGTATGC------AATGGAGAAGCGAAGTGTGTACGGGGAAAATACTAGTAAGTCAG-GGAA-----------GAACA-TTGCCGATTTCGTGCTGAAA---TATGT---T-GATCTGAATAAAATTTAAG-GTTATCTCTGT-------CG-----------GT-----------
gi|12 : T-GTATCTAAAGGTCATCTCTGTTCTGCTACG-----------AT-----------AAAGTTTTTAAAAA---TTATCCCATAATGCTGTGCGTGTATT-AACCAA-TCAGAAGACA--cctgcaaagaaaaac
gi|8 : CTAT-------GG-----------AT-----------AAACTCTTGAAAAAAAACTATCCAT-AATGCAGTGCGAGTATT-AACCAA-TCAGATGACA--T----GAACCGCTT-GTA----ATCCACCTGGCTTCTTACTGCCTT
gi|16 : tgtaagaaatataagtgctttggactgttttattaacattaattaatctaaaaattaccgcggtttcagggcattaaAATGCTTTGCGAGTATTTAACCAA-TCAGAAGACA--G----GAA-C
gi|13 : atTGCGAGCATT-AACCAAGTCA-AAGACAATG----GAA-CGCTTCGTACTGAATCCACCTGGCT--CTACTGCCTTTAGTC---------------GGGGACCAGGC
gi|15 : ----GAA-CGCTT-GTA----ATCCACCTGGCT--CTACTGTATTTAATTAGG-----G-AGCCAGGAGAC
gi|17 : GTT--CTACTGCCTTTATTCAGG-----G-AATCGGGGGACCAGGCT
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): GGTTCTGCTACGATAAACTTTTCCATAATGCTGTACGAGTATTATTTCTAACGAATCCACTCTACTGTCTTTAGT
Alignments
lowQualScore : 1 33333333333 1111111 111111 4444444444444444444444444444 11111111 33333333333 11111 111 111 444444 9999999999999999999999999999999999999 111 111 1111111 1111111 33333333333333333333333 1111111 1111 11111
lowQualScore : 1 5 5 0 77777777777 8888888 1 222222 1111111111111111111111111111 77777777 3 4 66 4 4 77777777777 1 00000 1 4 0 1 777 000 000 666666 5 2222222222222222222222222222222222222 6 6 000 1 5 000 6666666 66 6666666 88888888888888888888888 3 77 4 4 2 3333333 4 5 0000 66 0 44444 5
lowQualScore : . . . . ........... ....... . ...... ............................ ........ . . .. . . ........... . ..... . . . . ... ... ... ...... . ..................................... . . ... . . ... ....... .. ....... ....................... . .. . . . ....... . . .... .. . ..... .
lowQualScore : 0 0 0 0 22222222222 9999999 0 444444 4444444444444444444444444444 00000000 7 4 11 4 4 11111111111 9 00000 9 4 9 7 888 000 000 666666 7 4444444444444444444444444444444444444 7 7 000 7 7 000 2222222 99 2222222 55555555555555555555555 2 99 4 4 6 8888888 4 0 6666 11 3 33333 7
consensus : TGTNATCAGTGGAATTG-T-AA-GA--T--------GTA-------TAAG--TG--TTTCGG---------ACCGT------------AATTAAN-------CTGAAAA-T--ACCACGG-TTCATGGCATT-ACTATGGATAAGCAT--TGT--TTGTGTTTGTGATTG-----TTACGTAAGCGATGG-AAAACGAAACACCATGGAA---AGCGAC---ATTTTGCTGTGTAT---GC--A---ATGGAGAACCGAAGTGTCT-CGGG--------T---AA---TA---A------G-----AAA-CAACA-TTGCCAAACTCTTACTGATA---TATAT-T---GATCTGAATAT-------ATTTAAAGG--TTATCTCTGT-------CGG-----------T-----------AAACTTTTTAAAAAA--CTATCCCATAATGCTGTGCGAGTATT-AACCAA-TCAGAAGACA--G----GAA-CGCTT-GTA----ATCCACCTGGCT--CTACTGCCTTTAGTCAGG-----G-AGCCAGGGGACCAGGCT
Reference ( family-5288 ) : TGTNATCAGTGGAATTG-T-AA-GA--T--------GTA-------TNAG--TG--TTTCGG---------ACCGT------------AATTAAN-------CTGAAAA-T--ACCACGG-TTCATGGCATT-ACTATGGATAAGCAT--TGT--TTGTGTTTGTGATTG-----TTACGTAAGCGATGG-AAAACGAAACACCATGGAA---AGCGAC---ATTTTGCTGTGTAT---GCGAA---ATGGAGAACCGAAGTGTCT-CGGG--------T---AA---TA---A------G-----AAA-CAACA-TTGCCAAACTCTTACTGATA---TATAT-T---GATCTGAATAT-------ATTTAAAGG--TTATCTCTGT-------CGG-----------T-----------AAACTTTTTAAAAAA--CTATCCCATAATGCTGTGCGAGTATT-AACCAA-TCAGANGACA--G----GAA-CGCTT-GTA----ATCCACCTGGCT--CTACTGCCTTTAGTCAGG-----G-AGCCAGGGGACCAGGCT
gi|1 : TGTGATCAGTGGAATTGCT-AG-GA--TTGTTACGAGCA-------CAGG--TG--TTTACC---------AACAT------------AATTAAA-------CTGACAG-TTCAGCACAG-TCCATGGCATT-ACTATGGATAAGCAT--CGT------GTCTGTGAGTA-----TTACGTTAACGATGGTAAAACGAAGCACCATTGAATGCAACGAA---AGTTTGCTGTGTAT---AC--A---ATGTAGACCTGAGGTATCC-CGGGA-------TG--AA---TA---AAGTCAGG-----AAA-GAACA-TTGCCAATCTCTTACTGATG---G-----T---GATCTGAATAT-------ATCTAAAGG--TTTTCTCTGT-------CGG-----------TTCTACTACGACAAACTTTT--AGAAA--TTATTTCATAATGCTGTGCGGGTTTT-AACCAG-TCAGAAGACA--G----GAA-CGATT-GTA----ATCCACATGGCT--CTTCTGTGTTTAGTCA-G-----G-AGCCAGTGGACCA
gi|10 : tgaaaaattgtgacTG-T-AACGA-----------GTA-------TAAGACTACTTTTCA----------ACCAC------------AATGAAA-------TT-AAAA-T--ACGACAG-TTTATGGCATT-ACTATG-ATAAGCAT--T-----------TGT--TTG-----TTACGTAAGCGATGA-AAAATGAAACACCATGGAA---AGCGA
gi|11 : TGATTAGTGGAATGG-TTAG-GA--TT-------GTAACGAGAATCAG--TG--TTTCGG---------ACTGT------------A---------------------T--ACCACGG-TTCATGGTATC-ACTATTGATAAGCA--------CTGTGTTTGTGATCG-----aaatact
gi|12 : ttgaaaaattgcacctgtctggaaTGT-------ATCTAAAGG--TCATCTCTGTTCTGCTACGA-----------T-----------AAAGTTTTTAAAAA---TTATCCCATAATGCTGTGCGTGTATT-AACCAA-TCAGAAGACA--
gi|13 : TGCGAGCATT-AACCAAGTCA-AAGACAATG----GAA-CGCTTCGTACTGAATCCACCTGGCT--CTACTGCCTTTAGTCGGG-----G-A-CCAGG
gi|14 : AAA--CTTTTCCATAATGCTGTACGAGTATT-ATT----TC---------------TAA-CG------A----ATCCA-----CT--CTACTGTCTTTAGTc
gi|15 : ggttctgctacgat----GAA-CGCTT-GTA----ATCCACCTGGCT--CTACTGTATTTAATTAGG-----G-AGCCAGGAGAC
gi|16 : ATAATGCTTTGCGAGTATTTAACCAA-TCAGAAGACA--G----GAA-C
gi|17 : GTT--CTACTGCCTTTATTCAGG-----G-AATCGGGGGACCAGGCT
gi|2 : TGTTATCAGTGGAATTG-T-AA-GA--T--------GTA-------TTAG--CG--TTTTGG---------ACTGT------------AATTAAT-------CTGAAAA-T--ACCACGG-CTCATGGTATT-ACTATGGATAAACAT--TGTCATTGTGTTTGTGATTG-----TTACGTAAGCGATGG-AAAACAAAACACCATGGAA---AGCGAC---ATTTTGCTGTGTAT---ACAAATTAATGGAGAACCGAAGTGTCT-CGGG--------T---A----------------G-----AAA-CAACA-TTGCCAAACTCTTACCGATA---TATAT-T---GATCTGAATAT-------ATATAAATG--TTATCTCTGT-------CGA-----------T-----------AAACTTTTTAAAAAA--CTATCCCTCAATGCTGTGCGAGTGTC-AACCAA-TCAGAAGACA--G----GAA-CGCTT-GTA----ATCAACCTGGCT--CTACTGCCTTTAGTCTGG-----G-AGCCTGAGGACCAGGCT
gi|3 : --------GTA-------TAAG--TG--TTTTGG---------AA---------------AGTTAAT-------CTGAAAA-T--ACCATGG-TTCATGGCATT-ACTATGGATAAGCTT--TGT--GTTTGTGTGTGATTG-----TTACATAAGTGATGG-AAAACGAAACCCCATGGAA---AGCAAC---ATTTTGCTGTGTAT---GC--A---ATGGAGAACCGAAGTGTCT-CGGG--------TAAAAA---TA---AAGTCAGG-----AAA-CAACATTTGCCAAACTCTTACTGATA---TATAT-T---GATCTGAATAT-------ATTTAAATA--TTATCTCTGT-------TGG-----------T---------------TCTTTAAAAAA--CTATCCCATAATGCTTTGCGACTATT-AAACAA-TCAGATGACA--G----GAA-CGCTG-GAA----ATCCACCTGGCT--C---------TAGTCCGG-----G-AGCCAGGGGACCAGGCT
gi|4 : tagcgaTGTGATGGGGGCTTTACGTAAGCGATGG-AAAACGAAACCCCATGAAA---AGCGAC---ATTTTGCTGTGCAT---GC--A---ATGGAGAATTGAAGTAACT-CGGG--------T---AAAAATAGTCA------G-----AAAACAACA-TTGGCAAACTCTTACTGATAAATTATAT-T---GATCTGAATAT-------ATTTAAAGG--TTTTCTCTGT-------CGGCTCTGCTACGAT-----------AAACTTTTTAAAAAA--CTATCCCATAATGCTGTGCGAGTATT-AACCAA-TCAGATGACA--ATCCTGAA-CGCCT-GTA----ATCCACCTGGCT--CTACTGCCTTTAGTCAGGTACATGTAGCCAGGGGACCAGGCTaa
gi|5 : G-T-AA-GA--A--------GTA-------CAAG--TG--TTTCGG---------ACTGTT-----------CATTAACTAGTTTTCTAAAAA-T--TCCGCGG-TTCATGGCATT-ACTATGGATAAGCATAGTTT--TTGTGTTGGTGATTG-----TTACGTAAGCG------------------ATGGAA---AGCGAC---ATTTTGCTGTATAT---TC--A---ATGGATAACCGAAGTGTCT-CG-------------------------------G-----AAA-CAACT-TTGCTAAACTTCTACCGATA---TATATATATAGATATGAATAT-------ATTTAAATG--TTACCTATGT-------CGG-----------T-----------
gi|6 : GTTACCAGTGGAATTC-T-TA-GAATT--------GTAA------CGAG--TA--TTTTAATTGTTTGTTAACAT------------AATTAAT-------CTGGAAA-T--ACCACGG-TTCATGGCAGT-ACTATGGATAAGCA--------TTATGTTTGTGATTG-----TTACGTAAGCG-T-----------------TGGAA---AGCAGC---ATTTTGCTGTGTATATGGCACT---ATGGAGAAATGAAGTGTAT--G--------------AA---TA---A------A-----AAtttgctatgataaacttt
gi|7 : aaaGATTG-----TTATGTTAACGATGG-AAAGTGAAACACCAAGGAA---AGCGCCGAAAGTTTGATGTGTAT---GC--A---ATGGAGAAGCGAAGTGTGTACGGGGAAAATACT---AG---TA---A------GTCAGGGAA-GAACA-TTGCCGATTTCGTGCTGAAA---TATGT-T---GATCTGAATAA-------AATTTAAGG--TTATCTCTGT-------CGG-----------T-----------tc
gi|8 : TG-T-AA-GA--A--------ATA-------TAAG--TG--CTTTGG---------ACTGTTTTATTAACATTAATTAAT-------CTAAAAATT--ACCGCGGTTTCAGGGCATTAACTATGGATAAACcctgcaaagaaaaac
gi|8 : TTTTATTAACA---TTAAT-T---AATCTAAAAATTACCGCGGTTTCAGGGCATTAACTATG---------GA-----------T-----------AAACTCTTGAAAAAAAACTATCC-ATAATGCAGTGCGAGTATT-AACCAA-TCAGATGACA--T----GAACCGCTT-GTA----ATCCACCTGGCTTCTTACTGCCTTtcttgaaaaaaaactatccataatgcagtgcgagtattaaccaatcagatgacatgaaccgcttgtaatccacctggcttcttactgcctt
gi|9 : tgtaagaaatataagtgctttggactgTG-T-AACGA-----------GTA-------TAAGACTACTTTTC-----------AACAC------------AATGAAA-------TTAAAAA-T--ACGACAG-TTTATGGCATT-ACTATGGATAAGCAT--TGT----------GT--TTG-----TTACGTAAGCGATGA-AAAATGAAACACCATGGAA---AGCGA
Alignments
lowQualScore : 1 444444444444444444444444 11 11 22222222222222222 11111111 33333333333 11111 111 111 11111 9999999999999999999999999999999999 111 111 1111111 1111111 33333333333333333333333 1111111 1111 11111
lowQualScore : 1 5 5 0 666666666666666666666666 22 22 777 77777777777777777 77777777 3 4 66 4 4 77777777777 1 00000 1 4 0 1 777 000 000 77 44444 5 8888888888888888888888888888888888 6 000 1 5 000 6666666 66 6666666 88888888888888888888888 3 77 4 4 2 3333333 4 5 0000 66 0 44444 5
lowQualScore : . . . . ........................ .. .. ... ................. ........ . . .. . . ........... . ..... . . . . ... ... ... .. ..... . .................................. . ... . . ... ....... .. ....... ....................... . .. . . . ....... . . .... .. . ..... .
lowQualScore : 0 0 0 0 555555555555555555555555 22 22 777 99999999999999999 00000000 7 4 11 4 4 11111111111 9 00000 9 4 9 7 888 000 000 99 33333 7 1111111111111111111111111111111111 7 000 7 7 000 2222222 99 2222222 55555555555555555555555 2 99 4 4 3 8888888 4 0 6666 11 3 33333 7
consensus : TGTNATCAGTGGAATTG-T-AA-GA--T--------GTA----------TAAG--TG--TTTCGGACCG------------T-AATTAAN-------CTGAAAA-T--ACCACGG-TTCATGGCATT-ACTATGGATAAGCAT--TGT--TTGTGTTTGTGATTG-----TTACGTAAGCGATGG-AAAACGAAACACCATGGAA---AGCGAC---ATTTTGCTGTGTAT---GCA--A-----TGGAGAACCGAAGTGTCT-CGGG--------T---AATA---A------G-----AAACAACA-TTGCCAAACTCTTACTGATA---TATAT-T---GATCTGAATAT-------ATTTAAAGG--TTATCTCTGT-------CGG-----------T-----------AAACTTTTTAAAAAA--CTATCCCATAATGCTGTGCGAGTATT-AACCAA-TCAGAAGACA--G----GAA-CGCTT-GTA----ATCCACCTGGCT--CTACTGCCTTTAGTCAGG-----G-AGCCAGGGGACCAGGCT
Reference ( family-5288 ) : TGTNATCAGTGGAATTG-T-AA-GA--T--------GTA----------TAAG--TG--TTTCGGACCG------------T-AATTAAN-------CTGAAAA-T--ACCACGG-TTCATGGCATT-ACTATGGATAAGCAT--TGT--TTGTGTTTGTGATTG-----TTACGTAAGCGATGG-AAAACGAAACACCATGGAA---AGCGAC---ATTTTGCTGTGTAT---GCA--A-----TGGAGAACCGAAGTGTCT-CGGG--------T---AATA---A------G-----AAACAACA-TTGCCAAACTCTTACTGATA---TATAT-T---GATCTGAATAT-------ATTTAAAGG--TTATCTCTGT-------CGG-----------T-----------AAACTTTTTAAAAAA--CTATCCCATAATGCTGTGCGAGTATT-AACCAA-TCAGAAGACA--G----GAA-CGCTT-GTA----ATCCACCTGGCT--CTACTGCCTTTAGTCAGG-----G-AGCCAGGGGACCAGGCT
gi|1 : TGTGATCAGTGGAATTGCT-AG-GA--TTGTTACGAGCA----------CAGG--TG--TTTACCAACA------------T-AATTAAA-------CTGACAG-TTCAGCACAG-TCCATGGCATT-ACTATGGATAAGCAT--CGT------GTCTGTGAGTA-----TTACGTTAACGATGGTAAAACGAAGCACCATTGAATGCAACGAA---AGTTTGCTGTGTAT---ACA--A-----TGTAGACCTGAGGTATCC-CGGGA-------TG--AATA---AAGTCAGG-----AAAGAACA-TTGCCAATCTCTTACTGATG---G-----T---GATCTGAATAT-------ATCTAAAGG--TTTTCTCTGT-------CGG-----------TTCTACTACGACAAACTTTT--AGAAA--TTATTTCATAATGCTGTGCGGGTTTT-AACCAG-TCAGAAGACA--G----GAA-CGATT-GTA----ATCCACATGGCT--CTTCTGTGTTTAGTCA-G-----G-AGCCAGTGGACCA
gi|10 : tgaaaaattgtgacTG-T-AACGA-----------GTA----------TAAGACTACTTTTCA-ACCA------------C-AATGAAA-------TT-AAAA-T--ACGACAG-TTTATGGCATT-ACTATG-ATAAGCAT--T-----------TGT--TTG-----TTACGTAAGCGATGA-AAAATGAAACACCATGGAA---AGCGA
gi|11 : TGATTAGTGGAATGG-TTAG-GA--TT-------GTAACGAGAA---TCAG--TG--TTTCGGACTG------------T-A---------------------T--ACCACGG-TTCATGGTATC-ACTATTGATAAGCA--------CTGTGTTTGTGATCG-----aaatact
gi|12 : ttgaaaaattgcacctgtctggaaTGT-------ATCTAAAGG--TCATCTCTGTTCTGCTACGA-----------T-----------AAAGTTTTTAAAAA---TTATCCCATAATGCTGTGCGTGTATT-AACCAA-TCAGAAGACA--
gi|13 : TGCGAGCATT-AACCAAGTCA-AAGACAATG----GAA-CGCTTCGTACTGAATCCACCTGGCT--CTACTGCCTTTAGTCGGG-----G-A-CCAGG
gi|14 : AAA--CTTTTCCATAATGCTGTACGAGTATT-ATT----TC---------------TAA-CG------A----ATCCA-----CT--CTACTGTCTTTAGTc
gi|15 : ggttctgctacgat----GAA-CGCTT-GTA----ATCCACCTGGCT--CTACTGTATTTAATTAGG-----G-AGCCAGGAGAC
gi|16 : ATAATGCTTTGCGAGTATTTAACCAA-TCAGAAGACA--G----GAA-C
gi|17 : GTT--CTACTGCCTTTATTCAGG-----G-AATCGGGGGACCAGGCT
gi|2 : TGTTATCAGTGGAATTG-T-AA-GA--T--------GTA----------TTAG--CG--TTTTGGACTG------------T-AATTAAT-------CTGAAAA-T--ACCACGG-CTCATGGTATT-ACTATGGATAAACAT--TGTCATTGTGTTTGTGATTG-----TTACGTAAGCGATGG-AAAACAAAACACCATGGAA---AGCGAC---ATTTTGCTGTGTAT---ACA--AATTAATGGAGAACCGAAGTGTCT-CGGG--------T---A-------------G-----AAACAACA-TTGCCAAACTCTTACCGATA---TATAT-T---GATCTGAATAT-------ATATAAATG--TTATCTCTGT-------CGA-----------T-----------AAACTTTTTAAAAAA--CTATCCCTCAATGCTGTGCGAGTGTC-AACCAA-TCAGAAGACA--G----GAA-CGCTT-GTA----ATCAACCTGGCT--CTACTGCCTTTAGTCTGG-----G-AGCCTGAGGACCAGGCT
gi|3 : --------GTA----------TAAG--TG--TTTTGGAA----------------AGTTAAT-------CTGAAAA-T--ACCATGG-TTCATGGCATT-ACTATGGATAAGCTT--TGT--GTTTGTGTGTGATTG-----TTACATAAGTGATGG-AAAACGAAACCCCATGGAA---AGCAAC---ATTTTGCTGTGTAT---GCA--A-----TGGAGAACCGAAGTGTCT-CGGG--------TAAAAATA---AAGTCAGG-----AAACAACATTTGCCAAACTCTTACTGATA---TATAT-T---GATCTGAATAT-------ATTTAAATA--TTATCTCTGT-------TGG-----------T---------------TCTTTAAAAAA--CTATCCCATAATGCTTTGCGACTATT-AAACAA-TCAGATGACA--G----GAA-CGCTG-GAA----ATCCACCTGGCT--C---------TAGTCCGG-----G-AGCCAGGGGACCAGGCT
gi|4 : tagcgaTGTGATGGGGGCTTTACGTAAGCGATGG-AAAACGAAACCCCATGAAA---AGCGAC---ATTTTGCTGTGCAT---GCA--A-----TGGAGAATTGAAGTAACT-CGGG--------TAAAAATAGTCA------GA----AAACAACA-TTGGCAAACTCTTACTGATAAATTATAT-T---GATCTGAATAT-------ATTTAAAGG--TTTTCTCTGT-------CGGCTCTGCTACGAT-----------AAACTTTTTAAAAAA--CTATCCCATAATGCTGTGCGAGTATT-AACCAA-TCAGATGACA--ATCCTGAA-CGCCT-GTA----ATCCACCTGGCT--CTACTGCCTTTAGTCAGGTACATGTAGCCAGGGGACCAGGCTaa
gi|5 : G-T-AA-GA--A--------GTA----------CAAG--TG--TTTCGGACTG------------TTCATTAACTAGTTTTCTAAAAA-T--TCCGCGG-TTCATGGCATT-ACTATGGATAAGCATAGTTT--TTGTGTTGGTGATTG-----TTACGTAAGCG------------------ATGGAA---AGCGAC---ATTTTGCTGTATAT---TCA--A-----TGGATAACCGAAGTGTCT-CG----------------------------G-----AAACAACT-TTGCTAAACTTCTACCGATA---TATATATATAGATATGAATAT-------ATTTAAATG--TTACCTATGT-------CGG-----------T-----------
gi|6 : GTTACCAGTGGAATTC-T-TA-GAATT--------GTAACGAGTATTTTAAT--TG--TTTGTTAACA------------T-AATTAAT-------CTGGAAA-T--ACCACGG-TTCATGGCAGT-ACTATGGATAAGCA--------TTATGTTTGTGATTG-----TTACGTAAGCG-T-----------------TGGAA---AGCAGC---ATTTTGCTGTGTATATGGCACTA-----TGGAGAAATGAAGTGTAT--G--------------AATA---A------A-----AAtttgctatgataaacttt
gi|7 : aaaGATTG-----TTATGTTAACGATGG-AAAGTGAAACACCAAGGAA---AGCGCCGAAAGTTTGATGTGTAT---GCA--A-----TGGAGAAGCGAAGTGTGTACGGGGAAAATACT---AGTA---A------GTCAGGGAAGAACA-TTGCCGATTTCGTGCTGAAA---TATGT-T---GATCTGAATAA-------AATTTAAGG--TTATCTCTGT-------CGG-----------T-----------tc
gi|8 : TG-T-AA-GA--A--------ATA----------TAAG--TG--CTTTGGACTGTTTTATTAACATT-AATTAAT-------CTAAAAATT--ACCGCGGTTTCAGGGCATTAACTATGGATAAACcctgcaaagaaaaac
gi|8 : TTTTATTAACA---TTAAT-T---AATCTAAAAATTACCGCGGTTTCAGGGCATTAACTATG---------GA-----------T-----------AAACTCTTGAAAAAAAACTATCC-ATAATGCAGTGCGAGTATT-AACCAA-TCAGATGACA--T----GAACCGCTT-GTA----ATCCACCTGGCTTCTTACTGCCTTtcttgaaaaaaaactatccataatgcagtgcgagtattaaccaatcagatgacatgaaccgcttgtaatccacctggcttcttactgcctt
gi|9 : tgtaagaaatataagtgctttggactgTG-T-AACGA-----------GTA----------TAAGACTACTTTTC--AACA------------C-AATGAAA-------TTAAAAA-T--ACGACAG-TTTATGGCATT-ACTATGGATAAGCAT--TGT----------GT--TTG-----TTACGTAAGCGATGA-AAAATGAAACACCATGGAA---AGCGA
Alignments
lowQualScore : 1 444444444444444444444444 11 11 22222222222222222 11111111 33333333333 11111 111 111 11111 9999999999999999999999999999999999 111 111 1111111 1111111 33333333333333333333333 1111111 1111 11111
lowQualScore : 1 5 5 0 666666666666666666666666 22 22 777 77777777777777777 77777777 3 4 66 4 4 77777777777 1 00000 1 4 0 1 777 000 000 77 44444 5 8888888888888888888888888888888888 6 000 1 5 000 6666666 66 6666666 88888888888888888888888 3 77 4 4 2 3333333 4 5 0000 66 0 44444 5
lowQualScore : . . . . ........................ .. .. ... ................. ........ . . .. . . ........... . ..... . . . . ... ... ... .. ..... . .................................. . ... . . ... ....... .. ....... ....................... . .. . . . ....... . . .... .. . ..... .
lowQualScore : 0 0 0 0 555555555555555555555555 22 22 777 99999999999999999 00000000 7 4 11 4 4 11111111111 9 00000 9 4 9 7 888 000 000 99 33333 7 1111111111111111111111111111111111 7 000 7 7 000 2222222 99 2222222 55555555555555555555555 2 99 4 4 3 8888888 4 0 6666 11 3 33333 7
consensus : TGTNATCAGTGGAATTG-T-AA-GA--T--------GTA----------TAAG--TG--TTTCGGACCG------------T-AATTAAN-------CTGAAAA-T--ACCACGG-TTCATGGCATT-ACTATGGATAAGCAT--TGT--TTGTGTTTGTGATTG-----TTACGTAAGCGATGG-AAAACGAAACACCATGGAA---AGCGAC---ATTTTGCTGTGTAT---GCA--A-----TGGAGAACCGAAGTGTCT-CGGG--------T---AATA---A------G-----AAACAACA-TTGCCAAACTCTTACTGATA---TATAT-T---GATCTGAATAT-------ATTTAAAGG--TTATCTCTGT-------CGG-----------T-----------AAACTTTTTAAAAAA--CTATCCCATAATGCTGTGCGAGTATT-AACCAA-TCAGAAGACA--G----GAA-CGCTT-GTA----ATCCACCTGGCT--CTACTGCCTTTAGTCAGG-----G-AGCCAGGGGACCAGGCT
Reference ( family-5288 ) : TGTNATCAGTGGAATTG-T-AA-GA--T--------GTA----------TAAG--TG--TTTCGGACCG------------T-AATTAAN-------CTGAAAA-T--ACCACGG-TTCATGGCATT-ACTATGGATAAGCAT--TGT--TTGTGTTTGTGATTG-----TTACGTAAGCGATGG-AAAACGAAACACCATGGAA---AGCGAC---ATTTTGCTGTGTAT---GCA--A-----TGGAGAACCGAAGTGTCT-CGGG--------T---AATA---A------G-----AAACAACA-TTGCCAAACTCTTACTGATA---TATAT-T---GATCTGAATAT-------ATTTAAAGG--TTATCTCTGT-------CGG-----------T-----------AAACTTTTTAAAAAA--CTATCCCATAATGCTGTGCGAGTATT-AACCAA-TCAGAAGACA--G----GAA-CGCTT-GTA----ATCCACCTGGCT--CTACTGCCTTTAGTCAGG-----G-AGCCAGGGGACCAGGCT
gi|1 : TGTGATCAGTGGAATTGCT-AG-GA--TTGTTACGAGCA----------CAGG--TG--TTTACCAACA------------T-AATTAAA-------CTGACAG-TTCAGCACAG-TCCATGGCATT-ACTATGGATAAGCAT--CGT------GTCTGTGAGTA-----TTACGTTAACGATGGTAAAACGAAGCACCATTGAATGCAACGAA---AGTTTGCTGTGTAT---ACA--A-----TGTAGACCTGAGGTATCC-CGGGA-------TG--AATA---AAGTCAGG-----AAAGAACA-TTGCCAATCTCTTACTGATG---G-----T---GATCTGAATAT-------ATCTAAAGG--TTTTCTCTGT-------CGG-----------TTCTACTACGACAAACTTTT--AGAAA--TTATTTCATAATGCTGTGCGGGTTTT-AACCAG-TCAGAAGACA--G----GAA-CGATT-GTA----ATCCACATGGCT--CTTCTGTGTTTAGTCA-G-----G-AGCCAGTGGACCA
gi|10 : tgaaaaattgtgacTG-T-AACGA-----------GTA----------TAAGACTACTTTTCA-ACCA------------C-AATGAAA-------TT-AAAA-T--ACGACAG-TTTATGGCATT-ACTATG-ATAAGCAT--T-----------TGT--TTG-----TTACGTAAGCGATGA-AAAATGAAACACCATGGAA---AGCGA
gi|11 : TGATTAGTGGAATGG-TTAG-GA--TT-------GTAACGAGAA---TCAG--TG--TTTCGGACTG------------T-A---------------------T--ACCACGG-TTCATGGTATC-ACTATTGATAAGCA--------CTGTGTTTGTGATCG-----aaatact
gi|12 : ttgaaaaattgcacctgtctggaaTGT-------ATCTAAAGG--TCATCTCTGTTCTGCTACGA-----------T-----------AAAGTTTTTAAAAA---TTATCCCATAATGCTGTGCGTGTATT-AACCAA-TCAGAAGACA--
gi|13 : TGCGAGCATT-AACCAAGTCA-AAGACAATG----GAA-CGCTTCGTACTGAATCCACCTGGCT--CTACTGCCTTTAGTCGGG-----G-A-CCAGG
gi|14 : AAA--CTTTTCCATAATGCTGTACGAGTATT-ATT----TC---------------TAA-CG------A----ATCCA-----CT--CTACTGTCTTTAGTc
gi|15 : ggttctgctacgat----GAA-CGCTT-GTA----ATCCACCTGGCT--CTACTGTATTTAATTAGG-----G-AGCCAGGAGAC
gi|16 : ATAATGCTTTGCGAGTATTTAACCAA-TCAGAAGACA--G----GAA-C
gi|17 : GTT--CTACTGCCTTTATTCAGG-----G-AATCGGGGGACCAGGCT
gi|2 : TGTTATCAGTGGAATTG-T-AA-GA--T--------GTA----------TTAG--CG--TTTTGGACTG------------T-AATTAAT-------CTGAAAA-T--ACCACGG-CTCATGGTATT-ACTATGGATAAACAT--TGTCATTGTGTTTGTGATTG-----TTACGTAAGCGATGG-AAAACAAAACACCATGGAA---AGCGAC---ATTTTGCTGTGTAT---ACA--AATTAATGGAGAACCGAAGTGTCT-CGGG--------T---A-------------G-----AAACAACA-TTGCCAAACTCTTACCGATA---TATAT-T---GATCTGAATAT-------ATATAAATG--TTATCTCTGT-------CGA-----------T-----------AAACTTTTTAAAAAA--CTATCCCTCAATGCTGTGCGAGTGTC-AACCAA-TCAGAAGACA--G----GAA-CGCTT-GTA----ATCAACCTGGCT--CTACTGCCTTTAGTCTGG-----G-AGCCTGAGGACCAGGCT
gi|3 : --------GTA----------TAAG--TG--TTTTGGAA----------------AGTTAAT-------CTGAAAA-T--ACCATGG-TTCATGGCATT-ACTATGGATAAGCTT--TGT--GTTTGTGTGTGATTG-----TTACATAAGTGATGG-AAAACGAAACCCCATGGAA---AGCAAC---ATTTTGCTGTGTAT---GCA--A-----TGGAGAACCGAAGTGTCT-CGGG--------TAAAAATA---AAGTCAGG-----AAACAACATTTGCCAAACTCTTACTGATA---TATAT-T---GATCTGAATAT-------ATTTAAATA--TTATCTCTGT-------TGG-----------T---------------TCTTTAAAAAA--CTATCCCATAATGCTTTGCGACTATT-AAACAA-TCAGATGACA--G----GAA-CGCTG-GAA----ATCCACCTGGCT--C---------TAGTCCGG-----G-AGCCAGGGGACCAGGCT
gi|4 : tagcgaTGTGATGGGGGCTTTACGTAAGCGATGG-AAAACGAAACCCCATGAAA---AGCGAC---ATTTTGCTGTGCAT---GCA--A-----TGGAGAATTGAAGTAACT-CGGG--------TAAAAATAGTCA------GA----AAACAACA-TTGGCAAACTCTTACTGATAAATTATAT-T---GATCTGAATAT-------ATTTAAAGG--TTTTCTCTGT-------CGGCTCTGCTACGAT-----------AAACTTTTTAAAAAA--CTATCCCATAATGCTGTGCGAGTATT-AACCAA-TCAGATGACA--ATCCTGAA-CGCCT-GTA----ATCCACCTGGCT--CTACTGCCTTTAGTCAGGTACATGTAGCCAGGGGACCAGGCTaa
gi|5 : G-T-AA-GA--A--------GTA----------CAAG--TG--TTTCGGACTG------------TTCATTAACTAGTTTTCTAAAAA-T--TCCGCGG-TTCATGGCATT-ACTATGGATAAGCATAGTTT--TTGTGTTGGTGATTG-----TTACGTAAGCG------------------ATGGAA---AGCGAC---ATTTTGCTGTATAT---TCA--A-----TGGATAACCGAAGTGTCT-CG----------------------------G-----AAACAACT-TTGCTAAACTTCTACCGATA---TATATATATAGATATGAATAT-------ATTTAAATG--TTACCTATGT-------CGG-----------T-----------
gi|6 : GTTACCAGTGGAATTC-T-TA-GAATT--------GTAACGAGTATTTTAAT--TG--TTTGTTAACA------------T-AATTAAT-------CTGGAAA-T--ACCACGG-TTCATGGCAGT-ACTATGGATAAGCA--------TTATGTTTGTGATTG-----TTACGTAAGCG-T-----------------TGGAA---AGCAGC---ATTTTGCTGTGTATATGGCACTA-----TGGAGAAATGAAGTGTAT--G--------------AATA---A------A-----AAtttgctatgataaacttt
gi|7 : aaaGATTG-----TTATGTTAACGATGG-AAAGTGAAACACCAAGGAA---AGCGCCGAAAGTTTGATGTGTAT---GCA--A-----TGGAGAAGCGAAGTGTGTACGGGGAAAATACT---AGTA---A------GTCAGGGAAGAACA-TTGCCGATTTCGTGCTGAAA---TATGT-T---GATCTGAATAA-------AATTTAAGG--TTATCTCTGT-------CGG-----------T-----------tc
gi|8 : TG-T-AA-GA--A--------ATA----------TAAG--TG--CTTTGGACTGTTTTATTAACATT-AATTAAT-------CTAAAAATT--ACCGCGGTTTCAGGGCATTAACTATGGATAAACcctgcaaagaaaaac
gi|8 : TTTTATTAACA---TTAAT-T---AATCTAAAAATTACCGCGGTTTCAGGGCATTAACTATG---------GA-----------T-----------AAACTCTTGAAAAAAAACTATCC-ATAATGCAGTGCGAGTATT-AACCAA-TCAGATGACA--T----GAACCGCTT-GTA----ATCCACCTGGCTTCTTACTGCCTTtcttgaaaaaaaactatccataatgcagtgcgagtattaaccaatcagatgacatgaaccgcttgtaatccacctggcttcttactgcctt
gi|9 : tgtaagaaatataagtgctttggactgTG-T-AACGA-----------GTA----------TAAGACTACTTTTC--AACA------------C-AATGAAA-------TTAAAAA-T--ACGACAG-TTTATGGCATT-ACTATGGATAAGCAT--TGT----------GT--TTG-----TTACGTAAGCGATGA-AAAATGAAACACCATGGAA---AGCGA
blockSeqs : G . T C ATTGTAACGAGTATTT AC CT CGG CTGTTTTATTAACATT CTAGTTTT G T . T A TTGTCATTG T GGGCT A . A . GAA ATG CT ATTAA A GGGAAAATACTAGTAAGTCAGG T AAT A A ATA TACCGCG CA TCTGCTA CTCTGCTACGAT T AA T G A ATCCT C C CTGA TC TACAT T
blockSeqs : T . . C TTGTAACGAGAA AC CT TGG CTGTT A G . . . . TAGTTTTTG T . A . A . . . . . . GGTAAAAATAAAGTCAGG . . A . . . . . T T . . . A ATG . . . . . .
blockSeqs : T . . . TGTA . . TGG CCAC T A . . . . TTGTGTT G . A . C . . . . . . GGTAAAAATAGTCAGA . . A . . . . . T T . . . A G . . . . . .
blockSeqs : . . . AGTA . . CGG CTGT T G . . . . TTGT T . A . C . . . . . . AATAAA . . A . . . . . T T . . . A G . . . . . .
blockSeqs : . . . AATA . . GTT CTGT T A . . . . CTG T . A . A . . . . . . GGTAG . . A . . . . . T G . . . T G . . . . . .
blockSeqs : . . . GTA . . TGG ACAT T A . . . . TTA . . A . A . . . . . . G . T . . . . . T . . . T T . . . . . .
blockSeqs : . . . GTA . . CA ACAC A . . . . . TT . . . . . . . . . T . . T . . . . .
blockSeqs : . . C A . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : AGTA******************** ** TTGT******* *** GGTAAAAATAAAGTCAGG**************** T**********************
originalCons : TGTNATCAGTGGAATTG-T-AA-GA--T--------GTA----------TAAG--TG--TTTCGGACCG------------T-AATTAAN-------CTGAAAA-T--ACCACGG-TTCATGGCATT-ACTATGGATAAGCAT--TGT--TTGTGTTTGTGATTG-----TTACGTAAGCGATGG-AAAACGAAACACCATGGAA---AGCGAC---ATTTTGCTGTGTAT---GCA--A-----TGGAGAACCGAAGTGTCT-CGGG--------T---AATA---A------G-----AAACAACA-TTGCCAAACTCTTACTGATA---TATAT-T---GATCTGAATAT-------ATTTAAAGG--TTATCTCTGT-------CGG-----------T-----------AAACTTTTTAAAAAA--CTATCCCATAATGCTGTGCGAGTATT-AACCAA-TCAGAAGACA--G----GAA-CGCTT-GTA----ATCCACCTGGCT--CTACTGCCTTTAGTCAGG-----G-AGCCAGGGGACCAGGCT
finalCons : TGTNATCAGTGGAATTG-T-AA-GAAGTA--------------------TAAG--TG--TTTCGGACCG------------T-AATTAAN-------CTGAAAA-T--ACCACGG-TTCATGGCATT-ACTATGGATAAGCATTGT-------TGTTTGTGATTG-----TTACGTAAGCGATGG-AAAACGAAACACCATGGAA---AGCGAC---ATTTTGCTGTGTAT---GCA--A-----TGGAGAACCGAAGTGTCT-CGGGTAAAAATAAAGTCAGG----------------AAACAACA-TTGCCAAACTCTTACTGATA---TATAT-T---GATCTGAATAT-------ATTTAAAGG--TTATCTCTGT-------CGGT----------------------AAACTTTTTAAAAAA--CTATCCCATAATGCTGTGCGAGTATT-AACCAA-TCAGAAGACA--G----GAA-CGCTT-GTA----ATCCACCTGGCT--CTACTGCCTTTAGTCAGG-----G-AGCCAGGGGACCAGGCT
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333 1111111111 11 11 2222222222222222 11111111 4444444 11111 111 111 11111 33333333333333 111 111 1111111 1111111 33333333333333333333333 1111111 1111 11111
lowQualScore : 1 3333333333333333333 5 7777777777 777 22 22 777 7777777777777777 77777777 3 4 66 4 4 6666666 1 00000 1 4 0 1 777 000 000 77 44444 5 00000000000000 6 000 1 5 000 6666666 66 6666666 88888888888888888888888 3 77 4 4 2 3333333 4 5 0000 66 0 44444 5
lowQualScore : . ................... . .......... ... .. .. ... ................ ........ . . .. . . ....... . ..... . . . . ... ... ... .. ..... . .............. . ... . . ... ....... .. ....... ....................... . .. . . . ....... . . .... .. . ..... .
lowQualScore : 0 9999999999999999999 0 1111111111 888 22 22 777 9999999999999999 00000000 7 4 11 4 4 2222222 9 00000 9 4 9 7 888 000 000 99 33333 7 55555555555555 7 000 7 7 000 2222222 99 2222222 55555555555555555555555 2 99 4 4 3 8888888 4 0 6666 11 3 33333 7
consensus : TGTNATCAGTGGAAT---------T---------G-TAACG--------AGTAT---AAG--TG--TTTCGGACCGT------------AATTAAN-------CTGAAAA-T--ACCACGG-TTCATGGCATT-ACTATGGATAAGCATTGT--T--TGTTTGTGATTG-----TTACGTAAGCGATGG-AAAACGAAACACCATGGAA---AGCGAC---ATTTTGCTGTGTAT---GCA--A-----TGGAGAACCGAAGTGTCT-CGGGTAAAAATA-----AAGTCAGGAAACAACA-TTGCCAAACTCTTACTGATA---TATAT-T---GATCTGAATAT-------ATTTAAAGG--TTATCTCTGT-------CGG-----------T-----------AAACTTTTTAAAAAA--CTATCCCATAATGCTGTGCGAGTATT-AACCAA-TCAGAAGACA--G----GAA-CGCTT-GTA----ATCCACCTGGCT--CTACTGCCTTTAGTCAGG-----G-AGCCAGGGGACCAGGCT
Reference ( family-5288 ) : TGTNATCAGTGGAAT---------T---------G-TAAGA--------AGTAT---AAG--TG--TTTCGGACCGT------------AATTAAN-------CTGAAAA-T--ACCACGG-TTCATGGCATT-ACTATGGATAAGCATTGT-----TGTTTGTGATTG-----TTACGTAAGCGATGG-AAAACGAAACACCATGGAA---AGCGAC---ATTTTGCTGTGTAT---GCA--A-----TGGAGAACCGAAGTGTCT-CGGGTAAAAATA-----AAGTCAGGAAACAACA-TTGCCAAACTCTTACTGATA---TATAT-T---GATCTGAATAT-------ATTTAAAGG--TTATCTCTGT-------CGG-----------T-----------AAACTTTTTAAAAAA--CTATCCCATAATGCTGTGCGAGTATT-AACCAA-TCAGAAGACA--G----GAA-CGCTT-GTA----ATCCACCTGGCT--CTACTGCCTTTAGTCAGG-----G-AGCCAGGGGACCAGGCT
gi|1 : TGTGATCAGTGGAAT---------T---------GCTAGGATTGTTACGAGCAC---AGG--TG--TTTACCAACAT------------AATTAAA-------CTGACAG-TTCAGCACAG-TCCATGGCATT-ACTATGGATAAGCATCGT------GTCTGTGAGTA-----TTACGTTAACGATGGTAAAACGAAGCACCATTGAATGCAACGAA---AGTTTGCTGTGTAT---ACA--A-----TGTAGACCTGAGGTATCC-CGGG-ATGAATA-----AAGTCAGGAAAGAACA-TTGCCAATCTCTTACTGATG---G-----T---GATCTGAATAT-------ATCTAAAGG--TTTTCTCTGT-------CGG-----------TTCTACTACGACAAACTTTT--AGAAA--TTATTTCATAATGCTGTGCGGGTTTT-AACCAG-TCAGAAGACA--G----GAA-CGATT-GTA----ATCCACATGGCT--CTTCTGTGTTTAGTCA-G-----G-AGCCAGTGGACCA
gi|10 : tgaaaaattgtgac---------T---------G-TAACG--------AGTAT---AAGACTACTTTTCA-ACCAC------------AATGAAA-------TT-AAAA-T--ACGACAG-TTTATGGCATT-ACTATG-ATAAGCATT-----------TGT--TTG-----TTACGTAAGCGATGA-AAAATGAAACACCATGGAA---AGCGA
gi|11 : TGATTAGTGGAATGGTTAGGATT---------G-TAACG--------AGAAT---CAG--TG--TTTCGGACTGT------------A---------------------T--ACCACGG-TTCATGGTATC-ACTATTGATAAGCACTG------TGTTTGTGATCG-----aaatact
gi|12 : ttgaaaaattgcacctgtctggaaTGT-------ATCTAAAGG--TCATCTCTGTTCTGCTACGA-----------T-----------AAAGTTTTTAAAAA---TTATCCCATAATGCTGTGCGTGTATT-AACCAA-TCAGAAGACA--
gi|13 : TGCGAGCATT-AACCAAGTCA-AAGACAATG----GAA-CGCTTCGTACTGAATCCACCTGGCT--CTACTGCCTTTAGTCGGG-----G-A-CCAGG
gi|14 : AAA--CTTTTCCATAATGCTGTACGAGTATT-ATT----TC---------------TAA-CG------A----ATCCA-----CT--CTACTGTCTTTAGTc
gi|15 : ggttctgctacgat----GAA-CGCTT-GTA----ATCCACCTGGCT--CTACTGTATTTAATTAGG-----G-AGCCAGGAGAC
gi|16 : ATAATGCTTTGCGAGTATTTAACCAA-TCAGAAGACA--G----GAA-C
gi|17 : GTT--CTACTGCCTTTATTCAGG-----G-AATCGGGGGACCAGGCT
gi|2 : TGTTATCAGTGGAAT---------T---------G-TAAGA--------TGTAT---TAG--CG--TTTTGGACTGT------------AATTAAT-------CTGAAAA-T--ACCACGG-CTCATGGTATT-ACTATGGATAAACATTGTCATTGTGTTTGTGATTG-----TTACGTAAGCGATGG-AAAACAAAACACCATGGAA---AGCGAC---ATTTTGCTGTGTAT---ACA--AATTAATGGAGAACCGAAGTGTCT-CGGGTA------------------GAAACAACA-TTGCCAAACTCTTACCGATA---TATAT-T---GATCTGAATAT-------ATATAAATG--TTATCTCTGT-------CGA-----------T-----------AAACTTTTTAAAAAA--CTATCCCTCAATGCTGTGCGAGTGTC-AACCAA-TCAGAAGACA--G----GAA-CGCTT-GTA----ATCAACCTGGCT--CTACTGCCTTTAGTCTGG-----G-AGCCTGAGGACCAGGCT
gi|3 : --------AGTAT---AAG--TG--TTTTGGAA---------------AGTTAAT-------CTGAAAA-T--ACCATGG-TTCATGGCATT-ACTATGGATAAGCTTTGTGTT--TGTGTGTGATTG-----TTACATAAGTGATGG-AAAACGAAACCCCATGGAA---AGCAAC---ATTTTGCTGTGTAT---GCA--A-----TGGAGAACCGAAGTGTCT-CGGGTAAAAATA-----AAGTCAGGAAACAACATTTGCCAAACTCTTACTGATA---TATAT-T---GATCTGAATAT-------ATTTAAATA--TTATCTCTGT-------TGG-----------T---------------TCTTTAAAAAA--CTATCCCATAATGCTTTGCGACTATT-AAACAA-TCAGATGACA--G----GAA-CGCTG-GAA----ATCCACCTGGCT--C---------TAGTCCGG-----G-AGCCAGGGGACCAGGCT
gi|4 : tagcgTGTGATGGGGGCTTTACGTAAGCGATGG-AAAACGAAACCCCATGAAA---AGCGAC---ATTTTGCTGTGCAT---GCA--A-----TGGAGAATTGAAGTAACT-CGGGTAAAAAT-------AGTCAGAAAACAACA-TTGGCAAACTCTTACTGATAAATTATAT-T---GATCTGAATAT-------ATTTAAAGG--TTTTCTCTGT-------CGGCTCTGCTACGAT-----------AAACTTTTTAAAAAA--CTATCCCATAATGCTGTGCGAGTATT-AACCAA-TCAGATGACA--ATCCTGAA-CGCCT-GTA----ATCCACCTGGCT--CTACTGCCTTTAGTCAGGTACATGTAGCCAGGGGACCAGGCTaa
gi|5 : ---------G-TAAGA--------AGTAC---AAG--TG--TTTCGGACTGTT-----------CATTAACTAGTTTTCTAAAAA-T--TCCGCGG-TTCATGGCATT-ACTATGGATAAGCATAGTTTTTGTGTTGGTGATTG-----TTACGTAAGCG------------------ATGGAA---AGCGAC---ATTTTGCTGTATAT---TCA--A-----TGGATAACCGAAGTGTCT-C----------------------GGAAACAACT-TTGCTAAACTTCTACCGATA---TATATATATAGATATGAATAT-------ATTTAAATG--TTACCTATGT-------CGG-----------T-----------
gi|6 : GTTACCAGTGGAAT---------TCTTAGAATTG-TAACG--------AGTATTTTAAT--TG--TTTGTTAACAT------------AATTAAT-------CTGGAAA-T--ACCACGG-TTCATGGCAGT-ACTATGGATAAGCATTA------TGTTTGTGATTG-----TTACGTAAGCG-T-----------------TGGAA---AGCAGC---ATTTTGCTGTGTATATGGCACTA-----TGGAGAAATGAAGTGTAT--GAATAAAAATtttgctatgataaacttt
gi|7 : aaaGATTG-----TTATGTTAACGATGG-AAAGTGAAACACCAAGGAA---AGCGCCGAAAGTTTGATGTGTAT---GCA--A-----TGGAGAAGCGAAGTGTGTACGGG-GAAAATACTAGTAAGTCAGGGAAGAACA-TTGCCGATTTCGTGCTGAAA---TATGT-T---GATCTGAATAA-------AATTTAAGG--TTATCTCTGT-------CGG-----------T-----------c
gi|8 : ---------T---------G-TAAGA--------AATAT---AAG--TG--CTTTGGACTGTTTTATTAACATTAATTAAT-------CTAAAAATT--ACCGCGGTTTCAGGGCATTAACTATGGATAAACcctgcaaagaaaaac
gi|8 : TTTTATTAACA---TTAAT-T---AATCTAAAAATTACCGCGGTTTCAGGGCATTAACTATG---------GA-----------T-----------AAACTCTTGAAAAAAAACTATCC-ATAATGCAGTGCGAGTATT-AACCAA-TCAGATGACA--T----GAACCGCTT-GTA----ATCCACCTGGCTTCTTACTGCCTTtcttgaaaaaaaactatccataatgcagtgcgagtattaaccaatcagatgacatgaaccgcttgtaatccacctggcttcttactgcctt
gi|9 : tgtaagaaatataagtgctttggactg---------T---------G-TAACG--------AGTAT---AAGACTACTTTTC--AACAC------------AATGAAA-------TTAAAAA-T--ACGACAG-TTTATGGCATT-ACTATGGATAAGCATTGT----------GT--TTG-----TTACGTAAGCGATGA-AAAATGAAACACCATGGAA---AGCGA