lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111 11111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0000000000000000000000000000000 11 111111 11 11 2222 11 55555 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111 11 1 33333 11111 222222 11 11111 11 1 11 1111111 55555555555555 444444444444444444 222222222 1 1111111111111111111111111111111111111111 111 111111111 11111 44444444 3333 44444 11111 111111111 1111111111111 11111111 1 1 111 33 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111 6666666666666666666666666666666666666 22222222 1 111 111111 111 11111111 11 1 11 77777 11 3333333333333 111111111111111 2222 1 33333333333333333333333333333333333333 444 222
lowQualScore : 6 9 9 555 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 5 2 4 1111111111111111111111111111111 4 2 4 3 88 4 999999 3 3 7 7 55 00 7 5 2 3 88 00 2222 999 00 6 1 6 66666 5 8888 1 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 66 9 55 99 5 5 88 5 777 5 5 11 8 22222 0 22222 555555 5 5 6 1 88 5 5 5 44444 66 00 6 8 66 5 8888888 66 5 5 5 88 2 99999999999999 5 444444444444444444 5 5 1 99 5 555555555 77 1 1111111111111111111111111111111111111111 9999 4 333 666666666 4 1 4 8888 4 00000 3 8 4 5 5 88888888 66 2 0 777 4 0 6666 2 4 4 00000 4 3 00000 666666666 8888888888888 77777777 4 444 8888 2 4 4 99 3 4 4 66 4 66 4 55 0 5 222 3 7 33 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 000 66 66 7777777777777777777777777777777777777 5 3 5 5 5 3 00000000 1 5 5 5 000 000000 1 444 88888888 1 5 1 55 1 11 0 0 99999 3 8 66 22 66 1111111111111 8 6 3 555555555555555 99 6 7777 4 8888 4 4 8 55 4 5 555 3 5 44 55 7 4 55 4 00000000000000000000000000000000000000 4 0 000 77 4 111 4 3
lowQualScore : . . . ... ......................................................................................................................... . . . . ............................... . . . . .. . ...... . . . . .. .. . . . . .. .. .... ... .. . . . ..... . .... . ............................................................ . .. . .. .. . . .. . ... . . .. . ..... . ..... ...... . . . . .. . . . ..... .. .. . . .. . ....... .. . . . .. . .............. . .................. . . . .. . ......... .. . ........................................ .... . ... ......... . . . .... . ..... . . . . . ........ .. . . ... . . .... . . . ..... . . ..... ......... ............. ........ . ... .... . . . .. . . . .. . .. . .. . . ... . . .. ............................................................. . ... .. .. ..................................... . . . . . . ........ . . . . ... ...... . ... ........ . . . .. . .. . . ..... . . .. .. .. ............. . . . ............... .. . .... . .... . . . .. . . ... . . .. .. . . .. . ...................................... . . ... .. . ... . .
lowQualScore : 7 5 0 333 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 0 5 4 7777777777777777777777777777777 4 9 4 6 66 1 777777 6 6 3 3 00 00 3 9 8 6 66 44 5555 444 77 7 7 7 44444 0 4444 4 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 9 11 4 22 11 0 0 00 0 555 0 0 22 1 55555 1 99999 555555 0 0 0 8 88 0 0 0 22222 99 66 0 1 99 0 8888888 99 0 0 0 44 5 44444444444444 7 444444444444444444 7 7 4 44 7 000000000 99 4 5555555555555555555555555555555555555555 4444 4 999 444444444 0 6 0 5555 0 22222 6 0 4 0 0 66666666 11 0 1 444 4 8 4444 4 0 0 33333 0 6 00000 000000000 0000000000000 88888888 0 666 5555 4 0 0 55 3 4 4 11 4 11 4 44 0 0 555 2 4 66 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 000 99 99 1111111111111111111111111111111111111 7 3 7 7 7 7 77777777 4 7 7 7 000 777777 4 111 33333333 4 7 7 33 4 00 8 8 55555 2 0 88 77 88 7777777777777 0 0 2 000000000000000 22 7 8888 0 5555 0 0 7 55 0 2 444 1 9 66 22 3 0 55 0 55555555555555555555555555555555555555 4 9 999 99 4 999 4 9
consensus : TATAAT-GAATTT-GAAAATCAT-A-CAGATGTAGCTTTC-CTCAG------------T--AAGGAGAT-------------A-----------------TT-CAT-A----T-A----A------TTT--------TT-A-----------CAATCCAT-GGAA-GCTGCCATATTGA-TAAAAT---TT-------------------------A-TTACCTCCCT-GCT-AGGTTATCTCTTAGCATCTACCAGAGGT-CA-GC-A-CT-GAT--G--CTGAC-GTCAGTTGGCCACAT-TGC--ATTTT-GGCA---CATT--CTCTTAG-TAA-CACAGT-GAAAA--AATGTCAACATCA-GAAAGTGAACTA-AATAATGAG-ANAGAACT--G-AAGTATCA-TTGGATATAAATTTGAACC------AGAGTT--T----ACAGAGGAAGAAATT--GTTTCCCAGAATT-ATG-TTTCCTCAC-C-AGA-AA-CTGACTT---T-AAT-GAGAGTTGAATTTCT--A--TGGATTG----TT----GTGCTTG-T-GAAAATTGTTCAGTTTT-ACCTA-CA-TTC-AAGAAGTGTCT-C-TG--TTGT-CATGAGTTTGACCATT--ATGTTTT-G----G--ATT--AG-A-TAAGCAT-GCACACACAAAGTGTAT----T-TCTC--TCTACATCCTGA-CTTTGACAC----AGT--G----T-GT-GTGT-CTAAGTCCT-GTTAT-C-------C-TTGAGACAGCTTA--CATTA-TC---------T--------------A-----------AA-GCCA----C-AG---AGGA-TTCCG---AAGA-GCCCC-AG----AGC-ACTT----ACAT-AACAAGT-AAGA-AAA-ACACAA-AC--AAGTGGA--AAAATTATCT-GCTGTA-TTTATCAAATTCTAAACATA-AGCATGCC-ATT-TGTGTGTNTACAAACATTTCCA-CATT-CAC-----CTATGT---------AATAGGAC----A--------CA----T--TTC-TGTTGCA-G-AC----AAT-CAAGA-TTT--ATGGCTTACACAGACAAATT-CATTAATTGGGT-CAG-ATGTGGTCAG--CCT-CTG--GGGGAAAA-TTCA-GA-GTA-GT-G-AGTTATACTCTCA-TGTGTTGT----G-AT---GG-------------AA--------------T----T-------------T-TA---TGAT--GAAGATG--ACAA---------A-TT-----AA---TCA----------AG-ACTCGGAAT-AAGTAA-TCTTTCAA-TAGA--------CAAATGTT-A-TTGTATA-TTGCA-TCACCAAA---CAT---C-AGTCTAT-ATGGTCCA-----ATTGAACA-TTAAT-AATCAATGTATAAA-TTGT--ATGATAATAAAGCAGTACT----TTATATCTTACAGC-AATCTTGTTTATTTCC-AAATATTTAATACATGTATATTCTAATT--GAT---TG---AATCTT-GAAATATGCGTTAACATTC-GA-A--TCTTT--ATCGTG-CACTATAGCT-GT----GTAA-CAGTG-ACCCCGA--GTC-TCCAGCAGCA---AT-GTGGCCAATTTACGTCAGAACACAGATGCATGCT--GGGAA-TTAATGGA-TACCC-TCCA--T-AAAC------------CTTTCATTT-G---T-----------GTTT-AATTGATGAAATCTCTT---AAGAG--AAACAAACAAACAAGTTTTT-AGC-CTCA-CTATTTATTTTCAGAAGG
Reference ( gi|2 ) : TATAAT-GAATTTTGAAAATCGT-A-CAGAT----------CTCAG------------T--AAGGAGAT-------------A-----------------T------------------A------TTT--------TT-A-----------CAATCCAT-GGAA-GCTGCCATATTGA-TAAAATCATTT-------------------------A-TTACCTCCCT-GCT-AGGTTATCTCTTAGAATCTACCAGACGT-TA-GC-A-CT-GAT--G--CTGAC-GTCAGTTGGCCACAT-TGC--ATTTT-AGCT---CATT--CTCTTAG-CAA-CACAGT-GAAAATTAATGTCAACATCA-GAAAGTGAACTA-AATAATGAG-ACAGAGCT--G-AAGTATTAATTGGATGTAAATTTGAACC------AGAGTT--T----ACAGAGGAAGAAATT--GTTTCCCAGAATT-ATA-TTTCCTCAC-C-AGA-AA-CTGACTT---T-AAT-GAGAGATGAAGTTCT--C--TGGATTG----TT----GTGCTTG-T-GAAAATTATTCAATTTA-ACCTA-CA-TTC-AAGAAGTGTTT-C-TG--TTGT-CATGGGTTTGACCATT--ATGTTTT-G----G--ATT--AG-A-TAAGCAT-GCACACACAAAGTGTAT----T-TCTCGATCTACATCCTGA-CTTTGACTC----AGT--G----T-GT-GTGT-CTAAGTCCC-GTTAT-C-------C-TTGAGACAGCTTA--CATTA-TC---------T--------------A-----------AATGCCA----C-AG---AGGA-TTCCG---AAGA-GCCCC-AG----AGC-ACTT----ACAT-AACAAAT-AAGA-AAA-ACACAA-ACTGAAGTGGA--AAAATTATCT-GCTGTA-TTTATCAAATTCTAAACATATAGCATGTC-ATT-TGTGTGTT----AACATTTCCA-CATT-CAC-----CTATGT---------AATAGGAC----A--------CA----C--TTC-TGTTGCA-G-AC----AAT-CAAGA-TTT--ATGGCTTACACAGACAAATT-CATTAATTGGGT-CAG-ATGTGGTCAG--CCT-CTG--GGGGAAAA-TTCA-GA-GTA-GT-G-AGTTATACCCTCACTGTGTTGT----A-AT---GG-------------A---------------T----T-------------T-TA---TGAT--GAAGATG--ACAA---------A-TT-----AA---TCA----------AG-ACTTGGAAT-AAGTAA-TCTTTCAA-TGGA--------CAAATGTT-A-TTGTATA-TTGCA-TCACCAAA---CAT---C-AGTCTAT-ATGGTCCA-----ATTGAACA-TTAAA-AATCAATGTATAAA-TTGT--ATGATAATAAAGCAGTACTTTAATTATATCTTACAGC-AATCTTGTTTATTTCT-AAATATTTAATACATGTATATTCTAATT--AAT---TG---AATCTT-GAAATGTGTGT---------------TCTTT--ATCGTG-CACTATAGCT-GT----GTAA-CAGTG-ACCCTGA--GTC-TCCTGCAGCA---AT-GTGGCCAATTTACGTCAGAACACAGATGCATGCT--GGGAA-TTAATGGA-TACCC-TCCA--T-AAAC------------C-------------T-----------GTTT-AATTGATGAAATCTCTTTAAAAGAG--AAACAAACAAACAAGTTTTT-AGC-ATCA-CTATTTATTTTCAGAAGG
gi|3 : TATAAT-GAATTTTGAAAATCAT-A-CAGATGTAGCTTTC-CTCAG------------T--AAGGAGAT-------------A-----------------TTTCATAAAGATTGACTA-A------TTT--------TT-A-----------CAATCCAT-GGAA-GCTGCCATATTGA-TAAAATTAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-TTACCTCCCT-GTT-AGGTTATCTCTTAGCACTCACCAGAGGT-CA-AC-A-CT-GAT--G--CTGAC-GTCAGTTAGCCACAT-TGC--ATTTT-GGCA---CATT---TCTTAG-TAA-CACAGT-GAAAAT----GTCAACATCA-GAAAGTGAACTCTAATAATGAG-AAAGAACT--G-AAGTATT---TAGATATAAATTTG--------------TT--T----ACAGAGGAAGAAATT--GTTTCC-AGAATT-ATG-TTTCCTCAC-C-AGA-AA-CTGACTT---T-AAT-GAGAATTGAATTTCT--A--TGGATTAATTATT----GAGCTCG-T-GAAAATTGTTCAATTTT-ACCTA-CA-TTC-AAGAAGTGTCC-T-GG--TTGTTCATGAGTTTGACCATT--ATGTTTT-G----G--ATT--AG-A-TAAGCAT-GCACACA--AAGTGTAT----T-TCTC----TACATCCTGA-CTTTGACAC----AGA--G----T-GT-GTGT-CTAAGTCCT-GTTAT-C---------TTGAGACAGCTTA--CATTA-TC---------T--------------ATCTCGGGTACAAAAGCCA----C-AG---AGGA-TTCGG---AAAA-GCCCT-AG----AGC-ACTA----ACAT-AACAACT-AAGAGAAA-ACACAA-ACAAAAGTGGA--AAAATTATCT-GTTATA-TTTATCAAATTCTAAACAT----CATGCC-ATT-TGTGTGTTTACAAACATTTCCA-CATT-CAC-----TTATGT---------AATAGAAC----A--------CA----C----------------------AATTCAAGA-TTTT-ATGGCTTACACAGACAAATTTCATTAATTGGGT-CAG-ATGTGG-CAG--CCTGCTG--GGAGGAAA-TTCA-GACGTA-GT-G-AGTTATACTCTCA------TGT----A-AA---GGAAAAC--------A---------------T----T-------------TAGA---AGAT--GAAGATG--ACAA---------A-TT------A---TCAT---------AG-ACTTTGGAT-AAGTAA-GTCTGCAATTAGA--------CAAATGTTCA-TTGTATA-TTGC--TCACCAAA---CAT---CAAGTC--T-ATGGTTCA-----ATTGAACA-TT--A-TATCAATGTA-AAG-TTG
gi|4 : aattaaaggaagtgttcatgaaaatatgacaaattaagggtttaaaattgtcattttgatgtaTATAAT-GAATTT-GAAAATCAT-A-CAGAT----------GTTAGCTTTCCCTTCATT--AAGGAGAT-------------AATTTCATAAAGATTGACT------------------AA-----TTT--------TT-A-----------CAATC-AT-GGAA-GCTGCCATATTGA-TAAAATTAATT-------------------------ACTTACCTCC-T-GTTTAGGTTATCTCT-AGCACTCACCAGAGGT-CA-AC-A-CTTGATTGG--CTGAC-GTCAGTTAGCCACAT-TGC--ATTTT-GGCA---CATT--ATCTTAG-TAAGCACAGT-GGAAA---ATGTCAACATCA-GAAAGTGAACTT-AATAATGAG-AAAGAACT--GGAAGT--TATTTAG-TATAAATTTG-------------GTT--T----ACAGAGGAAGAAATT--GTTTCC-AGAATT-ATG-TTTCCTCAC-CCAGA-AAACTGACTT---TTAAT-GGAAGTTGAATTTCT--A--TGGATTA----TTATATGTACTCG-T-GAAAATTGTTCAATTTT-ACCTA-CA-TTC-AAGAAGTGTC--C-TGGTTTGT-CATGAGTTTGACCATT---T-TTTT-G----G--ATT--AG-ACTAAGCATTGCACAC-CAAAGTGTCT----T-TCTC----TACATCCTGAGCTTTGACAC----AG---A----T-GT-GTGT-CTA-GTCCT-GTT-T-C-------C-TTGAGACAGCTTA--CATTA-TC---------TGATCTGCGGTACAGA-----------AAAGCCA----C-AG---AGGA-TTCGG---AAAA-GCCCT-A-----AGC-ACTA----ACAT-AACAACTTAAGA-AAATACACAA-ACAAAAGTGGA--AAAATTATCT-G-TATA-TTTATCAAATTCTACACAT----CATGCC-ATT-TGTGTGTTTACAAACATTTCCA--ATT-CAC-----TTATGT---------AATAGAAC----A--------CA----C----------------------AAT-CAAGA-TTT--ATGGCTTACACAGACAAATTTCATTAATTGGGT-CAG-A-GTGGTC----CTC-CTG--GAGGAA---TTC--GC-GTA-GTTG-AGTTATACTCTCA------TGT----A-A----GG-------------A---------------AAACAT-------------T-TAGAATGAT--GAAGATG--ACAA---------A-TT-----A----TCA-----------G-ACTTGGAAT-AAGTAA-TCTTTCAA-TAGA--------CAAATGTT-A-TTGTATA-TTGCA-TCACCAAA---CAT---C-AGTCTA--ATGGT-CA-----ATTGAACA-TTAAT-AATCAATGTATAAAGTTG
gi|19 : ttaaaggaagtgttcatgaacatatgacaaaattaagggttttaaacatttgcatttgatgtaTATAAT-GGATTCTAAAAATCAT-T-AAGATGTACCT----TTCAT------------TTCAAAAAACT-------------A-----------------ACGA---------------A------GCT--------TG-T-----------CAATCCCT-GGAA-GCTGCCATATTGG-TAAAA----GG-------------------------A-TTACCTCTC-------------CCCTCAG----TACCA---GC-TA--C-A-A--GA---G--CTGAC-GTCAGTAAGACACAT-TGT--ATTTT-GGCA---CA------CTTAA-CA
gi|7 : ttaaaggaattgtacatgaaaatgtaaattataattttgatgtgATAAT-GAATTTGAAAAACCTTTA-CAGATGTAAGCTTTCCTCAG------------T--AAGGAGATTTTCATAATG---A-----------------T------------------AACTAAATTT--------TT-A-----------CAATACAT-GGAAAGCTGC-ATATTGAATAA------TT-------------------------A-TTACT--CCT-GCT-AAGTTATCTCTTAGCATCTACCAGAGGT-CC-AC-A-CT-GAT--G--CTGACGGTCAGTTGG-CA-AT-TGCT-ATTTTGGGCA---CATT--CTCTTAGTTAA-CACGTT-GAA----AATGTCAACATCA-GAAAGTGAGCTA-AATAATGAG-ACAGAA-T--G-AAGTATT-----GGTAAAAATTTGAACCCACACAAGAGTTAATA---ACAGAGGAAGAAATT--GTTTTCCCAAATTAATG-TTTCCTTAC-C-AGC-AA-CTGACTTTCAT-AAT-GAGAATTGAATTTCTAAA--TGGATTG----TT----GTGCTTG-TGGAAAATTGTTCAGTTTT-A-CTA-CA-TTC-AAGAAGTGTCA-CTTG--TTGT--ATGAGTTTTA-CATTA-ATG-TTT-G----GTTATT--AG-A-TAAGCAT-ACAC-CACAAAGTGTATAA--TATTTC--TCTACATCTTGA-CTTTGACACGCAGAGTGGG----TGGT-GTGT-CTAAGTCCT-GTTATCC-------C-TTGAGACAGCTTA--CATTATTC---------T--------------A---------------TCT----C-GGGTAAAAA-ACGCA---AAGA-G-GCC-AG----AGC-ACTT----ACAT-AAAAAGT-AA
gi|8 : aggaagtgtttcatgaaaatatgacaagggtttaaaaatgtccaattttggatgtaATAATTGAATTT-GAAAACCTTTA-CAGATGTAAGCTTTCCTCAG------------T--AAGGAGATTTTCATAATGATAA-----------------TTA----------------A------TTT--------TT-A-----------CAGATCAT-GGAA-GCTGC-ATATT-A-TAAAAT----T-------------------------A-TTACCTCC-T-GCC-TAGTTATCTCTTAGCATCTACCAGA-GTCCA-GC-A-CT-GAT--G--CTGACGGTCAGTTGG-CA-AT-TGCATATTTT-GGCA---CATT--CTCTTAG-TAA-CAC-GT-GAA----AATGTCAACATCA-GAAAGTAAGCTA-AA-AAT-AG-ACAGAAT-----AAGTAT---TTGG-TAAAAATTTGAACCACACA-AGAGTT--TAATAACAGAGG-AGAAATT--GTTTTCCAATATT-ATG-TTTCCTTACGC-AGACAA-CTGACTTTCAT-AAT-GAGAATTGAATTTCTAAA--TGGATT-----TT-----TGCTTGAT-G-AAATTGTTCAGTTTT-ACCTA-CA-TTCGAAGAAGTGTCCAC-TG--TTGT--ATGAGTTTAA-CATTA-ATGTTTT-G----GT-ATT--AG-A-TAAGCAT-ACAC-CA-AAAGTGTATTAAAT-TCTC-----ACATCTTGA-CTTTGACACGCAGAGT--G----G-GTGGTGTGCTAAGTCCT-GTTAT-C-------C-TTGAGACAGCTTA--CATTATTC---------T--------------A---------------TCT----C-GGTA-AAAA----CGC--AAGA-G-GCC-AG----AGC-ACTT----ACAT-AA
gi|1 : ctaaaggaagtgtttcatagaaaatatgacaagggtttaaaatgtccaattttggatgtaAT-GAATTT-GAAAATCAT-AACAGATGTAGCTTTC-CTCAG------------T--AAGGAGAT-------------A-----------------TTTCATTAAAGATTAACTAA------TTT--------TTTA-----------CAATCCATTGGAA-GCTGCCATATTGA-TAAAAT----T-------------------------A-TTACCTCCCTTGCT-AGGTTATCTCTTAGCATCTAC-AGAGGT-CA-GCCA-CTTGA---G--CTGAC-GTCAGTTGGC-ACATCTGC--ATTTT-GGCA---CATT--CTTTTAG-TAA-CACAGTTGAAAAT----GTCAACATCAAGAAAGTGAACTA-AATAATGAGGATAGAACTTTG-A-GCATT---TGGATATAAATTTGAACC------AGAGTT-------ACAGAGGAAGAAATTTGGTTTCC-AGAATT-ATGGTTTCCTCAC-C-AGA-AA-CCAACTT---T-AATTGAGAATTGAATTTCT--A--TGGATTA----TT----GAGCTTG-T-GAAAATTGTTCAATTTTTACCTAACAGTTC-AAGAAGTGTCT-C-TG--TTGC-CATGAGTTTGACCATT--ATGTTTTTG----G--ATT--AG-A-TAAGCAT-GCA---ACAAAGTGTAT----T-T-----TCTACATCCTGA-CTTTGATCC----AGT--GG---T-GT-GTGT-CTAAGTCCTTGTTAT-C-------CCTTGAGACAGCTTGGGCATTA-TCATCTCGCGGT--------------ACAAA-------AAGACCA----CCAG---AGGA-TTTCGGAAAAGAAGCCCT-AG----AGCCACTG----GCATTAACAAGT-AAGA-AAA-ACA----AT---AGTGGACAAAAATTATCTTGCCGTG-TTTATCAAATTCTAAACAT----CATGCCCATTCTGTGTGTTTACAAACATTTCCA-CATTTCAC-----CTATGT---------AATAGGACC---A--------CA----T--TTC-TGTTGCA-G-AC----ATT-CAAGA-TTTTTATGGCTTACACAGACAAATTTCATTAATTGG-T-CAG-ATGTGGTCAG--CCT-CTG--GGG--AAA-TTCAAGA-GTA-GT-G-AGTT-TATTCTCA-TGTGTTGTGAGGA-ATTAAGG-------------AAAACA----------T----T-------------T-TA---TGATTGAAAGATG--ACAA---------T-TT-----A----TCA----------AGGACCCGGAAT-AAGTAAATCTTTCAA-TATA--------CAAAT-TT-A-TTTTATA-TTGCA-TCAC-AAA---CAT---C--GTCTATTATGGTC-A-----AT-GAACA-TTTAATAATCAATGTATAAA-TTGT--ATGATAATAAAGCAGTACT----TTATATCTTACAGCAAATCGTGTTTATTTCCAAAATATTTAATACA---ATAGTATA--T--A-------------CTT-GAAATATGTGTTAACATTCCAGAACATCTTTAAATCGTG-CACT-TAGCT-GT----GTAA-CAGTG-ACCCCGA--GTCTTCCAGCAGCA---AT-GTA--CAATTTACGTCAGAACACAGATGCATGCT--GGGAATTTAATGGACTACCC-TCCA--T-AAAC------------CTTTCATTAGAG--T-----------GTTT-AATTGA-GAAATCTCTT---AAGAG--AAACAAACAAAGAAG-TTTT-AGC-CTCA-CTA-TTATTTTCAGAAGag
gi|23 : taaaggatgtcttagataataatatgacaaaggctttaaaattggtcattttgatggtaat----------CTCAG------------T--AAGGAGAT-------------A-----------------TTTCATGATGAATAACTA-A------TTT--------TT-A-----------CAATACAT-GGAA-GCTACCATATTGA--AAAAT----T-------------------------A-TTACCTCCCT-GCT-AGGTTATCTCTTAGCATCTACCAGAGGT-CA-GT-A-CT-GAT--G--CTGAA-GTCAGTTGGCCACAT-TGC--ATTTT-GGCcatttctaagtttactgttgcaaaaatatatttttcatgacacttccct
gi|16 : gctttcTCAG------------T--AGGGA--T-------------A-----------------T------------------A------TTTCAAAAATGTT-AATGAATCTGCTCAATCTCT-GGAA-GCTGTCATATTGA-TAAAA----TG-------------------------A-TTGCATCCTT-GCT-TGGTTATCTCTT---ATTTACCAGAGGG-CA-GA-A-CT-GAT--G--CTAAT-GCTAAGTAGATATAT-TGT--AATTT-GGCA---CATT--Cac
gi|13 : aaggaagcatacatgaaagtgtaacatcaggttaaaataaaatataatcattaagatgtagctttcaTGA-TAAAAT-A----------------------------A-TTGCCTTCCT-GCT-GGGTTATCTTTTAGCATTAACCAGAGGG-CA-GC-A-CT-GAT--T--CTGAC-GTCAATAAGACTAAT-TAT--A-TTT-GGCTCTGCATCAACACTTAT-AAA-CACAGT-TAA----GATGT---CATCA-CAAAGTGTGTTA----GATGAG-----------G-AA-TATCA----GAT-----TTT-----------AG------C----ACA-AGTAA-ACATT--GCTTTCCATAATA-ATA-CT------------------TGATCT---T--AT-TAAAGAAGAA-TTCC--CGTTGG-TTG----TTGGA-GTGTTTG-T-GGATATCGTGCATTCTA-ACTT--CA-TTC--AGA--TGTCT-T-TG--TAGT-AACAAGTTTGA--ATTGAATGTTGG-G----T--GTC--AG-A-TAAGa
gi|6 : -AGGGTATCCATTA--AT-TCCCAG-CAT----GC-ATCT-G-T--GTTCTGAC-GTAAATTGGCCACAT-TGC--
gi|15 : cagaggattcagaagagcccccagaacaagtaagaaaaacacaaacagaagtggaaaaattatctgctgtatttatcaaattctaaacatagcatgccaattgtgtgtaaacatttccacattcacctatgtaataggacacatttctgttgcagacaatcaagattcatggcttacacagacacattcattaattgggtcagatgtggtcagcatctgggggaaaattcagagtagttagttatactctcatgtgttgtgatggaaataaggaaaacattttatgatgaagatgataaattatcagactaggaataagtaatctttcaataggcaaatgttatttgtatattgcatcaccaaacaccaattgaacattaataatcaatgtataaattgtatgataataaagcagtactttatatcttacagcaatcttgtttatttccaaatatttgatacatgtatattctaattgattgaatcttgaaatatgtgttaacattcagacatctttatcgtgcactagctgtgtaacagtaaacccgagtctccagca-AGGGTATCCATTA---TTTCCCAG-----TATGC-AGCT-G-T--GTTCTGAC-GTAAATTGGCCACAT-TGC--ccataaacctttcatttagagtgtttaattgatgaaatcctttaagagaaacaaacgaacaaacaagtttttagcctcactattctaagtttgctgtgcaaaaatagttttttcatgaacactt
gi|5 : actagctgtgtaacagtgaccctgagtatccagcaAATGACATAATCA-GAAATTGAACTA-AATAGTAAG-ATTGAATTC-G-AAGAATCA--TGGCTATAAATTTGAAAC------AGAGTT--T----ACAGCGGAGGAAAAT--GTCAACCAGAATG-TTG-CTTCCTCAC-C-AGC-AA-CTGATTT---T-AAT-GAAAGGGGAATTTCT--C--TGGATTG----GT----TTCCTTG-T-GAAAATTGTTCAGTTTT-ACCTA-CA-TTC-AAGGAGTGTTT-C-TG--TTGT-CATGAGTTTGAACATT--ATGT-------------TT--AC-A-TAAACAT-G--CACACAAAGTGCAT----T-TC----TCTGCATCCCAA-CTTTGACAC----AGT--GTCACT-GT-GTGT-CTAAGCCCT-GTTAT-CCATGAGAC-TTCAGACAGCTTA--CATCA-TC---------TATCTC---------A-----------GATACAAAAGCC-AG---AGAG-T-------AAGA-GCACC-AG----AGC-ACTTTTAAAAAT-AACAAGT-AAGA-AAA-ACACAA-A---------A--AATATCAT----CTGTA-TTTATCAAAATCTAAAC--AGAGCTTGTC-ATT-TATGTGTA----AACATTTTCA-CATA-CAC-----CTACGT---------GATAGCAC----A--------CA----A--TTC-TGTTGCA-G-AC----AAA-CAAGA--TT--ATGGCCTACAT---TCAATT-CATGAATTGGAT-CAG-ACGTTGTCAG--CCA-C-G--GGGGAAAATTTCT-GA-GTACAT-GTAGTTATACCCTCA-TGTGTTGT----G-AT---GAAAATAAGGAAAACA---------------T----T-------------T-CC---TGAT--AAAAATG--GCAATTATGAGGGA-TTTCATGAAGCCTCAGACTCTGTACAG-ACTCATAAT-AAATAA-TCTCTCAT-TGTAAATACATGTAAATGTT-A-TTGTAAA-TTGCA-TCACCAAAACGTAT---C-AGTCTAC-CCGGTACATGTTCAATGTACA-TCAAT-AATTAATGTATAAA-TTGT--ATGAAAATACAGCAGccataaacctttcatttagagtgtttaattgatgaaatctcttaagagaaacaaacatacaagtttttagcctcactttttattttcggaagacattctaagtttgctgtgcaaaaattgttttgtcatgaaca
gi|32 : ttgaatctgaacaacatttttacaccataaaCAACATCA-GAAAGTGTATTA------TTAG-A---AG-------AATATCAGTT-----TAAACTTGAGT-----------TT--T----GCAGAGGAAGAAATT--GTTTCTCATAA
gi|28 : gcgcattggaTTTAAGGC------AGTGTT--T----AGAGAGG--GAAAAT--GCTACCAAGAATG-GCG-TTTCCTCAC-C-TAC-AA-CTAATTT---T-ATG-GAGAGGGGAATTTCT---------TTG----TT-------CTTG-T-GAAAATTGTTCAGTTTT-ACCTA-CA-
gi|12 : cact-AAGAA-TGTCT-T-TG--TTGT-CGCGAGTTTGA-------ATGTTTT-GTGTCG--ATTTAAGAA-TAAACAG-ACATGCACAACTAGTAT----T-T
gi|22 : caAT-ATATACACAAAGTGCAG----T-TCTC----TACAT-------------TC----A---------------TG------GTCCC-GTTAT-A-------A-TTGATATGGCTTA--CA---------------------------------------------GTCA----A-AG---AGGAATTACG---A----GTTCT-AGCTGGAGG-ACTT----GAAT-AACAAGT-AGAA-AAA-ACACAACAC---------------------------A-TATATCAAAATCTGAACATAAA--ATGTC-ATT-TGTGTG-T----AAAAATTCCA--ATT-aattagcagacccgtatttatcagttaataccagcttatacttatagtctatcgtgtatcagaaatacataagaaccagaggaggaaataaatttaagtccaaatcttgaataaaagtaggaaaaacacaacaaactatttatgttacaaatctaatatatagcattcagttgtgtgtaaacatttctccatacacgaggaatacgtgattaccataacaattcgtgtttcaatacaatcaagattttatggctacaaatttattcactgagtatggtcagtatatatgggggaatatta
gi|38 : --------------A-----------AA-GCCA----C-AG---AGGA-TTCGG---AAAA-GCCCT-AG----AGC-ACTA----ACAT-AACAAaca
gi|6 : ----C-AG---AGGA-TTCAG---AAGA-GCCCC--------------------CAG-AACAAGT-AAGA-AAA-ACACAA-ACAGAAGTGGA--AAAATTATCT-GCTGTA-TTTATCAAATTCTAAACATA--GCATGCC-AAT-TGTGTGTA----AACATTTCCA-CATT-CAC-----CTATGT---------AATAGGAC----A--------CA----T--TTC-TGTTGCA-G-AC----AAT-CAAGA-TTC--ATGGCTTACACAGACACATT-CATTAATTGGGT-CAG-ATGTGGTCAG--CAT-CTG--GGGGAAAA-TTCA-GA-GTA-GT-T-AGTTATACTCTCA-TGTGTTGT----G-AT---GG-------------AAATAAGGAAAACA--T----T-------------T-TA---TGAT--GAAGATG--ATAA---------A-TT-----A----TCA-----------G-ACTAGGAAT-AAGTAA-TCTTTCAA-TAGG--------CAAATGTT-ATTTGTATA-TTGCA-TCACCAAA---CA-------------------CCA-----ATTGAACA-TTAAT-AATCAATGTATAAA-TTGT--ATGATAATAAAGCAGTACT----TTATATCTTACAGC-AATCTTGTTTATTTCC-AAATATTTGATACATGTATATTCTAATT--GAT---TG---AATCTT-GAAATATGTGTTAACATTCAGACA--TCTTT--ATCGTG-CAC--TAGCT-GT----GTAA-CAGTA-AACCCGA--GTC-TCCAGCAGCA---AT-GTGGCCAATTTACGTCAGAACACAGATGCATGCT--GGGAA-TTAATGGA-TACCC-TCCA--T-AAAC------------CTTTCATTTAGAG-T-----------GTTT-AATTGATGAAATC-CTTTAAGAGAAACAAACGAACAAACAAGTTTTT-AGC-CTCA-CTAT
gi|31 : G---AAGG-GCCCCCAG----AGC-ATTT----ACAT-AACAGGT----G-AAA-AC------------TGGA--AAAAATATCT-GCTGTA-TTTCTCGAATTCTAAAC--ATAGCATGCA-ATT-ctaagtttgctgtgcaaaaatagttttttcatgaacactt
gi|12 : agCTT----GAAT-AA-AAGT-AGGA-AAA-ACACAA--C------------AAACTATTT-A-TGT----TA-CAAAT-CTAA-TATATAGCAT-TC-AGT-TGTGTGTA----AACATTTCTC-CATA-CACGAGGAATACGT---------GAT--TACCATAA--------CA----A--TTCGTGTTTCA-ATAC----AAT-CAAGATTTT--ATGGCT-------ACAAATT-TATTCACTGAG-------TATGGTCAGTATAT-ATG--GGGGAATA-TT
gi|9 : caaagaatgtctttgttgtcgcgagtttgaatgttttgtgtcgatttaagaataaacagacatgcacaactagtatttaattagcagacccgtatttatcagttaataccagcttatacttatagtctatcgtgtatcagaaatacataagaaccagaggaggaaataaatttaagtccaaatACAA-AC-AAAATGGA--AA--TTATCT-GCTGTAATTTATCAAATT-TAAACAT----CATTGC-AAT-TGTGTGTTTACAAACATT--CA-CATT-CAC-----CTATGT---------ACTACGAC----AACATTGTACA----T--TTC-TGTTGCAAG-AC----A-T-CAA-A-TGT--ATGGCTTACA-AGACAAATT-CATTAATTGGGTTCAGCATGTGGTCAG--CCT-CTG--TGGGAAAA-TTCA-GATGTA-GT-C-AGTTA----CTC--TGTGTTGT----GCAT---GG-------------A---------------T----TAAGGAAGAACATTT-TA---TGAT--GAAGATAGAACAA---------AATT-----TA---TCA----------GA-ACTCAGAATTAAGTAA-TCTTTCAA-TAGA--------CAAATGTTTA-TTGTATAATTGCAGTCACCAAA---CAT---C-AGTCTAT-ATGGTC-------ATTGAAAAATTAAT-AATCCATG-ATAAAATTGTTAATGATAATAA-GC-------------TA----ACAGC-AAT--TGTTTATTTCC-AA-TATTTTATACATATATATTCTAATTTTAAT---TG---AATCTTTGAAACAGACAT---------------CTTTA--ATCGTGGCACTA--GCTTGC----GTAA-CAGT---CTCCGA--G--------CA-CA---ATTGTGGCCA-TTTACGTCA-AACACAAATGCATGCT--GG-AA-TTAATGGA-TACGC-TCCA--T-AAAC------------CCTTTCATTTAGAGT-----------GCTT-AATTG-TGAAATCTTTTa
gi|17 : CAAATTCTAAACATA--GCATGCC-ATT-TGTGTTTA----AACATTTCTG-CATT-CAC-----CTATGT---------AATAGGAC----A--------CA----T--TTC-TGTTGCA-G-AC----AAT-CAAGA-TTT--ATGGCTTACACAGACAAATT-CATTAATTGGGT-CAG-ATGTGGTCAG--CCT-CTG--GGGGGAAA-TTCA-GT-GTA-GT-G-AGTTATAC--TCAC-GTGTTGT----G-AT---GA-------------AATATTAAGGAAAACAT----T-------------T-TA---TGAT--GAAGATG--A
gi|6 : ATTCCCAGCATG-CAT-----CTGTGTTCTGACGTAAATTGGCC----A--------CA----T--TGC-TGCTGGA-G-AC------T-CGGG--TTT--ACTG-TTACACAG
gi|25 : cagaggattcagaagagcccccagaacaagtaagaaaaacacaaacagaagtggaaaaattatctgctgtatttatcaaattctaaacatagcatgccaattgtgtgtaaacatttccacattcacctatgtaataggacacatttctgttgcagacaatcaagattcatggcttacacagacacattcattaattgggtcagatgtggtcagcatctgggggaaaattcagagtagttagttatactctcatgtgttgtgatggaaataaggaaaacattttatgatgaagatgataaattatcagactaggaataagtaatctttcaataggcaaatgttatttgtatattgcatcaccaaacaccaattgaacattaataatcaatgtataaattgtatgataataaagcagtactttatatcttacagcaatcttgtttatttccaaatatttgatacatgtatattctaattgattgaatcttgaaatatgtgttaacattcagacatctttatcgtgcactag-CAC-----ACATGT---------GAAAGGAT----A--------CAGTAACAATTC-TGTTGTA-G-ACTTGCAGT-CAATA-TTT--ATGAC--ATACAGGCCA-TT-TACCAACTGAGT-CAG-ACGTGGTTA---TCT-CCGTAGGGGAAAA-T-CA-GA-GTA-GT-----TT-CACCCTCAC-ATGTTGT----G-Ataatggataccctccataaacctttcatttagagtgtttaattgatgaaatcctttaagagaaacaaacgaacaaacaagtttttagcctcactattctaagtttgctgtgcaaaaatagttttttcatgaacactt
gi|10 : --GAGGATG--ACAA---------A-TT-----A----TCA-----------G-ACTCGGAAT-AAGTAA-CCTTTTAA-TAGA--------CAAGTGTT-A-TTGTATA-TTTCA-TCACCATA---CATAATC-AGTCTAT----GTTCA--------------TCAAT-AATCAATGTATAAA-TTGT--ATGATAATAAAGTAATAC----GTTATATCTTACAGC-AATTCTGTTTATTTAC-AAATATTTAATACATGTATATTCTAATT--GAT---TG---AATCTT-GAAATATGTGTTAACATTCAGACA--TCTTT--ATCGTG-CAC--TAGCT-GT----GTAA-CAGTG-GCCCTGA--GTC-TCCAGCAGCAATGAT-GTGACCAGTTTACGTCAGAACACAGAAGCATGCT--GGGAA-TTAATGGA-TACCC-TCCA--T-AAAC------------CTTTCATTTAGAG-T-----------GTTT-AATTGATGAAATCTCTT---AAGAG------AAACAAACAAGTTTTT-AGC-CACA-CTACTTATTTTCAGAAGGcaaaatcaaggaagca
gi|14 : ACAGC-AATCTTGTTTATTTCC-AAATATTTAGTTCAC----ATTCTAATTGCAATATGTGTTTAACATT-CAGACAT--------------------CTTT--ATCGTA-CACTA--GCT-AT----GTAG-CGGTG-ACC--AA--GTC-TCCAGCAGCA---AT-GTGACTAATTTACGTCAGAACACAGATGCATGCT--AGGAA-TTCATGGG-TACCC-CCCA--A-AAAA------------A-------------T-----------ATTTCAATTccttttaagtttgctgtgcaaaaatagtcttttcatgaacacttcctt
gi|39 : TATATCC-AAATATTTAATGCATGTATATCCTAATT--GA----TG---AATCTacagtttatagccacactaattatttttagaaggctatctagatttgttgtgcaaaaacaggttttttttttcatgaacactt
gi|26 : ---------------TCTTT--ATCGTG-CACTA--GCT-AT----GTAT-CAGCG-ACCC--A--GTC-TCCAGCAGCA---AT-GTGTCTCATCTACATCAGACCACAGA---ATGCT--GGGAA-ATAATGGA-CACCCTTCTATTT-AGA-------------G-------------T-----------GTTT-AATTGATGAAATCTC
gi|15 : attccggcaTAGCT-GT----GTAA-CAGTG-ACCCTGA--GTA-TCCAGCAGCA---AT-GTGGCCAATTTACGTCAGAACACAGCTGCATACT--GGGAA-ATAATGGA-TACCC-TCCA--T-AAAC------------CTTTCATTTAGAG-T-----------GTTT-AATTGATGAAATCTCTT---AAGAG--AAACAAACATACAAGTTTTT-AGC-CTCA-CTTTTTATTTTCGGAAGg
gi|21 : acGCT-GTTACAGTAA-GAGTG-ACCC--A--GTC-ACCAACAGCA---AT-GTG-----TCT-----------CAGATACATGCTTAAGGAA-ATAATGGG-TGACC-CCCA--T-AAACTGTTTACTTAGGC-------------T-----------GTTT-AAATGATCAAATCTCCTCAAGAGA---AAACAacattctaagtttgctgtgcaaaaattgttttgtcatgaaca
gi|6 : CT-GT----GTAAGCCATGAATCTTGATTGTC-TGCAACAGAA---AT-GTGTCCTATT---------ACATAGGTGAATG-T--GGAAA-Tcttttcaatttcaggggtgttcttagtttgctatactacaaattgttttc
gi|34 : cagaggattcagaagagcccccagaacaagtaagaaaaacacaaacagaagtggaaaaattatctgctgtatttatcaaattctaaacatagcatgccaattgtgtgtaaac-GT----GTNN-NNNNN-NNNNNNN--NNN-NNNNNNNNCA---GT-GTGTCTCATCTACGTCAGAGCACAGATGAATGCT--GGGAA-ATAACGAA-Tacacattcattaattgggtcagatgtggtcagcatctgggggaaaattcagagtagttagttatactctcatgtgttgtgatggaaataaggaaaacattttatgatgaagatgataaattatcagactaggaataagtaatctttcaataggcaaatgttatttgtatattgcatcaccaaacaccaattgaacattaataatcaatgtataaattgtatgataataaagcagtactttatatcttacagcaatcttgtttatttccaaatatttgatacatgtatattctaattgattgaatcttgaaatatgtgttaacattcagacatctttatcgtgcactagctgtgtaacagtaaacccgagtctccagcagcaatgtggccaatttacgtcagaacacagatgcatgctgggaattaatggataccctccataaacctttcatttagagtgtttaattgatgaaatcctttaagagaaacaaacgaacaaacaagtttttagcctcactattctaagtttgctgtgcaaaaatagttttttcatgaacactt
gi|3 : GCA---AT-GTGGCTAACTGACGTCAG
gi|4 : aattaaaggaagtgttcatgaaaatatgacaaattaagggtttaaaattgtcattttgatgtatataatgaattttgaaaatcatacagatgtagctttcctcagtaaggagatatttcataaagattgactaatttttacaatccatggaagctgccatattgataaaattaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattacctccctgttaggttatctcttagcactcaccagaggtcaacactgatgGCA---AT-GTGGCTAACTGACGTCAGattttggcacatttcttagtaacacagtgaaaatgtcaacatcagaaagtgaactctaataatgagaaagaactgaagtatttagatataaatttgtttacagaggaagaaattgtttccagaattatgtttcctcaccagaaactgactttaatgagaattgaatttctatggattaattattgagctcgtgaaaattgttcaattttacctacattcaagaagtgtcctggttgttcatgagtttgaccattatgttttggattagataagcatgcacacaaagtgtatttctctacatcctgactttgacacagagtgtgtgtctaagtcctgttatcttgagacagcttacattatctatctcgggtacaaaagccacagaggattcggaaaagccctagagcactaacataacaactaagagaaaacacaaacaaaagtggaaaaattatctgttatatttatcaaattctaaacatcatgccatttgtgtgtttacaaacatttccacattcacttatgtaatagaacacacaattcaagattttatggcttacacagacaaatttcattaattgggtcagatgtggcagcctgctgggaggaaattcagacgtagtgagttatactctcatgtaaaggaaaacatttagaagatgaagatgacaaattatcatagactttggataagtaagtctgcaattagacaaatgttcattgtatattgctcaccaaacatcaagtctatggttcaattgaacattatatcaatgtaaagttg
gi|23 : ttaaaggaagtgttcatgaacatatgacaaaattaagggttttaaacatttgcatttgatgtatataatgaatttgaaaatcatacagatgttagctttcccttcattaaggagataatttcataaagattgactaatttttacaatcatggaagctgccatattgataaaattaattacttacctcctgtttaggttatctctagcactcaccagaggtcaacacttgattggGCA---AT-GTGGCCAACTGACTTCAGattttggcacattatcttagtaagcacagtggaaaatgtcaacatcagaaagtgaacttaataatgagaaagaactggaagttatttagtataaatttggtttacagaggaagaaattgtttccagaattatgtttcctcacccagaaaactgacttttaatggaagttgaatttctatggattattatatgtactcgtgaaaattgttcaattttacctacattcaagaagtgtcctggtttgtcatgagtttgaccatttttttggattagactaagcattgcacaccaaagtgtctttctctacatcctgagctttgacacagatgtgtgtctagtcctgtttccttgagacagcttacattatctgatctgcggtacagaaaagccacagaggattcggaaaagccctaagcactaacataacaacttaagaaaatacacaaacaaaagtggaaaaattatctgtatatttatcaaattctacacatcatgccatttgtgtgtttacaaacatttccaattcacttatgtaatagaacacacaatcaagatttatggcttacacagacaaatttcattaattgggtcagagtggtcctcctggaggaattcgcgtagttgagttatactctcatgtaaggaaaacatttagaatgatgaagatgacaaattatcagacttggaataagtaatctttcaatagacaaatgttattgtatattgcatcaccaaacatcagtctaatggtcaattgaacattaataatcaatgtataaagttg
gi|18 : gctttcctcagtaaggagatatttcatgatgaataactaatttttacaatacatggaagctaccatattgaaaaattattacctccctgctaggttatctcttagcatctaccagaggtcagtactgatgTCTACCTCGAGACACAGATGCAGGAT--GGGAA-ATAATGGATTACTC--ACA--T-AAAA------------C-------------T-----------attttggcac
gi|24 : GCATGCT--GG-AA-TTAATGGA-TACCC-TCCA--TAAAAC------------A-------------TTTCATTTAGAGGTTT-ACTTGATGAAATATC-----AAGAG--AAACAAACAAACAA---TTT-AGC-CACA-CTAATT-TTTTCAAGAGGtaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttacactaagcgttttaactgatcaaaatctcgttagagaaataaacatcttagttttaaaccatacaatttagtttatcaggtattcgaggtttactacgcagcaaatgtattctatgctcacttcct
gi|30 : aATGAAATTTCCT---AAGAG--AAACAAACAAACATGTTTCT-AAC---CA--TATTTATTTTCAGAAGcctttttaagttttgctgtgcaaaatagctttcctgaacacctcctt
gi|33 : CAAACA--TTTTTCAGC-CTCAACTATTTATTTTCAGAAGGcccttctaagtttgctgtgcaaaataattttttcatgaacacttcct
gi|40 : tAAGTTTTT-ACCCAT-A-TTATTTATTTTCAGAAGGgcagttctaagtttgtgtgcaaaaatagtttttttcatgaaact
gi|14 : AGTTTAT-AGC-CACA-CTAATTATTTTTAGAAGGccttctaagt
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): AATTACAACTGTGATATCGTAATATGATTGAATCCTAACAGATATGATGTTGAGAACATTCAGACTCATTCATTTATGTGGTGACTAGGGCTTGGTAAGTGGCCCGCCGTAGTCCCACATCTCGAGTTGGCACGAAATAGTTAATGCGTCCAAAGAACTCATTAGTTAATAGCTGGGATTCTACGTCAATGTGATTAATAGCACATATAATCGTCTTACATGAAACTTTCAATACTAAAGGAGTAGTTTTAAATTTATAGAATAGCCTCGCTCTAGTGAAGTACGATGTAAAACAAGTTTATTACGCCTCATATTTTTAAAATACAGAAGCGCTTCTAAAGTTTGCCTTCGGCTAAAAAATAGTTTTTTCATGCAAACACCTTCTATTT
Unaligned ( gi|20 ): GTAGTTTTACCCTAATTGTTTGTGAGAAAAAATAAGGAAACATATCTTGATGAATACTCCAATTATGACGATTTTCATGAAACCTGATTCTGAATATTTTTTTTACAGTAAATAAGTAGCATAATTGTAAATTATATCAGCAAAATTCATCTGTATAGTCTATGTACTGTACTCCATCAACTATTATCAATGTACA
Unaligned ( gi|27 ): AGAACTACTGAAAGGCGCTAGGTGTGCATGAAATGTAAATATAACATAGGGTGTAAATTTGTCATTTTGATTTGTGTAATGAATTCTGATTACCATTAAACTGTAGCTTTCATCAGTAGGGCGATATTTCAAAAAG
Unaligned ( gi|29 ): CGAAGAGGCGTAGTGTGCATGAAATGTAACATATAACTAGGGTTAAATTTGCATTTGATTGTGTAAGGAATTTGAATTACCATAAACTGTAGCTTCATCAGTAAGGGGATATTTCAAGTGGT
Unaligned ( gi|35 ): CGCTTAAAAGAATTGTTCGTGAAAATATGACAAAGGGTTTCTAATTGTATAATGAATTTTGAAAAGCATAAAG
Unaligned ( gi|36 ): TAAAGGAAGTGTTCATGAAAATGTGACAAAGGGTTTTAAATTGTCATTTTGACGTATATAATGA
Unaligned ( gi|37 ): TATAAGGGGTTTCATAAAGCCTCAGACCCTGATAATTCCTCACGATAAATAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 111111111111111111111111111111111111111 66666666666666666666666666666 1111 22 111 3333333333333333333 3333333333333 1111111 111 111 111111111111111 1 11 1111111 11111111 3333333333333333 222222222 1 99999999999999999999999999999999999999999 111 111111111 3333333333 3333 3333 11111 22222222222222222 11111111111111111111111111111111111111111111 4444444444444444444444444444444444444 111111 111 11111 11111 555555 11 222 444444444444 1111
lowQualScore : 4 8 8 4 44444 4 7 88888 55 999999999999999999999999999999999999999 4 4 1 4 8888 55555555555555555555555555555 4 2222 4 8 55 8 7 4 4 99 4 777 66 5 5 0 5 00 222 4 66 1 0 777 5555555555555555555 0 3333333333333 5555555 0 55 2 2 4 4 4 4 999 4 555 4 4 555 666666666666666 4 4 2 4 4 4 4 77 4 66 88 5 55 4 5555555 66 4 4 4 6 1 77777777 9999 5 0 1111111111111111 5 5 0 5 5 000000000 66 0 88888888888888888888888888888888888888888 4 4 222 000000000 3 0 3 7777 3 88888 3 3 4 4 4 8888888888 55 0 444 4 0 1111 3 3 1111 3 00000 8888 4 44444444444444444 444 8888 4 8 55 8 4 4 4 55 4 55 1 4 4 8 4 4 55 1 11 4 4 3 44444444444444444444444444444444444444444444 66 66 8888888888888888888888888888888888888 5 5 5 444444 5 66 5 5 5 5 5 888 888 55 0 000 55 22222 0 5 5 5 5 99 77777 6 5 5 5 77 66 5 7 99 1 666666 33 5 333 4 8888 8 4 777 4 8 3 44 55 6 55 3 3 777777777777 3 3 777 0000 3 5 3 1 4 4
lowQualScore : . . . . ..... . . ..... .. ....................................... . . . . .... ............................. . .... . . .. . . . . .. . ... .. . . . . .. ... . .. . . ... ................... . ............. ....... . .. . . . . . . ... . ... . . ... ............... . . . . . . . .. . .. .. . .. . ....... .. . . . . . ........ .... . . ................ . . . . . ......... .. . ......................................... . . ... ......... . . . .... . ..... . . . . . .......... .. . ... . . .... . . .... . ..... .... . ................. ... .... . . .. . . . . .. . .. . . . . . . .. . .. . . . ............................................ .. .. ..................................... . . . ...... . .. . . . . . ... ... .. . ... .. ..... . . . . . .. ..... . . . . .. .. . . .. . ...... .. . ... . .... . . ... . . . .. .. . .. . . ............ . . ... .... . . . . . .
lowQualScore : 4 9 9 0 88888 0 3 33333 00 222222222222222222222222222222222222222 4 4 1 0 5555 44444444444444444444444444444 0 5555 0 0 55 0 5 1 0 55 0 000 11 7 7 1 7 99 000 4 44 8 1 888 6666666666666666666 8 9999999999999 4444444 8 55 3 5 4 4 4 4 666 4 666 4 7 777 111111111111111 4 4 7 4 4 4 4 11 4 11 33 0 00 4 6666666 11 4 4 4 2 1 44444444 6666 0 2 4444444444444444 0 0 1 0 0 666666666 99 0 44444444444444444444444444444444444444444 4 0 555 111111111 6 5 6 7777 6 66666 3 6 4 4 0 8888888888 55 9 777 0 2 1111 6 6 5555 6 00000 5555 0 22222222222222222 666 5555 0 0 55 0 0 0 0 55 0 55 3 0 4 9 4 4 66 9 44 4 4 9 88888888888888888888888888888888888888888888 11 11 5555555555555555555555555555555555555 0 0 0 444444 0 99 0 0 0 0 0 888 888 11 1 111 99 55555 1 0 0 0 0 22 66666 7 7 7 7 99 33 7 5 88 4 333333 66 7 555 4 5555 4 0 000 0 2 1 66 22 7 00 6 6 666666666666 6 6 000 6666 6 0 6 5 0 0
consensus : TATAAT-GAATT-T-GAAA-ATCAT--A-CAGATGT-A-GCTTTC--C--TCAGTAAGGAGATA--TT-C-----ATGA-GAT-A--T-----AA------------TTTTTACAATCCAT-GGAA-GCTGCCATATTGA-TAA----AAT---T-------------------------ATTACCTCCCT-GCT----AGGTTATCTCTTAGCATCTACCAGAGGTCAGC-ACT-GAT--GCTGAC-GTCAGTTGGCCACAT-TGC--ATTTT-GGC---ACATT--CTCTTAG-TAA-CACAGT-GAAAA--AATGTCAACATCA-GAAAGTGAACTA-AATAATGAG-ACAGAACT--GAAGTATCA-TTGGATATAAATTTGAACC------AGAGTT--T----ACAGAGGAAGAAATT--GTTTCCCAGAATT-ATG-TTTCCTCA-C-CAG-A-AACTGAC-TT---TAAT-GAGAGTTGAATTTCT--ATGGATTG----T----T---GTGCTTG-T-GAAAATTGTTCAGTTTT-ACCTA-CA-TTC-AAGAAGTGTCT-C-TG--TTGT-CATGAGTTTGACCATT--ATGTTTT-G----G--ATT--AG-A-TAAGCA-TGCACACACAAAGTGTAT----T-TCTC--TCTACATCCTGA-CTTTGACAC----AGT--G----T-GT-GTGT-CTAAGTCCT-GTTAT-C-------C-TTGAGACAGCTTA--CATTA-TC---------T---------------A------------AA-G-CCAC-AG---AGGA-TTCCG---AAGA-GCCCC-AG----AGC-ACTT----ACAT-AACAA-GTAAGA-AAA-ACACAA-AC--A--A--G-TGGA--AAAATTATCT-GCTGTA-TTTATCAAATTCTAAACATA-AGCATGCC-ATT-TGTGTGTTTACAAACATTTCCACATT-CAC-----CTATGTAAT----AGGAC-A--------CA-T-----TTCTGTTGCA-G-AC----AA-TCAAGA-TTT--ATGGCTTACACAGACAAA-TT-CATTAATTGGGT-CAG-ATGTGGTCAG--CCT-CTG--GGGGAAAA-TTCA-GA-GTA-G-TG-AGTTATACCCTCA-TGTGTTGTG-ATGGAA-A-----------A------------TT------------T--TATGAT--GAAGATG--ACAA---------A-TT-----AA---TCA----------AG-ACTCGGAAT-AAGTAA-TCTTTC------AA-TAGA--CAAATG-TT-A-TTGTAT-ATTGCA-TCACCAAA---CAT---C-AGTCTAT-ATGGTCCA-----ATTG-AACATT-AATAATCAATGTAT-AAA-TTGT--ATGATAATAAAGCAGTACT----TTATATCTTACAGC-AATCTTGTTTATTTCC-AAATATTTAATAC-AT-GTATATTCTAA--TTGATTGAATC-TTGAAATATGTGTT-AACATTCA-GAC-ATCTTT--ATCGT-GCACTATAGC-TGT----GTAACAGTGACCCCGAGTC-TCCAGCAGCA---A-TGTGGCCAATTTACGTCAGAACACAGATGCATGCT--GGGAA-TTAATGGA-TACCCTCC--AT-AAA-CCTTTCATT--TAGAG---T-GTTTAATTGAT-GAAATCT-CTT---AAGAGAAACA----AACAAACAAGTTTTT-AGCCNCA-CTATTTA-TTT-TCAGAAGG
Reference ( family-521 ) : TATAAT-GAATT-T-GAAA-ATCAT--A-CAGATGT-A-GCTTTC--C--TCAGTAAGGAGATA--TT-C-----ATA---------T-----AA------------TTTTTACAATCCAT-GGAA-GCTGCCATATTGA-TAA----AAT---TT------------------------ATTACCTCCCT-GCT----AGGTTATCTCTTAGCATCTACCAGAGGTCAGC-ACT-GAT--GCTGAC-GTCAGTTGGCCACAT-TGC--ATTTT-GGC---ACATT--CTCTTAG-TAA-CACAGT-GAAAA--AATGTCAACATCA-GAAAGTGAACTA-AATAATGAG-ANAGAACT--GAAGTATCA-TTGGATATAAATTTGAACC------AGAGTT--T----ACAGAGGAAGAAATT--GTTTCCCAGAATT-ATG-TTTCCTCA-C-CAG-A-AACTGAC-TT---TAAT-GAGAGTTGAATTTCT--ATGGATTG----T----T---GTGCTTG-T-GAAAATTGTTCAGTTTT-ACCTA-CA-TTC-AAGAAGTGTCT-C-TG--TTGT-CATGAGTTTGACCATT--ATGTTTT-G----G--ATT--AG-A-TAAGCA-TGCACACACAAAGTGTAT----T-TCTC--TCTACATCCTGA-CTTTGACAC----AGT--G----T-GT-GTGT-CTAAGTCCT-GTTAT-C-------C-TTGAGACAGCTTA--CATTA-TC---------T---------------A------------AA-G-CCAC-AG---AGGA-TTCCG---AAGA-GCCCC-AG----AGC-ACTT----ACAT-AACAA-GTAAGA-AAA-ACACAA-AC--A--A--G-TGGA--AAAATTATCT-GCTGTA-TTTATCAAATTCTAAACATA-AGCATGCC-ATT-TGTGTGTNTACAAACATTTCCACATT-CAC-----CTATGTAAT----AGGAC-A--------CA-T-----TTCTGTTGCA-G-AC----AA-TCAAGA-TTT--ATGGCTTACACAGACAAA-TT-CATTAATTGGGT-CAG-ATGTGGTCAG--CCT-CTG--GGGGAAAA-TTCA-GA-GTA-G-TG-AGTTATACTCTCA-TGTGTTGTG-ATGGA--------------A------------TT------------T--TATGAT--GAAGATG--ACAA---------A-TT-----AA---TCA----------AG-ACTCGGAAT-AAGTAA-TCTTTC------AA-TAGA--CAAATG-TT-A-TTGTAT-ATTGCA-TCACCAAA---CAT---C-AGTCTAT-ATGGTCCA-----ATTG-AACATT-AATAATCAATGTAT-AAA-TTGT--ATGATAATAAAGCAGTACT----TTATATCTTACAGC-AATCTTGTTTATTTCC-AAATATTTAATAC-AT-GTATATTCTAA--TTGATTGAATC-TTGAAATATGCGTT-AACATTC--GA--ATCTTT--ATCGT-GCACTATAGC-TGT----GTAACAGTGACCCCGAGTC-TCCAGCAGCA---A-TGTGGCCAATTTACGTCAGAACACAGATGCATGCT--GGGAA-TTAATGGA-TACCCTCC--AT-AAA-CCTTTCATT--T---G---T-GTTTAATTGAT-GAAATCT-CTT---AAGAGAAACA----AACAAACAAGTTTTT-AGCCTCA-CTATTTA-TTT-TCAGAAGG
gi|1 : AT-GAATT-T-GAAA-ATCAT--AACAGATGT-A-GCTTTC--C--TCAGTAAGGAGATA--TTTC-----AT----------T-----AAAGATTAACTAATTTTTTACAATCCATTGGAA-GCTGCCATATTGA-TAA----AAT---T-------------------------ATTACCTCCCTTGCT----AGGTTATCTCTTAGCATCTAC-AGAGGTCAGCCACTTGA---GCTGAC-GTCAGTTGGC-ACATCTGC--ATTTT-GGC---ACATT--CTTTTAG-TAA-CACAGTTGAAAA----TGTCAACATCAAGAAAGTGAACTA-AATAATGAGGATAGAACTTTGA-GCAT---TTGGATATAAATTTGAACC------AGAGTT-------ACAGAGGAAGAAATTTGGTTTCC-AGAATT-ATGGTTTCCTCA-C-CAG-A-AACCAAC-TT---TAATTGAGAATTGAATTTCT--ATGGATTA----T----T---GAGCTTG-T-GAAAATTGTTCAATTTTTACCTAACAGTTC-AAGAAGTGTCT-C-TG--TTGC-CATGAGTTTGACCATT--ATGTTTTTG----G--ATT--AG-A-TAAGCA-TGCA---ACAAAGTGTAT----T-T-----TCTACATCCTGA-CTTTGATCC----AGT--GG---T-GT-GTGT-CTAAGTCCTTGTTAT-C-------CCTTGAGACAGCTTGGGCATTA-TCATCTCGCGGT---------------ACAAA--------AA-GACCACCAG---AGGA-TTTCGGAAAAGAAGCCCT-AG----AGCCACTG----GCATTAACAA-GTAAGA-AAA-ACA----AT--A-----G-TGGACAAAAATTATCTTGCCGTG-TTTATCAAATTCTAAACAT----CATGCCCATTCTGTGTGTTTACAAACATTTCCACATTTCAC-----CTATGTAAT----AGGACCA--------CA-T-----TTCTGTTGCA-G-AC----AT-TCAAGA-TTTTTATGGCTTACACAGACAAA-TTTCATTAATTGG-T-CAG-ATGTGGTCAG--CCT-CTG--GGG--AAA-TTCAAGA-GTA-G-TG-AGTT-TATTCTCA-TGTGTTGTG-A-GGA--------------A------------TTAAGGAAAACATTT--TATGATTGAAAGATG--ACAA---------T-TT-----A----TCA----------AGGACCCGGAAT-AAGTAAATCTTTC------AA-TATA--CAAAT--TT-A-TTTTAT-ATTGCA-TCAC-AAA---CAT---C--GTCTATTATGGTC-A-----AT-G-AACATTTAATAATCAATGTAT-AAA-TTGT--ATGATAATAAAGCAGTACT----TTATATCTTACAGCAAATCGTGTTTATTTCCAAAATATTTAATACAATAGTATA---TA-------------C-TTGAAATATGTGTT-AACATTCCAGAACATCTTTAAATCGT-GCACT-TAGC-TGT----GTAACAGTGACCCCGAGTCTTCCAGCAGCA---A-TGTA--CAATTTACGTCAGAACACAGATGCATGCT--GGGAATTTAATGGACTACCCTCC--AT-AAA-CCTTTCATTAGA---G---T-GTTTAATTGA--GAAATCT-CTT---AAGAGAAACA----AACAAAGAAG-TTTT-AGCCTCA-CTA-TTA-TTT-TCAGAAG
gi|10 : taaaggatgtcttagataataatatgacaaaggctttaaaattggtcattttgatggtaat--GAGGATG--ACAA---------A-TT-----A----TCA-----------G-ACTCGGAAT-AAGTAA-CCTTTT------AA-TAGA--CAAGTG-TT-A-TTGTAT-ATTTCA-TCACCATA---CATAATC-AGTCTAT----GTTCA--------------TC-AATAATCAATGTAT-AAA-TTGT--ATGATAATAAAGTAATACG----TTATATCTTACAGC-AATTCTGTTTATTTAC-AAATATTTAATAC-AT-GTATATTCTAA--TTGATTGAATC-TTGAAATATGTGTT-AACATTCA-GAC-ATCTTT--ATCGT-GCAC--TAGC-TGT----GTAACAGTGGCCCTGAGTC-TCCAGCAGCAATGA-TGTGACCAGTTTACGTCAGAACACAGAAGCATGCT--GGGAA-TTAATGGA-TACCCTCC--AT-AAA-CCTTTCATT--TAGAG---T-GTTTAATTGAT-GAAATCT-CTT---AAGAG----A----AACAAACAAGTTTTT-AGCCACA-CTACTTA-TTT-TCAGAAGGcatttctaagtttactgttgcaaaaatatatttttcatgacacttccct
gi|12 : -AAGAA-TGTCT-T-TG--TTGT-CGCGAGTTTGA-------ATGTTTT-GTGTCG--ATTTAAGAA-TAAACA-GACATGCACAACTAGTAT----T-Tccttttaagtttgctgtgcaaaaatagtcttttcatgaacacttcctt
gi|12 : caCTT----GAAT-AA-AA-GTAGGA-AAA-ACAC-A-AC-----------------AAACTATTT-A-TG----TTA-CAAA-TCT-AATATATAGCAT-TC-AGT-TGTGTGT----AAACATTTCTCCATA-CACGAGGAATACGTGATTACCATAAC-A---------A-T-----TCGTGTTTCA-ATAC----AA-TCAAGATTTT--ATGGCT-------ACAAA-TT-TATTCACTGAG-------TATGGTCAGTATAT-ATG--GGGGAATA-TTaattagcagacccgtatttatcagttaataccagcttatacttatagtctatcgtgtatcagaaatacataagaaccagaggaggaaataaatttaagtccaaatcttgaataaaagtaggaaaaacacaacaaactatttatgttacaaatctaatatatagcattcagttgtgtgtaaacatttctccatacacgaggaatacgtgattaccataacaattcgtgtttcaatacaatcaagattttatggctacaaatttattcactgagtatggtcagtatatatgggggaatatta
gi|13 : caaagaatgtctttgttgtcgcgagtttgaatgttttgtgtcgatttaagaataaacagacatgcacaactagtatttaattagcagacccgtatttatcagttaataccagcttatacttatagtctatcgtgtatcagaaatacataagaaccagaggaggaaataaatttaagtccaaatTGA-TAA----AAT---A-------------------------ATTGCCTTCCT-GCT----GGGTTATCTTTTAGCATTAACCAGAGGGCAGC-ACT-GAT--TCTGAC-GTCAATAAGACTAAT-TAT--A-TTT-GGCTCTGCATCAACACTTAT-AAA-CACAGT-T--AA--GATGT---CATCA-CAAAGTGTGTTA----GATGAG----GAA--------TATCA----GAT-----TTT-----------AG------C----ACA-AGTAA-ACATT--GCTTTCCATAATA-ATA-CTT------------G-ATCTTA---T---TAA---AGAA--GAATTCCC--GTTGGTTG----T----TGGAGTGTTTG-T-GGATATCGTGCA-TTCT-AACTT-CA-TTC--AGA--TGTCT-T-TG--TAGT-AACAAGTTTGA--ATTGAATGTTGG-G----T--GTC--AG-A-TAAGa
gi|14 : ACAGC-AATCTTGTTTATTTCC-AAATATTTAGTTC-AC-----ATTCTAA--TTG-------C-----AATATGTGTTTAACATTCA-GAC-ATCTTT--ATCGT-ACACTA--GC-TAT----GTAGCGGTGACC--AAGTC-TCCAGCAGCA---A-TGTGACTAATTTACGTCAGAACACAGATGCATGCT--AGGAA-TTCATGGG-TACCCCCCAAAA-AAA-TATTTCAAT--T---A---CAGTTTA
gi|14 : AGTTTAT-AGCCACA-CTAATTA-TTT-TTAGAAGGtagccacactaattatttttagaaggctatctagatttgttgtgcaaaaacaggttttttttttcatgaacactt
gi|15 : acagcaatcttgtttatttccaaatatttagttcacattctaattgcaatatgtgtttaacattcagacatctttatcgtacactagctatgtagcggtgaccaagtctccagcagcaatgtgactaatttacgtcagaacacagatgcatgctaggaattcatgggtaccccccaaaaaaatatttcaattacTAGC-TGT----GTAACAGTGACCCTGAGTA-TCCAGCAGCA---A-TGTGGCCAATTTACGTCAGAACACAGCTGCATACT--GGGAA-ATAATGGA-TACCCTCC--AT-AAA-CCTTTCATT--TAGAG---T-GTTTAATTGAT-GAAATCT-CTT---AAGAGAAACA----AACATACAAGTTTTT-AGCCTCA-CTTTTTA-TTT-TCGGAAGctatctagatttgttgtgcaaaaacaggttttttttttcatgaacactt
gi|16 : acA-ATCAT--T-AAGATGT-A-GCTTTC--A--TCAGTAGGGATATA--TT-TCAAAAATG---------TTAATGAA------------TCTGCTCAATCTCT-GGAA-GCTGTCATATTGA-TAA----AAT---G-------------------------ATTGCATCCTT-GCT----TGGTTATCTCTTA---TTTACCAGAGGGCAGA-ACT-GAT--GCTAAT-GCTAAGTAGATATAT-TGT--AATTT-GGC---ACATT--Cacattctaagtttgctgtgcaaaaattgttttgtcatgaaca
gi|17 : aaggaagcatacatgaaagtgtaacatcaggttaaaataaaatatCAAATTCTAAACATA--GCATGCC-ATT-TGTGTTT----AAACATTTCTGCATT-CAC-----CTATGTAAT----AGGAC-A--------CA-T-----TTCTGTTGCA-G-AC----AA-TCAAGA-TTT--ATGGCTTACACAGACAAA-TT-CATTAATTGGGT-CAG-ATGTGGTCAG--CCT-CTG--GGGGGAAA-TTCA-GT-GTA-G-TG-AGTTATA--CTCA-CGTGTTGTG-ATGAAATATTAAGGAAAACA------------TT------------T--TATGAT--GAAGATG--Aa
gi|18 : TCTACCTCGAGACACAGATGCAGGAT--GGGAA-ATAATGGATTACTC-AC--AT-AAA-ACTT
gi|18 : TTTAACTGATCAAAATCT-CGT---TAGAGAAATA----AACATCTTAGTTTTA-AACCATA-CAATTTAGTTTATCAGaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttacactaagcgttttaactgatcaaaatctcgttagagaaataaacatcttagttttaaaccatacaatttagtttatcaggtattcgaggtttactacgcagcaaatgtattctatgctcacttcct
gi|19 : tctacctcgagacacagatgcaggatgggaaataatggattactcacataaaacttaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttacactaagcgtTATAAT-GGATTCT-AAAA-ATCAT--T-AAGATGT-A-CCTTTCATT--TCAAAAA------A--CT-A-----ACG---------A-----AG------------CTTGT-CAATCCCT-GGAA-GCTGCCATATTGG-TAA----AA----GG------------------------ATTACCTCTCC-CCTC---AG---------TACCAGCTACAAGA-----------------GCTGAC-GTCAGTAAGACACAT-TGT--ATTTT-GGC---ACACT--gtattcgaggtttactacgcagcaaatgtattctatgctcacttcct
gi|2 : ttaaaggaattgtacatgaaaatgtaaattataattttgatgtgTATAAT-GAATT-TTGAAA-ATCGT--A-CAGAT-------------C--TCAGTAAGGAGATA--T---------------------------A------------TTTTTACAATCCAT-GGAA-GCTGCCATATTGA-TAA----AATCATTT------------------------ATTACCTCCCT-GCT----AGGTTATCTCTTAGAATCTACCAGACGTTAGC-ACT-GAT--GCTGAC-GTCAGTTGGCCACAT-TGC--ATTTT-AGC---TCATT--CTCTTAG-CAA-CACAGT-GAAAATTAATGTCAACATCA-GAAAGTGAACTA-AATAATGAG-ACAGAGCT--GAAGTATTAATTGGATGTAAATTTGAACC------AGAGTT--T----ACAGAGGAAGAAATT--GTTTCCCAGAATT-ATA-TTTCCTCA-C-CAG-A-AACTGAC-TT---TAAT-GAGAGATGAAGTTCT--CTGGATTG----T----T---GTGCTTG-T-GAAAATTATTCAATTTA-ACCTA-CA-TTC-AAGAAGTGTTT-C-TG--TTGT-CATGGGTTTGACCATT--ATGTTTT-G----G--ATT--AG-A-TAAGCA-TGCACACACAAAGTGTAT----T-TCTCGATCTACATCCTGA-CTTTGACTC----AGT--G----T-GT-GTGT-CTAAGTCCC-GTTAT-C-------C-TTGAGACAGCTTA--CATTA-TC---------T---------------A------------AATG-CCAC-AG---AGGA-TTCCG---AAGA-GCCCC-AG----AGC-ACTT----ACAT-AACAA-ATAAGA-AAA-ACACAA-ACTGA--A--G-TGGA--AAAATTATCT-GCTGTA-TTTATCAAATTCTAAACATATAGCATGTC-ATT-TGTGTGTT----AACATTTCCACATT-CAC-----CTATGTAAT----AGGAC-A--------CA-C-----TTCTGTTGCA-G-AC----AA-TCAAGA-TTT--ATGGCTTACACAGACAAA-TT-CATTAATTGGGT-CAG-ATGTGGTCAG--CCT-CTG--GGGGAAAA-TTCA-GA-GTA-G-TG-AGTTATACCCTCACTGTGTTGTA-ATGG---------------A------------TT------------T--TATGAT--GAAGATG--ACAA---------A-TT-----AA---TCA----------AG-ACTTGGAAT-AAGTAA-TCTTTC------AA-TGGA--CAAATG-TT-A-TTGTAT-ATTGCA-TCACCAAA---CAT---C-AGTCTAT-ATGGTCCA-----ATTG-AACATT-AAAAATCAATGTAT-AAA-TTGT--ATGATAATAAAGCAGTACTTTAATTATATCTTACAGC-AATCTTGTTTATTTCT-AAATATTTAATAC-AT-GTATATTCTAA--TTAATTGAATC-TTGAAATGTGTGT----------------TCTTT--ATCGT-GCACTATAGC-TGT----GTAACAGTGACCCTGAGTC-TCCTGCAGCA---A-TGTGGCCAATTTACGTCAGAACACAGATGCATGCT--GGGAA-TTAATGGA-TACCCTCC--AT-AAA-CC-----------------T-GTTTAATTGAT-GAAATCT-CTTTAAAAGAGAAACA----AACAAACAAGTTTTT-AGCATCA-CTATTTA-TTT-TCAGAAGGtaaca
gi|21 : GC-TGTTACAGTAAGAGTGACCC--AGTC-ACCAACAGCA---A-TGTG-----TCT-----------CAGATACATGCTTAAGGAA-ATAATGGG-TGACCCCC--AT-AAA-CTGTTTACT--T---AGGCT-GTTTAAATGAT-CAAATCTCCTC---AAGAGAAA
gi|22 : A-TATATACACAAAGTGCAG----T-TCTC--T--ACATTC--------------------------------ATG------GTCCC-GTTAT-A-------A-TTGATATGGCTTA--CA-----------------------------------------------G-TCAA-AG---AGGAATTACG---A----GTTCT-AGCTGGAGG-ACTT----GAAT-AACAA-GTAGAA-AAA-ACACAACAC--A------------------TA-------------TATCAAAATCTGAACATA-AA-ATGTC-ATT-TGTGTG--TAAAAA---TTCCA-ATT-acacttttcaatttcaggggtgttcttagtttgctatactacaaattgttttc
gi|23 : -GCTTTC--C--TCAGTAAGGAGATA--TTTC-----ATGATGAATAACT-----AA------------TTTTTACAATACAT-GGAA-GCTACCATATTGA--AA----AAT---T-------------------------ATTACCTCCCT-GCT----AGGTTATCTCTTAGCATCTACCAGAGGTCAGT-ACT-GAT--GCTGAA-GTCAGTTGGCCACAT-TGC--ATTTT-GGC---ACaca
gi|24 : GCATGCT--GG-AA-TTAATGGA-TACCCTCC--ATAAAA-CATTTCATT--TAGAG-----GTTTACTTGAT-GAAATAT-C-----AAGAGAAACA----AACAAACAA---TTT-AGCCACA-CTAATT--TTT-TCAAGAGG
gi|25 : a-CAC-----ACATGTGAA----AGGAT-A--------CAGTAACAATTCTGTTGTA-G-ACTTGCAG-TCAATA-TTT--ATGAC--ATACAGGCCA--TT-TACCAACTGAGT-CAG-ACGTGGTTA---TCT-CCGTAGGGGAAAA-T-CA-GA-GTA-G-T----TT-CACCCTCA-CATGTTGTG-ACAAA--------------A------------Tcctttttaagttttgctgtgcaaaatagctttcctgaacacctcctt
gi|26 : ATTCCGGC--ATCTTT--ATCGT-GCACTA--GC-TAT----GTATCAGCGACCC--AGTC-TCCAGCAGCA---A-TGTGTCTCATCTACATCAGACCACAGA---ATGCT--GGGAA-ATAATGGA-CACCCTTC--------------TATT--TAGAG---T-GTTTAATTGAT-GAAATCT-Ccaaggaagca
gi|27 : TGTAAT-GAATTCT-GATT-ACCAT--T-AAACTGT-A-GCTTTC--A--TCAGTAGGGCGATA--TT-g
gi|28 : agaactactgaaaggcgctaggtgtgcatgaaatgtaaatataacatagggtgtaaatttgtcattttgatttgTTTAAGGC------AGTGTT--T----AGAGAGG--GAAAAT--GCTACCAAGAATG-GCG-TTTCCTCA-C-CTA-C-AACTAAT-TT---TATG-GAGAGGGGAATTTCT-------TTG----T----T------CTTG-T-GAAAATTGTTCAGTTTT-ACCTA-CA-tcaaaaag
gi|29 : cactTGTAAG-GAATT-T-GAATTACCAT--A--AACTGT-A-GCTT-C--A--TCAGTAAGGGGATA--TT-
gi|3 : cgaagaggcgtagtgtgcatgaaatgtaacatataactagggttaaatttgcatttgattgTATAAT-GAATT-TTGAAA-ATCAT--A-CAGATGT-A-GCTTTC--C--TCAGTAAGGAGATA--TTTC-----ATAAAGATTGACT-----AA------------TTTTTACAATCCAT-GGAA-GCTGCCATATTGA-TAAAATTAAT---TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTACCTCCCT-GTT----AGGTTATCTCTTAGCACTCACCAGAGGTCAAC-ACT-GAT--GCTGAC-GTCAGTTAGCCACAT-TGC--ATTTT-GGC---ACATT---TCTTAG-TAA-CACAGT-GAAAA----TGTCAACATCA-GAAAGTGAACTCTAATAATGAG-AAAGAACT--GAAGTAT---TTAGATATAAATTTG--------------TT--T----ACAGAGGAAGAAATT--GTTTCC-AGAATT-ATG-TTTCCTCA-C-CAG-A-AACTGAC-TT---TAAT-GAGAATTGAATTTCT--ATGGATTAATTAT----T---GAGCTCG-T-GAAAATTGTTCAATTTT-ACCTA-CA-TTC-AAGAAGTGTCC-T-GG--TTGTTCATGAGTTTGACCATT--ATGTTTT-G----G--ATT--AG-A-TAAGCA-TGCACACA--AAGTGTAT----T-TCTC--T--ACATCCTGA-CTTTGACAC----AGA--G----T-GT-GTGT-CTAAGTCCT-GTTAT-C---------TTGAGACAGCTTA--CATTA-TC---------T---------------ATCTCGGGTACAAAA-G-CCAC-AG---AGGA-TTCGG---AAAA-GCCCT-AG----AGC-ACTA----ACAT-AACAA-CTAAGAGAAA-ACACAA-AC--A--AAAG-TGGA--AAAATTATCT-GTTATA-TTTATCAAATTCTAAACAT----CATGCC-ATT-TGTGTGTTTACAAACATTTCCACATT-CAC-----TTATGTAAT----AGAAC-A--------C---------------------AC----AATTCAAGATTTT--ATGGCTTACACAGACAAATTT-CATTAATTGGGT-CAG-ATGTGG-CAG--CCTGCTG--GGAGGAAA-TTCA-GACGTA-G-TG-AGTTATACTCTCA------TGTA-AAGGAAAAC----------A------------TT------------TA-GAAGAT--GAAGATG--ACAA---------A-TT------A---TCAT---------AG-ACTTTGGAT-AAGTAA-GTCTGC------AATTAGA--CAAATG-TTCA-TTGTAT-ATTGC--TCACCAAA---CAT---CAAGTC--T-ATGGTTCA-----ATTG-AACATT--AT-ATCAATGTA--AAG-TTGtcaagtggt
gi|30 : aattaaaggaagtgttcatgaaaatatgacaaattaagggtttaaaattgtcattttgatgtaAT-GAAATTT-CCT---AAGAGAAACA----AACAAACATGTTTCT-AAC--CA--TATTTA-TTT-TCAGAAG
gi|31 : G---AAGG-GCCCCCAG----AGC-ATTT----ACAT-AACAG-GTGA-----------AA-AC----------TGGA--AAAAATATCT-GCTGTA-TTTCTCGAATTCTAAACAT--AGCATGCA-ATT-cccttctaagtttgctgtgcaaaataattttttcatgaacacttcct
gi|32 : agCAACATCA-GAAAGTGTATT------ATTAG-A-AGAA--------TATCAGTT-----TAAACTTGAGT-----------TT--T----GCAGAGGAAGAAATT--GTTTCTCATAA
gi|33 : gcgcattggaCAAACA--TTTTTCAGCCTCAACTATTTA-TTT-TCAGAAGG
gi|34 : tGT----GTNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNCA---G-TGTGTCTCATCTACGTCAGAGCACAGATGAATGCT--GGGAA-ATAACGAA-Tgcagttctaagtttgtgtgcaaaaatagtttttttcatgaaact
gi|38 : ---------------A------------AA-G-CCAC-AG---AGGA-TTCGG---AAAA-GCCCT-AG----AGC-ACTA----ACAT-AACAA-
gi|39 : TATATCC-AAATATTTAATGC-AT-GTATATCCTAA--TTGA-TGAATC-T
gi|4 : TATAAT-GAATT-T-GAAA-ATCAT--A-CAGATGTTA-GCTTTC--CCTTCATTAAGGAGATAATTT-C-----ATAAAGATTGACT-----AA------------TTTTTACAATC-AT-GGAA-GCTGCCATATTGA-TAA----AAT---TA------------------------ATTACTTACCT-CCTGTTTAGGTTATCTCT-AGCACTCACCAGAGGTCAAC-ACTTGATTGGCTGAC-GTCAGTTAGCCACAT-TGC--ATTTT-GGC---ACATT--ATCTTAG-TAAGCACAGT-G-GAA--AATGTCAACATCA-GAAAGTGAACTT-AATAATGAG-AAAGAACTG-GAAG--TTA-TTTAGTATAAATTTG-------------GTT--T----ACAGAGGAAGAAATT--GTTT-CCAGAATT-ATG-TTTCCTCACC-CAGAA-AACTGACTTT---TAAT-GGAAGTTGAATTTCT--ATGGATTA----TTATAT---GTACTCG-T-GAAAATTGTTCAATTTT-ACCTA-CA-TTC-AAGAAGTGTC--C-TGGTTTGT-CATGAGTTTGACCATT---T-TTTT-G----G--ATT--AG-ACTAAGCATTGCACAC-CAAAGTGTCT----T---TC--TCTACATCCTGAGCTTTGACAC----AG---A----T-GT-GTGT-CT-AGTCCT-GTT-T-C-------C-TTGAGACAGCTTA--CATTA-TC---------TGATCTGCGGTACAGAA------------AA-G-CCAC-AG---AGGA-TTCGG---AAAA-GCCCT-A-----AGC-ACTA----ACAT-AACAACTTAAGA-AAATACACAA-ACAAA--A--G-TGGA--AAAATTATCT-G-TATA-TTTATCAAATTCTACACAT----CATGCC-ATT-TGTGTGTTTACAAACATTTCCA-ATT-CAC-----TTATGTAAT----AGAAC-A--------C---------------------AC----AA-TCAAGA-TTT--ATGGCTTACACAGACAAATTT-CATTAATTGGGT-CAG-A-GTGGTC----CTC-CTG--GAGG--AA-TTC--GC-GTA-GTTG-AGTTATACTCTCA-TGT-------AAGGAAAAC----------A------------TT------------TAGAATGAT--GAAGATG--ACAA---------A-TT------A---TC-----------AG-ACTTGGAAT-AAGTAA-TCTTTC------AA-TAGA--CAAATG-TT-A-TTGTAT-ATTGCA-TCACCAAA---CAT---C-AGTCTA--ATGGT-CA-----ATTG-AACATT-AATAATCAATGTAT-AAAGTTG
gi|40 : ttaaaggaagtgttcatgaacatatgacaaaattaagggttttaaacatttgcatttgatgtaAAGTTTTT-ACCCATA-TTATTTA-TTT-TCAGAAGG
gi|5 : AAA--AATGACATAATCA-GAAATTGAACTA-AATAGTAAG-ATTGAATTC-GAAGAATCA-T-GGCTATAAATTTGAAAC------AGAGTT--T----ACAGCGGAGGAAAAT--GTCAACCAGAATG-TTG-CTTCCTCA-C-CAG-C-AACTGAT-TT---TAAT-GAAAGGGGAATTTCT--CTGGATTG----G----T---TTCCTTG-T-GAAAATTGTTCAGTTTT-ACCTA-CA-TTC-AAGGAGTGTTT-C-TG--TTGT-CATGAGTTTGAACATT--ATGT-------------TT--AC-A-TAAACA-TG--CACACAAAGTGCAT----T---TC--TCTGCATCCCAA-CTTTGACAC----AGT--GTCACT-GT-GTGT-CTAAGCCCT-GTTAT-CCATGAGAC-TTCAGACAGCTTA--CATCA-TC---------TATCTCAGATACA---A------------AA-G-CCAG-AG---AG---T-------AAGA-GCACC-AG----AGC-ACTTTTAAAAAT-AACAA-GTAAGA-AAA-ACACAA-A--------------A--AATATCAT----CTGTA-TTTATCAAAATCTAAACA-G-AGCTTGTC-ATT-TATGTGT----AAACATTTTCACATA-CAC-----CTACGTGAT----AGCAC-A--------CA-A-----TTCTGTTGCA-G-AC----AA-ACAAGA--TT--ATGGCCTACAT---TCAA-TT-CATGAATTGGAT-CAG-ACGTTGTCAG--CCA-C-G--GGGGAAAATTTCT-GA-GTACA-TGTAGTTATACCCTCA-TGTGTTGTG-ATGAAAATAAGGAAAAC--A------------TT------------T--CCTGAT--AAAAATG--GCAATTATGAGGGA-TTTCATGAAGCCTCAGACTCTGTACAG-ACTCATAAT-AAATAA-TCTCTCATTGTAAA-TACATGTAAATG-TT-A-TTGTAA-ATTGCA-TCACCAAAACGTAT---C-AGTCTAC-CCGGTACATGTTCAATG-TACATC-AATAATTAATGTAT-AAA-TTGT--ATGAAAATACAGCAGccttctaagt
gi|6 : ttgaatctgaacaacatttttacaccatC-AG---AGGA-TTCAG---AAGA-GCCCC--------------------CAG-AACAA-GTAAGA-AAA-ACACAA-AC--AGAA--G-TGGA--AAAATTATCT-GCTGTA-TTTATCAAATTCTAAACATA--GCATGCC-AAT-TGTGTGT----AAACATTTCCACATT-CAC-----CTATGTAAT----AGGAC-A--------CA-T-----TTCTGTTGCA-G-AC----AA-TCAAGA-TTC--ATGGCTTACACAGACACA-TT-CATTAATTGGGT-CAG-ATGTGGTCAG--CAT-CTG--GGGGAAAA-TTCA-GA-GTA-G-TT-AGTTATACTCTCA-TGTGTTGTG-ATGGA--------------AATAAGGAAAACATT------------T--TATGAT--GAAGATG--ATAA---------A-TT-----A----TCA-----------G-ACTAGGAAT-AAGTAA-TCTTTC------AA-TAGG--CAAATG-TT-ATTTGTAT-ATTGCA-TCACCAAA---CA-------------------CCA-----ATTG-AACATT-AATAATCAATGTAT-AAA-TTGT--ATGATAATAAAGCAGTACT----TTATATCTTACAGC-AATCTTGTTTATTTCC-AAATATTTGATAC-AT-GTATATTCTAA--TTGATTGAATC-TTGAAATATGTGTT-AACATTCA-GAC-ATCTTT--ATCGT-GCAC--TAGC-TGT----GTAACAGTAAACCCGAGTC-TCCAGCAGCA---A-TGTGGCCAATTTACGTCAGAACACAGATGCATGCT--GGGAA-TTAATGGA-TACCCTCC--AT-AAA-CCTTTCATT--TAGAG---T-GTTTAATTGAT-GAAATCC-TTT---AAGAGAAACAAACGAACAAACAAGTTTTT-AGCCTCA-CTATT
gi|7 : ATAAT-GAATT-T-GAAA-AACCTTTA-CAGATGT-AAGCTTTC--C--TCAGTAAGGAGATT--TT-C-----ATAATGATAAC-T-----AAA-----------TTTTTACAATACAT-GGAAAGCTGC-ATATTGAATAA----------TT------------------------ATTACT--CCT-GCT----AAGTTATCTCTTAGCATCTACCAGAGGTCCAC-ACT-GAT--GCTGACGGTCAGTTGG-CA-AT-TGCT-ATTTTGGGC---ACATT--CTCTTAGTTAA-CACGTT-G--AA--AATGTCAACATCA-GAAAGTGAGCTA-AATAATGAG-ACAGAA-T--GAAGT---A-TTGG-TAAAAATTTGAACCCACACAAGAGTTAATA---ACAGAGGAAGAAATT--GTTTTCCCAAATTAATG-TTTCCTTA-C-CAG-C-AACTGAC-TTTCATAAT-GAGAATTGAATTTCTAAATGGATTG----T----T---GTGCTTG-TGGAAAATTGTTCAGTTTT-A-CTA-CA-TTC-AAGAAGTGTCA-CTTG--TTGT--ATGAGTTTTA-CATTA-ATG-TTT-G----GTTATT--AG-A-TAAGCA-TACAC-CACAAAGTGTATAA--TATTTC--TCTACATCTTGA-CTTTGACACGCAGAGTGGG----TGGT-GTGT-CTAAGTCCT-GTTATCC-------C-TTGAGACAGCTTA--CATTATTC---------T---------------A-----------------TCTC-GGGTAAAAA-ACGCA---AAGA-G-GCC-AG----AGC-ACTT----ACAT-AAAAA-GTAActaagtttgctgtgcaaaaatagttttttcatgaacactt
gi|8 : aggaagtgtttcatgaaaatatgacaagggtttaaaaatgtccaattttggatgtaATAATTGAATT-T-GAAA-ACCTTT-A-CAGATGT-AAGCTTTC--C--TCAGTAAGGAGATT--TT-C-----ATAATGATAAT-T-----AA------------TTTTTACAGATCAT-GGAA-GCTGC-ATATT-A-TAA----AAT---T-------------------------ATTACCTCC-T-GCC----TAGTTATCTCTTAGCATCTACCAGAGTCCAGC-ACT-GAT--GCTGACGGTCAGTTGG-CA-AT-TGCATATTTT-GGC---ACATT--CTCTTAG-TAA-CAC-GT-G--AA--AATGTCAACATCA-GAAAGTAAGCTA-AA-AAT-AG-ACAGAAT----AAGTAT---TTGG-TAAAAATTTGAACCACACA-AGAGTT--TAATAACAGAGG-AGAAATT--GTTTTCCAATATT-ATG-TTTCCTTA-CGCAG-ACAACTGAC-TTTCATAAT-GAGAATTGAATTTCTAAATGGATT-----T----T----TGCTTGAT-G-AAATTGTTCAGTTTT-ACCTA-CA-TTCGAAGAAGTGTCCAC-TG--TTGT--ATGAGTTTAA-CATTA-ATGTTTT-G----GT-ATT--AG-A-TAAGCA-TACAC-CA-AAAGTGTATTAAAT-TCTC-----ACATCTTGA-CTTTGACACGCAGAGT--G----G-GTGGTGTGCTAAGTCCT-GTTAT-C-------C-TTGAGACAGCTTA--CATTATTC---------T---------------A-----------------TCTC-GGTA-AAAA----CGC--AAGA-G-GCC-AG----AGC-ACTT----ACAT-AA
gi|9 : ctaaaggaagtgtttcatagaaaatatgacaagggtttaaaatgtccaattttggatgtaACAA-AC--A--A--AATGGA--AA--TTATCT-GCTGTAATTTATCAAATT-TAAACAT----CATTGC-AAT-TGTGTGTTTACAAACATT--CACATT-CAC-----CTATGTACT----ACGAC-AACATTGTACA-T-----TTCTGTTGCAAG-AC----A--TCAA-A-TGT--ATGGCTTACA-AGACAAA-TT-CATTAATTGGGTTCAGCATGTGGTCAG--CCT-CTG--TGGGAAAA-TTCA-GATGTA-G-TC-AGTTA----CTC--TGTGTTGTGCATGGATTAAGGAAGAAC--A------------TT------------T--TATGAT--GAAGATAGAACAA---------AATT-----TA---TCA----------GA-ACTCAGAATTAAGTAA-TCTTTC------AA-TAGA--CAAATGTTT-A-TTGTATAATTGCAGTCACCAAA---CAT---C-AGTCTAT-ATGGTC-------ATTGAAAAATT-AATAATCCATG-ATAAAA-TTGTTAATGATAAT-AAGC--TA---------------ACAGC-AA--TTGTTTATTTCC--AATATTTTATAC-AT-ATATATTCTAATTTTAATTGAATCTTTGAAACA-------GAC----------ATCTTTA-ATCGTGGCAC--TAGCTTGC----GTAACAGT--CTCCGAG-----CA----CA---ATTGTGGCC-ATTTACGTCA-AACACAAATGCATGCT---GGAA-TTAATGGA-TACGCTCC--AT-AAACCCTTTCATT--TAGAG---T-GCTTAATTG-T-GAAATCT-TTT---ag
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): AATTACAACTGTGATATCGTAATATGATTGAATCCTAACAGATATGATGTTGAGAACATTCAGACTCATTCATTTATGTGGTGACTAGGGCTTGGTAAGTGGCCCGCCGTAGTCCCACATCTCGAGTTGGCACGAAATAGTTAATGCGTCCAAAGAACTCATTAGTTAATAGCTGGGATTCTACGTCAATGTGATTAATAGCACATATAATCGTCTTACATGAAACTTTCAATACTAAAGGAGTAGTTTTAAATTTATAGAATAGCCTCGCTCTAGTGAAGTACGATGTAAAACAAGTTTATTACGCCTCATATTTTTAAAATACAGAAGCGCTTCTAAAGTTTGCCTTCGGCTAAAAAATAGTTTTTTCATGCAAACACCTTCTATTT
Unaligned ( gi|20 ): GTAGTTTTACCCTAATTGTTTGTGAGAAAAAATAAGGAAACATATCTTGATGAATACTCCAATTATGACGATTTTCATGAAACCTGATTCTGAATATTTTTTTTACAGTAAATAAGTAGCATAATTGTAAATTATATCAGCAAAATTCATCTGTATAGTCTATGTACTGTACTCCATCAACTATTATCAATGTACA
Unaligned ( gi|35 ): CGCTTAAAAGAATTGTTCGTGAAAATATGACAAAGGGTTTCTAATTGTATAATGAATTTTGAAAAGCATAAAG
Unaligned ( gi|36 ): TAAAGGAAGTGTTCATGAAAATGTGACAAAGGGTTTTAAATTGTCATTTTGACGTATATAATGA
Unaligned ( gi|37 ): TATAAGGGGTTTCATAAAGCCTCAGACCCTGATAATTCCTCACGATAAATAA
Alignments
lowQualScore : 11111 7777777777777777777777777777777 444444444444444444444444444444444444 22 111 3333333333333333333 3333333333333 1111111 111 111 111111111111111 1 11 1111111 11111111 3333333333333333 222222222 1 99999999999999999999999999999999999999999 111 111111111 3333333333 3333 1111 11111 22222222222222222 777777777777777777777777777777777777777777777 444444444444444444444444444444444444 111111 1 111 11111 11111 1111 11 1111 111111111111111 1111111
lowQualScore : 4 8 8 4 44444 4 7 88888 55 8888888888888888888888888888888 4 4 1 0 8888 777777777777777777777777777777777777 1 4 8 4 8 55 8 7 4 4 99 4 777 66 5 5 0 5 00 222 4 66 1 0 888 5555555555555555555 0 3333333333333 5555555 0 55 2 2 4 4 4 4 999 4 555 4 4 555 666666666666666 4 4 2 4 4 4 4 77 4 66 88 5 55 4 5555555 66 4 4 4 6 1 77777777 9999 5 0 1111111111111111 5 5 0 5 5 000000000 66 0 88888888888888888888888888888888888888888 4 4 222 000000000 3 0 3 7777 3 88888 3 3 4 4 4 8888888888 55 0 444 4 0 1111 3 3 9999 3 00000 8888 4 44444444444444444 444 8888 4 8 55 8 4 4 4 55 4 55 1 4 4 8 4 4 55 1 22 4 4 666666666666666666666666666666666666666666666 888 66 66 66 999999999999999999999999999999999999 5 5 5 444444 5 66 0 5 5 5 888 888 55 0 000 55 22222 0 5 5 5 3 5 99 77777 0 6 22 5 5 66 5 5 5 77777 9999 5 7777 5 7777 66 66 5 11 7777 3 7777 0 777777 44 666 666 3 6 5555 44 555 555 44 3 44 999999999999999 44 555 6 999999 44 3 3 3 44 555 3 55 3 0000000 3 666 55 9999 777 3 3 3 1 3 2 3 3
lowQualScore : . . . . ..... . . ..... .. ............................... . . . . .... .................................... . . . . . .. . . . . .. . ... .. . . . . .. ... . .. . . ... ................... . ............. ....... . .. . . . . . . ... . ... . . ... ............... . . . . . . . .. . .. .. . .. . ....... .. . . . . . ........ .... . . ................ . . . . . ......... .. . ......................................... . . ... ......... . . . .... . ..... . . . . . .......... .. . ... . . .... . . .... . ..... .... . ................. ... .... . . .. . . . . .. . .. . . . . . . .. . .. . . ............................................. ... .. .. .. .................................... . . . ...... . .. . . . . ... ... .. . ... .. ..... . . . . . . .. ..... . . .. . . .. . . . ..... .... . .... . .... .. .. . .. .... . .... . ...... .. ... ... . . .... .. ... ... .. . .. ............... .. ... . ...... .. . . . .. ... . .. . ....... . ... .. .... ... . . . . . . . .
lowQualScore : 4 9 9 0 88888 0 3 33333 00 4444444444444444444444444444444 4 4 1 8 5555 999999999999999999999999999999999999 6 0 0 0 0 55 0 5 1 0 55 0 000 11 7 7 1 7 99 000 4 44 8 1 333 6666666666666666666 8 9999999999999 4444444 8 55 3 5 4 4 4 4 666 4 666 4 7 777 111111111111111 4 4 7 4 4 4 4 11 4 11 33 0 00 4 6666666 11 4 4 4 2 1 44444444 6666 0 2 4444444444444444 0 0 1 0 0 666666666 99 0 44444444444444444444444444444444444444444 4 0 555 111111111 6 5 6 7777 6 66666 3 6 4 4 0 8888888888 55 9 777 0 2 1111 6 6 3333 6 00000 5555 0 22222222222222222 666 5555 0 0 55 0 0 0 0 55 0 55 3 0 4 9 4 4 66 9 88 4 4 666666666666666666666666666666666666666666666 888 99 11 11 555555555555555555555555555555555555 0 0 0 444444 0 99 0 0 0 0 888 888 11 1 111 99 55555 1 0 0 0 2 0 22 66666 8 7 55 7 0 99 0 0 0 22222 4444 7 1111 0 8888 99 99 0 99 0000 6 7777 1 999999 55 444 444 6 5 3333 66 888 888 66 1 22 222222222222222 11 444 2 666666 66 3 3 9 66 888 3 00 3 8888888 3 444 55 4444 888 3 3 3 0 3 7 6 6
consensus : TATAAT-GAATT-T-GAAA-ATCAT--A-CAGATGT-A-GCTTTC--C--TCAGTAAGGAGATA--TT-CAT--AA--GAT--A--T-----AA-----TTTTTACAATCCAT-GGAA-GCTGCCATATTGATAA----AAT----T-------------------------A-----TTACCTCCCT-GCT-AGGTTATCTCTTAGCATCTACCAGAGGTCAGC-ACT-GAT--GCTGAC-GTCAGTTGGCCACAT-TGC--ATTTT-GGC---ACATT--CTCTTAG-TAA-CACAGT-GAAAA--AATGTCAACATCA-GAAAGTGAACTA-AATAATGAG-ACAGAACT--GAAGTATCA-TTGGATATAAATTTGAACC------AGAGTT--T----ACAGAGGAAGAAATT--GTTTCCCAGAATT-ATG-TTTCCTCA-C-CAG-A-AACTGAC-TT---TAAT-GAGAGTTGAATTTCT--ATGGATTG----T----T---GTGCTTG-T-GAAAATTGTTCAGTTTT-ACCTA-CA-TTC-AAGAAGTGTCT-C-TG--TTGT-CATGAGTTTGACCATT--ATGTTTT-G----G--ATT--AG-A-TAAGCA-TGCACACACAAAGTGTAT----T-TCTC--TCTACATCCTGA-CTTTGACAC----AGT--G----T-GT-GTGT-CTAAGTCCT-GTTAT-C-------C-TTGAGACAGCTTA--CATTA-TC---------T---------------A------------AA-G-CCAC-AG---AGGA-TTCCG---AAGA-GCCCC-AG----AGC-ACTT----ACAT-AACAA-GTAAGA-AAA-ACACAA-AC--A--A--G-TGGA--AAAATTATCT-GCTGTA-TTTATCAAATTCTAAACATA-AGCATGCC-ATT-TGTGTGTTTACAAACATTTCCACATT-CAC-----CTATGTAAT----AGGAC-A--------CA-T-----TTCTGTTGCA-G-AC----AA-TCAAGA-TTT--ATGGCTTACACAGACAAA-TT-CATTAATTGGGT-CAG-ATGTGGTCAG--CCT-CTG--GGGGAAAA-TTCA-GA-GTA-G-TG-AGTTATACCCTCA-TGTGTTGTG-A-----T----------GGA---------AA----------A--T-TTT---AT--GAT--GAAGATG--ACAA---------A-TT-----AA---TCA----------AG-ACTCGGAAT-AAGTAA-TCTTTC------AA-TAGA--CAAATGTT-A-TTGTATA-TTGCA-TCACCAAA---CAT---C-AGTCTAT-ATGGTCCA-----ATTGAACA-TT-AATAATCAATG-TATAAA-TTGT--ATGATAATAAAGCAGTACT----TTATATCTTACAGC-AATCTTGTTTATTTCC-AAATATTTAATAC-A--T-GT-ATATTCTAAT-T--GATTGAATCTT-G--AAATATG-TGTT---AACATT-CAG-A--CATC--TTT--A-TCGTG--CACTATAGCT-GT----GTAACAGTGACC--CCG-AGTC-TCCAGCAGC---A---AT-GTGGC-C--AAT--TTA---CGTC---AGAACACA--GATGCAT-GCT--GGGA---------------A-TTAATGG---A-TA------CCCTCC--AT-AAA-CCTTTCATT--TA---GAGT-GTTT--AATTGAT-GAAAT-------CT-CTT---AAGAGAA--ACA----A---ACAAACAAGTTT-TT-A-GCCNCA-CTATTTA-TTT-TCAGAAGG
Reference ( family-521 ) : TATAAT-GAATT-T-GAAA-ATCAT--A-CAGATGT-A-GCTTTC--C--TCAGTAAGGAGATA--TT-CAT--GA--GAT--A--T-----AA-----TTTTTACAATCCAT-GGAA-GCTGCCATATTGATAA----AAT----T-------------------------A-----TTACCTCCCT-GCT-AGGTTATCTCTTAGCATCTACCAGAGGTCAGC-ACT-GAT--GCTGAC-GTCAGTTGGCCACAT-TGC--ATTTT-GGC---ACATT--CTCTTAG-TAA-CACAGT-GAAAA--AATGTCAACATCA-GAAAGTGAACTA-AATAATGAG-ACAGAACT--GAAGTATCA-TTGGATATAAATTTGAACC------AGAGTT--T----ACAGAGGAAGAAATT--GTTTCCCAGAATT-ATG-TTTCCTCA-C-CAG-A-AACTGAC-TT---TAAT-GAGAGTTGAATTTCT--ATGGATTG----T----T---GTGCTTG-T-GAAAATTGTTCAGTTTT-ACCTA-CA-TTC-AAGAAGTGTCT-C-TG--TTGT-CATGAGTTTGACCATT--ATGTTTT-G----G--ATT--AG-A-TAAGCA-TGCACACACAAAGTGTAT----T-TCTC--TCTACATCCTGA-CTTTGACAC----AGT--G----T-GT-GTGT-CTAAGTCCT-GTTAT-C-------C-TTGAGACAGCTTA--CATTA-TC---------T---------------A------------AA-G-CCAC-AG---AGGA-TTCCG---AAGA-GCCCC-AG----AGC-ACTT----ACAT-AACAA-GTAAGA-AAA-ACACAA-AC--A--A--G-TGGA--AAAATTATCT-GCTGTA-TTTATCAAATTCTAAACATA-AGCATGCC-ATT-TGTGTGTTTACAAACATTTCCACATT-CAC-----CTATGTAAT----AGGAC-A--------CA-T-----TTCTGTTGCA-G-AC----AA-TCAAGA-TTT--ATGGCTTACACAGACAAA-TT-CATTAATTGGGT-CAG-ATGTGGTCAG--CCT-CTG--GGGGAAAA-TTCA-GA-GTA-G-TG-AGTTATACCCTCA-TGTGTTGTG-A-----T----------GGA---------AA----------A--T-TTT---AT--GAT--GAAGATG--ACAA---------A-TT-----AA---TCA----------AG-ACTCGGAAT-AAGTAA-TCTTTC------AA-TAGA--CAAATGTT-A-TTGTATA-TTGCA-TCACCAAA---CAT---C-AGTCTAT-ATGGTCCA-----ATTGAACA-TT-AATAATCAATG-TATAAA-TTGT--ATGATAATAAAGCAGTACT----TTATATCTTACAGC-AATCTTGTTTATTTCC-AAATATTTAATAC-A--T-GT-ATATTCTAAT-T--GATTGAATCTT-G--AAATATG-TGTT---AACATT-CAG-A--CATC--TTT--A-TCGTG--CACTATAGCT-GT----GTAACAGTGACC--CCG-AGTC-TCCAGCAGC---A---AT-GTGGC-C--AAT--TTA---CGTC---AGAACACA--GATGCAT-GCT--GGGA---------------A-TTAATGG---A-TA------CCCTCC--AT-AAA-CCTTTCATT--TA---GAGT-GTTT--AATTGAT-GAAAT-------CT-CTT---AAGAGAA--ACA----A---ACAAACAAGTTT-TT-A-GCCNCA-CTATTTA-TTT-TCAGAAGG
gi|1 : AT-GAATT-T-GAAA-ATCAT--AACAGATGT-A-GCTTTC--C--TCAGTAAGGAGATA--TTTCATTAAA--GAT-----T-----AACTAATTTTTTACAATCCATTGGAA-GCTGCCATATTGATAA----AAT----T-------------------------A-----TTACCTCCCTTGCT-AGGTTATCTCTTAGCATCTAC-AGAGGTCAGCCACTTGA---GCTGAC-GTCAGTTGGC-ACATCTGC--ATTTT-GGC---ACATT--CTTTTAG-TAA-CACAGTTGAAAA----TGTCAACATCAAGAAAGTGAACTA-AATAATGAGGATAGAACTTTGA-GCAT---TTGGATATAAATTTGAACC------AGAGTT-------ACAGAGGAAGAAATTTGGTTTCC-AGAATT-ATGGTTTCCTCA-C-CAG-A-AACCAAC-TT---TAATTGAGAATTGAATTTCT--ATGGATTA----T----T---GAGCTTG-T-GAAAATTGTTCAATTTTTACCTAACAGTTC-AAGAAGTGTCT-C-TG--TTGC-CATGAGTTTGACCATT--ATGTTTTTG----G--ATT--AG-A-TAAGCA-TGCA---ACAAAGTGTAT----T-T-----TCTACATCCTGA-CTTTGATCC----AGT--GG---T-GT-GTGT-CTAAGTCCTTGTTAT-C-------CCTTGAGACAGCTTGGGCATTA-TCATCTCGCGGT---------------ACAAA--------AA-GACCACCAG---AGGA-TTTCGGAAAAGAAGCCCT-AG----AGCCACTG----GCATTAACAA-GTAAGA-AAA-ACA----AT--A-----G-TGGACAAAAATTATCTTGCCGTG-TTTATCAAATTCTAAACAT----CATGCCCATTCTGTGTGTTTACAAACATTTCCACATTTCAC-----CTATGTAAT----AGGACCA--------CA-T-----TTCTGTTGCA-G-AC----AT-TCAAGA-TTTTTATGGCTTACACAGACAAA-TTTCATTAATTGG-T-CAG-ATGTGGTCAG--CCT-CTG--GGG--AAA-TTCAAGA-GTA-G-TG-AGTT-TATTCTCA-TGTGTTGTG-AGGAATTAA--------GGA---------AA----------ACAT-TTT---AT--GATTGAAAGATG--ACAA---------T-TT-----A----TCA----------AGGACCCGGAAT-AAGTAAATCTTTC------AA-TATA--CAAAT-TT-A-TTTTATA-TTGCA-TCAC-AAA---CAT---C--GTCTATTATGGTC-A-----AT-GAACA-TTTAATAATCAATG-TATAAA-TTGT--ATGATAATAAAGCAGTACT----TTATATCTTACAGCAAATCGTGTTTATTTCCAAAATATTTAATACAA--TAGT-ATA---TA--------------CTT-G--AAATATG-TGTT---AACATTCCAGAA--CATC--TTTAAA-TCGTG--CACT-TAGCT-GT----GTAACAGTGACC--CCG-AGTCTTCCAGCAGC---A---AT-GTA---C--AAT--TTA---CGTC---AGAACACA--GATGCAT-GCT--GGGA---------------ATTTAATGG---ACTA------CCCTCC--AT-AAA-CCTTTCA-T--TA---GAGT-GTTT--AATTGA--GAAAT-------CT-CTT---AAGAGAA--ACA----A---ACAAAGAAG-TT-TT-A-GCCTCA-CTA-TTA-TTT-TCAGAAG
gi|10 : taaaggatgtcttagataataatatgacaaaggctttaaaattggtcattttgatggtaat--GAGGATG--ACAA---------A-TT-----A----TCA-----------G-ACTCGGAAT-AAGTAA-CCTTTT------AA-TAGA--CAAGTGTT-A-TTGTATA-TTTCA-TCACCATA---CATAATC-AGTCTAT----GTTCA--------------TC-AATAATCAATG-TATAAA-TTGT--ATGATAATAAAGTAATACG----TTATATCTTACAGC-AATTCTGTTTATTTAC-AAATATTTAATAC-A--T-GT-ATATTCTAAT-T--GATTGAATCTT-G--AAATATG-TGTT---AACATT-CAG-A--CATC--TTT--A-TCGTG--CAC--TAGCT-GT----GTAACAGTGGCC--CTG-AGTC-TCCAGCAGC---AATGAT-GTGAC-C--AGT--TTA---CGTC---AGAACACA--GAAGCAT-GCT--GGGA---------------A-TTAATGG---A-TA------CCCTCC--AT-AAA-CCTTTCATT--TA---GAGT-GTTT--AATTGAT-GAAAT-------CT-CTT---AAGAG------A----A---ACAAACAAGTTT-TT-A-GCCACA-CTACTTA-TTT-TCAGAAGGcatttctaagtttactgttgcaaaaatatatttttcatgacacttccct
gi|11 : TAC-AACT-GTGATATCGTAATAT--GATTGAATCCT-AACAGATATGATGTTGAGAACATT-CAG-ACTCATTCATTT--A-T-GTGGTGACTAGGGCT-TG----GTA--AGTGGCCCGCCGTAGTC--CCA-CATCTCGA---GT--TGGCACGAAATAGTTAATGCGTCCAAAGAACTCATTAGTTAATAGCT--GGGATTCTACGTCAATGTGA-TTAATAGCACA-TATAATCGTCTTAC--AT-GAA-ACTTTCAATACTAAAGGAGTAGTTTTAAATTTAT-AGAATAGCCTCGCT-CT-----AGTGAAGTACG----ATGTA-AAACAAGTTTATT-ACGCCTCA------TA-TTT-TTAAAAccttttaagtttgctgtgcaaaaatagtcttttcatgaacacttcctt
gi|12 : aat-AAGAA-TGTCT-T-TG--TTGT-CGCGAGTTTGA-------ATGTTTT-GTGTCG--ATTTAAGAA-TAAACA-GACATGCACAACTAGTAT----T-Ttacagaagcgcttctaaagtttgccttcggctaaaaaatagttttttcatgcaaacaccttctattt
gi|12 : caCTT----GAAT-AA-AA-GTAGGA-AAA-ACAC-A-AC-----------------AAACTATTT-A-TG----TTA-CAAA-TCT-AATATATAGCAT-TC-AGT-TGTGTGT----AAACATTTCTCCATA-CACGAGGAATACGTGATTACCATAAC-A---------A-T-----TCGTGTTTCA-ATAC----AA-TCAAGATTTT--ATGGCT-------ACAAA-TT-TATTCACTGAG-------TATGGTCAGTATAT-ATG--GGGGAATA-TTaattagcagacccgtatttatcagttaataccagcttatacttatagtctatcgtgtatcagaaatacataagaaccagaggaggaaataaatttaagtccaaatcttgaataaaagtaggaaaaacacaacaaactatttatgttacaaatctaatatatagcattcagttgtgtgtaaacatttctccatacacgaggaatacgtgattaccataacaattcgtgtttcaatacaatcaagattttatggctacaaatttattcactgagtatggtcagtatatatgggggaatatta
gi|13 : caaagaatgtctttgttgtcgcgagtttgaatgttttgtgtcgatttaagaataaacagacatgcacaactagtatttaattagcagacccgtatttatcagttaataccagcttatacttatagtctatcgtgtatcagaaatacataagaaccagaggaggaaataaatttaagtccaaatTGATAA----AAT----A-------------------------A-----TTGCCTTCCT-GCT-GGGTTATCTTTTAGCATTAACCAGAGGGCAGC-ACT-GAT--TCTGAC-GTCAATAAGACTAAT-TAT--A-TTT-GGCTCTGCATCAACACTTAT-AAA-CACAGT-T--AA--GATGT---CATCA-CAAAGTGTGTTA----GATGAG----GAA--------TATCA----GAT-----TTT-----------AG------C----ACA-AGTAA-ACATT--GCTTTCCATAATA-ATA-CTT------------G-ATCTTA---T---TAA---AGAA--GAATTCCC--GTTGGTTG----T----TGGAGTGTTTG-T-GGATATCGTGCA-TTCT-AACTT-CA-TTC--AGA--TGTCT-T-TG--TAGT-AACAAGTTTGA--ATTGAATGTTGG-G----T--GTC--AG-A-TAAGa
gi|14 : ACAGC-AATCTTGTTTATTTCC-AAATATTTAGTTC-A--C------ATTCTAAT-T--G-------C-------AATATG-TGTTT--AACATT-CAG-A--CATC--TTT--A-TCGTA--CACTA--GCT-AT----GTAGCGGTGACC----A-AGTC-TCCAGCAGC---A---AT-GTGAC-T--AAT--TTA---CGTC---AGAACACA--GATGCAT-GCT--AGGA---------------A-TTCATGG---G-TA------CCCCCCAAAA-AAA-TATTTCAAT--TA---CAGT-
gi|14 : AGTTT-AT-A-GCCACA-CTAATTA-TTT-TTAGAAGGttatagccacactaattatttttagaaggctatctagatttgttgtgcaaaaacaggttttttttttcatgaacactt
gi|15 : acagcaatcttgtttatttccaaatatttagttcacattctaattgcaatatgtgtttaacattcagacatctttatcgtacactagctatgtagcggtgaccaagtctccagcagcaatgtgactaatttacgtcagaacacagatgcatgctaggaattcatgggtaccccccaaaaaaatatttcaattacTAGCT-GT----GTAACAGTGACC--CTG-AGTA-TCCAGCAGC---A---AT-GTGGC-C--AAT--TTA---CGTC---AGAACACA--GCTGCAT-ACT--GGGA---------------A-ATAATGG---A-TA------CCCTCC--AT-AAA-CCTTTCATT--TA---GAGT-GTTT--AATTGAT-GAAAT-------CT-CTT---AAGAGAA--ACA----A---ACATACAAGTTT-TT-A-GCCTCA-CTTTTTA-TTT-TCGGAAGctatctagatttgttgtgcaaaaacaggttttttttttcatgaacactt
gi|16 : acA-ATCAT--T-AAGATGT-A-GCTTTC--A--TCAGTAGGGATATA--TTTCA---AA--AAT--G--TTAATGAA-----TCTGCTCAATCTCT-GGAA-GCTGTCATATTGATAA----AAT----G-------------------------A-----TTGCATCCTT-GCT-TGGTTATCTCTT---ATTTACCAGAGGGCAGA-ACT-GAT--GCTAAT-GCTAAGTAGATATAT-TGT--AATTT-GGC---ACATT--Cacattctaagtttgctgtgcaaaaattgttttgtcatgaaca
gi|17 : aaggaagcatacatgaaagtgtaacatcaggttaaaataaaatatCAAATTCTAAACATA--GCATGCC-ATT-TGTGT--TTA--AACATTTCTGCATT-CAC-----CTATGTAAT----AGGAC-A--------CA-T-----TTCTGTTGCA-G-AC----AA-TCAAGA-TTT--ATGGCTTACACAGACAAA-TT-CATTAATTGGGT-CAG-ATGTGGTCAG--CCT-CTG--GGGGGAAA-TTCA-GT-GTA-G-TG-AGTTATA--CTCA-CGTGTTGTG-A-----TGAAATATTAAGGA---------AAAC--------A--T-TTT---AT--GAT--GAAGATG--Aa
gi|18 : T--CTA---CCTC---GAGACACA--GATGCAG-GAT--GGGA---------------A-ATAATGG---ATTA------CTC-AC--AT-AAA-ACTT
gi|18 : CTTACACT--AA---GCGT--TTT--AACTGATCAAAAT-------CT-CGT---TAGAGAA--ATA----A---ACATCTTAGTTT-TA-A-ACCATA-CAATTTAGTTTATCAGaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttacactaagcgttttaactgatcaaaatctcgttagagaaataaacatcttagttttaaaccatacaatttagtttatcaggtattcgaggtttactacgcagcaaatgtattctatgctcacttcct
gi|19 : tctacctcgagacacagatgcaggatgggaaataatggattactcacataaaacttaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATAAT-GGATTCT-AAAA-ATCAT--T-AAGATGT-A-CCTTTCATT--TCAAAAA------A--CT-AAC--GA----------------AG-----CTTGT-CAATCCCT-GGAA-GCTGCCATATTGGTAA----AAG----G-------------------------A-----TTACCTCTCC-CCTCAG---------TACCAGCTACAAGA-----------------GCTGAC-GTCAGTAAGACACAT-TGT--ATTTT-GGC---ACACT--gtattcgaggtttactacgcagcaaatgtattctatgctcacttcct
gi|2 : ttaaaggaattgtacatgaaaatgtaaattataattttgatgtgTATAAT-GAATT-TTGAAA-ATCGT--A-CAGAT-------------C--TCAGTAAGGAGATA--T--------------------------A-----TTTTTACAATCCAT-GGAA-GCTGCCATATTGATAA----AATCATTT-------------------------A-----TTACCTCCCT-GCT-AGGTTATCTCTTAGAATCTACCAGACGTTAGC-ACT-GAT--GCTGAC-GTCAGTTGGCCACAT-TGC--ATTTT-AGC---TCATT--CTCTTAG-CAA-CACAGT-GAAAATTAATGTCAACATCA-GAAAGTGAACTA-AATAATGAG-ACAGAGCT--GAAGTATTAATTGGATGTAAATTTGAACC------AGAGTT--T----ACAGAGGAAGAAATT--GTTTCCCAGAATT-ATA-TTTCCTCA-C-CAG-A-AACTGAC-TT---TAAT-GAGAGATGAAGTTCT--CTGGATTG----T----T---GTGCTTG-T-GAAAATTATTCAATTTA-ACCTA-CA-TTC-AAGAAGTGTTT-C-TG--TTGT-CATGGGTTTGACCATT--ATGTTTT-G----G--ATT--AG-A-TAAGCA-TGCACACACAAAGTGTAT----T-TCTCGATCTACATCCTGA-CTTTGACTC----AGT--G----T-GT-GTGT-CTAAGTCCC-GTTAT-C-------C-TTGAGACAGCTTA--CATTA-TC---------T---------------A------------AATG-CCAC-AG---AGGA-TTCCG---AAGA-GCCCC-AG----AGC-ACTT----ACAT-AACAA-ATAAGA-AAA-ACACAA-ACTGA--A--G-TGGA--AAAATTATCT-GCTGTA-TTTATCAAATTCTAAACATATAGCATGTC-ATT-TGTGTGTT----AACATTTCCACATT-CAC-----CTATGTAAT----AGGAC-A--------CA-C-----TTCTGTTGCA-G-AC----AA-TCAAGA-TTT--ATGGCTTACACAGACAAA-TT-CATTAATTGGGT-CAG-ATGTGGTCAG--CCT-CTG--GGGGAAAA-TTCA-GA-GTA-G-TG-AGTTATACCCTCACTGTGTTGTA-A-----T----------GG----------------------A--T-TTT---AT--GAT--GAAGATG--ACAA---------A-TT-----AA---TCA----------AG-ACTTGGAAT-AAGTAA-TCTTTC------AA-TGGA--CAAATGTT-A-TTGTATA-TTGCA-TCACCAAA---CAT---C-AGTCTAT-ATGGTCCA-----ATTGAACA-TT-AAAAATCAATG-TATAAA-TTGT--ATGATAATAAAGCAGTACTTTAATTATATCTTACAGC-AATCTTGTTTATTTCT-AAATATTTAATAC-A--T-GT-ATATTCTAAT-T--AATTGAATCTT-G--AAATGTG-TGT--------------------TC--TTT--A-TCGTG--CACTATAGCT-GT----GTAACAGTGACC--CTG-AGTC-TCCTGCAGC---A---AT-GTGGC-C--AAT--TTA---CGTC---AGAACACA--GATGCAT-GCT--GGGA---------------A-TTAATGG---A-TA------CCCTCC--AT-AAA-CC-----------------T-GTTT--AATTGAT-GAAAT-------CT-CTTTAAAAGAGAA--ACA----A---ACAAACAAGTTT-TT-A-GCATCA-CTATTTA-TTT-TCAGAAGGtaaca
gi|21 : GCT-GTTACAGTAAGAGTGACC--C---AGTC-ACCAACAGC---A---AT-GTG--------T--CT-----------------CA--GATACAT-GCTTAAGGA---------------A-ATAATGG---G-TG------ACCCCC--AT-AAA-CTGTTTACT--TA---GGCT-GTTT--AAATGAT-CAAAT-------CTCCTC---AAGAGAA--A
gi|22 : A-TATATACACAAAGTGCAG----T-TCTC--T--ACATTC--------------------------------ATG------GTCCC-GTTAT-A-------A-TTGATATGGCTTA--CA-----------------------------------------------G-TCAA-AG---AGGAATTACG---A----GTTCT-AGCTGGAGG-ACTT----GAAT-AACAA-GTAGAA-AAA-ACACAACAC--A------------------TA-------------TATCAAAATCTGAACATA-AA-ATGTC-ATT-TGTGTG--TAAAAA---TTCCA-ATT-acacttttcaatttcaggggtgttcttagtttgctatactacaaattgttttc
gi|23 : -GCTTTC--C--TCAGTAAGGAGATA--TTTCAT--GATGAAT--AACT-----AA-----TTTTTACAATACAT-GGAA-GCTACCATATTGA-AA----AAT----T-------------------------A-----TTACCTCCCT-GCT-AGGTTATCTCTTAGCATCTACCAGAGGTCAGT-ACT-GAT--GCTGAA-GTCAGTTGGCCACAT-TGC--ATTTT-GGC---ACaca
gi|24 : GCAT-GCT--GG-A---------------A-TTAATGG---A-TA------CCCTCC--ATAAAA-CATTTCATT--TA---GAG--GTTT--ACTTGAT-GAAAT-------AT-C-----AAGAGAA--ACA----A---ACAAACAA---T-TT-A-GCCACA-CTAATT--TTT-TCAAGAGG
gi|25 : a-CAC-----ACATGTGAA----AGGAT-A--------CAGTAACAATTCTGTTGTA-G-ACTTGCAG-TCAATA-TTT--ATGAC--ATACAGGCCA--TT-TACCAACTGAGT-CAG-ACGTGGTTA---TCT-CCGTAGGGGAAAA-T-CA-GA-GTA-G-T----TT-CACCCTCA-CATGTTGTG-A-----C------------A---------AA----------A--T-cctttttaagttttgctgtgcaaaatagctttcctgaacacctcctt
gi|26 : ATT-CCG-G--CATC--TTT--A-TCGTG--CACTA--GCT-AT----GTATCAGCGACC--C---AGTC-TCCAGCAGC---A---AT-GTGTC-T--CAT--CTA---CATC---AGACCACA--GA---AT-GCT--GGGA---------------A-ATAATGG---A-CA------CCCTTC--------------TATT--TA---GAGT-GTTT--AATTGAT-GAAAT-------CT-Ccaaggaagca
gi|27 : TGTAAT-GAATTCT-GATT-ACCAT--T-AAACTGT-A-GCTTTC--A--TCAGTAGGGCGATA--TT-g
gi|28 : agaactactgaaaggcgctaggtgtgcatgaaatgtaaatataacatagggtgtaaatttgtcattttgatttgTTTAAGGC------AGTGTT--T----AGAGAGG--GAAAAT--GCTACCAAGAATG-GCG-TTTCCTCA-C-CTA-C-AACTAAT-TT---TATG-GAGAGGGGAATTTCT-------TTG----T----T------CTTG-T-GAAAATTGTTCAGTTTT-ACCTA-CA-tcaaaaag
gi|29 : cactTGTAAG-GAATT-T-GAATTACCAT--A--AACTGT-A-GCTT-C--A--TCAGTAAGGGGATA--TT-
gi|3 : cgaagaggcgtagtgtgcatgaaatgtaacatataactagggttaaatttgcatttgattgTATAAT-GAATT-TTGAAA-ATCAT--A-CAGATGT-A-GCTTTC--C--TCAGTAAGGAGATA--TTTCAT--AAA-GATTGAC-T-----AA-----TTTTTACAATCCAT-GGAA-GCTGCCATATTGATAAAATTAAT----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-----TTACCTCCCT-GTT-AGGTTATCTCTTAGCACTCACCAGAGGTCAAC-ACT-GAT--GCTGAC-GTCAGTTAGCCACAT-TGC--ATTTT-GGC---ACATT---TCTTAG-TAA-CACAGT-GAAAA----TGTCAACATCA-GAAAGTGAACTCTAATAATGAG-AAAGAACT--GAAGTAT---TTAGATATAAATTTG--------------TT--T----ACAGAGGAAGAAATT--GTTTCC-AGAATT-ATG-TTTCCTCA-C-CAG-A-AACTGAC-TT---TAAT-GAGAATTGAATTTCT--ATGGATTAATTAT----T---GAGCTCG-T-GAAAATTGTTCAATTTT-ACCTA-CA-TTC-AAGAAGTGTCC-T-GG--TTGTTCATGAGTTTGACCATT--ATGTTTT-G----G--ATT--AG-A-TAAGCA-TGCACACA--AAGTGTAT----T-TCTC--T--ACATCCTGA-CTTTGACAC----AGA--G----T-GT-GTGT-CTAAGTCCT-GTTAT-C---------TTGAGACAGCTTA--CATTA-TC---------T---------------ATCTCGGGTACAAAA-G-CCAC-AG---AGGA-TTCGG---AAAA-GCCCT-AG----AGC-ACTA----ACAT-AACAA-CTAAGAGAAA-ACACAA-AC--A--AAAG-TGGA--AAAATTATCT-GTTATA-TTTATCAAATTCTAAACAT----CATGCC-ATT-TGTGTGTTTACAAACATTTCCACATT-CAC-----TTATGTAAT----AGAAC-A--------C---------------------AC----AATTCAAGATTTT--ATGGCTTACACAGACAAATTT-CATTAATTGGGT-CAG-ATGTGG-CAG--CCTGCTG--GGAGGAAA-TTCA-GACGTA-G-TG-AGTTATACTCTCA------TGTA-A-----A----------GGA---------AA----------A--CATTT---AGAAGAT--GAAGATG--ACAA---------A-TT------A---TCAT---------AG-ACTTTGGAT-AAGTAA-GTCTGC------AATTAGA--CAAATGTTCA-TTGTATA-TTGC--TCACCAAA---CAT---CAAGTC--T-ATGGTTCA-----ATTGAACA-TT--AT-ATCAATG-TA-AAG-TTGtcaagtggt
gi|30 : aattaaaggaagtgttcatgaaaatatgacaaattaagggtttaaaattgtcattttgatgtaAT-GAAAT-------TT-CCT---AAGAGAA--ACA----A---ACAAACATGTTT-CT-A-ACCA----TATTTA-TTT-TCAGAAG
gi|31 : G---AAGG-GCCCCCAG----AGC-ATTT----ACAT-AACAG-GTGA-----------AA-AC----------TGGA--AAAAATATCT-GCTGTA-TTTCTCGAATTCTAAACAT--AGCATGCA-ATT-cccttctaagtttgctgtgcaaaataattttttcatgaacacttcct
gi|32 : agCAACATCA-GAAAGTGTATT------ATTAG-A-AGAA--------TATCAGTT-----TAAACTTGAGT-----------TT--T----GCAGAGGAAGAAATT--GTTTCTCATAA
gi|33 : gcgcattggaCAAACA--TTT-TTCA-GCCTCAACTATTTA-TTT-TCAGAAGG
gi|34 : t-GT----GTNNNNNNNNNN--NNN-NNNN-NNNNNNNNC---A---GT-GTGTC-T--CAT--CTA---CGTC---AGAGCACA--GATGAAT-GCT--GGGA---------------A-ATAACGA---A-Tgcagttctaagtttgtgtgcaaaaatagtttttttcatgaaact
gi|38 : ---------------A------------AA-G-CCAC-AG---AGGA-TTCGG---AAAA-GCCCT-AG----AGC-ACTA----ACAT-AACAA-
gi|39 : TATATCC-AAATATTTAATGC-A--T-GT-ATATCCTAAT-T--GA-TGAATCT
gi|4 : TATAAT-GAATT-T-GAAA-ATCAT--A-CAGATGTTA-GCTTTC--CCTTCATTAAGGAGATAATTT-CAT--AAA-GATTGAC-T-----AA-----TTTTTACAATC-AT-GGAA-GCTGCCATATTGATAA----AAT----T-------------------------AATTACTTACCTCC-T-GTTTAGGTTATCTCT-AGCACTCACCAGAGGTCAAC-ACTTGATTGGCTGAC-GTCAGTTAGCCACAT-TGC--ATTTT-GGC---ACATT--ATCTTAG-TAAGCACAGT-G-GAA--AATGTCAACATCA-GAAAGTGAACTT-AATAATGAG-AAAGAACTG-GAAG--TTA-TTTAGTATAAATTTG-------------GTT--T----ACAGAGGAAGAAATT--GTTT-CCAGAATT-ATG-TTTCCTCACC-CAGAA-AACTGACTTT---TAAT-GGAAGTTGAATTTCT--ATGGATTA----TTATAT---GTACTCG-T-GAAAATTGTTCAATTTT-ACCTA-CA-TTC-AAGAAGTGTC--C-TGGTTTGT-CATGAGTTTGACCATT---T-TTTT-G----G--ATT--AG-ACTAAGCATTGCACAC-CAAAGTGTCT----T---TC--TCTACATCCTGAGCTTTGACAC----AG---A----T-GT-GTGT-CT-AGTCCT-GTT-T-C-------C-TTGAGACAGCTTA--CATTA-TC---------TGATCTGCGGTACAGAA------------AA-G-CCAC-AG---AGGA-TTCGG---AAAA-GCCCT-A-----AGC-ACTA----ACAT-AACAACTTAAGA-AAATACACAA-ACAAA--A--G-TGGA--AAAATTATCT-G-TATA-TTTATCAAATTCTACACAT----CATGCC-ATT-TGTGTGTTTACAAACATTTCCA-ATT-CAC-----TTATGTAAT----AGAAC-A--------C---------------------AC----AA-TCAAGA-TTT--ATGGCTTACACAGACAAATTT-CATTAATTGGGT-CAG-A-GTGGTC----CTC-CTG--GAGG--AA-TTC--GC-GTA-GTTG-AGTTATACTCTCA-TGT-------A-----A----------GGA---------AA----------A--CATTTAGAAT--GAT--GAAGATG--ACAA---------A-TT------A---TC-----------AG-ACTTGGAAT-AAGTAA-TCTTTC------AA-TAGA--CAAATGTT-A-TTGTATA-TTGCA-TCACCAAA---CAT---C-AGTCTA--ATGGT-CA-----ATTGAACA-TT-AATAATCAATG-TATAAAGTTG
gi|40 : ttaaaggaagtgttcatgaacatatgacaaaattaagggttttaaacatttgcatttgatgtaAAGTTT-TT-A-CCCATA-TTATTTA-TTT-TCAGAAGG
gi|5 : AAA--AATGACATAATCA-GAAATTGAACTA-AATAGTAAG-ATTGAATTC-GAAGAATCA-T-GGCTATAAATTTGAAAC------AGAGTT--T----ACAGCGGAGGAAAAT--GTCAACCAGAATG-TTG-CTTCCTCA-C-CAG-C-AACTGAT-TT---TAAT-GAAAGGGGAATTTCT--CTGGATTG----G----T---TTCCTTG-T-GAAAATTGTTCAGTTTT-ACCTA-CA-TTC-AAGGAGTGTTT-C-TG--TTGT-CATGAGTTTGAACATT--ATGT-------------TT--AC-A-TAAACA-TG--CACACAAAGTGCAT----T---TC--TCTGCATCCCAA-CTTTGACAC----AGT--GTCACT-GT-GTGT-CTAAGCCCT-GTTAT-CCATGAGAC-TTCAGACAGCTTA--CATCA-TC---------TATCTCAGATACA---A------------AA-G-CCAG-AG---AG---T-------AAGA-GCACC-AG----AGC-ACTTTTAAAAAT-AACAA-GTAAGA-AAA-ACACAA-A--------------A--AATATCAT----CTGTA-TTTATCAAAATCTAAACA-G-AGCTTGTC-ATT-TATGTGT----AAACATTTTCACATA-CAC-----CTACGTGAT----AGCAC-A--------CA-A-----TTCTGTTGCA-G-AC----AA-ACAAGA--TT--ATGGCCTACAT---TCAA-TT-CATGAATTGGAT-CAG-ACGTTGTCAG--CCA-C-G--GGGGAAAATTTCT-GA-GTACA-TGTAGTTATACCCTCA-TGTGTTGTG-A-----T----------GAA---------AATAAGGAAAACA--T-TTC---CT--GAT--AAAAATG--GCAATTATGAGGGA-TTTCATGAAGCCTCAGACTCTGTACAG-ACTCATAAT-AAATAA-TCTCTCATTGTAAA-TACATGTAAATGTT-A-TTGTAAA-TTGCA-TCACCAAAACGTAT---C-AGTCTAC-CCGGTACATGTTCAATGTACA-TC-AATAATTAATG-TATAAA-TTGT--ATGAAAATACAGCAGccttctaagt
gi|6 : ttgaatctgaacaacatttttacaccatC-AG---AGGA-TTCAG---AAGA-GCCCC--------------------CAG-AACAA-GTAAGA-AAA-ACACAA-AC--AGAA--G-TGGA--AAAATTATCT-GCTGTA-TTTATCAAATTCTAAACATA--GCATGCC-AAT-TGTGTGT----AAACATTTCCACATT-CAC-----CTATGTAAT----AGGAC-A--------CA-T-----TTCTGTTGCA-G-AC----AA-TCAAGA-TTC--ATGGCTTACACAGACACA-TT-CATTAATTGGGT-CAG-ATGTGGTCAG--CAT-CTG--GGGGAAAA-TTCA-GA-GTA-G-TT-AGTTATACTCTCA-TGTGTTGTG-A-----T----------GGA---------AATAAGGAAAACA--T-TTT---AT--GAT--GAAGATG--ATAA---------A-TT------A---TC-----------AG-ACTAGGAAT-AAGTAA-TCTTTC------AA-TAGG--CAAATGTT-ATTTGTATA-TTGCA-TCACCAAA---CA-------------------CCA-----ATTGAACA-TT-AATAATCAATG-TATAAA-TTGT--ATGATAATAAAGCAGTACT----TTATATCTTACAGC-AATCTTGTTTATTTCC-AAATATTTGATAC-A--T-GT-ATATTCTAAT-T--GATTGAATCTT-G--AAATATG-TGTT---AACATT-CAG-A--CATC--TTT--A-TCGTG--CAC--TAGCT-GT----GTAACAGTAAAC--CCG-AGTC-TCCAGCAGC---A---AT-GTGGC-C--AAT--TTA---CGTC---AGAACACA--GATGCAT-GCT--GGGA---------------A-TTAATGG---A-TA------CCCTCC--AT-AAA-CCTTTCATT--TA---GAGT-GTTT--AATTGAT-GAAAT-------CC-TTT---AAGAGAA--ACAAACGA---ACAAACAAGTTT-TT-A-GCCTCA-CTATT
gi|7 : ATAAT-GAATT-T-GAAA-AACCTTTA-CAGATGT-AAGCTTTC--C--TCAGTAAGGAGATT--TT-CAT--AAT-GAT--AACT-----AAA----TTTTTACAATACAT-GGAAAGCTGC-ATATTGA-AT----AAT----T-------------------------A-----TTACT--CCT-GCT-AAGTTATCTCTTAGCATCTACCAGAGGTCCAC-ACT-GAT--GCTGACGGTCAGTTGG-CA-AT-TGCT-ATTTTGGGC---ACATT--CTCTTAGTTAA-CACGTT-G--AA--AATGTCAACATCA-GAAAGTGAGCTA-AATAATGAG-ACAGAA-T--GAAGT---A-TTGG-TAAAAATTTGAACCCACACAAGAGTTAATA---ACAGAGGAAGAAATT--GTTTTCCCAAATTAATG-TTTCCTTA-C-CAG-C-AACTGAC-TTTCATAAT-GAGAATTGAATTTCTAAATGGATTG----T----T---GTGCTTG-TGGAAAATTGTTCAGTTTT-A-CTA-CA-TTC-AAGAAGTGTCA-CTTG--TTGT--ATGAGTTTTA-CATTA-ATG-TTT-G----GTTATT--AG-A-TAAGCA-TACAC-CACAAAGTGTATAA--TATTTC--TCTACATCTTGA-CTTTGACACGCAGAGTGGG----TGGT-GTGT-CTAAGTCCT-GTTATCC-------C-TTGAGACAGCTTA--CATTATTC---------T---------------A-----------------TCTC-GGGTAAAAA-ACGCA---AAGA-G-GCC-AG----AGC-ACTT----ACAT-AAAAA-GTAActaagtttgctgtgcaaaaatagttttttcatgaacactt
gi|8 : aggaagtgtttcatgaaaatatgacaagggtttaaaaatgtccaattttggatgtaATAATTGAATT-T-GAAA-ACCTTT-A-CAGATGT-AAGCTTTC--C--TCAGTAAGGAGATT--TT-CAT--AAT-GAT--AATT-----AA-----TTTTTACAGATCAT-GGAA-GCTGC-ATATT-ATAA----AAT----T-------------------------A-----TTACCTCC-T-GCC-TAGTTATCTCTTAGCATCTACCAGAGTCCAGC-ACT-GAT--GCTGACGGTCAGTTGG-CA-AT-TGCATATTTT-GGC---ACATT--CTCTTAG-TAA-CAC-GT-G--AA--AATGTCAACATCA-GAAAGTAAGCTA-AA-AAT-AG-ACAGAAT----AAGTAT---TTGG-TAAAAATTTGAACCACACA-AGAGTT--TAATAACAGAGG-AGAAATT--GTTTTCCAATATT-ATG-TTTCCTTA-CGCAG-ACAACTGAC-TTTCATAAT-GAGAATTGAATTTCTAAATGGATT-----T----T----TGCTTGAT-G-AAATTGTTCAGTTTT-ACCTA-CA-TTCGAAGAAGTGTCCAC-TG--TTGT--ATGAGTTTAA-CATTA-ATGTTTT-G----GT-ATT--AG-A-TAAGCA-TACAC-CA-AAAGTGTATTAAAT-TCTC-----ACATCTTGA-CTTTGACACGCAGAGT--G----G-GTGGTGTGCTAAGTCCT-GTTAT-C-------C-TTGAGACAGCTTA--CATTATTC---------T---------------A-----------------TCTC-GGTA-AAAA----CGC--AAGA-G-GCC-AG----AGC-ACTT----ACAT-AA
gi|9 : ctaaaggaagtgtttcatagaaaatatgacaagggtttaaaatgtccaattttggatgtaACAA-AC--A--A--AATGGA--AA--TTATCT-GCTGTAATTTATCAAATT-TAAACAT----CATTGC-AAT-TGTGTGTTTACAAACATT--CACATT-CAC-----CTATGTACT----ACGAC-AACATTGTACA-T-----TTCTGTTGCAAG-AC----A--TCAA-A-TGT--ATGGCTTACA-AGACAAA-TT-CATTAATTGGGTTCAGCATGTGGTCAG--CCT-CTG--TGGGAAAA-TTCA-GATGTA-G-TC-AGTTA----CTC--TGTGTTGTGCA-----T----------GGATTAAGGAAGAAC---------A--T-TTT---AT--GAT--GAAGATAGAACAA---------AATT-----TA---TCA----------GA-ACTCAGAATTAAGTAA-TCTTTC------AA-TAGA--CAAATGTTTA-TTGTATAATTGCAGTCACCAAA---CAT---C-AGTCTAT-ATGGTC-------ATTGAAAAATT-AATAATCCATGATA-AAA-TTGTTAATGATAATAA-GC-------------TA----ACAGC-AAT--TGTTTATTTCC-AA-TATTTTATAC-A--T-AT-ATATTCTAAT-TTTAATTGAATCTTTG--AAA-------------------CAG-A--CATC--TTT--AATCGTGG-CACTA--GCTTGC----GTAACAGT--CT--CCG-AG--------CA-C---A---ATTGTGGC-C--A-T--TTA---CGTC---A-AACACA--AATGCAT-GCT--GG-A---------------A-TTAATGG---A-TA------CGCTCC--AT-AAACCCTTTCATT--TA---GAGT-GCTT--AATTG-T-GAAAT-------CT-TTT---ag
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): GTAGTTTTACCCTAATTGTTTGTGAGAAAAAATAAGGAAACATATCTTGATGAATACTCCAATTATGACGATTTTCATGAAACCTGATTCTGAATATTTTTTTTACAGTAAATAAGTAGCATAATTGTAAATTATATCAGCAAAATTCATCTGTATAGTCTATGTACTGTACTCCATCAACTATTATCAATGTACA
Unaligned ( gi|35 ): CGCTTAAAAGAATTGTTCGTGAAAATATGACAAAGGGTTTCTAATTGTATAATGAATTTTGAAAAGCATAAAG
Unaligned ( gi|36 ): TAAAGGAAGTGTTCATGAAAATGTGACAAAGGGTTTTAAATTGTCATTTTGACGTATATAATGA
Unaligned ( gi|37 ): TATAAGGGGTTTCATAAAGCCTCAGACCCTGATAATTCCTCACGATAAATAA
Alignments
lowQualScore : 11111 1 66666666666666666666666666666 444444444444444444444444444444444444 22 111 3333333333333333333 3333333333333 1111111 111 111 111111111111111 1 11 1111111 11111111 3333333333333333 222222222 1 99999999999999999999999999999999999999999 111 111111111 3333333333 3333 1111 11111 22222222222222222 777777777777777777777777777777777777777777777 444444444444444444444444444444444444 111111 1 111 11111 11111 1111 11 1111 111111111111111 1111111
lowQualScore : 4 8 8 4 44444 4 7 666 555 4 888 55555555555555555555555555555 4 4 1 0 8888 777777777777777777777777777777777777 1 4 8 4 8 55 8 7 4 4 99 4 777 66 5 5 0 5 00 222 4 66 1 0 888 5555555555555555555 0 3333333333333 5555555 0 55 2 2 4 4 4 4 999 4 555 4 4 555 666666666666666 4 4 2 4 4 4 4 77 4 66 88 5 55 4 5555555 66 4 4 4 6 1 77777777 9999 5 0 1111111111111111 5 5 0 5 5 000000000 66 0 88888888888888888888888888888888888888888 4 4 222 000000000 3 0 3 7777 3 88888 3 3 4 4 4 8888888888 55 0 444 4 0 1111 3 3 9999 3 00000 8888 4 44444444444444444 444 8888 4 8 55 8 4 4 4 55 4 55 1 4 4 8 4 4 55 1 22 4 4 666666666666666666666666666666666666666666666 888 66 66 66 999999999999999999999999999999999999 5 5 5 444444 5 66 0 5 5 5 888 888 55 0 000 55 22222 0 5 5 5 3 5 99 77777 0 6 22 5 5 66 5 5 5 77777 9999 5 7777 5 7777 66 66 5 11 7777 3 7777 0 777777 44 666 666 3 6 5555 44 555 555 44 3 44 999999999999999 44 555 6 999999 44 3 3 3 44 555 3 55 3 0000000 3 666 55 9999 777 3 3 3 1 3 2 3 3
lowQualScore : . . . . ..... . . ... ... . ... ............................. . . . . .... .................................... . . . . . .. . . . . .. . ... .. . . . . .. ... . .. . . ... ................... . ............. ....... . .. . . . . . . ... . ... . . ... ............... . . . . . . . .. . .. .. . .. . ....... .. . . . . . ........ .... . . ................ . . . . . ......... .. . ......................................... . . ... ......... . . . .... . ..... . . . . . .......... .. . ... . . .... . . .... . ..... .... . ................. ... .... . . .. . . . . .. . .. . . . . . . .. . .. . . ............................................. ... .. .. .. .................................... . . . ...... . .. . . . . ... ... .. . ... .. ..... . . . . . . .. ..... . . .. . . .. . . . ..... .... . .... . .... .. .. . .. .... . .... . ...... .. ... ... . . .... .. ... ... .. . .. ............... .. ... . ...... .. . . . .. ... . .. . ....... . ... .. .... ... . . . . . . . .
lowQualScore : 4 9 9 0 88888 0 3 444 222 5 111 44444444444444444444444444444 4 4 1 8 5555 999999999999999999999999999999999999 6 0 0 0 0 55 0 5 1 0 55 0 000 11 7 7 1 7 99 000 4 44 8 1 333 6666666666666666666 8 9999999999999 4444444 8 55 3 5 4 4 4 4 666 4 666 4 7 777 111111111111111 4 4 7 4 4 4 4 11 4 11 33 0 00 4 6666666 11 4 4 4 2 1 44444444 6666 0 2 4444444444444444 0 0 1 0 0 666666666 99 0 44444444444444444444444444444444444444444 4 0 555 111111111 6 5 6 7777 6 66666 3 6 4 4 0 8888888888 55 9 777 0 2 1111 6 6 3333 6 00000 5555 0 22222222222222222 666 5555 0 0 55 0 0 0 0 55 0 55 3 0 4 9 4 4 66 9 88 4 4 666666666666666666666666666666666666666666666 888 99 11 11 555555555555555555555555555555555555 0 0 0 444444 0 99 0 0 0 0 888 888 11 1 111 99 55555 1 0 0 0 2 0 22 66666 8 7 55 7 0 99 0 0 0 22222 4444 7 1111 0 8888 99 99 0 99 0000 6 7777 1 999999 55 444 444 6 5 3333 66 888 888 66 1 22 222222222222222 11 444 2 666666 66 3 3 9 66 888 3 00 3 8888888 3 444 55 4444 888 3 3 3 0 3 7 6 6
consensus : TATAAT-GAATT-T-GAAA-ATCAT--A-CAGATGT-A-GCTTTCC--TCAGTAAGGAGATA--TT-CAT--AA--GAT--A--T-----AA-----T-----TTTTACAATCCAT-GGAA-GCTGCCATATTGATAA----AAT----T-------------------------A-----TTACCTCCCT-GCT-AGGTTATCTCTTAGCATCTACCAGAGGTCAGC-ACT-GAT--GCTGAC-GTCAGTTGGCCACAT-TGC--ATTTT-GGC---ACATT--CTCTTAG-TAA-CACAGT-GAAAA--AATGTCAACATCA-GAAAGTGAACTA-AATAATGAG-ACAGAACT--GAAGTATCA-TTGGATATAAATTTGAACC------AGAGTT--T----ACAGAGGAAGAAATT--GTTTCCCAGAATT-ATG-TTTCCTCA-C-CAG-A-AACTGAC-TT---TAAT-GAGAGTTGAATTTCT--ATGGATTG----T----T---GTGCTTG-T-GAAAATTGTTCAGTTTT-ACCTA-CA-TTC-AAGAAGTGTCT-C-TG--TTGT-CATGAGTTTGACCATT--ATGTTTT-G----G--ATT--AG-A-TAAGCA-TGCACACACAAAGTGTAT----T-TCTC--TCTACATCCTGA-CTTTGACAC----AGT--G----T-GT-GTGT-CTAAGTCCT-GTTAT-C-------C-TTGAGACAGCTTA--CATTA-TC---------T---------------A------------AA-G-CCAC-AG---AGGA-TTCCG---AAGA-GCCCC-AG----AGC-ACTT----ACAT-AACAA-GTAAGA-AAA-ACACAA-AC--A--A--G-TGGA--AAAATTATCT-GCTGTA-TTTATCAAATTCTAAACATA-AGCATGCC-ATT-TGTGTGTTTACAAACATTTCCACATT-CAC-----CTATGTAAT----AGGAC-A--------CA-T-----TTCTGTTGCA-G-AC----AA-TCAAGA-TTT--ATGGCTTACACAGACAAA-TT-CATTAATTGGGT-CAG-ATGTGGTCAG--CCT-CTG--GGGGAAAA-TTCA-GA-GTA-G-TG-AGTTATACCCTCA-TGTGTTGTG-A-----T----------GGA---------AA----------A--T-TTT---AT--GAT--GAAGATG--ACAA---------A-TT-----AA---TCA----------AG-ACTCGGAAT-AAGTAA-TCTTTC------AA-TAGA--CAAATGTT-A-TTGTATA-TTGCA-TCACCAAA---CAT---C-AGTCTAT-ATGGTCCA-----ATTGAACA-TT-AATAATCAATG-TATAAA-TTGT--ATGATAATAAAGCAGTACT----TTATATCTTACAGC-AATCTTGTTTATTTCC-AAATATTTAATAC-A--T-GT-ATATTCTAAT-T--GATTGAATCTT-G--AAATATG-TGTT---AACATT-CAG-A--CATC--TTT--A-TCGTG--CACTATAGCT-GT----GTAACAGTGACC--CCG-AGTC-TCCAGCAGC---A---AT-GTGGC-C--AAT--TTA---CGTC---AGAACACA--GATGCAT-GCT--GGGA---------------A-TTAATGG---A-TA------CCCTCC--AT-AAA-CCTTTCATT--TA---GAGT-GTTT--AATTGAT-GAAAT-------CT-CTT---AAGAGAA--ACA----A---ACAAACAAGTTT-TT-A-GCCNCA-CTATTTA-TTT-TCAGAAGG
Reference ( family-521 ) : TATAAT-GAATT-T-GAAA-ATCAT--A-CAGATGT-A-GCTTTCC--TCAGTAAGGAGATA--TT-CAT--AA--GAT--A--T-----AA-----T-----TTTTACAATCCAT-GGAA-GCTGCCATATTGATAA----AAT----T-------------------------A-----TTACCTCCCT-GCT-AGGTTATCTCTTAGCATCTACCAGAGGTCAGC-ACT-GAT--GCTGAC-GTCAGTTGGCCACAT-TGC--ATTTT-GGC---ACATT--CTCTTAG-TAA-CACAGT-GAAAA--AATGTCAACATCA-GAAAGTGAACTA-AATAATGAG-ACAGAACT--GAAGTATCA-TTGGATATAAATTTGAACC------AGAGTT--T----ACAGAGGAAGAAATT--GTTTCCCAGAATT-ATG-TTTCCTCA-C-CAG-A-AACTGAC-TT---TAAT-GAGAGTTGAATTTCT--ATGGATTG----T----T---GTGCTTG-T-GAAAATTGTTCAGTTTT-ACCTA-CA-TTC-AAGAAGTGTCT-C-TG--TTGT-CATGAGTTTGACCATT--ATGTTTT-G----G--ATT--AG-A-TAAGCA-TGCACACACAAAGTGTAT----T-TCTC--TCTACATCCTGA-CTTTGACAC----AGT--G----T-GT-GTGT-CTAAGTCCT-GTTAT-C-------C-TTGAGACAGCTTA--CATTA-TC---------T---------------A------------AA-G-CCAC-AG---AGGA-TTCCG---AAGA-GCCCC-AG----AGC-ACTT----ACAT-AACAA-GTAAGA-AAA-ACACAA-AC--A--A--G-TGGA--AAAATTATCT-GCTGTA-TTTATCAAATTCTAAACATA-AGCATGCC-ATT-TGTGTGTTTACAAACATTTCCACATT-CAC-----CTATGTAAT----AGGAC-A--------CA-T-----TTCTGTTGCA-G-AC----AA-TCAAGA-TTT--ATGGCTTACACAGACAAA-TT-CATTAATTGGGT-CAG-ATGTGGTCAG--CCT-CTG--GGGGAAAA-TTCA-GA-GTA-G-TG-AGTTATACCCTCA-TGTGTTGTG-A-----T----------GGA---------AA----------A--T-TTT---AT--GAT--GAAGATG--ACAA---------A-TT-----AA---TCA----------AG-ACTCGGAAT-AAGTAA-TCTTTC------AA-TAGA--CAAATGTT-A-TTGTATA-TTGCA-TCACCAAA---CAT---C-AGTCTAT-ATGGTCCA-----ATTGAACA-TT-AATAATCAATG-TATAAA-TTGT--ATGATAATAAAGCAGTACT----TTATATCTTACAGC-AATCTTGTTTATTTCC-AAATATTTAATAC-A--T-GT-ATATTCTAAT-T--GATTGAATCTT-G--AAATATG-TGTT---AACATT-CAG-A--CATC--TTT--A-TCGTG--CACTATAGCT-GT----GTAACAGTGACC--CCG-AGTC-TCCAGCAGC---A---AT-GTGGC-C--AAT--TTA---CGTC---AGAACACA--GATGCAT-GCT--GGGA---------------A-TTAATGG---A-TA------CCCTCC--AT-AAA-CCTTTCATT--TA---GAGT-GTTT--AATTGAT-GAAAT-------CT-CTT---AAGAGAA--ACA----A---ACAAACAAGTTT-TT-A-GCCNCA-CTATTTA-TTT-TCAGAAGG
gi|1 : AT-GAATT-T-GAAA-ATCAT--AACAGATGT-A-GCTTTCC--TCAGTAAGGAGATA--TTTCATTAAA--GAT-----T-----AACTAATT-----TTTTACAATCCATTGGAA-GCTGCCATATTGATAA----AAT----T-------------------------A-----TTACCTCCCTTGCT-AGGTTATCTCTTAGCATCTAC-AGAGGTCAGCCACTTGA---GCTGAC-GTCAGTTGGC-ACATCTGC--ATTTT-GGC---ACATT--CTTTTAG-TAA-CACAGTTGAAAA----TGTCAACATCAAGAAAGTGAACTA-AATAATGAGGATAGAACTTTGA-GCAT---TTGGATATAAATTTGAACC------AGAGTT-------ACAGAGGAAGAAATTTGGTTTCC-AGAATT-ATGGTTTCCTCA-C-CAG-A-AACCAAC-TT---TAATTGAGAATTGAATTTCT--ATGGATTA----T----T---GAGCTTG-T-GAAAATTGTTCAATTTTTACCTAACAGTTC-AAGAAGTGTCT-C-TG--TTGC-CATGAGTTTGACCATT--ATGTTTTTG----G--ATT--AG-A-TAAGCA-TGCA---ACAAAGTGTAT----T-T-----TCTACATCCTGA-CTTTGATCC----AGT--GG---T-GT-GTGT-CTAAGTCCTTGTTAT-C-------CCTTGAGACAGCTTGGGCATTA-TCATCTCGCGGT---------------ACAAA--------AA-GACCACCAG---AGGA-TTTCGGAAAAGAAGCCCT-AG----AGCCACTG----GCATTAACAA-GTAAGA-AAA-ACA----AT--A-----G-TGGACAAAAATTATCTTGCCGTG-TTTATCAAATTCTAAACAT----CATGCCCATTCTGTGTGTTTACAAACATTTCCACATTTCAC-----CTATGTAAT----AGGACCA--------CA-T-----TTCTGTTGCA-G-AC----AT-TCAAGA-TTTTTATGGCTTACACAGACAAA-TTTCATTAATTGG-T-CAG-ATGTGGTCAG--CCT-CTG--GGG--AAA-TTCAAGA-GTA-G-TG-AGTT-TATTCTCA-TGTGTTGTG-AGGAATTAA--------GGA---------AA----------ACAT-TTT---AT--GATTGAAAGATG--ACAA---------T-TT-----A----TCA----------AGGACCCGGAAT-AAGTAAATCTTTC------AA-TATA--CAAAT-TT-A-TTTTATA-TTGCA-TCAC-AAA---CAT---C--GTCTATTATGGTC-A-----AT-GAACA-TTTAATAATCAATG-TATAAA-TTGT--ATGATAATAAAGCAGTACT----TTATATCTTACAGCAAATCGTGTTTATTTCCAAAATATTTAATACAA--TAGT-ATA---TA--------------CTT-G--AAATATG-TGTT---AACATTCCAGAA--CATC--TTTAAA-TCGTG--CACT-TAGCT-GT----GTAACAGTGACC--CCG-AGTCTTCCAGCAGC---A---AT-GTA---C--AAT--TTA---CGTC---AGAACACA--GATGCAT-GCT--GGGA---------------ATTTAATGG---ACTA------CCCTCC--AT-AAA-CCTTTCA-T--TA---GAGT-GTTT--AATTGA--GAAAT-------CT-CTT---AAGAGAA--ACA----A---ACAAAGAAG-TT-TT-A-GCCTCA-CTA-TTA-TTT-TCAGAAG
gi|10 : taaaggatgtcttagataataatatgacaaaggctttaaaattggtcattttgatggtaat--GAGGATG--ACAA---------A-TT-----A----TCA-----------G-ACTCGGAAT-AAGTAA-CCTTTT------AA-TAGA--CAAGTGTT-A-TTGTATA-TTTCA-TCACCATA---CATAATC-AGTCTAT----GTTCA--------------TC-AATAATCAATG-TATAAA-TTGT--ATGATAATAAAGTAATACG----TTATATCTTACAGC-AATTCTGTTTATTTAC-AAATATTTAATAC-A--T-GT-ATATTCTAAT-T--GATTGAATCTT-G--AAATATG-TGTT---AACATT-CAG-A--CATC--TTT--A-TCGTG--CAC--TAGCT-GT----GTAACAGTGGCC--CTG-AGTC-TCCAGCAGC---AATGAT-GTGAC-C--AGT--TTA---CGTC---AGAACACA--GAAGCAT-GCT--GGGA---------------A-TTAATGG---A-TA------CCCTCC--AT-AAA-CCTTTCATT--TA---GAGT-GTTT--AATTGAT-GAAAT-------CT-CTT---AAGAG------A----A---ACAAACAAGTTT-TT-A-GCCACA-CTACTTA-TTT-TCAGAAGGcatttctaagtttactgttgcaaaaatatatttttcatgacacttccct
gi|11 : TAC-AACT-GTGATATCGTAATAT--GATTGAATCCT-AACAGATATGATGTTGAGAACATT-CAG-ACTCATTCATTT--A-T-GTGGTGACTAGGGCT-TG----GTA--AGTGGCCCGCCGTAGTC--CCA-CATCTCGA---GT--TGGCACGAAATAGTTAATGCGTCCAAAGAACTCATTAGTTAATAGCT--GGGATTCTACGTCAATGTGA-TTAATAGCACA-TATAATCGTCTTAC--AT-GAA-ACTTTCAATACTAAAGGAGTAGTTTTAAATTTAT-AGAATAGCCTCGCT-CT-----AGTGAAGTACG----ATGTA-AAACAAGTTTATT-ACGCCTCA------TA-TTT-TTAAAAccttttaagtttgctgtgcaaaaatagtcttttcatgaacacttcctt
gi|12 : aat-AAGAA-TGTCT-T-TG--TTGT-CGCGAGTTTGA-------ATGTTTT-GTGTCG--ATTTAAGAA-TAAACA-GACATGCACAACTAGTAT----T-Ttacagaagcgcttctaaagtttgccttcggctaaaaaatagttttttcatgcaaacaccttctattt
gi|12 : caCTT----GAAT-AA-AA-GTAGGA-AAA-ACAC-A-AC-----------------AAACTATTT-A-TG----TTA-CAAA-TCT-AATATATAGCAT-TC-AGT-TGTGTGT----AAACATTTCTCCATA-CACGAGGAATACGTGATTACCATAAC-A---------A-T-----TCGTGTTTCA-ATAC----AA-TCAAGATTTT--ATGGCT-------ACAAA-TT-TATTCACTGAG-------TATGGTCAGTATAT-ATG--GGGGAATA-TTaattagcagacccgtatttatcagttaataccagcttatacttatagtctatcgtgtatcagaaatacataagaaccagaggaggaaataaatttaagtccaaatcttgaataaaagtaggaaaaacacaacaaactatttatgttacaaatctaatatatagcattcagttgtgtgtaaacatttctccatacacgaggaatacgtgattaccataacaattcgtgtttcaatacaatcaagattttatggctacaaatttattcactgagtatggtcagtatatatgggggaatatta
gi|13 : caaagaatgtctttgttgtcgcgagtttgaatgttttgtgtcgatttaagaataaacagacatgcacaactagtatttaattagcagacccgtatttatcagttaataccagcttatacttatagtctatcgtgtatcagaaatacataagaaccagaggaggaaataaatttaagtccaaatTGATAA----AAT----A-------------------------A-----TTGCCTTCCT-GCT-GGGTTATCTTTTAGCATTAACCAGAGGGCAGC-ACT-GAT--TCTGAC-GTCAATAAGACTAAT-TAT--A-TTT-GGCTCTGCATCAACACTTAT-AAA-CACAGT-T--AA--GATGT---CATCA-CAAAGTGTGTTA----GATGAG----GAA--------TATCA----GAT-----TTT-----------AG------C----ACA-AGTAA-ACATT--GCTTTCCATAATA-ATA-CTT------------G-ATCTTA---T---TAA---AGAA--GAATTCCC--GTTGGTTG----T----TGGAGTGTTTG-T-GGATATCGTGCA-TTCT-AACTT-CA-TTC--AGA--TGTCT-T-TG--TAGT-AACAAGTTTGA--ATTGAATGTTGG-G----T--GTC--AG-A-TAAGa
gi|14 : ACAGC-AATCTTGTTTATTTCC-AAATATTTAGTTC-A--C------ATTCTAAT-T--G-------C-------AATATG-TGTTT--AACATT-CAG-A--CATC--TTT--A-TCGTA--CACTA--GCT-AT----GTAGCGGTGACC----A-AGTC-TCCAGCAGC---A---AT-GTGAC-T--AAT--TTA---CGTC---AGAACACA--GATGCAT-GCT--AGGA---------------A-TTCATGG---G-TA------CCCCCCAAAA-AAA-TATTTCAAT--TA---CAGT-
gi|14 : AGTTT-AT-A-GCCACA-CTAATTA-TTT-TTAGAAGGttatagccacactaattatttttagaaggctatctagatttgttgtgcaaaaacaggttttttttttcatgaacactt
gi|15 : acagcaatcttgtttatttccaaatatttagttcacattctaattgcaatatgtgtttaacattcagacatctttatcgtacactagctatgtagcggtgaccaagtctccagcagcaatgtgactaatttacgtcagaacacagatgcatgctaggaattcatgggtaccccccaaaaaaatatttcaattacTAGCT-GT----GTAACAGTGACC--CTG-AGTA-TCCAGCAGC---A---AT-GTGGC-C--AAT--TTA---CGTC---AGAACACA--GCTGCAT-ACT--GGGA---------------A-ATAATGG---A-TA------CCCTCC--AT-AAA-CCTTTCATT--TA---GAGT-GTTT--AATTGAT-GAAAT-------CT-CTT---AAGAGAA--ACA----A---ACATACAAGTTT-TT-A-GCCTCA-CTTTTTA-TTT-TCGGAAGctatctagatttgttgtgcaaaaacaggttttttttttcatgaacactt
gi|16 : acA-ATCAT--T-AAGATGT-A-GCTTTCA--TCAGTAGGGATATA--TTTCA---AA--AAT--G--TTAATGAA-----T-----CTGCTCAATCTCT-GGAA-GCTGTCATATTGATAA----AAT----G-------------------------A-----TTGCATCCTT-GCT-TGGTTATCTCTT---ATTTACCAGAGGGCAGA-ACT-GAT--GCTAAT-GCTAAGTAGATATAT-TGT--AATTT-GGC---ACATT--Cacattctaagtttgctgtgcaaaaattgttttgtcatgaaca
gi|17 : aaggaagcatacatgaaagtgtaacatcaggttaaaataaaatatCAAATTCTAAACATA--GCATGCC-ATT-TGTGT--TTA--AACATTTCTGCATT-CAC-----CTATGTAAT----AGGAC-A--------CA-T-----TTCTGTTGCA-G-AC----AA-TCAAGA-TTT--ATGGCTTACACAGACAAA-TT-CATTAATTGGGT-CAG-ATGTGGTCAG--CCT-CTG--GGGGGAAA-TTCA-GT-GTA-G-TG-AGTTATA--CTCA-CGTGTTGTG-A-----TGAAATATTAAGGA---------AAAC--------A--T-TTT---AT--GAT--GAAGATG--Aa
gi|18 : T--CTA---CCTC---GAGACACA--GATGCAG-GAT--GGGA---------------A-ATAATGG---ATTA------CTC-AC--AT-AAA-ACTT
gi|18 : CTTACACT--AA---GCGT--TTT--AACTGATCAAAAT-------CT-CGT---TAGAGAA--ATA----A---ACATCTTAGTTT-TA-A-ACCATA-CAATTTAGTTTATCAGaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttacactaagcgttttaactgatcaaaatctcgttagagaaataaacatcttagttttaaaccatacaatttagtttatcaggtattcgaggtttactacgcagcaaatgtattctatgctcacttcct
gi|19 : tctacctcgagacacagatgcaggatgggaaataatggattactcacataaaacttaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATAAT-GGATTCT-AAAA-ATCAT--T-AAGATGT-A-CCTTTC--------------AT---TT-CAA--AA--AAC-----T-----AA-----CGAAGCTTGT-CAATCCCT-GGAA-GCTGCCATATTGGTAA----AAG----G-------------------------A-----TTACCTCTCC-CCTCAG---------TACCAGCTACAAGA-----------------GCTGAC-GTCAGTAAGACACAT-TGT--ATTTT-GGC---ACACT--gtattcgaggtttactacgcagcaaatgtattctatgctcacttcct
gi|2 : ttaaaggaattgtacatgaaaatgtaaattataattttgatgtgTATAAT-GAATT-TTGAAA-ATCGT--A-CAGAT-----------C--TCAGTAAGGAGATA--T--------------------------A-----T-----TTTTACAATCCAT-GGAA-GCTGCCATATTGATAA----AATCATTT-------------------------A-----TTACCTCCCT-GCT-AGGTTATCTCTTAGAATCTACCAGACGTTAGC-ACT-GAT--GCTGAC-GTCAGTTGGCCACAT-TGC--ATTTT-AGC---TCATT--CTCTTAG-CAA-CACAGT-GAAAATTAATGTCAACATCA-GAAAGTGAACTA-AATAATGAG-ACAGAGCT--GAAGTATTAATTGGATGTAAATTTGAACC------AGAGTT--T----ACAGAGGAAGAAATT--GTTTCCCAGAATT-ATA-TTTCCTCA-C-CAG-A-AACTGAC-TT---TAAT-GAGAGATGAAGTTCT--CTGGATTG----T----T---GTGCTTG-T-GAAAATTATTCAATTTA-ACCTA-CA-TTC-AAGAAGTGTTT-C-TG--TTGT-CATGGGTTTGACCATT--ATGTTTT-G----G--ATT--AG-A-TAAGCA-TGCACACACAAAGTGTAT----T-TCTCGATCTACATCCTGA-CTTTGACTC----AGT--G----T-GT-GTGT-CTAAGTCCC-GTTAT-C-------C-TTGAGACAGCTTA--CATTA-TC---------T---------------A------------AATG-CCAC-AG---AGGA-TTCCG---AAGA-GCCCC-AG----AGC-ACTT----ACAT-AACAA-ATAAGA-AAA-ACACAA-ACTGA--A--G-TGGA--AAAATTATCT-GCTGTA-TTTATCAAATTCTAAACATATAGCATGTC-ATT-TGTGTGTT----AACATTTCCACATT-CAC-----CTATGTAAT----AGGAC-A--------CA-C-----TTCTGTTGCA-G-AC----AA-TCAAGA-TTT--ATGGCTTACACAGACAAA-TT-CATTAATTGGGT-CAG-ATGTGGTCAG--CCT-CTG--GGGGAAAA-TTCA-GA-GTA-G-TG-AGTTATACCCTCACTGTGTTGTA-A-----T----------GG----------------------A--T-TTT---AT--GAT--GAAGATG--ACAA---------A-TT-----AA---TCA----------AG-ACTTGGAAT-AAGTAA-TCTTTC------AA-TGGA--CAAATGTT-A-TTGTATA-TTGCA-TCACCAAA---CAT---C-AGTCTAT-ATGGTCCA-----ATTGAACA-TT-AAAAATCAATG-TATAAA-TTGT--ATGATAATAAAGCAGTACTTTAATTATATCTTACAGC-AATCTTGTTTATTTCT-AAATATTTAATAC-A--T-GT-ATATTCTAAT-T--AATTGAATCTT-G--AAATGTG-TGT--------------------TC--TTT--A-TCGTG--CACTATAGCT-GT----GTAACAGTGACC--CTG-AGTC-TCCTGCAGC---A---AT-GTGGC-C--AAT--TTA---CGTC---AGAACACA--GATGCAT-GCT--GGGA---------------A-TTAATGG---A-TA------CCCTCC--AT-AAA-CC-----------------T-GTTT--AATTGAT-GAAAT-------CT-CTTTAAAAGAGAA--ACA----A---ACAAACAAGTTT-TT-A-GCATCA-CTATTTA-TTT-TCAGAAGGtaaca
gi|21 : GCT-GTTACAGTAAGAGTGACC--C---AGTC-ACCAACAGC---A---AT-GTG--------T--CT-----------------CA--GATACAT-GCTTAAGGA---------------A-ATAATGG---G-TG------ACCCCC--AT-AAA-CTGTTTACT--TA---GGCT-GTTT--AAATGAT-CAAAT-------CTCCTC---AAGAGAA--A
gi|22 : A-TATATACACAAAGTGCAG----T-TCTC--T--ACATTC--------------------------------ATG------GTCCC-GTTAT-A-------A-TTGATATGGCTTA--CA-----------------------------------------------G-TCAA-AG---AGGAATTACG---A----GTTCT-AGCTGGAGG-ACTT----GAAT-AACAA-GTAGAA-AAA-ACACAACAC--A------------------TA-------------TATCAAAATCTGAACATA-AA-ATGTC-ATT-TGTGTG--TAAAAA---TTCCA-ATT-acacttttcaatttcaggggtgttcttagtttgctatactacaaattgttttc
gi|23 : -GCTTTCC--TCAGTAAGGAGATA--TTTCAT--GATGAAT--AACT-----AA-----T-----TTTTACAATACAT-GGAA-GCTACCATATTGA-AA----AAT----T-------------------------A-----TTACCTCCCT-GCT-AGGTTATCTCTTAGCATCTACCAGAGGTCAGT-ACT-GAT--GCTGAA-GTCAGTTGGCCACAT-TGC--ATTTT-GGC---ACaca
gi|24 : GCAT-GCT--GG-A---------------A-TTAATGG---A-TA------CCCTCC--ATAAAA-CATTTCATT--TA---GAG--GTTT--ACTTGAT-GAAAT-------AT-C-----AAGAGAA--ACA----A---ACAAACAA---T-TT-A-GCCACA-CTAATT--TTT-TCAAGAGG
gi|25 : a-CAC-----ACATGTGAA----AGGAT-A--------CAGTAACAATTCTGTTGTA-G-ACTTGCAG-TCAATA-TTT--ATGAC--ATACAGGCCA--TT-TACCAACTGAGT-CAG-ACGTGGTTA---TCT-CCGTAGGGGAAAA-T-CA-GA-GTA-G-T----TT-CACCCTCA-CATGTTGTG-A-----C------------A---------AA----------A--T-cctttttaagttttgctgtgcaaaatagctttcctgaacacctcctt
gi|26 : ATT-CCG-G--CATC--TTT--A-TCGTG--CACTA--GCT-AT----GTATCAGCGACC--C---AGTC-TCCAGCAGC---A---AT-GTGTC-T--CAT--CTA---CATC---AGACCACA--GA---AT-GCT--GGGA---------------A-ATAATGG---A-CA------CCCTTC--------------TATT--TA---GAGT-GTTT--AATTGAT-GAAAT-------CT-Ccaaggaagca
gi|27 : TGTAAT-GAATTCT-GATT-ACCAT--T-AAACTGT-A-GCTTTCA--TCAGTAGGGCGATA--TT-g
gi|28 : agaactactgaaaggcgctaggtgtgcatgaaatgtaaatataacatagggtgtaaatttgtcattttgatttgTTTAAGGC------AGTGTT--T----AGAGAGG--GAAAAT--GCTACCAAGAATG-GCG-TTTCCTCA-C-CTA-C-AACTAAT-TT---TATG-GAGAGGGGAATTTCT-------TTG----T----T------CTTG-T-GAAAATTGTTCAGTTTT-ACCTA-CA-tcaaaaag
gi|29 : cactTGTAAG-GAATT-T-GAATTACCAT--A--AACTGT-A-GCTT-CA--TCAGTAAGGGGATA--TT-
gi|3 : cgaagaggcgtagtgtgcatgaaatgtaacatataactagggttaaatttgcatttgattgTATAAT-GAATT-TTGAAA-ATCAT--A-CAGATGT-A-GCTTTCC--TCAGTAAGGAGATA--TTTCAT--AAA-GATTGAC-T-----AA-----T-----TTTTACAATCCAT-GGAA-GCTGCCATATTGATAAAATTAAT----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-----TTACCTCCCT-GTT-AGGTTATCTCTTAGCACTCACCAGAGGTCAAC-ACT-GAT--GCTGAC-GTCAGTTAGCCACAT-TGC--ATTTT-GGC---ACATT---TCTTAG-TAA-CACAGT-GAAAA----TGTCAACATCA-GAAAGTGAACTCTAATAATGAG-AAAGAACT--GAAGTAT---TTAGATATAAATTTG--------------TT--T----ACAGAGGAAGAAATT--GTTTCC-AGAATT-ATG-TTTCCTCA-C-CAG-A-AACTGAC-TT---TAAT-GAGAATTGAATTTCT--ATGGATTAATTAT----T---GAGCTCG-T-GAAAATTGTTCAATTTT-ACCTA-CA-TTC-AAGAAGTGTCC-T-GG--TTGTTCATGAGTTTGACCATT--ATGTTTT-G----G--ATT--AG-A-TAAGCA-TGCACACA--AAGTGTAT----T-TCTC--T--ACATCCTGA-CTTTGACAC----AGA--G----T-GT-GTGT-CTAAGTCCT-GTTAT-C---------TTGAGACAGCTTA--CATTA-TC---------T---------------ATCTCGGGTACAAAA-G-CCAC-AG---AGGA-TTCGG---AAAA-GCCCT-AG----AGC-ACTA----ACAT-AACAA-CTAAGAGAAA-ACACAA-AC--A--AAAG-TGGA--AAAATTATCT-GTTATA-TTTATCAAATTCTAAACAT----CATGCC-ATT-TGTGTGTTTACAAACATTTCCACATT-CAC-----TTATGTAAT----AGAAC-A--------C---------------------AC----AATTCAAGATTTT--ATGGCTTACACAGACAAATTT-CATTAATTGGGT-CAG-ATGTGG-CAG--CCTGCTG--GGAGGAAA-TTCA-GACGTA-G-TG-AGTTATACTCTCA------TGTA-A-----A----------GGA---------AA----------A--CATTT---AGAAGAT--GAAGATG--ACAA---------A-TT------A---TCAT---------AG-ACTTTGGAT-AAGTAA-GTCTGC------AATTAGA--CAAATGTTCA-TTGTATA-TTGC--TCACCAAA---CAT---CAAGTC--T-ATGGTTCA-----ATTGAACA-TT--AT-ATCAATG-TA-AAG-TTGtcaagtggt
gi|30 : aattaaaggaagtgttcatgaaaatatgacaaattaagggtttaaaattgtcattttgatgtaAT-GAAAT-------TT-CCT---AAGAGAA--ACA----A---ACAAACATGTTT-CT-A-ACCA----TATTTA-TTT-TCAGAAG
gi|31 : G---AAGG-GCCCCCAG----AGC-ATTT----ACAT-AACAG-GTGA-----------AA-AC----------TGGA--AAAAATATCT-GCTGTA-TTTCTCGAATTCTAAACAT--AGCATGCA-ATT-cccttctaagtttgctgtgcaaaataattttttcatgaacacttcct
gi|32 : agCAACATCA-GAAAGTGTATT------ATTAG-A-AGAA--------TATCAGTT-----TAAACTTGAGT-----------TT--T----GCAGAGGAAGAAATT--GTTTCTCATAA
gi|33 : gcgcattggaCAAACA--TTT-TTCA-GCCTCAACTATTTA-TTT-TCAGAAGG
gi|34 : t-GT----GTNNNNNNNNNN--NNN-NNNN-NNNNNNNNC---A---GT-GTGTC-T--CAT--CTA---CGTC---AGAGCACA--GATGAAT-GCT--GGGA---------------A-ATAACGA---A-Tgcagttctaagtttgtgtgcaaaaatagtttttttcatgaaact
gi|38 : ---------------A------------AA-G-CCAC-AG---AGGA-TTCGG---AAAA-GCCCT-AG----AGC-ACTA----ACAT-AACAA-
gi|39 : TATATCC-AAATATTTAATGC-A--T-GT-ATATCCTAAT-T--GA-TGAATCT
gi|4 : TATAAT-GAATT-T-GAAA-ATCAT--A-CAGATGTTA-GCTTTCCCTTCATTAAGGAGATAATTT-CAT--AAA-GATTGAC-T-----AA-----T-----TTTTACAATC-AT-GGAA-GCTGCCATATTGATAA----AAT----T-------------------------AATTACTTACCTCC-T-GTTTAGGTTATCTCT-AGCACTCACCAGAGGTCAAC-ACTTGATTGGCTGAC-GTCAGTTAGCCACAT-TGC--ATTTT-GGC---ACATT--ATCTTAG-TAAGCACAGT-G-GAA--AATGTCAACATCA-GAAAGTGAACTT-AATAATGAG-AAAGAACTG-GAAG--TTA-TTTAGTATAAATTTG-------------GTT--T----ACAGAGGAAGAAATT--GTTT-CCAGAATT-ATG-TTTCCTCACC-CAGAA-AACTGACTTT---TAAT-GGAAGTTGAATTTCT--ATGGATTA----TTATAT---GTACTCG-T-GAAAATTGTTCAATTTT-ACCTA-CA-TTC-AAGAAGTGTC--C-TGGTTTGT-CATGAGTTTGACCATT---T-TTTT-G----G--ATT--AG-ACTAAGCATTGCACAC-CAAAGTGTCT----T---TC--TCTACATCCTGAGCTTTGACAC----AG---A----T-GT-GTGT-CT-AGTCCT-GTT-T-C-------C-TTGAGACAGCTTA--CATTA-TC---------TGATCTGCGGTACAGAA------------AA-G-CCAC-AG---AGGA-TTCGG---AAAA-GCCCT-A-----AGC-ACTA----ACAT-AACAACTTAAGA-AAATACACAA-ACAAA--A--G-TGGA--AAAATTATCT-G-TATA-TTTATCAAATTCTACACAT----CATGCC-ATT-TGTGTGTTTACAAACATTTCCA-ATT-CAC-----TTATGTAAT----AGAAC-A--------C---------------------AC----AA-TCAAGA-TTT--ATGGCTTACACAGACAAATTT-CATTAATTGGGT-CAG-A-GTGGTC----CTC-CTG--GAGG--AA-TTC--GC-GTA-GTTG-AGTTATACTCTCA-TGT-------A-----A----------GGA---------AA----------A--CATTTAGAAT--GAT--GAAGATG--ACAA---------A-TT------A---TC-----------AG-ACTTGGAAT-AAGTAA-TCTTTC------AA-TAGA--CAAATGTT-A-TTGTATA-TTGCA-TCACCAAA---CAT---C-AGTCTA--ATGGT-CA-----ATTGAACA-TT-AATAATCAATG-TATAAAGTTG
gi|40 : ttaaaggaagtgttcatgaacatatgacaaaattaagggttttaaacatttgcatttgatgtaAAGTTT-TT-A-CCCATA-TTATTTA-TTT-TCAGAAGG
gi|5 : AAA--AATGACATAATCA-GAAATTGAACTA-AATAGTAAG-ATTGAATTC-GAAGAATCA-T-GGCTATAAATTTGAAAC------AGAGTT--T----ACAGCGGAGGAAAAT--GTCAACCAGAATG-TTG-CTTCCTCA-C-CAG-C-AACTGAT-TT---TAAT-GAAAGGGGAATTTCT--CTGGATTG----G----T---TTCCTTG-T-GAAAATTGTTCAGTTTT-ACCTA-CA-TTC-AAGGAGTGTTT-C-TG--TTGT-CATGAGTTTGAACATT--ATGT-------------TT--AC-A-TAAACA-TG--CACACAAAGTGCAT----T---TC--TCTGCATCCCAA-CTTTGACAC----AGT--GTCACT-GT-GTGT-CTAAGCCCT-GTTAT-CCATGAGAC-TTCAGACAGCTTA--CATCA-TC---------TATCTCAGATACA---A------------AA-G-CCAG-AG---AG---T-------AAGA-GCACC-AG----AGC-ACTTTTAAAAAT-AACAA-GTAAGA-AAA-ACACAA-A--------------A--AATATCAT----CTGTA-TTTATCAAAATCTAAACA-G-AGCTTGTC-ATT-TATGTGT----AAACATTTTCACATA-CAC-----CTACGTGAT----AGCAC-A--------CA-A-----TTCTGTTGCA-G-AC----AA-ACAAGA--TT--ATGGCCTACAT---TCAA-TT-CATGAATTGGAT-CAG-ACGTTGTCAG--CCA-C-G--GGGGAAAATTTCT-GA-GTACA-TGTAGTTATACCCTCA-TGTGTTGTG-A-----T----------GAA---------AATAAGGAAAACA--T-TTC---CT--GAT--AAAAATG--GCAATTATGAGGGA-TTTCATGAAGCCTCAGACTCTGTACAG-ACTCATAAT-AAATAA-TCTCTCATTGTAAA-TACATGTAAATGTT-A-TTGTAAA-TTGCA-TCACCAAAACGTAT---C-AGTCTAC-CCGGTACATGTTCAATGTACA-TC-AATAATTAATG-TATAAA-TTGT--ATGAAAATACAGCAGccttctaagt
gi|6 : ttgaatctgaacaacatttttacaccatC-AG---AGGA-TTCAG---AAGA-GCCCC--------------------CAG-AACAA-GTAAGA-AAA-ACACAA-AC--AGAA--G-TGGA--AAAATTATCT-GCTGTA-TTTATCAAATTCTAAACATA--GCATGCC-AAT-TGTGTGT----AAACATTTCCACATT-CAC-----CTATGTAAT----AGGAC-A--------CA-T-----TTCTGTTGCA-G-AC----AA-TCAAGA-TTC--ATGGCTTACACAGACACA-TT-CATTAATTGGGT-CAG-ATGTGGTCAG--CAT-CTG--GGGGAAAA-TTCA-GA-GTA-G-TT-AGTTATACTCTCA-TGTGTTGTG-A-----T----------GGA---------AATAAGGAAAACA--T-TTT---AT--GAT--GAAGATG--ATAA---------A-TT------A---TC-----------AG-ACTAGGAAT-AAGTAA-TCTTTC------AA-TAGG--CAAATGTT-ATTTGTATA-TTGCA-TCACCAAA---CA-------------------CCA-----ATTGAACA-TT-AATAATCAATG-TATAAA-TTGT--ATGATAATAAAGCAGTACT----TTATATCTTACAGC-AATCTTGTTTATTTCC-AAATATTTGATAC-A--T-GT-ATATTCTAAT-T--GATTGAATCTT-G--AAATATG-TGTT---AACATT-CAG-A--CATC--TTT--A-TCGTG--CAC--TAGCT-GT----GTAACAGTAAAC--CCG-AGTC-TCCAGCAGC---A---AT-GTGGC-C--AAT--TTA---CGTC---AGAACACA--GATGCAT-GCT--GGGA---------------A-TTAATGG---A-TA------CCCTCC--AT-AAA-CCTTTCATT--TA---GAGT-GTTT--AATTGAT-GAAAT-------CC-TTT---AAGAGAA--ACAAACGA---ACAAACAAGTTT-TT-A-GCCTCA-CTATT
gi|7 : ATAAT-GAATT-T-GAAA-AACCTTTA-CAGATGT-AAGCTTTCC--TCAGTAAGGAGATT--TT-CAT--AAT-GAT--AACT-----AAA----T-----TTTTACAATACAT-GGAAAGCTGC-ATATTGA-AT----AAT----T-------------------------A-----TTACT--CCT-GCT-AAGTTATCTCTTAGCATCTACCAGAGGTCCAC-ACT-GAT--GCTGACGGTCAGTTGG-CA-AT-TGCT-ATTTTGGGC---ACATT--CTCTTAGTTAA-CACGTT-G--AA--AATGTCAACATCA-GAAAGTGAGCTA-AATAATGAG-ACAGAA-T--GAAGT---A-TTGG-TAAAAATTTGAACCCACACAAGAGTTAATA---ACAGAGGAAGAAATT--GTTTTCCCAAATTAATG-TTTCCTTA-C-CAG-C-AACTGAC-TTTCATAAT-GAGAATTGAATTTCTAAATGGATTG----T----T---GTGCTTG-TGGAAAATTGTTCAGTTTT-A-CTA-CA-TTC-AAGAAGTGTCA-CTTG--TTGT--ATGAGTTTTA-CATTA-ATG-TTT-G----GTTATT--AG-A-TAAGCA-TACAC-CACAAAGTGTATAA--TATTTC--TCTACATCTTGA-CTTTGACACGCAGAGTGGG----TGGT-GTGT-CTAAGTCCT-GTTATCC-------C-TTGAGACAGCTTA--CATTATTC---------T---------------A-----------------TCTC-GGGTAAAAA-ACGCA---AAGA-G-GCC-AG----AGC-ACTT----ACAT-AAAAA-GTAActaagtttgctgtgcaaaaatagttttttcatgaacactt
gi|8 : aggaagtgtttcatgaaaatatgacaagggtttaaaaatgtccaattttggatgtaATAATTGAATT-T-GAAA-ACCTTT-A-CAGATGT-AAGCTTTCC--TCAGTAAGGAGATT--TT-CAT--AAT-GAT--AATT-----AA-----T-----TTTTACAGATCAT-GGAA-GCTGC-ATATT-ATAA----AAT----T-------------------------A-----TTACCTCC-T-GCC-TAGTTATCTCTTAGCATCTACCAGAGTCCAGC-ACT-GAT--GCTGACGGTCAGTTGG-CA-AT-TGCATATTTT-GGC---ACATT--CTCTTAG-TAA-CAC-GT-G--AA--AATGTCAACATCA-GAAAGTAAGCTA-AA-AAT-AG-ACAGAAT----AAGTAT---TTGG-TAAAAATTTGAACCACACA-AGAGTT--TAATAACAGAGG-AGAAATT--GTTTTCCAATATT-ATG-TTTCCTTA-CGCAG-ACAACTGAC-TTTCATAAT-GAGAATTGAATTTCTAAATGGATT-----T----T----TGCTTGAT-G-AAATTGTTCAGTTTT-ACCTA-CA-TTCGAAGAAGTGTCCAC-TG--TTGT--ATGAGTTTAA-CATTA-ATGTTTT-G----GT-ATT--AG-A-TAAGCA-TACAC-CA-AAAGTGTATTAAAT-TCTC-----ACATCTTGA-CTTTGACACGCAGAGT--G----G-GTGGTGTGCTAAGTCCT-GTTAT-C-------C-TTGAGACAGCTTA--CATTATTC---------T---------------A-----------------TCTC-GGTA-AAAA----CGC--AAGA-G-GCC-AG----AGC-ACTT----ACAT-AA
gi|9 : ctaaaggaagtgtttcatagaaaatatgacaagggtttaaaatgtccaattttggatgtaACAA-AC--A--A--AATGGA--AA--TTATCT-GCTGTAATTTATCAAATT-TAAACAT----CATTGC-AAT-TGTGTGTTTACAAACATT--CACATT-CAC-----CTATGTACT----ACGAC-AACATTGTACA-T-----TTCTGTTGCAAG-AC----A--TCAA-A-TGT--ATGGCTTACA-AGACAAA-TT-CATTAATTGGGTTCAGCATGTGGTCAG--CCT-CTG--TGGGAAAA-TTCA-GATGTA-G-TC-AGTTA----CTC--TGTGTTGTGCA-----T----------GGATTAAGGAAGAAC---------A--T-TTT---AT--GAT--GAAGATAGAACAA---------AATT-----TA---TCA----------GA-ACTCAGAATTAAGTAA-TCTTTC------AA-TAGA--CAAATGTTTA-TTGTATAATTGCAGTCACCAAA---CAT---C-AGTCTAT-ATGGTC-------ATTGAAAAATT-AATAATCCATGATA-AAA-TTGTTAATGATAATAA-GC-------------TA----ACAGC-AAT--TGTTTATTTCC-AA-TATTTTATAC-A--T-AT-ATATTCTAAT-TTTAATTGAATCTTTG--AAA-------------------CAG-A--CATC--TTT--AATCGTGG-CACTA--GCTTGC----GTAACAGT--CT--CCG-AG--------CA-C---A---ATTGTGGC-C--A-T--TTA---CGTC---A-AACACA--AATGCAT-GCT--GG-A---------------A-TTAATGG---A-TA------CGCTCC--AT-AAACCCTTTCATT--TA---GAGT-GCTT--AATTG-T-GAAAT-------CT-TTT---ag
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): GTAGTTTTACCCTAATTGTTTGTGAGAAAAAATAAGGAAACATATCTTGATGAATACTCCAATTATGACGATTTTCATGAAACCTGATTCTGAATATTTTTTTTACAGTAAATAAGTAGCATAATTGTAAATTATATCAGCAAAATTCATCTGTATAGTCTATGTACTGTACTCCATCAACTATTATCAATGTACA
Unaligned ( gi|35 ): CGCTTAAAAGAATTGTTCGTGAAAATATGACAAAGGGTTTCTAATTGTATAATGAATTTTGAAAAGCATAAAG
Unaligned ( gi|36 ): TAAAGGAAGTGTTCATGAAAATGTGACAAAGGGTTTTAAATTGTCATTTTGACGTATATAATGA
Unaligned ( gi|37 ): TATAAGGGGTTTCATAAAGCCTCAGACCCTGATAATTCCTCACGATAAATAA
Alignments
lowQualScore : 11111 1 66666666666666666666666666666 444444444444444444444444444444444444 22 111 3333333333333333333 3333333333333 1111111 111 111 111111111111111 1 11 1111111 11111111 3333333333333333 222222222 1 99999999999999999999999999999999999999999 111 111111111 3333333333 3333 1111 11111 22222222222222222 777777777777777777777777777777777777777777777 444444444444444444444444444444444444 111111 1 111 11111 11111 1111 11 1111 111111111111111 1111111
lowQualScore : 4 8 8 4 44444 4 7 666 555 4 888 55555555555555555555555555555 4 4 1 0 8888 777777777777777777777777777777777777 1 4 8 4 8 55 8 7 4 4 99 4 777 66 5 5 0 5 00 222 4 66 1 0 888 5555555555555555555 0 3333333333333 5555555 0 55 2 2 4 4 4 4 999 4 555 4 4 555 666666666666666 4 4 2 4 4 4 4 77 4 66 88 5 55 4 5555555 66 4 4 4 6 1 77777777 9999 5 0 1111111111111111 5 5 0 5 5 000000000 66 0 88888888888888888888888888888888888888888 4 4 222 000000000 3 0 3 7777 3 88888 3 3 4 4 4 8888888888 55 0 444 4 0 1111 3 3 9999 3 00000 8888 4 44444444444444444 444 8888 4 8 55 8 4 4 4 55 4 55 1 4 4 8 4 4 55 1 22 4 4 666666666666666666666666666666666666666666666 888 66 66 66 999999999999999999999999999999999999 5 5 5 444444 5 66 0 5 5 5 888 888 55 0 000 55 22222 0 5 5 5 3 5 99 77777 0 6 22 5 5 66 5 5 5 77777 9999 5 7777 5 7777 66 66 5 11 7777 3 7777 0 777777 44 666 666 3 6 5555 44 555 555 44 3 44 999999999999999 44 555 6 999999 44 3 3 3 44 555 3 55 3 0000000 3 666 55 9999 777 3 3 3 1 3 2 3 3
lowQualScore : . . . . ..... . . ... ... . ... ............................. . . . . .... .................................... . . . . . .. . . . . .. . ... .. . . . . .. ... . .. . . ... ................... . ............. ....... . .. . . . . . . ... . ... . . ... ............... . . . . . . . .. . .. .. . .. . ....... .. . . . . . ........ .... . . ................ . . . . . ......... .. . ......................................... . . ... ......... . . . .... . ..... . . . . . .......... .. . ... . . .... . . .... . ..... .... . ................. ... .... . . .. . . . . .. . .. . . . . . . .. . .. . . ............................................. ... .. .. .. .................................... . . . ...... . .. . . . . ... ... .. . ... .. ..... . . . . . . .. ..... . . .. . . .. . . . ..... .... . .... . .... .. .. . .. .... . .... . ...... .. ... ... . . .... .. ... ... .. . .. ............... .. ... . ...... .. . . . .. ... . .. . ....... . ... .. .... ... . . . . . . . .
lowQualScore : 4 9 9 0 88888 0 3 444 222 5 111 44444444444444444444444444444 4 4 1 8 5555 999999999999999999999999999999999999 6 0 0 0 0 55 0 5 1 0 55 0 000 11 7 7 1 7 99 000 4 44 8 1 333 6666666666666666666 8 9999999999999 4444444 8 55 3 5 4 4 4 4 666 4 666 4 7 777 111111111111111 4 4 7 4 4 4 4 11 4 11 33 0 00 4 6666666 11 4 4 4 2 1 44444444 6666 0 2 4444444444444444 0 0 1 0 0 666666666 99 0 44444444444444444444444444444444444444444 4 0 555 111111111 6 5 6 7777 6 66666 3 6 4 4 0 8888888888 55 9 777 0 2 1111 6 6 3333 6 00000 5555 0 22222222222222222 666 5555 0 0 55 0 0 0 0 55 0 55 3 0 4 9 4 4 66 9 88 4 4 666666666666666666666666666666666666666666666 888 99 11 11 555555555555555555555555555555555555 0 0 0 444444 0 99 0 0 0 0 888 888 11 1 111 99 55555 1 0 0 0 2 0 22 66666 8 7 55 7 0 99 0 0 0 22222 4444 7 1111 0 8888 99 99 0 99 0000 6 7777 1 999999 55 444 444 6 5 3333 66 888 888 66 1 22 222222222222222 11 444 2 666666 66 3 3 9 66 888 3 00 3 8888888 3 444 55 4444 888 3 3 3 0 3 7 6 6
consensus : TATAAT-GAATT-T-GAAA-ATCAT--A-CAGATGT-A-GCTTTCC--TCAGTAAGGAGATA--TT-CAT--AA--GAT--A--T-----AA-----T-----TTTTACAATCCAT-GGAA-GCTGCCATATTGATAA----AAT----T-------------------------A-----TTACCTCCCT-GCT-AGGTTATCTCTTAGCATCTACCAGAGGTCAGC-ACT-GAT--GCTGAC-GTCAGTTGGCCACAT-TGC--ATTTT-GGC---ACATT--CTCTTAG-TAA-CACAGT-GAAAA--AATGTCAACATCA-GAAAGTGAACTA-AATAATGAG-ACAGAACT--GAAGTATCA-TTGGATATAAATTTGAACC------AGAGTT--T----ACAGAGGAAGAAATT--GTTTCCCAGAATT-ATG-TTTCCTCA-C-CAG-A-AACTGAC-TT---TAAT-GAGAGTTGAATTTCT--ATGGATTG----T----T---GTGCTTG-T-GAAAATTGTTCAGTTTT-ACCTA-CA-TTC-AAGAAGTGTCT-C-TG--TTGT-CATGAGTTTGACCATT--ATGTTTT-G----G--ATT--AG-A-TAAGCA-TGCACACACAAAGTGTAT----T-TCTC--TCTACATCCTGA-CTTTGACAC----AGT--G----T-GT-GTGT-CTAAGTCCT-GTTAT-C-------C-TTGAGACAGCTTA--CATTA-TC---------T---------------A------------AA-G-CCAC-AG---AGGA-TTCCG---AAGA-GCCCC-AG----AGC-ACTT----ACAT-AACAA-GTAAGA-AAA-ACACAA-AC--A--A--G-TGGA--AAAATTATCT-GCTGTA-TTTATCAAATTCTAAACATA-AGCATGCC-ATT-TGTGTGTTTACAAACATTTCCACATT-CAC-----CTATGTAAT----AGGAC-A--------CA-T-----TTCTGTTGCA-G-AC----AA-TCAAGA-TTT--ATGGCTTACACAGACAAA-TT-CATTAATTGGGT-CAG-ATGTGGTCAG--CCT-CTG--GGGGAAAA-TTCA-GA-GTA-G-TG-AGTTATACCCTCA-TGTGTTGTG-A-----T----------GGA---------AA----------A--T-TTT---AT--GAT--GAAGATG--ACAA---------A-TT-----AA---TCA----------AG-ACTCGGAAT-AAGTAA-TCTTTC------AA-TAGA--CAAATGTT-A-TTGTATA-TTGCA-TCACCAAA---CAT---C-AGTCTAT-ATGGTCCA-----ATTGAACA-TT-AATAATCAATG-TATAAA-TTGT--ATGATAATAAAGCAGTACT----TTATATCTTACAGC-AATCTTGTTTATTTCC-AAATATTTAATAC-A--T-GT-ATATTCTAAT-T--GATTGAATCTT-G--AAATATG-TGTT---AACATT-CAG-A--CATC--TTT--A-TCGTG--CACTATAGCT-GT----GTAACAGTGACC--CCG-AGTC-TCCAGCAGC---A---AT-GTGGC-C--AAT--TTA---CGTC---AGAACACA--GATGCAT-GCT--GGGA---------------A-TTAATGG---A-TA------CCCTCC--AT-AAA-CCTTTCATT--TA---GAGT-GTTT--AATTGAT-GAAAT-------CT-CTT---AAGAGAA--ACA----A---ACAAACAAGTTT-TT-A-GCCNCA-CTATTTA-TTT-TCAGAAGG
Reference ( family-521 ) : TATAAT-GAATT-T-GAAA-ATCAT--A-CAGATGT-A-GCTTTCC--TCAGTAAGGAGATA--TT-CAT--AA--GAT--A--T-----AA-----T-----TTTTACAATCCAT-GGAA-GCTGCCATATTGATAA----AAT----T-------------------------A-----TTACCTCCCT-GCT-AGGTTATCTCTTAGCATCTACCAGAGGTCAGC-ACT-GAT--GCTGAC-GTCAGTTGGCCACAT-TGC--ATTTT-GGC---ACATT--CTCTTAG-TAA-CACAGT-GAAAA--AATGTCAACATCA-GAAAGTGAACTA-AATAATGAG-ACAGAACT--GAAGTATCA-TTGGATATAAATTTGAACC------AGAGTT--T----ACAGAGGAAGAAATT--GTTTCCCAGAATT-ATG-TTTCCTCA-C-CAG-A-AACTGAC-TT---TAAT-GAGAGTTGAATTTCT--ATGGATTG----T----T---GTGCTTG-T-GAAAATTGTTCAGTTTT-ACCTA-CA-TTC-AAGAAGTGTCT-C-TG--TTGT-CATGAGTTTGACCATT--ATGTTTT-G----G--ATT--AG-A-TAAGCA-TGCACACACAAAGTGTAT----T-TCTC--TCTACATCCTGA-CTTTGACAC----AGT--G----T-GT-GTGT-CTAAGTCCT-GTTAT-C-------C-TTGAGACAGCTTA--CATTA-TC---------T---------------A------------AA-G-CCAC-AG---AGGA-TTCCG---AAGA-GCCCC-AG----AGC-ACTT----ACAT-AACAA-GTAAGA-AAA-ACACAA-AC--A--A--G-TGGA--AAAATTATCT-GCTGTA-TTTATCAAATTCTAAACATA-AGCATGCC-ATT-TGTGTGTTTACAAACATTTCCACATT-CAC-----CTATGTAAT----AGGAC-A--------CA-T-----TTCTGTTGCA-G-AC----AA-TCAAGA-TTT--ATGGCTTACACAGACAAA-TT-CATTAATTGGGT-CAG-ATGTGGTCAG--CCT-CTG--GGGGAAAA-TTCA-GA-GTA-G-TG-AGTTATACCCTCA-TGTGTTGTG-A-----T----------GGA---------AA----------A--T-TTT---AT--GAT--GAAGATG--ACAA---------A-TT-----AA---TCA----------AG-ACTCGGAAT-AAGTAA-TCTTTC------AA-TAGA--CAAATGTT-A-TTGTATA-TTGCA-TCACCAAA---CAT---C-AGTCTAT-ATGGTCCA-----ATTGAACA-TT-AATAATCAATG-TATAAA-TTGT--ATGATAATAAAGCAGTACT----TTATATCTTACAGC-AATCTTGTTTATTTCC-AAATATTTAATAC-A--T-GT-ATATTCTAAT-T--GATTGAATCTT-G--AAATATG-TGTT---AACATT-CAG-A--CATC--TTT--A-TCGTG--CACTATAGCT-GT----GTAACAGTGACC--CCG-AGTC-TCCAGCAGC---A---AT-GTGGC-C--AAT--TTA---CGTC---AGAACACA--GATGCAT-GCT--GGGA---------------A-TTAATGG---A-TA------CCCTCC--AT-AAA-CCTTTCATT--TA---GAGT-GTTT--AATTGAT-GAAAT-------CT-CTT---AAGAGAA--ACA----A---ACAAACAAGTTT-TT-A-GCCNCA-CTATTTA-TTT-TCAGAAGG
gi|1 : AT-GAATT-T-GAAA-ATCAT--AACAGATGT-A-GCTTTCC--TCAGTAAGGAGATA--TTTCATTAAA--GAT-----T-----AACTAATT-----TTTTACAATCCATTGGAA-GCTGCCATATTGATAA----AAT----T-------------------------A-----TTACCTCCCTTGCT-AGGTTATCTCTTAGCATCTAC-AGAGGTCAGCCACTTGA---GCTGAC-GTCAGTTGGC-ACATCTGC--ATTTT-GGC---ACATT--CTTTTAG-TAA-CACAGTTGAAAA----TGTCAACATCAAGAAAGTGAACTA-AATAATGAGGATAGAACTTTGA-GCAT---TTGGATATAAATTTGAACC------AGAGTT-------ACAGAGGAAGAAATTTGGTTTCC-AGAATT-ATGGTTTCCTCA-C-CAG-A-AACCAAC-TT---TAATTGAGAATTGAATTTCT--ATGGATTA----T----T---GAGCTTG-T-GAAAATTGTTCAATTTTTACCTAACAGTTC-AAGAAGTGTCT-C-TG--TTGC-CATGAGTTTGACCATT--ATGTTTTTG----G--ATT--AG-A-TAAGCA-TGCA---ACAAAGTGTAT----T-T-----TCTACATCCTGA-CTTTGATCC----AGT--GG---T-GT-GTGT-CTAAGTCCTTGTTAT-C-------CCTTGAGACAGCTTGGGCATTA-TCATCTCGCGGT---------------ACAAA--------AA-GACCACCAG---AGGA-TTTCGGAAAAGAAGCCCT-AG----AGCCACTG----GCATTAACAA-GTAAGA-AAA-ACA----AT--A-----G-TGGACAAAAATTATCTTGCCGTG-TTTATCAAATTCTAAACAT----CATGCCCATTCTGTGTGTTTACAAACATTTCCACATTTCAC-----CTATGTAAT----AGGACCA--------CA-T-----TTCTGTTGCA-G-AC----AT-TCAAGA-TTTTTATGGCTTACACAGACAAA-TTTCATTAATTGG-T-CAG-ATGTGGTCAG--CCT-CTG--GGG--AAA-TTCAAGA-GTA-G-TG-AGTT-TATTCTCA-TGTGTTGTG-AGGAATTAA--------GGA---------AA----------ACAT-TTT---AT--GATTGAAAGATG--ACAA---------T-TT-----A----TCA----------AGGACCCGGAAT-AAGTAAATCTTTC------AA-TATA--CAAAT-TT-A-TTTTATA-TTGCA-TCAC-AAA---CAT---C--GTCTATTATGGTC-A-----AT-GAACA-TTTAATAATCAATG-TATAAA-TTGT--ATGATAATAAAGCAGTACT----TTATATCTTACAGCAAATCGTGTTTATTTCCAAAATATTTAATACAA--TAGT-ATA---TA--------------CTT-G--AAATATG-TGTT---AACATTCCAGAA--CATC--TTTAAA-TCGTG--CACT-TAGCT-GT----GTAACAGTGACC--CCG-AGTCTTCCAGCAGC---A---AT-GTA---C--AAT--TTA---CGTC---AGAACACA--GATGCAT-GCT--GGGA---------------ATTTAATGG---ACTA------CCCTCC--AT-AAA-CCTTTCA-T--TA---GAGT-GTTT--AATTGA--GAAAT-------CT-CTT---AAGAGAA--ACA----A---ACAAAGAAG-TT-TT-A-GCCTCA-CTA-TTA-TTT-TCAGAAG
gi|10 : taaaggatgtcttagataataatatgacaaaggctttaaaattggtcattttgatggtaat--GAGGATG--ACAA---------A-TT-----A----TCA-----------G-ACTCGGAAT-AAGTAA-CCTTTT------AA-TAGA--CAAGTGTT-A-TTGTATA-TTTCA-TCACCATA---CATAATC-AGTCTAT----GTTCA--------------TC-AATAATCAATG-TATAAA-TTGT--ATGATAATAAAGTAATACG----TTATATCTTACAGC-AATTCTGTTTATTTAC-AAATATTTAATAC-A--T-GT-ATATTCTAAT-T--GATTGAATCTT-G--AAATATG-TGTT---AACATT-CAG-A--CATC--TTT--A-TCGTG--CAC--TAGCT-GT----GTAACAGTGGCC--CTG-AGTC-TCCAGCAGC---AATGAT-GTGAC-C--AGT--TTA---CGTC---AGAACACA--GAAGCAT-GCT--GGGA---------------A-TTAATGG---A-TA------CCCTCC--AT-AAA-CCTTTCATT--TA---GAGT-GTTT--AATTGAT-GAAAT-------CT-CTT---AAGAG------A----A---ACAAACAAGTTT-TT-A-GCCACA-CTACTTA-TTT-TCAGAAGGcatttctaagtttactgttgcaaaaatatatttttcatgacacttccct
gi|11 : TAC-AACT-GTGATATCGTAATAT--GATTGAATCCT-AACAGATATGATGTTGAGAACATT-CAG-ACTCATTCATTT--A-T-GTGGTGACTAGGGCT-TG----GTA--AGTGGCCCGCCGTAGTC--CCA-CATCTCGA---GT--TGGCACGAAATAGTTAATGCGTCCAAAGAACTCATTAGTTAATAGCT--GGGATTCTACGTCAATGTGA-TTAATAGCACA-TATAATCGTCTTAC--AT-GAA-ACTTTCAATACTAAAGGAGTAGTTTTAAATTTAT-AGAATAGCCTCGCT-CT-----AGTGAAGTACG----ATGTA-AAACAAGTTTATT-ACGCCTCA------TA-TTT-TTAAAAccttttaagtttgctgtgcaaaaatagtcttttcatgaacacttcctt
gi|12 : aat-AAGAA-TGTCT-T-TG--TTGT-CGCGAGTTTGA-------ATGTTTT-GTGTCG--ATTTAAGAA-TAAACA-GACATGCACAACTAGTAT----T-Ttacagaagcgcttctaaagtttgccttcggctaaaaaatagttttttcatgcaaacaccttctattt
gi|12 : caCTT----GAAT-AA-AA-GTAGGA-AAA-ACAC-A-AC-----------------AAACTATTT-A-TG----TTA-CAAA-TCT-AATATATAGCAT-TC-AGT-TGTGTGT----AAACATTTCTCCATA-CACGAGGAATACGTGATTACCATAAC-A---------A-T-----TCGTGTTTCA-ATAC----AA-TCAAGATTTT--ATGGCT-------ACAAA-TT-TATTCACTGAG-------TATGGTCAGTATAT-ATG--GGGGAATA-TTaattagcagacccgtatttatcagttaataccagcttatacttatagtctatcgtgtatcagaaatacataagaaccagaggaggaaataaatttaagtccaaatcttgaataaaagtaggaaaaacacaacaaactatttatgttacaaatctaatatatagcattcagttgtgtgtaaacatttctccatacacgaggaatacgtgattaccataacaattcgtgtttcaatacaatcaagattttatggctacaaatttattcactgagtatggtcagtatatatgggggaatatta
gi|13 : caaagaatgtctttgttgtcgcgagtttgaatgttttgtgtcgatttaagaataaacagacatgcacaactagtatttaattagcagacccgtatttatcagttaataccagcttatacttatagtctatcgtgtatcagaaatacataagaaccagaggaggaaataaatttaagtccaaatTGATAA----AAT----A-------------------------A-----TTGCCTTCCT-GCT-GGGTTATCTTTTAGCATTAACCAGAGGGCAGC-ACT-GAT--TCTGAC-GTCAATAAGACTAAT-TAT--A-TTT-GGCTCTGCATCAACACTTAT-AAA-CACAGT-T--AA--GATGT---CATCA-CAAAGTGTGTTA----GATGAG----GAA--------TATCA----GAT-----TTT-----------AG------C----ACA-AGTAA-ACATT--GCTTTCCATAATA-ATA-CTT------------G-ATCTTA---T---TAA---AGAA--GAATTCCC--GTTGGTTG----T----TGGAGTGTTTG-T-GGATATCGTGCA-TTCT-AACTT-CA-TTC--AGA--TGTCT-T-TG--TAGT-AACAAGTTTGA--ATTGAATGTTGG-G----T--GTC--AG-A-TAAGa
gi|14 : ACAGC-AATCTTGTTTATTTCC-AAATATTTAGTTC-A--C------ATTCTAAT-T--G-------C-------AATATG-TGTTT--AACATT-CAG-A--CATC--TTT--A-TCGTA--CACTA--GCT-AT----GTAGCGGTGACC----A-AGTC-TCCAGCAGC---A---AT-GTGAC-T--AAT--TTA---CGTC---AGAACACA--GATGCAT-GCT--AGGA---------------A-TTCATGG---G-TA------CCCCCCAAAA-AAA-TATTTCAAT--TA---CAGT-
gi|14 : AGTTT-AT-A-GCCACA-CTAATTA-TTT-TTAGAAGGttatagccacactaattatttttagaaggctatctagatttgttgtgcaaaaacaggttttttttttcatgaacactt
gi|15 : acagcaatcttgtttatttccaaatatttagttcacattctaattgcaatatgtgtttaacattcagacatctttatcgtacactagctatgtagcggtgaccaagtctccagcagcaatgtgactaatttacgtcagaacacagatgcatgctaggaattcatgggtaccccccaaaaaaatatttcaattacTAGCT-GT----GTAACAGTGACC--CTG-AGTA-TCCAGCAGC---A---AT-GTGGC-C--AAT--TTA---CGTC---AGAACACA--GCTGCAT-ACT--GGGA---------------A-ATAATGG---A-TA------CCCTCC--AT-AAA-CCTTTCATT--TA---GAGT-GTTT--AATTGAT-GAAAT-------CT-CTT---AAGAGAA--ACA----A---ACATACAAGTTT-TT-A-GCCTCA-CTTTTTA-TTT-TCGGAAGctatctagatttgttgtgcaaaaacaggttttttttttcatgaacactt
gi|16 : acA-ATCAT--T-AAGATGT-A-GCTTTCA--TCAGTAGGGATATA--TTTCA---AA--AAT--G--TTAATGAA-----T-----CTGCTCAATCTCT-GGAA-GCTGTCATATTGATAA----AAT----G-------------------------A-----TTGCATCCTT-GCT-TGGTTATCTCTT---ATTTACCAGAGGGCAGA-ACT-GAT--GCTAAT-GCTAAGTAGATATAT-TGT--AATTT-GGC---ACATT--Cacattctaagtttgctgtgcaaaaattgttttgtcatgaaca
gi|17 : aaggaagcatacatgaaagtgtaacatcaggttaaaataaaatatCAAATTCTAAACATA--GCATGCC-ATT-TGTGT--TTA--AACATTTCTGCATT-CAC-----CTATGTAAT----AGGAC-A--------CA-T-----TTCTGTTGCA-G-AC----AA-TCAAGA-TTT--ATGGCTTACACAGACAAA-TT-CATTAATTGGGT-CAG-ATGTGGTCAG--CCT-CTG--GGGGGAAA-TTCA-GT-GTA-G-TG-AGTTATA--CTCA-CGTGTTGTG-A-----TGAAATATTAAGGA---------AAAC--------A--T-TTT---AT--GAT--GAAGATG--Aa
gi|18 : T--CTA---CCTC---GAGACACA--GATGCAG-GAT--GGGA---------------A-ATAATGG---ATTA------CTC-AC--AT-AAA-ACTT
gi|18 : CTTACACT--AA---GCGT--TTT--AACTGATCAAAAT-------CT-CGT---TAGAGAA--ATA----A---ACATCTTAGTTT-TA-A-ACCATA-CAATTTAGTTTATCAGaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttacactaagcgttttaactgatcaaaatctcgttagagaaataaacatcttagttttaaaccatacaatttagtttatcaggtattcgaggtttactacgcagcaaatgtattctatgctcacttcct
gi|19 : tctacctcgagacacagatgcaggatgggaaataatggattactcacataaaacttaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATAAT-GGATTCT-AAAA-ATCAT--T-AAGATGT-A-CCTTTC--------------AT---TT-CAA--AA--AAC-----T-----AA-----CGAAGCTTGT-CAATCCCT-GGAA-GCTGCCATATTGGTAA----AAG----G-------------------------A-----TTACCTCTCC-CCTCAG---------TACCAGCTACAAGA-----------------GCTGAC-GTCAGTAAGACACAT-TGT--ATTTT-GGC---ACACT--gtattcgaggtttactacgcagcaaatgtattctatgctcacttcct
gi|2 : ttaaaggaattgtacatgaaaatgtaaattataattttgatgtgTATAAT-GAATT-TTGAAA-ATCGT--A-CAGAT-----------C--TCAGTAAGGAGATA--T--------------------------A-----T-----TTTTACAATCCAT-GGAA-GCTGCCATATTGATAA----AATCATTT-------------------------A-----TTACCTCCCT-GCT-AGGTTATCTCTTAGAATCTACCAGACGTTAGC-ACT-GAT--GCTGAC-GTCAGTTGGCCACAT-TGC--ATTTT-AGC---TCATT--CTCTTAG-CAA-CACAGT-GAAAATTAATGTCAACATCA-GAAAGTGAACTA-AATAATGAG-ACAGAGCT--GAAGTATTAATTGGATGTAAATTTGAACC------AGAGTT--T----ACAGAGGAAGAAATT--GTTTCCCAGAATT-ATA-TTTCCTCA-C-CAG-A-AACTGAC-TT---TAAT-GAGAGATGAAGTTCT--CTGGATTG----T----T---GTGCTTG-T-GAAAATTATTCAATTTA-ACCTA-CA-TTC-AAGAAGTGTTT-C-TG--TTGT-CATGGGTTTGACCATT--ATGTTTT-G----G--ATT--AG-A-TAAGCA-TGCACACACAAAGTGTAT----T-TCTCGATCTACATCCTGA-CTTTGACTC----AGT--G----T-GT-GTGT-CTAAGTCCC-GTTAT-C-------C-TTGAGACAGCTTA--CATTA-TC---------T---------------A------------AATG-CCAC-AG---AGGA-TTCCG---AAGA-GCCCC-AG----AGC-ACTT----ACAT-AACAA-ATAAGA-AAA-ACACAA-ACTGA--A--G-TGGA--AAAATTATCT-GCTGTA-TTTATCAAATTCTAAACATATAGCATGTC-ATT-TGTGTGTT----AACATTTCCACATT-CAC-----CTATGTAAT----AGGAC-A--------CA-C-----TTCTGTTGCA-G-AC----AA-TCAAGA-TTT--ATGGCTTACACAGACAAA-TT-CATTAATTGGGT-CAG-ATGTGGTCAG--CCT-CTG--GGGGAAAA-TTCA-GA-GTA-G-TG-AGTTATACCCTCACTGTGTTGTA-A-----T----------GG----------------------A--T-TTT---AT--GAT--GAAGATG--ACAA---------A-TT-----AA---TCA----------AG-ACTTGGAAT-AAGTAA-TCTTTC------AA-TGGA--CAAATGTT-A-TTGTATA-TTGCA-TCACCAAA---CAT---C-AGTCTAT-ATGGTCCA-----ATTGAACA-TT-AAAAATCAATG-TATAAA-TTGT--ATGATAATAAAGCAGTACTTTAATTATATCTTACAGC-AATCTTGTTTATTTCT-AAATATTTAATAC-A--T-GT-ATATTCTAAT-T--AATTGAATCTT-G--AAATGTG-TGT--------------------TC--TTT--A-TCGTG--CACTATAGCT-GT----GTAACAGTGACC--CTG-AGTC-TCCTGCAGC---A---AT-GTGGC-C--AAT--TTA---CGTC---AGAACACA--GATGCAT-GCT--GGGA---------------A-TTAATGG---A-TA------CCCTCC--AT-AAA-CC-----------------T-GTTT--AATTGAT-GAAAT-------CT-CTTTAAAAGAGAA--ACA----A---ACAAACAAGTTT-TT-A-GCATCA-CTATTTA-TTT-TCAGAAGGtaaca
gi|21 : GCT-GTTACAGTAAGAGTGACC--C---AGTC-ACCAACAGC---A---AT-GTG--------T--CT-----------------CA--GATACAT-GCTTAAGGA---------------A-ATAATGG---G-TG------ACCCCC--AT-AAA-CTGTTTACT--TA---GGCT-GTTT--AAATGAT-CAAAT-------CTCCTC---AAGAGAA--A
gi|22 : A-TATATACACAAAGTGCAG----T-TCTC--T--ACATTC--------------------------------ATG------GTCCC-GTTAT-A-------A-TTGATATGGCTTA--CA-----------------------------------------------G-TCAA-AG---AGGAATTACG---A----GTTCT-AGCTGGAGG-ACTT----GAAT-AACAA-GTAGAA-AAA-ACACAACAC--A------------------TA-------------TATCAAAATCTGAACATA-AA-ATGTC-ATT-TGTGTG--TAAAAA---TTCCA-ATT-acacttttcaatttcaggggtgttcttagtttgctatactacaaattgttttc
gi|23 : -GCTTTCC--TCAGTAAGGAGATA--TTTCAT--GATGAAT--AACT-----AA-----T-----TTTTACAATACAT-GGAA-GCTACCATATTGA-AA----AAT----T-------------------------A-----TTACCTCCCT-GCT-AGGTTATCTCTTAGCATCTACCAGAGGTCAGT-ACT-GAT--GCTGAA-GTCAGTTGGCCACAT-TGC--ATTTT-GGC---ACaca
gi|24 : GCAT-GCT--GG-A---------------A-TTAATGG---A-TA------CCCTCC--ATAAAA-CATTTCATT--TA---GAG--GTTT--ACTTGAT-GAAAT-------AT-C-----AAGAGAA--ACA----A---ACAAACAA---T-TT-A-GCCACA-CTAATT--TTT-TCAAGAGG
gi|25 : a-CAC-----ACATGTGAA----AGGAT-A--------CAGTAACAATTCTGTTGTA-G-ACTTGCAG-TCAATA-TTT--ATGAC--ATACAGGCCA--TT-TACCAACTGAGT-CAG-ACGTGGTTA---TCT-CCGTAGGGGAAAA-T-CA-GA-GTA-G-T----TT-CACCCTCA-CATGTTGTG-A-----C------------A---------AA----------A--T-cctttttaagttttgctgtgcaaaatagctttcctgaacacctcctt
gi|26 : ATT-CCG-G--CATC--TTT--A-TCGTG--CACTA--GCT-AT----GTATCAGCGACC--C---AGTC-TCCAGCAGC---A---AT-GTGTC-T--CAT--CTA---CATC---AGACCACA--GA---AT-GCT--GGGA---------------A-ATAATGG---A-CA------CCCTTC--------------TATT--TA---GAGT-GTTT--AATTGAT-GAAAT-------CT-Ccaaggaagca
gi|27 : TGTAAT-GAATTCT-GATT-ACCAT--T-AAACTGT-A-GCTTTCA--TCAGTAGGGCGATA--TT-g
gi|28 : agaactactgaaaggcgctaggtgtgcatgaaatgtaaatataacatagggtgtaaatttgtcattttgatttgTTTAAGGC------AGTGTT--T----AGAGAGG--GAAAAT--GCTACCAAGAATG-GCG-TTTCCTCA-C-CTA-C-AACTAAT-TT---TATG-GAGAGGGGAATTTCT-------TTG----T----T------CTTG-T-GAAAATTGTTCAGTTTT-ACCTA-CA-tcaaaaag
gi|29 : cactTGTAAG-GAATT-T-GAATTACCAT--A--AACTGT-A-GCTT-CA--TCAGTAAGGGGATA--TT-
gi|3 : cgaagaggcgtagtgtgcatgaaatgtaacatataactagggttaaatttgcatttgattgTATAAT-GAATT-TTGAAA-ATCAT--A-CAGATGT-A-GCTTTCC--TCAGTAAGGAGATA--TTTCAT--AAA-GATTGAC-T-----AA-----T-----TTTTACAATCCAT-GGAA-GCTGCCATATTGATAAAATTAAT----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-----TTACCTCCCT-GTT-AGGTTATCTCTTAGCACTCACCAGAGGTCAAC-ACT-GAT--GCTGAC-GTCAGTTAGCCACAT-TGC--ATTTT-GGC---ACATT---TCTTAG-TAA-CACAGT-GAAAA----TGTCAACATCA-GAAAGTGAACTCTAATAATGAG-AAAGAACT--GAAGTAT---TTAGATATAAATTTG--------------TT--T----ACAGAGGAAGAAATT--GTTTCC-AGAATT-ATG-TTTCCTCA-C-CAG-A-AACTGAC-TT---TAAT-GAGAATTGAATTTCT--ATGGATTAATTAT----T---GAGCTCG-T-GAAAATTGTTCAATTTT-ACCTA-CA-TTC-AAGAAGTGTCC-T-GG--TTGTTCATGAGTTTGACCATT--ATGTTTT-G----G--ATT--AG-A-TAAGCA-TGCACACA--AAGTGTAT----T-TCTC--T--ACATCCTGA-CTTTGACAC----AGA--G----T-GT-GTGT-CTAAGTCCT-GTTAT-C---------TTGAGACAGCTTA--CATTA-TC---------T---------------ATCTCGGGTACAAAA-G-CCAC-AG---AGGA-TTCGG---AAAA-GCCCT-AG----AGC-ACTA----ACAT-AACAA-CTAAGAGAAA-ACACAA-AC--A--AAAG-TGGA--AAAATTATCT-GTTATA-TTTATCAAATTCTAAACAT----CATGCC-ATT-TGTGTGTTTACAAACATTTCCACATT-CAC-----TTATGTAAT----AGAAC-A--------C---------------------AC----AATTCAAGATTTT--ATGGCTTACACAGACAAATTT-CATTAATTGGGT-CAG-ATGTGG-CAG--CCTGCTG--GGAGGAAA-TTCA-GACGTA-G-TG-AGTTATACTCTCA------TGTA-A-----A----------GGA---------AA----------A--CATTT---AGAAGAT--GAAGATG--ACAA---------A-TT------A---TCAT---------AG-ACTTTGGAT-AAGTAA-GTCTGC------AATTAGA--CAAATGTTCA-TTGTATA-TTGC--TCACCAAA---CAT---CAAGTC--T-ATGGTTCA-----ATTGAACA-TT--AT-ATCAATG-TA-AAG-TTGtcaagtggt
gi|30 : aattaaaggaagtgttcatgaaaatatgacaaattaagggtttaaaattgtcattttgatgtaAT-GAAAT-------TT-CCT---AAGAGAA--ACA----A---ACAAACATGTTT-CT-A-ACCA----TATTTA-TTT-TCAGAAG
gi|31 : G---AAGG-GCCCCCAG----AGC-ATTT----ACAT-AACAG-GTGA-----------AA-AC----------TGGA--AAAAATATCT-GCTGTA-TTTCTCGAATTCTAAACAT--AGCATGCA-ATT-cccttctaagtttgctgtgcaaaataattttttcatgaacacttcct
gi|32 : agCAACATCA-GAAAGTGTATT------ATTAG-A-AGAA--------TATCAGTT-----TAAACTTGAGT-----------TT--T----GCAGAGGAAGAAATT--GTTTCTCATAA
gi|33 : gcgcattggaCAAACA--TTT-TTCA-GCCTCAACTATTTA-TTT-TCAGAAGG
gi|34 : t-GT----GTNNNNNNNNNN--NNN-NNNN-NNNNNNNNC---A---GT-GTGTC-T--CAT--CTA---CGTC---AGAGCACA--GATGAAT-GCT--GGGA---------------A-ATAACGA---A-Tgcagttctaagtttgtgtgcaaaaatagtttttttcatgaaact
gi|38 : ---------------A------------AA-G-CCAC-AG---AGGA-TTCGG---AAAA-GCCCT-AG----AGC-ACTA----ACAT-AACAA-
gi|39 : TATATCC-AAATATTTAATGC-A--T-GT-ATATCCTAAT-T--GA-TGAATCT
gi|4 : TATAAT-GAATT-T-GAAA-ATCAT--A-CAGATGTTA-GCTTTCCCTTCATTAAGGAGATAATTT-CAT--AAA-GATTGAC-T-----AA-----T-----TTTTACAATC-AT-GGAA-GCTGCCATATTGATAA----AAT----T-------------------------AATTACTTACCTCC-T-GTTTAGGTTATCTCT-AGCACTCACCAGAGGTCAAC-ACTTGATTGGCTGAC-GTCAGTTAGCCACAT-TGC--ATTTT-GGC---ACATT--ATCTTAG-TAAGCACAGT-G-GAA--AATGTCAACATCA-GAAAGTGAACTT-AATAATGAG-AAAGAACTG-GAAG--TTA-TTTAGTATAAATTTG-------------GTT--T----ACAGAGGAAGAAATT--GTTT-CCAGAATT-ATG-TTTCCTCACC-CAGAA-AACTGACTTT---TAAT-GGAAGTTGAATTTCT--ATGGATTA----TTATAT---GTACTCG-T-GAAAATTGTTCAATTTT-ACCTA-CA-TTC-AAGAAGTGTC--C-TGGTTTGT-CATGAGTTTGACCATT---T-TTTT-G----G--ATT--AG-ACTAAGCATTGCACAC-CAAAGTGTCT----T---TC--TCTACATCCTGAGCTTTGACAC----AG---A----T-GT-GTGT-CT-AGTCCT-GTT-T-C-------C-TTGAGACAGCTTA--CATTA-TC---------TGATCTGCGGTACAGAA------------AA-G-CCAC-AG---AGGA-TTCGG---AAAA-GCCCT-A-----AGC-ACTA----ACAT-AACAACTTAAGA-AAATACACAA-ACAAA--A--G-TGGA--AAAATTATCT-G-TATA-TTTATCAAATTCTACACAT----CATGCC-ATT-TGTGTGTTTACAAACATTTCCA-ATT-CAC-----TTATGTAAT----AGAAC-A--------C---------------------AC----AA-TCAAGA-TTT--ATGGCTTACACAGACAAATTT-CATTAATTGGGT-CAG-A-GTGGTC----CTC-CTG--GAGG--AA-TTC--GC-GTA-GTTG-AGTTATACTCTCA-TGT-------A-----A----------GGA---------AA----------A--CATTTAGAAT--GAT--GAAGATG--ACAA---------A-TT------A---TC-----------AG-ACTTGGAAT-AAGTAA-TCTTTC------AA-TAGA--CAAATGTT-A-TTGTATA-TTGCA-TCACCAAA---CAT---C-AGTCTA--ATGGT-CA-----ATTGAACA-TT-AATAATCAATG-TATAAAGTTG
gi|40 : ttaaaggaagtgttcatgaacatatgacaaaattaagggttttaaacatttgcatttgatgtaAAGTTT-TT-A-CCCATA-TTATTTA-TTT-TCAGAAGG
gi|5 : AAA--AATGACATAATCA-GAAATTGAACTA-AATAGTAAG-ATTGAATTC-GAAGAATCA-T-GGCTATAAATTTGAAAC------AGAGTT--T----ACAGCGGAGGAAAAT--GTCAACCAGAATG-TTG-CTTCCTCA-C-CAG-C-AACTGAT-TT---TAAT-GAAAGGGGAATTTCT--CTGGATTG----G----T---TTCCTTG-T-GAAAATTGTTCAGTTTT-ACCTA-CA-TTC-AAGGAGTGTTT-C-TG--TTGT-CATGAGTTTGAACATT--ATGT-------------TT--AC-A-TAAACA-TG--CACACAAAGTGCAT----T---TC--TCTGCATCCCAA-CTTTGACAC----AGT--GTCACT-GT-GTGT-CTAAGCCCT-GTTAT-CCATGAGAC-TTCAGACAGCTTA--CATCA-TC---------TATCTCAGATACA---A------------AA-G-CCAG-AG---AG---T-------AAGA-GCACC-AG----AGC-ACTTTTAAAAAT-AACAA-GTAAGA-AAA-ACACAA-A--------------A--AATATCAT----CTGTA-TTTATCAAAATCTAAACA-G-AGCTTGTC-ATT-TATGTGT----AAACATTTTCACATA-CAC-----CTACGTGAT----AGCAC-A--------CA-A-----TTCTGTTGCA-G-AC----AA-ACAAGA--TT--ATGGCCTACAT---TCAA-TT-CATGAATTGGAT-CAG-ACGTTGTCAG--CCA-C-G--GGGGAAAATTTCT-GA-GTACA-TGTAGTTATACCCTCA-TGTGTTGTG-A-----T----------GAA---------AATAAGGAAAACA--T-TTC---CT--GAT--AAAAATG--GCAATTATGAGGGA-TTTCATGAAGCCTCAGACTCTGTACAG-ACTCATAAT-AAATAA-TCTCTCATTGTAAA-TACATGTAAATGTT-A-TTGTAAA-TTGCA-TCACCAAAACGTAT---C-AGTCTAC-CCGGTACATGTTCAATGTACA-TC-AATAATTAATG-TATAAA-TTGT--ATGAAAATACAGCAGccttctaagt
gi|6 : ttgaatctgaacaacatttttacaccatC-AG---AGGA-TTCAG---AAGA-GCCCC--------------------CAG-AACAA-GTAAGA-AAA-ACACAA-AC--AGAA--G-TGGA--AAAATTATCT-GCTGTA-TTTATCAAATTCTAAACATA--GCATGCC-AAT-TGTGTGT----AAACATTTCCACATT-CAC-----CTATGTAAT----AGGAC-A--------CA-T-----TTCTGTTGCA-G-AC----AA-TCAAGA-TTC--ATGGCTTACACAGACACA-TT-CATTAATTGGGT-CAG-ATGTGGTCAG--CAT-CTG--GGGGAAAA-TTCA-GA-GTA-G-TT-AGTTATACTCTCA-TGTGTTGTG-A-----T----------GGA---------AATAAGGAAAACA--T-TTT---AT--GAT--GAAGATG--ATAA---------A-TT------A---TC-----------AG-ACTAGGAAT-AAGTAA-TCTTTC------AA-TAGG--CAAATGTT-ATTTGTATA-TTGCA-TCACCAAA---CA-------------------CCA-----ATTGAACA-TT-AATAATCAATG-TATAAA-TTGT--ATGATAATAAAGCAGTACT----TTATATCTTACAGC-AATCTTGTTTATTTCC-AAATATTTGATAC-A--T-GT-ATATTCTAAT-T--GATTGAATCTT-G--AAATATG-TGTT---AACATT-CAG-A--CATC--TTT--A-TCGTG--CAC--TAGCT-GT----GTAACAGTAAAC--CCG-AGTC-TCCAGCAGC---A---AT-GTGGC-C--AAT--TTA---CGTC---AGAACACA--GATGCAT-GCT--GGGA---------------A-TTAATGG---A-TA------CCCTCC--AT-AAA-CCTTTCATT--TA---GAGT-GTTT--AATTGAT-GAAAT-------CC-TTT---AAGAGAA--ACAAACGA---ACAAACAAGTTT-TT-A-GCCTCA-CTATT
gi|7 : ATAAT-GAATT-T-GAAA-AACCTTTA-CAGATGT-AAGCTTTCC--TCAGTAAGGAGATT--TT-CAT--AAT-GAT--AACT-----AAA----T-----TTTTACAATACAT-GGAAAGCTGC-ATATTGA-AT----AAT----T-------------------------A-----TTACT--CCT-GCT-AAGTTATCTCTTAGCATCTACCAGAGGTCCAC-ACT-GAT--GCTGACGGTCAGTTGG-CA-AT-TGCT-ATTTTGGGC---ACATT--CTCTTAGTTAA-CACGTT-G--AA--AATGTCAACATCA-GAAAGTGAGCTA-AATAATGAG-ACAGAA-T--GAAGT---A-TTGG-TAAAAATTTGAACCCACACAAGAGTTAATA---ACAGAGGAAGAAATT--GTTTTCCCAAATTAATG-TTTCCTTA-C-CAG-C-AACTGAC-TTTCATAAT-GAGAATTGAATTTCTAAATGGATTG----T----T---GTGCTTG-TGGAAAATTGTTCAGTTTT-A-CTA-CA-TTC-AAGAAGTGTCA-CTTG--TTGT--ATGAGTTTTA-CATTA-ATG-TTT-G----GTTATT--AG-A-TAAGCA-TACAC-CACAAAGTGTATAA--TATTTC--TCTACATCTTGA-CTTTGACACGCAGAGTGGG----TGGT-GTGT-CTAAGTCCT-GTTATCC-------C-TTGAGACAGCTTA--CATTATTC---------T---------------A-----------------TCTC-GGGTAAAAA-ACGCA---AAGA-G-GCC-AG----AGC-ACTT----ACAT-AAAAA-GTAActaagtttgctgtgcaaaaatagttttttcatgaacactt
gi|8 : aggaagtgtttcatgaaaatatgacaagggtttaaaaatgtccaattttggatgtaATAATTGAATT-T-GAAA-ACCTTT-A-CAGATGT-AAGCTTTCC--TCAGTAAGGAGATT--TT-CAT--AAT-GAT--AATT-----AA-----T-----TTTTACAGATCAT-GGAA-GCTGC-ATATT-ATAA----AAT----T-------------------------A-----TTACCTCC-T-GCC-TAGTTATCTCTTAGCATCTACCAGAGTCCAGC-ACT-GAT--GCTGACGGTCAGTTGG-CA-AT-TGCATATTTT-GGC---ACATT--CTCTTAG-TAA-CAC-GT-G--AA--AATGTCAACATCA-GAAAGTAAGCTA-AA-AAT-AG-ACAGAAT----AAGTAT---TTGG-TAAAAATTTGAACCACACA-AGAGTT--TAATAACAGAGG-AGAAATT--GTTTTCCAATATT-ATG-TTTCCTTA-CGCAG-ACAACTGAC-TTTCATAAT-GAGAATTGAATTTCTAAATGGATT-----T----T----TGCTTGAT-G-AAATTGTTCAGTTTT-ACCTA-CA-TTCGAAGAAGTGTCCAC-TG--TTGT--ATGAGTTTAA-CATTA-ATGTTTT-G----GT-ATT--AG-A-TAAGCA-TACAC-CA-AAAGTGTATTAAAT-TCTC-----ACATCTTGA-CTTTGACACGCAGAGT--G----G-GTGGTGTGCTAAGTCCT-GTTAT-C-------C-TTGAGACAGCTTA--CATTATTC---------T---------------A-----------------TCTC-GGTA-AAAA----CGC--AAGA-G-GCC-AG----AGC-ACTT----ACAT-AA
gi|9 : ctaaaggaagtgtttcatagaaaatatgacaagggtttaaaatgtccaattttggatgtaACAA-AC--A--A--AATGGA--AA--TTATCT-GCTGTAATTTATCAAATT-TAAACAT----CATTGC-AAT-TGTGTGTTTACAAACATT--CACATT-CAC-----CTATGTACT----ACGAC-AACATTGTACA-T-----TTCTGTTGCAAG-AC----A--TCAA-A-TGT--ATGGCTTACA-AGACAAA-TT-CATTAATTGGGTTCAGCATGTGGTCAG--CCT-CTG--TGGGAAAA-TTCA-GATGTA-G-TC-AGTTA----CTC--TGTGTTGTGCA-----T----------GGATTAAGGAAGAAC---------A--T-TTT---AT--GAT--GAAGATAGAACAA---------AATT-----TA---TCA----------GA-ACTCAGAATTAAGTAA-TCTTTC------AA-TAGA--CAAATGTTTA-TTGTATAATTGCAGTCACCAAA---CAT---C-AGTCTAT-ATGGTC-------ATTGAAAAATT-AATAATCCATGATA-AAA-TTGTTAATGATAATAA-GC-------------TA----ACAGC-AAT--TGTTTATTTCC-AA-TATTTTATAC-A--T-AT-ATATTCTAAT-TTTAATTGAATCTTTG--AAA-------------------CAG-A--CATC--TTT--AATCGTGG-CACTA--GCTTGC----GTAACAGT--CT--CCG-AG--------CA-C---A---ATTGTGGC-C--A-T--TTA---CGTC---A-AACACA--AATGCAT-GCT--GG-A---------------A-TTAATGG---A-TA------CGCTCC--AT-AAACCCTTTCATT--TA---GAGT-GCTT--AATTG-T-GAAAT-------CT-TTT---ag
blockSeqs : T C T T TTAC T A CCT AAT T A AATGTTAATGAAT . A C AATT TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA C . C . T TG G A A . AT G TCT AA T G . AA TTA . CT T AC CTGAAGTATTAATTGGA AACCCACACAAGA TAATA . T C A . C G AA T TCA . A AAA AATTATTG A G A . . . G CA T GT TC C GA . TGTCG TA A C T G C TAAATTC GATC G GCAGAGTGGGTG G G . C CATGAGAC . T TGATCTGCGGTACAGAAAA . . GTA ATTACG . C CTGG . TTTAA . C G T C TGAAG . GC A ATAG . . TTAC . GAGGA TACC . ACATTGTACAT AT TTGC T T . T . T C TA G TA A T . C C T GT A CC C C TGAAATATTAAGGAAAACAT AGA AA . GA TTATGAGGGATTTCATGAAGCCTCAGACTCTGTAC . T . ATTGTA T TG C T A G ACG AAT AA TA TC TGTTC A . A T G TA TTTAA . TC . . AC . G A TTAAT AAC A TGAG . ACT CA . A GT TAGG T TACA CGCCGT T TCG ATG T A ACGA AG ATG CAA TT A TA TTCTACGTCAATGTG T CAC T TAATCG AA A C T AC AAG A TA C AGCCTCG C TAA GT AACG TGT A C C A A C G A
blockSeqs : . C T . TAC . A A A T T AACTAACGAAGC . . C . TAATTAC T . T . . . G A T . T . . . . . . AA G . A T AA TTCGAAGAATCATGGC AACCACACAAGA AATA . C C . . . . AC . TCA . G AAA ATTATATG . . G . . . . T . . C C A . GTT . . . . A C AATATT TC . AGTGTCACT . . . . C . T TATCTCGGGTACAAAA . . TA TTCCG . . . . T . . . . . AAAAG . GT . ATAG . . TTAC . . . . CAGTAACAA AG . . T . T . . . . . . G . . T . . G A CC . . TGAAAATAAGGAAAACAT . . . . AATTTATCA . . . . . . T . . . . . A TA CC . . . . T . . G . CT . . . . . . GAT TG . TT . A . . . G TATA . . CTG T . . . G C . . . . . . . T . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . T . A . .
blockSeqs : . . . . TA . . C A T T TGAATAACTAAT . . C . CATTTA C . . . . . . A C . . . . . . . . G A . A T AA CTGGAAGTTATTTAG AACCAGA C . C A . . . . G . . . T G GTTGGAG . . A . . . . T . . A C A . GT . . . . A C TTC TC . GCAGAGTGG . . . . A . . TATCTCAGATACAAAA . . . TTCGG . . . . T . . . . . AAAAG . GC . AAA . . TTAC . . . . CAT G . . . . . . . . . . . A . . . . . G A CT . . TGGAAATAAGGAAAACAT . . . . ATTAATCA . . . . . . . . . . . . A CC TC . . . . T . . T . CT . . . . . . GAT G . T . A . . . . TA . . CTG T . . . A T . . . . . . . T . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . A . T . .
blockSeqs : . . . . TA . . C A . T AGATTGACTAAT . . C . AA C . . . . . . C C . . . . . . . . . A . T T AT CTGAAGTATTTAGA AGGCAGT T . C C . . . . A . . . T C GTTG . . A . . . . T . . C A . . T . . . . A C TTC TC . AGTGT . . . . C . . TAAAT . . . TTCGG . . . . T . . . . . AGAAG . GC . GAG . . TTA . . . . CAC G . . . . . . . . . . . A . . . . . G A CT . . TGGATTAAGGAAGAACAT . . . . ATTATCAT . . . . . . . . . . . . A TA AC . . . . T . . . . CT . . . . . . AAT G . T . G . . . . TA . . CTG T . . . G C . . . . . . . A . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . T . T . .
blockSeqs : . . . . AC . . A A . T AGATTGACTAAT . . C . GA C . . . . . . C C . . . . . . . . . A . A T AC TGAAGTATTGG AAACAGA T . C C . . . . C . . . G A GGTT . . G . . . . C . . C . . . G . . . . A C TTC T . AGAGT . . . . C . . TA . . . TTCGG . . . . A . . . . . AAAA . GC . AG . . TAA . . . . CAA G . . . . . . . . . . . G . . . . . G A CC . . AGGAAAACA . . . . ATTATCA . . . . . . . . . . . . A T CC . . . . T . . . . . . . . . . GAT G . . . A . . . . TA . . NNN A . . . G C . . . . . . . A . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . A . T . .
blockSeqs : . . . . TA . . A A . T TGATAACTAAAT . . C . GA C . . . . . . C C . . . . . . . . . A . A . AC TAAGTATTTGG AGT T . A C . . . . A . . . T A GTTG . . G . . . . T . . C . . . G . . . . A C T T . AGAT . . . . C . . TA . . . TTCAG . . . . T . . . . . A . A . AG . . T . . . . CAT G . . . . . . . . . . . A . . . . . T A CT . . AGGAAAACA . . . . ATTATC . . . . . . . . . . . . A A C . . . . . . . . . . . . GA . . . . A . . . . TA . . CCG T . . . T T . . . . . . . T . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . T . A . .
blockSeqs : . . . . AC . . C A . . TGATAATTAAT . . . . TA C . . . . . . C C . . . . . . . A . A TATCAGTT AG T . T C . . . . C . . . T C GTT . . G . . . . A . . . . . . G . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . ACGCA . . . . A . . . . . . . G . AG . . . . . . . AT G . . . . . . . . . . . A . . . . . C A . . . CAAAAT . . . . ATTATC . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . G . . . . . . TA . . CCG N . . . T T . . . . . . . A . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . A . T . .
blockSeqs : . . . . AC . . C T . . AT . . . . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . TATCAGA . T . T C . . . . C . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CGC . . . . A . . . . . . . C . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . TGGAT . . . . A T . . . G C . . . . . . . T . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . A . T . .
blockSeqs : . A . . C T . . TA . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . G C . . . . . . . A . . . . . . T . . . . . . . . . . . . T . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . T . . . . . . . . . . . A . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqCons : NN*** T** AA A** AC* CTGAAGTATCTAGN***** T****** ** TTC***** AGAGT*********** C******** ** TAAAA************************************ TTCGG**** AGAAG***** ** GC* TTA* ** TGGATAAGGAAAACAT***************************** ** ATTATCA***************************** A* TA* CC GAT** A*** ** TA** T* T*
originalCons : TATAAT-GAATT-T-GAAA-ATCAT--A-CAGATGT-A-GCTTTCC--TCAGTAAGGAGATA--TT-CAT--AA--GAT--A--T-----AA-----T-----TTTTACAATCCAT-GGAA-GCTGCCATATTGATAA----AAT----T-------------------------A-----TTACCTCCCT-GCT-AGGTTATCTCTTAGCATCTACCAGAGGTCAGC-ACT-GAT--GCTGAC-GTCAGTTGGCCACAT-TGC--ATTTT-GGC---ACATT--CTCTTAG-TAA-CACAGT-GAAAA--AATGTCAACATCA-GAAAGTGAACTA-AATAATGAG-ACAGAACT--GAAGTATCA-TTGGATATAAATTTGAACC------AGAGTT--T----ACAGAGGAAGAAATT--GTTTCCCAGAATT-ATG-TTTCCTCA-C-CAG-A-AACTGAC-TT---TAAT-GAGAGTTGAATTTCT--ATGGATTG----T----T---GTGCTTG-T-GAAAATTGTTCAGTTTT-ACCTA-CA-TTC-AAGAAGTGTCT-C-TG--TTGT-CATGAGTTTGACCATT--ATGTTTT-G----G--ATT--AG-A-TAAGCA-TGCACACACAAAGTGTAT----T-TCTC--TCTACATCCTGA-CTTTGACAC----AGT--G----T-GT-GTGT-CTAAGTCCT-GTTAT-C-------C-TTGAGACAGCTTA--CATTA-TC---------T---------------A------------AA-G-CCAC-AG---AGGA-TTCCG---AAGA-GCCCC-AG----AGC-ACTT----ACAT-AACAA-GTAAGA-AAA-ACACAA-AC--A--A--G-TGGA--AAAATTATCT-GCTGTA-TTTATCAAATTCTAAACATA-AGCATGCC-ATT-TGTGTGTTTACAAACATTTCCACATT-CAC-----CTATGTAAT----AGGAC-A--------CA-T-----TTCTGTTGCA-G-AC----AA-TCAAGA-TTT--ATGGCTTACACAGACAAA-TT-CATTAATTGGGT-CAG-ATGTGGTCAG--CCT-CTG--GGGGAAAA-TTCA-GA-GTA-G-TG-AGTTATACCCTCA-TGTGTTGTG-A-----T----------GGA---------AA----------A--T-TTT---AT--GAT--GAAGATG--ACAA---------A-TT-----AA---TCA----------AG-ACTCGGAAT-AAGTAA-TCTTTC------AA-TAGA--CAAATGTT-A-TTGTATA-TTGCA-TCACCAAA---CAT---C-AGTCTAT-ATGGTCCA-----ATTGAACA-TT-AATAATCAATG-TATAAA-TTGT--ATGATAATAAAGCAGTACT----TTATATCTTACAGC-AATCTTGTTTATTTCC-AAATATTTAATAC-A--T-GT-ATATTCTAAT-T--GATTGAATCTT-G--AAATATG-TGTT---AACATT-CAG-A--CATC--TTT--A-TCGTG--CACTATAGCT-GT----GTAACAGTGACC--CCG-AGTC-TCCAGCAGC---A---AT-GTGGC-C--AAT--TTA---CGTC---AGAACACA--GATGCAT-GCT--GGGA---------------A-TTAATGG---A-TA------CCCTCC--AT-AAA-CCTTTCATT--TA---GAGT-GTTT--AATTGAT-GAAAT-------CT-CTT---AAGAGAA--ACA----A---ACAAACAAGTTT-TT-A-GCCNCA-CTATTTA-TTT-TCAGAAGG
finalCons : TATAAT-GAATT-T-GAAA-ATCATNN---AGATGT-A-GCTTTCC--TCAGTAAGGAGATA--TT-CAT--AA--GAT--A--T-----AA-----T-----TTTTACAATCCAT-GGAA-GCTGCCATATTGATAA----AAT----T-------------------------A-----TTACCTCCCT-GCT-AGGTTATCTCTTAGCATCTACCAGAGGTCAGC-ACT-GAT--GCTGAC-GTCAGTTGGCCACAT-TGC--ATTTT-GGC---ACATT--CTCTTAG-TAA-CACAGT-GAAAAA--ATGTCAACATCA-GAAAGTGAACTA-AATAATGAGAC-AGAACTGAAGTATCTAGN-----TATAAATTTGAACC------AGAGTTT------ACAGAGGAAGAAATT--GTTTCCCAGAATT-ATG-TTTCCTCA-C-CAG-A-AACTGAC-TT---TAAT-GAGAGTTGAATTTCT--ATGGATTG----T----T---GTGCTTG-T-GAAAATTGTTCAGTTTT-ACCTA-CA-TTC-AAGAAGTGTCT-C-TG--TTGT-CATGAGTTTGACCATT--ATGTTTT-G----G--ATT--AG-A-TAAGCA-TGCACACACAAAGTGTATTTC-----TC--TCTACATCCTGA-CTTTGACACAGAGT-----------GT-GTGT-CTAAGTCCT-GTTAT-CC--------TTGAGACAGCTTA--CATTA-TCTAAAA------------------------------------G-CCAC-AG---AGGATTCGG----AAGA-GCCCC-AG----AGC-ACTT----ACAT-AACAA-GTAAGA-AAA-ACACAA-ACAGAAG-----TGGA--AAAATTATCTGC-TGTA-TTTATCAAATTCTAAACATA-AGCATGCC-ATT-TGTGTGTTTA-AAACATTTCCACATT-CAC-----CTATGTAAT----AGGAC-A--------CA-T-----TTCTGTTGCA-G-AC----AA-TCAAGA-TTT--ATGGCTTACACAGACAAA-TT-CATTAATTGGGT-CAG-ATGTGGTCAG--CCT-CTG--GGGGAAAA-TTCA-GA-GTA-G-TG-AGTTATACCCTCA-TGTGTTGTG-ATGGATAAGGAAAACAT-----------------------------TTT---AT--GAT--GAAGATG--ACAAATTATCA-----------------------------AG-ACTCGGAAT-AAGTAA-TCTTTC------AA-TAGA--CAAATGTT-A-TTGTATA-TTGCA-TCACCAAA---CAT---CA-GTCTATA-TGGTCCA-----ATTGAACA-TT-AATAATCAATG-TATAAA-TTGT--ATGATAATAAAGCAGTACT----TTATATCTTACAGC-AATCTTGTTTATTTCC-AAATATTTAATAC-A--T-GT-ATATTCTAAT-TGAT--TGAATCTT-G--AAATATG-TGTT---AACATT-CAGA---CATC--TTT--A-TCGTG--CACTA--GCT-GT----GTAACAGTGACC--CCG-AGTCT-CCAGCAGC---A---AT-GTGGC-C--AAT--TTA---CGTC---AGAACACA--GATGCAT-GCT--GGGA---------------AT-TAATGG---A-TA------CCCTCC--AT-AAA-CCTTTCATT--TA---GAGT-GTTT--AATTGAT-GAAAT-------CT-CTT---AAGAGAA--ACA----A---ACAAACAAGTTT-TT-A-GCCNCA-CTATTTA-TTT-TCAGAAGG
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): GTAGTTTTACCCTAATTGTTTGTGAGAAAAAATAAGGAAACATATCTTGATGAATACTCCAATTATGACGATTTTCATGAAACCTGATTCTGAATATTTTTTTTACAGTAAATAAGTAGCATAATTGTAAATTATATCAGCAAAATTCATCTGTATAGTCTATGTACTGTACTCCATCAACTATTATCAATGTACA
Unaligned ( gi|35 ): CGCTTAAAAGAATTGTTCGTGAAAATATGACAAAGGGTTTCTAATTGTATAATGAATTTTGAAAAGCATAAAG
Unaligned ( gi|36 ): TAAAGGAAGTGTTCATGAAAATGTGACAAAGGGTTTTAAATTGTCATTTTGACGTATATAATGA
Unaligned ( gi|37 ): TATAAGGGGTTTCATAAAGCCTCAGACCCTGATAATTCCTCACGATAAATAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1 66666666666666666666666666666 444444444444444444444444444444444444 22 2222222222222222222 333333333333 1111111 111 111 22222 1 11 1111111 11111111 111 333333333333 222222222 11111111111111111111111111111 22222 3333 2222 11111 22222222222222222 44444444444444 11 111111111 33333333333333333333333333333 22222222222 111111 11111 11111 1111 11 11 111111111111111 1111111
lowQualScore : 4 8 8 4 000 55 4 7 666 555 4 888 55555555555555555555555555555 4 4 1 0 8888 777777777777777777777777777777777777 1 4 8 4 8 55 8 7 4 4 99 4 777 66 5 5 0 5 44 66 0 4 66 1 0 888 8888888888888888888 6 0 222222222222 6666666 0 55 2 2 4 4 4 4 55 4 555 4 4 4 555 9999 0 11111 4 4 2 4 4 4 4 77 4 66 4 3 5 55 4 5555555 66 4 4 4 2 6 77777777 9999 5 444 666666666666 3 0 5 000000000 5 66 5 44444444444444444444444444444 4 4 4 5555 6666 3 7777 3 88888 3 4 4 4 4 66666 55 0 444 4 3 1111 3 3 7777 3 00000 8888 4 44444444444444444 444 8888 4 8 55 8 4 4 4 55 4 55 1 4 4 8 4 4 55 3 1 4 4 4 66666666666666 4 00 55 666666666 55 66 44444444444444444444444444444 4 0 11111111111 4 4 4 222222 4 66 777 8 4 4 4 777 777 4 777 44 88888 777 4 4 4 66 4 3 5 99 77777 0 6 22 5 5 66 5 5 5 77777 9999 5 7777 5 7777 66 66 5 11 00 55 3 7777 0 777777 44 666 666 3 6 5555 44 555 555 44 3 44 999999999999999 44 555 6 999999 44 3 3 3 44 555 3 55 3 0000000 3 666 55 9999 777 3 3 3 1 3 2 3 3
lowQualScore : . . . . ... .. . . ... ... . ... ............................. . . . . .... .................................... . . . . . .. . . . . .. . ... .. . . . . .. .. . . .. . . ... ................... . . ............ ....... . .. . . . . . . .. . ... . . . ... .... . ..... . . . . . . . .. . .. . . . .. . ....... .. . . . . . ........ .... . ... ............ . . . ......... . .. . ............................. . . . .... .... . .... . ..... . . . . . ..... .. . ... . . .... . . .... . ..... .... . ................. ... .... . . .. . . . . .. . .. . . . . . . .. . . . . . .............. . .. .. ......... .. .. ............................. . . ........... . . . ...... . .. ... . . . . ... ... . ... .. ..... ... . . . .. . . . .. ..... . . .. . . .. . . . ..... .... . .... . .... .. .. . .. .. .. . .... . ...... .. ... ... . . .... .. ... ... .. . .. ............... .. ... . ...... .. . . . .. ... . .. . ....... . ... .. .... ... . . . . . . . .
lowQualScore : 4 9 9 0 000 55 0 3 444 222 5 111 44444444444444444444444444444 4 4 1 8 5555 999999999999999999999999999999999999 6 0 0 0 0 55 0 5 1 0 55 0 000 11 7 7 1 7 11 99 1 4 44 8 1 333 0000000000000000000 9 8 222222222222 3333333 8 55 3 5 4 4 4 4 11 4 666 4 4 7 777 4444 9 11111 4 4 7 4 4 4 4 11 4 11 4 9 0 00 4 6666666 11 4 4 4 9 2 44444444 6666 0 000 222222222222 2 1 0 666666666 0 99 0 55555555555555555555555555555 4 0 0 4444 9999 6 7777 6 66666 3 0 4 4 0 77777 55 9 777 0 6 9999 6 6 8888 6 00000 5555 0 22222222222222222 666 5555 0 0 55 0 0 0 0 55 0 55 3 0 4 9 4 4 11 4 4 0 0 0 11111111111111 0 66 55 000000000 55 11 88888888888888888888888888888 4 1 11111111111 4 4 4 888888 4 11 888 9 4 4 4 888 888 4 000 88 99999 888 4 4 4 11 4 6 0 22 66666 8 7 55 7 0 99 0 0 0 22222 4444 7 1111 0 8888 99 99 0 99 66 55 6 7777 1 999999 55 444 444 6 5 3333 66 888 888 66 1 22 222222222222222 11 444 2 666666 66 3 3 9 66 888 3 00 3 8888888 3 444 55 4444 888 3 3 3 0 3 7 6 6
consensus : TATAAT-GAATT-T-GAAA-ATCATNA-A--GATGT-A-GCTTTCC--TCAGTAAGGAGATA--TT-CAT--AA--GAT--A--T-----AA-----T-----TTTTACAATCCAT-GGAA-GCTGCCATATTGATAA----AAT----T-------------------------A-----TTACCTCCCT-GCT-AGGTTATCTCTTAGCATCTACCAGAGGTCAGC-ACT-GAT--GCTGAC-GTCAGTTGGCCACAT-TGC--ATTTT-GGC---ACATT--CTCTTAG-TAA-CACAGT-G-AAA--AATGTCAACATCA-GAAAGTGAACTA-AATAATGAG-ACAGAACT--G-AAGT-ATT---TGGNTATAAATTTGAACC------AGAGTT--T----ACAGAGGAAGAAATT--GTTTCCCAGAATT-ATG-TTTCCTCAC-C-AGA-AA-CTGACTT---T-AAT-GAGAGTTGAATTTCT--ATGG----ATTGTT----GTGCTTG-T-GAAAATTGTTCAGTTTT-ACCTA-CA-TTC-AAGAAGTGTCT-C-TG--TTG-TCATGAGTTTGACCATT--ATGTTTT-G----G--ATT--AG-A-TAAGCAT-GCACACACAAAGTGTAT----T-TCTC--TCTACATCCTGA-CTTTGACA--CAG----AGT-----GTGTGTCTAAGTCCT-GTTAT-C-------C-TTGAGACAGCTTA--CATTA-TC----------T--------------A---AAAG-CCAC-AGAGGA-TT-CGGAAGAG---CCCC-AG----AGC-ACTT----ACAT-AACAAGT-AAGA-AAA-ACACAA-ACAGAAGTGGA--AAAATTATCT-GCTGTA-TTTATCAAATTCTAA-ACATA--GCATGCC-ATT-TGTGTGTTTACAAACATTTCCACATT-CACC-----TATGTAAT----AGGAC-A--------CA-T-----TTCTGTTGCA-G-AC----AA-TCAAGA-TTT--ATGGCTTACACAGACAAA-TT-CATTAATTGGGT-CAG-ATGTGGTCAG--CCT-CTG--GGGGAAAA-TTCA-GA-GTA-G-TG-AGTTATACCCTCA-T-GTGTTGTG-ATG--G--AA---T-AAGGAA-AACATTT--TATGAT--GAAGA---------TG--ACAAA--TT--A---------TCA---------A----G-ACTCGG-----------AAT-AAGTAA-TCTTT-C------AA-TAGA--CAAATG---TT-A-TTGTATA-TTGCA-TCACCAAA---CAT---C-AGTCTAT-ATGGTCCA-----ATTGAAC---A-TT-AA-TA--ATCAATG-TATAAA-TTGT--ATGATAATAAAGCAGTACT----TTATATCTTACAGC-AATCTTGTTTATTTCC-AAATATTTAATAC-A--T-GT-ATATTCTAAT-T--GATTGAATCTT-G--AAATATG-TGTT---AACATT-CAG-A--CATC--TTT--A-TCGTG--CAC--TA--GCT-GT----GTAACAGTGACC--CCG-AGTC-TCCAGCAGC---A---AT-GTGGC-C--AAT--TTA---CGTC---AGAACACA--GATGCAT-GCT--GGGA---------------A-TTAATGG---A-TA------CCCTCC--AT-AAA-CCTTTCATT--TA---GAGT-GTTT--AATTGAT-GAAAT-------CT-CTT---AAGAGAA--ACA----A---ACAAACAAGTTT-TT-A-GCCNCA-CTATTTA-TTT-TCAGAAGG
Reference ( family-521 ) : TATAAT-GAATT-T-GAAA-ATCATNN-A--GATGT-A-GCTTTCC--TCAGTAAGGAGATA--TT-CAT--AA--GAT--A--T-----AA-----T-----TTTTACAATCCAT-GGAA-GCTGCCATATTGATAA----AAT----T-------------------------A-----TTACCTCCCT-GCT-AGGTTATCTCTTAGCATCTACCAGAGGTCAGC-ACT-GAT--GCTGAC-GTCAGTTGGCCACAT-TGC--ATTTT-GGC---ACATT--CTCTTAG-TAA-CACAGT-GAAAA--AATGTCAACATCA-GAAAGTGAACTA-AATAATGAG-ACAGAACT--G-AAGT-ATC---TAGNTATAAATTTGAACC------AGAGTT--T----ACAGAGGAAGAAATT--GTTTCCCAGAATT-ATG-TTTCCTCAC-C-AGA-AA-CTGACTT---T-AAT-GAGAGTTGAATTTCT--ATGG----ATTGTT----GTGCTTG-T-GAAAATTGTTCAGTTTT-ACCTA-CA-TTC-AAGAAGTGTCT-C-TG--TTG-TCATGAGTTTGACCATT--ATGTTTT-G----G--ATT--AG-A-TAAGCAT-GCACACACAAAGTGTAT----T-TCTC--TCTACATCCTGA-CTTTGACA--CAG----AGT-----GTGTGTCTAAGTCCT-GTTAT-C-------C-TTGAGACAGCTTA--CATTA-TC----------T--------------A---AAAG-CCAC-AGAGGA-TT-CGGAAGAG---CCCC-AG----AGC-ACTT----ACAT-AACAAGT-AAGA-AAA-ACACAA-ACAGAAGTGGA--AAAATTATCT-GCTGTA-TTTATCAAATTCTAA-ACATA-AGCATGCC-ATT-TGTGTGTTTA-AAACATTTCCACATT-CACC-----TATGTAAT----AGGAC-A--------CA-T-----TTCTGTTGCA-G-AC----AA-TCAAGA-TTT--ATGGCTTACACAGACAAA-TT-CATTAATTGGGT-CAG-ATGTGGTCAG--CCT-CTG--GGGGAAAA-TTCA-GA-GTA-G-TG-AGTTATACCCTCA-T-GTGTTGTG-ATG--G--A----T-AAGGAA-AACATTT--TATGAT--GAAGA---------TG--ACAAA--TT--A---------TCA---------A----G-ACTCGG-----------AAT-AAGTAA-TCTTT-C------AA-TAGA--CAAATG---TT-A-TTGTATA-TTGCA-TCACCAAA---CAT---C-AGTCTAT-ATGGTCCA-----ATTGAAC---A-TT-AA-TA--ATCAATG-TATAAA-TTGT--ATGATAATAAAGCAGTACT----TTATATCTTACAGC-AATCTTGTTTATTTCC-AAATATTTAATAC-A--T-GT-ATATTCTAAT-T--GATTGAATCTT-G--AAATATG-TGTT---AACATT-CAG-A--CATC--TTT--A-TCGTG--CAC--TA--GCT-GT----GTAACAGTGACC--CCG-AGTC-TCCAGCAGC---A---AT-GTGGC-C--AAT--TTA---CGTC---AGAACACA--GATGCAT-GCT--GGGA---------------A-TTAATGG---A-TA------CCCTCC--AT-AAA-CCTTTCATT--TA---GAGT-GTTT--AATTGAT-GAAAT-------CT-CTT---AAGAGAA--ACA----A---ACAAACAAGTTT-TT-A-GCCNCA-CTATTTA-TTT-TCAGAAGG
gi|1 : AT-GAATT-T-GAAA-ATCATAACA--GATGT-A-GCTTTCC--TCAGTAAGGAGATA--TTTCATTAAA--GAT-----T-----AACTAATT-----TTTTACAATCCATTGGAA-GCTGCCATATTGATAA----AAT----T-------------------------A-----TTACCTCCCTTGCT-AGGTTATCTCTTAGCATCTAC-AGAGGTCAGCCACTTGA---GCTGAC-GTCAGTTGGC-ACATCTGC--ATTTT-GGC---ACATT--CTTTTAG-TAA-CACAGTTGAAAA----TGTCAACATCAAGAAAGTGAACTA-AATAATGAGGATAGAACTTTG-A-GC-ATT---TGGATATAAATTTGAACC------AGAGTT-------ACAGAGGAAGAAATTTGGTTTCC-AGAATT-ATGGTTTCCTCAC-C-AGA-AA-CCAACTT---T-AATTGAGAATTGAATTTCT--ATGG----ATTATT----GAGCTTG-T-GAAAATTGTTCAATTTTTACCTAACAGTTC-AAGAAGTGTCT-C-TG--TTG-CCATGAGTTTGACCATT--ATGTTTTTG----G--ATT--AG-A-TAAGCAT-GCA---ACAAAGTGTAT----T-T-----TCTACATCCTGA-CTTTGATC--CAGT---GGT-----GTGTGTCTAAGTCCTTGTTAT-C-------CCTTGAGACAGCTTGGGCATTA-TCATCTCGCGG-T--------------ACAAAAAGACCACCAGAGGA-TTTCGGAAAAGAAGCCCT-AG----AGCCACTG----GCATTAACAAGT-AAGA-AAA-ACA----ATAG---TGGACAAAAATTATCTTGCCGTG-TTTATCAAATTCTAA-ACAT----CATGCCCATTCTGTGTGTTTACAAACATTTCCACATTTCACC-----TATGTAAT----AGGACCA--------CA-T-----TTCTGTTGCA-G-AC----AT-TCAAGA-TTTTTATGGCTTACACAGACAAA-TTTCATTAATTGG-T-CAG-ATGTGGTCAG--CCT-CTG--GGG--AAA-TTCAAGA-GTA-G-TG-AGTT-TATTCTCA-T-GTGTTGTG-A-G--G--AAT--T-AAGGAA-AACATTT--TATGATTGAAAGA---------TG--ACAAT--TT--A---------TCA---------A----GGACCCGG-----------AAT-AAGTAAATCTTT-C------AA-TATA--CAAAT----TT-A-TTTTATA-TTGCA-TCAC-AAA---CAT---C--GTCTATTATGGTC-A-----AT-GAAC---A-TTTAA-TA--ATCAATG-TATAAA-TTGT--ATGATAATAAAGCAGTACT----TTATATCTTACAGCAAATCGTGTTTATTTCCAAAATATTTAATACAA--TAGT-ATA---TA--------------CTT-G--AAATATG-TGTT---AACATTCCAGAA--CATC--TTTAAA-TCGTG--CACT-TA--GCT-GT----GTAACAGTGACC--CCG-AGTCTTCCAGCAGC---A---AT-GTA---C--AAT--TTA---CGTC---AGAACACA--GATGCAT-GCT--GGGA---------------ATTTAATGG---ACTA------CCCTCC--AT-AAA-CCTTTCA-T--TA---GAGT-GTTT--AATTGA--GAAAT-------CT-CTT---AAGAGAA--ACA----A---ACAAAGAAG-TT-TT-A-GCCTCA-CTA-TTA-TTT-TCAGAAG
gi|10 : taaaggatgtcttagataataatatgacaaaggctttaaaattggtcattttgatggtaat--GAGGA---------TG--ACAAA--TT--A---------TCA--------------G-ACTCGG-----------AAT-AAGTAA-CCTTT-T------AA-TAGA--CAAGTG---TT-A-TTGTATA-TTTCA-TCACCATA---CATAATC-AGTCTAT----GTTCA-----------------TC-AA-TA--ATCAATG-TATAAA-TTGT--ATGATAATAAAGTAATACG----TTATATCTTACAGC-AATTCTGTTTATTTAC-AAATATTTAATAC-A--T-GT-ATATTCTAAT-T--GATTGAATCTT-G--AAATATG-TGTT---AACATT-CAG-A--CATC--TTT--A-TCGTG--CAC--TA--GCT-GT----GTAACAGTGGCC--CTG-AGTC-TCCAGCAGC---AATGAT-GTGAC-C--AGT--TTA---CGTC---AGAACACA--GAAGCAT-GCT--GGGA---------------A-TTAATGG---A-TA------CCCTCC--AT-AAA-CCTTTCATT--TA---GAGT-GTTT--AATTGAT-GAAAT-------CT-CTT---AAGAG------A----A---ACAAACAAGTTT-TT-A-GCCACA-CTACTTA-TTT-TCAGAAGGcatttctaagtttactgttgcaaaaatatatttttcatgacacttccct
gi|11 : TAC-AACT-GTGATATCGTAATAT--GATTGAATCCT-AACAGATATGATGTTGAGAACATT-CAG-ACTCATTCATTT--A-T-GTGGTGAC--TAGGGCT-TG----GTA--AGTGGCCCGCCGTAGTC--CCA-CATCTCGA---GT--TGGCACGAAATAGTTAATGCGTCCAAAGAACTCATTAGTTAATAGCT--GGGATTCTACGTCAATGTGA-TTAATAGCACA-TATAATCGTCTTAC--AT-GAA-ACTTTCAATACTAAAGGAGTAGTTTTAAATTTAT-AGAATAGCCTCGCT-CT-----AGTGAAGTACG----ATGTA-AAACAAGTTTATT-ACGCCTCA------TA-TTT-TTAAAAccttttaagtttgctgtgcaaaaatagtcttttcatgaacacttcctt
gi|12 : aat-AAGAA-TGTCT-T-TG--TTG-TCGCGAGTTTGA-------ATGTTTT-GTGTCG--ATTTAAGAA-TAAACAG-ACATGCACAACTAGTAT----T-Ttacagaagcgcttctaaagtttgccttcggctaaaaaatagttttttcatgcaaacaccttctattt
gi|12 : caCTT----GAAT-AA-AAGT-AGGA-AAA-ACACAA--CA------------AACTATTT-A-TGT----TA-CAAAT-CTAATATATA--GCAT-TC-AGT-TGTGTGT----AAACATTTCTCCATA-CACGAGGAATACGTGATTACCATAAC-A---------A-T-----TCGTGTTTCA-ATAC----AA-TCAAGATTTT--ATGGCT-------ACAAA-TT-TATTCACTGAG-------TATGGTCAGTATAT-ATG--GGGGAATA-TTaattagcagacccgtatttatcagttaataccagcttatacttatagtctatcgtgtatcagaaatacataagaaccagaggaggaaataaatttaagtccaaatcttgaataaaagtaggaaaaacacaacaaactatttatgttacaaatctaatatatagcattcagttgtgtgtaaacatttctccatacacgaggaatacgtgattaccataacaattcgtgtttcaatacaatcaagattttatggctacaaatttattcactgagtatggtcagtatatatgggggaatatta
gi|13 : caaagaatgtctttgttgtcgcgagtttgaatgttttgtgtcgatttaagaataaacagacatgcacaactagtatttaattagcagacccgtatttatcagttaataccagcttatacttatagtctatcgtgtatcagaaatacataagaaccagaggaggaaataaatttaagtccaaatTGATAA----AAT----A-------------------------A-----TTGCCTTCCT-GCT-GGGTTATCTTTTAGCATTAACCAGAGGGCAGC-ACT-GAT--TCTGAC-GTCAATAAGACTAAT-TAT--A-TTT-GGCTCTGCATCAACACTTAT-AAA-CACAGT-T--AA--GATGT---CATCA-CAAAGTGTGTTA----GATGAG----GAA---------T-ATC----------AGATTTTAGC--------------------ACA-AGTAA-ACATT--GCTTTCCATAATA-ATA-CTT-----------G-AT-CTTA--T---T-AA---AGAA--GAATTCCC--GTTG----GTTGTTGGA-GTGTTTG-T-GGATATCGTGCA-TTCT-AACTT-CA-TTC--AGA--TGTCT-T-TG--TAG-TAACAAGTTTGA--ATTGAATGTTGG-G----T--GTC--AG-A-TAAGa
gi|14 : ACAGC-AATCTTGTTTATTTCC-AAATATTTAGTTC-A--C------ATTCTAAT-T--G-------C-------AATATG-TGTTT--AACATT-CAG-A--CATC--TTT--A-TCGTA--CAC--TA--GCT-AT----GTAGCGGTGACC----A-AGTC-TCCAGCAGC---A---AT-GTGAC-T--AAT--TTA---CGTC---AGAACACA--GATGCAT-GCT--AGGA---------------A-TTCATGG---G-TA------CCCCCCAAAA-AAA-TATTTCAAT--TA---CAGT-
gi|14 : AGTTT-AT-A-GCCACA-CTAATTA-TTT-TTAGAAGGttatagccacactaattatttttagaaggctatctagatttgttgtgcaaaaacaggttttttttttcatgaacactt
gi|15 : acagcaatcttgtttatttccaaatatttagttcacattctaattgcaatatgtgtttaacattcagacatctttatcgtacactagctatgtagcggtgaccaagtctccagcagcaatgtgactaatttacgtcagaacacagatgcatgctaggaattcatgggtaccccccaaaaaaatatttcaattacAC--TA--GCT-GT----GTAACAGTGACC--CTG-AGTA-TCCAGCAGC---A---AT-GTGGC-C--AAT--TTA---CGTC---AGAACACA--GCTGCAT-ACT--GGGA---------------A-ATAATGG---A-TA------CCCTCC--AT-AAA-CCTTTCATT--TA---GAGT-GTTT--AATTGAT-GAAAT-------CT-CTT---AAGAGAA--ACA----A---ACATACAAGTTT-TT-A-GCCTCA-CTTTTTA-TTT-TCGGAAGctatctagatttgttgtgcaaaaacaggttttttttttcatgaacactt
gi|16 : A-ATCATTA-A--GATGT-A-GCTTTCA--TCAGTAGGGATATA--TTTCA---AA--AAT--G--TTAATGAA-----T-----CTGCTCAATCTCT-GGAA-GCTGTCATATTGATAA----AAT----G-------------------------A-----TTGCATCCTT-GCT-TGGTTATCTCTT---ATTTACCAGAGGGCAGA-ACT-GAT--GCTAAT-GCTAAGTAGATATAT-TGT--AATTT-GGC---ACATT--Cacattctaagtttgctgtgcaaaaattgttttgtcatgaaca
gi|17 : aaggaagcatacatgaaagtgtaacatcaggttaaaataaaatatCAAATTCTAA-ACATA--GCATGCC-ATT-TGTGT--TTA-AA-CATTTCTGCATT-CACC-----TATGTAAT----AGGAC-A--------CA-T-----TTCTGTTGCA-G-AC----AA-TCAAGA-TTT--ATGGCTTACACAGACAAA-TT-CATTAATTGGGT-CAG-ATGTGGTCAG--CCT-CTG--GGGGGAAA-TTCA-GT-GTA-G-TG-AGTTATA--CTCA-C-GTGTTGTG-ATG--A--AATATT-AAGGAA-AACATTT--TATGAT--GAAGA---------TG--Aa
gi|18 : T--CTA---CCTC---GAGACACA--GATGCAG-GAT--GGGA---------------A-ATAATGG---ATTA------CTC-AC--AT-AAA-ACTT
gi|18 : CTTACACT--AA---GCGT--TTT--AACTGATCAAAAT-------CT-CGT---TAGAGAA--ATA----A---ACATCTTAGTTT-TA-A-ACCATA-CAATTTAGTTTATCAGaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttacactaagcgttttaactgatcaaaatctcgttagagaaataaacatcttagttttaaaccatacaatttagtttatcaggtattcgaggtttactacgcagcaaatgtattctatgctcacttcct
gi|19 : tctacctcgagacacagatgcaggatgggaaataatggattactcacataaaacttaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATAAT-GGATTCT-AAAA-ATCATTA-A--GATGT-A-CCTTTC--------------AT---TT-CAA--AA--AAC-----T-----AA-----CGAAGCTTGT-CAATCCCT-GGAA-GCTGCCATATTGGTAA----AAG----G-------------------------A-----TTACCTCTCC-CCTCAG---------TACCAGCTACAAGA-----------------GCTGAC-GTCAGTAAGACACAT-TGT--ATTTT-GGC---ACACT--gtattcgaggtttactacgcagcaaatgtattctatgctcacttcct
gi|2 : ttaaaggaattgtacatgaaaatgtaaattataattttgatgtgTATAAT-GAATT-TTGAAA-ATCGTAC-A--GAT-----------C--TCAGTAAGGAGATA--T--------------------------A-----T-----TTTTACAATCCAT-GGAA-GCTGCCATATTGATAA----AATCATTT-------------------------A-----TTACCTCCCT-GCT-AGGTTATCTCTTAGAATCTACCAGACGTTAGC-ACT-GAT--GCTGAC-GTCAGTTGGCCACAT-TGC--ATTTT-AGC---TCATT--CTCTTAG-CAA-CACAGT-GAAAATTAATGTCAACATCA-GAAAGTGAACTA-AATAATGAG-ACAGAGCT--G-AAGT-ATTAATTGGATGTAAATTTGAACC------AGAGTT--T----ACAGAGGAAGAAATT--GTTTCCCAGAATT-ATA-TTTCCTCAC-C-AGA-AA-CTGACTT---T-AAT-GAGAGATGAAGTTCT--CTGG----ATTGTT----GTGCTTG-T-GAAAATTATTCAATTTA-ACCTA-CA-TTC-AAGAAGTGTTT-C-TG--TTG-TCATGGGTTTGACCATT--ATGTTTT-G----G--ATT--AG-A-TAAGCAT-GCACACACAAAGTGTAT----T-TCTCGATCTACATCCTGA-CTTTGACT--CAG----TGT-----GTGTGTCTAAGTCCC-GTTAT-C-------C-TTGAGACAGCTTA--CATTA-TC----------T--------------A---AATG-CCAC-AGAGGA-TT-CCGAAGAG---CCCC-AG----AGC-ACTT----ACAT-AACAAAT-AAGA-AAA-ACACAA-ACTGAAGTGGA--AAAATTATCT-GCTGTA-TTTATCAAATTCTAA-ACATATAGCATGTC-ATT-TGTGTGTT----AACATTTCCACATT-CACC-----TATGTAAT----AGGAC-A--------CA-C-----TTCTGTTGCA-G-AC----AA-TCAAGA-TTT--ATGGCTTACACAGACAAA-TT-CATTAATTGGGT-CAG-ATGTGGTCAG--CCT-CTG--GGGGAAAA-TTCA-GA-GTA-G-TG-AGTTATACCCTCACT-GTGTTGTA-ATG--G-------------------ATTT--TATGAT--GAAGA---------TG--ACAAA--TTA-A---------TCA---------A----G-ACTTGG-----------AAT-AAGTAA-TCTTT-C------AA-TGGA--CAAATG---TT-A-TTGTATA-TTGCA-TCACCAAA---CAT---C-AGTCTAT-ATGGTCCA-----ATTGAAC---A-TT-AA-AA--ATCAATG-TATAAA-TTGT--ATGATAATAAAGCAGTACTTTAATTATATCTTACAGC-AATCTTGTTTATTTCT-AAATATTTAATAC-A--T-GT-ATATTCTAAT-T--AATTGAATCTT-G--AAATGTG-TGT--------------------TC--TTT--A-TCGTG--CACTATA--GCT-GT----GTAACAGTGACC--CTG-AGTC-TCCTGCAGC---A---AT-GTGGC-C--AAT--TTA---CGTC---AGAACACA--GATGCAT-GCT--GGGA---------------A-TTAATGG---A-TA------CCCTCC--AT-AAA-CC-----------------T-GTTT--AATTGAT-GAAAT-------CT-CTTTAAAAGAGAA--ACA----A---ACAAACAAGTTT-TT-A-GCATCA-CTATTTA-TTT-TCAGAAGGtaaca
gi|20 : -AGTTTTACCCTAA-TTGT-TTGTG-A-G--A--AAAAAT-AAGGAA-A-CATAT--CTTGAT--GAATACTCCAATTATG--ACGAT--TTTCA---------TGA---------AACCTG-ATTCTG-----------AAT-ATTT---TTTTTAC------AG-TAAA--TAAGTAGCATA-A-TTGTAAA-TTATA-TCAGCAAA---ATT---C-A-TCTGT-ATAGTCTATGT--ACTGTACTCCA-TC-AACTATTATCAATG-TACA
gi|21 : gt--GCT-GTTACAGTAAGAGTGACC--C---AGTC-ACCAACAGC---A---AT-GTG--------T--CT-----------------CA--GATACAT-GCTTAAGGA---------------A-ATAATGG---G-TG------ACCCCC--AT-AAA-CTGTTTACT--TA---GGCT-GTTT--AAATGAT-CAAAT-------CTCCTC---AAGAGAA--A
gi|22 : AT-ATATACACAAAGTGCAG----T-TCTC--T--ACATTC-------------------------------ATG-----GTCCC-GTTAT-A-------A-TTGATATGGCTTA--CA--------------------------------------G-TCAA-AGAGGAATT----ACGAG---TTCT-AGCTGGAGG-ACTT----GAAT-AACAAGT-AGAA-AAA-ACACAACACA---------------TA-------------TATCAAAATCTGA-ACATA-AA-ATGTC-ATT-TGTGTG--TA-AAA-A-TTCCA-ATT-acacttttcaatttcaggggtgttcttagtttgctatactacaaattgttttc
gi|23 : -GCTTTCC--TCAGTAAGGAGATA--TTTCAT--GATGAAT--AACT-----AA-----T-----TTTTACAATACAT-GGAA-GCTACCATATTGA-AA----AAT----T-------------------------A-----TTACCTCCCT-GCT-AGGTTATCTCTTAGCATCTACCAGAGGTCAGT-ACT-GAT--GCTGAA-GTCAGTTGGCCACAT-TGC--ATTTT-GGC---ACaca
gi|24 : GCAT-GCT--GG-A---------------A-TTAATGG---A-TA------CCCTCC--ATAAAA-CATTTCATT--TA---GAG--GTTT--ACTTGAT-GAAAT-------AT-C-----AAGAGAA--ACA----A---ACAAACAA---T-TT-A-GCCACA-CTAATT--TTT-TCAAGAGG
gi|25 : a-CACA-----CATGTGAA----AGGAT-A--------CAGTAACAATTCTGTTGTA-G-ACTTGCAG-TCAATA-TTT--ATGAC--ATACAGGCCA--TT-TACCAACTGAGT-CAG-ACGTGGTTA---TCT-CCGTAGGGGAAAA-T-CA-GA-GTA-G-T----TT-CACCCTCA-C-ATGTTGTG-ACA--A--AAT--C-AAGGAA-cctttttaagttttgctgtgcaaaatagctttcctgaacacctcctt
gi|26 : ATT-CCG-G--CATC--TTT--A-TCGTG--CAC--TA--GCT-AT----GTATCAGCGACC--C---AGTC-TCCAGCAGC---A---AT-GTGTC-T--CAT--CTA---CATC---AGACCACA--GA---AT-GCT--GGGA---------------A-ATAATGG---A-CA------CCCTTC--------------TATT--TA---GAGT-GTTT--AATTGAT-GAAAT-------CT-Cgca
gi|27 : TGTAAT-GAATTCT-GATT-ACCATTA-A--ACTGT-A-GCTTTCA--TCAGTAGGGCGATA--TT-g
gi|28 : agaactactgaaaggcgctaggtgtgcatgaaatgtaaatataacatagggtgtaaatttgtcattttgatttgTTTAAGGC------AGTGTT--T----AGAGAGG--GAAAAT--GCTACCAAGAATG-GCG-TTTCCTCAC-C-TAC-AA-CTAATTT---T-ATG-GAGAGGGGAATTTCT-----------TTGTT-------CTTG-T-GAAAATTGTTCAGTTTT-ACCTA-CA-tcaaaaag
gi|29 : cactTGTAAG-GAATT-T-GAATTACCATAA-A--C-TGT-A-GCTT-CA--TCAGTAAGGGGATA--TT-
gi|3 : cgaagaggcgtagtgtgcatgaaatgtaacatataactagggttaaatttgcatttgattgTATAAT-GAATT-TTGAAA-ATCATAC-A--GATGT-A-GCTTTCC--TCAGTAAGGAGATA--TTTCAT--AAA-GATTGAC-T-----AA-----T-----TTTTACAATCCAT-GGAA-GCTGCCATATTGATAAAATTAAT----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-----TTACCTCCCT-GTT-AGGTTATCTCTTAGCACTCACCAGAGGTCAAC-ACT-GAT--GCTGAC-GTCAGTTAGCCACAT-TGC--ATTTT-GGC---ACATT---TCTTAG-TAA-CACAGT-G--AA--AATGTCAACATCA-GAAAGTGAACTCTAATAATGAG-AAAGAACT--G-AAGT-ATT---TAGATATAAATTT--------------GTT--T----ACAGAGGAAGAAATT--GTTT-CCAGAATT-ATG-TTTCCTCAC-C-AGA-AA-CTGACTT---T-AAT-GAGAATTGAATTTCT--ATGGATTAATTATT----GAGCTCG-T-GAAAATTGTTCAATTTT-ACCTA-CA-TTC-AAGAAGTGTCC-T-GG--TTGTTCATGAGTTTGACCATT--ATGTTTT-G----G--ATT--AG-A-TAAGCAT-G--CACACAAAGTGTAT----T---TC--TCTACATCCTGA-CTTTGACA--CAG----AGT-----GTGTGTCTAAGTCCT-GTTAT---------C-TTGAGACAGCTTA--CATTA-TC----------TATCTCGGGTAC---A---AAAG-CCAC-AGAGGA-TT-CGGAAAAG---CCCT-AG----AGC-ACTA----ACAT-AACAACT-AAGAGAAA-ACACAA-ACAAAAGTGGA--AAAATTATCT-GTTATA-TTTATCAAATTCTAA-ACAT----CATGCC-ATT-TGTGTGTTTACAAACATTTCCACATT-CACT-----TATGTAAT----AGAAC-A--------C---------------------AC----AATTCAAGATTTT--ATGGCTTACACAGACAAATTT-CATTAATTGGGT-CAG-ATGTGG-CAG--CCTGCTG--GGAGGAAA-TTCA-GACGTA-G-TG-AGTTATACTCTCA-T-GTA---------------------AAGGAA-AACATTTA-GAAGAT--GAAGA---------TG--ACAAA--TT--A---------TCAT--------A----G-ACTTTG-----------GAT-AAGTAA-GTCTG-C------AATTAGA--CAAATG---TTCA-TTGTATA-TTGC--TCACCAAA---CAT---CAAGTC--T-ATGGTTCA-----ATTGAAC---A-TT--A-T---ATCAATG-TA-AAG-TTGtcaagtggt
gi|30 : aattaaaggaagtgttcatgaaaatatgacaaattaagggtttaaaattgtcattttgatgtaAT-GAAAT-------TT-CCT---AAGAGAA--ACA----A---ACAAACATGTTT-CT-A-ACCA----TATTTA-TTT-TCAGAAG
gi|31 : GGAAGGG---CCCCCAG----AGC-ATTT----ACAT-AACAGGT-GA-----------AA-AC-----TGGA--AAAAATATCT-GCTGTA-TTTCTCGAATTCTAA-ACAT--AGCATGCA-ATT-cccttctaagtttgctgtgcaaaataattttttcatgaacacttcct
gi|32 : aCAACATCA-GAAAGTGTATT------ATTAG-A-AGAA---------T-ATC----AGTT-TAAACTTGAGT-----------TT--T----GCAGAGGAAGAAATT--GTTTCTCATAA
gi|33 : gcgcattggaCAAACA--TTT-TTCA-GCCTCAACTATTTA-TTT-TCAGAAGG
gi|34 : t-GT----GTNNNNNNNNNN--NNN-NNNN-NNNNNNNNC---A---GT-GTGTC-T--CAT--CTA---CGTC---AGAGCACA--GATGAAT-GCT--GGGA---------------A-ATAACGA---A-Tgcagttctaagtttgtgtgcaaaaatagtttttttcatgaaact
gi|38 : ---AAAG-CCAC-AGAGGA-TT-CGGAAAAG---CCCT-AG----AGC-ACTA----ACAT-AACAA
gi|39 : TATATCC-AAATATTTAATGC-A--T-GT-ATATCCTAAT-T--GA-TGAATCT
gi|4 : TATAAT-GAATT-T-GAAA-ATCATAC-A--GATGTTA-GCTTTCCCTTCATTAAGGAGATAATTT-CAT--AAA-GATTGAC-T-----AA-----T-----TTTTACAATC-AT-GGAA-GCTGCCATATTGATAA----AAT----T-------------------------AATTACTTACCTCC-T-GTTTAGGTTATCTCT-AGCACTCACCAGAGGTCAAC-ACTTGATTGGCTGAC-GTCAGTTAGCCACAT-TGC--ATTTT-GGC---ACATT--ATCTTAG-TAAGCACAGT-GGAAA--A-TGTCAACATCA-GAAAGTGAACTT-AATAATGAG-AAAGAACT--GGAAGTTATT---TAG-TATAAATTTG-------------GTT--T----ACAGAGGAAGAAATT--GTTTCC-AGAATT-ATG-TTTCCTCAC-CCAGA-AAACTGACTT---TTAAT-GGAAGTTGAATTTCT--ATGG----ATTATTATATGTACTCG-T-GAAAATTGTTCAATTTT-ACCTA-CA-TTC-AAGAAGTGTC--C-TGGTTTG-TCATGAGTTTGACCATT---T-TTTT-G----G--ATT--AG-ACTAAGCATTGCACAC-CAAAGTGTCT----T-TCTC--T--ACATCCTGAGCTTTGACA--CAG----A-T-----GTGTGTCTA-GTCCT-GTT-T-C-------C-TTGAGACAGCTTA--CATTA-TC----------TGATCTGCGGTACAGA---AAAG-CCAC-AGAGGA-TT-CGGAAAAG---CCCT-A-----AGC-ACTA----ACAT-AACAACTTAAGA-AAATACACAA-ACAAAAGTGGA--AAAATTATCT-G-TATA-TTTATCAAATTCTAC-ACAT----CATGCC-ATT-TGTGTGTTTACAAACATTTCCA-ATT-CACT-----TATGTAAT----AGAAC-A--------C---------------------AC----AA-TCAAGA-TTT--ATGGCTTACACAGACAAATTT-CATTAATTGGGT-CAG-A-GTGGTC----CTC-CTG--GAGG--AA-TTC--GC-GTA-GTTG-AGTTATACTCTCA-T-G---------------------T-AAGGAA-AACATTTAGAATGAT--GAAGA---------TG--ACAAA--TT--A---------TC----------A----G-ACTTGG-----------AAT-AAGTAA-TCTTT-C------AA-TAGA--CAAATG---TT-A-TTGTATA-TTGCA-TCACCAAA---CAT---C-AGTCTA--ATGGT-CA-----ATTGAAC---A-TT-AA-TA--ATCAATG-TATAAAGTTG
gi|40 : ttaaaggaagtgttcatgaacatatgacaaaattaagggttttaaacatttgcatttgatgtaAAGTTT-TT-A-CCCATA-TTATTTA-TTT-TCAGAAGG
gi|5 : AAA--AATGACATAATCA-GAAATTGAACTA-AATAGTAAG-ATTGAATTC-G-AAGA-ATCA--TGGCTATAAATTTGAAAC------AGAGTT--T----ACAGCGGAGGAAAAT--GTCAACCAGAATG-TTG-CTTCCTCAC-C-AGC-AA-CTGATTT---T-AAT-GAAAGGGGAATTTCT--CTGG----ATTGGT----TTCCTTG-T-GAAAATTGTTCAGTTTT-ACCTA-CA-TTC-AAGGAGTGTTT-C-TG--TTG-TCATGAGTTTGAACATT--ATGT-------------TT--AC-A-TAAACAT-G--CACACAAAGTGCAT----T---TC--TCTGCATCCCAA-CTTTGACA--CAGTGTCACT-----GTGTGTCTAAGCCCT-GTTAT-CCATGAGAC-TTCAGACAGCTTA--CATCA-TC----------TATCTCAGATAC---A---AAAG-CCAG-AGAG---T-----AAGAG---CACC-AG----AGC-ACTTTTAAAAAT-AACAAGT-AAGA-AAA-ACACAA-A---------A--AATATCAT----CTGTA-TTTATCAAAATCTAA-ACA-G-AGCTTGTC-ATT-TATGTGT----AAACATTTTCACATA-CACC-----TACGTGAT----AGCAC-A--------CA-A-----TTCTGTTGCA-G-AC----AA-ACAAGA--TT--ATGGCCTACAT---TCAA-TT-CATGAATTGGAT-CAG-ACGTTGTCAG--CCA-C-G--GGGGAAAATTTCT-GA-GTACA-TGTAGTTATACCCTCA-T-GTGTTGTG-ATGAAA--A----T-AAGGAA-AACATTT--CCTGAT--AAAAA---------TG--GC-AA--TT--ATGAGGGATTTCATGAAGCCTCA----G-ACTCTGTACAGACTCATAAT-AAATAA-TCTCT-CATTGTAAA-TACATGTAAATG---TT-A-TTGTAAA-TTGCA-TCACCAAAACGTAT---C-AGTCTAC-CCGGTACATGTTCAATGTAC---A-TC-AA-TA--ATTAATG-TATAAA-TTGT--ATGAAAATACAGCAGccttctaagt
gi|6 : ttgaatctgaacaacatttttacaccatC-AGAGGA-TT-CAGAAGAG---CCCC--------------------CAG-AACAAGT-AAGA-AAA-ACACAA-ACAGAAGTGGA--AAAATTATCT-GCTGTA-TTTATCAAATTCTAA-ACATA--GCATGCC-AAT-TGTGTGT----AAACATTTCCACATT-CACC-----TATGTAAT----AGGAC-A--------CA-T-----TTCTGTTGCA-G-AC----AA-TCAAGA-TTC--ATGGCTTACACAGACACA-TT-CATTAATTGGGT-CAG-ATGTGGTCAG--CAT-CTG--GGGGAAAA-TTCA-GA-GTA-G-TT-AGTTATACTCTCA-T-GTGTTGTG-ATG--GAAA----T-AAGGAA-AACATTT--TATGAT--GAAGA---------TG--ATAAA--TT--A---------TC----------A----G-ACTAGG-----------AAT-AAGTAA-TCTTT-C------AA-TAGG--CAAATG---TT-ATTTGTATA-TTGCA-TCACCAAA---CA-------------------CCA-----ATTGAAC---A-TT-AA-TA--ATCAATG-TATAAA-TTGT--ATGATAATAAAGCAGTACT----TTATATCTTACAGC-AATCTTGTTTATTTCC-AAATATTTGATAC-A--T-GT-ATATTCTAAT-T--GATTGAATCTT-G--AAATATG-TGTT---AACATT-CAG-A--CATC--TTT--A-TCGTG--CAC--TA--GCT-GT----GTAACAGTAAAC--CCG-AGTC-TCCAGCAGC---A---AT-GTGGC-C--AAT--TTA---CGTC---AGAACACA--GATGCAT-GCT--GGGA---------------A-TTAATGG---A-TA------CCCTCC--AT-AAA-CCTTTCATT--TA---GAGT-GTTT--AATTGAT-GAAAT-------CC-TTT---AAGAGAA--ACAAACGA---ACAAACAAGTTT-TT-A-GCCTCA-CTATT
gi|7 : ATAAT-GAATT-T-GAAA-AACCTTT-ACAGATGT-AAGCTTTCC--TCAGTAAGGAGATT--TT-CAT--AAT-GAT--AACT-----AAA----T-----TTTTACAATACAT-GGAAAGCTGC-ATATTGA-AT----AAT----T-------------------------A-----TTACT--CCT-GCT-AAGTTATCTCTTAGCATCTACCAGAGGTCCAC-ACT-GAT--GCTGACGGTCAGTTGG-CA-AT-TGCT-ATTTTGGGC---ACATT--CTCTTAGTTAA-CACGTT-G--AA--AATGTCAACATCA-GAAAGTGAGCTA-AATAATGAG-ACAGAA-T--G-AAGT-ATT-----GGTAAAAATTTGAACCCACACAAGAGTTAATA---ACAGAGGAAGAAATT--GTTTTCCCAAATTAATG-TTTCCTTAC-C-AGC-AA-CTGACTTTCAT-AAT-GAGAATTGAATTTCTAAATGG----ATTGTT----GTGCTTG-TGGAAAATTGTTCAGTTTT-A-CTA-CA-TTC-AAGAAGTGTCA-CTTG--TTG-T-ATGAGTTTTA-CATTA-ATG-TTT-G----GTTATT--AG-A-TAAGCAT-ACAC-CACAAAGTGTATAA--TATTTC--TCTACATCTTGA-CTTTGACACGCAG----AGTGGGTGGTGTGTCTAAGTCCT-GTTATCC-------C-TTGAGACAGCTTA--CATTA-TTCTATCTCGGGT--------------A---AAAA-ACGC-A------------AAGAG----GCC-AG----AGC-ACTT----ACAT-AAAAAGT-AActaagtttgctgtgcaaaaatagttttttcatgaacactt
gi|8 : aggaagtgtttcatgaaaatatgacaagggtttaaaaatgtccaattttggatgtaATAATTGAATT-T-GAAA-ACCTTTACA--GATGT-AAGCTTTCC--TCAGTAAGGAGATT--TT-CAT--AAT-GAT--AATT-----AA-----T-----TTTTACAGATCAT-GGAA-GCTGC-ATATT-ATAA----AAT----T-------------------------A-----TTACCTCC-T-GCC-TAGTTATCTCTTAGCATCTACCAGAGTCCAGC-ACT-GAT--GCTGACGGTCAGTTGG-CA-AT-TGCATATTTT-GGC---ACATT--CTCTTAG-TAA-CAC-GT-G--AA--AATGTCAACATCA-GAAAGTAAGCTA-AA-AAT-AG-ACAGAAT-----AAGT-ATT---T-GGTAAAAATTTGAACCACACA-AGAGTT--TAATAACAGAGG-AGAAATT--GTTTTCCAATATT-ATG-TTTCCTTACGC-AGACAA-CTGACTTTCAT-AAT-GAGAATTGAATTTCTAAATGG----ATT-TT-----TGCTTGAT-G-AAATTGTTCAGTTTT-ACCTA-CA-TTCGAAGAAGTGTCCAC-TG--TTG-T-ATGAGTTTAA-CATTA-ATGTTTT-G----GT-ATT--AG-A-TAAGCAT-ACAC-CA-AAAGTGTATTAAAT-TCTC-----ACATCTTGA-CTTTGACACGCAG----AGTGGGTGGTGTG-CTAAGTCCT-GTTAT-C-------C-TTGAGACAGCTTA--CATTATTC----------T--------------A--------TCTC-GGTAAA-AA-CGCAAGAG----GCC-AG----AGC-ACTT----ACAT-AA
gi|9 : ctaaaggaagtgtttcatagaaaatatgacaagggtttaaaatgtccaattttggatgtaACAA-ACAAAA-TGGA--AA--TTATCT-GCTGTAATTTATCAAATT-TAA-ACAT----CATTGC-AAT-TGTGTGTTTACAAACATT--CACATT-CACC-----TATGTACT----ACGAC-AACATTGTACA-T-----TTCTGTTGCAAG-AC----A--TCAA-A-TGT--ATGGCTTACA-AGACAAA-TT-CATTAATTGGGTTCAGCATGTGGTCAG--CCT-CTG--TGGGAAAA-TTCA-GATGTA-G-TC-AGTTA----CTC--T-GTGTTGTGCATG--G--A----TTAAGGAAGAACATTT--TATGAT--GAAGA---------TAGAACAAAATTT--A---------TCA---------G----A-ACTCAG-----------AATTAAGTAA-TCTTT-C------AA-TAGA--CAAATG---TTTA-TTGTATAATTGCAGTCACCAAA---CAT---C-AGTCTAT-ATGGTC-------ATTGAAA---AATT-AA-TA--ATCCATGATA-AAA-TTGTTAATGATAATAA-GC-------------TA----ACAGC-AAT--TGTTTATTTCC-AA-TATTTTATAC-A--T-AT-ATATTCTAAT-TTTAATTGAATCTTTG--AAA-------------------CAG-A--CATC--TTT--AATCGTGG-CAC--TA--GCTTGC----GTAACAGT--CT--CCG-AG--------CA-C---A---ATTGTGGC-C--A-T--TTA---CGTC---A-AACACA--AATGCAT-GCT--GG-A---------------A-TTAATGG---A-TA------CGCTCC--AT-AAACCCTTTCATT--TA---GAGT-GCTT--AATTG-T-GAAAT-------CT-TTT---ag
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|35 ): CGCTTAAAAGAATTGTTCGTGAAAATATGACAAAGGGTTTCTAATTGTATAATGAATTTTGAAAAGCATAAAG
Unaligned ( gi|36 ): TAAAGGAAGTGTTCATGAAAATGTGACAAAGGGTTTTAAATTGTCATTTTGACGTATATAATGA
Unaligned ( gi|37 ): TATAAGGGGTTTCATAAAGCCTCAGACCCTGATAATTCCTCACGATAAATAA