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gi|2 : gtttgaaactcgctgtaaaaatgagctgCTT-TGC---A-GGG--CT-A-ACAAT-TTT-T-ATAA--T-A--A----CTAGCCCTGactagccctgcaatatatttgttggcttatactattaattatcttacttattcaagtgatgaaatgattaaaactcaatcatatcttcgatcccattcaaaaaatgtcgatgttattgcaacttcattatcgagttcgatacatctagcttctctcagcgaaaattttaatcgtccgacgggcgtctttgcaaacaaatgtgtttgcccgcgacagaattatgcgtcccggggcggaccgatattcaaaca
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gi|19 : ACTAA-T-ATCT------T----ATC-TTAT--TC--AAGTGATA---ATATG-ATTAAA--ACTTAATTCACAT---C-TTCGATCC-C-AATC--AT--A-AAAATG-TCGA-TGT-------T-A--TTGCAACTTCA-TT-ACC------------------A-ATTTG-------A-T-AC-ATC-TAA-A-T-TTTTCT---CG--AC-G---GA------------AATTTTAAT-CTGTC----TCGG-GCG
gi|18 : ta------T----ATC-TTAT---C--AAGCGATA---ACATG-ATTAAA--ACTTAATCTACAT---C-TTCGATCC-C-AATC--AT--A-AAAATG-TCGA-TGT-------T-A--TTGCAACTTCA-TT-A-C------------------G-ATTTC-------A-TAAC-ATC-TAA-A---TTTTCT---CATCGC-G----A------------AATTTTAAC-GCCTCCGG-TC-G-GTGTC----T-TTGCAAA--------------------GAATGT-GTTTGCCCATGG-AGAA--TA--T--T-GA-GTC-------------TC--------GGAC------G----G---------------T-CGctcaggcatacagttatttcaaacact
gi|15 : g-TTAT--GCCAAAACGATA---ATA-G-ATTAAA--ACTTA-TTCATAT---C-TTCGATCC-C-AATC--ATA-A-AAAATG-TCGATTGT-------T-AGTTTGCAACTTCA-AT-A-C------------------G-ATTTTATTGAA-A-T-AC-ATC-TAA-A-T-TTCTCT---CA--GCGG---AA------------AATGTTAAC-CCGTCCGG-TCGG-G------------GC-------------------------ATGT-GTT------------AA--TT--TA-TGGC-GTA-------------TC--------GCGC------G----G---------------T-TGATTAT-gg
gi|14 : tagtattatgaattgaATA---ATATG-ATTAAA--ACTTAATTCACAA---C-TTTGATCT-C-AATC--AT--A-AAAATA-TTGA-TGT-------T-A--TTGCAACTTCA-TT-ATC------------------G-ATTTC-------A-T-AC-ATC-TAA-A-T-TTCTCT---CA--GC-A---AA------------AAATTTAAC-CTGTCCGG-TCGG-ACGTC----T-TTGCAAA-------------G------AAATGT-GTTCGCCTACAGCAGAA--TC--TA-T-GT-GTC-------------TC--------GGGC------G----GTCGGGTGT-------A-TGGTAAT-ATCAAACAca
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gi|25 : TTTT-------G-T-AT-ATC-TAA-A-T-TTCTCT---CA--GC-G---GC------------AATTT-AAC-CCGTCCGA-TTGG-GCGTC----T-GTGCAAA-------------G------AAATGT-GTTCGCCCGAGGCAGAA--TG--TA-T-GC-GTC-------------TC--------GGGC------G----G---------------A-CG
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gi|23 : gA------------AATTTTA-T-TAGTTTAG-TCGG-ACATC----T-CCACAAA-------------A------AAATGA-GTTCCCCCTTGGCAAAA--TT--TA-T-GA-GTC-------------TC--------GGGC------A----G---------------
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gi|19 : caagcatcCGACGGAAATTT--TAAT-CT-GTC-------------TC--------GGGC------GCTCAGGCAT-----------A-CAGTTAT-TTCAAACAcggc
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Unaligned ( gi|33 ): GCCAATAATCTTGTGTCCTTTTCAAATTTGTAA
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Reference ( family-513 ) : TTTGAAACTCG-------C-TGTAAAA-TTAGCTGG-GCATG--C------AGGG--CT-A-ACTAC-TTG-T-AAAATNTG-TTAGC-CCTGCC---AGAGAGCCAC--TA--GC-CCTGCAATA-T-A-TTTTGTT----GG--TAT-----ACTACTA--A-TTATCT----T------ATC-TTAT--TC--AAGCGA-TAATA-TG-ATT--A-AA--ACTTAATTCACAT---C-TTCGA-TCCC-AATC--AT-A-AAAA--TG-TCGA-TGT-------T-A--TTGCAACTTCA-TT-ACC------------------G-ATTTC-------A-T-AC-ATC-TA--A-AT-TT--------------CTCT-CA--GC-G---AAAATTTTAAC-CCGTCCGG-TCGG-GCGTC-T-TTGCA-------AA--------------------A-AA-TGT-GTTCGCCCGCGGCAGAA--TT--TA-T-GC-GTC--------TC--------GGGC------G-----G---------------ACGGTTAT-TTCAAACA
gi|1 : TGAAACTCG-------C-TGTAAAA-TTTGCTAG-GCATA--C------AGGA--CTGA-AGT-C-ATG-T-AAAAATTG-TAAGCTTTTGCCTTGAAAAAATCAC--T---GC-C-----------A-TTTTTTA----AA--T-T-----ACT-TTATTA-TTATC-----T------ATC-TTAT--T---AAGAGA-TTTTG-TG-ATT--A-CAGGGCTCAGTTCTTATGAGT-TTCCA-TACC-GATC--AT-ATATAA--TATTTAA-CGTCTTGGCCT-A--TTACTACTT-G-TT-ATCTGTATGATATTAAAAGGAA-ATTTC-------A-T-AC-ATC-TA--ATAT-TTTTAAACATCTAATATTTT-TA--AT-G----GAATTTTAAC-ACAT-TGG-TCAA-GCATC-C-AAGCATCCAAACAA--------------------A-GA-TAT-AT--------GACAACA--TT--TA-T-GC-ATC--------TC---------AGCTCA---G-----G---------------A-GGTTA
gi|10 : tgtgGAAACTCG-------C-TGTAAAA-TTAGCTGG-ACATG--C------AGGG--CT-A-TCTAA-GTGTT-AAAAT-TG-TTAGC-CCTGCC---CGAAAGCCAC--TA--GC-CCTGCAATA-A-A-GTTTGTT----GG--TA--------TGCTA--A-TTATTT----T------ATC-TTAT--TC--AAACGA-TAATA-GG-ATT--A-AA--ACTTATTTCATAT---C-TTCGA-TCCC-AATC--ATAA-AAAA--TG-TCGA-TGT-------T-A--TTGCAACTTCA-AT-ACT------------------G-ATTTTTATTAAAA-T-AC-ATC-TA--A-AT-TT--------------CTCT-CA--GC-G---AAAATGTTAAC-CCGGCCGG-TCGG-GC-------------------------------------------A-TGT-GTTCGCCCGCGGCAGAA--TT--TA-T-GT-GTA--------TC--------GGGC------G-----G---------------TTGATTAT-TTCAAAggtgcaaggttatt
gi|11 : GAAACTCG-------C-TGTAAAA-TTAGCTGG-ACATG--C------AGGG--CT-A-TCTAA-GTGTT-AAAAT-TG-TTAGC-CCTGCC---CGAAAGCCAC--TA--GC-CCTGCAATA-A-A-GTTTGTT----GG--TA--------TGCTA--A-TTATTT----T------ATC-TTAT--TC--AAACGA-TAATA-GG-ATT--A-AA--ACTTATTTCATAT---C-TTCGA-TCCC-AATC--ATAA-AAAA--TG-TCGA-TGT-------T-A--TTGCAACTTCA-AT-ACT------------------G-ATTTTTATTAAAA-T-AC-ATC-TA--A-AT-TT--------------CTCT-CA--GC-G---AAAATGTTAAC-CCGGCCGG-TCGG-GC-------------------------------------------A-TGT-GTTCGCCCGCGGCAGAA--TT--TA-T-GT-GTA--------TC--------GGGC------G-----G---------------TTGATTAT-TTCAAA
gi|12 : GAAACTCG-------C-TGTAAAA-TTAGCTGG-ACATG--C------AGGG--CT-A-TCTAA-GTG-TTAAAAT-TG-TTAGC-CCTGCC---CGAAAGCCAC--TA--GC-CCTGCAATA-A-A-GTTTGTT----GG--TAT-----GCTA-----A-TTATTT----T------ATC-TTAT--TC--AAACGA-TAATA-GG-ATT--A-AA--ACTTATTTCATAT---C-TTCGA-TCCC-AATC--AT-A-AAAA--TG-TCGA-TGT-------T-A--TTGCAACTTCA-AT-ACT------------------G-ATTTTTATTAAAA-T-AC-ATC-TA--A-AT-TT--------------CTCT-CA--GC-G---AAAATGTTAAC-CCG-CCGG-TCGG-GC-------------------------------------------A-TGT-GTTCGCCCGCGGCAGAA--TT--TA-T-GT-GTA--------TC--------GGGC------G-----G---------------TTGATTAT-TTCAAA
gi|13 : TTTGAAA-TCA-------C-TGTAAA--TT-GCTGA--CATG--CCTTATAAGGA--CT-A-------TTA-T-AAAATTTG-TTAGC-C-TGCC---AGAGAGCCA---TA--GC-CC-------------------------------------TGCCA--A-TC--------T------ATT-TTAA--TC--AAGCGA-TAATA-TGGATT--A-AA--ACTTAATTCACAT---CATTCGA-TCCC-AATC--AT---AAAA--TG-TCGA-TGT-------TAA--TTG-AAATTCA-TTCATC------------------G-ATTTC-------A-T-AC-ATC-TATGA-A--TT--------------CTCT-CA--GC-G----AAATTTTAAC-CCGTCCAGCTCGGAGCGTCTT-TTGCC-------AA--------------------G-AA-TGT-G-TCGCCCGCGACAGAA---T--TA-T-GC-GTC--------TCGCTCTTTTGGGT------G-----G---------------TCGGTT-T-TTCAAACA
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gi|15 : -TTAT--GCCAAAACGA-TAATA--G-ATT--A-AA--ACTTA-TTCATAT---C-TTCGA-TCCC-AATC--ATAA-AAAA--TG-TCGATTGT-------T-AGTTTGCAACTTCA-AT-A-C------------------G-ATTTTATTGAA-A-T-AC-ATC-TA--A-AT-TT--------------CTCT-CA--GCGG---AAAATGTTAAC-CCGTCCGG-TCGG-G---------GC---------------------------------A-TGT-GTT------------AA--TT--TA-TGGC-GTA--------TC--------GCGC------G-----G---------------TTGATTAT-c
gi|16 : tagtattatgaattgaTTTGAAACTCAATGTACACATGTAAAA-TTAGCTGG-ACATG--C------AGTG--CT-A-ACTAC-TTG-T-AAAAATTG-TTAGC-CTTACC---CGAAAGCCAC--TA--GC-CCTGCAATA-T-A-TTTTGTT----TC--T-T-----A-TACTA--A-TTATCT----T------ATC-TTAT--TC--AAGCGA-CAAAG-GG-AT-------------------CAT---C-TTCAA-TCCC-AATC--AT-A-AAAA--TG-TCGA-TGT-------T-A--TTGCAACTTCA-AT-ACC------------------ca
gi|17 : tgG-------C-TATAAAA-TTAGCTGG-ACATG--T------AGGG--CT-A-ACTACATTA-T-AAATTGTG-T--GC-CCTGCC---CGAGACTCACTATA--GC-CATGAATTATT-ATTTTTTTT----TT--TATAAATAACTGCAA--A-TTTTGTTGTAT------ATC-TAAT--TC--AAGC-A-TAATA-TG-ACA--A-AA--ACTTAATTCACAA---C-TTCAATTCTC-AATC--AT-A-AAAA--TG-TCGA-TGT-------C-A--TTG
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gi|19 : taCGACGGAAATTT--TAAT-CT-GTC--------TC--------GGGC------GCTCAGGCAT------------ACAGTTAT-TTCAAACActcaggcatacagttatttcaaacact
gi|2 : taactaatatcttatcttattcaagtgataatatgattaaaacttaattcacatcttcgatcccaatcataaaaatgtcgatgttattgcaacttcattaccaatttgatacatctaaatttttctTTTGAA-CTCG-------C-TATAAGA-TTAGCTGG-A-ACG--C------AGGG--CT-A-GTTA--TTA-T-AAAAATTG-TTAGC-CCTGC----AAAGAGCCAC--TA--GCACCTG--ATA-C-T-TTTTTTTTTAAAA--TATGTA--ACTGC-A--A-TTTTTT----TTTGTATATC-CAAT--TCT-AAGCCA-TAATT-CG-AC---A-AA--CCTTTATTCACAA---A-T-CGA-TCCCTACTC--AT-A-AAAAAATG-TTGA-T-T-------T-A--T-GCAGCTTCA-TT-ACCATTACGATAAGTA-----G-ATTTA-------A-T-GC-ATC-TA--A-AT-TT--------------TTCT-CC--GC-G----AAATTTTAACACAATCCGG-TCGGCGCGTC-TGCTGC--------AA--------------------A-AA-TGTGGTTCACCCGTGGCAGAA--TT--TA-T-GCAATC--------TC--------GGGC------GTC---GGGCGT----------ACGGTTATGTTCAAACAct
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gi|21 : -ATTTC-------A-T-AC-ATG-AA--A-ATGTT--------------ATTTACA--AT-GTTTAAAATCT-AAT-ATATTCGG-GCAA-GCCTC-T-CTACA-------AA--------------------ATAA-TCT-GTTCACCCACAACAAAA--TA--TC-T-TC-CTC--------TT--------AGGCAATCAAG-----T---------------GCAGCTAT-TTCAAACAc
gi|22 : TTAAAAAACG-------C-TGTGAAA-TTAGCTAG-ACATG--C------AGGA--CT-G-ACTGC-CTG-T-AAAAACTG-TAGGT-GCTGCC---AAAGAGCTAT--TA--GT-CCTG
gi|23 : ------------------G-ATTTT-------A-T-AC-ATC-CA--A-AT-TT---------------TAT-TA--G-----------TTTA----------G-TCGG-ACATC-T-CCACA-------AA--------------------A-AAATGA-GTTCCCCCTTGGCAAAA--TT--TA-T-GA-GTC--------TC--------GGGC------A-----G---------------agaaaatacacgtaactgtcattttttaaatctttgttt
gi|24 : ataatggtaagtaAAATTTTAAC-CCGTCCGG-TCGG-GCGTC-T-CTGCA-------AAGAAAATTTCTATTCTTTAAGA-AA-TGT-GTTCGCCCGCGGCAGAA--TTAATA-T-GC-GTC--------TC--------GGGC------A-----GTCGGGCGT-------ACGGCTAT-TTCAAACAtccggggcaccgcatttccaa
gi|25 : gTTTT-------G-T-AT-ATC-TA--A-AT-TT--------------CTCT-CA--GC-G---GCAA-TTTAAC-CCGTCCGA-TTGG-GCGTC-T-GTGCA-------AAG-------------------A-AA-TGT-GTTCGCCCGAGGCAGAA--TG--TA-T-GC-GTC--------TC--------GGGC------G-----G---------------ACGG
gi|26 : tACTCG-------C-TGTAAAA-TTAGCTGG-ACATG--C------AGGG--CT-A-ACTAC-TTG-T-AAAATTCG-TTAGC-CCAGCCAG-AGAGAGCCA---TA--GC-CCTGAAATA-T-A--TTTGTT----GG--TAT-----ACTATTA--gcgtacggttttt
gi|28 : TTTGAAACTCG-------C-TGTAGAA-TTAGCTGGAACATG--C---------G--CT-A-A-TAT-TTG-T--AAATTT--TTAGC-CCTGCC---GAAGAGCCAC---A--G--CCTGCAATA-t
gi|3 : gGCTGGAGCATGGGC------AGGGGCCT-ATACTAC-TTG-T-AAAATCGGATTA-T-CGTGCC---A-AGAGCTAC--TA--GC-CC-GAAATA-TGA-TTTTGTT----GG--TAT-----A--ACTA--ACTTATCCAG--T------ATTGTTATGATC----GCAAGTAATACTG-ATTTAATAA--ACTTAATTCACAT-----TTCGA-TCCC-CATCTAAT-A-AAAA--TG-TCGA-GGT-------TTA--TTGGCACTTCAATT-GCC------------------GTATTTC-------AGT-GCCATCCTA--ATAT-TT--------------CTTT-CA--GC-G---AAAATTGTAAC-CCGGCCGG-TCGG-GCGTC-T-TTGCA-------AAG-------------------A-AA-TGT-GTTTGCCCGCGGCAGAA--TT--TA-T-GC-GTC--------TC--------GGGC------G-----GTCGGGCGTATGTTATACGGTTAT-TTTAAACA
gi|31 : -TTCGA-TCCC-AATC--AT-A-AAAA--TG-TTGA-TGT-------T-A--ATGCAACTTTA-TT-ACC------------------G-ATTc
gi|32 : TG-TTAGT-CTTGCC---AGAGAACCAC--TA--GC-CCTGCAATA-T-A-ATTTGTT----GG--T
gi|4 : TTTGAAACTCG-------C-TGTAAAT-TTAGCTGG-ACATG--C------AGGG--TT-A-ACTAG-TTG-T-AAAATTTG-TTATC-CCTGCC---TGAGAGCCAC--TA--GC-CCTGCAATA-T-A-TTTTGTT----AG--TAT-----ACT---A--A-TTATCT----T------ATT-TTAT--TC--AAACAA-TAATA-GG-ATT--A-AA--ACTTTATTCACAT---T-TTCGA-TCCC-AATC--AT-G-AAAA--TG-TCGA-TGT-------T-A--TTGCAACTTCA-TT-ATC------------------G-ATTTA-------A-T-AC-ATC-TG--A-AT-TT--------------CTTT-CA--GC-G---GAAATTTTAAC-CCGTCCGG-TCGG-GCATC-T-TTGCAG------AG--------------------A-AA-TGT-GTTCGCCCGCGGCAGAA--TT--TA-T-GC-TTCTTGGGCAGTC--------GGGC------G-----G---------------ACGGTTAT-TTCAAA
gi|5 : tgTTTGAAACTCG-------C-TGTAAAA-TGAGCTGG-GCTTT--C------AGGG--CT-A-ACTAC-TTG-T-AAAATGTG-TTAGC-CCTGTC---AGAGAGCCAC--TA--GC-CCTGCAATA-T-A-TTTTGTT----GG--TAT-----ACTATTA--A-TTATCT----T------ATC-TTAT--TC--AAGTGA-TAATA-TG-ATT--A-AA--ACTCAATTCACAT---C-TTCGA-TCCC-AATC--AT-A-AAAA--TG-TCGA-TGT-------T-A--TTGCAACTTCA-TT-ATC------------------G-ATTTC-------A-T-AC-ATC-TA--A-GC-TT--------------CTCT-CA--GC-G---AAAATTTTAAT-CCGTCCGG-TCGG-GCGTC-T-TTGCA-------AAC-------------------A-AA-TGT-GTTTGCCCGCGACAGAA--TT--TA-T-GC-GTC--------TC--------GGGC------G-----G---------------ACGATTAT-TTCAAACA
gi|6 : TTTGAAACTCG-------C-TGTAAAAATGAGCTGG-GCTTGT-C------AGGG--CT-A-ACTAC-TTG-TTAAAATGTG-TTAGC-CCTGC----AGAGAGCCAC--TA--GC-CCTGCAATA-T-A-TTT-GTT----GGCTTAT-----ACTATTA--A-TTATCT----T------A-C-TTAT--TC--AAGTGA-TGAAA-TG-ATT--A-AA--ACTCAAT-CATAT---C-TTCGA-TCCC-ATTC--A--A-AAAA--TG-TCGA-TGT-------T-A--TTGCAACTTCA-TT-ATC------------------G-AGTTCG------A-T-AC-ATC-T---A-GC-TT--------------CTCT-CA--GC-G---AAAATTTTAA--TCGTCCGA--CGG-GCGTC-T-TTGCA-------AAC-------------------A-AA-TGT-GTTTGCCCGCGACAGAA---T--TA-T-GC-GTC--------CCG-------GGGC------G-----G---------------ACCGATA--TTCAAACA
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gi|8 : gTTTGAAACTCG-------C-TGTAAAA-TGAGCTGG-ACACA--C------AAGG--CT-A-ACTAC-TGG-T-AAAATTTG-TTAGC-CCTGTC---AGAGA--CAC--TATAGC-CTTGCAATA-T-A-TTTTGTT----GG--TGT-----ACTA-----A-TTATCT----T------ATC-TTAT--TC--AAACGA-TA----TG-ATT--A-AA--ATTTAATTCACAT---C-TTCGA-TCCC-AATC--AT-A-AATA--TG-TCGA-TGT-------T-A--TTGTAACTTCA-TT-ATC------------------G-ATTTC-------A-C-AC-ACC-TA--A-AT-TT--------------CTCT-CA--GC-G---AAAATTTTGAC-ACGTCCGG-TAGT-GCGTC--------------------------------------------T-ATTCGCCCCCGGTAGAA--TT--TA-T-GC-GTC--------TC--------GGGC------G-----GTCGGGCGT-------ACGGTTAT-TTCAAAC
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-513 ) : TTTGAAACTCG-------C-TGTAAAA-TTAGCTGG-A-CATG--C------AGGG--CT-A-ACTAC-TTGT-AAAATTTG-TTAGC-CCTGCC---AGAGAGCCAC--TA--GC-CCTGCAATA-T-A-TTTTGTT----GG--TAT-----ACTACTA--A-TTATCT----T------ATC-TTAT--TC--AAGCGA-TAATA-TG-ATT--A-AA--ACTTAATTCACAT---C-TTCGA-TCCC-AATC--AT-A-AAAA--TG-TCGA-TGT-------T-A--TTGCAACTTCA-TT-ACC------------------G-ATTTC-------A-T-AC-ATC-TA--A-AT-TT--------------CTCT-CA--GC-G---AAAATTTTAAC-CCGTCCGG-TCGG-GCGTC-T-TTGCA-------AA--------------------A-AA-TGT-GTTCGCCCGCGGCAGAA--TT--TA-T-GC-GTC--------TC--------GGGC------G-----G---------------ACGGTTAT-TTCAAACA
gi|1 : TGAAACTCG-------C-TGTAAAA-TTTGCTAG-G-CATA--C------AGGA--CTGA-AGT-C-ATGT-AAAAATTG-TAAGCTTTTGCCTTGAAAAAATCAC--T---GC-C-----------A-TTTTTTA----AA--T-T-----ACT-TTATTA-TTATC-----T------ATC-TTAT--T---AAGAGA-TTTTG-TG-ATT--A-CAGGGCTCAGTTCTTATGAGT-TTCCA-TACC-GATC--AT-ATATAA--TATTTAA-CGTCTTGGCCT-A--TTACTACTT-G-TT-ATCTGTATGATATTAAAAGGAA-ATTTC-------A-T-AC-ATC-TA--ATAT-TTTTAAACATCTAATATTTT-TA--AT-G----GAATTTTAAC-ACAT-TGG-TCAA-GCATC-C-AAGCATCCAAACAA--------------------A-GA-TAT-AT--------GACAACA--TT--TA-T-GC-ATC--------TC---------AGCTCA---G-----G---------------A-GGTTA
gi|10 : tgtgGAAACTCG-------C-TGTAAAA-TTAGCTGG-A-CATG--C------AGGG--CT-A-TCTAA-GTGT-TAAAATTG-TTAGC-CCTGCC---CGAAAGCCAC--TA--GC-CCTGCAATA-A-A-GTTTGTT----GG--TA--------TGCTA--A-TTATTT----T------ATC-TTAT--TC--AAACGA-TAATA-GG-ATT--A-AA--ACTTATTTCATAT---C-TTCGA-TCCC-AATC--ATAA-AAAA--TG-TCGA-TGT-------T-A--TTGCAACTTCA-AT-ACT------------------G-ATTTTTATTAAAA-T-AC-ATC-TA--A-AT-TT--------------CTCT-CA--GC-G---AAAATGTTAAC-CCGGCCGG-TCGG-GC-------------------------------------------A-TGT-GTTCGCCCGCGGCAGAA--TT--TA-T-GT-GTA--------TC--------GGGC------G-----G---------------TTGATTAT-TTCAAAggtgcaaggttatt
gi|11 : GAAACTCG-------C-TGTAAAA-TTAGCTGG-A-CATG--C------AGGG--CT-A-TCTAA-GTGT-TAAAATTG-TTAGC-CCTGCC---CGAAAGCCAC--TA--GC-CCTGCAATA-A-A-GTTTGTT----GG--TA--------TGCTA--A-TTATTT----T------ATC-TTAT--TC--AAACGA-TAATA-GG-ATT--A-AA--ACTTATTTCATAT---C-TTCGA-TCCC-AATC--ATAA-AAAA--TG-TCGA-TGT-------T-A--TTGCAACTTCA-AT-ACT------------------G-ATTTTTATTAAAA-T-AC-ATC-TA--A-AT-TT--------------CTCT-CA--GC-G---AAAATGTTAAC-CCGGCCGG-TCGG-GC-------------------------------------------A-TGT-GTTCGCCCGCGGCAGAA--TT--TA-T-GT-GTA--------TC--------GGGC------G-----G---------------TTGATTAT-TTCAAA
gi|12 : GAAACTCG-------C-TGTAAAA-TTAGCTGG-A-CATG--C------AGGG--CT-A-TCTAA-GTGT-TAAAATTG-TTAGC-CCTGCC---CGAAAGCCAC--TA--GC-CCTGCAATA-A-A-GTTTGTT----GG--TAT-----GCTA-----A-TTATTT----T------ATC-TTAT--TC--AAACGA-TAATA-GG-ATT--A-AA--ACTTATTTCATAT---C-TTCGA-TCCC-AATC--AT-A-AAAA--TG-TCGA-TGT-------T-A--TTGCAACTTCA-AT-ACT------------------G-ATTTTTATTAAAA-T-AC-ATC-TA--A-AT-TT--------------CTCT-CA--GC-G---AAAATGTTAAC-CCG-CCGG-TCGG-GC-------------------------------------------A-TGT-GTTCGCCCGCGGCAGAA--TT--TA-T-GT-GTA--------TC--------GGGC------G-----G---------------TTGATTAT-TTCAAA
gi|13 : TTTGAAA-TCA-------C-TGTAAA--TT-GCTG--A-CATG--CCTTATAAGGA--CT-A-------TTAT-AAAATTTG-TTAGC-C-TGCC---AGAGAGCCA---TA--GC-CC-------------------------------------TGCCA--A-TC--------T------ATT-TTAA--TC--AAGCGA-TAATA-TGGATT--A-AA--ACTTAATTCACAT---CATTCGA-TCCC-AATC--AT---AAAA--TG-TCGA-TGT-------TAA--TTG-AAATTCA-TTCATC------------------G-ATTTC-------A-T-AC-ATC-TATGA-A--TT--------------CTCT-CA--GC-G----AAATTTTAAC-CCGTCCAGCTCGGAGCGTCTT-TTGCC-------AA--------------------G-AA-TGT-G-TCGCCCGCGACAGAA---T--TA-T-GC-GTC--------TCGCTCTTTTGGGT------G-----G---------------TCGGTT-T-TTCAAACA
gi|14 : gtgA-TAATA-TG-ATT--A-AA--ACTTAATTCACAA---C-TTTGA-TCTC-AATC--AT-A-AAAA--TA-TTGA-TGT-------T-A--TTGCAACTTCA-TT-ATC------------------G-ATTTC-------A-T-AC-ATC-TA--A-AT-TT--------------CTCT-CA--GC-A---AAAAATTTAAC-CTGTCCGG-TCGG-ACGTC-T-TTGCA-------AAG-------------------A-AA-TGT-GTTCGCCTACAGCAGAA--TC--TA-T-GT-GTC--------TC--------GGGC------G-----GTCGGGTGT-------ATGGTAAT-ATCAAACA
gi|15 : -TTAT--GCCAAAACGA-TAATA--G-ATT--A-AA--ACTTA-TTCATAT---C-TTCGA-TCCC-AATC--ATAA-AAAA--TG-TCGATTGT-------T-AGTTTGCAACTTCA-AT-A-C------------------G-ATTTTATTGAA-A-T-AC-ATC-TA--A-AT-TT--------------CTCT-CA--GCGG---AAAATGTTAAC-CCGTCCGG-TCGG-G---------GC---------------------------------A-TGT-GTT------------AA--TT--TA-TGGC-GTA--------TC--------GCGC------G-----G---------------TTGATTAT-c
gi|16 : tagtattatgaattgaTTTGAAACTCAATGTACACATGTAAAA-TTAGCTGG-A-CATG--C------AGTG--CT-A-ACTAC-TTGT-AAAAATTG-TTAGC-CTTACC---CGAAAGCCAC--TA--GC-CCTGCAATA-T-A-TTTTGTT----TC--T-T-----A-TACTA--A-TTATCT----T------ATC-TTAT--TC--AAGCGA-CAAAG-GG-AT-------------------CAT---C-TTCAA-TCCC-AATC--AT-A-AAAA--TG-TCGA-TGT-------T-A--TTGCAACTTCA-AT-ACC------------------ca
gi|17 : tgG-------C-TATAAAA-TTAGCTGG-A-CATG--T------AGGG--CT-A-ACTACATTAT-AAA--TTG-TGTGC-CCTGCC---CGAGACTCACTATA--GC-CATGAATTATT-ATTTTTTTT----TT--TATAAATAACTGCAA--A-TTTTGTTGTAT------ATC-TAAT--TC--AAGC-A-TAATA-TG-ACA--A-AA--ACTTAATTCACAA---C-TTCAATTCTC-AATC--AT-A-AAAA--TG-TCGA-TGT-------C-A--TTG
gi|18 : ----T------ATC-TTAT---C--AAGCGA-TAACA-TG-ATT--A-AA--ACTTAATCTACAT---C-TTCGA-TCCC-AATC--AT-A-AAAA--TG-TCGA-TGT-------T-A--TTGCAACTTCA-TT-A-C------------------G-ATTTC-------A-TAAC-ATC-TA--A-AT-TT---------------TCT-CATCGC-G----AAATTTTAAC-GCCTCCGG-TC-G-GTGTC-T-TTGCA-------AA--------------------G-AA-TGT-GTTTGCCCATGG-AGAA--TA--T--T-GA-GTC--------TC--------GGAC------G-----G---------------TCGG
gi|19 : gACTA--A-T-ATCT----T------ATC-TTAT--TC--AAGTGA-TAATA-TG-ATT--A-AA--ACTTAATTCACAT---C-TTCGA-TCCC-AATC--AT-A-AAAA--TG-TCGA-TGT-------T-A--TTGCAACTTCA-TT-ACC------------------A-ATTTG-------A-T-AC-ATC-TA--A-AT-TT--------------TTCT-CG--AC-G---GAAATTTTAAT-CTGTC----TCGG-GCGg
gi|19 : taCGACGGAAATTT--TAAT-CT-GTC--------TC--------GGGC------GCTCAGGCAT------------ACAGTTAT-TTCAAACActcaggcatacagttatttcaaacact
gi|2 : taactaatatcttatcttattcaagtgataatatgattaaaacttaattcacatcttcgatcccaatcataaaaatgtcgatgttattgcaacttcattaccaatttgatacatctaaatttttctTTTGAA-CTCG-------C-TATAAGA-TTAGCTGG-A--ACG--C------AGGG--CT-A-GTTA--TTAT-AAAAATTG-TTAGC-CCTGC----AAAGAGCCAC--TA--GCACCTG--ATA-C-T-TTTTTTTTTAAAA--TATGTA--ACTGC-A--A-TTTTTT----TTTGTATATC-CAAT--TCT-AAGCCA-TAATT-CG-AC---A-AA--CCTTTATTCACAA---A-T-CGA-TCCCTACTC--AT-A-AAAAAATG-TTGA-T-T-------T-A--T-GCAGCTTCA-TT-ACCATTACGATAAGTA-----G-ATTTA-------A-T-GC-ATC-TA--A-AT-TT--------------TTCT-CC--GC-G----AAATTTTAACACAATCCGG-TCGGCGCGTC-TGCTGC--------AA--------------------A-AA-TGTGGTTCACCCGTGGCAGAA--TT--TA-T-GCAATC--------TC--------GGGC------GTC---GGGCGT----------ACGGTTATGTTCAAACAct
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gi|21 : -ATTTC-------A-T-AC-ATG-AA--A-ATGTT--------------ATTTACA--AT-GTTTAAAATCT-AAT-ATATTCGG-GCAA-GCCTC-T-CTACA-------AA--------------------ATAA-TCT-GTTCACCCACAACAAAA--TA--TC-T-TC-CTC--------TT--------AGGCAATCAAG-----T---------------GCAGCTAT-TTCAAACAc
gi|22 : TTAAAAAACG-------C-TGTGAAA-TTAGCTAG-A-CATG--C------AGGA--CT-G-ACTGC-CTGT-AAAAACTG-TAGGT-GCTGCC---AAAGAGCTAT--TA--GT-CCTG
gi|23 : ------------------G-ATTTT-------A-T-AC-ATC-CA--A-AT-TT---------------TAT-TA--G-----------TTTA----------G-TCGG-ACATC-T-CCACA-------AA--------------------A-AAATGA-GTTCCCCCTTGGCAAAA--TT--TA-T-GA-GTC--------TC--------GGGC------A-----G---------------agaaaatacacgtaactgtcattttttaaatctttgttt
gi|24 : ataatggtaagtaAAATTTTAAC-CCGTCCGG-TCGG-GCGTC-T-CTGCA-------AAGAAAATTTCTATTCTTTAAGA-AA-TGT-GTTCGCCCGCGGCAGAA--TTAATA-T-GC-GTC--------TC--------GGGC------A-----GTCGGGCGT-------ACGGCTAT-TTCAAACAtccggggcaccgcatttccaa
gi|25 : gTTTT-------G-T-AT-ATC-TA--A-AT-TT--------------CTCT-CA--GC-G---GCAA-TTTAAC-CCGTCCGA-TTGG-GCGTC-T-GTGCA-------AAG-------------------A-AA-TGT-GTTCGCCCGAGGCAGAA--TG--TA-T-GC-GTC--------TC--------GGGC------G-----G---------------ACGG
gi|26 : tACTCG-------C-TGTAAAA-TTAGCTGG-A-CATG--C------AGGG--CT-A-ACTAC-TTGT-AAAATTCG-TTAGC-CCAGCCAG-AGAGAGCCA---TA--GC-CCTGAAATA-T-A--TTTGTT----GG--TAT-----ACTATTA--gcgtacggttttt
gi|28 : TTTGAAACTCG-------C-TGTAGAA-TTAGCTGGAA-CATG--C---------G--CT-A-A-TAT-TTGT--AAATTT--TTAGC-CCTGCC---GAAGAGCCAC---A--G--CCTGCAATA-t
gi|3 : gGCTGG-AGCATGGGC------AGGGGCCT-ATACTAC-TTGT-AAAATCGGATTA-T-CGTGCC---A-AGAGCTAC--TA--GC-CC-GAAATA-TGA-TTTTGTT----GG--TAT-----A--ACTA--ACTTATCCAG--T------ATTGTTATGATC----GCAAGTAATACTG-ATTTAATAA--ACTTAATTCACAT-----TTCGA-TCCC-CATCTAAT-A-AAAA--TG-TCGA-GGT-------TTA--TTGGCACTTCAATT-GCC------------------GTATTTC-------AGT-GCCATCCTA--ATAT-TT--------------CTTT-CA--GC-G---AAAATTGTAAC-CCGGCCGG-TCGG-GCGTC-T-TTGCA-------AAG-------------------A-AA-TGT-GTTTGCCCGCGGCAGAA--TT--TA-T-GC-GTC--------TC--------GGGC------G-----GTCGGGCGTATGTTATACGGTTAT-TTTAAACA
gi|31 : -TTCGA-TCCC-AATC--AT-A-AAAA--TG-TTGA-TGT-------T-A--ATGCAACTTTA-TT-ACC------------------G-ATTc
gi|32 : TG-TTAGT-CTTGCC---AGAGAACCAC--TA--GC-CCTGCAATA-T-A-ATTTGTT----GG--T
gi|4 : TTTGAAACTCG-------C-TGTAAAT-TTAGCTGG-A-CATG--C------AGGG--TT-A-ACTAG-TTGT-AAAATTTG-TTATC-CCTGCC---TGAGAGCCAC--TA--GC-CCTGCAATA-T-A-TTTTGTT----AG--TAT-----ACT---A--A-TTATCT----T------ATT-TTAT--TC--AAACAA-TAATA-GG-ATT--A-AA--ACTTTATTCACAT---T-TTCGA-TCCC-AATC--AT-G-AAAA--TG-TCGA-TGT-------T-A--TTGCAACTTCA-TT-ATC------------------G-ATTTA-------A-T-AC-ATC-TG--A-AT-TT--------------CTTT-CA--GC-G---GAAATTTTAAC-CCGTCCGG-TCGG-GCATC-T-TTGCAG------AG--------------------A-AA-TGT-GTTCGCCCGCGGCAGAA--TT--TA-T-GC-TTCTTGGGCAGTC--------GGGC------G-----G---------------ACGGTTAT-TTCAAA
gi|5 : tgTTTGAAACTCG-------C-TGTAAAA-TGAGCTGG-G-CTTT--C------AGGG--CT-A-ACTAC-TTGT-AAAATGTG-TTAGC-CCTGTC---AGAGAGCCAC--TA--GC-CCTGCAATA-T-A-TTTTGTT----GG--TAT-----ACTATTA--A-TTATCT----T------ATC-TTAT--TC--AAGTGA-TAATA-TG-ATT--A-AA--ACTCAATTCACAT---C-TTCGA-TCCC-AATC--AT-A-AAAA--TG-TCGA-TGT-------T-A--TTGCAACTTCA-TT-ATC------------------G-ATTTC-------A-T-AC-ATC-TA--A-GC-TT--------------CTCT-CA--GC-G---AAAATTTTAAT-CCGTCCGG-TCGG-GCGTC-T-TTGCA-------AAC-------------------A-AA-TGT-GTTTGCCCGCGACAGAA--TT--TA-T-GC-GTC--------TC--------GGGC------G-----G---------------ACGATTAT-TTCAAACA
gi|6 : TTTGAAACTCG-------C-TGTAAAAATGAGCTGG-G-CTTGT-C------AGGG--CT-A-ACTAC-TTGTTAAAATGTG-TTAGC-CCTGC----AGAGAGCCAC--TA--GC-CCTGCAATA-T-A-TTT-GTT----GGCTTAT-----ACTATTA--A-TTATCT----T------A-C-TTAT--TC--AAGTGA-TGAAA-TG-ATT--A-AA--ACTCAAT-CATAT---C-TTCGA-TCCC-ATTC--A--A-AAAA--TG-TCGA-TGT-------T-A--TTGCAACTTCA-TT-ATC------------------G-AGTTCG------A-T-AC-ATC-T---A-GC-TT--------------CTCT-CA--GC-G---AAAATTTTAA--TCGTCCGA--CGG-GCGTC-T-TTGCA-------AAC-------------------A-AA-TGT-GTTTGCCCGCGACAGAA---T--TA-T-GC-GTC--------CCG-------GGGC------G-----G---------------ACCGATA--TTCAAACA
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gi|8 : gTTTGAAACTCG-------C-TGTAAAA-TGAGCTGG-A-CACA--C------AAGG--CT-A-ACTAC-TGGT-AAAATTTG-TTAGC-CCTGTC---AGAGA--CAC--TATAGC-CTTGCAATA-T-A-TTTTGTT----GG--TGT-----ACTA-----A-TTATCT----T------ATC-TTAT--TC--AAACGA-TA----TG-ATT--A-AA--ATTTAATTCACAT---C-TTCGA-TCCC-AATC--AT-A-AATA--TG-TCGA-TGT-------T-A--TTGTAACTTCA-TT-ATC------------------G-ATTTC-------A-C-AC-ACC-TA--A-AT-TT--------------CTCT-CA--GC-G---AAAATTTTGAC-ACGTCCGG-TAGT-GCGTC--------------------------------------------T-ATTCGCCCCCGGTAGAA--TT--TA-T-GC-GTC--------TC--------GGGC------G-----GTCGGGCGT-------ACGGTTAT-TTCAAAC
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): AGTTTCCATACCGATCATATATAATATTTAATGCCTTGGCCTATTACTACTTGTTGTCTGTATGATATTGAAAGGAAATTTCATACATCTAATATTTTTA
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Unaligned ( gi|33 ): GCCAATAATCTTGTGTCCTTTTCAAATTTGTAA
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Reference ( family-513 ) : TTTGAAACTCG-------C-TGTAAAA-TTAGCTGG-A-CATG--C------AGGG--CT-A-ACTAC-TTGT-AAAANTTG-TTAGC-CCTGCC---AGAGAGCCAC--TA--GC-CCTGCAATA-T-A-TTTTGTT----GG--TAT-----ACTACTA--A-TTATCT----T------ATC-TTAT--TC--AAGCGA-TAATA-TG-ATT--A-AA--ACTTAATTCACAT---C-TTCGA-TCCC-AATC--AT-A-AAAA--TG-TCGA-TGT-------T-A--TTGCAACTTCA-TT-ACC------------------G-ATTTC-------A-T-AC-ATC-TA--A-AT-TT--------------CTCT-CA--GC-G---AAAATTTTAAC-CCGTCCGG-TCGG-GCGTC-T-TTGCA-------AA--------------------A-AA-TGT-GTTCGCCCGCGGCAGAA--TT--TA-T-GC-GTC--------TC--------GGGC------G-----G---------------ACGGTTAT-TTCAAACA
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gi|16 : tagtattatgaattgaTTTGAAACTCAATGTACACATGTAAAA-TTAGCTGG-A-CATG--C------AGTG--CT-A-ACTAC-TTGT-AAAAATTG-TTAGC-CTTACC---CGAAAGCCAC--TA--GC-CCTGCAATA-T-A-TTTTGTT----TC--T-T-----A-TACTA--A-TTATCT----T------ATC-TTAT--TC--AAGCGA-CAAAG-GG-AT-------------------CAT---C-TTCAA-TCCC-AATC--AT-A-AAAA--TG-TCGA-TGT-------T-A--TTGCAACTTCA-AT-ACC------------------ca
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gi|21 : -ATTTC-------A-T-AC-ATG-AA--A-ATGTT--------------ATTTACA--AT-GTTTAAAATCT-AAT-ATATTCGG-GCAA-GCCTC-T-CTACA-------AA--------------------ATAA-TCT-GTTCACCCACAACAAAA--TA--TC-T-TC-CTC--------TT--------AGGCAATCAAG-----T---------------GCAGCTAT-TTCAAACAc
gi|22 : TTAAAAAACG-------C-TGTGAAA-TTAGCTAG-A-CATG--C------AGGA--CT-G-ACTGC-CTGT-AAAAACTG-TAGGT-GCTGCC---AAAGAGCTAT--TA--GT-CCTG
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gi|24 : ataatggtaagtaAAATTTTAAC-CCGTCCGG-TCGG-GCGTC-T-CTGCA-------AAGAAAATTTCTATTCTTTAAGA-AA-TGT-GTTCGCCCGCGGCAGAA--TTAATA-T-GC-GTC--------TC--------GGGC------A-----GTCGGGCGT-------ACGGCTAT-TTCAAACAtccggggcaccgcatttccaa
gi|25 : gTTTT-------G-T-AT-ATC-TA--A-AT-TT--------------CTCT-CA--GC-G---GCAA-TTTAAC-CCGTCCGA-TTGG-GCGTC-T-GTGCA-------AAG-------------------A-AA-TGT-GTTCGCCCGAGGCAGAA--TG--TA-T-GC-GTC--------TC--------GGGC------G-----G---------------ACGG
gi|26 : tACTCG-------C-TGTAAAA-TTAGCTGG-A-CATG--C------AGGG--CT-A-ACTAC-TTGT-AAAATTCG-TTAGC-CCAGCCAG-AGAGAGCCA---TA--GC-CCTGAAATA-T-A--TTTGTT----GG--TAT-----ACTATTA--gcgtacggttttt
gi|28 : TTTGAAACTCG-------C-TGTAGAA-TTAGCTGGAA-CATG--C---------G--CT-A-A-TAT-TTGT-AAA--TTT-TTAGC-CCTGCC---GAAGAGCCAC---A--G--CCTGCAATA-t
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-513 ) : TTTGAAACTCG-------C-TGTAAAA-TTAGCTGG-A-CATG--C------AGGG--CT-A-ACTAC-TTGT-AAAANTTG-TTAGC-CCTGCC---NGAGAGCCAC--TA--GC-CCTGCAATA-T-A-TTTTGTT----GG--TAT-----ACTACTA--A-TTATCT----T------ATC-TTAT--TC--AAGCGA-TAATA-TG-ATT--A-AA--ACTTAATTCACAT---C-TTCGA-TCCC-AATC--AT-A-AAAA--TG-TCGA-TGT-------T-A--TTGCAACTTCA-TT-ACC------------------G-ATTTC-------A-T-AC-ATC-TA--A-AT-TT--------------CTCT-CA--GC-G---AAAATTTTAAC-CCGTCCGG-TCGG-GCGTC----T-TTGCAAA-------------------GAAATGT-GTTCGCCCGCGGCAGAA--TT--TA-T-GC-GTC--------TC--------GGGC------G-----G---------------ACGGTTAT-TTCAAACA
gi|1 : TGAAACTCG-------C-TGTAAAA-TTTGCTAG-G-CATA--C------AGGA--CTGA-AGT-C-ATGT-AAAAATTG-TAAGCTTTTGCCTTGAAAAAATCAC--T---GC-C-----------A-TTTTTTA----AA--T-T-----ACT-TTATTA-TTATC-----T------ATC-TTAT--T---AAGAGA-TTTTG-TG-ATT--A-CAGGGCTCAGTTCTTATGAGT-TTCCA-TACC-GATC--AT-ATATAA--TATTTAA-CGTCTTGGCCT-A--TTACTACTT-G-TT-ATCTGTATGATATTAAAAGGAA-ATTTC-------A-T-AC-ATC-TA--ATAT-TTTTAAACATCTAATATTTT-TA--AT-G----GAATTTTAAC-ACAT-TGG-TCAA-GCATCCAAGC-ATCCAAA-------------------CAAAGAT-AT------ATGACAACA--TT--TA-T-GC-ATC--------TC---------AGCTCA---G-----G---------------A-GGTTA
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gi|31 : -TTCGA-TCCC-AATC--AT-A-AAAA--TG-TTGA-TGT-------T-A--ATGCAACTTTA-TT-ACC------------------G-ATTc
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gi|4 : TTTGAAACTCG-------C-TGTAAAT-TTAGCTGG-A-CATG--C------AGGG--TT-A-ACTAG-TTGT-AAAATTTG-TTATC-CCTGCC---TGAGAGCCAC--TA--GC-CCTGCAATA-T-A-TTTTGTT----AG--TAT-----ACT---A--A-TTATCT----T------ATT-TTAT--TC--AAACAA-TAATA-GG-ATT--A-AA--ACTTTATTCACAT---T-TTCGA-TCCC-AATC--AT-G-AAAA--TG-TCGA-TGT-------T-A--TTGCAACTTCA-TT-ATC------------------G-ATTTA-------A-T-AC-ATC-TG--A-AT-TT--------------CTTT-CA--GC-G---GAAATTTTAAC-CCGTCCGG-TCGG-GCATC----T-TTGCAGA-------------------GAAATGT-GTTCGCCCGCGGCAGAA--TT--TA-T-GC-TTCTTGGGCAGTC--------GGGC------G-----G---------------ACGGTTAT-TTCAAA
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): AGTTTCCATACCGATCATATATAATATTTAATGCCTTGGCCTATTACTACTTGTTGTCTGTATGATATTGAAAGGAAATTTCATACATCTAATATTTTTA
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