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4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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gi|1 : -------A-------------A-------------------T------------CCTGAACGATGGTCCTGCCCCCTTGGTCT-TTGACATCATA-T-TTCCCCGGGTTCTGAC-ATGCGTTG-ACATGAGTCTT--GAT-GATGG---TTGTTACTTG-ACAACCTTCAAGTGCCTTGC---TACC-GCAGTTTGCTTGATAATACGGCCTGCAACATGCC--AATT-GGCG-ATACC-CTCGTG-AC-T-TTG------GAGATAGAC----GT-GGCATTTCTTTCTAAAGCCATGTCTCC-C-G-TCAA-TTGGTGCTG-T--TGGTGC-TTTTTTTAATGCCTGGACCTTTTGT---AT-TAAGGGCTCAACAGGTG--AACTAAAACACTG---CTTTGTCCGTGGAATAGAGCTCATGGATTAACCAACTGCAGATAAACCCAA---AGGCGCTAGTCAATTGTCACGTGTGGGCAGTATGGGTA--------AATAACAGCGC--------TCAAAACCC-ATTTTGGAGTGTGTAGTAGG-TTTGCATA-ATGATTTGCTAA----TTTCGTGAA-GGAGAT---TTctcatgttctgtcccctggccccttacgtgacagtaacacagcagaatcctgaacgatggtcctgcccccttggtctttgacatcatatttccccgggttctgacatgcgttgacatgagtcttgatgatggttgttacttgacaaccttcaagtgccttgctaccgcagtttgcttgataatacggcctgcaacatgccaattggcgataccctcgtgactttggagatagacgtggcatttctttctaaagccatgtctcccgtcaattggtgctgttggtgctttttttaatgcctggaccttttgtattaagggctcaacaggtgaactaaaacactgctttgtccgtggaatagagctcatggattaaccaactgcagataaacccaaaggcgctagtcaattgtcacgtgtgggcagtatgggtaaataacagcgctcaaaacccattttggagtgtgtagtaggtttgcataatgatttgctaatttcgtgaaggagattt
gi|10 : ggccccgtaaggtatagctcatgttgtgtgtactctgcaagaaaaatcatagaaaatctcgctggctgaagtcctgtggagcagctagcattcatgccggtttgaaaaaaatgttgagctgacgctgggggtcttgaaataattggttgccaaccccgtagctgcttggagaatcttggtcgctgtacgcacaagacttgcgagtcatcatcgttagagttgagaaaaactacctcttgtgggacaatattgctgtgacataatggtagctctaaatcagttccgccttcattaccaatcatgacttactcctccacacgcgctcctattcgctccacaacgtaaatcaggtcagcgtaactgttcacgttactcgtcctgccatacacgcagatctcgacatctaaagcgacttactggatctttgagagtacgagagtctgcaattctcgtcagaaaacgaacccgttgtatgccaaatatatgttggaaggcgtcccccaacgcgtgaggtagaatatggggtccacctctgtagaaacagatttgtctggcatagtcgggtaaaggtatcgctaaaatccgaaaactaaggaaatagactccacagctattaaagacggcgactgaactcttccatccctttgctgcatcatcagtcgacgagcaaactgtgctgcaagagaatatgacgacgtggtccttgaatggtctagcagggcagtctgtcgttgcacagttgtagtcgcgtttctcgcagctgtcatgacacctggatgttagacgatttctcatgttctgtcccctggccccttacgtgacagtaacacagcagGT---GTGGGGAGGAC-A---AGTATT-GTC-TG--TT--AAAAC--TGGTAAGTTGACG-TTGGG---C-TGA-AAAATAAT-AAT-G-C-AA-CTT-GT-G-TG-TT-G-AGGAT-T---GTTT-T-TGAAGATG-A-T--------GC-ATTCA-CAC-------ATTGA---------------------A-A-TGTT-ATGTAG-----TAGTATCT---GA--AG--CTGCT-------TAGACAATCA--------GGC--------T------TC----TTT-C--TCCCA-G-GATC--GC------ATCCACTAA-CGCAA--CAG-C--GTGTA---GTCCA--TTA-GTA-TTTTC-C-CATATATGCAT---CCGCACGTTT---ATAC-AATGTTGACATGTT-GGATCT---------CG-AG------------T-GTCA--G-AAACA-A--CAG--TGT-TTTCGTTA----T-TGT-TGA----TGTCGCC-AA-GC-T-C-TGT----TGTAGGGCCCAG---TG-TA--AACA---TTG-TTGAT--------GTGA------TG---TTG-----C
gi|12 : GCGTGA--CAATGGTCACGTGTGGGCAGTAT-GTTAAAA----TGAT--TATCGGAAACAACGCCAAAA-CC-ATTTTGGAGTGTGTA----G-TTTG-ATA-ATGGTTTGCTCA--TTTTTCGTAAA-GGAGAT---TTGTTT-CAAT--------CACATGTTC-AAAAAATATGAAGTTGCGTTT-CTTTa
gi|13 : GTGT-TA----G-TGTG-ATGCATGGTTTGCTCAGATTTTTCGTGAGCGGCGATATTTTATTTTCAATATTGTCCATACATGTGTTAAAAAAGATGAAGTTtgcaattcagtata
gi|14 : acaacgcgccaaacacttaattgcattcgcgctccgatTGAAGA-AAA----A---AGGCACGA--CAATAGTCCCGTTTGGGCAATAC-GGTAAA------AGTAACAG-G-GAACAACGTCAAAC-CC-ATCTCGGATTGttgtgtggttttcttgtgacgagcgttcag
gi|16 : aAGGT---GA--AG--CTGCC-------C-------TA--------GAC--------CATTAGATC----TCC-T--CCCCT-GTGGTC-AGC------CTCCAC-AA-
gi|17 : tg-TTTG-ATA-ATGGTTTGCTCA--TTTTTCGTGAA-GTAGAT---TTATTT-CAAT--------CACA
gi|2 : GAGGAACAGGGCA-GT-AAACAGC-A-TGTATGT-T-TACTCTG-AAGAAG--T-CCTATAGAAGA--CTCG-----TGCAGT---GTG---AGGACGA---AGCATT-GTC--G--TT-GAAAAAAATGGTGAGCTGACG-CTGGG---CCTGATAA--TAAT-GGT-GGC-AA-C---AT-TCTGATTAGGAGAAT-TT-G-TCT-CCTGTAGACGGA-CTA------GC-AGTC--C-C-------GTTCACGAAACAC-A-----TGTAG-ACA-TGTT-CT-TGG-----TGGTAGCT---AA--AG--C-GCC-------C-------CATACCACATGAC--------T------TC----CTC-CTCCCCCA-GCGGTCTGGC------CTCCAC-AATCGCAA--CAG-TCAGCGTAAC-GTTCA--TTACGTCTGTCT--CTCATACA-GCAA---TC-ACCG-CT---GCGTTAG----GACATGTTTAAATCT---------CGGAT------------TCGTCA--GAAAACAGA--TACT-TTA-T---GCCA----T-TGTATGGAT--CGT-GCC-AACGC-TGGGTGT----TGTTTGGGCCAT---TGATA--AACG---TTG--TGGCTTC----GGTGA------CAGTATTG-----CGA----TAG---AA-TAG-T----CCAACA-----TAAGAAACGGCGAACAT---A-TCATG--ATCCCT--GCT-GT--CTTCAGTCAGTGA-CATACTGTGTCTTGCA-GAGA-TATGA-GACGTGGTCCTTGAATGGTTTTGACA--GC-AG-ATGT-GTTGACAC-GGTTGTAAAAGTCG-GTT--CCGCAG-----A-GAATGACCCGGA-GT--GACGATCA-GCACTGGCGT-------A-------------G-------------------TAACACGCGACGTCCTGA-CG-TGGTC----------GGTCT-T-GA----ACAAT-TTCC---GG--CTGACGATGCCTTGTACATGAGTTTTTTG-TAGATGG---TTGTTACATGCACGGCC---AAGTGC-TTGC---TACCAGCAGTG--CTGAATAATCCAGCCTGCAACATCCCTCAA-T-GGCG-AT-CC-CTCGTTTGC-TCTTG------A-GATAGATCAGAGTTGGCA-TTCTCTC-AAAG-CA-GCCTC--C-GCTCAATTTTGTACTG-TG-TGGTGC-TTTTATAA--GCCTG--CCT----T---AT-AAAGGGCTCAACAGGTG--AAC-AAAACA-TG---TTTT-TCCGTG---TAAAG--CTTGGATACACC--ATGCAGA-AAACACAA--AAGGCGTGA--CAATGGTCACGTGTGGGCAGTAT-GGT--AAAAAATAATAA------GAACAACGCCAAAC-CC-CTATTGGAGTGTGTA----G-TTTG-ATA-ATGGTTTGCTAA--TTTTTCGTGAA-GGAGAT---TTATTT-CAAT--------CACATGTTT-AAAAAAGATGAAGTTGCGTTT-CTTT
gi|3 : gacagtgaAGTGAGGGCCAGTGCA-GT-A--TAGC-AATGT-TCT-T-TACTCTG-AAGAAG--T-CC-ATAGA-GA--CTCG-----TGCAGT---GTG---AGAAC-A---AGCATT-TTCCTG--TT-GAAAAA--TGGAGAGCTAACG-CTGGG---CCTGG-A---TAAT-GGT-G-C-AA-C---GT-GCTG-TT-AGCGAAT-TT-GGTCT-C-TGTATACG-A-C-A------GC-AGTCA-GAC-------GTTGACGAAACAC-A-----TGTAG-ACA-TGTT-CTGTGG-----TGGTAGCT---AA--AG--CCGCC-------C-------CA--------GAC------------------------------CTA-GCGGTA-AGT------CTCCAC-AA-TGCAA--CAG-TCGGCGTAAC-GTTCA--TTACGT--GTTT--C-CATATACGCAA---TCGATCGTCT---GTGT-AG----GACATGTT-GAATGT---------CA-AT------------TCGTCACCGAAA-CA-T--CACT-TGT-T---GCCA----T-TGT-TGA----CGTCGCC-AACGC-TGA-TGT----TATTGG-CCCAT---TG-TA--AATG---TTG-CTTGC-------GGTGA------CG---TTG-----CGA----TTG---AA-TAGGT----TCAACC-----TA-GGA-CGGCGA---C---A--------------------GT--CCTCAATCTACGA-CGAACTGTGTCT-GCA-GAGA-TATGGCGAAGTGGTTCTTGAAAGGTT---GTA--GC-AGTCTGT-GTTG-CTC-G-TTGTT---GTCG-ATT--CCGCAG-----ATGAATGTCCCGAATGT--GACAATCTTGCACTGGCGT-------A-------------G-------------------T------------CCTGAACG-TT-TC----------GGTCT-C-GA----ACA-T-TTCC---GGT-CTGACGATGTCTTG-ACATGAGTCT---G-T-GATAG---TTGTTAAGTG-ATAACA--CAAGTGCCTTGC---TACT-GCAGTT--CCTTATAATTCGGCCCGCGACATCCC--AA-T-GGCG-AT-T--CTCGTT-GCTTGTTG------G-GATAAAC----GT-GGCA-TTCTTTC-AAAG-CA-GTCTTG-C-GCTCTATTTGGTACTG-TG-TGGTGC-TTTTTTAAATACCTG--CCT----T---AT--AAGGGCTCAACAGGTG--AGC-ACAACA-TG---CCTT-TCCATG---TAAAG--CATAGATACACT--TTGCAGA-AAACACAA--TAGGCGAAA--CAATGGTTGCCCTTGAGCAGTAT-GATAAAAAAAATAATAATAGCGCGAACTACGCCAAAA-CC-ATTTTGGAGTGTATA----GTTTTG-ATA-ATGGTTCGCTCA--TTTTTCGTGAA-AGAGTT---TCATTT-CAAT--------CACATGTTTAAAAAAAGATGAAGTTGCATTT-CTTTGtgcgct
gi|4 : AGTGAGGGCCAGTGCA-GT-A--TAGC-AATGT-TCT-T-TACTCTG-AAGAAG--T-CC-ATAGA-GA--CTCG-----TGCAGT---GTG---AGGAC-A---AGCATT-TTCCTG--TT-GAAAAA--TGGAGAGCTAACG-CTGGG---CCTGG-AA--TAAT-GGT-G-C-AA-C---GT-GCTG-TT-AGCGAAT-TT-GGTCT-C-TGTATACG-A-C-A------GC-AGTCA-GAC-------GTTGACGAAACAC-A-----TGTAG-ACA-TGTT-CTGTGG-----TGGTAGCT---AA--AG--CCGCC-------C-------CA--------GAC------------------------------CTA-GCGGTA-AGT------CTCCAC-AA-TGCAA--CAG-TCGGCGTAAC-GTTCA--TTACGT--GTTT--C-CATATACGCAA---TCGATCGTCT---GTGT-AG----GACATGTT-GAATGT---------CA-AT------------TCGTCACCGAAA-CA-T--CACT-TGT-T---GCCA----T-TGT-TGA----CGTCGCC-AACGC-TGA-TGT----TATTGGGCCCAT---TG-TA--AATG---TTG-CTTGC-------GGTGA------CG---TTG-----CGA----TTG---AA-TAGGT----TCAACC-----TAAGGA-CGGCGA---C---A--------------------GT--CCTCAATCTACGA-CGAACTGTGTCT-GCA-GAGA-TATGGCGAAGTGGTTCTTGAAAGGTT---GTA--GC-AGTCTGT-GTTG-CTC-G-TTGTT---GTCG-ATT--CCGCAG-----ATGAATGTCCCGAATGT--GACAATCTTGCACTGGCGT-------A-------------G-------------------T------------CCTGAACG-TTGTC----------GGTCT-C-GA----ACA-T-TTCC---GGT-CTGACGATGTCTTG-ACATGAGTCTT--G-T-GATAG---TTGTTAAGTG-ATAACA--CAAGTGCCTTGC---TACT-GCAGTT--CCTTATAATTCGGCCCGCGACATCCC--AA-T-GGCG-AT-TC-CTCGTT-GC-TGTTG------G-GATAAAC----GT-GGCA-TTCTTTC-AAAG-CA-GTCTTG-C-GCTCTATTTGGTACTG-TG-TGGTGC-TTTTTTAAATACCTG--CCT----T---AT-AAAGGGCTCAACAGGTG--AGC-ACAACA-TG---CCTT-TCCATG---TAAAG--CATAGATACACT--TTGCAGA-AAACACAA--TAGGCGAAA--CAATGGTTGCCCTTGAGCAGTAT-GATAAAAAAAATAATAATAGCGCGAACTACGCCAAAA-CC-ATTTTGGAGTGTATA----G-TTTG-ATA-ATGGTTCGCTCA--TTTTTCGTGAA-AGAGTT---TCATTT-CAAT--------CACATGTTTAAAAAAAGATGAAGTTGCATTT-CTTTGcggttcag
gi|5 : TGATGGCCAG-GCAAGTCA--T-GC-AATGT-TGT-T-TACTCTG-AAGAAG--TTCC-ATAGA-GA--CTCG-----TGCAGT---GTG---AGGAA-G---AGCATT-GTCCTG--TTTGAAAAA--TGGTGAGCTGACGGCCGGG---CCTGA-AA--TAA--GGT-G-C-AAAC---GT-GCTG-TT-GGAGAAT-TTTGGTCTTC-TGTAGACG-AAC-T------GC-AGTCA-C-C-------GTTGTCGA--CAC-A-----TGTAG-ACA-AGTT-CTGTGG-----TAGTAGCT---AA--AG--CCACC-------C-------CATACCATCAGAC--------T------TC----CTCCT--CCCCA-GCGGTC-AGC------CTCCAC-AA-CGCAA--CAG-TCGGCGTAAC-GTTTA--TTACGTC-GTCT--C-CATACACGCAA---TCGACCGTCT---GCGT-TG----GACATGTT-GAATCT---------CA-AT------------TCGTCA--GAAAACA-A--CACT-TGT-T---GCCA----T-TGT-TGA----CGTCGCC-AACGC-TGG-TGT----TGTTGGGCCCAT---GG-TA--AACG---TTG-CTGGC-------GGTGA------CA---TTG-----CGA----TAG---AA-TAGCT----CCAACA-----TAAGGA-CGGCGA---C---A-TC-TG--ATCCCT--GCT-GC--TCTCAGTCGACGG-CAAACTGTGTCT-GCA-GATA-TATGACAATGTGGTCCTTGAATGGTT---GCA--TC-AGTCTGT-GTTG-CTC-G-TTGTT---GTCG-CTT--CCGCAG-----ATGAATAACCCGGATGT--GACGATCTTGCACTGGCGT-------AGTAACACACGGACG-------------------T------------CCTGAACG-TGATC----------GGTCT-T-GA----ACA-T-TTCC---GGT-CTGACGATGCCTTG-ACATGAGTCTT--G-T-GATGG---TTGTTACGTG-ACAACC--CAAGTGCTTTGC---TACC-G--------CTGATAATCCGGCCTGCAACATCCC--AA-T-GGCGAAT-TCTCTCGTT-GC-TCTTG------A-GATAGAC----GT--GCA-TTCTTTC-AAAG-CA-GTCTCGCC-GCTCAATTTGGTACTG-TATTGGTGCTTTTTTTTAATGCCTG--CCT----TATAAT-AAAGGGCTCAACAG
gi|6 : tacaacgacgtcgcatcgcatgaacaagtgtctggaagaagtcttgtggaagttgattccactaccgaatcaatttggcttccaagtctctcaggttttgaggtggaccaagctgcatgtatgcgtctccaatttcgtcccacacatgtcgattggcgccatatccggggacagtCCT--GCTAGC--CTTCAGTCGA-GG-TAGATAGTGTCT-TCA-AAGAATATGAAGACGTG-CCCGTG--TG-TT---GCA--GCCGGTCTGT-G--G-CTC----TGTT---GTCA-GTT--CCGCA------ATGAGTT-CCAGGATGT--GATGATACTGAACTGGCGTGTGACACA-------------GCGGAT--------------T------------CCTGAAC--TGGTC----------GGTCGGT-GA----ACA-TGTTTC---GGT---AACAATGCATTG-A-ATTAGAGTT--G-T-GATAGCAATTGTT---TG-ACAACC--CAAGTGAATGGCGTGTAC----AGT----CGTGTA-TCTCGACTGC-ACATCC---AA-TCGGTG-AT-AT-TTCGTT-GC-TGTTGCTGTTGA-GATACAT----GT-AGC---TCTTTC-AAAA-C--GTCT-G-CTACTCAATT-GGTACTGGTA-TG-----TTTTGTAAATGCCTA--CCT----T---ATGAAAGTGCTCAACTGGTGTAAAT-AAAACA-TGGGTTTTT-TTCATG---TAAAG--AGT---TA-ACC--T---------ACACAAACTA--CATG---CAATAGTTGCGTA-GGGCATTA---GTAAGAAAAA-------ACCGGAAACAAAATTAAAA-CCAATCTTGAAGCGTATA-------TTG-ATA-ATAGCTTGCTTA--GTTTTCGT----ACAAATG--TTATTT-CAAT--------CACATGTTGAAAAA------AAGTTGCGTTTACTTTGt
gi|7 : tgta-GTCT--C-AATATAAGCAA---TCGACCGTCT---GCG--GG----GACATGTT-GATTCT---------TT-AC------------TCGT-----ANNNNN-N--NNNN-NNN-N---NNNN----N-NNT-TGA----CGTCGCC-AACAC-TGG-TGT----TGTTGGGCCCAC---TG-TA--AACG--------------------GTGA------CG---TTG-----CGT----TAG---AA-TAGGTTNNNNNNNNN-----NNNNNN-NNNNNN---N---N-NN-NN--NNNNNN--NNN-NN--NNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNN--NN-NNNNNNN-NNNN-NTC-T-TTGTT---GTCG-GTT--CCGCAG-----ATAAGTGACCAGGAAGT--GACGATCTTACGCTGGCGT-------A-------------GCAACTCGCGGACA------T------------CCTGAACG-TGGTC----------GGTCG-T-TA----ACA-T-TTCC---GGT-CTGGCGATGCCTTG-ACATAAGTCTT--G-T-GATGG---TTGTCACGTG-ATAACC--CAAGTGCTTTGC---TACC-GCAGCT--GCTGATAACCCGGCCTTCAACATCAC--AA-T-GGCG-AT-TC-TTCAAT-GC-TGTTG------G-GATAGAC----GC-AGCA-TCTTTGC-AAAG-CA-GTCTTC-C-ACTCAATTTGGTACTC-TG-TAGTG----TTTTATATGCCCG--TCT----T---AT-AA----------AGGTG--AAC-AAAACA-TG---CTTT-TTCAAG---TAAcagtctaattaagcgatataatg
gi|8 : CGAAACAC-A-----TAAAG-ATA-TGTT--TGTGG-----TGGTAGCA---GA--AG--CCGCC-------C-------TA--------GAC--------CA-----TCAGATTTC-T--TCCTT-CCGGTC-AGT------CTTCAC-AA-CCCAG--CAG-TCAGTGTAAC-GTTCA--TTACGTC-GTCT--C-CATATACGCAA---TCGACCGTGT------T-GG----GACATGTT-GAATCT---------CT-AC------------TCGTCA--GAAAACA-A--CAATGTGT-T---GCCA----T-TGT-TGA----CGTAGCC-AACGC-TGG-TGT----TGTTGGGCCCAC---TG-GA--AACA---TTG-TTGGC-------AGTGA------CG---TTG-----CGA----TAG---AA-TACAT----CCAACA-----TAAGGA-CGGCGA---C---A-TC-TG--ATCCCT--GCT-GC--CCTCAGTCGACGA-CGGATTGTATCT-GCA-GAGA-TGTGTCGACGTAGTCCTTGAATGGTT---GCA--AC-CGTCTGT-GTTG-CTC-T-TTGTT---GTCG-GTT--CCGCAG-----ATAAGTGACCCGGATGT--GACGAT-TTGCAGTGGCGT-------A-------------GTACTAGTAGCACGCGGACAT------------CCTGGACG-TGGTC----------GG
gi|9 : G-----TGGGGT---GCG---AGGAC-A---AGTATT-GTCTTG--TT-AAAAAC--TGGTAAG-TGACG-TTGGG---CCTGA-AAA-TAAT-AAT-G-C-AA-C---TT-GGTG-TT-GGAGGAT-TT-GGTTT-C-TGAAGATG-A-C-T------GC-AGTCA-CAC-------ATTGA---------------------A-A-TGTT-ATGTAG-----TAGTAGCT---GA--AG--CTGCT-------T-------CA--------GACAATCAGGCT------TC----TTCCT--CCCCA-GCGATC-AGC------ATCCAC-TA-CGCAA--CAG-GCGGTGTAAC-GTCCA--TTA-GTA-TTTT--C-CATATATGCAT---CCGACCGTTT---ACAT--GTT--GACATGTT-GAATCT---------CG-AG------------TCGTCA--GAAAACA-A--CAGT-TGT-C---GTTA----T-TGT-TGA----TGTCGCC-AAAGC-TCG-TGT----TGTAGGGCCCAG---TG-TA--AACA---TTG-TTGGA-------GGTGA------TG---TTG-----CGA-----AG---AATTAGGT----ACAA
blockSeqs : G A C AA . A . . . . T T A . . . GGG G . . C . T AA G . T AA . . G . A TT . A A . T T C G GACTA . CAC C A A . C . A . . . . CCATACCACATGACTTCCTCCTC . TG . T T . . . . C CT C T T . ATACAATGTT T CGGAT CC A GA G G . TTC . . A AT . . G . G A . . T TTCG . GTA . . . T G TNNNN . A ACATATCATG . A . . T . A TTG . C . A GG AAA . . . A A . C AGTACTAGTAGCACGCGGACAT . . GT . A G . . T TT . A CAA C . C GTG CA GC A T A TC . C A TCT T T C CTGTTGA CAGA TG . . . . CGC T G AT CT . TATA GA TA . . GGT . . . G C . . ACT TGA G T A AAAAAT A T TC GA A . A G GT . C GAT C ATT T ATTGTCCA T A
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . G AACT . GAC C A A . C . C . . . . CCATACCATCAGACTTCCTCCT . A . . . . . . . C A . . C . GCGTTAG . CGAG CC A A C . . . . . . . . . . . T . . . C G . . . . . . G C . . CATCTG . . . . . . . . . . . . G . . . . A T . C AGTAACACACGGACGT . . T . . . . . . . . . . . . C . T TC T C G . . . . CC . . G A . G . . . . TG . . G C . T A . . . . . . . A C . . A CGA T C A AAAAAT A C GC CG A . . G G . . T . G . . A .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T ACA . GAC C A A . C . C . . . . TCAGACAATCAGGCTTCTTCCT . A . . . . . . . C C . . C . ACATGTT . CAAT . A T C . . . . . . . . . . . T . . . C G . . . . . . C T . . NNNNNN . . . . . . . . . . . . G . . . . A T . C AGCAACTCGCGGACAT . . C . . . . . . . . . . . . T . T TC T C G . . . . TC . . G G . G . . . . TG . . G C . T A . . . . . . . A C . . T TGA G T A AAAAAT A T GC CG A . . A G . . T . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T ACA . CAC C A A . C . C . . . . TAGACAATCAGGCTTCTTTC . A . . . . . . . C C . . C . GTGTAG . CAAT . N T C . . . . . . . . . . . T . . . C G . . . . . . G T . . CATCTG . . . . . . . . . . . . G . . . . A A . C AGTAACACGCGACGT . . C . . . . . . . . . . . . A . C TG G T A . . . . AT . . C G . A . . . . TC . . G C . T A . . . . . . . . . . . T AAA T T A AAAAA A T CC GA T . . A G . . T . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G ACT . CC C . A . T . C . . . . CTAGACCATTAGATCTCCT . A . . . . . . . C A . . A . GTGTAG . CAAT . A A C . . . . . . . . . . . T . . . T A . . . . . . A C . . CA . . . . . . . . . . . . T . . . . G A . A GTGACACAGCGGATT . . T . . . . . . . . . . . . T . C . T T A . . . . TC . . G A . A . . . . C . . A . . T A . . . . . . . . AAA T T A AT . . G G T . . A G . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G AT . CC . . . . . . A . . . . CTAGACCATCAGATTTCT . A . . . . . . . . . . . C . GCGTTG . TTAC . A N N . . . . . . . . . . . C . . . T G . . . . . . G C . . CA . . . . . . . . . . . . T . . . . G A . C AGT . . T . . . . . . . . . . . . . . . . G T . . . . . T . . G G . . . . . . G . . G . . T . TG A . . . . . . G A . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . CCAGAC . A . . . . . . . . . . . T . GCGGG . CTAC . . A A . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . AGT . . . . G . .
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gi|2 : GAGGAACAGGGCA-GT-AAACAGC-A-TGTATGT-T-TACTCTG-AAGAAG--T-CCTATAGAAGA--CTCG-----TGCAGT---GTG---AGGACGA---AGCATT-GTC--G--TT-GAAAAAAATGGTGAGCTGACG-CTGGG---CCTGATAA--TAAT-GGT-GGC-AA-C---AT-TCTGATTAGGAGAAT-TT-G-TCT-CCTGTAGAC----GGA-CTAGC-AGTCC---C-------GTTCACGAAACAC-A-----TGTAG-ACA-TGTT-CT-TGG-----TGGTAGCT---AA--AG--C-GCC-------C-------CATACCACATGAC--------T------TC----CTC-CTCCCCCA-GCGGTCTGGC------CTCCAC-AATCGCAA--CAG-TCAGCGTAAC-GTTCA--TTACGTCTGTCT--CTC-ATACA-GCAA---TC-ACCG-CT---GCGTTAG----GACATGTTTAAATCT---------CGGAT------------TCGTCA--GAAAACAGA--TACT-TTA-T---GCCA----T-TGTATGGAT--CGT-GCC-AACGC-TGGGTGT----TGTTTGGGCCAT---TGATA--AACG---TTG--TGGCTTC----GGTGA------CAGTATTG-----CGA----TAG---AA-TAG-T----CCAACA-----TAAGAAACGGCGAACAT---A-TCATG--ATCCCT--GCT-GT--CTTCAGTCAGTGA-CATACTGTGTCTTGCA-GAGA-TATGA-GACGTGGTCCTTGAATGGTTTTGACA--GC-AG-ATGT-GTTGACAC-GGTTGTAAAAGTCG-GTT--CCGCAG-----A-GAATGACCCGGA-GT--GACGATCA-GCACTGGCGT-------A-------------G-------------------TAACACGCGACGTCCTGA-CG-TGGTC----------GGTCT-T-GA----ACAAT-TTCC---GG--CTGACGATGCCTTGTACATGAGTTTTTTG-TAGATGG---TTGTTACATGCACGGCC---AAGTGC-TTGC---TACCAGCAGTG--CTGAATAATCCAGCCTGCAACATCCCTCAA-T-GGCG-AT-CC-CTCGTTTGC-TCTTG------A-GATAGATCAGAGTTGGCA-TTCTCTC-AAAG-CA-GCCTC--C-GCTCAATTTTGTACTG-TG-TGGTGC-TTTTATAA--GCCTG--CCT----T---AT-AAAGGGCTCAACAGGTG--AAC-AAAACA-TG---TTTT-TCCGTG---TAAAG--CTTGGATACACC--ATGCAGA-AAACACAA--AAGGCGTGA--CAATGGTCACGTGTGGGCAGTAT-GGT--AAAAAATAATAA------GAACAACGCCAAAC-CC-CTATTGGAGTGTGTA----G-TTTG-ATA-ATGGTTTGCTAA--TTTTTCGTGAA-GGAGAT---TTATTT-CAAT--------CACATGTTT-AAAAAAGATGAAGTTGCGTTT-CTTT
gi|3 : gacagtgaAGTGAGGGCCAGTGCA-GT-A--TAGC-AATGT-TCT-T-TACTCTG-AAGAAG--T-CC-ATAGA-GA--CTCG-----TGCAGT---GTG---AGAAC-A---AGCATT-TTCCTG--TT-GAAAAA--TGGAGAGCTAACG-CTGGG---CCTGG-A---TAAT-GGT-G-C-AA-C---GT-GCTG-TT-AGCGAAT-TT-GGTCT-C-TGTATAC----G-A-CA-GC-AGTCAG-AC-------GTTGACGAAACAC-A-----TGTAG-ACA-TGTT-CTGTGG-----TGGTAGCT---AA--AG--CCGCC-------C-------CA--------GAC------------------------------CTA-GCGGTA-AGT------CTCCAC-AA-TGCAA--CAG-TCGGCGTAAC-GTTCA--TTACGT--GTTT--C-C-ATATACGCAA---TCGATCGTCT---GTGT-AG----GACATGTT-GAATGT---------CA-AT------------TCGTCACCGAAA-CA-T--CACT-TGT-T---GCCA----T-TGT-TGA----CGTCGCC-AACGC-TGA-TGT----TATTGG-CCCAT---TG-TA--AATG---TTG-CTTGC-------GGTGA------CG---TTG-----CGA----TTG---AA-TAGGT----TCAACC-----TA-GGA-CGGCGA---C---A--------------------GT--CCTCAATCTACGA-CGAACTGTGTCT-GCA-GAGA-TATGGCGAAGTGGTTCTTGAAAGGTT---GTA--GC-AGTCTGT-GTTG-CTC-G-TTGTT---GTCG-ATT--CCGCAG-----ATGAATGTCCCGAATGT--GACAATCTTGCACTGGCGT-------A-------------G-------------------T------------CCTGAACG-TT-TC----------GGTCT-C-GA----ACA-T-TTCC---GGT-CTGACGATGTCTTG-ACATGAGTCT---G-T-GATAG---TTGTTAAGTG-ATAACA--CAAGTGCCTTGC---TACT-GCAGTT--CCTTATAATTCGGCCCGCGACATCCC--AA-T-GGCG-AT-T--CTCGTT-GCTTGTTG------G-GATAAAC----GT-GGCA-TTCTTTC-AAAG-CA-GTCTTG-C-GCTCTATTTGGTACTG-TG-TGGTGC-TTTTTTAAATACCTG--CCT----T---AT--AAGGGCTCAACAGGTG--AGC-ACAACA-TG---CCTT-TCCATG---TAAAG--CATAGATACACT--TTGCAGA-AAACACAA--TAGGCGAAA--CAATGGTTGCCCTTGAGCAGTAT-GATAAAAAAAATAATAATAGCGCGAACTACGCCAAAA-CC-ATTTTGGAGTGTATA----GTTTTG-ATA-ATGGTTCGCTCA--TTTTTCGTGAA-AGAGTT---TCATTT-CAAT--------CACATGTTTAAAAAAAGATGAAGTTGCATTT-CTTTGtgcgct
gi|4 : AGTGAGGGCCAGTGCA-GT-A--TAGC-AATGT-TCT-T-TACTCTG-AAGAAG--T-CC-ATAGA-GA--CTCG-----TGCAGT---GTG---AGGAC-A---AGCATT-TTCCTG--TT-GAAAAA--TGGAGAGCTAACG-CTGGG---CCTGG-AA--TAAT-GGT-G-C-AA-C---GT-GCTG-TT-AGCGAAT-TT-GGTCT-C-TGTATAC----G-A-CA-GC-AGTCAG-AC-------GTTGACGAAACAC-A-----TGTAG-ACA-TGTT-CTGTGG-----TGGTAGCT---AA--AG--CCGCC-------C-------CA--------GAC------------------------------CTA-GCGGTA-AGT------CTCCAC-AA-TGCAA--CAG-TCGGCGTAAC-GTTCA--TTACGT--GTTT--C-C-ATATACGCAA---TCGATCGTCT---GTGT-AG----GACATGTT-GAATGT---------CA-AT------------TCGTCACCGAAA-CA-T--CACT-TGT-T---GCCA----T-TGT-TGA----CGTCGCC-AACGC-TGA-TGT----TATTGGGCCCAT---TG-TA--AATG---TTG-CTTGC-------GGTGA------CG---TTG-----CGA----TTG---AA-TAGGT----TCAACC-----TAAGGA-CGGCGA---C---A--------------------GT--CCTCAATCTACGA-CGAACTGTGTCT-GCA-GAGA-TATGGCGAAGTGGTTCTTGAAAGGTT---GTA--GC-AGTCTGT-GTTG-CTC-G-TTGTT---GTCG-ATT--CCGCAG-----ATGAATGTCCCGAATGT--GACAATCTTGCACTGGCGT-------A-------------G-------------------T------------CCTGAACG-TTGTC----------GGTCT-C-GA----ACA-T-TTCC---GGT-CTGACGATGTCTTG-ACATGAGTCTT--G-T-GATAG---TTGTTAAGTG-ATAACA--CAAGTGCCTTGC---TACT-GCAGTT--CCTTATAATTCGGCCCGCGACATCCC--AA-T-GGCG-AT-TC-CTCGTT-GC-TGTTG------G-GATAAAC----GT-GGCA-TTCTTTC-AAAG-CA-GTCTTG-C-GCTCTATTTGGTACTG-TG-TGGTGC-TTTTTTAAATACCTG--CCT----T---AT-AAAGGGCTCAACAGGTG--AGC-ACAACA-TG---CCTT-TCCATG---TAAAG--CATAGATACACT--TTGCAGA-AAACACAA--TAGGCGAAA--CAATGGTTGCCCTTGAGCAGTAT-GATAAAAAAAATAATAATAGCGCGAACTACGCCAAAA-CC-ATTTTGGAGTGTATA----G-TTTG-ATA-ATGGTTCGCTCA--TTTTTCGTGAA-AGAGTT---TCATTT-CAAT--------CACATGTTTAAAAAAAGATGAAGTTGCATTT-CTTTGcggttcag
gi|5 : TGATGGCCAG-GCAAGTCA--T-GC-AATGT-TGT-T-TACTCTG-AAGAAG--TTCC-ATAGA-GA--CTCG-----TGCAGT---GTG---AGGAA-G---AGCATT-GTCCTG--TTTGAAAAA--TGGTGAGCTGACGGCCGGG---CCTGA-AA--TAA--GGT-G-C-AAAC---GT-GCTG-TT-GGAGAAT-TTTGGTCTTC-TGTAGAC----G-AACT-GC-AGTCAC--C-------GTTGTCGA--CAC-A-----TGTAG-ACA-AGTT-CTGTGG-----TAGTAGCT---AA--AG--CCACC-------C-------CATACCATCAGAC--------T------TC----CTCCT--CCCCA-GCGGTC-AGC------CTCCAC-AA-CGCAA--CAG-TCGGCGTAAC-GTTTA--TTACGTC-GTCT--C-C-ATACACGCAA---TCGACCGTCT---GCGT-TG----GACATGTT-GAATCT---------CA-AT------------TCGTCA--GAAAACA-A--CACT-TGT-T---GCCA----T-TGT-TGA----CGTCGCC-AACGC-TGG-TGT----TGTTGGGCCCAT---GG-TA--AACG---TTG-CTGGC-------GGTGA------CA---TTG-----CGA----TAG---AA-TAGCT----CCAACA-----TAAGGA-CGGCGA---C---A-TC-TG--ATCCCT--GCT-GC--TCTCAGTCGACGG-CAAACTGTGTCT-GCA-GATA-TATGACAATGTGGTCCTTGAATGGTT---GCA--TC-AGTCTGT-GTTG-CTC-G-TTGTT---GTCG-CTT--CCGCAG-----ATGAATAACCCGGATGT--GACGATCTTGCACTGGCGT-------AGTAACACACGGACG-------------------T------------CCTGAACG-TGATC----------GGTCT-T-GA----ACA-T-TTCC---GGT-CTGACGATGCCTTG-ACATGAGTCTT--G-T-GATGG---TTGTTACGTG-ACAACC--CAAGTGCTTTGC---TACC-G--------CTGATAATCCGGCCTGCAACATCCC--AA-T-GGCGAAT-TCTCTCGTT-GC-TCTTG------A-GATAGAC----GT--GCA-TTCTTTC-AAAG-CA-GTCTCGCC-GCTCAATTTGGTACTG-TATTGGTGCTTTTTTTTAATGCCTG--CCT----TATAAT-AAAGGGCTCAACAG
gi|6 : tacaacgacgtcgcatcgcatgaacaagtgtctggaagaagtcttgtggaagttgattccactaccgaatcaatttggcttccaagtctctcaggttttgaggtggaccaagctgcatgtatgcgtctccaatttcgtcccacacatgtcgattggcgccatatccggggacagtCCT--GCTAGC--CTTCAGTCGA-GG-TAGATAGTGTCT-TCA-AAGAATATGAAGACGTG-CCCGTG--TG-TT---GCA--GCCGGTCTGT-G--G-CTC----TGTT---GTCA-GTT--CCGCA------ATGAGTT-CCAGGATGT--GATGATACTGAACTGGCGTGTGACACA-------------GCGGAT--------------T------------CCTGAAC--TGGTC----------GGTCGGT-GA----ACA-TGTTTC---GGT---AACAATGCATTG-A-ATTAGAGTT--G-T-GATAGCAATTGTT---TG-ACAACC--CAAGTGAATGGCGTGTAC----AGT----CGTGTA-TCTCGACTGC-ACATCC---AA-TCGGTG-AT-AT-TTCGTT-GC-TGTTGCTGTTGA-GATACAT----GT-AGC---TCTTTC-AAAA-C--GTCT-G-CTACTCAATT-GGTACTGGTA-TG-----TTTTGTAAATGCCTA--CCT----T---ATGAAAGTGCTCAACTGGTGTAAAT-AAAACA-TGGGTTTTT-TTCATG---TAAAG--AGT---TA-ACC--T---------ACACAAACTA--CATG---CAATAGTTGCGTA-GGGCATTA---GTAAGAAAAA-------ACCGGAAACAAAATTAAAA-CCAATCTTGAAGCGTATA-------TTG-ATA-ATAGCTTGCTTA--GTTTTCGT----ACAAATG--TTATTT-CAAT--------CACATGTTGAAAAA------AAGTTGCGTTTACTTTGt
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): GCAGTACAACGAACGTCGCATCACGAGTGAACAAGTGTCTAGAGAAGGTTGTGGAAAGTTGATTCCACTCCCGTATCAATCTGGCTTCCAAGTCTCAGGTTTTAAAGGTGGAACCAGCTAGATGTAATGCGACCTTCCAATTTCGTTCCCACAATGTTCGATTGGGCACCATATCCCGGG
Unaligned ( gi|15 ): AAGAAGGTTTGTGGAAGCTGGTTCAACTCCCGAATCAATCTCAGAGTTTGAGGTGAAGCTG