lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 111111111111
lowQualScore : 111111 111 8888888888888888888888888888888888888888888888 44444444444 333333 1 11111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111 222222222 111111 1111 6666666666666666666666666666 22222 2222 111 11 1111 2222222 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 666666 00000 4 55 4 222222222222 4 1 4 55 55 666 777 2 33333333 1 11 333333333333333 1 11 3333333333333 111 111 3333333 1111 7777777777777777777777777777777777 444444444444444444444444444444 11 11 111
lowQualScore : 6 6 6 888888 77 6 6 444 6 6 8888888888888888888888888888888888888888888888 6 22222222222 3 777777 0 2 55555 8 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222 111111111 6 6 999999 6 6 4444 99 6 1111111111111111111111111111 1 00000 0000 5 999 5 5 5 999 6 55 4444 0000000 3 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 777777 00000 0 55 0 333333333333 6 0 5 0 55 6 55 111 000 0 55555555 8 6 11 777777777777777 1 1 6 6 6 3 11 6666666666666 0 111 5 000 8888888 5 3 1111 99 8 6666666666666666666666666666666666 999999999999999999999999999999 8 11 8 77 1 66 11 333 777 2
lowQualScore : . . . ...... .. . . ... . . .............................................. . ........... . ...... . . ..... . ..................................................................................................................... ... ......... . . ...... . . .... .. . ............................ . ..... .... . ... . . . ... . .. .... ....... . .................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... ...... ..... . .. . ............ . . . . .. . .. ... ... . ........ . . .. ............... . . . . . . .. ............. . ... . ... ....... . . .... .. . .................................. .............................. . .. . .. . .. .. ... ... .
lowQualScore : 7 7 7 222222 33 7 7 555 7 7 4444444444444444444444444444444444444444444444 7 33333333333 2 888888 0 5 00000 8 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 444 000000000 7 7 222222 7 7 2222 22 7 8888888888888888888888888888 7 00000 8888 7 666 7 7 7 444 7 88 8888 2222222 2 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 000000 00000 0 00 0 000000000000 0 0 0 0 00 0 00 000 000 0 22222222 0 4 00 000000000000000 8 0 7 7 7 2 22 7777777777777 7 777 7 000 6666666 7 3 2222 22 0 8888888888888888888888888888888888 000000000000000000000000000000 0 00 0 00 4 88 88 555 555 0
consensus : AGTATT-CCTTC-TC-ATG--TCT-AATGT-A-GAT-CA-GCAG-CTCA-A----TA-------CAACACACATT-------TGTACA----TATGCATTATA------ANA--GGAAATAATGGT--ATTAAT-AACA-TCGNAATGTTGACATA-C-TTTTACATGT--ATANAC--CCAGAGAA------TG-GTAAA-TACT--GTT----TTATA-AC----TT-CATGTAAGATTAAGGTTAG--TAA-TGGTTAGT--TC-G--GGAGA--CA-TCAC-GGGACGG-T-G------CTCTAGG-AAAT-G----CA--CAA-ACTTT---GTCAG----TATAA--CTT-C-CATAT-T---AGAAGA----TA-GC--ATTCCTCCTCA-TG-TC-TAAT-G-TA-GA--CAAGCA---ACATA--AGC-ACTATTGANTAT-TATACAA----ATCG--TG-ATTACATGTCTAACGT-AGACA-AG----C--AAC-A-----ATNACTATGCA-A-GTATCGTGT-ANATT-TA----G--AAA-----A---GAAC------AA------AGTGT-TG------GGAT--G--------T-ACN-----T-G--GGTAA----AT-A---T-A-C-----TATG---A------CT----AA------TAAAGT--ATAGA---GT---G-CCAGT-CAA-CA-GGAG-ACATCAAGGGACG-GTGC-TTTA-GGAA-AT----GCACAA-CCT---CAAAAC--AAGTGCTCTAGGAAATGCACAGACC--------------------GT-A-CATAC--GGATATAAAGCATTCCTCCTCAT-GTC--TAATG-TA-GACAAG----CAG-CACACATT--TACGTAATATNACANT-TA-AAT-ACATCA--TCCTAACATGTTNTAATANAGCTATCTTACCAACTG-TTCAGTATAGAATTAACCACA-AGTTA-CTCCA----------ATGAATTGA-CTG------------------CATTTTCATTCTTTAACAAAGCCATACAAGTTTATCTTCCACATTGAAAAGTCAAGATTTGTGGAAGATGGCTGCACTTGATAATTCTGAGACAAAA-TAATAAAA-CTCCTCGTTGATCTAACCACATTGTATTCCATTTTGGATACATGTCAAACTTTTATTATGACTATACATTTTACCTTGTAGGTAAGAT-----A-AGTTT-ATTCCAATT--TTGGGCCCCAGAGGGCATAATAG-AAGT--AACAGTTC-TAAAGA-AGAA-ATAA-ATGTCAACCAAAA-------------AAGG---GGGAGAAG-TTACA---ATATCATG----A-ATCACA--ACCTA--CAT-G----------TA-TGTGGATNTGCAGCATATCA-ATTGGGAA---------TTACAAC-------------ATGGG-A--T-GTACAAACAGAGATGAATGTACAATATC---AATATTGTG
Reference ( gi|1 ) : AGTCTT-CCTTC-TC-CTG--TCT-GATGT-A-GAT-CA-GCAG-CTCA-A----TAAA---T-CAACACACATT-------TATACA----TATGCATTATA------AGA--GGAAATAATGGTT-ATTAAT-AACA-TCGAAATGTTGACATA-C-TTTTACATGT--ATACAC--TCAGAGAA------TG-GTAAA-CACT--GTT----TTATA-AC----TT-CATGTAAG--TAAGGTTAT--TAA-TGGTTAGTACTTAG--GGAGA--CA-TCAC-AGGACGG-T-G------CTTTAGG-AAAT-G----CA--CAA-ACTTT---GTCAG----TATAA--CTT-C-CATAT-T---AGAAGA----TA-GT--ATTCCTCCTCA-TG-TC-TAAT-T-TA-GA--CAAGCA---ACATA--AGT-ACTATTNAAAATCTGCACAA----ATCGCCTGGACTACATGTCTAATGT-AGACA-AG----C--AAC-AT----ATTACTATACA-A-GTATCGTGT-ACATT-TA----G--AAA-----A---GAAC------AA------AGTGT-TG------GGAT--G--------T-ACA-----T-G--GGTAA----AT-A---T-A-T-----TATG---A------CT----AA------CAATGT--ATAGA---GT---G-TCAGT-CAA-CA-GTAG-ACATCAAGGGATG-GTGC-TCTA-TGAA-AT----GCATAATCCT---CAAAACGTAAGNGCTCTAGGAAATGCATAATCCTC-AAAAAGTAAAGGTAAATAT-ATTATACTGGGATATAAAACATTCCTCCTCAT-GTC--TGATG-TT-GACAAG----CAA-CACATCTT--TATATAATAGAACAGT-TA-AAT-GCATCAATTCCT-ATATGTTC-AA-ATAGCTATC-TA-CAA-TGTTTCGATATGAAATTACCCNAATAGCTATCTACAATGTTTCGATATGAAATGACCTGAAGTTCTCAAGATTGACTCATTTTCATTCGTGA--AAAGCCATACAAG-----CTTCC-CATTGAAA--TCAAGATTTG-GGAAGA----TGCAT---ATAATTCTGAGACAGAATTAAGAAAATCTCCTCGTTGATCTAACCACATTG--TTTCATTT--GATACATGC--AACTTTTATT---ACTATACATTTTACC-TGTAGGTAAGA------A-AGTTT-ATACCAATT--TTGGGCCCCAGAGGGTATGATAG-AAGT--AACAGTTCTTAAAGA-AGAA-ATAA-ATGTCAACCAAAA-------------AGGG---GGGAGAAG-TTACA---ATATC-------A-ACCACA--AACTA--CAT-G----------TA-TGTGGATATGCAGCAGAGCA-ATTGGGAA---------TTACAAC-------------ATGGG-A--T-GTACAAACAGAGATGAATGTACAATATC---AATACTGTGG
gi|2 : AGTCTTTCCTTCGTCGCTGATTCTTGAT-T-ATGATGCACGCATTCTCACA----TAAAAATT-CA-CACACGTT-------TATAC-----TATGCATAATA------ATAAGGGAAATAATGGTTCATTAATTAACAATCGAAATGTTGA-ATAACATTTTACATGTCTATACACAGTCAGAGAA------TGCGTAAAGCACT--GGT----TTATA-AC----TT-CATGTAAC--GAAG--TAGCATAA-TGGTTAGTACTTTGGTGGAGAATCATTCACAAGGACGGAT-GATTTGACTTTAGG-AAATGG----CA--CAATACTTTACGGTCAGTGTTTATAA--CTT-C-CATAT-T---AGAAGA----TA-GC--A-TCGTGCTCACTG-TCTTAAT-T-TATGAT-CAAGC----ACAT---AGTAACTATTGATTA-CTATACAAGT--ATCG--TG--TTACAT-T------T-AGAAA-AA----CGGAAC-A-----ATAATT-T----A-GTGTTGGG----ATT-T-----GTTACA-----A---G--C--------------AGTGA-TG------------G--------T-AAA-----T--------------T-A---TAA-T-----TATGT--A------CT----AA------C-ATGT--ATAGAGTTGT---G-TCTGT-CAA-CAGGTAGTACTTCAA-GGATGTGCAC-TCTA-TGGG-ATAGAAGCA-AATCCTCTCCAAAGCGGAAG
gi|10 : AGTATT-GCTTA-TC-ATA--TCT-GACGT-A-GAT-CA-GCAG-CTCA-A-------------CAGCATGTATT------------A----TATGCATTATA------AGA--GGAAATGATGG-----GAAT-AACA-TTGGAATGTTGACA--------TGCATGT--ATATAC---------A------T--GTAAA-TACT--GTA----TTATA-AC-----T-AAGATAAA--TAACGTTAG--TA---GGTTtttatgttagtatacggatataaaacattcctcctcatatccttgatgtgagcaaagcacacaattattaatgacatttaatatcctaatatgttctaatatagctatcttaccaactgttcagtatagaattaaccacaagttactccaatgaattgactgcattttcattctttaacaaagccatacaagtttatcttccacattgaaaagtcaagatttgtggaagatggctgcacttgataattctgagacaaaataataaaactcctcgttgatctaaccacattgtattccattttggatacatgtcaaacttttattatgactatacattttaccttgtaggtcaaa
gi|17 : tttccaaAGTATT-CCTTC-TC-TTA--TCC-AATGT-A-GAT-TA-GCAG-TTCA-A----TA-------TAACACA-----------TGTACA----Tgccagtcaacaggaa
gi|3 : ctaaTT-CCTCC-TC-ATGG-TCT-AATGT-A-GA---A-GCAG-C-CA---------------CCATACACATTATAACAATGTACAGTAGTAT-CATTACATATTAAAAA--AGAAATA----------AAT-AA-A-TCATAATATTAAAAAA-------AAA-----AAAAAC--CCAAAAAAAGTGTGTG-GGATG-TACTTGGTTAATATTATATACCATATTACTTATAAA--TAAAATT----TAAGTGGCCAGT--TCAACAGGAGA--CA-TCAA-GGGACGG-T-G------CTTTAGGGAAAT-G----CA--CAA-ACTTT---GTCAG----TATAT--CTT-C-CA-AT-TGAGGGAAGAC---TA-GC--ATTCCTCCTCA-TG-T--TAAT-GATA-GA--CAAGCAGCCACATATTAGC-AC-ATT--ATAT-TACACAA----ATg
gi|5 : acggtagctctaggagatgaaggcaatcaaatttttgtcagtataaagcttgccatatagaagaattataagcaTT-CCTCC-TC-ATG--TCT-AATGTTA-GAC-TA-GGAG-C------------------CAAC-CACATT-------TATacaatacatttaaaaagaaaattagaaaacagcgtgtgtgtgggatgtctgggtaaatataccataattactaataaaatatagattaagtgcaggtcaacaggagacatcaagggacgtgctttaggaaatcatag
gi|6 : ttgtatgcattttaatggtaattaataacattgttgacatacttttacatgtaaatagttttataactacatgtaagattaaggtgaggttgccagtcaacaaacagtgctctaggaaatgcacagaccatatcagaagatagcaTT-CCTTC-TC-ATG--TCT-AATGT-A-GAC-AA-GCAA-CGTA-AGCACTACA---TACAACACgaaatgttcaggtaaaaaaaaaaaaacccaaaaaacctgaaacatggatgtaccttgggtaaatataccataactaataaaataatatagtgccagtcaaccagaagacatcaaggacggtgcttttaggaaatgcacaaacttctgtcagtat
gi|5 : gaattaataagaggaaaacaatggtaaacacattggaattgcaaactatatactgtacatattgtacatgtaaatactgtacttatattaatctaagaatacaatgtaattaaagattaaagtcaggttgtcagtccagaacatcagaataaaatcgcacatgtagaaagcgattcaTAATGGTA-ATTAAT-AACA-T-----TGTTGACATA-C-TTTTACATGT--A---------------------------AA-TA----GTT----TTATA-AC----TA-CATGTAAGATTAAGGTGA--------GGTT--------G--CCAGT--CA---AC-AA-ACAG-T-G------CTCTAGG-AAAT-G----CA--CAG-AC----------------------------CATAT-C---AGAAGA----TA-GC--ATTCCTCCTCA-TG-TC-TAATGT-TA-GA--CTAGtgtatatagtacgt
gi|15 : ttgtatgcattt-CATGTAAGATTAAGGTTAT--C---TGGTT--------G--CCAGT--CA---AC-AA-ACAA-T-G------CTCTAGG-AAAT-G----CA--CAG-AC----------------------------CATAC-T---AGAAGA----TA-GC--ATTCCTCCTCA-TG-TC-TAAT-gagccaaccacatttatgaaatgttcaggtaaaaaaaaaaaaacccaaaaaacctgaaacatggatgtaccttgggtaaatataccataactaataaaataatatagtgccagtcaaccagaagacatcaaggacggtgcttttaggaaatgcacaaacttctgtcagtat
gi|13 : --GGAGA--CA-TCAA-GGGACGA-T-G------CTTTAGG-AAAT-G----CA--CAA-ACTTT---
gi|3 : aaaacagagtgttggaatgtacttgagtaaatataccataatatgataattactaataaaatataaagtccagtcaacaACGG-TAG------CTCTAGG-AGAT-GAAGGCAATCAA-ATTTTT--GTCAG----TATAAAGCTTGC-CATAT-----AGAAGAATTATAAGC--ATTCCTCCTCA-TGGTC-TAAT-G-TA-GAAGCAGCCA---CCATA--CAC-ATTAT-AACAAT--GTACAGTAGTATC------ATTACATAT------T-AAAAA-AG----A--AAT-AA----ATAA--AT-CATA-ATAT--TAA-AAA----A----A--AAA-----A---AAACCCAAAAAA------AGTGTGTG------GGAT--G--------T-ACT-----T-G--GTTAATATTAT-A---T-A-CCA---TATT---A------CTTATAAA------TAAAAT--TTA-A---GT---GGCCAGTTCAA-CA-GGAG-ACATCAAGGGACG-GTGC-TTTAGGGAA-AT----GCACAA
gi|6 : TCAG----AATAA--AAT-CGCACATGT---AGAAAG----CG-ATTCATTCCTTCTCA-TG-TC-TAAT-G-TA-GA--CAAGCA---ACGTA--AGC-ACTAactttgtcagtatatcttccaattgagggaagactagcattcctcctcatgttaatgatagacaagcagccacatattagcacattatattacacaaatacaatacatttaaaaagaaaattagaaaacagcgtgtgtgtgggatgtctgggtaaatataccataattactaataaaatatagattaagtgcaggtcaacaggagacatcaagggacgtgctttaggaaatcatag
gi|17 : gaattaataagaggaaaacaatggtaaacacattggaattgcaaactatatactgtacatattgtacatgtaaatactgtacttatattaatctaagaatacaatgtaattaaagattaaagtcaggttgtcagtccagaacaA-GT--ATTCCTTCTCT-TA-TC-CAAT-G-TA-GA--TTAGCA---catacaacactgtatatagtacgt
gi|5 : ctaaCATGTCTAATGTTAGACT-AGGAGCC--AACCAC----ATT--TATGAA-ATGT-TCAGGT-AAAA---A----A--AAA-----A---AAACCCA---AA------AAACC-TGAAACATGGAT--G--------T-ACC-----TTG--GGTAA----AT-A---T-A-C-----CATA---A------CT----AA------TAAAATA-ATATA---GT---G-CCAGT-CAACCA-GAAG-ACATCAA-GGACG-GTGCTTTTA-GGAA-AT----GCACAAACTT---Cgttcaatataacacatgtacatg
gi|10 : ttgtatgcattttaatggtaattaataacattgttgacatacttttacatgtaaatagttttataactacatgtaagattaaggtgaggttgccagtcaacaaacagtgctctaggaaatgcacagaccatatcagaagatagcattcctcctCATATCTGACGT-AGATC-AG----C--AGC--------TCAACA-GCA-T-GTATTATAT-GCATTATAAGAGG--AAATGATGG---GAAT------AACATTGGAATGT-TG------ACAT--GCATGTATAT-ACA-----T-G----TAA----AT-ACTGT-A-T-----TATA---A------CT----AAGATAAATAACGTTAGTAGG---TT---G-CCAGT-CAA-CA-Gtgtcagtat
gi|6 : tttccaaagtattgcttatCATGTCTAATGT-AGACA-AG----C--AAC-GTAAGCACTAC-ATACA-A-gaa
gi|2 : gaattaataagaggaaaacaatggtaaacacattggaattgcaaactatatactgtacatattgtacatgtaaatactgtacttatattaatctaagaatacaatgtaattaaagattaaagtcaggttgtcagtccagaacatcagaataaaatcgcacatgtagaaagcgattcattccttctACATAG----T--AACTATTG--ATTACTATACA-A-GTATCGTGTTACATT-TA----G--AAA-----AACGGAAC------AATAATTTAGTGT-TG------GGATTTG--------TTACAAGCAGT-GATGGTAA----ATTA---T-AAT-----TATGT--A------CT----AA------CA-TGT--ATAGA---GTTGTG-TCTGT-CAA-C-------------AGG--TA-GTAC-TTCA-AGGATGT----GCA-----CT---C------TATGGGAT---AGAA--GCA-AATCCTCTCCAAAGCGGAAGTTTATGTTAGTATAC--GGATATAAAACATTCCTCCTCAT-ATCCTTGATG-TG-AGCAA------AG-CACACAAT--TAT-TAAT--GACATT-T--AAT-A-------TCCTAATATGTTCTAATATAGCTATCTTACCAACTG-TTCAGTATAGAATTAACCACA-AGTTA-CTCCA----------ATGAATTGA-CTG------------------CATTTTCATTCTTTAACAAAGCCATACAAGTTTATCTTCCACATTGAAAAGTCAAGATTTGTGGAAGATGGCTGCACTTGATAATTCTGAGACAAAA-TAATAAAA-CTCCTCGTTGATCTAACCACATTGTATTCCATTTTGGATACATGTCAAACTTTTATTATGACTATACATTTTACCTTGTAGGTcactgtatatagtacgt
gi|11 : agtctttccttcgtcgctgattcttgattatgatgcacgcattctcacataaaaattcacacacgtttatactatgcataataataagggaaataatggttcattaattaacaatcgaaatgttgaataacattttacatgtctatacacagtcagagaatgcgtaaagcactggtttataacttcatgtaacgaagtagcataatggttagtactttggtggagaatcattcacaaggacggatgatttgactttaggaaatggcacaatactttacggtcagtgtttataacttccatattagaagatagcatcgtgctcactgtcttaatttatgatcaagc--AAA-----A---AAAC------AC------AGTGT-TG------GGAT--G--------T-ATT-----A-G--GGAAA----AT-A---T-A-C-----CATAATTA------CT----AA------TAAAAT--ATGAA---GT---caaa
gi|13 : cactattataacaatatacaagtggtattatacacattttatttaaaaaaaaaaccaaacaaaaacaaaaac-----A---AAAC------AG------AGTGT-TG------GAAT--G--------T-ACT-----T-G--AGTAA----AT-A---T-A-CCATAATATG---ATAATTACT----AA------TAAAAT--ATAAA---GT-----CCAGT-CAA-CA-GGAG-ACATCAAGGGACG-ATGC-TTTA-GGAA-AT----GCACAA
gi|5 : AAAC---AGTGCTCTAGGAAATGCACAGACC--------------------AT-ATCAGA---AGATA----GCATTCCTCCTCAT-GTC--TAATG-TTAGACTAGGAGCCAA-C-CACATT--TATGAAAT-GTTCAGG-TA-AAacttt
gi|15 : ttgtatgcattttaatggtaattaataacattgttgacatacttttacatgtaaatagttttataactacatgtaagattaaggtgaggttgccagtcaacAAAC---AATGCTCTAGGAAATGCACAGACC--------------------------ATACTAGAAGATAG--CATTCCTCCTCAT-GTC--TAATaaaaaaaaaacccaaaaaacctgaaacatggatgtaccttgggtaaatataccataactaataaaataatatagtgccagtcaaccagaagacatcaaggacggtgcttttaggaaatgcacaaacttctgtcagtat
gi|3 : catgtaagattaaggttatctggttgccagtcaacTATAAG-CATTCCTCCTCATGGTC--TAATG-T---AGAAG----CAG-C-CA-CCA--TACACATTATAACAATGTACAGTAGTATCA----TT-ACATATTA-AA-AAAG
gi|3 : acggtagctctaggagatgaaggcaatcaaatttttgtcagtataaagcttgccatatagaagaatAGCATTCCTCCTCAT-GT---TAATGATA-GACAAG----CAGCCACATATTAGCACATTATATTACA---CA-AAT-ACAaaataaataaatcataatattaaaaaaaaaaaaaacccaaaaaaagtgtgtgggatgtacttggttaatattatataccatattacttataaataaaatttaagtggccagttcaacaggagacatcaagggacggtgctttagggaaatgcacaaactttgtcagtatatcttccaattgagggaagactagcattcctcctcatgttaatgatagacaagcagccacatattagcacattatattacacaaatacaatacatttaaaaagaaaattagaaaacagcgtgtgtgtgggatgtctgggtaaatataccataattactaataaaatatagattaagtgcaggtcaacaggagacatcaagggacgtgctttaggaaatcatag
gi|6 : acggtagctctaggagatgaaggcaatcaaatttttgtcagtataaagcttgccatatagaagaattataagcattcctcctcatggtctaatgtagaagcagccaccatacacattataacaatgtacagtagtatcattacatattaaaaaagaaataaataaatcataatattaaaaaaaaaaaaaacccaaaaaaagtgtgtgggatgtacttggttaatattatataccatattacttataaataaaatttaagtggccagttcaacaggagacatcaagggacggtgctttagggaaatgcacaaactttgtcagtatatcttccaattgagggaagactCATTCCTTCTCAT-GTC--TAATG-TA-GACAAG----CAA-Catacatttaaaaagaaaattagaaaacagcgtgtgtgtgggatgtctgggtaaatataccataattactaataaaatatagattaagtgcaggtcaacaggagacatcaagggacgtgctttaggaaatcatag
gi|4 : gaattaataagaggaaaacaatggtaaacacattggaattgcaaactatatactgtacatattgtacatgtaaatactgtacttatattaatctaagaatacaatgtaattaaagattaaagtcaggttgtcagtccagaacatcagaataaaatcgcacatgtagaaagcgatt-TATAAGTAAGATATGATA-AGTTT-AT-TCAATT--TTGGGCTCCAGAGGG---------AAATTAAATAG------AAGA-AGAACATT---TATAAACCAAAATGCCCCCCCCCCCAACG---GACAAAAT-TCAAA---ATATC-------A-ATTACA--ACTTA--TTA-G----------TA-TGTGGAATTGC--C--AGCATATTGGGAA---------TTACAACTATGTGGGTGTAAATGGG-AAGT-ATACAAAAAGAGTTG--TG-ACAAT-TC---AATATTGTGgtaagcactacatacaacactgtatatagtacgt
gi|9 : TAAGAT-----A-AGTTT-ATTTCAATT--TTGGGCCCC-GAGGGCAT------------AACAGTTCATAAACA-AGAA-AGAA-ATGTC--CCAAAG-------------AGAA---GGGGGAAG-TTACA---ATATCATG----A-ATCACA--ACCTA--CAT-G----------CA-T--------------------ATTGGGAA---------TTATAAC-------------ATGGG-A--T-GTAT--ATAGAGATGAATGTACAATATC---AGTATTGTGataatagtagatatgcaacatatggaaacagacctaagatacattgttcaattttcttttttctgaatgtttaactaatattggacatagttttgaattgcagctttgtctcactttatctcatcaaccatagggaattatccttgtttgacaagattaagttcttatgagctttgaatcaacatgaaaaaacatttctctctacggtatatatggatcatcataaaatgcaattcatcttctatagcaatttgaattacaattgtagtatattaaattttctttctttttaaggaa
gi|19 : aTAAGA------TTAGTTT-ATTCCAATT--TTGGGCCCCAGAGGGatatatacatg
gi|7 : agataagataattA------A-AGTTTTATACCAATTGGTTGCGGCCCAGAGGCGATTATAGGAATT--AACAGTTCTTAAAGACAGAA-ATAACAT-TCAAC---AA-------------AAGG---GGGAGAGGTTTACAAATACATC-------ATACCCCAGGAACTGACCATGG----------TACTGTGGATTAGCAGCA-ATC--ATTGGGGAGCAAGTAGTTTACAAC-------------ATGGGAA--TGGTACAAACAGAGATGAAT---CGATATCAGAAATACc
gi|14 : ga------A-AGTTT-ATTCCAATT--TTGGGCCCCAGAGGGCATAATAG-AGGT--AACAGTTCATA---A-AGAA-AGAA-ATGTC--CCAAAA-------------AAGAAGTGGGAAAAG-TTACA---ATACC-------A-aatatgtgcggtatg
gi|20 : atCCCCAGAGGACATAATAG-AAGT--AACAGTTC---AAAA-AGAA-TTAA-tgaaa
gi|12 : GTTCTTAAAGA-AGAA-ATAA-ATGTCAACCAATA-------------AAGG---GGGAGGGG-TTACA---ATATC-------A-ATCACT--ACCTA--CAT-G----------TA-TGTGGATATGCAGCATATTA-ATTGAGAA---------TTACAAC-------------ATGGG-A--T-GTACAAACAGAGga
gi|16 : -------------AGGG---GAGGGGAA-TTTCA---ATATCATG----A-ATCACA--ACCTA--CA
gi|8 : aaacaaagatggaaatatccccccaaaaggtgggggG-TTACA---ATATCATGAAAAA-ATCACA--ACCTT--CAT-GTAATACTATATA-TGTGG--ATGCAGCAT-----ATTGGGA------------------------------------A--T-GTATTTATAGAGATGATTGTACA--ATC---AATATTGTGctaagtactgcatgtgtggaa
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATAAAATTCTTGCAGAGCCTTGATAAATCATGAAAAAACATTTCTCTCTACAG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 222222 33333333333333333 222222 11 3333333 222222222 66666666666666666666 111111 1111111111 11111111111 222222 88888888888888888888888888888 111111 1111 4444444444444444444444444444 111 111 1111 1 11 11111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 33333333 22222222222 1111 3333333333333333333 1111 2222 1111 11 111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 33333 11 4444444444444 1 3333333333 1 22 1 1 1 2 2 2 55555555555555555555555555555555555555555 11 22222 1 11 1 2222 222 2 2 11 11 11 222 1 222 11 111 111111 222222222 3333333333 11111 33333 222222222 3333333333333 11
lowQualScore : 3 0 33 2 000000 3 22222222222222222 2 8 333333 1 11 6 4444444 6 6 333 1 2 666666666 99 6 3 11111111111111111111 6 99 888888 8888888888 66666666666 0 666666 88888888888888888888888888888 666666 5 5 5 7777 77 5 5555555555555555555555555555 0 55 000 000 7777 5 5 5 5 3 6 55 9 66 7 22222222 7 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 44444444 0 00000000000 77777 2222 5 5 5555555555555555555 2222 1 5 5 2222 5 6 6 6 6 6 6 6 6 4444 33 444 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 33333 88 1 4 6 0 1111111111111 55 1 3 5555555555 5 6 55 33 5 5 5 0 3 2 0 0 2 66666666666666666666666666666666666666666 3 3 88 77777 5 88 5 3333 111 0 3 0 88 88 88 111 5 3 6 99 99 6 6 99 666 3 5 1 5 44 5 000 5 888888 222222222 5555555555 6 33333 33333 666666666 6666666666666 55 6 3 11 5 0 0
lowQualScore : . . .. . ...... . ................. . . ...... . .. . ....... . . ... . . ......... .. . . .................... . .. ...... .......... ........... . ...... ............................. ...... . . . .... .. . ............................ . .. ... ... .... . . . . . . .. . .. . ........ . ................................................................................... . ........ . ........... ..... .... . . ................... .... . . . .... . . . . . . . . . .... .. ... ......................................................... . ..... .. . . . . ............. .. . . .......... . . .. .. . . . . . . . . . ......................................... . . .. ..... . .. . .... ... . . . .. .. .. ... . . . .. .. . . .. ... . . . . .. . ... . ...... ......... .......... . ..... ..... ......... ............. .. . . .. . . .
lowQualScore : 5 0 55 5 888888 2 66666666666666666 5 0 000000 0 00 7 8888888 7 7 888 0 5 777777777 22 0 3 22222222222222222222 7 22 777777 4444444444 44444444444 7 444444 33333333333333333333333333333 444444 7 7 7 9999 99 7 1111111111111111111111111111 1 99 000 000 9999 7 7 7 7 3 7 88 8 77 3 44444444 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 99999999 7 11111111111 77777 1111 7 7 1111111111111111111 1111 4 7 3 1111 7 7 7 7 7 7 7 7 7 2222 00 000 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 33333 33 0 7 7 7 3333333333333 00 0 3 3333333333 5 0 00 55 5 0 0 0 0 5 0 0 5 00000000000000000000000000000000000000000 0 0 00 55555 5 00 5 0000 000 0 0 0 55 00 00 000 5 5 7 22 22 7 7 22 666 0 7 3 7 33 7 000 0 222222 999999999 8888888888 7 33333 77777 777777777 7777777777777 88 7 5 88 6 8 8
consensus : AGTATTCCTTCTCNTG-TCTGATGTAGATCAGCAGCTCAATA---CAACACACATT-------TGTACA----TATGCATTA-TA------AGA--GGAAA-TAATGGT--A-TTAAT-AACA-TCGGAATGTTGACATA-C-TTT-TACATGT--ATACAC--TCAGAGAA------TG-GTAAA-TACT--GT-T----TTATA-AC----TT-CATGTAA-GAT---TA--AGGTTAN--TAATGGTTAGT---T-G---G--GAGA--CAT-CA-A-GGACGG------T-G-CTCTAGG-AAATG----CA--CAA-ACTTT---GTCAGT----ATAA--CTT-C-CATAT-TA---GAA---GA----TA-GCATTCCTCCTCA-T-GTC-TAATG-TA-GA--CAAGCAACATAANCACTATTGAATAT-TGTACAA----ATCGT---GATTACATGTCTAATGT-AGACAAGN--AAC-A-ATNAC---TAT-CA-A-GTATCGNGNAAATTTAG--AAAAAAAC------AAAGTGT---TG------GGATGTACTT-GGGTAA----A-TAT-AC-----CATG---A------CT----AATAAAAT-ATAGA----GT-GCCAG-TCAA-CAGG-AG-ACATCAAGGGACG-GTGC-TTTA-GGAAAT----GCACAA-ACT---CAAAGCGTAAG-GCTCTAGGAAGTNCATAATTC-------GTA-------------CATAC--GGATATAAAAC-----ATTCCTCCTCATGTC--TGATGTNGACAAGCAACGCA--CA-TTAT-TAATACGACANT-TAAATGCATCAATTCCTAATATGTTCNAATATAGCTATCTTACCAACTGTTTCGGTATGGAATTANCCANATAGCTATCTNCAATGTTTCGATATGAANTGACCTGAAGTTCTCAAGATTGACTCATTTTCATTCNTNAACAAAGCCATACAAGTTTATCTTCCACATTGAAAAGTCAAGATTTGTGGAAGATGGCTGCACTTGATAATTCTGAGACAGAATTAANAAAATCTCCTCGTTGATCTAACCACATTGTATTCCATTTTGGATACATGCCAAACTTTTATTATGACTATACATTTTACCTTGTAGGTAAGATAAGTTT-ATTCCAATT--TTGGGCCCCAGAGGGCA--TAA-TAG-AAG--TAACAGTTC-T-AAAGA-AGAAATAA-ATGTCAACCAAAA-AGGG---GGGAGAAGTT-ACAATATCATG----AATCACAACCTA---------CATG----------TA-TGTGGAT-TG-CAGCATA-CAATTGGGAA---------TTACAAC-------------ATGGGA--TG-TACAAACAGAGATGAATGTACAATATCAATATTGTG
Reference ( family-4966 ) : AGTATTCCTTCTCATG-TCTAATGTAGATCAGCAGCTCAATA---CAACACACATT-------TGTACA----TATGCATTA-TA------ANA--GGAAA-TAATGGT--A-TTAAT-AACA-TCGNAATGTTGACATA-C-TTT-TACATGT--ATANAC--CCAGAGAA------TG-GTAAA-TACT--GT-T----TTATA-AC----TT-CATGTAA-GAT---TA--AGGTTAG--TAATGGTTAGT---TCG---G--GAGA--CAT-CACG-GGACGG------T-G-CTCTAGG-AAATG----CA--CAA-ACTTT---GTCAGT----ATAA--CTT-C-CATAT-TA---GAA---GA----TA-GCATTCCTCCTCA-T-GTC-TAATG-TA-GA--CAAGCAACATAAGCACTATTGANTAT-TATACAA----ATCGT---GATTACATGTCTAACGT-AGACAAGC--AAC-A-ATNAC---TATGCA-A-GTATCGTGTANATTTAG--AAAAGAAC------AAAGTGT---TG------GGATGTACNT-GGGTAA----A-TAT-AC-----TATG---A------CT----AATAAAGT-ATAGA----GT-GCCAG-TCAA-CAGG-AG-ACATCAAGGGACG-GTGC-TTTA-GGAAAT----GCACAA-CCT---CAAAAC--AAGTGCTCTAGGAAATGCACAGACC-------GTA-------------CATAC--GGATATAAAGC-----ATTCCTCCTCATGTC--TAATGTAGACAAGCAGCACA--CATTTACGTAATATNACANT-TAAATACATCA--TCCTAACATGTTNTAATANAGCTATCTTACCAACTG-TTCAGTATAGAATTAACCACA-AGTTA-CTCCA----------ATGAATTGA-CTG------------------CATTTTCATTCTTTAACAAAGCCATACAAGTTTATCTTCCACATTGAAAAGTCAAGATTTGTGGAAGATGGCTGCACTTGATAATTCTGAGACAAAA-TAATAAAA-CTCCTCGTTGATCTAACCACATTGTATTCCATTTTGGATACATGTCAAACTTTTATTATGACTATACATTTTACCTTGTAGGTAAGATAAGTTT-ATTCCAATT--TTGGGCCCCAGAGGGCA--TAA-TAG-AAG--TAACAGTTC-T-AAAGA-AGAAATAA-ATGTCAACCAAAA-AAGG---GGGAGAAGTT-ACAATATCATG----AATCACAACCTA---------CATG----------TA-TGTGGATNTG-CAGCATATCAATTGGGAA---------TTACAAC-------------ATGGGA--TG-TACAAACAGAGATGAATGTACAATATCAATATTGTG
gi|1 : AGTCTTCCTTCTCCTG-TCTGATGTAGATCAGCAGCTCAATAAATCAACACACATT-------TATACA----TATGCATTA-TA------AGA--GGAAA-TAATGGTT-A-TTAAT-AACA-TCGAAATGTTGACATA-C-TTT-TACATGT--ATACAC--TCAGAGAA------TG-GTAAA-CACT--GT-T----TTATA-AC----TT-CATGTAA-G-----TA--AGGTTAT--TAATGGTTAGTACTTAG---G--GAGA--CAT-CACA-GGACGG------T-G-CTTTAGG-AAATG----CA--CAA-ACTTT---GTCAGT----ATAA--CTT-C-CATAT-TA---GAA---GA----TA-GTATTCCTCCTCA-T-GTC-TAATT-TA-GA--CAAGCAACATAAGTACTATTNAAAATCTGCACAA----ATCGCCTGGACTACATGTCTAATGT-AGACAAGC--AAC-ATATTAC---TATACA-A-GTATCGTGTACATTTAG--AAAAGAAC------AAAGTGT---TG------GGATGTACAT-GGGTAA----A-TAT-AT-----TATG---A------CT----AACAATGT-ATAGA----GT-GTCAG-TCAA-CAGT-AG-ACATCAAGGGATG-GTGC-TCTA-TGAAAT----GCATAATCCT---CAAAACGTAAGNGCTCTAGGAAATGCATAATCCTCAAAAAGTAAAGGTAAATATATTATACTGGGATATAAAAC-----ATTCCTCCTCATGTC--TGATGTTGACAAGCAACACA--TCTTTATATAATAGAACAGT-TAAATGCATCAATTCCT-ATATGTTCAAAT--AGCTATC-TA-CAA-TGTTTCGATATGAAATTACCCNAATAGCTATCTACAATGTTTCGATATGAAATGACCTGAAGTTCTCAAGATTGACTCATTTTCATTCGTGA--AAAGCCATACAAG-----CTTCC-CATTGAAA--TCAAGATTTG-GGAAGA----TGCAT---ATAATTCTGAGACAGAATTAAGAAAATCTCCTCGTTGATCTAACCACATTG--TTTCATTT--GATACATGC--AACTTTTATT---ACTATACATTTTACC-TGTAGGTAAGA-AAGTTT-ATACCAATT--TTGGGCCCCAGAGGGTA--TGA-TAG-AAG--TAACAGTTCTT-AAAGA-AGAAATAA-ATGTCAACCAAAA-AGGG---GGGAGAAGTT-ACAATATC-------AACCACAAACTA---------CATG----------TA-TGTGGATATG-CAGCAGAGCAATTGGGAA---------TTACAAC-------------ATGGGA--TG-TACAAACAGAGATGAATGTACAATATCAATACTGTG
gi|10 : AGTATTGCTTATCATA-TCTGACGTAGATCAGCAGCTCA--A---CAGCATGTATT------------A----TATGCATTA-TA------AGA--GGAAA-TGATGG------GAAT-AACA-TTGGAATGTTGACA---------TGCATGT--ATATAC---------A------T--GTAAA-TACT--GT-A----TTATA-AC-----------TAA-GATAAATA--ACGTTAG--TA--GGTTg
gi|11 : tttccaa--AAAAAAAC------ACAGTGT---TG------GGATGTATTA-GGGAAA----A-TAT-AC-----CATAATTA------CT----AATAAAAT-ATGAA----GT-gccagtcaacaggaa
gi|12 : cactattataacaatatacaagtggtattatacacattttatttaaaaaaaaaaccaaacaaaaacaaaaacGTTC-TTAAAGA-AGAAATAA-ATGTCAACCAATA-AAGG---GGGAGGGGTT-ACAATATCA-------ATCACTACCTA---------CATG----------TA-TGTGGATATG-CAGCATATTAATTGAGAA---------TTACAAC-------------ATGGGA--TG-TACAAACAGAG
gi|13 : AAAAC------AGAGTGT---TG------GAATGTACTT-GAGTAA----A-TAT-ACCATAATATG---ATAATTACT----AATAAAAT-ATAAA----GT--CCAG-TCAA-CAGG-AG-ACATCAAGGGACG-ATGC-TTTA-GGAAAT----GCACAA-ACT---
gi|14 : ATAAGTTT-ATTCCAATT--TTGGGCCCCAGAGGGCA--TAA-TAG-AGG--TAACAGTTCAT-A---A-AGAAAGAA-ATGTC--CCAAAA-AAGAAGTGGGAAAAGTT-ACAATACCATG----AAtt
gi|15 : -CATGTAA-GAT---TA--AGGTTAT--C--TGGTT--------G---C--CAGT--CAA-CA----AACAA------T-G-CTCTAGG-AAATG----CA--CAG-AC----------------------------CATAC-TA---GAA---GA----TA-GCATTCCTCCTCA-T-GTC-TAATa
gi|16 : -AGGG---GAGGGGAATT-TCAATATCATG----AATCACAACCTA---------CA
gi|17 : aaacaaagatggaaatatccccccaaaaggtgggggAGTATTCCTTCTCTTA-TCCAATGTAGATTAGCAGTTCAATA---TAACACA-----------TGTACA----Tctaagtactgcatgtgtggaa
gi|19 : ctaaTAAGATTAGTTT-ATTCCAATT--TTGGGCCCCAGAGGGCg
gi|2 : agataagataattACACACGTT-------TATAC-----TATGCATAA-TA------ATAAGGGAAA-TAATGGTTCA-TTAATTAACAATCGAAATGTTGA-ATAACATTT-TACATGTCTATACACAGTCAGAGAA------TGCGTAAAGCACT--GG-T----TTATA-AC----TT-CATGTAACGA--------AG--TAGCATAATGGTTAGTACTTTG---GTGGAGAATCATTCACAAGGACGGATGATTT-GACTTTAGG-AAATGG---CA--CAATACTTTACGGTCAGTGTTTATAA--CTT-C-CATAT-TA---GAA---GA----TA-GCA-TCGTGCTCACT-GTCTTAATT-TATGAT-CAAGC-ACATAGTAACTATTGATTAC-TATACAAGT--ATCGT---G-TTACAT-T------T-AGAAAAACGGAAC-A-ATAAT---T-T----A-GTGTTGGG---ATTT-GTTACAAG--C--------AGT--------------GAT--------GGTAA----ATTATAAT-----TATGT--A------CT----AAC-ATGT-ATAGAGTT-GT-GTCTG-TCAA-CAGGTAGTACTTCAA-GGATGTGCAC-TCTA-TGGGATAGAAGCAAAT-CCTCTCCAAAGC------------GGAAGTTTAT-GTTA-------GT---------------ATAC--GGATATAAAAC-----ATTCCTCCTCATATCCTTGATGTGAGCAA--AGCACA--CAATTAT-TA--ATGACATT-TAA------TA--TCCTAATATGTTCTAATATAGCTATCTTACCAACTG-TTCAGTATAGAATTAACCACA-AGTTA-CTCCA----------ATGAATTGA-CTG------------------CATTTTCATTCTTTAACAAAGCCATACAAGTTTATCTTCCACATTGAAAAGTCAAGATTTGTGGAAGATGGCTGCACTTGATAATTCTGAGACAAAA-TAATAAAA-CTCCTCGTTGATCTAACCACATTGTATTCCATTTTGGATACATGTCAAACTTTTATTATGACTATACATTTTACCTTGTAGGT
gi|20 : agtctttccttcgtcgctgattcttgattatgatgcacgcattctcacataaaaattcCCCCAGAGGACA--TAA-TAG-AAG--TAACAGTTC----AAAA-AGAATTAA-caaa
gi|3 : ACGG------TAG-CTCTAGG-AGATGAAGGCAATCAA-ATTTTT--GTCAGT----ATAAAGCTTGC-CATAT--A---GAA---GAATTATAAGCATTCCTCCTCA-TGGTC-TAATG-TA-GAAGCAGCCACCATACACATTAT--AACAA-TGTACAGTAGTATC------ATTACATAT------T-AAAAAAGA--AATAA-ATAA-----AT-CATA-ATAT--TAAAAA---AA--AAAAAAACCCAAAAAAAGTGTG--TG------GGATGTACTT-GGTTAATATTA-TAT-ACCA---TATT---A------CTTATAAATAAAAT-TTA-A----GTGGCCAGTTCAA-CAGG-AG-ACATCAAGGGACG-GTGC-TTTAGGGAAAT----GCACAA-ACT---ga
gi|3 : AGCATTCCTCCTCATGGTCTAATGTAGA--AGCAGCC----A---CCATACACATTATAACAATGTACAGTAGTAT-CATTA-CATATTAAAAA--AGAAA-TAA-----------AT-AA-A-TCATAATATTAAAAAA--------AAA-----AAAAAC--CCAAAAAAAGTGTGTG-GGATG-TACTTGGT-TAATATTATATACCATATTACTTATAA--AT---AA--AATTTA----AGTGGCCAGT---TCAACAG--GAGA--CAT-CAAG-GGACGG------T-G-CTTTAGGGAAATG----CA--CAA-ACTTT---GTCAGT----ATAT--CTT-C-CA-AT-TGAGGGAA---GAC---TA-GCATTCCTCCTCA-T-GT--TAATGATA-GA--CAAGCAGC-----CAC------ATAT-TA-GCAC----ATTAT----ATTACA--------------CAAAT--A-C-A-AT-AC----ATTTA-A-AAA----GAAAATT-AG--AAAACAGC---------GTGTGTGTG------GGATGT--CT-GGGTAA----A-TAT-AC-----CATA---ATTA---CT----AATAAAAT-ATAGATTAAGT-GCAGG-TCAA-CAGG-AG-ACATCAAGGGAC--GTGC-TTTA-GGAAAT----ttgtcagtatatcttccaattgagggaagactagcattcctcctcatgttaatgatagacaagcagccacatattagcacattatattacacaaatacaatacatttaaaaagaaaattagaaaacagcgtgtgtgtgggatgtctgggtaaatataccataattactaataaaatatagattaagtgcaggtcaacaggagacatcaagggacgtgctttaggaaatcatag
gi|4 : acggtagctctaggagatgaaggcaatcaaatttttgtcagtataaagcttgccatatagaagaattataAGATATGATAAGTTT-ATTC-AATT--TTGGGCTCCAGAGGGAAATTAAATAG-AAGAAGAACATTTA-T-AAACC-A-----AA-ATGCCCCCCCCCCCAACG---GACAAAATTC-AAAATATCA-------ATTACAACTTA---------TTAG----------TA-TGTGGAATTGCCAGCAT----ATTGGGAA---------TTACAACTATGTGGGTGTAAATGGGAAGTA-TACAAAAAGAGTTG--TG-ACAAT-TCAATATTGTGcatag
gi|5 : tataagta-TAATGGT--AATTAAT-AACA-T-----TGTTGACATA-C-TTT-TACATGT--A---------------------------AA-TA----GT-T----TTATA-AC----TA-CATGTAA-GAT---TA--AGGTGAG----GTTGCCAGT------------------CAA-CA----AACAG------T-G-CTCTAGG-AAATG----CA--CAG-AC----------------------------CATAT-CA---GAA---GA----TA-GCATTCCTCCTCA-T-GTC-TAATGTTA-GA--CTAGGAGC-CAACCAC-ATTataatagtagatatgcaacatatggaaacagacctaagatacattgttcaattttcttttttctgaatgtttaactaatattggacatagttttgaattgcagctttgtctcactttatctcatcaaccatagggaattatccttgtttgacaagattaagttcttatgagctttgaatcaacatgaaaaaacatttctctctacggtatatatggatcatcataaaatgcaattcatcttctatagcaatttgaattacaattgtagtatattaaattttctttctttttaaggaa
gi|5 : ttgtatgcatttCATGTCTAATGTTAGACTAGG--AGCCA-ACCACATTTATGAA-ATGT-TCAGGTAAAA--AA--AAAAAAACCCA---AAAAACC---TGAAACATGGATGTACCTTGGGTAA----A-TAT-AC-----CATA---A------CT----AATAAAATAATATA----GT-GCCAG-TCAACCAGA-AG-ACATCAA-GGACG-GTGCTTTTA-GGAAAT----GCACAA-ACT---tatgaaatgttcaggtaaaaaaaaaaaaacccaaaaaacctgaaacatggatgtaccttgggtaaatataccataactaataaaataatatagtgccagtcaaccagaagacatcaaggacggtgcttttaggaaatgcacaaacttctgtcagtat
gi|6 : ttgtatgcattttaatggtaattaataacattgttgacatacttttacatgtaaatagttttataactacatgtaagattaaggtgaggttgccagtcaacaaacagtgctctaggaaatgcacagaccatatcagaagatagcattcctcctATTAATA------AGA--GGAAAACAATGGT--A---AAC-A-CA-TTGGAAT--TG-CAAA-C-TATATAC-TGT--ACATAT--T--GTACA------TG--TAAA-TACT--GTAC----TTATA-------TT-AATCTAA-GAA---TACAATGTAAT--TAAAGATTAA--------------AG-----T-CA-------GG------T-T-GTC------AGTC----CA---GA-AC------ATCAGA----ATAA--AAT-CGCACATGTA---GAAAGCGA----T--TCATTCCTTCTCA-T-GTC-TAATG-TA-GA--CAAGCAACGTAAGCACTAtctgtcagtat
gi|6 : gaAAATC-------GCA-------------CATG------TAGAAAGCGATTCATTCCTTCTCATGTC--TAATGTAGACAAGCAACGTAAGCA-CTAC---ATACAACACTGTATATAcatacaacactgtatatagtacgt
gi|7 : gaattaataagaggaaaacaatggtaaacacattggaattgcaaactatatactgtacatattgtacatgtaaatactgtacttatattaatctaagaatacaatgtaattaaagattaaagtcaggttgtcagtccagaacatcagaataGAAAAGTTTTATACCAATTGGTTGCGGCCCAGAGGCGA--TTA-TAGGAAT--TAACAGTTC-TTAAAGACAGAAATAACAT-TCAAC---AA-AAGG---GGGAGAGGTTTACAA----ATA----CATCATACCCCAGGAACTGACCATGG---------TACTGTGGATTAG-CAGCA-ATCA-TTGGGGAGCAAGTAGTTTACAAC-------------ATGGGAA-TGGTACAAACAGAGATGAAT---CGATATCAgtacgt
gi|8 : GTT-ACAATATCATGAAAAAATCACAACCTT---------CATGTAATACTATATA-TGTGGA--TG-CAGCAT----ATTGGGA-----------------------------------A--TG-TATTTATAGAGATGATTGTACA--ATCAATATTGTGgaaatacaatatgtgcggtatg
gi|9 : TAAGATAAGTTT-ATTTCAATT--TTGGGCCCC-GAGGGCA--TAA-------------CAGTTCAT-AAACA-AGAAAGAA-ATGTC--CCAAAG-AGAA---GGGGGAAGTT-ACAATATCATG----AATCACAACCTA---------CATG----------CA-T--------------------ATTGGGAA---------TTATAAC-------------ATGGGA--TG-TAT--ATAGAGATGAATGTACAATATCAGTATTGTGatatacatgtataatataaatcaacagactagatacattatttcaattttaaaaattaattctttttctgaatgttttaactaaatttatggttgcagctttgtctt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATAAAATTCTTGCAGAGCCTTGATAAATCATGAAAAAACATTTCTCTCTACAG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 222222 33333333333333333 222222 11 3333333 222222222 55555555555555555555 111111 1111111111 6666666666666666666666666666666666666666666 111 111 111111 1111 33333333333333333333333333 111 111 1111 1 11 22222222222 111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222222 22222222222 1111 5555555555555555 1111 2222 11 1111 111 666666666666 88888888888888888888888888888 22 22 11 3333 2 33 1 3333333 1 11 1 1 1 1 1 1 4444444444 1 666666666666666666 11 22222 1 11 1 2222 222 1 1 11 11 11 222 1 222 111111111 111 1111111 222222222 3333333333 22222 44444 222222222 3333333333333 11
lowQualScore : 1 0 33 2 000000 3 22222222222222222 2 8 333333 11 6 4444444 6 6 444 1 2 666666666 99 6 3 66666666666666666666 6 99 888888 8888888888 7777777777777777777777777777777777777777777 99 111 6 333 5 666666 5 5 5 7777 77 5 88888888888888888888888888 5 0 55 000 000 7777 5 5 5 5 3 6 55 9 44 55555555555 1 88 555 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 66666666 0 00000000000 6666 2222 5 5 3333333333333333 2222 5 5 2222 6 6 6 6 6 6 6 6 6 11 4444 444 333333333333 1 88888888888888888888888888888 77 77 1 77 6 4444 0 00 1 5 2222222 5 1 88 5 5 5 5 1 1 5 5 1 1111111111 1 5 333333333333333333 1 1 88 77777 5 88 5 3333 111 5 1 5 88 88 88 111 5 3 6 99 99 6 6 99 666 3 5 1 5 999999999 1 0 000 5 8888888 222222222 5555555555 6 44444 6 22222 666666666 6666666666666 55 6 3 11 5 0 0
lowQualScore : . . .. . ...... . ................. . . ...... .. . ....... . . ... . . ......... .. . . .................... . .. ...... .......... ........................................... .. ... . ... . ...... . . . .... .. . .......................... . . .. ... ... .... . . . . . . .. . .. ........... . .. ... .................................................................................... ........ . ........... .... .... . . ................ .... . . .... . . . . . . . . . .. .... ... ............ . ............................. .. .. . .. . .... . .. . . ....... . . .. . . . . . . . . . .......... . . .................. . . .. ..... . .. . .... ... . . . .. .. .. ... . . . .. .. . . .. ... . . . . ......... . . ... . ....... ......... .......... . ..... . ..... ......... ............. .. . . .. . . .
lowQualScore : 0 0 55 5 888888 2 66666666666666666 5 0 000000 00 7 8888888 7 7 222 0 5 777777777 22 0 7 33333333333333333333 7 22 777777 4444444444 7777777777777777777777777777777777777777777 22 777 7 444 7 444444 7 7 7 9999 99 7 77777777777777777777777777 7 1 99 000 000 9999 7 7 7 7 3 7 88 8 88 99999999999 1 44 777 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 66666666 7 11111111111 9999 1111 7 7 1111111111111111 1111 7 3 1111 7 7 7 7 7 7 7 7 7 00 8888 000 000000000000 0 00000000000000000000000000000 55 55 0 55 0 0000 0 55 0 5 5555555 5 0 55 5 0 0 5 0 0 5 5 0 0000000000 0 0 555555555555555555 0 0 00 55555 5 00 5 0000 000 5 0 5 55 00 00 000 5 5 7 22 22 7 7 22 666 0 7 3 7 333333333 7 4 000 0 4444444 999999999 8888888888 7 88888 7 77777 777777777 7777777777777 88 7 5 88 6 8 8
consensus : AGTATTCCTTCTCNTG-TCTGATGTAGATCAGCAGCTCAATA---CAACACACATT-------TGTACA----TATGCATTA-TA------AGA--GGAAA-TAATGGT--A-TTAAT-AACA-TCGGAATGTTGACATA-C-TTT-TACATGT--ATACAC--TCAGAGAA------TG-GTAAA-TACT--GT-T----TTATA-AC----TT-CATGTAA-GAT---TAAGGTTAG--TAATGGTTAGT----T----GG--GAGA--CAT---CA-AGG-AC-GG------T-G-CTCTAGG-AAATG----CA--CAA-ACTTT---GTCAGT----ATAA--CTT-C-CATAT-TA---GAA---GA----TA-GCATTCCTCCTCA-TG-TC-TAATG-TA-GA--CAAGCAACATAANCAC---T--ATTA-AACAN-T---GTACAA----ATCGT---GATTA--CATGTCT-AT-T-AGANAA--GNAAC-A-A-TAAC---TAT-CA-AATAT-CGGG-AAATT-AGAAAAAAAC------AAAGTGT---TG------GGATGTAC-TTGGGTAA----A-TAT-ACCATA---A-----------CT----AATAAAAT-ATAGA----GTG-CCAGT-CAA-CAGG-AG-ACATCAAGGGACG-GTGC-TTTA-GGAAATGCA--CAA-A--CT---CAAAGCGTAAG-GCTCTAGGAAGTNCATAGTCNTCAAAAAGTAAAGGTAAATATATTATACTGGGATATAAAACATTCCTCCTCATGTCCTTGATGTNGGCAAGCAGCACATCANTTATATAATAGGACANTTAAATGCATCAATTCCTAATATGTTCNAATATAGCTATCTTACCAACTGTTTCGGTATGGAATTANCCANATAGCTATCTNCAATGTTTCGATATGAANTGACCTGAAGTTCTCAAGATTGACTCATTTTCATTCNTNAACAAAGCCATACAAGTTTATCTTCCACATTGAAAAGTCAAGATTTGTGGAAGATGGCTGCACTTGATAATTCTGAGACAGAATTAANAAAATCTCCTCGTTGATCTAACCACATTGTATTCCATTTTGGATACATGCCAAACTTTTATTATGACTATACATTTTACCTTGTAGGTAAGATAAGTTT-ATTCCAATT--TTGGGCCCCAGAGGGCA--TAA-TAG-AAG--TAACAGTTC-T-AAAGA-AGAAATAA-ATGTCAACC-----AAAAAGGG---GGGAGAAGTT-ACAATATCATG----AATCACAACCTA---------CATG----------TA-TGTGGA-T-T-GC-AGCATA-T-ATTGGGAA---------TTACAAC-------------ATGGGA--TG-TACAAACAGAGATGAATGTACAATATCAATATTGTG
Reference ( family-4966 ) : AGTATTCCTTCTCNTG-TCTGATGTAGATCAGCAGCTCAATA---CAACACACATT-------TGTACA----TATGCATTA-TA------AGA--GGAAA-TAATGGT--A-TTAAT-AACA-TCGGAATGTTGACATA-C-TTT-TACATGT--ATACAC--TCAGAGAA------TG-GTAAA-TACT--GT-T----TTATA-AC----TT-CATGTAA-GAT---TAAGGTTAN--TAATGGTTAGT----T----GG--GAGA--CAT---CA-AGG-AC-GG------T-G-CTCTAGG-AAATG----CA--CAA-ACTTT---GTCAGT----ATAA--CTT-C-CATAT-TA---GAA---GA----TA-GCATTCCTCCTCA-TG-TC-TAATG-TA-GA--CAAGCAACATAANCAC---T--ATTG-AATAT-T---GTACAA----ATCGT---GATTA--CATGTCTAATGT-AGACAA--GNAAC-A-A-TNAC---TAT-CA-AGTAT-CGNGNAAATTTAGAAAAAAAC------AAAGTGT---TG------GGATGTAC-TTGGGTAA----A-TAT-ACCATG---A-----------CT----AATAAAAT-ATAGA----GTG-CCAGT-CAA-CAGG-AG-ACATCAAGGGACG-GTGC-TTTA-GGAAATGCA--CAA-A--CT---CAAAGCGTAAG-GCTCTAGGAAGTNCATAATTC-------------GTA-------CATAC--GGATATAAAACATTCCTCCTCATGTC--TGATGTNGACAAGCAACGCA-C-ATTAT-TAATACGACANTTAAATGCATCAATTCCTAATATGTTCNAATATAGCTATCTTACCAACTGTTTCGGTATGGAATTANCCANATAGCTATCTNCAATGTTTCGATATGAANTGACCTGAAGTTCTCAAGATTGACTCATTTTCATTCNTNAACAAAGCCATACAAGTTTATCTTCCACATTGAAAAGTCAAGATTTGTGGAAGATGGCTGCACTTGATAATTCTGAGACAGAATTAANAAAATCTCCTCGTTGATCTAACCACATTGTATTCCATTTTGGATACATGCCAAACTTTTATTATGACTATACATTTTACCTTGTAGGTAAGATAAGTTT-ATTCCAATT--TTGGGCCCCAGAGGGCA--TAA-TAG-AAG--TAACAGTTC-T-AAAGA-AGAAATAA-ATGTCAACC-----AAAAAGGG---GGGAGAAGTT-ACAATATCATG----AATCACAACCTA---------CATG----------TA-TGTGGA-T-T-GC-AGCATA-CAATTGGGAA---------TTACAAC-------------ATGGGA--TG-TACAAACAGAGATGAATGTACAATATCAATATTGTG
gi|1 : AGTCTTCCTTCTCCTG-TCTGATGTAGATCAGCAGCTCAATAAATCAACACACATT-------TATACA----TATGCATTA-TA------AGA--GGAAA-TAATGGTT-A-TTAAT-AACA-TCGAAATGTTGACATA-C-TTT-TACATGT--ATACAC--TCAGAGAA------TG-GTAAA-CACT--GT-T----TTATA-AC----TT-CATGTAA-G-----TAAGGTTAT--TAATGGTTAGTACT-TA---GG--GAGA--CAT---CACAGG-AC-GG------T-G-CTTTAGG-AAATG----CA--CAA-ACTTT---GTCAGT----ATAA--CTT-C-CATAT-TA---GAA---GA----TA-GTATTCCTCCTCA-TG-TC-TAATT-TA-GA--CAAGCAACATAAGTAC---T--ATTN-AAAATCT---GCACAA----ATCGCCTGGACTA--CATGTCTAATGT-AGACAA--GCAAC-ATA-TTAC---TATACA-AGTAT-CGTGTACATTTAGAAAAGAAC------AAAGTGT---TG------GGATGTAC-ATGGGTAA----A-TAT-ATTATG---A-----------CT----AACAATGT-ATAGA----GTG-TCAGT-CAA-CAGT-AG-ACATCAAGGGATG-GTGC-TCTA-TGAAATGCA--TAATC--CT---CAAAACGTAAGNGCTCTAGGAAATGCATAATCCTCAAAAAGTAAAGGTAAATATATTATACTGGGATATAAAACATTCCTCCTCATGTC--TGATGTTGACAAGCAACACATC-TTTATATAATAGAACAGTTAAATGCATCAATTCCTA-TATGTTCAAATA--GCTATCT-AC-AA-TGTTTCGATATGAAATTACCCNAATAGCTATCTACAATGTTTCGATATGAAATGACCTGAAGTTCTCAAGATTGACTCATTTTCATTCGTGA--AAAGCCATACAAG-----CTTCC-CATTGAAA--TCAAGATTTG-GGAAGA----TGCAT---ATAATTCTGAGACAGAATTAAGAAAATCTCCTCGTTGATCTAACCACATTG--TTTCATTT--GATACATGC--AACTTTTATT---ACTATACATTTTACC-TGTAGGTAAGA-AAGTTT-ATACCAATT--TTGGGCCCCAGAGGGTA--TGA-TAG-AAG--TAACAGTTCTT-AAAGA-AGAAATAA-ATGTCAACC-----AAAAAGGG---GGGAGAAGTT-ACAATATC-------AACCACAAACTA---------CATG----------TA-TGTGGA-TAT-GC-AGCAGAGCAATTGGGAA---------TTACAAC-------------ATGGGA--TG-TACAAACAGAGATGAATGTACAATATCAATACTGTG
gi|10 : AGTATTGCTTATCATA-TCTGACGTAGATCAGCAGCTCA--A---CAGCATGTATT------------A----TATGCATTA-TA------AGA--GGAAA-TGATGG------GAAT-AACA-TTGGAATGTTGACA---------TGCATGT--ATATAC---------A------T--GTAAA-TACT--GT-A----TTATA-AC-----------TAA-GATAAATAACGTTAG--TA--GGTTg
gi|11 : tttccaaCAC---T--ATTATAACAA-T---ATACAA----GTGGT----ATTATACACATTTTATTT-AAAAAA--AAAAC-C-A--AAC---AA---A-AACA-------AAA---ACAAAAAAAC------ACAGTGT---TG------GGATGTAT-TAGGGAAA----A-TAT-ACCATAATTA-----------CT----AATAAAAT-ATGAA----GTgccagtcaacaggaa
gi|12 : GTTC-TTAAAGA-AGAAATAA-ATGTCAACC-----AATAAAGG---GGGAGGGGTT-ACAATATC-------AATCACTACCTA---------CATG----------TA-TGTGGA-TAT-GC-AGCATATTAATTGAGAA---------TTACAAC-------------ATGGGA--TG-TACAAACAGAG
gi|13 : AAAAC------AGAGTGT---TG------GAATGTAC-TTGAGTAA----A-TAT-ACCATA---ATATGATAATTACT----AATAAAAT-ATAAA----GT--CCAGT-CAA-CAGG-AG-ACATCAAGGGACG-ATGC-TTTA-GGAAATGCA--CAA-A--CT---
gi|14 : ATAAGTTT-ATTCCAATT--TTGGGCCCCAGAGGGCA--TAA-TAG-AGG--TAACAGTTCAT-A---A-AGAAAGAA-ATGTC--CC-----AAAAAAGAAGTGGGAAAAGTT-ACAATACCATG----AAtt
gi|15 : -CATGTAA-GAT---TAAGGTTAT--C------TGGT----T----GC--CAGT--CAA---CA-A---AC-AA------T-G-CTCTAGG-AAATG----CA--CAG-AC----------------------------CATAC-TA---GAA---GA----TA-GCATTCCTCCTCA-TG-TC-TAATa
gi|16 : AGGG---GAGGGGAATT-TCAATATCATG----AATCACAACCTA---------CA
gi|17 : aaacaaagatggaaatatccccccaaaaggtgggggAGTATTCCTTCTCTTA-TCCAATGTAGATTAGCAGTTCAATA---TAACACA-----------TGTACA----Tctaagtactgcatgtgtggaa
gi|19 : ctaaTAAGATTAGTTT-ATTCCAATT--TTGGGCCCCAGAGGGCg
gi|2 : agataagataattACACACGTT-------TATAC-----TATGCATAA-TA------ATAAGGGAAA-TAATGGTTCA-TTAATTAACAATCGAAATGTTGA-ATAACATTT-TACATGTCTATACACAGTCAGAGAA------TGCGTAAAGCACT--GG-T----TTATA-AC----TT-CATGTAACGA------AG--TAGCATAATGGTTAGTACTTT----GGTGGAGAATCATTCACA-AGG-AC-GGATGATTT-GACTTTAGG-AAATGG---CA--CAATACTTTACGGTCAGTGTTTATAA--CTT-C-CATAT-TA---GAA---GA----TA-GCA-TCGTGCTCACTG-TCTTAATT-TATGAT-CAAGC-ACATAGTAAC---T--ATTG-ATTAC-T---ATACAAGT--ATCGT---G-TTA--CAT-T------T-AGAAAAACGGAAC-A-A-TAAT---T-T----AGTGT-TGGG---ATTT-GTTACAAGC--------AGT--------------GAT--------GGTAA----ATTATAATTATGT--A-----------CT----AAC-ATGT-ATAGAGTT-GTG-TCTGT-CAA-CAGGTAGTACTTCAA-GGATGTGCAC-TCTA-TGGGATAGAAGCAA-ATCCTCTCCAAAGC------------GGAAGTTTAT-GTTA-------------GT---------ATAC--GGATATAAAACATTCCTCCTCATATCCTTGATGTGAGCAA--AGCACA-CAATTAT-TAAT--GACATTT-AATA-------TCCTAATATGTTCTAATATAGCTATCTTACCAACTG-TTCAGTATAGAATTAACCACA-AGTTA-CTCCA----------ATGAATTGA-CTG------------------CATTTTCATTCTTTAACAAAGCCATACAAGTTTATCTTCCACATTGAAAAGTCAAGATTTGTGGAAGATGGCTGCACTTGATAATTCTGAGACAAAA-TAATAAAA-CTCCTCGTTGATCTAACCACATTGTATTCCATTTTGGATACATGTCAAACTTTTATTATGACTATACATTTTACCTTGTAGGT
gi|20 : agtctttccttcgtcgctgattcttgattatgatgcacgcattctcacataaaaattcCCCCAGAGGACA--TAA-TAG-AAG--TAACAGTTC----AAAA-AGAATTAA-caaa
gi|3 : -AC-GG------TAG-CTCTAGG-AGATGAAGGCAATCAA-ATTTTT--GTCAGT----ATAAAGCTTGC-CATAT--A---GAA---GAATTATAAGCATTCCTCCTCA-TGGTC-TAATG-TA-GAAGCAGCCACCATACACAT---T--AT---AACAA-T---GTACAGTAGTATC------ATTA--CATAT------T-AAAAAA--GAAAT-A-AATAA-----AT-CATAATAT-TAAAAAAA-----AAAAAAACCCAAAAAAAGTGTG--TG------GGATGTAC-TTGGTTAATATTA-TAT-ACCATATT-A-----------CTTATAAATAAAAT-TTA-A----GTGGCCAGTTCAA-CAGG-AG-ACATCAAGGGACG-GTGC-TTTAGGGAAATGCA--CAA-A--CT---ga
gi|3 : AGCATTCCTCCTCATGGTCTAATGTAGA--AGCAGCC----A---CCATACACATTATAACAATGTACAGTAGTAT-CATTA-CATATTAAAAA--AGAAA-TAA-----------AT-AA-A-TCATAATATTAAAAAA--------AAA-----AAAAAC--CCAAAAAAAGTGTGTG-GGATG-TACTTGGT-TAATATTATATACCATATTACTTATAA--AT---AAAATTTA----AGTGGCCAGT----TCAACAG--GAGA--CAT---CA-AGGGAC-GG------T-G-CTTTAGGGAAATG----CA--CAA-ACTTT---GTCAGT----ATAT--CTT-C-CA-AT-TGAGGGAA---GAC---TA-GCATTCCTCCTCA-TG-T--TAATGATA-GA--CAAGCAGC-----CAC------------ATAT-TA--GCACA---------------TTA--TAT--------T-ACACAA--ATA-C-A-A-T-AC---ATT-TA-AA-----AAGAAAATT----AGAAAAC------AGCGTGTGTGTG------GGATGT---CTGGGTAA----A-TAT-ACCATA---ATTA--------CT----AATAAAAT-ATAGATTAAGTG-CAGGT-CAA-CAGG-AG-ACATCAAGGGAC--GTGC-TTTA-GGAAATttgtcagtatatcttccaattgagggaagactagcattcctcctcatgttaatgatagacaagcagccacatattagcacattatattacacaaatacaatacatttaaaaagaaaattagaaaacagcgtgtgtgtgggatgtctgggtaaatataccataattactaataaaatatagattaagtgcaggtcaacaggagacatcaagggacgtgctttaggaaatcatag
gi|4 : acggtagctctaggagatgaaggcaatcaaatttttgtcagtataaagcttgccatatagaagaattataAGATATGATAAGTTT-ATTC-AATT--TTGGGCTCCAGAGGGAAATTAAATAG-AAGAAGAACATTTA-T-AAACC-A-----AA-ATGCCCCCCCCCCCAAC----G---GACAAAATTC-AAAATATCA-------ATTACAACTTA---------TTAG----------TA-TGTGGAAT-T-GCCAGCATA----TTGGGAA---------TTACAACTATGTGGGTGTAAATGGGAAGTA-TACAAAAAGAGTTG--TG-ACAAT-TCAATATTGTGcatag
gi|5 : tataagta-TAATGGT--AATTAAT-AACA-T-----TGTTGACATA-C-TTT-TACATGT--A---------------------------AA-TA----GT-T----TTATA-AC----TA-CATGTAA-GAT---TAAGGTGAG-----------GT----T----GC--CAGT--CAA---CA-A---AC-AG------T-G-CTCTAGG-AAATG----CA--CAG-A---------------------------C-CATAT-CA---GAA---GA----TA-GCATTCCTCCTCA-TG-TC-TAATGTTA-GA--CTAGGAGC-CAACCACATTT--ATGA-AATGT-TCAGGTAAAA----Aataatagtagatatgcaacatatggaaacagacctaagatacattgttcaattttcttttttctgaatgtttaactaatattggacatagttttgaattgcagctttgtctcactttatctcatcaaccatagggaattatccttgtttgacaagattaagttcttatgagctttgaatcaacatgaaaaaacatttctctctacggtatatatggatcatcataaaatgcaattcatcttctatagcaatttgaattacaattgtagtatattaaattttctttctttttaaggaa
gi|5 : ttgtatgcattt--CATGTCTAATGTTAGACTA--GGAGCCA-A-CCACATTTAT-GA-AATGTTCAGGTAAAA--AAAAAAAAACCCA---AAAAACC---TGAAACATGGATGTACCTTGGGTAA----A-TAT-ACCATA---A-----------CT----AATAAAATAATATA----GTG-CCAGT-CAACCAGA-AG-ACATCAA-GGACG-GTGCTTTTA-GGAAATGCA--CAA-A--CT---aaaaaaaacccaaaaaacctgaaacatggatgtaccttgggtaaatataccataactaataaaataatatagtgccagtcaaccagaagacatcaaggacggtgcttttaggaaatgcacaaacttctgtcagtat
gi|6 : ttgtatgcattttaatggtaattaataacattgttgacatacttttacatgtaaatagttttataactacatgtaagattaaggtgaggttgccagtcaacaaacagtgctctaggaaatgcacagaccatatcagaagatagcattcctcctATTAATA------AGA--GGAAAACAATGGT--A---AAC-A-CA-TTGGAAT--TG-CAAA-C-TATATAC-TGT--ACATAT--T--GTACA------TG--TAAA-TACT--GTAC----TTATA-------TT-AATCTAA-GAA---TA---------CAATG--TAAT----T---------AAA--GAT---TA-AAG-TCAGG------T-T-GTC------AGTC----CA---GA-AC------ATCAGA----ATAA--AAT-CGCACATGTA---GAAAGCGA----T--TCATTCCTTCTCA-TG-TC-TAATG-TA-GA--CAAGCAACGTAAGCAC---TACATAC-AACAC-T---GTATAtctgtcagtat
gi|7 : gaGAAAAGTTTTATACCAATTGGTTGCGGCCCAGAGGCGA--TTA-TAGGAAT--TAACAGTTC-TTAAAGACAGAAATAACAT-TCAAC--------AAAAGG---GGGAGAGGTTTACAA----ATA----CATCATACCCCAGGAACTGACCATGG---------TACTGTGGA-T-TAGC-AGCA-A-TCATTGGGGAGCAAGTAGTTTACAAC-------------ATGGGAA-TGGTACAAACAGAGATGAAT---CGATATCAtagtacgt
gi|8 : GTT-ACAATATCATGAAAAAATCACAACCTT---------CATGTAATACTATATA-TGTGGA---T-GC-AGCAT----ATTGGGA-----------------------------------A--TG-TATTTATAGAGATGATTGTACA--ATCAATATTGTGgaaatacaatatgtgcggtatg
gi|9 : TAAGATAAGTTT-ATTTCAATT--TTGGGCCCC-GAGGGCA--TAA-------------CAGTTCAT-AAACA-AGAAAGAA-ATGTC--CC-----AAAGAGAA---GGGGGAAGTT-ACAATATCATG----AATCACAACCTA---------CATG----------CA-T----------------------ATTGGGAA---------TTATAAC-------------ATGGGA--TG-TAT--ATAGAGATGAATGTACAATATCAGTATTGTGatatacatgtataatataaatcaacagactagatacattatttcaattttaaaaattaattctttttctgaatgttttaactaaatttatggttgcagctttgtctt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATAAAATTCTTGCAGAGCCTTGATAAATCATGAAAAAACATTTCTCTCTACAG
Alignments
lowQualScore : 1 222222 33333333333333333 222222 11 3333333 222222222 55555555555555555555 111111 1111111111 6666666666666666666666666666666666666666666 111 111 111111 1111 33333333333333333333333333 11111 111 1111 1 11 111 22222222222222 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111 111 111 111111 111 1111 444444444444444444444 11111 11111 11 222222 2 666666666666 8888888888888888888888888 11 11 11 2222 1 11 3333333333 1 11 1 1 1 1 1 1 4444444444 555555555555555555555 11 22222 1 11 1 2222 222 1 1 11 11 11 222 1 222 111111111 111 1111 222222222 3333333333333 22222 333 222222222 3333333333333 11
lowQualScore : 1 0 33 2 000000 3 22222222222222222 2 8 333333 11 6 4444444 6 6 444 1 2 666666666 99 6 3 66666666666666666666 6 99 888888 8888888888 7777777777777777777777777777777777777777777 99 111 6 333 5 666666 5 5 5 7777 77 5 88888888888888888888888888 5 0 55555 000 7777 5 5 5 5 3 6 55 8 9 44 555 44444444444444 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 000 000 5 555 666666 000 5 2222 666666666666666666666 5 77777 55555 6 6 6 6 6 6 6 11 000000 0 333333333333 1 5555555555555555555555555 3 88 88 1 77 2222 5 88 1 7777777777 5 1 88 5 5 5 5 1 1 5 5 1 1111111111 1 999999999999999999999 1 1 88 77777 5 88 5 3333 111 5 1 5 88 88 88 111 5 3 6 99 99 6 6 99 666 3 5 1 5 999999999 1 0 000 5 777 0000 222222222 6666666666666 44444 6 5 222 666666666 6666666666666 55 6 3 11 5 0 0
lowQualScore : . . .. . ...... . ................. . . ...... .. . ....... . . ... . . ......... .. . . .................... . .. ...... .......... ........................................... .. ... . ... . ...... . . . .... .. . .......................... . . ..... ... .... . . . . . . .. . . .. ... .............. ...................................................................................... . ... ... . ... ...... ... . .... ..................... . ..... ..... . . . . . . . .. ...... . ............ . ......................... . .. .. . .. .... . .. . .......... . . .. . . . . . . . . . .......... . ..................... . . .. ..... . .. . .... ... . . . .. .. .. ... . . . .. .. . . .. ... . . . . ......... . . ... . ... .... ......... ............. ..... . . ... ......... ............. .. . . .. . . .
lowQualScore : 0 0 55 5 888888 2 66666666666666666 5 0 000000 00 7 8888888 7 7 222 0 5 777777777 22 0 7 33333333333333333333 7 22 777777 4444444444 1111111111111111111111111111111111111111111 22 777 7 444 7 444444 7 7 7 9999 99 7 77777777777777777777777777 7 1 99999 000 9999 7 7 7 7 3 7 88 2 8 88 777 11111111111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 000 000 7 777 444444 000 7 1111 111111111111111111111 7 44444 00000 7 7 7 7 7 7 7 00 888888 0 000000000000 0 5555555555555555555555555 0 00 00 0 55 0000 5 00 0 0000000000 5 0 55 5 0 0 5 0 0 5 5 0 0000000000 0 555555555555555555555 0 0 00 55555 5 00 5 0000 000 5 0 5 55 00 00 000 5 5 7 22 22 7 7 22 666 0 7 3 7 333333333 7 4 000 0 888 6666 999999999 7777777777777 88888 7 7 333 777777777 7777777777777 88 7 5 88 6 8 8
consensus : AGTATTCCTTCTCNTG-TCTGATGTAGATCAGCAGCTCAATA---CAACACACATT-------TGTACA----TATGCATTA-TA------AGA--GGAAA-TAATGGT--A-TTAAT-AACA-TCGGAATGTTGACATA-C-TTT-TACATGT--ATACAC--TCAGAGAA------TG-GTAAA-TACT--GT-T----TTATA-AC----TT-CATGTAA-GAT---TAAGGTTAG--TAATGGTTAGT----T----GG--GAGA--CAT---CA-AGG-AC-GG------T-G-CTCTAGG-AAATG----CA--CAA-ACTTT---GTCAGT----ATAA--CTT-C-CATAT-T---AGAA---GA----TA-GCATTCCTCCTCA-TG-TCT-AATG-TA-GA--CAAGCAGCATAANCAC---TAT-TA-AACA-CT---GTACAA----ATCGT---GATTA----CAT-TCT-A---T-T-AGANAA--GNAAC-A-A-TAAC---TAT-CA-AATAT-CG-GGAAA-TTAGAAAA---AAAC---AAAGTGT---TG------GGA---TGTAC-TTGGGTAA----ATATACCATA-T-A-----------CT----AATAAAAT-ATAG----AGT---G-CCAGT-CAA-CAGG-AG-ACATCAAGGGACG-GTGC-TTTA-GGAAATGCA--CAA-A----CTCCAAAGCGTAAG-GCTCTAGGAAGTNCATAATCCTCAAAAAGTAAAGGTAAATATANTATACTGGGATATAAAACATTCCTCCTCATGTCCTTGATGTNGGCAAGCAGCACATCANTTATATAATAGGACANTTAAATGCATCAATTCCTAATATGTTCNAATATAGCTATCTTACCAACTGTTTCGGTATGGAATTANCCANATAGCTATCTNCAATGTTTCGATATGAANTGACCTGAAGTTCTCAAGATTGACTCATTTTCATTCNTNAACAAAGCCATACAAGTTTATCTTCCACATTGAAAAGTCAAGATTTGTGGAAGATGGCTGCACTTGATAATTCTGAGACAGAATTAANAAAATCTCCTCGTTGATCTAACCACATTGTATTCCATTTTGGATACATGCCAAACTTTTATTATGACTATACATTTTACCTTGTAGGTAAGATAAGTTT-ATTCCAATT--TTGGGCCCCAGAGGGCA--TAA-TAG-AAG--TAACAGTTC-T-AAAGA-AGAAATAA-ATGTCAACC-----AAAAAGGG---GGGAGAAGTT-ACAATATCATGAA----TCACAACCTA---------CATG-TA----------TGTGGA-T-T-GC-AGCATATC-ATTGGGAA---------TTACAAC-------------ATGGGA--TG-TACAAACAGAGATGAATGTACAATATCAATATTGTG
Reference ( family-4966 ) : AGTATTCCTTCTCNTG-TCTGATGTAGATCAGCAGCTCAATA---CAACACACATT-------TGTACA----TATGCATTA-TA------AGA--GGAAA-TAATGGT--A-TTAAT-AACA-TCGGAATGTTGACATA-C-TTT-TACATGT--ATACAC--TCAGAGAA------TG-GTAAA-TACT--GT-T----TTATA-AC----TT-CATGTAA-GAT---TAAGGTTAG--TAATGGTTAGT----T----GG--GAGA--CAT---CA-AGG-AC-GG------T-G-CTCTAGG-AAATG----CA--CAA-ACTTT---GTCAGT----ATAA--CTT-C-CATAT-T---AGAA---GA----TA-GCATTCCTCCTCA-TG-TCT-AATG-TA-GA--CAAGCAACATAANCAC---TAT-TA-AACA-NT---GTACAA----ATCGT---GATTA----CATGTCT-A---T-T-AGANAA--GNAAC-A-A-TAAC---TAT-CA-AATAT-CG-GGAAA-TTAGAAAA---AAAC---AAAGTGT---TG------GGA---TGTAC-TTGGGTAA----ATATACCATA---A-----------CT----AATAAAAT-ATAG----AGT---G-CCAGT-CAA-CAGG-AG-ACATCAAGGGACG-GTGC-TTTA-GGAAATGCA--CAA-A----CTC-AAAGCGTAAG-GCTCTAGGAAGTNCATAGTCNTCAAAAAGTAAAGGTAAATATATTATACTGGGATATAAAACATTCCTCCTCATGTCCTTGATGTNGGCAAGCAGCACATCANTTATATAATAGGACANTTAAATGCATCAATTCCTAATATGTTCNAATATAGCTATCTTACCAACTGTTTCGGTATGGAATTANCCANATAGCTATCTNCAATGTTTCGATATGAANTGACCTGAAGTTCTCAAGATTGACTCATTTTCATTCNTNAACAAAGCCATACAAGTTTATCTTCCACATTGAAAAGTCAAGATTTGTGGAAGATGGCTGCACTTGATAATTCTGAGACAGAATTAANAAAATCTCCTCGTTGATCTAACCACATTGTATTCCATTTTGGATACATGCCAAACTTTTATTATGACTATACATTTTACCTTGTAGGTAAGATAAGTTT-ATTCCAATT--TTGGGCCCCAGAGGGCA--TAA-TAG-AAG--TAACAGTTC-T-AAAGA-AGAAATAA-ATGTCAACC-----AAAAAGGG---GGGAGAAGTT-ACAATATCATGAA----TCACAACCTA---------CATG-TA----------TGTGGA-T-T-GC-AGCATAT--ATTGGGAA---------TTACAAC-------------ATGGGA--TG-TACAAACAGAGATGAATGTACAATATCAATATTGTG
gi|1 : AGTCTTCCTTCTCCTG-TCTGATGTAGATCAGCAGCTCAATAAATCAACACACATT-------TATACA----TATGCATTA-TA------AGA--GGAAA-TAATGGTT-A-TTAAT-AACA-TCGAAATGTTGACATA-C-TTT-TACATGT--ATACAC--TCAGAGAA------TG-GTAAA-CACT--GT-T----TTATA-AC----TT-CATGTAA-G-----TAAGGTTAT--TAATGGTTAGTACT-TA---GG--GAGA--CAT---CACAGG-AC-GG------T-G-CTTTAGG-AAATG----CA--CAA-ACTTT---GTCAGT----ATAA--CTT-C-CATAT-T---AGAA---GA----TA-GTATTCCTCCTCA-TG-TCT-AATT-TA-GA--CAAGCAACATAAGTAC---TAT-TN-AAAATCT---GCACAA----ATCGCCTGGACTA----CATGTCTAA---TGT-AGACAA--GCAAC-ATA-TTAC---TATACA-AGTAT-CGTGTACATTTAGAAAA---GAAC---AAAGTGT---TG------GGA---TGTAC-ATGGGTAA----ATATATTATG---A-----------CT----AACAATGT-ATAG----AGT---G-TCAGT-CAA-CAGT-AG-ACATCAAGGGATG-GTGC-TCTA-TGAAATGCA--TAATC----CTC-AAAACGTAAGNGCTCTAGGAAATGCATAATCCTCAAAAAGTAAAGGTAAATATATTATACTGGGATATAAAACATTCCTCCTCATGTC--TGATGTTGACAAGCAACACATC-TTTATATAATAGAACAGTTAAATGCATCAATTCCT-ATATGTTCAA--ATAGCTATC-TA-CAA-TGTTTCGATATGAAATTACCCNAATAGCTATCTACAATGTTTCGATATGAAATGACCTGAAGTTCTCAAGATTGACTCATTTTCATTCGTGA--AAAGCCATACAAG-----CTTCC-CATTGAAA--TCAAGATTTG-GGAAGA----TGCAT---ATAATTCTGAGACAGAATTAAGAAAATCTCCTCGTTGATCTAACCACATTG--TTTCATTT--GATACATGC--AACTTTTATT---ACTATACATTTTACC-TGTAGGTAAGA-AAGTTT-ATACCAATT--TTGGGCCCCAGAGGGTA--TGA-TAG-AAG--TAACAGTTCTT-AAAGA-AGAAATAA-ATGTCAACC-----AAAAAGGG---GGGAGAAGTT-ACAATATC---AA----CCACAAACTA---------CATG-TA----------TGTGGA-TAT-GC-AGCAGAGCAATTGGGAA---------TTACAAC-------------ATGGGA--TG-TACAAACAGAGATGAATGTACAATATCAATACTGTG
gi|10 : AGTATTGCTTATCATA-TCTGACGTAGATCAGCAGCTCA--A---CAGCATGTATT------------A----TATGCATTA-TA------AGA--GGAAA-TGATGG------GAAT-AACA-TTGGAATGTTGACA---------TGCATGT--ATATAC---------A------T--GTAAA-TACT--GT-A----TTATA-AC-----------TAA-GATAAATAACGTTAG--TA--GGTTg
gi|11 : tttccaaCAC---TAT-TATAACA-AT---ATACAA----GTGGT----ATTATACACAT-TTT-A---T-TTAAAAAA--AAAAC-C-A--AAC---AA---A-AACA-------AAA---ACAAAA---AAAC---ACAGTGT---TG------GGA---TGTAT-TAGGGAAA----ATATACCATAATTA-----------CT----AATAAAAT-ATGA----AGT---gccagtcaacaggaa
gi|12 : GTTC-TTAAAGA-AGAAATAA-ATGTCAACC-----AATAAAGG---GGGAGGGGTT-ACAATATC---AA----TCACTACCTA---------CATG-TA----------TGTGGA-TAT-GC-AGCATATTAATTGAGAA---------TTACAAC-------------ATGGGA--TG-TACAAACAGAG
gi|13 : A---AAAC---AGAGTGT---TG------GAA---TGTAC-TTGAGTAA----ATATACCATA---ATATGATAATTACT----AATAAAAT-ATAA----AGT-----CCAGT-CAA-CAGG-AG-ACATCAAGGGACG-ATGC-TTTA-GGAAATGCA--CAA-A----CT
gi|14 : ATAAGTTT-ATTCCAATT--TTGGGCCCCAGAGGGCA--TAA-TAG-AGG--TAACAGTTCAT-A---A-AGAAAGAA-ATGTC--CC-----AAAAAAGAAGTGGGAAAAGTT-ACAATACCATGAA----tt
gi|15 : -CATGTAA-GAT---TAAGGTTA------T--CTGGT----T----GC--CAGT--CAA---CA-A---AC-AA------T-G-CTCTAGG-AAATG----CA--CAG-AC----------------------------CATAC-T---AGAA---GA----TA-GCATTCCTCCTCA-TG-TCT-AATa
gi|16 : AGGG---GAGGGGAATT-TCAATATCATGAA----TCACAACCTA---------CA
gi|17 : aaacaaagatggaaatatccccccaaaaggtgggggAGTATTCCTTCTCTTA-TCCAATGTAGATTAGCAGTTCAATA---TAACACA-----------TGTACA----Tctaagtactgcatgtgtggaa
gi|19 : ctaaTAAGATTAGTTT-ATTCCAATT--TTGGGCCCCAGAGGGCg
gi|2 : agataagataattACACACGTT-------TATAC-----TATGCATAA-TA------ATAAGGGAAA-TAATGGTTCA-TTAATTAACAATCGAAATGTTGA-ATAACATTT-TACATGTCTATACACAGTCAGAGAA------TGCGTAAAGCACT--GG-T----TTATA-AC----TT-CATGTAACGA------AG--TAGCATAATGGTTAGTACTTT----GGTGGAGAATCATTCACA-AGG-AC-GGATGATTT-GACTTTAGG-AAATGG---CA--CAATACTTTACGGTCAGTGTTTATAA--CTT-C-CATAT-T---AGAA---GA----TA-GCAT-CGTGCTCACTG-TCTTAATT-TATGAT-CAAGCA-CATAGTAAC---TAT-TG-ATTA-CT---ATACAAGT--ATCGT---G-TTA----CAT---------T-T-AGAAAAACGGAAC-A-A-TAAT---T-T----AGTGT-TG-GGA---TTTGTTAC---AAGC---A--GTGA---TG------GTAAATTATAA-TT----------ATGTAC--TA---A-----------C------ATG---T-ATAG----AGTTGTG-TCTGT-CAA-CAGGTAGTACTTCAAGG-ATGTGCAC-TCTA-TGGGATAGAAGCAA-ATCCTCTCCAAAGC------------GGAAGTTTAT------------------GT-----TAGTATAC--GGATATAAAACATTCCTCCTCATATCCTTGATGTGAGCAA--AGCACA-CAATTAT-TAAT--GACATTTAA------TA--TCCTAATATGTTCTAATATAGCTATCTTACCAACTGTT-CAGTATAGAATTAACCACA-AGTTA-CTCCA----------ATGAATTGAC----------------TG---CATTTTCATTCTTTAACAAAGCCATACAAGTTTATCTTCCACATTGAAAAGTCAAGATTTGTGGAAGATGGCTGCACTTGATAATTCTGAGACAAAA-TAATAAAA-CTCCTCGTTGATCTAACCACATTGTATTCCATTTTGGATACATGTCAAACTTTTATTATGACTATACATTTTACCTTGTAGGT
gi|20 : agtctttccttcgtcgctgattcttgattatgatgcacgcattctcacataaaaattcCCCCAGAGGACA--TAA-TAG-AAG--TAACAGTTC----AAAA-AGAATTAA-caaa
gi|3 : -AC-GG------TAG-CTCTAGG-AGATGAAGGCAATCAA-ATTTTT--GTCAGT----ATAAAGCTTGC-CATAT-----AGAA---GAATTATAAGCATTCCTCCTCA-TGGTCT-AATG-TA-GAAGCAGCCACCATACACAT---TAT----AACA-AT---GTACAGTAGTATC------ATTA----CAT-----A---T-T-AAAAAA--GAAAT-A-AATAA-----AT-CATAATAT-TA-AAAAA-AAAAAAAACCCAAAA---AAAGTGTG--TG------GGA---TGTAC-TTGGTTAATATTATATACCATATT-A-----------CTTATAAATAAAAT-TTA-----AGT---GGCCAGTTCAA-CAGG-AG-ACATCAAGGGACG-GTGC-TTTAGGGAAATGCA--CAA-A----CTga
gi|3 : AGCATTCCTCCTCATGGTCTAATGTAGA--AGCAGCC----A---CCATACACATTATAACAATGTACAGTAGTAT-CATTA-CATATTAAAAA--AGAAA-TAA-----------AT-AA-A-TCATAATATTAAAAAA--------AAA-----AAAAAC--CCAAAAAAAGTGTGTG-GGATG-TACTTGGT-TAATATTATATACCATATTACTTATAA--AT---AAAATTTA----AGTGGCCAGT----TCAACAG--GAGA--CAT---CA-AGGGAC-GG------T-G-CTTTAGGGAAATG----CA--CAA-ACTTT---GTCAGT----ATAT--CTT-C-CA-AT-TGAGGGAA---GAC---TA-GCATTCCTCCTCA-TG-T-T-AATGATA-GA--CAAGCAGC-----CACA--TAT-TA-----------GCAC---------------ATTA----------T-A---T-T-ACACAA--AT-AC-A-A-TACA---T-T-TA-AAAA-----GAAAA-TTAG---A---AAAC---AGCGTGTGTGTG------GGA---TGT---CTGGGTAA----ATATACCATAATTA-----------CT----AATAAAAT-ATAGATTAAGT---G-CAGGT-CAA-CAGG-AG-ACATCAAGGGAC--GTGC-TTTA-GGAAATttgtcagtatatcttccaattgagggaagactagcattcctcctcatgttaatgatagacaagcagccacatattagcacattatattacacaaatacaatacatttaaaaagaaaattagaaaacagcgtgtgtgtgggatgtctgggtaaatataccataattactaataaaatatagattaagtgcaggtcaacaggagacatcaagggacgtgctttaggaaatcatag
gi|4 : acggtagctctaggagatgaaggcaatcaaatttttgtcagtataaagcttgccatatagaagaattataAGATATGATAAGTTT-ATTC-AATT--TTGGGCTCCAGAGGGAAATTAAATAG-AAGAAGAACATTTA-T-AAACC-A-----AA-ATGCCCCCCCCCCCAAC----G---GACAAAATTC-AAAATATCA---A----TTACAACTTA---------TTAG-TA----------TGTGGAAT-T-GCCAGCATAT----TGGGAA---------TTACAACTATGTGGGTGTAAATGGGAAGTA-TACAAAAAGAGTTG--TG-ACAAT-TCAATATTGTGcatag
gi|5 : tataagta-TAATGGT--AATTAAT-AACA-T-----TGTTGACATA-C-TTT-TACATGT--A---------------------------AA-TA----GT-T----TTATA-AC----TA-CATGTAA-GAT---TAAGGTGAG-----------GT----T----GC--CAGT--CAA---CA-A---AC-AG------T-G-CTCTAGG-AAATG----CA--CAG-A---------------------------C-CATAT-C---AGAA---GA----TA-GCATTCCTCCTCA-TG-TCT-AATGTTA-GA--CTAGGAGC-CAACCACATTTAT-GA-AATG-TTCAGGTAAAA----Aataatagtagatatgcaacatatggaaacagacctaagatacattgttcaattttcttttttctgaatgtttaactaatattggacatagttttgaattgcagctttgtctcactttatctcatcaaccatagggaattatccttgtttgacaagattaagttcttatgagctttgaatcaacatgaaaaaacatttctctctacggtatatatggatcatcataaaatgcaattcatcttctatagcaatttgaattacaattgtagtatattaaattttctttctttttaaggaa
gi|5 : ttgtatgcattt----CATGTCT-AATGT-T-AGACTA--GGAGCCA-A-CCACATTTAT-GA-AATGTTCA-GGTAA-AAAAAAAA---AAACCCAAAAAACC---TGAAACATGGA---TGTACCTTGGGTAA----ATATACCATA---A-----------CT----AATAAAATAATAT----AGT---G-CCAGT-CAACCAGA-AG-ACATCAA-GGACG-GTGCTTTTA-GGAAATGCA--CAA-A----CTaaaaaaaacccaaaaaacctgaaacatggatgtaccttgggtaaatataccataactaataaaataatatagtgccagtcaaccagaagacatcaaggacggtgcttttaggaaatgcacaaacttctgtcagtat
gi|6 : ttgtatgcattttaatggtaattaataacattgttgacatacttttacatgtaaatagttttataactacatgtaagattaaggtgaggttgccagtcaacaaacagtgctctaggaaatgcacagaccatatcagaagatagcattcctcctATTAATA------AGA--GGAAAACAATGGT--A---AAC-A-CA-TTGGAAT--TG-CAAA-C-TATATAC-TGT--ACATAT--T--GTACA------TG--TAAA-TACT--GTAC----TTATA-------TT-AATCTAA-GAA---TA---------CAATG--TAAT----T---------AAA--GAT---TA-AAG-TCAGG------T-T-GTC------AGTC----CA---GA-AC------ATCAGA----ATAA--AAT-CGCACATGT---AGAAAGCGA----T--TCATTCCTTCTCA-TG-TCT-AATG-TA-GA--CAAGCAACGTAAGCAC---TACATACAACA-CT---GTATAtctgtcagtat
gi|7 : gaGAAAAGTTTTATACCAATTGGTTGCGGCCCAGAGGCGA--TTA-TAGGAAT--TAACAGTTC-TTAAAGACAGAAATAACAT-TCAAC--------AAAAGG---GGGAGAGGTTTACAA----ATACA----TCATACCCCAGGAACTGACCATGGTAC---------TGTGGA-T-TAGC-AGCA-ATC-ATTGGGGAGCAAGTAGTTTACAAC-------------ATGGGAA-TGGTACAAACAGAGATGAAT---CGATATCAtagtacgt
gi|8 : GTT-ACAATATCATGAAAAAATCACAACCTT---------CATG-TAATACTATATATGTGGA-T---GC-AGCATAT----TGGGAA---------T----------------------------G-TATTTATAGAGATGATTGTACA--ATCAATATTGTGgaaatacaatatgtgcggtatg
gi|9 : TAAGATAAGTTT-ATTTCAATT--TTGGGCCCC-GAGGGCA--TAA-------------CAGTTCAT-AAACA-AGAAAGAA-ATGTC--CC-----AAAGAGAA---GGGGGAAGTT-ACAATATCATGAA----TCACAACCTA---------CATG-------------------------------CAT--ATTGGGAA---------TTATAAC-------------ATGGGA--TG-TAT--ATAGAGATGAATGTACAATATCAGTATTGTGatatacatgtataatataaatcaacagactagatacattatttcaattttaaaaattaattctttttctgaatgttttaactaaatttatggttgcagctttgtctt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATAAAATTCTTGCAGAGCCTTGATAAATCATGAAAAAACATTTCTCTCTACAG
Alignments
lowQualScore : 1 222222 33333333333333333 222222 11 3333333 222222222 55555555555555555555 111111 1111111111 6666666666666666666666666666666666666666666 111 111 111111 1111 33333333333333333333333333 11111 111 1111 1 22222 111 1111111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111 111 22222222222 1111 555555555555 1111 11111 11111 11 1111 666666666666 7777777777777777777777777 11 11 11 2222 1 11 3333333333 1 11 1 1 1 1 1 1 4444444444 555555555555555555555 11 22222 1 11 1 2222 222 1 1 11 11 11 222 1 222 111111111 111 1111 222222222 3333333333 22222 22222 222222222 3333333333333 11
lowQualScore : 1 0 33 2 000000 3 22222222222222222 2 8 333333 11 6 4444444 6 6 444 1 2 666666666 99 6 3 66666666666666666666 6 99 888888 8888888888 7777777777777777777777777777777777777777777 99 111 6 333 5 666666 5 5 5 7777 77 5 88888888888888888888888888 5 0 55555 000 7777 5 5 5 5 3 6 6 3 44444 44 555 6666666666 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 000 000 5 33333333333 6666 2222 5 5 111111111111 2222 0 5 77777 55555 6 6 6 6 6 6 6 11 7777 0 333333333333 1 2222222222222222222222222 1 88 88 1 77 2222 5 88 1 7777777777 5 1 88 5 5 5 5 1 1 5 5 1 1111111111 1 999999999999999999999 1 1 88 77777 5 88 5 3333 111 5 1 5 88 88 88 111 5 3 6 99 99 6 6 99 666 3 5 1 5 999999999 1 0 000 5 777 0000 222222222 6 5555555555 44444 6 88888 666666666 6666666666666 55 6 3 11 5 0 0
lowQualScore : . . .. . ...... . ................. . . ...... .. . ....... . . ... . . ......... .. . . .................... . .. ...... .......... ........................................... .. ... . ... . ...... . . . .... .. . .......................... . . ..... ... .... . . . . . . . . ..... .. ... .......... ...................................................................................... . ... ... . ........... .... .... . . ............ .... . . ..... ..... . . . . . . . .. .... . ............ . ......................... . .. .. . .. .... . .. . .......... . . .. . . . . . . . . . .......... . ..................... . . .. ..... . .. . .... ... . . . .. .. .. ... . . . .. .. . . .. ... . . . . ......... . . ... . ... .... ......... . .......... ..... . ..... ......... ............. .. . . .. . . .
lowQualScore : 0 0 55 5 888888 2 66666666666666666 5 0 000000 00 7 8888888 7 7 222 0 5 777777777 22 0 7 33333333333333333333 7 22 777777 4444444444 1111111111111111111111111111111111111111111 22 777 7 444 7 444444 7 7 7 9999 99 7 77777777777777777777777777 7 1 99999 000 9999 7 7 7 7 3 7 7 7 00000 88 777 6666666666 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 000 000 7 77777777777 9999 1111 7 7 444444444444 1111 1 7 44444 00000 7 7 7 7 7 7 7 00 0000 7 000000000000 0 5555555555555555555555555 0 00 00 0 55 0000 5 00 0 0000000000 5 0 55 5 0 0 5 0 0 5 5 0 0000000000 0 555555555555555555555 0 0 00 55555 5 00 5 0000 000 5 0 5 55 00 00 000 5 5 7 22 22 7 7 22 666 0 7 3 7 333333333 7 4 000 0 888 6666 999999999 7 8888888888 88888 7 00000 777777777 7777777777777 88 7 5 88 6 8 8
consensus : AGTATTCCTTCTCNTG-TCTGATGTAGATCAGCAGCTCAATA---CAACACACATT-------TGTACA----TATGCATTA-TA------AGA--GGAAA-TAATGGT--A-TTAAT-AACA-TCGGAATGTTGACATA-C-TTT-TACATGT--ATACAC--TCAGAGAA------TG-GTAAA-TACT--GT-T----TTATA-AC----TT-CATGTAA-GAT---TAAGGTTAG--TAATGGTTAGT----T----GG--GAGA--CAT---CA-AGG-AC-GG------T-G-CTCTAGG-AAATG----CA--CAA-ACTTT---GTCAGT----ATAA--CTT-C-CATAT-T---AGAA---GA----TA-GCATTCCTCCTCA-TG-TCT-AATG-TA-GA-CAAGCAGC----ATAANCAC---TAT-TA-AACA-CTGTACAA----ATCGT---GATTA----CAT-TCT-A---T-T-AGANAA--GNAAC-A-A-TAAC---TAT-CA-AATAT-CG-GGAAA-TTAGAAAA---AAAC---AAAGTGT---TG------GGATGTAC-TTGGGTAA----AT-ATA-CCATAAT--------T-ACT----AATAAAAT-ATAG----AGT---G-CCAGT-CAA-CAGG-AG-ACATCAAGGGACG-GTGC-TTTA-GGAAATGCA--CAAA----CTTCAAAGCGTAAG-GCTCTAGGAAGTNCATAATCCTCAAAAAGTAAAGGTAAATATANTATACTGGGATATAAAACATTCCTCCTCATGTCCTTGATGTNGGCAAGCAGCACATCANTTATATAATAGGACANTTAAATGCATCAATTCCTAATATGTTCNAATATAGCTATCTTACCAACTGTTTCGGTATGGAATTANCCANATAGCTATCTNCAATGTTTCGATATGAANTGACCTGAAGTTCTCAAGATTGACTCATTTTCATTCNTNAACAAAGCCATACAAGTTTATCTTCCACATTGAAAAGTCAAGATTTGTGGAAGATGGCTGCACTTGATAATTCTGAGACAGAATTAANAAAATCTCCTCGTTGATCTAACCACATTGTATTCCATTTTGGATACATGCCAAACTTTTATTATGACTATACATTTTACCTTGTAGGTAAGATAAGTTT-ATTCCAATT--TTGGGCCCCAGAGGGCA--TAA-TAG-AAG--TAACAGTTC-T-AAAGA-AGAAATAA-ATGTCAACC-----AAAAAGGG---GGGAGAAGTT-ACAATATCATGAA----TCACAACCTA---------CATG-TA----------TGTGGA-T-T-GC-AGCATATC-ATTGGGAA---------TTACAAC-------------ATGGGA--TG-TACAAACAGAGATGAATGTACAATATCAATATTGTG
Reference ( family-4966 ) : AGTATTCCTTCTCNTG-TCTGATGTAGATCAGCAGCTCAATA---CAACACACATT-------TGTACA----TATGCATTA-TA------AGA--GGAAA-TAATGGT--A-TTAAT-AACA-TCGGAATGTTGACATA-C-TTT-TACATGT--ATACAC--TCAGAGAA------TG-GTAAA-TACT--GT-T----TTATA-AC----TT-CATGTAA-GAT---TAAGGTTAG--TAATGGTTAGT----T----GG--GAGA--CAT---CA-AGG-AC-GG------T-G-CTCTAGG-AAATG----CA--CAA-ACTTT---GTCAGT----ATAA--CTT-C-CATAT-T---AGAA---GA----TA-GCATTCCTCCTCA-TG-TCT-AATG-TA-GA-CAAGCAGC----ATAANCAC---TAT-TA-AACA-CTGTACAA----ATCGT---GATTA----CAT-TCT-A---T-T-AGANAA--GNAAC-A-A-TAAC---TAT-CA-AATAT-CG-GGAAA-TTAGAAAA---AAAC---AAAGTGT---TG------GGATGTAC-TTGGGTAA----AT-ATA-CCATA----------T-ACT----AATAAAAT-ATAG----AGT---G-CCAGT-CAA-CAGG-AG-ACATCAAGGGACG-GTGC-TTTA-GGAAATGCA--CAAA----CTCCAAAGCGTAAG-GCTCTAGGAAGTNCATAATCCTCAAAAAGTAAAGGTAAATATANTATACTGGGATATAAAACATTCCTCCTCATGTCCTTGATGTNGGCAAGCAGCACATCANTTATATAATAGGACANTTAAATGCATCAATTCCTAATATGTTCNAATATAGCTATCTTACCAACTGTTTCGGTATGGAATTANCCANATAGCTATCTNCAATGTTTCGATATGAANTGACCTGAAGTTCTCAAGATTGACTCATTTTCATTCNTNAACAAAGCCATACAAGTTTATCTTCCACATTGAAAAGTCAAGATTTGTGGAAGATGGCTGCACTTGATAATTCTGAGACAGAATTAANAAAATCTCCTCGTTGATCTAACCACATTGTATTCCATTTTGGATACATGCCAAACTTTTATTATGACTATACATTTTACCTTGTAGGTAAGATAAGTTT-ATTCCAATT--TTGGGCCCCAGAGGGCA--TAA-TAG-AAG--TAACAGTTC-T-AAAGA-AGAAATAA-ATGTCAACC-----AAAAAGGG---GGGAGAAGTT-ACAATATCATGAA----TCACAACCTA---------CATG-TA----------TGTGGA-T-T-GC-AGCATATC-ATTGGGAA---------TTACAAC-------------ATGGGA--TG-TACAAACAGAGATGAATGTACAATATCAATATTGTG
gi|1 : AGTCTTCCTTCTCCTG-TCTGATGTAGATCAGCAGCTCAATAAATCAACACACATT-------TATACA----TATGCATTA-TA------AGA--GGAAA-TAATGGTT-A-TTAAT-AACA-TCGAAATGTTGACATA-C-TTT-TACATGT--ATACAC--TCAGAGAA------TG-GTAAA-CACT--GT-T----TTATA-AC----TT-CATGTAA-G-----TAAGGTTAT--TAATGGTTAGTACT-TA---GG--GAGA--CAT---CACAGG-AC-GG------T-G-CTTTAGG-AAATG----CA--CAA-ACTTT---GTCAGT----ATAA--CTT-C-CATAT-T---AGAA---GA----TA-GTATTCCTCCTCA-TG-TCT-AATT-TA-GA-CAAGCAAC----ATAAGTAC---TAT-TN-AAAATCTGCACAA----ATCGCCTGGACTA----CATGTCTAA---TGT-AGACAA--GCAAC-ATA-TTAC---TATACA-AGTAT-CGTGTACATTTAGAAAA---GAAC---AAAGTGT---TG------GGATGTAC-ATGGGTAA----AT-ATA-TTATG------------ACT----AACAATGT-ATAG----AGT---G-TCAGT-CAA-CAGT-AG-ACATCAAGGGATG-GTGC-TCTA-TGAAATGCA--TAAT----CCTCAAAACGTAAGNGCTCTAGGAAATGCATAATCCTCAAAAAGTAAAGGTAAATATATTATACTGGGATATAAAACATTCCTCCTCATGTC--TGATGTTGACAAGCAACACATC-TTTATATAATAGAACAGTTAAATGCATCAATTCCT-ATATGTTCAA--ATAGCTATC-TA-CAA-TGTTTCGATATGAAATTACCCNAATAGCTATCTACAATGTTTCGATATGAAATGACCTGAAGTTCTCAAGATTGACTCATTTTCATTCGTGA--AAAGCCATACAAG-----CTTCC-CATTGAAA--TCAAGATTTG-GGAAGA----TGCAT---ATAATTCTGAGACAGAATTAAGAAAATCTCCTCGTTGATCTAACCACATTG--TTTCATTT--GATACATGC--AACTTTTATT---ACTATACATTTTACC-TGTAGGTAAGA-AAGTTT-ATACCAATT--TTGGGCCCCAGAGGGTA--TGA-TAG-AAG--TAACAGTTCTT-AAAGA-AGAAATAA-ATGTCAACC-----AAAAAGGG---GGGAGAAGTT-ACAATATC---AA----CCACAAACTA---------CATG-TA----------TGTGGA-TAT-GC-AGCAGAGCAATTGGGAA---------TTACAAC-------------ATGGGA--TG-TACAAACAGAGATGAATGTACAATATCAATACTGTG
gi|10 : AGTATTGCTTATCATA-TCTGACGTAGATCAGCAGCTCA--A---CAGCATGTATT------------A----TATGCATTA-TA------AGA--GGAAA-TGATGG------GAAT-AACA-TTGGAATGTTGACA---------TGCATGT--ATATAC---------A------T--GTAAA-TACT--GT-A----TTATA-AC-----------TAA-GATAAATAACGTTAG--TA--GGTTg
gi|11 : tttccaaCAC---TAT-TATAACA-ATATACAA----GTGGT----ATTATACACAT-TTT-A---T-TTAAAAAA--AAAAC-C-A--AAC---AA---A-AACA-------AAA---ACAAAA---AAAC---ACAGTGT---TG------GGATGTAT-TAGGGAAA----AT-ATA-CCATAAT--------T-ACT----AATAAAAT-ATGA----AGT---gccagtcaacaggaa
gi|12 : GTTC-TTAAAGA-AGAAATAA-ATGTCAACC-----AATAAAGG---GGGAGGGGTT-ACAATATC---AA----TCACTACCTA---------CATG-TA----------TGTGGA-TAT-GC-AGCATATTAATTGAGAA---------TTACAAC-------------ATGGGA--TG-TACAAACAGAG
gi|13 : A---AAAC---AGAGTGT---TG------GAATGTAC-TTGAGTAA----AT-ATA-CCATAATATGATAATT-ACT----AATAAAAT-ATAA----AGT-----CCAGT-CAA-CAGG-AG-ACATCAAGGGACG-ATGC-TTTA-GGAAATGCA--CAAA----CT
gi|14 : ATAAGTTT-ATTCCAATT--TTGGGCCCCAGAGGGCA--TAA-TAG-AGG--TAACAGTTCAT-A---A-AGAAAGAA-ATGTC--CC-----AAAAAAGAAGTGGGAAAAGTT-ACAATACCATGAA----tt
gi|15 : -CATGTAA-GAT---TAAGGTTA------T--CTGGT----T----GC--CAGT--CAA---CA-A---AC-AA------T-G-CTCTAGG-AAATG----CA--CAG-AC----------------------------CATAC-T---AGAA---GA----TA-GCATTCCTCCTCA-TG-TCT-AATa
gi|16 : AGGG---GAGGGGAATT-TCAATATCATGAA----TCACAACCTA---------CA
gi|17 : aaacaaagatggaaatatccccccaaaaggtgggggAGTATTCCTTCTCTTA-TCCAATGTAGATTAGCAGTTCAATA---TAACACA-----------TGTACA----Tctaagtactgcatgtgtggaa
gi|19 : ctaaTAAGATTAGTTT-ATTCCAATT--TTGGGCCCCAGAGGGCg
gi|2 : agataagataattACACACGTT-------TATAC-----TATGCATAA-TA------ATAAGGGAAA-TAATGGTTCA-TTAATTAACAATCGAAATGTTGA-ATAACATTT-TACATGTCTATACACAGTCAGAGAA------TGCGTAAAGCACT--GG-T----TTATA-AC----TT-CATGTAACGA------AG--TAGCATAATGGTTAGTACTTT----GGTGGAGAATCATTCACA-AGG-AC-GGATGATTT-GACTTTAGG-AAATGG---CA--CAATACTTTACGGTCAGTGTTTATAA--CTT-C-CATAT-T---AGAA---GA----TA-GCAT-CGTGCTCACTG-TCTTAATT-TATGATCAAGCA-C----ATAGTAAC---TAT-TG-ATTA-CTATACAAGT--ATCGT---G-TTA----CAT-T---------T-AGAAAAACGGAAC-A-A-TAAT---T-T----AGTGT-TG-GGA---TTTGTTAC---AAGC---A----GT------------GATG--------GTAA----ATTATAATTATG----------T-ACT----AACATG-T-ATAG----AGTTGTG-TCTGT-CAA-CAGGTAGTACTTCAAGG-ATGTGCAC-TCTA-TGGGATAGAAGCAAATCCTCTCCAAAGC------------GGAAGTTTAT------------------GT-----TAGTATAC--GGATATAAAACATTCCTCCTCATATCCTTGATGTGAGCAA--AGCACA-CAATTAT-TAAT--GACATTTAA------TA--TCCTAATATGTTCTAATATAGCTATCTTACCAACTGTT-CAGTATAGAATTAACCACA-AGTTA-CTCCA----------ATGAATTGAC----------------TG---CATTTTCATTCTTTAACAAAGCCATACAAGTTTATCTTCCACATTGAAAAGTCAAGATTTGTGGAAGATGGCTGCACTTGATAATTCTGAGACAAAA-TAATAAAA-CTCCTCGTTGATCTAACCACATTGTATTCCATTTTGGATACATGTCAAACTTTTATTATGACTATACATTTTACCTTGTAGGT
gi|20 : agtctttccttcgtcgctgattcttgattatgatgcacgcattctcacataaaaattcCCCCAGAGGACA--TAA-TAG-AAG--TAACAGTTC----AAAA-AGAATTAA-caaa
gi|3 : -AC-GG------TAG-CTCTAGG-AGATGAAGGCAATCAA-ATTTTT--GTCAGT----ATAAAGCTTGC-CATAT-----AGAA---GAATTATAAGCATTCCTCCTCA-TGGTCT-AATG-TA-GA---AGCAGCCACCATACACAT---TAT----AACA-ATGTACAGTAGTATC------ATTA----CAT-----A---T-T-AAAAAA--GAAAT-A-AATAA-----AT-CATAATAT-TA-AAAAA-AAAAAAAACCCAAAA---AAAGTGTG--TG------GGATGTAC-TTGGTTAATATTAT-ATA-CCATA----------TTACTTATAAATAAAAT-TTA-----AGT---GGCCAGTTCAA-CAGG-AG-ACATCAAGGGACG-GTGC-TTTAGGGAAATGCA--CAAA----CTga
gi|3 : AGCATTCCTCCTCATGGTCTAATGTAGA--AGCAGCC----A---CCATACACATTATAACAATGTACAGTAGTAT-CATTA-CATATTAAAAA--AGAAA-TAA-----------AT-AA-A-TCATAATATTAAAAAA--------AAA-----AAAAAC--CCAAAAAAAGTGTGTG-GGATG-TACTTGGT-TAATATTATATACCATATTACTTATAA--AT---AAAATTTA----AGTGGCCAGT----TCAACAG--GAGA--CAT---CA-AGGGAC-GG------T-G-CTTTAGGGAAATG----CA--CAA-ACTTT---GTCAGT----ATAT--CTT-C-CA-AT-TGAGGGAA---GAC---TA-GCATTCCTCCTCA-TG-T-T-AATGATA-GA-CAAGCAGC---------CACA--TAT-TA-G---------------------------CA----CAT-TAT-A---T-T-ACACAA--AT-AC-A-A-TACA---T-T-TA-AAAA-----GAAAA-TTAG---A---AAAC---AGCGTGTGTGTG------GGATGT---CTGGGTAA----AT-ATA-CCATAAT--------T-ACT----AATAAAAT-ATAGATTAAGT---G-CAGGT-CAA-CAGG-AG-ACATCAAGGGAC--GTGC-TTTA-GGAAATttgtcagtatatcttccaattgagggaagactagcattcctcctcatgttaatgatagacaagcagccacatattagcacattatattacacaaatacaatacatttaaaaagaaaattagaaaacagcgtgtgtgtgggatgtctgggtaaatataccataattactaataaaatatagattaagtgcaggtcaacaggagacatcaagggacgtgctttaggaaatcatag
gi|4 : acggtagctctaggagatgaaggcaatcaaatttttgtcagtataaagcttgccatatagaagaattataAGATATGATAAGTTT-ATTC-AATT--TTGGGCTCCAGAGGGAAATTAAATAG-AAGAAGAACATTTA-T-AAACC-A-----AA-ATGCCCCCCCCCCCAAC----G---GACAAAATTC-AAAATATCA---A----TTACAACTTA---------TTAG-TA----------TGTGGAAT-T-GCCAGCATAT----TGGGAA---------TTACAACTATGTGGGTGTAAATGGGAAGTA-TACAAAAAGAGTTG--TG-ACAAT-TCAATATTGTGcatag
gi|5 : tataagta-TAATGGT--AATTAAT-AACA-T-----TGTTGACATA-C-TTT-TACATGT--A---------------------------AA-TA----GT-T----TTATA-AC----TA-CATGTAA-GAT---TAAGGTGAG-----------GT----T----GC--CAGT--CAA---CA-A---AC-AG------T-G-CTCTAGG-AAATG----CA--CAG-A---------------------------C-CATAT-C---AGAA---GA----TA-GCATTCCTCCTCA-TG-TCT-AATGTTA-GA-CTAGGAGC-----CAACCACATTTAT-GA-AAataatagtagatatgcaacatatggaaacagacctaagatacattgttcaattttcttttttctgaatgtttaactaatattggacatagttttgaattgcagctttgtctcactttatctcatcaaccatagggaattatccttgtttgacaagattaagttcttatgagctttgaatcaacatgaaaaaacatttctctctacggtatatatggatcatcataaaatgcaattcatcttctatagcaatttgaattacaattgtagtatattaaattttctttctttttaaggaa
gi|5 : ttgtatgcattt----CATGTCT-AATGT-T-AGACTA--GGAGCCA-A-CCACATTTAT-GA-AATGTTCA-GGTAA-AAAAAAAA---AAACCCAAAAAACC---TGAAACATGGATGTACCTTGGGTAA----AT-ATA-CCATA------------ACT----AATAAAATAATAT----AGT---G-CCAGT-CAACCAGA-AG-ACATCAA-GGACG-GTGCTTTTA-GGAAATGCA--CAAA----CTTCtgttcaggtaaaaaaaaaaaaacccaaaaaacctgaaacatggatgtaccttgggtaaatataccataactaataaaataatatagtgccagtcaaccagaagacatcaaggacggtgcttttaggaaatgcacaaacttctgtcagtat
gi|6 : ttgtatgcattttaatggtaattaataacattgttgacatacttttacatgtaaatagttttataactacatgtaagattaaggtgaggttgccagtcaacaaacagtgctctaggaaatgcacagaccatatcagaagatagcattcctcctATTAATA------AGA--GGAAAACAATGGT--A---AAC-A-CA-TTGGAAT--TG-CAAA-C-TATATAC-TGT--ACATAT--T--GTACA------TG--TAAA-TACT--GTAC----TTATA-------TT-AATCTAA-GAA---TA---------CAATG--TAAT----T---------AAA--GAT---TA-AAG-TCAGG------T-T-GTC------AGTC----CA---GA-AC------ATCAGA----ATAA--AAT-CGCACATGT---AGAAAGCGA----T--TCATTCCTTCTCA-TG-TCT-AATG-TA-GA-CAAGCAAC----GTAAGCAC---TACATACAACA-CTGTATAtgtcagtat
gi|7 : gaGAAAAGTTTTATACCAATTGGTTGCGGCCCAGAGGCGA--TTA-TAGGAAT--TAACAGTTC-TTAAAGACAGAAATAACAT-TCAAC--------AAAAGG---GGGAGAGGTTTACAA----ATACA----TCATACCCCAGGAACTGACCATGGTAC---------TGTGGA-T-TAGC-AGCA-ATC-ATTGGGGAGCAAGTAGTTTACAAC-------------ATGGGAA-TGGTACAAACAGAGATGAAT---CGATATCAtagtacgt
gi|8 : GTT-ACAATATCATGAAAAAATCACAACCTT---------CATG-TAATACTATATATGTGGA-T---GC-AGCATAT----TGGGAA---------T----------------------------G-TATTTATAGAGATGATTGTACA--ATCAATATTGTGgaaatacaatatgtgcggtatg
gi|9 : TAAGATAAGTTT-ATTTCAATT--TTGGGCCCC-GAGGGCA--TAA-------------CAGTTCAT-AAACA-AGAAAGAA-ATGTC--CC-----AAAGAGAA---GGGGGAAGTT-ACAATATCATGAA----TCACAACCTA---------CATG-CA----------T----------------------ATTGGGAA---------TTATAAC-------------ATGGGA--TG-TAT--ATAGAGATGAATGTACAATATCAGTATTGTGatatacatgtataatataaatcaacagactagatacattatttcaattttaaaaattaattctttttctgaatgttttaactaaatttatggttgcagctttgtctt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATAAAATTCTTGCAGAGCCTTGATAAATCATGAAAAAACATTTCTCTCTACAG
Alignments
lowQualScore : 1 222222 33333333333333333 222222 11 3333333 222222222 55555555555555555555 111111 1111111111 6666666666666666666666666666666666666666666 111 111 111111 1111 33333333333333333333333333 111 111 1111 1 22222 111 1111111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111 11111 22222222222 1111 3333333333 1111 11 11111 11111 11 1111 666666666666 7777777777777777777777777 11 11 11 2222 1 11 3333333333 1 11 1 1 1 1 1 1 4444444444 555555555555555555555 11 22222 1 11 1 2222 222 1 1 11 11 11 222 1 222 111111111 111 1111 222222222 3333333333 22222 22222 222222222 3333333333333 11
lowQualScore : 1 0 33 2 000000 3 22222222222222222 2 8 333333 11 6 4444444 6 6 444 1 2 666666666 99 6 3 66666666666666666666 6 99 888888 8888888888 7777777777777777777777777777777777777777777 99 111 6 333 5 666666 5 5 5 7777 77 5 88888888888888888888888888 5 0 55 000 000 7777 5 5 5 5 3 6 6 3 44444 44 555 6666666666 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 000 55555 33333333333 6666 2222 0000000000 5 2222 33 77777 55555 6 6 6 6 6 6 6 11 7777 333333333333 1 2222222222222222222222222 1 88 88 1 77 2222 5 88 1 7777777777 5 1 88 5 5 5 5 1 1 5 5 1 1111111111 1 999999999999999999999 1 1 88 77777 5 88 5 3333 111 5 1 5 88 88 88 111 5 3 6 99 99 6 6 99 666 3 5 1 5 999999999 1 0 000 5 777 0000 222222222 6 5555555555 44444 6 88888 666666666 6666666666666 55 6 3 11 5 0 0
lowQualScore : . . .. . ...... . ................. . . ...... .. . ....... . . ... . . ......... .. . . .................... . .. ...... .......... ........................................... .. ... . ... . ...... . . . .... .. . .......................... . . .. ... ... .... . . . . . . . . ..... .. ... .......... ...................................................................................... ... ..... ........... .... .... .......... . .... .. ..... ..... . . . . . . . .. .... ............ . ......................... . .. .. . .. .... . .. . .......... . . .. . . . . . . . . . .......... . ..................... . . .. ..... . .. . .... ... . . . .. .. .. ... . . . .. .. . . .. ... . . . . ......... . . ... . ... .... ......... . .......... ..... . ..... ......... ............. .. . . .. . . .
lowQualScore : 0 0 55 5 888888 2 66666666666666666 5 0 000000 00 7 8888888 7 7 222 0 5 777777777 22 0 7 33333333333333333333 7 22 777777 4444444444 1111111111111111111111111111111111111111111 22 777 7 444 7 444444 7 7 7 9999 99 7 77777777777777777777777777 7 1 99 000 000 9999 7 7 7 7 3 7 7 7 00000 88 777 6666666666 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 000 00000 77777777777 9999 1111 6666666666 7 1111 66 44444 00000 7 7 7 7 7 7 7 00 0000 000000000000 0 5555555555555555555555555 0 00 00 0 55 0000 5 00 0 0000000000 5 0 55 5 0 0 5 0 0 5 5 0 0000000000 0 555555555555555555555 0 0 00 55555 5 00 5 0000 000 5 0 5 55 00 00 000 5 5 7 22 22 7 7 22 666 0 7 3 7 333333333 7 4 000 0 888 6666 999999999 7 8888888888 88888 7 00000 777777777 7777777777777 88 7 5 88 6 8 8
consensus : AGTATTCCTTCTCNTG-TCTGATGTAGATCAGCAGCTCAATA---CAACACACATT-------TGTACA----TATGCATTA-TA------AGA--GGAAA-TAATGGT--A-TTAAT-AACA-TCGGAATGTTGACATA-C-TTT-TACATGT--ATACAC--TCAGAGAA------TG-GTAAA-TACT--GT-T----TTATA-AC----TT-CATGTAA-GAT---TAAGGTTAG--TAATGGTTAGT----T----GG--GAGA--CAT---CA-AGG-AC-GG------T-G-CTCTAGG-AAATG----CA--CAA-ACTTT---GTCAGT----ATAA--CTT-C-CATAT-TA---GAA---GA----TA-GCATTCCTCCTCA-TG-TCT-AATG-TA-GA-CAAGCAGC----ATAANCAC---TAT-TA-AACA-CTGTACAA----ATCGT---GATTA----CAT-TCT-A---T-T-AGANAA--GNAAC-A-A-TAAC---TAT-CA-AATAT-CG-GGAAA-TTAGAAAA---AAAC---AAAGTGT---TG------GGATGTAC-TTGGGTAA----ATATACCATAAT--------TAC-T----AATAAAAT--ATAG----AGT---G-CCAGT-CAA-CAGG-AG-ACATCAAGGGACG-GTGC-TTTA-GGAAATGCA--CAAA----CTTCAAAGCGTAAG-GCTCTAGGAAGTNCATAATCCTCAAAAAGTAAAGGTAAATATANTATACTGGGATATAAAACATTCCTCCTCATGTCCTTGATGTNGGCAAGCAGCACATCANTTATATAATAGGACANTTAAATGCATCAATTCCTAATATGTTCNAATATAGCTATCTTACCAACTGTTTCGGTATGGAATTANCCANATAGCTATCTNCAATGTTTCGATATGAANTGACCTGAAGTTCTCAAGATTGACTCATTTTCATTCNTNAACAAAGCCATACAAGTTTATCTTCCACATTGAAAAGTCAAGATTTGTGGAAGATGGCTGCACTTGATAATTCTGAGACAGAATTAANAAAATCTCCTCGTTGATCTAACCACATTGTATTCCATTTTGGATACATGCCAAACTTTTATTATGACTATACATTTTACCTTGTAGGTAAGATAAGTTT-ATTCCAATT--TTGGGCCCCAGAGGGCA--TAA-TAG-AAG--TAACAGTTC-T-AAAGA-AGAAATAA-ATGTCAACC-----AAAAAGGG---GGGAGAAGTT-ACAATATCATGAA----TCACAACCTA---------CATG-TA----------TGTGGA-T-T-GC-AGCATATC-ATTGGGAA---------TTACAAC-------------ATGGGA--TG-TACAAACAGAGATGAATGTACAATATCAATATTGTG
Reference ( family-4966 ) : AGTATTCCTTCTCNTG-TCTGATGTAGATCAGCAGCTCAATA---CAACACACATT-------TGTACA----TATGCATTA-TA------AGA--GGAAA-TAATGGT--A-TTAAT-AACA-TCGGAATGTTGACATA-C-TTT-TACATGT--ATACAC--TCAGAGAA------TG-GTAAA-TACT--GT-T----TTATA-AC----TT-CATGTAA-GAT---TAAGGTTAG--TAATGGTTAGT----T----GG--GAGA--CAT---CA-AGG-AC-GG------T-G-CTCTAGG-AAATG----CA--CAA-ACTTT---GTCAGT----ATAA--CTT-C-CATAT-TA---GAA---GA----TA-GCATTCCTCCTCA-TG-TCT-AATG-TA-GA-CAAGCAGC----ATAANCAC---TAT-TA-AACA-CTGTACAA----ATCGT---GATTA----CAT-TCT-A---T-T-AGANAA--GNAAC-A-A-TAAC---TAT-CA-AATAT-CG-GGAAA-TTAGAAAA---AAAC---AAAGTGT---TG------GGATGTAC-TTGGGTAA----ATATACCATAAT--------TAC-T----AATAAAAT--ATAG----AGT---G-CCAGT-CAA-CAGG-AG-ACATCAAGGGACG-GTGC-TTTA-GGAAATGCA--CAAA----CTTCAAAGCGTAAG-GCTCTAGGAAGTNCATAATCCTCAAAAAGTAAAGGTAAATATANTATACTGGGATATAAAACATTCCTCCTCATGTCCTTGATGTNGGCAAGCAGCACATCANTTATATAATAGGACANTTAAATGCATCAATTCCTAATATGTTCNAATATAGCTATCTTACCAACTGTTTCGGTATGGAATTANCCANATAGCTATCTNCAATGTTTCGATATGAANTGACCTGAAGTTCTCAAGATTGACTCATTTTCATTCNTNAACAAAGCCATACAAGTTTATCTTCCACATTGAAAAGTCAAGATTTGTGGAAGATGGCTGCACTTGATAATTCTGAGACAGAATTAANAAAATCTCCTCGTTGATCTAACCACATTGTATTCCATTTTGGATACATGCCAAACTTTTATTATGACTATACATTTTACCTTGTAGGTAAGATAAGTTT-ATTCCAATT--TTGGGCCCCAGAGGGCA--TAA-TAG-AAG--TAACAGTTC-T-AAAGA-AGAAATAA-ATGTCAACC-----AAAAAGGG---GGGAGAAGTT-ACAATATCATGAA----TCACAACCTA---------CATG-TA----------TGTGGA-T-T-GC-AGCATATC-ATTGGGAA---------TTACAAC-------------ATGGGA--TG-TACAAACAGAGATGAATGTACAATATCAATATTGTG
gi|1 : AGTCTTCCTTCTCCTG-TCTGATGTAGATCAGCAGCTCAATAAATCAACACACATT-------TATACA----TATGCATTA-TA------AGA--GGAAA-TAATGGTT-A-TTAAT-AACA-TCGAAATGTTGACATA-C-TTT-TACATGT--ATACAC--TCAGAGAA------TG-GTAAA-CACT--GT-T----TTATA-AC----TT-CATGTAA-G-----TAAGGTTAT--TAATGGTTAGTACT-TA---GG--GAGA--CAT---CACAGG-AC-GG------T-G-CTTTAGG-AAATG----CA--CAA-ACTTT---GTCAGT----ATAA--CTT-C-CATAT-TA---GAA---GA----TA-GTATTCCTCCTCA-TG-TCT-AATT-TA-GA-CAAGCAAC----ATAAGTAC---TAT-TN-AAAATCTGCACAA----ATCGCCTGGACTA----CATGTCTAA---TGT-AGACAA--GCAAC-ATA-TTAC---TATACA-AGTAT-CGTGTACATTTAGAAAA---GAAC---AAAGTGT---TG------GGATGTAC-ATGGGTAA----ATATATTATG-----------AC-T----AACAATGT--ATAG----AGT---G-TCAGT-CAA-CAGT-AG-ACATCAAGGGATG-GTGC-TCTA-TGAAATGCA--TAAT----CCTCAAAACGTAAGNGCTCTAGGAAATGCATAATCCTCAAAAAGTAAAGGTAAATATATTATACTGGGATATAAAACATTCCTCCTCATGTC--TGATGTTGACAAGCAACACATC-TTTATATAATAGAACAGTTAAATGCATCAATTCCT-ATATGTTCAA--ATAGCTATC-TA-CAA-TGTTTCGATATGAAATTACCCNAATAGCTATCTACAATGTTTCGATATGAAATGACCTGAAGTTCTCAAGATTGACTCATTTTCATTCGTGA--AAAGCCATACAAG-----CTTCC-CATTGAAA--TCAAGATTTG-GGAAGA----TGCAT---ATAATTCTGAGACAGAATTAAGAAAATCTCCTCGTTGATCTAACCACATTG--TTTCATTT--GATACATGC--AACTTTTATT---ACTATACATTTTACC-TGTAGGTAAGA-AAGTTT-ATACCAATT--TTGGGCCCCAGAGGGTA--TGA-TAG-AAG--TAACAGTTCTT-AAAGA-AGAAATAA-ATGTCAACC-----AAAAAGGG---GGGAGAAGTT-ACAATATC---AA----CCACAAACTA---------CATG-TA----------TGTGGA-TAT-GC-AGCAGAGCAATTGGGAA---------TTACAAC-------------ATGGGA--TG-TACAAACAGAGATGAATGTACAATATCAATACTGTG
gi|10 : AGTATTGCTTATCATA-TCTGACGTAGATCAGCAGCTCA--A---CAGCATGTATT------------A----TATGCATTA-TA------AGA--GGAAA-TGATGG------GAAT-AACA-TTGGAATGTTGACA---------TGCATGT--ATATAC---------A------T--GTAAA-TACT--GT-A----TTATA-AC-----------TAA-GATAAATAACGTTAG--TA--GGTTg
gi|11 : tttccaaCAC---TAT-TATAACA-ATATACAA----GTGGT----ATTATACACAT-TTT-A---T-TTAAAAAA--AAAAC-C-A--AAC---AA---A-AACA-------AAA---ACAAAA---AAAC---ACAGTGT---TG------GGATGTAT-TAGGGAAA----ATATACCATAAT--------TAC-T----AATAAAAT--ATGA----AGT---gccagtcaacaggaa
gi|12 : GTTC-TTAAAGA-AGAAATAA-ATGTCAACC-----AATAAAGG---GGGAGGGGTT-ACAATATC---AA----TCACTACCTA---------CATG-TA----------TGTGGA-TAT-GC-AGCATATTAATTGAGAA---------TTACAAC-------------ATGGGA--TG-TACAAACAGAG
gi|13 : A---AAAC---AGAGTGT---TG------GAATGTAC-TTGAGTAA----ATATACCATAATATGATAATTAC-T----AATAAAAT--ATAA----AGT-----CCAGT-CAA-CAGG-AG-ACATCAAGGGACG-ATGC-TTTA-GGAAATGCA--CAAA----CTT
gi|14 : ATAAGTTT-ATTCCAATT--TTGGGCCCCAGAGGGCA--TAA-TAG-AGG--TAACAGTTCAT-A---A-AGAAAGAA-ATGTC--CC-----AAAAAAGAAGTGGGAAAAGTT-ACAATACCATGAA----t
gi|15 : -CATGTAA-GAT---TAAGGTTA------T--CTGGT----T----GC--CAGT--CAA---CA-A---AC-AA------T-G-CTCTAGG-AAATG----CA--CAG-AC----------------------------CATAC-TA---GAA---GA----TA-GCATTCCTCCTCA-TG-TCT-AATa
gi|16 : AGGG---GAGGGGAATT-TCAATATCATGAA----TCACAACCTA---------CA
gi|17 : aaacaaagatggaaatatccccccaaaaggtgggggAGTATTCCTTCTCTTA-TCCAATGTAGATTAGCAGTTCAATA---TAACACA-----------TGTACA----Tctaagtactgcatgtgtggaa
gi|19 : ctaaTAAGATTAGTTT-ATTCCAATT--TTGGGCCCCAGAGGGCg
gi|2 : agataagataattACACACGTT-------TATAC-----TATGCATAA-TA------ATAAGGGAAA-TAATGGTTCA-TTAATTAACAATCGAAATGTTGA-ATAACATTT-TACATGTCTATACACAGTCAGAGAA------TGCGTAAAGCACT--GG-T----TTATA-AC----TT-CATGTAACGA------AG--TAGCATAATGGTTAGTACTTT----GGTGGAGAATCATTCACA-AGG-AC-GGATGATTT-GACTTTAGG-AAATGG---CA--CAATACTTTACGGTCAGTGTTTATAA--CTT-C-CATAT-TA---GAA---GA----TA-GCAT-CGTGCTCACTG-TCTTAATT-TATGATCAAGCA-C----ATAGTAAC---TAT-TG-ATTA-CTATACAAGT--ATCGT---G-TTA----CAT-T---------T-AGAAAAACGGAAC-A-A-TAAT---T-T----AGTGT-TG-GGA---TTTGTTAC---AAGC---A----GT------------GATG--------GTAA----AT----TATAAT--------TATGT----ACTAACATGTATAG----AGTTGTG-TCTGT-CAA-CAGGTAGTACTTCAAGG-ATGTGCAC-TCTA-TGGGATAGAAGCAAATCCTCTCCAAAGC------------GGAAGTTTAT------------------GT-----TAGTATAC--GGATATAAAACATTCCTCCTCATATCCTTGATGTGAGCAA--AGCACA-CAATTAT-TAAT--GACATTTAA------TA--TCCTAATATGTTCTAATATAGCTATCTTACCAACTGTT-CAGTATAGAATTAACCACA-AGTTA-CTCCA----------ATGAATTGAC----------------TG---CATTTTCATTCTTTAACAAAGCCATACAAGTTTATCTTCCACATTGAAAAGTCAAGATTTGTGGAAGATGGCTGCACTTGATAATTCTGAGACAAAA-TAATAAAA-CTCCTCGTTGATCTAACCACATTGTATTCCATTTTGGATACATGTCAAACTTTTATTATGACTATACATTTTACCTTGTAGGT
gi|20 : agtctttccttcgtcgctgattcttgattatgatgcacgcattctcacataaaaattcCCCCAGAGGACA--TAA-TAG-AAG--TAACAGTTC----AAAA-AGAATTAA-caaa
gi|3 : -AC-GG------TAG-CTCTAGG-AGATGAAGGCAATCAA-ATTTTT--GTCAGT----ATAAAGCTTGC-CATAT--A---GAA---GAATTATAAGCATTCCTCCTCA-TGGTCT-AATG-TA-GA---AGCAGCCACCATACACAT---TAT----AACA-ATGTACAGTAGTATC------ATTA----CAT-----A---T-T-AAAAAA--GAAAT-A-AATAA-----AT-CATAATAT-TA-AAAAA-AAAAAAAACCCAAAA---AAAGTGTG--TG------GGATGTAC-TTGGTTAATATTATATACCATA-T--------TAC-TTATAAATAAAAT--TTA-----AGT---GGCCAGTTCAA-CAGG-AG-ACATCAAGGGACG-GTGC-TTTAGGGAAATGCA--CAAA----CTTga
gi|3 : AGCATTCCTCCTCATGGTCTAATGTAGA--AGCAGCC----A---CCATACACATTATAACAATGTACAGTAGTAT-CATTA-CATATTAAAAA--AGAAA-TAA-----------AT-AA-A-TCATAATATTAAAAAA--------AAA-----AAAAAC--CCAAAAAAAGTGTGTG-GGATG-TACTTGGT-TAATATTATATACCATATTACTTATAA--AT---AAAATTTA----AGTGGCCAGT----TCAACAG--GAGA--CAT---CA-AGGGAC-GG------T-G-CTTTAGGGAAATG----CA--CAA-ACTTT---GTCAGT----ATAT--CTT-C-CA-AT-TGAGGGAA---GAC---TA-GCATTCCTCCTCA-TG-T-T-AATGATA-GA-CAAGCAGC---------CACA--TAT-TA-G---------------------------CA----CAT-TAT-A---T-T-ACACAA--ATA-C-A-A-TACA---T-T-TA-AAAA-----GAAAA-TTAGAAAA---CAGC------GTGTGTGTG------GGATGT---CTGGGTAA----ATATACCATAAT--------TAC-T----AATAAAAT--ATAGATTAAGT---G-CAGGT-CAA-CAGG-AG-ACATCAAGGGAC--GTGC-TTTA-GGAAATtgtcagtatatcttccaattgagggaagactagcattcctcctcatgttaatgatagacaagcagccacatattagcacattatattacacaaatacaatacatttaaaaagaaaattagaaaacagcgtgtgtgtgggatgtctgggtaaatataccataattactaataaaatatagattaagtgcaggtcaacaggagacatcaagggacgtgctttaggaaatcatag
gi|4 : acggtagctctaggagatgaaggcaatcaaatttttgtcagtataaagcttgccatatagaagaattataAGATATGATAAGTTT-ATTC-AATT--TTGGGCTCCAGAGGGAAATTAAATAG-AAGAAGAACATTTA-T-AAACC-A-----AA-ATGCCCCCCCCCCCAAC----G---GACAAAATTC-AAAATATCA---A----TTACAACTTA---------TTAG-TA----------TGTGGAAT-T-GCCAGCATAT----TGGGAA---------TTACAACTATGTGGGTGTAAATGGGAAGTA-TACAAAAAGAGTTG--TG-ACAAT-TCAATATTGTGcatag
gi|5 : tataagta-TAATGGT--AATTAAT-AACA-T-----TGTTGACATA-C-TTT-TACATGT--A---------------------------AA-TA----GT-T----TTATA-AC----TA-CATGTAA-GAT---TAAGGTGAG-----------GT----T----GC--CAGT--CAA---CA-A---AC-AG------T-G-CTCTAGG-AAATG----CA--CAG-A---------------------------C-CATAT-CA---GAA---GA----TA-GCATTCCTCCTCA-TG-TCT-AATGTTA-GA-CTAGGAGC-----CAACCACATTTAT-GA-AAataatagtagatatgcaacatatggaaacagacctaagatacattgttcaattttcttttttctgaatgtttaactaatattggacatagttttgaattgcagctttgtctcactttatctcatcaaccatagggaattatccttgtttgacaagattaagttcttatgagctttgaatcaacatgaaaaaacatttctctctacggtatatatggatcatcataaaatgcaattcatcttctatagcaatttgaattacaattgtagtatattaaattttctttctttttaaggaa
gi|5 : ttgtatgcattt----CATGTCT-AATGT-T-AGACTA--GGAGCCA-A-CCACATTTAT-GA-AATGTTCA-GGTAA-AAAAAAAA---AAACCCAAAAAACC---TGAAACATGGATGTACCTTGGGTAA----ATATACCATA-----------AC-T----AATAAAATA-ATAT----AGT---G-CCAGT-CAACCAGA-AG-ACATCAA-GGACG-GTGCTTTTA-GGAAATGCA--CAAA----CTTCtgttcaggtaaaaaaaaaaaaacccaaaaaacctgaaacatggatgtaccttgggtaaatataccataactaataaaataatatagtgccagtcaaccagaagacatcaaggacggtgcttttaggaaatgcacaaacttctgtcagtat
gi|6 : ttgtatgcattttaatggtaattaataacattgttgacatacttttacatgtaaatagttttataactacatgtaagattaaggtgaggttgccagtcaacaaacagtgctctaggaaatgcacagaccatatcagaagatagcattcctcctATTAATA------AGA--GGAAAACAATGGT--A---AAC-A-CA-TTGGAAT--TG-CAAA-C-TATATAC-TGT--ACATAT--T--GTACA------TG--TAAA-TACT--GTAC----TTATA-------TT-AATCTAA-GAA---TA---------CAATG--TAAT----T---------AAA--GAT---TA-AAG-TCAGG------T-T-GTC------AGTC----CA---GA-AC------ATCAGA----ATAA--AAT-CGCACATGTA---GAAAGCGA----T--TCATTCCTTCTCA-TG-TCT-AATG-TA-GA-CAAGCAAC----GTAAGCAC---TACATACAACA-CTGTATAtgtcagtat
gi|7 : gaGAAAAGTTTTATACCAATTGGTTGCGGCCCAGAGGCGA--TTA-TAGGAAT--TAACAGTTC-TTAAAGACAGAAATAACAT-TCAAC--------AAAAGG---GGGAGAGGTTTACAA----ATACA----TCATACCCCAGGAACTGACCATGGTAC---------TGTGGA-T-TAGC-AGCA-ATC-ATTGGGGAGCAAGTAGTTTACAAC-------------ATGGGAA-TGGTACAAACAGAGATGAAT---CGATATCAtagtacgt
gi|8 : GTT-ACAATATCATGAAAAAATCACAACCTT---------CATG-TAATACTATATATGTGGA-T---GC-AGCATAT----TGGGAA---------T----------------------------G-TATTTATAGAGATGATTGTACA--ATCAATATTGTGgaaatacaatatgtgcggtatg
gi|9 : TAAGATAAGTTT-ATTTCAATT--TTGGGCCCC-GAGGGCA--TAA-------------CAGTTCAT-AAACA-AGAAAGAA-ATGTC--CC-----AAAGAGAA---GGGGGAAGTT-ACAATATCATGAA----TCACAACCTA---------CATG-CA----------T----------------------ATTGGGAA---------TTATAAC-------------ATGGGA--TG-TAT--ATAGAGATGAATGTACAATATCAGTATTGTGatatacatgtataatataaatcaacagactagatacattatttcaattttaaaaattaattctttttctgaatgttttaactaaatttatggttgcagctttgtctt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATAAAATTCTTGCAGAGCCTTGATAAATCATGAAAAAACATTTCTCTCTACAG
Alignments
lowQualScore : 1 222222 33333333333333333 222222 11 3333333 222222222 55555555555555555555 111111 1111111111 6666666666666666666666666666666666666666666 111 111 111111 1111 33333333333333333333333333 111 111 1111 1 22222 111 1111111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111 11111 22222222222 1111 3333333333 1111 11 11111 11111 11 1111 666666666666 7777777777777777777777777 11 11 11 2222 1 11 3333333333 1 11 1 1 1 1 1 1 4444444444 555555555555555555555 11 22222 1 11 1 2222 222 1 1 11 11 11 222 1 222 111111111 111 1111 222222222 3333333333 22222 22222 222222222 3333333333333 11
lowQualScore : 1 0 33 2 000000 3 22222222222222222 2 8 333333 11 6 4444444 6 6 444 1 2 666666666 99 6 3 66666666666666666666 6 99 888888 8888888888 7777777777777777777777777777777777777777777 99 111 6 333 5 666666 5 5 5 7777 77 5 88888888888888888888888888 5 0 55 000 000 7777 5 5 5 5 3 6 6 3 44444 44 555 6666666666 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 000 55555 33333333333 6666 2222 0000000000 5 2222 33 77777 55555 6 6 6 6 6 6 6 11 7777 333333333333 1 2222222222222222222222222 1 88 88 1 77 2222 5 88 1 7777777777 5 1 88 5 5 5 5 1 1 5 5 1 1111111111 1 999999999999999999999 1 1 88 77777 5 88 5 3333 111 5 1 5 88 88 88 111 5 3 6 99 99 6 6 99 666 3 5 1 5 999999999 1 0 000 5 777 0000 222222222 6 5555555555 44444 6 88888 666666666 6666666666666 55 6 3 11 5 0 0
lowQualScore : . . .. . ...... . ................. . . ...... .. . ....... . . ... . . ......... .. . . .................... . .. ...... .......... ........................................... .. ... . ... . ...... . . . .... .. . .......................... . . .. ... ... .... . . . . . . . . ..... .. ... .......... ...................................................................................... ... ..... ........... .... .... .......... . .... .. ..... ..... . . . . . . . .. .... ............ . ......................... . .. .. . .. .... . .. . .......... . . .. . . . . . . . . . .......... . ..................... . . .. ..... . .. . .... ... . . . .. .. .. ... . . . .. .. . . .. ... . . . . ......... . . ... . ... .... ......... . .......... ..... . ..... ......... ............. .. . . .. . . .
lowQualScore : 0 0 55 5 888888 2 66666666666666666 5 0 000000 00 7 8888888 7 7 222 0 5 777777777 22 0 7 33333333333333333333 7 22 777777 4444444444 1111111111111111111111111111111111111111111 22 777 7 444 7 444444 7 7 7 9999 99 7 77777777777777777777777777 7 1 99 000 000 9999 7 7 7 7 3 7 7 7 00000 88 777 6666666666 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 000 00000 77777777777 9999 1111 6666666666 7 1111 66 44444 00000 7 7 7 7 7 7 7 00 0000 000000000000 0 5555555555555555555555555 0 00 00 0 55 0000 5 00 0 0000000000 5 0 55 5 0 0 5 0 0 5 5 0 0000000000 0 555555555555555555555 0 0 00 55555 5 00 5 0000 000 5 0 5 55 00 00 000 5 5 7 22 22 7 7 22 666 0 7 3 7 333333333 7 4 000 0 888 6666 999999999 7 8888888888 88888 7 00000 777777777 7777777777777 88 7 5 88 6 8 8
consensus : AGTATTCCTTCTCNTG-TCTGATGTAGATCAGCAGCTCAATA---CAACACACATT-------TGTACA----TATGCATTA-TA------AGA--GGAAA-TAATGGT--A-TTAAT-AACA-TCGGAATGTTGACATA-C-TTT-TACATGT--ATACAC--TCAGAGAA------TG-GTAAA-TACT--GT-T----TTATA-AC----TT-CATGTAA-GAT---TAAGGTTAG--TAATGGTTAGT----T----GG--GAGA--CAT---CA-AGG-AC-GG------T-G-CTCTAGG-AAATG----CA--CAA-ACTTT---GTCAGT----ATAA--CTT-C-CATAT-TA---GAA---GA----TA-GCATTCCTCCTCA-TG-TCT-AATG-TA-GA-CAAGCAGC----ATAANCAC---TAT-TA-AACA-CTGTACAA----ATCGT---GATTA----CAT-TCT-A---T-T-AGANAA--GNAAC-A-A-TAAC---TAT-CA-AATAT-CG-GGAAA-TTAGAAAA---AAAC---AAAGTGT---TG------GGATGTAC-TTGGGTAA----ATATACCATAAT--------TAC-T----AATAAAAT--ATAG----AGT---G-CCAGT-CAA-CAGG-AG-ACATCAAGGGACG-GTGC-TTTA-GGAAATGCA--CAAA----CTTCAAAGCGTAAG-GCTCTAGGAAGTNCATAATCCTCAAAAAGTAAAGGTAAATATANTATACTGGGATATAAAACATTCCTCCTCATGTCCTTGATGTNGGCAAGCAGCACATCANTTATATAATAGGACANTTAAATGCATCAATTCCTAATATGTTCNAATATAGCTATCTTACCAACTGTTTCGGTATGGAATTANCCANATAGCTATCTNCAATGTTTCGATATGAANTGACCTGAAGTTCTCAAGATTGACTCATTTTCATTCNTNAACAAAGCCATACAAGTTTATCTTCCACATTGAAAAGTCAAGATTTGTGGAAGATGGCTGCACTTGATAATTCTGAGACAGAATTAANAAAATCTCCTCGTTGATCTAACCACATTGTATTCCATTTTGGATACATGCCAAACTTTTATTATGACTATACATTTTACCTTGTAGGTAAGATAAGTTT-ATTCCAATT--TTGGGCCCCAGAGGGCA--TAA-TAG-AAG--TAACAGTTC-T-AAAGA-AGAAATAA-ATGTCAACC-----AAAAAGGG---GGGAGAAGTT-ACAATATCATGAA----TCACAACCTA---------CATG-TA----------TGTGGA-T-T-GC-AGCATATC-ATTGGGAA---------TTACAAC-------------ATGGGA--TG-TACAAACAGAGATGAATGTACAATATCAATATTGTG
Reference ( family-4966 ) : AGTATTCCTTCTCNTG-TCTGATGTAGATCAGCAGCTCAATA---CAACACACATT-------TGTACA----TATGCATTA-TA------AGA--GGAAA-TAATGGT--A-TTAAT-AACA-TCGGAATGTTGACATA-C-TTT-TACATGT--ATACAC--TCAGAGAA------TG-GTAAA-TACT--GT-T----TTATA-AC----TT-CATGTAA-GAT---TAAGGTTAG--TAATGGTTAGT----T----GG--GAGA--CAT---CA-AGG-AC-GG------T-G-CTCTAGG-AAATG----CA--CAA-ACTTT---GTCAGT----ATAA--CTT-C-CATAT-TA---GAA---GA----TA-GCATTCCTCCTCA-TG-TCT-AATG-TA-GA-CAAGCAGC----ATAANCAC---TAT-TA-AACA-CTGTACAA----ATCGT---GATTA----CAT-TCT-A---T-T-AGANAA--GNAAC-A-A-TAAC---TAT-CA-AATAT-CG-GGAAA-TTAGAAAA---AAAC---AAAGTGT---TG------GGATGTAC-TTGGGTAA----ATATACCATAAT--------TAC-T----AATAAAAT--ATAG----AGT---G-CCAGT-CAA-CAGG-AG-ACATCAAGGGACG-GTGC-TTTA-GGAAATGCA--CAAA----CTTCAAAGCGTAAG-GCTCTAGGAAGTNCATAATCCTCAAAAAGTAAAGGTAAATATANTATACTGGGATATAAAACATTCCTCCTCATGTCCTTGATGTNGGCAAGCAGCACATCANTTATATAATAGGACANTTAAATGCATCAATTCCTAATATGTTCNAATATAGCTATCTTACCAACTGTTTCGGTATGGAATTANCCANATAGCTATCTNCAATGTTTCGATATGAANTGACCTGAAGTTCTCAAGATTGACTCATTTTCATTCNTNAACAAAGCCATACAAGTTTATCTTCCACATTGAAAAGTCAAGATTTGTGGAAGATGGCTGCACTTGATAATTCTGAGACAGAATTAANAAAATCTCCTCGTTGATCTAACCACATTGTATTCCATTTTGGATACATGCCAAACTTTTATTATGACTATACATTTTACCTTGTAGGTAAGATAAGTTT-ATTCCAATT--TTGGGCCCCAGAGGGCA--TAA-TAG-AAG--TAACAGTTC-T-AAAGA-AGAAATAA-ATGTCAACC-----AAAAAGGG---GGGAGAAGTT-ACAATATCATGAA----TCACAACCTA---------CATG-TA----------TGTGGA-T-T-GC-AGCATATC-ATTGGGAA---------TTACAAC-------------ATGGGA--TG-TACAAACAGAGATGAATGTACAATATCAATATTGTG
gi|1 : AGTCTTCCTTCTCCTG-TCTGATGTAGATCAGCAGCTCAATAAATCAACACACATT-------TATACA----TATGCATTA-TA------AGA--GGAAA-TAATGGTT-A-TTAAT-AACA-TCGAAATGTTGACATA-C-TTT-TACATGT--ATACAC--TCAGAGAA------TG-GTAAA-CACT--GT-T----TTATA-AC----TT-CATGTAA-G-----TAAGGTTAT--TAATGGTTAGTACT-TA---GG--GAGA--CAT---CACAGG-AC-GG------T-G-CTTTAGG-AAATG----CA--CAA-ACTTT---GTCAGT----ATAA--CTT-C-CATAT-TA---GAA---GA----TA-GTATTCCTCCTCA-TG-TCT-AATT-TA-GA-CAAGCAAC----ATAAGTAC---TAT-TN-AAAATCTGCACAA----ATCGCCTGGACTA----CATGTCTAA---TGT-AGACAA--GCAAC-ATA-TTAC---TATACA-AGTAT-CGTGTACATTTAGAAAA---GAAC---AAAGTGT---TG------GGATGTAC-ATGGGTAA----ATATATTATG-----------AC-T----AACAATGT--ATAG----AGT---G-TCAGT-CAA-CAGT-AG-ACATCAAGGGATG-GTGC-TCTA-TGAAATGCA--TAAT----CCTCAAAACGTAAGNGCTCTAGGAAATGCATAATCCTCAAAAAGTAAAGGTAAATATATTATACTGGGATATAAAACATTCCTCCTCATGTC--TGATGTTGACAAGCAACACATC-TTTATATAATAGAACAGTTAAATGCATCAATTCCT-ATATGTTCAA--ATAGCTATC-TA-CAA-TGTTTCGATATGAAATTACCCNAATAGCTATCTACAATGTTTCGATATGAAATGACCTGAAGTTCTCAAGATTGACTCATTTTCATTCGTGA--AAAGCCATACAAG-----CTTCC-CATTGAAA--TCAAGATTTG-GGAAGA----TGCAT---ATAATTCTGAGACAGAATTAAGAAAATCTCCTCGTTGATCTAACCACATTG--TTTCATTT--GATACATGC--AACTTTTATT---ACTATACATTTTACC-TGTAGGTAAGA-AAGTTT-ATACCAATT--TTGGGCCCCAGAGGGTA--TGA-TAG-AAG--TAACAGTTCTT-AAAGA-AGAAATAA-ATGTCAACC-----AAAAAGGG---GGGAGAAGTT-ACAATATC---AA----CCACAAACTA---------CATG-TA----------TGTGGA-TAT-GC-AGCAGAGCAATTGGGAA---------TTACAAC-------------ATGGGA--TG-TACAAACAGAGATGAATGTACAATATCAATACTGTG
gi|10 : AGTATTGCTTATCATA-TCTGACGTAGATCAGCAGCTCA--A---CAGCATGTATT------------A----TATGCATTA-TA------AGA--GGAAA-TGATGG------GAAT-AACA-TTGGAATGTTGACA---------TGCATGT--ATATAC---------A------T--GTAAA-TACT--GT-A----TTATA-AC-----------TAA-GATAAATAACGTTAG--TA--GGTTg
gi|11 : tttccaaCAC---TAT-TATAACA-ATATACAA----GTGGT----ATTATACACAT-TTT-A---T-TTAAAAAA--AAAAC-C-A--AAC---AA---A-AACA-------AAA---ACAAAA---AAAC---ACAGTGT---TG------GGATGTAT-TAGGGAAA----ATATACCATAAT--------TAC-T----AATAAAAT--ATGA----AGT---gccagtcaacaggaa
gi|12 : GTTC-TTAAAGA-AGAAATAA-ATGTCAACC-----AATAAAGG---GGGAGGGGTT-ACAATATC---AA----TCACTACCTA---------CATG-TA----------TGTGGA-TAT-GC-AGCATATTAATTGAGAA---------TTACAAC-------------ATGGGA--TG-TACAAACAGAG
gi|13 : A---AAAC---AGAGTGT---TG------GAATGTAC-TTGAGTAA----ATATACCATAATATGATAATTAC-T----AATAAAAT--ATAA----AGT-----CCAGT-CAA-CAGG-AG-ACATCAAGGGACG-ATGC-TTTA-GGAAATGCA--CAAA----CTT
gi|14 : ATAAGTTT-ATTCCAATT--TTGGGCCCCAGAGGGCA--TAA-TAG-AGG--TAACAGTTCAT-A---A-AGAAAGAA-ATGTC--CC-----AAAAAAGAAGTGGGAAAAGTT-ACAATACCATGAA----t
gi|15 : -CATGTAA-GAT---TAAGGTTA------T--CTGGT----T----GC--CAGT--CAA---CA-A---AC-AA------T-G-CTCTAGG-AAATG----CA--CAG-AC----------------------------CATAC-TA---GAA---GA----TA-GCATTCCTCCTCA-TG-TCT-AATa
gi|16 : AGGG---GAGGGGAATT-TCAATATCATGAA----TCACAACCTA---------CA
gi|17 : aaacaaagatggaaatatccccccaaaaggtgggggAGTATTCCTTCTCTTA-TCCAATGTAGATTAGCAGTTCAATA---TAACACA-----------TGTACA----Tctaagtactgcatgtgtggaa
gi|19 : ctaaTAAGATTAGTTT-ATTCCAATT--TTGGGCCCCAGAGGGCg
gi|2 : agataagataattACACACGTT-------TATAC-----TATGCATAA-TA------ATAAGGGAAA-TAATGGTTCA-TTAATTAACAATCGAAATGTTGA-ATAACATTT-TACATGTCTATACACAGTCAGAGAA------TGCGTAAAGCACT--GG-T----TTATA-AC----TT-CATGTAACGA------AG--TAGCATAATGGTTAGTACTTT----GGTGGAGAATCATTCACA-AGG-AC-GGATGATTT-GACTTTAGG-AAATGG---CA--CAATACTTTACGGTCAGTGTTTATAA--CTT-C-CATAT-TA---GAA---GA----TA-GCAT-CGTGCTCACTG-TCTTAATT-TATGATCAAGCA-C----ATAGTAAC---TAT-TG-ATTA-CTATACAAGT--ATCGT---G-TTA----CAT-T---------T-AGAAAAACGGAAC-A-A-TAAT---T-T----AGTGT-TG-GGA---TTTGTTAC---AAGC---A----GT------------GATG--------GTAA----AT----TATAAT--------TATGT----ACTAACATGTATAG----AGTTGTG-TCTGT-CAA-CAGGTAGTACTTCAAGG-ATGTGCAC-TCTA-TGGGATAGAAGCAAATCCTCTCCAAAGC------------GGAAGTTTAT------------------GT-----TAGTATAC--GGATATAAAACATTCCTCCTCATATCCTTGATGTGAGCAA--AGCACA-CAATTAT-TAAT--GACATTTAA------TA--TCCTAATATGTTCTAATATAGCTATCTTACCAACTGTT-CAGTATAGAATTAACCACA-AGTTA-CTCCA----------ATGAATTGAC----------------TG---CATTTTCATTCTTTAACAAAGCCATACAAGTTTATCTTCCACATTGAAAAGTCAAGATTTGTGGAAGATGGCTGCACTTGATAATTCTGAGACAAAA-TAATAAAA-CTCCTCGTTGATCTAACCACATTGTATTCCATTTTGGATACATGTCAAACTTTTATTATGACTATACATTTTACCTTGTAGGT
gi|20 : agtctttccttcgtcgctgattcttgattatgatgcacgcattctcacataaaaattcCCCCAGAGGACA--TAA-TAG-AAG--TAACAGTTC----AAAA-AGAATTAA-caaa
gi|3 : -AC-GG------TAG-CTCTAGG-AGATGAAGGCAATCAA-ATTTTT--GTCAGT----ATAAAGCTTGC-CATAT--A---GAA---GAATTATAAGCATTCCTCCTCA-TGGTCT-AATG-TA-GA---AGCAGCCACCATACACAT---TAT----AACA-ATGTACAGTAGTATC------ATTA----CAT-----A---T-T-AAAAAA--GAAAT-A-AATAA-----AT-CATAATAT-TA-AAAAA-AAAAAAAACCCAAAA---AAAGTGTG--TG------GGATGTAC-TTGGTTAATATTATATACCATA-T--------TAC-TTATAAATAAAAT--TTA-----AGT---GGCCAGTTCAA-CAGG-AG-ACATCAAGGGACG-GTGC-TTTAGGGAAATGCA--CAAA----CTTga
gi|3 : AGCATTCCTCCTCATGGTCTAATGTAGA--AGCAGCC----A---CCATACACATTATAACAATGTACAGTAGTAT-CATTA-CATATTAAAAA--AGAAA-TAA-----------AT-AA-A-TCATAATATTAAAAAA--------AAA-----AAAAAC--CCAAAAAAAGTGTGTG-GGATG-TACTTGGT-TAATATTATATACCATATTACTTATAA--AT---AAAATTTA----AGTGGCCAGT----TCAACAG--GAGA--CAT---CA-AGGGAC-GG------T-G-CTTTAGGGAAATG----CA--CAA-ACTTT---GTCAGT----ATAT--CTT-C-CA-AT-TGAGGGAA---GAC---TA-GCATTCCTCCTCA-TG-T-T-AATGATA-GA-CAAGCAGC---------CACA--TAT-TA-G---------------------------CA----CAT-TAT-A---T-T-ACACAA--ATA-C-A-A-TACA---T-T-TA-AAAA-----GAAAA-TTAGAAAA---CAGC------GTGTGTGTG------GGATGT---CTGGGTAA----ATATACCATAAT--------TAC-T----AATAAAAT--ATAGATTAAGT---G-CAGGT-CAA-CAGG-AG-ACATCAAGGGAC--GTGC-TTTA-GGAAATtgtcagtatatcttccaattgagggaagactagcattcctcctcatgttaatgatagacaagcagccacatattagcacattatattacacaaatacaatacatttaaaaagaaaattagaaaacagcgtgtgtgtgggatgtctgggtaaatataccataattactaataaaatatagattaagtgcaggtcaacaggagacatcaagggacgtgctttaggaaatcatag
gi|4 : acggtagctctaggagatgaaggcaatcaaatttttgtcagtataaagcttgccatatagaagaattataAGATATGATAAGTTT-ATTC-AATT--TTGGGCTCCAGAGGGAAATTAAATAG-AAGAAGAACATTTA-T-AAACC-A-----AA-ATGCCCCCCCCCCCAAC----G---GACAAAATTC-AAAATATCA---A----TTACAACTTA---------TTAG-TA----------TGTGGAAT-T-GCCAGCATAT----TGGGAA---------TTACAACTATGTGGGTGTAAATGGGAAGTA-TACAAAAAGAGTTG--TG-ACAAT-TCAATATTGTGcatag
gi|5 : tataagta-TAATGGT--AATTAAT-AACA-T-----TGTTGACATA-C-TTT-TACATGT--A---------------------------AA-TA----GT-T----TTATA-AC----TA-CATGTAA-GAT---TAAGGTGAG-----------GT----T----GC--CAGT--CAA---CA-A---AC-AG------T-G-CTCTAGG-AAATG----CA--CAG-A---------------------------C-CATAT-CA---GAA---GA----TA-GCATTCCTCCTCA-TG-TCT-AATGTTA-GA-CTAGGAGC-----CAACCACATTTAT-GA-AAataatagtagatatgcaacatatggaaacagacctaagatacattgttcaattttcttttttctgaatgtttaactaatattggacatagttttgaattgcagctttgtctcactttatctcatcaaccatagggaattatccttgtttgacaagattaagttcttatgagctttgaatcaacatgaaaaaacatttctctctacggtatatatggatcatcataaaatgcaattcatcttctatagcaatttgaattacaattgtagtatattaaattttctttctttttaaggaa
gi|5 : ttgtatgcattt----CATGTCT-AATGT-T-AGACTA--GGAGCCA-A-CCACATTTAT-GA-AATGTTCA-GGTAA-AAAAAAAA---AAACCCAAAAAACC---TGAAACATGGATGTACCTTGGGTAA----ATATACCATA-----------AC-T----AATAAAATA-ATAT----AGT---G-CCAGT-CAACCAGA-AG-ACATCAA-GGACG-GTGCTTTTA-GGAAATGCA--CAAA----CTTCtgttcaggtaaaaaaaaaaaaacccaaaaaacctgaaacatggatgtaccttgggtaaatataccataactaataaaataatatagtgccagtcaaccagaagacatcaaggacggtgcttttaggaaatgcacaaacttctgtcagtat
gi|6 : ttgtatgcattttaatggtaattaataacattgttgacatacttttacatgtaaatagttttataactacatgtaagattaaggtgaggttgccagtcaacaaacagtgctctaggaaatgcacagaccatatcagaagatagcattcctcctATTAATA------AGA--GGAAAACAATGGT--A---AAC-A-CA-TTGGAAT--TG-CAAA-C-TATATAC-TGT--ACATAT--T--GTACA------TG--TAAA-TACT--GTAC----TTATA-------TT-AATCTAA-GAA---TA---------CAATG--TAAT----T---------AAA--GAT---TA-AAG-TCAGG------T-T-GTC------AGTC----CA---GA-AC------ATCAGA----ATAA--AAT-CGCACATGTA---GAAAGCGA----T--TCATTCCTTCTCA-TG-TCT-AATG-TA-GA-CAAGCAAC----GTAAGCAC---TACATACAACA-CTGTATAtgtcagtat
gi|7 : gaGAAAAGTTTTATACCAATTGGTTGCGGCCCAGAGGCGA--TTA-TAGGAAT--TAACAGTTC-TTAAAGACAGAAATAACAT-TCAAC--------AAAAGG---GGGAGAGGTTTACAA----ATACA----TCATACCCCAGGAACTGACCATGGTAC---------TGTGGA-T-TAGC-AGCA-ATC-ATTGGGGAGCAAGTAGTTTACAAC-------------ATGGGAA-TGGTACAAACAGAGATGAAT---CGATATCAtagtacgt
gi|8 : GTT-ACAATATCATGAAAAAATCACAACCTT---------CATG-TAATACTATATATGTGGA-T---GC-AGCATAT----TGGGAA---------T----------------------------G-TATTTATAGAGATGATTGTACA--ATCAATATTGTGgaaatacaatatgtgcggtatg
gi|9 : TAAGATAAGTTT-ATTTCAATT--TTGGGCCCC-GAGGGCA--TAA-------------CAGTTCAT-AAACA-AGAAAGAA-ATGTC--CC-----AAAGAGAA---GGGGGAAGTT-ACAATATCATGAA----TCACAACCTA---------CATG-CA----------T----------------------ATTGGGAA---------TTATAAC-------------ATGGGA--TG-TAT--ATAGAGATGAATGTACAATATCAGTATTGTGatatacatgtataatataaatcaacagactagatacattatttcaattttaaaaattaattctttttctgaatgttttaactaaatttatggttgcagctttgtctt
blockSeqs : A G TC C ATA T ATAACAATGTACAGTAG G A TATTAA AG A TTCATT T A TGG G C TAACATTT CT T T CCAAAAAAAGTGTGTGG G TG TAATA TACCATATTA CGAAGTAGCATAATGGTTAGTACTTTGGTGG AT TCA . GGG A ATGATT A A G AAGG AT T TTTACGGTCAGTGTTTATAACTT G GT AGG AGC ATTA A C G T A T T G CACCA GT ATT ATACAACAC TAGTATCATTACATATTAAAAAAGAAATAAATAAATCATAATATTAAAAAAAA CCC CCAAA TGAAACAT ACCT TATT ATATGATAAT G TATA GT GATTA TGTG T C T T T T G AG TCCT . T GT G . CT G . CAA . . T TA A T AT T C C . A C . . C . T TG T T AC TTTAT A AG T TGGC TTG . T . TA TG CA ATG T T T GG AT A G AA TT G C T C CCCCCCCCC A AGT T ATG AAAA GGAACTGAC G ATACTATATA TAT C TATTA GCAAGTAGT TATGTGGGTGTAA AG G A AA T
blockSeqs : T . TT C A C TGTACA G . . . . TAATT . . CGA G A AACTATA . T C AGTCAGAGAATGCG . . AC ACTT ATAAAATTTAAGTGGCCAGTTCAACAGG . . . GG . . . . . G . . TTTTGTCAGTATAAAGCTTG . T . . C . . . . T . . G A CA A TATAACAA GTGGTATTATACACATTTTATTTAAAAAAAAAACCAAACAAAAACAAAA . AC GTGTG ATT . AT . . A A GG . . . . . . . . . T . . . . . . AT A . G . AACC A . . ATG . . . C ATT . TAT . . A . A AT T
blockSeqs : A . . . A C TATAC . . . . . TA . . CAT A C TACTTT . A A TGTACATG . . A ACTA GATTAAGGTTATCTGGTTGCC . . . AG . . . . . . . . TTTGTCAGTATATCTT . T . . . . . . . . . . G G AC . TGATTAC GTATCGTGTTACATTTAGAAAAACGGAACAATAATTTAGTGTTGGGATT . AG GTG ACT . AT . . . A G . . . . . . . . . T . . . . . . TT C . T . AAC A . . ATA . . . . TTA . ATC . . . . A AA .
blockSeqs : . A . . . . G . . TGG G C AA . C T ATG . . T AC GATTAAGGTGAGGTTGCC . . . . . . . . . . . . ATCAGAATAAAAT . T . . . . . . . . . . A . AG . AACAA CACATTATATTACACAAATACAATACATTTAAAAAGAAAATT . AA TG ACT . AT . . . G G . . . . . . . . . A . . . . . . AT G . T . CC G . . ATG . . . . T . TAT . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T TT GAATACAATGTAATT . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . TAG . A TG C . T . . . T . . . . . . . . T . . . . . . T C . G . CC . . . ATG . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : TGTACA*********** AACTT**** GTGTGCG************* GATTAAGGTTATTGGTNGCC*********************** TTTGTCAGTATAACTT********** TACAACAN** AT******** CC******* ATG TAT**
originalCons : AGTATTCCTTCTCNTG-TCTGATGTAGATCAGCAGCTCAATA---CAACACACATT-------TGTACA----TATGCATTA-TA------AGA--GGAAA-TAATGGT--A-TTAAT-AACA-TCGGAATGTTGACATA-C-TTT-TACATGT--ATACAC--TCAGAGAA------TG-GTAAA-TACT--GT-T----TTATA-AC----TT-CATGTAA-GAT---TAAGGTTAG--TAATGGTTAGT----T----GG--GAGA--CAT---CA-AGG-AC-GG------T-G-CTCTAGG-AAATG----CA--CAA-ACTTT---GTCAGT----ATAA--CTT-C-CATAT-TA---GAA---GA----TA-GCATTCCTCCTCA-TG-TCT-AATG-TA-GA-CAAGCAGC----ATAANCAC---TAT-TA-AACA-CTGTACAA----ATCGT---GATTA----CAT-TCT-A---T-T-AGANAA--GNAAC-A-A-TAAC---TAT-CA-AATAT-CG-GGAAA-TTAGAAAA---AAAC---AAAGTGT---TG------GGATGTAC-TTGGGTAA----ATATACCATAAT--------TAC-T----AATAAAAT--ATAG----AGT---G-CCAGT-CAA-CAGG-AG-ACATCAAGGGACG-GTGC-TTTA-GGAAATGCA--CAAA----CTTCAAAGCGTAAG-GCTCTAGGAAGTNCATAATCCTCAAAAAGTAAAGGTAAATATANTATACTGGGATATAAAACATTCCTCCTCATGTCCTTGATGTNGGCAAGCAGCACATCANTTATATAATAGGACANTTAAATGCATCAATTCCTAATATGTTCNAATATAGCTATCTTACCAACTGTTTCGGTATGGAATTANCCANATAGCTATCTNCAATGTTTCGATATGAANTGACCTGAAGTTCTCAAGATTGACTCATTTTCATTCNTNAACAAAGCCATACAAGTTTATCTTCCACATTGAAAAGTCAAGATTTGTGGAAGATGGCTGCACTTGATAATTCTGAGACAGAATTAANAAAATCTCCTCGTTGATCTAACCACATTGTATTCCATTTTGGATACATGCCAAACTTTTATTATGACTATACATTTTACCTTGTAGGTAAGATAAGTTT-ATTCCAATT--TTGGGCCCCAGAGGGCA--TAA-TAG-AAG--TAACAGTTC-T-AAAGA-AGAAATAA-ATGTCAACC-----AAAAAGGG---GGGAGAAGTT-ACAATATCATGAA----TCACAACCTA---------CATG-TA----------TGTGGA-T-T-GC-AGCATATC-ATTGGGAA---------TTACAAC-------------ATGGGA--TG-TACAAACAGAGATGAATGTACAATATCAATATTGTG
finalCons : AGTATTCCTTCTCNTG-TCTGATGTAGATCAGCAGCTCAATA---CAACACACATTTGTACA-----------TATGCATTA-TA------AGA--GGAAA-TAATGGT--A-TTAAT-AACA-TCGGAATGTTGACAAACTT----TACATGT--ATACACGTGTGCG-------------TAAA-TACT--GT-T----TTATA-AC----TT-CATGTAAGATTAAGGTTATTGGTNGCC-----------------------AGA--CAT---CA-AGG-AC-GG------T-G-CTCTAGG-AAATG----CA--CAA-ACTTTGTCAGTATAACTT----------C-CATAT-TA---GAA---GA----TA-GCATTCCTCCTCA-TG-TCT-AATG-TA-GA-CAAGCAGC----ATAANCAC---TATTACAACAN--TGTACAA----ATCGT---GATTA----CAT-TCT-A---T-T-AGANAA--GNAAC-A-A-TAAC---TAT-CA-AATAT-CG-GGAAA-TTAGAAAA---AAAC---AAAGTGT---TG------GGATGTAC-TTGGGTAA----ATATACCATAAT--------TAC-T----AATAAAAT--ATAG----AGT---G-CCAGT-CAA-CAGG-AG-ACATCAAGGGACG-GTGC-TTTA-GGAAATGCA--CAAA----CTTCAAAGCGTAAG-GCTCTAGGAAGTNCATAATCCTCAAAAAGTAAAGGTAAATATANTATACTGGGATATAAAACATTCCTCCTCATGTCCTTGATGTNGGCAAGCAGCACATCANTTATATAATAGGACANTTAAATGCATCAATTCCTAATATGTTCNAATATAGCTATCTTACCAACTGTTTCGGTATGGAATTANCCANATAGCTATCTNCAATGTTTCGATATGAANTGACCTGAAGTTCTCAAGATTGACTCATTTTCATTCNTNAACAAAGCCATACAAGTTTATCTTCCACATTGAAAAGTCAAGATTTGTGGAAGATGGCTGCACTTGATAATTCTGAGACAGAATTAANAAAATCTCCTCGTTGATCTAACCACATTGTATTCCATTTTGGATACATGCCAAACTTTTATTATGACTATACATTTTACCTTGTAGGTAAGATAAGTTT-ATTCCAATT--TTGGGCCCCAGAGGGCA--TAA-TAG-AAG--TAACAGTTC-T-AAAGA-AGAAATAA-ATGTCCC-------AAAAAGGG---GGGAGAAGTT-ACAATATCATGAA----TCACAACCTA---------CATG-TA----------TGTGGA-T-T-GC-AGCATAT--ATTGGGAA---------TTACAAC-------------ATGGGA--TG-TACAAACAGAGATGAATGTACAATATCAATATTGTG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATAAAATTCTTGCAGAGCCTTGATAAATCATGAAAAAACATTTCTCTCTACAG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 1 11 2222222 1111111111111 11 9999999999999999999 3333333 44444444444444444444444444444444 1111 111 111111 1111 444444444444444444444444444 111 111 1111 1 222222222 111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111 11111 22222222222 1111 3333333333 1111 11 11111 11111 11 1111 666666666666 7777777777777777777777777 11 11 11 2222 1 11 3333333333 1 11 1 1 1 1 1 1 4444444444 555555555555555555555 11 22222 1 11 1 2222 222 1 1 11 11 11 222 1 222 1 11 1111111 22222222222 1111 222222222 3333333333333 22222 333 222222222 3333333333333 11
lowQualScore : 1 0 7 333 888888 3 0 33 8 9999999 8 0 8 6 1 0 4444444444444 11 1111111111111111111 8 8 0 11 6 4444444 99 6 55555555555555555555555555555555 2222 5 111 5 666666 5 5 5 7777 77 5 111111111111111111111111111 5 0 55 000 000 7777 5 5 5 5 3 6 6 3 777777777 77 5 777777 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 000 55555 33333333333 6666 2222 0000000000 5 2222 33 77777 55555 6 6 6 6 6 6 6 11 7777 333333333333 1 2222222222222222222222222 1 88 88 1 77 2222 5 88 1 7777777777 5 1 88 5 5 5 5 1 1 5 5 1 1111111111 1 999999999999999999999 1 1 88 77777 5 88 5 3333 111 5 1 5 88 88 88 111 5 3 6 99 99 6 6 99 555 1 0 5 0 55 8888888 5 0 0 33333333333 66 5 77 0000 222222222 6666666666666 44444 6 5 222 666666666 6666666666666 55 6 3 11 5 0 0
lowQualScore : . . . ... ...... . . .. . ....... . . . . . . ............. .. ................... . . . .. . ....... .. . ................................ .... . ... . ...... . . . .... .. . ........................... . . .. ... ... .... . . . . . . . . ......... .. . ...... ....................................................................................... ... ..... ........... .... .... .......... . .... .. ..... ..... . . . . . . . .. .... ............ . ......................... . .. .. . .. .... . .. . .......... . . .. . . . . . . . . . .......... . ..................... . . .. ..... . .. . .... ... . . . .. .. .. ... . . . .. .. . . .. ... . . . . .. ....... . . . ........... .. . .. .... ......... ............. ..... . . ... ......... ............. .. . . .. . . .
lowQualScore : 0 7 3 333 888888 2 0 88 0 8888888 0 8 0 4 4 8 6666666666666 00 6666666666666666666 0 0 8 88 7 3333333 22 7 11111111111111111111111111111111 1111 7 000 7 444444 7 7 7 9999 99 7 777777777777777777777777777 7 1 99 000 000 9999 7 7 7 7 3 7 7 7 888888888 44 7 111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 000 00000 77777777777 9999 1111 6666666666 7 1111 66 44444 00000 7 7 7 7 7 7 7 00 0000 000000000000 0 5555555555555555555555555 0 00 00 0 55 0000 5 00 0 0000000000 5 0 55 5 0 0 5 0 0 5 5 0 0000000000 0 555555555555555555555 0 0 00 55555 5 00 5 0000 000 5 0 5 55 00 00 000 5 5 7 22 22 7 7 22 111 4 0 0 7 77 6666666 7 1 4 11111111111 99 0 66 6666 999999999 7777777777777 88888 7 7 333 777777777 7777777777777 88 7 5 88 6 8 8
consensus : AGTATTCCTTCTCNTATCCGACGTAGATCAGCAGCTCAATA---CAACACGCGTTTATACATATGCATTA-TAAGA--GGAAA-TAATGGTT-A-TTAAT-AACA-TCGGAATGTTGACANAC--TTT-ACA-TGT--ATACAC-----GT------ATGC--GTAAA-TACTGT-TTTATAACTTCATGTAA-GA--T----TA--A-GGTTA-----T-T-GGTTGCCAG-----------N--CAN---CA-AGG-AC-GG------T-G-CTCTAGG-AAATG----CA--CAA-ACTTT---GTCAGT----ATAA--CTT-C-CATAT-TA---GAA---GA----TA-GCATTCCTCCTCA-TG-TCT-AATG-TA-GA-CAAGCAGC----ATAA-CAC-TAT-TATAACANTGTACAA----ATCGT---GATTA----CAT-TCT-A---T-T-AGANAA--GNAAC-A-A-TAAC---TAT-CA-AATAT-CG-GGAAA-TTAGAAAA---AAAC---AAAGTGT---TG------GGATGTAC-TTGGGTAA----ATATACCATAAT--------TAC-T----AATAAAAT--ATAG----AGT---G-CCAGT-CAA-CAGG-AG-ACATCAAGGGACG-GTGC-TTTA-GGAAATGCA--CAAA----CTTCAAAGCGTAAG-GCTCTAGGAAGTNCATAATCCTCAAAAAGTAAAGGTAAATATANTATACTGGGATATAAAACATTCCTCCTCATGTCCTTGATGTNGGCAAGCAGCACATCANTTATATAATAGGACANTTAAATGCATCAATTCCTAATATGTTCNAATATAGCTATCTTACCAACTGTTTCGGTATGGAATTANCCANATAGCTATCTNCAATGTTTCGATATGAANTGACCTGAAGTTCTCAAGATTGACTCATTTTCATTCNTNAACAAAGCCATACAAGTTTATCTTCCACATTGAAAAGTCAAGATTTGTGGAAGATGGCTGCACTTGATAATTCTGAGACAGAATTAANAAAATCTCCTCGTTGATCTAACCACATTGTATTCCATTTTGGATACATGCCAAACTTTTATTATGACTATACATTTTACCTTGTAGGTAAGATAAGTTT-ATTCCAATT--TTGGGCCCCAGAGGGCA--TAA-TAG-AAG--TAACAGTTC-T-AAAGA-AGAAATAA-ATGTC--CC-------AA-AAAGG-------G---GGGAGAGG--TT-ACAATATCATGAA----TCACAACCTA---------CATG-TA----------TGTGGA-T-T-GC-AGCATATC-ATTGGGAA---------TTACAAC-------------ATGGGA--TG-TACAAACAGAGATGAATGTACAATATCAATATTGTG
Reference ( family-4966 ) : AGTATTCCTTCTCNTGTCTGATGTAGATCAGCAGCTCAATA---CAACACACATTTGTACATATGCATTA-TAAGA--GGAAA-TAATGGT--A-TTAAT-AACA-TCGGAATGTTGACAAAC--TTT-ACA-TGT--ATACAC-----GT------GTGC--GTAAA-TACTGT-TTTATAACTTCATGTAA-GA--T----TA--A-GGTTA-----T-T-GGTNGCCAG-----------A--CAT---CA-AGG-AC-GG------T-G-CTCTAGG-AAATG----CA--CAA-ACTTT---GTCAGT----ATAA--CTT-C-CATAT-TA---GAA---GA----TA-GCATTCCTCCTCA-TG-TCT-AATG-TA-GA-CAAGCAGC----ATAANCAC-TAT-TACAACANTGTACAA----ATCGT---GATTA----CAT-TCT-A---T-T-AGANAA--GNAAC-A-A-TAAC---TAT-CA-AATAT-CG-GGAAA-TTAGAAAA---AAAC---AAAGTGT---TG------GGATGTAC-TTGGGTAA----ATATACCATAAT--------TAC-T----AATAAAAT--ATAG----AGT---G-CCAGT-CAA-CAGG-AG-ACATCAAGGGACG-GTGC-TTTA-GGAAATGCA--CAAA----CTTCAAAGCGTAAG-GCTCTAGGAAGTNCATAATCCTCAAAAAGTAAAGGTAAATATANTATACTGGGATATAAAACATTCCTCCTCATGTCCTTGATGTNGGCAAGCAGCACATCANTTATATAATAGGACANTTAAATGCATCAATTCCTAATATGTTCNAATATAGCTATCTTACCAACTGTTTCGGTATGGAATTANCCANATAGCTATCTNCAATGTTTCGATATGAANTGACCTGAAGTTCTCAAGATTGACTCATTTTCATTCNTNAACAAAGCCATACAAGTTTATCTTCCACATTGAAAAGTCAAGATTTGTGGAAGATGGCTGCACTTGATAATTCTGAGACAGAATTAANAAAATCTCCTCGTTGATCTAACCACATTGTATTCCATTTTGGATACATGCCAAACTTTTATTATGACTATACATTTTACCTTGTAGGTAAGATAAGTTT-ATTCCAATT--TTGGGCCCCAGAGGGCA--TAA-TAG-AAG--TAACAGTTC-T-AAAGA-AGAAATAA-ATGTC--CC-------AA-AAAGG-------G---GGGAGAAG--TT-ACAATATCATGAA----TCACAACCTA---------CATG-TA----------TGTGGA-T-T-GC-AGCATAT--ATTGGGAA---------TTACAAC-------------ATGGGA--TG-TACAAACAGAGATGAATGTACAATATCAATATTGTG
gi|1 : AGTCTTCCTTCTCCTGTCTGATGTAGATCAGCAGCTCAATAAATCAACACACATTTATACATATGCATTA-TAAGA--GGAAA-TAATGGTT-A-TTAAT-AACA-TCGAAATGTTGACATAC--TTTTACA-TGT--ATACACTCAGAGA------ATG---GTAAA-CACTGT-TTTATAACTTCATGTAA-G--------TA--A-GGTTA-----T-T-AATGGTTAGTACTTAGGGAGA--CAT---CACAGG-AC-GG------T-G-CTTTAGG-AAATG----CA--CAA-ACTTT---GTCAGT----ATAA--CTT-C-CATAT-TA---GAA---GA----TA-GTATTCCTCCTCA-TG-TCT-AATT-TA-GA-CAAGCAAC----ATAAGTAC-TAT-TNAAAATCTGCACAA----ATCGCCTGGACTA----CATGTCTAA---TGT-AGACAA--GCAAC-ATA-TTAC---TATACA-AGTAT-CGTGTACATTTAGAAAA---GAAC---AAAGTGT---TG------GGATGTAC-ATGGGTAA----ATATATTATG-----------AC-T----AACAATGT--ATAG----AGT---G-TCAGT-CAA-CAGT-AG-ACATCAAGGGATG-GTGC-TCTA-TGAAATGCA--TAAT----CCTCAAAACGTAAGNGCTCTAGGAAATGCATAATCCTCAAAAAGTAAAGGTAAATATATTATACTGGGATATAAAACATTCCTCCTCATGTC--TGATGTTGACAAGCAACACATC-TTTATATAATAGAACAGTTAAATGCATCAATTCCT-ATATGTTCAA--ATAGCTATC-TA-CAA-TGTTTCGATATGAAATTACCCNAATAGCTATCTACAATGTTTCGATATGAAATGACCTGAAGTTCTCAAGATTGACTCATTTTCATTCGTGA--AAAGCCATACAAG-----CTTCC-CATTGAAA--TCAAGATTTG-GGAAGA----TGCAT---ATAATTCTGAGACAGAATTAAGAAAATCTCCTCGTTGATCTAACCACATTG--TTTCATTT--GATACATGC--AACTTTTATT---ACTATACATTTTACC-TGTAGGTAAGA-AAGTTT-ATACCAATT--TTGGGCCCCAGAGGGTA--TGA-TAG-AAG--TAACAGTTCTT-AAAGA-AGAAATAA-ATGTCAACC-------AA-AAAGG-------G---GGGAGAAG--TT-ACAATATC---AA----CCACAAACTA---------CATG-TA----------TGTGGA-TAT-GC-AGCAGAGCAATTGGGAA---------TTACAAC-------------ATGGGA--TG-TACAAACAGAGATGAATGTACAATATCAATACTGTG
gi|10 : AGTATTGCTTATCATATCTGACGTAGATCAGCAGCTCA--A---CAGCATGTATT-----ATATGCATTA-TAAGA--GGAAA-TGATGG------GAAT-AACA-TTGGAATGTTGACA-------T-GCA-TGT--ATATAC-----AT------------GTAAA-TACTGT-ATTATAAC------TAA-GA--TAAA-TA--A-CGTTA-----G-TAGGTTGCCAG-----------T--CAA---CA-GGA-Ag
gi|11 : tttccaaCAC-TAT-TATAACAATATACAA----GTGGT----ATTATACACAT-TTT-A---T-TTAAAAAA--AAAAC-C-A--AAC---AA---A-AACA-------AAA---ACAAAA---AAAC---ACAGTGT---TG------GGATGTAT-TAGGGAAA----ATATACCATAAT--------TAC-T----AATAAAAT--ATGA----AGT---
gi|12 : GTTC-TTAAAGA-AGAAATAA-ATGTCAACC-------AA-TAAAG-------G---GGGAGGGG--TT-ACAATATCA---A----TCACTACCTA---------CATG-TA----------TGTGGA-TAT-GC-AGCATATTAATTGAGAA---------TTACAAC-------------ATGGGA--TG-TACAAACAGAG
gi|13 : A---AAAC---AGAGTGT---TG------GAATGTAC-TTGAGTAA----ATATACCATAATATGATAATTAC-T----AATAAAAT--ATAA----AGT-----CCAGT-CAA-CAGG-AG-ACATCAAGGGACG-ATGC-TTTA-GGAAATGCA--CAAA----CTT
gi|14 : ATAAGTTT-ATTCCAATT--TTGGGCCCCAGAGGGCA--TAA-TAG-AGG--TAACAGTTCAT-A---A-AGAAAGAA-ATGTC--CC-------AA-AAAAG-------AAGTGGGAAAAG--TT-ACAATACCATGAA----t
gi|15 : CATGTAA-GA--T----TA--A-GGTTA-----TCT-GGTTGCCAG-----------T--CAA---CA-A---AC-AA------T-G-CTCTAGG-AAATG----CA--CAG-A---------------------------C-CATAC-TA---GAA---GA----TA-GCATTCCTCCTCA-TG-TCT-AATa
gi|16 : -AAAGATGGAAATA---TCCC--CC-------CA-AAAGGTGGGGGAG---GGGAGGGGAATT-TCAATATCATGAA----TCACAACCTA---------CA
gi|17 : aaacAGTATTCCTTCTCTTATCCAATGTAGATTAGCAGTTCAATA---TAACACA----TGTACATctaagtactgcatgtgtggaa
gi|19 : ctaaTAAGATTAGTTT-ATTCCAATT--TTGGGCCCCAGAGGGCg
gi|2 : agataagataattACACACGTTTATAC-TATGCATAA-TAATAAGGGAAA-TAATGGTTCA-TTAATTAACAATCGAAATGTTGAATAACATTTT-ACA-TGTCTATACACA----GTCAGAGAATGC--GTAAAGCACTGG-TTTATAACTTCATGTAACGAAGTAGCATA--ATGGTTAGTACTT-T-GGTGG--AG-----------AATCATTCACA-AGG-AC-GGATGATTT-GACTTTAGG-AAATGG---CA--CAATACTTTACGGTCAGTGTTTATAA--CTT-C-CATAT-TA---GAA---GA----TA-GCAT-CGTGCTCACTG-TCTTAATT-TATGATCAAGCA-C----ATAGTAAC-TAT-TG-ATTACTATACAAGT--ATCGT---G-TTA----CAT-T---------T-AGAAAAACGGAAC-A-A-TAAT---T-T----AGTGT-TG-GGA---TTTGTTAC---AAGC---A----GT------------GATG--------GTAA----AT----TATAAT--------TATGT----ACTAACATGTATAG----AGTTGTG-TCTGT-CAA-CAGGTAGTACTTCAAGG-ATGTGCAC-TCTA-TGGGATAGAAGCAAATCCTCTCCAAAGC------------GGAAGTTTAT------------------GT-----TAGTATAC--GGATATAAAACATTCCTCCTCATATCCTTGATGTGAGCAA--AGCACA-CAATTAT-TAAT--GACATTTAA------TA--TCCTAATATGTTCTAATATAGCTATCTTACCAACTGTT-CAGTATAGAATTAACCACA-AGTTA-CTCCA----------ATGAATTGAC----------------TG---CATTTTCATTCTTTAACAAAGCCATACAAGTTTATCTTCCACATTGAAAAGTCAAGATTTGTGGAAGATGGCTGCACTTGATAATTCTGAGACAAAA-TAATAAAA-CTCCTCGTTGATCTAACCACATTGTATTCCATTTTGGATACATGTCAAACTTTTATTATGACTATACATTTTACCTTGTAGGT
gi|20 : agtctttccttcgtcgctgattcttgattatgatgcacgcattctcacataaaaattcCCCCAGAGGACA--TAA-TAG-AAG--TAACAGTTC----AAAA-AGAATTAA-caaa
gi|3 : -AC-GG------TAG-CTCTAGG-AGATGAAGGCAATCAA-ATTTTT--GTCAGT----ATAAAGCTTGC-CATAT--A---GAA---GAATTATAAGCATTCCTCCTCA-TGGTCT-AATG-TA-GA---AGCAGCCACCATA--CAC--AT-TATAACAATGTACAGTAGTATC------ATTA----CAT-----A---T-T-AAAAAA--GAAAT-A-AATAA-----AT-CATAATAT-TA-AAAAA-AAAAAAAACCCAAAA---AAAGTGTG--TG------GGATGTAC-TTGGTTAATATTATATACCATA-T--------TAC-TTATAAATAAAAT--TTA-----AGT---GGCCAGTTCAA-CAGG-AG-ACATCAAGGGACG-GTGC-TTTAGGGAAATGCA--CAAA----CTTga
gi|3 : AG-----------A--CAT---CA-AGGGAC-GG------T-G-CTTTAGGGAAATG----CA--CAA-ACTTT---GTCAGT----ATAT--CTT-C-CA-AT-TGAGGGAA---GAC---TA-GCATTCCTCCTCA-TG-T-T-AATGATA-GA-CAAGCAGC---------CACATAT-TA-------GCACA---------------TTA----------T-A---T-T-ACACAA--ATA-C-A-A-TACA---T-T-TA-AAAA-----GAAAA-TTAGAAAA---CAGC------GTGTGTGTG------GGATGT---CTGGGTAA----ATATACCATAAT--------TAC-T----AATAAAAT--ATAGATTAAGT---G-CAGGT-CAA-CAGG-AG-ACATCAAGGGAC--GTGC-TTTA-GGAAATtgtcagtatatcttccaattgagggaagactagcattcctcctcatgttaatgatagacaagcagccacatattagcacattatattacacaaatacaatacatttaaaaagaaaattagaaaacagcgtgtgtgtgggatgtctgggtaaatataccataattactaataaaatatagattaagtgcaggtcaacaggagacatcaagggacgtgctttaggaaatcatag
gi|4 : acggtagctctaggagatgaaggcaatcaaatttttgtcagtataaagcttgccatatagaagaattataagcattcctcctcatggtctaatgtagaagcagccaccatacacattataacaatgtacagtagtatcattacatattaaaaaagaaataaataaatcataatattaaaaaaaaaaaaaacccaaaaaaagtgtgtgggatgtacttggttaatattatataccatattacttataaataaaatttaagtggccagttcaacaggAGATATGATAAGTTT-ATTC-AATT--TTGGGCTCCAGAGGGAAATTAAATAG-AAGAAGAACATTTA-T-AAACC-A-----AA-ATGCC--CCCCCCCCCAA-C-----------G---GACAAAAT--TC-AAAATATCA---A----TTACAACTTA---------TTAG-TA----------TGTGGAAT-T-GCCAGCATAT----TGGGAA---------TTACAACTATGTGGGTGTAAATGGGAAGTA-TACAAAAAGAGTTG--TG-ACAAT-TCAATATTGTGcatag
gi|5 : tataagta-TAATGGT--AATTAAT-AACA-T-----TGTTGACATAC--TTT-----------TACAT-----GT--------------AAA-TA--GT-TTTATAACTACATGTAA-GA--T----TA--A-GGTGA---------GGTTGCCAG-----------T--CAA---CA-A---AC-AG------T-G-CTCTAGG-AAATG----CA--CAG-A---------------------------C-CATAT-CA---GAA---GA----TA-GCATTCCTCCTCA-TG-TCT-AATGTTA-GA-CTAGGAGC-----CAACCAC-ATT-TATGA-AATGTTCAataatagtagatatgcaacatatggaaacagacctaagatacattgttcaattttcttttttctgaatgtttaactaatattggacatagttttgaattgcagctttgtctcactttatctcatcaaccatagggaattatccttgtttgacaagattaagttcttatgagctttgaatcaacatgaaaaaacatttctctctacggtatatatggatcatcataaaatgcaattcatcttctatagcaatttgaattacaattgtagtatattaaattttctttctttttaaggaa
gi|5 : ttgtatgcattt----CATGTCT-AATGT-T-AGACTA--GGAGCCA-A-CCACATTTAT-GA-AATGTTCA-GGTAA-AAAAAAAA---AAACCCAAAAAACC---TGAAACATGGATGTACCTTGGGTAA----ATATACCATA-----------AC-T----AATAAAATA-ATAT----AGT---G-CCAGT-CAACCAGA-AG-ACATCAA-GGACG-GTGCTTTTA-GGAAATGCA--CAAA----CTTCggtaaaaaaaaaaaaacccaaaaaacctgaaacatggatgtaccttgggtaaatataccataactaataaaataatatagtgccagtcaaccagaagacatcaaggacggtgcttttaggaaatgcacaaacttctgtcagtat
gi|6 : ttgtatgcattttaatggtaattaataacattgttgacatacttttacatgtaaatagttttataactacatgtaagattaaggtgaggttgccagtcaacaaacagtgctctaggaaatgcacagaccatatcagaagatagcattcctcctATTAATAAGA--GGAAAACAATGGT--A---AAC-A-CA-TTGGAAT--TG-CAAAC--TAT-ATACTGT--ACATAT------T------GTACATGTAAA-TACTGTACTTATA--TTAATCTAA-GA--A----TACAA-TGTAA-----T-T--------AA-----------A--GAT---TA-AAG-TCAGG------T-T-GTC------AGTC----CA---GA-AC------ATCAGA----ATAA--AAT-CGCACATGTA---GAAAGCGA----T--TCATTCCTTCTCA-TG-TCT-AATG-TA-GA-CAAGCAAC----GTAAGCAC-TACATACAACACTGTATAtgtcagtat
gi|7 : gaGAAAAGTTTTATACCAATTGGTTGCGGCCCAGAGGCGA--TTA-TAGGAAT--TAACAGTTC-TTAAAGACAGAAATAACAT-----TC-------AACAAAAG-------G---GGGAGAGG--TTTACAA----ATACA----TCATACCCCAGGAACTGACCATGGTAC---------TGTGGA-T-TAGC-AGCA-ATC-ATTGGGGAGCAAGTAGTTTACAAC-------------ATGGGAA-TGGTACAAACAGAGATGAAT---CGATATCAtagtacgt
gi|8 : G--TT-ACAATATCATGAAAAAATCACAACCTT---------CATG-TAATACTATATATGTGGA-T---GC-AGCATAT----TGGGAA---------T----------------------------G-TATTTATAGAGATGATTGTACA--ATCAATATTGTGgaaatacaatatgtgcggtatg
gi|9 : TAAGATAAGTTT-ATTTCAATT--TTGGGCCCC-GAGGGCA--TAA-------------CAGTTCAT-AAACA-AGAAAGAA-ATGTC--CC-------AA-AGAGA-------A---GGGGGAAG--TT-ACAATATCATGAA----TCACAACCTA---------CATG-------------------------------CAT--ATTGGGAA---------TTATAAC-------------ATGGGA--TG-TAT--ATAGAGATGAATGTACAATATCAGTATTGTGatatacatgtataatataaatcaacagactagatacattatttcaattttaaaaattaattctttttctgaatgttttaactaaatttatggttgcagctttgtctt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATAAAATTCTTGCAGAGCCTTGATAAATCATGAAAAAACATTTCTCTCTACAG