lowQualScore : 1111 1111111111111111111 111111111111111111111111
lowQualScore : 22 4 2 22 2222 5555 1 1 8888 3333 11 1 44 333 1 11 1 3 1 1 2222 1 555555 222 2 1 3 1 2222222222222222222 2222 11 000000000000000000000000 22 3 222 1 2222 9999 1 11 5555555 333 333333 99999 333 222 333 1 1 333333 1 2222 11
lowQualScore : .. . . .. .... .... . . .... .... .. . .. ... . .. . . . . .... . ...... ... . . . . ................... .... .. ........................ .. . ... . .... .... . .. ....... ... ...... ..... ... ... ... . . ...... . .... ..
lowQualScore : 00 3 9 00 2222 5555 3 3 3333 8888 77 2 44 222 2 66 1 4 1 1 3333 1 999999 999 1 1 2 1 0000000000000000000 2222 44 111111111111111111111111 99 2 999 1 3333 5555 1 66 4444444 111 333333 77777 999 222 999 2 2 666666 3 7777 88
consensus : CGTTTG--TAA-AT-A--T--TAAAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA-G--TTTTCCT---T-CT--TT-T-TT-CTA-TA----T-AC------TT---G-T-A-ATA-C----G-------------CAC----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCA-TT--T--T----T---AA------AA--N--T---CT---ATG---T-TTTT-TAT------TAA-AT----G--AAATCTCTG
Reference ( gi|20 ) : CGTTTG--TAA-AT-A--T--TGAAA---TGTT-C-TG---T----TC--AA-G--TTTTCCT---T-CT--TT-T-TT-CTA-TA----T-AC------TT---G-T-A-ATA-C----G-------------CAC----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---CCA-TT--T--T----T---AA------AA--A--T---CT---ATG---T-TTTT-TAT------TAA-AT----G--AAATCTCTG
gi|15 : CGTTTG--TAA-AT-A--T--GAAAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA-G--TTTTCCT---T-CT--TT-TTTT-CTA-TA----T-AC------TT---G-T-A-ATG-C----G-------------TAC----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCA-CT--T--C----T---AA------AA--T--T---CT---ATG---T-TTTT-TAT------TAA-AT----G--AAATATCT
gi|7 : tccCGATTG--TAA-AT-A--T--TAAAG---TGTT-C-TA---TATATTC--AC-G--TTTTCCT---T-CT--TT-TTTT-CTA-TA----T-AC------TT---G-T-A-ATA-C----G-------------CAC----G--T------------------------T--GA-AAAA---TT-AA----T---CCA-TT--T--C----T---AA------AA--T--T---CT---ATG---C-TTTT-TAT------TAA-AT----G--AAATATCTG
gi|12 : tccCGTTTG--TAA-AT-A--T--CGAAG---TGTT-C-TA---T----TC--AA-G--TTTTACG---C-CT--TT-T-TT-CTA-TA----T-AC------TT---G-T-A-ATA-T----G-------------CAC----T--T------------------------T--GC-AAAA---GT-AA----T---TCA-TT--T--A----T---AA------AA--T--T---CT---ACG---C-TTTT-TAT------TAA-AT----G--AAATCTCTGac
gi|13 : atccCGTTTG--TAA-AA-A--T--TAAAA---TGTT-C-TA---T-----C--AA-G--TGTTCCT---T-CT--TT-T-TT-CTA-TA----T-AC------AT---G-T-A-ATA-C----G-------------TAC----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AG----T---TCA-TT--T--A----T---AA------AA--T--T---CT---CTG---T-TTTT-TAT------TAA-AT----G--AAATCT
gi|8 : ttcCGTTTA--GAA-AT-A--TAACAAAA---TGTTTC-TA---T----TC--AA-G--TTTTCCT---T-CT--TT-T-TT-CTA--A----TGAC------TT---G-T-A-ATA-C----G-------------TAC----G---------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCA-TTTAT--T----T---AA------AA--T--T---CT---ATG---T-TTTT-TAT------TAA-TT----G--GAATCTCTGtcga
gi|2 : tccCGTTT---TAA-AT-A--T--TGAAA---TGTT-C-TG---T----TC--AA-GT-TTTTCCT---T-CT--TT-T-TT-CTATTA----T-ACT-----TT---G-T-A-ATA-C----GGGC----------CGCGCCAG--T------------------------T--GCAAAAA---TT-AA----TATCCCA-TT--T--T----TAAAAA------AA--A--T---CT---CTG---T-TTTT-TAT------TAA-AT----GACAGATCTCTG
gi|4 : CGTTTG--TAA-AT-A--T--CAAAA---TGTT-C-TAATAT----TC--AAAG--TTTTCCT---T-CT--TT-T-TT-CTA--A----T-AT------TTACTG-T-A-ATA-C------------------TAC----G--T------------------------T--GC-AAAAATATT-AA----T---TCA-TT--T--T----T---AA------AC--A--T---CT---ATG---TTTTTT-TAT------TAAGAT----G--AAATCTCTa
gi|9 : tccCATTTG--TAATAT-A--T----AAG---TGTT-A-TA---C----TC--CA-G--TTTTCCT---T-CT--TT-T-TT-CTA-TA----T-AC------TT---G-T-A-ATA-T----G-------------TAT----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCA-TT--T--A----T---AA------AA--T--T---TT---ATG---C-TTTT-TAT------CAA-TT----A--AAATCTTTGtg
gi|1 : atccCGTTTG--TAATATTA--T--TGAGAATGTGTT-C-TG---T----TC--AA-G--GTCTCTTCTGT-CT--TT-T-TC-CTA-TA----T-ACGCC---TT---G-T-A-ATA-C----GG------------CAC----G--TGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NC-AAAA---TT-AA----T---CCA-TT--T--T----T---AA------AA--A--T---CT---ATG---T-TTTT-TAT------TAA-AT----G--AAATCTCTGatg
gi|23 : ttccCATTTG--TAA-AT-A--T--TTAAAAG-TGTT-C-TA---T----TC--AA-A--TTTTCCT---T-CT--CT-T-TT-ATT-TG----C-AC------TG---G-T-A-ATA-C----G-------------AAC----G--T------------------------T--GC-CAAA---TT-AA----T---TCA-TT--T--A----T---AA------AA--T--T---CC---ATG---C-TTTT-TAT------GAA-AT----G--at
gi|14 : attcCGTTTG--TAA-AT-A--T--GAAAG---TGTT-C-TA---T----TC--AA----TTTTTCT---C-CT--TT-T-TT-CTA-TA----A-AC------AT---T-T---ACG-T----G-------------TAC----G--T------------------------T--GC--AAA---TT-AT----T---TCA-TT--T--T----T---AA------AA--C--C---CT---ATG---A-TTTT-TAT------T-A-AT----G--GAATCTCTG
gi|19 : atccCGTTTG--CAA-AT-A--T--CTAAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA-A--TGTTTCA---T-CG--TG-T-T--CTA-TA----T-CC------TT---G-T-A-ACA-C----A--------------AC----T--T------------------------T--TC-AAAA---TT-AA----T---TTA-TT--T--A----T---AA------AA--A--T---AT---ATG---T-TTTTATAT------GAA-AT----G--AAATCTTTGata
gi|5 : tccCGTTGG--TAA-AT-A--C--TAAAG---TGTT-C-TA---A----TC--AA-GGCTTTTCCT---TTCT--TT-T-TT-CTA-TA----T-AC------CT---GTT-A-ATT-C----G-------------CAC----A--T------------------------T--GT-AAAA---CTGAA----TAA-TCA-CT--T--T---------A------AA--C--T---CT---GTC---C-TTTT-TAT------TAA-ATTGTGA--AAATCTCTG
gi|35 : tccCGTTTG--TAA-AT-A--T--TAAAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA-G--TTTTC-----------TT-T-TT-CTA-CA---------------T---G-T-ATATA---------------------------G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCA-TT--T--T----T---AA------AA--a
gi|34 : atccCGTTTG--TAA-AT-A--T--TAAAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA-G--TTTTC-----------TT-T-TT-CTA-CA---------------T---G-T-ATATA---------------------------G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCA-TT--T--T----T---AA------AA--ctt
gi|36 : atccCGTTTG--TAA-AT-A--T--TAAAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA-G--TTTTC-----------TT-T-TT-CTA-CA---------------T---G-T-ATATA---------------------------G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCA-TT--T--T----T---AA------Actt
gi|6 : atccCGTTTTCTTAATAT-A--T--TAAAG---TGTT-C-AC---T----TT--GA-G--TTTTT-T---T-CTCATT-T-TT-CTA-TA----A-AC------TTA--A-A-A-ATG-CGT--G-------------CAC----A--T------------------------G--GC-AAAA---TT-AA----T----TA--T--T--T----T---AA------AA--A--T---TT---CTGAGAT-TTTT-AAT------GTG-AT----G--AAATCTCcttc
gi|26 : cCGTTTG--TAA-AT-A--T----AAG---TATT-C-TA---T----TT--AA--------------------TT-T-TT-AAA-AA----T--C------TT---G-T-A-TTT-C----G-------------TAC----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-TA----T---TTC-TC--T--A----T---AA------AA--T--T---C-----TG---T-TTTT-TAT------TAG-AT----T--AACTCTTTGggtt
gi|18 : acccGTTTG--TAA-AT-A--T--TAGAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA-G--TTTTCCT---T-CT--TT-T-TT-CTA-TA----T-AC------TT---C-T-C-ATA-C----G-------------ATC----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCA--T--T--T----T---AA------AA--T--T---CT---ATG---T-TTTT-TAT------TAA-AT----G--AAATCTTTGgt
gi|22 : cttGTTTG--TAA-AT-A--T--TAGAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA-G--TTTTCCT---T-CT--TC-T----CTA-TA----T-AC------T----G-T-A--TA-A----G-------------CAC----G--T------------------------C--GC-AAAA---GT-AA----T---TCA-TT--T--T----T---AA------AA--T--T---CT---ATG---T-TTTT-TAT------TAA-AT----G--AAATATTTGa
gi|38 : tcctGTTT---TAA-AT-A--T--TAGAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA-G--TTATCCT---T-CT--TT-T-TT-ATT-TA----T-AC------TT---A-T-A-ATA-C----G-------------AAC----G--T------------------------C--GC-AAAA---TT-
gi|29 : cctGTTTG--TAA-AT-A--T----AAG---TGTT-A-TAAA-T----AT--AA-G--TGTTCCT---T-CT--TT-T-T--CTA-AA----A-TC------TT---G-C-A-ATA-C----G-------------CAC----G--T------------------------T--TT-AAAA---TT-AA----T--------------------------------------T---CT---ATG---C-TTTT-TAT------TAA-AT----G--
gi|33 : tGTTTG--TAA-AT-A--T--TAAA----------------------------G--TTTTTCT---C-CT--TT---------------------------------T-A-ATA-CGT--G-------------CAC----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-GA----T---TCA-TT--T--T----T---AA------AT--A--C---CT---ATA---A-TTTT-TAT------TA
gi|3 : tcctTTTG--TAA-AT-AATT--TGAAA---TGT--C-TG---TG---TC--AA-G--TTTTCCT---T-CT--TT-TTTT-CTA-TA----T-AC------TT---G-T-A-ATA-CGGCAG-------------CA-----G--T------------------------T--GCAAAAA---TT-AAAATTT---CCA-TT--T--T----TA--AA------AA--A--T---CT---ATG---T-TTTT-TAT------T-A-AT----G--AAA
gi|17 : tcccgtTTTT--TAA-ATTA--T--CAAA-----GTT-C-TA---T----TC--A--G--TTTTCCT---T-CT--AT-T-TT-CTA-TA----T-AC------TT---GTT-A-ATA-C----G--------------AC----G--T------------------------T--GC-AAAA---TA-TA----T---CCT-TT--TTAT----T---AA------AG--A--T---CT---ATG---T-TTTT-TAT--------A-AT----T--GAATCTCTGatttgatg
gi|37 : ccgtTG--TAA-AT-A--T--ATAAT---TGCT-C-TA---A----TC--AA-G--TTTTCCA---T-CA--TT-T-T--CTA-TG----T-AC------TT---G-T-A-ATA-T----G-------------AAA----G--T------------------------T--GG-AAAA---TT-AA----ca
gi|11 : ccgcgcG--TAA-A--A--T--AAAAG---TGTT-A-TG---T----TT--AA-G--TTTTCCT---T-CT--TT-T-TT-CTA-TAATAAT-AC------TT---G-T-A-ATA-T----G-------------TAC----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCA-TT--T--A----C---AAATGTATAA--A--T---TT---CTG---T-TTTA-TAT------TAC-AT----G--AAATATCat
gi|30 : --TAA-GT-A--T----AAT---TGCT-C-TA---A----TC--AA-GGTTTTTCCA---T-CA--TTAT-TT-CTA-TG----T-AC------TT---G-T-A-ATA-T----G-------------AAA----G--T------------------------TGGGA-AAAA---TT-GA----aga
gi|21 : atccctgctggtaaa---TATT-C-TA---T----TTCAAA-G--TTTTCTC---T-CT--TT-T-TC-TTG-TA----T-AC------TT---G-T-A-GTA-C----ATGTAGTAACAGTACAT----GGAT------------------------T--GA-AAAA---AT-AA----T---TAA-TC--T-----------AA------AA--AGTT---CT---AAG---C-TTTT-TAT------TAA-AT----G--AAATCTCTGaaatcag
gi|16 : TT-C-TA---T----TC--AA-G--TTTTCATA--T-CT--TT-T-TTTCTA-TA----T-AC------TT---G-T-A-ATAAC----G-------------CAT----G--T------------------------T--GC-AAAAA--TT-AA----T---TAA-TT--T--T----T---TA------AA--A--TTC-CT---ATG---C-TTTT-TAT------TAA-AG----G--AAATCTTTG
gi|10 : tcccgtttgtgtgtTT-CATA---T----TC--AA-G--TTTTCAT---T-CT--TT-T-TT-TCT-TA----T-AC------TT---G-TAA-ATA-C----G-------------CAT----G--T------------------------T--GCAAAAA---TT-AA----T---TAATTT--T--T----T---AA------AA--A--TTTCTT---ATG---C-TTTT-TAT------TAA-AG----G--AAA-CTTTGat
gi|27 : catccccgtttgtgtgt---T----TC--AA-G--GTTTCCT---T-CT--TT-T-TT-CTA-TA----T-ACATGTACTT---G-T-A-ATA-C----G-------------CAC----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCA-TT--T--T----T---AA------AA--T--T---CT---CTG---T-TTTT-TAT------TAA-AT----G--AAATCTCTGatt
gi|41 : ---T----TC--AA-G--TGTTCCT---T-CT--TT-T-TT-CTA-TA----T-AT------AT---G-T-A-ACA-C----A-------------TAC----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AG----T---TCA-TT--T--A----T---AA------AA--at
gi|24 : A-G--TTTTCCT---T-CT--TT-T-TC-CTA-TA----T-AC------TT---G-T-A-A-A-C----A-------------TAC----G--T------------------------TTTGC-AAAA---TT-AA----T---TCA-TT--T--T----T---AA------AA--T--T---CT---ATG---T-ATTT-TAT------TAA-AT----G--AAATCTCTG
gi|31 : tgtgaaacaacattatactgaatT-T-TT-CTA-TA----T-AC------TT---G-T-A-ATA-C----G-------------CAT----G--A------------------------A--GC-AAAA---TC-AA----T---TCA-TT--T--T----T---AC------AA--T--T---CTATCATGGT-T-TTTT-TAT------TAA-AT----G--AAATCTCTGata
gi|32 : T-CTA-TA----T-AC------AT---G-T-A-ATA-C----G-------------TAC----G--T------------------------T--GC-AAAG---TT-AG----T---TCA-TT--T--A----T---AA------AA--T--T---CC---ATG---T-TTTT-TATTACTAGTAA-AT----G--GAATCTcta
gi|40 : A-TA----C-AC------TT---G-C-A-ATA-C----T-------------CAA----G--T------------------------T--GC-AAAA---TA-AA----T---TTA-TT--T--A----T---AA------AA--T--T---CT---AAG---C-TTTT-TAT------TAA-AT----G--GAATATCTGtcgatga
gi|25 : -AC------TT---G-T-G-TTA-C----G-------------CAC----G--T------------------------T--G--AAAA------AA----T---ACG-TT--T--TTCTAT---AA------GATTG--T---CT---TCT---T-TTTT-TA--------AA-AT----G--AAATCg
gi|42 : atcccatctgtaaatgtaagtgttctattaattaaaaagaa--T---CT---ATG---C-TTTT-TAT------GAA-AT----G--AAATCTCattggt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): TTTATTGAACTTTTGTTTCTTTTTTCCCGTAAGCTCCGATTTCTTACATTACAAATTCAATTCACTCATAAAATTCATGTTTATTATCAAAATGAAACCTGTTAT
Unaligned ( gi|39 ): AATGCATCCCTTTTGTAATACAAAAATGTTCTACTTCAGTTTTGTTTTCTTCTCTTTTTACTATACACTTTAAAAT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111
lowQualScore : 11 4 2 11 77777 3333 1 1 444 3333 11 3333 44 1 444 11 1 3 1 1 1 2222 1 555555 111 2 1 2 1 1 22 11111111111111 1 3333 11 999999999999999999999999 11 3 222 1 2222 333 1 11 4444444 444 333333 22 111 1 222 22 1 333333 1 1 1 2222 11
lowQualScore : .. . . .. ..... .... . . ... .... .. .... .. . ... .. . . . . . .... . ...... ... . . . . . .. .............. . .... .. ........................ .. . ... . .... ... . .. ....... ... ...... .. ... . ... .. . ...... . . . .... ..
lowQualScore : 88 0 7 88 99999 3333 2 2 666 5555 55 4444 11 1 111 55 1 2 0 0 0 1111 0 555555 777 0 0 9 0 0 44 99999999999999 0 1111 44 666666666666666666666666 44 0 888 0 2222 333 1 55 7777777 111 111111 44 999 1 111 88 2 444444 2 2 2 6666 77
consensus : CGTTTG--TAA-AT-A--T--T--AAAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA----G--TTTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-A-TA----T-AC------TT---G-T-A-A-TA-C--G-------------CA-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCA-TT--T--T----T---AA------AA-TT---C-T---ATG--TTTTT-TAT------TA-A-A-T----G--AAATCTCTG
Reference ( family-488 ) : CGTTTG--TAA-AT-A--T--T--AAAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA----G--TTTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-A-TA----T-AC------TT---G-T-A-A-TA-C--G-------------CA-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCA-TT--T--T----T---AA------AA-NT---C-T---ATG--TTTTT-TAT------TA-A-A-T----G--AAATCTCTG
gi|1 : CGTTTG--TAATATTA--T--T--GAGAATGTGTT-C-TG---T----TC--AA----G--GTCTCT-TCTGTCT--TT-T-TC-CT-A-TA----T-ACGCC---TT---G-T-A-A-TA-C--GG------------CA-C----G--TGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NC-AAAA---TT-AA----T---CCA-TT--T--T----T---AA------AA-AT---C-T---ATG--TTTTT-TAT------TA-A-A-T----G--AAATCTCTG
gi|10 : ttccTT-CATA---T----TC--AA----G--TTTTCA-T---TCT--TT-T-TT-TC-T-TA----T-AC------TT---G-TAA-A-TA-C--G-------------CA-T----G--T------------------------T--GCAAAAA---TT-AA----T---TAATTT--T--T----T---AA------AA-ATTTCT-T---ATG--CTTTT-TAT------TA-A-A-G----G--AAA-CTTTGat
gi|11 : catccccgtttgtgtgtG--TAA-A--A--T--A--AAAG---TGTT-A-TG---T----TT--AA----G--TTTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-A-TAATAAT-AC------TT---G-T-A-A-TA-T--G-------------TA-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCA-TT--T--A----C---AAATGTATAA-AT---T-T---CTG--TTTTA-TAT------TA-C-A-T----G--AAATATCatt
gi|12 : CGTTTG--TAA-AT-A--T--C--GAAG---TGTT-C-TA---T----TC--AA----G--TTTTAC-G---CCT--TT-T-TT-CT-A-TA----T-AC------TT---G-T-A-A-TA-T--G-------------CA-C----T--T------------------------T--GC-AAAA---GT-AA----T---TCA-TT--T--A----T---AA------AA-TT---C-T---ACG--CTTTT-TAT------TA-A-A-T----G--AAATCTCTGaga
gi|13 : atccCGTTTG--TAA-AA-A--T--T--AAAA---TGTT-C-TA---T-----C--AA----G--TGTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-A-TA----T-AC------AT---G-T-A-A-TA-C--G-------------TA-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AG----T---TCA-TT--T--A----T---AA------AA-TT---C-T---CTG--TTTTT-TAT------TA-A-A-T----G--AAATCT
gi|14 : ttcCGTTTG--TAA-AT-A--T--G--AAAG---TGTT-C-TA---T----TC--AA-------TTTTTC-T---CCT--TT-T-TT-CT-A-TA----A-AC------AT---T-T---A-CG-T--G-------------TA-C----G--T------------------------T--GC--AAA---TT-AT----T---TCA-TT--T--T----T---AA------AA-CC---C-T---ATG--ATTTT-TAT------T--A-A-T----G--GAATCTCTGtcga
gi|15 : atccCGTTTG--TAA-AT-A--T--G--AAAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA----G--TTTTCC-T---TCT--TT-TTTT-CT-A-TA----T-AC------TT---G-T-A-A-TG-C--G-------------TA-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCA-CT--T--C----T---AA------AA-TT---C-T---ATG--TTTTT-TAT------TA-A-A-T----G--AAATATCTata
gi|16 : tccTT-C-TA---T----TC--AA----G--TTTTCA-TA--TCT--TT-T-TTTCT-A-TA----T-AC------TT---G-T-A-A-TAAC--G-------------CA-T----G--T------------------------T--GC-AAAAA--TT-AA----T---TAA-TT--T--T----TT--AA------AA-TT---CCT---ATG--CTTTT-TAT------TA-A-A-G----G--AAATCTTTG
gi|17 : tcccgtttgtgtgtTTTT--TAA-ATTA--T--C--AAA-----GTT-C-TA---T----TC--A-----G--TTTTCC-T---TCT--AT-T-TT-CT-A-TA----T-AC------TT---GTT-A-A-TA-C--G--------------A-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TA-TA----T---CCT-TT--TTAT----T---AA------AG-AT---C-T---ATG--TTTTT-TAT---------A-A-T----T--GAATCTCTGat
gi|18 : ccgtGTTTG--TAA-AT-A--T--T--AGAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA----G--TTTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-A-TA----T-AC------TT---C-T-C-A-TA-C--G-------------AT-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCA--T--T--T----T---AA------AA-TT---C-T---ATG--TTTTT-TAT------TA-A-A-T----G--AAATCTTTGca
gi|19 : cttCGTTTG--CAA-AT-A--T--C--TAAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA----A--TGTTTC-A---TC---GT-G-TT-CT-A-TA----T-CC------TT---G-T-A-A-CA-C--A--------------A-C----T--T------------------------T--TC-AAAA---TT-AA----T---TTA-TT--T--A----T---AA------AA-AT---A-T---ATG--TTTTTATAT------GA-A-A-T----G--AAATCTTTGa
gi|2 : tccCGTTT---TAA-AT-A--T--T--GAAA---TGTT-C-TG---T----TC--AA----GT-TTTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-ATTA----T-ACT-----TT---G-T-A-A-TA-C--GGGC----------CG-CGCCAG--T------------------------T--GCAAAAA---TT-AA----TATCCCA-TT--T--T----TAAAAA------AA-AT---C-T---CTG--TTTTT-TAT------TA-A-A-T----GACAGATCTCTG
gi|20 : CGTTTG--TAA-AT-A--T--T--GAAA---TGTT-C-TG---T----TC--AA----G--TTTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-A-TA----T-AC------TT---G-T-A-A-TA-C--G-------------CA-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---CCA-TT--T--T----T---AA------AA-AT---C-T---ATG--TTTTT-TAT------TA-A-A-T----G--AAATCTCTGa
gi|21 : ---TATT-C-TA---T----TTCAAA----G--TTTTCT-C---TCT--TT-T-TC-TT-G-TA----T-AC------TT---G-T-A-G-TA-C--ATGTAGTAACAGTACA-T----GGAT------------------------T--GA-AAAA---AT-AA----T---TAA-TC--T--A----A---AA------AG-TT---C-T---AAG--CTTTT-TAT------TA-A-A-T----G--AAATCTCTG
gi|22 : GTTTG--TAA-AT-A--T--T--AGAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA----G--TTTTCC-T---TCT--TC-T----CT-A-TA----T-AC------T----G-T-A---TA-A--G-------------CA-C----G--T------------------------C--GC-AAAA---GT-AA----T---TCA-TT--T--T----T---AA------AA-TT---C-T---ATG--TTTTT-TAT------TA-A-A-T----G--AAATATTTG
gi|23 : tcctCATTTG--TAA-AT-A--T--TTAAAAG---TGTT-C-TA---T----TC--AA----A--TTTTCC-T---TCT--CT-T-TT-AT-T-TG----C-AC------TG---G-T-A-A-TA-C--G-------------AA-C----G--T------------------------T--GC-CAAA---TT-AA----T---TCA-TT--T--A----T---AA------AA-TT---C-C---ATG--CTTTT-TAT------GA-A-A-T----G--
gi|24 : attcA----G--TTTTCC-T---TCT--TT-T-TC-CT-A-TA----T-AC------TT---G-T-A-A--A-C--A-------------TA-C----G--T------------------------TTTGC-AAAA---TT-AA----T---TCA-TT--T--T----T---AA------AA-TT---C-T---ATG--TATTT-TAT------TA-A-A-T----G--AAATCTCTG
gi|25 : tgtgaaacaacattatactgaat-AC------TT---G-T-G-T-TA-C--G-------------CA-C----G--T------------------------T--G--AAAA------AA----T---ACG-TT--T--TTCTAT---AA------GA-TT---G-T---CTT--CTTTT-TTT------AA-A-A-T----G--AAATCata
gi|26 : atcccatctgtaaatgtaagtgttctattaattaaaaagaaCGTTTG--TAA-AT-A--T------AAG---TATT-C-TA---T----TT--AA-----------------------TT-T-TT-AA-A-AA----T--C------TT---G-T-A-T-TT-C--G-------------TA-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-TA----T---TTC-TC--T--A----T---AA------AA-TT---C------TG--TTTTT-TAT------TA-G-A-T----T--AACTCTTTGattggt
gi|27 : accc---T----TC--AA----G--GTTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-A-TA----T-ACATGTACTT---G-T-A-A-TA-C--G-------------CA-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCA-TT--T--T----T---AA------AA-TT---C-T---CTG--TTTTT-TAT------TA-A-A-T----G--AAATCTCTGgt
gi|28 : T-T-TA---T----TG--AA----C--TTTTGT-T---TCT--TT-T-TT-CCCG-TA----A-GC------TC---C-G-A-T-TT-C--T-------------TA-C----A--T------------------------T--AC-AAAT---TC-AA----T---TCA-CT--C--A----T---AA------AA-TT---C-----ATG--TTTAT-TAT------CA-A-AAT----G--AAACCTat
gi|29 : GTTTG--TAA-AT-A--T------AAG---TGTT-A-TAAA-T----AT--AA----G--TGTTCC-T---TCT--TT-T-T--CT-A-AA----A-TC------TT---G-C-A-A-TA-C--G-------------CA-C----G--T------------------------T--TT-AAAA---TT-AA----T-----------------------------------T---C-T---ATG--CTTTT-TAT------TA-A-A-T----G--gttat
gi|3 : tTTTG--TAA-AT-AATT--T--GAAA---TGT--C-TG---TG---TC--AA----G--TTTTCC-T---TCT--TT-TTTT-CT-A-TA----T-AC------TT---G-T-A-A-TA-CG-G-------------CAGCA---G--T------------------------T--GCAAAAA---TT-AAAATTT---CCA-TT--T--T----TA--AA------AA-AT---C-T---ATG--TTTTT-TAT------T--A-A-T----G--AAA
gi|30 : tcccgt--TAA-GT-A--T------AAT---TGCT-C-TA---A----TC--AA----GGTTTTTCC-A---TCA--TTAT-TT-CT-A-TG----T-AC------TT---G-T-A-A-TA-T--G-------------AA-A----G--T------------------------T--GG-GAAA------AA----T---Tatttgatg
gi|31 : atccctgctggtaaaT-T-TT-CT-A-TA----T-AC------TT---G-T-A-A-TA-C--G-------------CA-T----G--A------------------------A--GC-AAAA---TC-AA----T---TCA-TT--T--T----T---AC------AA-TT---C-TATCATGGTTTTTT-TAT------TA-A-A-T----G--AAATCTCTGgaaaatcag
gi|32 : T-CT-A-TA----T-AC------AT---G-T-A-A-TA-C--G-------------TA-C----G--T------------------------T--GC-AAAG---TT-AG----T---TCA-TT--T--A----T---AA------AA-TT---C-C---ATG--TTTTT-TATTACTAGTA-A-A-T----G--GAATCTcta
gi|33 : GTTTG--TAA-AT-A--T--T--AAA-------------------------------G--TTTTTC-T---CCT--TT----------------------------------T-A-A-TA-CGTG-------------CA-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-GA----T---TCA-TT--T--T----T---AA------AT-AC---C-T---ATA--ATTTT-TAT------TA-tcgatga
gi|34 : tcctCGTTTG--TAA-AT-A--T--T--AAAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA----G--TTTTC-----------TT-T-TT-CT-A-CA---------------T---G-T-ATA-TA--------------------------G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCA-TT--T--T----T---AA------AA-CT---
gi|35 : atccCGTTTG--TAA-AT-A--T--T--AAAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA----G--TTTTC-----------TT-T-TT-CT-A-CA---------------T---G-T-ATA-TA--------------------------G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCA-TT--T--T----T---AA------AA-CT---t
gi|36 : atccCGTTTG--TAA-AT-A--T--T--AAAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA----G--TTTTC-----------TT-T-TT-CT-A-CA---------------T---G-T-ATA-TA--------------------------G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCA-TT--T--T----T---AA------AC-TT---C-t
gi|37 : atccTG--TAA-AT-A--T--A--TAAT---TGCT-C-TA---A----TC--AA----G--TTTTCC-A---TCA--TT-T-T--CT-A-TG----T-AC------TT---G-T-A-A-TA-T--G-------------AA-A----G--T------------------------T--GG-AAAA---TT-AA----
gi|38 : ccgcgcGTTT---TAA-AT-A--T--T--AGAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA----G--TTATCC-T---TCT--TT-T-TT-AT-T-TA----T-AC------TT---A-T-A-A-TA-C--G-------------AA-C----G--T------------------------C--GC-AAAA---TT-at
gi|39 : cctTTTG--TAA--T-A--C--A--AAAA---TGTT-C-TAC--T----TC--AGTTTTG--TTTTCT-TC--TCT--TT-T-TA-CT-A-TA----C-AC------TT-----T-A-A-
gi|4 : aatgcatccctCGTTTG--TAA-AT-A--T--C--AAAA---TGTT-C-TAATAT----TC--AAA---G--TTTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-A--A----T-AT------TTACTG-T-A-A-TA-C----------------TA-C----G--T------------------------T--GC-AAAAATATT-AA----T---TCA-TT--T--T----T---AA------AC-AT---C-T---ATGT-TTTTT-TAT------TA-AGA-T----G--AAATCTCTaat
gi|40 : tcc-A-TA----C-AC------TT---G-C-A-A-TA-C--T-------------CA-A----G--T------------------------T--GC-AAAA---TA-AA----T---TTA-TT--T--A----T---AA------AA-TT---C-T---AAG--CTTTT-TAT------TA-A-A-T----G--GAATATCTGtg
gi|41 : ---T----TC--AA----G--TGTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-A-TA----T-AT------AT---G-T-A-A-CA-C--A-------------TA-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AG----T---TCA-TT--T--A----T---AA------AA-g
gi|42 : A-TT---C-T---ATG--CTTTT-TAT------GA-A-A-T----G--AAATCTC
gi|5 : CGTTGG--TAA-AT-A--C--T--AAAG---TGTT-C-TA---A----TC--AA----GGCTTTTCCTT---TCT--TT-T-TT-CT-A-TA----T-AC------CT---GTT-A-A-TT-C--G-------------CA-C----A--T------------------------T--GT-AAAA---CTGAA----TAA-TCA-CT--T--T---------A------AA-CT---C-T---GTC--CTTTT-TAT------TA-A-A-TTGTGA--AAATCTCTGaggtgat
gi|6 : tccCGTTTTCTTAATAT-A--T--T--AAAG---TGTT-C-AC---T----TT--GA----G--TTTTT--T---TCTCATT-T-TT-CT-A-TA----A-AC------TT---A-A-A-AATG-C--GTG-----------CA-C----A--T------------------------G--GC-AAAA---TT-AA----T---T-A-TT--T--T----A---AA------AATTT---C-T---GAG--ATTTT-TAA------TGTG-A-T----G--AAATCTCa
gi|7 : cCGATTG--TAA-AT-A--T--T--AAAG---TGTT-C-TA---TATATTC--AC----G--TTTTCC-T---TCT--TT-TTTT-CT-A-TA----T-AC------TT---G-T-A-A-TA-C--G-------------CA-C----G--T------------------------T--GA-AAAA---TT-AA----T---CCA-TT--T--C----T---AA------AA-TT---C-T---ATG--CTTTT-TAT------TA-A-A-T----G--AAATATCTGggtt
gi|8 : tccCGTTTA--GAA-AT-A--TAAC--AAAA---TGTTTC-TA---T----TC--AA----G--TTTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-A--A----TGAC------TT---G-T-A-A-TA-C--G-------------TA-C----G---------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCA-TTTAT--T----T---AA------AA-TT---C-T---ATG--TTTTT-TAT------TA-A-T-T----G--GAATCTCTGac
gi|9 : tccCATTTG--TAATAT-A--T------AAG---TGTT-A-TA---C----TC--CA----G--TTTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-A-TA----T-AC------TT---G-T-A-A-TA-T--G-------------TA-T----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCA-TT--T--A----T---AA------AA-TT---T-T---ATG--CTTTT-TAT------CA-A-T-T----A--AAATCTTTG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111
lowQualScore : 11 4 2 11 77777 3333 1 1 444 3333 11 3333 44 1 444 11 1 3 1 1 1 2222 1 555555 111 2 1 2 1 1 22 11111111111111 1 3333 11 999999999999999999999999 11 3 222 1 2222 333 11 4444444 555 111 1 111 11 1 222 22 1 333333 1 1 1 2222 11
lowQualScore : .. . . .. ..... .... . . ... .... .. .... .. . ... .. . . . . . .... . ...... ... . . . . . .. .............. . .... .. ........................ .. . ... . .... ... .. ....... ... ... . ... .. . ... .. . ...... . . . .... ..
lowQualScore : 88 0 7 88 99999 3333 2 2 666 5555 55 4444 11 1 111 55 1 2 0 0 0 1111 0 555555 777 0 0 9 0 0 44 99999999999999 0 1111 44 666666666666666666666666 44 0 888 0 2222 333 55 7777777 555 888 1 999 55 1 111 88 2 444444 2 2 2 6666 77
consensus : CGTTTG--TAA-AT-A--T--T--AAAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA----G--TTTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-A-TA----T-AC------TT---G-T-A-A-TA-C--G-------------CA-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCATT--T--T----T---AAA---A-T---T--C-T---ATG--TTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--AAATCTCTG
Reference ( family-488 ) : CGTTTG--TAA-AT-A--T--T--AAAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA----G--TTTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-A-TA----T-AC------TT---G-T-A-A-TA-C--G-------------CA-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCATT--T--T----T---AAA---A-T---T--C-T---ATG--TTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--AAATCTCTG
gi|1 : CGTTTG--TAATATTA--T--T--GAGAATGTGTT-C-TG---T----TC--AA----G--GTCTCT-TCTGTCT--TT-T-TC-CT-A-TA----T-ACGCC---TT---G-T-A-A-TA-C--GG------------CA-C----G--TGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NC-AAAA---TT-AA----T---CCATT--T--T----T---AAA---A-A---T--C-T---ATG--TTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--AAATCTCTG
gi|10 : ttccTT-CATA---T----TC--AA----G--TTTTCA-T---TCT--TT-T-TT-TC-T-TA----T-AC------TT---G-TAA-A-TA-C--G-------------CA-T----G--T------------------------T--GCAAAAA---TT-AA----T---TAATT--T--T----TTA-AAA---A-T---TTCT-T---ATG--CTTTT-TAT------T-A-A-AG----G--AAA-CTTTGat
gi|11 : catccccgtttgtgtgtG--TAA-A--A--T--A--AAAG---TGTT-A-TG---T----TT--AA----G--TTTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-A-TAATAAT-AC------TT---G-T-A-A-TA-T--G-------------TA-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCATT--T--A----C---AAATGTA-TAAAT--T-T---CTG--TTTTA-TAT------T-A-C-AT----G--AAATATCatt
gi|12 : CGTTTG--TAA-AT-A--T--C--GAAG---TGTT-C-TA---T----TC--AA----G--TTTTAC-G---CCT--TT-T-TT-CT-A-TA----T-AC------TT---G-T-A-A-TA-T--G-------------CA-C----T--T------------------------T--GC-AAAA---GT-AA----T---TCATT--T--A----T---AAA---A-T---T--C-T---ACG--CTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--AAATCTCTGaga
gi|13 : atccCGTTTG--TAA-AA-A--T--T--AAAA---TGTT-C-TA---T-----C--AA----G--TGTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-A-TA----T-AC------AT---G-T-A-A-TA-C--G-------------TA-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AG----T---TCATT--T--A----T---AAA---A-T---T--C-T---CTG--TTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--AAATCT
gi|14 : ttcCGTTTG--TAA-AT-A--T--G--AAAG---TGTT-C-TA---T----TC--AA-------TTTTTC-T---CCT--TT-T-TT-CT-A-TA----A-AC------AT---T-T---A-CG-T--G-------------TA-C----G--T------------------------T--GC--AAA---TT-AT----T---TCATT--T--T----T---AAA---A-C---C--C-T---ATG--ATTTT-TAT------T---A-AT----G--GAATCTCTGtcga
gi|15 : atccCGTTTG--TAA-AT-A--T--G--AAAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA----G--TTTTCC-T---TCT--TT-TTTT-CT-A-TA----T-AC------TT---G-T-A-A-TG-C--G-------------TA-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCACT--T--C----T---AAA---A-T---T--C-T---ATG--TTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--AAATATCTata
gi|16 : tccTT-C-TA---T----TC--AA----G--TTTTCA-TA--TCT--TT-T-TTTCT-A-TA----T-AC------TT---G-T-A-A-TAAC--G-------------CA-T----G--T------------------------T--GC-AAAAA--TT-AA----T---TAATT--T--T----TT--AAA---A-T---T--CCT---ATG--CTTTT-TAT------T-A-A-AG----G--AAATCTTTG
gi|17 : tcccgtttgtgtgtTTTT--TAA-ATTA--T--C--AAA-----GTT-C-TA---T----TC--A-----G--TTTTCC-T---TCT--AT-T-TT-CT-A-TA----T-AC------TT---GTT-A-A-TA-C--G--------------A-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TA-TA----T---CCTTT--TTAT----T---AAA---G-A---T--C-T---ATG--TTTTT-TAT----------A-AT----T--GAATCTCTGat
gi|18 : ccgtGTTTG--TAA-AT-A--T--T--AGAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA----G--TTTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-A-TA----T-AC------TT---C-T-C-A-TA-C--G-------------AT-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCA-T--T--T----T---AAA---A-T---T--C-T---ATG--TTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--AAATCTTTGca
gi|19 : cttCGTTTG--CAA-AT-A--T--C--TAAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA----A--TGTTTC-A---TC---GT-G-TT-CT-A-TA----T-CC------TT---G-T-A-A-CA-C--A--------------A-C----T--T------------------------T--TC-AAAA---TT-AA----T---TTATT--T--A----T---AAA---A-A---T--A-T---ATG--TTTTTATAT------G-A-A-AT----G--AAATCTTTGa
gi|2 : tccCGTTT---TAA-AT-A--T--T--GAAA---TGTT-C-TG---T----TC--AA----GT-TTTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-ATTA----T-ACT-----TT---G-T-A-A-TA-C--GGGC----------CG-CGCCAG--T------------------------T--GCAAAAA---TT-AA----TATCCCATT--T--T----TAAAAAA---A-A---T--C-T---CTG--TTTTT-TAT------T-A-A-AT----GACAGATCTCTG
gi|20 : CGTTTG--TAA-AT-A--T--T--GAAA---TGTT-C-TG---T----TC--AA----G--TTTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-A-TA----T-AC------TT---G-T-A-A-TA-C--G-------------CA-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---CCATT--T--T----T---AAA---A-A---T--C-T---ATG--TTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--AAATCTCTGa
gi|21 : ---TATT-C-TA---T----TTCAAA----G--TTTTCT-C---TCT--TT-T-TC-TT-G-TA----T-AC------TT---G-T-A-G-TA-C--ATGTAGTAACAGTACA-T----GGAT------------------------T--GA-AAAA---AT-AA----T---TAATC--T--A----A---AAA---G-T---T--C-T---AAG--CTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--AAATCTCTG
gi|22 : GTTTG--TAA-AT-A--T--T--AGAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA----G--TTTTCC-T---TCT--TC-T----CT-A-TA----T-AC------T----G-T-A---TA-A--G-------------CA-C----G--T------------------------C--GC-AAAA---GT-AA----T---TCATT--T--T----T---AAA---A-T---T--C-T---ATG--TTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--AAATATTTG
gi|23 : tcctCATTTG--TAA-AT-A--T--TTAAAAG---TGTT-C-TA---T----TC--AA----A--TTTTCC-T---TCT--CT-T-TT-AT-T-TG----C-AC------TG---G-T-A-A-TA-C--G-------------AA-C----G--T------------------------T--GC-CAAA---TT-AA----T---TCATT--T--A----T---AAA---A-T---T--C-C---ATG--CTTTT-TAT------G-A-A-AT----G--
gi|24 : attcA----G--TTTTCC-T---TCT--TT-T-TC-CT-A-TA----T-AC------TT---G-T-A-A--A-C--A-------------TA-C----G--T------------------------TTTGC-AAAA---TT-AA----T---TCATT--T--T----T---AAA---A-T---T--C-T---ATG--TATTT-TAT------T-A-A-AT----G--AAATCTCTG
gi|25 : tgtgaaacaacattatactgaat-AC------TT---G-T-G-T-TA-C--G-------------CA-C----G--T------------------------T--G--AAAA------AA----T---ACGTT--T--TTCTAT---AAG---A-T---T--G-T---CTT--CTTTT-TTT------A-A-A-AT----G--AAATCata
gi|26 : atcccatctgtaaatgtaagtgttctattaattaaaaagaaCGTTTG--TAA-AT-A--T------AAG---TATT-C-TA---T----TT--AA-----------------------TT-T-TT-AA-A-AA----T--C------TT---G-T-A-T-TT-C--G-------------TA-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-TA----T---TTCTC--T--A----T---AAA---A-T---T--C------TG--TTTTT-TAT------T-A-G-AT----T--AACTCTTTGattggt
gi|27 : accc---T----TC--AA----G--GTTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-A-TA----T-ACATGTACTT---G-T-A-A-TA-C--G-------------CA-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCATT--T--T----T---AAA---A-T---T--C-T---CTG--TTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--AAATCTCTGgt
gi|28 : T-T-TA---T----TG--AA----C--TTTTGT-T---TCT--TT-T-TT-CCCG-TA----A-GC------TC---C-G-A-T-TT-C--T-------------TA-C----A--T------------------------T--AC-AAAT---TC-AA----T---TCACT--C--A----T---AAA---A-T---T--C-----ATG--TTTAT-TAT------CAA-A-AT----G--AAACCTat
gi|29 : GTTTG--TAA-AT-A--T------AAG---TGTT-A-TAAA-T----AT--AA----G--TGTTCC-T---TCT--TT-T-T--CT-A-AA----A-TC------TT---G-C-A-A-TA-C--G-------------CA-C----G--T------------------------T--TT-AAAA---TT--------------------------------A---A-T---T--C-T---ATG--CTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--gttat
gi|3 : tTTTG--TAA-AT-AATT--T--GAAA---TGT--C-TG---TG---TC--AA----G--TTTTCC-T---TCT--TT-TTTT-CT-A-TA----T-AC------TT---G-T-A-A-TA-CG-G-------------CAGCA---G--T------------------------T--GCAAAAA---TT-AAAATTT---CCATT--T--T----TA--AAA---A-A---T--C-T---ATG--TTTTT-TAT------T---A-AT----G--AAA
gi|30 : tcccgt--TAA-GT-A--T------AAT---TGCT-C-TA---A----TC--AA----GGTTTTTCC-A---TCA--TTAT-TT-CT-A-TG----T-AC------TT---G-T-A-A-TA-T--G-------------AA-A----G--T------------------------T--GG-GAAA------AA----T---Tatttgatg
gi|31 : atccctgctggtaaaT-T-TT-CT-A-TA----T-AC------TT---G-T-A-A-TA-C--G-------------CA-T----G--A------------------------A--GC-AAAA---TC-AA----T---TCATT--T--T----T---ACA---A-T---T--C-TATCATGGTTTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--AAATCTCTGgaaaatcag
gi|32 : T-CT-A-TA----T-AC------AT---G-T-A-A-TA-C--G-------------TA-C----G--T------------------------T--GC-AAAG---TT-AG----T---TCATT--T--A----T---AAA---A-T---T--C-C---ATG--TTTTT-TATTACTAGT-A-A-AT----G--GAATCTcta
gi|33 : GTTTG--TAA-AT-A--T--T--AAA-------------------------------G--TTTTTC-T---CCT--TT----------------------------------T-A-A-TA-CGTG-------------CA-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-GA----T---TCATT--T--T----T---AAA---T-A---C--C-T---ATA--ATTTT-TAT------T-A-tcgatga
gi|34 : tcctCGTTTG--TAA-AT-A--T--T--AAAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA----G--TTTTC-----------TT-T-TT-CT-A-CA---------------T---G-T-ATA-TA--------------------------G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCATT--T--T----T---AAA---A-C---T--
gi|35 : atccCGTTTG--TAA-AT-A--T--T--AAAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA----G--TTTTC-----------TT-T-TT-CT-A-CA---------------T---G-T-ATA-TA--------------------------G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCATT--T--T----T---AAA---A-C---T--t
gi|36 : atccCGTTTG--TAA-AT-A--T--T--AAAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA----G--TTTTC-----------TT-T-TT-CT-A-CA---------------T---G-T-ATA-TA--------------------------G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCATT--T--T----T---AAA---C-T---T--C-t
gi|37 : atccTG--TAA-AT-A--T--A--TAAT---TGCT-C-TA---A----TC--AA----G--TTTTCC-A---TCA--TT-T-T--CT-A-TG----T-AC------TT---G-T-A-A-TA-T--G-------------AA-A----G--T------------------------T--GG-AAAA---TT-AA----
gi|38 : ccgcgcGTTT---TAA-AT-A--T--T--AGAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA----G--TTATCC-T---TCT--TT-T-TT-AT-T-TA----T-AC------TT---A-T-A-A-TA-C--G-------------AA-C----G--T------------------------C--GC-AAAA---TT-at
gi|39 : cctTTTG--TAA--T-A--C--A--AAAA---TGTT-C-TAC--T----TC--AGTTTTG--TTTTCT-TC--TCT--TT-T-TA-CT-A-TA----C-AC------TT-----T-A-A-
gi|4 : aatgcatccctCGTTTG--TAA-AT-A--T--C--AAAA---TGTT-C-TAATAT----TC--AAA---G--TTTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-A--A----T-AT------TTACTG-T-A-A-TA-C----------------TA-C----G--T------------------------T--GC-AAAAATATT-AA----T---TCATT--T--T----T---AAA---C-A---T--C-T---ATGT-TTTTT-TAT------T-A-AGAT----G--AAATCTCTaat
gi|40 : tcc-A-TA----C-AC------TT---G-C-A-A-TA-C--T-------------CA-A----G--T------------------------T--GC-AAAA---TA-AA----T---TTATT--T--A----T---AAA---A-T---T--C-T---AAG--CTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--GAATATCTGtg
gi|41 : ---T----TC--AA----G--TGTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-A-TA----T-AT------AT---G-T-A-A-CA-C--A-------------TA-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AG----T---TCATT--T--A----T---AAA---A-g
gi|42 : ---A-T---T--C-T---ATG--CTTTT-TAT------G-A-A-AT----G--AAATCTC
gi|5 : CGTTGG--TAA-AT-A--C--T--AAAG---TGTT-C-TA---A----TC--AA----GGCTTTTCCTT---TCT--TT-T-TT-CT-A-TA----T-AC------CT---GTT-A-A-TT-C--G-------------CA-C----A--T------------------------T--GT-AAAA---CTGAA----TAA-TCACT--T--T---------AA---A-C---T--C-T---GTC--CTTTT-TAT------T-A-A-ATTGTGA--AAATCTCTGaggtgat
gi|6 : tccCGTTTTCTTAATAT-A--T--T--AAAG---TGTT-C-AC---T----TT--GA----G--TTTTT--T---TCTCATT-T-TT-CT-A-TA----A-AC------TT---A-A-A-AATG-C--GTG-----------CA-C----A--T------------------------G--GC-AAAA---TT-AA----T---T-ATT--T--T----A---AAA---ATT---T--C-T---GAG--ATTTT-TAA------T-GTG-AT----G--AAATCTCa
gi|7 : cCGATTG--TAA-AT-A--T--T--AAAG---TGTT-C-TA---TATATTC--AC----G--TTTTCC-T---TCT--TT-TTTT-CT-A-TA----T-AC------TT---G-T-A-A-TA-C--G-------------CA-C----G--T------------------------T--GA-AAAA---TT-AA----T---CCATT--T--C----T---AAA---A-T---T--C-T---ATG--CTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--AAATATCTGggtt
gi|8 : tccCGTTTA--GAA-AT-A--TAAC--AAAA---TGTTTC-TA---T----TC--AA----G--TTTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-A--A----TGAC------TT---G-T-A-A-TA-C--G-------------TA-C----G---------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCATTTAT--T----T---AAA---A-T---T--C-T---ATG--TTTTT-TAT------T-A-A-TT----G--GAATCTCTGac
gi|9 : tccCATTTG--TAATAT-A--T------AAG---TGTT-A-TA---C----TC--CA----G--TTTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-A-TA----T-AC------TT---G-T-A-A-TA-T--G-------------TA-T----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCATT--T--A----T---AAA---A-T---T--T-T---ATG--CTTTT-TAT------C-A-A-TT----A--AAATCTTTG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111
lowQualScore : 11 4 2 11 77777 3333 1 1 444 3333 11 3333 44 1 444 11 1 3 1 1 1 2222 1 555555 111 2 1 2 1 1 22 11111111111111 1 3333 11 999999999999999999999999 11 3 222 1 2222 333 11 4444444 555 111 1 111 11 1 222 22 1 333333 1 1 1 2222 11
lowQualScore : .. . . .. ..... .... . . ... .... .. .... .. . ... .. . . . . . .... . ...... ... . . . . . .. .............. . .... .. ........................ .. . ... . .... ... .. ....... ... ... . ... .. . ... .. . ...... . . . .... ..
lowQualScore : 88 0 7 88 99999 3333 2 2 666 5555 55 4444 11 1 111 55 1 2 0 0 0 1111 0 555555 777 0 0 9 0 0 44 99999999999999 0 1111 44 666666666666666666666666 44 0 888 0 2222 333 55 7777777 555 888 1 999 55 1 111 88 2 444444 2 2 2 6666 77
consensus : CGTTTG--TAA-AT-A--T--T--AAAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA----G--TTTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-A-TA----T-AC------TT---G-T-A-A-TA-C--G-------------CA-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCATT--T--T----T---AAA---A-T---T--C-T---ATG--TTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--AAATCTCTG
Reference ( family-488 ) : CGTTTG--TAA-AT-A--T--T--AAAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA----G--TTTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-A-TA----T-AC------TT---G-T-A-A-TA-C--G-------------CA-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCATT--T--T----T---AAA---A-T---T--C-T---ATG--TTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--AAATCTCTG
gi|1 : CGTTTG--TAATATTA--T--T--GAGAATGTGTT-C-TG---T----TC--AA----G--GTCTCT-TCTGTCT--TT-T-TC-CT-A-TA----T-ACGCC---TT---G-T-A-A-TA-C--GG------------CA-C----G--TGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NC-AAAA---TT-AA----T---CCATT--T--T----T---AAA---A-A---T--C-T---ATG--TTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--AAATCTCTG
gi|10 : ttccTT-CATA---T----TC--AA----G--TTTTCA-T---TCT--TT-T-TT-TC-T-TA----T-AC------TT---G-TAA-A-TA-C--G-------------CA-T----G--T------------------------T--GCAAAAA---TT-AA----T---TAATT--T--T----TTA-AAA---A-T---TTCT-T---ATG--CTTTT-TAT------T-A-A-AG----G--AAA-CTTTGat
gi|11 : catccccgtttgtgtgtG--TAA-A--A--T--A--AAAG---TGTT-A-TG---T----TT--AA----G--TTTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-A-TAATAAT-AC------TT---G-T-A-A-TA-T--G-------------TA-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCATT--T--A----C---AAATGTA-TAAAT--T-T---CTG--TTTTA-TAT------T-A-C-AT----G--AAATATCatt
gi|12 : CGTTTG--TAA-AT-A--T--C--GAAG---TGTT-C-TA---T----TC--AA----G--TTTTAC-G---CCT--TT-T-TT-CT-A-TA----T-AC------TT---G-T-A-A-TA-T--G-------------CA-C----T--T------------------------T--GC-AAAA---GT-AA----T---TCATT--T--A----T---AAA---A-T---T--C-T---ACG--CTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--AAATCTCTGaga
gi|13 : atccCGTTTG--TAA-AA-A--T--T--AAAA---TGTT-C-TA---T-----C--AA----G--TGTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-A-TA----T-AC------AT---G-T-A-A-TA-C--G-------------TA-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AG----T---TCATT--T--A----T---AAA---A-T---T--C-T---CTG--TTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--AAATCT
gi|14 : ttcCGTTTG--TAA-AT-A--T--G--AAAG---TGTT-C-TA---T----TC--AA-------TTTTTC-T---CCT--TT-T-TT-CT-A-TA----A-AC------AT---T-T---A-CG-T--G-------------TA-C----G--T------------------------T--GC--AAA---TT-AT----T---TCATT--T--T----T---AAA---A-C---C--C-T---ATG--ATTTT-TAT------T---A-AT----G--GAATCTCTGtcga
gi|15 : atccCGTTTG--TAA-AT-A--T--G--AAAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA----G--TTTTCC-T---TCT--TT-TTTT-CT-A-TA----T-AC------TT---G-T-A-A-TG-C--G-------------TA-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCACT--T--C----T---AAA---A-T---T--C-T---ATG--TTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--AAATATCTata
gi|16 : tccTT-C-TA---T----TC--AA----G--TTTTCA-TA--TCT--TT-T-TTTCT-A-TA----T-AC------TT---G-T-A-A-TAAC--G-------------CA-T----G--T------------------------T--GC-AAAAA--TT-AA----T---TAATT--T--T----TT--AAA---A-T---T--CCT---ATG--CTTTT-TAT------T-A-A-AG----G--AAATCTTTG
gi|17 : tcccgtttgtgtgtTTTT--TAA-ATTA--T--C--AAA-----GTT-C-TA---T----TC--A-----G--TTTTCC-T---TCT--AT-T-TT-CT-A-TA----T-AC------TT---GTT-A-A-TA-C--G--------------A-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TA-TA----T---CCTTT--TTAT----T---AAA---G-A---T--C-T---ATG--TTTTT-TAT----------A-AT----T--GAATCTCTGat
gi|18 : ccgtGTTTG--TAA-AT-A--T--T--AGAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA----G--TTTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-A-TA----T-AC------TT---C-T-C-A-TA-C--G-------------AT-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCA-T--T--T----T---AAA---A-T---T--C-T---ATG--TTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--AAATCTTTGca
gi|19 : cttCGTTTG--CAA-AT-A--T--C--TAAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA----A--TGTTTC-A---TC---GT-G-TT-CT-A-TA----T-CC------TT---G-T-A-A-CA-C--A--------------A-C----T--T------------------------T--TC-AAAA---TT-AA----T---TTATT--T--A----T---AAA---A-A---T--A-T---ATG--TTTTTATAT------G-A-A-AT----G--AAATCTTTGa
gi|2 : tccCGTTT---TAA-AT-A--T--T--GAAA---TGTT-C-TG---T----TC--AA----GT-TTTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-ATTA----T-ACT-----TT---G-T-A-A-TA-C--GGGC----------CG-CGCCAG--T------------------------T--GCAAAAA---TT-AA----TATCCCATT--T--T----TAAAAAA---A-A---T--C-T---CTG--TTTTT-TAT------T-A-A-AT----GACAGATCTCTG
gi|20 : CGTTTG--TAA-AT-A--T--T--GAAA---TGTT-C-TG---T----TC--AA----G--TTTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-A-TA----T-AC------TT---G-T-A-A-TA-C--G-------------CA-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---CCATT--T--T----T---AAA---A-A---T--C-T---ATG--TTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--AAATCTCTGa
gi|21 : ---TATT-C-TA---T----TTCAAA----G--TTTTCT-C---TCT--TT-T-TC-TT-G-TA----T-AC------TT---G-T-A-G-TA-C--ATGTAGTAACAGTACA-T----GGAT------------------------T--GA-AAAA---AT-AA----T---TAATC--T--A----A---AAA---G-T---T--C-T---AAG--CTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--AAATCTCTG
gi|22 : GTTTG--TAA-AT-A--T--T--AGAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA----G--TTTTCC-T---TCT--TC-T----CT-A-TA----T-AC------T----G-T-A---TA-A--G-------------CA-C----G--T------------------------C--GC-AAAA---GT-AA----T---TCATT--T--T----T---AAA---A-T---T--C-T---ATG--TTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--AAATATTTG
gi|23 : tcctCATTTG--TAA-AT-A--T--TTAAAAG---TGTT-C-TA---T----TC--AA----A--TTTTCC-T---TCT--CT-T-TT-AT-T-TG----C-AC------TG---G-T-A-A-TA-C--G-------------AA-C----G--T------------------------T--GC-CAAA---TT-AA----T---TCATT--T--A----T---AAA---A-T---T--C-C---ATG--CTTTT-TAT------G-A-A-AT----G--
gi|24 : attcA----G--TTTTCC-T---TCT--TT-T-TC-CT-A-TA----T-AC------TT---G-T-A-A--A-C--A-------------TA-C----G--T------------------------TTTGC-AAAA---TT-AA----T---TCATT--T--T----T---AAA---A-T---T--C-T---ATG--TATTT-TAT------T-A-A-AT----G--AAATCTCTG
gi|25 : tgtgaaacaacattatactgaat-AC------TT---G-T-G-T-TA-C--G-------------CA-C----G--T------------------------T--G--AAAA------AA----T---ACGTT--T--TTCTAT---AAG---A-T---T--G-T---CTT--CTTTT-TTT------A-A-A-AT----G--AAATCata
gi|26 : atcccatctgtaaatgtaagtgttctattaattaaaaagaaCGTTTG--TAA-AT-A--T------AAG---TATT-C-TA---T----TT--AA-----------------------TT-T-TT-AA-A-AA----T--C------TT---G-T-A-T-TT-C--G-------------TA-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-TA----T---TTCTC--T--A----T---AAA---A-T---T--C------TG--TTTTT-TAT------T-A-G-AT----T--AACTCTTTGattggt
gi|27 : accc---T----TC--AA----G--GTTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-A-TA----T-ACATGTACTT---G-T-A-A-TA-C--G-------------CA-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCATT--T--T----T---AAA---A-T---T--C-T---CTG--TTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--AAATCTCTGgt
gi|28 : T-T-TA---T----TG--AA----C--TTTTGT-T---TCT--TT-T-TT-CCCG-TA----A-GC------TC---C-G-A-T-TT-C--T-------------TA-C----A--T------------------------T--AC-AAAT---TC-AA----T---TCACT--C--A----T---AAA---A-T---T--C-----ATG--TTTAT-TAT------CAA-A-AT----G--AAACCTat
gi|29 : GTTTG--TAA-AT-A--T------AAG---TGTT-A-TAAA-T----AT--AA----G--TGTTCC-T---TCT--TT-T-T--CT-A-AA----A-TC------TT---G-C-A-A-TA-C--G-------------CA-C----G--T------------------------T--TT-AAAA---TT--------------------------------A---A-T---T--C-T---ATG--CTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--gttat
gi|3 : tTTTG--TAA-AT-AATT--T--GAAA---TGT--C-TG---TG---TC--AA----G--TTTTCC-T---TCT--TT-TTTT-CT-A-TA----T-AC------TT---G-T-A-A-TA-CG-G-------------CAGCA---G--T------------------------T--GCAAAAA---TT-AAAATTT---CCATT--T--T----TA--AAA---A-A---T--C-T---ATG--TTTTT-TAT------T---A-AT----G--AAA
gi|30 : tcccgt--TAA-GT-A--T------AAT---TGCT-C-TA---A----TC--AA----GGTTTTTCC-A---TCA--TTAT-TT-CT-A-TG----T-AC------TT---G-T-A-A-TA-T--G-------------AA-A----G--T------------------------T--GG-GAAA------AA----T---Tatttgatg
gi|31 : atccctgctggtaaaT-T-TT-CT-A-TA----T-AC------TT---G-T-A-A-TA-C--G-------------CA-T----G--A------------------------A--GC-AAAA---TC-AA----T---TCATT--T--T----T---ACA---A-T---T--C-TATCATGGTTTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--AAATCTCTGgaaaatcag
gi|32 : T-CT-A-TA----T-AC------AT---G-T-A-A-TA-C--G-------------TA-C----G--T------------------------T--GC-AAAG---TT-AG----T---TCATT--T--A----T---AAA---A-T---T--C-C---ATG--TTTTT-TATTACTAGT-A-A-AT----G--GAATCTcta
gi|33 : GTTTG--TAA-AT-A--T--T--AAA-------------------------------G--TTTTTC-T---CCT--TT----------------------------------T-A-A-TA-CGTG-------------CA-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-GA----T---TCATT--T--T----T---AAA---T-A---C--C-T---ATA--ATTTT-TAT------T-A-tcgatga
gi|34 : tcctCGTTTG--TAA-AT-A--T--T--AAAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA----G--TTTTC-----------TT-T-TT-CT-A-CA---------------T---G-T-ATA-TA--------------------------G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCATT--T--T----T---AAA---A-C---T--
gi|35 : atccCGTTTG--TAA-AT-A--T--T--AAAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA----G--TTTTC-----------TT-T-TT-CT-A-CA---------------T---G-T-ATA-TA--------------------------G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCATT--T--T----T---AAA---A-C---T--t
gi|36 : atccCGTTTG--TAA-AT-A--T--T--AAAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA----G--TTTTC-----------TT-T-TT-CT-A-CA---------------T---G-T-ATA-TA--------------------------G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCATT--T--T----T---AAA---C-T---T--C-t
gi|37 : atccTG--TAA-AT-A--T--A--TAAT---TGCT-C-TA---A----TC--AA----G--TTTTCC-A---TCA--TT-T-T--CT-A-TG----T-AC------TT---G-T-A-A-TA-T--G-------------AA-A----G--T------------------------T--GG-AAAA---TT-AA----
gi|38 : ccgcgcGTTT---TAA-AT-A--T--T--AGAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA----G--TTATCC-T---TCT--TT-T-TT-AT-T-TA----T-AC------TT---A-T-A-A-TA-C--G-------------AA-C----G--T------------------------C--GC-AAAA---TT-at
gi|39 : cctTTTG--TAA--T-A--C--A--AAAA---TGTT-C-TAC--T----TC--AGTTTTG--TTTTCT-TC--TCT--TT-T-TA-CT-A-TA----C-AC------TT-----T-A-A-
gi|4 : aatgcatccctCGTTTG--TAA-AT-A--T--C--AAAA---TGTT-C-TAATAT----TC--AAA---G--TTTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-A--A----T-AT------TTACTG-T-A-A-TA-C----------------TA-C----G--T------------------------T--GC-AAAAATATT-AA----T---TCATT--T--T----T---AAA---C-A---T--C-T---ATGT-TTTTT-TAT------T-A-AGAT----G--AAATCTCTaat
gi|40 : tcc-A-TA----C-AC------TT---G-C-A-A-TA-C--T-------------CA-A----G--T------------------------T--GC-AAAA---TA-AA----T---TTATT--T--A----T---AAA---A-T---T--C-T---AAG--CTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--GAATATCTGtg
gi|41 : ---T----TC--AA----G--TGTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-A-TA----T-AT------AT---G-T-A-A-CA-C--A-------------TA-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AG----T---TCATT--T--A----T---AAA---A-g
gi|42 : ---A-T---T--C-T---ATG--CTTTT-TAT------G-A-A-AT----G--AAATCTC
gi|5 : CGTTGG--TAA-AT-A--C--T--AAAG---TGTT-C-TA---A----TC--AA----GGCTTTTCCTT---TCT--TT-T-TT-CT-A-TA----T-AC------CT---GTT-A-A-TT-C--G-------------CA-C----A--T------------------------T--GT-AAAA---CTGAA----TAA-TCACT--T--T---------AA---A-C---T--C-T---GTC--CTTTT-TAT------T-A-A-ATTGTGA--AAATCTCTGaggtgat
gi|6 : tccCGTTTTCTTAATAT-A--T--T--AAAG---TGTT-C-AC---T----TT--GA----G--TTTTT--T---TCTCATT-T-TT-CT-A-TA----A-AC------TT---A-A-A-AATG-C--GTG-----------CA-C----A--T------------------------G--GC-AAAA---TT-AA----T---T-ATT--T--T----A---AAA---ATT---T--C-T---GAG--ATTTT-TAA------T-GTG-AT----G--AAATCTCa
gi|7 : cCGATTG--TAA-AT-A--T--T--AAAG---TGTT-C-TA---TATATTC--AC----G--TTTTCC-T---TCT--TT-TTTT-CT-A-TA----T-AC------TT---G-T-A-A-TA-C--G-------------CA-C----G--T------------------------T--GA-AAAA---TT-AA----T---CCATT--T--C----T---AAA---A-T---T--C-T---ATG--CTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--AAATATCTGggtt
gi|8 : tccCGTTTA--GAA-AT-A--TAAC--AAAA---TGTTTC-TA---T----TC--AA----G--TTTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-A--A----TGAC------TT---G-T-A-A-TA-C--G-------------TA-C----G---------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCATTTAT--T----T---AAA---A-T---T--C-T---ATG--TTTTT-TAT------T-A-A-TT----G--GAATCTCTGac
gi|9 : tccCATTTG--TAATAT-A--T------AAG---TGTT-A-TA---C----TC--CA----G--TTTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-A-TA----T-AC------TT---G-T-A-A-TA-T--G-------------TA-T----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCATT--T--A----T---AAA---A-T---T--T-T---ATG--CTTTT-TAT------C-A-A-TT----A--AAATCTTTG
blockSeqs : CT T T AT TTA G T A ATA ATAT CA TTTT GT T A CA A T T C T ATAA ATGTAC ACT T T A GT TGTAGTAACAGTAC G GCCA GA . TT A ATA G AATT ATC TA TTCTA AAA TGT T AAA TC C ATC GT A TACTAG A T G TGTG AC
blockSeqs : . T . . AAC G . . AA G . A GC . C . . T . . . . T . T T . G GGCC . A . . . A A . . AA . TAT TA . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A A . . C . . . T . . . . T . . . . . . . T . . TGC . . . . . A . . . . . T T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : A*** *** ****** C************* ************************
originalCons : CGTTTG--TAA-AT-A--T--T--AAAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA----G--TTTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-A-TA----T-AC------TT---G-T-A-A-TA-C--G-------------CA-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCATT--T--T----T---AAA---A-T---T--C-T---ATG--TTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--AAATCTCTG
finalCons : CGTTTG--TAA-AT-A--T--T--AAAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA----G--TTTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-A-TA----T-AC------TT---G-T-A-A-TA-C--GC-------------A-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCATT--T--T----T---AAA---A-T---T--C-T---ATG--TTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--AAATCTCTG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111
lowQualScore : 11 4 2 11 77777 3333 1 1 444 3333 11 3333 44 1 444 11 1 3 1 1 1 2222 1 555555 111 2 1 2 1 1 22 11111111111111 1 3333 11 999999999999999999999999 11 3 222 1 2222 333 11 4444444 555 111 1 111 11 1 222 22 1 333333 1 1 1 2222 11
lowQualScore : .. . . .. ..... .... . . ... .... .. .... .. . ... .. . . . . . .... . ...... ... . . . . . .. .............. . .... .. ........................ .. . ... . .... ... .. ....... ... ... . ... .. . ... .. . ...... . . . .... ..
lowQualScore : 88 0 7 88 99999 3333 2 2 666 5555 55 4444 11 1 111 55 1 2 0 0 0 1111 0 555555 777 0 0 9 0 0 44 99999999999999 0 1111 44 666666666666666666666666 44 0 888 0 2222 333 55 7777777 555 888 1 999 55 1 111 88 2 444444 2 2 2 6666 77
consensus : CGTTTG--TAA-AT-A--T--T--AAAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA----G--TTTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-A-TA----T-AC------TT---G-T-A-A-TA-C--G-------------CA-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCATT--T--T----T---AAA---A-T---T--C-T---ATG--TTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--AAATCTCTG
Reference ( family-488 ) : CGTTTG--TAA-AT-A--T--T--AAAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA----G--TTTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-A-TA----T-AC------TT---G-T-A-A-TA-C--G-------------CA-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCATT--T--T----T---AAA---A-T---T--C-T---ATG--TTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--AAATCTCTG
gi|1 : CGTTTG--TAATATTA--T--T--GAGAATGTGTT-C-TG---T----TC--AA----G--GTCTCT-TCTGTCT--TT-T-TC-CT-A-TA----T-ACGCC---TT---G-T-A-A-TA-C--GG------------CA-C----G--TGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NC-AAAA---TT-AA----T---CCATT--T--T----T---AAA---A-A---T--C-T---ATG--TTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--AAATCTCTG
gi|10 : ttccTT-CATA---T----TC--AA----G--TTTTCA-T---TCT--TT-T-TT-TC-T-TA----T-AC------TT---G-TAA-A-TA-C--G-------------CA-T----G--T------------------------T--GCAAAAA---TT-AA----T---TAATT--T--T----TTA-AAA---A-T---TTCT-T---ATG--CTTTT-TAT------T-A-A-AG----G--AAA-CTTTGat
gi|11 : catccccgtttgtgtgtG--TAA-A--A--T--A--AAAG---TGTT-A-TG---T----TT--AA----G--TTTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-A-TAATAAT-AC------TT---G-T-A-A-TA-T--G-------------TA-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCATT--T--A----C---AAATGTA-TAAAT--T-T---CTG--TTTTA-TAT------T-A-C-AT----G--AAATATCatt
gi|12 : CGTTTG--TAA-AT-A--T--C--GAAG---TGTT-C-TA---T----TC--AA----G--TTTTAC-G---CCT--TT-T-TT-CT-A-TA----T-AC------TT---G-T-A-A-TA-T--G-------------CA-C----T--T------------------------T--GC-AAAA---GT-AA----T---TCATT--T--A----T---AAA---A-T---T--C-T---ACG--CTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--AAATCTCTGaga
gi|13 : atccCGTTTG--TAA-AA-A--T--T--AAAA---TGTT-C-TA---T-----C--AA----G--TGTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-A-TA----T-AC------AT---G-T-A-A-TA-C--G-------------TA-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AG----T---TCATT--T--A----T---AAA---A-T---T--C-T---CTG--TTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--AAATCT
gi|14 : ttcCGTTTG--TAA-AT-A--T--G--AAAG---TGTT-C-TA---T----TC--AA-------TTTTTC-T---CCT--TT-T-TT-CT-A-TA----A-AC------AT---T-T---A-CG-T--G-------------TA-C----G--T------------------------T--GC--AAA---TT-AT----T---TCATT--T--T----T---AAA---A-C---C--C-T---ATG--ATTTT-TAT------T---A-AT----G--GAATCTCTGtcga
gi|15 : atccCGTTTG--TAA-AT-A--T--G--AAAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA----G--TTTTCC-T---TCT--TT-TTTT-CT-A-TA----T-AC------TT---G-T-A-A-TG-C--G-------------TA-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCACT--T--C----T---AAA---A-T---T--C-T---ATG--TTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--AAATATCTata
gi|16 : tccTT-C-TA---T----TC--AA----G--TTTTCA-TA--TCT--TT-T-TTTCT-A-TA----T-AC------TT---G-T-A-A-TAAC--G-------------CA-T----G--T------------------------T--GC-AAAAA--TT-AA----T---TAATT--T--T----TT--AAA---A-T---T--CCT---ATG--CTTTT-TAT------T-A-A-AG----G--AAATCTTTG
gi|17 : tcccgtttgtgtgtTTTT--TAA-ATTA--T--C--AAA-----GTT-C-TA---T----TC--A-----G--TTTTCC-T---TCT--AT-T-TT-CT-A-TA----T-AC------TT---GTT-A-A-TA-C--G--------------A-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TA-TA----T---CCTTT--TTAT----T---AAA---G-A---T--C-T---ATG--TTTTT-TAT----------A-AT----T--GAATCTCTGat
gi|18 : ccgtGTTTG--TAA-AT-A--T--T--AGAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA----G--TTTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-A-TA----T-AC------TT---C-T-C-A-TA-C--G-------------AT-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCA-T--T--T----T---AAA---A-T---T--C-T---ATG--TTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--AAATCTTTGca
gi|19 : cttCGTTTG--CAA-AT-A--T--C--TAAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA----A--TGTTTC-A---TC---GT-G-TT-CT-A-TA----T-CC------TT---G-T-A-A-CA-C--A--------------A-C----T--T------------------------T--TC-AAAA---TT-AA----T---TTATT--T--A----T---AAA---A-A---T--A-T---ATG--TTTTTATAT------G-A-A-AT----G--AAATCTTTGa
gi|2 : tccCGTTT---TAA-AT-A--T--T--GAAA---TGTT-C-TG---T----TC--AA----GT-TTTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-ATTA----T-ACT-----TT---G-T-A-A-TA-C--GGGC----------CG-CGCCAG--T------------------------T--GCAAAAA---TT-AA----TATCCCATT--T--T----TAAAAAA---A-A---T--C-T---CTG--TTTTT-TAT------T-A-A-AT----GACAGATCTCTG
gi|20 : CGTTTG--TAA-AT-A--T--T--GAAA---TGTT-C-TG---T----TC--AA----G--TTTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-A-TA----T-AC------TT---G-T-A-A-TA-C--G-------------CA-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---CCATT--T--T----T---AAA---A-A---T--C-T---ATG--TTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--AAATCTCTGa
gi|21 : ---TATT-C-TA---T----TTCAAA----G--TTTTCT-C---TCT--TT-T-TC-TT-G-TA----T-AC------TT---G-T-A-G-TA-C--ATGTAGTAACAGTACA-T----GGAT------------------------T--GA-AAAA---AT-AA----T---TAATC--T--A----A---AAA---G-T---T--C-T---AAG--CTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--AAATCTCTG
gi|22 : GTTTG--TAA-AT-A--T--T--AGAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA----G--TTTTCC-T---TCT--TC-T----CT-A-TA----T-AC------T----G-T-A---TA-A--G-------------CA-C----G--T------------------------C--GC-AAAA---GT-AA----T---TCATT--T--T----T---AAA---A-T---T--C-T---ATG--TTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--AAATATTTG
gi|23 : tcctCATTTG--TAA-AT-A--T--TTAAAAG---TGTT-C-TA---T----TC--AA----A--TTTTCC-T---TCT--CT-T-TT-AT-T-TG----C-AC------TG---G-T-A-A-TA-C--G-------------AA-C----G--T------------------------T--GC-CAAA---TT-AA----T---TCATT--T--A----T---AAA---A-T---T--C-C---ATG--CTTTT-TAT------G-A-A-AT----G--
gi|24 : attcA----G--TTTTCC-T---TCT--TT-T-TC-CT-A-TA----T-AC------TT---G-T-A-A--A-C--A-------------TA-C----G--T------------------------TTTGC-AAAA---TT-AA----T---TCATT--T--T----T---AAA---A-T---T--C-T---ATG--TATTT-TAT------T-A-A-AT----G--AAATCTCTG
gi|25 : tgtgaaacaacattatactgaat-AC------TT---G-T-G-T-TA-C--G-------------CA-C----G--T------------------------T--G--AAAA------AA----T---ACGTT--T--TTCTAT---AAG---A-T---T--G-T---CTT--CTTTT-TTT------A-A-A-AT----G--AAATCata
gi|26 : atcccatctgtaaatgtaagtgttctattaattaaaaagaaCGTTTG--TAA-AT-A--T------AAG---TATT-C-TA---T----TT--AA-----------------------TT-T-TT-AA-A-AA----T--C------TT---G-T-A-T-TT-C--G-------------TA-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-TA----T---TTCTC--T--A----T---AAA---A-T---T--C------TG--TTTTT-TAT------T-A-G-AT----T--AACTCTTTGattggt
gi|27 : accc---T----TC--AA----G--GTTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-A-TA----T-ACATGTACTT---G-T-A-A-TA-C--G-------------CA-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCATT--T--T----T---AAA---A-T---T--C-T---CTG--TTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--AAATCTCTGgt
gi|28 : T-T-TA---T----TG--AA----C--TTTTGT-T---TCT--TT-T-TT-CCCG-TA----A-GC------TC---C-G-A-T-TT-C--T-------------TA-C----A--T------------------------T--AC-AAAT---TC-AA----T---TCACT--C--A----T---AAA---A-T---T--C-----ATG--TTTAT-TAT------CAA-A-AT----G--AAACCTat
gi|29 : GTTTG--TAA-AT-A--T------AAG---TGTT-A-TAAA-T----AT--AA----G--TGTTCC-T---TCT--TT-T-T--CT-A-AA----A-TC------TT---G-C-A-A-TA-C--G-------------CA-C----G--T------------------------T--TT-AAAA---TT--------------------------------A---A-T---T--C-T---ATG--CTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--gttat
gi|3 : tTTTG--TAA-AT-AATT--T--GAAA---TGT--C-TG---TG---TC--AA----G--TTTTCC-T---TCT--TT-TTTT-CT-A-TA----T-AC------TT---G-T-A-A-TA-CG-G-------------CAGCA---G--T------------------------T--GCAAAAA---TT-AAAATTT---CCATT--T--T----TA--AAA---A-A---T--C-T---ATG--TTTTT-TAT------T---A-AT----G--AAA
gi|30 : tcccgt--TAA-GT-A--T------AAT---TGCT-C-TA---A----TC--AA----GGTTTTTCC-A---TCA--TTAT-TT-CT-A-TG----T-AC------TT---G-T-A-A-TA-T--G-------------AA-A----G--T------------------------T--GG-GAAA------AA----T---Tatttgatg
gi|31 : atccctgctggtaaaT-T-TT-CT-A-TA----T-AC------TT---G-T-A-A-TA-C--G-------------CA-T----G--A------------------------A--GC-AAAA---TC-AA----T---TCATT--T--T----T---ACA---A-T---T--C-TATCATGGTTTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--AAATCTCTGgaaaatcag
gi|32 : T-CT-A-TA----T-AC------AT---G-T-A-A-TA-C--G-------------TA-C----G--T------------------------T--GC-AAAG---TT-AG----T---TCATT--T--A----T---AAA---A-T---T--C-C---ATG--TTTTT-TATTACTAGT-A-A-AT----G--GAATCTcta
gi|33 : GTTTG--TAA-AT-A--T--T--AAA-------------------------------G--TTTTTC-T---CCT--TT----------------------------------T-A-A-TA-CGTG-------------CA-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-GA----T---TCATT--T--T----T---AAA---T-A---C--C-T---ATA--ATTTT-TAT------T-A-tcgatga
gi|34 : tcctCGTTTG--TAA-AT-A--T--T--AAAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA----G--TTTTC-----------TT-T-TT-CT-A-CA---------------T---G-T-ATA-TA--------------------------G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCATT--T--T----T---AAA---A-C---T--
gi|35 : atccCGTTTG--TAA-AT-A--T--T--AAAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA----G--TTTTC-----------TT-T-TT-CT-A-CA---------------T---G-T-ATA-TA--------------------------G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCATT--T--T----T---AAA---A-C---T--t
gi|36 : atccCGTTTG--TAA-AT-A--T--T--AAAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA----G--TTTTC-----------TT-T-TT-CT-A-CA---------------T---G-T-ATA-TA--------------------------G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCATT--T--T----T---AAA---C-T---T--C-t
gi|37 : atccTG--TAA-AT-A--T--A--TAAT---TGCT-C-TA---A----TC--AA----G--TTTTCC-A---TCA--TT-T-T--CT-A-TG----T-AC------TT---G-T-A-A-TA-T--G-------------AA-A----G--T------------------------T--GG-AAAA---TT-AA----
gi|38 : ccgcgcGTTT---TAA-AT-A--T--T--AGAA---TGTT-C-TA---T----TC--AA----G--TTATCC-T---TCT--TT-T-TT-AT-T-TA----T-AC------TT---A-T-A-A-TA-C--G-------------AA-C----G--T------------------------C--GC-AAAA---TT-at
gi|39 : cctTTTG--TAA--T-A--C--A--AAAA---TGTT-C-TAC--T----TC--AGTTTTG--TTTTCT-TC--TCT--TT-T-TA-CT-A-TA----C-AC------TT-----T-A-A-
gi|4 : aatgcatccctCGTTTG--TAA-AT-A--T--C--AAAA---TGTT-C-TAATAT----TC--AAA---G--TTTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-A--A----T-AT------TTACTG-T-A-A-TA-C----------------TA-C----G--T------------------------T--GC-AAAAATATT-AA----T---TCATT--T--T----T---AAA---C-A---T--C-T---ATGT-TTTTT-TAT------T-A-AGAT----G--AAATCTCTaat
gi|40 : tcc-A-TA----C-AC------TT---G-C-A-A-TA-C--T-------------CA-A----G--T------------------------T--GC-AAAA---TA-AA----T---TTATT--T--A----T---AAA---A-T---T--C-T---AAG--CTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--GAATATCTGtg
gi|41 : ---T----TC--AA----G--TGTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-A-TA----T-AT------AT---G-T-A-A-CA-C--A-------------TA-C----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AG----T---TCATT--T--A----T---AAA---A-g
gi|42 : ---A-T---T--C-T---ATG--CTTTT-TAT------G-A-A-AT----G--AAATCTC
gi|5 : CGTTGG--TAA-AT-A--C--T--AAAG---TGTT-C-TA---A----TC--AA----GGCTTTTCCTT---TCT--TT-T-TT-CT-A-TA----T-AC------CT---GTT-A-A-TT-C--G-------------CA-C----A--T------------------------T--GT-AAAA---CTGAA----TAA-TCACT--T--T---------AA---A-C---T--C-T---GTC--CTTTT-TAT------T-A-A-ATTGTGA--AAATCTCTGaggtgat
gi|6 : tccCGTTTTCTTAATAT-A--T--T--AAAG---TGTT-C-AC---T----TT--GA----G--TTTTT--T---TCTCATT-T-TT-CT-A-TA----A-AC------TT---A-A-A-AATG-C--GTG-----------CA-C----A--T------------------------G--GC-AAAA---TT-AA----T---T-ATT--T--T----A---AAA---ATT---T--C-T---GAG--ATTTT-TAA------T-GTG-AT----G--AAATCTCa
gi|7 : cCGATTG--TAA-AT-A--T--T--AAAG---TGTT-C-TA---TATATTC--AC----G--TTTTCC-T---TCT--TT-TTTT-CT-A-TA----T-AC------TT---G-T-A-A-TA-C--G-------------CA-C----G--T------------------------T--GA-AAAA---TT-AA----T---CCATT--T--C----T---AAA---A-T---T--C-T---ATG--CTTTT-TAT------T-A-A-AT----G--AAATATCTGggtt
gi|8 : tccCGTTTA--GAA-AT-A--TAAC--AAAA---TGTTTC-TA---T----TC--AA----G--TTTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-A--A----TGAC------TT---G-T-A-A-TA-C--G-------------TA-C----G---------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCATTTAT--T----T---AAA---A-T---T--C-T---ATG--TTTTT-TAT------T-A-A-TT----G--GAATCTCTGac
gi|9 : tccCATTTG--TAATAT-A--T------AAG---TGTT-A-TA---C----TC--CA----G--TTTTCC-T---TCT--TT-T-TT-CT-A-TA----T-AC------TT---G-T-A-A-TA-T--G-------------TA-T----G--T------------------------T--GC-AAAA---TT-AA----T---TCATT--T--A----T---AAA---A-T---T--T-T---ATG--CTTTT-TAT------C-A-A-TT----A--AAATCTTTG