lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 1111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11 111 22 11111
lowQualScore : 4 33 77777 1 666 55 1 444 3333 8888 1 3 1 44444 777777 222 3333 1111111 1 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 3 000 55 00 3 666 8888 4 44444 9999 1
lowQualScore : . .. ..... . ... .. . ... .... .... . . . ..... ...... ... .... ....... . ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................... .. . ... .. .. . ... .... . ..... .... .
lowQualScore : 4 11 55555 6 333 55 5 888 3333 5555 5 2 7 00000 444444 888 4444 6666666 9 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 55 6 000 00 22 6 444 5555 0 00000 4444 0
consensus : GTAG-T--AGATTT-----A-TTC---AGGG-TA-AA---AA----TCAAT----G-A-T-ACAG-----G------G---T----G-------AT-AT--------TAAT-A-C--AA---TA-T-T--AG--CACATTA-A--------TAAAAT-GACAAGAA-TA-ATG----AAA-TAT-----AA---TCC---------A--------TA--TCCA-T----A-TCA-GG--------TA--------AAATATTA---------TG--CA----A-ATCA-TAAG--ACTA---GA------------------C----ATA-----TTT-ATAA----AGT-------AT--AA-A-T------------GAAGT-ACAAA------TATCAT-NGA-TT---T--ACACC-TA-A---GGAT----AGCCCA-TGA-----AAGCA----CTGGTGCTTA
Reference ( gi|4 ) : GTAG-T--AGATTT-----A-TTC---AGGG-TA-AA---AA----TCAAT----G-A-T-ACAG-----G------G---T----G-------AT-AT--------TAAT-A-C--AA---TA-TGT--AG--CACATTAAAAC-AGCTCTAAAAT-GACAAGAA-TA-ATG----AAA-TAT-----AA---TTT---------A--------TA--TCCA-T----A-TCA-GG--------TA--------AAATATTA---------TG--CA----A-ATCA-TAAG--ACTA---GA------------------C----ATA-----TTT-ATAA----AGT-------AT--AA-A-T------------GAAGT-ACAAA---CG-TATCAT-GGA-TT---T--ACACC-AA-A---GGAT----AGCCCA-TGA-----AAGCA----CTGGTGCTTAAA
gi|8 : GCAG-T--AACTTT-----A-TTC---AGGA-TA-AA---AAAAAATCAAT----G-A-C-GCAG-----G------G---T----A-------AT-AT------------------AG---T----T--AG--C-------------CTATAAAAT-GACAAGAA-TA-ATG----AAAGTAT-----CA---AGT---------A--------TA------------A-TC---T--------TA--------AAATATAA---------TA--CA----A-TTTA-TAGA--ACTA---GA------------------C----AAA-----TAA-ATAA----TG------------AACA-T------------GAAATTAT---------TATCAC---A-TT---T--GCATC-TA-A---GGAT----AGCCTA-GGG-----AAGCA----CTGGCGGTTA
gi|3 : taGTAG-T--AGTTTT-----A-TTC---A-GG-TA-AA---AA----TCAATGAAAG-A-T-ACAG-----G------G---T----C-------TT-AT----------ATCA-CA-AA---TA-GGT--CA--AACAATAGA---AGC---ATAGT-CATAAAAA-TA-ATG--------T------------TCC---------A--------TA--TCAA-T----A-TCATAG--------TA--------CAATGTTA---------CG--C-----A-GTTT-TAAG--AC-A---AT------------------T----A-A-----TCT--TAA--------------AT--AA-A-TC-----------GTTGT-ATAAATATCG-TTGCAT-TGA-TTGAAT--AAACC-CA-A---GGAT----GACCCA-TGA-----AAGCA----tttc
gi|19 : tagtaGTAG-T--AGATTT-----A-TTC---AGGG-TA-AA---AA----TCAAT----G-gtaaatgaggtccttatgta
gi|1 : aaagatacacagtaggccttcatgtgaatatgtcaatcactattataaagttctttctgcataatatatcacgtagtactagtacaaatGTAG-CTAAGAGTT-----AATTC---AGGG-TACAA---AG----TCAATCG--G-A-T-ACAG-----GCTACGAG---TAGTGG-------AT-AT--------TCCT-A-G--AAAGGTA-TTT--AG---AAATGAGAAG-AATACC-AAGT-GA-AAGAA-TG-GT------AA-GAA-----AA---TTC---------A--------GA--T-----------TCA-GG--------TA--------AAATCGTAAAACT----TG--CA----AGATCA-TTGG--ACTATAGGACCATGCATGCTAAATGCTC----ATA-----TTTGATAA----AATTAACAAAAA--AA-A-T------------GAA---ACAAT---CATTAAAAT-GAA-TTA--C--ACGCT-GATA---GGAT----AGCCCAGGGA-----AAGCA----CTGGTGCT
gi|21 : taGTAG-T--AGTTTTT----A-TTC---AGG--TA-AA---AA----TCAATGAAAG-A-T-ACAG-----G------G---T----gtattt
gi|20 : gtaGTAG-T--AGTTTTT----A-TTC---AAGGTTA-AA---AA----CCAAT----G-A-cttatatcacaaacaggtcaaacaatagaagcatagtcataaaaatgatg
gi|34 : taTAGAT--AAATTT-----A-TTC---AGGG-CA-AA---AA----TCAAT----G-A-T-ACAG-----G------G---T----T-------AT-AT--------CAA-----------------T--AG--CACATTAAaagaaaataactcagggtcttatatcaagcaaataggtcaaaagcaatagaaagcccattagtcccaaaaatatatgt
gi|18 : TAG-T--AGATTT-----A-TTC---AAGG-TA-AA---A-----TCAAT----G-A-T-TCAG-----G------G---T----G-------AT-AT--------TAAT-G-C--AT---TA-TGTTAAGGCCAAAT---AACTATCCTTGAAAT-TAT--GAC-TACATG----GAA-T-T-----AAATGTCT---------ACAG-----TA--TCTA-T----A-T
gi|26 : aTAG-T--AGATTT-----A-TTTGA-AGGG-TA-AG---AA----TCAAT----G-A-T-ACAG-----G------G---T----GAACGACAAT-AA--------TAAT-G-A--AA---TA-T
gi|32 : TAG-T--AGTTTT-----A-TTC---AGG--TA-AA---AA----TCAATGAAAG-A-T-ACAG-----G------G---T----ccatatcaggtaaaatattatgc
gi|31 : TAGAT--AGATTT-----A-TTC---AGGT-TA-AAACCAA----TGTAT----G-A-C-ACAG-----G------A---T----G-------AT-AT--------AAAT-A-cttatatcacaaataggt
gi|15 : atgtacaTAG-T--AGTTTT-----A-TTG---AGG--TA-AA---AA----TCAATGAAAG-A-T-ACAG-----G------G-----------------T-CT--------T----------A---TA-T--------CAC----AAAT-AGGTC--AAAC-AA-AAGAAGTA-ATG--------T------------TCC---------A--------TA--TCAA-T----A-TGATAG--------TT--------AAATGTTA---------CG--C-----A-GTTT-TAAG--ACgca
gi|5 : taAG-T--AGATTT-----A-TTC---AGGT-TA-AA---AA----TCAAT----G-A-T-ACAG-----G------G---T----G-------AT-AT--------TAAT-A-C--AA---TAATGT--AG--TACATTAAAA------------T-GACAAGAA-TA-ATG----AAA-TAT-----AA-------------------------A--TCCA-T----A-TCA-GG--------TA--------AAATATTC---------TG--CA----A-GTCA-TAA-------------------------------------------TCT-ATAA----AGT-------AT--AA-A-TTTAACATAAAATGAAGT-ACAAA---TG-TATCAT-GGA-TT---T--ACACC-TA-A---GGAT----AGCCCA-TGA-----AAGCA----Caattaatcttaaatagat
gi|12 : -T--AGAATT-----A-TTC---AGAG-TA-AA---AA----TCAAT----G-A-T-ACAG-----G------G---T----G-------AT-AT--------TAA-----------------T--AG--CGTAT------------TAAAAT-GACAAGAA-TA-ATGATTAAAA-TAT-----AA---ACTCAG------A--------TA--GCCG-T----A-TCA-GGTAAGATCTTA--------AAATATTA---------TG--CA----A-ATCA-TA--------------------------------------A-----TTT-ATAA----A-T-------ATA-AA-A-T------------GAAAT-ATAatgtatttccaacggtgaccaaat
gi|10 : -T--AGATTT-----A-TTC---AGGG-TA-AA---AA----TCAAT----G-A-C-ATAG-----G------G---T----G-------AT-AT---------------C--AA---TA-TAT--AG--CATAT------------TAAAAT-GACAGG-------------------------GG---TTC---------A--------TA--TTCA-GAAAAA-TC---T--------TA--------AAATATAA---------TG--CA----A-ATCA-TAGG--TCTA---TA------------------C----ATATTAATTTT-ATAA----AG--------AT--AACA-T------------AAAAT-G-AAA------TAT-----------------CACT---------GAT----AGCCCA-TGA-----AAG
gi|16 : tagttagataaga-T--AGATTT-----A-T-C---AGGG-TA-AA---AA----TCAAT----G-A-T-ACAG-----G------G---G----G-------AT-AT--------TAAC-A-----------------AG--CACATC---------------AT-GACAAGAA-TA-ATG----AAA-TAT-----AA---ACTCAAAAGCAGA--------TA--TCCA-C----A-TCA-GG--------TA--------AAATATTA--------------A----A-TTAA-TAAATTATTA---AA------------------A----ATA-----T
gi|6 : ga-T--AGATTT-----A-TTCTGAAGGGTTA-AAGG-AA----TCAAT----G-AGTAACAG-----G------G---T----G-------Aaa
gi|7 : agtgagt-T--AGATTTTAATTA-TTCT--AGTG-TA-AG---A-----TTAAT----G-AAT-GCAG-----G------G--------G-------AT-----------TAAT-AGC--AA---TA-----------ACAATA---------CTAAAATAGACAAGAA-TA--TG----ACG--------------------------G--------TA--TCCA-T----A-CCA-GA--------TA--------TAATCTTACAAAAAATTTG--CA----A-ATCAGTAAG--ACT------------------------C----A---------T-ATAA----AAC-------AT--AA-T-T------------GAA--------------TATCAT-TGACTT---T--AGATC-TA-ATTTAGTT----AGTCCA-TGAAATTGAAGCA----CTacgaccgaataataagtgaaatatccagtagtcaggtaaagattatgcaatcataagactaggaccagtatattttataagttgaacatgaaaatgagaattacaaagtgtatcatggattttgaaacgcaaggatattgagcccatgagaagcagttggtggtgctttattc
gi|14 : taatagataGATTT-----A-TTC---AGGG-TG-AA---AA----TCAAT----G-A-T-ACAGGCTAAG------A---T----G-------AT-AT--------TAA-----------------T--AG--CACATT-----------TAAAAT-GACAA
gi|28 : GATTT-----A-TTC---A-CG-T----------------AT----G-A-C-ACAG-----G------A---T----G-------AT-ATAAAAAGGGTGAT-A-T--AA----A-TAT--AG--CA------------TTTTAAAAT-GACGAGAA-TA-ATA----AAA-TAT-----atccatagtgttcagtgatataagtctccttgtagtaaatgtgaacatagatcgaaatcgaaataaataaaagtaataaaacg
gi|29 : ATTT-----A-TTC---AGGG-TA-AA---AA----TCAGT----A-A-T-ACAG-----G------G---T----G-------GT-AT--------TAAT-A-T-------------------CATATT-------------AAAT-GACAAGAA-TA-ATT----TAA-TAT-----AA---
gi|13 : tTTT-----A-TTC---AGGG-TA-AA---AA----TCAAT----G-A-T-ACAG-----G------G---T----G-------AT-AT--------TAAT-A------------------G--CACATTAAAA------------T-GACAAGAA-TA-ATA----AAA-TAT-----AA---ATTCAAATGCAGA--------TA--TCCA-T----A-TCA-GG--------TA--------AAATATTA---------TG--CA----A-ATCA-CAAG--ACTA---GA------------------C----AT-----------TAA----CAT-------A---AA-A-T------------GAAAT-Aaat
gi|25 : TTT-----A-TTC---AGG--TA-AA---AA----TCAATGAAAG-A-T-ACAG-----G------G---T----
gi|39 : gacgtTTT-------TTC---AGGGGTA-AA---AA----TCAAT----GAA-T-ACAG-----GCTA---GAGCT----G-------AT-AT--------TAAT-cttatatcacaaatagatcaaacaataggtttcataagatgagattaaat
gi|30 : -TTC---AGGG-TA-AA---AA----TCAAT----G-A-T-ACAG-----G------G---T----GTT-----ATAAT--------TAAT-A-CTAGA---TC-TAT--AG--CCTATTAAAA
gi|9 : C---AAGA-TA-AA---AA----TCAAT----G-A-T-AGAG-----G------G---T----G----------------------AT-A-C--AA-------AT--AG--CATATT-------------AAAT-GACAAGAA-TC-ATG----AAG-TAT-----AA---ATTCAG------A--------TA--TCCA-T----A-ACA-CGTATAATCTTA--------AAATATTA---------TT--CA----A-ATTA-CAGG--ACTA---GA------------------C----GT-------------------GT-------GT--AA-A--------------------------------ATAAT-TGA-TT---T--ACACC-TG-A---GGAT----ATCCAA-TGA-----AATCA----CTGGTGCTTAt
gi|11 : AG-----G------G---T----GTAG----AT-AT--------TAAT-A------------------G--CATATTAAA--------TA---T-GACTAGCA-TA-ATA----ATA-CATGTAGGAA---TTC---------AGA------TAATTCAA-T------TCG-GGATAATTT-CA--------AAATAATG---------TG--CA----A--TCA-TA-G--ACTA---GA------------------C----ATA-----T---ATAA----A-C-------AT--AA-AAT------------G--GT-A--AA------TATCATTGGA-TT---T--ACACCTGA-A---GGAT----AACCCA-TGA-----AAGCA----CTGGT-CTTtttctaa
gi|6 : AAC-GACC-GAA-TA-AT-----AAG-TG------AA---------------A--------TA--TCCAGT----AGTCA-GG--------TA--------AAG-ATTA---------TG--CA----A--TCA-TAAG--ACTAG--GA------------------CCAGTATAT----TTT-ATAAGTTGAAC-------ATGAAA-A-TGA----------GAATT-ACAAAG--TG-TATCAT-GGA-TT---TTGAAACG-CA-A---GGATATTGAGCCCA-TGAG----AAGCAGTTGGTGGTGCTTt
gi|26 : agtgagttagatttattctgaagggttaaaggaatcaatgagtaacagggtgAAC-GACAATAA-TA-ATG----AAA-TAT------------------------------------CCA-T----A-TCA-GG--------TA--------AAATATTA---------TG--Ctattc
gi|41 : tagtagatttatttgaagggtaagaatcaatgatacagggtgCAAGAA-TA-ATG----AAA----------A---TTC---------AAAAGCAGATA--TCCA-T----A-TCA-GG--------TA--------
gi|17 : ---------A--------TA--TCCA-T----A-TCA-AG--------TACCATATTAAAATATTA---------TAGACATTGAA-ATTA-TAGG--ACTA---GA------------------C-------------TT-ATA----------------T--AA-A--------------------------------ATCAT-CGA-TT---T--ACACC-TA-A---G
gi|40 : taaattcag--------AAGTATTA---------TA--CA----A-ATCA-TAAG--ACTA---GA------------------CAT--ATA-----TTT-ATAA----cactggtgcatatttccaatggggtc
gi|42 : gtATATTA---------TG--CA----A-ATCA-TAAG--ACTA---GG------------------CAT--ATA-----TTT-ATAA----AG
gi|22 : GA-TT---T--GCGCC-CA-A---GGAT----AACCCA-TGA-----AAGGA----TAGGTATTT
9 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): TGAGTAGTAGTTGTTTATTCAAGGGGGTAAAAATCATGAAAGATAAGGCGTCTATATCACAAATTAGGTCAAGACAAATATTGAAGCCATAGTCATAAAAATAATAATGTTCCATATCGATTATGATAATTAAAAATGTTATGACAGGTTTTATTAAGACCAATTAAGTGCTATAAATAAATCTTGAATAAAAATATGCGTTGTATTAAGTATCATGCATTGAATAATAAATCCAAAGGATGACCATGAAAGCAAGAGAAGAATGCTTATAT
Unaligned ( gi|23 ): AGGATAAAAAATCTAAGATAAAGGGTAATATAAATAATTGAATATATAAATATAAATACAGATAAATCCCTATCACGTATAATCTTAAAAT
Unaligned ( gi|24 ): TAGTACTTTTATTCAGGTAAAAATCAATGAAAGATACAGGGTCTTATATCACAAATAGGTCAAACAATAGAAGCATAGTCATAAAAATAA
Unaligned ( gi|27 ): ATCAATATGATAGTAAAATGTTACGCCAGTTTTAAGACAATTAATCTTAAATAAATTTAATAGAGGCACATCGTTGATTAAGTAGT
Unaligned ( gi|33 ): AATGTATCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACTTAAGGCCATGGTCCAAATGTT
Unaligned ( gi|35 ): CAAAAATCTATCTAAATCAATATACTGAGTATAAGCAGCAAAATAATAAGTA
Unaligned ( gi|36 ): ATAATGAAATATAAATACAGATATCCATATCAGTTATAATCTTAAAATATTA
Unaligned ( gi|37 ): ATGGATTTTGAATTAGTACTACATGTACATGATAGTATTTTTAATTTTTG
Unaligned ( gi|38 ): GTCTTATATCACAAATAGGTCAAACAATAGGAGCATAGCCATAAAAAT
Alignments
lowQualScore : 1111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 55555555555555555555555555555555555555555 22222222 111111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111 111 11111
lowQualScore : 4 22 66666 1 555 99 1 444 3333 22 4444 1 9999 1 3333 33333 888888888 666 888 1 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 4444 66666666666666666666666666666666666666666 33 5555 4 44444444 88888888 444444444 33 5555 22 2 1 33 666 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 88888 00000000 3 555 44 3 3 000 7777 3 22222 8888
lowQualScore : . .. ..... . ... .. . ... .... .. .... . .... . .... ..... ......... ... ... . ................................................................... . .... ......................................... .. .... . ........ ........ ......... .. .... .. . . .. ... ...................................................................................... ..... ........ . ... .. . . ... .... . ..... ....
lowQualScore : 0 88 99999 5 999 77 4 555 0000 00 1111 4 3333 5 1111 77777 555555555 777 888 6 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 3333 33333333333333333333333333333333333333333 22 0000 7 77777777 11111111 444444444 11 0000 66 4 2 22 999 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33333 66666666 3 888 66 3 3 444 7777 6 77777 5555
consensus : GTAG-T--AGATTT-----A-TTC---AGGG-TA-AA---AA----TCA--AT----G-A----T-ACA----G-----G---------G---TG---AT-ATT---A----------AT-------A-------CAA---TA-----T-AGCACATTAA--------T-AAAAT-GACAAG---AATAATG----A-AA-TAT-----AA--TC-----C---A--------TA--TCCAT----ATCA-GG--------TA--------AAATATTA---------TG--CA----A-ATCA-TAAG--ACTA---GAC------------------ATA-----TTT-ATAA----A-GT-------AT--AA-AT------------GAAGTACAAA---T--ATC-----ATC-----G-A-TT---T--ACAC-CT-AA---GGAT----AGCCCATG-A-----AAGCA----CTGGTGCTTA
Reference ( family-486 ) : GTAG-T--AGATTT-----A-TTC---AGGG-TA-AA---AA----TCA--AT----G-A----T-ACA----G-----G---------G---TG---AT-ATT---A----------AT-------A-------CAA---TA-T---T-AGCACATTAA--------T-AAAAT-GACAAG---AATAATG----A-AA-TAT-----AA--TC-----C---A--------TA--TCCAT----ATCA-GG--------TA--------AAATATTA---------TG--CA----A-ATCA-TAAG--ACTA---GAC------------------ATA-----TTT-ATAA----A-GT-------AT--AA-AT------------GAAGTACAAA---T--ATC-----ATN-----G-A-TT---T--ACAC-CT-AA---GGAT----AGCCCATG-A-----AAGCA----CTGGTGCTTA
gi|1 : GTAG-CTAAGAGTT-----AATTC---AGGG-TACAA---AG----TCA--ATCG--G-A----T-ACA----G-----GCTACGAGTAG---TGG--AT-ATT---C----------CT-------A-------GAAAGGTA-T---TTAGAA-ATGAG--------A-AGAAT-ACCAAGTGAAAGAATG----GTAA-GAA-----AA--TT-----C---A--------GA--T---------TCA-GG--------TA--------AAATCGTAAAACT----TG--CA----AGATCA-TTGG--ACTATAGGACCATGCATGCTAAATGCTCATA-----TTTGATAA----A-ATTAACAAAAA--AA-AT------------GAA--ACAA--------TC-----ATTAAAATG-A-AT---T--ACACGCT-GATA-GGAT----AGCCCAGGGA-----AAGCA----CTGGTGCT
gi|10 : ta-T--AGATTT-----A-TTC---AGGG-TA-AA---AA----TCA--AT----G-A----C-ATA----G-----G---------G---TG---AT-ATC---A----------AT-------A-------TA-----------T-AGCATAT-----------T-AAAAT-GACAGG---------------------------GG--TT-----C---A--------TA--TTCAGAAAAATC---T--------TA--------AAATATAA---------TG--CA----A-ATCA-TAGG--TCTA---TAC------------------ATATTAATTTT-ATAA----A-G--------AT--AACAT------------AAAATG-AAA---T--ATC-----A------------------------CT-------GAT----AGCCCATG-A-----AAGgtattt
gi|11 : tagttagataagaA----G-----G---------G---TGTAGAT-ATT---A----------AT-------A-----------------------GCATATTAA-----------ATAT-GACTAG---CATAATA----A-TA-CATGTAGGAA--TT-----C---AGA------TAATTCAAT-----TCG-GGATAATTT-CA--------AAATAATG---------TG--CA----A--TCA-TA-G--ACTA---GAC------------------ATA-----T---ATAA----ACAT-------A---AA-AT------------G--GTA--AA---T--ATC-----ATT-----GGA-TT---T--ACAC-CTGAA---GGAT----AACCCATG-A-----AAGCA----CTGGT-CTT
gi|12 : -T--AGAATT-----A-TTC---AGAG-TA-AA---AA----TCA--AT----G-A----T-ACA----G-----G---------G---TG---AT-ATT---A----------A-----------------------------T-AGCGTAT-----------T-AAAAT-GACAAG---AATAATGATTAA-AA-TAT-----AA--AC-----TCAGA--------TA--GCCGT----ATCA-GGTAAGATCTTA--------AAATATTA---------TG--CA----A-ATCA-TA----------------------------------A-----TTT-ATAA----A--T-------ATA-AA-AT------------GAAATATAt
gi|13 : TTT-----A-TTC---AGGG-TA-AA---AA----TCA--AT----G-A----T-ACA----G-----G---------G---TG---AT-ATT---A----------AT-------A-----------------------GCACATTAA------------AAT-GACAAG---AATAATA----A-AA-TAT-----AAA-TT-----C---AAATGCAGATA--TCCAT----ATCA-GG--------TA--------AAATATTA---------TG--CA----A-ATCA-CAAG--ACTA---GAC------------------AT-----------TAA----C-AT-------A---AA-AT------------GAAATA
gi|14 : GATTT-----A-TTC---AGGG-TG-AA---AA----TCA--AT----G-A----T-ACA----GGCTAAG---------A---TG---AT-ATT---A----------A-----------------------------T-AGCACATT----------T-AAAAT-GACAA
gi|15 : TAG-T--AGTTTT-----A-TTG---AGG--TA-AA---AA----TCA--AT----G-AAAGAT-ACA----G-----G---------G---TC---TT-AT---------------ATC------A-------CAA----A-T-----AGGTCA--AA--------C-AAAA--GA-------AGTAATG-----------T---------TC-----C---A--------TA--TCAAT----ATGATAG--------TT--------AAATGTTA---------CG--C-----A-GTTT-TAAG--ACatccatagtgttcagtgatataagtctccttgtagtaaatgtgaacatagatcgaaatcgaaataaataaaagtaataaaacg
gi|16 : ta-T--AGATTT-----A-T-C---AGGG-TA-AA---AA----TCA--AT----G-A----T-ACA----G-----G---------G---GG---AT-ATT---A----------AC-------A----------------------AGCACATC---------------AT-GACAAG---AATAATG----A-AA-TAT-----AAACTCAAAAGCAG-A--------TA--TCCAC----ATCA-GG--------TA--------AAATATTA--------------A----A-TTAA-TAAATTATTA---AAA------------------ATA-----Taattaatcttaaatagat
gi|17 : ga-----AA--TT-----C---AGA------TA--TCCAT----ATCA-AG--------TACCATATTAAAATATTA---------TAGACATTGAA-ATTA-TAGG--ACTA---GAC---------------------------TT-ATA-----------------T--AA-A-----------------------------ATC-----ATC-----G-A-TT---T--ACAC-CT-AA---Gaa
gi|18 : taTAG-T--AGATTT-----A-TTC---AAGG-TA-AA---A-----TCA--AT----G-A----T-TCA----G-----G---------G---TG---AT-ATT---A----------AT-------G-------CAT---TA-T---cactggtgcatatttccaatggggtc
gi|19 : aGTAG-T--AGATTT-----A-TTC---AGGG-TA-AA---AA----TCA--AT----G-gttaaggccaaataactatccttgaaattatgactacatggaattaaatgtctacagtatctatat
gi|20 : aaagatacacagtaggccttcatgtgaatatgtcaatcactattataaagttctttctgcataatatatcacgtagtactagtacaaatGTAG-T--AGTTTTT----A-TTC---AAGGTTA-AA---AA----CCA--AT----G-A----
gi|21 : taGTAG-T--AGTTTTT----A-TTC---AGG--TA-AA---AA----TCA--ATGAAAG-A----T-ACA----G-----G---------GTC-TT---AT-ATC---ACAAACAGGTCAA-------A-------CAA---TA-G---A-AGCATAGTCA--------TAAAAAT-GAaagaaaataactcagggtcttatatcaagcaaataggtcaaaagcaatagaaagcccattagtcccaaaaatatatgt
gi|22 : gtaC-----ACT-----G-A-TT---T--GCGC-CC-AA---GGAT----AACCCATG-A-----AAGGA----TAGGTATTTtg
gi|24 : gcaatttctgactggaaattcaaattgaataaacatgatatcctatatctttgTAG-T--ACTTTT-----A-TTC---AGG--TA-AA---AA----TCA--ATGAAAG-A----T-ACA----G-----G---------GTC-TT---AT-ATCACAA----------ATAGGTCAAA-------CAA---TA-G---A-AGCATAGTCA--------T-AAAA
gi|25 : TTT-----A-TTC---AGG--TA-AA---AA----TCA--ATGAAAG-A----T-ACA----G-----G---------G---Tataa
gi|26 : gacgtTAG-T--AGATTT-----A-TTTGA-AGGG-TA-AG---AA----TCA--AT----G-A----T-ACA----G-----G---------G---TG---A----------------------------A-------CGA-------------------CAA--------T-AA---------------TAATG----A-A-------------------------A--------TA--TCCAT----ATCA-GG--------TA--------AAATATTA---------TG--Ccttatatcacaaatagatcaaacaataggtttcataagatgagattaaat
gi|28 : GATTT-----A-TTC---ACG--TA-TG---AC----ACAGGAT----G-A----T-ATAAAAAG-----G---------G---TG---AT-ATA---A----------AT-------A--------------------T-AGCAT-TT----------T-AAAAT-GACGAG---AATAATA----A-AA-TAT-----
gi|29 : ATTT-----A-TTC---AGGG-TA-AA---AA----TCA--GT----A-A----T-ACA----G-----G---------G---TG---GT-ATT---A----------AT-------A-------TCA---TA-T---T----------------------AAAT-GACAAG---AATAATT----T-AA-TAT-----AA--
gi|3 : tGTAG-T--AGTTTT-----A-TTC---AGG--TA-AA---AA----TCA--AT----G-AAAGAT-ACA----G-----G---------G---TCTT-AT-ATC---ACAA-------AT-------AGGTCAAACAA---TA-G---A-AGCATAGTCA--------T-AAAA------------ATAATG-----------T---------TC-----C---A--------TA--TCAAT----ATCATAG--------TA--------CAATGTTA---------CG--CA----G-TTT--TAAG--AC-A---ATT------------------A-A-----TCT--TAA----A-----------T--AA-ATC-----------GTTGTATAAA---T--ATCGTTGCATT-----G-A-TTGAAT--AAAC-CC-AA---GGAT----GACCCATG-A-----AAGCA----aat
gi|30 : tagta-TTC---AGGG-TA-AA---AA----TCA--AT----G-A----T-ACA----G-----G---------G---TGTT-ATAATT---A----------AT-------A-------CTA---GA-TCTAT-AGCCTATTAA--------gtaaatgaggtccttatgta
gi|31 : TAGAT--AGATTT-----A-TTC---AGGT-TA-AAACCAA----TGT--AT----G-A----C-ACA----G-----G---------A---TG---AT-ATA---A----------AT-------A-------aat
gi|32 : atgtacaTAG-T--AGTTTT-----A-TTC---AGG--TA-AA---AA----TCA--ATGAAAG-A----T-ACA----G-----G---------G---Tgca
gi|34 : TAGAT--AAATTT-----A-TTC---AGGG-CA-AA---AA----TCA--AT----G-A----T-ACA----G-----G---------G---TT---AT-ATC---A----------A-----------------------------T-AGCACATTAA--------cttatatcacaaataggt
gi|39 : TTT-------TTC---AGGGGTA-AA---AA----TCA--AT----GAA----T-ACA----G-----GCTA------GAGCTG---AT-ATT---A----------AT-------
gi|4 : GTAG-T--AGATTT-----A-TTC---AGGG-TA-AA---AA----TCA--AT----G-A----T-ACA----G-----G---------G---TG---AT-ATT---A----------AT-------A-------CAA---TA-TG--T-AGCACATTAAAACAGCTCT-AAAAT-GACAAG---AATAATG----A-AA-TAT-----AA--TT-----T---A--------TA--TCCAT----ATCA-GG--------TA--------AAATATTA---------TG--CA----A-ATCA-TAAG--ACTA---GAC------------------ATA-----TTT-ATAA----A-GT-------AT--AA-AT------------GAAGTACAAACG-T--ATC-----ATG-----G-A-TT---T--ACAC-CA-AA---GGAT----AGCCCATG-A-----AAGCA----CTGGTGCTTA
gi|40 : --------AAGTATTA---------TA--CA----A-ATCA-TAAG--ACTA---GACAT----------------ATA-----TTT-ATAA----aa
gi|41 : gtCAAG---AATAATG----A-AA--ATTCAA-AA--GC-----AG--A--------TA--TCCAT----ATCA-GG--------TA--------
gi|42 : ATATTA---------TG--CA----A-ATCA-TAAG--ACTA---GGCAT----------------ATA-----TTT-ATAA----A-G
gi|5 : AG-T--AGATTT-----A-TTC---AGGT-TA-AA---AA----TCA--AT----G-A----T-ACA----G-----G---------G---TG---AT-ATT---A----------AT-------A-------CAA---TAATG--T-AGTACATTAA------------AAT-GACAAG---AATAATG----A-AA-TAT-----AA-----------------------A--TCCAT----ATCA-GG--------TA--------AAATATTC---------TG--CA----A-GTCA-TAA---------------------------------------TCT-ATAA----A-GT-------AT--AA-ATTTAACATAAAATGAAGTACAAA---TGTATC-----ATG-----G-A-TT---T--ACAC-CT-AA---GGAT----AGCCCATG-A-----AAGCA----
gi|6 : -T--AGATTT-----A-TTCTGAAGGGTTA-AAGG-AA----TCA--AT----G-AG---TAACA----G-----G---------G---TG---A----------------------------A-------CGA---C----------C------------------GAAT-AATAAG--------TG----A-AA-T--------A--TC-----C---AG-------TA-----------GTCA-GG--------TA--------AAG-ATTA---------TG--C-----A-ATCA-TAAG--ACTAG--GACCAGT--------------ATAT----TTT-ATAAGTTGA-AC-------ATGAAA-ATGA----------GAATTACAAAGTGT--ATC-----ATG-----G-A-TT---TTGAAAC-GC-AA---GGATATTGAGCCCATG-AG----AAGCAGTTGGTGGTGCTTatgtatttccaacggtgaccaaat
gi|7 : agtgagt-T--AGATTTTAATTA-TTCT--AGTG-TA-AG---A-----TTA--AT----G-AA---T-GCA----G-----G---------G----G---AT---T---A----------AT-------AG------CAA---TA----------ACAATAC--------T-AAAATAGACAAG---AATA-TG----A-----------------C-----G---G--------TA--TCCAT----ACCA-GA--------TA--------TAATCTTACAAAAAATTTG--CA----A-ATCAGTAAG--ACT------C------------------A---------T-ATAA----A-AC-------AT--AA-TT------------G-------AA---T--ATC-----ATT-----G-ACTT---T--AGAT-CT-AATTTAGTT----AGTCCATG-AAATTGAAGCA----CTtattc
gi|8 : taatagataGCAG-T--AACTTT-----A-TTC---AGGA-TA-AA---AAAAAATCA--AT----G-A----C-GCA----G-----G---------G---TA---AT-AT----------------------------------A----G-T---T-AGC---CTA---------T-AAAAT-GACAAG---AATAATG----A-AAGTAT-----CA--AG-----T---A--------TA-----------ATC---T--------TA--------AAATATAA---------TA--CA----A-TTTA-TAGA--ACTA---GAC------------------AAA-----TAA-ATAA----T-G------------AACAT------------GAAAT--------T--ATT-----ATC-----ACA-TT---T--GCAT-CT-AA---GGAT----AGCCTAGG-G-----AAGCA----CTGGCGGTTA
gi|9 : taC---AAGA-TA-AA---AA----TCA--AT----G-A----T-AGA----G-----G---------G---TG-----------------------AT-------A-------CAA----A-----T-AGCATATT-------------AAAT-GACAAG---AATCATG----A-AG-TATA----AA--TT-----CAG-A--------TA--TCCAT----AACA-CGTATAATCTTA--------AAATATTA---------TT--CA----A-ATTA-CAGG--ACTA---GAC------------------GTG-----T-------------GT-------A---------------------------AAA---T--A-------ATT-----G-A-TT---T--ACAC-CT-GA---GGAT----ATCCAATG-A-----AATCA----CTGGTGCTTAtttc
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): TGAGTAGTAGTTGTTTATTCAAGGGGGTAAAAATCATGAAAGATAAGGCGTCTATATCACAAATTAGGTCAAGACAAATATTGAAGCCATAGTCATAAAAATAATAATGTTCCATATCGATTATGATAATTAAAAATGTTATGACAGGTTTTATTAAGACCAATTAAGTGCTATAAATAAATCTTGAATAAAAATATGCGTTGTATTAAGTATCATGCATTGAATAATAAATCCAAAGGATGACCATGAAAGCAAGAGAAGAATGCTTATAT
Unaligned ( gi|23 ): AGGATAAAAAATCTAAGATAAAGGGTAATATAAATAATTGAATATATAAATATAAATACAGATAAATCCCTATCACGTATAATCTTAAAAT
Unaligned ( gi|27 ): ATCAATATGATAGTAAAATGTTACGCCAGTTTTAAGACAATTAATCTTAAATAAATTTAATAGAGGCACATCGTTGATTAAGTAGT
Unaligned ( gi|33 ): AATGTATCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACTTAAGGCCATGGTCCAAATGTT
Unaligned ( gi|35 ): CAAAAATCTATCTAAATCAATATACTGAGTATAAGCAGCAAAATAATAAGTA
Unaligned ( gi|36 ): ATAATGAAATATAAATACAGATATCCATATCAGTTATAATCTTAAAATATTA
Unaligned ( gi|37 ): ATGGATTTTGAATTAGTACTACATGTACATGATAGTATTTTTAATTTTTG
Unaligned ( gi|38 ): GTCTTATATCACAAATAGGTCAAACAATAGGAGCATAGCCATAAAAAT
Alignments
lowQualScore : 1111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 5555555555555555555555555555555555555555 22222222 111111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111 111 11111
lowQualScore : 4 22 66666 1 555 77 1 444 3333 7777 1 6666 1 33333 888888888 666 666 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 0 8888 4444 7777777777777777777777777777777777777777 33 5555 2 4 44444444 88888888 444444444 33 5555 22 2 1 33 666 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 88888 44444444 3 555 44 3 3 000 7777 3 22222 8888
lowQualScore : . .. ..... . ... .. . ... .... .... . .... . ..... ......... ... ... . ........................................................................ . . .... .... ........................................ .. .... . . ........ ........ ......... .. .... .. . . .. ... ...................................................................................... ..... ........ . ... .. . . ... .... . ..... ....
lowQualScore : 0 88 99999 5 999 99 4 555 0000 1111 4 1111 5 77777 555555555 777 111 5 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 4 6666 7777 0000000000000000000000000000000000000000 22 0000 4 7 77777777 11111111 444444444 11 0000 66 4 2 22 999 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33333 88888888 3 888 66 3 3 444 7777 6 77777 5555
consensus : GTAG-T--AGATTT-----A-TTC---AGGG-TA-AA---AA----TCAAT----G-A----T-ACAG-----G---------G---TG---AT-AT--------T---A----------AT-------A-C-AA----TA---T--AGCACATTAA--------T-A-AAAT-GACAAGAATA----ATG----AAA-TA----T-----AA--T---C-----C---A--------TA--TCCAT----AT-CA-GG--------TA--------AAATATTA---------TG--CA----A-ATCA-TAAG--ACTA---GAC------------------ATA-----TTT-ATAA----A-GT-------AT--AA-AT------------GAAGTACAAA---T--ATC-----ATC-----G-A-TT---T--ACAC-CT-AA---GGAT----AGCCCATG-A-----AAGCA----CTGGTGCTTA
Reference ( family-486 ) : GTAG-T--AGATTT-----A-TTC---AGGG-TA-AA---AA----TCAAT----G-A----T-ACAG-----G---------G---TG---AT-AT--------T---A----------AT-------A-C-AA----TA---T--AGCACATTAA--------T-A-AAAT-GACAAGAATA----ATG----AAA-TA----T-----AA--T---C-----C---A--------TA--TCCAT----AT-CA-GG--------TA--------AAATATTA---------TG--CA----A-ATCA-TAAG--ACTA---GAC------------------ATA-----TTT-ATAA----A-GT-------AT--AA-AT------------GAAGTACAAA---T--ATC-----ATC-----G-A-TT---T--ACAC-CT-AA---GGAT----AGCCCATG-A-----AAGCA----CTGGTGCTTA
gi|1 : GTAG-CTAAGAGTT-----AATTC---AGGG-TACAA---AG----TCAATCG--G-A----T-ACAG-----GCTACGAGTAG---TGG--AT-AT--------T---C----------CT-------A-G-AA------------AG-GTATT----------T-AGAAAT-GAGAAGAATACCAAGTG----AAA-GAATGGT-----AA--G---A-----A---A---------A--TTCAG----ATTCA-GG--------TA--------AAATCGTAAAACT----TG--CA----AGATCA-TTGG--ACTATAGGACCATGCATGCTAAATGCTCATA-----TTTGATAA----A-ATTAACAAAAA--AA-AT------------GAA--ACAA--------TC-----ATTAAAATG-A-AT---T--ACACGCT-GATA-GGAT----AGCCCAGGGA-----AAGCA----CTGGTGCT
gi|10 : ta-T--AGATTT-----A-TTC---AGGG-TA-AA---AA----TCAAT----G-A----C-ATAG-----G---------G---TG---AT-AT--------C---A----------AT------------A----TA---T--AGCATAT-----------T-A-AAAT-GACAGG-------------------------------GG--T---T-----C---A--------TA--TTCAGAAAAAT-C---T--------TA--------AAATATAA---------TG--CA----A-ATCA-TAGG--TCTA---TAC------------------ATATTAATTTT-ATAA----A-G--------AT--AACAT------------AAAATG-AAA---T--ATC-----A------------------------CT-------GAT----AGCCCATG-A-----AAGgtattt
gi|11 : tagttagataagaAG-----G---------G---TGTAGAT-AT--------T---A----------AT-------A------------------GCATATTAA------------ATAT-GACTAGCATA----ATA----ATA-CA----TGTAGGAA--T---T-----C---AGA------TAATTCAAT-----T-CG-GGATAATTT-CA--------AAATAATG---------TG--CA----A--TCA-TA-G--ACTA---GAC------------------ATA-----T---ATAA----ACAT-------A---AA-AT------------G--GTA--AA---T--ATC-----ATT-----GGA-TT---T--ACAC-CTGAA---GGAT----AACCCATG-A-----AAGCA----CTGGT-CTT
gi|12 : -T--AGAATT-----A-TTC---AGAG-TA-AA---AA----TCAAT----G-A----T-ACAG-----G---------G---TG---AT-AT--------T---A------------------------------A---T--AGCGTAT-----------T-A-AAAT-GACAAGAATA----ATGATTAAAA-TA----T-----AA--A---C-----TCAGA--------TA--GCCGT----AT-CA-GGTAAGATCTTA--------AAATATTA---------TG--CA----A-ATCA-TA----------------------------------A-----TTT-ATAA----A--T-------ATA-AA-AT------------GAAATATAt
gi|13 : TTT-----A-TTC---AGGG-TA-AA---AA----TCAAT----G-A----T-ACAG-----G---------G---TG---AT-AT--------T---A----------AT-------A------------------GCACATTAA-------------AAT-GACAAGAATA----ATA----AAA-TA----T-----AAA-T---T-----C---AAATGCAGATA--TCCAT----AT-CA-GG--------TA--------AAATATTA---------TG--CA----A-ATCA-CAAG--ACTA---GAC------------------AT-----------TAA----C-AT-------A---AA-AT------------GAAATA
gi|14 : GATTT-----A-TTC---AGGG-TG-AA---AA----TCAAT----G-A----T-ACAGGCTAAG---------A---TG---AT-AT--------T---A------------------------------A---T--AGCACATT----------T-A-AAAT-GACAA
gi|15 : TAG-T--AGTTTT-----A-TTG---AGG--TA-AA---AA----TCAATGAAAG-A----T-ACAG-----G---------G---TC---TT-AT-----------------------ATC------A-C-AA-----A---T--AGGTCA--AA--------C-A-AAA--GA----AGTA----ATG--------T---------------T---C-----C---A--------TA--TCAAT----AT-GATAG--------TT--------AAATGTTA---------CG--C-----A-GTTT-TAAG--ACatccatagtgttcagtgatataagtctccttgtagtaaatgtgaacatagatcgaaatcgaaataaataaaagtaataaaacg
gi|16 : ta-T--AGATTT-----A-T-C---AGGG-TA-AA---AA----TCAAT----G-A----T-ACAG-----G---------G---GG---AT-AT--------T---A----------AC-------A-----------------AGCACATC----------------AT-GACAAGAATA----ATG----AAA-TA----T-----AAACT---CAAAAGCAG-A--------TA--TCCAC----AT-CA-GG--------TA--------AAATATTA--------------A----A-TTAA-TAAATTATTA---AAA------------------ATA-----Taattaatcttaaatagat
gi|17 : ga-----AA--T---T-----C---AGA------TA--TCCAT----AT-CA-AG--------TACCATATTAAAATATTA---------TAGACATTGAA-ATTA-TAGG--ACTA---GAC---------------------------TT-ATA-----------------T--AA-A-----------------------------ATC-----ATC-----G-A-TT---T--ACAC-CT-AA---Gaa
gi|18 : taTAG-T--AGATTT-----A-TTC---AAGG-TA-AA---A-----TCAAT----G-A----T-TCAG-----G---------G---TG---AT-AT--------T---A----------AT-------G-C-AT----TA---T--cactggtgcatatttccaatggggtc
gi|19 : aGTAG-T--AGATTT-----A-TTC---AGGG-TA-AA---AA----TCAAT----G-gttaaggccaaataactatccttgaaattatgactacatggaattaaatgtctacagtatctatat
gi|20 : aaagatacacagtaggccttcatgtgaatatgtcaatcactattataaagttctttctgcataatatatcacgtagtactagtacaaatGTAG-T--AGTTTTT----A-TTC---AAGGTTA-AA---AA----CCAAT----G-A----
gi|21 : taGTAG-T--AGTTTTT----A-TTC---AGG--TA-AA---AA----TCAATGAAAG-A----T-ACAG-----G---------GTC-TT---AT-AT--------C---ACAAACAGGTCAA-------A-C-AA----TA---GA-AGCATAGTCA--------TAA-AAAT-GAaagaaaataactcagggtcttatatcaagcaaataggtcaaaagcaatagaaagcccattagtcccaaaaatatatgt
gi|22 : gtaC-----ACT-----G-A-TT---T--GCGC-CC-AA---GGAT----AACCCATG-A-----AAGGA----TAGGTATTTtg
gi|24 : gcaatttctgactggaaattcaaattgaataaacatgatatcctatatctttgTAG-T--ACTTTT-----A-TTC---AGG--TA-AA---AA----TCAATGAAAG-A----T-ACAG-----G---------GTC-TT---AT-AT--------CACAA----------ATAGGTCAAA-C-AA----TA---GA-AGCATAGTCA--------T-A-AAA
gi|25 : TTT-----A-TTC---AGG--TA-AA---AA----TCAATGAAAG-A----T-ACAG-----G---------G---TC---TT-AT-----------------------ATC------A-C-AA-----A---T--AGataa
gi|26 : gacgtTAG-T--AGATTT-----A-TTTGA-AGGG-TA-AG---AA----TCAAT----G-A----T-ACAG-----G---------G---TG---A----------------A----------CG-------A-C-AA----TA----------------------------------------ATA----ATG----AA--------------------------------A--------TA--TCCAT----AT-CA-GG--------TA--------AAATATTA---------TG--Catcaaacaataggtttcataagatgagattaaat
gi|28 : GATTT-----A-TTC---A-CG-T----------------AT----G-A----C-ACAG-----G---------A---TG---AT-ATAAAAAGGGT---G----------AT-------A-TAAA----TA---T--AGCAT-TT----------T-A-AAAT-GACGAGAATA----ATA----AAA-TA----T-----
gi|29 : ATTT-----A-TTC---AGGG-TA-AA---AA----TCAGT----A-A----T-ACAG-----G---------G---TG---GT-AT--------T---A----------AT-------A-T-----------------CATATT--------------AAAT-GACAAGAATA----ATT----TAA-TA----T-----AA--
gi|3 : tGTAG-T--AGTTTT-----A-TTC---AGG--TA-AA---AA----TCAAT----G-AAAGAT-ACAG-----G---------G---TC---TT-AT-----------------------ATC------A-C-AA-----A---T--AG---GTCAA----------A-CAAT--AGAAGCATAGTC-ATA----AAA--A----T-----AA--TGTTC-----C---A--------TA--TCAAT----AT-CATAG--------TA--------CAATGTTA---------CG--CA----G-TTT--TAAG--AC-A---ATT------------------A-A-----TCT--TAA----A-----------T--AA-ATC-----------GTTGTATAAA---T--ATCGTTGCATT-----G-A-TTGAAT--AAAC-CC-AA---GGAT----GACCCATG-A-----AAGCA----aat
gi|30 : tagta-TTC---AGGG-TA-AA---AA----TCAAT----G-A----T-ACAG-----G---------G---TGTT-ATAAT--------T---A----------AT-------A-C-TAGATCTA---T--AGCCTATTAA--------gtaaatgaggtccttatgta
gi|31 : TAGAT--AGATTT-----A-TTC---AGGT-TA-AAACCAA----TGTAT----G-A----C-ACAG-----G---------A---TG---AT-AT--------A---A----------AT-------A-aat
gi|32 : atgtacaTAG-T--AGTTTT-----A-TTC---AGG--TA-AA---AA----TCAATGAAAG-A----T-ACAG-----G---------G---TC---TT-AT-----------------------ATC------A-C-AA-----A---T--AGgca
gi|34 : TAGAT--AAATTT-----A-TTC---AGGG-CA-AA---AA----TCAAT----G-A----T-ACAG-----G---------G---TT---AT-AT--------C---A------------------------------A---T--AGCACATTAA--------gt
gi|39 : TTT-------TTC---AGGGGTA-AA---AA----TCAAT----GAA----T-ACAG-----GCTA------GAGCTG---AT-AT--------T---A----------AT-------
gi|4 : GTAG-T--AGATTT-----A-TTC---AGGG-TA-AA---AA----TCAAT----G-A----T-ACAG-----G---------G---TG---AT-AT--------T---A----------AT-------A-C-AA----TA---TGTAGCACATTAAAACAGCTCT-A-AAAT-GACAAGAATA----ATG----AAA-TA----T-----AA--T---T-----T---A--------TA--TCCAT----AT-CA-GG--------TA--------AAATATTA---------TG--CA----A-ATCA-TAAG--ACTA---GAC------------------ATA-----TTT-ATAA----A-GT-------AT--AA-AT------------GAAGTACAAACG-T--ATC-----ATG-----G-A-TT---T--ACAC-CA-AA---GGAT----AGCCCATG-A-----AAGCA----CTGGTGCTTA
gi|40 : --------AAGTATTA---------TA--CA----A-ATCA-TAAG--ACTA---GACAT----------------ATA-----TTT-ATAA----aa
gi|41 : gtCAAGAATA----ATG----AAA--A----TTCAA-AA--G---C-----AG--A--------TA--TCCAT----AT-CA-GG--------TA--------
gi|42 : ATATTA---------TG--CA----A-ATCA-TAAG--ACTA---GGCAT----------------ATA-----TTT-ATAA----A-G
gi|5 : AG-T--AGATTT-----A-TTC---AGGT-TA-AA---AA----TCAAT----G-A----T-ACAG-----G---------G---TG---AT-AT--------T---A----------AT-------A-C-AA----TAATGT--AGTACATTAA-------------AAT-GACAAGAATA----ATG----AAA-TA----T-----AA--------------------------A--TCCAT----AT-CA-GG--------TA--------AAATATTC---------TG--CA----A-GTCA-TAA---------------------------------------TCT-ATAA----A-GT-------AT--AA-ATTTAACATAAAATGAAGTACAAA---TGTATC-----ATG-----G-A-TT---T--ACAC-CT-AA---GGAT----AGCCCATG-A-----AAGCA----
gi|6 : -T--AGATTT-----A-TTCTGAAGGGTTA-AAGG-AA----TCAAT----G-AG---TAACAG-----G---------G---TG---A------------------------------------A-C-GA----C---------C-------------------GAAT-AATAAG---------TG----AAA-T------------A--T---C-----C---AG-------TA-----------GT-CA-GG--------TA--------AAG-ATTA---------TG--C-----A-ATCA-TAAG--ACTAG--GACCAGT--------------ATAT----TTT-ATAAGTTGA-AC-------ATGAAA-ATGA----------GAATTACAAAGTGT--ATC-----ATG-----G-A-TT---TTGAAAC-GC-AA---GGATATTGAGCCCATG-AG----AAGCAGTTGGTGGTGCTTatgtatttccaacggtgaccaaat
gi|7 : agtgagt-T--AGATTTTAATTA-TTCT--AGTG-TA-AG---A-----TTAAT----G-AA---T-GCAG-----G---------G----G---AT-----------T---A----------AT-------AGC-AA----TA---------ACAATAC--------T-A-AAATAGACAAGAATA-----TG----A-----------------------C-----G---G--------TA--TCCAT----AC-CA-GA--------TA--------TAATCTTACAAAAAATTTG--CA----A-ATCAGTAAG--ACT------C------------------A---------T-ATAA----A-AC-------AT--AA-TT------------G-------AA---T--ATC-----ATT-----G-ACTT---T--AGAT-CT-AATTTAGTT----AGTCCATG-AAATTGAAGCA----CTtattc
gi|8 : taatagataGCAG-T--AACTTT-----A-TTC---AGGA-TA-AA---AAAAAATCAAT----G-A----C-GCAG-----G---------G---TA---AT-AT------------------------------------AG----T----T--AGC---CTA---------T-A-AAAT-GACAAGAATA----ATG----AAAGTA----T-----CA--A---G-----T---A--------TA-----------AT-C---T--------TA--------AAATATAA---------TA--CA----A-TTTA-TAGA--ACTA---GAC------------------AAA-----TAA-ATAA----T-G------------AACAT------------GAAAT--------T--ATT-----ATC-----ACA-TT---T--GCAT-CT-AA---GGAT----AGCCTAGG-G-----AAGCA----CTGGCGGTTA
gi|9 : taC---AAGA-TA-AA---AA----TCAAT----G-A----T-AGAG-----G---------G---TG-------------------------------AT-------A-C-AA-----A---T--AGCATATT--------------AAAT-GACAAGAATC----ATG----AAG-TA----TA----AA--T---T-----CAG-A--------TA--TCCAT----AA-CA-CGTATAATCTTA--------AAATATTA---------TT--CA----A-ATTA-CAGG--ACTA---GAC------------------GTG-----T-------------GT-------A---------------------------AAA---T--A-------ATT-----G-A-TT---T--ACAC-CT-GA---GGAT----ATCCAATG-A-----AATCA----CTGGTGCTTAtttc
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): TGAGTAGTAGTTGTTTATTCAAGGGGGTAAAAATCATGAAAGATAAGGCGTCTATATCACAAATTAGGTCAAGACAAATATTGAAGCCATAGTCATAAAAATAATAATGTTCCATATCGATTATGATAATTAAAAATGTTATGACAGGTTTTATTAAGACCAATTAAGTGCTATAAATAAATCTTGAATAAAAATATGCGTTGTATTAAGTATCATGCATTGAATAATAAATCCAAAGGATGACCATGAAAGCAAGAGAAGAATGCTTATAT
Unaligned ( gi|23 ): AGGATAAAAAATCTAAGATAAAGGGTAATATAAATAATTGAATATATAAATATAAATACAGATAAATCCCTATCACGTATAATCTTAAAAT
Unaligned ( gi|27 ): ATCAATATGATAGTAAAATGTTACGCCAGTTTTAAGACAATTAATCTTAAATAAATTTAATAGAGGCACATCGTTGATTAAGTAGT
Unaligned ( gi|33 ): AATGTATCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACTTAAGGCCATGGTCCAAATGTT
Unaligned ( gi|35 ): CAAAAATCTATCTAAATCAATATACTGAGTATAAGCAGCAAAATAATAAGTA
Unaligned ( gi|36 ): ATAATGAAATATAAATACAGATATCCATATCAGTTATAATCTTAAAATATTA
Unaligned ( gi|37 ): ATGGATTTTGAATTAGTACTACATGTACATGATAGTATTTTTAATTTTTG
Unaligned ( gi|38 ): GTCTTATATCACAAATAGGTCAAACAATAGGAGCATAGCCATAAAAAT
Alignments
lowQualScore : 1111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 5555555555555555555555555555555555555555 22222222 111111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111 111 11111
lowQualScore : 4 22 66666 1 555 77 1 444 3333 7777 1 6666 1 33333 888888888 666 666 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 0 8888 4444 7777777777777777777777777777777777777777 33 5555 2 4 44444444 88888888 444444444 33 5555 22 2 1 33 666 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 88888 44444444 3 555 44 3 3 000 7777 3 22222 8888
lowQualScore : . .. ..... . ... .. . ... .... .... . .... . ..... ......... ... ... . ........................................................................ . . .... .... ........................................ .. .... . . ........ ........ ......... .. .... .. . . .. ... ...................................................................................... ..... ........ . ... .. . . ... .... . ..... ....
lowQualScore : 0 88 99999 5 999 99 4 555 0000 1111 4 1111 5 77777 555555555 777 111 5 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 4 6666 7777 0000000000000000000000000000000000000000 22 0000 4 7 77777777 11111111 444444444 11 0000 66 4 2 22 999 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33333 88888888 3 888 66 3 3 444 7777 6 77777 5555
consensus : GTAG-T--AGATTT-----A-TTC---AGGG-TA-AA---AA----TCAAT----G-A----T-ACAG-----G---------G---TG---AT-AT--------T---A----------AT-------A-C-AA----TA---T--AGCACATTAA--------T-A-AAAT-GACAAGAATA----ATG----AAA-TA----T-----AA--T---C-----C---A--------TA--TCCAT----AT-CA-GG--------TA--------AAATATTA---------TG--CA----A-ATCA-TAAG--ACTA---GAC------------------ATA-----TTT-ATAA----A-GT-------AT--AA-AT------------GAAGTACAAA---T--ATC-----ATC-----G-A-TT---T--ACAC-CT-AA---GGAT----AGCCCATG-A-----AAGCA----CTGGTGCTTA
Reference ( family-486 ) : GTAG-T--AGATTT-----A-TTC---AGGG-TA-AA---AA----TCAAT----G-A----T-ACAG-----G---------G---TG---AT-AT--------T---A----------AT-------A-C-AA----TA---T--AGCACATTAA--------T-A-AAAT-GACAAGAATA----ATG----AAA-TA----T-----AA--T---C-----C---A--------TA--TCCAT----AT-CA-GG--------TA--------AAATATTA---------TG--CA----A-ATCA-TAAG--ACTA---GAC------------------ATA-----TTT-ATAA----A-GT-------AT--AA-AT------------GAAGTACAAA---T--ATC-----ATC-----G-A-TT---T--ACAC-CT-AA---GGAT----AGCCCATG-A-----AAGCA----CTGGTGCTTA
gi|1 : GTAG-CTAAGAGTT-----AATTC---AGGG-TACAA---AG----TCAATCG--G-A----T-ACAG-----GCTACGAGTAG---TGG--AT-AT--------T---C----------CT-------A-G-AA------------AG-GTATT----------T-AGAAAT-GAGAAGAATACCAAGTG----AAA-GAATGGT-----AA--G---A-----A---A---------A--TTCAG----ATTCA-GG--------TA--------AAATCGTAAAACT----TG--CA----AGATCA-TTGG--ACTATAGGACCATGCATGCTAAATGCTCATA-----TTTGATAA----A-ATTAACAAAAA--AA-AT------------GAA--ACAA--------TC-----ATTAAAATG-A-AT---T--ACACGCT-GATA-GGAT----AGCCCAGGGA-----AAGCA----CTGGTGCT
gi|10 : ta-T--AGATTT-----A-TTC---AGGG-TA-AA---AA----TCAAT----G-A----C-ATAG-----G---------G---TG---AT-AT--------C---A----------AT------------A----TA---T--AGCATAT-----------T-A-AAAT-GACAGG-------------------------------GG--T---T-----C---A--------TA--TTCAGAAAAAT-C---T--------TA--------AAATATAA---------TG--CA----A-ATCA-TAGG--TCTA---TAC------------------ATATTAATTTT-ATAA----A-G--------AT--AACAT------------AAAATG-AAA---T--ATC-----A------------------------CT-------GAT----AGCCCATG-A-----AAGgtattt
gi|11 : tagttagataagaAG-----G---------G---TGTAGAT-AT--------T---A----------AT-------A------------------GCATATTAA------------ATAT-GACTAGCATA----ATA----ATA-CA----TGTAGGAA--T---T-----C---AGA------TAATTCAAT-----T-CG-GGATAATTT-CA--------AAATAATG---------TG--CA----A--TCA-TA-G--ACTA---GAC------------------ATA-----T---ATAA----ACAT-------A---AA-AT------------G--GTA--AA---T--ATC-----ATT-----GGA-TT---T--ACAC-CTGAA---GGAT----AACCCATG-A-----AAGCA----CTGGT-CTT
gi|12 : -T--AGAATT-----A-TTC---AGAG-TA-AA---AA----TCAAT----G-A----T-ACAG-----G---------G---TG---AT-AT--------T---A------------------------------A---T--AGCGTAT-----------T-A-AAAT-GACAAGAATA----ATGATTAAAA-TA----T-----AA--A---C-----TCAGA--------TA--GCCGT----AT-CA-GGTAAGATCTTA--------AAATATTA---------TG--CA----A-ATCA-TA----------------------------------A-----TTT-ATAA----A--T-------ATA-AA-AT------------GAAATATAt
gi|13 : TTT-----A-TTC---AGGG-TA-AA---AA----TCAAT----G-A----T-ACAG-----G---------G---TG---AT-AT--------T---A----------AT-------A------------------GCACATTAA-------------AAT-GACAAGAATA----ATA----AAA-TA----T-----AAA-T---T-----C---AAATGCAGATA--TCCAT----AT-CA-GG--------TA--------AAATATTA---------TG--CA----A-ATCA-CAAG--ACTA---GAC------------------AT-----------TAA----C-AT-------A---AA-AT------------GAAATA
gi|14 : GATTT-----A-TTC---AGGG-TG-AA---AA----TCAAT----G-A----T-ACAGGCTAAG---------A---TG---AT-AT--------T---A------------------------------A---T--AGCACATT----------T-A-AAAT-GACAA
gi|15 : TAG-T--AGTTTT-----A-TTG---AGG--TA-AA---AA----TCAATGAAAG-A----T-ACAG-----G---------G---TC---TT-AT-----------------------ATC------A-C-AA-----A---T--AGGTCA--AA--------C-A-AAA--GA----AGTA----ATG--------T---------------T---C-----C---A--------TA--TCAAT----AT-GATAG--------TT--------AAATGTTA---------CG--C-----A-GTTT-TAAG--ACatccatagtgttcagtgatataagtctccttgtagtaaatgtgaacatagatcgaaatcgaaataaataaaagtaataaaacg
gi|16 : ta-T--AGATTT-----A-T-C---AGGG-TA-AA---AA----TCAAT----G-A----T-ACAG-----G---------G---GG---AT-AT--------T---A----------AC-------A-----------------AGCACATC----------------AT-GACAAGAATA----ATG----AAA-TA----T-----AAACT---CAAAAGCAG-A--------TA--TCCAC----AT-CA-GG--------TA--------AAATATTA--------------A----A-TTAA-TAAATTATTA---AAA------------------ATA-----Taattaatcttaaatagat
gi|17 : ga-----AA--T---T-----C---AGA------TA--TCCAT----AT-CA-AG--------TACCATATTAAAATATTA---------TAGACATTGAA-ATTA-TAGG--ACTA---GAC---------------------------TT-ATA-----------------T--AA-A-----------------------------ATC-----ATC-----G-A-TT---T--ACAC-CT-AA---Gaa
gi|18 : taTAG-T--AGATTT-----A-TTC---AAGG-TA-AA---A-----TCAAT----G-A----T-TCAG-----G---------G---TG---AT-AT--------T---A----------AT-------G-C-AT----TA---T--cactggtgcatatttccaatggggtc
gi|19 : aGTAG-T--AGATTT-----A-TTC---AGGG-TA-AA---AA----TCAAT----G-gttaaggccaaataactatccttgaaattatgactacatggaattaaatgtctacagtatctatat
gi|20 : aaagatacacagtaggccttcatgtgaatatgtcaatcactattataaagttctttctgcataatatatcacgtagtactagtacaaatGTAG-T--AGTTTTT----A-TTC---AAGGTTA-AA---AA----CCAAT----G-A----
gi|21 : taGTAG-T--AGTTTTT----A-TTC---AGG--TA-AA---AA----TCAATGAAAG-A----T-ACAG-----G---------GTC-TT---AT-AT--------C---ACAAACAGGTCAA-------A-C-AA----TA---GA-AGCATAGTCA--------TAA-AAAT-GAaagaaaataactcagggtcttatatcaagcaaataggtcaaaagcaatagaaagcccattagtcccaaaaatatatgt
gi|22 : gtaC-----ACT-----G-A-TT---T--GCGC-CC-AA---GGAT----AACCCATG-A-----AAGGA----TAGGTATTTtg
gi|24 : gcaatttctgactggaaattcaaattgaataaacatgatatcctatatctttgTAG-T--ACTTTT-----A-TTC---AGG--TA-AA---AA----TCAATGAAAG-A----T-ACAG-----G---------GTC-TT---AT-AT--------CACAA----------ATAGGTCAAA-C-AA----TA---GA-AGCATAGTCA--------T-A-AAA
gi|25 : TTT-----A-TTC---AGG--TA-AA---AA----TCAATGAAAG-A----T-ACAG-----G---------G---TC---TT-AT-----------------------ATC------A-C-AA-----A---T--AGataa
gi|26 : gacgtTAG-T--AGATTT-----A-TTTGA-AGGG-TA-AG---AA----TCAAT----G-A----T-ACAG-----G---------G---TG---A----------------A----------CG-------A-C-AA----TA----------------------------------------ATA----ATG----AA--------------------------------A--------TA--TCCAT----AT-CA-GG--------TA--------AAATATTA---------TG--Catcaaacaataggtttcataagatgagattaaat
gi|28 : GATTT-----A-TTC---A-CG-T----------------AT----G-A----C-ACAG-----G---------A---TG---AT-ATAAAAAGGGT---G----------AT-------A-TAAA----TA---T--AGCAT-TT----------T-A-AAAT-GACGAGAATA----ATA----AAA-TA----T-----
gi|29 : ATTT-----A-TTC---AGGG-TA-AA---AA----TCAGT----A-A----T-ACAG-----G---------G---TG---GT-AT--------T---A----------AT-------A-T-----------------CATATT--------------AAAT-GACAAGAATA----ATT----TAA-TA----T-----AA--
gi|3 : tGTAG-T--AGTTTT-----A-TTC---AGG--TA-AA---AA----TCAAT----G-AAAGAT-ACAG-----G---------G---TC---TT-AT-----------------------ATC------A-C-AA-----A---T--AG---GTCAA----------A-CAAT--AGAAGCATAGTC-ATA----AAA--A----T-----AA--TGTTC-----C---A--------TA--TCAAT----AT-CATAG--------TA--------CAATGTTA---------CG--CA----G-TTT--TAAG--AC-A---ATT------------------A-A-----TCT--TAA----A-----------T--AA-ATC-----------GTTGTATAAA---T--ATCGTTGCATT-----G-A-TTGAAT--AAAC-CC-AA---GGAT----GACCCATG-A-----AAGCA----aat
gi|30 : tagta-TTC---AGGG-TA-AA---AA----TCAAT----G-A----T-ACAG-----G---------G---TGTT-ATAAT--------T---A----------AT-------A-C-TAGATCTA---T--AGCCTATTAA--------gtaaatgaggtccttatgta
gi|31 : TAGAT--AGATTT-----A-TTC---AGGT-TA-AAACCAA----TGTAT----G-A----C-ACAG-----G---------A---TG---AT-AT--------A---A----------AT-------A-aat
gi|32 : atgtacaTAG-T--AGTTTT-----A-TTC---AGG--TA-AA---AA----TCAATGAAAG-A----T-ACAG-----G---------G---TC---TT-AT-----------------------ATC------A-C-AA-----A---T--AGgca
gi|34 : TAGAT--AAATTT-----A-TTC---AGGG-CA-AA---AA----TCAAT----G-A----T-ACAG-----G---------G---TT---AT-AT--------C---A------------------------------A---T--AGCACATTAA--------gt
gi|39 : TTT-------TTC---AGGGGTA-AA---AA----TCAAT----GAA----T-ACAG-----GCTA------GAGCTG---AT-AT--------T---A----------AT-------
gi|4 : GTAG-T--AGATTT-----A-TTC---AGGG-TA-AA---AA----TCAAT----G-A----T-ACAG-----G---------G---TG---AT-AT--------T---A----------AT-------A-C-AA----TA---TGTAGCACATTAAAACAGCTCT-A-AAAT-GACAAGAATA----ATG----AAA-TA----T-----AA--T---T-----T---A--------TA--TCCAT----AT-CA-GG--------TA--------AAATATTA---------TG--CA----A-ATCA-TAAG--ACTA---GAC------------------ATA-----TTT-ATAA----A-GT-------AT--AA-AT------------GAAGTACAAACG-T--ATC-----ATG-----G-A-TT---T--ACAC-CA-AA---GGAT----AGCCCATG-A-----AAGCA----CTGGTGCTTA
gi|40 : --------AAGTATTA---------TA--CA----A-ATCA-TAAG--ACTA---GACAT----------------ATA-----TTT-ATAA----aa
gi|41 : gtCAAGAATA----ATG----AAA--A----TTCAA-AA--G---C-----AG--A--------TA--TCCAT----AT-CA-GG--------TA--------
gi|42 : ATATTA---------TG--CA----A-ATCA-TAAG--ACTA---GGCAT----------------ATA-----TTT-ATAA----A-G
gi|5 : AG-T--AGATTT-----A-TTC---AGGT-TA-AA---AA----TCAAT----G-A----T-ACAG-----G---------G---TG---AT-AT--------T---A----------AT-------A-C-AA----TAATGT--AGTACATTAA-------------AAT-GACAAGAATA----ATG----AAA-TA----T-----AA--------------------------A--TCCAT----AT-CA-GG--------TA--------AAATATTC---------TG--CA----A-GTCA-TAA---------------------------------------TCT-ATAA----A-GT-------AT--AA-ATTTAACATAAAATGAAGTACAAA---TGTATC-----ATG-----G-A-TT---T--ACAC-CT-AA---GGAT----AGCCCATG-A-----AAGCA----
gi|6 : -T--AGATTT-----A-TTCTGAAGGGTTA-AAGG-AA----TCAAT----G-AG---TAACAG-----G---------G---TG---A------------------------------------A-C-GA----C---------C-------------------GAAT-AATAAG---------TG----AAA-T------------A--T---C-----C---AG-------TA-----------GT-CA-GG--------TA--------AAG-ATTA---------TG--C-----A-ATCA-TAAG--ACTAG--GACCAGT--------------ATAT----TTT-ATAAGTTGA-AC-------ATGAAA-ATGA----------GAATTACAAAGTGT--ATC-----ATG-----G-A-TT---TTGAAAC-GC-AA---GGATATTGAGCCCATG-AG----AAGCAGTTGGTGGTGCTTatgtatttccaacggtgaccaaat
gi|7 : agtgagt-T--AGATTTTAATTA-TTCT--AGTG-TA-AG---A-----TTAAT----G-AA---T-GCAG-----G---------G----G---AT-----------T---A----------AT-------AGC-AA----TA---------ACAATAC--------T-A-AAATAGACAAGAATA-----TG----A-----------------------C-----G---G--------TA--TCCAT----AC-CA-GA--------TA--------TAATCTTACAAAAAATTTG--CA----A-ATCAGTAAG--ACT------C------------------A---------T-ATAA----A-AC-------AT--AA-TT------------G-------AA---T--ATC-----ATT-----G-ACTT---T--AGAT-CT-AATTTAGTT----AGTCCATG-AAATTGAAGCA----CTtattc
gi|8 : taatagataGCAG-T--AACTTT-----A-TTC---AGGA-TA-AA---AAAAAATCAAT----G-A----C-GCAG-----G---------G---TA---AT-AT------------------------------------AG----T----T--AGC---CTA---------T-A-AAAT-GACAAGAATA----ATG----AAAGTA----T-----CA--A---G-----T---A--------TA-----------AT-C---T--------TA--------AAATATAA---------TA--CA----A-TTTA-TAGA--ACTA---GAC------------------AAA-----TAA-ATAA----T-G------------AACAT------------GAAAT--------T--ATT-----ATC-----ACA-TT---T--GCAT-CT-AA---GGAT----AGCCTAGG-G-----AAGCA----CTGGCGGTTA
gi|9 : taC---AAGA-TA-AA---AA----TCAAT----G-A----T-AGAG-----G---------G---TG-------------------------------AT-------A-C-AA-----A---T--AGCATATT--------------AAAT-GACAAGAATC----ATG----AAG-TA----TA----AA--T---T-----CAG-A--------TA--TCCAT----AA-CA-CGTATAATCTTA--------AAATATTA---------TT--CA----A-ATTA-CAGG--ACTA---GAC------------------GTG-----T-------------GT-------A---------------------------AAA---T--A-------ATT-----G-A-TT---T--ACAC-CT-GA---GGAT----ATCCAATG-A-----AATCA----CTGGTGCTTAtttc
blockSeqs : A . TAATT . TGA GT . ACC AAAA GAAA A AAGA A GCTAA CTA AGC TAG A CACAAACAGGTCAAACAATAGAAGCATAGTCATAA A GTC ATTA TATAAATTCAAATGCAGA AT AAAA . T TAAGATCT CCATATTA CAAAAAATT GA TTGA A G G TT G CAGTATATTTTATAAGTTGAACATGAAAATGAGAATTACAAAGTGT GTTGC TGG C GAA TG . G TTT ATTG . AATTG GTTG
blockSeqs : A . T . GA GG . GG . GAAA . G . . . TC TT . CACAAATAGGTCAAACAATAGAAGCATAGTCATA . . . TATAAACTCAAAAGCAGA . . . T TATAATCT . . . . A . A . . TCTATAAAGTATAAATTTAACATAAAATGAAGTACAAATGT . CAC . . . . . . . . G .
blockSeqs : . . T . T GT . . . GAAA . A . . . TC . . TAATACAATATGTAGCACATTAAAACAGCTCTA . . . CATGTAGGAATTCAGA . . . . ATAATTT . . . . A . A . . ATATTAATTTTATAAAGATAACATAAAATGAAAT . CG . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . GAAA . . . . . . . . AAAAAGGGTGATATAAATATAGCATTTTA . . . ATTCAAAAGCAGA . . . . . . . . . G . A . . ATATTTATAAAGTATAAATGAAGTACAAACGT . TG . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . GAAA . . . . . . . . TAATACAATAATGTAGTACATTAA . . . TATAAACTCAGA . . . . . . . . . T . G . . AATCTTAAATAAATCGTTGTATAAAT . TG . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . . . . . . . TAATAGCAATAACAATACTA . . . TATAAATTCAGA . . . . . . . . . A . A . . ATATATAAACATAAAATGGTAAAT . GG . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . . . . . . . ATCACAAATAGGTCAAACA . . . ATAATGTTCCA . . . . . . . . . T . A . . AAATAAATAATGAACATGAAATT . GG . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . . . . . . . CAATATATAGCATATTA . . . GTATCAAGTA . . . . . . . . . A . A . . ATATAAAACATAATTGAAT . GG . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . . . . . . . ATCACAAATAGGTCAAA . . . TATAATTTA . . . . . . . . . A . A . . GTGTGTAAAAT . TG . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . . . . . . . ATACAAATAGCATATT . . . TATCCAG . . . . . . . . . A . A . . TTATATAAA . TG . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . . . . . . . TAATAGCATATTAA . . . GGTTCA . . . . . . . . . G . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . . . . . . . TAATAGCACATTAA . . . TTCCA . . . . . . . . . A . A . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . . . . . . . TAATAGCACATTTA . . . TATAA . . . . . . . . . A . G . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . . . . . . . TAATAGCGTATTA . . . CGG . . . . . . . . . T . G . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . . . . . TAACAAGCACATC . . . A . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . . . . . . . TAATATCATATT . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . . . . . . . AGTTAGCCTATA . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . . . . . ACGACAATA .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . . . . . . . ACGACC
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : ** **** ********* *** **** TATAAATTCAGA**************************** ********* A* *** NG****** ***
originalCons : GTAG-T--AGATTT-----A-TTC---AGGG-TA-AA---AA----TCAAT----G-A----T-ACAG-----G---------G---TG---AT-AT--------T---A----------AT-------A-C-AA----TA---T--AGCACATTAA--------T-A-AAAT-GACAAGAATA----ATG----AAA-TA----T-----AA--T---C-----C---A--------TA--TCCAT----AT-CA-GG--------TA--------AAATATTA---------TG--CA----A-ATCA-TAAG--ACTA---GAC------------------ATA-----TTT-ATAA----A-GT-------AT--AA-AT------------GAAGTACAAA---T--ATC-----ATC-----G-A-TT---T--ACAC-CT-AA---GGAT----AGCCCATG-A-----AAGCA----CTGGTGCTTA
finalCons : GTAG-T--AGATTT-----A-TTC---AGGG-TA-AA---AA----TCAAT----G-A----T-ACAG-----G---------G---TG---AT-AT--------T---A----------AT-------A-C-AA----TA---T--AGCACATTAA--------T-A-AAAT-GACAAGAATA----ATG----AAATATAAATTCAGA----------------------------TA--TCCAT----AT-CA-GG--------TA--------AAATATTA---------TG--CA----AA-TCA-TAAG--ACTA---GAC------------------ATA-----TTT-ATAA----A-GT-------AT--AA-AT------------GAAGTACAAA---T--ATC-----ATNG------A-TT---T--ACAC-CT-AA---GGAT----AGCCCATG-A-----AAGCA----CTGGTGCTTA
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): TGAGTAGTAGTTGTTTATTCAAGGGGGTAAAAATCATGAAAGATAAGGCGTCTATATCACAAATTAGGTCAAGACAAATATTGAAGCCATAGTCATAAAAATAATAATGTTCCATATCGATTATGATAATTAAAAATGTTATGACAGGTTTTATTAAGACCAATTAAGTGCTATAAATAAATCTTGAATAAAAATATGCGTTGTATTAAGTATCATGCATTGAATAATAAATCCAAAGGATGACCATGAAAGCAAGAGAAGAATGCTTATAT
Unaligned ( gi|23 ): AGGATAAAAAATCTAAGATAAAGGGTAATATAAATAATTGAATATATAAATATAAATACAGATAAATCCCTATCACGTATAATCTTAAAAT
Unaligned ( gi|27 ): ATCAATATGATAGTAAAATGTTACGCCAGTTTTAAGACAATTAATCTTAAATAAATTTAATAGAGGCACATCGTTGATTAAGTAGT
Unaligned ( gi|33 ): AATGTATCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACTTAAGGCCATGGTCCAAATGTT
Unaligned ( gi|35 ): CAAAAATCTATCTAAATCAATATACTGAGTATAAGCAGCAAAATAATAAGTA
Unaligned ( gi|36 ): ATAATGAAATATAAATACAGATATCCATATCAGTTATAATCTTAAAATATTA
Unaligned ( gi|37 ): ATGGATTTTGAATTAGTACTACATGTACATGATAGTATTTTTAATTTTTG
Unaligned ( gi|38 ): GTCTTATATCACAAATAGGTCAAACAATAGGAGCATAGCCATAAAAAT
Alignments
lowQualScore : 1111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2222222222222222222222222222222222 22222222 111111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111 111 11111
lowQualScore : 4 22 66666 1 555 77 1 444 3333 7777 1 6666 1 33333 888888888 666 666 1 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 8888 4444 2 2 0000000000000000000000000000000000 333 4 33333333 77777777 333333333 22 4444 2 2 1 33 666 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 88888 00000000 3 555 44 3 3 000 7777 3 22222 8888
lowQualScore : . .. ..... . ... .. . ... .... .... . .... . ..... ......... ... ... . ........................................................................ . .... .... . . .................................. ... . ........ ........ ......... .. .... . . . .. ... ...................................................................................... ..... ........ . ... .. . . ... .... . ..... ....
lowQualScore : 0 88 99999 5 999 99 4 555 0000 1111 4 1111 5 77777 555555555 777 111 5 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 2222 5555 1 1 2222222222222222222222222222222222 555 4 33333333 66666666 777777777 99 7777 2 4 2 22 999 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33333 66666666 3 888 66 3 3 444 7777 6 77777 5555
consensus : GTAG-T--AGATTT-----A-TTC---AGGG-TA-AA---AA----TCAAT----G-A----T-ACAG-----G---------G---TG---AT-AT--------T---A----------AT-------A-C-AA----TA---T--AGCACATTAA--------T-A-AAAT-GACAAGAATA----ATG----A-A-ATA----T--A--A----ATT------CA------GATA--TCCATATCA-GG--------TA--------AAATATTA---------TG--CA----A-ATCA-TAAG--ACTA---GAC------------------ATA-----TTT-ATAA----A-GT-------AT--AA-AT------------GAAGTACAAA---T--ATC-----ATC-----G-A-TT---T--ACAC-CT-AA---GGAT----AGCCCATG-A-----AAGCA----CTGGTGCTTA
Reference ( family-486 ) : GTAG-T--AGATTT-----A-TTC---AGGG-TA-AA---AA----TCAAT----G-A----T-ACAG-----G---------G---TG---AT-AT--------T---A----------AT-------A-C-AA----TA---T--AGCACATTAA--------T-A-AAAT-GACAAGAATA----ATG----A-A-ATA----T--A--A----ATT------CA------GATA--TCCATATCA-GG--------TA--------AAATATTA---------TG--CA----A-ATCA-TAAG--ACTA---GAC------------------ATA-----TTT-ATAA----A-GT-------AT--AA-AT------------GAAGTACAAA---T--ATC-----ATN-----G-A-TT---T--ACAC-CT-AA---GGAT----AGCCCATG-A-----AAGCA----CTGGTGCTTA
gi|1 : GTAG-CTAAGAGTT-----AATTC---AGGG-TACAA---AG----TCAATCG--G-A----T-ACAG-----GCTACGAGTAG---TGG--AT-AT--------T---C----------CT-------A-G-AA------------AG-GTATT----------T-AGAAAT-GAGAAGAATACCAAGTG----A-A-AGAATGGT--A--AGAAAATT------CA------GAT---------TCA-GG--------TA--------AAATCGTAAAACT----TG--CA----AGATCA-TTGG--ACTATAGGACCATGCATGCTAAATGCTCATA-----TTTGATAA----A-ATTAACAAAAA--AA-AT------------GAA--ACAA--------TC-----ATTAAAATG-A-AT---T--ACACGCT-GATA-GGAT----AGCCCAGGGA-----AAGCA----CTGGTGCT
gi|10 : ta-T--AGATTT-----A-TTC---AGGG-TA-AA---AA----TCAAT----G-A----C-ATAG-----G---------G---TG---AT-AT--------C---A----------AT------------A----TA---T--AGCATAT-----------T-A-AAAT-GACAGGGGT------T----------CA----T----------ATT------CA------GA-A-----AAATC---T--------TA--------AAATATAA---------TG--CA----A-ATCA-TAGG--TCTA---TAC------------------ATATTAATTTT-ATAA----A-G--------AT--AACAT------------AAAATG-AAA---T--ATC-----A------------------------CT-------GAT----AGCCCATG-A-----AAGgtattt
gi|11 : tagttagataagaAG-----G---------G---TGTAGAT-AT--------T---A----------AT-------A------------------GCATATTAA------------ATAT-GACTAGCATA----ATA----ATACATG----T--AGGA----ATT------CA------GATAATTCAAT-TCG-GGATAATTT-CA--------AAATAATG---------TG--CA----A--TCA-TA-G--ACTA---GAC------------------ATA-----T---ATAA----ACAT-------A---AA-AT------------G--GTA--AA---T--ATC-----ATT-----GGA-TT---T--ACAC-CTGAA---GGAT----AACCCATG-A-----AAGCA----CTGGT-CTT
gi|12 : -T--AGAATT-----A-TTC---AGAG-TA-AA---AA----TCAAT----G-A----T-ACAG-----G---------G---TG---AT-AT--------T---A------------------------------A---T--AGCGTAT-----------T-A-AAAT-GACAAGAATA----ATGATTAA-A-ATA----T--A--A----ACT------CA------GATA--GCCGTATCA-GGTAAGATCTTA--------AAATATTA---------TG--CA----A-ATCA-TA----------------------------------A-----TTT-ATAA----A--T-------ATA-AA-AT------------GAAATATAt
gi|13 : TTT-----A-TTC---AGGG-TA-AA---AA----TCAAT----G-A----T-ACAG-----G---------G---TG---AT-AT--------T---A----------AT-------A------------------GCACATTAA-------------AAT-GACAAGAATA----ATA----A-A-ATA----T--A--A----ATT------CAAATGCAGATA--TCCATATCA-GG--------TA--------AAATATTA---------TG--CA----A-ATCA-CAAG--ACTA---GAC------------------AT-----------TAA----C-AT-------A---AA-AT------------GAAATA
gi|14 : GATTT-----A-TTC---AGGG-TG-AA---AA----TCAAT----G-A----T-ACAGGCTAAG---------A---TG---AT-AT--------T---A------------------------------A---T--AGCACATT----------T-A-AAAT-GACAA
gi|15 : TAG-T--AGTTTT-----A-TTG---AGG--TA-AA---AA----TCAATGAAAG-A----T-ACAG-----G---------G---TC---TT-AT-----------------------ATC------A-C-AA-----A---T--AGGTCA--AA--------C-A-AAA--GA----AGTA----ATG---------------------------TT------C-------CATA--TCAATATGATAG--------TT--------AAATGTTA---------CG--C-----A-GTTT-TAAG--ACatccatagtgttcagtgatataagtctccttgtagtaaatgtgaacatagatcgaaatcgaaataaataaaagtaataaaacg
gi|16 : ta-T--AGATTT-----A-T-C---AGGG-TA-AA---AA----TCAAT----G-A----T-ACAG-----G---------G---GG---AT-AT--------T---A----------AC-------A-----------------AGCACATC----------------AT-GACAAGAATA----ATG----A-A-ATA----T--A--A----ACTCAAAAGCA------GATA--TCCACATCA-GG--------TA--------AAATATTA--------------A----A-TTAA-TAAATTATTA---AAA------------------ATA-----Taattaatcttaaatagat
gi|17 : ga----T--A--A----ATT------CA------GATA--TCCATATCA-AG--------TACCATATTAAAATATTA---------TAGACATTGAA-ATTA-TAGG--ACTA---GAC---------------------------TT-ATA-----------------T--AA-A-----------------------------ATC-----ATC-----G-A-TT---T--ACAC-CT-AA---Gaa
gi|18 : TAG-T--AGATTT-----A-TTC---AAGG-TA-AA---A-----TCAAT----G-A----T-TCAG-----G---------G---TG---AT-AT--------T---A----------AT-------G-C-AT----TA---T--cactggtgcatatttccaatggggtc
gi|19 : aGTAG-T--AGATTT-----A-TTC---AGGG-TA-AA---AA----TCAAT----G-gttaaggccaaataactatccttgaaattatgactacatggaattaaatgtctacagtatctatat
gi|20 : aaagatacacagtaggccttcatgtgaatatgtcaatcactattataaagttctttctgcataatatatcacgtagtactagtacaaatGTAG-T--AGTTTTT----A-TTC---AAGGTTA-AA---AA----CCAAT----G-A----
gi|21 : taGTAG-T--AGTTTTT----A-TTC---AGG--TA-AA---AA----TCAATGAAAG-A----T-ACAG-----G---------GTC-TT---AT-AT--------C---ACAAACAGGTCAA-------A-C-AA----TA---GA-AGCATAGTCA--------TAA-AAAT-GAaagaaaataactcagggtcttatatcaagcaaataggtcaaaagcaatagaaagcccattagtcccaaaaatatatgt
gi|22 : gtaC-----ACT-----G-A-TT---T--GCGC-CC-AA---GGAT----AACCCATG-A-----AAGGA----TAGGTATTTtg
gi|24 : gcaatttctgactggaaattcaaattgaataaacatgatatcctatatctttgTAG-T--ACTTTT-----A-TTC---AGG--TA-AA---AA----TCAATGAAAG-A----T-ACAG-----G---------GTC-TT---AT-AT--------CACAA----------ATAGGTCAAA-C-AA----TA---GA-AGCATAGTCA--------T-A-AAA
gi|25 : TTT-----A-TTC---AGG--TA-AA---AA----TCAATGAAAG-A----T-ACAG-----G---------G---TC---TT-AT-----------------------ATC------A-C-AA-----A---T--AGataa
gi|26 : gacgtTAG-T--AGATTT-----A-TTTGA-AGGG-TA-AG---AA----TCAAT----G-A----T-ACAG-----G---------G---TG---A----------------A----------CG-------A-C-AA----TA----------------------------------------ATA----ATG----A-A-A------------------------------------TA--TCCATATCA-GG--------TA--------AAATATTA---------TG--Catcaaacaataggtttcataagatgagattaaat
gi|28 : GATTT-----A-TTC---A-CG-T----------------AT----G-A----C-ACAG-----G---------A---TG---AT-ATAAAAAGGGT---G----------AT-------A-TAAA----TA---T--AGCAT-TT----------T-A-AAAT-GACGAGAATA----ATA----A-A-ATA----T--
gi|29 : ATTT-----A-TTC---AGGG-TA-AA---AA----TCAGT----A-A----T-ACAG-----G---------G---TG---GT-AT--------T---A----------AT-------A-T-----------------CATATT--------------AAAT-GACAAGAATA----ATT----T-A-ATA----T--A--A----A
gi|3 : tGTAG-T--AGTTTT-----A-TTC---AGG--TA-AA---AA----TCAAT----G-AAAGAT-ACAG-----G---------G---TC---TT-AT-----------------------ATC------A-C-AA-----A---T--AG---GTCAA----------A-CAAT--AGAAGCATAGTC-ATA----A-A-A-A----T--A--AT---GTT------CC-------ATA--TCAATATCATAG--------TA--------CAATGTTA---------CG--CA----G-TTT--TAAG--AC-A---ATT------------------A-A-----TCT--TAA----A-----------T--AA-ATC-----------GTTGTATAAA---T--ATCGTTGCATT-----G-A-TTGAAT--AAAC-CC-AA---GGAT----GACCCATG-A-----AAGCA----at
gi|30 : tagta-TTC---AGGG-TA-AA---AA----TCAAT----G-A----T-ACAG-----G---------G---TGTT-ATAAT--------T---A----------AT-------A-C-TAGATCTA---T--AGCCTATTAA--------gtaaatgaggtccttatgta
gi|31 : TAGAT--AGATTT-----A-TTC---AGGT-TA-AAACCAA----TGTAT----G-A----C-ACAG-----G---------A---TG---AT-AT--------A---A----------AT-------A-aat
gi|32 : atgtacaTAG-T--AGTTTT-----A-TTC---AGG--TA-AA---AA----TCAATGAAAG-A----T-ACAG-----G---------G---TC---TT-AT-----------------------ATC------A-C-AA-----A---T--AGgca
gi|34 : TAGAT--AAATTT-----A-TTC---AGGG-CA-AA---AA----TCAAT----G-A----T-ACAG-----G---------G---TT---AT-AT--------C---A------------------------------A---T--AGCACATTAA--------gt
gi|36 : ATA----ATG----A-A-ATA----T--A--A----ATA------CA------GATA--TCCATATCA-GT--------TA--------TAATCTTA--------------A----A-AT
gi|39 : TTT-------TTC---AGGGGTA-AA---AA----TCAAT----GAA----T-ACAG-----GCTA------GAGCTG---AT-AT--------T---A----------AT-------atta
gi|4 : GTAG-T--AGATTT-----A-TTC---AGGG-TA-AA---AA----TCAAT----G-A----T-ACAG-----G---------G---TG---AT-AT--------T---A----------AT-------A-C-AA----TA---TGTAGCACATTAAAACAGCTCT-A-AAAT-GACAAGAATA----ATG----A-A-ATA----T--A--A----TTT---------------ATA--TCCATATCA-GG--------TA--------AAATATTA---------TG--CA----A-ATCA-TAAG--ACTA---GAC------------------ATA-----TTT-ATAA----A-GT-------AT--AA-AT------------GAAGTACAAACG-T--ATC-----ATG-----G-A-TT---T--ACAC-CA-AA---GGAT----AGCCCATG-A-----AAGCA----CTGGTGCTTA
gi|40 : --------AAGTATTA---------TA--CA----A-ATCA-TAAG--ACTA---GACAT----------------ATA-----TTT-ATAA----aa
gi|41 : gtCAAGAATA----ATG----A-A-A-A----TTCA--A----AAG------CA------GATA--TCCATATCA-GG--------TA--------
gi|42 : ATATTA---------TG--CA----A-ATCA-TAAG--ACTA---GGCAT----------------ATA-----TTT-ATAA----A-G
gi|5 : AG-T--AGATTT-----A-TTC---AGGT-TA-AA---AA----TCAAT----G-A----T-ACAG-----G---------G---TG---AT-AT--------T---A----------AT-------A-C-AA----TAATGT--AGTACATTAA-------------AAT-GACAAGAATA----ATG----A-A-ATA----T--A--A----AT----------------------CCATATCA-GG--------TA--------AAATATTC---------TG--CA----A-GTCA-TAA---------------------------------------TCT-ATAA----A-GT-------AT--AA-ATTTAACATAAAATGAAGTACAAA---TGTATC-----ATG-----G-A-TT---T--ACAC-CT-AA---GGAT----AGCCCATG-A-----AAGCA----
gi|6 : -T--AGATTT-----A-TTCTGAAGGGTTA-AAGG-AA----TCAAT----G-AG---TAACAG-----G---------G---TG---A------------------------------------A-C-GA----C---------C-------------------GAAT-AATAAG---------TG----A-A-AT----------------ATC------CA------G-TA-------GTCA-GG--------TA--------AAG-ATTA---------TG--C-----A-ATCA-TAAG--ACTAG--GACCAGT--------------ATAT----TTT-ATAAGTTGA-AC-------ATGAAA-ATGA----------GAATTACAAAGTGT--ATC-----ATG-----G-A-TT---TTGAAAC-GC-AA---GGATATTGAGCCCATG-AG----AAGCAGTTGGTGGTGCTTatgtatttccaacggtgaccaaat
gi|7 : agtgagt-T--AGATTTTAATTA-TTCT--AGTG-TA-AG---A-----TTAAT----G-AA---T-GCAG-----G---------G----G---AT-----------T---A----------AT-------AGC-AA----TA---------ACAATAC--------T-A-AAATAGACAAGAATA-----TG----A------------------------------CG------G-TA--TCCATACCA-GA--------TA--------TAATCTTACAAAAAATTTG--CA----A-ATCAGTAAG--ACT------C------------------A---------T-ATAA----A-AC-------AT--AA-TT------------G-------AA---T--ATC-----ATT-----G-ACTT---T--AGAT-CT-AATTTAGTT----AGTCCATG-AAATTGAAGCA----CTtattc
gi|8 : taatagataGCAG-T--AACTTT-----A-TTC---AGGA-TA-AA---AAAAAATCAAT----G-A----C-GCAG-----G---------G---TA---AT-AT------------------------------------AG----T----T--AGC---CTA---------T-A-AAAT-GACAAGAATA----ATG----A-A-A-G----T--A---------T------CA------AGTA--T--A-ATC---T--------TA--------AAATATAA---------TA--CA----A-TTTA-TAGA--ACTA---GAC------------------AAA-----TAA-ATAA----T-G------------AACAT------------GAAAT--------T--ATT-----ATC-----ACA-TT---T--GCAT-CT-AA---GGAT----AGCCTAGG-G-----AAGCA----CTGGCGGTTA
gi|9 : taC---AAGA-TA-AA---AA----TCAAT----G-A----T-AGAG-----G---------G---TG---AT-A-----------------------------------C-AA-----A---T--AGCATATTAA--------------AT-GACAAGAATC----ATG----A-A-GTA----T--A--A----ATT------CA------GATA--TCCATAACA-CGTATAATCTTA--------AAATATTA---------TT--CA----A-ATTA-CAGG--ACTA---GAC------------------GTG-----T-------------GT-------A---------------------------AAA---T--A-------ATT-----G-A-TT---T--ACAC-CT-GA---GGAT----ATCCAATG-A-----AATCA----CTGGTGCTTAtttc
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): TGAGTAGTAGTTGTTTATTCAAGGGGGTAAAAATCATGAAAGATAAGGCGTCTATATCACAAATTAGGTCAAGACAAATATTGAAGCCATAGTCATAAAAATAATAATGTTCCATATCGATTATGATAATTAAAAATGTTATGACAGGTTTTATTAAGACCAATTAAGTGCTATAAATAAATCTTGAATAAAAATATGCGTTGTATTAAGTATCATGCATTGAATAATAAATCCAAAGGATGACCATGAAAGCAAGAGAAGAATGCTTATAT
Unaligned ( gi|23 ): AGGATAAAAAATCTAAGATAAAGGGTAATATAAATAATTGAATATATAAATATAAATACAGATAAATCCCTATCACGTATAATCTTAAAAT
Unaligned ( gi|27 ): ATCAATATGATAGTAAAATGTTACGCCAGTTTTAAGACAATTAATCTTAAATAAATTTAATAGAGGCACATCGTTGATTAAGTAGT
Unaligned ( gi|33 ): AATGTATCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACTTAAGGCCATGGTCCAAATGTT
Unaligned ( gi|35 ): CAAAAATCTATCTAAATCAATATACTGAGTATAAGCAGCAAAATAATAAGTA
Unaligned ( gi|37 ): ATGGATTTTGAATTAGTACTACATGTACATGATAGTATTTTTAATTTTTG
Unaligned ( gi|38 ): GTCTTATATCACAAATAGGTCAAACAATAGGAGCATAGCCATAAAAAT