lowQualScore                  :                                              1111      111111111111    2222                         11111    1111111                              
lowQualScore                  :                                     8888888  0000  444 666666666666    0000 5  22  1 222  222 22 1  33333    1111111     55555555  1          7   
lowQualScore                  :                                     .......  ....  ... ............    .... .  ..  . ...  ... .. .  .....    .......     ........  .          .   
lowQualScore                  :                                     1111111  6666  444 000000000000    6666 5  55  7 999  999 33 7  22222    4444444     88888888  0          0   
consensus                     :                           TCCGCTCTGA-------CT----CT---C-----C-CCC-GCACATG--TCAC--AA-T---AT---A--A-AA-G--CGGGGG-T----AAGAG--------TCGGAGGAATCTCGGAT
Reference ( gi|6 )            :                           TCTGCTCTGA-------CT----CT---C-----C-CTC-GCACACT--TTAC--AA-T---AT---A--A-AA-C--CGGGGT-T----AAGAG--------TCGGAGGAATCTCAGAT
gi|5                          :                           TCCGCTCTGA-------CTGAGGCT---C-----C-CCC-TCACATG--TCAT--AA-T---AT---A--A-AA-A--CGGGGT-T----AAAAG--------TCAGAGGAATCCC
gi|16                         :                      tggagTCTGCTCTGA-------GT----CT---C-----T-CCT-GCACG----TCAC--AA-T---AT---A--A-AG-C--GGGGGT------AAGAG--------TCGGGGGAATCT
gi|11                         :                          gTCTGTTCCGA-------CT----CT---CTGAGAC-C----CACACG--TCAC--AA-T---AT---A--A-AA-G--TGGGGG-T----AAGAG--------TCGGAGGAATCTtgg
gi|10                         :                           TCCGTTCTGA-------CT----CT---C-----C-CAC-GCACAAG--CCAC--AA-T---AT---A--C-AT-G--TGGGGG-T----AAGAG--------TCAGAGGAATCTCt
gi|15                         :                          gTCCATTCGGA-------CT----CT---C-----C--TC--CACACG--TCAC--AA-T---AT---A--A-AA-G--CAGGGG-T----AAGAG--------TCGAAGGAATTTCGg
gi|8                          :                           TCCACTCTGA-------CT----CT---C-----T-CCC-TCCCATG--TCAC--AA-T---AT---A--A-AA-G--TGGGGG-TAAGAAAGAG--------TCAGAGGAATCT
gi|7                          :                          gTCTGCTCTGA-------------CT---C-----C-CCC-GCAAATG--TAAC--AA-T---AT---ATTT-AA-G--TGGGGG-C----AAGAG--------TCAGAGGAATCTTGGA
gi|3                          :                          aTCCGCTC--A-------CT----CT---C-----C-CTCCGCACATG--TCAC--AA-TCTTATTTAA--A-AG-A--CGGGGT-T----AGAGG--------CCGGAAG
gi|2                          :                  atatggggtTCTACTCTGAAGCCCCCCC----CT---C-----C-TCC-CCA-ACA--TGACGCAG-T---AT---A--AAAA-A--CAGGGC-T----GAGAG--------TCAGAGAAATCTCgtaat
gi|9                          :                   aaaatggcaCCGCTCTGA-------CTGAGGCTTTCC-----C-CTC-AT-CATG--TCAT--AA-T---AT---A--A-AA-C---GGGGT-T----AAAAG--------TCCGAGGAATCtg
gi|18                         :                             TGCTTCGA-------CT----TT---T-----T-CCT-GCACATG--TCAC--AT-T---GT---A--A-AG-C---GGGGA-T----AA-AG--------TCAGAGGAATCTTAcg
gi|14                         :                             tGCTCTGA-------CT----CT---C-----C-CAC-GCACATCAGTCAC--AA-T---AT---A--A-AA-C--CGGGTG-T----AAAAG--------TTGAAGGAATC
gi|4                          :                            ccaCTCTGA-------CT----CT---T-----T-------ACATT--TCAC--AA-T---AT---A--A-AA-G--CGGGGC-T----AAGAG--------TC
gi|13                         : catatggctcgtctgagctattccgagattcTCTGA-------CT----GT---C-----C---C-GCACATG--TCAC--AATT---AT---A--A-AAGT--TGTGGG-T----AAGAC--------TTAGAGa
gi|4                          :                          aagtccagTGA-------CT----CT---TAG---C-CCC-GC---TT--TTAT--AT-T---GT---G--A-AA-T------GT-A----AAGAG--------TCAGAGGAATCTCGGAagtca
gi|12                         :              catatggctcgtctgagctatGA-------CC----CT---CG----CGCTG-ACACATG--TCAC--AA-T---AT---G--A-AA-G--CGGGGGAT----AAGAG--------TCGGAGGAATCTCAGA
gi|19                         :                                                           ttg-CCC-GCACATG--TTAC--AA-T---AT---A--A-AC-A--CGGGGG-T----AAGAG--------ACAGAGGAATCTC
gi|17                         :                                                        ctgtggatatgtCACATG--TCAC--AA-T---AT---C--A-AA-CTTCGAGG-------GAGAGGGGGAAGTTGGGAGGAATCTCGGATg
gi|22                         :                                                                     accaa--TCAC--AA-T---AT---G--A-AA-T--CAGGGG-T----GAGAG--------TCAAAGTAATCTC-GATt
gi|23                         :                                                                             taC--AA-T---AT---A--A-AA-G--CGGGAC-T----AAGAG--------TGAGAGGAATCTCGGATt
gi|21                         :                                                                               C--AA-T---AT---A--A-AG-C--AGGGGT------AAGAG--------TCGGGGGAATCTTGGAt
gi|25                         :                                                                      gnacgtgtcg--AA-T---AT---A--A-AA-G--CAGGGG-T----AAGAA--------TCAGATGAATCTCGGA
gi|24                         :                                                                                   A-T---AT---A--A-AA-G--CGGGGG-T----AAGAA--------TTAGAGGAATCTCCGAT
gi|27                         :                                                                                      ---AT---A--A-AA-G--CGGGGC-T----AAGAG--------TCAGAGGAATCTTGGATta
gi|28                         :                                                                                                          GGGGG-T----AAGAG--------TCAGAGGGATCTCGGAT
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): GGAGGCCCACTCCTGATTATTCTCACCCCTCAACATTTCACAACATAAACTTGATAAAATTACGGGGCAAAAAGAATTTGAGGAATCTCGG
Unaligned ( gi|20 ): GATATGGAATCCACTCTTTCTCTCCCCCTTAAATGTCAATATAAAAGCG
Unaligned ( gi|26 ): ACATGTCACAATATAAAAGCGGGGGTACCATAAGAG
Unaligned ( gi|29 ): TGTTACAATGTAAATTCAGAGGAATTTCGGAT






Alignments
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lowQualScore                  :                                       2   7777777  44444   2 4444 4  22  5   22       444  22  22 1 77777777777777     2222 3333   33333    22              
lowQualScore                  :                                       .   .......  .....   . .... .  ..  .   ..       ...  ..  .. . ..............     .... ....   .....    ..              
lowQualScore                  :                                       4   2222222  22222   2 5555 2  33  5   44       222  00  00 5 44444444444444     1111 1111   88888    55              
consensus                     :                                TCCGCTC-TGA-------CT-----CTC-C----C-CCG-CA-CAT--GTCACAA---TA--TA--A-A---------A--G-CGGGG--G-T----AAG-----AGTC-GGAGGAATCTCGGAT
Reference ( family-4845 )     :                                TCCGCTC-TGA-------CT-----CTC-C----C-CCG-CA-CAT--GTCACAA---TA--TA--A-A---------A--G-CGGGG--G-T----AAG-----AGTC-GGAGGAATCTCGGAT
gi|1                          :                                 CCACTCCTGA-------TTATT--CTCAC----C-CCT-CAACAT--TTCACAA---CA--TA--A-ACTTGATAAAATTA-CGGGGCAA-A----AAG-----AATT-TGAGGAATCTCGG
gi|10                         :                          ggaggcTCCGTTC-TGA-------CT-----CTC-C----C-ACG-CA-CAA--GCCACAA---TA--TA--C-A---------T--G-TGGGG--G-T----AAG-----AGTC-AGAGGAATCTCG
gi|11                         :                               gTCTGTTC-CGA-------CT-----CTC-TGAGAC-CCA-CA-C----GTCACAA---TA--TA--A-A---------A--G-TGGGG--G-T----AAG-----AGTC-GGAGGAATCT
gi|12                         :                                         GA-------CC-----CTC-G----CGCTGACA-CAT--GTCACAA---TA--TG--A-A---------A--G-CGGGG--GAT----AAG-----AGTC-GGAGGAATCTCAGAt
gi|13                         :                             ttgTCCAGTC-TGA-------CT-----GTC-C----C---G-CA-CAT--GTCACAAT--TA--TA--A-A---------A--GTTGTGG--G-T----AAG-----ACTT-AGAG
gi|14                         :                                aagGCTC-TGA-------CT-----CTC-C----C-ACG-CA-CATCAGTCACAA---TA--TA--A-A---------A--C-CGGGT--G-T----AAA-----AGTT-GAAGGAATCagtca
gi|15                         :                             ccaTCCATTC-GGA-------CT-----CTC-C----T-CCA-CA-C----GTCACAA---TA--TA--A-A---------A--G-CAGGG--G-T----AAG-----AGTC-GAAGGAATTTCGG
gi|16                         :                                TCTGCTC-TGA-------GT-----CTC-T----C-CTG-CA-C----GTCACAA---TA--TA--A-A------------G-CGGGG--G-T----AAG-----AGTC-GGGGGAATCTTGG
gi|17                         :                                                                      g-CA-CAT--GTCACAA---TA--TC--A-A---------ACTT-CGAGG--G-A----GAGGGGGAAGTTGGGAGGAATCTCGGAT
gi|18                         :                              accaaGCTT-CGA-------CT-----TTT-T----C-CTG-CA-CAT--GTCACAT---TG--T---A-A---------A--G-CGGGG--A-T----AA------AGTC-AGAGGAATCTt
gi|19                         :                                                            tt----C-CCG-CA-CAT--GTTACAA---TA--TA--A-A---------C--A-CGGGG--G-T----AAG-----AGAC-AGAGGAATCTCGta
gi|2                          :                    ctgtggatatgtTCTACTC-TGAAGCCCCCCC-----CTC-C----T-CCC-CAACAT--GACGCAG---TA--TA--AAA---------A--A-CAGGG--C-T----GAG-----AGTC-AGAGAAATCTC
gi|20                         :                       aaaatggcaTCCACTC-TTT-------CT-----CTC-C----C-CCT-TA-AAT--GT--CAA---TA--TA--A-A---------A--G-CGtg
gi|21                         :                                                             gatatggaaG-NA-CGT--GTCGCAA---TA--TA--A-A------------G-CAGGG--G-T----AAG-----AGTC-GGGGGAATCTTGGA
gi|22                         :                                                                             T--ATCACAA---TA--TG--A-A---------A--T-CAGGG--G-T----GAG-----AGTC-AAAGTAATCTCG
gi|23                         :                                                                                    CAA---TA--TA--A-A---------A--G-CGGGA--C-T----AAG-----AGTG-AGAGGAATCTCGGATatt
gi|24                         :                                                                                      A---TA--TA--A-A---------A--G-CGGGG--G-T----AAG-----AATT-AGAGGAATCTCCGATt
gi|25                         :                                                                                     AA---TA--TA--A-A---------A--G-CAGGG--G-T----AAG-----AATC-AGATGAATCTCGGAta
gi|26                         :                                                                         A-CAT--GTCACAA---TA--TA--A-A---------A--G-CGGGG--G-T----A
gi|27                         :                                                                                           A--TA--A-A---------A--G-CGGGG--C-T----AAG-----AGTC-AGAGGAATCTTGGATccataagag
gi|28                         :                                                                                                                    GGGG--G-T----AAG-----AGTC-AGAGGGATCTCGGAT
gi|3                          :                               tTCCGCTC---A-------CT-----CTC-C----CTCCG-CA-CAT--GTCACAATCTTATTTA--A-A---------A--GACGGGG--T-T----AGA-----GGCC-GGAAGtact
gi|4                          :                           atatggggtCTC-TGA-------CT-----CTT-T-----------A-CAT--TTCACAA---TA--TA--A-A---------A--G-CGGGG--C-T----AAG-----AGTC-gtaat
gi|5                          : catatggctcgtctgagctattccgagattcTCCGCTC-TGA-------CTGAGG-CTC-C----C-CCT-CA-CAT--GTCATAA---TA--TA--A-A---------A--A-CGGGG--T-T----AAA-----AGTC-AGAGGAATCCCa
gi|6                          :                           tggagTCTGCTC-TGA-------CT-----CTC-C----C-TCG-CA-CAC--TTTACAA---TA--TA--A-A---------A--C-CGGGG--T-T----AAG-----AGTC-GGAGGAATCTCAGAT
gi|7                          :                                TCTGCTC-TGA--------------CTC-C----C-CCG-CA-AAT--GTAACAA---TA--TATTT-A---------A--G-TGGGG--G-C----AAG-----AGTC-AGAGGAATCTTGGA
gi|8                          :                               aTCCACTC-TGA-------CT-----CTC-T----C-CCT-CC-CAT--GTCACAA---TA--TA--A-A---------A--G-TGGGG--G-TAAGAAAG-----AGTC-AGAGGAATCT
gi|9                          :                                gCCGCTC-TGA-------CTGAGGCTTT-C----C-CCT-CATCAT--GTCATAA---TA--TA--A-A---------A----CGGGG--T-T----AAA-----AGTC-CGAGGAATC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): TGTTACAATGTAAATTCAGAGGAATTTCGGAT






Alignments
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lowQualScore                  :                                       2   7777777  44444   2 4444 4  22  5   22       444  22  22 1 77777777777777     2222 3333   33333    22              
lowQualScore                  :                                       .   .......  .....   . .... .  ..  .   ..       ...  ..  .. . ..............     .... ....   .....    ..              
lowQualScore                  :                                       4   2222222  22222   2 5555 2  33  5   44       222  00  00 5 44444444444444     1111 1111   88888    55              
consensus                     :                                TCCGCTC-TGA-------CT-----CTC-C----C-CCG-CA-CAT--GTCACAA---TA--TA--A-A---------A--G-CGGGG--G-T----AAG-----AGTC-GGAGGAATCTCGGAT
Reference ( family-4845 )     :                                TCCGCTC-TGA-------CT-----CTC-C----C-CCG-CA-CAT--GTCACAA---TA--TA--A-A---------A--G-CGGGG--G-T----AAG-----AGTC-GGAGGAATCTCGGAT
gi|1                          :                                 CCACTCCTGA-------TTATT--CTCAC----C-CCT-CAACAT--TTCACAA---CA--TA--A-ACTTGATAAAATTA-CGGGGCAA-A----AAG-----AATT-TGAGGAATCTCGG
gi|10                         :                          ggaggcTCCGTTC-TGA-------CT-----CTC-C----C-ACG-CA-CAA--GCCACAA---TA--TA--C-A---------T--G-TGGGG--G-T----AAG-----AGTC-AGAGGAATCTCG
gi|11                         :                               gTCTGTTC-CGA-------CT-----CTC-TGAGAC-CCA-CA-C----GTCACAA---TA--TA--A-A---------A--G-TGGGG--G-T----AAG-----AGTC-GGAGGAATCT
gi|12                         :                                         GA-------CC-----CTC-G----CGCTGACA-CAT--GTCACAA---TA--TG--A-A---------A--G-CGGGG--GAT----AAG-----AGTC-GGAGGAATCTCAGAt
gi|13                         :                             ttgTCCAGTC-TGA-------CT-----GTC-C----C---G-CA-CAT--GTCACAAT--TA--TA--A-A---------A--GTTGTGG--G-T----AAG-----ACTT-AGAG
gi|14                         :                                aagGCTC-TGA-------CT-----CTC-C----C-ACG-CA-CATCAGTCACAA---TA--TA--A-A---------A--C-CGGGT--G-T----AAA-----AGTT-GAAGGAATCagtca
gi|15                         :                             ccaTCCATTC-GGA-------CT-----CTC-C----T-CCA-CA-C----GTCACAA---TA--TA--A-A---------A--G-CAGGG--G-T----AAG-----AGTC-GAAGGAATTTCGG
gi|16                         :                                TCTGCTC-TGA-------GT-----CTC-T----C-CTG-CA-C----GTCACAA---TA--TA--A-A------------G-CGGGG--G-T----AAG-----AGTC-GGGGGAATCTTGG
gi|17                         :                                                                      g-CA-CAT--GTCACAA---TA--TC--A-A---------ACTT-CGAGG--G-A----GAGGGGGAAGTTGGGAGGAATCTCGGAT
gi|18                         :                              accaaGCTT-CGA-------CT-----TTT-T----C-CTG-CA-CAT--GTCACAT---TG--T---A-A---------A--G-CGGGG--A-T----AA------AGTC-AGAGGAATCTt
gi|19                         :                                                            tt----C-CCG-CA-CAT--GTTACAA---TA--TA--A-A---------C--A-CGGGG--G-T----AAG-----AGAC-AGAGGAATCTCGta
gi|2                          :                    ctgtggatatgtTCTACTC-TGAAGCCCCCCC-----CTC-C----T-CCC-CAACAT--GACGCAG---TA--TA--AAA---------A--A-CAGGG--C-T----GAG-----AGTC-AGAGAAATCTC
gi|20                         :                       aaaatggcaTCCACTC-TTT-------CT-----CTC-C----C-CCT-TA-AAT--GT--CAA---TA--TA--A-A---------A--G-CGtg
gi|21                         :                                                             gatatggaaG-NA-CGT--GTCGCAA---TA--TA--A-A------------G-CAGGG--G-T----AAG-----AGTC-GGGGGAATCTTGGA
gi|22                         :                                                                             T--ATCACAA---TA--TG--A-A---------A--T-CAGGG--G-T----GAG-----AGTC-AAAGTAATCTCG
gi|23                         :                                                                                    CAA---TA--TA--A-A---------A--G-CGGGA--C-T----AAG-----AGTG-AGAGGAATCTCGGATatt
gi|24                         :                                                                                      A---TA--TA--A-A---------A--G-CGGGG--G-T----AAG-----AATT-AGAGGAATCTCCGATt
gi|25                         :                                                                                     AA---TA--TA--A-A---------A--G-CAGGG--G-T----AAG-----AATC-AGATGAATCTCGGAta
gi|26                         :                                                                         A-CAT--GTCACAA---TA--TA--A-A---------A--G-CGGGG--G-T----A
gi|27                         :                                                                                           A--TA--A-A---------A--G-CGGGG--C-T----AAG-----AGTC-AGAGGAATCTTGGATccataagag
gi|28                         :                                                                                                                    GGGG--G-T----AAG-----AGTC-AGAGGGATCTCGGAT
gi|3                          :                               tTCCGCTC---A-------CT-----CTC-C----CTCCG-CA-CAT--GTCACAATCTTATTTA--A-A---------A--GACGGGG--T-T----AGA-----GGCC-GGAAGtact
gi|4                          :                           atatggggtCTC-TGA-------CT-----CTT-T-----------A-CAT--TTCACAA---TA--TA--A-A---------A--G-CGGGG--C-T----AAG-----AGTC-gtaat
gi|5                          : catatggctcgtctgagctattccgagattcTCCGCTC-TGA-------CTGAGG-CTC-C----C-CCT-CA-CAT--GTCATAA---TA--TA--A-A---------A--A-CGGGG--T-T----AAA-----AGTC-AGAGGAATCCCa
gi|6                          :                           tggagTCTGCTC-TGA-------CT-----CTC-C----C-TCG-CA-CAC--TTTACAA---TA--TA--A-A---------A--C-CGGGG--T-T----AAG-----AGTC-GGAGGAATCTCAGAT
gi|7                          :                                TCTGCTC-TGA--------------CTC-C----C-CCG-CA-AAT--GTAACAA---TA--TATTT-A---------A--G-TGGGG--G-C----AAG-----AGTC-AGAGGAATCTTGGA
gi|8                          :                               aTCCACTC-TGA-------CT-----CTC-T----C-CCT-CC-CAT--GTCACAA---TA--TA--A-A---------A--G-TGGGG--G-TAAGAAAG-----AGTC-AGAGGAATCT
gi|9                          :                                gCCGCTC-TGA-------CTGAGGCTTT-C----C-CCT-CATCAT--GTCATAA---TA--TA--A-A---------A----CGGGG--T-T----AAA-----AGTC-CGAGGAATC


blockSeqs                     :                                       .   AGCCCCC  GAGGC   . GAGA G  GA  A   CA       TCT  TT  TT A ACTT               GA   AAGA   GGGGA    GG
blockSeqs                     :                                       .   .        GAGG    . .    T  G   T   .        T    .   .  . AGT                G    .      .        A 
blockSeqs                     :                                       .   .        .       . .    .  A   .   .        .    .   .  . AGA                G    .      .        G 
blockSeqs                     :                                       .   .        .       . .    .  G   .   .        .    .   .  . TG                 G    .      .        G 
blockSeqs                     :                                       .   .        .       . .    .  G   .   .        .    .   .  . AG                 G    .      .        A 
blockSeqs                     :                                       .   .        .       . .    .  A   .   .        .    .   .  . AG                 G    .      .        G 
blockSeqs                     :                                       .   .        .       . .    .  G   .   .        .    .   .  . AC                 G    .      .        G 
blockSeqs                     :                                       .   .        .       . .    .  G   .   .        .    .   .  . AG                 G    .      .        G 
blockSeqs                     :                                       .   .        .       . .    .  G   .   .        .    .   .  . AG                 A    .      .        A 
blockSeqs                     :                                       .   .        .       . .    .  C   .   .        .    .   .  . CA                 G    .      .        A 
blockSeqs                     :                                       .   .        .       . .    .  T   .   .        .    .   .  . AA                 C    .      .        A 
blockSeqs                     :                                       .   .        .       . .    .  G   .   .        .    .   .  . AG                 G    .      .        G 
blockSeqs                     :                                       .   .        .       . .    .  G   .   .        .    .   .  . AT                 G    .      .        A 
blockSeqs                     :                                       .   .        .       . .    .  T   .   .        .    .   .  . AG                 C    .      .        A 
blockSeqs                     :                                       .   .        .       . .    .  G   .   .        .    .   .  . AG                 G    .      .        A 
blockSeqs                     :                                       .   .        .       . .    .  G   .   .        .    .   .  . AG                 G    .      .        A 
blockSeqs                     :                                           .        .       . .    .  T   .   .        .    .   .  . AG                 G    .      .        A 
blockSeqs                     :                                                              .    .  T   .   .        .    .   .  . AG                 C    .      .        A 
blockSeqs                     :                                                                      .   .   .        .    .   .  . AG                 G    .      .        G 
blockSeqs                     :                                                                          .   .        .    .   .  . AA                 T    .      .        A 
blockSeqs                     :                                                                          .   .        .    .   .  . AC                 C    .      .        G 
blockSeqs                     :                                                                              .        .    .   .  . AG                 T    .      .        A 
blockSeqs                     :                                                                                       .    .   .  . AG                 T    .      .        A 
blockSeqs                     :                                                                                       .    .   .  . G                  G    .      .        C 
blockSeqs                     :                                                                                       .    .   .  . G                  G    .      .          
blockSeqs                     :                                                                                            .   .  . A                  T    .                 


blockSeqCons                  :                                                    *****                                            AG************     G***
originalCons                  :                                TCCGCTC-TGA-------CT-----CTC-C----C-CCG-CA-CAT--GTCACAA---TA--TA--A-A---------A--G-CGGGG--G-T----AAG-----AGTC-GGAGGAATCTCGGAT
finalCons                     :                                TCCGCTC-TGA-------CT-----CTC-C----C-CCG-CA-CAT--GTCACAA---TA--TA--A-AAG------------CGGGGG---T----AAG-----AGTC-GGAGGAATCTCGGAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): TGTTACAATGTAAATTCAGAGGAATTTCGGAT






Alignments
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lowQualScore                  :                                       2   7777777  44444   2 4444 4  22  5   22       444  22  22 1 77777777777777     2222 3333   33333    22              
lowQualScore                  :                                       .   .......  .....   . .... .  ..  .   ..       ...  ..  .. . ..............     .... ....   .....    ..              
lowQualScore                  :                                       4   2222222  22222   2 5555 2  33  5   44       222  00  00 5 44444444444444     1111 1111   88888    55              
consensus                     :                                TCCGCTC-TGA-------CT-----CTC-C----C-CCG-CA-CAT--GTCACAA---TA--TA--A-A---------A--G-CGGGG--G-T----AAG-----AGTC-GGAGGAATCTCGGAT
Reference ( family-4845 )     :                                TCCGCTC-TGA-------CT-----CTC-C----C-CCG-CA-CAT--GTCACAA---TA--TA--A-A---------A--G-CGGGG--G-T----AAG-----AGTC-GGAGGAATCTCGGAT
gi|1                          :                                 CCACTCCTGA-------TTATT--CTCAC----C-CCT-CAACAT--TTCACAA---CA--TA--A-ACTTGATAAAATTA-CGGGGCAA-A----AAG-----AATT-TGAGGAATCTCGG
gi|10                         :                          ggaggcTCCGTTC-TGA-------CT-----CTC-C----C-ACG-CA-CAA--GCCACAA---TA--TA--C-A---------T--G-TGGGG--G-T----AAG-----AGTC-AGAGGAATCTCG
gi|11                         :                               gTCTGTTC-CGA-------CT-----CTC-TGAGAC-CCA-CA-C----GTCACAA---TA--TA--A-A---------A--G-TGGGG--G-T----AAG-----AGTC-GGAGGAATCT
gi|12                         :                                         GA-------CC-----CTC-G----CGCTGACA-CAT--GTCACAA---TA--TG--A-A---------A--G-CGGGG--GAT----AAG-----AGTC-GGAGGAATCTCAGAt
gi|13                         :                             ttgTCCAGTC-TGA-------CT-----GTC-C----C---G-CA-CAT--GTCACAAT--TA--TA--A-A---------A--GTTGTGG--G-T----AAG-----ACTT-AGAG
gi|14                         :                                aagGCTC-TGA-------CT-----CTC-C----C-ACG-CA-CATCAGTCACAA---TA--TA--A-A---------A--C-CGGGT--G-T----AAA-----AGTT-GAAGGAATCagtca
gi|15                         :                             ccaTCCATTC-GGA-------CT-----CTC-C----T-CCA-CA-C----GTCACAA---TA--TA--A-A---------A--G-CAGGG--G-T----AAG-----AGTC-GAAGGAATTTCGG
gi|16                         :                                TCTGCTC-TGA-------GT-----CTC-T----C-CTG-CA-C----GTCACAA---TA--TA--A-A------------G-CGGGG--G-T----AAG-----AGTC-GGGGGAATCTTGG
gi|17                         :                                                                      g-CA-CAT--GTCACAA---TA--TC--A-A---------ACTT-CGAGG--G-A----GAGGGGGAAGTTGGGAGGAATCTCGGAT
gi|18                         :                              accaaGCTT-CGA-------CT-----TTT-T----C-CTG-CA-CAT--GTCACAT---TG--T---A-A---------A--G-CGGGG--A-T----AA------AGTC-AGAGGAATCTt
gi|19                         :                                                            tt----C-CCG-CA-CAT--GTTACAA---TA--TA--A-A---------C--A-CGGGG--G-T----AAG-----AGAC-AGAGGAATCTCGta
gi|2                          :                    ctgtggatatgtTCTACTC-TGAAGCCCCCCC-----CTC-C----T-CCC-CAACAT--GACGCAG---TA--TA--AAA---------A--A-CAGGG--C-T----GAG-----AGTC-AGAGAAATCTC
gi|20                         :                       aaaatggcaTCCACTC-TTT-------CT-----CTC-C----C-CCT-TA-AAT--GT--CAA---TA--TA--A-A---------A--G-CGtg
gi|21                         :                                                             gatatggaaG-NA-CGT--GTCGCAA---TA--TA--A-A------------G-CAGGG--G-T----AAG-----AGTC-GGGGGAATCTTGGA
gi|22                         :                                                                             T--ATCACAA---TA--TG--A-A---------A--T-CAGGG--G-T----GAG-----AGTC-AAAGTAATCTCG
gi|23                         :                                                                                    CAA---TA--TA--A-A---------A--G-CGGGA--C-T----AAG-----AGTG-AGAGGAATCTCGGATatt
gi|24                         :                                                                                      A---TA--TA--A-A---------A--G-CGGGG--G-T----AAG-----AATT-AGAGGAATCTCCGATt
gi|25                         :                                                                                     AA---TA--TA--A-A---------A--G-CAGGG--G-T----AAG-----AATC-AGATGAATCTCGGAta
gi|26                         :                                                                         A-CAT--GTCACAA---TA--TA--A-A---------A--G-CGGGG--G-T----A
gi|27                         :                                                                                           A--TA--A-A---------A--G-CGGGG--C-T----AAG-----AGTC-AGAGGAATCTTGGATccataagag
gi|28                         :                                                                                                                    GGGG--G-T----AAG-----AGTC-AGAGGGATCTCGGAT
gi|3                          :                               tTCCGCTC---A-------CT-----CTC-C----CTCCG-CA-CAT--GTCACAATCTTATTTA--A-A---------A--GACGGGG--T-T----AGA-----GGCC-GGAAGtact
gi|4                          :                           atatggggtCTC-TGA-------CT-----CTT-T-----------A-CAT--TTCACAA---TA--TA--A-A---------A--G-CGGGG--C-T----AAG-----AGTC-gtaat
gi|5                          : catatggctcgtctgagctattccgagattcTCCGCTC-TGA-------CTGAGG-CTC-C----C-CCT-CA-CAT--GTCATAA---TA--TA--A-A---------A--A-CGGGG--T-T----AAA-----AGTC-AGAGGAATCCCa
gi|6                          :                           tggagTCTGCTC-TGA-------CT-----CTC-C----C-TCG-CA-CAC--TTTACAA---TA--TA--A-A---------A--C-CGGGG--T-T----AAG-----AGTC-GGAGGAATCTCAGAT
gi|7                          :                                TCTGCTC-TGA--------------CTC-C----C-CCG-CA-AAT--GTAACAA---TA--TATTT-A---------A--G-TGGGG--G-C----AAG-----AGTC-AGAGGAATCTTGGA
gi|8                          :                               aTCCACTC-TGA-------CT-----CTC-T----C-CCT-CC-CAT--GTCACAA---TA--TA--A-A---------A--G-TGGGG--G-TAAGAAAG-----AGTC-AGAGGAATCT
gi|9                          :                                gCCGCTC-TGA-------CTGAGGCTTT-C----C-CCT-CATCAT--GTCATAA---TA--TA--A-A---------A----CGGGG--T-T----AAA-----AGTC-CGAGGAATC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): TGTTACAATGTAAATTCAGAGGAATTTCGGAT