lowQualScore                  :                            111111   11  11111111          22                                        1111                                                                                                     222222              
lowQualScore                  :      1  1  1  6   3  1 77  222222 1 33  11111111   3 5 33 00  1  1   1   1   44   1  3  888 1   11  6666 44 33     4    44444 77  1      3333 1 22    999  33  1   33    999999 88888  555 2 2 2 666 2 4  5  000000    4    4    
lowQualScore                  :      .  .  .  .   .  . ..  ...... . ..  ........   . . .. ..  .  .   .   .   ..   .  .  ... .   ..  .... .. ..     .    ..... ..  .      .... . ..    ...  ..  .   ..    ...... .....  ... . . . ... . .  .  ......    .    .    
lowQualScore                  :      8  5  5  8   1  5 00  444444 5 00  66666666   0 9 55 44  5  5   5   5   44   1  0  555 5   88  1111 44 88     8    22222 44  7      7777 7 33    222  22  9   22    333333 44444  555 0 2 0 888 0 0  9  111111    2    4    
consensus                     :  GAGG-CT-GT-CTNGGG-AC-T-NAG---T--T-T--GG------G-CTG-C-C--C--TC-CA-GAG-CAT-AAAG-CCCCGC-AA---C-ACG-GTC-C--T--C--TGCTC-CATA-----A-CAC-AACCGT----A-T--CAAT-GCTTG-GG-GAT-AAACA------T-A---AG---G-TAG-A-G-T-C-GGGAA-T-G--CCGA-GTTG-CAAG
Reference ( gi|18 )           :  GAGG-CT-GT-TTTGGG-AC-T-AAG---T--T-T--GG------T-CTG-C-C--C--TC-CA-GAG-CAT-AAAG-CCCTGC-AA---C-ACG-ATT-T--T--C--TGCTC-CATA-----A-TAC-AACCGT----A-T--CAAT-ATTTG-GG-GAT-AAACA------T-A---AG---G-TAG-A-G-T-C-GGAAA-T-G--CCGA-GTTG-CAAG
gi|9                          :  GGGG-CT-GT-TTTGGG-AT-T-AAG---T--T-TT-GG------T-CTG-CTC--C--TC-CA-GAG-CAT-AAAG-ACCTGC-AA---C-ACA-GTC-C--T--C--TGCTC-AATA-----A-TAC-AACTGT----A-A--TAAT-ATTTT-GG-GAT-AAACA------T-A---AG---G-TAT-G-G-T-T-AGGAA-T-GC-CCGA-GTTG-
gi|3                          :  GAGG-CT-GT-TTTGGGCAC-T-AAG---T--T-TTTGG------T-CTG-C-C--CC-TC-CA-GAG-CAT-AAAG-CCCT-C-AAT--T-GCG-G-T-C--T--C--TGCTC-CAT------A-CAC-AACCGT----ACT--CAAT-GCTTT-GG-GAT-AAACA------T-A---AG---GTTAG-ATG-T---GGGAA-T-GGCCCGA-TTTcaaagtg
gi|4                          : aGAGG-CT-GT-GTGGGG-CC-T-TAG---T--T-TTGGG------T--TG-C-C--TG-CC-CA-GAG-CAT-GAAT-CCCCGC-GA---C-ACG-AGT-A--T--C--TGCTC-CATA-----A-CAC-AACTGTATTGA-T--CAAT-GCTTG-GG-GAT-AAACA------T-C---AG---A-TAG-A-T-T-C-GGGAATT-C--CCGA-GTTG-tgccaaagtga
gi|2                          :  GAGG-CTAGT-TTTGGG-AC-T-AAGA--T--T-T--GG------T-CTG-C-C--CC-TC-CA-GAG-CAT-AAAG-CCCTGC-AAC--C-ACGCGTC-C--T--C--TGCTC-CATA-----A-TAC-CAACGT----A-A--CAAT-GCTT---G-GAT-AAACA------T-A---caaagtga
gi|24                         :  GATG-CT-GT-TTTGGG-CC-T-ACGA--T--T-T--GA------G-CTG-C-TA-C--TC-CA-GAG-TAT-AAAG-CCCTGC-AA---C-ACG-GTC-C--T--C--TGCTC-CATA-----A-TAC-AACCCT----A-T--caatgtaaggtttgagcggtattgcttgagtgccaaagtga
gi|20                         :  GAGG-CT-GT-TTTGGA-CC-T-CAG---T--TCT--GG------G-CTGTC-C--C--TC-TA-GAG-CAT-GAAG-TCCTGC-AA---C-ACG-GTC-C--T--C--CGCAG-CATA-----A-CAC-AACCAT----A-T--CAAT-
gi|1                          :  GAGGACT-GTGTTTGGG-AC-T-AAAGTTT--T-T--GG------TTCTGGC-T--C--TC-CA-GAGTCAT-AA-G-ACCTGCCAA---CGACG-GTC-C--T--CA-TGCTC-AGTA-----AATAC-AACTGT----A-T--CAA--GCTGG-GG-GAG-TAACA------T-AGATAGT--G-TAG-ATG-T-C-GGGAG-T-AC-CCGA-GTTG-gct
gi|19                         : aGAGG-CT-GT-CTGGGG-CC-TTAGG---T--T-T--GG------G-CTG-G-T--CA-CC-CA-AAG-CAT-AAAG-CGCCGC-AA---C-AAG-ATC-C--T--C--TGTTC-CATA-----G-CAC-AGCCGT----A-T--CCAT-GCTTG-Gcaaagtga
gi|28                         :  GAGG-CT-GT-TTTTGG-AC-T-AAG---GA-T-T--GG------T-CTG-CTC--C--TC-CA-GAG-CAT-AAAG-ACCTGT-AA---C-ACG-GTC-C--T--C--TAATC-AAT
gi|25                         :  GAGA-CT-GT-CTGGAG-AC-T-TAGA--T--T-T--GG------G-CTT-C-C--TG-CC-CA-GAG-CAT-AAAT-CCCAGC-TA---A-ACG-ATT-C--T--C--TGTTC-CATA-----A-CAC-AACTGT----A-T--g
gi|8                          :  GAGA-TC-GT-GTTTGG-AA-T-AAG---A--T-T--GG------T-CTG-C-C--C---C-TACGGG-CAT-AAAA-CCCTGC--A---C-ACG-TGC-C--T--C--TGCTCTCAT------A-TAC-A--CGT----A-TGACAAT-GGCTT-GG-GAT--AAC-------T-A---GG---T-TTGCC-G-T-C-GGGAT-T-G--CCCG-ATTG-
gi|29                         : aGAGA-AT-GT-CTGGGG-AC-T-TAG---TG-T-T--GG------G-CTG-C-C--AA-TC-CA-GAG-CAT-AAAT-CCCCGC-AA---C-ACG-ATT-caatagttgga
gi|16                         :  aAGG-CT-GT-CTGGGG-CC-T-TAG---TGTT-T--GG--------CTG-C-C--CC-TC-CA-GCG-CAT-AAA--CCTCGC-AA---C-ACG-TTT-T--T--C--TGCTC-CATA-----A-CAC-AACCAT----A-T--CAAT-GCTTT-GG-TAT-AAACA------T-C---AA---A-TAG-T-G-T-C-GGGAA-T-GT-CCGA-ATTG-
gi|17                         :   AGG-CT-AT-TTGGGG-GCCT-TAG---TA-T-T--GG------G-CTG-C-C--CA-CC-CA-GAG-CAT-A--T-TCCCGA-AT---C-ACG-ATT-------C--TGCTC-CATA-----A--ACAAACTGT----A-T--CAAT-GCTTG-GG-GAT-AAACA------T-C---AA---G-TAG-A-T-T-C-GGAAT-T-C--CCGA-GTTGCCAAGcaaa
gi|10                         :   AGG-CT-GT-CT-GGG-GC-T-TAG---T--T-TT-GG------G-CTT-C-C--T--GCTCA-AAG-CAT-AAAT-CCCC-C-AA---C-ACG-ATT-CGAT--CACTGTTC-CATA-----A-CAC-AACTGT----A-T--CAAT-ACTTG-GG-GAT-TAACA------T-C---AG---A-TTG-A-T-T-C-GGGAATT-C--CCGT-GTTG-tg
gi|12                         :   AGG-CT-GT-CT-GGG-GC-T-TAG---T--T-T--TG------G-CT--C-CTGC--TC-CA-AAG-CAT-AAAA-TCCCCC-AA---C-ACG-ATT-CGATCAC--TGTTC-CATA-----A-CAC-AACTGT----A-T--CAA--ACTGG-GG-AAT-TAACAT-----T-AC--AG---A-TTG-A-T-T-C-GGGAATT-C--CCGT-GTTG-caaagg
gi|5                          :   AGG-CT-GT-CT-GGG-GC-T-TGT---T--T-T--GGGGACTTC-CTG-C-T--C--AA-AA-GAG-CAT-AAAT-CCCCTC-AA---C-ACG-ATT-CGATCAC--TGTTC-CATA-----A-CAC-AACTGT----A-T--C-AT-ACTTG-GG-GAT--TACA------T-C---AG---A-T-G-A-T-T-CGGGGAA-T-T--CCGT-GTTG-caaa
gi|7                          :    GG-CT-GT-TTTGGG-AC-T-AAG---T--T-TT-GG------T-CTG-CTC--C--TC-CA-GAG-CAT-AAAG-ACCTGC-AA---C-A-G-GTC-C--T--C--TGCTC-AATA-----A-TAC-AACTGT----A-A--CAAT-GCTT--GG-GAT-AAACATACTAGT-A---AG---G-T-G-A-G-T-C-GG-AA-T-GC-CCGA-GTTG-caaagg
gi|13                         :    GG-CT-GT-TTGGGG-AC-T-TAG---T--T-TT-GA------G-CTG-C-C--T--GC-CA-GAG-CAT-TAAT-CCCCGC-AA---A-ATG-ATT-C--T--C--TGCTT-CATA-----A-CAC-AACTGC----A-T--GAAT-GTTTG-GG-GAT-AAATA------T-C---AG---A-TAG-T-T-T-C-GGGAATT-C--CCGA-ATTG-ccaagtga
gi|11                         :    GG-CT-GT-CTGGGG-CC-TTAGG---T--T-T--GG------G-CTG-C-C--TG-CC-CA-GAG-CAT-AAAT-CCCCGC-AA---C-ATG-ATT-C--T--C--TGCTC-CATA-----A-CAC-AATTGT----A-T--CAAT-GCGTGAGG-GAT-TAACA------T-C---AG---A-TAA-ATT-T-T-GGAAT-T-C--CCGA-GTTG-caaagtg
gi|14                         :     G-CT-TT-TTGGGG-GC-T-TAG---T--T-TT-GG------G-CTG-C-C--CG-TC-CA-GAG-CGT-AAAG-CC-TGC-AA---C-ACG-GTC-A--T--C--TGCTC-CATACCATAA-CAC-AACCGT----A-T--CAAT-GCTTG-GG-GAT-AAACA------T-C---CG---G-TAG-A-G-T-C-GGGGA-T-GC-CCGA-GTTG-caaagcg
gi|30                         :     G-CT-GT-TTTTGG-AC-T-AAG---T--T-TT-GG------T-CCG-C-T--C--CT-CA-GAG-CAT-AAAG-ACCTGC-caa
gi|15                         :     agaT-GT-TTTGGGGAC-T-AAAGTTT--T-T--GG------T-CTG-C-T--C--CT-AA-GAG-CAC-AAAG-ACCTGCAAA---C-ACG-GTC-C--T--C--TGCTC-AATA-----A-TAC--ACTGT----T-T--C-AT-GCTT--GG-GAT-AAA-A------T-A---GG---G-TAG-A-G-TCC-GGGAA-T-G--GCGA-GTTG-
gi|23                         :       gT-GT-CTGGGG-AC-T-TAG---TG-T-T--GG------G-CTG-G-C--CAATC-CA-GAG-CAT-AAAT-CGC-GC-AAAAGC-ACG-ATT-C--T--C--TGCTCGCATA-----ACCAC-AGCcaaagtgg
gi|22                         :      aaT-GT-CTGGGG-AC-T-TAG---TG-T-T--GG------G-CTG-G-C--CAATC-CA-GAG-CAT-AAAT-CGC-GC-AAAAGC-ACG-ATT-C--T--C--TGCTCGCATA-----ACCAC-AGCgcacag
gi|6                          :       aa-GT-TTTGGG-AC-T-AAG---T--T-T--GG------T-CTG-CTC--C--TC-CA-GGG-CATCAAAGATCCTGC-AA---C-ACG-GTCAC--T--C--TGCTC-AAAT-----A-TAC-AACTGT----A-A--CAATCGCTTG-GG-GATAAAAAA------T-A---A----G-TAG-A-GTT-T-GGGAA-T-GGCCCGATGTTG-gcacaga
gi|21                         :                                --T-T--AG------G-CTG-C-T--CA-TC-CA-GAG-CAT-AACA-CCCTGC-A--------------------------TC-CATA-----A-CAC-AACCAC----A-T--CACT-GCTTG-GG-GAT-GAACA------TCA---AG---G--AG-A-G-T-C-AGGAA-T-G--TCcaaagtga
gi|27                         :                                                                                                                                       CGT----A-T--CAAT-GCTTG-GG-AAT-AAACA------T-C---AGGTAG-TAG-A-G-T-CTGGAAA-G-A--CCGA-GTTG-ca
gi|26                         :                                                                                                                            ttttggactgccaatccagag--CACT-GTCTG-GGTGAT-AAATAG-----T-A---AG---G-T-G-A-G-T-C-GGCAA-T-GC-CCGAGGTTGACAA
gi|31                         :                                                                                                                                        gtctctgtcacatatactcaG-GG-GAT-AAACA------T-A---AG---G-TAG-A-G-T-C-GGGAA-TGG--CCGA-GTTG-agtcgag





Alignments
lowQualScore                  :                                               11111                       11                                                                                                                                                 222222              
lowQualScore                  :                          1  1  22 1   44 1 1  33333 1 77   66  222 1 5 55 99  1  33   1   1   66   1    666 4   22  1 66 22 55     4   33333  4   1      3333 1 22    3    33  1   22    888888 77777  555 1 1 1 444 1 1     111111    4    4    
lowQualScore                  :                          .  .  .. .   .. . .  ..... . ..   ..  ... . . .. ..  .  ..   .   .   ..   .    ... .   ..  . .. .. ..     .   .....  .   .      .... . ..    .    ..  .   ..    ...... .....  ... . . . ... . .     ......    .    .    
lowQualScore                  :                          7  5  22 0   44 5 0  55555 4 77   22  555 4 7 44 66  4  44   4   4   22   0    777 4   00  5 33 11 88     6   88888  8   6      5555 7 22    5    77  8   77    999999 66666  222 9 7 9 000 9 9     333333    0    2    
consensus                     :                      GAGG-CT-GT-TTGGGG-AC-TNAG---T-T-T--GGG--CT---G-C-C--C--TC-CA--GAG-CAT-AAAG-CCCCGCAA---C-ACG-GTC-C--T--C--TGCTC-CAT-----AA-CAC-AACCGT----A-T--CAAT-GCTTG-GG-GAT-AAACA------T-A---AG---G-TAG-A-G-T-C-GGGAA-T-G--CCGA-GTTG-CAAG
Reference ( family-484 )      :                      GAGG-CT-GT-CTNGGG-AC-TNAG---T-T-T--GGG--CT---G-C-C--C--TC-CA--GAG-CAT-AAAG-CCCCGCAA---C-ACG-GTC-C--T--C--TGCTC-CAT-----AA-CAC-AACCGT----A-T--CAAT-GCTTG-GG-GAT-AAACA------T-A---AG---G-TAG-A-G-T-C-GGGAA-T-G--CCGA-GTTG-CAAG
gi|1                          :                      GAGGACT-GTGTTTGGG-AC-TAAAGT-T-T-T--TGG--TTCTGG-C-T--C--TC-CA--GAGTCAT-AAGA-CCTGCCAA---CGACG-GTC-C--T--CA-TGCTC-AGT-----AAATAC-AACTGT----A-T--CAA--GCTGG-GG-GAG-TAACA------T-AGATAGT--G-TAG-ATG-T-C-GGGAG-T-AC-CCGA-GTTG-
gi|10                         :                      aAGG-CT-GT-CTGGGG--C-TTAG---T-T-TT-GGG--CT---T-C-C--T--GCTCA--AAG-CAT-AAAT-CCCC-CAA---C-ACG-ATT-CGAT--CACTGTTC-CAT-----AA-CAC-AACTGT----A-T--CAAT-ACTTG-GG-GAT-TAACA------T-C---AG---A-TTG-A-T-T-C-GGGAATT-C--CCGT-GTTG-caaagtga
gi|11                         :                        GG-CT-GT-CTGGGG-CC-TTAGG--T-T-T--GGG--CT---G-C-C--TG-CC-CA--GAG-CAT-AAAT-CCCCGCAA---C-ATG-ATT-C--T--C--TGCTC-CAT-----AA-CAC-AATTGT----A-T--CAAT-GCGTGAGG-GAT-TAACA------T-C---AG---A-TAA-A-T-T-T-TGGAATT-C--CCGA-GTTG-caaagg
gi|12                         :                       AGG-CT-GT-CTGGGG--C-TTAG---T-T-T--TGG--CT-----C-CTGC--TC-CA--AAG-CAT-AAAA-TCCCCCAA---C-ACG-ATT-CGATCAC--TGTTC-CAT-----AA-CAC-AACTGT----A-T--CAA--ACTGG-GG-AAT-TAACAT-----T-AC--AG---A-TTG-A-T-T-C-GGGAATT-C--CCGT-GTTG-caaagcg
gi|13                         :                        GG-CT-GT-TTGGGG-AC-TTAG---T-T-TT-GAG--CT---G-C-C--T--GC-CA--GAG-CAT-TAAT-CCCCGCAA---A-ATG-ATT-C--T--C--TGCTT-CAT-----AA-CAC-AACTGC----A-T--GAAT-GTTTG-GG-GAT-AAATA------T-C---AG---A-TAG-T-T-T-C-GGGAATT-C--CCGA-ATTG-caaa
gi|14                         :                         G-CT-TT-TTGGGG-GC-TTAG---T-T-TT-GGG--CT---G-C-C--CG-TC-CA--GAG-CGT-AAAG-CCT-GCAA---C-ACG-GTC-A--T--C--TGCTC-CATACCATAA-CAC-AACCGT----A-T--CAAT-GCTTG-GG-GAT-AAACA------T-C---CG---G-TAG-A-G-T-C-GGGGA-T-GC-CCGA-GTTG-caaagtg
gi|15                         :                               T-TTGGGG-AC-TAAAGTTT-T-T--GGT--CT---G-C-T--C--CT-AA--GAG-CAC-AAAG-ACCTGCAAA--C-ACG-GTC-C--T--C--TGCTC-AAT-----AA-TAC--ACTGT----T-T--C-AT-GCTT--GG-GAT-AAA-A------T-A---GG---G-TAG-A-G-TCC-GGGAA-T-G--GCGA-GTTG-caa
gi|16                         :                   gtgtAGG-CT-GT-CTGGGG-CC-TTAG---TGT-T--TGG--CT---G-C-C--CC-TC-CA--GCG-CAT-AAA--CCTCGCAA---C-ACG-TTT-T--T--C--TGCTC-CAT-----AA-CAC-AACCAT----A-T--CAAT-GCTTT-GG-TAT-AAACA------T-C---AA---A-TAG-T-G-T-C-GGGAA-T-GT-CCGA-ATTG-caaagtgg
gi|17                         :                       AGG-CT-AT-TTGGGG-GCCTTAG---TAT-T--GGG--CT---G-C-C--CA-CC-CA--GAG-CAT-A--T-TCCCGAAT---C-ACG-AT-----T--C--TGCTC-CAT-----AA--ACAAACTGT----A-T--CAAT-GCTTG-GG-GAT-AAACA------T-C---AA---G-TAG-A-T-T-C-GGAAT-T-C--CCGA-GTTGCCAAGcaaa
gi|18                         :                      GAGG-CT-GT-TTTGGG-AC-TAAG---T-T-T--GGT--CT---G-C-C--C--TC-CA--GAG-CAT-AAAG-CCCTGCAA---C-ACG-ATT-T--T--C--TGCTC-CAT-----AA-TAC-AACCGT----A-T--CAAT-ATTTG-GG-GAT-AAACA------T-A---AG---G-TAG-A-G-T-C-GGAAA-T-G--CCGA-GTTG-CAAGtg
gi|19                         :                      GAGG-CT-GT-CTGGGG-CC-TTAGG--T-T-T--GGG--CT---G-G-T--CA-CC-CA--AAG-CAT-AAAG-CGCCGCAA---C-AAG-ATC-C--T--C--TGTTC-CAT-----AG-CAC-AGCCGT----A-T--CCAT-GCTTG-G
gi|2                          :                      GAGG-CTAGT-TTTGGG-AC-TAAGA--T-T-T--GGT--CT---G-C-C--CC-TC-CA--GAG-CAT-AAAG-CCCTGCAA---CCACGCGTC-C--T--C--TGCTC-CAT-----AA-TAC-CAACGT----A-A--CAAT-GCTT---G-GAT-AAACA------T-A---
gi|20                         :                      GAGG-CT-GT-TTTGGA-CC-TCAG---T-TCT--GGG--CT---GTC-C--C--TC-TA--GAG-CAT-GAAG-TCCTGCAA---C-ACG-GTC-C--T--C--CGCAG-CAT-----AA-CAC-AACCAT----A-T--CAAT-GCTcaatgtaaggtttgagcggtattgcttgagtgccaaagtga
gi|21                         :                                                   -T-T--AGG--CT---G-C-T--CA-TC-CA--GAG-CAT-AACA-CCCTGCA--------------------------TC-CAT-----AA-CAC-AACCAC----A-T--CACT-GCTTG-GG-GAT-GAACA------TCA---AG---G--AG-A-G-T-C-AGGAA-T-G--TC
gi|22                         :                            T-GT-CTGGGG-AC-TTAG---TGT-T--GGG--CT---G-G-C--CAATC-CA--GAG-CAT-AAA--TCGCGCAAAAGC-ACG-ATT-C--T--C--TGCTCGCAT-----AACCAC-AGCca
gi|23                         :                          aaT-GT-CTGGGG-AC-TTAG---TGT-T--GGG--CT---G-G-C--CAATC-CA--GAG-CAT-AAA--TCGCGCAAAAGC-ACG-ATT-C--T--C--TGCTCGCAT-----AACCAC-AGCgcacaga
gi|24                         :                    aaGATG-CT-GT-TTTGGG-CC-TACGA--T-T-T--GAG--CT---G-C-TA-C--TC-CA--GAG-TAT-AAAG-CCCTGCAA---C-ACG-GTC-C--T--C--TGCTC-CAT-----AA-TAC-AACCCT----A-T--gcacag
gi|25                         :                      GAGA-CT-GT-CTGGAG-AC-TTAGA--T-T-T--GGG--CT---T-C-C--TG-CC-CA--GAG-CAT-AAAT-CCCAGCTA---A-ACG-ATT-C--T--C--TGTTC-CAT-----AA-CAC-AACTGT----A-T--
gi|26                         :                                                                                                                                                                 --CACT-GTCTG-GGTGAT-AAATAG-----T-A---AG---G-T-G-A-G-T-C-GGCAA-T-GC-CCGAGGTTGACAA
gi|27                         :                                                                                                                                   gtctctgtcacatatactcaCGT----A-T--CAAT-GCTTG-GG-AAT-AAACA------T-C---AGGTAG-TAG-A-G-T-C-TGGAA-A-GA-CCGA-GTTG-agtcgag
gi|28                         : ttttggactgccaatccagagGAGG-CT-GT-TTTTGG-AC-TAAG---GAT-T--GGT--CT---G-CTC--C--TC-CA--GAG-CAT-AAAG-ACCTGTAA---C-ACG-GTC-C--T--C--TAATC-AAT-----
gi|29                         :                      GAGA-AT-GT-CTGGGG-AC-TTAG---TGT-T--GGG--CT---G-C-C--AA-TC-CA--GAG-CAT-AAAT-CCCCGCAA---C-ACG-ATg
gi|3                          :                     aGAGG-CT-GT-TTTGGGCAC-TAAG---T-T-TTTGGT--CT---G-C-C--CC-TC-CA--GAG-CAT-AAAG-CCCT-CAA---TTGCG-GTC----T--C--TGCTC-CAT------A-CAC-AACCGT----ACT--CAAT-GCTTT-GG-GAT-AAACA------T-A---AG---GTTAG-ATG-T---GGGAA-T-GGCCCGA-TTTt
gi|30                         :                        aG-CT-GT-TTTTGG-AC-TAAG---T-T-T--TGGT-CC---G-C-T--C--CT-CA--GAG-CAT-AAAG-ACCTGCtgccaaagtga
gi|31                         :                                                                                                                                                                         agaG-GG-GAT-AAACA------T-A---AG---G-TAG-A-G-T-C-GGGAA-TGG--CCGA-GTTG-
gi|4                          :                      GAGG-CT-GT-GTGGGG-CC-TTAG---T-T-TT-GGG--TT---G-C-C--TG-CC-CA--GAG-CAT-GAAT-CCCCGCGA---C-ACG-AGT-A--T--C--TGCTC-CAT-----AA-CAC-AACTGTATTGA-T--CAAT-GCTTG-GG-GAT-AAACA------T-C---AG---A-TAG-A-T-T-C-GGGAATT-C--CCGA-GTTG-caaagaga
gi|5                          :                       AGG-CT-GT-CTGGGG--C-TTGT---T-T-T--GGGGACT---T-C-CTGC--TC-AAAAGAG-CAT-AAAT-CCCCTCAA---C-ACG-ATT-CGAT--CACTGTTC-CAT-----AA-CAC-AACTGT----A-T--C-AT-ACTTG-GG-GAT--TACA------T-C---AG---A-T-G-A-T-T-CGGGGAA-T-T--CCGT-GTTG-caaagtga
gi|6                          :                             -GT-TTTGGG-AC-TAAG---T-T-T--GGT--CT---G-CTC--C--TC-CA--GGG-CATCAAAGATCCTGCAA---C-ACG-GTCAC--T--C--TGCTC-AAA-----TA-TAC-AACTGT----A-A--CAATCGCTTG-GG-GATAAAAAA------T-A---A----G-TAG-A-GTT-T-GGGAA-T-GGCCCGATGTTG-caaagg
gi|7                          :                        GG-CT-GT-TTTGGG-AC-TAAG---T-T-T--TGGT-CT---G-CTC--C--TC-CA--GAG-CAT-AAAG-ACCTGCAA---C-A-G-GTC-C--T--C--TGCTC-AAT-----AA-TAC-AACTGT----A-A--CAAT-GCTT--GG-GAT-AAACATACTAGT-A---AG---G-T-G-A-G-T-C--GGAA-T-GC-CCGA-GTTG-caaagtga
gi|8                          :                      GAGA-TC-GT-GTTTGG-AA-TAAG---A-T-T--GGT--CT---G-C-C--C---C-TAC-GGG-CAT-AAAA-CCCTGC-A---C-ACG-TGC-C--T--C--TGCTCTCAT------A-TAC-A--CGT----A-TGACAATGGCTT--GG-GAT--AAC-------T-A---GG---T-TTGCC-G-T-C-GGGAT-T-G--CCCG-ATTG-ccaagtga
gi|9                          :                     aGGGG-CT-GT-TTTGGG-AT-TAAG---T-T-T--TGGT-CT---G-CTC--C--TC-CA--GAG-CAT-AAAG-ACCTGCAA---C-ACA-GTC-C--T--C--TGCTC-AAT-----AA-TAC-AACTGT----A-A--TAAT-ATTTT-GG-GAT-AAACA------T-A---AG---G-TAT-G-G-T-T-AGGAA-T-GC-CCGA-GTTG-caatagttgga





Alignments
lowQualScore                  :                                               11111                       11                                                                                                                                                 222222              
lowQualScore                  :                          1  1  1  0   44 1 1  33333 1 77   66  222 1 5 55 99  1  33   1   1   66   1    666 4   22  1 66 22 55     4   33333  4   1      3333 1 22    3    33  1   22    888888 77777  555 1 1 1 444 1 1     111111    4    4    
lowQualScore                  :                          .  .  .  .   .. . .  ..... . ..   ..  ... . . .. ..  .  ..   .   .   ..   .    ... .   ..  . .. .. ..     .   .....  .   .      .... . ..    .    ..  .   ..    ...... .....  ... . . . ... . .     ......    .    .    
lowQualScore                  :                          8  5  5  2   44 5 0  55555 4 77   22  555 4 7 44 66  4  44   4   4   22   0    777 4   00  5 33 11 88     6   88888  8   6      5555 7 22    5    77  8   77    999999 66666  222 9 7 9 000 9 9     333333    0    2    
consensus                     :                      GAGG-CT-GT-TTGGGG-AC-TNAG---T-T-T--GGG--CT---G-C-C--C--TC-CA--GAG-CAT-AAAG-CCCCGCAA---C-ACG-GTC-C--T--C--TGCTC-CAT-----AA-CAC-AACCGT----A-T--CAAT-GCTTG-GG-GAT-AAACA------T-A---AG---G-TAG-A-G-T-C-GGGAA-T-G--CCGA-GTTG-CAAG
Reference ( family-484 )      :                      GAGG-CT-GT-TTGGGG-AC-TNAG---T-T-T--GGG--CT---G-C-C--C--TC-CA--GAG-CAT-AAAG-CCCCGCAA---C-ACG-GTC-C--T--C--TGCTC-CAT-----AA-CAC-AACCGT----A-T--CAAT-GCTTG-GG-GAT-AAACA------T-A---AG---G-TAG-A-G-T-C-GGGAA-T-G--CCGA-GTTG-CAAG
gi|1                          :                      GAGGACT-GTGTTTGGG-AC-TAAAGT-T-T-T--TGG--TTCTGG-C-T--C--TC-CA--GAGTCAT-AAGA-CCTGCCAA---CGACG-GTC-C--T--CA-TGCTC-AGT-----AAATAC-AACTGT----A-T--CAA--GCTGG-GG-GAG-TAACA------T-AGATAGT--G-TAG-ATG-T-C-GGGAG-T-AC-CCGA-GTTG-
gi|10                         :                      aAGG-CT-GT-CTGGGG--C-TTAG---T-T-TT-GGG--CT---T-C-C--T--GCTCA--AAG-CAT-AAAT-CCCC-CAA---C-ACG-ATT-CGAT--CACTGTTC-CAT-----AA-CAC-AACTGT----A-T--CAAT-ACTTG-GG-GAT-TAACA------T-C---AG---A-TTG-A-T-T-C-GGGAATT-C--CCGT-GTTG-caaagtga
gi|11                         :                        GG-CT-GT-CTGGGG-CC-TTAGG--T-T-T--GGG--CT---G-C-C--TG-CC-CA--GAG-CAT-AAAT-CCCCGCAA---C-ATG-ATT-C--T--C--TGCTC-CAT-----AA-CAC-AATTGT----A-T--CAAT-GCGTGAGG-GAT-TAACA------T-C---AG---A-TAA-A-T-T-T-TGGAATT-C--CCGA-GTTG-caaagg
gi|12                         :                       AGG-CT-GT-CTGGGG--C-TTAG---T-T-T--TGG--CT-----C-CTGC--TC-CA--AAG-CAT-AAAA-TCCCCCAA---C-ACG-ATT-CGATCAC--TGTTC-CAT-----AA-CAC-AACTGT----A-T--CAA--ACTGG-GG-AAT-TAACAT-----T-AC--AG---A-TTG-A-T-T-C-GGGAATT-C--CCGT-GTTG-caaagcg
gi|13                         :                        GG-CT-GT-TTGGGG-AC-TTAG---T-T-TT-GAG--CT---G-C-C--T--GC-CA--GAG-CAT-TAAT-CCCCGCAA---A-ATG-ATT-C--T--C--TGCTT-CAT-----AA-CAC-AACTGC----A-T--GAAT-GTTTG-GG-GAT-AAATA------T-C---AG---A-TAG-T-T-T-C-GGGAATT-C--CCGA-ATTG-caaa
gi|14                         :                         G-CT-TT-TTGGGG-GC-TTAG---T-T-TT-GGG--CT---G-C-C--CG-TC-CA--GAG-CGT-AAAG-CCT-GCAA---C-ACG-GTC-A--T--C--TGCTC-CATACCATAA-CAC-AACCGT----A-T--CAAT-GCTTG-GG-GAT-AAACA------T-C---CG---G-TAG-A-G-T-C-GGGGA-T-GC-CCGA-GTTG-caaagtg
gi|15                         :                               T-TTGGGG-AC-TAAAGTTT-T-T--GGT--CT---G-C-T--C--CT-AA--GAG-CAC-AAAG-ACCTGCAAA--C-ACG-GTC-C--T--C--TGCTC-AAT-----AA-TAC--ACTGT----T-T--C-AT-GCTT--GG-GAT-AAA-A------T-A---GG---G-TAG-A-G-TCC-GGGAA-T-G--GCGA-GTTG-caa
gi|16                         :                   gtgtAGG-CT-GT-CTGGGG-CC-TTAG---TGT-T--TGG--CT---G-C-C--CC-TC-CA--GCG-CAT-AAA--CCTCGCAA---C-ACG-TTT-T--T--C--TGCTC-CAT-----AA-CAC-AACCAT----A-T--CAAT-GCTTT-GG-TAT-AAACA------T-C---AA---A-TAG-T-G-T-C-GGGAA-T-GT-CCGA-ATTG-caaagtgg
gi|17                         :                       AGG-CT-AT-TTGGGG-GCCTTAG---TAT-T--GGG--CT---G-C-C--CA-CC-CA--GAG-CAT-A--T-TCCCGAAT---C-ACG-AT-----T--C--TGCTC-CAT-----AA--ACAAACTGT----A-T--CAAT-GCTTG-GG-GAT-AAACA------T-C---AA---G-TAG-A-T-T-C-GGAAT-T-C--CCGA-GTTGCCAAGcaaa
gi|18                         :                      GAGG-CT-GT-TTTGGG-AC-TAAG---T-T-T--GGT--CT---G-C-C--C--TC-CA--GAG-CAT-AAAG-CCCTGCAA---C-ACG-ATT-T--T--C--TGCTC-CAT-----AA-TAC-AACCGT----A-T--CAAT-ATTTG-GG-GAT-AAACA------T-A---AG---G-TAG-A-G-T-C-GGAAA-T-G--CCGA-GTTG-CAAGtg
gi|19                         :                      GAGG-CT-GT-CTGGGG-CC-TTAGG--T-T-T--GGG--CT---G-G-T--CA-CC-CA--AAG-CAT-AAAG-CGCCGCAA---C-AAG-ATC-C--T--C--TGTTC-CAT-----AG-CAC-AGCCGT----A-T--CCAT-GCTTG-G
gi|2                          :                      GAGG-CTAGT-TTTGGG-AC-TAAGA--T-T-T--GGT--CT---G-C-C--CC-TC-CA--GAG-CAT-AAAG-CCCTGCAA---CCACGCGTC-C--T--C--TGCTC-CAT-----AA-TAC-CAACGT----A-A--CAAT-GCTT---G-GAT-AAACA------T-A---
gi|20                         :                      GAGG-CT-GT-TTTGGA-CC-TCAG---T-TCT--GGG--CT---GTC-C--C--TC-TA--GAG-CAT-GAAG-TCCTGCAA---C-ACG-GTC-C--T--C--CGCAG-CAT-----AA-CAC-AACCAT----A-T--CAAT-GCTcaatgtaaggtttgagcggtattgcttgagtgccaaagtga
gi|21                         :                                                   -T-T--AGG--CT---G-C-T--CA-TC-CA--GAG-CAT-AACA-CCCTGCA--------------------------TC-CAT-----AA-CAC-AACCAC----A-T--CACT-GCTTG-GG-GAT-GAACA------TCA---AG---G--AG-A-G-T-C-AGGAA-T-G--TC
gi|22                         :                            T-GT-CTGGGG-AC-TTAG---TGT-T--GGG--CT---G-G-C--CAATC-CA--GAG-CAT-AAA--TCGCGCAAAAGC-ACG-ATT-C--T--C--TGCTCGCAT-----AACCAC-AGCca
gi|23                         :                          aaT-GT-CTGGGG-AC-TTAG---TGT-T--GGG--CT---G-G-C--CAATC-CA--GAG-CAT-AAA--TCGCGCAAAAGC-ACG-ATT-C--T--C--TGCTCGCAT-----AACCAC-AGCgcacaga
gi|24                         :                    aaGATG-CT-GT-TTTGGG-CC-TACGA--T-T-T--GAG--CT---G-C-TA-C--TC-CA--GAG-TAT-AAAG-CCCTGCAA---C-ACG-GTC-C--T--C--TGCTC-CAT-----AA-TAC-AACCCT----A-T--gcacag
gi|25                         :                      GAGA-CT-GT-CTGGAG-AC-TTAGA--T-T-T--GGG--CT---T-C-C--TG-CC-CA--GAG-CAT-AAAT-CCCAGCTA---A-ACG-ATT-C--T--C--TGTTC-CAT-----AA-CAC-AACTGT----A-T--
gi|26                         :                                                                                                                                                                 --CACT-GTCTG-GGTGAT-AAATAG-----T-A---AG---G-T-G-A-G-T-C-GGCAA-T-GC-CCGAGGTTGACAA
gi|27                         :                                                                                                                                   gtctctgtcacatatactcaCGT----A-T--CAAT-GCTTG-GG-AAT-AAACA------T-C---AGGTAG-TAG-A-G-T-C-TGGAA-A-GA-CCGA-GTTG-agtcgag
gi|28                         : ttttggactgccaatccagagGAGG-CT-GT-TTTTGG-AC-TAAG---GAT-T--GGT--CT---G-CTC--C--TC-CA--GAG-CAT-AAAG-ACCTGTAA---C-ACG-GTC-C--T--C--TAATC-AAT-----
gi|29                         :                      GAGA-AT-GT-CTGGGG-AC-TTAG---TGT-T--GGG--CT---G-C-C--AA-TC-CA--GAG-CAT-AAAT-CCCCGCAA---C-ACG-ATg
gi|3                          :                     aGAGG-CT-GT-TTTGGGCAC-TAAG---T-T-TTTGGT--CT---G-C-C--CC-TC-CA--GAG-CAT-AAAG-CCCT-CAA---TTGCG-GTC----T--C--TGCTC-CAT------A-CAC-AACCGT----ACT--CAAT-GCTTT-GG-GAT-AAACA------T-A---AG---GTTAG-ATG-T---GGGAA-T-GGCCCGA-TTTt
gi|30                         :                        aG-CT-GT-TTTTGG-AC-TAAG---T-T-T--TGGT-CC---G-C-T--C--CT-CA--GAG-CAT-AAAG-ACCTGCtgccaaagtga
gi|31                         :                                                                                                                                                                         agaG-GG-GAT-AAACA------T-A---AG---G-TAG-A-G-T-C-GGGAA-TGG--CCGA-GTTG-
gi|4                          :                      GAGG-CT-GT-GTGGGG-CC-TTAG---T-T-TT-GGG--TT---G-C-C--TG-CC-CA--GAG-CAT-GAAT-CCCCGCGA---C-ACG-AGT-A--T--C--TGCTC-CAT-----AA-CAC-AACTGTATTGA-T--CAAT-GCTTG-GG-GAT-AAACA------T-C---AG---A-TAG-A-T-T-C-GGGAATT-C--CCGA-GTTG-caaagaga
gi|5                          :                       AGG-CT-GT-CTGGGG--C-TTGT---T-T-T--GGGGACT---T-C-CTGC--TC-AAAAGAG-CAT-AAAT-CCCCTCAA---C-ACG-ATT-CGAT--CACTGTTC-CAT-----AA-CAC-AACTGT----A-T--C-AT-ACTTG-GG-GAT--TACA------T-C---AG---A-T-G-A-T-T-CGGGGAA-T-T--CCGT-GTTG-caaagtga
gi|6                          :                             -GT-TTTGGG-AC-TAAG---T-T-T--GGT--CT---G-CTC--C--TC-CA--GGG-CATCAAAGATCCTGCAA---C-ACG-GTCAC--T--C--TGCTC-AAA-----TA-TAC-AACTGT----A-A--CAATCGCTTG-GG-GATAAAAAA------T-A---A----G-TAG-A-GTT-T-GGGAA-T-GGCCCGATGTTG-caaagg
gi|7                          :                        GG-CT-GT-TTTGGG-AC-TAAG---T-T-T--TGGT-CT---G-CTC--C--TC-CA--GAG-CAT-AAAG-ACCTGCAA---C-A-G-GTC-C--T--C--TGCTC-AAT-----AA-TAC-AACTGT----A-A--CAAT-GCTT--GG-GAT-AAACATACTAGT-A---AG---G-T-G-A-G-T-C--GGAA-T-GC-CCGA-GTTG-caaagtga
gi|8                          :                            T-GT-TTGG---AA-TAAG---A-T-T--GGT--CT---G-C-C--C---C-TAC-GGG-CAT-AAAA-CCCTGC-A---C-ACG-TGC-C--T--C--TGCTCTCAT------A-TAC-A--CGT----A-TGACAATGGCTT--GG-GAT--AAC-------T-A---GG---T-TTGCC-G-T-C-GGGAT-T-G--CCCG-ATTG-ccaagtga
gi|9                          :              agagatcgGGGG-CT-GT-TTTGGG-AT-TAAG---T-T-T--TGGT-CT---G-CTC--C--TC-CA--GAG-CAT-AAAG-ACCTGCAA---C-ACA-GTC-C--T--C--TGCTC-AAT-----AA-TAC-AACTGT----A-A--TAAT-ATTTT-GG-GAT-AAACA------T-A---AG---G-TAT-G-G-T-T-AGGAA-T-GC-CCGA-GTTG-caatagttgga


blockSeqs                     :                          .  A  .      CA C T  GTTT  C TT   GA  .   T T TG AA  T  AA   .   C   GA   C    AAG C   CG  A GA CA AC     G   ACCAT  C   A      ATTG C GA    C    GA  T   AA    TACTAG AC     GTA T T C TG  C G     TGGC      G    C
blockSeqs                     :                          .  .  .      C  . T  GT    . T    T   .   . T TG AA  .  C    .   .   T    C    AAG T   A   . GA .  AC     G   .      C   .      .    . .     G    G   .   T     T      CA     .   . A . GT  . .     TGGC      T    A
blockSeqs                     :                          .  .  .      A  . T  TG    . T    T   .   . T A  G   .  .    .   .   T    C    A   .   A   . GA .  .      T   .      .   .      .    . .     .    G   .   T     G      C      .   . T . T   . .     TTC       .    .
blockSeqs                     :                          .  .  .      G  . T  TA    . T    T   .   . T .  G   .  .    .   .   A    C    .   .   A   . .  .  .      .   .      .   .      .    . .     .    G   .   T     .      C      .   . A . T   . .     TTC       .    .
blockSeqs                     :                          .  .  .      A  . T  GT    . T    .   .   . . .  C   .  .    .   .   T    T    .   .   A   . .  .  .      .   .      .   .      .    . .     .    G   .   A     .      C      .   . A . T   . .     TTC       .    .
blockSeqs                     :                          .  .  .      C  . A  AT    . .    .   .   . . .  A   .  .    .   .   G    C    .   .   G   . .  .  .      .   .      .   .      .    . .     .    T   .   A     .      C      .   . A . T   . .     TTC       .    .
blockSeqs                     :                          .  .  .      G  . T  TG    . .    .   .   . . .  A   .  .    .   .   G    C    .   .   G   . .  .  .      .   .      .   .      .    . .     .    G   .   A     .      A      .   . A . G   . .     TGC       .    .
blockSeqs                     :                          .  .  .      A  . T  TG    . .    .   .   . . .  C   .  .    .   .   T    T    .   .   T   . .  .  .      .   .      .   .      .    . .     .    G   .   A     .      C      .   . A . G   . .     TGT       .    .
blockSeqs                     :                          .  .  .      C  . A  AT    . .    .   .   . . .  A   .  .    .   .   G    C    .   .   A   . .  .  .      .   .      .   .      .    . .     .    G   .   A     .      C      .   . A . G   . .     TGC       .    .
blockSeqs                     :                          .  .  .      A  . T  AT    . .    .   .   . . .  G   .  .    .   .   G    T    .   .   A   . .  .  .      .   .      .   .      .    . .     .    G   .   A     .      A      .   . A . T   . .     AGA       .    .
blockSeqs                     :                          .  .  .      C  . A  GA    . .    .   .   . . .  A   .  .    .   .   G    T    .   .   A   . .  .  .      .   .      .   .      .    . .     .    G   .   A     .      A      .   . A . G   . .     TGG       .    .
blockSeqs                     :                          .  .  .      A  . C  TG    . .    .   .   . . .  C   .  .    .   .   G    T    .   .   G   . .  .  .      .   .      .   .      .    . .     .    G   .   G     .      A      .   . A . G   . .     TTC       .    .
blockSeqs                     :                          .  .  .      A  . T  T     . .    .   .   . . .  G   .  .    .   .   A    C    .   .   A   . .  .  .      .   .      .   .      .    . .     .    T   .   A     .      C      .   . A . G   . .     TGC       .    .
blockSeqs                     :                          .  .  .      C  . T  T     . .    .   .   . . .  .   .  .    .   .   G    C    .   .   A   . .  .  .      .   .      .   .      .    . .     .    G   .   A     .      A      .   . A . G   . .     TGC       .    .
blockSeqs                     :                          .  .  .      A  . A  T     . .    .   .   . . .  .   .  .    .   .   T    T    .   .   G   . .  .  .      .   .      .   .      .    . .     .    G   .   A     .      A      .   . A . G   . .     TG        .    .
blockSeqs                     :                          .  .  .      A  . T  T     . .    .   .   . . .  .   .  .    .   .   G    A    .   .   A   . .  .  .      .   .      .   .      .    . .     .    G   .   A     .      C      .   . T . T   . .     TC        .    .
blockSeqs                     :                          .  .  .      A  . A  T     . .    .   .   . . .  .   .  .    .   .   T    T    .   .   G   . .  .  .      .   .      .   .      .    . .     .    G   .   A     .      C      .   . A . T   . .     TG        .    .
blockSeqs                     :                          .  .  .      A  . T  T     . .    .   .   . . .  .   .  .    .   .   G    C    .   .   A   . .  .  .      .   .      .   .      .    . .     .    T   .   A     .      A      .   . . . G   . .     TG        .    .
blockSeqs                     :                          .  .  .      C  . A  T     . .    .   .   . . .  .   .  .    .   .   G    T    .   .   G   . .  .  .      .   .      .   .      .    . .     .    .   .   A     .      A      .   . . . G   . .     TT        .     
blockSeqs                     :                          .  .  .      A  . A  T     . .    .   .   . . .  .   .  .    .   .   T    T    .   .   A   . .  .  .      .   .      .   .      .    . .     .    .   .   .     .      A      .   . . . G   . .     TG              
blockSeqs                     :                          .  .  .      A  . T  T     . .    .   .   . . .  .   .  .    .   .   T    C    .   .   A   . .  .  .      .   .      .   .      .    . .     .    .   .   .     .      A                                            
blockSeqs                     :                             .  .      A  . T  T     . .    .   .   . . .  .   .  .    .   .   G    C    .   .   G   . .  .  .      .   .      .   .      .    . .     .    .                                                                 
blockSeqs                     :                             .  .      A  . A  T     . .    .   .   . . .  .   .  .    .   .   A    T    .   .   G   . .  .  .      .   .      .   .      .    . .                                                                            
blockSeqs                     :                             .  .      .  . A  T     . .    .   .   . . .  .   .  .    .   .   G    T    .   .   T   . .  .  .      .   .      .   .             .                                                                            
blockSeqs                     :                             .  .      .  . A  A     . .    .   .   . . .  .   .  .    .   .   .    T    .   .   G   . .  .  .      .   .                                                                                                     
blockSeqs                     :                                .      .  . A  T     . .    .   .   . . .  .   .  .    .   .   .    T    .   .   .                                                                                                                            
blockSeqs                     :                                                     . .    .   .   . . .  .   .  .    .   .   .    .                                                                                                                                         


blockSeqCons                  :                                               T****            ***                                                          **                                                                  N****  ***       G**
originalCons                  :                      GAGG-CT-GT-TTGGGG-AC-TNAG---T-T-T--GGG--CT---G-C-C--C--TC-CA--GAG-CAT-AAAG-CCCCGCAA---C-ACG-GTC-C--T--C--TGCTC-CAT-----AA-CAC-AACCGT----A-T--CAAT-GCTTG-GG-GAT-AAACA------T-A---AG---G-TAG-A-G-T-C-GGGAA-T-G--CCGA-GTTG-CAAG
finalCons                     :                      GAGG-CT-GT-TTGGGG-AC-TNAGT----T-T--GGG--CT---G-C-C--C--TC-CA--GAG-CAT-AAAG-CCCCGCAA---C-ACG-GTC-C--T--C--TGCTC-CAT-----AA-CAC-AACCGT----A-T--CAAT-GCTTG-GG-GAT-AAACA------TN----AG---G-TAG-AG--T-C-GGGAA-T-G--CCGA-GTTG-CAAG





Alignments
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lowQualScore                  :                          1  1  1  0   44 1 1  33333 1 77   66  222 1 5 55 99  1  33   1   1   66   1    666 4   22  1 66 22 55     4   33333  4   1      3333 1 22    3    33  1        777777 6666  555 44 1  444 1 1     111111    4    4    
lowQualScore                  :                          .  .  .  .   .. . .  ..... . ..   ..  ... . . .. ..  .  ..   .   .   ..   .    ... .   ..  . .. .. ..     .   .....  .   .      .... . ..    .    ..  .        ...... ....  ... .. .  ... . .     ......    .    .    
lowQualScore                  :                          8  5  5  2   44 5 0  55555 4 77   22  555 4 7 44 66  4  44   4   4   22   0    777 4   00  5 33 11 88     6   88888  8   6      5555 7 22    5    77  8        000000 7777  222 55 2  000 9 9     333333    0    2    
consensus                     :                      GAGG-CT-GT-TTGGGG-AC-TNAG---T-T-T--GGG--CT---G-C-C--C--TC-CA--GAG-CAT-AAAG-CCCCGCAA---C-ACG-GTC-C--T--C--TGCTC-CAT-----AA-CAC-AACCGT----A-T--CAAT-GCTTG-GG-GATAAACA------T---CAG---G--TAGA-G-T-C-GGGAA-T-G--CCGA-GTTG-CAAG
Reference ( family-484 )      :                      GAGG-CT-GT-TTGGGG-AC-TNAG---T-T-T--GGG--CT---G-C-C--C--TC-CA--GAG-CAT-AAAG-CCCCGCAA---C-ACG-GTC-C--T--C--TGCTC-CAT-----AA-CAC-AACCGT----A-T--CAAT-GCTTG-GG-GATAAACA------T---NAG---G--TAGA-G-T-C-GGGAA-T-G--CCGA-GTTG-CAAG
gi|1                          :                      GAGGACT-GTGTTTGGG-AC-TAAAGT-T-T-T--TGG--TTCTGG-C-T--C--TC-CA--GAGTCAT-AAGA-CCTGCCAA---CGACG-GTC-C--T--CA-TGCTC-AGT-----AAATAC-AACTGT----A-T--CAA--GCTGG-GG-GAGTAACA------TAGATAGT--G--TAGATG-T-C-GGGAG-T-AC-CCGA-GTTG-
gi|10                         :                      aAGG-CT-GT-CTGGGG--C-TTAG---T-T-TT-GGG--CT---T-C-C--T--GCTCA--AAG-CAT-AAAT-CCCC-CAA---C-ACG-ATT-CGAT--CACTGTTC-CAT-----AA-CAC-AACTGT----A-T--CAAT-ACTTG-GG-GATTAACA------T---CAG---A--TTGA-T-T-C-GGGAATT-C--CCGT-GTTG-caaagtga
gi|11                         :                        GG-CT-GT-CTGGGG-CC-TTAGG--T-T-T--GGG--CT---G-C-C--TG-CC-CA--GAG-CAT-AAAT-CCCCGCAA---C-ATG-ATT-C--T--C--TGCTC-CAT-----AA-CAC-AATTGT----A-T--CAAT-GCGTGAGG-GATTAACA------T---CAG---A--TAAA-T-T-T-TGGAATT-C--CCGA-GTTG-caaagg
gi|12                         :                       AGG-CT-GT-CTGGGG--C-TTAG---T-T-T--TGG--CT-----C-CTGC--TC-CA--AAG-CAT-AAAA-TCCCCCAA---C-ACG-ATT-CGATCAC--TGTTC-CAT-----AA-CAC-AACTGT----A-T--CAA--ACTGG-GG-AATTAACA------TTA-CAG---A--TTGA-T-T-C-GGGAATT-C--CCGT-GTTG-caaagcg
gi|13                         :                        GG-CT-GT-TTGGGG-AC-TTAG---T-T-TT-GAG--CT---G-C-C--T--GC-CA--GAG-CAT-TAAT-CCCCGCAA---A-ATG-ATT-C--T--C--TGCTT-CAT-----AA-CAC-AACTGC----A-T--GAAT-GTTTG-GG-GATAAATA------T---CAG---A--TAGT-T-T-C-GGGAATT-C--CCGA-ATTG-caaa
gi|14                         :                         G-CT-TT-TTGGGG-GC-TTAG---T-T-TT-GGG--CT---G-C-C--CG-TC-CA--GAG-CGT-AAAG-CCT-GCAA---C-ACG-GTC-A--T--C--TGCTC-CATACCATAA-CAC-AACCGT----A-T--CAAT-GCTTG-GG-GATAAACA------T---CCG---G--TAGA-G-T-C-GGGGA-T-GC-CCGA-GTTG-caaagtg
gi|15                         :                               T-TTGGGG-AC-TAAAGTTT-T-T--GGT--CT---G-C-T--C--CT-AA--GAG-CAC-AAAG-ACCTGCAAA--C-ACG-GTC-C--T--C--TGCTC-AAT-----AA-TAC--ACTGT----T-T--C-AT-GCTT--GG-GATAAA-A------T---AGG---G--TAGA-G-TCC-GGGAA-T-G--GCGA-GTTG-caa
gi|16                         :                   gtgtAGG-CT-GT-CTGGGG-CC-TTAG---TGT-T--TGG--CT---G-C-C--CC-TC-CA--GCG-CAT-AAA--CCTCGCAA---C-ACG-TTT-T--T--C--TGCTC-CAT-----AA-CAC-AACCAT----A-T--CAAT-GCTTT-GG-TATAAACA------T---CAA---A--TAGT-G-T-C-GGGAA-T-GT-CCGA-ATTG-caaagtgg
gi|17                         :                       AGG-CT-AT-TTGGGG-GCCTTAG---TAT-T--GGG--CT---G-C-C--CA-CC-CA--GAG-CAT-A--T-TCCCGAAT---C-ACG-AT-----T--C--TGCTC-CAT-----AA--ACAAACTGT----A-T--CAAT-GCTTG-GG-GATAAACA------T---CAA---G--TAGA-T-T-C-GGAAT-T-C--CCGA-GTTGCCAAGcaaa
gi|18                         :                      GAGG-CT-GT-TTTGGG-AC-TAAG---T-T-T--GGT--CT---G-C-C--C--TC-CA--GAG-CAT-AAAG-CCCTGCAA---C-ACG-ATT-T--T--C--TGCTC-CAT-----AA-TAC-AACCGT----A-T--CAAT-ATTTG-GG-GATAAACA------T---AAG---G--TAGA-G-T-C-GGAAA-T-G--CCGA-GTTG-CAAGtg
gi|19                         :                      GAGG-CT-GT-CTGGGG-CC-TTAGG--T-T-T--GGG--CT---G-G-T--CA-CC-CA--AAG-CAT-AAAG-CGCCGCAA---C-AAG-ATC-C--T--C--TGTTC-CAT-----AG-CAC-AGCCGT----A-T--CCAT-GCTTG-G
gi|2                          :                      GAGG-CTAGT-TTTGGG-AC-TAAGA--T-T-T--GGT--CT---G-C-C--CC-TC-CA--GAG-CAT-AAAG-CCCTGCAA---CCACGCGTC-C--T--C--TGCTC-CAT-----AA-TAC-CAACGT----A-A--CAAT-GCTT---G-GATAAACA------T---
gi|20                         :                      GAGG-CT-GT-TTTGGA-CC-TCAG---T-TCT--GGG--CT---GTC-C--C--TC-TA--GAG-CAT-GAAG-TCCTGCAA---C-ACG-GTC-C--T--C--CGCAG-CAT-----AA-CAC-AACCAT----A-T--CAAT-GCTacaatgtaaggtttgagcggtattgcttgagtgccaaagtga
gi|21                         :                                                   -T-T--AGG--CT---G-C-T--CA-TC-CA--GAG-CAT-AACA-CCCTGCA--------------------------TC-CAT-----AA-CAC-AACCAC----A-T--CACT-GCTTG-GG-GATGAACA------T---CAA---G--GAGA-G-T-C-AGGAA-T-G--TC
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gi|23                         :                          aaT-GT-CTGGGG-AC-TTAG---TGT-T--GGG--CT---G-G-C--CAATC-CA--GAG-CAT-AAA--TCGCGCAAAAGC-ACG-ATT-C--T--C--TGCTCGCAT-----AACCAC-AGCgcacaga
gi|24                         :                    aaGATG-CT-GT-TTTGGG-CC-TACGA--T-T-T--GAG--CT---G-C-TA-C--TC-CA--GAG-TAT-AAAG-CCCTGCAA---C-ACG-GTC-C--T--C--TGCTC-CAT-----AA-TAC-AACCCT----A-T--gcacag
gi|25                         :                      GAGA-CT-GT-CTGGAG-AC-TTAGA--T-T-T--GGG--CT---T-C-C--TG-CC-CA--GAG-CAT-AAAT-CCCAGCTA---A-ACG-ATT-C--T--C--TGTTC-CAT-----AA-CAC-AACTGT----A-T--
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gi|28                         : ttttggactgccaatccagagGAGG-CT-GT-TTTTGG-AC-TAAG---GAT-T--GGT--CT---G-CTC--C--TC-CA--GAG-CAT-AAAG-ACCTGTAA---C-ACG-GTC-C--T--C--TAATC-AAT-----
gi|29                         :                      GAGA-AT-GT-CTGGGG-AC-TTAG---TGT-T--GGG--CT---G-C-C--AA-TC-CA--GAG-CAT-AAAT-CCCCGCAA---C-ACG-ATg
gi|3                          :                     aGAGG-CT-GT-TTTGGGCAC-TAAG---T-T-TTTGGT--CT---G-C-C--CC-TC-CA--GAG-CAT-AAAG-CCCT-CAA---TTGCG-GTC----T--C--TGCTC-CAT------A-CAC-AACCGT----ACT--CAAT-GCTTT-GG-GATAAACA------T---AAG---GT-TAGATG-T---GGGAA-T-GGCCCGA-TTTt
gi|30                         :                        aG-CT-GT-TTTTGG-AC-TAAG---T-T-T--TGGT-CC---G-C-T--C--CT-CA--GAG-CAT-AAAG-ACCTGCtgccaaagtga
gi|31                         :                                                                                                                                                                         agaG-GG-GATAAACA------T---AAG---G--TAGA-G-T-C-GGGAA-TGG--CCGA-GTTG-
gi|4                          :                      GAGG-CT-GT-GTGGGG-CC-TTAG---T-T-TT-GGG--TT---G-C-C--TG-CC-CA--GAG-CAT-GAAT-CCCCGCGA---C-ACG-AGT-A--T--C--TGCTC-CAT-----AA-CAC-AACTGTATTGA-T--CAAT-GCTTG-GG-GATAAACA------T---CAG---A--TAGA-T-T-C-GGGAATT-C--CCGA-GTTG-caaagaga
gi|5                          :                       AGG-CT-GT-CTGGGG--C-TTGT---T-T-T--GGGGACT---T-C-CTGC--TC-AAAAGAG-CAT-AAAT-CCCCTCAA---C-ACG-ATT-CGAT--CACTGTTC-CAT-----AA-CAC-AACTGT----A-T--C-AT-ACTTG-GG-GAT-TACA------T---CAG---A--T-GA-T-T-CGGGGAA-T-T--CCGT-GTTG-caaagtga
gi|6                          :                             -GT-TTTGGG-AC-TAAG---T-T-T--GGT--CT---G-CTC--C--TC-CA--GGG-CATCAAAGATCCTGCAA---C-ACG-GTCAC--T--C--TGCTC-AAA-----TA-TAC-AACTGT----A-A--CAATCGCTTG-GG-GATAAAAA------A---TAA---G--TAGA-GTT-T-GGGAA-T-GGCCCGATGTTG-caaagg
gi|7                          :                        GG-CT-GT-TTTGGG-AC-TAAG---T-T-T--TGGT-CT---G-CTC--C--TC-CA--GAG-CAT-AAAG-ACCTGCAA---C-A-G-GTC-C--T--C--TGCTC-AAT-----AA-TAC-AACTGT----A-A--CAAT-GCTT--GG-GATAAACATACTAGT---AAG---G--T-GA-G-T-C--GGAA-T-GC-CCGA-GTTG-caaagtga
gi|8                          :                            T-GT-TTGG---AA-TAAG---A-T-T--GGT--CT---G-C-C--C---C-TAC-GGG-CAT-AAAA-CCCTGC-A---C-ACG-TGC-C--T--C--TGCTCTCAT------A-TAC-A--CGT----A-TGACAATGGCTT--GG-GATA---A------C---TAG---GTTTGCC-G-T-C-GGGAT-T-G--CCCG-ATTG-ccaagtga
gi|9                          :              agagatcgGGGG-CT-GT-TTTGGG-AT-TAAG---T-T-T--TGGT-CT---G-CTC--C--TC-CA--GAG-CAT-AAAG-ACCTGCAA---C-ACA-GTC-C--T--C--TGCTC-AAT-----AA-TAC-AACTGT----A-A--TAAT-ATTTT-GG-GATAAACA------T---AAG---G--TATG-G-T-T-AGGAA-T-GC-CCGA-GTTG-caatagttgga