lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 55555555555555555555 1 11 1111 22 2 111111 555555555555555555 333333333333333333333333333333333 333333333333333333333 11111 0000000000000000000000000000000000000000000 333 1111111111111
lowQualScore : 5 00 55555555555555555555 2 5 1 55 0000 99 5 4 3 33 2 111111 444444444444444444 2 444 666 1 66 1 44 999999999999999999999999999999999 44 44444 1 444444444444444444444 333 1 3333 55555 1 555555 3333 22 2 22 55555 1111111111111111111111111111111111111111111 77 66666 444 2 4 9999999 2 7777777777777 3 44 6 3
lowQualScore : . .. .................... . . . .. .... .. . . . .. . ...... .................. . ... ... . .. . .. ................................. .. ..... . ..................... ... . .... ..... . ...... .... .. . .. ..... ........................................... .. ..... ... . . ....... . ............. . .. . .
lowQualScore : 7 77 33333333333333333333 5 7 4 33 6666 99 0 0 7 99 9 333333 555555555555555555 5 444 000 8 11 8 33 222222222222222222222222222222222 11 33333 7 222222222222222222222 333 9 9999 22222 8 222222 9999 66 0 66 33333 9999999999999999999999999999999999999999999 33 77777 777 7 3 7777777 9 3333333333333 1 22 2 1
consensus : GCTGTC-ACAGCATTATTTT------GGG------ACNA-GGTCCCTTGAGATTG-G-AAAAT-TAGC----ATCATTTT-GAA-TCAAATT-GGGAAATTTTCAAGG--AAAT-A------AATTAT-A----AA---ACAT--AG-AA---ATG--GAATTT-TT--CTTA-AAA--TC---A--------TGTT--------------AA-TAAAA--GCA-----A-TAA-----GT-----AACT-C-AGGAA---AT-AAATGGC----T----CA-T------A----A--ATAT-CTTTA--TGATATAA-----AG---------C----A------T----------N----------AAACAGTT--T-----AATGGAG---ACAATCTGCCAATTACATT-----AA-CA------T----TNGT-G--TTTTC-TT-ATTTACTAAACATT
Reference ( gi|2 ) : GCTGTC-ACAGCATTATTTT------GG-------ACTG-GGTCCCTTGAGATTG-G-AAAAT-AAGC----ATCATTTTAGAA-TCAGATTTGGGAAATTTTCAAGG--AAAT-A------AATTAT-A---TAA---AC-T--AG-AA---ATA--GAATTT-TT--CTTA-AAA--TC---T--------TGTT--------------A--TAAAA--GCA-----A-TAA-----GC-----AACT-C-ATGAA---AT-AAATGGC----T----AA-T------A----A--ATAT-CTTTA--TGATATAA-----AG---------C----A------T----------T----------AAACAGTT--T-----AATGGAGA-CACAATTTGCCAATTACATT-----AA-CA------T----TGGT-G--TTTTT-TT-ATTTACTAAACATT
gi|1 : GCTGTC-ACAGCATTATTTT------GG-------ACTGCGGTCCCTTGAGATTG-G-AAAATCAAGC----ATCATTTAGAAA-TCAGATTTGGGAAATTTTCAAGG--AAAT-A------AATTAT-A---TAA---AC-T--AG-AA---ATA--GAATTT-TT--CTTA-AAA--TC---T--------TGTTA-------------A--TAAAA--GCA-----ACTAA-----GC-----AACT-C-ATGAA---AT-AAATGGC----T----AA-T------A----A--ATAT-CTTT---TGATATAA-----AG---------C----A------T----------TA---------AAACAGTT--T-----AATGGAGA-C-CAATTTGCCAATTACATT-----AA-CA------T----TGGT-G---TTTT-TT-ATTTACTAAACA
gi|3 : gGCTGTC-ACTGCAT-ATTTT------GGGAAAGGGACCA-GGTCCCTTGAGATTGTG-AAAAT-TAGC----ATCATTTT-GAA-TCTAATT--GGAAATTTTCAAGG--AAATGA------AATTA-------AA---ACAT--AG-AA---ATG--GAAATT-TT--CTGA-GAA--AC---A--------TGTT--------------AA-TATAA--GCA-----A-TAA-----GT-----AAATAC-AGGAA---AT-AAATGGT----T----CA-T------A----A--ACAT-CTTTA--TAATATAA-----AGCAAT-----C----A------T----------G----------AAACAGTT--T-----AATATCTA-GACAATCTGCCAAGTACATG-----AA-
gi|4 : caggGCTGTC-ACAGTAT-ATTTT------GG-------GAAA-AATCCCTTGGGATTG-GGAAAAT-TAAC----ACCAATTT-GAA-TCTAATT-GGGAAATGTTCAAGG--AAAT-A------AATTGT-AAGTTAACATAC-T--TGTAA---GTA--GAATTT-TT--CTTA-AA-----------------------------------------------A-----A-TAA-----G--------GT-T-AT-AA---AT-AAAT--T----T----AA-T------A----A--GTAA-TTTTA--TG--------------------------------------------------------AAACAGTT--TCTGTAAATGGAG---ACAATCTGCCAATTACATT-----CA-CA------T----TTGT-GATTTTTC-TT-ATTCACTTAACTTTa
gi|33 : gGCTGTC-ACAGCA-TATTTTGGCACGGG-------ACCA-GGTCCCTTGga
gi|32 : tatcaagGCTGTC-ACA-CAATATTTT------GGGACAGGGACCA-GGTCCCTGGAGA
gi|12 : ttgtccatgCTGTG-ACAGCAT-ATTTT------GGG------ACAC-GGACC----AGATTG-G-GAAAT-TAAT----AGCATTTT-GAA-TCAAATT-GGGAAATTTTCATGG--AAAT-G------AATTAT-A---------ACAG--AG-AA---ATG--GAATTT-TT--CTTA-AAA--TC---A--------TGTTC-------------A--AAAAA--GAA-----A-TAA-----
gi|5 : gggctgtcaCTGTCCATAGCAT-ATTCTTG----GG-------GCAA-GGTAC--TGAGATTG-G-GAAAG-AGGTTTAGATCATTTGAAAGGTCAAATT-GGGAAATTTTCGAGGGAAAAT-AAT----AATCA--A---TAA---AC-TTAAG-AA---ATAAGGAATTT-TC--CTTATAAA--TCAAGT--------GGTTA-------------A--TAAAAACGCA-----A-TAC-----ACCGATAAACT-C-AAGAAAATAT-AATTGGCGTCAT----GATT------A----AATATAT-CTGTA--TAATaaaattgggaaattttcatggaaatgaa
gi|14 : CTTGAGATGG-A-AAAAT-TAGC----GTCATTT--GAA-TGGAAATTGGGATTTTTTCAAGG--AAAT-G------AATCAT-------A---AC------------ATA--CA-----------CA-AAA-----------------GAG--------------A--TGAAA--GCAATAATA-TAA-----GT-----ATCTCC-AGGAA---ATAAAATGAC----T----CA-T------A----A--ATAT-CTTTA--TGATATGA-----AGGATATAAGTC----A------T----------G----------AAACAGT
gi|22 : GAGATTG-GGAAAAT-TAAC----ATCATTTT-GAA-TGAAATT-GGGAAATTTCCAAGG--AAAT-A------A----T-A---TAA---CA-T--AG-AA---ATG--GAATTT-TT---TTA-AAA--TA---A--------TGTC--------------AA-TAAAA--GCA-----A-TAG-----GT-----A
gi|21 : ----ATCATTTT-GAA-TCAAATT-GGGAAAATTTCAAGA--AAAT-ATCTTTAAATTATCA---CA-------T--AG-AA---ATG--GAATTT-TT--CTTA-AAA--------------------------------------------GTA-----A-TAA-----GT-----TACT-CTAGGAA---AT-AAATGGC----T----CA-T------A----
gi|7 : TTGGGAAATTTTCATGG--AAAT-G------AATTAT-A---------ACAG--AG-AA---ATG--GAATTT-TT--CTTA-AAA--TCA--TCA------TGTTC-------------A--TAAAA--GCA-----A-TAA----------------------------T-AAATGAC----C----CA-T------A----A--ATAT-CTTTA--TGATATAA-----AG---------C----A------TA---------TACATGTCATGAAACAGTT--T-----AATGGAG---ACAAGCTGCCAATTACATA-----AA-CA------T----TTGTGG--TTTTC-TT-ATTCACTAAACA
gi|28 : aaAAGG--AAAT-A------AATTA--A---CA-------T--AC-AA---ATA--GAATGT-TT--CTTA-AAA--TC---A--------TGT------------------TAAAA--GCA-----A-CAA-----GT-----AACTCC-AGGAA---AT-ATATatga
gi|26 : aAAGG--AAAT-A------AATCAT-AGCTCGC---AT-T--AG-AT---ATG--GAATTTATT--CTTA-AAA--TC---G--------TGTT--------------AA-TAAAA--CC-------------------------CC-C-AGGAA---AT-AAATGGC----C----CA-C------A----A--ATaaa
gi|6 : AGA--AAAT-A------AATTAT-A---------ACAT--AC-CA---ATG--GAATTT-T---CTTA-AAAAATC---A--------TGTT--------------AA-TAAAA--GCA-----A-TAA-----GTGA---AACT-CCAGCAA---AT-AAATGGT----T----CA-T------A----A--TT-T-CTTTA--CGATATAA-----AA---------T----A------TATATGTTTT-T----------AAACAGTTAAT-----AATGAAG---ACAATCTGCCAAATACAAT-----AAGAA------T----TGA--G--TTTTT-CT-TTTCA--AAACATT
gi|8 : GG--AAAT-A------AATCAT-G---------ACAT--AG-AATTCATT--GAATTT-TTTTCTTA-AAA--TC---A--------TGTT--------------AA-TAAAA--GCA-----A-TAA-----GT-----ACCT-CCAGGAA---AT-AAATGAC----T----CA-T------A----A--ATAT-CTTTA--TGATATGA-----AG---------G----AAATAAGT----------CAG--------AAACAGTT--T-----GATGGAG---ACAATCTGCCAAATACAAT-----AA-CA------T----TAGT-G--TTTTT-CTGATTTACTAACCATTactttataacattgag
gi|9 : G--AAAA-A------AAGCAT-A---------ACAT--AT-AT---ATG--GAATTT-TT--CTTA-AAAA-TC---A--------TGTT--------------AA-TAAAT--GCA-----A-TGA-----AC-----AACT-CCAGGAA---AT-AAATGGC----T----CA-T------A----A--ATAT-CTTTA--TGATATAG-----AG---------CAATAA------T----------TATGTGTCATGAAACAGTT--T-----AATGGAG---ATAATTTGCAAATTTCATT-----AA-CA------T----TAGC-A--TTTTT-C---TTTATTAAACATTg
gi|24 : a------AATTAT-A---------AC-GG-AG-AA---ATT--GAATTT-TT--CTTA-AAA--TC---TTAAAATCATGTTA-------------A--TAAAA--GCA-----A-T-A-----GTAA---AACT-C-CAGGA---AT-AAATGGC----T----CA-T-----------A--ATAT-CTTTA--TGATATg
gi|17 : ---AT-T--AG-GC---ATG--GAATTT-TTT-CTTA-AAA--TT---G--------TGTT--------------A-----------------A-TA----------------------GAA---A----ATGGC----T----CA-C------A----A--ATAT-CTTTA--TGATATAA-----AGTTCATATGTC----A------T----------G----------AAACAGTT--T-----AATGGAG---ACTATTTACTAA--ACATT-----
gi|10 : acTG--GAATTT-TT--CTTA-AAA--TC---A--------TGTTTACTTATCATGTTAA--TAAAA--TAA-----G-TAA------------AACT-CCAGGAA---AT-AAATGGC----T----CA-T------A----A---TAT-CTCTA--TGATATAA-----AGGATATATGTC----A------T----------G----------AAACAGTT--T-----AATGGAG---ACAATCTGCGAAATACAAT-----AA-CATTCAATT----TTGT-G--TTTTTCTT-CTTTACCAAACATT
gi|15 : TG--GAATTT-TTT-CTTA-ATA--TC---A--------TGTT--------------AA-TAAAA--AC-------------------------TT-C-AGGAA---AT-AAATGGT----T----CA-C------A----A--ATAT-CTTTA--TGATATAA-----AGTACATATGTC----A------T----------G----------AAACAGTT--T-----AATGGAG---ACAATATGCCA---ACA-----------------------------------C-TT-ATTTACTAAACATTg
gi|13 : ct--GAATTT-AT--CTTA-AAA--TC---A--------TGTTA-------------A--CAAAA--GCA-----A-TAA-----GT-----AACTCC-AGGAA---AT-AAATGAT----------A-T------AAAGCA--ATGTAATTTAATTAATACAATTCATGT---------C----A------T----------G----------AAACAGTT--T-----AATAGAG---ACAATCTGCCAATTAC-TA-----AA-CA------TAAA-TAGT-G--TTTTC-TT-TTTTACTAAACATTga
gi|16 : gAATTT-TT--CTTA-AAA--TC---A--------TGTT--------------AA-TAAAA--GCA-----A-CAA-----GT-----AACT-CCAGGAA---AT-AAATGAA----C----CA-T------A----A--TTAT-CTTTA--TGATATAA-----AG---------C----A------T----------gag
gi|11 : TTT-TT--CTTA-AAA--TC---A--------TGTTGAT-----------A--TAAAAA-GCA-----A-TAA-----GT-----AACTCC-AGGAA---AG-AAATGAC----TCATAAA-TATGATAA----A--ATAT-CTGTA--TGATATAA-----AGCAAATATGTC----A------T----------G----------AAAC-GTTTAT-----AATGGATATCAT-ATCTG-CAATATCATT-----AA-CA------TATTGTGTT-G--TTTCG-TT-AATTA-TATACATTatacatacatgtatttgtcatgaaacagtttagcggtaatggagacaa
gi|25 : TT-TT--CTTC-AAA--TC---A--------TGTT--------------AAATGAAA--GCA-----G-AAA-----GT-----AACC-CCAGGAA---AT-AAATGAC----T----CA-T------A----A--ATAT-CTTTG--TGATATAA-----AG---------C----A------T----------T----------gg
gi|18 : --------------A--TGAAA--GCA-----A-TAATATAAGT-----ATCT-CCAGGAA---AT-AAATGAC----T----CA-T------A----A--ATAT-CTTTA--TGATATGA-----AG---------G----A------TA---------T----------AAtatcacatgtt
gi|19 : tcaaggaaatgaatcataacatacacaaagagAATGAC----C----CA-T------A----A--ATAT-CTTAA--TGATATAA-----AG---------C----A------TATATATGTCATG---------AAACACTT--T-----AATGGAGA-CAATCTTTG--AATTACATTTTTAAAA-CA------T----TTGT-G--TTTTC-TT-ATTTACTAAACATgtcatgaaacag
gi|20 : TGGC----T----CA-C------A----A--ATAT-CTAAA--TGATATAC-----AG---------T-----------------------------------ACAGTA--T-----AATGGAG---ACAATCTGCCA---ACA-----------------------------------C-TT-ATTTACTAAACATT
gi|29 : gaattagacgtggaattttttcttgaaatcgcattatTA--T-ATATAA-----AGGATATGT--C----A------T----------G----------AAACAGTT--T-----AATGCAGA-CA--ATCTGCCAATTACACT-----AA-CA------T----TTGT-G--TTTTTCTT-ATTTAgag
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): AGGGCTGTTACACCATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTATAACT
Unaligned ( gi|27 ): AAGATATAAATCATAGCTCGCATTAGATATGGAAGATTTATTCTTAAAATCGTGTTAATAAATACCCCCAGGAAATAAATGGCCCACAA
Unaligned ( gi|30 ): TATAAAGGATACATGTTAGATACATGAAAGAGTTAGATGGAAACAATCTGCCAAATACAATTCTTTCCTAAACATTGAG
Unaligned ( gi|31 ): TTTTGGATCAAATTGGGGAATTAAATCATAAAAGAAAAATGGAATTTTTCTTAAAATTATGTTAATACCAAAGAGGTAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2 33333333333333333333333 1 11111 111 222222222 111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111 1111111 111111111111111111
lowQualScore : 5 1 5 00000000000000000000000 1 5 0 22222 5 77 111 3 3 3 22 666666 2 22 555555555 7 333 1 333 22 22 3 66 55555555 1 33 22 444 8888888888888 1 222 22 1 22 1 1 44444 6666666 555 222 1 1 7777777777 3333 555555 1 22 55555 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 222222 55555 33 33 4 2 4 0000000 333333333333333333 33 2
lowQualScore : . . . ....................... . . . ..... . .. ... . . . .. ...... . .. ......... . ... . ... .. .. . .. ........ . .. .. ... ............. . ... .. . .. . . ..... ....... ... ... . . .......... .... ...... . .. ..... ........................................................... ...... ..... .. .. . . . ....... .................. .. .
lowQualScore : 0 6 0 44444444444444444444444 1 0 0 55555 0 44 000 6 3 3 99 111111 1 88 999999999 6 333 9 333 33 11 0 55 44444444 5 55 11 222 5555555555555 5 777 11 5 11 8 6 00000 2222222 555 999 7 7 3333333333 5555 000000 9 55 00000 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 555555 66666 11 11 4 2 2 7777777 666666666666666666 77 7
consensus : GCTGTC-ACAGCATTATT-TTGG-----GA------CN------A-GGTCCCTTGAGATTG-G-AAAA-----TTA-GCATCATTTT-GAA---TC-AAA-TT-GGGAAATTTTCAAGG--AAA------T-A--AATCATA-A---A--ACAT-A---G-AA---AT--GGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCA--T---GT-------------TAA-T---A--AA-A--GCAA-TA-----AGT--AA--CT-C-AGGAA---AT-AAATGGC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATAA-----AG-A--TA--------C---------------------A---------TG-----------AAACAGTT------T-----AATG--GAG--A-CA-ATCTGCCAATTACATT-----AACA------T---TNGT-G--T--TTTC-TTATTTACTAAACATT
Reference ( family-48 ) : GCTGTC-ACAGCATTATT-TTGG-----GA------CN------A-GGTCCCTTGAGATTG-G-AAAA-----TTA-GCATCATTTT-GAA---TC-AAA-TT-GGGAAATTTTCAAGG--AAA------T-A--AATTATA-A---A--ACAT-A---G-AA---AT--GGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCA--T---GT-------------TAA-T---A--AA-A--GCAA-TA-----AGT--AA--CT-C-AGGAA---AT-AAATGGC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATAA-----AG--------------C---------------------A---------TN-----------AAACAGTT------T-----AATG--GAG--A-CA-ATCTGCCAATTACATT-----AACA------T---TNGT-G--T--TTTC-TTATTTACTAAACATT
gi|1 : GCTGTC-ACAGCATTATT-TTGG------A------CT------GCGGTCCCTTGAGATTG-G-AAAA-----TCAAGCATCATTTA-GAAA--TC-AGA-TTTGGGAAATTTTCAAGG--AAA------T-A--AATTATATA---A--AC-T-A---G-AA---AT--AGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCT--T---GT-------------TAA-T---A--AA-A--GCAACTA-----AGC--AA--CT-C-ATGAA---AT-AAATGGC-TAAT----------A----A------ATAT-CTTT---TGATATAA-----AG--------------C---------------------AT--------TA-----------AAACAGTT------T-----AATG--GAG--ACCA-ATTTGCCAATTACATT-----AACA------T---TGGT-G--T--TTT--TTATTTACTAAACA
gi|10 : gT--GGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCA--T---GTTTACTTATCATGTTAA-T---A--AA-A-------TA-----AGT--AAAACT-CCAGGAA---AT-AAATGGC-TCAT----------A----A-------TAT-CTCTA--TGATATAA-----AGGATATATGT-----C---------------------A---------TG-----------AAACAGTT------T-----AATG--GAG--A-CA-ATCTGCGAAATACAAT-----AACATTCAATT---TTGT-GT-T--TTTC-TTCTTTACCAAACATT
gi|11 : --TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCA--T---GT-------------TGA-TATAA--AA-A--GCAA-TA-----AGT--AA--CTCC-AGGAA---AG-AAATGAC-TCATAAATATGATAA----A------ATAT-CTGTA--TGATATAA-----AGCAAATATGT-----C---------------------A---------TG-----------AAAC-GTTTA----T-----AATG--GAT--ATCATATCTG-CAATATCATT-----AACA------TA--TTGT-G--TTGTTTCGTTAATTA-TATACATTg
gi|12 : CTGTG-ACAGCAT-ATT-TTGG-----GA------CA------C-GGACC----AGATTG-G-GAAA-----TTA-ATAGCATTTT-GAA---TC-AAA-TT-GGGAAATTTTCATGG--AAA------T-G--AATTAT------A--ACAG-A---G-AA---AT--GGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCA--T---GT-------------TCA-A---A--AA-A--GAAA-TA-----AA---AA--AT-T-GGGAA---AT-gg
gi|12 : gggctgtca-AAA-TT-GGGAAATTTTCATGG--AAA------T-G--AAtttcatggaaatgaa
gi|13 : gggctgtcactgtgacagcatattttgggacacggaccagattgggaaattaatagcattttgaatcaaattgggaaattttcatggaaatgaattataacagagaaatggaatttttcttaaaatcatgttcaaaaaagaaataaa--GGAA--TTT-AT--CTT--------A-AAA--TCA--T---GT-------------TAA-C---A--AA-A--GCAA-TA-----AGT--AA--CTCC-AGGAA---AT-AAATGA---TAT----------AAAGCA------ATGTAATTTAATTAATACAATTCATGT--------------C---------------------A---------TG-----------AAACAGTT------T-----AATA--GAG--A-CA-ATCTGCCAATTAC-TA-----AACA------TAAATAGT-G--T--TTTC-TTTTTTACTAAACATT
gi|14 : CTTGAGATGG-A-AAAA-----TTA-GCGTCATTT--GAA---TGGAAA-TT-GGGATTTTTTCAAGG--AAA------T-G--AATCATA-A---C--ATAC-A---C-AA---AA--GAGA------------T--------G-AAA--GC-----------------------AA-T---A--A-------TA-TA-----AGT--AT--CTCC-AGGAA---ATAAAATGAC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATGA-----AGGATATAAGT-----C---------------------A---------TG-----------AAACAGTgag
gi|15 : T--GGAA--TTT-TTT-CTT--------A-ATA--TCA--T---GT-------------TAA-T---A--AA-A--AC-------------------TT-C-AGGAA---AT-AAATGGT-TCAC----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATAA-----AGTACATATGT-----C---------------------A---------TG-----------AAACAGTT------T-----AATG--GAG--A-CA-ATATGCCA---ACA-----------------------------------C-TTATTTACTAAACATT
gi|16 : ctAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCA--T---GT-------------TAA-T---A--AA-A--GCAA-CA-----AGT--AA--CTCC-AGGAA---AT-AAATGAA-CCAT----------A----A------TTAT-CTTTA--TGATATAA-----AG--------------CATATACATACATGTATTTGTCA---------TG-----------AAACAGTTTAGCGGT-----AATG--GAG--A-CA-Aga
gi|17 : --ACATTA---G-GC---AT--GGAA--TTT-TTT-CTT--------A-AAA--TTG--T---GT-------------TAA-T---A--GA-A----------------------------------------AATGGC-TCAC----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATAA-----AGTTCATATGT-----C---------------------A---------TG-----------AAACAGTT------T-----AATG--GAG--A-CT-ATTTACTAA--ACATT-----
gi|18 : TCAAGG--AAA------T-G--AATCATA-A---C--ATAC-A---C-AA---AG--AGA-------------T--------G-AAA--GCA--A------------------TAA-T---A-------------TA-----AGT--AT--CT-CCAGGAA---AT-AAATGAC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATGA-----AGGATATAAGT-----C---------------------A---------TG-----------AAACAG
gi|19 : AATGAC-CCAT----------A----A------ATAT-CTTAA--TGATATAA-----AG--------------C---------------------A---------TATATATGTCATGAAACACTT------T-----AATG--GAG--A-CA-ATCTTTGAATTACATTTTTAAAACA------T---TTGT-G--T--TTTC-TTATTTACTAAACAT
gi|2 : GCTGTC-ACAGCATTATT-TT-G-----GA------CT------G-GGTCCCTTGAGATTG-G-AAAA-----TAA-GCATCATTTTAGAA---TC-AGATTT-GGGAAATTTTCAAGG--AAA------T-A--AATTATATA---A--AC-T-A---G-AA---AT--AGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCT--T---GT-------------T-A-T---A--AA-A--GCAA-TA-----AGC--AA--CT-C-ATGAA---AT-AAATGGC-TAAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATAA-----AG--------------C---------------------A---------TT-----------AAACAGTT------T-----AATG--GAGACA-CA-ATTTGCCAATTACATT-----AACA------T---TGGT-G--T--TTTT-TTATTTACTAAACATT
gi|20 : T-A---G-AC---GT--GGAA--TTT-TTT-CTT--------G-AAA--TC
gi|20 : gaatTGGC-TCAC----------A----A------ATAT-CTAAA--TGATATAC-----AG--------------T---------------------A-------------------------CAGTA------T-----AATG--GAG--A-CA-ATCTGCCA---ACA-----------------------------------C-TTATTTACTAAACATTgcattattggctcacaaatatctaaatgatatacagtacagtataatggagacaatctgccaacacttatttactaaacattgag
gi|21 : gaattagacgtggaattttttcttgaaatcgcattatATCATTTT-GAA---TC-AAA-TT-GGGAAAATTTCAAGA--AAATATCTTT-A--AATTAT------C--ACAT-A---G-AA---AT--GGAA--TTT-TT--CT--------------------------------------------T---A--AA-A--GTAA-TA-----AGT--TA--CT-CTAGGAA---AT-AAATGGC-TCAT----------A----gag
gi|22 : GAGATTG-GGAAAA-----TTA-ACATCATTTT-GAA---TG-AAA-TT-GGGAAATTTCCAAGG--AAA------T-A--A--TAT------A--ACAT-A---G-AA---AT--GGAA--TTT-TT---TT--------A-AAA--TAA--T---GT-------------CAA-T---A--AA-A--GCAA-TA-----GGT--A
gi|24 : --AATTATA-A-------CGG-A---G-AA---AT--TGAA--TTT-TT--CTTAAAATCTTA-AAA--TCA--T---GT-------------TAA-T---A--AA-A--GCAA-T------AGTAAAA--CT-C-CAGGA---AT-AAATGGC-TCAT---------------A------ATAT-CTTTA--TGATAT
gi|25 : TT-TT--CTT--------C-AAA--TCA--T---GT-------------TAAAT---G--AA-A--GCAG-AA-----AGT--AA--CC-CCAGGAA---AT-AAATGAC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTG--TGATATAA-----AG--------------C---------------------A---------T
gi|26 : AAGG--AAA------T-A--AATCATA-G---CTCGCATTA---G-AT---AT--GGAA--TTTATT--CTT--------A-AAA--TCG--T---GT-------------TAA-T---A--AA-A--CC-------------------CC-C-AGGAA---AT-AAATGGC-CCAC----------A----A------ATttatcacatgtt
gi|27 : AAG--ATA------T-A--AATCATA-G---CTCGCATTA---G-AT---AT--GGAAGATTTATT--CTT--------A-AAA--TCG--T---GT-------------TAA-T---A--AATA--CC-------------------CC-C-AGGAA---AT-AAATGGC-CCAC----------A----A------
gi|28 : AAGG--AAA------T-A--AATTA----------ACAT-A---C-AA---AT--AGAA--TGT-TT--CTT--------A-AAA--TCA--T---GT-----------------T---A--AA-A--GCAA-CA-----AGT--AA--CTCC-AGGAA---AT-ATAT
gi|29 : aTA--T-ATATAA-----AGGATATGT-------C---------------------A---------TG-----------AAACAGTT------T-----AATG--CAG--A-CA-ATCTGCCAATTACACT-----AACA------T---TTGT-GT-T--TTTC-TTATTTAaaa
gi|3 : cGCTGTC-ACTGCAT-ATT-TTGG-----GAAAGGGACC------A-GGTCCCTTGAGATTGTG-AAAA-----TTA-GCATCATTTT-GAA---TC-TAA-TT-GG-AAATTTTCAAGG--AAA------TGA--AATTA---A---A--ACAT-A---G-AA---AT--GGAA--ATT-TT--CTG--------A-GAA--ACA--T---GT-------------TAA-T---A--TA-A--GCAA-TA-----AGT--AA--ATAC-AGGAA---AT-AAATGGT-TCAT----------A----A------ACAT-CTTTA--TAATATAA-----AGCAAT----------C---------------------A---------TG-----------AAACAGTT------T-----AATATCTAG--A-CA-ATCTGCCAAGTACATG-----AA
gi|30 : cagg--------------C---------------------A---------TG-----------AAAGAGTT------A-----GATG--GAA--A-CA-ATCTGCCAAATACA----------A------T---TC---------TTTC--------CTAAACATTa
gi|31 : tataaaggatacatgttagataTTTT-GGA---TC-AAA-TT-GGGGAATT--------------------A--AATCATA-A---A--AGA------A-AA---AT--GGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TTA--T---GT-------------TAA-T---ACCAA-A--Ggag
gi|32 : GCTGTC-ACA-CAATATT-TTGG-----GA------CAGGGACCA-GGTCCCTGGAGAaggtaa
gi|33 : ttgtccatgGCTGTC-ACAGCAT-ATT-TTGGCACGGGA------CC------A-GGTCCCTTG
gi|4 : tatcaagGCTGTC-ACAGTAT-ATT-TTGG-----GA-------A------A-AATCCCTTGGGATTG-GGAAAA-----TTA-ACACCAATTT-GAA---TC-TAA-TT-GGGAAATGTTCAAGG--AAA------T-A--AATTGTA-AGTTA--ACAT-ACTTGTAA---GT--AGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA----A--T-----------------------------AA-G--GTTA-T-----------------------AA---AT-AAAT--T-TAAT----------A----A------GTAA-TTTTA--TGA------------------------------------------------------------------------AACAGTT------TCTGTAAATG--GAG--A-CA-ATCTGCCAATTACATT-----CACA------T---TTGT-GATT--TTTC-TTATTCACTTAACTTT
gi|5 : gCTGTCCATAGCAT-ATTCTTGG-----GG------CA------A-GGTAC--TGAGATTG-G-GAAAGAGGTTTA-G-ATCATTT--GAAAGGTC-AAA-TT-GGGAAATTTTCGAGGGAAAA------T-AATAATCAAT-A---A--ACTTAA---G-AA---ATAAGGAA--TTT-TC--CTT--------ATAAA--TCAAGTG--GT-------------TAA-T---A--AA-AACGCAA-TACACCGATA--AA--CT-C-AAGAAAATAT-AATTGGCGTCAT----------G----ATTAAATATAT-CTGTA--TAATga
gi|6 : AGA--AAA------T-A--AATTATA-A-------CAT-A---C-CA---AT--GGAA--TTT-T---CTT--------A-AAAAATCA--T---GT-------------TAA-T---A--AA-A--GCAA-TA-----AGTGAAA--CTCC-AGCAA---AT-AAATGGT-TCAT---------------A------ATTT-CTTTA--CGATATAA-----AA--------------T---------------------ATATATGTTTTT-----------AAACAGTTAA----T-----AATG--AAG--A-CA-ATCTGCCAAATACAAT-----AAGA------A---TTGA-G--T--TTTT-CTTTTCA--AAACATT
gi|7 : AA-TT-GGGAAATTTTCATGG--AAA------T-G--AATTATA-A-------CAG-A---G-AA---AT--GGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCA--TCATGT-------------TCA-T---A--AA-A--GCAA-TA-----A----------------------T-AAATGAC-CCAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATAA-----AG--------------C---------------------A---------TATACATGTCATGAAACAGTT------T-----AATG--GAG--A-CA-AGCTGCCAATTACATA-----AACA------T---TTGTGG--T--TTTC-TTATTCACTAAACAactttataacattgag
gi|8 : GG--AAA------T-A--AATCATG-A-------CAT-A---G-AATTCAT--TGAA--TTT-TTTTCTT--------A-AAA--TCA--T---GT-------------TAA-T---A--AA-A--GCAA-TA-----AGT--AC--CT-CCAGGAA---AT-AAATGAC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATGA-----AGGAAATAAGT-----C---------------------A----------G-----------AAACAGTT------T-----GATG--GAG--A-CA-ATCTGCCAAATACAAT-----AACA------T---TAGT-GT-T--TTTC-TGATTTACTAACCATTatga
gi|9 : G--AAA------A-A--AAGCATA-A-------CAT-A---T-AT---AT--GGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAAA-TCA--T---GT-------------TAA-T---A--AA-T--GCAA-TG-----AAC--AA--CT-CCAGGAA---AT-AAATGGC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATAG-----AGCAATAATTATGTGTC---------------------A---------TG-----------AAACAGTT------T-----AATG--GAG--A-TA-ATTTGCAAATTTCATT-----AACA------T---TAGC-A--T--TT---TTCTTTATTAAACATTg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): AGGGCTGTTACACCATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTATAACT
Alignments
lowQualScore : 2 33333333333333333333333 1 11111 111 22222222 111 8888888888888888888888888 11111 111111 1111111 111111111111111111
lowQualScore : 5 1 5 66666666666666666666666 1 5 0 22222 5 77 111 3 6 22 666666 2 22 1 22222222 7 333 1 333 22 22 3 66 55555555 1 33 22 444 8888888888888 1 222 22 1 222 1 1 44444 777777777 666 222 1 1 7777777777 3333 555555 1 22 3 333 9999999999999999999999999 2 00000 222222 55555 33 33 4 2 4 0000000 333333333333333333 33 2
lowQualScore : . . . ....................... . . . ..... . .. ... . . .. ...... . .. . ........ . ... . ... .. .. . .. ........ . .. .. ... ............. . ... .. . ... . . ..... ......... ... ... . . .......... .... ...... . .. . ... ......................... . ..... ...... ..... .. .. . . . ....... .................. .. .
lowQualScore : 0 6 0 66666666666666666666666 1 0 0 55555 0 44 000 6 7 99 111111 1 88 5 66666666 6 333 9 333 33 11 0 55 44444444 5 55 11 222 5555555555555 5 777 11 5 333 7 6 00000 555555555 555 999 6 7 3333333333 5555 000000 9 55 8 333 0000000000000000000000000 0 00000 555555 66666 11 11 4 2 2 7777777 666666666666666666 77 7
consensus : GCTGTC-ACAGCATTATT-TTGG-----GA------CN------A-GGTCCCTTGAGATTG-G-AAAA-----TTA-GCATCATTTT-GAA---TC-AAATT-GGGAAATTTTCAAGG--AAA------T-A--AATCATA-A---A--ACAT-A---G-AA---AT--GGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCA--T---GT-------------TAA-T---A--AA-A--GCAA-TA-----AG--T--AA--CT-C-AGGAA---ATAAA-TGGC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATAT-AA---AG-A---ATATGT--------------CA-TG-----AAACAGTT------T-----AATG--GAG--A-CA-ATCTGCCAATTACATT-----AACA------T---TNGT-G--T--TTTC-TTATTTACTAAACATT
Reference ( family-48 ) : GCTGTC-ACAGCATTATT-TTGG-----GA------CN------A-GGTCCCTTGAGATTG-G-AAAA-----TTA-GCATCATTTT-GAA---TC-AAATT-GGGAAATTTTCAAGG--AAA------T-A--AATCATA-A---A--ACAT-A---G-AA---AT--GGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCA--T---GT-------------TAA-T---A--AA-A--GCAA-TA-----AG--T--AA--CT-C-AGGAA---ATAAA-TGGC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATAT-AA---AG-----ATA-----------------CA-TG-----AAACAGTT------T-----AATG--GAG--A-CA-ATCTGCCAATTACATT-----AACA------T---TNGT-G--T--TTTC-TTATTTACTAAACATT
gi|1 : GCTGTC-ACAGCATTATT-TTGG------A------CT------GCGGTCCCTTGAGATTG-G-AAAA-----TCAAGCATCATTTA-GAAA--TC-AGATTTGGGAAATTTTCAAGG--AAA------T-A--AATTATATA---A--AC-T-A---G-AA---AT--AGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCT--T---GT-------------TAA-T---A--AA-A--GCAACTA-----AG--C--AA--CT-C-ATGAA---ATAAA-TGGC-TAAT----------A----A------ATAT-CTTT---TGATAT-AA---AG-------------------------CATTA-----AAACAGTT------T-----AATG--GAG--ACCA-ATTTGCCAATTACATT-----AACA------T---TGGT-G--T--TTT--TTATTTACTAAACA
gi|10 : gT--GGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCA--T---GTTTACTTATCATGTTAA-T---A--AA-A-------TA-----AG--T--AAAACT-CCAGGAA---ATAAA-TGGC-TCAT----------A----A-------TAT-CTCTA--TGATAT-AA---AGGAT--ATATGT--------------CA-TG-----AAACAGTT------T-----AATG--GAG--A-CA-ATCTGCGAAATACAAT-----AACATTCAATT---TTGT-GT-T--TTTC-TTCTTTACCAAACATT
gi|11 : --TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCA--T---GT-------------TGA-TATAA--AA-A--GCAA-TA-----AG--T--AA--CTCC-AGGAA---AGAAA-TGAC-TCATAAATATGATAA----A------ATAT-CTGTA--TGATAT-AA---AGCAA--ATATGT--------------CA-TG-----AAAC-GTTTA----T-----AATG--GAT--ATCATATCTG-CAATATCATT-----AACA------TA--TTGT-G--TTGTTTCGTTAATTA-TATACATTg
gi|12 : CTGTG-ACAGCAT-ATT-TTGG-----GA------CA------C-GGACC----AGATTG-G-GAAA-----TTA-ATAGCATTTT-GAA---TC-AAATT-GGGAAATTTTCATGG--AAA------T-G--AATTAT------A--ACAG-A---G-AA---AT--GGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCA--T---GT-------------TCA-A---A--AA-A--GAAA-TA-----AA-----AA--AT-T-GGGAA---ATgg
gi|12 : gggctgtca-AAATT-GGGAAATTTTCATGG--AAA------T-G--AAtttcatggaaatgaa
gi|13 : gggctgtcactgtgacagcatattttgggacacggaccagattgggaaattaatagcattttgaatcaaattgggaaattttcatggaaatgaattataacagagaaatggaatttttcttaaaatcatgttcaaaaaagaaataaa--GGAA--TTT-AT--CTT--------A-AAA--TCA--T---GT-------------TAA-C---A--AA-A--GCAA-TA-----AG--T--AA--CTCC-AGGAA---ATAAA-TGA---TAT----------AAAGCA------ATGTAATTTAATTAATAC-AATTCAT-----GT------------------CA-TG-----AAACAGTT------T-----AATA--GAG--A-CA-ATCTGCCAATTAC-TA-----AACA------TAAATAGT-G--T--TTTC-TTTTTTACTAAACATT
gi|14 : CTTGAGATGG-A-AAAA-----TTA-GCGTCATTT--GAA---TGGAAATT-GGGATTTTTTCAAGG--AAA------T-G--AATCATA-A---C--ATAC-A---C-AA---AA--GAGA--T------------------G-AAA--GCA--A------------------TAA-T---A-------------TA-----AG--T--AT--CT-CCAGGAA---ATAAAATGAC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATGAA---GG-----ATATAAGT------------CA-TG-----AAACAGTgag
gi|15 : T--GGAA--TTT-TTT-CTT--------A-ATA--TCA--T---GT-------------TAA-T---A--AA-A--AC---------------------TT-C-AGGAA---ATAAA-TGGT-TCAC----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATAT-AA---AGTAC--ATATGT--------------CA-TG-----AAACAGTT------T-----AATG--GAG--A-CA-ATATGCCA---ACA-----------------------------------C-TTATTTACTAAACATT
gi|16 : ctAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCA--T---GT-------------TAA-T---A--AA-A--GCAA-CA-----AG--T--AA--CTCC-AGGAA---ATAAA-TGAA-CCAT----------A----A------TTAT-CTTTA--TGATAT-AA---AGC----ATATACATACATGTATTTGTCA-TG-----AAACAGTTTAGCGGT-----AATG--GAG--A-CA-Aga
gi|17 : --ACATTA---G-GC---AT--GGAA--TTT-TTT-CTT--------A-AAA--TTG--T---GT-------------TAA-T---A--GA-A-----------------------------------------AA-TGGC-TCAC----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATAT-AA---AGTTC--ATATGT--------------CA-TG-----AAACAGTT------T-----AATG--GAG--A-CT-ATTTACTAA--ACATT-----
gi|18 : TCAAGG--AAA------T-G--AATCATA-A---C--ATAC-A---C-AA---AG--AGA-------------T--------G-AAA--GCA--A------------------TAA-T---A-------------TA-----AG--T--AT--CT-CCAGGAA---ATAAA-TGAC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATGAA---GG-----ATATAAGT------------CA-TG-----AAACAG
gi|19 : AA-TGAC-CCAT----------A----A------ATAT-CTTAA--TGATAT-AA---AGCATATATATGT--------------CA-TG-----AAACACTT------T-----AATG--GAG--A-CA-ATCTTTGAATTACATTTTTAAAACA------T---TTGT-G--T--TTTC-TTATTTACTAAACAT
gi|2 : GCTGTC-ACAGCATTATT-TTGG------A------CT------G-GGTCCCTTGAGATTG-G-AAAA-----TAA-GCATCATTTTAGAA---TC-AGATTTGGGAAATTTTCAAGG--AAA------T-A--AATTATATA---A--AC-T-A---G-AA---AT--AGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCT--T---GT-------------T-A-T---A--AA-A--GCAA-TA-----AG--C--AA--CT-C-ATGAA---ATAAA-TGGC-TAAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATAT-AA---AG-------------------------CA-TT-----AAACAGTT------T-----AATG--GAGACA-CA-ATTTGCCAATTACATT-----AACA------T---TGGT-G--T--TTTT-TTATTTACTAAACATT
gi|20 : T-A---G-AC---GT--GGAA--TTT-TTT-CTT--------G-AAA--TC
gi|20 : gaat-TGGC-TCAC----------A----A------ATAT-CTAAA--TGATAT-AC---AG----------------------------T--------ACAGTA------T-----AATG--GAG--A-CA-ATCTGCCA---ACA-----------------------------------C-TTATTTACTAAACATTgcattattggctcacaaatatctaaatgatatacagtacagtataatggagacaatctgccaacacttatttactaaacattgag
gi|21 : gaattagacgtggaattttttcttgaaatcgcattatATCATTTT-GAA---TC-AAATT-GGGAAAATTTCAAGA--AAATATCTTT-A--AATTAT------C--ACAT-A---G-AA---AT--GGAA--TTT-TT--CT--------------------------------------------T---A--AA-A--GTAA-TA-----AG--T--TA--CT-CTAGGAA---ATAAA-TGGC-TCAT----------A----gag
gi|22 : GAGATTG-GGAAAA-----TTA-ACATCATTTT-GAA---TG-AAATT-GGGAAATTTCCAAGG--AAA------T-A------ATA-T---A--ACAT-A---G-AA---AT--GGAA--TTT-TT---TT--------A-AAA--TAA--T---GT-------------CAA-T---A--AA-A--GCAA-TA-----GG--T--A
gi|24 : --AATTATA-A-------CGG-A---G-AA---AT--TGAA--TTT-TT--CTTAAAATCTTA-AAA--TCA--T---GT-------------TAA-T---A--AA-A--GCAA-T------AG--TAAAA--CT-C-CAGGA---ATAAA-TGGC-TCAT---------------A------ATAT-CTTTA--TGATAT-
gi|25 : TT-TT--CTT--------C-AAA--TCA--T---GT-------------TAAAT---G--AA-A--GCAG-AA-----AG--T--AA--CC-CCAGGAA---ATAAA-TGAC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTG--TGATAT-AA---AG-----
gi|26 : AAGG--AAA------T-A--AATCATA-G---CTCGCATTA---G-AT---AT--GGAA--TTTATT--CTT--------A-AAA--TCG--T---GT-------------TAA-T---A--AA-A--CC---------------------CC-C-AGGAA---ATAAA-TGGC-CCAC----------A----A------ATcatttatcacatgtt
gi|27 : AAG--ATA------T-A--AATCATA-G---CTCGCATTA---G-AT---AT--GGAAGATTTATT--CTT--------A-AAA--TCG--T---GT-------------TAA-T---A--AATA--CC---------------------CC-C-AGGAA---ATAAA-TGGC-CCAC----------A----A------
gi|28 : AAGG--AAA------T-A--AATTA----------ACAT-A---C-AA---AT--AGAA--TGT-TT--CTT--------A-AAA--TCA--T---GT-----------------T---A--AA-A--GCAA-CA-----AG--T--AA--CTCC-AGGAA---ATATA-T
gi|29 : aTA--T-ATAT-AA---AGG----ATATGT--------------CA-TG-----AAACAGTT------T-----AATG--CAG--A-CA-ATCTGCCAATTACACT-----AACA------T---TTGT-GT-T--TTTC-TTATTTAaaa
gi|3 : cGCTGTC-ACTGCAT-ATT-TTGG-----GAAAGGGACC------A-GGTCCCTTGAGATTGTG-AAAA-----TTA-GCATCATTTT-GAA---TC-TAATT-GG-AAATTTTCAAGG--AAA------TGA--AAT--TA-A---A--ACAT-A---G-AA---AT--GGAA--ATT-TT--CTG--------A-GAA--ACA--T---GT-------------TAA-T---A--TA-A--GCAA-TA-----AG--T--AA--ATAC-AGGAA---ATAAA-TGGT-TCAT----------A----A------ACAT-CTTTA--TAATAT-AA---AGCA---AT------------------CA-TG-----AAACAGTT------T-----AATATCTAG--A-CA-ATCTGCCAAGTACATG-----AA
gi|30 : cagg---AG-----ATA-----------------CA-TG-----AAAGAGTT------A-----GATG--GAA--A-CA-ATCTGCCAAATACA----------A------T---TC---------TTTC--------CTAAACATTa
gi|31 : tataaaggatacatgttTTTT-GGA---TC-AAATT-GGGGAATT--------------------A--AATCATA-A---A--AGA------A-AA---AT--GGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TTA--T---GT-------------TAA-T---ACCAA-A--Ggag
gi|32 : GCTGTC-ACA-CAATATT-TTGG-----GA------CAGGGACCA-GGTCCCTGGAGAaggtaa
gi|33 : ttgtccatgGCTGTC-ACAGCAT-ATT-TTGGCACGGGA------CC------A-GGTCCCTTG
gi|4 : tatcaagGCTGTC-ACAGTAT-ATT-TTGG-----GA-------A------A-AATCCCTTGGGATTG-GGAAAA-----TTA-ACACCAATTT-GAA---TC-TAATT-GGGAAATGTTCAAGG--AAA------T-A--AATTGTA-AGTTA--ACAT-ACTTGTAA---GT--AGAA--TTT-TT--CT--------------------------------------------T---A--AA-A-----A-TA-----AGGTT--A----T------AA---ATAAA-T--T-TAAT----------A----A------GTAA-TTTTA--TGA-----------------------------------------------AACAGTT------TCTGTAAATG--GAG--A-CA-ATCTGCCAATTACATT-----CACA------T---TTGT-GATT--TTTC-TTATTCACTTAACTTT
gi|5 : gCTGTCCATAGCAT-ATTCTTGG-----GG------CA------A-GGTAC--TGAGATTG-G-GAAAGAGGTTTA-G-ATCATTT--GAAAGGTC-AAATT-GGGAAATTTTCGAGGGAAAA------T-AATAATCAAT-A---A--ACTTAA---G-AA---ATAAGGAA--TTT-TC--CTT--------ATAAA--TCAAGTG--GT-------------TAA-T---A--AA-AACGCAA-TACACCGAT--A--AA--CT-C-AAGAAAATATAAT-TGGCGTCAT----------G----ATTAAATATAT-CTGTA--TAATga
gi|6 : AGA--AAA------T-A--AATTATA-A-------CAT-A---C-CA---AT--GGAA--TTT-T---CTT--------A-AAAAATCA--T---GT-------------TAA-T---A--AA-A--GCAA-TA-----AG--TGAAA--CTCC-AGCAA---ATAAA-TGGT-TCAT---------------A------ATTT-CTTTA--CGATAT-AA---AAT----ATA-----------------TA-TGTTTTTAAACAGTTAA----T-----AATG--AAG--A-CA-ATCTGCCAAATACAAT-----AAGA------A---TTGA-G--T--TTTT-CTTTTCA--AAACATT
gi|7 : AATT-GGGAAATTTTCATGG--AAA------T-G--AATTATA-A-------CAG-A---G-AA---AT--GGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCA--TCATGT-------------TCA-T---A--AA-A--GCAA-TA-----A------------------------TAAA-TGAC-CCAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATAT-AA---AGCAT--ATA-----------------CA-TGTCATGAAACAGTT------T-----AATG--GAG--A-CA-AGCTGCCAATTACATA-----AACA------T---TTGTGG--T--TTTC-TTATTCACTAAACAactttataacattgag
gi|8 : GG--AAA------T-A--AATCATG-A-------CAT-A---G-AATTCAT--TGAA--TTT-TTTTCTT--------A-AAA--TCA--T---GT-------------TAA-T---A--AA-A--GCAA-TA-----AG--T--AC--CT-CCAGGAA---ATAAA-TGAC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATAT-GA---AGGAA--ATAAGT--------------CA--G-----AAACAGTT------T-----GATG--GAG--A-CA-ATCTGCCAAATACAAT-----AACA------T---TAGT-GT-T--TTTC-TGATTTACTAACCATTatga
gi|9 : G--AAA------A-A--AAGCATA-A-------CAT-A---T-AT---AT--GGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAAA-TCA--T---GT-------------TAA-T---A--AA-T--GCAA-TG-----AA--C--AA--CT-CCAGGAA---ATAAA-TGGC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATAT-AG---AGCA---ATAATTATGTGT--------CA-TG-----AAACAGTT------T-----AATG--GAG--A-TA-ATTTGCAAATTTCATT-----AACA------T---TAGC-A--T--TT---TTCTTTATTAAACATTg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): AGGGCTGTTACACCATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTATAACT
Alignments
lowQualScore : 2 33333333333333333333333 1 11111 111 22222222 1111111111111 111 444444444444444444444444444444 111111 1111111 111111111111111111
lowQualScore : 5 1 5 66666666666666666666666 1 5 0 22222 5 77 111 3 6 22 666666 2 22 1 22222222 7 333 1 333 22 22 3 66 66666666 1 33 0000000000000 444 222 1 222 22 1 22 1 44444 777 1 555 222 1 1 888888888888888 555555 1 1 888888888888888888888888888888 555555 222222 55555 33 33 4 2 4 0000000 333333333333333333 33 2
lowQualScore : . . . ....................... . . . ..... . .. ... . . .. ...... . .. . ........ . ... . ... .. .. . .. ........ . .. ............. ... ... . ... .. . .. . ..... ... . ... ... . . ............... ...... . . .............................. ...... ...... ..... .. .. . . . ....... .................. .. .
lowQualScore : 0 6 0 66666666666666666666666 1 0 0 55555 0 44 000 6 7 99 111111 1 88 5 66666666 6 333 9 333 33 11 0 55 99999999 5 55 6666666666666 222 777 5 777 11 5 11 6 00000 222 7 111 888 6 7 666666666666666 000000 9 9 666666666666666666666666666666 555555 555555 66666 11 11 4 2 2 7777777 666666666666666666 77 7
consensus : GCTGTC-ACAGCATTATT-TTGG-----GA------CN------A-GGTCCCTTGAGATTG-G-AAAA-----TTA-GCATCATTTT-GAA---TC-AAATT-GGGAAATTTTCAAGG--AAA------T-A--AATCATA-A---A--ACAT-A---G-AA---AT--GGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCA-------------T---GTT---AA-T---A--AA-A--GCAA-TA-----AGT--AA-CT-C-AGGAA---ATAAA-TGGC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTATGATATAA-AG---N--AT--A--------------T----GT------CATGAAACAGTT------T-----AATG--GAG--A-CA-ATCTGCCAATTACATT-----AACA------T---TNGT-G--T--TTTC-TTATTTACTAAACATT
Reference ( family-48 ) : GCTGTC-ACAGCATTATT-TTGG-----GA------CN------A-GGTCCCTTGAGATTG-G-AAAA-----TTA-GCATCATTTT-GAA---TC-AAATT-GGGAAATTTTCAAGG--AAA------T-A--AATCATA-A---A--ACAT-A---G-AA---AT--GGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCA-------------T---GTT---AA-T---A--AA-A--GCAA-TA-----AGT--AA-CT-C-AGGAA---ATAAA-TGGC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTATGATATAA-AG---A--AT--A--------------T----GT------CATGAAACAGTT------T-----AATG--GAG--A-CA-ATCTGCCAATTACATT-----AACA------T---TNGT-G--T--TTTC-TTATTTACTAAACATT
gi|1 : GCTGTC-ACAGCATTATT-TTGG------A------CT------GCGGTCCCTTGAGATTG-G-AAAA-----TCAAGCATCATTTA-GAAA--TC-AGATTTGGGAAATTTTCAAGG--AAA------T-A--AATTATATA---A--AC-T-A---G-AA---AT--AGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCT-------------T---GTT---AA-T---A--AA-A--GCAACTA-----AGC--AA-CT-C-ATGAA---ATAAA-TGGC-TAAT----------A----A------ATAT-CTTT-TGATATAA-AG---C--AT--------------------------------TAAAACAGTT------T-----AATG--GAG--ACCA-ATTTGCCAATTACATT-----AACA------T---TGGT-G--T--TTT--TTATTTACTAAACA
gi|10 : gT--GGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCATGTTTACTTATCAT---GTT---AA-T---A--A-------AA-TA-----AGTAAAA-CTCC-AGGAA---ATAAA-TGGC-TCAT---------------A------ATAT-CTCTATGATATAA-AG---GATAT--A--------------T----GT------CATGAAACAGTT------T-----AATG--GAG--A-CA-ATCTGCGAAATACAAT-----AACATTCAATT---TTGT-GT-T--TTTC-TTCTTTACCAAACATT
gi|11 : --TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCA-------------T---GTT---GA-TATAA--AA-A--GCAA-TA-----AGT--AA-CTCC-AGGAA---AGAAA-TGAC-TCATAAATATGATAA----A------ATAT-CTGTATGATATAA-AGCA-A--AT--A--------------T----GT------CATGAAAC-GTTTA----T-----AATG--GAT--ATCATATCTG-CAATATCATT-----AACA------TA--TTGT-G--TTGTTTCGTTAATTA-TATACATTg
gi|12 : CTGTG-ACAGCAT-ATT-TTGG-----GA------CA------C-GGACC----AGATTG-G-GAAA-----TTA-ATAGCATTTT-GAA---TC-AAATT-GGGAAATTTTCATGG--AAA------T-G--AATTAT------A--ACAG-A---G-AA---AT--GGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCA-------------T---GTT---CA-A---A--AA-A--GAAA-TA-----AA---AA-AT-T-GGGAA---ATgg
gi|12 : gggctgtca-AAATT-GGGAAATTTTCATGG--AAA------T-G--AAtttcatggaaatgaa
gi|13 : gggctgtcactgtgacagcatattttgggacacggaccagattgggaaattaatagcattttgaatcaaattgggaaattttcatggaaatgaattataacagagaaatggaatttttcttaaaatcatgttcaaaaaagaaataaa--GGAA--TTT-AT--CTT--------A-AAA--TCA-------------T---GTT---AA-C---A--AA-A--GCAA-TA-----AGT--AA-CTCC-AGGAA---ATAAA-TGA---TAT----------AAAGCA------ATGTAATTTA--AT-TAATAC---A--ATTCA--------------T----GT------CATGAAACAGTT------T-----AATA--GAG--A-CA-ATCTGCCAATTAC-TA-----AACA------TAAATAGT-G--T--TTTC-TTTTTTACTAAACATT
gi|14 : CTTGAGATGG-A-AAAA-----TTA-GCGTCATTT--GAA---TGGAAATT-GGGATTTTTTCAAGG--AAA------T-G--AATCATA-A---C--ATAC-A---C-AA---AA--GAGA--T------------------G-AAA--GCA-------------A-----T---AA-T---A-------------TA-----AGT--AT-CT-CCAGGAA---ATAAAATGAC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTATGATATGA-AG---G--AT--A--------------TAA--GT------CATGAAACAGTgag
gi|15 : T--GGAA--TTT-TTT-CTT--------A-ATA--TCA-------------T---GTT---AA-T---A--AA-A--AC------------------TT-C-AGGAA---ATAAA-TGGT-TCAC----------A----A------ATAT-CTTTATGATATAA-AGT--AC-AT--A--------------T----GT------CATGAAACAGTT------T-----AATG--GAG--A-CA-ATATGCCA---ACA-----------------------------------C-TTATTTACTAAACATT
gi|16 : ctAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCA-------------T---GTT---AA-T---A--AA-A--GCAA-CA-----AGT--AA-CTCC-AGGAA---ATAAA-TGAA-CCAT----------A----A------TTAT-CTTTATGATATAA-AG---C--AT--ATACATACATGTATTT----GT------CATGAAACAGTTTAGCGGT-----AATG--GAG--A-CA-Aga
gi|17 : --ACATTA---G-GC---AT--GGAA--TTT-TTT-CTT--------A-AAA--TTG-------------T---GTT---AA-T---A--GA-A--------------------------------------AA-TGGC-TCAC----------A----A------ATAT-CTTTATGATATAA-AGTT-C--AT--A--------------T----GT------CATGAAACAGTT------T-----AATG--GAG--A-CT-ATTTACTAA--ACATT-----
gi|18 : TCAAGG--AAA------T-G--AATCATA-A---C--ATAC-A---C-AA---AG--AGA-------------T--------G-AAA--GCA-------------A-----T---AA-T---A-------------TA-----AGT--AT-CT-CCAGGAA---ATAAA-TGAC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTATGATATGA-AG---G--AT--A--------------TAA--GT------CATGAAACAG
gi|19 : AA-TGAC-CCAT----------A----A------ATAT-CTTAATGATATAA-AGCATAT-AT--A--------------T----GT------CATGAAACACTT------T-----AATG--GAG--A-CA-ATCTTTGAATTACATTTTTAAAACA------T---TTGT-G--T--TTTC-TTATTTACTAAACAT
gi|2 : GCTGTC-ACAGCATTATT-TTGG------A------CT------G-GGTCCCTTGAGATTG-G-AAAA-----TAA-GCATCATTTTAGAA---TC-AGATTTGGGAAATTTTCAAGG--AAA------T-A--AATTATATA---A--AC-T-A---G-AA---AT--AGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCT-------------T---GTT----A-T---A--AA-A--GCAA-TA-----AGC--AA-CT-C-ATGAA---ATAAA-TGGC-TAAT----------A----A------ATAT-CTTTATGATATAA-AG--------------------------------------CATTAAACAGTT------T-----AATG--GAGACA-CA-ATTTGCCAATTACATT-----AACA------T---TGGT-G--T--TTTT-TTATTTACTAAACATT
gi|20 : T-A---G-AC---GT--GGAA--TTT-TTT-CTT--------G-AAA--TC
gi|20 : gaat-TGGC-TCAC----------A----A------ATAT-CTAAATGATATAC-AG----------------------------------------T---ACAGTA------T-----AATG--GAG--A-CA-ATCTGCCA---ACA-----------------------------------C-TTATTTACTAAACATTgcattattggctcacaaatatctaaatgatatacagtacagtataatggagacaatctgccaacacttatttactaaacattgag
gi|21 : gaattagacgtggaattttttcttgaaatcgcattatATCATTTT-GAA---TC-AAATT-GGGAAAATTTCAAGA--AAATATCTTT-A--AATTAT------C--ACAT-A---G-AA---AT--GGAA--TTT-TT--CT---------------------------------------------T---A--AA-A--GTAA-TA-----AGT--TA-CT-CTAGGAA---ATAAA-TGGC-TCAT----------A----gag
gi|22 : GAGATTG-GGAAAA-----TTA-ACATCATTTT-GAA---TG-AAATT-GGGAAATTTCCAAGG--AAA------T-A------ATA-T---A--ACAT-A---G-AA---AT--GGAA--TTT-TT---TT--------A-AAA--TAA-------------T---GTC---AA-T---A--AA-A--GCAA-TA-----GGT--A
gi|24 : --AATTATA-A-------CGG-A---G-AA---AT--TGAA--TTT-TT--CTTAAAATCTTA-AAA--TCA-------------T---GTT---AA-T---A--AA-A--GCAA-T------AGTAAAA-CT-C-CAGGA---ATAAA-TGGC-TCAT---------------A------ATAT-CTTTATGATAT
gi|25 : TT-TT--CTT--------C-AAA--TCA-------------T---GTT---AAAT---G--AA-A--GCAG-AA-----AGT--AA-CC-CCAGGAA---ATAAA-TGAC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTGTGATATAA-AG---C--AT--T--------------T----AT------CA
gi|26 : AAGG--AAA------T-A--AATCATA-G---CTCGCATTA---G-AT---AT--GGAA--TTTATT--CTT--------A-AAA--TCG-------------T---GTT---AA-T---A--AA-A--CC------------------CC-C-AGGAA---ATAAA-TGGC-CCAC----------A----A------ATcatgtt
gi|27 : AAG--ATA------T-A--AATCATA-G---CTCGCATTA---G-AT---AT--GGAAGATTTATT--CTT--------A-AAA--TCG-------------T---GTT---AA-T---A--AATA--CC------------------CC-C-AGGAA---ATAAA-TGGC-CCAC----------A----A------
gi|28 : AAGG--AAA------T-A--AATTA----------ACAT-A---C-AA---AT--AGAA--TGT-TT--CTT--------A-AAA--TCA-------------T---GT-------T---A--AA-A--GCAA-CA-----AGT--AA-CTCC-AGGAA---ATATA-T
gi|29 : aTAT-ATATAA-AG---G--AT--A--------------T----GT------CATGAAACAGTT------T-----AATG--CAG--A-CA-ATCTGCCAATTACACT-----AACA------T---TTGT-GT-T--TTTC-TTATTTAaaa
gi|3 : cGCTGTC-ACTGCAT-ATT-TTGG-----GAAAGGGACC------A-GGTCCCTTGAGATTGTG-AAAA-----TTA-GCATCATTTT-GAA---TC-TAATT-GG-AAATTTTCAAGG--AAA------TGA--AAT--TA-A---A--ACAT-A---G-AA---AT--GGAA--ATT-TT--CTG--------A-GAA--ACA-------------T---GTT---AA-T---A--TA-A--GCAA-TA-----AGT--AA-ATAC-AGGAA---ATAAA-TGGT-TCAT----------A----A------ACAT-CTTTATAATATAA-AG---C--A-----------------------AT------CATGAAACAGTT------T-----AATATCTAG--A-CA-ATCTGCCAAGTACATG-----AA
gi|30 : caggTATAA-AG---G--AT--ACA------------T----GTTAGATACATGAAAGAGTT------A-----GATG--GAA--A-CA-ATCTGCCAAATACA----------A------T---TC---------TTTC--------CTAAACATTa
gi|31 : TTTT-GGA---TC-AAATT-GGGGAATT--------------------A--AATCATA-A---A--AGA------A-AA---AT--GGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TTA-------------T---GTT---AA-T---ACCAA-A--Ggag
gi|32 : GCTGTC-ACA-CAATATT-TTGG-----GA------CAGGGACCA-GGTCCCTGGAGAaggtaa
gi|33 : ttgtccatgGCTGTC-ACAGCAT-ATT-TTGGCACGGGA------CC------A-GGTCCCTTG
gi|4 : tatcaagGCTGTC-ACAGTAT-ATT-TTGG-----GA-------A------A-AATCCCTTGGGATTG-GGAAAA-----TTA-ACACCAATTT-GAA---TC-TAATT-GGGAAATGTTCAAGG--AAA------T-A--AATTGTA-AGTTA--ACAT-ACTTGTAA---GT--AGAA--TTT-TT--CTTA-------A-AAA--TAA-------------G---GTTATAAA-T---A--AA-T--TTAA-TA-----AGT--AATTT-T-ATGAA---ACA
gi|4 : gAA---ATAA---GGT-T-AT----------A----A------ATAA-ATTTA----ATAA-GT---A--AT-----------------T-----T------TATGAAACAGTT------TCTGTAAATG--GAG--A-CA-ATCTGCCAATTACATT-----CACA------T---TTGT-GATT--TTTC-TTATTCACTTAACTTTgtttctgtaaatggagacaatctgccaattacattcacatttgtgatttttcttattcacttaactttga
gi|5 : ggctgtcacagtatattttgggaaaaatcccttgggattgggaaaattaacaccaatttgaatctaattgggaaatgttcaaggaaataaattgtaagttaacatacttgtaagtagaatttttcttaaCTGTCCATAGCAT-ATTCTTGG-----GG------CA------A-GGTAC--TGAGATTG-G-GAAAGAGGTTTA-G-ATCATTT--GAAAGGTC-AAATT-GGGAAATTTTCGAGGGAAAA------T-AATAATCAAT-A---A--ACTTAA---G-AA---ATAAGGAA--TTT-TC--CTT--------ATAAA--TCAAG-----------TG--GTT---AA-T---A--AA-AACGCAA-TACACCGATA--AA-CT-C-AAGAAAATATAAT-TGGCGTCAT----------G----ATTAAATATAT-CTGTATAATga
gi|6 : AGA--AAA------T-A--AATTATA-A-------CAT-A---C-CA---AT--GGAA--TTT-T---CTT--------A-AAAAATCA-------------T---GTT---AA-T---A--AA-A--GCAA-TA-----AGTGAAA-CTCC-AGCAA---ATAAA-TGGT-TCAT---------------A------ATTT-CTTTACGATATAA-AAT--AT-AT--A--------------T----GT------TTTTAAACAGTTAA----T-----AATG--AAG--A-CA-ATCTGCCAAATACAAT-----AAGA------A---TTGA-G--T--TTTT-CTTTTCA--AAACATT
gi|7 : AATT-GGGAAATTTTCATGG--AAA------T-G--AATTATA-A-------CAG-A---G-AA---AT--GGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCA-------------TCATGTT---CA-T---A--AA-A--GCAA-TA-----A---------------------TAAA-TGAC-CCAT----------A----A------ATAT-CTTTATGATATAA-AG---C--AT--A--------------TACATGT------CATGAAACAGTT------T-----AATG--GAG--A-CA-AGCTGCCAATTACATA-----AACA------T---TTGTGG--T--TTTC-TTATTCACTAAACAactttataacattgag
gi|8 : GG--AAA------T-A--AATCATG-A-------CAT-A---G-AATTCAT--TGAA--TTT-TTTTCTT--------A-AAA--TCA-------------T---GTT---AA-T---A--AA-A--GCAA-TA-----AGT--AC-CT-CCAGGAA---ATAAA-TGAC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTATGATATGA-AGGA-A--AT--A--------------A----GT------CA-GAAACAGTT------T-----GATG--GAG--A-CA-ATCTGCCAAATACAAT-----AACA------T---TAGT-GT-T--TTTC-TGATTTACTAACCATTatga
gi|9 : G--AAA------A-A--AAGCATA-A-------CAT-A---T-AT---AT--GGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAAA-TCA-------------T---GTT---AA-T---A--AA-T--GCAA-TG-----AAC--AA-CT-CCAGGAA---ATAAA-TGGC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTATGATATAG-AGC--A--AT--AATTATG--------T----GT------CATGAAACAGTT------T-----AATG--GAG--A-TA-ATTTGCAAATTTCATT-----AACA------T---TAGC-A--T--TT---TTCTTTATTAAACATTg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): AGGGCTGTTACACCATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTATAACT
Alignments
lowQualScore : 2 33333333333333333333333 1 11111 111 22222222 1111111111111 111 33333333333333333333333333333333 111111 1111111 111111111111111111
lowQualScore : 5 1 5 66666666666666666666666 1 5 0 22222 5 77 111 3 6 22 666666 2 22 1 22222222 7 333 1 333 22 22 3 66 66666666 1 33 0000000000000 444 222 1 222 22 1 22 1 44444 777 1 555 222 1 1 888888888888888 555555 1 22 22 88888888888888888888888888888888 555555 222222 55555 33 33 4 2 4 0000000 333333333333333333 33 2
lowQualScore : . . . ....................... . . . ..... . .. ... . . .. ...... . .. . ........ . ... . ... .. .. . .. ........ . .. ............. ... ... . ... .. . .. . ..... ... . ... ... . . ............... ...... . .. .. ................................ ...... ...... ..... .. .. . . . ....... .................. .. .
lowQualScore : 0 6 0 66666666666666666666666 1 0 0 55555 0 44 000 6 7 99 111111 1 88 5 66666666 6 333 9 333 33 11 0 55 99999999 5 55 6666666666666 222 777 5 777 11 5 11 6 00000 222 7 111 888 6 7 666666666666666 000000 9 55 66 00000000000000000000000000000000 555555 555555 66666 11 11 4 2 2 7777777 666666666666666666 77 7
consensus : GCTGTC-ACAGCATTATT-TTGG-----GA------CN------A-GGTCCCTTGAGATTG-G-AAAA-----TTA-GCATCATTTT-GAA---TC-AAATT-GGGAAATTTTCAAGG--AAA------T-A--AATCATA-A---A--ACAT-A---G-AA---AT--GGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCA-------------T---GTT---AA-T---A--AA-A--GCAA-TA-----AGT--AA-CT-C-AGGAA---ATAAA-TGGC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATAAA--G--CA-------TA----T--------------GT------CATGAAACAGTT------T-----AATG--GAG--A-CA-ATCTGCCAATTACATT-----AACA------T---TNGT-G--T--TTTC-TTATTTACTAAACATT
Reference ( family-48 ) : GCTGTC-ACAGCATTATT-TTGG-----GA------CN------A-GGTCCCTTGAGATTG-G-AAAA-----TTA-GCATCATTTT-GAA---TC-AAATT-GGGAAATTTTCAAGG--AAA------T-A--AATCATA-A---A--ACAT-A---G-AA---AT--GGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCA-------------T---GTT---AA-T---A--AA-A--GCAA-TA-----AGT--AA-CT-C-AGGAA---ATAAA-TGGC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATAAA--G--NA-------TA----T--------------GT------CATGAAACAGTT------T-----AATG--GAG--A-CA-ATCTGCCAATTACATT-----AACA------T---TNGT-G--T--TTTC-TTATTTACTAAACATT
gi|1 : GCTGTC-ACAGCATTATT-TTGG------A------CT------GCGGTCCCTTGAGATTG-G-AAAA-----TCAAGCATCATTTA-GAAA--TC-AGATTTGGGAAATTTTCAAGG--AAA------T-A--AATTATATA---A--AC-T-A---G-AA---AT--AGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCT-------------T---GTT---AA-T---A--AA-A--GCAACTA-----AGC--AA-CT-C-ATGAA---ATAAA-TGGC-TAAT----------A----A------ATAT-CTTT---TGATATAAA--G--CA-------T------------------------------TAAAACAGTT------T-----AATG--GAG--ACCA-ATTTGCCAATTACATT-----AACA------T---TGGT-G--T--TTT--TTATTTACTAAACA
gi|10 : gT--GGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCATGTTTACTTATCAT---GTT---AA-T---A--A-------AA-TA-----AGTAAAA-CTCC-AGGAA---ATAAA-TGGC-TCAT---------------A------ATAT-CTCTA--TGATATAAA--GGATA-------TA----T--------------GT------CATGAAACAGTT------T-----AATG--GAG--A-CA-ATCTGCGAAATACAAT-----AACATTCAATT---TTGT-GT-T--TTTC-TTCTTTACCAAACATT
gi|11 : --TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCA-------------T---GTT---GA-TATAA--AA-A--GCAA-TA-----AGT--AA-CTCC-AGGAA---AGAAA-TGAC-TCATAAATATGATAA----A------ATAT-CTGTA--TGATATAAA--GCAAA-------TA----T--------------GT------CATGAAAC-GTTTA----T-----AATG--GAT--ATCATATCTG-CAATATCATT-----AACA------TA--TTGT-G--TTGTTTCGTTAATTA-TATACATTg
gi|12 : CTGTG-ACAGCAT-ATT-TTGG-----GA------CA------C-GGACC----AGATTG-G-GAAA-----TTA-ATAGCATTTT-GAA---TC-AAATT-GGGAAATTTTCATGG--AAA------T-G--AATTAT------A--ACAG-A---G-AA---AT--GGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCA-------------T---GTT---CA-A---A--AA-A--GAAA-TA-----AA---AA-AT-T-GGGAA---ATgg
gi|12 : gggctgtca-AAATT-GGGAAATTTTCATGG--AAA------T-G--AAtttcatggaaatgaa
gi|13 : gggctgtcactgtgacagcatattttgggacacggaccagattgggaaattaatagcattttgaatcaaattgggaaattttcatggaaatgaattataacagagaaatggaatttttcttaaaatcatgttcaaaaaagaaataaa--GGAA--TTT-AT--CTT--------A-AAA--TCA-------------T---GTT---AA-C---A--AA-A--GCAA-TA-----AGT--AA-CTCC-AGGAA---ATAAA-TGA---TAT----------AAAGCA------ATGTAATTTAATTAATACAA------TT-------CA----T--------------GT------CATGAAACAGTT------T-----AATA--GAG--A-CA-ATCTGCCAATTAC-TA-----AACA------TAAATAGT-G--T--TTTC-TTTTTTACTAAACATT
gi|14 : CTTGAGATGG-A-AAAA-----TTA-GCGTCATTT--GAA---TGGAAATT-GGGATTTTTTCAAGG--AAA------T-G--AATCATA-A---C--ATAC-A---C-AA---AA--GAGA--T------------------G-AAA--GCA-------------A-----T---AA-T---A-------------TA-----AGT--AT-CT-CCAGGAA---ATAAAATGAC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATGAA--G--GA-------TA----TAA------------GT------CATGAAACAGTgag
gi|15 : T--GGAA--TTT-TTT-CTT--------A-ATA--TCA-------------T---GTT---AA-T---A--AA-A--AC------------------TT-C-AGGAA---ATAAA-TGGT-TCAC----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATAAA--GTACA-------TA----T--------------GT------CATGAAACAGTT------T-----AATG--GAG--A-CA-ATATGCCA---ACA-----------------------------------C-TTATTTACTAAACATT
gi|16 : ctAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCA-------------T---GTT---AA-T---A--AA-A--GCAA-CA-----AGT--AA-CT-CCAGGAA---ATAAA-TGAA-CCAT----------A----A------TTAT-CTTTA--TGATATAAA--G--CA-------TA----TACATACATGTATTTGT------CATGAAACAGTTTAGCGGT-----AATG--GAG--A-CA-Aga
gi|17 : --ACATTA---G-GC---AT--GGAA--TTT-TTT-CTT--------A-AAA--TTG-------------T---GTT---AA-T---A--GA-A--------------------------------------AA-TGGC-TCAC----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATAAA--GTTCA-------TA----T--------------GT------CATGAAACAGTT------T-----AATG--GAG--A-CT-ATTTACTAA--ACATT-----
gi|18 : TCAAGG--AAA------T-G--AATCATA-A---C--ATAC-A---C-AA---AG--AGA-------------T--------G-AAA--GCA-------------A-----T---AA-T---A-------------TA-----AGT--AT-CT-CCAGGAA---ATAAA-TGAC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATGAA--G--GA-------TA----TAA------------GT------CATGAAACAG
gi|19 : AA-TGAC-CCAT----------A----A------ATAT-CTTAA--TGATATAAA--G--CA-------TATATAT--------------GT------CATGAAACACTT------T-----AATG--GAG--A-CA-ATCTTTGAATTACATTTTTAAAACA------T---TTGT-G--T--TTTC-TTATTTACTAAACAT
gi|2 : GCTGTC-ACAGCATTATT-TTGG------A------CT------G-GGTCCCTTGAGATTG-G-AAAA-----TAA-GCATCATTTTAGAA---TC-AGATTTGGGAAATTTTCAAGG--AAA------T-A--AATTATATA---A--AC-T-A---G-AA---AT--AGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCT-------------T---GTT----A-T---A--AA-A--GCAA-TA-----AGC--AA-CT-C-ATGAA---ATAAA-TGGC-TAAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATAAA--G----------------------------------------CATTAAACAGTT------T-----AATG--GAGACA-CA-ATTTGCCAATTACATT-----AACA------T---TGGT-G--T--TTTT-TTATTTACTAAACATT
gi|20 : T-A---G-AC---GT--GGAA--TTT-TTT-CTT--------G-AAA--TC
gi|20 : gaat-TGGC-TCAC----------A----A------ATAT-CTAAA--TGATATACA--G--TA-------------------------------------------CAGTA------T-----AATG--GAG--A-CA-ATCTGCCA---ACA-----------------------------------C-TTATTTACTAAACATTgcattattggctcacaaatatctaaatgatatacagtacagtataatggagacaatctgccaacacttatttactaaacattgag
gi|21 : gaattagacgtggaattttttcttgaaatcgcattatATCATTTT-GAA---TC-AAATT-GGGAAAATTTCAAGA--AAATATCTTT-A--AATTAT------C--ACAT-A---G-AA---AT--GGAA--TTT-TT--CT---------------------------------------------T---A--AA-A--GTAA-TA-----AGT--TA-CT-CTAGGAA---ATAAA-TGGC-TCAT----------A----gag
gi|22 : GAGATTG-GGAAAA-----TTA-ACATCATTTT-GAA---TG-AAATT-GGGAAATTTCCAAGG--AAA------T-A------ATA-T---A--ACAT-A---G-AA---AT--GGAA--TTT-TT---TT--------A-AAA--TAA-------------T---GTC---AA-T---A--AA-A--GCAA-TA-----GGT--A
gi|24 : --AATTATA-A-------CGG-A---G-AA---AT--TGAA--TTT-TT--CTTAAAATCTTA-AAA--TCA-------------T---GTT---AA-T---A--AA-A--GCAA-T------AGTAAAA-CT-C-CAGGA---ATAAA-TGGC-TCAT---------------A------ATAT-CTTTA--TGATAT
gi|25 : TT-TT--CTT--------C-AAA--TCA-------------T---GTT---AAAT---G--AA-A--GCAG-AA-----AGT--AA-CC-CCAGGAA---ATAAA-TGAC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTG--TGATATAAA--G--CA-------TT----T--------------AT------CA
gi|26 : AAGG--AAA------T-A--AATCATA-G---CTCGCATTA---G-AT---AT--GGAA--TTTATT--CTT--------A-AAA--TCG-------------T---GTT---AA-T---A--AA-A--CC------------------CC-C-AGGAA---ATAAA-TGGC-CCAC----------A----A------ATcatgtt
gi|27 : AAG--ATA------T-A--AATCATA-G---CTCGCATTA---G-AT---AT--GGAAGATTTATT--CTT--------A-AAA--TCG-------------T---GTT---AA-T---A--AATA--CC------------------CC-C-AGGAA---ATAAA-TGGC-CCAC----------A----A------
gi|28 : AAGG--AAA------T-A--AATTA----------ACAT-A---C-AA---AT--AGAA--TGT-TT--CTT--------A-AAA--TCA-------------T---GT-------T---A--AA-A--GCAA-CA-----AGT--AA-CTCC-AGGAA---ATATA-T
gi|29 : aTA--T-ATATAAA--G--GA-------TA----T--------------GT------CATGAAACAGTT------T-----AATG--CAG--A-CA-ATCTGCCAATTACACT-----AACA------T---TTGT-GT-T--TTTC-TTATTTAaaa
gi|3 : cGCTGTC-ACTGCAT-ATT-TTGG-----GAAAGGGACC------A-GGTCCCTTGAGATTGTG-AAAA-----TTA-GCATCATTTT-GAA---TC-TAATT-GG-AAATTTTCAAGG--AAA------TGA--AAT--TA-A---A--ACAT-A---G-AA---AT--GGAA--ATT-TT--CTG--------A-GAA--ACA-------------T---GTT---AA-T---A--TA-A--GCAA-TA-----AGT--AA-ATAC-AGGAA---ATAAA-TGGT-TCAT----------A----A------ACAT-CTTTA--TAATATAAA--G--CA----------------------------AT------CATGAAACAGTT------T-----AATATCTAG--A-CA-ATCTGCCAAGTACATG-----AA
gi|30 : caggTATAAA--G--GA-------TACA--T--------------GTTAGATACATGAAAGAGTT------A-----GATG--GAA--A-CA-ATCTGCCAAATACA----------A------T---TC---------TTTC--------CTAAACATTa
gi|31 : TTTT-GGA---TC-AAATT-GGGGAATT--------------------A--AATCATA-A---A--AGA------A-AA---AT--GGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TTA-------------T---GTT---AA-T---ACCAA-A--Ggag
gi|32 : GCTGTC-ACA-CAATATT-TTGG-----GA------CAGGGACCA-GGTCCCTGGAGAaggtaa
gi|33 : ttgtccatgGCTGTC-ACAGCAT-ATT-TTGGCACGGGA------CC------A-GGTCCCTTG
gi|4 : tatcaagGCTGTC-ACAGTAT-ATT-TTGG-----GA-------A------A-AATCCCTTGGGATTG-GGAAAA-----TTA-ACACCAATTT-GAA---TC-TAATT-GGGAAATGTTCAAGG--AAA------T-A--AATTGTA-AGTTA--ACAT-ACTTGTAA---GT--AGAA--TTT-TT--CTTA-------A-AAA--TAA-------------G---GTTATAAA-T---A--AA-T--TTAA-TA-----AGT--AATTT-T-ATGAA---ACA
gi|4 : gAA---ATAA---GGT-T-AT----------A----A------ATAA-ATTTA------ATAA---G--TA--------A----T--------------TT------TATGAAACAGTT------TCTGTAAATG--GAG--A-CA-ATCTGCCAATTACATT-----CACA------T---TTGT-GATT--TTTC-TTATTCACTTAACTTTgtttctgtaaatggagacaatctgccaattacattcacatttgtgatttttcttattcacttaactttga
gi|5 : ggctgtcacagtatattttgggaaaaatcccttgggattgggaaaattaacaccaatttgaatctaattgggaaatgttcaaggaaataaattgtaagttaacatacttgtaagtagaatttttcttaaCTGTCCATAGCAT-ATTCTTGG-----GG------CA------A-GGTAC--TGAGATTG-G-GAAAGAGGTTTA-G-ATCATTT--GAAAGGTC-AAATT-GGGAAATTTTCGAGGGAAAA------T-AATAATCAAT-A---A--ACTTAA---G-AA---ATAAGGAA--TTT-TC--CTT--------ATAAA--TCAAG-----------TG--GTT---AA-T---A--AA-AACGCAA-TACACCGATA--AA-CT-C-AAGAAAATATAAT-TGGCGTCAT----------G----ATTAAATATAT-CTGTA--TAATga
gi|6 : AGA--AAA------T-A--AATTATA-A-------CAT-A---C-CA---AT--GGAA--TTT-T---CTT--------A-AAAAATCA-------------T---GTT---AA-T---A--AA-A--GCAA-TA-----AGTGAAA-CTCC-AGCAA---ATAAA-TGGT-TCAT---------------A------ATTT-CTTTA--CGATATAAAATA--TA-------TA----T--------------GT------TTTTAAACAGTTAA----T-----AATG--AAG--A-CA-ATCTGCCAAATACAAT-----AAGA------A---TTGA-G--T--TTTT-CTTTTCA--AAACATT
gi|7 : AATT-GGGAAATTTTCATGG--AAA------T-G--AATTATA-A-------CAG-A---G-AA---AT--GGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCA-------------TCATGTT---CA-T---A--AA-A--GCAA-TA-----A---------------------TAAA-TGAC-CCAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATAAA--G--CA-------TA----TACAT----------GT------CATGAAACAGTT------T-----AATG--GAG--A-CA-AGCTGCCAATTACATA-----AACA------T---TTGTGG--T--TTTC-TTATTCACTAAACAactttataacattgag
gi|8 : GG--AAA------T-A--AATCATG-A-------CAT-A---G-AATTCAT--TGAA--TTT-TTTTCTT--------A-AAA--TCA-------------T---GTT---AA-T---A--AA-A--GCAA-TA-----AGT--AC-CT-CCAGGAA---ATAAA-TGAC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATGAA--G--GA-------AA----TAA------------GT------CA-GAAACAGTT------T-----GATG--GAG--A-CA-ATCTGCCAAATACAAT-----AACA------T---TAGT-GT-T--TTTC-TGATTTACTAACCATTatga
gi|9 : G--AAA------A-A--AAGCATA-A-------CAT-A---T-AT---AT--GGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAAA-TCA-------------T---GTT---AA-T---A--AA-T--GCAA-TG-----AAC--AA-CT-CCAGGAA---ATAAA-TGGC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATAGA--G--CAATAATTATG----T--------------GT------CATGAAACAGTT------T-----AATG--GAG--A-TA-ATTTGCAAATTTCATT-----AACA------T---TAGC-A--T--TT---TTCTTTATTAAACATTg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): AGGGCTGTTACACCATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTATAACT
Alignments
lowQualScore : 2 33333333333333333333333 1 11111 111 22222222 1111111111111 111 33333333333333333333333333333333 111111 1111111 111111111111111111
lowQualScore : 5 1 5 66666666666666666666666 1 5 0 22222 5 77 111 3 6 22 666666 2 22 1 22222222 7 333 1 333 22 22 3 66 66666666 1 33 0000000000000 444 222 1 222 22 1 22 1 44444 777 1 555 222 1 1 888888888888888 555555 1 22 22 33333333333333333333333333333333 555555 222222 55555 33 33 4 2 4 0000000 333333333333333333 33 2
lowQualScore : . . . ....................... . . . ..... . .. ... . . .. ...... . .. . ........ . ... . ... .. .. . .. ........ . .. ............. ... ... . ... .. . .. . ..... ... . ... ... . . ............... ...... . .. .. ................................ ...... ...... ..... .. .. . . . ....... .................. .. .
lowQualScore : 0 6 0 66666666666666666666666 1 0 0 55555 0 44 000 6 7 99 111111 1 88 5 66666666 6 333 9 333 33 11 0 55 99999999 5 55 6666666666666 222 777 5 777 11 5 11 6 00000 222 7 111 888 6 7 666666666666666 000000 9 55 66 55555555555555555555555555555555 555555 555555 66666 11 11 4 2 2 7777777 666666666666666666 77 7
consensus : GCTGTC-ACAGCATTATT-TTGG-----GA------CN------A-GGTCCCTTGAGATTG-G-AAAA-----TTA-GCATCATTTT-GAA---TC-AAATT-GGGAAATTTTCAAGG--AAA------T-A--AATCATA-A---A--ACAT-A---G-AA---AT--GGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCA-------------T---GTT---AA-T---A--AA-A--GCAA-TA-----AGT--AA-CT-C-AGGAA---ATAAA-TGGC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATAAA--G--C--A-------TA--T--------------GT------CATGAAACAGTT------T-----AATG--GAG--A-CA-ATCTGCCAATTACATT-----AACA------T---TNGT-G--T--TTTC-TTATTTACTAAACATT
Reference ( family-48 ) : GCTGTC-ACAGCATTATT-TTGG-----GA------CN------A-GGTCCCTTGAGATTG-G-AAAA-----TTA-GCATCATTTT-GAA---TC-AAATT-GGGAAATTTTCAAGG--AAA------T-A--AATCATA-A---A--ACAT-A---G-AA---AT--GGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCA-------------T---GTT---AA-T---A--AA-A--GCAA-TA-----AGT--AA-CT-C-AGGAA---ATAAA-TGGC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATAAA--G--C--A-------TA--T--------------GT------CATGAAACAGTT------T-----AATG--GAG--A-CA-ATCTGCCAATTACATT-----AACA------T---TNGT-G--T--TTTC-TTATTTACTAAACATT
gi|1 : GCTGTC-ACAGCATTATT-TTGG------A------CT------GCGGTCCCTTGAGATTG-G-AAAA-----TCAAGCATCATTTA-GAAA--TC-AGATTTGGGAAATTTTCAAGG--AAA------T-A--AATTATATA---A--AC-T-A---G-AA---AT--AGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCT-------------T---GTT---AA-T---A--AA-A--GCAACTA-----AGC--AA-CT-C-ATGAA---ATAAA-TGGC-TAAT----------A----A------ATAT-CTTT---TGATATAAA--G--C--A-------T----------------------------TAAAACAGTT------T-----AATG--GAG--ACCA-ATTTGCCAATTACATT-----AACA------T---TGGT-G--T--TTT--TTATTTACTAAACA
gi|10 : gT--GGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCATGTTTACTTATCAT---GTT---AA-T---A--A-------AA-TA-----AGTAAAA-CTCC-AGGAA---ATAAA-TGGC-TCAT---------------A------ATAT-CTCTA--TGATATAAA--GGAT--A-------TA--T--------------GT------CATGAAACAGTT------T-----AATG--GAG--A-CA-ATCTGCGAAATACAAT-----AACATTCAATT---TTGT-GT-T--TTTC-TTCTTTACCAAACATT
gi|11 : --TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCA-------------T---GTT---GA-TATAA--AA-A--GCAA-TA-----AGT--AA-CTCC-AGGAA---AGAAA-TGAC-TCATAAATATGATAA----A------ATAT-CTGTA--TGATATAAA--G--CAAA-------TA--T--------------GT------CATGAAAC-GTTTA----T-----AATG--GAT--ATCATATCTG-CAATATCATT-----AACA------TA--TTGT-G--TTGTTTCGTTAATTA-TATACATTg
gi|12 : CTGTG-ACAGCAT-ATT-TTGG-----GA------CA------C-GGACC----AGATTG-G-GAAA-----TTA-ATAGCATTTT-GAA---TC-AAATT-GGGAAATTTTCATGG--AAA------T-G--AATTAT------A--ACAG-A---G-AA---AT--GGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCA-------------T---GTT---CA-A---A--AA-A--GAAA-TA-----AA---AA-AT-T-GGGAA---ATgg
gi|12 : gggctgtca-AAATT-GGGAAATTTTCATGG--AAA------T-G--AAtttcatggaaatgaa
gi|13 : gggctgtcactgtgacagcatattttgggacacggaccagattgggaaattaatagcattttgaatcaaattgggaaattttcatggaaatgaattataacagagaaatggaatttttcttaaaatcatgttcaaaaaagaaataaa--GGAA--TTT-AT--CTT--------A-AAA--TCA-------------T---GTT---AA-C---A--AA-A--GCAA-TA-----AGT--AA-CTCC-AGGAA---ATAAA-TGA---TAT----------AAAGCA------ATGTAATTTAATTAATACAAT--T--C-----------A--T--------------GT------CATGAAACAGTT------T-----AATA--GAG--A-CA-ATCTGCCAATTAC-TA-----AACA------TAAATAGT-G--T--TTTC-TTTTTTACTAAACATT
gi|14 : CTTGAGATGG-A-AAAA-----TTA-GCGTCATTT--GAA---TGGAAATT-GGGATTTTTTCAAGG--AAA------T-G--AATCATA-A---C--ATAC-A---C-AA---AA--GAGA--T------------------G-AAA--GCA-------------A-----T---AA-T---A-------------TA-----AGT--AT-CT-CCAGGAA---ATAAAATGAC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATGAA--G--G--A-------TA--TAA------------GT------CATGAAACAGTgag
gi|15 : T--GGAA--TTT-TTT-CTT--------A-ATA--TCA-------------T---GTT---AA-T---A--AA-A--AC------------------TT-C-AGGAA---ATAAA-TGGT-TCAC----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATAAA--GTAC--A-------TA--T--------------GT------CATGAAACAGTT------T-----AATG--GAG--A-CA-ATATGCCA---ACA-----------------------------------C-TTATTTACTAAACATT
gi|16 : ctAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCA-------------T---GTT---AA-T---A--AA-A--GCAA-CA-----AGT--AA-CT-CCAGGAA---ATAAA-TGAA-CCAT----------A----A------TTAT-CTTTA--TGATATAAA--G--C--A-------TA--TACATACATGTATTTGT------CATGAAACAGTTTAGCGGT-----AATG--GAG--A-CA-Aga
gi|17 : --ACATTA---G-GC---AT--GGAA--TTT-TTT-CTT--------A-AAA--TTG-------------T---GTT---AA-T---A--GA-A--------------------------------------AA-TGGC-TCAC----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATAAA--GTTC--A-------TA--T--------------GT------CATGAAACAGTT------T-----AATG--GAG--A-CT-ATTTACTAA--ACATT-----
gi|18 : TCAAGG--AAA------T-G--AATCATA-A---C--ATAC-A---C-AA---AG--AGA-------------T--------G-AAA--GCA-------------A-----T---AA-T---A-------------TA-----AGT--AT-CT-CCAGGAA---ATAAA-TGAC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATGAA--G--G--A-------TA--TAA------------GT------CATGAAACAG
gi|19 : AA-TGAC-CCAT----------A----A------ATAT-CTTAA--TGATATAAA--G--C--A-------TA--TATAT----------GT------CATGAAACACTT------T-----AATG--GAG--A-CA-ATCTTTGAATTACATTTTTAAAACA------T---TTGT-G--T--TTTC-TTATTTACTAAACAT
gi|2 : GCTGTC-ACAGCATTATT-TTGG------A------CT------G-GGTCCCTTGAGATTG-G-AAAA-----TAA-GCATCATTTTAGAA---TC-AGATTTGGGAAATTTTCAAGG--AAA------T-A--AATTATATA---A--AC-T-A---G-AA---AT--AGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCT-------------T---GTT----A-T---A--AA-A--GCAA-TA-----AGC--AA-CT-C-ATGAA---ATAAA-TGGC-TAAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATAAA--G--C--A-------T---T--------------------------AAACAGTT------T-----AATG--GAGACA-CA-ATTTGCCAATTACATT-----AACA------T---TGGT-G--T--TTTT-TTATTTACTAAACATT
gi|20 : T-A---G-AC---GT--GGAA--TTT-TTT-CTT--------G-AAA--TC
gi|20 : gaat-TGGC-TCAC----------A----A------ATAT-CTAAA--TGATATACA--G--T--A-----------------------------------------CAGTA------T-----AATG--GAG--A-CA-ATCTGCCA---ACA-----------------------------------C-TTATTTACTAAACATTgcattattggctcacaaatatctaaatgatatacagtacagtataatggagacaatctgccaacacttatttactaaacattgag
gi|21 : gaattagacgtggaattttttcttgaaatcgcattatATCATTTT-GAA---TC-AAATT-GGGAAAATTTCAAGA--AAATATCTTT-A--AATTAT------C--ACAT-A---G-AA---AT--GGAA--TTT-TT--CT---------------------------------------------T---A--AA-A--GTAA-TA-----AGT--TA-CT-CTAGGAA---ATAAA-TGGC-TCAT----------A----gag
gi|22 : GAGATTG-GGAAAA-----TTA-ACATCATTTT-GAA---TG-AAATT-GGGAAATTTCCAAGG--AAA------T-A------ATA-T---A--ACAT-A---G-AA---AT--GGAA--TTT-TT---TT--------A-AAA--TAA-------------T---GTC---AA-T---A--AA-A--GCAA-TA-----GGT--A
gi|24 : --AATTATA-A-------CGG-A---G-AA---AT--TGAA--TTT-TT--CTTAAAATCTTA-AAA--TCA-------------T---GTT---AA-T---A--AA-A--GCAA-T------AGTAAAA-CT-C-CAGGA---ATAAA-TGGC-TCAT---------------A------ATAT-CTTTA--TGATAT
gi|25 : TT-TT--CTT--------C-AAA--TCA-------------T---GTT---AAAT---G--AA-A--GCAG-AA-----AGT--AA-CC-CCAGGAA---ATAAA-TGAC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTG--TGATATAAA--G--C--A-------TT--T--------------AT------CA
gi|26 : AAGG--AAA------T-A--AATCATA-G---CTCGCATTA---G-AT---AT--GGAA--TTTATT--CTT--------A-AAA--TCG-------------T---GTT---AA-T---A--AA-A--CC------------------CC-C-AGGAA---ATAAA-TGGC-CCAC----------A----A------ATcatgtt
gi|27 : AAG--ATA------T-A--AATCATA-G---CTCGCATTA---G-AT---AT--GGAAGATTTATT--CTT--------A-AAA--TCG-------------T---GTT---AA-T---A--AATA--CC------------------CC-C-AGGAA---ATAAA-TGGC-CCAC----------A----A------
gi|28 : AAGG--AAA------T-A--AATTA----------ACAT-A---C-AA---AT--AGAA--TGT-TT--CTT--------A-AAA--TCA-------------T---GT-------T---A--AA-A--GCAA-CA-----AGT--AA-CTCC-AGGAA---ATATA-T
gi|29 : aTA--T-ATATAAA--G--G--A-------TA--T--------------GT------CATGAAACAGTT------T-----AATG--CAG--A-CA-ATCTGCCAATTACACT-----AACA------T---TTGT-GT-T--TTTC-TTATTTAaaa
gi|3 : cGCTGTC-ACTGCAT-ATT-TTGG-----GAAAGGGACC------A-GGTCCCTTGAGATTGTG-AAAA-----TTA-GCATCATTTT-GAA---TC-TAATT-GG-AAATTTTCAAGG--AAA------TGA--AAT--TA-A---A--ACAT-A---G-AA---AT--GGAA--ATT-TT--CTG--------A-GAA--ACA-------------T---GTT---AA-T---A--TA-A--GCAA-TA-----AGT--AA-ATAC-AGGAA---ATAAA-TGGT-TCAT----------A----A------ACAT-CTTTA--TAATATAAA--G--C--A--------------------------AT------CATGAAACAGTT------T-----AATATCTAG--A-CA-ATCTGCCAAGTACATG-----AA
gi|30 : caggTATAAA--G--G--A-------TACAT--------------GTTAGATACATGAAAGAGTT------A-----GATG--GAA--A-CA-ATCTGCCAAATACA----------A------T---TC---------TTTC--------CTAAACATTa
gi|31 : TTTT-GGA---TC-AAATT-GGGGAATT--------------------A--AATCATA-A---A--AGA------A-AA---AT--GGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TTA-------------T---GTT---AA-T---ACCAA-A--Ggag
gi|32 : GCTGTC-ACA-CAATATT-TTGG-----GA------CAGGGACCA-GGTCCCTGGAGAaggtaa
gi|33 : ttgtccatgGCTGTC-ACAGCAT-ATT-TTGGCACGGGA------CC------A-GGTCCCTTG
gi|4 : tatcaagGCTGTC-ACAGTAT-ATT-TTGG-----GA-------A------A-AATCCCTTGGGATTG-GGAAAA-----TTA-ACACCAATTT-GAA---TC-TAATT-GGGAAATGTTCAAGG--AAA------T-A--AATTGTA-AGTTA--ACAT-ACTTGTAA---GT--AGAA--TTT-TT--CTTA-------A-AAA--TAA-------------G---GTTATAAA-T---A--AA-T--TTAA-TA-----AGT--AATTT-T-ATGAA---ACA
gi|4 : gAA---ATAA---GGT-T-AT----------A----A------ATAA-ATTTA------ATAA---G--T--A--------A--T--------------TT------TATGAAACAGTT------TCTGTAAATG--GAG--A-CA-ATCTGCCAATTACATT-----CACA------T---TTGT-GATT--TTTC-TTATTCACTTAACTTTgtttctgtaaatggagacaatctgccaattacattcacatttgtgatttttcttattcacttaactttga
gi|5 : ggctgtcacagtatattttgggaaaaatcccttgggattgggaaaattaacaccaatttgaatctaattgggaaatgttcaaggaaataaattgtaagttaacatacttgtaagtagaatttttcttaaCTGTCCATAGCAT-ATTCTTGG-----GG------CA------A-GGTAC--TGAGATTG-G-GAAAGAGGTTTA-G-ATCATTT--GAAAGGTC-AAATT-GGGAAATTTTCGAGGGAAAA------T-AATAATCAAT-A---A--ACTTAA---G-AA---ATAAGGAA--TTT-TC--CTT--------ATAAA--TCAAG-----------TG--GTT---AA-T---A--AA-AACGCAA-TACACCGATA--AA-CT-C-AAGAAAATATAAT-TGGCGTCAT----------G----ATTAAATATAT-CTGTA--TAATga
gi|6 : AGA--AAA------T-A--AATTATA-A-------CAT-A---C-CA---AT--GGAA--TTT-T---CTT--------A-AAAAATCA-------------T---GTT---AA-T---A--AA-A--GCAA-TA-----AGTGAAA-CTCC-AGCAA---ATAAA-TGGT-TCAT---------------A------ATTT-CTTTA--CGATATAAAATA--T--A-------TA--T--------------GT------TTTTAAACAGTTAA----T-----AATG--AAG--A-CA-ATCTGCCAAATACAAT-----AAGA------A---TTGA-G--T--TTTT-CTTTTCA--AAACATT
gi|7 : AATT-GGGAAATTTTCATGG--AAA------T-G--AATTATA-A-------CAG-A---G-AA---AT--GGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCA-------------TCATGTT---CA-T---A--AA-A--GCAA-TA-----A---------------------TAAA-TGAC-CCAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATAAA--G--C--A-------TA--TACAT----------GT------CATGAAACAGTT------T-----AATG--GAG--A-CA-AGCTGCCAATTACATA-----AACA------T---TTGTGG--T--TTTC-TTATTCACTAAACAactttataacattgag
gi|8 : GG--AAA------T-A--AATCATG-A-------CAT-A---G-AATTCAT--TGAA--TTT-TTTTCTT--------A-AAA--TCA-------------T---GTT---AA-T---A--AA-A--GCAA-TA-----AGT--AC-CT-CCAGGAA---ATAAA-TGAC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATGAA--G--G--A-------AA--TAA------------GT------CA-GAAACAGTT------T-----GATG--GAG--A-CA-ATCTGCCAAATACAAT-----AACA------T---TAGT-GT-T--TTTC-TGATTTACTAACCATTatga
gi|9 : G--AAA------A-A--AAGCATA-A-------CAT-A---T-AT---AT--GGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAAA-TCA-------------T---GTT---AA-T---A--AA-T--GCAA-TG-----AAC--AA-CT-CCAGGAA---ATAAA-TGGC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATAGA--G--C--AATAATTATG--T--------------GT------CATGAAACAGTT------T-----AATG--GAG--A-TA-ATTTGCAAATTTCATT-----AACA------T---TAGC-A--T--TT---TTCTTTATTAAACATTg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): AGGGCTGTTACACCATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTATAACT
Alignments
lowQualScore : 2 33333333333333333333333 1 11111 111 22222222 1111111111111 111 33333333333333333333333333333333 111111 1111111 111111111111111111
lowQualScore : 5 1 5 66666666666666666666666 1 5 0 22222 5 77 111 3 6 22 666666 2 22 1 22222222 7 333 1 333 22 22 3 66 66666666 1 33 0000000000000 444 222 1 222 22 1 22 1 44444 777 1 555 222 1 1 888888888888888 555555 1 22 22 33333333333333333333333333333333 555555 222222 55555 33 33 4 2 4 0000000 333333333333333333 33 2
lowQualScore : . . . ....................... . . . ..... . .. ... . . .. ...... . .. . ........ . ... . ... .. .. . .. ........ . .. ............. ... ... . ... .. . .. . ..... ... . ... ... . . ............... ...... . .. .. ................................ ...... ...... ..... .. .. . . . ....... .................. .. .
lowQualScore : 0 6 0 66666666666666666666666 1 0 0 55555 0 44 000 6 7 99 111111 1 88 5 66666666 6 333 9 333 33 11 0 55 99999999 5 55 6666666666666 222 777 5 777 11 5 11 6 00000 222 7 111 888 6 7 666666666666666 000000 9 55 66 55555555555555555555555555555555 555555 555555 66666 11 11 4 2 2 7777777 666666666666666666 77 7
consensus : GCTGTC-ACAGCATTATT-TTGG-----GA------CN------A-GGTCCCTTGAGATTG-G-AAAA-----TTA-GCATCATTTT-GAA---TC-AAATT-GGGAAATTTTCAAGG--AAA------T-A--AATCATA-A---A--ACAT-A---G-AA---AT--GGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCA-------------T---GTT---AA-T---A--AA-A--GCAA-TA-----AGT--AA-CT-C-AGGAA---ATAAA-TGGC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATAAA--G--C--A-------TA--T--------------GT------CATGAAACAGTT------T-----AATG--GAG--A-CA-ATCTGCCAATTACATT-----AACA------T---TNGT-G--T--TTTC-TTATTTACTAAACATT
Reference ( family-48 ) : GCTGTC-ACAGCATTATT-TTGG-----GA------CN------A-GGTCCCTTGAGATTG-G-AAAA-----TTA-GCATCATTTT-GAA---TC-AAATT-GGGAAATTTTCAAGG--AAA------T-A--AATCATA-A---A--ACAT-A---G-AA---AT--GGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCA-------------T---GTT---AA-T---A--AA-A--GCAA-TA-----AGT--AA-CT-C-AGGAA---ATAAA-TGGC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATAAA--G--C--A-------TA--T--------------GT------CATGAAACAGTT------T-----AATG--GAG--A-CA-ATCTGCCAATTACATT-----AACA------T---TNGT-G--T--TTTC-TTATTTACTAAACATT
gi|1 : GCTGTC-ACAGCATTATT-TTGG------A------CT------GCGGTCCCTTGAGATTG-G-AAAA-----TCAAGCATCATTTA-GAAA--TC-AGATTTGGGAAATTTTCAAGG--AAA------T-A--AATTATATA---A--AC-T-A---G-AA---AT--AGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCT-------------T---GTT---AA-T---A--AA-A--GCAACTA-----AGC--AA-CT-C-ATGAA---ATAAA-TGGC-TAAT----------A----A------ATAT-CTTT---TGATATAAA--G--C--A-------T----------------------------TAAAACAGTT------T-----AATG--GAG--ACCA-ATTTGCCAATTACATT-----AACA------T---TGGT-G--T--TTT--TTATTTACTAAACA
gi|10 : gT--GGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCATGTTTACTTATCAT---GTT---AA-T---A--A-------AA-TA-----AGTAAAA-CTCC-AGGAA---ATAAA-TGGC-TCAT---------------A------ATAT-CTCTA--TGATATAAA--GGAT--A-------TA--T--------------GT------CATGAAACAGTT------T-----AATG--GAG--A-CA-ATCTGCGAAATACAAT-----AACATTCAATT---TTGT-GT-T--TTTC-TTCTTTACCAAACATT
gi|11 : --TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCA-------------T---GTT---GA-TATAA--AA-A--GCAA-TA-----AGT--AA-CTCC-AGGAA---AGAAA-TGAC-TCATAAATATGATAA----A------ATAT-CTGTA--TGATATAAA--G--CAAA-------TA--T--------------GT------CATGAAAC-GTTTA----T-----AATG--GAT--ATCATATCTG-CAATATCATT-----AACA------TA--TTGT-G--TTGTTTCGTTAATTA-TATACATTg
gi|12 : CTGTG-ACAGCAT-ATT-TTGG-----GA------CA------C-GGACC----AGATTG-G-GAAA-----TTA-ATAGCATTTT-GAA---TC-AAATT-GGGAAATTTTCATGG--AAA------T-G--AATTAT------A--ACAG-A---G-AA---AT--GGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCA-------------T---GTT---CA-A---A--AA-A--GAAA-TA-----AA---AA-AT-T-GGGAA---ATgg
gi|12 : gggctgtca-AAATT-GGGAAATTTTCATGG--AAA------T-G--AAtttcatggaaatgaa
gi|13 : gggctgtcactgtgacagcatattttgggacacggaccagattgggaaattaatagcattttgaatcaaattgggaaattttcatggaaatgaattataacagagaaatggaatttttcttaaaatcatgttcaaaaaagaaataaa--GGAA--TTT-AT--CTT--------A-AAA--TCA-------------T---GTT---AA-C---A--AA-A--GCAA-TA-----AGT--AA-CTCC-AGGAA---ATAAA-TGA---TAT----------AAAGCA------ATGTAATTTAATTAATACAAT--T--C-----------A--T--------------GT------CATGAAACAGTT------T-----AATA--GAG--A-CA-ATCTGCCAATTAC-TA-----AACA------TAAATAGT-G--T--TTTC-TTTTTTACTAAACATT
gi|14 : CTTGAGATGG-A-AAAA-----TTA-GCGTCATTT--GAA---TGGAAATT-GGGATTTTTTCAAGG--AAA------T-G--AATCATA-A---C--ATAC-A---C-AA---AA--GAGA--T------------------G-AAA--GCA-------------A-----T---AA-T---A-------------TA-----AGT--AT-CT-CCAGGAA---ATAAAATGAC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATGAA--G--G--A-------TA--TAA------------GT------CATGAAACAGTgag
gi|15 : T--GGAA--TTT-TTT-CTT--------A-ATA--TCA-------------T---GTT---AA-T---A--AA-A--AC------------------TT-C-AGGAA---ATAAA-TGGT-TCAC----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATAAA--GTAC--A-------TA--T--------------GT------CATGAAACAGTT------T-----AATG--GAG--A-CA-ATATGCCA---ACA-----------------------------------C-TTATTTACTAAACATT
gi|16 : ctAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCA-------------T---GTT---AA-T---A--AA-A--GCAA-CA-----AGT--AA-CT-CCAGGAA---ATAAA-TGAA-CCAT----------A----A------TTAT-CTTTA--TGATATAAA--G--C--A-------TA--TACATACATGTATTTGT------CATGAAACAGTTTAGCGGT-----AATG--GAG--A-CA-Aga
gi|17 : --ACATTA---G-GC---AT--GGAA--TTT-TTT-CTT--------A-AAA--TTG-------------T---GTT---AA-T---A--GA-A--------------------------------------AA-TGGC-TCAC----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATAAA--GTTC--A-------TA--T--------------GT------CATGAAACAGTT------T-----AATG--GAG--A-CT-ATTTACTAA--ACATT-----
gi|18 : TCAAGG--AAA------T-G--AATCATA-A---C--ATAC-A---C-AA---AG--AGA-------------T--------G-AAA--GCA-------------A-----T---AA-T---A-------------TA-----AGT--AT-CT-CCAGGAA---ATAAA-TGAC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATGAA--G--G--A-------TA--TAA------------GT------CATGAAACAG
gi|19 : AA-TGAC-CCAT----------A----A------ATAT-CTTAA--TGATATAAA--G--C--A-------TA--TATAT----------GT------CATGAAACACTT------T-----AATG--GAG--A-CA-ATCTTTGAATTACATTTTTAAAACA------T---TTGT-G--T--TTTC-TTATTTACTAAACAT
gi|2 : GCTGTC-ACAGCATTATT-TTGG------A------CT------G-GGTCCCTTGAGATTG-G-AAAA-----TAA-GCATCATTTTAGAA---TC-AGATTTGGGAAATTTTCAAGG--AAA------T-A--AATTATATA---A--AC-T-A---G-AA---AT--AGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCT-------------T---GTT----A-T---A--AA-A--GCAA-TA-----AGC--AA-CT-C-ATGAA---ATAAA-TGGC-TAAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATAAA--G--C--A-------T---T--------------------------AAACAGTT------T-----AATG--GAGACA-CA-ATTTGCCAATTACATT-----AACA------T---TGGT-G--T--TTTT-TTATTTACTAAACATT
gi|20 : T-A---G-AC---GT--GGAA--TTT-TTT-CTT--------G-AAA--TC
gi|20 : gaat-TGGC-TCAC----------A----A------ATAT-CTAAA--TGATATACA--G--T--A-----------------------------------------CAGTA------T-----AATG--GAG--A-CA-ATCTGCCA---ACA-----------------------------------C-TTATTTACTAAACATTgcattattggctcacaaatatctaaatgatatacagtacagtataatggagacaatctgccaacacttatttactaaacattgag
gi|21 : gaattagacgtggaattttttcttgaaatcgcattatATCATTTT-GAA---TC-AAATT-GGGAAAATTTCAAGA--AAATATCTTT-A--AATTAT------C--ACAT-A---G-AA---AT--GGAA--TTT-TT--CT---------------------------------------------T---A--AA-A--GTAA-TA-----AGT--TA-CT-CTAGGAA---ATAAA-TGGC-TCAT----------A----gag
gi|22 : GAGATTG-GGAAAA-----TTA-ACATCATTTT-GAA---TG-AAATT-GGGAAATTTCCAAGG--AAA------T-A------ATA-T---A--ACAT-A---G-AA---AT--GGAA--TTT-TT---TT--------A-AAA--TAA-------------T---GTC---AA-T---A--AA-A--GCAA-TA-----GGT--A
gi|24 : --AATTATA-A-------CGG-A---G-AA---AT--TGAA--TTT-TT--CTTAAAATCTTA-AAA--TCA-------------T---GTT---AA-T---A--AA-A--GCAA-T------AGTAAAA-CT-C-CAGGA---ATAAA-TGGC-TCAT---------------A------ATAT-CTTTA--TGATAT
gi|25 : TT-TT--CTT--------C-AAA--TCA-------------T---GTT---AAAT---G--AA-A--GCAG-AA-----AGT--AA-CC-CCAGGAA---ATAAA-TGAC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTG--TGATATAAA--G--C--A-------TT--T--------------AT------CA
gi|26 : AAGG--AAA------T-A--AATCATA-G---CTCGCATTA---G-AT---AT--GGAA--TTTATT--CTT--------A-AAA--TCG-------------T---GTT---AA-T---A--AA-A--CC------------------CC-C-AGGAA---ATAAA-TGGC-CCAC----------A----A------ATcatgtt
gi|27 : AAG--ATA------T-A--AATCATA-G---CTCGCATTA---G-AT---AT--GGAAGATTTATT--CTT--------A-AAA--TCG-------------T---GTT---AA-T---A--AATA--CC------------------CC-C-AGGAA---ATAAA-TGGC-CCAC----------A----A------
gi|28 : AAGG--AAA------T-A--AATTA----------ACAT-A---C-AA---AT--AGAA--TGT-TT--CTT--------A-AAA--TCA-------------T---GT-------T---A--AA-A--GCAA-CA-----AGT--AA-CTCC-AGGAA---ATATA-T
gi|29 : aTA--T-ATATAAA--G--G--A-------TA--T--------------GT------CATGAAACAGTT------T-----AATG--CAG--A-CA-ATCTGCCAATTACACT-----AACA------T---TTGT-GT-T--TTTC-TTATTTAaaa
gi|3 : cGCTGTC-ACTGCAT-ATT-TTGG-----GAAAGGGACC------A-GGTCCCTTGAGATTGTG-AAAA-----TTA-GCATCATTTT-GAA---TC-TAATT-GG-AAATTTTCAAGG--AAA------TGA--AAT--TA-A---A--ACAT-A---G-AA---AT--GGAA--ATT-TT--CTG--------A-GAA--ACA-------------T---GTT---AA-T---A--TA-A--GCAA-TA-----AGT--AA-ATAC-AGGAA---ATAAA-TGGT-TCAT----------A----A------ACAT-CTTTA--TAATATAAA--G--C--A--------------------------AT------CATGAAACAGTT------T-----AATATCTAG--A-CA-ATCTGCCAAGTACATG-----AA
gi|30 : caggTATAAA--G--G--A-------TACAT--------------GTTAGATACATGAAAGAGTT------A-----GATG--GAA--A-CA-ATCTGCCAAATACA----------A------T---TC---------TTTC--------CTAAACATTa
gi|31 : TTTT-GGA---TC-AAATT-GGGGAATT--------------------A--AATCATA-A---A--AGA------A-AA---AT--GGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TTA-------------T---GTT---AA-T---ACCAA-A--Ggag
gi|32 : GCTGTC-ACA-CAATATT-TTGG-----GA------CAGGGACCA-GGTCCCTGGAGAaggtaa
gi|33 : ttgtccatgGCTGTC-ACAGCAT-ATT-TTGGCACGGGA------CC------A-GGTCCCTTG
gi|4 : tatcaagGCTGTC-ACAGTAT-ATT-TTGG-----GA-------A------A-AATCCCTTGGGATTG-GGAAAA-----TTA-ACACCAATTT-GAA---TC-TAATT-GGGAAATGTTCAAGG--AAA------T-A--AATTGTA-AGTTA--ACAT-ACTTGTAA---GT--AGAA--TTT-TT--CTTA-------A-AAA--TAA-------------G---GTTATAAA-T---A--AA-T--TTAA-TA-----AGT--AATTT-T-ATGAA---ACA
gi|4 : gAA---ATAA---GGT-T-AT----------A----A------ATAA-ATTTA------ATAA---G--T--A--------A--T--------------TT------TATGAAACAGTT------TCTGTAAATG--GAG--A-CA-ATCTGCCAATTACATT-----CACA------T---TTGT-GATT--TTTC-TTATTCACTTAACTTTgtttctgtaaatggagacaatctgccaattacattcacatttgtgatttttcttattcacttaactttga
gi|5 : ggctgtcacagtatattttgggaaaaatcccttgggattgggaaaattaacaccaatttgaatctaattgggaaatgttcaaggaaataaattgtaagttaacatacttgtaagtagaatttttcttaaCTGTCCATAGCAT-ATTCTTGG-----GG------CA------A-GGTAC--TGAGATTG-G-GAAAGAGGTTTA-G-ATCATTT--GAAAGGTC-AAATT-GGGAAATTTTCGAGGGAAAA------T-AATAATCAAT-A---A--ACTTAA---G-AA---ATAAGGAA--TTT-TC--CTT--------ATAAA--TCAAG-----------TG--GTT---AA-T---A--AA-AACGCAA-TACACCGATA--AA-CT-C-AAGAAAATATAAT-TGGCGTCAT----------G----ATTAAATATAT-CTGTA--TAATga
gi|6 : AGA--AAA------T-A--AATTATA-A-------CAT-A---C-CA---AT--GGAA--TTT-T---CTT--------A-AAAAATCA-------------T---GTT---AA-T---A--AA-A--GCAA-TA-----AGTGAAA-CTCC-AGCAA---ATAAA-TGGT-TCAT---------------A------ATTT-CTTTA--CGATATAAAATA--T--A-------TA--T--------------GT------TTTTAAACAGTTAA----T-----AATG--AAG--A-CA-ATCTGCCAAATACAAT-----AAGA------A---TTGA-G--T--TTTT-CTTTTCA--AAACATT
gi|7 : AATT-GGGAAATTTTCATGG--AAA------T-G--AATTATA-A-------CAG-A---G-AA---AT--GGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCA-------------TCATGTT---CA-T---A--AA-A--GCAA-TA-----A---------------------TAAA-TGAC-CCAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATAAA--G--C--A-------TA--TACAT----------GT------CATGAAACAGTT------T-----AATG--GAG--A-CA-AGCTGCCAATTACATA-----AACA------T---TTGTGG--T--TTTC-TTATTCACTAAACAactttataacattgag
gi|8 : GG--AAA------T-A--AATCATG-A-------CAT-A---G-AATTCAT--TGAA--TTT-TTTTCTT--------A-AAA--TCA-------------T---GTT---AA-T---A--AA-A--GCAA-TA-----AGT--AC-CT-CCAGGAA---ATAAA-TGAC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATGAA--G--G--A-------AA--TAA------------GT------CA-GAAACAGTT------T-----GATG--GAG--A-CA-ATCTGCCAAATACAAT-----AACA------T---TAGT-GT-T--TTTC-TGATTTACTAACCATTatga
gi|9 : G--AAA------A-A--AAGCATA-A-------CAT-A---T-AT---AT--GGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAAA-TCA-------------T---GTT---AA-T---A--AA-T--GCAA-TG-----AAC--AA-CT-CCAGGAA---ATAAA-TGGC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATAGA--G--C--AATAATTATG--T--------------GT------CATGAAACAGTT------T-----AATG--GAG--A-TA-ATTTGCAAATTTCATT-----AACA------T---TAGC-A--T--TT---TTCTTTATTAAACATTg
blockSeqs : C T C GAAAGGGACCA C T G GAGGT . TA AGG G T GA TATCTT G AT T AGTTA T CTT T TTC AA GA A TT AAAATCTT T AA TGTTTACTTATCA CAT ATA A ATA CC T AC . CACCG TAA T CC AAT A G AAATATGATAA TTAAAT A AT AT CATATACATACATGTATTT TAGATA TAGCGG CTGTA TC AC T T A TTTTTAA TTCAATTTTGTGT TG G
blockSeqs : . T . GACAGGGACCA C . G . . T . . . . . . . C GCTC T . . . . . A T A . A AG G . . . . . . . . TAA . CC . . . AAAGC . . . . CAATAATTATGT . TA . . . . . T AT TAAATAGTG . .
blockSeqs : . . . CACGGGACCA C . . . . T . . . . . . . C GCTC T . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . TGA . CC . . . A . . . . CATATATAT . AA . . . . . T TT TTTGTGAT . .
blockSeqs : . . . GACAC C . . . . T . . . . . . . T TAA A . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . T . CC . . . A . . . . CATATACAT . . . . . . . T TA TATTGTG . .
blockSeqs : . . . GGCAA C . . . . T . . . . . . . T AC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . CC . . . A . . . . GATATAT . . . . . . . T TT TTTGTGT . .
blockSeqs : . . . ACTG C . . . . T . . . . . . . T AC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . CC . . . A . . . . CAAATAT . . . . . . . T TT TTTGTGG . .
blockSeqs : . . . GAAA . . . . . T . . . . . . . C TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . CT . . . A . . . . GATATAA . . . . . . . G CT TTAGTGT . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . CC . . . A . . . . TACATAT . . . . . . . A TG TTTGTG . .
blockSeqs : . . . . . . . . T AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . CC . . . A . . . . TTCATAT . . . . . . . T TT TTGGTG . .
blockSeqs : . . . . . . C AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . AC . . . A . . . . GATATAA . . . . . . . A AT ATTGAG . .
blockSeqs : . . . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . CC . . . A . . . . GATACAT . . . . . . . T TA TTAGCA . .
blockSeqs : . . . . C C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . CC . . . A . . . . GAAATAA . . . . . . . A AT TTC . .
blockSeqs : . . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . CC . . . A . . . . CATTT . . . . . . . T TT . . .
blockSeqs : . . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . T . . . A . . . . GATAT . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . C . . . A . . . . TATAT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . C . . . A . . . . CATT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . C . . . G . . . . TAAT . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . C . . . A . . . . CAT .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . A . . . . TA .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . A . . . . CA .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : GACAACCA*************** *** A******* CC* CATATAT*************************
originalCons : GCTGTC-ACAGCATTATT-TTGG-----GA------CN------A-GGTCCCTTGAGATTG-G-AAAA-----TTA-GCATCATTTT-GAA---TC-AAATT-GGGAAATTTTCAAGG--AAA------T-A--AATCATA-A---A--ACAT-A---G-AA---AT--GGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCA-------------T---GTT---AA-T---A--AA-A--GCAA-TA-----AGT--AA-CT-C-AGGAA---ATAAA-TGGC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATAAA--G--C--A-------TA--T--------------GT------CATGAAACAGTT------T-----AATG--GAG--A-CA-ATCTGCCAATTACATT-----AACA------T---TNGT-G--T--TTTC-TTATTTACTAAACATT
finalCons : GCTGTC-ACAGCATTATT-TTGGGACAACCA---------------GGTCCCTTGAGATTG-G-AAAA-----TTA-GCATCATTTT-GAA---TC-AAATT-GGGAAATTTTCAAGG--AAA------T-A--AATCATAA-------ACAT-A---G-AA---AT--GGAA--TTT-TT--CTT--------A-AAA--TCA-------------T---GTT---AA-T---A--AA-A--GCAA-TA-----AGT--AA-CTCC-AGGAA---ATAAA-TGGC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATAAA--GCATATAT-------------------------GT------CATGAAACAGTT------T-----AATG--GAG--A-CA-ATCTGCCAATTACATT-----AACA------T---TNGT-G--T--TTTC-TTATTTACTAAACATT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): AGGGCTGTTACACCATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTATAACT
Alignments
lowQualScore : 2 4444444 1 11111 111 2222222222 222222222222222222222222 111111 1111111 111111111111111111
lowQualScore : 5 1 5 5 1111111 1 5 0 22222 5 77 111 3 6 22 666666 2 22 2 1111111111 8 333 2 333 22 22 3 22 3 77777777 1 33 22 444 8888888888888 222 1 444 333 1 44444 44 22 1 3 1 7777777777 3333 555555 1 22 2 000000000000000000000000 555555 222222 55555 33 4 55 4 0000000 333333333333333333 33 2
lowQualScore : . . . . ....... . . . ..... . .. ... . . .. ...... . .. . .......... . ... . ... .. .. . .. . ........ . .. .. ... ............. ... . ... ... . ..... .. .. . . . .......... .... ...... . .. . ........................ ...... ...... ..... .. . .. . ....... .................. .. .
lowQualScore : 0 6 0 6 5555555 1 0 0 55555 0 44 000 6 7 99 111111 1 88 1 9999999999 0 555 0 555 44 22 1 11 1 11111111 5 77 11 222 5555555555555 777 5 888 777 6 00000 44 33 6 2 7 3333333333 5555 000000 9 55 1 444444444444444444444444 555555 555555 66666 11 4 33 2 7777777 666666666666666666 77 7
consensus : GCTGTC-ACAGCATTATT-TTGGGACAGG-ACCGGGTCCCTTGAGATTG-G-AAAA-----TTA-GCATCATTTT-GAA---TC-AAATT-GGGAAATTTTCAAGG--AAA------T-A--AATC-ATA----A---ACAT-A---G-AA---AT--GGAA--TTT-T--T-CTT--------A-AAA--TCA--T---GT-------------T---AA-TA---AAA--GCAA-TA-----AGT--AA--CTCCAGGAAATA-AA-TGGC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATAAAGCA-----TAT--A------------TGT------CATGAAACAGTT------T-----AATG--GAGA-CA--ATCTGCCAATTACATT-----AACA------T---TNGT-G--T--TTTC-TTATTTACTAAACATT
Reference ( family-48 ) : GCTGTC-ACAGCATTATT-TTGGGACA---ACCAGGTCCCTTGAGATTG-G-AAAA-----TTA-GCATCATTTT-GAA---TC-AAATT-GGGAAATTTTCAAGG--AAA------T-A--AATC-ATA----A---ACAT-A---G-AA---AT--GGAA--TTT-T--T-CTT--------A-AAA--TCA--T---GT-------------T---AA-TA---AAA--GCAA-TA-----AGT--AA--CTCCAGGAAATA-AA-TGGC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATAAAGCA-----TAT--A------------TGT------CATGAAACAGTT------T-----AATG--GAGA-CA--ATCTGCCAATTACATT-----AACA------T---TNGT-G--T--TTTC-TTATTTACTAAACATT
gi|1 : GCTGTC-ACAGCATTATT-TTGG-ACT---GC--GGTCCCTTGAGATTG-G-AAAA-----TCAAGCATCATTTA-GAAA--TC-AGATTTGGGAAATTTTCAAGG--AAA------T-A--AATT-ATATA--A---AC-T-A---G-AA---AT--AGAA--TTT-T--T-CTT--------A-AAA--TCT--T---GT-------------T---AA-TA---AAA--GCAACTA-----AGC--AA--CT-CATGAAATA-AA-TGGC-TAAT----------A----A------ATAT-CTTT---TGATATAAAGCA-----T----------------------------TAAAACAGTT------T-----AATG--GAGACCA--ATTTGCCAATTACATT-----AACA------T---TGGT-G--T--TTT--TTATTTACTAAACA
gi|10 : gT--GGAA--TTT-T--T-CTT--------A-AAA--TCA--T---GTTTACTTATCATGTT---AA-TA---AAA-------TA-----AGT--AAAACTCCAGGAAATA-AA-TGGC-TCAT----------A----A-------TAT-CTCTA--TGATATAAAGGA-----TAT--A------------TGT------CATGAAACAGTT------T-----AATG--GAGA-CA--ATCTGCGAAATACAAT-----AACATTCAATT---TTGT-GT-T--TTTC-TTCTTTACCAAACATT
gi|11 : --TTT-T--T-CTT--------A-AAA--TCA--T---GT-------------T---GA-TATAAAAA--GCAA-TA-----AGT--AA--CTCCAGGAAAGA-AA-TGAC-TCATAAATATGATAA----A------ATAT-CTGTA--TGATATAAAGCA-----AAT--A------------TGT------CATGAAAC-GTTTA----T-----AATG--GATATCAT-ATCTG-CAATATCATT-----AACA------TA--TTGT-G--TTGTTTCGTTAATTA-TATACATTg
gi|12 : CTGTG-ACAGCAT-ATT-TTGGGACA-----C-GGACC----AGATTG-G-GAAA-----TTA-ATAGCATTTT-GAA---TC-AAATT-GGGAAATTTTCATGG--AAA------T-G--AATT-AT-----A---ACAG-A---G-AA---AT--GGAA--TTT-T--T-CTT--------A-AAA--TCA--T---GT-------------T---CA-AA---AAA--GAAA-TA-----AAA--AA--TT--GGGAAATgg
gi|12 : gggctgtca-AAATT-GGGAAATTTTCATGG--AAA------T-G--AAtttcatggaaatgaa
gi|13 : gggctgtcactgtgacagcatattttgggacacggaccagattgggaaattaatagcattttgaatcaaattgggaaattttcatggaaatgaattataacagagaaatggaatttttcttaaaatcatgttcaaaaaagaaataaa--GGAA--TTT-A--T-CTT--------A-AAA--TCA--T---GT-------------T---AA-CA---AAA--GCAA-TA-----AGT--AA--CTCCAGGAAATA-AA-TGA---TAT----------AAAGCA------ATGTAATTTAATTAATACA----A-----TTC--A------------TGT------CATGAAACAGTT------T-----AATA--GAGA-CA--ATCTGCCAATTAC-TA-----AACA------TAAATAGT-G--T--TTTC-TTTTTTACTAAACATT
gi|14 : CTTGAGATGG-A-AAAA-----TTA-GCGTCATTT--GAA---TGGAAATT-GGGATTTTTTCAAGG--AAA------T-G--AATC-ATA----AC--ATAC-A---C-AA---AA--GAGA--T-------------------G-AAA--GCA--A------------------T---AA-TA-------------TA-----AGT--AT--CTCCAGGAAATA-AAATGAC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATGAAGGA-----TAT--A------------AGT------CATGAAACAGTgag
gi|15 : T--GGAA--TTT-T--TTCTT--------A-ATA--TCA--T---GT-------------T---AA-TA---AAA--------------------A--CTTCAGGAAATA-AA-TGGT-TCAC----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATAAAGTA-----CAT--A------------TGT------CATGAAACAGTT------T-----AATG--GAGA-CA--ATATGCCA---ACA-----------------------------------C-TTATTTACTAAACATT
gi|16 : ctAA--TTT-T--T-CTT--------A-AAA--TCA--T---GT-------------T---AA-TA---AAA--GCAA-CA-----AGT--AA--CTCCAGGAAATA-AA-TGAA-CCAT----------A----A------TTAT-CTTTA--TGATATAAAGCA-----TAT--ACATACATGTATTTGT------CATGAAACAGTTTAGCGGT-----AATG--GAGA-CA--Aga
gi|17 : ---ACATTA---G-GC---AT--GGAA--TTT-T--TTCTT--------A-AAA--TTG--T---GT-------------T---AA-TA---GAA------------------------------------AA-TGGC-TCAC----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATAAAGTT-----CAT--A------------TGT------CATGAAACAGTT------T-----AATG--GAGA-CT--ATTTACTAA--ACATT-----
gi|18 : TCAAGG--AAA------T-G--AATC-ATA----AC--ATAC-A---C-AA---AG--AGA--------------T--------G-AAA--GCA--A------------------T---AA-TA-------------TA-----AGT--AT--CTCCAGGAAATA-AA-TGAC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATGAAGGA-----TAT--A------------AGT------CATGAAACAG
gi|19 : -AA-TGAC-CCAT----------A----A------ATAT-CTTAA--TGATATAAAGCA-----TATATA------------TGT------CATGAAACACTT------T-----AATG--GAGA-CA--ATCTTTGAATTACATTTTTAAAACA------T---TTGT-G--T--TTTC-TTATTTACTAAACAT
gi|2 : GCTGTC-ACAGCATTATT-TTGG-------ACTGGGTCCCTTGAGATTG-G-AAAA-----TAA-GCATCATTTTAGAA---TC-AGATTTGGGAAATTTTCAAGG--AAA------T-A--AATT-ATATA--A---AC-T-A---G-AA---AT--AGAA--TTT-T--T-CTT--------A-AAA--TCT--T---GT-------------T---A--TA---AAA--GCAA-TA-----AGC--AA--CTC-ATGAAATA-AA-TGGC-TAAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATAAAGCA-----T----------------------------T-AAACAGTT------T-----AATG--GAGA-CACAATTTGCCAATTACATT-----AACA------T---TGGT-G--T--TTTT-TTATTTACTAAACATT
gi|20 : -TGGC-TCAC----------A----A------ATAT-CTAAA--TGATATACAGTA---------------------------------------CAGTA------T-----AATG--GAGA-CA--ATCTGCCA---ACA-----------------------------------C-TTATTTACTAAACATT
gi|21 : gaattagacgtggaattttttcttgaaatcgcattatATCATTTT-GAA---TC-AAATT-GGGAAAATTTCAAGA--AAATATCTTT-A--AATT-AT-----C---ACAT-A---G-AA---AT--GGAA--TTT-T--T-CT-----------------------------------------------TA---AAA--GTAA-TA-----AGT--TA--CTCTAGGAAATA-AA-TGGC-TCAT----------A----gag
gi|22 : GAGATTG-GGAAAA-----TTA-ACATCATTTT-GAA---TG-AAATT-GGGAAATTTCCAAGG--AAA------T-A--A--T-AT-----A---ACAT-A---G-AA---AT--GGAA--TTT-T--T--TT--------A-AAA--TAA--T---GT-------------C---AA-TA---AAA--GCAA-TA-----GGT--A
gi|24 : --AATT-ATA----A----CGG-A---G-AA---AT--TGAA--TTT-T--T-CTTAAAATCTTA-AAA--TCA--T---GT-------------T---AA-TA---AAA--GCAA-T------AGTAAAA--CTCCAGG-AATA-AA-TGGC-TCAT---------------A------ATAT-CTTTA--TGATAT
gi|25 : TT-T--T-CTT--------C-AAA--TCA--T---GT-------------T---AAATG---AAA--GCAG-AA-----AGT--AA--CCCCAGGAAATA-AA-TGAC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTG--TGATATAAAGCA-----TTT--A------------TCA------CATG
gi|26 : AAGG--AAA------T-A--AATC-ATA----GCTCGCATTA---G-AT---AT--GGAA--TTTAT--T-CTT--------A-AAA--TCG--T---GT-------------T---AA-TA---AAA---C-------------------CCCCAGGAAATA-AA-TGGC-CCAC----------A----A------ATtt
gi|27 : AAG--ATA------T-A--AATC-ATA----GCTCGCATTA---G-AT---AT--GGAAGATTTAT--T-CTT--------A-AAA--TCG--T---GT-------------T---AA-TA---AA-----------------T--AC--CCCCAGGAAATA-AA-TGGC-CCAC----------A----A------
gi|28 : AAGG--AAA------T-A--AATT-A----------ACAT-A---C-AA---AT--AGAA--TGT-T--T-CTT--------A-AAA--TCA--T---GT--------------------TA---AAA--GCAA-CA-----AGT--AA--CTCCAGGAAATA-TA-T
gi|29 : aTA--T-ATATAAAGGA-----TAT----------------GT------CATGAAACAGTT------T-----AATG--CAGA-CA--ATCTGCCAATTACACT-----AACA------T---TTGT-GT-T--TTTC-TTATTTAaaa
gi|3 : cGCTGTC-ACTGCAT-ATT-TTGGGAAAGGGACCAGGTCCCTTGAGATTGTG-AAAA-----TTA-GCATCATTTT-GAA---TC-TAATT--GGAAATTTTCAAGG--AAA------TGA--AATT-A-A----A---ACAT-A---G-AA---AT--GGAA--ATT-T--T-CTG--------A-GAA--ACA--T---GT-------------T---AA-TA---TAA--GCAA-TA-----AGT--AA--ATACAGGAAATA-AA-TGGT-TCAT----------A----A------ACAT-CTTTA--TAATATAAAGCA------------------------AT------CATGAAACAGTT------T-----AATATCTAGA-CA--ATCTGCCAAGTACATG-----AA
gi|30 : caggTATAAAGGA-----TAC--A------------TGTTAGATACATGAAAGAGTT------A-----GATG--GAAA-CA--ATCTGCCAAATACA----------A------T---TC---------TTTC--------CTAAACATTa
gi|31 : TTTT-GGA---TC-AAATT-GGGGAATT--------------------A--AATC-ATA----A---A-AG-A---A-AA---AT--GGAA--TTT-T--T-CTT--------A-AAA--TTA--T---GT-------------T---AA-TACC-AAA--Ggag
gi|32 : GCTGTC-ACA-CAATATT-TTGGGACAGGGACCAGGTCCCTGGAGAaggtaa
gi|33 : ttgtccatgGCTGTC-ACAGCAT-ATT-TTGGCACGGG-ACCAGGTCCCTTG
gi|4 : tatcaagGCTGTC-ACAGTAT-ATT-TTGGGAAA---A----ATCCCTTGGGATTG-GGAAAA-----TTA-ACACCAATTT-GAA---TC-TAATT-GGGAAATGTTCAAGG--AAA------T-A--AATT-GTAAGTTA---ACAT-ACTTGTAA---GT--AGAA--TTT-T--T-CTTA-------A-AAA--TAA--G---GT-------------TATAAA-TA---AAT--TTAA-TA-----AGT--AA--TTTTATGAAACA-
gi|4 : gAAATA-A---GGT-T-AT----------A----A------ATAA-ATTTA------ATAA-GTA----------A------------TTT------TATGAAACAGTT------TCTGTAAATG--GAGA-CA--ATCTGCCAATTACATT-----CACA------T---TTGT-GATT--TTTC-TTATTCACTTAACTTTgtttctgtaaatggagacaatctgccaattacattcacatttgtgatttttcttattcacttaactttga
gi|5 : ggctgtcacagtatattttgggaaaaatcccttgggattgggaaaattaacaccaatttgaatctaattgggaaatgttcaaggaaataaattgtaagttaacatacttgtaagtagaatttttcttaaCTGTCCATAGCAT-ATTCTTGGGGCA---A---GGTAC--TGAGATTG-G-GAAAGAGGTTTA-G-ATCATTT--GAAAGGTC-AAATT-GGGAAATTTTCGAGGGAAAA------T-AATAATCAATA----A---ACTTAA---G-AA---ATAAGGAA--TTT-T--C-CTT--------ATAAA--TCAAGTG--GT-------------T---AA-TA---AAAACGCAA-TACACCGATA--AA--CTCAAGAAAATATAATTGGCGTCAT----------G----ATTAAATATAT-CTGTA--TAATga
gi|6 : AGA--AAA------T-A--AATT-ATA----A----CAT-A---C-CA---AT--GGAA--TTT-T----CTT--------A-AAAAATCA--T---GT-------------T---AA-TA---AAA--GCAA-TA-----AGTGAAA--CTCCAGCAAATA-AA-TGGT-TCAT---------------A------ATTT-CTTTA--CGATATAAAATA-----TAT--A------------TGT------TTTTAAACAGTTAA----T-----AATG--AAGA-CA--ATCTGCCAAATACAAT-----AAGA------A---TTGA-G--T--TTTT-CTTTTCA--AAACATT
gi|7 : AATT-GGGAAATTTTCATGG--AAA------T-G--AATT-ATA----A----CAG-A---G-AA---AT--GGAA--TTT-T--T-CTT--------A-AAA--TCA--TCATGT-------------T---CA-TA---AAA--GCAA-TA-----A------------------TA-AA-TGAC-CCAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATAAAGCA-----TAT--ACA----------TGT------CATGAAACAGTT------T-----AATG--GAGA-CA--AGCTGCCAATTACATA-----AACA------T---TTGTGG--T--TTTC-TTATTCACTAAACAactttataacattgag
gi|8 : GG--AAA------T-A--AATC-ATG----A----CAT-A---G-AATTCAT--TGAA--TTT-TTTT-CTT--------A-AAA--TCA--T---GT-------------T---AA-TA---AAA--GCAA-TA-----AGT--AC--CTCCAGGAAATA-AA-TGAC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATGAAGGA-----AAT--A------------AGT------CA-GAAACAGTT------T-----GATG--GAGA-CA--ATCTGCCAAATACAAT-----AACA------T---TAGT-GT-T--TTTC-TGATTTACTAACCATTatga
gi|9 : G--AAA------A-A--AAGC-ATA----A----CAT-A---T-AT---AT--GGAA--TTT-T--T-CTT--------A-AAAA-TCA--T---GT-------------T---AA-TA---AAT--GCAA-TG-----AAC--AA--CTCCAGGAAATA-AA-TGGC-TCAT----------A----A------ATAT-CTTTA--TGATATAGAGCAATAATTAT--G------------TGT------CATGAAACAGTT------T-----AATG--GAGA-TA--ATTTGCAAATTTCATT-----AACA------T---TAGC-A--T--TT---TTCTTTATTAAACATTg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): AGGGCTGTTACACCATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTATAACT