lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3333333333333 1111 11111 2222 44444444444444 111 22222222222222 22222222222 111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444 2222222 1 555555555555555555555555 22222222 11 1 4 4
lowQualScore : 22 3333333333333 4444 44444 88 6666 8 44444444444444 7777 555 222 44 3 44 0 11111111111111 1 3 44 5 44444444444 8 7 111 3 11111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 5 66 2 5555555 0 0 5 2 0 1 999999999999999999999999 88 99999999 66 2 8 3 2 5 6 6 0 6 0
lowQualScore : .. ............. .... ..... .. .... . .............. .... ... ... .. . .. . .............. . . .. . ........... . . ... . ..................................................... . . .. . ....... . . . . . . ........................ .. ........ .. . . . . . . . . . .
lowQualScore : 66 9999999999999 2222 33333 44 1111 9 99999999999999 1111 888 777 66 3 66 8 77777777777777 1 5 22 0 22222222222 2 3 222 2 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 0 99 0 1111111 9 8 3 2 5 7 888888888888888888888888 88 55555555 00 2 8 2 0 0 0 0 0 0 0
consensus : NNGATTATTGCGTC-GC--TA------TGT----GT-----TTAATTT-CTCAATG-TATATA--TG-----ATAGATA----A---AC-N-TG--ATT-TAGA--GTACAG------TCTTA-ACATTATTACTGAGT--ACTTACTTAG-AT---TGTAGTAC-TGTAAC--AGAGAG---TGAC------C------------------TCCAG-------CACN--GG-TCTTCAG-A--TTCAAGGT-C----ACAGTCTTCTGTTTATCATCAATAACGTCACAACACGCATTTA-AGCTCCAC--CGTCCTACA-AAA---T---AAACA-CAGACAAAGTGTAATCATATCGAACTGAATTGTTGACAGTCATTT-GTGGCATAAATATGCAAA-TGTAACATGC
Reference ( gi|3 ) : TTGATTATTATGTT-GC--TA------TGT----GT-----TTAATTT-TTTAATG-TATATA--AG-----ATATATA----A---AC-T-TG--ATT-TAGA--GTACAG------TCTTA-ACATCATTACCGAGT--ACTTACTGAG-AT--ATGTAGTAC-TGTAAC--GGAGAG---T-AC------C------G-----------TTCAG-------CACT--GA-TCTTCAG-A--TCCAAGG--C----ACAGTCTTTTGGTTATCATCAATAACATCACAATACGCATTTAAAGCTCCAC--CCTCCTACA-AAA---T---AAACA-TAGATAAACTGTAATCGTATGAAACTGAATTGTTAACAATCATTTGGCGGCATAAATATGCAAATTGTAACATGCA
gi|13 : GATTAT-ATGTT-TCATTA------TGT----GT-----TTA-TTT-TTTATTG-TATATA--TG-----ATAGATA----A---AC-T-TG--ATT-TAGA--GTATAG------TCTT--ACATCATTACCGAGT--A
gi|2 : cATTATTCTGTTTGC--TAATTACATGT----ATATATTTCAATGTGTTCAATG-TGTAGA--TG-----GTAGATA----A---AC-A-TG--ATC-TGGACTGTACA--------CTTA--CATTATTACTAAGT--ACTTTCTTAG-TT---TGTAGTAC-TATAAC--AGAGAG---TGACCCCAAAC------G-----------TCCAGTCTTTACCACA--TA-TCTTCAG-A--TCCGAGG--T----------------TTAACATCAATAGCGTCACAGCACGTATTTATATCCCCAC--CGTCCTACA-AAA---
gi|8 : attatgttgtttgtgaccttgaattatagtacatccactgagtacttacatgtatgcatgtacttgttttagtgggataaacaaccaaatgaatATTGTTGCGTC-AA--TA------TGT----GT-----TTAAGTT-C--AATGGTATAT-----------TAGATA----A---AC-A-TG--ATT-TATC--TTATAG------TCTTG--CATTATTACTGAGT--ATCTACTTAG-AT---TTTAGTAC-TGTAAC--AGAGAG---TGAC------C-------------------CCAA--------ACTCCAG-TCTTCAG-A--TTCAAAGT-C----ATAGTCTTCTGTTTATCA
gi|7 : ggtATTGTTGCGTC-AA--TA------TGT----GT-----TTAAGTT-C--AATGGTATAT-----------TAGATA----A---AC-A-TG--ATT-TATC--TTATAG------TCTTG--CATTATTACTGAGT--ATCTACTTAG-AT---TTTAGTAC-TGTAAC--AGAGAG---TGAC------C-------------------CCAA--------ACTCCAG-TCTTCAG-A--TTCAAAGT-C----ATAGTCTTCTGTTTATCAc
gi|1 : ggtATTATGTT-TCAATA------TAT----GT-----TTAAGAT-TC-AATG-TATATA--T-------TGGATA----A---TC-TATG--ATT-TAGA--GTATGG------TCTTTTACATTATTACTGAGT--ACTTACTGAG-AT--TTGTAGTAC-TGTAAG--AGAGAAGAATGAC------CCCAAACG-----------TCCAG-------T-CT-------TTCAG-A--TTCAGAA--CGTCTATAGTCTTCTGTTTAGCAT--GT--CATAACAA-------------CTCCACAGTTTCCTACA-AAAGTCC---ATACAGCAGACAAAGTGT-ATCATGTCGAACc
gi|4 : ctgttggttaattatacatccactactgagtacttatatgtacacatataattgtatttgtgagatgataatatttttgttagcta--TA------TGTATTGGT-----TTAGTTT-C--AATG-TACAGACTAG-----AT---TA----A---AC-A-TG--ATTAGAGA--GTA-AG------TGTTA--CATTATTACTGAGT--ACTTACTGAGAAT--TTGTA-TAC----ATC--TG---G---T--C------C------------------TTTAT-------CAA---GA-TCTTCAGAA--TTCAGGT--C----ACAATCTTCTGTTTATCATCAat
gi|9 : tgtgtttgtaaataattgtattgttttagtttcaatgtaaacaatctattatgtttgtcaaatacatgT-----TTA-TTT-TTCAATA-TATACA--TGCTCGTATATATATTAGATGTAC-A-TG--ATT-TAGA--GTTCAG------T-TTA-ATATTATTTCCTAGA--ACTT----------------GTAC-TATAAC--AGAGAT---TGAC------C-------------------CCA--------TAC----G-TC-CCGT-A--TTCA--T--C----ACAGTCCTCAGTTTACCACCAATAACGTCACGACAggtaaaggtccacagcacagtgctacaaaaaatcatcacatgagaattaagaatcgtatcaa
gi|16 : TCAATG-TATATA--T-------TAGATA----A---AC-A-TG--ATG-TAGA--GTATGG------TCTT--ACATTATTGCTGAGT--ATTTACT
gi|5 : G-TAGATT--AG-----GTACTTC----A---AC-G-TGTTATT-TGGA--GTACAA------TCTT--ACATTATCTCTGAGT--ATTTACTTAG-AT--GTTGA------GTAACAGGGAGAGA--C-AC------C------AGACGAGAGGACTTCAG-------CACA--GA-TCATCAG-A--TCCAAGAT-C----AAAGTC-TTCGGTCATta
gi|15 : ATA----A---ACAT-TT--ATT-ACGA--GTACAGGTCTCGTCTTA--CATCATTAATGAGT--ACTTA----G-AT--ATATAGTAC-TGTAAC--accatgtatctcattcaaaatagtcctacaaaat
gi|12 : TA----G---AC-T-TG--ATT-TATA--GTACA-----------A-A---CATTACTGAGT--A--TACT-AA-AT--AT-TA-CACATGTAAa
gi|11 : atttttgtgtTA----G---AC-T-TG--ATT-TATA--GTACA-----------A-A---CATTACTGAGT--A--TACT-AA-AT--AT-TA-CACATGTAAttgtttttgtgagatgaactaacaaataatcatttttc
gi|6 : atttttgtgt-ACATTATTACTGAGTTAGTTTACTT-G-ATTGGTGCAGTAC-TGTAAC--AG-GAG---TGAC------C-------------------CCAAA------CGTC--GAGTCTTCAG-AGATTCAAGGTGC----ACAGTCTTCTGTTTACCATCAATAACATCACAACA-----------CTCCAC--AGTCCTACAGAAA---T---AAACA-CAGACAGAATGTAATCATATttgtttttgtgagatgaactaacaaataatcatttttc
gi|14 : agttCAAGGT-C----ACAGTCTTCTGTTTGCCACCAATGACGTCA-A--ACGC---CACAGC----------CCTAC---AA---TTCCAAACA-CAGACAAAGTGTAATCATcacgaa
gi|10 : TCATCAATAACATCACAACACGCATTTAAAGTTCCAC--CCTCCTACA-AAA---T----AACA-CAGATAAACTGTAATCGTACCAAACTGAATTGTTGACAGTCATTT-GTGGCATAAATATGCAAA-TGTAACATGCgcc
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TATTTTGTGTGTAGACTTGATTTATAGTGCATCCATTACTGACTAATAATATACATGTAC
Unaligned ( gi|18 ): ATATAATTGTTGTTGTGAGATGGACGAGTAAATGGACATTATTCTG
Alignments
lowQualScore : 11 1111 2222 222 1111111 111 1111 1111 55555555555555555555555555555555555555555 44444444444444 11111111 2 2
lowQualScore : 88 11 2222 5 11 2222 1 444 3 77 44 3 6666 44 1111111 777 33 7 5555 777 1111 1 11111111111111111111111111111111111111111 4 4 66 55 4 4 4 1 4 0 66 0 55555555555555 9999 5 66666666 8 3 0 0 0 0
lowQualScore : .. .. .... . .. .... . ... . .. .. . .... .. ....... ... .. . .... ... .... . ......................................... . . .. .. . . . . . . .. . .............. .... . ........ . . . . . .
lowQualScore : 88 00 1111 7 44 5555 9 777 3 11 22 1 5555 22 6666666 777 99 7 8888 000 3333 1 66666666666666666666666666666666666666666 4 4 11 55 0 0 0 0 4 8 11 1 55555555555555 3333 7 00000000 0 2 8 7 0 0
consensus : NNGATTAT-TGCGTCAATATGT----GTTT-AATTT-CTCAATGTATATATG--TAGAT-AAACN-TG--ATT-TA----GA--GTACAG------TCTTA-ACATTATTACTGAGT--ACTTACTTAGA--T-TG---TAGTACTGTAACAG---AGAGTGAC--------------C-------CCNAG-------CG-CCG-GTC-TTCAG-A--TTC--AAGGT-C-ACAGTCTTCTGTT-TACCATCA-ATAACG--TCACAACACGCATTT-A-AGCTCCACAG--TCCTACA-AAA---T---AAACA-CAGACAAANTGTAATCGTATCGAACTGAATTGTTGACAGTCATTTGGCGGCATAAATATGCAAATTGTAACATGC
Reference ( family-4725 ) : NNGATTAT-TGCGTCGCTATGT----GTTT-AATTT-CTCAATGTATATATGA-TAGAT-AAACN-TG--ATT-TA----GA--GTACAG------TCTTA-ACATTATTACTGAGT--ACTTACTTAGA--T-TG---TAGTACTGTAACAG---AGAGTGAC--------------C-------TCCAG-------CA-CNG-GTC-TTCAG-A--TTC--AAGGT-C-ACAGTCTTCTGTT-TATCATCA-ATAACG--TCACAACACGCATTT-A-AGCTCCACCG--TCCTACA-AAA---T---AAACA-CAGACAAAGTGTAATCATATCGAACTGAATTGTTGACAGTCATTT-GTGGCATAAATATGCAAA-TGTAACATGC
gi|1 : ATTAT--GTTTCAATATAT----GTTT-AAGAT--TCAATGTATATAT---TGGAT-AATCTATG--ATT-TA----GA--GTATGG------TCTTTTACATTATTACTGAGT--ACTTACTGAGAT-T-TG---TAGTACTGTAAGAGAGAAGAATGAC--------------C-------CCAAA-------CGTCCA-GTCTTTCAG-A--TTCAGAACGT-CTATAGTCTTCTGTT-TAGCAT--------G--TCATAAC-----------AACTCCACAGTTTCCTACA-AAAGTCC---ATACAGCAGACAAAGTGT-ATCATGTCGAAC
gi|10 : ctgttggttaattatacatccactactgagtacttatatgtacacatataattgtatttgtgagatgataatatttttgttagctaTCATCA-ATAACA--TCACAACACGCATTTAA-AGTTCCACCC--TCCTACA-AAA---T----AACA-CAGATAAACTGTAATCGTACCAAACTGAATTGTTGACAGTCATTT-GTGGCATAAATATGCAAA-TGTAACATGCat
gi|11 : T-AGACT-TG--ATT-TA----TA--GTACA-----------A-AC---ATTACTGAGT--A--TACT
gi|12 : atttttgtgtT-AGACT-TG--ATT-TA----TA--GTACA-----------A-AC---ATTACTGAGT--A--TACTaaatattacacatgtaattgtttttgtgagatgaactaacaaataatcatttttc
gi|13 : atttttgtgtGATTATATGTTTCATTATGT----GTTT-A-TTT-TTTATTGTATATATGA-TAGAT-AAACT-TG--ATT-TA----GA--GTATAG------TCTT--ACATCATTACCGAGT--Aaaatattacacatgtaattgtttttgtgagatgaactaacaaataatcatttttc
gi|14 : cC--AAGGT-C-ACAGTCTTCTGTT-TGCCACCA-ATGACG--TCA-AACG--------------CCACAG--CCCTAC---AA---TTCCAAACA-CAGACAAAGTGTAATCAT
gi|15 : AT-AAAC------ATT-TATTACGA--GTACAGGTCTCGTCTTA--CATCATTAATGAGT--A----CTTAGA--TATA---TAGTACTGTAACAgcc
gi|16 : TCAATGTATATAT---TAGAT-AAACA-TG--ATG-TA----GA--GTATGG------TCTT--ACATTATTGCTGAGT--ATTTACTTA
gi|2 : TATAT----ATTTCAATGTGTTCAATGTGTAGATGG-TAGAT-AAACA-TG--ATC-TG----GACTGTACA--------CTTA--CATTATTACTAAGT--ACTTTCTTAGT--T-TG---TAGTACTATAACAG---AGAGTGAC--------------CCCAAACGTCCAGTCTTTACCA-CAT-ATC-TTCAG-A--TCC--GAG---------------GTT-TAACATCA-ATAGCG--TCACAGCACGTATTT-ATATCCCCACCG--TCCTACA-AAA---
gi|3 : attatgttgtttgtgaccttgaattatagtacatccactgagtacttacatgtatgcatgtacttgttttagtgggataaacaaccaaatgaatattattctgtttgctaattacatgGATTAT-TATGTTGCTATGT----GTTT-AATTT-TTTAATGTATATAAGA-TATAT-AAACT-TG--ATT-TA----GA--GTACAG------TCTTA-ACATCATTACCGAGT--ACTTACTGAGA--TATG---TAGTACTGTAACGG---AGAGT-AC--------------CG------TTCAG-------CA-CTG-ATC-TTCAG-A--TCC--AAGG--C-ACAGTCTTTTGGT-TATCATCA-ATAACA--TCACAATACGCATTTAA-AGCTCCACCC--TCCTACA-AAA---T---AAACA-TAGATAAACTGTAATCGTATGAAACTGAATTGTTAACAATCATTTGGCGGCATAAATATGCAAATTGTAACATGC
gi|4 : ttTATGTATTGGTTT-AGTTT-C--AATGTACA---GACTAGATTAAACA-TG--ATTAGA----GA--GTA-AG------TGTTA--CATTATTACTGAGT--ACTTACTGAGAATT-TG---TA-TAC---ATCTG------GT--C--------------C-------TTTAT-------CA--AG-ATC-TTCAGAA--TTC---AGGT-C-ACAATCTTCTGTT-TATCATCAGGTAAAGGTCCACAGCACa
gi|5 : tgtgtttgtaaataattgtattgttttagtttcaatgtaaacaatctattatgtttgtcaaatacatgAACG-TGTTATT-TG----GA--GTACAA------TCTTA--CATTATCTCTGAGT--ATTTACTTAGA----TG---TTG-A--GTAACAG---GGAGAGACACCAGACGAGAGGAC-------TTCAG-------CA-CAG-ATC-ATCAG-A--TCC--AAGAT-C-AAAGTCTTCGGTCATACCATGT-AT--------------CTCATTC-A-AA----ATAG--TCCTACA-AAA---T---agtgctacaaaaaatcatcacatgagaattaagaatcgtatcaa
gi|6 : gtagattaggtacttc-ACATTATTACTGAGTTAGTTTACTT-GA--T-TGGTGCAGTACTGTAACAG----GAGTGAC--------------C-------CCAAA-------CG-TCGAGTC-TTCAG-AGATTC--AAGGTGC-ACAGTCTTCTGTT-TACCATCA-ATAACA--TCACAACA------------CTCCACAG--TCCTACAGAAA---T---AAACA-CAGACAGAATGTAATCATATC
gi|7 : agttATTGT-TGCGTCAATATGT----GTTT-AAGTT-C--AATG-GTATAT---TAGAT-AAACA-TG--ATT-TA----TC--TTATAG------TCTTG--CATTATTACTGAGT--ATCTACTTAGA--T-TT---TAGTACTGTAACAG---AGAGTGAC--------------C-------CCAAA-------CT-CCA-GTC-TTCAG-A--TTC--AAAGT-C-ATAGTCTTCTGTT-TATCAacgaa
gi|8 : ggtATTGT-TGCGTCAATATGT----GTTT-AAGTT-C--AATG-GTATAT---TAGAT-AAACA-TG--ATT-TA----TC--TTATAG------TCTTG--CATTATTACTGAGT--ATCTACTTAGA--T-TT---TAGTACTGTAACAG---AGAGTGAC--------------C-------CCAAA-------CT-CCA-GTC-TTCAG-A--TTC--AAAGT-C-ATAGTCTTCTGTT-TATCAc
gi|9 : ggtGTATATATAT-TAGAT-GTACA-TG--ATT-TA----GA--GTTCAG------T-TTA-ATATTATTTCCTAGA--ACTT------------------GTACTATAACAG---AGATTGAC--------------C--------CCA--------TA-C---GTC-C-CGT-A--TTC--A---T-C-ACAGTCCTCAGTT-TACCACCA-ATAACG--TCACGACAc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TATTTTGTGTGTAGACTTGATTTATAGTGCATCCATTACTGACTAATAATATACATGTAC
Unaligned ( gi|18 ): ATATAATTGTTGTTGTGAGATGGACGAGTAAATGGACATTATTCTG
Alignments
lowQualScore : 1111 1111 55555555555555 1111111 111 1111 1111 22222222222222222222 111111111 6666666666666666 11111111 1 1
lowQualScore : 6 1 2222 5 8888 1 55555555555555 3 77 44 3 6666 44 1111111 777 33 7 5555 777 1111 1 4 88888888888888888888 4 4 4 66 55 0 4 4 4 333333333 4 1 4 55 2 1111111111111111 66 9999 55555555 6 6 3 1 99 2 5 5
lowQualScore : . . .... . .... . .............. . .. .. . .... .. ....... ... .. . .... ... .... . . .................... . . . .. .. . . . . ......... . . . .. . ................ .. .... ........ . . . . .. . . .
lowQualScore : 7 0 1111 1 5555 9 66666666666666 3 11 22 1 5555 22 6666666 777 99 7 8888 000 3333 1 4 77777777777777777777 4 4 4 11 55 7 0 0 0 000000000 0 4 4 22 9 4444444444444444 99 0000 11111111 7 7 7 0 22 0 0 5
consensus : NNGATTAT-TGCGTCAATATGT----GTTTAATTT-CTCAATGTATATATG-------------TAGAT-AAACN-TG--ATT-TA----GA--GTACAG------TCTTA-ACATTATTACTGAGT--ACTTACTTAGA--T-TG---TAGTACTGTAACAG---AGAGTGACC-CC--------------AAACG-CCG-GTC-TTCAG-A--TTC--AAGGT-C-ACA-GTCTTC---T-----GTT-TACCATCA-AT-AACGTCACAACACGCATTT-A-A-GCTCCACAG--TCCTAC--A-AAA---T---AAACA-CA-GACAAANT--GTAATCGTATCAAACTGAATTGTTGACAGTCATTTGGCGGCATAAATATGCAAATTGTAACATGC
Reference ( family-4725 ) : NNGATTAT-TGCGTCAATATGT----GTTTAATTT-CTCAATGTATATATG-------------TAGAT-AAACN-TG--ATT-TA----GA--GTACAG------TCTTA-ACATTATTACTGAGT--ACTTACTTAGA--T-TG---TAGTACTGTAACAG---AGAGTGACC-CC--------------NAGCG-CCG-GTC-TTCAG-A--TTC--AAGGT-C-ACA-GTCTTC---T-----GTT-TACCATCA-AT-AACGTCACAACACGCATTT-A-A-GCTCCACAG--TCCTAC--A-AAA---T---AAACA-CA-GACAAANT--GTAATCGTATCGAACTGAATTGTTGACAGTCATTTGGCGGCATAAATATGCAAATTGTAACATGC
gi|1 : ATTAT--GTTTCAATATAT----GTTTAAGAT--TCAATGTATATAT--------------TGGAT-AATCTATG--ATT-TA----GA--GTATGG------TCTTTTACATTATTACTGAGT--ACTTACTGAGAT-T-TG---TAGTACTGTAAGAGAGAAGAATGACC-CC--------------AAACGTCCA-GTCTTTCAG-A--TTCAGAACGT-CTATA-GTCTTC---T-----GTT-TAGCAT---------GTCATAAC-----------A-ACTCCACAGTTTCCTAC--A-AAAGTCC---ATACAGCA-GACAAAGT--GT-ATCATGTCGAAC
gi|10 : ctgttggttaattatacatccactactgagtacttatatgtacacatataattgtatttgtgagatgataatatttttgttagctaCATCA-AT-AACATCACAACACGCATTTAA-A-GTTCCACCC--TCCTAC--A-AAA---T----AACA-CA-GATAAACT--GTAATCGTACCAAACTGAATTGTTGACAGTCATTT-GTGGCATAAATATGCAAA-TGTAACATGCat
gi|11 : tT-AGACT-TG--ATT-TA----TA--GTACA-----------A-AC---ATTACTGAGT--A--TACT
gi|12 : atttttgtgtT-AGACT-TG--ATT-TA----TA--GTACA-----------A-AC---ATTACTGAGT--A--TACTaaatattacacatgtaattgtttttgtgagatgaactaacaaataatcatttttc
gi|13 : atttttgtgtGATTATATGTTTCATTATGT----GTTTA-TTT-TTTATTGTATATATGA------------TAGAT-AAACT-TG--ATT-TA----GA--GTATAG------TCTT--ACATCATTACCGAGT--Aaaatattacacatgtaattgtttttgtgagatgaactaacaaataatcatttttc
gi|14 : cC--AAGGT-C-ACA-GTCTTC---T-----GTT-TGCCACCA-AT-GACGTCA-AACG---------------CCACAG--CCCTAC-----AA---TTCCAAACA-CA-GACAAAGT--GTAATCAT
gi|15 : AT-AAAC------ATT-TATTACGA--GTACAGGTCTCGTCTTA--CATCATTAATGAGT--A----CTTAGA--TATA---TAGTACTGTAACAgcc
gi|16 : TCAATGTATATAT--------------TAGAT-AAACA-TG--ATG-TA----GA--GTATGG------TCTT--ACATTATTGCTGAGT--ATTTACTTA
gi|2 : AT-TACATGTATATAT-----TTCAATGTGTTCAATGTGTAGATGG------------TAGAT-AAACA-TG--ATC-TG----GACTGTACA--------CTTA--CATTATTACTAAGT--ACTTTCTTAGT--T-TG---TAGTACTATAACAG---AGAGTGACC-CC--------------AAACGTCCA-GTC-TTTA--------------C-C-ACATATCTTCAGATCCGAGGTT-TAACATCA-AT-AGCGTCACAGCACGTATTT-ATA-TCCCCACCG--TCCTAC--A-AAA---
gi|3 : attatgttgtttgtgaccttgaattatagtacatccactgagtacttacatgtatgcatgtacttgttttagtgggataaacaaccaaatgaatattattctgtttgctaGATTAT-TATGTTGCTATGT----GTTTAATTT-TTTAATGTATATAAGA------------TATAT-AAACT-TG--ATT-TA----GA--GTACAG------TCTTA-ACATCATTACCGAGT--ACTTACTGAGA--TATG---TAGTACTGTAACGG---AGAGT-ACCGTT--------------CAGCA-CTG-ATC-TTCAG-A--TCC--AAGG--C-ACA-GTCTTT---T-----GGT-TATCATCA-AT-AACATCACAATACGCATTT-A-AAGCTCCACCC--TCCTAC--A-AAA---T---AAACA-TA-GATAAACT--GTAATCGTATGAAACTGAATTGTTAACAATCATTTGGCGGCATAAATATGCAAATTGTAACATGC
gi|4 : ttTATGTATTGGTTTAGTTT-C--AATGTACAGAC--------------TAGATTAAACA-TG--ATTAGA----GA--GTA-AG------TGTTA--CATTATTACTGAGT--ACTTACTGAGAATT-TG---TA-TAC---ATCTG------GT--CC-TT--------------TATCA--AG-ATC-TTCAGAA--TTC---AGGT-C-ACA-ATCTTC---T-----GTT-TATCATCAGGTAAAGGTC----CAC---------A-G---CACAG--TGCTACAAA-AAA---T---CATCA-CATGA-GAATTAAG-AATCGTATCAAa
gi|5 : tgtgtttgtaaataattgtattgttttagtttcaatgtaaacaatctattatgtttgtcaaatacatgAACG-TGTTATT-TG----GA--GTACAA------TCTTA--CATTATCTCTGAGT--ATTTACTTAGA----TG---TTG-A--GTAACAG---GGAGAGACA-CCAGACGAGAGGACTTCAGCA-CAG-ATC-ATCAG-A--TCC--AAGAT-C-AAA-GTCTTC---G-----GTCATACCATGT-AT-------------CTCATTC-A-A-A----ATAG--TCCTAC--A-AAA---T---
gi|6 : gtagattaggtacttc-ACATTATTACTGAGTTAGTTTACTT-GA--T-TGGTGCAGTACTGTAACAG----GAGTGACC-CC--------------AAACG-TCGAGTC-TTCAG-AGATTC--AAGGTGC-ACA-GTCTTC---T-----GTT-TACCATCA-AT-AACATCACAACA-------------CTCCACAG--TCCTAC--AGAAA---T---AAACA-CA-GACAGAAT--GTAATCATATC
gi|7 : agttATTGT-TGCGTCAATATGT----GTTTAAGTT-C--AATG-GTATAT--------------TAGAT-AAACA-TG--ATT-TA----TC--TTATAG------TCTTG--CATTATTACTGAGT--ATCTACTTAGA--T-TT---TAGTACTGTAACAG---AGAGTGACC-CC--------------AAACT-CCA-GTC-TTCAG-A--TTC--AAAGT-C-ATA-GTCTTC---T-----GTT-TATCAacgaa
gi|8 : ggtATTGT-TGCGTCAATATGT----GTTTAAGTT-C--AATG-GTATAT--------------TAGAT-AAACA-TG--ATT-TA----TC--TTATAG------TCTTG--CATTATTACTGAGT--ATCTACTTAGA--T-TT---TAGTACTGTAACAG---AGAGTGACC-CC--------------AAACT-CCA-GTC-TTCAG-A--TTC--AAAGT-C-ATA-GTCTTC---T-----GTT-TATCAc
gi|9 : ggtTTTA-TTT-TTCAATATATACATGCTCGTATATATATTAGAT-GTACA-TG--ATT-TA----GA--GTTCAG------T-TTA-ATATTATTTCCTAGA--ACTT------------------GTACTATAACAG---AGATTGACC-CC--------------ATACGTCCC-GT--------A--TTC--A---T-C-ACA-GTCCTC---A-----GTT-TACCACCA-AT-AACGTCACGACAc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TATTTTGTGTGTAGACTTGATTTATAGTGCATCCATTACTGACTAATAATATACATGTAC
Unaligned ( gi|18 ): ATATAATTGTTGTTGTGAGATGGACGAGTAAATGGACATTATTCTG
Alignments
lowQualScore : 1111 1111 55555555555555 1111111 111 1111 11111 333333333333333 111111111 6666666666666666 11111111 1 1
lowQualScore : 6 1 2222 5 8888 1 55555555555555 3 77 44 3 6666 44 1111111 777 33 7 5555 777 8888 66 11111 1 999999999999999 4 4 4 66 55 0 4 4 4 333333333 4 1 4 55 2 1111111111111111 66 9999 55555555 6 6 3 1 99 5 5
lowQualScore : . . .... . .... . .............. . .. .. . .... .. ....... ... .. . .... ... .... .. ..... . ............... . . . .. .. . . . . ......... . . . .. . ................ .. .... ........ . . . . .. . .
lowQualScore : 7 0 1111 1 5555 9 66666666666666 3 11 22 1 5555 22 6666666 777 99 7 8888 000 6666 11 11111 9 666666666666666 4 4 4 11 55 7 0 0 0 000000000 0 4 4 22 9 4444444444444444 99 0000 11111111 7 7 7 0 22 0 5
consensus : NNGATTAT-TGCGTCAATATGT----GTTTAATTT-CTCAATGTATATATG-------------TAGAT-AAACN-TG--ATT-TA----GA--GTACAG------TCTTA-ACATTATTACTGAGT--ACTTACTTAGA--T-TG---TAGTACTGTAACAG---AGAGTGACC--C-----CAAACG--------------CCG-GTC-TTCAG-A--TTC--AAGGT-C-ACA-GTCTTC---T-----GTT-TACCATCA-AT-AACGTCACAACACGCATTT-A-A-GCTCCACAG--TCCTAC--A-AAA---T---AAACA-CA-GACAAANT--GTAATCGTATCAAACTGAATTGTTGACAGTCATTTGGCGGCATAAATATGCAAATTGTAACATGC
Reference ( family-4725 ) : NNGATTAT-TGCGTCAATATGT----GTTTAATTT-CTCAATGTATATATG-------------TAGAT-AAACN-TG--ATT-TA----GA--GTACAG------TCTTA-ACATTATTACTGAGT--ACTTACTTAGA--T-TG---TAGTACTGTAACAG---AGAGTGACC--C-----CAAACG--------------CCG-GTC-TTCAG-A--TTC--AAGGT-C-ACA-GTCTTC---T-----GTT-TACCATCA-AT-AACGTCACAACACGCATTT-A-A-GCTCCACAG--TCCTAC--A-AAA---T---AAACA-CA-GACAAANT--GTAATCGTATCAAACTGAATTGTTGACAGTCATTTGGCGGCATAAATATGCAAATTGTAACATGC
gi|1 : ATTAT--GTTTCAATATAT----GTTTAAGAT--TCAATGTATATAT--------------TGGAT-AATCTATG--ATT-TA----GA--GTATGG------TCTTTTACATTATTACTGAGT--ACTTACTGAGAT-T-TG---TAGTACTGTAAGAGAGAAGAATGACC--C-----CAAACGT-------------CCA-GTCTTTCAG-A--TTCAGAACGT-CTATA-GTCTTC---T-----GTT-TAGCAT---------GTCATAAC-----------A-ACTCCACAGTTTCCTAC--A-AAAGTCC---ATACAGCA-GACAAAGT--GT-ATCATGTCGAAC
gi|10 : ctgttggttaattatacatccactactgagtacttatatgtacacatataattgtatttgtgagatgataatatttttgttagctaCATCA-AT-AACATCACAACACGCATTTAA-A-GTTCCACCC--TCCTAC--A-AAA---T----AACA-CA-GATAAACT--GTAATCGTACCAAACTGAATTGTTGACAGTCATTT-GTGGCATAAATATGCAAA-TGTAACATGCat
gi|11 : tT-AGACT-TG--ATT-TA----TA--GTACA-----------A-AC---ATTACTGAGT--A--TACT
gi|12 : atttttgtgtT-AGACT-TG--ATT-TA----TA--GTACA-----------A-AC---ATTACTGAGT--A--TACTaaatattacacatgtaattgtttttgtgagatgaactaacaaataatcatttttc
gi|13 : atttttgtgtGATTATATGTTTCATTATGT----GTTTA-TTT-TTTATTGTATATATGA------------TAGAT-AAACT-TG--ATT-TA----GA--GTATAG------TCTT--ACATCATTACCGAGT--Aaaatattacacatgtaattgtttttgtgagatgaactaacaaataatcatttttc
gi|14 : cC--AAGGT-C-ACA-GTCTTC---T-----GTT-TGCCACCA-AT-GACGTCA-AACG---------------CCACAG--CCCTAC-----AA---TTCCAAACA-CA-GACAAAGT--GTAATCAT
gi|15 : AT-AAAC------ATT-TATTACGA--GTACAGGTCTCGTCTTA--CATCATTAATGAGT--A----CTTAGA--TATA---TAGTACTGTAACAgcc
gi|16 : TCAATGTATATAT--------------TAGAT-AAACA-TG--ATG-TA----GA--GTATGG------TCTT--ACATTATTGCTGAGT--ATTTACTTA
gi|2 : AT-TACATGTATATAT-----TTCAATGTGTTCAATGTGTAGATGG------------TAGAT-AAACA-TG--ATC-TG----GACTGTACA--------CTTA--CATTATTACTAAGT--ACTTTCTTAGT--T-TG---TAGTACTATAACAG---AGAGTGACC--C-----CAAACGT-------------CCA-GTC-TTTA--------------C-C-ACATATCTTCAGATCCGAGGTT-TAACATCA-AT-AGCGTCACAGCACGTATTT-ATA-TCCCCACCG--TCCTAC--A-AAA---
gi|3 : attatgttgtttgtgaccttgaattatagtacatccactgagtacttacatgtatgcatgtacttgttttagtgggataaacaaccaaatgaatattattctgtttgctaGATTAT-TATGTTGCTATGT----GTTTAATTT-TTTAATGTATATAAGA------------TATAT-AAACT-TG--ATT-TA----GA--GTACAG------TCTTA-ACATCATTACCGAGT--ACTTACTGAGA--TATG---TAGTACTGTAACGG---AGAGT-ACCGTT-----CAG-CA--------------CTG-ATC-TTCAG-A--TCC--AAGG--C-ACA-GTCTTT---T-----GGT-TATCATCA-AT-AACATCACAATACGCATTT-A-AAGCTCCACCC--TCCTAC--A-AAA---T---AAACA-TA-GATAAACT--GTAATCGTATGAAACTGAATTGTTAACAATCATTTGGCGGCATAAATATGCAAATTGTAACATGC
gi|4 : ttTATGTATTGGTTTAGTTT-C--AATGTACAGAC--------------TAGATTAAACA-TG--ATTAGA----GA--GTA-AG------TGTTA--CATTATTACTGAGT--ACTTACTGAGAATT-TG---TA-TAC---ATC---------TGGTC--CTTTATCAA-------------------G-ATC-TTCAGAA--TTC---AGGT-C-ACA-ATCTTC---T-----GTT-TATCATCAGGTAAAGGTC----CAC---------A-G---CACAG--TGCTACAAA-AAA---T---CATCA-CATGA-GAATTAAG-AATCGTATCAAa
gi|5 : tgtgtttgtaaataattgtattgttttagtttcaatgtaaacaatctattatgtttgtcaaatacatgAACG-TGTTATT-TG----GA--GTACAA------TCTTA--CATTATCTCTGAGT--ATTTACTTAGA----TG---TTG-A--GTAACAG---GGAGAGACA--C-----CAGACGAGAGGACTTCAGCACAG-ATC-ATCAG-A--TCC--AAGAT-C-AAA-GTCTTC---G-----GTCATACCATGT-AT-------------CTCATTC-A-A-A----ATAG--TCCTAC--A-AAA---T---
gi|6 : gtagattaggtacttc-ACATTATTACTGAGTTAGTTTACTT-GA--T-TGGTGCAGTACTGTAACAG----GAGTGACC--C-----CAAACG--------------TCGAGTC-TTCAG-AGATTC--AAGGTGC-ACA-GTCTTC---T-----GTT-TACCATCA-AT-AACATCACAACA-------------CTCCACAG--TCCTAC--AGAAA---T---AAACA-CA-GACAGAAT--GTAATCATATCA
gi|7 : agttATTGT-TGCGTCAATATGT----GTTTAAGTT-C--AATG-GTATAT--------------TAGAT-AAACA-TG--ATT-TA----TC--TTATAG------TCTTG--CATTATTACTGAGT--ATCTACTTAGA--T-TT---TAGTACTGTAACAG---AGAGTGACC--C-----CAAACT--------------CCA-GTC-TTCAG-A--TTC--AAAGT-C-ATA-GTCTTC---T-----GTT-TATCAcgaa
gi|8 : ggtATTGT-TGCGTCAATATGT----GTTTAAGTT-C--AATG-GTATAT--------------TAGAT-AAACA-TG--ATT-TA----TC--TTATAG------TCTTG--CATTATTACTGAGT--ATCTACTTAGA--T-TT---TAGTACTGTAACAG---AGAGTGACC--C-----CAAACT--------------CCA-GTC-TTCAG-A--TTC--AAAGT-C-ATA-GTCTTC---T-----GTT-TATCAc
gi|9 : ggtTTTA-TTT-TTCAATATATACATGCTCGTATATATATTAGAT-GTACA-TG--ATT-TA----GA--GTTCAG------T-TTA-ATATTATTTCCTAGA--ACTT------------------GTACTATAACAG---AGATTGACC--C-----CATACGT-------------CCC-GT--------A--TTC--A---T-C-ACA-GTCCTC---A-----GTT-TACCACCA-AT-AACGTCACGACAc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TATTTTGTGTGTAGACTTGATTTATAGTGCATCCATTACTGACTAATAATATACATGTAC
Unaligned ( gi|18 ): ATATAATTGTTGTTGTGAGATGGACGAGTAAATGGACATTATTCTG
Alignments
lowQualScore : 1111 1111 55555555555555 1111111 111 1111 11111 333333333333333 111111111 6666666666666666 11111111 1 1
lowQualScore : 6 1 2222 5 8888 1 55555555555555 3 77 44 3 6666 44 1111111 777 33 7 5555 777 8888 66 11111 1 999999999999999 4 4 4 66 55 0 4 4 4 333333333 4 1 4 55 2 1111111111111111 66 9999 55555555 6 6 3 1 99 5 5
lowQualScore : . . .... . .... . .............. . .. .. . .... .. ....... ... .. . .... ... .... .. ..... . ............... . . . .. .. . . . . ......... . . . .. . ................ .. .... ........ . . . . .. . .
lowQualScore : 7 0 1111 1 5555 9 66666666666666 3 11 22 1 5555 22 6666666 777 99 7 8888 000 6666 11 11111 9 666666666666666 4 4 4 11 55 7 0 0 0 000000000 0 4 4 22 9 4444444444444444 99 0000 11111111 7 7 7 0 22 0 5
consensus : NNGATTAT-TGCGTCAATATGT----GTTTAATTT-CTCAATGTATATATG-------------TAGAT-AAACN-TG--ATT-TA----GA--GTACAG------TCTTA-ACATTATTACTGAGT--ACTTACTTAGA--T-TG---TAGTACTGTAACAG---AGAGTGACC--C-----CAAACG--------------CCG-GTC-TTCAG-A--TTC--AAGGT-C-ACA-GTCTTC---T-----GTT-TACCATCA-AT-AACGTCACAACACGCATTT-A-A-GCTCCACAG--TCCTAC--A-AAA---T---AAACA-CA-GACAAANT--GTAATCGTATCAAACTGAATTGTTGACAGTCATTTGGCGGCATAAATATGCAAATTGTAACATGC
Reference ( family-4725 ) : NNGATTAT-TGCGTCAATATGT----GTTTAATTT-CTCAATGTATATATG-------------TAGAT-AAACN-TG--ATT-TA----GA--GTACAG------TCTTA-ACATTATTACTGAGT--ACTTACTTAGA--T-TG---TAGTACTGTAACAG---AGAGTGACC--C-----CAAACG--------------CCG-GTC-TTCAG-A--TTC--AAGGT-C-ACA-GTCTTC---T-----GTT-TACCATCA-AT-AACGTCACAACACGCATTT-A-A-GCTCCACAG--TCCTAC--A-AAA---T---AAACA-CA-GACAAANT--GTAATCGTATCAAACTGAATTGTTGACAGTCATTTGGCGGCATAAATATGCAAATTGTAACATGC
gi|1 : ATTAT--GTTTCAATATAT----GTTTAAGAT--TCAATGTATATAT--------------TGGAT-AATCTATG--ATT-TA----GA--GTATGG------TCTTTTACATTATTACTGAGT--ACTTACTGAGAT-T-TG---TAGTACTGTAAGAGAGAAGAATGACC--C-----CAAACGT-------------CCA-GTCTTTCAG-A--TTCAGAACGT-CTATA-GTCTTC---T-----GTT-TAGCAT---------GTCATAAC-----------A-ACTCCACAGTTTCCTAC--A-AAAGTCC---ATACAGCA-GACAAAGT--GT-ATCATGTCGAAC
gi|10 : ctgttggttaattatacatccactactgagtacttatatgtacacatataattgtatttgtgagatgataatatttttgttagctaCATCA-AT-AACATCACAACACGCATTTAA-A-GTTCCACCC--TCCTAC--A-AAA---T----AACA-CA-GATAAACT--GTAATCGTACCAAACTGAATTGTTGACAGTCATTT-GTGGCATAAATATGCAAA-TGTAACATGCat
gi|11 : tT-AGACT-TG--ATT-TA----TA--GTACA-----------A-AC---ATTACTGAGT--A--TACT
gi|12 : atttttgtgtT-AGACT-TG--ATT-TA----TA--GTACA-----------A-AC---ATTACTGAGT--A--TACTaaatattacacatgtaattgtttttgtgagatgaactaacaaataatcatttttc
gi|13 : atttttgtgtGATTATATGTTTCATTATGT----GTTTA-TTT-TTTATTGTATATATGA------------TAGAT-AAACT-TG--ATT-TA----GA--GTATAG------TCTT--ACATCATTACCGAGT--Aaaatattacacatgtaattgtttttgtgagatgaactaacaaataatcatttttc
gi|14 : cC--AAGGT-C-ACA-GTCTTC---T-----GTT-TGCCACCA-AT-GACGTCA-AACG---------------CCACAG--CCCTAC-----AA---TTCCAAACA-CA-GACAAAGT--GTAATCAT
gi|15 : AT-AAAC------ATT-TATTACGA--GTACAGGTCTCGTCTTA--CATCATTAATGAGT--A----CTTAGA--TATA---TAGTACTGTAACAgcc
gi|16 : TCAATGTATATAT--------------TAGAT-AAACA-TG--ATG-TA----GA--GTATGG------TCTT--ACATTATTGCTGAGT--ATTTACTTA
gi|2 : AT-TACATGTATATAT-----TTCAATGTGTTCAATGTGTAGATGG------------TAGAT-AAACA-TG--ATC-TG----GACTGTACA--------CTTA--CATTATTACTAAGT--ACTTTCTTAGT--T-TG---TAGTACTATAACAG---AGAGTGACC--C-----CAAACGT-------------CCA-GTC-TTTA--------------C-C-ACATATCTTCAGATCCGAGGTT-TAACATCA-AT-AGCGTCACAGCACGTATTT-ATA-TCCCCACCG--TCCTAC--A-AAA---
gi|3 : attatgttgtttgtgaccttgaattatagtacatccactgagtacttacatgtatgcatgtacttgttttagtgggataaacaaccaaatgaatattattctgtttgctaGATTAT-TATGTTGCTATGT----GTTTAATTT-TTTAATGTATATAAGA------------TATAT-AAACT-TG--ATT-TA----GA--GTACAG------TCTTA-ACATCATTACCGAGT--ACTTACTGAGA--TATG---TAGTACTGTAACGG---AGAGT-ACCGTT-----CAG-CA--------------CTG-ATC-TTCAG-A--TCC--AAGG--C-ACA-GTCTTT---T-----GGT-TATCATCA-AT-AACATCACAATACGCATTT-A-AAGCTCCACCC--TCCTAC--A-AAA---T---AAACA-TA-GATAAACT--GTAATCGTATGAAACTGAATTGTTAACAATCATTTGGCGGCATAAATATGCAAATTGTAACATGC
gi|4 : ttTATGTATTGGTTTAGTTT-C--AATGTACAGAC--------------TAGATTAAACA-TG--ATTAGA----GA--GTA-AG------TGTTA--CATTATTACTGAGT--ACTTACTGAGAATT-TG---TA-TAC---ATC---------TGGTC--CTTTATCAA-------------------G-ATC-TTCAGAA--TTC---AGGT-C-ACA-ATCTTC---T-----GTT-TATCATCAGGTAAAGGTC----CAC---------A-G---CACAG--TGCTACAAA-AAA---T---CATCA-CATGA-GAATTAAG-AATCGTATCAAa
gi|5 : tgtgtttgtaaataattgtattgttttagtttcaatgtaaacaatctattatgtttgtcaaatacatgAACG-TGTTATT-TG----GA--GTACAA------TCTTA--CATTATCTCTGAGT--ATTTACTTAGA----TG---TTG-A--GTAACAG---GGAGAGACA--C-----CAGACGAGAGGACTTCAGCACAG-ATC-ATCAG-A--TCC--AAGAT-C-AAA-GTCTTC---G-----GTCATACCATGT-AT-------------CTCATTC-A-A-A----ATAG--TCCTAC--A-AAA---T---
gi|6 : gtagattaggtacttc-ACATTATTACTGAGTTAGTTTACTT-GA--T-TGGTGCAGTACTGTAACAG----GAGTGACC--C-----CAAACG--------------TCGAGTC-TTCAG-AGATTC--AAGGTGC-ACA-GTCTTC---T-----GTT-TACCATCA-AT-AACATCACAACA-------------CTCCACAG--TCCTAC--AGAAA---T---AAACA-CA-GACAGAAT--GTAATCATATCA
gi|7 : agttATTGT-TGCGTCAATATGT----GTTTAAGTT-C--AATG-GTATAT--------------TAGAT-AAACA-TG--ATT-TA----TC--TTATAG------TCTTG--CATTATTACTGAGT--ATCTACTTAGA--T-TT---TAGTACTGTAACAG---AGAGTGACC--C-----CAAACT--------------CCA-GTC-TTCAG-A--TTC--AAAGT-C-ATA-GTCTTC---T-----GTT-TATCAcgaa
gi|8 : ggtATTGT-TGCGTCAATATGT----GTTTAAGTT-C--AATG-GTATAT--------------TAGAT-AAACA-TG--ATT-TA----TC--TTATAG------TCTTG--CATTATTACTGAGT--ATCTACTTAGA--T-TT---TAGTACTGTAACAG---AGAGTGACC--C-----CAAACT--------------CCA-GTC-TTCAG-A--TTC--AAAGT-C-ATA-GTCTTC---T-----GTT-TATCAc
gi|9 : ggtTTTA-TTT-TTCAATATATACATGCTCGTATATATATTAGAT-GTACA-TG--ATT-TA----GA--GTTCAG------T-TTA-ATATTATTTCCTAGA--ACTT------------------GTACTATAACAG---AGATTGACC--C-----CATACGT-------------CCC-GT--------A--TTC--A---T-C-ACA-GTCCTC---A-----GTT-TACCACCA-AT-AACGTCACGACAc
blockSeqs : A T ATTG A GTTC T GCTCGTATATATAT T T TT A TTAC CT GGTCTCG AA TA T ATT GTG A GT TTTAT A GAGAGGACTTCAGCA A . A GA . G . T AGATCCGAG A C G AA C ACGCATTTAAAGTT . AAA TTCCA . T T C AA G T
blockSeqs : . A . A TTT T GA . T . . . . G AA . C TA . A . . A GT . . . . . . . . T . A . A C ACGTATTTATATCC . AG TA . . C G .
blockSeqs : . G . G TTT T GG . T . . . . G AA . C TA . G . . A GT . . . . . . . . T . T . G C ACGCATTTAAAGCT . A TC . . T C .
blockSeqs : . G . A TTC T GA . A . . . . G AA . C T . A . . A A . . . . . . . . T . T . A C CTCATTCAAA . A TA . . C T .
blockSeqs : . G . A C T . . A . . . . G A . T T . A . . A G . . . . . . . . G . C . A C ACAG . A T . . . A .
blockSeqs : . . C T . . T . . . . A A . T T . A . . A T . . . . . . . . T . C . A . ACT . A
blockSeqs : . C . . . A . . . . G A . T T . . . . . T . . . . . . . . T . T . A . G . .
blockSeqs : . . . G . . . . G A . T . . . . . . . . . . . . . . . T . T . . .
blockSeqs : . A . . . . G A . C . . . . . . A . C
blockSeqs : . A . . . . . A . .
blockSeqs : . A . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . G . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : TTC* N* A** T*** A*** G************** ** A* ACCATTTAAT****** ** TA******
originalCons : NNGATTAT-TGCGTCAATATGT----GTTTAATTT-CTCAATGTATATATG-------------TAGAT-AAACN-TG--ATT-TA----GA--GTACAG------TCTTA-ACATTATTACTGAGT--ACTTACTTAGA--T-TG---TAGTACTGTAACAG---AGAGTGACC--C-----CAAACG--------------CCG-GTC-TTCAG-A--TTC--AAGGT-C-ACA-GTCTTC---T-----GTT-TACCATCA-AT-AACGTCACAACACGCATTT-A-A-GCTCCACAG--TCCTAC--A-AAA---T---AAACA-CA-GACAAANT--GTAATCGTATCAAACTGAATTGTTGACAGTCATTTGGCGGCATAAATATGCAAATTGTAACATGC
finalCons : NNGATTAT-TGCGTCAATATGT----GTTTAATTTTTC-AATGTATATATG-------------TAGAT-AAACN-TG--ATT-TA----GA--GTACAG------TCTTA--CATTATTACTGAGT--ACTTACTTAGAT---TG---TAGTACTGTAACAGA---GAGTGACC--C-----CAAACG--------------CCG-GTC-TTCAG-A--TTC--AAGGT-C-ACA-GTCTTC---T-----GTT-TACCATCA-ATA-ACGTCACAACACCATTTAAT------CCACAG--TCCTAC--A-AAATA------AACA-CA-GACAAANT--GTAATCGTATCAAACTGAATTGTTGACAGTCATTTGGCGGCATAAATATGCAAATTGTAACATGC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TATTTTGTGTGTAGACTTGATTTATAGTGCATCCATTACTGACTAATAATATACATGTAC
Unaligned ( gi|18 ): ATATAATTGTTGTTGTGAGATGGACGAGTAAATGGACATTATTCTG
Alignments
lowQualScore : 1111 111 55555555555555 1111 11111 333333333333333 111111111 7777777777777777 1111111 1 1
lowQualScore : 6 1 2222 5 888 1 55555555555555 3 77 44 3 6666 44 9999999 33 2 33 7 5555 777 8888 66 11111 1 999999999999999 4 4 4 66 55 0 4 4 4 333333333 4 1 1 4 0 66 0 0 9999999999999999 66 9999 1111111 3 6 6 3 1 99 5 5
lowQualScore : . . .... . ... . .............. . .. .. . .... .. ....... .. . .. . .... ... .... .. ..... . ............... . . . .. .. . . . . ......... . . . . . .. . . ................ .. .... ....... . . . . . .. . .
lowQualScore : 7 0 1111 1 888 9 66666666666666 3 11 22 1 5555 22 2222222 99 9 99 7 8888 000 6666 11 11111 9 666666666666666 4 4 4 11 55 7 0 0 0 000000000 0 4 1 4 8 11 1 1 5555555555555555 99 0000 9999999 5 7 7 7 0 22 0 5
consensus : NNGATTAT-TGCGTCAATATGT----GTTTAATTT-TTCAATGTATATATG-------------TAGAT-AAACN-TG--ATT-TA----GA--GTACAG------TCTT--A-CATTATTACTGAGT--ACTTACTTAGA--T-TG---TAGTACTGTAACAG---AGAGTGACC--C-----CAAACG--------------CCG-GTC-TTCAG-A--TTC--AAGGT-C-ACA-GTCTTC---T-----GTT-TACCATCA-ATAACG--TCACAACACGCATTTA-A---T--CCACAG--TCCTAC--A-AAA---T---AAACA-CA-GACAAANT--GTAATCGTATCAAACTGAATTGTTGACAGTCATTTGGCGGCATAAATATGCAAATTGTAACATGC
Reference ( family-4725 ) : NNGATTAT-TGCGTCAATATGT----GTTTAATTT-TTCAATGTATATATG-------------TAGAT-AAACN-TG--ATT-TA----GA--GTACAG------TCTT--A-CATTATTACTGAGT--ACTTACTTAGA--T-TG---TAGTACTGTAACAG---AGAGTGACC--C-----CAAACG--------------CCG-GTC-TTCAG-A--TTC--AAGGT-C-ACA-GTCTTC---T-----GTT-TACCATCA-ATAACG--TCACAACAC-CATTTA-A---T--CCACAG--TCCTAC--A-AAA---T---AAACA-CA-GACAAANT--GTAATCGTATCAAACTGAATTGTTGACAGTCATTTGGCGGCATAAATATGCAAATTGTAACATGC
gi|1 : ATTAT--GTTTCAATATAT----GTTTAAGAT-T-CAATGTATATAT--------------TGGAT-AATCTATG--ATT-TA----GA--GTATGG------TCTTTTA-CATTATTACTGAGT--ACTTACTGAGAT-T-TG---TAGTACTGTAAGAGAGAAGAATGACC--C-----CAAACGT-------------CCA-GTCTTTCAG-A--TTCAGAACGT-CTATA-GTCTTC---T-----GTT-TAGCAT--------G--TCATAACAA-C----------T--CCACAGTTTCCTAC--A-AAAGTCC---ATACAGCA-GACAAAGT--GT-ATCATGTCGAAC
gi|10 : ctgttggttaattatacatccactactgagtacttatatgtacacatataattgtatttgtgagatgataatatttttgttagctaCATCA-ATAACA--TCACAACACGCATTTA-AAGTT--CCACCC--TCCTAC--A-AAA---T---AA-CA-CA-GATAAACT--GTAATCGTACCAAACTGAATTGTTGACAGTCATTT-GTGGCATAAATATGCAAA-TGTAACATGCat
gi|11 : tT-AGACT-TG--ATT-TA----TA--GTACAA------------A-C---ATTACTGAGT--A--TACT
gi|12 : atttttgtgtT-AGACT-TG--ATT-TA----TA--GTACAA------------A-C---ATTACTGAGT--A--TACTaaatattacacatgtaattgtttttgtgagatgaactaacaaataatcatttttc
gi|13 : atttttgtgtGATTATATGTTTCATTATGT----GTTTA-TTT-TTTATTGTATATATGA------------TAGAT-AAACT-TG--ATT-TA----GA--GTATAG------TCTT--A-CATCATTACCGAGT--Aaaatattacacatgtaattgtttttgtgagatgaactaacaaataatcatttttc
gi|14 : cC--AAGGT-C-ACA-GTCTTC---T-----GTT-TGCCACCA-ATGACG--TCA-AACG----------------CCACAG--CCCTAC-----AA---TTCCAAACA-CA-GACAAAGT--GTAATCAT
gi|15 : AT-AAAC------ATT-TATTACGA--GTACAGGTCTCGTCTT--A-CATCATTAATGAGT--A----CTTAGA--TATA---TAGTACTGTAACAgcc
gi|16 : TCAATGTATATAT--------------TAGAT-AAACA-TG--ATG-TA----GA--GTATGG------TCTT--A-CATTATTGCTGAGT--ATTTACTTA
gi|2 : AT-TACATGTATATAT-----TTCAATGTGTTCAATGTGTAGATGG------------TAGAT-AAACA-TG--ATC-TG----GACTGTACA--------CTT--A-CATTATTACTAAGT--ACTTTCTTAGT--T-TG---TAGTACTATAACAG---AGAGTGACC--C-----CAAACGT-------------CCA-GTC-TTTA--------------C-C-ACATATCTTCAGATCCGAGGTT-TAACATCA-ATAGCG--TCACAGCACGTATTTATA---TCCCCACCG--TCCTAC--A-AAA---
gi|3 : attatgttgtttgtgaccttgaattatagtacatccactgagtacttacatgtatgcatgtacttgttttagtgggataaacaaccaaatgaatattattctgtttgctaGATTAT-TATGTTGCTATGT----GTTTAATTT-TTTAATGTATATAAGA------------TATAT-AAACT-TG--ATT-TA----GA--GTACAG------TCTT--AACATCATTACCGAGT--ACTTACTGAGA--TATG---TAGTACTGTAACGG---AGAGT-ACCGTT-----CAG-CA--------------CTG-ATC-TTCAG-A--TCC--AAGG--C-ACA-GTCTTT---T-----GGT-TATCATCA-ATAACA--TCACAATACGCATTTA-AAGCT--CCACCC--TCCTAC--A-AAA---T---AAACA-TA-GATAAACT--GTAATCGTATGAAACTGAATTGTTAACAATCATTTGGCGGCATAAATATGCAAATTGTAACATGC
gi|4 : ttTATGTATTGGTTTAGTTT---CAATGTACAGAC--------------TAGATTAAACA-TG--ATTAGA----GA--GTA-AG------TGTT--A-CATTATTACTGAGT--ACTTACTGAGAATT-TG---TA-TAC---ATC---------TGGTC--CTTTATCAA-------------------G-ATC-TTCAGAA--TTC---AGGT-C-ACA-ATCTTC---T-----GTT-TATCATCAGGTAAAGGTCCACAG-------------------CACAG--TGCTACAAA-AAA---T---CATCA-CATGA-GAATTAAG-AATCGTATCAAa
gi|5 : tgtgtttgtaaataattgtattgttttagtttcaatgtaaacaatctattatgtttgtcaaatacatgAACG-TGTTATT-TG----GA--GTACAA------TCTT--A-CATTATCTCTGAGT--ATTTACTTAGA----TG---TTG-A--GTAACAG---GGAGAGACA--C-----CAGACGAGAGGACTTCAGCACAG-ATC-ATCAG-A--TCC--AAGAT-C-AAA-GTCTTC---G-----GTCATACCAT---GTA-----TC------T-CATTCA-A-------AATAG--TCCTAC--A-AAA---T---
gi|6 : gtagattaggtacttcTT--A-CATTATTACTGAGTTAGTTTACTT-GA--T-TGGTGCAGTACTGTAACAG----GAGTGACC--C-----CAAACG--------------TCGAGTC-TTCAG-AGATTC--AAGGTGC-ACA-GTCTTC---T-----GTT-TACCATCA-ATAACA--TCACAACAC------------T--CCACAG--TCCTAC--AGAAA---T---AAACA-CA-GACAGAAT--GTAATCATATCA
gi|7 : agATTGT-TGCGTCAATATGT----GTTTAAGTT---CAATG-GTATAT--------------TAGAT-AAACA-TG--ATT-TA----TC--TTATAG------TCTT--G-CATTATTACTGAGT--ATCTACTTAGA--T-TT---TAGTACTGTAACAG---AGAGTGACC--C-----CAAACT--------------CCA-GTC-TTCAG-A--TTC--AAAGT-C-ATA-GTCTTC---T-----GTT-TATCAcgaa
gi|8 : ggtATTGT-TGCGTCAATATGT----GTTTAAGTT---CAATG-GTATAT--------------TAGAT-AAACA-TG--ATT-TA----TC--TTATAG------TCTT--G-CATTATTACTGAGT--ATCTACTTAGA--T-TT---TAGTACTGTAACAG---AGAGTGACC--C-----CAAACT--------------CCA-GTC-TTCAG-A--TTC--AAAGT-C-ATA-GTCTTC---T-----GTT-TATCAc
gi|9 : ggtTTTA-TTT-TTCAATATATACATGCTCGTATATATATTAGAT-GTACA-TG--ATT-TA----GA--GTTCAG------TTTA--A-TATTATTTCCTAGA--ACTT------------------GTACTATAACAG---AGATTGACC--C-----CATACGT-------------CCC-GT--------A--TTC--A---T-C-ACA-GTCCTC---A-----GTT-TACCACCA-ATAACG--TCACGACAc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TATTTTGTGTGTAGACTTGATTTATAGTGCATCCATTACTGACTAATAATATACATGTAC
Unaligned ( gi|18 ): ATATAATTGTTGTTGTGAGATGGACGAGTAAATGGACATTATTCTG