lowQualScore : 222222 1 1 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22 222222 111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 222 1111 111111 22222222222222 111 22222 1 5555555555555 222 111 11 11 44444444444 11111 11 111111111 11 11 1 111111 1 1111 7777777777777777777777777777777777 222222222222222222 1111111111 111111111111111 111111111 1111 1 111
lowQualScore : 2 2 888888 0 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777 55 8 333333 88 8 8 444 8 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6 8 1 444 8 5555 666666 44444444444444 8 000 77777 4 66 9999999999999 5 000 555 66 5 5 5 11 66 11 5 5 44444444444 55555 5 5 33 5 5 5 5 777777777 5 99 5 66 5 5 77 5 5 5 00 4 55 4 55 55 4 4 5 8 555555 0 3 66 2222 4 3333333333333333333333333333333333 4 4 3 44 44 44 77777 555555555555555555 2 2 5 3333333333 2 2 2 444444444444444 2 5 55 2 33 000000000 333 2 4 2 4444 999 2 999999 2 7777 2 0 777 666 2 4 2 2 2 444 2 1 33 55 2 2 2 2 2 2 555 555
lowQualScore : . . ...... . . ....................................................... .. . ...... .. . . ... . ............................................................................... . . . ... . .... ...... .............. . ... ..... . .. ............. . ... ... .. . . . .. .. .. . . ........... ..... . . .. . . . . ......... . .. . .. . . .. . . . .. . .. . .. .. . . . . ...... . . .. .... . .................................. . . . .. .. .. ..... .................. . . . .......... . . . ............... . . .. . .. ......... ... . . . .... ... . ...... . .... . . ... ... . . . . . ... . . .. .. . . . . . . ... ...
lowQualScore : 5 5 888888 0 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 88 0 000000 88 0 0 000 0 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 0 4 222 0 4444 000000 22222222222222 0 000 11111 8 99 5555555555555 0 666 666 99 0 0 0 99 99 99 0 0 66666666666 99999 0 0 88 0 0 0 0 111111111 0 11 0 99 0 7 99 7 0 0 66 3 55 0 55 55 0 0 0 0 555555 6 6 33 5555 4 2222222222222222222222222222222222 4 0 3 22 22 22 66666 999999999999999999 1 9 7 4444444444 9 9 9 555555555555555 7 3 99 5 44 000000000 111 5 5 5 1111 444 5 777777 5 8888 5 8 444 111 2 7 4 4 4 444 5 1 44 99 5 5 5 5 5 5 333 000
consensus : AANTTAGGTGG----A-TGC-CT-CTG-TTCG-----GA-TTA--TTTTA-TA--TATA----AGA--AAC-T-AT-C----ATTCTT-GTTT-TTAAAGT------TT-TACA-TGG-TTC---GA-CTCCC--GAN--T--AT-TTAG-AT--GTTTN-------T-----T---AG-TATGC-TTCAC--GAAA-TT-----A-G---CA-G-CAGGGTTCC-ACCAG-GATTAA---G-TCAA--TCTA----A--TGC-ATT--GTATAT-C---CAGAA--GGGCAA------A--GA--CA-C---AATATTTT---AAA--A-GAT-C-TT--TT--A--C-T-ATTT-TA----T---GG---T-TC-AC-ATT--TA-T-GG-A-ACA-------A-T-TTA-CC-AGA-ATTTTT-AAAATC-T--T-AC-CCAAC-TTT--GGAAAC--G-TTT--AA--ATCCGC-T-TATCTT-AG------ACACTTT-TTTTT-ACCCTAGA----AA-TTA---A---------------A--------------CT-TTTGTTTT-ACC-CT--GAA--AA--TTA--A--AATC--A------T-AG-A-C-TTAT-TT-T---A-T----T-TTG-AT-GT----A-----T----G-T-AGA--T-AT--T---------T-T-A-TGTA-TA-TATG---T-A------T-A----T-AACA---TA---TA-CCT-T-CA-TT-T---ACT-TTATATC--TG--T-ATT-A-TATTAC-TG-T-CTG---T---ATATAT
Reference ( gi|9 ) : AACTTAGGTGG----A-TGC-CT-CTG-TTCG-----G--TTA--TTTTA-TA--TATA----AGA--AAC-T-AT-C----ATTCTTTGTTT-TTAAAGT------TT-TACA-TGG-TTT---GA-CTCCC--GAA--C--AT-TTAG-AT--GTTTT-------T-----T---AG-TATGT-TTAAC--GAAA-TT-----A-G---CA-G-CAGGGTTCC-ACCAA-GATTAA---G-TCAA--TTTA----A--TGC-ATT--GTATAT-G---CAGGA--GGGCAA------A--G---CA-C---AATATTTT---AAA--A-GAT-C-TT--TT--A--C-T-ATTT-T-----T---GG---T-TC-AC-ATT--TA-T-GG-A-ACA-------A-T-TTA-TC-AGA-CTTTTT-AAAATC-T--T-AC-CCAAC-TTT--GAAAAC--G-TTT--AA--ATCCGC-T-TATATT-AG------ACATTTT-TTTTT-ACCCTAGA----AA-TTA---A---------------A--------------CT-TTTGTTTT-ACC-CT--GAA--AA--TTA--A--AATC--A------C-AG-A-T-TTGT-TT-T---A-T----T-TTG-AT-GT----A-----T----G-T-AGA--T-AT--T---------T-T-A-TGTA-TG-TATG---T-A------T-A----T-AAGA---TA---TA-CCT-T-CA-TT-T---ACT-TTATATC--TG--T-ATT-A-TATTAC-TG-T-CTG---T---ATATGT
gi|7 : AACTTA--TGG----T-AGC-CT-CTA-GTCG-----G--ATA--TTT-A-TA--T-TA----TGA------T-AT-C----ATTCT--GTTT-TTAAAGT------TT-TACA-TGG-TTT---GA-CTCC---GAC--T--AT-TTAG-AT--GTTGACGCGGAAT-----T---AG-TATGT-TCCAC--GAAAATT-----AAG---CAAG-CAAGGT-CC-ACGCA-GATTAA---G-TCAA--TCTA----A--TGC-AGT--GTATAT-C---CAGAA--GGGCAA------A--GA--CA-C---CATATTTTTA-AAA--A-GAT-CTTT--TT--AC-C-T-ATTTAA-----T---GG---TGTC-AC-ATT--TA-T-GC-A-ACA-------A-TCTTACCC-AGA-ATTTTT-AAAATC-T--T-ACTCCAAC-TTTTGGGAAAC--G-TTTAAAA--ATCCGC-T-T-TCTTAAG------ACA--CT-TTTTT-ACCTT-GA----AA-TTAT--AAATTCATAGATCTGTA--------------CT-TTTGTTTT-ACC-CT--GAA--AA--TTAAGA--GATC--A------T-AG-A-C-TTAT-TT-T---ATT----T-TTG-AT-GT----A-----T----G-T-AGA--TAAT--T---------C-T-ATTGTA-TA-TATG---T-A------T-AC---T-AACA---TA---TA--CT-G-CG-TT-A---CCT-TTATATC--TG--T-A-T-A--ATTAC-TC-G-CTGA--T---ATATGT
gi|4 : cctagtaaagagaaatgcagcAAATTAGGTGG----A-TGAGCT-CTG-T-CGAATATG--TGA--TTCTT-TA--TATAGGATAGA--AAC-TCAT-TTGCGATTCTT-GTTTATTAAAGT------TTATACAATGGATTT---GAGCTCCC--GGAGCT--ATACTAG-AT--GGGTT-------T-----T---AAATATAG-TTCAC--GAAA-TTTACGAG-G---CA-G-CATG--TCC-ACCAG-GATTAAAGAG-TCAAACTCTA----AGTTGC-ATT--GTAT-T-GTTCCAGAA--GG-CAAT-----A--GGACCA-CCAAAATATTTT---AAA--A-AAT-C-TT--TT--A--C-T-ATTT-TA----T---GGAGTT-TC-AC-AATAGTA-T-GG-A-ACA-------ATT-TTA-CC-AGA-ATTTTT-AAAATC-T--T-AC-CCA---CTT--GGAAAC--GCTTT--AAACATTCGC-T-CATCTT-AGTGCGTTACATTTT-TTCTTGACCCTAGAT---AATTTA---A---------------A--------------t
gi|2 : atgcttgataatttatcaaaaaaaacttgcaaagcaaagaagcgttttatgtagatgacgtatcgttctgttgtcaaccgatgctatgctgaaggaatttttaatacaattgtatttcctcattttaacgactgttgtactggcatggggtgagatactgaaaagacacagggattgtctttacaaattatgtaaagttcaaaatatcgagctgctagctgtgattgaatagaaattttttattaccaccgtacaacagtaaatgaatgcagcTTAGGTGG----AATGC-CTGCTG-TACG-----GA-TTA--TTTTA-TA--TATG----A-----AC-T-AT-C----ATTCTGTCTTT-TAAAAGTCAATCTTT-TACA-TTG-TTCTGAGA-CTCCC----------AT-TTAG-ATTAGTTTA-------TAAAGAT---AC-TA-GT-TACACAAGAAA-TT-----A-ATGACA-GACAGGGT-CC-ACCAA-GATTA----G-TCAA--TCTA----A---GC-AT---GTCTAT-T---CCAGA--GGGCAA------ACGA---CA-C---AATATTTT---AAA--A-GAT-A-TTGTTT--A--CCT-ATTT-TA----T---GG--------AC-GTT--------------A-------A-T-TTA-CC-AGAACTTTTTCAAAATC-T--T-AC-CCAGC-TTT--GGGAAC--G--TT--AA--ATCCGC-T-TATCTT-AG-------CA--TT-TTTTT-ACCCTAGA----AA-TTA---A---------------A--------------AT-Ttctctaatagattactaatggtgtcgaaatgcgacactgggtgcattaattaattaggaattaccgtataggtgatcttagc
gi|1 : aaattgcagaaagctattgatgaaagtggatgatatcacaattgaaaatgcatatgtatcttgtgcaaaattactttggtttttatatgaccagtgcctcacttggtcgaacatgttgaaatttatccaaaaaacttgcaaagcaaaataggcgtatagtaagttacgttcgttctgtcaacacagacacttattactgaaatttatttacatacaattgtattcctccatattaactaatgttgtacattgtatgaggccacatatgaaaaaacaagaataatgtcttttaaacaaacttatgtaaaagctcaaaatggaagctgctaggccagaggtgattatacacctacaacaaaaatgatgcaccacacaTTAGGTGAGAACA-TGC-CT-CTGGCTCG-----GATTTACATCTTAATACTTATA----ATACGAACAT-ATAC----ATTCTTGGTTT-TTAAAGT------TT--ACA-TGG-TTT---GA-CTCGCTGGAA--CGTAT-TTAGCAT--GTTTC-------T-----TAAAAG-TATGCGTTCAC--GAAA-TT-----A-G---CAGG-CAGG--TCCAACCAGCGATTAA---GCTCAA--AATACTAGA--TGCAATTGGGTATATCT---CAGAGCTGCGCAA------A--GA--CA-C---AATATTTTTTAGAA--A-GAT-C-TTA-TT--ATTC-T-GTTT-TATTTAT---GG---TATC-AC-ATTTATA-T-GG-ACACAGATAGCCG-T-TTA-CC-ACA-GAATTT-GAAATC-CTAT-AC-CCAA--TTT--AGAAACGTG-TCT--AA--ATCCGC-TGTATCTT-AG------ACACTTTATTTAC-ACCCCAGA----AA-TTC---A---------------------------------------------------GG--AA--TTA--AGGACTT--A------C--G-T-C-TTAT-TT-TTG-A-G----C-TTG-A--GT----A-----T----G-T-AAAGTT-AT--T---------T-T-A-TTTA-TA-AGTGC--T-A------TAA----T-GAGAAC-TA---TA-TTA-C-CA-TT-ataaaatctgtactttgtttttacgtaaaggcaaagattaacgaaacagcctgatcatcagctgacccttgaaaaattaataatcactagattgtttatcaatttagatagtgtcgtcagatatttacgttaatatgtatatataacataccttcatttactattactcattgtattatattactgtctgatatatgt
gi|14 : aaagcaaattacatagtgatcttaaaaatacgttggaatggatggataaaaacaaacttacaataaatcttaagaaaacacagtgcatgataattggtacagaacaaagattaagaaattgcagaaagctattgatgaaagtggatgatatcacaattgaaaatgtatcttgtgcaaaattactccgtgtttatattgacagatgcctcacttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtctcgaacatgtgtgaaaattgggtaatatcaagaaaacttgcaagccacaaataggccaaaatttgttatgctctgttagacttcacgcttcattcttgtcaaacgaccgacttatttgtactgaaaagttatggttaaaatacaatgtaatttcggcctgcatttggtagactactgtggtggtgactgcgtatggtggcgagatgagtgacaagcaacagagggacccgctgctctataacagaattatgctaaaagttgcaaaaatcgacgcactgctacgaggtgactgatattaaattaagggaatttgtttgaaataacctacaacaagaaatgaatggcccagcaacta-C----ATTCTT-GTTT-TTGAAAT------GT-TATA-TAG-TTC---AA-CTCCT--AAT--T--GT-TTA-------TTTT-------T-----C------CCTGC-T--------------------G---CA-G-AAAAGCTAC-AT----GATTAA---A-TCAA--AGTA----A--TAT-ATT--GCATAT-T---CAG-A--GAGCAA------A--AAC-CA-CTC-ATTAATTG---ACA--A-GAT-C-TC--AT--A--C-A-AGTT-A-----G---GA---T-GT-GC-AGT--TG-T-GG-A-GCG-------A-A-TTA-CC-ATA-GCCTCT-AAA--CAT--T-GG-CGAACATGT--AAAAAT----TGT--GA--ATTTGT-G-TATCTC-AG------ACATTAT-TTTTg
gi|13 : --GTATAT-C---TAG-A--GGGCAA------A--GA--CA-C---AATATTTC---AAACAA-GATTC-TT--TT--A--C-T-ATTT-T-----TAT-GG---T-TC-AC-ATT--TA-T-GG-A-ACA-------A-T-TTA-CC-AGA-ATTTTT-AAAATC-T--T-AC-CCAAC-TTT--GGAAAC--G-TTT--AA--ATCCG--T-TATCTT-AGG-----ACACTTT-TTTT--ACCCTAAATTAAAA-TTATAGATCTGT----------A--------------CT-TTTGTTTT-ACC-CT--GAA--AA--TTA--A--AATC--A------T-AG-A-C-TTAT-TT-T---A-T----T-TTG-AT-GT----A-----T----G-T-AGA--T-AT--T---------T-T-A-TGTA-TATTATG---T-A------T-A----T-AACA---TA---TA-CCTCT-CA-TT-T---ACT-TTATAAC--TG--T-ATT-A-TATTAC-TG-T-CTG---T---ATATAT
gi|28 : TAT-C---CAG-A--GGGCAA------A--AAA-CATC---AATATTTT---AAA--A-AAT-C-TT--CTTAA--C-TGATTTATG----T---GG---T-TCGACGATT--TA-TCGGCA-GCA-------C-T-TCA-CT-AGA-ATTTTT-AAAATgt
gi|12 : AGGA--AGGCAATCCCACA--GACACA-CC--AATATTTT---AAA--AAGAT-C-TT--TT--A--C-T-ATTT-T-----TATCGG---T-TC-AC-ATT--TAAT-GG-A-ACA-------A-T-TTA-TCCAGA-ATTTT--AAAATC-T--TTAC-CCAAC-TTTT-GGAACC--G-TTT--AA--ATCCGCCT-TATCTT-AG------ACACTTT-TTTTT-ACCCTAGA----AA-TTA---A---------------AATTATAGATCTGTACTGTTTGTTTTTACC-CT--GAA--AA--TTA--A--AATC--A------T-AG-A-C-TTAT-TT-T---AAT----G-TTG-AT-GT----AACAAAT----GGT-AGA--T-AT--T---------T-TCA-TGTA-TA-TATG---T-AATAAACC-A----T-AACA---TAAAATA-CCT-T-CAGTT-T---ACT-TTATATC--TG--T-ATT-A-TATTAC-TG-T-CTG---T---ATATATta
gi|15 : cag-CCAAC-TTT--GGAAAC--G-TTT--AA--ATCCGC-T-TATCTT-AG------ACATTTT-TTTA--AACCTAGA----AA-GTA---A---------------AATTATAGATCTGTACT-TTTGTTTT-ACC-CT--GAA--AA--TTA--A--AATC--A------T-AG-A-C-TTAT-TT-T---A-T----T-TTG-AT-GT----A-----T----G-T-AGA--T-AT--T---------T-T-A-TCTA-TA-TATG---T-A------T-A----T-AACA---TA---TA-CCT-T-CA-TT-T---ACT-TTATATC--TG--T-ATT-A-TATTAC-TG-C-CTG---T---ATATATgt
gi|36 : TT--GGAAAC--G-TTT--AA--ATCCGC-T-TATCTTAAG------ACA-TTT-TTTTT-ACCCTAGA----Agttc
gi|29 : --G-TTT--AA--ATC-GC-T-TATCTT-AG------AC---TT-TTTTT-ACCCTAGA----AA-TTA---A---------------A--------------
gi|23 : TTTT-GTTTT-ACCCTGAA----AA-TTA---A---------------A--------------atggttatattcgaggtaatatggtgtatctataccctgaattaattaaatca
gi|23 : aaacaaacagtagatctattatagatctgtac---------------A--------------CT-TTTGTTTT-ACC-CT--GAA--AA--TTA--A--AATC--C------T-AG-A-T-TTGT-TT-T---A-T----T-TTG-AT-GTTTACA-----T----G-T-AGA--T-AT--T---------T-T-A-TGTA-TA----A---C-A------T-A----T-AACA---TA---TA-atcctagatttgttttattttgatgtttacatgtagatattttatgtataacatataacatata
gi|19 : aaacaaacagtagatctattatagatctgt---------------A--------------CT-TTTGTTTT-A-C-CT--GAA--AA---TA--A--AA----------------------------T---A-T----T-TTG-AT-GT----A-----T----G-T-AGA---------------------------------------T-A------T-A----T-AACA---TA---TA-TCT-T-CA-TT-T---ACT-TTATATC--TGT-T-ATT-A-TATTGC-TG-T-CTG---T---ATATAT
gi|20 : ttttttaattacttaattcttattaaaatttatagtatctgtT-TTTATTTT-ACC-CT--GAATCAA--TTG--A--AATCCCA------T-AA-A-A-TTATATT-T---A-T----T-T-G-AT-AA----T-----T----G-T--GA--T-AT--T---------T-T-A-TGTA-TA-TATG---T-A------T-A----T-AAGA---CA---TAGACA-T-CA-TTAC---ACT-TTAGATC--TG--TAATT-A-TATT-C-TG-TCCTG---TAAGATATGTgttct
gi|17 : gtacaTTT-ACCTCA--GAA--AAATTTAC-A--AATCTAA------T-AGCA-CCTTAC-TT-TTAAA-T----TCTTGCAT-GT----AA----T----G-T-AGAA-T-AT--T---------T-T-A----------ATG---T-A------T-A----TCAACACTTTA---TA-CCCGT-CA-TC-A---GCT-TTA-ATC--TGCGT-ATTTA-TATTAC-TG-T-CTGA--T---ATATATtct
gi|2 : tatagatttcctttactcctcgatg-ACC-CTTGAAA--AA--TTA--AT-AATC--A------CTAG-A-T-T-GT-TTATCA-A-T----T-TAG-ATAGT----G-----TC---G-TCAGA--T-AT--T---------T---A-CGTT-AA-TATG---T-A------T-A----T-ATAA---CA---TA-CCT-T-CA-TT-T---ACTATTAC-TCATTG--T-ATT-A-TATTAC-TG-T-CTGA--T---ATATGT
gi|21 : aaattgcagaaagctattgatgaaagtggatgatatcacaattgaaaatgcatatgtatcttgtgcaaaattactttggtttttatatgaccagtgcctcacttggtcgaacatgttgaaatttatccaaaaaacttgcaaagcaaaataggcgtatagtaagttacgttcgttctgtcaacacagacacttattactgaaatttatttacatacaattgtattcctccatattaactaatgttgtacattgtatgaggccacatatgaaaaaacaagaataatgtcttttaaacaaacttatgtaaaagctcaaaatggaagctgctaggccagaggtgattatacacctacaacaaaaatgatgcaccacacattaggtggaatgcctgctgtacggattattttatatatgaactatcattctgtcttttaaaagtcaatcttttacattgttctgagactcccatttagattagtttataaagatactagttacacaagaaattaatgacagacagggtccaccaagattagtcaatctaagcatgtctattccagagggcaaacgacacaatattttaaaagatattgtttacctattttatggacgttaatttaccagaactttttcaaaatcttacccagctttgggaacgttaaatccgcttatcttagcatttttttaccctagaaattaaaattataaaatctgtactttgtttttacgtaaaggcaaagattaacgaaacagcctgatcatcagctgCC-CT--GCA--AA----A--A--AATC--AATCCATC-AG-ACT-TTAT-TT-T---A-T----T-TTG-AT-GT----A-----T----G-TCAGA--T-AT--T---------TGT-A-TGTA-TT-TATGC--T-A------T-A----T-AACA---TT---CA-CTT-TCCA-TT-T---ACT-T----TC--TG--T-ATT-A-TATTAC-TGTT-CTGT--T---ATATG
gi|27 : tC-CT--AAT--GA--TTA--A--AAAT--G------T-AG------TGT-TTGT---A-CAA--G-TTG----GT----A-----T----A-C-TGG--T-AT--T---------T-T-A-TGTA-T--------------------A----T-AACA---TA---TA-CCT-T-C----------------------TG--T-ATT-A-TATTAC-TG-T-CTG---T---ATATATc
gi|25 : tT--GAG--AA--TTA--T--ATTT--A------T-A----T-TTAT-TC-T---A-TATTTT-TTG-AT-GT----------T------T-CGA--T-AT--T---------T-T-G-TAGA-TA-T-TG---T-A------T-AACAAT-ATCA---TA---TA-CAT---CA-TT-CTAAACC-TTATATC--TG--T-ATT-A-TA-TAC-TG-T-CTG---gttct
gi|24 : -TTGT-TT-T---A-T----T-TTG-CT-GT----A-----CTGGGG-T-AGA--C-ATAATTGTTACCGGT-C-A-TATAGTG-TATGAGAT-A------C-A----T-AAAA---TA-------CT-T-CA-TT-T---AC--TTATATC--TG--T-ATT-ATTATTGCATG-T-CTGTAAT---ATATGT
gi|31 : -T-AGA--T-AT--T---------T-A-A-T-TA-TA-TATG---T-A------T-A----T-AACA---TAA--TA-CCT-T-CA-TT-T---ACT-TTTAATC--TG--T-ACT-A-TATTAC-T--T-CTG---T---ATAT
gi|30 : --T-AT--T---------T-T-A-T-TA-TA-T-TG---TTAC-----T-A----T-AACA---TA---TA-CCT-T-CA-TT-T---ATT-TTATATC--TG----ATT-A-TATTAC-TG-T-CTttgttc
gi|34 : A---TA---TA-CCT-T-CA-TT-T---ACT-TTATATC--TG--T-ATT-A-TATTAC-TG-T-CTG---T---ATATATtgtctgaatagtgttc
gi|35 : acA---TA-CCT-T-CA-TT-T---ACT-TTATATC--TG--T-ATT-A-TATTA--TG-G-TTG---T---ATATATgttc
13 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): TCCAGCATTTCATGTGAAGACAGCTCTCATAGTATAATTGAAAAATGGTTACGAAACATCGACAATGGAAAACTTACAGGTGTCTTATTTTTTTAGATTTAAGTAAAGCTTTTGACACGAGTAAATCATTCAGGTATTACTTCAAAAACTACTGTCTTTGGAATATGTGAAATCCAATACAATTGGTTTAAAATCAAACTTGTCAAAAATAGATCACAATGTGTTCGATGGAATGAGTTCAGTCAGATAGATTAGATATGACAAGGGTCAATAGTAGGTCCATTGTTTTTTATTCTCTATGAATAGAACTATCCGACTGCTTACAAACACTCTACATCCCATATGTATGCGGATGACAACAAGGCAAGATGTTTCGGATAAAAGTATAGATGTTATAGAAAGCTTACATAATGAATCGTAAAAATACTTTGGAATGGATGGATAAAAACAAACTTACAATAAATCTTAAGAAAACATGTGCATGATAATTGGTAAAGAACAAAGATTAGAAAATTGCAGAGAAAGCTATTGATGAAAGTGGATGATATCTACAATTGAAAATGTATCTTGTGCAAAATTACTTGGTGTTATATCGACAGATGCCATCTTGGTCTGAACATGTTAAAATTTTATCAAAAAAATTTGCAAAGCAAAATAGGCGTTTAGGTAGATTACGTTTCGTTCTTGTCACCGACTATTTACTGAAAATTTTTAATACAAATTGGTATTTCCTCATTTTGACTATGGTTGTACTGTATGGGGCATATGAAAAACAAGGATGGTCTTTAAAATTAATGTATAAGTTCAAAATCCGTGAGCTTGCCAGGTG
Unaligned ( gi|5 ): TTGGTTTGGGAAAATGCATACCTTTGTCATTATATCTACAGAATGGTGCGATTGGAATGGAGATCAGGATCAGGATATCATTAGTTTGACAATAGGAGTGCTCACGGGTCACATACTAAGGTCCAGTTGTTTTTTATGTCTCTATGTAATTGACGTATCATCCCGACTGCTTACATAACACTCTAGGCAATACCCCATATGTACGGGATTGGAACAAACGCAAGACTGTTTCGGATAAAAAGTGGAATAGTGATAGGTGAGGAAAGCACCAAATTACATATGTGATCCTTCAAAAATACGCTTATGGAATGGATGGATAAAAACAAGGAACGTATATAAATTCTTCAGCAAATACACAAGTGCCATGATATTGGTACAGAAAAATTAAAATTGCAAGAAAGCTATTGATGAAAGTGCGTGATATCCATTGAGAAAATGATATCTTGTGCAGAAATTCTACTCCTGTTTATATTTGACAGCATGCCCTCATTGGTTGTTGAAAATTTTTAGTAGAAAAAAAAAAAAACAACTACAAGCAACAATAGGGGCGTTTTGTATAGTAGAGTTACGTTCCGTTCTTGAGCCAAACCGAACATAATTGCTGAAAATTTTTAATACAAATTTATCATCTCCTCATCTTTATCTAACTGTTTAAAACTGTAATGGCAATAAATGAAAACAAGGATTGGTCCTTTACATAATTATGTAAAGTGTTCAAATCCGA
Unaligned ( gi|6 ): TGTTCTGCCTATTGTCTAGCGCAAAATATTGAAAGACATGTTCACAATAATTTTCACGTTTACCTCATCAGCACAATATAATCAGTTGAAAGCACGGCAGGTTCCAGGCCCATGCATCATGCGAGAGCAGCTTCTTAGGATAATAATGAAAAATGGTTACGAAACATCGACATCACTGGAAAACTGATCTGGTGTCTAATTTGTCAGATTTAGCTAAAGCTTTTGGCAATGGTAAAATCATCATGTATTACTTCTCACAAACGTACTGTCCCTTTTGTGAATTGTTGGATAAATGCATCAGATTGTTTCAATTAATACTTGTGCAATAGATCACAATGTATTTTCGATGGGAATGGAGTTTCACGTCAGATATTACTTTGATAATGTTATACTTTCGCCTTTTTTGATATGTACAATGGGAGTACCTCAAGGGCTCAATACTATGTCCATTTGTTTTATTTCTCTAGAAAATTGATCCCGACTGCTTACAAGCACTCTAAAGCCACATATGTATGGGGACTTGACACAACGAAAGATGTTTC
Unaligned ( gi|8 ): AAAGCAATTACATACGTGACTTTAAAATATACTTTGGAATGGATGATTAAAAACAAACTTTACAATACACCTTAAGAATAACACAGTTCATGGTAATTGTCAGAACAAGATTATGAAATTGCAGGAAGCTATTGGTGCAATGTGGGATATCACAATTGAAAACGTCGTATATGTACAAAATTAACTTGGTGTTTCATATTGACAGATGCTGTCCTTGATCTGTAACAGTGTTGAAATTCTAAAAAAAAATAACAAATAAAAACCCCCAAAAACTTCCGAAAGCAAAGATAGGTTGTTTTATGTAGATTAGCGATTCGTTTCTTGTATCAACCGACTTTATGACCTTGACATTTAAATACATTGTATTTCCTCATTTAACTACTGCTCGTATGTATGGGGCAATATGAAAACTTAAGGATGGTTCTTTACTAATTTATTAAAGTTCAAAATCGTAGCTGCTA
Unaligned ( gi|10 ): TGTCTTTTGGAATATGTGAAAATTCATACAATTGGTTTAAATCATACTTATCAAATAGATCACAATGTGTTCGATGGAATGGAGTTCAGTCAGACAGATTAGACATGACAATAGGAGTACCTCAAGGGTCAATGCTAGGTCCATTGTTTTTTATTCTTTATGTAAATGACTATCCCGACTGCTTACAACACTCTACAGCCCATATGTATGCGGATGACACAACGAAAGATGTTTCGGATAAAAGTATAGATGTTATAGAAAGCAAATTACATAGTGATCTTAAAAATACTTTGGAATGGATGGATAAAAACAAACTTACAATAAATCTTAAGAAAACACAGTGCATGATAATTGGTACAGAACAAAGATTAAGGAATTGCAGAA
Unaligned ( gi|11 ): AAAACACCAACCCTTTAACTGAAAATCAATCCAGTTTCAGACCAAAGTGTGAGACGGCATCTCTATTTATGGTTAAGTAACATAGACAAGGGTAAATTAGCAGGCGTTCTTTTTATTGATTTTAGTGGAATCTTTGACACAGTAAATCACCAAGTATTGTTATACAAGCCTTTATCATTTAGTAATATTCTCAAAAATCCTTTAAATGGTTTCAGTTTTATCGTAGCGAAACATCGCAATATGTTAGATGGAAAGGTGTTTTGTCAGATGCGAGAAACGTTACGGTAGGAGCGCCTCAGGGGTCAATATTAGGCCCAGCAGTTTTCATTTTGTTTTTTAATATTATCCTAAATGTCTGTTCAAAGCACTCTCA
Unaligned ( gi|16 ): TACTGAAATTTTATTTTTGATAACATGCAAGCAAAATAGGCGTGCTGACTACATTCTCGAGTCCACTGAATTATTACTAAAATGTCTACTGCAATTGTCTTTCTTTCTTCATTTTAACAACTCTTGGGACAATGACAAAAACAAGGACAGTCTTAAAAAATTATATAACCTTCAAGAGTCAGCCGATACAATGATTTT
Unaligned ( gi|18 ): TTTTTTATTCTCACATTAATGACTATCTACATTGTTTACAACATTCTTCAGCCCCAAAACATGTATATGCGGGCGATAGAACTCGAGATGTTTAAGATGAAAGTATATAATGATCTTGCAATCAAAATACGTGTTATTTAGAATATGTTAATGTTTGTCAACTAA
Unaligned ( gi|22 ): CTTTTGACACGGTAAATCATCAGGTATTACCTCACAAACTACTGTCTTTTGGAATATGTGAAAATTCATACAATTGGTTTAAATCATACTTGTCAAATATATCACAATGTGTTCGATGGAATGG
Unaligned ( gi|26 ): TGAAAAACAAGGATTGTCTTTACAAATTATTTAAAGTTCAAAATCGAGCTGTTAGGGTGATTTTAAATAGAAATTTGTATACACCTACAACAGAAATGATGCAGC
Unaligned ( gi|32 ): TTAAAATGGGTTCAATCTTATCTTAGTGGAAGATCACCGATGTGTTAAATGGAATGGTGTTTT
Unaligned ( gi|33 ): GGATGACACAACGCAAGATGTTTCGGATAAAGTAATAAGTATGTTAAAGAAAGCAAC
Unaligned ( gi|37 ): TTAATACATGTAACTGAAATACATGTATTTGAAATTTTTGATTAGCTGA
Alignments
lowQualScore : 222222 111 3333333 11 3333333333 1111 11111 111111 1111 33333333 2222222222222222 1111 33333333333333333333333333 111 2222 111 111111 111 11 1111111 11111 11 1111111 111111 1 1111 7777777777777777777777777777777777 111111111 111 111111111111111 111
lowQualScore : 1 111111 8 8 222 0 6666666 0 8 11 0 0000000000 8 8 6 4444 33333 6 999999 6 6 6 2222 6 00000000 6 6 99 8888888888888888 6 99 4444 33333333333333333333333333 777 6 111 6 0000 6 99 6 77 66 555 555 888888 4 4 555 9999999 4 66 333 4 66 4 4 4 66 4 66 55 4 4 4444444 33333 4 4 66 4 00 4 4 8888888 4 8 66 66 0 5 5 66 4 99 3 55 3 55 55 3 3 7 444444 0 777 2222 4 0000000000000000000000000000000000 4 3 3 33 33 33 66 2 666666666 2 7777 2 2 5 222 5 9999 2 2 2 222222222222222 2 5 55 2 444 2 2 2 2 555 2 3333 2 2 999999 444 7777 2 33 444 000 4 2 2 2 444 2 0 33 55 2 2 2 2 2 2 222
lowQualScore : . ...... . . ... . ....... . . .. . .......... . . . .... ..... . ...... . . . .... . ........ . . .. ................ . .. .... .......................... ... . ... . .... . .. . .. .. ... ... ...... . . ... ....... . .. ... . .. . . . .. . .. .. . . ....... ..... . . .. . .. . . ....... . . .. .. . . . .. . .. . .. . .. .. . . . ...... . ... .... . .................................. . . . .. .. .. .. . ......... . .... . . . ... . .... . . . ............... . . .. . ... . . . . ... . .... . . ...... ... .... . .. ... ... . . . . ... . . .. .. . . . . . . ...
lowQualScore : 0 222222 0 0 888 8 8888888 8 0 00 8 6666666666 0 0 7 2222 33333 7 222222 7 7 7 3333 7 33333333 7 7 22 5555555555555555 7 22 2222 55555555555555555555555555 555 7 777 7 3333 7 22 7 99 99 111 111 999999 4 4 333 2222222 4 11 999 4 11 4 4 4 11 4 11 00 4 4 6666666 11111 4 4 11 4 66 4 4 9999999 4 9 11 11 8 0 0 99 4 55 6 00 6 00 00 6 6 3 111111 3 666 5555 4 1111111111111111111111111111111111 0 6 1 99 99 99 88 9 333333333 9 7777 7 7 3 000 3 3333 7 7 7 333333333333333 5 0 66 4 111 4 4 4 4 999 4 4444 4 4 111111 111 4444 4 11 111 000 7 4 4 4 111 4 5 22 66 4 4 4 4 4 4 777
consensus : AACTTAGGTGG----A-TGC-CT-CTG-TTCGGAT---T---ATTTTA-TA--TATA----AGA--AAC-T-AT-C----ATTCT-T-G-TTT-TTAAAGT------TT-TACA-TGG-TTC---GA-CTCCC--GAA--TAT-TTAG-AT--GTTTN-------TTA---G-TATGC-T--TCAC----GAAA-TT-----A-G---CA-G-CAGGGTTCCA-C-CAG-GATTAA---G-TCAA--T-CTA-A--TGCA-TTG--TATA--T-C-CAGAA--GGGCAA------A-GA-C-A-C---A---AT-ATT--TT---AA-A--A-GAT-C-T--T-TT--A--CT-ATTT-T-AT----GG---T-TC-AC-ATT--TA-T--GG-A-ACAA-------T-TTA-CCA--GAA--TTTTTAAAATC-TT-A--C-CCAACTTT--GGAAACG-T--T-T--AA--ATCCGC-T-TATCTT-AG------ACACTTTTTTT-T-ACCCTAGA----AA-TTA---A---------------A--------------CT-TTTGTTTT-ACC-CT--GAA--AA--TTA--A-AATC--A------TA-G-AC-TT-AT-TT-T---A-T----T-TTG-AT-GT----A-----T----G-T-AGA--T-AT---T-T-T-A-T--GT-ATA-TA-TG-T-A------T---A----T-A--ACA---TA---TACCT-T-CA-TT-T---ACT-TTATATC--TG--T-ATT-A-TATTAC-TG-T-CTG-T-ATATAT
Reference ( family-470 ) : AANTTAGGTGG----A-TGC-CT-CTG-TTCGGAT---T---ATTTTA-TA--TATA----AGA--AAC-T-AT-C----ATTCT-T-G-TTT-TTAAAGT------TT-TACA-TGG-TTC---GA-CTCCC--GAN--TAT-TTAG-AT--GTTTN-------TTA---G-TATGC-T--TCAC----GAAA-TT-----A-G---CA-G-CAGGGTTCCA-C-CAG-GATTAA---G-TCAA--T-CTA-A--TGCA-TTG--TATA--T-C-CAGAA--GGGCAA------A-GA-C-A-C---A---AT-ATT--TT---AA-A--A-GAT-C-T--T-TT--A--CT-ATTT-T-AT----GG---T-TC-AC-ATT--TA-T--GG-A-ACAA-------T-TTA-CCA--GAA--TTTTTAAAATC-TT-A--C-CCAACTTT--GGAAACG-T--T-T--AA--ATCCGC-T-TATCTT-AG------ACACTTTTTTT-T-ACCCTAGA----AA-TTA---A---------------A--------------CT-TTTGTTTT-ACC-CT--GAA--AA--TTA--A-AATC--A------TA-G-AC-TT-AT-TT-T---A-T----T-TTG-AT-GT----A-----T----G-T-AGA--T-AT---T-T-T-A-T--GT-ATA-TA-TG-T-A------T---A----T-A--ACA---TA---TACCT-T-CA-TT-T---ACT-TTATATC--TG--T-ATT-A-TATTAC-TG-T-CTG-T-ATATAT
gi|1 : TTAGGTGAGAACA-TGC-CT-CTGGCTCGGAT---TTACATCTTAATACTTATA----ATACGAACAT-ATAC----ATTCT-T-GGTTT-TTAAAGT------TT--ACA-TGG-TTT---GA-CTCGCTGGAACGTAT-TTAGCAT--GTTTC-------TTAAAAG-TATGCGT--TCAC----GAAA-TT-----A-G---CA-GGCAGG--TCCAAC-CAGCGATTAA---GCTCAAAATACTAGA--TGCAATTGGGTATA--T-CTCAGAGCTGCGCAA------A-GA-C-A-C---A---AT-ATT--TTTTAGA-A--A-GAT-C-T--TATT--ATTCT-GTTT-T-ATTTATGG---TATC-AC-ATT--TA-TATGG-ACACAGATAGCCGT-TTA-CCACAGAA--TTT--GAAATC-CT-ATAC-CCAA-TTT--AGAAACG-TGTC-T--AA--ATCCGC-TGTATCTT-AG------ACACTTTATTTAC-ACCCCAGA----AA-TTC---A---------------G------------------------------------G--AA--TTA--A-GGAC--T------TACG-TC-TT-AT-TT-TTG-A-G----C-TTG-A--GT----A-----T----G-T-AAAGTT-AT---T-T-T-A-T--TT-ATA-AG-TG-C--------T---A----T-A--A
gi|12 : aaagcaaattacatagtgatcttaaaaatacgttggaatggatggataaaaacaaacttacaataaatcttaagaaaacacagtgcatgataattggtacagaacaaagattaagaaattgcagaaagctattgatgaaagtggatgatatcacaattgaaaatgtatcttgtgcaaaattactccgtgtttatattgacagatgcctcacttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtctcgaacatgtgtgaaaattgggtaatatcaagaaaacttgcaagccacaaataggccaaaatttgttatgctctgttagacttcacgcttcattcttgtcaaacgaccgacttatttgtactgaaaagttatggttaaaatacaatgtaatttcggcctgcatttggtagactactgtggtggtgactgcgtatggtggcgagatgagtgacaagcaacagagggacccgctgctctataacagaattatgctaaaagttgcaaaaatcgacgcactgctacgaggtgactgatattaaattaagggaatttgtttgaaataacctacaacaagaaatgaatggcccagcaactaAGGA--AGGCAATCCCACA-GA-C-A-C---ACCAAT-ATT--TT---AA-A--AAGAT-C-T--T-TT--A--CT-ATTT-TTATC---GG---T-TC-AC-ATT--TAAT--GG-A-ACAA-------T-TTATCCA--GAA--TTTT-AAAATC-TTTA--C-CCAACTTTT-GGAACCG-T--T-T--AA--ATCCGCCT-TATCTT-AG------ACACTTTTTTT-T-ACCCTAGA----AA-TTA---A---------------AATTATAGATCTGTACTGTTTGTTTTTACC-CT--GAA--AA--TTA--A-AATC--A------TA-G-AC-TT-AT-TT-T---AAT----G-TTG-AT-GT----AACAAAT----GGT-AGA--T-AT---T-T-TCA-T--GT-ATA-TA-TG-T-AATAAACC---A----T-A--ACA---TAAAATACCT-T-CAGTT-T---ACT-TTATATC--TG--T-ATT-A-TATTAC-TG-T-CTG-T-ATATATtgagaactatattaccattg
gi|13 : cagG--TATA--T-C-TAGA---GGGCAA------A-GA-C-A-C---A---AT-ATT--TC---AA-ACAA-GATTC-T--T-TT--A--CT-ATTT-TTAT----GG---T-TC-AC-ATT--TA-T--GG-A-ACAA-------T-TTA-CCA--GAA--TTTTTAAAATC-TT-A--C-CCAACTTT--GGAAACG-T--T-T--AA--ATCCG--T-TATCTT-AGG-----ACACTTTTTTT---ACCCTAAATTAAAA-TTATAGATCTGT----------A--------------CT-TTTGTTTT-ACC-CT--GAA--AA--TTA--A-AATC--A------TA-G-AC-TT-AT-TT-T---A-T----T-TTG-AT-GT----A-----T----G-T-AGA--T-AT---T-T-T-A-T--GT-ATATTA-TG-T-A------T---A----T-A--ACA---TA---TACCTCT-CA-TT-T---ACT-TTATAAC--TG--T-ATT-A-TATTAC-TG-T-CTG-T-ATATATgt
gi|14 : -C----ATTCT-T-G-TTT-TTGAAAT------GT-TATA-TAG-TTC---AA-CTCCT--AAT--TGT-TTA-------TTTT-------TC------CCTGC-T--GCA-----GAAA--------A-G---C----TA-----------CAT-GATTAA---A-TCAA--A-GTA-A--TATA-TTG--CATA--T-T-CAG-A--GAGCAA------A-AA-C---C---A---CTCATTAATT---GACA--A-GAT-C-T--C-AT--A--C--AAGT-T-AG----GA---T-GT-GC-AGT--TG-T--GG-A-GCGA-------A-TTA-CCA--TAG--CCTCTAAA--CATT-G--G-CGAAC-AT--GTAAAAA-T--TGT--GA--ATTTGT-G-TATCTC-AG------ACATTATTTTT-gt
gi|15 : -CCAACTTT--GGAAACG-T--T-T--AA--ATCCGC-T-TATCTT-AG------ACA-TTTTTTT-A-AACCTAGA----AA-GTA---A---------------AATTATAGATCTGTACT-TTTGTTTT-ACC-CT--GAA--AA--TTA--A-AATC--A------TA-G-AC-TT-AT-TT-T---A-T----T-TTG-AT-GT----A-----T----G-T-AGA--T-AT---T-T-T-A-T--CT-ATA-TA-TG-T-A------T---A----T-A--ACA---TA---TACCT-T-CA-TT-T---ACT-TTATATC--TG--T-ATT-A-TATTAC-TG-C-CTG-T-ATATAT
gi|17 : TTT-ACCTCA--GAA--AAATTTAC-A-AATCTAA------TA-GCACCTT-AC-TT-TTAAA-T----TCTTGCAT-GT----AA----T----G-T-AGAA-T-AT---T-T-T-A------------A-TG-T-A------T---A----TCA--ACACTTTA---TACCCGT-CA-TC-A---GCT-TTA-ATC--TGCGT-ATTTA-TATTAC-TG-T-CTGAT-ATATATgttc
gi|19 : tatagatttcctttactcctcgatg---------------A--------------CT-TTTGTTTT-ACC--T--GAA--AA--T-A--A-AAT-------------------------------A-T----T-TTG-AT-GT----A-----T----G-T-AGA--T-AT----------------------------------------A----T-A--ACA---TA---TATCT-T-CA-TT-T---ACT-TTATATC--TGT-T-ATT-A-TATTGC-TG-T-CTG-T-ATATAT
gi|2 : ttttttaattacttaattcttattaaaatttatagtatctgtTTAGGTGG----AATGC-CTGCTG-TACGGAT---T---ATTTTA-TA--TATG----A-----AC-T-AT-C----ATTCTGT-C-TTT-TAAAAGTCAATCTTT-TACA-TTG-TTCTGAGA-CTCCC--------AT-TTAG-ATTAGTTTA-------TAA---A-GATAC-TAGTTACACAAGAAA-TT-----A-ATGACA-GACAGGGT-CCA-C-CAA-GATTA----G-TCAA--T-CTA-A---GCA-T-G--TCTA--TTC-CAGA---GGGCAA------ACGA-C-A-C---A---AT-ATT--TT---AA-A--A-GAT-A-TTGT-TT--AC-CT-ATTT-T-AT----GG--------AC-GTT---------------AA-------T-TTA-CCA--GAACTTTTTCAAAATC-TT-A--C-CCAGCTTT--GGGAACG----T-T--AA--ATCCGC-T-TATCTT-AG-------CA--TTTTTT-T-ACCCTAGA----AA-TTA---A---------------A--------------AT-Tgttct
gi|2 : aaattgcagaaagctattgatgaaagtggatgatatcacaattgaaaatgcatatgtatcttgtgcaaaattactttggtttttatatgaccagtgcctcacttggtcgaacatgttgaaatttatccaaaaaacttgcaaagcaaaataggcgtatagtaagttacgttcgttctgtcaacacagacacttattactgaaatttatttacatacaattgtattcctccatattaactaatgttgtacattgtatgaggccacatatgaaaaaacaagaataatgtcttttaaacaaacttatgtaaaagctcaaaatggaagctgctaggccagaggtgattatacacctacaacaaaaatgatgcaccacaca-ACC-CTTGAAA--AA--TTA--ATAATC--AC-----TA-G-A--TT-GT-TTATCA-A-T----T-TAG-ATAGT----G-----TC---G-TCAGA--T-AT---T-T---A-C--GT-TAA-TA-TG-T-A------T---A----T-A--TAA---CA---TACCT-T-CA-TT-T---ACTATTAC-TCATTG--T-ATT-A-TATTAC-TG-T-CTG---ATATATataaaatctgtactttgtttttacgtaaaggcaaagattaacgaaacagcctgatcatcagctgacccttgaaaaattaataatcactagattgtttatcaatttagatagtgtcgtcagatatttacgttaatatgtatatataacataccttcatttactattactcattgtattatattactgtctgatatatgt
gi|20 : aaattgcagaaagctattgatgaaagtggatgatatcacaattgaaaatgcatatgtatcttgtgcaaaattactttggtttttatatgaccagtgcctcacttggtcgaacatgttgaaatttatccaaaaaacttgcaaagcaaaataggcgtatagtaagttacgttcgttctgtcaacacagacacttattactgaaatttatttacatacaattgtattcctccatattaactaatgttgtacattgtatgaggccacatatgaaaaaacaagaataatgtcttttaaacaaacttatgtaaaagctcaaaatggaagctgctaggccagaggtgattatacacctacaacaaaaatgatgcaccacacattaggtggaatgcctgctgtacggattattttatatatgaactatcattctgtcttttaaaagtcaatcttttacattgttctgagactcccatttagattagtttataaagatactagttacacaagaaattaatgacagacagggtccaccaagattagtcaatctaagcatgtctattccagagggcaaacgacacaatattttaaaagatattgtttacctattttatggacgttaatttaccagaactttttcaaaatcttacccagctttgggaacgttaaatccgcttatcttagcatttttttaccctagaaattaaaattataaaatctgtactttgtttttacgtaaaggcaaagattaacgaaacagcctgatcatcagctgT-TTTATTTT-ACC-CT--GAATCAA--TTG--A-AATCCCA------TA-A-AA-TT-ATATT-T---A-T----T-T-G-AT-AA----T-----T----G-T--GA--T-AT---T-T-T-A-T--GT-ATA-TA-TG-T-A------T---A----T-AAGACA---TA---GACA--T-CA-TTAC---ACT-TTAGATC--TG--TAATT-A-TATT-C-TG-TCCTG-T-gt
gi|21 : gtacaCC-CT--GCA--AA----A--A-AATC--AATCCATCA-G-AC-TTTAT-TT-T---A-T----T-TTG-AT-GT----A-----T----G-TCAGA--T-AT---T-TGT-A-T--GT-ATT-TA-TGCT-A------T---A----T-A--ACA---TT---CACTT-TCCA-TT-T---ACT-T----TC--TG--T-ATT-A-TATTAC-TGTT-CTG-T--TATATagatatgttct
gi|23 : t---------------A--------------CT-TTTGTTTT-ACC-CT--GAA--AA--TTA--A-AATC--C------TA-G-AT-TT-GT-TT-T---A-T----T-TTG-AT-GTTTACA-----T----G-T-AGA--T-AT---T-T-T-A-T--GT-ATA-----A-C-A------T---A----T-A--ACA---TA---TAgc
gi|24 : aaacaaacagtagatctattatagatctgt-TT-GT-TT-T---A-T----T-TTG-CT-GT----A-----CTGGGG-T-AGA--C-ATAATTGT-T-A-CCGGTCATA-TAGTG-T-A------TGAGA----T-A---CA---TAAAATAC-T-T-CA-TT-T---ACT-T-ATATC--TG--T-ATT-ATTATTGCATG-T-CTG-TAATATAT
gi|25 : T--GAG--AA--TTA--T-ATTT--A------TA----T-TT-AT-TC-T---A-TATTTT-TTG-AT-GT----------T------T-CGA--T-AT---T-T-T-G-T--AG-ATA-T--TG-T-A------T---AACAAT-A--TCA---TA---TACAT---CA-TT-CTAAACC-TTATATC--TG--T-ATT-A-TA-TAC-TG-T-CTG-gt
gi|27 : C-CT--AAT--GA--TTA--A-AAAT--G------TA-G-----T-GT-TTGT---A-CAA--G-TTG----GT----A-----T----A-C-TGG--T-AT---T-T-T-A-T--GT-ATA-TA---------------------------ACA---TA---TACCT-T-C----------------------TG--T-ATT-A-TATTAC-TG-T-CTG-T-ATATAT
gi|28 : tTA--T-C-CAGA---GGGCAA------A-AAAC-ATC---A---AT-ATT--TT---AA-A--A-AAT-C-T--T-CTTAA--CTGATTTAT-GT----GG---T-TCGACGATT--TA-TC-GGCA-GCAC-------T-TCA-CTA--GAA--TTTTTAAAATgttct
gi|29 : G-T--T-T--AA--ATC-GC-T-TATCTT-AG------AC---TTTTTT-T-ACCCTAGA----AA-TTA---A---------------A--------------ta
gi|30 : --T-AT---T-T-T-A-T---T-ATA-T--TG-TTAC-----T---A----T-A--ACA---TA---TACCT-T-CA-TT-T---ATT-TTATATC--TG----ATT-A-TATTAC-TG-T-CTatggttatattcgaggtaatatggtgtatctataccctgaattaattaaatca
gi|31 : -T-AGA--T-AT---T-T-A-A-T---T-ATA-TA-TG-T-A------T---A----T-A--ACA---TAA--TACCT-T-CA-TT-T---ACT-TTTAATC--TG--T-ACT-A-TATTAC-T--T-CTG-T-ATATtgtctgaatagtgttc
gi|34 : --ACA---TA---TACCT-T-CA-TT-T---ACT-TTATATC--TG--T-ATT-A-TATTAC-TG-T-CTG-T-ATATATttgttc
gi|35 : A---TACCT-T-CA-TT-T---ACT-TTATATC--TG--T-ATT-A-TATTA--TG-G-TTG-T-ATATATgttc
gi|36 : TT--GGAAACG-T--T-T--AA--ATCCGC-T-TATCTTAAG------ACA-TTTTTTT-T-ACCCTAGA----Agttc
gi|4 : AAATTAGGTGG----A-TGAGCT-CTG-T-CGAATATGTG--ATTCTT-TA--TATAGGATAGA--AAC-TCAT-TTGCGATTCT-T-G-TTTATTAAAGT------TTATACAATGGATTT---GAGCTCCC--GGAGCTATACTAG-AT--GGGTT-------TTA---AATATAG-T--TCAC----GAAA-TTTACGAG-G---CA-G-CATG--TCCA-C-CAG-GATTAAAGAG-TCAAACT-CTA-AGTTGCA-TTG--TATTGTT-C-CAGAA--GG-CAATA----G-GA-CCA-CCAAA---AT-ATT--TT---AA-A--A-AAT-C-T--T-TT--A--CT-ATTT-T-AT----GGAGTT-TC-AC-AATAGTA-T--GG-A-ACAAT------T-TTA-CCA--GAA--TTTTTAAAATC-TT-A--C-CCA--CTT--GGAAACGCT--T-T--AAACATTCGC-T-CATCTT-AGTGCGTTACATTTTTTCT-TGACCCTAGAT---AATTTA---A---------------A--------------
gi|7 : atgcttgataatttatcaaaaaaaacttgcaaagcaaagaagcgttttatgtagatgacgtatcgttctgttgtcaaccgatgctatgctgaaggaatttttaatacaattgtatttcctcattttaacgactgttgtactggcatggggtgagatactgaaaagacacagggattgtctttacaaattatgtaaagttcaaaatatcgagctgctagctgtgattgaatagaaattttttattaccaccgtacaacagtaaatgaatgcagcAACTTA--TGG----T-AGC-CT-CTA-GTCGGAT-------ATTT-A-TA--T-TA----TGA------T-AT-C----ATTCT---G-TTT-TTAAAGT------TT-TACA-TGG-TTT---GA-CTCC---GAC--TAT-TTAG-AT--GTTGACGCGGAATTA---G-TATGT-T--CCAC----GAAAATT-----AAG---CAAG-CAAGGT-CCA-CGCAG--ATTAA---G-TCAA--T-CTA-A--TGCA-GTG--TATA--T-C-CAGAA--GGGCAA------A-GA-C-A-C---C---AT-ATT--TTTA-AA-A--A-GAT-CTT--T-TT--AC-CT-ATTT-A-AT----GG---TGTC-AC-ATT--TA-T--GC-A-ACAA-------TCTTACCCA--GAA--TTTTTAAAATC-TT-A--CTCCAACTTTTGGGAAACG-T--T-TAAAA--ATCCGC-T-T-TCTTAAG------ACAC--TTTTT-T-ACCTT-GA----AA-TTAT--AAATTCATAGATCTGTA--------------CT-TTTGTTTT-ACC-CT--GAA--AA--TTAAGA-GATC--A------TA-G-AC-TT-AT-TT-T---ATT----T-TTG-AT-GT----A-----T----G-T-AGA--TAAT---T-C-T-ATT--GT-ATA-TA-TG-T-A------T---AC---T-A--ACA---TA---TA-CT-G-CG-TT-A---CCT-TTATATC--TG--T-A-T-A--ATTAC-TC-G-CTG---ATATATtctctaatagattactaatggtgtcgaaatgcgacactgggtgcattaattaattaggaattaccgtataggtgatcttagc
gi|9 : cctagtaaagagaaatgcagcAACTTAGGTGG----A-TGC-CT-CTG-TTCGG-T---T---ATTTTA-TA--TATA----AGA--AAC-T-AT-C----ATTCT-TTG-TTT-TTAAAGT------TT-TACA-TGG-TTT---GA-CTCCC--GAA--CAT-TTAG-AT--GTTTT-------TTA---G-TATGT-T--TAAC----GAAA-TT-----A-G---CA-G-CAGGGTTCCA-C-CAA-GATTAA---G-TCAA--T-TTA-A--TGCA-TTG--TATA--T-G-CAGGA--GGGCAA------A-G--C-A-C---A---AT-ATT--TT---AA-A--A-GAT-C-T--T-TT--A--CT-ATTT-T--T----GG---T-TC-AC-ATT--TA-T--GG-A-ACAA-------T-TTA-TCA--GAC--TTTTTAAAATC-TT-A--C-CCAACTTT--GAAAACG-T--T-T--AA--ATCCGC-T-TATATT-AG------ACATTTTTTTT-T-ACCCTAGA----AA-TTA---A---------------A--------------CT-TTTGTTTT-ACC-CT--GAA--AA--TTA--A-AATC--A------CA-G-AT-TT-GT-TT-T---A-T----T-TTG-AT-GT----A-----T----G-T-AGA--T-AT---T-T-T-A-T--GT-ATG-TA-TG-T-A------T---A----T-A--AGA---TA---TACCT-T-CA-TT-T---ACT-TTATATC--TG--T-ATT-A-TATTAC-TG-T-CTG-T-ATATGTgtt
13 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): TCCAGCATTTCATGTGAAGACAGCTCTCATAGTATAATTGAAAAATGGTTACGAAACATCGACAATGGAAAACTTACAGGTGTCTTATTTTTTTAGATTTAAGTAAAGCTTTTGACACGAGTAAATCATTCAGGTATTACTTCAAAAACTACTGTCTTTGGAATATGTGAAATCCAATACAATTGGTTTAAAATCAAACTTGTCAAAAATAGATCACAATGTGTTCGATGGAATGAGTTCAGTCAGATAGATTAGATATGACAAGGGTCAATAGTAGGTCCATTGTTTTTTATTCTCTATGAATAGAACTATCCGACTGCTTACAAACACTCTACATCCCATATGTATGCGGATGACAACAAGGCAAGATGTTTCGGATAAAAGTATAGATGTTATAGAAAGCTTACATAATGAATCGTAAAAATACTTTGGAATGGATGGATAAAAACAAACTTACAATAAATCTTAAGAAAACATGTGCATGATAATTGGTAAAGAACAAAGATTAGAAAATTGCAGAGAAAGCTATTGATGAAAGTGGATGATATCTACAATTGAAAATGTATCTTGTGCAAAATTACTTGGTGTTATATCGACAGATGCCATCTTGGTCTGAACATGTTAAAATTTTATCAAAAAAATTTGCAAAGCAAAATAGGCGTTTAGGTAGATTACGTTTCGTTCTTGTCACCGACTATTTACTGAAAATTTTTAATACAAATTGGTATTTCCTCATTTTGACTATGGTTGTACTGTATGGGGCATATGAAAAACAAGGATGGTCTTTAAAATTAATGTATAAGTTCAAAATCCGTGAGCTTGCCAGGTG
Unaligned ( gi|5 ): TTGGTTTGGGAAAATGCATACCTTTGTCATTATATCTACAGAATGGTGCGATTGGAATGGAGATCAGGATCAGGATATCATTAGTTTGACAATAGGAGTGCTCACGGGTCACATACTAAGGTCCAGTTGTTTTTTATGTCTCTATGTAATTGACGTATCATCCCGACTGCTTACATAACACTCTAGGCAATACCCCATATGTACGGGATTGGAACAAACGCAAGACTGTTTCGGATAAAAAGTGGAATAGTGATAGGTGAGGAAAGCACCAAATTACATATGTGATCCTTCAAAAATACGCTTATGGAATGGATGGATAAAAACAAGGAACGTATATAAATTCTTCAGCAAATACACAAGTGCCATGATATTGGTACAGAAAAATTAAAATTGCAAGAAAGCTATTGATGAAAGTGCGTGATATCCATTGAGAAAATGATATCTTGTGCAGAAATTCTACTCCTGTTTATATTTGACAGCATGCCCTCATTGGTTGTTGAAAATTTTTAGTAGAAAAAAAAAAAAACAACTACAAGCAACAATAGGGGCGTTTTGTATAGTAGAGTTACGTTCCGTTCTTGAGCCAAACCGAACATAATTGCTGAAAATTTTTAATACAAATTTATCATCTCCTCATCTTTATCTAACTGTTTAAAACTGTAATGGCAATAAATGAAAACAAGGATTGGTCCTTTACATAATTATGTAAAGTGTTCAAATCCGA
Unaligned ( gi|6 ): TGTTCTGCCTATTGTCTAGCGCAAAATATTGAAAGACATGTTCACAATAATTTTCACGTTTACCTCATCAGCACAATATAATCAGTTGAAAGCACGGCAGGTTCCAGGCCCATGCATCATGCGAGAGCAGCTTCTTAGGATAATAATGAAAAATGGTTACGAAACATCGACATCACTGGAAAACTGATCTGGTGTCTAATTTGTCAGATTTAGCTAAAGCTTTTGGCAATGGTAAAATCATCATGTATTACTTCTCACAAACGTACTGTCCCTTTTGTGAATTGTTGGATAAATGCATCAGATTGTTTCAATTAATACTTGTGCAATAGATCACAATGTATTTTCGATGGGAATGGAGTTTCACGTCAGATATTACTTTGATAATGTTATACTTTCGCCTTTTTTGATATGTACAATGGGAGTACCTCAAGGGCTCAATACTATGTCCATTTGTTTTATTTCTCTAGAAAATTGATCCCGACTGCTTACAAGCACTCTAAAGCCACATATGTATGGGGACTTGACACAACGAAAGATGTTTC
Unaligned ( gi|8 ): AAAGCAATTACATACGTGACTTTAAAATATACTTTGGAATGGATGATTAAAAACAAACTTTACAATACACCTTAAGAATAACACAGTTCATGGTAATTGTCAGAACAAGATTATGAAATTGCAGGAAGCTATTGGTGCAATGTGGGATATCACAATTGAAAACGTCGTATATGTACAAAATTAACTTGGTGTTTCATATTGACAGATGCTGTCCTTGATCTGTAACAGTGTTGAAATTCTAAAAAAAAATAACAAATAAAAACCCCCAAAAACTTCCGAAAGCAAAGATAGGTTGTTTTATGTAGATTAGCGATTCGTTTCTTGTATCAACCGACTTTATGACCTTGACATTTAAATACATTGTATTTCCTCATTTAACTACTGCTCGTATGTATGGGGCAATATGAAAACTTAAGGATGGTTCTTTACTAATTTATTAAAGTTCAAAATCGTAGCTGCTA
Unaligned ( gi|10 ): TGTCTTTTGGAATATGTGAAAATTCATACAATTGGTTTAAATCATACTTATCAAATAGATCACAATGTGTTCGATGGAATGGAGTTCAGTCAGACAGATTAGACATGACAATAGGAGTACCTCAAGGGTCAATGCTAGGTCCATTGTTTTTTATTCTTTATGTAAATGACTATCCCGACTGCTTACAACACTCTACAGCCCATATGTATGCGGATGACACAACGAAAGATGTTTCGGATAAAAGTATAGATGTTATAGAAAGCAAATTACATAGTGATCTTAAAAATACTTTGGAATGGATGGATAAAAACAAACTTACAATAAATCTTAAGAAAACACAGTGCATGATAATTGGTACAGAACAAAGATTAAGGAATTGCAGAA
Unaligned ( gi|11 ): AAAACACCAACCCTTTAACTGAAAATCAATCCAGTTTCAGACCAAAGTGTGAGACGGCATCTCTATTTATGGTTAAGTAACATAGACAAGGGTAAATTAGCAGGCGTTCTTTTTATTGATTTTAGTGGAATCTTTGACACAGTAAATCACCAAGTATTGTTATACAAGCCTTTATCATTTAGTAATATTCTCAAAAATCCTTTAAATGGTTTCAGTTTTATCGTAGCGAAACATCGCAATATGTTAGATGGAAAGGTGTTTTGTCAGATGCGAGAAACGTTACGGTAGGAGCGCCTCAGGGGTCAATATTAGGCCCAGCAGTTTTCATTTTGTTTTTTAATATTATCCTAAATGTCTGTTCAAAGCACTCTCA
Unaligned ( gi|16 ): TACTGAAATTTTATTTTTGATAACATGCAAGCAAAATAGGCGTGCTGACTACATTCTCGAGTCCACTGAATTATTACTAAAATGTCTACTGCAATTGTCTTTCTTTCTTCATTTTAACAACTCTTGGGACAATGACAAAAACAAGGACAGTCTTAAAAAATTATATAACCTTCAAGAGTCAGCCGATACAATGATTTT
Unaligned ( gi|18 ): TTTTTTATTCTCACATTAATGACTATCTACATTGTTTACAACATTCTTCAGCCCCAAAACATGTATATGCGGGCGATAGAACTCGAGATGTTTAAGATGAAAGTATATAATGATCTTGCAATCAAAATACGTGTTATTTAGAATATGTTAATGTTTGTCAACTAA
Unaligned ( gi|22 ): CTTTTGACACGGTAAATCATCAGGTATTACCTCACAAACTACTGTCTTTTGGAATATGTGAAAATTCATACAATTGGTTTAAATCATACTTGTCAAATATATCACAATGTGTTCGATGGAATGG
Unaligned ( gi|26 ): TGAAAAACAAGGATTGTCTTTACAAATTATTTAAAGTTCAAAATCGAGCTGTTAGGGTGATTTTAAATAGAAATTTGTATACACCTACAACAGAAATGATGCAGC
Unaligned ( gi|32 ): TTAAAATGGGTTCAATCTTATCTTAGTGGAAGATCACCGATGTGTTAAATGGAATGGTGTTTT
Unaligned ( gi|33 ): GGATGACACAACGCAAGATGTTTCGGATAAAGTAATAAGTATGTTAAAGAAAGCAAC
Unaligned ( gi|37 ): TTAATACATGTAACTGAAATACATGTATTTGAAATTTTTGATTAGCTGA
Alignments
lowQualScore : 222222 111 3333333 11 3333333333 1111 11111 111111 1111 33333333 2222222222222222 1111 33333333333333333333333333 111 2222 111 111111 111 11 1111111 11111 11 1111111 111111 1 1111 7777777777777777777777777777777777 111111111 111 111111111111111 111
lowQualScore : 111111 8 8 222 0 6666666 0 8 11 0 0000000000 8 8 6 4444 33333 6 999999 6 6 6 2222 6 00000000 6 6 99 8888888888888888 6 99 4444 33333333333333333333333333 777 6 111 6 0000 6 99 6 77 66 555 555 888888 4 4 555 9999999 4 66 333 4 66 4 4 4 66 4 66 55 4 4 4444444 33333 4 4 66 4 00 4 4 8888888 4 8 66 66 0 5 5 66 4 99 3 55 3 55 55 3 3 7 444444 0 777 2222 4 0000000000000000000000000000000000 4 3 3 33 33 33 66 2 666666666 2 7777 2 2 5 222 5 9999 2 2 2 222222222222222 2 5 55 2 444 2 2 2 2 555 2 3333 2 2 999999 444 7777 2 33 444 000 4 2 2 2 444 2 0 33 55 2 2 2 2 2 2 222
lowQualScore : ...... . . ... . ....... . . .. . .......... . . . .... ..... . ...... . . . .... . ........ . . .. ................ . .. .... .......................... ... . ... . .... . .. . .. .. ... ... ...... . . ... ....... . .. ... . .. . . . .. . .. .. . . ....... ..... . . .. . .. . . ....... . . .. .. . . . .. . .. . .. . .. .. . . . ...... . ... .... . .................................. . . . .. .. .. .. . ......... . .... . . . ... . .... . . . ............... . . .. . ... . . . . ... . .... . . ...... ... .... . .. ... ... . . . . ... . . .. .. . . . . . . ...
lowQualScore : 222222 0 0 888 8 8888888 8 0 00 8 6666666666 0 0 7 2222 33333 7 222222 7 7 7 3333 7 33333333 7 7 22 5555555555555555 7 22 2222 55555555555555555555555555 555 7 777 7 3333 7 22 7 99 99 111 111 999999 4 4 333 2222222 4 11 999 4 11 4 4 4 11 4 11 00 4 4 6666666 11111 4 4 11 4 66 4 4 9999999 4 9 11 11 8 0 0 99 4 55 6 00 6 00 00 6 6 3 111111 3 666 5555 4 1111111111111111111111111111111111 0 6 1 99 99 99 88 9 333333333 9 7777 7 7 3 000 3 3333 7 7 7 333333333333333 5 0 66 4 111 4 4 4 4 999 4 4444 4 4 111111 111 4444 4 11 111 000 7 4 4 4 111 4 5 22 66 4 4 4 4 4 4 777
consensus : AACTTAGGTGG----A-TGC-CT-CTG-TTCGGAT---T---ATTTTA-TA--TATA----AGA--AAC-T-AT-C----ATTCT-T-G-TTT-TTAAAGT------TT-TACA-TGG-TTC---GA-CTCCC--GAA--TAT-TTAG-AT--GTTTN-------TTA---G-TATGC-T--TCAC----GAAA-TT-----A-G---CA-G-CAGGGTTCCA-C-CAG-GATTAA---G-TCAA--T-CTA-A--TGCA-TTG--TATA--T-C-CAGAA--GGGCAA------A-GA-C-A-C---A---AT-ATT--TT---AA-A--A-GAT-C-T--T-TT--A--CT-ATTT-T-AT----GG---T-TC-AC-ATT--TA-T--GG-A-ACAA-------T-TTA-CCA--GAA--TTTTTAAAATC-TT-A--C-CCAACTTT--GGAAACG-T--T-T--AA--ATCCGC-T-TATCTT-AG------ACACTTTTTTT-T-ACCCTAGA----AA-TTA---A---------------A--------------CT-TTTGTTTT-ACC-CT--GAA--AA--TTA--A-AATC--A------TA-G-AC-TT-AT-TT-T---A-T----T-TTG-AT-GT----A-----T----G-T-AGA--T-AT---T-T-T-A-T--GT-ATA-TA-TG-T-A------T---A----T-A--ACA---TA---TACCT-T-CA-TT-T---ACT-TTATATC--TG--T-ATT-A-TATTAC-TG-T-CTG-T-ATATAT
Reference ( family-470 ) : AACTTAGGTGG----A-TGC-CT-CTG-TTCGGAT---T---ATTTTA-TA--TATA----AGA--AAC-T-AT-C----ATTCT-T-G-TTT-TTAAAGT------TT-TACA-TGG-TTC---GA-CTCCC--GAA--TAT-TTAG-AT--GTTTN-------TTA---G-TATGC-T--TCAC----GAAA-TT-----A-G---CA-G-CAGGGTTCCA-C-CAG-GATTAA---G-TCAA--T-CTA-A--TGCA-TTG--TATA--T-C-CAGAA--GGGCAA------A-GA-C-A-C---A---AT-ATT--TT---AA-A--A-GAT-C-T--T-TT--A--CT-ATTT-T-AT----GG---T-TC-AC-ATT--TA-T--GG-A-ACAA-------T-TTA-CCA--GAA--TTTTTAAAATC-TT-A--C-CCAACTTT--GGAAACG-T--T-T--AA--ATCCGC-T-TATCTT-AG------ACACTTTTTTT-T-ACCCTAGA----AA-TTA---A---------------A--------------CT-TTTGTTTT-ACC-CT--GAA--AA--TTA--A-AATC--A------TA-G-AC-TT-AT-TT-T---A-T----T-TTG-AT-GT----A-----T----G-T-AGA--T-AT---T-T-T-A-T--GT-ATA-TA-TG-T-A------T---A----T-A--ACA---TA---TACCT-T-CA-TT-T---ACT-TTATATC--TG--T-ATT-A-TATTAC-TG-T-CTG-T-ATATAT
gi|1 : TTAGGTGAGAACA-TGC-CT-CTGGCTCGGAT---TTACATCTTAATACTTATA----ATACGAACAT-ATAC----ATTCT-T-GGTTT-TTAAAGT------TT--ACA-TGG-TTT---GA-CTCGCTGGAACGTAT-TTAGCAT--GTTTC-------TTAAAAG-TATGCGT--TCAC----GAAA-TT-----A-G---CA-GGCAGG--TCCAAC-CAGCGATTAA---GCTCAAAATACTAGA--TGCAATTGGGTATA--T-CTCAGAGCTGCGCAA------A-GA-C-A-C---A---AT-ATT--TTTTAGA-A--A-GAT-C-T--TATT--ATTCT-GTTT-T-ATTTATGG---TATC-AC-ATT--TA-TATGG-ACACAGATAGCCGT-TTA-CCACAGAA--TTT--GAAATC-CT-ATAC-CCAA-TTT--AGAAACG-TGTC-T--AA--ATCCGC-TGTATCTT-AG------ACACTTTATTTAC-ACCCCAGA----AA-TTC---A---------------G------------------------------------G--AA--TTA--A-GGAC--T------TACG-TC-TT-AT-TT-TTG-A-G----C-TTG-A--GT----A-----T----G-T-AAAGTT-AT---T-T-T-A-T--TT-ATA-AG-TG-C--------T---A----T-A--A
gi|12 : aaagcaaattacatagtgatcttaaaaatacgttggaatggatggataaaaacaaacttacaataaatcttaagaaaacacagtgcatgataattggtacagaacaaagattaagaaattgcagaaagctattgatgaaagtggatgatatcacaattgaaaatgtatcttgtgcaaaattactccgtgtttatattgacagatgcctcacttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtctcgaacatgtgtgaaaattgggtaatatcaagaaaacttgcaagccacaaataggccaaaatttgttatgctctgttagacttcacgcttcattcttgtcaaacgaccgacttatttgtactgaaaagttatggttaaaatacaatgtaatttcggcctgcatttggtagactactgtggtggtgactgcgtatggtggcgagatgagtgacaagcaacagagggacccgctgctctataacagaattatgctaaaagttgcaaaaatcgacgcactgctacgaggtgactgatattaaattaagggaatttgtttgaaataacctacaacaagaaatgaatggcccagcaactaAGGA--AGGCAATCCCACA-GA-C-A-C---ACCAAT-ATT--TT---AA-A--AAGAT-C-T--T-TT--A--CT-ATTT-TTATC---GG---T-TC-AC-ATT--TAAT--GG-A-ACAA-------T-TTATCCA--GAA--TTTT-AAAATC-TTTA--C-CCAACTTTT-GGAACCG-T--T-T--AA--ATCCGCCT-TATCTT-AG------ACACTTTTTTT-T-ACCCTAGA----AA-TTA---A---------------AATTATAGATCTGTACTGTTTGTTTTTACC-CT--GAA--AA--TTA--A-AATC--A------TA-G-AC-TT-AT-TT-T---AAT----G-TTG-AT-GT----AACAAAT----GGT-AGA--T-AT---T-T-TCA-T--GT-ATA-TA-TG-T-AATAAACC---A----T-A--ACA---TAAAATACCT-T-CAGTT-T---ACT-TTATATC--TG--T-ATT-A-TATTAC-TG-T-CTG-T-ATATATtgagaactatattaccattg
gi|13 : cagG--TATA--T-C-TAGA---GGGCAA------A-GA-C-A-C---A---AT-ATT--TC---AA-ACAA-GATTC-T--T-TT--A--CT-ATTT-TTAT----GG---T-TC-AC-ATT--TA-T--GG-A-ACAA-------T-TTA-CCA--GAA--TTTTTAAAATC-TT-A--C-CCAACTTT--GGAAACG-T--T-T--AA--ATCCG--T-TATCTT-AGG-----ACACTTTTTTT---ACCCTAAATTAAAA-TTATAGATCTGT----------A--------------CT-TTTGTTTT-ACC-CT--GAA--AA--TTA--A-AATC--A------TA-G-AC-TT-AT-TT-T---A-T----T-TTG-AT-GT----A-----T----G-T-AGA--T-AT---T-T-T-A-T--GT-ATATTA-TG-T-A------T---A----T-A--ACA---TA---TACCTCT-CA-TT-T---ACT-TTATAAC--TG--T-ATT-A-TATTAC-TG-T-CTG-T-ATATATgt
gi|14 : -C----ATTCT-T-G-TTT-TTGAAAT------GT-TATA-TAG-TTC---AA-CTCCT--AAT--TGT-TTA-------TTTT-------TC------CCTGC-T--GCA-----GAAA--------A-G---C----TA-----------CAT-GATTAA---A-TCAA--A-GTA-A--TATA-TTG--CATA--T-T-CAG-A--GAGCAA------A-AA-C---C---A---CTCATTAATT---GACA--A-GAT-C-T--C-AT--A--C--AAGT-T-AG----GA---T-GT-GC-AGT--TG-T--GG-A-GCGA-------A-TTA-CCA--TAG--CCTCTAAA--CATT-G--G-CGAAC-AT--GTAAAAA-T--TGT--GA--ATTTGT-G-TATCTC-AG------ACATTATTTTT-gt
gi|15 : -CCAACTTT--GGAAACG-T--T-T--AA--ATCCGC-T-TATCTT-AG------ACA-TTTTTTT-A-AACCTAGA----AA-GTA---A---------------AATTATAGATCTGTACT-TTTGTTTT-ACC-CT--GAA--AA--TTA--A-AATC--A------TA-G-AC-TT-AT-TT-T---A-T----T-TTG-AT-GT----A-----T----G-T-AGA--T-AT---T-T-T-A-T--CT-ATA-TA-TG-T-A------T---A----T-A--ACA---TA---TACCT-T-CA-TT-T---ACT-TTATATC--TG--T-ATT-A-TATTAC-TG-C-CTG-T-ATATAT
gi|17 : TTT-ACCTCA--GAA--AAATTTAC-A-AATCTAA------TA-GCACCTT-AC-TT-TTAAA-T----TCTTGCAT-GT----AA----T----G-T-AGAA-T-AT---T-T-T-A------------A-TG-T-A------T---A----TCA--ACACTTTA---TACCCGT-CA-TC-A---GCT-TTA-ATC--TGCGT-ATTTA-TATTAC-TG-T-CTGAT-ATATATgttc
gi|19 : tatagatttcctttactcctcgatg---------------A--------------CT-TTTGTTTT-ACC--T--GAA--AA--T-A--A-AAT-------------------------------A-T----T-TTG-AT-GT----A-----T----G-T-AGA--T-AT----------------------------------------A----T-A--ACA---TA---TATCT-T-CA-TT-T---ACT-TTATATC--TGT-T-ATT-A-TATTGC-TG-T-CTG-T-ATATAT
gi|2 : ttttttaattacttaattcttattaaaatttatagtatctgtTTAGGTGG----AATGC-CTGCTG-TACGGAT---T---ATTTTA-TA--TATG----A-----AC-T-AT-C----ATTCTGT-C-TTT-TAAAAGTCAATCTTT-TACA-TTG-TTCTGAGA-CTCCC--------AT-TTAG-ATTAGTTTA-------TAA---A-GATAC-TAGTTACACAAGAAA-TT-----A-ATGACA-GACAGGGT-CCA-C-CAA-GATTA----G-TCAA--T-CTA-A---GCA-T-G--TCTA--TTC-CAGA---GGGCAA------ACGA-C-A-C---A---AT-ATT--TT---AA-A--A-GAT-A-TTGT-TT--AC-CT-ATTT-T-AT----GG--------AC-GTT---------------AA-------T-TTA-CCA--GAACTTTTTCAAAATC-TT-A--C-CCAGCTTT--GGGAACG----T-T--AA--ATCCGC-T-TATCTT-AG-------CA--TTTTTT-T-ACCCTAGA----AA-TTA---A---------------A--------------AT-Tgttct
gi|2 : aaattgcagaaagctattgatgaaagtggatgatatcacaattgaaaatgcatatgtatcttgtgcaaaattactttggtttttatatgaccagtgcctcacttggtcgaacatgttgaaatttatccaaaaaacttgcaaagcaaaataggcgtatagtaagttacgttcgttctgtcaacacagacacttattactgaaatttatttacatacaattgtattcctccatattaactaatgttgtacattgtatgaggccacatatgaaaaaacaagaataatgtcttttaaacaaacttatgtaaaagctcaaaatggaagctgctaggccagaggtgattatacacctacaacaaaaatgatgcaccacaca-ACC-CTTGAAA--AA--TTA--ATAATC--AC-----TA-G-A--TT-GT-TTATCA-A-T----T-TAG-ATAGT----G-----TC---G-TCAGA--T-AT---T-T---A-C--GT-TAA-TA-TG-T-A------T---A----T-A--TAA---CA---TACCT-T-CA-TT-T---ACTATTAC-TCATTG--T-ATT-A-TATTAC-TG-T-CTG---ATATATataaaatctgtactttgtttttacgtaaaggcaaagattaacgaaacagcctgatcatcagctgacccttgaaaaattaataatcactagattgtttatcaatttagatagtgtcgtcagatatttacgttaatatgtatatataacataccttcatttactattactcattgtattatattactgtctgatatatgt
gi|20 : aaattgcagaaagctattgatgaaagtggatgatatcacaattgaaaatgcatatgtatcttgtgcaaaattactttggtttttatatgaccagtgcctcacttggtcgaacatgttgaaatttatccaaaaaacttgcaaagcaaaataggcgtatagtaagttacgttcgttctgtcaacacagacacttattactgaaatttatttacatacaattgtattcctccatattaactaatgttgtacattgtatgaggccacatatgaaaaaacaagaataatgtcttttaaacaaacttatgtaaaagctcaaaatggaagctgctaggccagaggtgattatacacctacaacaaaaatgatgcaccacacattaggtggaatgcctgctgtacggattattttatatatgaactatcattctgtcttttaaaagtcaatcttttacattgttctgagactcccatttagattagtttataaagatactagttacacaagaaattaatgacagacagggtccaccaagattagtcaatctaagcatgtctattccagagggcaaacgacacaatattttaaaagatattgtttacctattttatggacgttaatttaccagaactttttcaaaatcttacccagctttgggaacgttaaatccgcttatcttagcatttttttaccctagaaattaaaattataaaatctgtactttgtttttacgtaaaggcaaagattaacgaaacagcctgatcatcagctgT-TTTATTTT-ACC-CT--GAATCAA--TTG--A-AATCCCA------TA-A-AA-TT-ATATT-T---A-T----T-T-G-AT-AA----T-----T----G-T--GA--T-AT---T-T-T-A-T--GT-ATA-TA-TG-T-A------T---A----T-AAGACA---TA---GACA--T-CA-TTAC---ACT-TTAGATC--TG--TAATT-A-TATT-C-TG-TCCTG-T-gt
gi|21 : gtacaCC-CT--GCA--AA----A--A-AATC--AATCCATCA-G-AC-TTTAT-TT-T---A-T----T-TTG-AT-GT----A-----T----G-TCAGA--T-AT---T-TGT-A-T--GT-ATT-TA-TGCT-A------T---A----T-A--ACA---TT---CACTT-TCCA-TT-T---ACT-T----TC--TG--T-ATT-A-TATTAC-TGTT-CTG-T--TATATagatatgttct
gi|23 : t---------------A--------------CT-TTTGTTTT-ACC-CT--GAA--AA--TTA--A-AATC--C------TA-G-AT-TT-GT-TT-T---A-T----T-TTG-AT-GTTTACA-----T----G-T-AGA--T-AT---T-T-T-A-T--GT-ATA-----A-C-A------T---A----T-A--ACA---TA---TAgc
gi|24 : aaacaaacagtagatctattatagatctgt-TT-GT-TT-T---A-T----T-TTG-CT-GT----A-----CTGGGG-T-AGA--C-ATAATTGT-T-A-CCGGTCATA-TAGTG-T-A------TGAGA----T-A---CA---TAAAATAC-T-T-CA-TT-T---ACT-T-ATATC--TG--T-ATT-ATTATTGCATG-T-CTG-TAATATAT
gi|25 : T--GAG--AA--TTA--T-ATTT--A------TA----T-TT-AT-TC-T---A-TATTTT-TTG-AT-GT----------T------T-CGA--T-AT---T-T-T-G-T--AG-ATA-T--TG-T-A------T---AACAAT-A--TCA---TA---TACAT---CA-TT-CTAAACC-TTATATC--TG--T-ATT-A-TA-TAC-TG-T-CTG-gt
gi|27 : C-CT--AAT--GA--TTA--A-AAAT--G------TA-G-----T-GT-TTGT---A-CAA--G-TTG----GT----A-----T----A-C-TGG--T-AT---T-T-T-A-T--GT-ATA-TA---------------------------ACA---TA---TACCT-T-C----------------------TG--T-ATT-A-TATTAC-TG-T-CTG-T-ATATAT
gi|28 : tTA--T-C-CAGA---GGGCAA------A-AAAC-ATC---A---AT-ATT--TT---AA-A--A-AAT-C-T--T-CTTAA--CTGATTTAT-GT----GG---T-TCGACGATT--TA-TC-GGCA-GCAC-------T-TCA-CTA--GAA--TTTTTAAAATgttct
gi|29 : G-T--T-T--AA--ATC-GC-T-TATCTT-AG------AC---TTTTTT-T-ACCCTAGA----AA-TTA---A---------------A--------------ta
gi|30 : --T-AT---T-T-T-A-T---T-ATA-T--TG-TTAC-----T---A----T-A--ACA---TA---TACCT-T-CA-TT-T---ATT-TTATATC--TG----ATT-A-TATTAC-TG-T-CTatggttatattcgaggtaatatggtgtatctataccctgaattaattaaatca
gi|31 : -T-AGA--T-AT---T-T-A-A-T---T-ATA-TA-TG-T-A------T---A----T-A--ACA---TAA--TACCT-T-CA-TT-T---ACT-TTTAATC--TG--T-ACT-A-TATTAC-T--T-CTG-T-ATATtgtctgaatagtgttc
gi|34 : --ACA---TA---TACCT-T-CA-TT-T---ACT-TTATATC--TG--T-ATT-A-TATTAC-TG-T-CTG-T-ATATATttgttc
gi|35 : A---TACCT-T-CA-TT-T---ACT-TTATATC--TG--T-ATT-A-TATTA--TG-G-TTG-T-ATATATgttc
gi|36 : TT--GGAAACG-T--T-T--AA--ATCCGC-T-TATCTTAAG------ACA-TTTTTTT-T-ACCCTAGA----Agttc
gi|4 : AAATTAGGTGG----A-TGAGCT-CTG-T-CGAATATGTG--ATTCTT-TA--TATAGGATAGA--AAC-TCAT-TTGCGATTCT-T-G-TTTATTAAAGT------TTATACAATGGATTT---GAGCTCCC--GGAGCTATACTAG-AT--GGGTT-------TTA---AATATAG-T--TCAC----GAAA-TTTACGAG-G---CA-G-CATG--TCCA-C-CAG-GATTAAAGAG-TCAAACT-CTA-AGTTGCA-TTG--TATTGTT-C-CAGAA--GG-CAATA----G-GA-CCA-CCAAA---AT-ATT--TT---AA-A--A-AAT-C-T--T-TT--A--CT-ATTT-T-AT----GGAGTT-TC-AC-AATAGTA-T--GG-A-ACAAT------T-TTA-CCA--GAA--TTTTTAAAATC-TT-A--C-CCA--CTT--GGAAACGCT--T-T--AAACATTCGC-T-CATCTT-AGTGCGTTACATTTTTTCT-TGACCCTAGAT---AATTTA---A---------------A--------------
gi|7 : atgcttgataatttatcaaaaaaaacttgcaaagcaaagaagcgttttatgtagatgacgtatcgttctgttgtcaaccgatgctatgctgaaggaatttttaatacaattgtatttcctcattttaacgactgttgtactggcatggggtgagatactgaaaagacacagggattgtctttacaaattatgtaaagttcaaaatatcgagctgctagctgtgattgaatagaaattttttattaccaccgtacaacagtaaatgaatgcagcAACTTA--TGG----T-AGC-CT-CTA-GTCGGAT-------ATTT-A-TA--T-TA----TGA------T-AT-C----ATTCT---G-TTT-TTAAAGT------TT-TACA-TGG-TTT---GA-CTCC---GAC--TAT-TTAG-AT--GTTGACGCGGAATTA---G-TATGT-T--CCAC----GAAAATT-----AAG---CAAG-CAAGGT-CCA-CGCAG--ATTAA---G-TCAA--T-CTA-A--TGCA-GTG--TATA--T-C-CAGAA--GGGCAA------A-GA-C-A-C---C---AT-ATT--TTTA-AA-A--A-GAT-CTT--T-TT--AC-CT-ATTT-A-AT----GG---TGTC-AC-ATT--TA-T--GC-A-ACAA-------TCTTACCCA--GAA--TTTTTAAAATC-TT-A--CTCCAACTTTTGGGAAACG-T--T-TAAAA--ATCCGC-T-T-TCTTAAG------ACAC--TTTTT-T-ACCTT-GA----AA-TTAT--AAATTCATAGATCTGTA--------------CT-TTTGTTTT-ACC-CT--GAA--AA--TTAAGA-GATC--A------TA-G-AC-TT-AT-TT-T---ATT----T-TTG-AT-GT----A-----T----G-T-AGA--TAAT---T-C-T-ATT--GT-ATA-TA-TG-T-A------T---AC---T-A--ACA---TA---TA-CT-G-CG-TT-A---CCT-TTATATC--TG--T-A-T-A--ATTAC-TC-G-CTG---ATATATtctctaatagattactaatggtgtcgaaatgcgacactgggtgcattaattaattaggaattaccgtataggtgatcttagc
gi|9 : cctagtaaagagaaatgcagcAACTTAGGTGG----A-TGC-CT-CTG-TTCGG-T---T---ATTTTA-TA--TATA----AGA--AAC-T-AT-C----ATTCT-TTG-TTT-TTAAAGT------TT-TACA-TGG-TTT---GA-CTCCC--GAA--CAT-TTAG-AT--GTTTT-------TTA---G-TATGT-T--TAAC----GAAA-TT-----A-G---CA-G-CAGGGTTCCA-C-CAA-GATTAA---G-TCAA--T-TTA-A--TGCA-TTG--TATA--T-G-CAGGA--GGGCAA------A-G--C-A-C---A---AT-ATT--TT---AA-A--A-GAT-C-T--T-TT--A--CT-ATTT-T--T----GG---T-TC-AC-ATT--TA-T--GG-A-ACAA-------T-TTA-TCA--GAC--TTTTTAAAATC-TT-A--C-CCAACTTT--GAAAACG-T--T-T--AA--ATCCGC-T-TATATT-AG------ACATTTTTTTT-T-ACCCTAGA----AA-TTA---A---------------A--------------CT-TTTGTTTT-ACC-CT--GAA--AA--TTA--A-AATC--A------CA-G-AT-TT-GT-TT-T---A-T----T-TTG-AT-GT----A-----T----G-T-AGA--T-AT---T-T-T-A-T--GT-ATG-TA-TG-T-A------T---A----T-A--AGA---TA---TACCT-T-CA-TT-T---ACT-TTATATC--TG--T-ATT-A-TATTAC-TG-T-CTG-T-ATATGTgtt
blockSeqs : AA G G TA ATGTG . . GGATAGAA . C . TGCG GTC A CAATCT A A A CTGA G CGGAGC A . TA ACGCGGAATTAG . AG ACAA TTAATGACAGACAGGGT CG . AGA . ACT . GT . . GT TC A TCCCAC C A AT ACCA C AA TA C CA A T T TG . TA C G A TATC AGTT G G AG A C C . T C T . CT A T . T TG C . G AA AC C . A TGCGTT C TG TTAA T TAAATTCATAGATCTGTA G T T TG TC AT AG T AATCCAT . CACC T A A TAA A ATTT C C A AACAAAT G C A A AAT G G C T CGG C TTA C T ATAAAC GAG ACAA C AG CTT AAA C C . A TAA A AT CG A T T A T C AT
blockSeqs : A . . GT T . . AGAA . . . . TTG . . . . . C . TAAT . . . TTTAAA . . . TTTACGAGGCAGCATGT C . . . A . . . . . C A TA . . CA CAAA . . . . . . . . . . . C . . TAT TG . . . . . . . . . C . . . . . . T . . . . . . . A G C T T . AAATTATAGATCTGTA . . . . . . C . TAA . AC . . G CA T AA . . . TTACAT . C . . . . . . . G . TAG . . C . C . . . A G . . . . . . T . . . . . . TA
blockSeqs : T . . TT T . . TGA . . . . TG . . . . . T . CGAA . . . ATAAA . . . ATTAAGCAAGCAAGGT C . . . T . . . . . T A . . . A A . . . . . . . . . . . . . . AG T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T A . . AAATTATAGATCTGTA . . . . . . . . CCA . AC . . . . . . . . . ACTGGG . . . . . . . . . G . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : A . . T . . . A . . . . TG . . . . . T . GAC . . . TTTAG . . . TTAGCAGCAGGGTT C . . . T . . . . . C A . . . A A . . . . . . . . . . . . . . AT T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T T . . TAGATCTGTA . . . . . . . . AC . AC . . . . . . . . . AAT . . . . . . . . . C . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . G . . . . . T . C . . . TTC . . . AGCTA . . . . T . . . . . C A . . . A A . . . . . . . . . . . . . . GT T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C T . . AA . . . . . . . . A . AA . . . . . . . . . GTC . . . . . . . . . G . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . C . . . . A A . . . . . . . . . . . . . . AT T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T T . . AA . . . . . . . . A . AC . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . G . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . G . . . . A C . . . . . . . . . . . . . . AT T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . AA . . . . . . . . A . AT . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . G . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . AA . . . . . . . . C . AC . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . G . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . AT . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . A . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . G . A . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . G . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . A . T . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . G . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . G . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : A***** TT* T****** ** GA******** CGAN**** NTTAA*********** TTAGCAGCANGGT************* C** T*** ** C** A** *** ** AT***** T**** ** ******* ** ** ** T** *** ** ***
originalCons : AACTTAGGTGG----A-TGC-CT-CTG-TTCGGAT---T---ATTTTA-TA--TATA----AGA--AAC-T-AT-C----ATTCT-T-G-TTT-TTAAAGT------TT-TACA-TGG-TTC---GA-CTCCC--GAA--TAT-TTAG-AT--GTTTN-------TTA---G-TATGC-T--TCAC----GAAA-TT-----A-G---CA-G-CAGGGTTCCA-C-CAG-GATTAA---G-TCAA--T-CTA-A--TGCA-TTG--TATA--T-C-CAGAA--GGGCAA------A-GA-C-A-C---A---AT-ATT--TT---AA-A--A-GAT-C-T--T-TT--A--CT-ATTT-T-AT----GG---T-TC-AC-ATT--TA-T--GG-A-ACAA-------T-TTA-CCA--GAA--TTTTTAAAATC-TT-A--C-CCAACTTT--GGAAACG-T--T-T--AA--ATCCGC-T-TATCTT-AG------ACACTTTTTTT-T-ACCCTAGA----AA-TTA---A---------------A--------------CT-TTTGTTTT-ACC-CT--GAA--AA--TTA--A-AATC--A------TA-G-AC-TT-AT-TT-T---A-T----T-TTG-AT-GT----A-----T----G-T-AGA--T-AT---T-T-T-A-T--GT-ATA-TA-TG-T-A------T---A----T-A--ACA---TA---TACCT-T-CA-TT-T---ACT-TTATATC--TG--T-ATT-A-TATTAC-TG-T-CTG-T-ATATAT
finalCons : AACTTAGGTGGA-----TGC-CT-CTGTT-CGGATT------ATTTTA-TA--TATAGA--------AC-T-AT-C----ATTCT-T-G-TTT-TTAAAGT------TT-TACA-TGG-TTC---GA-CTCCCGAN----TAT-TTAG-AT--GTTTNTTAA-----------TATGC-T--TCAC----GAAATTAGCAGCANGGT-------------CCAC--CAG-GATTAA---G-TCAAT---CTA-A--TGCA-TTG--TATA--TC--CAGAA--GGGCAA------A-GA-C-A-C---A---AT-ATT--TT---AA-A--A-GAT-C-T--T-TT--A--CT-ATTT-TAT-----GGT----TC-AC-ATT--TA-T--GG-A-ACAA-------T-TTA-CCA--GAA--TTTTTAAAATC-TT-A--C-CCAACTTT--GGAAACG-T--T-T--AA--ATCCGC-T-TATCTT-AG------ACACTTTTTTTT--ACCCTAGA----AA-TTA---A---------------A--------------CT-TTTGTTTT-ACC-CT--GAA--AA--TTA--A-AATC--A------TA-G-AC-TT-AT-TT-T---A-T----T-TTG-AT-GT----A-----T----G-T-AGA--T-AT---T-T-T-A-T--GT-ATA-TA-TG-T-A------T---A----T-A--ACA---TA---TACCT-T-CA-TT-T---ACT-TTATATC--TG--T-ATT-A-TATTAC-TG-T-CTG-T-ATATAT
13 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): TCCAGCATTTCATGTGAAGACAGCTCTCATAGTATAATTGAAAAATGGTTACGAAACATCGACAATGGAAAACTTACAGGTGTCTTATTTTTTTAGATTTAAGTAAAGCTTTTGACACGAGTAAATCATTCAGGTATTACTTCAAAAACTACTGTCTTTGGAATATGTGAAATCCAATACAATTGGTTTAAAATCAAACTTGTCAAAAATAGATCACAATGTGTTCGATGGAATGAGTTCAGTCAGATAGATTAGATATGACAAGGGTCAATAGTAGGTCCATTGTTTTTTATTCTCTATGAATAGAACTATCCGACTGCTTACAAACACTCTACATCCCATATGTATGCGGATGACAACAAGGCAAGATGTTTCGGATAAAAGTATAGATGTTATAGAAAGCTTACATAATGAATCGTAAAAATACTTTGGAATGGATGGATAAAAACAAACTTACAATAAATCTTAAGAAAACATGTGCATGATAATTGGTAAAGAACAAAGATTAGAAAATTGCAGAGAAAGCTATTGATGAAAGTGGATGATATCTACAATTGAAAATGTATCTTGTGCAAAATTACTTGGTGTTATATCGACAGATGCCATCTTGGTCTGAACATGTTAAAATTTTATCAAAAAAATTTGCAAAGCAAAATAGGCGTTTAGGTAGATTACGTTTCGTTCTTGTCACCGACTATTTACTGAAAATTTTTAATACAAATTGGTATTTCCTCATTTTGACTATGGTTGTACTGTATGGGGCATATGAAAAACAAGGATGGTCTTTAAAATTAATGTATAAGTTCAAAATCCGTGAGCTTGCCAGGTG
Unaligned ( gi|5 ): TTGGTTTGGGAAAATGCATACCTTTGTCATTATATCTACAGAATGGTGCGATTGGAATGGAGATCAGGATCAGGATATCATTAGTTTGACAATAGGAGTGCTCACGGGTCACATACTAAGGTCCAGTTGTTTTTTATGTCTCTATGTAATTGACGTATCATCCCGACTGCTTACATAACACTCTAGGCAATACCCCATATGTACGGGATTGGAACAAACGCAAGACTGTTTCGGATAAAAAGTGGAATAGTGATAGGTGAGGAAAGCACCAAATTACATATGTGATCCTTCAAAAATACGCTTATGGAATGGATGGATAAAAACAAGGAACGTATATAAATTCTTCAGCAAATACACAAGTGCCATGATATTGGTACAGAAAAATTAAAATTGCAAGAAAGCTATTGATGAAAGTGCGTGATATCCATTGAGAAAATGATATCTTGTGCAGAAATTCTACTCCTGTTTATATTTGACAGCATGCCCTCATTGGTTGTTGAAAATTTTTAGTAGAAAAAAAAAAAAACAACTACAAGCAACAATAGGGGCGTTTTGTATAGTAGAGTTACGTTCCGTTCTTGAGCCAAACCGAACATAATTGCTGAAAATTTTTAATACAAATTTATCATCTCCTCATCTTTATCTAACTGTTTAAAACTGTAATGGCAATAAATGAAAACAAGGATTGGTCCTTTACATAATTATGTAAAGTGTTCAAATCCGA
Unaligned ( gi|6 ): TGTTCTGCCTATTGTCTAGCGCAAAATATTGAAAGACATGTTCACAATAATTTTCACGTTTACCTCATCAGCACAATATAATCAGTTGAAAGCACGGCAGGTTCCAGGCCCATGCATCATGCGAGAGCAGCTTCTTAGGATAATAATGAAAAATGGTTACGAAACATCGACATCACTGGAAAACTGATCTGGTGTCTAATTTGTCAGATTTAGCTAAAGCTTTTGGCAATGGTAAAATCATCATGTATTACTTCTCACAAACGTACTGTCCCTTTTGTGAATTGTTGGATAAATGCATCAGATTGTTTCAATTAATACTTGTGCAATAGATCACAATGTATTTTCGATGGGAATGGAGTTTCACGTCAGATATTACTTTGATAATGTTATACTTTCGCCTTTTTTGATATGTACAATGGGAGTACCTCAAGGGCTCAATACTATGTCCATTTGTTTTATTTCTCTAGAAAATTGATCCCGACTGCTTACAAGCACTCTAAAGCCACATATGTATGGGGACTTGACACAACGAAAGATGTTTC
Unaligned ( gi|8 ): AAAGCAATTACATACGTGACTTTAAAATATACTTTGGAATGGATGATTAAAAACAAACTTTACAATACACCTTAAGAATAACACAGTTCATGGTAATTGTCAGAACAAGATTATGAAATTGCAGGAAGCTATTGGTGCAATGTGGGATATCACAATTGAAAACGTCGTATATGTACAAAATTAACTTGGTGTTTCATATTGACAGATGCTGTCCTTGATCTGTAACAGTGTTGAAATTCTAAAAAAAAATAACAAATAAAAACCCCCAAAAACTTCCGAAAGCAAAGATAGGTTGTTTTATGTAGATTAGCGATTCGTTTCTTGTATCAACCGACTTTATGACCTTGACATTTAAATACATTGTATTTCCTCATTTAACTACTGCTCGTATGTATGGGGCAATATGAAAACTTAAGGATGGTTCTTTACTAATTTATTAAAGTTCAAAATCGTAGCTGCTA
Unaligned ( gi|10 ): TGTCTTTTGGAATATGTGAAAATTCATACAATTGGTTTAAATCATACTTATCAAATAGATCACAATGTGTTCGATGGAATGGAGTTCAGTCAGACAGATTAGACATGACAATAGGAGTACCTCAAGGGTCAATGCTAGGTCCATTGTTTTTTATTCTTTATGTAAATGACTATCCCGACTGCTTACAACACTCTACAGCCCATATGTATGCGGATGACACAACGAAAGATGTTTCGGATAAAAGTATAGATGTTATAGAAAGCAAATTACATAGTGATCTTAAAAATACTTTGGAATGGATGGATAAAAACAAACTTACAATAAATCTTAAGAAAACACAGTGCATGATAATTGGTACAGAACAAAGATTAAGGAATTGCAGAA
Unaligned ( gi|11 ): AAAACACCAACCCTTTAACTGAAAATCAATCCAGTTTCAGACCAAAGTGTGAGACGGCATCTCTATTTATGGTTAAGTAACATAGACAAGGGTAAATTAGCAGGCGTTCTTTTTATTGATTTTAGTGGAATCTTTGACACAGTAAATCACCAAGTATTGTTATACAAGCCTTTATCATTTAGTAATATTCTCAAAAATCCTTTAAATGGTTTCAGTTTTATCGTAGCGAAACATCGCAATATGTTAGATGGAAAGGTGTTTTGTCAGATGCGAGAAACGTTACGGTAGGAGCGCCTCAGGGGTCAATATTAGGCCCAGCAGTTTTCATTTTGTTTTTTAATATTATCCTAAATGTCTGTTCAAAGCACTCTCA
Unaligned ( gi|16 ): TACTGAAATTTTATTTTTGATAACATGCAAGCAAAATAGGCGTGCTGACTACATTCTCGAGTCCACTGAATTATTACTAAAATGTCTACTGCAATTGTCTTTCTTTCTTCATTTTAACAACTCTTGGGACAATGACAAAAACAAGGACAGTCTTAAAAAATTATATAACCTTCAAGAGTCAGCCGATACAATGATTTT
Unaligned ( gi|18 ): TTTTTTATTCTCACATTAATGACTATCTACATTGTTTACAACATTCTTCAGCCCCAAAACATGTATATGCGGGCGATAGAACTCGAGATGTTTAAGATGAAAGTATATAATGATCTTGCAATCAAAATACGTGTTATTTAGAATATGTTAATGTTTGTCAACTAA
Unaligned ( gi|22 ): CTTTTGACACGGTAAATCATCAGGTATTACCTCACAAACTACTGTCTTTTGGAATATGTGAAAATTCATACAATTGGTTTAAATCATACTTGTCAAATATATCACAATGTGTTCGATGGAATGG
Unaligned ( gi|26 ): TGAAAAACAAGGATTGTCTTTACAAATTATTTAAAGTTCAAAATCGAGCTGTTAGGGTGATTTTAAATAGAAATTTGTATACACCTACAACAGAAATGATGCAGC
Unaligned ( gi|32 ): TTAAAATGGGTTCAATCTTATCTTAGTGGAAGATCACCGATGTGTTAAATGGAATGGTGTTTT
Unaligned ( gi|33 ): GGATGACACAACGCAAGATGTTTCGGATAAAGTAATAAGTATGTTAAAGAAAGCAAC
Unaligned ( gi|37 ): TTAATACATGTAACTGAAATACATGTATTTGAAATTTTTGATTAGCTGA
Alignments
lowQualScore : 222222 111 222222222222 22222 33333333333333 1111 11111 111111 1111 33333333 222222222222222 1111 22222222222222 111 2222 111 111111 111 11 1111111 11111 11 1111111 111111 1 1111 7777777777777777777777777777777777 111111111 111 111111111111111 111
lowQualScore : 111111 8 8 222 0 777777777777 8 00000 0 88888888888888 8 6 4444 33333 6 999999 6 6 6 2222 6 00000000 6 6 99 999999999999999 6 99 4444 22222222222222 6 6 1 2 6 777 6 111 6 0000 6 99 6 77 66 555 555 888888 4 4 555 9999999 4 66 333 4 66 4 4 4 66 4 66 55 4 4 4444444 33333 4 4 66 4 00 4 4 8888888 4 8 66 66 0 5 5 66 4 99 3 55 3 55 55 3 3 7 444444 0 777 2222 4 0000000000000000000000000000000000 4 3 3 33 33 33 66 2 666666666 2 7777 2 2 5 222 5 9999 2 2 2 222222222222222 2 5 55 2 444 2 2 2 2 555 2 3333 2 2 999999 444 7777 2 33 444 000 4 2 2 2 444 2 0 33 55 2 2 2 2 2 2 222
lowQualScore : ...... . . ... . ............ . ..... . .............. . . .... ..... . ...... . . . .... . ........ . . .. ............... . .. .... .............. . . . . . ... . ... . .... . .. . .. .. ... ... ...... . . ... ....... . .. ... . .. . . . .. . .. .. . . ....... ..... . . .. . .. . . ....... . . .. .. . . . .. . .. . .. . .. .. . . . ...... . ... .... . .................................. . . . .. .. .. .. . ......... . .... . . . ... . .... . . . ............... . . .. . ... . . . . ... . .... . . ...... ... .... . .. ... ... . . . . ... . . .. .. . . . . . . ...
lowQualScore : 222222 0 0 888 8 888888888888 0 00000 8 66666666666666 0 7 2222 33333 7 222222 7 7 7 3333 7 33333333 7 7 22 000000000000000 7 22 2222 00000000000000 7 7 0 5 7 555 7 777 7 3333 7 22 7 99 99 111 111 999999 4 4 333 2222222 4 11 999 4 11 4 4 4 11 4 11 00 4 4 6666666 11111 4 4 11 4 66 4 4 9999999 4 9 11 11 8 0 0 99 4 55 6 00 6 00 00 6 6 3 111111 3 666 5555 4 1111111111111111111111111111111111 0 6 1 99 99 99 88 9 333333333 9 7777 7 7 3 000 3 3333 7 7 7 333333333333333 5 0 66 4 111 4 4 4 4 999 4 4444 4 4 111111 111 4444 4 11 111 000 7 4 4 4 111 4 5 22 66 4 4 4 4 4 4 777
consensus : AACTTAGGTGG----A-TGC-CT-CTG-TTCGGAT-T---AT-----TT-TA-----TATA---TA-G--AA-C-T-AT-C----ATTCT-T-G-TTT-TTAAAGT------TT-TACA-TGG-TTC---GA-CTCCC--GAA--TAT-TTAG-AT--GTTTN-------TTAA---TATGC-T--TCAC----GAAA-TT-----A-G---CA-G-CANGGT-CCA-C-CAG-GATTAA---G-TCAA--T-CTA-A--TGCA-TTG--TATA--T-C-CAGAA--GGGCAA------A-GA-C-A-C---A---AT-ATT--TT---AA-A--A-GAT-C-T--T-TT--A--CT-ATTT-T-AT----GG---T-TC-AC-ATT--TA-T--GG-A-ACAA-------T-TTA-CCA--GAA--TTTTTAAAATC-TT-A--C-CCAACTTT--GGAAACG-T--T-T--AA--ATCCGC-T-TATCTT-AG------ACACTTTTTTT-T-ACCCTAGA----AA-TTA---A---------------A--------------CT-TTTGTTTT-ACC-CT--GAA--AA--TTA--A-AATC--A------TA-G-AC-TT-AT-TT-T---A-T----T-TTG-AT-GT----A-----T----G-T-AGA--T-AT---T-T-T-A-T--GT-ATA-TA-TG-T-A------T---A----T-A--ACA---TA---TACCT-T-CA-TT-T---ACT-TTATATC--TG--T-ATT-A-TATTAC-TG-T-CTG-T-ATATAT
Reference ( family-470 ) : AACTTAGGTGG----A-TGC-CT-CTG-TTCGGAT-T---AT-----TT-TA-----TATA---TA-G--AA-C-T-AT-C----ATTCT-T-G-TTT-TTAAAGT------TT-TACA-TGG-TTC---GA-CTCCC--GAN--TAT-TTAG-AT--GTTTN-------TTAA---TATGC-T--TCAC----GAAA-TT-----A-G---CA-G-CANGGT-CCA-C-CAG-GATTAA---G-TCAA--T-CTA-A--TGCA-TTG--TATA--T-C-CAGAA--GGGCAA------A-GA-C-A-C---A---AT-ATT--TT---AA-A--A-GAT-C-T--T-TT--A--CT-ATTT-T-AT----GG---T-TC-AC-ATT--TA-T--GG-A-ACAA-------T-TTA-CCA--GAA--TTTTTAAAATC-TT-A--C-CCAACTTT--GGAAACG-T--T-T--AA--ATCCGC-T-TATCTT-AG------ACACTTTTTTT-T-ACCCTAGA----AA-TTA---A---------------A--------------CT-TTTGTTTT-ACC-CT--GAA--AA--TTA--A-AATC--A------TA-G-AC-TT-AT-TT-T---A-T----T-TTG-AT-GT----A-----T----G-T-AGA--T-AT---T-T-T-A-T--GT-ATA-TA-TG-T-A------T---A----T-A--ACA---TA---TACCT-T-CA-TT-T---ACT-TTATATC--TG--T-ATT-A-TATTAC-TG-T-CTG-T-ATATAT
gi|1 : TTAGGTGAGAACA-TGC-CT-CTGGCTCGGAT-TTACAT-----CT-TAATACTTATAA--TACG--AA-CAT-ATAC----ATTCT-T-GGTTT-TTAAAGT------TT--ACA-TGG-TTT---GA-CTCGCTGGAACGTAT-TTAGCAT--GTTTC-------TTAAAAGTATGCGT--TCAC----GAAA-TT-----A-G---CA-G-GCAGGT-CCAAC-CAGCGATTAA---GCTCAAAATACTAGA--TGCAATTGGGTATA--T-CTCAGAGCTGCGCAA------A-GA-C-A-C---A---AT-ATT--TTTTAGA-A--A-GAT-C-T--TATT--ATTCT-GTTT-T-ATTTATGG---TATC-AC-ATT--TA-TATGG-ACACAGATAGCCGT-TTA-CCACAGAA--TTT--GAAATC-CT-ATAC-CCAA-TTT--AGAAACG-TGTC-T--AA--ATCCGC-TGTATCTT-AG------ACACTTTATTTAC-ACCCCAGA----AA-TTC---A---------------G------------------------------------G--AA--TTA--A-GGAC--T------TACG-TC-TT-AT-TT-TTG-A-G----C-TTG-A--GT----A-----T----G-T-AAAGTT-AT---T-T-T-A-T--TT-ATA-AG-TG-C--------T---A----T-A--A
gi|12 : aaagcaaattacatagtgatcttaaaaatacgttggaatggatggataaaaacaaacttacaataaatcttaagaaaacacagtgcatgataattggtacagaacaaagattaagaaattgcagaaagctattgatgaaagtggatgatatcacaattgaaaatgtatcttgtgcaaaattactccgtgtttatattgacagatgcctcacttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtctcgaacatgtgtgaaaattgggtaatatcaagaaaacttgcaagccacaaataggccaaaatttgttatgctctgttagacttcacgcttcattcttgtcaaacgaccgacttatttgtactgaaaagttatggttaaaatacaatgtaatttcggcctgcatttggtagactactgtggtggtgactgcgtatggtggcgagatgagtgacaagcaacagagggacccgctgctctataacagaattatgctaaaagttgcaaaaatcgacgcactgctacgaggtgactgatattaaattaagggaatttgtttgaaataacctacaacaagaaatgaatggcccagcaactaAGGA--AGGCAATCCCACA-GA-C-A-C---ACCAAT-ATT--TT---AA-A--AAGAT-C-T--T-TT--A--CT-ATTT-TTATC---GG---T-TC-AC-ATT--TAAT--GG-A-ACAA-------T-TTATCCA--GAA--TTTT-AAAATC-TTTA--C-CCAACTTTT-GGAACCG-T--T-T--AA--ATCCGCCT-TATCTT-AG------ACACTTTTTTT-T-ACCCTAGA----AA-TTA---A---------------AATTATAGATCTGTACTGTTTGTTTTTACC-CT--GAA--AA--TTA--A-AATC--A------TA-G-AC-TT-AT-TT-T---AAT----G-TTG-AT-GT----AACAAAT----GGT-AGA--T-AT---T-T-TCA-T--GT-ATA-TA-TG-T-AATAAACC---A----T-A--ACA---TAAAATACCT-T-CAGTT-T---ACT-TTATATC--TG--T-ATT-A-TATTAC-TG-T-CTG-T-ATATATtgagaactatattaccattg
gi|13 : cagG--TATA--T-C-TAGA---GGGCAA------A-GA-C-A-C---A---AT-ATT--TC---AA-ACAA-GATTC-T--T-TT--A--CT-ATTT-TTAT----GG---T-TC-AC-ATT--TA-T--GG-A-ACAA-------T-TTA-CCA--GAA--TTTTTAAAATC-TT-A--C-CCAACTTT--GGAAACG-T--T-T--AA--ATCCG--T-TATCTT-AGG-----ACACTTTTTTT---ACCCTAAATTAAAA-TTATAGATCTGT----------A--------------CT-TTTGTTTT-ACC-CT--GAA--AA--TTA--A-AATC--A------TA-G-AC-TT-AT-TT-T---A-T----T-TTG-AT-GT----A-----T----G-T-AGA--T-AT---T-T-T-A-T--GT-ATATTA-TG-T-A------T---A----T-A--ACA---TA---TACCTCT-CA-TT-T---ACT-TTATAAC--TG--T-ATT-A-TATTAC-TG-T-CTG-T-ATATATgt
gi|14 : -C----ATTCT-T-G-TTT-TTGAAAT------GT-TATA-TAG-TTC---AA-CTCCT--AAT--TGT-TTA-------TTTT-------TC-----CCTGC-T--GCA-----GAAA--------A-G---CT-A-CAT--------------GATTAA---A-TCAA--A-GTA-A--TATA-TTG--CATA--T-T-CAG-A--GAGCAA------A-AA-C---C---A---CTCATTAATT---GACA--A-GAT-C-T--C-AT--A--C--AAGT-T-AG----GA---T-GT-GC-AGT--TG-T--GG-A-GCGA-------A-TTA-CCA--TAG--CCTCTAAA--CATT-G--G-CGAAC-AT--GTAAAAA-T--TGT--GA--ATTTGT-G-TATCTC-AG------ACATTATTTTT-gt
gi|15 : -CCAACTTT--GGAAACG-T--T-T--AA--ATCCGC-T-TATCTT-AG------ACA-TTTTTTT-A-AACCTAGA----AA-GTA---A---------------AATTATAGATCTGTACT-TTTGTTTT-ACC-CT--GAA--AA--TTA--A-AATC--A------TA-G-AC-TT-AT-TT-T---A-T----T-TTG-AT-GT----A-----T----G-T-AGA--T-AT---T-T-T-A-T--CT-ATA-TA-TG-T-A------T---A----T-A--ACA---TA---TACCT-T-CA-TT-T---ACT-TTATATC--TG--T-ATT-A-TATTAC-TG-C-CTG-T-ATATAT
gi|17 : TTT-ACCTCA--GAA--AAATTTAC-A-AATCTAA------TA-GCACCTT-AC-TT-TTAAA-T----TCTTGCAT-GT----AA----T----G-T-AGAA-T-AT---T-T-T-A------------A-TG-T-A------T---A----TCA--ACACTTTA---TACCCGT-CA-TC-A---GCT-TTA-ATC--TGCGT-ATTTA-TATTAC-TG-T-CTGAT-ATATATgttc
gi|19 : tatagatttcctttactcctcgatg---------------A--------------CT-TTTGTTTT-ACC--T--GAA--AA--T-A--A-AAT-------------------------------A-T----T-TTG-AT-GT----A-----T----G-T-AGA--T-AT----------------------------------------A----T-A--ACA---TA---TATCT-T-CA-TT-T---ACT-TTATATC--TGT-T-ATT-A-TATTGC-TG-T-CTG-T-ATATAT
gi|2 : ttttttaattacttaattcttattaaaatttatagtatctgtTTAGGTGG----AATGC-CTGCTG-TACGGAT-T---AT-----TT-TA-----TATA---T--G--AA-C-T-AT-C----ATTCTGT-C-TTT-TAAAAGTCAATCTTT-TACA-TTG-TTCTGAGA-CTCCC--------AT-TTAG-ATTAGTTTA-------TAAA---GATAC-TAGTTACACAAGAAA-TT-----A-ATGACA-GACAGGGT-CCA-C-CAA-GATTA----G-TCAA--T-CTA-A---GCA-T-G--TCTA--TTC-CAGA---GGGCAA------ACGA-C-A-C---A---AT-ATT--TT---AA-A--A-GAT-A-TTGT-TT--AC-CT-ATTT-T-AT----GG--------AC-GTT---------------AA-------T-TTA-CCA--GAACTTTTTCAAAATC-TT-A--C-CCAGCTTT--GGGAACG----T-T--AA--ATCCGC-T-TATCTT-AG-------CA--TTTTTT-T-ACCCTAGA----AA-TTA---A---------------A--------------AT-Tgttct
gi|2 : aaattgcagaaagctattgatgaaagtggatgatatcacaattgaaaatgcatatgtatcttgtgcaaaattactttggtttttatatgaccagtgcctcacttggtcgaacatgttgaaatttatccaaaaaacttgcaaagcaaaataggcgtatagtaagttacgttcgttctgtcaacacagacacttattactgaaatttatttacatacaattgtattcctccatattaactaatgttgtacattgtatgaggccacatatgaaaaaacaagaataatgtcttttaaacaaacttatgtaaaagctcaaaatggaagctgctaggccagaggtgattatacacctacaacaaaaatgatgcaccacaca-ACC-CTTGAAA--AA--TTA--ATAATC--AC-----TA-G-A--TT-GT-TTATCA-A-T----T-TAG-ATAGT----G-----TC---G-TCAGA--T-AT---T-T---A-C--GT-TAA-TA-TG-T-A------T---A----T-A--TAA---CA---TACCT-T-CA-TT-T---ACTATTAC-TCATTG--T-ATT-A-TATTAC-TG-T-CTG---ATATATataaaatctgtactttgtttttacgtaaaggcaaagattaacgaaacagcctgatcatcagctgacccttgaaaaattaataatcactagattgtttatcaatttagatagtgtcgtcagatatttacgttaatatgtatatataacataccttcatttactattactcattgtattatattactgtctgatatatgt
gi|20 : aaattgcagaaagctattgatgaaagtggatgatatcacaattgaaaatgcatatgtatcttgtgcaaaattactttggtttttatatgaccagtgcctcacttggtcgaacatgttgaaatttatccaaaaaacttgcaaagcaaaataggcgtatagtaagttacgttcgttctgtcaacacagacacttattactgaaatttatttacatacaattgtattcctccatattaactaatgttgtacattgtatgaggccacatatgaaaaaacaagaataatgtcttttaaacaaacttatgtaaaagctcaaaatggaagctgctaggccagaggtgattatacacctacaacaaaaatgatgcaccacacattaggtggaatgcctgctgtacggattattttatatatgaactatcattctgtcttttaaaagtcaatcttttacattgttctgagactcccatttagattagtttataaagatactagttacacaagaaattaatgacagacagggtccaccaagattagtcaatctaagcatgtctattccagagggcaaacgacacaatattttaaaagatattgtttacctattttatggacgttaatttaccagaactttttcaaaatcttacccagctttgggaacgttaaatccgcttatcttagcatttttttaccctagaaattaaaattataaaatctgtactttgtttttacgtaaaggcaaagattaacgaaacagcctgatcatcagctgT-TTTATTTT-ACC-CT--GAATCAA--TTG--A-AATCCCA------TA-A-AA-TT-ATATT-T---A-T----T-T-G-AT-AA----T-----T----G-T--GA--T-AT---T-T-T-A-T--GT-ATA-TA-TG-T-A------T---A----T-AAGACA---TA---GACA--T-CA-TTAC---ACT-TTAGATC--TG--TAATT-A-TATT-C-TG-TCCTG-T-gt
gi|21 : gtacaCC-CT--GCA--AA----A--A-AATC--AATCCATCA-G-AC-TTTAT-TT-T---A-T----T-TTG-AT-GT----A-----T----G-TCAGA--T-AT---T-TGT-A-T--GT-ATT-TA-TGCT-A------T---A----T-A--ACA---TT---CACTT-TCCA-TT-T---ACT-T----TC--TG--T-ATT-A-TATTAC-TGTT-CTG-T--TATATagatatgttct
gi|23 : t---------------A--------------CT-TTTGTTTT-ACC-CT--GAA--AA--TTA--A-AATC--C------TA-G-AT-TT-GT-TT-T---A-T----T-TTG-AT-GTTTACA-----T----G-T-AGA--T-AT---T-T-T-A-T--GT-ATA-----A-C-A------T---A----T-A--ACA---TA---TAgc
gi|24 : aaacaaacagtagatctattatagatctgt-TT-GT-TT-T---A-T----T-TTG-CT-GT----A-----CTGGGG-T-AGA--C-ATAATTGT-T-A-CCGGTCATA-TAGTG-T-A------TGAGA----T-A---CA---TAAAATAC-T-T-CA-TT-T---ACT-T-ATATC--TG--T-ATT-ATTATTGCATG-T-CTG-TAATATAT
gi|25 : T--GAG--AA--TTA--T-ATTT--A------TA----T-TT-AT-TC-T---A-TATTTT-TTG-AT-GT----------T------T-CGA--T-AT---T-T-T-G-T--AG-ATA-T--TG-T-A------T---AACAAT-A--TCA---TA---TACAT---CA-TT-CTAAACC-TTATATC--TG--T-ATT-A-TA-TAC-TG-T-CTG-gt
gi|27 : C-CT--AAT--GA--TTA--A-AAAT--G------TA-G-----T-GT-TTGT---A-CAA--G-TTG----GT----A-----T----A-C-TGG--T-AT---T-T-T-A-T--GT-ATA-TA---------------------------ACA---TA---TACCT-T-C----------------------TG--T-ATT-A-TATTAC-TG-T-CTG-T-ATATAT
gi|28 : tTA--T-C-CAGA---GGGCAA------A-AAAC-ATC---A---AT-ATT--TT---AA-A--A-AAT-C-T--T-CTTAA--CTGATTTAT-GT----GG---T-TCGACGATT--TA-TC-GGCA-GCAC-------T-TCA-CTA--GAA--TTTTTAAAATgttct
gi|29 : G-T--T-T--AA--ATC-GC-T-TATCTT-AG------AC---TTTTTT-T-ACCCTAGA----AA-TTA---A---------------A--------------ta
gi|30 : --T-AT---T-T-T-A-T---T-ATA-T--TG-TTAC-----T---A----T-A--ACA---TA---TACCT-T-CA-TT-T---ATT-TTATATC--TG----ATT-A-TATTAC-TG-T-CTatggttatattcgaggtaatatggtgtatctataccctgaattaattaaatca
gi|31 : -T-AGA--T-AT---T-T-A-A-T---T-ATA-TA-TG-T-A------T---A----T-A--ACA---TAA--TACCT-T-CA-TT-T---ACT-TTTAATC--TG--T-ACT-A-TATTAC-T--T-CTG-T-ATATtgtctgaatagtgttc
gi|34 : --ACA---TA---TACCT-T-CA-TT-T---ACT-TTATATC--TG--T-ATT-A-TATTAC-TG-T-CTG-T-ATATATttgttc
gi|35 : A---TACCT-T-CA-TT-T---ACT-TTATATC--TG--T-ATT-A-TATTA--TG-G-TTG-T-ATATATgttc
gi|36 : TT--GGAAACG-T--T-T--AA--ATCCGC-T-TATCTTAAG------ACA-TTTTTTT-T-ACCCTAGA----Agttc
gi|4 : AAATTAGGTGG----A-TGAGCT-CTG-T-CGAATAT---GTGATTCTT-TA-----TATAGGATA-G--AAAC-TCAT-TTGCGATTCT-T-G-TTTATTAAAGT------TTATACAATGGATTT---GAGCTCCC--GGAGCTATACTAG-AT--GGGTT-------TTAAA--TATAG-T--TCAC----GAAA-TTTACGAG-G---CA-G-CATG-T-CCA-C-CAG-GATTAAAGAG-TCAAACT-CTA-AGTTGCA-TTG--TATTGTT-C-CAGAA--GG-CAATA----G-GA-CCA-CCAAA---AT-ATT--TT---AA-A--A-AAT-C-T--T-TT--A--CT-ATTT-T-AT----GGAGTT-TC-AC-AATAGTA-T--GG-A-ACAAT------T-TTA-CCA--GAA--TTTTTAAAATC-TT-A--C-CCA--CTT--GGAAACGCT--T-T--AAACATTCGC-T-CATCTT-AGTGCGTTACATTTTTTCT-TGACCCTAGAT---AATTTA---A---------------A--------------
gi|7 : atgcttgataatttatcaaaaaaaacttgcaaagcaaagaagcgttttatgtagatgacgtatcgttctgttgtcaaccgatgctatgctgaaggaatttttaatacaattgtatttcctcattttaacgactgttgtactggcatggggtgagatactgaaaagacacagggattgtctttacaaattatgtaaagttcaaaatatcgagctgctagctgtgattgaatagaaattttttattaccaccgtacaacagtaaatgaatgcagcAACTTA--TGG----T-AGC-CT-CTA-GTCGGAT-----AT-----TTATA-----T-TA---T--G--A----T-AT-C----ATTCT---G-TTT-TTAAAGT------TT-TACA-TGG-TTT---GA-CTCC---GAC--TAT-TTAG-AT--GTTGACGCGGAATTAG---TATGT-T--CCAC----GAAAATT-----AAG---CAAG-CAAGGT-CCA-CGCAG--ATTAA---G-TCAA--T-CTA-A--TGCA-GTG--TATA--T-C-CAGAA--GGGCAA------A-GA-C-A-C---C---AT-ATT--TTTA-AA-A--A-GAT-CTT--T-TT--AC-CT-ATTT-A-AT----GG---TGTC-AC-ATT--TA-T--GC-A-ACAA-------TCTTACCCA--GAA--TTTTTAAAATC-TT-A--CTCCAACTTTTGGGAAACG-T--T-TAAAA--ATCCGC-T-T-TCTTAAG------ACAC--TTTTT-T-ACCTT-GA----AA-TTAT--AAATTCATAGATCTGTA--------------CT-TTTGTTTT-ACC-CT--GAA--AA--TTAAGA-GATC--A------TA-G-AC-TT-AT-TT-T---ATT----T-TTG-AT-GT----A-----T----G-T-AGA--TAAT---T-C-T-ATT--GT-ATA-TA-TG-T-A------T---AC---T-A--ACA---TA---TA-CT-G-CG-TT-A---CCT-TTATATC--TG--T-A-T-A--ATTAC-TC-G-CTG---ATATATtctctaatagattactaatggtgtcgaaatgcgacactgggtgcattaattaattaggaattaccgtataggtgatcttagc
gi|9 : cctagtaaagagaaatgcagcAACTTAGGTGG----A-TGC-CT-CTG-TTCGG-T-T---AT-----TT-TA-----TATA---TA-AGAAA-C-T-AT-C----ATTCT-TTG-TTT-TTAAAGT------TT-TACA-TGG-TTT---GA-CTCCC--GAA--CAT-TTAG-AT--GTTTT-------TTAG---TATGT-T--TAAC----GAAA-TT-----A-G---CA-G-CAGGGTTCCA-C-CAA-GATTAA---G-TCAA--T-TTA-A--TGCA-TTG--TATA--T-G-CAGGA--GGGCAA------A-G--C-A-C---A---AT-ATT--TT---AA-A--A-GAT-C-T--T-TT--A--CT-ATTT-T--T----GG---T-TC-AC-ATT--TA-T--GG-A-ACAA-------T-TTA-TCA--GAC--TTTTTAAAATC-TT-A--C-CCAACTTT--GAAAACG-T--T-T--AA--ATCCGC-T-TATATT-AG------ACATTTTTTTT-T-ACCCTAGA----AA-TTA---A---------------A--------------CT-TTTGTTTT-ACC-CT--GAA--AA--TTA--A-AATC--A------CA-G-AT-TT-GT-TT-T---A-T----T-TTG-AT-GT----A-----T----G-T-AGA--T-AT---T-T-T-A-T--GT-ATG-TA-TG-T-A------T---A----T-A--AGA---TA---TACCT-T-CA-TT-T---ACT-TTATATC--TG--T-ATT-A-TATTAC-TG-T-CTG-T-ATATGTgtt
13 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): TCCAGCATTTCATGTGAAGACAGCTCTCATAGTATAATTGAAAAATGGTTACGAAACATCGACAATGGAAAACTTACAGGTGTCTTATTTTTTTAGATTTAAGTAAAGCTTTTGACACGAGTAAATCATTCAGGTATTACTTCAAAAACTACTGTCTTTGGAATATGTGAAATCCAATACAATTGGTTTAAAATCAAACTTGTCAAAAATAGATCACAATGTGTTCGATGGAATGAGTTCAGTCAGATAGATTAGATATGACAAGGGTCAATAGTAGGTCCATTGTTTTTTATTCTCTATGAATAGAACTATCCGACTGCTTACAAACACTCTACATCCCATATGTATGCGGATGACAACAAGGCAAGATGTTTCGGATAAAAGTATAGATGTTATAGAAAGCTTACATAATGAATCGTAAAAATACTTTGGAATGGATGGATAAAAACAAACTTACAATAAATCTTAAGAAAACATGTGCATGATAATTGGTAAAGAACAAAGATTAGAAAATTGCAGAGAAAGCTATTGATGAAAGTGGATGATATCTACAATTGAAAATGTATCTTGTGCAAAATTACTTGGTGTTATATCGACAGATGCCATCTTGGTCTGAACATGTTAAAATTTTATCAAAAAAATTTGCAAAGCAAAATAGGCGTTTAGGTAGATTACGTTTCGTTCTTGTCACCGACTATTTACTGAAAATTTTTAATACAAATTGGTATTTCCTCATTTTGACTATGGTTGTACTGTATGGGGCATATGAAAAACAAGGATGGTCTTTAAAATTAATGTATAAGTTCAAAATCCGTGAGCTTGCCAGGTG
Unaligned ( gi|5 ): TTGGTTTGGGAAAATGCATACCTTTGTCATTATATCTACAGAATGGTGCGATTGGAATGGAGATCAGGATCAGGATATCATTAGTTTGACAATAGGAGTGCTCACGGGTCACATACTAAGGTCCAGTTGTTTTTTATGTCTCTATGTAATTGACGTATCATCCCGACTGCTTACATAACACTCTAGGCAATACCCCATATGTACGGGATTGGAACAAACGCAAGACTGTTTCGGATAAAAAGTGGAATAGTGATAGGTGAGGAAAGCACCAAATTACATATGTGATCCTTCAAAAATACGCTTATGGAATGGATGGATAAAAACAAGGAACGTATATAAATTCTTCAGCAAATACACAAGTGCCATGATATTGGTACAGAAAAATTAAAATTGCAAGAAAGCTATTGATGAAAGTGCGTGATATCCATTGAGAAAATGATATCTTGTGCAGAAATTCTACTCCTGTTTATATTTGACAGCATGCCCTCATTGGTTGTTGAAAATTTTTAGTAGAAAAAAAAAAAAACAACTACAAGCAACAATAGGGGCGTTTTGTATAGTAGAGTTACGTTCCGTTCTTGAGCCAAACCGAACATAATTGCTGAAAATTTTTAATACAAATTTATCATCTCCTCATCTTTATCTAACTGTTTAAAACTGTAATGGCAATAAATGAAAACAAGGATTGGTCCTTTACATAATTATGTAAAGTGTTCAAATCCGA
Unaligned ( gi|6 ): TGTTCTGCCTATTGTCTAGCGCAAAATATTGAAAGACATGTTCACAATAATTTTCACGTTTACCTCATCAGCACAATATAATCAGTTGAAAGCACGGCAGGTTCCAGGCCCATGCATCATGCGAGAGCAGCTTCTTAGGATAATAATGAAAAATGGTTACGAAACATCGACATCACTGGAAAACTGATCTGGTGTCTAATTTGTCAGATTTAGCTAAAGCTTTTGGCAATGGTAAAATCATCATGTATTACTTCTCACAAACGTACTGTCCCTTTTGTGAATTGTTGGATAAATGCATCAGATTGTTTCAATTAATACTTGTGCAATAGATCACAATGTATTTTCGATGGGAATGGAGTTTCACGTCAGATATTACTTTGATAATGTTATACTTTCGCCTTTTTTGATATGTACAATGGGAGTACCTCAAGGGCTCAATACTATGTCCATTTGTTTTATTTCTCTAGAAAATTGATCCCGACTGCTTACAAGCACTCTAAAGCCACATATGTATGGGGACTTGACACAACGAAAGATGTTTC
Unaligned ( gi|8 ): AAAGCAATTACATACGTGACTTTAAAATATACTTTGGAATGGATGATTAAAAACAAACTTTACAATACACCTTAAGAATAACACAGTTCATGGTAATTGTCAGAACAAGATTATGAAATTGCAGGAAGCTATTGGTGCAATGTGGGATATCACAATTGAAAACGTCGTATATGTACAAAATTAACTTGGTGTTTCATATTGACAGATGCTGTCCTTGATCTGTAACAGTGTTGAAATTCTAAAAAAAAATAACAAATAAAAACCCCCAAAAACTTCCGAAAGCAAAGATAGGTTGTTTTATGTAGATTAGCGATTCGTTTCTTGTATCAACCGACTTTATGACCTTGACATTTAAATACATTGTATTTCCTCATTTAACTACTGCTCGTATGTATGGGGCAATATGAAAACTTAAGGATGGTTCTTTACTAATTTATTAAAGTTCAAAATCGTAGCTGCTA
Unaligned ( gi|10 ): TGTCTTTTGGAATATGTGAAAATTCATACAATTGGTTTAAATCATACTTATCAAATAGATCACAATGTGTTCGATGGAATGGAGTTCAGTCAGACAGATTAGACATGACAATAGGAGTACCTCAAGGGTCAATGCTAGGTCCATTGTTTTTTATTCTTTATGTAAATGACTATCCCGACTGCTTACAACACTCTACAGCCCATATGTATGCGGATGACACAACGAAAGATGTTTCGGATAAAAGTATAGATGTTATAGAAAGCAAATTACATAGTGATCTTAAAAATACTTTGGAATGGATGGATAAAAACAAACTTACAATAAATCTTAAGAAAACACAGTGCATGATAATTGGTACAGAACAAAGATTAAGGAATTGCAGAA
Unaligned ( gi|11 ): AAAACACCAACCCTTTAACTGAAAATCAATCCAGTTTCAGACCAAAGTGTGAGACGGCATCTCTATTTATGGTTAAGTAACATAGACAAGGGTAAATTAGCAGGCGTTCTTTTTATTGATTTTAGTGGAATCTTTGACACAGTAAATCACCAAGTATTGTTATACAAGCCTTTATCATTTAGTAATATTCTCAAAAATCCTTTAAATGGTTTCAGTTTTATCGTAGCGAAACATCGCAATATGTTAGATGGAAAGGTGTTTTGTCAGATGCGAGAAACGTTACGGTAGGAGCGCCTCAGGGGTCAATATTAGGCCCAGCAGTTTTCATTTTGTTTTTTAATATTATCCTAAATGTCTGTTCAAAGCACTCTCA
Unaligned ( gi|16 ): TACTGAAATTTTATTTTTGATAACATGCAAGCAAAATAGGCGTGCTGACTACATTCTCGAGTCCACTGAATTATTACTAAAATGTCTACTGCAATTGTCTTTCTTTCTTCATTTTAACAACTCTTGGGACAATGACAAAAACAAGGACAGTCTTAAAAAATTATATAACCTTCAAGAGTCAGCCGATACAATGATTTT
Unaligned ( gi|18 ): TTTTTTATTCTCACATTAATGACTATCTACATTGTTTACAACATTCTTCAGCCCCAAAACATGTATATGCGGGCGATAGAACTCGAGATGTTTAAGATGAAAGTATATAATGATCTTGCAATCAAAATACGTGTTATTTAGAATATGTTAATGTTTGTCAACTAA
Unaligned ( gi|22 ): CTTTTGACACGGTAAATCATCAGGTATTACCTCACAAACTACTGTCTTTTGGAATATGTGAAAATTCATACAATTGGTTTAAATCATACTTGTCAAATATATCACAATGTGTTCGATGGAATGG
Unaligned ( gi|26 ): TGAAAAACAAGGATTGTCTTTACAAATTATTTAAAGTTCAAAATCGAGCTGTTAGGGTGATTTTAAATAGAAATTTGTATACACCTACAACAGAAATGATGCAGC
Unaligned ( gi|32 ): TTAAAATGGGTTCAATCTTATCTTAGTGGAAGATCACCGATGTGTTAAATGGAATGGTGTTTT
Unaligned ( gi|33 ): GGATGACACAACGCAAGATGTTTCGGATAAAGTAATAAGTATGTTAAAGAAAGCAAC
Unaligned ( gi|37 ): TTAATACATGTAACTGAAATACATGTATTTGAAATTTTTGATTAGCTGA