lowQualScore                  :                       111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                        
lowQualScore                  :                   2   222222222222222222222222222222222222222222222222    222               3333333    11111                    1111111111   111                                     111111                                   
lowQualScore                  :                 6 0   444444444444444444444444444444444444444444444444    444        555 44 7777777  0 66666  2     333   2   1 8888888888   222 1  222  4444444  3 22  999    7777  111111   1       1   1  1 44444 1    5   
lowQualScore                  :                 . .   ................................................    ...        ... .. .......  . .....  .     ...   .   . ..........   ... .  ...  .......  . ..  ...    ....  ......   .       .   .  . ..... .    .   
lowQualScore                  :                 0 0   555555555555555555555555555555555555555555555555    333        444 22 2222222  2 77777  5     999   1   7 4444444444   111 6  888  2222222  1 11  666    8888  666666   4       5   6  6 00000 7    2   
consensus                     :       NNNNNNTCTTATCAATATTGCTGATATCACCANTNAACCATTNAATTGATGCGCGCTTCCATTGAGCAACGAATTCAAT---T--ATA--GTAGCTCG--CTTC-AATTC---AGC-AGA-A-TAATT----AAT-GAT-AT---CA--T----CA-A--TT--CAATT-A--AT-----GCGC-GCAATAA-TTC-AG-A-----A-TTGAAGAT
Reference ( gi|14 )           :       AAATAATCTTGT-AATAT-GCTG----CATTATTCAAT--TTCAATT-ATGTGCGCTT----TAAGCATTGAATCCAAT---T--ACA--ATAGCTCG--CTTC-AATTC---AGC-AAA-A-CAACT----AAT-GAT-AT---CA--T----CA-A--TT--AAATT-G--AT-----ACGC-GCAATAA-TTC-AG-A-----A-TTGAGGAT
gi|17                         :             TCTTATCAAT-T-ACTGATATCATCAATCAACCATTCAATT-ATA-GCG---------AGCAAC-AATTCAAT---T--ACA---TAGTGCG--CATA-AATTC---AGC-AGA-A--AATT----AAC---T-AT-------T----CA-A--CT--A---T-A--AT-----GCGC-GCAATCA-TT
gi|12                         :                aat-AATATTGC-G----CAC-ATTGA----TTGAATTGATGCACGCTTCCATTGATCAGTGAA-CTAATAAAT--AAAGTATAATGCG--CTTC-AGTTC---TGC-AGA-A-TAATTTT--AAT-GAT-AT---CC--T----CA-A--TT--CAAAC-A--AT-----GCGC-GTAATAA-TTC-TG-A-----A-TTGAAGAT
gi|5                          :                                                                       AGCAATAATTCAAAT---T--A-----TAGCGCT--CTTC-AATTC---AGCAAAA-A-GAATTTTAAAAA-GAT-AT---CA--T----CA-A--CT--GAA-T-GAAAT-----GCGC-GCGATAA--TC-AG-A-----ataatttactatttga
gi|21                         : aattaatgagaagcataattcaattatggcgagcatcactttttaattaactgatcatcattaatcattataaagagAATTCAAT---TTTATA--AT-GCGCG--CTTC-AATTC---CGC-AGA-A-TAATT----ACT-TTT-AT---CA--T----CA-A--AT--CATTT-A--AT-----GCGT-GCGCTAA-TTC-AG-A-----A-TAGAAGATttatcatatatattataattatttaaagagatc
gi|22                         :                                                                            ttAATTCAAT---T--TTA---TAG-TCGATCTTCCAATTC---CGC-AAA-A-AAA-T----GATAGATTAT---CA--T----TA-A--TT--CAATT-A--AT-----GCGCAGCAATAA-TTCAAG-A-----A-TTGAa
gi|9                          :                                                                              AGTCCAGT---T--ATA--GC-GCTCA--C--A-AATTC---AGC-AAA-A---A-T----AAT---T-AT---TA--T----AAGA--TT--CAATT-T--AT-----ACGC-GCAATAA-TTT-AG-A-----C-TTGAAGATata
gi|18                         :                                                                              AATTTAAT---C--ATA---TAACTCA----TC-AATGT---AGC-AGA-G-TAGTT----AAT-ACT-AT---CA--A----CA-A--TT--AAATT-A--AT-----ATGC-GCAATAA-CAT-AG-A-----G-TCGAattcattatttatttacggggatctttaatcaaattgttgtgcacatcatatcttcatattgattaaagacatctataattacttgag
gi|3                          :                                                                            acAGTCCAGT---T--ATA--GC-GCTCA--C--A-AATTC---AGC-AAA-A---A-T----AAT---T-AT---TA--T----AAGA--TT--CAATT-T--AT-----ACGC-GCAATAATTTT-AG-A-----C-TTGAAGATaactatcattaatcatttgtagatatcttta
gi|15                         :                                       cttttttcacagctcatcatgtatgcattggaagagaacAATC-AAT---T--ATA--GC-GCTCA---TTC-TTTTC---AGC-AGA-A-GAATTTTA-AAT-GCT-AT---CA--TTCAACA-A--TT--CAATT-A--AC------CGC-GCAattcattattttttacggggatcttaaatcaaacttgttgttgcacatcatatcttcaatattgattaaagacatctataattacttga
gi|27                         :                                                    ttcattgttcagaaaaaaacaacaacaATTCAAT---T--A-----TAGCTC---CTTC-AATTC---AGC-AGA-A-TAA------AAT-----------A--T----CA-A--TT--CAATT-A--AT-----GCAT-GCAATAA-TTG-AG-A-----A-TTGAcaaatagatattttaattattcgatgaga
gi|13                         :                                                                               ATTCAAT---T--A-----TAGCGCA--CTTC-AATTCCCCAGA-AAA-ATCAATT----A-T--AT-AT---CA--T----CA-T--TT--CAATT-A--AT-----ATGC-ACAATAG-TTA-AG-A-----A-TTCAAGAaa
gi|8                          :                 aattatagcgcgctttaactgggttaccgtgcgctttgaacgattcatttgcagagagcaactTTCAAT---T--ATC--AT-GCTCA--A--C-AATTC---AGC-AAA-A-TAATT----AAT-G-T-AT---CA--A----CA-A--TT--CAATT-A--AT-----GTGC-GCAATTA-ATA-AG-A-----ACTCGAAGGTgatc
gi|26                         :                                                                                 atAAT---T--ATC--AT-GCTCA----TC-AATTC---AGC-AAA-A-TAATT----AAT-GTT-AT---CA--A----CA-A--TT--CAATT-A--AT-----GTGC-GCAATAA-TTA-AG-A-----A-CTGAAtcattattcttttaacttggctttagtgtatcaatattgcaattgcgtaacatctgtaacattctaactaaagatatcttcgttatttga
gi|11                         :                                                                                                       CG--TTTC-AATTT---CGT-AGA-A-TGATC----AAT-GAT-AT---CA--T------------------------------ACGC-GAACTAA-TTC-AG-A-----A-TTGAAGATtcttca
gi|6                          :      attaattcaattgaaaagagcaattatttaattattatacacattaattgaatgaatgagcgcttcaatttatttgaacagagcaataaatcaggtgttgtaTTC-AATTC---AGC-AGA-A-----T----AAT-GAT-GT---TA--T----CA-G--------ATT-A--AT-----GTGC-ACAATAA-TTC-AG-A-----A-TGGAAGATa
gi|29                         :                             tgatgtggccacatcaattttttctagttacatttaaaaatcgaattacctaatgcatgcttcatctgatgagagcaataaC-AATTC---AGC-AAA-A-GAATT----AAA-TAT-AT---CA--G----CA-A--TT--GAATT-A--AT-----GCTC-GTAGTAG-TTC-AG-A-----A-TTctactaattatttgaatccataggtctgtaattgaattactgcgcgaattaaata
gi|30                         :                                                                                                                  TTC---AGC-AAA-A-GAATT----A-T-AAA-AT----A--T----CA-A--TT--AAATT-A--ATT----GCAC-ACAATAA-TTC-AG-A-----A-TTAAAGAtga
gi|10                         :                                                                                                                     ---AGT-AAATA-TAAAC----AAT-GCT-ATAAACAAAT----CA-A--TT--A--------AT-----GCGC-ACAACAA-TTT-AG-A-----T-TTGAAGAT
gi|24                         :                                                   tttaatcgagttatagcgcacatgatatcaccgatatcagttcatttgaagagagcagcaattcaatcataa-AGA-A-TAATT----AAT-GCT-AT---CA--G----CA-A--TT--CGGTT-G--ATGT---ACAC-GCAATAG-TTC-AG-A-----A-CTGAAGATatcatcaattatttggagatatcttaatt
gi|12                         :                                                                                                                             AA-A-TAGTA----AAT-TAT-AT---CT--T----CA-A--TTCAGAATT-A--TT-----ACGC-GCATTGT-TT---G-A-----A-TTGAGGATataattaattatttgaagatattcttaata
gi|10                         :                        aatattgcgcacattgattgaattgatgcacgcttccattgatcagtgaactaataaataaagtataatgcgcttcagttctgcagaataattttaatgatAA-A-TAATT----GAT-GAT-AT---CT--T----CA-AATCT--AAATT-G--TT-----GTGC-GCATTAA-TTga
gi|31                         :                        tttaatcgagttatagcgcacatgatatcaccgatatcagttcatttgaagagagcagcaattcaatcataaagtaaatataaacaatgctataaacaaatcA-A-TGATT----AAT-GCT-AT---CA--G----CA----TT--CAACT-A--AT-----GTGC-GCAATAG-TTT-AG-A-----A-TTAAAggagatatcttaatt
gi|23                         :                                                                                                                              A-A-TAACC----AAT-GCT-AT---CA--A----CA-A--AT--CAATT-A--AC-----GAGC-GC--TAA-CCC-AG-ATTTGAA-TTGAAGATttacca
gi|7                          :                                                                                                                                   AATT----AAT-TAT-TG---CG--C----CT-A--TT--AAATT-G--AT-----GCGC-GCATCAA-TTT-AATA-----A-TTGcttattaaattatttgaagagatctttaattgaa
gi|33                         :                                                                                                         tatcgttaattaaattgaagggataatggT----AAT-GGT-GT---CA--T----TG-A--TT--AAATTTA--AT------CGT-GCATTAA-TTC-AG-A-----A-TTGAAGATtttcttcaatcgaattatagcatgttatccacgtcaaaccaggagaatagtttaattatcaatgcgcacgatatttcagaatggaagatatataacttatcatttgaa
gi|32                         :                                                                                                                                                                  A-A--TT--CAAAT-A--AT-----GCTC-GCAATGA-TTC-AG-A-----A-TTGAAAATaata
gi|19                         :                                                                                                                                                                           tAATT-G--ATTATATGCGC-GCAATA--TTC-AG-A-----A-TTAAAGATattttaactatctgaa
gi|28                         :                                                                                                                                                                               T-A--AT-----GTGA-GCAATAA-CTC-AG-A-----A-TTGAAatcactaaattatatttaaaagagatctttaattgaattattcgtggcgcgcaattaaatgac
9 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): CTCTCATCAGCAATATTGATTTGATAAGCGCATTGTTGCATGTAGTGGAGTTGCTCGCAAAATTTAATTTGGAGCTCGGTATTTACAATGCTGTTGTGCAAGGAATTAAAGCGCGCACCTGCTCATTTCAATGGAAGCAATGATTCAATAATTGAGTTGATGCGCTCATAAAATTGAATTCTTGCTCTCTTCATTTAAATCACTGTTGATACCACCAATTTAATTGGAGGGAGCAACTTAGCATGCAGAATAATAATGATATCAGCAAATCAATGGATGCACACAGTATTTGAAGGA
Unaligned ( gi|2 ): TTGAAGATACCTGCTCTAATCGTGCGATTCAATGATTAGAATTCAATCATTGCGCACATTGTTTGAATTGATGTGCGCCGCAGTAATTAAATTATTATTCTCTTCAGTTAAGTGTAGCGCGCACAAATCCAATCGTTGATATCATCAATTCACTGGAAGAAAGTAGCAATTCATTTATAGAGCTGCAAAATTAGTTAATGCTATCGGCCTAATTAATGCGCGCAGTAACTCTGA
Unaligned ( gi|4 ): TGATTGAAGATATTGTGAGCATTAATTAATTCCATGGATAAGAGCTATAATTGATACAATTATTGCTGTAATTAATTGATGCACGGATTAACGTTGTAGAATTACTGCTCGCAGAGTTTAATTTGGAGCTTGATATTAGTGATGAAAGGATCCCTGTTCATTTGAAGATATATTGAATTCTTTATAAGATGTTGATGCGCGC
Unaligned ( gi|16 ): AATAATTCAGTTATTGCGCGCTTAAATTCGATAGAATAATGAATGGTATCGATAATCCAATCATTTAATGCGTGCAATCATTCCGAATGGAAGATATCGTCATTTATTTGGAGAGATCATTATTGCGCG
Unaligned ( gi|20 ): TCAATTTCAGAGAGCAATAATTCATATTAATTTGCGCGCATGCATTGAATTAATAATATTGTGCGCGATTCAATTTATGTGAAGAGAGCATTACAT
Unaligned ( gi|25 ): TATCCACTAATTAATTTGCAGATATGTTTAATTGAATTGTTGCGCGCAAAATAGCTTTAATTAATTCAAGATATCTCTAATTTGAGG
Unaligned ( gi|34 ): TATTCGCCATAATTCAGAGTCGAAAATATCATTAATCATTTGTAGATAT
Unaligned ( gi|35 ): TTTTTTTCACAGCTCATCATGTCATGCATTGGAAGAG
Unaligned ( gi|36 ): ATTATCAAACTGAGACACATCATGTGCGCATCGAA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                        222222222             11111             88888888888888888888888888888888888888888888888888                  44444444444444444444444                                                                                                                                                
lowQualScore                  :                                                                                                                                     6  444444444  3  5  1  1 33333 3  1    2   33333333333333333333333333333333333333333333333333       1 222 44   00000000000000000000000       1  1 2222   2 1   999999999  1 444 2  555555555   2222  2   666  2222 444444444 2 1 8888888888 1 11   1   2 11 1  1   1 33333   1        
lowQualScore                  :                                                                                                                                     .  .........  .  .  .  . ..... .  .    .   ..................................................       . ... ..   .......................       .  . ....   . .   .........  . ... .  .........   ....  .   ...  .... ......... . . .......... . ..   .   . .. .  .   . .....   .        
lowQualScore                  :                                                                                                                                     5  888888888  8  6  4  0 00000 6  0    8   11111111111111111111111111111111111111111111111111       6 888 44   00000000000000000000000       9  4 9999   4 1   000000000  1 111 1  777777777   2222  0   111  1111 999999999 0 0 8888888888 0 33   0   0 33 0  0   2 00000   3        
consensus                     :                                                                                                                         NNNNNNTCTTATCAATA-TTG--CTGATATCACCGATNAACCA-TTNAATTGATGCGCGC-TC---------A---TT----------GA-GCAA-CG-------AATTCAA-T---T--ATA--GT-A--GC-T---CGCT----TCAATTCAGC-A----GAA-T-AAT----T----AA-T-GAT-AT---------CAT----CA-ATTC--AA----T---------T-A-A----------T-G--CGC-GCA-A--T-AA-TTC-A-----GAA-TTGAAGAT
Reference ( family-469 )      :                                                                                                                         NNNNNNTCTTATCAATA-TTG--CTGATATCACCANTNAACCA-TTNAATTGATGCGCGCTTC--------CA---TT----------GA-GCAA-CG-------AATTCAA-T---T--ATA--GT-A--GC-T---CGCT----TCAATTCAGC-A----GAA-T-AAT----T----AA-T-GAT-AT---------CAT----CA-ATTC--AA----T---------T-A-A----------T-G--CGC-GCA-A--T-AA-TTC-A-----GAA-TTGAAGAT
gi|1                          :                                                                                                                                   ATTAA-A-TTG--GTGGTATCAACAGTGA-----TTTAAATGAAG-----------------A---------------GA-GCAA--G-------AATTCAA-T---T--TTA--TG-A--G------CGCA----TCAACTC---------------AAT----T----AT-T-GA--AT---------CAT----TG-CTTC--CA----T---------T-G-AAATGAGCAGGT-G--CGC-GCT-T--T-AA-TTC-
gi|1                          :                              ctctcatcagcaatattgatttgataagcgcattgttgcatgtagtggagttgctcgcaaaatttaatttggagctcggtatttacaatgctgttgtgcaagTCAATAATTGAGTTGATG-CGCTCATAAA--A-TTGAATTCTTGCTCTCTTCATTTAAATCACTGTT----------GATACCA-CC-------AATTTAA-T---T--GGA--GGGA--GC---------------AACTTAGC-ATGCAGAA-T-AAT---------AA-T-GAT-AT---------CAG----CA-AATC--AA----T---------G-G-A----------T-G--CAC-ACA-G--T-AT-TTtggagggagcaacttagcatgcagaataataatgatatcagcaaatcaatggatgcacacagtatttgaagga
gi|10                         : ctctcatcagcaatattgatttgataagcgcattgttgcatgtagtggagttgctcgcaaaatttaatttggagctcggtatttacaatgctgttgtgcaaggaattaaagcgcgcacctgctcatttcaatggaagcaatgatTGATATCACCGAT--ATCAGTTCATTTGAAG-----------------A---------------GA-GCAG-C--------AATTCAA-T---C--ATAAAGT-A-------------------AAT-------------A-T-AAA----C----AA-T-GCT-AT---------AAA----CA-AATC--AA----T---------T-A-A----------T-G--CGC-ACA-A--C-AA-TTT-A-----GAT-TTGAAGATgaagga
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                      tttaatcgagttatagcgcacaAA-T-AAT----T----GA-T-GAT-AT---------CTT----CA-AATCTAAA----T---------T-G-T----------T-G--TGC-GCA-T--T-AA-TTatcatcaattatttggagatatcttaatt
gi|11                         :                                                             tttaatcgagttatagcgcacatgatatcaccgatatcagttcatttgaagagagcagcaattcaatcataaagtaaatataaacaatgctataaacaaatcA-TTGAATGAATGAGCGCTTC--------AA---TTTATTTGAACAGA-GCAA-TA-------AAT-CAG-G---T--GTT--GT-A---------CGTT----TCAATTTCGT-A----GAA-T-GAT----C----AA-T-GAT-AT---------CAT----------------------------------------------A--CGC-GAA-C--T-AA-TTC-A-----GAA-TTGAAGATtggagatatcttaatt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                          attaattcaattgaaaagagcaattatttaattattatacacatta---------CAT----CA-ATTC--AA----T---------C-A-A----------T-G--TGC-GCA-A--T-Aa
gi|12                         :                                                                                                                                                                 aaA-TTGAATTGATGCACGCTTC--------CA---TT----------GA-TCAG-TG-------AACT-AA-TAAAT--AAA--GT-ATAAT-G---CGCT----TCAGTTCTGC-A----GAA-T-AAT----TTT--AA-T-GAT-AT---------CCT----CA-ATTC--AA----A---------C-A-A----------T-G--CGC-GTA-A--T-AA-TTC-T-----GAA-TTGAAGATcacgcttccattgatcagtgaactaataaataaagtataatgcgcttcagttctgcagaataattttaatgatatcctcaattcaaacaatgcgcgtaataattctgaattgaagatataatttactatttga
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                            aatattgcgcacattgAA-T-AGT----A----AA-T-TAT-AT---------CTT----CA-ATTCAGAA----T---------T-A-T----------T-A--CGC-GCA-T--T-GT-TT--------GAA-TTGAGGATataatttactatttga
gi|13                         :                                                                                                  aatattgcgcacattgattgaattgatgcacgcttccattgatcagtgaactaataaataaagtataatgcgcttcagttctgcagaataattttaatgat----------GA-GCAA-CT-------A-TTCAA-T---T--ATA--G------C-G---CACT----TCAATTCCCC-A----GAA-A-AAT----C----AA-T-TAT-ATAT-------CAT----CA-TTTC--AA----T---------T-A-A----------T-A--TGC-ACA-A--T-AG-TTA-A-----GAA-TTCAAGAtga
gi|14                         :                                                                        aattatagcgcgctttaactgggttaccgtgcgctttgaacgattcatttgcagaTCTTGT-AATA-T-G--CTG----CATTATTCAAT---TTCAATT-ATGTGCGCTT---------------T----------AA-GCAT-TG-------AATCCAA-T---T--ACA--AT-A--GC-T---CGCT----TCAATTCAGC-A----AAA-C-AAC----T----AA-T-GAT-AT---------CAT----CA-ATTA--AA----T---------T-G-A----------T-A--CGC-GCA-A--T-AA-TTC-A-----GAA-TTGAGGATgatc
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                            aaataaA-ACAA-CA-------AAT-CAA-T---T--ATA--GC----GC-T---CA-T----TCTTTTCAGC-A----GAA-G-AAT----TTTA-AA-T-GCT-AT---------CATTCAACA-ATTC--AA----T---------T-A-AC---------C-G--CGC-ACA-A--
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                       ttcattgttcagaaaaaaac-------AATTCAG-T---T--AT----T----GC-G---CGCT----TAAATTCGAT-A----GAA-T-AAT----G----AA-T-GGT-AT---------CGA----TA-ATCC--AATCATT---------T-A-A----------T-G--CGT-GCA-A--T-CA-TTC-C-----GAA-TGGAAGATatagatattttaattattcgatgaga
gi|17                         :                                                                                                                            aatTCTTATCAAT---TA--CTGATATCATCAATCAACCA-TTCAATT-ATA-GC------------------------------GA-GCAA-C--------AATTCAA-T---T--ACA---T-A--GT-G---CGCA----TAAATTCAGC-A----GAA---AAT----T----AA-C---T-AT-----------T----CA-ACT---A---------------T-A-A----------T-G--CGC-GCA-A--T-CA-TTatcgtcatttatttggagagatcattattgcgcg
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                        aat-------AATTTAA-T---C--ATA---T-A--AC-T---CA------TCAATGTAGC-A----GAG-T-AGT----T----AA-T-ACT-AT---------CAA----CA-ATTA--AA----T---------T-A-A----------T-A--TGC-GCA-A--T-AA-CAT-A-----GAG-TCGAA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       acA-ATT---GA----T---------T-ATA----------T-G--CGC-GCA-A--T-A--TTC-A-----GAA-TTAAAGATactatcattaatcatttgtagatatcttta
gi|19                         :                                                                                                                                                                  CA-TTTAATTG---CGCGC-----------CA-------------------CGA-AT-------AATTCAA-T---T--AAA--G--A--TC-T---CTTT----TAAAT-------------A-T-AAT----TT---AG-T-GAT-AT---------CTT----TA-ATTCTGAA--------------T-A-T----------T-G--CGC-GCATA--T-AA-Tatcactaaattatatttaaaagagatctttaattgaattattcgtggcgcgcaattaaatgac
gi|2                          :                                                                                                                                                            aattgCCA-GTGAATTGATG-----------------A---T------------A-TCAA-CG-------A-TTGGA-T---T---T---GT----GC-G---CGCTACACTTAACTGAAG-A----GAA-T-AATAATTT----AA-T---T-ACTGCGGCGCACAT----CA-ATTC--AA----A---------C-A-A----------T-G--TGC-GCA-A--T-GA-TT--------GAA-TTac
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                         ttgaagatacctgctctaatcgtgcgattcaatgattag-AAT----T----GA-T-GAT-AT---------CAA----CG-ATTG--GA----T---------T-T-G----------T-G--CGC-GCT-A--C-AC-TT---------AA-CTGAAGAaagaaagtagcaattcatttatagagctgcaaaattagttaatgctatcggcctaattaatgcgcgcagtaactctga
gi|2                          :                                                                                                              ttgaagatacctgctctaatcgtgcgattcaatgattagaattcaatcattgcgcacattgtttgaattgatgtgcgccgcagtaattaaattattattcA-GTAG-C--------AATTCAT-T---T--ATA--G--A--GC-T-------------------GC-A----AAA-TTAGT----T----AA-T-GCT-AT---------CGG----C----CT--AA----T---------T-A-A----------T-G--CGC-GCA-G--T-AA-CTC-T-----GAcactggaagaaagtagcaattcatttatagagctgcaaaattagttaatgctatcggcctaattaatgcgcgcagtaactctga
gi|20                         :                                                                                                                                                  ttgaagatacctgctctaatcgtgcgattcaatgattagaattcaatcattgcgcacattgtttgaattgatgtgcgccgcagtaattaaattattattctcttcagttaagtgtagcgcgcacaaatccaatcgttgatatcatcaattcactggaagaaAT-AT---------TAT----TA-ATTC--AA----T---------G-C-A----------T-G--CGC-GCA-AATT-AA-T
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                  tcaatttcagagagcaataattcat-------AATTCAA-T---TTTATA--AT----GC-G---CGCT----TCAATTCCGC-A----GAA-T-AAT----T----AC-T-TTT-AT---------CAT----CA-AATC--AT----T---------T-A-A----------T-G--CGT-GCG-C--T-AA-TTC-A-----GAA-TAGAAGATtgtgcgcgattcaatttatgtgaagagagcattacat
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                         tt-------AATTCAA-T---TTTATA--GT-C--GA-T---C-TT----CCAATTCCGC-A----AAA-A-AAT---------GA-TAGATTAT---------CAT----TA-ATTC--AA----T---------T-A-A----------T-G--CGCAGCA-A--T-AA-TTCAA-----GAA-TTGAAa
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                            AA-T-AAC----C----AA-T-GCT-AT---------CAA----CA-AATC--AA----T---------T-A-A----------C-G--AGC-GC-----T-AA-CCC-AGATTTGAA-TTGAAGATta
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                     -A----GAA-T-AAT----T----AA-T-GCT-AT---------CAG----CA-ATTC--GG----T---------T-G-A----------T-GTACAC-GCA-A--T-AG-TTC-A-----GAA-CTGAAGATcttattaaattatttgaagagatctttaattgaa
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                            AA-T-AAT----T----AA-T-TAT-AT---------CTT----CA-GTTCTGAA----C---------T-A-T----------T-G--CGT-GTACA--TCAA---C-C-----GAA-TTGataattaattatttgaagatattcttaata
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                            agaataattaatgctatcag-AAT----T----AG-A-GAT-AT---------CTT----GA-ATT---AA----T---------T-A-AAGCTATTT--T-G--CGC-GCA-A--C-AA-TTC--------AA-TTAAACATtgaagatattcttaata
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                tatccactaattaatttgcagatAA-T---T--ATC--AT----GC-T---CA------TCAATTCAGC-A----AAA-T-AAT----T----AA-T-GTT-AT---------CAA----CA-ATTC--AA----T---------T-A-A----------T-G--TGC-GCA-A--T-AA-TTA-A-----GAA-CTGAAGtgagg
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                   ATTCAA-T---T--ATA--G------C-T---C-CT----TCAATTCAGC-A----GAA-T-AA----------AA-T-----------------AT----CA-ATTC--AA----T---------T-A-A----------T-G--CAT-GCA-A--T-AA-TTG-A-----GAA-TTGAAtcttca
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         A-ATTC--AA----TCACAGGTGCT-A-A----------T-G--TGA-GCA-A--T-AA-CTC-A-----GAA-TTGAAGa
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                         ttcatttgaagagagcaatCAATTCAGC-A----AAA-G-AAT----T----AA-A-TAT-AT---------CAG----CA-ATTG--AA----T---------T-A-A----------T-G--CTC-GTA-G--T-AG-TTC-A-----GAA-TTttaccgttaatt
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                       ----------GA-G-AA-C--------AGTCCAG-T---T--ATA--GC----GC-T---CAC------AAATTCAGC-A----AAAAT-AAT----T----A---------T---------TAT----AAGATTC--AA----T---------T-T-A----------T-A--CGC-GCA-A--T-AATTTT-A-----GAC-TTGAAGATtga
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                              cttttttcacagctcatcatgtatgcattggaaTTCAGC-A----AAA-G-AAT----T----A--T-AAA-AT----------AT----CA-ATTA--AA----T---------T-A-A----------TTG--CAC-ACA-A--T-AA-TTC-A-----GAA-TTAAAGAattcattattttttacggggatcttaaatcaaacttgttgttgcacatcatatcttcaatattgattaaagacatctataattacttga
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                            AA-T-GAT----T----AA-T-GCT-AT---------CAG----CA--TTC--AA----C---------T-A-A----------T-G--TGC-GCA-A--T-AG-TTT-A-----GAA-TTAAAG
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         A-ATTC--AA----A---------T-A-A----------T-G--CTC-GCA-A--T-GA-TTC-A-----GAA-TTGAAAATttacca
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                   t----T----AA-T-GGT-GT---------CAT----TG-ATTA--AA----T---------TTA-A----------T----CGT-GCA-T--T-AA-TTC-A-----GAA-TTGAAGATattttaactatctgaa
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                      T----------GA-GAAG-CAT------AATTCAA-T---T--ATG--GCGA--GCAT---CACT----T---TT--------------T-AAT----T----AACT-GATCAT---------CAT----TA-A-TC--AT----TA--------T-A-A----------A-G--AGA-GCA-A--T-AA-TTC-A------AA-TTaata
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                 aattaa----------GA-GCAA-T--------AATTCAAAT---T--ATA--GC----GC-T---C--T----TCAATTCAGCAA----AAA-G-AAT----TTTAAAA-A-GAT-AT---------CAT----CA-ACTG--AA----T---------GAA-A----------T-G--CGC-GCG-A--T-AA--TC-A-----GAatagcgctcttcaattcagcaaaaagaattttaaaaagatatcatcaactgaatgaaatgcgcgcgataatcagattatcatatatattataattatttaaagagatc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                          aattaatgagaagcataattcaattatggcgagcatcactttttaattaactgatcatcattaatcattataaagaT----TCAATTCAGC-A----GAA-T-AAT--------------GAT-GT---------TAT----CA-G------A----T---------T-A-A----------T-G--TGC-ACA-A--T-AA-TTC-A-----GAA-TGGAAGATttatcatatatattataattatttaaagagatc
gi|7                          :                                                                              tgatgtggccacatcaattttttctagttacatttaaaaatcgaattacctaatgcatgcttcatctgatgagagcaataaAATTA-TTAAATTGATGCGCGCATC--------AA---TTTAATAG----GC-GCAA-T--------AATT-AA-T---T--CCA--TT-A-----T---CCCT----TCAATT--------------T-AAT----T----AA-C-GAT-Actactaattatttgaatccataggtctgtaattgaattactgcgcgaattaaata
gi|7                          :                                                                                                                                                                 CTA-TTAAATTGATGCGCGCATC--------AA---TT----------TA-ATAATTGTTTCTTCAATCGAA-T---T--ATA--GC-AT-GT-TATCCACG----TCAAACCAGG-A----GAA-T-AGT-------------------------------T----TA-ATT----A----T---------C-A-A----------T-G--CGC-ACG-A--T-AT-TTC-A-----GAA-TGGAAGATgtttcttcaatcgaattatagcatgttatccacgtcaaaccaggagaatagtttaattatcaatgcgcacgatatttcagaatggaagatatataacttatcatttgaa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                        tatcgttaattaaattgaagggataatggaattaattattgcgcTTCAA-T---T--ATC--AT----GC-T---CAA------CAATTCAGC-A----AAA-T-AAT----T----AA-T-G-T-AT---------CAA----CA-ATTC--AA----T---------T-A-A----------T-G--TGC-GCA-A--T-TA-ATA-A-----GAACTCGAAGGTatataacttatcatttgaa
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                         at-------AGTCCAG-T---T--ATA--GC----GC-T---CAC------AAATTCAGC-A----AAAAT-AAT----T----A---------T---------TAT----AAGATTC--AA----T---------T-T-A----------T-A--CGC-GCA-A--T-AA-TTT-A-----GAC-TTGAAGATtcattattcttttaacttggctttagtgtatcaatattgcaattgcgtaacatctgtaacattctaactaaagatatcttcgttatttga
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): TGATTGAAGATATTGTGAGCATTAATTAATTCCATGGATAAGAGCTATAATTGATACAATTATTGCTGTAATTAATTGATGCACGGATTAACGTTGTAGAATTACTGCTCGCAGAGTTTAATTTGGAGCTTGATATTAGTGATGAAAGGATCCCTGTTCATTTGAAGATATATTGAATTCTTTATAAGATGTTGATGCGCGC
Unaligned ( gi|34 ): TATTCGCCATAATTCAGAGTCGAAAATATCATTAATCATTTGTAGATAT
Unaligned ( gi|35 ): TTTTTTTCACAGCTCATCATGTCATGCATTGGAAGAG
Unaligned ( gi|36 ): ATTATCAAACTGAGACACATCATGTGCGCATCGAA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                            1  2222          1111                   888888888888888888888888888888888888888888888888                 333333333333333333333333                                                                                                                                              
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                            2  1111    7     1111 8  55 3  1    0   111111111111111111111111111111111111111111111111       1 222 44  555555555555555555555555       1  1 0  2 1   777777777  1 444 2  555555555   2222  2   555  2222 444444444 2 1 8888888888 1 11   1   2 22 1 11 1   1 33333   1        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                            .  ....    .     .... .  .. .  .    .   ................................................       . ... ..  ........................       .  . .  . .   .........  . ... .  .........   ....  .   ...  .... ......... . . .......... . ..   .   . .. . .. .   . .....   .        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                            0  0000    0     8888 8  88 6  0    5   666666666666666666666666666666666666666666666666       6 888 44  999999999999999999999999       9  3 3  3 1   666666666  1 111 1  777777777   2222  0   999  1111 999999999 0 0 8888888888 0 33   0   0 77 0 44 0   2 00000   3        
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                NNNNNNTCTTATCAATATTGCTGATATCATCGATCAACCA-TTNAATTGATGCGCGC-T--C------A--TT------GA-----GCAAC-G-------AATTCAA-T---T--ATA--GT-A--GC-T---CGCT----TCAATTCAGC-AGAA-T-AAT----T----AA-T-GAT-AT---------CAT----CA-ATTC--AA----T---------T-A-A----------T-G--CGC-GCA-A--T-A--A-TTC-A-----GAA-TTGAAGAT
Reference ( family-469 )      :                                                                                                                                                                                                                                NNNNNNTCTTATCAATATTGCTGATATCACCGATNAACCA-TTNAATTGATGCGCGC-T--C------A--TT------GA-----GCAAC-G-------AATTCAA-T---T--ATA--GT-A--GC-T---CGCT----TCAATTCAGC-AGAA-T-AAT----T----AA-T-GAT-AT---------CAT----CA-ATTC--AA----T---------T-A-A----------T-G--CGC-GCA-A--T-A--A-TTC-A-----GAA-TTGAAGAT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                          ATTAA-ATTGGTGGTATCAACAGTGA-----TTTAAATGAAG----------------A----------GA-----GCAA--G-------AATTCAA-T---T--TTA--TG-A--G------CGCA----TCAACTC-----------AAT----T----AT-T-GA--AT---------CAT----TG-CTTC--CA----T---------T-G-AAATGAGCAGGT-G--CGC-GCT-T--T-A--A-TTC-
gi|1                          :                                                                                                                                                           ctctcatcagcaatattgatttgataagcgcattgttgcatgtagtggagttgctcgcaaaatttaatttggagctcggtatttacaatgctgttgtgcaagTCAATAA-TTGAGTTGATG--CGC-T--C------A--T----------------AA----------AATTGAA-T---T--CT----T----GC-T---CTCT----TC-ATTTA-----AA-T-CAC----T----GT-T-GAT-AC---------CAC----CA-ATTT--AA----T---------T-G-G----------A-G--GGA-GCA-ACTT-AGCA-TGC-A-----GAA-tggagggagcaacttagcatgcagaataataatgatatcagcaaatcaatggatgcacacagtatttgaagga
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                     ctctcatcagcaatattgatttgataagcgcattgttgcatgtagtggagttgctcgcaaaatttaatttggagctcggtatttacaatgctgttgtgcaaggaattaaagcgcgcacctgctcatttcaatggaagcaatgatGC-AGAA-T-AAT---------AA-T-GAT-AT---------CAG----CA-AATC--AA----T---------G-G-A----------T-G--CAC-ACA-G--T-A--T-TTaataatgatatcagcaaatcaatggatgcacacagtatttgaagga
gi|10                         : ctctcatcagcaatattgatttgataagcgcattgttgcatgtagtggagttgctcgcaaaatttaatttggagctcggtatttacaatgctgttgtgcaaggaattaaagcgcgcacctgctcatttcaatggaagcaatgattcaataattgagttgatgcgctcataaaattgaattcttgctctcttcatttaaatcactgttgataccaccaatttaattggagggagcaacttagcatTGATATCACCGAT--ATCAGTTCATTTGAAG----------------A----------GA-----GCAGC---------AATTCAA-T---C--ATAAAGT-A-------------------AAT---------A-T-AAA----C----AA-T-GCT-AT---------AAA----CA-AATC--AA----T---------T-A-A----------T-G--CGC-ACA-A--C-A--A-TTT-A-----GAT-TTGAAGATgaagga
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tttaatcgagttatagcgcacaAA-T-AAT----T----GA-T-GAT-AT---------CTT----CA-AATCTAAA----T---------T-G-T----------T-G--TGC-GCA-T--T-A--A-TTatcatcaattatttggagatatcttaatt
gi|11                         :                                                                                                                                                                 tttaatcgagttatagcgcacatgatatcaccgatatcagttcatttgaagagagcagcaattcaatcataaagtaaatataaacaatgctataaacaaatcA-TTGAATGAATGAGCGC-T--TCAATTTA--TTTGAACAGA-----GCAAT-A-------AAT-CAG-G---T--GTT--GT-A---------CGTT----TCAATTTCGT-AGAA-T-GAT----C----AA-T-GAT-AT---------CAT----------------------------------------------A--CGC-GAA-C--T-A--A-TTC-A-----GAA-TTGAAGATtggagatatcttaatt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        attaattcaattgaaaagagcaattatttaattattatacacatta---------CAT----CA-ATTC--AA----T---------C-A-A----------T-G--TGC-GCA-A--T-A--a
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                     aaA-TTGAATTGATGCACGC-TTCC------A--TT------GA-----TCAGT-G-------AACT-AA-TAAAT--AAA--GT-ATAAT-G---CGCT----TCAGTTCTGC-AGAA-T-AAT----TTT--AA-T-GAT-AT---------CCT----CA-ATTC--AA----A---------C-A-A----------T-G--CGC-GTA-A--T-A--A-TTC-T-----GAA-TTGAAGATcacgcttccattgatcagtgaactaataaataaagtataatgcgcttcagttctgcagaataattttaatgatatcctcaattcaaacaatgcgcgtaataattctgaattgaagatataatttactatttga
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aatattgcgcacattgAA-T-AGT----A----AA-T-TAT-AT---------CTT----CA-ATTCAGAA----T---------T-A-T----------T-A--CGC-GCA-T--T-G--T-TT--------GAA-TTGAGGATataatttactatttga
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                    aatattgcgcacattgattgaattgatgcacgcttccattgatcagtgaactaataaataaagtataatgcgcttcagttctgcagaataattttaatgat------GA-----GCAAC-T-------A-TTCAA-T---T--ATA--G------C-G---CACT----TCAATTCCCC-AGAA-A-AAT----C----AA-T-TAT-ATAT-------CAT----CA-TTTC--AA----T---------T-A-A----------T-A--TGC-ACA-A--T-A--G-TTA-A-----GAA-TTCAAGAtga
gi|14                         :                                                                                                                                                                               aattatagcgcgctttaactgggttaccgtgcgctttgaacgattcatttgcagaTCTTGT-AATAT-GCTG-CATTAT---TCAAT---TTCAATT-ATGTGCGC-T------------TT------AA-----GCATT-G-------AATCCAA-T---T--ACA--AT-A--GC-T---CGCT----TCAATTCAGC-AAAA-C-AAC----T----AA-T-GAT-AT---------CAT----CA-ATTA--AA----T---------T-G-A----------T-A--CGC-GCA-A--T-A--A-TTC-A-----GAA-TTGAGGATgatc
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aaataaA-----ACAAC-A-------AAT-CAA-T---T--ATA--GC----GC-T---CA-T----TCTTTTCAGC-AGAA-G-AAT----TTTA-AA-T-GCT-AT---------CATTCAACA-ATTC--AA----T---------T-A-AC---------C-G--CGC-ACA-A--
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ttcattgttcagaaaaaaac-------AATTCAG-T---T--AT----T----GC-G---CGCT----TAAATTCGAT-AGAA-T-AAT----G----AA-T-GGT-AT---------CGA----TA-ATCC--AATCATT---------T-A-A----------T-G--CGT-GCA-A--T-C--A-TTC-C-----GAA-TGGAAGATatagatattttaattattcgatgaga
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                   aatTCTTATCAAT--TACTGATATCATCAATCAACCA-TTCAATT-ATA-GC------------------------GA-----GCAAC---------AATTCAA-T---T--ACA---T-A--GT-G---CGCA----TAAATTCAGC-AGAA---AAT----T----AA-C---T-AT-----------T----CA-ACT---A---------------T-A-A----------T-G--CGC-GCA-A--T-C--A-TTatcgtcatttatttggagagatcattattgcgcg
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aat-------AATTTAA-T---C--ATA---T-A--AC-T---CA------TCAATGTAGC-AGAG-T-AGT----T----AA-T-ACT-AT---------CAA----CA-ATTA--AA----T---------T-A-A----------T-A--TGC-GCA-A--T-A--A-CAT-A-----GAG-TCGAA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     acA-ATT---GA----T---------T-ATA----------T-G--CGC-GCA-A--T-A----TTC-A-----GAA-TTAAAGATactatcattaatcatttgtagatatcttta
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                      CA-TTTAATTG---CGCGC----C------A------------------CGAA-T-------AATTCAA-T---T--AAA--G--A--TC-T---CTTT----TAAAT---------A-T-AAT----TT---AG-T-GAT-AT---------CTT----TA-ATTCTGAA--------------T-A-T----------T-G--CGC-GCATA--T-A--A-Tatcactaaattatatttaaaagagatctttaattgaattattcgtggcgcgcaattaaatgac
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                aattgCCA-GTGAATTGATG----------------A--T--------A-----TCAAC-G-------A-TTGGA-T---T---T---GT----GC-G---CGCTACACTTAACTGAAG-AGAA-T-AATAATTT----AA-T---T-ACTGCGGCGCACAT----CA-ATTC--AA----A---------C-A-A----------T-G--TGC-GCA-A--T-G--A-TT--------GAA-TTac
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                         ttgaagatacctgctctaatcgtgcgattcaatgattagA-----GTAGC---------AATTCAT-T---T--ATA--G--A--GC-T-------------------GC-AAAA-TTAGT----T----AA-T-GCT-AT---------CGG----C----CT--AA----T---------T-A-A----------T-G--CGC-GCA-G--T-A--A-CTC-T-----GAaagaaagtagcaattcatttatagagctgcaaaattagttaatgctatcggcctaattaatgcgcgcagtaactctga
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                ttgaagatacctgctctaatcgtgcgattcaatgattagaattcaatcattgcgcacattgtttgaattgatgtgcgccgcagtaattaaattattattctcttcagttaagtgtagcgcgcacaaatccaatcgttgatatcatcaattcactggaagaaAT-AT---------TAT----TA-ATTC--AA----T---------G-C-A----------T-G--CGC-GCA-AATT-A--A-T
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tcaatttcagagagcaataattcat-------AATTCAA-T---TTTATA--AT----GC-G---CGCT----TCAATTCCGC-AGAA-T-AAT----T----AC-T-TTT-AT---------CAT----CA-AATC--AT----T---------T-A-A----------T-G--CGT-GCG-C--T-A--A-TTC-A-----GAA-TAGAAGATtgtgcgcgattcaatttatgtgaagagagcattacat
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tt-------AATTCAA-T---TTTATA--GT-C--GA-T---C-TT----CCAATTCCGC-AAAA-A-AAT---------GA-TAGATTAT---------CAT----TA-ATTC--AA----T---------T-A-A----------T-G--CGCAGCA-A--T-A--A-TTCAA-----GAA-TTGAAa
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          AA-T-AAC----C----AA-T-GCT-AT---------CAA----CA-AATC--AA----T---------T-A-A----------C-G--AGC-GC-----T-A--A-CCC-AGATTTGAA-TTGAAGATta
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       -AGAA-T-AAT----T----AA-T-GCT-AT---------CAG----CA-ATTC--GG----T---------T-G-A----------T-GTACAC-GCA-A--T-A--G-TTC-A-----GAA-CTGAAGATcttattaaattatttgaagagatctttaattgaa
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          AA-T-AAT----T----AA-T-TAT-AT---------CTT----CA-GTTCTGAA----C---------T-A-T----------T-G--CGT-GTACA--TCA--A---C-C-----GAA-TTGataattaattatttgaagatattcttaata
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          agaataattaatgctatcag-AAT----T----AG-A-GAT-AT---------CTT----GA-ATT---AA----T---------T-A-AAGCTATTT--T-G--CGC-GCA-A--C-A--A-TTC--------AA-TTAAACATtgaagatattcttaata
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tatccactaattaatttgcagatAA-T---T--ATC--AT----GC-T---CA------TCAATTCAGC-AAAA-T-AAT----T----AA-T-GTT-AT---------CAA----CA-ATTC--AA----T---------T-A-A----------T-G--TGC-GCA-A--T-A--A-TTA-A-----GAA-CTGAAGtgagg
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ATTCAA-T---T--ATA--G------C-T---C-CT----TCAATTCAGC-AGAA-T-AA----------AA-T-----------------AT----CA-ATTC--AA----T---------T-A-A----------T-G--CAT-GCA-A--T-A--A-TTG-A-----GAA-TTGAAtcttca
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       A-ATTC--AA----TCACAGGTGCT-A-A----------T-G--TGA-GCA-A--T-A--A-CTC-A-----GAA-TTGAAGa
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ttcatttgaagagagcaatCAATTCAGC-AAAA-G-AAT----T----AA-A-TAT-AT---------CAG----CA-ATTG--AA----T---------T-A-A----------T-G--CTC-GTA-G--T-A--G-TTC-A-----GAA-TTttaccgttaatt
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ------GA-----G-AAC---------AGTCCAG-T---T--ATA--GC----GC-T---CAC------AAATTCAGC-AAAAAT-AAT----T----A---------T---------TAT----AAGATTC--AA----T---------T-T-A----------T-A--CGC-GCA-A--T-A--ATTTT-A-----GAC-TTGAAGATtga
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                cttttttcacagctcatcatgtatgcattggaaTTCAGC-AAAA-G-AAT----T----A--T-AAA-AT----------AT----CA-ATTA--AA----T---------T-A-A----------TTG--CAC-ACA-A--T-A--A-TTC-A-----GAA-TTAAAGAattcattattttttacggggatcttaaatcaaacttgttgttgcacatcatatcttcaatattgattaaagacatctataattacttga
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          AA-T-GAT----T----AA-T-GCT-AT---------CAG----CA--TTC--AA----C---------T-A-A----------T-G--TGC-GCA-A--T-A--G-TTT-A-----GAA-TTAAAG
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       A-ATTC--AA----A---------T-A-A----------T-G--CTC-GCA-A--T-G--A-TTC-A-----GAA-TTGAAAATttacca
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 t----T----AA-T-GGT-GT---------CAT----TG-ATTA--AA----T---------TTA-A----------T----CGT-GCA-T--T-A--A-TTC-A-----GAA-TTGAAGATattttaactatctgaa
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        T------GA-----GAAGC-AT------AATTCAA-T---T--ATG--GCGA--GCAT---CACT----T---TT----------T-AAT----T----AACT-GATCAT---------CAT----TA-A-TC--AT----TA--------T-A-A----------A-G--AGA-GCA-A--T-A--A-TTC-A------AA-TTaata
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aattaa------GA-----GCAAT---------AATTCAAAT---T--ATA--GC----GC-T---C--T----TCAATTCAGCAAAAA-G-AAT----TTTAAAA-A-GAT-AT---------CAT----CA-ACTG--AA----T---------GAA-A----------T-G--CGC-GCG-A--T-A--A--TC-A-----GAatagcgctcttcaattcagcaaaaagaattttaaaaagatatcatcaactgaatgaaatgcgcgcgataatcagattatcatatatattataattatttaaagagatc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                            aattaatgagaagcataattcaattatggcgagcatcactttttaattaactgatcatcattaatcattataaagaT----TCAATTCAGC-AGAA-T-AAT--------------GAT-GT---------TAT----CA-G------A----T---------T-A-A----------T-G--TGC-ACA-A--T-A--A-TTC-A-----GAA-TGGAAGATttatcatatatattataattatttaaagagatc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                  tgatgtggccacatcaattttttctagttacatttaaaaatcgaattacctaatgcatgcttcatctgatgagagcaataaAATTA-TTAAATTGATGCGCGCAT--C------AATTT------AATAGGCGCAAT---------AATT-AA-T---T--CCA--TT-A-----T---CCCT----TCAATT----------T-AAT----T----AA-C-GAT-Actactaattatttgaatccataggtctgtaattgaattactgcgcgaattaaata
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                     CTA-TTAAATTGATGCGCGCAT--C------AA-TT------TA-----ATAATTGTTTCTTCAATCGAA-T---T--ATA--GC-AT-GT-TATCCACG----TCAAACCAGG-AGAA-T-AGT----T-------------------------------TA-ATT----A----T---------C-A-A----------T-G--CGC-ACG-A--T-A--T-TTC-A-----GAA-TGGAAGATgtttcttcaatcgaattatagcatgttatccacgtcaaaccaggagaatagtttaattatcaatgcgcacgatatttcagaatggaagatatataacttatcatttgaa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                          tatcgttaattaaattgaagggataatggaattaattattgcgcTTCAA-T---T--ATC--AT----GC-T---CAA------CAATTCAGC-AAAA-T-AAT----T----AA-T-G-T-AT---------CAA----CA-ATTC--AA----T---------T-A-A----------T-G--TGC-GCA-A--T-T--A-ATA-A-----GAACTCGAAGGTatataacttatcatttgaa
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           at-------AGTCCAG-T---T--ATA--GC----GC-T---CAC------AAATTCAGC-AAAAAT-AAT----T----A---------T---------TAT----AAGATTC--AA----T---------T-T-A----------T-A--CGC-GCA-A--T-A--A-TTT-A-----GAC-TTGAAGATtcattattcttttaacttggctttagtgtatcaatattgcaattgcgtaacatctgtaacattctaactaaagatatcttcgttatttga
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): TGATTGAAGATATTGTGAGCATTAATTAATTCCATGGATAAGAGCTATAATTGATACAATTATTGCTGTAATTAATTGATGCACGGATTAACGTTGTAGAATTACTGCTCGCAGAGTTTAATTTGGAGCTTGATATTAGTGATGAAAGGATCCCTGTTCATTTGAAGATATATTGAATTCTTTATAAGATGTTGATGCGCGC
Unaligned ( gi|34 ): TATTCGCCATAATTCAGAGTCGAAAATATCATTAATCATTTGTAGATAT
Unaligned ( gi|35 ): TTTTTTTCACAGCTCATCATGTCATGCATTGGAAGAG
Unaligned ( gi|36 ): ATTATCAAACTGAGACACATCATGTGCGCATCGAA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                            1   111                                 777777777777777777777777777777777777777777777777                 333333333333333333333333                                                                                                                                              
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                            5   888    3      66  1   7 3  1    0   999999999999999999999999999999999999999999999999       1 222 44  555555555555555555555555       1  1 0  2 1   777777777  1 444 2  555555555   2222  2   555  2222 444444444 2 1 8888888888 1 11   1   2 22 1 11 1   1 33333   1        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                            .   ...    .      ..  .   . .  .    .   ................................................       . ... ..  ........................       .  . .  . .   .........  . ... .  .........   ....  .   ...  .... ......... . . .......... . ..   .   . .. . .. .   . .....   .        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                            0   777    2      88  0   4 6  0    5   222222222222222222222222222222222222222222222222       6 888 44  999999999999999999999999       9  3 3  3 1   666666666  1 111 1  777777777   2222  0   999  1111 999999999 0 0 8888888888 0 33   0   0 77 0 44 0   2 00000   3        
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                NNNNNNTCTTGTCAATATCGCTGATATCATCGATCAACCA-TTGAATTGATGCGCGC-T--C------A--TT------GA-----GCAAC-G-------AATTCAA-T---T--ATA--GT-A--GC-T---CGCT----TCAATTCAGC-AGAA-T-AAT----T----AA-T-GAT-AT---------CAT----CA-ATTC--AA----T---------T-A-A----------T-G--CGC-GCA-A--T-A--A-TTC-A-----GAA-TTGAAGAT
Reference ( family-469 )      :                                                                                                                                                                                                                                NNNNNNTCTTATCAATATTGCTGATATCATCGATCAACCA-TTNAATTGATGCGCGC-T--C------A--TT------GA-----GCAAC-G-------AATTCAA-T---T--ATA--GT-A--GC-T---CGCT----TCAATTCAGC-AGAA-T-AAT----T----AA-T-GAT-AT---------CAT----CA-ATTC--AA----T---------T-A-A----------T-G--CGC-GCA-A--T-A--A-TTC-A-----GAA-TTGAAGAT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ------GA-----GCAA--G-------AATTCAA-T---T--TTA--TG-A--G------CGCA----TCAACTC-----------AAT----T----AT-T-GA--AT---------CAT----TG-CTTC--CA----T---------T-G-AAATGAGCAGGT-G--CGC-GCT-T--T-A--A-TTC-
gi|1                          :                                                                                                                                                           ctctcatcagcaatattgatttgataagcgcattgttgcatgtagtggagttgctcgcaaaatttaatttggagctcggtatttacaatgctgttgtgcaagTCAATAA-TTGAGTTGATG--CGC-T--C------A--T----------------AA----------AATTGAA-T---T--CT----T----GC-T---CTCT----TC-ATTTA-----AA-T-CAC----T----GT-T-GAT-AC---------CAC----CA-ATTT--AA----T---------T-G-G----------A-G--GGA-GCA-ACTT-AGCA-TGC-A-----GAA-tcttcatttaaatcactgttgataccaccaatttaattggagggagcaacttagcatgcagaataataatgatatcagcaaatcaatggatgcacacagtatttgaagga
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                     ctctcatcagcaatattgatttgataagcgcattgttgcatgtagtggagttgctcgcaaaatttaatttggagctcggtatttacaatgctgttgtgcaaggaattaaagcgcgcacctgctcatttcaatggaagcaatgatGC-AGAA-T-AAT---------AA-T-GAT-AT---------CAG----CA-AATC--AA----T---------G-G-A----------T-G--CAC-ACA-G--T-A--T-TTaataatgatatcagcaaatcaatggatgcacacagtatttgaagga
gi|10                         : ctctcatcagcaatattgatttgataagcgcattgttgcatgtagtggagttgctcgcaaaatttaatttggagctcggtatttacaatgctgttgtgcaaggaattaaagcgcgcacctgctcatttcaatggaagcaatgattcaataattgagttgatgcgctcataaaattgaattcttgctctcttcatttaaatcactgttgataccaccaatttaattggagggagcaacttagcatTGATATCACCGAT--ATCAGTTCATTTGAAG----------------A----------GA-----GCAGC---------AATTCAA-T---C--ATAAAGT-A-------------------AAT---------A-T-AAA----C----AA-T-GCT-AT---------AAA----CA-AATC--AA----T---------T-A-A----------T-G--CGC-ACA-A--C-A--A-TTT-A-----GAT-TTGAAGATgaagga
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tttaatcgagttatagcgcacaAA-T-AAT----T----GA-T-GAT-AT---------CTT----CA-AATCTAAA----T---------T-G-T----------T-G--TGC-GCA-T--T-A--A-TTatcatcaattatttggagatatcttaatt
gi|11                         :                                                                                                                                                                 tttaatcgagttatagcgcacatgatatcaccgatatcagttcatttgaagagagcagcaattcaatcataaagtaaatataaacaatgctataaacaaatcA-TTGAATGAATGAGCGC-T--TCAATTTA--TTTGAACAGA-----GCAAT-A-------AAT-CAG-G---T--GTT--GT-A---------CGTT----TCAATTTCGT-AGAA-T-GAT----C----AA-T-GAT-AT---------CAT----------------------------------------------A--CGC-GAA-C--T-A--A-TTC-A-----GAA-TTGAAGATtggagatatcttaatt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        attaattcaattgaaaagagcaattatttaattattatacacatta---------CAT----CA-ATTC--AA----T---------C-A-A----------T-G--TGC-GCA-A--T-A--a
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                     aaA-TTGAATTGATGCACGC-TTCC------A--TT------GA-----TCAGT-G-------AACT-AA-TAAAT--AAA--GT-ATAAT-G---CGCT----TCAGTTCTGC-AGAA-T-AAT----TTT--AA-T-GAT-AT---------CCT----CA-ATTC--AA----A---------C-A-A----------T-G--CGC-GTA-A--T-A--A-TTC-T-----GAA-TTGAAGATcacgcttccattgatcagtgaactaataaataaagtataatgcgcttcagttctgcagaataattttaatgatatcctcaattcaaacaatgcgcgtaataattctgaattgaagatataatttactatttga
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aatattgcgcacattgAA-T-AGT----A----AA-T-TAT-AT---------CTT----CA-ATTCAGAA----T---------T-A-T----------T-A--CGC-GCA-T--T-G--T-TT--------GAA-TTGAGGATataatttactatttga
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                    aatattgcgcacattgattgaattgatgcacgcttccattgatcagtgaactaataaataaagtataatgcgcttcagttctgcagaataattttaatgat------GA-----GCAAC-T-------A-TTCAA-T---T--ATA--G------C-G---CACT----TCAATTCCCC-AGAA-A-AAT----C----AA-T-TAT-ATAT-------CAT----CA-TTTC--AA----T---------T-A-A----------T-A--TGC-ACA-A--T-A--G-TTA-A-----GAA-TTCAAGAtga
gi|14                         :                                                                                                                                                                               aattatagcgcgctttaactgggttaccgtgcgctttgaacgattcatttgcagaTCTTGT-AATAT-GCTG-CATTAT---TCAAT---TTCAATT-ATGTGCGC-T------------TT------AA-----GCATT-G-------AATCCAA-T---T--ACA--AT-A--GC-T---CGCT----TCAATTCAGC-AAAA-C-AAC----T----AA-T-GAT-AT---------CAT----CA-ATTA--AA----T---------T-G-A----------T-A--CGC-GCA-A--T-A--A-TTC-A-----GAA-TTGAGGATgatc
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aaataaA-----ACAAC-A-------AAT-CAA-T---T--ATA--GC----GC-T---CA-T----TCTTTTCAGC-AGAA-G-AAT----TTTA-AA-T-GCT-AT---------CATTCAACA-ATTC--AA----T---------T-A-AC---------C-G--CGC-ACA-A--
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ttcattgttcagaaaaaaac-------AATTCAG-T---T--AT----T----GC-G---CGCT----TAAATTCGAT-AGAA-T-AAT----G----AA-T-GGT-AT---------CGA----TA-ATCC--AATCATT---------T-A-A----------T-G--CGT-GCA-A--T-C--A-TTC-C-----GAA-TGGAAGATatagatattttaattattcgatgaga
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                   aatTCTTATCAAT--TACTGATATCATCAATCAACCA-TTCAATT-ATA-GC------------------------GA-----GCAAC---------AATTCAA-T---T--ACA---T-A--GT-G---CGCA----TAAATTCAGC-AGAA---AAT----T----AA-C---T-AT-----------T----CA-ACT---A---------------T-A-A----------T-G--CGC-GCA-A--T-C--A-TTatcgtcatttatttggagagatcattattgcgcg
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aat-------AATTTAA-T---C--ATA---T-A--AC-T---CA------TCAATGTAGC-AGAG-T-AGT----T----AA-T-ACT-AT---------CAA----CA-ATTA--AA----T---------T-A-A----------T-A--TGC-GCA-A--T-A--A-CAT-A-----GAG-TCGAA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     acA-ATT---GA----T---------T-ATA----------T-G--CGC-GCA-A--T-A----TTC-A-----GAA-TTAAAGATactatcattaatcatttgtagatatcttta
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                      CA-TTTAATTG---CGCGC----C------A------------------CGAA-T-------AATTCAA-T---T--AAA--G--A--TC-T---CTTT----TAAAT---------A-T-AAT----TT---AG-T-GAT-AT---------CTT----TA-ATTCTGAA--------------T-A-T----------T-G--CGC-GCATA--T-A--A-Tatcactaaattatatttaaaagagatctttaattgaattattcgtggcgcgcaattaaatgac
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                aattgCCA-GTGAATTGATG----------------A--T--------A-----TCAAC-G-------A-TTGGA-T---T---T---GT----GC-G---CGCTACACTTAACTGAAG-AGAA-T-AATAATTT----AA-T---T-ACTGCGGCGCACAT----CA-ATTC--AA----A---------C-A-A----------T-G--TGC-GCA-A--T-G--A-TT--------GAA-TTac
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                         ttgaagatacctgctctaatcgtgcgattcaatgattagATCGTTGATATCATCAATTCAC---TGGAA--GA-----------------------------AA-----GTAGC---------AATTCAT-T---T--ATA--G--A--GC-T-------------------GC-AAAA-TTAGT----T----AA-T-GCT-AT---------CGG----C----CT--AA----T---------T-A-A----------T-G--CGC-GCA-G--T-A--A-CTC-T-----GAaagaaagtagcaattcatttatagagctgcaaaattagttaatgctatcggcctaattaatgcgcgcagtaactctga
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                              ttgaagatacctgctctaatcgtgcgattcaatgattagaattcaatcattgcgcacattgtttgaattgatgtgcgccgcagtaattaaattattattctcttcagttaagtgtagcgcgcacaaatccaAT-AT---------TAT----TA-ATTC--AA----T---------G-C-A----------T-G--CGC-GCA-AATT-A--A-T
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tcaatttcagagagcaataattcat-------AATTCAA-T---TTTATA--AT----GC-G---CGCT----TCAATTCCGC-AGAA-T-AAT----T----AC-T-TTT-AT---------CAT----CA-AATC--AT----T---------T-A-A----------T-G--CGT-GCG-C--T-A--A-TTC-A-----GAA-TAGAAGATtgtgcgcgattcaatttatgtgaagagagcattacat
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tt-------AATTCAA-T---TTTATA--GT-C--GA-T---C-TT----CCAATTCCGC-AAAA-A-AAT---------GA-TAGATTAT---------CAT----TA-ATTC--AA----T---------T-A-A----------T-G--CGCAGCA-A--T-A--A-TTCAA-----GAA-TTGAAa
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          AA-T-AAC----C----AA-T-GCT-AT---------CAA----CA-AATC--AA----T---------T-A-A----------C-G--AGC-GC-----T-A--A-CCC-AGATTTGAA-TTGAAGATta
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       -AGAA-T-AAT----T----AA-T-GCT-AT---------CAG----CA-ATTC--GG----T---------T-G-A----------T-GTACAC-GCA-A--T-A--G-TTC-A-----GAA-CTGAAGATcttattaaattatttgaagagatctttaattgaa
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          AA-T-AAT----T----AA-T-TAT-AT---------CTT----CA-GTTCTGAA----C---------T-A-T----------T-G--CGT-GTACA--TCA--A---C-C-----GAA-TTGataattaattatttgaagatattcttaata
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          agaataattaatgctatcag-AAT----T----AG-A-GAT-AT---------CTT----GA-ATT---AA----T---------T-A-AAGCTATTT--T-G--CGC-GCA-A--C-A--A-TTC--------AA-TTAAACATtgaagatattcttaata
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tatccactaattaatttgcagatAA-T---T--ATC--AT----GC-T---CA------TCAATTCAGC-AAAA-T-AAT----T----AA-T-GTT-AT---------CAA----CA-ATTC--AA----T---------T-A-A----------T-G--TGC-GCA-A--T-A--A-TTA-A-----GAA-CTGAAGtgagg
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ATTCAA-T---T--ATA--G------C-T---C-CT----TCAATTCAGC-AGAA-T-AA----------AA-T-----------------AT----CA-ATTC--AA----T---------T-A-A----------T-G--CAT-GCA-A--T-A--A-TTG-A-----GAA-TTGAAtcttca
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       A-ATTC--AA----TCACAGGTGCT-A-A----------T-G--TGA-GCA-A--T-A--A-CTC-A-----GAA-TTGAAGa
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ttcatttgaagagagcaatCAATTCAGC-AAAA-G-AAT----T----AA-A-TAT-AT---------CAG----CA-ATTG--AA----T---------T-A-A----------T-G--CTC-GTA-G--T-A--G-TTC-A-----GAA-TTttaccgttaatt
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ------GA-----G-AAC---------AGTCCAG-T---T--ATA--GC----GC-T---CAC------AAATTCAGC-AAAAAT-AAT----T----A---------T---------TAT----AAGATTC--AA----T---------T-T-A----------T-A--CGC-GCA-A--T-A--ATTTT-A-----GAC-TTGAAGATtga
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                cttttttcacagctcatcatgtatgcattggaaTTCAGC-AAAA-G-AAT----T----A--T-AAA-AT----------AT----CA-ATTA--AA----T---------T-A-A----------TTG--CAC-ACA-A--T-A--A-TTC-A-----GAA-TTAAAGAattcattattttttacggggatcttaaatcaaacttgttgttgcacatcatatcttcaatattgattaaagacatctataattacttga
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          AA-T-GAT----T----AA-T-GCT-AT---------CAG----CA--TTC--AA----C---------T-A-A----------T-G--TGC-GCA-A--T-A--G-TTT-A-----GAA-TTAAAG
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       A-ATTC--AA----A---------T-A-A----------T-G--CTC-GCA-A--T-G--A-TTC-A-----GAA-TTGAAAATttacca
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 t----T----AA-T-GGT-GT---------CAT----TG-ATTA--AA----T---------TTA-A----------T----CGT-GCA-T--T-A--A-TTC-A-----GAA-TTGAAGATattttaactatctgaa
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        T------GA-----GAAGC-AT------AATTCAA-T---T--ATG--GCGA--GCAT---CACT----T---TT----------T-AAT----T----AACT-GATCAT---------CAT----TA-A-TC--AT----TA--------T-A-A----------A-G--AGA-GCA-A--T-A--A-TTC-A------AA-TTaata
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aattaa------GA-----GCAAT---------AATTCAAAT---T--ATA--GC----GC-T---C--T----TCAATTCAGCAAAAA-G-AAT----TTTAAAA-A-GAT-AT---------CAT----CA-ACTG--AA----T---------GAA-A----------T-G--CGC-GCG-A--T-A--A--TC-A-----GAatagcgctcttcaattcagcaaaaagaattttaaaaagatatcatcaactgaatgaaatgcgcgcgataatcagattatcatatatattataattatttaaagagatc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                            aattaatgagaagcataattcaattatggcgagcatcactttttaattaactgatcatcattaatcattataaagaT----TCAATTCAGC-AGAA-T-AAT--------------GAT-GT---------TAT----CA-G------A----T---------T-A-A----------T-G--TGC-ACA-A--T-A--A-TTC-A-----GAA-TGGAAGATttatcatatatattataattatttaaagagatc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                 tgatgtggccacatcaattttttctagttacatttaaaaatcgaattacctaatgcatgcttcatctgatgagagcaataaCAATTA-TTAAATTGATGCGCGCAT--C------AATTT------AATAGGCGCAAT---------AATT-AA-T---T--CCA--TT-A-----T---CCCT----TCAATT----------T-AAT----T----AA-C-GAT-Actactaattatttgaatccataggtctgtaattgaattactgcgcgaattaaata
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                     CTA-TTAAATTGATGCGCGCAT--C------AA-TT------TA-----ATAATTGTTTCTTCAATCGAA-T---T--ATA--GC-AT-GT-TATCCACG----TCAAACCAGG-AGAA-T-AGT----T-------------------------------TA-ATT----A----T---------C-A-A----------T-G--CGC-ACG-A--T-A--T-TTC-A-----GAA-TGGAAGATtttcttcaatcgaattatagcatgttatccacgtcaaaccaggagaatagtttaattatcaatgcgcacgatatttcagaatggaagatatataacttatcatttgaa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                          tatcgttaattaaattgaagggataatggaattaattattgcgcTTCAA-T---T--ATC--AT----GC-T---CAA------CAATTCAGC-AAAA-T-AAT----T----AA-T-G-T-AT---------CAA----CA-ATTC--AA----T---------T-A-A----------T-G--TGC-GCA-A--T-T--A-ATA-A-----GAACTCGAAGGTatataacttatcatttgaa
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           at-------AGTCCAG-T---T--ATA--GC----GC-T---CAC------AAATTCAGC-AAAAAT-AAT----T----A---------T---------TAT----AAGATTC--AA----T---------T-T-A----------T-A--CGC-GCA-A--T-A--A-TTT-A-----GAC-TTGAAGATtcattattcttttaacttggctttagtgtatcaatattgcaattgcgtaacatctgtaacattctaactaaagatatcttcgttatttga
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): TGATTGAAGATATTGTGAGCATTAATTAATTCCATGGATAAGAGCTATAATTGATACAATTATTGCTGTAATTAATTGATGCACGGATTAACGTTGTAGAATTACTGCTCGCAGAGTTTAATTTGGAGCTTGATATTAGTGATGAAAGGATCCCTGTTCATTTGAAGATATATTGAATTCTTTATAAGATGTTGATGCGCGC
Unaligned ( gi|34 ): TATTCGCCATAATTCAGAGTCGAAAATATCATTAATCATTTGTAGATAT
Unaligned ( gi|35 ): TTTTTTTCACAGCTCATCATGTCATGCATTGGAAGAG
Unaligned ( gi|36 ): ATTATCAAACTGAGACACATCATGTGCGCATCGAA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                   1   11111111                               777777777777777777777777777777777777777777777777                 333333333333333333333333                                                                                                                                              
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                   5   88888888  3      66  1   7 3  2    0   999999999999999999999999999999999999999999999999       1 222 44  555555555555555555555555       1  1 0  2 1   777777777  1 444 2  555555555   2222  2   555  2222 444444444 2 1 8888888888 1 11   1   2 22 1 11 1   1 33333   1        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                   .   ........  .      ..  .   . .  .    .   ................................................       . ... ..  ........................       .  . .  . .   .........  . ... .  .........   ....  .   ...  .... ......... . . .......... . ..   .   . .. . .. .   . .....   .        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                   0   22222222  2      88  0   4 6  0    5   222222222222222222222222222222222222222222222222       6 888 44  999999999999999999999999       9  3 3  3 1   666666666  1 111 1  777777777   2222  0   999  1111 999999999 0 0 8888888888 0 33   0   0 77 0 44 0   2 00000   3        
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                       NNNNNNTCTTGTCAATATCGC---TGATATCATCGATCAACCA-TTGAATTGATGCGCGC-T--C------A--TT------GA-----GCAAC-G-------AATTCAA-T---T--ATA--GT-A--GC-T---CGCT----TCAATTCAGC-AGAA-T-AAT----T----AA-T-GAT-AT---------CAT----CA-ATTC--AA----T---------T-A-A----------T-G--CGC-GCA-A--T-A--A-TTC-A-----GAA-TTGAAGAT
Reference ( family-469 )      :                                                                                                                                                                                                                                       NNNNNNTCTTGTCAATATCGC---TGATATCATCGATCAACCA-TTGAATTGATGCGCGC-T--C------A--TT------GA-----GCAAC-G-------AATTCAA-T---T--ATA--GT-A--GC-T---CGCT----TCAATTCAGC-AGAA-T-AAT----T----AA-T-GAT-AT---------CAT----CA-ATTC--AA----T---------T-A-A----------T-G--CGC-GCA-A--T-A--A-TTC-A-----GAA-TTGAAGAT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ------GA-----GCAA--G-------AATTCAA-T---T--TTA--TG-A--G------CGCA----TCAACTC-----------AAT----T----AT-T-GA--AT---------CAT----TG-CTTC--CA----T---------T-G-AAATGAGCAGGT-G--CGC-GCT-T--T-A--A-TTC-
gi|1                          :                                                                                                                                                                     ctctcatcagcaatattgatttgataagcgcattgttgcatgtagtggagttgctcgcaaaatttaatttggagctcggtatttacaatgctgttgtgcaagTCAATAA-TTGAGTTGATG--CGC-T--C------A--T----------------AA----------AATTGAA-T---T--CT----T----GC-T---CTCT----TC-ATTTA-----AA-T-CAC----T----GT-T-GAT-AC---------CAC----CA-ATTT--AA----T---------T-G-G----------A-G--GGA-GCA-ACTT-AGCA-TGC-A-----GAA-tcttcatttaaatcactgttgataccaccaatttaattggagggagcaacttagcatgcagaataataatgatatcagcaaatcaatggatgcacacagtatttgaagga
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                               ctctcatcagcaatattgatttgataagcgcattgttgcatgtagtggagttgctcgcaaaatttaatttggagctcggtatttacaatgctgttgtgcaaggaattaaagcgcgcacctgctcatttcaatggaagcaatgatGC-AGAA-T-AAT---------AA-T-GAT-AT---------CAG----CA-AATC--AA----T---------G-G-A----------T-G--CAC-ACA-G--T-A--T-TTaataatgatatcagcaaatcaatggatgcacacagtatttgaagga
gi|10                         : ctctcatcagcaatattgatttgataagcgcattgttgcatgtagtggagttgctcgcaaaatttaatttggagctcggtatttacaatgctgttgtgcaaggaattaaagcgcgcacctgctcatttcaatggaagcaatgattcaataattgagttgatgcgctcataaaattgaattcttgctctcttcatttaaatcactgttgataccaccaatttaattggagggagcaacttagcatATAGCGCACATGATATCACCGAT--ATCAGTTCATTTGAAG----------------A----------GA-----GCAGC---------AATTCAA-T---C--ATAAAGT-A-------------------AAT---------A-T-AAA----C----AA-T-GCT-AT---------AAA----CA-AATC--AA----T---------T-A-A----------T-G--CGC-ACA-A--C-A--A-TTT-A-----GAT-TTGAAGATgaagga
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tttaatcgagttAA-T-AAT----T----GA-T-GAT-AT---------CTT----CA-AATCTAAA----T---------T-G-T----------T-G--TGC-GCA-T--T-A--A-TTatcatcaattatttggagatatcttaatt
gi|11                         :                                                                                                                                                                           tttaatcgagttatagcgcacatgatatcaccgatatcagttcatttgaagagagcagcaattcaatcataaagtaaatataaacaatgctataaacaaatcA-TTGAATGAATGAGCGC-T--TCAATTTA--TTTGAACAGA-----GCAAT-A-------AAT-CAG-G---T--GTT--GT-A---------CGTT----TCAATTTCGT-AGAA-T-GAT----C----AA-T-GAT-AT---------CAT----------------------------------------------A--CGC-GAA-C--T-A--A-TTC-A-----GAA-TTGAAGATtggagatatcttaatt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  attaattcaattgaaaagagcaattatttaattattatacacatta---------CAT----CA-ATTC--AA----T---------C-A-A----------T-G--TGC-GCA-A--T-A--a
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                               aaA-TTGAATTGATGCACGC-TTCC------A--TT------GA-----TCAGT-G-------AACT-AA-TAAAT--AAA--GT-ATAAT-G---CGCT----TCAGTTCTGC-AGAA-T-AAT----TTT--AA-T-GAT-AT---------CCT----CA-ATTC--AA----A---------C-A-A----------T-G--CGC-GTA-A--T-A--A-TTC-T-----GAA-TTGAAGATcacgcttccattgatcagtgaactaataaataaagtataatgcgcttcagttctgcagaataattttaatgatatcctcaattcaaacaatgcgcgtaataattctgaattgaagatataatttactatttga
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aatattgcgcacattgAA-T-AGT----A----AA-T-TAT-AT---------CTT----CA-ATTCAGAA----T---------T-A-T----------T-A--CGC-GCA-T--T-G--T-TT--------GAA-TTGAGGATataatttactatttga
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                              aatattgcgcacattgattgaattgatgcacgcttccattgatcagtgaactaataaataaagtataatgcgcttcagttctgcagaataattttaatgat------GA-----GCAAC-T-------A-TTCAA-T---T--ATA--G------C-G---CACT----TCAATTCCCC-AGAA-A-AAT----C----AA-T-TAT-ATAT-------CAT----CA-TTTC--AA----T---------T-A-A----------T-A--TGC-ACA-A--T-A--G-TTA-A-----GAA-TTCAAGAtga
gi|14                         :                                                                                                                                                                                      aattatagcgcgctttaactgggttaccgtgcgctttgaacgattcatttgcagaTCTTGT-AATAT-GC---TG-CATTAT---TCAAT---TTCAATT-ATGTGCGC-T------------TT------AA-----GCATT-G-------AATCCAA-T---T--ACA--AT-A--GC-T---CGCT----TCAATTCAGC-AAAA-C-AAC----T----AA-T-GAT-AT---------CAT----CA-ATTA--AA----T---------T-G-A----------T-A--CGC-GCA-A--T-A--A-TTC-A-----GAA-TTGAGGATgatc
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aaataaA-----ACAAC-A-------AAT-CAA-T---T--ATA--GC----GC-T---CA-T----TCTTTTCAGC-AGAA-G-AAT----TTTA-AA-T-GCT-AT---------CATTCAACA-ATTC--AA----T---------T-A-AC---------C-G--CGC-ACA-A--
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ttcattgttcagaaaaaaac-------AATTCAG-T---T--AT----T----GC-G---CGCT----TAAATTCGAT-AGAA-T-AAT----G----AA-T-GGT-AT---------CGA----TA-ATCC--AATCATT---------T-A-A----------T-G--CGT-GCA-A--T-C--A-TTC-C-----GAA-TGGAAGATatagatattttaattattcgatgaga
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                          aatTCTTATCAAT--TAC---TGATATCATCAATCAACCA-TTCAATT-ATA-GC------------------------GA-----GCAAC---------AATTCAA-T---T--ACA---T-A--GT-G---CGCA----TAAATTCAGC-AGAA---AAT----T----AA-C---T-AT-----------T----CA-ACT---A---------------T-A-A----------T-G--CGC-GCA-A--T-C--A-TTatcgtcatttatttggagagatcattattgcgcg
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aat-------AATTTAA-T---C--ATA---T-A--AC-T---CA------TCAATGTAGC-AGAG-T-AGT----T----AA-T-ACT-AT---------CAA----CA-ATTA--AA----T---------T-A-A----------T-A--TGC-GCA-A--T-A--A-CAT-A-----GAG-TCGAA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               acA-ATT---GA----T---------T-ATA----------T-G--CGC-GCA-A--T-A----TTC-A-----GAA-TTAAAGATactatcattaatcatttgtagatatcttta
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                CA-TTTAATTG---CGCGC----C------A------------------CGAA-T-------AATTCAA-T---T--AAA--G--A--TC-T---CTTT----TAAAT---------A-T-AAT----TT---AG-T-GAT-AT---------CTT----TA-ATTCTGAA--------------T-A-T----------T-G--CGC-GCATA--T-A--A-Tatcactaaattatatttaaaagagatctttaattgaattattcgtggcgcgcaattaaatgac
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                          aattgCCA-GTGAATTGATG----------------A--T--------A-----TCAAC-G-------A-TTGGA-T---T---T---GT----GC-G---CGCTACACTTAACTGAAG-AGAA-T-AATAATTT----AA-T---T-ACTGCGGCGCACAT----CA-ATTC--AA----A---------C-A-A----------T-G--TGC-GCA-A--T-G--A-TT--------GAA-TTac
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                ttgaagatacctgctctaatcgtgcgattcaatgattagATCGT---TGATATCATCAATTCAC---TGGAA--GA-----------------------------AA-----GTAGC---------AATTCAT-T---T--ATA--G--A--GC-T-------------------GC-AAAA-TTAGT----T----AA-T-GCT-AT---------CGG----C----CT--AA----T---------T-A-A----------T-G--CGC-GCA-G--T-A--A-CTC-T-----GAaagaaagtagcaattcatttatagagctgcaaaattagttaatgctatcggcctaattaatgcgcgcagtaactctga
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                        ttgaagatacctgctctaatcgtgcgattcaatgattagaattcaatcattgcgcacattgtttgaattgatgtgcgccgcagtaattaaattattattctcttcagttaagtgtagcgcgcacaaatccaAT-AT---------TAT----TA-ATTC--AA----T---------G-C-A----------T-G--CGC-GCA-AATT-A--A-T
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tcaatttcagagagcaataattcat-------AATTCAA-T---TTTATA--AT----GC-G---CGCT----TCAATTCCGC-AGAA-T-AAT----T----AC-T-TTT-AT---------CAT----CA-AATC--AT----T---------T-A-A----------T-G--CGT-GCG-C--T-A--A-TTC-A-----GAA-TAGAAGATtgtgcgcgattcaatttatgtgaagagagcattacat
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tt-------AATTCAA-T---TTTATA--GT-C--GA-T---C-TT----CCAATTCCGC-AAAA-A-AAT---------GA-TAGATTAT---------CAT----TA-ATTC--AA----T---------T-A-A----------T-G--CGCAGCA-A--T-A--A-TTCAA-----GAA-TTGAAa
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AA-T-AAC----C----AA-T-GCT-AT---------CAA----CA-AATC--AA----T---------T-A-A----------C-G--AGC-GC-----T-A--A-CCC-AGATTTGAA-TTGAAGATta
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -AGAA-T-AAT----T----AA-T-GCT-AT---------CAG----CA-ATTC--GG----T---------T-G-A----------T-GTACAC-GCA-A--T-A--G-TTC-A-----GAA-CTGAAGATcttattaaattatttgaagagatctttaattgaa
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AA-T-AAT----T----AA-T-TAT-AT---------CTT----CA-GTTCTGAA----C---------T-A-T----------T-G--CGT-GTACA--TCA--A---C-C-----GAA-TTGataattaattatttgaagatattcttaata
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    agaataattaatgctatcag-AAT----T----AG-A-GAT-AT---------CTT----GA-ATT---AA----T---------T-A-AAGCTATTT--T-G--CGC-GCA-A--C-A--A-TTC--------AA-TTAAACATtgaagatattcttaata
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tatccactaattaatttgcagatAA-T---T--ATC--AT----GC-T---CA------TCAATTCAGC-AAAA-T-AAT----T----AA-T-GTT-AT---------CAA----CA-ATTC--AA----T---------T-A-A----------T-G--TGC-GCA-A--T-A--A-TTA-A-----GAA-CTGAAGtgagg
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ATTCAA-T---T--ATA--G------C-T---C-CT----TCAATTCAGC-AGAA-T-AA----------AA-T-----------------AT----CA-ATTC--AA----T---------T-A-A----------T-G--CAT-GCA-A--T-A--A-TTG-A-----GAA-TTGAAtcttca
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 A-ATTC--AA----TCACAGGTGCT-A-A----------T-G--TGA-GCA-A--T-A--A-CTC-A-----GAA-TTGAAGa
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ttcatttgaagagagcaatCAATTCAGC-AAAA-G-AAT----T----AA-A-TAT-AT---------CAG----CA-ATTG--AA----T---------T-A-A----------T-G--CTC-GTA-G--T-A--G-TTC-A-----GAA-TTttaccgttaatt
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ------GA-----G-AAC---------AGTCCAG-T---T--ATA--GC----GC-T---CAC------AAATTCAGC-AAAAAT-AAT----T----A---------T---------TAT----AAGATTC--AA----T---------T-T-A----------T-A--CGC-GCA-A--T-A--ATTTT-A-----GAC-TTGAAGATtga
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          cttttttcacagctcatcatgtatgcattggaaTTCAGC-AAAA-G-AAT----T----A--T-AAA-AT----------AT----CA-ATTA--AA----T---------T-A-A----------TTG--CAC-ACA-A--T-A--A-TTC-A-----GAA-TTAAAGAattcattattttttacggggatcttaaatcaaacttgttgttgcacatcatatcttcaatattgattaaagacatctataattacttga
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AA-T-GAT----T----AA-T-GCT-AT---------CAG----CA--TTC--AA----C---------T-A-A----------T-G--TGC-GCA-A--T-A--G-TTT-A-----GAA-TTAAAG
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 A-ATTC--AA----A---------T-A-A----------T-G--CTC-GCA-A--T-G--A-TTC-A-----GAA-TTGAAAATttacca
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           t----T----AA-T-GGT-GT---------CAT----TG-ATTA--AA----T---------TTA-A----------T----CGT-GCA-T--T-A--A-TTC-A-----GAA-TTGAAGATattttaactatctgaa
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  T------GA-----GAAGC-AT------AATTCAA-T---T--ATG--GCGA--GCAT---CACT----T---TT----------T-AAT----T----AACT-GATCAT---------CAT----TA-A-TC--AT----TA--------T-A-A----------A-G--AGA-GCA-A--T-A--A-TTC-A------AA-TTaata
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aattaa------GA-----GCAAT---------AATTCAAAT---T--ATA--GC----GC-T---C--T----TCAATTCAGCAAAAA-G-AAT----TTTAAAA-A-GAT-AT---------CAT----CA-ACTG--AA----T---------GAA-A----------T-G--CGC-GCG-A--T-A--A--TC-A-----GAatagcgctcttcaattcagcaaaaagaattttaaaaagatatcatcaactgaatgaaatgcgcgcgataatcagattatcatatatattataattatttaaagagatc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aattaatgagaagcataattcaattatggcgagcatcactttttaattaactgatcatcattaatcattataaagaT----TCAATTCAGC-AGAA-T-AAT--------------GAT-GT---------TAT----CA-G------A----T---------T-A-A----------T-G--TGC-ACA-A--T-A--A-TTC-A-----GAA-TGGAAGATttatcatatatattataattatttaaagagatc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                           tgatgtggccacatcaattttttctagttacatttaaaaatcgaattacctaatgcatgcttcatctgatgagagcaataaCAATTA-TTAAATTGATGCGCGCAT--C------AATTT------AATAGGCGCAAT---------AATT-AA-T---T--CCA--TT-A-----T---CCCT----TCAATT----------T-AAT----T----AA-C-GAT-Actactaattatttgaatccataggtctgtaattgaattactgcgcgaattaaata
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                               CTA-TTAAATTGATGCGCGCAT--C------AA-TT------TA-----ATAATTGTTTCTTCAATCGAA-T---T--ATA--GC-AT-GT-TATCCACG----TCAAACCAGG-AGAA-T-AGT----T-------------------------------TA-ATT----A----T---------C-A-A----------T-G--CGC-ACG-A--T-A--T-TTC-A-----GAA-TGGAAGATtttcttcaatcgaattatagcatgttatccacgtcaaaccaggagaatagtttaattatcaatgcgcacgatatttcagaatggaagatatataacttatcatttgaa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tatcgttaattaaattgaagggataatggaattaattattgcgcTTCAA-T---T--ATC--AT----GC-T---CAA------CAATTCAGC-AAAA-T-AAT----T----AA-T-G-T-AT---------CAA----CA-ATTC--AA----T---------T-A-A----------T-G--TGC-GCA-A--T-T--A-ATA-A-----GAACTCGAAGGTatataacttatcatttgaa
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     at-------AGTCCAG-T---T--ATA--GC----GC-T---CAC------AAATTCAGC-AAAAAT-AAT----T----A---------T---------TAT----AAGATTC--AA----T---------T-T-A----------T-A--CGC-GCA-A--T-A--A-TTT-A-----GAC-TTGAAGATtcattattcttttaacttggctttagtgtatcaatattgcaattgcgtaacatctgtaacattctaactaaagatatcttcgttatttga
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): TGATTGAAGATATTGTGAGCATTAATTAATTCCATGGATAAGAGCTATAATTGATACAATTATTGCTGTAATTAATTGATGCACGGATTAACGTTGTAGAATTACTGCTCGCAGAGTTTAATTTGGAGCTTGATATTAGTGATGAAAGGATCCCTGTTCATTTGAAGATATATTGAATTCTTTATAAGATGTTGATGCGCGC
Unaligned ( gi|34 ): TATTCGCCATAATTCAGAGTCGAAAATATCATTAATCATTTGTAGATAT
Unaligned ( gi|35 ): TTTTTTTCACAGCTCATCATGTCATGCATTGGAAGAG
Unaligned ( gi|36 ): ATTATCAAACTGAGACACATCATGTGCGCATCGAA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                   1   11111111                               777777777777777777777777777777777777777777777777                 333333333333333333333333                                                                                                                                              
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                   5   88888888  3      66  1   7 3  2    0   999999999999999999999999999999999999999999999999       1 222 44  555555555555555555555555       1  1 0  2 1   777777777  1 444 2  555555555   2222  2   555  2222 444444444 2 1 8888888888 1 11   1   2 22 1 11 1   1 33333   1        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                   .   ........  .      ..  .   . .  .    .   ................................................       . ... ..  ........................       .  . .  . .   .........  . ... .  .........   ....  .   ...  .... ......... . . .......... . ..   .   . .. . .. .   . .....   .        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                   0   22222222  2      88  0   4 6  0    5   222222222222222222222222222222222222222222222222       6 888 44  999999999999999999999999       9  3 3  3 1   666666666  1 111 1  777777777   2222  0   999  1111 999999999 0 0 8888888888 0 33   0   0 77 0 44 0   2 00000   3        
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                       NNNNNNTCTTGTCAATATCGC---TGATATCATCGATCAACCA-TTGAATTGATGCGCGC-T--C------A--TT------GA-----GCAAC-G-------AATTCAA-T---T--ATA--GT-A--GC-T---CGCT----TCAATTCAGC-AGAA-T-AAT----T----AA-T-GAT-AT---------CAT----CA-ATTC--AA----T---------T-A-A----------T-G--CGC-GCA-A--T-A--A-TTC-A-----GAA-TTGAAGAT
Reference ( family-469 )      :                                                                                                                                                                                                                                       NNNNNNTCTTGTCAATATCGC---TGATATCATCGATCAACCA-TTGAATTGATGCGCGC-T--C------A--TT------GA-----GCAAC-G-------AATTCAA-T---T--ATA--GT-A--GC-T---CGCT----TCAATTCAGC-AGAA-T-AAT----T----AA-T-GAT-AT---------CAT----CA-ATTC--AA----T---------T-A-A----------T-G--CGC-GCA-A--T-A--A-TTC-A-----GAA-TTGAAGAT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ------GA-----GCAA--G-------AATTCAA-T---T--TTA--TG-A--G------CGCA----TCAACTC-----------AAT----T----AT-T-GA--AT---------CAT----TG-CTTC--CA----T---------T-G-AAATGAGCAGGT-G--CGC-GCT-T--T-A--A-TTC-
gi|1                          :                                                                                                                                                                     ctctcatcagcaatattgatttgataagcgcattgttgcatgtagtggagttgctcgcaaaatttaatttggagctcggtatttacaatgctgttgtgcaagTCAATAA-TTGAGTTGATG--CGC-T--C------A--T----------------AA----------AATTGAA-T---T--CT----T----GC-T---CTCT----TC-ATTTA-----AA-T-CAC----T----GT-T-GAT-AC---------CAC----CA-ATTT--AA----T---------T-G-G----------A-G--GGA-GCA-ACTT-AGCA-TGC-A-----GAA-tcttcatttaaatcactgttgataccaccaatttaattggagggagcaacttagcatgcagaataataatgatatcagcaaatcaatggatgcacacagtatttgaagga
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                               ctctcatcagcaatattgatttgataagcgcattgttgcatgtagtggagttgctcgcaaaatttaatttggagctcggtatttacaatgctgttgtgcaaggaattaaagcgcgcacctgctcatttcaatggaagcaatgatGC-AGAA-T-AAT---------AA-T-GAT-AT---------CAG----CA-AATC--AA----T---------G-G-A----------T-G--CAC-ACA-G--T-A--T-TTaataatgatatcagcaaatcaatggatgcacacagtatttgaagga
gi|10                         : ctctcatcagcaatattgatttgataagcgcattgttgcatgtagtggagttgctcgcaaaatttaatttggagctcggtatttacaatgctgttgtgcaaggaattaaagcgcgcacctgctcatttcaatggaagcaatgattcaataattgagttgatgcgctcataaaattgaattcttgctctcttcatttaaatcactgttgataccaccaatttaattggagggagcaacttagcatATAGCGCACATGATATCACCGAT--ATCAGTTCATTTGAAG----------------A----------GA-----GCAGC---------AATTCAA-T---C--ATAAAGT-A-------------------AAT---------A-T-AAA----C----AA-T-GCT-AT---------AAA----CA-AATC--AA----T---------T-A-A----------T-G--CGC-ACA-A--C-A--A-TTT-A-----GAT-TTGAAGATgaagga
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tttaatcgagttAA-T-AAT----T----GA-T-GAT-AT---------CTT----CA-AATCTAAA----T---------T-G-T----------T-G--TGC-GCA-T--T-A--A-TTatcatcaattatttggagatatcttaatt
gi|11                         :                                                                                                                                                                           tttaatcgagttatagcgcacatgatatcaccgatatcagttcatttgaagagagcagcaattcaatcataaagtaaatataaacaatgctataaacaaatcA-TTGAATGAATGAGCGC-T--TCAATTTA--TTTGAACAGA-----GCAAT-A-------AAT-CAG-G---T--GTT--GT-A---------CGTT----TCAATTTCGT-AGAA-T-GAT----C----AA-T-GAT-AT---------CAT----------------------------------------------A--CGC-GAA-C--T-A--A-TTC-A-----GAA-TTGAAGATtggagatatcttaatt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  attaattcaattgaaaagagcaattatttaattattatacacatta---------CAT----CA-ATTC--AA----T---------C-A-A----------T-G--TGC-GCA-A--T-A--a
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                               aaA-TTGAATTGATGCACGC-TTCC------A--TT------GA-----TCAGT-G-------AACT-AA-TAAAT--AAA--GT-ATAAT-G---CGCT----TCAGTTCTGC-AGAA-T-AAT----TTT--AA-T-GAT-AT---------CCT----CA-ATTC--AA----A---------C-A-A----------T-G--CGC-GTA-A--T-A--A-TTC-T-----GAA-TTGAAGATcacgcttccattgatcagtgaactaataaataaagtataatgcgcttcagttctgcagaataattttaatgatatcctcaattcaaacaatgcgcgtaataattctgaattgaagatataatttactatttga
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aatattgcgcacattgAA-T-AGT----A----AA-T-TAT-AT---------CTT----CA-ATTCAGAA----T---------T-A-T----------T-A--CGC-GCA-T--T-G--T-TT--------GAA-TTGAGGATataatttactatttga
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                              aatattgcgcacattgattgaattgatgcacgcttccattgatcagtgaactaataaataaagtataatgcgcttcagttctgcagaataattttaatgat------GA-----GCAAC-T-------A-TTCAA-T---T--ATA--G------C-G---CACT----TCAATTCCCC-AGAA-A-AAT----C----AA-T-TAT-ATAT-------CAT----CA-TTTC--AA----T---------T-A-A----------T-A--TGC-ACA-A--T-A--G-TTA-A-----GAA-TTCAAGAtga
gi|14                         :                                                                                                                                                                                      aattatagcgcgctttaactgggttaccgtgcgctttgaacgattcatttgcagaTCTTGT-AATAT-GC---TG-CATTAT---TCAAT---TTCAATT-ATGTGCGC-T------------TT------AA-----GCATT-G-------AATCCAA-T---T--ACA--AT-A--GC-T---CGCT----TCAATTCAGC-AAAA-C-AAC----T----AA-T-GAT-AT---------CAT----CA-ATTA--AA----T---------T-G-A----------T-A--CGC-GCA-A--T-A--A-TTC-A-----GAA-TTGAGGATgatc
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aaataaA-----ACAAC-A-------AAT-CAA-T---T--ATA--GC----GC-T---CA-T----TCTTTTCAGC-AGAA-G-AAT----TTTA-AA-T-GCT-AT---------CATTCAACA-ATTC--AA----T---------T-A-AC---------C-G--CGC-ACA-A--
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ttcattgttcagaaaaaaac-------AATTCAG-T---T--AT----T----GC-G---CGCT----TAAATTCGAT-AGAA-T-AAT----G----AA-T-GGT-AT---------CGA----TA-ATCC--AATCATT---------T-A-A----------T-G--CGT-GCA-A--T-C--A-TTC-C-----GAA-TGGAAGATatagatattttaattattcgatgaga
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                          aatTCTTATCAAT--TAC---TGATATCATCAATCAACCA-TTCAATT-ATA-GC------------------------GA-----GCAAC---------AATTCAA-T---T--ACA---T-A--GT-G---CGCA----TAAATTCAGC-AGAA---AAT----T----AA-C---T-AT-----------T----CA-ACT---A---------------T-A-A----------T-G--CGC-GCA-A--T-C--A-TTatcgtcatttatttggagagatcattattgcgcg
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aat-------AATTTAA-T---C--ATA---T-A--AC-T---CA------TCAATGTAGC-AGAG-T-AGT----T----AA-T-ACT-AT---------CAA----CA-ATTA--AA----T---------T-A-A----------T-A--TGC-GCA-A--T-A--A-CAT-A-----GAG-TCGAA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               acA-ATT---GA----T---------T-ATA----------T-G--CGC-GCA-A--T-A----TTC-A-----GAA-TTAAAGATactatcattaatcatttgtagatatcttta
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                CA-TTTAATTG---CGCGC----C------A------------------CGAA-T-------AATTCAA-T---T--AAA--G--A--TC-T---CTTT----TAAAT---------A-T-AAT----TT---AG-T-GAT-AT---------CTT----TA-ATTCTGAA--------------T-A-T----------T-G--CGC-GCATA--T-A--A-Tatcactaaattatatttaaaagagatctttaattgaattattcgtggcgcgcaattaaatgac
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                          aattgCCA-GTGAATTGATG----------------A--T--------A-----TCAAC-G-------A-TTGGA-T---T---T---GT----GC-G---CGCTACACTTAACTGAAG-AGAA-T-AATAATTT----AA-T---T-ACTGCGGCGCACAT----CA-ATTC--AA----A---------C-A-A----------T-G--TGC-GCA-A--T-G--A-TT--------GAA-TTac
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                ttgaagatacctgctctaatcgtgcgattcaatgattagATCGT---TGATATCATCAATTCAC---TGGAA--GA-----------------------------AA-----GTAGC---------AATTCAT-T---T--ATA--G--A--GC-T-------------------GC-AAAA-TTAGT----T----AA-T-GCT-AT---------CGG----C----CT--AA----T---------T-A-A----------T-G--CGC-GCA-G--T-A--A-CTC-T-----GAaagaaagtagcaattcatttatagagctgcaaaattagttaatgctatcggcctaattaatgcgcgcagtaactctga
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                        ttgaagatacctgctctaatcgtgcgattcaatgattagaattcaatcattgcgcacattgtttgaattgatgtgcgccgcagtaattaaattattattctcttcagttaagtgtagcgcgcacaaatccaAT-AT---------TAT----TA-ATTC--AA----T---------G-C-A----------T-G--CGC-GCA-AATT-A--A-T
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tcaatttcagagagcaataattcat-------AATTCAA-T---TTTATA--AT----GC-G---CGCT----TCAATTCCGC-AGAA-T-AAT----T----AC-T-TTT-AT---------CAT----CA-AATC--AT----T---------T-A-A----------T-G--CGT-GCG-C--T-A--A-TTC-A-----GAA-TAGAAGATtgtgcgcgattcaatttatgtgaagagagcattacat
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tt-------AATTCAA-T---TTTATA--GT-C--GA-T---C-TT----CCAATTCCGC-AAAA-A-AAT---------GA-TAGATTAT---------CAT----TA-ATTC--AA----T---------T-A-A----------T-G--CGCAGCA-A--T-A--A-TTCAA-----GAA-TTGAAa
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AA-T-AAC----C----AA-T-GCT-AT---------CAA----CA-AATC--AA----T---------T-A-A----------C-G--AGC-GC-----T-A--A-CCC-AGATTTGAA-TTGAAGATta
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -AGAA-T-AAT----T----AA-T-GCT-AT---------CAG----CA-ATTC--GG----T---------T-G-A----------T-GTACAC-GCA-A--T-A--G-TTC-A-----GAA-CTGAAGATcttattaaattatttgaagagatctttaattgaa
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AA-T-AAT----T----AA-T-TAT-AT---------CTT----CA-GTTCTGAA----C---------T-A-T----------T-G--CGT-GTACA--TCA--A---C-C-----GAA-TTGataattaattatttgaagatattcttaata
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    agaataattaatgctatcag-AAT----T----AG-A-GAT-AT---------CTT----GA-ATT---AA----T---------T-A-AAGCTATTT--T-G--CGC-GCA-A--C-A--A-TTC--------AA-TTAAACATtgaagatattcttaata
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tatccactaattaatttgcagatAA-T---T--ATC--AT----GC-T---CA------TCAATTCAGC-AAAA-T-AAT----T----AA-T-GTT-AT---------CAA----CA-ATTC--AA----T---------T-A-A----------T-G--TGC-GCA-A--T-A--A-TTA-A-----GAA-CTGAAGtgagg
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ATTCAA-T---T--ATA--G------C-T---C-CT----TCAATTCAGC-AGAA-T-AA----------AA-T-----------------AT----CA-ATTC--AA----T---------T-A-A----------T-G--CAT-GCA-A--T-A--A-TTG-A-----GAA-TTGAAtcttca
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 A-ATTC--AA----TCACAGGTGCT-A-A----------T-G--TGA-GCA-A--T-A--A-CTC-A-----GAA-TTGAAGa
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ttcatttgaagagagcaatCAATTCAGC-AAAA-G-AAT----T----AA-A-TAT-AT---------CAG----CA-ATTG--AA----T---------T-A-A----------T-G--CTC-GTA-G--T-A--G-TTC-A-----GAA-TTttaccgttaatt
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ------GA-----G-AAC---------AGTCCAG-T---T--ATA--GC----GC-T---CAC------AAATTCAGC-AAAAAT-AAT----T----A---------T---------TAT----AAGATTC--AA----T---------T-T-A----------T-A--CGC-GCA-A--T-A--ATTTT-A-----GAC-TTGAAGATtga
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          cttttttcacagctcatcatgtatgcattggaaTTCAGC-AAAA-G-AAT----T----A--T-AAA-AT----------AT----CA-ATTA--AA----T---------T-A-A----------TTG--CAC-ACA-A--T-A--A-TTC-A-----GAA-TTAAAGAattcattattttttacggggatcttaaatcaaacttgttgttgcacatcatatcttcaatattgattaaagacatctataattacttga
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AA-T-GAT----T----AA-T-GCT-AT---------CAG----CA--TTC--AA----C---------T-A-A----------T-G--TGC-GCA-A--T-A--G-TTT-A-----GAA-TTAAAG
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 A-ATTC--AA----A---------T-A-A----------T-G--CTC-GCA-A--T-G--A-TTC-A-----GAA-TTGAAAATttacca
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           t----T----AA-T-GGT-GT---------CAT----TG-ATTA--AA----T---------TTA-A----------T----CGT-GCA-T--T-A--A-TTC-A-----GAA-TTGAAGATattttaactatctgaa
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  T------GA-----GAAGC-AT------AATTCAA-T---T--ATG--GCGA--GCAT---CACT----T---TT----------T-AAT----T----AACT-GATCAT---------CAT----TA-A-TC--AT----TA--------T-A-A----------A-G--AGA-GCA-A--T-A--A-TTC-A------AA-TTaata
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aattaa------GA-----GCAAT---------AATTCAAAT---T--ATA--GC----GC-T---C--T----TCAATTCAGCAAAAA-G-AAT----TTTAAAA-A-GAT-AT---------CAT----CA-ACTG--AA----T---------GAA-A----------T-G--CGC-GCG-A--T-A--A--TC-A-----GAatagcgctcttcaattcagcaaaaagaattttaaaaagatatcatcaactgaatgaaatgcgcgcgataatcagattatcatatatattataattatttaaagagatc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aattaatgagaagcataattcaattatggcgagcatcactttttaattaactgatcatcattaatcattataaagaT----TCAATTCAGC-AGAA-T-AAT--------------GAT-GT---------TAT----CA-G------A----T---------T-A-A----------T-G--TGC-ACA-A--T-A--A-TTC-A-----GAA-TGGAAGATttatcatatatattataattatttaaagagatc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                           tgatgtggccacatcaattttttctagttacatttaaaaatcgaattacctaatgcatgcttcatctgatgagagcaataaCAATTA-TTAAATTGATGCGCGCAT--C------AATTT------AATAGGCGCAAT---------AATT-AA-T---T--CCA--TT-A-----T---CCCT----TCAATT----------T-AAT----T----AA-C-GAT-Actactaattatttgaatccataggtctgtaattgaattactgcgcgaattaaata
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                               CTA-TTAAATTGATGCGCGCAT--C------AA-TT------TA-----ATAATTGTTTCTTCAATCGAA-T---T--ATA--GC-AT-GT-TATCCACG----TCAAACCAGG-AGAA-T-AGT----T-------------------------------TA-ATT----A----T---------C-A-A----------T-G--CGC-ACG-A--T-A--T-TTC-A-----GAA-TGGAAGATtttcttcaatcgaattatagcatgttatccacgtcaaaccaggagaatagtttaattatcaatgcgcacgatatttcagaatggaagatatataacttatcatttgaa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tatcgttaattaaattgaagggataatggaattaattattgcgcTTCAA-T---T--ATC--AT----GC-T---CAA------CAATTCAGC-AAAA-T-AAT----T----AA-T-G-T-AT---------CAA----CA-ATTC--AA----T---------T-A-A----------T-G--TGC-GCA-A--T-T--A-ATA-A-----GAACTCGAAGGTatataacttatcatttgaa
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     at-------AGTCCAG-T---T--ATA--GC----GC-T---CAC------AAATTCAGC-AAAAAT-AAT----T----A---------T---------TAT----AAGATTC--AA----T---------T-T-A----------T-A--CGC-GCA-A--T-A--A-TTT-A-----GAC-TTGAAGATtcattattcttttaacttggctttagtgtatcaatattgcaattgcgtaacatctgtaacattctaactaaagatatcttcgttatttga


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                   C   ATCGT     A      CA  C   C G  C        AGCGCTTCAATTTATTTGAACAGAGCAATA                         A AAA TT  AGCATGTTATCCACG                A  A    A T   AATTT      C AGA T  TGCGGCGCA   TCAA  G   CTA  TCAT CACAGGTGC T   AGCTATTT     TA       T CT C GC T   A GATTT   C
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                       ATGC      A      CA  C   C .  G        CGCGCATCAATTTAATAATTGTTTCTTC                           . .   TT  AGTATAATGCGCT                  C  .    A .   TTTAA      . GA  C  AT          .     G   CAG  .    A         A   C            .        C AT . .  .   . .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                       TAC       .      .   T   C .  G        CGCGCATCAATTTAATAGGCGCAAT                              . .   .   GTGCGCGCTACAC                  T  .    . .   TTTA       . GA  .  .           .     .   CTG  .    .         .   .            .        . .  . .  .   . .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                            C   C .  C        CACGCTTCCATTGATCAGTG                                   . .   .   GGCGAGCATCACT                  C  .    . .   TTT        . GC  .  .           .     .   CTG  .    .         .   .            .        . .  . .  .   . .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                            .   T .  C        TGCGCTTTAAGCATTG                                       . .   .   AATAGCTCGCT                    A  .    . .   TT         . GA  .  .           .     .   T    .    .         .   .            .        . .  . .  .   . .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                T .  T        CGCGCCACGAAT                                           . .   .   ATAGTGCGCA                     A  .    . .   T          . GA  .  .           .     .   C    .    .         .   .            .        . .  . .  .   . .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                . .  G        GCGAGCAAC                                              . .   .   AGATCTCTTT                     G  .    . .   C          . GA  .  .           .     .   C    .    .         .   .            .        . .  . .  .   . .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                . .  G        ATATCAACG                                              . .   .   AATGCGCGCT                     A  .    . .   T          . TA  .  .           .     .   C    .    .         .   .            .        . .  . .  .   . .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                  .  A        AGAGCAGC                                               . .   .   AGTCGATCTT                     A  .    . .   C          . TA  .  .           .     .   C    .    .         .   .            .        . .  . .  .   . .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                  .  A        AAGTAGC                                                . .   .   AGCGCTCAT                      A  .    . .   A          . GA  .  .           .     .   C    .    .         .   .            .        . .  . .  .   . .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     . .   .   AGCGCTCAC                      C  .    . .   C          . GC  .  .           .     .   A    .    .         .   .            .        . .  . .  .   . .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     . .   .   ATTATCCCT                      C  .    . .   T          . GG  .  .           .     .   C    .    .         .   .            .        . .  . .  .   . .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     . .   .   CATGCTCAA                      A  .    . .   G          . AC  .  .           .     .   C    .    .         .   .            .        . .  . .  .   . .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     . .   .   AGCGCTCAC                      A  .    . .   T          . GA  .  .           .     .   A    .    .         .   .            .        . .  . .  .   . .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     . .   .   TGCTCTCT                       A  .    . .   T          . GC  .  .           .     .   C    .    .         .   .            .        . .  . .  .   . .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     . .   .   TGTACGTT                       A  .    . .   T          . TT  .  .           .     .   T    .    .         .   .            .        . .  . .  .   . .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     . .   .   AGCGCACT                       A  .    . .   T          . GC  .  .           .     .   C    .    .         .   .            .        . .  . .  .   . .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     . .   .   TGCGCGCT                       A  .    . .   C          . GC  .  .           .     .   C    .    .         .   .            .        . .  . .  .   . .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     . .   .   ATAACTCA                       A  .    . .   T          . TA  .  .           .     .   C    .    .         .   .            .        . .  . .  .   . .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     . .   .   CATGCTCA                       A  .    . .   T          . GA  .  .           .     .   C    .    .         .   .            .        . .  . .  .   . .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     . .   .   AGCGCTCT                       A  .    . .   T          . GT  .  .           .     .   C    .    .         .   .            .        . .  . .  .   . .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     . .   .   AGCTCCT                        A  .    . .   T          . TA  .  .           .     .   C    .    .         .   .            .        . .  . .  .   . .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     . .   .   AAAGTA                         .  .    . .   T          . AA  .  .           .     .   C    .    .         .   .            .        . .  . .  .   . .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     . .   .   AGAGCT                         .  .    . .   T          . GC  .  .           .     .   C    .    .         .   .            .        . .  . .  .   . .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              .  .    . .   T          . GG  .  .           .     .   G    .    .         .   .            .        . .  . .  .   . .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              .  .    . .   T          . GA  .  .           .     .   C    .    .         .   .            .        . .  . .  .   . .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              .  .    . .   T          . GA  .  .           .     .   A    .    .         .   .            .        . .  . .  .   . .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 .    . .   T          . GA  .  .           .     .   C    .    .         .   .            .        . .  . .  .   . .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 .    . .   T          . GA  .  .           .     .   C    .    .         .   .            .        . .  . .  .   . .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      . .   T          . G   .  .           .     .   A    .    .         .   .            .        . .  . .  .   . .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      . .   T          . .   .  .           .     .   C    .    .         .   .            .        . .  . .  .   . .        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      . .   T          . .   .  .           .     .   G    .    .         .   .            .        . .  . .  .   . .        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      . .   .          . .   .  .           .     .   C    .    .         .   .            .        . .  . .  .   .          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      . .   .          . .   .  .           .     .   C    .    .         .   .            .        . .  . .  .              
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        .   .          . .   .  .           .     .   .    .    .         .   .            .        . .  . .  .              
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            .          . .   .  .           .     .   .    .    .         .   .            .        . .  . .  .              
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             .  .           .     .   .    .    .         .   .            .        . .  . .  .              
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  .   .    .    .         .   .            .        . .  . .  .              
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  .   .    .    .         .   .            .        . .  . .                 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  .   .    .    .         .   .            .        . .                      


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AGCGCNCT****************                                                                                       **********
originalCons                  :                                                                                                                                                                                                                                       NNNNNNTCTTGTCAATATCGC---TGATATCATCGATCAACCA-TTGAATTGATGCGCGC-T--C------A--TT------GA-----GCAAC-G-------AATTCAA-T---T--ATA--GT-A--GC-T---CGCT----TCAATTCAGC-AGAA-T-AAT----T----AA-T-GAT-AT---------CAT----CA-ATTC--AA----T---------T-A-A----------T-G--CGC-GCA-A--T-A--A-TTC-A-----GAA-TTGAAGAT
finalCons                     :                                                                                                                                                                                                                                       NNNNNNTCTTGTCAATATCGC---TGATATCATCGATCAACCA-TTGAATTGATGCGCGC-T--C------A--TT------GA-----GCAAC-G-------AATTCAA-T---T--ATAGCGCNCT----------------TCAATTCAGC-AGAA-T-AAT----T----AA-T-GAT-AT---------CAT----CA-ATTC--AA----T---------T-A-A----------T-G--CGC-GCA-A--T-A--A-TTC-A-----GAA-TTGAAGAT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): TGATTGAAGATATTGTGAGCATTAATTAATTCCATGGATAAGAGCTATAATTGATACAATTATTGCTGTAATTAATTGATGCACGGATTAACGTTGTAGAATTACTGCTCGCAGAGTTTAATTTGGAGCTTGATATTAGTGATGAAAGGATCCCTGTTCATTTGAAGATATATTGAATTCTTTATAAGATGTTGATGCGCGC
Unaligned ( gi|34 ): TATTCGCCATAATTCAGAGTCGAAAATATCATTAATCATTTGTAGATAT
Unaligned ( gi|35 ): TTTTTTTCACAGCTCATCATGTCATGCATTGGAAGAG
Unaligned ( gi|36 ): ATTATCAAACTGAGACACATCATGTGCGCATCGAA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                            1        222                                777777777777777777777777777777777777777777777777                                          1111111111                                                                                                                                                                
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                            5   777  888  0      44      99 3  2      0 666666666666666666666666666666666666666666666666       1 55555555 55 222  44 22 4444444 2 0000000000 11    44444444 11 1 33333  2 1  3333  5555  22 6666 2  333333333   2222  1    66  1111 444444444 1 0 9999999999 222 11   0   1 22 0 11 1   1 22222 1  1        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                            .   ...  ...  .      ..      .. .  .      . ................................................       . ........ .. ...  .. .. ....... . .......... ..    ........ .. . .....  . .  ....  ....  .. .... .  .........   ....  .    ..  .... ......... . . .......... ... ..   .   . .. . .. .   . ..... .  .        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                            0   111  000  8      66      00 3  3      6 666666666666666666666666666666666666666666666666       4 00000000 77 444  77 88 5555555 8 3333333333 55    55555555 44 2 55555  1 0  2222  2222  44 6666 0  999999999   1111  8    22  9999 555555555 8 9 1111111111 555 22   9   8 55 9 33 0   1 99999 2  2        
consensus                     :                                                                                                                                                                                                NNNNNNTCTTGTCAATATCGC--ATGATATCATCGATCAACC-A-TTGAATTGATGCGCGC-T--C------A--TT------GA-----GCAAC-G-------AATTCAA-T--------T--A---TA--G-CG-------CNC-----T----TC-AATT--------CAGC-A----GAA-T-AA----TT----AA--T--GAT-AT---------CAT----CA-ATTC--AA----T---------T-A-A----------T---G--CGC-GCA-A--T-A--A-TTC-A-----G-AA-TTGAAGAT
Reference ( family-469 )      :                                                                                                                                                                                                NNNNNNTCTTGTCAATATCGC---TGATATCATCGATCAACC-A-TTGAATTGATGCGCGC-T--C------A--TT------GA-----GCAAC-G-------AATTCAA-T--------T--A---TA--G-CG-------CNC-----T----TC-AATT--------CAGC-A----GAA-T-AA----TT----AA--T--GAT-AT---------CAT----CA-ATTC--AA----T---------T-A-A----------T---G--CGC-GCA-A--T-A--A-TTC-A-----G-AA-TTGAAGAT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                             ------GA-----GCAA--G-------AATTCAA-T--------T--T---TAT-G-AG-------CGC-----A----TC-AACT--------C---------------AA----TT----AT--T--GA--AT---------CAT----TG-CTTC--CA----T---------T-G-AAATGAGCAGGT---G--CGC-GCT-T--T-A--A-TTC-
gi|1                          :                                                                                                                              ctctcatcagcaatattgatttgataagcgcattgttgcatgtagtggagttgctcgcaaaatttaatttggagctcggtatttacaatgctgttgtgcaagTCAATA-A-TTGAGTTGATG--CGC-T--C------A--T----------------AA----------AATTGAA-T--------T--C---TT--G-CT-------CTC-----T----TC--ATT--------TA---------AA-T-CA----CT----GT--T--GAT-AC---------CAC----CA-ATTT--AA----T---------T-G-G----------A---G--GGA-GCA-ACTT-AGCA-TGC-A-----G-AA-tcttcatttaaatcactgttgataccaccaatttaattggagggagcaacttagcatgcagaataataatgatatcagcaaatcaatggatgcacacagtatttgaagga
gi|1                          :                                                                                                                         ctctcatcagcaatattgatttgataagcgcattgttgcatgtagtggagttgctcgcaaaatttaatttggagctcggtatttacaatgctgttgtgcaaggaattaaagcgcgcacctgctcatttcaatggaagcaatgat--TT------GAT----ACCAC-C-------AATTTAA-T--------T--G---GA--G-GG-------AGC-------------AACT--------TAGC-ATGCAGAA-T-AA----T-----AA--T--GAT-AT---------CAG----CA-AATC--AA----T---------G-G-A----------T---G--CAC-ACA-G--T-A--T-TTaataatgatatcagcaaatcaatggatgcacacagtatttgaagga
gi|10                         : ctctcatcagcaatattgatttgataagcgcattgttgcatgtagtggagttgctcgcaaaatttaatttggagctcggtatttacaatgctgttgtgcaaggaattaaagcgcgcacctgctcatttcaatggaagcaatgattcaataattgagttgatgcgctcataaaattgaattcttgctctcttcatttaaatcactgATAGCGCACATGATATCACCGAT--ATC-AGTTCATTTGAAG----------------A----------GA-----GCAGC---------AATTCAA-T--------C--A---TA--A-AG--------------------TA-AAT---------------------A-T-AA----AC----AA--T--GCT-AT---------AAA----CA-AATC--AA----T---------T-A-A----------T---G--CGC-ACA-A--C-A--A-TTT-A-----G-AT-TTGAAGATgaagga
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tttaatcgagttAA-T-AA----TT----GA--T--GAT-AT---------CTT----CA-AATCTAAA----T---------T-G-T----------T---G--TGC-GCA-T--T-A--A-TTatcatcaattatttggagatatcttaatt
gi|11                         :                                                                                                           tttaatcgagttatagcgcacatgatatcaccgatatcagttcatttgaagagagcagcaattcaatcataaagtaaatataaacaatgctataaacaaatcTCGCGTATGATATCATTGATCATTCTA-CGAAATTGAAACGTAC-----------------------A-----ACACC-T-------GATTTA--T--------T-------------G-------CTC-----T--------GTT--------CA---------AA-T-AAA---TT----GA--A--GCG-CT---------CAT----TC-ATTC--AA----T---------T-A-A----------T---G--TGT-ATA-A--T-A--A-TTA-A-----ATAA-TTGtggagatatcttaatt
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                      attaattcaattgaaaagag-A-TTGAATGAATGAGCGC-T--TCAATTTA--TTTGAACAGA-----GCAAT-A-------AAT-CAG-G--------T--G---TT--G-TA-------CGT-----T----TC-AATT--------TCGT-A----GAA-T-GA----TC----AA--T--GAT-AT---------CAT------------------------------------------------A--CGC-GAA-C--T-A--A-TTC-A-----G-AA-TTGAAGATactaattcagaattgaagata
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      attaattcaattgaaaagagcaattatttaattattatacacatta---------CAT----CA-ATTC--AA----T---------C-A-A----------T---G--TGC-GCA-A--T-A--a
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                        aa-A-TTGAATTGATGCACGC-TTCC------A--TT------GA-----TCAGT-G-------AACT-AA-TAAATAAAGT--A---TA--A-TG-------CGC-----T----TC-AGTT--------CTGC-A----GAA-T-AA----TTTT--AA--T--GAT-AT---------CCT----CA-ATTC--AA----A---------C-A-A----------T---G--CGC-GTA-A--T-A--A-TTC-T-----G-AA-TTGAAGATcacgcttccattgatcagtgaactaataaataaagtataatgcgcttcagttctgcagaataattttaatgatatcctcaattcaaacaatgcgcgtaataattctgaattgaagatataatttactatttga
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aatattgcgcacattgAA-T-AG----TA----AA--T--TAT-AT---------CTT----CA-ATTCAGAA----T---------T-A-T----------T---A--CGC-GCA-T--T-G--T-TT--------G-AA-TTGAGGATataatttactatttga
gi|13                         :                                                                                                                                                                        aatattgcgcacattgattgaattgatgcacgcttccattgatcagtgaactaataaataaagtataatgcgcttcagttctgcagaataattttaatgat------GA-----GCAAC-T-------A-TTCAA-T--------T--A---TA--G-CG-------CAC-----T----TC-AATT--------CCCC-A----GAA-A-AA----TC----AA--TTATAT-AT---------CAT----CA-TTTC--AA----T---------T-A-A----------T---A--TGC-ACA-A--T-A--G-TTA-A-----G-AA-TTCAAGAtga
gi|14                         :                                                                                                                                               aattatagcgcgctttaactgggttaccgtgcgctttgaacgattcatttgcagaTCTTGT-AATAT-GC---TG-CATTAT---TCAAT----TTCAATT-ATGTGCGC-T------------TT------AA-----GCATT-G-------AATCCAA-T--------T--ACAATA--G-CT-------CGC-----T----TC-AATT--------CAGC-A----AAA-C-AA----CT----AA--T--GAT-AT---------CAT----CA-ATTA--AA----T---------T-G-A----------T---A--CGC-GCA-A--T-A--A-TTC-A-----G-AA-TTGAGGATgatc
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                              aaataaA-----ACAAC-A-------AAT-CAA-T--------T--A---TA--G-CG-------CTCA----T----TC-TTTT--------CAGC-A----GAA-G-AA----TTTTA-AA--T--GCT-AT---------CATTCAACA-ATTC--AA----T---------T-A-AC---------C---G--CGC-ACA-A--
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                             ttcattgttcagaaaaaaac-------AATTCAG-T--------T--A---TT--G-CG-------CGC-----T----TA-AATT--------CGAT-A----GAA-T-AA----TG----AA--T--GGT-AT---------CGA----TA-ATCC--AATCATT---------T-A-A----------T---G--CGT-GCA-A--T-C--A-TTC-C-----G-AA-TGGAAGATatagatattttaattattcgatgaga
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                   aatTCTTATCAAT--TAC---TGATATCATCAATCAACC-A-TTCAATT-ATA-GC------------------------GA-----GCAAC---------AATTCAA-T--------TACA---TA--G-TG-------CGC-----A----TA-AATT--------CAGC-A----GAA---AA----TT----AA--C----T-AT-----------T----CA-ACT---A---------------T-A-A----------T---G--CGC-GCA-A--T-C--A-TTatcgtcatttatttggagagatcattattgcgcg
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                              aat-------AATTTAA-T--------C--A---TA--T-AA-------CTC-----A----TC-AATG--------TAGC-A----GAG-T-AG----TT----AA--T--ACT-AT---------CAA----CA-ATTA--AA----T---------T-A-A----------T---A--TGC-GCA-A--T-A--A-CAT-A-----G-AG-TCGAA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   acA-ATT---GA----T---------T-ATA----------T---G--CGC-GCA-A--T-A----TTC-A-----G-AA-TTAAAGATactatcattaatcatttgtagatatcttta
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                         C-A-TTTAATTG---CGCGC----C------A------------------CGAA-T-------AATTCAA-T--------T--A---AA--G-AT-------CTC-----T----T----TT--------AAAT-A----TAA-T-------TT----AG--T--GAT-AT---------CTT----TA-ATTCTGAA--------------T-A-T----------T---G--CGC-GCATA--T-A--A-Tatcactaaattatatttaaaagagatctttaattgaattattcgtggcgcgcaattaaatgac
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                           aattgAATCG-TGCG-AT-T--C------A--AT------GA-----TTA---G-------AATTCAA-T--------C--A---TT--G-CG-------CACATTGTT----TG-AATTGATGTGCGCCGC-A----G---T-AA----TT----AAATT--ATT-AT---------TCT----C---TTC--AG----T---------T-A-AG---------TGTAG--CGC-GCA-C--A-A--A-TCC-A-----ac
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                       ttgaagatacctgctctCC-A-GTGAATTGATG----------------A--T--------A-----TCAAC-G--------ATTGGA-T--------T------TGT-G-CG-------CGC-----TACACTT-AACT--------GAAG-A----GAA-T-AATAATTT----AA--T----T-ACTGCGGCGCACAT----CA-ATTC--AA----A---------C-A-A----------T---G--TGC-GCA-A--T-G--A-TT--------G-AA-TTatcgttgatatcatcaattcactggaagaaagtagcaattcatttatagagctgcaaaattagttaatgctatcggcctaattaatgcgcgcagtaactctga
gi|2                          :                                                                                                                                                                         ttgaagatacctgctctaatcgtgcgattcaatgattagATCGT---TGATATCATCAATTCAC----TGGAA--GA-----------------------------AA-----GTAGC---------AATTCAT-T--------T--A---TA--G-AG-------CT----------------------------GC-A----AAA-TTAG----TT----AA--T--GCT-AT---------CGG----C----CT--AA----T---------T-A-A----------T---G--CGC-GCA-G--T-A--A-CTC-T-----G-Aaagaaagtagcaattcatttatagagctgcaaaattagttaatgctatcggcctaattaatgcgcgcagtaactctga
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                            ttgaagatacctgctctaatcgtgcgattcaatgattagaattcaatcattgcgcacattgtttgaattgatgtgcgccgcagtaattaaattattattctcttcagttaagtgtagcgcgcacaaatccaAT-AT---------TAT----TA-ATTC--AA----T---------G-C-A----------T---G--CGC-GCA-AATT-A--A-T
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                        tcaatttcagagagcaataattcat-------AATTCAA-T--------TTTA---TAATG-CG-------CGC-----T----TC-AATT--------CCGC-A----GAA-T-AA----TT----AC--T--TTT-AT---------CAT----CA-AATC--AT----T---------T-A-A----------T---G--CGT-GCG-C--T-A--A-TTC-A-----G-AA-TAGAAGATtgtgcgcgattcaatttatgtgaagagagcattacat
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                               tt-------AATTCAA-T--------TTTA---TA--GTCG-------ATC-----T----TCCAATT--------CCGC-A----AAA-A-AA----T-----GA--TA-GATTAT---------CAT----TA-ATTC--AA----T---------T-A-A----------T---G--CGCAGCA-A--T-A--A-TTCAA-----G-AA-TTGAAa
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AA-T-AA----CC----AA--T--GCT-AT---------CAA----CA-AATC--AA----T---------T-A-A----------C---G--AGC-GC-----T-A--A-CCC-AGATTTG-AA-TTGAAGATta
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               -A----GAA-T-AA----TT----AA--T--GCT-AT---------CAG----CA-ATTC--GG----T---------T-G-A----------T---GTACAC-GCA-A--T-A--G-TTC-A-----G-AA-CTGAAGATcttattaaattatttgaagagatctttaattgaa
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AA-T-AA----TT----AA--T--TAT-AT---------CTT----CA-GTTCTGAA----C---------T-A-T----------T---G--CGT-GTACA--TCA--A---C-C-----G-AA-TTGataattaattatttgaagatattcttaata
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      agaataattaatgctatcag-AA----TT----AG--A--GAT-AT---------CTT----GA-ATT---AA----T---------T-A-AAGCTATTT--T---G--CGC-GCA-A--C-A--A-TTC---------AA-TTAAACATtgaagatattcttaata
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                      tatccactaattaatttgcagatAA-T--------T--A---TC--A-TG-------CTC-----A----TC-AATT--------CAGC-A----AAA-T-AA----TT----AA--T--GTT-AT---------CAA----CA-ATTC--AA----T---------T-A-A----------T---G--TGC-GCA-A--T-A--A-TTA-A-----G-AA-CTGAAGtgagg
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ATTCAA-T--------T--A---TA--G-CT-------C-C-----T----TC-AATT--------CAGC-A----GAA-T-AA----------AA--T------------------AT----CA-ATTC--AA----T---------T-A-A----------T---G--CAT-GCA-A--T-A--A-TTG-A-----G-AA-TTGAAtcttca
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     A-ATTC--AA----TCACAGGTGCT-A-A----------T---G--TGA-GCA-A--T-A--A-CTC-A-----G-AA-TTGAAGa
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ttcatttgaagagagcaatC-AATT--------CAGC-A----AAA-G-AA----TT----AA--A--TAT-AT---------CAG----CA-ATTG--AA----T---------T-A-A----------T---G--CTC-GTA-G--T-A--G-TTC-A-----G-AA-TTttaccgttaatt
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                             ------GA-----G-AAC---------AGTCCAG-T--------T--A---TA--G-CG-------CTC-----A----CA-AATT--------CAGC-A----AAAAT-AA----TT----A-----------T---------TAT----AAGATTC--AA----T---------T-T-A----------T---A--CGC-GCA-A--T-A--ATTTT-A-----G-AC-TTGAAGATtga
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                cttttttcacagctcatcatgtatgcattggaaTT--------CAGC-A----AAA-G-AA----TT----A---T--AAA-AT----------AT----CA-ATTA--AA----T---------T-A-A----------TT--G--CAC-ACA-A--T-A--A-TTC-A-----G-AA-TTAAAGAattcattattttttacggggatcttaaatcaaacttgttgttgcacatcatatcttcaatattgattaaagacatctataattacttga
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AA-T-GA----TT----AA--T--GCT-AT---------CAG----CA--TTC--AA----C---------T-A-A----------T---G--TGC-GCA-A--T-A--G-TTT-A-----G-AA-TTAAAG
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     A-ATTC--AA----A---------T-A-A----------T---G--CTC-GCA-A--T-G--A-TTC-A-----G-AA-TTGAAAATttacca
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tT----AA--T--GGT-GT---------CAT----TG-ATTA--AA----T---------TTA-A----------T------CGT-GCA-T--T-A--A-TTC-A-----G-AA-TTGAAGATattttaactatctgaa
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                            T------GA-----GAAGC-AT------AATTCAA-T--------T--A---TG--G-CG-------AGC-----A----TC-ACTT--------T-----------T-T-AA----TT----AAC-T--GATCAT---------CAT----TA-A-TC--AT----TA--------T-A-A----------A---G--AGA-GCA-A--T-A--A-TTC-A-------AA-TTaata
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                       aattaa------GA-----GCAAT---------AATTCAAAT--------T--A---TA--G-CG-------CTC-----T----TC-AATT--------CAGCAA----AAA-G-AA----TTTTAAAA--A--GAT-AT---------CAT----CA-ACTG--AA----T---------GAA-A----------T---G--CGC-GCG-A--T-A--A--TC-A-----G-Aatagcgctcttcaattcagcaaaaagaattttaaaaagatatcatcaactgaatgaaatgcgcgcgataatcagattatcatatatattataattatttaaagagatc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                      aattaatgagaagcataattcaattatggcgagcatcactttttaattaactgatcatcattaatcattataaaga-----T----TC-AATT--------CAGC-A----GAA-T-AA----T------------GAT-GT---------TAT----CA-G------A----T---------T-A-A----------T---G--TGC-ACA-A--T-A--A-TTC-A-----G-AA-TGGAAGATttatcatatatattataattatttaaagagatc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                tgatgtggccacatcaattttttctagttacatttaaaaatcgaattacctaatgcatgcttcatctgatgagagcaataa-------AATTCAA-T--------T--A---CA--G--A-------CCT-----A----TG-GATT--------CA---------AA-T-AA----TT----AG--T---AG-AT---------CTT----CC-ATTCTGAA----T---------T-A-T----------T---G--TGC-ACA-T--T-A--A-Tctactaattatttgaatccataggtctgtaattgaattactgcgcgaattaaata
gi|7                          :                                                                                                                      tgatgtggccacatcaattttttctagttacatttaaaaatcgaattacctaatgcatgcttcatctgatgagagcaataattcaattcagcagaataatgatgttatcagCAATT-A-TTAAATTGATGCGCGCAT--C------AATTT------AATAGGCGCAAT-AATT----AATTCCA-T--------T--A---T--------------CCC-----T----TC-AATT----------------------T-AA----TT----AA--C--GAT-Aactgcgcgaattaaata
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                        CT-A-TTAAATTGATGCGCGCAT--C------AA-TT------TA-----ATAATTGTTTCTTCAATCGAA-T--------T--A---TA--G-CATGTTATCCAC-----G----TC-AAAC--------CAGG-A----GAA-T-AG----TT---------------------------------TA-ATT----A----T---------C-A-A----------T---G--CGC-ACG-A--T-A--T-TTC-A-----G-AA-TGGAAGATtttcttcaatcgaattatagcatgttatccacgtcaaaccaggagaatagtttaattatcaatgcgcacgatatttcagaatggaagatatataacttatcatttgaa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                              tatcgttaattaaattgaagggataatggaattaattattgcgcTTCAA-T--------T--A---TC--A-TG-------CTC-----A----AC-AATT--------CAGC-A----AAA-T-AA----TT----AA--T--G-T-AT---------CAA----CA-ATTC--AA----T---------T-A-A----------T---G--TGC-GCA-A--T-T--A-ATA-A-----G-AACTCGAAGGTatataacttatcatttgaa
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                               at-------AGTCCAG-T--------T--A---TA--G-CG-------CTC-----A----CA-AATT--------CAGC-A----AAAAT-AA----TT----A-----------T---------TAT----AAGATTC--AA----T---------T-T-A----------T---A--CGC-GCA-A--T-A--A-TTT-A-----G-AC-TTGAAGATtcattattcttttaacttggctttagtgtatcaatattgcaattgcgtaacatctgtaacattctaactaaagatatcttcgttatttga
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): TGATTGAAGATATTGTGAGCATTAATTAATTCCATGGATAAGAGCTATAATTGATACAATTATTGCTGTAATTAATTGATGCACGGATTAACGTTGTAGAATTACTGCTCGCAGAGTTTAATTTGGAGCTTGATATTAGTGATGAAAGGATCCCTGTTCATTTGAAGATATATTGAATTCTTTATAAGATGTTGATGCGCGC
Unaligned ( gi|34 ): TATTCGCCATAATTCAGAGTCGAAAATATCATTAATCATTTGTAGATAT
Unaligned ( gi|35 ): TTTTTTTCACAGCTCATCATGTCATGCATTGGAAGAG
Unaligned ( gi|36 ): ATTATCAAACTGAGACACATCATGTGCGCATCGAA