lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111111111 1111111 11 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 333333 11111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2222 22222222222222222222222222 2222222 111111 222222222
lowQualScore : 2 3 1 0 55 111111111 4444444 4 00 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 3 3 3 222222 3 77777 3 3 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 99 2 2 6666 88888888888888888888888888 4 7777777 2 666666 0000000 444 777777 5 33 33 2 33 2 2 6 33 2 2 666666666 1 1
lowQualScore : . . . . .. ......... ....... . .. ......................................................... . . . . ...... . ..... . . .............................................................................................................................................................................................................................................................................................. .. . . .... .......................... . ....... . ...... ....... ... ...... . .. .. . .. . . . .. . . ......... . .
lowQualScore : 8 8 4 8 22 222222222 9999999 4 66 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 3 5 3 000000 1 00000 3 3 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 66 7 7 4444 55555555555555555555555555 7 6666666 4 888888 2222222 111 888888 6 44 44 5 44 5 5 0 44 5 5 333333333 6 4
consensus : NTATGCACCATTTTTGTTTC-CAGTAAA----G----ATTC------ATG-TTG--TATTT---T--------------AT----CG----CATT-A---TCG-------CA-T----T-TGT-GTTTTGTAAC-A-A-TATTGCGG-CTGG-G---AG-A-ACGC-----TGT------------------TGTG--TA--A--------------T-------------ACTTTAA-------------T-----------------AGTCAAGATGCNGG----------TATGTCTCC-CA----GCCA--A----TTT--GTTTCT--------GTATTT-A---T------TT---TTAG-GA-TTCA------CA-------TTTTT--------A--------T--------TT---N---A--A---AT----GA--------CAAGCTTTTAC-AC-CTT--AACATG--------------------------TT-T-------TT-C------TG------TTAT---GATT------TACGTG--G--AAAC-AA--A-CAGA-GCTGCA--A-TG-TTGCCTTGGAN----T---AATAGCACGGTTTTAAC
Reference ( gi|7 ) : ATATGCACCACTTTTGCTTC-CAGTAAA----G----ATTC------ATG-TTG--TATTT---T--------------AT----CG----CATT-A---TTG-------CA-T----T-TGT-GTTTTATAAC-A-A-CACTGTGG-CTGG-A---AG-A-ACGC-----TGT------------------TGTG--TA--A--------------A-------------ACTTTAA-------------T-----------------AGTCAAGATGAAGA----------TATGTCTCC-CA----GCTA--A----TTT--GTTTCT--------GTATTT-A---T------TT---TCAG-GA-TTCA------CA-------TTT----------A--------T--------TT---G---A--A---AT----GA--------CAAGCTTTTAC-AC-CTT--ACCATG--------------------------TT-T-------TT-C------TG------ATAT---GATT------TACATG--G--AAAC-AA--A-CAGA-GCTGTA--A-TG-TTGCCTTGGAA----C---AATGGCACGGTTTTAAC
gi|4 : TATGCACCATTTCTGTTTC-CAGTAAA----G----GTCC------ATG-CTG--TAGTC---T--------------AT----CG----CAT------------------------T-TGT-GTTTTGAAAC-A-A-TATTGTGG-CTGG-G---AG-A-ATGC-----TTT------------------ACTG--TA--A--------------T-------------ACTTTAATATCTCGCTTTGCT-----------------AGTCAAGACGCCGA----------T-TGTCTTT-CA----GTCA--A----TTT--CTCCATGTACGGCAGTATTT-A---A------AT---GTAG-GA-TTCA------CATTTTTTTTTT----------ACTCGTCATT--------TT---GAATA--A---AT----GA--------CAAATTTTTAC-AC-CTTA-AACATG--------------------------TT-T-------TT-T------TG------TTAT---GATT------TACGTG--G--AAAC-AA--A-CAAG-GCTGCA--A-TG-TTGCCTTGG-A----CTTGTATGGCATAATTTT
gi|2 : tttTAGGCACCATTTTTGTTTCTCAGTAAA----G----CTTC------ATG-TTTCCTATTT---TTTTTTTCCTTTGCCAT----CT----GGTT-GGGTTTG-------AA-CAATAT-TGT-GGTTTGTAAC-A-A-TA-TGTGA-CTGC-G---AG-ACACGC-----TTT------------------TTTGGTTA--ATGTTCATCTATCTTA-------------CTTTTAC-------------T-----------------AGTAAAGACGCCGG----------TTTGTCTCG-CA----GCCA--A----TTT--CTAGAT--------GTATTT-T---T------TTATCTTAG-TA-TT-A------CG-------TTTTTCCGTC---A--------T--------TTTTAG---ATAA---GTATC-GAT-------CAAATTTTTAC-AA-CTT--AACATG--------------------------TTGT-------TT-TATCCTGTG------GGAT---GATT------TACTGG--G--AACC-AATCA-CAGATGCTGC---A-TGTTTGCCTTGTTG----C---ATAGACATGGTTTTAA
gi|6 : ttTATGCACCGCTT------------AAA----G----ATTA------CTG-TTG--TATTT---T-----------------------------T-----TTG-------CA-C----T-TGT-GTTTTGTAAT-A-----TTGCGC-ATTG-G---AG-A-ACGCAGTTGTGTGATACTTTAGTATCTTTGTGTG--TG--A--------------T-------------ACTTTAA-------------T-----------------A-TCT---TG--------------TACTTCTTTTCAAGCCGCTG--G----TTT--GTCACC---------------A---T------T------AG-GA-CTCG------CA-------TTTCTTCTTGGTCA--------T--------TT---T---A--A---AT----AAATGACATTCAAGCTCTTGC-AC-CTT--AGCATGTTTTTTGGGTTTTTTTTTGTTGTTTTTT-T-------TT-G------TG------GTGTTGTGATT------TACATG--G--AAAT-A-------GA-TCTGCA--A-TG-TTACCTTGGAC----T---AATAGCacataatttagtta
gi|16 : tTGCACCATTTTAG------AATAAA----GTTGCATTCTATTAGATGACCG--CATCTGTGT--------------GT----TG----CATG-A---TCG-------CA-T----C-TGT-GTTTTGTAAT-A-----TTGCGG-CTGC-A---AA-A-ACGC-----GGT------------------TGTG--TA--A--------------T-------------ACTCTGA-------------T-----------------GGg
gi|5 : GCACTATTTTTTTTCC-CAGTAAA----G----ATTC------ATG-TTTC-TATTTC--T--------------AT----TG----CATTTG---TTGTTTGTAACA-TAA--T-TGT-GGTTTGTAACTA-G-TTTTGTGGGCTGG-GTAGAG-A-ACGCAC---TTT------------------TGGT--TA--T--------------ACGTTCATATTCTTACTTTGC-------------T-----------------AGTCAAGACGCCGT----------T-TGTCT----A----GCCACAA----TTT--CTAGAT--------GTATTT-T---T------TTATCTTAG-TA-TTAA------CA-------TTTTCCGTC----A--------T--------TT---T---A--A---ATAAATGA--------CGAA-TTTTAC-AA-CTT--AACATG--------------------------TT-T-------TTTC------TG------TTAT---GATT------TAC-CG--G--AA-C-AA--A-CGGA-GCTGCA--A-TG-ATTCTTCGGA
gi|1 : TGTTCC-CAGTATATTATG----ATTC------ATG-TTC--TATTT---T--------------CTAGTGCGGCTATATT-----TTG-------CT-T----T-TCT--TTTTGTAAC-A-ATTATTGTGG-gacttgcattacat
gi|19 : TGTTTC-TAGCAAA----G----ATTC------TTA-TTG--TATTT---T--------------AT----CG----AATT-A---TTG-------CATT----T-TCT-G-TTGGTAAC-A-A-TTTTGCGG-CTGACC---AG-A-TCGA-----GGT------------------T-TG--TA--C--------------T-------------ACTTTGA-------------T-----------------tgttaaattaatctattcggttgttgtggcttggggaacggggttgtgttgttaatggacttttttttggttggaatcattactcatatgatctagtttcaaaagggcctggtttgtctcccagccaatttcggtatgtatggtatttatcttagtattaacatttcgtcatcttttaaataaatgacaaatttacaaacttaatgcattttattataattctgttatgatttactgggtaaacaaacagagctgcaattgtgccttggacttgtcagtaacatagttttaaacatagaa
gi|18 : GTTTC-TAGCAAA----G----ATTC------TTA-TTG--TATTT---T--------------AT----CG----AATT-A---TTG-------CA-T----T-TCT-GTTTGGTAAC-A-A-TTTTGCGG-CTGA-C---AG-A-TCGA-----GGT------------------TGTG--TA--C--------------T-------------ACTTTGA-------------T-----------------ATTCTAAATG
gi|22 : -TTG--TATTA---T--------------AT----CG----CATT-A---TCGA------TA-T----T-TATGGTTTTATAAC-A-A-TATCATGG-CAGG-----AG-A-AC
gi|3 : ---T--------------AT----CA----TATC-T---TTA-------CA-TGG--TATGT-GTTTTGTAAC-A-----TTGTAG-CTGG-G---GGGA-AAGC-----TGT------------------TGTC--TCCTG--------------C-------------ATTTT---------------T-----------------AGTCAAGATGCTAT----------TACATCTAC-TG----CCCA--G----TTT--GTTTCT--------GTTTTT-A---T------TT---TTAG-GA-CTCG------CA-------TTTTTTCCGT---A--------T--------T-----------A---AT----GA--------CAAAATTTTAC-AC-CTT--AGCATG--------------------------TT-T-------TT-C------TG------TTAT---GATT------TACGTG--T--AAAC-TA--A-CAAA-GCTGCA--A-CG-TTGCCTTGAA
gi|8 : gaagtttactgg-A---TCG-------CA-T----T-TGC-GTTTTGCAAA-ATA-AAATATGG-CTGT-A---------------------------------------GTG--TA--A--------------T-------------TCTTTAA-------------TTACTTGCATTTCT----AGTGAACATGCACACCTGTACATGTGTGTCTTC-GA----GCCA--T----ATT--GTTTCT--------GTATTT-A---G------TA---TTAG-GG-CTCA------TA-------TTTTC--------A--------T--------T----------------C----GA--------CAAACGTGTAC-AT-TTT--AACATA---------------------------T-T-------TT-C------TG------TTAT---GATT------TGAA-A--G--AAAT-AA--ACCACA-CCTACA--A-TG-TTGTCTCGGAT----T---AAAAGCGATGTTTTAAttgtgctcaataatatcaattatcgtaatggtaaagctaagagtatgtgttaagaaaactgtaaaggcttgtcgaggaactaagatcgaagaacatcctccatc
gi|9 : cA-T----T-TGT-GTTTTATAAC-A-A-TATTGTGG-TTGG-G---AG-G-ACGC-----AGT------------------TGTG--TT--A--------------T-------------ACTGTAA-------------TGTCTTGTGGCTCTAGATAGTCAACATGCGGG----------TATATCTCG-CT----GTTA--A----TTT--GTTTCC--------GTG----A---C------TC---GCAT-GT-TTTAT-----CA-------TTT-----------------------------T---G---A--ATAAAC----GT--------CAAGATTTTAC-AT-CTT--TATATG--------------------------TT-T-------T--C------TGCTATATGTAT---GATT------TAC-TG--G--AAAC-AA--A-CAGA-GCTGCA--G-TG-TTGCCTTGGAT----T---GATAACGAGGTT
gi|12 : ATTGTGG-CTGG-G---AA-T-ACGC-----TAG------------------TGTG--TA--A--------------T-------------ACTT-AA-------------T-----------------A-TCTAGCT-----------------TTTCT----A----GTCA--AGAGGTTG--GTTTTT-----------TTT-A---A------TG---TTAT-GT-TTT-------CG-------TCA----------A--------T--------TT---G------------------------------CTTTTAC-AC-CTT----CATG--------------------------TTCT-------TT-C------TG------TTAT---GATT------TACGTG------AAC-AA--A-CAAA-GCTGCA--A-TT-TTGCCTTGAAA----T---AATGACACGATTTTAAC
gi|11 : AAGATGCGGG----------TATGTCGCC-TA----GCCA--------TC--ATTCCC--------GTATTT-AATATCAGGAGTT---TCAG-GA-CTCA------CA-------TTTTTATCTTC--AGT------T--------TT---T---A--A---AT----AA--------CAAGATTTTAC-TC-CTTTTAATACG--------------------------TT-T-------TC-C------TG------TTAT---GATTCAGAATTACATG--G--AAAT-AA--A-TAG---TTACA--A-TG-TTACCTTGGAT----T---AATAGCACGGTTTTAAataa
gi|13 : GATGCGGG----------TATGTCGCC-TA----GCCA--------TC--ATTCCC--------GTATTT-A---A------TA---TCAG-GAGTTCAGGACGTCAATT----TTT----------A--------TCTTCAGTTTT---T---A--A---AT----AA--------CAAGATT--AC-TC-CTTTTAATACG--------------------------TT-T-------TC-C------TG------TTAT---GATTCAGAATTACATG--G--AAAT-AA--A-TAG---TTACA--A-TG-TTACCTTGGAT----T---AATAGCACGGTTTTAAC
gi|14 : GA----------TTTGTCTCC-CA----GCTA--A----GTT--CTTTCT--------GTATTTTG---T------CT---TC-G-AA-CTCA------CA-------TTTTTAGAC----A--------T--------TT---T---A--A---ATAAATGA--------CTAGCTTTTAT-AC-CTT--AACATG--------------------------CT-T-------AT-C------TG------TCAT---GATT------TAAATG--G--ACAC-AA--A-CTGT-ACTGCA--A-TA-TTGCTTTAGAC----T---AATAGGACGGTTTTGAC
gi|17 : ----------TAGGTCCCC-CG----GCTA--G----TTT--GTGTCT--------GTGTGT-A---T------TT---T------------------------------------------------T--------TT---G---------------------------------TCAC-AC-CTTT-AACATG--------------------------TT-T-------T--C------TA------TTAT---TATT------TACATG--G--AAATAAA--A-CA-A-GCTGCAATA-TG-TTGCATT
gi|1 : gagTGTCTCC-CA----GCCA--A----TTTCGGTATGTATG-----GTATTT-A---T------CT---T-AG-TA-TTAA------CA-------TTTCGTC------A--------TCTT-----TT---A---A--ATAAAT----GA--------CAAA--TTTAC-AAACTT--A--ATGCAT-----------------------TT-TATTATAATT-C------TG------TTAT---GATT------TAC-TG--GGTAAAC-AA--A-CAGA-GCTGCA--A-TT-GTGCCTTGGACTTGTC---AGTAACATAGTTTTAA
gi|10 : tgttcccagtatattatgattcatgttctattttctagtgcggctatattttgcttttctttttgtaacaattattgtggtgttaaattaatctattcggttgttgtggcttggggaacggggttgtgttgttaatggacttttttttggttggaatcattactcatatgatctagtttcaaaagggcctggttTGCCTCC-C-----GCTA--A----TTT--GTTCAT--------ATTATT-A---T------TT---TTAATGA--TCG------CA-------TTTTTCTTC----A--------TC-------TT---T---A--A---AT----AA--------ATATTTTATACAAC-CTC--A-CATG--------------------------CT-T-------TT-----------------TAT---G--T------TCCATT--G--TG---AA--A-CAGA-GCGCCA--ATTG-ATGCCGTTGAA----CT--AATAGTATacatagaa
gi|20 : ttgcatttctagttcaacaggccggtTTTCC-CA----GC-A--A----TTT---TTTCT--------GTGTTT-A---T-------------AT-GACTTAA------CA-------TTTTCCGCC----A--------T--------TC---A---A--A---ATAAATGA--------TAAGCTTTTAC-GC-TTG--ATGATG---------------------------T-T-------TT-C------TG------TTAT---GAtaaagtcaaatattaagcaacacccgctgtggtttggtcaagattacatcgaaaatgttctacatc
gi|15 : CACG--------------------------TT-T-------TT-C------TG------TTAT---GATA------AACACGTAG--AAAA-AA--T-CAGA-GCTGCA--T-TA-TTGCCTTGGA
gi|21 : agtgttcaaaagtagaggtggttttttattattatatattttaggacatttcaaataaaCATG--------------------------GT-C-------AT-T------TG------ATAT---AAATGA----TATGTG--G--AAAC-AA--T-CAGA-G--GCA--T-TG-TTGCCCTGGAcc
Alignments
lowQualScore : 111111 333333333333333333333333333333333333333333333333 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 666666666666666666666666666666666666666666 111111111111111 11111111 2222222222222222 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 2222222222222222222222222 1111 111111 1111
lowQualScore : 5 9999 9999 222222 4 8888 4 444444444444444444444444444444444444444444444444 6 77 3 44 3 2 2 66666 3 3 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 000000000000000000000000000000000000000000 0 33 222222222222222 0 9999999 444 1 33333333 0 1111111111111111 1 77777 2 777777 2 2 33 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33 11 33 5555555555555555555555555 4 7777777 0000 5555 777 666666 6 33 33 4 2 33 2 2 2 1 0000 3 3 1
lowQualScore : . .... .... ...... . .... . ................................................ . .. . .. . . . ..... . . .......................................................... . .......................................... . .. ............... . ....... ... . ........ . ................ . ..... . ...... . . .. ......................................................................... .. .. .. ......................... . ....... .... .... ... ...... . .. .. . . .. . . . . .... . . .
lowQualScore : 0 4444 4444 888888 0 5555 0 333333333333333333333333333333333333333333333333 7 99 1 66 1 1 9 00000 1 1 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 000000000000000000000000000000000000000000 4 99 222222222222222 2 4444444 888 9 44444444 7 2222222222222222 4 11111 5 222222 5 5 44 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 22 22 9999999999999999999999999 7 6666666 6666 0000 444 888888 9 22 22 7 4 22 4 4 4 0 0000 1 1 6
consensus : NTATGCACCATTTTTGTTTC-CAGTAAA----G----ATTC------ATG-T----TG-TATTT---TAT----CG----CATT----ATC-------------G-------CA-T--TTGT-GTTTTGTAAC-AA-TATTGCGG-CTGG-G---AG-A-ACGC-----TGT------------------TG--TG--TA-------AT-------------ACTTT-AAT-----------------A-------------GT---------CAAGACG--CN-----G-----GTATGTCTCCCAGCCA--A----TTT--GTTTCT--------GTATTTA---T------TT---TTAG-GA-TTCA------CA-T-TT--TT------------A-----T--------TT----T------AA---AT----GA--------CA----A---GCTTTTACAC-CTT--AA--CATG-------------------------TT-T-------TT----C----TGT---TATGATT------TACGTGG--AAACAA--A-CAGA-GCTGCA--A-TG-TTGCC-TTGGACT----A-ATAG-CACGGTTTTAAC
Reference ( family-4643 ) : NTATGCACCATTTTTGTTTC-CAGTAAA----G----ATTC------ATG-T----TG-TATTT---TAT----CG----CATT----ATC-------------G-------CA-T--TTGT-GTTTTGTAAC-AA-TATTGCGG-CTGG-G---AG-A-ACGC-----TGT------------------TG--TG--TA-------AT-------------ACTTT-AAT-----------------A-------------GT---------CAAGATG--CN-----G-----GTATGTCTCCCAGCCA--A----TTT--GTTTCT--------GTATTTA---T------TT---TTAG-GA-TTCA------CA-T-TT--TT------------A-----T--------TT----N------AA---AT----GA--------CA----A---GCTTTTACAC-CTT--AA--CATG-------------------------TT-T-------TT----C----TGT---TATGATT------TACGTGG--AAACAA--A-CAGA-GCTGCA--A-TG-TTGCC-TTGGANT----A-ATAG-CACGGTTTTAAC
gi|1 : TGTTCC-CAGTATATTATG----ATTC------ATG-T----TC-TATTT---TCTAGTGCGGCTATATT-----TT-------------G-------CT-T--TTCT--TTTTGTAAC-AATTATTGTGG-
gi|1 : T---------CAAAAGGGCCT-----G-----GTTTGTCTCCCAGCCA--A----TTTCGGTATGTATG-----GTATTTA---T------CT---T-AG-TA-TTAA------CA-T-TTCGTC------------A-----T--------CT----TTTAAATAA---AT----GA--------CA----A---A--TTTACAAACTT--AATGCAT--------------------------TT-TATTATAATT----C----TGT---TATGATT------TAC-TGGGTAAACAA--A-CAGA-GCTGCA--A-TT-GTGCC-TTGGACTTGTCA-GTAA-CATAGTTTTAAtgttaaattaatctattcggttgttgtggcttggggaacggggttgtgttgttaatggacttttttttggttggaatcattactcatatgatctagtttcaaaagggcctggtttgtctcccagccaatttcggtatgtatggtatttatcttagtattaacatttcgtcatcttttaaataaatgacaaatttacaaacttaatgcattttattataattctgttatgatttactgggtaaacaaacagagctgcaattgtgccttggacttgtcagtaacatagttttaaacatagaa
gi|10 : tgttcccagtatattatgattcatgttctattttctagtgcggctatattttgcttttctttttgtaacaattattgtggtgttaaattaatctattcggttgttgtggcttggggaacggggttgtgttgttaatggacttttttttggttggaatcattactcatatgatctagttT-----------------A-------------GTT--------CAACAGG--CC-----G-----GT-TGCCTCCC-GCTA--A----TTT--GTTCAT--------ATTATTA---T------TT---TTAATGA--TCG------CA-T-TT--TTCTTC--------A-----TC-------TT----T------AA---AT----AA--------AT----A---TTTTATACAA-CCT--CA--CATGC------------------------TT-T-------TT----A----TGT---T-CCATT---------GTG-------AA--A-CAGA-GCGCCA--ATTG-ATGCCGTTGAACT----A-ATAG-TATacatagaa
gi|11 : ttgcatttcAAGATG--CG-----G-----GTATGTCGCCTAGCCA--------TC--ATTCCC--------GTATTTAATATCAGGAGTT---TCAG-GA-CTCA------CA-T-TT--TT------------A-----TCTTCAGTTTT----T------AA---AT----AA--------CA----A---GATTTTACTC-CTTTTAA--TACG-------------------------TT-T-------TC----C----TGT---TATGATTCAGAATTACATGG--AAATAA--A-TAG---TTACA--A-TG-TTACC-TTGGATT----A-ATAG-CACGGTTTTAAtaaagtcaaatattaagcaacacccgctgtggtttggtcaagattacatcgaaaatgttctacatc
gi|12 : ATTGTGG-CTGG-G---AA-T-ACGC-----TAG------------------TG--TG--TA-------AT-------------ACTT--AAT-----------------A--------------T---------CTAG-----C-----------------TTTTCTAGTCA--AGAGGTTG--GTTT--------------------T------TT---TTAA-TG-TT-A------TG-T-TT--TC------------G-----T------------------------------------------CA----ATTTGCTTTTACAC-CTT------CATG-------------------------TTCT-------TT----C----TGT---TATGATT------TACGTG----AACAA--A-CAAA-GCTGCA--A-TT-TTGCC-TTGAAAT----A-ATGA-CACGATTTTAAC
gi|13 : GATG--CG-----G-----GTATGTCGCCTAGCCA--------TC--ATTCCC--------GTATTTA---A------TA---TCAG-GAGTTCAGGACGTCAAT-TT--TT------------A-----TCTTCAGTTTT----T------AA---AT----AA--------CA----A---GATT--ACTC-CTTTTAA--TACG-------------------------TT-T-------TC----C----TGT---TATGATTCAGAATTACATGG--AAATAA--A-TAG---TTACA--A-TG-TTACC-TTGGATT----A-ATAG-CACGGTTTTAACataa
gi|14 : TGTCTCCCAGCTA--A----GTT--CTTTCT--------GTATTTT---G------TC---TTCG-AA-CTCA------CA-T-TT--TT------------AGACATT--------TT----A------AATAAAT----GA--------CT----A---GCTTTTATAC-CTT--AA--CATG-------------------------CT-T-------AT----C----TGT---CATGATT------TAAATGG--ACACAA--A-CTGT-ACTGCA--A-TA-TTGCT-TTAGACT----A-ATAG-GACGGTTTTGAC
gi|15 : gattT------------A-----T--------TT----T------AG---------GA--------CA----------TTTCAAA---TA--AA--CACG-------------------------TT-T-------TT----C----TGT---TATGATAAA----CACGTAG--AAAAAA--T-CAGA-GCTGCA--T-TA-TTGCC-TTGGA
gi|16 : agtgttcaaaagtagaggtggttttttattattataTGCACCATTTTAG------AATAAA----GTTGCATTCTATTAGATGAC----CG-CATCTGTGTGT----TG----CATG----ATC-------------G-------CA-T--CTGT-GTTTTGTAA-----TATTGCGG-CTGC-A---AA-A-ACGC-----GGT------------------TG--TG--TA-------AT-------------ACTCT-GAT-----------------G-------------Gcc
gi|17 : -----GTAGGTCCCCCGGCTA--G----TTT--GTGTCT--------GTGTGTA---T--------------------------------T-TT--TT----------------------------------------------T----G-----------------------TCACAC-CTTT-AA--CATG-------------------------TT-T-------T-----C----TAT---TATTATT------TACATGG--AAATAA--AACA-A-GCTGCAATA-TG-TTGCA-TT
gi|18 : gaGTTTC-TAGCAAA----G----ATTC------TTA-T----TG-TATTT---TAT----CG----AATT----ATT-------------G-------CA-T--TTCT-GTTTGGTAAC-AA-TTTTGCGG-CTGA-C---AG-A-TCGA-----GGT------------------TG--TG--TA-------CT-------------ACTTT-GAT-----------------A-------------TT---------CTAAATG--
gi|19 : TGTTTC-TAGCAAA----G----ATTC------TTA-T----TG-TATTT---TAT----CG----AATT----ATT-------------G-------CATT--TTCT-G-TTGGTAAC-AA-TTTTGCGG-CTGACC---AG-A-TCGA-----GGT------------------T---TG--TA-------CT-------------ACTTT-GAT-----------------
gi|2 : TAGGCACCATTTTTGTTTCTCAGTAAA----G----CTTC------ATG-TTTCCTA-TTTTT---TTT----TT----CCTTTGCCATCTGGTTGGGTTTGAA-------CAATA-TTGT-GGTTTGTAAC-AA-TAT-GTGA-CTGC-G---AG-ACACGC-----TTT------------------TT--TGGTTA-------ATGTTCATCTATCTTACTTTTACT-----------------A-------------GT---------AAAGACG--CC-----G-----GTTTGTCTCGCAGCCA--A----TTT--CTAGAT--------GTATTTT---T------TTATCTTAG-TA-TT-A------CG-T-TT--TTCCGTC-------AT----T--------TT----T------AG---AT----AAGTATCGATCA----A---ATTTTTACAA-CTT--AA--CATG-------------------------TTGT-------TTTATCC----TGTGG-GATGATT------TACTGGG--AACCAATCA-CAGATGCTGC---A-TGTTTGCC-TTG--TT----GCATAGACATGGTTTTAA
gi|20 : ttTTTCCCAGC-A--A----TTT---TTTCT--------GTGTTTA---T-------------AT-GACTTAA------CA-T-TT--TCCGCC--------A-----T--------TC----A------AA---ATAAATGA--------TA----A---GCTTTTACGC-TTG--AT--GATG--------------------------T-T-------TT----C----TGT---TATGAacataatttagtta
gi|21 : ATGAT--------ATGTGG--AAACAA--T-CAGA-G--GCA--T-TG-TTGCC-CTGGATT----A-GTAA-TAAGGT
gi|22 : ttttgcatggtcatttgatataa-T----TG-TATTA---TAT----CG----CATT----ATC-------------GA------TA-T--TTATGGTTTTATAAC-AA-TATCATGG-C-AG-G---AG-A-ACgtaacattag
gi|3 : TGT-GTTTTGTAAC-A----TTGTAG-CTGG-G---GGGA-AAGC-----TGT------------------TG--TC--TC-------CT-------------GCATT-TTT-----------------A-------------GT---------CAAGATG--CT-----A-----TTACATCTACTGCCCA--G----TTT--GTTTCT--------GTTTTTA---T------TT---TTAG-GA-CTCG------CA-T-TT--TTTCCGT-------A-----T--------T-------------A---AT----GA--------CA----A---AATTTTACAC-CTT--AG--CATG-------------------------TT-T-------TT----C----TGT---TATGATT------TACGTGT--AAACTA--A-CAAA-GCTGCA--A-CG-TTGCC-TTGAATT----
gi|4 : gaagtttactggtatcatatctttacatggtaTATGCACCATTTCTGTTTC-CAGTAAA----G----GTCC------ATG-C----TG-TA-------GT----C--------T----ATC-------------G-------CA-T--TTGT-GTTTTGAAAC-AA-TATTGTGG-CTGG-G---AG-A-ATGC-----TTT------------------AC--TG--TA-------AT-------------ACTTT-AAT-----------------ATCTCGCTTTGCTAGT---------CAAGACG--CC-----G-----AT-TGTCTTTCAGTCA--A----TTT--CTCCATGTACGGCAGTATTTA---A------AT---GTAG-GA-TTCA------CA-T-TT--TTTTTTTACTCGTCA-----T--------TTTGAAT------AA---AT----GA--------CA----A---ATTTTTACAC-CTTA-AA--CATG-------------------------TT-T-------TT----T----TGT---TATGATT------TACGTGG--AAACAA--A-CAAG-GCTGCA--A-TG-TTGCC-TTGGACTTG--T-ATGG-CATAATTTTgtgctcaataatatcaattatcgtaatggtaaagctaagagtatgtgttaagaaaactgtaaaggcttgtcgaggaactaagatcgaagaacatcctccatc
gi|5 : tttGCACTATTTTTTTTCC-CAGTAAA----G----ATTC------ATG-T----TTCTATTTC--TAT----TG----CATTT---GTT-------------GTTTGTAACA-TAATTGT-GGTTTGTAACTAG-TTTTGTGGGCTGG-GTAGAG-A-ACGCAC---TTT------------------TGGTTA--TACGTTCATATTCTT---------ACTTT-GCT-----------------A-------------GT---------CAAGACG--CC-----G-----TT-TGTCT---AGCCACAA----TTT--CTAGAT--------GTATTTT---T------TTATCTTAG-TA-TTAA------CA-T-TT--TCCGTC--------A-----T--------TT----T------AA---ATAAATGA--------CG----A---A-TTTTACAA-CTT--AA--CATG-------------------------TT-T-------TTT---C----TGT---TATGATT------TAC-CGG--AA-CAA--A-CGGA-GCTGCA--A-TG-ATTCT-TCGGA
gi|6 : TAAA----G----ATTA------CTG-T----TG-TATTT---T---------------T-----TT-------------G-------CA-C--TTGT-GTTTTGTAA-----TATTGCGC-ATTG-G---AG-A-ACGCAGTTGTGTGATACTTTAGTATCTTTGTG--TG--TG-------AT-------------ACTTT-AAT-----------------ATCTT---------GTACTTCTTTTCAAGCCG--CT-----G-----GTTTGTCACC--------A----TTA--GGACTC--------GCATTTC---T------TC---TTGG-----TCA-----------TT--TT------------A-----A--------AT-----------AA---AT----GA--------CATTCAA---GCTCTTGCAC-CTT--AG--CATGTTTTTTGGGTTTTTTTTTGTTGTTTTT-T-------TT----TGTGGTGT---TGTGATT------TACATGG--AAATA-------GA-TCTGCA--A-TG-TTACC-TTGGACT----A-ATAG-Cgacttgcattacat
gi|7 : ttatgcaccgctTATGCACCACTTTTGCTTC-CAGTAAA----G----ATTC------ATG-T----TG-TATTT---TAT----CG----CATT----ATT-------------G-------CA-T--TTGT-GTTTTATAAC-AA-CACTGTGG-CTGG-A---AG-A-ACGC-----TGT------------------TG--TG--TA-------AA-------------ACTTT-AAT-----------------A-------------GT---------CAAGATG--AA-----G-----ATATGTCTCCCAGCTA--A----TTT--GTTTCT--------GTATTTA---T------TT---TCAG-GA-TTCA------CA----T--TT------------A-----T--------TT----G------AA---AT----GA--------CA----A---GCTTTTACAC-CTT--AC--CATG-------------------------TT-T-------TT----C----TGA---TATGATT------TACATGG--AAACAA--A-CAGA-GCTGTA--A-TG-TTGCC-TTGGAAC----A-ATGG-CACGGTTTTAACg
gi|8 : a----ATC-------------G-------CA-T--TTGC-GTTTTGCAA--AA-TA----------A-A---AT-A-TGGC-----TGT------------------AG--TG--TA-------AT-------------TCTTT-AATTACTTGCATTTCT----A-------------GT---------GAACATG--CACACCTGTACATGTGTGTCTTCGAGCCA--T----ATT--GTTTCT--------GTATTTA---G------TA---TTAG-GG-CTCA------TA-T-TT--TC------------A-----T--------T------------------C----GA--------CA----A---ACGTGTACAT-TTT--AA--CATA--------------------------T-T-------TT----C----TGT---TATGATT------TGAA-AG--AAATAA--ACCACA-CCTACA--A-TG-TTGTC-TCGGATT----A-AAAG-CGATGTTTTAA
gi|9 : cA-T--TTGT-GTTTTATAAC-AA-TATTGTGG-TTGG-G---AG-G-ACGC-----AGT------------------TG--TG--TT-------AT-------------ACTGT-AATGTCTTGTGGCTCTAGATA-------------GT---------CAACATG--CG-----G-----GTATATCTCGCTGTTA--A----TTT--GTTTCC--------GT-------------------------GA-CTCG------CA-TGTT--TT------------A-----TCAT-----TT----T------GA---AT----AAACGT----CA----A---GATTTTACAT-CTT--TA--TATG-------------------------TT-T-------TCTG--C----TATATGTATGATT------TAC-TGG--AAACAA--A-CAGA-GCTGCA--G-TG-TTGCC-TTGGATT----G-ATAA-CGAGGTT
Alignments
lowQualScore : 111111 333333333333333333333333333333333333333333333333 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 666666666666666666666666666666666666666666 111111111111111 11111111 2222222222222222 7777777777777777777777777777777777777777 11111111111111111111 11 2222222222222222222222222 1111 111111 1111
lowQualScore : 5 9999 9999 222222 4 8888 4 444444444444444444444444444444444444444444444444 6 77 3 44 3 2 2 66666 3 3 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 000000000000000000000000000000000000000000 3 44 222222222222222 0 9999999 444 1 33333333 0 1111111111111111 1 77777 2 777777 2 2 33 9999999999999999999999999999999999999999 5555 55555555555555555555 33 11 33 5555555555555555555555555 4 7777777 0000 5555 777 666666 6 33 33 4 2 33 2 2 2 0 0000 3 3 1
lowQualScore : . .... .... ...... . .... . ................................................ . .. . .. . . . ..... . . .......................................................... . .......................................... . .. ............... . ....... ... . ........ . ................ . ..... . ...... . . .. ........................................ .... .................... .. .. .. ......................... . ....... .... .... ... ...... . .. .. . . .. . . . . .... . . .
lowQualScore : 0 4444 4444 888888 0 5555 0 333333333333333333333333333333333333333333333333 7 99 1 66 1 1 9 00000 1 1 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 000000000000000000000000000000000000000000 2 22 222222222222222 2 4444444 888 9 44444444 7 2222222222222222 4 11111 5 222222 5 5 44 3333333333333333333333333333333333333333 0000 88888888888888888888 11 22 22 9999999999999999999999999 7 6666666 6666 0000 444 888888 9 22 22 7 4 22 4 4 4 8 0000 1 1 6
consensus : NTATGCACCATTTTTGTTTC-CAGTAAA----G----ATTC------ATG-T----TG-TATTT---TAT----CG----CATT----ATC-------------G-------CA-T--TTGT-GTTTTGTAAC-AA-TATTGCGG-CTGG-G---AG-A-ACGC-----TGT------------------TG--TG--TA-------AT-------------ACTTT-AAT-----------------A-------------GT---------CAAGACG--CN-----G-----GTATGTCTCCCAGCCA--A----TTT--GTTTCT--------GTATTTA---T------TT---TTAG-GA-TTCA------CA-T-TT--TT------------A-----T--------TT----T------AAAT----GA--------CA----A---GCTTTTACAC-CTT--AA--CATG-------------------------TT-T-------TT----C----TGT---TATGATT------TACGTGG--AAACAA--A-CAGA-GCTGCA--A-TG-TTGCC-TTGGACT----A-ATAG-CACGGTTTTAAC
Reference ( family-4643 ) : NTATGCACCATTTTTGTTTC-CAGTAAA----G----ATTC------ATG-T----TG-TATTT---TAT----CG----CATT----ATC-------------G-------CA-T--TTGT-GTTTTGTAAC-AA-TATTGCGG-CTGG-G---AG-A-ACGC-----TGT------------------TG--TG--TA-------AT-------------ACTTT-AAT-----------------A-------------GT---------CAAGACG--CN-----G-----GTATGTCTCCCAGCCA--A----TTT--GTTTCT--------GTATTTA---T------TT---TTAG-GA-TTCA------CA-T-TT--TT------------A-----T--------TT----T------AAAT----GA--------CA----A---GCTTTTACAC-CTT--AA--CATG-------------------------TT-T-------TT----C----TGT---TATGATT------TACGTGG--AAACAA--A-CAGA-GCTGCA--A-TG-TTGCC-TTGGACT----A-ATAG-CACGGTTTTAAC
gi|1 : TGTTCC-CAGTATATTATG----ATTC------ATG-T----TC-TATTT---TCTAGTGCGGCTATATT-----TT-------------G-------CT-T--TTCT--TTTTGTAAC-AATTATTGTGG-
gi|1 : T---------CAAAAGGGCCT-----G-----GTTTGTCTCCCAGCCA--A----TTTCGGTATGTATG-----GTATTTA---T------CT---T-AG-TA-TTAA------CA-T-TTCGTC------------A-----T--------CT----TTTAAATAAAT----GA--------CA----A---A--TTTACAAACTT--AATGCAT--------------------------TT-TATTATAATT----C----TGT---TATGATT------TAC-TGGGTAAACAA--A-CAGA-GCTGCA--A-TT-GTGCC-TTGGACTTGTCA-GTAA-CATAGTTTTAAtgttaaattaatctattcggttgttgtggcttggggaacggggttgtgttgttaatggacttttttttggttggaatcattactcatatgatctagtttcaaaagggcctggtttgtctcccagccaatttcggtatgtatggtatttatcttagtattaacatttcgtcatcttttaaataaatgacaaatttacaaacttaatgcattttattataattctgttatgatttactgggtaaacaaacagagctgcaattgtgccttggacttgtcagtaacatagttttaaacatagaa
gi|10 : tgttcccagtatattatgattcatgttctattttctagtgcggctatattttgcttttctttttgtaacaattattgtggtgttaaattaatctattcggttgttgtggcttggggaacggggttgtgttgttaatggacttttttttggttggaatcattactcatatgatctagttT-----------------A-------------GTT--------CAACAGG--CC-----G-----GT-TGCCTCCC-GCTA--A----TTT--GTTCAT--------ATTATTA---T------TT---TTAATGA--TCG------CA-T-TT--TTCTTC--------A-----TC-------TT----T------AAAT----AA--------AT----A---TTTTATACAA-CCT--CA--CATGC------------------------TT-T-------TT----A----TGT---T-CCATT---------GTG-------AA--A-CAGA-GCGCCA--ATTG-ATGCCGTTGAACT----A-ATAG-TATacatagaa
gi|11 : ttgcatttcAAGATG--CG-----G-----GTATGTCGCCTAGCCA--------TC--ATTCCC--------GTATTTAATATCAGGAGTT---TCAG-GA-CTCA------CA-T-TT--TT------------A-----TCTTCAGTTTT----T------AAAT----AA--------CA----A---GATTTTACTC-CTTTTAA--TACG-------------------------TT-T-------TC----C----TGT---TATGATTCAGAATTACATGG--AAATAA--A-TAG---TTACA--A-TG-TTACC-TTGGATT----A-ATAG-CACGGTTTTAAtaaagtcaaatattaagcaacacccgctgtggtttggtcaagattacatcgaaaatgttctacatc
gi|12 : ATTGTGG-CTGG-G---AA-T-ACGC-----TAG------------------TG--TG--TA-------AT-------------ACTT--AAT-----------------A--------------T---------CTAG-----C-----------------TTTTCTAGTCA--AGAGGTTG--GTTT--------------------T------TT---TTAA-TG-TT-A------TG-T-TT--TC------------G-----T---------------------------------------CA----ATTTGCTTTTACAC-CTT------CATG-------------------------TTCT-------TT----C----TGT---TATGATT------TACGTG----AACAA--A-CAAA-GCTGCA--A-TT-TTGCC-TTGAAAT----A-ATGA-CACGATTTTAAC
gi|13 : GATG--CG-----G-----GTATGTCGCCTAGCCA--------TC--ATTCCC--------GTATTTA---A------TA---TCAG-GAGTTCAGGACGTCAAT-TT--TT------------A-----TCTTCAGTTTT----T------AAAT----AA--------CA----A---GATT--ACTC-CTTTTAA--TACG-------------------------TT-T-------TC----C----TGT---TATGATTCAGAATTACATGG--AAATAA--A-TAG---TTACA--A-TG-TTACC-TTGGATT----A-ATAG-CACGGTTTTAACataa
gi|14 : TGTCTCCCAGCTA--A----GTT--CTTTCT--------GTATTTT---G------TC---TTCG-AA-CTCA------CA-T-TT--TT------------AGACATT--------TTAAA-T------AAAT----GA--------CT----A---GCTTTTATAC-CTT--AA--CATG-------------------------CT-T-------AT----C----TGT---CATGATT------TAAATGG--ACACAA--A-CTGT-ACTGCA--A-TA-TTGCT-TTAGACT----A-ATAG-GACGGTTTTGAC
gi|15 : gattT------------A-----T--------TT----T------AG------GA--------CA----------TTTCAAA---TA--AA--CACG-------------------------TT-T-------TT----C----TGT---TATGATAAA----CACGTAG--AAAAAA--T-CAGA-GCTGCA--T-TA-TTGCC-TTGGAC
gi|16 : agtgttcaaaagtagaggtggttttttattattataTGCACCATTTTAG------AATAAA----GTTGCATTCTATTAGATGAC----CG-CATCTGTGTGT----TG----CATG----ATC-------------G-------CA-T--CTGT-GTTTTGTAA-----TATTGCGG-CTGC-A---AA-A-ACGC-----GGT------------------TG--TG--TA-------AT-------------ACTCT-GAT-----------------G-------------Gc
gi|17 : -----GTAGGTCCCCCGGCTA--G----TTT--GTGTCT--------GTGTGTA---T--------------------------------T-TT--TT-------------------------------------------T----G-----------------------TCACAC-CTTT-AA--CATG-------------------------TT-T-------T-----C----TAT---TATTATT------TACATGG--AAATAA--AACA-A-GCTGCAATA-TG-TTGCA-TT
gi|18 : gaGTTTC-TAGCAAA----G----ATTC------TTA-T----TG-TATTT---TAT----CG----AATT----ATT-------------G-------CA-T--TTCT-GTTTGGTAAC-AA-TTTTGCGG-CTGA-C---AG-A-TCGA-----GGT------------------TG--TG--TA-------CT-------------ACTTT-GAT-----------------A-------------TT---------C
gi|19 : TGTTTC-TAGCAAA----G----ATTC------TTA-T----TG-TATTT---TAT----CG----AATT----ATT-------------G-------CATT--TTCT-G-TTGGTAAC-AA-TTTTGCGG-CTGACC---AG-A-TCGA-----GGT------------------T---TG--TA-------CT-------------ACTTT-GAT-----------------taaatg
gi|2 : TAGGCACCATTTTTGTTTCTCAGTAAA----G----CTTC------ATG-TTTCCTA-TTTTT---TTT----TT----CCTTTGCCATCTGGTTGGGTTTGAA-------CAATA-TTGT-GGTTTGTAAC-AA-TAT-GTGA-CTGC-G---AG-ACACGC-----TTT------------------TT--TGGTTA-------ATGTTCATCTATCTTACTTTTACT-----------------A-------------GT---------AAAGACG--CC-----G-----GTTTGTCTCGCAGCCA--A----TTT--CTAGAT--------GTATTTT---T------TTATCTTAG-TA-TT-A------CG-T-TT--TTCCGTC-------AT----T--------TT----T------AGAT----AAGTATCGATCA----A---ATTTTTACAA-CTT--AA--CATG-------------------------TTGT-------TTTATCC----TGTGG-GATGATT------TACTGGG--AACCAATCA-CAGATGCTGC---A-TGTTTGCC-TTG--TT----GCATAGACATGGTTTTAA
gi|20 : ttTTTCCCAGC-A--A----TTT---TTTCT--------GTGTTTA---T-------------AT-GACTTAA------CA-T-TT--TCCGCC--------A-----T--------TCAAAAT------AAAT----GA--------TA----A---GCTTTTACGC-TTG--AT--GATG--------------------------T-T-------TT----C----TGT---TATGAacataatttagtta
gi|21 : ATGAT--------ATGTGG--AAACAA--T-CAGA-G--GCA--T-TG-TTGCC-CTGGATT----A-GTAA-TAAGGT
gi|22 : ttttgcatggtcatttgatataa-T----TG-TATTA---TAT----CG----CATT----ATC-------------GA------TA-T--TTATGGTTTTATAAC-AA-TATCATGG-C-AG-G---AG-A-ACgtaacattag
gi|3 : TGT-GTTTTGTAAC-A----TTGTAG-CTGG-G---GGGA-AAGC-----TGT------------------TG--TC--TC-------CT-------------GCATT-TTT-----------------A-------------GT---------CAAGATG--CT-----A-----TTACATCTACTGCCCA--G----TTT--GTTTCT--------GTTTTTA---T------TT---TTAG-GA-CTCG------CA-T-TT--TTTCCGT-------A-----T--------T-------------AAT----GA--------CA----A---AATTTTACAC-CTT--AG--CATG-------------------------TT-T-------TT----C----TGT---TATGATT------TACGTGT--AAACTA--A-CAAA-GCTGCA--A-CG-TTGCC-TTGAATT----
gi|4 : gaagtttactggtatcatatctttacatggtaTATGCACCATTTCTGTTTC-CAGTAAA----G----GTCC------ATG-C----TG-TA-------GT----C--------T----ATC-------------G-------CA-T--TTGT-GTTTTGAAAC-AA-TATTGTGG-CTGG-G---AG-A-ATGC-----TTT------------------AC--TG--TA-------AT-------------ACTTT-AAT-----------------ATCTCGCTTTGCTAGT---------CAAGACG--CC-----G-----AT-TGTCTTTCAGTCA--A----TTT--CTCCATGTACGGCAGTATTTA---A------AT---GTAG-GA-TTCA------CA-T-TT--TTTTTTTACTCGTCA-----T--------TTTGAAT------AAAT----GA--------CA----A---ATTTTTACAC-CTTA-AA--CATG-------------------------TT-T-------TT----T----TGT---TATGATT------TACGTGG--AAACAA--A-CAAG-GCTGCA--A-TG-TTGCC-TTGGACTTG--T-ATGG-CATAATTTTgtgctcaataatatcaattatcgtaatggtaaagctaagagtatgtgttaagaaaactgtaaaggcttgtcgaggaactaagatcgaagaacatcctccatc
gi|5 : tttGCACTATTTTTTTTCC-CAGTAAA----G----ATTC------ATG-T----TTCTATTTC--TAT----TG----CATTT---GTT-------------GTTTGTAACA-TAATTGT-GGTTTGTAACTAG-TTTTGTGGGCTGG-GTAGAG-A-ACGCAC---TTT------------------TGGTTA--TACGTTCATATTCTT---------ACTTT-GCT-----------------A-------------GT---------CAAGACG--CC-----G-----TT-TGTCT---AGCCACAA----TTT--CTAGAT--------GTATTTT---T------TTATCTTAG-TA-TTAA------CA-T-TT--TCCGTC--------A-----T--------TT----T------AAATAAATGA--------CG----A---A-TTTTACAA-CTT--AA--CATG-------------------------TT-T-------TTT---C----TGT---TATGATT------TAC-CGG--AA-CAA--A-CGGA-GCTGCA--A-TG-ATTCT-TCGGA
gi|6 : TAAA----G----ATTA------CTG-T----TG-TATTT---T---------------T-----TT-------------G-------CA-C--TTGT-GTTTTGTAA-----TATTGCGC-ATTG-G---AG-A-ACGCAGTTGTGTGATACTTTAGTATCTTTGTG--TG--TG-------AT-------------ACTTT-AAT-----------------ATCTT---------GTACTTCTTTTCAAGCCG--CT-----G-----GTTTGTCACC--------A----TTA--GGACTC--------GCATTTC---T------TC---TTGG-----TCA-----------TT--TT------------A-----A--------AT-----------AAAT----GA--------CATTCAA---GCTCTTGCAC-CTT--AG--CATGTTTTTTGGGTTTTTTTTTGTTGTTTTT-T-------TT----TGTGGTGT---TGTGATT------TACATGG--AAATA-------GA-TCTGCA--A-TG-TTACC-TTGGACT----A-ATAG-Cgacttgcattacat
gi|7 : ttatgcaccgctTATGCACCACTTTTGCTTC-CAGTAAA----G----ATTC------ATG-T----TG-TATTT---TAT----CG----CATT----ATT-------------G-------CA-T--TTGT-GTTTTATAAC-AA-CACTGTGG-CTGG-A---AG-A-ACGC-----TGT------------------TG--TG--TA-------AA-------------ACTTT-AAT-----------------A-------------GT---------CAAGATG--AA-----G-----ATATGTCTCCCAGCTA--A----TTT--GTTTCT--------GTATTTA---T------TT---TCAG-GA-TTCA------CA----T--TT------------A-----T--------TT----G------AAAT----GA--------CA----A---GCTTTTACAC-CTT--AC--CATG-------------------------TT-T-------TT----C----TGA---TATGATT------TACATGG--AAACAA--A-CAGA-GCTGTA--A-TG-TTGCC-TTGGAAC----A-ATGG-CACGGTTTTAACg
gi|8 : a----ATC-------------G-------CA-T--TTGC-GTTTTGCAA--AA-TA----------A-A---AT-A-TGGC-----TGT------------------AG--TG--TA-------AT-------------TCTTT-AATTACTTGCATTTCT----A-------------GT---------GAACATG--CACACCTGTACATGTGTGTCTTCGAGCCA--T----ATT--GTTTCT--------GTATTTA---G------TA---TTAG-GG-CTCA------TA-T-TT--TC------------A-----T--------T---------------C----GA--------CA----A---ACGTGTACAT-TTT--AA--CATA--------------------------T-T-------TT----C----TGT---TATGATT------TGAA-AG--AAATAA--ACCACA-CCTACA--A-TG-TTGTC-TCGGATT----A-AAAG-CGATGTTTTAA
gi|9 : cA-T--TTGT-GTTTTATAAC-AA-TATTGTGG-TTGG-G---AG-G-ACGC-----AGT------------------TG--TG--TT-------AT-------------ACTGT-AATGTCTTGTGGCTCTAGATA-------------GT---------CAACATG--CG-----G-----GTATATCTCGCTGTTA--A----TTT--GTTTCC--------GT-------------------------GA-CTCG------CA-TGTT--TT------------A-----TCAT-----TT----T------GAAT----AAACGT----CA----A---GATTTTACAT-CTT--TA--TATG-------------------------TT-T-------TCTG--C----TATATGTATGATT------TAC-TGG--AAACAA--A-CAGA-GCTGCA--G-TG-TTGCC-TTGGATT----G-ATAA-CGAGGTT
Alignments
lowQualScore : 111111 333333333333333333333333333333333333333333333333 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 666666666666666666666666666666666666666666 111111111111111 11111111 2222222222222222 7777777777777777777777777777777777777777 11111111111111111111 11 2222222222222222222222222 1111 111111 1111
lowQualScore : 5 9999 9999 222222 4 8888 4 444444444444444444444444444444444444444444444444 6 77 3 44 3 2 2 66666 3 3 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 000000000000000000000000000000000000000000 3 44 222222222222222 0 9999999 444 1 33333333 0 1111111111111111 1 77777 2 777777 2 2 33 9999999999999999999999999999999999999999 5555 55555555555555555555 33 11 33 5555555555555555555555555 4 7777777 0000 5555 777 666666 6 33 33 4 2 33 2 2 2 0 0000 3 3 1
lowQualScore : . .... .... ...... . .... . ................................................ . .. . .. . . . ..... . . .......................................................... . .......................................... . .. ............... . ....... ... . ........ . ................ . ..... . ...... . . .. ........................................ .... .................... .. .. .. ......................... . ....... .... .... ... ...... . .. .. . . .. . . . . .... . . .
lowQualScore : 0 4444 4444 888888 0 5555 0 333333333333333333333333333333333333333333333333 7 99 1 66 1 1 9 00000 1 1 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 000000000000000000000000000000000000000000 2 22 222222222222222 2 4444444 888 9 44444444 7 2222222222222222 4 11111 5 222222 5 5 44 3333333333333333333333333333333333333333 0000 88888888888888888888 11 22 22 9999999999999999999999999 7 6666666 6666 0000 444 888888 9 22 22 7 4 22 4 4 4 8 0000 1 1 6
consensus : NTATGCACCATTTTTGTTTC-CAGTAAA----G----ATTC------ATG-T----TG-TATTT---TAT----CG----CATT----ATC-------------G-------CA-T--TTGT-GTTTTGTAAC-AA-TATTGCGG-CTGG-G---AG-A-ACGC-----TGT------------------TG--TG--TA-------AT-------------ACTTT-AAT-----------------A-------------GT---------CAAGACG--CN-----G-----GTATGTCTCCCAGCCA--A----TTT--GTTTCT--------GTATTTA---T------TT---TTAG-GA-TTCA------CA-T-TT--TT------------A-----T--------TT----T------AAAT----GA--------CA----A---GCTTTTACAC-CTT--AA--CATG-------------------------TT-T-------TT----C----TGT---TATGATT------TACGTGG--AAACAA--A-CAGA-GCTGCA--A-TG-TTGCC-TTGGACT----A-ATAG-CACGGTTTTAAC
Reference ( family-4643 ) : NTATGCACCATTTTTGTTTC-CAGTAAA----G----ATTC------ATG-T----TG-TATTT---TAT----CG----CATT----ATC-------------G-------CA-T--TTGT-GTTTTGTAAC-AA-TATTGCGG-CTGG-G---AG-A-ACGC-----TGT------------------TG--TG--TA-------AT-------------ACTTT-AAT-----------------A-------------GT---------CAAGACG--CN-----G-----GTATGTCTCCCAGCCA--A----TTT--GTTTCT--------GTATTTA---T------TT---TTAG-GA-TTCA------CA-T-TT--TT------------A-----T--------TT----T------AAAT----GA--------CA----A---GCTTTTACAC-CTT--AA--CATG-------------------------TT-T-------TT----C----TGT---TATGATT------TACGTGG--AAACAA--A-CAGA-GCTGCA--A-TG-TTGCC-TTGGACT----A-ATAG-CACGGTTTTAAC
gi|1 : TGTTCC-CAGTATATTATG----ATTC------ATG-T----TC-TATTT---TCTAGTGCGGCTATATT-----TT-------------G-------CT-T--TTCT--TTTTGTAAC-AATTATTGTGG-
gi|1 : T---------CAAAAGGGCCT-----G-----GTTTGTCTCCCAGCCA--A----TTTCGGTATGTATG-----GTATTTA---T------CT---T-AG-TA-TTAA------CA-T-TTCGTC------------A-----T--------CT----TTTAAATAAAT----GA--------CA----A---A--TTTACAAACTT--AATGCAT--------------------------TT-TATTATAATT----C----TGT---TATGATT------TAC-TGGGTAAACAA--A-CAGA-GCTGCA--A-TT-GTGCC-TTGGACTTGTCA-GTAA-CATAGTTTTAAtgttaaattaatctattcggttgttgtggcttggggaacggggttgtgttgttaatggacttttttttggttggaatcattactcatatgatctagtttcaaaagggcctggtttgtctcccagccaatttcggtatgtatggtatttatcttagtattaacatttcgtcatcttttaaataaatgacaaatttacaaacttaatgcattttattataattctgttatgatttactgggtaaacaaacagagctgcaattgtgccttggacttgtcagtaacatagttttaaacatagaa
gi|10 : tgttcccagtatattatgattcatgttctattttctagtgcggctatattttgcttttctttttgtaacaattattgtggtgttaaattaatctattcggttgttgtggcttggggaacggggttgtgttgttaatggacttttttttggttggaatcattactcatatgatctagttT-----------------A-------------GTT--------CAACAGG--CC-----G-----GT-TGCCTCCC-GCTA--A----TTT--GTTCAT--------ATTATTA---T------TT---TTAATGA--TCG------CA-T-TT--TTCTTC--------A-----TC-------TT----T------AAAT----AA--------AT----A---TTTTATACAA-CCT--CA--CATGC------------------------TT-T-------TT----A----TGT---T-CCATT---------GTG-------AA--A-CAGA-GCGCCA--ATTG-ATGCCGTTGAACT----A-ATAG-TATacatagaa
gi|11 : ttgcatttcAAGATG--CG-----G-----GTATGTCGCCTAGCCA--------TC--ATTCCC--------GTATTTAATATCAGGAGTT---TCAG-GA-CTCA------CA-T-TT--TT------------A-----TCTTCAGTTTT----T------AAAT----AA--------CA----A---GATTTTACTC-CTTTTAA--TACG-------------------------TT-T-------TC----C----TGT---TATGATTCAGAATTACATGG--AAATAA--A-TAG---TTACA--A-TG-TTACC-TTGGATT----A-ATAG-CACGGTTTTAAtaaagtcaaatattaagcaacacccgctgtggtttggtcaagattacatcgaaaatgttctacatc
gi|12 : ATTGTGG-CTGG-G---AA-T-ACGC-----TAG------------------TG--TG--TA-------AT-------------ACTT--AAT-----------------A--------------T---------CTAG-----C-----------------TTTTCTAGTCA--AGAGGTTG--GTTT--------------------T------TT---TTAA-TG-TT-A------TG-T-TT--TC------------G-----T---------------------------------------CA----ATTTGCTTTTACAC-CTT------CATG-------------------------TTCT-------TT----C----TGT---TATGATT------TACGTG----AACAA--A-CAAA-GCTGCA--A-TT-TTGCC-TTGAAAT----A-ATGA-CACGATTTTAAC
gi|13 : GATG--CG-----G-----GTATGTCGCCTAGCCA--------TC--ATTCCC--------GTATTTA---A------TA---TCAG-GAGTTCAGGACGTCAAT-TT--TT------------A-----TCTTCAGTTTT----T------AAAT----AA--------CA----A---GATT--ACTC-CTTTTAA--TACG-------------------------TT-T-------TC----C----TGT---TATGATTCAGAATTACATGG--AAATAA--A-TAG---TTACA--A-TG-TTACC-TTGGATT----A-ATAG-CACGGTTTTAACataa
gi|14 : TGTCTCCCAGCTA--A----GTT--CTTTCT--------GTATTTT---G------TC---TTCG-AA-CTCA------CA-T-TT--TT------------AGACATT--------TTAAA-T------AAAT----GA--------CT----A---GCTTTTATAC-CTT--AA--CATG-------------------------CT-T-------AT----C----TGT---CATGATT------TAAATGG--ACACAA--A-CTGT-ACTGCA--A-TA-TTGCT-TTAGACT----A-ATAG-GACGGTTTTGAC
gi|15 : gattT------------A-----T--------TT----T------AG------GA--------CA----------TTTCAAA---TA--AA--CACG-------------------------TT-T-------TT----C----TGT---TATGATAAA----CACGTAG--AAAAAA--T-CAGA-GCTGCA--T-TA-TTGCC-TTGGAC
gi|16 : agtgttcaaaagtagaggtggttttttattattataTGCACCATTTTAG------AATAAA----GTTGCATTCTATTAGATGAC----CG-CATCTGTGTGT----TG----CATG----ATC-------------G-------CA-T--CTGT-GTTTTGTAA-----TATTGCGG-CTGC-A---AA-A-ACGC-----GGT------------------TG--TG--TA-------AT-------------ACTCT-GAT-----------------G-------------Gc
gi|17 : -----GTAGGTCCCCCGGCTA--G----TTT--GTGTCT--------GTGTGTA---T--------------------------------T-TT--TT-------------------------------------------T----G-----------------------TCACAC-CTTT-AA--CATG-------------------------TT-T-------T-----C----TAT---TATTATT------TACATGG--AAATAA--AACA-A-GCTGCAATA-TG-TTGCA-TT
gi|18 : gaGTTTC-TAGCAAA----G----ATTC------TTA-T----TG-TATTT---TAT----CG----AATT----ATT-------------G-------CA-T--TTCT-GTTTGGTAAC-AA-TTTTGCGG-CTGA-C---AG-A-TCGA-----GGT------------------TG--TG--TA-------CT-------------ACTTT-GAT-----------------A-------------TT---------C
gi|19 : TGTTTC-TAGCAAA----G----ATTC------TTA-T----TG-TATTT---TAT----CG----AATT----ATT-------------G-------CATT--TTCT-G-TTGGTAAC-AA-TTTTGCGG-CTGACC---AG-A-TCGA-----GGT------------------T---TG--TA-------CT-------------ACTTT-GAT-----------------taaatg
gi|2 : TAGGCACCATTTTTGTTTCTCAGTAAA----G----CTTC------ATG-TTTCCTA-TTTTT---TTT----TT----CCTTTGCCATCTGGTTGGGTTTGAA-------CAATA-TTGT-GGTTTGTAAC-AA-TAT-GTGA-CTGC-G---AG-ACACGC-----TTT------------------TT--TGGTTA-------ATGTTCATCTATCTTACTTTTACT-----------------A-------------GT---------AAAGACG--CC-----G-----GTTTGTCTCGCAGCCA--A----TTT--CTAGAT--------GTATTTT---T------TTATCTTAG-TA-TT-A------CG-T-TT--TTCCGTC-------AT----T--------TT----T------AGAT----AAGTATCGATCA----A---ATTTTTACAA-CTT--AA--CATG-------------------------TTGT-------TTTATCC----TGTGG-GATGATT------TACTGGG--AACCAATCA-CAGATGCTGC---A-TGTTTGCC-TTG--TT----GCATAGACATGGTTTTAA
gi|20 : ttTTTCCCAGC-A--A----TTT---TTTCT--------GTGTTTA---T-------------AT-GACTTAA------CA-T-TT--TCCGCC--------A-----T--------TCAAAAT------AAAT----GA--------TA----A---GCTTTTACGC-TTG--AT--GATG--------------------------T-T-------TT----C----TGT---TATGAacataatttagtta
gi|21 : ATGAT--------ATGTGG--AAACAA--T-CAGA-G--GCA--T-TG-TTGCC-CTGGATT----A-GTAA-TAAGGT
gi|22 : ttttgcatggtcatttgatataa-T----TG-TATTA---TAT----CG----CATT----ATC-------------GA------TA-T--TTATGGTTTTATAAC-AA-TATCATGG-C-AG-G---AG-A-ACgtaacattag
gi|3 : TGT-GTTTTGTAAC-A----TTGTAG-CTGG-G---GGGA-AAGC-----TGT------------------TG--TC--TC-------CT-------------GCATT-TTT-----------------A-------------GT---------CAAGATG--CT-----A-----TTACATCTACTGCCCA--G----TTT--GTTTCT--------GTTTTTA---T------TT---TTAG-GA-CTCG------CA-T-TT--TTTCCGT-------A-----T--------T-------------AAT----GA--------CA----A---AATTTTACAC-CTT--AG--CATG-------------------------TT-T-------TT----C----TGT---TATGATT------TACGTGT--AAACTA--A-CAAA-GCTGCA--A-CG-TTGCC-TTGAATT----
gi|4 : gaagtttactggtatcatatctttacatggtaTATGCACCATTTCTGTTTC-CAGTAAA----G----GTCC------ATG-C----TG-TA-------GT----C--------T----ATC-------------G-------CA-T--TTGT-GTTTTGAAAC-AA-TATTGTGG-CTGG-G---AG-A-ATGC-----TTT------------------AC--TG--TA-------AT-------------ACTTT-AAT-----------------ATCTCGCTTTGCTAGT---------CAAGACG--CC-----G-----AT-TGTCTTTCAGTCA--A----TTT--CTCCATGTACGGCAGTATTTA---A------AT---GTAG-GA-TTCA------CA-T-TT--TTTTTTTACTCGTCA-----T--------TTTGAAT------AAAT----GA--------CA----A---ATTTTTACAC-CTTA-AA--CATG-------------------------TT-T-------TT----T----TGT---TATGATT------TACGTGG--AAACAA--A-CAAG-GCTGCA--A-TG-TTGCC-TTGGACTTG--T-ATGG-CATAATTTTgtgctcaataatatcaattatcgtaatggtaaagctaagagtatgtgttaagaaaactgtaaaggcttgtcgaggaactaagatcgaagaacatcctccatc
gi|5 : tttGCACTATTTTTTTTCC-CAGTAAA----G----ATTC------ATG-T----TTCTATTTC--TAT----TG----CATTT---GTT-------------GTTTGTAACA-TAATTGT-GGTTTGTAACTAG-TTTTGTGGGCTGG-GTAGAG-A-ACGCAC---TTT------------------TGGTTA--TACGTTCATATTCTT---------ACTTT-GCT-----------------A-------------GT---------CAAGACG--CC-----G-----TT-TGTCT---AGCCACAA----TTT--CTAGAT--------GTATTTT---T------TTATCTTAG-TA-TTAA------CA-T-TT--TCCGTC--------A-----T--------TT----T------AAATAAATGA--------CG----A---A-TTTTACAA-CTT--AA--CATG-------------------------TT-T-------TTT---C----TGT---TATGATT------TAC-CGG--AA-CAA--A-CGGA-GCTGCA--A-TG-ATTCT-TCGGA
gi|6 : TAAA----G----ATTA------CTG-T----TG-TATTT---T---------------T-----TT-------------G-------CA-C--TTGT-GTTTTGTAA-----TATTGCGC-ATTG-G---AG-A-ACGCAGTTGTGTGATACTTTAGTATCTTTGTG--TG--TG-------AT-------------ACTTT-AAT-----------------ATCTT---------GTACTTCTTTTCAAGCCG--CT-----G-----GTTTGTCACC--------A----TTA--GGACTC--------GCATTTC---T------TC---TTGG-----TCA-----------TT--TT------------A-----A--------AT-----------AAAT----GA--------CATTCAA---GCTCTTGCAC-CTT--AG--CATGTTTTTTGGGTTTTTTTTTGTTGTTTTT-T-------TT----TGTGGTGT---TGTGATT------TACATGG--AAATA-------GA-TCTGCA--A-TG-TTACC-TTGGACT----A-ATAG-Cgacttgcattacat
gi|7 : ttatgcaccgctTATGCACCACTTTTGCTTC-CAGTAAA----G----ATTC------ATG-T----TG-TATTT---TAT----CG----CATT----ATT-------------G-------CA-T--TTGT-GTTTTATAAC-AA-CACTGTGG-CTGG-A---AG-A-ACGC-----TGT------------------TG--TG--TA-------AA-------------ACTTT-AAT-----------------A-------------GT---------CAAGATG--AA-----G-----ATATGTCTCCCAGCTA--A----TTT--GTTTCT--------GTATTTA---T------TT---TCAG-GA-TTCA------CA----T--TT------------A-----T--------TT----G------AAAT----GA--------CA----A---GCTTTTACAC-CTT--AC--CATG-------------------------TT-T-------TT----C----TGA---TATGATT------TACATGG--AAACAA--A-CAGA-GCTGTA--A-TG-TTGCC-TTGGAAC----A-ATGG-CACGGTTTTAACg
gi|8 : a----ATC-------------G-------CA-T--TTGC-GTTTTGCAA--AA-TA----------A-A---AT-A-TGGC-----TGT------------------AG--TG--TA-------AT-------------TCTTT-AATTACTTGCATTTCT----A-------------GT---------GAACATG--CACACCTGTACATGTGTGTCTTCGAGCCA--T----ATT--GTTTCT--------GTATTTA---G------TA---TTAG-GG-CTCA------TA-T-TT--TC------------A-----T--------T---------------C----GA--------CA----A---ACGTGTACAT-TTT--AA--CATA--------------------------T-T-------TT----C----TGT---TATGATT------TGAA-AG--AAATAA--ACCACA-CCTACA--A-TG-TTGTC-TCGGATT----A-AAAG-CGATGTTTTAA
gi|9 : cA-T--TTGT-GTTTTATAAC-AA-TATTGTGG-TTGG-G---AG-G-ACGC-----AGT------------------TG--TG--TT-------AT-------------ACTGT-AATGTCTTGTGGCTCTAGATA-------------GT---------CAACATG--CG-----G-----GTATATCTCGCTGTTA--A----TTT--GTTTCC--------GT-------------------------GA-CTCG------CA-TGTT--TT------------A-----TCAT-----TT----T------GAAT----AAACGT----CA----A---GATTTTACAT-CTT--TA--TATG-------------------------TT-T-------TCTG--C----TATATGTATGATT------TAC-TGG--AAACAA--A-CAGA-GCTGCA--G-TG-TTGCC-TTGGATT----G-ATAA-CGAGGTT
blockSeqs : T . TTGC TATTAG A TTCC C TTTTTCCTTTGCCATCTGGTTGGGTTTGAA T AA G CT . T G GTAG G C AGTTGTGTGATACTTTAGTATCTTTGTGTGTGAT T GTCTTGTGGCTCTAGATAGT G . ACACCTGTACATGTG AGAGG G A GTACGGCA AATATCAGGAGTT T GAGT C GGACGT A G . TTTTTACTCGTCATTTTGAAT AAAT GTATCGATCAAAT A TT . TTTTTTGGGTTTTTTTTTGTTGTTT C . TATC GTGG ATG CAGAAT G . TC A T AT T T G TG C A T
blockSeqs : . . . . . . . CTATTGCATTTGTTGTTTGTAA A A . C . C . CC . . TTTTTTGGTTAATGTTCATCTATCTT . ATCTCGCTTTGCTAGT T . GGGTA CAA A C . TTTTATC C GACT C . . . . ATCTTCAGTTTTT . CATTCAAGC C TT . C G . TG . GG CAGAAT A . . C . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . GTGTGTTGCATGATCG . . . C . C . A . . ACTTTTGGTTATACGTTCATATTCTT . ATCTTGTACTTCTTTT T . GGGTA A G C . TTTTATC T TGA C . . . . ATCTTCAGTTTTT . ACGTCAAGA C T . . . . T . . AA G . . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . TATCGCATTATCGA . . . C . C . C . . GGTTGTGTAAT . TACTTGCATTTCTAGT C . CGGTT A A C . ATTT C GAC C . . . . AGACATTTTAAAT . CAATTTGC C A . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . TATCGAATTATTG . . . C . T . G . . GGTTGTGTACT . ATT T . TATTA G C C . AATA T TGT A . . . . CGCCATTCAAAAT . ATATT C . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . TATCGAATTATTG . . . C . T . G . . TGTTGTCTCCT . AGT C . TGGTT A G A . TGTC T AAC C . . . . CCGTCATTTTT . CAAGA C . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . TATCGCATTATTG . . . C . T . G . . TTTACTGTAAT . AGT C . AGATA A C C . ATTT T TAT C . . . . CTTCATCTTT . CAAGA A . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . GTCTATCG . . . C . T . G . . TGTTGTGTAAA . AGT C . GGGTA G G C . AAAT T GAC A . . . . CGTCATTTT . CTAGC C . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . TTTTG . . . C . T . G . . TGTAGTGTAAT . AGT T . CGGT A C A . CTTC T GAT C . . . . TCCGTATT . TAAGC C . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . C . A . . AGTTGTGTTAT . AT T . CGAT A C A . ATTT T TAT C . . . . ATCATTTT . CAAAA C . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . T . A . . GGTTTGTACT . T . CGTT A G T . AGTA C GAT C . . . . ATTTT . CAAAT A . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . T . G . . . . . T G C . TTT T GGC C . . . . ATTTG . CAAGC C . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A G C . AT . GAC . . . . . AAAT . CAAAC C . . . . . . . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . G C . AT . . . . . . . ATT . CGAA T . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . GT . CA T . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : **** TATCGNATTATCG*********************************** AGT*************************************** ** G** ******** ** CGTCATTTT******************************* CAAGC*************** C* ** ******* ** ****
originalCons : NTATGCACCATTTTTGTTTC-CAGTAAA----G----ATTC------ATG-T----TG-TATTT---TAT----CG----CATT----ATC-------------G-------CA-T--TTGT-GTTTTGTAAC-AA-TATTGCGG-CTGG-G---AG-A-ACGC-----TGT------------------TG--TG--TA-------AT-------------ACTTT-AAT-----------------A-------------GT---------CAAGACG--CN-----G-----GTATGTCTCCCAGCCA--A----TTT--GTTTCT--------GTATTTA---T------TT---TTAG-GA-TTCA------CA-T-TT--TT------------A-----T--------TT----T------AAAT----GA--------CA----A---GCTTTTACAC-CTT--AA--CATG-------------------------TT-T-------TT----C----TGT---TATGATT------TACGTGG--AAACAA--A-CAGA-GCTGCA--A-TG-TTGCC-TTGGACT----A-ATAG-CACGGTTTTAAC
finalCons : NTATGCACCATTTTTGTTTC-CAGTAAA----G----ATTC------ATG-T----TG-TATTTTATCGNATTATCG-----------------------------------CA-T--TTGT-GTTTTGTAAC-AA-TATTGCGG-CTGG-G---AG-A-ACGC-----TGT------------------TG--TG--TA-------AT-------------ACTTT-AATAGT---------------------------------------CAAGACG--CN-----G-----GTATGTCTCCCAGCCA--A----TTTG--TTTCT--------GTATTTA---T------TT---TTAG-GA-TTCA------CA-T-TT--TTCGTCATTTT-------------------------------AAAT----GACAAGC---------------TTTTACAC-CTT--AA--CATG-------------------------TT-T-------TT----C----TGT---TATGATT------TACGTGG--AAACAA--A-CAGA-GCTGCA--A-TG-TTGCC-TTGGACT----A-ATAG-CACGGTTTTAAC
Alignments
lowQualScore : 111111 3333333333333333333333333333333 11111 1111111 1111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 44444444444444444444444444444444 111111111111 1111111 11111111 222222222222222 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11 2222222222222222222222222 111111 1111
lowQualScore : 5 9999 9999 222222 4 99 2222222222222222222222222222222 33333 0 4444444 3 5555 3 3 44 3 2 2 66666 3 3 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 99999999999999999999999999999999 3 5 44 333333333333 8 33 2222222 444 1 33333333 3 666666666666666 1 2 77 0 777777 33 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 77 33 11 33 8888888888888888888888888 4 7777777 8888 5555 777 666666 6 33 33 4 2 33 2 2 2 0 0000 3 3 1
lowQualScore : . .... .... ...... . .. ............................... ..... . ....... . .... . . .. . . . ..... . . .......................................................... . ................................ . . .. ............ . .. ....... ... . ........ . ............... . . .. . ...... .. ......................................................... .. .. .. .. ......................... . ....... .... .... ... ...... . .. .. . . .. . . . . .... . . .
lowQualScore : 0 4444 4444 888888 0 55 8888888888888888888888888888888 00000 7 2222222 1 0000 1 1 66 1 1 9 00000 1 1 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 55555555555555555555555555555555 3 1 22 999999999999 0 44 4444444 888 9 44444444 8 666666666666666 4 5 77 9 222222 22 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 66 11 22 22 2222222222222222222222222 7 6666666 2222 0000 444 888888 9 22 22 7 4 22 4 4 4 8 0000 1 1 6
consensus : NTATGCACCATTTTTGTTTC-CAGTAAA----G----ATTC------ATG-TTG--TATTT---T--------------AT----CG----CATT-A---TCG-------CA-T----T-TGT-GTTTTGTAAC-AA-TATTGCGG-CTGG-G---AG-A-ACGC-----TGT------------------TG--TG--TA-------AT-------------ACTTT-AAT-----------------A-------------GT-CAAGACG--CN-----G-----GTATGTCTC--CCAGCCA--A----TTT--GTTTCT--------GTATTTA---T------TT---TTAG-GA-CTCA------CA--TTT-T--------T--C---GTCA--T-TT----T------AAAT-----GA--------CAAGCTTTTACAC-CTT--AA--CATG-------------------------TT-T-------TT----C----TGT---TATGATT------TACGTGG--AAACAA--A-CAGA-GCTGCA--A-TG-TTGCC-TTGGACT----A-ATAG-CACGGTTTTAAC
Reference ( family-4643 ) : NTATGCACCATTTTTGTTTC-CAGTAAA----G----ATTC------ATG-TTG--TATTT---T--------------AT----CG----NATT-A---TCG-------CA-T----T-TGT-GTTTTGTAAC-AA-TATTGCGG-CTGG-G---AG-A-ACGC-----TGT------------------TG--TG--TA-------AT-------------ACTTT-AAT-----------------A-------------GT-CAAGACG--CN-----G-----GTATGTCTC--CCAGCCA--A----TTT--GTTTCT--------GTATTTA---T------TT---TTAG-GA-TTCA------CA--TTT-T--------T--C---GTCA--T-TT----T------AAAT-----GA--------CAAGCTTTTACAC-CTT--AA--CATG-------------------------TT-T-------TT----C----TGT---TATGATT------TACGTGG--AAACAA--A-CAGA-GCTGCA--A-TG-TTGCC-TTGGACT----A-ATAG-CACGGTTTTAAC
gi|1 : TGTTCC-CAGTATATTATG----ATTC------ATG-TTC--TATTT---T--------------CTAGTGCGGCTATATT-----TTG-------CT-T----T-TCT--TTTTGTAAC-AATTATTGTGG-
gi|1 : T-CAAAAGGGCCT-----G-----GTTTGTCTC--CCAGCCA--A----TTTCGGTATGTATG-----GTATTTA---T------CT---T-AG-TA-TTAA------CA--TTT-------------C---GTCA--T-CT----TTTAAATAAAT-----GA--------CAAA--TTTACAAACTT--AATGCAT--------------------------TT-TATTATAATT----C----TGT---TATGATT------TAC-TGGGTAAACAA--A-CAGA-GCTGCA--A-TT-GTGCC-TTGGACTTGTCA-GTAA-CATAGTTTTAAtgttaaattaatctattcggttgttgtggcttggggaacggggttgtgttgttaatggacttttttttggttggaatcattactcatatgatctagtttcaaaagggcctggtttgtctcccagccaatttcggtatgtatggtatttatcttagtattaacatttcgtcatcttttaaataaatgacaaatttacaaacttaatgcattttattataattctgttatgatttactgggtaaacaaacagagctgcaattgtgccttggacttgtcagtaacatagttttaaacatagaa
gi|10 : tgttcccagtatattatgattcatgttctattttctagtgcggctatattttgcttttctttttgtaacaattattgtggtgttaaattaatctattcggttgttgtggcttggggaacggggttgtgttgttaatggacttttttttggttggaatcattactcatatgatctagttT-----------------A-------------GTTCAACAGG--CC-----G-----GT-TGCCTC--CC-GCTA--A----TTT--GTTCAT--------ATTATTA---T------TT---TTAATGA--TCG------CA--TTT-T--------T--C---TTCA--TCTT----T------AAAT-----AA--------ATATTTTATACAA-CCT--CA--CATGC------------------------TT-T-------TT----A----TGT---T-CCATT---------GTG-------AA--A-CAGA-GCGCCA--ATTG-ATGCCGTTGAACT----A-ATAG-TATacatagaa
gi|11 : ttgcatttcAAGATG--CG-----G-----GTATGTCGC--CTAGCCA--------TC--ATTCCC--------GTATTTAATATCAGGAGTT---TCAG-GA-CTCA------CA--TTT-T--------TATC---TTCAGTT-TT----T------AAAT-----AA--------CAAGATTTTACTC-CTTTTAA--TACG-------------------------TT-T-------TC----C----TGT---TATGATTCAGAATTACATGG--AAATAA--A-TAG---TTACA--A-TG-TTACC-TTGGATT----A-ATAG-CACGGTTTTAAtaaagtcaaatattaagcaacacccgctgtggtttggtcaagattacatcgaaaatgttctacatc
gi|12 : ATTGTGG-CTGG-G---AA-T-ACGC-----TAG------------------TG--TG--TA-------AT-------------ACTT--AAT-----------------A--------------T-CTAG-----C-----------------TTTT--CTAGTCA--AGAGGTTG--GTTTTT-----------TTTA---A------TG---TTAT-G-----------------TT-T--------T--C---GTCA--A-TT----T----------------------------GCTTTTACAC-CTT------CATG-------------------------TTCT-------TT----C----TGT---TATGATT------TACGTG----AACAA--A-CAAA-GCTGCA--A-TT-TTGCC-TTGAAAT----A-ATGA-CACGATTTTAAC
gi|13 : GATG--CG-----G-----GTATGTCGC--CTAGCCA--------TC--ATTCCC--------GTATTTA---A------TA---TCAG-GAGTTCAGGACGTCAATTTT-TA-------T--C---TTCAGTT-TT----T------AAAT-----AA--------CAAGATT--ACTC-CTTTTAA--TACG-------------------------TT-T-------TC----C----TGT---TATGATTCAGAATTACATGG--AAATAA--A-TAG---TTACA--A-TG-TTACC-TTGGATT----A-ATAG-CACGGTTTTAACataa
gi|14 : TGTCTC--CCAGCTA--A----GTT--CTTTCT--------GTATTTT---G------TC---TTCG-AA-CTCA------CA--TTT-T--------T--A---GACA--T-TT----T------AAATAAAT-GA--------CTAGCTTTTATAC-CTT--AA--CATG-------------------------CT-T-------AT----C----TGT---CATGATT------TAAATGG--ACACAA--A-CTGT-ACTGCA--A-TA-TTGCT-TTAGACT----A-ATAG-GACGGTTTTGAC
gi|15 : gatt--TTT-T--------T--T---ATTA--T-TA----T------ATATTTTAGGA--------CA---TTTCAAA---TA--AA--CACG-------------------------TT-T-------TT----C----TGT---TATGATAAA----CACGTAG--AAAAAA--T-CAGA-GCTGCA--T-TA-TTGCC-TTGGAC
gi|16 : agtgttcaaaagtagaggtggTGCACCATTTTAG------AATAAA----GTTGCATTCTATTAGATGACCG--CATCTGTGT--------------GT----TG----CATG-A---TCG-------CA-T----C-TGT-GTTTTGTAA-----TATTGCGG-CTGC-A---AA-A-ACGC-----GGT------------------TG--TG--TA-------AT-------------ACTCT-GAT-----------------G-------------Gc
gi|17 : -----GTAGGTCCC--CCGGCTA--G----TTT--GTGTCT--------GTGTGTA---T---------------------------------TTT-T--------T--T---GTCA----------------------------------------------CAC-CTTT-AA--CATG-------------------------TT-T-------T-----C----TAT---TATTATT------TACATGG--AAATAA--AACA-A-GCTGCAATA-TG-TTGCA-TT
gi|18 : gaGTTTC-TAGCAAA----G----ATTC------TTA-TTG--TATTT---T--------------AT----CG----AATT-A---TTG-------CA-T----T-TCT-GTTTGGTAAC-AA-TTTTGCGG-CTGA-C---AG-A-TCGA-----GGT------------------TG--TG--TA-------CT-------------ACTTT-GAT-----------------A-------------TT-C
gi|19 : TGTTTC-TAGCAAA----G----ATTC------TTA-TTG--TATTT---T--------------AT----CG----AATT-A---TTG-------CATT----T-TCT-G-TTGGTAAC-AA-TTTTGCGG-CTGACC---AG-A-TCGA-----GGT------------------T---TG--TA-------CT-------------ACTTT-GAT-----------------taaatg
gi|2 : TAGGCACCATTTTTGTTTCTCAGTAAA----G----CTTC------ATG-TTTCCTATTT---TTTTTTTCCTTTGCCAT----CT----GGTT-GGGTTTG-------AA-CAATAT-TGT-GGTTTGTAAC-AA-TAT-GTGA-CTGC-G---AG-ACACGC-----TTT------------------TT--TGGTTA-------ATGTTCATCTATCTTACTTTTACT-----------------A-------------GT-AAAGACG--CC-----G-----GTTTGTCTC--GCAGCCA--A----TTT--CTAGAT--------GTATTTT---T------TTATCTTAG-TA-TT-A------CG--TTT-T--------TC-C---GTCAT-T-TT----T------AGAT-----AAGTATCGATCAAATTTTTACAA-CTT--AA--CATG-------------------------TTGT-------TTTATCC----TGTGG-GATGATT------TACTGGG--AACCAATCA-CAGATGCTGC---A-TGTTTGCC-TTG--TT----GCATAGACATGGTTTTAA
gi|20 : ttTTTC--CCAGC-A--A----TTT---TTTCT--------GTGTTTA---T-------------AT-GACTTAA------CA--TTT-T--------C--C---GCCA--T-TCAAAAT------AAAT-----GA--------TAAGCTTTTACGC-TTG--AT--GATG--------------------------T-T-------TT----C----TGT---TATGAacataatttagtta
gi|21 : ATGAT--------ATGTGG--AAACAA--T-CAGA-G--GCA--T-TG-TTGCC-CTGGATT----A-GTAA-TAAGGT
gi|22 : ttttgcatggtcatttgatataa-TTG--TATTA---T--------------AT----CG----CATT-A---TCGA------TA-T----T-TATGGTTTTATAAC-AA-TATCATGG-C-AG-G---AG-A-ACgtaacattag
gi|3 : ---T--------------AT----CA----TATC-T---TTA-------CA-TGG--TATGT-GTTTTGTAAC-A----TTGTAG-CTGG-G---GGGA-AAGC-----TGT------------------TG--TC--TC-------CT-------------GCATT-TTT-----------------A-------------GT-CAAGATG--CT-----A-----TTACATCTA--CTGCCCA--G----TTT--GTTTCT--------GTTTTTA---T------TT---TTAG-GA-CTCG------CA--TTT-T--------TTCC---GT-A--T-T-------------AAT-----GA--------CAAAATTTTACAC-CTT--AG--CATG-------------------------TT-T-------TT----C----TGT---TATGATT------TACGTGT--AAACTA--A-CAAA-GCTGCA--A-CG-TTGCC-TTGAATT----
gi|4 : gaagtttactggTATGCACCATTTCTGTTTC-CAGTAAA----G----GTCC------ATG-CTG--TA---------------------GT----C--------T-A---TCG-------CA-T----T-TGT-GTTTTGAAAC-AA-TATTGTGG-CTGG-G---AG-A-ATGC-----TTT------------------AC--TG--TA-------AT-------------ACTTT-AAT-----------------ATCTCGCTTTGCTAGT-CAAGACG--CC-----G-----AT-TGTCTT--TCAGTCA--A----TTT--CTCCATGTACGGCAGTATTTA---A------AT---GTAG-GA-TTCA------CA--TTT-TTTTTTTACT--C---GTCA--T-TTTGAAT------AAAT-----GA--------CAAATTTTTACAC-CTTA-AA--CATG-------------------------TT-T-------TT----T----TGT---TATGATT------TACGTGG--AAACAA--A-CAAG-GCTGCA--A-TG-TTGCC-TTGGACTTG--T-ATGG-CATAATTTTgtgctcaataatatcaattatcgtaatggtaaagctaagagtatgtgttaagaaaactgtaaaggcttgtcgaggaactaagatcgaagaacatcctccatc
gi|5 : tttGCACTATTTTTTTTCC-CAGTAAA----G----ATTC------ATG-TTTC-TATTTC--T--------------AT----TG----CATTTG---TTGTTTGTAACA-TAA--T-TGT-GGTTTGTAACTAG-TTTTGTGGGCTGG-GTAGAG-A-ACGCAC---TTT------------------TGGTTA--TACGTTCATATTCTT---------ACTTT-GCT-----------------A-------------GT-CAAGACG--CC-----G-----TT-TGTCT-----AGCCACAA----TTT--CTAGAT--------GTATTTT---T------TTATCTTAG-TA-TTAA------CA--TTT-T--------C--C---GTCA--T-TTTAAAT------AAAT-----GA--------CGAA-TTTTACAA-CTT--AA--CATGT------------------------TT-T-------TT----C----TGT---TATGATT------TAC-CGG---AACAA--A-CGGA-GCTGCA--A-TG-ATTCT-TCGGA
gi|6 : TAAA----G----ATTA------CTG-TTG--TATTT---T-----------------------------T-----TTG-------CA-C----T-TGT-GTTTTGTAA-----TATTGCGC-ATTG-G---AG-A-ACGCAGTTGTGTGATACTTTAGTATCTTTGTG--TG--TG-------AT-------------ACTTT-AAT-----------------A--------------T-C---------T-----T-----GTACTTCTTTTCAAGCCG--------CT--GGTT-T--------GT---CA---C------CA---TTAG-GA-CTCG------CA--TTTCT--------T--CTTGGTCA--T-TT----T------AAAT-----AAATGACATTCAAGCTCTTGCAC-CTT--AG--CATGTTTTTTGGGTTTTTTTTTGTTGTTTTT-T-------TT----TGTGGTGT---TGTGATT------TACATGG--AAATA-------GA-TCTGCA--A-TG-TTACC-TTGGACT----A-ATAG-Cgacttgcattacat
gi|7 : ttatgcaccgctTATGCACCACTTTTGCTTC-CAGTAAA----G----ATTC------ATG-TTG--TATTT---T--------------AT----CG----CATT-A---TTG-------CA-T----T-TGT-GTTTTATAAC-AA-CACTGTGG-CTGG-A---AG-A-ACGC-----TGT------------------TG--TG--TA-------AA-------------ACTTT-AAT-----------------A-------------GT-CAAGATG--AA-----G-----ATATGTCTC--CCAGCTA--A----TTT--GTTTCT--------GTATTTA---T------TT---TCAG-GA-TTCA------CA--TTT--------------------A--T-TT----G------AAAT-----GA--------CAAGCTTTTACAC-CTT--AC--CATG-------------------------TT-T-------TT----C----TGA---TATGATT------TACATGG--AAACAA--A-CAGA-GCTGTA--A-TG-TTGCC-TTGGAAC----A-ATGG-CACGGTTTTAACg
gi|8 : a-A---TCG-------CA-T----T-TGC-GTTTTGCAA--AA-TA----------A-A---AT-A-TGGC-----TGT------------------AG--TG--TA-------AT-------------TCTTT-AATTACTTGCATTTCT----A-------------GT-GAACATG--CACACCTGTACATGTGTGTCTT--CGAGCCA--T----ATT--GTTTCT--------GTATTTA---G------TA---TTAG-GG-CTCA------TA--TTT------------------TCA--T-T---------------C-----GA--------CAAACGTGTACAT-TTT--AA--CATA--------------------------T-T-------TT----C----TGT---TATGATT------TGAA-AG--AAATAA--ACCACA-CCTACA--A-TG-TTGTC-TCGGATT----A-AAAG-CGATGTTTTAA
gi|9 : cA-T----T-TGT-GTTTTATAAC-AA-TATTGTGG-TTGG-G---AG-G-ACGC-----AGT------------------TG--TG--TT-------AT-------------ACTGT-AATGTCTTGTGGCTCTAGATA-------------GT-CAACATG--CG-----G-----GTATATCTC--GCTGTTA--A----TTT--GTTTCC--------GT-------------------------GA-CTCG------CA--TGT-T--------T--T---ATCA--T-TT----T------GAAT-----AAACGT----CAAGATTTTACAT-CTT--TA--TATG-------------------------TT-T-------TCTG--C----TATATGTATGATT------TAC-TGG--AAACAA--A-CAGA-GCTGCA--G-TG-TTGCC-TTGGATT----G-ATAA-CGAGGTT