lowQualScore : 111111 11
lowQualScore : 333 333 333333 33 2 88 2 2 2 1 1 1 22 66 44 777 44 22 8888888888 22 4444 1 88888888 999 1 22 2 2 2
lowQualScore : ... ... ...... .. . .. . . . . . . .. .. .. ... .. .. .......... .. .... . ........ ... . .. . . .
lowQualScore : 999 999 333333 11 2 33 2 1 1 9 9 9 66 44 55 111 55 66 3333333333 66 0000 9 88888888 000 9 88 0 0 0
consensus : CTACTTAAAT---AA---AA-A----CAG--T-A--C-A-A-ACTT-CCAAG-T-AAA--AA--CCTGG--TCAA---G--TAA--T----------T--TA----ACA-AT--------T---A-AN-A-AG-A-TATGTTTC
Reference ( gi|13 ) : CTACTTAAAT---AA---AA-A----CAG--T-A--C-A-A-ACTT-CCAAG-T-AAA--AA--CCTGG--TCAA---G--TAA--T----------T--TA----ACA-AT--------T---A-AC-A-AG-A-TATGTTTC
gi|8 : CTACTTAAAT---AA---AAAA----CAG--T-A--C-A-C-ACTT-CCAAG-T-AAA--AA--CCTGG--TCTA---G--TAA--T----------T--TA----ACA-AT--------T---A-AC-A-AG-A-TATGTTTC
gi|15 : tCTACATAAAT---AA---AA-A----CAG--T-A--C-A-A-ACTT-CCAAG-T-AAA--AA--CCTGG---CAA---G--TAA--T----------T--TA----ACA-AT--------T---A-A--A-AG-A-TATGTTT
gi|11 : CTACTTAAAT---AA---AA-A----CAG--T-A--A-ACA-ACTT-CCAAG-T-AAA--AA---CTGG--TCAA---G--TAA--T----------T--TA----ACA-AT--------T---A-AA-A-AGAA-TATGTTTC
gi|17 : CTACTTAAA----------A-A----CAG--T-A--C-G-A-ACTC-CAAAG-T-AAA--AA--CCTGA--TCAA---G--TAT--T----------T--TA----ACA-AT--------T---A-A--A-AA-A-TATGTTTC
gi|4 : CTACTTAAAT---AA---AA-A----CAGTAT-A--C-A-A-ACTT-CTAAG-TAAAA--AA--TCTGG--TCAA---G--TAA--T----------TAAAA----AAA-AT--------T---A-AA-C-AG-A-TATGTTTC
gi|3 : CTACCTAAAT---AACACAA-A----CAG--T-A--C-A-C-ACT---CAAG-T-AAA--AAA-CCTGGATTCAAA--G--TAAATT----------T--CA----ACA-AT--------T---A-AC-A-AG-A-TATGTTTcg
gi|10 : tCTACTTAAA----------A-A----CAG--T-AA-C-G-A-ACTT-CCAAAAT-AAA--AA--CCTGA--TCAA---G--TAA-------------T--TA----ACA-AT--------TA--A-AA-A-AG-ATTATGTTTCg
gi|14 : tTACTTAAAT---GA---AA-A----CAG--T-A--C-A-A-ACTT-CAAAA-G-AAA--AA--CTTTG--TCAA---G--TAA--T----------T--TA----ACA-AT--------T---A-AA-A-AG-A-TATGTTTCg
gi|7 : TACTTAAAT---AA---AA------CAG--T-ATAC-A-A-ACTT-CCAAG-T-AAA--AA--TCTGG--TCAA---G--TAA--T----------T--TA----AAA-AT--------TA--A-AC-AGAG-A-TATGTTTC
gi|12 : TACATAAAT---AA---AA-AAACCCAG--TTA--C-A-A-ACTT-CAAAG-G-AAA--AAAACCTGG---CAAAAAG--TAA--T----------T--TA----ACA-AT--------T------T-A-AG-A-c
gi|1 : ACTGAGAT---AA---AAAA----CAG--T-A--C-A-C-ACTC-GCAAG-T-AAA--AT--CCTGG--TC-A---G--TAA--TTATAACCAAGT--TA----ACA-ATC-------T---A-AC-A-AG-A-TATGTTCCata
gi|19 : atctgACATAAAT---AA---AA-A----CAG--T-A--C-A-ATACTT-CAAAG-G-AAA--AA--CC-GG---CAA---A--GAA--T----------T--TA----ACA-TT--------T---A-Ag
gi|2 : cgACTTAAATTAAAA---AA-A----CAG--G-A--C-A-C-ACTTCCCAAG-T-AAAACAA--CCTGG--TCAC---GT-TAA--T----------T--TAAAACACA-GT--------T---ATAC------A-TGTGTTaatg
gi|9 : atcTCAAAT---AA---AA------CAG--T-A--CCA-A-ACT--CCGAG-T-AAA--AAA-CCTGG--TCAA---G--TAA--T----------T--AT----ACACAT--------T---A-A--A-AA-A-TATGTTTCc
gi|6 : accctTGAAT---AA---AA------CAG--T-ATAC-A-A-ACTT-CCA-G-T-AAA--AA--TCTGG--TCAA---G--TAA--T----------T--TA----AAA-AT--------T---A-A--A-CG-A-TATGTTTCc
gi|16 : ctatcttcTAAAT---AA---GA------C-G--C-A----A-A-ACTT-CCAAG-T-AAA--AA--CCTGGT-TCAA---GTTTAA--T----------T--TA----ACA-AT--------TTAAA-ACAA-AA-A-CATGTcg
gi|5 : TAGAT---AA---AA-AA---CAA--T-A--C-A-A--CTT-CCCAG-A-GAA--CA--CCTGG--TCTA---G--TAA--T----------T--TA----ACA-GTAACAAATCT---A-AC-A-AG-A-T---TTTC
gi|18 : tctcAAT---AA---AG-A----CAG--T-A--C-A-A-ACTT-CCAAG-T-AAA--AA--CCTGG--TCAA---G--TAA--T----------T--TA----ACA-AT--------T---A-AA-A-AA-A-CATGTTTCc
gi|21 : -A-ACTT-CAAAG-T-AAA--AA--CATGG--TCAA---G--CAA--T----------T--TA----ACA-AT--------T---A-AA-A-AG-A-TACGCTTg
gi|20 : TT-CAAAG-T-AAA--AA--CATGG--TCAA---G--CAA--T----------T--TA----ACA-AT--------TA--A-AA-A-AG-A-TACGCTTC
gi|22 : tTT-CAAAG-T-AAA--AA--CATGG--TCAAG--G--CAA--T----------T--T-----ACA-AT--------T---A-AA-A-AG-A-TACGCTT
Alignments
lowQualScore : 111111
lowQualScore : 333 333 222222 22 2 77 2 2 2 1 1 1 22 66 44 666 44 22 8888888888 22 1 1 88888888 3 777 2 2
lowQualScore : ... ... ...... .. . .. . . . . . . .. .. .. ... .. .. .......... .. . . ........ . ... . .
lowQualScore : 777 777 444444 99 1 99 1 0 0 8 8 8 55 11 33 888 33 55 0000000000 55 9 9 88888888 8 333 2 2
consensus : CTACTTAAAT---AA---AA-A----CAG--T-A--C-A-A-ACTT-CCAAG-T-AAA--AA--CCTGG--TCAA---G--TAA--T----------T--TAACA-A-T--------T-AA--AAAG-A-TATGTTTC
Reference ( family-4640 ) : CTACTTAAAT---AA---AA-A----CAG--T-A--C-A-A-ACTT-CCAAG-T-AAA--AA--CCTGG--TCAA---G--TAA--T----------T--TAACA-A-T--------T-AA--NAAG-A-TATGTTTC
gi|1 : ACTGAGAT---AA---AAAA----CAG--T-A--C-A-C-ACTC-GCAAG-T-AAA--AT--CCTGG--TC-A---G--TAA--TTATAACCAAGT--TAACA-A-TC-------T-AA--CAAG-A-TATGTTCC
gi|10 : atctgCTACTTAAA----------A-A----CAG--T-AA-C-G-A-ACTT-CCAAAAT-AAA--AA--CCTGA--TCAA---G--TAA-------------T--TAACA-A-T--------TAAA--AAAG-ATTATGTTTCg
gi|11 : tCTACTTAAAT---AA---AA-A----CAG--T-A--A-ACA-ACTT-CCAAG-T-AAA--AA---CTGG--TCAA---G--TAA--T----------T--TAACA-A-T--------T-AA--AAAGAA-TATGTTTCg
gi|12 : TACATAAAT---AA---AA-AAACCCAG--TTA--C-A-A-ACTT-CAAAG-G-AAA--AAAACCTGG---CAAAAAG--TAA--T----------T--TAACA-ATT--------T-AA--GAA
gi|13 : CTACTTAAAT---AA---AA-A----CAG--T-A--C-A-A-ACTT-CCAAG-T-AAA--AA--CCTGG--TCAA---G--TAA--T----------T--TAACA-A-T--------T-AA--CAAG-A-TATGTTTCta
gi|14 : TACTTAAAT---GA---AA-A----CAG--T-A--C-A-A-ACTT-CAAAA-G-AAA--AA--CTTTG--TCAA---G--TAA--T----------T--TAACA-A-T--------T-AA--AAAG-A-TATGTTTC
gi|15 : CTACATAAAT---AA---AA-A----CAG--T-A--C-A-A-ACTT-CCAAG-T-AAA--AA--CCTGG---CAA---G--TAA--T----------T--TAACA-A-T--------T-AA---AAG-A-TATGTTT
gi|16 : TAAAT---AA---GACG----CA----------A-A-ACTT-CCAAG-T-AAA--AA--CCTGGT-TCAA---GTTTAA--T----------T--TAACA-A-T--------T-TA--AAA
gi|17 : CTACTTAAA----------A-A----CAG--T-A--C-G-A-ACTC-CAAAG-T-AAA--AA--CCTGA--TCAA---G--TAT--T----------T--TAACA-A-T--------T-AA--AAA--A-TATGTTTCcaaaaacatgt
gi|18 : AAT---AA---AG-A----CAG--T-A--C-A-A-ACTT-CCAAG-T-AAA--AA--CCTGG--TCAA---G--TAA--T----------T--TAACA-A-T--------T-AA--AAAA-A-CATGTTTC
gi|19 : ACATAAAT---AA---AA-A----CAG--T-A--C-A-ATACTT-CAAAG-G-AAA--AA--CC-GG---CAA---A--GAA--T----------T--TAACA-T-T--------T-AA--AAg
gi|2 : cgACTTAAATTAAAA---AA-A----CAG--G-A--C-A-C-ACTTCCCAAG-T-AAAACAA--CCTGG--TCAC---GT-TAA--T----------T--TAAtg
gi|20 : atcTT-CAAAG-T-AAA--AA--CATGG--TCAA---G--CAA--T----------T--TAACA-A-T--------TAAA--AAAG-A-TACGCTTCaacacagttatacatgtgttc
gi|21 : t-A-ACTT-CAAAG-T-AAA--AA--CATGG--TCAA---G--CAA--T----------T--TAACA-A-T--------T-AA--AAAG-A-TACGCTT
gi|22 : TT-CAAAG-T-AAA--AA--CATGG--TCAAG--G--CAA--T----------T--T-ACA-A-T--------T-AA--AAAG-A-TACGCTT
gi|3 : ctCTACCTAAAT---AACACAA-A----CAG--T-A--C-A-C-ACT---CAAG-T-AAA--AAA-CCTGGATTCAAA--G--TAAATT----------T--CAACA-A-T--------T-AA--CAAG-A-TATGTTT
gi|4 : tCTACTTAAAT---AA---AA-A----CAGTAT-A--C-A-A-ACTT-CTAAG-TAAAA--AA--TCTGG--TCAA---G--TAA--T----------TAAAAAAA-A-T--------T-AA--ACAG-A-TATGTTTCg
gi|5 : TAGAT---AA---AA-AA---CAA--T-A--C-A-A--CTT-CCCAG-A-GAA--CA--CCTGG--TCTA---G--TAA--T----------T--TAACA-G-TAACAAATCT-AA--CAAG-A-T---TTTCcg
gi|6 : tctcTGAAT---AA---AA------CAG--T-ATAC-A-A-ACTT-CCA-G-T-AAA--AA--TCTGG--TCAA---G--TAA--T----------T--TAAAA-A-T--------T-AA---ACG-A-TATGTTTCc
gi|7 : ctatcttcTACTTAAAT---AA---AA------CAG--T-ATAC-A-A-ACTT-CCAAG-T-AAA--AA--TCTGG--TCAA---G--TAA--T----------T--TAAAA-A-T--------T-AAACAGAG-A-TATGTTTCcg
gi|8 : CTACTTAAAT---AA---AAAA----CAG--T-A--C-A-C-ACTT-CCAAG-T-AAA--AA--CCTGG--TCTA---G--TAA--T----------T--TAACA-A-T--------T-AA--CAAG-A-TATGTTTCc
gi|9 : tTCAAAT---AA---AA------CAG--T-A--CCA-A-ACT--CCGAG-T-AAA--AAA-CCTGG--TCAA---G--TAA--T----------T--ATACACA-T--------T-AA--AAA--A-TATGTTTC
Alignments
lowQualScore : 111111
lowQualScore : 333 333 222222 22 2 77 2 2 2 1 1 1 22 66 44 555 66 22 8888888888 22 1 1 3 22 2 2
lowQualScore : ... ... ...... .. . .. . . . . . . .. .. .. ... .. .. .......... .. . . . .. . .
lowQualScore : 777 777 444444 99 1 99 1 0 0 8 8 8 55 11 33 000 11 55 0000000000 55 9 9 8 66 2 2
consensus : CTACTTAAAT---AA---AA-A----CAG--T-A--C-A-A-ACTT-CCAAG-T-AAA--AA--CCTGG--TCAA---G--TAA--T----------T--TAACA-AT-T-AA--AAAG-A-TATGTTTC
Reference ( family-4640 ) : CTACTTAAAT---AA---AA-A----CAG--T-A--C-A-A-ACTT-CCAAG-T-AAA--AA--CCTGG--TCAA---G--TAA--T----------T--TAACA-AT-T-AA--AAAG-A-TATGTTTC
gi|1 : ACTGAGAT---AA---AAAA----CAG--T-A--C-A-C-ACTC-GCAAG-T-AAA--AT--CCTGG--TC-A---G--TAA--TTATAACCAAGT--TAACA-ATCT-AA--CAAG-A-TATGTTCC
gi|10 : atctgCTACTTAAA----------A-A----CAG--T-AA-C-G-A-ACTT-CCAAAAT-AAA--AA--CCTGA--TCAA---G--TAA-------------T--TAACA-AT-TAAA--AAAG-ATTATGTTTCg
gi|11 : tCTACTTAAAT---AA---AA-A----CAG--T-A--A-ACA-ACTT-CCAAG-T-AAA--AA---CTGG--TCAA---G--TAA--T----------T--TAACA-AT-T-AA--AAAGAA-TATGTTTCg
gi|12 : TACATAAAT---AA---AA-AAACCCAG--TTA--C-A-A-ACTT-CAAAG-G-AAA--AAAACCTGG---CAAAAAG--TAA--T----------T--TAACA-AT-T-TA--AGA--A-TA
gi|13 : CTACTTAAAT---AA---AA-A----CAG--T-A--C-A-A-ACTT-CCAAG-T-AAA--AA--CCTGG--TCAA---G--TAA--T----------T--TAACA-AT-T-AA--CAAG-A-TATGTTTC
gi|14 : TACTTAAAT---GA---AA-A----CAG--T-A--C-A-A-ACTT-CAAAA-G-AAA--AA--CTTTG--TCAA---G--TAA--T----------T--TAACA-AT-T-AA--AAAG-A-TATGTTTC
gi|15 : CTACATAAAT---AA---AA-A----CAG--T-A--C-A-A-ACTT-CCAAG-T-AAA--AA--CCTGG---CAA---G--TAA--T----------T--TAACA-AT-T--A--AAAG-A-TATGTTT
gi|16 : TAAAT---AA---GACG----CA----------A-A-ACTT-CCAAG-T-AAA--AA--CCTGGT-TCAA---GTTTAA--T----------T--TAACA-AT-T-TA--AAA
gi|17 : CTACTTAAA----------A-A----CAG--T-A--C-G-A-ACTC-CAAAG-T-AAA--AA--CCTGA--TCAA---G--TAT--T----------T--TAACA-AT-T-AA--AAA--A-TATGTTTCcaaaaacatgt
gi|18 : AAT---AA---AG-A----CAG--T-A--C-A-A-ACTT-CCAAG-T-AAA--AA--CCTGG--TCAA---G--TAA--T----------T--TAACA-AT-T-AA--AAAA-A-CATGTTTC
gi|19 : ACATAAAT---AA---AA-A----CAG--T-A--C-A-ATACTT-CAAAG-G-AAA--AA--CC-GG---CAA---A--GAA--T----------T--TAACA-TT-T-AA--AAg
gi|2 : cgACTTAAATTAAAA---AA-A----CAG--G-A--C-A-C-ACTTCCCAAG-T-AAAACAA--CCTGG--TCAC---GT-TAA--T----------T--TAAtg
gi|20 : atcTT-CAAAG-T-AAA--AA--CATGG--TCAA---G--CAA--T----------T--TAACA-AT-TAAA--AAAG-A-TACGCTTCaacacagttatacatgtgttc
gi|21 : t-A-ACTT-CAAAG-T-AAA--AA--CATGG--TCAA---G--CAA--T----------T--TAACA-AT-T-AA--AAAG-A-TACGCTT
gi|22 : TT-CAAAG-T-AAA--AA--CATGG--TCAA---GG-CAA--T----------T--TA-CA-AT-T-AA--AAAG-A-TACGCTT
gi|3 : ctCTACCTAAAT---AACACAA-A----CAG--T-A--C-A-C-ACT---CAAG-T-AAA--AAA-CCTGGATTCAAA--G--TAAATT----------T--CAACA-AT-T-AA--CAAG-A-TATGTTT
gi|4 : tCTACTTAAAT---AA---AA-A----CAGTAT-A--C-A-A-ACTT-CTAAG-TAAAA--AA--TCTGG--TCAA---G--TAA--T----------TAAAAAAA-AT-T-AA--ACAG-A-TATGTTTCg
gi|5 : TAGAT---AA---AA-AA---CAA--T-A--C-A-A--CTT-CCCAG-A-GAA--CA--CCTGG--TCTA---G--TAA--T----------T--TAACA-GT-A-AC--AAAcg
gi|6 : tctcTGAAT---AA---AA------CAG--T-ATAC-A-A-ACTT-CCA-G-T-AAA--AA--TCTGG--TCAA---G--TAA--T----------T--TAAAA-AT-T--A--AACG-A-TATGTTTCtctaacaagattttcc
gi|7 : ctatcttcTACTTAAAT---AA---AA------CAG--T-ATAC-A-A-ACTT-CCAAG-T-AAA--AA--TCTGG--TCAA---G--TAA--T----------T--TAAAA-AT-T-AAACAGAG-A-TATGTTTCcg
gi|8 : CTACTTAAAT---AA---AAAA----CAG--T-A--C-A-C-ACTT-CCAAG-T-AAA--AA--CCTGG--TCTA---G--TAA--T----------T--TAACA-AT-T-AA--CAAG-A-TATGTTTCc
gi|9 : tTCAAAT---AA---AA------CAG--T-A--CCA-A-ACT--CCGAG-T-AAA--AAA-CCTGG--TCAA---G--TAA--T----------T--ATACACAT-T-AA--AAA--A-TATGTTTC
Alignments
lowQualScore : 111111
lowQualScore : 333 333 222222 22 2 77 2 2 2 1 1 1 22 66 44 555 66 22 8888888888 22 1 1 3 22 2 2
lowQualScore : ... ... ...... .. . .. . . . . . . .. .. .. ... .. .. .......... .. . . . .. . .
lowQualScore : 777 777 444444 99 1 99 1 0 0 8 8 8 55 11 33 000 11 55 0000000000 55 9 9 8 66 2 2
consensus : CTACTTAAAT---AA---AA-A----CAG--T-A--C-A-A-ACTT-CCAAG-T-AAA--AA--CCTGG--TCAA---G--TAA--T----------T--TAACA-AT-T-AA--AAAG-A-TATGTTTC
Reference ( family-4640 ) : CTACTTAAAT---AA---AA-A----CAG--T-A--C-A-A-ACTT-CCAAG-T-AAA--AA--CCTGG--TCAA---G--TAA--T----------T--TAACA-AT-T-AA--AAAG-A-TATGTTTC
gi|1 : ACTGAGAT---AA---AAAA----CAG--T-A--C-A-C-ACTC-GCAAG-T-AAA--AT--CCTGG--TC-A---G--TAA--TTATAACCAAGT--TAACA-ATCT-AA--CAAG-A-TATGTTCC
gi|10 : atctgCTACTTAAA----------A-A----CAG--T-AA-C-G-A-ACTT-CCAAAAT-AAA--AA--CCTGA--TCAA---G--TAA-------------T--TAACA-AT-TAAA--AAAG-ATTATGTTTCg
gi|11 : tCTACTTAAAT---AA---AA-A----CAG--T-A--A-ACA-ACTT-CCAAG-T-AAA--AA---CTGG--TCAA---G--TAA--T----------T--TAACA-AT-T-AA--AAAGAA-TATGTTTCg
gi|12 : TACATAAAT---AA---AA-AAACCCAG--TTA--C-A-A-ACTT-CAAAG-G-AAA--AAAACCTGG---CAAAAAG--TAA--T----------T--TAACA-AT-T-TA--AGA--A-TA
gi|13 : CTACTTAAAT---AA---AA-A----CAG--T-A--C-A-A-ACTT-CCAAG-T-AAA--AA--CCTGG--TCAA---G--TAA--T----------T--TAACA-AT-T-AA--CAAG-A-TATGTTTC
gi|14 : TACTTAAAT---GA---AA-A----CAG--T-A--C-A-A-ACTT-CAAAA-G-AAA--AA--CTTTG--TCAA---G--TAA--T----------T--TAACA-AT-T-AA--AAAG-A-TATGTTTC
gi|15 : CTACATAAAT---AA---AA-A----CAG--T-A--C-A-A-ACTT-CCAAG-T-AAA--AA--CCTGG---CAA---G--TAA--T----------T--TAACA-AT-T--A--AAAG-A-TATGTTT
gi|16 : TAAAT---AA---GACG----CA----------A-A-ACTT-CCAAG-T-AAA--AA--CCTGGT-TCAA---GTTTAA--T----------T--TAACA-AT-T-TA--AAA
gi|17 : CTACTTAAA----------A-A----CAG--T-A--C-G-A-ACTC-CAAAG-T-AAA--AA--CCTGA--TCAA---G--TAT--T----------T--TAACA-AT-T-AA--AAA--A-TATGTTTCcaaaaacatgt
gi|18 : AAT---AA---AG-A----CAG--T-A--C-A-A-ACTT-CCAAG-T-AAA--AA--CCTGG--TCAA---G--TAA--T----------T--TAACA-AT-T-AA--AAAA-A-CATGTTTC
gi|19 : ACATAAAT---AA---AA-A----CAG--T-A--C-A-ATACTT-CAAAG-G-AAA--AA--CC-GG---CAA---A--GAA--T----------T--TAACA-TT-T-AA--AAg
gi|2 : cgACTTAAATTAAAA---AA-A----CAG--G-A--C-A-C-ACTTCCCAAG-T-AAAACAA--CCTGG--TCAC---GT-TAA--T----------T--TAAtg
gi|20 : atcTT-CAAAG-T-AAA--AA--CATGG--TCAA---G--CAA--T----------T--TAACA-AT-TAAA--AAAG-A-TACGCTTCaacacagttatacatgtgttc
gi|21 : t-A-ACTT-CAAAG-T-AAA--AA--CATGG--TCAA---G--CAA--T----------T--TAACA-AT-T-AA--AAAG-A-TACGCTT
gi|22 : TT-CAAAG-T-AAA--AA--CATGG--TCAA---GG-CAA--T----------T--TA-CA-AT-T-AA--AAAG-A-TACGCTT
gi|3 : ctCTACCTAAAT---AACACAA-A----CAG--T-A--C-A-C-ACT---CAAG-T-AAA--AAA-CCTGGATTCAAA--G--TAAATT----------T--CAACA-AT-T-AA--CAAG-A-TATGTTT
gi|4 : tCTACTTAAAT---AA---AA-A----CAGTAT-A--C-A-A-ACTT-CTAAG-TAAAA--AA--TCTGG--TCAA---G--TAA--T----------TAAAAAAA-AT-T-AA--ACAG-A-TATGTTTCg
gi|5 : TAGAT---AA---AA-AA---CAA--T-A--C-A-A--CTT-CCCAG-A-GAA--CA--CCTGG--TCTA---G--TAA--T----------T--TAACA-GT-A-AC--AAAcg
gi|6 : tctcTGAAT---AA---AA------CAG--T-ATAC-A-A-ACTT-CCA-G-T-AAA--AA--TCTGG--TCAA---G--TAA--T----------T--TAAAA-AT-T--A--AACG-A-TATGTTTCtctaacaagattttcc
gi|7 : ctatcttcTACTTAAAT---AA---AA------CAG--T-ATAC-A-A-ACTT-CCAAG-T-AAA--AA--TCTGG--TCAA---G--TAA--T----------T--TAAAA-AT-T-AAACAGAG-A-TATGTTTCcg
gi|8 : CTACTTAAAT---AA---AAAA----CAG--T-A--C-A-C-ACTT-CCAAG-T-AAA--AA--CCTGG--TCTA---G--TAA--T----------T--TAACA-AT-T-AA--CAAG-A-TATGTTTCc
gi|9 : tTCAAAT---AA---AA------CAG--T-A--CCA-A-ACT--CCGAG-T-AAA--AAA-CCTGG--TCAA---G--TAA--T----------T--ATACACAT-T-AA--AAA--A-TATGTTTC
blockSeqs : TAA CAC AAACC TA T TA C C T C A A AC AA AT AAA TT AT . AA C . A AC A T
blockSeqs : . . CG . . TA . . . . . . . A T A T . . . . . A . . .
blockSeqs : . . AA . . A . . . . . . . A . . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : A***** **********
originalCons : CTACTTAAAT---AA---AA-A----CAG--T-A--C-A-A-ACTT-CCAAG-T-AAA--AA--CCTGG--TCAA---G--TAA--T----------T--TAACA-AT-T-AA--AAAG-A-TATGTTTC
finalCons : CTACTTAAAT---AA---AAA-----CAG--T-A--C-A-A-ACTT-CCAAG-T-AAA--AA--CCTGG--TCAA---G--TAA--T----------T--TAACA-AT-T-AA--AAAG-A-TATGTTTC
Alignments
lowQualScore : 111111
lowQualScore : 333 333 222222 22 2 77 2 2 2 1 1 1 22 66 44 555 66 22 8888888888 22 1 1 3 22 2 2
lowQualScore : ... ... ...... .. . .. . . . . . . .. .. .. ... .. .. .......... .. . . . .. . .
lowQualScore : 777 777 444444 99 1 99 1 0 0 8 8 8 55 11 33 000 11 55 0000000000 55 9 9 8 66 2 2
consensus : CTACTTAAAT---AA---AA-A----CAG--T-A--C-A-A-ACTT-CCAAG-T-AAA--AA--CCTGG--TCAA---G--TAA--T----------T--TAACA-AT-T-AA--AAAG-A-TATGTTTC
Reference ( family-4640 ) : CTACTTAAAT---AA---AA-A----CAG--T-A--C-A-A-ACTT-CCAAG-T-AAA--AA--CCTGG--TCAA---G--TAA--T----------T--TAACA-AT-T-AA--AAAG-A-TATGTTTC
gi|1 : ACTGAGAT---AA---AAAA----CAG--T-A--C-A-C-ACTC-GCAAG-T-AAA--AT--CCTGG--TC-A---G--TAA--TTATAACCAAGT--TAACA-ATCT-AA--CAAG-A-TATGTTCC
gi|10 : atctgCTACTTAAA----------A-A----CAG--T-AA-C-G-A-ACTT-CCAAAAT-AAA--AA--CCTGA--TCAA---G--TAA-------------T--TAACA-AT-TAAA--AAAG-ATTATGTTTCg
gi|11 : tCTACTTAAAT---AA---AA-A----CAG--T-A--A-ACA-ACTT-CCAAG-T-AAA--AA---CTGG--TCAA---G--TAA--T----------T--TAACA-AT-T-AA--AAAGAA-TATGTTTCg
gi|12 : TACATAAAT---AA---AA-AAACCCAG--TTA--C-A-A-ACTT-CAAAG-G-AAA--AAAACCTGG---CAAAAAG--TAA--T----------T--TAACA-AT-T-TA--AGA--A-TA
gi|13 : CTACTTAAAT---AA---AA-A----CAG--T-A--C-A-A-ACTT-CCAAG-T-AAA--AA--CCTGG--TCAA---G--TAA--T----------T--TAACA-AT-T-AA--CAAG-A-TATGTTTC
gi|14 : TACTTAAAT---GA---AA-A----CAG--T-A--C-A-A-ACTT-CAAAA-G-AAA--AA--CTTTG--TCAA---G--TAA--T----------T--TAACA-AT-T-AA--AAAG-A-TATGTTTC
gi|15 : CTACATAAAT---AA---AA-A----CAG--T-A--C-A-A-ACTT-CCAAG-T-AAA--AA--CCTGG---CAA---G--TAA--T----------T--TAACA-AT-T--A--AAAG-A-TATGTTT
gi|16 : TAAAT---AA---GACG----CA----------A-A-ACTT-CCAAG-T-AAA--AA--CCTGGT-TCAA---GTTTAA--T----------T--TAACA-AT-T-TA--AAA
gi|17 : CTACTTAAA----------A-A----CAG--T-A--C-G-A-ACTC-CAAAG-T-AAA--AA--CCTGA--TCAA---G--TAT--T----------T--TAACA-AT-T-AA--AAA--A-TATGTTTCcaaaaacatgt
gi|18 : AAT---AA---AG-A----CAG--T-A--C-A-A-ACTT-CCAAG-T-AAA--AA--CCTGG--TCAA---G--TAA--T----------T--TAACA-AT-T-AA--AAAA-A-CATGTTTC
gi|19 : ACATAAAT---AA---AA-A----CAG--T-A--C-A-ATACTT-CAAAG-G-AAA--AA--CC-GG---CAA---A--GAA--T----------T--TAACA-TT-T-AA--AAg
gi|2 : cgACTTAAATTAAAA---AA-A----CAG--G-A--C-A-C-ACTTCCCAAG-T-AAAACAA--CCTGG--TCAC---GT-TAA--T----------T--TAAtg
gi|20 : atcTT-CAAAG-T-AAA--AA--CATGG--TCAA---G--CAA--T----------T--TAACA-AT-TAAA--AAAG-A-TACGCTTCaacacagttatacatgtgttc
gi|21 : t-A-ACTT-CAAAG-T-AAA--AA--CATGG--TCAA---G--CAA--T----------T--TAACA-AT-T-AA--AAAG-A-TACGCTT
gi|22 : TT-CAAAG-T-AAA--AA--CATGG--TCAA---GG-CAA--T----------T--TA-CA-AT-T-AA--AAAG-A-TACGCTT
gi|3 : ctCTACCTAAAT---AACACAA-A----CAG--T-A--C-A-C-ACT---CAAG-T-AAA--AAA-CCTGGATTCAAA--G--TAAATT----------T--CAACA-AT-T-AA--CAAG-A-TATGTTT
gi|4 : tCTACTTAAAT---AA---AA-A----CAGTAT-A--C-A-A-ACTT-CTAAG-TAAAA--AA--TCTGG--TCAA---G--TAA--T----------TAAAAAAA-AT-T-AA--ACAG-A-TATGTTTCg
gi|5 : TAGAT---AA---AA-AA---CAA--T-A--C-A-A--CTT-CCCAG-A-GAA--CA--CCTGG--TCTA---G--TAA--T----------T--TAACA-GT-A-AC--AAAcg
gi|6 : tctcTGAAT---AA---AA------CAG--T-ATAC-A-A-ACTT-CCA-G-T-AAA--AA--TCTGG--TCAA---G--TAA--T----------T--TAAAA-AT-T--A--AACG-A-TATGTTTCtctaacaagattttcc
gi|7 : ctatcttcTACTTAAAT---AA---AA------CAG--T-ATAC-A-A-ACTT-CCAAG-T-AAA--AA--TCTGG--TCAA---G--TAA--T----------T--TAAAA-AT-T-AAACAGAG-A-TATGTTTCcg
gi|8 : CTACTTAAAT---AA---AAAA----CAG--T-A--C-A-C-ACTT-CCAAG-T-AAA--AA--CCTGG--TCTA---G--TAA--T----------T--TAACA-AT-T-AA--CAAG-A-TATGTTTCc
gi|9 : tTCAAAT---AA---AA------CAG--T-A--CCA-A-ACT--CCGAG-T-AAA--AAA-CCTGG--TCAA---G--TAA--T----------T--ATACACAT-T-AA--AAA--A-TATGTTTC