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gi|5 : tagaggtgtaacgatacagcgatacatcaatctaatgaatcgggtgggctcactatacgtgtatcgtatcatcaggtcggtatcatgatacgaatgcatgcaggttttgccctatggtggcaatacaacgaacatgtctacacgtcttcgaagatatttaatgtttctacaatttgtgataataaacctttgtaaagagttaatgagaacttctatgcatttattagggtaagcaacaaagcatcacaatatttgacaataaaaaatatgaaaatatcggtttatctaatataataatttggcaaccgtatcatgatacatgttgtatcgtaaatcgtatcgtgtgGTAGCTGGCGATACACAG
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-4594 ) : AGAGGTGTAACGAT-ACAG--CG--ATAC-ATCGAT-CGTAT-TAA-T--CGGGT---G-GG---CTCAC-GAT-ACGCG--T----A--T---CGTA-TCGT--CA-GGTACGT----GTATCGCGATACGAATG----CAAGCAGATTTTGCCCT-------------ATAGTGGCA-ATACAACGAAC---------ATGTCTACACATCTTCG---AAGACATTTCAT-GTTTCTACAATTTGTGNTAA----TA----A-ACC--TTTG---TAAAGA---G-TTA-A--TGAGAA--A--T-TCTATG---------T---TTTTTA--TTA--------GGGT--AAGCA--ACTAAG--CATCACAATATTTGACAATAA---GAA--ATGAAAAT-A-T--CGGTTTTT--CTAAT------AT-TT--GGCAACCGT-ATCGTGA-ATACGTGTTG-T-ATCGCACTAT-TGTATCGTGATAC-GTATCGTATCGCACTATATTGTATCATGATACGTATCGTATCGTGA------G--GTA-CGT---GTAGCTGGCGATACACAG
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gi|7 : AT-TAAAT--TAGAG---G-TG---TTCAC-AAT-ACGCG--T----ACAT---AGTA-TCAT--CA-GGTA--T----GTATCGC----TGAATG----CAAGCAGATTTTGCCCT-------------ATAGTGGCA-TTACAACAAAC---------ATATCTACACATCGTCG---AAAACATTTCAT-GTTTCTAC-ATTTGTGGTAAGAGGTAAGAGA-ACC--TTTG---TAAAGA---GTTTA-A--TGAAAC--A--T-TCTTTGTGTTGATTTT---TTTTTAATCTA--------GGGT--AAGCA--ACTAAA--AATCACAATATT-------------A---A--ATGAAGATAT--CACAATAT--CTAAT------GT-TT--TGCAACCAT-ATCGTGATATATGTGTTG-T-ATCACACTAT-TGTATCATGATA---TATCAT
gi|7 : GG-----------ATAACTGGCGATACACAGgggataactggcgatacacag
gi|8 : attaaattagaggtgttcacaatacgcgtacatagtatcatcaggtatgtatcgctgaatgcaagcagattttgccctatagtggcattacaacaaacatatctacacatcgtcgaaaacatttcatgtttctacatttgtggtaagaggtaagagaacctttgtaaagagtttaatgaaacattctttgtgttgatttttttttaatctagggtaagcaactaaaaatcacaatattaaatgaagatatcacaatatctaatgttttgcaaccatatcgtgatatatgtgttgtatcacactattgtatcatgatatatcatgAGGTGTAACGATGACAGG-CA--ATAT-ATCAATACATAT-TAA-TTTCGGGTTTGG-GG---CTCAC-GTT--CGCA--TTATTA--T---CGAA-TCGTGGCA-GGTGTGT----AGATCGTGATATGAA-G----CA-GCAGATTT-GCTCT--------------TAGTGGCATATACAACGAAC---------ATGTCTA----------------ACATTC--T-GTTTCTACAATTTGTGTTAA----TA----A-AT---TTTG---TAAAGA---G-T-A-A--TGAGAACAG--TCTCTATG---------TGTTTTTTTA--ATA--------GGGT--AAGTA--ACTAAG--CAT-ACAATATTTGACAA-AA---GATAGA--ATG-----GT--CAGTTT-T--CTAAT------ATATT--GGCAACCGT-ACAGTG--ATACGTATTGTT-GTGGCATTAT-TGTAT-GTGATACTGTA
gi|9 : AGGTGTAACGATGACAGG-CA--ATAT-ATCAATACATAT-TAA-TTTCGGGTTTGG-GG---CTCAC-GTT--CGCA--TTATTA--T---CGAA-TCGTGGCA-GGTGTGT----AGATCGTGATATGAA-G----CA-GCAGATTT-GCTCT--------------TAGTGGCATATACAACGAAC---------ATGTCTA----------------ACATTC--T-GTTTCTACAATTTGTGTTAA----TA----A-AT---TTTG---TAAAGA---G-T-A-A--TGAGAACAG--TCTCTATG---------TGTTTTTTTA--ATA--------GGGT--AAGTA--ACTAAG--CAT-ACAATATTTGACAA-AA---GATAGA--ATG-----GT--CAGTTT-T--CTAAT------ATATT--GGCAACCGT-ACAGTG--ATACGTATTGTT-GTGGCATTAT-TGTAT-GTGATAC-
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blockSeqs : . . . . G CA . . . . . . . . CA . . . . . . A . A T G T . CA G C . G . . . . . . . T . . CAGTC TGTT . . . . . C AAGATAG . G . T . . . . . GA G . . G . G T C GG
blockSeqs : . . . . A CG . . . . . . . . GG . . . . . . G . A T A . . CG G C . G . . . . . . . T . . AT TGTT . . . . . C AAGATAG . A . A . . . . . CA G . . C . T T . GA
blockSeqs : . . . . G TT . . . . . . . . CG . . . . . . G . A T A . . CA G A . A . . . . . . . T . . AT T . . . . . C TAAAA . A . C . . . . . A A . . G . A . GG
blockSeqs : . . . . G TG . . . . . . . . CA . . . . . . G . A T A . . CA T C . T . . . . . . . T . . AA T . . . . . C TAATA . A . A . . . . . A A . . T . G GG
blockSeqs : . . . . A CA . . . . . . . . TG . . . . . . G . A T A . . CA A C . T . . . . . . . A . . AT T . . . . . C TAAAA . A . A . . . . . A T . . G . A GG
blockSeqs : . . . . A CT . . . . . . . . CG . . . . . . G . T T A . . CA G C . G . . . . . . . T . . CT C . . . . . C TAAA . A . T . . . . . A G . . C . G
blockSeqs : . . . . G CG . . . . . . . . CT . . . . . . A . A T T . . . . . . T . . . . . . . T . . AT T . . . . . C GAAA . A . T . . . . . A G . . C . G
blockSeqs : . . . . G CG . . . . . . . . CG . . . . . . A . T . A . . . . . . T . . . . . . . . . . AT . . . . . . . TAGA . . . A . . . . . A G . . A . G
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . CA . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . A . . . . . . . . . A A . . C . G
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . CA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A A . . C . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . C . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . T . .
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blockSeqs : . . . . .
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originalCons : AGAGGTGTAACGAT-ACAG--CG--ATAC-ATCGAT-CGTAT-TAA-T--CGGGT---G-GG---CTCAC-GAT-ACGCG--T----A--T---CGTA-TCGT--CA-GGTACGT----GTATCGCGATACGAATG----CAAGCAGATTTTGCCCT-------------ATAGTGGCA-ATACAACGAAC---------ATGTCTACACATCTTCG---AAGACATTTCAT-GTTTCTACAATTTGTGNTAA----TA----A-ACC--TTTG---TAAAGA---G-TTA-A--TGAGAA--A--T-TCTATG---------T---TTTTTA--TTA--------GGGT--AAGCA--ACTAAG--CATCACAATATTTGACAATAA---GA---A--ATGAAGATAT--CAGTTTNT--CTAAT------AT-TT--GGCAACCGT-ATCGTGA-ATACGTGTTG-T-ATCGCACTAT-TGTATCGTGATAC-GTATCGTATCGCACT-TATTGTATCGTGATACGTATCATATCGTGAGG-----------GTAGCTGGCGATACACAG
finalCons : AGAGGTGTAACGAT-ACAG--CG--ATAC-ATCGAT-CGTAT-TAA-T--CGGGT---G-GG---CTCAC-GAT-ACGCG--T----A--T---CGTA-TCGT--CA-GGTACGTG----TATCGCGATACGAATG----CAAGCAGATTTTGCCCT-------------ATAGTGGCA-ATACAACGAAC---------ATGTCTACACATCTTCG---AAGACATTTCAT-GTTTCTACAATTTGTGNTAA----TA----A-ACC--TTTG---TAAAGA---G-TTA-A--TGAGAA--A--T-TCTATG---------T---TTTTTA--TTA--------GGGT--AAGCA--ACTAAG--CATCACAATATTTGACAATAGAA------A--ATGAAGATAT--CAGTTTNT--CTAAT------AT-TT--GGCAACCGT-ATCGTGA--TACGTGTTG-T-ATCGCACTAT-TGTATCGTGATAC-GTATCGTATCGCACT--ATTGTATCGTGATACGTATCATATCGTGAGG------------TAGCTGGCGATACACAG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): GCATATTAATGTTTAAATACCATTAACTATGTTAGTGATGGCGGTAGTAGAGAACACACTA
Alignments
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lowQualScore : 7 00 77 7 5 444 7 7 33 5 333 7 777 4 5 6666 6666 77 333 7 99 5 11111 5555 7 2 11111111111111 6 333333333 99 2222 9 3 2 4444 1111 3 22 888 888 3 3 3 66 7777777 2222222222222 66 11111111 66 66 22 5 4 5 44444 22 5 7 3 22 1 22 777777 3 77 7 7 33 7 0 5 4 5 44 00 2 666666666666
consensus : AGAGGTGTAACGAT-ACAG--CG--ATAC-ATCGAT-CGTAT-TAA-T--CGGGT---G-GG---CTCAC-GAT-ACGCG--T----A--T---CGTA-TCGT--CA-GGTACGT----GTATCGCGATACGAATG----CAAGCAGATTTTGCCCT-------------ATAGTGGCA-ATACAACGAAC---------ATGTCTACACATCTTCG---AAGACATTTCAT-GTTTCTACAATTTGTGNTAA----TA----A-ACC--TTTG---TAAAGA---G-TTA-A--TGAGAA--A--T-TCTATG---------T---TTTTTA--TTA--------GGGT--AAGCA--ACTAAG--CATCACAATATTTGACAATAG---AAA--ATGAAGATAT--CAGTTTNT--CTAAT------AT-TT--GGCAACCGT-ATCG-TG--ATACGTGTTG-T-ATCGCACTAT-TGTATCGTGATAC-GTATCGTATCGCAC--TATTGTATCGTGATACGTATCATATCGTGAG------------GTAGCTGGCGATACACAG
Reference ( family-4594 ) : AGAGGTGTAACGAT-ACAG--CG--ATAC-ATCGAT-CGTAT-TAA-T--CGGGT---G-GG---CTCAC-GAT-ACGCG--T----A--T---CGTA-TCGT--CA-GGTACGT----GTATCGCGATACGAATG----CAAGCAGATTTTGCCCT-------------ATAGTGGCA-ATACAACGAAC---------ATGTCTACACATCTTCG---AAGACATTTCAT-GTTTCTACAATTTGTGNTAA----TA----A-ACC--TTTG---TAAAGA---G-TTA-A--TGAGAA--A--T-TCTATG---------T---TTTTTA--TTA--------GGGT--AAGCA--ACTAAG--CATCACAATATTTGACAATAG---AAA--ATGAAGATAT--CAGTTTNT--CTAAT------AT-TT--GGCAACCGT-ATCG-TG--ATACGTGTTG-T-ATCGCACTAT-TGTATCGTGATAC-GTATCGTATCGCAC--TATTGTATCGTGATACGTATCATATCGTGAG------------GTAGCTGGCGATACACAG
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gi|11 : tcaggtacgtatcgcaatacaaatgcaagcagatagtggcaatttaacatgcatgtcagtgatgtctacacatcttagaagacatttcatgtttctacaatttgtggtgataaacctttgtaaatagttaatgaggaattcattttattagggtaatcaactaagaatcacaatatttgacaataaaaatgaaaatatcactttatttaatagttggcaactgtatcgtgatgcctgttgtatcgcagtatagtaTATCGTGAG------------GTAGCTGATGATACACAGgctgatgatacacagg
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gi|13 : taagcatcacaatgtttgacaagaaaaatggaaatatcagtttatctaacatttggcaactgtattgcaatatctgttgtatcgcagtattgtaTATCGTGAG------------GTAGCTGATGATACACgctgatgatacac
gi|14 : taagcatcacaatgtttgacaagaaaaatggaaatatcagtttatctaacatttggcaactgtattgcaatatctgttgtatcgcagtattgtatcatgatacttatcgT-TTA-T--CGAGT---G-GA---CTCAG-GTT-ATGGG--T----A--T---TGTA-TCGT--TA-TATATAT----ATTTTATGATACGAATGCATACAAGCACATTTT-CCAT-------------GTAGTGGCA-ATACAA
gi|15 : AGAGGTGTAACGGT-ACGC--CG--ATAT-ATCGAT---TATCTGA-T--C-GTT---G-AGGTCCTTACGGAT-ATGCGTTT----A--T---CATA-TCGT--CA-
gi|16 : tAAGCAGATTTTGTCCT-------------ATAGTGGCA-ATACAATGAAC---------ATGTCTACACATCTTCG---AAGACATTTTAC-GTTTCTACAATTTGTGGCAA----TA----A-ACC--Ttgcccagagtcttgatac
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gi|18 : AAAGGTGTAAAGGT-ACAG--CG--AT----------CGTAT-TAA-T--CGGGT---G-GG---TTCAA-GAT-ACGCG--T----A--T---CGTA-TCGA--CA-GGTACGC----GTATCGCG
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gi|20 : tggaggtataacgatacagcgatacatagaatttattaatgagtgggctAT------AT-TT--GGTAACTGC-ATCG-TG--ATACGTATTG-T-ATCGCAGTAT-TGTATCAGGATAC-GTATCGTgtgtgagagctggcatatacacaggac
gi|21 : tgaatCGATACGAATG----CAAGCAGAAATTGGCCT-------------ATAGTGGTT-ATTTAACGTAC---------ATGTCt
gi|22 : TG-T-ATTGCATTAC-AAAATCGCGATAC-ATATCGTATTGagtcatgtcta
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gi|26 : ataCAG--CG--ATAC-ATTAAT-TGTAT-TAA-C--C-AGT---G-AG---CTCAC-GAT-ACGCA--T----
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gi|3 : AGAGGTGTAATGAT-ACAG--CG--ATAC-ATCAAT-CATAT-CAA-T--CAGGT---G-GG---TTCAC-AAT-AC-------------T---CGTA-TCGT--CA-GGTACGT------ATCACGATACGAATG----CAAACAGATTT-GCCCT-------------ATAGTGGCA-AGGCAACGAAC---------ACGTCTACGTATCTTCG---AAGACACTTCTT-GTTTCTACAATTTGTGGTAA----TA----A-ACC--TTTG---TAAAGA---G-TTA-A--TGAGAA--A--T-TCTGTG---------T---TTTTTA--TTA--------GGGT--AAGCA--ACTAAG--CAACACAATATTTGACAATAA---TAA--ATGAAGATAT--CAG------------------AT-T------AACT-------------TATGT--------TCG-GCTTT-CGTATCGTGATAC-GTTTTGTATCACAC--TGTTGTATCGTGATACGTATCCTATCATGAG------------GTAGCTGGCGATACACAtgg
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gi|7 : AT-TAAAT--TAGAG---G-TG---TTCAC-AAT-ACGCG--T----ACAT---AGTA-TCAT--CA-GGTA--T----GTATCGC----TGAATG----CAAGCAGATTTTGCCCT-------------ATAGTGGCA-TTACAACAAAC---------ATATCTACACATCGTCG---AAAACATTTCAT-GTTTCTAC-ATTTGTGGTAAGAGGTAAGAGA-ACC--TTTG---TAAAGA---GTTTA-A--TGAAAC--A--T-TCTTTGTGTTGATTTT---TTTTTAATCTA--------GGGT--AAGCA--ACTAAA--AATCACAATATT-------------AA--ATGAAGATAT--CACAATAT--CTAAT------GT-TT--TGCAACCAT-ATCG-TGATATATGTGTTG-T-ATCACACTAT-TGTATCATGATA---TATCAT
gi|7 : TGGG------------ATAACTGGCGATACACAGgggataactggcgatacacag
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