lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 1 1 1 1111 111111111 222222222222222222222 222222222222222 111111111111111111 1111111111111111 11111 111 3333333333333333333333333 222222222222222222222222222222222222 11 111111111111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 111 111 11111111 11 111111
lowQualScore : 3 444 33 77777 4444 44444 8888 33 2 2 6 2 2 22 2 5 4 2 2 33 33 2 55555 33 0 2 2 4 2 22 1 2 2 4444 2 22 8888 777777777 2 2 111111111111111111111 2 111111111111111 0 33 7 5 2 444444444444444444 2 333 0 777777 444 33 2 444 6666666666666666 2 2 33 0 8 444 11111 55 444 2 33 1 8 2 2 2 33 2 5 2 33 2 2 8888 444 3 3 6 3 6 3 8888888888888888888888888 888888888888888888888888888888888888 3 3 44 9 00 66 44 33 2 33 5 2 33 666666666666 2 6666 555 2 888 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 6 6 44 2 3 1 000 4 3 88 2 444 3 3 44444444 3 6 8888 44 33 3 4444 3 00 8 4 111111 5 3
lowQualScore : . ... .. ..... .... ..... .... .. . . . . . .. . . . . . .. .. . ..... .. . . . . . .. . . . .... . .. .... ......... . . ..................... . ............... . .. . . . .................. . ... . ...... ... .. . ... ................ . . .. . . ... ..... .. ... . .. . . . . . .. . . . .. . . .... ... . . . . . . ......................... .................................... . . .. . .. .. .. .. . .. . . .. ............ . .... ... . ... ............................................................................ . . . .. . . . ... . . .. . ... . . ........ . . .... .. .. . .... . .. . . ...... . .
lowQualScore : 0 111 22 88888 7777 33333 7777 11 2 2 4 1 1 99 1 3 2 1 2 11 11 2 66666 11 8 6 4 2 1 99 3 1 1 5555 1 88 3333 333333333 1 2 111111111111111111111 2 777777777777777 1 44 5 2 5 000000000000000000 7 111 4 777777 777 55 9 444 6666666666666666 5 4 22 8 7 777 55555 99 777 9 77 1 2 7 7 7 77 7 3 7 77 7 9 4444 222 3 1 2 1 2 1 2222222222222222222222222 111111111111111111111111111111111111 1 1 22 5 44 88 11 99 9 99 7 9 99 333333333333 9 1111 000 9 999 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 3 2 22 8 1 2 888 5 1 99 5 333 1 1 22222222 1 7 3333 66 66 6 1111 6 00 0 0 555555 0 2
consensus : TGTGTAAT---AGGAGAT--C-----TATCT----AT----CTA---ACTCCCATTTTA--AACC-C-AGTT-C-A--T-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTCAACTCATCA-T-G--AATCACA-CAA-GA----C-AGTT--T----AAGTTTCAT-----AAA-TTT-AT-TA---------------------A-CAA--A--TAATAANA--AAAACT--GCCT-ACAAT-GGAGGA---------GTA------TAT-T-C-AACAACC------TA---TAAAT-GTGTG---AAAA----------------AGGAG-TAGT-G--GACTTTGACGTTGAA---TTAA-C--AG-TA---ATGAAA--ATGATACCGAAT-A-CTTGTT-CA--AAT-A-TC-TAAGAGAAGAATTTCG--ACCTT-GA-CCTAAN---AGAAG-AGAAA-GA-ATTTA-TAC-T-AA-C----------CT--AGAAG------AGGT-------TCA--G---A-A-AG-----CTCAAG---CAG-TTC-TTCCGAACTT--TGCCACC--GACTCACCG--AA-TAAC--GAGA-GTG--T-TCG-AGTATATAT--AC-----AG-----AT-G----T---GTA-GCC---AAT--------------C-----------------------A--------------T-----------C----------TC-GCC-AAT--AGAAATGAAAG-TATCACAA---AGCTT-TAGGAA-TTTAA-N-CAAA-C-CCGATC--------AAAA-T-AAA---GGGTA--TCTAGGGTGAAACAGT-A-AGTAA-T--CTGT-ATC-GATA------TATGT-TGATTCTA
Reference ( gi|5 ) : TATGTAAT---AGGAGAT--C-----TATCT----AT----CTG---ACTCCCATTTTA--AACC-C-AATT-C-A--T-TCGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTGAATTCCTCA-T-G--AATAACA-CAA-GA----C-AGTT--T----AAGTTTCAT-----TAA-TTT-AT-TA---------------------A-CAA--A--TAATAAAA--AAAACT--GCCT-ACAGT-GGAGGA---------GTA------TAT-T-C-AACAACC------TA---TAAAT-GTGTG---AAAA----------------AGGAG-TAGT-G--GACTTTGAAGTTGAA---TTAG-C--AA-TA---ATGAAA--ATGATACCGAAT-A-CTTGTT-CA--AAT-A-TC-TAAGAGAAGAATTTCG--ACCTT-GA-CCTAAA---AGAAG-GGAAA-GA-ATTTA-TAC-T-AA-C----------CT--CGAAG------AGGT-------TCA--G---A-A-AG-----CTCAAG---CAG-TTC-TTCCGAACTT--TTCCACC--GACTCACCG--AA-TAAC--GAGA-GTG--T-TCG-AGTATATAT--AC-----AG-----AT-G----T---GTA-GCC---AAT--------------C-----------------------A--------------T-----------C----------TT-GTC-AAT--AGAAATGAAAG-TATCACAA---AGCTT-TAGGAA-TTTAA-A-CAAA-C-CCGATC--------AAAA-T-AAA---GGGTA--TCTAAGGTGAAACAGT-A-AGTAA-T--CTGT-ATC-GATA------TATGT-TGATTCTA
gi|9 : TGTGTAAC---AGGAGAC--C-----TATCA----AT----CTA---AC----ATTTTA--AACC-T-AGTT-A-A--T-TTGG-------------TT--CGGGCTG-----C--TTCAACTCATCA-T-G--AGTCAAA-CAA-AA----G-AGTT--TTCAAAAGTTTCAT-----AAAATTT-AT-TA---------------------A-CAA--------TAAAA--A---CT--GCCT-ACAAT-GGAGGA---------GTG------TAT-T-C-AATAACC------TA---TAAA--AT-TG---AGAA----------------AGG---TAGT-GTTGACTTTAAAAT--AA---TGAA-A--AA-TA---A--AAA--ATAAGGCCAAAT-AACTTGTT-CA--AATAA-TC-T-AGAGAAGAATTTCG--A-CTT-GA-CCTAAA---GAAAGAAGAAA-GA-ATTTT-AAC-T-AA-C----------CT--AGAAG------AGGT-------T-A--G---AGA-AGT----CTC--G---CAG-TTC-TTCC-AACTT--TGCCACC--AACTCACCG--AA-TAAT--GAGA-GTG--T-TCG-AGT-TATATTAAC-----AG-----AT-A----T---GTA-GCC---AAT--------------CAAATCACAGATAACATCTCAGTGA--------------T-----------C----------TC-ACC-AAT--A-AAATGAAAG-TTACTCTA---AGCTT-TAGGAA-AT--G-A-CCAA-CACCGATT--------AAAA----------------------GTGAAACTGT-------A-T--TTG--AT----TA------TA-AT-TGATTCTA
gi|19 : aTGTGTAAT---AG---AT--C-----TATCT----ATATATTTA---ACTCCCGTTATA--AACC-C-ACTT-C-A--T-TTGAA-TA-CGA-TG--TT--CCAG-TG-----C--CTCAACTCGTCA-T-G--AATCACA-CAA-GA----T-AGTT--T----A--------------GA-TTT-AT-TG---------------------A-CAA------AATAATA--CAAACT--GCCT-TCCAT-GGAGGA---------GTG------TAT-T-C-AATAACC------TA---TAAAT-GTGTG---AATA----------------AG--G-TAGT-G--Gttacat
gi|17 : aTGTGTAAT---AG---AT--C-----TATCT----ATATATTTA---ACTCCCGTTATA--AACC-C-ACTTTC-A--T-TTGAA-TA-CGA-TG--TT--CCAG-TG-----C--CTCAACTCGTCA-T-G--AAC-ACA-CAA-GA----T-AGTT--T----TAG-------------A-TTT-AT-TG---------------------A-CAA------AATAATA--CAAACT--ACCT-TCCAT-GGAGGA---------GTG------TAT-T-CAAATAACC------TA---TAAATGGTGTG---AATA-------------------GG-TAGT-G--G
gi|23 : gTGTGTAAT---AGGAGAT--CAATTTTATTT----AT----CTA---ACTCCCTTTTTA--AACC-A-AGTT-C-A--G-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTCAACTTATCA-T-G--AATCACA-CAA-GA----C-AGTT--
gi|35 : TATGTAAT---AGGAGAT--C-----TATCT----AT----CTT---ACTCCCA
gi|8 : taaTGTAAT---AGGAGAT--C-----CCTCT----AT----CTA---ACTCCCATTTTA--AACC-C-AGTT-C-A--T-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTCAATTCATCA-T-G--AATCACA-CAA-GA----C-AGTT--T----AAGTTTCAT-----AAA-TTT-AT-TA---------------------A-CAAC-A--TGAT---A--ACAACT--GCCT-ACAAT-GGAAGA---------GAA------CCC-TAG-AACAACC------TA---TAAAT-ATGAG---AACA----------------AGGAG-TAGC-G--GACTTTAACGCTGAA---TAAACC--AG-TA---AAGAAA--ATGATACTAAAT-A-CTTGAT-CA--AAT-G-TC-TAATAGAAGAATTTAG--AC--T-AA-CCTAGA---AGAGG------------TTA-GG-----------------------GAGA------AGGT-------CCA--G---------------------------TTT-TACCGAACTT--TGCCACC--AACTCACCT--AA-TAAC--GAGA-GTG--T-TCG-AGTTTATAT--AC-----AG-----AT-G----T---GTA-GCC---AATCAAATCACAGCTAAC-----------------------A--------------T-----------C----------TC-GCC-AAT--AGAAATGAAAG-TATCACAA---AGCTT-TAGGAA-TTTAA-C-CAAA-C-CAGATC--------AAAA-T-AAA---GGGTA--TCTAAGGTGAAACATT-A-CGTAA-T--CTAT-ATC-GATA------TATGT-TGATTCT
gi|4 : acgTGTAAT---AGGAGAT--T-----TATCC----AT----CTA---ACTCCATTTTTA--AACC-C-AGTT-C-A--T-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTCAACTCATCA-T-G--AATCACA-CAA-GA----A-AGTT--T----AAGTTTCAT-----AAA-TTT-AT-TA---------------------A-CAA------AATGATA--AAAACT--GCCT-ACATT-GAAAGA---------GTA------TAT-A-T-AATAACC------TA---TGAAT-GTGTA---AAAA----------------AGTAG-TAGT-G--GACTTTAACATTGAA---TTAA-G--AG-TG---ATAAAA--ATGAAGCC-AAT-A-CTTGTT-CA--AAT-A-TC-TAATAGAACAATTTCG--ACCTT-AG-CCTAAT---AGAAG-AGAAA-TG-ATTTA-TAC-T-AA-CGGGTCCATA-CTAACGTAGGATATCAGGTTA-----TCA--GGTTA-G-AGAAGATCTCA-----CAG-TTC-TTCTGAACTT--TGCCATC--GACTCGCCG--AA-CAAC--GAGA-GTG--T-TTG-AGTATATAT--AC-----AG-----AA-C----T---GTA-ACC---AAT--------------CAA---------------------A--------------T-----------CGAAGATAATATT-GCC-AAT--AGAAATGAAAG-AA--AGAACTGAGTTT-TAGGAA-ATAAA-G-CAAA-C-CCGATC--------AAAA-T-AAAGCGGAGTA--TCTAGAGTGAAGCAGT-A-AGAAA-T--CTGT-ATC-GATAAACACGTACGT-TGATTgttaca
gi|1 : TGTAAT---AGGAGATTCC-----CCTCT----AT----CTA---ACTCCCATTTTA--AACCTC-AGTT-CCA--T-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TGGCCCCC--TTCAATTCATCA-T-GGAAATCACA-CAA-GA----CTAGTT--TT---AAGTTTCAT-----AAA-TTTTAT-TA---------------------A-CAAC-A--TGATAACA--A---CTAGGCCT-ACAATTGGAAGA---------GAACC----TAA-G-A-AACAAC-------TA---TAAAT-ATGAG---AAAA----------------AGGAG-TAGT-G--GACTTT-AAGTTGAAATTTTAACC--AG-TA---AAGAAA--AT--TGTCTATG-A-CTTGTT-CAATAAT-A-TCTTAAGAGAAGAATTTAG--ACCCTGGA-CCTTAATATAATAG-AGAAA-GA-ATTTA-TAC-T-AACC----------CT--AGAAG------AGGT-------TTAACG---A-A-AG-----TTGAAG---CAG-TTCTTTCCGAACTT--TGCCACCTGGACTCACCG--AA-TAGCGGGAGA-GTGTCT-TCG-AGTAT-TAT--AC-----GC-----AT-G----TTGGGTA-AACAA-AATCAAATCAAGTAA--C-----------------------A--------------T-----------C----------TCGGCC-AAT--AGAAATGAAAG-TATCACAA---AGTTT-TAGGAA-TTTAATC-CAAA-C-CCGATC--------AAAA-
gi|29 : cgtTGTAATTATAGGAGAT--C-----TATCT----AT----CTA---ACTC--GTTTTA----------------------------------GG--TT--TCGG-TG-----C-------TTC-------------AACA-CAA-GA----C-AGTT--T----AAGTTTCAT-----AAA-TTT-aagcacaaggttcaggaacatcgttgtgatagatgatatagtgttgagtcctcgctatac
gi|14 : TGTAAT---AGGAGAT--CG----TAT------------------------AGTTTA--A--C-C-ATCT-C-AGAT-TAGAA-TG-CCG-AG--TTAGCCGT-TG-----C----G---TCACCAGC-G--AATCACA-CGA-GT----C-AGTT--TT---AAGTTTCAT-----AGA-CTT-AT-TA---------------------ACCCA--A--TAA
gi|32 : gGTAAT---ATGAGAT--C-----TA-------------------ACTCCCATTTTA--AACC-C-AGTT-C-A--T-TTGGA-TA-TGcctggctttatgccctacaaccagagaattcaatcggcatgcggatcaactacatcatgattaataatgagtcgtggaatttgacattgaaattaaccggtaactaaaagaatgaagccgaat
gi|11 : TAAT---AGGA--T--C-----T--TT----A-----CTGGAGATTCT--TTTTA--AACC-C-AGTT-C-A--T-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--TCGG-TG-----C--CTCAACTCATCA-T-G--AATCACA-CAA-GA----C-AGTT--T----AAGTTTCAT-----T----TT-AT-TA---------------------G-CAAT-A--TAATAAAA-----ACT--GCCT-GCAAT-GGAGGA---------GTG------TAT-T-C-AATGACC------TA---TAAAT-GTGTG---AAAA----------------AGGAG-TAGT-G--GACTTCGACGTTGAA---TTAA-C--GG-TA---ATAAAAAGATGAAGCCGAAT-T-CTTGCT-CA--AAT-A-TC-TAATAGAAAAATTTAG--ACCTT-GA-CCTAAT---AGAA----AAA-GA-ATTTA-TTC-T-AA-C----------CT--AGAAT------AGGT-------T-A--G---AGA-AA-----ATCTAA---CAG-TTC-ATCCGAACTT--TGCCACC--GACTTA
gi|12 : TAAT---AGTAGAT--C-----TATCTTATAAT----CTA---ACTCCCATTTTA--AACC-C-AGTT-C-A--T-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTCAATTCATCA-T-G--AATCGCA-CAA-GA----C-AGTT--T----AAGTTTCAT-----TTA-TTT-AT-TA---------------------A-CAA--A--TAAT---T--AAAACT--GCCT-ACAGT-GAAGGA---------GTA------TAT-T-C-AGCAACC------TA---TAAAT-ATGAG---AAAA----------------AGGAG-TAGT-G--GACTTTAACGTTGAA---TTAA-CCAAG-TA---AAGAAA--ATGATACTAAAT-A-CTTGTT-CA--AAT-A-TC-T-----AAGAATTTCATTACCTT-GG-CCTAAA---AGAAG-
gi|7 : AAT---AGGAGAT--C-----TAATC----A-----CTG---ACTCCCATTTTA--AACC-C-AATT-C-A--T-TCGGAATA-CGA-GT--TT--C--G-TG-----C--CTGA-TTCCTCA-T-G--AATAACA-CAA-GA----C-AGTT--TT---AAGTTTCAT-----TA---TT-AT-TA---------------------A-CAA--A--TA-TAAAACAAAAACT--GCCTTACAGT-GGAGGA----------TA------TAT-T-C-AACAACC------TA----AAA--GT-TG---AAAA----------------AGGAG-TAAT-G--A---TTGAAGTTAA-----TAG-C--AAATA---ATGAAA--ATGATACCGAAT-A-CTTGTT-CA--AAT-AATC-TAAGA-AAGAATTTCG--ACCT--GA-CCTAAA---AGAAG-G-AAA-GA-ATTTATTAC-TAAA-C----------CT--CGA--------AAGT-------TCA--G---A-A-AG-----CTCAAG---CAG-TTC-TTCCGAACTT--CTCCACC--GACTCACCG--AA-TAAC--GAGA-GTG--TATCG-AGTATATAT--AC-----A------AT-G----T---GTA-GCC---AAT--------------C-----------------------A--------------T-----------C----------TT-GTCAAAT--A-AAATGAAAG-TA-CACAA---AG-GT-TAGGAATTTTAA-A-CAAA-C-CCGATC--------AAAA-T-AAA----GGTA--TCTAAGGTGAAACAGT-A-AGTAA-TTCTTGT-ATC-GATA------TATGT-TG-TTCTA
gi|6 : gtaaAAT---AGGAGAT--C-----TAATC----A-----CTG---ACTCCCATTTTA--AACC-C-AATT-C-A--T-TCGGAATA-CGA-GT--TT--C--G-TG-----C--CTGA-TTCCTCA-T-G--AATAACA-CAA-GA----C-AGTT--TT---AAGTTTCAT-----TA---TT-AT-TA---------------------A-CAA--A--TA-TAAAACAAAAACT--GCCTTACAGT-GGAGGA----------TA------TAT-T-C-AACAACC------TA----AAA--GT-TG---AAAA----------------AGGAG-TAAT-G--A---TTGAAGTTAA-----TAG-C--AAATA---ATGAAA--ATGATACCGAAT-A-CTTGTT-CA--AAT-AATC-TAAGA-AAGAATTTCG--ACCT--GA-CCTAAA---AGAAG-G-AAA-GA-ATTTATTAC-TAAA-C----------CT--CGA--------AAGT-------TCA--G---A-A-AG-----CTCAAG---CAG-TTC-TTCCGAACTT--CTCCACC--GACTCACCG--AA-TAAC--GAGA-GTG--TATCG-AGTATATAT--AC-----A------AT-G----T---GTA-GCC---AAT--------------C-----------------------A--------------T-----------C----------TT-GTCAAAT--A-AAATGAAAG-TA-CACAA---AG-GT-TAGGAATTTTAA-A-CAAA-C-CCGATC--------AAAA-T-AAA----GGTA--TCTAAGGTGAAACAGT-A-AGTAA-TTCTTGT-ATC-GATA------TATGT-TG-TTCTAtttca
gi|2 : gtaaAAT---AGGAGAT--T-----AATCC----AT----CTA---AACTCCATTTTATAAACC-CCAGTT-C-A--TATTGGA-TAACGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTCAACTCATCATT-G--AATCACA-CAAGGA----A-AGTT--T----AAGTTTCA------TAA-ATT-AT-TAG--------------------A-CAA--AACTGAT------AAAACT--GCCT-ACACT-TGAAGA---------GTA------TAA-T-A-ATAAACC------TAATTTGAAT-GTTTGTAAAAAA----------------AGTAG-TAGTGG--GACTTTAACGTTGAA---TAAG-T--AG-TG---ATAA-------ATAGCCAATAA-CTTGTTACA--AAT-A-TC-TCA-ATAACAATGTCG--ACCTT-CAGCCTAAT---AGAAG-AAAAC-TG-ATTTA-TACTT-AA-CGGGGTCCAGACTAACGTAGGATATCAGGTTATCAGGTTA--G---A-G-AGAT---CTCAAG---T-G-TTC-T---GAACTTGGTGCCATCG-GACTCGCCG--A---CAC--GAGA-GTG--T-TTG-AGTATATAT--AC-----AGA----AC-T----T---GTA-ACC---AAT--------------CGAAATTTCGAAGATAA-------A--------------T-----------A----------TT-GCC-AAT--AGAAATGAAAG-AA--AGAACTGAGTTTATAGGAA---TAA-AGCAAA---CCGATC--------AAAATT-AAA---GCGAAGTTCTA--GAGAAGCAGT-A-AGAAATT--CTGTGATCGGATA------tttca
gi|3 : AC---AGGATAT--C-----TATCT----ATAT--CTA---GCTCCCATTTTA--AACC---AGTT-C-A--T-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTCAACGCATCG-T-G--GA-AA-A-CAA-GA----C-AGTT-------AAGTTT----------------ATATA---------------------A-CAA--A---ATTAATA--AAAACT--GCCT-ACAAT-GGAAGAATTTATTCAGTAAGAATTTAT-T-C-AATAACTAATATATA---TACAT-ATATA---AAAATGAAAAAAAAGAAGAAAGGAG-T-GT-G--GACTTTGACGTTTAA---TTAA-C--AA-TA---ATGAAA--ATGATACCGTAT-A-CTTGTT-CA--AAT-A-TC-TAAGAGAAGAATTTCG--AGCTT-GA-CCTAAT---ATAAG-GGAAATG----TTA-TAC-T-AT-C----------CT--AGATG------AGGT-------TAA--GA--A-A-AG-----ATCTTG---CAGTTTC-TTCAAAAC-T--TTGCACC--GACTCACCG--AA-TAAC--GAGA-GTG--T-TCGAAATATATAT--AC-----AG-----AT-G----T---GCAGGCC---AATTAAATCACAGCTAAC-----------------------A--------------T-----------C----------TC-GCC-AATAAAAAAATGAAAC-GATCACAA---AGCGT-AAGTAA-TTT-A-A-CAAA-C-CCGATCA-------AAAA-TAAAA---GGGTA--TCTAGGGTGAAACAATAA-AGTAA-T--C----ATC-GATA------TATGT-TGATTCTAaacacgtacgattg
gi|20 : -----TATCT----AT----CTA---ACTCCCATTTTA--AATC-C-AGTT-C-A--T-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTCAATCCATCA-T-G--AATCACA-CAA-GA----C-AGTT--T----AAGTTTCAT-----AAA-TTT-AT-TA---------------------A-CAA------AATAATA--AAACCT--GCCT-ACTGT-ttac
gi|30 : a--AACC-C-AGTT-C-A--T-TTGGA-TA-CGACGGTTTT--CCCG-TG-----CCTCTCAA--CCTCA-TCA--AATCACACCGA-GA----C-AGTT--tatgtctatctaagacacaatcaggactctaacaacaaagaa
gi|27 : TC-C-A--G-TTGGA-TA-CG---G--TT--C-----------------AGCTCATAA-T-G--GATCACA-CAA-GG----C-AGTTTAT----AAGTTTCATAAAAAAAA-TAT-AT-AA---------------------A-TGATGA--TAATAAAA--A
gi|28 : TCATCA-T-G--AATCACA-CAA-GACATGC-AGTT--TTTAAAAGTTTCAT------------------------------------------AA--G--T----------AAACT--GCCT-ACAAC-AGAAGA---------GTG------GAT-T-C-AAta
gi|13 : agc--T----AAGTTTCAT-----AAA-TTT-AA-TA---------------------T-CAA--A----ATAATA--AAAACT--GCCT-ACAAT-GAA-----------------------------------------------TAAAT-GTGTG---AAAA----------------GGGA--TAGT-G--GACTTTGACGTTGAC---TTAA-C--AA-TA---ATAAAA--ACGAAGCCGAAT-A-CTTGTT-CA--AAT-A-TC-TAAGAGAAGAATTTCG--ACCTT-GA-TCTAAT---AGAAG-AGAGA-GA-ATTTA-GAC-T-AA-C----------TA--AGAAG------ATGT-------T-G--G---G-G-AG--------AAGGTACAG-TTC-TGTCGAACTT--TGCCACC--GACTCGCCGA-AA-AAAC--GAGA-GTG--T-TCG-AGTttacgt
gi|10 : GTGTCAT-----TAA-TTT-AT-TACCTTGAAAGCCAATTTCAAACA-CGA--A--TAGTAAAA--AAGACT--GTCTGACA-T-GGAGGA---------GTA------TATGT-C-AAC-ACC------TA---TAAAT-G-ATG---AAAA----------------AAGAGATAGT-G--GACTTTGACG-TGAA---TTAA-C--AA-TA---ATG-AA--ATGA-ATCCAAT-A-CTTGTT-CA--AA--A-T--TAAGAGAAGAATTTCG--A-CTT-G--CCTAAA---CAATGAGGAAA-GATATAT--TAC-T-AA-C----------CT--AGAAG------AGGT-------TGA--G---A-A-AG-----CTCAAA---CAG--TC-TTCCGAAC-T--TGCCACCG-GACTCA-CG--AA-TAAC--GAGA------T-CCG-AATA-ATAT--AC-----AG-----ATAG----T---GT--GCC---AAT--------------CAA---------------------A--------------TCGCAGCTAACAC----------TC-GCC-AAT--AGAAATGGAAG-TATCAACA---ATCTT-TAGGAA-TTTGACC-CAAATC-CCGATCTTTACAAAAAAA-T-AA-----GGTA--TCTAACGTG-AACAGT-A-AGTAA-T--ATGTGATC-GATA------T
gi|26 : C------TA---TAAAT-ATGAG---AAAA----------------GGGAG-TAAC-G--GATTTTAACGTTGAA---TTAA-C--AC-TA---ATGAAA--ATGATACC---------------A--AAT-A-TC-TAAGAGAAGAATTTAG--ACCTT-
gi|25 : TGAG---AAAA----------------AGGAG-TAGT-G--GACTTTGATATTGAA---TTAA-CC-AG-TA---AAGAAA--ATGATACCGACT-A-TTTGTT-CA--AAC-A-TC-TAAGAGAAGAATTTCG--ACCTT-GA-CCTA
gi|21 : aAGT-G--GACTTTAACGTTGAA---TTAA-CC-AG-TATAAAAGAAA--ATGATACT--AT-A-CTTGTT-CA--AAT-A-TC-TAAGAGAAGAATTTAG--ACCTT-GA-CCTAAT---ATAAG-AGAAA-GA-ATTTA-GAC-T-AA-C----------CT--AGAA
gi|15 : -ATTTA-TAC-T-AA-C----------TT---GAAT------AGGT-------T-A--G---A-GGAG-----ATTGAA---CAG-TTC-TCCCGAACTT--TGCCACT--GACTTACTG--AT-CAAA--GACA-ATG--T-TCA-AGTATA-----AC-----AA-----AT-GAAACC---G-A-GAT---AA---------------C-----------------------A--------------T-----------C----------TT-GCA-AAT--AGAAGTGAAAGATACCAC-----------TATG-A-TT-------AAA-C-CCGATC--------AAAA-T-AGA---GGGTA--TTTAGAGTGAAGCAGT-A-CAAAA-T--CT
gi|24 : ---CAG-TTC-TTCCAAACTT--TGCCACC--GATTCACCGTTGA--AAC---AGA-GTG--C-TCG-AGTATGTAC--ATGTATAAGA----AT-G----T---GTA-ACC---AAT--------------C-----------------------A--------------
gi|18 : gtaACTCACCG--AAATAGC--GAGAAGTG--T-TCG-AGTATATAT--AA-----TG-----AT-G----T---GTA-GCCACAAATCCACGCTAA-----C-----------------------A--------------T-----------C----------TC-G-C-AAT--AGAAAGAAAAG-TATATCAA---AGCTT-T-GGAA-TTTAA-C-CAAA-C-ACGATC--------ATAA-TAAAA---GGGTA--TCTAAGGTGAAACATT-A-CGTAA-T--CTGT-ATC-GATA------TATGTGTGATTCTaatcgaagatactacacata
gi|16 : ACTCACCA--AT-CAAC--GAGA-GTG--T-TCG-AGTTAATAT--AC-----AATGTGTAC-G----T---GTA-ACC---AAT--------------C-----------------------AAATCGAAGATTACAT-----------C----------TC-GCC-AAT--AGAAATTAAAG-TAACACAA---AGTTT-TGGGAA-ATTAA-C-CAAA-C-CCGATC---------GAA-T-AAA---GGGTA--TTTAGAGTGAAGCAGT-ACA--AA-T--CTGT-ATT-GCTA------TTTCT-TGATTCTgttac
gi|22 : TAT--AC-----AA-----AT-G----T---GTA-ACC---AAT--------------C-----------------------AAATCGCAGCTAACAT-----------C----------TT-ACC-AAT--AGAAATGAAAG-TATACCAA---AGCTT-TAGGAA-ATAAA-C-CAAA-C-TCGATC--------AAAA-T-AAA---GGGTA--CCTAGGTTGAAAgttac
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): CATGTATACAAATGTGAAACCAATCAAATCGAAGATAACATCTAGCCAATACAACT
Unaligned ( gi|33 ): GAAAGGTTCTCTCTTTTTGTTCGAATTTCCTTTCGAT
Unaligned ( gi|34 ): GAAAGGTTCTCTCTTTTTGTTCGAATTTCCTTTCGAT
Unaligned ( gi|36 ): CGTGAAAGGTTTCTCTTTTTGTTCGAATTCCT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 1111 22222 11111111111111111111 1111111111111111 111111111 333333333333333 222222222 111 111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111 11 11111111 1111 111111
lowQualScore : 444 33 77777 4444 2222 22 2 2 2 2 2 4 2 2 22 22 2 55555 22 2 2 22 2 2 4444 2 22 7777 55555 2 2 2 11111 33 33 888888888 6 22 2 33333333333333333333 5555 88888 2 2 666666 444 2 2 333 4444444444444444 2 2 22 2 444 9999 4 444 33 33 33 1 6 2 2 2 33 2 5 2 33 2 2 2 2 33 55 3 0 8 2 5 2 888888888 888888 444444444444444 000000000 44 3 9 3 333 2 555 2 2 33 99 66 33 33 2 33 5 2 33 333333333333 2 5555 444 2 33 444 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 33 1 2 9 000 3 2 11 99 2 33333333 2 3 0000 44 3 3 1 3 99 7 3 000000 4 1
lowQualScore : ... .. ..... .... .... .. . . . . . . . . .. .. . ..... .. . . .. . . .... . .. .... ..... . . . ..... .. .. ......... . .. . .................... .... ..... . . ...... ... . . ... ................ . . .. . ... .... . ... .. .. .. . . . . . .. . . . .. . . . . .. .. . . . . . . ......... ...... ............... ......... .. . . . ... . ... . . .. .. .. .. .. . .. . . .. ............ . .... ... . .. ... ........................................................................................... . .. . . . ... . . .. .. . ........ . . .... .. . . . . .. . . ...... . .
lowQualScore : 111 22 88888 7777 5555 99 1 1 0 0 0 0 0 1 99 99 1 33333 99 0 0 88 0 0 2222 0 66 4444 33333 1 1 1 77777 88 11 999999999 7 77 4 88888888888888888888 0000 22222 4 4 888888 111 4 4 999 7777777777777777 2 1 99 4 111 4444 7 111 99 22 22 4 1 4 5 5 44 5 0 5 44 5 7 7 0 99 55 1 1 6 9 7 9 666666666 222222 222222222222222 333333333 22 1 2 1 666 4 000 9 9 99 66 33 33 77 7 77 3 7 77 999999999999 7 7777 777 7 77 777 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 99 9 9 8 000 5 9 00 55 9 22222222 9 1 0000 22 3 3 5 3 22 3 6 555555 4 9
consensus : TGTGTAAT---AGGAGAT--C-----TATCT----AT----CTAACTCCCATTTTA--AACC-C-AGTT-C-AT-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTCAA-CTCATCA-TG--AATCACA-CAA-GA----C-AGTT--T----AAGTTTCAT-----AAA-TTT-ATTA-ACAA-ATA-ATAATAAAAACT--G---------CCT-ACAA-T-GGAGGA---------GT--A------T----AT-----T-C-AACAACC------TA---TAAAT-GTGTG---AA----------------AAAGGAG-TAGT-G--GACTTTGACGTTG-AA---TTAA-C--AG-TA---A-TGAA--A--ATGATACCGAAT-A-CTTGTT-CA--AAT-A-TC-TAAGAGAAGAATTTCG--ACCTT-GA-CC-TAANAGA--AG-AGAAA-GAATTTA-TAC-T-AA-C---------CTA------GA-------AG------AGGT-------T-A--G-A-A-AG--CTCAAG---CAG-TTC-TTCCGAACTT--TGCCACC--GACTCACCG--AA-TAAC--GAGA-GTG--T-TCG-AGTATATAT--AC-----AG-----AT-G----T---GTA-GCC--A---AT--------------C-----------------------A--------------T-----------C----------TC-------------GCC-AAT--AGAAATGAAAG-TATCACAA---AGCTT-TAGGAA-TTTAA-CCAAA-CCCGATC--------AAAA-T-AAA---GGGTA--TCTAGGGTGAAACAGT-A-AGTAA-T--CTGT-ATC-GATA------TATGT-TGATTCTA
Reference ( family-458 ) : TGTGTAAT---AGGAGAT--C-----TATCT----AT----CTAACTCCCATTTTA--AACC-C-AGTT-C-AT-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTCAA-CTCATCA-TG--AATCACA-CAA-GA----C-AGTT--T----AAGTTTCAT-----AAA-TTT-ATTA-ACAA-ATA-ATAANAAAAACT--G---------CCT-ACAA-T-GGAGGA---------GT--A------T----AT-----T-C-AACAACC------TA---TAAAT-GTGTG---AA----------------AAAGGAG-TAGT-G--GACTTTGACGTTG-AA---TTAA-C--AG-TA---A-TGAA--A--ATGATACCGAAT-A-CTTGTT-CA--AAT-A-TC-TAAGAGAAGAATTTCG--ACCTT-GA-CC-TAANAGA--AG-AGAAA-GAATTTA-TAC-T-AA-C---------CTA------GA-------AG------AGGT-------TCA--G-A-A-AG--CTCAAG---CAG-TTC-TTCCGAACTT--TGCCACC--GACTCACCG--AA-TAAC--GAGA-GTG--T-TCG-AGTATATAT--AC-----AG-----AT-G----T---GTA-GCC--A---AT--------------C-----------------------A--------------T-----------C----------TC-------------GCC-AAT--AGAAATGAAAG-TATCACAA---AGCTT-TAGGAA-TTTAA-NCAAA-CCCGATC--------AAAA-T-AAA---GGGTA--TCTAGGGTGAAACAGT-A-AGTAA-T--CTGT-ATC-GATA------TATGT-TGATTCTA
gi|1 : TGTAAT---AGGAGATTCC-----CCTCT----AT----CTAACTCCCATTTTA--AACCTC-AGTT-CCAT-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TGGCCCCC--TTCAA-TTCATCA-TGGAAATCACA-CAA-GA----CTAGTT--TT---AAGTTTCAT-----AAA-TTTTATTA-ACAACATG-ATAACAA---CTAGG---------CCT-ACAA-TTGGAAGA---------GA--ACC----T----AA-----G-A-AACAAC-------TA---TAAAT-ATGAG---AA----------------AAAGGAG-TAGT-G--GACTTTAA-GTTG-AAATTTTAACC--AG-TA---A-AGAA--A--AT--TGTCTATG-A-CTTGTT-CAATAAT-A-TCTTAAGAGAAGAATTTAG--ACCCTGGA-CCTTAATATAATAG-AGAAA-GAATTTA-TAC-T-AACC---------CTA------GA-------AG------AGGT-------TTAACG-A-A-AG--TTGAAG---CAG-TTCTTTCCGAACTT--TGCCACCTGGACTCACCG--AA-TAGCGGGAGA-GTGTCT-TCG-AGTAT-TAT--AC-----GC-----AT-G----TTGGGTA-AACAAA---ATCAAATCAAGTAA--C-----------------------A--------------T-----------C----------TCG------------GCC-AAT--AGAAATGAAAG-TATCACAA---AGTTT-TAGGAA-TTTAATCCAAA-CCCGATC--------AAAA-
gi|10 : cgt-ACGA-ATA-GTAAAAAAGACT--G---------TCTGACA--T-GGAGGA---------GT--A------T----ATG----T-C-AACA-CC------TA---TAAAT-G-ATG---AA----------------AAAAGAGATAGT-G--GACTTTGACG-TG-AA---TTAA-C--AA-TA---A-TG-A--A--ATGA-ATCCAAT-A-CTTGTT-CA--AA--A-T--TAAGAGAAGAATTTCG--A-CTT-G--CC-TAAACAA--TG-AGGAA-AGATATATTAC-T-AA-C---------CTA------GA-------AG------AGGT-------TGA--G-A-A-AG--CTCAAA---CAG--TC-TTCCGAAC-T--TGCCACCG-GACTCA-CG--AA-TAAC--GAGA------T-CCG-AATA-ATAT--AC-----AG-----ATAG----T---GT--GCC--A---AT--------------CAA---------------------A--------------TCGCAGCTAACAC----------TC-------------GCC-AAT--AGAAATGGAAG-TATCAACA---ATCTT-TAGGAA-TTTGACCCAAATCCCGATCTTTACAAAAAAA-T-AA-----GGTA--TCTAACGTG-AACAGT-A-AGTAA-T--ATGTGATC-GATA------Taagcacaaggttcaggaacatcgttgtgatagatgatatagtgttgagtcctcgctatac
gi|11 : gtgtcattaatttattaccttgaaagccaatttcaaacTTTTA--AACC-C-AGTT-C-AT-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--TCGG-TG-----C--CTCAA-CTCATCA-TG--AATCACA-CAA-GA----C-AGTT--T----AAGTTTCAT---------TTT-ATTA-GCAA--TA--TAATAAAAACT--G---------CCT-GCAA-T-GGAGGA---------GT--G------T----AT-----T-C-AATGACC------TA---TAAAT-GTGTG---AA----------------AAAGGAG-TAGT-G--GACTTCGACGTTG-AA---TTAA-C--GG-TA---A-TAAA--AAGATGAAGCCGAAT-T-CTTGCT-CA--AAT-A-TC-TAATAGAAAAATTTAG--ACCTT-GA-CC-TAATAGA--A----AAA-GAATTTA-TTC-T-AA-C---------CTA------GA-------AT------AGGT-------T-A--G-AGA-AA--ATCTAA---CAG-TTC-ATCCGAACTT--TGCCACC--GACTTA
gi|12 : taataggatctttactggagattctTAAT---AGTAGAT--C-----TATCTTATAAT----CTAACTCCCATTTTA--AACC-C-AGTT-C-AT-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTCAA-TTCATCA-TG--AATCGCA-CAA-GA----C-AGTT--T----AAGTTTCAT-----TTA-TTT-ATTA-ACAA-ATA-AT---TAAAACT--G---------CCT-ACAG-T-GAAGGA---------GT--A------T----AT-----T-C-AGCAACC------TA---TAAAT-ATGAG---AA----------------AAAGGAG-TAGT-G--GACTTTAACGTTG-AA---TTAA-CCAAG-TA---A-AGAA--A--ATGATACTAAAT-A-CTTGTT-CA--AAT-A-TC-T-----AAGAATTTCATTACCTT-GG-CC-TAAAAGA--AG-
gi|13 : --T----AAGTTTCAT-----AAA-TTT-AATA-TCAA-A---ATAATAAAAACT--G---------CCT-ACAA-T-GAA---------------------------------------------------------TAAAT-GTGTG---AA----------------AAGGGA--TAGT-G--GACTTTGACGTTG-AC---TTAA-C--AA-TA---A-TAAA--A--ACGAAGCCGAAT-A-CTTGTT-CA--AAT-A-TC-TAAGAGAAGAATTTCG--ACCTT-GA-TC-TAATAGA--AG-AGAGA-GAATTTA-GAC-T-AA-C---------TAA------GA-------AG------ATGT-------T-G--G-G-G-AG-----AAGGTACAG-TTC-TGTCGAACTT--TGCCACC--GACTCGCCGA-AA-AAAC--GAGA-GTG--T-TCG-AGT
gi|14 : GTGTAAT---AGGAGAT--CG----TATA-----GT----TTAAC---CAT--------CT-C-AG-----AT-TAGAA-TG-CCG-AG--TTAGCCGT-TG-----C--GTCA---CCAGC---G--AATCACA-CGA-GT----C-AGTT--TT---AAGTTTCAT-----AGA-CTT-ATTA-AC---CCA-ATAAC-----CT--GGCTTTATGCCCT-ACAACC-AGAGAA---------TTCAA------TCGGCATGCGGAT-C-AACTAC--------A---T-CAT-G-ATT---AA----------------TAATGAG-TCGT-G--GAATTTGACATTGAAA---TTAACC--GG-TA---ACTAAAAGA--ATGAAGCCGAAT-
gi|15 : ATTTA-TAC-T-AA-C---------TT-------GA-------AT------AGGT-------T-A--G-A-GGAG--ATTGAA---CAG-TTC-TCCCGAACTT--TGCCACT--GACTTACTG--AT-CAAA--GACA-ATG--T-TCA-AGTATA-----AC-----AA-----AT-GAAACC---G-A-GAT--A---A---------------C-----------------------A--------------T-----------C----------TT-------------GCA-AAT--AGAAGTGAAAGATACCAC-----------TA-------TGA-TTAAA-CCCGATC--------AAAA-T-AGA---GGGTA--TTTAGAGTGAAGCAGT-A-CAAAA-T--CT
gi|16 : ACTCACCA--AT-CAAC--GAGA-GTG--T-TCG-AGTTAATAT--AC-----AATGTGTAC-G----T---GTA-ACC--A---AT--------------C-----------------------AAATCGAAGATTACAT-----------C----------TC-------------GCC-AAT--AGAAATTAAAG-TAACACAA---AGTTT-TGGGAA-ATTAA-CCAAA-CCCGATC---------GAA-T-AAA---GGGTA--TTTAGAGTGAAGCAGT-ACA--AA-T--CTGT-ATT-GCTA------TTTCT-TGATTCT
gi|17 : TGTGTAAT---AG---AT--C-----TATCT----ATATATTTAACTCCCGTTATA--AACC-C-ACTTTC-AT-TTGAA-TA-CGA-TG--TT--CCAG-TG-----C--CTCAA-CTCGTCA-TG--AA-CACA-CAA-GA----T-AGTT--T------------T-----AGA-TTT-ATTG-ACAA---A-ATAATACAAACT--A---------CCT-TCCA-T-GGAGGA---------GT--G------T----AT-----T-CAAATAACC------TA---TAAATGGTGTG---AA----------------TA---GG-TAGT-G--Ggttac
gi|18 : gACTCACCG--AAATAGC--GAGAAGTG--T-TCG-AGTATATAT--AA-----TG-----AT-G----T---GTA-GCC--ACAAAT--------------CCACGCTAAC--------------A--------------T-----------C----------TC-------------GC--AAT--AGAAAGAAAAG-TATATCAA---AGCTT-T-GGAA-TTTAA-CCAAA-CACGATC--------ATAA-T-AAAA--GGGTA--TCTAAGGTGAAACATT-A-CGTAA-T--CTGT-ATC-GATA------TATGTGTGATTCT
gi|19 : TGTGTAAT---AG---AT--C-----TATCT----ATATATTTAACTCCCGTTATA--AACC-C-ACTT-C-AT-TTGAA-TA-CGA-TG--TT--CCAG-TG-----C--CTCAA-CTCGTCA-TG--AATCACA-CAA-GA----T-AGTT---------------T-----AGA-TTT-ATTG-ACAA---A-ATAATACAAACT--G---------CCT-TCCA-T-GGAGGA---------GT--G------T----AT-----T-C-AATAACC------TA---TAAAT-GTGTG---AA----------------TAAG--G-TAGT-G--Ggttac
gi|2 : aAAT---AGGAGAT--T-----AATCC----AT----CTAAACTCCATTTTATAAACC-CCAGTT-C-ATATTGGA-TAACGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTCAA-CTCATCATTG--AATCACA-CAAGGA----A-AGTT--T----AAGTTTCAT-----AAA--TT-ATTAGACAA-A-A-CTGAT-AAAACT--G---------CCT-ACAC-T-TGAAGA---------GT--A------T----AA-----T-A-ATAAACC------TAATTTGAAT-GTTTGTAAAA----------------AAAGTAG-TAGTGG--GACTTTAACGTTG-AA----TA-----AG-TA---G-TGAT--A--A--ATAGCCAATAA-CTTGTTACA--AAT-A-TC-TCA-ATAACAATGTCG--ACCTT-CAGCC-TAATAGA--AG-AAAAC-TGATTTA-TACTT-AA-CGGGGT----CCA------GACTAACGTAGGATATCAGGTTATCAGGTTA--G-A-G-AGATCTCAAG---T-G-TTC-T---GAACTTGGTGCCATCG-GACTCGCCG--A---CAC--GAGA-GTG--T-TTG-AGTATATAT--AC-----AGA----AC-T----T---GTA-ACC--A---AT--------------CGAA--------------------A--------------T-----------T----------TCGAAGATAAATATTGCC-AAT--AGAAATGAAAG-AA--AGAACTGAGTTTATAGGAA--TAAA-GCAAA--CCGATC--------AAAATT-AAA---GCGAAGTTCTAGA--GAAGCAGT-A-AGAAATT--CTGTGATCGGATA------
gi|20 : -----TATCT----AT----CTAACTCCCATTTTA--AATC-C-AGTT-C-AT-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTCAA-TCCATCA-TG--AATCACA-CAA-GA----C-AGTT--T----AAGTTTCAT-----AAA-TTT-ATTA-ACAA---A-ATAATAAAACCT--G---------CCT-ACaacacgtacgattg
gi|21 : aAGT-G--GACTTTAACGTTG-AA---TTAA-CC-AG-TATAAA-AGAA--A--ATGATACT--AT-A-CTTGTT-CA--AAT-A-TC-TAAGAGAAGAATTTAG--ACCTT-GA-CC-TAATATA--AG-AGAAA-GAATTTA-GAC-T-AA-C---------CTA------GA-------Atgttatgtctatctaagacacaatcaggactctaacaacaaagaa
gi|22 : TAT--AC-----AA-----AT-G----T---GTA-ACC--A---AT--------------C-----------------------AAATCGCAGCTAACAT-----------C----------TT-------------ACC-AAT--AGAAATGAAAG-TATACCAA---AGCTT-TAGGAA-ATAAA-CCAAA-CTCGATC--------AAAA-T-AAA---GGGTA--CCTAGGTTGAAA
gi|23 : TGTGTAAT---AGGAGAT--CAATTTTATTT----AT----CTAACTCCCTTTTTA--AACC-A-AGTT-C-AG-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTCAA-CTTATCA-TG--AATCACA-CAA-GA----C-AGTT--
gi|24 : ---CAG-TTC-TTCCAAACTT--TGCCACC--GATTCACCGTTGA--AAC---AGA-GTG--C-TCG-AGTATGTAC--ATGTATAAGA----AT-G----T---GTA-ACC--A---AT--------------C-----------------------A--------------
gi|25 : gtaTGAG---AA----------------AAAGGAG-TAGT-G--GACTTTGATATTG-AA---TTAA-CC-AG-TA---A-AGAA--A--ATGATACCGACT-A-TTTGTT-CA--AAC-A-TC-TAAGAGAAGAATTTCG--ACCTT-GA-CC-TAaatcgaagatactacacata
gi|26 : aC------TA---TAAAT-ATGAG---AA----------------AAGGGAG-TAAC-G--GATTTTAACGTTG-AA---TTAA-C--AC-TA---A-TGAA--A--ATGATACC---------------A--AAT-A-TC-TAAGAGAAGAATTTAG--ACCTT-
gi|27 : TC-C-AG-TTGGA-TA-CG-------------G-T----------TCAG-CTCATAA-TG--GATCACA-CAA-GG----C-AGTTTAT----AAGTTTCATAAAAAAAA-TAT-ATAA-AT-G-ATG-ATAATAAAAA
gi|28 : AG-CTCATCA-TG--AATCACA-CAA-GACATGC-AGTT--TTTAAAAGTTTCAT-----AAG-T------------------------AAACT--G---------CCT-ACAA-C-AGAAGA---------GT--G------G----AT-----T-C-AAta
gi|29 : TGTAATTATAGGAGAT--C-----TATCT----AT----CTAACTC--GTTTTA--------------------------------GG--TT--TCGG-TG-----C--TTCAA-C-----------------A-CAA-GA----C-AGTT--T----AAGTTTCAT-----AAA-TTT-ttacgt
gi|3 : AC---AGGATAT--C-----TATCT----ATAT--CTAGCTCCCATTTTA--AACC---AGTT-C-AT-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTCAA-CGCATCG-TG--GA--AAA-CAA-GA----C-AGTT-------AAGTTT-AT-----A---------TA-ACAA-A-A-TTAATAAAAACT--G---------CCT-ACAA-T-GGAAGAATTTATTCAGT--AAGAATTT----AT-----T-C-AATAACTAATATATA---TACAT-ATATA---AAAATGAAAAAAAAGAAGAAAGGAG-T-GT-G--GACTTTGACGTTT-AA---TTAA-C--AA-TA---A-TGAA--A--ATGATACCGTAT-A-CTTGTT-CA--AAT-A-TC-TAAGAGAAGAATTTCG--AGCTT-GA-CC-TAATATA--AG-GGAAATG---TTA-TAC-T-AT-C---------CTA------GA-------TG------AGGT-------TAA--GAA-A-AG--ATCTTG---CAGTTTC-TTCAAAACTT--TG-CACC--GACTCACCG--AA-TAAC--GAGA-GTG--T-TCGAAATATATAT--AC-----AG-----AT-G----T---GCAGGCC--A---ATTAAATCACAGCTAAC-----------------------A--------------T-----------C----------TC-------------GCC-AATAAAAAAATGAAAC-GATCACAA---AGCGT-AAGTAA-TTTAA--CAAA-CCCGATCA-------AAAA-TAAAA---GGGTA--TCTAGGGTGAAACAATAA-AGTAA-T--C----ATC-GATA------TATGT-TGATTCTA
gi|30 : --AACC-C-AGTT-C-AT-TTGGA-TA-CGACGGTTTT--CCCG-TG-----CCTCTCAACCTCATCA-----AATCACACCGA-GA----C-AGTT--ttac
gi|32 : GTAAT---ATGAGAT--C-----T----------------AACTCCCATTTTA--AACC-C-AGTT-C-AT-TTGGA-TA-TG
gi|35 : TATGTAAT---AGGAGAT--C-----TATCT----AT----CTTACTCCCA
gi|4 : taaTGTAAT---AGGAGAT--T-----TATCC----AT----CTAACTCCATTTTTA--AACC-C-AGTT-C-AT-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTCAA-CTCATCA-TG--AATCACA-CAA-GA----A-AGTT--T----AAGTTTCAT-----AAA-TTT-ATTA-ACAA---A-ATGATAAAAACT--G---------CCT-ACAT-T-GAAAGA---------GT--A------T----AT-----A-T-AATAACC------TA---TGAAT-GTGTA---AA----------------AAAGTAG-TAGT-G--GACTTTAACATTG-AA---TTAA-G--AG-TG---A-TAAA--A--ATGAAGCC-AAT-A-CTTGTT-CA--AAT-A-TC-TAATAGAACAATTTCG--ACCTT-AG-CC-TAATAGA--AG-AGAAA-TGATTTA-TAC-T-AA-CGGGTCCATACTAACGTAGGATATC---AGGTTATCAGGT-------T-A--G-AGA-AGATCTCA-----CAG-TTC-TTCTGAACTT--TGCCATC--GACTCGCCG--AA-CAAC--GAGA-GTG--T-TTG-AGTATATAT--AC-----AG-----AA-C----T---GTA-ACC--A---AT--------------CAA---------------------A--------------T-----------CGAAGATAATATT-------------GCC-AAT--AGAAATGAAAG-AA--AGAACTGAGTTT-TAGGAA-ATAAA-GCAAA-CCCGATC--------AAAA-T-AAAGCGGAGTA--TCTAGAGTGAAGCAGT-A-AGAAA-T--CTGT-ATC-GATAAACACGTACGT-TGATT
gi|5 : TATGTAAT---AGGAGAT--C-----TATCT----AT----CTGACTCCCATTTTA--AACC-C-AATT-C-AT-TCGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTGAA-TTCCTCA-TG--AATAACA-CAA-GA----C-AGTT--T----AAGTTTCAT-----TAA-TTT-ATTA-ACAA-ATA-ATAAAAAAAACT--G---------CCT-ACAG-T-GGAGGA---------GT--A------T----AT-----T-C-AACAACC------TA---TAAAT-GTGTG---AA----------------AAAGGAG-TAGT-G--GACTTTGAAGTTG-AA---TTAG-C--AA-TA---A-TGAA--A--ATGATACCGAAT-A-CTTGTT-CA--AAT-A-TC-TAAGAGAAGAATTTCG--ACCTT-GA-CC-TAAAAGA--AG-GGAAA-GAATTTA-TAC-T-AA-C---------CTC------GA-------AG------AGGT-------TCA--G-A-A-AG--CTCAAG---CAG-TTC-TTCCGAACTT--TTCCACC--GACTCACCG--AA-TAAC--GAGA-GTG--T-TCG-AGTATATAT--AC-----AG-----AT-G----T---GTA-GCC--A---AT--------------C-----------------------A--------------T-----------C----------TT-------------GTC-AAT--AGAAATGAAAG-TATCACAA---AGCTT-TAGGAA-TTTAA-ACAAA-CCCGATC--------AAAA-T-AAA---GGGTA--TCTAAGGTGAAACAGT-A-AGTAA-T--CTGT-ATC-GATA------TATGT-TGATTCTA
gi|6 : AAT---AGGAGAT--C-----TAATC----A-----CTGACTCCCATTTTA--AACC-C-AATT-C-AT-TCGGAATA-CGA-GT--TT--C--G-TG-----C--CT-GA-TTCCTCA-TG--AATAACA-CAA-GA----C-AGTT--TT---AAGTTTCAT-----TA---TT-ATTA-ACAA-ATATAAAACAAAAACT--G---------CCTTACAG-T-GGAGGA----------T--A------T----AT-----T-C-AACAACC------TA----AAA--GT-TG---AA----------------AAAGGAG-TAAT-G--A---TTGAAGTTA-A-----TAG-C--AAATA---A-TGAA--A--ATGATACCGAAT-A-CTTGTT-CA--AAT-AATC-TAAGA-AAGAATTTCG--ACCT--GA-CC-TAAAAGA--AG--GAAA-GAATTTATTAC-TAAA-C---------CTC------GA---------------AAGT-------TCA--G-A-A-AG--CTCAAG---CAG-TTC-TTCCGAACTT--CTCCACC--GACTCACCG--AA-TAAC--GAGA-GTG--TATCG-AGTATATAT--AC-----A------AT-G----T---GTA-GCC--A---AT--------------C-----------------------A--------------T-----------C----------TT-------------GTCAAAT--A-AAATGAAAG-TA-CACAA---AG-GT-TAGGAATTTTAA-ACAAA-CCCGATC--------AAAA-T-AAA----GGTA--TCTAAGGTGAAACAGT-A-AGTAA-TTCTTGT-ATC-GATA------TATGT-TG-TTCTA
gi|7 : gtaaAAT---AGGAGAT--C-----TAATC----A-----CTGACTCCCATTTTA--AACC-C-AATT-C-AT-TCGGAATA-CGA-GT--TT--C--G-TG-----C--CT-GA-TTCCTCA-TG--AATAACA-CAA-GA----C-AGTT--TT---AAGTTTCAT-----TA---TT-ATTA-ACAA-ATATAAAACAAAAACT--G---------CCTTACAG-T-GGAGGA----------T--A------T----AT-----T-C-AACAACC------TA----AAA--GT-TG---AA----------------AAAGGAG-TAAT-G--A---TTGAAGTTA-A-----TAG-C--AAATA---A-TGAA--A--ATGATACCGAAT-A-CTTGTT-CA--AAT-AATC-TAAGA-AAGAATTTCG--ACCT--GA-CC-TAAAAGA--AG--GAAA-GAATTTATTAC-TAAA-C---------CTC------GA---------------AAGT-------TCA--G-A-A-AG--CTCAAG---CAG-TTC-TTCCGAACTT--CTCCACC--GACTCACCG--AA-TAAC--GAGA-GTG--TATCG-AGTATATAT--AC-----A------AT-G----T---GTA-GCC--A---AT--------------C-----------------------A--------------T-----------C----------TT-------------GTCAAAT--A-AAATGAAAG-TA-CACAA---AG-GT-TAGGAATTTTAA-ACAAA-CCCGATC--------AAAA-T-AAA----GGTA--TCTAAGGTGAAACAGT-A-AGTAA-TTCTTGT-ATC-GATA------TATGT-TG-TTCTAtttca
gi|8 : gtaaGTGTAAT---AGGAGAT--C-----CCTCT----AT----CTAACTCCCATTTTA--AACC-C-AGTT-C-AT-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTCAA-TTCATCA-TG--AATCACA-CAA-GA----C-AGTT--T----AAGTTTCAT-----AAA-TTT-ATTA-ACAACATG-ATAAC---AACT--G---------CCT-ACAA-T-GGAAGA---------GA--A------C----CC-----TAG-AACAACC------TA---TAAAT-ATGAG---AA----------------CAAGGAG-TAGC-G--GACTTTAACGCTG-AA---TAAACC--AG-TA---A-AGAA--A--ATGATACTAAAT-A-CTTGAT-CA--AAT-G-TC-TAATAGAAGAATTTAG--AC--T-AA-CC-T---AGA--AG-AGG------------------------------TTA------G-----------------GG----------A--G-A-A-GG--TCCA-------G-TTT-TACCGAACTT--TGCCACC--AACTCACCT--AA-TAAC--GAGA-GTG--T-TCG-AGTTTATAT--AC-----AG-----AT-G----T---GTA-GCC--A---ATCAAATCACAGCTAAC-----------------------A--------------T-----------C----------TC-------------GCC-AAT--AGAAATGAAAG-TATCACAA---AGCTT-TAGGAA-TTTAA-CCAAA-CCAGATC--------AAAA-T-AAA---GGGTA--TCTAAGGTGAAACATT-A-CGTAA-T--CTAT-ATC-GATA------TATGT-TGATTCTtttca
gi|9 : acTGTGTAAC---AGGAGAC--C-----TATCA----AT----CTAAC----ATTTTA--AACC-T-AGTT-A-AT-TTGG-------------TT--CGGGCTG-----C--TTCAA-CTCATCA-TG--AGTCAAA-CAA-AA----G-AGTT--TTCAAAAGTTTCAT-----AAAATTT-ATTA-ACAA---------TAAAAACT--G---------CCT-ACAA-T-GGAGGA---------GT--G------T----AT-----T-C-AATAACC------TA---TAAA--AT-TG---AG----------------AAAGG---TAGT-GTTGACTTTAAAAT---AA---TGAA-A--AA-TA---A---AA--A--ATAAGGCCAAAT-AACTTGTT-CA--AATAA-TC-T-AGAGAAGAATTTCG--A-CTT-GA-CC-TAAAGAA--AGAAGAAA-GAATTTT-AAC-T-AA-C---------CTA------GA-------AG------AGGT-------T-A--G-AGA-AGT-CTC--G---CAG-TTC-TTCC-AACTT--TGCCACC--AACTCACCG--AA-TAAT--GAGA-GTG--T-TCG-AGT-TATATTAAC-----AG-----AT-A----T---GTA-GCC--A---AT--------------CAAATCACAGATAACATCTCAGTGA--------------T-----------C----------TC-------------ACC-AAT--A-AAATGAAAG-TTACTCTA---AGCTT-TAGGAA--ATGA-CCAAC-ACCGATT--------AAAA----------------------GTGAAACTGT-------A-T--TTG--AT----TA------TA-AT-TGATTCTAgttaca
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): CATGTATACAAATGTGAAACCAATCAAATCGAAGATAACATCTAGCCAATACAACT
Unaligned ( gi|33 ): GAAAGGTTCTCTCTTTTTGTTCGAATTTCCTTTCGAT
Unaligned ( gi|34 ): GAAAGGTTCTCTCTTTTTGTTCGAATTTCCTTTCGAT
Unaligned ( gi|36 ): CGTGAAAGGTTTCTCTTTTTGTTCGAATTCCT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 1111 2222 11111111111111111111 1111111111111111 11111111111 44444444444444444444444 1 111 111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111 11 11111111 1111 111111
lowQualScore : 444 33 77777 4444 2222 22 2 2 2 2 2 4 2 2 22 22 2 55555 22 2 2 22 2 2 4444 2 22 7777 55555 2 2 2 6666 33 888888888 6 22 2 33333333333333333333 5555 88888 2 2 666666 444 2 2 333 4444444444444444 2 2 22 2 444 9999 4 444 33 33 33 1 6 2 2 2 33 2 5 2 33 2 2 2 2 33 55 3 0 666 2 88888888888 888888 00000000000000000000000 3 6 88 2 333 2 555 2 2 33 99 66 33 33 2 33 5 2 33 333333333333 2 5555 444 2 33 444 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 33 1 2 9 000 3 2 99 0 00 2 33333333 2 3 0000 44 3 3 1 3 99 7 3 000000 4 1
lowQualScore : ... .. ..... .... .... .. . . . . . . . . .. .. . ..... .. . . .. . . .... . .. .... ..... . . . .... .. ......... . .. . .................... .... ..... . . ...... ... . . ... ................ . . .. . ... .... . ... .. .. .. . . . . . .. . . . .. . . . . .. .. . . ... . ........... ...... ....................... . . .. . ... . ... . . .. .. .. .. .. . .. . . .. ............ . .... ... . .. ... ........................................................................................... . .. . . . ... . . .. . .. . ........ . . .... .. . . . . .. . . ...... . .
lowQualScore : 111 22 88888 7777 5555 99 1 1 0 0 0 0 0 1 99 99 1 33333 99 0 0 88 0 0 2222 0 66 4444 33333 1 1 1 1111 11 999999999 7 77 4 88888888888888888888 0000 22222 4 4 888888 111 4 4 999 7777777777777777 2 1 99 4 111 4444 7 111 99 22 22 4 1 4 5 5 44 5 0 5 44 5 7 7 0 99 55 1 1 666 9 99999999999 222222 33333333333333333333333 1 2 55 3 666 4 000 9 9 99 66 33 33 77 7 77 3 7 77 999999999999 7 7777 777 7 77 777 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 99 9 9 8 000 5 9 33 1 00 9 22222222 9 1 0000 22 3 3 5 3 22 3 6 555555 4 9
consensus : TGTGTAAT---AGGAGAT--C-----TATCT----AT----CTAACTCCCATTTTA--AACC-C-AGTT-C-AT-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTCAA-CTCATCA-TG--AATCACA-CAA-GA----C-AGTT--T----AAGTTTCAT-----AAA-TTT-ATTA-ACAAATA-ATAATAAAAACT--G---------CCT-ACAA-T-GGAGGA---------GT--A------T----AT-----T-C-AACAACC------TA---TAAAT-GTGTG---AA----------------AAAGGAG-TAGT-G--GACTTTGACGTTG-AA---TTAA-C--AG-TA---A-TGAA--A--ATGATACCGAAT-A-CTTGTT-CA--AAT-A-TC-TAAGAGAAGAATTTCG--ACCTT-GA-CC-TAANAGA--AG-AGAAA-GAATTTA-T-AC-TAA-C---------CTA------GA-------AG--------------AGG-TT-A--GA-AAG--CTCAAG---CAG-TTC-TTCCGAACTT--TGCCACC--GACTCACCG--AA-TAAC--GAGA-GTG--T-TCG-AGTATATAT--AC-----AG-----AT-G----T---GTA-GCC--A---AT--------------C-----------------------A--------------T-----------C----------TC-------------GCC-AAT--AGAAATGAAAG-TATCACAA---AGCTT-TAGGAA-TTTAA-CCAAA-CCCGATC--------AAAA-T-AAA---GGGTA--TCTAGGGTGAAACAGT-A-AGTAA-T--CTGT-ATC-GATA------TATGT-TGATTCTA
Reference ( family-458 ) : TGTGTAAT---AGGAGAT--C-----TATCT----AT----CTAACTCCCATTTTA--AACC-C-AGTT-C-AT-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTCAA-CTCATCA-TG--AATCACA-CAA-GA----C-AGTT--T----AAGTTTCAT-----AAA-TTT-ATTA-ACAAATA-ATAATAAAAACT--G---------CCT-ACAA-T-GGAGGA---------GT--A------T----AT-----T-C-AACAACC------TA---TAAAT-GTGTG---AA----------------AAAGGAG-TAGT-G--GACTTTGACGTTG-AA---TTAA-C--AG-TA---A-TGAA--A--ATGATACCGAAT-A-CTTGTT-CA--AAT-A-TC-TAAGAGAAGAATTTCG--ACCTT-GA-CC-TAANAGA--AG-AGAAA-GAATTTA-T-AC-TAA-C---------CTA------GA-------AG--------------AGG-TT-A--GA-AAG--CTCAAG---CAG-TTC-TTCCGAACTT--TGCCACC--GACTCACCG--AA-TAAC--GAGA-GTG--T-TCG-AGTATATAT--AC-----AG-----AT-G----T---GTA-GCC--A---AT--------------C-----------------------A--------------T-----------C----------TC-------------GCC-AAT--AGAAATGAAAG-TATCACAA---AGCTT-TAGGAA-TTTAA-CCAAA-CCCGATC--------AAAA-T-AAA---GGGTA--TCTAGGGTGAAACAGT-A-AGTAA-T--CTGT-ATC-GATA------TATGT-TGATTCTA
gi|1 : TGTAAT---AGGAGATTCC-----CCTCT----AT----CTAACTCCCATTTTA--AACCTC-AGTT-CCAT-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TGGCCCCC--TTCAA-TTCATCA-TGGAAATCACA-CAA-GA----CTAGTT--TT---AAGTTTCAT-----AAA-TTTTATTA-ACAAC---ATGATAACAACTAGG---------CCT-ACAA-TTGGAAGA---------GA--ACC----T----AA-----G-A-AACAAC-------TA---TAAAT-ATGAG---AA----------------AAAGGAG-TAGT-G--GACTTTAA-GTTG-AAATTTTAACC--AG-TA---A-AGAA--A--AT--TGTCTATG-A-CTTGTT-CAATAAT-A-TCTTAAGAGAAGAATTTAG--ACCCTGGA-CCTTAATATAATAG-AGAAA-GAATTTA-T-AC-TAACC---------CTA------GA-------AG--------------AGGTTT-AACGA-AAG--TTGAAG---CAG-TTCTTTCCGAACTT--TGCCACCTGGACTCACCG--AA-TAGCGGGAGA-GTGTCT-TCG-AGTAT-TAT--AC-----GC-----AT-G----TTGGGTA-AACAAA---ATCAAATCAAGTAA--C-----------------------A--------------T-----------C----------TCG------------GCC-AAT--AGAAATGAAAG-TATCACAA---AGTTT-TAGGAA-TTTAATCCAAA-CCCGATC--------AAAA-
gi|10 : cgt-ACGAATA-GTAAAAAAGACT--G---------TCTGACA--T-GGAGGA---------GT--A------T----ATG----T-C-AAC-ACC------TA---TAAAT-G-ATG---AA----------------AAAAGAGATAGT-G--GACTTTGACG-TG-AA---TTAA-C--AA-TA---A-TG-A--A--ATGA-ATCCAAT-A-CTTGTT-CA--AA--A-T--TAAGAGAAGAATTTCG--A-CTT-G--CC-TAAACAA--TG-AGGAA-AGATATATT-AC-TAA-C---------CTA------GA-------AG--------------AGG-TTGA--GA-AAG--CTCAAA---CAG--TC-TTCCGAAC-T--TGCCACCG-GACTCA-CG--AA-TAAC--GAGA------T-CCG-AATA-ATAT--AC-----AG-----ATAG----T---GT--GCC--A---AT--------------CAA---------------------A--------------TCGCAGCTAACAC----------TC-------------GCC-AAT--AGAAATGGAAG-TATCAACA---ATCTT-TAGGAA-TTTGACCCAAATCCCGATCTTTACAAAAAAA-T-AA-----GGTA--TCTAACGTG-AACAGT-A-AGTAA-T--ATGTGATC-GATA------Taagcacaaggttcaggaacatcgttgtgatagatgatatagtgttgagtcctcgctatac
gi|11 : gtgtcattaatttattaccttgaaagccaatttcaaacTTTTA--AACC-C-AGTT-C-AT-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--TCGG-TG-----C--CTCAA-CTCATCA-TG--AATCACA-CAA-GA----C-AGTT--T----AAGTTTCAT---------TTT-ATTA-GCAA-TA--TAATAAAAACT--G---------CCT-GCAA-T-GGAGGA---------GT--G------T----AT-----T-C-AATGACC------TA---TAAAT-GTGTG---AA----------------AAAGGAG-TAGT-G--GACTTCGACGTTG-AA---TTAA-C--GG-TA---A-TAAA--AAGATGAAGCCGAAT-T-CTTGCT-CA--AAT-A-TC-TAATAGAAAAATTTAG--ACCTT-GA-CC-TAATAGA--A----AAA-GAATTTA-T-TC-TAA-C---------CTA------GA-------AT--------------AGG-TT-A--GAGAAA--ATCTAA---CAG-TTC-ATCCGAACTT--TGCCACC--GACTTA
gi|12 : taataggatctttactggagattctTAAT---AGTAGAT--C-----TATCTTATAAT----CTAACTCCCATTTTA--AACC-C-AGTT-C-AT-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTCAA-TTCATCA-TG--AATCGCA-CAA-GA----C-AGTT--T----AAGTTTCAT-----TTA-TTT-ATTA-ACAAATA-AT--T-AAAACT--G---------CCT-ACAG-T-GAAGGA---------GT--A------T----AT-----T-C-AGCAACC------TA---TAAAT-ATGAG---AA----------------AAAGGAG-TAGT-G--GACTTTAACGTTG-AA---TTAA-CCAAG-TA---A-AGAA--A--ATGATACTAAAT-A-CTTGTT-CA--AAT-A-TC-T-----AAGAATTTCATTACCTT-GG-CC-TAAAAGA--AG-
gi|13 : --T----AAGTTTCAT-----AAA-TTT-AATA-TCAAA---ATAATAAAAACT--G---------CCT-ACAA-T-GAA---------------------------------------------------------TAAAT-GTGTG---AA----------------AAGGGA--TAGT-G--GACTTTGACGTTG-AC---TTAA-C--AA-TA---A-TAAA--A--ACGAAGCCGAAT-A-CTTGTT-CA--AAT-A-TC-TAAGAGAAGAATTTCG--ACCTT-GA-TC-TAATAGA--AG-AGAGA-GAATTTA-G-AC-TAA-C---------TAA------GA-------AG--------------ATG-TT-G--GG-GAG-----AAGGTACAG-TTC-TGTCGAACTT--TGCCACC--GACTCGCCGA-AA-AAAC--GAGA-GTG--T-TCG-AGT
gi|14 : GTGTAAT---AGGAGAT--CG----TATA-----GT----TTAAC---CAT--------CT-C-AG-----AT-TAGAA-TG-CCG-AG--TTAGCCGT-TG-----C--GTCA---CCAGC---G--AATCACA-CGA-GT----C-AGTT--TT---AAGTTTCAT-----AGA-CTT-ATTA-AC--CCA-ATAAC-----CT--GGCTTTATGCCCT-ACAACC-AGAGAA---------TTCAA------TCGGCATGCGGAT-C-AACTAC--------A---T-CAT-G-ATT---AA----------------TAATGAG-TCGT-G--GAATTTGACATTGAAA---TTAACC--GG-TA---ACTAAAAGA--ATGAAGCCGAAT-
gi|15 : ATTTA-T-AC-TAA-C---------TT-------GA-------AT--------------AGG-TT-A--GAGGAG--ATTGAA---CAG-TTC-TCCCGAACTT--TGCCACT--GACTTACTG--AT-CAAA--GACA-ATG--T-TCA-AGTATA-----AC-----AA-----AT-GAAACC---G-A-GAT--A---A---------------C-----------------------A--------------T-----------C----------TT-------------GCA-AAT--AGAAGTGAAAGATACCAC-----------TATG-A-TT------AAA-CCCGATC--------AAAA-T-AGA---GGGTA--TTTAGAGTGAAGCAGT-A-CAAAA-T--CT
gi|16 : ACTCACCA--AT-CAAC--GAGA-GTG--T-TCG-AGTTAATAT--AC-----AATGTGTAC-G----T---GTA-ACC--A---AT--------------C-----------------------AAATCGAAGATTACAT-----------C----------TC-------------GCC-AAT--AGAAATTAAAG-TAACACAA---AGTTT-TGGGAA-ATTAA-CCAAA-CCCGATC---------GAA-T-AAA---GGGTA--TTTAGAGTGAAGCAGT-ACA--AA-T--CTGT-ATT-GCTA------TTTCT-TGATTCT
gi|17 : TGTGTAAT---AG---AT--C-----TATCT----ATATATTTAACTCCCGTTATA--AACC-C-ACTTTC-AT-TTGAA-TA-CGA-TG--TT--CCAG-TG-----C--CTCAA-CTCGTCA-TG--AA-CACA-CAA-GA----T-AGTT--T------------T-----AGA-TTT-ATTG-ACAA--A-ATAATACAAACT--A---------CCT-TCCA-T-GGAGGA---------GT--G------T----AT-----T-CAAATAACC------TA---TAAATGGTGTG---AA----------------TA---GG-TAGT-G--Ggttac
gi|18 : gACTCACCG--AAATAGC--GAGAAGTG--T-TCG-AGTATATAT--AA-----TG-----AT-G----T---GTA-GCC--ACAAAT--------------CCACGCTAAC--------------A--------------T-----------C----------TC-------------GC--AAT--AGAAAGAAAAG-TATATCAA---AGCTT-T-GGAA-TTTAA-CCAAA-CACGATC--------ATAA-T-AAAA--GGGTA--TCTAAGGTGAAACATT-A-CGTAA-T--CTGT-ATC-GATA------TATGTGTGATTCT
gi|19 : TGTGTAAT---AG---AT--C-----TATCT----ATATATTTAACTCCCGTTATA--AACC-C-ACTT-C-AT-TTGAA-TA-CGA-TG--TT--CCAG-TG-----C--CTCAA-CTCGTCA-TG--AATCACA-CAA-GA----T-AGTT---------------T-----AGA-TTT-ATTG-ACAA--A-ATAATACAAACT--G---------CCT-TCCA-T-GGAGGA---------GT--G------T----AT-----T-C-AATAACC------TA---TAAAT-GTGTG---AA----------------TAAG--G-TAGT-G--Ggttac
gi|2 : aAAT---AGGAGAT--T-----AATCC----AT----CTAAACTCCATTTTATAAACC-CCAGTT-C-ATATTGGA-TAACGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTCAA-CTCATCATTG--AATCACA-CAAGGA----A-AGTT--T----AAGTTTCAT-----AAA--TT-ATTAGACAAA-A-CTGAT-AAAACT--G---------CCT-ACAC-T-TGAAGA---------GT--A------T----AA-----T-A-ATAAACC------TAATTTGAAT-GTTTGTAAAA----------------AAAGTAG-TAGTGG--GACTTTAACGTTG-AA----TA-----AG-TA---G-TGAT--A--A--ATAGCCAATAA-CTTGTTACA--AAT-A-TC-TCA-ATAACAATGTCG--ACCTT-CAGCC-TAATAGA--AG-AAAAC-TGATTTA-T-ACTTAA-CGGGGT----CCA------GACTAACGTAGGATATCAGGTTATCAGG-TT-A--GA-GAGATCTCAAG---T-G-TTC-T---GAACTTGGTGCCATCG-GACTCGCCG--A---CAC--GAGA-GTG--T-TTG-AGTATATAT--AC-----AGA----AC-T----T---GTA-ACC--A---AT--------------CGAA--------------------A--------------T-----------T----------TCGAAGATAAATATTGCC-AAT--AGAAATGAAAG-AA--AGAACTGAGTTTATAGGAA--TAAA-GCAAA--CCGATC--------AAAATT-AAA---GCGAAGTTCTAGA--GAAGCAGT-A-AGAAATT--CTGTGATCGGATA------
gi|20 : -----TATCT----AT----CTAACTCCCATTTTA--AATC-C-AGTT-C-AT-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTCAA-TCCATCA-TG--AATCACA-CAA-GA----C-AGTT--T----AAGTTTCAT-----AAA-TTT-ATTA-ACAA--A-ATAATAAAACCT--G---------CCT-ACaacacgtacgattg
gi|21 : aAGT-G--GACTTTAACGTTG-AA---TTAA-CC-AG-TATAAA-AGAA--A--ATGATACT--AT-A-CTTGTT-CA--AAT-A-TC-TAAGAGAAGAATTTAG--ACCTT-GA-CC-TAATATA--AG-AGAAA-GAATTTA-G-AC-TAA-C---------CTA------GA-------Atgttatgtctatctaagacacaatcaggactctaacaacaaagaa
gi|22 : TAT--AC-----AA-----AT-G----T---GTA-ACC--A---AT--------------C-----------------------AAATCGCAGCTAACAT-----------C----------TT-------------ACC-AAT--AGAAATGAAAG-TATACCAA---AGCTT-TAGGAA-ATAAA-CCAAA-CTCGATC--------AAAA-T-AAA---GGGTA--CCTAGGTTGAAA
gi|23 : TGTGTAAT---AGGAGAT--CAATTTTATTT----AT----CTAACTCCCTTTTTA--AACC-A-AGTT-C-AG-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTCAA-CTTATCA-TG--AATCACA-CAA-GA----C-AGTT--
gi|24 : ---CAG-TTC-TTCCAAACTT--TGCCACC--GATTCACCGTTGA--AAC---AGA-GTG--C-TCG-AGTATGTAC--ATGTATAAGA----AT-G----T---GTA-ACC--A---AT--------------C-----------------------A--------------
gi|25 : gtaTGAG---AA----------------AAAGGAG-TAGT-G--GACTTTGATATTG-AA---TTAA-CC-AG-TA---A-AGAA--A--ATGATACCGACT-A-TTTGTT-CA--AAC-A-TC-TAAGAGAAGAATTTCG--ACCTT-GA-CC-TAaatcgaagatactacacata
gi|26 : aC------TA---TAAAT-ATGAG---AA----------------AAGGGAG-TAAC-G--GATTTTAACGTTG-AA---TTAA-C--AC-TA---A-TGAA--A--ATGATACC---------------A--AAT-A-TC-TAAGAGAAGAATTTAG--ACCTT-
gi|27 : TC-C-AG-TTGGA-TA-CG-------------G-T----------TCAG-CTCATAA-TG--GATCACA-CAA-GG----C-AGTTTAT----AAGTTTCATAAAAAAAA-TAT-ATAA-AT-GATG-ATAATAAAAA
gi|28 : AG-CTCATCA-TG--AATCACA-CAA-GACATGC-AGTT--TTTAAAAGTTTCAT-----AAG-T-----------------------AAACT--G---------CCT-ACAA-C-AGAAGA---------GT--G------G----AT-----T-C-AAta
gi|29 : TGTAATTATAGGAGAT--C-----TATCT----AT----CTAACTC--GTTTTA--------------------------------GG--TT--TCGG-TG-----C--TTCAA-C-----------------A-CAA-GA----C-AGTT--T----AAGTTTCAT-----AAA-TTT-ttacgt
gi|3 : AC---AGGATAT--C-----TATCT----ATAT--CTAGCTCCCATTTTA--AACC---AGTT-C-AT-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTCAA-CGCATCG-TG--GA--AAA-CAA-GA----C-AGTT-------AAGTTT-AT-----A---------TA-ACAAA-A-TTAATAAAAACT--G---------CCT-ACAA-T-GGAAGAATTTATTCAGT--AAGAATTT----AT-----T-C-AATAACTAATATATA---TACAT-ATATA---AAAATGAAAAAAAAGAAGAAAGGAG-T-GT-G--GACTTTGACGTTT-AA---TTAA-C--AA-TA---A-TGAA--A--ATGATACCGTAT-A-CTTGTT-CA--AAT-A-TC-TAAGAGAAGAATTTCG--AGCTT-GA-CC-TAATATA--AG-GGAAATG---TTA-T-AC-TAT-C---------CTA------GA-------TG--------------AGG-TT-AAGAA-AAG--ATCTTG---CAGTTTC-TTCAAAACTT--TG-CACC--GACTCACCG--AA-TAAC--GAGA-GTG--T-TCGAAATATATAT--AC-----AG-----AT-G----T---GCAGGCC--A---ATTAAATCACAGCTAAC-----------------------A--------------T-----------C----------TC-------------GCC-AATAAAAAAATGAAAC-GATCACAA---AGCGT-AAGTAA-TTTAA--CAAA-CCCGATCA-------AAAA-TAAAA---GGGTA--TCTAGGGTGAAACAATAA-AGTAA-T--C----ATC-GATA------TATGT-TGATTCTA
gi|30 : --AACC-C-AGTT-C-AT-TTGGA-TA-CGACGGTTTT--CCCG-TG-----CCTCTCAACCTCATCA-----AATCACACCGA-GA----C-AGTT--ttac
gi|32 : GTAAT---ATGAGAT--C-----T----------------AACTCCCATTTTA--AACC-C-AGTT-C-AT-TTGGA-TA-TG
gi|35 : TATGTAAT---AGGAGAT--C-----TATCT----AT----CTTACTCCCA
gi|4 : taaTGTAAT---AGGAGAT--T-----TATCC----AT----CTAACTCCATTTTTA--AACC-C-AGTT-C-AT-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTCAA-CTCATCA-TG--AATCACA-CAA-GA----A-AGTT--T----AAGTTTCAT-----AAA-TTT-ATTA-ACAA--A-ATGATAAAAACT--G---------CCT-ACAT-T-GAAAGA---------GT--A------T----AT-----A-T-AATAACC------TA---TGAAT-GTGTA---AA----------------AAAGTAG-TAGT-G--GACTTTAACATTG-AA---TTAA-G--AG-TG---A-TAAA--A--ATGAAGCC-AAT-A-CTTGTT-CA--AAT-A-TC-TAATAGAACAATTTCG--ACCTT-AG-CC-TAATAGA--AG-AGAAA-TGATTTA-T-AC-TAA-CGGGTCCATACTAACGTAGGATATC---AGGTTATC--------AGG-TT-A--GAGAAGATCTCA-----CAG-TTC-TTCTGAACTT--TGCCATC--GACTCGCCG--AA-CAAC--GAGA-GTG--T-TTG-AGTATATAT--AC-----AG-----AA-C----T---GTA-ACC--A---AT--------------CAA---------------------A--------------T-----------CGAAGATAATATT-------------GCC-AAT--AGAAATGAAAG-AA--AGAACTGAGTTT-TAGGAA-ATAAA-GCAAA-CCCGATC--------AAAA-T-AAAGCGGAGTA--TCTAGAGTGAAGCAGT-A-AGAAA-T--CTGT-ATC-GATAAACACGTACGT-TGATT
gi|5 : TATGTAAT---AGGAGAT--C-----TATCT----AT----CTGACTCCCATTTTA--AACC-C-AATT-C-AT-TCGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTGAA-TTCCTCA-TG--AATAACA-CAA-GA----C-AGTT--T----AAGTTTCAT-----TAA-TTT-ATTA-ACAAATA-ATAAAAAAAACT--G---------CCT-ACAG-T-GGAGGA---------GT--A------T----AT-----T-C-AACAACC------TA---TAAAT-GTGTG---AA----------------AAAGGAG-TAGT-G--GACTTTGAAGTTG-AA---TTAG-C--AA-TA---A-TGAA--A--ATGATACCGAAT-A-CTTGTT-CA--AAT-A-TC-TAAGAGAAGAATTTCG--ACCTT-GA-CC-TAAAAGA--AG-GGAAA-GAATTTA-T-AC-TAA-C---------CTC------GA-------AG--------------AGG-TTCA--GA-AAG--CTCAAG---CAG-TTC-TTCCGAACTT--TTCCACC--GACTCACCG--AA-TAAC--GAGA-GTG--T-TCG-AGTATATAT--AC-----AG-----AT-G----T---GTA-GCC--A---AT--------------C-----------------------A--------------T-----------C----------TT-------------GTC-AAT--AGAAATGAAAG-TATCACAA---AGCTT-TAGGAA-TTTAA-ACAAA-CCCGATC--------AAAA-T-AAA---GGGTA--TCTAAGGTGAAACAGT-A-AGTAA-T--CTGT-ATC-GATA------TATGT-TGATTCTA
gi|6 : AAT---AGGAGAT--C-----TAATC----A-----CTGACTCCCATTTTA--AACC-C-AATT-C-AT-TCGGAATA-CGA-GT--TT--C--G-TG-----C--CT-GA-TTCCTCA-TG--AATAACA-CAA-GA----C-AGTT--TT---AAGTTTCAT-----TA---TT-ATTA-ACAAATATAAAACAAAAACT--G---------CCTTACAG-T-GGAGGA----------T--A------T----AT-----T-C-AACAACC------TA----AAA--GT-TG---AA----------------AAAGGAG-TAAT-G--A---TTGAAGTTA-A-----TAG-C--AAATA---A-TGAA--A--ATGATACCGAAT-A-CTTGTT-CA--AAT-AATC-TAAGA-AAGAATTTCG--ACCT--GA-CC-TAAAAGA--AG--GAAA-GAATTTA-TTAC-TAAAC---------CTC------GA-------A---------------AGT-TC-A--GA-AAG--CTCAAG---CAG-TTC-TTCCGAACTT--CTCCACC--GACTCACCG--AA-TAAC--GAGA-GTG--TATCG-AGTATATAT--AC-----A------AT-G----T---GTA-GCC--A---AT--------------C-----------------------A--------------T-----------C----------TT-------------GTCAAAT--A-AAATGAAAG-TA-CACAA---AG-GT-TAGGAATTTTAA-ACAAA-CCCGATC--------AAAA-T-AAA----GGTA--TCTAAGGTGAAACAGT-A-AGTAA-TTCTTGT-ATC-GATA------TATGT-TG-TTCTA
gi|7 : gtaaAAT---AGGAGAT--C-----TAATC----A-----CTGACTCCCATTTTA--AACC-C-AATT-C-AT-TCGGAATA-CGA-GT--TT--C--G-TG-----C--CT-GA-TTCCTCA-TG--AATAACA-CAA-GA----C-AGTT--TT---AAGTTTCAT-----TA---TT-ATTA-ACAAATATAAAACAAAAACT--G---------CCTTACAG-T-GGAGGA----------T--A------T----AT-----T-C-AACAACC------TA----AAA--GT-TG---AA----------------AAAGGAG-TAAT-G--A---TTGAAGTTA-A-----TAG-C--AAATA---A-TGAA--A--ATGATACCGAAT-A-CTTGTT-CA--AAT-AATC-TAAGA-AAGAATTTCG--ACCT--GA-CC-TAAAAGA--AG--GAAA-GAATTTA-TTAC-TAAAC---------CTC------GA-------A---------------AGT-TC-A--GA-AAG--CTCAAG---CAG-TTC-TTCCGAACTT--CTCCACC--GACTCACCG--AA-TAAC--GAGA-GTG--TATCG-AGTATATAT--AC-----A------AT-G----T---GTA-GCC--A---AT--------------C-----------------------A--------------T-----------C----------TT-------------GTCAAAT--A-AAATGAAAG-TA-CACAA---AG-GT-TAGGAATTTTAA-ACAAA-CCCGATC--------AAAA-T-AAA----GGTA--TCTAAGGTGAAACAGT-A-AGTAA-TTCTTGT-ATC-GATA------TATGT-TG-TTCTAtttca
gi|8 : gtaaGTGTAAT---AGGAGAT--C-----CCTCT----AT----CTAACTCCCATTTTA--AACC-C-AGTT-C-AT-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTCAA-TTCATCA-TG--AATCACA-CAA-GA----C-AGTT--T----AAGTTTCAT-----AAA-TTT-ATTA-ACAA--C-ATGATAACAACT--G---------CCT-ACAA-T-GGAAGA---------GA--A------C----CC-----TAG-AACAACC------TA---TAAAT-ATGAG---AA----------------CAAGGAG-TAGC-G--GACTTTAACGCTG-AA---TAAACC--AG-TA---A-AGAA--A--ATGATACTAAAT-A-CTTGAT-CA--AAT-G-TC-TAATAGAAGAATTTAG--AC--T-AA-CC-T---AGA--AG-AGG------------------------------TTA------G-------------------------GG----A--GA-AGG--TCCA-------G-TTT-TACCGAACTT--TGCCACC--AACTCACCT--AA-TAAC--GAGA-GTG--T-TCG-AGTTTATAT--AC-----AG-----AT-G----T---GTA-GCC--A---ATCAAATCACAGCTAAC-----------------------A--------------T-----------C----------TC-------------GCC-AAT--AGAAATGAAAG-TATCACAA---AGCTT-TAGGAA-TTTAA-CCAAA-CCAGATC--------AAAA-T-AAA---GGGTA--TCTAAGGTGAAACATT-A-CGTAA-T--CTAT-ATC-GATA------TATGT-TGATTCTtttca
gi|9 : acTGTGTAAC---AGGAGAC--C-----TATCA----AT----CTAAC----ATTTTA--AACC-T-AGTT-A-AT-TTGG-------------TT--CGGGCTG-----C--TTCAA-CTCATCA-TG--AGTCAAA-CAA-AA----G-AGTT--TTCAAAAGTTTCAT-----AAAATTT-ATTA-ACAA--------TAAAAACT--G---------CCT-ACAA-T-GGAGGA---------GT--G------T----AT-----T-C-AATAACC------TA---TAAA--AT-TG---AG----------------AAAGG---TAGT-GTTGACTTTAAAAT---AA---TGAA-A--AA-TA---A---AA--A--ATAAGGCCAAAT-AACTTGTT-CA--AATAA-TC-T-AGAGAAGAATTTCG--A-CTT-GA-CC-TAAAGAA--AGAAGAAA-GAATTTT-A-AC-TAA-C---------CTA------GA-------AG--------------AGG-TT-A--GAGAAGT-CTC--G---CAG-TTC-TTCC-AACTT--TGCCACC--AACTCACCG--AA-TAAT--GAGA-GTG--T-TCG-AGT-TATATTAAC-----AG-----AT-A----T---GTA-GCC--A---AT--------------CAAATCACAGATAACATCTCAGTGA--------------T-----------C----------TC-------------ACC-AAT--A-AAATGAAAG-TTACTCTA---AGCTT-TAGGAA--ATGA-CCAAC-ACCGATT--------AAAA----------------------GTGAAACTGT-------A-T--TTG--AT----TA------TA-AT-TGATTCTAgttaca
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): CATGTATACAAATGTGAAACCAATCAAATCGAAGATAACATCTAGCCAATACAACT
Unaligned ( gi|33 ): GAAAGGTTCTCTCTTTTTGTTCGAATTTCCTTTCGAT
Unaligned ( gi|34 ): GAAAGGTTCTCTCTTTTTGTTCGAATTTCCTTTCGAT
Unaligned ( gi|36 ): CGTGAAAGGTTTCTCTTTTTGTTCGAATTCCT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 1111 2222 11111111111111111111 1111111111111111 11111111111 44444444444444444444444 1 111 111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111 11 11111111 1111 111111
lowQualScore : 444 33 77777 4444 2222 22 2 2 2 2 2 4 2 2 22 22 2 55555 22 2 2 22 2 2 4444 2 22 7777 55555 2 2 2 6666 33 888888888 6 22 2 33333333333333333333 5555 88888 2 2 666666 444 2 2 333 4444444444444444 2 2 22 2 444 9999 4 444 33 33 33 1 6 2 2 2 33 2 5 2 33 2 2 2 2 33 55 3 0 666 2 88888888888 888888 00000000000000000000000 3 6 88 2 333 2 555 2 2 33 99 66 33 33 2 33 5 2 33 333333333333 2 5555 444 2 33 444 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 33 1 2 9 000 3 2 99 0 00 2 33333333 2 3 0000 44 3 3 1 3 99 7 3 000000 4 1
lowQualScore : ... .. ..... .... .... .. . . . . . . . . .. .. . ..... .. . . .. . . .... . .. .... ..... . . . .... .. ......... . .. . .................... .... ..... . . ...... ... . . ... ................ . . .. . ... .... . ... .. .. .. . . . . . .. . . . .. . . . . .. .. . . ... . ........... ...... ....................... . . .. . ... . ... . . .. .. .. .. .. . .. . . .. ............ . .... ... . .. ... ........................................................................................... . .. . . . ... . . .. . .. . ........ . . .... .. . . . . .. . . ...... . .
lowQualScore : 111 22 88888 7777 5555 99 1 1 0 0 0 0 0 1 99 99 1 33333 99 0 0 88 0 0 2222 0 66 4444 33333 1 1 1 1111 11 999999999 7 77 4 88888888888888888888 0000 22222 4 4 888888 111 4 4 999 7777777777777777 2 1 99 4 111 4444 7 111 99 22 22 4 1 4 5 5 44 5 0 5 44 5 7 7 0 99 55 1 1 666 9 99999999999 222222 33333333333333333333333 1 2 55 3 666 4 000 9 9 99 66 33 33 77 7 77 3 7 77 999999999999 7 7777 777 7 77 777 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 99 9 9 8 000 5 9 33 1 00 9 22222222 9 1 0000 22 3 3 5 3 22 3 6 555555 4 9
consensus : TGTGTAAT---AGGAGAT--C-----TATCT----AT----CTAACTCCCATTTTA--AACC-C-AGTT-C-AT-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTCAA-CTCATCA-TG--AATCACA-CAA-GA----C-AGTT--T----AAGTTTCAT-----AAA-TTT-ATTA-ACAAATA-ATAATAAAAACT--G---------CCT-ACAA-T-GGAGGA---------GT--A------T----AT-----T-C-AACAACC------TA---TAAAT-GTGTG---AA----------------AAAGGAG-TAGT-G--GACTTTGACGTTG-AA---TTAA-C--AG-TA---A-TGAA--A--ATGATACCGAAT-A-CTTGTT-CA--AAT-A-TC-TAAGAGAAGAATTTCG--ACCTT-GA-CC-TAANAGA--AG-AGAAA-GAATTTA-T-AC-TAA-C---------CTA------GA-------AG--------------AGG-TT-A--GA-AAG--CTCAAG---CAG-TTC-TTCCGAACTT--TGCCACC--GACTCACCG--AA-TAAC--GAGA-GTG--T-TCG-AGTATATAT--AC-----AG-----AT-G----T---GTA-GCC--A---AT--------------C-----------------------A--------------T-----------C----------TC-------------GCC-AAT--AGAAATGAAAG-TATCACAA---AGCTT-TAGGAA-TTTAA-CCAAA-CCCGATC--------AAAA-T-AAA---GGGTA--TCTAGGGTGAAACAGT-A-AGTAA-T--CTGT-ATC-GATA------TATGT-TGATTCTA
Reference ( family-458 ) : TGTGTAAT---AGGAGAT--C-----TATCT----AT----CTAACTCCCATTTTA--AACC-C-AGTT-C-AT-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTCAA-CTCATCA-TG--AATCACA-CAA-GA----C-AGTT--T----AAGTTTCAT-----AAA-TTT-ATTA-ACAAATA-ATAATAAAAACT--G---------CCT-ACAA-T-GGAGGA---------GT--A------T----AT-----T-C-AACAACC------TA---TAAAT-GTGTG---AA----------------AAAGGAG-TAGT-G--GACTTTGACGTTG-AA---TTAA-C--AG-TA---A-TGAA--A--ATGATACCGAAT-A-CTTGTT-CA--AAT-A-TC-TAAGAGAAGAATTTCG--ACCTT-GA-CC-TAANAGA--AG-AGAAA-GAATTTA-T-AC-TAA-C---------CTA------GA-------AG--------------AGG-TT-A--GA-AAG--CTCAAG---CAG-TTC-TTCCGAACTT--TGCCACC--GACTCACCG--AA-TAAC--GAGA-GTG--T-TCG-AGTATATAT--AC-----AG-----AT-G----T---GTA-GCC--A---AT--------------C-----------------------A--------------T-----------C----------TC-------------GCC-AAT--AGAAATGAAAG-TATCACAA---AGCTT-TAGGAA-TTTAA-CCAAA-CCCGATC--------AAAA-T-AAA---GGGTA--TCTAGGGTGAAACAGT-A-AGTAA-T--CTGT-ATC-GATA------TATGT-TGATTCTA
gi|1 : TGTAAT---AGGAGATTCC-----CCTCT----AT----CTAACTCCCATTTTA--AACCTC-AGTT-CCAT-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TGGCCCCC--TTCAA-TTCATCA-TGGAAATCACA-CAA-GA----CTAGTT--TT---AAGTTTCAT-----AAA-TTTTATTA-ACAAC---ATGATAACAACTAGG---------CCT-ACAA-TTGGAAGA---------GA--ACC----T----AA-----G-A-AACAAC-------TA---TAAAT-ATGAG---AA----------------AAAGGAG-TAGT-G--GACTTTAA-GTTG-AAATTTTAACC--AG-TA---A-AGAA--A--AT--TGTCTATG-A-CTTGTT-CAATAAT-A-TCTTAAGAGAAGAATTTAG--ACCCTGGA-CCTTAATATAATAG-AGAAA-GAATTTA-T-AC-TAACC---------CTA------GA-------AG--------------AGGTTT-AACGA-AAG--TTGAAG---CAG-TTCTTTCCGAACTT--TGCCACCTGGACTCACCG--AA-TAGCGGGAGA-GTGTCT-TCG-AGTAT-TAT--AC-----GC-----AT-G----TTGGGTA-AACAAA---ATCAAATCAAGTAA--C-----------------------A--------------T-----------C----------TCG------------GCC-AAT--AGAAATGAAAG-TATCACAA---AGTTT-TAGGAA-TTTAATCCAAA-CCCGATC--------AAAA-
gi|10 : cgt-ACGAATA-GTAAAAAAGACT--G---------TCTGACA--T-GGAGGA---------GT--A------T----ATG----T-C-AAC-ACC------TA---TAAAT-G-ATG---AA----------------AAAAGAGATAGT-G--GACTTTGACG-TG-AA---TTAA-C--AA-TA---A-TG-A--A--ATGA-ATCCAAT-A-CTTGTT-CA--AA--A-T--TAAGAGAAGAATTTCG--A-CTT-G--CC-TAAACAA--TG-AGGAA-AGATATATT-AC-TAA-C---------CTA------GA-------AG--------------AGG-TTGA--GA-AAG--CTCAAA---CAG--TC-TTCCGAAC-T--TGCCACCG-GACTCA-CG--AA-TAAC--GAGA------T-CCG-AATA-ATAT--AC-----AG-----ATAG----T---GT--GCC--A---AT--------------CAA---------------------A--------------TCGCAGCTAACAC----------TC-------------GCC-AAT--AGAAATGGAAG-TATCAACA---ATCTT-TAGGAA-TTTGACCCAAATCCCGATCTTTACAAAAAAA-T-AA-----GGTA--TCTAACGTG-AACAGT-A-AGTAA-T--ATGTGATC-GATA------Taagcacaaggttcaggaacatcgttgtgatagatgatatagtgttgagtcctcgctatac
gi|11 : gtgtcattaatttattaccttgaaagccaatttcaaacTTTTA--AACC-C-AGTT-C-AT-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--TCGG-TG-----C--CTCAA-CTCATCA-TG--AATCACA-CAA-GA----C-AGTT--T----AAGTTTCAT---------TTT-ATTA-GCAA-TA--TAATAAAAACT--G---------CCT-GCAA-T-GGAGGA---------GT--G------T----AT-----T-C-AATGACC------TA---TAAAT-GTGTG---AA----------------AAAGGAG-TAGT-G--GACTTCGACGTTG-AA---TTAA-C--GG-TA---A-TAAA--AAGATGAAGCCGAAT-T-CTTGCT-CA--AAT-A-TC-TAATAGAAAAATTTAG--ACCTT-GA-CC-TAATAGA--A----AAA-GAATTTA-T-TC-TAA-C---------CTA------GA-------AT--------------AGG-TT-A--GAGAAA--ATCTAA---CAG-TTC-ATCCGAACTT--TGCCACC--GACTTA
gi|12 : taataggatctttactggagattctTAAT---AGTAGAT--C-----TATCTTATAAT----CTAACTCCCATTTTA--AACC-C-AGTT-C-AT-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTCAA-TTCATCA-TG--AATCGCA-CAA-GA----C-AGTT--T----AAGTTTCAT-----TTA-TTT-ATTA-ACAAATA-AT--T-AAAACT--G---------CCT-ACAG-T-GAAGGA---------GT--A------T----AT-----T-C-AGCAACC------TA---TAAAT-ATGAG---AA----------------AAAGGAG-TAGT-G--GACTTTAACGTTG-AA---TTAA-CCAAG-TA---A-AGAA--A--ATGATACTAAAT-A-CTTGTT-CA--AAT-A-TC-T-----AAGAATTTCATTACCTT-GG-CC-TAAAAGA--AG-
gi|13 : --T----AAGTTTCAT-----AAA-TTT-AATA-TCAAA---ATAATAAAAACT--G---------CCT-ACAA-T-GAA---------------------------------------------------------TAAAT-GTGTG---AA----------------AAGGGA--TAGT-G--GACTTTGACGTTG-AC---TTAA-C--AA-TA---A-TAAA--A--ACGAAGCCGAAT-A-CTTGTT-CA--AAT-A-TC-TAAGAGAAGAATTTCG--ACCTT-GA-TC-TAATAGA--AG-AGAGA-GAATTTA-G-AC-TAA-C---------TAA------GA-------AG--------------ATG-TT-G--GG-GAG-----AAGGTACAG-TTC-TGTCGAACTT--TGCCACC--GACTCGCCGA-AA-AAAC--GAGA-GTG--T-TCG-AGT
gi|14 : GTGTAAT---AGGAGAT--CG----TATA-----GT----TTAAC---CAT--------CT-C-AG-----AT-TAGAA-TG-CCG-AG--TTAGCCGT-TG-----C--GTCA---CCAGC---G--AATCACA-CGA-GT----C-AGTT--TT---AAGTTTCAT-----AGA-CTT-ATTA-AC--CCA-ATAAC-----CT--GGCTTTATGCCCT-ACAACC-AGAGAA---------TTCAA------TCGGCATGCGGAT-C-AACTAC--------A---T-CAT-G-ATT---AA----------------TAATGAG-TCGT-G--GAATTTGACATTGAAA---TTAACC--GG-TA---ACTAAAAGA--ATGAAGCCGAAT-
gi|15 : ATTTA-T-AC-TAA-C---------TT-------GA-------AT--------------AGG-TT-A--GAGGAG--ATTGAA---CAG-TTC-TCCCGAACTT--TGCCACT--GACTTACTG--AT-CAAA--GACA-ATG--T-TCA-AGTATA-----AC-----AA-----AT-GAAACC---G-A-GAT--A---A---------------C-----------------------A--------------T-----------C----------TT-------------GCA-AAT--AGAAGTGAAAGATACCAC-----------TATG-A-TT------AAA-CCCGATC--------AAAA-T-AGA---GGGTA--TTTAGAGTGAAGCAGT-A-CAAAA-T--CT
gi|16 : ACTCACCA--AT-CAAC--GAGA-GTG--T-TCG-AGTTAATAT--AC-----AATGTGTAC-G----T---GTA-ACC--A---AT--------------C-----------------------AAATCGAAGATTACAT-----------C----------TC-------------GCC-AAT--AGAAATTAAAG-TAACACAA---AGTTT-TGGGAA-ATTAA-CCAAA-CCCGATC---------GAA-T-AAA---GGGTA--TTTAGAGTGAAGCAGT-ACA--AA-T--CTGT-ATT-GCTA------TTTCT-TGATTCT
gi|17 : TGTGTAAT---AG---AT--C-----TATCT----ATATATTTAACTCCCGTTATA--AACC-C-ACTTTC-AT-TTGAA-TA-CGA-TG--TT--CCAG-TG-----C--CTCAA-CTCGTCA-TG--AA-CACA-CAA-GA----T-AGTT--T------------T-----AGA-TTT-ATTG-ACAA--A-ATAATACAAACT--A---------CCT-TCCA-T-GGAGGA---------GT--G------T----AT-----T-CAAATAACC------TA---TAAATGGTGTG---AA----------------TA---GG-TAGT-G--Ggttac
gi|18 : gACTCACCG--AAATAGC--GAGAAGTG--T-TCG-AGTATATAT--AA-----TG-----AT-G----T---GTA-GCC--ACAAAT--------------CCACGCTAAC--------------A--------------T-----------C----------TC-------------GC--AAT--AGAAAGAAAAG-TATATCAA---AGCTT-T-GGAA-TTTAA-CCAAA-CACGATC--------ATAA-T-AAAA--GGGTA--TCTAAGGTGAAACATT-A-CGTAA-T--CTGT-ATC-GATA------TATGTGTGATTCT
gi|19 : TGTGTAAT---AG---AT--C-----TATCT----ATATATTTAACTCCCGTTATA--AACC-C-ACTT-C-AT-TTGAA-TA-CGA-TG--TT--CCAG-TG-----C--CTCAA-CTCGTCA-TG--AATCACA-CAA-GA----T-AGTT---------------T-----AGA-TTT-ATTG-ACAA--A-ATAATACAAACT--G---------CCT-TCCA-T-GGAGGA---------GT--G------T----AT-----T-C-AATAACC------TA---TAAAT-GTGTG---AA----------------TAAG--G-TAGT-G--Ggttac
gi|2 : aAAT---AGGAGAT--T-----AATCC----AT----CTAAACTCCATTTTATAAACC-CCAGTT-C-ATATTGGA-TAACGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTCAA-CTCATCATTG--AATCACA-CAAGGA----A-AGTT--T----AAGTTTCAT-----AAA--TT-ATTAGACAAA-A-CTGAT-AAAACT--G---------CCT-ACAC-T-TGAAGA---------GT--A------T----AA-----T-A-ATAAACC------TAATTTGAAT-GTTTGTAAAA----------------AAAGTAG-TAGTGG--GACTTTAACGTTG-AA----TA-----AG-TA---G-TGAT--A--A--ATAGCCAATAA-CTTGTTACA--AAT-A-TC-TCA-ATAACAATGTCG--ACCTT-CAGCC-TAATAGA--AG-AAAAC-TGATTTA-T-ACTTAA-CGGGGT----CCA------GACTAACGTAGGATATCAGGTTATCAGG-TT-A--GA-GAGATCTCAAG---T-G-TTC-T---GAACTTGGTGCCATCG-GACTCGCCG--A---CAC--GAGA-GTG--T-TTG-AGTATATAT--AC-----AGA----AC-T----T---GTA-ACC--A---AT--------------CGAA--------------------A--------------T-----------T----------TCGAAGATAAATATTGCC-AAT--AGAAATGAAAG-AA--AGAACTGAGTTTATAGGAA--TAAA-GCAAA--CCGATC--------AAAATT-AAA---GCGAAGTTCTAGA--GAAGCAGT-A-AGAAATT--CTGTGATCGGATA------
gi|20 : -----TATCT----AT----CTAACTCCCATTTTA--AATC-C-AGTT-C-AT-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTCAA-TCCATCA-TG--AATCACA-CAA-GA----C-AGTT--T----AAGTTTCAT-----AAA-TTT-ATTA-ACAA--A-ATAATAAAACCT--G---------CCT-ACaacacgtacgattg
gi|21 : aAGT-G--GACTTTAACGTTG-AA---TTAA-CC-AG-TATAAA-AGAA--A--ATGATACT--AT-A-CTTGTT-CA--AAT-A-TC-TAAGAGAAGAATTTAG--ACCTT-GA-CC-TAATATA--AG-AGAAA-GAATTTA-G-AC-TAA-C---------CTA------GA-------Atgttatgtctatctaagacacaatcaggactctaacaacaaagaa
gi|22 : TAT--AC-----AA-----AT-G----T---GTA-ACC--A---AT--------------C-----------------------AAATCGCAGCTAACAT-----------C----------TT-------------ACC-AAT--AGAAATGAAAG-TATACCAA---AGCTT-TAGGAA-ATAAA-CCAAA-CTCGATC--------AAAA-T-AAA---GGGTA--CCTAGGTTGAAA
gi|23 : TGTGTAAT---AGGAGAT--CAATTTTATTT----AT----CTAACTCCCTTTTTA--AACC-A-AGTT-C-AG-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTCAA-CTTATCA-TG--AATCACA-CAA-GA----C-AGTT--
gi|24 : ---CAG-TTC-TTCCAAACTT--TGCCACC--GATTCACCGTTGA--AAC---AGA-GTG--C-TCG-AGTATGTAC--ATGTATAAGA----AT-G----T---GTA-ACC--A---AT--------------C-----------------------A--------------
gi|25 : gtaTGAG---AA----------------AAAGGAG-TAGT-G--GACTTTGATATTG-AA---TTAA-CC-AG-TA---A-AGAA--A--ATGATACCGACT-A-TTTGTT-CA--AAC-A-TC-TAAGAGAAGAATTTCG--ACCTT-GA-CC-TAaatcgaagatactacacata
gi|26 : aC------TA---TAAAT-ATGAG---AA----------------AAGGGAG-TAAC-G--GATTTTAACGTTG-AA---TTAA-C--AC-TA---A-TGAA--A--ATGATACC---------------A--AAT-A-TC-TAAGAGAAGAATTTAG--ACCTT-
gi|27 : TC-C-AG-TTGGA-TA-CG-------------G-T----------TCAG-CTCATAA-TG--GATCACA-CAA-GG----C-AGTTTAT----AAGTTTCATAAAAAAAA-TAT-ATAA-AT-GATG-ATAATAAAAA
gi|28 : AG-CTCATCA-TG--AATCACA-CAA-GACATGC-AGTT--TTTAAAAGTTTCAT-----AAG-T-----------------------AAACT--G---------CCT-ACAA-C-AGAAGA---------GT--G------G----AT-----T-C-AAta
gi|29 : TGTAATTATAGGAGAT--C-----TATCT----AT----CTAACTC--GTTTTA--------------------------------GG--TT--TCGG-TG-----C--TTCAA-C-----------------A-CAA-GA----C-AGTT--T----AAGTTTCAT-----AAA-TTT-ttacgt
gi|3 : AC---AGGATAT--C-----TATCT----ATAT--CTAGCTCCCATTTTA--AACC---AGTT-C-AT-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTCAA-CGCATCG-TG--GA--AAA-CAA-GA----C-AGTT-------AAGTTT-AT-----A---------TA-ACAAA-A-TTAATAAAAACT--G---------CCT-ACAA-T-GGAAGAATTTATTCAGT--AAGAATTT----AT-----T-C-AATAACTAATATATA---TACAT-ATATA---AAAATGAAAAAAAAGAAGAAAGGAG-T-GT-G--GACTTTGACGTTT-AA---TTAA-C--AA-TA---A-TGAA--A--ATGATACCGTAT-A-CTTGTT-CA--AAT-A-TC-TAAGAGAAGAATTTCG--AGCTT-GA-CC-TAATATA--AG-GGAAATG---TTA-T-AC-TAT-C---------CTA------GA-------TG--------------AGG-TT-AAGAA-AAG--ATCTTG---CAGTTTC-TTCAAAACTT--TG-CACC--GACTCACCG--AA-TAAC--GAGA-GTG--T-TCGAAATATATAT--AC-----AG-----AT-G----T---GCAGGCC--A---ATTAAATCACAGCTAAC-----------------------A--------------T-----------C----------TC-------------GCC-AATAAAAAAATGAAAC-GATCACAA---AGCGT-AAGTAA-TTTAA--CAAA-CCCGATCA-------AAAA-TAAAA---GGGTA--TCTAGGGTGAAACAATAA-AGTAA-T--C----ATC-GATA------TATGT-TGATTCTA
gi|30 : --AACC-C-AGTT-C-AT-TTGGA-TA-CGACGGTTTT--CCCG-TG-----CCTCTCAACCTCATCA-----AATCACACCGA-GA----C-AGTT--ttac
gi|32 : GTAAT---ATGAGAT--C-----T----------------AACTCCCATTTTA--AACC-C-AGTT-C-AT-TTGGA-TA-TG
gi|35 : TATGTAAT---AGGAGAT--C-----TATCT----AT----CTTACTCCCA
gi|4 : taaTGTAAT---AGGAGAT--T-----TATCC----AT----CTAACTCCATTTTTA--AACC-C-AGTT-C-AT-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTCAA-CTCATCA-TG--AATCACA-CAA-GA----A-AGTT--T----AAGTTTCAT-----AAA-TTT-ATTA-ACAA--A-ATGATAAAAACT--G---------CCT-ACAT-T-GAAAGA---------GT--A------T----AT-----A-T-AATAACC------TA---TGAAT-GTGTA---AA----------------AAAGTAG-TAGT-G--GACTTTAACATTG-AA---TTAA-G--AG-TG---A-TAAA--A--ATGAAGCC-AAT-A-CTTGTT-CA--AAT-A-TC-TAATAGAACAATTTCG--ACCTT-AG-CC-TAATAGA--AG-AGAAA-TGATTTA-T-AC-TAA-CGGGTCCATACTAACGTAGGATATC---AGGTTATC--------AGG-TT-A--GAGAAGATCTCA-----CAG-TTC-TTCTGAACTT--TGCCATC--GACTCGCCG--AA-CAAC--GAGA-GTG--T-TTG-AGTATATAT--AC-----AG-----AA-C----T---GTA-ACC--A---AT--------------CAA---------------------A--------------T-----------CGAAGATAATATT-------------GCC-AAT--AGAAATGAAAG-AA--AGAACTGAGTTT-TAGGAA-ATAAA-GCAAA-CCCGATC--------AAAA-T-AAAGCGGAGTA--TCTAGAGTGAAGCAGT-A-AGAAA-T--CTGT-ATC-GATAAACACGTACGT-TGATT
gi|5 : TATGTAAT---AGGAGAT--C-----TATCT----AT----CTGACTCCCATTTTA--AACC-C-AATT-C-AT-TCGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTGAA-TTCCTCA-TG--AATAACA-CAA-GA----C-AGTT--T----AAGTTTCAT-----TAA-TTT-ATTA-ACAAATA-ATAAAAAAAACT--G---------CCT-ACAG-T-GGAGGA---------GT--A------T----AT-----T-C-AACAACC------TA---TAAAT-GTGTG---AA----------------AAAGGAG-TAGT-G--GACTTTGAAGTTG-AA---TTAG-C--AA-TA---A-TGAA--A--ATGATACCGAAT-A-CTTGTT-CA--AAT-A-TC-TAAGAGAAGAATTTCG--ACCTT-GA-CC-TAAAAGA--AG-GGAAA-GAATTTA-T-AC-TAA-C---------CTC------GA-------AG--------------AGG-TTCA--GA-AAG--CTCAAG---CAG-TTC-TTCCGAACTT--TTCCACC--GACTCACCG--AA-TAAC--GAGA-GTG--T-TCG-AGTATATAT--AC-----AG-----AT-G----T---GTA-GCC--A---AT--------------C-----------------------A--------------T-----------C----------TT-------------GTC-AAT--AGAAATGAAAG-TATCACAA---AGCTT-TAGGAA-TTTAA-ACAAA-CCCGATC--------AAAA-T-AAA---GGGTA--TCTAAGGTGAAACAGT-A-AGTAA-T--CTGT-ATC-GATA------TATGT-TGATTCTA
gi|6 : AAT---AGGAGAT--C-----TAATC----A-----CTGACTCCCATTTTA--AACC-C-AATT-C-AT-TCGGAATA-CGA-GT--TT--C--G-TG-----C--CT-GA-TTCCTCA-TG--AATAACA-CAA-GA----C-AGTT--TT---AAGTTTCAT-----TA---TT-ATTA-ACAAATATAAAACAAAAACT--G---------CCTTACAG-T-GGAGGA----------T--A------T----AT-----T-C-AACAACC------TA----AAA--GT-TG---AA----------------AAAGGAG-TAAT-G--A---TTGAAGTTA-A-----TAG-C--AAATA---A-TGAA--A--ATGATACCGAAT-A-CTTGTT-CA--AAT-AATC-TAAGA-AAGAATTTCG--ACCT--GA-CC-TAAAAGA--AG--GAAA-GAATTTA-TTAC-TAAAC---------CTC------GA-------A---------------AGT-TC-A--GA-AAG--CTCAAG---CAG-TTC-TTCCGAACTT--CTCCACC--GACTCACCG--AA-TAAC--GAGA-GTG--TATCG-AGTATATAT--AC-----A------AT-G----T---GTA-GCC--A---AT--------------C-----------------------A--------------T-----------C----------TT-------------GTCAAAT--A-AAATGAAAG-TA-CACAA---AG-GT-TAGGAATTTTAA-ACAAA-CCCGATC--------AAAA-T-AAA----GGTA--TCTAAGGTGAAACAGT-A-AGTAA-TTCTTGT-ATC-GATA------TATGT-TG-TTCTA
gi|7 : gtaaAAT---AGGAGAT--C-----TAATC----A-----CTGACTCCCATTTTA--AACC-C-AATT-C-AT-TCGGAATA-CGA-GT--TT--C--G-TG-----C--CT-GA-TTCCTCA-TG--AATAACA-CAA-GA----C-AGTT--TT---AAGTTTCAT-----TA---TT-ATTA-ACAAATATAAAACAAAAACT--G---------CCTTACAG-T-GGAGGA----------T--A------T----AT-----T-C-AACAACC------TA----AAA--GT-TG---AA----------------AAAGGAG-TAAT-G--A---TTGAAGTTA-A-----TAG-C--AAATA---A-TGAA--A--ATGATACCGAAT-A-CTTGTT-CA--AAT-AATC-TAAGA-AAGAATTTCG--ACCT--GA-CC-TAAAAGA--AG--GAAA-GAATTTA-TTAC-TAAAC---------CTC------GA-------A---------------AGT-TC-A--GA-AAG--CTCAAG---CAG-TTC-TTCCGAACTT--CTCCACC--GACTCACCG--AA-TAAC--GAGA-GTG--TATCG-AGTATATAT--AC-----A------AT-G----T---GTA-GCC--A---AT--------------C-----------------------A--------------T-----------C----------TT-------------GTCAAAT--A-AAATGAAAG-TA-CACAA---AG-GT-TAGGAATTTTAA-ACAAA-CCCGATC--------AAAA-T-AAA----GGTA--TCTAAGGTGAAACAGT-A-AGTAA-TTCTTGT-ATC-GATA------TATGT-TG-TTCTAtttca
gi|8 : gtaaGTGTAAT---AGGAGAT--C-----CCTCT----AT----CTAACTCCCATTTTA--AACC-C-AGTT-C-AT-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTCAA-TTCATCA-TG--AATCACA-CAA-GA----C-AGTT--T----AAGTTTCAT-----AAA-TTT-ATTA-ACAA--C-ATGATAACAACT--G---------CCT-ACAA-T-GGAAGA---------GA--A------C----CC-----TAG-AACAACC------TA---TAAAT-ATGAG---AA----------------CAAGGAG-TAGC-G--GACTTTAACGCTG-AA---TAAACC--AG-TA---A-AGAA--A--ATGATACTAAAT-A-CTTGAT-CA--AAT-G-TC-TAATAGAAGAATTTAG--AC--T-AA-CC-T---AGA--AG-AGG------------------------------TTA------G-------------------------GG----A--GA-AGG--TCCA-------G-TTT-TACCGAACTT--TGCCACC--AACTCACCT--AA-TAAC--GAGA-GTG--T-TCG-AGTTTATAT--AC-----AG-----AT-G----T---GTA-GCC--A---ATCAAATCACAGCTAAC-----------------------A--------------T-----------C----------TC-------------GCC-AAT--AGAAATGAAAG-TATCACAA---AGCTT-TAGGAA-TTTAA-CCAAA-CCAGATC--------AAAA-T-AAA---GGGTA--TCTAAGGTGAAACATT-A-CGTAA-T--CTAT-ATC-GATA------TATGT-TGATTCTtttca
gi|9 : acTGTGTAAC---AGGAGAC--C-----TATCA----AT----CTAAC----ATTTTA--AACC-T-AGTT-A-AT-TTGG-------------TT--CGGGCTG-----C--TTCAA-CTCATCA-TG--AGTCAAA-CAA-AA----G-AGTT--TTCAAAAGTTTCAT-----AAAATTT-ATTA-ACAA--------TAAAAACT--G---------CCT-ACAA-T-GGAGGA---------GT--G------T----AT-----T-C-AATAACC------TA---TAAA--AT-TG---AG----------------AAAGG---TAGT-GTTGACTTTAAAAT---AA---TGAA-A--AA-TA---A---AA--A--ATAAGGCCAAAT-AACTTGTT-CA--AATAA-TC-T-AGAGAAGAATTTCG--A-CTT-GA-CC-TAAAGAA--AGAAGAAA-GAATTTT-A-AC-TAA-C---------CTA------GA-------AG--------------AGG-TT-A--GAGAAGT-CTC--G---CAG-TTC-TTCC-AACTT--TGCCACC--AACTCACCG--AA-TAAT--GAGA-GTG--T-TCG-AGT-TATATTAAC-----AG-----AT-A----T---GTA-GCC--A---AT--------------CAAATCACAGATAACATCTCAGTGA--------------T-----------C----------TC-------------ACC-AAT--A-AAATGAAAG-TTACTCTA---AGCTT-TAGGAA--ATGA-CCAAC-ACCGATT--------AAAA----------------------GTGAAACTGT-------A-T--TTG--AT----TA------TA-AT-TGATTCTAgttaca
blockSeqs : TAT . AATTT TATA ATAT TA . C T . A A A C TT AG C . CT C T . C G CATG . TA TTAA AAAAA A . G ATAT . GCTTTATGC G AC . ATTTATTCAGTAAGAATT CGGC GCGGA A A AATATA ATT G A TAA AATGAAAAAAAAGAAG A G TT A . CCA A TAA CT AG AG A C A A A . A A . TT . G . A . AA T TT T CGGGTCCATA ACGTAG CTAACGTAGGATATCAGGTTATC . G AG G ATC A GTA T . GG G TT AT . A . A A TA GTATAAGA A AAAC . G . CAA CAAATCACAGATAACATCTCAGTGATCTC A AA G A T CTG C A TT CC T TTTACAAA T A GCGG GT A C A T TC G G AACACG G A
blockSeqs : . . G . ATAT . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . TCAA . . . . ATAT . . T A . TTCAA . G . . . . . G . . . . . . . CC A . T . . T G . . . . . A . . . . . T . A . TT . CGGGGT . TATCAGGTTATC . C . G ATC A . . . . G A T . . . A . . AATGTGT . . . . . . CGAAATTTCGAAGATAAATATT A . G . C CTG T . TT C . A . . AG . . . T . TC . . . . A
blockSeqs : . . . . AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . ATA . . T G . GTA . . . . . . . G . . . . . . . CC . . T . . A A . . . . . . . . . . . A . A . TT . AC . AG . . . G TC A . . . . . . A . . . . . . AGA . . . . . . CAAATCGAAGATTACATCTC . . G . A . C . T C . . . . G . . . A . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . ATA . . . A . GTG . . . . . . . G . . . . . . . CC . . A . . A G . . . . . . . . . . . T . A . T . AC . AT . . . G C A . . . . . . C . . . . . . AG . . . . . . CAAATCGCAGCTAACATCTT . . G . T . T . T G . . . . G . . . T . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . CCA . . . A . GTA . . . . . . . A . . . . . . . CC . . T . . T G . . . . . . . . . . . T . A . G . C . AG . . . . A A . . . . . . C . . . . . . AA . . . . . . TAAATCACAGCTAACATCTC . . G . T . C . A C . . . . G . . . A . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATG . . . A . GTG . . . . . . . G . . . . . . . C . . T . . T C . . . . . . . . . . . T . G . T . C . AT . . . . A T . . . . . . T . . . . . . TG . . . . . . CAAATCACAGCTAACATCTC . . G . T . C . T G . . . . G . . . T . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATA . . . C . GTG . . . . . . . G . . . . . . . C . . A . . T G . . . . . . . . . . . T . A . T . C . TG . . . . A A . . . . . . C . . . . . . AA . . . . . . CAAATCGCAGCTAACACTC . . A . T . T . A A . . . . G . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . A . GTA . . . . . . . T . . . . . . . C . . A . . T G . . . . . . . . . . . T . G . G . C . AG . . . . C A . . . . . . T . . . . . . AG . . . . . . CAAATCGAAGATAATATT . . G . T . C . T A . . . . G . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . A . GTG . . . . . . . G . . . . . . . C . . T . . T G . . . . . . . . . . . A . A . T . C . AG . . . . C A . . . . . . T . . . . . . AG . . . . . . CCACGCTAACATCTC . . G . A . C . A A . . . . G . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . T . GTA . . . . . . . G . . . . . . . C . . T . . A G . . . . . . . . . . . A . . . T . C . A . . . . C . . . . . . . T . . . . . . AG . . . . . . CATCTT . . G . . . C . T C . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . G . GTA . . . . . . . A . . . . . . . G . . T . . T G . . . . . . . . . . . A . . . T . C . A . . . . T . . . . . . . T . . . . . . AG . . . . . . CATCTT . . . . . . . . T C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . G . GAA . . . . . . . G . . . . . . . C . . T . . T A . . . . . . . . . . . A . . . A . C . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . AG . . . . . . CATCTT . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . G . GTG . . . . . . . G . . . . . . . C . . T . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . CATCTT . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . A . TA . . . . . . . G . . . . . . . C . . T . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . A . TA . . . . . . . . . . . . . . . A . . A . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : ** ***** ** **** ** GTG***************** *** C*** ** ** C********** ** ** ** ** *** ** N* G***
originalCons : TGTGTAAT---AGGAGAT--C-----TATCT----AT----CTAACTCCCATTTTA--AACC-C-AGTT-C-AT-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTCAA-CTCATCA-TG--AATCACA-CAA-GA----C-AGTT--T----AAGTTTCAT-----AAA-TTT-ATTA-ACAAATA-ATAATAAAAACT--G---------CCT-ACAA-T-GGAGGA---------GT--A------T----AT-----T-C-AACAACC------TA---TAAAT-GTGTG---AA----------------AAAGGAG-TAGT-G--GACTTTGACGTTG-AA---TTAA-C--AG-TA---A-TGAA--A--ATGATACCGAAT-A-CTTGTT-CA--AAT-A-TC-TAAGAGAAGAATTTCG--ACCTT-GA-CC-TAANAGA--AG-AGAAA-GAATTTA-T-AC-TAA-C---------CTA------GA-------AG--------------AGG-TT-A--GA-AAG--CTCAAG---CAG-TTC-TTCCGAACTT--TGCCACC--GACTCACCG--AA-TAAC--GAGA-GTG--T-TCG-AGTATATAT--AC-----AG-----AT-G----T---GTA-GCC--A---AT--------------C-----------------------A--------------T-----------C----------TC-------------GCC-AAT--AGAAATGAAAG-TATCACAA---AGCTT-TAGGAA-TTTAA-CCAAA-CCCGATC--------AAAA-T-AAA---GGGTA--TCTAGGGTGAAACAGT-A-AGTAA-T--CTGT-ATC-GATA------TATGT-TGATTCTA
finalCons : TGTGTAAT---AGGAGAT--C-----TATCT----AT----CTAACTCCCATTTTA--AACC-C-AGTT-C-AT-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTCAA-CTCATCA-TG--AATCACA-CAA-GA----C-AGTT--T----AAGTTTCAT-----AAA-TTT-ATTA-ACAAATA-ATAATAAAAACT--G---------CCT-ACAA-T-GGAGGAGTG-----------------T----AT-----T-C-AACAACC------TA---TAAAT-GTGTG---AA----------------AAAGGAG-TAGT-G--GACTTTGACGTTG-AA---TTAAC---AG-TA---A-TGAA--A--ATGATACCGAAT-A-CTTGTT-CA--AAT-A-TC-TAAGAGAAGAATTTCG--ACCTT-GA-CC-TAANAGA--AG-AGAAA-GAATTTA-T-AC-TAAC----------CTA------GA-------AG--------------AGG-TT-A--GA-AAG--CTCAAG---CAG-TTC-TTCCGAACTT--TGCCACC--GACTCACCG--AA-TAAC--GAGA-GTG--T-TCG-AGTATATAT--AC-----AG-----AT-G----T---GTA-GCC--A---AT--------------C-----------------------A--------------T-----------C----------TC-------------GCC-AAT--AGAAATGAAAG-TATCACAA---AGCTT-TAGGAA-TTTAAN-CAAA-CCCGATC--------AAAA-T-AAAG---GGTA--TCTAGGGTGAAACAGT-A-AGTAA-T--CTGT-ATC-GATA------TATGT-TGATTCTA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): CATGTATACAAATGTGAAACCAATCAAATCGAAGATAACATCTAGCCAATACAACT
Unaligned ( gi|33 ): GAAAGGTTCTCTCTTTTTGTTCGAATTTCCTTTCGAT
Unaligned ( gi|34 ): GAAAGGTTCTCTCTTTTTGTTCGAATTTCCTTTCGAT
Unaligned ( gi|36 ): CGTGAAAGGTTTCTCTTTTTGTTCGAATTCCT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 1111 2222 22222222222222222222 1111111111111111 11111111111 44444444444444444444444 1 111 111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111 11 11111111 1111 111111
lowQualScore : 444 33 77777 4444 2222 22 2 2 2 2 2 4 2 2 22 22 2 55555 22 2 2 22 2 2 4444 2 22 7777 55555 2 2 2 6666 33 888888888 6 22 2 33333333333333333333 88888 666 666666 444 2 2 333 4444444444444444 2 2 22 2 444 9999 4 444 33 33 33 1 6 2 2 2 33 2 5 2 33 2 2 2 2 33 55 3 0 666 2 88888888888 888888 00000000000000000000000 3 6 88 2 333 2 555 2 2 33 99 66 33 33 2 33 5 2 33 333333333333 2 5555 444 2 33 444 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 33 1 2 9 000 3 2 11 99 2 33333333 2 3 0000 44 3 3 1 3 99 7 3 000000 4 1
lowQualScore : ... .. ..... .... .... .. . . . . . . . . .. .. . ..... .. . . .. . . .... . .. .... ..... . . . .... .. ......... . .. . .................... ..... ... ...... ... . . ... ................ . . .. . ... .... . ... .. .. .. . . . . . .. . . . .. . . . . .. .. . . ... . ........... ...... ....................... . . .. . ... . ... . . .. .. .. .. .. . .. . . .. ............ . .... ... . .. ... ........................................................................................... . .. . . . ... . . .. .. . ........ . . .... .. . . . . .. . . ...... . .
lowQualScore : 111 22 88888 7777 5555 99 1 1 0 0 0 0 0 1 99 99 1 33333 99 0 0 88 0 0 2222 0 66 4444 33333 1 1 1 1111 11 999999999 7 77 4 11111111111111111111 22222 555 888888 111 4 4 999 7777777777777777 2 1 99 4 111 4444 7 111 99 22 22 4 1 4 5 5 44 5 0 5 44 5 7 7 0 99 55 1 1 666 9 99999999999 222222 33333333333333333333333 1 2 55 3 666 4 000 9 9 99 66 33 33 77 7 77 3 7 77 999999999999 7 7777 777 7 77 777 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 99 9 9 8 000 5 9 00 55 9 22222222 9 1 0000 22 3 3 5 3 22 3 6 555555 4 9
consensus : TGTGTAAT---AGGAGAT--C-----TATCT----AT----CTAACTCCCATTTTA--AACC-C-AGTT-C-AT-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTCAA-CTCATCA-TG--AATCACA-CAA-GA----C-AGTT--T----AAGTTTCAT-----AAA-TTT-ATTA-ACAAATA-ATAATAAAAACT--G---------CCT-ACAA-T-GGAGGAG--T-----------G----TAT-----TC---AACAACC------TA---TAAAT-GTGTG---AA----------------AAAGGAG-TAGT-G--GACTTTGACGTTG-AA---TTAA-C--AG-TA---A-TGAA--A--ATGATACCGAAT-A-CTTGTT-CA--AAT-A-TC-TAAGAGAAGAATTTCG--ACCTT-GA-CC-TAANAGA--AG-AGAAA-GAATTTA-T-AC-TAA-C---------CTA------GA-------AG--------------AGG-TT-A--GA-AAG--CTCAAG---CAG-TTC-TTCCGAACTT--TGCCACC--GACTCACCG--AA-TAAC--GAGA-GTG--T-TCG-AGTATATAT--AC-----AG-----AT-G----T---GTA-GCC--A---AT--------------C-----------------------A--------------T-----------C----------TC-------------GCC-AAT--AGAAATGAAAG-TATCACAA---AGCTT-TAGGAA-TTTAA-CCAAA-CCCGATC--------AAAA-T-AAA---GGGTA--TCTAGGGTGAAACAGT-A-AGTAA-T--CTGT-ATC-GATA------TATGT-TGATTCTA
Reference ( family-458 ) : TGTGTAAT---AGGAGAT--C-----TATCT----AT----CTAACTCCCATTTTA--AACC-C-AGTT-C-AT-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTCAA-CTCATCA-TG--AATCACA-CAA-GA----C-AGTT--T----AAGTTTCAT-----AAA-TTT-ATTA-ACAAATA-ATAATAAAAACT--G---------CCT-ACAA-T-GGAGGAG--T-----------G----TAT-----TC---AACAACC------TA---TAAAT-GTGTG---AA----------------AAAGGAG-TAGT-G--GACTTTGACGTTG-AA---TTAA-C--AG-TA---A-TGAA--A--ATGATACCGAAT-A-CTTGTT-CA--AAT-A-TC-TAAGAGAAGAATTTCG--ACCTT-GA-CC-TAANAGA--AG-AGAAA-GAATTTA-T-AC-TAA-C---------CTA------GA-------AG--------------AGG-TT-A--GA-AAG--CTCAAG---CAG-TTC-TTCCGAACTT--TGCCACC--GACTCACCG--AA-TAAC--GAGA-GTG--T-TCG-AGTATATAT--AC-----AG-----AT-G----T---GTA-GCC--A---AT--------------C-----------------------A--------------T-----------C----------TC-------------GCC-AAT--AGAAATGAAAG-TATCACAA---AGCTT-TAGGAA-TTTAA-NCAAA-CCCGATC--------AAAA-T-AAA---GGGTA--TCTAGGGTGAAACAGT-A-AGTAA-T--CTGT-ATC-GATA------TATGT-TGATTCTA
gi|1 : TGTAAT---AGGAGATTCC-----CCTCT----AT----CTAACTCCCATTTTA--AACCTC-AGTT-CCAT-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TGGCCCCC--TTCAA-TTCATCA-TGGAAATCACA-CAA-GA----CTAGTT--TT---AAGTTTCAT-----AAA-TTTTATTA-ACAAC---ATGATAACAACTAGG---------CCT-ACAA-TTGGAAGAGAAC-----------C----TAA-----GA---AACAAC-------TA---TAAAT-ATGAG---AA----------------AAAGGAG-TAGT-G--GACTTTAA-GTTG-AAATTTTAACC--AG-TA---A-AGAA--A--AT--TGTCTATG-A-CTTGTT-CAATAAT-A-TCTTAAGAGAAGAATTTAG--ACCCTGGA-CCTTAATATAATAG-AGAAA-GAATTTA-T-AC-TAACC---------CTA------GA-------AG--------------AGGTTT-AACGA-AAG--TTGAAG---CAG-TTCTTTCCGAACTT--TGCCACCTGGACTCACCG--AA-TAGCGGGAGA-GTGTCT-TCG-AGTAT-TAT--AC-----GC-----AT-G----TTGGGTA-AACAAA---ATCAAATCAAGTAA--C-----------------------A--------------T-----------C----------TCG------------GCC-AAT--AGAAATGAAAG-TATCACAA---AGTTT-TAGGAA-TTTAATCCAAA-CCCGATC--------AAAA-
gi|10 : cgt-ACGAATA-GTAAAAAAGACT--G---------TCTGACA--T-GGAGGAG--T-----------A----TATG----TC---AACA-CC------TA---TAAAT-G-ATG---AA----------------AAAAGAGATAGT-G--GACTTTGACG-TG-AA---TTAA-C--AA-TA---A-TG-A--A--ATGA-ATCCAAT-A-CTTGTT-CA--AA--A-T--TAAGAGAAGAATTTCG--A-CTT-G--CC-TAAACAA--TG-AGGAA-AGATATATT-AC-TAA-C---------CTA------GA-------AG--------------AGG-TTGA--GA-AAG--CTCAAA---CAG--TC-TTCCGAAC-T--TGCCACCG-GACTCA-CG--AA-TAAC--GAGA------T-CCG-AATA-ATAT--AC-----AG-----ATAG----T---GT--GCC--A---AT--------------CAA---------------------A--------------TCGCAGCTAACAC----------TC-------------GCC-AAT--AGAAATGGAAG-TATCAACA---ATCTT-TAGGAA-TTTGACCCAAATCCCGATCTTTACAAAAAAA-T-AA-----GGTA--TCTAACGTG-AACAGT-A-AGTAA-T--ATGTGATC-GATA------Taagcacaaggttcaggaacatcgttgtgatagatgatatagtgttgagtcctcgctatac
gi|11 : gtgtcattaatttattaccttgaaagccaatttcaaacTTTTA--AACC-C-AGTT-C-AT-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--TCGG-TG-----C--CTCAA-CTCATCA-TG--AATCACA-CAA-GA----C-AGTT--T----AAGTTTCAT---------TTT-ATTA-GCAA-TA--TAATAAAAACT--G---------CCT-GCAA-T-GGAGGAG--T-----------G----TAT-----TC---AATGACC------TA---TAAAT-GTGTG---AA----------------AAAGGAG-TAGT-G--GACTTCGACGTTG-AA---TTAA-C--GG-TA---A-TAAA--AAGATGAAGCCGAAT-T-CTTGCT-CA--AAT-A-TC-TAATAGAAAAATTTAG--ACCTT-GA-CC-TAATAGA--A----AAA-GAATTTA-T-TC-TAA-C---------CTA------GA-------AT--------------AGG-TT-A--GAGAAA--ATCTAA---CAG-TTC-ATCCGAACTT--TGCCACC--GACTTA
gi|12 : taataggatctttactggagattctTAAT---AGTAGAT--C-----TATCTTATAAT----CTAACTCCCATTTTA--AACC-C-AGTT-C-AT-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTCAA-TTCATCA-TG--AATCGCA-CAA-GA----C-AGTT--T----AAGTTTCAT-----TTA-TTT-ATTA-ACAAATA-AT--T-AAAACT--G---------CCT-ACAG-T-GAAGGAG--T-----------A----TAT-----TC---AGCAACC------TA---TAAAT-ATGAG---AA----------------AAAGGAG-TAGT-G--GACTTTAACGTTG-AA---TTAA-CCAAG-TA---A-AGAA--A--ATGATACTAAAT-A-CTTGTT-CA--AAT-A-TC-T-----AAGAATTTCATTACCTT-GG-CC-TAAAAGA--AG-
gi|13 : --T----AAGTTTCAT-----AAA-TTT-AATA-TCAAA---ATAATAAAAACT--G---------CCT-ACAA-T-GAA------------------------------------------------------TAAAT-GTGTG---AA----------------AAGGGA--TAGT-G--GACTTTGACGTTG-AC---TTAA-C--AA-TA---A-TAAA--A--ACGAAGCCGAAT-A-CTTGTT-CA--AAT-A-TC-TAAGAGAAGAATTTCG--ACCTT-GA-TC-TAATAGA--AG-AGAGA-GAATTTA-G-AC-TAA-C---------TAA------GA-------AG--------------ATG-TT-G--GG-GAG-----AAGGTACAG-TTC-TGTCGAACTT--TGCCACC--GACTCGCCGA-AA-AAAC--GAGA-GTG--T-TCG-AGT
gi|14 : GTGTAAT---AGGAGAT--CG----TATA-----GT----TTAAC---CAT--------CT-C-AG-----AT-TAGAA-TG-CCG-AG--TTAGCCGT-TG-----C--GTCA---CCAGC---G--AATCACA-CGA-GT----C-AGTT--TT---AAGTTTCAT-----AGA-CTT-ATTA-AC--CCA-ATAAC-----CT--GGCTTTATGCCCT-ACAACC-AGAGAAT--TCAATCG-----G----CATGCGGATC---AACTAC--------A---T-CAT-G-ATT---AA----------------TAATGAG-TCGT-G--GAATTTGACATTGAAA---TTAACC--GG-TA---ACTAAAAGA--ATGAAGCCGAAT-
gi|15 : ATTTA-T-AC-TAA-C---------TT-------GA-------AT--------------AGG-TT-A--GAGGAG--ATTGAA---CAG-TTC-TCCCGAACTT--TGCCACT--GACTTACTG--AT-CAAA--GACA-ATG--T-TCA-AGTATA-----AC-----AA-----AT-GAAACC---G-A-GAT--A---A---------------C-----------------------A--------------T-----------C----------TT-------------GCA-AAT--AGAAGTGAAAGATACCAC-----------TA-------TGA-TTAAA-CCCGATC--------AAAA-T-AGA---GGGTA--TTTAGAGTGAAGCAGT-A-CAAAA-T--CT
gi|16 : ACTCACCA--AT-CAAC--GAGA-GTG--T-TCG-AGTTAATAT--AC-----AATGTGTAC-G----T---GTA-ACC--A---AT--------------C-----------------------AAATCGAAGATTACAT-----------C----------TC-------------GCC-AAT--AGAAATTAAAG-TAACACAA---AGTTT-TGGGAA-ATTAA-CCAAA-CCCGATC---------GAA-T-AAA---GGGTA--TTTAGAGTGAAGCAGT-ACA--AA-T--CTGT-ATT-GCTA------TTTCT-TGATTCT
gi|17 : TGTGTAAT---AG---AT--C-----TATCT----ATATATTTAACTCCCGTTATA--AACC-C-ACTTTC-AT-TTGAA-TA-CGA-TG--TT--CCAG-TG-----C--CTCAA-CTCGTCA-TG--AA-CACA-CAA-GA----T-AGTT--T------------T-----AGA-TTT-ATTG-ACAA--A-ATAATACAAACT--A---------CCT-TCCA-T-GGAGGAG--T-----------G----TAT-----TCA--AATAACC------TA---TAAATGGTGTG---AA----------------TA---GG-TAGT-G--Ggttac
gi|18 : gACTCACCG--AAATAGC--GAGAAGTG--T-TCG-AGTATATAT--AA-----TG-----AT-G----T---GTA-GCC--ACAAAT--------------CCACGCTAAC--------------A--------------T-----------C----------TC-------------GC--AAT--AGAAAGAAAAG-TATATCAA---AGCTT-T-GGAA-TTTAA-CCAAA-CACGATC--------ATAA-T-AAAA--GGGTA--TCTAAGGTGAAACATT-A-CGTAA-T--CTGT-ATC-GATA------TATGTGTGATTCT
gi|19 : TGTGTAAT---AG---AT--C-----TATCT----ATATATTTAACTCCCGTTATA--AACC-C-ACTT-C-AT-TTGAA-TA-CGA-TG--TT--CCAG-TG-----C--CTCAA-CTCGTCA-TG--AATCACA-CAA-GA----T-AGTT---------------T-----AGA-TTT-ATTG-ACAA--A-ATAATACAAACT--G---------CCT-TCCA-T-GGAGGAG--T-----------G----TAT-----TC---AATAACC------TA---TAAAT-GTGTG---AA----------------TAAG--G-TAGT-G--Ggttac
gi|2 : aAAT---AGGAGAT--T-----AATCC----AT----CTAAACTCCATTTTATAAACC-CCAGTT-C-ATATTGGA-TAACGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTCAA-CTCATCATTG--AATCACA-CAAGGA----A-AGTT--T----AAGTTTCAT-----AAA--TT-ATTAGACAAA-A-CTGAT-AAAACT--G---------CCT-ACAC-T-TGAAGAG--T-----------A----TAA-----TA---ATAAACC------TAATTTGAAT-GTTTGTAAAA----------------AAAGTAG-TAGTGG--GACTTTAACGTTG-AA----TA-----AG-TA---G-TGAT--A--A--ATAGCCAATAA-CTTGTTACA--AAT-A-TC-TCA-ATAACAATGTCG--ACCTT-CAGCC-TAATAGA--AG-AAAAC-TGATTTA-T-ACTTAA-CGGGGT----CCA------GACTAACGTAGGATATCAGGTTATCAGG-TT-A--GA-GAGATCTCAAG---T-G-TTC-T---GAACTTGGTGCCATCG-GACTCGCCG--A---CAC--GAGA-GTG--T-TTG-AGTATATAT--AC-----AGA----AC-T----T---GTA-ACC--A---AT--------------CGAA--------------------A--------------T-----------T----------TCGAAGATAAATATTGCC-AAT--AGAAATGAAAG-AA--AGAACTGAGTTTATAGGAA--TAAA-GCAAA--CCGATC--------AAAATT-AAA---GCGAAGTTCTAGA--GAAGCAGT-A-AGAAATT--CTGTGATCGGATA------
gi|20 : -----TATCT----AT----CTAACTCCCATTTTA--AATC-C-AGTT-C-AT-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTCAA-TCCATCA-TG--AATCACA-CAA-GA----C-AGTT--T----AAGTTTCAT-----AAA-TTT-ATTA-ACAA--A-ATAATAAAACCT--G---------CCT-ACaacacgtacgattg
gi|21 : aAGT-G--GACTTTAACGTTG-AA---TTAA-CC-AG-TATAAA-AGAA--A--ATGATACT--AT-A-CTTGTT-CA--AAT-A-TC-TAAGAGAAGAATTTAG--ACCTT-GA-CC-TAATATA--AG-AGAAA-GAATTTA-G-AC-TAA-C---------CTA------GA-------Atgttatgtctatctaagacacaatcaggactctaacaacaaagaa
gi|22 : TAT--AC-----AA-----AT-G----T---GTA-ACC--A---AT--------------C-----------------------AAATCGCAGCTAACAT-----------C----------TT-------------ACC-AAT--AGAAATGAAAG-TATACCAA---AGCTT-TAGGAA-ATAAA-CCAAA-CTCGATC--------AAAA-T-AAA---GGGTA--CCTAGGTTGAAA
gi|23 : TGTGTAAT---AGGAGAT--CAATTTTATTT----AT----CTAACTCCCTTTTTA--AACC-A-AGTT-C-AG-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTCAA-CTTATCA-TG--AATCACA-CAA-GA----C-AGTT--
gi|24 : ---CAG-TTC-TTCCAAACTT--TGCCACC--GATTCACCGTTGA--AAC---AGA-GTG--C-TCG-AGTATGTAC--ATGTATAAGA----AT-G----T---GTA-ACC--A---AT--------------C-----------------------A--------------
gi|25 : gtaTGAG---AA----------------AAAGGAG-TAGT-G--GACTTTGATATTG-AA---TTAA-CC-AG-TA---A-AGAA--A--ATGATACCGACT-A-TTTGTT-CA--AAC-A-TC-TAAGAGAAGAATTTCG--ACCTT-GA-CC-TAaatcgaagatactacacata
gi|26 : aC------TA---TAAAT-ATGAG---AA----------------AAGGGAG-TAAC-G--GATTTTAACGTTG-AA---TTAA-C--AC-TA---A-TGAA--A--ATGATACC---------------A--AAT-A-TC-TAAGAGAAGAATTTAG--ACCTT-
gi|27 : TC-C-AG-TTGGA-TA-CG-------------G-T----------TCAG-CTCATAA-TG--GATCACA-CAA-GG----C-AGTTTAT----AAGTTTCATAAAAAAAA-TAT-ATAA-AT-GATG-ATAATAAAAA
gi|28 : AG-CTCATCA-TG--AATCACA-CAA-GACATGC-AGTT--TTTAAAAGTTTCAT-----AAG-T-----------------------AAACT--G---------CCT-ACAA-C-AGAAGAG--T-----------G----GAT-----TC---AAta
gi|29 : TGTAATTATAGGAGAT--C-----TATCT----AT----CTAACTC--GTTTTA--------------------------------GG--TT--TCGG-TG-----C--TTCAA-C-----------------A-CAA-GA----C-AGTT--T----AAGTTTCAT-----AAA-TTT-ttacgt
gi|3 : AC---AGGATAT--C-----TATCT----ATAT--CTAGCTCCCATTTTA--AACC---AGTT-C-AT-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTCAA-CGCATCG-TG--GA--AAA-CAA-GA----C-AGTT-------AAGTTT-AT-----A---------TA-ACAAA-A-TTAATAAAAACT--G---------CCT-ACAA-T-GGAAGAA--TTTATTCAGTAAGAATTTAT-----TC---AATAACTAATATATA---TACAT-ATATA---AAAATGAAAAAAAAGAAGAAAGGAG-T-GT-G--GACTTTGACGTTT-AA---TTAA-C--AA-TA---A-TGAA--A--ATGATACCGTAT-A-CTTGTT-CA--AAT-A-TC-TAAGAGAAGAATTTCG--AGCTT-GA-CC-TAATATA--AG-GGAAATG---TTA-T-AC-TAT-C---------CTA------GA-------TG--------------AGG-TT-AAGAA-AAG--ATCTTG---CAGTTTC-TTCAAAACTT--TG-CACC--GACTCACCG--AA-TAAC--GAGA-GTG--T-TCGAAATATATAT--AC-----AG-----AT-G----T---GCAGGCC--A---ATTAAATCACAGCTAAC-----------------------A--------------T-----------C----------TC-------------GCC-AATAAAAAAATGAAAC-GATCACAA---AGCGT-AAGTAA-TTTAA--CAAA-CCCGATCA-------AAAA-TAAAA---GGGTA--TCTAGGGTGAAACAATAA-AGTAA-T--C----ATC-GATA------TATGT-TGATTCTA
gi|30 : --AACC-C-AGTT-C-AT-TTGGA-TA-CGACGGTTTT--CCCG-TG-----CCTCTCAACCTCATCA-----AATCACACCGA-GA----C-AGTT--ttac
gi|32 : GTAAT---ATGAGAT--C-----T----------------AACTCCCATTTTA--AACC-C-AGTT-C-AT-TTGGA-TA-TG
gi|35 : TATGTAAT---AGGAGAT--C-----TATCT----AT----CTTACTCCCA
gi|4 : taaTGTAAT---AGGAGAT--T-----TATCC----AT----CTAACTCCATTTTTA--AACC-C-AGTT-C-AT-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTCAA-CTCATCA-TG--AATCACA-CAA-GA----A-AGTT--T----AAGTTTCAT-----AAA-TTT-ATTA-ACAA--A-ATGATAAAAACT--G---------CCT-ACAT-T-GAAAGAG--T-----------A----TAT-----AT---AATAACC------TA---TGAAT-GTGTA---AA----------------AAAGTAG-TAGT-G--GACTTTAACATTG-AA---TTAA-G--AG-TG---A-TAAA--A--ATGAAGCC-AAT-A-CTTGTT-CA--AAT-A-TC-TAATAGAACAATTTCG--ACCTT-AG-CC-TAATAGA--AG-AGAAA-TGATTTA-T-AC-TAA-CGGGTCCATACTAACGTAGGATATC---AGGTTATC--------AGG-TT-A--GAGAAGATCTCA-----CAG-TTC-TTCTGAACTT--TGCCATC--GACTCGCCG--AA-CAAC--GAGA-GTG--T-TTG-AGTATATAT--AC-----AG-----AA-C----T---GTA-ACC--A---AT--------------CAA---------------------A--------------T-----------CGAAGATAATATT-------------GCC-AAT--AGAAATGAAAG-AA--AGAACTGAGTTT-TAGGAA-ATAAA-GCAAA-CCCGATC--------AAAA-T-AAAGCGGAGTA--TCTAGAGTGAAGCAGT-A-AGAAA-T--CTGT-ATC-GATAAACACGTACGT-TGATT
gi|5 : TATGTAAT---AGGAGAT--C-----TATCT----AT----CTGACTCCCATTTTA--AACC-C-AATT-C-AT-TCGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTGAA-TTCCTCA-TG--AATAACA-CAA-GA----C-AGTT--T----AAGTTTCAT-----TAA-TTT-ATTA-ACAAATA-ATAAAAAAAACT--G---------CCT-ACAG-T-GGAGGAG--T-----------A----TAT-----TC---AACAACC------TA---TAAAT-GTGTG---AA----------------AAAGGAG-TAGT-G--GACTTTGAAGTTG-AA---TTAG-C--AA-TA---A-TGAA--A--ATGATACCGAAT-A-CTTGTT-CA--AAT-A-TC-TAAGAGAAGAATTTCG--ACCTT-GA-CC-TAAAAGA--AG-GGAAA-GAATTTA-T-AC-TAA-C---------CTC------GA-------AG--------------AGG-TTCA--GA-AAG--CTCAAG---CAG-TTC-TTCCGAACTT--TTCCACC--GACTCACCG--AA-TAAC--GAGA-GTG--T-TCG-AGTATATAT--AC-----AG-----AT-G----T---GTA-GCC--A---AT--------------C-----------------------A--------------T-----------C----------TT-------------GTC-AAT--AGAAATGAAAG-TATCACAA---AGCTT-TAGGAA-TTTAA-ACAAA-CCCGATC--------AAAA-T-AAA---GGGTA--TCTAAGGTGAAACAGT-A-AGTAA-T--CTGT-ATC-GATA------TATGT-TGATTCTA
gi|6 : AAT---AGGAGAT--C-----TAATC----A-----CTGACTCCCATTTTA--AACC-C-AATT-C-AT-TCGGAATA-CGA-GT--TT--C--G-TG-----C--CT-GA-TTCCTCA-TG--AATAACA-CAA-GA----C-AGTT--TT---AAGTTTCAT-----TA---TT-ATTA-ACAAATATAAAACAAAAACT--G---------CCTTACAG-T-GGAGGA---T-----------A----TAT-----TC---AACAACC------TA----AAA--GT-TG---AA----------------AAAGGAG-TAAT-G--A---TTGAAGTTA-A-----TAG-C--AAATA---A-TGAA--A--ATGATACCGAAT-A-CTTGTT-CA--AAT-AATC-TAAGA-AAGAATTTCG--ACCT--GA-CC-TAAAAGA--AG--GAAA-GAATTTA-TTAC-TAAAC---------CTC------GA-------A---------------AGT-TC-A--GA-AAG--CTCAAG---CAG-TTC-TTCCGAACTT--CTCCACC--GACTCACCG--AA-TAAC--GAGA-GTG--TATCG-AGTATATAT--AC-----A------AT-G----T---GTA-GCC--A---AT--------------C-----------------------A--------------T-----------C----------TT-------------GTCAAAT--A-AAATGAAAG-TA-CACAA---AG-GT-TAGGAATTTTAA-ACAAA-CCCGATC--------AAAA-T-AAA----GGTA--TCTAAGGTGAAACAGT-A-AGTAA-TTCTTGT-ATC-GATA------TATGT-TG-TTCTA
gi|7 : gtaaAAT---AGGAGAT--C-----TAATC----A-----CTGACTCCCATTTTA--AACC-C-AATT-C-AT-TCGGAATA-CGA-GT--TT--C--G-TG-----C--CT-GA-TTCCTCA-TG--AATAACA-CAA-GA----C-AGTT--TT---AAGTTTCAT-----TA---TT-ATTA-ACAAATATAAAACAAAAACT--G---------CCTTACAG-T-GGAGGA---T-----------A----TAT-----TC---AACAACC------TA----AAA--GT-TG---AA----------------AAAGGAG-TAAT-G--A---TTGAAGTTA-A-----TAG-C--AAATA---A-TGAA--A--ATGATACCGAAT-A-CTTGTT-CA--AAT-AATC-TAAGA-AAGAATTTCG--ACCT--GA-CC-TAAAAGA--AG--GAAA-GAATTTA-TTAC-TAAAC---------CTC------GA-------A---------------AGT-TC-A--GA-AAG--CTCAAG---CAG-TTC-TTCCGAACTT--CTCCACC--GACTCACCG--AA-TAAC--GAGA-GTG--TATCG-AGTATATAT--AC-----A------AT-G----T---GTA-GCC--A---AT--------------C-----------------------A--------------T-----------C----------TT-------------GTCAAAT--A-AAATGAAAG-TA-CACAA---AG-GT-TAGGAATTTTAA-ACAAA-CCCGATC--------AAAA-T-AAA----GGTA--TCTAAGGTGAAACAGT-A-AGTAA-TTCTTGT-ATC-GATA------TATGT-TG-TTCTAtttca
gi|8 : gtaaGTGTAAT---AGGAGAT--C-----CCTCT----AT----CTAACTCCCATTTTA--AACC-C-AGTT-C-AT-TTGGA-TA-CGA-GG--TT--CCGG-TG-----C--CTCAA-TTCATCA-TG--AATCACA-CAA-GA----C-AGTT--T----AAGTTTCAT-----AAA-TTT-ATTA-ACAA--C-ATGATAACAACT--G---------CCT-ACAA-T-GGAAGA---------------G----AAC-----CCTAGAACAACC------TA---TAAAT-ATGAG---AA----------------CAAGGAG-TAGC-G--GACTTTAACGCTG-AA---TAAACC--AG-TA---A-AGAA--A--ATGATACTAAAT-A-CTTGAT-CA--AAT-G-TC-TAATAGAAGAATTTAG--AC--T-AA-CC-T---AGA--AG-AGG------------------------------TTA------G-------------------------GG----A--GA-AGG--TCCA-------G-TTT-TACCGAACTT--TGCCACC--AACTCACCT--AA-TAAC--GAGA-GTG--T-TCG-AGTTTATAT--AC-----AG-----AT-G----T---GTA-GCC--A---ATCAAATCACAGCTAAC-----------------------A--------------T-----------C----------TC-------------GCC-AAT--AGAAATGAAAG-TATCACAA---AGCTT-TAGGAA-TTTAA-CCAAA-CCAGATC--------AAAA-T-AAA---GGGTA--TCTAAGGTGAAACATT-A-CGTAA-T--CTAT-ATC-GATA------TATGT-TGATTCTtttca
gi|9 : acTGTGTAAC---AGGAGAC--C-----TATCA----AT----CTAAC----ATTTTA--AACC-T-AGTT-A-AT-TTGG-------------TT--CGGGCTG-----C--TTCAA-CTCATCA-TG--AGTCAAA-CAA-AA----G-AGTT--TTCAAAAGTTTCAT-----AAAATTT-ATTA-ACAA--------TAAAAACT--G---------CCT-ACAA-T-GGAGGAG--T-----------G----TAT-----TC---AATAACC------TA---TAAA--AT-TG---AG----------------AAAGG---TAGT-GTTGACTTTAAAAT---AA---TGAA-A--AA-TA---A---AA--A--ATAAGGCCAAAT-AACTTGTT-CA--AATAA-TC-T-AGAGAAGAATTTCG--A-CTT-GA-CC-TAAAGAA--AGAAGAAA-GAATTTT-A-AC-TAA-C---------CTA------GA-------AG--------------AGG-TT-A--GAGAAGT-CTC--G---CAG-TTC-TTCC-AACTT--TGCCACC--AACTCACCG--AA-TAAT--GAGA-GTG--T-TCG-AGT-TATATTAAC-----AG-----AT-A----T---GTA-GCC--A---AT--------------CAAATCACAGATAACATCTCAGTGA--------------T-----------C----------TC-------------ACC-AAT--A-AAATGAAAG-TTACTCTA---AGCTT-TAGGAA--ATGA-CCAAC-ACCGATT--------AAAA----------------------GTGAAACTGT-------A-T--TTG--AT----TA------TA-AT-TGATTCTAgttaca
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): CATGTATACAAATGTGAAACCAATCAAATCGAAGATAACATCTAGCCAATACAACT
Unaligned ( gi|33 ): GAAAGGTTCTCTCTTTTTGTTCGAATTTCCTTTCGAT
Unaligned ( gi|34 ): GAAAGGTTCTCTCTTTTTGTTCGAATTTCCTTTCGAT
Unaligned ( gi|36 ): CGTGAAAGGTTTCTCTTTTTGTTCGAATTCCT