lowQualScore : 1 111 1 22222 888888888888888888888888888888 111111111 222222 1111111 11 111111111 111111 111 222222222 22222 111 1111 11 2222222 11111 111 11
lowQualScore : 3 1 33 2 2 8888 2 2 2 555 2 0 3 3 55555 3 3 99999999 55 7 444444444444444444444444444444 4 2 44 555 2 6666 66666 2 888888888 444 555 555 2 2 33 2 000000 555 6666 3 6666666 3 9999 3 55 00 7777 3 999999 4 1 666 7777 111111111 444444 000 8888 5 5 222222222 2 8 22222 000 0000 66 22 0 888888 0 8888888 777 4 11111 1 222 77 4 4 999 2 4444 77
lowQualScore : . . .. . . .... . . . ... . . . . ..... . . ........ .. . .............................. . . .. ... . .... ..... . ......... ... ... ... . . .. . ...... ... .... . ....... . .... . .. .. .... . ...... . . ... .... ......... ...... ... .... . . ......... . . ..... ... .... .. .. . ...... . ....... ... . ..... . ... .. . . ... . .... ..
lowQualScore : 3 0 77 7 5 8888 5 5 5 777 7 2 3 3 22222 6 6 55555555 00 7 999999999999999999999999999999 2 4 22 000 6 1111 44444 9 222222222 888 000 000 9 9 99 9 444444 444 5555 3 4444444 1 6666 1 66 00 7777 6 000000 0 1 444 7777 777777777 111111 222 6666 2 6 333333333 9 1 11111 000 3333 99 22 2 777777 3 5555555 000 4 11111 1 222 66 4 1 888 1 5555 44
consensus : AGGCC-ACA--TCAA-GTT-AATTT----GTAG-AT-T-CTC--A-TCCACC-A-GCAA----CAAA-A-A---A----T--TGGGGCGGGTGGGAGGAATTTTA-TTTTTA--TT--TTATTTTTCTGGAACTTTAA--AA---TCTGAATA----AATT--C--ATAGC-AC------G-TA-A-GAT---AGCA---TA-TG-CT--GTT-A------AACA---TGCAAAA----TACAATTATACAT-GTATTA-----AGA-CT----CT-ATA-TT--GAATA----A-ATG--A---A-CACATTCAA---AGT----TCA------A--TAG------TCTTCA--TT---ATATNGCACGCAG-------ACATGAAAAATGTCCGGAAATTT---GAACTGCCG--AAAA--AAA--AAA---A--AAAAAT-TTAAATT---GGGGCGGGGCCT-T-----TTGGGA---TGGGGC-GG-GCGGGG--ATGAGA-ATCTAC----AAATTAACTTTGATGTGGCC
Reference ( gi|3 ) : AGGCC-AAA--TCAA-GTT-AATTT----GTAG-AT-T-CTA--A-TCCAAC-A-GCAA----GAAA-A-A---A----T--TGGAGCGGGTGGGAGGAATTTTAATTTTCA--TTCATTATTTTTCAGGGACTTTAA--AA---TCTGAGTA----AATT--T--ATAGC-AC------A-CA-A-GAT---AGCA---TA-TG-CT--GTT-A------AACA---TGCAAAA----TACAATTATACAT-GTATCA-----AGA-CT----CT-ATA-TT--GAATA----A-ATG--A---A-CACATTTAA---AGT----TCA------A--TAG------TCTTCA--TT---ATATAGCACGCAG-------ACATGAAAAATGTCCGGAAATTT---GAACTGCTG--AAAA--AAA--AAA---A--AAAAAT-TTAAATT---GGGGCGGGGCCT-T-----TTGGGA---TGGGGC-AG-GCAGGA--ATGAGA-ATCTAC----AAATTAACTTTGATGTGGCC
gi|1 : AGGCC-AAA--TCAA-GTT-AATTT----GTAG-AT-T-CTA--AATCCAACCA-GCAA-----AAA-A-A---A----T--TGGAGCGGGTGGGAGGAATTTTAATTTTCA--TTCATTATTTTTCAGGGATTTAAA--AA---TCTGAGTA----AATT--T--ATAGC-AC------AACA-A-GAT---AGCA---TA-TG-CT--GTTTA------AACA---TGCAAAA----TACAATTATACAT-GTATCA-----AGA-CT----CT-ATA-TT--GAATA----A-ATG--A---AACACATTTAA---AGT----TCA------A--TAG------TCTTCA--TT---ATATAGCACGCAG-------ACATGAAAAATGTCCGGAAATTT---GAACTGCTGAAAAAA--AAA--AAA---A--AAAAAT-TTAAATT---GGGGC-GGGCCT-T-----TTGGGA---TGGGGC-AG-GCAGGA--ATGAGA-ATCTAC----AAATTAACTTTGATGTGGCC
gi|4 : AGGCC-ACA--TCAA-GTT-AATTT----GTAG-AT-T-CTC--A-TCC
gi|8 : gccacatcaaattaatttgtagagtcatccactagcaacaaaaacttggggctggtgggaggattttatttgttatcgtcctggaacattagaatctcaataaattcgtagcatgtaagatagcatatgctgttattaaaacatgcaaaatactattatgaatgtattagactctatgttgaataaattgacacatttaaagttaaatggtctctattatattacatgcagccatgaaacataaaaaatgtccggaaatttgaactgcagaaaaaaatgaaaataaaatattttggggcggggccattagggatggggtgggcaAGGCC-ACA--TCAA-GTT-AATTT----GTAG-AT-T-CTT--G-TCCACC-A-GCAA----TAAA-A-A---ACAATT--TGGGGTGGGTGGGGG--ATTTTA-TTTT--------TTATTTCTCTGGAAGTTTAATTCA---TATATGTA----TACA--T--GTAGC-AC------G-TA-C-GAT---AGAA---TA-TG-CT--GTT-ACATGTAAACA---TGCAAAA----TGCAATTATACGT-ATATCA-----ACG-CT----CT-ATA-TT--GAATA----A-ATG--G---A-CACATTCAA---AGT----TCA------A--TAG------TCTTTT--TT---Aaa
gi|10 : AGGCC-ACA--TCAA-ATT-AATTT----GTAG-AT-T-CTC--A-ACCACC-A-GCAACAAAAAAA-A-A---A----T--TGGGGCGGGTGGGAGGA-TTTTATTCTTTA--TTTTGTAATCCTCTGGAACTTTAA--AA---TCTGAATA----AATT--C--ATAGC-AT------G-TA-A-GAT---AGCA---TA-TG-CT--GTT-A------AACA---TGCAAAA----TGTAATTATAatgcattaaagatgtt
gi|7 : ttAGGCC-ACA--TCAA-GTT-AATTT----ATAG-AT-T-CTC--A-TCCACC-A-GCAA----CAAA-ACA---A----T--TAGGAAGGGTGGG-----TTT--ATTTT--------------------------AA--AA---TCTAAATA----AATT--C------------------------AT---AGCA---TG-TA-CT--GTA-A------AACA---TTCAAAA----TGCAATTATACAT-GTATTC-----AGA-CT----CA-AT
gi|15 : AGGCT-ACA--TCAA-GTT-TATTT----GTAG-AT-T-CTC--A-TCCACC-A-ACAAT---GAAA-G-A---A----T--TGGGGCGGATGGGAGGA--------TTTTA--TTAATTATTTTTCTGGAAC-ATAG--AA---ACTGAATG----AATT--C--ATGGC-gaaaagtttgactgtcttttttttttatttgtatttaaaagataattttgaggaggggccttctgagatgggccgggtgggaacgagagtctacaaattcacttgacagcg
gi|17 : tAGGCC-ACA--TCAA-GTT-AGTTT----GTAG-AT-T-CAC--A-TCC
gi|20 : tgcatgtggacaacaacaacaaaaaaatcaatattttgggggcggggcctctttcggattggggcaggcagAGGAC-ACA--TCAA-GTT-AATTT----GTAG-AT-T-CT
gi|1 : tgGGCC-ACA--TCAAAGTT-AATTT----GTAG-AT-T-CTC--A-TTCaac
gi|14 : aggccaaatcaagttaatttgtagattctaaatccaaccagcaaaaaaaattggagcgggtgggaggaattttaattttcattcattatttttcagggatttaaaaatctgagtaaatttatagcacaacaagatagcatatgctgtttaaacatgcaaaatacaattatacatgtatcaagactctatattgaataaatgaaacacatttaaagttcaatagtcttcattatatagcacgcagacatgaaaaatgtccggaaatttgaactgctgaaaaaaaaaaaaaaaaaatttaaattggggcgggccttttgggatggggcaggcagGGCCTAAACGTGAA-CTT-AATTT----GTAG-AT-T-CTC--A-TC-------------------------------T--TGGGGCGAGTTGGAGT-ATTTTA
gi|4 : GCC-ACA--TCAA-ATT-AATTT----GTAG-AG-T-C----A-TCCACT-A-GCAA----CAAA-A-A---C----T--TGGGGCTGGTGGGAGGA--------TTTTA--TTTGTTATCGTCCTGGAACATTAG--AA---TCTCAATA----AATT--C--GTAGC-AT------G-TA-A-GAT---AGCA---TA-TG-CT--GTT-ATTAA--AACA---TGCAAAA----TACTATTATGAAT-GTATTA------GA-CT----CT-ATG-TT--GAATA----A-ATT--G---A-CACATTTAA---AGT----TAA------A--TGG------TCTCTA--TT---ATATTACATGCAGCCATGAAACATAAAAAATGTCCGGAAATTT---GAACTGCAG--AAAA--AAATGAAA---A--TAAAATATT---TT---GGGGCGGGGCCA-T-----TAGGGA---TGGGGT-GG-GCAGG---ATGAGA-ATCTAC----AAATTAAC-TTGATGTGGCCtagcatgtaagatagcatatgctgttaaacatgcaaaatacaattatacatgtattactattagactctaa
gi|13 : GTC-ACA--TCAA-GTT-AATTT----ATAG-ATAT-C----A-TCCACC-A-GCAAC---AAAA-A-A---A----T--TGGGGCGGGTGGGAGGA-TTTTA-TCTT--------TTATTTTTCTGGAACTTTAA--AA---TCTACATA----AATT--T--ATAGC-AC------A-TA-A-AAT---AGCA---TA-TG-CC--ATT-A------Ataa
gi|2 : A--TCAA-GTTTAATTTTG--GTAGGAT-TACTA--A-TCCCAC-AAGCAA----CAAA-A-ATAAA----TCTTGGGACAGATGGGAGGTAT----ATCT---------TTATTTCTC-TGAACTTTAA--AC---TCTGAATA----AATT--TTAATAGCAAC------G-TACA-GATCGAGGCA---TAGTGACT--GTT-A------AAC----T-----A----TACTATTCAATAG-G----------AGATCTA---CT-ACAGTTGGGAATA----ATATG--GTCCA-CA-ATACAAGCGAGT----TCA------C--TAGGGTCTTTCTTCATTTT---TTTTAATGCGC-T-------AC---AAAAAGATCC-----TTT---TCAC-GTCA--AAAATGAAA--AAT---A--AACAA----AATTT---GGGAAAGGGCCC-T-----TTTGAAGATTCGGGCGAG-AC---A--ACTATATATCTAC-----AATTAACTTTGATGTGGCC
gi|5 : gcgA--TCAA-ATT-AATTT----GTAG-AT-T-CTTGTA-TCCACC-A-GCAT----CAAACA-A---A----T--TGG-GTGCTTGGGGAGAACCT-----------------------CTGGAATTTTAA--AAGAATCTGAATA----AATCCAT--GTAGC-ACTGTAGTA-CA-ACGAT---AGCATAGTA-TG-CCTGGTT-A------AACACACTGCAAAACTGGTAAGTTTCTACATGGTATTC-----AGA-CCTCGACT-ATT-TTTGAAATATAACA-AGGACA---A-CA-ATTCAC---AGT----TC-------A--TAGC-----TCTTta
gi|11 : ttaagtcagcA--TCAA-GTT-AACTTATATGTAG-AT-T-CTC--A-TCCCGC-A-A-AA----GAttggcatataaagatcgcatcttcacaattaaaatttggacagggccctatctcttgacatggggcagcgtaagcgcatgagaatctacaatttaact
gi|6 : ctctatattgaataaatggacacattcaaagcctttttttttttattccagaaagattcttttcttgaattaaaaaaaaaattaaaaaaaaattgggacggggT-AATAT----GTAC-AT-T-CTC--A-TCCACC-A-GCAA----CAAA-A-T---A----T--TGGGGCGGGTGAGAGGA-TTTTA-----------------TTTTCTGAAACTTTAA--AA---GCTGAATA----CATT--C--ATAGC-AC------A-TA-T-AAT---AGCA---TA-GG---------A------AGTA---TGTCATA----TACAATTATACGT-GTATTA-----AGA-CT----AC-ATT-TT--GAATA-----------A---A-CACATTTAA---AGG----TCATNNNNNN--NNN------NNNNNN--NN---NNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNN--NNNN--NNN--NNN---N--NNNNNN-NNNNNNN---NNNNNGGGCCCT-T-----TTGCGA---TGTGGT-GG-GCGGGG--ATGTGA-ATCTAC----AAATTAACagcgccttaat
gi|14 : cacatgaggttacgttacatgTTAATTTGTAGATTC-TCATCTT---GGGGC----G--AG---TTGGAGTA----T-TT--T--ATAGC-AT------G-TA-A-GAT---AGCA---TA-TG-CT--GTT-A------AACA---TGCAAAA----TACAATTATACAT-GTATTACTATTAGA-CT----CT-A
gi|18 : ggcctaaacgtgaacTTCTCTGGAACTTTAA--AA---TTGGAATA----AATC--T--ATAGC-AA------G-TA-A-G-----------------------TT-A------AACA---TGCAAAA----TGCAATTATAAAT-GTATTA-----AGA-CT----CT-ACA-TT--GAATA----A-ATG--a
gi|9 : TCTGGAACTTTAA-------TCTTAATA----AATT--C--ATA---AC------G-TT-T-GAT---AGCA---TA-T---C--GTT-A------AAC---------------T----TTAAATAT-GTAT-------------------------T--GAATA----A-ATG--A---A-CAC--TAAA---AGT----TCA------ATTTAG------TCTTTA--TT---ATATTGCATGCAG-------ACATGAAAAATTTCTGAAAATTT---CAACTGCCG--AAAG--AAATGAAA---ATTAAAAA----AAATT---GGGGCGGGg
gi|12 : ---TCTGAATATATAAATT--C--ATGGC-AT------G-TA-A-GAG---AGCG---TA-TG-CT--GTT-GTCAG--AACA---TGCAAAA----TACAATTATACAG-GTTTTT-----AGA-CT----ATAATG-TT--AAATA----A-ATT--A---A-C-CATGCCA---AATCTTATTA------A--TAG-------CTTC---TT---TTACAGaggggatctgagaatttacatatt
gi|19 : atAT---AGCA---TA-TG-CT--GTT-A------AATA---TGCAAAA----TACAGTTATACAT-GCATTA-----AGT-CT----CT-ACG-TT--TAATA----A-TTG--A---A-CACATTTAA---AGT----TCA------A--TAG------TCTTCA--
gi|11 : -CT----CT-ATA-TT--GAATA----A-ATG--G---A-CACATTCAA---AGC----CT-------------------TTTTTT--TT---TTATTCCA----------------GAAAGAT-TCT-----TTTCTTGAATT-------AAA--AAA--AAAATTA--AAAAA----AAATT---GGGACGGGGTCT-T-----TT-----------GC-------GGG--ATGAGA-ATCTACATATAAGTTAAC-TTGAT
gi|16 : ---AGT----TCA------A--AAG------TCTTTT--TTTTAATATTGCATGCGG-------ACATGAA-------------TTT---GAACTGCCG--AAAA--AAA--A----------------TA---T---GTGGCGGGGCCT-T-----TTGGGA---TGGTGC-GG-GCGGGG--ATGAAA-AC-----------------TTGATGTGGCCagcgccttaat
gi|17 : --AACA--ACA--ACA---A--AAAAAT-CAATATTTTGGGGGCGGGGCCTCT-----TTCGGAT--TGGGGC-AG-GCAGGG--ATGTGA-ATCTAC----AAACTAAC-TTGATGTGGCC
gi|7 : tgcatgtggac--AAA---A--GATAAT-TT----T---GAGGAGGGGCCT-T-----CTGAGA---TGGGCC-GG-GTGGGA--ACGAGA-GTCTAC----AAATTCACTt
gi|5 : aggccacatcaagttaatttatagattctcatccaccagcaacaaaacaattaggaagggtgggtttattttaaaatctaaataaattcatagcatgtactgtaaaacattcaaaatgcaattatacatgtattcagactcaatgaaaagtttgactgtcttttttttttatttgtatttAAT-TAAAATT---TGGACAGGGCCC-TATCTCTTGACA---TGGGGC-AGCGTAAGCGCATGAGA-ATCTAC----AATTTAACTgacagcg
gi|1 : ttaagtcagcatcaaattaatttgtagattcttgtatccaccagcatcaaacaaattgggtgcttggggagaacctctggaattttaaaagaatctgaataaatccatgtagcactgtagtacaacgatagcatagtatgcctggttaaacacactgcaaaactggtaagtttctacatggtattcagacctcgactatttttgaaatataacaaggacaacaattcacagttcatagctcttttggcatataaagatcgcatcttcacGGA--TTTAGA-ATCTAC----AAATTAAC-TTGATTTGGCC
gi|5 : aGGAT-ACAAGA-ATCTAC----AAATTAA-TTTGATGaaccagcaaaaaaaattggagcgggtgggaggaattttaattttcattcattatttttcagggatttaaaaatctgagtaaatttatagcacaacaagatagcatatgctgtttaaacatgcaaaatacaattatacatgtatcaagactctatattgaataaatgaaacacatttaaagttcaatagtcttcattatatagcacgcagacatgaaaaatgtccggaaatttgaactgctgaaaaaaaaaaaaaaaaaatttaaattggggcgggccttttgggatggggcaggcaggaatgagaatctacaaattaactttgatgtggcc
gi|8 : ttaagtcagGG--ACAAGA-ATCTAC----AAATTAAC-TTGATGTGGCCaccagcatcaaacaaattgggtgcttggggagaacctctggaattttaaaagaatctgaataaatccatgtagcactgtagtacaacgatagcatagtatgcctggttaaacacactgcaaaactggtaagtttctacatggtattcagacctcgactatttttgaaatataacaaggacaacaattcacagttcatagctcttttggcatataaagatcgcatcttcacaattaaaatttggacagggccctatctcttgacatggggcagcgtaagcgcatgagaatctacaatttaact
gi|13 : aGG--ATGATA--TCTAT----AAATTAAC-TTGATGTGACaccagcaataaaaaacaatttggggtgggtgggggattttattttttatttctctggaagtttaattcatatatgtatacatgtagcacgtacgatagaatatgctgttacatgtaaacatgcaaaatgcaattatacgtatatcaacgctctatattgaataaatggacacattcaaagttcaatagtcttttttaatgcattaaagatgtt
gi|7 : GG--ATGAGA-ATCTAT----AAATTAAC-TTGATGTGGCCaccagcaacaaaaaaattggggcgggtgggaggattttatcttttatttttctggaactttaaaatctacataaatttatagcacataaaatagcatatgccattaa
gi|15 : aGG--ATGAGA-ATCTAC----AAATAAAC-TTGATGTAGCCaccagcaacaaaacaattaggaagggtgggtttattttaaaatctaaataaattcatagcatgtactgtaaaacattcaaaatgcaattatacatgtattcagactcaatgaaaagtttgactgtcttttttttttatttgtatttaaaagataattttgaggaggggccttctgagatgggccgggtgggaacgagagtctacaaattcacttgacagcg
gi|14 : ta--ATGAGA-ATCTAC----AAATTAAGTaccaacaatgaaagaattggggcggatgggaggattttattaattatttttctggaacatagaaactgaatgaattcatggc
gi|10 : ggcctaaacgtgTGAGA-ATCTAC----AAATTAA-TTTGATGTGGCCcttggggcgagttggagtattttatagcatgtaagatagcatatgctgttaaacatgcaaaatacaattatacatgtattactattagactctaa
gi|20 : ttaTGAGA-ATCTAC----AAATTAAC-TTGATGTGTCCaccaccagcaacaaaaaaaaaattggggcgggtgggaggattttattctttattttgtaatcctctggaactttaaaatctgaataaattcatagcatgtaagatagcatatgctgttaaacatgcaaaatgtaattata
gi|4 : GA-CTCTAC----AAATTAA-TTTGATGTGGCtaac
Alignments
lowQualScore : 1111 11111111 555555555555555555555 11111111 11111111111 111111 111111111 111111 1111111 111111111 11 2222222 11111 11111 1
lowQualScore : 555 3 2 2 0000 2 2 33 2 3 3 44 3 3 88888888 44 3 888888888888888888888 44 555 3 555 6666 33 33 2 2 2 22222222 444 444 2 2 33 33333333333 555 6666 3 000000 2 8888 2 44 99 7777 3 777777 3 555 7777 000000000 222222 1 777 1 5 3 6666666 5 444444444 1 66 66 11 55 55 1111111 666 4 00000 4 1 00000 2 55 4 8888 0
lowQualScore : ... . . . .... . . .. . . . .. . . ........ .. . ..................... .. ... . ... .... .. .. . . . ........ ... ... . . .. ........... ... .... . ...... . .... . .. .. .... . ...... . ... .... ......... ...... . ... . . . ....... . ......... . .. .. .. .. .. ....... ... . ..... . . ..... . .. . .... .
lowQualScore : 444 1 9 9 0000 9 9 99 9 1 3 33 3 3 33333333 66 3 222222222222222222222 66 444 1 000 1111 77 77 7 9 9 11111111 777 777 7 7 77 77777777777 000 1111 1 000000 9 9999 9 44 22 1111 3 444444 6 888 1111 000000000 999999 4 000 0 6 2 2222222 9 555555555 6 11 11 00 55 55 0000000 444 0 00000 0 4 00000 3 55 0 5555 0
consensus : AGGCC---A-CATCAAGT-T-AATTT----GTAG-ATT-CTC--A-TCC-A-CCAGCAAC-AAA-A-A---A----T--TGGG-GCGGGTGGGAGGAATTTTA-TT-TTTAT-T--TTAT--TTTTCTGGAACTTTAA---A-A---TCTGAATA----AATTC--A--TAGC-AC-G-TA-A------GAT---AGCA---TA-TG-CT--GTT----A------AACA---TGCAAAA----TACAATTATACAT-GTATTA-----AGA-CT----CT-ATA-TT--GAATA----A-ATG--A---A-CACATTCAA---AGT----TCA------A--TAG------TCTTCATT---ATATTGCACGCAG-------ACATGAAAAATGTCCGGAAAT---TTGAACTGCCG--AAAA--AAA--AAA--A--AAAAAT-TTAAATT---GGGGCGGGGCCT-T-----TTGGGA-TGGGGCGG-----GCGGG--GATGAGA-ATCTAC----AAATTAACTTTGATGTGGCC
Reference ( family-4566 ) : AGGCC---A-CATCAAGT-T-AATTT----GTAG-ATT-CTC--A-TCC-A-CCAGCAAC-AAA-A-A---A----T--TGGG-GCGGGTGGGAGGAATTTTA-TT-TTTAT-T--TTAT--TTTTCTGGAACTTTAA---A-A---TCTGAATA----AATTC--A--TAGC-AC-G-TA-A------GAT---AGCA---TA-TG-CT--GTT----A------AACA---TGCAAAA----TACAATTATACAT-GTATTA-----AGA-CT----CT-ATA-TT--GAATA----A-ATG--A---A-CACATTCAA---AGT----TCA------A--TAG------TCTTCATT---ATATNGCACGCAG-------ACATGAAAAATGTCCGGAAAT---TTGAACTGCCG--AAAA--AAA--AAA--A--AAAAAT-TTAAATT---GGGGCGGGGCCT-T-----TTGGGA-TGGGGCGG-----GCGGG--GATGAGA-ATCTAC----AAATTAACTTTGATGTGGCC
gi|1 : AGGCC---A-AATCAAGT-T-AATTT----GTAG-ATT-CTA--AATCC-AACCAGCAA--AAA-A-A---A----T--TGGA-GCGGGTGGGAGGAATTTTAATT-TTCAT-TCATTAT--TTTTCAGGGATTTAAA---A-A---TCTGAGTA----AATTT--A--TAGC-AC-AACA-A------GAT---AGCA---TA-TG-CT--GTTT---A------AACA---TGCAAAA----TACAATTATACAT-GTATCA-----AGA-CT----CT-ATA-TT--GAATA----A-ATG--A---AACACATTTAA---AGT----TCA------A--TAG------TCTTCATT---ATATAGCACGCAG-------ACATGAAAAATGTCCGGAAAT---TTGAACTGCTGAAAAAA--AAA--AAA--A--AAAAAT-TTAAATT---GGGGC-GGGCCT-T-----TTGGGA-TGGGGCAG-----GCAGG--AATGAGA-ATCTAC----AAATTAACTTTGATGTGGCC
gi|10 : AGGCC---A-CATCAAAT-T-AATTT----GTAG-ATT-CTC--A-ACC-A-CCAGCAAC-AAA-A-A---AAAAAT--TGGG-GCGGGTGGGAGGA-TTTTA-TTCTTTAT-T--TTGTAATCCTCTGGAACTTTAA---A-A---TCTGAATA----AATTC--A--TAGC-AT-G-TA-A------GAT---AGCA---TA-TG-CT--GTT----A------AACA---TGCAAAA----TGTAATTATA
gi|11 : tt-CT----CT-ATA-TT--GAATA----A-ATG--G---A-CACATTCAA---AGC----CT-------------------TTTTTTTT---TTATTCCA----------------GAAAGAT-TCT-----TTTCTTGAATT------AAAA--AAA--AAATTA--AAAAA----AAATT---GGGACGGGGTCT-T-----TT---------GC----------GG--GATGAGA-ATCTACATATAAGTTAAC-TTGAT
gi|11 : AGGCG---C-TATCAAGT-T-AACTTATATGTAG-ATT-CTC--A-TCC-agcgccttaat
gi|12 : ctctatattgaataaatggacacattcaaagcctttttttttttattccagaaagattcttttcttgaattaaaaaaaaaattaaaaaaaaattgggacggggtcttttgcg---TCTGAATATATAAATTC--A--TGGC-AT-G-TA-A------GAG---AGCG---TA-TG-CT--GTTGTCAG------AACA---TGCAAAA----TACAATTATACAG-GTTTTT-----AGA-CT----ATAATG-TT--AAATA----A-ATT--A---A-C-CATGCCA---AATCTTATTA------A--TAG-------CTTCTTT---taat
gi|13 : atGTC---A-CATCAAGT-T-AATTT----ATAG-AT--ATC--A-TCC-A-CCAGCAAC-AAA-A-A---AA---T--TGGG-GCGGGTGGGAGGA-TTTTA-TC-TTT-------TAT--TTTTCTGGAACTTTAA---A-A---TCTACATA----AATTT--A--TAGC-AC-A-TA-A------AAT---AGCA---TA-TG-CC--ATT----A------Atacag
gi|14 : GGCCTAAA-CGTGAACT-T-AATTT----GTAG-ATT-CTC--A-TC----------------------------T--TGGG-GCGAGTTGGAGT-ATTTTA-T
gi|14 : TTT--A--TAGC-AT-G-TA-A------GAT---AGCA---TA-TG-CT--GTT----A------AACA---TGCAAAA----TACAATTATACAT-GTATTACTATTAGA-CT----CT-Aagcatgtaagatagcatatgctgttaaacatgcaaaatacaattatacatgtattactattagactctaa
gi|15 : ggcctaaacgtgaacttaatttgtagattctcatcttggggcgagttggagtatAGGCT---A-CATCAAGT-T-TATTT----GTAG-ATT-CTC--A-TCC-A-CCAACAATGAAA-G-A---A----T--TGGG-GCGGATGGGAGGA--------T-TTTAT-TAATTAT--TTTTCTGGAAC-ATAG---A-A---ACTGAATG----AATTC--A--TGGC-a
gi|16 : t---AGT----TCA------A--AAG------TCTTTTTTTTAATATTGCATGCGG-------ACATGAA-------------T---TTGAACTGCCG--AAAA--AAA--A---------------TA---T---GTGGCGGGGCCT-T-----TTGGGA-TGGTGCGG-----GCGGG--GATGAAA-AC-----------------TTGATGTGGCC
gi|17 : --AACA--ACA--ACA--A--AAAAAT-CAATATTTTGGGGGCGGGGCCTCT-----TTCGGATTGGGGCAG-----GCAGG--GATGTGA-ATCTAC----AAACTAAC-TTGATGTGGCC
gi|18 : tgcatgtggac--TTCTCTGGAACTTTAA---A-A---TTGGAATA----AATCT--A--TAGC-AA-G-TA-A-----------------------------GTT----A------AACA---TGCAAAA----TGCAATTATAAAT-GTATTA-----AGA-CT----CT-ACA-TT--GAATA----A-ATG--t
gi|19 : AT---AGCA---TA-TG-CT--GTT----A------AATA---TGCAAAA----TACAGTTATACAT-GCATTA-----AGT-CT----CT-ACG-TT--TAATA----A-TTG--A---A-CACATTTAA---AGT----TCA------A--TAG------TCTTCAg
gi|2 : ATCAAGT-TTAATTTTG--GTAGGATTACTA--A-TCCCA-CAAGCAAC-AAA-A-ATAAA----TCTTGGG-ACAGATGGGAGG-----TA-T-----ATCT--TTAT--TTCTCTG-AACTTTAA---A-C---TCTGAATA----AATTTTAA--TAGCAAC-G-TACA------GATCGAGGCA---TAGTGACT--GTT----A------AAC----T-----A----TACTATTCAATAG-G----------AGATCTA---CT-ACAGTTGGGAATA----ATATG--GTCCA-CA-ATACAAGCGAGT----TCA------C--TAGGGTCTTTCTTCATT---TTTTTTAATGC-G-------CTAC-AAAAAGATCC-----T---TTTCAC-GTCA--AAAATGAAA--AAT--A--AACAA----AATTT---GGGAAAGGGCCC-T-----TTTGAA--GATTCGG-----GCGAGACAACTATATATCTAC-----AATTAACTTTGATGTGGCC
gi|20 : gcgAGGAC---A-CATCAAGT-T-AATTT----GTAG-ATT-CTC--A-ta
gi|3 : AGGCC---A-AATCAAGT-T-AATTT----GTAG-ATT-CTA--A-TCC-A-ACAGCAAG-AAA-A-A---A----T--TGGA-GCGGGTGGGAGGAATTTTAATT-TTCAT-TCATTAT--TTTTCAGGGACTTTAA---A-A---TCTGAGTA----AATTT--A--TAGC-AC-A-CA-A------GAT---AGCA---TA-TG-CT--GTT----A------AACA---TGCAAAA----TACAATTATACAT-GTATCA-----AGA-CT----CT-ATA-TT--GAATA----A-ATG--A---A-CACATTTAA---AGT----TCA------A--TAG------TCTTCATT---ATATAGCACGCAG-------ACATGAAAAATGTCCGGAAAT---TTGAACTGCTG--AAAA--AAA--AAA--A--AAAAAT-TTAAATT---GGGGCGGGGCCT-T-----TTGGGA-TGGGGCAG-----GCAGG--AATGAGA-ATCTAC----AAATTAACTTTGATGTGGCCaac
gi|4 : GCC---A-CATCAAAT-T-AATTT----GTAG-AGT-C----A-TCC-A-CTAGCAAC-AAA-A-A---C----T--TGGG-GCTGGTGGGAGGA-TTTTA-TT-TGT-------TAT--CGTCCTGGAACATTAG---A-A---TCTCAATA----AATTC--G--TAGC-AT-G-TA-A------GAT---AGCA---TA-TG-CT--GTT----ATTAA--AACA---TGCAAAA----TACTATTATGAAT-GTATTA------GA-CT----CT-ATG-TT--GAATA----A-ATT--G---A-CACATTTAA---AGT----TAA------A--TGG------TCTCTATT---ATATTACATGCAGCCATGAAACATAAAAAATGTCCGGAAAT---TTGAACTGCAG--AAAA--AAATGAAA--A--TAAAATATT---TT---GGGGCGGGGCCA-T-----TAGGGA-TGGGGTGG-----GC-AG--GATGAGA-ATCTAC----AAATTAAC-TTGATGTGGCC
gi|5 : AAGTC---AGCATCAAAT-T-AATTT----GTAG-ATT-CTTGTA-TCC-A-CCAGCATC-AAACA-A---A----T--TGGGTGCT--TGGGGAGAACCT-------------------------CTGGAATTTTAA---A-AGAATCTGAATA----AATCC--ATGTAGC-ACTG-TA-GTACAACGAT---AGCATAGTA-TG-CCTGGTT----A------AACACACTGCAAAACTGGTAAGTTTCTACATGGTATTC-----AGA-CCTCGACT-ATT-TTTGAAATATAACA-AGGACA---A-CA-ATTCAC---AGT----TC-------A--TAGC-----TCTTtaa
gi|5 : ttAAT-TAAAATT---TGGACAGGGCCC-TATCTCTTGACA-TGGGGCAGCGTAAGCGC----ATGAGA-ATCTAC----AATTTAACTttggcatataaagatcgcatcttcacaattaaaatttggacagggccctatctcttgacatggggcagcgtaagcgcatgagaatctacaatttaact
gi|6 : ttaagtcagcatcaaattaatttgtagattcttgtatccaccagcatcaaacaaattgggtgcttggggagaacctctggaattttaaaagaatctgaataaatccatgtagcactgtagtacaacgatagcatagtatgcctggttaaacacactgcaaaactggtaagtttctacatggtattcagacctcgactatttttgaaatataacaaggacaacaattcacagttcatagctcttttggcatataaagatcgcatcttcacAGGTT---A-CGTTACATGT-AATAT----GTAC-ATT-CTC--A-TCC-A-CCAGCAAC-AAA-A-T---A----T--TGGG-GCGGGTGAGAGGA--------T-TTTAT-----------TTTCTGAAACTTTAA---A-A---GCTGAATA----CATTC--A--TAGC-AC-A-TA-T------AAT---AGCA---TA-GG------------A------AGTA---TGTCATA----TACAATTATACGT-GTATTA-----AGA-CT----AC-ATT-TT--GAATA-----------A---A-CACATTTAA---AGG----TCATNNNNNN--NNN------NNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNN--NNNN--NNN--NNN--N--NNNNNN-NNNNNNN---NNNNNGGGCCCT-T-----TTGCGA-TGTGGTGG-----GCGGG--GATGTGA-ATCTAC----AAATTAAC
gi|7 : cacatgAGGCC---A-CATCAAGT-T-AATTT----ATAG-ATT-CTC--A-TCC-A-CCAGCAAC-AAA-ACA---A----T--TAGG-AAGGGTGGG------TTTA-T----------------------------TTTAA---A-A---TCTAAATA----AATTC--A--TAGC-AT-G-TA---------------------------CT--GTA----A------AACA---TTCAAAA----TGCAATTATACAT-GTATTC-----AGA-CT----CA-AT
gi|7 : --AAA--A--GATAAT-TT----T---GAGGAGGGGCCT-T-----CTGAGA-TGGGCCGG-----GTGGG--AACGAGA-GTCTAC----AAATTCACTgaaaagtttgactgtcttttttttttatttgtatttaaaagataattttgaggaggggccttctgagatgggccgggtgggaacgagagtctacaaattcacttgacagcg
gi|8 : aggccacatcaagttaatttatagattctcatccaccagcaacaaaacaattaggaagggtgggtttattttaaaatctaaataaattcatagcatgtactgtaaaacattcaaaatgcaattatacatgtattcagactcaatgaaaagtttgactgtcttttttttttatttgtatttAGGCC---A-CATCAAGT-T-AATTT----GTAG-ATT-CTT--G-TCC-A-CCAGCAAT-AAA-A-A---ACAATT--TGGG-GTGGGTGGGGG--ATTTTA-TT-TTT-------TAT--TTCTCTGGAAGTTTAATTCATA---TATGTATA----CAT----G--TAGC-AC-G-TA-C------GAT---AGAA---TA-TG-CT--GTT----ACATGTAAACA---TGCAAAA----TGCAATTATACGT-ATATCA-----ACG-CT----CT-ATA-TT--GAATA----A-ATG--G---A-CACATTCAA---AGT----TCA------A--TAG------TCTTTTTT---Agacagcg
gi|9 : TCTGGAACTTTAA---------TCTTAATA----AATTC--A--TA---AC-G-TT-T------GAT---AGCA---TA-T---C--GTT----A------AAC---------------T----TTAAATAT-GTATT---------------------------GAATA----A-ATG--A---A-CAC--TAAA---AGT----TCA------ATTTAG------TCTTTATT---ATATTGCATGCAG-------ACATGAAAAATTTCTGAAAAT---TTCAACTGCCG--AAAG--AAATGAAA--ATTAAAAA----AAATT---GGGGCGGGatgcattaaagatgtt
Alignments
lowQualScore : 1111 11111111 555555555555555555555 11111111 11111111111 111111 111111111 111111 1111111 111111111 11 2222222 11111 11111 1
lowQualScore : 555 3 2 2 0000 2 2 33 2 3 3 44 3 3 88888888 44 3 888888888888888888888 44 555 3 555 6666 33 33 2 2 2 22222222 444 444 2 2 33 33333333333 555 6666 3 000000 2 8888 2 44 99 7777 3 777777 3 555 7777 000000000 222222 22 7777 5 3 6666666 5 444444444 1 66 66 11 55 55 1111111 666 4 00000 4 1 00000 2 55 4 8888 0
lowQualScore : ... . . . .... . . .. . . . .. . . ........ .. . ..................... .. ... . ... .... .. .. . . . ........ ... ... . . .. ........... ... .... . ...... . .... . .. .. .... . ...... . ... .... ......... ...... .. .... . . ....... . ......... . .. .. .. .. .. ....... ... . ..... . . ..... . .. . .... .
lowQualScore : 444 1 9 9 0000 9 9 99 9 1 3 33 3 3 33333333 66 3 222222222222222222222 66 444 1 000 1111 77 77 7 9 9 11111111 777 777 7 7 77 77777777777 000 1111 1 000000 9 9999 9 44 22 1111 3 444444 6 888 1111 000000000 999999 55 8888 6 2 2222222 9 555555555 6 11 11 00 55 55 0000000 444 0 00000 0 4 00000 3 55 0 5555 0
consensus : AGGCC---A-CATCAAGT-T-AATTT----GTAG-ATT-CTC--A-TCC-A-CCAGCAAC-AAA-A-A---A----T--TGGG-GCGGGTGGGAGGAATTTTA-TT-TTTAT-T--TTAT--TTTTCTGGAACTTTAA---A-A---TCTGAATA----AATTC--A--TAGC-AC-G-TA-A------GAT---AGCA---TA-TG-CT--GTT----A------AACA---TGCAAAA----TACAATTATACAT-GTATTA-----AGA-CT----CT-ATA-TT--GAATA----A-ATG--A---A-CACATTCAA---AGT----TCA------A--TAG------TCTTCATT---ATATTGCACGCAG-------ACATGAAAAATGTCCGGAAAT---TTGAACTGCCG--AAAA--AAA--AAA--A--AAAAAT-TTAAATT---GGGGCGGGGCCT-T-----TTGGGA-TGGGGCGG-----GCGGG--GATGAGA-ATCTAC----AAATTAACTTTGATGTGGCC
Reference ( family-4566 ) : AGGCC---A-CATCAAGT-T-AATTT----GTAG-ATT-CTC--A-TCC-A-CCAGCAAC-AAA-A-A---A----T--TGGG-GCGGGTGGGAGGAATTTTA-TT-TTTAT-T--TTAT--TTTTCTGGAACTTTAA---A-A---TCTGAATA----AATTC--A--TAGC-AC-G-TA-A------GAT---AGCA---TA-TG-CT--GTT----A------AACA---TGCAAAA----TACAATTATACAT-GTATTA-----AGA-CT----CT-ATA-TT--GAATA----A-ATG--A---A-CACATTCAA---AGT----TCA------A--TAG------TCTTCATT---ATATTGCACGCAG-------ACATGAAAAATGTCCGGAAAT---TTGAACTGCCG--AAAA--AAA--AAA--A--AAAAAT-TTAAATT---GGGGCGGGGCCT-T-----TTGGGA-TGGGGCGG-----GCGGG--GATGAGA-ATCTAC----AAATTAACTTTGATGTGGCC
gi|1 : AGGCC---A-AATCAAGT-T-AATTT----GTAG-ATT-CTA--AATCC-AACCAGCAA--AAA-A-A---A----T--TGGA-GCGGGTGGGAGGAATTTTAATT-TTCAT-TCATTAT--TTTTCAGGGATTTAAA---A-A---TCTGAGTA----AATTT--A--TAGC-AC-AACA-A------GAT---AGCA---TA-TG-CT--GTTT---A------AACA---TGCAAAA----TACAATTATACAT-GTATCA-----AGA-CT----CT-ATA-TT--GAATA----A-ATG--A---AACACATTTAA---AGT----TCA------A--TAG------TCTTCATT---ATATAGCACGCAG-------ACATGAAAAATGTCCGGAAAT---TTGAACTGCTGAAAAAA--AAA--AAA--A--AAAAAT-TTAAATT---GGGGC-GGGCCT-T-----TTGGGA-TGGGGCAG-----GCAGG--AATGAGA-ATCTAC----AAATTAACTTTGATGTGGCC
gi|10 : AGGCC---A-CATCAAAT-T-AATTT----GTAG-ATT-CTC--A-ACC-A-CCAGCAAC-AAA-A-A---AAAAAT--TGGG-GCGGGTGGGAGGA-TTTTA-TTCTTTAT-T--TTGTAATCCTCTGGAACTTTAA---A-A---TCTGAATA----AATTC--A--TAGC-AT-G-TA-A------GAT---AGCA---TA-TG-CT--GTT----A------AACA---TGCAAAA----TGTAATTATA
gi|11 : tt-CT----CT-ATA-TT--GAATA----A-ATG--G---A-CACATTCAA---AGC----CT-------------------TTTTTTTT---TTATTCCA----------------GAAAGAT-TCT-----TTTCTTGAATT------AAAA--AAA--AAATTA--AAAAA----AAATT---GGGACGGGGTCT-T-----TT---------GC----------GG--GATGAGA-ATCTACATATAAGTTAAC-TTGAT
gi|11 : AGGCG---C-TATCAAGT-T-AACTTATATGTAG-ATT-CTC--A-TCC-agcgccttaat
gi|12 : ctctatattgaataaatggacacattcaaagcctttttttttttattccagaaagattcttttcttgaattaaaaaaaaaattaaaaaaaaattgggacggggtcttttgcg---TCTGAATATATAAATTC--A--TGGC-AT-G-TA-A------GAG---AGCG---TA-TG-CT--GTTGTCAG------AACA---TGCAAAA----TACAATTATACAG-GTTTTT-----AGA-CT----ATAATG-TT--AAATA----A-ATT--A---A-C-CATGCCA---AATCTTATTA------A--TAG-------CTTCTTT---taat
gi|13 : atGTC---A-CATCAAGT-T-AATTT----ATAG-AT--ATC--A-TCC-A-CCAGCAAC-AAA-A-A---AA---T--TGGG-GCGGGTGGGAGGA-TTTTA-TC-TTT-------TAT--TTTTCTGGAACTTTAA---A-A---TCTACATA----AATTT--A--TAGC-AC-A-TA-A------AAT---AGCA---TA-TG-CC--ATT----A------Atacag
gi|14 : GGCCTAAA-CGTGAACT-T-AATTT----GTAG-ATT-CTC--A-TC----------------------------T--TGGG-GCGAGTTGGAGT-ATTTTA-T
gi|14 : TTT--A--TAGC-AT-G-TA-A------GAT---AGCA---TA-TG-CT--GTT----A------AACA---TGCAAAA----TACAATTATACAT-GTATTACTATTAGA-CT----CT-Aagcatgtaagatagcatatgctgttaaacatgcaaaatacaattatacatgtattactattagactctaa
gi|15 : ggcctaaacgtgaacttaatttgtagattctcatcttggggcgagttggagtatAGGCT---A-CATCAAGT-T-TATTT----GTAG-ATT-CTC--A-TCC-A-CCAACAATGAAA-G-A---A----T--TGGG-GCGGATGGGAGGA--------T-TTTAT-TAATTAT--TTTTCTGGAAC-ATAG---A-A---ACTGAATG----AATTC--A--TGGC-a
gi|16 : t---AGT----TCA------A--AAG------TCTTTTTTTTAATATTGCATGCGG-------ACATGAA-------------T---TTGAACTGCCG--AAAA--AAA--A---------------TA---T---GTGGCGGGGCCT-T-----TTGGGA-TGGTGCGG-----GCGGG--GATGAAA-AC-----------------TTGATGTGGCC
gi|17 : --AACA--ACA--ACA--A--AAAAAT-CAATATTTTGGGGGCGGGGCCTCT-----TTCGGATTGGGGCAG-----GCAGG--GATGTGA-ATCTAC----AAACTAAC-TTGATGTGGCC
gi|18 : tgcatgtggac--TTCTCTGGAACTTTAA---A-A---TTGGAATA----AATCT--A--TAGC-AA-G-TA-A-----------------------------GTT----A------AACA---TGCAAAA----TGCAATTATAAAT-GTATTA-----AGA-CT----CT-ACA-TT--GAATA----A-ATG--t
gi|19 : AT---AGCA---TA-TG-CT--GTT----A------AATA---TGCAAAA----TACAGTTATACAT-GCATTA-----AGT-CT----CT-ACG-TT--TAATA----A-TTG--A---A-CACATTTAA---AGT----TCA------A--TAG------TCTTCAg
gi|2 : ATCAAGT-TTAATTTTG--GTAGGATTACTA--A-TCCCA-CAAGCAAC-AAA-A-ATAAA----TCTTGGG-ACAGATGGGAGG-----TA-T-----ATCT--TTAT--TTCTCTG-AACTTTAA---A-C---TCTGAATA----AATTTTAA--TAGCAAC-G-TACA------GATCGAGGCA---TAGTGACT--GTT----A------AAC----T-----A----TACTATTCAATAG-G----------AGATCTA---CT-ACAGTTGGGAATA----ATATG--GTCCA-CA-ATACAAGCGAGT----TCA------C--TAGGGTCTTTCTTCATT---TTTTTTAATGC-G-------CTAC-AAAAAGATCC-----T---TTTCAC-GTCA--AAAATGAAA--AAT--A--AACAA----AATTT---GGGAAAGGGCCC-T-----TTTGAA--GATTCGG-----GCGAGACAACTATATATCTAC-----AATTAACTTTGATGTGGCC
gi|20 : gcgAGGAC---A-CATCAAGT-T-AATTT----GTAG-ATT-CTC--A-ta
gi|3 : AGGCC---A-AATCAAGT-T-AATTT----GTAG-ATT-CTA--A-TCC-A-ACAGCAAG-AAA-A-A---A----T--TGGA-GCGGGTGGGAGGAATTTTAATT-TTCAT-TCATTAT--TTTTCAGGGACTTTAA---A-A---TCTGAGTA----AATTT--A--TAGC-AC-A-CA-A------GAT---AGCA---TA-TG-CT--GTT----A------AACA---TGCAAAA----TACAATTATACAT-GTATCA-----AGA-CT----CT-ATA-TT--GAATA----A-ATG--A---A-CACATTTAA---AGT----TCA------A--TAG------TCTTCATT---ATATAGCACGCAG-------ACATGAAAAATGTCCGGAAAT---TTGAACTGCTG--AAAA--AAA--AAA--A--AAAAAT-TTAAATT---GGGGCGGGGCCT-T-----TTGGGA-TGGGGCAG-----GCAGG--AATGAGA-ATCTAC----AAATTAACTTTGATGTGGCCaac
gi|4 : GCC---A-CATCAAAT-T-AATTT----GTAG-AGT-C----A-TCC-A-CTAGCAAC-AAA-A-A---C----T--TGGG-GCTGGTGGGAGGA-TTTTA-TT-TGT-------TAT--CGTCCTGGAACATTAG---A-A---TCTCAATA----AATTC--G--TAGC-AT-G-TA-A------GAT---AGCA---TA-TG-CT--GTT----ATTAA--AACA---TGCAAAA----TACTATTATGAAT-GTATTA------GA-CT----CT-ATG-TT--GAATA----A-ATT--G---A-CACATTTAA---AGT----TAA------A--TGG------TCTCTATT---ATATTACATGCAGCCATGAAACATAAAAAATGTCCGGAAAT---TTGAACTGCAG--AAAA--AAATGAAA--A--TAAAATATT---TT---GGGGCGGGGCCA-T-----TAGGGA-TGGGGTGG-----GC-AG--GATGAGA-ATCTAC----AAATTAAC-TTGATGTGGCC
gi|5 : AAGTC---AGCATCAAAT-T-AATTT----GTAG-ATT-CTTGTA-TCC-A-CCAGCATC-AAACA-A---A----T--TGGGTGCT--TGGGGAGAACCT-------------------------CTGGAATTTTAA---A-AGAATCTGAATA----AATCC--ATGTAGC-ACTG-TA-GTACAACGAT---AGCATAGTA-TG-CCTGGTT----A------AACACACTGCAAAACTGGTAAGTTTCTACATGGTATTC-----AGA-CCTCGACT-ATT-TTTGAAATATAACA-AGGACA---A-CA-ATTCAC---AGT----TC-------A--TAGC-----TCTTtaa
gi|5 : ttAAT-TAAAATT---TGGACAGGGCCC-TATCTCTTGACA-TGGGGCAGCGTAAGCGC----ATGAGA-ATCTAC----AATTTAACTttggcatataaagatcgcatcttcacaattaaaatttggacagggccctatctcttgacatggggcagcgtaagcgcatgagaatctacaatttaact
gi|6 : ttaagtcagcatcaaattaatttgtagattcttgtatccaccagcatcaaacaaattgggtgcttggggagaacctctggaattttaaaagaatctgaataaatccatgtagcactgtagtacaacgatagcatagtatgcctggttaaacacactgcaaaactggtaagtttctacatggtattcagacctcgactatttttgaaatataacaaggacaacaattcacagttcatagctcttttggcatataaagatcgcatcttcacAGGTT---A-CGTTACATGT-AATAT----GTAC-ATT-CTC--A-TCC-A-CCAGCAAC-AAA-A-T---A----T--TGGG-GCGGGTGAGAGGA--------T-TTTAT-----------TTTCTGAAACTTTAA---A-A---GCTGAATA----CATTC--A--TAGC-AC-A-TA-T------AAT---AGCA---TA-GG------------A------AGTA---TGTCATA----TACAATTATACGT-GTATTA-----AGA-CT----AC-ATT-TT--GAATA-----------A---A-CACATTTAA---AGG----TCATNNNNNN--NNN------NNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNN--NNNN--NNN--NNN--N--NNNNNN-NNNNNNN---NNNNNGGGCCCT-T-----TTGCGA-TGTGGTGG-----GCGGG--GATGTGA-ATCTAC----AAATTAAC
gi|7 : cacatgAGGCC---A-CATCAAGT-T-AATTT----ATAG-ATT-CTC--A-TCC-A-CCAGCAAC-AAA-ACA---A----T--TAGG-AAGGGTGGG------TTTA-T----------------------------TTTAA---A-A---TCTAAATA----AATTC--A--TAGC-AT-G-TA---------------------------CT--GTA----A------AACA---TTCAAAA----TGCAATTATACAT-GTATTC-----AGA-CT----CA-AT
gi|7 : --AAA--A--GATAAT-TT----T---GAGGAGGGGCCT-T-----CTGAGA-TGGGCCGG-----GTGGG--AACGAGA-GTCTAC----AAATTCACTgaaaagtttgactgtcttttttttttatttgtatttaaaagataattttgaggaggggccttctgagatgggccgggtgggaacgagagtctacaaattcacttgacagcg
gi|8 : aggccacatcaagttaatttatagattctcatccaccagcaacaaaacaattaggaagggtgggtttattttaaaatctaaataaattcatagcatgtactgtaaaacattcaaaatgcaattatacatgtattcagactcaatgaaaagtttgactgtcttttttttttatttgtatttAGGCC---A-CATCAAGT-T-AATTT----GTAG-ATT-CTT--G-TCC-A-CCAGCAAT-AAA-A-A---ACAATT--TGGG-GTGGGTGGGGG--ATTTTA-TT-TTT-------TAT--TTCTCTGGAAGTTTAATTCATA---TATGTATA----CAT----G--TAGC-AC-G-TA-C------GAT---AGAA---TA-TG-CT--GTT----ACATGTAAACA---TGCAAAA----TGCAATTATACGT-ATATCA-----ACG-CT----CT-ATA-TT--GAATA----A-ATG--G---A-CACATTCAA---AGT----TCA------A--TAG------TCTT--TT---TTAATGCAgacagcg
gi|9 : TCTGGAACTTTAA---------TCTTAATA----AATTC--A--TA---AC-G-TT-T------GAT---AGCA---TA-T---C--GTT----A------AAC---------------T----TTAAATAT-GTATT---------------------------GAATA----A-ATG--A---A-CAC--TAAA---AGT----TCA------ATTTAG------TCTTTATT---ATATTGCATGCAG-------ACATGAAAAATTTCTGAAAAT---TTCAACTGCCG--AAAG--AAATGAAA--ATTAAAAA----AAATT---GGGGCGGGttaaagatgtt
blockSeqs : TAA G G T ATAT G A GT . C . TG C C AAAAA CT T AATTTTAATTTTCATTCAT AA TTC T GAA TATA TA TG A T . GTACAAC CGA TAG G A TG ACATGTA CAC CTGG G ACTATT T TCGA A AG GG TAAC T GTCC . GCG CTTA TNNNNNN GGTCTT TT TTAA T G CCATGAA A GGAAAT C . TG TG TT TT TCAATA TTG C ATCTC T G CGTAA G AC T ATAT T
blockSeqs : . . . . TG . . . . . . C . . ACAAT . . ATTTTATTCTTTATTT . . . . . . . . . . CA . . . . . GTCAG . . . T . A . A TG . . ACA . . . ATT C CT T T A . G GGAAAT C . . TG . . TTTAAA . . . . A . A . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C . . TAAA . . ATTTTATCTTT . . . . . . . . . . A . . . . . ATTAA . . . A . . . G . . . G . . . A . TT T C A . G NNNNNN T . . . . . TTAAAA . . . . G . G . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C . . AA . . ATTTTATTAAT . . . . . . . . . . A . . . . . A . . . A . . . A . . . A . . . A . CA A T N . N GAAAAT A . . . . . NNNNNN . . . . A . A . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . . A . . ATTTTATTTGT . . . . . . . . . . A . . . . . A . . . A . . . G . . . A . . . A . CA A N A . T TTTC N . . . . . TATT . . . . G . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C . . A . . ATTTTATTTTT . . . . . . . . . . A . . . . . A . . . A . . . A . . . A . . . C . CA N T . . . T C . . . . . AAA . . . . A . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C . . C . . TATATCTT . . . . . . . . . . A . . . . . A . . . C . . . G . . . G . . . A . TA T . . . . T . . . . . . AAT . . . . G . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C . . A . . ATTTTAT . . . . . . . . . . A . . . . . A . . . A . . . T . . . A . . . A . NN A . . . . . TTT . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C . . A . . AACCT . . . . . . . . . . A . . . . . A . . . C . . . T . . . G . . . A . TA . . . AAA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . A . . TTTAT . . . . . . . . . . T . . . . . A . . . A . . . A . . . A . . . A . . TA .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A
blockSeqCons : C* ATTTTATTTTT********** A********** **
originalCons : AGGCC---A-CATCAAGT-T-AATTT----GTAG-ATT-CTC--A-TCC-A-CCAGCAAC-AAA-A-A---A----T--TGGG-GCGGGTGGGAGGAATTTTA-TT-TTTAT-T--TTAT--TTTTCTGGAACTTTAA---A-A---TCTGAATA----AATTC--A--TAGC-AC-G-TA-A------GAT---AGCA---TA-TG-CT--GTT----A------AACA---TGCAAAA----TACAATTATACAT-GTATTA-----AGA-CT----CT-ATA-TT--GAATA----A-ATG--A---A-CACATTCAA---AGT----TCA------A--TAG------TCTTCATT---ATATTGCACGCAG-------ACATGAAAAATGTCCGGAAAT---TTGAACTGCCG--AAAA--AAA--AAA--A--AAAAAT-TTAAATT---GGGGCGGGGCCT-T-----TTGGGA-TGGGGCGG-----GCGGG--GATGAGA-ATCTAC----AAATTAACTTTGATGTGGCC
finalCons : AGGCC---A-CATCAAGT-T-AATTT----GTAG-ATT-CTC--A-TCC-A-CCAGCAAC-AAA-A-A---A----T--TGGG-GCGGGTGGGAGGATTTTATTTTT----------TAT--TTTTCTGGAACTTTAA---A-A---TCTGAATA----AATTC--A--TAGC-AC-G-TA-A------GAT---AGCA---TA-TG-CT--GTTA----------AACA---TGCAAAA----TACAATTATACAT-GTATTA-----AGA-CT----CT-ATA-TT--GAATA----A-ATG--A---A-CACATTCAA---AGT----TCA------A--TAG------TCTTCATT---ATATTGCACGCAG-------ACATGAAAAATGTCCGGAAAT---TTGAACTGCCG--AAAA--AAA--AAA--A--AAAAAT-TTAAATT---GGGGCGGGGCCT-T-----TTGGGA-TGGGGCGG-----GCGGG--GATGAGA-ATCTAC----AAATTAACTTTGATGTGGCC
Alignments
lowQualScore : 1111 11111111 333333333333 1111111 11111111 1111 111111 111111111 111111 1111111 111111111 11 2222222 11111 11111 1
lowQualScore : 555 3 2 2 0000 2 2 33 2 3 3 77 3 3 55555555 44 3 6 333333333333 0000000 555 3 555 6666 33 33 2 2 2 22222222 444 444 2 2 33 4444 777777 555 6666 3 333333 2 8888 2 44 99 7777 3 777777 3 555 7777 000000000 222222 22 7777 5 3 6666666 5 444444444 1 66 66 11 55 55 1111111 666 4 00000 4 1 00000 2 55 4 8888 0
lowQualScore : ... . . . .... . . .. . . . .. . . ........ .. . . ............ ....... ... . ... .... .. .. . . . ........ ... ... . . .. .... ...... ... .... . ...... . .... . .. .. .... . ...... . ... .... ......... ...... .. .... . . ....... . ......... . .. .. .. .. .. ....... ... . ..... . . ..... . .. . .... .
lowQualScore : 444 1 9 9 0000 9 9 99 9 1 3 77 3 3 00000000 66 3 7 999999999999 0000000 444 1 000 1111 77 77 7 9 9 11111111 777 777 7 7 77 0000 777777 000 1111 1 888888 9 9999 9 44 22 1111 3 444444 6 888 1111 000000000 999999 55 8888 6 2 2222222 9 555555555 6 11 11 00 55 55 0000000 444 0 00000 0 4 00000 3 55 0 5555 0
consensus : AGGCC---A-CATCAAGT-T-AATTT----GTAG-ATT-CTC--A-TCC-A-CCAGCAAC-AAA-A-A---A----T--TGGG-GCGGGTGGGAGGA-TTTTA-T-TTT------TTATTTT-------TCTGGAACTTTAA---A-A---TCTGAATA----AATTC--A--TAGC-AC-G-TA-A------GAT---AGCA---TA-TG-CT--GTT----A------AACA---TGCAAAA----TACAATTATACAT-GTATTA-----AGA-CT----CT-ATA-TT--GAATA----A-ATG--A---A-CACATTCAA---AGT----TCA------A--TAG------TCTTCATT---ATATTGCACGCAG-------ACATGAAAAATGTCCGGAAAT---TTGAACTGCCG--AAAA--AAA--AAA--A--AAAAAT-TTAAATT---GGGGCGGGGCCT-T-----TTGGGA-TGGGGCGG-----GCGGG--GATGAGA-ATCTAC----AAATTAACTTTGATGTGGCC
Reference ( family-4566 ) : AGGCC---A-CATCAAGT-T-AATTT----GTAG-ATT-CTC--A-TCC-A-CCAGCAAC-AAA-A-A---A----T--TGGG-GCGGGTGGGAGGA-TTTTA-T-TTT------TTATTTT-------TCTGGAACTTTAA---A-A---TCTGAATA----AATTC--A--TAGC-AC-G-TA-A------GAT---AGCA---TA-TG-CT--GTT----A------AACA---TGCAAAA----TACAATTATACAT-GTATTA-----AGA-CT----CT-ATA-TT--GAATA----A-ATG--A---A-CACATTCAA---AGT----TCA------A--TAG------TCTTCATT---ATATTGCACGCAG-------ACATGAAAAATGTCCGGAAAT---TTGAACTGCCG--AAAA--AAA--AAA--A--AAAAAT-TTAAATT---GGGGCGGGGCCT-T-----TTGGGA-TGGGGCGG-----GCGGG--GATGAGA-ATCTAC----AAATTAACTTTGATGTGGCC
gi|1 : AGGCC---A-AATCAAGT-T-AATTT----GTAG-ATT-CTA--AATCC-AACCAGCAA--AAA-A-A---A----T--TGGA-GCGGGTGGGAGGAATTTTAAT-TTTCATTCATTATTTT-------TCAGGGATTTAAA---A-A---TCTGAGTA----AATTT--A--TAGC-AC-AACA-A------GAT---AGCA---TA-TG-CT--GTTT---A------AACA---TGCAAAA----TACAATTATACAT-GTATCA-----AGA-CT----CT-ATA-TT--GAATA----A-ATG--A---AACACATTTAA---AGT----TCA------A--TAG------TCTTCATT---ATATAGCACGCAG-------ACATGAAAAATGTCCGGAAAT---TTGAACTGCTGAAAAAA--AAA--AAA--A--AAAAAT-TTAAATT---GGGGC-GGGCCT-T-----TTGGGA-TGGGGCAG-----GCAGG--AATGAGA-ATCTAC----AAATTAACTTTGATGTGGCC
gi|10 : AGGCC---A-CATCAAAT-T-AATTT----GTAG-ATT-CTC--A-ACC-A-CCAGCAAC-AAA-A-A---AAAAAT--TGGG-GCGGGTGGGAGGA-TTTTA-T-TCT------TTATTTTGTAATCCTCTGGAACTTTAA---A-A---TCTGAATA----AATTC--A--TAGC-AT-G-TA-A------GAT---AGCA---TA-TG-CT--GTT----A------AACA---TGCAAAA----TGTAATTATA
gi|11 : tt-CT----CT-ATA-TT--GAATA----A-ATG--G---A-CACATTCAA---AGC----CT-------------------TTTTTTTT---TTATTCCA----------------GAAAGAT-TCT-----TTTCTTGAATT------AAAA--AAA--AAATTA--AAAAA----AAATT---GGGACGGGGTCT-T-----TT---------GC----------GG--GATGAGA-ATCTACATATAAGTTAAC-TTGAT
gi|11 : AGGCG---C-TATCAAGT-T-AACTTATATGTAG-ATT-CTC--A-TCC-agcgccttaat
gi|12 : ctctatattgaataaatggacacattcaaagcctttttttttttattccagaaagattcttttcttgaattaaaaaaaaaattaaaaaaaaattgggacggggtcttttgcg---TCTGAATATATAAATTC--A--TGGC-AT-G-TA-A------GAG---AGCG---TA-TG-CT--GTTGTCAG------AACA---TGCAAAA----TACAATTATACAG-GTTTTT-----AGA-CT----ATAATG-TT--AAATA----A-ATT--A---A-C-CATGCCA---AATCTTATTA------A--TAG-------CTTCTTT---taat
gi|13 : atGTC---A-CATCAAGT-T-AATTT----ATAG-A-T-ATC--A-TCC-A-CCAGCAACAAAA-A-A---A----T--TGGG-GCGGGTGGGAGGA-TTTTA-T-CTT------TTATTTT-------TCTGGAACTTTAA---A-A---TCTACATA----AATTT--A--TAGC-AC-A-TA-A------AAT---AGCA---TA-TG-CC--ATT----A------Atacag
gi|14 : GGCCTAAA-CGTGAACT-T-AATTT----GTAG-ATT-CTC--A-TC----------------------------T--TGGG-GCGAGTTGGAGTA-TTTTA-T-
gi|14 : TTT--A--TAGC-AT-G-TA-A------GAT---AGCA---TA-TG-CT--GTT----A------AACA---TGCAAAA----TACAATTATACAT-GTATTACTATTAGA-CT----CT-Aagcatgtaagatagcatatgctgttaaacatgcaaaatacaattatacatgtattactattagactctaa
gi|15 : ggcctaaacgtgaacttaatttgtagattctcatcttggggcgagttggagtatAGGCT---A-CATCAAGT-T-TATTT----GTAG-ATT-CTC--A-TCC-A-CCAACAATGAAA-G-A---A----T--TGGG-GCGGATGGGAGGA-TTTTA-T-TAA------TTATTTT-------TCTGGAAC-ATAG---A-A---ACTGAATG----AATTC--A--TGGC-a
gi|16 : t---AGT----TCA------A--AAG------TCTTTTTTTTAATATTGCATGCGG-------ACATGAA-------------T---TTGAACTGCCG--AAAA--AAA--A---------------TA---T---GTGGCGGGGCCT-T-----TTGGGA-TGGTGCGG-----GCGGG--GATGAAA-AC-----------------TTGATGTGGCC
gi|17 : --AACA--ACA--ACA--A--AAAAAT-CAATATTTTGGGGGCGGGGCCTCT-----TTCGGATTGGGGCAG-----GCAGG--GATGTGA-ATCTAC----AAACTAAC-TTGATGTGGCC
gi|18 : tgcatgtggacTTC-------TCTGGAACTTTAA---A-A---TTGGAATA----AATCT--A--TAGC-AA-G-TA-A-----------------------------GTT----A------AACA---TGCAAAA----TGCAATTATAAAT-GTATTA-----AGA-CT----CT-ACA-TT--GAATA----A-ATG--t
gi|19 : AT---AGCA---TA-TG-CT--GTT----A------AATA---TGCAAAA----TACAGTTATACAT-GCATTA-----AGT-CT----CT-ACG-TT--TAATA----A-TTG--A---A-CACATTTAA---AGT----TCA------A--TAG------TCTTCAg
gi|2 : ATCAAGT-TTAATTTTG--GTAGGATTACTA--A-TCCCA-CAAGCAAC-AAA-A-ATAAA----TCTTGGG-ACAGATGGGAGG-----TA-TATCT------TTATTTC-------TCTG-AACTTTAA---A-C---TCTGAATA----AATTTTAA--TAGCAAC-G-TACA------GATCGAGGCA---TAGTGACT--GTT----A------AAC----T-----A----TACTATTCAATAG-G----------AGATCTA---CT-ACAGTTGGGAATA----ATATG--GTCCA-CA-ATACAAGCGAGT----TCA------C--TAGGGTCTTTCTTCATT---TTTTTTAATGC-G-------CTAC-AAAAAGATCC-----T---TTTCAC-GTCA--AAAATGAAA--AAT--A--AACAA----AATTT---GGGAAAGGGCCC-T-----TTTGAA--GATTCGG-----GCGAGACAACTATATATCTAC-----AATTAACTTTGATGTGGCC
gi|20 : gcgAGGAC---A-CATCAAGT-T-AATTT----GTAG-ATT-CTC--A-ta
gi|3 : AGGCC---A-AATCAAGT-T-AATTT----GTAG-ATT-CTA--A-TCC-A-ACAGCAAG-AAA-A-A---A----T--TGGA-GCGGGTGGGAGGAATTTTAAT-TTTCATTCATTATTTT-------TCAGGGACTTTAA---A-A---TCTGAGTA----AATTT--A--TAGC-AC-A-CA-A------GAT---AGCA---TA-TG-CT--GTT----A------AACA---TGCAAAA----TACAATTATACAT-GTATCA-----AGA-CT----CT-ATA-TT--GAATA----A-ATG--A---A-CACATTTAA---AGT----TCA------A--TAG------TCTTCATT---ATATAGCACGCAG-------ACATGAAAAATGTCCGGAAAT---TTGAACTGCTG--AAAA--AAA--AAA--A--AAAAAT-TTAAATT---GGGGCGGGGCCT-T-----TTGGGA-TGGGGCAG-----GCAGG--AATGAGA-ATCTAC----AAATTAACTTTGATGTGGCCaac
gi|4 : GCC---A-CATCAAAT-T-AATTT----GTAG-AGT-C----A-TCC-A-CTAGCAAC-AAA-A-A---C----T--TGGG-GCTGGTGGGAGGA-TTTTA-T-TTG------TTATCGT-------CCTGGAACATTAG---A-A---TCTCAATA----AATTC--G--TAGC-AT-G-TA-A------GAT---AGCA---TA-TG-CT--GTTATTAA------AACA---TGCAAAA----TACTATTATGAAT-GTATT------AGA-CT----CT-ATG-TT--GAATA----A-ATT--G---A-CACATTTAA---AGT----TAA------A--TGG------TCTCTATT---ATATTACATGCAGCCATGAAACATAAAAAATGTCCGGAAAT---TTGAACTGCAG--AAAA--AAATGAAA--A--TAAAATATT---TT---GGGGCGGGGCCA-T-----TAGGGA-TGGGGTGG-----GC-AG--GATGAGA-ATCTAC----AAATTAAC-TTGATGTGGCC
gi|5 : AAGTC---AGCATCAAAT-T-AATTT----GTAG-ATT-CTTGTA-TCC-A-CCAGCATC-AAACA-A---A----T--TGGGTGCTTG-GGGAGAA-CCT-----------------------------CTGGAATTTTAA---A-AGAATCTGAATA----AATCC--ATGTAGC-ACTG-TA-GTACAACGAT---AGCATAGTA-TG-CCTGGTT----A------AACACACTGCAAAACTGGTAAGTTTCTACATGGTATTC-----AGA-CCTCGACT-ATT-TTTGAAATATAACA-AGGACA---A-CA-ATTCAC---AGT----TC-------A--TAGC-----TCTTtaa
gi|5 : ttAAT-TAAAATT---TGGACAGGGCCC-TATCTCTTGACA-TGGGGCAGCGTAAGCGC----ATGAGA-ATCTAC----AATTTAACTttggcatataaagatcgcatcttcacaattaaaatttggacagggccctatctcttgacatggggcagcgtaagcgcatgagaatctacaatttaact
gi|6 : ttaagtcagcatcaaattaatttgtagattcttgtatccaccagcatcaaacaaattgggtgcttggggagaacctctggaattttaaaagaatctgaataaatccatgtagcactgtagtacaacgatagcatagtatgcctggttaaacacactgcaaaactggtaagtttctacatggtattcagacctcgactatttttgaaatataacaaggacaacaattcacagttcatagctcttttggcatataaagatcgcatcttcacAGGTT---A-CGTTACATGT-AATAT----GTAC-ATT-CTC--A-TCC-A-CCAGCAAC-AAA-A-T---A----T--TGGG-GCGGGTGAGAGGA-TTTTA----------------TTT-------TCTGAAACTTTAA---A-A---GCTGAATA----CATTC--A--TAGC-AC-A-TA-T------AAT---AGCA---TA-GG------------A------AGTA---TGTCATA----TACAATTATACGT-GTATTA-----AGA-CT----AC-ATT-TT--GAATA-----------A---A-CACATTTAA---AGG----TCATNNNNNN--NNN------NNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNN--NNNN--NNN--NNN--N--NNNNNN-NNNNNNN---NNNNNGGGCCCT-T-----TTGCGA-TGTGGTGG-----GCGGG--GATGTGA-ATCTAC----AAATTAAC
gi|7 : cacatgAGGCC---A-CATCAAGT-T-AATTT----ATAG-ATT-CTC--A-TCC-A-CCAGCAAC-AAA-ACA---A----T--TAGG-AAGGGTGGG------TTTA-T--------------------------------TTTAA---A-A---TCTAAATA----AATTC--A--TAGC-AT-G-TA---------------------------CT--GTA----A------AACA---TTCAAAA----TGCAATTATACAT-GTATTC-----AGA-CT----CA-AT
gi|7 : --AAA--A--GATAAT-TT----T---GAGGAGGGGCCT-T-----CTGAGA-TGGGCCGG-----GTGGG--AACGAGA-GTCTAC----AAATTCACTgaaaagtttgactgtcttttttttttatttgtatttaaaagataattttgaggaggggccttctgagatgggccgggtgggaacgagagtctacaaattcacttgacagcg
gi|8 : aggccacatcaagttaatttatagattctcatccaccagcaacaaaacaattaggaagggtgggtttattttaaaatctaaataaattcatagcatgtactgtaaaacattcaaaatgcaattatacatgtattcagactcaatgaaaagtttgactgtcttttttttttatttgtatttAGGCC---A-CATCAAGT-T-AATTT----GTAG-ATT-CTT--G-TCC-A-CCAGCAAT-AAA-A-A---ACAATT--TGGG-GTGGGTGGG-GGA-TTTTA-T-TTT------TTATTTC-------TCTGGAAGTTTAATTCATA---TATGTATA----CAT----G--TAGC-AC-G-TA-C------GAT---AGAA---TA-TG-CT--GTT----ACATGTAAACA---TGCAAAA----TGCAATTATACGT-ATATCA-----ACG-CT----CT-ATA-TT--GAATA----A-ATG--G---A-CACATTCAA---AGT----TCA------A--TAG------TCTT--TT---TTAATGCAgacagcg
gi|9 : -------TCTGGAACTTTAA---------TCTTAATA----AATTC--A--TA---AC-G-TT-T------GAT---AGCA---TA-T---C--GTT----A------AAC---------------T----TTAAATAT-GTATT---------------------------GAATA----A-ATG--A---A-CAC--TAAA---AGT----TCA------ATTTAG------TCTTTATT---ATATTGCATGCAG-------ACATGAAAAATTTCTGAAAAT---TTCAACTGCCG--AAAG--AAATGAAA--ATTAAAAA----AAATT---GGGGCGGGttaaagatgtt