lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111111111111111111 11111111111
lowQualScore : 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 22222 1 1 1 44444444444444444444444444444 1 3333333 1 44444444444 1 222 33333333333 1 666666666666666666666666666666666666666666666 33333333 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 22222222 22222 1111111 44444444444444444 111 1111111111111 111111111111111 1 1111
lowQualScore : 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 99999 3 7 8 3 3 6 77777777777777777777777777777 3 7 6666666 0 3 00000000000 6 1 888 3 5 0 2 888 6 999 55555555555 2 555555555555555555555555555555555555555555555 11111111 2 5 444 5 777 33 2 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111 22 55555555 3333 3 333 3333 1 55555 3 888888888888 0000000 1 555555 7777777 11111111111111111 666 1 1 3 0000000000000 66 333333333333333 1 3 333 88 1 1 4444 4 7777 0 33 55555 88
lowQualScore : .............................................................................................................................. ..... . . . . . . ............................. . . ....... . . ........... . . ... . . . . ... . ... ........... . ............................................. ........ . . ... . ... .. . .............................................................................. .... .. ........ .... . ... .... . ..... . ............ ....... . ...... ....... ................. ... . . . ............. .. ............... . . ... .. . . .... . .... . .. ..... ..
lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 77777 3 3 3 3 3 7 77777777777777777777777777777 3 3 7777777 0 2 88888888888 4 0 777 4 0 1 5 888 6 333 77777777777 0 111111111111111111111111111111111111111111111 99999999 9 7 777 7 999 99 9 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5555 99 44444444 7777 5 000 7777 7 22222 5 999999999999 7777777 7 000000 1111111 55555555555555555 333 7 7 5 8888888888888 44 222222222222222 7 2 000 00 9 9 2222 0 4444 6 22 99999 00
consensus : CCCCCCCCCTTTC------GATTTTG--GTAAA-GAGAGAGAGANGCGGTTTTGCTTTCGTTTCATTTATTTTGTACATAATACACTTTGGCNATGGNAACTAAGTTTAGAATTTTGACTATGGGCGNCAAGTAGATNAAAGCAGAAACTAAAAC-CGGAGGATGACTATA-TTTTTATAGTTG-AATTTTA-TGACAACCTA-ACAGCAA-AG----A-AA------GCGCTCCG-GTCGTATCCAGAT-C-----TAAAGAA-TCTTGAAATG----------GATTCAATGGNGGAGTT-GCGG-GGGTTGCACCCC---CCCCCCCCCCCC--TTTGAAAAA---------A-AAAAAACAAAA----AGCGAGAAA-----NAGAGAG---------AGA------TTGTAAC--G-----TGTTAC-TG-T---T-TT---A--AAG-A------------A-A---------------T----------TT------N---------------A------------AATTT--AAATT--AA-------CA----CAT-G---AGC----C-TA----T-T------------TTC-------C-A------A-------AG-------G---------AAATA-G-GG-C-AA-AA-T--G-----T-CTGTA-CTTA-T----TAAGT-A--TG-GTTCTAAAA---TT-TAAC-AA-AA----A-CGA-TNTAGTGA--ATAC-----AT-CTGAAATGAA
Reference ( gi|1 ) : CCCCCCCCCTTTTTTTTTTGATTTT---GTAGA-GAGCGAGAGAGGTGA----GCTT--GTTTTGCTTA-------CCGGATACATTTTGACAAT-ATA-------------TTTT---------CTTTAAGTAA--CAAAGCAGAAACTATAAT-CGGAGGATGACTATA-TTTTTATTGTTG-AATTTTA-TGACAATATATACAGCAAGAAAATTA-AACAGCGTGCGCTCCG-GTCGTATCCAGAT-C-----TAAAGAA-TCTTGAAATGGATTCATTCCGATTCAATGGTGGAGTT-GCGG-GGGTTGCACCCC---CCCCCCCCCCCCCATTTGAAAAA---------A-AAAAAACAAAA----AACAAAAAA-----CAGAGAG---------GGA------T-GTAAC--C-----TGTTAC-TG-T---T-TT---A--AAG-A------------A-A---------------T----------TT------C---------------A------------AATTT--AGATT--AT-------CA----CAT-G---AGC----C-T-----T-T------------TTC-------C-A------A-------AG-------G---------AAATA-T-GG-C-AA-AA-T--G-----T-CTGTA-CTTA-T----TAGGT-G--TG-GTTCTTAAA---TT-CAAC-AA-AA----A-CGT-TCTAGTGA--ATAC-----AT-TTGAAATGAA
gi|5 : CCCCCCCCCTTT-------GGTGTT---GTAAAAGAGAGAGAGATACAATTTTGCTTTCGTTTCATTTATTTTGTACATAATACACTTTGGCTATGATAACTAAGTTTAGAATTTTGACTATGGGTTTTAA-TAGATTAAAGCAGAAACTAATAC-CGGAGGATGACTATA-ATTCTATTGTTG-AATTTTAGTGA-AACCTCAACAGCAA-AGAGCTATAACAGCGTGCGCTCCGAGTCG-ATCCAGAT-C-----TAAAGAA-TCTTG-AATG----------GATTTAATGG-GGAG-----GG-GGG-TGCACCCA---CCCCCCT-------TTTGAAAAA---------A-AAAA
gi|3 : gcgtatctagagcggggtggggttacgggggttgcacaccccacCCCCCCCCCCCCCCTTATTGATTGTAAAATAAA-GGACGAGAGGGGGGG----ACTT--GTTTT
gi|21 : acctaagtaattgtctatgatcattggcggatttaaggggactttgcggggtttaacccccccccccccccCCCCACCCCTTTC-------ATTTTG--GTGGA-GAGAGAGAGActctttgcttgtcgtttcatttctaattttaggctatgatactaagtacagaattgaaagcctgtatattttgacaatggattttcgacaagtaagaaagcagaaacaaaatacgacgggtggctataatgcttatagttggaatctcatgacagctaacacaaaaggcgctccgatcgtatccagataccggtataaagaattcttgaaatgattcaatgggggaattggcgggagttgccaccccccccccattgcaaaaaaactaa
gi|3 : ggcggatctagagtgtatatggggggggggggattaagggagttgcaaTATATTTTGACAAT-GGA-------------TTTT---------CGACAAGTAA--GAAAGCAGAAACAA-AATACGACGGGTGGCTATAATGCTTATAGTTGGAATCTCA-TGACAGC-TA-ACA-CAAAAG--------------GCGCTCCG-ATCGTATCCAGATACCGGTATAAAGAATTCTTGAAAT-----------GATTCAATGGGGGAATTGGCGG-GAGTTG---------CCACCCCCCCCCCATTGCAAAAA---------A-Acttttaaattcttcttatataatgatttttttaatacagataata
gi|12 : acctaagtaattgtctatgatcattggcggatttaaggggactttgcggggtttaacccccccccccccccccccccccccccccttattgattgtaaaataaaggacgagagggggggacttgttttctctttgcttgtcgtttcatttctaattttaggctatgatactaagtacagaattgaaagcctgAACTAAAAC-CGGAGGATGACTAAA-TTTT-ATAATTG-AATTTTA-TCACAATCTATACAG----------A-AA------GCCCTTTA-GTCGTATCCAGAT-C-----TAAGGAA-TCTTGAAATG----------GATTCAATGGTGGAGTT-GCTG-TGGTTGCACCCA---CCCCCctaa
gi|32 : AAAAA-TCTTGAAATGGATTC--------T--ATGGAGGAGTA-GCAG-GGGTTGCACCAC---CACCACCACCC----TTGAAAAA---------C-AAAAAA-AAGG----A--GAGAAA-----GAGAGAG---------AGA------tttttgtaaaataaacagagag
gi|25 : GATTTAATGGAGGAGTT-GC----------ACCCC---CCCCCCCTCCC----TTGAAAAATCAATATAAA-AAAAAATAAAAGG--AGTGAGAGA-----GAGAGAGAGAGGGGGGGGA------T-GTAACAACCTGCATGTTAT-TG-T---
gi|17 : gAGTGGCGGA--T-CCAGAGGGTTGGACCCC---CCCCCCCCCCCCC
gi|37 : attatatcttcattattatgtacagcgattcttatatcgttactgcgatgggaataaatcaattttgatataattaattattgtttactatatatgtGTGGGGGT-GCGG-GGGTTGCAACTCAAACCCCCCCCCCCCTTTTTGAAAAA---------cc
gi|30 : ttggtggatttgggggcGG-GAGTTGCAACCC---CC------------TTTGAAAAA---------TTAAAAAACAAAACCATAACAAAAAAAACCCCAAAAAACCCAA----AGA------TTGTAAC--C-----TGTTAC-TG-T---T-TT---A--AAG-A------------A-tcaagagagag
gi|13 : AAAGAG-----C-GATAG---------AGA------TTGTAAC--G-----TTTTAC-TG-T---T------A--AAA-A------------A-AGTGTTTTATCATAGAT----------TT------G---------------A------------GATTC--AAATT--AA-------CA----CTT-G---AGT----C-T-----T-TAGGGCAAATTTCTTT-------C-A------A-------A-------------------AAT-------C-AA-AA----G-----T-C-----CATA-G----TAAGT-A--TT-GTTCTAAAA---TT-TAAC-AA-AA----A-C
gi|7 : aAAA-----CGAGGAA---------GGACGATGTT-GTAAC--------TGT-AC-T--T---T-TT---A--AAA-ATGTTTTATCATAG-A---------------T----------TT------G---------------A------------AATTT--AAATT--A---------A----CAC-G---AGT----C-TA----T-T------------TTC-------C-A------A-------AG-------GTCAGAAG--AAATA-GAGG-C-AA-CA-T--G-----T-CTGTC-CTTA-T----TAAGT-A--TGCGTTTCTAAA---TT-T-AC-AA-AA----ATTGA-TATAATGAATATAT-----AT-CTAAAGTGAaa
gi|11 : agagagagagagagaggagtAA-----AAGAGAT---------TG-------T-ATAAC--G-----TGTTAC-TA-T---T-TTT--A--AAG-A------------A-A---------------TGT--------TT------T---------------ATCATAGATATGAAATCT--AATTT--AA-------CA----CAT-G---AGC----C-TA----T-T------------TTC-------C-A------A-------AG-------GTC-------AAATA-G-GG-C-AAGAG-T--A-----T-TTGTC-CTTA-T----TA-CT-G--TG-GTTCTAGAA---TT--AAC-AA-AA----A-ggccgacgaaaacacaaccgagtgggg
gi|34 : aaaaagggggggatAGAGAG---------AGA------TTGTAAT--G-----TGTTGC-TG-T---T-TT---A--AAG-A------------A-A---------------TG---------TTGTATGAT---------------A------------GATTTG-ATATTTAATTCAACTACA----CAT-G---AGC----C-T-----T-T------------TTC-------C-A------
gi|2 : gag------T-ATAAT--G-----TGTT-C-TG-T---T-TT---A--AAGGA------------A-A---------------TGTATGATAGATT------G---------------A------------TATTTCTAATTT--AC-------CAACCCCGT-GGAGAGC----C-T-----T-T------------TTA-------C-A------A-------AA-------GCA-------AAATA---GT-T-GA-AA-T--AAAGATT-CTGTA-CTTA-T----T----------------TAAA---TTACAAC-AA-AA----A-AGTATATATTGA--ATAC-----GT-CTGAAATAA
gi|9 : TAAC--------TGT-ACGTG-T---T-TTTTAA--AAG-A------------A-A---------------T----------TT------C---------------A------------A----------------------CA----TAT-G---AACACTAC-T-----T-T------------TTCAAAGGT-C-A------A-------AG-------G---------AAA-A-T-GGGC-AA-AA-T--GTCC--T-CTGTA-CTTA------TAGGT-G--AT-GTTCTAAAA---GT-TA---AA-AA----A-CGA-TTTAGTGT--ATAC-----ATATTG-AATGAAtgttgaccaaggccataacacccccacccccaagttgcacgtactgcccactttagacttaaaaaatgtacaaagcctttcaagattcggctgggggcgtgcccatatactcgactccctaccagatcattcctggacctgcttgggatccccagacattcaaatattaaaactaaaaacttagtccttcagttttccgggatttcgcattttcattgggtcgggagggggtcccttttccgac
gi|27 : -----TGTTAC-TGTT---T-TT---A--AAG-A------------A-A---------------T----------TT------G---------------A------------A--TT--A----------------A----CAC-G---AGC----C-C-----TAT------------TTT-------C-AAAAGGTA-------AG-------G---------AAATAGT-GG-C--A-AA-T--G-----T--TGTC-CTTA------TAAGT-A--T--GTTC-TAAA---TT-T-AC-AA-AA----A-Cgtggcaacaaggctgtaaccaggagggggatgttacatatggaaccccccccccccccccccccatttttaaaaattaaaa
gi|45 : -----TGCTAC-TG-T---T-TT---A--GAG-A------------A-----------------T----------TT------C---------------A------------AATTT--AAATT--TA-------CA----CAT-G---AGC----C-TA----T-T------------TT
gi|23 : GTTAC-TG-TGTTT-TT---A--AAG-A------------ACA---------------T----------TT------TTTATCATGGAATTGAA------------AGTTA--AGATT--AA-------CA----GAT-G---AGC----CAT-----A-T------------TTC-------C-A------A-------AG-------ga
gi|20 : agagagagagacatagagagagacattagtagcgagttgtaattcgaTAC-TGGT---T-TT---A--AAG-A------------A-A---------------T----------TT------C---------------A------------AATTT--AAATT--AA-------CA----CTT-G---AGC----C-TA----T-T------------TTC-------C-A------A-------AG-------G---------ATAAA-G-GG-C-AA-AA-T--A-----T-CTGTA-CTTA-T----TAAGT-A--TG-GTTCT----------------A-AA----A-----TCTAATGA--ATACATCAGAT-CTGAAAT
gi|10 : acTAC-TG-T---TCTT---A--AAG-A------------A-T---------------T----------TTG-----C---------------A------------AATTT--A-ATT--AA-------CT----CATTG---AGC----C-T-----T-T------------TTC-------CCA------A-------AG-------GGCAGAG---AAATA-G-GG-C-AA-AA-T--G-----T-CTGTA-CTT--T----C--GT-GGATG-GTTCCAAAA---CT-TTACAAA-AA----A-CGA-TTTAATGA--ATA------AT-CTAAAATGAAc
gi|14 : AC-TG-T---TCTT---A--AAG-A------------G-A---------------TAT--------TTG-----C---------------A------------AATTT--A-ATT--AA-------CT----CATTG---AGC----C-T-----TAT------------TCC-------C-A------A-------AG-------GGCAGAG---AAATA-G-GG-C-AAGAA-T--G-----TTCTGTA-CT-A-T----TTGGT-A--TG-GTTCCAAAA---CT-TAAC-AAAAA----A-CGA-T-TAATGA--ATAA-----CT-CTAAAATGAAgtcgacaacaaggctttgaaccagaggggtgttgcacatgttcccccattttagaaataaaaa
gi|22 : ---T-TT---ATTAAG-A------------------------------T----------TT------C---------------A------------AATTT--AAATT--AA-------CA----AAT-G---AGC----T-TA----T-T------------TTCTCAAGGTC-A------A-------AG-------G---------ATATA-G-GG-G-AA-AA------------------------------AGT-A--TG-GTTCTAGAA---TT-TAAC-AA-AA----A-CTA-TATAGTGA--ATGA-----AT-CTGAAATGAg
gi|31 : c-A---------------T----------TT------G---------------A------------AATTC--AAATT--AA-------CA----AAT-----------------------------------TTC-------C-A------A-------AG-------T---------AAATA-G-GA-C-GA-AG-T--G-----T-CTGTC-CTTG-T----CAAGT-A--TG-GTTCTAAAA---TT-TAAC-AA-Agg
gi|19 : acttttagcatat-A---------------T----------TT------G---------------A------------AATTTT-AAATT--A--------CA----CAT-G---AGC----A-TCATGAT-T------------TTC-------C-A------A-------AG-------GTCAAAGGG-AAATA-G-GG-C-AA-AA-A--T-----T-CTGTC-AATA-TGAAGTATGC-A--TG-GTTCTAAAA---GT-TAAC-A---------------------A--ATAC-----AT-CTGAAATG
gi|8 : attatat---------------T----------TT------G---------------A------------AAATT--AAATG--AAA------CA----TAT-G---AGC----C-TA----T-T------------TTC-------C-A------A-------AA-------GGGTCGAAGAAAAGA-GAGG-C-AA-AAAT--G-------ATGTATCCTA-T----TAAATTA--TG-GTTCTTAA-----T-TAAC-AA-AACGATA-CGT-T-----GA--ATGC-----AT-CTGAAATGGA
gi|16 : aagaagaaaagagagaggaaagagattttgtgcaggtgaactgttttaaaagaaacggtaggtattcggttagatttt---------------A------------AATTT--AGATT--AA-------CA----CAT-G---AGT----C-TA----T-T------------TTC-------C-A------AGGGTCAAAG-------G---------AAATA-A-GG-C-AA-AA-T--G-----C-CTGTA-CTTA--------GGT-A--TG-GTTCTAAAA---TT-TAAC-AA-AA----A-TGA-TCTAGTGA--ATAC-----GT-CTGAAATGAAgtgtcgacgaggaagtaacga
gi|29 : gtaattacgtttaggacagATT--AA-------TA----AAC-G---AGC----T-TA----T-T------------TTC-------C-A------A-------AGATAAAAAG---------AAGTA-G-GG-C-AA-A-------------------CATA-T--------------G-GTTCTATAA---TT-TAAC-GA-AA----A-CGA-TATAGTGA--ATGC-----AT-CTGAAATGg
gi|28 : T--AA-------CA----CAT-G---AAC----C-TA----T-T------------TTC-------C-A------A-------AG-------G---------TTA-A-T-GG----A-AA-TTGG-----G-CTAAA-CTTA-T----TA-----------TTCTAAAA---TT-TAAC-AA-AA----A-GGA-TCTAGTAA--ATAC-----AT-CTGAAATGAA
gi|36 : -------CA----CAT-T---AGC----C-TA----T-T------------TTC-------C-A------A-------AG-------GTAAAAGG--AAATA-A-GG-C-AA-AAAT--A-----T-ATGCC-CTTA-T----TAAGT-A--TG-GTTCTAAAA---TT-gcc
gi|4 : tca-------CA----CAT-G---AAG----C-T-----A-T------------TTA-------C-A------AT------AG-------C---------TAATA-G-GG-CCAA-AA-T--G-----T-CTGTA-CTT--T----TA-----------TACC---A---TT-CAAC-AA-AA----ACCGA-TATAGT-A--ATAC-----AT-CTAAAA
gi|40 : A----CAT-G---ATC----C-TA----C-T------------TTC-------C-A------A-------AG-------C---------AAATA-T-GG-C-GA-AA-T--G-----T-GTGTT-CTTA-T----TAAGT-A--TG-GTT-TTAAA---aaatagacgcaggacataccccccccacacccccaatatgcaccgtctcatccactttgaataaaaatgctaaagttttcagattcgacattcgaagggggggagggggtgagttcgcaccccattttgcttgactactcacctaccaaagactcattcctggacctggctgggatcccactaaaaacttctacagtttaccgggaagatttcgcatttttcattgcgctccgaggggactatcgctttttcggact
gi|18 : A----CAT-G---ACC----A-TA----T-T------------TTC-------C-A------A-------AA-------GC--------AAATA-T-GG-C-AA-AA-T--A-----T--GGTC-CTTAGT----TACGT-A--TG-GTTTCTAAA---AA-CGAC-TA-GC----C-TAT-TATATTGA--ATAC-----AT-GTGGAaaa
gi|33 : -------C-A------A-------AG-------G---------AAATA-G-GA-C-AA-AA------------CTGT--CTTA-C----TAAGT-A--TG-GTTATAAAAAAATT-TAAC-AA-AA----A-CGA-TATAGTGA--ATGG-----AT-CTGAAATGAcaagcatactcattctggatcactggtgtatg
gi|26 : agt-------AG-------A---------AAATA-G-GG-C-AA-AA-T--G-----T-CTGTA-CTTA-T----TTGGT-A--TG-GTTCCAAAA---CT-TAAC-AA-AA----A-CGA-TTTAATGA--ATAC-----AT-CTAAAATGAAggccg
gi|15 : g-------AG-------G---------AAATA-A-GG-C-AA-AA-T--G-----T-CTGTA-CTTA-T----TAGGT-A--TG-GTTCT----------------A-AA----A-TGA-TCTAGTGA--ATAC-----AT-CTGAAATGAAgtcgacaacaaggctgtaaccag
12 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): AAAATATTTATGAGAAAACAAGAAAAGAGTATATAAAAAATATTATTGAATGGAAAGTTTAAAGGATGAATAATAATCAAAATATGGATTCTTTATAGTATGTTTTACTATTTACAGTACTAGTTATTCAATGTTAATAAGACTTTGAGACCAAATGAAAGATGGATACCTAATTGCCATTCAATTCATACACATTGGCGGATCAAGAGGGACGAGGGTTGAAGCCCCCCCCCCCCACCCC
Unaligned ( gi|24 ): AAATACATTTATAAACAGCCGATACAAAAGTAAATCTATTCGCAGTGGCGGATTGTAGAGGGGGGCCCAGGGGGCCCGGGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTTTTTTGAGTGACCAA
Unaligned ( gi|35 ): AATTGAAATAAATTTCATCAGCATAATTAATACATGTATTGATTACATGTAGCATAGGCGGATTTAGTGTGCCCCCCCCCCCCCC
Unaligned ( gi|38 ): CATTAGAAGAACCAGATCTAGAGGGGGTGGGTGGTTACAAGGGTTGCAATCACCCCCCCCCCCCCTCTCACCC
Unaligned ( gi|39 ): TTTGTAGTGGGCGATTAGCAGAGGGCCCCAGGAGGCTCGGGACGCCCCCCCCCCCTTTTTGGTGACCAACTT
Unaligned ( gi|41 ): TATTGTGATTGGGAACATTTGAAAAAATGCATTTCGGATATTCGCAAAATACAAAACTTATGTTC
Unaligned ( gi|42 ): GTGGCGGATTTAGAAGGGGGTCAAGGGTTCCCGCCCCACCCCCTTTTTTTGGTGATCAAACTTA
Unaligned ( gi|43 ): ATTCTTCACACATTTAAAGAGAGAGGGACGGGGGTTTCAACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
Unaligned ( gi|44 ): CGAAACAAGGCTGTTAACCAGAGGGTGTTGCACATGTTCCCCCATTTTAGAAACTA
Unaligned ( gi|46 ): AGTGGCGGATTTAGAGGGGGGCCCCATTTGGTGACCAAACTTAA
Unaligned ( gi|47 ): CTACTCGCAGTGGCGGATTTAGAGGGGGGAGCAGGGGCCCGG
Unaligned ( gi|48 ): TGGCGGATTTAGAGGGGGCAGCCCCCCCCCC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3333333333 222 88888888888888888888888888888888888888888888888888 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 1 1 1 222 999999999999999999999 1 2222222 1111111111 11111111111 22222222222222222222222 111111111 1111111 1111111111111111 2222222222222 11111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111111111 1111111 111111111 3333333333333333
lowQualScore : 4444444444 666 3 22222222222222222222222222222222222222222222222222 3 3 3 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 0 0 3 4 0 0 2 8 111 55 777777777777777777777 0 3 5555555 8 0 2 7777777777 4 33333333333 3 55555555555555555555555 999999 9999 777777777 88 1 1 9999999 7777777777777777 4 0000000000000 55 00000 5 444 5 2 33 5 2 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 55 55 33 333 1 3333 3 222 1 1 222222222222 1 22 0000000 000000000 5555555 3333333333333333 1 8888 3 3 1 66666666 55 22 33 1 5555 1 1 3333 3 22 3 2 66 33
lowQualScore : .......... ... . .................................................. . . . . ............................................................. . . . . . . . . . ... .. ..................... . . ....... . . . .......... . ........... . ....................... ...... .... ......... .. . . ....... ................ . ............. .. ..... . ... . . .. . . ................................................................................ .. .. .. ... . .... . ... . . ............ . .. ....... ......... ....... ................ . .... . . . ........ .. .. .. . .... . . .... . .. . . .. ..
lowQualScore : 2222222222 555 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000 2 7 3 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 0 0 2 0 0 0 5 8 000 00 555555555555555555555 0 2 0000000 0 8 7 5555555555 2 44444444444 3 55555555555555555555555 777777 4444 888888888 88 7 0 1111111 6666666666666666 0 0000000000000 55 99999 3 444 0 5 44 0 5 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 44 33 66 333 8 5555 3 999 7 7 888888888888 7 33 2222222 888888888 2222222 4444444444444444 7 5555 3 3 7 77777777 88 44 88 7 2222 7 7 3333 6 55 8 1 22 11
consensus : CCCCCCCCCTT-TT------GATTTTGN--TAGAGAGNGAGAGANGCGA-----------TTTTGCTT-TCGTTTCAT----TTATTTT-T-C-TAATACACTTT-GGCTATGATA-CTAAGT-TAGAATT---------------TTGACTATGGG----C-TTAAGTAA--NAAAGCAGAAACTAAAAC-CGGAGGATGACTATA-TTTTTATNGTTG-AATTTTA-TGACAACCT-ATACAGCAAAGA-----AAC-G-GC-----GCGCTCCG-GTCGTATCCAGAT--C----TAAAGAAT-CTTGAAATGGATTCA----------ATGGNGGA--GT-----T-GCGG-GGGTTG------------CA-C-C-----CCCCCCCCCCCCCC--T--TTGA----AA---------AAN-AAAAAACAAAA----AGCGAGAAAGA-------GAG----A-GAGA-------------TT--GTA--A--CGTGTTACTG-T---T-TT-A--AA-G-A------------A--------------A-----------------------T--------------T-------------TG-AAATTT--AA-ATTA---A-CA----CAT-G---AG-C-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------G--------A-AATAG----GGC-AA-A-A-T--G---TCTGTA-CTTA-TTAAG-T----ATG-GTT-CTAAAA---TTTAAC-AA--AAA-CG-ATN-TAGTGA--ATACATCTGAAATGAA
Reference ( family-456 ) : CCCCCCCCCTT-TC------GATTTTGG--TAAAGAGAGAGAGANGCGG-----------TTTTGCTT-TCGTTTCAT----TTATTTTGTACATAATACACTTT-GGCNATGGNAACTAAGTTTAGAATT---------------TTGACTATGGG----CGNCAAGTAGATNAAAGCAGAAACTAAAAC-CGGAGGATGACTATA-TTTTTATAGTTG-AATTTTA-TGACAACCT-A-ACAGCAAAGA-----AA-----------GCGCTCCG-GTCGTATCCAGAT--C----TAAAGAAT-CTTGAAATGGATTCA----------ATGGNGGA--GT-----T-GCGG-GGGTTG------------CA-C-C-----CCCCCCCCCCCCCC--T--TTGA----AA---------AAA-AAAAAACAAAA----AGCGAGAAANA-------GAG----A-GAGA-------------TT--GTA--A--CGTGTTACTG-T---T-TT-A--AA-G-A------------A--------------A-----------------------T--------------T-------------TN-AAATTT--AA-ATTA---A-CA----CAT-G---AG-C-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------G--------A-AATAG----GGC-AA-A-A-T--G---TCTGTA-CTTA-TTAAG-T----ATG-GTT-CTAAAA---TTTAAC-AA--AAA-CG-ATN-TAGTGA--ATACATCTGAAATGAA
gi|1 : CCCCCCCCCTT-TTTTTTTTGATTTTG---TAGAGAGCGAGAGAGGTGA---------------GCTT---GTTTTGC----TTA-------CCGGATACATTTT-GACAATA-----------TA---TT---------------TT--CT-----------TTAAGTAA--CAAAGCAGAAACTATAAT-CGGAGGATGACTATA-TTTTTATTGTTG-AATTTTA-TGACAATAT-ATACAGCAAGAA-----AATTAAACAGCGTGCGCTCCG-GTCGTATCCAGAT--C----TAAAGAAT-CTTGAAATGGATTCATTCCGATTCAATGGTGGA--GT-----T-GCGG-GGGTTG------------CA-C-C-----CCCCCCCCCCCCCCCAT--TTGA----AA---------AAA-AAAAAACAAAA----AACAAAAAACA-------GAG----A-GGGA-------------T---GTA--A--CCTGTTACTG-T---T-TT-A--AA-G-A------------A--------------A-----------------------T--------------T-------------TC-AAATTT--AG-ATTA---T-CA----CAT-G---AG-C-CT------------T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------G--------A-AATAT----GGC-AA-A-A-T--G---TCTGTA-CTTA-TTAGG-T----GTG-GTT-CTTAAA---TTCAAC-AA--AAA-CG-TTC-TAGTGA--ATACATTTGAAATGAA
gi|10 : TACTG-T---TCTT-A--AA-G-A------------A--------------T-----------------------T--------------T-------------TGCAAATTT--AA--TTA---A-CT----CATTG---AG-C-CT---------T--T-TT--CC-------CA---------A-------AG-------GGCAGAG--A-AATAG----GGC-AA-A-A-T--G---TCTGTA-CTT--TCGTG-G----ATG-GTT-CCAAAA---CTTTACAAA--AAA-CG-ATT-TAATGA--ATA-ATCTAAAATGAA
gi|11 : AAAA----AGGGGGGGATA-------AA-----A-GAGA-------------TT--GTATAA--CGTGTTACTATT---T-TT-A--AA-G-A------------A--------------A-----------------------TG-------------TTTTATCATAGATATG-AAATCT--AA-TTTA---A-CA----CAT-G---AG-C-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------GTC------A-AATAG----GGC-AAGA-G-T--A---TTTGTC-CTTA-TT-AC-T----GTG-GTT-CTAGAA----TTAAC-AA--AAA-gtcgacaacaaggctttgaaccagaggggtgttgcacatgttcccccattttagaaataaaaa
gi|12 : AACTAAAAC-CGGAGGATGACTAAA-TTTT-ATAATTG-AATTTTA-TCACAATCT-ATACAG-----A-----AA-----------GCCCTTTA-GTCGTATCCAGAT--C----TAAGGAAT-CTTGAAATGGATTCA----------ATGGTGGA--GT-----T-GCTG-TGGTTG------------CA------------CCCACCCCCTT--T--TTGT----AA---------AAT-AAA
gi|13 : AAAA-------GAGCGATA-GAGA-------------TT--GTA--A--CGTTTTACTG-T---T----A--AA-A-A------------A--------------AGTGTTTTATCATAGA--------T--------------T-------------TG-AGATTC--AA-ATTA---A-CA----CTT-G---AG-T-CTTTAGGGCAAA--T-TTCTTT-------CA---------A-------A-------------------AAT--------C-AA-A-A----G---TC-----CATA-GTAAG-T----ATT-GTT-CTAAAA---TTTAAC-AA--AAA-CA-Acagagag
gi|14 : ACTG-T---TCTT-A--AA-G-A------------G--------------A-----------------------TAT------------T-------------TGCAAATTT--AA--TTA---A-CT----CATTG---AG-C-CT---------T--A-TT--CC-------CA---------A-------AG-------GGCAGAG--A-AATAG----GGC-AAGA-A-T--GT--TCTGTA-C-TA-TTTGG-T----ATG-GTT-CCAAAA---CTTAACAAA--AAA-CG-AT--TAATGA--ATAACTCTAAAATGAA
gi|15 : -------AG-------G--------A-AATAA----GGC-AA-A-A-T--G---TCTGTA-CTTA-TTAGG-T----ATG-GTT-CTAAAA---T---------------G-ATC-TAGTGA--ATACATCTGAAATGAAg
gi|16 : -AAATTT--AG-ATTA---A-CA----CAT-G---AG-T-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------AGGGTCAAAG-------G--------A-AATAA----GGC-AA-A-A-T--G---CCTGTA-CTTA----GG-T----ATG-GTT-CTAAAA---TTTAAC-AA--AAA-TG-ATC-TAGTGA--ATACGTCTGAAATGAAactgacaacaaggctataaccagaagggaggtgttgcacatggtcccctccatgtattttaaaataaaa
gi|17 : gtaattacgtttaggacagA----------GTGGCGGA---------T-CCAGAGGGTTG------------GA-C-C-----CCCCCCCCCCCCCC--g
gi|18 : attatatcttcattattatgtacagcgattcttatatcgttactgcgatgggaataaatcaattttgatataattaattattgtttactatatatgtA----CAT-G---AC-C-AT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AA-------GC-------A-AATAT----GGC-AA-A-A-T--A---TG-GTC-CTTAGTTACG-T----ATG-GTTTCTAAAA-------AC-GACTAGC-CT-ATTATATTGA--ATACATGTGGAccc
gi|19 : --------------A-----------------------T--------------T-------------TG-AAATTTT-AA-ATTA-----CA----CAT-G---AG-C-ATCATG-----A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------GTCAAAGGGA-AATAG----GGC-AA-A-A-A--T---TCTGTC-AATA-TGAAG-TATGCATG-GTT-CTAAAA---GTTAAC-A-------------------A--ATACATCTGAAATGcaagcatactcattctggatcactggtgtatg
gi|2 : attatatT--ATA--A--TGTGTT-CTG-T---T-TT-A--AA-GGA------------A--------------A-----------------------TGTATGATAGA----T-------------TG-ATATTTCTAA-TTTA---C-CAACCCCGT-GGAGAG-C-CT------------T-TT--TA-------CA---------A-------AA-------GCA------A-AATAGTTGAAAT-AA-AGA-T------TCTGTA-CTTA-TT------------------TAAAT---TACAAC-AA--AAA-AGTATA-TATTGA--ATACGTCTGAAATAA
gi|20 : TACTGGT---T-TT-A--AA-G-A------------A--------------A-----------------------T--------------T-------------TC-AAATTT--AA-ATTA---A-CA----CTT-G---AG-C-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------G--------A-TAAAG----GGC-AA-A-A-T--A---TCTGTA-CTTA-TTAAG-T----ATG-GTT-CTAAAA---TCTAAT-GA--ATA-C--ATC--AG---------ATCTGAAATtgttgaccaaggccataacacccccacccccaagttgcacgtactgcccactttagacttaaaaaatgtacaaagcctttcaagattcggctgggggcgtgcccatatactcgactccctaccagatcattcctggacctgcttgggatccccagacattcaaatattaaaactaaaaacttagtccttcagttttccgggatttcgcattttcattgggtcgggagggggtcccttttccgac
gi|21 : acCCCCACCCCTT-TC-------ATTTTGG--TGGAGAGAGAGAGAC---------------TTTTAAAT-TCTTCTTATATAATGATTTTTT---TAATACAc
gi|22 : ggcggatctagagtgtatatggggggggggggattaagggagttgcaa---T-TT-ATTAA-G-A---------------------------------------------------T--------------T-------------TC-AAATTT--AA-ATTA---A-CA----AAT-G---AG-C-TT---------A--T-TT--TCTCAAGGTCA---------A-------AG-------G--------A-TATAG----GGG-AA-A-A-----------------------AG-T----ATG-GTT-CTAGAA---TTTAAC-AA--AAA-CT-ATA-TAGTGA--ATGAATCTGAAATGAgataata
gi|23 : cAGAG----AGAGAGACATA-------GAG----A-GAGACATTAGTAGCGAGTT--GTA--ATTCGAGTTACTG-TGTTT-TT-A--AA-G-A------------AC-------------A-----------------------TTTTTTATCATGGAAT-------------TG-AAAGTT--AAGATTA---A-CA----GAT-G---AG-C-C----------A--TATT--TC-------CA---------A-------AG-------gg
gi|25 : GGATTTA----------ATGGAGGA--GT-----T-G----------------------CA-C-C-----CCCCCCCCCTCCC------TTGA----AAAATCAATATAAA-AAAAAATAAAAGG--AGTGAGAGAGA-------GAG----A-GAGA-------------
gi|26 : -------AG-------A--------A-AATAG----GGC-AA-A-A-T--G---TCTGTA-CTTA-TTTGG-T----ATG-GTT-CCAAAA---CTTAAC-AA--AAA-CG-ATT-TAATGA--ATACATCTAAAATGAAggggggggatgtaacaacctgcatgttattgt
gi|27 : gTGTTACTG-T---T-TTTA--AA-G-A------------A--------------A-----------------------T--------------T-------------TG----------A-ATTA---A-CA----C---G---AGCC-CT---------A--T-TT--TC-------AAAAGGT----A-------AG-------G--------A-AATAGT---GGC--A-A-A-T--G---T-TGTC-CTTA--TAAG-T----AT--GTT-CT-AAA---TTT-AC-AA--AAA-Cgtcgacaacaaggctgtaaccag
gi|28 : TA---A-CA----CAT-G---AA-C-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------G--------TTAATGG---------A-A-A-TTGG---GCTAAA-CTTA-TTA-------------TT-CTAAAA---TTTAAC-AA--AAA-GG-ATC-TAGTAA--ATACATCTGAAATGAA
gi|29 : -ATTA---A-TA----AAC-G---AG-C-TT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AGATAAAAAG--------A-AGTAG----GGC-AA-A-----------------C--------A-T----ATG-GTT-CTATAA---TTTAAC-GA--AAA-CG-ATA-TAGTGA--ATGCATCTGAAATGgcc
gi|3 : GGATTTA----------A--GGGGA--CT-----TTGCGG-GGTTTAACCCCCCCCCCCCC-C-C-----CCCCCCCCCCCCCC--TTATTGATTGTAA---------AAT-AAAGGACGAGA----GGGGGGGA
gi|3 : acctaagtaattgtctatgatcattggcCCCCCCCCCTTATT------GATTGTAAAATAAAGGACGAGAGGGGGGGACTTGTTTTCTCTTTGCTTGTCGTTTCAT----TT--------C-TAAT----TTTAGGCTATGATA-CTAAGTACAGAATTGAAAGCCTGTATATTTTGACAATGGATTTTCGACAAGTAA--GAAAGCAGAAAC-AAAATACGACGGGTGGCTATAATGCTTATAGTTGGAATCTCA-TGACAGC-T-A-ACA-CAAA-------AG-----------GCGCTCCG-ATCGTATCCAGATACCGGTATAAAGAATTCTTGAAATG-ATTCA----------ATGGGGGA--AT-----TGGCGG-GAGTTG------------------------CCACCCCCCCCCC--A--TTGC----AA---------AAA-AActtgttttctctttgcttgtcgtttcatttctaattttaggctatgatactaagtacagaattgaaagcctgtatattttgacaatggattttcgacaagtaagaaagcagaaacaaaatacgacgggtggctataatgcttatagttggaatctcatgacagctaacacaaaaggcgctccgatcgtatccagataccggtataaagaattcttgaaatgattcaatgggggaattggcgggagttgccaccccccccccattgcaaaaaaactaa
gi|30 : acctaagtaattgtctatgatcattggcggatttaaggggactttgcggggtttaaccccccccccccccccccccCCCCC--T--TTGA----AA---------AATTAAAAAACAAAACCATAACAAAAAAAACCCCAAAAAACCC-A-AAGA-------------TT--GTA--A--CCTGTTACTG-T---T-TT-A--AA-G-A------------A--------------ctaa
gi|31 : gggagttgcaa--------------A-----------------------T--------------T-------------TG-AAATTC--AA-ATTA---A-CA----AAT---------------------------T--TC-------CA---------A-------AG-------T--------A-AATAG----GAC-GA-A-G-T--G---TCTGTC-CTTG-TCAAG-T----ATG-GTT-CTAAAA---TTTAAC-AA--A
gi|32 : acttttagcatatAAAAAT-CTTGAAATGGATTCT----------ATGGAGGA--GT-----A-GCAG-GGGTTG------------CA-C-C-----ACCACCACCACCC------TTGA----AA---------AAC-AAAA---AAAA----GGAGAGAAAGA-------GAG----A-GAGA-------------
gi|33 : -------CA---------A-------AG-------G--------A-AATAG----GAC-AA-A-A---------CTGT--CTTA-CTAAG-T----ATG-GTT-ATAAAAAAATTTAAC-AA--AAA-CG-ATA-TAGTGA--ATGGATCTGAAATGA
gi|34 : agtAGA-------GAG----A-GAGA-------------TT--GTA--A--TGTGTTGCTG-T---T-TT-A--AA-G-A------------AATGTTGTATGATAGA-----------------------T--------------T-------------TG-ATATTT--AA-TTCAACTA-CA----CAT-G---AG-C-CT------------T-TT--TC-------CA---------ggccg
gi|36 : g---A-CA----CAT-T---AG-C-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------GTAAAAGG-A-AATAA----GGC-AA-A-AAT--A---TATGCC-CTTA-TTAAG-T----ATG-GTT-CTAAAA---TT
gi|37 : tcTGGATT-------------TGGGGGC--GTGGGGGT-GCGG-GGGTTG------------CA-A-CTCAAACCCCCCCCCCCCTT--T--TTGA----AA---------AA
gi|38 : ttggGGTGGGTGGT-----T-ACAA-GGGTTG------------CA-A-T-----CACCCCCCCCCCCC--C--Ttcaagagagag
gi|4 : cattagaagaaccagatctagaggg-CA----CAT-G---AA-G-CT---------A--T-TT--AC-------AA---------T-------AG-------C--------T-AATAG----GGCCAA-A-A-T--G---TCTGTA-CTT--TTA-----------------TACCA---TTCAAC-AA--AAACCG-ATA-TAGT-A--ATACATCTAAAActcaccc
gi|40 : A----CAT-G---AT-C-CT---------A--C-TT--TC-------CA---------A-------AG-------C--------A-AATAT----GGC-GA-A-A-T--G---TGTGTT-CTTA-TTAAG-T----ATG-GTT-TTAAAA---aaatagacgcaggacataccccccccacacccccaatatgcaccgtctcatccactttgaataaaaatgctaaagttttcagattcgacattcgaagggggggagggggtgagttcgcaccccattttgcttgactactcacctaccaaagactcattcctggacctggctgggatcccactaaaaacttctacagtttaccgggaagatttcgcatttttcattgcgctccgaggggactatcgctttttcggact
gi|43 : ATTTA----------AAGAGAGA--GG-----G-ACGG-GGGTTT------------CAAC-C-----CCCCCCCCCCCCCC--aa
gi|45 : attcttcacacTGCTACTG-T---T-TT-A--GA-G-A------------A--------------------------------------T--------------T-------------TC-AAATTT--AA-ATTT---A-CA----CAT-G---AG-C-CT---------A--T-TT--Tcccccc
gi|5 : GGTGGG--GT-----T-ACGG-GGGTTG------------CA-CAC-----CCCACCCCCCCCCC--T--TTGga
gi|5 : gcgtatctagagcggCCCCCCCCCCT-TT------GGTGTTGT--AAAAGAGAGAGAGATACAA-----------TTTTGCTT-TCGTTTCAT----TTATTTTGTACATAATACACTTT-GGCTATGATAACTAAGTTTAGAATT---------------TTGACTATGGG----TTTTAA-TAGATTAAAGCAGAAACTAATAC-CGGAGGATGACTATA-ATTCTATTGTTG-AATTTTAGTGA-AACCTCA-ACAGCAAAGAGCTATAACAGCGT-----GCGCTCCGAGTCG-ATCCAGAT--C----TAAAGAAT-CTTG-AATGGATTTA----------ATGG-GGA--G----------GG-GGG-TG------------CA------------CCCACCCCCCT--T--TTGA----AA---------AAA-AAAAgtgttgtaaaagagagagagatacaattttgctttcgtttcatttattttgtacataatacactttggctatgataactaagtttagaattttgactatgggttttaatagattaaagcagaaactaataccggaggatgactataattctattgttgaattttagtgaaacctcaacagcaaagagctataacagcgtgcgctccgagtcgatccagatctaaagaatcttgaatggatttaatggggaggggggtgcacccaccccccttttgaaaaaaaaaa
gi|7 : gcgtatctagagcggggtggggttacgggggttgcacaccccaA----AACGAGGAAG----------G----ACGATG-------------TT--GTA--A--C-TGT-ACT--T---T-TT-A--AA-A-ATGTTTTATCATAG--------------A-----------------------T--------------T-------------TG-AAATTT--AA-ATTA---A-CA----C---G---AG-T-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------GTCAGAAG-A-AATAGA---GGC-AA-C-A-T--G---TCTGTC-CTTA-TTAAG-T----ATGCGTT-TCTAAA---TTT-AC-AA--AAATTG-ATA-TAATGAATATATATCTAAAGTGA
gi|8 : agagagagagagagaggagtAAGAAGAAAA-------GAGAGAG--------GAA----A-GAGA-------------TTTTGTGC-A--GGTGA-ACTG-T---T-TT-A--AAAG-A------------A--------------ACGGTAGGTATTCGGTTAGATTTTT--------------T-------------TG-AAAATT--AA-ATGA---AACA----TAT-G---AG-C-CT---------A--T-TT--TC-------CAAAAGGGTCGA-------AG-------A--------A-AAGAGA---GGCAAA-A-A-T--G----ATGTATCCTA-TTAAATT----ATG-GTT-CTTAA-----TTAAC--A--AAA-CG-ATA-CGTTGA--ATGCATCTGAAATGGAggccgacgaaaacacaaccgagtgggg
gi|9 : A-------------CT--GTA-----CGTGTT-----T---T-TT-A--AAAG-A------------A--------------A-----------------------T--------------T-------------TC-AA------------------CA----TAT-G---AA-CACT---------ACTT-TT--TCAAAGGT-CA---------A-------AG-------G--------A-AAATG----GGC-AA-A-A-T--GTCCTCTGTA-CTTA--TAGG-TG---AT--GTT-CTAAAA---GTTA---AA--AAA-CG-ATT-TAGTGT--ATACATATTGAATGAAgtgtcgacgaggaagtaacga
10 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): AAAATATTTATGAGAAAACAAGAAAAGAGTATATAAAAAATATTATTGAATGGAAAGTTTAAAGGATGAATAATAATCAAAATATGGATTCTTTATAGTATGTTTTACTATTTACAGTACTAGTTATTCAATGTTAATAAGACTTTGAGACCAAATGAAAGATGGATACCTAATTGCCATTCAATTCATACACATTGGCGGATCAAGAGGGACGAGGGTTGAAGCCCCCCCCCCCCACCCC
Unaligned ( gi|24 ): AAATACATTTATAAACAGCCGATACAAAAGTAAATCTATTCGCAGTGGCGGATTGTAGAGGGGGGCCCAGGGGGCCCGGGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTTTTTTGAGTGACCAA
Unaligned ( gi|35 ): AATTGAAATAAATTTCATCAGCATAATTAATACATGTATTGATTACATGTAGCATAGGCGGATTTAGTGTGCCCCCCCCCCCCCC
Unaligned ( gi|39 ): TTTGTAGTGGGCGATTAGCAGAGGGCCCCAGGAGGCTCGGGACGCCCCCCCCCCCTTTTTGGTGACCAACTT
Unaligned ( gi|41 ): TATTGTGATTGGGAACATTTGAAAAAATGCATTTCGGATATTCGCAAAATACAAAACTTATGTTC
Unaligned ( gi|42 ): GTGGCGGATTTAGAAGGGGGTCAAGGGTTCCCGCCCCACCCCCTTTTTTTGGTGATCAAACTTA
Unaligned ( gi|44 ): CGAAACAAGGCTGTTAACCAGAGGGTGTTGCACATGTTCCCCCATTTTAGAAACTA
Unaligned ( gi|46 ): AGTGGCGGATTTAGAGGGGGGCCCCATTTGGTGACCAAACTTAA
Unaligned ( gi|47 ): CTACTCGCAGTGGCGGATTTAGAGGGGGGAGCAGGGGCCCGG
Unaligned ( gi|48 ): TGGCGGATTTAGAGGGGGCAGCCCCCCCCCC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 222222 222 66666666666666666 11 5555555555555555 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000 111 1 1 1 1 9999999999999999999999999999 1 2222222 1111111111 11111111111 111111111 111111111 2222222 11111111 2222222222222 11111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111111111 1111111 111111111 3333333333333333
lowQualScore : 0 888888 444 1 99999999999999999 33 3333333333333333 3 3 3 6 555555555555555555555555555555555555555555555555555 999 3 0 0 3 1 0 0 2 0 1 5555555555555555555555555555 0 3 5555555 8 0 2 7777777777 4 33333333333 3 0 999999999 666 777777777 55 5 0000000 33333333 777 99 0000000000000 55 00000 777 5 5 33 2 2 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 4 55 33 333 1 3333 3 222 1 1 222222222222 1 22 0000000 000000000 5555555 3333333333333333 1 8888 3 3 1 55555555 1 55 22 33 1 5555 1 1 3333 1 1 22 3 2 66 33
lowQualScore : . ...... ... . ................. .. ................ . . . . ................................................... ... . . . . . . . . . . ............................ . . ....... . . . .......... . ........... . . ......... ... ......... .. . ....... ........ ... .. ............. .. ..... ... . . .. . . .................................................................. . . .. .. ... . .... . ... . . ............ . .. ....... ......... ....... ................ . .... . . . ........ . .. .. .. . .... . . .... . . .. . . .. ..
lowQualScore : 0 888888 555 0 55555555555555555 22 0000000000000000 2 7 3 7 000000000000000000000000000000000000000000000000000 333 2 0 0 2 0 0 0 5 2 2 2222222222222222222222222222 0 2 0000000 0 8 7 5555555555 2 44444444444 3 4 333333333 666 888888888 44 2 1111111 88888888 000 55 0000000000000 55 99999 333 0 0 44 5 5 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 4 33 66 333 8 5555 3 999 7 7 888888888888 7 33 2222222 888888888 2222222 4444444444444444 7 5555 3 3 7 00000000 7 88 44 88 7 2222 7 7 3333 8 8 55 8 1 22 11
consensus : CCCCCCCCCCT-TT------GATTTTGN--TAGAGAGNGAGAGANGCGA-----------TTTTGCTT-TCGTTTCAT----TTATTTT---CCTAATACACTTT-GGCTATGAT-ACTAAG-T-CAGAATT---------------TTGACTATGGGTTT-----AAGTAA--NAAAGCAGAAACTAAAAC-CGGAGGATGACTATA-TTTTTATNGTTG-AATTTTA-TGACAACCTATACAGCAAAGA-----AA-----CAGC--G--CGCTCCG-GTCGTATCCAGAT--C----TAAAGAAT-CTTGAAATGGATTCA----------ATGGNGGA--GT-----T-GCGG-GGGTTGCA-C-C-----CCCCCCCCCCCCCC--TTTGAAA---------AAN-AAAAAANAAAA----AGCGAGAAAGA-------GAG---A--GAGA-------------TT--GTA--A--CGTGTTACTG---TT-TT-A--AA-G-A------------A--------------A-----------------------T--------------T-TG-AAATTT--AA-ATTA---A-CA----CAT-G---AG-C-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------G--------A-AATAG----GGC-AA-A-A-T--G---T-CTGTA-CTTA-TTAAG-T----ATG-GTT-CTAAAA---TTTAAC-A-A--AAA-CG-ATN-TAGTGA--ATACATCTGAAATGAA
Reference ( family-456 ) : CCCCCCCCCTT-TT------GATTTTGN--TAGAGAGNGAGAGANGCGA-----------TTTTGCTT-TCGTTTCAT----TTATTTT---TCTAATACACTTT-GGCTATGAT-ACTAAG-T-TAGAATT---------------TTGACTATGGGCTT-----AAGTAA--NAAAGCAGAAACTAAAAC-CGGAGGATGACTATA-TTTTTATNGTTG-AATTTTA-TGACAACCTATACAGCAAAGA-----AA-----CGGC--G--CGCTCCG-GTCGTATCCAGAT--C----TAAAGAAT-CTTGAAATGGATTCA----------ATGGNGGA--GT-----T-GCGG-GGGTTGCA-C-C-----CCCCCCCCCCCCCC--TTTGAAA---------AAN-AAAAAACAAAA----AGCGAGAAAGA-------GAG---A--GAGA-------------TT--GTA--A--CGTGTTACTG---TT-TT-A--AA-G-A------------A--------------A-----------------------T--------------T-TG-AAATTT--AA-ATTA---A-CA----CAT-G---AG-C-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------G--------A-AATAG----GGC-AA-A-A-T--G---T-CTGTA-CTTA-TTAAG-T----ATG-GTT-CTAAAA---TTTAAC-A-A--AAA-CG-ATN-TAGTGA--ATACATCTGAAATGAA
gi|1 : CCCCCCCCCTT-TTTTTTTTGATTTTG---TAGAGAGCGAGAGAGGTGA---------------GCTT---GTTTTGC----TTAC-------CGGATACATTTT-GACAAT-AT-A-------------TT---------------TT--CT------TT-----AAGTAA--CAAAGCAGAAACTATAAT-CGGAGGATGACTATA-TTTTTATTGTTG-AATTTTA-TGACAATATATACAGCAAGAA-----AATTAAACAGC--GTGCGCTCCG-GTCGTATCCAGAT--C----TAAAGAAT-CTTGAAATGGATTCATTCCGATTCAATGGTGGA--GT-----T-GCGG-GGGTTGCA-C-C-----CCCCCCCCCCCCCCCATTTGAAA---------AAA-AAAAAACAAAA----AACAAAAAACA-------GAG---A--GGGA-------------T---GTA--A--CCTGTTACTG---TT-TT-A--AA-G-A------------A--------------A-----------------------T--------------T-TC-AAATTT--AG-ATTA---T-CA----CAT-G---AG-C-CT------------T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------G--------A-AATAT----GGC-AA-A-A-T--G---T-CTGTA-CTTA-TTAGG-T----GTG-GTT-CTTAAA---TTCAAC-A-A--AAA-CG-TTC-TAGTGA--ATACATTTGAAATGAA
gi|10 : TACTG---TTCTT-A--AA-G-A------------A--------------T-----------------------T--------------T-TGCAAATTT--AA--TTA---A-CT----CATTG---AG-C-CT---------T--T-TT--CC-------CA---------A-------AG-------GGCAGAG--A-AATAG----GGC-AA-A-A-T--G---T-CTGTA-CTT--TCGTG-G----ATG-GTT-CCAAAA---CTTTACAA-A--AAA-CG-ATT-TAATGA--ATA-ATCTAAAATGAA
gi|11 : AAAA----AGGGGGGGATA-------AA----A--GAGA-------------TT--GTATAA--CGTGTTACTA---TT-TTTA--AA-G-A------------A--------------A-----------------------TGTTTTATCATAGA-TATG-AAATCT--AA-TTTA---A-CA----CAT-G---AG-C-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------GTC------A-AATAG----GGC-AAGA-G-T--A---T-TTGTC-CTTA-TT-AC-T----GTG-GTT-CTAGAA----TTAAC-A-A--AAA-gtcgacaacaaggctttgaaccagaggggtgttgcacatgttcccccattttagaaataaaaa
gi|12 : AACTAAAAC-CGGAGGATGACTAAA-TTTT-ATAATTG-AATTTTA-TCACAATCTATACAG-----A-----AA-----------G--CCCTTTA-GTCGTATCCAGAT--C----TAAGGAAT-CTTGAAATGGATTCA----------ATGGTGGA--GT-----T-GCTG-TGGTTGCA------------CCCACCCCCTT--TTTGTAA---------AAT-AAA
gi|13 : AAAGA-------GCG---ATAGAGA-------------TT--GTA--A--CGTTTTACTG---TT----A--AA-A-A------------A--------------AGTGTTTTATCATAGA--------T--------------T-TG-AGATTC--AA-ATTA---A-CA----CTT-G---AG-T-CTTTAGGGCAAA--T-TTCTTT-------CA---------A-------A-------------------AAT--------C-AA-A-A----G---T-C-----CATA-GTAAG-T----ATT-GTT-CTAAAA---TTTAAC-A-A--AAA-CA-Acagagag
gi|14 : aACTG---TTCTT-A--AA-G-A------------G--------------A-----------------------TAT------------T-TGCAAATTT--AA--TTA---A-CT----CATTG---AG-C-CT---------T--A-TT--CC-------CA---------A-------AG-------GGCAGAG--A-AATAG----GGC-AAGA-A-T--G---TTCTGTA-CT-A-TTTGG-T----ATG-GTT-CCAAAA---CTTAAC-AAA--AAA-CG-AT--TAATGA--ATAACTCTAAAATGAA
gi|15 : -------AG-------G--------A-AATAA----GGC-AA-A-A-T--G---T-CTGTA-CTTA-TTAGG-T----ATG-GTT-CTAAAA---T----------------G-ATC-TAGTGA--ATACATCTGAAATGAAg
gi|16 : G-AAATTT--AG-ATTA---A-CA----CAT-G---AG-T-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------AGGGTCAAAG-------G--------A-AATAA----GGC-AA-A-A-T--G---C-CTGTA-CTTA----GG-T----ATG-GTT-CTAAAA---TTTAAC-A-A--AAA-TG-ATC-TAGTGA--ATACGTCTGAAATGAAactgacaacaaggctataaccagaagggaggtgttgcacatggtcccctccatgtattttaaaataaaa
gi|17 : gtaattacgtttaggacaA----------GTGGCGGA---------T-CCAGAGGGTTGGA-C-C-----CCCCCCCCCCCCCC--g
gi|18 : attatatcttcattattatgtacagcgattcttatatcgttactgcgatgggaataaatcaattttgatataattaattattgtttactatatatgtA----CAT-G---AC-C-AT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AA-------GC-------A-AATAT----GGC-AA-A-A-T--A---T-G-GTC-CTTAGTTACG-T----ATG-GTTTCTAAAA-------AC-G-ACTAGC-CT-ATTATATTGA--ATACATGTGGAccc
gi|19 : --------------A-----------------------T--------------T-TG-AAATTTT-AA-ATTA-----CA----CAT-G---AG-C-ATCATG-----A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------GTCAAAGGGA-AATAG----GGC-AA-A-A-A--T---T-CTGTC-AATA-TGAAG-TATGCATG-GTT-CTAAAA---GTTAAC-A--------------------A--ATACATCTGAAATGcaagcatactcattctggatcactggtgtatg
gi|2 : attatatT--ATA--A--TGTGTT-CTG---TT-TT-A--AA-GGA------------A--------------A-----------------------TGTATGATAGA----T-TG-ATATTTCTAA-TTTA---C-CAACCCCGT-GGAGAG-C-CT------------T-TT--TA-------CA---------A-------AA-------GCA------A-AATAGTTGAAAT-AA-AGA-T------T-CTGTA-CTTA-TT------------------TAAAT---TACAAC-A-A--AAA-AGTATA-TATTGA--ATACGTCTGAAATAA
gi|20 : TACTGG--TT-TT-A--AA-G-A------------A--------------A-----------------------T--------------T-TC-AAATTT--AA-ATTA---A-CA----CTT-G---AG-C-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------G--------A-TAAAG----GGC-AA-A-A-T--A---T-CTGTA-CTTA-TTAAG-T----ATG-GTT-CTAAAA---TCTAAT-G-A--ATA-C--ATC--AG---------ATCTGAAATtgttgaccaaggccataacacccccacccccaagttgcacgtactgcccactttagacttaaaaaatgtacaaagcctttcaagattcggctgggggcgtgcccatatactcgactccctaccagatcattcctggacctgcttgggatccccagacattcaaatattaaaactaaaaacttagtccttcagttttccgggatttcgcattttcattgggtcgggagggggtcccttttccgac
gi|21 : acCCCCACCCCT-TT------CATTTTGG--TGGAGAGAGAGAGAC---------------TTTTAAAT-TCTTCTTATATAATGATTTT---TTTAATACAc
gi|22 : ggcggatctagagtgtatatggggggggggggattaagggagttgcaaT-TT-ATTAA-G-A---------------------------------------------------T--------------T-TC-AAATTT--AA-ATTA---A-CA----AAT-G---AG-C-TT---------A--T-TT--TCTCAAGGTCA---------A-------AG-------G--------A-TATAG----GGG-AA-A-A------------------------AG-T----ATG-GTT-CTAGAA---TTTAAC-A-A--AAA-CT-ATA-TAGTGA--ATGAATCTGAAATGAgataata
gi|23 : cAGAG----AGAGAGACATA-------GAG---A--GAGACATTAGTAGCGAGTT--GTA--ATTCGAGTTACTGTGTTT-TT-A--AA-G-A------------AC-------------A-----------------------TTTTTTATCATGGAAT-TG-AAAGTT--AAGATTA---A-CA----GAT-G---AG-C-C----------A--TATT--TC-------CA---------A-------AG-------gg
gi|25 : GGATTTA----------ATGGAGGA--GT-----T-GCA-------------C-----CCCCCCCCCCTCCC---TTGAAAAATCAATATAAA-AAAAAATAAAAGG--AGTGAGAGAGA-------GAG---A--GAGA-------------
gi|26 : -------AG-------A--------A-AATAG----GGC-AA-A-A-T--G---T-CTGTA-CTTA-TTTGG-T----ATG-GTT-CCAAAA---CTTAAC-A-A--AAA-CG-ATT-TAATGA--ATACATCTAAAATGAAggggggggatgtaacaacctgcatgttattgt
gi|27 : gTGTTACTG---TT-TTTA--AA-G-A------------A--------------A-----------------------T--------------T-TG----------A-ATTA---A-CA----C---G---AGCC-CT---------A--T-TT--TC-------AAAAGGT----A-------AG-------G--------A-AATAGT---GGC--A-A-A-T--G---T--TGTC-CTTA--TAAG-T----AT--GTT-CT-AAA---TTT-AC-A-A--AAA-Cgtcgacaacaaggctgtaaccag
gi|28 : TA---A-CA----CAT-G---AA-C-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------G--------TTAATGG---------A-A-A-TTGG---G-CTAAA-CTTA-TTA-------------TT-CTAAAA---TTTAAC-A-A--AAA-GG-ATC-TAGTAA--ATACATCTGAAATGAA
gi|29 : -ATTA---A-TA----AAC-G---AG-C-TT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AGATAAAAAG--------A-AGTAG----GGC-AA-A------------------C--------A-T----ATG-GTT-CTATAA---TTTAAC-G-A--AAA-CG-ATA-TAGTGA--ATGCATCTGAAATGgcc
gi|3 : GGATTTA----------A--GGGGA--CT-----TTGCGG-GGTTTAAC-C-C-----CCCCCCCCCCCCCC--
gi|3 : acctaagtaattgtctatgatcattggcCCCCCCCCCTTATT------GATTGTAAAATAAAGGACGAGAGGGGGGGACTTGTTTTCTCTTTGCTTGTCGTTTCAT----TT---------CTAAT----TTTAGGCTATGAT-ACTAAG-TACAGAATTGAAAGCCTGTATATTTTGACAATGGATTTTCGACAAGTAA--GAAAGCAGAAAC-AAAATACGACGGGTGGCTATAATGCTTATAGTTGGAATCTCA-TGACAGCTAACACA--AAAG-------------------G--CGCTCCG-ATCGTATCCAGATACCGGTATAAAGAATTCTTGAAATG-ATTCA----------ATGGGGGA--AT-----TGGCGG-GAGTTG------------CCACCCCCCCCCC--ATTGCAA---------AAA-AAccccccccccccttattgattgtaaaataaaggacgagagggggggacttgttttctctttgcttgtcgtttcatttctaattttaggctatgatactaagtacagaattgaaagcctgtatattttgacaatggattttcgacaagtaagaaagcagaaacaaaatacgacgggtggctataatgcttatagttggaatctcatgacagctaacacaaaaggcgctccgatcgtatccagataccggtataaagaattcttgaaatgattcaatgggggaattggcgggagttgccaccccccccccattgcaaaaaaactaa
gi|30 : acctaagtaattgtctatgatcattggcggatttaaggggactttgcggggtttaaccccccccccccccccccccCCCCC--TTTGAAA---------AATTAAAAAACAAAACCATAACAAAAAAAACCCCAAAAAACCCA--AAGA-------------TT--GTA--A--CCTGTTACTG---TT-TT-A--AA-G-A------------A--------------ctaa
gi|31 : gggagttgcaa--------------A-----------------------T--------------T-TG-AAATTC--AA-ATTA---A-CA----AAT---------------------------T--TC-------CA---------A-------AG-------T--------A-AATAG----GAC-GA-A-G-T--G---T-CTGTC-CTTG-TCAAG-T----ATG-GTT-CTAAAA---TTTAAC-A-A--A
gi|32 : acttttagcatatAAAAAT-CTTGAAATGGATTCT----------ATGGAGGA--GT-----A-GCAG-GGGTTGCA-C-C-----ACCACCACCACCC----TTGAAA---------AAC-AAAA---AAAA----GGAGAGAAAGA-------GAG---A--GAGA-------------
gi|33 : -------CA---------A-------AG-------G--------A-AATAG----GAC-AA-A-A----------CTGT--CTTA-CTAAG-T----ATG-GTT-ATAAAAAAATTTAAC-A-A--AAA-CG-ATA-TAGTGA--ATGGATCTGAAATGA
gi|34 : agtAGA-------GAG---A--GAGA-------------TT--GTA--A--TGTGTTGCTG---TT-TT-A--AA-G-A------------AATGTTGTATGATAGA-----------------------T--------------T-TG-ATATTT--AA-TTCAACTA-CA----CAT-G---AG-C-CT------------T-TT--TC-------CA---------ggccg
gi|36 : g---A-CA----CAT-T---AG-C-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------GTAAAAGG-A-AATAA----GGC-AA-A-AAT--A---T-ATGCC-CTTA-TTAAG-T----ATG-GTT-CTAAAA---TT
gi|37 : tcTGGATT-------------TGGGGGC--GTGGGGGT-GCGG-GGGTTGCA-A-CTCAAACCCCCCCCCCCCTT--TTTGAAA---------AAT-CAAGA
gi|38 : ttggGGTGGGTGGT-----T-ACAA-GGGTTGCA-A-T-----CACCCCCCCCCCCC--CTgagag
gi|4 : cattagaagaaccagatctagaggg-CA----CAT-G---AA-G-CT---------A--T-TT--AC-------AA---------T-------AG-------C--------T-AATAG----GGCCAA-A-A-T--G---T-CTGTA-CTT--TTA-----------------TACCA---TTCAAC-A-A--AAACCG-ATA-TAGT-A--ATACATCTAAAActcaccc
gi|40 : A----CAT-G---AT-C-CT---------A--C-TT--TC-------CA---------A-------AG-------C--------A-AATAT----GGC-GA-A-A-T--G---T-GTGTT-CTTA-TTAAG-T----ATG-GTT-TTAAAA---aaatagacgcaggacataccccccccacacccccaatatgcaccgtctcatccactttgaataaaaatgctaaagttttcagattcgacattcgaagggggggagggggtgagttcgcaccccattttgcttgactactcacctaccaaagactcattcctggacctggctgggatcccactaaaaacttctacagtttaccgggaagatttcgcatttttcattgcgctccgaggggactatcgctttttcggact
gi|43 : ATTTA----------AAGAGAGA--GG-----G-ACGG-GGGTTTCAAC-C-----CCCCCCCCCCCCCC--aa
gi|45 : attcttcacacTGCTACTG---TT-TT-A--GA-G-A------------A--------------------------------------T--------------T-TC-AAATTT--AA-ATTT---A-CA----CAT-G---AG-C-CT---------A--T-TT--Tcccccc
gi|5 : GGTGGG--GT-----T-ACGG-GGGTTGCA-CAC-----CCCACCCCCCCCCC--TTTGga
gi|5 : gcgtatctagagcggCCCCCCCCCCT-TT------GGTGTTGT--AAAAGAGAGAGAGATACAA-----------TTTTGCTT-TCGTTTCAT----TTATTTTGTACATAATACACTTT-GGCTATGATAACTAAGTT-TAGAATT---------------TTGACTATGGGTTT-----TAATAGATTAAAGCAGAAACTAATAC-CGGAGGATGACTATA-ATTCTATTGTTG-AATTTTAGTGA-AACCTCAACAGCAAAGAGCTATAA-----CAGCGTG--CGCTCCGAGTCG-ATCCAGAT--C----TAAAGAAT-CTTG-AATGGATTTA----------ATGG-GGA--G----------GG-GGG-TGCA------------CCCACCCCCCT--TTTGAAA---------AAA-AAAAgtgttgtaaaagagagagagatacaattttgctttcgtttcatttattttgtacataatacactttggctatgataactaagtttagaattttgactatgggttttaatagattaaagcagaaactaataccggaggatgactataattctattgttgaattttagtgaaacctcaacagcaaagagctataacagcgtgcgctccgagtcgatccagatctaaagaatcttgaatggatttaatggggaggggggtgcacccaccccccttttgaaaaaaaaaa
gi|7 : gcgtatctagagcggggtggggttacgggggttgcacaccccaGAGA---------GAG-AGAGAGGAGTA----AACGAGGAAG----------G---AC-GATG-------------TT--GTA--A--C-TGT-ACT----TT-TT-A--AA-A-ATGTTTTATCATAG--------------A-----------------------T--------------T-TG-AAATTT--AA-ATTA---A-CA----C---G---AG-T-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------GTCAGAAG-A-AATAGA---GGC-AA-C-A-T--G---T-CTGTC-CTTA-TTAAG-T----ATGCGTT-TCTAAA---TTT-AC-A-A--AAATTG-ATA-TAATGAATATATATCTAAAGTGA
gi|8 : agaAAGAAGAAAA-------GAGAGAG--------GAA---A--GAGA-------------TTTTGTGC-A--GGTGA-ACTG---TT-TT-A--AAAG-A------------A--------------ACGGTAGGTATTCGGTTAGATTTTT--------------T-TG-AAAATT--AA-ATGA---AACA----TAT-G---AG-C-CT---------A--T-TT--TC-------CAAAAGGGTCGA-------AG-------A--------A-AAGAGA---GGCAAA-A-A-T--G-----ATGTATCCTA-TTAAATT----ATG-GTT-CTTAA-----TTAAC---A--AAA-CG-ATA-CGTTGA--ATGCATCTGAAATGGAggccgacgaaaacacaaccgagtgggg
gi|9 : A-------------CT--GTA-----CGTGTT-------TT-TT-A--AA-A-----------------------------------------------------------------------G-AAATTT-------CA---A-CA----TAT-G---AA-CACT---------ACTT-TT--TCAAAGGT-CA---------A-------AG-------G--------A-AAATG----GGC-AA-A-A-T--GTCCT-CTGTA-CTTA--TAGG-TG---AT--GTT-CTAAAA---GTTA---A-A--AAA-CG-ATT-TAGTGT--ATACATATTGAATGAAgtgtcgacgaggaagtaacga
10 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): AAAATATTTATGAGAAAACAAGAAAAGAGTATATAAAAAATATTATTGAATGGAAAGTTTAAAGGATGAATAATAATCAAAATATGGATTCTTTATAGTATGTTTTACTATTTACAGTACTAGTTATTCAATGTTAATAAGACTTTGAGACCAAATGAAAGATGGATACCTAATTGCCATTCAATTCATACACATTGGCGGATCAAGAGGGACGAGGGTTGAAGCCCCCCCCCCCCACCCC
Unaligned ( gi|24 ): AAATACATTTATAAACAGCCGATACAAAAGTAAATCTATTCGCAGTGGCGGATTGTAGAGGGGGGCCCAGGGGGCCCGGGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTTTTTTGAGTGACCAA
Unaligned ( gi|35 ): AATTGAAATAAATTTCATCAGCATAATTAATACATGTATTGATTACATGTAGCATAGGCGGATTTAGTGTGCCCCCCCCCCCCCC
Unaligned ( gi|39 ): TTTGTAGTGGGCGATTAGCAGAGGGCCCCAGGAGGCTCGGGACGCCCCCCCCCCCTTTTTGGTGACCAACTT
Unaligned ( gi|41 ): TATTGTGATTGGGAACATTTGAAAAAATGCATTTCGGATATTCGCAAAATACAAAACTTATGTTC
Unaligned ( gi|42 ): GTGGCGGATTTAGAAGGGGGTCAAGGGTTCCCGCCCCACCCCCTTTTTTTGGTGATCAAACTTA
Unaligned ( gi|44 ): CGAAACAAGGCTGTTAACCAGAGGGTGTTGCACATGTTCCCCCATTTTAGAAACTA
Unaligned ( gi|46 ): AGTGGCGGATTTAGAGGGGGGCCCCATTTGGTGACCAAACTTAA
Unaligned ( gi|47 ): CTACTCGCAGTGGCGGATTTAGAGGGGGGAGCAGGGGCCCGG
Unaligned ( gi|48 ): TGGCGGATTTAGAGGGGGCAGCCCCCCCCCC
Alignments
lowQualScore : 3333333333 222 66666666666666666 11 4444444444444444 1 99999999999999999999999999999999 33333 111 1 1 1 1 8888888888888888888888888888 1 2222222 1111111111 11111111111 33333333333333333333333 11111 111111111 1111111 11111111 1111111111 11111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111111111 1111111 111111111 3333333333333333
lowQualScore : 7777777777 444 1 99999999999999999 33 8888888888888888 3 3 3 6 66666666666666666666666666666666 6 7 3 33333 999 3 0 0 3 1 0 0 2 0 1 7777777777777777777777777777 0 3 5555555 8 0 2 7777777777 4 33333333333 3 11111111111111111111111 00000 0 666666666 999 2 8888888 33333333 666 88 7777777777 3 55 00000 777 5 5 33 2 2 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 4 55 33 333 1 3333 3 222 1 1 222222222222 1 22 0000000 000000000 5555555 3333333333333333 1 8888 3 3 1 55555555 1 55 22 33 1 5555 1 1 3333 1 1 22 3 2 66 33
lowQualScore : .......... ... . ................. .. ................ . . . . ................................ . . . ..... ... . . . . . . . . . . ............................ . . ....... . . . .......... . ........... . ....................... ..... . ......... ... . ....... ........ ... .. .......... . .. ..... ... . . .. . . .................................................................. . . .. .. ... . .... . ... . . ............ . .. ....... ......... ....... ................ . .... . . . ........ . .. .. .. . .... . . .... . . .. . . .. ..
lowQualScore : 2222222222 555 0 55555555555555555 22 8888888888888888 2 7 3 7 33333333333333333333333333333333 7 3 7 33333 333 2 0 0 2 0 0 0 5 2 2 8888888888888888888888888888 0 2 0000000 0 8 7 5555555555 2 44444444444 3 77777777777777777777777 66666 9 000000000 000 6 1111111 11111111 444 66 5555555555 6 55 99999 333 0 0 44 5 5 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 4 33 66 333 8 5555 3 999 7 7 888888888888 7 33 2222222 888888888 2222222 4444444444444444 7 5555 3 3 7 00000000 7 88 44 88 7 2222 7 7 3333 8 8 55 8 1 22 11
consensus : CCCCCCCCCCTT--T-------GATTTTGN--TAGAGAGNGAGAGANGCGA-----------TTTTGCTT-TCGTTTCAT----TTATTTT---CCTAATACACTTT-GGCTATGAT-ACTAAG-T-CAGAATT---------------TTGACTATGGGTTT-----AAGTAA--NAAAGCAGAAACTAAAAC-CGGAGGATGACTATA-TTTTTATNGTTG-AATTTTA-TGACAACCTATACAGCAAAGA-----AA-----CAGC--G--CGCTCCG-GTCGTATCCAGAT--C----TAAAGAAT-CTTGAAATGGATTCA----------ATGGNGGA--GT-----T-GCGG-GGGTTG------------CA-C-C-----CCCCCCCCCCCCCC--T--TTGAAA---------AA-N-AAAAAANAAAA----AGCGAGAGAGA-------GAG---A--GA----------GA-TT--GTA--A--CGTGTTACTG---TT-TT-A--AA-G-A------------A--------------A-----------------------T--------------T-TG-AAATTT--AA-ATTA---A-CA----CAT-G---AG-C-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------G--------A-AATAG----GGC-AA-A-A-T--G---T-CTGTA-CTTA-TTAAG-T----ATG-GTT-CTAAAA---TTTAAC-A-A--AAA-CG-ATN-TAGTGA--ATACATCTGAAATGAA
Reference ( family-456 ) : CCCCCCCCCCTT--T-------GATTTTGN--TAGAGAGNGAGAGANGCGA-----------TTTTGCTT-TCGTTTCAT----TTATTTT---CCTAATACACTTT-GGCTATGAT-ACTAAG-T-CAGAATT---------------TTGACTATGGGTTT-----AAGTAA--NAAAGCAGAAACTAAAAC-CGGAGGATGACTATA-TTTTTATNGTTG-AATTTTA-TGACAACCTATACAGCAAAGA-----AA-----CAGC--G--CGCTCCG-GTCGTATCCAGAT--C----TAAAGAAT-CTTGAAATGGATTCA----------ATGGNGGA--GT-----T-GCGG-GGGTTG------------CA-C-C-----CCCCCCCCCCCCCC--T--TTGAAA---------AA-N-AAAAAANAAAA----AGCGAGAAAGA-------GAG---A--GA----------GA-TT--GTA--A--CGTGTTACTG---TT-TT-A--AA-G-A------------A--------------A-----------------------T--------------T-TG-AAATTT--AA-ATTA---A-CA----CAT-G---AG-C-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------G--------A-AATAG----GGC-AA-A-A-T--G---T-CTGTA-CTTA-TTAAG-T----ATG-GTT-CTAAAA---TTTAAC-A-A--AAA-CG-ATN-TAGTGA--ATACATCTGAAATGAA
gi|1 : CCCCCCCCCTT--TTTTTTTTGATTTTG---TAGAGAGCGAGAGAGGTGA---------------GCTT---GTTTTGC----TTA-------CCGGATACATTTT-GACAAT-AT-A-------------TT---------------TT--CT------TT-----AAGTAA--CAAAGCAGAAACTATAAT-CGGAGGATGACTATA-TTTTTATTGTTG-AATTTTA-TGACAATATATACAGCAAGAA-----AATTAAACAGC--GTGCGCTCCG-GTCGTATCCAGAT--C----TAAAGAAT-CTTGAAATGGATTCATTCCGATTCAATGGTGGA--GT-----T-GCGG-GGGTTG------------CA-C-C-----CCCCCCCCCCCCCCCAT--TTGAAA---------AA-A-AAAAAACAAAA----AACAAAAAACA-------GAG---A--GG----------GA-T---GTA--A--CCTGTTACTG---TT-TT-A--AA-G-A------------A--------------A-----------------------T--------------T-TC-AAATTT--AG-ATTA---T-CA----CAT-G---AG-C-CT------------T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------G--------A-AATAT----GGC-AA-A-A-T--G---T-CTGTA-CTTA-TTAGG-T----GTG-GTT-CTTAAA---TTCAAC-A-A--AAA-CG-TTC-TAGTGA--ATACATTTGAAATGAA
gi|10 : TACTG---TTCTT-A--AA-G-A------------A--------------T-----------------------T--------------T-TGCAAATTT--AA--TTA---A-CT----CATTG---AG-C-CT---------T--T-TT--CC-------CA---------A-------AG-------GGCAGAG--A-AATAG----GGC-AA-A-A-T--G---T-CTGTA-CTT--TCGTG-G----ATG-GTT-CCAAAA---CTTTACAA-A--AAA-CG-ATT-TAATGA--ATA-ATCTAAAATGAA
gi|11 : AAAA----AGGGGGGGATA-------AA----A--GA----------GA-TT--GTATAA--CGTGTTACTA---TT-TTTA--AA-G-A------------A--------------A-----------------------TGTTTTATCATAGA-TATG-AAATCT--AA-TTTA---A-CA----CAT-G---AG-C-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------GTC------A-AATAG----GGC-AAGA-G-T--A---T-TTGTC-CTTA-TT-AC-T----GTG-GTT-CTAGAA----TTAAC-A-A--AAA-gtcgacaacaaggctttgaaccagaggggtgttgcacatgttcccccattttagaaataaaaa
gi|12 : AACTAAAAC-CGGAGGATGACTAAA-TTTT-ATAATTG-AATTTTA-TCACAATCTATACAG-----A-----AA-----------G--CCCTTTA-GTCGTATCCAGAT--C----TAAGGAAT-CTTGAAATGGATTCA----------ATGGTGGA--GT-----T-GCTG-TGGTTG------------CA------------CCCACCCCCTT--T--TTGTAA---------AA-T-AAA
gi|13 : AAAGA-------GCG---ATAGA----------GA-TT--GTA--A--CGTTTTACTG---TT----A--AA-A-A------------A--------------AGTGTTTTATCATAGA--------T--------------T-TG-AGATTC--AA-ATTA---A-CA----CTT-G---AG-T-CTTTAGGGCAAA--T-TTCTTT-------CA---------A-------A-------------------AAT--------C-AA-A-A----G---T-C-----CATA-GTAAG-T----ATT-GTT-CTAAAA---TTTAAC-A-A--AAA-CA-Acagagag
gi|14 : aACTG---TTCTT-A--AA-G-A------------G--------------A-----------------------TAT------------T-TGCAAATTT--AA--TTA---A-CT----CATTG---AG-C-CT---------T--A-TT--CC-------CA---------A-------AG-------GGCAGAG--A-AATAG----GGC-AAGA-A-T--G---TTCTGTA-CT-A-TTTGG-T----ATG-GTT-CCAAAA---CTTAAC-AAA--AAA-CG-AT--TAATGA--ATAACTCTAAAATGAA
gi|15 : -------AG-------G--------A-AATAA----GGC-AA-A-A-T--G---T-CTGTA-CTTA-TTAGG-T----ATG-GTT-CTAAAA---T----------------G-ATC-TAGTGA--ATACATCTGAAATGAAg
gi|16 : G-AAATTT--AG-ATTA---A-CA----CAT-G---AG-T-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------AGGGTCAAAG-------G--------A-AATAA----GGC-AA-A-A-T--G---C-CTGTA-CTTA----GG-T----ATG-GTT-CTAAAA---TTTAAC-A-A--AAA-TG-ATC-TAGTGA--ATACGTCTGAAATGAAactgacaacaaggctataaccagaagggaggtgttgcacatggtcccctccatgtattttaaaataaaa
gi|17 : gtaattacgtttaggacaA----------GTGGCGGA---------T-CCAGAGGGTTG------------GA-C-C-----CCCCCCCCCCCCCC--g
gi|18 : attatatcttcattattatgtacagcgattcttatatcgttactgcgatgggaataaatcaattttgatataattaattattgtttactatatatgtA----CAT-G---AC-C-AT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AA-------GC-------A-AATAT----GGC-AA-A-A-T--A---T-G-GTC-CTTAGTTACG-T----ATG-GTTTCTAAAA-------AC-G-ACTAGC-CT-ATTATATTGA--ATACATGTGGAccc
gi|19 : --------------A-----------------------T--------------T-TG-AAATTTT-AA-ATTA-----CA----CAT-G---AG-C-ATCATG-----A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------GTCAAAGGGA-AATAG----GGC-AA-A-A-A--T---T-CTGTC-AATA-TGAAG-TATGCATG-GTT-CTAAAA---GTTAAC-A--------------------A--ATACATCTGAAATGcaagcatactcattctggatcactggtgtatg
gi|2 : attatatT--ATA--A--TGTGTT-CTG---TT-TT-A--AA-GGA------------A--------------A-----------------------TGTATGATAGA----T-TG-ATATTTCTAA-TTTA---C-CAACCCCGT-GGAGAG-C-CT------------T-TT--TA-------CA---------A-------AA-------GCA------A-AATAGTTGAAAT-AA-AGA-T------T-CTGTA-CTTA-TT------------------TAAAT---TACAAC-A-A--AAA-AGTATA-TATTGA--ATACGTCTGAAATAA
gi|20 : TACTGG--TT-TT-A--AA-G-A------------A--------------A-----------------------T--------------T-TC-AAATTT--AA-ATTA---A-CA----CTT-G---AG-C-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------G--------A-TAAAG----GGC-AA-A-A-T--A---T-CTGTA-CTTA-TTAAG-T----ATG-GTT-CTAAAA---TCTAAT-G-A--ATA-C--ATC--AG---------ATCTGAAATtgttgaccaaggccataacacccccacccccaagttgcacgtactgcccactttagacttaaaaaatgtacaaagcctttcaagattcggctgggggcgtgcccatatactcgactccctaccagatcattcctggacctgcttgggatccccagacattcaaatattaaaactaaaaacttagtccttcagttttccgggatttcgcattttcattgggtcgggagggggtcccttttccgac
gi|21 : acCCCCACCCCTT--T-------CATTTTGG--TGGAGAGAGAGAGAC---------------TTTTAAAT-TCTTCTTATATAATGATTTT---TTTAATACAc
gi|22 : ggcggatctagagtgtatatggggggggggggattaagggagttgcaaT-TT-ATTAA-G-A---------------------------------------------------T--------------T-TC-AAATTT--AA-ATTA---A-CA----AAT-G---AG-C-TT---------A--T-TT--TCTCAAGGTCA---------A-------AG-------G--------A-TATAG----GGG-AA-A-A------------------------AG-T----ATG-GTT-CTAGAA---TTTAAC-A-A--AAA-CT-ATA-TAGTGA--ATGAATCTGAAATGAgataata
gi|23 : cAGAGAG----AGAGACATAGA-------GAG---A--GACATTAGTAGCGAGTT--GTA--ATTCGAGTTACTGTGTTT-TT-A--AA-G-A------------AC-------------A-----------------------TTTTTTATCATGGAAT-TG-AAAGTT--AAGATTA---A-CA----GAT-G---AG-C-C----------A--TATT--TC-------CA---------A-------AG-------gg
gi|25 : GGATTTA----------ATGGAGGA--GT-----T-GCA-------------------------C-----CCCCCCCCCCTCCC-----TTGAAAAATCAATATAA-A-AAAAAATAAAAGG--AGTGAGAGAGA-------GAG---A--GA----------GA-
gi|26 : -------AG-------A--------A-AATAG----GGC-AA-A-A-T--G---T-CTGTA-CTTA-TTTGG-T----ATG-GTT-CCAAAA---CTTAAC-A-A--AAA-CG-ATT-TAATGA--ATACATCTAAAATGAAggggggggatgtaacaacctgcatgttattgt
gi|27 : gTGTTACTG---TT-TTTA--AA-G-A------------A--------------A-----------------------T--------------T-TG----------A-ATTA---A-CA----C---G---AGCC-CT---------A--T-TT--TC-------AAAAGGT----A-------AG-------G--------A-AATAGT---GGC--A-A-A-T--G---T--TGTC-CTTA--TAAG-T----AT--GTT-CT-AAA---TTT-AC-A-A--AAA-Cgtcgacaacaaggctgtaaccag
gi|28 : TA---A-CA----CAT-G---AA-C-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------G--------TTAATGG---------A-A-A-TTGG---G-CTAAA-CTTA-TTA-------------TT-CTAAAA---TTTAAC-A-A--AAA-GG-ATC-TAGTAA--ATACATCTGAAATGAA
gi|29 : -ATTA---A-TA----AAC-G---AG-C-TT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AGATAAAAAG--------A-AGTAG----GGC-AA-A------------------C--------A-T----ATG-GTT-CTATAA---TTTAAC-G-A--AAA-CG-ATA-TAGTGA--ATGCATCTGAAATGgcc
gi|3 : GGATTTA----------A--GGGGA--CT-----TTGCGG-GGTTTAACCCCCCCCCCCCC-C-C-----CCCCCCCCCCCCCC--TTATTG------------AT-T-GTAAAATAAAG----GACGAGAGGGG-------GGG---A--
gi|3 : acctaagtaattgtctatgatcattggcCCCCCCCCCCTTATT-------GATTGTAAAATAAAGGACGAGAGGGGGGGACTTGTTTTCTCTTTGCTTGTCGTTTCAT----TT---------CTAAT----TTTAGGCTATGAT-ACTAAG-TACAGAATTGAAAGCCTGTATATTTTGACAATGGATTTTCGACAAGTAA--GAAAGCAGAAAC-AAAATACGACGGGTGGCTATAATGCTTATAGTTGGAATCTCA-TGACAGCTAACACA--AAAG-------------------G--CGCTCCG-ATCGTATCCAGATACCGGTATAAAGAATTCTTGAAATG-ATTCA----------ATGGGGGA--AT-----TGGCGG-GAGTTG------------------------CCACCCCCCCCCC--A--TTGCAA---------AA-A-AActtgttttctctttgcttgtcgtttcatttctaattttaggctatgatactaagtacagaattgaaagcctgtatattttgacaatggattttcgacaagtaagaaagcagaaacaaaatacgacgggtggctataatgcttatagttggaatctcatgacagctaacacaaaaggcgctccgatcgtatccagataccggtataaagaattcttgaaatgattcaatgggggaattggcgggagttgccaccccccccccattgcaaaaaaactaa
gi|30 : acctaagtaattgtctatgatcattggcggatttaaggggactttgcggggtttaacccccccccccccccccccCCCCC--T--TTGAAA---------AA-TTAAAAAACAAAACCATAACAAAAAAAACCCCAAAAAACCCA--AA----------GA-TT--GTA--A--CCTGTTACTG---TT-TT-A--AA-G-A------------A--------------ctaa
gi|31 : gggagttgcaa--------------A-----------------------T--------------T-TG-AAATTC--AA-ATTA---A-CA----AAT---------------------------T--TC-------CA---------A-------AG-------T--------A-AATAG----GAC-GA-A-G-T--G---T-CTGTC-CTTG-TCAAG-T----ATG-GTT-CTAAAA---TTTAAC-A-A--A
gi|32 : acttttagcatatAAAAAT-CTTGAAATGGATTCT----------ATGGAGGA--GT-----A-GCAG-GGGTTG------------CA-C-C-----ACCACCACCACCC------TTGAAA---------AA-C-AAAA---AAAA----GGAGAGAAAGA-------GAG---A--GA----------GA-
gi|33 : -------CA---------A-------AG-------G--------A-AATAG----GAC-AA-A-A----------CTGT--CTTA-CTAAG-T----ATG-GTT-ATAAAAAAATTTAAC-A-A--AAA-CG-ATA-TAGTGA--ATGGATCTGAAATGA
gi|34 : agtAGA-------GAG---A--GA----------GA-TT--GTA--A--TGTGTTGCTG---TT-TT-A--AA-G-A------------AATGTTGTATGATAGA-----------------------T--------------T-TG-ATATTT--AA-TTCAACTA-CA----CAT-G---AG-C-CT------------T-TT--TC-------CA---------ggccg
gi|36 : g---A-CA----CAT-T---AG-C-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------GTAAAAGG-A-AATAA----GGC-AA-A-AAT--A---T-ATGCC-CTTA-TTAAG-T----ATG-GTT-CTAAAA---TT
gi|37 : tcTGGATT-------------TGGGGGC--GTGGGGGT-GCGG-GGGTTG------------CA-A-CTCAAACCCCCCCCCCCCTT--T--TTGAAA---------AATC-AAGAGAGA
gi|38 : ttggGGTGGGTGGT-----T-ACAA-GGGTTG------------CA-A-T-----CACCCCCCCCCCCC--C--Tg
gi|4 : cattagaagaaccagatctagaggg-CA----CAT-G---AA-G-CT---------A--T-TT--AC-------AA---------T-------AG-------C--------T-AATAG----GGCCAA-A-A-T--G---T-CTGTA-CTT--TTA-----------------TACCA---TTCAAC-A-A--AAACCG-ATA-TAGT-A--ATACATCTAAAActcaccc
gi|40 : A----CAT-G---AT-C-CT---------A--C-TT--TC-------CA---------A-------AG-------C--------A-AATAT----GGC-GA-A-A-T--G---T-GTGTT-CTTA-TTAAG-T----ATG-GTT-TTAAAA---aaatagacgcaggacataccccccccacacccccaatatgcaccgtctcatccactttgaataaaaatgctaaagttttcagattcgacattcgaagggggggagggggtgagttcgcaccccattttgcttgactactcacctaccaaagactcattcctggacctggctgggatcccactaaaaacttctacagtttaccgggaagatttcgcatttttcattgcgctccgaggggactatcgctttttcggact
gi|43 : ATTTA----------AAGAGAGA--GG-----G-ACGG-GGGTTT------------CAAC-C-----CCCCCCCCCCCCCC--aa
gi|45 : attcttcacacTGCTACTG---TT-TT-A--GA-G-A------------A--------------------------------------T--------------T-TC-AAATTT--AA-ATTT---A-CA----CAT-G---AG-C-CT---------A--T-TT--Tcccccc
gi|5 : GGTGGG--GT-----T-ACGG-GGGTTG------------CA-CAC-----CCCACCCCCCCCCC--T--TTGga
gi|5 : gcgtatctagagcggCCCCCCCCCCTT--T-------GGTGTTGT--AAAAGAGAGAGAGATACAA-----------TTTTGCTT-TCGTTTCAT----TTATTTTGTACATAATACACTTT-GGCTATGATAACTAAGTT-TAGAATT---------------TTGACTATGGGTTT-----TAATAGATTAAAGCAGAAACTAATAC-CGGAGGATGACTATA-ATTCTATTGTTG-AATTTTAGTGA-AACCTCAACAGCAAAGAGCTATAA-----CAGCGTG--CGCTCCGAGTCG-ATCCAGAT--C----TAAAGAAT-CTTG-AATGGATTTA----------ATGG-GGA--G----------GG-GGG-TG------------CA------------CCCACCCCCCT--T--TTGAAA---------AA-A-AAAAgtgttgtaaaagagagagagatacaattttgctttcgtttcatttattttgtacataatacactttggctatgataactaagtttagaattttgactatgggttttaatagattaaagcagaaactaataccggaggatgactataattctattgttgaattttagtgaaacctcaacagcaaagagctataacagcgtgcgctccgagtcgatccagatctaaagaatcttgaatggatttaatggggaggggggtgcacccaccccccttttgaaaaaaaaaa
gi|7 : gcgtatctagagcggggtggggttacgggggttgcacaccccaGAGA---------GA-G-AGAGAGGAGTA----AACGAGGAAG----------G---AC-GA----------TG-TT--GTA--A--C-TGT-ACT----TT-TT-A--AA-A-ATGTTTTATCATAG--------------A-----------------------T--------------T-TG-AAATTT--AA-ATTA---A-CA----C---G---AG-T-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------GTCAGAAG-A-AATAGA---GGC-AA-C-A-T--G---T-CTGTC-CTTA-TTAAG-T----ATGCGTT-TCTAAA---TTT-AC-A-A--AAATTG-ATA-TAATGAATATATATCTAAAGTGA
gi|8 : agaAAGAAGAAAA-------GAGAGAG--------GAA---A--GA----------GA-TTTTGTGC-A--GGTGA-ACTG---TT-TT-A--AAAG-A------------A--------------ACGGTAGGTATTCGGTTAGATTTTT--------------T-TG-AAAATT--AA-ATGA---AACA----TAT-G---AG-C-CT---------A--T-TT--TC-------CAAAAGGGTCGA-------AG-------A--------A-AAGAGA---GGCAAA-A-A-T--G-----ATGTATCCTA-TTAAATT----ATG-GTT-CTTAA-----TTAAC---A--AAA-CG-ATA-CGTTGA--ATGCATCTGAAATGGAggccgacgaaaacacaaccgagtgggg
gi|9 : A-CT--GTA-----CGTGTT-------TT-TT-A--AA-A-----------------------------------------------------------------------G-AAATTT-------CA---A-CA----TAT-G---AA-CACT---------ACTT-TT--TCAAAGGT-CA---------A-------AG-------G--------A-AAATG----GGC-AA-A-A-T--GTCCT-CTGTA-CTTA--TAGG-TG---AT--GTT-CTAAAA---GTTA---A-A--AAA-CG-ATT-TAGTGT--ATACATATTGAATGAAgtgtcgacgaggaagtaacga
10 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): AAAATATTTATGAGAAAACAAGAAAAGAGTATATAAAAAATATTATTGAATGGAAAGTTTAAAGGATGAATAATAATCAAAATATGGATTCTTTATAGTATGTTTTACTATTTACAGTACTAGTTATTCAATGTTAATAAGACTTTGAGACCAAATGAAAGATGGATACCTAATTGCCATTCAATTCATACACATTGGCGGATCAAGAGGGACGAGGGTTGAAGCCCCCCCCCCCCACCCC
Unaligned ( gi|24 ): AAATACATTTATAAACAGCCGATACAAAAGTAAATCTATTCGCAGTGGCGGATTGTAGAGGGGGGCCCAGGGGGCCCGGGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTTTTTTGAGTGACCAA
Unaligned ( gi|35 ): AATTGAAATAAATTTCATCAGCATAATTAATACATGTATTGATTACATGTAGCATAGGCGGATTTAGTGTGCCCCCCCCCCCCCC
Unaligned ( gi|39 ): TTTGTAGTGGGCGATTAGCAGAGGGCCCCAGGAGGCTCGGGACGCCCCCCCCCCCTTTTTGGTGACCAACTT
Unaligned ( gi|41 ): TATTGTGATTGGGAACATTTGAAAAAATGCATTTCGGATATTCGCAAAATACAAAACTTATGTTC
Unaligned ( gi|42 ): GTGGCGGATTTAGAAGGGGGTCAAGGGTTCCCGCCCCACCCCCTTTTTTTGGTGATCAAACTTA
Unaligned ( gi|44 ): CGAAACAAGGCTGTTAACCAGAGGGTGTTGCACATGTTCCCCCATTTTAGAAACTA
Unaligned ( gi|46 ): AGTGGCGGATTTAGAGGGGGGCCCCATTTGGTGACCAAACTTAA
Unaligned ( gi|47 ): CTACTCGCAGTGGCGGATTTAGAGGGGGGAGCAGGGGCCCGG
Unaligned ( gi|48 ): TGGCGGATTTAGAGGGGGCAGCCCCCCCCCC
Alignments
lowQualScore : 3333333333 222 66666666666666666 11 4444444444444444 1 99999999999999999999999999999999 33333 111 1 1 1 1 8888888888888888888888888888 1 2222222 1111111111 11111111111 2222222222222222222222 111111111 1111111 11111111 1111111111 11111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111111111 1111111 111111111 3333333333333333
lowQualScore : 7777777777 444 1 99999999999999999 33 8888888888888888 3 3 3 6 66666666666666666666666666666666 6 7 3 33333 999 3 0 0 3 1 0 0 2 0 1 7777777777777777777777777777 0 3 5555555 8 0 2 7777777777 4 33333333333 3 4444444444444444444444 6666 666666666 999 2 8888888 55555555 666 3 7777777777 3 55 00000 777 5 5 33 2 2 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 4 55 33 333 1 3333 3 222 1 1 222222222222 1 22 0000000 000000000 5555555 3333333333333333 1 8888 3 3 1 55555555 1 55 22 33 1 5555 1 1 3333 1 1 22 3 2 66 33
lowQualScore : .......... ... . ................. .. ................ . . . . ................................ . . . ..... ... . . . . . . . . . . ............................ . . ....... . . . .......... . ........... . ...................... .... ......... ... . ....... ........ ... . .......... . .. ..... ... . . .. . . .................................................................. . . .. .. ... . .... . ... . . ............ . .. ....... ......... ....... ................ . .... . . . ........ . .. .. .. . .... . . .... . . .. . . .. ..
lowQualScore : 2222222222 555 0 55555555555555555 22 8888888888888888 2 7 3 7 33333333333333333333333333333333 7 3 7 33333 333 2 0 0 2 0 0 0 5 2 2 8888888888888888888888888888 0 2 0000000 0 8 7 5555555555 2 44444444444 3 3333333333333333333333 1111 000000000 000 6 1111111 33333333 444 6 5555555555 6 55 99999 333 0 0 44 5 5 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 4 33 66 333 8 5555 3 999 7 7 888888888888 7 33 2222222 888888888 2222222 4444444444444444 7 5555 3 3 7 00000000 7 88 44 88 7 2222 7 7 3333 8 8 55 8 1 22 11
consensus : CCCCCCCCCCTT--T-------GATTTTGN--TAGAGAGNGAGAGANGCGA-----------TTTTGCTT-TCGTTTCAT----TTATTTT---CCTAATACACTTT-GGCTATGAT-ACTAAG-T-CAGAATT---------------TTGACTATGGGTTT-----AAGTAA--NAAAGCAGAAACTAAAAC-CGGAGGATGACTATA-TTTTTATNGTTG-AATTTTA-TGACAACCTATACAGCAAAGA-----AA-----CAGC--G--CGCTCCG-GTCGTATCCAGAT--C----TAAAGAAT-CTTGAAATGGATTCA----------ATGGNGGA--GT-----T-GCGG-GGGTTG-----------CA-C-C-----CCCCCCCCCCCCCC--TTTGAAA---------AA-N-AAAAAANAAAA----AGCGAGAGAGA-------GAG---A-GA----------GA-TT--GTA--A--CGTGTTACTG---TT-TT-A--AA-G-A------------A--------------A-----------------------T--------------T-TG-AAATTT--AA-ATTA---A-CA----CAT-G---AG-C-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------G--------A-AATAG----GGC-AA-A-A-T--G---T-CTGTA-CTTA-TTAAG-T----ATG-GTT-CTAAAA---TTTAAC-A-A--AAA-CG-ATN-TAGTGA--ATACATCTGAAATGAA
Reference ( family-456 ) : CCCCCCCCCCTT--T-------GATTTTGN--TAGAGAGNGAGAGANGCGA-----------TTTTGCTT-TCGTTTCAT----TTATTTT---CCTAATACACTTT-GGCTATGAT-ACTAAG-T-CAGAATT---------------TTGACTATGGGTTT-----AAGTAA--NAAAGCAGAAACTAAAAC-CGGAGGATGACTATA-TTTTTATNGTTG-AATTTTA-TGACAACCTATACAGCAAAGA-----AA-----CAGC--G--CGCTCCG-GTCGTATCCAGAT--C----TAAAGAAT-CTTGAAATGGATTCA----------ATGGNGGA--GT-----T-GCGG-GGGTTG-----------CA-C-C-----CCCCCCCCCCCCCC--TTTGAAA---------AA-N-AAAAAANAAAA----AGCGAGAGAGA-------GAG---A-GA----------GA-TT--GTA--A--CGTGTTACTG---TT-TT-A--AA-G-A------------A--------------A-----------------------T--------------T-TG-AAATTT--AA-ATTA---A-CA----CAT-G---AG-C-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------G--------A-AATAG----GGC-AA-A-A-T--G---T-CTGTA-CTTA-TTAAG-T----ATG-GTT-CTAAAA---TTTAAC-A-A--AAA-CG-ATN-TAGTGA--ATACATCTGAAATGAA
gi|1 : CCCCCCCCCTT--TTTTTTTTGATTTTG---TAGAGAGCGAGAGAGGTGA---------------GCTT---GTTTTGC----TTA-------CCGGATACATTTT-GACAAT-AT-A-------------TT---------------TT--CT------TT-----AAGTAA--CAAAGCAGAAACTATAAT-CGGAGGATGACTATA-TTTTTATTGTTG-AATTTTA-TGACAATATATACAGCAAGAA-----AATTAAACAGC--GTGCGCTCCG-GTCGTATCCAGAT--C----TAAAGAAT-CTTGAAATGGATTCATTCCGATTCAATGGTGGA--GT-----T-GCGG-GGGTTG-----------CA-C-C-----CCCCCCCCCCCCCCCATTTGAAA---------AA-A-AAAAAACAAAA----AACAAAAAACA-------GAG---A-GG----------GA-T---GTA--A--CCTGTTACTG---TT-TT-A--AA-G-A------------A--------------A-----------------------T--------------T-TC-AAATTT--AG-ATTA---T-CA----CAT-G---AG-C-CT------------T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------G--------A-AATAT----GGC-AA-A-A-T--G---T-CTGTA-CTTA-TTAGG-T----GTG-GTT-CTTAAA---TTCAAC-A-A--AAA-CG-TTC-TAGTGA--ATACATTTGAAATGAA
gi|10 : TACTG---TTCTT-A--AA-G-A------------A--------------T-----------------------T--------------T-TGCAAATTT--AA--TTA---A-CT----CATTG---AG-C-CT---------T--T-TT--CC-------CA---------A-------AG-------GGCAGAG--A-AATAG----GGC-AA-A-A-T--G---T-CTGTA-CTT--TCGTG-G----ATG-GTT-CCAAAA---CTTTACAA-A--AAA-CG-ATT-TAATGA--ATA-ATCTAAAATGAA
gi|11 : AAAA----AGGGGGGGATA-------AA----A-GA----------GA-TT--GTATAA--CGTGTTACTA---TT-TTTA--AA-G-A------------A--------------A-----------------------TGTTTTATCATAGA-TATG-AAATCT--AA-TTTA---A-CA----CAT-G---AG-C-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------GTC------A-AATAG----GGC-AAGA-G-T--A---T-TTGTC-CTTA-TT-AC-T----GTG-GTT-CTAGAA----TTAAC-A-A--AAA-gtcgacaacaaggctttgaaccagaggggtgttgcacatgttcccccattttagaaataaaaa
gi|12 : AACTAAAAC-CGGAGGATGACTAAA-TTTT-ATAATTG-AATTTTA-TCACAATCTATACAG-----A-----AA-----------G--CCCTTTA-GTCGTATCCAGAT--C----TAAGGAAT-CTTGAAATGGATTCA----------ATGGTGGA--GT-----T-GCTG-TGGTTG-----------CA------------CCCACCCCCTT--TTTGTAA---------AA-T-AAA
gi|13 : AAAGAGC-------GAT---A-GA----------GA-TT--GTA--A--CGTTTTACTG---TT----A--AA-A-A------------A--------------AGTGTTTTATCATAGA--------T--------------T-TG-AGATTC--AA-ATTA---A-CA----CTT-G---AG-T-CTTTAGGGCAAA--T-TTCTTT-------CA---------A-------A-------------------AAT--------C-AA-A-A----G---T-C-----CATA-GTAAG-T----ATT-GTT-CTAAAA---TTTAAC-A-A--AAA-CA-Acagagag
gi|14 : aACTG---TTCTT-A--AA-G-A------------G--------------A-----------------------TAT------------T-TGCAAATTT--AA--TTA---A-CT----CATTG---AG-C-CT---------T--A-TT--CC-------CA---------A-------AG-------GGCAGAG--A-AATAG----GGC-AAGA-A-T--G---TTCTGTA-CT-A-TTTGG-T----ATG-GTT-CCAAAA---CTTAAC-AAA--AAA-CG-AT--TAATGA--ATAACTCTAAAATGAA
gi|15 : -------AG-------G--------A-AATAA----GGC-AA-A-A-T--G---T-CTGTA-CTTA-TTAGG-T----ATG-GTT-CTAAAA---T----------------G-ATC-TAGTGA--ATACATCTGAAATGAAg
gi|16 : G-AAATTT--AG-ATTA---A-CA----CAT-G---AG-T-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------AGGGTCAAAG-------G--------A-AATAA----GGC-AA-A-A-T--G---C-CTGTA-CTTA----GG-T----ATG-GTT-CTAAAA---TTTAAC-A-A--AAA-TG-ATC-TAGTGA--ATACGTCTGAAATGAAactgacaacaaggctataaccagaagggaggtgttgcacatggtcccctccatgtattttaaaataaaa
gi|17 : gtaattacgtttaggacaA----------GTGGCGGA---------T-CCAGAGGGTTG-----------GA-C-C-----CCCCCCCCCCCCCC--g
gi|18 : attatatcttcattattatgtacagcgattcttatatcgttactgcgatgggaataaatcaattttgatataattaattattgtttactatatatgtA----CAT-G---AC-C-AT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AA-------GC-------A-AATAT----GGC-AA-A-A-T--A---T-G-GTC-CTTAGTTACG-T----ATG-GTTTCTAAAA-------AC-G-ACTAGC-CT-ATTATATTGA--ATACATGTGGAccc
gi|19 : --------------A-----------------------T--------------T-TG-AAATTTT-AA-ATTA-----CA----CAT-G---AG-C-ATCATG-----A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------GTCAAAGGGA-AATAG----GGC-AA-A-A-A--T---T-CTGTC-AATA-TGAAG-TATGCATG-GTT-CTAAAA---GTTAAC-A--------------------A--ATACATCTGAAATGcaagcatactcattctggatcactggtgtatg
gi|2 : attatatT--ATA--A--TGTGTT-CTG---TT-TT-A--AA-GGA------------A--------------A-----------------------TGTATGATAGA----T-TG-ATATTTCTAA-TTTA---C-CAACCCCGT-GGAGAG-C-CT------------T-TT--TA-------CA---------A-------AA-------GCA------A-AATAGTTGAAAT-AA-AGA-T------T-CTGTA-CTTA-TT------------------TAAAT---TACAAC-A-A--AAA-AGTATA-TATTGA--ATACGTCTGAAATAA
gi|20 : TACTGG--TT-TT-A--AA-G-A------------A--------------A-----------------------T--------------T-TC-AAATTT--AA-ATTA---A-CA----CTT-G---AG-C-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------G--------A-TAAAG----GGC-AA-A-A-T--A---T-CTGTA-CTTA-TTAAG-T----ATG-GTT-CTAAAA---TCTAAT-G-A--ATA-C--ATC--AG---------ATCTGAAATtgttgaccaaggccataacacccccacccccaagttgcacgtactgcccactttagacttaaaaaatgtacaaagcctttcaagattcggctgggggcgtgcccatatactcgactccctaccagatcattcctggacctgcttgggatccccagacattcaaatattaaaactaaaaacttagtccttcagttttccgggatttcgcattttcattgggtcgggagggggtcccttttccgac
gi|21 : acCCCCACCCCTT--T-------CATTTTGG--TGGAGAGAGAGAGAC---------------TTTTAAAT-TCTTCTTATATAATGATTTT---TTTAATACAc
gi|22 : ggcggatctagagtgtatatggggggggggggattaagggagttgcaaT-TT-ATTAA-G-A---------------------------------------------------T--------------T-TC-AAATTT--AA-ATTA---A-CA----AAT-G---AG-C-TT---------A--T-TT--TCTCAAGGTCA---------A-------AG-------G--------A-TATAG----GGG-AA-A-A------------------------AG-T----ATG-GTT-CTAGAA---TTTAAC-A-A--AAA-CT-ATA-TAGTGA--ATGAATCTGAAATGAgataata
gi|23 : cAGAGAG----AGAGACATAGA-------GAG---A-GACATTAGTAGCGAGTT--GTA--ATTCGAGTTACTGTGTTT-TT-A--AA-G-A------------AC-------------A-----------------------TTTTTTATCATGGAAT-TG-AAAGTT--AAGATTA---A-CA----GAT-G---AG-C-C----------A--TATT--TC-------CA---------A-------AG-------gg
gi|25 : GGATTTA----------ATGGAGGA--GT-----T-G---------------------CA-C-C-----CCCCCCCCCTCCC----TTGAAAAATCAATATAA-A-AAAAAATAAAAGG--AGTGAGAGAGA-------GAG---A-GA----------GA-
gi|26 : -------AG-------A--------A-AATAG----GGC-AA-A-A-T--G---T-CTGTA-CTTA-TTTGG-T----ATG-GTT-CCAAAA---CTTAAC-A-A--AAA-CG-ATT-TAATGA--ATACATCTAAAATGAAggggggggatgtaacaacctgcatgttattgt
gi|27 : gTGTTACTG---TT-TTTA--AA-G-A------------A--------------A-----------------------T--------------T-TG----------A-ATTA---A-CA----C---G---AGCC-CT---------A--T-TT--TC-------AAAAGGT----A-------AG-------G--------A-AATAGT---GGC--A-A-A-T--G---T--TGTC-CTTA--TAAG-T----AT--GTT-CT-AAA---TTT-AC-A-A--AAA-Cgtcgacaacaaggctgtaaccag
gi|28 : TA---A-CA----CAT-G---AA-C-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------G--------TTAATGG---------A-A-A-TTGG---G-CTAAA-CTTA-TTA-------------TT-CTAAAA---TTTAAC-A-A--AAA-GG-ATC-TAGTAA--ATACATCTGAAATGAA
gi|29 : -ATTA---A-TA----AAC-G---AG-C-TT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AGATAAAAAG--------A-AGTAG----GGC-AA-A------------------C--------A-T----ATG-GTT-CTATAA---TTTAAC-G-A--AAA-CG-ATA-TAGTGA--ATGCATCTGAAATGgcc
gi|3 : GGATTTA----------A--GGGGA--CT-----TTGCGG-GGTTTAACCCCCCCCCCCC-C-C-----CCCCCCCCCCCCCC--CTTATTG---------AT-T-GTAAAATAAAG----GACGAGAGGGG-------GGG---A-
gi|3 : acctaagtaattgtctatgatcattggcCCCCCCCCCCTTATT-------GATTGTAAAATAAAGGACGAGAGGGGGGGACTTGTTTTCTCTTTGCTTGTCGTTTCAT----TT---------CTAAT----TTTAGGCTATGAT-ACTAAG-TACAGAATTGAAAGCCTGTATATTTTGACAATGGATTTTCGACAAGTAA--GAAAGCAGAAAC-AAAATACGACGGGTGGCTATAATGCTTATAGTTGGAATCTCA-TGACAGCTAACACA--AAAG-------------------G--CGCTCCG-ATCGTATCCAGATACCGGTATAAAGAATTCTTGAAATG-ATTCA----------ATGGGGGA--AT-----TGGCGG-GAGTTG-----------------------CCACCCCCCCCCC--ATTGCAA---------AA-A-AActtgttttctctttgcttgtcgtttcatttctaattttaggctatgatactaagtacagaattgaaagcctgtatattttgacaatggattttcgacaagtaagaaagcagaaacaaaatacgacgggtggctataatgcttatagttggaatctcatgacagctaacacaaaaggcgctccgatcgtatccagataccggtataaagaattcttgaaatgattcaatgggggaattggcgggagttgccaccccccccccattgcaaaaaaactaa
gi|30 : acctaagtaattgtctatgatcattggcggatttaaggggactttgcggggtttaacccccccccccccccccccCCCCC--TTTGAAA---------AA-TTAAAAAACAAAACCATAACAAAAAAAACCCCAAAAAACCCA-AA----------GA-TT--GTA--A--CCTGTTACTG---TT-TT-A--AA-G-A------------A--------------ctaa
gi|31 : gggagttgcaa--------------A-----------------------T--------------T-TG-AAATTC--AA-ATTA---A-CA----AAT---------------------------T--TC-------CA---------A-------AG-------T--------A-AATAG----GAC-GA-A-G-T--G---T-CTGTC-CTTG-TCAAG-T----ATG-GTT-CTAAAA---TTTAAC-A-A--A
gi|32 : acttttagcatatAAAAAT-CTTGAAATGGATTCT----------ATGGAGGA--GT-----A-GCAG-GGGTTG-----------CA-C-C-----ACCACCACCACCC----TTGAAA---------AA-C-AAAA---AAAA----GGAGAGAAAGA-------GAG---A-GA----------GA-
gi|33 : -------CA---------A-------AG-------G--------A-AATAG----GAC-AA-A-A----------CTGT--CTTA-CTAAG-T----ATG-GTT-ATAAAAAAATTTAAC-A-A--AAA-CG-ATA-TAGTGA--ATGGATCTGAAATGA
gi|34 : agtGAGA-------GAG---A-GA----------GA-TT--GTA--A--TGTGTTGCTG---TT-TT-A--AA-G-A------------AATGTTGTATGATAGA-----------------------T--------------T-TG-ATATTT--AA-TTCAACTA-CA----CAT-G---AG-C-CT------------T-TT--TC-------CA---------ggccg
gi|36 : ---A-CA----CAT-T---AG-C-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------GTAAAAGG-A-AATAA----GGC-AA-A-AAT--A---T-ATGCC-CTTA-TTAAG-T----ATG-GTT-CTAAAA---TT
gi|37 : tcTGGATT-------------TGGGGGC--GTGGGGGT-GCGG-GGGTTG-----------CA-A-CTCAAACCCCCCCCCCCCTT--TTTGAAA---------AATC-AAGAGAGA
gi|38 : ttggGGTGGGTGGT-----T-ACAA-GGGTTG-----------CA-A-T-----CACCCCCCCCCCCC--CTg
gi|4 : cattagaagaaccagatctagaggg-CA----CAT-G---AA-G-CT---------A--T-TT--AC-------AA---------T-------AG-------C--------T-AATAG----GGCCAA-A-A-T--G---T-CTGTA-CTT--TTA-----------------TACCA---TTCAAC-A-A--AAACCG-ATA-TAGT-A--ATACATCTAAAActcaccc
gi|40 : A----CAT-G---AT-C-CT---------A--C-TT--TC-------CA---------A-------AG-------C--------A-AATAT----GGC-GA-A-A-T--G---T-GTGTT-CTTA-TTAAG-T----ATG-GTT-TTAAAA---aaatagacgcaggacataccccccccacacccccaatatgcaccgtctcatccactttgaataaaaatgctaaagttttcagattcgacattcgaagggggggagggggtgagttcgcaccccattttgcttgactactcacctaccaaagactcattcctggacctggctgggatcccactaaaaacttctacagtttaccgggaagatttcgcatttttcattgcgctccgaggggactatcgctttttcggact
gi|43 : ATTTA----------AAGAGAGA--GG-----G-ACGG-GGGTTT-----------CAAC-C-----CCCCCCCCCCCCCC--aa
gi|45 : attcttcacacTGCTACTG---TT-TT-A--GA-G-A------------A--------------------------------------T--------------T-TC-AAATTT--AA-ATTT---A-CA----CAT-G---AG-C-CT---------A--T-TT--Tcccccc
gi|5 : GGTGGG--GT-----T-ACGG-GGGTTG-----------CA-CAC-----CCCACCCCCCCCCC--TTTGga
gi|5 : gcgtatctagagcggCCCCCCCCCCTT--T-------GGTGTTGT--AAAAGAGAGAGAGATACAA-----------TTTTGCTT-TCGTTTCAT----TTATTTTGTACATAATACACTTT-GGCTATGATAACTAAGTT-TAGAATT---------------TTGACTATGGGTTT-----TAATAGATTAAAGCAGAAACTAATAC-CGGAGGATGACTATA-ATTCTATTGTTG-AATTTTAGTGA-AACCTCAACAGCAAAGAGCTATAA-----CAGCGTG--CGCTCCGAGTCG-ATCCAGAT--C----TAAAGAAT-CTTG-AATGGATTTA----------ATGG-GGA--G----------GG-GGG-TG-----------CA------------CCCACCCCCCT--TTTGAAA---------AA-A-AAAAgtgttgtaaaagagagagagatacaattttgctttcgtttcatttattttgtacataatacactttggctatgataactaagtttagaattttgactatgggttttaatagattaaagcagaaactaataccggaggatgactataattctattgttgaattttagtgaaacctcaacagcaaagagctataacagcgtgcgctccgagtcgatccagatctaaagaatcttgaatggatttaatggggaggggggtgcacccaccccccttttgaaaaaaaaaa
gi|7 : gcgtatctagagcggggtggggttacgggggttgcacaccccaGAGA---------GA-G-AGAGAGGAGTA----AACGAGGAAG----------G---ACGA----------TG-TT--GTA--A--C-TGT-ACT----TT-TT-A--AA-A-ATGTTTTATCATAG--------------A-----------------------T--------------T-TG-AAATTT--AA-ATTA---A-CA----C---G---AG-T-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------GTCAGAAG-A-AATAGA---GGC-AA-C-A-T--G---T-CTGTC-CTTA-TTAAG-T----ATGCGTT-TCTAAA---TTT-AC-A-A--AAATTG-ATA-TAATGAATATATATCTAAAGTGA
gi|8 : agaAAGAAGAAAA-------GAGAGAG--------GAA---A-GA----------GA-TTTTGTGC-A--GGTGA-ACTG---TT-TT-A--AAAG-A------------A--------------ACGGTAGGTATTCGGTTAGATTTTT--------------T-TG-AAAATT--AA-ATGA---AACA----TAT-G---AG-C-CT---------A--T-TT--TC-------CAAAAGGGTCGA-------AG-------A--------A-AAGAGA---GGCAAA-A-A-T--G-----ATGTATCCTA-TTAAATT----ATG-GTT-CTTAA-----TTAAC---A--AAA-CG-ATA-CGTTGA--ATGCATCTGAAATGGAggccgacgaaaacacaaccgagtgggg
gi|9 : A-CT--GTA-----CGTGTT-------TT-TT-A--AA-A-----------------------------------------------------------------------G-AAATTT-------CA---A-CA----TAT-G---AA-CACT---------ACTT-TT--TCAAAGGT-CA---------A-------AG-------G--------A-AAATG----GGC-AA-A-A-T--GTCCT-CTGTA-CTTA--TAGG-TG---AT--GTT-CTAAAA---GTTA---A-A--AAA-CG-ATT-TAGTGT--ATACATATTGAATGAAgtgtcgacgaggaagtaacga
10 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): AAAATATTTATGAGAAAACAAGAAAAGAGTATATAAAAAATATTATTGAATGGAAAGTTTAAAGGATGAATAATAATCAAAATATGGATTCTTTATAGTATGTTTTACTATTTACAGTACTAGTTATTCAATGTTAATAAGACTTTGAGACCAAATGAAAGATGGATACCTAATTGCCATTCAATTCATACACATTGGCGGATCAAGAGGGACGAGGGTTGAAGCCCCCCCCCCCCACCCC
Unaligned ( gi|24 ): AAATACATTTATAAACAGCCGATACAAAAGTAAATCTATTCGCAGTGGCGGATTGTAGAGGGGGGCCCAGGGGGCCCGGGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTTTTTTGAGTGACCAA
Unaligned ( gi|35 ): AATTGAAATAAATTTCATCAGCATAATTAATACATGTATTGATTACATGTAGCATAGGCGGATTTAGTGTGCCCCCCCCCCCCCC
Unaligned ( gi|39 ): TTTGTAGTGGGCGATTAGCAGAGGGCCCCAGGAGGCTCGGGACGCCCCCCCCCCCTTTTTGGTGACCAACTT
Unaligned ( gi|41 ): TATTGTGATTGGGAACATTTGAAAAAATGCATTTCGGATATTCGCAAAATACAAAACTTATGTTC
Unaligned ( gi|42 ): GTGGCGGATTTAGAAGGGGGTCAAGGGTTCCCGCCCCACCCCCTTTTTTTGGTGATCAAACTTA
Unaligned ( gi|44 ): CGAAACAAGGCTGTTAACCAGAGGGTGTTGCACATGTTCCCCCATTTTAGAAACTA
Unaligned ( gi|46 ): AGTGGCGGATTTAGAGGGGGGCCCCATTTGGTGACCAAACTTAA
Unaligned ( gi|47 ): CTACTCGCAGTGGCGGATTTAGAGGGGGGAGCAGGGGCCCGG
Unaligned ( gi|48 ): TGGCGGATTTAGAGGGGGCAGCCCCCCCCCC
Alignments
lowQualScore : 3333333333 222 66666666666666666 11 4444444444444444 1 99999999999999999999999999999999 33333 111 1 1 1 1 8888888888888888888888888888 1 2222222 1111111111 11111111111 2222222222222222222222 111111111 1111111 11111111 1111111111 11111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111111111 1111111 111111111 3333333333333333
lowQualScore : 7777777777 444 1 99999999999999999 33 8888888888888888 3 3 3 6 66666666666666666666666666666666 6 7 3 33333 999 3 0 0 3 1 0 0 2 0 1 7777777777777777777777777777 0 3 5555555 8 0 2 7777777777 4 33333333333 3 4444444444444444444444 6666 666666666 999 2 8888888 55555555 666 3 7777777777 3 55 00000 777 5 5 33 2 2 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 4 55 33 333 1 3333 3 222 1 1 222222222222 1 22 0000000 000000000 5555555 3333333333333333 1 8888 3 3 1 55555555 1 55 22 33 1 5555 1 1 3333 1 1 22 3 2 66 33
lowQualScore : .......... ... . ................. .. ................ . . . . ................................ . . . ..... ... . . . . . . . . . . ............................ . . ....... . . . .......... . ........... . ...................... .... ......... ... . ....... ........ ... . .......... . .. ..... ... . . .. . . .................................................................. . . .. .. ... . .... . ... . . ............ . .. ....... ......... ....... ................ . .... . . . ........ . .. .. .. . .... . . .... . . .. . . .. ..
lowQualScore : 2222222222 555 0 55555555555555555 22 8888888888888888 2 7 3 7 33333333333333333333333333333333 7 3 7 33333 333 2 0 0 2 0 0 0 5 2 2 8888888888888888888888888888 0 2 0000000 0 8 7 5555555555 2 44444444444 3 3333333333333333333333 1111 000000000 000 6 1111111 33333333 444 6 5555555555 6 55 99999 333 0 0 44 5 5 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 4 33 66 333 8 5555 3 999 7 7 888888888888 7 33 2222222 888888888 2222222 4444444444444444 7 5555 3 3 7 00000000 7 88 44 88 7 2222 7 7 3333 8 8 55 8 1 22 11
consensus : CCCCCCCCCCTT--T-------GATTTTGN--TAGAGAGNGAGAGANGCGA-----------TTTTGCTT-TCGTTTCAT----TTATTTT---CCTAATACACTTT-GGCTATGAT-ACTAAG-T-CAGAATT---------------TTGACTATGGGTTT-----AAGTAA--NAAAGCAGAAACTAAAAC-CGGAGGATGACTATA-TTTTTATNGTTG-AATTTTA-TGACAACCTATACAGCAAAGA-----AA-----CAGC--G--CGCTCCG-GTCGTATCCAGAT--C----TAAAGAAT-CTTGAAATGGATTCA----------ATGGNGGA--GT-----T-GCGG-GGGTTG-----------CA-C-C-----CCCCCCCCCCCCCC--TTTGAAA---------AA-N-AAAAAANAAAA----AGCGAGAGAGA-------GAG---A-GA----------GA-TT--GTA--A--CGTGTTACTG---TT-TT-A--AA-G-A------------A--------------A-----------------------T--------------T-TG-AAATTT--AA-ATTA---A-CA----CAT-G---AG-C-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------G--------A-AATAG----GGC-AA-A-A-T--G---T-CTGTA-CTTA-TTAAG-T----ATG-GTT-CTAAAA---TTTAAC-A-A--AAA-CG-ATN-TAGTGA--ATACATCTGAAATGAA
Reference ( family-456 ) : CCCCCCCCCCTT--T-------GATTTTGN--TAGAGAGNGAGAGANGCGA-----------TTTTGCTT-TCGTTTCAT----TTATTTT---CCTAATACACTTT-GGCTATGAT-ACTAAG-T-CAGAATT---------------TTGACTATGGGTTT-----AAGTAA--NAAAGCAGAAACTAAAAC-CGGAGGATGACTATA-TTTTTATNGTTG-AATTTTA-TGACAACCTATACAGCAAAGA-----AA-----CAGC--G--CGCTCCG-GTCGTATCCAGAT--C----TAAAGAAT-CTTGAAATGGATTCA----------ATGGNGGA--GT-----T-GCGG-GGGTTG-----------CA-C-C-----CCCCCCCCCCCCCC--TTTGAAA---------AA-N-AAAAAANAAAA----AGCGAGAGAGA-------GAG---A-GA----------GA-TT--GTA--A--CGTGTTACTG---TT-TT-A--AA-G-A------------A--------------A-----------------------T--------------T-TG-AAATTT--AA-ATTA---A-CA----CAT-G---AG-C-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------G--------A-AATAG----GGC-AA-A-A-T--G---T-CTGTA-CTTA-TTAAG-T----ATG-GTT-CTAAAA---TTTAAC-A-A--AAA-CG-ATN-TAGTGA--ATACATCTGAAATGAA
gi|1 : CCCCCCCCCTT--TTTTTTTTGATTTTG---TAGAGAGCGAGAGAGGTGA---------------GCTT---GTTTTGC----TTA-------CCGGATACATTTT-GACAAT-AT-A-------------TT---------------TT--CT------TT-----AAGTAA--CAAAGCAGAAACTATAAT-CGGAGGATGACTATA-TTTTTATTGTTG-AATTTTA-TGACAATATATACAGCAAGAA-----AATTAAACAGC--GTGCGCTCCG-GTCGTATCCAGAT--C----TAAAGAAT-CTTGAAATGGATTCATTCCGATTCAATGGTGGA--GT-----T-GCGG-GGGTTG-----------CA-C-C-----CCCCCCCCCCCCCCCATTTGAAA---------AA-A-AAAAAACAAAA----AACAAAAAACA-------GAG---A-GG----------GA-T---GTA--A--CCTGTTACTG---TT-TT-A--AA-G-A------------A--------------A-----------------------T--------------T-TC-AAATTT--AG-ATTA---T-CA----CAT-G---AG-C-CT------------T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------G--------A-AATAT----GGC-AA-A-A-T--G---T-CTGTA-CTTA-TTAGG-T----GTG-GTT-CTTAAA---TTCAAC-A-A--AAA-CG-TTC-TAGTGA--ATACATTTGAAATGAA
gi|10 : TACTG---TTCTT-A--AA-G-A------------A--------------T-----------------------T--------------T-TGCAAATTT--AA--TTA---A-CT----CATTG---AG-C-CT---------T--T-TT--CC-------CA---------A-------AG-------GGCAGAG--A-AATAG----GGC-AA-A-A-T--G---T-CTGTA-CTT--TCGTG-G----ATG-GTT-CCAAAA---CTTTACAA-A--AAA-CG-ATT-TAATGA--ATA-ATCTAAAATGAA
gi|11 : AAAA----AGGGGGGGATA-------AA----A-GA----------GA-TT--GTATAA--CGTGTTACTA---TT-TTTA--AA-G-A------------A--------------A-----------------------TGTTTTATCATAGA-TATG-AAATCT--AA-TTTA---A-CA----CAT-G---AG-C-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------GTC------A-AATAG----GGC-AAGA-G-T--A---T-TTGTC-CTTA-TT-AC-T----GTG-GTT-CTAGAA----TTAAC-A-A--AAA-gtcgacaacaaggctttgaaccagaggggtgttgcacatgttcccccattttagaaataaaaa
gi|12 : AACTAAAAC-CGGAGGATGACTAAA-TTTT-ATAATTG-AATTTTA-TCACAATCTATACAG-----A-----AA-----------G--CCCTTTA-GTCGTATCCAGAT--C----TAAGGAAT-CTTGAAATGGATTCA----------ATGGTGGA--GT-----T-GCTG-TGGTTG-----------CA------------CCCACCCCCTT--TTTGTAA---------AA-T-AAA
gi|13 : AAAGAGC-------GAT---A-GA----------GA-TT--GTA--A--CGTTTTACTG---TT----A--AA-A-A------------A--------------AGTGTTTTATCATAGA--------T--------------T-TG-AGATTC--AA-ATTA---A-CA----CTT-G---AG-T-CTTTAGGGCAAA--T-TTCTTT-------CA---------A-------A-------------------AAT--------C-AA-A-A----G---T-C-----CATA-GTAAG-T----ATT-GTT-CTAAAA---TTTAAC-A-A--AAA-CA-Acagagag
gi|14 : aACTG---TTCTT-A--AA-G-A------------G--------------A-----------------------TAT------------T-TGCAAATTT--AA--TTA---A-CT----CATTG---AG-C-CT---------T--A-TT--CC-------CA---------A-------AG-------GGCAGAG--A-AATAG----GGC-AAGA-A-T--G---TTCTGTA-CT-A-TTTGG-T----ATG-GTT-CCAAAA---CTTAAC-AAA--AAA-CG-AT--TAATGA--ATAACTCTAAAATGAA
gi|15 : -------AG-------G--------A-AATAA----GGC-AA-A-A-T--G---T-CTGTA-CTTA-TTAGG-T----ATG-GTT-CTAAAA---T----------------G-ATC-TAGTGA--ATACATCTGAAATGAAg
gi|16 : G-AAATTT--AG-ATTA---A-CA----CAT-G---AG-T-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------AGGGTCAAAG-------G--------A-AATAA----GGC-AA-A-A-T--G---C-CTGTA-CTTA----GG-T----ATG-GTT-CTAAAA---TTTAAC-A-A--AAA-TG-ATC-TAGTGA--ATACGTCTGAAATGAAactgacaacaaggctataaccagaagggaggtgttgcacatggtcccctccatgtattttaaaataaaa
gi|17 : gtaattacgtttaggacaA----------GTGGCGGA---------T-CCAGAGGGTTG-----------GA-C-C-----CCCCCCCCCCCCCC--g
gi|18 : attatatcttcattattatgtacagcgattcttatatcgttactgcgatgggaataaatcaattttgatataattaattattgtttactatatatgtA----CAT-G---AC-C-AT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AA-------GC-------A-AATAT----GGC-AA-A-A-T--A---T-G-GTC-CTTAGTTACG-T----ATG-GTTTCTAAAA-------AC-G-ACTAGC-CT-ATTATATTGA--ATACATGTGGAccc
gi|19 : --------------A-----------------------T--------------T-TG-AAATTTT-AA-ATTA-----CA----CAT-G---AG-C-ATCATG-----A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------GTCAAAGGGA-AATAG----GGC-AA-A-A-A--T---T-CTGTC-AATA-TGAAG-TATGCATG-GTT-CTAAAA---GTTAAC-A--------------------A--ATACATCTGAAATGcaagcatactcattctggatcactggtgtatg
gi|2 : attatatT--ATA--A--TGTGTT-CTG---TT-TT-A--AA-GGA------------A--------------A-----------------------TGTATGATAGA----T-TG-ATATTTCTAA-TTTA---C-CAACCCCGT-GGAGAG-C-CT------------T-TT--TA-------CA---------A-------AA-------GCA------A-AATAGTTGAAAT-AA-AGA-T------T-CTGTA-CTTA-TT------------------TAAAT---TACAAC-A-A--AAA-AGTATA-TATTGA--ATACGTCTGAAATAA
gi|20 : TACTGG--TT-TT-A--AA-G-A------------A--------------A-----------------------T--------------T-TC-AAATTT--AA-ATTA---A-CA----CTT-G---AG-C-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------G--------A-TAAAG----GGC-AA-A-A-T--A---T-CTGTA-CTTA-TTAAG-T----ATG-GTT-CTAAAA---TCTAAT-G-A--ATA-C--ATC--AG---------ATCTGAAATtgttgaccaaggccataacacccccacccccaagttgcacgtactgcccactttagacttaaaaaatgtacaaagcctttcaagattcggctgggggcgtgcccatatactcgactccctaccagatcattcctggacctgcttgggatccccagacattcaaatattaaaactaaaaacttagtccttcagttttccgggatttcgcattttcattgggtcgggagggggtcccttttccgac
gi|21 : acCCCCACCCCTT--T-------CATTTTGG--TGGAGAGAGAGAGAC---------------TTTTAAAT-TCTTCTTATATAATGATTTT---TTTAATACAc
gi|22 : ggcggatctagagtgtatatggggggggggggattaagggagttgcaaT-TT-ATTAA-G-A---------------------------------------------------T--------------T-TC-AAATTT--AA-ATTA---A-CA----AAT-G---AG-C-TT---------A--T-TT--TCTCAAGGTCA---------A-------AG-------G--------A-TATAG----GGG-AA-A-A------------------------AG-T----ATG-GTT-CTAGAA---TTTAAC-A-A--AAA-CT-ATA-TAGTGA--ATGAATCTGAAATGAgataata
gi|23 : cAGAGAG----AGAGACATAGA-------GAG---A-GACATTAGTAGCGAGTT--GTA--ATTCGAGTTACTGTGTTT-TT-A--AA-G-A------------AC-------------A-----------------------TTTTTTATCATGGAAT-TG-AAAGTT--AAGATTA---A-CA----GAT-G---AG-C-C----------A--TATT--TC-------CA---------A-------AG-------gg
gi|25 : GGATTTA----------ATGGAGGA--GT-----T-G---------------------CA-C-C-----CCCCCCCCCTCCC----TTGAAAAATCAATATAA-A-AAAAAATAAAAGG--AGTGAGAGAGA-------GAG---A-GA----------GA-
gi|26 : -------AG-------A--------A-AATAG----GGC-AA-A-A-T--G---T-CTGTA-CTTA-TTTGG-T----ATG-GTT-CCAAAA---CTTAAC-A-A--AAA-CG-ATT-TAATGA--ATACATCTAAAATGAAggggggggatgtaacaacctgcatgttattgt
gi|27 : gTGTTACTG---TT-TTTA--AA-G-A------------A--------------A-----------------------T--------------T-TG----------A-ATTA---A-CA----C---G---AGCC-CT---------A--T-TT--TC-------AAAAGGT----A-------AG-------G--------A-AATAGT---GGC--A-A-A-T--G---T--TGTC-CTTA--TAAG-T----AT--GTT-CT-AAA---TTT-AC-A-A--AAA-Cgtcgacaacaaggctgtaaccag
gi|28 : TA---A-CA----CAT-G---AA-C-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------G--------TTAATGG---------A-A-A-TTGG---G-CTAAA-CTTA-TTA-------------TT-CTAAAA---TTTAAC-A-A--AAA-GG-ATC-TAGTAA--ATACATCTGAAATGAA
gi|29 : -ATTA---A-TA----AAC-G---AG-C-TT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AGATAAAAAG--------A-AGTAG----GGC-AA-A------------------C--------A-T----ATG-GTT-CTATAA---TTTAAC-G-A--AAA-CG-ATA-TAGTGA--ATGCATCTGAAATGgcc
gi|3 : GGATTTA----------A--GGGGA--CT-----TTGCGG-GGTTTAACCCCCCCCCCCC-C-C-----CCCCCCCCCCCCCC--CTTATTG---------AT-T-GTAAAATAAAG----GACGAGAGGGG-------GGG---A-
gi|3 : acctaagtaattgtctatgatcattggcCCCCCCCCCCTTATT-------GATTGTAAAATAAAGGACGAGAGGGGGGGACTTGTTTTCTCTTTGCTTGTCGTTTCAT----TT---------CTAAT----TTTAGGCTATGAT-ACTAAG-TACAGAATTGAAAGCCTGTATATTTTGACAATGGATTTTCGACAAGTAA--GAAAGCAGAAAC-AAAATACGACGGGTGGCTATAATGCTTATAGTTGGAATCTCA-TGACAGCTAACACA--AAAG-------------------G--CGCTCCG-ATCGTATCCAGATACCGGTATAAAGAATTCTTGAAATG-ATTCA----------ATGGGGGA--AT-----TGGCGG-GAGTTG-----------------------CCACCCCCCCCCC--ATTGCAA---------AA-A-AActtgttttctctttgcttgtcgtttcatttctaattttaggctatgatactaagtacagaattgaaagcctgtatattttgacaatggattttcgacaagtaagaaagcagaaacaaaatacgacgggtggctataatgcttatagttggaatctcatgacagctaacacaaaaggcgctccgatcgtatccagataccggtataaagaattcttgaaatgattcaatgggggaattggcgggagttgccaccccccccccattgcaaaaaaactaa
gi|30 : acctaagtaattgtctatgatcattggcggatttaaggggactttgcggggtttaacccccccccccccccccccCCCCC--TTTGAAA---------AA-TTAAAAAACAAAACCATAACAAAAAAAACCCCAAAAAACCCA-AA----------GA-TT--GTA--A--CCTGTTACTG---TT-TT-A--AA-G-A------------A--------------ctaa
gi|31 : gggagttgcaa--------------A-----------------------T--------------T-TG-AAATTC--AA-ATTA---A-CA----AAT---------------------------T--TC-------CA---------A-------AG-------T--------A-AATAG----GAC-GA-A-G-T--G---T-CTGTC-CTTG-TCAAG-T----ATG-GTT-CTAAAA---TTTAAC-A-A--A
gi|32 : acttttagcatatAAAAAT-CTTGAAATGGATTCT----------ATGGAGGA--GT-----A-GCAG-GGGTTG-----------CA-C-C-----ACCACCACCACCC----TTGAAA---------AA-C-AAAA---AAAA----GGAGAGAAAGA-------GAG---A-GA----------GA-
gi|33 : -------CA---------A-------AG-------G--------A-AATAG----GAC-AA-A-A----------CTGT--CTTA-CTAAG-T----ATG-GTT-ATAAAAAAATTTAAC-A-A--AAA-CG-ATA-TAGTGA--ATGGATCTGAAATGA
gi|34 : agtGAGA-------GAG---A-GA----------GA-TT--GTA--A--TGTGTTGCTG---TT-TT-A--AA-G-A------------AATGTTGTATGATAGA-----------------------T--------------T-TG-ATATTT--AA-TTCAACTA-CA----CAT-G---AG-C-CT------------T-TT--TC-------CA---------ggccg
gi|36 : ---A-CA----CAT-T---AG-C-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------GTAAAAGG-A-AATAA----GGC-AA-A-AAT--A---T-ATGCC-CTTA-TTAAG-T----ATG-GTT-CTAAAA---TT
gi|37 : tcTGGATT-------------TGGGGGC--GTGGGGGT-GCGG-GGGTTG-----------CA-A-CTCAAACCCCCCCCCCCCTT--TTTGAAA---------AATC-AAGAGAGA
gi|38 : ttggGGTGGGTGGT-----T-ACAA-GGGTTG-----------CA-A-T-----CACCCCCCCCCCCC--CTg
gi|4 : cattagaagaaccagatctagaggg-CA----CAT-G---AA-G-CT---------A--T-TT--AC-------AA---------T-------AG-------C--------T-AATAG----GGCCAA-A-A-T--G---T-CTGTA-CTT--TTA-----------------TACCA---TTCAAC-A-A--AAACCG-ATA-TAGT-A--ATACATCTAAAActcaccc
gi|40 : A----CAT-G---AT-C-CT---------A--C-TT--TC-------CA---------A-------AG-------C--------A-AATAT----GGC-GA-A-A-T--G---T-GTGTT-CTTA-TTAAG-T----ATG-GTT-TTAAAA---aaatagacgcaggacataccccccccacacccccaatatgcaccgtctcatccactttgaataaaaatgctaaagttttcagattcgacattcgaagggggggagggggtgagttcgcaccccattttgcttgactactcacctaccaaagactcattcctggacctggctgggatcccactaaaaacttctacagtttaccgggaagatttcgcatttttcattgcgctccgaggggactatcgctttttcggact
gi|43 : ATTTA----------AAGAGAGA--GG-----G-ACGG-GGGTTT-----------CAAC-C-----CCCCCCCCCCCCCC--aa
gi|45 : attcttcacacTGCTACTG---TT-TT-A--GA-G-A------------A--------------------------------------T--------------T-TC-AAATTT--AA-ATTT---A-CA----CAT-G---AG-C-CT---------A--T-TT--Tcccccc
gi|5 : GGTGGG--GT-----T-ACGG-GGGTTG-----------CA-CAC-----CCCACCCCCCCCCC--TTTGga
gi|5 : gcgtatctagagcggCCCCCCCCCCTT--T-------GGTGTTGT--AAAAGAGAGAGAGATACAA-----------TTTTGCTT-TCGTTTCAT----TTATTTTGTACATAATACACTTT-GGCTATGATAACTAAGTT-TAGAATT---------------TTGACTATGGGTTT-----TAATAGATTAAAGCAGAAACTAATAC-CGGAGGATGACTATA-ATTCTATTGTTG-AATTTTAGTGA-AACCTCAACAGCAAAGAGCTATAA-----CAGCGTG--CGCTCCGAGTCG-ATCCAGAT--C----TAAAGAAT-CTTG-AATGGATTTA----------ATGG-GGA--G----------GG-GGG-TG-----------CA------------CCCACCCCCCT--TTTGAAA---------AA-A-AAAAgtgttgtaaaagagagagagatacaattttgctttcgtttcatttattttgtacataatacactttggctatgataactaagtttagaattttgactatgggttttaatagattaaagcagaaactaataccggaggatgactataattctattgttgaattttagtgaaacctcaacagcaaagagctataacagcgtgcgctccgagtcgatccagatctaaagaatcttgaatggatttaatggggaggggggtgcacccaccccccttttgaaaaaaaaaa
gi|7 : gcgtatctagagcggggtggggttacgggggttgcacaccccaGAGA---------GA-G-AGAGAGGAGTA----AACGAGGAAG----------G---ACGA----------TG-TT--GTA--A--C-TGT-ACT----TT-TT-A--AA-A-ATGTTTTATCATAG--------------A-----------------------T--------------T-TG-AAATTT--AA-ATTA---A-CA----C---G---AG-T-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------GTCAGAAG-A-AATAGA---GGC-AA-C-A-T--G---T-CTGTC-CTTA-TTAAG-T----ATGCGTT-TCTAAA---TTT-AC-A-A--AAATTG-ATA-TAATGAATATATATCTAAAGTGA
gi|8 : agaAAGAAGAAAA-------GAGAGAG--------GAA---A-GA----------GA-TTTTGTGC-A--GGTGA-ACTG---TT-TT-A--AAAG-A------------A--------------ACGGTAGGTATTCGGTTAGATTTTT--------------T-TG-AAAATT--AA-ATGA---AACA----TAT-G---AG-C-CT---------A--T-TT--TC-------CAAAAGGGTCGA-------AG-------A--------A-AAGAGA---GGCAAA-A-A-T--G-----ATGTATCCTA-TTAAATT----ATG-GTT-CTTAA-----TTAAC---A--AAA-CG-ATA-CGTTGA--ATGCATCTGAAATGGAggccgacgaaaacacaaccgagtgggg
gi|9 : A-CT--GTA-----CGTGTT-------TT-TT-A--AA-A-----------------------------------------------------------------------G-AAATTT-------CA---A-CA----TAT-G---AA-CACT---------ACTT-TT--TCAAAGGT-CA---------A-------AG-------G--------A-AAATG----GGC-AA-A-A-T--GTCCT-CTGTA-CTTA--TAGG-TG---AT--GTT-CTAAAA---GTTA---A-A--AAA-CG-ATT-TAGTGT--ATACATATTGAATGAAgtgtcgacgaggaagtaacga
blockSeqs : ATT AAA A GGGGGACTTGTTTTCTC GT ATAATGATTTTTT A C A G ACTAAGTACAGAATTGAAAGCCTGTATATT G A A TCGAC ATT T A A T A G G C T GCAAAGAGCTATAACAGCGTG A T ACCGGTA T C . T GTGGGGGT A ACCCCCCCCCCCCCC TT AATCAATAT TT G CCATAAC ACCCCAAA CCC C CATTAGTAGC G TT TAA TGT C T TT A G AACGGTAGGTATTCGGTTAGATTTTT A C CT GA ACT A ACCC T GAG C A TTAGGGCAAA A CT TCAAGGT AAAGGGTCG GGGTCAA GTCAAAGGG T TTGA C G G TGTCC T AT GT GT T ATGC C T AAAT A A CT C T TA AT
blockSeqs : T G C TACAAT T TTATTTTGTACA A . . G AACTAAGTTTAGAATT G A G . G T . . T A . . C C GAAAG . T C . T . C TGGTT . CAACTCAAA CC . TC T GGAGT A . . . . . ATT G C T . . . AAGTGTTTTATCATAGAT . C T T . . . T . . . CATGA . . AAAGGT AAGGT . ATAAAAAG . T A G . TTGG . A T AA . G . . C . . . T . T .
blockSeqs : T T A CT T TTC . . . . . T . . . A AAAGG . . C . T . A CTTT . CAACC CA . T T AGG C . . . . . CA . . . . . . ACATTTTTTATCATGGAA . . . A . . . . . . . ACT . . . . . GTAAAAGG . A . . . ATA . C T TG . . . . T . . . . . C .
blockSeqs : . C . G ATTG . CACAC CT . A C AGA A . . . . . A . . . . . . AATGTTGTATGATAGAT . . . A . . . . . . . T . . . . . GTCAGAAG . A . . . TG . A G AG . . . . C . . . . . C .
blockSeqs : C . G GTT . GACC TT . T G GAC A . . . . . A . . . . . . AATGTTTTATCATAGA . . . A . . . . . . . A . . . . . GGCAGAG . . . . . TA . A T AC . . . . T . . . . . A .
blockSeqs : T . A GTT . CACC CC . A G GGA G . . . . . A . . . . . . TGTTTTATCATAGAT . . . T . . . . . . . T . . . . . GGCAGAG . . . . . TG . A T AA . . . . T . . . . . C .
blockSeqs : T . G GTA . CACC CT . C G AAC A . . . . . A . . . . . . AATGTATGATAGA . . . A . . . . . . . A . . . . . GTC . . . . . TG . C T AA . . . . G . . . . . A .
blockSeqs : . . T GGG . CAAT TT . A . . A . . . . . A . . . . . . GATAT . . . A . . . . . . . A . . . . . GCA . . . . . TG . C T TG . . . . T . . . . . T .
blockSeqs : . G GTT . CA . . G . . . . . . . . . . . . . ATT . . . A . . . . . . . A . . . . . GC . . . . . TA . A T AA . . . . T . . . . . C .
blockSeqs : T T . CA . . . . . . . . . . . AAT . . . A . . . . . . . A . . . . . G . . . . . AT . A T AA . . . . T . . . . . A .
blockSeqs : . G . . . . . . . . AAT . . . A . . . . . . . A . . . . . G . . . . . TA . A T AA . . . . C . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . AT . . . T . . . . . . . A . . . . . G . . . . . TG . C T AA . . . . T . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . T . . . A . . . . . . . A . . . . . G . . . . . TG . A C AA . . . . T . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . . A . . . . . A . . . . . TG . C T AA . . . . T . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . A . . . . . G . . . . . TG . C T AA . . . . T . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . G . . . . . TG . A T AG . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . T . . . . . TG . T T A . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . G . . . . . TG . C T G . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . C . . . . . G . A . A . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . C . . . . . T . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : ********** CT** A***********
originalCons : CCCCCCCCCCTT--T-------GATTTTGN--TAGAGAGNGAGAGANGCGA-----------TTTTGCTT-TCGTTTCAT----TTATTTT---CCTAATACACTTT-GGCTATGAT-ACTAAG-T-CAGAATT---------------TTGACTATGGGTTT-----AAGTAA--NAAAGCAGAAACTAAAAC-CGGAGGATGACTATA-TTTTTATNGTTG-AATTTTA-TGACAACCTATACAGCAAAGA-----AA-----CAGC--G--CGCTCCG-GTCGTATCCAGAT--C----TAAAGAAT-CTTGAAATGGATTCA----------ATGGNGGA--GT-----T-GCGG-GGGTTG-----------CA-C-C-----CCCCCCCCCCCCCC--TTTGAAA---------AA-N-AAAAAANAAAA----AGCGAGAGAGA-------GAG---A-GA----------GA-TT--GTA--A--CGTGTTACTG---TT-TT-A--AA-G-A------------A--------------A-----------------------T--------------T-TG-AAATTT--AA-ATTA---A-CA----CAT-G---AG-C-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------G--------A-AATAG----GGC-AA-A-A-T--G---T-CTGTA-CTTA-TTAAG-T----ATG-GTT-CTAAAA---TTTAAC-A-A--AAA-CG-ATN-TAGTGA--ATACATCTGAAATGAA
finalCons : CCCCCCCCCCTT--T-------GATTTTGN--TAGAGAGNGAGAGANGCGA-----------TTTTGCTT-TCGTTTCAT----TTATTTT---CCTAATACACTTT-GGCTATGAT-ACTAAG-T-CAGAATT---------------TTGACTATGGGTTT-----AAGTAA--NAAAGCAGAAACTAAAAC-CGGAGGATGACTATA-TTTTTATNGTTG-AATTTTA-TGACAACCTATACAGCAAAGA-----AA-----CAGC--G--CGCTCCG-GTCGTATCCAGAT--C----TAAAGAAT-CTTGAAATGGATTCA----------ATGGNGGA--GT-----T-GCGG-GGGTTG-----------CA-C-C-----CCCCCCCCCCCCCCT--TTGAAA---------AA-N-AAAAAANAAAA----AGCGAGAGAGA-------GAG---A-GA----------GA-TT--GTA--A--CGTGTTACTG---TT-TT-A--AA-G-A------------A--------------A-----------------------T--------------T-TG-AAATTT--AA-ATTA---A-CA----CAT-G---AG-C-CTA-----------T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------G--------A-AATAG----GGC-AA-A-A-T--G---T-CTGTA-CTTA-TTAAG-T----ATG-GTT-CTAAAA---TTTAAC-A-A--AAA-CG-ATN-TAGTGA--ATACATCTGAAATGAA
10 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): AAAATATTTATGAGAAAACAAGAAAAGAGTATATAAAAAATATTATTGAATGGAAAGTTTAAAGGATGAATAATAATCAAAATATGGATTCTTTATAGTATGTTTTACTATTTACAGTACTAGTTATTCAATGTTAATAAGACTTTGAGACCAAATGAAAGATGGATACCTAATTGCCATTCAATTCATACACATTGGCGGATCAAGAGGGACGAGGGTTGAAGCCCCCCCCCCCCACCCC
Unaligned ( gi|24 ): AAATACATTTATAAACAGCCGATACAAAAGTAAATCTATTCGCAGTGGCGGATTGTAGAGGGGGGCCCAGGGGGCCCGGGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTTTTTTGAGTGACCAA
Unaligned ( gi|35 ): AATTGAAATAAATTTCATCAGCATAATTAATACATGTATTGATTACATGTAGCATAGGCGGATTTAGTGTGCCCCCCCCCCCCCC
Unaligned ( gi|39 ): TTTGTAGTGGGCGATTAGCAGAGGGCCCCAGGAGGCTCGGGACGCCCCCCCCCCCTTTTTGGTGACCAACTT
Unaligned ( gi|41 ): TATTGTGATTGGGAACATTTGAAAAAATGCATTTCGGATATTCGCAAAATACAAAACTTATGTTC
Unaligned ( gi|42 ): GTGGCGGATTTAGAAGGGGGTCAAGGGTTCCCGCCCCACCCCCTTTTTTTGGTGATCAAACTTA
Unaligned ( gi|44 ): CGAAACAAGGCTGTTAACCAGAGGGTGTTGCACATGTTCCCCCATTTTAGAAACTA
Unaligned ( gi|46 ): AGTGGCGGATTTAGAGGGGGGCCCCATTTGGTGACCAAACTTAA
Unaligned ( gi|47 ): CTACTCGCAGTGGCGGATTTAGAGGGGGGAGCAGGGGCCCGG
Unaligned ( gi|48 ): TGGCGGATTTAGAGGGGGCAGCCCCCCCCCC
Alignments
lowQualScore : 3333333333 222 66666666666666666 11 4444444444444444 1 99999999999999999999999999999999 33333 111 1 1 1 1 8888888888888888888888888888 1 2222222 1111111111 11111111111 2222222222222222222222 111111111 1111111 11111111 1111111111 11111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111111111 1111111 111111111 3333333333333333
lowQualScore : 7777777777 444 1 99999999999999999 33 8888888888888888 3 3 3 6 66666666666666666666666666666666 6 7 3 33333 999 3 0 0 3 1 0 0 2 0 1 7777777777777777777777777777 0 3 5555555 8 0 2 7777777777 4 33333333333 3 4444444444444444444444 6666 666666666 999 2 8888888 55555555 666 3 7777777777 3 55 00000 777 5 5 33 2 2 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 4 55 33 333 1 3333 3 222 1 1 222222222222 1 22 0000000 000000000 5555555 3333333333333333 1 8888 3 3 1 55555555 1 55 22 33 1 5555 1 1 3333 1 1 22 3 2 66 33
lowQualScore : .......... ... . ................. .. ................ . . . . ................................ . . . ..... ... . . . . . . . . . . ............................ . . ....... . . . .......... . ........... . ...................... .... ......... ... . ....... ........ ... . .......... . .. ..... ... . . .. . . .................................................................. . . .. .. ... . .... . ... . . ............ . .. ....... ......... ....... ................ . .... . . . ........ . .. .. .. . .... . . .... . . .. . . .. ..
lowQualScore : 2222222222 555 0 55555555555555555 22 8888888888888888 2 7 3 7 33333333333333333333333333333333 7 3 7 33333 333 2 0 0 2 0 0 0 5 2 2 8888888888888888888888888888 0 2 0000000 0 8 7 5555555555 2 44444444444 3 3333333333333333333333 1111 000000000 000 6 1111111 33333333 444 6 5555555555 6 55 99999 333 0 0 44 5 5 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 4 33 66 333 8 5555 3 999 7 7 888888888888 7 33 2222222 888888888 2222222 4444444444444444 7 5555 3 3 7 00000000 7 88 44 88 7 2222 7 7 3333 8 8 55 8 1 22 11
consensus : CCCCCCCCCCTT--T-------GATTTTGN--TAGAGAGNGAGAGANGCGA-----------TTTTGCTT-TCGTTTCAT----TTATTTT---CCTAATACACTTT-GGCTATGAT-ACTAAG-T-CAGAATT---------------TTGACTATGGGTTT-----AAGTAA--NAAAGCAGAAACTAAAAC-CGGAGGATGACTATA-TTTTTATNGTTG-AATTTTA-TGACAACCTATACAGCAAAGA-----AA-----CAGC--G--CGCTCCG-GTCGTATCCAGAT--C----TAAAGAAT-CTTGAAATGGATTCA----------ATGGNGGA--GT-----T-GCGG-GGGTTG-----------CA-C-C-----CCCCCCCCCCCCCC--TTTGAAA---------AA-N-AAAAAANAAAA----AGCGAGAGAGA-------GAG---A-GA----------GA-TT--GTA--A--CGTGTTACTG---TT-TT-A--AA-G-A------------A--------------A-----------------------T--------------T-TG-AAATTT--AA-ATTA---A-CA----CAT-G---AG-C-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------G--------A-AATAG----GGC-AA-A-A-T--G---T-CTGTA-CTTA-TTAAG-T----ATG-GTT-CTAAAA---TTTAAC-A-A--AAA-CG-ATN-TAGTGA--ATACATCTGAAATGAA
Reference ( family-456 ) : CCCCCCCCCCTT--T-------GATTTTGN--TAGAGAGNGAGAGANGCGA-----------TTTTGCTT-TCGTTTCAT----TTATTTT---CCTAATACACTTT-GGCTATGAT-ACTAAG-T-CAGAATT---------------TTGACTATGGGTTT-----AAGTAA--NAAAGCAGAAACTAAAAC-CGGAGGATGACTATA-TTTTTATNGTTG-AATTTTA-TGACAACCTATACAGCAAAGA-----AA-----CAGC--G--CGCTCCG-GTCGTATCCAGAT--C----TAAAGAAT-CTTGAAATGGATTCA----------ATGGNGGA--GT-----T-GCGG-GGGTTG-----------CA-C-C-----CCCCCCCCCCCCCC--TTTGAAA---------AA-N-AAAAAANAAAA----AGCGAGAGAGA-------GAG---A-GA----------GA-TT--GTA--A--CGTGTTACTG---TT-TT-A--AA-G-A------------A--------------A-----------------------T--------------T-TG-AAATTT--AA-ATTA---A-CA----CAT-G---AG-C-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------G--------A-AATAG----GGC-AA-A-A-T--G---T-CTGTA-CTTA-TTAAG-T----ATG-GTT-CTAAAA---TTTAAC-A-A--AAA-CG-ATN-TAGTGA--ATACATCTGAAATGAA
gi|1 : CCCCCCCCCTT--TTTTTTTTGATTTTG---TAGAGAGCGAGAGAGGTGA---------------GCTT---GTTTTGC----TTA-------CCGGATACATTTT-GACAAT-AT-A-------------TT---------------TT--CT------TT-----AAGTAA--CAAAGCAGAAACTATAAT-CGGAGGATGACTATA-TTTTTATTGTTG-AATTTTA-TGACAATATATACAGCAAGAA-----AATTAAACAGC--GTGCGCTCCG-GTCGTATCCAGAT--C----TAAAGAAT-CTTGAAATGGATTCATTCCGATTCAATGGTGGA--GT-----T-GCGG-GGGTTG-----------CA-C-C-----CCCCCCCCCCCCCCCATTTGAAA---------AA-A-AAAAAACAAAA----AACAAAAAACA-------GAG---A-GG----------GA-T---GTA--A--CCTGTTACTG---TT-TT-A--AA-G-A------------A--------------A-----------------------T--------------T-TC-AAATTT--AG-ATTA---T-CA----CAT-G---AG-C-CT------------T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------G--------A-AATAT----GGC-AA-A-A-T--G---T-CTGTA-CTTA-TTAGG-T----GTG-GTT-CTTAAA---TTCAAC-A-A--AAA-CG-TTC-TAGTGA--ATACATTTGAAATGAA
gi|10 : TACTG---TTCTT-A--AA-G-A------------A--------------T-----------------------T--------------T-TGCAAATTT--AA--TTA---A-CT----CATTG---AG-C-CT---------T--T-TT--CC-------CA---------A-------AG-------GGCAGAG--A-AATAG----GGC-AA-A-A-T--G---T-CTGTA-CTT--TCGTG-G----ATG-GTT-CCAAAA---CTTTACAA-A--AAA-CG-ATT-TAATGA--ATA-ATCTAAAATGAA
gi|11 : AAAA----AGGGGGGGATA-------AA----A-GA----------GA-TT--GTATAA--CGTGTTACTA---TT-TTTA--AA-G-A------------A--------------A-----------------------TGTTTTATCATAGA-TATG-AAATCT--AA-TTTA---A-CA----CAT-G---AG-C-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------GTC------A-AATAG----GGC-AAGA-G-T--A---T-TTGTC-CTTA-TT-AC-T----GTG-GTT-CTAGAA----TTAAC-A-A--AAA-gtcgacaacaaggctttgaaccagaggggtgttgcacatgttcccccattttagaaataaaaa
gi|12 : AACTAAAAC-CGGAGGATGACTAAA-TTTT-ATAATTG-AATTTTA-TCACAATCTATACAG-----A-----AA-----------G--CCCTTTA-GTCGTATCCAGAT--C----TAAGGAAT-CTTGAAATGGATTCA----------ATGGTGGA--GT-----T-GCTG-TGGTTG-----------CA------------CCCACCCCCTT--TTTGTAA---------AA-T-AAA
gi|13 : AAAGAGC-------GAT---A-GA----------GA-TT--GTA--A--CGTTTTACTG---TT----A--AA-A-A------------A--------------AGTGTTTTATCATAGA--------T--------------T-TG-AGATTC--AA-ATTA---A-CA----CTT-G---AG-T-CTTTAGGGCAAA--T-TTCTTT-------CA---------A-------A-------------------AAT--------C-AA-A-A----G---T-C-----CATA-GTAAG-T----ATT-GTT-CTAAAA---TTTAAC-A-A--AAA-CA-Acagagag
gi|14 : aACTG---TTCTT-A--AA-G-A------------G--------------A-----------------------TAT------------T-TGCAAATTT--AA--TTA---A-CT----CATTG---AG-C-CT---------T--A-TT--CC-------CA---------A-------AG-------GGCAGAG--A-AATAG----GGC-AAGA-A-T--G---TTCTGTA-CT-A-TTTGG-T----ATG-GTT-CCAAAA---CTTAAC-AAA--AAA-CG-AT--TAATGA--ATAACTCTAAAATGAA
gi|15 : -------AG-------G--------A-AATAA----GGC-AA-A-A-T--G---T-CTGTA-CTTA-TTAGG-T----ATG-GTT-CTAAAA---T----------------G-ATC-TAGTGA--ATACATCTGAAATGAAg
gi|16 : G-AAATTT--AG-ATTA---A-CA----CAT-G---AG-T-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------AGGGTCAAAG-------G--------A-AATAA----GGC-AA-A-A-T--G---C-CTGTA-CTTA----GG-T----ATG-GTT-CTAAAA---TTTAAC-A-A--AAA-TG-ATC-TAGTGA--ATACGTCTGAAATGAAactgacaacaaggctataaccagaagggaggtgttgcacatggtcccctccatgtattttaaaataaaa
gi|17 : gtaattacgtttaggacaA----------GTGGCGGA---------T-CCAGAGGGTTG-----------GA-C-C-----CCCCCCCCCCCCCC--g
gi|18 : attatatcttcattattatgtacagcgattcttatatcgttactgcgatgggaataaatcaattttgatataattaattattgtttactatatatgtA----CAT-G---AC-C-AT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AA-------GC-------A-AATAT----GGC-AA-A-A-T--A---T-G-GTC-CTTAGTTACG-T----ATG-GTTTCTAAAA-------AC-G-ACTAGC-CT-ATTATATTGA--ATACATGTGGAccc
gi|19 : --------------A-----------------------T--------------T-TG-AAATTTT-AA-ATTA-----CA----CAT-G---AG-C-ATCATG-----A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------GTCAAAGGGA-AATAG----GGC-AA-A-A-A--T---T-CTGTC-AATA-TGAAG-TATGCATG-GTT-CTAAAA---GTTAAC-A--------------------A--ATACATCTGAAATGcaagcatactcattctggatcactggtgtatg
gi|2 : attatatT--ATA--A--TGTGTT-CTG---TT-TT-A--AA-GGA------------A--------------A-----------------------TGTATGATAGA----T-TG-ATATTTCTAA-TTTA---C-CAACCCCGT-GGAGAG-C-CT------------T-TT--TA-------CA---------A-------AA-------GCA------A-AATAGTTGAAAT-AA-AGA-T------T-CTGTA-CTTA-TT------------------TAAAT---TACAAC-A-A--AAA-AGTATA-TATTGA--ATACGTCTGAAATAA
gi|20 : TACTGG--TT-TT-A--AA-G-A------------A--------------A-----------------------T--------------T-TC-AAATTT--AA-ATTA---A-CA----CTT-G---AG-C-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------G--------A-TAAAG----GGC-AA-A-A-T--A---T-CTGTA-CTTA-TTAAG-T----ATG-GTT-CTAAAA---TCTAAT-G-A--ATA-C--ATC--AG---------ATCTGAAATtgttgaccaaggccataacacccccacccccaagttgcacgtactgcccactttagacttaaaaaatgtacaaagcctttcaagattcggctgggggcgtgcccatatactcgactccctaccagatcattcctggacctgcttgggatccccagacattcaaatattaaaactaaaaacttagtccttcagttttccgggatttcgcattttcattgggtcgggagggggtcccttttccgac
gi|21 : acCCCCACCCCTT--T-------CATTTTGG--TGGAGAGAGAGAGAC---------------TTTTAAAT-TCTTCTTATATAATGATTTT---TTTAATACAc
gi|22 : ggcggatctagagtgtatatggggggggggggattaagggagttgcaaT-TT-ATTAA-G-A---------------------------------------------------T--------------T-TC-AAATTT--AA-ATTA---A-CA----AAT-G---AG-C-TT---------A--T-TT--TCTCAAGGTCA---------A-------AG-------G--------A-TATAG----GGG-AA-A-A------------------------AG-T----ATG-GTT-CTAGAA---TTTAAC-A-A--AAA-CT-ATA-TAGTGA--ATGAATCTGAAATGAgataata
gi|23 : cAGAGAG----AGAGACATAGA-------GAG---A-GACATTAGTAGCGAGTT--GTA--ATTCGAGTTACTGTGTTT-TT-A--AA-G-A------------AC-------------A-----------------------TTTTTTATCATGGAAT-TG-AAAGTT--AAGATTA---A-CA----GAT-G---AG-C-C----------A--TATT--TC-------CA---------A-------AG-------gg
gi|25 : GGATTTA----------ATGGAGGA--GT-----T-G---------------------CA-C-C-----CCCCCCCCCTCCC----TTGAAAAATCAATATAA-A-AAAAAATAAAAGG--AGTGAGAGAGA-------GAG---A-GA----------GA-
gi|26 : -------AG-------A--------A-AATAG----GGC-AA-A-A-T--G---T-CTGTA-CTTA-TTTGG-T----ATG-GTT-CCAAAA---CTTAAC-A-A--AAA-CG-ATT-TAATGA--ATACATCTAAAATGAAggggggggatgtaacaacctgcatgttattgt
gi|27 : gTGTTACTG---TT-TTTA--AA-G-A------------A--------------A-----------------------T--------------T-TG----------A-ATTA---A-CA----C---G---AGCC-CT---------A--T-TT--TC-------AAAAGGT----A-------AG-------G--------A-AATAGT---GGC--A-A-A-T--G---T--TGTC-CTTA--TAAG-T----AT--GTT-CT-AAA---TTT-AC-A-A--AAA-Cgtcgacaacaaggctgtaaccag
gi|28 : TA---A-CA----CAT-G---AA-C-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------G--------TTAATGG---------A-A-A-TTGG---G-CTAAA-CTTA-TTA-------------TT-CTAAAA---TTTAAC-A-A--AAA-GG-ATC-TAGTAA--ATACATCTGAAATGAA
gi|29 : -ATTA---A-TA----AAC-G---AG-C-TT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AGATAAAAAG--------A-AGTAG----GGC-AA-A------------------C--------A-T----ATG-GTT-CTATAA---TTTAAC-G-A--AAA-CG-ATA-TAGTGA--ATGCATCTGAAATGgcc
gi|3 : GGATTTA----------A--GGGGA--CT-----TTGCGG-GGTTTAACCCCCCCCCCCC-C-C-----CCCCCCCCCCCCCC--CTTATTG---------AT-T-GTAAAATAAAG----GACGAGAGGGG-------GGG---A-
gi|3 : acctaagtaattgtctatgatcattggcCCCCCCCCCCTTATT-------GATTGTAAAATAAAGGACGAGAGGGGGGGACTTGTTTTCTCTTTGCTTGTCGTTTCAT----TT---------CTAAT----TTTAGGCTATGAT-ACTAAG-TACAGAATTGAAAGCCTGTATATTTTGACAATGGATTTTCGACAAGTAA--GAAAGCAGAAAC-AAAATACGACGGGTGGCTATAATGCTTATAGTTGGAATCTCA-TGACAGCTAACACA--AAAG-------------------G--CGCTCCG-ATCGTATCCAGATACCGGTATAAAGAATTCTTGAAATG-ATTCA----------ATGGGGGA--AT-----TGGCGG-GAGTTG-----------------------CCACCCCCCCCCC--ATTGCAA---------AA-A-AActtgttttctctttgcttgtcgtttcatttctaattttaggctatgatactaagtacagaattgaaagcctgtatattttgacaatggattttcgacaagtaagaaagcagaaacaaaatacgacgggtggctataatgcttatagttggaatctcatgacagctaacacaaaaggcgctccgatcgtatccagataccggtataaagaattcttgaaatgattcaatgggggaattggcgggagttgccaccccccccccattgcaaaaaaactaa
gi|30 : acctaagtaattgtctatgatcattggcggatttaaggggactttgcggggtttaacccccccccccccccccccCCCCC--TTTGAAA---------AA-TTAAAAAACAAAACCATAACAAAAAAAACCCCAAAAAACCCA-AA----------GA-TT--GTA--A--CCTGTTACTG---TT-TT-A--AA-G-A------------A--------------ctaa
gi|31 : gggagttgcaa--------------A-----------------------T--------------T-TG-AAATTC--AA-ATTA---A-CA----AAT---------------------------T--TC-------CA---------A-------AG-------T--------A-AATAG----GAC-GA-A-G-T--G---T-CTGTC-CTTG-TCAAG-T----ATG-GTT-CTAAAA---TTTAAC-A-A--A
gi|32 : acttttagcatatAAAAAT-CTTGAAATGGATTCT----------ATGGAGGA--GT-----A-GCAG-GGGTTG-----------CA-C-C-----ACCACCACCACCC----TTGAAA---------AA-C-AAAA---AAAA----GGAGAGAAAGA-------GAG---A-GA----------GA-
gi|33 : -------CA---------A-------AG-------G--------A-AATAG----GAC-AA-A-A----------CTGT--CTTA-CTAAG-T----ATG-GTT-ATAAAAAAATTTAAC-A-A--AAA-CG-ATA-TAGTGA--ATGGATCTGAAATGA
gi|34 : agtGAGA-------GAG---A-GA----------GA-TT--GTA--A--TGTGTTGCTG---TT-TT-A--AA-G-A------------AATGTTGTATGATAGA-----------------------T--------------T-TG-ATATTT--AA-TTCAACTA-CA----CAT-G---AG-C-CT------------T-TT--TC-------CA---------ggccg
gi|36 : ---A-CA----CAT-T---AG-C-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------GTAAAAGG-A-AATAA----GGC-AA-A-AAT--A---T-ATGCC-CTTA-TTAAG-T----ATG-GTT-CTAAAA---TT
gi|37 : tcTGGATT-------------TGGGGGC--GTGGGGGT-GCGG-GGGTTG-----------CA-A-CTCAAACCCCCCCCCCCCTT--TTTGAAA---------AATC-AAGAGAGA
gi|38 : ttggGGTGGGTGGT-----T-ACAA-GGGTTG-----------CA-A-T-----CACCCCCCCCCCCC--CTg
gi|4 : cattagaagaaccagatctagaggg-CA----CAT-G---AA-G-CT---------A--T-TT--AC-------AA---------T-------AG-------C--------T-AATAG----GGCCAA-A-A-T--G---T-CTGTA-CTT--TTA-----------------TACCA---TTCAAC-A-A--AAACCG-ATA-TAGT-A--ATACATCTAAAActcaccc
gi|40 : A----CAT-G---AT-C-CT---------A--C-TT--TC-------CA---------A-------AG-------C--------A-AATAT----GGC-GA-A-A-T--G---T-GTGTT-CTTA-TTAAG-T----ATG-GTT-TTAAAA---aaatagacgcaggacataccccccccacacccccaatatgcaccgtctcatccactttgaataaaaatgctaaagttttcagattcgacattcgaagggggggagggggtgagttcgcaccccattttgcttgactactcacctaccaaagactcattcctggacctggctgggatcccactaaaaacttctacagtttaccgggaagatttcgcatttttcattgcgctccgaggggactatcgctttttcggact
gi|43 : ATTTA----------AAGAGAGA--GG-----G-ACGG-GGGTTT-----------CAAC-C-----CCCCCCCCCCCCCC--aa
gi|45 : attcttcacacTGCTACTG---TT-TT-A--GA-G-A------------A--------------------------------------T--------------T-TC-AAATTT--AA-ATTT---A-CA----CAT-G---AG-C-CT---------A--T-TT--Tcccccc
gi|5 : GGTGGG--GT-----T-ACGG-GGGTTG-----------CA-CAC-----CCCACCCCCCCCCC--TTTGga
gi|5 : gcgtatctagagcggCCCCCCCCCCTT--T-------GGTGTTGT--AAAAGAGAGAGAGATACAA-----------TTTTGCTT-TCGTTTCAT----TTATTTTGTACATAATACACTTT-GGCTATGATAACTAAGTT-TAGAATT---------------TTGACTATGGGTTT-----TAATAGATTAAAGCAGAAACTAATAC-CGGAGGATGACTATA-ATTCTATTGTTG-AATTTTAGTGA-AACCTCAACAGCAAAGAGCTATAA-----CAGCGTG--CGCTCCGAGTCG-ATCCAGAT--C----TAAAGAAT-CTTG-AATGGATTTA----------ATGG-GGA--G----------GG-GGG-TG-----------CA------------CCCACCCCCCT--TTTGAAA---------AA-A-AAAAgtgttgtaaaagagagagagatacaattttgctttcgtttcatttattttgtacataatacactttggctatgataactaagtttagaattttgactatgggttttaatagattaaagcagaaactaataccggaggatgactataattctattgttgaattttagtgaaacctcaacagcaaagagctataacagcgtgcgctccgagtcgatccagatctaaagaatcttgaatggatttaatggggaggggggtgcacccaccccccttttgaaaaaaaaaa
gi|7 : gcgtatctagagcggggtggggttacgggggttgcacaccccaGAGA---------GA-G-AGAGAGGAGTA----AACGAGGAAG----------G---ACGA----------TG-TT--GTA--A--C-TGT-ACT----TT-TT-A--AA-A-ATGTTTTATCATAG--------------A-----------------------T--------------T-TG-AAATTT--AA-ATTA---A-CA----C---G---AG-T-CT---------A--T-TT--TC-------CA---------A-------AG-------GTCAGAAG-A-AATAGA---GGC-AA-C-A-T--G---T-CTGTC-CTTA-TTAAG-T----ATGCGTT-TCTAAA---TTT-AC-A-A--AAATTG-ATA-TAATGAATATATATCTAAAGTGA
gi|8 : agaAAGAAGAAAA-------GAGAGAG--------GAA---A-GA----------GA-TTTTGTGC-A--GGTGA-ACTG---TT-TT-A--AAAG-A------------A--------------ACGGTAGGTATTCGGTTAGATTTTT--------------T-TG-AAAATT--AA-ATGA---AACA----TAT-G---AG-C-CT---------A--T-TT--TC-------CAAAAGGGTCGA-------AG-------A--------A-AAGAGA---GGCAAA-A-A-T--G-----ATGTATCCTA-TTAAATT----ATG-GTT-CTTAA-----TTAAC---A--AAA-CG-ATA-CGTTGA--ATGCATCTGAAATGGAggccgacgaaaacacaaccgagtgggg
gi|9 : A-CT--GTA-----CGTGTT-------TT-TT-A--AA-A-----------------------------------------------------------------------G-AAATTT-------CA---A-CA----TAT-G---AA-CACT---------ACTT-TT--TCAAAGGT-CA---------A-------AG-------G--------A-AAATG----GGC-AA-A-A-T--GTCCT-CTGTA-CTTA--TAGG-TG---AT--GTT-CTAAAA---GTTA---A-A--AAA-CG-ATT-TAGTGT--ATACATATTGAATGAAgtgtcgacgaggaagtaacga
10 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): AAAATATTTATGAGAAAACAAGAAAAGAGTATATAAAAAATATTATTGAATGGAAAGTTTAAAGGATGAATAATAATCAAAATATGGATTCTTTATAGTATGTTTTACTATTTACAGTACTAGTTATTCAATGTTAATAAGACTTTGAGACCAAATGAAAGATGGATACCTAATTGCCATTCAATTCATACACATTGGCGGATCAAGAGGGACGAGGGTTGAAGCCCCCCCCCCCCACCCC
Unaligned ( gi|24 ): AAATACATTTATAAACAGCCGATACAAAAGTAAATCTATTCGCAGTGGCGGATTGTAGAGGGGGGCCCAGGGGGCCCGGGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTTTTTTGAGTGACCAA
Unaligned ( gi|35 ): AATTGAAATAAATTTCATCAGCATAATTAATACATGTATTGATTACATGTAGCATAGGCGGATTTAGTGTGCCCCCCCCCCCCCC
Unaligned ( gi|39 ): TTTGTAGTGGGCGATTAGCAGAGGGCCCCAGGAGGCTCGGGACGCCCCCCCCCCCTTTTTGGTGACCAACTT
Unaligned ( gi|41 ): TATTGTGATTGGGAACATTTGAAAAAATGCATTTCGGATATTCGCAAAATACAAAACTTATGTTC
Unaligned ( gi|42 ): GTGGCGGATTTAGAAGGGGGTCAAGGGTTCCCGCCCCACCCCCTTTTTTTGGTGATCAAACTTA
Unaligned ( gi|44 ): CGAAACAAGGCTGTTAACCAGAGGGTGTTGCACATGTTCCCCCATTTTAGAAACTA
Unaligned ( gi|46 ): AGTGGCGGATTTAGAGGGGGGCCCCATTTGGTGACCAAACTTAA
Unaligned ( gi|47 ): CTACTCGCAGTGGCGGATTTAGAGGGGGGAGCAGGGGCCCGG
Unaligned ( gi|48 ): TGGCGGATTTAGAGGGGGCAGCCCCCCCCCC