lowQualScore                  :                                                                             22    1111                       222222222222222222222                2222                         11111        44444           111     1111                   11             1            33333               22                                1  1               1       1     1                                     11          1   2      1      22                                                                                                                                                                                                                            11     22       333333  1                 2             11             33333333333                        222222                            
lowQualScore                  :                                                    6     5 5 5      5  5    33    4444        555   4  4   0 222222222222222222222 4     4        9999      4    1      7      33333   1    11111   2  55   000   1 7777       1     5     33             0            77777               00    7       7              6  0 3  3     6         3       3     3                             7       88     7    3   6      7      00   7                                                                                                                                                                                                                        88     00 6   7 888888  5                 7             33             33333333333   2      8  5  5555    444444  0      6   3      6       
lowQualScore                  :                                                    .     . . .      .  .    ..    ....        ...   .  .   . ..................... .     .        ....      .    .      .      .....   .    .....   .  ..   ...   . ....       .     .     ..             .            .....               ..    .       .              .  . .  .     .         .       .     .                             .       ..     .    .   .      .      ..   .                                                                                                                                                                                                                        ..     .. .   . ......  .                 .             ..             ...........   .      .  .  ....    ......  .      .   .      .       
lowQualScore                  :                                                    7     7 7 7      7  7    00    6666        444   4  4   1 222222222222222222222 4     0        2222      4    1      8      00000   8    55555   5  00   000   4 9999       7     7     66             6            00000               00    3       3              7  7 3  3     7         3       3     3                             3       33     3    3   7      0      77   3                                                                                                                                                                                                                        33     77 7   3 333333  0                 8             88             55555555555   8      0  4  1111    888888  8      7   5      7       
consensus                     :                                       NCCGGGCCTTGTT-AGTTA-T-T-TGCCTA-TG-ATTT-TTTTTA--NTTTATTGACA-TTA-AA-TATTG----TCTCT-CT--ATAC-A-G-ATGTT-CTCCGCCT-CT-TCCATG-TTCCGGTATCTTATATAT--T--CCCTTCGCACGTACGCNTTTNGTT---AAGAC--T-CCGGCCAAGTATA-ATGAC--CGAATAATTAAAAACTTTCATATGAAAATT-AAAAAAGTTGTTACA-CATTTATAGTCATTATGAATACTAACATGTCTT-AT-GCCGTCTATGTTTAT-CCTAGAT-TTAAT-ATATAAATTCTTGCATGGCAAAAGTACAGAAATATTT--TACCGAAAGA-AAG-ATGTACTTATTTT-ACATAATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAACTTT--GAAGT-ATGAATTC------TTGATTTTGATTGGCTGATT-GGGTATTGAATCA--CGAATCTTGGATTTCGAATCNTGGATTTCGAATT-TTGGATTTTGAATTT-AG-AATGTCGAA-TGAGCCTTCTGGGCTTTC
Reference ( gi|2 )            :                                       ACCGGGCCTTGTT-AGTTA-T-T-TGCCTA-TG-ATTT-GTTTTA--TTTTATTGACA-TTA-AA-TATTG----TCTCT-CT--ATAC-A-G-ATGTT-CTCCGCCT-TA-TCCATG-TTCCGGTATCTCATATAT--T--CCCTTCGCTCACTCGCCTTTTGTT---AAGGC--G-CCGGCCAAGTATA-ATGAC--CGAATAATTAAAAACTTTCATATGAACAT--AAAAAAGTTGTTACA-CATTTATAGTCATTATGAATACTAACATGTCCT-AT-GCCGTCTATGTTTAT-CCTAGAT-TTAAT-ATATAAATTCTTGCATGGCAAAAGTACAGAAATATTT--TACCGAAAGA-AAG-ATGTACATATTTT-ACATAATCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAACTTT--GAAGT-ATGAATTC------TTCATTTTGATTGGCTGATTTGGATATTGAATCA--CGAATCTTGGATTTTGAATCTTGAATTTCGAATT-TTGGATTTTGAATTT-AG-AATGTCGAA-TGAACCTTCTGGGCTTTC
gi|7                          :                                        CCGGGCCTTGTTTCGTTA-T-T-TGGCTA-TG-ATTT---------TTTTA-----A-TT-----TATTG--------------ACAT-T-A-ATG--------CCT-T-------G-TTCCGGTATCTTATGTATGTT--CCCTTCGCATGTACGCCTCTAGTTTTGAAGGC--G-CCGGCCAAGTATA-ATGAC--CGAA
gi|4                          :                                                    -AGTTA-T-T-TGCCTA-TG-ATTTTGTTTAA--TT--ATTGACG-TTA-GA-TATTAATTTTCTCTACT--AAAC-ATG-ATGTTTCTCCGCCT-CAATCCATG-TTCCGGTATCTTAAATAT--TGCCCTTTCGCTTATACGCCTTATGTT---GAAAC--T-CCGGCCA-GTATATATGACGGCGAATAATTAAAAACTTTCATATGAAAATT-AAAAAGGTTGTTAAA-CATTTATAGTCAT-ATGAATACTAACATGTCCTTAT-GCCGTCTATGTTTATACCTAGAT-TTAAT-ATATAAATTCTTGCATGGCAAAAGTGCAGAAATATTT--TACCGAAAGAGAAGAATGTACTTAATTT--CATAATCA
gi|1                          :                             ggctttgtattgaataaacatta-AGTTAATGT-TGCCTAATA-ATTT-TTTTTA--ATTTAT-GAC--TTATAA-TAT-A----TCTCT-CT--ATACAA-G-ATGTT-gtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaactt
gi|5                          :                             ggcttttatgaacaaaaccaata-AGTTA-T-T-TGCCTA-TG-ATTT-TTTTTA--ATTTCTTGATA-TTA-AA-TATTG----TCTCT-CT--ATAC-A-G-ATGTT-ATTCGCCC-CT-TCCATG-TTCCGGAACCCAAAATAT---------------A--CGCCTGTAGTT---AAAAC--T-CCGACCATGTATA-ATGAC--CGCATCATTAAAAACTTTtaatgaattaaaatattatctctctctatatagcatgttctccacctgtcccatgttccatgtacgcatttaatcaagacttgtccggcaagtataatgacacgaataattaaaactttcatatgaaaataaaaaagttgttacaacatttatagtcattatgaatactaacatgtgttatagccgttatgtttgatctagatattaatattgaaattcttgcatggcaaaagtacagaaatatttactaccgaaagaaagatgtacttattttacataatcagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaaaacttttgaaagtgataattcttgattttgattggctgatttggatattgaatcacgaatcttggatttgaatcttgaattcgaattttggatttgaattagaatgtcgaatgagccttctgggcttttcg
gi|12                         :                            gggccctgtattaacaaagcaata-AGTTA-T-T-TGCCTA-TG-GTTT-TTTTTA--GTTTATTGACA-TTA-AA-TA-----------------------------TT-CCCCGCCT-CT-TCCATT-TTCCGCTACCTTA
gi|13                         :                                                 ata-AGTTA-T-TATGCCTA-TATGTTT-ATTTT----TTTATTGACA-TTA-AA-Ta
gi|3                          :                              ggagccttgtattacaaaacaataGTTA-T-T-TGCCT--TG-ATTT--TTTTAAATATAATTGAAAATTA-AA-TACTG----T------T--AATT-A-G-ATGTT-CTCCGCCTCTT-TCCATGGTTCCGGTATCTTATATAC--T--TCC--CGAACATAAGCATTTCGTT---AAGGC--G-C-GGCCAAGTATA-ATGAC--CGAATAATTAAAA-CTTTCATATGAA-ATTAAAAAAAGTTATTACA--ATTT-TAGTCATTATGAATACTAACAT-TCTT-AT-GCCGTCTATGTTTAT-CCTAGAT-TTAATAATATAAATTCTTGCATGGCAAATGTACAG--ATATTT--TACCG-AAGA-AAGTATGTACTTATTTTAACAT-ATCAcatat
gi|1                          :                                                                                       TTTAATGA-A-TTA-AAATATTA----TCTCT-CTCTATAT-A-GCATGTT-CTCCACCT-GT-CCCATG-TTCC--------ATGTA-------------------CGCATTTAATC---AAGACTTGTCCGGC-AAGTATA-ATGACA-CGAATAATTAAAA-CTTTCATATGAAAAT--AAAAAAGTTGTTACAACATTTATAGTCATTATGAATACTAACATGTGTT-ATAGCCGT-TATGTTTGA-TCTAGATATTAAT-ATTGAAATTCTTGCATGGCAAAAGTACAGAAATATTTACTACCGAAAGA-AAG-ATGTACTTATTTT-ACATAATCAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaactttgaagttgaatcttgattttgattggctgattggatattgaatcacgaatcttggattttcgaattttgattttgaatttagaaatgtcgaatgagcttctggcttc
gi|9                          : ggcttttatgaacaaaaccaataagttaatgttgcctaataattttttttaatttatgacttataatatatctctctatacaagatgTTATTGACA-TTG-AA-TATTG----TCTCT-CT--GTAC-A-G-TTGTT-CTCCACCT-CT-TCCATG-TTCCGTTTTCTTATTTAT--T--CCCTTCGCTTGTAAGCCTTTgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaaaacttttgaaagtgataattcttgattttgattggctgatttggatattgaatcacgaatcttggatttgaatcttgaattcgaattttggatttgaattagaatgtcgaatgagccttctgggcttttcg
gi|8                          :                                                                                                                                  -G-ATGTT-CTCCGCCT-CT-TCCATG-TTCCTGAACCTTATATAT--T--CCCTTCGCATATACGAGTTATGTT---AAAAC--T-CCGGCCAAGTATG-ATGAC--CGAATAATTAAAAACTTgtaa
gi|15                         :                                                                                                                                       GTT-CTCCGCCT-CT-TCCATG-TTCCTGTATCTTGTATAT--T--CCCTTCGC
gi|11                         :                                                                                                                                                                   GTCTCTTATATAT--C--CCCTTCGCACGTGCGCATCATGTT---AAAAC--T-CCGGCCAAGTATA-ATCAC--Catg
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               aaaacattgagttatcttatattaaTAAAACTTT--GAAGT--TGAAT-C------TTGATTTTGATTGGCTGATT-GGATATTGAATCA--CGAATCTTGGATT-------------TTCGAATT-TT-GATTTTGAATTT-AGAAATGTCGAA-TGAG-CTTCT-GGCTT
gi|1                          :                                                                                                                    gttatttgccttgatttttttaaatataattgaaaattaaatactgttaattagatgttctccgcctctttccatggttccggtatcttatatacttcccgaacataagcatttcgttaaggcgcggccaagtataatgaccgaataattaaaactttcatatgaaattaaaaaaagttattacaattttagtcattatgaatactaacattcttatgccgtctatgtttatcctagatttaataatataaattcttgcatggcaaatgtacagatattttaccgaagaaagtatgtacttattttaacatatcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAAAACTTTTGAAAGTGAT-AATTC------TTGATTTTGATTGGCTGATTTGGATATTGAATCA--CGAATCTTGGATTT-GAATCTTGAATT-CGAATT-TTGGATTT-GAATT--AG-AATGTCGAA-TGAGCCTTCTGGGCTTTc
gi|6                          :                                                                 ggcttttatgaacaaaaccaataagttaatgttgcctaataattttttttaatttatgacttataatatatctctctatacaagatgtttaatgaattaaaatattatctctctctatatagcatgttctccacctgtcccatgttccatgtacgcatttaatcaagacttgtccggcaagtataatgacacgaataattaaaactttcatatgaaaataaaaaagttgttacaacatttatagtcattatgaatactaacatgtgttatagccgttatgtttgatctagatattaatattgaaattcttgcatggcaaaagtacagaaatatttactaccgaaagaaagatgtacttattttacataatcagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntTTT--GAAGT-ATGAATTCTTGATTTTGATTTTGATTGGCTGATT--GGTATTGAATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNGTCGAATTGAGCCTTCT-GGCTTTCtcg
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tTGATT-GGGTATTGAATCT--CGAAATGTGCATTTCGAATTATAGATTTCGAATC-TCAGA----AAAC----G-AATGTCAAA-TGAGCGCTCTGTGCTTT
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TTCAACTTATTGGTTCTTGCACCTGAG-CA---CGGA-TGAACCTTCTGGGCTTTCtg
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TTGAATT---A-AATGTCGAA-TGAGCCTTCTGCGCTTTCg

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   11111111111111                                                                                                                11                            11              1                                1    1               1       1     1                                     11          1   2             11                                                                                                                                                                                                                            11     11       222222                                   11            111                                1111                               
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            5     5 5 5      5       0    2    77   1 4   4  4  3  11111111111111 1  555 4     3          4 4     4                  88888   0    33      1   1   888      888       0     5     11                            33              0 2    3       3              2  0    0     2         0       0     0                             3       33     3    0   0             33   3                                                                                                                                                                                                                        33     33 2   3 888888                  8  8             11            111    6666666        6  2  9      3333  5         5          4       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            .     . . .      .       .    .    ..   . .   .  .  .  .............. .  ... .     .          . .     .                  .....   .    ..      .   .   ...      ...       .     .     ..                            ..              . .    .       .              .  .    .     .         .       .     .                             .       ..     .    .   .             ..   .                                                                                                                                                                                                                        ..     .. .   . ......                  .  .             ..            ...    .......        .  .  .      ....  .         .          .       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            7     0 0 0      0       1    8    44   6 0   0  0  6  22222222222222 1  000 0     6          0 0     0                  33333   7    33      0   0   888      888       4     0     99                            00              0 5    2       2              5  0    0     5         0       0     0                             2       88     2    0   0             22   2                                                                                                                                                                                                                        88     22 5   2 888888                  0  0             00            000    6666666        7  8  0      9999  7         7          3       
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               NCCGGGCCTTGTT-AGTTA-T-T-TGCCTA-TGATTTTTTTTAATTTA-TTGACA-TTA-AA-TATTG----TCTCT-CT--ATAC-A-G-ATGTT-CTCCGCCTCT-T-CCATG-TTCCGGTATCTTATATAT--T--CCCTTCGCACGTACGCCTTTNGTT---AAGACT---CCGGCCAAGTATA-ATGAC--CGAATAATTAAAAACTTTCATATGAAAATTAAAAAAGTTGTTAC-ACATTTATAGTCATTATGAATACTAACATGTC-TTAT-GCCGTCTATGTTTAT-CCTAGAT-TTAAT-ATATAAATTCTTGCATGGCAAAAGTACAGAAATATTT--TACCGAAAGA-AAG-ATGTACTTATTTT-ACATAATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAACTTT--GAAGT-ATGAATTC------TTGATTTTGATTGGCTGA-TT-GGATATTGAATCA--CGAATCTTGGATTTCGAATCTTGAATTTCGAATT-TTGGATTTTGAATTT-AG-AATGTCGAA-TGAGCCTTCTGGGCTTTC
Reference ( family-4545 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               NCCGGGCCTTGTT-AGTTA-T-T-TGCCTA-TGATTTTTTTTANTTTA-TTGACA-TTA-AA-TATTG----TCTCT-CT--ATAC-A-G-ATGTT-CTCCGCCTCT-T-CCATG-TTCCGGTATCTTATATAT--T--CCCTTCGCACGTACGCNTTTNGTT---AAGACT---CCGGCCAAGTATA-ATGAC--CGAATAATTAAAAACTTTCATATGAAAATTAAAAAAGTTGTTAC-ACATTTATAGTCATTATGAATACTAACATGTC-TTAT-GCCGTCTATGTTTAT-CCTAGAT-TTAAT-ATATAAATTCTTGCATGGCAAAAGTACAGAAATATTT--TACCGAAAGA-AAG-ATGTACTTATTTT-ACATAATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAACTTT--GAAGT-ATGAATTC------TTGATTTTGATTGGCTGA-TT-GGGTATTGAATCA--CGAATCTTGGATTTCGAATCNTGGATTTCGAATT-TTGGATTTTGAATTT-AG-AATGTCGAA-TGAGCCTTCTGGGCTTTC
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            -AGTTAATGT-TGCCTAATAATTTTTTTTAATTTA--TGAC--TTATAA-TA-TA----TCTCT-CT--ATACAA-G-ATGTT-
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ggcttttatgaacaaaaccaataTTTA-ATGA-A-TTA-AAATATTA----TCTCT-CTCTATAT-A-GCATGTT-CTCCACCTGT-C-CCATG-TTCC---------------------------ATGTACGCATTTAATC---AAGACTTGTCCGGC-AAGTATA-ATGACA-CGAATAATT-AAAACTTTCATATGAAAA-TAAAAAAGTTGTTACAACATTTATAGTCATTATGAATACTAACATGTG-TTATAGCCGT-TATGTTTGA-TCTAGATATTAAT-ATTGAAATTCTTGCATGGCAAAAGTACAGAAATATTTACTACCGAAAGA-AAG-ATGTACTTATTTT-ACATAATCAtaatgaattaaaatattatctctctctatatagcatgttctccacctgtcccatgttccatgtacgcatttaatcaagacttgtccggcaagtataatgacacgaataattaaaactttcatatgaaaataaaaaagttgttacaacatttatagtcattatgaatactaacatgtgttatagccgttatgtttgatctagatattaatattgaaattcttgcatggcaaaagtacagaaatatttactaccgaaagaaagatgtacttattttacataatcagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaaaacttttgaaagtgataattcttgattttgattggctgatttggatattgaatcacgaatcttggatttgaatcttgaattcgaattttggatttgaattagaatgtcgaatgagccttctgggcttttcg
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ggcttttatgaacaaaaccaataagttaatgttgcctaataattttttttaatttatgacttataatatatctctctatacaagatgTAAAACTTTTGAAAGTGAT-AATTC------TTGATTTTGATTGGCTGATTT-GGATATTGAATCA--CGAATCTTGGATTT-GAATCTTGAA-TTCGAATT-TTGGA-TTTGAA-TT-AG-AATGTCGAA-TGAGCCTTCTGGGCTTTgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaaaacttttgaaagtgataattcttgattttgattggctgatttggatattgaatcacgaatcttggatttgaatcttgaattcgaattttggatttgaattagaatgtcgaatgagccttctgggcttttcg
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ggcttttatgaacaaaaccaataagttaatgttgcctaataattttttttaatttatgacttataatatatctctctatacaagatgtttaatgaattaaaatattatctctctctatatagcatgttctccacctgtcccatgttccatgtacgcatttaatcaagacttgtccggcaagtataatgacacgaataattaaaactttcatatgaaaataaaaaagttgttacaacatttatagtcattatgaatactaacatgtgttatagccgttatgtttgatctagatattaatattgaaattcttgcatggcaaaagtacagaaatatttactaccgaaagaaagatgtacttattttacataatcagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntTGA-TT-GGGTATTGAATCT--CGAAATGTGCATTTCGAATTATAGATTTCGAATC-TCAGA----AAAC----G-AATGTCAAA-TGAGCGCTCTGTGCTTTtcg
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        GTCTCTTATATAT--C--CCCTTCGCACGTGCGCATCATGTT---AAAACT---CCGGCCAAGTATA-ATCAC--Ctg
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aaaacattgagttatcttatattaa-AGTTA-T-T-TGCCTA-TGGTTTTTTTTAGTTTA-TTGACA-TTA-AA-TA-----------------------------TT-CCCCGCCTCT-T-CCATT-TTCCGCTACCTTA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ata-AGTTA-T-TATGCCTA-T-ATGTTTATTTTTTTA-TTGACA-TTA-AA-Ta
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ggagccttgtattacaaaacaataTTCAACTTATTGGTTCTTGCACCTGAG-CA---CGGA-TGAACCTTCTGGGCTTTCcatat
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            GTT-CTCCGCCTCT-T-CCATG-TTCCTGTATCTTGTATAT--T--CCCTTCGCATGg
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TTGAATT---A-AATGTCGAA-TGAGCCTTCTGCGCTTTC
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                CCGGGCCTTGTT-AGTTA-T-T-TGCCTA-TGATTTGTTTTATTTTA-TTGACA-TTA-AA-TATTG----TCTCT-CT--ATAC-A-G-ATGTT-CTCCGCCTTA-T-CCATG-TTCCGGTATCTCATATAT--T--CCCTTCGCTCACTCGCCTTTTGTT---AAGGCG---CCGGCCAAGTATA-ATGAC--CGAATAATTAAAAACTTTCATATGAACAT-AAAAAAGTTGTTAC-ACATTTATAGTCATTATGAATACTAACATGTC-CTAT-GCCGTCTATGTTTAT-CCTAGAT-TTAAT-ATATAAATTCTTGCATGGCAAAAGTACAGAAATATTT--TACCGAAAGA-AAG-ATGTACATATTTT-ACATAATCAgt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aTAAAACTTT--GAAGT-ATGAATTC------TTCATTTTGATTGGCTGA-TTTGGATATTGAATCA--CGAATCTTGGATTTTGAATCTTGAATTTCGAATT-TTGGATTTTGAATTT-AG-AATGTCGAA-TGAACCTTCTGGGCTTTCannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaactttgaagtatgaattcttcattttgattggctgatttggatattgaatcacgaatcttggattttgaatcttgaatttcgaattttggattttgaatttagaatgtcgaatgaaccttctgggctttc
gi|3                          : accgggccttgttagttatttgcctatgatttgttttattttattgacattaaatattgtctctctatacagatgttctccgccttatccatgttccggtatctcatatattcccttcgctcactcgccttttgttaaggcgccggccaagtataatgaccgaataattaaaaactttcatatgaacataaaaaagttgttacacatttatagtcattatgaatactaacatgtcctatgccgtctatgtttatcctagatttaatatataaattcttgcatggcaaaagtacagaaatattttaccgaaagaaagatgtacatattttacataatcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGTTA-T-T-TGCCT--TGATTTTTTTAAATATAATTGAAAATTA-AA-TACTG----T------T--AATT-A-G-ATGTT-CTCCGCCTCT-TTCCATGGTTCCGGTATCTTATATAC--T--TCC--CGAACATAAGCATTTCGTT---AAGGCG---C-GGCCAAGTATA-ATGAC--CGAATAATTAAAA-CTTTCATATGAAATTAAAAAAAGTTATTAC-A-ATTT-TAGTCATTATGAATACTAACAT-TC-TTAT-GCCGTCTATGTTTAT-CCTAGAT-TTAATAATATAAATTCTTGCATGGCAAATGTACAG--ATATTT--TACCG-AAGA-AAGTATGTACTTATTTTAACAT-ATCA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TAAAACTTT--GAAGT--TGAAT-C------TTGATTTTGATTGGCTGA-TT-GGATATTGAATCA--CGAATCTTGGAT-------------TTTCGAATT-TT-GATTTTGAATTT-AGAAATGTCGAA-TGAG-CTTCT-GGCTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaactttgaagttgaatcttgattttgattggctgattggatattgaatcacgaatcttggattttcgaattttgattttgaatttagaaatgtcgaatgagcttctggcttc
gi|4                          :                        gttatttgccttgatttttttaaatataattgaaaattaaatactgttaattagatgttctccgcctctttccatggttccggtatcttatatacttcccgaacataagcatttcgttaaggcgcggccaagtataatgaccgaataattaaaactttcatatgaaattaaaaaaagttattacaattttagtcattatgaatactaacattcttatgccgtctatgtttatcctagatttaataatataaattcttgcatggcaaatgtacagatattttaccgaagaaagtatgtacttattttaacatatcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-AGTTA-T-T-TGCCTA-TGATTTTGTTTAATT-A-TTGACG-TTA-GA-TATTAATTTTCTCTACT--AAAC-ATG-ATGTTTCTCCGCCTCAAT-CCATG-TTCCGGTATCTTAAATAT--TGCCCTTTCGCTTATACGCCTTATGTT---GAAACT---CCGGCCA-GTATATATGACGGCGAATAATTAAAAACTTTCATATGAAAATTAAAAAGGTTGTTAA-ACATTTATAGTCAT-ATGAATACTAACATGTCCTTAT-GCCGTCTATGTTTATACCTAGAT-TTAAT-ATATAAATTCTTGCATGGCAAAAGTGCAGAAATATTT--TACCGAAAGAGAAGAATGTACTTAATTT--CATAATCAc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ggctttgtattgaataaacatta-AGTTA-T-T-TGCCTA-TGATTTTTTTTAATTTC-TTGATA-TTA-AA-TATTG----TCTCT-CT--ATAC-A-G-ATGTT-ATTCGCCCCT-T-CCATG-TTCCGGAACCCAAAATA-----------------TACGCCTGTAGTT---AAAACT---CCGACCATGTATA-ATGAC--CGCATCATTAAAAACTTTgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaactt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          gggccctgtattaacaaagcaataTTT--GAAGT-ATGAATTCTTGATTTTGATTTTGATTGGCTGA-TT--GGTATTGAATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNGTCGAATTGAGCCTTCT-GGCTTTC
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tCCGGGCCTTGTTTCGTTA-T-T-TGGCTA-TGATTTT------TTTA------A-TT-----TATTG--------------ACAT-T-A-ATG--------CCT--------TG-TTCCGGTATCTTATGTATGTT--CCCTTCGCATGTACGCCTCTAGTTTTGAAGGCG---CCGGCCAAGTATA-ATGAC--CGAA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       -G-ATGTT-CTCCGCCTCT-T-CCATG-TTCCTGAACCTTATATAT--T--CCCTTCGCATATACGAGTTATGTT---AAAACT---CCGGCCAAGTATG-ATGAC--CGAATAATTAAAAACTT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TTA-TTGACA-TTG-AA-TATTG----TCTCT-CT--GTAC-A-G-TTGTT-CTCCACCTCT-T-CCATG-TTCCGTTTTCTTATTTAT--T--CCCTTCGCTTGTAAGCCTTT

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    11111111111111                                                                                                                11                            11              1                                1    1               1       1     1                                     11          1   2             11                                                                                                                                                                                                                            11     11       222222                                   11            111                                1111                               
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            5     5 5 5      5  5     0   22    77   1 4   4  4  3  11111111111111 1  555 4     3          4 4     4                  88888   0    33      1   1   888      888       0     5     11                            33              0 2    3       3              2  0    0     2         0       0     0                             3       33     3    0   0             33   3                                                                                                                                                                                                                        33     33 2   3 888888                  8  8  3          11            111    33 11 2        6  2  9      3333  5         5          4       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            .     . . .      .  .     .   ..    ..   . .   .  .  .  .............. .  ... .     .          . .     .                  .....   .    ..      .   .   ...      ...       .     .     ..                            ..              . .    .       .              .  .    .     .         .       .     .                             .       ..     .    .   .             ..   .                                                                                                                                                                                                                        ..     .. .   . ......                  .  .  .          ..            ...    .. .. .        .  .  .      ....  .         .          .       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            7     0 0 0      0  0     1   22    44   6 0   0  0  6  22222222222222 1  000 0     6          0 0     0                  33333   7    33      1   0   888      888       4     0     99                            00              0 5    2       2              5  0    0     5         0       0     0                             2       88     2    0   0             22   2                                                                                                                                                                                                                        88     22 5   2 888888                  0  0  8          00            000    44 22 8        7  8  0      9999  7         7          3       
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               NCCGGGCCTTGTT-AGTTA-T-T-TGCCTA-TG-ATTTTTTTTAATTTA-TTGACA-TTA-AA-TATTG----TCTCT-CT--ATAC-A-G-ATGTT-CTCCGCCTCT-T-CCATG-TTCCGGTATCTTATATAT--T--CCCTTCGCACGTACGCCTTTNGTT---AAGACT---CCGGCCAAGTATA-ATGAC--CGAATAATTAAAAACTTTCATATGAAAATTAAAAAAGTTGTTAC-ACATTTATAGTCATTATGAATACTAACATGTC-TTAT-GCCGTCTATGTTTAT-CCTAGAT-TTAAT-ATATAAATTCTTGCATGGCAAAAGTACAGAAATATTT--TACCGAAAGA-AAG-ATGTACTTATTTT-ACATAATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAACTTT--GAAGT-ATGAATTC------TTGATTTTGATTGGCTGA-TT-GGATATTGAATCA--CGAATCTTGGATTTCGAATCTTGAATTTCGAATT-TTGGATTTTGAATTT-AG-AATGTCGAA-TGAGCCTTCTGGGCTTTC
Reference ( family-4545 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               NCCGGGCCTTGTT-AGTTA-T-T-TGCCTA-TG-ATTTTTTTTAATTTA-TTGACA-TTA-AA-TATTG----TCTCT-CT--ATAC-A-G-ATGTT-CTCCGCCTCT-T-CCATG-TTCCGGTATCTTATATAT--T--CCCTTCGCACGTACGCCTTTNGTT---AAGACT---CCGGCCAAGTATA-ATGAC--CGAATAATTAAAAACTTTCATATGAAAATTAAAAAAGTTGTTAC-ACATTTATAGTCATTATGAATACTAACATGTC-TTAT-GCCGTCTATGTTTAT-CCTAGAT-TTAAT-ATATAAATTCTTGCATGGCAAAAGTACAGAAATATTT--TACCGAAAGA-AAG-ATGTACTTATTTT-ACATAATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAACTTT--GAAGT-ATGAATTC------TTGATTTTGATTGGCTGA-TT-GGATATTGAATCA--CGAATCTTGGATTTCGAATCTTGAATTTCGAATT-TTGGATTTTGAATTT-AG-AATGTCGAA-TGAGCCTTCTGGGCTTTC
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            -AGTTAATGT-TGCCTAATA-ATTTTTTTTAATTTA--TGAC--TTATAA-TA-TA----TCTCT-CT--ATACAA-G-ATGTT-
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ggcttttatgaacaaaaccaataTTTA-ATGA-A-TTA-AAATATTA----TCTCT-CTCTATAT-A-GCATGTT-CTCCACCTGT-C-CCATG-TTCC---------------------------ATGTACGCATTTAATC---AAGACTTGTCCGGC-AAGTATA-ATGACA-CGAATAATT-AAAACTTTCATATGAAAA-TAAAAAAGTTGTTACAACATTTATAGTCATTATGAATACTAACATGTG-TTATAGCCGT-TATGTTTGA-TCTAGATATTAAT-ATTGAAATTCTTGCATGGCAAAAGTACAGAAATATTTACTACCGAAAGA-AAG-ATGTACTTATTTT-ACATAATCAtaatgaattaaaatattatctctctctatatagcatgttctccacctgtcccatgttccatgtacgcatttaatcaagacttgtccggcaagtataatgacacgaataattaaaactttcatatgaaaataaaaaagttgttacaacatttatagtcattatgaatactaacatgtgttatagccgttatgtttgatctagatattaatattgaaattcttgcatggcaaaagtacagaaatatttactaccgaaagaaagatgtacttattttacataatcagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaaaacttttgaaagtgataattcttgattttgattggctgatttggatattgaatcacgaatcttggatttgaatcttgaattcgaattttggatttgaattagaatgtcgaatgagccttctgggcttttcg
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ggcttttatgaacaaaaccaataagttaatgttgcctaataattttttttaatttatgacttataatatatctctctatacaagatgTAAAACTTTTGAAAGTGAT-AATTC------TTGATTTTGATTGGCTGATTT-GGATATTGAATCA--CGAATCTTGGATTT-GAATCTTGAA-TTCGAATT-TTGGA-TTTGAA-TT-AG-AATGTCGAA-TGAGCCTTCTGGGCTTTgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaaaacttttgaaagtgataattcttgattttgattggctgatttggatattgaatcacgaatcttggatttgaatcttgaattcgaattttggatttgaattagaatgtcgaatgagccttctgggcttttcg
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ggcttttatgaacaaaaccaataagttaatgttgcctaataattttttttaatttatgacttataatatatctctctatacaagatgtttaatgaattaaaatattatctctctctatatagcatgttctccacctgtcccatgttccatgtacgcatttaatcaagacttgtccggcaagtataatgacacgaataattaaaactttcatatgaaaataaaaaagttgttacaacatttatagtcattatgaatactaacatgtgttatagccgttatgtttgatctagatattaatattgaaattcttgcatggcaaaagtacagaaatatttactaccgaaagaaagatgtacttattttacataatcagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntTGA-TT-GGGTATTGAATCT--CGAAATGTGCATTTCGAATTATAGATTTCGAATC-TCAGA----AAAC----G-AATGTCAAA-TGAGCGCTCTGTGCTTTtcg
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GTCTCTTATATAT--C--CCCTTCGCACGTGCGCATCATGTT---AAAACT---CCGGCCAAGTATA-ATCAC--Ctg
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aaaacattgagttatcttatattaa-AGTTA-T-T-TGCCTA-TG-GTTTTTTTTAGTTTA-TTGACA-TTA-AA-TA-----------------------------TT-CCCCGCCTCT-T-CCATT-TTCCGCTACCTTA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ata-AGTTA-T-TATGCCTA-TATGTTTATTTT--TTTA-TTGACA-TTA-AA-Ta
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ggagccttgtattacaaaacaataTTCAACTTATTGGTTCTTGCACCTGAG-CA---CGGA-TGAACCTTCTGGGCTTTCcatat
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             GTT-CTCCGCCTCT-T-CCATG-TTCCTGTATCTTGTATAT--T--CCCTTCGCATGg
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTGAATT---A-AATGTCGAA-TGAGCCTTCTGCGCTTTC
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                CCGGGCCTTGTT-AGTTA-T-T-TGCCTA-TG-ATTTGTTTTATTTTA-TTGACA-TTA-AA-TATTG----TCTCT-CT--ATAC-A-G-ATGTT-CTCCGCCTTA-T-CCATG-TTCCGGTATCTCATATAT--T--CCCTTCGCTCACTCGCCTTTTGTT---AAGGCG---CCGGCCAAGTATA-ATGAC--CGAATAATTAAAAACTTTCATATGAACAT-AAAAAAGTTGTTAC-ACATTTATAGTCATTATGAATACTAACATGTC-CTAT-GCCGTCTATGTTTAT-CCTAGAT-TTAAT-ATATAAATTCTTGCATGGCAAAAGTACAGAAATATTT--TACCGAAAGA-AAG-ATGTACATATTTT-ACATAATCAgt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            aTAAAACTTT--GAAGT-ATGAATTC------TTCATTTTGATTGGCTGA-TTTGGATATTGAATCA--CGAATCTTGGATTTTGAATCTTGAATTTCGAATT-TTGGATTTTGAATTT-AG-AATGTCGAA-TGAACCTTCTGGGCTTTCannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaactttgaagtatgaattcttcattttgattggctgatttggatattgaatcacgaatcttggattttgaatcttgaatttcgaattttggattttgaatttagaatgtcgaatgaaccttctgggctttc
gi|3                          : accgggccttgttagttatttgcctatgatttgttttattttattgacattaaatattgtctctctatacagatgttctccgccttatccatgttccggtatctcatatattcccttcgctcactcgccttttgttaaggcgccggccaagtataatgaccgaataattaaaaactttcatatgaacataaaaaagttgttacacatttatagtcattatgaatactaacatgtcctatgccgtctatgtttatcctagatttaatatataaattcttgcatggcaaaagtacagaaatattttaccgaaagaaagatgtacatattttacataatcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGTTA-T-T-TGCCT--TG-ATTTTTTTAAATATAATTGAAAATTA-AA-TACTG----T------T--AATT-A-G-ATGTT-CTCCGCCTCT-TTCCATGGTTCCGGTATCTTATATAC--T--TCC--CGAACATAAGCATTTCGTT---AAGGCG---C-GGCCAAGTATA-ATGAC--CGAATAATTAAAA-CTTTCATATGAAATTAAAAAAAGTTATTAC-A-ATTT-TAGTCATTATGAATACTAACAT-TC-TTAT-GCCGTCTATGTTTAT-CCTAGAT-TTAATAATATAAATTCTTGCATGGCAAATGTACAG--ATATTT--TACCG-AAGA-AAGTATGTACTTATTTTAACAT-ATCA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TAAAACTTT--GAAGT--TGAAT-C------TTGATTTTGATTGGCTGA-TT-GGATATTGAATCA--CGAATCTTGGAT-------------TTTCGAATT-TT-GATTTTGAATTT-AGAAATGTCGAA-TGAG-CTTCT-GGCTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaactttgaagttgaatcttgattttgattggctgattggatattgaatcacgaatcttggattttcgaattttgattttgaatttagaaatgtcgaatgagcttctggcttc
gi|4                          :                        gttatttgccttgatttttttaaatataattgaaaattaaatactgttaattagatgttctccgcctctttccatggttccggtatcttatatacttcccgaacataagcatttcgttaaggcgcggccaagtataatgaccgaataattaaaactttcatatgaaattaaaaaaagttattacaattttagtcattatgaatactaacattcttatgccgtctatgtttatcctagatttaataatataaattcttgcatggcaaatgtacagatattttaccgaagaaagtatgtacttattttaacatatcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-AGTTA-T-T-TGCCTA-TG-ATTTTGTTTAATT-A-TTGACG-TTA-GA-TATTAATTTTCTCTACT--AAAC-ATG-ATGTTTCTCCGCCTCAAT-CCATG-TTCCGGTATCTTAAATAT--TGCCCTTTCGCTTATACGCCTTATGTT---GAAACT---CCGGCCA-GTATATATGACGGCGAATAATTAAAAACTTTCATATGAAAATTAAAAAGGTTGTTAA-ACATTTATAGTCAT-ATGAATACTAACATGTCCTTAT-GCCGTCTATGTTTATACCTAGAT-TTAAT-ATATAAATTCTTGCATGGCAAAAGTGCAGAAATATTT--TACCGAAAGAGAAGAATGTACTTAATTT--CATAATCAc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ggctttgtattgaataaacatta-AGTTA-T-T-TGCCTA-TG-ATTTTTTTTAATTTC-TTGATA-TTA-AA-TATTG----TCTCT-CT--ATAC-A-G-ATGTT-ATTCGCCCCT-T-CCATG-TTCCGGAACCCAAAATA-----------------TACGCCTGTAGTT---AAAACT---CCGACCATGTATA-ATGAC--CGCATCATTAAAAACTTTgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaactt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           gggccctgtattaacaaagcaataTTT--GAAGT-ATGAATTCTTGATTTTGATTTTGATTGGCTGA-TT-GG-TATTGAATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNGTCGAATTGAGCCTTCT-GGCTTTC
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tCCGGGCCTTGTTTCGTTA-T-T-TGGCTA-TG-ATTTT------TTTA------A-TT-----TATTG--------------ACAT-T-A-ATG--------CCT--------TG-TTCCGGTATCTTATGTATGTT--CCCTTCGCATGTACGCCTCTAGTTTTGAAGGCG---CCGGCCAAGTATA-ATGAC--CGAA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        -G-ATGTT-CTCCGCCTCT-T-CCATG-TTCCTGAACCTTATATAT--T--CCCTTCGCATATACGAGTTATGTT---AAAACT---CCGGCCAAGTATG-ATGAC--CGAATAATTAAAAACTT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TTA-TTGACA-TTG-AA-TATTG----TCTCT-CT--GTAC-A-G-TTGTT-CTCCACCTCT-T-CCATG-TTCCGTTTTCTTATTTAT--T--CCCTTCGCTTGTAAGCCTTT

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    11111111111111                                                                                                                11                            11              1                                1    1               1       1     1                                     11          1   2             11                                                                                                                                                                                                                            11     11       222222                                   11            111                                1111                               
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            5     5 5 5      5  5     0   22    77   1 4   4  4  3  11111111111111 1  555 4     3          4 4     4                  88888   0    33      1   1   888      888       0     5     11                            33              0 2    3       3              2  0    0     2         0       0     0                             3       33     3    0   0             33   3                                                                                                                                                                                                                        33     33 2   3 888888                  8  8  3          11            111    33 11 2        6  2  9      3333  5         5          4       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            .     . . .      .  .     .   ..    ..   . .   .  .  .  .............. .  ... .     .          . .     .                  .....   .    ..      .   .   ...      ...       .     .     ..                            ..              . .    .       .              .  .    .     .         .       .     .                             .       ..     .    .   .             ..   .                                                                                                                                                                                                                        ..     .. .   . ......                  .  .  .          ..            ...    .. .. .        .  .  .      ....  .         .          .       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            7     0 0 0      0  0     1   22    44   6 0   0  0  6  22222222222222 1  000 0     6          0 0     0                  33333   7    33      1   0   888      888       4     0     99                            00              0 5    2       2              5  0    0     5         0       0     0                             2       88     2    0   0             22   2                                                                                                                                                                                                                        88     22 5   2 888888                  0  0  8          00            000    44 22 8        7  8  0      9999  7         7          3       
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               NCCGGGCCTTGTT-AGTTA-T-T-TGCCTA-TG-ATTTTTTTTAATTTA-TTGACA-TTA-AA-TATTG----TCTCT-CT--ATAC-A-G-ATGTT-CTCCGCCTCT-T-CCATG-TTCCGGTATCTTATATAT--T--CCCTTCGCACGTACGCCTTTNGTT---AAGACT---CCGGCCAAGTATA-ATGAC--CGAATAATTAAAAACTTTCATATGAAAATTAAAAAAGTTGTTAC-ACATTTATAGTCATTATGAATACTAACATGTC-TTAT-GCCGTCTATGTTTAT-CCTAGAT-TTAAT-ATATAAATTCTTGCATGGCAAAAGTACAGAAATATTT--TACCGAAAGA-AAG-ATGTACTTATTTT-ACATAATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAACTTT--GAAGT-ATGAATTC------TTGATTTTGATTGGCTGA-TT-GGATATTGAATCA--CGAATCTTGGATTTCGAATCTTGAATTTCGAATT-TTGGATTTTGAATTT-AG-AATGTCGAA-TGAGCCTTCTGGGCTTTC
Reference ( family-4545 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               NCCGGGCCTTGTT-AGTTA-T-T-TGCCTA-TG-ATTTTTTTTAATTTA-TTGACA-TTA-AA-TATTG----TCTCT-CT--ATAC-A-G-ATGTT-CTCCGCCTCT-T-CCATG-TTCCGGTATCTTATATAT--T--CCCTTCGCACGTACGCCTTTNGTT---AAGACT---CCGGCCAAGTATA-ATGAC--CGAATAATTAAAAACTTTCATATGAAAATTAAAAAAGTTGTTAC-ACATTTATAGTCATTATGAATACTAACATGTC-TTAT-GCCGTCTATGTTTAT-CCTAGAT-TTAAT-ATATAAATTCTTGCATGGCAAAAGTACAGAAATATTT--TACCGAAAGA-AAG-ATGTACTTATTTT-ACATAATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAACTTT--GAAGT-ATGAATTC------TTGATTTTGATTGGCTGA-TT-GGATATTGAATCA--CGAATCTTGGATTTCGAATCTTGAATTTCGAATT-TTGGATTTTGAATTT-AG-AATGTCGAA-TGAGCCTTCTGGGCTTTC
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            -AGTTAATGT-TGCCTAATA-ATTTTTTTTAATTTA--TGAC--TTATAA-TA-TA----TCTCT-CT--ATACAA-G-ATGTT-
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ggcttttatgaacaaaaccaataTTTA-ATGA-A-TTA-AAATATTA----TCTCT-CTCTATAT-A-GCATGTT-CTCCACCTGT-C-CCATG-TTCC---------------------------ATGTACGCATTTAATC---AAGACTTGTCCGGC-AAGTATA-ATGACA-CGAATAATT-AAAACTTTCATATGAAAA-TAAAAAAGTTGTTACAACATTTATAGTCATTATGAATACTAACATGTG-TTATAGCCGT-TATGTTTGA-TCTAGATATTAAT-ATTGAAATTCTTGCATGGCAAAAGTACAGAAATATTTACTACCGAAAGA-AAG-ATGTACTTATTTT-ACATAATCAtaatgaattaaaatattatctctctctatatagcatgttctccacctgtcccatgttccatgtacgcatttaatcaagacttgtccggcaagtataatgacacgaataattaaaactttcatatgaaaataaaaaagttgttacaacatttatagtcattatgaatactaacatgtgttatagccgttatgtttgatctagatattaatattgaaattcttgcatggcaaaagtacagaaatatttactaccgaaagaaagatgtacttattttacataatcagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaaaacttttgaaagtgataattcttgattttgattggctgatttggatattgaatcacgaatcttggatttgaatcttgaattcgaattttggatttgaattagaatgtcgaatgagccttctgggcttttcg
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ggcttttatgaacaaaaccaataagttaatgttgcctaataattttttttaatttatgacttataatatatctctctatacaagatgTAAAACTTTTGAAAGTGAT-AATTC------TTGATTTTGATTGGCTGATTT-GGATATTGAATCA--CGAATCTTGGATTT-GAATCTTGAA-TTCGAATT-TTGGA-TTTGAA-TT-AG-AATGTCGAA-TGAGCCTTCTGGGCTTTgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaaaacttttgaaagtgataattcttgattttgattggctgatttggatattgaatcacgaatcttggatttgaatcttgaattcgaattttggatttgaattagaatgtcgaatgagccttctgggcttttcg
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ggcttttatgaacaaaaccaataagttaatgttgcctaataattttttttaatttatgacttataatatatctctctatacaagatgtttaatgaattaaaatattatctctctctatatagcatgttctccacctgtcccatgttccatgtacgcatttaatcaagacttgtccggcaagtataatgacacgaataattaaaactttcatatgaaaataaaaaagttgttacaacatttatagtcattatgaatactaacatgtgttatagccgttatgtttgatctagatattaatattgaaattcttgcatggcaaaagtacagaaatatttactaccgaaagaaagatgtacttattttacataatcagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntTGA-TT-GGGTATTGAATCT--CGAAATGTGCATTTCGAATTATAGATTTCGAATC-TCAGA----AAAC----G-AATGTCAAA-TGAGCGCTCTGTGCTTTtcg
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GTCTCTTATATAT--C--CCCTTCGCACGTGCGCATCATGTT---AAAACT---CCGGCCAAGTATA-ATCAC--Ctg
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aaaacattgagttatcttatattaa-AGTTA-T-T-TGCCTA-TG-GTTTTTTTTAGTTTA-TTGACA-TTA-AA-TA-----------------------------TT-CCCCGCCTCT-T-CCATT-TTCCGCTACCTTA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ata-AGTTA-T-TATGCCTA-TATGTTTATTTT--TTTA-TTGACA-TTA-AA-Ta
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ggagccttgtattacaaaacaataTTCAACTTATTGGTTCTTGCACCTGAG-CA---CGGA-TGAACCTTCTGGGCTTTCcatat
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             GTT-CTCCGCCTCT-T-CCATG-TTCCTGTATCTTGTATAT--T--CCCTTCGCATGg
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTGAATT---A-AATGTCGAA-TGAGCCTTCTGCGCTTTC
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                CCGGGCCTTGTT-AGTTA-T-T-TGCCTA-TG-ATTTGTTTTATTTTA-TTGACA-TTA-AA-TATTG----TCTCT-CT--ATAC-A-G-ATGTT-CTCCGCCTTA-T-CCATG-TTCCGGTATCTCATATAT--T--CCCTTCGCTCACTCGCCTTTTGTT---AAGGCG---CCGGCCAAGTATA-ATGAC--CGAATAATTAAAAACTTTCATATGAACAT-AAAAAAGTTGTTAC-ACATTTATAGTCATTATGAATACTAACATGTC-CTAT-GCCGTCTATGTTTAT-CCTAGAT-TTAAT-ATATAAATTCTTGCATGGCAAAAGTACAGAAATATTT--TACCGAAAGA-AAG-ATGTACATATTTT-ACATAATCAgt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            aTAAAACTTT--GAAGT-ATGAATTC------TTCATTTTGATTGGCTGA-TTTGGATATTGAATCA--CGAATCTTGGATTTTGAATCTTGAATTTCGAATT-TTGGATTTTGAATTT-AG-AATGTCGAA-TGAACCTTCTGGGCTTTCannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaactttgaagtatgaattcttcattttgattggctgatttggatattgaatcacgaatcttggattttgaatcttgaatttcgaattttggattttgaatttagaatgtcgaatgaaccttctgggctttc
gi|3                          : accgggccttgttagttatttgcctatgatttgttttattttattgacattaaatattgtctctctatacagatgttctccgccttatccatgttccggtatctcatatattcccttcgctcactcgccttttgttaaggcgccggccaagtataatgaccgaataattaaaaactttcatatgaacataaaaaagttgttacacatttatagtcattatgaatactaacatgtcctatgccgtctatgtttatcctagatttaatatataaattcttgcatggcaaaagtacagaaatattttaccgaaagaaagatgtacatattttacataatcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGTTA-T-T-TGCCT--TG-ATTTTTTTAAATATAATTGAAAATTA-AA-TACTG----T------T--AATT-A-G-ATGTT-CTCCGCCTCT-TTCCATGGTTCCGGTATCTTATATAC--T--TCC--CGAACATAAGCATTTCGTT---AAGGCG---C-GGCCAAGTATA-ATGAC--CGAATAATTAAAA-CTTTCATATGAAATTAAAAAAAGTTATTAC-A-ATTT-TAGTCATTATGAATACTAACAT-TC-TTAT-GCCGTCTATGTTTAT-CCTAGAT-TTAATAATATAAATTCTTGCATGGCAAATGTACAG--ATATTT--TACCG-AAGA-AAGTATGTACTTATTTTAACAT-ATCA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TAAAACTTT--GAAGT--TGAAT-C------TTGATTTTGATTGGCTGA-TT-GGATATTGAATCA--CGAATCTTGGAT-------------TTTCGAATT-TT-GATTTTGAATTT-AGAAATGTCGAA-TGAG-CTTCT-GGCTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaactttgaagttgaatcttgattttgattggctgattggatattgaatcacgaatcttggattttcgaattttgattttgaatttagaaatgtcgaatgagcttctggcttc
gi|4                          :                        gttatttgccttgatttttttaaatataattgaaaattaaatactgttaattagatgttctccgcctctttccatggttccggtatcttatatacttcccgaacataagcatttcgttaaggcgcggccaagtataatgaccgaataattaaaactttcatatgaaattaaaaaaagttattacaattttagtcattatgaatactaacattcttatgccgtctatgtttatcctagatttaataatataaattcttgcatggcaaatgtacagatattttaccgaagaaagtatgtacttattttaacatatcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-AGTTA-T-T-TGCCTA-TG-ATTTTGTTTAATT-A-TTGACG-TTA-GA-TATTAATTTTCTCTACT--AAAC-ATG-ATGTTTCTCCGCCTCAAT-CCATG-TTCCGGTATCTTAAATAT--TGCCCTTTCGCTTATACGCCTTATGTT---GAAACT---CCGGCCA-GTATATATGACGGCGAATAATTAAAAACTTTCATATGAAAATTAAAAAGGTTGTTAA-ACATTTATAGTCAT-ATGAATACTAACATGTCCTTAT-GCCGTCTATGTTTATACCTAGAT-TTAAT-ATATAAATTCTTGCATGGCAAAAGTGCAGAAATATTT--TACCGAAAGAGAAGAATGTACTTAATTT--CATAATCAc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ggctttgtattgaataaacatta-AGTTA-T-T-TGCCTA-TG-ATTTTTTTTAATTTC-TTGATA-TTA-AA-TATTG----TCTCT-CT--ATAC-A-G-ATGTT-ATTCGCCCCT-T-CCATG-TTCCGGAACCCAAAATA-----------------TACGCCTGTAGTT---AAAACT---CCGACCATGTATA-ATGAC--CGCATCATTAAAAACTTTgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaactt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           gggccctgtattaacaaagcaataTTT--GAAGT-ATGAATTCTTGATTTTGATTTTGATTGGCTGA-TT-GG-TATTGAATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNGTCGAATTGAGCCTTCT-GGCTTTC
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tCCGGGCCTTGTTTCGTTA-T-T-TGGCTA-TG-ATTTT------TTTA------A-TT-----TATTG--------------ACAT-T-A-ATG--------CCT--------TG-TTCCGGTATCTTATGTATGTT--CCCTTCGCATGTACGCCTCTAGTTTTGAAGGCG---CCGGCCAAGTATA-ATGAC--CGAA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        -G-ATGTT-CTCCGCCTCT-T-CCATG-TTCCTGAACCTTATATAT--T--CCCTTCGCATATACGAGTTATGTT---AAAACT---CCGGCCAAGTATG-ATGAC--CGAATAATTAAAAACTT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TTA-TTGACA-TTG-AA-TATTG----TCTCT-CT--GTAC-A-G-TTGTT-CTCCACCTCT-T-CCATG-TTCCGTTTTCTTATTTAT--T--CCCTTCGCTTGTAAGCCTTT


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            T     . . A      .  T         AG    AT   C A   .  A  T  ATTTTCTCTACT   T  AT  C     T          A T     G                  TGC          AC      A   T   TTG      .               T     GG                            TA              . C    A       T              G  C    .     C         A       .     A                             A       .      A    G   T             AA   A                                                                                                                                                                                                                        .      A  G   T TTGATT                  .  T  G          NN            TTC    TA AG T        A  A  T      CCTG  A         T          G
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            .     . . .      .  .         AT    A    C .   .  .  T  TCTCTCTCT      T  A   .     .          . .     .                  GTT          AT      C   T   .        .               .     .                             TT              . C    A       T              G  .    .     C         .       .     .                             A       .      A    .   A             A    A                                                                                                                                                                                                                        .      A  G   T .                       .  .  A          .             TTT    CT GA T        .  G  T      TTT   .         .          G
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            .     . . .      .  .         AA    T    C .   .  .  C  TCTCTCT        A  A   .     .          . .     .                  C            TC      A   C   .        .               .     .                             T               . .    .       .              .  .    .     C         .       .     .                             .       .      .    .   .             .    .                                                                                                                                                                                                                        .      .  G   . .                       .  .  A          .             NNN    NN NN T        .  G  T      TTT   .         .          G
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            .     . . .      .  .         AA    T    A .   .  .  T  TCTCTCT        A  A   .     .          . .     .                  T            AC      C   T   .        .               .     .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           .  .  .          .             .      .  .  N        .  N  N      NNN   .         .          G
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            .     . . .      .  .         AA    T    C .   .  .  T  TCTCTCT        T  A   .     .          . .     .                  T            TT      C   A   .        .               .     .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                .  .  .      TT    .         .          .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            .     . . .      .  .         .     T    T .   .  .  T  TT             C  T   .     .          . .     .                  T            AT      C   A   .        .               .     .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             C     .         .          .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  . . .      .  .         .     T    C .   .  .  T  .              T  A   .     .          . .     .                  T            AT      G   T   .        .               .     .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                T    . .   .  .  .  .              .  .   .     .          . .     .                  T            TT      C                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                .    . .   .  .                           .     .          . .     .                  .            .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                T*                                    A**                                             T****                                 ***                   **                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TTC                                TCT*
originalCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               NCCGGGCCTTGTT-AGTTA-T-T-TGCCTA-TG-ATTTTTTTTAATTTA-TTGACA-TTA-AA-TATTG----TCTCT-CT--ATAC-A-G-ATGTT-CTCCGCCTCT-T-CCATG-TTCCGGTATCTTATATAT--T--CCCTTCGCACGTACGCCTTTNGTT---AAGACT---CCGGCCAAGTATA-ATGAC--CGAATAATTAAAAACTTTCATATGAAAATTAAAAAAGTTGTTAC-ACATTTATAGTCATTATGAATACTAACATGTC-TTAT-GCCGTCTATGTTTAT-CCTAGAT-TTAAT-ATATAAATTCTTGCATGGCAAAAGTACAGAAATATTT--TACCGAAAGA-AAG-ATGTACTTATTTT-ACATAATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAACTTT--GAAGT-ATGAATTC------TTGATTTTGATTGGCTGA-TT-GGATATTGAATCA--CGAATCTTGGATTTCGAATCTTGAATTTCGAATT-TTGGATTTTGAATTT-AG-AATGTCGAA-TGAGCCTTCTGGGCTTTC
finalCons                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               NCCGGGCCTTGTT-AGTTA-T-T-TGCCTA-TG-ATTTTTTTTAATTTAT-TGACA-TTA-AA-TATTG----TCTCT-CT--ATACA--G-ATGTT-CTCCGCCTCT-T-CCATG-TTCCGGTATCTTATATATT----CCCTTCGCACGTACGCCTTTNGTT---AAGACT---CCGGCCAAGTATA-ATGAC--CGAATAATTAAAAACTTTCATATGAAAATTAAAAAAGTTGTTAC-ACATTTATAGTCATTATGAATACTAACATGTC-TTAT-GCCGTCTATGTTTAT-CCTAGAT-TTAAT-ATATAAATTCTTGCATGGCAAAAGTACAGAAATATTT--TACCGAAAGA-AAG-ATGTACTTATTTT-ACATAATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAACTTT--GAAGT-ATGAATTC------TTGATTTTGATTGGCTGA-TT-GGATATTGAATCA--CGAATCTTGGATTTCGAATCTTGAATTTCGAATT-TTGGATTTTGAATCT-AG-AATGTCGAA-TGAGCCTTCTGGGCTTTC

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    11111111111111                                                                                                                11                            11              1                                1    1               1       1     1                                     11          1   2             11                                                                                                                                                                                                                            11     11       222222                                   11            111                                 111111                            
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            5     5 5 5      5  5     0   22    77   1 4   4  4  3  11111111111111 1  555 4     3          4 4     4                  88888   0    33      1   1   888      888       0     5     11                            33              0 2    3       3              2  0    0     2         0       0     0                             3       33     3    0   0             33   3                                                                                                                                                                                                                        33     33 2   3 888888                  8  8  3          11            111    33 11 2        6  2  9       555555         5          4       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            .     . . .      .  .     .   ..    ..   . .   .  .  .  .............. .  ... .     .          . .     .                  .....   .    ..      .   .   ...      ...       .     .     ..                            ..              . .    .       .              .  .    .     .         .       .     .                             .       ..     .    .   .             ..   .                                                                                                                                                                                                                        ..     .. .   . ......                  .  .  .          ..            ...    .. .. .        .  .  .       ......         .          .       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            7     0 0 0      0  0     1   22    44   6 0   0  0  6  22222222222222 1  000 0     6          0 0     0                  33333   7    33      1   0   888      888       4     0     99                            00              0 5    2       2              5  0    0     5         0       0     0                             2       88     2    0   0             22   2                                                                                                                                                                                                                        88     22 5   2 888888                  0  0  8          00            000    44 22 8        7  8  0       999999         7          3       
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               NCCGGGCCTTGTT-AGTTA-T-T-TGCCTA-TG-ATTTTTTTTAATTTA-TTGACA-TTA-AA-TATTG----TCTCT-CT--ATAC-A-G-ATGTT-CTCCGCCTCT-T-CCATG-TTCCGGTATCTTATATAT--T--CCCTTCGCACGTACGCCTTTNGTT---AAGACT---CCGGCCAAGTATA-ATGAC--CGAATAATTAAAAACTTTCATATGAAAATTAAAAAAGTTGTTAC-ACATTTATAGTCATTATGAATACTAACATGTC-TTAT-GCCGTCTATGTTTAT-CCTAGAT-TTAAT-ATATAAATTCTTGCATGGCAAAAGTACAGAAATATTT--TACCGAAAGA-AAG-ATGTACTTATTTT-ACATAATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAACTTT--GAAGT-ATGAATTC------TTGATTTTGATTGGCTGA-TT-GGATATTGAATCA--CGAATCTTGGATTTCGAATCTTGAATTTCGAATT-TTGGATTTTGAATCT-AG-AATGTCGAA-TGAGCCTTCTGGGCTTTC
Reference ( family-4545 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               NCCGGGCCTTGTT-AGTTA-T-T-TGCCTA-TG-ATTTTTTTTAATTTA-TTGACA-TTA-AA-TATTG----TCTCT-CT--ATAC-A-G-ATGTT-CTCCGCCTCT-T-CCATG-TTCCGGTATCTTATATAT--T--CCCTTCGCACGTACGCCTTTNGTT---AAGACT---CCGGCCAAGTATA-ATGAC--CGAATAATTAAAAACTTTCATATGAAAATTAAAAAAGTTGTTAC-ACATTTATAGTCATTATGAATACTAACATGTC-TTAT-GCCGTCTATGTTTAT-CCTAGAT-TTAAT-ATATAAATTCTTGCATGGCAAAAGTACAGAAATATTT--TACCGAAAGA-AAG-ATGTACTTATTTT-ACATAATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAACTTT--GAAGT-ATGAATTC------TTGATTTTGATTGGCTGA-TT-GGATATTGAATCA--CGAATCTTGGATTTCGAATCTTGAATTTCGAATT-TTGGATTTTGAATCT-AG-AATGTCGAA-TGAGCCTTCTGGGCTTTC
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            -AGTTAATGT-TGCCTAATA-ATTTTTTTTAATTTA--TGAC--TTATAA-TA-TA----TCTCT-CT--ATACAA-G-ATGTT-
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ggcttttatgaacaaaaccaataTTTA-ATGA-A-TTA-AAATATTA----TCTCT-CTCTATAT-A-GCATGTT-CTCCACCTGT-C-CCATG-TTCC---------------------------ATGTACGCATTTAATC---AAGACTTGTCCGGC-AAGTATA-ATGACA-CGAATAATT-AAAACTTTCATATGAAAA-TAAAAAAGTTGTTACAACATTTATAGTCATTATGAATACTAACATGTG-TTATAGCCGT-TATGTTTGA-TCTAGATATTAAT-ATTGAAATTCTTGCATGGCAAAAGTACAGAAATATTTACTACCGAAAGA-AAG-ATGTACTTATTTT-ACATAATCAtaatgaattaaaatattatctctctctatatagcatgttctccacctgtcccatgttccatgtacgcatttaatcaagacttgtccggcaagtataatgacacgaataattaaaactttcatatgaaaataaaaaagttgttacaacatttatagtcattatgaatactaacatgtgttatagccgttatgtttgatctagatattaatattgaaattcttgcatggcaaaagtacagaaatatttactaccgaaagaaagatgtacttattttacataatcagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaaaacttttgaaagtgataattcttgattttgattggctgatttggatattgaatcacgaatcttggatttgaatcttgaattcgaattttggatttgaattagaatgtcgaatgagccttctgggcttttcg
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ggcttttatgaacaaaaccaataagttaatgttgcctaataattttttttaatttatgacttataatatatctctctatacaagatgTAAAACTTTTGAAAGTGAT-AATTC------TTGATTTTGATTGGCTGATTT-GGATATTGAATCA--CGAATCTTGGATTT-GAATCTTGAA-TTCGAATT-TTGGA-TTTGAAT-T-AG-AATGTCGAA-TGAGCCTTCTGGGCTTTgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaaaacttttgaaagtgataattcttgattttgattggctgatttggatattgaatcacgaatcttggatttgaatcttgaattcgaattttggatttgaattagaatgtcgaatgagccttctgggcttttcg
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ggcttttatgaacaaaaccaataagttaatgttgcctaataattttttttaatttatgacttataatatatctctctatacaagatgtttaatgaattaaaatattatctctctctatatagcatgttctccacctgtcccatgttccatgtacgcatttaatcaagacttgtccggcaagtataatgacacgaataattaaaactttcatatgaaaataaaaaagttgttacaacatttatagtcattatgaatactaacatgtgttatagccgttatgtttgatctagatattaatattgaaattcttgcatggcaaaagtacagaaatatttactaccgaaagaaagatgtacttattttacataatcagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntTGA-TT-GGGTATTGAATCT--CGAAATGTGCATTTCGAATTATAGATTTCGAATC-TCAGA-----AAAC---G-AATGTCAAA-TGAGCGCTCTGTGCTTTtcg
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GTCTCTTATATAT--C--CCCTTCGCACGTGCGCATCATGTT---AAAACT---CCGGCCAAGTATA-ATCAC--Ctg
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aaaacattgagttatcttatattaa-AGTTA-T-T-TGCCTA-TG-GTTTTTTTTAGTTTA-TTGACA-TTA-AA-TA-----------------------------TT-CCCCGCCTCT-T-CCATT-TTCCGCTACCTTA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ata-AGTTA-T-TATGCCTA-TATGTTTATTTT--TTTA-TTGACA-TTA-AA-Ta
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ggagccttgtattacaaaacaataTTCAACTTATTGGTTCTTGCACCTGAG-CA---CGGA-TGAACCTTCTGGGCTTTCcatat
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             GTT-CTCCGCCTCT-T-CCATG-TTCCTGTATCTTGTATAT--T--CCCTTCGCATGg
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTGAAT-T-A--AATGTCGAA-TGAGCCTTCTGCGCTTTC
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                CCGGGCCTTGTT-AGTTA-T-T-TGCCTA-TG-ATTTGTTTTATTTTA-TTGACA-TTA-AA-TATTG----TCTCT-CT--ATAC-A-G-ATGTT-CTCCGCCTTA-T-CCATG-TTCCGGTATCTCATATAT--T--CCCTTCGCTCACTCGCCTTTTGTT---AAGGCG---CCGGCCAAGTATA-ATGAC--CGAATAATTAAAAACTTTCATATGAACAT-AAAAAAGTTGTTAC-ACATTTATAGTCATTATGAATACTAACATGTC-CTAT-GCCGTCTATGTTTAT-CCTAGAT-TTAAT-ATATAAATTCTTGCATGGCAAAAGTACAGAAATATTT--TACCGAAAGA-AAG-ATGTACATATTTT-ACATAATCAgt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            aTAAAACTTT--GAAGT-ATGAATTC------TTCATTTTGATTGGCTGA-TTTGGATATTGAATCA--CGAATCTTGGATTTTGAATCTTGAATTTCGAATT-TTGGATTTTGAATTT-AG-AATGTCGAA-TGAACCTTCTGGGCTTTCannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaactttgaagtatgaattcttcattttgattggctgatttggatattgaatcacgaatcttggattttgaatcttgaatttcgaattttggattttgaatttagaatgtcgaatgaaccttctgggctttc
gi|3                          : accgggccttgttagttatttgcctatgatttgttttattttattgacattaaatattgtctctctatacagatgttctccgccttatccatgttccggtatctcatatattcccttcgctcactcgccttttgttaaggcgccggccaagtataatgaccgaataattaaaaactttcatatgaacataaaaaagttgttacacatttatagtcattatgaatactaacatgtcctatgccgtctatgtttatcctagatttaatatataaattcttgcatggcaaaagtacagaaatattttaccgaaagaaagatgtacatattttacataatcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGTTA-T-T-TGCCT--TG-ATTTTTTTAAATATAATTGAAAATTA-AA-TACTG----T------T--AATT-A-G-ATGTT-CTCCGCCTCT-TTCCATGGTTCCGGTATCTTATATAC--T--TCC--CGAACATAAGCATTTCGTT---AAGGCG---C-GGCCAAGTATA-ATGAC--CGAATAATTAAAA-CTTTCATATGAAATTAAAAAAAGTTATTAC-A-ATTT-TAGTCATTATGAATACTAACAT-TC-TTAT-GCCGTCTATGTTTAT-CCTAGAT-TTAATAATATAAATTCTTGCATGGCAAATGTACAG--ATATTT--TACCG-AAGA-AAGTATGTACTTATTTTAACAT-ATCA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TAAAACTTT--GAAGT--TGAAT-C------TTGATTTTGATTGGCTGA-TT-GGATATTGAATCA--CGAATCTTGGAT-------------TTTCGAATT-TT-GATTTTGAATTT-AGAAATGTCGAA-TGAG-CTTCT-GGCTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaactttgaagttgaatcttgattttgattggctgattggatattgaatcacgaatcttggattttcgaattttgattttgaatttagaaatgtcgaatgagcttctggcttc
gi|4                          :                        gttatttgccttgatttttttaaatataattgaaaattaaatactgttaattagatgttctccgcctctttccatggttccggtatcttatatacttcccgaacataagcatttcgttaaggcgcggccaagtataatgaccgaataattaaaactttcatatgaaattaaaaaaagttattacaattttagtcattatgaatactaacattcttatgccgtctatgtttatcctagatttaataatataaattcttgcatggcaaatgtacagatattttaccgaagaaagtatgtacttattttaacatatcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-AGTTA-T-T-TGCCTA-TG-ATTTTGTTTAATT-A-TTGACG-TTA-GA-TATTAATTTTCTCTACT--AAAC-ATG-ATGTTTCTCCGCCTCAAT-CCATG-TTCCGGTATCTTAAATAT--TGCCCTTTCGCTTATACGCCTTATGTT---GAAACT---CCGGCCA-GTATATATGACGGCGAATAATTAAAAACTTTCATATGAAAATTAAAAAGGTTGTTAA-ACATTTATAGTCAT-ATGAATACTAACATGTCCTTAT-GCCGTCTATGTTTATACCTAGAT-TTAAT-ATATAAATTCTTGCATGGCAAAAGTGCAGAAATATTT--TACCGAAAGAGAAGAATGTACTTAATTT--CATAATCAc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ggctttgtattgaataaacatta-AGTTA-T-T-TGCCTA-TG-ATTTTTTTTAATTTC-TTGATA-TTA-AA-TATTG----TCTCT-CT--ATAC-A-G-ATGTT-ATTCGCCCCT-T-CCATG-TTCCGGAACCCAAAATA-----------------TACGCCTGTAGTT---AAAACT---CCGACCATGTATA-ATGAC--CGCATCATTAAAAACTTTgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaactt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           gggccctgtattaacaaagcaataTTT--GAAGT-ATGAATTCTTGATTTTGATTTTGATTGGCTGA-TT-GG-TATTGAATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNGTCGAATTGAGCCTTCT-GGCTTTC
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tCCGGGCCTTGTTTCGTTA-T-T-TGGCTA-TG-ATTTT------TTTA------A-TT-----TATTG--------------ACAT-T-A-ATG--------CCT--------TG-TTCCGGTATCTTATGTATGTT--CCCTTCGCATGTACGCCTCTAGTTTTGAAGGCG---CCGGCCAAGTATA-ATGAC--CGAA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        -G-ATGTT-CTCCGCCTCT-T-CCATG-TTCCTGAACCTTATATAT--T--CCCTTCGCATATACGAGTTATGTT---AAAACT---CCGGCCAAGTATG-ATGAC--CGAATAATTAAAAACTT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TTA-TTGACA-TTG-AA-TATTG----TCTCT-CT--GTAC-A-G-TTGTT-CTCCACCTCT-T-CCATG-TTCCGTTTTCTTATTTAT--T--CCCTTCGCTTGTAAGCCTTT