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Reference ( gi|5 )            :           TCTT-ACGA--TTT----C-----T---------C-C---GTAAT-TT--G-TA-CGTAT-TT--T--GAG-A-CCAA-AA--T---A--CG-A-C-----TT---A-C-G---TT--TT-CA--T---G-T-C-C--C-GA-AAA-TA-----C----G-GAA----AT--C--GGAAG--T--C-TGT-CCG-TT----CAT---AT--T--TT----AA-TGC--TT--A-TAG-TT---T-GG-------T--GTT---AT-T-AT-T-C--GT-GT-T-G-TAT-T-TG-AC--------GCT-TG--AA-T-AA-T-T------G-T-T--AGAA--CCAGGG--AGTT-G----TA-AA-A--CATT---T-C----------CG-T-GA---T-A-C--AT-A-G---GTC-A-T-GT---CA----AT------------------G-----------------A---------------T---------G-------------G-C-C-G----A-A--A-----CC--CC-G-CG------AAA-GAAAG----CA-CGA-----------T-A-T--G-----------A--TC-A----T-C--TT-C----------AG-T-AA-TT--TT-CTTTG--CC----CTT-------C---AAAAA-GA--A---G-CA-C-TT-G--T-G-T-C-C---AT--T-GC--AG--T-A--T-TT-G-C---AACA------T---------AG---A-T-TTC-T-C--A--T-GT-GCT-C-A------T-G--C-A--G-G-AA-GAAAT--C---AT-T-A--TGG-----CTGT---AA-A----C--ACAC-T--AT-G-AAAT---A-------TTACA-C--A-A-GCA-AT-G-AG-AGTCA--TTG--G---G-GT-CTT-----------CGT-TAGGAG-A-AT--AG-------G-AGT-A---TT--C---A-C------G-A-T-T-TT--CG-G-G-------AA--C-A-GT--G-CGA-TGA-T-T-CT-TT---GCA-G--TT-AGG---AA-------T-AA-CGA--T-CA-----------TGG-G-CGGAA-G-T----GA-AAG-T-CTG-TG-AA-ATTA-A--AAC-----CC-AC--AT-GA-AC-CTG---T-CG-G----T-T--AG-T----A--C-AGGCT----------AC--A-G--T--TGAT--A-C--A--C-T----GTG--C-CAAC--T--TT-T----AAA-A---AA-------------A---------G---TTTCCTGA-T-TC-------GAAAA-TA-G---C-GC-A-A---GTT-AT-G--A-C-A-GTTATCT--AT--T-TTAATATTTG-T--ATTT-TTTCAT-ATT-TA--T-TTC--A--G--A-C-T-TTG---C-AA-AGC-AAG-A-AA--TG--C------A-GT--GTT-A---TA-TT---TT--C---ATT-AA---A-TC-A----A-GT---T-GT-G-A--TAA--A----G-T--TCTAC----AT-A-----TT-T--G-C-TC--CTT----GAA-T--AT--A---A-TGTA---AA-AAC--A-----------------CT-G--T-------AAAA--GAAA------AT--C-TT--A-C-G---G-ACA---A-A-----TG-CC--AAATCTC------A----------------CT----G---ACA--AA----T-C-T------G-----ATT-A--C-A------AAT----A-CGGAGA-G-AC-A-A-AAA-T--AGGGGT----A-AACAGGTCT
gi|8                          :           TCTT-ACGA--TTT----C-----T---------C-C---GTATT-TT--G-TA-CG-AT-TT-----GAG-A-CCAA-AA--T---A--CG-T-C-----TT---A-C-G---TT--TT-CA--T---G-T-C-C--C-GA-AAA-TA-----C----G-GAA----AT--C--GGAAG--T--C-TGT-CCG-TT----CAT---AT--T--T-----AA-TGC--TT--A-TAG-TT---T-GG-------T--GTT---AT-T-AT---C--G--GT-T-G-TAT-T--G-AC--------GCT-TG--AA-T-AA-T--------G------AGAA--CCAGGG--AGTT-G----TA-AA-A--CATT---T-C----------CG-T-GA---T-A-C--AT-A-G---GTC-A-T-GT---CA----AT------------------G-----------------AAA-------------T---------G-------------G-C-C-G----A-A--A-----CC--CC-G-CG------AAG-AAAGG----CA-CGA-----------T-A-T--G-----------A--TC-A----T-C--TT-C-----------G-T-AA-TT--TT-CTT-G--CC----CTT-------CTT-AAAAG-GA--A---G-CA-C-TT-G--T-G-T-C-C---AT--T-GC--AG--T-A--T-TT-G-C---AAC-------T---------AG---A-T-TCT-T-C--A--T-GT-GCT-C-A------T-G--C-A--G-G-AA-GAAAT--C---AT-T-A--TGG-----CTGT---AA-A----C--ACGC-T--AC-G-AAAT---A-------TTACA-C--A-A-GCA-AT-G--G-AGTCT--TTG--G---G-GT-CTT-----------CGT--AGGAG-A-AT--AG-------G-AGT-A---TT--C---A-C------G-A-T-T-TT--CG-G-G-------AA--C-A--T--G-CGA-TGA-T-T-CT-TT---GCA-G--TT-AGG---AA-------T-AA-CGA--T-CA------------GG-G-CGGAA-G-T----GA-AAG-T-CTG-TG-AA-ATTA-A--A-C-----CC-AC--AT-GA-AC-CTG---T-CG-G----T-T--AG-T----A--C-AGGCT----------AC--A-G--T--TGAT--A-C--A--C-T----GTG--C-CAAC--T--TT------AAA-A---AA-------------A---------G---TTTCCTGA-T-TC-------GAAAA-TA-G---C-GC-A-A---GTT-AT-G--A-C-A-GTTAT-T--AT--TATTTAT-TTTG-T--ATTT-TT-CAT-ATT-TA--T-TTC--A--G--A-C-T-TTG---C-AA-AGC-AAG-A-AA--TG--C------A-GT--GTT-A---TA-TT---TT--C---ATT-AA---A-TC-A----A-GT---TTGT-G-A--TAA--A----G-T--TCTAC----AT-A-----TT-T--G-C-CT--CTT----GAA-T--AT--A---A-TGTA---AA-AAC--A-----------------CT-G--T-------AAAA--GAAA------AT--C-TT--A-C-G---G-ACA---A-A-----TG-CC--AAATCTC------A----------------CT----G---ACA--AA----T-C-T------G-----A-T-A--C-A------AAT----A-CGGAGA-G-AC-A-A-AAA-T--AGGGGT----A-AACAGG
gi|7                          :           TCTT-ACGA--TTT----T-----T---------C-C---GTATT-TT--G-TA-CGGAT-TTATT--G-G-A-GCAA-AA--T---A--CG-T-C-----TT---A-CTG---TT--TT-CA--T---G-T-C-C--C-GA-AAA-TA-----C----G--AA----AT--C--GGAAG--T--C-TGC-CCG-TT----CAT---AT--T--TTTT--AA-T-C--TT--A-TA--TT---T-GG-------T--GTTTTAAT-T-AT-C-C--GC-GT-T-G-TATGT-TG-AT--------GCT-TG--AA-T-AA-T-C------G-C-T--AATA--CCTAGG--AGTT-G----TA-AA-A--CATT---T-C----------CA-T-GA---T-A-C--AT-A-T---GGC-A-T-GT---CA----AT------------------G-----------------AAATTATATT------T---------GAAAAT--------G-CGC-G----A-A--A-----CC--CG-G-CA------AAA-AAGGG----CATCGA-------------A-T--G-----------A--TC-A----T-C--TC-C----------GG-T-AATTT--TT-CTTGG--CC----CTT-------CTT-CAAAG-GA--A---G-CA-C-TT-G--T-G-T-C-CATAAT--T-GC--AG--T-A--T-TT-G-C---AAGG------T---------AG---A-T-TTCTT-C--A--T-G--GCT-C-A------T-G--CGA--T-G-AATGAATT--T---AT-T----T-G-----TTGT---AA-A----C--ATGC-T--AC-GAAAAT---A-------TTACA-C--A-A-GCA-AT-G--G-AGTCC--TTG--G---G-GT-CTT-----------CAT-AAGGAG-A-AT--AG-------G-AGT-A---TT--C---A-C------G-A-T-T-TC-----G-G-------AA--C-A-AT--G-CGA-TGA-T-T-CT-TT---GCA-G---T-AGG---AA-------T-AA-CGA--T-CA-----------CGG-G-C-AAA-G-T----GA-AAGTT-CTG-TG-AA-ATTA-T--AAC-----CC-AC--AT-A----------------------------------A--C-AGGCT----------AT--G-G--T--TGAT--G-C--A--C-T----GTC--C-CAAC--T--TT-A----AAA-A---AA-------------A---------G---TTTCCTGA---TC-------GAAAA-TA-G---C-GC-A-A---GTT-AA-A--A-C-A-GTTATTT--AT--T-TTAATG--------------TTCGT-ATT-TA--T-TTC--A--G--A-C-T-TTG---C-AA-AGC-AAG---AA--TG--C--------GT--GTT-A---TA-TT---T------------------TC-A----A-GT---T-TT-G-AC-TAA--A----G-T--TCTAC----AT-A-----TT-T--G-C-TC--TTT----GAA-T--AT--A---A-TGT----AA-AAC--A-----------------CT-G--T--------AAA--GAAA------AT--C-TT--A---G---G-ACA---A-A-----TG-CC--AAATCTC------A----------------CT----G---ACA--AA----T-C-T------G-----ATC-A--C-A------AAT----A-CGGAGA-G-AC-A-A-AAA-T--AGGGGT----A-AACAGGTC
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gi|3                          :   ctgtttacTCTTGACGA--AGT----T-----T---------C-C---GTA-T-TT--G-TA-CGGATCTT--T--GAG-A-CCAA-AAA-T---AACCG-T-C-----TTT--A-C-G---TT--TT-CA--T---G-T-C-C--CCGA-A---TA-----C----G-GAG----AG--C--GGAAG--T--C-TTC-CTG-TT-----AT---AT--T--TTT---AA-TGC--TT--A-TAG-TT---TTGG-------T--GTT---AT-T-AT-C-C--GTCGTGT-G-TAT-T-GG-A---------GCT-TG--AA-T-AA-T-C------G-A----AGAA--CCAAGGCCAGTT-G----TA-AA-AACCATT---T-C----------CG-T-GA---T-A-C--ATGA-G---GTC-A-T-GT---CA----AT------------------G-----------------AATAATGATTTAAAAAT---------G-------------G-C-CCA----A-A--A-----CC--CC-G-CG------AA--GAAGG-----A-CGA-----------T-G-T--G-----------A--TC-A----G-C--TT-T----------GG-T-AA-TT--TT-CCTTGG-CC----CTTGTTCGTTC---AAAAG-GA--A---G-CA-C-TG-G--T-G-T-C-C---AT--T-GA--GG--T-A--T-T--G-C---AACG------T---------AGC--A-T-TTC-TTC--A--T-GT-GCT-C-A------T-G--C-A--A-A-AA-GAATA--A---ATGT-A--TGG-----C-GT---AA-A----C--ATCC-TGAAC-G-AAATT--A-------GTACA-C--A-A-GCATAT-G-AG--TTCC--TTG--G---G-GT-CTT-----------CGTATAG-AG-A-AT---G-------G-AGT-A-------C---AAC------G-A-T-T-----CG-G-G-------AA--CTA-AT--G-CGA-TTA-T-TTCT-TT---GCATG--TTGAGG---AA---------AA-CGA--T-CA-----------CGG---CGGA--G-T----GA-AAG-T-CTG-TG-AAGATTA-T--A-C-----CC-AC--AT-AA----CT----T-CGTG----T-T--AG-T----A--C-AGGCT----------AC--AAG--T--T-AT--A-C--A--C-T----GTG--C-CAAA--C--TT-A----AAA-A---AACAACC--------A---------G---TT--CTG--T-TC-------GAAAA-TA-G---C-AC-AGA---GTT-AT-A--A-C-A-GTTATTTT-AT--T-TTAA-----G-T--GTTC-T---GT-AGT-TAGCT-TTC--GACG--A-C-T-T-G---C-AACAGC-AGA-A-AA--TG--CC-----A-GT--GTT-----TA-TT---TT------ATT-AA---A-GT-A----A-GT---T--T-G-A--TAA--A----G-TCTTCTCG----AT-------TT-T--G-C-TC--TTT----GAA-T--AT--A---A--GTA---AA-A-C--A-----------------CT-G--T-------AAAA--GAAA-------T--C-TT--A-C-G---G-ACA---A-A-----T--CC--AAATCTC------A----------------CT----G---ACA--AA----TCC-T------G-----ATC-A--C-A------AAT----A-CGGAGA-G-AC-A-A-AAA-T--CGGGGT----A-AACAGGTCT
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gi|16                         :     gtttacTCTTGACGA--TTT----C-----------------C---GTATT-TT--G-TA-CGGAT-TT-----GAG-A-CCACCAA--T---A--CGTA-T-----TT---A-C-G---TT--TT-CA--TT--G-T-C-C--C-GA-AA--TA----------G-GAA----AT--C--GGAAG--T--T-CGT-CCG-TT----CAT---AT--T--TT----AA-TG----T--G-TAG-TT-----GG-------T--GTT---AT-T-AA-T-C--GC-GT-T-G-T-----TG-AC---------CT-TG--A--T-AA-T-C------G-C-T--AGAG--ACAGG---AGTT-G----TA-AA-A---ATT----------------CGCT-GA---T---C--AT-G-G---GTC-A-T-GT---CA----AT------------------G-----------------AAA-------------T---------G-------------A-T-T-A----A-A--AATGCACT--CC-G----------AA-GA--G----CA-CAG-----------T-A-T--G-----------A--TC-A----T-----T-C----------GG-T-AT-TT--GT-CTTGG--CCTT--CTT-------C---TAAA--GA--A---GTCAGC-TT-A--T---T-C-C---AT--T-GC--AG--T-A--T-TTTG-C---AACG------T---------AG---A-T-TTC-T-C--A--T--T-GCT-C-G------T-G----A--G-G-AA-GAA----T---AT-T----TGG-----CTGT---A-------C--ACGC-T--A--G-AAA--------------ATA-C--A-A--CA-AT-G-GT-A-TC---TTG--G---G-GA-TCT-----------CGT--AAGAG-A-AT--AT-------G-AGTTA---TT--C---A-C------A-A-T-T-TT--CG-G-G-------AA--C-A-AT--G-CGATTGA-T-C-TT-GT---GCA-A--GT-AGG---AA-------T-AA-CG-----CA------------GG-G-C-GAA-G-T----GA-TAG-T-TTG-TG-AA---TA-T--AAC-----CC--C--AT-GA-AC-CT
gi|6                          :      tttacTCTA-ACGA--TTT----C-----CATTCTCTCAC-C---GTAAT-CTCTG-TAACGGAT-TT--TT-GAG-A-CCAA-GACTT---A---G-T-C-----TTCATA-C-G---TA--TT-CA--TACTG-T-C-C--G-GATAGA-TATTGGAC----G-GAA----ATT-C--AGAAG--T--CCTGT-CCG-TTATAATAT---AT--T--TTTAATGA-TGC--TTCTA-TAG-TT---T-GG-------TTTGCTTA-AT-T-AT-C-CCGGA-GTCT-G-TAT-TATG-ACTGAAACATGCTATG--AA-T-AA-T--------A-T-CGAAGAAACCCAGGG--AGTT-G----TA-AA-AATCATT---T-TACGTTGGTCACG-TAGA---TGA-C--AT-A-GAGCGTC-A-T-GT---C------T------------------A-----------------A---------------T---------G-------------G-C-C-GCGATA-T--A-----TCTACC-G-CGGGCACAAAATGAGAC----CA-CGGAG---------T-GGT--G-----------A--TC-A----T-CC-TT-C----------GT-T-AA-TTATTT-CTTGG--CC----CTTTTCTT--C---TAAAG-GG--ATATGTCA-C-TT-GAGT-GGT-C-CG--ATGGT-GC--A---T-AAGT-TT-G-CG--AACA----------------AG---A-TATTC-T-CGAA--T-GT-GCT-C-ATTCAACT-G--C-A--G-GAAA-GAAAT--T---CT-TAA--TGG-----CTGT---AATATCTTC--AGCC-TA-AC-G-AAATAA-A-------TTAAA-T--ATG-GCA-AT-T--T-AGTTAATTTG--GGGAG-GT-CTTGAGGGGTCCAACG--TAGGAG-A-ATGGAG-------G-GGT-AGG-TT--CT--A-CTTAGTAA-G-T-T-TTCGCG-G-A-------AA--CAA-AT--G-CGA-TGA-T-T-CT-TT---GCA-GGTTC-AGG---AA-------T-AA-CGATTT-CAAATCACAAATTTGGTC-CGGAA-GTT----GATAAG-TCCTT-TG-AA-ATTA-T--AACAACT-CC-ACCTAT-GA-AC-CTG---TCCG-G----T-T--AG-T---------AGGCTTTTTGGCTTCAC--A-GTTT--TGAT--ATC--AT-C-TTAGAATGAACGGAAC--TCATT-T----AAA-A---AAT------------AACCACATTTA---TTTCCTGA-T-TC-------GAAAA-TA-----C-GC-A-ATGGGTT-A
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gi|1                          :   tgttttactctT-ACGA--TTTTCTTC-----T---------C-C---GTAAT-T---G-TAACGGAT-TT--TT-GAG-A-CCCA-AA--CTGAA--CG-T-C-----TT------------T--TT-CA--T---G-TTC-C--C-GA-AAA-TAAAT--C----G-GAATATTAT--C--AGAAG--TTGC-TGT-CCG-TT----TTTCTAAT--TATTT----AA-TGC--TT--A-TAAATT---T-GG-------T--GTT---AT-T-AT---C--GT-CG-T-G-TAT-T--G-AC--------CCT-TG--AA-T-AA-T-TCCATTCG-CAT--AGA----CAG----AGTT-G----TA-AA-A--CATTCT-T-C----------CG-TTGA---T-G-C--TG-A-G---GTCTA-T-GT---CA----ATTGAATATGGATTTTAAAAA-----------------A---------------T---------G-------------G-C-C-G----ATA--A-----CCTGCCAG-CG------AAA-GAATG----CA-CG------------T-A-TT-G-----------A--TA-A----T-TCTTT-C----------GGGT-AA-TT--TT-CTT-G--CCGCTTCTT-------C---AAAAG-GA--A---G-CA-T-TT-G--T-G-T-C-A---TT--T-GCTTAGT-T-A--TGTT-G-C---AACA------C---------AGTGTATT-TTC-T-C--A--T-GT-GCT-C-AT-----T-GC-C-A--GTG-AT-AAAAT--CAAAAT-T-AT-TGG-----CTGTATAAA-A----C--ACGCTT--AT-C-GAAT---ATATAATTTTACA-C----A-GCATAT-G--G-AGTCC--TTT--G---G-GG-CTT-----------CGT-AAGGAG-AGAT--AG-------G-AGT-AATGTG--CA--A-C------G-ATT-T-TT--CG-GCG-------AA--C-A-AT--G-CGA-TGAGT-T-CT-TTG--GCA-G--TT-AAGCGTAA-------T-AACCGAT-T-CA-----------C-G-G-C-GAA-G-T----GA-AAGTT-CTG-TG-AA-ATTA-T--AA------CC-AC--ATCGA-AC-CTGGTTT-CG-G----T-TTAAG-TCAAAA--C-A-GCT----------AC--A-G--T--TGAT--T-CCAA--C-T----CTG--C-CAAC--T--TA-A----AAA-A---AAAAAAAAAAACAACA---------G---TTT-CTGAGT-TC-------GAAAA-TA-G---CTGCGA-A---GTT-ATAA--A-C-AGGTTAT-TAAAT--T-TTAATGTTGG-T------------T-ATTGTA--T-TTC--A--GGAA-CTT-TTGTCCC-AA-AGC-AAG-AGAA--TGACC------A-GTTGATC-A---TA-TT---TT--C---ATT-AA---ATTC-A----A-GT---T-TT-GAA--TAA--A----GTT--TCTACGACAAT-ATAAATTT-T--G-C-TCTTTTT----GAA-T--AT--A---A-TGTA---AA-AACAGA-----------------CTCG--T-------AAAA--GAAA------TT--C-TTAAA-C-T---G-ACA---AGA-----TT-C----AATCTC------A----------------CT----G---ACA--AA----T-C-T------GGAGTTGTC-A--CAA------AAT----A-CGGAGATG-AC-A-T-AAA-T--AGGGGT----ATAACA
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gi|9                          :                                                                             attAA-A-CCAA-AA--T---A---G-T-C-----TT---A-C-G---TT--TT-CA--T---G-T-C-C--C-GA-AAAATA-----T----G-GAA----AT--C--GGAAG--T--C-TGT-CCG-TG----CAT---AT--T--T-----AA-TGC--TT--A-TAG-TT---T-GG-------T--GTT---AT---AT-C-C--AC----T-G-TAT-T--G-AC--------GCT-TGGAAA-A-AA-TCT------G-A----AGAA--CC--GG--AGTT-G----CCTAA-A--CATT---T-C----------CG-T--A---T-A-C--AT-A-G---GTC-A-TTGT---CATAA-AT------------------G-----------------AGTT------------T---------AAAAAAAAAAAAATG-C-C-G----A-A--------CC--CC-G-CG------AAA-GAAGT----CA-CGA-----------T-G-T--G-----------A-----A----T-C-----------------G----------TT-CTTGG--CC----CTT-------CTT-CAAAG-AA--A---G-CA-C--T-G--T-T-T-C-C---AT--T-GC--AGT-T-A--T-TT---C---AACA------T---------AG---A-T-TTC-T-C--A--T-GT-GCT-C-AT-----T-T--C-A--G-GAAA-GATAT--C---AT-T-A--TGGGGAACCTTTTG-AA-A----C--ACGC-T--AC-G--AAT---A-------TTACA-C--A-A-GCA-AT-G-GG-AGTCC--TTG--G---G-GT-ATT-----------CGT-AAGG-T-A-AT--AG-------A-AG--A---TT--C---A-C------G-G-T-T-TT--CA-G-GGGAAAAAAA--C-A-AT--T-CGA-TGA---T-CT-TT---GCA-C--TT-AGA---A----------AA-CGA--T-CA-----------CGG-G-CGGAA-G------GA-AAG-T-CTG-TGAAA-ATTA-T--AAC-----CC-AC--AT-GA-AC-CTG---T-CGCG----T-T--AG-T----A--C-AGGCT----------AC--T-G--T--TG-T--A-C--A--C-T----GTG--C-CAAC--T--TTGT----AAATA---AAAACC---------A---------G---TTTCCTGA-TCTC-------G-AAA-TA-----C-GC-A-A---GTT-AT-A--A-C-A-GTTAT-T--AT--T-TTAATG--------------TTCGT-ATT-TA--T-TTC--A--G--A-----------C-AA-AGCGAAG-A-AA--TG--C------A-GT--TGT-A----A-TT---TT--C---ATG-TA---A-TC-A----A-GT---T-TT-G-AGTTAA--AGCTTG-T--CCTAC----ATAA-----TT-T--G-C-TC--TTT----GAA-T--AT--A---A--GTA---AA-AAC--A-----------------CT-GCTT-------ATAA--G-AA------AT--C--T--A-C-----G-ACA---ACA-----TGCCC--CAATCTC------AT---------------CT----G---ACA--AA----T-C-T------G-----ATC-A--C-A------AAT----A-CGG-----------A-AAA-T--A-GGGT----A-AACAGGTC
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              -G----TA-GA-A--CGTT---T-C----------AG-G-GACTGT-A-TCAAT-G-A---GAC-A-T------TA----AA------------------A-----------------A---------------T---------G-------------G-C-T-G----A-A--A-----CC--CC-T-CG------AAA-GAAGG----CA-TGA-----------G-A-C--G-----------A--TC-A----
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gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             GGCT----------AC--A-G--T--TGAT--A-C--A--C-T----GTG--C-CAAC--T--CT-C----AAA-A---AG-------------GT--------G---TTTCCTGA-T-TC-------GAAAA-TA-G---C-GC-A-AAC-GTT-AT-G--A---A-GTT---T--ATTAT-TTAATG--------------TTCGT-ATT-TA--T-TTC--A--G--A-C---TTG---C-AA-AGC-AAG-A-AA--TG---------A-GT--GTT-A---CA-TT---TT--C---ATagct
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             --A-C-A-GTTTT-----T--T-TTAATGTTCG-T--ATTT-C-----------A--T-TTC--A--G--AGC-T-TTG---C-AA-AGC-AAG-A-AGAGTG--CGCGGGCA-GT--GTT-AGGTTG-TTCAATT--T---ATT-GA---A-TCGA----A-GTATTT-CTCG-A--TAA--A----G-T--TCTAC----AT-A-----TT-T--GCC-TC--TTT----GAA-T--AT--A---A-TGTA---AA-AAC--AGGGCAGGGAGTTTCAGCCT-G--TGAGAAGAAGAA--GAAA------AT--C-TTTGA-CTG---C-ACA---A-AAATCGTC-TC--AAATCTCT-----A----------------CTCCGAA---ACG--AACACTC-C-T------G-----AAT-A--C-ACAGAAGAATTATCA-CGGAGA-G-AC-A-ACAAATT--AGGGGT----G-AACAaatgtaaacactgtaaagaaaatcttacggacaaatccaattctcactgacaatctgatcaaaatactgagagacaaaaataggggtaaacaggtct
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   a-GTTATTT--AT--T-TTAATGTTCG-G--ATTT-------------A--T-TTC--A--G--A-C-T-TTG---C-AA-AGC-AA----AA--TG--CC-----A-GT--GTT-A---TA-TT---TT--C---ATT-AA-----TC-A----A-GT---T--T-A-T--TAA--A----G-T--TCTAC----AT-A-----TT-T--G-C-TC---TT----GAA-T--AT--A---A-TGT-----A-AAC--A-----------------CT-G--T-------AAAA--GAAA------ATCCC-TT--A-C-G---C-ACA---A-A-----TG-CC--AAATCTC------A----------------CT----G---ACA--AA----T---T------G-----ATC-A--C-A------AAT----A-CGGAGA-G-AC-A-A-AAA-T--AGGGGT------AACAGcagcg
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gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -TTTCAT-ATT-TA--TGTTC--A--G--A-C-T-TTG---C-AA-A-C-A-G-A-AA--TG--C------A-GT--GTT-A---CATTT---TT--C---ATT-AA---
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tatcttacaagtataatgccataTTCAT-ATT-TA--T-TTC--A--G--A-C-TATTG---C-AA-AGC-AAG-A-AAT-TG--CT-----A-GT--GTT-A----A-TT---TT--C---ATT-AA---G-TA-A----A-tgtaaaaaaacactgtaaaagaaaatcgttacggacaaatgccaaatctcacacaaatctgatcacaaatactgagagacaaaaataggtaaacaggtctg
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ta-A---TA-TTAGGTT--CGCAATT-AA---A-TG-A----A-AT-----AT-G----TAA--A----A-C--TGAAC----AT-A-----AT----G-T-TT--CTT----GAACT--A---A---A-TG--------AA----------------------T-G--T-------GAGA--TAAT------AT--T-TT--A-C-GTGTG-ACA---T-A-----T--CTTTACGTTTC------AGGAACTTTTGTGGTTGCT----G---NCA--AA----T-C-T------G-----ATC-A--C-A------AAT----A-CGGAGA-G-AC-A-A-AAC-T--AGGGGT----A-AACAGGTCTcaacagcgtaaaagaaaattacggaaaatgccaaatctactgacaaatctgatcacaaatacgaggagccaaaataggggtaaacaggtct
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gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tattcatatttatttcagactattgcaaagcaagaaattgctagtgttaattttcat--AA----T-C-T------GG----ATC-A--C-A------AAT----A-CAGAGA-G-AC-AAA-AAA-T--AGGGG-------AACAGGTCT
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2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|35 ): TGAAAACCAGATCCTGCCATTTAATACTCCTGTATCTTACAATGTATAA
Unaligned ( gi|37 ): ACTACCCGAAGAATTTAGAACGTTGGTAAAATGGGT






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Reference ( family-4539 )     :                          TCTT-ACGA--TTT----C-----T---------C-C---GTANT-TT--G-TA-CGGAT-TT--T--GAG-A-CCA-AAA---T---A--C-GT-C-TT---A-C-G---TT--TT-CA--T---G-T-C-C--C-GA-AAA-TA-----C----G-GAA----AT--C--GGAAG--T--C-TGT-CCG-TT----CAT---AT--T--TT----AA-TGC--TT--A-TAG-TT---T-GG-------T--GTT---AT-T-AT-C-C--G-CGT-T--GTAT-T-TG-AC--------GCT-TG--AA-T-AA------T--C--G-C-TAGAA--CCAGGG--AGTT-G----TA-AA-A--CAT--T---T-C----------CG-T-GAT-A-CAT-A-G---GTC-A-T-GT---CA----A-TGA-----A-----A--T-----T-----------T------G-------------G-C-C-G----A-A-----ACC--CC-G-CG------AAAG---AAGG----C-A--CGA--T-A-T--G-----------A--TC-------------A----T-C-TT-C----------GGT-AA-TT--TT-C-TT--G--GC-C-----CTT-------C--N---AAAGGAA---G----CA-C-TT--G-T-GT-C-C---AT--T-GC--AG--T-A--T-TTG-C---A------ACG------TA--G---A-T-TTC-T-C--A--T-GT-GCT-C-A------T-G--C-A--G-G-AA-GAAAT--C---AT-T-A--TGG-----CTGT---AA-A----C--ACGC-T--A-C-G-AA-AT---A-----TTACA-C--A-A-GCA-AT------------G-GG-AGTCCTT--G--GG-GT-CT-T---CGTAAGGAG-A-AT--A-G-------G-AG-T-A---TT--C---A-C------G-A-T-T-TT--CG-G-G-------AA--C-A-AT--G-CGA-TGA-T-T-CT-TT---GCA-G--TT-AGG---AA-------T-AA-CG-------A-T-CA-C-G-----GG--CGGAA-G-T----GA-AAG-T-CTG-TG-AA-ATTAT--AAC-----CC-AC--AT-GA-AC-CTG---T-CG-G----T-T--AG-T----A--C-AGGCT----------AC--A-G--T--TGAT--A-C--A--C-T----GTG-CC-AAC--------TT-T---NAAA-A--A-A-------------A--------G---TTTCCTGA-T-TC-------GAAAA-TA-G---C-GC-A-A---GTT-AT-G--A-C-A-GTTATT--T-AT-T-TTAAT--GTTCG-TATTT-TTTC-GT-ATT-TA--T-TTC--A--G--A-C-T-TTG---C-AA-AGC-AAG-A-AA--TG--C------A-GT--GTT-A---TA-TT---TT--CATT-AA---A-TC-A----A-GT---TN-T-G-A--TAA--A----G-T--TCTAC----AT-A-----TT-T--G-C-TC--TTT----GAA-T--AT--A---A-TGTA---AA-AAC--A-----------------CT-G--T-------AAAA--GAAA------AT--C-TT--A-C-GG-ACA---A-A-----TG-CCAAATCTC------A-CT----G---ACA--AA----T-C----T------G-----A-T-CAC-A----AAT----A-CGGAGA-G-AC-AA-AAA-T--AGGGGT----A-AACAGGTCT
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gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ataagagtattcacgattttcgggaacaatgcgatgattctttgcagttaggaataatgatcacgggctgaagtgaaagtctgtgaaatgaacctgtcggttattacaggctacagttggtacactgtgccaaattaaaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaattcTAAT--GTTCG-TATTA-TTTC-AT-ATT-TA--T-TTC--A--GAAA-C-T-TTG---C-AA-AGC-CAGAA-AA--TG--C------A-GT--GTT-A---TA------TT--CATT-AA---A-TT-C----A-AT---TT-T-GAA--TAA--A----G-T--TCTAC----AT-A-----TT-A--GCC-TC--TTT----GAA-T--AT--A---A-TGT----TA-AAC--A-----------------CT-GT-T-------AAAATTAACA------AT--C-TT--ACC-AG-ACA---A-A-----TG-CCAAA-CTC------A-C-----G---ACA--AA----T-C----TG-----G-----A-T-CAC-A----AAT----A-CAGAGA-G-ACAAA-AAA-T--AGGGG-------AACAGGTCT
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    -GTTATT--T-AT-T-TTAAT--GTTCG------------G--ATT-TA--T-TTC--A--G--A-C-T-TTG---C-AA-AGC-A---A-AA--TGC-C------A-GT--GTT-A---TA-TT---TT--CATT--A---A-TC-A----A-GT---T--T-A-T--TAA--A----G-T--TCTAC----AT-A-----TT-T--G-C-TC---TT----GAA-T--AT--A---A-TGT-----A-AAC--A-----------------CT-G--T-------AAAA--GAAA------ATCCC-TT--A-C-GC-ACA---A-A-----TG-CCAAATCTC------A-CT----G---ACA--AA----T------T------G-----A-T-CAC-A----AAT----A-CGGAGA-G-AC-AA-AAA-T--AGGGGT------AACAG
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TAAT--GC-CA-TATTT----C-AT-ATT-TA--TGTTC--A--G--A-C-T-TTG---C-AA-A-C-A-G-A-AA--TG--C------A-GT--GTT-A---CATTT---TT--CATT-AA---t
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tatcttacaagta--A----G-T--GTTAC----AT-------TT-T------TC--ATT-----AA-T--GT--A---A----A---AA-AAC--A-----------------CT-G--T-------AAAA--GAAA------AT--CGTT--A-C-GG-ACA---A-A-----TG-CCAAATCTC------A-C---------ACA--AA----T-C----T------G-----A-T-CAC-A----AAT----A-CTGAGA-G-AC-AA-AAA-T--A--GGT----A-AACAGGTCTtgtaaaaaaacactgtaaaagaaaatcgttacggacaaatgccaaatctcacacaaatctgatcacaaatactgagagacaaaaataggtaaacaggtctg
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tatcttacaagtataatgccatatttcatatttatgttcagactttgcaaacagaaatgc-CT----G---NCA--AA----T-C----T------G-----A-T-CAC-A----AAT----A-CGGAGA-G-AC-AA-AAC-T--AGGGGT----A-AACAGGTCTg
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gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         taT--A---A--GTA---AACAAC--A-----------------GC-G--T-------AAAA--GAAA------AT-----T--A-C-GG-A-A---A-A-----TG-CCAAATCT-------A-CT----G---ACA--AA----T-C----T------G-----A-T-CAC-A----AAT----A-CGAGGA-G--C-CA-AAA-T--AGGGGT----A-AACAGGTCTcaacagcgtaaaagaaaattacggaaaatgccaaatctactgacaaatctgatcacaaatacgaggagccaaaataggggtaaacaggtct
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gi|4                          :                 cttattgctTCTT-ATAACGTTT----C-----T---------C-C---GTAATATT--G-T--CGGAT-TT--TTGGAG---CCA-AAA---T---A--C-GT-C-TT---A-C-G---TT--TT-GAGAT---G-T-C-C--G-AG-AAA-T------C----G-GAAGT--AT--T--CGTAG--TA-C-TG---CG-TT----------AT--T--TT----GA-TGC--TT--ACTAG-TT---T-GG-------T--GTT---AT-TTAT-C-C--G-C-T-T--GTAT-T--G-AC--------GCT-TG--AA-T-AA------T--C--G-C-AAGAA--CCAGGG--AGTT-G----TA-AA----CAT--T---T-C----------CG-T-GAT-A-CATGA-G---GTC-A-T-GT---CA----A-TGA-----A-----A--T-----TGATTTTAAAAAT------G-------------G-C-C-G----A-A-----ACC--CT---CG------AAAG---AAGG----C-A--CGA--T-G-TTGA-----------A--TC-------------A----T-C-TC-G----------GGT-AA-TT--TTTC-TT--G--GC-C-----CTT-------C--TTCAAAAGGAA---G----CA-C-TT--G---GT-C-C---AT----GC--AA--T-A--T-T-G-C---A------ACG------TA--G---A-T-TCT-C-C--A--T-GT-GCT-C-A------T-G--C-A--G-G-AA-GAAAT--C---AT-T-A--TGG-----CTGT---AA-A----C---CGC-T--A-C-GGAA-AT---A-----TTACA-C--A-A-GCA-AT------------G-GG-AGTCTT-------G-GT-CT-T---CGTAAGGAG-A-AT--A-G-------G--G-T-A---TT--C---A-C------G-A-C-T-TT--CG-G-G-------AAA-C-A-AT--G-CGA-TGA-T-T-CT-TTT--GCA-G--TT-AGG---AA-------T-AA-CG-------A-T-CA-C-G-----GG--CGGAA-G-T----GA-AAG-T-CTG-TG-AA-ATTAT--AA------CC-AC--AT-GAGAA-CTGT--T-CG-GA---TGT--AA-G----A--C--GGCT----------AC--A-G--T--TGAT--A-C--ACGC-TG---GTG-CCAAAC--------TT-TAAAAAAA-A--A-A-------------A--------G---TTTCCTGA-TCTT----------AA-TA-GT--C-GC-A-A---GTT-AT-AACA-C-A-GTTATT--T-AT-TGTTAAT--GTTCG-TA----------T-AAT-TA--T-TTC--A--G--A-CTT-TTG---C-AA-AGC-AAG-A-AA--TG--C------C-GT--GTT-A---TG-TT---TT--CA---AA---A-----------------------A--TCA--A----G-T--TCTAC----AT-A-----TT-TTCG-C-TC--TTT----GAA-T--ATTAA---A-TG-----AA-AAC--A-----------------CT-G--T-------AAAA--G-AA------AT--C-TT--A-C-GG-ACA---ATAT----TG-CCAAATTTC------A-CT----G---ACA--AA----T-C----T------GAT---A-T-CAC------AAT----A-CGGAGA-G-AA-AA-AAA-T--AGGGGT----A-AACAGGTCga
gi|5                          :                   tgtttacTCTT-ACGA--TTT----C-----T---------C-C---GTAAT-TT--G-TA-CGTAT-TT--T--GAG-A-CCA-AAA---T---A--C-GA-C-TT---A-C-G---TT--TT-CA--T---G-T-C-C--C-GA-AAA-TA-----C----G-GAA----AT--C--GGAAG--T--C-TGT-CCG-TT----CAT---AT--T--TT----AA-TGC--TT--A-TAG-TT---T-GG-------T--GTT---AT-T-AT-T-C--G-TGT-T--GTAT-T-TG-AC--------GCT-TG--AA-T-AA------T--T--G-T-TAGAA--CCAGGG--AGTT-G----TA-AA-A--CAT--T---T-C----------CG-T-GAT-A-CAT-A-G---GTC-A-T-GT---CA----A-TGA--------------------------------T------G-------------G-C-C-G----A-A-----ACC--CC-G-CG------AAAG---AAAG----C-A--CGA--T-A-T--G-----------A--TC-------------A----T-C-TT-C----------AGT-AA-TT--TT-C-TT--T--GC-C-----CTT-------C--A---AAAAGAA---G----CA-C-TT--G-T-GT-C-C---AT--T-GC--AG--T-A--T-TTG-C---A------ACA------TA--G---A-T-TTC-T-C--A--T-GT-GCT-C-A------T-G--C-A--G-G-AA-GAAAT--C---AT-T-A--TGG-----CTGT---AA-A----C--ACAC-T--A-T-G-AA-AT---A-----TTACA-C--A-A-GCA-AT------------G-AG-AGTCATT--G--GG-GT-CT-T---CGTTAGGAG-A-AT--A-G-------G-AG-T-A---TT--C---A-C------G-A-T-T-TT--CG-G-G-------AA--C-A-GT--G-CGA-TGA-T-T-CT-TT---GCA-G--TT-AGG---AA-------T-AA-CG-------A-T-CA-T-G-----GG--CGGAA-G-T----GA-AAG-T-CTG-TG-AA-ATTAA--AAC-----CC-AC--AT-GA-AC-CTG---T-CG-G----T-T--AG-T----A--C-AGGCT----------AC--A-G--T--TGAT--A-C--A--C-T----GTG-CC-AAC--------TT-T---TAAA-A--A-A-------------A--------G---TTTCCTGA-T-TC-------GAAAA-TA-G---C-GC-A-A---GTT-AT-G--A-C-A-GTTATC--T-AT-T-TTAAT--ATTTG-TATTT-TTTC-AT-ATT-TA--T-TTC--A--G--A-C-T-TTG---C-AA-AGC-AAG-A-AA--TG--C------A-GT--GTT-A---TA-TT---TT--CATT-AA---A-TC-A----A-GT---TG-T-G-A--TAA--A----G-T--TCTAC----AT-A-----TT-T--G-C-TC--CTT----GAA-T--AT--A---A-TGTA---AA-AAC--A-----------------CT-G--T-------AAAA--GAAA------AT--C-TT--A-C-GG-ACA---A-A-----TG-CCAAATCTC------A-CT----G---ACA--AA----T-C----T------G-----A-T-TAC-A----AAT----A-CGGAGA-G-AC-AA-AAA-T--AGGGGT----A-AACAGGTCT
gi|6                          :                          TCTA-ACGA--TTT----C-----CATTCTCTCAC-C---GTAAT-CTCTG-TAACGGAT-TT--TT-GAG-A-CCA-AGACT-T---A----GT-C-TTCATA-C-G---TA--TT-CA--TACTG-T-C-C--G-GATAGA-TATTGGAC----G-GAA----ATT-C--AGAAG--T--CCTGT-CCG-TTATAATAT---AT--T--TTTAATGA-TGC--TTCTA-TAG-TT---T-GG-------TTTGCTTA-AT-T-AT-C-CCGG-AGTCT--GTAT-TATG-ACTGAAACATGCTATG--AA-T-AA------TATC--G-A--AGAAACCCAGGG--AGTT-G----TA-AA-AATCAT--T---T-TACGTTGGTCACG-TAGATGA-CAT-A-GAGCGTC-A-T-GT---C-------TAA--------------------------------T------G-------------G-C-C-GCGATA-T-----ATCTACC-G-CGGGCACAAAAT---GAGA----CCA--CGGAGT-GGT--G-----------A--TC-------------A----T-CCTT-C----------GTT-AA-TTATTT-C-TT--G--GC-CCTTTTCTT-------C--T---AAAGGGATATGT---CA-C-TTGAG-TGGT-C-CG--ATGGT-GC--A---T-AAGT-TTG-CG--A------ACA-------A--G---A-TATTC-T-CGAA--T-GT-GCT-C-ATTCAACT-G--C-A--G-GAAA-GAAAT--T---CT-TAA--TGG-----CTGT---AATATCTTC--AGCC-TA-A-C-G-AA-ATAA-A-----TTAAA-T--ATG-GCA-ATTTAGTTAATTTGG-GG-AGGTCTTGAG--GG-GT-CCAA---CGT-AGGAG-A-ATGGA-G-------G-GG-T-AGG-TT--CT--A-CTTAGTAA-G-T-T-TTCGCG-G-A-------AA--CAA-AT--G-CGA-TGA-T-T-CT-TT---GCA-GGTTC-AGG---AA-------T-AA-CGATTTCAAA-T-CA-C-AAATTTGGTCCGGAA-GTT----GATAAG-TCCTT-TG-AA-ATTAT--AACAACT-CC-ACCTAT-GA-AC-CTG---TCCG-G----T-T--AG-T---------AGGCTTTTTGGCTTCAC--A-GTTT--TGAT--ATC--AT-C-TTAGAATG----AACGGAACTCATT-T---AAAA-A--ATA-------------ACCACATTTA---TTTCCTGA-T-TC-------GAAAA-TA-----C-GC-A-ATGGGTT-A
gi|7                          :                ttaacgtgtcTCTT-ACGA--TTT----T-----T---------C-C---GTATT-TT--G-TA-CGGAT-TTATT--G-G-A-GCA-AAA---T---A--C-GT-C-TT---A-CTG---TT--TT-CA--T---G-T-C-C--C-GA-AAA-TA-----C----G--AA----AT--C--GGAAG--T--C-TGC-CCG-TT----CAT---AT--T--TTTT--AA-T-C--TT--A-TA--TT---T-GG-------T--GTTTTAAT-T-AT-C-C--G-CGT-T--GTATGT-TG-AT--------GCT-TG--AA-T-AA------T--C--G-C-TAATA--CCTAGG--AGTT-G----TA-AA-A--CAT--T---T-C----------CA-T-GAT-A-CAT-A-T---GGC-A-T-GT---CA----A-TGA-----AATTATA--T-----T-----------T------GAAAAT--------G-CGC-G----A-A-----ACC--CG-G-CA------AAAA---AGGG----C-AT-CGA----A-T--G-----------A--TC-------------A----T-C-TC-C----------GGT-AATTT--TT-C-TT--G--GC-C-----CTT-------CTTC---AAAGGAA---G----CA-C-TT--G-T-GT-C-CATAAT--T-GC--AG--T-A--T-TTG-C---A------AGG------TA--G---A-T-TTCTT-C--A--T-G--GCT-C-A------T-G--CGA--T-G-AATGAATT--T---AT-T----T-G-----TTGT---AA-A----C--ATGC-T--A-C-GAAA-AT---A-----TTACA-C--A-A-GCA-AT--------------GG-AGTCCTT--G--GG-GT-CT-T---CATAAGGAG-A-AT--A-G-------G-AG-T-A---TT--C---A-C------G-A-T-T-TC-----G-G-------AA--C-A-AT--G-CGA-TGA-T-T-CT-TT---GCA-G---T-AGG---AA-------T-AA-CG-------A-T-CA-C-G-----GG--C-AAA-G-T----GA-AAGTT-CTG-TG-AA-ATTAT--AAC-----CC-AC--AT-A----------------------------------A--C-AGGCT----------AT--G-G--T--TGAT--G-C--A--C-T----GTC-CC-AAC--------TT-T---AAAA-A--A-A-------------A--------G---TTTCCTGA---TC-------GAAAA-TA-G---C-GC-A-A---GTT-AA-A--A-C-A-GTTATT--T-AT-T-TTAAT--G------------TTC-GT-ATT-TA--T-TTC--A--G--A-C-T-TTG---C-AA-AGC-AAG---AA--TG--C--------GT--GTT-A---TA-TT---T---------------TC-A----A-GT---TT-T-G-AC-TAA--A----G-T--TCTAC----AT-A-----TT-T--G-C-TC--TTT----GAA-T--AT--A---A-TGT----AA-AAC--A-----------------CT-G--T--------AAA--GAAA------AT--C-TT--A---GG-ACA---A-A-----TG-CCAAATCTC------A-CT----G---ACA--AA----T-C----T------G-----A-T-CAC-A----AAT----A-CGGAGA-G-AC-AA-AAA-T--AGGGGT----A-AACAGGTC
gi|8                          :                    tgtttcTCTT-ACGA--TTT----C-----T---------C-C---GTATT-TT--G-TA-CGA---TT--T--GAG-A-CCA-AAA---T---A--C-GT-C-TT---A-C-G---TT--TT-CA--T---G-T-C-C--C-GA-AAA-TA-----C----G-GAA----AT--C--GGAAG--T--C-TGT-CCG-TT----CAT---AT--T--T-----AA-TGC--TT--A-TAG-TT---T-GG-------T--GTT---AT-T-AT-C----G--GT-T--GTAT-T--G-AC--------GCT-TG--AA-T-AA------T-----G----AGAA--CCAGGG--AGTT-G----TA-AA-A--CAT--T---T-C----------CG-T-GAT-A-CAT-A-G---GTC-A-T-GT---CA----A-TGA-----A-----A--T------------------------G-------------G-C-C-G----A-A-----ACC--CC-G-CG------AAGA---AAGG----C-A--CGA--T-A-T--G-----------A--TC-------------A----T-C-TT-C----------G-T-AA-TT--TT-C-TT--G---C-C-----CTT-------C--TTA-AAAGGAA---G----CA-C-TT--G-T-GT-C-C---AT--T-GC--AG--T-A--T-TTG-C---A------AC-------TA--G---A-T-TCT-T-C--A--T-GT-GCT-C-A------T-G--C-A--G-G-AA-GAAAT--C---AT-T-A--TGG-----CTGT---AA-A----C--ACGC-T--A-C-G-AA-AT---A-----TTACA-C--A-A-GCA-AT------------G-G--AGTCTTT--G--GG-GT-CT-T---CGTA-GGAG-A-AT--A-G-------G-AG-T-A---TT--C---A-C------G-A-T-T-TT--CG-G-G-------AA--C-A--T--G-CGA-TGA-T-T-CT-TT---GCA-G--TT-AGG---AA-------T-AA-CG-------A-T-CA---G-----GG--CGGAA-G-T----GA-AAG-T-CTG-TG-AA-ATTA---AAC-----CC-AC--AT-GA-AC-CTG---T-CG-G----T-T--AG-T----A--C-AGGCT----------AC--A-G--T--TGAT--A-C--A--C-T----GTG-CC-AAC--------TT-T----AAA-A--A-A-------------A--------G---TTTCCTGA-T-TC-------GAAAA-TA-G---C-GC-A-A---GTT-AT-G--A-C-A-GTTATTATT-AT-T-T--AT---TTTG-TATTT-TT-C-AT-ATT-TA--T-TTC--A--G--A-C-T-TTG---C-AA-AGC-AAG-A-AA--TG--C------A-GT--GTT-A---TA-TT---TT--CATT-AA---A-TC-A----A-GT---TTGT-G-A--TAA--A----G-T--TCTAC----AT-A-----TT-T--G-C-CT--CTT----GAA-T--AT--A---A-TGTA---AA-AAC--A-----------------CT-G--T-------AAAA--GAAA------AT--C-TT--A-C-GG-ACA---A-A-----TG-CCAAATCTC------A-CT----G---ACA--AA----T-C----T------G-----A-T--AC-A----AAT----A-CGGAGA-G-AC-AA-AAA-T--AGGGGT----A-AACAGG
gi|9                          :                                                                                               AA-A-CCA-AAA---T---A----GT-C-TT---A-C-G---TT--TT-CA--T---G-T-C-C--C-GA-AAAATA-----T----G-GAA----AT--C--GGAAG--T--C-TGT-CCG-TG----CAT---AT--T--T-----AA-TGC--TT--A-TAG-TT---T-GG-------T--GTT---AT---AT-C-C--A-C---T--GTAT-T--G-AC--------GCT-TGGAAA-A-AA------T--C--T-G-AAGAA--CC--GG--AGTT-G----CCTAA-A--CAT--T---T-C----------CG-T--AT-A-CAT-A-G---GTC-A-TTGT---CATAA-A-TGA-----G--------T-----T-----------T------AAAAAAAAAAAAATG-C-C-G----A-A------CC--CC-G-CG------AAAG---AAGT----C-A--CGA--T-G-T--G-----------A-----------------A---------T-C----------G----------TT-C-TT--G--GC-C-----CTT-------CTTC---AAAGAAA---G----CA-C--T--G-T-TT-C-C---AT--T-GC--AGT-T-A--T-TT--C---A------ACA------TA--G---A-T-TTC-T-C--A--T-GT-GCT-C-AT-----T-T--C-A--G-GAAA-GATAT--C---AT-T-A--TGGGGAACCTTTTG-AA-A----C--ACGC-T--A-C-G--A-AT---A-----TTACA-C--A-A-GCA-AT------------G-GG-AGTCCTT--G--GG-GT-AT-T---CGTAAGG-T-A-AT--A-G-------A-AG---A---TT--C---A-C------G-G-T-T-TT--CA-G-GGGAAAAAAA--C-A-AT--T-CGA-TGA---T-CT-TT---GCA-C--TT-AGA---A----------AA-CG-------A-T-CA-C-G-----GG--CGGAA-G------GA-AAG-T-CTG-TGAAA-ATTAT--AAC-----CC-AC--AT-GA-AC-CTG---T-CGCG----T-T--AG-T----A--C-AGGCT----------AC--T-G--T--TG-T--A-C--A--C-T----GTG-CC-AAC--------TT-TG--TAAATA--A-AAACC---------A--------G---TTTCCTGA-TCTC-------G-AAA-TA-----C-GC-A-A---GTT-AT-A--A-C-A-GTTA-T--T-AT-T-TTAAT--G------------TTC-GT-ATT-TA--T-TTC--A--G--A-----------C-AA-AGCGAAG-A-AA--TG--C------A-GT--TGT-A----A-TT---TT--CATG-TA---A-TC-A----A-GT---TT-T-G-AGTTAA--AGCTTG-T--CCTAC----ATAA-----TT-T--G-C-TC--TTT----GAA-T--AT--A---A--GTA---AA-AAC--A-----------------CT-GCTT-------ATAA--G-AA------AT--C--T--A-C--G-ACA---ACA-----TGCCCCAATCTC------ATCT----G---ACA--AA----T-C----T------G-----A-T-CAC-A----AAT----A-CGG----------A-AAA-T--A-GGGT----A-AACAGGTC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|35 ): TGAAAACCAGATCCTGCCATTTAATACTCCTGTATCTTACAATGTATAA
Unaligned ( gi|37 ): ACTACCCGAAGAATTTAGAACGTTGGTAAAATGGGT






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Reference ( family-4539 )     :                          TCTT-ACGA--TTT----C--T---------C-C---GT-A--TT-TTG-TA-CGGAT-TT--T--GAG-A-CCA-AAA---T---A--C-GT-C-TT---A-C-G---TT--TT-CA--T---G-T-C-C--C-GA-AAA-TA-----C----G-GAA----AT--C--GGAAG--T--C-TGT-CCG-TT----CAT---AT--T--TT----AA-TGC--TT--A-TAG-TT---T-GG-------T--GTT---AT-T-AT-C-C--G-CGT-T--GTAT-T-TG-AC--------GCT-TG--AA-T-AA------T--C--G-C-TAGAA--CCAGGG--AGTT-G----TA-AA-A--CAT--T---T-C----------CG-T-GAT-A-CAT-A-G---GTC-A-T-GT---CA----A-TGA-----A-----A--T-----T-----------T------G-------------G-C-C-G----A-A-----ACC--CC-G-CG------AAAG---AAGG----C-A--CGA--T-A-T--G-----------A--TC-------------A----T-C-TT-C----------GGT-AA-TT--TT-C-TT--G--GC-C-----CTT-------C--N---AAAGGAA---G----CA-C-TT--G-T-GT-C-C---AT--T-GC--AG--T-A--T-TTG-C---A------ACG------TA--G---A-T-TTC-T-C--A--T-GT-GCT-C-A------T-G--C-A--G-G-AA-GAAAT--C---AT-T-A--TGG-----CTGT---AA-A----C--ACGC-T--A-C-G-AA-AT---A-----TTACA-C--A-A-GCA-AT------------G-GG-AGTCCTT--G--GG-GT-CT-T---CGTAAGGAG-A-AT--A-G-------G-AG-T-A---TT--C---A-C------G-A-T-T-TT--CG-G-G-------AA--C-A-AT--G-CGA-TGA-T-T-CT-TT---GCA-G--TT-AGG---AA-------T-AA-CG-------A-T-CA-C-G-----GG--CGGAA-G-T----GA-AAG-T-CTG-TG-AA-ATTAT--AAC-----CC-AC--AT-GA-AC-CTG---T-CG-G----T-T--AG-T----A--C-AGGCT----------AC--A-G--T--TGAT--A-C--A--C-T----GTG-CC-AAC--------TT--T---AAA-AA--A-A-------------A--------G---TTTCCTGA-T-TC-------GAAAA-TA-G---C-GC-A-A---GTT-AT-G--A-C-A-GTTATT--T-AT-T-TTAAT--GTTCG-TATTT-TTTC-GT-ATT-TA--T-TTC--A--G--A-C-T-TTG---C-AA-AGC-AAG-A-AA--TG--C------A-GT--GTT-A---TA-TT---TT--CATT-AA---A-TC-A----A-GT---TN-T-G-A--TAA--A----G-T--TCTAC----AT-A-----TT-T--G-C-TC--TTT----GAA-T--AT--A---A-TGTA---AA-AAC--A-----------------CT-G--T-------AAAA--GAAA------AT--C-TT--A-C-GG-ACA---A-A-----TG-CCAAATCTC------A-CT----G---ACA--AA----T-C----T------G-----A-T-CAC-A----AAT----A-CGGAGA-G-AC-AA-AAA-T--AGGGGT----A-AACAGGTCT
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gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ggctacagttgatacactgtgccaactctcaaaaaggtgtttcctgattcgaaaatagcgcaaacgttatgaagtttattatttaatgttcgtatttatttcagacttgcaaagcaagaaatgagtgttacattttc-AT--A-A-------G-AG-T-A---TT--C---A-C------G-A-T-T-TT--CG-G-G-------AA--C-A-AT--G-CGA-TGA-T-T-CT-TT---GCA-G--TT-AGG---AA-------T-AA-TG-------A-T-CA-C-G-----GG--CTGAA-G-T----GA-AAG-T-CTG-TG-AA-AT-----------------------GA-AC-CTG---T-CG-G----T-T--AT-T----A--C-AGGCT----------AC--A-G--T--TGGT--A-C--A--C-T----GTG-CC-AAA--------TT--A---AAA-AA--A-A-------------A--------
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gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ataagagtattcacgattttcgggaacaatgcgatgattctttgcagttaggaataatgatcacgggctgaagtgaaagtctgtgaaatgaacctgtcggttattacaggctacagttggtacactgtgccaaattaaaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaattcTAAT--GTTCG-TATTA-TTTC-AT-ATT-TA--T-TTC--A--GAAA-C-T-TTG---C-AA-AGC-CAGAA-AA--TG--C------A-GT--GTT-A---TA------TT--CATT-AA---A-TT-C----A-AT---TT-T-GAA--TAA--A----G-T--TCTAC----AT-A-----TT-A--GCC-TC--TTT----GAA-T--AT--A---A-TGT----TA-AAC--A-----------------CT-GT-T-------AAAATTAACA------AT--C-TT--ACC-AG-ACA---A-A-----TG-CCAAA-CTC------A-C-----G---ACA--AA----T-C----TG-----G-----A-T-CAC-A----AAT----A-CAGAGA-G-ACAAA-AAA-T--AGGGG-------AACAGGTCT
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   -GTTATT--T-AT-T-TTAAT--GTTCG------------G--ATT-TA--T-TTC--A--G--A-C-T-TTG---C-AA-AGC-A---A-AA--TGC-C------A-GT--GTT-A---TA-TT---TT--CATT--A---A-TC-A----A-GT---T--T-A-T--TAA--A----G-T--TCTAC----AT-A-----TT-T--G-C-TC---TT----GAA-T--AT--A---A-TGT-----A-AAC--A-----------------CT-G--T-------AAAA--GAAA------ATCCC-TT--A-C-GC-ACA---A-A-----TG-CCAAATCTC------A-CT----G---ACA--AA----T------T------G-----A-T-CAC-A----AAT----A-CGGAGA-G-AC-AA-AAA-T--AGGGGT------AACAG
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TAAT--GC-CA-TATTT----C-AT-ATT-TA--TGTTC--A--G--A-C-T-TTG---C-AA-A-C-A-G-A-AA--TG--C------A-GT--GTT-A---CATTT---TT--CATT-AA---t
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tatcttacaagta--A----G-T--GTTAC----AT-------TT-T------TC--ATT-----AA-T--GT--A---A----A---AA-AAC--A-----------------CT-G--T-------AAAA--GAAA------AT--CGTT--A-C-GG-ACA---A-A-----TG-CCAAATCTC------A-C---------ACA--AA----T-C----T------G-----A-T-CAC-A----AAT----A-CTGAGA-G-AC-AA-AAA-T--A--GGT----A-AACAGGTCTtgtaaaaaaacactgtaaaagaaaatcgttacggacaaatgccaaatctcacacaaatctgatcacaaatactgagagacaaaaataggtaaacaggtctg
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tatcttacaagtataatgccatatttcatatttatgttcagactttgcaaacagaaatgc-CT----G---NCA--AA----T-C----T------G-----A-T-CAC-A----AAT----A-CGGAGA-G-AC-AA-AAC-T--AGGGGT----A-AACAGGTCTg
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gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        taT--A---A--GTA---AACAAC--A-----------------GC-G--T-------AAAA--GAAA------AT-----T--A-C-GG-A-A---A-A-----TG-CCAAATCT-------A-CT----G---ACA--AA----T-C----T------G-----A-T-CAC-A----AAT----A-CGAGGA-G--C-CA-AAA-T--AGGGGT----A-AACAGGTCTcaacagcgtaaaagaaaattacggaaaatgccaaatctactgacaaatctgatcacaaatacgaggagccaaaataggggtaaacaggtct
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gi|4                          :                 cttattgctTCTT-ATAACGTTT----C--T---------C-C---GT-A--ATATTG-T--CGGAT-TT--TTGGAG---CCA-AAA---T---A--C-GT-C-TT---A-C-G---TT--TT-GAGAT---G-T-C-C--G-AG-AAA-T------C----G-GAAGT--AT--T--CGTAG--TA-C-TG---CG-TT----------AT--T--TT----GA-TGC--TT--ACTAG-TT---T-GG-------T--GTT---AT-TTAT-C-C--G-C-T-T--GTAT-T--G-AC--------GCT-TG--AA-T-AA------T--C--G-C-AAGAA--CCAGGG--AGTT-G----TA-AA----CAT--T---T-C----------CG-T-GAT-A-CATGA-G---GTC-A-T-GT---CA----A-TGA-----A-----A--T-----TGATTTTAAAAAT------G-------------G-C-C-G----A-A-----ACC--CT---CG------AAAG---AAGG----C-A--CGA--T-G-TTGA-----------A--TC-------------A----T-C-TC-G----------GGT-AA-TT--TTTC-TT--G--GC-C-----CTT-------C--TTCAAAAGGAA---G----CA-C-TT--G---GT-C-C---AT----GC--AA--T-A--T-T-G-C---A------ACG------TA--G---A-T-TCT-C-C--A--T-GT-GCT-C-A------T-G--C-A--G-G-AA-GAAAT--C---AT-T-A--TGG-----CTGT---AA-A----C---CGC-T--A-C-GGAA-AT---A-----TTACA-C--A-A-GCA-AT------------G-GG-AGTCTT-------G-GT-CT-T---CGTAAGGAG-A-AT--A-G-------G--G-T-A---TT--C---A-C------G-A-C-T-TT--CG-G-G-------AAA-C-A-AT--G-CGA-TGA-T-T-CT-TTT--GCA-G--TT-AGG---AA-------T-AA-CG-------A-T-CA-C-G-----GG--CGGAA-G-T----GA-AAG-T-CTG-TG-AA-ATTAT--AA------CC-AC--AT-GAGAA-CTGT--T-CG-GA---TGT--AA-G----A--C--GGCT----------AC--A-G--T--TGAT--A-C--ACGC-TG---GTG-CCAAAC--------TT--TAAAAAA-AA--A-A-------------A--------G---TTTCCTGA-TCTT----------AA-TA-GT--C-GC-A-A---GTT-AT-AACA-C-A-GTTATT--T-AT-TGTTAAT--GTTCG-TA----------T-AAT-TA--T-TTC--A--G--A-CTT-TTG---C-AA-AGC-AAG-A-AA--TG--C------C-GT--GTT-A---TG-TT---TT--CA---AA---A-----------------------A--TCA--A----G-T--TCTAC----AT-A-----TT-TTCG-C-TC--TTT----GAA-T--ATTAA---A-TG-----AA-AAC--A-----------------CT-G--T-------AAAA--G-AA------AT--C-TT--A-C-GG-ACA---ATAT----TG-CCAAATTTC------A-CT----G---ACA--AA----T-C----T------GAT---A-T-CAC------AAT----A-CGGAGA-G-AA-AA-AAA-T--AGGGGT----A-AACAGGTCga
gi|5                          :                   tgtttacTCTT-ACGA--TTT----C--T---------C-C---GT-A--AT-TTG-TA-CGTAT-TT--T--GAG-A-CCA-AAA---T---A--C-GA-C-TT---A-C-G---TT--TT-CA--T---G-T-C-C--C-GA-AAA-TA-----C----G-GAA----AT--C--GGAAG--T--C-TGT-CCG-TT----CAT---AT--T--TT----AA-TGC--TT--A-TAG-TT---T-GG-------T--GTT---AT-T-AT-T-C--G-TGT-T--GTAT-T-TG-AC--------GCT-TG--AA-T-AA------T--T--G-T-TAGAA--CCAGGG--AGTT-G----TA-AA-A--CAT--T---T-C----------CG-T-GAT-A-CAT-A-G---GTC-A-T-GT---CA----A-TGA--------------------------------T------G-------------G-C-C-G----A-A-----ACC--CC-G-CG------AAAG---AAAG----C-A--CGA--T-A-T--G-----------A--TC-------------A----T-C-TT-C----------AGT-AA-TT--TT-C-TT--T--GC-C-----CTT-------C--A---AAAAGAA---G----CA-C-TT--G-T-GT-C-C---AT--T-GC--AG--T-A--T-TTG-C---A------ACA------TA--G---A-T-TTC-T-C--A--T-GT-GCT-C-A------T-G--C-A--G-G-AA-GAAAT--C---AT-T-A--TGG-----CTGT---AA-A----C--ACAC-T--A-T-G-AA-AT---A-----TTACA-C--A-A-GCA-AT------------G-AG-AGTCATT--G--GG-GT-CT-T---CGTTAGGAG-A-AT--A-G-------G-AG-T-A---TT--C---A-C------G-A-T-T-TT--CG-G-G-------AA--C-A-GT--G-CGA-TGA-T-T-CT-TT---GCA-G--TT-AGG---AA-------T-AA-CG-------A-T-CA-T-G-----GG--CGGAA-G-T----GA-AAG-T-CTG-TG-AA-ATTAA--AAC-----CC-AC--AT-GA-AC-CTG---T-CG-G----T-T--AG-T----A--C-AGGCT----------AC--A-G--T--TGAT--A-C--A--C-T----GTG-CC-AAC--------TT--T---TAA-AA--A-A-------------A--------G---TTTCCTGA-T-TC-------GAAAA-TA-G---C-GC-A-A---GTT-AT-G--A-C-A-GTTATC--T-AT-T-TTAAT--ATTTG-TATTT-TTTC-AT-ATT-TA--T-TTC--A--G--A-C-T-TTG---C-AA-AGC-AAG-A-AA--TG--C------A-GT--GTT-A---TA-TT---TT--CATT-AA---A-TC-A----A-GT---TG-T-G-A--TAA--A----G-T--TCTAC----AT-A-----TT-T--G-C-TC--CTT----GAA-T--AT--A---A-TGTA---AA-AAC--A-----------------CT-G--T-------AAAA--GAAA------AT--C-TT--A-C-GG-ACA---A-A-----TG-CCAAATCTC------A-CT----G---ACA--AA----T-C----T------G-----A-T-TAC-A----AAT----A-CGGAGA-G-AC-AA-AAA-T--AGGGGT----A-AACAGGTCT
gi|6                          :                          TCTA-ACGA--TTT----C--CATTCTCTCAC-C---GT-AATCT-CTG-TAACGGAT-TT--TT-GAG-A-CCA-AGACT-T---A----GT-C-TTCATA-C-G---TA--TT-CA--TACTG-T-C-C--G-GATAGA-TATTGGAC----G-GAA----ATT-C--AGAAG--T--CCTGT-CCG-TTATAATAT---AT--T--TTTAATGA-TGC--TTCTA-TAG-TT---T-GG-------TTTGCTTA-AT-T-AT-C-CCGG-AGTCT--GTAT-TATG-ACTGAAACATGCTATG--AA-T-AA------TATC--G-A--AGAAACCCAGGG--AGTT-G----TA-AA-AATCAT--T---T-TACGTTGGTCACG-TAGATGA-CAT-A-GAGCGTC-A-T-GT---C-------TAA--------------------------------T------G-------------G-C-C-GCGATA-T-----ATCTACC-G-CGGGCACAAAAT---GAGA----CCA--CGGAGT-GGT--G-----------A--TC-------------A----T-CCTT-C----------GTT-AA-TTATTT-C-TT--G--GC-CCTTTTCTT-------C--T---AAAGGGATATGT---CA-C-TTGAG-TGGT-C-CG--ATGGT-GC--A---T-AAGT-TTG-CG--A------ACA-------A--G---A-TATTC-T-CGAA--T-GT-GCT-C-ATTCAACT-G--C-A--G-GAAA-GAAAT--T---CT-TAA--TGG-----CTGT---AATATCTTC--AGCC-TA-A-C-G-AA-ATAA-A-----TTAAA-T--ATG-GCA-ATTTAGTTAATTTGG-GG-AGGTCTTGAG--GG-GT-CCAA---CGT-AGGAG-A-ATGGA-G-------G-GG-T-AGG-TT--CT--A-CTTAGTAA-G-T-T-TTCGCG-G-A-------AA--CAA-AT--G-CGA-TGA-T-T-CT-TT---GCA-GGTTC-AGG---AA-------T-AA-CGATTTCAAA-T-CA-C-AAATTTGGTCCGGAA-GTT----GATAAG-TCCTT-TG-AA-ATTAT--AACAACT-CC-ACCTAT-GA-AC-CTG---TCCG-G----T-T--AG-T---------AGGCTTTTTGGCTTCAC--A-GTTT--TGAT--ATC--AT-C-TTAGAATG----AACGGAACTCATT--T---AAA-AA--ATA-------------ACCACATTTA---TTTCCTGA-T-TC-------GAAAA-TA-----C-GC-A-ATGGGTT-A
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gi|8                          :                    tgtttcTCTT-ACGA--TTT----C--T---------C-C---GT-A--TT-TTG-TA-CGA---TT--T--GAG-A-CCA-AAA---T---A--C-GT-C-TT---A-C-G---TT--TT-CA--T---G-T-C-C--C-GA-AAA-TA-----C----G-GAA----AT--C--GGAAG--T--C-TGT-CCG-TT----CAT---AT--T--T-----AA-TGC--TT--A-TAG-TT---T-GG-------T--GTT---AT-T-AT-C----G--GT-T--GTAT-T--G-AC--------GCT-TG--AA-T-AA------T-----G----AGAA--CCAGGG--AGTT-G----TA-AA-A--CAT--T---T-C----------CG-T-GAT-A-CAT-A-G---GTC-A-T-GT---CA----A-TGA-----A-----A--T------------------------G-------------G-C-C-G----A-A-----ACC--CC-G-CG------AAGA---AAGG----C-A--CGA--T-A-T--G-----------A--TC-------------A----T-C-TT-C----------G-T-AA-TT--TT-C-TT--G---C-C-----CTT-------C--TTA-AAAGGAA---G----CA-C-TT--G-T-GT-C-C---AT--T-GC--AG--T-A--T-TTG-C---A------AC-------TA--G---A-T-TCT-T-C--A--T-GT-GCT-C-A------T-G--C-A--G-G-AA-GAAAT--C---AT-T-A--TGG-----CTGT---AA-A----C--ACGC-T--A-C-G-AA-AT---A-----TTACA-C--A-A-GCA-AT------------G-G--AGTCTTT--G--GG-GT-CT-T---CGTA-GGAG-A-AT--A-G-------G-AG-T-A---TT--C---A-C------G-A-T-T-TT--CG-G-G-------AA--C-A--T--G-CGA-TGA-T-T-CT-TT---GCA-G--TT-AGG---AA-------T-AA-CG-------A-T-CA---G-----GG--CGGAA-G-T----GA-AAG-T-CTG-TG-AA-ATTA---AAC-----CC-AC--AT-GA-AC-CTG---T-CG-G----T-T--AG-T----A--C-AGGCT----------AC--A-G--T--TGAT--A-C--A--C-T----GTG-CC-AAC--------TT--T---AAA-AA--A-A----------------------G---TTTCCTGA-T-TC-------GAAAA-TA-G---C-GC-A-A---GTT-AT-G--A-C-A-GTTATTATT-AT-T-T--AT---TTTG-TATTT-TT-C-AT-ATT-TA--T-TTC--A--G--A-C-T-TTG---C-AA-AGC-AAG-A-AA--TG--C------A-GT--GTT-A---TA-TT---TT--CATT-AA---A-TC-A----A-GT---TTGT-G-A--TAA--A----G-T--TCTAC----AT-A-----TT-T--G-C-CT--CTT----GAA-T--AT--A---A-TGTA---AA-AAC--A-----------------CT-G--T-------AAAA--GAAA------AT--C-TT--A-C-GG-ACA---A-A-----TG-CCAAATCTC------A-CT----G---ACA--AA----T-C----T------G-----A-T--AC-A----AAT----A-CGGAGA-G-AC-AA-AAA-T--AGGGGT----A-AACAGG
gi|9                          :                                                                                             AA-A-CCA-AAA---T---A----GT-C-TT---A-C-G---TT--TT-CA--T---G-T-C-C--C-GA-AAAATA-----T----G-GAA----AT--C--GGAAG--T--C-TGT-CCG-TG----CAT---AT--T--T-----AA-TGC--TT--A-TAG-TT---T-GG-------T--GTT---AT---AT-C-C--A-C---T--GTAT-T--G-AC--------GCT-TGGAAA-A-AA------T--C--T-G-AAGAA--CC--GG--AGTT-G----CCTAA-A--CAT--T---T-C----------CG-T--AT-A-CAT-A-G---GTC-A-TTGT---CATAA-A-TGA-----G--------T-----T-----------T------AAAAAAAAAAAAATG-C-C-G----A-A------CC--CC-G-CG------AAAG---AAGT----C-A--CGA--T-G-T--G-----------A-----------------A---------T-C----------G----------TT-C-TT--G--GC-C-----CTT-------CTTC---AAAGAAA---G----CA-C--T--G-T-TT-C-C---AT--T-GC--AGT-T-A--T-TT--C---A------ACA------TA--G---A-T-TTC-T-C--A--T-GT-GCT-C-AT-----T-T--C-A--G-GAAA-GATAT--C---AT-T-A--TGGGGAACCTTTTG-AA-A----C--ACGC-T--A-C-G--A-AT---A-----TTACA-C--A-A-GCA-AT------------G-GG-AGTCCTT--G--GG-GT-AT-T---CGTAAGG-T-A-AT--A-G-------A-AG---A---TT--C---A-C------G-G-T-T-TT--CA-G-GGGAAAAAAA--C-A-AT--T-CGA-TGA---T-CT-TT---GCA-C--TT-AGA---A----------AA-CG-------A-T-CA-C-G-----GG--CGGAA-G------GA-AAG-T-CTG-TGAAA-ATTAT--AAC-----CC-AC--AT-GA-AC-CTG---T-CGCG----T-T--AG-T----A--C-AGGCT----------AC--T-G--T--TG-T--A-C--A--C-T----GTG-CC-AAC--------TTTGT---AAATAA--A-AACC----------A--------G---TTTCCTGA-TCTC-------G-AAA-TA-----C-GC-A-A---GTT-AT-A--A-C-A-GTTA-T--T-AT-T-TTAAT--G------------TTC-GT-ATT-TA--T-TTC--A--G--A-----------C-AA-AGCGAAG-A-AA--TG--C------A-GT--TGT-A----A-TT---TT--CATG-TA---A-TC-A----A-GT---TT-T-G-AGTTAA--AGCTTG-T--CCTAC----ATAA-----TT-T--G-C-TC--TTT----GAA-T--AT--A---A--GTA---AA-AAC--A-----------------CT-GCTT-------ATAA--G-AA------AT--C--T--A-C--G-ACA---ACA-----TGCCCCAATCTC------ATCT----G---ACA--AA----T-C----T------G-----A-T-CAC-A----AAT----A-CGG----------A-AAA-T--A-GGGT----A-AACAGGTC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|35 ): TGAAAACCAGATCCTGCCATTTAATACTCCTGTATCTTACAATGTATAA
Unaligned ( gi|37 ): ACTACCCGAAGAATTTAGAACGTTGGTAAAATGGGT






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Reference ( family-4539 )     :                          TCTT-ACGA--TTT----C--T---------C-C---GT-A--TT-TTG-TA-CGGAT-TT--T--GAG-A-CCA-AAA---T---A--C-GT-C-TT---A-C-G---TT--TT-CA--T---G-T-C-C--C-GA-AAA-TA-----C----G-GAA----AT--C--GGAAG--T--C-TGT-CCG-TT----CAT---AT--T--TT----AA-TGC--TT--A-TAG-TT---T-GG-------T--GTT---AT-T-AT-C-C--G-CGT-T--GTAT-T-TG-AC--------GCT-TG--AA-T-AA------T--C--G-C-TAGAA--CCAGGG--AGTT-G----TA-AA-A--CAT--T---T-C----------CG-T-GAT-A-CAT-A-G---GTC-A-T-GT---CA----A-TGA-----A-----A--T-----T-----------T------G-------------G-C-C-G----A-A-----ACC--CC-G-CG------AAAG---AAGG----C-A--CGA--T-A-T--G-----------A--TC-------------A----T-C-TT-C----------GGT-AA-TT--TT-C-TT--G--GC-C-----CTT-------C--N---AAAGGAA---G----CA-C-TT--G-T-GT-C-C---AT--T-GC--AG--T-A--T-TTG-C---A------ACG------TA--G---A-T-TTC-T-C--A--T-GT-GCT-C-A------T-G--C-A--G-G-AA-GAAAT--C---AT-T-A--TGG-----CTGT---AA-A----C--ACGC-T--A-C-G-AA-AT---A-----TTACA-C--A-A-GCA-AT------------G-GG-AGTCCTT--G--GG-GT-CT-T---CGTAAGGAG-A-AT--A-G-------G-AG-T-A---TT--C---A-C------G-A-T-T-TT--CG-G-G-------AA--C-A-AT--G-CGA-TGA-T-T-CT-TT---GCA-G--TT-AGG---AA-------T-AA-CG-------A-T-CA-C-G-----GG--CGGAA-G-T----GA-AAG-T-CTG-TG-AA-ATTAT--AAC-----CC-AC--AT-GA-AC-CTG---T-CG-G----T-T--AG-T----A--C-AGGCT----------AC--A-G--T--TGAT--A-C--A--C-T----GTG-CC-AAC--------TT--T---AAA-AA--A-A-------------A--------G---TTTCCTGA-T-TC-------GAAAA-TA-G---C-GC-A-A---GTT-AT-G--A-C-A-GTTATT--T-AT-T-TTAAT--GTTCG-TATTT-TTTC-GT-ATT-TA--T-TTC--A--G--A-C-T-TTG---C-AA-AGC-AAG-A-AA--TG--C------A-GT--GTT-A---TA-TT---TT--CATT-AA---A-TC-A----A-GT---TN-T-G-A--TAA--A----G-T--TCTAC----AT-A-----TT-T--G-C-TC--TTT----GAA-T--AT--A---A-TGTA---AA-AAC--A-----------------CT-G--T-------AAAA--GAAA------AT--C-TT--A-C-GG-ACA---A-A-----TG-CCAAATCTC------A-CT----G---ACA--AA----T-C----T------G-----A-T-CAC-A----AAT----A-CGGAGA-G-AC-AA-AAA-T--AGGGGT----A-AACAGGTCT
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gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ggctacagttgatacactgtgccaactctcaaaaaggtgtttcctgattcgaaaatagcgcaaacgttatgaagtttattatttaatgttcgtatttatttcagacttgcaaagcaagaaatgagtgttacattttc-AT--A-A-------G-AG-T-A---TT--C---A-C------G-A-T-T-TT--CG-G-G-------AA--C-A-AT--G-CGA-TGA-T-T-CT-TT---GCA-G--TT-AGG---AA-------T-AA-TG-------A-T-CA-C-G-----GG--CTGAA-G-T----GA-AAG-T-CTG-TG-AA-AT-----------------------GA-AC-CTG---T-CG-G----T-T--AT-T----A--C-AGGCT----------AC--A-G--T--TGGT--A-C--A--C-T----GTG-CC-AAA--------TT--A---AAA-AA--A-A-------------A--------
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gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ataagagtattcacgattttcgggaacaatgcgatgattctttgcagttaggaataatgatcacgggctgaagtgaaagtctgtgaaatgaacctgtcggttattacaggctacagttggtacactgtgccaaattaaaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaattcTAAT--GTTCG-TATTA-TTTC-AT-ATT-TA--T-TTC--A--GAAA-C-T-TTG---C-AA-AGC-CAGAA-AA--TG--C------A-GT--GTT-A---TA------TT--CATT-AA---A-TT-C----A-AT---TT-T-GAA--TAA--A----G-T--TCTAC----AT-A-----TT-A--GCC-TC--TTT----GAA-T--AT--A---A-TGT----TA-AAC--A-----------------CT-GT-T-------AAAATTAACA------AT--C-TT--ACC-AG-ACA---A-A-----TG-CCAAA-CTC------A-C-----G---ACA--AA----T-C----TG-----G-----A-T-CAC-A----AAT----A-CAGAGA-G-ACAAA-AAA-T--AGGGG-------AACAGGTCT
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   -GTTATT--T-AT-T-TTAAT--GTTCG------------G--ATT-TA--T-TTC--A--G--A-C-T-TTG---C-AA-AGC-A---A-AA--TGC-C------A-GT--GTT-A---TA-TT---TT--CATT--A---A-TC-A----A-GT---T--T-A-T--TAA--A----G-T--TCTAC----AT-A-----TT-T--G-C-TC---TT----GAA-T--AT--A---A-TGT-----A-AAC--A-----------------CT-G--T-------AAAA--GAAA------ATCCC-TT--A-C-GC-ACA---A-A-----TG-CCAAATCTC------A-CT----G---ACA--AA----T------T------G-----A-T-CAC-A----AAT----A-CGGAGA-G-AC-AA-AAA-T--AGGGGT------AACAG
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TAAT--GC-CA-TATTT----C-AT-ATT-TA--TGTTC--A--G--A-C-T-TTG---C-AA-A-C-A-G-A-AA--TG--C------A-GT--GTT-A---CATTT---TT--CATT-AA---t
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tatcttacaagta--A----G-T--GTTAC----AT-------TT-T------TC--ATT-----AA-T--GT--A---A----A---AA-AAC--A-----------------CT-G--T-------AAAA--GAAA------AT--CGTT--A-C-GG-ACA---A-A-----TG-CCAAATCTC------A-C---------ACA--AA----T-C----T------G-----A-T-CAC-A----AAT----A-CTGAGA-G-AC-AA-AAA-T--A--GGT----A-AACAGGTCTtgtaaaaaaacactgtaaaagaaaatcgttacggacaaatgccaaatctcacacaaatctgatcacaaatactgagagacaaaaataggtaaacaggtctg
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tatcttacaagtataatgccatatttcatatttatgttcagactttgcaaacagaaatgc-CT----G---NCA--AA----T-C----T------G-----A-T-CAC-A----AAT----A-CGGAGA-G-AC-AA-AAC-T--AGGGGT----A-AACAGGTCTg
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gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        taT--A---A--GTA---AACAAC--A-----------------GC-G--T-------AAAA--GAAA------AT-----T--A-C-GG-A-A---A-A-----TG-CCAAATCT-------A-CT----G---ACA--AA----T-C----T------G-----A-T-CAC-A----AAT----A-CGAGGA-G--C-CA-AAA-T--AGGGGT----A-AACAGGTCTcaacagcgtaaaagaaaattacggaaaatgccaaatctactgacaaatctgatcacaaatacgaggagccaaaataggggtaaacaggtct
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gi|4                          :                 cttattgctTCTT-ATAACGTTT----C--T---------C-C---GT-A--ATATTG-T--CGGAT-TT--TTGGAG---CCA-AAA---T---A--C-GT-C-TT---A-C-G---TT--TT-GAGAT---G-T-C-C--G-AG-AAA-T------C----G-GAAGT--AT--T--CGTAG--TA-C-TG---CG-TT----------AT--T--TT----GA-TGC--TT--ACTAG-TT---T-GG-------T--GTT---AT-TTAT-C-C--G-C-T-T--GTAT-T--G-AC--------GCT-TG--AA-T-AA------T--C--G-C-AAGAA--CCAGGG--AGTT-G----TA-AA----CAT--T---T-C----------CG-T-GAT-A-CATGA-G---GTC-A-T-GT---CA----A-TGA-----A-----A--T-----TGATTTTAAAAAT------G-------------G-C-C-G----A-A-----ACC--CT---CG------AAAG---AAGG----C-A--CGA--T-G-TTGA-----------A--TC-------------A----T-C-TC-G----------GGT-AA-TT--TTTC-TT--G--GC-C-----CTT-------C--TTCAAAAGGAA---G----CA-C-TT--G---GT-C-C---AT----GC--AA--T-A--T-T-G-C---A------ACG------TA--G---A-T-TCT-C-C--A--T-GT-GCT-C-A------T-G--C-A--G-G-AA-GAAAT--C---AT-T-A--TGG-----CTGT---AA-A----C---CGC-T--A-C-GGAA-AT---A-----TTACA-C--A-A-GCA-AT------------G-GG-AGTCTT-------G-GT-CT-T---CGTAAGGAG-A-AT--A-G-------G--G-T-A---TT--C---A-C------G-A-C-T-TT--CG-G-G-------AAA-C-A-AT--G-CGA-TGA-T-T-CT-TTT--GCA-G--TT-AGG---AA-------T-AA-CG-------A-T-CA-C-G-----GG--CGGAA-G-T----GA-AAG-T-CTG-TG-AA-ATTAT--AA------CC-AC--AT-GAGAA-CTGT--T-CG-GA---TGT--AA-G----A--C--GGCT----------AC--A-G--T--TGAT--A-C--ACGC-TG---GTG-CCAAAC--------TT--TAAAAAA-AA--A-A-------------A--------G---TTTCCTGA-TCTT----------AA-TA-GT--C-GC-A-A---GTT-AT-AACA-C-A-GTTATT--T-AT-TGTTAAT--GTTCG-TA----------T-AAT-TA--T-TTC--A--G--A-CTT-TTG---C-AA-AGC-AAG-A-AA--TG--C------C-GT--GTT-A---TG-TT---TT--CA---AA---A-----------------------A--TCA--A----G-T--TCTAC----AT-A-----TT-TTCG-C-TC--TTT----GAA-T--ATTAA---A-TG-----AA-AAC--A-----------------CT-G--T-------AAAA--G-AA------AT--C-TT--A-C-GG-ACA---ATAT----TG-CCAAATTTC------A-CT----G---ACA--AA----T-C----T------GAT---A-T-CAC------AAT----A-CGGAGA-G-AA-AA-AAA-T--AGGGGT----A-AACAGGTCga
gi|5                          :                   tgtttacTCTT-ACGA--TTT----C--T---------C-C---GT-A--AT-TTG-TA-CGTAT-TT--T--GAG-A-CCA-AAA---T---A--C-GA-C-TT---A-C-G---TT--TT-CA--T---G-T-C-C--C-GA-AAA-TA-----C----G-GAA----AT--C--GGAAG--T--C-TGT-CCG-TT----CAT---AT--T--TT----AA-TGC--TT--A-TAG-TT---T-GG-------T--GTT---AT-T-AT-T-C--G-TGT-T--GTAT-T-TG-AC--------GCT-TG--AA-T-AA------T--T--G-T-TAGAA--CCAGGG--AGTT-G----TA-AA-A--CAT--T---T-C----------CG-T-GAT-A-CAT-A-G---GTC-A-T-GT---CA----A-TGA--------------------------------T------G-------------G-C-C-G----A-A-----ACC--CC-G-CG------AAAG---AAAG----C-A--CGA--T-A-T--G-----------A--TC-------------A----T-C-TT-C----------AGT-AA-TT--TT-C-TT--T--GC-C-----CTT-------C--A---AAAAGAA---G----CA-C-TT--G-T-GT-C-C---AT--T-GC--AG--T-A--T-TTG-C---A------ACA------TA--G---A-T-TTC-T-C--A--T-GT-GCT-C-A------T-G--C-A--G-G-AA-GAAAT--C---AT-T-A--TGG-----CTGT---AA-A----C--ACAC-T--A-T-G-AA-AT---A-----TTACA-C--A-A-GCA-AT------------G-AG-AGTCATT--G--GG-GT-CT-T---CGTTAGGAG-A-AT--A-G-------G-AG-T-A---TT--C---A-C------G-A-T-T-TT--CG-G-G-------AA--C-A-GT--G-CGA-TGA-T-T-CT-TT---GCA-G--TT-AGG---AA-------T-AA-CG-------A-T-CA-T-G-----GG--CGGAA-G-T----GA-AAG-T-CTG-TG-AA-ATTAA--AAC-----CC-AC--AT-GA-AC-CTG---T-CG-G----T-T--AG-T----A--C-AGGCT----------AC--A-G--T--TGAT--A-C--A--C-T----GTG-CC-AAC--------TT--T---TAA-AA--A-A-------------A--------G---TTTCCTGA-T-TC-------GAAAA-TA-G---C-GC-A-A---GTT-AT-G--A-C-A-GTTATC--T-AT-T-TTAAT--ATTTG-TATTT-TTTC-AT-ATT-TA--T-TTC--A--G--A-C-T-TTG---C-AA-AGC-AAG-A-AA--TG--C------A-GT--GTT-A---TA-TT---TT--CATT-AA---A-TC-A----A-GT---TG-T-G-A--TAA--A----G-T--TCTAC----AT-A-----TT-T--G-C-TC--CTT----GAA-T--AT--A---A-TGTA---AA-AAC--A-----------------CT-G--T-------AAAA--GAAA------AT--C-TT--A-C-GG-ACA---A-A-----TG-CCAAATCTC------A-CT----G---ACA--AA----T-C----T------G-----A-T-TAC-A----AAT----A-CGGAGA-G-AC-AA-AAA-T--AGGGGT----A-AACAGGTCT
gi|6                          :                          TCTA-ACGA--TTT----C--CATTCTCTCAC-C---GT-AATCT-CTG-TAACGGAT-TT--TT-GAG-A-CCA-AGACT-T---A----GT-C-TTCATA-C-G---TA--TT-CA--TACTG-T-C-C--G-GATAGA-TATTGGAC----G-GAA----ATT-C--AGAAG--T--CCTGT-CCG-TTATAATAT---AT--T--TTTAATGA-TGC--TTCTA-TAG-TT---T-GG-------TTTGCTTA-AT-T-AT-C-CCGG-AGTCT--GTAT-TATG-ACTGAAACATGCTATG--AA-T-AA------TATC--G-A--AGAAACCCAGGG--AGTT-G----TA-AA-AATCAT--T---T-TACGTTGGTCACG-TAGATGA-CAT-A-GAGCGTC-A-T-GT---C-------TAA--------------------------------T------G-------------G-C-C-GCGATA-T-----ATCTACC-G-CGGGCACAAAAT---GAGA----CCA--CGGAGT-GGT--G-----------A--TC-------------A----T-CCTT-C----------GTT-AA-TTATTT-C-TT--G--GC-CCTTTTCTT-------C--T---AAAGGGATATGT---CA-C-TTGAG-TGGT-C-CG--ATGGT-GC--A---T-AAGT-TTG-CG--A------ACA-------A--G---A-TATTC-T-CGAA--T-GT-GCT-C-ATTCAACT-G--C-A--G-GAAA-GAAAT--T---CT-TAA--TGG-----CTGT---AATATCTTC--AGCC-TA-A-C-G-AA-ATAA-A-----TTAAA-T--ATG-GCA-ATTTAGTTAATTTGG-GG-AGGTCTTGAG--GG-GT-CCAA---CGT-AGGAG-A-ATGGA-G-------G-GG-T-AGG-TT--CT--A-CTTAGTAA-G-T-T-TTCGCG-G-A-------AA--CAA-AT--G-CGA-TGA-T-T-CT-TT---GCA-GGTTC-AGG---AA-------T-AA-CGATTTCAAA-T-CA-C-AAATTTGGTCCGGAA-GTT----GATAAG-TCCTT-TG-AA-ATTAT--AACAACT-CC-ACCTAT-GA-AC-CTG---TCCG-G----T-T--AG-T---------AGGCTTTTTGGCTTCAC--A-GTTT--TGAT--ATC--AT-C-TTAGAATG----AACGGAACTCATT--T---AAA-AA--ATA-------------ACCACATTTA---TTTCCTGA-T-TC-------GAAAA-TA-----C-GC-A-ATGGGTT-A
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|37 ): ACTACCCGAAGAATTTAGAACGTTGGTAAAATGGGT






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Reference ( family-4539 )     :                          TCTT-ACGA--TTT----C--T---------C-C---GT-A--TT-TTG-TA-CGGAT-TT--T--GAG-A-CCA-AAA---T---A--C-GT-C-TT---A-C-G---TT--TT-CA--T---G-T-C-C--C-GA-AAA-TA-----C----G-GAA----AT--C--GGAAG--T--C-TGT-CCG-TT----CAT---AT--T--TT----AA-TGC--TT--A-TAG-TT---T-GG-------T--GTT---AT-T-AT-C-C--G-CGT-T--GTAT-T-TG-AC--------GCT-TG--AA-T-AA------T--C--G-C-TAGAA--CCAGGG--AGTT-G----TA-AA-A--CAT--T---T-C----------CG-T-GAT-A-CAT-A-G---GTC-A-T-GT---CA----A-TGA-----A-----A--T-----T-----------T------G-------------G-C-C-G----A-A-----ACC--CC-G-CG------AAAG---AAGG----C-A--CGA--T-A-T--G-----------A--TC-------------A----T-C-TT-C----------GGT-AA-TT--TT-C-TT--G--GC-C-----CTT-------C--N---AAAGGAA---G----CA-C-TT--G-T-GT-C-C---AT--T-GC--AG--T-A--T-TTG-C---A------ACG------TA--G---A-T-TTC-T-C--A--T-GT-GCT-C-A------T-G--C-A--G-G-AA-GAAAT--C---AT-T-A--TGG-----CTGT---AA-A----C--ACGC-T--A-C-G-AA-AT---A-----TTACA-C--A-A-GCA-AT------------G-GG-AGTCCTT--G--GG-GT-CT-T---CGTAAGGAG-A-AT--A-G-------G-AG-T-A---TT--C---A-C------G-A-T-T-TT--CG-G-G-------AA--C-A-AT--G-CGA-TGA-T-T-CT-TT---GCA-G--TT-AGG---AA-------T-AA-CG-------A-T-CA-C-G-----GG--CGGAA-G-T----GA-AAG-T-CTG-TG-AA-ATTAT--AAC-----CC-AC--AT-GA-AC-CTG---T-CG-G----T-T--AG-T----A--C-AGGCT----------AC--A-G--T--TGAT--A-C--A--C-T----GTG-CC-AAC--------TT--T---AAA-AA--A-A-------------A--------G---TTTCCTGA-T-TC-------GAAAA-TA-G---C-GC-A-A---GTT-AT-G--A-C-A-GTTATT--T-AT-T-TTAAT--GTTCG-TA-TT-T--T-TC-GT-ATT-TA--T-TTC--A--G--A--C-T-TTG---C-AA-AGC-AAGA-AA--TG--C------A-GT--GTT-A---TA-TT---TT--CATT-AA---A-TC-A----A-GT---TN-T-G-A--TAA--A----G-T--TCTAC----AT-A-----TT-T--G-C-TC--TTT----GAA-T--AT--A---A-TGTA---AA-AAC--A-----------------CT-G--T-------AAAA--GAAA------AT--C-TT--AC-GG-ACA---A-A-----TG-CCAAATCTC------A-CT----G---ACA--AA----T-C----T------G-----A-T-CAC-A----AAT----A-CGGAGA-G-AC-AA-AAA-T--AGGGGT----A-AACAGGTCT
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gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ggctacagttgatacactgtgccaactctcaaaaaggtgtttcctgattcgaaaatagcgcaaacgttatgaagtttattatttaatgttcgtatttatttcagacttgcaaagcaagaaatgagtgttacattttc-AT--A-A-------G-AG-T-A---TT--C---A-C------G-A-T-T-TT--CG-G-G-------AA--C-A-AT--G-CGA-TGA-T-T-CT-TT---GCA-G--TT-AGG---AA-------T-AA-TG-------A-T-CA-C-G-----GG--CTGAA-G-T----GA-AAG-T-CTG-TG-AA-AT-----------------------GA-AC-CTG---T-CG-G----T-T--AT-T----A--C-AGGCT----------AC--A-G--T--TGGT--A-C--A--C-T----GTG-CC-AAA--------TT--A---AAA-AA--A-A-------------A--------
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gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ataagagtattcacgattttcgggaacaatgcgatgattctttgcagttaggaataatgatcacgggctgaagtgaaagtctgtgaaatgaacctgtcggttattacaggctacagttggtacactgtgccaaattaaaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaattcTAAT--GTTCG-TA-TTAT--T-TC-AT-ATT-TA--T-TTC--A--G--AAAC-T-TTG---C-AA-AGC-CAGA-AAA-TG--C------A-GT--GTT-A---TA-TT-------CATT-AA---A-TT-C----A-AT---TT-T-G-AA-TAA--A----G-T--TCTAC----AT-A-----TT-A--G-CCTC--TTT----GAA-T--AT--A---A-TGTT---AA-A-C--A-----------------CT-G--TT------AAAATTAACA------AT--C-TT--ACCAG-ACA---A-A-----TG-CCAAA-CTC------A-C-----G---ACA--AA----T-C----T------GG----A-T-CAC-A----AAT----A-CAGAGA-G-ACAAA-AAA-T--AGGGG-------AACAGGTCT
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   -GTTATT--T-AT-T-TTAAT--GTTCG---------------G--ATT-TA--T-TTC--A--G--A--C-T-TTG---C-AA-AGC-AA---AA--TG--CC-----A-GT--GTT-A---TA-TT---TT--CATT-AA-----TC-A----A-GT---T--T-A-T--TAA--A----G-T--TCTAC----AT-A-----TT-T--G-C-TC--TT-----GAA-T--AT--A---A-TGT-----A-AAC--A-----------------CT-G--T-------AAAA--GAAA------ATCCC-TT--AC-GC-ACA---A-A-----TG-CCAAATCTC------A-CT----G---ACA--AA----T------T------G-----A-T-CAC-A----AAT----A-CGGAGA-G-AC-AA-AAA-T--AGGGGT------AACAG
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TAAT--GC-CA-TA-TT-T-----C-AT-ATT-TA--TGTTC--A--G--A--C-T-TTG---C-AA-A-C-A-GA-AA--TG--C------A-GT--GTT-A---CATTT---TT--CATT-AA---t
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tatcttacaagta--A----G-T--GTTAC----AT-------TT-T------TC--ATT-----AA-T--GT--A---A----A---AA-AAC--A-----------------CT-G--T-------AAAA--GAAA------AT--CGTT--AC-GG-ACA---A-A-----TG-CCAAATCTC------A-C---------ACA--AA----T-C----T------G-----A-T-CAC-A----AAT----A-CTGAGA-G-AC-AA-AAA-T--A--GGT----A-AACAGGTCTtgtaaaaaaacactgtaaaagaaaatcgttacggacaaatgccaaatctcacacaaatctgatcacaaatactgagagacaaaaataggtaaacaggtctg
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tatcttacaagtataatgccatatttcatatttatgttcagactttgcaaacagaaatgc-CT----G---NCA--AA----T-C----T------G-----A-T-CAC-A----AAT----A-CGGAGA-G-AC-AA-AAC-T--AGGGGT----A-AACAGGTCTg
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gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           taT--A---A--GTA---AACAAC--A-----------------GC-G--T-------AAAA--GAAA------AT-----T--AC-GG-A-A---A-A-----TG-CCAAATCT-------A-CT----G---ACA--AA----T-C----T------G-----A-T-CAC-A----AAT----A-CGAGGA-G--C-CA-AAA-T--AGGGGT----A-AACAGGTCTcaacagcgtaaaagaaaattacggaaaatgccaaatctactgacaaatctgatcacaaatacgaggagccaaaataggggtaaacaggtct
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gi|4                          :                 cttattgctTCTT-ATAACGTTT----C--T---------C-C---GT-A--ATATTG-T--CGGAT-TT--TTGGAG---CCA-AAA---T---A--C-GT-C-TT---A-C-G---TT--TT-GAGAT---G-T-C-C--G-AG-AAA-T------C----G-GAAGT--AT--T--CGTAG--TA-C-TG---CG-TT----------AT--T--TT----GA-TGC--TT--ACTAG-TT---T-GG-------T--GTT---AT-TTAT-C-C--G-C-T-T--GTAT-T--G-AC--------GCT-TG--AA-T-AA------T--C--G-C-AAGAA--CCAGGG--AGTT-G----TA-AA----CAT--T---T-C----------CG-T-GAT-A-CATGA-G---GTC-A-T-GT---CA----A-TGA-----A-----A--T-----TGATTTTAAAAAT------G-------------G-C-C-G----A-A-----ACC--CT---CG------AAAG---AAGG----C-A--CGA--T-G-TTGA-----------A--TC-------------A----T-C-TC-G----------GGT-AA-TT--TTTC-TT--G--GC-C-----CTT-------C--TTCAAAAGGAA---G----CA-C-TT--G---GT-C-C---AT----GC--AA--T-A--T-T-G-C---A------ACG------TA--G---A-T-TCT-C-C--A--T-GT-GCT-C-A------T-G--C-A--G-G-AA-GAAAT--C---AT-T-A--TGG-----CTGT---AA-A----C---CGC-T--A-C-GGAA-AT---A-----TTACA-C--A-A-GCA-AT------------G-GG-AGTCTT-------G-GT-CT-T---CGTAAGGAG-A-AT--A-G-------G--G-T-A---TT--C---A-C------G-A-C-T-TT--CG-G-G-------AAA-C-A-AT--G-CGA-TGA-T-T-CT-TTT--GCA-G--TT-AGG---AA-------T-AA-CG-------A-T-CA-C-G-----GG--CGGAA-G-T----GA-AAG-T-CTG-TG-AA-ATTAT--AA------CC-AC--AT-GAGAA-CTGT--T-CG-GA---TGT--AA-G----A--C--GGCT----------AC--A-G--T--TGAT--A-C--ACGC-TG---GTG-CCAAAC--------TT--TAAAAAA-AA--A-A-------------A--------G---TTTCCTGA-TCTT----------AA-TA-GT--C-GC-A-A---GTT-AT-AACA-C-A-GTTATT--T-AT-TGTTAAT--GTTCG-TA-------------T-AAT-TA--T-TTC--A--G--A--CTT-TTG---C-AA-AGC-AAGA-AA--TG--C------C-GT--GTT-A---TG-TT---TT--CA---AA---A-----------------------A--TCA--A----G-T--TCTAC----AT-A-----TT-TTCG-C-TC--TTT----GAA-T--ATTAA---A-TG-----AA-AAC--A-----------------CT-G--T-------AAAA--G-AA------AT--C-TT--AC-GG-ACA---ATAT----TG-CCAAATTTC------A-CT----G---ACA--AA----T-C----T------GAT---A-T-CAC------AAT----A-CGGAGA-G-AA-AA-AAA-T--AGGGGT----A-AACAGGTCga
gi|5                          :                   tgtttacTCTT-ACGA--TTT----C--T---------C-C---GT-A--AT-TTG-TA-CGTAT-TT--T--GAG-A-CCA-AAA---T---A--C-GA-C-TT---A-C-G---TT--TT-CA--T---G-T-C-C--C-GA-AAA-TA-----C----G-GAA----AT--C--GGAAG--T--C-TGT-CCG-TT----CAT---AT--T--TT----AA-TGC--TT--A-TAG-TT---T-GG-------T--GTT---AT-T-AT-T-C--G-TGT-T--GTAT-T-TG-AC--------GCT-TG--AA-T-AA------T--T--G-T-TAGAA--CCAGGG--AGTT-G----TA-AA-A--CAT--T---T-C----------CG-T-GAT-A-CAT-A-G---GTC-A-T-GT---CA----A-TGA--------------------------------T------G-------------G-C-C-G----A-A-----ACC--CC-G-CG------AAAG---AAAG----C-A--CGA--T-A-T--G-----------A--TC-------------A----T-C-TT-C----------AGT-AA-TT--TT-C-TT--T--GC-C-----CTT-------C--A---AAAAGAA---G----CA-C-TT--G-T-GT-C-C---AT--T-GC--AG--T-A--T-TTG-C---A------ACA------TA--G---A-T-TTC-T-C--A--T-GT-GCT-C-A------T-G--C-A--G-G-AA-GAAAT--C---AT-T-A--TGG-----CTGT---AA-A----C--ACAC-T--A-T-G-AA-AT---A-----TTACA-C--A-A-GCA-AT------------G-AG-AGTCATT--G--GG-GT-CT-T---CGTTAGGAG-A-AT--A-G-------G-AG-T-A---TT--C---A-C------G-A-T-T-TT--CG-G-G-------AA--C-A-GT--G-CGA-TGA-T-T-CT-TT---GCA-G--TT-AGG---AA-------T-AA-CG-------A-T-CA-T-G-----GG--CGGAA-G-T----GA-AAG-T-CTG-TG-AA-ATTAA--AAC-----CC-AC--AT-GA-AC-CTG---T-CG-G----T-T--AG-T----A--C-AGGCT----------AC--A-G--T--TGAT--A-C--A--C-T----GTG-CC-AAC--------TT--T---TAA-AA--A-A-------------A--------G---TTTCCTGA-T-TC-------GAAAA-TA-G---C-GC-A-A---GTT-AT-G--A-C-A-GTTATC--T-AT-T-TTAAT--ATTTG-TATTT-T--T-TC-AT-ATT-TA--T-TTC--A--G--A--C-T-TTG---C-AA-AGC-AAGA-AA--TG--C------A-GT--GTT-A---TA-TT---TT--CATT-AA---A-TC-A----A-GT---TG-T-G-A--TAA--A----G-T--TCTAC----AT-A-----TT-T--G-C-TC--CTT----GAA-T--AT--A---A-TGTA---AA-AAC--A-----------------CT-G--T-------AAAA--GAAA------AT--C-TT--AC-GG-ACA---A-A-----TG-CCAAATCTC------A-CT----G---ACA--AA----T-C----T------G-----A-T-TAC-A----AAT----A-CGGAGA-G-AC-AA-AAA-T--AGGGGT----A-AACAGGTCT
gi|6                          :                          TCTA-ACGA--TTT----C--CATTCTCTCAC-C---GT-AATCT-CTG-TAACGGAT-TT--TT-GAG-A-CCA-AGACT-T---A----GT-C-TTCATA-C-G---TA--TT-CA--TACTG-T-C-C--G-GATAGA-TATTGGAC----G-GAA----ATT-C--AGAAG--T--CCTGT-CCG-TTATAATAT---AT--T--TTTAATGA-TGC--TTCTA-TAG-TT---T-GG-------TTTGCTTA-AT-T-AT-C-CCGG-AGTCT--GTAT-TATG-ACTGAAACATGCTATG--AA-T-AA------TATC--G-A--AGAAACCCAGGG--AGTT-G----TA-AA-AATCAT--T---T-TACGTTGGTCACG-TAGATGA-CAT-A-GAGCGTC-A-T-GT---C-------TAA--------------------------------T------G-------------G-C-C-GCGATA-T-----ATCTACC-G-CGGGCACAAAAT---GAGA----CCA--CGGAGT-GGT--G-----------A--TC-------------A----T-CCTT-C----------GTT-AA-TTATTT-C-TT--G--GC-CCTTTTCTT-------C--T---AAAGGGATATGT---CA-C-TTGAG-TGGT-C-CG--ATGGT-GC--A---T-AAGT-TTG-CG--A------ACA-------A--G---A-TATTC-T-CGAA--T-GT-GCT-C-ATTCAACT-G--C-A--G-GAAA-GAAAT--T---CT-TAA--TGG-----CTGT---AATATCTTC--AGCC-TA-A-C-G-AA-ATAA-A-----TTAAA-T--ATG-GCA-ATTTAGTTAATTTGG-GG-AGGTCTTGAG--GG-GT-CCAA---CGT-AGGAG-A-ATGGA-G-------G-GG-T-AGG-TT--CT--A-CTTAGTAA-G-T-T-TTCGCG-G-A-------AA--CAA-AT--G-CGA-TGA-T-T-CT-TT---GCA-GGTTC-AGG---AA-------T-AA-CGATTTCAAA-T-CA-C-AAATTTGGTCCGGAA-GTT----GATAAG-TCCTT-TG-AA-ATTAT--AACAACT-CC-ACCTAT-GA-AC-CTG---TCCG-G----T-T--AG-T---------AGGCTTTTTGGCTTCAC--A-GTTT--TGAT--ATC--AT-C-TTAGAATG----AACGGAACTCATT--T---AAA-AA--ATA-------------ACCACATTTA---TTTCCTGA-T-TC-------GAAAA-TA-----C-GC-A-ATGGGTT-A
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gi|8                          :                    tgtttcTCTT-ACGA--TTT----C--T---------C-C---GT-A--TT-TTG-TA-CGA---TT--T--GAG-A-CCA-AAA---T---A--C-GT-C-TT---A-C-G---TT--TT-CA--T---G-T-C-C--C-GA-AAA-TA-----C----G-GAA----AT--C--GGAAG--T--C-TGT-CCG-TT----CAT---AT--T--T-----AA-TGC--TT--A-TAG-TT---T-GG-------T--GTT---AT-T-AT-C----G--GT-T--GTAT-T--G-AC--------GCT-TG--AA-T-AA------T-----G----AGAA--CCAGGG--AGTT-G----TA-AA-A--CAT--T---T-C----------CG-T-GAT-A-CAT-A-G---GTC-A-T-GT---CA----A-TGA-----A-----A--T------------------------G-------------G-C-C-G----A-A-----ACC--CC-G-CG------AAGA---AAGG----C-A--CGA--T-A-T--G-----------A--TC-------------A----T-C-TT-C----------G-T-AA-TT--TT-C-TT--G---C-C-----CTT-------C--TTA-AAAGGAA---G----CA-C-TT--G-T-GT-C-C---AT--T-GC--AG--T-A--T-TTG-C---A------AC-------TA--G---A-T-TCT-T-C--A--T-GT-GCT-C-A------T-G--C-A--G-G-AA-GAAAT--C---AT-T-A--TGG-----CTGT---AA-A----C--ACGC-T--A-C-G-AA-AT---A-----TTACA-C--A-A-GCA-AT------------G-G--AGTCTTT--G--GG-GT-CT-T---CGTA-GGAG-A-AT--A-G-------G-AG-T-A---TT--C---A-C------G-A-T-T-TT--CG-G-G-------AA--C-A--T--G-CGA-TGA-T-T-CT-TT---GCA-G--TT-AGG---AA-------T-AA-CG-------A-T-CA---G-----GG--CGGAA-G-T----GA-AAG-T-CTG-TG-AA-ATTA---AAC-----CC-AC--AT-GA-AC-CTG---T-CG-G----T-T--AG-T----A--C-AGGCT----------AC--A-G--T--TGAT--A-C--A--C-T----GTG-CC-AAC--------TT--T---AAA-AA--A-A----------------------G---TTTCCTGA-T-TC-------GAAAA-TA-G---C-GC-A-A---GTT-AT-G--A-C-A-GTTATTATT-AT-T-T--AT---TTTG-TA-TT-T--T-TC-AT-ATT-TA--T-TTC--A--G--A--C-T-TTG---C-AA-AGC-AAGA-AA--TG--C------A-GT--GTT-A---TA-TT---TT--CATT-AA---A-TC-A----A-GT---TTGT-G-A--TAA--A----G-T--TCTAC----AT-A-----TT-T--G-C-CT--CTT----GAA-T--AT--A---A-TGTA---AA-AAC--A-----------------CT-G--T-------AAAA--GAAA------AT--C-TT--AC-GG-ACA---A-A-----TG-CCAAATCTC------A-CT----G---ACA--AA----T-C----T------G-----A-T--AC-A----AAT----A-CGGAGA-G-AC-AA-AAA-T--AGGGGT----A-AACAGG
gi|9                          :                                                                                             AA-A-CCA-AAA---T---A----GT-C-TT---A-C-G---TT--TT-CA--T---G-T-C-C--C-GA-AAAATA-----T----G-GAA----AT--C--GGAAG--T--C-TGT-CCG-TG----CAT---AT--T--T-----AA-TGC--TT--A-TAG-TT---T-GG-------T--GTT---AT---AT-C-C--A-C---T--GTAT-T--G-AC--------GCT-TGGAAA-A-AA------T--C--T-G-AAGAA--CC--GG--AGTT-G----CCTAA-A--CAT--T---T-C----------CG-T--AT-A-CAT-A-G---GTC-A-TTGT---CATAA-A-TGA-----G--------T-----T-----------T------AAAAAAAAAAAAATG-C-C-G----A-A------CC--CC-G-CG------AAAG---AAGT----C-A--CGA--T-G-T--G-----------A-----------------A---------T-C----------G----------TT-C-TT--G--GC-C-----CTT-------CTTC---AAAGAAA---G----CA-C--T--G-T-TT-C-C---AT--T-GC--AGT-T-A--T-TT--C---A------ACA------TA--G---A-T-TTC-T-C--A--T-GT-GCT-C-AT-----T-T--C-A--G-GAAA-GATAT--C---AT-T-A--TGGGGAACCTTTTG-AA-A----C--ACGC-T--A-C-G--A-AT---A-----TTACA-C--A-A-GCA-AT------------G-GG-AGTCCTT--G--GG-GT-AT-T---CGTAAGG-T-A-AT--A-G-------A-AG---A---TT--C---A-C------G-G-T-T-TT--CA-G-GGGAAAAAAA--C-A-AT--T-CGA-TGA---T-CT-TT---GCA-C--TT-AGA---A----------AA-CG-------A-T-CA-C-G-----GG--CGGAA-G------GA-AAG-T-CTG-TGAAA-ATTAT--AAC-----CC-AC--AT-GA-AC-CTG---T-CGCG----T-T--AG-T----A--C-AGGCT----------AC--T-G--T--TG-T--A-C--A--C-T----GTG-CC-AAC--------TTTGT---AAATAA--A-AACC----------A--------G---TTTCCTGA-TCTC-------G-AAA-TA-----C-GC-A-A---GTT-AT-A--A-C-A-GTTA-T--T-AT-T-TTAAT--G--------------T-TC-GT-ATT-TA--T-TTC--A--G--A------------C-AA-AGCGAAGA-AA--TG--C------A-GT--TGT-A----A-TT---TT--CATG-TA---A-TC-A----A-GT---TT-T-G-AGTTAA--AGCTTG-T--CCTAC----ATAA-----TT-T--G-C-TC--TTT----GAA-T--AT--A---A--GTA---AA-AAC--A-----------------CT-GCTT-------ATAA--G-AA------AT--C--T--AC--G-ACA---ACA-----TGCCCCAATCTC------ATCT----G---ACA--AA----T-C----T------G-----A-T-CAC-A----AAT----A-CGG----------A-AAA-T--A-GGGT----A-AACAGGTC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|37 ): ACTACCCGAAGAATTTAGAACGTTGGTAAAATGGGT