lowQualScore : 3333333333333 11 1 111 333333333333333 1 1111111 11111111111111 1111111111111111 222222222222222222 111111111111 11 1 22222222222222222222 111111111 1 55555555555555555555555555555555 222222 44444444444444 11 2 888888888888888888888888888
lowQualScore : 8 2222222222222 5 6 6 99 1 000 7 1 5 6 8 111111111111111 5 0 5 6666666 4 66666666666666 4 8888888888888888 666 3 222222222222222222 3 99 3 88 888888888888 55 7 3 3 7 2 55 00 3 2 0 55555555555555555555 777 44 222222222 0 33333333333333333333333333333333 555555 00000000000000 88 2 6 8 111111111111111111111111111 0
lowQualScore : . ............. . . . .. . ... . . . . . ............... . . . ....... . .............. . ................ ... . .................. . .. . .. ............ .. . . . . . .. .. . . . .................... ... .. ......... . ................................ ...... .............. .. . . . ........................... .
lowQualScore : 0 6666666666666 7 7 7 33 4 000 9 6 7 7 3 222222222222222 0 9 0 2222222 4 00000000000000 0 3333333333333333 444 6 999999999999999999 5 44 6 00 666666666666 55 3 6 6 3 5 00 00 6 0 6 66666666666666666666 000 66 666666666 0 99999999999999999999999999999999 888888 22222222222222 22 5 0 5 000000000000000000000000000 8
consensus : ATTTTCTGT-AGT--A-AGATTA---GACGA-CTTCCTGGGG-CGCCC-ACA--GG-CT---GTTTACAAA-CA-CGTG---------------GAAAACA-CGTGGT-T-------TTGAG-GGTA-GTG-C--TG----TTTGCGG-ACAAAA------AA----A--TTGA---GAAAAT-GC---------------C--GTGT-NGGGTGTCATT-TT-TCTG------------ATGC-CGG-CA-GACG-AGAC-AGGTAA--C--A-T-ATA--A-CA-C-T-------GT-T---TG-ATGAAT--TA-----TTTTAC-AT-------GACTG-GT----A--TA----AA--CTGA------TTTTTC---C-GGGA----TTTTTTTTCCTACATAGAAACATA-------------------------T-AGTGAAAATAATTACCGGTGTGATA
Reference ( gi|4 ) : ATTTTCTGT-AGT--A-ACATTA---GACGA-CTTCCTGGGG-CGCCC-ACA--GG-CT---GTTTACAAA-CA-CGAG---------------GAAAACA-CGTGTT-T-------TTGAG-GGTA-GTG-C--TG----TTTGCGG-ACAAAA------AA----A--TTGA---GAAAAT-GC---------------C--GTGT-CGGGTATCATT-TT-TCTG------------ATAC-CGG-CA-GACG-AGAC-AGGTAA--C--A-T-ATA--A-CA-C-T-------GT-T---TG-ATGAAT--TA-----TTTTAC-AT-------AAGTG-GT----A--TA----AA--CTGA------TTTTT----C-GCGA----TTTTTGTTCCTGCTTAGAAACATA-------------------------T-AGTGAAAATAATTACCGGTGTGATAT
gi|2 : ATTTTCTGT-AGT--A-AGATAA---GACGA-CTTCCTGGGG-CGCCCCACA--GG-TT---GTTTAGCAA-CA-CGAG---------------GAAAACA-CGTGGT-T-------TTGAG-GGTA-GTG-A--TG----TTTGCGA-ACAAAA------AA----A--TTGA---GAAAATGGC---------------C--GTGTCCGGGTATCATTGTT-TCTG------------ATACGCGG-CA-GACGAAGAC-AGGTAA--C--A-T-ATAG-A-CA-C-T-------GT-T---TGAATGAATGGGA-----TTTTGC-AT-------AAGTG-GT----ATTTAT---AA--CTGAG-----TTTCTCTCGC-GCGA----TTTTTTTTCCTACATAGAAACATA-------------------------T-AGTGAAAATAATTACCGGTGTGATA
gi|3 : ctATTTTCTGTCAGT--ATAGATTA---TGCGAGCTTCCTGGGGGCGCCC-A-A--GG-CT---GTTTACAAAACA-CGTG---------------CAAAACATCGTGGC-T-------TTGAG-GGTA-GTG-C--TG----TT-GCGGGACAAAA------AACAAAA--ATGA----AAAAT-GC---------------C--GTTT-AGGGTGTCATT-TT--CTG------------ATGC--GG-CC-GACA-AGAC-AGGTAA--C--A-T-AGA--A-CAGC-T-------G--T---TG-ATGAAT--TA-----TTTTACAAT-------GACTT-TT----A--TA----AAACTTGA------TTTTT----C-AGGA----TTTT--TTTCTAC-TAGAAACATA-------------------------T-AGTG-AAATAATTACCGGTGTGATAc
gi|1 : tATTTTCTGT-AATTAA-GAATTA---GGCGA-CTTCCTGGGG-CGCCC--CAGGGG-CTTTAGTTTACAAA-CACCAAGTCGTTAACAAAAATTGAACACA-TGTGTTGTATTTTTGTTGAGAGGTA--TG-CTATG----TTTGCGG-ACAAAATAAGACAA----ATTTTGAATGAAAAAT-GCGATTTTTATTATTTGCTAGT-T-TGGGTGTCTTT-TTGTTTGTAGTAGGGTCGAGTGA-CGG-AACGATG-AGAT-CGGTAAATC--AGT-AGAACA-CA-C-TTAGAGTGGT-TACATG-ATGAAT--TAATATTTTTTAC-ATCCATACGAAGCG-GTGGTGA--TACCAGAATGCTGAGTTTATTTTTT----CAGAGAGAATTTTTTTTTTCTAC-TAGAAACATAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NGTGAAAATAATTAACGGTGTGATA
gi|16 : ATTTTCTGT-AGT--A-AT----------GA-CTTCCTGGGG-CGCCC-ACA--GG-CT---GTTTACAAA-Ccct
gi|9 : aactTTTGCTGT-AGT--T-TGATTA---GACCA-CTTCCTGGgaatgccagaca
gi|6 : ATTATCTGACGA-CTTCCTGGGG-CGGCC-ACAT-GGTCT---GTTTA-ACA-CT-CGTG---------------GAAAACA-CGTGGT-T-------TTGAG-GGTAAGTGGC--TG----TTTGCGG-ACAAAA------AA----A--ATGA---GAAAAT-GC---------------C--GTGT-CCGGTATCATT-TT-TCTG------------ATAC-CGGACA-GACG-AGACTAGGTAA--C--A-T-ATG--A-TAGC-T-------TG-T---TG-ATGAAT--TA-----Taaaacacgtggttttgaggataaacctgtttgcagaaaaactttaaattgagaaaataccgcgtagggtaacatttttctaatgttggcagacgagacagttaacaatgc
gi|5 : aaATTATCTGACGA-CTTCCTGGGG-CGGCC-ACAT-GGTCT---GTTTA-ACA-CT-CGTG---------------GAAAACA-CGTGGT-T-------TTGAG-GGTAAGTGGC--TG----TTTGCGG-ACAAAA------AA----A--ATGA---GAAAAT-GC---------------C--GTGT-CCGGTATCATT-TT-TCTG------------ATAC-CGGACA-GACG-AGACTAGGTAA--C--A-T-ATG--A-TAGC-T-------TG-T---TG-ATGAAT--TA-----T
gi|7 : aaCG--GA-CT---ATTTACGTA-CA-TGTG---------------GTAAACA-CGTGGT-T-------TTGAG-GGTA--TT-C--T---------------AAAA------TA----ATGTCGA---GATAAT-GC---------------A--GCGC-ATGAAATCGTT-TT-TCCA------------ATGT-CGG-CA-GTCG-AGAT-TGCT-A--C--A-T-AGA--A-CA-T-T-------
gi|9 : gaactattgatattggtatctgtaccctttttctgatttgcattG---------------GAAAACA-CGTGGT-T-------TTGAG-GATA-AAC-C--TG----TTTGCAG-A-AAAACTTT--AA----A--TTGA---GAAAAT-AC---------------C--GCGT-AGGGTAACATT-TT-TCTA------------ATGT-TGG-CA-GACG-AGAC-AGTTAA--C--A-tct
gi|14 : tttgctgtagtttgattagaccacttcctG---------------GAAAACA-CGTGCT-T-------TTGAG-GGTA-GTG-C--TGAACATTTGCAG-ACAAAC------AA----A--TTGA---GAAAAT-GC---------------C--GTTT-GGGGTATCATatgc
gi|8 : TGAA-GGTA-GTG----------TTTGCGG-ACAACA------AA----A--TTGA---GAAAAT-GC---------------C--GCAT-AGGGTGTCATT-TT-TCTG------------ATGT-TGG-CA-GATG-AGAC-AGGTAA--C--A-TGGTA-----------------GT-T---TA-CAGAAT--TC-----TTTTAT-AT-------GACTT-TG----A--TA----AA--CTGA------T
gi|10 : G-AGAAGA------AA----A-----A---AAAAAC-GT---------------T--TTAT-TAGGAGCCATT-TT--CTG------------ATAC-TGT-TA-GACG-ATAC-AGGTTA--CTTA-TGATA--ATTA-CAT-------GTAT---TG-CTGAAT--CA-----TTTTAC-AT-------aaatagattttttctacataat
gi|11 : tgttatAAA------AA----A----------AAAAC-GT---------------T--TTAT-TAGGAGCCATT-TT--CTG------------ATAC-TGT-TA-GACG-ATAC-AGGTTA--CTTA-TGATA--A-TA-CAT-------GTAT---TG-CTGAAT--CA-----TTTTAC-AT-------gcta
gi|13 : tgttatgagagGATGTCTTA-TT-TCTG------------ATAT-TGG-CA-GAAA-AGAC-ATGTTA--C--A-T-AGA--A-CA-A-T-------GG-T---TG-CTAAAT--GA-----TT-----------------TG-GC----A--T-----GA--CTGA------TTTTgcta
gi|12 : c-CA-C-T-------GT-T---T--ATGAAT---A-----TTTTACGAT-------GACTGTGT----AA-TT----AA--CTGA------TTTTTT---C-AGGA----TTTTTCTTC-TATATAGAAACATA-------------------------TTAGTGAAAATAATTACCGGTGTGATA
gi|15 : -------------------------T-AGTGAAAATAATTACCGGTGTGATAcct
Alignments
lowQualScore : 111 11 1 111 111111111 111111111 1111 111111 111 1111111111111111111 111111111111 1 11111111111111 111111 11111 222222222222 333333333333333333333 1111 11 1 7777777777777777777777777
lowQualScore : 6 777 3 5 777 5 5 5 66 0 888 5 0 5 000 66 777777777 4 4 777777777 4 99 1111 8888 3 666666 7777 444 555 3 8888888888888888888 44 3 66 777777777777 44 6 3 3 6 1 44 99 3 0 88 3 99999999999999 666 3 999999999 8 222222 22222 5 5 333333333333 777777777777777777777 4444 22 1 3333333333333333333333333
lowQualScore : . ... . . ... . . . .. . ... . . . ... .. ......... . . ......... . .. .... .... . ...... .... ... ... . ................... .. . .. ............ .. . . . . . .. .. . . .. . .............. ... . ......... . ...... ..... . . ............ ..................... .... .. . .........................
lowQualScore : 7 000 4 0 555 0 7 7 99 0 888 6 2 0 000 11 888888888 4 4 888888888 0 66 0000 5555 6 777777 1111 888 888 3 3333333333333333333 33 3 66 111111111111 22 7 3 3 7 6 66 22 3 9 66 3 88888888888888 444 6 888888888 9 888888 99999 7 7 333333333333 888888888888888888888 2222 55 7 3333333333333333333333333
consensus : ATTTTCTGT-AGT-A-AGA-TTA---GACGA-CTTCCTGGGG-CGCCC-ACA--GG-CT---GTTTACAAA-CAC---GTGG--AA---------AACA-CGTG-GTT---------TTGAG-GGTA-GTG-C--TG----TTTGCGG-ACAAAA------AA----A--TTGA---GAAAAT-GCCG------------TG-----T-NGGGTGTCATT-TT-TCTG------------ATAC-CGG-CA-GACG-AGAC-AGGTAA--C--A-T-ATA--A-CA-C-T-------GT-T---TG-ATGAAT--TA-----TTTTAC-AT------GA--C--TG-GT-A--TA----AA--CTGA------T---TTTTC---CGNGA----TTTTTTTTCCTACATAGAAACATA-------------------------TAGTGAAAATAATTACCGGTGTGATA
Reference ( family-4517 ) : ATTTTCTGT-AGT-A-AGA-TTA---GACGA-CTTCCTGGGG-CGCCC-ACA--GG-CT---GTTTACAAA-CAC---GTGG--AA---------AACA-CGTG-GTT---------TTGAG-GGTA-GTG-C--TG----TTTGCGG-ACAAAA------AA----A--TTGA---GAAAAT-GCCG------------TG-----T-NGGGTGTCATT-TT-TCTG------------ATGC-CGG-CA-GACG-AGAC-AGGTAA--C--A-T-ATA--A-CA-C-T-------GT-T---TG-ATGAAT--TA-----TTTTAC-AT------GA--C--TG-GT-A--TA----AA--CTGA------T---TTTTC---CGGGA----TTTTTTTTCCTACATAGAAACATA-------------------------TAGTGAAAATAATTACCGGTGTGATA
gi|1 : ATTTTCTGT-AATTA-AGAATTA---GGCGA-CTTCCTGGGG-CGCCC--CAGGGG-CTTTAGTTTACAAA-CACCAAGTCGTTAACAAAAATTGAACA-CATGTGTTGTATTTTTGTTGAGAGGTA--TG-CTATG----TTTGCGG-ACAAAATAAGACAA----ATTTTGAATGAAAAAT-G-CGATTTTTATTATTTGCTAGTT-TGGGTGTCTTT-TTGTTTGTAGTAGGGTCGAGTGA-CGG-AACGATG-AGAT-CGGTAAATC--AGT-AGAACA-CA-C-TTAGAGTGGT-TACATG-ATGAAT--TAATATTTTTTAC-ATCCATACGAAGCGGTG-GTGA--TACCAGAATGCTGAGTTTATT---TTTTC---AGAGAGAATTTTTTTTTTCTAC-TAGAAACATAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGAAAATAATTAACGGTGTGATA
gi|10 : G-AGAAGA------AA----A-----A---AAAAAC-GTTT------------TA-----T-TAGGAGCCATT-TT--CTG------------ATAC-TGT-TA-GACG-ATAC-AGGTTA--CTTA-TGATA--ATTA-CAT-------GTAT---TG-CTGAAT--CA-----TTTTAC-AT------Gcct
gi|11 : tgttatAAA------AA----A----------AAAAC-GTTT------------TA-----T-TAGGAGCCATT-TT--CTG------------ATAC-TGT-TA-GACG-ATAC-AGGTTA--CTTA-TGATA--A-TA-CAT-------GTAT---TG-CTGAAT--CA-----TTTTAC-AT------Gcta
gi|12 : tgttatgagag-CA-C-T-------GT-T---T--ATGAAT---A-----TTTTACGAT------GA--C--TGTGT-AA-TT----AA--CTGA------T---TTTTT---CAGGA----TTTTTCTT-CTATATAGAAACATAT------------------------TAGTGAAAATAATTACCGGTGTGATActa
gi|13 : GATGTCTTA-TT-TCTG------------ATAT-TGG-CA-GAAA-AGAC-ATGTTA--C--A-T-AGA--A-CA-A-T-------GG-T---TG-CTAAAT--GA-----TTTGGC-AT------GA--C--TG-AT-cct
gi|14 : cGG--AA---------AACA-CGTG-CTT---------TTGAG-GGTA-GTG-C--TGAACATTTGCAG-ACAAAC------AA----A--TTGA---GAAAAT-GCCG------------TT-----T-GGGGTATCATttt
gi|15 : -------------------------TAGTGAAAATAATTACCGGTGTGATA
gi|16 : ttaacaaacttttttctaatgatccccctctctattttattgtATTTTCTGT-AGT-A-A-----------TGA-CTTCCTGGGG-CGCCC-ACA--GG-CT---GTTTACAAA-Ccc
gi|2 : aactATTTTCTGT-AGT-A-AGA-TAA---GACGA-CTTCCTGGGG-CGCCCCACA--GG-TT---GTTTAGCAA-CAC---GAGG--AA---------AACA-CGTG-GTT---------TTGAG-GGTA-GTG-A--TG----TTTGCGA-ACAAAA------AA----A--TTGA---GAAAATGGCCG------------TG-----TCCGGGTATCATTGTT-TCTG------------ATACGCGG-CA-GACGAAGAC-AGGTAA--C--A-T-ATAG-A-CA-C-T-------GT-T---TGAATGAATGGGA-----TTTTGC-AT------AA--G--TG-GT-ATTTAT---AA--CTGAG-----T---TTCTCTCGCGCGA----TTTTTTTTCCTACATAGAAACATA-------------------------TAGTGAAAATAATTACCGGTGTGATAgaatgccagaca
gi|3 : ctATTTTCTGTCAGT-ATAGA-TTA---TGCGAGCTTCCTGGGGGCGCCC-A-A--GG-CT---GTTTACAAAACAC---GTGC--AA---------AACATCGTG-GCT---------TTGAG-GGTA-GTG-C--TG----TT-GCGGGACAAAA------AACAAAA--ATGA----AAAAT-GCCG------------TT-----T-AGGGTGTCATT-TT--CTG------------ATGC--GG-CC-GACA-AGAC-AGGTAA--C--A-T-AGA--A-CAGC-T-------G--T---TG-ATGAAT--TA-----TTTTACAAT------GA--C--TT-TT-A--TA----AAACTTGA------T---TTTT----CAGGA----TTTTTTT--CTAC-TAGAAACATA-------------------------TAGTG-AAATAATTACCGGTGTGATAc
gi|4 : tATTTTCTGT-AGT-A-ACA-TTA---GACGA-CTTCCTGGGG-CGCCC-ACA--GG-CT---GTTTACAAA-CAC---GAGG--AA---------AACA-CGTG-TTT---------TTGAG-GGTA-GTG-C--TG----TTTGCGG-ACAAAA------AA----A--TTGA---GAAAAT-GCCG------------TG-----T-CGGGTATCATT-TT-TCTG------------ATAC-CGG-CA-GACG-AGAC-AGGTAA--C--A-T-ATA--A-CA-C-T-------GT-T---TG-ATGAAT--TA-----TTTTAC-AT------AA--G--TG-GT-A--TA----AA--CTGA------T---TTTT----CGCGA----TTTTTGTTCCTGCTTAGAAACATA-------------------------TAGTGAAAATAATTACCGGTGTGATA
gi|5 : -AAA-TTATCTGACGA-CTTCCTGGGG-CGGCC-ACAT-GGTCT---GTTTA-ACA-CTC---GTGG--AA---------AACA-CGTG-GTT---------TTGAG-GGTAAGTGGC--TG----TTTGCGG-ACAAAA------AA----A--ATGA---GAAAAT-GCCG------------TG-----T-CCGGTATCATT-TT-TCTG------------ATAC-CGGACA-GACG-AGACTAGGTAA--C--A-T-ATG--A-TAGC-T-------TG-T---TG-ATGAAT--TA-----Tt
gi|6 : -AAA-TTATCTGACGA-CTTCCTGGGG-CGGCC-ACAT-GGTCT---GTTTA-ACA-CTC---GTGG--AA---------AACA-CGTG-GTT---------TTGAG-GGTAAGTGGC--TG----TTTGCGG-ACAAAA------AA----A--ATGA---GAAAAT-GCCG------------TG-----T-CCGGTATCATT-TT-TCTG------------ATAC-CGGACA-GACG-AGACTAGGTAA--C--A-T-ATG--A-TAGC-T-------TG-T---TG-ATGAAT--TA-----T
gi|7 : CG--GA-CT---ATTTACGTA-CAT---GTGG--TA---------AACA-CGTG-GTT---------TTGAG-GGTA--TT-C--T---------------AAAA------TA----ATGTCGA---GATAAT-GCAG------------CG-----C-ATGAAATCGTT-TT-TCCA------------ATGT-CGG-CA-GTCG-AGAT-TGCT-A--C--A-T-AGA--A-CA-T-T-------
gi|8 : gaactattgatattggtatctgtaccctttttctgatttgcattTGAA-GGTA-GTG----------TTTGCGG-ACAACA------AA----A--TTGA---GAAAAT-GCCG------------CA-----T-AGGGTGTCATT-TT-TCTG------------ATGT-TGG-CA-GATG-AGAC-AGGTAA--C--A-TGGTA-----------------GT-T---TA-CAGAAT--TC-----TTTTAT-AT------GA--C--TT-TG-A--TA----AA--CTGA------TAAAT---------AGA----TTTTTT---CTACATAtct
gi|9 : TTTGCTGT-AGT-T-TGA-TTA---GACCA-CTTCCTGGat
gi|9 : TGG--AA---------AACA-CGTG-GTT---------TTGAG-GATA-AAC-C--TG----TTTGCAG-A-AAAACTTT--AA----A--TTGA---GAAAAT-ACCG------------CG-----T-AGGGTAACATT-TT-TCTA------------ATGT-TGG-CA-GACG-AGAC-AGTTAA--C--A-aaaacacgtggttttgaggataaacctgtttgcagaaaaactttaaattgagaaaataccgcgtagggtaacatttttctaatgttggcagacgagacagttaacaatgc
Alignments
lowQualScore : 111 11 1 111 111111111 111111111 1111 111111 111 1111111111111111111 111111111111 1 11111111111111 111111 11111 222222222222 333333333333333333333 1111 11 1 7777777777777777777777777
lowQualScore : 6 777 3 5 777 5 5 5 66 0 888 5 0 5 000 66 777777777 4 4 777777777 4 99 1111 8888 3 666666 7777 444 555 3 8888888888888888888 44 3 66 777777777777 44 6 3 3 6 1 44 99 3 0 88 3 99999999999999 666 3 999999999 8 222222 22222 5 5 333333333333 444444444444444444444 4444 22 1 3333333333333333333333333
lowQualScore : . ... . . ... . . . .. . ... . . . ... .. ......... . . ......... . .. .... .... . ...... .... ... ... . ................... .. . .. ............ .. . . . . . .. .. . . .. . .............. ... . ......... . ...... ..... . . ............ ..................... .... .. . .........................
lowQualScore : 7 000 4 0 555 0 7 7 99 0 888 6 2 0 000 11 888888888 4 4 888888888 0 66 0000 5555 6 777777 1111 888 888 3 3333333333333333333 33 3 66 111111111111 22 7 3 3 7 6 66 22 3 9 66 3 88888888888888 444 6 888888888 9 888888 99999 7 7 333333333333 888888888888888888888 2222 55 7 3333333333333333333333333
consensus : ATTTTCTGT-AGT-A-AGA-TTA---GACGA-CTTCCTGGGG-CGCCC-ACA--GG-CT---GTTTACAAA-CAC---GTGG--AA---------AACA-CGTG-GTT---------TTGAG-GGTA-GTG-C--TG----TTTGCGG-ACAAAA------AA----A--TTGA---GAAAAT-GCCG------------TG-----T-NGGGTGTCATT-TT-TCTG------------ATAC-CGG-CA-GACG-AGAC-AGGTAA--C--A-T-ATA--A-CA-C-T-------GT-T---TG-ATGAAT--TA-----TTTTAC-AT------GA--C--TG-GT-A--TA----AA--CTGA------T---TTTTC---CGNGA----TTTTTTTTCCTACATAGAAACATA-------------------------TAGTGAAAATAATTACCGGTGTGATA
Reference ( family-4517 ) : ATTTTCTGT-AGT-A-AGA-TTA---GACGA-CTTCCTGGGG-CGCCC-ACA--GG-CT---GTTTACAAA-CAC---GTGG--AA---------AACA-CGTG-GTT---------TTGAG-GGTA-GTG-C--TG----TTTGCGG-ACAAAA------AA----A--TTGA---GAAAAT-GCCG------------TG-----T-NGGGTGTCATT-TT-TCTG------------ATAC-CGG-CA-GACG-AGAC-AGGTAA--C--A-T-ATA--A-CA-C-T-------GT-T---TG-ATGAAT--TA-----TTTTAC-AT------GA--C--TG-GT-A--TA----AA--CTGA------T---TTTTC---CGNGA----TTTTTTTTCCTACATAGAAACATA-------------------------TAGTGAAAATAATTACCGGTGTGATA
gi|1 : ATTTTCTGT-AATTA-AGAATTA---GGCGA-CTTCCTGGGG-CGCCC--CAGGGG-CTTTAGTTTACAAA-CACCAAGTCGTTAACAAAAATTGAACA-CATGTGTTGTATTTTTGTTGAGAGGTA--TG-CTATG----TTTGCGG-ACAAAATAAGACAA----ATTTTGAATGAAAAAT-G-CGATTTTTATTATTTGCTAGTT-TGGGTGTCTTT-TTGTTTGTAGTAGGGTCGAGTGA-CGG-AACGATG-AGAT-CGGTAAATC--AGT-AGAACA-CA-C-TTAGAGTGGT-TACATG-ATGAAT--TAATATTTTTTAC-ATCCATACGAAGCGGTG-GTGA--TACCAGAATGCTGAGTTTATT---TTTTC---AGAGAGAATTTTTTTTTTCTAC-TAGAAACATAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGAAAATAATTAACGGTGTGATA
gi|10 : G-AGAAGA------AA----A-----A---AAAAAC-GTTT------------TA-----T-TAGGAGCCATT-TT--CTG------------ATAC-TGT-TA-GACG-ATAC-AGGTTA--CTTA-TGATA--ATTA-CAT-------GTAT---TG-CTGAAT--CA-----TTTTAC-AT------Gcct
gi|11 : tgttatAAA------AA----A----------AAAAC-GTTT------------TA-----T-TAGGAGCCATT-TT--CTG------------ATAC-TGT-TA-GACG-ATAC-AGGTTA--CTTA-TGATA--A-TA-CAT-------GTAT---TG-CTGAAT--CA-----TTTTAC-AT------Gcta
gi|12 : tgttatgagag-CA-C-T-------GT-T---T--ATGAAT---A-----TTTTACGAT------GA--C--TGTGT-AA-TT----AA--CTGA------T---TTTTT---CAGGA----TTTTTCTT-CTATATAGAAACATAT------------------------TAGTGAAAATAATTACCGGTGTGATActa
gi|13 : GATGTCTTA-TT-TCTG------------ATAT-TGG-CA-GAAA-AGAC-ATGTTA--C--A-T-AGA--A-CA-A-T-------GG-T---TG-CTAAAT--GA-----TTTGGC-AT------GA--C--TG-AT-cct
gi|14 : cGG--AA---------AACA-CGTG-CTT---------TTGAG-GGTA-GTG-C--TGAACATTTGCAG-ACAAAC------AA----A--TTGA---GAAAAT-GCCG------------TT-----T-GGGGTATCATttt
gi|15 : -------------------------TAGTGAAAATAATTACCGGTGTGATA
gi|16 : ttaacaaacttttttctaatgatccccctctctattttattgtATTTTCTGT-AGT-A-A-----------TGA-CTTCCTGGGG-CGCCC-ACA--GG-CT---GTTTACAAA-Ccc
gi|2 : aactATTTTCTGT-AGT-A-AGA-TAA---GACGA-CTTCCTGGGG-CGCCCCACA--GG-TT---GTTTAGCAA-CAC---GAGG--AA---------AACA-CGTG-GTT---------TTGAG-GGTA-GTG-A--TG----TTTGCGA-ACAAAA------AA----A--TTGA---GAAAATGGCCG------------TG-----TCCGGGTATCATTGTT-TCTG------------ATACGCGG-CA-GACGAAGAC-AGGTAA--C--A-T-ATAG-A-CA-C-T-------GT-T---TGAATGAATGGGA-----TTTTGC-AT------AA--G--TG-GT-ATTTAT---AA--CTGAG-----T---TTCTCTCGCGCGA----TTTTTTTTCCTACATAGAAACATA-------------------------TAGTGAAAATAATTACCGGTGTGATAgaatgccagaca
gi|3 : ctATTTTCTGTCAGT-ATAGA-TTA---TGCGAGCTTCCTGGGGGCGCCC-A-A--GG-CT---GTTTACAAAACAC---GTGC--AA---------AACATCGTG-GCT---------TTGAG-GGTA-GTG-C--TG----TT-GCGGGACAAAA------AACAAAA--ATGA----AAAAT-GCCG------------TT-----T-AGGGTGTCATT-TT--CTG------------ATGC--GG-CC-GACA-AGAC-AGGTAA--C--A-T-AGA--A-CAGC-T-------G--T---TG-ATGAAT--TA-----TTTTACAAT------GA--C--TT-TT-A--TA----AAACTTGA------T---TTTTC---AG-GA----TTTTTTT--CTAC-TAGAAACATA-------------------------TAGTG-AAATAATTACCGGTGTGATAc
gi|4 : tATTTTCTGT-AGT-A-ACA-TTA---GACGA-CTTCCTGGGG-CGCCC-ACA--GG-CT---GTTTACAAA-CAC---GAGG--AA---------AACA-CGTG-TTT---------TTGAG-GGTA-GTG-C--TG----TTTGCGG-ACAAAA------AA----A--TTGA---GAAAAT-GCCG------------TG-----T-CGGGTATCATT-TT-TCTG------------ATAC-CGG-CA-GACG-AGAC-AGGTAA--C--A-T-ATA--A-CA-C-T-------GT-T---TG-ATGAAT--TA-----TTTTAC-AT------AA--G--TG-GT-A--TA----AA--CTGA------T---TTTT----CGCGA----TTTTTGTTCCTGCTTAGAAACATA-------------------------TAGTGAAAATAATTACCGGTGTGATA
gi|5 : -AAA-TTATCTGACGA-CTTCCTGGGG-CGGCC-ACAT-GGTCT---GTTTA-ACA-CTC---GTGG--AA---------AACA-CGTG-GTT---------TTGAG-GGTAAGTGGC--TG----TTTGCGG-ACAAAA------AA----A--ATGA---GAAAAT-GCCG------------TG-----T-CCGGTATCATT-TT-TCTG------------ATAC-CGGACA-GACG-AGACTAGGTAA--C--A-T-ATG--A-TAGC-T-------TG-T---TG-ATGAAT--TA-----Tt
gi|6 : -AAA-TTATCTGACGA-CTTCCTGGGG-CGGCC-ACAT-GGTCT---GTTTA-ACA-CTC---GTGG--AA---------AACA-CGTG-GTT---------TTGAG-GGTAAGTGGC--TG----TTTGCGG-ACAAAA------AA----A--ATGA---GAAAAT-GCCG------------TG-----T-CCGGTATCATT-TT-TCTG------------ATAC-CGGACA-GACG-AGACTAGGTAA--C--A-T-ATG--A-TAGC-T-------TG-T---TG-ATGAAT--TA-----T
gi|7 : CG--GA-CT---ATTTACGTA-CAT---GTGG--TA---------AACA-CGTG-GTT---------TTGAG-GGTA--TT-C--T---------------AAAA------TA----ATGTCGA---GATAAT-GCAG------------CG-----C-ATGAAATCGTT-TT-TCCA------------ATGT-CGG-CA-GTCG-AGAT-TGCT-A--C--A-T-AGA--A-CA-T-T-------
gi|8 : gaactattgatattggtatctgtaccctttttctgatttgcattTGAA-GGTA-GTG----------TTTGCGG-ACAACA------AA----A--TTGA---GAAAAT-GCCG------------CA-----T-AGGGTGTCATT-TT-TCTG------------ATGT-TGG-CA-GATG-AGAC-AGGTAA--C--A-TGGTA-----------------GT-T---TA-CAGAAT--TC-----TTTTAT-AT------GA--C--TT-TG-A--TA----AA--CTGA------TAAAT---------AGA----TTTTTT---CTACATAtct
gi|9 : TTTGCTGT-AGT-T-TGA-TTA---GACCA-CTTCCTGGat
gi|9 : TGG--AA---------AACA-CGTG-GTT---------TTGAG-GATA-AAC-C--TG----TTTGCAG-A-AAAACTTT--AA----A--TTGA---GAAAAT-ACCG------------CG-----T-AGGGTAACATT-TT-TCTA------------ATGT-TGG-CA-GACG-AGAC-AGTTAA--C--A-aaaacacgtggttttgaggataaacctgtttgcagaaaaactttaaattgagaaaataccgcgtagggtaacatttttctaatgttggcagacgagacagttaacaatgc
blockSeqs : C AT G . TCT G G C T T . C A . . . T . . . AG GC AACA G CTTT CAAA TGT . G TA CC G T . GC A . A T T . TT . G G T CATGTA . A GGGA G . C T . TTTATAA GTTTCTCTCGCGC . TC A T
blockSeqs : . A G . TCT . . . T T . G . . . . . . . . AG GC . . . . T . . TA T . T . T A . . T T . TT . G . . CATGTA . . CA A . C . . TAAAAC TTTTTTCAG . TC A .
blockSeqs : . A C . . . . . . . . C . . . . . . . . G C . . . . T . . TT T . T . T . . . . T . . . G . . GCTTG . . CA . . G . . ATTAA TTTTTCAG . T T .
blockSeqs : . A A . . . . . . . . C . . . . . . . . G A . . . . A . . TG G . T . T . . . . A . . . . . . GCTTG . . GA . . C . . TAAA TTTTTCGC . . A .
blockSeqs : . T A . . . . . . . . C . . . . . . . . G C . . . . T . . TT A . T . C . . . . A . . . . . . CTGT . . TA . . G . . TAAA TAAATA . . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . . . . . . . . G C . . . . A . . TG C . T . C . . . . A . . . . . . ATGG . . TA . . C . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . G C . . . . A . . TG C . T . C . . . . A . . . . . . CTGT . . TA . .
blockSeqs : . . . . . . A C . . . . T . . TG C . T . C . . . . A . . . . . . GCTG . . TA . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . CG A . . . T . . . . A . . . . . . CTGT . . TC
blockSeqs : . . . . . . CA A . . . T . . . . A . . . . . . GT . . A
blockSeqs : . . . . . CG A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : A** ** *** *** ** ********* ********* G* C*** ****** T** *** TG***************** T* ************ ** ** CTGT********** *** TA******* ****** C**** TAAA******** TTTTTCGN************* **** *************************
originalCons : ATTTTCTGT-AGT-A-AGA-TTA---GACGA-CTTCCTGGGG-CGCCC-ACA--GG-CT---GTTTACAAA-CAC---GTGG--AA---------AACA-CGTG-GTT---------TTGAG-GGTA-GTG-C--TG----TTTGCGG-ACAAAA------AA----A--TTGA---GAAAAT-GCCG------------TG-----T-NGGGTGTCATT-TT-TCTG------------ATAC-CGG-CA-GACG-AGAC-AGGTAA--C--A-T-ATA--A-CA-C-T-------GT-T---TG-ATGAAT--TA-----TTTTAC-AT------GA--C--TG-GT-A--TA----AA--CTGA------T---TTTTC---CGNGA----TTTTTTTTCCTACATAGAAACATA-------------------------TAGTGAAAATAATTACCGGTGTGATA
finalCons : ATTTTCTGT-AGTA--AGA-TTA---GACGA-CTTCCTGGGG-CGCCC-ACA--GG-CT---GTTTACAAA-CAC---GTGG--AA---------AACA-CGTG-GTT---------TTGAG-GGTAG-TGC---TG----TTTGCGG-ACAAAA------AA----AT--TGA---GAAAAT-GCCGTG-----------------T-NGGGTGTCATT-TTT-CTG------------ATAC-CGG-CA-GACG-AGAC-AGGTAA--C--A-T-ATA--A-CACTGT----------T---TG-ATGAATTA-------TTTTAC-AT------GAC----TG-GT-ATAAA--------CTGATTTTTCGN-------------GA----TTTTTTTTCCTACATAGAAACATA-------------------------TAGTGAAAATAATTACCGGTGTGATA
Alignments
lowQualScore : 111 11 1 111 111111111 111111111 1111 111111 111 1111111111111111111 111111111111 1 11111111111111 111111 11111 222222222222 3333333333 11111111 1111 11 1 7777777777777777777777777
lowQualScore : 6 777 3 5 777 5 5 5 66 0 888 5 0 5 000 66 777777777 4 4 777777777 4 99 1111 8888 3 666666 7777 444 555 3 8888888888888888888 44 3 66 777777777777 44 6 3 3 6 1 44 99 3 0 88 3 99999999999999 666 3 999999999 8 222222 22222 5 5 333333333333 5555555555 55555555 4444 22 1 3333333333333333333333333
lowQualScore : . ... . . ... . . . .. . ... . . . ... .. ......... . . ......... . .. .... .... . ...... .... ... ... . ................... .. . .. ............ .. . . . . . .. .. . . .. . .............. ... . ......... . ...... ..... . . ............ .......... ........ .... .. . .........................
lowQualScore : 7 000 4 0 555 0 7 7 99 0 888 6 2 0 000 11 888888888 4 4 888888888 0 66 0000 5555 6 777777 1111 888 888 3 3333333333333333333 33 3 66 111111111111 22 7 3 3 7 6 66 22 3 9 66 3 88888888888888 444 6 888888888 9 888888 99999 7 7 333333333333 2222222222 55555555 2222 55 7 3333333333333333333333333
consensus : ATTTTCTGT-AGT-A-AGA-TTA---GACGA-CTTCCTGGGG-CGCCC-ACA--GG-CT---GTTTACAAA-CAC---GTGG--AA---------AACA-CGTG-GTT---------TTGAG-GGTA-GTG-C--TG----TTTGCGG-ACAAAA------AA----A--TTGA---GAAAAT-GCCG------------TG-----T-NGGGTGTCATT-TT-TCTG------------ATAC-CGG-CA-GACG-AGAC-AGGTAA--C--A-T-ATA--A-CA-C-T-------GT-T---TG-ATGAAT--TA-----TTTTAC-AT------GA--C--TG-GT-A--TA----AA--CTGA------T---TTTT----C-GNGA----TTTTTTTTCCTACATAGAAACATA-------------------------TAGTGAAAATAATTACCGGTGTGATA
Reference ( family-4517 ) : ATTTTCTGT-AGT-A-AGA-TTA---GACGA-CTTCCTGGGG-CGCCC-ACA--GG-CT---GTTTACAAA-CAC---GTGG--AA---------AACA-CGTG-GTT---------TTGAG-GGTA-GTG-C--TG----TTTGCGG-ACAAAA------AA----A--TTGA---GAAAAT-GCCG------------TG-----T-NGGGTGTCATT-TT-TCTG------------ATAC-CGG-CA-GACG-AGAC-AGGTAA--C--A-T-ATA--A-CA-C-T-------GT-T---TG-ATGAAT--TA-----TTTTAC-AT------GA--C--TG-GT-A--TA----AA--CTGA------T---TTTT----C-GNGA----TTTTTTTTCCTACATAGAAACATA-------------------------TAGTGAAAATAATTACCGGTGTGATA
gi|1 : ATTTTCTGT-AATTA-AGAATTA---GGCGA-CTTCCTGGGG-CGCCC--CAGGGG-CTTTAGTTTACAAA-CACCAAGTCGTTAACAAAAATTGAACA-CATGTGTTGTATTTTTGTTGAGAGGTA--TG-CTATG----TTTGCGG-ACAAAATAAGACAA----ATTTTGAATGAAAAAT-G-CGATTTTTATTATTTGCTAGTT-TGGGTGTCTTT-TTGTTTGTAGTAGGGTCGAGTGA-CGG-AACGATG-AGAT-CGGTAAATC--AGT-AGAACA-CA-C-TTAGAGTGGT-TACATG-ATGAAT--TAATATTTTTTAC-ATCCATACGAAGCGGTG-GTGA--TACCAGAATGCTGAGTTTATT---TTTT----CAGAGAGAATTTTTTTTTTCTAC-TAGAAACATAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGAAAATAATTAACGGTGTGATA
gi|10 : G-AGAAGA------AA----A-----A---AAAAAC-GTTT------------TA-----T-TAGGAGCCATT-TT--CTG------------ATAC-TGT-TA-GACG-ATAC-AGGTTA--CTTA-TGATA--ATTA-CAT-------GTAT---TG-CTGAAT--CA-----TTTTAC-AT------Gcct
gi|11 : tgttatAAA------AA----A----------AAAAC-GTTT------------TA-----T-TAGGAGCCATT-TT--CTG------------ATAC-TGT-TA-GACG-ATAC-AGGTTA--CTTA-TGATA--A-TA-CAT-------GTAT---TG-CTGAAT--CA-----TTTTAC-AT------Gcta
gi|12 : tgttatgagag-CA-C-T-------GT-T---T--ATGAAT---A-----TTTTACGAT------GA--C--TGTGT-AA-TT----AA--CTGAT-----T---TTTT----C-AGGA----TTTTTCTT-CTATATAGAAACATAT------------------------TAGTGAAAATAATTACCGGTGTGATActa
gi|13 : GATGTCTTA-TT-TCTG------------ATAT-TGG-CA-GAAA-AGAC-ATGTTA--C--A-T-AGA--A-CA-A-T-------GG-T---TG-CTAAAT--GA-----TTTGGC-AT------GA--C--TG-AT-cct
gi|14 : cGG--AA---------AACA-CGTG-CTT---------TTGAG-GGTA-GTG-C--TGAACATTTGCAG-ACAAAC------AA----A--TTGA---GAAAAT-GCCG------------TT-----T-GGGGTATCATttt
gi|15 : -------------------------TAGTGAAAATAATTACCGGTGTGATA
gi|16 : ttaacaaacttttttctaatgatccccctctctattttattgtATTTTCTGT-AGT-A-A-----------TGA-CTTCCTGGGG-CGCCC-ACA--GG-CT---GTTTACAAA-Ccc
gi|2 : aactATTTTCTGT-AGT-A-AGA-TAA---GACGA-CTTCCTGGGG-CGCCCCACA--GG-TT---GTTTAGCAA-CAC---GAGG--AA---------AACA-CGTG-GTT---------TTGAG-GGTA-GTG-A--TG----TTTGCGA-ACAAAA------AA----A--TTGA---GAAAATGGCCG------------TG-----TCCGGGTATCATTGTT-TCTG------------ATACGCGG-CA-GACGAAGAC-AGGTAA--C--A-T-ATAG-A-CA-C-T-------GT-T---TGAATGAATGGGA-----TTTTGC-AT------AA--G--TG-GT-ATTTAT---AA--CTGAG-----T---TTCTCTCGC-GCGA----TTTTTTTTCCTACATAGAAACATA-------------------------TAGTGAAAATAATTACCGGTGTGATAgaatgccagaca
gi|3 : ctATTTTCTGTCAGT-ATAGA-TTA---TGCGAGCTTCCTGGGGGCGCCC-A-A--GG-CT---GTTTACAAAACAC---GTGC--AA---------AACATCGTG-GCT---------TTGAG-GGTA-GTG-C--TG----TT-GCGGGACAAAA------AACAAAA--ATGA----AAAAT-GCCG------------TT-----T-AGGGTGTCATT-TT--CTG------------ATGC--GG-CC-GACA-AGAC-AGGTAA--C--A-T-AGA--A-CAGC-T-------G--T---TG-ATGAAT--TA-----TTTTACAAT------GA--C--TT-TT-A--TA----AAACTTGA------T---TTTT----C-AGGA----TTTTTTT--CTAC-TAGAAACATA-------------------------TAGTG-AAATAATTACCGGTGTGATAc
gi|4 : tATTTTCTGT-AGT-A-ACA-TTA---GACGA-CTTCCTGGGG-CGCCC-ACA--GG-CT---GTTTACAAA-CAC---GAGG--AA---------AACA-CGTG-TTT---------TTGAG-GGTA-GTG-C--TG----TTTGCGG-ACAAAA------AA----A--TTGA---GAAAAT-GCCG------------TG-----T-CGGGTATCATT-TT-TCTG------------ATAC-CGG-CA-GACG-AGAC-AGGTAA--C--A-T-ATA--A-CA-C-T-------GT-T---TG-ATGAAT--TA-----TTTTAC-AT------AA--G--TG-GT-A--TA----AA--CTGA------T---TTTT----C-GCGA----TTTTTGTTCCTGCTTAGAAACATA-------------------------TAGTGAAAATAATTACCGGTGTGATA
gi|5 : -AAA-TTATCTGACGA-CTTCCTGGGG-CGGCC-ACAT-GGTCT---GTTTA-ACA-CTC---GTGG--AA---------AACA-CGTG-GTT---------TTGAG-GGTAAGTGGC--TG----TTTGCGG-ACAAAA------AA----A--ATGA---GAAAAT-GCCG------------TG-----T-CCGGTATCATT-TT-TCTG------------ATAC-CGGACA-GACG-AGACTAGGTAA--C--A-T-ATG--A-TAGC-T-------TG-T---TG-ATGAAT--TA-----Tt
gi|6 : -AAA-TTATCTGACGA-CTTCCTGGGG-CGGCC-ACAT-GGTCT---GTTTA-ACA-CTC---GTGG--AA---------AACA-CGTG-GTT---------TTGAG-GGTAAGTGGC--TG----TTTGCGG-ACAAAA------AA----A--ATGA---GAAAAT-GCCG------------TG-----T-CCGGTATCATT-TT-TCTG------------ATAC-CGGACA-GACG-AGACTAGGTAA--C--A-T-ATG--A-TAGC-T-------TG-T---TG-ATGAAT--TA-----T
gi|7 : CG--GA-CT---ATTTACGTA-CAT---GTGG--TA---------AACA-CGTG-GTT---------TTGAG-GGTA--TT-C--T---------------AAAA------TA----ATGTCGA---GATAAT-GCAG------------CG-----C-ATGAAATCGTT-TT-TCCA------------ATGT-CGG-CA-GTCG-AGAT-TGCT-A--C--A-T-AGA--A-CA-T-T-------
gi|8 : gaactattgatattggtatctgtaccctttttctgatttgcattTGAA-GGTA-GTG----------TTTGCGG-ACAACA------AA----A--TTGA---GAAAAT-GCCG------------CA-----T-AGGGTGTCATT-TT-TCTG------------ATGT-TGG-CA-GATG-AGAC-AGGTAA--C--A-TGGTA-----------------GT-T---TA-CAGAAT--TC-----TTTTAT-AT------GA--C--TT-TG-A--TA----AA--CTGA------TAAAT----------AGA----TTTTTT---CTACATAtct
gi|9 : TTTGCTGT-AGT-T-TGA-TTA---GACCA-CTTCCTGGat
gi|9 : TGG--AA---------AACA-CGTG-GTT---------TTGAG-GATA-AAC-C--TG----TTTGCAG-A-AAAACTTT--AA----A--TTGA---GAAAAT-ACCG------------CG-----T-AGGGTAACATT-TT-TCTA------------ATGT-TGG-CA-GACG-AGAC-AGTTAA--C--A-aaaacacgtggttttgaggataaacctgtttgcagaaaaactttaaattgagaaaataccgcgtagggtaacatttttctaatgttggcagacgagacagttaacaatgc