lowQualScore : 2222222222222 2222222222222222222222222222222222222222 1111
lowQualScore : 6 8888888 6 4 4444444444444 1 66666 2222 11 2 1 7777777 333 1 1 111 444 333 2222222222222222222222222222222222222222 444 1 11 55555 2 44444444 7777 2 2 5 777777 1 1 222222 1 1 1 2 1 1 11 2 1 1 1 1 4444 1 1 2 3
lowQualScore : . ....... . . ............. . ..... .... .. . . ....... ... . . ... ... ... ........................................ ... . .. ..... . ........ .... . . . ...... . . ...... . . . . . . .. . . . . . .... . . . .
lowQualScore : 0 7777777 7 4 6666666666666 3 22222 7777 77 9 1 0000000 444 1 1 999 111 000 5555555555555555555555555555555555555555 222 1 55 22222 2 00000000 7777 1 1 0 111111 0 0 999999 0 0 0 1 1 1 44 1 1 1 1 1 6666 1 1 4 5
consensus : GGTTGGGTTTATATCTT-------GTTAGCA-TCAAT---G-AC-TTT-AATAAGC-G---A----AAA--TNT-GGTA-------T---T-TT-A---AC---A---TT----T-------N---------A-A--T----T-------T---T-T--T-G---TT-G--------T----A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACG
Reference ( gi|9 ) : GATTGGGTTTATATCTT-------GTCAGCA-TCAAT---T-AC-TTT-GATAAGC-A---A----AAA--TAT-GGTA-------T---T-TT-A---AC---A---TT----T-------A---------A-A--T----T-------T---T-T--T-G---TT-G--------T----A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACG
gi|5 : GGTTGAGTTTATAACTT-------GTCAGCA-TTAAT---G-AC-TTTTAATAAGC-G---A----AAA--TCT-GTTA-------T---T-TG-A---AC---A---TT----T-------T---------A-A--T----T-------TA--T-T--T-A---TT-C--------T----A-A-AC-TCA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-AT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACG
gi|3 : gctccacGGTTGGGTTTATATCTT-------GTTTGCA-TTCAT---G-ACTTTT-AATAAGCAA---A----AAA--TTT-GGAA-------T---T-TT-A---AC---A---TTGGAAT-------AAAAAAATTCA-A--T----T-------T---T-TTAT-G---CT-G--------TA---A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GT-C-A-C-GT-G-CC--TC-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGT-C-AGc
gi|15 : gcgccacGGTTGGGTTTATATCTT-------GTTGGCA-TCAAC-----------------------------GAA--TAT-------------------T-A---AC---A---TT----T-------T---------C-A--T----A-------T---T-T--T-G---TT-G--------T----A-A-AAATTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-C----G-AA-TGG-C-AGCTAC
gi|12 : gccacGGTTGGATATATATCTT-------GTTAGCA-TCAATGCCT-AT-TTT-AAT---C-A---A----AAA--TCT-GGTA-------T---T-TT-A---AC---T---TT----T----------------------T----T-------T---T-T--T-C---CT-G--------T----A-ACAA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-T-C-GT-G-TT--TC-A-AG-TT-C-T----T--A-TGG-C-AGC
gi|2 : GGTTGGGATTA-ATCTT-------GTTAGCA-TCAAT---G-AT-TTTTGATAAGC-G---A----AAA--TCT-GGTA-------T---T-TT-A---AC---AG--TT----TTATTATAA---------A-A--TTTAAT-------T---T-T--T-GTTTTT-G--------T----A-A-AACTTAT-----TG-TT-TG------GGCC-A-CTATAA-CC--TT-A-AG-TG-C-C----T-AT-TGA-A-AGCT
gi|20 : ttacaccacGGTTGGGCTTATATCTT-------GTTAGCA-TCAA-----------T-G--AAGC-G---A----AAA--TCT-AATA-------T---T-TC-A---AC---A---TTA---T-------T---------G-A--T----T-------T---T-T--T-----TT-G--------T----A-A-AATTTA------TG-TG-TA------GG-C-
gi|8 : gtgccacGGTTGGGTTTATATTTT-------ATGAGCA-TCAAT---G-AC----------------------AAA--CCT-GCTG-------C---T-TT-A---ACTTGC---TT----T-------A---------A---------------------C-T--T-G---GG-GGGGGGGGTT----ACA-AA-TTA------TA-TG-AA------GG-C-A-C-GC-A-CC--GT-C-AA-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACG
gi|6 : agcacGGTTGGATTTGTATCTT-------AGTAGCAATCAAC---TCAC-TTTTAATAAGC-A---A----AAAATTTT-TGTA-------TGCTT-TT-A---GC---A---AA------------A---------A-A--TAA--C-------T---T-T--T-C---TT-G--------T----AAA-AA-TTA-------G-TG-TA------GG-C-G-CAGT-G-TC--TT-A-AA--G-T-C----T-AA-c
gi|39 : gccacGGTTGGATTTATATCTT-------GTTTGCA-TCAAT---G-ACTTTT-GATAAGC-A---A----AAA--TCT-Ggagct
gi|27 : gtgccacTTGGGTTTATATCTT-------GCCAGCA-TCAAA---T-AC-TTT-GATAAGC-A---A----AAA--CAT-GGTA-------T---T-TT-A---AC---A---TT----T-------T---------A-A--T----T-------T---T-T--T-G---TT-G--------T----A-A-GA-TTA------TG-T
gi|7 : TTGGGCTTATATCTTCTTATATGT-AGCA-TTAAT---G-AC-TTTTAATAAAT-G---A----AAA--TCT-GGTA-------T---T-TC-A---AT------------------------------------T----T-------T---T-T--G-G---TC-G--------T----G-A-AA-TTA------TG-AG-TA------GG-C-A-C-GT-G-TCTTTT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TAC-C-GGCTAC
gi|10 : gccactgGGATTTATATCTG-------GTTAGCA-TCAATGCCT-AC---T-AATAATA-A---A----AAA--CCT-GGTA-------T---T-CT-A---A--------------T-------A---------A-T--T----T-------T---T-T--T-C---CT-G--------A----A-ATAA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-T-C-GT-G-----TTAA-AG-TG-T-C----T-TA-TGG-C-AGCTACa
gi|14 : GGTTGGTATATT-------GTTTGTA-TCAAT---G-AC-TTT---TAAG------A----AAA--TAT-AGTA-------T---T-TT-A---AC---A---TT----T-------T---------A-A--T----T-------TA--T-T--T-G---TT-G--------T----A-A-AA-ATAA-----TG-TG-TA------GG-C-A-A-GT-A-CC--TC-A-AG-TG-C-C----acca
gi|1 : tgcgctacTTAT-TCTT-------GTTAGCAATCAGT---G-AC-TTTTGATAAGC-GC--A----AAA--TCT-GGTA-------T---T-TTTA---AC---AATTTT----T-------A---------A-A--T----TATTTTATT---T-T--T-C---TT-G--------TGTAAA-A-AA-TCAA-----TA-TA-TA------GG-C-A-A-GA-G-CC--TG-A-AG-TG-T-C----T-AA-TGG-C-AACTAC
gi|13 : gccgccattgttggcgtttataaacataaATAT-TA-------GTTAGCA-TC------------TT-AATTAAC-A---A----CAA--TCT-GGTA-------T---T-TT-A---AC---A---TT----T-------T---------A-A--T----T-------T---T-T--TGG---TT-G--------T----A-A-AA-AT-------TG-TG-T----------------GT-G-C------A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCatgtat
gi|31 : gttgtgtcacgactggaaataAGCA-TCAAT---G-AT-TTTTAATAAAC-GTGCG----AGA--TTT-GCTA-------T---TATT-T---AC---A---TT----T-------C---------A-A--T--------------------------------------------A-A-AA-TTAGGTCTATG-TG-TA------GA-C-A-C-GT-G-CC--T
gi|23 : GCA-T-AAT---C-AC-TTTTAATAAGC-A---A----AAA--TTT-GGTA-------A---A-AT-A---AC---A---TT---------------------------T----T-------T---T-T--T-C---TT-G--------TA---A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------G-----------------------A-TG-C-C----T-AA-TTG-C-AGCTATG
gi|4 : tgA-TCCGT---T-A--TTC-AATAAGC-A---A----AAA--TTT-GGCA-------TCC-T-AT-A---AC---A---TT----T--------------------------------------------------TT-G--------T----A-C-AA-CTT------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-GCCC--CT-A-AG-TACC-C----T-GA-TGG-C-AGTTACGg
gi|11 : cgccacggttggttttaaaatgtatatgtttacggtcattaAAT---G-AC-TTT-T-TAATT-A---ACTCGAAA--TATCAGTA-------T---T-TT-ATATATT--A---TT----T-------G---------ATG--T----T-------TATGT-T--T-A---TT-G--------A----A-A-AA-TTA------TG-TGTTA------AG-CGA-C-GT-G-CC--TT-AGAG-TG-C-CA---TAAA-TGGACAAGCTACga
gi|36 : -TTT-GATAAAC-G---A----AAA--TCT-GGTA-------T---T-GT-A---AC--------T----T-------A---------A-A--T----agcc
gi|24 : attgcacggttgggtttatctaacgATAACC-G---A----AAA--TAT-GGTA-------T---T-TT-A---AT---A---TT----T-------T---------A-A--T----T-------T---T-T--T-G---TT-A--------TG---A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACGgcctaatggcagctacacc
gi|18 : ATAACC-G---A----AAG--TAT-GGTACATGTATT---T-TT-A---AT---A---TT----T-------G---------A----T----T-------T---T-T--T-----TT-A--------T----G-A-AA-TT-------TG-TG-TA------GG-C-ATC-GT-G-CC--TT-A-AGTTG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACG
gi|29 : aATAAAC-A---A----AAA--TAT-GGTA-------T---T-TT-A---AC---A---TT----T-------T---------A-A--T----A-------T---T-T--T-----TT-A--------TA---A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-AT-A-Cc
gi|30 : attgcgccacgattgggtaaaTAACC-G---A----AAA--TAT-GGTA-------T---T-TT-A---AT---A---TT----T-------T---------A-A--T----T-------T---T-T--T-G---AT-A--------TG---A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-C---------G-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACG
gi|28 : TAACC-G---A----TAA--TAT-GGTA-------T---T-T-----------A---T-------------------------A--T----T-------T---T-T--T-G---TTTA--------TG---A-A-AA-TTA------TGGTA-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TT-G-C----T-AA-TGA-C-AGCTACG
gi|38 : tTAAGC-G---A----AAT--TAT-GGCA-------T---T-TT-A---AC---A---TT----TC------A---------A-A---------------T---T-T--T-G---TT-G--------TA---A-A-AA-ATA------TG-TG-TA------GG-C-A-cca
gi|37 : aacTAAGC-G---A----AAT--TAT-G-CA-------T---T-TT-A---AC---A---TT----TC------A---------A-A---------------T---T-T--T-G---TT-G--------TA---A-A-AA-ATA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-
gi|22 : aacC-G---A----AAA--TAT-AGTA-------T---T-TT-A---GT---A---TT----T-------T---------A-A--T----A-------T---T-T--T-G---GT-A--------TG---A-A-AA-GTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACG
gi|16 : ttacC-G---A----AAA--TAT-GGTACATGTA-T---T-TT-A---AT---A---TT----T-------A---------A----T----T-------T---T-T--T-G---TTTA--------TG---A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-CT---T-AA-TGG-CAAGCTACcc
gi|34 : ttaaatac---A----AAA--TAT-GGTA-------T---T-TT-A---A-------------------------------------T----T-------T---T-T--T-G---TT-A--------TG---A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACG
gi|25 : g---A----AAA--TAT-GGTA-------T---T-TT-A---AT---A---TT----T-------T---------A-ATTT----T-------T---T-T--T-A---TT-A--------T----G-A-AT-ATA------TG-T--TA------GG-C-A---GT-G-CC--T----AG--G-C-C----T-AATTGG-C-AGCTACGcca
gi|32 : ataacctg----AAA--TAT-GGTA-------T---T-T-----------------------------A---------A-A--T----T-------T---T-T--T-G---TT-A--------TG---A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A---GT-G-CC--TTAA-AG-TG-C-C----T-AA-TGGCC-AGCTACGa
gi|21 : aaccgAA--TAT-GGT---------------T-A----T---A---TT----------------------A-A--T----T-------T---T-T--G-G---TT-T--------G----A-A-AA-TTAGA----TG-TG-TA------GG-C-A-A-GT-G--C--TT-A-AG-TG-CGC----T-AA-TGG-CAAGCTACGcca
gi|17 : ctacccgacT-GGTA-------T---T-TT-A---AAG--A---TT----T-------A---------T-T--T----T-------T---T-T--T-GG--TT-G--------T----A-A-AAATTA------TG-TG-TACATGTAGG-C-A-T-GT-G-TC--TT-G-AG-TG-C-G----T-AA-TGG-C-AGCTAacccaaa
gi|33 : tcT-GGTA-------T---T-TT-A---AC---A---TT----TTC-----A---------A-----------------T---T-G--T-G---TT-G--------TA---A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GA-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-Tgtgctgctacgct
gi|35 : ttgcgccatagttaattattaagGTA-------T---T-TT-A---AC---A---TT----T-------T---------A-A--T----T-------T---T-T--T-G---CT-G--------TTATAA-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-AG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCT
gi|19 : attt---T-TT-A---AC---A---TT----TT------A---------A-A--T----T-------T---TGT--T-T---TT-G--------T----A-A-AACTTA------TG-TA-TG------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTA
gi|26 : ttgtaccatggttgggtttgtagata---T-TT-A---AT---A---TT----T-------G---------A-A--T----T-------T---T------G---AT-A--------T----G-A-AA-TTA------TA-TG-TA-------G-C-A-C----G-CC--TT-A-AG-TG-C--------AA-TTG-C-AGCTACG
gi|42 : ttaataaaccgacaaagttgga----A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-A-CC--TT-A-AT-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACGcaa
gi|40 : a----A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--AT-G-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACGc
gi|46 : ggggta----A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-c
gi|43 : atgA-TTA------TA-TA-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-CG-C-T----T-TA-TAG-C-AGCTACG
gi|44 : ------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-CTAATT-AA-TGG-C-AGCTACcc
gi|36 : C--TT-A-AA-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTAC
gi|41 : attgcacggttgggtttatctaacgtttgataaacgaaaatctggtattgtaa--TT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACGacc
gi|45 : ttaacttggggggagggggaacaatT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACGcca
Alignments
lowQualScore : 11111111111 11 1111
lowQualScore : 2 11111111111 666666 4 2 6666666 1 22 1 555555 1 1 11 1 6666666 333 1 1 111 1 333 7777777777777 1 5 22 22 66666666666666666 444 1 11 666666 2 22222 8888 2 2 4 666666 1 1 222222 1 1 1 2 1 1 11 2 1 1 1 1 4444 1 1 2 3
lowQualScore : . ........... ...... . . ....... . .. . ...... . . .. . ....... ... . . ... . ... ............. . . .. .. ................. ... . .. ...... . ..... .... . . . ...... . . ...... . . . . . . .. . . . . . .... . . . .
lowQualScore : 5 22222222222 111111 2 0 3333333 8 33 2 888888 1 1 55 4 6666666 333 1 1 888 1 999 2222222222222 1 2 55 55 77777777777777777 111 1 55 333333 2 77777 2222 0 0 9 000000 0 0 888888 0 0 0 1 1 1 44 1 1 1 1 1 5555 1 1 3 4
consensus : GGTTGG-GTTTATA-----------TCTTGTTA------GCA-TCAA-TG---A-C-T-TT--AATAAGC--G---A-AA-A--TNTGGTA-------T---T-TT-A---AC-A---T-------------T-TTA--A--T---------T-------T---T-T--T--G---TT-G-----T----A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACG
Reference ( family-4489 ) : GGTTGG-GTTTATA-----------TCTTGTTA------GCA-TCAA-TG---A-C-T-TT--AATAAGC--G---A-AA-A--TNTGGTA-------T---T-TT-A---AC-A---T-------------T-TNA--A--T---------T-------T---T-T--T--G---TT-G-----T----A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACG
gi|1 : GTTGGCGTTTATAAACATAATTATTCTTGTTA------GCAATCAG-TG---A-C-T-TTT-GATAAGC--GC--A-AA-A--TCTGGTA-------T---T-TTTA---AC-AATTT-------------T-TAA--A--T---------TATTTTATT---T-T--T--C---TT-G-----TGTAAA-A-AA-TCAA-----TA-TA-TA------GG-C-A-A-GA-G-CC--TG-A-AG-TG-T-C----T-AA-TGG-C-AACTAC
gi|10 : gccgccattGG-ATTTATA-----------TCTGGTTA------GCA-TCAA-TG---C-C-TACT--AATAATA--A---A-AA-A--CCTGGTA-------T---T-CT-A---A----------------------TAA--T--T---------T-------T---T-T--T--C---CT-G-----A----A-ATAA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-T-C-GT-G-----TTAA-AG-TG-T-C----T-TA-TGG-C-AGCTACatgtat
gi|11 : AA-TG---A-C-T-TTTTAATTAACTCG---A-AATA--TC-AGTA-------T---T-TT-ATATATTA---T-------------T-TGAT-G--T---------T-------TATGT-T--T--A---TT-G-----A----A-A-AA-TTA------TG-TGTTA------AG-CGA-C-GT-G-CC--TT-AGAG-TG-C-CA---TAAA-TGGACAAGCTACacca
gi|12 : GGTTGG-ATATATA-----------TCTTGTTA------GCA-TCAA-TGCCTA-T-T-TT--AAT---C--A---A-AA-A--TCTGGTA-------T---T-TT-A---AC-T---T-------------T-T-------T---------T-------T---T-T--T--C---CT-G-----T----A-ACAA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-T-C-GT-G-TT--TC-A-AG-TT-C-T----T--A-TGG-C-AGCagcc
gi|13 : ATA-----------T-TAGTTA------GCA-TC--------------TT--AATTAAC--A---A-CA-A--TCTGGTA-------T---T-TT-A---AC-A---T-------------T-TTA--A--T---------T-------T---T-T--TG-G---TT-G-----T----A-A-AA-AT-------TG-TG-T----------------GT-G-C------A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGC
gi|14 : gttgtgtcacgactggaaataG-GTTGGTA-----------TATTGTTT------GTA-TCAA-TG---A-C-T-TT----TAAG-------A-AA-A--TATAGTA-------T---T-TT-A---AC-A---T-------------T-TTA--A--T---------T-------TA--T-T--T--G---TT-G-----TA---A-A-AA-TAA------TG-TG-TA------GG-C-A-A-GT-A-CC--TC-A-AG-TG-C-C----
gi|15 : tgcgctacGGTTGG-GTTTATA-----------TCTTGTTG------GCA-TCAA-CG---A----------ATA-------------------------------------TT-A---AC-A---T-------------T-TTC--A--T---------A-------T---T-T--T--G---TT-G-----T----A-A-AAATTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-C----G-AA-TGG-C-AGCTAC
gi|16 : gccacC--G---A-AA-A--TATGGTACATGTA-T---T-TT-A---AT-A---T-------------T-T-A--A--T---------T-------T---T-T--T--G---TTTA-----TG---A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-CT---T-AA-TGG-CAAGCTAC
gi|17 : ttaaatac--TCTGGTA-------T---T-TT-A---AA-G---A-------------T-TTA--T--T---------T-------T---T-T--TTGG---TT-G-----T----A-A-AAATTA------TG-TG-TACATGTAGG-C-A-T-GT-G-TC--TT-G-AG-TG-C-G----T-AA-TGG-C-AGCTA
gi|18 : --AATAACC--G---A-AA-G--TATGGTACATGTATT---T-TT-A---AT-A---T-------------T-TG---A--T---------T-------T---T-T--T------TT-A-----T----G-A-AA-TT-------TG-TG-TA------GG-C-ATC-GT-G-CC--TT-A-AGTTG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACGgtgctgctacgct
gi|19 : ---T-TT-A---AC-A---T-------------T-TTA--AA-T---------T-------T---TGT--T--T---TT-G-----T----A-A-AACTTA------TG-TA-TG------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTAc
gi|2 : ttgtaccatggttgggtttgtagataGGTTGG-GATTA-A-----------TCTTGTTA------GCA-TCAA-TG---ATT-T-TT--GATAAGC--G---A-AA-A--TCTGGTA-------T---T-TT-A---AC-AG--T-------------T-TTATTA--TAAAATTTAAT-------T---T-T--T--GTTTTT-G-----T----A-A-AACTTAT-----TG-TT-TG------GGCC-A-CTATAA-CC--TT-A-AG-TG-C-C----T-AT-TGA-A-AGCT
gi|20 : ttacaccacGGTTGG-GCTTATA-----------TCTTGTTA------GCA-TCAA-TG----------------AAGC--G---A-AA-A--TCTAATA-------T---T-TC-A---AC-A---T-------------TATTG--A--T---------T-------T---T-T--T------TT-G-----T----A-A-AATTTA------TG-TG-TA------GG-C-
gi|21 : gtgccacC--G---A-CA-A--TATGGT----------------------T-A---T-------------A-TTA--A--T---------T-------T---T-T--G--G---TT-T-----G----A-A-AA-TTAGA----TG-TG-TA------GG-C-A-A-GT-G--C--TT-A-AG-TG-CGC----T-AA-TGG-CAAGCTACG
gi|22 : ctaccC--G---A-AA-A--TATAGTA-------T---T-TT-A---GT-A---T-------------T-TTA--A--T---------A-------T---T-T--T--G---GT-A-----TG---A-A-AA-GTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACGacccaaa
gi|23 : ttacTG------GCA-T-AA-TC---A-C-T-TTT-AATAAGC--A---A-AA-A--TTTGGTA-------A---A-AT-A---AC-A---T-------------T---------T---------T-------T---T-T--T--C---TT-G-----TA---A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------G-----------------------A-TG-C-C----T-AA-TTG-C-AGCTATGcc
gi|24 : ATAACC--G---A-AA-A--TATGGTA-------T---T-TT-A---AT-A---T-------------T-TTA--A--T---------T-------T---T-T--T--G---TT-A-----TG---A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACGg
gi|25 : ATAACCT-G---A-AA-A--TATGGTA-------T---T-TT-A---AT-A---T-------------T-TTA--ATTT---------T-------T---T-T--T--A---TT-A-----T----G-A-AT-ATA------TG-T--TA------GG-C-A---GT-G-CC--T----AG--G-C-C----T-AATTGG-C-AGCTACG
gi|26 : -TT--AATAAACC-G---ACAA-A--GTTGG-A-------T---T-T--A---AT-A---T-------------T-TGA--A--T---------T-------T---T-------G---AT-A-----T----G-A-AA-TTA------TA-TG-TA-------G-C-A-C----G-CC--TT-A-AG-TG-C--------AA-TTG-C-AGCTACGa
gi|27 : TTGG-GTTTATA-----------TCTTGCCA------GCA-TCAA-AT---A-C-T-TT--GATAAGC--A---A-AA-A--CATGGTA-------T---T-TT-A---AC-A---T-------------T-TTA--A--T---------T-------T---T-T--T--G---TT-G-----T----A-A-GA-TTA------TG-Tcaa
gi|28 : TAACC--G---A-TA-A--TATGGTA-------T---T-T---------A---T--------------------A--T---------T-------T---T-T--T--G---TTTA-----TG---A-A-AA-TTA------TGGTA-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TT-G-C----T-AA-TGA-C-AGCTACG
gi|29 : t--AATAAAC--A---A-AA-A--TATGGTA-------T---T-TT-A---AC-A---T-------------T-TTA--A--T---------A-------T---T-T--T------TT-A-----TA---A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-AT-A-Ccca
gi|3 : attgcgccacgattgggtaaGGTTGG-GTTTATA-----------TCTTGTTT------GCA-TTCA-TG---A-CTT-TT--AATAAGCA-A---A-AA-A--TTTGGAA-------T---T-TT-A---AC-A---TTGGAATAAAAAAAT-TCA--A--T---------T-------T---T-TTAT--G---CT-G-----TA---A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GT-C-A-C-GT-G-CC--TC-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGT-C-AG
gi|30 : gcgccacTAACC--G---A-AA-A--TATGGTA-------T---T-TT-A---AT-A---T-------------T-TTA--A--T---------T-------T---T-T--T--G---AT-A-----TG---A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-C---------G-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACG
gi|31 : A------GCA-TCAA-TG---A-T-T-TTT-AATAAAC--GTGCG-AG-A--TTTGCTA-------T---TATT-T---AC-A---T-------------T-TCA--A--T-----------------------------------------------A-A-AA-TTAGGTCTATG-TG-TA------GA-C-A-C-GT-G-CC--T
gi|32 : -AA-A--TATGGTA-------T---T-T------------------------------AA--A--T---------T-------T---T-T--T--G---TT-A-----TG---A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A---GT-G-CC--TTAA-AG-TG-C-C----T-AA-TGGCC-AGCTACG
gi|33 : aaccgTGGTA-------T---T-TT-A---AC-AT--T-------------T-TCA--A--------------------T---T-G--T--G---TT-G-----TA---A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GA-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-Tcca
gi|34 : ttgcgccatagttaattattaag--G---A-AA-A--TATGGTA-------T---T-TT-A---A------------------------------T---------T-------T---T-T--T--G---TT-A-----TG---A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACG
gi|35 : -A--TTTG-TA-------T---T-TT-A---AC-A---T-------------T-TTA--A--T---------T-------T---T-T--T--G---CT-G-----TTATAA-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-AG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTcca
gi|36 : GGTTGG-GTTTAT-------------CT-----------------AA-CG-------T-TT--GATAAAC--G---A-AA-A--TCTGGTA-------T---T-GT-A---AC-------------------T-TAA--A--T---------
gi|36 : attgcacC--TT-A-AA-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACgcctaatggcagctacacc
gi|37 : attgcacggttgggtttatctaacgtttgataaacgaaaatctggtattgtaaTAAGC--G---A-AA-T--TATG-CA-------T---T-TT-A---AC-A---T-------------T-TCA--A------------A-------T---T-T--T--G---TT-G-----TA---A-A-AA-ATA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-acc
gi|38 : aacTAAGC--G---A-AA-T--TATGGCA-------T---T-TT-A---AC-A---T-------------T-TCA--A------------A-------T---T-T--T--G---TT-G-----TA---A-A-AA-ATA------TG-TG-TA------GG-C-A-
gi|39 : aacGGTTGG-ATTTATA-----------TCTTGTTT------GCA-TCAA-TG---A-CTT-TT--GATAAGC--A---A-AA-A--TCTG
gi|4 : gtgccac-T-TC--AATAAGC--A---A-AA-A--TTTGGCA-------TCC-T-AT-A---AC-A---T-------------T-T-----------------------------------------TT-G-----T----A-C-AA-CTT------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-GCCC--CT-A-AG-TACC-C----T-GA-TGG-C-AGTTACG
gi|40 : cgccacggttggttttaaaatgtatatgtttacggtcattaatccgtta----A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--AT-G-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACGga
gi|41 : ggggta--TT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACGc
gi|42 : ttaacttggggggagggggaacaat----A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-A-CC--TT-A-AT-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACGcca
gi|43 : aA-TTA------TA-TA-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-CG-C-T----T-TA-TAG-C-AGCTACGc
gi|44 : ------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-CTAATT-AA-TGG-C-AGCTACcc
gi|45 : T-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACG
gi|46 : ----A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-ccactga
gi|5 : atgGGTTGA-GTTTATA-----------ACTTGTCA------GCA-TTAA-TG---A-C-T-TTT-AATAAGC--G---A-AA-A--TCTGTTA-------T---T-TG-A---AC-A---T-------------T-TTA--A--T---------T-------TA--T-T--T--A---TT-C-----T----A-A-AC-TCA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-AT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACG
gi|6 : gctccacGGTTGG-ATTTGTA-----------TCTTAGTA------GCAATCAACTC---A-C-T-TTT-AATAAGC--A---A-AA-AATTTTTGTA-------TGCTT-TT-A---GC-A---A-------------A--AA--A--TAA-------C-------T---T-T--T--C---TT-G-----T----AAA-AA-TTA-------G-TG-TA------GG-C-G-CAGT-G-TC--TT-A-AA--G-T-C----T-AA-c
gi|7 : gccacGTTGG-GCTTATA-----------TCTTCTTATATGTAGCA-TTAA-TG---A-C-T-TTT-AATAAAT--G---A-AA-A--TCTGGTA-------T---T-T------------------------------CA--A--T---------T-------T---T-T--T--GG--TC-G-----T----G-A-AA-TTA------TG-AG-TA------GG-C-A-C-GT-G-TCTTTT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TAC-C-GGCTACgagct
gi|8 : gccactGGTTGG-GTTTATA-----------TTTTATGA------GCA-TCAA-TG---A-C----------------------AA-A--CCTGCTG-------C---T-TT-A---AC-T---TGC-----------T-TTA--A--C---------T-------T---G-G--G--G---GG-GGGGGTT----ACA-AA-TTA------TA-TG-AA------GG-C-A-C-GC-A-CC--GT-C-AA-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACGa
gi|9 : agcacGATTGG-GTTTATA-----------TCTTGTCA------GCA-TCAA-TT---A-C-T-TT--GATAAGC--A---A-AA-A--TATGGTA-------T---T-TT-A---AC-A---T-------------T-TAA--A--T---------T-------T---T-T--T--G---TT-G-----T----A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACGc
Alignments
lowQualScore : 11111111111 11 11111111111111111 1111
lowQualScore : 2 11111111111 666666 4 2 6666666 1 22 1 555555 1 1 11 1 6666666 333 1 1 1 9999999999999999999 22 1 11 00000000000000000 444 1 11 555555 2 22222 8888 2 2 4 666666 1 1 222222 1 1 1 2 1 1 11 2 1 1 1 1 4444 1 1 2 3
lowQualScore : . ........... ...... . . ....... . .. . ...... . . .. . ....... ... . . . ................... .. . .. ................. ... . .. ...... . ..... .... . . . ...... . . ...... . . . . . . .. . . . . . .... . . . .
lowQualScore : 5 22222222222 111111 2 0 3333333 8 33 2 888888 1 1 55 4 6666666 333 1 1 1 2222222222222222222 55 1 44 33333333333333333 111 1 55 999999 2 77777 2222 0 0 9 000000 0 0 888888 0 0 0 1 1 1 44 1 1 1 1 1 5555 1 1 3 4
consensus : GGTTGG-GTTTATA-----------TCTTGTTA------GCA-TCAA-TG---A-C-T-TT--AATAAGC--G---A-AA-A--TNTGGTA-------T---T-TT-A-ACA-----T-------------T--TT-A--A-------T---------TT---T-T--T--G---TT-G-----T----A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACG
Reference ( family-4489 ) : GGTTGG-GTTTATA-----------TCTTGTTA------GCA-TCAA-TG---A-C-T-TT--AATAAGC--G---A-AA-A--TNTGGTA-------T---T-TT-A-ACA-----T-------------T--TT-A--A-------T---------TT---T-T--T--G---TT-G-----T----A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACG
gi|1 : GTTGGCGTTTATAAACATAATTATTCTTGTTA------GCAATCAG-TG---A-C-T-TTT-GATAAGC--GC--A-AA-A--TCTGGTA-------T---T-TTTA-ACAAT---T-------------T--TT-A--AATTATTTTA--------TT---T-T--T--C---TT-G-----TGTAAA-A-AA-TCAA-----TA-TA-TA------GG-C-A-A-GA-G-CC--TG-A-AG-TG-T-C----T-AA-TGG-C-AACTAC
gi|10 : gccgccattGG-ATTTATA-----------TCTGGTTA------GCA-TCAA-TG---C-C-TACT--AATAATA--A---A-AA-A--CCTGGTA-------T---T-CT-A-A-------------------------T-A--AT------T---------TT---T-T--T--C---CT-G-----A----A-ATAA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-T-C-GT-G-----TTAA-AG-TG-T-C----T-TA-TGG-C-AGCTACatgtat
gi|11 : AA-TG---A-C-T-TTTTAATTAACTCG---A-AATA--TC-AGTA-------T---T-TT-ATATA-----T-------------TATTT-G--A-------TGT-------TTATGT-T--T--A---TT-G-----A----A-A-AA-TTA------TG-TGTTA------AG-CGA-C-GT-G-CC--TT-AGAG-TG-C-CA---TAAA-TGGACAAGCTACacca
gi|12 : GGTTGG-ATATATA-----------TCTTGTTA------GCA-TCAA-TGCCTA-T-T-TT--AAT---C--A---A-AA-A--TCTGGTA-------T---T-TT-A-AC------T-------------T--TT------------T---------TT---T-T--T--C---CT-G-----T----A-ACAA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-T-C-GT-G-TT--TC-A-AG-TT-C-T----T--A-TGG-C-AGCagcc
gi|13 : ATA-----------T-TAGTTA------GCA-TC--------------TT--AATTAAC--A---A-CA-A--TCTGGTA-------T---T-TT-A-ACA-----T-------------T--TT-A--A-------T---------TT---T-T--TG-G---TT-G-----T----A-A-AA-AT-------TG-TG-T----------------GT-G-C------A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGC
gi|14 : gttgtgtcacgactggaaataG-GTTGGTA-----------TATTGTTT------GTA-TCAA-TG---A-C-T-TT----TAAG-------A-AA-A--TATAGTA-------T---T-TT-A-ACA-----T-------------T--TT-A--A-------T---------TTA--T-T--T--G---TT-G-----TA---A-A-AA-TAA------TG-TG-TA------GG-C-A-A-GT-A-CC--TC-A-AG-TG-C-C----
gi|15 : tgcgctacGGTTGG-GTTTATA-----------TCTTGTTG------GCA-TCAA-CG---A----------ATA-------------------------------------TT-A-ACA-----T-------------T--TT-C--A-------T---------AT---T-T--T--G---TT-G-----T----A-A-AAATTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-C----G-AA-TGG-C-AGCTAC
gi|16 : gccacC--G---A-AA-A--TATGGTACATGTA-T---T-TT-A-ATA-----T-------------T--T--A--A-------T---------TT---T-T--T--G---TTTA-----TG---A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-CT---T-AA-TGG-CAAGCTAC
gi|17 : ttaaatac--TCTGGTA-------T---T-TT-A-AAG-----A-------------T--TT-A--T-------T---------TT---T-T--TTGG---TT-G-----T----A-A-AAATTA------TG-TG-TACATGTAGG-C-A-T-GT-G-TC--TT-G-AG-TG-C-G----T-AA-TGG-C-AGCTA
gi|18 : --AATAACC--G---A-AA-G--TATGGTACATGTATT---T-TT-A-ATA-------------------T--TT-G--A-------T---------TT---T-T--T------TT-A-----T----G-A-AA-TT-------TG-TG-TA------GG-C-ATC-GT-G-CC--TT-A-AGTTG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACGgtgctgctacgct
gi|19 : ---T-TT-A-ACA-----T-------------T--TT-A--AA------T---------TT---TGT--T--T---TT-G-----T----A-A-AACTTA------TG-TA-TG------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTAc
gi|2 : ttgtaccatggttgggtttgtagataGGTTGG-GATTA-A-----------TCTTGTTA------GCA-TCAA-TG---ATT-T-TT--GATAAGC--G---A-AA-A--TCTGGTA-------T---T-TT-A-ACAG----T-------------T--TT-ATTA-------TAAAATTTAATT---T-T--T--GTTTTT-G-----T----A-A-AACTTAT-----TG-TT-TG------GGCC-A-CTATAA-CC--TT-A-AG-TG-C-C----T-AT-TGA-A-AGCT
gi|20 : ttacaccacGGTTGG-GCTTATA-----------TCTTGTTA------GCA-TCAA-TG----------------AAGC--G---A-AA-A--TCTAATA-------T---T-TC-A-ACA-----T-------------TA-TT-G--A-------T---------TT---T-T--T------TT-G-----T----A-A-AATTTA------TG-TG-TA------GG-C-
gi|21 : gtgccacC--G---A-CA-A--TATGGT--------------------TA-----T-------------A--TT-A--A-------T---------TT---T-T--G--G---TT-T-----G----A-A-AA-TTAGA----TG-TG-TA------GG-C-A-A-GT-G--C--TT-A-AG-TG-CGC----T-AA-TGG-CAAGCTACG
gi|22 : ctaccC--G---A-AA-A--TATAGTA-------T---T-TT-A-GTA-----T-------------T--TT-A--A-------T---------AT---T-T--T--G---GT-A-----TG---A-A-AA-GTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACGacccaaa
gi|23 : ttacTG------GCA-T-AA-TC---A-C-T-TTT-AATAAGC--A---A-AA-A--TTTGGTA-------A---A-AT-A-ACA-----T-------------T----------------T---------TT---T-T--T--C---TT-G-----TA---A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------G-----------------------A-TG-C-C----T-AA-TTG-C-AGCTATGcc
gi|24 : ATAACC--G---A-AA-A--TATGGTA-------T---T-TT-A-ATA-----T-------------T--TT-A--A-------T---------TT---T-T--T--G---TT-A-----TG---A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACGg
gi|25 : ATAACCT-G---A-AA-A--TATGGTA-------T---T-TT-A-ATA-----T-------------T--TT-A--A-------TTT-------TT---T-T--T--A---TT-A-----T----G-A-AT-ATA------TG-T--TA------GG-C-A---GT-G-CC--T----AG--G-C-C----T-AATTGG-C-AGCTACG
gi|26 : -TT--AATAAACC-G---ACAA-A--GTTGG-A-------T---T-T--A-ATA-----T-------------T--TG-A--A-------T---------TT---T-------G---AT-A-----T----G-A-AA-TTA------TA-TG-TA-------G-C-A-C----G-CC--TT-A-AG-TG-C--------AA-TTG-C-AGCTACGa
gi|27 : TTGG-GTTTATA-----------TCTTGCCA------GCA-TCAA-AT---A-C-T-TT--GATAAGC--A---A-AA-A--CATGGTA-------T---T-TT-A-ACA-----T-------------T--TT-A--A-------T---------TT---T-T--T--G---TT-G-----T----A-A-GA-TTA------TG-Tcaa
gi|28 : TAACC--G---A-TA-A--TATGGTA-------T---T-T------A-----T----------------------A-------T---------TT---T-T--T--G---TTTA-----TG---A-A-AA-TTA------TGGTA-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TT-G-C----T-AA-TGA-C-AGCTACG
gi|29 : t--AATAAAC--A---A-AA-A--TATGGTA-------T---T-TT-A-ACA-----T-------------T--TT-A--A-------T---------AT---T-T--T------TT-A-----TA---A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-AT-A-Ccca
gi|3 : attgcgccacgattgggtaaGGTTGG-GTTTATA-----------TCTTGTTT------GCA-TTCA-TG---A-CTT-TT--AATAAGCA-A---A-AA-A--TTTGGAA-------T---T-TT-A-ACA-----TTGGAATAAAAAAAT--TC-A--A-------T---------TT---T-TTAT--G---CT-G-----TA---A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GT-C-A-C-GT-G-CC--TC-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGT-C-AG
gi|30 : gcgccacTAACC--G---A-AA-A--TATGGTA-------T---T-TT-A-ATA-----T-------------T--TT-A--A-------T---------TT---T-T--T--G---AT-A-----TG---A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-C---------G-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACG
gi|31 : A------GCA-TCAA-TG---A-T-T-TTT-AATAAAC--GTGCG-AG-A--TTTGCTA-------T---TATT-T-ACA-----T-------------T--TC-A--A-------T----------------------------------------A-A-AA-TTAGGTCTATG-TG-TA------GA-C-A-C-GT-G-CC--T
gi|32 : -AA-A--TATGGTA-------T---T-T------A-------------------------A--A-------T---------TT---T-T--T--G---TT-A-----TG---A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A---GT-G-CC--TTAA-AG-TG-C-C----T-AA-TGGCC-AGCTACG
gi|33 : aaccgTGGTA-------T---T-TT-A-ACA-----T-------------T--TTCA--A------------------T---T-G--T--G---TT-G-----TA---A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GA-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-Tcca
gi|34 : ttgcgccatagttaattattaag--G---A-AA-A--TATGGTA-------T---T-TT-A-A--------------------------------------T---------TT---T-T--T--G---TT-A-----TG---A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACG
gi|35 : -A--TTTG-TA-------T---T-TT-A-ACA-----T-------------T--TT-A--A-------T---------TT---T-T--T--G---CT-G-----TTATAA-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-AG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTcca
gi|36 : GGTTGG-GTTTAT-------------CT-----------------AA-CG-------T-TT--GATAAAC--G---A-AA-A--TCTGGTA-------T---T-GT-A-AC-----------------------TT-A--A-------
gi|36 : attgcacC--TT-A-AA-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACatgcctaatggcagctacacc
gi|37 : attgcacggttgggtttatctaacgtttgataaacgaaaatctggtattgtaaTAAGC--G---A-AA-T--TATG-CA-------T---T-TT-A-ACA-----T-------------T--TC-A--A-----------------AT---T-T--T--G---TT-G-----TA---A-A-AA-ATA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-acc
gi|38 : aacTAAGC--G---A-AA-T--TATGGCA-------T---T-TT-A-ACA-----T-------------T--TC-A--A-----------------AT---T-T--T--G---TT-G-----TA---A-A-AA-ATA------TG-TG-TA------GG-C-A-
gi|39 : aacGGTTGG-ATTTATA-----------TCTTGTTT------GCA-TCAA-TG---A-CTT-TT--GATAAGC--A---A-AA-A--TCTG
gi|4 : gtgccac-T-TC--AATAAGC--A---A-AA-A--TTTGGCA-------TCC-T-AT-A-ACA-----T-------------T--TT----------------------------------------T-G-----T----A-C-AA-CTT------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-GCCC--CT-A-AG-TACC-C----T-GA-TGG-C-AGTTACG
gi|40 : cgccacggttggttttaaaatgtatatgtttacggtcattaatccgtta----A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--AT-G-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACGga
gi|41 : ggggta--TT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACGc
gi|42 : ttaacttggggggagggggaacaat----A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-A-CC--TT-A-AT-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACGcca
gi|43 : aA-TTA------TA-TA-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-CG-C-T----T-TA-TAG-C-AGCTACGc
gi|44 : ------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-CTAATT-AA-TGG-C-AGCTACcc
gi|45 : T-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACG
gi|46 : ----A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-ccactga
gi|5 : atgGGTTGA-GTTTATA-----------ACTTGTCA------GCA-TTAA-TG---A-C-T-TTT-AATAAGC--G---A-AA-A--TCTGTTA-------T---T-TG-A-ACA-----T-------------T--TT-A--A-------T---------TTA--T-T--T--A---TT-C-----T----A-A-AC-TCA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-AT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACG
gi|6 : gctccacGGTTGG-ATTTGTA-----------TCTTAGTA------GCAATCAACTC---A-C-T-TTT-AATAAGC--A---A-AA-AATTTTTGTA-------TGCTT-TT-A-GCAAAAAAT-------------------A--A-------C---------TT---T-T--C------TT-G-----T----AAA-AA-TTA-------G-TG-TA------GG-C-G-CAGT-G-TC--TT-A-AA--G-T-C----T-AA-c
gi|7 : gccacGTTGG-GCTTATA-----------TCTTCTTATATGTAGCA-TTAA-TG---A-C-T-TTT-AATAAAT--G---A-AA-A--TCTGGTA-------T---T-TC-A-AT-------------------------------------T---------TT---T-T--G--G---TC-G-----T----G-A-AA-TTA------TG-AG-TA------GG-C-A-C-GT-G-TCTTTT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TAC-C-GGCTACgagct
gi|8 : gccactGGTTGG-GTTTATA-----------TTTTATGA------GCA-TCAA-TG---A-C----------------------AA-A--CCTGCTG-------C---T-TT-A-ACT-----TGC-----------T--TT-A--A-------C---------TT---G-G--G--G---GG-GGGGGTT----ACA-AA-TTA------TA-TG-AA------GG-C-A-C-GC-A-CC--GT-C-AA-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACGa
gi|9 : agcacGATTGG-GTTTATA-----------TCTTGTCA------GCA-TCAA-TT---A-C-T-TT--GATAAGC--A---A-AA-A--TATGGTA-------T---T-TT-A-ACA-----T-------------T--TA-A--A-------T---------TT---T-T--T--G---TT-G-----T----A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACGc
Alignments
lowQualScore : 11111111111 11 11111111111111111 1111
lowQualScore : 2 11111111111 666666 4 2 6666666 1 22 1 555555 1 1 11 1 6666666 333 1 1 1 9999999999999999999 22 1 11 00000000000000000 444 1 11 555555 2 22222 8888 2 2 4 666666 1 1 222222 1 1 1 2 1 1 11 2 1 1 1 1 4444 1 1 2 3
lowQualScore : . ........... ...... . . ....... . .. . ...... . . .. . ....... ... . . . ................... .. . .. ................. ... . .. ...... . ..... .... . . . ...... . . ...... . . . . . . .. . . . . . .... . . . .
lowQualScore : 5 22222222222 111111 2 0 3333333 8 33 2 888888 1 1 55 4 6666666 333 1 1 1 2222222222222222222 55 1 44 33333333333333333 111 1 55 999999 2 77777 2222 0 0 9 000000 0 0 888888 0 0 0 1 1 1 44 1 1 1 1 1 5555 1 1 3 4
consensus : GGTTGG-GTTTATA-----------TCTTGTTA------GCA-TCAA-TG---A-C-T-TT--AATAAGC--G---A-AA-A--TNTGGTA-------T---T-TT-A-ACA-----T-------------T--TT-A--A-------T---------TT---T-T--T--G---TT-G-----T----A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACG
Reference ( family-4489 ) : GGTTGG-GTTTATA-----------TCTTGTTA------GCA-TCAA-TG---A-C-T-TT--AATAAGC--G---A-AA-A--TNTGGTA-------T---T-TT-A-ACA-----T-------------T--TT-A--A-------T---------TT---T-T--T--G---TT-G-----T----A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACG
gi|1 : GTTGGCGTTTATAAACATAATTATTCTTGTTA------GCAATCAG-TG---A-C-T-TTT-GATAAGC--GC--A-AA-A--TCTGGTA-------T---T-TTTA-ACAAT---T-------------T--TT-A--AATTATTTTA--------TT---T-T--T--C---TT-G-----TGTAAA-A-AA-TCAA-----TA-TA-TA------GG-C-A-A-GA-G-CC--TG-A-AG-TG-T-C----T-AA-TGG-C-AACTAC
gi|10 : gccgccattGG-ATTTATA-----------TCTGGTTA------GCA-TCAA-TG---C-C-TACT--AATAATA--A---A-AA-A--CCTGGTA-------T---T-CT-A-A-------------------------T-A--AT------T---------TT---T-T--T--C---CT-G-----A----A-ATAA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-T-C-GT-G-----TTAA-AG-TG-T-C----T-TA-TGG-C-AGCTACatgtat
gi|11 : AA-TG---A-C-T-TTTTAATTAACTCG---A-AATA--TC-AGTA-------T---T-TT-ATATA-----T-------------TATTT-G--A-------TGT-------TTATGT-T--T--A---TT-G-----A----A-A-AA-TTA------TG-TGTTA------AG-CGA-C-GT-G-CC--TT-AGAG-TG-C-CA---TAAA-TGGACAAGCTACacca
gi|12 : GGTTGG-ATATATA-----------TCTTGTTA------GCA-TCAA-TGCCTA-T-T-TT--AAT---C--A---A-AA-A--TCTGGTA-------T---T-TT-A-AC------T-------------T--TT------------T---------TT---T-T--T--C---CT-G-----T----A-ACAA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-T-C-GT-G-TT--TC-A-AG-TT-C-T----T--A-TGG-C-AGCagcc
gi|13 : ATA-----------T-TAGTTA------GCA-TC--------------TT--AATTAAC--A---A-CA-A--TCTGGTA-------T---T-TT-A-ACA-----T-------------T--TT-A--A-------T---------TT---T-T--TG-G---TT-G-----T----A-A-AA-AT-------TG-TG-T----------------GT-G-C------A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGC
gi|14 : gttgtgtcacgactggaaataG-GTTGGTA-----------TATTGTTT------GTA-TCAA-TG---A-C-T-TT----TAAG-------A-AA-A--TATAGTA-------T---T-TT-A-ACA-----T-------------T--TT-A--A-------T---------TTA--T-T--T--G---TT-G-----TA---A-A-AA-TAA------TG-TG-TA------GG-C-A-A-GT-A-CC--TC-A-AG-TG-C-C----
gi|15 : tgcgctacGGTTGG-GTTTATA-----------TCTTGTTG------GCA-TCAA-CG---A----------ATA-------------------------------------TT-A-ACA-----T-------------T--TT-C--A-------T---------AT---T-T--T--G---TT-G-----T----A-A-AAATTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-C----G-AA-TGG-C-AGCTAC
gi|16 : gccacC--G---A-AA-A--TATGGTACATGTA-T---T-TT-A-ATA-----T-------------T--T--A--A-------T---------TT---T-T--T--G---TTTA-----TG---A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-CT---T-AA-TGG-CAAGCTAC
gi|17 : ttaaatac--TCTGGTA-------T---T-TT-A-AAG-----A-------------T--TT-A--T-------T---------TT---T-T--TTGG---TT-G-----T----A-A-AAATTA------TG-TG-TACATGTAGG-C-A-T-GT-G-TC--TT-G-AG-TG-C-G----T-AA-TGG-C-AGCTA
gi|18 : --AATAACC--G---A-AA-G--TATGGTACATGTATT---T-TT-A-ATA-------------------T--TT-G--A-------T---------TT---T-T--T------TT-A-----T----G-A-AA-TT-------TG-TG-TA------GG-C-ATC-GT-G-CC--TT-A-AGTTG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACGgtgctgctacgct
gi|19 : ---T-TT-A-ACA-----T-------------T--TT-A--AA------T---------TT---TGT--T--T---TT-G-----T----A-A-AACTTA------TG-TA-TG------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTAc
gi|2 : ttgtaccatggttgggtttgtagataGGTTGG-GATTA-A-----------TCTTGTTA------GCA-TCAA-TG---ATT-T-TT--GATAAGC--G---A-AA-A--TCTGGTA-------T---T-TT-A-ACAG----T-------------T--TT-ATTA-------TAAAATTTAATT---T-T--T--GTTTTT-G-----T----A-A-AACTTAT-----TG-TT-TG------GGCC-A-CTATAA-CC--TT-A-AG-TG-C-C----T-AT-TGA-A-AGCT
gi|20 : ttacaccacGGTTGG-GCTTATA-----------TCTTGTTA------GCA-TCAA-TG----------------AAGC--G---A-AA-A--TCTAATA-------T---T-TC-A-ACA-----T-------------TA-TT-G--A-------T---------TT---T-T--T------TT-G-----T----A-A-AATTTA------TG-TG-TA------GG-C-
gi|21 : gtgccacC--G---A-CA-A--TATGGT--------------------TA-----T-------------A--TT-A--A-------T---------TT---T-T--G--G---TT-T-----G----A-A-AA-TTAGA----TG-TG-TA------GG-C-A-A-GT-G--C--TT-A-AG-TG-CGC----T-AA-TGG-CAAGCTACG
gi|22 : ctaccC--G---A-AA-A--TATAGTA-------T---T-TT-A-GTA-----T-------------T--TT-A--A-------T---------AT---T-T--T--G---GT-A-----TG---A-A-AA-GTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACGacccaaa
gi|23 : ttacTG------GCA-T-AA-TC---A-C-T-TTT-AATAAGC--A---A-AA-A--TTTGGTA-------A---A-AT-A-ACA-----T-------------T----------------T---------TT---T-T--T--C---TT-G-----TA---A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------G-----------------------A-TG-C-C----T-AA-TTG-C-AGCTATGcc
gi|24 : ATAACC--G---A-AA-A--TATGGTA-------T---T-TT-A-ATA-----T-------------T--TT-A--A-------T---------TT---T-T--T--G---TT-A-----TG---A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACGg
gi|25 : ATAACCT-G---A-AA-A--TATGGTA-------T---T-TT-A-ATA-----T-------------T--TT-A--A-------TTT-------TT---T-T--T--A---TT-A-----T----G-A-AT-ATA------TG-T--TA------GG-C-A---GT-G-CC--T----AG--G-C-C----T-AATTGG-C-AGCTACG
gi|26 : -TT--AATAAACC-G---ACAA-A--GTTGG-A-------T---T-T--A-ATA-----T-------------T--TG-A--A-------T---------TT---T-------G---AT-A-----T----G-A-AA-TTA------TA-TG-TA-------G-C-A-C----G-CC--TT-A-AG-TG-C--------AA-TTG-C-AGCTACGa
gi|27 : TTGG-GTTTATA-----------TCTTGCCA------GCA-TCAA-AT---A-C-T-TT--GATAAGC--A---A-AA-A--CATGGTA-------T---T-TT-A-ACA-----T-------------T--TT-A--A-------T---------TT---T-T--T--G---TT-G-----T----A-A-GA-TTA------TG-Tcaa
gi|28 : TAACC--G---A-TA-A--TATGGTA-------T---T-T------A-----T----------------------A-------T---------TT---T-T--T--G---TTTA-----TG---A-A-AA-TTA------TGGTA-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TT-G-C----T-AA-TGA-C-AGCTACG
gi|29 : t--AATAAAC--A---A-AA-A--TATGGTA-------T---T-TT-A-ACA-----T-------------T--TT-A--A-------T---------AT---T-T--T------TT-A-----TA---A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-AT-A-Ccca
gi|3 : attgcgccacgattgggtaaGGTTGG-GTTTATA-----------TCTTGTTT------GCA-TTCA-TG---A-CTT-TT--AATAAGCA-A---A-AA-A--TTTGGAA-------T---T-TT-A-ACA-----TTGGAATAAAAAAAT--TC-A--A-------T---------TT---T-TTAT--G---CT-G-----TA---A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GT-C-A-C-GT-G-CC--TC-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGT-C-AG
gi|30 : gcgccacTAACC--G---A-AA-A--TATGGTA-------T---T-TT-A-ATA-----T-------------T--TT-A--A-------T---------TT---T-T--T--G---AT-A-----TG---A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-C---------G-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACG
gi|31 : A------GCA-TCAA-TG---A-T-T-TTT-AATAAAC--GTGCG-AG-A--TTTGCTA-------T---TATT-T-ACA-----T-------------T--TC-A--A-------T----------------------------------------A-A-AA-TTAGGTCTATG-TG-TA------GA-C-A-C-GT-G-CC--T
gi|32 : -AA-A--TATGGTA-------T---T-T------A-------------------------A--A-------T---------TT---T-T--T--G---TT-A-----TG---A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A---GT-G-CC--TTAA-AG-TG-C-C----T-AA-TGGCC-AGCTACG
gi|33 : aaccgTGGTA-------T---T-TT-A-ACA-----T-------------T--TTCA--A------------------T---T-G--T--G---TT-G-----TA---A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GA-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-Tcca
gi|34 : ttgcgccatagttaattattaag--G---A-AA-A--TATGGTA-------T---T-TT-A-A--------------------------------------T---------TT---T-T--T--G---TT-A-----TG---A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACG
gi|35 : -A--TTTG-TA-------T---T-TT-A-ACA-----T-------------T--TT-A--A-------T---------TT---T-T--T--G---CT-G-----TTATAA-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-AG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTcca
gi|36 : GGTTGG-GTTTAT-------------CT-----------------AA-CG-------T-TT--GATAAAC--G---A-AA-A--TCTGGTA-------T---T-GT-A-AC-----------------------TT-A--A-------
gi|36 : attgcacC--TT-A-AA-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACatgcctaatggcagctacacc
gi|37 : attgcacggttgggtttatctaacgtttgataaacgaaaatctggtattgtaaTAAGC--G---A-AA-T--TATG-CA-------T---T-TT-A-ACA-----T-------------T--TC-A--A-----------------AT---T-T--T--G---TT-G-----TA---A-A-AA-ATA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-acc
gi|38 : aacTAAGC--G---A-AA-T--TATGGCA-------T---T-TT-A-ACA-----T-------------T--TC-A--A-----------------AT---T-T--T--G---TT-G-----TA---A-A-AA-ATA------TG-TG-TA------GG-C-A-
gi|39 : aacGGTTGG-ATTTATA-----------TCTTGTTT------GCA-TCAA-TG---A-CTT-TT--GATAAGC--A---A-AA-A--TCTG
gi|4 : gtgccac-T-TC--AATAAGC--A---A-AA-A--TTTGGCA-------TCC-T-AT-A-ACA-----T-------------T--TT----------------------------------------T-G-----T----A-C-AA-CTT------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-GCCC--CT-A-AG-TACC-C----T-GA-TGG-C-AGTTACG
gi|40 : cgccacggttggttttaaaatgtatatgtttacggtcattaatccgtta----A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--AT-G-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACGga
gi|41 : ggggta--TT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACGc
gi|42 : ttaacttggggggagggggaacaat----A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-A-CC--TT-A-AT-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACGcca
gi|43 : aA-TTA------TA-TA-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-CG-C-T----T-TA-TAG-C-AGCTACGc
gi|44 : ------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-CTAATT-AA-TGG-C-AGCTACcc
gi|45 : T-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACG
gi|46 : ----A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-ccactga
gi|5 : atgGGTTGA-GTTTATA-----------ACTTGTCA------GCA-TTAA-TG---A-C-T-TTT-AATAAGC--G---A-AA-A--TCTGTTA-------T---T-TG-A-ACA-----T-------------T--TT-A--A-------T---------TTA--T-T--T--A---TT-C-----T----A-A-AC-TCA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-AT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACG
gi|6 : gctccacGGTTGG-ATTTGTA-----------TCTTAGTA------GCAATCAACTC---A-C-T-TTT-AATAAGC--A---A-AA-AATTTTTGTA-------TGCTT-TT-A-GCAAAAAAT-------------------A--A-------C---------TT---T-T--C------TT-G-----T----AAA-AA-TTA-------G-TG-TA------GG-C-G-CAGT-G-TC--TT-A-AA--G-T-C----T-AA-c
gi|7 : gccacGTTGG-GCTTATA-----------TCTTCTTATATGTAGCA-TTAA-TG---A-C-T-TTT-AATAAAT--G---A-AA-A--TCTGGTA-------T---T-TC-A-AT-------------------------------------T---------TT---T-T--G--G---TC-G-----T----G-A-AA-TTA------TG-AG-TA------GG-C-A-C-GT-G-TCTTTT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TAC-C-GGCTACgagct
gi|8 : gccactGGTTGG-GTTTATA-----------TTTTATGA------GCA-TCAA-TG---A-C----------------------AA-A--CCTGCTG-------C---T-TT-A-ACT-----TGC-----------T--TT-A--A-------C---------TT---G-G--G--G---GG-GGGGGTT----ACA-AA-TTA------TA-TG-AA------GG-C-A-C-GC-A-CC--GT-C-AA-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACGa
gi|9 : agcacGATTGG-GTTTATA-----------TCTTGTCA------GCA-TCAA-TT---A-C-T-TT--GATAAGC--A---A-AA-A--TATGGTA-------T---T-TT-A-ACA-----T-------------T--TA-A--A-------T---------TT---T-T--T--G---TT-G-----T----A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACGc
blockSeqs : . . TATGTA A C CCTAT A TT T GTGC C T AT C CATGTAT GCT A . T TTGGAATAAAAAAA AT C TT TAAAATTTAA ATG G TA GTTT T GGGGT TATA A T A GGTCTA CATGTA T T A C TT A G T C G TAAT A T A A
blockSeqs : . . . . . ATT . T A TCG . . . C CATGTA CC . . . AAAAAT A . . TGT A . . TGG T . A C C A GA . . A . . . A . . . . A . . C A
blockSeqs : . . . . . ACT . T A TG . . . C . . . . . TGC . . . TTT A . . GG . . G . . C T . . . . . . . . . . . T . . . A
blockSeqs : . . . . . ACT . T G CG . . . C . . . . . GT . . . TT . . . C . . G . . C . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . CC . T C AA . . . A . . . . . T . . . AT . . . A . . A . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . AC . T G A . . . A . . . . . T . . . T . . . C . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . AC . . G A . . . C . . . . . T . . . T . . . G . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . AC . . G A . . . A . . . . . T . . . T . . . G . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . AC . . C G . . . C . . . . . T . . . T . . . G . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . AT . . C G . . . C . . . . . T . . . T . . . T . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . AC . . A G . . . A . . . . . A . . . T . . . G . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . AC . . G G . . . A . . . . . T . . . T . . . G . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . AC . . C G . . . T . . . . . T . . . T . . . C . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . AC . . A G . . . A . . . . . T . . . T . . . G . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . AC . . G A . . . A . . . . . T . . . T . . . A . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . C G . . . T . . . . . T . . . T . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A A . . . A . . . . . T . . . T . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A G . . . A . . . . . T . . . T . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G A . . . A . . . . . T . . . T . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . G G . . . T . . . . . T . . . T . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . G G . . . A . . . . . T . . . T . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . G G . . . T . . . . . T . . . T . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . G G . . . A . . . . . T . . . T . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G G . . . A . . . . . T . . . T . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A A . . . T . . . . . T . . . T . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G A . . . C . . . . . T . . . T . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . G . . . A . . . . . T . . . T . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . A . . . . . T . . . T . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . G . . . C . . . . . T . . . C . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . T . . . . . T . . . T . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . T . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : *********** ** G***** T****************** T**************** **** ******
originalCons : GGTTGG-GTTTATA-----------TCTTGTTA------GCA-TCAA-TG---A-C-T-TT--AATAAGC--G---A-AA-A--TNTGGTA-------T---T-TT-A-ACA-----T-------------T--TT-A--A-------T---------TT---T-T--T--G---TT-G-----T----A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACG
finalCons : GGTTGG-GTTTATA-----------TCTTGTTA------GCA-TCAA-TG---A-C-T-TT--AATAAGCG-----A-AA-A--TNTGGTA-------T---T-TT-A-ACAT------------------T--TT-A--AT----------------TT---T-T--T--G---TT-G-----T----A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACG
Alignments
lowQualScore : 11111111111 11 11111111111111111 1111
lowQualScore : 2 11111111111 666666 4 2 6666666 1 22 1 555555 1 1 11 1 6666666 333 1 1 1 9999999999999999999 22 1 11 00000000000000000 444 1 11 555555 2 22222 8888 2 2 4 666666 1 1 222222 1 1 1 2 1 1 11 2 1 1 1 1 4444 1 1 2 3
lowQualScore : . ........... ...... . . ....... . .. . ...... . . .. . ....... ... . . . ................... .. . .. ................. ... . .. ...... . ..... .... . . . ...... . . ...... . . . . . . .. . . . . . .... . . . .
lowQualScore : 5 22222222222 111111 2 0 3333333 8 33 2 888888 1 1 55 4 6666666 333 1 1 1 2222222222222222222 55 1 44 33333333333333333 111 1 55 999999 2 77777 2222 0 0 9 000000 0 0 888888 0 0 0 1 1 1 44 1 1 1 1 1 5555 1 1 3 4
consensus : GGTTGG-GTTTATA-----------TCTTGTTA------GCA-TCAA-TG---A-C-T-TT--AATAAGC--G---A-AA-A--TNTGGTA-------T---T-TT-A-ACA-----T-------------T--TT-A--A-------T---------TT---T-T--T--G---TT-G-----T----A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACG
Reference ( family-4489 ) : GGTTGG-GTTTATA-----------TCTTGTTA------GCA-TCAA-TG---A-C-T-TT--AATAAGC--G---A-AA-A--TNTGGTA-------T---T-TT-A-ACA-----T-------------T--TT-A--A-------T---------TT---T-T--T--G---TT-G-----T----A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACG
gi|1 : GTTGGCGTTTATAAACATAATTATTCTTGTTA------GCAATCAG-TG---A-C-T-TTT-GATAAGC--GC--A-AA-A--TCTGGTA-------T---T-TTTA-ACAAT---T-------------T--TT-A--AATTATTTTA--------TT---T-T--T--C---TT-G-----TGTAAA-A-AA-TCAA-----TA-TA-TA------GG-C-A-A-GA-G-CC--TG-A-AG-TG-T-C----T-AA-TGG-C-AACTAC
gi|10 : gccgccattGG-ATTTATA-----------TCTGGTTA------GCA-TCAA-TG---C-C-TACT--AATAATA--A---A-AA-A--CCTGGTA-------T---T-CT-A-A-------------------------T-A--AT------T---------TT---T-T--T--C---CT-G-----A----A-ATAA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-T-C-GT-G-----TTAA-AG-TG-T-C----T-TA-TGG-C-AGCTACatgtat
gi|11 : AA-TG---A-C-T-TTTTAATTAACTCG---A-AATA--TC-AGTA-------T---T-TT-ATATA-----T-------------TATTT-G--A-------TGT-------TTATGT-T--T--A---TT-G-----A----A-A-AA-TTA------TG-TGTTA------AG-CGA-C-GT-G-CC--TT-AGAG-TG-C-CA---TAAA-TGGACAAGCTACacca
gi|12 : GGTTGG-ATATATA-----------TCTTGTTA------GCA-TCAA-TGCCTA-T-T-TT--AAT---C--A---A-AA-A--TCTGGTA-------T---T-TT-A-AC------T-------------T--TT------------T---------TT---T-T--T--C---CT-G-----T----A-ACAA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-T-C-GT-G-TT--TC-A-AG-TT-C-T----T--A-TGG-C-AGCagcc
gi|13 : ATA-----------T-TAGTTA------GCA-TC--------------TT--AATTAAC--A---A-CA-A--TCTGGTA-------T---T-TT-A-ACA-----T-------------T--TT-A--A-------T---------TT---T-T--TG-G---TT-G-----T----A-A-AA-AT-------TG-TG-T----------------GT-G-C------A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGC
gi|14 : gttgtgtcacgactggaaataG-GTTGGTA-----------TATTGTTT------GTA-TCAA-TG---A-C-T-TT----TAAG-------A-AA-A--TATAGTA-------T---T-TT-A-ACA-----T-------------T--TT-A--A-------T---------TTA--T-T--T--G---TT-G-----TA---A-A-AA-TAA------TG-TG-TA------GG-C-A-A-GT-A-CC--TC-A-AG-TG-C-C----
gi|15 : tgcgctacGGTTGG-GTTTATA-----------TCTTGTTG------GCA-TCAA-CG---A----------ATA-------------------------------------TT-A-ACA-----T-------------T--TT-C--A-------T---------AT---T-T--T--G---TT-G-----T----A-A-AAATTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-C----G-AA-TGG-C-AGCTAC
gi|16 : gccacC--G---A-AA-A--TATGGTACATGTA-T---T-TT-A-ATA-----T-------------T--T--A--A-------T---------TT---T-T--T--G---TTTA-----TG---A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-CT---T-AA-TGG-CAAGCTAC
gi|17 : ttaaatac--TCTGGTA-------T---T-TT-A-AAG-----A-------------T--TT-A--T-------T---------TT---T-T--TTGG---TT-G-----T----A-A-AAATTA------TG-TG-TACATGTAGG-C-A-T-GT-G-TC--TT-G-AG-TG-C-G----T-AA-TGG-C-AGCTA
gi|18 : --AATAACC--G---A-AA-G--TATGGTACATGTATT---T-TT-A-ATA-------------------T--TT-G--A-------T---------TT---T-T--T------TT-A-----T----G-A-AA-TT-------TG-TG-TA------GG-C-ATC-GT-G-CC--TT-A-AGTTG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACGgtgctgctacgct
gi|19 : ---T-TT-A-ACA-----T-------------T--TT-A--AA------T---------TT---TGT--T--T---TT-G-----T----A-A-AACTTA------TG-TA-TG------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTAc
gi|2 : ttgtaccatggttgggtttgtagataGGTTGG-GATTA-A-----------TCTTGTTA------GCA-TCAA-TG---ATT-T-TT--GATAAGC--G---A-AA-A--TCTGGTA-------T---T-TT-A-ACAG----T-------------T--TT-ATTA-------TAAAATTTAATT---T-T--T--GTTTTT-G-----T----A-A-AACTTAT-----TG-TT-TG------GGCC-A-CTATAA-CC--TT-A-AG-TG-C-C----T-AT-TGA-A-AGCT
gi|20 : ttacaccacGGTTGG-GCTTATA-----------TCTTGTTA------GCA-TCAA-TG----------------AAGC--G---A-AA-A--TCTAATA-------T---T-TC-A-ACA-----T-------------TA-TT-G--A-------T---------TT---T-T--T------TT-G-----T----A-A-AATTTA------TG-TG-TA------GG-C-
gi|21 : gtgccacC--G---A-CA-A--TATGGT--------------------TA-----T-------------A--TT-A--A-------T---------TT---T-T--G--G---TT-T-----G----A-A-AA-TTAGA----TG-TG-TA------GG-C-A-A-GT-G--C--TT-A-AG-TG-CGC----T-AA-TGG-CAAGCTACG
gi|22 : ctaccC--G---A-AA-A--TATAGTA-------T---T-TT-A-GTA-----T-------------T--TT-A--A-------T---------AT---T-T--T--G---GT-A-----TG---A-A-AA-GTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACGacccaaa
gi|23 : ttacTG------GCA-T-AA-TC---A-C-T-TTT-AATAAGC--A---A-AA-A--TTTGGTA-------A---A-AT-A-ACA-----T-------------T----------------T---------TT---T-T--T--C---TT-G-----TA---A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------G-----------------------A-TG-C-C----T-AA-TTG-C-AGCTATGcc
gi|24 : ATAACC--G---A-AA-A--TATGGTA-------T---T-TT-A-ATA-----T-------------T--TT-A--A-------T---------TT---T-T--T--G---TT-A-----TG---A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACGg
gi|25 : ATAACCT-G---A-AA-A--TATGGTA-------T---T-TT-A-ATA-----T-------------T--TT-A--A-------TTT-------TT---T-T--T--A---TT-A-----T----G-A-AT-ATA------TG-T--TA------GG-C-A---GT-G-CC--T----AG--G-C-C----T-AATTGG-C-AGCTACG
gi|26 : -TT--AATAAACC-G---ACAA-A--GTTGG-A-------T---T-T--A-ATA-----T-------------T--TG-A--A-------T---------TT---T-------G---AT-A-----T----G-A-AA-TTA------TA-TG-TA-------G-C-A-C----G-CC--TT-A-AG-TG-C--------AA-TTG-C-AGCTACGa
gi|27 : TTGG-GTTTATA-----------TCTTGCCA------GCA-TCAA-AT---A-C-T-TT--GATAAGC--A---A-AA-A--CATGGTA-------T---T-TT-A-ACA-----T-------------T--TT-A--A-------T---------TT---T-T--T--G---TT-G-----T----A-A-GA-TTA------TG-Tcaa
gi|28 : TAACC--G---A-TA-A--TATGGTA-------T---T-T------A-----T----------------------A-------T---------TT---T-T--T--G---TTTA-----TG---A-A-AA-TTA------TGGTA-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TT-G-C----T-AA-TGA-C-AGCTACG
gi|29 : t--AATAAAC--A---A-AA-A--TATGGTA-------T---T-TT-A-ACA-----T-------------T--TT-A--A-------T---------AT---T-T--T------TT-A-----TA---A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-AT-A-Ccca
gi|3 : attgcgccacgattgggtaaGGTTGG-GTTTATA-----------TCTTGTTT------GCA-TTCA-TG---A-CTT-TT--AATAAGCA-A---A-AA-A--TTTGGAA-------T---T-TT-A-ACA-----TTGGAATAAAAAAAT--TC-A--A-------T---------TT---T-TTAT--G---CT-G-----TA---A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GT-C-A-C-GT-G-CC--TC-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGT-C-AG
gi|30 : gcgccacTAACC--G---A-AA-A--TATGGTA-------T---T-TT-A-ATA-----T-------------T--TT-A--A-------T---------TT---T-T--T--G---AT-A-----TG---A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-C---------G-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACG
gi|31 : A------GCA-TCAA-TG---A-T-T-TTT-AATAAAC--GTGCG-AG-A--TTTGCTA-------T---TATT-T-ACA-----T-------------T--TC-A--A-------T----------------------------------------A-A-AA-TTAGGTCTATG-TG-TA------GA-C-A-C-GT-G-CC--T
gi|32 : -AA-A--TATGGTA-------T---T-T------A-------------------------A--A-------T---------TT---T-T--T--G---TT-A-----TG---A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A---GT-G-CC--TTAA-AG-TG-C-C----T-AA-TGGCC-AGCTACG
gi|33 : aaccgTGGTA-------T---T-TT-A-ACA-----T-------------T--TTCA--A------------------T---T-G--T--G---TT-G-----TA---A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GA-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-Tcca
gi|34 : ttgcgccatagttaattattaag--G---A-AA-A--TATGGTA-------T---T-TT-A-A--------------------------------------T---------TT---T-T--T--G---TT-A-----TG---A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACG
gi|35 : -A--TTTG-TA-------T---T-TT-A-ACA-----T-------------T--TT-A--A-------T---------TT---T-T--T--G---CT-G-----TTATAA-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-AG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTcca
gi|36 : GGTTGG-GTTTAT-------------CT-----------------AA-CG-------T-TT--GATAAAC--G---A-AA-A--TCTGGTA-------T---T-GT-A-AC-----------------------TT-A--A-------
gi|36 : attgcacC--TT-A-AA-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACatgcctaatggcagctacacc
gi|37 : attgcacggttgggtttatctaacgtttgataaacgaaaatctggtattgtaaTAAGC--G---A-AA-T--TATG-CA-------T---T-TT-A-ACA-----T-------------T--TC-A--A-----------------AT---T-T--T--G---TT-G-----TA---A-A-AA-ATA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-acc
gi|38 : aacTAAGC--G---A-AA-T--TATGGCA-------T---T-TT-A-ACA-----T-------------T--TC-A--A-----------------AT---T-T--T--G---TT-G-----TA---A-A-AA-ATA------TG-TG-TA------GG-C-A-
gi|39 : aacGGTTGG-ATTTATA-----------TCTTGTTT------GCA-TCAA-TG---A-CTT-TT--GATAAGC--A---A-AA-A--TCTG
gi|4 : gtgccac-T-TC--AATAAGC--A---A-AA-A--TTTGGCA-------TCC-T-AT-A-ACA-----T-------------T--TT----------------------------------------T-G-----T----A-C-AA-CTT------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-GCCC--CT-A-AG-TACC-C----T-GA-TGG-C-AGTTACG
gi|40 : cgccacggttggttttaaaatgtatatgtttacggtcattaatccgtta----A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--AT-G-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACGga
gi|41 : ggggta--TT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACGc
gi|42 : ttaacttggggggagggggaacaat----A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-A-CC--TT-A-AT-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACGcca
gi|43 : aA-TTA------TA-TA-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-CG-C-T----T-TA-TAG-C-AGCTACGc
gi|44 : ------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-CTAATT-AA-TGG-C-AGCTACcc
gi|45 : T-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACG
gi|46 : ----A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-ccactga
gi|5 : atgGGTTGA-GTTTATA-----------ACTTGTCA------GCA-TTAA-TG---A-C-T-TTT-AATAAGC--G---A-AA-A--TCTGTTA-------T---T-TG-A-ACA-----T-------------T--TT-A--A-------T---------TTA--T-T--T--A---TT-C-----T----A-A-AC-TCA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-AT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACG
gi|6 : gctccacGGTTGG-ATTTGTA-----------TCTTAGTA------GCAATCAACTC---A-C-T-TTT-AATAAGC--A---A-AA-AATTTTTGTA-------TGCTT-TT-A-GCAAAAAAT-------------------A--A-------C---------TT---T-T--C------TT-G-----T----AAA-AA-TTA-------G-TG-TA------GG-C-G-CAGT-G-TC--TT-A-AA--G-T-C----T-AA-c
gi|7 : gccacGTTGG-GCTTATA-----------TCTTCTTATATGTAGCA-TTAA-TG---A-C-T-TTT-AATAAAT--G---A-AA-A--TCTGGTA-------T---T-TC-A-AT-------------------------------------T---------TT---T-T--G--G---TC-G-----T----G-A-AA-TTA------TG-AG-TA------GG-C-A-C-GT-G-TCTTTT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TAC-C-GGCTACgagct
gi|8 : gccactGGTTGG-GTTTATA-----------TTTTATGA------GCA-TCAA-TG---A-C----------------------AA-A--CCTGCTG-------C---T-TT-A-ACT-----TGC-----------T--TT-A--A-------C---------TT---G-G--G--G---GG-GGGGGTT----ACA-AA-TTA------TA-TG-AA------GG-C-A-C-GC-A-CC--GT-C-AA-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACGa
gi|9 : agcacGATTGG-GTTTATA-----------TCTTGTCA------GCA-TCAA-TT---A-C-T-TT--GATAAGC--A---A-AA-A--TATGGTA-------T---T-TT-A-ACA-----T-------------T--TA-A--A-------T---------TT---T-T--T--G---TT-G-----T----A-A-AA-TTA------TG-TG-TA------GG-C-A-C-GT-G-CC--TT-A-AG-TG-C-C----T-AA-TGG-C-AGCTACGc