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gi|1 : TCTGTCGA--TTGTAGTCTACACGATTTGAATCAGTTTATTTTGTTG-TTTCAGGGCATCTGTAACACATTTCTTATGTTAAAAAAAAA---CCCAGTGCATTTACTGGAAGTTTTGTGTAGAAGTACTCCAGGATTGATGTAGGCAATTTGATCCTTGC-CGTCTAGAA-TCGCT-CGTGAAAATCTCTT-TAGGCTTGCTTTG-C--A-CAT-T-TTCTCCAGTTCAG-AGTATTTGTTGCTGTGCTCCATTACCACATTGGTCTCTTTTGTAGGTTATGACGAGCATCTATTTGTGTGGG-CAGCAGACAGATGAAGCAGCCTTTGGCAGACACTCGGCTGGGTGGAGGGATTCTTGGAGAGT-AAATGGCACCCACAGCATCGTGGGCAAAATCCTGA-CTCTACAATGTTATAATGGCTATCATGTAGTGGACTGCTTGAACATGTATTAGGGTAATTATTGTTCTGTGTTT-ATAGTAAACTGAAAAATTAATGCAATTCTTCT-ATATAATGATTACATCATTAAGTAATTTAAAC-CTAATAATTTCATTATCTTTTGAA-GAGTTTTGAAATT-CAATTTACTTGATAGTTTAGCAATTTAATACTCTGTAAGCAGTTTTTTTTCCTC--G-GGGTGAAGTACATGTTTTTGCTTATTTCCAGTGGT---T-TGGT--ATTCATGCTATCAATTT-TT-TGATAGC-TAAA---C-TTGCAC-CCAAATG--T---ATCT-G--AATCA--CAA----TAC-ATA-T-TTT-G-CAA--G-AAG--ATAAATCTG-T-A------TG-GCAGTT--G------A----T---------------A-----CACA---TG----------A-C----GT---AGCCACTTTT-TCATC-T-TG----GAAGGTA-----AA----G-------TAGCCA--GTGTT--TTTTTTTAGTCA-G-----TTGTCTCTAAAT-GGCAGTAAAAT--GTCTTTA-AAAT---------AG--T-AT---C-AC-ACTACAATGTTTATCAATTTACA-ACC-TGTGG-AAAGTCATGC---GATGTCTGCC--AAAAT-AT-ATTAGCCTAAAA-----ATT-------ATTTGAGTATACC----TATGT-----CTTG-AAATTTGCCATATATTTTACACCTGC---A-GAAAAAAA----CT--GCTACATGGTATTGGTTGGAATGGAAAAACTTACAG
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gi|25 : TGATTCTC-TACGCTTAGAAATCGCTTCGTGAATATCTCTTCTTGGTTTGCTTTGACCAGTCATGTGTTCTCCAGTTCAGAAGTATT
gi|26 : TTTTTTCGC--G-GGGTGA--TA---ATTTTGGCATATTT-TAGCGGT---T-TGTT--A-TCATgt
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gi|10 : TTTAAGCCA-G-----TTGTCTCT-GAT-GGCAGTAAAAC--GT-TTTATAGAT---------ATGTT-AT---TAAC-ACTATGCTGCTCATCAATTTATA-TGA-TCAGG-A-----ACTC---CTTGTCCACC--TGCAT-ATGATT--GAT-AAA-----ATTAGCAGAGAGTT--GTATGTC-----ATAGAG---ATAA-AAAATTGCC--AAATTTTGCACCCAC---A-GAAAAAttt
gi|11 : tttgaGTTTTTTTTCCGC--G-GGATAA--TA---A-TTTGGCTTATTT-TAGCGAT---T-TGGT--A-TCATGCTGCCAAATA-TT-TAATAAC-TAAC---T-TTGCAC-CCAAATG--T---GTCT-GC-AATCA--TAA----CGC-GTA-A-T-------A--CTAAT--TTCACTCCG-T-A------TA-ACAGTT--G------T----T------------------------A---TG------------C----GA---AG-----TCT-TCGGCTT-TG----GGAGGTG-----AA----G-------TA--
gi|12 : aacAATAGGCTCGTTATTCTTTGGATGAG---TGCA--T--AA--------ATA---TA-CAA-GTAATACAGCAT-GGTGATTTTCTTTTTGT--G-GAGTAA--TA---ATCTCAGTACATTT-TAGTGG----C-TGAC--A-TCATGCCATCAAGTT-TT-TGATGAC-TAAT---A-CTGCAT-CCAAATG--T---GTTT-AC-AATTA--AAACTC-TGC-ATA-aac
gi|13 : -CTAAA-G--T---GTTT-GT-AAATA--CAA----TAC-ATA-T-TTTTG-CAA--AAGAG--ATGACTTT----A------TT-GCAGTT--A------A----TAATATTTTATACCGAA-----CATA---CAC---------A-T----GT---AG-CAG-TCT-TTAGC-T-TGGGAAGGAGATA-----AAC---T-------TA--CA--AC-TT--TGTTTAATGTCA-T-----TTCTTTCT---------GTAAAAT--GT-TTTgtag
gi|14 : GTTTTTTGTCTGT--G-AGGTGA--TT---ATTTTGGATTATTC-TTGCGGT---T-TAGT--A-CTAT---ACCAATTC-TT-T-ACAGC-TAAA---T-TTGCAC-CCAACTG--T---TTCT-GCAAATCG--TAG----TAT-GTA-TGTTC-G-CAA--GTAAG--ATAACTCTG-A-A------T
gi|15 : tC-TCTGTCA-----TG----GAAGGCA-----AA----A--------A--AA--CTATT--GTTT--ATGTCATGACTTTTTGTGTCT-AAT-GGCAGTAAAAC--AT-TTCACAGAT---------AAAAT-AT---AAAC-ACTACACTGCATATCAATactcatggtagaact
gi|16 : tagaagtttgttttatgtcaaaggtatgtataatgttATTT-T-GCAGT---TATGGT--A-TCATGC-GCCAATTTATTATAAT-GCATAAA---T-TTGCAC-CCAAATG--TGTCGTCT-AC--ATCAC-CAATAATTAT-GTATT-TTT-G-CAA--GAA
gi|17 : cggtgatta-TC-TAATCGC-TGTA---T-TTGCAC-CTTAATG--T---GTTT-GC-AATCA--CGA----TAC-ATA-T-TTT-ATCAG--GAAAGATATAACCCTG-C-ATATCAGTC-ACAGTT--G------A----T---------------------TTTG---TG----------A-CAAAGGT---A--CAT-TCT---AGT-T-TT----GGAGGTA-----AA----gaaagaccaaagaccaaattctgttatag
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gi|19 : ttttataaTTTGG-TTCTTT-TAGCAGT---A-TGGT--A-T-AT-CTACCAATTT-TA-TG-TAGC-TAAT---TGTCGCAC-CCAAATACTT---GTCT--C-AGCCATTCAA----ACT-TTC-T-TTT-A-TAA--GAA-G--ATAACTCTG-CTT------TA-GCAGT
gi|2 : TCTGTCGAGTTTGTAGTCTACACGATTTGAATCAGTTTATTTTGTTGGTTTCAGGGCATCTGTA-CACATTTCTTATGTTAAAAAAAAATCTCCTAGTGCATTTACTGGAAGTTT-GTGTAGAAGTACTC-AGGATTGATGTAGGCAATTTGATCCTC-C--G-TTAGAA-TCGCT-CGTGA-TATCTCTT-TAGGTTTGCTTTGAC--G-CAT-T-TTCTCCAGTTCAG-AGTATTTGTTGCTGTGCTCCAT-ACCACAT-GGTCTCTTT-GTAG-TTATGACGAGCATCTATTTGTGTGGGACAGCAGACAGATGAAGCAGCCTTTGGCAGACACTCGGCTGGGTGGAGGGAT--CTGGAGAGTGAAATGGCACCCACAGCATGGTGG-CAAAATCCTGACCTCTACAATGT-ATAATGGCTATCATGTAGTGGA-TG-TTGAACATGTATTAGG-TAATTATTGTTCT-TGTTTGATAGTAAACTGAAAAATTAATGCAATTCTTCTAATATAATGAT-ACATCATTA-GTA--TTAAACTCTAATAATTTCATTATCTTTTGAAAGAGTTTTGAA--TTCAATTA-CTG-ATAGTTTA-CAATTTAATACTCTGT-AGCAGTTTTTTTTCCTC--G-GGGTGA--AA---GTGTTTGCTTATTT-CAGTGGT---T-TGGT--A-TCATGCTATCAATTT-TT-TGATAGC-TAAA---C-TTGCAC-CCAAATG--T---ATCT-GC-AATCA--CAA----TAC-ATA-T-TTT-G-CAA--GAAAG--ATAATTCTG-T-A------TG-GCAGTT--G------A----T---------------A-----CACA---TG----------A-C----GT---AG-CAC-TTT-TCATC-T-TG----GGAGGTA-----AA----G-------TA--CA--GTGTT--TTTTTTATGTCA-G-----TTGTCTCTAAAT-GGCAGTAAAAA--GT-TTTAAAAAT---------AAGTT-AT---CAAC-ACTACAATGTTTATCAATTTACA-ACC-TGTGG-A-----AGTCATGCATGTCTGCC--AAAAT-AT-ATTAAGCT-AAA-----ATT-------ATTT--GTATACC----TATGTA----CTTG-AAATTTGCCATATATTTTACACCTGC---A-GAAAAAAAC---CT--GCTACATGGTATTGGTTGGAATCGAAAAACTTACAG
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gi|23 : gtctgcattcatatgtatacaactgttctgcaggtttttttcatatgttaaaggcacTTTTTCAAT--G-AGGTGA--TA---ATTTTGGCTTATTT-TGAAGGT---T-TGAT--A-TCACGTCCCCAAATT-TT-CAACAAC-TAAA---aacta
gi|24 : acatagcaaaaT-AT-ATTCCGAT-AAA-----ATT-------ATTT--GTTTAAC----TATGAG----CTAG-AAAATCGC---AAAGTATACACTTTC---A-GAAAAAAACAATCCA-ACTATACGGTATgtgtcttc
gi|25 : TGATTCTC-TACGCTTAGAAATCGCTTCGTGAATATCTCTTCTTGGTTTGCTTTGACCAGTCATGTGTTCTCCAGTTCAGAAGTATT
gi|26 : TTTTTTCGC--G-GGGTGA--TA---ATTTTGGCATATTT-TAGCGGT---T-TGTT--A-TCATgt
gi|3 : atagagcaGGTGA--TA---ATCTAGGCTTATTT-TAGTGCC---T-TGGT--G-CAAAGCCGCCAAATA-TG-TCATATC-TAA----T-TTGGGC-CAAAGTGC-T---ATCA-AT-AAT-----------TGC-GGG-T-TCC-T-CAACAAAAAA--ATAGCTCTGGC-A------TATGCAACT--T------ACTTTT---------------ATTTTTCAAA---AG----------ATC----ATTTGAG-CAC-TCT-TC-GC-TCTA----GGAAGTA-----AA----TAAAACCACA--CAAGGTGCC--TTTTT-ATATCT-G-----TTATTTGT-ATC-ACCAGTAAAAATGGT-TTTACATAC---------AA--T-GT---GA----------TGTTTATACATTTT----GT-TTTGACACC---ACTG---CATATCCCTCTAAAAATTAT-ATTCCGCT-GAA-----ATT-------TTTT--GTAAACC----TA--TA----CCTA-ACAATTGCCA-AAA-TTTACACCTAC---ACGAAAAA
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gi|5 : gtagctcagtGTTTATTT-TAGCAGA---T-TGGT--A-TCATGTGGCCAATTT-AT-AAAAAGT-TGA----T-TT--------------T---GTCT-GC-AATCA--TAA----TGC-CTA-T-TTTCA-CAA--GAAAG--ATAACTTTG-C-A------TT-GCAGTT--GTTTTTTA----T---------------GT----CAAAGGTTGAT--------A-T----GT---AG-AAC-TCT-TCAGC-T-TT----GGTAGAACAAATAA----C-------TA--CA--AGG----ATCTTTATG---------------------T-GACAGTA----------------AT---------AAGTT-GT---TAAC-ACCACAATGCTGATCATTCTTCA-TGC-TTGGG-T-----TCTC---GGTATCTGCC--AAACT-CT-ATTCTGAT-TAA-----ACT-------GTTT--gta
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blockSeqs : . . . . C . . . . . T T . . A C . TA C . . . . . . . A T . CA . . A . C TACTTTTATTTTTCAAAAGATC . . . . T . . . . G . GTGTTT A . . T ATA G C . A . GTT . . C C A TGTTTTGACACC . C . . . CC . . . . . TAC A . . T T . T CCT
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blockSeqs : . . . . . . . . A A . . A G . AT T . . . . . . . G . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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finalCons : TCTGTCGAGTTTGTAGTCTACACGATTTGAATCAGTTTATTTTGTTGGTTTCAGGGCATCTGTAACACATTTCTTATGTTAAAAAAAAATCTCCCAGTGCATTTACTGGAAGTTTTGTGTAGAAGTACTCCAGGATTGATGTAGGCAATTTGATCCTC-C-CGCTTAGAA-TCGCT-CGTGAATATCTCTT-TAGGTTTGCTTTGAC--G-CAT-T-TTCTCCAGTTCAG-AGTATTTGTTGCTGTGCTCCATTACCACATTGGTCTCTTTTGTAGGTTATGACGAGCATCTATTTGTGTGGGACAGCAGACAGATGAAGCAGCCTTTGGCAGACACTCGGCTGGGTGGAGGGATTCCTGGAGAGTGAAATGGCACCCACAGCATNGTGGGCAAAATCCTGACCTCTACAATGTTATAATGGCTATCATGTAGTGGACTGCTTGAACATGTATTAGGGTAATTATTGTTCTGTGTTTGATAGTAAACTGAAAAATTAATGCAATTCTTCTAATATAATGATTACATCATTAAGTAATTTAAACTCTAATAATTTCGTTATCTTTTGAA-GAGTTTTGAA--T-CAATT--CTT-ATAGTTTA-CAATTTAATACTNCGT-AGCGGTTTTTTTTCCGC--G-GGGTGA--TA---ATTTTGGCTTATTT-TAGCGGT---T-TGGT--A-TCATGCCGCCAANTT-TT-TAATAGC-TAAA---T-TTGCAC-CCAAATG--T---GTCT-GC-AATCA--CAA----TGC-GTA-T-TTT-G-CAA--GAAAG--ATAACTCTG-C-A------TN-GCAGTT--G------A----T---------------A-----CANA---TG----------A-C----GT---AG-CAC-TCT-TCAGC-T-TG----GGAGGTA-----AA----N-------TA--CA--GTGTT--TTTTTTATGTCA-G-----TTGTTTCTGAN--GGCAGTAAAAC--GT-TTTACAGAT---------AAGTT-AT---TAAC-ACTACACTGCTTATCAATTTTTATGTTNCGGA--------ACTC---CATGTCCGCC--AAAAT-AT-ATTCCGCT-AAA-----ATT-------ATTT--GTATACC----TATGNGN----TNG-AAAATCGCCA-AAATTTTACACCCGC---A-GAAAAAAACCT-----GCTACATGGTATCGGTTGGAATNGAAAAACTTACAG
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Reference ( family-4478 ) : TCTGTCGAGTTTGTAGTCTACACGATTTGAATCAGTTTATTTTGTTGGTTTCAGGGCATCTGTAACACATTTCTTATGTTAAAAAAAAATCTCCCAGTGCATTTACTGGAAGTTTTGTGTAGAAGTACTCCAGGATTGATGTAGGCAATTTGATCCTC-C-CGCTTAGAA-TCGCT-CGTGAATATCTCTT-TAGGTTTGCTTTGAC--G-CAT-T-TTCTCCAGTTCAG-AGTATTTGTTGCTGTGCTCCATTACCACATTGGTCTCTTTTGTAGGTTATGACGAGCATCTATTTGTGTGGGACAGCAGACAGATGAAGCAGCCTTTGGCAGACACTCGGCTGGGTGGAGGGATTCCTGGAGAGTGAAATGGCACCCACAGCATNGTGGGCAAAATCCTGACCTCTACAATGTTATAATGGCTATCATGTAGTGGACTGCTTGAACATGTATTAGGGTAATTATTGTTCTGTGTTTGATAGTAAACTGAAAAATTAATGCAATTCTTCTAATATAATGATTACATCATTAAGTAATTTAAACTCTAATAATTTCGTTATCTTTTGAA-GAGTTTTGAA--T-CAATT--CTT-ATAGTTTA-CAATTTAATACTNCGT-AGCGGTTTTTTTTCCGC--G-GGGTGA--TA---ATTTTGGCTTATTT-TAGCGGT---T-TGGT--A-TCATGCCGCCAANTT-TT-TAATAGC-TAAA---T-TTGCAC-CCAAATG--T---GTCT-GC-AATCA--CAA----TGC-GTA-T-TTT-G-CAA--GAAAG--ATAACTCTG-C-A------TN-GCAGTT--G------A----T---------------A-----CANA---TG----------A-C----GT---AG-CAC-TCT-TCAGC-T-TG----GGAGGTA-----AA----N-------TA--CA--GTGTT--TTTTTTATGTCA-G-----TTGTTTCT-GANGGCAGTAAAAC--GT-TTTACAGAT---------AAGTT-AT---TAAC-ACTACACTGCTTATCAATTT---TTATGTTNCGG-A-----ACTC---CATGTCCGCC--AAAAT-AT-ATTCCGCT-AAA-----ATT-------ATTT--GTATAC----C----TAT-GNGNTNG-AAAATCGCCA-AAATTTTACACCCGC---A-GAAAAAA-A----CCTGCTACATGGTATCGGTTGGAATNGAAAAACTTACAG
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