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Reference ( gi|6 ) : CTTTA-AA-CCCATTCATTACT-TT-CCAA-AT-G-A---A--AGTTGAATA--CT--ATTAAA-C-A--A-CA--ACACATT-G-TG--T-------GGAATT--AGCA-A--C----G-ACAC----G-C-TG-C-A-GC-----TA--TT----------CAATGT---TGCA-C-ATA-AT---------TA-TA-C-A--TA-----------AA-T-G-TA-TATCATG---AA-----G-T-TAAAT-T-TAATA----GA-TT--TTAA-A------AAAC-ATTCCATAAAATTTAA-C-TT-T---TGTT-A---CA-A---CTGCC--CGT-GTCGT-CCT--AAACTGGTATTT-----AACACCTATACATCATTTTATA-TA-GCCTTGCTATCCG-A---AA-CCGGTT-C-T---AAA--GAA-CCACG--TGAC------------ATAAAC------A--------GGTA--TTCGAA---T-G--AAAAC--CT----T-----------AT-----------A-TT-------------ATA-------C--AT-T-AT---TA-C----A---CCAAGT---A---GA--AA--T-----TGA-TTTCTGTCTA-A-TT-CG---TACC-TC-AAAC--G---AAAGAAA
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5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-4449 ) : CTTTA-AA-CCCATTCATTACTTTCCAA-AT-GA---A--AGTTGAATA--CT--AATAAA-C-A--A-CA--ACACATTA------TG--TG--GAATT--AGCA-A--C----G-ACAC--G-C-TG-C-A-----GC-----TG--T----TT-------AATAT---T---GCA---C-ATA----AT---------TA-T--A-C-A--TA-----------A--A-TG-TATA--TCA-TG-A--AG-TTGGAT-TN--AATA-GA-TTTTAA-A------AAAC-ATTCCATA--AAATTTAAGC---TT--T---TG-T----T--CA---GCTGTC-CG---TGTCGT-CCT--AAACTGGTATTT-----AAC--AC--CTATGC-AT-T-CTTTATA-TA-GCCTTGCT-ATCCG-AAA-CCGGTT-C-T---AAA--G--AA-CCGCG--TGA-C------------ANA-----A-------AC------AGGTA--TTCGAA---T-GAAAAC--CT----T-----------A--T----------A--TNC-----------AT--NC-A--------T-T---ATTA-C-A---CC-------AAGT---A--------GA--AA---TT-----GA-TTT--CTGTC---TA-A-TT-CG---TNCC-TC-AAAC--G---AA--AGAAA
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gi|8 : tttcctttaaaacccaaccattcttcatttaacaatcagtaataaatagcaacacattatattggaattagcaacacgtaacacctttgatgtattattaatatacatgtgcataaatagcatatatgcatgtatgcaagttcgatcaatatgatttgaaaggattattatcacaacgacaaaaaaaataaataaataaaaaataaaaaattctaatgtgtttcactggtctccgaTTATAA-TCCATTCATTTCT-----G-AT-AC---A--AGCTCAGTA--TT--AATAAAAC-A--A-CATAACACTCTA------AA--TG--GA-CT--AGCA-A--C----G-ACAC--G-C-AG-C-A-----GC-----T--------TT-------AATGT---T---TTAA--C-AAA----ACA--------TAGT--A-CTA--TA-----------A-------TATA--TAAGTACA--AG-TTGGAT-TC--A---------TTAA-A------AAA--------------ATTTAAGC---GTG-T---TG-T-------CA---GCTCTA-CG---TGTCGT-CCT--AAACTGAC-TTT-----AAC--A---------------------A--A-GC--TACT-ATTAG-AA--CCGGTT-C-T---ATT--G--AA-CCGCA--TGA-C------------TGA-----ACATACCTAT------AAATAATTTCAAA---TTGAAAAC--TTGAAAT-----------A--TCCGGAATA--A--TCC-----------AT--TC-A--------T-T---ACTA-TTA---CC-------AAGT---A--------GA--AA---TT-----GA-TTT--CTGTC---TA-A-TT-CG---TTCC-TC-AAAC--G---AA--AGA
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-4449 ) : CTTTA-AA-CCCATTCATTACTTTCCAA-AT-GA---A--AGTTGAATA--CT--AATAAA-C-A--A-CA--ACACATTA------TG--TG--GAATT--AGCA-A--C----G-ACAC--G-C-TG-C-A-----GC-----TG--T----TT-------AATAT---T---GCA---C-ATA----AT---------TA-T--A-C-A--TA-----A--A-TG-TATA--T-CA-TA-----A--AG-TTGGAT-TN--A--ATA--GA-TTTAA-A------AAA-C-ATTCCATA--AAATTTAAGC---TT--T---TGT----T--CA---GCTGTC-CG---TGTCGT-CCT--AAACTGGTATTT-----AACAC--CTATGC-AT-T-CTTTATA-TA-GCCTTGCTATCCG-AAA-CCGGTT-C-T---AAA--GAA-CCGCG--TGA-C------------ANA-----A-------AC------AGGTA--TTCGAA---T-GA-AAAC--CTT---A----TA--TC---C--------A---------A-T------TCAT-T--------A--TT---A-C----AC---C-------AAGTA--------GAA--A---TT-----GA-TTT--CTGTC---TA-A-TT-CG---TNCC-TC-AAAC--G---AA--AGAAA
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gi|12 : taacccattcatttatgatacaagatcagtaataaaacaacataacactctaaatggactagcaacgacacgcagcagctttaatgttatgtaaatacaagttggattcatttaaaaatttaagcgtgttgtcagctctacatgtcgtcctaaactgacttgaacagagctacgaattAG-A------AAA-C-ATTTCATA--AAATTTAAAC---TT--A---TGT----TG-TA---GCTGTC-CG---TGTCCT-CCA--AAGCTGGT---T-----A-CAC--ATATGC-AT-TTCTTTATA-TA-GCCTTACTTTCTG-AAA-CCGGTT-C-C---AAA--GAA-ATACA--TGA-T------------ACA-----A-------AC------AANNN--NNNNNN---N-NN-NNNN--NNN---N----NN--NN---N--------T---------A-T--------AT-G--------A--TT---A-CA---AA---C-------AAATATTCGAATTGAA--AACCTT-----AA-TTTTCCGGACAAGTA-A-TT-CA---TTAC-T--ACAC--G---AAGTAGAAA
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gi|14 : tttctcctttatccattcattactttccaaataaaatactaatgaataacaacacattgtgtggaagtagcaacgacacgccgCTTTA-AA-TCCATTCACCACTCTCCAA-AT-GA---A--AGTTCAA----CT--AATAAA-T-A--AACA--ACACATTA------TG--TG--GAATT--AGCA-A--C----G-ACAC--G-C-TG-C-A-----GC-----TG--T----TT-------AATAC---T---GTA---CAATAT---ATTGTACA---TA-T--A-C-A--TA-----C--A-TG-TA-A--T-TG-TATATTCA--AG-TTGGAT-TA--A--ATA--AA-TTTAA-ATTTGATGAA-C-ATTTCATA--TAATTTAAAC---GTACG---TGC----T--CA---GCTGTC-CG---TGTCGT-CCT--AGACTGGT
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-4449 ) : CTTTA-AA-CCCATTCATTACTTTCCAA-AT-GA---A--AGTTGAATA--CT--AATAAA-C-A--A-CA--ACACATTA------TG--TG--GAATT--AGCA-A--C----G-ACAC--G-C-TG-C-A-----GC-----TG--T----TT-------AATAT---T---GCA---C-ATA----AT---------TA-T--A-C-A--TA-----A--A-TG-TATA--T-CA-TA-----A--AG-TTGGATTN--A--ATA-AA--TTTAA-------A------AAA-C-ATTCCATA--AAATTTAAGC---TT--T---TG-T----T--CA---GCTGTC-CG---TGTCGT-CCT--AAACTGGTATTT-----AACAC--CTATGC-AT-T-CTTTATA-TA-GCCTTGCTATCCG-AAA-CCGGTT-C-T---AAA--GAA-CCGCG--TGA-C------------ANA-----A-------AC------AGGTA--TTCGAA---T-GA-AAAC--CT----T---A----TA--TCCGG-----A-----C----AA----T---TC-AT-T-A--TT---A-C----A-C---C-------AAGTAGAA--A--TT-----GA-TTTCTGTCTA-A-TT-CG---TNCC-TC-AAAC--G---AAAGAAA
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gi|8 : tttcctttaaaacccaaccattcttcatttaacaatcagtaataaatagcaacacattatattggaattagcaacacgtaacacctttgatgtattattaatatacatgtgcataaatagcatatatgcatgtatgcaagttcgatcaatatgatttgaaaggattattatcacaacgacaaaaaaaataaataaataaaaaataaaaaattctaatgtgtttcactggtctccgaTTATAA-TCCATTCATTTCT-----G-AT-AC---A--AGCTCAGTA--TT--AATAAAAC-A--A-CATAACACTCTA------AA--TG--GA-CT--AGCA-A--C----G-ACAC--G-C-AG-C-A-----GC-----T--------TT-------AATGT---T---TTAA--C-AAA----ACA--------TAGT--A-CTA--TA-----A-------TATA--T-AAGTAC----A--AG-TTGGATTC--A-----------TTAA-------A------AAA---------------ATTTAAGC---GTG-T---TG-T-------CA---GCTCTA-CG---TGTCGT-CCT--AAACTGAC-TTT-----AACA---------------------A--A-GC--TACTATTAG-AA--CCGGTT-C-T---ATT--GAA-CCGCA--TGA-C------------TGA-----ACATACCTAT------AAATAATTTCAAA---TTGA-AAAC--TT----G---AAA--TA--TCCGG-----AA----T----AA----T---CC-AT-TCA--TT---A-CTATTA-C---C-------AAGTAGAA--A--TT-----GA-TTTCTGTCTA-A-TT-CG---TTCC-TC-AAAC--G---AAAGA
gi|9 : TA-AA-CC-ATTCATT---TTCTGATAC--A---A--AGATCAGTA--AT--AA-AAA-C-A--A-CATAACACTCTA------------------------A-A--T----G-ACAC--G-C-AG-C-A-----GC-----T--------TT-------AAT-T---T---A-A---C-AAA----AC---------CAGT--A-CTA--TA-----AGGA-TG-TAAA--T--A-CA-----A--TG-TGGGATTC--A-------------------------------------TC--TA--AAATTTAAGC---TG--T---T--T----T--CA---GCTCTTACG---TGTCGT-CCT--AAACTA------------------------------CTTTACA-GA-GC-TTACGAATAG-AA--CCGGTT-C-T---ATATTGAA-CCGCGCATGA-CTGATCATACCT-ATA-----A-------A--------GGTA--TTCGAA---TTGA-AAAC--TT----T---GAAAGTA--TC-GA-----A-----T----AA----TCATTC-ATCT-A--CT---A-T----A-C---C-------AAGTAGAA--A--TT-----GA-TTTCTGTCTAGA-TTCCG---TTCC-TCAAAAC--G---AAAGAA
blockSeqs : T A A T CTAAC T TAC CA ATATA AA TT AC A TA GTATAC AA AG TC C TA ACGT A CA C A C C CATTT TTTATTGT TACAAAC ACA TTAAC AAAC GTGTACGTTTGCAT G T TG CATATAA C AA TGTATATTC CA A AAATATAGC CCTCGAGA ACG CCA CG GCGTATTGT T CAGCT CAC G TA CGT T TA A TTATT CATATGCATTTCTTTATATAGCCTTACTTTCTG T A T TAA ATT C A CA G TGATTCATACCTAT ACATACCT CCTATAA AT ATGT G CT GAAATATTTCTGGGAGGAATAA CAT C C C CC TAT C TATT G TTA CTTACCG TA AT TTTCT T G T C CCG T A A TG GAC
blockSeqs : . . A C CTGAT . G . ATG . AC . A CG A T . . C . . . . . . T . C TGTATTA TA . GC CA TATTGTACATAT . T . AGGA . . ACACAT . . ACCAATAAA ATTTGAT C TCA . AACGTACG . TAC . C C . . . A . CCCATGCTTTTCCTTATATACGCTTTGCTCTGA . . . . ATT . G . . TGATCATACCTAT TGATGA C A ATT . A TGAAATATCCGGAATAATCCA AA . . C . . . TATT . . . . . . G . . . . A . . . .
blockSeqs : . . A T CCAA . . . GTA . C . A TA . . . . . . . . . . . . . . TAGAT . . GT CA TTGTACTAT . . . AAG . . AAGTAC . . TATTAAAAA TA C TCA . ACGTACG . TA . G A . . . A . CCTATACATCATTTTATATAGCCTTGCTATCCG . . . . TT . A . . TGATCATACCTAT A C . ATT . . TGAGTATCCGAAATAATCAT A . . C . . . TATT . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . A T CCAA . . . ATA . C . A TA . . . . . . . . . . . . . . TAT . . GT CA TATCTACAT . . . CA . . CATA . . TAATAGAT A C TCA . ACGTACG . TG . G C . . . G . CCTATACATCTCTTTATATTAGCTGCTATCCG . . . . A . A . . TGATCATACCTAT A C . ATT . . TATATTTCCGGACAAGTAA . . . C . . . TATT . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . A T TCAA . . . ATA . T . . . . . . . . . . . . . . . . . TGT . . GC AC GTAGTAT . . . AC . . CATA . . CAATATGA A T CCT . GCGTGT . TA . C C . . . A . ATGTATCTCTTTATATAGCCTTGCTATCCG . . . . A . A . . AC A C . TT . . TAATTTTCCGGACAAGTAA . . . . . . . T . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . A T CCAA . . . ATA . T . . . . . . . . . . . . . . . . . TGT . . GC C ACATAGT . . . AA . . GTTA . . AAATAAA A C CCG . TCGTGT . T . A C . . . A . CCCATGCTTTCTTATATAGCTTTCCTATG . . . . A . A . . AC A C . TT . . TATATTTCCGAACAAGTAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . A T CCAA . . . GTA . T . . . . . . . . . . . . . . . . . TAG . . GT T ATATTG . . . AA . . CATG . . AAATAAA A G CTA . GCGTGT . T . G A . . . A . CTTTACAGAGCTTACGAATAG . . . . A . G . . AC A C . TT . . TCTAATTCCGGACAAGTAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . T G TCAA . . . GTA . T . . . . . . . . . . . . . . . . . TGT . . AC C ACCAGT . . . AT . . CACA . . AAATAAA A C CCA . GCGTGT . T . C C . . . A . CCAATACATTCCCTT . . . . T . A . . GA A C . TT . . GAAATATCCGGAATAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . A G CAAT . . . TA . C . . . . . . . . . . . . . . . . . TGT . . GT C ATTAT . . . AA . . TATA . . TAATATA A C CCA . ACTTA . C . C C . . . . . AAGCTACTATTAG . . . . C . G . . AA C C . TT . . AAATCCGAACAAGTAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . A G CCAA . . . CT . C . . . . . . . . . . . . . . . . . TGT . . GC C ATTA . . . AC . . TATA . . CAATGAA A . C . ACTTA . T . G A . . . . . GAGCTACGATAG . . . . A . A . . AA A C . T . . GAAATATCCGGAATAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . A T CCAA . . . A . T . . . . . . . . . . . . . . . . . CGC . . GT T AAT . . . CG . . CATG . . CA A . . . GCTGT . T . G A . . . . . GAGCTACGATAG . . . . A . A . . AC A C . T . . GAAATATCCGGAATAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . A T CCAA . . . A . T . . . . . . . . . . . . . . . . . TGT . . TT T TGT . . . AA . . ATGC . . CA A . . . CTTT . T . G C . . . . . . . . . A . G . . AG A C . T . . GAAATATCCGGAATAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . A T CAA . . . A . C . . . . . . . . . . . . . . . . . TGT . . C C TTA . . . TA . . ACA . . CA . . . . CTTT . T . C G . . . . . . . . . T . A . . AA A T . T . . TGAAAGTATCGAATAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . T T CAT . . . A . C . . . . . . . . . . . . . . . . . TGT . . G C AAT . . . A . . TC . . CA . . . CTTT . . . G C . . . . . . . . . A . A . . AA A . . T . . TGTAATTCGGACAAG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . T T . . . A . T . . . . . . . . . . . . . . . . . TAT . . A C T . . . . . . C . . . CTTT . . . C A . . . . . . . . . T . G . . AT A . . T . . TAAATCCGAACAAG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . G . . . A . C . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . C . . . . . . . . . . . GCG . . . C C . . . . . . . . T . G . . TG A . . T . . TGTTCTGTCTAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . . . . A A . . T . . ATGATAA . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . G . A . . . T . . TATATTA . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : CCAA* TA*** TGT*********** ATTAT**************** AA******** CAATAAA******* C** *** CCATGCATTCTTTATATAGCCTTGCTATCG********** AN************ T**** NAAATATCCGGAATAA**************************** **
originalCons : CTTTA-AA-CCCATTCATTACTTTCCAA-AT-GA---A--AGTTGAATA--CT--AATAAA-C-A--A-CA--ACACATTA------TG--TG--GAATT--AGCA-A--C----G-ACAC--G-C-TG-C-A-----GC-----TG--T----TT-------AATAT---T---GCA---C-ATA----AT---------TA-T--A-C-A--TA-----A--A-TG-TATA--T-CA-TA-----A--AG-TTGGATTN--A--ATA-AA--TTTAA-------A------AAA-C-ATTCCATA--AAATTTAAGC---TT--T---TG-T----T--CA---GCTGTC-CG---TGTCGT-CCT--AAACTGGTATTT-----AACAC--CTATGC-AT-T-CTTTATA-TA-GCCTTGCTATCCG-AAA-CCGGTT-C-T---AAA--GAA-CCGCG--TGA-C------------ANA-----A-------AC------AGGTA--TTCGAA---T-GA-AAAC--CT----T---A----TA--TCCGG-----A-----C----AA----T---TC-AT-T-A--TT---A-C----A-C---C-------AAGTAGAA--A--TT-----GA-TTTCTGTCTA-A-TT-CG---TNCC-TC-AAAC--G---AAAGAAA
finalCons : CTTTA-AA-CCCATTCATTACTTTCCAA-AT-GA---A--AGTTGATA---CT--AATAAA-C-A--A-CA--ACACATTA------TG--TG--GAATT--AGCA-A--C----G-ACAC--G-C-TG-C-A-----GCTGT-----------TT-------AATAT---T---GCA---C-ATAATTAT----------------A-C-A--TAAA--------TG-TATA--T-CA-TA-----A--AG-TTGGATTCAATAAA-------TTTAA-------A------AAAC--ATTCCATA--AAATTTAAGC---TT--T---TG-T----T--CA---GCTGTC-CG---TGTCGT-CCT--AAACTGGTATTT-----AACACCATGCATTCTTTATATAGCCTTGCTATCG----------AAA-CCGGTT-C-T---AAA--GAA-CCGCG--TGA-CAN------------A-----A-------AC------AGGTA--TTCGAAT----GA-AAAC--CTNAAATATCCGGAATAA----------------------------T---TC-AT-T-A--TT---A-C----A-C---C-------AAGTAGAA--A--TT-----GA-TTTCTGTCTA-A-TT-CG---TNCC-TC-AAAC--G---AAAGAAA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): CTTCAGGAAGTGCCATGATCACTTTTCAACTTTTTAACCTCAGAGGAAACAGAGGATGTAGCTCCCCGCAATTCTTCTTTAAACTGGTCCAGCTGCATCGCACAGAGCGTTCCATATCGGACTTTTGTTCATTCATCTTATTCAAAATGACTTAAAGCATCTAGTCCGCCTGAGCCCCACCCAAAATGTCGTGGTCACTTTGCATGATTT
Unaligned ( gi|33 ): ACCGTACAATGTATGTACCTGTATCATACATGGAGTTGTCTCCTCACGTTGGGCATCTTAAATACGTGAAAACCTCAAATAGTTAAACAT
Unaligned ( gi|37 ): GTCCTAAACTGATTTTAACAGTTACGATAGAACCAGTTCTATTGAACCGCA
Unaligned ( gi|41 ): ACGCAGCAGTTTTAATGTTTTAACAAAACAGTACTAT
Alignments
lowQualScore : 22222 11 11111111111111 555555555555555555555 1111111111 11111111111 11111111111111 11111111111111 111 2222222222222 1111111 1 666666666666666666666666 11 222 44444444444444 11111 1111 1111111111111111111 1111111 1 1111
lowQualScore : 2 2 3 1 66666 2 555 22 2 66666 22 666 22 5 00 1 555555 44 22 22 3 22 3333 1 22 1 1 3 3 66666 22222222222222 8888888 333 88888 66666 000000000000000000000 2 4 33 3333333333 4 33 88888888888 55 2 1 11111111111111 44444444444444 666 555 33 5555555555555 2 5555555 888 1 22 333 2 33 2 55555 222222222222222222222222 3 88 2 111 5 4 444 888 4 2 33 2 11111111111111 6666666666666 8888888 55 66666 2 22 0000 22 1 9999999999999999999 2222222 2 2 0 22 333 6 7777 2 55555 6666666 22 22 55555 6 2 2 2 444 1 2 2 77 444
lowQualScore : . . . . ..... . ... .. . ..... .. ... .. . .. . ...... .. .. .. . .. .... . .. . . . . ..... .............. ....... ... ..... ..... ..................... . . .. .......... . .. ........... .. . . .............. .............. ... ... .. ............. . ....... ... . .. ... . .. . ..... ........................ . .. . ... . . ... ... . . .. . .............. ............. ....... .. ..... . .. .... .. . ................... ....... . . . .. ... . .... . ..... ....... .. .. ..... . . . . ... . . . .. ...
lowQualScore : 2 1 3 4 55555 0 555 88 0 66666 44 888 55 5 00 8 222222 33 55 44 5 44 7777 7 33 7 7 3 3 11111 77777777777777 0000000 999 66666 88888 777777777777777777777 4 7 22 7777777777 7 22 11111111111 66 4 1 22222222222222 11111111111111 999 333 22 6666666666666 4 8888888 222 2 88 999 2 11 0 99999 111111111111111111111111 3 77 9 888 3 7 111 444 4 6 11 2 11111111111111 9999999999999 4444444 00 88888 1 99 5555 99 1 2222222222222222222 6666666 1 1 5 99 777 3 0000 0 00000 5555555 66 66 00000 3 2 2 2 111 0 5 5 33 777
consensus : CTTTA-AA-CCCATTCATTACTTTCCAA-AT-GA---A--AGTT-GA---T-ACT--AATAAA-C-A--A-CA--ACACATT-A------TG--TG--GAATT--AGCA-A--C----G-ACAC--G-C-TG-C-A-----GC-----TG--T----TT-------AATAT---T---GCA---C-ATA----AT---------TA-T--A-C-A--TA-----A--A-TG-TATA--T-CA-TA-----A--AG-TTGGATT--CA--ATA-AA--TTTAA-------A------AAA-C-ATTCCATA--AAATTTAAGC---TT--T---TG-T----T--CA---GCTGTC-CG---TGTCGT-CCT--AAACTGGTATTT-----AACAC-C-A-TGCA-T-T-CTTTATA-TA-GCCTTGCTAT-C-GAAA-CCGGTTC-T---AAA--GAA-CCGCG--TGA-C------------ANA-----A-------AC------AGGTA--TTCGAA---T-GA-AAA--CCTNA-AA--TATCC------G---G---A---GTAAT-------TC-AT-T-A--T---TA-C----A-C-----C-------AAGTAGAA--A--T-----TGA-TTTCTGTCTA-A-TT-CG---TNCC-TC-AAAC--G---AAAGAAA
Reference ( family-4449 ) : CTTTA-AA-CCCATTCATTACTTTCCAA-AT-GA---A--AGTT-GA---T-ACT--AATAAA-C-A--A-CA--ACACATT-A------TG--TG--GAATT--AGCA-A--C----G-ACAC--G-C-TG-C-A-----GC-----TG--T----TT-------AATAT---T---GCA---C-ATA----AT---------TA-T--A-C-A--TA-----A--A-TG-TATA--T-CA-TA-----A--AG-TTGGATT--CA--ATA-AA--TTTAA-------A------AAA-C-ATTCCATA--AAATTTAAGC---TT--T---TG-T----T--CA---GCTGTC-CG---TGTCGT-CCT--AAACTGGTATTT-----AACAC-C-A-TGCA-T-T-CTTTATA-TA-GCCTTGCTAT-C-GAAA-CCGGTTC-T---AAA--GAA-CCGCG--TGA-C------------ANA-----A-------AC------AGGTA--TTCGAA---T-GA-AAA--CCTNA-AA--TATCC------G---G---A---ATAAT-------TC-AT-T-A--T---TA-C----A-C-----C-------AAGTAGAA--A--T-----TGA-TTTCTGTCTA-A-TT-CG---TNCC-TC-AAAC--G---AAAGAAA
gi|1 : TA-AA-CCCATTCATTACTTTCTAACAT-GA---A--AGTT-GAATAT-ACT--ATTAAA-C-A--A-CA--ACACATT-G------TG--TG--GAAT---AGCA-A--C----G-ACAC--G-C-TG-CCA-----GC-----TAGAT----TT-------AATCT---T---GCA---C-ATA------------------T--A-C-A--TA-----A--AGTGCTATA--T-CA-TG-----A--AG-T-GGAGTACCA--ATA-AA--TTTAA-------A------AAAACGATTCCTTA--AAATTTAA-C---TT--T---TG-T----T--TACACGCTGCC-CG---TGTCGT-CCT--AAACTGGTATTT-----AACAC-CTA-TACA-TCT-CTTTATATTA-GC--TGCTATCC-GAAATCCGGTTCTT---AAA--GAACCCACG--TGA-C------------A-A-----C-------AC------AGGTA--TTCGAAAT-T-GA-AAA--CCTTA-TA--TTTCC------GAACA---A---GTAAT-------TC-AT-T-A--T---TACC----A-C-----C-------AAGTAGAA--A--T-----TGATTTTCTGTCTA-A-TT--G---TACC-TC-AAACTGA---AAAGAA
gi|10 : TTTA-AA-CCCATTC----------------GA---A--AGTT-GAA--T-GCA--AGTAAA-C-A--A-CA--ACATATT-G------TG--TG--GAATT--AGCA-G--C----G-ACAA--G-C-TG-C-A-----GC-----TA--T----TT-------GATAT---T---GCA---C-ATA-------------------------------------------------T-CA-TA-----A--AG-TTGGATA--AA--ATA-AA--TT-AA-------A------AAA-C-ATTCCATG--AAATTTAA-C---TT--T---TG-T----TA-CA---ACTGCC-CG---TGTTGT-CCT--AAACT--------------------A-TGTA-TCT-CTTTATA-TA-GCCTTGCTAT-CCGAAA-CCGGTTC-T---AAA--GAA-CCATG--TGA-C------------ACA-----A-------AC------AGGTA--TTCGAA---T-GA-AAA--CCTTA-TA--TTTCC------G---GACAA---GTAAT-------TC-AT-T-A--T---TA-C----A-C-----C-------AAGTAGAA--A--T-----TGA-TCTCTGTCTA-A-TT-TG---
gi|11 : -AA-CCCATTCATT----T-----AT-GATACA--AG----A---TCAGT--AATAAAAC-A--A-CATAACACTCT-A------AA--TG--GA-CT--AGCA-A--C----G-ACAC--G-C-AG-C-A-----GC---------T----TT-------AATGT---T-----A---T-GTA----A-----------A-T--A-C-------------------------------------A--AG-TTGGATT--C--------A--TTTA----------------------------A--AAATTTAAGCG--TG--T---TG------T--CA---GCTCTA-CA---TGTCGT-CCT--AAACTGAC-TTG-----AACA
gi|11 : t--GAA-CCGCA--TGA-CTGATCATACCT-ATA-----A-------A--------GGTA--TTCGAA---TTGA-AAA--CTTGA-AA--TATCC------G---G---A---ATAAT-------TC-AT-TCA--T---TA-CTATTA-C-----C-------AAGTAGAA--A--T-----TGA-TTTCTGTCTA-A-TT-CG---TTCC-TC-Agagctacgaattgaaccgcatgactgatcatacctataaaggtattcgaattgaaaacttgaaatatccggaataattcattcattactattaccaagtagaaattgatttctgtctaattcgttcctca
gi|12 : taacccattcatttatgatacaagatcagtaataaaacaacataacactctaaatggactagcaacgacacgcagcagctttaatgttatgtaaatacaagttggattcatttaaaaatttaagcgtgttgtcagctctacatgtcgtcctaaactgacttgaacagagctacgaattA-AA--TTTAACCTCGAGA------AAA-C-ATTTCATA--AAATTTAAAC---TT--A---TG-T----TG-TA---GCTGTC-CG---TGTCCT-CCA--AAGCTGGT-T--------ACACAT-A-TGCATT-T-CTTTATA-TA-GCCTTACTTT-CTGAAA-CCGGTTC-C---AAA--GAA-ATACA--TGA-T------------ACA-----A-------AC------A
gi|12 : ------------ACA-----A-------AC------AAATA--TTCGAA---TTGA-AAA--CCTTA-AT--TTTCC------G---G---ACAAGTAAT-------TC-AT-T-A--C---TA-C----A-C-----G-------AAGTAGAA--A--TTTTTCTGT-CTTCTGTCTA-A-TT-CG---TACC-TC-AGAC--G---ATAAAAAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatatgattacaaacaaatattcgaattgaaaaccttaattttccggacaagtaattcattactacacgaagtagaaatttttctgtcttctgtctaattcgtacctcagacgataaaaa
gi|13 : aaatttaacctcgagaaaacatttcataaaatttaaacttatgttgtagctgtccgtgtcctccaaagctggttacacatatgcatttctttatatagccttactttctgaaaccggttccaaagaaatacatgatacaaacaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatatgattCTTTA----TCCATTCATTACTTTCCAA-AT-AA---A--A---------T-ACT--AATGAA-T-A--A-CA--ACACATT-G------TG--TG--GAAGT--AGCA-A--C----G-ACAC--G-C-CG-C-
gi|13 : tttctcC-CA---TGTCGT-CCT--AAACTGGTATTTTTATTAACGC-C-AATACA-T-T-C-----------CCTT----------AA-----TTC-T---AAATTGAA-CCACG--CGA-C------------GAA-----A-------AC------ATTTA--TTCAAA---T-GA-AAA--CCTAA------ATCC------GAACA---A---GTAAT-------TC-AT-T-A--T---TA-C----A-C-----C-------AAGTAAAA--A--T-----TGA-TTTTTGTCTA-A-TT-CG---TACC-CC-AAAC--G---AAAGAAcatgtcgtcctaaactggtatttttattaacgccaatacattcccttaattctaaattgaaccacgcgacgaaaacatttattcaaatgaaaacctaaatccgaacaagtaattcattattacaccaagtaaaaattgatttttgtctaattcgtaccccaaacgaaagaa
gi|14 : tttctcctttatccattcattactttccaaataaaatactaatgaataacaacacattgtgtggaagtagcaacgacacgccgCTTTA-AA-TCCATTCACCACTCTCCAA-AT-GA---A--AGTT-CA-----ACT--AATAAA-T-A--AACA--ACACATT-A------TG--TG--GAATT--AGCA-A--C----G-ACAC--G-C-TG-C-A-----GC-----TG--T----TT-------AATAC---T---GTA---CAATAT---ATTGTACA---TA-T--A-C-A--TA-----C--A-TG-TA-A--T-TG-TATATTCA--AG-TTGGATT--AA--ATA-AA--TTTAA-------ATTTGATGAA-C-ATTTCATA--TAATTTAAAC---GTACG---TG-C----T--CA---GCTGTC-CG---TGTCGT-CCT--AGACTGGT
gi|16 : CTTTA-AA-TCCATTC---------CAA--T-GAG--A--AGTT-GA-----ACT--AATAAA---A--A-CA--ACGCATT-A------TG--TG--GAATT--AGCA-A--C----G-ACAC--G-C-TG-C-A-------------A--T----TT-------AACA
gi|16 : tctcATTT-----AACAC-CCA-TGCT-T-T-CTT-ATA-TA-GCTTTCCTAT---GAAA-CCGGTTC-T---AAA--GA---CACG--TAG-A------------AAA-----A-------AC------AGGTA--T-AGAA---T-GA-AA---CCTTG-TA---ATTC------G---G---A---CAAGTA------TC-AT-T-A--T---TA-C----A-C-----C-------AAGTAGAG--A--cccatgctttcttatatagctttcctatgaaaccggttctaaagacacgtagaaaaaacaggtatagaatgaaaccttgtaattcggacaagtatcattattacaccaagtagaga
gi|17 : tctcctttaaatccattccaatgagaagttgaactaataaaaacaacgcattatgtggaattagcaacgacacgctgcaA--AAATTTAAGC-------G---TG-T----TACCA---GCTCTA-CA---CGTCGA-CCT--AAGCTGAC-TTT-----AA
gi|18 : agcatagagtgcagtttttatgtacaatgtagatcCT--AATGAA-T-A--A-CA--ACACACT-AGTATACTG--CGAGGAACT--AGCA-ATAC----T-ACA-------TG-C-A---------------------TT-------AA-AT--------CA---C-------------------TG-T--A-C-A--TA-----A--C-TG-TATA--T-CA-TA-----A--AAATTTGATT--AA--ATA-TAGCTTTAAT------A------AAA-T-ATTTCATA--AAATATAAAC---TT--A---TG-TCAGCT--CA---GCGATC-CG---TGTCGT-CCT--AAACTGGTggtggtgcatcacaatgtaattttatgtatcggtttattgtttgaaccttgtatgaaacattatttcaccatccaaaaatgatttttaaaacattttttggtaatattgtccggaa
gi|19 : CTTTA-AA-TCCATTCATCACTTTTCAA--T-GA---A--AGTT-AA---C-TTT--AATAGA-T-A--AACA--ACACATTAA------TG--TG--GAATT--AGCA-A--C----GAACACCAG-T-TGCC-AC----GC-----TG--T----TT-------AATA----T---GTA---CAATATTGTAC---------TA-T--A-C-A--TACATATA--A-TG-TGTA--T-GT-TA-----A--AG-TTGTAT
gi|2 : tcTA-AA-CCCATTCATTACTTTCTAACAT-GA---A--AGTT-GAATAT-ACT--ATTAAA-C-A--A-CA--ACACATT-G------TG--TG--GAAT---AGCA-A--C----G-ACAC--G-C-TG-CCA-----GC-----TAGAT----TT-------AATCT---T---GCA---C-ATA------------------T--A-C-A--TA-----A--AGTGCTATA--T-CA-TG-----A--AG-T-GGAGTACCA--ATA-AA--TTTAA-------A------AAAACGATTCCTTA--AAATTTAA-C---TT--T---TG-T----T--TACACGCTGCC-CG---TGTCGT-CCT--AAACTGGTATTT-----AACAC-CTA-TACA-TCT-CTTTATATTA-GC--TGCTATCC-GAAATCCGGTTCTT---AAA--GAACCCACG--TGA-C------------A-A-----C-------AC------AGGTA--TTCGAAAT-T-GA-AAA--CCTTA-TA--TTTCC------GAACA---A---GTAAT-------TC-AT-T-A--T---TACC----A-C-----C-------AAGTAGAA--A--T-----TGATTTTCTGTCTA-A-TT--G---TACC-TC-AAACTGA---AAAGAAgtatgtaattt
gi|20 : -CCCATTCATTACGTTCCAA-AT-GA---A--AGTT-GAA--T-ACT--AGTAAA-C-A--A-CA--ACACATT-G------TG--TG--GAATT--AGCA-A--C----G-ACAC--G-C-TG-C-A-----GC-----TA--G----TT-------GATAT---T---GCA---C-AT-----AT---------TA--------A--TA-----A--A-TG-TATA--T-CA-CA-----A--AG-TTGGATT--AA--ATA-AA--GTT-A-------A------AAA-C-ATTCCGTA--AAGTTGAA
gi|21 : AA-CCGGTTC-T---ATT--GAA-CTGCA--TGA-CTGATTCATACCTATA-----A-------A--------GGTA--TTCGGAAT-T-GA-AAA--CTTGA-AA--TATCC------G---G---A---ATAAT-------CC-AT-TCA--TTTATA-CTATTA-C-----C-------AAGTAGAA--A--T-----TGA-TTTCTATtt
gi|22 : gactgactttaacagagctacgatagaaaggtTTTA-AA-TCATTTCATTACTTTCCAA-AT------A--AGTT-GA-----ACTAAAATAAA-T-AACA-CA--ACACATT-A------TG--TT--GAATTTCAGCACA--C----G-ACAC--GCC-TG-C-A-----GC------G-------TT-------AATAC---T---G-A---T-ACA----A----------TA-TTGA-C-G--TA-----A--A-t
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gi|24 : ctcT--AATAAA-C-A--A-CA--A-ACACT-A------AA--TG--G-ACT--AGCACA--C----G-ACAC--G-CATGTC-A-----GCTTTATTG--T----TTTACAAACAATAG---T---ACA---T-ATAT---ATCTA------CA-T--A-T-A--TA-----A--A-TT-TATA--G-C---------A--AG-TTGGATT--TATTAAA-AA--TTTAA-------
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gi|26 : A-AA-CCCATTCATTTCTGTT----AT-AA---C--AATC-GA---T-A-----ACAAA-C-A--A-CACGACACATT-A------TA--TG--GAATT--ATCA-A--T----G-ACAC--A-T-AG-C-ACATTTAC-----TG--T----TT-------
gi|27 : a------AGGTAA-TTCGGAAT-T-GA-AAA--CTGGA-AA--TATTTCTGGGAG---G---A---ATAAT-------CCCAT-C-A--T---TA-C----A-T-----CCTTACCGAAGTAGAA--A--T-----TGAGTTTCTGTCTA-A-TT-CGCCGTTCC-TC-AAAC--G---AAAGAAtgacctacatacaatttggattgatttga
gi|28 : taAC--G-C-AG-C-A-----GC-----T--------TT-------AATGT---T-------------------T---------TA----A-C-A--AA-----A--C-TG-TGTA--C-TA-TA-----AT-AA-T---AT-------ATA-AA--T------------------AGA----------A--GAATTTAATC---GTG-T---TG-T-------CA---ACTCTA-CT---TGTCGT-CCT--AAACTGGC-TGT-----AACA
gi|29 : CTTCA-AA-TCAATTCATTACTGTCAAT-ATTGA---A--AGTT-GA------CT--AATAAA-T-A--A-CA--ACACATT-A------TG--TG--GAATT--AG-A-A--C----G-ACA---G-C-TG-C-A-----GC-----TG--T----TT-------TATAC---T---GTA---C-Agagctacg
gi|3 : CATTCATTACTGT-----AT-GA---ACAAGACAGA---T-AAT----TAAA-C-A--A-CA--TAACATT-C------TAAATG--GA-CT--AGCA-A--C----G-A-AT--A-C-CG-C-A-----GC-----CG--C----TTTA-----AATGT---TTTAACAAAAC-ATA----GTAG-------TA-T--A-A-A--CA-----C--G-TG-TGTAAAT-TA-TA-----ACAAG-TTG-ATT--CA-----------TTAA-------A------AAA---ACT----------TTTAAGCGTATTG-T---TG-T----C--AA---GCTCTA-CGCGTTGTCGTTCCTTAAAACTGACGTT------AACA-------G----------------A-GC--TACGAT-A-GAA--CCGGTTC-T---GATT-GAA-CCGCA--AGAGC------------ACATGATGA-------ACCTATAAAGGTA--TTCGAAATGT-GG-AAATACTTGA-AA--TATCC------G---G---A---ATAAT-------CC-AT-TCA--T---TATC----A-CAATTAC-------AAGTAGGATAA--T-----TGA-TTTCTGTCTA-A-TT-CA---TTCCATC-AAAC--GGACAAATAAA
gi|30 : -TG-CACA--TACA-CAT----A--AG-TTGGATA--CA--ATG-AA--TTTAA-------A------AAA-C-ATTCTATA--AAATTTAA-C---TT--T---TGTT----T--CA---AGTGCC-CG---TGTCGT-CCT--AAACTGGTATTT-----tc
gi|31 : atgtCTTTA-AA-CCCGTTCATTACTTTCCAA-AT-GA---A--AGTT-GA-----ACT--AGTAGA-TAA--A-CA--ACACATT-A------TG--TG--GAATT--AGCA-A--C----G-ACAC--G-C-TG-C-A-----GC-----TG--T----TT-------AATA
gi|32 : c-CCGGTTC-TTAAAAA--AAA-ACACG--TGA-C------------AGA-----A-------AC------TGGTA--TTCGAA---T-GA-AAA--CCT-------TGTTC------T---G---T---CTAAT-------TC--T-T-ACCT---CA-A----A-C-----G-------AA--AGAA--A--T-----
gi|34 : gT--AGCA-A--C----G-ACAC--G-C-TG-C-A-----GC-----TG--T----TT-------AATAcataat
gi|34 : ATA--AAATTTAAAC---GTACG---TG-C----T--CA---GCTGTG-CG---TGTCGT-CCT--AAACTGGTATTT-----AAAAC-aaatttaaacgtacgtgctcagctgtgcgtgtcgtcctaaactggtatttaaaacaga
gi|35 : tagcaacgacacgctgcagctgtttaGTTC-T---GAA--TAA-CCATG--TGA-C------------AAA-----A-------AC------AGGTA--TTCAAA---T-GA-AAA--CATGA-----------------------------TAAT-------TC----------------C----AGT-----C-------AAGTAGAA--A--T-----TGA-TTTCTGTCTA-A-TT-aga
gi|36 : -ACT--AATAAA-TTA--A-AA--ACACATT-A------TG---G--G--CT--AGCA-A-------G-ATAC--G-C-TG-C-A-----GC-----TG--T----TT-------AATA
gi|38 : ga----A-C-----C-------AAGTAGAA--A--T-----TGA-TTTCTGTCTA-ATTT-CG---TACC-TC-AATC--G---AAAGAA
gi|39 : CTTTA-AA-TCCATCCATTACTTTCCAA-AT-GA---A--AGTT-GA-----ACT--
gi|4 : tctcCCATGCGAAATTTAAAA---CG--TACGTG-C----T--CA---GCTGTC--G---TGTCGT-CCT--AAACTGGTATTT-----AACAC-CCA-TGCT-T-TTCCTTATA-TACGCTTTGCTCT-G-AAAA-CCGGTTC-T---AAA--GAA-CC-CG--TGA-C------------AAA-----A-------AC------AGGTA--TTCGAA---T-GA-AAA--CCTCT-TA--AATCC------GAACA---A---GTAA--------TC-AT-T-A--T---T-------A-C-----C-------AAGTAGAA--AATT-----TGA-TTTCTGTCTA-A-TT-CG---TA-C-TC-AAAC--G---AAAAA
gi|40 : ttcttaaattcaaaatatacggaagaaataactcccagtaaaatgtcaagttgctagcatcagctgatcatatccatttactgttatagttctttgttgagaatggcctgtaacatgtctacttgagacccgccgaaaatctctcgttctg--A--T-----TGA-TTTCTGTCTA-A-TT-CG---CACC-TC-AAAC--G---AAAGAAtca
gi|5 : ATTTAAGC---GTG-T---TG-T-------CA---GCTCTA-CG---TGTCGT-CCT--AAACTGAC-TTT-----AACA-------G----------------A-GC--TACGAT-A-GAA--CCGGTTC-T---ATT--GAA-CCGCA--TGA-CTGATCATACCT-ATA-----A-------A--------GGTA--TTCGAA---TTGA-AAA--CTTGA-AA--TATCC------G---G---A---ATAAT-------CC-AT-TCA--T---TA-CTATTA-C-----C-------AAGTAGAA--A--T-----TGA-TTTCTGTCTA-A-TT-CG---TTCC-TC-AAAC--G---AAAGAAAgt
gi|6 : ttttaacctcagaggaaatagaggatgtagctcttcttaaaactggttcagctgcatcgccacagagcgttccatatcggacttttgttcattcatcttattcaaaatgacttgaagcatctggtccgcctgagccccacccgaaatgtcgtggtcactttgcatgCTTTA-AA-CCCATTCATTACTTTCCAA-AT-GA---A--AGTT-GAA--T-ACT--ATTAAA-C-A--A-CA--ACACATT-G------TG--TG--GAATT--AGCA-A--C----G-ACAC--G-C-TG-C-A-----GC-----TA--T----TC-------AATGT---T---GCA---C-ATA----AT---------TA-T--A-C-A--TA-----A--A-TG-TATA--T-CA-TG-----A--AG-TTAAATT--TA--ATA-GAT-TTTAA-------A------AAA-C-ATTCCATA--AAATTTAA-C---TT--T---TG-T----TA-CA---ACTGCC-CG---TGTCGT-CCT--AAACTGGTATTT-----AACAC-CTA-TACA-T-CATTTTATA-TA-GCCTTGCTATCC-GAAA-CCGGTTC-T---AAA--GAA-CCACG--TGA-C------------ATA-----A-------AC------AGGTA--TTCGAA---T-GA-AAA--CCTT---A--TATT-------------------ATA----------C-AT-T-A--T---TA-C----A-C-----C-------AAGTAGAA--A--T-----TGA-TTTCTGTCTA-A-TT-CG---TACC-TC-AAAC--G---AAAGAAAtc
gi|7 : CTTTA-AAACCCAACCATT-CTT--CAT-TT-AA---C--AAT-------C-AGT--AATAAA-T-A--G-CA--ACACATT-A------TAT-TG--GAATT--AGCA-A--CACGTA-ACAC----C-TT-T-------GA-----TG--TATTATT-------AATATACAT---GTG---C-ATA----A-----------A-T--AGC-A--TA-----T--A-TG-CATG--T--A-TGC----A--AG-TTCGA-T--CA--ATATGA--TTTGA-------A------A
gi|7 : tttcC-T---AGT--GAA-CCACA--TGA-T------------A------------------------GGTA--TTTAAA---T-GGGAAA--GCTTG-AG--TATCC------G---A---A---ATAATCATTTTATT-GT-T-G--T---TA-C----A---------------AAGTAGGA--A--T-----TGA-TTTCTGTCTA----T-CT---TTCC-AC-AAAT--G---ggattattatcacaacgacaaaaaaaataaataaataaaaaataaaaaattctaatgtgtttcactggtctccgagccgccctaaacttactagtgaaccacatgataggtatttaaatgggaaagcttgagtatccgaaataatcattttattgttgttacaaagtaggaattgatttctgtctatctttccacaaatg
gi|8 : tttcctttaaaacccaaccattcttcatttaacaatcagtaataaatagcaacacattatattggaattagcaacacgtaacacctttgatgtattattaatatacatgtgcataaatagcatatatgcatgtatgcaagttcgatcaatatgatttgaaaggattattatcacaacgacaaaaaaaataaataaataaaaaataaaaaattctaatgtgtttcactggtctccgagccgccctaaacttaTTATAA-TCCATTCATTTCT-----G-AT-AC---A--AGCT-CAG--T-ATT--AATAAAAC-A--A-CATAACACTCT-A------AA--TG--GA-CT--AGCA-A--C----G-ACAC--G-C-AG-C-A-----GC-----T--------TT-------AATGT---T---TTAA--C-AAA----ACA--------TAGT--A-CTA--TA-----A-------TATA--T-AAGTAC----A--AG-TTGGATT--CA-----------TTAA-------A------AAA---------------ATTTAAGC---GTG-T---TG-T-------CA---GCTCTA-CG---TGTCGT-CCT--AAACTGAC-TTT-----AACA---------------------A--A-GC--TACTAT-T-AGAA-CCGGTTC-T---ATT--GAA-CCGCA--TGA-C------------TGA-----ACATACCTAT------AAATAATTTCAAA---TTGA-AAA--CTTGA-AA--TATCC------G---G---A---ATAAT-------CC-AT-TCA--T---TA-CTATTA-C-----C-------AAGTAGAA--A--T-----TGA-TTTCTGTCTA-A-TT-CG---TTCC-TC-AAAC--G---AAAGA
gi|9 : TA-AA-CC-ATTCATT---TTCTGATAC-AA---A--GATC-AG---T-AAT--AA-AAA-C-A--A-CATAACACTCT-A------------------------A-A--T----G-ACAC--G-C-AG-C-A-----GC-----T--------TT-------AAT-T---T---A-A---C-AAA----AC---------CAGT--A-CTA--TA-----AGGA-TG-TAAA--T--A-CA-----A--TG-TGGGATT--CA-------------------------------------TC--TA--AAATTTAAGC---TG--T---T--T----T--CA---GCTCTTACG---TGTCGT-CCT--AAACTA------------------------------CTTTACA-GA-GC-TTACGAA-T-AGAA-CCGGTTC-T---ATATTGAA-CCGCGCATGA-CTGATCATACCT-ATA-----A-------A--------GGTA--TTCGAA---TTGA-AAA--CTTTG-AAAGTATC-----------G---A---ATAATCAT----TC-ATCT-A--C---TA-T----A-C-----C-------AAGTAGAA--A--T-----TGA-TTTCTGTCTAGA-TTCCG---TTCC-TCAAAAC--G---AAAGAA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): CTTCAGGAAGTGCCATGATCACTTTTCAACTTTTTAACCTCAGAGGAAACAGAGGATGTAGCTCCCCGCAATTCTTCTTTAAACTGGTCCAGCTGCATCGCACAGAGCGTTCCATATCGGACTTTTGTTCATTCATCTTATTCAAAATGACTTAAAGCATCTAGTCCGCCTGAGCCCCACCCAAAATGTCGTGGTCACTTTGCATGATTT
Unaligned ( gi|33 ): ACCGTACAATGTATGTACCTGTATCATACATGGAGTTGTCTCCTCACGTTGGGCATCTTAAATACGTGAAAACCTCAAATAGTTAAACAT
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