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lowQualScore                  :                                     .... . ...............................  .    .... ....  .... ..           
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Reference ( gi|12 )           :                       GTGGCGGATTTAGA----G-G----GGGGA---AG---GG-GC-------C-CCTCCCC----C-C--TT----TG-GTGACCAAACT
gi|20                         :                       GTGGCGGATTTAGA----G-G---------------------C-------C-CCCCCTC----C-T--TC----TG-GTGACCAAA
gi|17                         :                      aGTGGCGGATTTAGA----G-G----G-------AGCCCGG-GC------------CCCC----C-T--TT----TG-GTGACCA
gi|13                         :                       GTGGCGG-TTTAGA----G-G----GG--A---CG---CC-TC-------C-CCCCACC----C-C--TT----TT-GTGG-CAAACT
gi|18                         :                     caGTGGCGGGTCTAGA----------------------------C-------C-CCCCCCC----C-C--TCCTTCTG-GTGACCAAAgt
gi|15                         :                      aGTAGCGGATTTAA---------------GA---TG---AG-GC-------C-CCCCCCC----C-C--TC----TG-
gi|21                         :                    ccaGTGGCGGATTTAGA----G-G----GGGGC---CA---GC-GC-------C-CCaaatttaccaag
gi|9                          :                  tgaaccaGGCGGATTTAGA----GAG----GGGGG---GG---GG-GCGGGG---C-CC---CC----C-T--TT----TG-GTGACCAAACT
gi|6                          :                       gaGGCG-ATTTAGACGGGG-G----GGGGG---GG---GG-GCGCAGCAAC-CCTCCCC----C-C--TT----TT-GTGACCAAAt
gi|16                         :                        aGGCGGATTTAGA----G-G----GGGGC---TC---GG-GC------------CCCC----C-T--TT----TG-GTGGCCAAAa
gi|4                          :                         GGCGGATTTAGA----G-G----GGGCA---GG-----------------CCTCCCC----CAT--TT----TC-GTGGACAAAatta
gi|5                          : gggagaacaatcaaacagttcataGGCAGATTTCGA----G-G----GGGC---------GG-CC-------C-CCATCCC----C-T--TT----TC-GTGACCAAAat
gi|14                         :                        aGGCAGATTTGAA----G-G----GGGGG---GGACCGG-CC-------C-CCTCCCC----C-T--TT----TC-GTGatcatcataacatttagaag
gi|10                         :                    acataGGTGGATTTAGA----G-G----GGGGA-----------GC-------C-C--CCTC----C-C--TT----T
gi|8                          :     aaaaatcgacaccgtacgtaGGCGAATTTAG-------------GAGA---GG---GG-GT-------CGCCTCCTT----T-T--TT----TTCGTGACCAAAt
gi|3                          :                      ataGGCGTATTTAGA----G-GGGGTGGGGT---AG---AGCGCGCCGTT-C-CCGCCCT----C-CTTTT----TC-GTGACCAAAattatta
gi|7                          :                     tcataGCGAATTTAGA----G-G----GGGTACAGGG---GG-GC-------C-CGCCCCCGCCTC-C--TT----TG-GTGACCAAACTattatcattt
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Unaligned ( gi|22 ): TCTTTTCGTGACCAAAATTATTATTTTATATAGAA
Unaligned ( gi|23 ): TATCAGTGGCGGATTTAGAGGGAGGCCAGCCC
Unaligned ( gi|24 ): TATCAGAGGCGGATTTAGAGGGAGGCCAGGCC






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lowQualScore                  :                                   333 6666666     555555555555555555555555555555  88 4    1111  4444   2222  888         
lowQualScore                  :                                   ... .......     ..............................  .. .    ....  ....   ....  ...         
lowQualScore                  :                                   555 4444444     333333333333333333333333333333  22 2    8888  5555   3333  888         
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Reference ( family-4445 )     :                       GTGGCGGATTTA---G--A----GGGGG-------GA---G-GGGGC-------C---CC--C-CCCC----CC----TTT-N--GT---GACCAAACT
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gi|12                         :   aaaaatcgacaccgtacgtaGTGGCGGATTTA---G--A----GGGGG-------GA---A-GGGGC-------C---CC--T-CCCC----CC----TTT-G--GT---GACCAAACTt
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gi|14                         :                             acataA---A--A----AGGGG-------GA---G-GGGGC-------CGGTCC--C-CCCC----CC----TT
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gi|5                          : gggagaacaatcaaacagttcataGGCAGATTTC---G--A----GGGGG-------C--------GGC-------C---CC--CATCCC----CT----TTT-C--GT---GACCAAAat
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gi|9                          :                      ataGGCGGATTTA---G--A----GAGGG-------GG---G-GGGGG-------C---GGGGC-CCCC----CT----TTT-G--GT---GACCAAACTattatta
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CAATGGAAGATGATCTATAATCGCGGCTCATAGGCGGATTTAGAGGGGGCAGG
Unaligned ( gi|19 ): TTCAGTGGCGGATTTAAGGCCCCCCCCCCCCAAATTTATCAA
Unaligned ( gi|22 ): TCTTTTCGTGACCAAAATTATTATTTTATATAGAA
Unaligned ( gi|23 ): TATCAGTGGCGGATTTAGAGGGAGGCCAGCCC
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lowQualScore                  :                                   333 6666666     555555555555555555555555555555  88 4    1111  4444   2222  888         
lowQualScore                  :                                   ... .......     ..............................  .. .    ....  ....   ....  ...         
lowQualScore                  :                                   555 4444444     333333333333333333333333333333  22 2    8888  5555   3333  888         
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Reference ( family-4445 )     :                       GTGGCGGATTTA---G--A----GGGGG-------GA---G-GGGGC-------C---CC--C-CCCC----CC----TTT-N--GT---GACCAAACT
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gi|14                         :                             acataA---A--A----AGGGG-------GA---G-GGGGC-------CGGTCC--C-CCCC----CC----TT
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gi|17                         :                       GTGGCGGATTTA---G--A----GGGAG-------CC---C-GGG-----------------C-CCCC----CT----TTT-G--GT---GACCAatta
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gi|5                          : gggagaacaatcaaacagttcataGGCAGATTTC---G--A----GGGGG-------C--------GGC-------C---CC--CATCCC----CT----TTT-C--GT---GACCAAAat
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gi|9                          :                      ataGGCGGATTTA---G--A----GAGGG-------GG---G-GGGGG-------C---GGGGC-CCCC----CT----TTT-G--GT---GACCAAACTattatta


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blockSeqs                     :                                   .   GAA         GGGGGGGCGCAGCAAC                GG A    TCT   .      TTC   .  
blockSeqs                     :                                   .   A           GAGGGGGCCGGT                    .  .    .     .      CC    .  
blockSeqs                     :                                   .   A           TACAGGGGGGCC                    .  .    .     .      G     .  
blockSeqs                     :                                   .   A           GCGCCGGGCC                      .  .    .     .      T     .  
blockSeqs                     :                                   .   G           GAAGGGGCC                       .  .    .     .      C     .  
blockSeqs                     :                                   .   A           GACCGGCCC                       .  .    .     .      G     .  
blockSeqs                     :                                   .   A           GATGAGGCC                       .  .    .     .      G     .  
blockSeqs                     :                                   .   A           GCCAGCGCC                       .  .    .     .      G     .  
blockSeqs                     :                                   .   A           GAGGGGGTC                       .  .    .     .      G     .  
blockSeqs                     :                                   .   A           GGGGGGGGC                       .  .    .     .      C     .  
blockSeqs                     :                                   .   A           ACGCCTCC                        .  .    .     .      C     .  
blockSeqs                     :                                   .   A           GCTCGGG                         .  .    .     .      T     .  
blockSeqs                     :                                   .   A           CCCGGG                          .  .    .     .      G     .  
blockSeqs                     :                                   .   A           CAGGC                           .  .    .     .      G     .  
blockSeqs                     :                                   .   A           CGGCC                           .  .    .     .               
blockSeqs                     :                                   .   A           GAG                             .  .    .     .               
blockSeqs                     :                                   .   .           CC                              .  .    .     .               
blockSeqs                     :                                   .   .           CC                              .                             


blockSeqCons                  :                                       A******     GAGGGGGCC*********************  **      ****         G***  ***
originalCons                  :                       GTGGCGGATTTA---G--A----GGGGG-------GA---G-GGGGC-------C---CC--C-CCCC----CC----TTT-N--GT---GACCAAACT
finalCons                     :                       GTGGCGGATTTA---GA------GGGGGGAGGGGGCC---------------------CC--C-CCCC----CC----TTTG---GT---GACCAAACT
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CAATGGAAGATGATCTATAATCGCGGCTCATAGGCGGATTTAGAGGGGGCAGG
Unaligned ( gi|19 ): TTCAGTGGCGGATTTAAGGCCCCCCCCCCCCAAATTTATCAA
Unaligned ( gi|22 ): TCTTTTCGTGACCAAAATTATTATTTTATATAGAA
Unaligned ( gi|23 ): TATCAGTGGCGGATTTAGAGGGAGGCCAGCCC
Unaligned ( gi|24 ): TATCAGAGGCGGATTTAGAGGGAGGCCAGGCC






Alignments
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lowQualScore                  :                                    7777777     6666666666666666666666666666 333  88 4    2222  33  2 0000  999         
lowQualScore                  :                                    .......     ............................ ...  .. .    ....  ..  . ....  ...         
lowQualScore                  :                                    3333333     1111111111111111111111111111 777  77 4    5555  11  2 4444  333         
consensus                     :                       GTGGCGGATTTAG--A----GGGGG-------GA---G-GG--GGC-------C---CC--C-CCCC----CC--TT-T-N--GT---GACCAAACT
Reference ( family-4445 )     :                       GTGGCGGATTTAG--A----GGGGG-------GA---G-GG--GGC-------C---CC--C-CCCC----CC--TT-T-G--GT---GACCAAACT
gi|1                          :                         GGCGGATTTAGGAA----GGAGG-------GC---GCCG--GGC-------C---CCAAC-CCCCTCT-CC--TT-TCC--GTCCCGACCAAA
gi|10                         :                    gcataGGTGGATTTAG--A----GGGGG-------GA---G-------------------CC--C-CCTC----CC--TT-T-attatcatgccttat
gi|12                         :   aaaaatcgacaccgtacgtaGTGGCGGATTTAG--A----GGGGG-------GA---A-GG--GGC-------C---CC--T-CCCC----CC--TT-T-G--GT---GACCAAACTt
gi|13                         :                       GTGGCGG-TTTAG--A----GGGG---------A---C-GC--CTC-------C---CC--C-CACC----CC--TT-T-T--GT---GG-CAAACT
gi|14                         :                       caGGCAGATTTGA--A----GGGGG-------GG---G-GACCGGC-------C---CC--C-TCCC----CC--TT-T-gt
gi|15                         :                  acataGTAGCGGATTTAA-------------------GA---T-GA--GGC-------C---CC--C-CCCC----CC--TC-T-G--tcgtg
gi|16                         :                      ccaGGCGGATTTAG--A----GGGGG-------GC---T-CG--GG----------------C-CCCC----CT--TT-T-G--GT---GGCCAAAaaatttaccaag
gi|17                         :                       GTGGCGGATTTAG--A----GGGAG-------CC---C-GG--G-----------------C-CCCC----CT--TT-T-G--GT---GACCAatta
gi|18                         :                                                                    C-------C---CC--C-CCCT----CC--TTCT-G--GT---GACCAAA
gi|2                          :       agtggcgggtctagacccGGCGGATTTAGGAA----GGAGG-------GC---GCCG--GGC-------C---CCAAC-CCCCTCT-CC--TT-TCC--GTCCCGACCAAA
gi|20                         :                  gcataGTGGCGGATTTAG--A----GG-----------------------C-------C---CC--C-CCTC----CT--TC-T-G--GT---GACCAAAattatcatgccttat
gi|21                         :                      aGTGGCGGATTTAG--A----GGGGG-------GC---C-AG--CGC-------C---CC--
gi|3                          :                  tgaaccaGGCGTATTTAG--A----GGGGGTGGGGTAGA---G-CG--CGC-------CGTTCC--CGCCCT----CCTTTT-T-C--GT---GACCAAA
gi|4                          :                    tcataGGCGGATTTAG--A----GGGGG-------CA---G-G-------------C---CT--C-CCCC----AT--TT-T-C--GT---GGACAAAattatcattt
gi|5                          : gggagaacaatcaaacagttcataGGCAGATTTCG--A----GGGGG-------C----------GGC-------C---CC--CATCCC----CT--TT-T-C--GT---GACCAAAat
gi|6                          :                        aGGCG-ATTTAG--ACGGGGGGGG-------GG---G-GG--GGCGCAGCAAC---CC--T-CCCC----CC--TT-T-T--GT---GACCAAAatcatcataacatttagaag
gi|7                          :                         aGCGAATTTAG--A----GGGGG-------TACAGG-GG--GGC-------C---CG--C-CCCCGCCTCC--TT-T-G--GT---GACCAAACTa
gi|8                          :                       gtGGCGAATTTAG----------GA-------GA---G-GG--GGT-------C---GC--C-TCCT----TT--TT-T-TTCGT---GACCAAAt
gi|9                          :                      ataGGCGGATTTAG--A----GAGGG-------GG---G-GG--GGG-------C---GGGGC-CCCC----CT--TT-T-G--GT---GACCAAACTattatta
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CAATGGAAGATGATCTATAATCGCGGCTCATAGGCGGATTTAGAGGGGGCAGG
Unaligned ( gi|19 ): TTCAGTGGCGGATTTAAGGCCCCCCCCCCCCAAATTTATCAA
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