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Reference ( gi|1 )            :    CAGATGCATTGGTTTC-TGAAAATGGCGA-ATTGGTCTGTGGGGGTTGTTCGGTT-GCTT-GGGTGCTTCCCCATGT--GTGGGATGAC-G-CGAA-CC-ATTGT-G--ATG---TTTCCGCTGT-CAT-GTGGCGT-TTGCGC-ACACCAAAG-C-AACTGA-GGCC-TA-C--AA-CCTG--GTGATGATG-----TGAATTTGAAA-TGT-GAACT-C-TGAA-TG--TGAAACATGGCCC-AAATGGGGTA--T-GCTGGATG-TG-TATTG-ACAT---TGTGC--ATTTTCATGCAAG--TGAACTT-TGTAAATAAACTC---TG--AAT--GCT-T-GATGTTG-AT-TTT---ACACAAGCACTCTTCAAA-TAA-CTTTAAACACTTAAATAAGT-ATCC-AT----AAAT-AAGTAACCATCCGC-GGT--TTACCCGG-GG-TGGTCAAGTTTATGCAATTTG-T---ATG-TGATTTGTGCTTGA-TTTG-ATG-ATG-TTGCAT-TGATTTGTATT-TTGAGTGGGT-TT-GCCC---AT-GTGTTTGTG-TTG-------A-AT---GG--C-ATCCCACAA---A----A-TC-ATGA--ATATGCCACGG-CCAA-TATTCGCCAAA-----GA-----T-AAA---TAA----AA-A--A---TAAATA-A----AATATG----CTG--TTTG--GTG-GTTTTTCTCTGTATAAATA--ACTCTTAA----TG--ATTTATCAGGACTCCAAATCTGTT
gi|13                         :    CAGATG----GTTTTC-AGAAAATGGCGA-ATTGGTATGTGGAGGTTGCTCGGTT-GCTTAGGGTG-TTCCCACTGTG-GTGGGAT
gi|3                          : cctgaatgGCAATGGTTTCATGTAAATGGCGA-ATTG-TCTGGGGGAGTT--TCGGTTAGCTT-GG---CTTCCCCATGT--GTGGGATGAC-GGCGAATCC-ATTCTTG--ATG---TGTC-GCT---CAT-GTGGCGT-G-GCGC-ACACCAAG----AACTGA-G-CT-CA-C--AAACCTG---TGATACTG-----TGAATTTGACT-TGT-GAACT-TATG-A-TG--TGACACA-GGCCCAAAATGGCGTA--TGGCTGGATG-TG---TTG-ACTTA--TGTGC-----TTCA-GCAAG--TGAACTTATGTAGATAA--TT---TA--TATA-GCT-TCGATG-TG-AT-TTT---ACACAAGCATTCTTCAAA-TAT-GTTTAAAACCTTAAATAAGTAATCCAAT----AAAG-AAGTACTCG-CCG-------TTACC----GG-TGG-CAAGCTTATGCATTTTGAT---AT--TGAT---TGGTTGA-TTTG--TG-A---TTGCAT-TA--TTGTATT-TTGAG-GGGTATT-GCCCATTAT-GTGTT--TG-TTG-------A-AT---GG----ATCCCACAATCTA----A-TC-AT---------CCCCGG-CC-A-TATTCGCC-AA-----GA-----A-AAA---TAATAATAA-A--A---TAAATA-AAATTAATATG----CTG--CT-----TG-GTTTTTCTCT-TATAAATA----TCATAAAATCTGACATTTATagcagggcaacacgtggtgtgaagtgtc
gi|2                          :          cATTGGTTTC-CGAAA-TGGCGA-ATTGGTCTGTGGGG-TT-TTCG-TT--CTT-GGGTGCTTCCCCATGT---TGG-ATGAC-GGCGAA-CC-ATTGT-G--ATG---TGTCCGCTGTTCATTGTGGCGT-TTGCGC-ACACCAAAG-C-AACTGA-G-CC-TA-C--AAACCTT--G-GATGAT------TGAATTTGAAT-TGT-GAACT-C-TGAA-TGCTTGTAACATGGCCC-AAATGG--TA--T-GCGGGATG-TG-TATT--ACAT---TGTGC--ATTT-CAGGCAAG--TGAACTT--GTAAATAAACTTCTTTG--AAT--GCG-T--ATGTT--ATATGT---ACACAAGCACTCTTCAAAATAAACTTTACACACTTAAA-AATG-ATCC-AT----AAAT-AAGTAACCATC-GC-G----TTACCCGA-G--TGGTCAAGTTTATGCAATTTG-T---ATG-TGATT-GTGCTTGA-TT-G-ATG-AGGGTTGCAT-T-ATTTGTATT-TTGAGTGGGT-TT-GCCC---A--G-GTTTG-----G-------A-AT---GG--C-ATCCCACAA---A----A-TC-ATGA--ATAT-CCACGGCCCAATTATTCCCCAAA-----GA-----TAAAA---TAA----AA-A--A---TAAATA-A----AATATG----C-G---TTG--GTG-CTTTTTCTCTGTATAAATA--A
gi|14                         :             TGGTTTC-AGAAAATGGCGA-ATTGGTATGTGGAGGTTGCTCGGTT-GCTT-GGGTGCTTCCCCATGT--GTGGGATGACGG-CGAA-CC-GTTGT-G--AAG---TGTCCGatgtaaacatatacaaaca
gi|15                         :       tgcagaTGGTATCATGTAAATGGCGA-ATTCGTCTGTGGGGGTTGTTCGGTT-GCTT-GGGT
gi|12                         :                         agTGGCGAGATTGGTC-------GTTGGTCAGTT-GATT-GGTGGCTCCCCCATAG--GTGGAATGACTG-TGAA-C---TTG--G--ATGACCTGTTCGCAGC-CAT-GTGGCGT-TTGCGC-ACA-CAAAGTC-AACTGA-
gi|9                          :          tatgatattgggtattgcGGCGAGATTGGTC-GTGGG------TCAGTT-GATT-GTTGGCTCCCCCATAG--CTGGGATGACTG-CGAA-C---TTG--G--ATGACCTGCTCGCAGC-CAT-GTGGCGT-TTGCGC-ACACCAAGT-C-AACGTA-TTCCATG-T--AA-ACT---GT-----TG-----TGAATTTGAAC-TTT-GTGCT-TGTGAACTG--TGAtttc
gi|7                          :        atgagattgggtaatcattactaatgtgTGGTC-GTGGG------TCAGTT-GATT-GG-TGCCCCCTCCTATAGGTGGGATGACTG-CGAA-C---TTG--G--ATGACCTGTTCGCAGC-CAC-GTGGCGT-TTGCAC-AAACCACGT-C-GACTGA-TTCC--A-CGTAA-ACTGTTGTGCTGAC------TGAATTTGAAACTGT-ctgagatgacctgctcgcagaaactgactttgt
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gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tcTTCAAA-TA--CTTTACACACTTAAAT-AGT-ATCC-AT----AAATAAAGCTACCATCCGC-GGT--TTACCCGG-GGTTGGTCAA-TTTATGCAATTTG-T---ATG-TGATTTGTGCTTGATTTTG-ATG-ATG-TTGCAT-TGA-TTGTATT-TTGAGTGGGT-TTAGCCC---AT-GTGTTTGTG-TTG-------A-AT---GGGCT-ATCCCACAA---A----A-TCAATGA--ATATG-CACGG-CCAA-TATTCGCCAAA-----GA-----T-TAA---TAA----CATA--A---TA---A-A----AATATG----CTGCTTTCG--GTGAGTTTTTCTCTGT-TAAATtt
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gi|11                         :                                                                                                                                                                  ataatggtcgtgggtcagttgattggtgccccctcctataggtgggatgactgcgaacttggatgacctgttcgcagccacgtggcgtttgcacaaaccacgtcgactgattccacgtaaactgttgtgctgactgaatttgaaactgttctgtgctattgatccgtgattaagaaccaaatctgtgaatttgaaactgttttgtgcttttgattagtgctattggtttgtgcttgagcttgtaattgcaaagtggggttaaatgtagAACCA-CCGC-ATG--TTATCCGG-TG-TGGTCAATTTT------TTTG----------AGTTTGTGATTGG-ATTGCA-----G-CTACA--CGATATG-ATTGTTGA-TGGGT-TT-GCCG---A--------GTG-TAG-------A-TT---GGA-CAATCCCACAA---ATTGTA-TT-GTAGTCATAT-CGATAG-CCAA-TACTCGCCAAA-----T------C-AAATTGTAC----AA-C--ACTGTAGAT-----------TG----CTG--TT----GTG---TTCTC-CTGTATAAA
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2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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gi|13                         : tatgatattgggtattgcATGCAGAT-GGTTTTCAGAAAATGGCGA-ATTGGTATGTGGAGGTTGCTCGGTT-GCTTAGGGTGTTCCCAC-TGTG-GTGGGATAGCAGGGCAA-CACGTGGT-G-TGAAGTGTCtttc
gi|14                         :                  cctgaA--T-GGTTTCA-GAAAATGGCGA-ATTGGTATGTGGAGGTTGCTCGGTT-GCTT-GGGTGCTTCCCCATGT--GTGGGATGACGGCG-AA-C-CGTTGT-GAAG---TGTCCG
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Reference ( family-4428 )     :                CAGATGCA--T-GGTTT-CATGAAAATGGCGA-ATTGGTCTGTGGGGGTTG-T-CGGTT-GCTT-GGGTGCTCCCCCATGT--GTGGGATGAC--GGCGAA-C-CGTTGT-GATGACCTGTCCGCNGC-CAT-GT--------GGCGT-TTGCGC-ACACCAAAG-C-AACTGA-GNCC-TA-CA-AACCTG--GTGATGA-----TGTGAA-TTTG-ANTTG-TGAACT-C-TGAATG--TGAAACATGGCCC-AAATGGGGTA--T-GCTGGATG-TG-TATTG-ACAT---TGTGC--ATTTTCATGCAAG--TGAACTT-TGTAGATAAACTC---TG--AAT--GCT-T-GATGTTG-AT-TTT---ACACAAGCACTCTTCAAA-TAA-CTTTAAACACTTAAATAAGT-ATCC-AT----AAAT-AAGTAACCATCCGC-GGT--TTACCCGG-GG-TGGTCAAGTTTATGCAATTTG-T---ATG-TGATTTGTGCTTGA-TTTG-ATG-ATG-TTGCAT-TGATTTGTATT-TTGAGTGGGT-TT-GCCC---AT-GTGTTTGTG-TTG-------A-AT---GG--C-ATCCCACAA---A----A-TC-ATGA--ATATGCCACGG-CCAA-TATTCGCCAAA-----GA-----T-AAA---TAA----AA-A--A---TAAATA-A----AATATGCTGCTT--G----GTG-GTTTTTCTCTGTATAAATA--ACNCTTGAAATCTGACATNTATNAGGGCTNCA
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Reference ( family-4428 )     :                CAGATGCA--T-GGTTT-CATGAAAATGGCGA-ATTGGTCTGTGGGGGTTG-T-CGGTT-GCTT-GGGTGCTCCCCCATGT--GTGGGATGAC--GGCGAA-C-CGTTGT-GATGACCTGTCCGCNGC-CAT-GT--------GGCGT-TTGCGC-ACACCAAAG-C-AACTGA-GNCC-TA-CA-AACCTG--GTGATGA-----TGTGAA-TTTG-ANTTG-TGAACT-C-TGAATG--TGAAACATGGCCC-AAATGGGGTA--T-GCTGGATG-TG-TATTG-ACAT---TGTGC--ATTTTCATGCAAG--TGAACTT-TGTAGATAAACTC---TG--AAT--GCT-T-GATGTTG-AT-TTT---ACACAAGCACTCTTCAAA-TAA-CTTTAAACACTTAAATAAGT-ATCC-AT----AAAT-AAGTAACCATCCGC-GGT--TTACCCGG-GG-TGGTCAAGTTTATGCAATTTG-T---ATG-TGATTTGTGCTTGA-TTTG-ATG-ATG-TTGCAT-TGATTTGTATT-TTGAGTGGGT-TT-GCCC---AT-GTGTTTGTG-TTG-------A-AT---GG--C-ATCCCACAA---A----A-TC-ATGA--ATATGCCACGG-CCAA-TATTCGCCAAA-----GA-----T-AAA---TAA----AA-A--A---TAAATA-A----AATATGCTGCTT--G----GTG-GTTTTTCTCTGTATAAATA--ACNCTTAAAATCTGACATNTATNAGGGCTNCA
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gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   gagaggtgtctaatcgtAACCA-CCGC-ATG--TTATCCGG-TG-TGGTCAATTTT------TTTG----------AGTTTGTGATTGG-ATTGCA-----G-CTACAC--GATATG-ATTGTTGA-TGGGT-TT-GCCG---A--------GTG-TAG-------A-TT---GGA-CAATCCCACAA---ATTGTA-TT-GTAGTCATAT-CGATAG-CCAA-TACTCGCCAAA-----T------C-AAATTGTAC----AA-C--ACTGTAGAT-----------TGCTGTT--------GTG---TTCTC-CTGTATAAAgtcttttt
gi|12                         :                                          TGGCGAGATTGGTC-------GTTGGT-CAGTT-GATT-GGTGGCTCCCCCATAG--GTGGAATGAC--TGTGAA-C---TTG--GATGACCTGTTCGCAGC-CAT-GT--------GGCGT-TTGCGC-ACA-CAAAGTC-AACTGA-agatgta
gi|13                         : tatgatattgggtattgcATGCAGAT-GGTTTTCA-GAAAATGGCGA-ATTGGTATGTGGAGGTTGCT-CGGTT-GCTTAGGGTGTTCCCAC-TGTG-GTGGGATAGCAGGGC-AA-CACGTGGT-G-TGAAGTGTCtttc
gi|14                         :                  cctgaA--T-GGTTT-CA-GAAAATGGCGA-ATTGGTATGTGGAGGTTGCT-CGGTT-GCTT-GGGTGCTTCCCCATGT--GTGGGATGAC--GGCGAA-C-CGTTGT-GAAG---TGTCCG
gi|15                         :                   tgcag--T-GGTAT-CATGTAAATGGCGA-ATTCGTCTGTGGGGGTTGTT-CGGTT-GCTT-GGGT
gi|2                          :                      ag--T-GGTTT-C-CGAAA-TGGCGA-ATTGGTCTGTGGGGTTT--T-CG-TT--CTT-GGGTGCTTCCCCATGT---TGG-ATGAC--GGCGAA-C-CATTGT-GATG---TGTCCGCTGTTCATTGT--------GGCGT-TTGCGC-ACACCAAAG-C-AACTGA-G-CC-TA-CA-AACCTT--G-GATGA-----T-TGAA-TTTG-AATTG-TGAACT-C-TGAATGCTTGTAACATGGCCC-AAATGG--TA--T-GCGGGATG-TG-TATT--ACAT---TGTGC--ATTT-CAGGCAAG--TGAACTT--GTAAATAAACTTCTTTG--AAT--GCG-T--ATGTT--ATATGT---ACACAAGCACTCTTCAAAATAAACTTTACACACTTAAA-AATG-ATCC-AT----AAAT-AAGTAACCATC-GC-G----TTACCCGA-G--TGGTCAAGTTTATGCAATTTG-T---ATG-TGATT-GTGCTTGA-TT-G-ATG-AGGGTTGCAT-T-ATTTGTATT-TTGAGTGGGT-TT-GCCC---A--G-GTTTG-----G-------A-AT---GG--C-ATCCCACAA---A----A-TC-ATGA--ATAT-CCACGGCCCAATTATTCCCCAAA-----GA-----TAAAA---TAA----AA-A--A---TAAATA-A----AATATGC-G-TT--G----GTG-CTTTTTCTCTGTATAAATAA
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gi|4                          :                                                                                                                                               cgcaT-AT--------GGCGT-TTGCAC-ACACCAAAG-C-AACTGA-GGCC-TA-CA-A-CCTG--GTAATGA-----TGTGCA-TTTG-ATTTG-TGAACT-C-TGAATG--TGAGACATGGCCA-AAATGGGGTA--T-GCTGGATG-TG-TATTG-ACAT---TGTGC--ATTTTCATGCAAG--TGAACTT-TGTAGATAAACTC---TG--AAT--GCT-T-TTTGTTG-AT-TTT---ACACAAGCACTCTTCAAA-TGA---------------ATAAGT-ATCC-AT----AAAT-AAGTAACCATCCAT-GGT--TTACCCGG-GG-TGGTCAAGTTTATGCAATTTG-T---ATG-TGATTTGTGCTTGT-TTTG-ATG-TTG-TTGCAT-TGATTTGTATT-TTGAGTTGGT-GT-GTCC---AT-GTGTTTGTG-TTG-------A-AT---GG--C-ATCCCACAC---A----A-TC-ATAA--ATATGCCACGG-CCAA-TATTCGCCAAA-----GA-----T-AAA---TAA----AA-A--A---TAAATA-A----AATATGCTGCTT--GTT--GTT-GTTTTTTTCTGTATAAATAA----TATCATCT-ACATGTAT
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gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ataaATTTAATTAAAC-CCCC-CT----AATT-AAGTATTCATCCGC-CG---TTACACGG-GG-TGGTT--GTTTTTG--ATTGA-T-------TGATTTaactgttctgtgctattgatccgtgattaagaaccaaatctgtgaatttgaaactgttttgtgcttttgattagtgctattggtttgtgcttgagcttgtaattgcaaagtggggttaaatgtagatttaattaaacccccctaattaagtattcatccgccgttacacggggtggttgtttttgattgattgattt
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-4428 )     :                CAGATGCA--T-GGTTT-CATGAAAATGGCGA-ATTGGTCTGTGGGGGTTG-T-CGGTT-GCTT-GGGTGCTCCCCCATGT--GTGGGATGAC--GGCGAA-C-CGTTGT-GATGACCTGTCCGCNGC-CAT-GT--------GGCGT-TTGCGC-ACACCAAAG-C-AACTGA-GNCC-TA-CA-AACCTG--GTGATGA-----TGTGAA-TTTG-ANTTG-TGAACT-C-TGAATG--TGAAACATGGCCC-AAATGGGGTA--T-GCTGGATG-TG-TATTG-ACAT---TGTGC--ATTTTCATGCAAG--TGAACTT-TGTAGATAAACTC---TG--AAT--GCT-T-GATGTTG-AT-TTT---ACACAAGCACTCTTCAAA-TAA-CTTTAAACACTTAAATAAGT-ATCC-AT----AAAT-AAGTAACCATCCGC-GGT--TTACCCGG-GG-TGGTCAAGTTTATGCAATTTG-T---ATG-TGATTTGTGCTTGA-TTTG-ATG-ATG-TTGCAT-TGATTTGTATT-TTGAGTGGGT-TT-GCCC---AT-GTGTTTGTG-TTG-------A-AT---GG--C-ATCCCACAA---A----A-TC-ATGA--ATATGCCACGG-CCAA-TATTCGCCAAA-----GA-----T-AAA---TAA----AA-A--A---TAAATA-A----AATATGCTGCTT--G----GTG-GTTTTTCTCTGTATAAATAA-TCTTANAATCTGACATNTATNAGGGCTNCA
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gi|6                          :                                                                                                                                          ggaattacaaaaT--------GGCGCGTTGCGCCACACCAAAG-CCAACTGAAGGCC-TAACA-AACCTG--TTTATGATGGTTTGTGAA--TTG-GGTTGTTGAACTAT-TGAATG--TGAAAC-T-------AATGGGGTAATT-GCGCGATGTTGCTATTGAACATTTATGTGCCAATTTCAATGCAAATTTGAACGT-TGTAGAGAAAACT---TGGCGATTGGCTCT-GATGTGGCAT-TTTTTAACA-AAACACTCCTCAAA---------AAAAACTTAGTT--GT--TAC-ACTAAAAAAT-ATGTAACCATCCGCTGGTTATTACCAGGAGG-TGGTCAAGTTT-TG--ATTTG-TAAAATGTTGATTTGTGATTG--TTTG--TGAATG-TGCCATGTG--TTAT-TT-TTGA---GGT-GT-G--C---A----GGTTGTGTTTG-------ACAT---GGC-C-ATCCCCCAAT--A----ATTC-AGGA--A------ATGG-CC-A-TATTCG---AA-----CA-----T-AAA---T------AA-C--A---TAA------------ATGCTGCTT--G----
gi|7                          :                                                 tcTGGTC-GTGGG------T-CAGTT-GATT-GG-TGCCCCCTCCTATAGGTGGGATGAC--TGCGAA-C---TTG--GATGACCTGTTCGCAGC-CAC-GT--------GGCGT-TTGCAC-AAACCACGT-C-GACTGA-TTCC--A-CGTAAACTGTTGTGCTGA-----C-TGAA-TTTG-Att
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ataaATTTAATTAAAC-CCCC-CT----AATT-AAGTATTCATCCGC-CG---TTACACGG-GG-TGGTT--GTTTTTG--ATTGA-T-------TGATTTaactgttctgtgctattgatccgtgattaagaaccaaatctgtgaatttgaaactgttttgtgcttttgattagtgctattggtttgtgcttgagcttgtaattgcaaagtggggttaaatgtagatttaattaaacccccctaattaagtattcatccgccgttacacggggtggttgtttttgattgattgattt
gi|8                          :                                                                                                                                    ataatggtcgtgggtcagttgattggtgccccctcctataggtgggatgactgcgaacttggatgacctgttcgcagccacgtggcgtttgcacaaaccacgtcgactgattccacgtaaactgttgtgctgactgaatttgaaactgttctgtgctattgatccgtgattaagaaccaaatctgtgaatttgaaactgttttgtgcttttgattagtgctattggtttgtgcttgagcttgtaattgcaaagtggggttaaatgtagTTCAAA-TA--CTTTACACACTTAAAT-AGT-ATCC-AT----AAATAAAGCTACCATCCGC-GGT--TTACCCGG-GGTTGGTCAA-TTTATGCAATTTG-T---ATG-TGATTTGTGCTTGATTTTG-ATG-ATG-TTGCAT-TGA-TTGTATT-TTGAGTGGGT-TTAGCCC---AT-GTGTTTGTG-TTG-------A-AT---GGGCT-ATCCCACAA---A----A-TCAATGA--ATATG-CACGG-CCAA-TATTCGCCAAA-----GA-----T-TAA---TAA----CATA--A---TA---A-A----AATATGCTGCTTTCG----GTGAGTTTTTCTCTGT-TAAAT
gi|9                          :             atgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctGGCGAGATTGGTC-GTGGG------T-CAGTT-GATT-GTTGGCTCCCCCATAG--CTGGGATGAC--TGCGAA-C---TTG--GATGACCTGCTCGCAGC-CAT-GT--------GGCGT-TTGCGC-ACACCAAGT-C-AACGTA-TTCCATG-TA-AA-CTGTTGTGA--A-----TTTGAACTTTGTGCTTG-TGAACT-G-TGACTG--AGAt


blockSeqs                     :                        GA .     T AT           G       T     G   GG .     A    A  T             AG          AG      T ACG   TT    ACC    C  A  T   T  TCAGCTCT     G      C        GT C      AGG  AT A  T A    TT       TGGTT G    C    T A   T      TA       CT             A      C   AT G        T  C     A    TTA     CA    T  G     TT       A         A   CTT  GC   TG   C CG      C  A   TTA                  ATAAAC    C          A   AA   A  TAAA    A     A   T    TGGTTA        A  T           A  C      TAAAATGT              AT    CA  AAT G      TGAT        G    G     A  A    ATTAT  T       T   TTAATGT C  CGG  ACA          ATTGT    T  A    TC    A      C  A T           ATTACGAGATAT A   TTG   TAAT  ATT  CTG      AAATT            TGTTTT     AGT                ATCATAAAATC   GAA  A   G      A
blockSeqs                     :                        .  .     . AT           G       T     G   GC .     .    .  G             G           .       . CG    T     AAG    C  T  .   .  .            .      .        G  .      GC   T  .  . A    TT       .     G    .    . C   .      AT       .              .      G   .  .        .  .     .    A       .     T  T     .        .         A   .    .    A    . T       .  .   .                    TATG      A          A   A    .  .       .     A   T    ATG           .  .           A  C      TATG                  G     A   AG  .      TGAT        .    G     .  .    CACC   T       .   .       .  .    GCT          TCTA     .  .    .     G      .  A .           GA           .   .     .     TA   ACC      TA               TGTT       CT                 AATATCATC     GAC  T           
blockSeqs                     :                        .  .     . A            .       T     G   GC .     .    .  G             .           .       . CA    T     ACC    C  T  .   .  .            .      .        G  .      GG   T  .  . A    .        .     G    .    . T   .      C        .              .      G   .  .        .  .     .    .       .     T  T     .        .         G   .    .    .    . G       .  .   .                    TAAC      A          A   A    .  .       .     C   T    GGT           .  .           A  C      ATAT                  A     A   TT  .      GAT         .    G     .  .    AT     T       .   .       .  .    CC           TA       .  .    .     G      .  A .           GA           .   .     .     C    .        A                TTCG       GT                 ATTACACT      AC   G           
blockSeqs                     :                        .  .     . A            .       T     G   GT .     .    .  G             .           .       . CA    T     ACC    C  G  .   .  .            .      .        G  .      GT   T  .  . A    .        .     G    .    . G   .      C        .              .      G   .  .        .  .     .    .       .     C  T     .        .         A   .    .    .    . G       .  .   .                    TGA       A          A   C    .  .       .     A   T    GGT           .  .           A  C      TATG                  A     A   AT  .      TAT         .    G     .  .    AT     T       .   .       .  .    T            A        .  .    .     G      .  A .           GA           .   .     .     A    .        A                TG         GT                                                
blockSeqs                     :                        .  .     . C            .       T     A   .  .     .    .  G             .           .       . .     .     ACC    C  A  .   .  .            .      .        G  .      TT   T  .  . A    .        .     T    .    . C   .      T        .              .      .   .  .        .  .     .    .       .     .  .     .        .         .   .    .    .    . .       .  .   .                    TAC       C          A   A    .  .       .     A   T    GGT           .  .           T  C      TATG                  T     .   AT  .      GTG         .    G     .  .    AT     T       .   .       .  .    C            A        .  .    .     .      .  A .           GA           .   .     .     A    .        A                TG         GT                                                
blockSeqs                     :                                                .       .     .   .  .     .    .  T             .           .       . .     .     .      .  A  .   .  .            .      .        T  .      TT   .  .  . .    .        .     .    .    . .   .      G        .                                                                                                                                                      .         .          .   .    .  .       .     T   T    CG            .  .           A  .      TATG                  .     .   A   .      TGA         .    G     .  .    A      .       .   .       .  .    C            A        .  .    .     .      .  A .           CA           .   .     .     A    .        A                TG         A                                                 
blockSeqs                     :                                                .       .     .   .  .     .    .  .             .           .       . .     .     .      .         .  .            .      .        T  .      G    .  .  . .    .        .     .    .    .                                                                                                                                                                                                 .   .    .  .       .     A   .    G             .  .           .  .      T                     .     .   .   .      TA          .    .     .  .    A      .       .   .       .  .    C            A        .  .    .     .      .  . .           GA           .   .     .     A    .        .                .          .                                                 
blockSeqs                     :                                                        .     .   .  .     .    .  .                                               .                   .            .      .        .  .                                                                                                                                                                                                                                                                             .   .    .             .  .           .  .      .                                                      .    .     .  .    A      .       .   .       .  .    .            A        .  .    .     .      .  . .           T            .   .     .     C    .        .                .                                                            


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gi|3                          :                     atA--T-GGTTT-CATGTAAATGGCGA-ATTG-TCTGGGGGAGTT--T-CGGTTAGCTT-GG---CTTCCCCATGT--GTGGGATGAC--GGCGAATC-CATTCTTGATG---TGTC-GCT---CAT-GT--------GGCGT-G-GCGC-ACACCAAG----AACTGA-GCTC--A-CA-AACCTG---TGATAC-----TGTGAA-TTTG-ACTTG-TGAACT-TATG-ATG--TGACACA-GGCCCAAAATGGCGTA--TGGCTGGATG-TG---TTG-ACTTA--TGTGC-----TTCA-GCAAG--TGAACTTATGTAGATAA--TT---TA--TATA-GCT-TCGATG-TG-AT-TTT---ACACAAGCATTCTTCAAA-TAT-GTTTAAAACCTTAAATAAGTAATCCAAT----AAAG-AAGTACTCG-CCG-------TTACC----GG-TGG-CAAGCTTATGCATTTTGAT---AT--TGAT---TGGTTGA-TTTG--TG-A---TTGCA-TT-A-TTGTATT-TTGAG-GGGTATT-GCCCATTAT-GTGTT--TG-TTG-------A-AT---GG----ATCCCACAATCTA----A-TC-AT---------CCCCGG-CC-A-TATTCGCC-AA-----GA-----A-AAA---TAATAATAA-A--A---TAAATA-AAATTAATATGCTGCT---------TG-GTTTTTCTCT-TATAAAT-A-TCATAAAATCTGACATTTATatgtaaacatatacaaaca
gi|4                          :                                                                                                                                               cgcaT-AT--------GGCGT-TTGCAC-ACACCAAAG-C-AACTGA-GGCC-TA-CA-A-CCTG--GTAATGA-----TGTGCA-TTTG-ATTTG-TGAACT-C-TGAATG--TGAGACATGGCCA-AAATGGGGTA--T-GCTGGATG-TG-TATTG-ACAT---TGTGC--ATTTTCATGCAAG--TGAACTT-TGTAGATAAACTC---TG--AAT--GCT-T-TTTGTTG-AT-TTT---ACACAAGCACTCTTCAAA----------------TGAATAAGT-ATCC-AT----AAAT-AAGTAACCATCCAT-GGT--TTACCCGG-GG-TGGTCAAGTTTATGCAATTTG-T---ATG-TGATTTGTGCTTGT-TTTG-ATG-TTG-TTGCATTG-ATTTGTATT-TTGAGTTGGT-GT-GTCC---AT-GTGTTTGTG-TTG-------A-AT---GG--C-ATCCCACAC---A----A-TC-ATAA--ATATGCCACGG-CCAA-TATTCGCCAAA-----GA-----T-AAA---TAA----AA-A--A---TAAATA-A----AATATGCTGCTT--GTT--GTT-GTTTTTTTCTGTATAAATAA----TATCATCT-ACATGTAT
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gi|6                          :                                                                                                                                          ggaattacaaaaT--------GGCGCGTTGCGCCACACCAAAG-CCAACTGAAGGCC-TAACA-AACCTG--TTTATGATGGTTTGTGAA--TTG-GGTTGTTGAACTAT-TGAATG--TGAAAC-T-------AATGGGGTAATT-GCGCGATGTTGCTATTGAACATTTATGTGCCAATTTCAATGCAAATTTGAACGT-TGTAGAGAAAACT---TGGCGATTGGCTCT-GATGTGGCAT-TTTTTAACA-AAACACTCCTCAAA---------AAAAACTTAGTT--GT--TAC-ACTAAAAAAT-ATGTAACCATCCGCTGGTTATTACCAGGAGG-TGGTCAAGTTT-TG--ATTTG-TAAAATGTTGATTTGTGATTG--TTTG--TGAATG-TGCCA-TG-TGTTAT-TT-TTGA---GGT-GT-G--C---A----GGTTGTGTTTG-------ACAT---GGC-C-ATCCCCCAAT--A----ATTC-AGGA--A------ATGG-CC-A-TATTCG---AA-----CA-----T-AAA---T------AA-C--A---TAA------------ATGCTGCTT--G----
gi|7                          :                                                 tcTGGTC-GTGGG------T-CAGTT-GATT-GG-TGCCCCCTCCTATAGGTGGGATGAC--TGCGAA-C---TTG--GATGACCTGTTCGCAGC-CAC-GT--------GGCGT-TTGCAC-AAACCACGT-C-GACTGA-TTCC--A-CGTAAACTGTTGTGCTGA-----C-TGAA-TTTG-Att
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Unaligned ( gi|16 ): GATAATGGTCGTGGGTCAGTAGATTGGTCCCCCTC
Unaligned ( gi|17 ): ATAACTATGCGAATTATCATTGATATTGTTCACTT