lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
lowQualScore : 2 5 0000000 3 555 3 0 0 7 1 1 5 55 77 3333 3 666666666 22 777777777 55 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : . . ....... . ... . . . . . . . .. .. .... . ......... .. ......... .. .................................................................
lowQualScore : 2 5 0000000 1 555 9 1 6 1 9 8 4 99 44 7777 3 777777777 44 000000000 55 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888
consensus : CGAGGGCTGTTCGATATGT-------A-ATGTG-C-ATTGTACGATATCTCA-AAAGCATTC-GACTCAAA--TAGTGAAATGAAC-ATTAC-A--TCC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCCGCGGTTTGAA--ATACA-----------T--------G---------TCT---------A----CATCT-------------TGAAATGCGTCAC
Reference ( gi|5 ) : CGAGGGTTGTTCGATATAT-------A-ATGTG-C-ACTGTACGATATTTCA-AAAGCATTC-GACTCAGA--TAGTGAAATGAAT-ATTAC-A--TCC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCCGCGGTTTGAA--ATACA-----------T--------G---------TGT---------A----CATCT-------------TGAAATGCGTCACA
gi|9 : CGAGGGCTGTTTG----------------TGTG-CTATTGTACGATATCTCA-AAAGCATTC-GATTCAAA--AAGTAAAATGAAC-TTTAC-T--TCT-CTTCA---------AAG--TT---------TTCTCCTCGGTTTGAA--ATACA-----------T--------A---------------------------ATTTC------------TGAAATG
gi|11 : ccaCGAGGGCTGTTCGATATGTTCATTGTA-AT-TG-T-ATTATACGATATCTCA-AAAGCATTC-GACTCAAAAAGAGTGAAATGTAA-ATTAC-A--TCC-CATCA---------AAG--TA---------TTTTTCGCGGTTTGAtca
gi|8 : GAGAGTTGTTTCATGTGT-------A-ATGTG-T-ATTGTATCATAC---------CATTG-GGCTCAAA--TAGTAAAATGAAC-ATTAC-A--TCC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTTCGCGGTTTGTA--ATCTC-----------T--------G---------AAT---------C----CATTTG------------TGAAATGCGTCAC
gi|22 : tGAGGGCTGTTTGATATAT-------ACATGTA-T-ATTGTACAATATCTCA-AAAGCATTA-GACTCAAA--TAGTGAAATGAA
gi|16 : AGGCCTCTTCGATATGT-------G-ATGTG-C-ACTGTACGATATCTCA-AAATCATTC-GACTCGAA--TAGTAAAATGAAC-ATTAC-A--CCC-TTTCA---------AAA--TA---------TTATCa
gi|2 : GGCTGTTCGAAATGT-------A-ATGTG-T-ATTGTACAATATCTTA-CATGCATTC-GACTCAAT--TAGTGAAATGAAC-ATTATAA--TCC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCCGCGGTTTGAA--ATACA------------------------------TGT---------A----CAT
gi|21 : GGCTGTTTGATATGT-------A-ATGCG-T-AGTGTACGATATCTCA-AAAACATTA-GACTC-GA--TAGTGAAAGGAAC-ATTAC-aatttcaatctctgactccatttctgaaatgcgtcatg
gi|3 : aGTTGT-CAATATGT-------A-ATGTG-T-ATTGTACAATATCTTATAAAACATCA-GATTCAAA--TAGAGAAATGAACAATTAC-AATTCC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCACAG----TTGCA--ATACA-----------TTGATTTCAG---------TCTCTGAATTCCA----CTTTC-------------TGAAATGCGTCAC
gi|10 : TATTCGATATGT-------A-ATGT---------------CTTCA-AAAGCATTCTAACCCAAAA-TAGTGAAATGAAC-GTTAC-A--GCC-CTTAA---------AAG--TA---------TTCTCAGCAGTTTGAA--ATACA-----------TA-------G---------ATT---------C----CATTT-------------CGAAATGCGTCA
gi|7 : taaTGTTCGATATGT-------A-A-ATGAC-ACT-------ATCTCA-AAAGCATTC-GAATCAAA--TAGTTAAATGAAC-ATTAC----TCCGCTTCA---------AAA--T----------TTCTCCGTGA-TTGAAGCATATAATTTTAATCTCT--------GA--------TCT---------A----CTTC--------------TGAAATGCGTAAC
gi|6 : GTTCGATATGT-------A-ATGCA-C-ACT-------ATCTCA-AAAGCATTC-GAATCAAA--TAGTTAAATGAAC-ATTAC----TCCGCTTCA---------AAA--TA---------TTCTCCGTGGATTGAAGCATATAATTTTAATCTCT--------GAA-------TCT---------A----CTTC--------------TGAAATGCGTCAC
gi|4 : TTCGATATGT-------A-ATGTG-C-ATTGTACGATATCTCA-AAAGTATTC-GACTCGAA--TTGTAAAATAAAT-ATTAC-A--CCC-TTTCA---------AAA--TA---------TTATCCACGCTTTGAA--ATACA-----------TA-------A---------TTT---------C----AATCTCCAAATCCATTTCTGAAATGCGTCACg
gi|1 : ctcACATGT-------A-ATGTG-T-ATTGTACGATATCTCA-AAAACATTC-GACTCAAAA-TAGTGAAATGAAC-ATTAT-A--TCC-CTTCA---------AAG--TA---------TTATCCGTGGTTTGAA--ATGTA-----------T--------A---------Tg
gi|12 : gggtgttgacatgtTG-C-ATTGTACGACATCTAA-AAAAAGTTC-AAGTCAGA--TAGTGAAATGAAC-ATTGC-A--TCC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCCGCGGTTTGAA--ATACA-----------T--------GA--------TTT---------A-----ATC--------------TGAAATGCGTaattccaatctctgaatctatttctgaaatctatgtgacgg
gi|17 : TATCTCA-AAAGCGTTC-G-CCAAAA--TAGTGAAATGAAC-ATTAC-A--CCC-CTTCA---------AAGTATA---------TTCTTTGCGGTTTGAA--ATACA-----------T--------aatg
gi|26 : TATCTCA-AAGACATTC-GACTCGAT--TAGTGAAATGAAC-ATTAC-A--TCC-CTTCA---------AAaatttcgattct
gi|18 : TCTCA-AACACATTC-GACTCA-A--TAGTGAAATGAAC-ATTAT-A--TCC-TTTCA---------AAG--TA---------TTCTCCACGGCTTGAA--ATAC
gi|19 : TCA-AAAGCATTC-GACTCAAA--TAGTGAAATGAAC-TGTAT-A--TCC-CTTCA---------AAG--TA---------TTATTTGTGGTTTTAA--cgaatttaaatctga
gi|13 : cTCA-AAAGCATTC-GACTCAAA--CAGTGAA-TGAAC-ATTAC-A--TCC-CTTCATCATGTTCAAAG--TACATTATGTATTCTCCGGGGTTTGAA-------------------------------------------------------ATCC-------------TAAAATGTGTCACtccatttctgaaaatg
gi|14 : TCA-AAAGCAATC-GACTCAGA--TAGTGAAATGAAT-ATTAC----------------------------A---------TTCTTCACAGTTTGAA--ATCCA-----------T--------G---------gg
gi|20 : cTCA-AAAGCATTC-GACTCAAA--TAGTGAAATGAAC-TGTAT-A--TCC-CTTC----------AAG--TA---------TTATT--TGGTTTTTA--ATCCA-----------T--------atttcaatctcttcatccatttctgaaatgcatc
gi|15 : cAGCATTT-GACTCAAA--T---------------TAC-A--GCT-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCTGCTGTTTGAA--ATACA-----------T--------AATTTCAATCTCT---------AACTCCATTTC------------TGAAATGCGTCGCttctgaaaatg
gi|27 : AAA--TAGTAAACTGAAC-ATTAC-A--TCC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTTCgg
gi|24 : TAC-T--TCC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTTCGCGGTTTGAA--AT-C------------T--------G---------AAT---------C----CATCTC------------TGAAATGTGTCAC
gi|25 : cacattacg-A--TCC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCTGCGGTTTGAA--TTACA-----------TA-------A---------TTT---------C----AATCT-------------CTAAATGCGTCg
gi|23 : a-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCCGCGGTTAGAA--ATACG-----------T--------
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
lowQualScore : 9999999 2 55 1 1 55 1 2222 3333 3 666666666 22 666666666 55 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2
lowQualScore : ....... . .. . . .. . .... .... . ......... .. ......... .. ................................................................................................... .
lowQualScore : 3333333 9 11 8 7 66 7 7777 5555 2 444444444 33 777777777 22 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 5
consensus : CGAGGGCTGTTCGATATGT-------A-ATGTGC-ATTGTACGATATCTCA-AAAGCATTC-GACTCAAA--TAGTGAAATGAAC-ATTAC-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCCGCGGTTTGAA--ATAC-------A-----------T--------G---------T-------------------C----------T---------N----CATC-----T-----T-GAAATGCGTCAC
Reference ( family-4420 ) : CGAGGGCTGTTCGATATGT-------A-ATGTGC-ATTGTACGATATCTCA-AAAGCATTC-GACTCAAA--TAGTGAAATGAAC-ATTAC-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCCGCGGTTTGAA--ATAC-------A-----------T--------G---------T-------------------C----------T---------A----CATC-----T-----T-GAAATGCGTCAC
gi|1 : ACATGT-------A-ATGTGT-ATTGTACGATATCTCA-AAAACATTC-GACTCAAAA-TAGTGAAATGAAC-ATTAT-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTATCCGTGGTTTGAA--ATGT-------A-----------T--------A---------T-------------------
gi|10 : gggtgttgacatgtTATTCGATATGT-------A-ATGT--------------CTTCA-AAAGCATTCTAACCCAAAA-TAGTGAAATGAAC-GTTAC-A--G----CC-CTTAA---------AAG--TA---------TTCTCAGCAGTTTGAA--ATAC-------A-----------TA-------G---------A-------------------T----------T---------C----CATT-----T-----C-GAAATGCGTCAaattccaatctctgaatctatttctgaaatctatgtgacgg
gi|11 : taaCGAGGGCTGTTCGATATGTTCATTGTA-AT-TGT-ATTATACGATATCTCA-AAAGCATTC-GACTCAAAAAGAGTGAAATGTAA-ATTAC-A--T----CC-CATCA---------AAG--TA---------TTTTTCGCGGTTTGA
gi|12 : TGC-ATTGTACGACATCTAA-AAAAAGTTC-AAGTCAGA--TAGTGAAATGAAC-ATTGC-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCCGCGGTTTGAA--ATAC-------A-----------T--------GA--------T-------------------T----------T---------A-----ATC-----------T-GAAATGCGT
gi|13 : TCA-AAAGCATTC-GACTCAAA--CAGTGAA-TGAAC-ATTAC-A--T----CC-CTTCATCATGTTCAAAG--TACATTATGTATTCTCCGGGGTTTGAA-------------------------------------------------------------------------------------------ATC-----C-----T-AAAATGTGTCACaatg
gi|14 : CTCA-AAAGCAATC-GACTCAGA--TAGTGAAATGAAT-ATTAC--------------------------------A---------TTCTTCACAGTTTGAA--ATCC-------A-----------T--------GATTTCAATCT-------------------C----------T---------T----CATCCATTTC-----T-GAAATGCATCgg
gi|15 : AGCATTT-GACTCAAA--T---------------TAC-A--G----CT-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCTGCTGTTTGAA--ATAC-------A-----------T--------AATTTCAATCT-------------------C----------T---------AACTCCATT-----TC----T-GAAATGCGTCGC
gi|16 : AGGCCTCTTCGATATGT-------G-ATGTGC-ACTGTACGATATCTCA-AAATCATTC-GACTCGAA--TAGTAAAATGAAC-ATTAC-A--C----CC-TTTCA---------AAA--TA---------TTATCgg
gi|17 : TATCTCA-AAAGCGTTC-G-CCAAAA--TAGTGAAATGAAC-ATTAC-A--C----CC-CTTCA---------AAGTATA---------TTCTTTGCGGTTTGAA--ATAC-------A-----------T--------
gi|18 : TCTCA-AACACATTC-GACTCAA---TAGTGAAATGAAC-ATTAT-A--T----CC-TTTCA---------AAG--TA---------TTCTCCACGGCTTGAA--ATAC-------aatttcgattct
gi|19 : CTCA-AAAGCATTC-GACTCAAA--TAGTGAAATGAAC-TGTAT-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTATTTGTGGTTTT-A--ATCC-------A-----------T--------T---------T-------------------C----------T---------cgaatttaaatctga
gi|2 : GGCTGTTCGAAATGT-------A-ATGTGT-ATTGTACAATATCTTA-CATGCATTC-GACTCAAT--TAGTGAAATGAAC-ATTATAA--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCCGCGGTTTGAA--ATAC-------A-----------T--------G---------TACATAATTTCAATCTCTGAC----------T---------C----CATT-----TC----T-GAAATGCGTCAgaaaatg
gi|20 : CTCA-AAAGCATTC-GACTCAAA--TAGTGAAATGAAC-TGTAT-A--T----CC-CTTC----------AAG--TA---------TTATT--TGGTTTTTA--ATCC-------A-----------T--------T---------T-------------------C----------T---------tg
gi|21 : GGCTGTTTGATATGT-------A-ATGCGT-AGTGTACGATATCTCA-AAAACATTA-GACTC-GA--TAGTGAAAGGAAC-ATTAC-gaaaatg
gi|22 : aGAGGGCTGTTTGATATAT-------ACATGTAT-ATTGTACAATATCTCA-AAAGCATTA-GACTCAAA--TAGTGAAATGAA
gi|23 : -CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCCGCGGTTAGAA--ATACGTA----A-----------T--------T---------T-------------------CAATCTCAGAAT---------C----CATT-----T-----CAGAAATGCGTCAa
gi|24 : tAC-ATTAC-G--TACTTCC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTTCGCGGTTTGAA--AT-C-------------------T--------G---------A-------------------A----------T---------C----CATC-----TC----T-GAAATGTGTCACtg
gi|25 : c-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCTGCGGTTTGAA--TTAC-------A-----------TA-------A---------T-------------------T----------T---------C----AATC-----T-----C-TAAATGCGTCg
gi|26 : aTATCTCA-AAGACATTC-GACTCGAT--TAGTGAAATGAAC-ATTAC-A--T----CC-CTTCA---------AA
gi|27 : AAA--TAGTAAACTGAAC-ATTAC-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTTC
gi|3 : TCAATATGT-------A-ATGTGT-ATTGTACAATATCTTATAAAACATCA-GATTCAAA--TAGAGAAATGAACAATTAC-AATT----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCACAG----TTGCA--ATAC-------A-----------TTGATTTCAG---------T-------------------C----------TCTGAATTCCA----CTTT-----C-----T-GAAATGCGTCAC
gi|4 : gttgCTCTTCGATATGT-------A-ATGTGC-ATTGTACGATATCTCA-AAAGTATTC-GACTCGAA--TTGTAAAATAAAT-ATTAC-A--C----CC-TTTCA---------AAA--TA---------TTATCCACGCTTTGAA--ATAC-------A-----------T--------AATTTCAATCT-------------------C----------C---------AAATCCATT-----TC----T-GAAATGCGTCAC
gi|5 : CGAGGGTTGTTCGATATAT-------A-ATGTGC-ACTGTACGATATTTCA-AAAGCATTC-GACTCAGA--TAGTGAAATGAAT-ATTAC-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCCGCGGTTTGAA--ATAC-------A-----------T--------G---------T-------------------G----------T---------A----CATC-----T-----T-GAAATGCGTCACg
gi|6 : GTTCGATATGT-------A-ATGCAC-ACT-------ATCTCA-AAAGCATTC-GAATCAAA--TAGTTAAATGAAC-ATTAC----T----CCGCTTCA---------AAA--TA---------TTCTCCGTGGATTGAAGCATATAATTTTAA-----------T--------C---------T-------------------C----------T---------G----AATC-----TACTTCT-GAAATGCGTCACa
gi|7 : TGTTCGATATGT-------A-A-ATG-------ACACTATCTCA-AAAGCATTC-GAATCAAA--TAGTTAAATGAAC-ATTAC----T----CCGCTTCA---------AAA--T----------TTCTCCGTGA-TTGAAGCATAT-------AATTTTAATCTCT--------GA--------T-------------------C----------T---------A----CTTC-----------T-GAAATGCGTAACg
gi|8 : GAGAGTTGTTTCATGTGT-------A-ATGTGT-ATTGTATCATACC---------ATTG-GGCTCAAA--TAGTAAAATGAAC-ATTAC-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTTCGCGGTTTGTA--ATCT-------C-----------T--------G---------A-------------------A----------T---------C----CATT-----TG----T-GAAATGCGTCAC
gi|9 : tCGAGGGCTGTTTG----------------TGTGCTATTGTACGATATCTCA-AAAGCATTC-GATTCAAA--AAGTAAAATGAAC-TTTAC-T--T----CT-CTTCA---------AAG--TT---------TTCTCCTCGGTTTGAA--ATAC-------A-----------T--------A--------------------------------------------------------ATT-----TC----T-GAAATG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
lowQualScore : 9999999 2 55 1 1 55 1 2222 3333 3 666666666 22 666666666 22 333 6666666 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2
lowQualScore : ....... . .. . . .. . .... .... . ......... .. ......... .. ... ....... .......................................................................... .
lowQualScore : 3333333 9 11 8 7 66 7 7777 5555 2 444444444 33 777777777 66 333 5555555 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4
consensus : CGAGGGCTGTTCGATATGT-------A-ATGTGC-ATTGTACGATATCTCA-AAAGCATTC-GACTCAAA--TAGTGAAATGAAC-ATTAC-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCCGCGGTTTGAA--ATAC---A-------T--------G---------T-------------------C----------TCC-A-------TC-----T-----T-GAAATGCGTCAC
Reference ( family-4420 ) : CGAGGGCTGTTCGATATGT-------A-ATGTGC-ATTGTACGATATCTCA-AAAGCATTC-GACTCAAA--TAGTGAAATGAAC-ATTAC-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCCGCGGTTTGAA--ATAC---A-------T--------G---------T-------------------C----------TNC-A-------TC-----T-----T-GAAATGCGTCAC
gi|1 : ACATGT-------A-ATGTGT-ATTGTACGATATCTCA-AAAACATTC-GACTCAAAA-TAGTGAAATGAAC-ATTAT-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTATCCGTGGTTTGAA--ATGT---A-------T--------A---------TAA-----------------T----------TCCAA-------TC-----TC----T-GAA
gi|10 : gggtgttgacatgtTATTCGATATGT-------A-ATGT--------------CTTCA-AAAGCATTCTAACCCAAAA-TAGTGAAATGAAC-GTTAC-A--G----CC-CTTAA---------AAG--TA---------TTCTCAGCAGTTTGAA--ATAC---A-------TA-------G---------A-------------------T----------TCC-A-------TT-----T-----C-GAAATGCGTCAtctatttctgaaatctatgtgacgg
gi|11 : taaCGAGGGCTGTTCGATATGTTCATTGTA-AT-TGT-ATTATACGATATCTCA-AAAGCATTC-GACTCAAAAAGAGTGAAATGTAA-ATTAC-A--T----CC-CATCA---------AAG--TA---------TTTTTCGCGGTTTGA
gi|12 : TGC-ATTGTACGACATCTAA-AAAAAGTTC-AAGTCAGA--TAGTGAAATGAAC-ATTGC-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCCGCGGTTTGAA--ATAC---A-------T--------G---------A-------------------T----------TTA-A-------TC-----------T-GAAATGCGT
gi|13 : TCA-AAAGCATTC-GACTCAAA--CAGTGAA-TGAAC-ATTAC-A--T----CC-CTTCATCATGTTCAAAG--TACATTATGTATTCTCCGGGGTTTGAA-----------------------------------------------------------------------A-------TC-----C-----T-AAAATGTGTCACaatg
gi|14 : CTCA-AAAGCAATC-GACTCAGA--TAGTGAAATGAAT-ATTAC--------------------------------A---------TTCTTCACAGTTTGAA--ATCC---A-------T--------GATTTCAATCT-------------------C----------TTC-A-------TCCATTTC-----T-GAAATGCATCgg
gi|15 : AGCATTT-GACTCAAA--T---------------TAC-A--G----CT-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCTGCTGTTTGAA--ATAC---A-------TA-------A---------TTTCAATCTCTAA-------C----------TCC-A-------TT-----TC----T-GAAATGCGTCGC
gi|16 : AGGCCTCTTCGATATGT-------G-ATGTGC-ACTGTACGATATCTCA-AAATCATTC-GACTCGAA--TAGTAAAATGAAC-ATTAC-A--C----CC-TTTCA---------AAA--TA---------TTATCgg
gi|17 : TATCTCA-AAAGCGTTC-G-CCAAAA--TAGTGAAATGAAC-ATTAC-A--C----CC-CTTCA---------AAGTATA---------TTCTTTGCGGTTTGAA--ATAC---A-------T--------
gi|18 : TCTCA-AACACATTC-GACTCAA---TAGTGAAATGAAC-ATTAT-A--T----CC-TTTCA---------AAG--TA---------TTCTCCACGGCTTGAA--ATAC---aatttcgattct
gi|19 : CTCA-AAAGCATTC-GACTCAAA--TAGTGAAATGAAC-TGTAT-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTATTTGTGGTTTT-A--ATCC---A-------T--------T---------T-------------------C----------Tcgaatttaaatctga
gi|2 : GGCTGTTCGAAATGT-------A-ATGTGT-ATTGTACAATATCTTA-CATGCATTC-GACTCAAT--TAGTGAAATGAAC-ATTATAA--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCCGCGGTTTGAA--ATAC---A-------T--------G---------TACATAATTTCAATCTCTGAC----------TCC-A-------TT-----TC----T-GAAATGCGTCAgaaaatg
gi|20 : CTCA-AAAGCATTC-GACTCAAA--TAGTGAAATGAAC-TGTAT-A--T----CC-CTTC----------AAG--TA---------TTATT--TGGTTTTTA--ATCC---A-------T--------T---------T-------------------C----------Ttg
gi|21 : GGCTGTTTGATATGT-------A-ATGCGT-AGTGTACGATATCTCA-AAAACATTA-GACTC-GA--TAGTGAAAGGAAC-ATTAC-gaaaatg
gi|22 : aGAGGGCTGTTTGATATAT-------ACATGTAT-ATTGTACAATATCTCA-AAAGCATTA-GACTCAAA--TAGTGAAATGAA
gi|23 : -CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCCGCGGTTAGAA--ATACGTAA-------T--------T---------T-------------------CAATCTCAGAATCC-A-------TT-----T-----CAGAAATGCGTCAa
gi|24 : tAC-ATTAC-G--TACTTCC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTTCGCGGTTTGAA--AT-C-----------T--------G---------A-------------------A----------TCC-A-------TC-----TC----T-GAAATGTGTCACtg
gi|25 : c-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCTGCGGTTTGAA--TTAC---A-------TA-------A---------T-------------------T----------TCA-A-------TC-----T-----C-TAAATGCGTCg
gi|26 : aTATCTCA-AAGACATTC-GACTCGAT--TAGTGAAATGAAC-ATTAC-A--T----CC-CTTCA---------AA
gi|27 : AAA--TAGTAAACTGAAC-ATTAC-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTTC
gi|3 : TCAATATGT-------A-ATGTGT-ATTGTACAATATCTTATAAAACATCA-GATTCAAA--TAGAGAAATGAACAATTAC-AATT----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCACAG----TTGCA--ATAC---A-------TTGATTTCAG---------T-------------------CTCTGAAT---TCC-ACT-----TT-----C-----T-GAAATGCGTCAC
gi|4 : gttgCTCTTCGATATGT-------A-ATGTGC-ATTGTACGATATCTCA-AAAGTATTC-GACTCGAA--TTGTAAAATAAAT-ATTAC-A--C----CC-TTTCA---------AAA--TA---------TTATCCACGCTTTGAA--ATAC---A-------TAATTTCA-A---------T-------------------C----------TCC-AAATCCATTT-----C-----T-GAAATGCGTCAC
gi|5 : CGAGGGTTGTTCGATATAT-------A-ATGTGC-ACTGTACGATATTTCA-AAAGCATTC-GACTCAGA--TAGTGAAATGAAT-ATTAC-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCCGCGGTTTGAA--ATAC---A-------T--------G---------T-------------------G----------TAC-A-------TC-----T-----T-GAAATGCGTCACg
gi|6 : GTTCGATATGT-------A-ATGCAC-ACT-------ATCTCA-AAAGCATTC-GAATCAAA--TAGTTAAATGAAC-ATTAC----T----CCGCTTCA---------AAA--TA---------TTCTCCGTGGATTGAAGCATAT---AATTTTAAT--------C---------T-------------------C----------TGA-A-------TC-----TACTTCT-GAAATGCGTCACa
gi|7 : TGTTCGATATGT-------A-A-ATG-------ACACTATCTCA-AAAGCATTC-GAATCAAA--TAGTTAAATGAAC-ATTAC----T----CCGCTTCA---------AAA--T----------TTCTCCGTGATT-GAA--GCAT---A-------T--------AATTTTAA--T-------------------C----------TCTGA-------TC-----TACTTCT-GAAATGCGTAACg
gi|8 : GAGAGTTGTTTCATGTGT-------A-ATGTGT-ATTGTATCATACC---------ATTG-GGCTCAAA--TAGTAAAATGAAC-ATTAC-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTTCGCGGTTTGTA--ATCT---C-------T--------G---------A-------------------A----------TCC-A-------TT-----TG----T-GAAATGCGTCAC
gi|9 : tCGAGGGCTGTTTG----------------TGTGCTATTGTACGATATCTCA-AAAGCATTC-GATTCAAA--AAGTAAAATGAAC-TTTAC-T--T----CT-CTTCA---------AAG--TT---------TTCTCCTCGGTTTGAA--ATAC---A-------T--------A---------A-------------------T----------TTC----------------------T-GAAATG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
lowQualScore : 9999999 2 55 1 1 55 1 2222 3333 3 666666666 22 666666666 333 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2
lowQualScore : ....... . .. . . .. . .... .... . ......... .. ......... ... ........................................................................... .
lowQualScore : 3333333 9 11 8 7 66 7 7777 5555 2 444444444 33 777777777 333 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4
consensus : CGAGGGCTGTTCGATATGT-------A-ATGTGC-ATTGTACGATATCTCA-AAAGCATTC-GACTCAAA--TAGTGAAATGAAC-ATTAC-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCCGCGGTTTGAAATAC---AT--------G---------T-------------------C----------TCC--A-------TC-----T-----T-GAAATGCGTCAC
Reference ( family-4420 ) : CGAGGGCTGTTCGATATGT-------A-ATGTGC-ATTGTACGATATCTCA-AAAGCATTC-GACTCAAA--TAGTGAAATGAAC-ATTAC-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCCGCGGTTTGAAATAC---AT--------G---------T-------------------C----------TCC--A-------TC-----T-----T-GAAATGCGTCAC
gi|1 : ACATGT-------A-ATGTGT-ATTGTACGATATCTCA-AAAACATTC-GACTCAAAA-TAGTGAAATGAAC-ATTAT-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTATCCGTGGTTTGAAATGT---AT--------A---------TAA-----------------T----------TCCA-A-------TC-----TC----T-GAA
gi|10 : gggtgttgacatgtTATTCGATATGT-------A-ATGT--------------CTTCA-AAAGCATTCTAACCCAAAA-TAGTGAAATGAAC-GTTAC-A--G----CC-CTTAA---------AAG--TA---------TTCTCAGCAGTTTGAAATAC---ATA-------G---------A-------------------T----------TCC--A-------TT-----T-----C-GAAATGCGTCAtctatttctgaaatctatgtgacgg
gi|11 : taaCGAGGGCTGTTCGATATGTTCATTGTA-AT-TGT-ATTATACGATATCTCA-AAAGCATTC-GACTCAAAAAGAGTGAAATGTAA-ATTAC-A--T----CC-CATCA---------AAG--TA---------TTTTTCGCGGTTTGA
gi|12 : TGC-ATTGTACGACATCTAA-AAAAAGTTC-AAGTCAGA--TAGTGAAATGAAC-ATTGC-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCCGCGGTTTGAAATAC---AT--------G---------A-------------------T----------TTA--A-------TC-----------T-GAAATGCGT
gi|13 : TCA-AAAGCATTC-GACTCAAA--CAGTGAA-TGAAC-ATTAC-A--T----CC-CTTCATCATGTTCAAAG--TACATTATGTATTCTCCGGGGTTTGAA---------------------------------------------------------------A-------TC-----C-----T-AAAATGTGTCACaatg
gi|14 : CTCA-AAAGCAATC-GACTCAGA--TAGTGAAATGAAT-ATTAC--------------------------------A---------TTCTTCACAGTTTGAAATCC---AT--------GATTTCAATCT-------------------C----------TTC--A-------TCCATTTC-----T-GAAATGCATCgg
gi|15 : AGCATTT-GACTCAAA--T---------------TAC-A--G----CT-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCTGCTGTTTGAAATAC---ATA-------A---------TTTCAATCTCTAA-------C----------TCC--A-------TT-----TC----T-GAAATGCGTCGC
gi|16 : AGGCCTCTTCGATATGT-------G-ATGTGC-ACTGTACGATATCTCA-AAATCATTC-GACTCGAA--TAGTAAAATGAAC-ATTAC-A--C----CC-TTTCA---------AAA--TA---------TTATCgg
gi|17 : TATCTCA-AAAGCGTTC-G-CCAAAA--TAGTGAAATGAAC-ATTAC-A--C----CC-CTTCA---------AAGTATA---------TTCTTTGCGGTTTGAAATAC---AT--------
gi|18 : TCTCA-AACACATTC-GACTCAA---TAGTGAAATGAAC-ATTAT-A--T----CC-TTTCA---------AAG--TA---------TTCTCCACGGCTTGAAATAC---aatttcgattct
gi|19 : CTCA-AAAGCATTC-GACTCAAA--TAGTGAAATGAAC-TGTAT-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTATTTGTGGTTTT-AATCC---AT--------T---------T-------------------C----------Tcgaatttaaatctga
gi|2 : GGCTGTTCGAAATGT-------A-ATGTGT-ATTGTACAATATCTTA-CATGCATTC-GACTCAAT--TAGTGAAATGAAC-ATTATAA--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCCGCGGTTTGAAATAC---AT--------G---------TACATAATTTCAATCTCTGAC----------TCC--A-------TT-----TC----T-GAAATGCGTCAgaaaatg
gi|20 : CTCA-AAAGCATTC-GACTCAAA--TAGTGAAATGAAC-TGTAT-A--T----CC-CTTC----------AAG--TA---------TTATT--TGGTTTTTAATCC---AT--------T---------T-------------------C----------Ttg
gi|21 : GGCTGTTTGATATGT-------A-ATGCGT-AGTGTACGATATCTCA-AAAACATTA-GACTC-GA--TAGTGAAAGGAAC-ATTAC-gaaaatg
gi|22 : aGAGGGCTGTTTGATATAT-------ACATGTAT-ATTGTACAATATCTCA-AAAGCATTA-GACTCAAA--TAGTGAAATGAA
gi|23 : -CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCCGCGGTTAGAAATACGTAAT--------T---------T-------------------CAATCTCAGAATCC--A-------TT-----T-----CAGAAATGCGTCAa
gi|24 : tAC-ATTAC-G--TACTTCC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTTCGCGGTTTGAAAT-C----T--------G---------A-------------------A----------TCC--A-------TC-----TC----T-GAAATGTGTCACtg
gi|25 : c-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCTGCGGTTTGAATTAC---ATA-------A---------T-------------------T----------TCA--A-------TC-----T-----C-TAAATGCGTCg
gi|26 : aTATCTCA-AAGACATTC-GACTCGAT--TAGTGAAATGAAC-ATTAC-A--T----CC-CTTCA---------AA
gi|27 : AAA--TAGTAAACTGAAC-ATTAC-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTTC
gi|3 : TCAATATGT-------A-ATGTGT-ATTGTACAATATCTTATAAAACATCA-GATTCAAA--TAGAGAAATGAACAATTAC-AATT----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCACAG----TTGCAATAC---ATTGATTTCAG---------T-------------------CTCTGAAT---TCC--ACT-----TT-----C-----T-GAAATGCGTCAC
gi|4 : gttgCTCTTCGATATGT-------A-ATGTGC-ATTGTACGATATCTCA-AAAGTATTC-GACTCGAA--TTGTAAAATAAAT-ATTAC-A--C----CC-TTTCA---------AAA--TA---------TTATCCACGCTTTGAAATAC---ATAATTTCA-A---------T-------------------C----------TCC--AAATCCATTT-----C-----T-GAAATGCGTCAC
gi|5 : CGAGGGTTGTTCGATATAT-------A-ATGTGC-ACTGTACGATATTTCA-AAAGCATTC-GACTCAGA--TAGTGAAATGAAT-ATTAC-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCCGCGGTTTGAAATAC---AT--------G---------T-------------------G----------TAC--A-------TC-----T-----T-GAAATGCGTCACg
gi|6 : GTTCGATATGT-------A-ATGCAC-ACT-------ATCTCA-AAAGCATTC-GAATCAAA--TAGTTAAATGAAC-ATTAC----T----CCGCTTCA---------AAA--TA---------TTCTCCGTGGATTGAAGCAT---ATAATTTTA-A---------T-------------------C----------TCTGAA-------TC-----TACTTCT-GAAATGCGTCACa
gi|7 : TGTTCGATATGT-------A-A-ATG-------ACACTATCTCA-AAAGCATTC-GAATCAAA--TAGTTAAATGAAC-ATTAC----T----CCGCTTCA---------AAA--T----------TTCTCCGTGA-TTGAAGCAT---ATAATTTTA-A---------T-------------------C----------TCTG-A-------TC-----TACTTCT-GAAATGCGTAACg
gi|8 : GAGAGTTGTTTCATGTGT-------A-ATGTGT-ATTGTATCATACC---------ATTG-GGCTCAAA--TAGTAAAATGAAC-ATTAC-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTTCGCGGTTTGTAATCT---CT--------G---------A-------------------A----------TCC--A-------TT-----TG----T-GAAATGCGTCAC
gi|9 : tCGAGGGCTGTTTG----------------TGTGCTATTGTACGATATCTCA-AAAGCATTC-GATTCAAA--AAGTAAAATGAAC-TTTAC-T--T----CT-CTTCA---------AAG--TT---------TTCTCCTCGGTTTGAAATAC---ATA-------A---------T-------------------T----------TC------------------------T-GAAATG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
lowQualScore : 9999999 2 55 1 1 55 1 2222 3333 3 666666666 22 666666666 333 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2
lowQualScore : ....... . .. . . .. . .... .... . ......... .. ......... ... ........................................................................... .
lowQualScore : 3333333 9 11 8 7 66 7 7777 5555 2 444444444 33 777777777 333 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4
consensus : CGAGGGCTGTTCGATATGT-------A-ATGTGC-ATTGTACGATATCTCA-AAAGCATTC-GACTCAAA--TAGTGAAATGAAC-ATTAC-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCCGCGGTTTGAAATAC---AT--------G---------T-------------------C----------TCC--A-------TC-----T-----T-GAAATGCGTCAC
Reference ( family-4420 ) : CGAGGGCTGTTCGATATGT-------A-ATGTGC-ATTGTACGATATCTCA-AAAGCATTC-GACTCAAA--TAGTGAAATGAAC-ATTAC-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCCGCGGTTTGAAATAC---AT--------G---------T-------------------C----------TCC--A-------TC-----T-----T-GAAATGCGTCAC
gi|1 : ACATGT-------A-ATGTGT-ATTGTACGATATCTCA-AAAACATTC-GACTCAAAA-TAGTGAAATGAAC-ATTAT-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTATCCGTGGTTTGAAATGT---AT--------A---------TAA-----------------T----------TCCA-A-------TC-----TC----T-GAA
gi|10 : gggtgttgacatgtTATTCGATATGT-------A-ATGT--------------CTTCA-AAAGCATTCTAACCCAAAA-TAGTGAAATGAAC-GTTAC-A--G----CC-CTTAA---------AAG--TA---------TTCTCAGCAGTTTGAAATAC---ATA-------G---------A-------------------T----------TCC--A-------TT-----T-----C-GAAATGCGTCAtctatttctgaaatctatgtgacgg
gi|11 : taaCGAGGGCTGTTCGATATGTTCATTGTA-AT-TGT-ATTATACGATATCTCA-AAAGCATTC-GACTCAAAAAGAGTGAAATGTAA-ATTAC-A--T----CC-CATCA---------AAG--TA---------TTTTTCGCGGTTTGA
gi|12 : TGC-ATTGTACGACATCTAA-AAAAAGTTC-AAGTCAGA--TAGTGAAATGAAC-ATTGC-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCCGCGGTTTGAAATAC---AT--------G---------A-------------------T----------TTA--A-------TC-----------T-GAAATGCGT
gi|13 : TCA-AAAGCATTC-GACTCAAA--CAGTGAA-TGAAC-ATTAC-A--T----CC-CTTCATCATGTTCAAAG--TACATTATGTATTCTCCGGGGTTTGAA---------------------------------------------------------------A-------TC-----C-----T-AAAATGTGTCACaatg
gi|14 : CTCA-AAAGCAATC-GACTCAGA--TAGTGAAATGAAT-ATTAC--------------------------------A---------TTCTTCACAGTTTGAAATCC---AT--------GATTTCAATCT-------------------C----------TTC--A-------TCCATTTC-----T-GAAATGCATCgg
gi|15 : AGCATTT-GACTCAAA--T---------------TAC-A--G----CT-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCTGCTGTTTGAAATAC---ATA-------A---------TTTCAATCTCTAA-------C----------TCC--A-------TT-----TC----T-GAAATGCGTCGC
gi|16 : AGGCCTCTTCGATATGT-------G-ATGTGC-ACTGTACGATATCTCA-AAATCATTC-GACTCGAA--TAGTAAAATGAAC-ATTAC-A--C----CC-TTTCA---------AAA--TA---------TTATCgg
gi|17 : TATCTCA-AAAGCGTTC-G-CCAAAA--TAGTGAAATGAAC-ATTAC-A--C----CC-CTTCA---------AAGTATA---------TTCTTTGCGGTTTGAAATAC---AT--------
gi|18 : TCTCA-AACACATTC-GACTCAA---TAGTGAAATGAAC-ATTAT-A--T----CC-TTTCA---------AAG--TA---------TTCTCCACGGCTTGAAATAC---aatttcgattct
gi|19 : CTCA-AAAGCATTC-GACTCAAA--TAGTGAAATGAAC-TGTAT-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTATTTGTGGTTTT-AATCC---AT--------T---------T-------------------C----------Tcgaatttaaatctga
gi|2 : GGCTGTTCGAAATGT-------A-ATGTGT-ATTGTACAATATCTTA-CATGCATTC-GACTCAAT--TAGTGAAATGAAC-ATTATAA--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCCGCGGTTTGAAATAC---AT--------G---------TACATAATTTCAATCTCTGAC----------TCC--A-------TT-----TC----T-GAAATGCGTCAgaaaatg
gi|20 : CTCA-AAAGCATTC-GACTCAAA--TAGTGAAATGAAC-TGTAT-A--T----CC-CTTC----------AAG--TA---------TTATT--TGGTTTTTAATCC---AT--------T---------T-------------------C----------Ttg
gi|21 : GGCTGTTTGATATGT-------A-ATGCGT-AGTGTACGATATCTCA-AAAACATTA-GACTC-GA--TAGTGAAAGGAAC-ATTAC-gaaaatg
gi|22 : aGAGGGCTGTTTGATATAT-------ACATGTAT-ATTGTACAATATCTCA-AAAGCATTA-GACTCAAA--TAGTGAAATGAA
gi|23 : -CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCCGCGGTTAGAAATACGTAAT--------T---------T-------------------CAATCTCAGAATCC--A-------TT-----T-----CAGAAATGCGTCAa
gi|24 : tAC-ATTAC-G--TACTTCC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTTCGCGGTTTGAAAT-C----T--------G---------A-------------------A----------TCC--A-------TC-----TC----T-GAAATGTGTCACtg
gi|25 : c-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCTGCGGTTTGAATTAC---ATA-------A---------T-------------------T----------TCA--A-------TC-----T-----C-TAAATGCGTCg
gi|26 : aTATCTCA-AAGACATTC-GACTCGAT--TAGTGAAATGAAC-ATTAC-A--T----CC-CTTCA---------AA
gi|27 : AAA--TAGTAAACTGAAC-ATTAC-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTTC
gi|3 : TCAATATGT-------A-ATGTGT-ATTGTACAATATCTTATAAAACATCA-GATTCAAA--TAGAGAAATGAACAATTAC-AATT----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCACAG----TTGCAATAC---ATTGATTTCAG---------T-------------------CTCTGAAT---TCC--ACT-----TT-----C-----T-GAAATGCGTCAC
gi|4 : gttgCTCTTCGATATGT-------A-ATGTGC-ATTGTACGATATCTCA-AAAGTATTC-GACTCGAA--TTGTAAAATAAAT-ATTAC-A--C----CC-TTTCA---------AAA--TA---------TTATCCACGCTTTGAAATAC---ATAATTTCA-A---------T-------------------C----------TCC--AAATCCATTT-----C-----T-GAAATGCGTCAC
gi|5 : CGAGGGTTGTTCGATATAT-------A-ATGTGC-ACTGTACGATATTTCA-AAAGCATTC-GACTCAGA--TAGTGAAATGAAT-ATTAC-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCCGCGGTTTGAAATAC---AT--------G---------T-------------------G----------TAC--A-------TC-----T-----T-GAAATGCGTCACg
gi|6 : GTTCGATATGT-------A-ATGCAC-ACT-------ATCTCA-AAAGCATTC-GAATCAAA--TAGTTAAATGAAC-ATTAC----T----CCGCTTCA---------AAA--TA---------TTCTCCGTGGATTGAAGCAT---ATAATTTTA-A---------T-------------------C----------TCTGAA-------TC-----TACTTCT-GAAATGCGTCACa
gi|7 : TGTTCGATATGT-------A-A-ATG-------ACACTATCTCA-AAAGCATTC-GAATCAAA--TAGTTAAATGAAC-ATTAC----T----CCGCTTCA---------AAA--T----------TTCTCCGTGA-TTGAAGCAT---ATAATTTTA-A---------T-------------------C----------TCTG-A-------TC-----TACTTCT-GAAATGCGTAACg
gi|8 : GAGAGTTGTTTCATGTGT-------A-ATGTGT-ATTGTATCATACC---------ATTG-GGCTCAAA--TAGTAAAATGAAC-ATTAC-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTTCGCGGTTTGTAATCT---CT--------G---------A-------------------A----------TCC--A-------TT-----TG----T-GAAATGCGTCAC
gi|9 : tCGAGGGCTGTTTG----------------TGTGCTATTGTACGATATCTCA-AAAGCATTC-GATTCAAA--AAGTAAAATGAAC-TTTAC-T--T----CT-CTTCA---------AAG--TT---------TTCTCCTCGGTTTGAAATAC---ATA-------A---------T-------------------T----------TC------------------------T-GAAATG
blockSeqs : TCATTGT C CT T T AA A AAT ACTT G TCATGTTCA TA CATTATGTA GTA GTACATAATTTCAATCTCTGACTCCATTTC A
blockSeqs : . . T . . A . AA . G . . . . TGATTTCAGTCTCTGAATTCCACTTTC .
blockSeqs : . . C . . . . A . . . . . . GATTTCAATCTCTTCATCCATTTC .
blockSeqs : . . C . . . . A . . . . . . AATTTCAATCTCTAACTCCATTTC .
blockSeqs : . . T . . . . A . . . . . . AATTTCAATCTCCAAATCCATTTC .
blockSeqs : . . T . . . . A . . . . . . AATTTTAATCTCTGAATCTACTTC .
blockSeqs : . . T . . . . A . . . . . . AATTTTAATCTCTGATCTACTTC .
blockSeqs : . . T . . . . A . . . . . . TTCAATCTCAGAATCCATTT .
blockSeqs : . . C . . . . A . . . . . . AGATTCCATTT .
blockSeqs : . . C . . . . A . . . . . . GAATCCATCTC .
blockSeqs : . . C . . . . A . . . . . . AATTTCAATCT .
blockSeqs : . . T . . . . A . . . . . . GAATCCATTTG .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . GTGTACATCT .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . GATTTAATC .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . AATTTC .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . ATCC .
blockSeqs : . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : **
originalCons : CGAGGGCTGTTCGATATGT-------A-ATGTGC-ATTGTACGATATCTCA-AAAGCATTC-GACTCAAA--TAGTGAAATGAAC-ATTAC-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCCGCGGTTTGAAATAC---AT--------G---------T-------------------C----------TCC--A-------TC-----T-----T-GAAATGCGTCAC
finalCons : CGAGGGCTGTTCGATATGT-------A-ATGTGC-ATTGTACGATATCTCA-AAAGCATTC-GACTCAAA--TAGTGAAATGAAC-ATTAC-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCCGCGGTTTGAAATAC---AT--------G---------T-------------------C----------TCC--A-------TC-----T-----T-GAAATGCGTCAC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
lowQualScore : 9999999 2 55 1 1 55 1 2222 3333 3 666666666 22 666666666 333 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2
lowQualScore : ....... . .. . . .. . .... .... . ......... .. ......... ... ........................................................................... .
lowQualScore : 3333333 9 11 8 7 66 7 7777 5555 2 444444444 33 777777777 333 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4
consensus : CGAGGGCTGTTCGATATGT-------A-ATGTGC-ATTGTACGATATCTCA-AAAGCATTC-GACTCAAA--TAGTGAAATGAAC-ATTAC-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCCGCGGTTTGAAATAC---AT--------G---------T-------------------C----------TCC--A-------TC-----T-----T-GAAATGCGTCAC
Reference ( family-4420 ) : CGAGGGCTGTTCGATATGT-------A-ATGTGC-ATTGTACGATATCTCA-AAAGCATTC-GACTCAAA--TAGTGAAATGAAC-ATTAC-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCCGCGGTTTGAAATAC---AT--------G---------T-------------------C----------TCC--A-------TC-----T-----T-GAAATGCGTCAC
gi|1 : ACATGT-------A-ATGTGT-ATTGTACGATATCTCA-AAAACATTC-GACTCAAAA-TAGTGAAATGAAC-ATTAT-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTATCCGTGGTTTGAAATGT---AT--------A---------TAA-----------------T----------TCCA-A-------TC-----TC----T-GAA
gi|10 : gggtgttgacatgtTATTCGATATGT-------A-ATGT--------------CTTCA-AAAGCATTCTAACCCAAAA-TAGTGAAATGAAC-GTTAC-A--G----CC-CTTAA---------AAG--TA---------TTCTCAGCAGTTTGAAATAC---ATA-------G---------A-------------------T----------TCC--A-------TT-----T-----C-GAAATGCGTCAtctatttctgaaatctatgtgacgg
gi|11 : taaCGAGGGCTGTTCGATATGTTCATTGTA-AT-TGT-ATTATACGATATCTCA-AAAGCATTC-GACTCAAAAAGAGTGAAATGTAA-ATTAC-A--T----CC-CATCA---------AAG--TA---------TTTTTCGCGGTTTGA
gi|12 : TGC-ATTGTACGACATCTAA-AAAAAGTTC-AAGTCAGA--TAGTGAAATGAAC-ATTGC-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCCGCGGTTTGAAATAC---AT--------G---------A-------------------T----------TTA--A-------TC-----------T-GAAATGCGT
gi|13 : TCA-AAAGCATTC-GACTCAAA--CAGTGAA-TGAAC-ATTAC-A--T----CC-CTTCATCATGTTCAAAG--TACATTATGTATTCTCCGGGGTTTGAA---------------------------------------------------------------A-------TC-----C-----T-AAAATGTGTCACaatg
gi|14 : CTCA-AAAGCAATC-GACTCAGA--TAGTGAAATGAAT-ATTAC--------------------------------A---------TTCTTCACAGTTTGAAATCC---AT--------GATTTCAATCT-------------------C----------TTC--A-------TCCATTTC-----T-GAAATGCATCgg
gi|15 : AGCATTT-GACTCAAA--T---------------TAC-A--G----CT-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCTGCTGTTTGAAATAC---ATA-------A---------TTTCAATCTCTAA-------C----------TCC--A-------TT-----TC----T-GAAATGCGTCGC
gi|16 : AGGCCTCTTCGATATGT-------G-ATGTGC-ACTGTACGATATCTCA-AAATCATTC-GACTCGAA--TAGTAAAATGAAC-ATTAC-A--C----CC-TTTCA---------AAA--TA---------TTATCgg
gi|17 : TATCTCA-AAAGCGTTC-G-CCAAAA--TAGTGAAATGAAC-ATTAC-A--C----CC-CTTCA---------AAGTATA---------TTCTTTGCGGTTTGAAATAC---AT--------
gi|18 : TCTCA-AACACATTC-GACTCAA---TAGTGAAATGAAC-ATTAT-A--T----CC-TTTCA---------AAG--TA---------TTCTCCACGGCTTGAAATAC---aatttcgattct
gi|19 : CTCA-AAAGCATTC-GACTCAAA--TAGTGAAATGAAC-TGTAT-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTATTTGTGGTTTT-AATCC---AT--------T---------T-------------------C----------Tcgaatttaaatctga
gi|2 : GGCTGTTCGAAATGT-------A-ATGTGT-ATTGTACAATATCTTA-CATGCATTC-GACTCAAT--TAGTGAAATGAAC-ATTATAA--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCCGCGGTTTGAAATAC---AT--------G---------TACATAATTTCAATCTCTGAC----------TCC--A-------TT-----TC----T-GAAATGCGTCAgaaaatg
gi|20 : CTCA-AAAGCATTC-GACTCAAA--TAGTGAAATGAAC-TGTAT-A--T----CC-CTTC----------AAG--TA---------TTATT--TGGTTTTTAATCC---AT--------T---------T-------------------C----------Ttg
gi|21 : GGCTGTTTGATATGT-------A-ATGCGT-AGTGTACGATATCTCA-AAAACATTA-GACTC-GA--TAGTGAAAGGAAC-ATTAC-gaaaatg
gi|22 : aGAGGGCTGTTTGATATAT-------ACATGTAT-ATTGTACAATATCTCA-AAAGCATTA-GACTCAAA--TAGTGAAATGAA
gi|23 : -CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCCGCGGTTAGAAATACGTAAT--------T---------T-------------------CAATCTCAGAATCC--A-------TT-----T-----CAGAAATGCGTCAa
gi|24 : tAC-ATTAC-G--TACTTCC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTTCGCGGTTTGAAAT-C----T--------G---------A-------------------A----------TCC--A-------TC-----TC----T-GAAATGTGTCACtg
gi|25 : c-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCTGCGGTTTGAATTAC---ATA-------A---------T-------------------T----------TCA--A-------TC-----T-----C-TAAATGCGTCg
gi|26 : aTATCTCA-AAGACATTC-GACTCGAT--TAGTGAAATGAAC-ATTAC-A--T----CC-CTTCA---------AA
gi|27 : AAA--TAGTAAACTGAAC-ATTAC-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTTC
gi|3 : TCAATATGT-------A-ATGTGT-ATTGTACAATATCTTATAAAACATCA-GATTCAAA--TAGAGAAATGAACAATTAC-AATT----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCACAG----TTGCAATAC---ATTGATTTCAG---------T-------------------CTCTGAAT---TCC--ACT-----TT-----C-----T-GAAATGCGTCAC
gi|4 : gttgCTCTTCGATATGT-------A-ATGTGC-ATTGTACGATATCTCA-AAAGTATTC-GACTCGAA--TTGTAAAATAAAT-ATTAC-A--C----CC-TTTCA---------AAA--TA---------TTATCCACGCTTTGAAATAC---ATAATTTCA-A---------T-------------------C----------TCC--AAATCCATTT-----C-----T-GAAATGCGTCAC
gi|5 : CGAGGGTTGTTCGATATAT-------A-ATGTGC-ACTGTACGATATTTCA-AAAGCATTC-GACTCAGA--TAGTGAAATGAAT-ATTAC-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTCCGCGGTTTGAAATAC---AT--------G---------T-------------------G----------TAC--A-------TC-----T-----T-GAAATGCGTCACg
gi|6 : GTTCGATATGT-------A-ATGCAC-ACT-------ATCTCA-AAAGCATTC-GAATCAAA--TAGTTAAATGAAC-ATTAC----T----CCGCTTCA---------AAA--TA---------TTCTCCGTGGATTGAAGCAT---ATAATTTTA-A---------T-------------------C----------TCTGAA-------TC-----TACTTCT-GAAATGCGTCACa
gi|7 : TGTTCGATATGT-------A-A-ATG-------ACACTATCTCA-AAAGCATTC-GAATCAAA--TAGTTAAATGAAC-ATTAC----T----CCGCTTCA---------AAA--T----------TTCTCCGTGA-TTGAAGCAT---ATAATTTTA-A---------T-------------------C----------TCTG-A-------TC-----TACTTCT-GAAATGCGTAACg
gi|8 : GAGAGTTGTTTCATGTGT-------A-ATGTGT-ATTGTATCATACC---------ATTG-GGCTCAAA--TAGTAAAATGAAC-ATTAC-A--T----CC-CTTCA---------AAG--TA---------TTCTTCGCGGTTTGTAATCT---CT--------G---------A-------------------A----------TCC--A-------TT-----TG----T-GAAATGCGTCAC
gi|9 : tCGAGGGCTGTTTG----------------TGTGCTATTGTACGATATCTCA-AAAGCATTC-GATTCAAA--AAGTAAAATGAAC-TTTAC-T--T----CT-CTTCA---------AAG--TT---------TTCTCCTCGGTTTGAAATAC---ATA-------A---------T-------------------T----------TC------------------------T-GAAATG