lowQualScore : 11111111111111111
lowQualScore : 5 444444 4444 1 2222 1 11 1 22222222222222222 66666666 333333 1 1 1 1 1
lowQualScore : . ...... .... . .... . .. . ................. ........ ...... . . . . .
lowQualScore : 4 888888 8888 4 9999 4 99 4 88888888888888888 77777777 777777 3 3 3 4 4
consensus : TGGACCA------AAA----AAA-GAA----C-AC--A-GC--------T--------ATA--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-AATCT-GTAATG-ATTCAT
Reference ( gi|16 ) : TGGACCA------AAA----AAA-GAA----C-AC--A-GC--------T--------ATA--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-AATCT-GTAATG-ATTCAT
gi|12 : TGGACAA------AAA----AAA-GAA----C-AT--A-TC--------T--------ATA--------GCTGAAT-------G-TTTA-T-AATCT-GTATTG-ATTCAT
gi|8 : ccTGGACAA------AAAT---AAA-GAA----C-AC--A-GC--------T--------ATA--------GCTGAATACTAGCAG-TTTT-T-AATCT-GTAATG-ATTCAT
gi|7 : cTGGACCA------AAA----AAA-CAA----C-CC--A-ACCCCAAATCT--------ATA--------GCTGAAT------TG-TTTA-T-AATCT-GTAATG-ATTCAT
gi|5 : cTGGACCA------AAA----AGA-CAA----C-AC--A-G--------------------G--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-AGACT-GTAATG-ATTCAT
gi|6 : gggggcgtgaataaccTGGACCA------AAA----AAA-CAA----C-CC--A-ACCCCAAATCT--------ATA--------GCTGAAT------TG-TTTA-TTAATCT-GTAATG-ATTCAT
gi|2 : cTGGACCACAAACCAAA----AAA-GAAAAATC-AC--A-GC--------TCTATACATGTA--------GCTGAAT------AG-TTTA-A-AATCT-GTAATG-ATTCAT
gi|13 : accTGGAC-A------AGA----TAG-GAA----T-AT--A-GC--------T--------ATA--------ACTGAGT------AT-TTTA-T-AGCCT-ATAATG-ATTCAT
gi|29 : ccTGGAC-A------AAA----AGG-GAA----C-AC--A-G---------T--------A-A--------GCTGAAT------AG-TTT-----ATCT-GTAATG-
gi|21 : GGAC-A------AGA----AAG-AAA----C-AC--C-AC--------T--------ATA--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-AGTCT-ATAATG-ATTCAT
gi|24 : ACCA------AAA----AGG-AAC----C-AC--A-GC--------T--------AT---------GCTGAAT------AG-TTTA-T-ATTCC--TAATG-A-TCAT
gi|25 : aCA------AAA----AAA-GAA----C-AC--A-AT--------T--------ATA--------GCTGGAT------AG-TTTA-T-AATAT-GTAATG-ATTCt
gi|10 : gaCA------AAACCCCAAC-AAA----C-AT--A-GC--------T--------ATA--------GCTGAGT------AG-TTTA-T-AATCT-GTAATG-ATTCAT
gi|14 : ccaaCA------ACA----ACA-AAA----C-AC--A-GC--------T--------ATA--------GCTAAAT------AG-TTTA-T-AAT
gi|4 : cctggagaaaaaaaaacaaA------AGA----AAA-GAA----T-AC--A-GC--------T--------ATA--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-AATCT-GTAATG-ATTCATt
gi|19 : acctggaccaaaaaaaaaaaagA------AAA----AAATGAA----C-AC--A-GC--------TCGGCCT--ATA--------GCTGAAT------AG-CTTA-T-AATCT-GTAATG-ATTCA
gi|22 : A------AGA----AAG-GAA----C-AC--A-AC--------T--------ATA--------GCGGAAT------AG-TTTA-T-AGTCT-ATAATG-ATTC
gi|28 : gactgA------AAA----AGG-GAA----C-AC--A-AC--------T--------ATA--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-TGTCT-CTATTG-ATTCATg
gi|20 : A------AAA----AAG-GAA----C-AC--A-AT--------T--------ATATA------GCTAAAT------TG-TTTG-T-AGTCT-GTAATG-ATTCAT
gi|30 : ggaaA------AAA----AAG-GAA----C-AC--A-AC--------T--------ATA--------GAAGAAT------AG-TT
gi|18 : tgggg------AAA----AAA-GAA----C-AC--A-GC--------T--------ATA--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-AATAT-GTAATT-ATTCATagtct
gi|3 : ccaaaag------AAA----AAA-GAA----G-AC--A-GC--------T--------ATA--------ACTGAAT------AG-TTTA-T-AATCT-ATAATT-ATTCAT
gi|17 : acctggaccaaaaattaaaaataaaat------AAA----AAA-GAA----C-AT--A-AC--------T--------ATA--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-AGTCT-ATAATG-ATTAAT
gi|27 : atctgac------AAA----AAG-GAA----C-AC--A-AT--------T--------ATG--------GCTGAAT------AG-GTTA-T-CGTCT-ATAATG-ATTCAT
gi|1 : c------AAA----AAT-GAA----C-ACAGA-GA--------T--------ATG--------GCTGAA-------AGTTTTATT-AATCTAGTAATG-A-TCAT
gi|23 : gacctggaccaaaatattcaaaaagaaaaaaaaaggaaagAA----AAA-GAA----C-AC--A-GT--------T--------ATA--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-AATCT-GTAATG-ATTCAT
gi|26 : tggggAA----AAA-GAA----C-AC--A-GT--------T--------ATA--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-AATCT-GTAATG-ATTCA
gi|15 : ggggAA-GAA----CGAC--A-GC--------T--------ATATACCTTTAGCTGAAT------AG-TTTA-T-AGTCT-GT-ATGTGTTCAT
gi|9 : agg-GAA----T-AT--A-GTA-------T--------ATA--------ACTGAGT------AT-TTTA-T-AGCCT-ATAATG-ATTCAT
gi|11 : cctggacagaggatatAA----C-AT--ACGC--------TT-------ATA--------GCTGAGT------AT-TTTA-T-AGCCT-ATAATG-ATTCATtt
gi|31 : acatgacagataga--------T--------ATA--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-AATCT-GTAATG-ATTCGTt
gi|32 : CTGAAT------AG-TTTA-T-AGTCT-ATAGTG-ATTCAT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111
lowQualScore : 4 444444 4444 1 2222 1 11 1 22222222222222222 66666666 333333 1 1 1 1 1
lowQualScore : . ...... .... . .... . .. . ................. ........ ...... . . . . .
lowQualScore : 3 888888 8888 4 9999 4 99 4 88888888888888888 77777777 777777 3 3 3 3 3
consensus : TGGACCA------AAA----AAA-GAA----C-AC--A-GC--------T--------ATA--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-AATCT-GTAATG-ATTCAT
Reference ( family-4391 ) : TGGACCA------AAA----AAA-GAA----C-AC--A-GC--------T--------ATA--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-AATCT-GTAATG-ATTCAT
gi|1 : ------AAA----AAT-GAA----C-ACAGA-GA--------T--------ATG--------GCTGAA-------AGTTTTATT-AATCTAGTAATG-A-TCAT
gi|10 : gacctggaccaaaatattcaaaaagaaaaaaaaaggaaagCA------AAACCCCAAC-AAA----C-AT--A-GC--------T--------ATA--------GCTGAGT------AG-TTTA-T-AATCT-GTAATG-ATTCAT
gi|11 : ccaaAA----C-AT--ACGC--------TT-------ATA--------GCTGAGT------AT-TTTA-T-AGCCT-ATAATG-ATTCAT
gi|12 : acatgacagatagaTGGACAA------AAA----AAA-GAA----C-AT--A-TC--------T--------ATA--------GCTGAAT-------G-TTTA-T-AATCT-GTATTG-ATTCATt
gi|13 : ccTGGAC-A------AGA----TAG-GAA----T-AT--A-GC--------T--------ATA--------ACTGAGT------AT-TTTA-T-AGCCT-ATAATG-ATTCAT
gi|14 : ccCA------ACA----ACA-AAA----C-AC--A-GC--------T--------ATA--------GCTAAAT------AG-TTTA-T-AAT
gi|15 : cctggagaaaaaaaaacaaAA-GAA----CGAC--A-GC--------T--------ATATACCTTTAGCTGAAT------AG-TTTA-T-AGTCT-GT-ATGTGTTCATt
gi|16 : aggTGGACCA------AAA----AAA-GAA----C-AC--A-GC--------T--------ATA--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-AATCT-GTAATG-ATTCAT
gi|17 : ------AAA----AAA-GAA----C-AT--A-AC--------T--------ATA--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-AGTCT-ATAATG-ATTAAT
gi|18 : atctgac------AAA----AAA-GAA----C-AC--A-GC--------T--------ATA--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-AATAT-GTAATT-ATTCAT
gi|19 : ccaaaagA------AAA----AAATGAA----C-AC--A-GC--------TCGGCCT--ATA--------GCTGAAT------AG-CTTA-T-AATCT-GTAATG-ATTCA
gi|2 : TGGACCACAAACCAAA----AAA-GAAAAATC-AC--A-GC--------TCTATACATGTA--------GCTGAAT------AG-TTTA-A-AATCT-GTAATG-ATTCAT
gi|20 : accA------AAA----AAG-GAA----C-AC--A-AT--------T--------ATATA------GCTAAAT------TG-TTTG-T-AGTCT-GTAATG-ATTCAT
gi|21 : ggaaGGAC-A------AGA----AAG-AAA----C-AC--C-AC--------T--------ATA--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-AGTCT-ATAATG-ATTCAT
gi|22 : A------AGA----AAG-GAA----C-AC--A-AC--------T--------ATA--------GCGGAAT------AG-TTTA-T-AGTCT-ATAATG-ATTC
gi|23 : gactgAA----AAA-GAA----C-AC--A-GT--------T--------ATA--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-AATCT-GTAATG-ATTCATg
gi|24 : tggggACCA------AAA----AGG-AAC----C-AC--A-GC--------T--------AT---------GCTGAAT------AG-TTTA-T-ATTCC--TAATG-A-TCAT
gi|25 : aCA------AAA----AAA-GAA----C-AC--A-AT--------T--------ATA--------GCTGGAT------AG-TTTA-T-AATAT-GTAATG-ATTCt
gi|26 : gaAA----AAA-GAA----C-AC--A-GT--------T--------ATA--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-AATCT-GTAATG-ATTCA
gi|27 : gggg------AAA----AAG-GAA----C-AC--A-AT--------T--------ATG--------GCTGAAT------AG-GTTA-T-CGTCT-ATAATG-ATTCAT
gi|28 : cA------AAA----AGG-GAA----C-AC--A-AC--------T--------ATA--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-TGTCT-CTATTG-ATTCAT
gi|29 : TGGAC-A------AAA----AGG-GAA----C-AC--A-G---------T--------A-A--------GCTGAAT------AG-TTT-----ATCT-GTAATG-
gi|3 : ------AAA----AAA-GAA----G-AC--A-GC--------T--------ATA--------ACTGAAT------AG-TTTA-T-AATCT-ATAATT-ATTCAT
gi|31 : acctggaccaaaaattaaaaataaaat--------T--------ATA--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-AATCT-GTAATG-ATTCGT
gi|32 : CTGAAT------AG-TTTA-T-AGTCT-ATAGTG-ATTCAT
gi|4 : A------AGA----AAA-GAA----T-AC--A-GC--------T--------ATA--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-AATCT-GTAATG-ATTCATt
gi|5 : acctggaccaaaaaaaaaaaagTGGACCA------AAA----AGA-CAA----C-AC--A-G--------------------G--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-AGACT-GTAATG-ATTCAT
gi|6 : gggggcgtgaataaccTGGACCA------AAA----AAA-CAA----C-CC--A-ACCCCAAATCT--------ATA--------GCTGAAT------TG-TTTA-TTAATCT-GTAATG-ATTCAT
gi|7 : cTGGACCA------AAA----AAA-CAA----C-CC--A-ACCCCAAATCT--------ATA--------GCTGAAT------TG-TTTA-T-AATCT-GTAATG-ATTCAT
gi|8 : cTGGACAA------AAAT---AAA-GAA----C-AC--A-GC--------T--------ATA--------GCTGAATACTAGCAG-TTTT-T-AATCT-GTAATG-ATTCAT
gi|9 : c-GAA----T-AT--A-GTA-------T--------ATA--------ACTGAGT------AT-TTTA-T-AGCCT-ATAATG-ATTCAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): TGGGGAAAAAAGGAACACAACTATAGAAGAATAGTTAGTCT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111
lowQualScore : 4 444444 4444 1 2222 1 11 1 22222222222222222 66666666 333333 1 1 1 1 1
lowQualScore : . ...... .... . .... . .. . ................. ........ ...... . . . . .
lowQualScore : 3 888888 8888 4 9999 4 99 4 88888888888888888 77777777 777777 3 3 3 3 3
consensus : TGGACCA------AAA----AAA-GAA----C-AC--A-GC--------T--------ATA--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-AATCT-GTAATG-ATTCAT
Reference ( family-4391 ) : TGGACCA------AAA----AAA-GAA----C-AC--A-GC--------T--------ATA--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-AATCT-GTAATG-ATTCAT
gi|1 : ------AAA----AAT-GAA----C-ACAGA-GA--------T--------ATG--------GCTGAA-------AGTTTTATT-AATCTAGTAATG-A-TCAT
gi|10 : gacctggaccaaaatattcaaaaagaaaaaaaaaggaaagCA------AAACCCCAAC-AAA----C-AT--A-GC--------T--------ATA--------GCTGAGT------AG-TTTA-T-AATCT-GTAATG-ATTCAT
gi|11 : ccaaAA----C-AT--ACGC--------TT-------ATA--------GCTGAGT------AT-TTTA-T-AGCCT-ATAATG-ATTCAT
gi|12 : acatgacagatagaTGGACAA------AAA----AAA-GAA----C-AT--A-TC--------T--------ATA--------GCTGAAT-------G-TTTA-T-AATCT-GTATTG-ATTCATt
gi|13 : ccTGGAC-A------AGA----TAG-GAA----T-AT--A-GC--------T--------ATA--------ACTGAGT------AT-TTTA-T-AGCCT-ATAATG-ATTCAT
gi|14 : ccCA------ACA----ACA-AAA----C-AC--A-GC--------T--------ATA--------GCTAAAT------AG-TTTA-T-AAT
gi|15 : cctggagaaaaaaaaacaaAA-GAA----CGAC--A-GC--------T--------ATATACCTTTAGCTGAAT------AG-TTTA-T-AGTCT-GT-ATGTGTTCATt
gi|16 : aggTGGACCA------AAA----AAA-GAA----C-AC--A-GC--------T--------ATA--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-AATCT-GTAATG-ATTCAT
gi|17 : ------AAA----AAA-GAA----C-AT--A-AC--------T--------ATA--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-AGTCT-ATAATG-ATTAAT
gi|18 : atctgac------AAA----AAA-GAA----C-AC--A-GC--------T--------ATA--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-AATAT-GTAATT-ATTCAT
gi|19 : ccaaaagA------AAA----AAATGAA----C-AC--A-GC--------TCGGCCT--ATA--------GCTGAAT------AG-CTTA-T-AATCT-GTAATG-ATTCA
gi|2 : TGGACCACAAACCAAA----AAA-GAAAAATC-AC--A-GC--------TCTATACATGTA--------GCTGAAT------AG-TTTA-A-AATCT-GTAATG-ATTCAT
gi|20 : accA------AAA----AAG-GAA----C-AC--A-AT--------T--------ATATA------GCTAAAT------TG-TTTG-T-AGTCT-GTAATG-ATTCAT
gi|21 : ggaaGGAC-A------AGA----AAG-AAA----C-AC--C-AC--------T--------ATA--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-AGTCT-ATAATG-ATTCAT
gi|22 : A------AGA----AAG-GAA----C-AC--A-AC--------T--------ATA--------GCGGAAT------AG-TTTA-T-AGTCT-ATAATG-ATTC
gi|23 : gactgAA----AAA-GAA----C-AC--A-GT--------T--------ATA--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-AATCT-GTAATG-ATTCATg
gi|24 : tggggACCA------AAA----AGG-AAC----C-AC--A-GC--------T--------AT---------GCTGAAT------AG-TTTA-T-ATTCC--TAATG-A-TCAT
gi|25 : aCA------AAA----AAA-GAA----C-AC--A-AT--------T--------ATA--------GCTGGAT------AG-TTTA-T-AATAT-GTAATG-ATTCt
gi|26 : gaAA----AAA-GAA----C-AC--A-GT--------T--------ATA--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-AATCT-GTAATG-ATTCA
gi|27 : gggg------AAA----AAG-GAA----C-AC--A-AT--------T--------ATG--------GCTGAAT------AG-GTTA-T-CGTCT-ATAATG-ATTCAT
gi|28 : cA------AAA----AGG-GAA----C-AC--A-AC--------T--------ATA--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-TGTCT-CTATTG-ATTCAT
gi|29 : TGGAC-A------AAA----AGG-GAA----C-AC--A-G---------T--------A-A--------GCTGAAT------AG-TTT-----ATCT-GTAATG-
gi|3 : ------AAA----AAA-GAA----G-AC--A-GC--------T--------ATA--------ACTGAAT------AG-TTTA-T-AATCT-ATAATT-ATTCAT
gi|31 : acctggaccaaaaattaaaaataaaat--------T--------ATA--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-AATCT-GTAATG-ATTCGT
gi|32 : CTGAAT------AG-TTTA-T-AGTCT-ATAGTG-ATTCAT
gi|4 : A------AGA----AAA-GAA----T-AC--A-GC--------T--------ATA--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-AATCT-GTAATG-ATTCATt
gi|5 : acctggaccaaaaaaaaaaaagTGGACCA------AAA----AGA-CAA----C-AC--A-G--------------------G--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-AGACT-GTAATG-ATTCAT
gi|6 : gggggcgtgaataaccTGGACCA------AAA----AAA-CAA----C-CC--A-ACCCCAAATCT--------ATA--------GCTGAAT------TG-TTTA-TTAATCT-GTAATG-ATTCAT
gi|7 : cTGGACCA------AAA----AAA-CAA----C-CC--A-ACCCCAAATCT--------ATA--------GCTGAAT------TG-TTTA-T-AATCT-GTAATG-ATTCAT
gi|8 : cTGGACAA------AAAT---AAA-GAA----C-AC--A-GC--------T--------ATA--------GCTGAATACTAGCAG-TTTT-T-AATCT-GTAATG-ATTCAT
gi|9 : c-GAA----T-AT--A-GTA-------T--------ATA--------ACTGAGT------AT-TTTA-T-AGCCT-ATAATG-ATTCAT
blockSeqs : A CAAACC CCCC T AAAT G . C TCTATACAT TACCTTTA ACTAGC . . T . T
blockSeqs : C . T . . . . . CCCAAATCT TA . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . CCCAAATCT . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . TCGGCCT . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . TT . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . AT . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : **
originalCons : TGGACCA------AAA----AAA-GAA----C-AC--A-GC--------T--------ATA--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-AATCT-GTAATG-ATTCAT
finalCons : TGGACCA------AAA----AAA-GAA----C-AC--A-GC--------T--------ATA--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-AATCT-GTAATG-ATTCAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): TGGGGAAAAAAGGAACACAACTATAGAAGAATAGTTAGTCT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111
lowQualScore : 4 444444 4444 1 2222 1 11 1 22222222222222222 66666666 333333 1 1 1 1 1
lowQualScore : . ...... .... . .... . .. . ................. ........ ...... . . . . .
lowQualScore : 3 888888 8888 4 9999 4 99 4 88888888888888888 77777777 777777 3 3 3 3 3
consensus : TGGACCA------AAA----AAA-GAA----C-AC--A-GC--------T--------ATA--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-AATCT-GTAATG-ATTCAT
Reference ( family-4391 ) : TGGACCA------AAA----AAA-GAA----C-AC--A-GC--------T--------ATA--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-AATCT-GTAATG-ATTCAT
gi|1 : ------AAA----AAT-GAA----C-ACAGA-GA--------T--------ATG--------GCTGAA-------AGTTTTATT-AATCTAGTAATG-A-TCAT
gi|10 : gacctggaccaaaatattcaaaaagaaaaaaaaaggaaagCA------AAACCCCAAC-AAA----C-AT--A-GC--------T--------ATA--------GCTGAGT------AG-TTTA-T-AATCT-GTAATG-ATTCAT
gi|11 : ccaaAA----C-AT--ACGC--------TT-------ATA--------GCTGAGT------AT-TTTA-T-AGCCT-ATAATG-ATTCAT
gi|12 : acatgacagatagaTGGACAA------AAA----AAA-GAA----C-AT--A-TC--------T--------ATA--------GCTGAAT-------G-TTTA-T-AATCT-GTATTG-ATTCATt
gi|13 : ccTGGAC-A------AGA----TAG-GAA----T-AT--A-GC--------T--------ATA--------ACTGAGT------AT-TTTA-T-AGCCT-ATAATG-ATTCAT
gi|14 : ccCA------ACA----ACA-AAA----C-AC--A-GC--------T--------ATA--------GCTAAAT------AG-TTTA-T-AAT
gi|15 : cctggagaaaaaaaaacaaAA-GAA----CGAC--A-GC--------T--------ATATACCTTTAGCTGAAT------AG-TTTA-T-AGTCT-GT-ATGTGTTCATt
gi|16 : aggTGGACCA------AAA----AAA-GAA----C-AC--A-GC--------T--------ATA--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-AATCT-GTAATG-ATTCAT
gi|17 : ------AAA----AAA-GAA----C-AT--A-AC--------T--------ATA--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-AGTCT-ATAATG-ATTAAT
gi|18 : atctgac------AAA----AAA-GAA----C-AC--A-GC--------T--------ATA--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-AATAT-GTAATT-ATTCAT
gi|19 : ccaaaagA------AAA----AAATGAA----C-AC--A-GC--------TCGGCCT--ATA--------GCTGAAT------AG-CTTA-T-AATCT-GTAATG-ATTCA
gi|2 : TGGACCACAAACCAAA----AAA-GAAAAATC-AC--A-GC--------TCTATACATGTA--------GCTGAAT------AG-TTTA-A-AATCT-GTAATG-ATTCAT
gi|20 : accA------AAA----AAG-GAA----C-AC--A-AT--------T--------ATATA------GCTAAAT------TG-TTTG-T-AGTCT-GTAATG-ATTCAT
gi|21 : ggaaGGAC-A------AGA----AAG-AAA----C-AC--C-AC--------T--------ATA--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-AGTCT-ATAATG-ATTCAT
gi|22 : A------AGA----AAG-GAA----C-AC--A-AC--------T--------ATA--------GCGGAAT------AG-TTTA-T-AGTCT-ATAATG-ATTC
gi|23 : gactgAA----AAA-GAA----C-AC--A-GT--------T--------ATA--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-AATCT-GTAATG-ATTCATg
gi|24 : tggggACCA------AAA----AGG-AAC----C-AC--A-GC--------T--------AT---------GCTGAAT------AG-TTTA-T-ATTCC--TAATG-A-TCAT
gi|25 : aCA------AAA----AAA-GAA----C-AC--A-AT--------T--------ATA--------GCTGGAT------AG-TTTA-T-AATAT-GTAATG-ATTCt
gi|26 : gaAA----AAA-GAA----C-AC--A-GT--------T--------ATA--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-AATCT-GTAATG-ATTCA
gi|27 : gggg------AAA----AAG-GAA----C-AC--A-AT--------T--------ATG--------GCTGAAT------AG-GTTA-T-CGTCT-ATAATG-ATTCAT
gi|28 : cA------AAA----AGG-GAA----C-AC--A-AC--------T--------ATA--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-TGTCT-CTATTG-ATTCAT
gi|29 : TGGAC-A------AAA----AGG-GAA----C-AC--A-G---------T--------A-A--------GCTGAAT------AG-TTT-----ATCT-GTAATG-
gi|3 : ------AAA----AAA-GAA----G-AC--A-GC--------T--------ATA--------ACTGAAT------AG-TTTA-T-AATCT-ATAATT-ATTCAT
gi|31 : acctggaccaaaaattaaaaataaaat--------T--------ATA--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-AATCT-GTAATG-ATTCGT
gi|32 : CTGAAT------AG-TTTA-T-AGTCT-ATAGTG-ATTCAT
gi|4 : A------AGA----AAA-GAA----T-AC--A-GC--------T--------ATA--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-AATCT-GTAATG-ATTCATt
gi|5 : acctggaccaaaaaaaaaaaagTGGACCA------AAA----AGA-CAA----C-AC--A-G--------------------G--------GCTGAAT------AG-TTTA-T-AGACT-GTAATG-ATTCAT
gi|6 : gggggcgtgaataaccTGGACCA------AAA----AAA-CAA----C-CC--A-ACCCCAAATCT--------ATA--------GCTGAAT------TG-TTTA-TTAATCT-GTAATG-ATTCAT
gi|7 : cTGGACCA------AAA----AAA-CAA----C-CC--A-ACCCCAAATCT--------ATA--------GCTGAAT------TG-TTTA-T-AATCT-GTAATG-ATTCAT
gi|8 : cTGGACAA------AAAT---AAA-GAA----C-AC--A-GC--------T--------ATA--------GCTGAATACTAGCAG-TTTT-T-AATCT-GTAATG-ATTCAT
gi|9 : c-GAA----T-AT--A-GTA-------T--------ATA--------ACTGAGT------AT-TTTA-T-AGCCT-ATAATG-ATTCAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): TGGGGAAAAAAGGAACACAACTATAGAAGAATAGTTAGTCT