lowQualScore : 11111111
lowQualScore : 11 2222222222222 11111111 11 3333333333333 11111 22222222222 111 66666666666666666 1111 111111 1 11 11 22222222 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 333333333333333 1 11 7777777777777777777777 1 1 1111 777777777777777777777777777777777777777777777 11111111 11111111 111111 11111 111 3333333333333333333 22222222 2222222222
lowQualScore : 44 3 00 6 2 2 2 555 4444444444444 2 00000000 44 44 77 3 2 3 00 55 3 3 999 77 7777777777777 555 3 66 3 55555 6 3 444 0 9 2 99 2 777 33 33 33 33 33 4 4 33 444 4 4444 33 2 888888 2 33 2 333 2 2 33 33 11111111111 2 222 22 33 22 4 2 2 22 2 22222222222222222 9999 2222 444 2 5555 333333 777 2 2 7 2 2 5555 33 5 5 5 8888 33 3 3 11 444 1 2 2 2 77 11111111 2 2 5 77777 3 3 3 666 2222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 888 888 5 66 2 1 5 555555555555555 5 5 1 8 4 1 55 66 1111111111111111111111 1 777 777 66 4 4 0 888 2222 666666666666666666666666666666666666666666666 66 3 44444444 88888888 444444 5 5 5 4 66 0 00000 55 55 4 66 777 66 8888 55 111 4 5 8888888888888888888 3 55 5 7777 4 6 4 66666666 4 3 0000000000 4 4
lowQualScore : .. . .. . . . . ... ............. . ........ .. .. .. . . . .. .. . . ... .. ............. ... . .. . ..... . . ... . . . .. . ... .. .. .. .. .. . . .. ... . .... .. . ...... . .. . ... . . .. .. ........... . ... .. .. .. . . . .. . ................. .... .... ... . .... ...... ... . . . . . .... .. . . . .... .. . . .. ... . . . . .. ........ . . . ..... . . . ... .................................................... . ... ... . .. . . . ............... . . . . . . .. .. ...................... . ... ... .. . . . ... .... ............................................. .. . ........ ........ ...... . . . . .. . ..... .. .. . .. ... .. .... .. ... . . ................... . .. . .... . . . ........ . . .......... . .
lowQualScore : 22 1 44 2 9 9 9 000 8888888888888 9 44444444 22 66 99 3 1 6 22 55 3 3 222 22 5555555555555 888 3 00 3 44444 7 3 000 4 2 9 00 7 333 44 22 22 22 22 7 7 22 111 7 7777 11 2 666666 2 11 2 777 2 2 11 11 77777777777 1 444 99 99 99 2 1 1 99 1 55555555555555555 7777 2222 444 4 0000 888888 444 5 5 7 7 7 7777 77 7 7 7 9999 66 1 1 00 777 6 9 9 9 99 00000000 9 9 7 11111 1 3 3 444 2222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 888 888 0 99 5 9 0 777777777777777 7 0 4 1 8 1 00 11 1111111111111111111111 2 888 888 11 4 4 0 888 1111 000000000000000000000000000000000000000000000 99 2 55555555 11111111 444444 0 0 0 4 11 7 00000 55 55 0 11 888 99 5555 55 888 0 6 3333333333333333333 6 00 5 7777 0 9 5 22222222 0 2 7777777777 4 4
consensus : ATGATACGTTCAA--GTA-AA--T-ATGCA-TA-TT-TTA---C--------T----T-GA--------TAATAGTTA--AAT--ATG--TATT-CATTTAC-TA-TTTTCATG-AATGAT-A-TG---CC-TTATC-------------TAA---C-ATCGA-A-C--TTAT-T-A-ACTTA-AAG-ATAAAAATT--A-CC---TGC--AAC--TCTT--G--C--C-TGTC-TTGAAG--TCAT---GGT-GT----A--CAAT-AC------C-AA--A-GT--G-AT-A--GC--A--A--AT----A-G---TT--TA-CCA--GGG-TTTGAA-T-A--C-TTA-GGTA-T-------G--TATATCA----AA----GG---TG-AC----A------T---T-GC-TTTTTGTAA-A-T----TGG--CT-T-CAT-TC----A-GG-A-ATG-TTTTT---ATAGC-A-AT-CAA--GACA-----T--A-CCCC-A-CC-----TT-C-AA-GACAC---AC----------CAG----------T---A---------TAG------TT----T-A---AT---CC-CTCATT--ATGACACACAAT-T---------------GTAA-ATC-CCTGAGATTGATTA--TTAC--C----------T-----C-----AAACA---ATAA---AC--A-C-CT-GTC---ATA----TCATTT--------A-CC------------A-----TT-------------CA--TCAGGGTATTCA--------ATGAAG--------CCA------AAA-G-TGACACTTA-T-TACA--CACAACCTG-----A--TA--TTGTT-AGATCTCA--CAAA---GACCAC--TTCTTGTCTG----GATG--GGAATGTG--TG-CAGTTTAAT------G-------T----CTT-GTACAAAAGTGTA--AGNTGGC----GAG-ATCAGGTCGGTCGA--------ATGTCATT-GCATTATAATA-----AC---CATG-CATG-TAACCT
Reference ( gi|2 ) : ATGATACGTTCAA--GTA-AA--T-ATGCA-TA-TT-TTA---C--------C----T-GA--------TAATAGTTA--AAT--ATG--TATT-CATTTAC-TG-TTTTCATA-AATGAT-A-TG---CC-TTATC-------------TAA---C-ATCGA-A-C--TTAT-T-A-ACTTA-AAG-ATAAAAATT--A-CC---TGC--AAC--TCTT--G--C--C-TGTC-TTGAAG--TCAT---GGT-GT----A--CAAT-AC------C-AA--A-GT--G-AT-A--GC--A--A--AT----A-G---TT--TA-CCA--GGG-TTTGAA-T-A--C-TTA-GGTACTTT----TG--TATATCA----AA----GG---TG-AC----A------T---T-GC-TTTATGTAA-A-T----TGG--CT-T-CAT-TC----A-GG-A-ATG-TTTTT---ATAGC-A-AT-CAA--GACA-----C--A-CCCC-A-CC-----TT-C-AA-GACAC---AC----------CA-----------T---A---------TAG------TG----T-A---AT---CC-CTCATT--ATGACACCCAAT-T---------------GTAA-ATC-CCTGCGATTGATTA--TTAC--C----------T-----C-----AACCA---ATAA---AC--A-C-CT-GTC---ATA----TCATTT--------T-CC------------A-----TT-------------CA--TCAGGGTATTCA--------ATGAAG--------CCA------AAA-G-TGACACTTA-T-TACA--CACAACCTG-----A--TA--TTGTT-AGATCTCA--CAAA---GACCAC--TTCTTGTCTG----GATG--GGAATGTG--TG-CATTTTAAT------G-------T----CTT-GTACAAAAGTGTA--AGTTGGC----GAG-ATTAGGTCGGTTGAATGTGACTATGTCATT-GCATTATAATA-----AT---CATG-CATG-TAACCT
gi|7 : ATTATACGTTCAA---TA-AAATT-GTCCA-TA-TT-TTA---C--------T----T-GA--------TAATAGT-A--AAT--ATG--TATT-CATTTAC-TA-TTTTCACG-AATGAT-A-TG---CC-TTATC-------------TAA---C-ATCGA-A-C--TTAT-T-A-ACTTA-AAG-ATAAAAATT--A-CC---TGC--AAC--TATT--G--C--CTTATC-TTGAAG--TCAT---GGT-GT----A--CAAT-AC------C-AA--A-GT--G-AT-A--GC--A--A--ATAG--A-G---TT--TA-CCA--GGG-TTTGAACT-A--C-TTA-GGTAATCT----T---------------A----GG---TG-AC----A------T---T-GC-TTTTTGTAA-A-T----TGG--CT-T-CAT-TC----A-GG-A-ATGTTTTTT---AAAGCAA-AT-CAA--GACA-----T--ACCCCC-A-CT-----TT-C-AA-GACAC---ACCAGTGAAACTCA-----------T---A---------TAG------T-----T-A---AT---CC-CTCATT--ATGACACACAAT-T---------------GTAA-ATC-CTCA-GGTT-ATTAC-TTAT--CA---------T-----C-----AAACA---AT-A---AC--A-C-CT-GTC---ATA----TCGTTT--------A-CCATTGAATTCAAAA-----TT-------------CA--TCAGGGTATTCA--------AT
gi|8 : attttctattcattcaagtatacactcaataaaataaaataatttgtatggaaATGATACGTTCAA--GTA-AA--T-ATGCA-TA-TT-TTA---C--------T----T-GA--------TAATAGTTA--AAT--ATG--TATT-CATTTAC-TA-TTTTCATG-AATCAG-A-TG---CC-TTATC-------------TAA---C-ATCGA-A-C--TTAT-T-A-ACTTA-AAG-ATAAAAATT--A-CC---TGC--AAC--TCTT--G--C--C-TGTC-TTGAAG--TCAT---GGT-GT----A--CAAT-AC------C-AA--A-GT--G-AT-A--GC--A--A--ATAG--A-G---TT--TA-CCA--GGG-TTTGAA--------------TACTTT----GG--TATATCA----AA----GG---TG-AC----A------T---T-GC-TCTTTGTAA-A-T----TGG--CT-T-TAT-TC----A-GG-A-ATG-ATTTT---AGAGC-A-AT-CAA--GACA-----T--A-CCCC-A-C---------C-AA-GACAC---AC----------CA-----------tg
gi|6 : ttgtatgatttaacaaacataaatttcagatgaaattgatagcttgctctttcaacatgttaaattttctattcataaagttacacactcagtaaaataaaatcttttgtggaaATGATGCGTTCAA--GTA-AA--T-ATGCAATA-TA-TTA---C--------T----T-GT--------TAATAGTTA--AAT--ATG--TATT-CAT--AC-TA-TTTTCATG-AA-GAT-A--A---C---TATC-------------T-----------------------T-A-ACT-A-AAG-A---AAATT--A-C----TGC--AA---TCTG--G--C--C-TGTC-TTGAAG--TCAT---GGT-GT----A--CAAT-AC------C-AA--T-GA--A-AT-ATGGCAAA--A--AG----A-G---TT--TA-CCAGTGGG-TTTG-A-T-A--C-TTA--------------G--TATAT------AA----AT---TG-AC----G------T---T-GG-TTTTTTTAA-A-T----TGGCTCT-T-C-T-TC----A--G-A-ATG-ATTTT---ATAGC-A-AT-CAA---ACATT---T--A-CCCC-A-CC-----TT-C-AA-GACAC---AC----------C---------------------------AG------TGAAACT-ACTTAT---AC-CTCATT--ATAA-ACACAAT-T---------------GTAACATC-CCTGAGA-TGATTA--TTAC--CAT--------T-----C-----ATTCAAACATAA---AC--A-C-CT-GTC---ATA----TCA-TT--------A-CC------------A-----TT-------------gtgaaactactatagt
gi|4 : atgtattattaacctgacataatttcagatgaaaatgatagcttgctctttcaacatgttacatttctgattcactaaatacacactcagtaaaataaaattttattggaaATGATACGT-CAA--GTATAA--T-ATGCA-TA-TT-TTA---CA-------T----T-GA--------TCATAATTA--AAT--CTG--TATT-CATTTAC-TC-TTTTCATG-AATGAT-A-TG---CC--TAGC-------------TAG---CAATCGA-A-C--TTAT-T-ACACTTATAAG-ATTAAAATT--ATCC---TGC--AACTTTCTT--GGTCAAC-TGTCTTTGAAGTATTAT---GGTAAT----A--CAAT-ACA-----A-AA--A-GT--GCAT-A--GC--A--A--ATAG--A-G---TT--TA-CCA--GGGTTTTGAA-T-A--T-------TACTTA----TGGTTATATCAAAT-AA----GG----G-GC----A------TATAT-GCATTAATGTAA-A-T----TGGTTCT-T-CAT-TC----A-CG-A-GTG-TTTTA---ATAGC-A-AT-CAA--GACA-----TTAA-CCCC-A-CC------T-C-AA-GACAC---AC----------CAGTGAAACTAACT---A---------TAG------TT----T-A---AT---CC-CTCATTTGACGACA-CCAAT-gaattcaaatatttctcagagt
gi|5 : ttgtatgatttaacaaacataaaattccaagatgaaaatgatagctgctctttcaacatgttaaattttctattcattaaagcgttacacactcagtaaaacataaaaatccttttatggaaATGATAC-TTCAACTGTA-AA--TGATGCA-CA-TTATTA---C--------T----T-GA--------TAATAGTTA--AAT--ATG--TATT-CATT-AC-TAATTTTCATG-AATGAT-AATGG--CC-TTATCCATTGCTGAACAATAA---C-ATCGA-AAC--CTAT-T-A-A-TTA-AA--ATATAATTT--A-C----TA---AAC--TCTT--G--C--C-TGTC-TTGAAG--TCCT---GGT-GT----G--CAAT-AC------C-AA--A-G---G-AT-A--GC--A--A--ATAAGCA-G---TT--AA-CCA--GGGTTTTGAA-TCA--C-TTATGG----------TG--T-CATCA----AA----AGGCTTG-AC----AG-----T---T-GC-TTTTTTTAATA-T----TGG--CTGTGCAT-TCAAGGA-GG-A-A-G-CTTGT---ATAG--A-ATCCAACGAACA-----T--A-CTAC-A-CC-----TTCC-AA-GACAC---AC----------CAGT---------T---GAAAACTGACTAGTACGTCTG----T-A---ATCTCCC-CTCATT--ATGACACAAGATCT---------------GTAA-ATCACCTGAGA-TGATTAT-TTAC--CGTA-------T-----CGCTCAAAGCA---ATAA---ATCAA-C-CTCGTCGATATA----CTATTT-----------C------------A-----TT-------------GAAGTCA-AATATTCA--------accgaattaatacgtaaatctaggttttatctgaaaca
gi|1 : ttcatcaagtaacactcagcataaacaagattctttatggaaATGATACGTTCAA--GTA-AA--TTATGCA-TA-TT-TTA---C--------T----TTGA---------AATAGATATTAATTGATA--TAT--CATTTATATG-TTTCGATAGAATGATTA-TG---CCCTTATA-------------TAAGACC-ATCGA-A-TCTTTAT-TTA-ACTTA-AAG-ATAAAAAAT--A-CCTCTTGC--A-----CTTAAA--C--CGTGTC-TT-AAG--TCAT---AGA-GTTGCAA--CAAT-AC------C-AATTATGT--G-GT-A--GT--AC-A--AT----A-GAGTTT--TA--CA--TGG-GTTGAA-T-AATC-TTG-GTTAATCG----TG--TAATTCG----AATGATGG---TG--C----A------T---T-GT-TTT-TGTAA-A-T----TGGGCCT-T-CATCTC----A-GGAA-ATG-TTTTTTTAATAG--A-AT-CAAAGGACA-----T--A-CTCC-A-CCATCTATT-CAAA-GACACTAAAC----------TAG----------TA--A---------TAG------TT----TCA---AT---CC-CTCATT--A-GACAAACAAT-TGTATATTACCCCGGGGTAA-ATC-CGTGAGATTGATTA--TTAC--CTG--------T-----C-----ATCAA---ACAAATTAC--A-CTCTGGTC---ATAATACTCATTT--------TACC------------A-----TT-------------tcagcggta
gi|15 : tgtatgatttacaacacataaatttcagatgaaatgatagttgctctttcaaacatgttaaatttacattctattcataaagtctatacactaagtaaaaataaattgcttttatggaatgACGATACGTTCAA--GTA-AA--T-ATGCA-TA-TT-GTA---C--------T----T-GA--------TAATAGTTA--AAT--ATG--TATT-CATTTAC-TA-TTTTCATG-AATGAT-A-TG---CC-TTATC-------------TAA---C-ATC-------------T-A-ACT------------GATT--A-CC---TGC--ATC--GCTT--G--C--T-TGTC-TT--------------------------CAAC-AC------C-AA--A-GT--G-AT-A--TC--A--A--ATAG--A-G---TT--GA-CCA--GGG-TTTG--------------GATACTTT----GG--TATATCA----AA----GG---TA-AT----A------T---T-GC-TTTTTGTAA-A-T----TGG--CT-T-CAgaatcaaatttcatcag
gi|22 : atcagatgaaaatgatagcttgctctctcaacatgttaatttttctattcatagttacacactcagtaaaataaaatcttttatggaaATGATACGTTCAA--GTA-AA--T-ATGCA-TA-TT-TTA---C--------T----T-GG--------TGACAGTT----AT--ATG--TATT-CATTTAC-TA-TTTTCATG-AAT
gi|29 : gtatgatttaacaaacatagatttcagatgaaaatgatagcttgctctttcaacatgttaaattttctattcataattaaagttacacactcagtaaaataaaatctttatggaaGTACAT--GTA-AA--T-ATGCA-TA-TT-TTA---C--------A----C-GAGTTAATACTAGTAGTTA--AAT--ATG--TATT-CATT
gi|8 : aaaataaaattttgtatggaaatgataccttttccttatactaatgaatatcaaTCAA--GTA-AAA-T-ATGCA-TA--T-TTA---C--------T----T-GA--------
gi|22 : ttgtatgatttaacaaacataaatttcagatgaaattgatagcttgctctttcaacatgttaaattttctattcataaagttacacactcagtaaaataaaatcttttgtggaaatgatacgtCAA--GTA-AAA-T-ATGCA-TA--T-TTA---C--------T----T-GA--------taatagttaaatatgtattcatttactattttcatgaatcagatgccttatctaacatcgaacttattaacttaaagataaaaattacctgcaactcttgcctgtcttgaagtcatggtgtacaataccaaagtgatagcaaatagagtttaccagggtttgaatactttggtatatcaaaggtgacattgctctttgtaaattggctttattcaggaatgattttagagcaatcaagacataccccaccaagacacaccagtgaaactactatagt
gi|26 : gtatgatttaacaaacatagatttcagatgaaaatgatagcttgctctttcaacatgttaaattttctattcataattaaagttacacactcagtaaaataaaatctttatggaaatgatacgtCAA--GTA-AA--T-ATGCC-TA-TT-GCA---CTTGATAGTT----T-GA--------TAATAGCTA--AAT--ATGA-TA-T-AATTTAT-Tgtgacagttatatgtattcatttactattttcatgaat
gi|21 : AA--GCA-AA--T-ATGCC-TA-TT-TTA---C--------T----------------TAATAGTTA--aagatacaaatacatgcaactcttggatgtcttcaagtcgtacaataccaaaatgacaggaattaaagtgtagcagtgttttaatact
gi|16 : ttttcataaagctacatactcaataaaataaaatacatatgactataTGCA-TAATT-TTATTCC--------CAAGGT-GA--------TAATTGATA--AAT--ATG--TAT--CATT-AC-TC-TTT--ATA-AATGGT-A-TGTAGCC-TTCTC-------------TAA---C-ATTTA-A-C--TATT-T-A-TCTTA-AGGCATTAAAATTAGA-CC---TGC---AC--TCTT--G--C--C-TGTCTTTGAAG--TCATCTAGGTAGT----A--C-AT-AC------CTAA--A-GT--G-ATCA--GT--C--G--ATATCCA-G---TT--TATCCA--GTG-TTTGAA-T-G--CTTTA-GGTA------------TAT---A----AA----GG---TG-AC----A------C---TAGC-TTT-TGTAA-A-TGGTGTGGA-CTCT-CATCTCA---A-GG-AGATG-ATTTT---ttattaagataaaaatcacctgcaactattgcctgtcttgaactcatggagtacaataccaaaatgatagcaattagaatttaacagggttttaatacttaggtatatca
gi|26 : aaacaaaacttgtatggaaggatagttcatTA--AAT--ATGCCTATTGCACTTGA-TA-GTTTGATA-A----T-A--G---CT-AAATA-------------TGA---T-AT--A-A-T--TTAT-T-A-A-------G-ATACAAAT---A-CA---TGC--AAC--TCTT--G--G--A-TGTC-TTCAAG--TC---------GT----A--CAAT-AC------C-AA--A-AT--G-AC-A--GG--A--ATTAA----A-G---TG--TA-GCA--GTG-TTTTAA-T-A--C-T
gi|12 : caagGAT-A-TG---C--TTATCACTTGA-------TAA---T-ATTAA-A-----TATAG-A-AATTAGAAG-ATAAAAATTC-A-AC---T-C--AAC--TTTT--G--C--C-TGTC-TTGAAT--TCAT---GGT-GT----A--CAAT-A-------C-AA--A-G---G-AT-A--GC--ATTA--AA----A-G----T--TA-ACA--GGG-TTTAAA-T-A--T-TCA--GTA-------------ATATTA----GGTT--GA---TG-AC----AT-----T---T-GC-ATTCTGCAA-A-T---------CT-T-CAT-TC----A-TG-A-ATG----TT---A-AGC-A-AT-CAA--GCCA-----T--A-AACT-ACCC-----TC-C-AA-TAAAC---AA----------CA--------------------------AG------TG----
gi|11 : aaatacatttttgtagattaactaaacattaaaagattgtgttcattttctaaagctacaaactcaagaaatgatacttatcctatgatactatgactatcaGAT-A-TG---C--TTATCACTTGA-------TAA---T-ATTAA-A-----TATAG-A-AATTAGAAG-ATAAAAATTC-A-AC---T-C--AAC--TTTT--G--C--C-TGTC-TTGAAT--TCAT---GGT-GT----A--CAAT-A-------C-AA--A-G---G-AT-A--GC--ATTA--AA----A-G----T--TA-ACA--GGG-TTTAAA-T-A--T-TCA--GTA-------------ATATTA----GGTT--GA---TG-AC----AT-----T---T-GC-ATTCTGCAA-A-T---------CT-T-CAT-TC----A-TG-A-ATG----TT---A-AGC-A-AT-CAA--GCCA-----T--A-AACT-ACCC-----TC-C-AA-TAAAC---AA----------CA--------------------------AG------TG----ag
gi|21 : aaatacatttttgtagattaactaaacattaaaagattgtgttcattttctaaagctacaaactcaagaaatgatacttatcctatgatactatgactatcaAT-A-TG---CC-T-ATT-------------TTA---C--TTAATA-G--TTAT-T-A---TTA-A-G-ATAAAAATC--A-CC---TGC--AAC--TATT--G--C--C-TGTC-TTGAAC--TCAT---GGA-GT----A--CAAT-AC------C-AA--A-AT--G-AT-A--GC--A--A--TT----A-GAA-TT--TA-ACA--GGG-TTTTAA-T-A--C-TTA-GGTAag
gi|30 : ttttcataaagctacatactcaataaaataaaatacatatgactataaagcaaCTTA-AAT-ATAAAAATT--A-CC---TGC--AAC--TCTT--G--A--C-TGTC-TTTAAG--TCAT---GGT-GT----A--TAAT-ACCAAAGGC-AA--A-GT--G-AT-A--GC--A--A--AT----A-GAT-TT--TA-CCA--GGG-TTTGAA-T-A--C-TTA-GGTAtatca
gi|14 : AG-ATAAAAATT--A-CCC--TGCTTGAC--TCT---G--C--C-TGTC-TTGAAG--TCAT---GGT-GT----AAGCAGTGAC------C-AA--A-ATCGG-AT-A--GC-----A--AT----AGG---TTTATA-CAA--GGG-TTT-----------TT--GATACTTTAAGGTG--TA-ATCA----AA----GG---TGAACCACAA------T---T-TC-TTTCTGCAA-AGT----TGG--CT-TCCCT-TC----ATGA-A-ATG--TTTT---ATAGC-ACAT-CAA--G--A-----T--A-CCCT-A-CC-----t
gi|24 : cagtaataataaattcttgtcttggaaatgataaccttatgcttatctatacttagactatcagtaaatatgtgttaaatatgatagaaatttccTAAAAATT--A-CC---TGC--AAC--TCTT--A--T--C-AGTC-TTGAAG--TTAT---GGT-GT----A--CAAT-AC------C-AA--A-GT--G-AT-A--GC--A--ATGAG----A-G---TT--TA-ACA--GGT-TTTAAA-T-A--C-TTA-G------------G--TATATCA----AA----GG---TG-AC----A------TNC-T-GT-TTTATagctaaactgctattgt
gi|36 : atcagaatgttttttaacaaaatatgatagaaatGC--AAC--TCTT--G--C--C-TGTC-TTGAAG--TAAT---GGC-AT----A--CAAT-AC------A-AA--A-CT--G-AT-A--GG--A--A--TT----A-G---TT--AA-ACA--GGA-TTGTAA-T-A--C-TTA-G------------G--TATATCA----AA----GG---TG-AC----A------T---agcaatcaaaccata
gi|28 : C--TCTT--G--C--C-TGTC-TTGAAG--TCAT---GGT-GT----A--CGAT-AC------C-AA--A-AT--G-AC-A--TC--A--ATTAT----A-G---TT--TA-ATA--GGG-TTTGAA-T-A--C-TTA-G------------G--TATATCAACGTAA----AG---TG-AC----A------T---T-GC-TTTTTGTAA-A-T----TGG--C
gi|3 : T----A--CAAT-AC------C-AA--A-GT--G-AT-A--GC--A--A--AT----A-GAG-TT--TA-CCA--GGG-TTTGAA-T-G--C-TTA-GGTA--------------TATCG----AA----GG---TG-AC----A------T---T-GC-TTTTTCCAA-A-T----TGG--CT-T-CAT-TC----G-GG-A-ATG-TTTTT---ATAGC-A-AT-CAA--AACA-----T--A-CCCCCA-CC-----TT-C-AA-GACAC---AC----------CAGTAAAACTAC-T---A---------TTG------TT----T-A---AT---CC-CTCATT--ATGACACACAAT-T---------------GTAA-ATC-CCCGAGATTGATTA--TTTT--C----------TGTCATC-----AAACA---ATAA---AC--A-C-TT-GTT---CTA----TCATTT--------A-CC------------A-----TTGAATTCAAATATGCA--TCAGGGTATTCA--------ATGAAG--------CCA------AAA-G-TGACACTTA-T-TGCG--CACATCCTG-----A--TA--TTGTT-AGATCTCA--CAAA---GACCAC--TTCTTGTCTG----GATG--GGAATGTG--TG-CATTTTAAT------G-------T----CTT-GTACAAAAGTGTT--AGATGGC----GAG-ATCAGGTCGGCCGA--------ATGTCATT-GCATTATAATA-----AC---CATG-CATG-TAACCT
gi|32 : ----A-G---TT--TA-CCA--GGG-TTTGAA-T-A--C-TTA-GGTA--------------TGTCA----AA----GG---TG-AC----ACTGACAT---T-GC-TTT---------T----TGG--CT-T-CAT-TC----A-TG-A-ATG-TATTT---ATAGC-A-AT-CAA--GACA-----T--A-CCCC-A-CC-----TT-gaataggcacactaaatgtttatatattatcaacaaatatcaaattggaaccagaagaacagaacatacatattacctgtcttttattctttgtc
gi|48 : gG-GC----A------T---T-GC-ATTTTGTAA-A-T----TGG--CT-T-CAT-TC----A-G
gi|43 : AT-TC----C-GG-A--TG-TTTTT---ATAGC-A-AT-CAA--GATATACGGT--A-CCCC-A-CC-----TT-C-AA-GACA
gi|27 : G-TTTTT---ATAGC-A-AT-CAA--GACA-----T--A-TCCC-A-CC-----CT-C-AATAAAAC---AC----------CAGGGAAAC----TACAA---------TAG------TT----T-C---AT---TTGCTCTTT--ATGACACATAAT-T---------------GTAT-ACC-CCTGAGATC-ACCAAGTGACAGA----------T-----T-----AAACA---CTAA---AC--A-C-TT-GTC---ATa
gi|40 : TTTT---ATAGC-A-AT-CAA--ACCC-----T--A-CCCC-A-CC-----TT-C-AA-TAAAG---AC----------CA-----------ttaccgttga
gi|9 : -----------T---A---------TAG------TT----T-A---AT---CC--TCATT--ATGA-ACACAAT-T---------------GTAA-ATC-C-TGAGATTGATTA--TTAC--C----------TATCATC-----AAACA---ATAA---AC--AAC-CT-GTC---ATA----TCATTTACATTGAAT-TC------------AAATAATT-------------CA--TCAGGGTATTCA--------ATGAAG--------CCA------AAATG-TGACTCTTA-T-TACA--CACAACCTG-----A--TA--TTGTT-AGATCTCA--CAAA---GACCAC--TTCTTGTCTG----GATG--GGAATGTG--TG-CATTTTAAT------G-------T----CTT-GTACAAAAGTGTA--AGTTGGC----GAG-ATCAGGTCGGTTGA--------ATGTCATT-GCATTATAATA-----AC---CATG-CATG-TAACCTgtgaaactgctattg
gi|46 : acaccagtgaaactac-CCTGAGAATGATTA--TTAC--CCTGGCTATCAT-----C-----AAACA---ATAA---AC--A-C-taggcacactaaatgtttatatactatctacgaatatcaaatttgaaccagaagaacggaacatacatattacctgtctttcacttttgtcc
gi|10 : tGATTGATTA--TTAT--C----------TATTATC-----AAACA---GTAA---AC--A-C-CT-GTA---ATA----CCATTT--------A-CC------------A-----TTGAGTTCAAATATTCA--TCAGGGTATTCA--------ATGAAGTCATGACTCCA------AAA-G-TGACACTTA-T-CACA--CATAATCTG-----A--T-------------CTCA--CAAA---GATCAC--TTCTTGTCTG----GATG--GGAATGTT--TG-CAGTTTAATGA----G-------TCAGACTT-GTACAAAAGTGTA--AGATGGC----GAG-ATCAGGTCGATCGAATGCCATTATGTT------------ATA-----AC---CATG-CATG-TAACCT
gi|18 : a------------A-----TT-------------CA--TCAGGATAT-CA--------ATGAAG--------CCGTGAATCAAA-G-TGACACTTA-T-TACA--CATAATCTG-----A--TACATTGTT-AGACCTCA--CAAA---GACCAC--TT---GTCTA----GATG--GGAATGTT--TG-TTGTTTAATTAGTCAG-------T----CCT-GTACAAAAGTGTA--AGATGGC----GAT-ACCAGGTCGATCGA--------ATGTCATT-GCATTATATTAAAACCATATGCATG-CATG-TGACCTgagtaggcacactaaatgtttatatacgatcaaccaatatcacaatggaaccagaagaccaggacatacatattacctgtctttcactctt
gi|34 : atatcatttacagttgaattcatat------------A-----TT-------------CA--ACAGGGTATTTATCGAAGCCATGAAT--------CCA------AAA-G-TGACACTTA-T-CACA--CATAAACTGATATTA--TA--TTGTT-AGATC
gi|13 : atatcatttaccattgaatttaaat-------------CA--CCAGTGTAT-CA--------GTGTCA--------CAA------ATA-GATAACA--TA-TGTACATGCACAAACTG-----ACTTA--TTGTTTAGTTCTAAAACAAATAGAACCACCATTCTTGTCTG----GATATAGGGATGTAGATG-AATTTTAAT------G-------T----CTTAGT----AAGTGTAGTAGTTGGCAATAGAGCAAGAAGTCGGTCGAA---------GTCATTGGCATTATAATA----------CATG-CATGATAAC
gi|25 : aattctagatag--------ATGAAG--------CCA------AAA-G-TGACACTTAAT-TACA--CACAACCTG-----A--TA--TTGTT-AGAGCTCA--CAAA---GTCCAC--TTCTTGTCTG----GATG--A----GTG--TG-CATGTTAAT------G-------T----TTT-GTACAAAAGTGTA--AGATGGC----GAG-AACAGGTTGGTCGA--------ATGTCATT-GCATTATAATtgaatagacacgacctataagagttttattcatggctatcgtcacaaatcatcaactattggaaccagcgagaaaaccggaacataattacattttcctgtctttaccagtctttgc
gi|39 : cc--------ATTAAT--------CCA------AAA-G-TGACATTTA-T-TACA--CACGACCTG-----A--TA--TTGTT-AGATCTCA--CAAA---GACCA
gi|33 : gcc-TACA--TCCAAGATG-----A--TA--TTGTT-ATATCTCA--CAAA---GACCAC--TTCTTGTCTA----GATT--GGAATGTT--TG-CAGTTTAATGAGTCAG-------T----CTT-GTACAAAAGTGAA--AGATGGC----GA
gi|17 : AACATG-----A--TA--TTGCT-AGATCTCA--CAAA---GACCAC--TTCTTATCTACTAAGATG--GGAATGTG--TG-CAATTTAAT------G-------T----CTT-TTACAAAAGTGTA--AGTTGAC----GAG-TTCAGGTCGGTCGA--------ATGTTATT-GCATTATAATA-----AC---CATG-CATG-TAACCT
gi|20 : TCTTGTCTA----GATG--GGAATGTA--TG-CAGTTTAAT------GAGTCAG-T----CTT-GTACAAAAGTGTA--AGCTGGC----GAT-ATCAGGTCAGTCGA--------ATGCCATT-GCATT---ATA-----AC---CATG-CATG-TAACCTgaatagacacactaaatgtttatatactatcaacaaatatcaaattggaatcagaagaacggaacatacatattacctgtatttcactctttgtcc
gi|19 : TCTTGTCTA----GATG--GGAATGTAA-TGACAGTTTA-T------GAGTCAGTC----CTT-GTACAAAAGTGTA--AGCTGGC----GAT-ATC-GGTCAGTCGA--------ATGCCATT-GCATT---ATA-----AC---CATGCCATG-TAACCTgagtaggcacactaaatgtttatatactaccaagaaatatcacattggaaccagaagaacggaacataatattacctgcctttcactctttgttc
gi|23 : T------G-------T----CTT-GTACAAAAGTGTA--AGTTCGC----GAG-ATCAGGTCGGTCGA--------ATGTCATT-GCATTATGATA-----AC---CATG-CATA-TAACCTgagtaggcacactaaatgtttatatactaccaagaaatatcacattggaaccaagaagaacggaacataatattacctggcctttcactctttgttc
9 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): ATATGCTTTAACAAACAATATATTTAAGATAAAACGGTAGCATACTCTTTCAACACAATTTTCATAAAGCAACACACTCAGTAAAATAAAATCTTGCATGAAAATGATA
Unaligned ( gi|35 ): ATGATAAGAAACATACATTTCAGATAAAATGATAATTTACTCTTTCTACATATTCAGTTTTCGTAAAGCTACACACTTAGTAAAATAAAATCTTGTATGGAA
Unaligned ( gi|37 ): GTATCCTGAATAGGCACACTAAATGTACTATCAACAAATATCAAATTGGAACCAGAAGAACGGAACATACGTATTACCTGTCTTTCACTCTTTGTCC
Unaligned ( gi|38 ): TATCAACAAATATCAAATTGGAACCAGAAGAACGGAACATACATATTACCTGTCTTTCACTCTTTGTCC
Unaligned ( gi|41 ): AGATTAACTAAACATTAAAAGATTGTGTTCATTTTCTAAAGCTACAAACTCAAGAA
Unaligned ( gi|42 ): AGATTAACTAAACATTAAAAGATTGTGTTCATTTTCTAAAGCTACAAACTCAAGAA
Unaligned ( gi|44 ): TATAATTCAACAAAAATAAATTTCAGATAAAATGCGTAAAATCAAAACAAT
Unaligned ( gi|45 ): ATAAATGATAGCTTACTCTTTCATCATGTTAAATTTTCTATTCATAA
Unaligned ( gi|47 ): ATTGTATGGTTTAACAAACATAAATTTCAGATGAAAAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111 3333333333333 1111 11111111 111 3333333333333 1111 111111 11 11111 77777777777777777777777 1111111 333333333333333 11 666666666666666666666666 888888888888888888888888888888888888888888 11111111 11111111 111111 33333333333333 11111111 111111
lowQualScore : 55 4 55 8 3 3 3 6666666666666 3 666 44 44 44 3 2 3 3 3 3 3 3 888 55 4444444444444 555 3 44 3 3333 6 3 3 2 8 2 5 55 666 33 33 33 33 33 4 2 2 33 333 4 4444 22 2 888888 2 22 2 333 2 2 22 22 77 55555555 6666 111 22 33 22 66 2 2 22 22 2222222222222 33 9999 1111 444 2 4444 333333 333 2 2 2 2 5555 22 5 5 5 8888 2 2 2 99 444 0 2 2 2 77 00000 33 2 2 5 66666 2 3 3 555 00000000000000000000000 66 5555555 4 777 4 66 1 9999 66 4 888888888888888 4 4 2 2 3 22 666666666666666666666666 3 55 99 4 666 7777 3 111111111111111111111111111111111111111111 66 1 33333333 66666666 222222 4 4 4 4 55 99999 55 55 3 55 777 66 7777 55 999 3 2 44444444444444 7777 3 44 1 44 666 33333333 3 55555 111111 4 4
lowQualScore : .. . .. . . . . ............. . ... .. .. .. . . . . . . . . ... .. ............. ... . .. . .... . . . . . . . .. ... .. .. .. .. .. . . . .. ... . .... .. . ...... . .. . ... . . .. .. .. ........ .... ... .. .. .. .. . . .. .. ............. .. .... .... ... . .... ...... ... . . . . .... .. . . . .... . . . .. ... . . . . .. ..... .. . . . ..... . . . ... ....................... .. ....... . ... . .. . .... .. . ............... . . . . . .. ........................ . .. .. . ... .... . .......................................... .. . ........ ........ ...... . . . . .. ..... .. .. . .. ... .. .... .. ... . . .............. .... . .. . .. ... ........ . ..... ...... . .
lowQualScore : 55 0 55 0 6 6 6 9999999999999 6 444 66 66 66 3 1 6 6 6 6 1 1 555 88 6666666666666 444 1 00 1 2222 2 1 1 5 6 7 0 99 999 22 11 11 11 11 4 2 2 11 999 4 5555 99 1 222222 1 99 1 000 1 1 99 99 99 33333333 2222 888 88 22 88 88 0 0 88 99 2222222222222 22 1111 5555 111 2 7777 111111 999 4 4 5 5 3333 88 3 3 3 3333 7 9 9 77 444 9 7 7 7 33 33333 77 7 7 3 77777 9 1 1 444 11111111111111111111111 11 3333333 4 888 4 11 1 4444 11 4 999999999999999 4 0 5 3 6 33 555555555555555555555555 6 55 55 4 444 7777 6 777777777777777777777777777777777777777777 11 9 22222222 11111111 888888 4 4 4 0 55 11111 00 00 6 55 000 11 7777 00 888 6 8 22222222222222 1111 3 66 0 66 444 22222222 6 88888 555555 0 0
consensus : ATGATACGTTCAA--GTA-AA--T-ATGCA-TA-TT-TTAC-----T-------T-GATA---ATAGTTA--AAT--ATG--TATT-CATTTACTA-T-TTTC-AT-GAATGAT-A-TG---CC-TTATC-------------TAA---C-ATCGA-A-C--TTAT-T-A-ACTTA-AAG-ATAAAAATT-A--CC---TGC--AAC--TCTT--G--C--C-TGTC-TT-GAAG--TCAT---GGT-GT----A--CAAT-AC------C-AA--A-GT--G-AT-A--GC--A--A--AT----A----G---TT--TA-CCA--GGG--TTTGAA-T-A--CTT--A-GGTA----TG--TATA--TCA----AA----GG---TG-AC----A------T---TGC-T-TTTTGTAA-A-T----TGG--CT-T-CAT-TC----A-GG-A-ATG-TTTTT---ATAGC-A-AT-CAA--GACA-----T--A-CCCC-A-CC-----TT-C-AA-GACAC---ACCAG----------T---A--------TA--GT---T---T-AAT---CC-CTCATT--ATGACAC----AC--AAT-T---------------GTAA-ATC-CCTGAGATTGATTA--TTAC-------C----------T-----CAAA-CAA--TAAAC--ACCT-GTC---ATA----TCA-TTTAC-------------C------------ATT-------------CA--TCAGGGTATTCA--------ATGAAG--------CCA------AAA-G-TGACACTTA-T-TACA--CACAACCTG-----A--TA--TTGTT-AGATCTCA--CAAA---GACCAC--TTCTTGTCTG----GATG--GGAATGTG--TG-CANTTTAAT------G-------TC----TT-GTACAAAAGTGTA--AGNTGGCGA--GATCAGG---TCGGTCGA--------ATGTCATTG-CATTATA--ATAAC------CATG-CATG-TAACCT
Reference ( family-436 ) : ATGATACGTTCAA--GTA-AA--T-ATGCA-TA-TT-TTAC-----T-------T-GATA---ATAGTTA--AAT--ATG--TATT-CATTTACTA-T-TTTC-AT-GAATGAT-A-TG---CC-TTATC-------------TAA---C-ATCGA-A-C--TTAT-T-A-ACTTA-AAG-ATAAAAATT-A--CC---TGC--AAC--TCTT--G--C--C-TGTC-TT-GAAG--TCAT---GGT-GT----A--CAAT-AC------C-AA--A-GT--G-AT-A--GC--A--A--AT----A----G---TT--TA-CCA--GGG--TTTGAA-T-A--CTT--A-GGTA----TG--TATA--TCA----AA----GG---TG-AC----A------T---TGC-T-TTTTGTAA-A-T----TGG--CT-T-CAT-TC----A-GG-A-ATG-TTTTT---ATAGC-A-AT-CAA--GACA-----T--A-CCCC-A-CC-----TT-C-AA-GACAC---ACCAG----------T---A--------TA--GT---T---T-AAT---CC-CTCATT--ATGACAC----AC--AAT-T---------------GTAA-ATC-CCTGAGATTGATTA--TTAC-------C----------T-----CAAA-CAA--TAAAC--ACCT-GTC---ATA----TCA-TTTAC-------------C------------ATT-------------CA--TCAGGGTATTCA--------ATGAAG--------CCA------AAA-G-TGACACTTA-T-TACA--CACAACCTG-----A--TA--TTGTT-AGATCTCA--CAAA---GACCAC--TTCTTGTCTG----GATG--GGAATGTG--TG-CAGTTTAAT------G-------TC----TT-GTACAAAAGTGTA--AGNTGGCGA--GATCAGG---TCGGTCGA--------ATGTCATTG-CATTATA--ATAAC------CATG-CATG-TAACCT
gi|1 : ATGATACGTTCAA--GTA-AA--TTATGCA-TA-TT-TTAC-----T-------TTGA-A---ATAGATATTAATTGATA--TAT--CATTTA-TA-TGTTTCGATAGAATGATTA-TG---CCCTTATA-------------TAAGACC-ATCGA-A-TCTTTAT-TTA-ACTTA-AAG-ATAAAAAAT-A--CCTCTTGC--A-----CTTAAA--C--CGTGTC-TT--AAG--TCAT---AGA-GTTGCAA--CAAT-AC------C-AATTATGT--G-GT-A--GT--AC-A--AT----A----GAGTTT--TA--CA--TGG--GTTGAA-T-AATCTT--G-GTTAAT--CG--TGTAATTCG----AATGATGG---TG--C----A------T---TG--T-TTTTGTAA-A-T----TGGGCCT-T-CATCTC----A-GGAA-ATG-TTTTTTTAATAG--A-AT-CAAAGGACA-----T--A-CTCC-A-CCATCTATT-CAAA-GACACTAAACTAG----------TA--A--------TA--GT---T---TCAAT---CC-CTCATT--A-GACAA----AC--AAT-TGTATATTACCCCGGGGTAA-ATC-CGTGAGATTGATTA--TTAC-------CTGTCA-----T-----CAAA-CAAATTACAC--TCTG-GTC---ATAATACTCATTTTAC-------------C------------ATT-------------
gi|10 : tgtatgatttacaacacataaatttcagatgaaatgatagttgctctttcaaacatgttaaatttacattctattcataaagtctatacactaagtaaaaataaattgcttttatggaatgAGATTGATTA--TTAT-------C----------TATTATCAAA-CAG--TAAAC--ACCT-GTA---ATA----CCA-TTTAC-------------C------------ATTGAGTTCAAATATTCA--TCAGGGTATTCA--------ATGAAGTCATGACTCCA------AAA-G-TGACACTTA-T-CACA--CATAATCTG-----A--T-------------CTCA--CAAA---GATCAC--TTCTTGTCTG----GATG--GGAATGTT--TG-CAGTTTAAT------GAG-----TCAGACTT-GTACAAAAGTGTA--AGATGGCGA--GATCAGG---TCGATCGA--------ATGCCATTA-TGTT-----ATAAC------CATG-CATG-TAACCTgaatcaaatttcatcag
gi|11 : GAT-A-TG---C--TTATCACTTGA-------TAA---T-ATTAA-A-----TATAG-A-AATTAGAAG-ATAAAAATTCA--AC---T-C--AAC--TTTT--G--C--C-TGTC-TT-GAAT--TCAT---GGT-GT----A--CAAT-A-------C-AA--A-G---G-AT-A--GC--ATTA--AA----A----G----T--TA-ACA--GGG--TTTAAA-T-A--TTC--A--GTA---------ATA--TTA----GGTT--GA---TG-AC----AT-----T---TGC-A-TTCTGCAA-A-T---------CT-T-CAT-TC----A-TG-A-ATG----TT---A-AGC-A-AT-CAA--GCCA-----T--A-AACT-ACCC-----TC-C-AA-TAAAC---AACAgagtaggcacactaaatgtttatatacgatcaaccaatatcacaatggaaccagaagaccaggacatacatattacctgtctttcactctt
gi|12 : aaatacatttttgtagattaactaaacattaaaagattgtgttcattttctaaagctacaaactcaagaaatgatacttatcctatgatactatgactatcaGAT-A-TG---C--TTATCACTTGA-------TAA---T-ATTAA-A-----TATAG-A-AATTAGAAG-ATAAAAATTCA--AC---T-C--AAC--TTTT--G--C--C-TGTC-TT-GAAT--TCAT---GGT-GT----A--CAAT-A-------C-AA--A-G---G-AT-A--GC--ATTA--AA----A----G----T--TA-ACA--GGG--TTTAAA-T-A--TTC--A--GTA---------ATA--TTA----GGTT--GA---TG-AC----AT-----T---TGC-A-TTCTGCAA-A-T---------CT-T-CAT-TC----A-TG-A-ATG----TT---A-AGC-A-AT-CAA--GCCA-----T--A-AACT-ACCC-----TC-C-AA-TAAAC---AACAagtgag
gi|13 : aaatacatttttgtagattaactaaacattaaaagattgtgttcattttctaaagctacaaactcaagaaatgatacttatcctatgatactatgactatca-------------CA--CCAGTGTAT-CA--------GTGTCA--------CAA------ATA-GATAACA--TA-TGTACATGCACAAACTG-----ACTTA--TTGTTTAGTTCTAAAACAAATAGAACCACCATTCTTGTCTG----GATATAGGGATGTAGATG-AATTTTAAT------G-------TC----TTAGTA----AGTGTAGTAGTTGGCAATAGAGCAAGAAGTCGGTCGA--------A-GTCATTGGCATTATA--ATA--------CATG-CATGATAACagtgag
gi|14 : aattctagatagAG-ATAAAAATT-A--CCC--TGCTTGAC--TCT---G--C--C-TGTC-TT-GAAG--TCAT---GGT-GT----AAGCAGTGAC------C-AA--A-ATCGG-AT-A--GC-----A--AT----AG---G---TTTATA-CAA--GGGTTTTTG-A-T-A--CTTTAA-GG------TG--TA-A--TCA----AA----GG---TGAACCACAA------T---TTC-T-TTCTGCAA-AGT----TGG--CT-TCCCT-TC----ATGA-A-ATG--TTTT---ATAGC-ACAT-CAA--G--A-----T--A-CCCT-A-CC-----tgaatagacacgacctataagagttttattcatggctatcgtcacaaatcatcaactattggaaccagcgagaaaaccggaacataattacattttcctgtctttaccagtctttgc
gi|15 : cagtaataataaattcttgtcttggaaatgataaccttatgcttatctatacttagactatcagtaaatatgtgttaaatatgatagaaatttccACGATACGTTCAA--GTA-AA--T-ATGCA-TA-TT-GTAC-----T-------T-GATA---ATAGTTA--AAT--ATG--TATT-CATTTACTA-T-TTTC-AT-GAATGAT-A-TG---CC-TTATC-------------TAA---C-ATC-------------T-A-ACT------------GATT-A--CC---TGC--ATC--GCTT--G--C--T-TGTC-TT---------------------------CAAC-AC------C-AA--A-GT--G-AT-A--TC--A--A--ATAG--A----G---TT--GA-CCA--GGG--TTTGGA-T-A--CTT--T-G--------G--TATA--TCA----AA----GG---TA-AT----A------T---TGC-T-TTTTGTAA-A-T----TGG--CT-T-CAagctaaactgctattgt
gi|16 : atcagatgaaaatgatagcttgctctctcaacatgttaatttttctattcatagttacacactcagtaaaataaaatcttttatggaaTGCA-TAATT-TTAT-----TCCCAAGGT-GATA---ATTGATA--AAT--ATG--TAT--CATT-ACTC-T-TT---AT-AAATGGT-A-TGTAGCC-TTCTC-------------TAA---C-ATTTA-A-C--TATT-T-A-TCTTA-AGGCATTAAAATT-AGACC---TGC--A-C--TCTT--G--C--C-TGTC-TTTGAAG--TCATCTAGGTAGT----A--CA-T-AC------CTAA--A-GT--G-ATCA--GT--C--G--AT----ATCCAG---TT--TATCCA--GTG--TTTGAA-T-G--CTT------TA----GG--TATA--T-A----AA----GG---TG-AC----A------C---TAG-C-TTTTGTAA-A-TGGTGTGGA-CTCT-CATCTCA---A-GG-AGATG-ATTTT---
gi|17 : aaacaaaacttgtatggaaggatagttcatAACATG-----A--TA--TTGCT-AGATCTCA--CAAA---GACCAC--TTCTTATCTACTAAGATG--GGAATGTG--TG-CAATTTAAT------G-------TC----TT-TTACAAAAGTGTA--AGTTGACGA--GTTCAGG---TCGGTCGA--------ATGTTATTG-CATTATA--ATAAC------CATG-CATG-TAACCT
gi|18 : ---ATA----TCA-TTTACAGTTGAATTCATAT------------ATT-------------CA--TCAGGATAT-CA--------ATGAAG--------CCGTGAATCAAA-G-TGACACTTA-T-TACA--CATAATCTG-----A--TACATTGTT-AGACCTCA--CAAA---GACCAC--TT---GTCTA----GATG--GGAATGTT--TG-TTGTTTAATTAGTCAG-------TC----CT-GTACAAAAGTGTA--AGATGGCGA--TACCAGG---TCGATCGA--------ATGTCATTG-CATTATATTAAAACCATATGCATG-CATG-TGACCTgaatagacacactaaatgtttatatactatcaacaaatatcaaattggaatcagaagaacggaacatacatattacctgtatttcactctttgtcc
gi|19 : TCTTGTCTA----GATG--GGAATGTAA-TGACAGTTTA-T------GAGTCAGTCC----TT-GTACAAAAGTGTA--AGCTGGCGA--TATC-GG---TCAGTCGA--------ATGCCATTG-CATT-----ATAAC------CATGCCATG-TAACCT
gi|2 : ATGATACGTTCAA--GTA-AA--T-ATGCA-TA-TT-TTAC-----C-------T-GATA---ATAGTTA--AAT--ATG--TATT-CATTTACTG-T-TTTC-AT-AAATGAT-A-TG---CC-TTATC-------------TAA---C-ATCGA-A-C--TTAT-T-A-ACTTA-AAG-ATAAAAATT-A--CC---TGC--AAC--TCTT--G--C--C-TGTC-TT-GAAG--TCAT---GGT-GT----A--CAAT-AC------C-AA--A-GT--G-AT-A--GC--A--A--AT----A----G---TT--TA-CCA--GGG--TTTGAA-T-A--CTT--A-GGTACTTTTG--TATA--TCA----AA----GG---TG-AC----A------T---TGC-T-TTATGTAA-A-T----TGG--CT-T-CAT-TC----A-GG-A-ATG-TTTTT---ATAGC-A-AT-CAA--GACA-----C--A-CCCC-A-CC-----TT-C-AA-GACAC---ACCA-----------T---A--------TA--GT---G---T-AAT---CC-CTCATT--ATGACAC----CC--AAT-T---------------GTAA-ATC-CCTGCGATTGATTA--TTAC-------C----------T-----CAAC-CAA--TAAAC--ACCT-GTC---ATA----TCA-TTTTC-------------C------------ATT-------------CA--TCAGGGTATTCA--------ATGAAG--------CCA------AAA-G-TGACACTTA-T-TACA--CACAACCTG-----A--TA--TTGTT-AGATCTCA--CAAA---GACCAC--TTCTTGTCTG----GATG--GGAATGTG--TG-CATTTTAAT------G-------TC----TT-GTACAAAAGTGTA--AGTTGGCGA--GATTAGG---TCGGTTGAATGTGACTATGTCATTG-CATTATA--ATAAT------CATG-CATG-TAACCTgagtaggcacactaaatgtttatatactaccaagaaatatcacattggaaccaagaagaacggaacataatattacctggcctttcactctttgttc
gi|20 : TCTTGTCTA----GATG--GGAATGTA--TG-CAGTTTAAT------GAGTCAG-TC----TT-GTACAAAAGTGTA--AGCTGGCGA--TATCAGG---TCAGTCGA--------ATGCCATTG-CATT-----ATAAC------CATG-CATG-TAACCT
gi|21 : AT-A-TG---CC-T-ATT-------------TTA---C--TTAATA-G--TTAT-T-A---TTA-A-G-ATAAAAATC-A--CC---TGC--AAC--TATT--G--C--C-TGTC-TT-GAAC--TCAT---GGA-GT----A--CAAT-AC------C-AA--A-AT--G-AT-A--GC--A--A--TT----A----GAA-TT--TA-ACA--GGG--TTTTAA-T-A--CTT--A-GGTA----TA--Tgagtaggcacactaaatgtttatatactaccaagaaatatcacattggaaccagaagaacggaacataatattacctgcctttcactctttgttc
gi|22 : ttttcataaagctacatactcaataaaataaaatacatatgactataaagcaaATGATACGTTCAA--GTA-AA--T-ATGCA-TA-TT-TTAC-----T-------T-GGTG---ACAGTT----AT--ATG--TATT-CATTTACTA-T-TTTC-AT-GAATca
gi|23 : gtatgatttaacaaacatagatttcagatgaaaatgatagcttgctctttcaacatgttaaattttctattcataattaaagttacacactcagtaaaataaaatctttatggaaT------G-------TC----TT-GTACAAAAGTGTA--AGTTCGCGA--GATCAGG---TCGGTCGA--------ATGTCATTG-CATTATG--ATAAC------CATG-CATA-TAACCT
gi|24 : TAAAAATT-A--CC---TGC--AAC--TCTT--A--T--C-AGTC-TT-GAAG--TTAT---GGT-GT----A--CAAT-AC------C-AA--A-GT--G-AT-A--GC--A--ATGAG----A----G---TT--TA-ACA--GGT--TTTAAA-T-A--CTT--A-G--------G--TATA--TCA----AA----GG---TG-AC----A----------TNC-TGTTTTATAgaataggcacactaaatgtttatatacatgtactatcaacaaatatcaaattggaaccagaagaacggaacatacatacctgtctttcactctttgtcc
gi|25 : atcagaatgttttttaacaaaatatgatagaaat--------ATGAAG--------CCA------AAA-G-TGACACTTAAT-TACA--CACAACCTG-----A--TA--TTGTT-AGAGCTCA--CAAA---GTCCAC--TTCTTGTCTG----GATG--AG----TG--TG-CATGTTAAT------G-------TT----TT-GTACAAAAGTGTA--AGATGGCGA--GAACAGG---TTGGTCGA--------ATGTCATTG-CATTATA--ATgcaatcaaaccata
gi|26 : ccTA--AAT--ATGCCTATTGCACTTGATA-G-TTT------GATAAT-A--G---CT-AAATA-------------TGA---T-AT--A-A-T--TTAT-T-A-A-------G-ATACAAAT--A--CA---TGC--AAC--TCTT--G--G--A-TGTC-TT-CAAG--TC---------GT----A--CAAT-AC------C-AA--A-AT--G-AC-A--GG--A--ATTAA----A----G---TG--TA-GCA--GTG--TTTTAA-T-A--CT
gi|27 : caagG-TTTTT---ATAGC-A-AT-CAA--GACA-----T--A-TCCC-A-CC-----CT-C-AATAAAAC---ACCAGGGAAAC----TACAA--------TA--GT---T---T-CAT---TTGCTCTTT--ATGACAC----AT--AAT-T---------------GTAT-ACC-CCTGAGATC-ACCAAGTGACAG-----A----------T-----TAAA-CAC--TAAAC--ACTT-G------------TCA-TTTAC-------------C------------GTT-------------
gi|28 : C--TCTT--G--C--C-TGTC-TT-GAAG--TCAT---GGT-GT----A--CGAT-AC------C-AA--A-AT--G-AC-A--TC--A--ATTAT----A----G---TT--TA-ATA--GGG--TTTGAA-T-A--CTT--A-G--------G--TATA--TCAACGTAA----AG---TG-AC----A------T---TGC-T-TTTTGTAA-A-T----TGG--Cga
gi|29 : GTACAT--GTA-AA--T-ATGCA-TA-TT-TTACACGAGT-------T-AATACTAGTAGTTA--AAT--ATG--TATT-CATT
gi|3 : aaaataaaattttgtatggaaatgataccttttccttatactaatgaatatcaaT----A--CAAT-AC------C-AA--A-GT--G-AT-A--GC--A--A--AT----A----GAG-TT--TA-CCA--GGG--TTTGAA-T-G--CTT--A-GGTA----T------A--TCG----AA----GG---TG-AC----A------T---TGC-T-TTTTCCAA-A-T----TGG--CT-T-CAT-TC----G-GG-A-ATG-TTTTT---ATAGC-A-AT-CAA--AACA-----T--A-CCCCCA-CC-----TT-C-AA-GACAC---ACCAG----------T---AAAACTAC-TATTGT---T---T-AAT---CC-CTCATT--ATGACAC----AC--AAT-T---------------GTAA-ATC-CCCGAGATTGATTA--TTTT-------C----------TGTCATCAAA-CAA--TAAAC--ACTT-GTT---CTA----TCA-TTTAC-------------C------------ATTGAATTCAAATATGCA--TCAGGGTATTCA--------ATGAAG--------CCA------AAA-G-TGACACTTA-T-TGCG--CACATCCTG-----A--TA--TTGTT-AGATCTCA--CAAA---GACCAC--TTCTTGTCTG----GATG--GGAATGTG--TG-CATTTTAAT------G-------TC----TT-GTACAAAAGTGTT--AGATGGCGA--GATCAGG---TCGGCCGA--------ATGTCATTG-CATTATA--ATAAC------CATG-CATG-TAACCT
gi|30 : CTTA-AAT-ATAAAAATT-A--CC---TGC--AAC--TCTT--G--A--C-TGTC-TT-TAAG--TCAT---GGT-GT----A--TAAT-ACCAAAGGC-AA--A-GT--G-AT-A--GC--A--A--AT----A----GAT-TT--TA-CCA--GGG--TTTGAA-T-A--CTT--A-GGTA----Tgaataggcacactaaatgtttatatattatcaacaaatatcaaattggaaccagaagaacagaacatacatattacctgtcttttattctttgtc
gi|32 : ----A----G---TT--TA-CCA--GGG--TTTGAA-T-A--CTT--A-GGTA----TG--T------CA----AA----GG---TG-AC----ACTGACAT---TGC-T-TTTTG-------------G--CT-T-CAT-TC----A-TG-A-ATG-TATTT---ATAGC-A-AT-CAA--GACA-----T--A-CCCC-A-CC-----TT-
gi|33 : g-TACA--TCCAAGATG-----A--TA--TTGTT-ATATCTCA--CAAA---GACCAC--TTCTTGTCTA----GATT--GGAATGTT--TG-CAGTTTAATGAGTCAG-------TC----TT-GTACAAAAGTGAA--AGATGGCGA--
gi|34 : ---ATA----TCA-TTTAC-------------C------------ATTGAATTTAAATATTCA--ACAGGGTATTTATCGAAGCCATGAAT--------CCA------AAA-G-TGACACTTA-T-CACA--CATAAACTGATATTA--TA--TTGTT-AGATC
gi|36 : GC--AAC--TCTT--G--C--C-TGTC-TT-GAAG--TAAT---GGC-AT----A--CAAT-AC------A-AA--A-CT--G-AT-A--GG--A--A--TT----A----G---TT--AA-ACA--GGA--TTGTAA-T-A--CTT--A-G--------G--TATA--TCA----AA----GG---TG-AC----A------T---
gi|39 : --------ATTAAT--------CCA------AAA-G-TGACATTTA-T-TACA--CACGACCTG-----A--TA--TTGTT-AGATCTCA--CAAA---GACCA
gi|4 : gccATGATACGT-CAA--GTATAA--T-ATGCA-TA-TT-TTACA----T-------T-GATC---ATAATTA--AAT--CTG--TATT-CATTTACTC-T-TTTC-AT-GAATGAT-A-TG---CC--TAGC-------------TAG---CAATCGA-A-C--TTAT-T-ACACTTATAAG-ATTAAAATT-AT-CC---TGC--AACTTTCTT--GGTCAAC-TGTCTTT-GAAGTATTAT---GGTAAT----A--CAAT-ACA-----A-AA--A-GT--GCAT-A--GC--A--A--ATAG--A----G---TT--TA-CCA--GGGT-TTTGAA-T-A---TT--A-CTTA----TGGTTATA--TCAAAT-AA----GG----G-GC----A------TATATGCAT-TAATGTAA-A-T----TGGTTCT-T-CAT-TC----A-CG-A-GTG-TTTTA---ATAGC-A-AT-CAA--GACA-----TTAA-CCCC-A-CC------T-C-AA-GACAC---ACCAGTGAAACTAACT---A--------TA--GT---T---T-AAT---CC-CTCATTTGACGACACCAATACCGAAT-TAATAC----------GTAA-ATC-T---AGGTT-------TTAT-------C----------T-----GAAA-CA
gi|40 : ttgtatgatttaacaaacataaaattccaagatgaaaatgatagctgctctttcaacatgttaaattttctattcattaaagcgttacacactcagtaaaacataaaaatccttttatggaaTTTT---ATAGC-A-AT-CAA--ACCC-----T--A-CCCC-A-CC-----TT-C-AA-TAAAG---ACCAG----------T---
gi|43 : AT-TC----C-GG-A--TG-TTTTT---ATAGC-A-AT-CAA--GATATACGGT--A-CCCC-A-CC-----TT-C-AA-GACAgaaactgctattg
gi|46 : -CCTGAGAATGATTA--TTAC-------CCTGGCTATCAT-----CAAA-CAA--TAAAC--ACa
gi|48 : tG-GC----A------T---TGC-A-TTTTGTAA-A-T----TGG--CT-T-CAT-TC----A-G
gi|5 : ATGATAC-TTCAACTGTA-AA--TGATGCA-CA-TTATTAC-----T-------T-GATA---ATAGTTA--AAT--ATG--TATT-CATT-ACTAAT-TTTC-AT-GAATGAT-AATGG--CC-TTATCCATTGCTGAACAATAA---C-ATCGA-AAC--CTAT-T-A-A-TTA-AA--ATATAATTT-A--C----TA---AAC--TCTT--G--C--C-TGTC-TT-GAAG--TCCT---GGT-GT----G--CAAT-AC------C-AA--A-G---G-AT-A--GC--A--A--ATAAGCA----G---TT--AA-CCA--GGGT-TTTGAA-TCA--CTT--ATGGTG----T-----CA--TCA----AA----AGGCTTG-AC----AG-----T---TGC-T-TTTTTTAATA-T----TGG--CTGTGCAT-TCAAGGA-GG-A-A-G-CTTGT---ATAG--A-ATCCAACGAACA-----T--A-CTAC-A-CC-----TTCC-AA-GACAC---ACCAG----------TTG-AAAACTGACTA--GTACGTCTGT-AATCTCCC-CTCATT--ATGACAC----AA--GATCT---------------GTAA-ATCACCTGAGA-TGATTAT-TTACCGTATCGC----------T-----CAAAGCAA--TAAATCAACCTCGTCGATATA----CTA-TTT---------------C------------ATT-------------GAAGTCA-AATATTCA--------
gi|6 : ttcatcaagtaacactcagcataaacaagattctttatggaaATGATGCGTTCAA--GTA-AA--T-ATGCAATA-TA-TTAC-----T-------T-GTTA---ATAGTTA--AAT--ATG--TATT-CAT--ACTA-T-TTTC-AT-GAA-GAT-A--A---C---TATC-------------T-----------------------T-A-ACT-A-AAG-A---AAATT-A--C----TGC--AA---TCTG--G--C--C-TGTC-TT-GAAG--TCAT---GGT-GT----A--CAAT-AC------C-AA--T-GA--A-AT-ATGGCAAA--A--AG----A----G---TT--TA-CCAGTGGG--TTTG-A-T-A--CTT--A----------G--TATA--T------AA----AT---TG-AC----G------T---TGG-T-TTTTTTAA-A-T----TGGCTCT-T-C-T-TC----A--G-A-ATG-ATTTT---ATAGC-A-AT-CAA---ACATT---T--A-CCCC-A-CC-----TT-C-AA-GACAC---ACCAG----------T---G--------AA--AC---TAC-T-TAT---AC-CTCATT--ATAA-AC----AC--AAT-T---------------GTAACATC-CCTGAGA-TGATTA--TTAC-------CATTCAT----T-----CAAA-C-A--TAAAC--ACCT-GTC---ATA----TCA--TTAC-------------C------------ATT-------------tcagcggta
gi|7 : atgtattattaacctgacataatttcagatgaaaatgatagcttgctctttcaacatgttacatttctgattcactaaatacacactcagtaaaataaaattttattggaaATTATACGTTCAA---TA-AAATT-GTCCA-TA-TT-TTAC-----T-------T-GATA---ATAGT-A--AAT--ATG--TATT-CATTTACTA-T-TTTC-AC-GAATGAT-A-TG---CC-TTATC-------------TAA---C-ATCGA-A-C--TTAT-T-A-ACTTA-AAG-ATAAAAATT-A--CC---TGC--AAC--TATT--G--C--CTTATC-TT-GAAG--TCAT---GGT-GT----A--CAAT-AC------C-AA--A-GT--G-AT-A--GC--A--A--ATAG--A----G---TT--TA-CCA--GGG--TTTGAACT-A--CTT--A-GGTA-----------A--TCT----TA----GG---TG-AC----A------T---TGC-T-TTTTGTAA-A-T----TGG--CT-T-CAT-TC----A-GG-A-ATGTTTTTT---AAAGCAA-AT-CAA--GACA-----T--ACCCCC-A-CT-----TT-C-AA-GACAC---ACCAGTGAAACTCA-T---A--------TA--G----T---T-AAT---CC-CTCATT--ATGACAC----AC--AAT-T---------------GTAA-AT--CCTCAGGTT-ATTAC-TTAT-------CA---------T-----CAAA-CAA--T-AAC--ACCT-GTC---ATA----TCG-TTTAC-------------CATTGAATTCAAAATT-------------CA--TCAGGGTATTCA--------ATgaattcaaatatttctcagagt
gi|8 : attttctattcattcaagtatacactcaataaaataaaataatttgtatggaaATGATACGTTCAA--GTA-AA--T-ATGCA-TA-TT-TTAC-----T-------T-GATA---ATAGTTA--AAT--ATG--TATT-CATTTACTA-T-TTTC-AT-GAATCAG-A-TG---CC-TTATC-------------TAA---C-ATCGA-A-C--TTAT-T-A-ACTTA-AAG-ATAAAAATT-A--CC---TGC--AAC--TCTT--G--C--C-TGTC-TT-GAAG--TCAT---GGT-GT----A--CAAT-AC------C-AA--A-GT--G-AT-A--GC--A--A--ATAG--A----G---TT--TA-CCA--GGG--TTTGAA-T-A--CTT--T-G--------G--TATA--TCA----AA----GG---TG-AC----A------T---TGC-T-CTTTGTAA-A-T----TGG--CT-T-TAT-TC----A-GG-A-ATG-ATTTT---AGAGC-A-AT-CAA--GACA-----T--A-CCCC-A-C---------C-AA-GACAC---ACCAG----------T---tg
gi|9 : ttgtatgatttaacaaacataaatttcagatgaaattgatagcttgctctttcaacatgttaaattttctattcataaagttacacactcagtaaaataaaatcttttgtggaa---ACTAC----------T---A--------TA--GT---T---T-AAT---CC--TCATT--ATGA-AC----AC--AAT-T---------------GTAA-ATC-C-TGAGATTGATTA--TTAC-------CTATCA-----T-----CAAA-CAA--TAAACA-ACCT-GTC---ATA----TCA-TTTACATTGAATT-----CAAATA-------ATT-------------CA--TCAGGGTATTCA--------ATGAAG--------CCA------AAATG-TGACTCTTA-T-TACA--CACAACCTG-----A--TA--TTGTT-AGATCTCA--CAAA---GACCAC--TTCTTGTCTG----GATG--GGAATGTG--TG-CATTTTAAT------G-------TC----TT-GTACAAAAGTGTA--AGTTGGCGA--GATCAGG---TCGGTTGA--------ATGTCATTG-CATTATA--ATAAC------CATG-CATG-TAACCTgaaactactatagt
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): ATATGCTTTAACAAACAATATATTTAAGATAAAACGGTAGCATACTCTTTCAACACAATTTTCATAAAGCAACACACTCAGTAAAATAAAATCTTGCATGAAAATGATA
Unaligned ( gi|35 ): ATGATAAGAAACATACATTTCAGATAAAATGATAATTTACTCTTTCTACATATTCAGTTTTCGTAAAGCTACACACTTAGTAAAATAAAATCTTGTATGGAA
Unaligned ( gi|37 ): GTATCCTGAATAGGCACACTAAATGTACTATCAACAAATATCAAATTGGAACCAGAAGAACGGAACATACGTATTACCTGTCTTTCACTCTTTGTCC
Unaligned ( gi|38 ): TATCAACAAATATCAAATTGGAACCAGAAGAACGGAACATACATATTACCTGTCTTTCACTCTTTGTCC
Unaligned ( gi|41 ): AGATTAACTAAACATTAAAAGATTGTGTTCATTTTCTAAAGCTACAAACTCAAGAA
Unaligned ( gi|42 ): AGATTAACTAAACATTAAAAGATTGTGTTCATTTTCTAAAGCTACAAACTCAAGAA
Unaligned ( gi|44 ): TATAATTCAACAAAAATAAATTTCAGATAAAATGCGTAAAATCAAAACAAT
Unaligned ( gi|45 ): ATAAATGATAGCTTACTCTTTCATCATGTTAAATTTTCTATTCATAA
Unaligned ( gi|47 ): ATTGTATGGTTTAACAAACATAAATTTCAGATGAAAAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111 3333333333333 1111 11111111 111 3333333333333 1111 111111 11 11111 77777777777777777777777 1111111 333333333333333 11 666666666666666666666666 888888888888888888888888888888888888888888 11111111 11111111 111111 33333333333333 11111111 111111
lowQualScore : 55 4 55 8 3 3 3 6666666666666 3 666 44 44 44 3 2 3 3 3 3 3 3 888 55 4444444444444 555 3 44 3 3333 6 3 3 2 8 2 5 55 666 33 33 33 33 33 4 2 2 33 333 4 4444 22 2 888888 2 22 2 333 2 2 22 22 77 55555555 6666 111 22 33 22 66 2 2 22 22 2222222222222 33 9999 1111 444 2 4444 333333 333 2 2 2 2 5555 22 5 5 5 8888 2 2 2 99 444 0 2 2 2 77 00000 33 2 2 5 66666 2 3 3 555 00000000000000000000000 66 5555555 4 777 4 66 1 9999 66 4 888888888888888 4 4 2 2 3 22 666666666666666666666666 3 55 99 4 666 7777 3 111111111111111111111111111111111111111111 66 1 33333333 66666666 222222 4 4 4 4 55 99999 55 55 3 55 777 66 7777 55 999 3 1 44444444444444 7777 3 44 1 44 666 33333333 3 55555 111111 4 4
lowQualScore : .. . .. . . . . ............. . ... .. .. .. . . . . . . . . ... .. ............. ... . .. . .... . . . . . . . .. ... .. .. .. .. .. . . . .. ... . .... .. . ...... . .. . ... . . .. .. .. ........ .... ... .. .. .. .. . . .. .. ............. .. .... .... ... . .... ...... ... . . . . .... .. . . . .... . . . .. ... . . . . .. ..... .. . . . ..... . . . ... ....................... .. ....... . ... . .. . .... .. . ............... . . . . . .. ........................ . .. .. . ... .... . .......................................... .. . ........ ........ ...... . . . . .. ..... .. .. . .. ... .. .... .. ... . . .............. .... . .. . .. ... ........ . ..... ...... . .
lowQualScore : 55 0 55 0 6 6 6 9999999999999 6 444 66 66 66 3 1 6 6 6 6 1 1 555 88 6666666666666 444 1 00 1 2222 2 1 1 5 6 7 0 99 999 22 11 11 11 11 4 2 2 11 999 4 5555 99 1 222222 1 99 1 000 1 1 99 99 99 33333333 2222 888 88 22 88 88 0 0 88 99 2222222222222 22 1111 5555 111 2 7777 111111 999 4 4 5 5 3333 88 3 3 3 3333 7 9 9 77 444 9 7 7 7 33 33333 77 7 7 3 77777 9 1 1 444 11111111111111111111111 11 3333333 4 888 4 11 1 4444 11 4 999999999999999 4 0 5 3 6 33 555555555555555555555555 6 55 55 4 444 7777 6 777777777777777777777777777777777777777777 11 9 22222222 11111111 888888 4 4 4 0 55 11111 00 00 6 55 000 11 7777 00 888 6 0 22222222222222 1111 3 66 0 66 444 22222222 6 88888 555555 0 0
consensus : ATGATACGTTCAA--GTA-AA--T-ATGCA-TA-TT-TTAC-----T-------T-GATA---ATAGTTA--AAT--ATG--TATT-CATTTACTA-T-TTTC-AT-GAATGAT-A-TG---CC-TTATC-------------TAA---C-ATCGA-A-C--TTAT-T-A-ACTTA-AAG-ATAAAAATT-A--CC---TGC--AAC--TCTT--G--C--C-TGTC-TT-GAAG--TCAT---GGT-GT----A--CAAT-AC------C-AA--A-GT--G-AT-A--GC--A--A--AT----A----G---TT--TA-CCA--GGG--TTTGAA-T-A--CTT--A-GGTA----TG--TATA--TCA----AA----GG---TG-AC----A------T---TGC-T-TTTTGTAA-A-T----TGG--CT-T-CAT-TC----A-GG-A-ATG-TTTTT---ATAGC-A-AT-CAA--GACA-----T--A-CCCC-A-CC-----TT-C-AA-GACAC---ACCAG----------T---A--------TA--GT---T---T-AAT---CC-CTCATT--ATGACAC----AC--AAT-T---------------GTAA-ATC-CCTGAGATTGATTA--TTAC-------C----------T-----CAAA-CAA--TAAAC--ACCT-GTC---ATA----TCA-TTTAC-------------C------------ATT-------------CA--TCAGGGTATTCA--------ATGAAG--------CCA------AAA-G-TGACACTTA-T-TACA--CACAACCTG-----A--TA--TTGTT-AGATCTCA--CAAA---GACCAC--TTCTTGTCTG----GATG--GGAATGTG--TG-CANTTTAAT------G-------TC----TT-GTACAAAAGTGTA--AGNTGGCGA--GATCAGG---TCGGTCGA--------ATGTCATTG-CATTATA--ATAAC------CATG-CATG-TAACCT
Reference ( family-436 ) : ATGATACGTTCAA--GTA-AA--T-ATGCA-TA-TT-TTAC-----T-------T-GATA---ATAGTTA--AAT--ATG--TATT-CATTTACTA-T-TTTC-AT-GAATGAT-A-TG---CC-TTATC-------------TAA---C-ATCGA-A-C--TTAT-T-A-ACTTA-AAG-ATAAAAATT-A--CC---TGC--AAC--TCTT--G--C--C-TGTC-TT-GAAG--TCAT---GGT-GT----A--CAAT-AC------C-AA--A-GT--G-AT-A--GC--A--A--AT----A----G---TT--TA-CCA--GGG--TTTGAA-T-A--CTT--A-GGTA----TG--TATA--TCA----AA----GG---TG-AC----A------T---TGC-T-TTTTGTAA-A-T----TGG--CT-T-CAT-TC----A-GG-A-ATG-TTTTT---ATAGC-A-AT-CAA--GACA-----T--A-CCCC-A-CC-----TT-C-AA-GACAC---ACCAG----------T---A--------TA--GT---T---T-AAT---CC-CTCATT--ATGACAC----AC--AAT-T---------------GTAA-ATC-CCTGAGATTGATTA--TTAC-------C----------T-----CAAA-CAA--TAAAC--ACCT-GTC---ATA----TCA-TTTAC-------------C------------ATT-------------CA--TCAGGGTATTCA--------ATGAAG--------CCA------AAA-G-TGACACTTA-T-TACA--CACAACCTG-----A--TA--TTGTT-AGATCTCA--CAAA---GACCAC--TTCTTGTCTG----GATG--GGAATGTG--TG-CANTTTAAT------G-------TC----TT-GTACAAAAGTGTA--AGNTGGCGA--GATCAGG---TCGGTCGA--------ATGTCATTG-CATTATA--ATAAC------CATG-CATG-TAACCT
gi|1 : ATGATACGTTCAA--GTA-AA--TTATGCA-TA-TT-TTAC-----T-------TTGA-A---ATAGATATTAATTGATA--TAT--CATTTA-TA-TGTTTCGATAGAATGATTA-TG---CCCTTATA-------------TAAGACC-ATCGA-A-TCTTTAT-TTA-ACTTA-AAG-ATAAAAAAT-A--CCTCTTGC--A-----CTTAAA--C--CGTGTC-TT--AAG--TCAT---AGA-GTTGCAA--CAAT-AC------C-AATTATGT--G-GT-A--GT--AC-A--AT----A----GAGTTT--TA--CA--TGG--GTTGAA-T-AATCTT--G-GTTAAT--CG--TGTAATTCG----AATGATGG---TG--C----A------T---TG--T-TTTTGTAA-A-T----TGGGCCT-T-CATCTC----A-GGAA-ATG-TTTTTTTAATAG--A-AT-CAAAGGACA-----T--A-CTCC-A-CCATCTATT-CAAA-GACACTAAACTAG----------TA--A--------TA--GT---T---TCAAT---CC-CTCATT--A-GACAA----AC--AAT-TGTATATTACCCCGGGGTAA-ATC-CGTGAGATTGATTA--TTAC-------CTGTCA-----T-----CAAA-CAAATTACAC--TCTG-GTC---ATAATACTCATTTTAC-------------C------------ATT-------------
gi|10 : tgtatgatttacaacacataaatttcagatgaaatgatagttgctctttcaaacatgttaaatttacattctattcataaagtctatacactaagtaaaaataaattgcttttatggaatgAGATTGATTA--TTAT-------C----------TATTATCAAA-CAG--TAAAC--ACCT-GTA---ATA----CCA-TTTAC-------------C------------ATTGAGTTCAAATATTCA--TCAGGGTATTCA--------ATGAAGTCATGACTCCA------AAA-G-TGACACTTA-T-CACA--CATAATCTG-----A--T-------------CTCA--CAAA---GATCAC--TTCTTGTCTG----GATG--GGAATGTT--TG-CAGTTTAAT------GAG-----TCAGACTT-GTACAAAAGTGTA--AGATGGCGA--GATCAGG---TCGATCGA--------ATGCCATTA-TGTT-----ATAAC------CATG-CATG-TAACCTgaatcaaatttcatcag
gi|11 : GAT-A-TG---C--TTATCACTTGA-------TAA---T-ATTAA-A-----TATAG-A-AATTAGAAG-ATAAAAATTCA--AC---T-C--AAC--TTTT--G--C--C-TGTC-TT-GAAT--TCAT---GGT-GT----A--CAAT-A-------C-AA--A-G---G-AT-A--GC--ATTA--AA----A----G----T--TA-ACA--GGG--TTTAAA-T-A--TTC--A--GTA---------ATA--TTA----GGTT--GA---TG-AC----AT-----T---TGC-A-TTCTGCAA-A-T---------CT-T-CAT-TC----A-TG-A-ATG----TT---A-AGC-A-AT-CAA--GCCA-----T--A-AACT-ACCC-----TC-C-AA-TAAAC---AACAgagtaggcacactaaatgtttatatacgatcaaccaatatcacaatggaaccagaagaccaggacatacatattacctgtctttcactctt
gi|12 : aaatacatttttgtagattaactaaacattaaaagattgtgttcattttctaaagctacaaactcaagaaatgatacttatcctatgatactatgactatcaGAT-A-TG---C--TTATCACTTGA-------TAA---T-ATTAA-A-----TATAG-A-AATTAGAAG-ATAAAAATTCA--AC---T-C--AAC--TTTT--G--C--C-TGTC-TT-GAAT--TCAT---GGT-GT----A--CAAT-A-------C-AA--A-G---G-AT-A--GC--ATTA--AA----A----G----T--TA-ACA--GGG--TTTAAA-T-A--TTC--A--GTA---------ATA--TTA----GGTT--GA---TG-AC----AT-----T---TGC-A-TTCTGCAA-A-T---------CT-T-CAT-TC----A-TG-A-ATG----TT---A-AGC-A-AT-CAA--GCCA-----T--A-AACT-ACCC-----TC-C-AA-TAAAC---AACAagtgag
gi|13 : aaatacatttttgtagattaactaaacattaaaagattgtgttcattttctaaagctacaaactcaagaaatgatacttatcctatgatactatgactatca-------------CA--CCAGTGTAT-CA--------GTGTCA--------CAA------ATA-GATAACA--TA-TGTACATGCACAAACTG-----ACTTA--TTGTTTAGTTCTAAAACAAATAGAACCACCATTCTTGTCTG----GATATAGGGATGTAGATG-AATTTTAAT------G-------TC----TTAGTA----AGTGTAGTAGTTGGCAATAGAGCAAGAAGTCGGTCGA--------A-GTCATTGGCATTATA--ATA--------CATG-CATGATAACagtgag
gi|14 : aattctagatagAG-ATAAAAATT-A--CCC--TGCTTGAC--TCT---G--C--C-TGTC-TT-GAAG--TCAT---GGT-GT----AAGCAGTGAC------C-AA--A-ATCGG-AT-A--GC-----A--AT----AG---G---TTTATA-CAA--GGGTTTTTG-A-T-A--CTTTAA-GG------TG--TA-A--TCA----AA----GG---TGAACCACAA------T---TTC-T-TTCTGCAA-AGT----TGG--CT-TCCCT-TC----ATGA-A-ATG--TTTT---ATAGC-ACAT-CAA--G--A-----T--A-CCCT-A-CC-----tgaatagacacgacctataagagttttattcatggctatcgtcacaaatcatcaactattggaaccagcgagaaaaccggaacataattacattttcctgtctttaccagtctttgc
gi|15 : cagtaataataaattcttgtcttggaaatgataaccttatgcttatctatacttagactatcagtaaatatgtgttaaatatgatagaaatttccACGATACGTTCAA--GTA-AA--T-ATGCA-TA-TT-GTAC-----T-------T-GATA---ATAGTTA--AAT--ATG--TATT-CATTTACTA-T-TTTC-AT-GAATGAT-A-TG---CC-TTATC-------------TAA---C-ATC-------------T-A-ACT------------GATT-A--CC---TGC--ATC--GCTT--G--C--T-TGTC-TT---------------------------CAAC-AC------C-AA--A-GT--G-AT-A--TC--A--A--ATAG--A----G---TT--GA-CCA--GGG--TTTGGA-T-A--CTT--T-G--------G--TATA--TCA----AA----GG---TA-AT----A------T---TGC-T-TTTTGTAA-A-T----TGG--CT-T-CAagctaaactgctattgt
gi|16 : atcagatgaaaatgatagcttgctctctcaacatgttaatttttctattcatagttacacactcagtaaaataaaatcttttatggaaTGCA-TAATT-TTAT-----TCCCAAGGT-GATA---ATTGATA--AAT--ATG--TAT--CATT-ACTC-T-TT---AT-AAATGGT-A-TGTAGCC-TTCTC-------------TAA---C-ATTTA-A-C--TATT-T-A-TCTTA-AGGCATTAAAATT-AGACC---TGC--A-C--TCTT--G--C--C-TGTC-TTTGAAG--TCATCTAGGTAGT----A--CA-T-AC------CTAA--A-GT--G-ATCA--GT--C--G--AT----ATCCAG---TT--TATCCA--GTG--TTTGAA-T-G--CTT------TA----GG--TATA--T-A----AA----GG---TG-AC----A------C---TAG-C-TTTTGTAA-A-TGGTGTGGA-CTCT-CATCTCA---A-GG-AGATG-ATTTT---
gi|17 : aaacaaaacttgtatggaaggatagttcatAACATG-----A--TA--TTGCT-AGATCTCA--CAAA---GACCAC--TTCTTATCTACTAAGATG--GGAATGTG--TG-CAATTTAAT------G-------TC----TT-TTACAAAAGTGTA--AGTTGACGA--GTTCAGG---TCGGTCGA--------ATGTTATTG-CATTATA--ATAAC------CATG-CATG-TAACCT
gi|18 : ---ATA----TCA-TTTACAGTTGAATTCATAT------------ATT-------------CA--TCAGGATAT-CA--------ATGAAG--------CCGTGAATCAAA-G-TGACACTTA-T-TACA--CATAATCTG-----A--TACATTGTT-AGACCTCA--CAAA---GACCAC--TT---GTCTA----GATG--GGAATGTT--TG-TTGTTTAATTAGTCAG-------TC----CT-GTACAAAAGTGTA--AGATGGCGA--TACCAGG---TCGATCGA--------ATGTCATTG-CATTATATTAAAACCATATGCATG-CATG-TGACCTgaatagacacactaaatgtttatatactatcaacaaatatcaaattggaatcagaagaacggaacatacatattacctgtatttcactctttgtcc
gi|19 : TCTTGTCTA----GATG--GGAATGTAA-TGACAGTTTA-T------GAGTCAGTCC----TT-GTACAAAAGTGTA--AGCTGGCGA--TATC-GG---TCAGTCGA--------ATGCCATTG-CATT-----ATAAC------CATGCCATG-TAACCT
gi|2 : ATGATACGTTCAA--GTA-AA--T-ATGCA-TA-TT-TTAC-----C-------T-GATA---ATAGTTA--AAT--ATG--TATT-CATTTACTG-T-TTTC-AT-AAATGAT-A-TG---CC-TTATC-------------TAA---C-ATCGA-A-C--TTAT-T-A-ACTTA-AAG-ATAAAAATT-A--CC---TGC--AAC--TCTT--G--C--C-TGTC-TT-GAAG--TCAT---GGT-GT----A--CAAT-AC------C-AA--A-GT--G-AT-A--GC--A--A--AT----A----G---TT--TA-CCA--GGG--TTTGAA-T-A--CTT--A-GGTACTTTTG--TATA--TCA----AA----GG---TG-AC----A------T---TGC-T-TTATGTAA-A-T----TGG--CT-T-CAT-TC----A-GG-A-ATG-TTTTT---ATAGC-A-AT-CAA--GACA-----C--A-CCCC-A-CC-----TT-C-AA-GACAC---ACCA-----------T---A--------TA--GT---G---T-AAT---CC-CTCATT--ATGACAC----CC--AAT-T---------------GTAA-ATC-CCTGCGATTGATTA--TTAC-------C----------T-----CAAC-CAA--TAAAC--ACCT-GTC---ATA----TCA-TTTTC-------------C------------ATT-------------CA--TCAGGGTATTCA--------ATGAAG--------CCA------AAA-G-TGACACTTA-T-TACA--CACAACCTG-----A--TA--TTGTT-AGATCTCA--CAAA---GACCAC--TTCTTGTCTG----GATG--GGAATGTG--TG-CATTTTAAT------G-------TC----TT-GTACAAAAGTGTA--AGTTGGCGA--GATTAGG---TCGGTTGAATGTGACTATGTCATTG-CATTATA--ATAAT------CATG-CATG-TAACCTgagtaggcacactaaatgtttatatactaccaagaaatatcacattggaaccaagaagaacggaacataatattacctggcctttcactctttgttc
gi|20 : TCTTGTCTA----GATG--GGAATGTA--TG-CAGTTTAAT------GAGTCAG-TC----TT-GTACAAAAGTGTA--AGCTGGCGA--TATCAGG---TCAGTCGA--------ATGCCATTG-CATT-----ATAAC------CATG-CATG-TAACCT
gi|21 : AT-A-TG---CC-T-ATT-------------TTA---C--TTAATA-G--TTAT-T-A---TTA-A-G-ATAAAAATC-A--CC---TGC--AAC--TATT--G--C--C-TGTC-TT-GAAC--TCAT---GGA-GT----A--CAAT-AC------C-AA--A-AT--G-AT-A--GC--A--A--TT----A----GAA-TT--TA-ACA--GGG--TTTTAA-T-A--CTT--A-GGTA----TA--Tgagtaggcacactaaatgtttatatactaccaagaaatatcacattggaaccagaagaacggaacataatattacctgcctttcactctttgttc
gi|22 : ttttcataaagctacatactcaataaaataaaatacatatgactataaagcaaATGATACGTTCAA--GTA-AA--T-ATGCA-TA-TT-TTAC-----T-------T-GGTG---ACAGTT----AT--ATG--TATT-CATTTACTA-T-TTTC-AT-GAATca
gi|23 : gtatgatttaacaaacatagatttcagatgaaaatgatagcttgctctttcaacatgttaaattttctattcataattaaagttacacactcagtaaaataaaatctttatggaaT------G-------TC----TT-GTACAAAAGTGTA--AGTTCGCGA--GATCAGG---TCGGTCGA--------ATGTCATTG-CATTATG--ATAAC------CATG-CATA-TAACCT
gi|24 : TAAAAATT-A--CC---TGC--AAC--TCTT--A--T--C-AGTC-TT-GAAG--TTAT---GGT-GT----A--CAAT-AC------C-AA--A-GT--G-AT-A--GC--A--ATGAG----A----G---TT--TA-ACA--GGT--TTTAAA-T-A--CTT--A-G--------G--TATA--TCA----AA----GG---TG-AC----A----------TNC-TGTTTTATAgaataggcacactaaatgtttatatacatgtactatcaacaaatatcaaattggaaccagaagaacggaacatacatacctgtctttcactctttgtcc
gi|25 : atcagaatgttttttaacaaaatatgatagaaat--------ATGAAG--------CCA------AAA-G-TGACACTTAAT-TACA--CACAACCTG-----A--TA--TTGTT-AGAGCTCA--CAAA---GTCCAC--TTCTTGTCTG----GATG--AG----TG--TG-CATGTTAAT------G-------TT----TT-GTACAAAAGTGTA--AGATGGCGA--GAACAGG---TTGGTCGA--------ATGTCATTG-CATTATA--ATgcaatcaaaccata
gi|26 : ccTA--AAT--ATGCCTATTGCACTTGATA-G-TTT------GATAAT-A--G---CT-AAATA-------------TGA---T-AT--A-A-T--TTAT-T-A-A-------G-ATACAAAT--A--CA---TGC--AAC--TCTT--G--G--A-TGTC-TT-CAAG--TC---------GT----A--CAAT-AC------C-AA--A-AT--G-AC-A--GG--A--ATTAA----A----G---TG--TA-GCA--GTG--TTTTAA-T-A--CT
gi|27 : caagG-TTTTT---ATAGC-A-AT-CAA--GACA-----T--A-TCCC-A-CC-----CT-C-AATAAAAC---ACCAGGGAAAC----TACAA--------TA--GT---T---T-CAT---TTGCTCTTT--ATGACAC----AT--AAT-T---------------GTAT-ACC-CCTGAGATC-ACCAAGTGACAG-----A----------T-----TAAA-CAC--TAAAC--ACTT-G------------TCA-TTTAC-------------C------------GTT-------------
gi|28 : C--TCTT--G--C--C-TGTC-TT-GAAG--TCAT---GGT-GT----A--CGAT-AC------C-AA--A-AT--G-AC-A--TC--A--ATTAT----A----G---TT--TA-ATA--GGG--TTTGAA-T-A--CTT--A-G--------G--TATA--TCAACGTAA----AG---TG-AC----A------T---TGC-T-TTTTGTAA-A-T----TGG--Cga
gi|29 : GTACAT--GTA-AA--T-ATGCA-TA-TT-TTACACGAGT-------T-AATACTAGTAGTTA--AAT--ATG--TATT-CATT
gi|3 : aaaataaaattttgtatggaaatgataccttttccttatactaatgaatatcaaT----A--CAAT-AC------C-AA--A-GT--G-AT-A--GC--A--A--AT----A----GAG-TT--TA-CCA--GGG--TTTGAA-T-G--CTT--A-GGTA----T------A--TCG----AA----GG---TG-AC----A------T---TGC-T-TTTTCCAA-A-T----TGG--CT-T-CAT-TC----G-GG-A-ATG-TTTTT---ATAGC-A-AT-CAA--AACA-----T--A-CCCCCA-CC-----TT-C-AA-GACAC---ACCAG----------T---AAAACTAC-TATTGT---T---T-AAT---CC-CTCATT--ATGACAC----AC--AAT-T---------------GTAA-ATC-CCCGAGATTGATTA--TTTT-------C----------TGTCATCAAA-CAA--TAAAC--ACTT-GTT---CTA----TCA-TTTAC-------------C------------ATTGAATTCAAATATGCA--TCAGGGTATTCA--------ATGAAG--------CCA------AAA-G-TGACACTTA-T-TGCG--CACATCCTG-----A--TA--TTGTT-AGATCTCA--CAAA---GACCAC--TTCTTGTCTG----GATG--GGAATGTG--TG-CATTTTAAT------G-------TC----TT-GTACAAAAGTGTT--AGATGGCGA--GATCAGG---TCGGCCGA--------ATGTCATTG-CATTATA--ATAAC------CATG-CATG-TAACCT
gi|30 : CTTA-AAT-ATAAAAATT-A--CC---TGC--AAC--TCTT--G--A--C-TGTC-TT-TAAG--TCAT---GGT-GT----A--TAAT-ACCAAAGGC-AA--A-GT--G-AT-A--GC--A--A--AT----A----GAT-TT--TA-CCA--GGG--TTTGAA-T-A--CTT--A-GGTA----Tgaataggcacactaaatgtttatatattatcaacaaatatcaaattggaaccagaagaacagaacatacatattacctgtcttttattctttgtc
gi|32 : ----A----G---TT--TA-CCA--GGG--TTTGAA-T-A--CTT--A-GGTA----TG--T------CA----AA----GG---TG-AC----ACTGACAT---TGC-T-TTTTG-------------G--CT-T-CAT-TC----A-TG-A-ATG-TATTT---ATAGC-A-AT-CAA--GACA-----T--A-CCCC-A-CC-----TT-
gi|33 : g-TACA--TCCAAGATG-----A--TA--TTGTT-ATATCTCA--CAAA---GACCAC--TTCTTGTCTA----GATT--GGAATGTT--TG-CAGTTTAATGAGTCAG-------TC----TT-GTACAAAAGTGAA--AGATGGCGA--
gi|34 : ---ATA----TCA-TTTAC-------------C------------ATTGAATTTAAATATTCA--ACAGGGTATTTATCGAAGCCATGAAT--------CCA------AAA-G-TGACACTTA-T-CACA--CATAAACTGATATTA--TA--TTGTT-AGATC
gi|36 : GC--AAC--TCTT--G--C--C-TGTC-TT-GAAG--TAAT---GGC-AT----A--CAAT-AC------A-AA--A-CT--G-AT-A--GG--A--A--TT----A----G---TT--AA-ACA--GGA--TTGTAA-T-A--CTT--A-G--------G--TATA--TCA----AA----GG---TG-AC----A------T---
gi|39 : --------ATTAAT--------CCA------AAA-G-TGACATTTA-T-TACA--CACGACCTG-----A--TA--TTGTT-AGATCTCA--CAAA---GACCA
gi|4 : gccATGATACGT-CAA--GTATAA--T-ATGCA-TA-TT-TTACA----T-------T-GATC---ATAATTA--AAT--CTG--TATT-CATTTACTC-T-TTTC-AT-GAATGAT-A-TG---CC--TAGC-------------TAG---CAATCGA-A-C--TTAT-T-ACACTTATAAG-ATTAAAATT-AT-CC---TGC--AACTTTCTT--GGTCAAC-TGTCTTT-GAAGTATTAT---GGTAAT----A--CAAT-ACA-----A-AA--A-GT--GCAT-A--GC--A--A--ATAG--A----G---TT--TA-CCA--GGGT-TTTGAA-T-A---TT--A-CTTA----TGGTTATA--TCAAAT-AA----GG----G-GC----A------TATATGCAT-TAATGTAA-A-T----TGGTTCT-T-CAT-TC----A-CG-A-GTG-TTTTA---ATAGC-A-AT-CAA--GACA-----TTAA-CCCC-A-CC------T-C-AA-GACAC---ACCAGTGAAACTAACT---A--------TA--GT---T---T-AAT---CC-CTCATTTGACGACACCAATACCGAAT-TAATAC----------GTAA-ATC-T---AGGTT-------TTAT-------C----------T-----GAAA-CA
gi|40 : ttgtatgatttaacaaacataaaattccaagatgaaaatgatagctgctctttcaacatgttaaattttctattcattaaagcgttacacactcagtaaaacataaaaatccttttatggaaTTTT---ATAGC-A-AT-CAA--ACCC-----T--A-CCCC-A-CC-----TT-C-AA-TAAAG---ACCAG----------T---
gi|43 : AT-TC----C-GG-A--TG-TTTTT---ATAGC-A-AT-CAA--GATATACGGT--A-CCCC-A-CC-----TT-C-AA-GACAgaaactgctattg
gi|46 : -CCTGAGAATGATTA--TTAC-------CCTGGCTATCAT-----CAAA-CAA--TAAAC--ACa
gi|48 : tG-GC----A------T---TGC-A-TTTTGTAA-A-T----TGG--CT-T-CAT-TC----A-G
gi|5 : ATGATAC-TTCAACTGTA-AA--TGATGCA-CA-TTATTAC-----T-------T-GATA---ATAGTTA--AAT--ATG--TATT-CATT-ACTAAT-TTTC-AT-GAATGAT-AATGG--CC-TTATCCATTGCTGAACAATAA---C-ATCGA-AAC--CTAT-T-A-A-TTA-AA--ATATAATTT-A--C----TA---AAC--TCTT--G--C--C-TGTC-TT-GAAG--TCCT---GGT-GT----G--CAAT-AC------C-AA--A-G---G-AT-A--GC--A--A--ATAAGCA----G---TT--AA-CCA--GGGT-TTTGAA-TCA--CTT--ATGGTG----T-----CA--TCA----AA----AGGCTTG-AC----AG-----T---TGC-T-TTTTTTAATA-T----TGG--CTGTGCAT-TCAAGGA-GG-A-A-G-CTTGT---ATAG--A-ATCCAACGAACA-----T--A-CTAC-A-CC-----TTCC-AA-GACAC---ACCAG----------TTG-AAAACTGACTA--GTACGTCTGT-AATCTCCC-CTCATT--ATGACAC----AA--GATCT---------------GTAA-ATCACCTGAGA-TGATTAT-TTACCGTATCGC----------T-----CAAAGCAA--TAAATCAACCTCGTCGATATA----CTA-TTT---------------C------------ATT-------------GAAGTCA-AATATTCA--------
gi|6 : ttcatcaagtaacactcagcataaacaagattctttatggaaATGATGCGTTCAA--GTA-AA--T-ATGCAATA-TA-TTAC-----T-------T-GTTA---ATAGTTA--AAT--ATG--TATT-CAT--ACTA-T-TTTC-AT-GAA-GAT-A--A---C---TATC-------------T-----------------------T-A-ACT-A-AAG-A---AAATT-A--C----TGC--AA---TCTG--G--C--C-TGTC-TT-GAAG--TCAT---GGT-GT----A--CAAT-AC------C-AA--T-GA--A-AT-ATGGCAAA--A--AG----A----G---TT--TA-CCAGTGGG--TTTG-A-T-A--CTT--A----------G--TATA--T------AA----AT---TG-AC----G------T---TGG-T-TTTTTTAA-A-T----TGGCTCT-T-C-T-TC----A--G-A-ATG-ATTTT---ATAGC-A-AT-CAA---ACATT---T--A-CCCC-A-CC-----TT-C-AA-GACAC---ACCAG----------T---G--------AA--AC---TAC-T-TAT---AC-CTCATT--ATAA-AC----AC--AAT-T---------------GTAACATC-CCTGAGA-TGATTA--TTAC-------CATTCAT----T-----CAAA-C-A--TAAAC--ACCT-GTC---ATA----TCA--TTAC-------------C------------ATT-------------tcagcggta
gi|7 : atgtattattaacctgacataatttcagatgaaaatgatagcttgctctttcaacatgttacatttctgattcactaaatacacactcagtaaaataaaattttattggaaATTATACGTTCAA---TA-AAATT-GTCCA-TA-TT-TTAC-----T-------T-GATA---ATAGT-A--AAT--ATG--TATT-CATTTACTA-T-TTTC-AC-GAATGAT-A-TG---CC-TTATC-------------TAA---C-ATCGA-A-C--TTAT-T-A-ACTTA-AAG-ATAAAAATT-A--CC---TGC--AAC--TATT--G--C--CTTATC-TT-GAAG--TCAT---GGT-GT----A--CAAT-AC------C-AA--A-GT--G-AT-A--GC--A--A--ATAG--A----G---TT--TA-CCA--GGG--TTTGAACT-A--CTT--A-GGTA-----------A--TCT----TA----GG---TG-AC----A------T---TGC-T-TTTTGTAA-A-T----TGG--CT-T-CAT-TC----A-GG-A-ATGTTTTTT---AAAGCAA-AT-CAA--GACA-----T--ACCCCC-A-CT-----TT-C-AA-GACAC---ACCAGTGAAACTCA-T---A--------TA--G----T---T-AAT---CC-CTCATT--ATGACAC----AC--AAT-T---------------GTAA-AT--CCTCAGGTT-ATTAC-TTAT-------CA---------T-----CAAA-CAA--T-AAC--ACCT-GTC---ATA----TCG-TTTAC-------------CATTGAATTCAAAATT-------------CA--TCAGGGTATTCA--------ATgaattcaaatatttctcagagt
gi|8 : attttctattcattcaagtatacactcaataaaataaaataatttgtatggaaATGATACGTTCAA--GTA-AA--T-ATGCA-TA-TT-TTAC-----T-------T-GATA---ATAGTTA--AAT--ATG--TATT-CATTTACTA-T-TTTC-AT-GAATCAG-A-TG---CC-TTATC-------------TAA---C-ATCGA-A-C--TTAT-T-A-ACTTA-AAG-ATAAAAATT-A--CC---TGC--AAC--TCTT--G--C--C-TGTC-TT-GAAG--TCAT---GGT-GT----A--CAAT-AC------C-AA--A-GT--G-AT-A--GC--A--A--ATAG--A----G---TT--TA-CCA--GGG--TTTGAA-T-A--CTT--T-G--------G--TATA--TCA----AA----GG---TG-AC----A------T---TGC-T-CTTTGTAA-A-T----TGG--CT-T-TAT-TC----A-GG-A-ATG-ATTTT---AGAGC-A-AT-CAA--GACA-----T--A-CCCC-A-C---------C-AA-GACAC---ACCAG----------T---tg
gi|9 : ttgtatgatttaacaaacataaatttcagatgaaattgatagcttgctctttcaacatgttaaattttctattcataaagttacacactcagtaaaataaaatcttttgtggaa---ACTAC----------T---A--------TA--GT---T---T-AAT---CC--TCATT--ATGA-AC----AC--AAT-T---------------GTAA-ATC-C-TGAGATTGATTA--TTAC-------CTATCA-----T-----CAAA-CAA--TAAACA-ACCT-GTC---ATA----TCA-TTTACATTGAATT-----CAAATA-------ATT-------------CA--TCAGGGTATTCA--------ATGAAG--------CCA------AAATG-TGACTCTTA-T-TACA--CACAACCTG-----A--TA--TTGTT-AGATCTCA--CAAA---GACCAC--TTCTTGTCTG----GATG--GGAATGTG--TG-CATTTTAAT------G-------TC----TT-GTACAAAAGTGTA--AGTTGGCGA--GATCAGG---TCGGTTGA--------ATGTCATTG-CATTATA--ATAAC------CATG-CATG-TAACCTgaaactactatagt
blockSeqs : CT T AT G A A A TCCCAAGG . CTA . . CC G T A . . . . A TAG C CATTGCTGAACAA . A TA T AC A . C A G C C GA C TT TT . GT AA T T T TA CTA A . AG G CAAAGG T . . TCG C C TG AA TT ATAAGC TCCA AA TA TC GT TT C C . TA GGTACTTTTG . ACGT TT GCT A CACA CTGACA ATA A G T G GGTG TT C C C AAGG T . G TT . A C C CG TACGG TA C C C . C . T . TGAAACTAACTA TT ACGTCTG . CTC G TG C CAAT CG C AATAC C A C T G AG CCTGGCTATCAT G . CA C GAT . . CATTGAGTTCAAATATT AG T TCGAAGCC . TGAATC T A A G TG ATATT CT CA T AA TAG CA CTAA TA AGA A T GAGTCAGT . A GT T TA AAG ATGTGACT G ATATT CATATG C A
blockSeqs : . . . . . . . ACGAGT . . . . . . T . . . . . . G C ACTTGA . . TA . C A . . A G . C T . . . . . . . . . . . A . . . A . . . T . . . . TT ATAG G AG . A . T . . . . CTTATGGT . AAT TT . . . T . . . . . . CT G G . A . . . A . . . . . TT . . . C . . . . . TTGAAAACTGAC . TAC . . . . C . . . . . . C T G T CGTATCGCT . . A . . . . AGTTGAATTCATATATT . T . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . A TAGTCAG . . . T . . . . ATA . . .
blockSeqs : . . . . . . . AT . . . . . . T . . . . . . . C ACTTGA . . TT . C . . . C T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . TGAG . AT . A . T . . . . GGTATA . . . . . . T . . . . . . A . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . GGAAACTACAA . G . . . . C . . . . . . C T G C CATTCATT . . . . . . . CATTGAATTCAAATATG . T . . . . . . . . . . . . . . . . . G . G GAGTCAG . . . A . . . . ATA . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . T . . . . . . . C . . . CG . G . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . TTAA . . . C . . . . . . GGTATG . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . TGAAACTCATA . T . . . . C . . . . . . C T G . CTATTAT . . . . . . . CATTGAATTTAAATATT . T . . . . . . . . . . . . . . . . . T . G GAGTCAG . . . C . . . . ATA . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . T . . . . . . . T . . . TA . T . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . TTAT . . . C . . . . . . TGGTGT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . TAAAACTAC . T . . . . C . . . . . . C T G . CTGTCAT . . . . . . . ATTGAATTCAAATAATT . T . . . . . . . . . . . . . . . . . G . T G . . . T . . . . ATG . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . T . . . . . . . C . . . CG . C . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . ATAG . . . C . . . . . . GGTAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . TA . T . . . . C . . . . . . C A G . CTATCAT . . . . . . . CATTGAATTCAAAATT . T . . . . . . . . . . . . . . . . . A . G G . . . C . . . . ATA . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . T . . . . . . . C . . . CG . C . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . ATAG . . . A . . . . . . GGTG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . TG . T . . . . . . . . . . . C T G . AGAT . . . . . . . CATT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . T G . . . T . . . . ATA . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . C . . . CG . C . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . ATAG . . . A . . . . . . TAGG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . TA . T . . . . . . . . . . . . T . . CAT . . . . . . . CGTT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . T G . . . A . . . . ATA . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . C . . . CG . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . AA . . . G . . . . . . GGTA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CT . . . . . . CATT . . . . . . . . . . . T . G G . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . AA . . . A . . . . . . GTA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . CT . . . . CATT . . . . . . . G . T G . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . AT . . . C . . . . . . GTA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . G . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . AT . . . C . . . . . . GG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . AT . . . C . . . . . . GG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . TT . . . A . . . . . . GG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . AT . . . C . . . . . . GG . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . C . . . . . . GG . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TT . . . C . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . AG . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . .
blockSeqCons : ** ** C* *** C*** *** ** **** ** ** *** C* ** GGTA********* ** **** ** *** ** ***** *** TGAAACTAC************** *************** ** **** CATTGAATTCAAATATT************************* ******** G************* **** ATA**
originalCons : ATGATACGTTCAA--GTA-AA--T-ATGCA-TA-TT-TTAC-----T-------T-GATA---ATAGTTA--AAT--ATG--TATT-CATTTACTA-T-TTTC-AT-GAATGAT-A-TG---CC-TTATC-------------TAA---C-ATCGA-A-C--TTAT-T-A-ACTTA-AAG-ATAAAAATT-A--CC---TGC--AAC--TCTT--G--C--C-TGTC-TT-GAAG--TCAT---GGT-GT----A--CAAT-AC------C-AA--A-GT--G-AT-A--GC--A--A--AT----A----G---TT--TA-CCA--GGG--TTTGAA-T-A--CTT--A-GGTA----TG--TATA--TCA----AA----GG---TG-AC----A------T---TGC-T-TTTTGTAA-A-T----TGG--CT-T-CAT-TC----A-GG-A-ATG-TTTTT---ATAGC-A-AT-CAA--GACA-----T--A-CCCC-A-CC-----TT-C-AA-GACAC---ACCAG----------T---A--------TA--GT---T---T-AAT---CC-CTCATT--ATGACAC----AC--AAT-T---------------GTAA-ATC-CCTGAGATTGATTA--TTAC-------C----------T-----CAAA-CAA--TAAAC--ACCT-GTC---ATA----TCA-TTTAC-------------C------------ATT-------------CA--TCAGGGTATTCA--------ATGAAG--------CCA------AAA-G-TGACACTTA-T-TACA--CACAACCTG-----A--TA--TTGTT-AGATCTCA--CAAA---GACCAC--TTCTTGTCTG----GATG--GGAATGTG--TG-CANTTTAAT------G-------TC----TT-GTACAAAAGTGTA--AGNTGGCGA--GATCAGG---TCGGTCGA--------ATGTCATTG-CATTATA--ATAAC------CATG-CATG-TAACCT
finalCons : ATGATACGTTCAA--GTA-AA--T-ATGCA-TA-TT-TTAC-----T-------T-GATA---ATAGTTA--AAT--ATG--TATT-CATTTACTA-T-TTTC-AT-GAATGAT-A-TG---CC-TTATC-------------TAA---C-ATCGA-AC---TTAT-T-A-ACTTA-AAG-ATAAAAATT-A--CC---TGC--AAC--TCTT--G--C--C-TGTC-TT-GAAG--TCAT---GGT-GT----A--CAAT-AC------C-AA--A-GT--G-AT-A--GC--A--A--AT----A----G---TT--TAC-CA--GGG--TTTGAA-T-A--CTT--AGGTA---------TATA--TCA----AA----GG---TG-AC----A------T---TGC-T-TTTTGTAA-A-T----TGG--CT-T-CAT-TC----A-GG-A-ATG-TTTTT---ATAGC-A-AT-CAA--GACA-----T--A-CCCC-A-CC-----TT-C-AA-GACAC---ACCAGTGAAACTAC--------------TA--GT---T---T-AAT---CC-CTCATT--ATGACAC----AC--AAT-T---------------GTAA-ATC-CCTGAGATTGATTA--TTAC-------C----------T-----CAAA-CAA--TAAAC--ACCT-GTC---ATA----TCA-TTTACCATTGAATTCAAATATT-------------------------CA--TCAGGGTATTCA--------ATGAAG--------CCA------AAA-G-TGACACTTA-T-TACA--CACAACCTG-----A--TA--TTGTT-AGATCTCA--CAAA---GACCAC--TTCTTGTCTG----GATG--GGAATGTG--TG-CANTTTAATG-------------TC----TT-GTACAAAAGTGTA--AGNTGGCGA--GATCAGG---TCGGTCGA--------ATGTCATTG-CATTATA--ATAAC------CATG-CATG-TAACCT
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): ATATGCTTTAACAAACAATATATTTAAGATAAAACGGTAGCATACTCTTTCAACACAATTTTCATAAAGCAACACACTCAGTAAAATAAAATCTTGCATGAAAATGATA
Unaligned ( gi|35 ): ATGATAAGAAACATACATTTCAGATAAAATGATAATTTACTCTTTCTACATATTCAGTTTTCGTAAAGCTACACACTTAGTAAAATAAAATCTTGTATGGAA
Unaligned ( gi|37 ): GTATCCTGAATAGGCACACTAAATGTACTATCAACAAATATCAAATTGGAACCAGAAGAACGGAACATACGTATTACCTGTCTTTCACTCTTTGTCC
Unaligned ( gi|38 ): TATCAACAAATATCAAATTGGAACCAGAAGAACGGAACATACATATTACCTGTCTTTCACTCTTTGTCC
Unaligned ( gi|41 ): AGATTAACTAAACATTAAAAGATTGTGTTCATTTTCTAAAGCTACAAACTCAAGAA
Unaligned ( gi|42 ): AGATTAACTAAACATTAAAAGATTGTGTTCATTTTCTAAAGCTACAAACTCAAGAA
Unaligned ( gi|44 ): TATAATTCAACAAAAATAAATTTCAGATAAAATGCGTAAAATCAAAACAAT
Unaligned ( gi|45 ): ATAAATGATAGCTTACTCTTTCATCATGTTAAATTTTCTATTCATAA
Unaligned ( gi|47 ): ATTGTATGGTTTAACAAACATAAATTTCAGATGAAAAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111 3333333333333 1111 1111111111 111 11111111 1111 111111 111 111111111111111111 333333333333333 11 666666666666666666666666 11111111 11111111 111111 33333333333333 11111111 111111
lowQualScore : 55 4 55 8 3 3 3 6666666666666 3 666 44 44 44 3 2 3 3 3 3 3 3 888 55 4444444444444 555 3 44 3 3333 6 3 3 2 8 2 5 55 666 33 33 33 33 33 4 2 2 33 333 4 4444 22 2 888888 2 22 2 333 2 2 22 77 8888888888 6666 111 22 33 22 66 555 2 22 55 4 88888888 33 9999 1111 444 2 4444 333333 333 2 2 2 2 5555 99 99 5 5 8888 2 2 2 99 444 0 2 2 2 77 66666 77 2 2 5 66666 2 3 3 111 44 777777777777777777 4 777 4 66 1 9999 66 4 888888888888888 4 4 2 2 3 22 666666666666666666666666 3 55 55 4 4 666 7777 3 3 3 3 3 44444444 66666666 222222 4 4 4 4 55 99999 55 55 3 55 777 66 7777 55 999 3 1 44444444444444 7777 3 44 1 44 666 33333333 3 55555 111111 4 4
lowQualScore : .. . .. . . . . ............. . ... .. .. .. . . . . . . . . ... .. ............. ... . .. . .... . . . . . . . .. ... .. .. .. .. .. . . . .. ... . .... .. . ...... . .. . ... . . .. .. .......... .... ... .. .. .. .. ... . .. .. . ........ .. .... .... ... . .... ...... ... . . . . .... .. .. . . .... . . . .. ... . . . . .. ..... .. . . . ..... . . . ... .. .................. . ... . .. . .... .. . ............... . . . . . .. ........................ . .. .. . . ... .... . . . . . ........ ........ ...... . . . . .. ..... .. .. . .. ... .. .... .. ... . . .............. .... . .. . .. ... ........ . ..... ...... . .
lowQualScore : 55 0 55 0 6 6 6 9999999999999 6 444 66 66 66 3 1 6 6 6 6 1 1 555 88 6666666666666 444 1 00 1 2222 2 1 1 5 6 7 0 99 999 22 11 11 11 11 4 2 2 11 999 4 5555 99 1 222222 1 99 1 000 1 1 99 99 2222222222 2222 888 88 22 88 88 555 0 88 00 2 44444444 22 1111 5555 111 2 7777 111111 999 4 4 5 5 3333 44 00 3 3 3333 7 9 9 77 444 9 7 7 7 33 77777 33 7 7 3 77777 9 1 1 555 22 777777777777777777 4 888 4 11 1 4444 11 4 999999999999999 4 0 5 3 6 33 555555555555555555555555 6 55 55 0 4 444 7777 6 6 6 6 2 55555555 11111111 888888 4 4 4 0 55 11111 00 00 6 55 000 11 7777 00 888 6 0 22222222222222 1111 3 66 0 66 444 22222222 6 88888 555555 0 0
consensus : ATGATACGTTCAA--GTA-AA--T-ATGCA-TA-TT-TTAC-----T-------T-GATA---ATAGTTA--AAT--ATG--TATT-CATTTACTA-T-TTTC-AT-GAATGAT-A-TG---CC-TTATC-------------TAA---C-ATCGA-A-C--TTAT-T-A-ACTTA-AAG-ATAAAAATT-A--CC---TGC--AAC--TCTT--G--C--C-TGTC-TT-GAAG--TCAT---GGT-GT----A--CAAT-AC------C-AA--A-GT--G-AT-A--GCA--A--A--T----A----G---TT--TA-CCAG--GG--TTTGAA---T-A--CTT--A-GGTA------TATA--TCA----AA----GG---TG-AC----A------T---TGC-T-TTTTGTAA-A-T----TGG--CT--T-CAT-TC----A-GG-A-ATG-TTTTT---ATAGC-A-AT-CAA--GACA-----T--A-CCCC-A-CC-----TT-C-AA-GACAC---ACCAGT--GAAACT-AC--TA--GT---T---T-AAT---CC-CTCATT--ATGACAC----AC--AAT-T---------------GTAA-ATC-CCTGAGATTGATTA--TTAC-------C----------T-----CAAA-CAA--TAAAC--A-CCT-GTC---ATA----TCA-TTTACCATTGAATTC-AAATA-TTCATCAG-GGTATTCA--------ATGAAG--------CCA------AAA-G-TGACACTTA-T-TACA--CACAACCTG-----A--TA--TTGTT-AGATCTCA--CAAA---GACCAC--TTCTTGTCTG----GATG--GGAATGTG--TG-CANTTTAAT------G-------T----CTT-GTACAAAAGTGTA--AGNTGGCGA--GATCAGG---TCGGTCGA--------ATGTCATTG-CATTATA--ATAAC------CATG-CATG-TAACCT
Reference ( family-436 ) : ATGATACGTTCAA--GTA-AA--T-ATGCA-TA-TT-TTAC-----T-------T-GATA---ATAGTTA--AAT--ATG--TATT-CATTTACTA-T-TTTC-AT-GAATGAT-A-TG---CC-TTATC-------------TAA---C-ATCGA-A-C--TTAT-T-A-ACTTA-AAG-ATAAAAATT-A--CC---TGC--AAC--TCTT--G--C--C-TGTC-TT-GAAG--TCAT---GGT-GT----A--CAAT-AC------C-AA--A-GT--G-AT-A--GCA--A--A--T----A----G---TT--TA-CCAG--GG--TTTGAA---T-A--CTT--A-GGTA------TATA--TCA----AA----GG---TG-AC----A------T---TGC-T-TTTTGTAA-A-T----TGG--CT--T-CAT-TC----A-GG-A-ATG-TTTTT---ATAGC-A-AT-CAA--GACA-----T--A-CCCC-A-CC-----TT-C-AA-GACAC---ACCAGT--GAAACT-AC--TA--GT---T---T-AAT---CC-CTCATT--ATGACAC----AC--AAT-T---------------GTAA-ATC-CCTGAGATTGATTA--TTAC-------C----------T-----CAAA-CAA--TAAAC--A-CCT-GTC---ATA----TCA-TTTACCATTGAATTC-AAATA-TTCATCAG-GGTATTCA--------ATGAAG--------CCA------AAA-G-TGACACTTA-T-TACA--CACAACCTG-----A--TA--TTGTT-AGATCTCA--CAAA---GACCAC--TTCTTGTCTG----GATG--GGAATGTG--TG-CANTTTAAT------G-------T----CTT-GTACAAAAGTGTA--AGNTGGCGA--GATCAGG---TCGGTCGA--------ATGTCATTG-CATTATA--ATAAC------CATG-CATG-TAACCT
gi|1 : ATGATACGTTCAA--GTA-AA--TTATGCA-TA-TT-TTAC-----T-------TTGA-A---ATAGATATTAATTGATA--TAT--CATTTA-TA-TGTTTCGATAGAATGATTA-TG---CCCTTATA-------------TAAGACC-ATCGA-A-TCTTTAT-TTA-ACTTA-AAG-ATAAAAAAT-A--CCTCTTGC--A-----CTTAAA--C--CGTGTC-TT--AAG--TCAT---AGA-GTTGCAA--CAAT-AC------C-AATTATGT--G-GT-A--GTAC-A--A--T----A----GAGTTT--TA--CAT--GG--GTTGAA---T-AATCTT--G-GTTAATCG--TGTAATTCG----AATGATGG---TG--C----A------T---TG--T-TTTTGTAA-A-T----TGGGCCT--T-CATCTC----A-GGAA-ATG-TTTTTTTAATAG--A-AT-CAAAGGACA-----T--A-CTCC-A-CCATCTATT-CAAA-GACACTAAACTAGT--AA---------TA--GT---T---TCAAT---CC-CTCATT--A-GACAA----AC--AAT-TGTATATTACCCCGGGGTAA-ATC-CGTGAGATTGATTA--TTAC-------CTGTCA-----T-----CAAA-CAAATTACAC--T-CTG-GTC---ATAATACTCATTTTACCATTGAA-TC-AAAT--TTCATCAG-
gi|10 : tgtatgatttacaacacataaatttcagatgaaatgatagttgctctttcaaacatgttaaatttacattctattcataaagtctatacactaagtaaaaataaattgcttttatggaatgAGATTGATTA--TTAT-------C----------TATTATCAAA-CAG--TAAAC--A-CCT-GTA---ATA----CCA-TTTACCATTGAGTTC-AAATA-TTCATCAG-GGTATTCA--------ATGAAGTCATGACTCCA------AAA-G-TGACACTTA-T-CACA--CATAATCT--------------------GATCTCA--CAAA---GATCAC--TTCTTGTCTG----GATG--GGAATGTT--TG-CAGTTTAATGA----G-------TCAGACTT-GTACAAAAGTGTA--AGATGGCGA--GATCAGG---TCGATCGA--------ATGCCATTA-TGTT-----ATAAC------CATG-CATG-TAACCT
gi|11 : GAT-A-TG---C--TTATCACTTGA-------TAA---T-ATTAA-A-----TATAG-A-AATTAGAAG-ATAAAAATTCA--AC---T-C--AAC--TTTT--G--C--C-TGTC-TT-GAAT--TCAT---GGT-GT----A--CAAT-A-------C-AA--A-G---G-AT-A--GCATTA--A--A----A----G----T--TA-ACAG--GG--TTTAAA---T-A--TTC--A--GTA-------ATA--TTA----GGTT--GA---TG-AC----AT-----T---TGC-A-TTCTGCAA-A-T---------CT--T-CAT-TC----A-TG-A-ATG----TT---A-AGC-A-AT-CAA--GCCA-----T--A-AACT-ACCC-----TC-C-AA-TAAACA--ACAAGT--GAgagtaggcacactaaatgtttatatacgatcaaccaatatcacaatggaaccagaagaccaggacatacatattacctgtctttcactctt
gi|12 : aaatacatttttgtagattaactaaacattaaaagattgtgttcattttctaaagctacaaactcaagaaatgatacttatcctatgatactatgactatcaGAT-A-TG---C--TTATCACTTGA-------TAA---T-ATTAA-A-----TATAG-A-AATTAGAAG-ATAAAAATTCA--AC---T-C--AAC--TTTT--G--C--C-TGTC-TT-GAAT--TCAT---GGT-GT----A--CAAT-A-------C-AA--A-G---G-AT-A--GCATTA--A--A----A----G----T--TA-ACAG--GG--TTTAAA---T-A--TTC--A--GTA-------ATA--TTA----GGTT--GA---TG-AC----AT-----T---TGC-A-TTCTGCAA-A-T---------CT--T-CAT-TC----A-TG-A-ATG----TT---A-AGC-A-AT-CAA--GCCA-----T--A-AACT-ACCC-----TC-C-AA-TAAACA--ACAAGT--GAg
gi|13 : aaatacatttttgtagattaactaaacattaaaagattgtgttcattttctaaagctacaaactcaagaaatgatacttatcctatgatactatgactatcaAATTCTAGATA-G-CACCAG-TGTAT-CA--------GTGTCA--------CAA------ATA-GATAACA--TA-TGTACATGCACAAACTG-----ACTTA--TTGTTTAGTTCTAAAACAAATAGAACCACCATTCTTGTCTG----GATATAGGGATGTAGATG-AATTTTAAT------G-------T----CTTAGTA----AGTGTAGTAGTTGGCAATAGAGCAAGAAGTCGGTCGA--------A-GTCATTGGCATTATA--ATA--------CATG-CATGATAACg
gi|14 : AG-ATAAAAATT-A--CCC--TGCTTGAC--TCT---G--C--C-TGTC-TT-GAAG--TCAT---GGT-GT----AAGCAGTGAC------C-AA--A-ATCGG-AT-A--GC---A--A--T----AG---G---TTTATA-CAAG--GGTTTTTG-A---T-A--CTTTAA-GGTG------TA-A--TCA----AA----GG---TGAACCACAA------T---TTC-T-TTCTGCAA-AGT----TGG--CT--TCCCT-TC----ATGA-A-ATG--TTTT---ATAGC-ACAT-CAA--G--A-----T--A-CCCT-A-CC-----tgaatagacacgacctataagagttttattcatggctatcgtcacaaatcatcaactattggaaccagcgagaaaaccggaacataattacattttcctgtctttaccagtctttgc
gi|15 : cagtaataataaattcttgtcttggaaatgataaccttatgcttatctatacttagactatcagtaaatatgtgttaaatatgatagaaatttccACGATACGTTCAA--GTA-AA--T-ATGCA-TA-TT-GTAC-----T-------T-GATA---ATAGTTA--AAT--ATG--TATT-CATTTACTA-T-TTTC-AT-GAATGAT-A-TG---CC-TTATC-------------TAA---C-ATC-------------T-A-ACT------------GATT-A--CC---TGC--ATC--GCTT--G--C--T-TGTC-TT---------------------------CAAC-AC------C-AA--A-GT--G-AT-A--TCA--A--A--TAG--A----G---TT--GA-CCAG--GG--TTTGGA---T-A--CTT--T-GG--------TATA--TCA----AA----GG---TA-AT----A------T---TGC-T-TTTTGTAA-A-T----TGG--CT--T-CAagctaaactgctattgt
gi|16 : atcagatgaaaatgatagcttgctctctcaacatgttaatttttctattcatagttacacactcagtaaaataaaatcttttatggaaTGCA-TAATT-TTAT-----TCCCAAGGT-GATA---ATTGATA--AAT--ATG--TAT--CATT-ACTC-T-TT---AT-AAATGGT-A-TGTAGCC-TTCTC-------------TAA---C-ATTTA-A-C--TATT-T-A-TCTTA-AGGCATTAAAATT-AGACC---TGC--A-C--TCTT--G--C--C-TGTC-TTTGAAG--TCATCTAGGTAGT----A--CA-T-AC------CTAA--A-GT--G-ATCA--GTC--G--A--T----ATCCAG---TT--TATCCAG--TG--TTTGAA---T-G--CTTT-A-GGTA------TATA---------AA----GG---TG-AC----A------C---TAG-C-TTTTGTAA-A-TGGTGTGGA-CTC-T-CATCTCA---A-GG-AGATG-ATTTT---
gi|17 : aaacaaaacttgtatggaaggatagttcatAACATG-----A--TA--TTGCT-AGATCTCA--CAAA---GACCAC--TTCTTATCTACTAAGATG--GGAATGTG--TG-CAATTTAAT------G-------T----CTT-TTACAAAAGTGTA--AGTTGACGA--GTTCAGG---TCGGTCGA--------ATGTTATTG-CATTATA--ATAAC------CATG-CATG-TAACCT
gi|18 : ---ATA----TCA-TTTACAGTTGAATTC-ATATA-TTCATCAG-GATAT-CA--------ATGAAG--------CCGTGAATCAAA-G-TGACACTTA-T-TACA--CATAATCTG-----A--TACATTGTT-AGACCTCA--CAAA---GACCAC--TT---GTCTA----GATG--GGAATGTT--TG-TTGTTTAATTAGTCAG-------T----CCT-GTACAAAAGTGTA--AGATGGCGA--TACCAGG---TCGATCGA--------ATGTCATTG-CATTATATTAAAACCATATGCATG-CATG-TGACCTgaatagacacactaaatgtttatatactatcaacaaatatcaaattggaatcagaagaacggaacatacatattacctgtatttcactctttgtcc
gi|19 : TCTTGTCTA----GATG--GGAATGTAA-TGACAGTTTA-T------GAGTCAGTC----CTT-GTACAAAAGTGTA--AGCTGGCGA--TATC-GG---TCAGTCGA--------ATGCCATTG-CATT-----ATAAC------CATGCCATG-TAACCT
gi|2 : ATGATACGTTCAA--GTA-AA--T-ATGCA-TA-TT-TTAC-----C-------T-GATA---ATAGTTA--AAT--ATG--TATT-CATTTACTG-T-TTTC-AT-AAATGAT-A-TG---CC-TTATC-------------TAA---C-ATCGA-A-C--TTAT-T-A-ACTTA-AAG-ATAAAAATT-A--CC---TGC--AAC--TCTT--G--C--C-TGTC-TT-GAAG--TCAT---GGT-GT----A--CAAT-AC------C-AA--A-GT--G-AT-A--GCA--A--A--T----A----G---TT--TA-CCAG--GG--TTTGAA---T-A--CTT--A-GGTACTTTTGTATA--TCA----AA----GG---TG-AC----A------T---TGC-T-TTATGTAA-A-T----TGG--CT--T-CAT-TC----A-GG-A-ATG-TTTTT---ATAGC-A-AT-CAA--GACA-----C--A-CCCC-A-CC-----TT-C-AA-GACAC---ACCA---------T-A---TA--GT---G---T-AAT---CC-CTCATT--ATGACAC----CC--AAT-T---------------GTAA-ATC-CCTGCGATTGATTA--TTAC-------C----------T-----CAAC-CAA--TAAAC--A-CCT-GTC---ATA----TCA-TTTTCCATT---------------CATCAG-GGTATTCA--------ATGAAG--------CCA------AAA-G-TGACACTTA-T-TACA--CACAACCTG-----A--TA--TTGTT-AGATCTCA--CAAA---GACCAC--TTCTTGTCTG----GATG--GGAATGTG--TG-CATTTTAAT------G-------T----CTT-GTACAAAAGTGTA--AGTTGGCGA--GATTAGG---TCGGTTGAATGTGACTATGTCATTG-CATTATA--ATAAT------CATG-CATG-TAACCTgagtaggcacactaaatgtttatatactaccaagaaatatcacattggaaccaagaagaacggaacataatattacctggcctttcactctttgttc
gi|20 : TCTTGTCTA----GATG--GGAATGTA--TG-CAGTTTAAT------GAGTCAG-T----CTT-GTACAAAAGTGTA--AGCTGGCGA--TATCAGG---TCAGTCGA--------ATGCCATTG-CATT-----ATAAC------CATG-CATG-TAACCT
gi|21 : AT-A-TG---CC-T-ATT-------------TTA---C--TTAATA-G--TTAT-T-A---TTA-A-G-ATAAAAATC-A--CC---TGC--AAC--TATT--G--C--C-TGTC-TT-GAAC--TCAT---GGA-GT----A--CAAT-AC------C-AA--A-AT--G-AT-A--GCA--A--T--T----A----GAA-TT--TA-ACAG--GG--TTTTAA---T-A--CTT--A-GGTA------TATgagtaggcacactaaatgtttatatactaccaagaaatatcacattggaaccagaagaacggaacataatattacctgcctttcactctttgttc
gi|22 : ttttcataaagctacatactcaataaaataaaatacatatgactataaagcaaATGATACGTTCAA--GTA-AA--T-ATGCA-TA-TT-TTAC-----T-------T-GGTG---ACAGTT----AT--ATG--TATT-CATTTACTA-T-TTTC-AT-GAATca
gi|23 : gtatgatttaacaaacatagatttcagatgaaaatgatagcttgctctttcaacatgttaaattttctattcataattaaagttacacactcagtaaaataaaatctttatggaaT------G-------T----CTT-GTACAAAAGTGTA--AGTTCGCGA--GATCAGG---TCGGTCGA--------ATGTCATTG-CATTATG--ATAAC------CATG-CATA-TAACCT
gi|24 : TAAAAATT-A--CC---TGC--AAC--TCTT--A--T--C-AGTC-TT-GAAG--TTAT---GGT-GT----A--CAAT-AC------C-AA--A-GT--G-AT-A--GCA--ATGA--G----A----G---TT--TA-ACAG--GT--TTTAAA---T-A--CTT--A-GG--------TATA--TCA----AA----GG---TG-AC----A----------TNC-TGTTTTATAgaataggcacactaaatgtttatatacatgtactatcaacaaatatcaaattggaaccagaagaacggaacatacatacctgtctttcactctttgtcc
gi|25 : atcagaatgttttttaacaaaatatgatagaaat--------ATGAAG--------CCA------AAA-G-TGACACTTAAT-TACA--CACAACCTG-----A--TA--TTGTT-AGAGCTCA--CAAA---GTCCAC--TTCTTGTCTG----GATG--AG----TG--TG-CATGTTAAT------G-------T----TTT-GTACAAAAGTGTA--AGATGGCGA--GAACAGG---TTGGTCGA--------ATGTCATTG-CATTATA--ATgcaatcaaaccata
gi|26 : ccTA--AAT--ATGCCTATTGCACTTGATA-G-TTT------GATAAT-A--G---CT-AAATA-------------TGA---T-AT--A-A-T--TTAT-T-A-A-------G-ATACAAAT--A--CA---TGC--AAC--TCTT--G--G--A-TGTC-TT-CAAG--TC---------GT----A--CAAT-AC------C-AA--A-AT--G-AC-A--GGA--ATTA--A----A----G---TG--TA-GCAG--TG--TTTTAA---T-A--CT
gi|27 : caagG-TTTTT---ATAGC-A-AT-CAA--GACA-----T--A-TCCC-A-CC-----CT-C-AATAAAAC---ACCAGG--GAAACT-ACAATA--GT---T---T-CAT---TTGCTCTTT--ATGACAC----AT--AAT-T---------------GTAT-ACC-CCTGAGATC-ACCAAGTGACAG-----A----------T-----TAAA-CAC--TAAAC--A-CTT-G------------TCA-TTTACCGTTGA
gi|28 : C--TCTT--G--C--C-TGTC-TT-GAAG--TCAT---GGT-GT----A--CGAT-AC------C-AA--A-AT--G-AC-A--TCA--ATTA--T----A----G---TT--TA-ATAG--GG--TTTGAA---T-A--CTT--A-GG--------TATA--TCAACGTAA----AG---TG-AC----A------T---TGC-T-TTTTGTAA-A-T----TGG--C
gi|29 : GTACAT--GTA-AA--T-ATGCA-TA-TT-TTACACGAGT-------T-AATACTAGTAGTTA--AAT--ATG--TATT-CATT
gi|3 : aaaataaaattttgtatggaaatgataccttttccttatactaatgaatatcaaT----A--CAAT-AC------C-AA--A-GT--G-AT-A--GCA--A--A--T----A----GAG-TT--TA-CCAG--GG--TTTGAA---T-G--CTT--A-GGTA------TAT----CG----AA----GG---TG-AC----A------T---TGC-T-TTTTCCAA-A-T----TGG--CT--T-CAT-TC----G-GG-A-ATG-TTTTT---ATAGC-A-AT-CAA--AACA-----T--A-CCCCCA-CC-----TT-C-AA-GACAC---ACCAGT--AAAACT-AC--TATTGT---T---T-AAT---CC-CTCATT--ATGACAC----AC--AAT-T---------------GTAA-ATC-CCCGAGATTGATTA--TTTT-------C----------TGTCATCAAA-CAA--TAAAC--A-CTT-GTT---CTA----TCA-TTTACCATTGAATTC-AAATA-TGCATCAG-GGTATTCA--------ATGAAG--------CCA------AAA-G-TGACACTTA-T-TGCG--CACATCCTG-----A--TA--TTGTT-AGATCTCA--CAAA---GACCAC--TTCTTGTCTG----GATG--GGAATGTG--TG-CATTTTAAT------G-------T----CTT-GTACAAAAGTGTT--AGATGGCGA--GATCAGG---TCGGCCGA--------ATGTCATTG-CATTATA--ATAAC------CATG-CATG-TAACCT
gi|30 : CTTA-AAT-ATAAAAATT-A--CC---TGC--AAC--TCTT--G--A--C-TGTC-TT-TAAG--TCAT---GGT-GT----A--TAAT-ACCAAAGGC-AA--A-GT--G-AT-A--GCA--A--A--T----A----GAT-TT--TA-CCAG--GG--TTTGAA---T-A--CTT--A-GGTA------Tgaataggcacactaaatgtttatatattatcaacaaatatcaaattggaaccagaagaacagaacatacatattacctgtcttttattctttgtc
gi|32 : ----A----G---TT--TA-CCAG--GG--TTTGAA---T-A--CTT--A-GGTA------TGT----CA----AA----GG---TG-AC----ACTGACAT---TGC-T-TTTTG-------------G--CT--T-CAT-TC----A-TG-A-ATG-TATTT---ATAGC-A-AT-CAA--GACA-----T--A-CCCC-A-CC-----TT-
gi|33 : g-TACA--TCCAAGATG-----A--TA--TTGTT-ATATCTCA--CAAA---GACCAC--TTCTTGTCTA----GATT--GGAATGTT--TG-CAGTTTAATGAGTCAG-------T----CTT-GTACAAAAGTGAA--AGATGGCGA--
gi|34 : ---ATA----TCA-TTTACCATTGAATTT-AAATA-TTCAACAG-GGTATTTATCGAAGCCATGAAT--------CCA------AAA-G-TGACACTTA-T-CACA--CATAAACTGATATTA--TA--TTGTT-AGATC
gi|36 : GC--AAC--TCTT--G--C--C-TGTC-TT-GAAG--TAAT---GGC-AT----A--CAAT-AC------A-AA--A-CT--G-AT-A--GGA--A--T--T----A----G---TT--AA-ACAG--GA--TTGTAA---T-A--CTT--A-GG--------TATA--TCA----AA----GG---TG-AC----A------T---
gi|39 : --------ATTAAT--------CCA------AAA-G-TGACATTTA-T-TACA--CACGACCTG-----A--TA--TTGTT-AGATCTCA--CAAA---GACCA
gi|4 : gccATGATACGT-CAA--GTATAA--T-ATGCA-TA-TT-TTACA----T-------T-GATC---ATAATTA--AAT--CTG--TATT-CATTTACTC-T-TTTC-AT-GAATGAT-A-TG---CC--TAGC-------------TAG---CAATCGA-A-C--TTAT-T-ACACTTATAAG-ATTAAAATT-AT-CC---TGC--AACTTTCTT--GGTCAAC-TGTCTTT-GAAGTATTAT---GGTAAT----A--CAAT-ACA-----A-AA--A-GT--GCAT-A--GCA--A--A--TAG--A----G---TT--TA-CCAG--GGT-TTTGAATATT-A--CTT--ATGGT-------TATA--TCAAAT-AA----GG----G-GC----A------TATATGCAT-TAATGTAA-A-T----TGGTTCT--T-CAT-TC----A-CG-A-GTG-TTTTA---ATAGC-A-AT-CAA--GACA-----TTAA-CCCC-A-CC------T-C-AA-GACAC---ACCAGT--GAAACTAACTATA--GT---T---T-AAT---CC-CTCATTTGACGACACCAATACCGAAT-TAATAC----------GTAA-ATC-T---AGGTT-------TTAT-------C----------T-----GAAA-CA
gi|40 : ttgtatgatttaacaaacataaaattccaagatgaaaatgatagctgctctttcaacatgttaaattttctattcattaaagcgttacacactcagtaaaacataaaaatccttttatggaaTTTT---ATAGC-A-AT-CAA--ACCC-----T--A-CCCC-A-CC-----TT-C-AA-TAAAG---ACCAGT--GAAACT-GC--TA--
gi|43 : AT-TC----C-GG-A--TG-TTTTT---ATAGC-A-AT-CAA--GATATACGGT--A-CCCC-A-CC-----TT-C-AA-GACAttg
gi|46 : -CCTGAGAATGATTA--TTAC-------CCTGGCTATCAT-----CAAA-CAA--TAAAC--A-Ca
gi|48 : tG-GC----A------T---TGC-A-TTTTGTAA-A-T----TGG--CT--T-CAT-TC----A-G
gi|5 : ATGATAC-TTCAACTGTA-AA--TGATGCA-CA-TTATTAC-----T-------T-GATA---ATAGTTA--AAT--ATG--TATT-CATT-ACTAAT-TTTC-AT-GAATGAT-AATGG--CC-TTATCCATTGCTGAACAATAA---C-ATCGA-AAC--CTAT-T-A-A-TTA-AA--ATATAATTT-A--C----TA---AAC--TCTT--G--C--C-TGTC-TT-GAAG--TCCT---GGT-GT----G--CAAT-AC------C-AA--A-G---G-AT-A--GCA--A--A--TAAGCA----G---TT--AA-CCAG--GGT-TTTGAA---TCA--CTT--ATGGTG------T-CA--TCA----AA----AGGCTTG-AC----AG-----T---TGC-T-TTTTTTAATA-T----TGG--CTG-TGCAT-TCAAGGA-GG-A-A-G-CTTGT---ATAG--A-ATCCAACGAACA-----T--A-CTAC-A-CC-----TTCC-AA-GACAC---ACCAGTTGAAAACTGAC--TA--GTACGTCTGT-AATCTCCC-CTCATT--ATGACAC----AA--GATCT---------------GTAA-ATCACCTGAGA-TGATTAT-TTACCGTATCGC----------T-----CAAAGCAA--TAAATCAA-CCTCGTCGATATA----CTA-TTT--CATTGAAGTC-AAATA-TTCATCAGCGGTA
gi|6 : ttcatcaagtaacactcagcataaacaagattctttatggaaATGATGCGTTCAA--GTA-AA--T-ATGCAATA-TA-TTAC-----T-------T-GTTA---ATAGTTA--AAT--ATG--TATT-CAT--ACTA-T-TTTC-AT-GAA-GAT-A--A---C---TATC-------------T-----------------------T-A-ACT-A-AAG-A---AAATT-A--C----TGC--AA---TCTG--G--C--C-TGTC-TT-GAAG--TCAT---GGT-GT----A--CAAT-AC------C-AA--T-GA--A-AT-ATGGCA--A--AAAG----A----G---TT--TA-CCAGTGGG--TTTGA----T-A--CTT--A-G---------TATA--T------AA----AT---TG-AC----G------T---TGG-T-TTTTTTAA-A-T----TGG--CTCTT-C-T-TC----A-G--A-ATG-ATTTT---ATAGC-A-AT-CAA---ACA-----TTTA-CCCC-A-CC-----TT-C-AA-GACAC---ACCAGT--GAAACT-AC--T----T----------AT---AC-CTCATT--ATAA-AC----AC--AAT-T---------------GTAACATC-CCTGAGA-TGATTA--TTAC-------CATTCAT----T-----CAAA-C-A--TAAAC--A-CCT-GTC---ATA----TCA--TTACCATTGAATTC-AAATA-TTTCTCAG-AGT
gi|7 : atgtattattaacctgacataatttcagatgaaaatgatagcttgctctttcaacatgttacatttctgattcactaaatacacactcagtaaaataaaattttattggaaATTATACGTTCAA---TA-AAATT-GTCCA-TA-TT-TTAC-----T-------T-GATA---ATAGT-A--AAT--ATG--TATT-CATTTACTA-T-TTTC-AC-GAATGAT-A-TG---CC-TTATC-------------TAA---C-ATCGA-A-C--TTAT-T-A-ACTTA-AAG-ATAAAAATT-A--CC---TGC--AAC--TATT--G--C--CTTATC-TT-GAAG--TCAT---GGT-GT----A--CAAT-AC------C-AA--A-GT--G-AT-A--GCA--A--A--TAG--A----G---TT--TA-CCAG--GG--TTTGAAC--T-A--CTT--A-GGTA---------A--TCT----TA----GG---TG-AC----A------T---TGC-T-TTTTGTAA-A-T----TGG--CT--T-CAT-TC----A-GG-A-ATGTTTTTT---AAAGCAA-AT-CAA--GACA-----T--ACCCCC-A-CT-----TT-C-AA-GACAC---ACCAGT--GAAACTCATA-TA--G----T---T-AAT---CC-CTCATT--ATGACAC----AC--AAT-T---------------GTAA-AT--CCTCAGGTT-ATTAC-TTAT-------CA---------T-----CAAA-CAA--T-AAC--A-CCT-GTC---ATA----TCG-TTTACCATTGAATTC-AAA-A-TTCATCAG-GGTATTCA--------AT
gi|8 : attttctattcattcaagtatacactcaataaaataaaataatttgtatggaaATGATACGTTCAA--GTA-AA--T-ATGCA-TA-TT-TTAC-----T-------T-GATA---ATAGTTA--AAT--ATG--TATT-CATTTACTA-T-TTTC-AT-GAATCAG-A-TG---CC-TTATC-------------TAA---C-ATCGA-A-C--TTAT-T-A-ACTTA-AAG-ATAAAAATT-A--CC---TGC--AAC--TCTT--G--C--C-TGTC-TT-GAAG--TCAT---GGT-GT----A--CAAT-AC------C-AA--A-GT--G-AT-A--GCA--A--A--TAG--A----G---TT--TA-CCAG--GG--TTTGAA---T-A--CTT--T-GG--------TATA--TCA----AA----GG---TG-AC----A------T---TGC-T-CTTTGTAA-A-T----TGG--CT--T-TAT-TC----A-GG-A-ATG-ATTTT---AGAGC-A-AT-CAA--GACA-----T--A-CCCC-A-C---------C-AA-GACAC---ACCAGT--GAAACT-AC--TA--tg
gi|9 : ttgtatgatttaacaaacataaatttcagatgaaattgatagcttgctctttcaacatgttaaattttctattcataaagttacacactcagtaaaataaaatcttttgtggaaAC---ACCAGT--GAAACT-AC--TATAGT---T---T-AAT---CC--TCATT--ATGA-AC----AC--AAT-T---------------GTAA-ATC-C-TGAGATTGATTA--TTAC-------C----------TATCATCAAA-CAA--TAAAC--AACCT-GTC---ATA----TCA-TTTAC-ATTGAATTC-AAATAATTCATCAG-GGTATTCA--------ATGAAG--------CCA------AAATG-TGACTCTTA-T-TACA--CACAACCTG-----A--TA--TTGTT-AGATCTCA--CAAA---GACCAC--TTCTTGTCTG----GATG--GGAATGTG--TG-CATTTTAAT------G-------T----CTT-GTACAAAAGTGTA--AGTTGGCGA--GATCAGG---TCGGTTGA--------ATGTCATTG-CATTATA--ATAAC------CATG-CATG-TAACCTtagt
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): ATATGCTTTAACAAACAATATATTTAAGATAAAACGGTAGCATACTCTTTCAACACAATTTTCATAAAGCAACACACTCAGTAAAATAAAATCTTGCATGAAAATGATA
Unaligned ( gi|35 ): ATGATAAGAAACATACATTTCAGATAAAATGATAATTTACTCTTTCTACATATTCAGTTTTCGTAAAGCTACACACTTAGTAAAATAAAATCTTGTATGGAA
Unaligned ( gi|37 ): GTATCCTGAATAGGCACACTAAATGTACTATCAACAAATATCAAATTGGAACCAGAAGAACGGAACATACGTATTACCTGTCTTTCACTCTTTGTCC
Unaligned ( gi|38 ): TATCAACAAATATCAAATTGGAACCAGAAGAACGGAACATACATATTACCTGTCTTTCACTCTTTGTCC
Unaligned ( gi|41 ): AGATTAACTAAACATTAAAAGATTGTGTTCATTTTCTAAAGCTACAAACTCAAGAA
Unaligned ( gi|42 ): AGATTAACTAAACATTAAAAGATTGTGTTCATTTTCTAAAGCTACAAACTCAAGAA
Unaligned ( gi|44 ): TATAATTCAACAAAAATAAATTTCAGATAAAATGCGTAAAATCAAAACAAT
Unaligned ( gi|45 ): ATAAATGATAGCTTACTCTTTCATCATGTTAAATTTTCTATTCATAA
Unaligned ( gi|47 ): ATTGTATGGTTTAACAAACATAAATTTCAGATGAAAAT