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gi|8 : AAGCTGAC-AT--GA-TTT--CT-T----AA-A-T-A----C-----------C-TAA-A--C-AT---T-TT-----C---A-T-C--T-T--AT-C-C-G-CC-A--T--A-T----TT--TT-T-C-A-G-A-T-A--G-CC--G----A-TT-TCT-CT-T-CACC
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gi|6 : tagGCTGAC-AT--GA-ATT--CT-T----AA-A-T-A----C-----------C-TAA-A--C-AT---T-TT-----C---A-T-C--T-T--CT-C-C-G-CC-A--T--A-T----TTC-TT-T-C-A-G-A-T-A--G-CCTAGACCTA-TT-TCT-CA-C-CACC
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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-4321 ) : AAGCTGAC-AT--GANTT--CT-T----AA-A-T-A----C-----------C-TAA-A--C-AT-T-TT-----C---A-T-C--T-T--AT-C-C-G-CC-A--T--A-T----TTC-TT-T-C-A-G-A-T-A--G-CC--G----A-TT-TCT-CT-T-CACC
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Reference ( family-4321 ) : AAGCTGAC-AT--GANTT--CT-T----AA-A-T-A----C-----------C-TAA-A--C-AT-T-TT-----C---A-T-C--T-T--AT-C-C-G-CC-A--T--A-T----TTC-TT-T-C-A-G-A-T-A--G-CC--G----A-TT-TCT-CT-T-CACC
gi|1 : AGCTGAC-AT--GATTT--CT-T----AA-A-T-A----CATATATACACGC-TAA-A--CTATGT-TT-----C---A-T-C--TGT--AT-C---G-CC-A--T--A-T----TTC-TT-T-C-A-G-A-T-A--G-CA--G----A-TT-TCT-CT-TCCACC
gi|10 : CTGAC-AT--GAATT--CT-T----AA-A-T-A----C-----------A-TACCA--C-TT-C-TT-----C---A-T-C--T-T--AT-C-C-G-CC-A--T--A-T----TTC-TT-T-CGA-G-A-T-AG-G-CC--T----ATTT-TCT-CG-C-CACC
gi|11 : CTGAC-AT--GAATT--CT-T----AA-A-T-A----C-----------A-TACCA--C-TT-C-TT-----C---A-T-C--T-T--AT-C-C-G-CC-A--T--A-T----TTC-TT-T-CGA-G-A-T-AG-G-CC--T----ATTT-TCT-CG-C-CACC
gi|12 : AGCTG-C-AT--GAGTTT-CT-T----AA-A-T-A----C-----------C---A-A--C-AT-T-TC-----A---A-T-C--T-T--AT-C-C-G-CC-A--TTGA-T----TTCTTT-T-C-ATG-A-T-A--GACC--G----A-TT-TCT-CT-T-
gi|13 : AGCTGAC-AT--GAAAT--CT-T----TA-A-TTA----C-----------CCTAC-G--C-AT-T-GT-----C---A-T-G--T-T--AT-T-C-G-CCCA--T--A-T----TTC-TT-T-C-A-G-A-C-A--G-CA--T----A-TT-Tta
gi|14 : tAAGCTGAC-AT--GAATT--CT-T----AA-A-TTC----C-----------C-CAG-A-------T-TT-----G---A-T-C--T-T--GT-C-C-G-TC-A--T--A-T----TTC-TG-T-T-A-A-A-T-A--G-Catgcacc
gi|15 : ttaAAGCTGAC-AT--GATTT--CT-T----AA-A-T-A----C-----------C-TAA-A--C-AT-T-TT-----C---A-T-C--T-T--AT-C-C-G-CC-A--T--A-T----TTC-TT-T-C-A-G-A-T-A--G-CC--G----A-TT-TCT-CT-T-CACCatccactgtacctgg
gi|16 : GCTGAC-AT--GAATT--CG-T----AA-A-T-A----C-----------C-TAC-A--C-AA-T-TT-----C---C-T-C--T-T--AT-CTC-G-CCTA--T--A-T----TCC-TT-T-T-A-G-A-TAA--G-CC--T----A-TT-TCT-CG-C-CAC
gi|17 : AGCTGAC-CT--GAATT--CA-T----AA-A-T-A----C-----------C-TAA-A--C-AT-T-TT-----C---A-T-C--T-T--AT-C-C-G-CC-A--T--A-T----TTC-TT-T-C-A-G-A-T-A--G-CC--T----A-TT-TCT-CT-T-CACC
gi|18 : AGCTGAC-AT--GATTT--CT-T----AA-A-T-A----C-----------C-TAA-A--C-AT-T-TT-----C---A-T-C--T-T--AT-C-C-G-CC-A--T--A-T----TTC-TT-T-C-A-G-A-T-A--G-CC--G----A-TT-TCT-CT-T-CACC
gi|19 : GCTGAC-ATTGGATTTT-CT-T----AA-A-TTA----C-----------C-TAA-A--C-AT-T-C------C---A-T-C--T-T--AT-C-C-G-CC-A--T--A-T----TTC-TT-T-C-A-G-A-T-A--G-CC--T----A-TT-TCT-C----CACC
gi|2 : AAGCTGACTAT--GATTTT-CT-T----AACA-T-A----C-----------C-TAA-ATTC-AT-T-CT-----C---A-TTC--T-T--AT-C-C-G-CC-ATTT--A-T----TTCTTT-T-C-A-GTA-T-A--G-CC--T----ATTT-TCT-CT-T-CGCC
gi|20 : aCTGAC-AT--G-TTT--CT------AA-A-T-A----A-----------C-TAA-C--C-AT-T-TT-----C---A-T-C--T-T--ATCC-C-G-CC-A--T--A-T----TTC-TT-T-C-A-GAA-T-A--G-CC--G----A-TT-TCT-CT-T-CACC
gi|21 : gtAGCTGAC-AT--GAAAT--CT-T----AA-AAT-A----C-----------C-TAC-A--C-AT-T-TT-----C-----T-G--C-T--AT-C-C-GTCC-A--T--A-T----TTC-TT-
gi|22 : acAAGCTGAC-TT--GATTT--CTGT----AA-A-T-A----C-----------C-CTA-A--C-AT-T-CT-----C---A-T-CG-C-T--AT-C-C-G-CC-A--T--A-T----TTC-TT-T-C-A-G-A-T-A--G-CC--aacaataactcctatttgtga
gi|23 : GCTGAC-AT--GAATT--CT-T----AA-A-T-A----C-----------C-TAC-A--C-TT-C-TT-----C---A-T-C--T-T--AC-C-C-G-CC-A--T--A-T----TTC-TT-T-C-A-G-A-T-A--G-CC--T----A-TT-TCC-Cttattctccg
gi|24 : GCTGAC-AT--GATTT--CT-T----AA-A-T-A----C-----------C-TAA-A--C----T-TT-----C---A------T-T--ATAC-C-G-CC-A--T--A-T----TTC-TT-T-------A-T-A--G-CC--G----A-TT-TCT-CT-T-CACgcca
gi|25 : TGAC-AT--GAATT---T-T----AA-A-T------------------C-TTA-C--C-AT-T-T----------A-T-C--T-T--AT-A---A-CC-A--T--A-T----TTC-TT-T-C---G-A---A--G-CC------------TCT--T-T-CAC
gi|26 : aaT--CT-A----AA-A-T-G----C-----------C-TGC-A--C-AA-T-TTA----C---A-T-C--T-T--AT-C-C-G-CC-A--T--A-T----TTCTTT-T-C-A-G-A-C-A--G-Cgccgcct
gi|27 : agAGTTGAC-TT--GATTT--CA-T----AA-A-T-A----T-----------G-TAC-A--C-AT-T-TC----------------------T-C--------------A-T----TTT-TT-T-C-A-G-A-C-A--G-TC--T----A-TT-TCA-CT-T-TACCataatttacgccgccc
gi|29 : tagAGATGAC-AT--GAAATA-CTGT----AC-A-T-AGA--T-----------C-TAC-A--C-AT----------C---A-T---------AT-C-C-G-CC-A--T--A-T----TTC-TT-T-C-A-A-A-T-A--G-C
gi|3 : AAGCTGAC-AC---ATTTTGCT-T----AA-A-T-AGAACC-----------C-TAA----C-AT-T-TT-----C---AAT-CACTAT--AT-C-C-A-C--A--T--A-T----TTC-TT-TTC-A-G-A-T-A--G-CC--G----ATTT-TCT-CT-T-CAgtattc
gi|30 : tC-AT--GATTT--CT-T----AA-A-TAA----C-----------C-GAA-A--C-AT-T-TA-----A---A-T-C--T-A--GT-C-C---CC-A--T--A-T--------TC-T-C-A---A-T-A----CC--G----A--T-TCT-CT-T-CACCacc
gi|31 : GAC-AT--GAATT--CG-T----AA-A-T-A----G-----------C-TAA-A--C-AT-T-TT-----C---A-T-C--T-T--AA-T-C-G-CC-A--T--A-T----TTC-TT-T-C-A-G-A-T-A--G-CC--T----A-TT-TC
gi|32 : -A----C-----------C-TAA-A--C-AG-T-CT-----CGTAA-T-C--T-T--AT-C-CCG-CC----T--A-T----TTC-TT-T-C-A-G-A-T-A--G-CCT-G----A-TTGTCT-CTAT-CACC
gi|33 : T--CT-T----AA-A-T-A----A-----------C-TAA----C-AT-T-TT-----C---A-T-C--T-T--AT-C-G-C-CC-A--T--A-T----TTC-TT-T-C-A-G-A-T-A--G-CC--G----A-TT-TCT-CT-A-CACCgg
gi|34 : ----AA-A-T-A----C-----------C-TAA-C--C-AT-T-TT-----C---A-T-C--T-T--AT-C-C-G-CC-A--T--A-T----TTC-TT-T-C-A-G-A-T-A--G-CC--G----A-TT-CCT-CT-T-CACCt
gi|35 : -----------C-TAA-A--C-AT-T-TT-----C---A-T-C--T-GCAAT-C-C-G-CA-T--T--A-T----TTC-TTCT-C-A-G-GCT-A--G-CC--G----A-TT-TCTCCT-T-CACCt
gi|36 : AAGCTGAC-AG--GAAGT--CT-G----AA-A-T-A----C-----------C-TAC-A--T-AT-T-TTT----C---A-T-C--T-T--AT-C-T-G-CC-A--T--G-T----TTC-TT-t
gi|37 : --CT-T----AA-A-T-A----C-----------C-TAA-A--C-AT-T-TT-----C---A-T-C--T-T--AT-C-C-G-CC-AT-T--A-T----TTC-TT-T-C-A-G-A-T-A--G-CC--G----A-TT-
gi|38 : -AT-T-TT-----C---A-T-C--T-T--AA-T-C-A-CC-A--T--A-T----TTC-TT-T-C-A-G-A-A-A--G-CC------------TCT--T-T-CAC
gi|39 : AA-A--C-AT-T-CT-----C-----T-CA-T-T--AT-C-C-G-CC-A--T----T----TTC-TT-T-C-A-G-A-T-A--G-CC--T----A--T-TCT-Cgccgcc
gi|4 : AAGCTGAC-AT--GATTT--CT-T----AA-A-T-A----CAAATA------C-TAA-A--C-AT-TCCT-----C---C-T-C--T-T--AT-C-C-G-CCGA--T--ACT----TTCTTT-T-C-A-G-AGT-AAGG-CC-------A-TT-TCT-Cgcc
gi|40 : AAGCTGAC-AT--GATTT--CT-T----AA-A-T-A----C-----------gcca
gi|41 : aggacttaAAGCTGAC-AT--GATTT--CT-T----AA-A-T-
gi|5 : ggccttaGCTGAC-AC--GAAAT--CT-TTAAAAA-A-T-A----C-----------C-TGC-A--C-AT-G-TTACATGT---A-T-C--T-T--GT-T-C-G-CC-A--T--A-T----TTC-TT-T-T-G-G-A-T-A--G-
gi|6 : cGCTGAC-AT--GAATT--CT-T----AA-A-T-A----C-----------C-TAA-A--C-AT-T-TT-----C---A-T-C--T-T--CT-C-C-G-CC-A--T--A-T----TTC-TT-T-C-A-G-A-T-A--G-CCTAGACCTA-TT-TCT-CA-C-CACCgatattttagccaccc
gi|7 : AAGCTGAC-AA--GAGT---CT-T----AA---T-A----C-----------T-CA-----C-TT-C-TT-----C---A-T-C--T-A--GT-C-C-G-CC-A--T--A-TGGGGTTC-TT-T-C-ATG-A-T-A--G-ACATG----A-TT-TCT-CG-T-CACCt
gi|8 : aAAGCTGAC-AT--GATTT--CT-T----AA-A-T-A----C-----------C-TAA-A--C-AT-T-TT-----C---A-T-C--T-T--AT-C-C-G-CC-A--T--A-T----TT--TT-T-C-A-G-A-T-A--G-CC--G----A-TT-TCT-CT-T-CACC
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): TAAAATGAAATCCTTCCGCTAATGGTACATAGATATATACATGTACAAGCGTCGCCCATAGTCCCTAACA