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consensus                     :                             NNNNNNNNGTGCCAGATCTTGGGGTATGGGG--TGCAA-------CCC--CCACCCCCTCC-T--------GGTTGAACA-NTTT-TGACAA-AA---N--T--NGT-TAT------AT--T----TTTG-----NC--A-T---------T--G---CCCCCTCC--CCCCNCCTTCTT--------GGGCGAAAAAN--GTACAAACT-T-GGGTCGC-G------CAC---C-CCCTT-T----G------AA--A-N-TTTTCTGG-ATCCGCCCC
Reference ( gi|5 )            :                             TTATGTCAGTGGCATATCTTGGGGT---GGA--TGCAA-------TCC--CCATCCCCACCAT--------GGTTGAACA-ATTT-TAACAA-AA---T--T--TGTATAT------AT--T----TTTG-----TT--A-----------T--A---TCCCCTCC--CCCTGCCTTCTTAG------GGGCAAAAAAT--GTACAAACT-T-GGATTGC-A------CAC---C-CCCTT-T----G------AA--A-T-TTTTCTGG-ATCTGCCCC
gi|4                          :                                     GTGCCAGATCTTGGGGG---GGGC-TGCTACAGGGGTTGC--GCAACCTCATCAT---------------CT-ATTTCTGACAA-AT---A--T--GGTCAAT-------T--T----CTTG-----CC--ACT---------T--G---CCCCTTCC--CTCCCCCTCC----------GGGCAGAAAAA--ATATAAATT-TTGGATCAC-GATTTCCCTC---T-CCCTT-T----A------AA--A-A-TTTTCTGG-ATCTACCCC
gi|2                          :                                         tcattcccGGGGG---GGG--GGCAA-------CCC--CTTTCCCTT---T--------GGTTGAGTA--TTT-T--CAA-AACGGT--T--AATATTT------ACCCT----TTTGGGATCTTCAA-----------C--A---CCCCCACC--CCCCTCTTTTTT-G------GATTGAAAAAT--A-ACAAACT-T-GGGTTTCAA------CAC---T-CCTCT-T----GCCCTGTAA--A-A-TTTTCAGG-ATtacattcatccctt
gi|1                          : aataaaagattcaactatcatatgggaggatctagattgagggggatgGGGGTATGGGT--TGCAC-------CTC--CCCCCCCCCCCTTTTTTTTTTGGTTGAATATATTT-T-ACAAGAA---T--TAATGTTCAT------TT--T----TTTG-----TC--AATTTGGGTGTTT--ACTCCCCCCTCC--CCCCCCCCATTTA-------TGACTAAAAAT--G--CCAACC-T-GCAACGC-AATCCC-CAT---C-CCCTT-TTGAAA------AA--A-T-TGTTCTGG-ATTCACCtctcgatc
gi|3                          :                        ggatctagtggggtgaaggggggaaGGGGTATGGGAATTGGAA-------CCC--CCACCCCCTCC----------GGTGGAACA-GT---------------T--T--TGC---T------GT--G----TTTG-----GG--G--------------G---TCTTCAACAACCCT--CTTCTT-T------GGACGGAAGAG--GTACAAACA-T-GGGTTAC-AATC---CACCCAC-CCCCT-T----G------AA--A-G-TTATCTAG-ATC--CCCCact
gi|6                          :                            tatatctgtgagggatctagaaGGGT---TG----GCAA-------TCCACCCATCCCC-CTTT--------GGTTGAATA-TTTG-TAACAA-AA---TCAT--TAT-TATT-----AT--TACCATTTAGGAA-TC--A-----------TCAA---CCCCCTCC--CCtagctacaatgtaatgatgaaaaagcatacttcttagaact
gi|8                          :      gggggaaaatcagtgtaattttgtcttgtttgctaattataaattcaatataatggcaggtataaaggggaagtacaCCCCTTTAT--------GGTTGAACA-TTCT-AAATAA-AA---A--T--CAT-TATTTTGCCAT--T----TTGG-----GT--T-----------T--G---TCCAC-CT--CACTGCCTTTTT-GCTTTTTGGGCGGAAATG--GTA-AAACG-A-GAGTTGA-G------CTC---G-CCTTT-T----G------AT--T-T-TTTTCCGG-ATTCGCCCC
gi|7                          :                                                                                                         agCA-TTTC-TGACAA-AT---A--T--GGTA-AT-------T--T----CTTG-----CC--ACT---------T--G---CCCCTTCC--CTCCCCCTCC----------GGGCAGAAAAA--ATATAAATT-TTGGATCAC-GATTTCCCTC---T-CCCTTAT----A------AA--A-AATTTTCTGG-ATCTACCCCtgat
gi|11                         :                                                                                                                                                                  gctgctacaggggttgcgcaacctcatcatcCC--TCTTGCCTTATTTT------GGGCAAAAA-C--GTACAAACT-T-GG---GC-A------CGA---C-CCTCA-T----G------AA--ACT-TTTTCTGGAATC--CCCCtacattcatccc
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                             AAGGAATAAGTACAAAAT-T-GGGTCCC-C------CAC---C-CC-TT-T----A------AA--C-A-TTTCCTGG-ATCCATCCC
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Unaligned ( gi|13 ): GTTTTGCTATTTTTGGGTCTCAACCCCATTTTTTGGACGGAAAGGAACACAATTGCATCAGAACTTCTCCCCACCC
Unaligned ( gi|15 ): TTTGCCATTTAAAAGTCTTGAACAGACATTTTATCTTTGGAGGATAAAGGTACAAACTTGGGTCACAA
Unaligned ( gi|19 ): GTCTACAACCCCTCTTCTGTAAACGAAGGGGTACAAACGTGGATTGCAGTATCCTCCT
Unaligned ( gi|21 ): TACTTACGAACATGTAATTTGAAGAGTAGACGCCTTTGAGCTT






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Reference ( family-4291 )     :               NNNNNNNNGTGCCAGATCTTGGGG--------TAT-GGGG--T---GCAACCC--CCACCCCCTCC---------TGGTTGAACANTTTTGACAAAANT---NGT-T-A-TAT-----TT------TTGNCA--TT------------G-----------CCC-CCTC-CCCCCNC----CTT--C-TT--G-GGC-GAAAAANGTACAAA-CTT-GGGT-------CGC-G------CACC-CCCTT-T---G------AAA-NTT-TT--CTGG-ATCCGCCCC
gi|1                          :                                   GGGG--------TAT-GGGT--T---GCACCTC--CCCCCCCCCCCTTTTTTTTTTGGTTGAATATATTTTACAAGAATTAATGT-TCA-TTT-----TT------TTGTCAATTT------------GGGTGTTTACTCCCC-CCTC-CCCCCCC----CCA--T-TT--ATGAC-TAAAAATG--CCAA-CCT-GCAA-------CGC-AATCCC-CATC-CCCTT-TTGAA------AAA-ATTGTT--CTGG-ATTCACC
gi|10                         :          ggatctagtggggtgaaggggggaaGGGG--------T-T-GGGT--T---GCATCCT--TCTTCCCCCTT---------TAGTTGAATATTTTTGACACAAAG---GGC-T---CAT-----TT------TTGACact
gi|11                         :                                                                                                                                                                    atctatgggcgaggttaaC-CTCTTGC----CTTATT-TT--G-GGC--AAAAACGTACAAA-CTT-GGG--------CAC-G-------ACC-CTC-A-T---G------AAACTTT-TT--CTGGAATCCCCCCcaattt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                         -TT--G-GAA-GGAATAAGTACAAA-ATT-GGGT-------CCC-C------CA-C-CCCTT-T---A------AAC-ATT-TC--CTGG-ATCCATCCCttact
gi|14                         :                                                                                                                                                                                          CCTAT----CTC--C-TT--G-GGC-AAAAAAGGTACAAA-TGC-AAGT-------TAC-A------CACC-CCGCA-G---A------AAA-CTT-TT--CTGT-ATCCGatagatataaagta
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                      cta-TT--G-GAG-GATAAAGGTACAAA-CTT-GGGT-------CAC-gtc
gi|16                         :                                                                                                                                                           tttgccatttaaaagtcttgaacagacattttatct----CTT--T-TT--G-GGA-GAACAATGTACAAT-CTT-GGAT-------CGC-A-------ACTTCCCTC-T---A------AAA-AAT-T---CTGG-ATCCGTTCCaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                            --G-GGC-AAAAAATATTCAAA-CTAAGGGT-------TGC-A------CCCCACCCGT-T---C------AAT-TTT-TTTTCTGG-ACCCGCC
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                     T--T-TT--G-GGC--AAAAAGGTACAAA-CTT-GGGC-------CAC-G------CACC-TCA---T---G------AAA-CTT-TT--CTGG-ATCCGCCCCac
gi|2                          :                                   GGGG------------GGGG--G---GCAACCC--CTTTCCCTT-----------TGGTTGAGTATTTT---CAAAAC----GGT-T-AATAT-----TTACCCTTTTGGGA--TCTTCAAC------A-----------CCC-CCAC-CCCCCTC----TTT--T-TT--G-GATTGAAAAATA-ACAAA-CTT-GGGT-------TTCAA------CACT-CCTCT-T---GCCCTGTAAA-ATT-TT--CAGG-ATTC
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gi|3                          :                                 agGGGG--------TAT-GGGAATT---GGAACCC--CCACCCCCTCC----------GGTGGAACAGTTTT-------------GC-T-G-TGT-----TT------GGGG------------------G-----------TCT-TCAA-CAACCCT----CTT--CTTT--G-GAC-GGAAGAGGTACAAA-CAT-GGGTTACAATCCAC-C------CACC-CCC-T-T---G------AAA-GTT-AT--CTAG-ATCCCCC
gi|4                          : tatatctgtgagggatctagaaGTGCCAGATCTTGGGGGGGGCTGCTACAGGGG--TTGCGCAACCT--C-ATCATCT--------------------ATTTCTGACAAATAT---GGT-C-A--AT-----TTC-----TTGCCAC-TT------------G-----------CCC-CTTC-CCTCCCC----CTC--C-----G-GGC-AGAAAAAATATAAATTTT-GGAT-------CAC-GATTTCCCTCT-CCCTT-T---A------AAA-ATT-TT--CTGG-ATCTACCCCtagctacaatgtaatgatgaaaaagcatacttcttagaact
gi|5                          :               tcattcccGTGGCATATCTTGGGG--------T----GGA--T---GCAATCC--CCATCCCCACCA--------TGGTTGAACAATTTTAACAAAATT---TGTAT-A-TAT-----TT------TTGTTA--T-------------A-----------TCC-CCTC-CCCCTGC----CTT--C-TTAGG-GGC-AAAAAATGTACAAA-CTT-GGAT-------TGC-A------CACC-CCCTT-T---G------AAA-TTT-TT--CTGG-ATCTGCCCCtacattcatccctt
gi|6                          :                              ttatgtcaG--------TAC-AGGG--TTG-GCAATCCACCCATCCCCCTT---------TGGTTGAATATTTGTAACAAAA-T---CAT-T-ATTAT-----TA------TTACCA--TTTAGGAATCATCAA-----------CCC-CCTC-CCC
gi|7                          :                          gggggaaaatcagtgtaattttgtcttgtttgctaattataaattcaatataatggcaggtataaaggggaaCATTTCTGACAAATAT---GGT-A-A-T-T-----TC------TTGCCAC-TT------------G-----------CCC-CTTC-CCTCCCC----CTC--C-----G-GGC-AGAAAAAATATAAATTTT-GGAT-------CAC-GATTTCCCTCT-CCCTTATA--A------AAA-ATT-TT--CTGG-ATCTACCCC
gi|8                          :                                          gctgctacaggggttgcgcaacctcatcatcCCCCTTTA---------TGGTTGAACATTCTAAATAAAAAT---CAT-T-A-TTTTGCCATT------TTGGGT--TT------------G-----------TCCACCTCACTGCCTTTTTGCTT--T-TT--G-GGC-GGAAATGGTA-AAA-CGA-GAGT-------TGA-G------CTCG-CCTTT-T---G------ATT-TTT-TT--CCGG-ATTCGCCCCtacattcatccc
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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consensus                     :               NNNNNNNNGTGNCANATCTTGGGG--------TAC-GGGG--T---GCAACCC--C--CATCCCCCCC---------TGGTTGAACATTTTTGACAAAAAT---NGT-T-A-TAT-----TT------TTGNCA--TT------------G-----------CCC-CCTCCCCCCCC-----CTTCT-T--G-GGC-GAAAAANGTACAAA-CTT-GGGT-------CGC-G------CACC-CCCTT-T---G------AAA-NTT-TT--CTGG-ATCCGCCCC
Reference ( family-4291 )     :               NNNNNNNNGTGNCANATCTTGGGG--------TAC-GGGG--T---GCAACCC--C--CATCCCCCCC---------TGGTTGAACATTTTTGACAAAAAT---NGT-T-A-TAT-----TT------TTGNCA--TT------------G-----------CCC-CCTCCCCCCCC-----CTTCT-T--G-GGC-GAAAAANGTACAAA-CTT-GGGT-------CGC-G------CACC-CCCTT-T---G------AAA-NTT-TT--CTGG-ATCCGCCCC
gi|1                          :                                   GGGG--------TAT-GGGT--T---GCACCTC--C--CCCCCCCCCCTTTTTTTTTTGGTTGAATATATTTTACAAGAATTAATGT-TCA-TTT-----TT------TTGTCAATTT------------GGGTGTTTACTCCCC-CCTCCCCCCCC-----CCATT-T--ATGAC-TAAAAATG--CCAA-CCT-GCAA-------CGC-AATCCC-CATC-CCCTT-TTGAA------AAA-ATTGTT--CTGG-ATTCACC
gi|10                         :          ggatctagtggggtgaaggggggaaGGGG--------T-T-GGGT--T---GCATCCT--T--CTTCCCCCTT---------TAGTTGAATATTTTTGACACAAAG---GGC-T---CAT-----TT------TTGACact
gi|11                         :                                                                                                                                                                                     atctatgggcgaggttaaTTT-T--G-GGC--AAAAACGTACAAA-CTT-GGG--------CAC-G-------ACC-CTC-A-T---G------AAACTTT-TT--CTGGAATCCCCCCcaattt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                             cctcttgccttaT-T--G-GAA-GGAATAAGTACAAA-ATT-GGGT-------CCC-C------CA-C-CCCTT-T---A------AAC-ATT-TC--CTGG-ATCCATCCCttact
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                -----CTCCT-T--G-GGC-AAAAAAGGTACAAA-TGC-AAGT-------TAC-A------CACC-CCGCA-G---A------AAA-CTT-TT--CTGT-ATCCGatagatataaagta
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                 ctacctatT-T--G-GAG-GATAAAGGTACAAA-CTT-GGGT-------CAC-gtc
gi|16                         :                                                                                                                                                            tttgccatttaaaagtcttgaacagacattttatct-----CTTTT-T--G-GGA-GAACAATGTACAAT-CTT-GGAT-------CGC-A-------ACTTCCCTC-T---A------AAA-AAT-T---CTGG-ATCCGTTCCaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                            --G-GGC-AAAAAATATTCAAA-CTAAGGGT-------TGC-A------CCCCACCCGT-T---C------AAT-TTT-TTTTCTGG-ACCCGCC
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gi|19                         :                                                                                                                                                                                           CCCCT-----CTTCTGT--A-AAC-GAAGG-GGTACAAA-CGT-GGAT-------TGCAG------TATC-CTCCT-
gi|2                          :                           gtctacaaGGGG------------GGGG--G---GCAACCC--C----TTTCCCTT---------TGGTTGAGTATTTTC----AAAAC---GGT-T-AATAT-----TTACCCTTTTGGGA--TCTTCAAC------A-----------CCC-CCACCCCCCTC-----TTTTT-T--G-GATTGAAAAATA-ACAAA-CTT-GGGT-------TTCAA------CACT-CCTCT-T---GCCCTGTAAA-ATT-TT--CAGG-ATTC
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gi|3                          :                                 agGGGG--------TAT-GGGAATT---GGAACCC--C--CACCCCCTCC----------GGTGGAACAGTTTTG-------------C-T-G-TGT-----TT------GGGG------------------G-----------TCT-TCAACAACCCT-----CTTCT-TT-G-GAC-GGAAGAGGTACAAA-CAT-GGGTTACAATCCAC-C------CACC-CCC-T-T---G------AAA-GTT-AT--CTAG-ATCCCCC
gi|4                          : tatatctgtgagggatctagaaGTGCCAGATCTTGGGGGGGGCTGCTACAGGGG--TTGCGCAACCT--CATCATCT-----------------------ATTTCTGACAAATAT---GGT-C-A--AT-----TTC-----TTGCCAC-TT------------G-----------CCC-CTTCCCTCCCC-----CTCC-----G-GGC-AGAAAAAATATAAA-TTTTGGAT-------CAC-GATTTCCCTCT-CCCTT-T---A------AAA-ATT-TT--CTGG-ATCTACCCCtagctacaatgtaatgatgaaaaagcatacttcttagaact
gi|5                          :               tcattcccGTGGCATATCTTGGGG--------T----GGA--T---GCAATCC--C--CATCCCCACCA--------TGGTTGAACAATTTTAACAAAATT---TGTAT-A-TAT-----TT------TTGTTA--T-------------A-----------TCC-CCTCCCCCTGC-----CTTCT-TAGG-GGC-AAAAAATGTACAAA-CTT-GGAT-------TGC-A------CACC-CCCTT-T---G------AAA-TTT-TT--CTGG-ATCTGCCCCtacattcatccctt
gi|6                          :                              ttatgtcaG--------TAC-AGGG--TTG-GCAATCCACC--CATCCCCCTT---------TGGTTGAATATTTGTAAC-AAAAT---CAT-T-ATTAT-----TA------TTACCA--TTTAGGAATCATCAA-----------CCC-CCTCCCC
gi|7                          :                            gggggaaaatcagtgtaattttgtcttgtttgctaattataaattcaatataatggcaggtataaaggggaaCATTTCTGACAAATAT---GGT-A-A-T-T-----TC------TTGCCAC-TT------------G-----------CCC-CTTCCCTCCCC-----CTCC-----G-GGC-AGAAAAAATATAAATTTT-GGAT-------CAC-GATTTCCCTCT-CCCTTATA--A------AAA-ATT-TT--CTGG-ATCTACCCC
gi|8                          :                                                    gctgctacaggggttgcgcaacctcatcatc---------TGGTTGAACATTCTAAATAAAAAT---CAT-T-A-TTTTGCCATT------TTGGGT--TT------------G-----------TCCACCTCACTGCCTTTTTGCTTTT-T--G-GGC-GGAAATGGTA-AAA-CGA-GAGT-------TGA-G------CTCG-CCTTT-T---G------ATT-TTT-TT--CCGG-ATTCGCCCCtacattcatccc
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): CCCTCCCCAACTCGCGGGCAGAAAAAATATAAATTTTGATTCATCGATTTCCCTACTCCCTTTAAAAAATTTTAATGGACTACCCCCTACATTCATCC
Unaligned ( gi|13 ): GTTTTGCTATTTTTGGGTCTCAACCCCATTTTTTGGACGGAAAGGAACACAATTGCATCAGAACTTCTCCCCACCC
Unaligned ( gi|21 ): TACTTACGAACATGTAATTTGAAGAGTAGACGCCTTTGAGCTT






Alignments
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lowQualScore                  :                          0  0         999999999999   9999999       00000 6      000000000000              7  8     333333333333333333333333333   8888888888888888888888888888888   0           00000     9 33 7   33     0       5   0    1111111 1 88888888 1  3   4 7 7777777777   99  9  99    9         
consensus                     :               NNNNNNNNGTGNCANATCTTGGGG--------TAC-GGGG--T---GCAACCC--C--CATCCCCCCC---------TGGTTGAACATTTTTGACAAAAAT---NGT-T-A-TAT-----TT------TTGNCA--TT------------G-----------CCC-CCTCCCCCCCC-----CTTCT-T--G-GGC-GAAAAANGTACAAA-CTT-GGGT-------CGC-G------CACC-CCCTT-T---G------AAA-NTT-TT--CTGG-ATCCGCCCC
Reference ( family-4291 )     :               NNNNNNNNGTGNCANATCTTGGGG--------TAC-GGGG--T---GCAACCC--C--CATCCCCCCC---------TGGTTGAACATTTTTGACAAAAAT---NGT-T-A-TAT-----TT------TTGNCA--TT------------G-----------CCC-CCTCCCCCCCC-----CTTCT-T--G-GGC-GAAAAANGTACAAA-CTT-GGGT-------CGC-G------CACC-CCCTT-T---G------AAA-NTT-TT--CTGG-ATCCGCCCC
gi|1                          :                                   GGGG--------TAT-GGGT--T---GCACCTC--C--CCCCCCCCCCTTTTTTTTTTGGTTGAATATATTTTACAAGAATTAATGT-TCA-TTT-----TT------TTGTCAATTT------------GGGTGTTTACTCCCC-CCTCCCCCCCC-----CCATT-T--ATGAC-TAAAAATG--CCAA-CCT-GCAA-------CGC-AATCCC-CATC-CCCTT-TTGAA------AAA-ATTGTT--CTGG-ATTCACC
gi|10                         :          ggatctagtggggtgaaggggggaaGGGG--------T-T-GGGT--T---GCATCCT--T--CTTCCCCCTT---------TAGTTGAATATTTTTGACACAAAG---GGC-T---CAT-----TT------TTGACact
gi|11                         :                                                                                                                                                                                     atctatgggcgaggttaaTTT-T--G-GGC--AAAAACGTACAAA-CTT-GGG--------CAC-G-------ACC-CTC-A-T---G------AAACTTT-TT--CTGGAATCCCCCCcaattt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                             cctcttgccttaT-T--G-GAA-GGAATAAGTACAAA-ATT-GGGT-------CCC-C------CA-C-CCCTT-T---A------AAC-ATT-TC--CTGG-ATCCATCCCttact
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                -----CTCCT-T--G-GGC-AAAAAAGGTACAAA-TGC-AAGT-------TAC-A------CACC-CCGCA-G---A------AAA-CTT-TT--CTGT-ATCCGatagatataaagta
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                 ctacctatT-T--G-GAG-GATAAAGGTACAAA-CTT-GGGT-------CAC-gtc
gi|16                         :                                                                                                                                                            tttgccatttaaaagtcttgaacagacattttatct-----CTTTT-T--G-GGA-GAACAATGTACAAT-CTT-GGAT-------CGC-A-------ACTTCCCTC-T---A------AAA-AAT-T---CTGG-ATCCGTTCCaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                            --G-GGC-AAAAAATATTCAAA-CTAAGGGT-------TGC-A------CCCCACCCGT-T---C------AAT-TTT-TTTTCTGG-ACCCGCC
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                       TTT-T--G-GGC--AAAAAGGTACAAA-CTT-GGGC-------CAC-G------CACC-TCA---T---G------AAA-CTT-TT--CTGG-ATCCGCCCCac
gi|19                         :                                                                                                                                                                                           CCCCT-----CTTCTGT--A-AAC-GAAGG-GGTACAAA-CGT-GGAT-------TGCAG------TATC-CTCCT-
gi|2                          :                           gtctacaaGGGG------------GGGG--G---GCAACCC--C----TTTCCCTT---------TGGTTGAGTATTTTC----AAAAC---GGT-T-AATAT-----TTACCCTTTTGGGA--TCTTCAAC------A-----------CCC-CCACCCCCCTC-----TTTTT-T--G-GATTGAAAAATA-ACAAA-CTT-GGGT-------TTCAA------CACT-CCTCT-T---GCCCTGTAAA-ATT-TT--CAGG-ATTC
gi|20                         :                                                                                                                                                                      aataaaagattcaactatcatatgggaggatctagattgagggggatgAAAAAGTACAAA-CTT-GGGT-------TGC-A------T----CCTTT-T---G------AAA-ACT-TT--CTGG-ATCCGCtcgatc
gi|3                          :                                 agGGGG--------TAT-GGGAATT---GGAACCC--C--CACCCCCTCC----------GGTGGAACAGTTTTG-------------C-T-G-TGT-----TT------GGGG------------------G-----------TCT-TCAACAACCCT-----CTTCT-TT-G-GAC-GGAAGAGGTACAAA-CAT-GGGTTACAATCCAC-C------CACC-CCC-T-T---G------AAA-GTT-AT--CTAG-ATCCCCC
gi|4                          : tatatctgtgagggatctagaaGTGCCAGATCTTGGGGGGGGCTGCTACAGGGG--TTGCGCAACCT--CATCATCT-----------------------ATTTCTGACAAATAT---GGT-C-A--AT-----TTC-----TTGCCAC-TT------------G-----------CCC-CTTCCCTCCCC-----CTCC-----G-GGC-AGAAAAAATATAAA-TTTTGGAT-------CAC-GATTTCCCTCT-CCCTT-T---A------AAA-ATT-TT--CTGG-ATCTACCCCtagctacaatgtaatgatgaaaaagcatacttcttagaact
gi|5                          :               tcattcccGTGGCATATCTTGGGG--------T----GGA--T---GCAATCC--C--CATCCCCACCA--------TGGTTGAACAATTTTAACAAAATT---TGTAT-A-TAT-----TT------TTGTTA--T-------------A-----------TCC-CCTCCCCCTGC-----CTTCT-TAGG-GGC-AAAAAATGTACAAA-CTT-GGAT-------TGC-A------CACC-CCCTT-T---G------AAA-TTT-TT--CTGG-ATCTGCCCCtacattcatccctt
gi|6                          :                              ttatgtcaG--------TAC-AGGG--TTG-GCAATCCACC--CATCCCCCTT---------TGGTTGAATATTTGTAAC-AAAAT---CAT-T-ATTAT-----TA------TTACCA--TTTAGGAATCATCAA-----------CCC-CCTCCCC
gi|7                          :                            gggggaaaatcagtgtaattttgtcttgtttgctaattataaattcaatataatggcaggtataaaggggaaCATTTCTGACAAATAT---GGT-A-A-T-T-----TC------TTGCCAC-TT------------G-----------CCC-CTTCCCTCCCC-----CTCC-----G-GGC-AGAAAAAATATAAATTTT-GGAT-------CAC-GATTTCCCTCT-CCCTTATA--A------AAA-ATT-TT--CTGG-ATCTACCCC
gi|8                          :                                                    gctgctacaggggttgcgcaacctcatcatc---------TGGTTGAACATTCTAAATAAAAAT---CAT-T-A-TTTTGCCATT------TTGGGT--TT------------G-----------TCCACCTCACTGCCTTTTTGCTTTT-T--G-GGC-GGAAATGGTA-AAA-CGA-GAGT-------TGA-G------CTCG-CCTTT-T---G------ATT-TTT-TT--CCGG-ATTCGCCCCtacattcatccc


blockSeqs                     :                          G  T         GGGGCTGCTACA   GTTGC         CAT   T      CCAT                      G  A     GGTTAATATTTACCCTT             CCATTTAGGAATCATCAA                A           TTTTG     G AG .   TG     C       T   A    TACAATC   GATTTCC  A  T   T A GCCCTGT      CT  .  TT    A
blockSeqs                     :                                       TAT            AATT          ACC   A      TTT                       G  A     CATTATTTTGCCATT               GGATCTTCAACA                      .           .         . T  .   G      A       .   T    .         GATTTCC  A  A   C . AA           A   .  .     .
blockSeqs                     :                                       TAC            GTTG          T     A      TTT                       G  A     TGTATATATTT                   CCACTTG                           .           .         . .  .   A      G       .   .    .         AG       A  .   T . G            C   .  .     .
blockSeqs                     :                                       TT             TT            C     A      TTT                       A  A     CATTATTATTA                   CCACTTG                           .           .         . .  .   G      G       .   .    .         AA       A  .   G . A            A   .  .     .
blockSeqs                     :                                       T              GG            C     A      CC                        A  A     GGTCAATTTC                    GGTTTG                            .           .         . .  .   G      T       .   .    .         G        C  .   C . A            T   .  .     .
blockSeqs                     :                                       .              AT            C     .      .                         G  .     GGCTCATTT                     TTATA                             .           .         . .  .   A      T       .   .    .         C        A  .   C . A            C   .  .     .
blockSeqs                     :                                                                                                           A  .     GGTAATTTC                     GG                                .           .         . .  .   G      G       .   .    .         A        A  .   T . C            A   .  .     .
blockSeqs                     :                                                                                                           .  .     CTGTGTTT                                                                    .         . .  .   G      G       .   .    .         A        A  .   T . G            A   .  .     .
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finalCons                     :               NNNNNNNNGTGNCANATCTTGGGG--------TAC-GGGG--T---GCAACCC--C--CATCCCCCCTT---------GGTTGAACATTTTTGACAAAAATCGTNATTTT------------------TTGNCACTTG------------------------CCC-CCTCCCCCCCC-----CTTCT-T--G-GGC-GAAAAANGTACAAA-CTT-GGGT-------CGCA-------CACC-CCCTT-TG---------AAA-NTT-TT--CTGG-ATCCGCCCC
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Reference ( family-4291 )     :               NNNNNNNNGTGNCANATCTTGGGG--------TAC-GGGG--T---GCAACCC--C--CATCCCC-CC---------TT---GGTTGAACATTTTTGACAAAA--ATCG----TN-A-T-T------T-----T-TTGNC-A-CTT-----------G-----------CCC-CCTCCCCCCCC-----CTTCT-T--G-GGC-GAAAAANGTACAAA-CTT-GGGTCGC-A------CAC---C-CCCTT-T---G------AAA-NTT-TT--CTGG-ATCCGCCCC
gi|1                          :                                   GGGG--------TAT-GGGT--T---GCACCTC--C--CCCCCCC-CCCTTTTTTTTTT---GGTTGAATATATTTTACAAGA--ATTAATGTTC-ATT-T------T-----T-TTGTCAA-TTT-----------GGGTGTTTACTCCCC-CCTCCCCCCCC-----CCATT-T--ATGAC-TAAAAATG--CCAA-CCT-GCAACGC-AATCCC-CAT---C-CCCTT-TTGAA------AAA-ATTGTT--CTGG-ATTCACC
gi|10                         :          ggatctagtggggtgaaggggggaaGGGG--------T-T-GGGT--T---GCATCCT--T--CTTCCCC-CT---------TT---AGTTGAATATTTTTGACACAA--AGGGC---TC-A-T-T------T-----T-Tact
gi|11                         :                                                                                                                                                                                            atctatgggcgaggttaaTTT-T--G-GGC--AAAAACGTACAAA-CTT-GG---GC-A------CGA---C-CCTCA-T---G------AAACTTT-TT--CTGGAATCCCCCCgaccaattt
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gi|14                         :                                                                                                                                                                                                       -----CTCCT-T--G-GGC-AAAAAAGGTACAAA-TGC-AAGTTAC-A------CAC---C-CCGCA-G---A------AAA-CTT-TT--CTGT-ATCCGatagatataaagta
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                        ctacctatT-T--G-GAG-GATAAAGGTACAAA-CTT-GGGTCAC-A------gtc
gi|16                         :                                                                                                                                                                   tttgccatttaaaagtcttgaacagacattttatct-----CTTTT-T--G-GGA-GAACAATGTACAAT-CTT-GGATCGC-A-------AC---TTCCCTC-T---A------AAA-AAT-T---CTGG-ATCCGTTCCa
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gi|2                          :                           gtctacaaGGGG------------GGGG--G---GCAACCC--C----TTTCC-CT---------TT---GGTTGAGTATTTT---CAAAACGGTTA----AT-A-T-T------TACCCTT-TTGGG-ATCTTCAAC-------A-----------CCC-CCACCCCCCTC-----TTTTT-T--G-GATTGAAAAATA-ACAAA-CTT-GGGTTTCAA------CAC---T-CCTCT-T---GCCCTGTAAA-ATT-TT--CAGG-ATTCgtatcctcct
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gi|3                          :                                 agGGGG--------TAT-GGGAATT---GGAACCC--C--CACCCCC-TC---------C----GGTGGAACAGTTTTG---------CTG----TG------------------T-TTGGG-G---------------G-----------TCT-TCAACAACCCT-----CTTCT-TT-G-GAC-GGAAGAGGTACAAA-CAT-GGGTTAC-AATC---CACCCAC-CCCCT-T---G------AAA-GTT-AT--CTAG-ATCCCCC
gi|4                          : tatatctgtgagggatctagaaGTGCCAGATCTTGGGGGGGGCTGCTACAGGGG--TTGCGCAACCT--CATCATCT---------------------------ATTTCTGACAAAT--ATGG----TC-AAT-T------T-----C-TTGCC-A-CTT-----------G-----------CCC-CTTCCCTCCCC-----CTCC-----G-GGC-AGAAAAAATATAAATTTT-GGATCAC-GATTTCCCTC---T-CCCTT-T---A------AAA-ATT-TT--CTGG-ATCTACCCCtagctacaatgtaatgatgaaaaagcatacttcttagaact
gi|5                          :               tcattcccGTGGCATATCTTGGGG--------T----GGA--T---GCAATCC--C--CATCCCCACC---------AT---GGTTGAACAATTTTAACAAAA--TTTG----TATA-TAT------T-----T-TTGTT-A---T-----------A-----------TCC-CCTCCCCCTGC-----CTTCT-TAGG-GGC-AAAAAATGTACAAA-CTT-GGATTGC-A------CAC---C-CCCTT-T---G------AAA-TTT-TT--CTGG-ATCTGCCCCtacattcatccctt
gi|6                          :                              ttatgtcaG--------TAC-AGGG--TTG-GCAATCCACC--CATCCCC-CT---------TT---GGTTGAATATTTGTAAC-AAA--ATCA----TT-A-T-TA-----T-----TATTACC-A-TTTAGGAATCATCAA-----------CCC-CCTCCCC
gi|7                          :                                gggggaaaatcagtgtaattttgtcttgtttgctaattataaattcaatataatggcaggtataaaggggaaCATTTCTGACAAAT--ATGG----TA-A-T-T------T-----C-TTGCC-A-CTT-----------G-----------CCC-CTTCCCTCCCC-----CTCC-----G-GGC-AGAAAAAATATAAATTTT-GGATCAC-GATTTCCCTC---T-CCCTTATA--A------AAA-ATT-TT--CTGG-ATCTACCCC
gi|8                          :                                               gctgctacaggggttgcgcaacctcatcatcCC-CC---------TTTATGGTTGAACATTCTAAATAAAA--ATCA----TT-A-T-TTTGCCAT-----T-TTGG--G-TTT-----------G-----------TCCACCTCACTGCCTTTTTGCTTTT-T--G-GGC-GGAAATGGTA-AAA-CGA-GAGTTGA-G------CTC---G-CCTTT-T---G------ATT-TTT-TT--CCGG-ATTCGCCCCtacattcatccc
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): CCCTCCCCAACTCGCGGGCAGAAAAAATATAAATTTTGATTCATCGATTTCCCTACTCCCTTTAAAAAATTTTAATGGACTACCCCCTACATTCATCC
Unaligned ( gi|13 ): GTTTTGCTATTTTTGGGTCTCAACCCCATTTTTTGGACGGAAAGGAACACAATTGCATCAGAACTTCTCCCCACCC
Unaligned ( gi|21 ): TACTTACGAACATGTAATTTGAAGAGTAGACGCCTTTGAGCTT