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lowQualScore                  :                                               0  0 1 1    0  0 1 00  0  1 2 0 1 55 22 00   0    5555555555555555555555555555555555555555555 0   0   0 00 33 55 1 0 444 1 00 0 1111  1 0  0    1 1 0  0      
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lowQualScore                  :                                               7  6 3 9    6  6 2 99  6  2 5 6 9 88 11 99   6    2222222222222222222222222222222222222222222 6   6   6 99 44 77 8 6 222 2 88 6 9999  2 6  6    9 2 6  7      
consensus                     :                                        ATCGTCG-CA-A-A-CCAC-GG-G-T--TA-TT-G-T-T-T--C--A--TTC-TATT-T------C--------G------T-----T--T-----GT-GA-AAT-AGA-A--T--G--A-A-A---C-A--A-T----AA-C-CC-GTGG-T-T-TG-CGACGA
Reference ( gi|19 )           :                                        ATCGTCG-CA-A-A-CCAC-GG-G-T--TA-TT-G-T-T-T--C--A--TTC-TATT-T------C--------G------T-----T--T-----GT-GA-AAT-AGA-A--T--G--A-A-A---C-A--A-T----AA-C-CC-GTGG-T-T-TG-CGACGA
gi|15                         :                                        ATCATCA-CA-A-A-CCAC-GG-G-T--TA-TT-G-T-T-T--C--A--TTC-TATT-T------CT-------A------T-----T--T-----GT-GA-AAT-AGA-A--T--G--A-A-A---C-A--A-T----AA-C-CT-GTGG-T-T-TG-CGACGA
gi|15                         :                                        ATCGTCG-CA-A-A-CCAC-AG-G-T--TA-TT-G-T-T-T--C--A--TTC-TATT-T------C--------A------C-----A--A-----ATAGA-AAT-AGA-A--T--G--A-A-A---C-A--A-T----AA-C-CC-GTGG-T-T-TG-TGATGAt
gi|22                         :                                       aATAGTCG-CA-A-A-CCAC-AG-G-T--TA-TT-G-T-T-T--C--A--TTC-TATT-T-------------------------------T-----GT-GA-AAT-AGA-A--T--G--A-A-A---C-A--A-T----AA-C-CC-GTGG-T-T-TG-CGACGA
gi|20                         :                                        ATCGTCG-CA-A-A-CCAC-GG-G-T--TA-TT-G-T-T-T--C--A--TTC-TATT-T------C--------A------C------------------A-ATT-AGA-A--T--G--A-A-A---C-A--A-T----AA-C-CC-GTGGCT-T-TG--GAC
gi|8                          :                                     tcaATCGTCG-CA-A-A-CCAC-GT-G-T--TA-TT-A-T-T-T--C--A--TTC-TATT-TCAAAA-C--------G------T-----G--T-----AT-GA-AAT-ATA-A--T--G--A-A-A---C-A--A-T----AA-C-GT-ATAG-T-T-TG-CGACGA
gi|39                         :                                        ATCGTCG-CT-A-A-CCAC-GG-A-T--TA-TT-G-T-T-T--C------------------------------G------T-----T--T-----GT-GA-AAT-AGA-A--T--G--A-A-A---C-A--A-T----AA-C-CC-GTGG-T-T-TG-CG
gi|33                         :                                        ATTGTCG-CA-A-A-CCAC-GG-G-T--TA-TT-G-T-T-T--C--A--CTC-T------------------------------------------GT-GA-A-T-AGA-A--T--G--A-A-A---C-A--A-T----AA-C-CC-CTGA-T-T-TG-CGACGAg
gi|21                         :                                        ATTGTCG-TA-A-A-CCAT-GG-G-T--TA-TT-GAT-T-T--C--A--TTC-------------C--------A------T-----T--T-----GT-GA-AAT-GGA-A--T--G--ATA-A---T-G--A-T----AA-C-CC-GTGG-T-T-TG-CAAC
gi|13                         :                                       tATCATCG-CA-A-A-CCAC-GA-A-T--CC-TT-GAT-T-C--C--A--TTC-TACT-G------G--------A------T-----T--T-----GT-CA-AAT-AGA-A--T--G--A-A-AA--C-A--A-T----AA-C-CT-GTGG-T-T-TG-CAACAA
gi|40                         :                                        ATCGTCG-CA-A-A-CCAG-GG-G-T--TA-TT-G-T-T-T--T--A--TTC-TATT-T------TACA-----A------C-----T--T-----GT-GG-AAC-AGA-A--T--G--A-A-A---C-A--A-T----AA-C-
gi|18                         :                                        ATTGTCA-CA-A-A-CCAA-GG-G-T--CA-AT-G-T-T-T--C--A--TTC-TACT-T------CACAAAG--A------T-----T--T-----GT-GA-AAT-AGA-A--T--G----------T-A--A-T----AA-C-CC-GTGG-T-T-T
gi|14                         :                                        ATCATCA-CA-A-A-CTAC-GG-G-T--TA-TT-G-T-T-TTGT--A--TTC--ATT-C------C--------A------T-----T--C-----AT-GA-AAT-GGA-A--T--GA-A-A-A---C-A--A-T----GA-C-CA-GTTG-T-T-TG-TGGCGtgga
gi|42                         :                                       cATTGTCG-TA-A-A-CCAT-GG-G-T--TA-TT-G-T-T-T--C--G--TTC-TAT--------------------------------------------------AGA-A--T--G--A-A-A---C-A--A-T----AA-T-CT-GTGG-T-T-TG-AGACGA
gi|17                         :                                        ATCGTCG-CA-A-A-GTAC-GG-A-G--TA-TT-A-T-T-T--C---------CATT-T------C--------A------T-----T--TTACAAAT-GT-AAT-TGA-A--T--GG-A-A-A---C-A--A-T----TA-C-CC-ATGG-T-T-TG-TGAC
gi|44                         :                                        ATCGTCG-CA-A----CACAGG-G-T--T--TT-G-T-T-T-------------------------------------------------T-----GT-GA-A-T-AGA-A--T--G--A-A-A---C-A--A-T----AA---CC-GTGG-T-T-TG-CGACGA
gi|44                         :                                       cATCGTCG-CA-A-A-CCAC-GG---T--TA-TT-G-T-T-T--C--A--TTC-TATT-C---------------------------------------------------A--C--A--A-A-A---C-A--A------AA-C-CCTGTG----T-TG-CGACGAt
gi|27                         :                                      caATCGTCG-GC-A-A-CCAC-GG-G-T--T--------------C--A--TT----TG-T------C--------C------T-----T--C-----GT-GA-AAT-GGA-A--T--GA-A-A-A---CAA--A-T----AACC-CC-GTGG-T-TCTG-CGACG
gi|47                         :                                        ATCGTCG-CT-A-A-CCAC-GG-G-T--TA-TT-G-T-T-T--C--G--T------------------------G------T-----C--T-----GT-GA-AAT-AGA-A--T--G--A-
gi|58                         :                                       cATCGTGG-CA-A-A-CCAC-GG-G-T--TA-TT-G-T-T-T--C--A--TTC-TATT-
gi|28                         :                                        ATCATCG-CT-A-A-TTAC-GG-A-T--T-------T-T-T--A--A--TT---GTT-C------C--------C------T-----T--T------T----AAT-AAC-A--T--G--A-A-AA--C-A--A-T----AT-C-CC-GTGG-T-T-TG-CGACGA
gi|28                         :                                       aATCGTCG-CA-A-A-CCAC-GG-G-A--TA-TT-GTT-T-T--C--A--TGT-TAT------------------------------------------------T-AAA-A--G--G--G-A-A---C-A--A-TTAAAAA-T-CC-GTAA-T-T-AG-CGATGA
gi|32                         :                                        ATCGTCG-CA-C-A-CCAC-GG-G-T--TA-TT-G-C------------CCC-CATT-C------C--------G---------------T-----GT-GG-AGC-ATG-A--T--GAAA-A-A---C-A--A-C----AACC-CC-GTGA-C-T-Tt
gi|38                         :                                        ATCGTCG-CA-A-A--CAC-GGTG-T--TAGTT-G-T-TGC--C--A--TTC-TATT-T------C--------
gi|60                         :           catcattgttaacacgggttttgatttgtATCGTCG-CA-A-A-CCAC-AG-G-T--TA-TT-G-T-T-T--C--
gi|62                         :                                        ATCGTCG-CA-A-A-CCAC-GG-G-T--TA-TT-G-T-T-g
gi|30                         :                                        ATTGTCG-CA-AAA-CCAC-AG-G-C--TA-TT-A-T-T-T--C---------------------C--------A------T-----TA-A-----GC-AAGAAT-GGA-G--T--GGAA-A-A---C-A--G-C----AC-C-TC-GTGG-T-T-TG-
gi|61                         :                                       cATCGTCG-CA-A-A-CCAC-GG-G-T--TA-TT-G-T-g
gi|52                         :                                        ATTGTCG-CA-T-A-CCAC-AG-G-T--TA-TT-G-A-T-T--C--G--TTT-TATT-T------g
gi|22                         :                                      gtaTCGTCG-CA-A-A-CCAC-GG-G-T--TA-TT-G-T-T-T--C--A--TTC-TATT-T------C------------------------------AC-AA-AAT-AGA-A--T--G--A-A-A---C-A--A-T----AA-C-CT-GTGG-T-T-TG-CGACg
gi|5                          :                                         TCGTCG-CA-A-AACCAC-GG-G-T--TA-TT-G-T-T-T--C--A--TTC-TATT-T------CACACAAACG------T-----T--T-----GT-GA-AAT-AGA-A--T--G--A-A-A---C-A--A-T----AA-C-CC-GTGT-T-T-TG-CGACGAtat
gi|5                          :                                         TCGTCG-CA-A-A-ACAC-GG-G-T--TA-TT-G-T-T-T--C--A--TTC-TATT-TCACAAAC--------G------T-----TTGT-----GT-GA-AAT-AGA-A--T--G--A-A-A---C-A--A-T----AA-C-CC-GTGGTT-T-TG-CGACGA
gi|12                         :                                         TCGTCG-CA-A-A-TCAC-GG-G-T--TA-T--G-T-T-T--C--A--TTC-TATT-T------C--------ACAATT-T-----T--T-----GT-GA-AAT-AGA-A--T--G--A-A-A---C-A--A-T----AA-C-CC-ATGG-T-T-TG-CGACGA
gi|12                         :                                         TCGTCG-CA-A-A-CCAT-GG-G-T--TA-TT-G-T-T-T--C--A--TTC-TATT-T------C--------A------CAAAAAT--T-----GT-GA-AAT-AGA-A--T--G--A-A-A---C----A-T----AA-C-CC-GTGA-T-T-TG-CGACGA
gi|8                          :                                         TCGTCG-CA-A-A-CTAT-AC-G-T--TA-TT-G-T-T-T--C--A--TTA-TATT-T------CATACAC--G------T-----T--T------T-GA-AAT-AGA-A--T--G--A-A-A---T-A--A-T----AA-C-AC-GTGG-T-T-TG-CGACGA
gi|26                         :                                         TTGTCG-CA-A-A-CCAT-AG-T-T--TA-TT-G-T-T-T--C---------TATT-C------C--------G------T-----T--T-----GT-GA-AAT-GGA-A--T--G--AGA-A---C-A--A-T----AA-C-CC-GTGG-T-T-TG-CAACt
gi|33                         :                                         TCGTCG-CA-A-A-TCAG-GG-G-T--TA-TT-G-T-T-T--C--A--TTC-TATT-C--------------------------------------------AC-AGA-G--T--G--A-A-A---C-A--A-T----AA-C-CC-GTGG-T-T-TG-CGACAA
gi|13                         :                                        aTTGTTG-CA-A-A-CCAC-AG-G-T--TA-TT-G-T-T-TT-C--A--TTC-TATT-T------G--------A------C-----A--A-----AT-CC-AGT-AGA-A--T--G--G-A-AT--C-A--A-G----GA-T-TC-GTGG-T-T-TG-CGATGA
gi|42                         :                                        aTCGTCT-CA-A-A-CCAC-AG-A-T--TA-TT-G-T-T-T--C--A--TTC-TAT--------------------------------------------------AGA-A--C--G--A-A-A---C-A--A-T----AA-C-CC-ATGG-T-T-TA-CGACAA
gi|29                         :                                         TCGTCG-CA-ACA-CCAC-GG---T--TA-TT-G-T-T-TG-C--A--TTC-C------------------------------------------GT-GA-AA--AGA-AGAT--T--A-A-A---C-A--A-A----AA-C-CC-GTGG-T-T-TG-CGACGAt
gi|29                         :                                         TCGTCG-CA-A-A-CCAC-GG-G-T--TT-TT-G-T-T-T--A--ATCTTC-T-TT-T------C-------------------------------------AC-GGA-A--T--GC-A-A-A---C-A--A-T----AA---CC-GTGG-TGT-TG-CGACGA
gi|35                         :                                         TCGTCGGCA-A-A-C-AC-GG-G-T--TA-TT-G-T-T-T-----A--TTCTTATT-T------C--------A------C------------------A-AAT-TGA-C--T--G--A-A-A---C-A--A-T----AA----C-GTGGTT-T-TG-CGA
gi|49                         :                                         TTGTCG-CA-A-A-CCAC-GG-G-TTATA-TT-G-T-T-T--C--A--TTC-TATT-T------
gi|37                         :                                    ttgtaTTGTCC-CA-A-C-CCAC-AG-G-T--TA-CT-G-T-T-T--CCAG--TTC-TGTT-C--------------------------------------T-AC-AAT-GGA-A--T--G--G-A-AAACC-A--A-T----AA-C-CC-ATGG-T-
gi|36                         :                                         TTGTCA-CA-A-A-CCAC-GA-G-G--TG-CT-G-T-T-T--CC-A--CTC-CATT-C------T--------G------C-----T--------------AAT-GGA-A------------A---T-A--A-T----AG-C-CT-GTGG-T-T-TG-CGAC
gi|34                         :                                        tTTGTCA-CA-A-A-CCAC-GA-G-G--TG-CT-G-T-T-T--CC-A--CTC-CATT-C------T--------G------C-----T--------------AAT-GGA-A------------A---T-A--A-T----AG-C-CT-GTGG-T-T-TG-CGAC
gi|45                         :                                         TTGTCG-CA-A-G-CCAC-TG-A-T--TA-TT-GTT-T-T--C--A---TC-CGTT-T------C---------------------------------------------------------A---C-A---------AA-T-CT-GTGG-T-T-TG-CGACAAa
gi|14                         :                                          CGCCA-CA-A-A-CAAC-TG-G-T--CA-TT-G-T-T-TT-C--A--TTC-CATT-T------C--------A------T-----G--A-----AT-GG-AAT--GA-A--T--ACAA-A-A---C-A--A-T----AA-C-CC-GTAG-T-T-TG-TGATGA
gi|27                         :                                        caCGTCG-CAGA-A-CCAC-GG-GGT--TA-TTTG-T-T-TT-C--A--TTC-CATT-T------C--------A------C-------------------------GA-A--G--G--A-C-A-----A--A-TG---AA-C-CC-GTGG-T-T-GC-CGACGA
gi|20                         :                                          aGTC--CA-A-AGCCAC-GG-G-T--TA-TT-G-T-T-T--C--A--TTC-TAAT-T-------------------------------------GT-GA-AAT-AGA-A--T--G--A-A-A---C-A--A-T----AA-C-CC-GTGG-T-T-TG-CGACGA
gi|26                         :                                        tcaGTTG-CA-A-A-CCAC-GG-G-T--TA-TT-G-T-TCT--C--A--TTC-CATT-T------C--------A------C------------------A-AAC-GGA-A--TA-G--A-A-A---C-A--A-T----AA-A-CT-ATGG-T-T-TG-CGACAAt
gi|21                         :                                           GTTG-CA-A-A-CCAC-GG-G-T--TA-TC-A-T-TAT--C--A--TTC-CATT-T------C--------A------C------------------A-AAT-GGA-A--T--G--A-A-AT--C-A--A-T----AA-C-CC-ATGG-T-T-TA-CGACAA
gi|17                         :                                          tGTCA-CA-A-A-CCAT-GG-G-T--AA-TT-G-T-T-TC-C--A--TTC-AATT-A------C--------A------T-----T--T-----GT-AA-AAT-GAA-A--TG-G--A-A-A---T-A--A-T----AC-T-CC-GTAC-T-T-TG-CGACGAt
gi|46                         :                                          aGTCG-CA-A-A-CCAT-GG-G-T--TG-TT-G-T-T-T--C--A--TTC-TATT-TCACAAAC--------G------T-----T--T-----GC-GA-
gi|36                         :                                    ttcatcgGTCG-CA-A-A-CCAC-AG-G-C--TA-TT-A-T-T-T--C---------------------C--------A------T-----T--A-----GC-AG-AAT-GGA-G--TG-G--A-A-A---C-A--G-C----AC-C-TC-GTGG-T-T-TG-TGACAA
gi|34                         :                                          tGTCG-CA-A-A-CCAC-AG-G-C--TA-TT-A-T-T-T--C---------------------C--------A------T-----T--A-----GC-AG-AAT-GGA-G--TG-G--A-A-A---C-A--G-C----AC-C-TC-GTGG-T-T-TG-TGACAA
gi|35                         :                                            TCG-CA-A-AACCAC-G----T--TA-TT-G-T-T-T--C--A--GTC-AATT-T-------------------------------------GT-GA-AATAAGA-A--T-----A-A-A---C-A--A-T----AA-C-CC-GT-G-T-T-TGCCGACGAa
gi|39                         :                                             CG-CA-A-A-CCAC-GG-G-T--TA-TT-G-T-T-T--C--A--TTC-TATT-T------C-------------------------------------AC-A-A-A--C--G--A-A-A---C-A--A-T----AA-T-CC-GTGG-T-T-AG-CGACGA
gi|53                         :                                            aCG-CA-A-A-GCAC-GG-G-T--TA-TTCT-T-T-T--C--A--TTC-CATC-T------C--------g
gi|23                         :                                       catttaaG-CA-A-A-CCAC-GG---T--TA-TT-G-TGT-T--C--A--TTC-TATT-
gi|30                         : tactgagacgcgcaaattatgtgcaaaggcagccacgggtgttgtg-CA-A-A-CCAC-GA-G-G--TG-CT-G-T-T-TTCC--A--CTC-CATTCT------T--------G------C-----T--T-----------AAT-GGA-A------------A---T-A--A-T----AG-C-CT-GTGG-TTT-TG-CGACAAa
gi|18                         :                                                cA-A-A-CCAC-GG-G-T--TA-TT-A--------C--A--TTC-TATT-T------C--------ACAAATCT-----T--T-----GT-GA-AGT-AGA-A--T--G--A-A-A---C-A--T-T----GA-C-CC-TTGG-T-T-TG-TGACAAtg
gi|32                         :                                                aA-A-G-TCAC-GG-GGT--TG-TT-G-T-T-TTTC--A--TCA-TGCT-C------C----------------------------------A-CAC-GGA-A--T--G--G-G-GG--C-A--A-T----AA-C-CC-GTGG-T-G-TG-CGACGAtgga
gi|37                         :                                                    -A-CCAT-GG-G-T--TA-TT-G-G-T-T--------TTC-CATT-C------C--------A------------T--T-----GT-AG-AAC-AGA-A--CTGG--A-A-A---C-A--G-T----AA-C-CT-GTGG-G-T-TG-GGACAAt
gi|40                         :                                                              -G-T--TA-TT-G-T-T-T--C--A--TTC-TGTT-C------C--------A------CAAG--T--T-----GT-AA-AAT-AGA-A--T--A--A-A-A---C-A--A-T----AA-C-CC-CTGG-T-T-TG-CGACGA
gi|47                         :                                                                              a-T--C--A--TTC-TATT-T------C-------------------------------------AC-AGACA--C--G--A-A-A---C-A--A-T----AA-C-CC-GTGG-T-T-AG-CGACGA
gi|38                         :                                                                                             caTT-T------G--------A------T-----T--T-----GT-GA-AAT-AGA-A--T--G--GCA-A---C-A--ACT----AA-CACC-GT-G-T-T-TG-CGACGA
gi|46                         :                                                                                catcattgttaacacgggt------C--------G------T-----T--T-----GT-GA-AAT-AGA-A--T--G--A-A-A---C-A--A-C----AA-C-CC-ATGG-T-T-TG-CGACt
gi|53                         :                                                                                     ttcatcgtcgcaaa------C--------A------T-----T--T-----AA-GA-GAT-GGA-A--T--G--A-A-A---AGA--A-T----AA-C-CC-GTGC-T-T-TG-CG
gi|45                         :                                                                                                                   ------T-----T--T-----GT-GA-AAC--GG-A--T--GA-A-A-A---C-A--A-T----AA-T-CA-GTGG-C-T-TG-CGACAA
gi|49                         :                                                                                                         ttgtcgcaaaccacaga-----T--T-----GT-AA-AAT-AGA-A--T--G--A-A-A---C-AATA-T----AA-C-CC-GTGG-T-T-TG-CGACAA
gi|23                         :                                                                                                                          -----T--T-----GT-GA-A-T-AGA-A--T--G--A-ACA---C-A--A-T----AA---CC-GTGG-T-T-TG-C
gi|52                         :                                                                                          tactgagacgcgcaaattatgtgcaaaggcagccacgggtg-----GT-AA-AAT-AAA-A--C--G--A-A-T---C-A--A-T----AA-C-CT-GTGG-T-A-TG-CGACAAa
gi|58                         :                                                                                                                                             -AAT-AGA-A--T--G--A-A-A---C-A--A-T----AA-C-CC-GTGG-T-T-TG-CCACGAtg
gi|60                         :                                                                                                                                                          --G--A-A-A---C-A--A-T----AA-C-CT-GTGG-T-T-TG-CGACGAt
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23 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): TCGAACCACGGTGATTACGCTTTGTTCCTCTCTAACGTGATGTAGGAGGAAACGGAAGCGTAATCGACGTGGATGAACGAAGCGTAACAATACGTGGGTTCCGA
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Unaligned ( gi|3 ): AGAACCCAAGTTAATTATGCTTTTGTTCTTCTCTCCATCCTTGTATTGTCATGATGAGAGAGGAACGAACATAATCAACTGTGGTTCGAAC
Unaligned ( gi|4 ): AGAACCCAAGTTAATTATGCTTTTGTTCTTCTCTCCATCCTTGTATTGTCATGATGAGAGAGGAACGAACATAATCAACTGTGGTTCGAAC
Unaligned ( gi|6 ): GAAAACCCACGGTTGACTACGCTTTGTTCCTCTCTCTCTATCACCAGGGTGACGGAGAGAGGAATGAAGCGTAATCAACCGTGGGTTCC
Unaligned ( gi|7 ): AAACCCACGCAGTTGATTACGCGTTGTTCCTCTCTCCATCACGAGATGGAGAGAGGAACGACACTAAATCAACCGTGGGTTTCCGAC
Unaligned ( gi|9 ): CGGAACCCACGGTTGATTACGCTTTGTTCCTCTCTACATCACGTGATGTAGAGAGAAATGAAACGTAATTAACCGTGGGTTCCGAC
Unaligned ( gi|10 ): CCCACAGTTAATTATGCTTTGTTCTTCTCTCCATCCTTGTATTGTCATGATGAAGAGAGGAACGAACATAATCAACTGTGGGTTCG
Unaligned ( gi|11 ): GTCCGAACCCACGGTTGATTACGCTTCGTTCCTCTCTACACTTGGATTATTCGTGTTTTGGAAGACGAACCTGGACTATAACAAAC
Unaligned ( gi|16 ): ATCGTTGGAACCCACGGTTGATTATGCTTAGTTTCTTTCTCCATCATTACATGTACATAGCTATGAGAATGAGCTGATGAGT
Unaligned ( gi|24 ): CCCACGGTTGATTACGCTTCGTTCCTCTCTCTCCATCATGATGGAGAGAGGAACGATAATCAACCGTGGGTTCCGAC
Unaligned ( gi|25 ): GATTACGCTTCGTTCCTCTCTTCATCACCAGTGATGTAGAGAGGAACGAATTGTAATCAACCGTGGCCTGCTCCGA
Unaligned ( gi|31 ): TCGTCGGAACCCACAGTTGATTACGTACGCTTCGTTCCTCTCTACATCATGATGGAGAGAGGAACGAAGCGT
Unaligned ( gi|41 ): CGGAACCCATGGTTGATTATGCTTCGTTCCTCTCTCCATCGCGTTGATTAACCGTGGTTTCCGACGAT
Unaligned ( gi|43 ): AATCGTTGATTAAGCTTCGTTCCCATCCATCCATGATAAACGAAGCGTAACCAACGGTGGGTTCCA
Unaligned ( gi|48 ): TCGTCGGAACCAACAGTTGATTCGCTTCGTTCTCTCTTACATCGCG
Unaligned ( gi|50 ): CATGGAGAGAAGAACGAAGCGTAATTAACCGTGGATTTCGACG
Unaligned ( gi|51 ): GTGATGGAGAGAGGAATGAAACAAAATCAACCGTGGGTTTCCG
Unaligned ( gi|54 ): GGAAATCTACAGTTGATTACGCCTCTTTTCTCCCTCCACCA
Unaligned ( gi|55 ): CCACGGTTAATTACGCTTCGTTCCTCTCTTCATGGAGAGG
Unaligned ( gi|56 ): TCGTCGAACACGGTTGATTACGCTTCGTTTCTCTCTACA
Unaligned ( gi|57 ): AACCCACGATTGATTACGCTCCTCCTCTTCTTCCATC
Unaligned ( gi|59 ): CCATCGTCGGAACCTACAGTTGATAACTTAC






Alignments
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lowQualScore                  :                                                   2 6    2         6   11 6    5   44444444444444444444444         1    55 66 99 3 1 3 3 66 1   3 1       2 2  2      
consensus                     :                                         ATCGTCGCAA-A-CCAC-GGGTTATTG-TTT--C-ATTCTATT-T-----C--------G-----TTTGTGAAAT-AGAA--T--G--A-A-A-C-A--A-TAA-C-CCGTGGT-T-TG-CGACGA
Reference ( family-429 )      :                                         ATCGTCGCAA-A-CCAC-GGGTTATTG-TTT--C-ATTCTATT-T-----C--------G-----TTTGTGAAAT-AGAA--T--G--A-A-A-C-A--A-TAA-C-CCGTGGT-T-TG-CGACGA
gi|12                         :                                          TCGTCGCAA-A-TCAC-GGGTTAT-G-TTT--C-ATTCTATT-T-----C--------ACAATTTTTGTGAAAT-AGAA--T--G--A-A-A-C-A--A-TAA-C-CCATGGT-T-TG-CGACGA
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gi|14                         :                                         ATCATCACAA-A-CTAC-GGGTTATTG-TTTTGT-ATTC-ATT-C-----C--------A-----TTCATGAAAT-GGAA--T--GA-A-A-A-C-A--A-TGA-C-CAGTTGT-T-TG-TGGCG
gi|15                         :                                        cATCATCACAA-A-CCAC-GGGTTATTG-TTT--C-ATTCTATT-T-----CT-------A-----TTTGTGAAAT-AGAA--T--G--A-A-A-C-A--A-TAA-C-CTGTGGT-T-TG-CGACGA
gi|17                         :                                            GTCACAA-A-CCAT-GGGTAATTG-TTTC-C-ATTCAATT-A-----C--------A-----TTTGTAAAAT-GAAA--TG-G--A-A-A-T-A--A-TAC-T-CCGTACT-T-TG-CGACGAt
gi|18                         :                                        aATTGTCACAA-A-CCAA-GGGTCAATG-TTT--C-ATTCTACT-T-----CACAAAG--A-----TTTGTGAAAT-AGAA--T--G--------T-A--A-TAA-C-CCGTGGT-T-T
gi|19                         :                                         ATCGTCGCAA-A-CCAC-GGGTTATTG-TTT--C-ATTCTATT-T-----C--------G-----TTTGTGAAAT-AGAA--T--G--A-A-A-C-A--A-TAA-C-CCGTGGT-T-TG-CGACGAtgga
gi|20                         :                                            GTC-CAA-AGCCAC-GGGTTATTG-TTT--C-ATTCTAAT-T-----------------------GTGAAAT-AGAA--T--G--A-A-A-C-A--A-TAA-C-CCGTGGT-T-TG-CGACGA
gi|21                         :                                      tcaATTGTCGTAA-A-CCAT-GGGTTATTGATTT--C-ATTC-----------C--------A-----TTTGTGAAAT-GGAA--T--G--ATA-A-T-G--A-TAA-C-CCGTGGT-T-TG-CAACt
gi|22                         :                                        tATAGTCGCAA-A-CCAC-AGGTTATTG-TTT--C-ATTCTATT-T----------------------TGTGAAAT-AGAA--T--G--A-A-A-C-A--A-TAA-C-CCGTGGT-T-TG-CGACGA
gi|23                         :                                                                                                           TTGTGAA-T-AGAA--T--G--A-ACA-C-A--A-TAA---CCGTGGT-T-TG-
gi|26                         : tactgagacgcgcaaattatgtgcaaaggcagccacgggtgTTGTCGCAA-A-CCAT-AGTTTATTG-TTT--C-----TATT-C-----C--------G-----TTTGTGAAAT-GGAA--T--G--AGA-A-C-A--A-TAA-C-CCGTGGT-T-TG-CAACa
gi|27                         :                                         ATCGTCGGCA-A-CCAC-GGGTT----------C-ATT---TG-T-----C--------C-----TTCGTGAAAT-GGAA--T--GA-A-A-A-CAA--A-TAACC-CCGTGGT-TCTG-CGACG
gi|28                         :                                         ATCATCGCTA-A-TTAC-GGATT-----TTT--A-ATT--GTT-C-----C--------C-----TTT-T--AAT-AACA--T--G--A-A-AAC-A--A-TAT-C-CCGTGGT-T-TG-CGACGA
gi|29                         :                                         aTCGTCGCAACA-CCAC-GG-TTATTG-TTTG-C-ATTCC----------------------------GTGAAA--AGAAGAT--T--A-A-A-C-A--A-AAA-C-CCGTGGT-T-TG-CGACGA
gi|30                         :                                                CAA-A-CCAC-GAGGTGCTG-TTTTCC-ACTCCATTCT-----T--------G-----CTT----AAT-GGAA------------A-T-A--A-TAG-C-CTGTGGTTT-TG-CGACAA
gi|32                         :                                        cATCGTCGCAC-A-CCAC-GGGTTATTG-C-------CCCCATT-C-----C--------G-------TGTGGAGC-ATGA--T--GAAA-A-A-C-A--A-CAACC-CCGTGAC-T-Ttg
gi|33                         :                                         ATTGTCGCAA-A-CCAC-GGGTTATTG-TTT--C-ACTCT----------------------------GTGAA-T-AGAA--T--G--A-A-A-C-A--A-TAA-C-CCCTGAT-T-TG-CGACGA
gi|34                         :                                          TTGTCACAA-A-CCAC-GAGGTGCTG-TTT--CCACTCCATT-C-----T--------G-----CT-----AAT-GGAA------------A-T-A--A-TAG-C-CTGTGGT-T-TG-CGAC
gi|35                         :                                             TCGCAA-AACCAC-G--TTATTG-TTT--C-AGTCAATT-T-----------------------GTGAAATAAGAA--T-----A-A-A-C-A--A-TAA-C-CCGT-GT-T-TGCCGACGAa
gi|36                         :                                          TTGTCACAA-A-CCAC-GAGGTGCTG-TTT--CCACTCCATT-C-----T--------G-----CT-----AAT-GGAA------------A-T-A--A-TAG-C-CTGTGGT-T-TG-CGAC
gi|37                         :                                                  t-A-CCAT-GGGTTATTG-GTT-----TTCCATT-C-----C--------A------TTGTAGAAC-AGAA--CTGG--A-A-A-C-A--G-TAA-C-CTGTGGG-T-TG-GGACAA
gi|38                         :                                                                                  TT-T-----G--------A-----TTTGTGAAAT-AGAA--T--G--GCA-A-C-A--ACTAA-CACCGT-GT-T-TG-CGACGA
gi|39                         :                      catcattgttaacacgggtATCGTCGCTA-A-CCAC-GGATTATTG-TTT--C-------------------------G-----TTTGTGAAAT-AGAA--T--G--A-A-A-C-A--A-TAA-C-CCGTGGT-T-TG-CGt
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gi|42                         :                                         ATTGTCGTAA-A-CCAT-GGGTTATTG-TTT--C-GTTCTAT----------------------------------AGAA--T--G--A-A-A-C-A--A-TAA-T-CTGTGGT-T-TG-AGACGA
gi|44                         :                                         ATCGTCGCAA----CACAGGGTT-TTG-TTT------------------------------------TGTGAA-T-AGAA--T--G--A-A-A-C-A--A-TAA---CCGTGGT-T-TG-CGACGA
gi|45                         :                                         cTTGTCGCAA-G-CCAC-TGATTATTGTTTT--C-A-TCCGTT-T-----C-----------------------------------------A-C-A-----AA-T-CTGTGGT-T-TG-CGACAAt
gi|45                         :                                                                                                     -----TTTGTGAAAC--GGA--T--GA-A-A-A-C-A--A-TAA-T-CAGTGGC-T-TG-CGACAA
gi|46                         :                                                                     ttgtcgcaaaccacaga-----C--------G-----TTTGTGAAAT-AGAA--T--G--A-A-A-C-A--A-CAA-C-CCATGGT-T-TG-CGAC
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23 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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lowQualScore                  :                                                   2 6    2         6   11 6    5   44444444444444444444444         1    55 66 99 3 1 3 3 66 1   3 1       2 2  2      
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Reference ( family-429 )      :                                         ATCGTCGCAA-A-CCAC-GGGTTATTG-TTT--C-ATTCTATT-T-----C--------G-----TTTGTGAAAT-AGAA--T--G--A-A-A-C-A--A-TAA-C-CCGTGGT-T-TG-CGACGA
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gi|20                         :                                            GTC-CAA-AGCCAC-GGGTTATTG-TTT--C-ATTCTAAT-T-----------------------GTGAAAT-AGAA--T--G--A-A-A-C-A--A-TAA-C-CCGTGGT-T-TG-CGACGA
gi|21                         :                                      tcaATTGTCGTAA-A-CCAT-GGGTTATTGATTT--C-ATTC-----------C--------A-----TTTGTGAAAT-GGAA--T--G--ATA-A-T-G--A-TAA-C-CCGTGGT-T-TG-CAACt
gi|22                         :                                        tATAGTCGCAA-A-CCAC-AGGTTATTG-TTT--C-ATTCTATT-T----------------------TGTGAAAT-AGAA--T--G--A-A-A-C-A--A-TAA-C-CCGTGGT-T-TG-CGACGA
gi|23                         :                                                                                                           TTGTGAA-T-AGAA--T--G--A-ACA-C-A--A-TAA---CCGTGGT-T-TG-
gi|26                         : tactgagacgcgcaaattatgtgcaaaggcagccacgggtgTTGTCGCAA-A-CCAT-AGTTTATTG-TTT--C-----TATT-C-----C--------G-----TTTGTGAAAT-GGAA--T--G--AGA-A-C-A--A-TAA-C-CCGTGGT-T-TG-CAACa
gi|27                         :                                         ATCGTCGGCA-A-CCAC-GGGTT----------C-ATT---TG-T-----C--------C-----TTCGTGAAAT-GGAA--T--GA-A-A-A-CAA--A-TAACC-CCGTGGT-TCTG-CGACG
gi|28                         :                                         ATCATCGCTA-A-TTAC-GGATT-----TTT--A-ATT--GTT-C-----C--------C-----TTT-T--AAT-AACA--T--G--A-A-AAC-A--A-TAT-C-CCGTGGT-T-TG-CGACGA
gi|29                         :                                         aTCGTCGCAACA-CCAC-GG-TTATTG-TTTG-C-ATTCC----------------------------GTGAAA--AGAAGAT--T--A-A-A-C-A--A-AAA-C-CCGTGGT-T-TG-CGACGA
gi|30                         :                                                CAA-A-CCAC-GAGGTGCTG-TTTTCC-ACTCCATTCT-----T--------G-----CTT----AAT-GGAA------------A-T-A--A-TAG-C-CTGTGGTTT-TG-CGACAA
gi|32                         :                                        cATCGTCGCAC-A-CCAC-GGGTTATTG-C-------CCCCATT-C-----C--------G-------TGTGGAGC-ATGA--T--GAAA-A-A-C-A--A-CAACC-CCGTGAC-T-Ttg
gi|33                         :                                         ATTGTCGCAA-A-CCAC-GGGTTATTG-TTT--C-ACTCT----------------------------GTGAA-T-AGAA--T--G--A-A-A-C-A--A-TAA-C-CCCTGAT-T-TG-CGACGA
gi|34                         :                                          TTGTCACAA-A-CCAC-GAGGTGCTG-TTT--CCACTCCATT-C-----T--------G-----CT-----AAT-GGAA------------A-T-A--A-TAG-C-CTGTGGT-T-TG-CGAC
gi|35                         :                                             TCGCAA-AACCAC-G--TTATTG-TTT--C-AGTCAATT-T-----------------------GTGAAATAAGAA--T-----A-A-A-C-A--A-TAA-C-CCGT-GT-T-TGCCGACGAa
gi|36                         :                                          TTGTCACAA-A-CCAC-GAGGTGCTG-TTT--CCACTCCATT-C-----T--------G-----CT-----AAT-GGAA------------A-T-A--A-TAG-C-CTGTGGT-T-TG-CGAC
gi|37                         :                                                  t-A-CCAT-GGGTTATTG-GTT-----TTCCATT-C-----C--------A------TTGTAGAAC-AGAA--CTGG--A-A-A-C-A--G-TAA-C-CTGTGGG-T-TG-GGACAA
gi|38                         :                                                                                  TT-T-----G--------A-----TTTGTGAAAT-AGAA--T--G--GCA-A-C-A--ACTAA-CACCGT-GT-T-TG-CGACGA
gi|39                         :                      catcattgttaacacgggtATCGTCGCTA-A-CCAC-GGATTATTG-TTT--C-------------------------G-----TTTGTGAAAT-AGAA--T--G--A-A-A-C-A--A-TAA-C-CCGTGGT-T-TG-CGt
gi|40                         :                                         ATCGTCGCAA-A-CCAG-GGGTTATTG-TTT--T-ATTCTATT-T-----TACA-----A-----CTTGTGGAAC-AGAA--T--G--A-A-A-C-A--A-TAA-C-g
gi|42                         :                                         ATTGTCGTAA-A-CCAT-GGGTTATTG-TTT--C-GTTCTAT----------------------------------AGAA--T--G--A-A-A-C-A--A-TAA-T-CTGTGGT-T-TG-AGACGA
gi|44                         :                                         ATCGTCGCAA----CACAGGGTT-TTG-TTT------------------------------------TGTGAA-T-AGAA--T--G--A-A-A-C-A--A-TAA---CCGTGGT-T-TG-CGACGA
gi|45                         :                                         cTTGTCGCAA-G-CCAC-TGATTATTGTTTT--C-A-TCCGTT-T-----C-----------------------------------------A-C-A-----AA-T-CTGTGGT-T-TG-CGACAAt
gi|45                         :                                                                                                     -----TTTGTGAAAC--GGA--T--GA-A-A-A-C-A--A-TAA-T-CAGTGGC-T-TG-CGACAA
gi|46                         :                                                                     ttgtcgcaaaccacaga-----C--------G-----TTTGTGAAAT-AGAA--T--G--A-A-A-C-A--A-CAA-C-CCATGGT-T-TG-CGAC
gi|47                         :                           ttcatcgtcgcaaaATCGTCGCTA-A-CCAC-GGGTTATTG-TTT--C-GT----------------------G-----TCTGTGAAAT-AGAA--T--G--A-
gi|49                         :                                                                                                          cTTGTAAAAT-AGAA--T--G--A-A-A-C-AATA-TAA-C-CCGTGGT-T-TG-CGACAA
gi|5                          :                                          TCGTCGCAA-AACCAC-GGGTTATTG-TTT--C-ATTCTATT-T-----CACACAAACG-----TTTGTGAAAT-AGAA--T--G--A-A-A-C-A--A-TAA-C-CCGTGTT-T-TG-CGACGA
gi|52                         :                                                                                                             GTAAAAT-AAAA--C--G--A-A-T-C-A--A-TAA-C-CTGTGGT-A-TG-CGACAA
gi|53                         :                                                                                      -----C--------A-----TTTAAGAGAT-GGAA--T--G--A-A-A-AGA--A-TAA-C-CCGTGCT-T-TG-CGtg
gi|58                         :                                         ATCGTGGCAA-A-CCAC-GGGTTATTG-TTT--C-ATTCTATT-
gi|60                         :                                         ATCGTCGCAA-A-CCAC-AGGTTATTG-TTT--C-
gi|61                         :                                         ATCGTCGCAA-A-CCAC-GGGTTATTG-Tg
gi|62                         :                                         ATCGTCGCAA-A-CCAC-GGGTTATTG-TTg
gi|8                          :                                         ATCGTCGCAA-A-CCAC-GTGTTATTA-TTT--C-ATTCTATT-TCAAAAC--------G-----TGTATGAAAT-ATAA--T--G--A-A-A-C-A--A-TAA-C-GTATAGT-T-TG-CGACGA


blockSeqs                     :                                                   C G    A         A   TG C    T   TCACACAAACGT                    A    GA TG AA T C A A AT C   C A       T C  C
blockSeqs                     :                                                   . A    .         A   TC C    T   TCACAAAGAT                      .    .  G  A  G . A G .  .   C .       . .  .
blockSeqs                     :                                                   . A    .         T   C  .    A   TCAAAACGT                       .    .  .  A  C . . . .  .   . .       . .  .
blockSeqs                     :                                                   . .    .         .   G  .    T   TTACAAC                         .    .  .  A  . . . . .  .   . .       . .  .
blockSeqs                     :                                                   . .    .         .   .  .    T   TCTAT                           .    .  .  .  . . . . .  .   . .       . .  .
blockSeqs                     :                                                   . .    .         .   .  .    T   CTTGC                           .    .  .  .  . . . . .  .   . .       . .  .
blockSeqs                     :                                                   . .    .         .   .  .    T   GGAT                            .    .  .  .  . . . . .  .   . .       . .  .
blockSeqs                     :                                                   . .    .         .   .  .    T   CCAT                            .    .  .  .  . . . . .  .   . .       . .  .
blockSeqs                     :                                                   . .    .         .   .  .    C   ACAT                            .    .  .  .  . . . . .  .   . .       . .  .
blockSeqs                     :                                                   . .    .         .   .  .    C   TCGT                            .    .  .  .  . . . . .  .   . .       . .  .
blockSeqs                     :                                                   . .    .         .   .  .    C   CCGT                            .    .  .  .  . . . . .  .   . .       . .  .
blockSeqs                     :                                                   . .    .         .   .  .    T   TCCT                            .    .  .  .  . . . . .  .   . .       . .  .
blockSeqs                     :                                                   . .    .         .   .  .    C   CCCT                            .    .  .  .  . . . . .  .   . .       . .  .
blockSeqs                     :                                                   . .    .         .   .  .    A   CTGC                            .    .  .  .  . . . . .  .   . .       . .  .
blockSeqs                     :                                                   . .    .         .   .  .    C   CTGC                            .    .  .  .  . . . . .  .   . .       . .  .
blockSeqs                     :                                                   . .    .         .   .  .    C   TGAT                            .    .  .  .  . . . . .  .   . .       . .  .
blockSeqs                     :                                                   . .    .         .   .  .    T   CAT                             .    .  .  .  . . . . .  .   . .       . .  .
blockSeqs                     :                                                   . .    .         .   .  .    T   CCG                             .    .  .  .  . . . . .  .   . .       . .  .
blockSeqs                     :                                                   . .    .         .   .  .    C   CCA                             .    .  .  .  . . . . .  .   . .       . .  .
blockSeqs                     :                                                   . .    .         .   .  .    T   GT                              .    .  .  .  . . . . .  .   . .       . .  .
blockSeqs                     :                                                   . .    .         .   .  .    T   TC                              .    .  .  .  . . . . .  .   . .       . .  .
blockSeqs                     :                                                   . .    .         .   .  .    T   GT                              .    .  .  .  . . . . .  .   . .       . .  .
blockSeqs                     :                                                   . .    .         .   .  .    .   T                               .    .  .  .  . . . . .  .   . .       . .  .
blockSeqs                     :                                                   . .    .         .   .  .    .   T                               .    .  .  .  . . . . .  .   . .       . .  .
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finalCons                     :                                         ATCGTCGCAA-A-CCAC-GGGTTATTG-TTT--C-ATTCTATTCCGT-------------------TTGTGAAAT-AGAA--T--G--A-A-A-C-A--A-TAA-C-CCGTGGT-T-TG-CGACGA
23 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): TCGAACCACGGTGATTACGCTTTGTTCCTCTCTAACGTGATGTAGGAGGAAACGGAAGCGTAATCGACGTGGATGAACGAAGCGTAACAATACGTGGGTTCCGA
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Unaligned ( gi|3 ): AGAACCCAAGTTAATTATGCTTTTGTTCTTCTCTCCATCCTTGTATTGTCATGATGAGAGAGGAACGAACATAATCAACTGTGGTTCGAAC
Unaligned ( gi|4 ): AGAACCCAAGTTAATTATGCTTTTGTTCTTCTCTCCATCCTTGTATTGTCATGATGAGAGAGGAACGAACATAATCAACTGTGGTTCGAAC
Unaligned ( gi|6 ): GAAAACCCACGGTTGACTACGCTTTGTTCCTCTCTCTCTATCACCAGGGTGACGGAGAGAGGAATGAAGCGTAATCAACCGTGGGTTCC
Unaligned ( gi|7 ): AAACCCACGCAGTTGATTACGCGTTGTTCCTCTCTCCATCACGAGATGGAGAGAGGAACGACACTAAATCAACCGTGGGTTTCCGAC
Unaligned ( gi|9 ): CGGAACCCACGGTTGATTACGCTTTGTTCCTCTCTACATCACGTGATGTAGAGAGAAATGAAACGTAATTAACCGTGGGTTCCGAC
Unaligned ( gi|10 ): CCCACAGTTAATTATGCTTTGTTCTTCTCTCCATCCTTGTATTGTCATGATGAAGAGAGGAACGAACATAATCAACTGTGGGTTCG
Unaligned ( gi|11 ): GTCCGAACCCACGGTTGATTACGCTTCGTTCCTCTCTACACTTGGATTATTCGTGTTTTGGAAGACGAACCTGGACTATAACAAAC
Unaligned ( gi|16 ): ATCGTTGGAACCCACGGTTGATTATGCTTAGTTTCTTTCTCCATCATTACATGTACATAGCTATGAGAATGAGCTGATGAGT
Unaligned ( gi|24 ): CCCACGGTTGATTACGCTTCGTTCCTCTCTCTCCATCATGATGGAGAGAGGAACGATAATCAACCGTGGGTTCCGAC
Unaligned ( gi|25 ): GATTACGCTTCGTTCCTCTCTTCATCACCAGTGATGTAGAGAGGAACGAATTGTAATCAACCGTGGCCTGCTCCGA
Unaligned ( gi|31 ): TCGTCGGAACCCACAGTTGATTACGTACGCTTCGTTCCTCTCTACATCATGATGGAGAGAGGAACGAAGCGT
Unaligned ( gi|41 ): CGGAACCCATGGTTGATTATGCTTCGTTCCTCTCTCCATCGCGTTGATTAACCGTGGTTTCCGACGAT
Unaligned ( gi|43 ): AATCGTTGATTAAGCTTCGTTCCCATCCATCCATGATAAACGAAGCGTAACCAACGGTGGGTTCCA
Unaligned ( gi|48 ): TCGTCGGAACCAACAGTTGATTCGCTTCGTTCTCTCTTACATCGCG
Unaligned ( gi|50 ): CATGGAGAGAAGAACGAAGCGTAATTAACCGTGGATTTCGACG
Unaligned ( gi|51 ): GTGATGGAGAGAGGAATGAAACAAAATCAACCGTGGGTTTCCG
Unaligned ( gi|54 ): GGAAATCTACAGTTGATTACGCCTCTTTTCTCCCTCCACCA
Unaligned ( gi|55 ): CCACGGTTAATTACGCTTCGTTCCTCTCTTCATGGAGAGG
Unaligned ( gi|56 ): TCGTCGAACACGGTTGATTACGCTTCGTTTCTCTCTACA
Unaligned ( gi|57 ): AACCCACGATTGATTACGCTCCTCCTCTTCTTCCATC
Unaligned ( gi|59 ): CCATCGTCGGAACCTACAGTTGATAACTTAC






Alignments
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lowQualScore                  :                                                   2 8    2         4   11 6    9   0000000000000000000000000         1    55 66 99 3 1 3 3 66 1   3 1       1 1  2      
consensus                     :                                         ATCGTCGCAA-A-CCAC-GGGTTATTG-TTT--C-ATTCTATTC-----C--------G-----T---TTGTGAAAT-AGAA--T--G--A-A-A-C-A--A-TAA-C-CCGTGGT-T-TG-CGACGA
Reference ( family-429 )      :                                         ATCGTCGCAA-A-CCAC-GGGTTATTG-TTT--C-ATTCTATTC-----C--------G-----T---TTGTGAAAT-AGAA--T--G--A-A-A-C-A--A-TAA-C-CCGTGGT-T-TG-CGACGA
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gi|18                         :                                        aATTGTCACAA-A-CCAA-GGGTCAATG-TTT--C-ATTCTACTT-----CACAAAG--A-----T---TTGTGAAAT-AGAA--T--G--------T-A--A-TAA-C-CCGTGGT-T-T
gi|19                         :                                         ATCGTCGCAA-A-CCAC-GGGTTATTG-TTT--C-ATTCTATTT-----C--------G-----T---TTGTGAAAT-AGAA--T--G--A-A-A-C-A--A-TAA-C-CCGTGGT-T-TG-CGACGAtgga
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gi|21                         :                                      tcaATTGTCGTAA-A-CCAT-GGGTTATTG--------ATTTCATTC-----C--------A-----T---TTGTGAAAT-GGAA--T--G--ATA-A-T-G--A-TAA-C-CCGTGGT-T-TG-CAACt
gi|22                         :                                        tATAGTCGCAA-A-CCAC-AGGTTATTG-TTT--C-ATTCTATT-------------------------TTGTGAAAT-AGAA--T--G--A-A-A-C-A--A-TAA-C-CCGTGGT-T-TG-CGACGA
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gi|33                         :                                         ATTGTCGCAA-A-CCAC-GGGTTATTG-TTT--C-ACTCT------------------------------GTGAA-T-AGAA--T--G--A-A-A-C-A--A-TAA-C-CCCTGAT-T-TG-CGACGA
gi|34                         :                                          TTGTCACAA-A-CCAC-GAGGTGCTG-TTT--CCACTCCATTC-----T--------G-----C---T-----AAT-GGAA------------A-T-A--A-TAG-C-CTGTGGT-T-TG-CGAC
gi|35                         :                                             TCGCAA-AACCAC-G--TTATTG-TTT--C-AGTCAATT--------------------------TGTGAAATAAGAA--T-----A-A-A-C-A--A-TAA-C-CCGT-GT-T-TGCCGACGAa
gi|36                         :                                          TTGTCACAA-A-CCAC-GAGGTGCTG-TTT--CCACTCCATTC-----T--------G-----C---T-----AAT-GGAA------------A-T-A--A-TAG-C-CTGTGGT-T-TG-CGAC
gi|37                         :                                                  t-A-CCAT-GGGTTATTG-GTT-----TTCCATTC-----C--------A---------TTGTAGAAC-AGAA--CTGG--A-A-A-C-A--G-TAA-C-CTGTGGG-T-TG-GGACAA
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gi|42                         :                                        aATTGTCGTAA-A-CCAT-GGGTTATTG-TTT--C-GTTCTAT------------------------------------AGAA--T--G--A-A-A-C-A--A-TAA-T-CTGTGGT-T-TG-AGACGA
gi|44                         :                                         ATCGTCGCAA----CACAGGGTT-TTG-TTT--------------------------------------TGTGAA-T-AGAA--T--G--A-A-A-C-A--A-TAA---CCGTGGT-T-TG-CGACGA
gi|45                         :                                         cTTGTCGCAA-G-CCAC-TGATTATTGTTTT--C-A------TC-----C--------G-----T---TT----------------------C-A-C-A-----AA-T-CTGTGGT-T-TG-CGACAAt
gi|45                         :                                                                                                    -----T---TTGTGAAAC--GGA--T--GA-A-A-A-C-A--A-TAA-T-CAGTGGC-T-TG-CGACAA
gi|46                         :                                                                    ttgtcgcaaaccacaga-----C--------G-----T---TTGTGAAAT-AGAA--T--G--A-A-A-C-A--A-CAA-C-CCATGGT-T-TG-CGAC
gi|47                         :                           ttcatcgtcgcaaaATCGTCGCTA-A-CCAC-GGGTTATTG-TTT--C-GT---------------------G-----T---CTGTGAAAT-AGAA--T--G--A-
gi|49                         :                                                                                                         c---TTGTAAAAT-AGAA--T--G--A-A-A-C-AATA-TAA-C-CCGTGGT-T-TG-CGACAA
gi|5                          :                                          TCGTCGCAA-AACCAC-GGGTTATTG-TTT--C-ATTCTATTT-----CACACAAACG-----T---TTGTGAAAT-AGAA--T--G--A-A-A-C-A--A-TAA-C-CCGTGTT-T-TG-CGACGA
gi|52                         :                                                                                                               GTAAAAT-AAAA--C--G--A-A-T-C-A--A-TAA-C-CTGTGGT-A-TG-CGACAA
gi|53                         :                                                                                     -----C--------A-----T---TTAAGAGAT-GGAA--T--G--A-A-A-AGA--A-TAA-C-CCGTGCT-T-TG-CGtg
gi|58                         :                                         ATCGTGGCAA-A-CCAC-GGGTTATTG-TTT--C-ATTCTATT
gi|60                         :                                         ATCGTCGCAA-A-CCAC-AGGTTATTG-TTT--C-
gi|61                         :                                         ATCGTCGCAA-A-CCAC-GGGTTATTG-Tg
gi|62                         :                                         ATCGTCGCAA-A-CCAC-GGGTTATTG-TTg
gi|8                          :                                         ATCGTCGCAA-A-CCAC-GTGTTATTA-TTT--C-ATTCTATTTCAAAAC--------G-----T---GTATGAAAT-ATAA--T--G--A-A-A-C-A--A-TAA-C-GTATAGT-T-TG-CGACGA
23 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): TCGAACCACGGTGATTACGCTTTGTTCCTCTCTAACGTGATGTAGGAGGAAACGGAAGCGTAATCGACGTGGATGAACGAAGCGTAACAATACGTGGGTTCCGA
Unaligned ( gi|2 ): GTCAGAACCCAATGCGTTGATTACGCTTTTGTTCTCTCTCATCGCATGATTAGAGAGAAAAACAAAGCGTTAATCAACCGTAAGAACCCACGGTT
Unaligned ( gi|3 ): AGAACCCAAGTTAATTATGCTTTTGTTCTTCTCTCCATCCTTGTATTGTCATGATGAGAGAGGAACGAACATAATCAACTGTGGTTCGAAC
Unaligned ( gi|4 ): AGAACCCAAGTTAATTATGCTTTTGTTCTTCTCTCCATCCTTGTATTGTCATGATGAGAGAGGAACGAACATAATCAACTGTGGTTCGAAC
Unaligned ( gi|6 ): GAAAACCCACGGTTGACTACGCTTTGTTCCTCTCTCTCTATCACCAGGGTGACGGAGAGAGGAATGAAGCGTAATCAACCGTGGGTTCC
Unaligned ( gi|7 ): AAACCCACGCAGTTGATTACGCGTTGTTCCTCTCTCCATCACGAGATGGAGAGAGGAACGACACTAAATCAACCGTGGGTTTCCGAC
Unaligned ( gi|9 ): CGGAACCCACGGTTGATTACGCTTTGTTCCTCTCTACATCACGTGATGTAGAGAGAAATGAAACGTAATTAACCGTGGGTTCCGAC
Unaligned ( gi|10 ): CCCACAGTTAATTATGCTTTGTTCTTCTCTCCATCCTTGTATTGTCATGATGAAGAGAGGAACGAACATAATCAACTGTGGGTTCG
Unaligned ( gi|11 ): GTCCGAACCCACGGTTGATTACGCTTCGTTCCTCTCTACACTTGGATTATTCGTGTTTTGGAAGACGAACCTGGACTATAACAAAC
Unaligned ( gi|16 ): ATCGTTGGAACCCACGGTTGATTATGCTTAGTTTCTTTCTCCATCATTACATGTACATAGCTATGAGAATGAGCTGATGAGT
Unaligned ( gi|24 ): CCCACGGTTGATTACGCTTCGTTCCTCTCTCTCCATCATGATGGAGAGAGGAACGATAATCAACCGTGGGTTCCGAC
Unaligned ( gi|25 ): GATTACGCTTCGTTCCTCTCTTCATCACCAGTGATGTAGAGAGGAACGAATTGTAATCAACCGTGGCCTGCTCCGA
Unaligned ( gi|31 ): TCGTCGGAACCCACAGTTGATTACGTACGCTTCGTTCCTCTCTACATCATGATGGAGAGAGGAACGAAGCGT
Unaligned ( gi|41 ): CGGAACCCATGGTTGATTATGCTTCGTTCCTCTCTCCATCGCGTTGATTAACCGTGGTTTCCGACGAT
Unaligned ( gi|43 ): AATCGTTGATTAAGCTTCGTTCCCATCCATCCATGATAAACGAAGCGTAACCAACGGTGGGTTCCA
Unaligned ( gi|48 ): TCGTCGGAACCAACAGTTGATTCGCTTCGTTCTCTCTTACATCGCG
Unaligned ( gi|50 ): CATGGAGAGAAGAACGAAGCGTAATTAACCGTGGATTTCGACG
Unaligned ( gi|51 ): GTGATGGAGAGAGGAATGAAACAAAATCAACCGTGGGTTTCCG
Unaligned ( gi|54 ): GGAAATCTACAGTTGATTACGCCTCTTTTCTCCCTCCACCA
Unaligned ( gi|55 ): CCACGGTTAATTACGCTTCGTTCCTCTCTTCATGGAGAGG
Unaligned ( gi|56 ): TCGTCGAACACGGTTGATTACGCTTCGTTTCTCTCTACA
Unaligned ( gi|57 ): AACCCACGATTGATTACGCTCCTCCTCTTCTTCCATC
Unaligned ( gi|59 ): CCATCGTCGGAACCTACAGTTGATAACTTAC