lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 44 111 5555555 111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 333333 444444 1 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 4 00000000000000000000000000 1 1 2 6666666 2 555555555 1 333333 22 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 22 4 22 4 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 2 44444444444 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 2222 1 3333333 11 1 3 1 1 11 111111 11 333 1
lowQualScore : 00 3 111 9999999 77 2 0 666666 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 000000 222222 0 6 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 0 0 00000000000000000000000000 7 6 3 7 4 3 6 6666666 6 6 6 666666666 3 111111 6 77 5 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 6 0 33 0 33 0 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 5 0 22222222222 2 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 0 1111 0 4444444 2 88 0 3 1 3 7 2 6 6 55 6 444444 3 2 33 000 2 0
lowQualScore : .. . ... ....... .. . . ...... ........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... .. ...... ...... . . ................................................................................................................ . . . .......................... . . . . . . . ....... . . . ......... . ...... . .. . ................................................................................................................................................................................................... . . .. . .. . ...................................................................................... . . ........... . .................................................................................... . . .... . ....... . .. . . . . . . . . .. . ...... . . .. ... . .
lowQualScore : 00 2 777 3333333 99 3 3 444444 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 00 222222 555555 0 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 0 7 33333333333333333333333333 3 7 3 3 0 3 7 7777777 7 7 0 000000000 3 222222 0 55 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 00 0 00 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 0 00000000000 5 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 0 2222 0 8888888 5 88 0 2 7 3 3 8 0 5 22 5 000000 2 0 88 000 5 0
consensus : GGGTCCG-TAAGTCTCGTCATGTGACT---CGCGAGA-AT-TATGACGTGA--AATCGTACTTCC------GGGCAG--ATGTCG-AAATG---GT-TCACNA--CGT-AA-TA------NA----T-------GCNGAAAACCACA-CAA-A--------G-C---TTAGT-AGAA-A-G-GCTAGAGA-GCGG--TGGATAGCAACAG---AG---------TTTTGAAATTTG-TTC--TGGGAAAGA--AGC----C-CTGCGT-AA--A-AAC-----GG--CTG-TT-----GTA------GAAACGTCAA-----TG--CA--GAAAC-TTTACT-----------ACAA------AGTACAG------GTA----------TG-TTTA-A-CATCACG-ATCGAT--CATGTCGT--CCAAAGTTGT-T---AC-GTC-ATA-CCCGTA-CGT-TAA---TA-GA-TACAATCTGAGTCTTC-ATT---AANAT--A-C--AA-AA---T---C---TCGATC-AAA-A-TCT-CTGCAAC--CAT-CATGT-G-----C--GT--A------G-T----T--TG--A---A---TCGA-ATTC--TTGAATCGAAGTN-----G-------CT-N--------CC-C-CNCCCC-CCCC----------CCCCCCCCCCT---------TAGA-ATTTGT--CTCGT---GT--GAAA-ACACC--AGC-CGCACTAGAATACAGCACAG--C-CTAGGTGGA-ATTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCGTTT-TCCTA--TTATGATTTCTACTNTNCATTCTTATTCGCGAATTNACTTCATTTTAATATATGCATTTTCATTAAAGATAANTCTGAGGATATTAAAACACGTACT-ACTACACTATC-ACATCT-GTCAGTGAAAC-TG-G-GTAT--CTCAT-GGGT--CAGTGTTGCTG-CACGC-ATTTAGCTGT-A--TA-CTAATATAGTACAGTGC---AACTT-GAAT-CATAATGATGTNAAACAGCTTACAGGGGCAGGAAAACAGA---------GTGGGGAGGGGCGGNNGGGGTGGCACACTTCNTGAGNCCAAGANTCTANCCCACCCTTCAAGTCCAACACTNGTANTTA---TAC-CTTTNNAAAGTTC-TCGAAAACCATAANNTATTACTNATTTTCTATGCGGATTCTAGAAATAACTGTTGAACGTTTTTTGNTAATATCTGATTGCT----AAAAGACA-TTCATAAATACCAGTA-TTACTCTTTTCTAGTCCAGGGTCGCAGATGCATTAAAGGATTACTTTA-TTA-ACTTATCATGTGATAACANCTTAGAATATTAGGCACCAACNTAGAGATTAATGGTCCAGTTAAACTTAAACTTTTGGTTTGCAATCTGGATCCAGATAGGTAACAT-GCATCT--NA-------------------AAGTGC-TTTGTATA-A-NTAAG-TCATAT----GGCTTTAATATTACAAC-TCTTTTAGA-TAT----AAAAGT-ACAAAGC--ACACAAG-ACATGAAG-TGGA-CTGGAGGCGGATCAANGCATCCTATAT-TTGA-CCTATAATT--AAAAA--TGTATCCACNAG-GCAAC
Reference ( gi|1 ) : GGGTCCCCTAAGTCTCGTCATGTGACT---CGCGAGA-ATCTA-GACGTGA--AATCGTACTTCC------GGGCAGC-AT-TCA-AA-TGA--GT-TCAACA--TGT-AA-TA------AA----T-------GCTGAAAACCATA-CAA-A--------GTC---TTAGT-AGAA-A-G-GCTAGTGA-GCGGCTTGGG-AGCGACAG-TAAA---------TTTTGAAATTTG-TTC--TGAGAAAGA--AGC----T-CTGCGT-AA--A-AAT-----GG--CTG-TT-----GTA------GAAGCGTCAA-----TG--CA--GAAGC-TTTACT-----------ACAA------AGTACCG------GT-----------TG-TTTA-A-CAT-ACG-ATC-AG--CATG-CAT--TCAAAGTTGT-TA-AACAGTC-ATA-CTCGTA-CGT-TAAAC-TA-GA-TACAATCTGAGTCTTC-ATT---AAGAT--A-C--AA-AA---T---C---TCGATC-AAA-A-TTT-CTGCAAC-TCAT-CATGT-G-----C--GT--A------G-T----T--TG--A---A---TCGA-ATTC--TTGAATCGAAGTA-----G-------CT-C--------CC---CACCCC-CCCC----------CCCCCCACTCT---------AAGA-ATTTGT--CTCGTCTCGTCCGAAACACACC--AGC-CGC-CTAGAATACAGCACAG--T-CAAGGTGGA-ATTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAACTGGATTAGATACAAAAAAATTTCTATATTGTATAAATAAGATATAGTCACTATTGTTTATTCTACGTAATGATTTTTACTTTTCATTTTCATTCA-GAAATATCTTCATTTTAATATATGTATTT-CAATAAGAATA-TTCTGAAGATATTAAAACA-GTACTGACTAAGCTATC-ACATCTTGCCAGTGAA-T-TG---GT-T--CCCATTGGGT--CAGTGTTGCTG-CACAC-ATTT-GCTGT-A--T--CTA-TATAGTACAATGC---A--CT-GAAT-CATAATTATGTAAAACAGCTTACAAGGGCAG--AACCAGATCCAATTTTTTGGGGGGGGGGGGGGGGGATGGCA-ACTTCATGAGGTCAAG---CTAGCCCACCC-TCAA-TCCAACACTTGTATTTAGGTTACACTT-----AATTCTTCG--ATCCATAAAGTATTAC-AA--TT-TAT-T-GATTCTAG-AACAATT-----ACA-----TGT--ATAGC-GATTGATAAAAAAAAAACATTTCATTGATACCAGTAATTACTTATTTCTAGTC-AGGGTCGTT--TGCAC--AAGG-TTACTTAAATTATATTTATCAAGTT-TAATAATTTA--ATATTAG-CACCAACTTAGACAT-AATG--T-AGTTAAACTTAA-TTTTTG-T--GCAATTTGGATCCAGATAGGTAACA--ACATCT--GA-------------------AAGTGC-TTTGTATA-A-ATAA--TCATATT--TGGCTTTAATATAACAAC-TCTTTTAGA-TAT----AAAAGT-AC-A-GC--ACACAAG-ACATGAAGCTGGA-CTGGAGGCCGGTCAAGGCATCCTATAT-TTGA-CCTATAACT--AAAAT--TGTATCCACCAA-GCAACC
gi|4 : GGGTCCG-TAAGTCTCGTCATGTGGCT---CGCGAGA----TATGACGTGA--AATCGTAATTCC------GGGCAG--ATGTCA-AAATG---GT-TCACAA--CGT-AAATA------TA----T-------GCAGAAGACCA---CAACA--------TTC---TTAAT-AGAA-AAG-GCTAGAAA-GCGG--TGGATAGCAACAG-------------------AAGTTTG----------AAAGA--AGC----T-CTGAGT-AA--T-AGC-----GG--TTG-TT-----GTA------GAAAAGTCAA-----TT--CA---AGAC-TTTACT-----------ACAA------AGTACAGTTACATGTA----------TG-TTT--A-CATCACG-ATCGAT--CATGTCAT--C--AAGTTGT-T--TAC-GTC-ATA-CCCGTA-CGTATA----TA-GA-TAC-ATCTGAGTCTTC-GTTTTAAATAT--A-T----------T---C---TTGATC-
gi|6 : taGGGTCGC-TAAGTCTCATCATGTGACT---CGCGAGACAT----GACGTGA--AGTCGTACTTTC------GGGTAGT-TG-TCAGAA-TGA--CT-----CA--CGA-AT-TA------AAAGTAT-------GCTGAAACCGACA-AAA-A--------G-C---TTAGTGAAAA-A-G-GCTAGAGA-GCGG--TGGATAGCAATAGGT------------TTTTGAAATTTG-TTC--TGGAAAAGG--AGC----C-CTGCGA-AAT-A-AAT------G--TTG-TT-----GTA------GAA----CA------------------C-TTTACT-----------ACAA------AGTACAG------GTA----------TGTTTTA-A-TAC-ATG--TC-AT--CAAG-TTTGATCAAAATCTC-TGCAACATTC-ATG-TGCGTAGCGT---AGT-T---G-TA-AATC-GATTCTTG-ATT---GAgcggtggctgccttgccccccccccccctcctttagaatttgtctcggtgaaaacaccagcgcactagaatacagcacagcttaggtggaaattgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattggaattataaattccttttcctattatgtataacatagaaatattgtcatctatgctttttaacttttcattttcatccaggaatttaaagctgacatgatttcataa
gi|19 : agctcaagctaataGGGTCTG-TAAGTCTCGTCATATGATT---TACGAGA-tgttgtggtaacctttaaaaatatgttccaagttaaaacgccggagcactagaatat
gi|3 : ataGGTCCG-TAAGTCTCGTCATGTGACT---CGCGAGA----TA-----TGAATAAT--TACTTCC------GGGCAG--AT-GTG-AA-TG---GT-TC-ACA--CGT-AA-AT------TA----T-------GCAGAAAACCACG-AAA-A--------AGC---TTAGT-AAAA-A-T-GGT-GTAAGGCGG--TAGA-TGCAATAG---AA---------GTTTGAAATTTG-TTC--TGGAAAAGA--AGC----T--TGCATCAAGTA-GAC-----GGTACTG--T-----GTA------GAAACCTTGACTTACTA--CA--GAAG----TAC---------------A------GGTACCA------GT-----------TA-T----A-CATCACG-ATCGAT--CATGTCA---TCAAA-TTGT-TT-TAC-GTCAATA-CCCGTA-C---TAGTA-TATGATTACCATCTGAGTCTTCAATT---AAGAT--ACC--AATAA---TGTCC---TAAATC-AGA-A-TCTACTGAAA---CAT-TCTAT-G-----C--GT--T------G-T----T--TA--A---A---TCGA-A-TC--TT-AATC--AATA-----GGTGTGCCCTGC--------CCTCTCGCCCCTCCTC----------CCCCCCCCCCT---------TAGAGATTTGT--CCTGT------TGAA----ACC--AG--CGA-CTA-AATACAGCACAG--TGCTAGGTGGA-Ataaaac
gi|2 : taGTTCCGTAAGTCTCGTCAT-TGGCGGAACGCGCGATATATT-GACGTGA--A-TCGTACTTCC------GGGCAG--AG-TCA-AA---A--GT-TCACAA--CGT-A---A------AA----T-------GCCGAAAACCAAA-CAG----------------CTAGT-AGAA-ATG-GCTAGAGA-GC----TGGACAGCAACA--CAAG-----------TTGAAATTTGTTTC--TGA-AAAGA--AGC----CACTGCGG-TA--A-AAC-----GG--TTGTTT-----GTA-------------------------CG--AAAAC-TTTACT-----------ACAAG-----AGTACAG------G------------TA-TTGATA-CATCACG-ATC-CGATCATGTCAT--CCAAAGTTGT-T---GC-GTC-ATA-CCCGTA-CG--TA----TA-TA-TAC-ATCTGAGTCTTC-ATT---TAAAT--A-CCAAA-AG---G---C---TCAATCGAAA-A-TCT-CTGAAA---CAT-AATAT-G-----C---T--A------G-T----T--TA--A---A---TCGA-TTTC--TT-AATCGA--TT-----G-------C------------------CCCC-CCCC-------------------TT---------AGAA-A-------CTCG----GT--GAAA-ACACC--AGCGCAC-TAAGAATACAGCACAGCTT-C-AGGTGGA-Aattgatgatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtattgcagaattggagattataaaatttctattatgtatttttatttgcgaattaacttcatttatatatgcattttcattaaagataatcggatattaaacagttactatactatccacacctgccagtgaaactgaagtatctcattggcgtgttgtgtcacgcatttagctgttactctatatagtacagtgtgtaacttgaatcataatgagaaaacagcttacaggggcagaaacagaggtggggtcttcctgaggtcaagatctaccccacccttcaatccacactggtaattatacctttacaagttctcgaaccataatttattactaatttttattggattctagaaataactgttgaatattttttgttaatatctgattgctaaaagacattcataaatacc
gi|13 : agttcaatctttttcaataCT---CGCGAGA----TATGACGTGA--AATCGTACATCC------GGGCAG--ATGTCA-AAATG---TT-TCACAA--CGT-AAACA------TA----T-------GCAGAAAACCACA--AA-A--------GAC---TAAGT-AGAA-A-AAGCGAAAGA-GCGG--TGGGTAGCCACAG---AA---------GTTTGACATTTA-TTC--TAGGAAAGA--AGA----C-CTGCGT-AA--T-AAC-----GG--attgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattggaattataaatcgttttcctattatgaacttttcattccagaatttactttattttataatcattcattaaagataattctgagaaaatacgtacatacactatcacatctgtcagtaaactatgagtatctcatgggtggcagtgttgctgcacccattagctgtaggtactaatatatacagtgcaacttgaattcataatatgttaaacagcttacaggggcaggaaaacagagtggggaggggcggcgggggcacactcatgagtccaaaagtctagcccaccctcaagtccaacactttttataccttttaaaagttctcgaaaaccataaagtatactattctatgcgattctagaaattaacgtgaatatatttttgttaatatctgatttcgctaaaaaatttgattttaaaataagaactatatttgtttacttg
gi|5 : -ATCTATGACGTGA--AGTCGTACGTCTCAGGAAAGGCAG--ATGTCA-AAATG---GTATCACCAAACGTCAA-TATAGCACGA----T-------GCTGAAAACCAGAACAA-ACACGCGACATCAAATTAAG-AAAACA-G-GCTAG--A-GAGGC--GTG-AGCTACGG-CAAGGCAGAGATTTTTTGCCATTTG-TTCCTTGCGAAAGAGAAGCCGGGT-C-G-GT-AA--ATAATCAGCTGT--CTG-TTTGATCGTAAGAGGCGAAACGTCAA-----TGAGCAATGAAGA-CTTGCTCTCTTGGATTTAAAAGAGAGCAGTACCG------GTAAACACGGTAATG-TTT--A-CATCACGCCTCGAT--CATG-TGA--TC-AAGTTGTGT---AC-GTC-ATATCCCATA-TGT----ACATA-GA-TAC--TCTGAGTCTTC-ATT---TAGAT--ACC--AA-AG---T---C---TCGATC-AAACA-TCT-CTGCAAC-ATAC-AATGTGG-----C--GTTGACCTTGTG-T----A--TG--A---AGACTCG--ATTCATCTG-ATCGAAGCATGTGGG-------CT-CTATTGACACCGCGCATCCC-CCCTTCCTCGCTCGCCTCCCACTCTTCCTCTTCAGAGA-ATTTGT--CT
gi|10 : CGTGA--AATTGTACCCCC------AGACAACTAA-TAG-GA-TGGCCATATCAATAA-TGT-AC-TG------AA----CTCACTACGTTGAAAACACCA-CAA-A--------G-C---TTATC-AC-----G-GC----GG-GGGGTT------GCAGCAG---GG---------TGTTGAAATATG-T-C--T-AGATGGA--AGA----G-CTGTGT-GA--A-ATTTAA--GG--CGG-TT-----GTT------TAAGCGCCAG-----TG--C---GAGACATTTCCT-----------ACAA------AGTACAG------GTA----------TG-TTTACATTAT-ACA-GTC-Agg
gi|11 : TG-CAT--C--AAGTTGG-T----CACTC-ATA-TCCCTA-A---TGAA---A-AA-TACA-TCT-AGTCTTC-AT----AATATTAA-CC-AA-AAGG-C---C---TCGACC-AAA-AATCTGCTGCAACATTA--CATGT-GTCCTTC--TT--A------G-T----TGTTG--ATAGA---TCGA---TG--CTGGATCGAAGAT-----G-------CT-A--------CT---CCCCCC-CCCC----------CCCCCCCCCCT---------TGGA-A-TTGTAGCTT-TCTCGT--GAAA-ACACCTGCGC-CGCACTAG
gi|15 : tg-TA-GA-TACA-TCTGAGTCTTC-ATT---AC-------C--AA-AAGTAT---CAATTCAATC-AAA-A-TCT-CTGCAA---CATACATGT-G-----CAGGT--A------GTT----T--TA--A---A---TCG--ATTC--TTG-ATCGAGGT
gi|6 : cgtata---TTGATC-AAA-A-TCT-CTGCAACAT--T-CATGT-G-----C--GT--A------G-CGTAGT--TGTAA---A---TCG--ATTC--TTGA
gi|4 : agctcaagctaatagggtcgctaagtctcatcatgtgactcgcgagacatgacgtgaagtcgtactttcgggtagttgtcagaatgactcacgaattaaaagtatgctgaaaccgacaaaaagcttagtgaaaaaggctagagagcggtggatagcaataggtttttgaaatttgttctggaaaaggagccctgcgaaataaatgttgttgtagaacactttactacaaagtacaggtatgttttaatacatgtcatcaagt-T----T--TA--A---A---T--ATATTC--TTGA-TCGCGGTG-----G-------CT-G--------CC---TTGCCC-CCCC----------CCCCCCTCCTT---------TAGA-ATTTGT--CTCG----GT--GAAA-ACACC--AG--CGCACTAGAATACAGCACAG--C-TTAGGTGGA-Attgatgttgtggtaacctttaaaaatatgttccaagttaaaacgccggagcactagaatat
gi|9 : tagggtccgtaagtctcgtcatgtggctcgcgagatatgacgtgaaatcgtaattccgggcagatgtcaaaatggttcacaacgtaaatatatgcagaagaccacaacattcttaatagaaaaggctagaaagcggtggatagcaacagaagtttgaaagaagctctgagtaatagcggttgttgtagaaaagtcaattcaagactttactacaaagtacagttacatgtatgtttacatcacgatcgatcatgtcatcaagttgtttacgtcatacccgtacgtatatagatacatctgagtcttcgtGAAA-ACACC--AGC--GCACTAGAATACAGCACTG--C-TCAGGTGGACATTATattgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattggaattataaattccttttcctattatgtataacatagaaatattgtcatctatgctttttaacttttcattttcatccaggaatttaaagctgacatgatttcataa
gi|2 : tATCGTTT-TCCTA--TTATGA-----ACTTTTCATTC-----CA-GAATTTACTTTATTTTA-TA-AT-CATT--CATTAAAGATAATTCTGAG------AAAATACGTAC--A-TACACTATC-ACATCT-GTCAGTAAA-C-TATGAGTAT--CTCAT-GGGTGGCAGTGTTGCTG-CACCC-ATTA-GCTGT-AGGTA-CTAATATA-TACAGTGC---AACTT-GAATTCATAAT-ATGTTAAACAGCTTACAGGGGCAGGAAAACAGA---------GTGGGGAGGGGCGGCGGG---GGCACAC-TCATGAGTCCAAAAGTCTAGCCCACCC-TCAAGTCCAACACTT---TTTA---TAC-CTTTTAAAAGTTC-TCGAAAACCATAAAGTA-TAC-TA--TTCTATGC-GATTCTAG-A--AATTA----ACG-----TGA--ATAtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattggaattataaaatcttttcataattattatgtataacatagagatatagtcat
gi|3 : agttcaatctttttcaatagttccgtaagtctcgtcattggcggaacgcgcgatatattgacgtgaatcgtacttccgggcagagtcaaaagttcacaacgtaaaatgccgaaaaccaaacagctagtagaaatggctagagagctggacagcaacacaagttgaaatttgtttctgaaaagaagccactgcggtaaaacggttgtttgtacgaaaactttactacaagagtacaggtattgatacatcacgatccgatcatgtcatccaaagttgttgcgtcatacccgtacgtatatatacatctgagtcttcatttaaataccaaaaggctcaatcgaaaatctctgaaacataatatgctagtttaaatcgatttcttaatcgattgcccccccccttagaaactcggtgaaaacaccagcgcactaagaatacagcacagcttcaggtggaaattgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattggaattataaATTTCTATTATGTATTTTTATTTGCGAATTAACTTCATTT--ATATATGCATTTTCATTAAAGATA-ATC---GGATATTAAA-CA-GT--T-ACTATACTATCCACACCT-GCCAGTGAAAC-TGAA-GTAT--CTCATTGG----C-GTGTTG-TGTCACGC-ATTTAGCTGTTAC-T--CTA-TATAGTACAGTGTGTAA--CTTGAAT-CATAATGA-G-AAAACAGCTTACAGGGGCAG--AAACAGA----------------------GGTGGGGT------CTTCCTGAGGTCAAGAT-CTACCCCACCCTTCAA-TCC-ACACTGGTAATTA---TAC-CTTTACA-AGTTC-TCG--AACCATAATTTATTACTAATTTT-TAT-TGGATTCTAGAAATAACTGTTGAATATTTTTTGTTAATATCTGATTGCT----AAAAGACA-TTCATAAATACCtatttttgttaatatctgatttcgctaaaaaatttgattttaaaataagaactatatttgtttacttg
gi|16 : taggtccgtaagtctcgtcatgtgactcgcgagatatgaataattacttccgggcagatgtgaatggttcacacgtaaattatgcagaaaaccacgaaaaagcttagtaaaaatggtgtaaggcggtagatgcaatagaagtttgaaatttgttctggaaaagaagcttgcatcaagtagacggtactgtgtagaaaccttgacttactacagaagtacaggtaccagttatacatcacgatcgatcatgtcatcaaattgttttacgtcaatacccgtactagtatatgattaccatctgagtcttcaattaagataccaataatgtcctaaatcagaatctactgaaacattctatgcgttgtttaaatcgaatcttaatcaataggtgtgccctgccctctcgcccctcctcccccccccccttagagatttgtcctgttgaaaccagcgactaaatacagcacagtgctaggtggaaattgatgatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtattgcagaattggagattataaaTC-ACATCT-GTCAGTGAAATATG---AC-TATCTCAT-GTGT--CAGTTTTGCTG-C-CACCATTTAGCTGC-A--GAACTAATATAGTACAGTGC---AACTT-GAAT-TATGATGAT
gi|7 : ATCAGTA-TTACTCTTTTCTAGTCCAGGGTCGCAGATGCATTAAAGGATTACTTTA-TTA-ACTTATCATGTGATAACATTTTAGAATATTAGGCACCA--CTAGAGATTAATGGTC-AGTTAAACTTAAATTTTTG-TTTGCA--CTGGATTCCGATAG-TAACATAACATCT------------------------AGTAA-TTTGTTTA-A-CAAA----ATATTATTGGCTTTAATATTACA----CTTTTAGA-TAT----TAAGGTTAC-AAGC--ACACA-G-ACATGAAGGGGAG-CTGGAGGCGGATTCAAGTATCTTATAT-TTTACCCTAT-ACT--AAAA-----AATCACCCAAGGCAAC
gi|8 : TAACTTA--ATAT----CATTAACGT-----T-AATG--TCAGTTAA-CTTAA-CTTTTGGT--GCAATT-GGATCCAGATAAGTAACAT-GCATTT--TT-------------------GTGTGCATTTCTATACA-ATAA---CATA----------------AACAATGTCTTT--AA-TATTAAAAAAAGT-ACAA-GCCAACAC-AG-ACA-GAAG-TGGAGC--GAGGCTGATCAA-GCATCCTATATATTGA-CCTATAATTAAAAAAA--TGTATCCACAAG-GCAagattataggtaatttaacaaagtacctcatacattatacta
gi|14 : gtccaggtccagttgccacaaaggttactGGATCCAGATAGGTAACAT-GCATTTTTGAGTGCAATTCTATTATATCTAAATGC-TTTGTATG-ACATAAA-TCGT------GGCTTTAATATTACA----CTTTTAGA-TAT----AGAAGT-ACAA-GCA-ACAC-AG-ACATGAAccagatataggtaattgtaacaaagtacactcatacaat
gi|12 : GTAACAT-ACATCT--AA-------------------A--TGC-TTTGTATA-A-CTAAGATCATATG---GGCTTTAA-ATTA-AAC-TTTTCTAGAATAT----AAAAGT-AC-AAGC--A-ACAAGTACATGAAG-TGGA-CTGGAGGCGGAT-AATGCATC-TATAA-TT-A-CCTATAATA--AAAAT--TGTATCCACAAG-GCAAC
gi|17 : GCGGATCAAG-CATCCTATAT-T-GA-CCTATAATT--AAAAAAATGTATCCACCAA-gcatattataggtatttaaaggtatctcataaaata
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATTGCAGAATTGGAATTATAAAATCGTTTTCCTATTATGAATTTTTCATTCAGGAATTTTACTTTATTTTATATTGCATTTCATTAAAGATAATT
Alignments
lowQualScore : 4444 111111 11111111 111111 1 111111 333333333333 222222222 111 1111111 11111111 5555555555555555555555555555555555555 22222222222 222222 111111 222222222222222 11 11 11 111 2222222 111 11111111111111 11 33333333333333333333 111 1 22222222 111111111 111 111 11 222222222222222 22222 22222222 1 1111 1 11 44444444444444 2222222222 1 111 11 11 3333333 1 1 222222222 1 111 1 1 1 222222 11 11 1 33 6666666666 22222222 22 11 2 222 1 3333 1 222 44444444444444 2222 22 1111 111111111 2 2 1 222 11 1 2 2 11 11 1 111 555 22 2222 111 8888888888888888888888888 4444444444444444 22222 222 11 2 1 11 1 1 222 111
lowQualScore : 6 99 99 2222 1 0 444444 88888888 5 444444 1 5 999999 5 5 66 5 444444444444 1 5 77 88888 000000000 0 5 2 5 333 0 66 5 777 66 5 5555555 0 0 8888888 66 2 5 66 5 44444444 5 66 5555555555555555555555555555555555555 2 55 77777777777 5 222222 666666 888888888888888 44 99 33 6 3 88 000 2222222 000 5 5 88888888888888 5 88 5 888 1 55555555555555555555 000 5 6 6 3 2 66666666 6 888888888 6 99 0 111 333 88 00 1 666666666666666 8 5 3 8 0 00000 99999999 6 99 5 6 4444 8 3 33 55555555555555 4444444444 0 1 555 66 2 3 22 44 7 9999999 0000000 6 3 0 0 2 666666666 3 0 666 2 0 0 2 3 3 777777 33 2 33 3 0 8 3 88 00 8888888888 4 6 22 66666666 7 1 11 66 1 44 3 7 77 1 333 3 4444 3 222 22 7 77777777777777 2222 00 7 4444 7 1 888888888 0 0 4 0 4 5 222 88 5 4 0 0 4 88 77 88 5 999 2 7 000 7 44 7777 888 6 88 7777777777777777777777777 8 8 99 1111111111111111 8 0 77777 8 8 666 99 0 8 0 0 22 0 3 6 3 8 55 8 333 1 111
lowQualScore : . .. .. .... . . ...... ........ . ...... . . ...... . . .. . ............ . . .. ..... ......... . . . . ... . .. . ... .. . ....... . . ....... .. . . .. . ........ . .. ..................................... . .. ........... . ...... ...... ............... .. .. .. . . .. ... ....... ... . . .............. . .. . ... . .................... ... . . . . . ........ . ......... . .. . ... ... .. .. . ............... . . . . . ..... ........ . .. . . .... . . .. .............. .......... . . ... .. . . .. .. . ....... ....... . . . . . ......... . . ... . . . . . . ...... .. . .. . . . . .. .. .......... . . .. ........ . . .. .. . .. . . .. . ... . .... . ... .. . .............. .... .. . .... . . ......... . . . . . . ... .. . . . . . .. .. .. . ... . . ... . .. .... ... . .. ......................... . . .. ................ . . ..... . . ... .. . . . . .. . . . . . .. . ... . ...
lowQualScore : 7 22 22 1111 4 9 444444 11111111 0 444444 4 0 444444 0 9 99 0 999999999999 0 0 55 99999 000000000 4 0 2 0 222 1 99 0 222 99 0 8888888 1 1 1111111 99 5 0 99 0 22222222 0 99 0000000000000000000000000000000000000 1 99 11111111111 7 111111 444444 999999999999999 44 88 33 7 3 00 000 9999999 999 7 7 22222222222222 0 66 0 888 0 77777777777777777777 000 7 7 7 3 5 55555555 7 333333333 7 22 7 777 333 33 88 0 888888888888888 0 0 2 0 8 00000 66666666 7 22 0 7 8888 0 3 88 22222222222222 2222222222 0 0 888 55 5 2 55 00 3 0000000 7777777 7 7 0 0 5 555555555 2 0 222 5 0 0 8 2 2 222222 22 5 88 2 0 8 2 33 33 3333333333 0 7 00 77777777 3 0 77 00 0 77 3 3 77 0 333 3 0000 3 333 00 3 33333333333333 7777 77 3 3333 3 0 333333333 7 0 0 0 0 0 000 55 5 0 0 0 0 00 00 00 0 000 5 3 777 3 33 7777 333 5 88 6666666666666666666666666 0 0 00 0000000000000000 0 8 00000 0 0 888 00 4 0 8 0 55 0 2 6 2 0 88 0 444 4 888
consensus : GGGTCCG-TAAGTCTCGTCAT--GTG--ACTCGCGAGA----TATGACGTGAAATCGTACTTCC------GGGCA--------G-ATG------TCAA-AATG------GT-TCACNA--CGT-AA-NAT-A------TGCNGAAAACCAC-A-NAAA---G-C---------TTAGT-AGAA-A-G-GCTAGAGAGCGG--TG-GGTA--GCAA--CA-G--AG---TTTTGAAATTTGTTC--TGG--GAAAGA--AGCC-CTGC--GT-AA--A-A---A-CGG--CTGTT---------GTA------GAAACGTCAATG--CA--GAAAC-TTTACT-----------ACA-A------AGTACAG------GTA----------T--G-TTTA-ACATCACGA-TC-GATCATG-TCATCCAAAGT---TG--T-T--AC-G-TC-ATA-CCCGTA-CGTNAA--TA---GA-TACAATCTGAGTCTTC-ATT---AANAT--A-C--AA-A--A--T---C---TCGATC-AAA-A-TCT-CTGCAAC-CAT--CATGT-G-----C--GTAG-TT--TAA---ATCGA-ATTCTTGAATCGA-AGTTG----CTGCCC---CGCCCC-CCCCCCCCCCCCCCTTAGA-ATT-----TGTCTCGT---GT--GAAA-ACACC--AGCCGCACT-AGAATACAGCACAGC-TT-AGGTGGA-ATTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCGTTT-TCCTA--TTATGA--TTTCTACTTTTCATTTTT-ATTCG-GAA-TTNACTTCATTTTAATATATGCATTTTCATTAAAGATAATTCTGAGGATATTAAAACA-GTACT-ACTANACTAT-CACATCT-GCCAGTGAAAC-T--G-AGTATCTCAT-GGGT--CAGTGTTGCTG-C-ACGCATTTAGCTGTA--TA-CTA-ATATAGTACA--GTGCAACTTGAA-TCATAATGATGTAAAACAGCTTACAGGGGCAG--AAACAGA----------TGGGGGGGGG-GGGGGGGGTGGCA-ACTTCATGAGGTCAAGA-TCTAGCCCACCCTTCAA-TCCAACACTTGTATTTA---TAC-CTTT---AAGTTCT-CGA-AACCATAAAGTATTACTAATTTTCTAT-C-GATTCTAGAA--A-TAAC-TGTTGAATAT-TTTTTGTTAATATCTGATT--GCTAAAAAACATTTCATNGATACCAGTAATTACTCNTTTCTAGTCCAGGGTCGCNGATGCACTAAAGGATTACTTNAATTATACTTATCANGTNATAACANTTTAGAATATTAGGCACCAACCTAGANATTAATG---CAGTTAAACTTAA-TTTTTGGT-TGCAATCTGGATCCAGATAGGTAACAT-ACATCTN------------------A---AAGTGC-TTTGTATA-AC-TAAA-TCAT-----A-T--GG-CTTTAATATTACAACTCTTTTAGA-TATAAAAG-TACAAAGC--ACACAAG-ACATGAAG-TGGA-CTG-GAGGCGGATCAA-GCATCCTATAT-TTGA-CCTATAATTAAAAAAATGTATCCA-CAAGGCAAC
Reference ( family-4282 ) : GGGTCCG-TAAGTCTCGTCAT--GTG--ACTCGCGAGA-AT-TATGACGTGAAATCGTACTTCC------GGGCA--------G-ATG------TCGA-AATG------GT-TCACNA--CGT-AA-TAN-A------TGCNGAAAACCAC-A-CAAA---G-C---------TTAGT-AGAA-A-G-GCTAGAGAGCGG--TG-GATA--GCAA--CA-G--AG---TTTTGAAATTTGTTC--TGG--GAAAGA--AGCC-CTGC--GT-AA--A-A---A-CGG--CTGTT---------GTA------GAAACGTCAATG--CA--GAAAC-TTTACT-----------ACA-A------AGTACAG------GTA----------T--G-TTTA-ACATCACGA-TC-GATCATG-TCGTCCAAAGT---TG--T-T--AC-G-TC-ATA-CCCGTA-CGTTAA--TA---GA-TACAATCTGAGTCTTC-ATT---AANAT--A-C--AA-A--A--T---C---TCGATC-AAA-A-TCT-CTGCAAC-CAT--CATGT-G-----C--GTAG-TT--TGA---ATCGA-ATTCTTGAATCGA-AGTNG----CTNCCC---CNCCCC-CCCCCCCCCCCCCCTTAGA-ATT-----TGTCTCGT---GT--GAAA-ACACC--AGCCGCACT-AGAATACAGCACAGC-CT-AGGTGGA-ATTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCGTTT-TCCTA--TTATGA--TTTCTACTNTNCATTCTT-ATTCGCGAA-TTNACTTCATTTTAATATATGCATTTTCATTAAAGATAANTCTGAGGATATTAAAACACGTACT-ACTACACTAT-CACATCT-GTCAGTGAAAC-T--G-GGTATCTCAT-GGGT--CAGTGTTGCTG-C-ACGCATTTAGCTGTA--TA-CTA-ATATAGTACA--GTGCAACTTGAA-TCATAATGATGTNAAACAGCTTACAGGGGCAGGAAAACAGAG---------TGGGGAGGGGCGGNNGGGGTGGCACACTTCNTGAGNCCAAGANTCTANCCCACCCTTCAAGTCCAACACTNGTANTTA---TAC-CTTTNNAAAGTTCT-CGAAAACCATAANNTATTACTNATTTTCTATGCGGATTCTAGAA--A-TAAC-TGTTGAACGT-TTTTTGNTAATATCTGATT--GCTAAAAGACATT-CATAAATACCAGTA-TTACTCTTTTCTAGTCCAGGGTCGCAGATGCATTAAAGGATTACTTTA-TTA-ACTTATCATGTGATAACANCTTAGAATATTAGGCACCAACNTAGAGATTAATGGTCCAGTTAAACTTAAACTTTTGGTTTGCAATCTGGATCCAGATAGGTAACAT-GCATCTN------------------A---AAGTGC-TTTGTATA-AN-TAAG-TCAT-----A-T--GG-CTTTAATATTACAACTCTTTTAGA-TATAAAAG-TACAAAGC--ACACAAG-ACATGAAG-TGGA-CTG-GAGGCGGATCAANGCATCCTATAT-TTGA-CCTATAATT--AAAAATGTATCCA-CNAGGCAAC
gi|1 : GGGTCCCCTAAGTCTCGTCAT--GTG--ACTCGCGAGA-ATCTA-GACGTGAAATCGTACTTCC------GGGCA--------GCAT-------TC-A-AATGA-----GT-TCAACA--TGT-AA-TAA-A------TGCTGAAAACCAT-A-CAAA---GTC---------TTAGT-AGAA-A-G-GCTAGTGAGCGGCTTG-GG-A--GCGA--CA-GTAAA---TTTTGAAATTTGTTC--TGA--GAAAGA--AGCT-CTGC--GT-AA--A-A---A-TGG--CTGTT---------GTA------GAAGCGTCAATG--CA--GAAGC-TTTACT-----------ACA-A------AGTACCG------GT-----------T--G-TTTA-ACAT-ACGA-TC--AGCATG--CATTCAAAGT---TG--T-TAAACAG-TC-ATA-CTCGTA-CGTTAAACTA---GA-TACAATCTGAGTCTTC-ATT---AAGAT--A-C--AA-A--A--T---C---TCGATC-AAA-A-TTT-CTGCAACTCAT--CATGT-G-----C--GTAG-TT--TGA---ATCGA-ATTCTTGAATCGA-AGTAG----CT-CCC---CACCCC-CCCCCCCCCCACTCTAAGA-ATT-----TGTCTCGTCTCGTCCGAAACACACC--AGCCGC-CT-AGAATACAGCACAGT-CA-AGGTGGA-ATTAT
gi|1 : ATTGTTTATTCTACGTAATGA--TTTTTACTTTTCATTTTC-ATTCA-GAA-ATATCTTCATTTTAATATATGTATTT-CAATAAGAATA-TTCTGAAGATATTAAAACA-GTACTGACTAAGCTAT-CACATCTTGCCAGTGAA---T--T-GGT-TCCCATTGGGT--CAGTGTTGCTG-C-ACACATTT-GCTGTA--T--CTA--TATAGTACA--ATGCA--CTGAA-TCATAATTATGTAAAACAGCTTACAAGGGCAG--AACCAGATCCAATTTTTTGGGGGGGGGGGGGGGGGATGGCA-ACTTCATGAGGTCAAG---CTAGCCCACCCT-CAA-TCCAACACTTGTATTTAGGTTACACTT-----AATTCTTCGAT--CCATAAAGTATTAC-AATTTATT-----GATTCTAGAACAA-TTACATGTATAGCGA-TT---GATAAAA------------AAAAAACATTTCATTGATACCAGTAATTACTTATTTCTAGTC-AGGGTCGTT--TGCAC--AAGG-TTACTTAAATTATATTTATCAAGTT-TAATAATTTA--ATATTAG-CACCAACTTAGACAT-AATG---TAGTTAAACTTAA-TTTTTG---TGCAATTTGGATCCAGATAGGTAACA--ACATCTG------------------A---AAGTGC-TTTGTATA-AA-TAA--TCAT-----A-TTTGG-CTTTAATATAACAACTCTTTTAGA-TATAAAAG-TACA--GC--ACACAAG-ACATGAAGCTGGA-CTG-GAGGCCGGTCAAGGCATCCTATAT-TTGA-CCTATAACT--AAAATTGTATCCA-CCAAGCAACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaactggattagatacaaaaaaatttctatattgtataaataagatatagtcactattgtttattctacgtaatgatttttacttttcattttcattcagaaatatcttcattttaatatatgtatttcaataagaatattctgaagatattaaaacagtactgactaagctatcacatcttgccagtgaattggttcccattgggtcagtgttgctgcacacatttgctgtatctatatagtacaatgcactgaatcataattatgtaaaacagcttacaagggcagaaccagatccaattttttgggggggggggggggggatggcaacttcatgaggtcaagctagcccaccctcaatccaacacttgtatttaggttacacttaattcttcgatccataaagtattacaatttattgattctagaacaattacatgtatagcgattgataaaaaaaaaacatttcattgataccagtaattacttatttctagtcagggtcgtttgcacaaggttacttaaattatatttatcaagtttaataatttaatattagcaccaacttagacataatgtagttaaacttaatttttgtgcaatttggatccagataggtaacaacatctgaaagtgctttgtataaataatcatatttggctttaatataacaactcttttagatataaaagtacagcacacaagacatgaagctggactggaggccggtcaaggcatcctatatttgacctataactaaaattgtatccaccaagcaacc
gi|10 : gggtcccctaagtctcgtcatgtgactcgcgagaatctagacgtgaaatcgtacttccgggcagcattcaaatgagttcaacatgtaataaatgctgaaaaccatacaaagtcttagtagaaaggctagtgagcggcttgggagcgacagtaaattttgaaatttgttctgagaaagaagctctgcgtaaaaatggctgttgtagaagcgtcaatgcagaagctttactacaaagtaccggttgtttaacatacgatcagcatgcattcaaagttgttaaacagtcatactcgtacgttaaactagatacaatctgagtcttcattaagatacaaaatctcgatcaaaatttctgcaactcatcatgtgcgtagtttgaatcgaattcttgaatcgaagtagctccccaccccccccccccccactctaagaatttgtctcgtctcgtccgaaacacaccagccgcctagaatacagcacagtcaaggtggaattatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaactggattagatacaaaaaaatttctatattgtataaataagatatagtcactCGTGAAATTGTACCCCC------AGACAACTAATAGG-ATGGCCATATCAATAATGTACTGAAC-TCACTA--CGT------------------TGAAAACACC-A-CAAA---G-C---------TTATC-A---------C-----GGCGG--GG-GGTT--GCAG--CA-G--GG---TGTTGAAATATGT-C--TAGATGGAAGA--G----CTGT--GT-GA--A-ATTTA-AGG--CGGTT---------GTT------TAAGCGCCAGTG--C---GAGACATTTCCT-----------ACA-A------AGTACAG------GTA----------T--G-TTT--ACATTAc
gi|11 : AAGT---TGG-T-C--AC---TC-ATA-TCCCTA--ATGAA---A---AA-TACA-TCT-AGTCTTC-AT----AATATTAA-CC-AA-A--AGGC---C---TCGACC-AAA-AATCTGCTGCAAC--ATTACATGT-GTCCTTC--TTAG-TTGTTGATAGATCGA---TGCTGGATCGA-AGATG----CTACTC---CCCCCC-CCCCC-CCCCCCCCTTGGA-ATTGTAGCTTTCTC-----GT--GAAA-ACACCTGCGCCGCACT-AGtacagtca
gi|12 : tgtgcatcGTAACAT-ACATCTA------------------A---A--TGC-TTTGTATA-AC-TAAGATCAT-----A-T--GGGCTTTAA-ATTA-AACTTTTCTAGAATATAAAAG-TACAA-GC--A-ACAAGTACATGAAG-TGGA-CTG-GAGGCGGAT-AATGCATC-TATAA-TT-A-CCTATAATA--AAAATTGTATCCA-CAAGGCAAC
gi|13 : CTCGCGAGA----TATGACGTGAAATCGTACATCC------GGGCA--------G-ATG------TCAA-AATG------TT-TCACAA--CGT-AAACAT-A------TGCAGAAAACCAC-A-AAAG---A-C---------TAAGT-AGAA-A-AAGCGAAAGAGCGG--TG-GGTA--GCCA--CA-G--AA---GTTTGACATTTATTC--TAG--GAAAGA--AGAC-CTGC--GT-AA--T-A---A-CGG--gcatattataggtatttaaaggtatctcataaaata
gi|14 : GGATCCAGATAGGTAACAT-GCATTTTTGAGTGCAATTCTATTATATCTAAATGC-TTTGTATG-ACATAAA-TCGT----------GG-CTTTAATATTACA---CTTTTAGA-TATAGAAG-TAC-AAGCA-ACAC-AG-ACATGAA
gi|15 : A--TA---GA-TACA-TCTGAGTCTTC-ATT---ACCA--------AA-AGTA--T---CAATTCAATC-AAA-A-TCT-CTGCAA--CATA-CATGT-G-----CAGGTAGTTT--TAA---ATCG--ATTCTTG-ATCGA-GGT
gi|16 : cgtatT-CACATCT-GTCAGTGAAATAT--G-ACTATCTCAT-GTGT--CAGTTTTGCTG-CCAC-CATTTAGCTGCA--GAACTA-ATATAGTACA--GTGCAACTTGAA-TTATGATGAT
gi|17 : GCGGATCAA-GCATCCTATAT-T-GA-CCTATAATTAAAAAAATGTATCCACCAAGGCA
gi|18 : ATCGTTT-TCCTA--TTATGA--------------ATTTTTCATTCAGGAATTTTACTTTATTTT-ATAT-TGCA-TTTCATTAAAGATAATTccagattataggtaatgtaacaaagtacctcatacaatatacc
gi|19 : attgcagaattggaattataaaGGGTCTG-TAAGTCTCGTCAT--ATG--ATTTACGAGA-
gi|2 : ataTCCG-TAAGTCTCGTCATTGGCGGAACGCGCGATATAT-T--GACGTGAA-TCGTACTTCC------GGGCA--------G-A-G------TCAA-AA--------GT-TCACAA--CGT-AA---A-A------TGCCGAAAACCAA-A-CA-----G-C---------T-AGT-AGAA-ATG-GCTAGAGAGC----TG-GACA--GCAA--CACA--AG---TT--GAAATTTGTTT--CTG--AAAAGA--AGCCACTGC--GG-TA--A-A---A-CGG--TTGTTT--------GTA--------------------CG--AAAAC-TTTACT-----------ACA-AG-----AGTACAG------GTA----------T-----TGATACATCACGA-TCCGATCATG-TCATCCAAAGT---TG--T-T--GC-G-TC-ATA-CCCGTA-CGT--A--TA---TA-TACA-TCTGAGTCTTC-ATT---TAAAT--A-CCAAA-A--G--G---C---TCAATCGAAA-A-TCT-CTGAAAC--AT--AATAT-G-----C---TAG-TT--TAA---ATCGA-TTTCTT-AATCGA---TTG----C----------CCCC-C----------CCCTTAGA-A---------ACTCG----GT--GAAA-ACACC--AG-CGCACTAAGAATACAGCACAGC-TTCAGGTGGA-Ataaaac
gi|2 : agttcaatctttttcaatagtATCGTTT-TCCTA--TTATGA-------ACTTTTCATTC------CA-GAA-TTTACTTTATTTTA-TA-AT-CATT--CATTAAAGATAATTCTGAG------AAAATACGTAC--A-TACACTAT-CACATCT-GTCAGT-AAAC-TATG-AGTATCTCAT-GGGTGGCAGTGTTGCTG-C-ACCCA-TTAGCTGTAGGTA-CTA-ATATA-TACA--GTGCAACTTGAATTCATAAT-ATGTTAAACAGCTTACAGGGGCAGGAAAACAGAG---------TGGGGAGGGGCGGCGGG---GGCACAC-TCATGAGTCCAAAAGTCTAGCCCACCC-TCAAGTCCAACACTT---TTTA---TAC-CTTTTAAAAGTTCT-CGAAAACCATAAAGTA-TACTA---TTCTATGC-GATTCTAGAA--ATTAAC--G-TGAATATATTTTTGTTAATATCTGATTTCGCTAAAAAAattgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattggaattataaatcgttttcctattatgaacttttcattccagaatttactttattttataatcattcattaaagataattctgagaaaatacgtacatacactatcacatctgtcagtaaactatgagtatctcatgggtggcagtgttgctgcacccattagctgtaggtactaatatatacagtgcaacttgaattcataatatgttaaacagcttacaggggcaggaaaacagagtggggaggggcggcgggggcacactcatgagtccaaaagtctagcccaccctcaagtccaacactttttataccttttaaaagttctcgaaaaccataaagtatactattctatgcgattctagaaattaacgtgaatatatttttgttaatatctgatttcgctaaaaaatttgattttaaaataagaactatatttgtttacttg
gi|3 : agttcaatctttttcaatagttccgtaagtctcgtcattggcggaacgcgcgatatattgacgtgaatcgtacttccgggcagagtcaaaagttcacaacgtaaaatgccgaaaaccaaacagctagtagaaatggctagagagctggacagcaacacaagttgaaatttgtttctgaaaagaagccactgcggtaaaacggttgtttgtacgaaaactttactacaagagtacaggtattgatacatcacgatccgatcatgtcatccaaagttgttgcgtcatacccgtacgtatatatacatctgagtcttcatttaaataccaaaaggctcaatcgaaaatctctgaaacataatatgctagtttaaatcgatttcttaatcgattgcccccccccttagaaactcggtgaaaacaccagcgcactaagaatacagcacagcttcaggtggaaattgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattggaattataaGGTCCG-TAAGTCTCGTCAT--GTG--ACTCGCGAGA----TATGA-AT--AAT--TACTTCC------GGGCA--------G-ATG------T--G-AATG------GT-TCAC-A--CGT-AA-ATT-A------TGCAGAAAACCACGA-AAAA---G-C---------TTAGT-AAAA-A-T-GGTGTAAGGCGG--TA-GAT---GCAA--TA-G--AA---GTTTGAAATTTGTTC--TGG--AAAAGA--AG-C-TTGC--ATCAAGTA-G---A-CGGTACTG-T---------GTA------GAAACCT---TG---------AC--TTACT-----------ACAGA------AGTACAG------GTA----------CCAG-TTAT-ACATCACGA-TC-GATCATG-TCATC--AAAT---TGTTT-T--AC-G-TCAATA-CCCGTA-C--TAG--TATATGATTACCATCTGAGTCTTCAATT---AAGAT--ACC--AATA--A--TGTCC---TAAATC-AGA-A-TCTACTG-AAA-CAT--TCTAT-G-----C--GTTG-TT--TAA---ATCGA-A-TCTT-AATCAATAGGTGTGCCCTGCCCTCTCGCCCCTCCTCCCCCCCCCCCTTAGAGATT-----TGTCCTGT----T--GAA----ACC--AG-CG-ACT-A-AATACAGCACAGTGCT-AGGTGGA-Atttgattttaaaataagaactatatttgtttacttg
gi|3 : taA--TTATAAAATTTCTATTATGTATTTTT-ATTTGCGAA-TTAACTTCATTT--ATATATGCATTTTCATTAAAGATAA-TC---GGATATT-AAACA-GT--T-ACTATACTATCCACACCT-GCCAGTGAAAC-T--GAAGTATCTCAT-TGGC----GTGTTG-TGTC-ACGCATTTAGCTGT---TA-CTCTATATAGTACAGTGTGTAACTTGAA-TCATAATGA-G-AAAACAGCTTACAGGGGCAG--AAACAGA----------------------GGTGGGGT------CTTCCTGAGGTCAAGA-TCTACCCCACCCTTCAA-TCC-ACACTGGTAATTA---TAC-CTTTAC-AAGTTCT-CG--AACCATAATTTATTACTAATTTT-TAT-TGGATTCTAGAA--A-TAAC-TGTTGAATAT-TTTTTGTTAATATCTGATT--GCTAAAAGACATT-CATAAATACCattgatgatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtattgcagaattggagattataaaatttctattatgtatttttatttgcgaattaacttcatttatatatgcattttcattaaagataatcggatattaaacagttactatactatccacacctgccagtgaaactgaagtatctcattggcgtgttgtgtcacgcatttagctgttactctatatagtacagtgtgtaacttgaatcataatgagaaaacagcttacaggggcagaaacagaggtggggtcttcctgaggtcaagatctaccccacccttcaatccacactggtaattatacctttacaagttctcgaaccataatttattactaatttttattggattctagaaataactgttgaatattttttgttaatatctgattgctaaaagacattcataaatacc
gi|4 : taggtccgtaagtctcgtcatgtgactcgcgagatatgaataattacttccgggcagatgtgaatggttcacacgtaaattatgcagaaaaccacgaaaaagcttagtaaaaatggtgtaaggcggtagatgcaatagaagtttgaaatttgttctggaaaagaagcttgcatcaagtagacggtactgtgtagaaaccttgacttactacagaagtacaggtaccagttatacatcacgatcgatcatgtcatcaaattgttttacgtcaatacccgtactagtatatgattaccatctgagtcttcaattaagataccaataatgtcctaaatcagaatctactgaaacattctatgcgttgtttaaatcgaatcttaatcaataggtgtgccctgccctctcgcccctcctcccccccccccttagagatttgtcctgttgaaaccagcgactaaatacagcacagtgctaggtggaaattgatgatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtattgcagaattggagGGGTCCG-TAAGTCTCGTCAT--GTG--GCTCGCGAGA----TATGACGTGAAATCGTAATTCC------GGGCA--------G-ATG------TCAA-AATG------GT-TCACAA--CGT-AAATAT-A------TGCAGAAGACCAC-A-ACAT---T-C---------TTAAT-AGAA-AAG-GCTAGAAAGCGG--TG-GATA--GCAA--CA-G--A----------AGTTTG-----------AAAGA--AGCT-CTGA--GT-AA--T-A---G-CGG--TTGTT---------GTA------GAAAAGTCAATT--CA---AGAC-TTTACT-----------ACA-A------AGTACAGTTACATGTA----------T--G-TTT--ACATCACGA-TC-GATCATG-TCATC--AAGT---TGT-T-T--AC-G-TC-ATA-CCCGTA-CGTATA--TA---GA-TAC-ATCTGAGTCTTC-GTTTTAAATAT--A-T-----------T---C---TTGATC-
gi|4 : ta-TT--TAA---AT--ATATTCTTGA-TCGC-GGTGG----CTGCCT---TGCCCC--CCCCCCCCCTCCTTTAGA-ATT-----TGTCTCG----GT--GAAA-ACACC--AG-CGCACT-AGAATACAGCACAGC-TT-AGGTGGA-Agcggtggctgccttgccccccccccccctcctttagaatttgtctcggtgaaaacaccagcgcactagaatacagcacagcttaggtggaaattgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattggaattataaattccttttcctattatgtataacatagaaatattgtcatctatgctttttaacttttcattttcatccaggaatttaaagctgacatgatttcataa
gi|5 : tagggtccgtaagtctcgtcatgtggctcgcgagatatgacgtgaaatcgtaattccgggcagatgtcaaaatggttcacaacgtaaatatatgcagaagaccacaacattcttaatagaaaaggctagaaagcggtggatagcaacagaagtttgaaagaagctctgagtaatagcggttgttgtagaaaagtcaattcaagactttactacaaagtacagttacatgtatgtttacatcacgatcgatcatgtcatcaagttgtttacgtcatacccgtacgtatatagatacatctgagtcttcgt-TATGACGTGAAGTCGTACGTCTCAGGAAAGGCA--------G-ATG------TCAA-AATG------GTATCACCAAACGTCAA-TAT-AGCACGATGCTGAAAACCAG-AACAAACACG-CGACATCAAATTAAG-AAAACA-G-GCTAGAGAGGCG--TGAGCTACGGCAAGGCA-G--AGATTTTTTGCCATTTGTTCCTTGC--GAAAGAGAAGCC-GGGTCGGT-AA--ATA---ATCAG--CTGTCTGTTTGATCGTAAGAGGCGAAACGTCAATGAGCAATGAAGA-CTTGCTCTCTTGGATTTAAA-AGAGAGCAGTACCG------GTAAACACGGTAAT--G-TTTA--CATCACGCCTC-GATCATG-TGATC--AAGT---TG--TGT--AC-G-TC-ATATCCCATA-TGTACA--TA---GA-TAC--TCTGAGTCTTC-ATT---TAGAT--ACC--AA-A--G--T---C---TCGATC-AAACA-TCT-CTGCAACATAC--AATGTGG-----C--GTattgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattggaattataaattccttttcctattatgtataacatagaaatattgtcatctatgctttttaacttttcattttcatccaggaatttaaagctgacatgatttcataa
gi|6 : atcGGGTCGC-TAAGTCTCATCAT--GTG--ACTCGCGAGA----CATGACGTGAAGTCGTACTTTC------GGGTA--------G-TTG------TCAG-AATG------AC-TCACGA--ATT-AA-AAGTA------TGCTGAAACCGAC-A-AAAA---G-C---------TTAGTGAAAA-A-G-GCTAGAGAGCGG--TG-GATA--GCAA--TA-G--GT---TTTTGAAATTTGTTC--TGG--AAAAGG--AGCC-CTGC--GA-AA--T-A---A-ATG--TTGTT---------GTA------G-AAC----------------AC-TTTACT-----------ACA-A------AGTACAG------GTA----------T--GTTTTA-ATA-CATG--TC--ATCAAGTTTGATCAAAATCTCTG--C-A--AC-ATTC-ATG-TGCGTAGCG-TAG--TT---G--TA-AATC-GATTCTTG-ATT---GATGT--tgaccttgtgtatgaagactcgattcatctgatcgaagcatgtgggctctattgacaccgcgcatccccccttcctcgctcgcctcccactcttcctcttcagagaatttgtctgg
gi|7 : agctcaagctaataATCAGTA-TTACTCTTTTCTAGTCCAGGGTCGCAGATGCATTAAAGGATTACTTTA-TTA-ACTTATCATGTGATAACATTTTAGAATATTAGGCACCA--CTAGAGATTAATGGT-CAGTTAAACTTAAATTTTT-GTTTGCA--CTGGATTCCGATA-GTAACATAACATCT------------------------AGTAA-TTTGTTTA-AC-AAAA-TATT-----ATT--GG-CTTTAATATTACA---CTTTTAGA-TATTAAGGTTAC-AAGC--ACAC-AG-ACATGAAG-GGGAGCTG-GAGGCGGATTCAAGTATCTTATAT-TTTACCCTATACTA--AAAAAT-CACCCA---AGGCAACtgtggtaacctttaaaaatatgttccaagttaaaacgccggagcactagaatat
gi|8 : TTAATG--TCAGTTAA-CTTAA-CTTTTGGT--GCAAT-TGGATCCAGATAAGTAACAT-GCATTTT------------------T---GTGTGCATTTCTATACAA-TAA---CATAAACAA-T--GT-CTTTAATATTA-AA--------------AAAAG-TAC-AAGCCAACAC-AG-ACA-GAAG-TGGA---GCGAGGCTGATCAA-GCATCCTATATATTGA-CCTATAATTAAAAAAATGTATCCA-CAAGGCAagattataggtaatttaacaaagtacctcatacattatacta
gi|9 : gtccaggtccagttgccacaaaggttacttaacttaatatcattaacgT--GAAA-ACACC--AGC-GCACT-AGAATACAGCACTGC-TC-AGGTGGACATTATccagatataggtaattgtaacaaagtacactcatacaat
Alignments
lowQualScore : 111111 11111111 111111 111111 222222222222222 222222222 1 11111 1111111 11111111 5555555555555555555555555555555555555 22222222222 222222 111111 3333333333333 11 33 2222222 11 22 111 33333333333333333333 1 2222222 22222222222 22222 1111 11 11 55555555555555555555555 11111 22222 11 1111 1 11 4444444 22222222 1 111 1 1 2222 1 1 1111111 1 111 1 1 1 2222222222 11 1 11 8888888888888 2222222 22 222 444 33 222222 222 1 222 22 11 2222 1 1 1 111 11 1 11 1 11 11 1 11 33 1 222 111 11 77777777777777777777777 22222222222222222222 22222 222 11 11 1 2 22
lowQualScore : 6 99 99 888 5 0 444444 88888888 5 444444 5 999999 5 5 66 222222222222222 1 88888 1 0 555 000000000 0 5 77 5 0 0 66 11111 66 5 5555555 0 0 8888888 66 2 5 66 5 44444444 5 66 5555555555555555555555555555555555555 2 55 77777777777 5 222222 666666 3333333333333 5 44 3 888 2 5 33 2222222 6 6 6 77 55 77 33 5 000 1 66666666666666666666 888 5 5 5 1 4 0000000 44444444444 888 5 00000 3333 11 11 00000000000000000000000 2 99 6 6 66666 88888 77 5 77 99 5 2222 8 3 33 4444444 3 55555555 0 1 555 66 2 5 3 3 6 9999999 3 6666 6 1 0 0 55 8888888 3 0 666 2 0 0 2 3 3 7777777777 2 33 3 0 8 3 7 88 4444444444444 3 6 6 6666666 7 00 7 7 6 333 111 77 7 7 666666 777 7 3 999 00 7 7 88 8888 5 1 5 1 5 999 88 5 66 5 1 66 1 88 5 88 1 7 11 7 3 111 888 6 88 11 66666666666666666666666 8 44444444444444444444 8 0 77777 8 8 666 99 11 8 0 0 0 3 8 8 3 8 55 8 11 1 8
lowQualScore : . .. .. ... . . ...... ........ . ...... . ...... . . .. ............... . ..... . . ... ......... . . .. . . . .. ..... .. . ....... . . ....... .. . . .. . ........ . .. ..................................... . .. ........... . ...... ...... ............. . .. . ... . . .. ....... . . . .. .. .. .. . ... . .................... ... . . . . . ....... ........... ... . ..... .... .. .. ....................... . .. . . ..... ..... .. . .. .. . .... . . .. ....... . ........ . . ... .. . . . . . ....... . .... . . . . .. ....... . . ... . . . . . . .......... . .. . . . . . .. ............. . . . ....... . .. . . . ... ... .. . . ...... ... . . ... .. . . .. .... . . . . . ... .. . .. . . .. . .. . .. . . .. . . ... ... . .. .. ....................... . .................... . . ..... . . ... .. .. . . . . . . . . . .. . .. . .
lowQualScore : 7 22 22 888 7 9 444444 11111111 0 444444 0 444444 0 9 99 999999999999999 0 99999 0 1 111 000000000 4 0 22 0 0 1 99 22222 99 0 8888888 1 1 1111111 99 5 0 99 0 22222222 0 99 0000000000000000000000000000000000000 1 99 11111111111 7 111111 444444 0000000000000 7 44 0 333 5 7 99 8888888 7 7 7 99 66 99 99 7 000 0 77777777777777777777 888 0 7 7 4 3 1111111 33333333333 666 7 00000 9999 44 77 33333333333333333333333 5 22 7 7 77777 33333 99 7 99 33 7 2222 0 3 88 8888888 2 22222222 0 0 888 55 5 5 2 2 7 0000000 3 3333 7 0 0 0 88 0000000 2 0 222 5 0 0 8 2 2 5555555555 5 88 2 0 8 2 3 33 0000000000000 7 7 7 7777777 3 77 3 3 7 333 777 00 3 3 777777 333 3 3 333 77 3 3 33 3333 5 0 5 0 0 000 55 5 55 5 0 55 0 00 0 00 0 3 77 3 3 333 333 5 88 00 66666666666666666666666 0 66666666666666666666 0 8 00000 0 0 888 00 44 0 8 0 0 2 0 0 2 0 88 0 00 4 0
consensus : GGGTCCG-TAAGTCTCGTCAT--GTG--ACTCGCGAGA---TAT-GACGTGAAATCGTACTTCC------GGGCA--------G-ATG------TCAA-AATG------GT-TCACNA--CGT-AAA-A-TA------TGCNGAAAACCA---C-AAAAA-G-C---------TTAGT-AG-AA-A-GGCTAGAGAGCGG--TGGG-TA--GCAA--CA-G--AG---TTTTGAAATTTGTTC--TGG--GAAAGA--AGCC-CTGC--GT-AA--A-A---A-CGG--CTGTT---------GTA------GAAACGTCAATG--CA--GAAAC-TTTACT-----------ACA-A------AGTACAG------GTA----------T--G-TTTA-ACATCACGA-T-CGATCATGT-CATC--AAGTTG--T-T--AC-GTC-ATA-CCCGTAC--GTANA--TAGATACAATCTGAGTCTTC-ATT---AANAT--A-C--AA-A--A--T---C---TCGATC-AAA-A-TCT-CTGCAAC-CAT--CATGT-----G-----C--GTAG-TT-----TAAATCGA-ATTCTTGAATCGA-AGTTG----CTGCCC---CGCCCC-CCCCCCCCCCC--CCCTT-AGA-ATT-----TGTCTCG----GT--GAAA-ACACC--AGCCGCACT-AGAATACAGCACAGC-TT-AGGTGGA-ATTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCGTTT-TCCTA--TTATGA--TTTCTACTTTTCATTTTCATTCG-GAA-TTNACTTCATTTTAATATATGCATTTTCATTAAAGATAATTCTGAGGATATTAAAACA-GTACT-ACTANACTAT-CACATC-TGCCAGTGAAAC-T--G-AGTATCTCA-TGGGT--CAGTGTTGCTG-C-ACGCATTTAGCTGTA--TA-CTA-ATATAGTACA--GTGCAACTTGAA-TCATAATGATGTAAAACAGCTTACAGGGGCAG--AAACAGA-T-----------GGGGGGGGG-GGCGGGGTGGCA-ACTTCATGAGGTCAAGA-TCTAGCCCACCCTTCAATCCAACACTTGTATTTA---TACCTTT---AAGTTCTCG--AACCATAAAGTATTACTAATTTT-TAT-C-GATTCTAGAAA-TAACTG-TGAATAT-TTTTTGTTAATATCTGATT--GCT----AAAAAACATTTCATNGATACCAGTAATTACTCNTTTCTAGTCCAGGGTCGCNGATGCACTAAAGGATTACTTNAATTATACTTATCANGTNATAACANTTTAGAATATTAGGCACCAACCTAGACGTTAATG--CAGTTAAACTT-AATTTTTG-TTGCAATCTGGATCCAGATAGGTAACAT-ACA--TCTGA-------------------AAGTGC-TTTGTATA-----ACATAA-ATCATAT-TGG-CTTTAATATTACAACTCTTTTAGA-TATAAAAG-TACAAAGC--ACACAAG-ACATGAAG-TGGAGCTGGAGGCGGA-TCAA-GCATCCTATAT-TTGA-CCTATAATTAAAAAAATGTATCCA-CAAGGCAAC
Reference ( family-4282 ) : GGGTCCG-TAAGTCTCGTCAT--GTG--ACTCGCGAGA---TAT-GACGTGAAATCGTACTTCC------GGGCA--------G-ATG------TCAA-AATG------GT-TCACNA--CGT-AAN-A-TA------TGCNGAAAACCA---C-ANAAA-G-C---------TTAGT-AG-AA-A-GGCTAGAGAGCGG--TGGG-TA--GCAA--CA-G--AG---TTTTGAAATTTGTTC--TGG--GAAAGA--AGCC-CTGC--GT-AA--A-A---A-CGG--CTGTT---------GTA------GAAACGTCAATG--CA--GAAAC-TTTACT-----------ACA-A------AGTACAG------GTA----------T--G-TTTA-ACATCACGA-T-CGATCATGT-CATCCAAAGTTG--T-T--AC-GTC-ATA-CCCGTAC--GTNAA--TAGATACAATCTGAGTCTTC-ATT---AANAT--A-C--AA-A--A--T---C---TCGATC-AAA-A-TCT-CTGCAAC-CAT--CATGT-----G-----C--GTAG-TT-----TAAATCGA-ATTCTTGAATCGA-AGTTG----CTGCCC---CGCCCC-CCCCCCCCCCC--CCCTT-AGA-ATT-----TGTCTCGT---GT--GAAA-ACACC--AGCCGCACT-AGAATACAGCACAGC-TT-AGGTGGA-ATTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCGTTT-TCCTA--TTATGA--TTTCTACTTTTCATTTTTATTCG-GAA-TTNACTTCATTTTAATATATGCATTTTCATTAAAGATAATTCTGAGGATATTAAAACA-GTACT-ACTANACTAT-CACATC-TGCCAGTGAAAC-T--G-AGTATCTCA-TGGGT--CAGTGTTGCTG-C-ACGCATTTAGCTGTA--TA-CTA-ATATAGTACA--GTGCAACTTGAA-TCATAATGATGTAAAACAGCTTACAGGGGCAG--AAACAGA-T-----------GGGGGGGGGGGGGGGGGTGGCA-ACTTCATGAGGTCAAGA-TCTAGCCCACCCTTCAATCCAACACTTGTATTTA---TACCTTT---AAGTTCTCG-AAACCATAAAGTATTACTAATTTTCTAT-C-GATTCTAGAAA-TAACTGTTGAATAT-TTTTTGTTAATATCTGATT--GCT----AAAAAACATTTCATNGATACCAGTAATTACTCNTTTCTAGTCCAGGGTCGCNGATGCACTAAAGGATTACTTNAATTATACTTATCANGTNATAACANTTTAGAATATTAGGCACCAACCTAGANATTAATG--CAGTTAAACTT-AATTTTTGGTTGCAATCTGGATCCAGATAGGTAACAT-ACA--TCTNA-------------------AAGTGC-TTTGTATA-----AC-TAA-ATCATA--TGG-CTTTAATATTACAACTCTTTTAGA-TATAAAAG-TACAAAGC--ACACAAG-ACATGAAG-TGGA-CTGGAGGCGGA-TCAA-GCATCCTATAT-TTGA-CCTATAATTAAAAAAATGTATCCA-CAAGGCAAC
gi|1 : GGGTCCCCTAAGTCTCGTCAT--GTG--ACTCGCGAGAATCTA--GACGTGAAATCGTACTTCC------GGGCA--------GCAT-------TCAA-A-TGA-----GT-TCAACA--TGT-AAT-A-AA------TGCTGAAAACCA---T-ACAAA-GTC---------TTAGT-AG-AA-A-GGCTAGTGAGCGGCTTGGG--A--GCGA--CA-GTAAA---TTTTGAAATTTGTTC--TGA--GAAAGA--AGCT-CTGC--GT-AA--A-A---A-TGG--CTGTT---------GTA------GAAGCGTCAATG--CA--GAAGC-TTTACT-----------ACA-A------AGTACCG------GT-----------T--G-TTTA-ACAT-ACGA-T-C-AGCATG--CATTCAAAGTTG--T-TAAACAGTC-ATA-CTCGTAC--GTTAAACTAGATACAATCTGAGTCTTC-ATT---AAGAT--A-C--AA-A--A--T---C---TCGATC-AAA-A-TTT-CTGCAACTCAT--CATGT-----G-----C--GTAG-TT-----TGAATCGA-ATTCTTGAATCGA-AGTAG----CT-CCC---CACCCC-CCCCCCCCCCA--CTCTA-AGA-ATT-----TGTCTCGTCTCGTCCGAAACACACC--AGCCGC-CT-AGAATACAGCACAGT-CA-AGGTGGA-ATTAT
gi|1 : ATTGTTTATTCTACGTAATGA--TTTTTACTTTTCATTTTCATTCA-GAA-ATATCTTCATTTTAATATATGTA-TTTCAATAAGAAT-ATTCTGAAGATATTAAAACA-GTACTGACTAAGCTAT-CACATCTTGCCAGTG-AAT-T--G--GT-TCCCATTGGGT--CAGTGTTGCTG-C-ACACATTT-GCTGTA--T--CT--ATATAGTACA--ATGCA--CTGAA-TCATAATTATGTAAAACAGCTTACAAGGGCAG--AACCAGA-TCCAATTTTTTGGGGGGGGGGGGGGGGGATGGCA-ACTTCATGAGGTCAAG---CTAGCCCACCC-TCAATCCAACACTTGTATTTAGGTTACACTT---AATTCTTCG--ATCCATAAAGTATTAC-AATT---TAT-T-GATTCTAG-AA-CAATT-----ACA------TGT--ATAGC-GATT--GATAAAAAAAAAACATTTCATTGATACCAGTAATTACTTATTTCTAGT-CAGGGTCGTT--TGCAC--AAGG-TTACTTAAATTATATTTATCAAGTT-TAATAATTT--AATATTA-GCACCAACTTAGACA-TAATG--TAGTTAAACTT-AATTTTTG--TGCAATTTGGATCCAGATAGGTAACA--ACA--TCTGA-------------------AAGTGC-TTTGTATA-----AA-T-A-ATCATATTTGG-CTTTAATATAACAACTCTTTTAGA-TATAAAAG-TAC--AGC--ACACAAG-ACATGAAGCTGGA-CTGGAGGCCGG-TCAAGGCATCCTATAT-TTGA-CCTATAACT--AAAATTGTATCCA-CCAAGCAACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaactggattagatacaaaaaaatttctatattgtataaataagatatagtcactattgtttattctacgtaatgatttttacttttcattttcattcagaaatatcttcattttaatatatgtatttcaataagaatattctgaagatattaaaacagtactgactaagctatcacatcttgccagtgaattggttcccattgggtcagtgttgctgcacacatttgctgtatctatatagtacaatgcactgaatcataattatgtaaaacagcttacaagggcagaaccagatccaattttttgggggggggggggggggatggcaacttcatgaggtcaagctagcccaccctcaatccaacacttgtatttaggttacacttaattcttcgatccataaagtattacaatttattgattctagaacaattacatgtatagcgattgataaaaaaaaaacatttcattgataccagtaattacttatttctagtcagggtcgtttgcacaaggttacttaaattatatttatcaagtttaataatttaatattagcaccaacttagacataatgtagttaaacttaatttttgtgcaatttggatccagataggtaacaacatctgaaagtgctttgtataaataatcatatttggctttaatataacaactcttttagatataaaagtacagcacacaagacatgaagctggactggaggccggtcaaggcatcctatatttgacctataactaaaattgtatccaccaagcaacc
gi|10 : gggtcccctaagtctcgtcatgtgactcgcgagaatctagacgtgaaatcgtacttccgggcagcattcaaatgagttcaacatgtaataaatgctgaaaaccatacaaagtcttagtagaaaggctagtgagcggcttgggagcgacagtaaattttgaaatttgttctgagaaagaagctctgcgtaaaaatggctgttgtagaagcgtcaatgcagaagctttactacaaagtaccggttgtttaacatacgatcagcatgcattcaaagttgttaaacagtcatactcgtacgttaaactagatacaatctgagtcttcattaagatacaaaatctcgatcaaaatttctgcaactcatcatgtgcgtagtttgaatcgaattcttgaatcgaagtagctccccaccccccccccccccactctaagaatttgtctcgtctcgtccgaaacacaccagccgcctagaatacagcacagtcaaggtggaattatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaactggattagatacaaaaaaatttctatattgtataaataagatatagtcactCGTGAAATTGTACCCCC------AGACAACTAATAGG-ATGGCCATATCAATAATGTACTGAAC-TCACTA--CGT------------------TGAAAACAC---C-ACAAA-G-C---------TTATC-A---------C-----GGCGG--GGGG-TT--GCAG--CA-G--GG---TGTTGAAATATGT-C--TAGATGGAAGA--G----CTGT--GT-GA--A-ATTTA-AGG--CGGTT---------GTT------TAAGCGCCAGTG--C---GAGACATTTCCT-----------ACA-A------AGTACAG------GTA----------T--G-TTT--ACATTAc
gi|11 : TGTGCATC--AAGTTGG-T-C--AC--TC-ATA-TCCCTA---ATGAA---AAATACA-TCT-AGTCTTC-AT----AATATTAA-CC-AA-A--AGGC---C---TCGACC-AAA-AATCTGCTGCAAC--ATTACATGT-----GTCCTTC--TTAG-TTGTTGATAGATCGA---TGCTGGATCGA-AGATG----CTACTC---CCCCCC-CCCCC-CCCCC--CCCTT-GGA-ATTGTAGCTTTCTC-----GT--GAAA-ACACCTGCGCCGCACT-AGtacagtca
gi|12 : GTAACAT-ACA--TCTAA-------------------A--TGC-TTTGTATA-----AC-TAAGATCATA--TGGGCTTTAA-ATTA-AACTTTTCTAGAATATAAAAG-TACAA-GC--A-ACAAGTACATGAAG-TGGA-CTGGAGGCGGA-TAAT-GCATC-TATAA-TT-A-CCTATAAT--AAAAATTGTATCCA-CAAGGCAAC
gi|13 : CTCGCGAGA---TAT-GACGTGAAATCGTACATCC------GGGCA--------G-ATG------TCAA-AATG------TT-TCACAA--CGTAAAC-A-TA------TGCAGAAAACCA---C-AAAAG-A-C---------TAAGT-AGAAA-A-AGCGAAAGAGCGG--TGGG-TA--GCCA--CA-G--AA---GTTTGACATTTATTC--TAG--GAAAGA--AGAC-CTGC--GT-AA--T-A---A-CGG--gcatattataggtatttaaaggtatctcataaaata
gi|14 : GGATCCAGATAGGTAACAT-GCATTTTTGAGTGCAATTCTATTATATCTAAATGC-TTTGTATG-----ACATAA-ATCGT----GG-CTTTAATATTACA---CTTTTAGA-TATAGAAG-TAC-AAGCA-ACAC-AG-ACATGAA
gi|15 : C--GTATA--TAGATACA-TCTGAGTCTTC-ATT---ACCA--------AA-AGTA--T---CAATTCAATC-AAA-A-TCT-CTGCAA--CATA-CATGT-----G-----CAGGTAGTTT-----TAAATCG--ATTCTTG-ATCGA-GGT
gi|16 : T-CACATC-TGTCAGTGAAATAT--G-ACTATCTCA-TGTGT--CAGTTTTGCTG-CCAC-CATTTAGCTGCA--GAACTA-ATATAGTACA--GTGCAACTTGAA-TTATGATGAT
gi|17 : GCGGA-TCAA-GCATCCTATAT-T-GA-CCTATAATTAAAAAAATGTATCCACCAAGGCA
gi|18 : ATCGTTT-TCCTA--TTATGA-------ATTTTTCA--TTCA---G-GAATTTTACTTTATTTT-ATAT-TGCA-TTTCATTAAAGATAATTccagattataggtaatgtaacaaagtacctcatacaatatacc
gi|19 : attgcagaattggaattataaaGGGTCTG-TAAGTCTCGTCAT--ATG--ATTTACGAGA---TA
gi|2 : ataTCCG-TAAGTCTCGTCATTGGCGGAACGCGCGATA---TATTGACGTGAA-TCGTACTTCC------GGGCA--------G-A-G------TCAA-AA--------GT-TCACAA--CGT-AAA-A-T--------GCCGAAAACCA---A-ACA---G-C---------T-AGT-AG-AA-ATGGCTAGAGAGC----TGGA-CA--GCAA--CACA--AG---TT--GAAATTTGTTT--CTG--AAAAGA--AGCCACTGC--GG-TA--A-A---A-CGG--TTGTTT--------GTA--------------------CG--AAAAC-TTTACT-----------ACA-AG-----AGTACAG------GTA---------------TTGATACATCACGA-TCCGATCATGT-CATCCAAAGTTG--T-T--GC-GTC-ATA-CCCGTAC--GT--A--TATATAC-ATCTGAGTCTTC-ATT---TAAAT--A-CCAAA-A--G--G---C---TCAATCGAAA-A-TCT-CTG-AAA-CAT--AATAT-----G-----C---TAG-TT-----TAAATCGA-TTTCTT-AATCGA---TTG-------------------------CCCCCC--CCCTT-AGA-A---------ACTCG----GT--GAAA-ACACC--AG-CGCACTAAGAATACAGCACAGC-TTCAGGTGGA-Aaaac
gi|2 : agttcaatctttttcaatagtATCGTTT-TCCTA--TTATGA-------ACTTTTCATTC-----CA-GAA-TTTACTTTATTTTA-TA-AT-CATT--CATTAAAGATAATTCTGAG------AAAATACGTAC--A-TACACTAT-CACATC-TGTCAGT-AAAC-TATG-AGTATCTCA-TGGGTGGCAGTGTTGCTG-C-ACCCA-TTAGCTGTAGGTA-CTA-ATATA-TACA--GTGCAACTTGAATTCATAAT-ATGTTAAACAGCTTACAGGGGCAGGAAAACAGAGT-----------GGGGAGGGGCGGCGGG--GGCACAC-TCATGAGTCCAAAAGTCTAGCCCACCCTCAAGTCCAACACTT---TTTA---TACCTTTTAAAAGTTCTCGAAAACCATAAAGTA-TACTA---TTCTATGC-GATTCTAGAAATTAAC-G-TGAATATATTTTTGTTAATATCTGATTTCGCT----AAAAAAattgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattggaattataaatcgttttcctattatgaacttttcattccagaatttactttattttataatcattcattaaagataattctgagaaaatacgtacatacactatcacatctgtcagtaaactatgagtatctcatgggtggcagtgttgctgcacccattagctgtaggtactaatatatacagtgcaacttgaattcataatatgttaaacagcttacaggggcaggaaaacagagtggggaggggcggcgggggcacactcatgagtccaaaagtctagcccaccctcaagtccaacactttttataccttttaaaagttctcgaaaaccataaagtatactattctatgcgattctagaaattaacgtgaatatatttttgttaatatctgatttcgctaaaaaatttgattttaaaataagaactatatttgtttacttg
gi|3 : agttcaatctttttcaatagttccgtaagtctcgtcattggcggaacgcgcgatatattgacgtgaatcgtacttccgggcagagtcaaaagttcacaacgtaaaatgccgaaaaccaaacagctagtagaaatggctagagagctggacagcaacacaagttgaaatttgtttctgaaaagaagccactgcggtaaaacggttgtttgtacgaaaactttactacaagagtacaggtattgatacatcacgatccgatcatgtcatccaaagttgttgcgtcatacccgtacgtatatatacatctgagtcttcatttaaataccaaaaggctcaatcgaaaatctctgaaacataatatgctagtttaaatcgatttcttaatcgattgcccccccccttagaaactcggtgaaaacaccagcgcactaagaatacagcacagcttcaggtggaaattgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattggaattataaGGTCCG-TAAGTCTCGTCAT--GTG--ACTCGCGAGA---TAT-GA-AT--AAT--TACTTCC------GGGCA--------G-ATG------T--G-AATG------GT-TCAC-A--CGT-AAA-T-TA------TGCAGAAAACCA---CGAAAAA-G-C---------TTAGT-AA-AA-A-TGGTGTAAGGCGG--TAGA-T---GCAA--TA-G--AA---GTTTGAAATTTGTTC--TGG--AAAAGA--AG-C-TTGC--ATCAAGTA-G---A-CGGTACTG-T---------GTA------GAAACCT---TG---------AC--TTACT-----------ACAGA------AGTACAG------GTA----------CCAG-TTAT-ACATCACGA-T-CGATCATGT-CATC--AAATTGTTT-T--AC-GTCAATA-CCCGTACTAGTATA--TGATTACCATCTGAGTCTTCAATT---AAGAT--ACC--AATA--A--TGTCC---TAAATC-AGA-A-TCTACTG-AAA-CAT--TCTAT-----G-----C--GTTG-TT-----TAAATCGA-A-TCTT-AATCAATAGGTGTGCCCTGCCCTCTCGCCCCTCCTCCCCCCCC--CCCTT-AGAGATT-----TGTCCTGT----T--GAA----ACC--AG-CG-ACT-A-AATACAGCACAGTGCT-AGGTGGA-Atttgattttaaaataagaactatatttgtttacttg
gi|3 : taA--TTATAAAATTTCTATTATGTATTTTTATTTGCGAA-TTAACTTCATTT--ATATATGCATTTTCATTAAAGATAATC----GGATATT-AAACA-GT--T-ACTATACTATCCACACC-TGCCAGTGAAAC-T--GAAGTATCTCA-TTGGC----GTGTTG-TGTC-ACGCATTTAGCTGT---TA-CTCTATATAGTACAGTGTGTAACTTGAA-TCATAATGA-G-AAAACAGCTTACAGGGGCAG--AAACAGA-----------------------GGTGGGGT------CTTCCTGAGGTCAAGA-TCTACCCCACCCTTCAATCC-ACACTGGTAATTA---TACCTTTAC-AAGTTCTCG--AACCATAATTTATTACTAATTTT-TAT-TGGATTCTAGAAA-TAACTGTTGAATAT-TTTTTGTTAATATCTGATT--GCT----AAAAGACA-TTCATAAATACCattgatgatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtattgcagaattggagattataaaatttctattatgtatttttatttgcgaattaacttcatttatatatgcattttcattaaagataatcggatattaaacagttactatactatccacacctgccagtgaaactgaagtatctcattggcgtgttgtgtcacgcatttagctgttactctatatagtacagtgtgtaacttgaatcataatgagaaaacagcttacaggggcagaaacagaggtggggtcttcctgaggtcaagatctaccccacccttcaatccacactggtaattatacctttacaagttctcgaaccataatttattactaatttttattggattctagaaataactgttgaatattttttgttaatatctgattgctaaaagacattcataaatacc
gi|4 : taggtccgtaagtctcgtcatgtgactcgcgagatatgaataattacttccgggcagatgtgaatggttcacacgtaaattatgcagaaaaccacgaaaaagcttagtaaaaatggtgtaaggcggtagatgcaatagaagtttgaaatttgttctggaaaagaagcttgcatcaagtagacggtactgtgtagaaaccttgacttactacagaagtacaggtaccagttatacatcacgatcgatcatgtcatcaaattgttttacgtcaatacccgtactagtatatgattaccatctgagtcttcaattaagataccaataatgtcctaaatcagaatctactgaaacattctatgcgttgtttaaatcgaatcttaatcaataggtgtgccctgccctctcgcccctcctcccccccccccttagagatttgtcctgttgaaaccagcgactaaatacagcacagtgctaggtggaaattgatgatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtattgcagaattggagGGGTCCG-TAAGTCTCGTCAT--GTG--GCTCGCGAGA---TAT-GACGTGAAATCGTAATTCC------GGGCA--------G-ATG------TCAA-AATG------GT-TCACAA--CGT-AAATA-TA------TGCAGAAGACCA---C-AACAT-T-C---------TTAAT-AG-AA-AAGGCTAGAAAGCGG--TGGA-TA--GCAA--CA-G--A----------AGTTTG-----------AAAGA--AGCT-CTGA--GT-AA--T-A---G-CGG--TTGTT---------GTA------GAAAAGTCAATT--CA---AGAC-TTTACT-----------ACA-A------AGTACAGTTACATGTA----------T--G-TTT--ACATCACGA-T-CGATCATGT-CATC--AAGTTGT-T-T--AC-GTC-ATA-CCCGTAC--GTATA--TAGATAC-ATCTGAGTCTTC-GTTTTAAATAT--A-T-----------T---C---TTGATC-
gi|4 : ta-TT-----TAAAT--ATATTCTTGA-TCGC-GGTGG----CTGCCT---TGCCCC----CCCCCCCCCTCCTTT-AGA-ATT-----TGTCTCG----GT--GAAA-ACACC--AG-CGCACT-AGAATACAGCACAGC-TT-AGGTGGA-Agcggtggctgccttgccccccccccccctcctttagaatttgtctcggtgaaaacaccagcgcactagaatacagcacagcttaggtggaaattgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattggaattataaattccttttcctattatgtataacatagaaatattgtcatctatgctttttaacttttcattttcatccaggaatttaaagctgacatgatttcataa
gi|5 : tagggtccgtaagtctcgtcatgtggctcgcgagatatgacgtgaaatcgtaattccgggcagatgtcaaaatggttcacaacgtaaatatatgcagaagaccacaacattcttaatagaaaaggctagaaagcggtggatagcaacagaagtttgaaagaagctctgagtaatagcggttgttgtagaaaagtcaattcaagactttactacaaagtacagttacatgtatgtttacatcacgatcgatcatgtcatcaagttgtttacgtcatacccgtacgtatatagatacatctgagtcttcgt---TAT-GACGTGAAGTCGTACGTCTCAGGAAAGGCA--------G-ATG------TCAA-AATG------GTATCACCAAACGTCAAT-A-TAGCACGATGCTGAAAACCAGAAC-AAACACG-CGACATCAAATTAAG-AA-AACA-GGCTAGAGAGGCG--TGAGCTACGGCAAGGCA-G--AGATTTTTTGCCATTTGTTCCTTGC--GAAAGAGAAGCC-GGGTCGGT-AA--ATA---ATCAG--CTGTCTGTTTGATCGTAAGAGGCGAAACGTCAATGAGCAATGAAGA-CTTGCTCTCTTGGATTTAAA-AGAGAGCAGTACCG------GTAAACACGGTAAT--G-TTTA--CATCACGCCT-CGATCATGT-GATC--AAGTTG--TGT--AC-GTC-ATATCCCATAT--GTACA--TAGATAC--TCTGAGTCTTC-ATT---TAGAT--ACC--AA-A--G--T---C---TCGATC-AAACA-TCT-CTGCAACATAC--AATGTG----G-----C--GTattgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattggaattataaattccttttcctattatgtataacatagaaatattgtcatctatgctttttaacttttcattttcatccaggaatttaaagctgacatgatttcataa
gi|6 : atcGGGTCGC-TAAGTCTCATCAT--GTG--ACTCGCGAGA---CAT-GACGTGAAGTCGTACTTTC------GGGTA--------G-TTG------TCAG-AATG------AC-TCACGA--ATT-AAA-AGTA------TGCTGAAACCGA---C-AAAAA-G-C---------TTAGTGAA-AA-A-GGCTAGAGAGCGG--TGGA-TA--GCAA--TA-G--GT---TTTTGAAATTTGTTC--TGG--AAAAGG--AGCC-CTGC--GA-AA--T-A---A-ATG--TTGTT---------GTA------G-AAC----------------AC-TTTACT-----------ACA-A------AGTACAG------GTA----------T--GTTTTA-ATA-------------CATGT-CATC--AAGTTtgaccttgtgtatgaagactcgattcatctgatcgaagcatgtgggctctattgacaccgcgcatccccccttcctcgctcgcctcccactcttcctcttcagagaatttgtctgg
gi|6 : agctcaagctaata---TTGATC-AAA-A-TCT-CTGCAAC-ATT--CATGTGCGTAG-----C--GTAG-TTG----TAAATCG--ATTCTTG-ATTGA-TGTTG----TGGTAA---C--------------------CTTTAAAA-ATA-----TGTTCCAA---GT--TAAA-ACGCC--GG-AGCACT-AGAATAtgatcaaaatctctgcaacattcatgtgcgtagcgtagttgtaaatcgattcttgattgatgttgtggtaacctttaaaaatatgttccaagttaaaacgccggagcactagaatat
gi|7 : agctcaagctaatagggtcgctaagtctcatcatgtgactcgcgagacatgacgtgaagtcgtactttcgggtagttgtcagaatgactcacgaattaaaagtatgctgaaaccgacaaaaagcttagtgaaaaaggctagagagcggtggatagcaataggtttttgaaatttgttctggaaaaggagccctgcgaaataaatgttgttgtagaacactttactacaaagtacaggtatgttttaatacatgtcatcaagtATCAGTA-TTACTCTTTTCTAGTCCAGGGTCGCAGATGCATTAAAGGATTACTTT-ATTA-ACTTATCATGTGATAACATTTTAGAATATTAGGCACCA--CTAGAGATTAATGGTCAGTTAAACTTAAATTTTTGTTTGCA--CTGGATTCCGATA-GTAACATAACA--TCT----------------------AGTAA-TTTGTTTA-----AC-AAA-ATATTAT-TGG-CTTTAATATTACA---CTTTTAGA-TATTAAGGTTAC-AAGC--ACAC-AG-ACATGAAG-GGGAGCTGGAGGCGGATTCAA-GTATCTTATAT-TTTACCCTATACT--AAAAAAT-CACC---CAAGGCAACt
gi|8 : ACGTTAATGT-CAGTTAA-CTT-AACTTTTGGT-GCAAT-TGGATCCAGATAAGTAACAT-GCA--TTTTT-------------------GTGTGCATTTCTATACAATAACATAA-A-CA-A--TGT-CTTTAATATTA-AA--------------AAAAG-TACAA-GCCAACACA-G-ACA-GAAG-TGGAGC--GAGGCTGA-TCAA-GCATCCTATATATTGA-CCTATAATTAAAAAAATGTATCCA-CAAGGCAagattataggtaatttaacaaagtacctcatacattatacta
gi|9 : gtccaggtccagttgccacaaaggttacttaacttaatatcattaT--GAAA-ACACC--AGC-GCACT-AGAATACAGCACTGC-TC-AGGTGGACATTATccagatataggtaattgtaacaaagtacactcatacaat
Alignments
lowQualScore : 111111 1111 333333333333333 11111 222222222 1 11111 1111111 11111111 5555555555555555555555555555555555555 22222222222 222222 111111 222222222222222 111 11 2222222 22 111 33333333333333333333 1 2222222 22222222222 22222 1111 11 11 222222222222222 11 22222 1111 1 1111 1 11 2222222 111111 111 1 1 2222 1 1 1111111 1 111 1 1 1 2222222222 11 1 11 999999999999999999999999 2222222 22 222 333333 11 22 1111 1 2222 22 11 2222 1 1 1 111 11 1 11 1 11 11 1 11 222 11111 11 111 8888888888888888888888888 22222 1111 22222 4 11 2 1 1 22
lowQualScore : 6 99 99 888 5 0 444444 5 5 5555 666 66 66 222222222222222 1 22222 555 000000000 0 5 77 5 0 0 66 11111 66 5 5555555 0 0 8888888 66 2 5 66 5 44444444 5 66 5555555555555555555555555555555555555 2 55 77777777777 5 222222 666666 888888888888888 222 3 6 99 5 55 2222222 6 6 6 77 5 1 5 0 33 5 000 1 66666666666666666666 888 5 5 5 1 4 0000000 44444444444 888 5 00000 3333 11 11 555555555555555 33 8 0 00000 7777 99 6 99 5 6 2222 8 3 33 9999999 8 0 0 999999 8 1 555 66 2 5 3 3 6 6 7 3 6666 6 1 0 0 55 8888888 3 0 666 2 0 0 2 3 3 7777777777 2 33 3 0 8 3 7 88 222222222222222222222222 3 6666666 7 00 7 7 6 333 222222 88 7 7 22 7777 7 3 6666 00 7 7 88 8888 5 1 5 1 5 999 88 5 66 5 1 66 1 88 5 88 3 444 7 88888 99 999 6 88 7777777777777777777777777 8 00000 222 8 8888 0 77777 8 8 0 99 0 8 0 0 5 3 8 8 8 55 8 11 1 8
lowQualScore : . .. .. ... . . ...... . . .... ... .. .. ............... . ..... ... ......... . . .. . . . .. ..... .. . ....... . . ....... .. . . .. . ........ . .. ..................................... . .. ........... . ...... ...... ............... ... . . .. . .. ....... . . . .. . . . . .. . ... . .................... ... . . . . . ....... ........... ... . ..... .... .. .. ............... .. . . ..... .... .. . .. . . .... . . .. ....... . . . ...... . . ... .. . . . . . . . . .... . . . . .. ....... . . ... . . . . . . .......... . .. . . . . . .. ........................ . ....... . .. . . . ... ...... .. . . .. .... . . .... .. . . .. .... . . . . . ... .. . .. . . .. . .. . .. . ... . ..... .. ... . .. ......................... . ..... ... . .... . ..... . . . .. . . . . . . . . . .. . .. . .
lowQualScore : 7 22 22 888 7 9 444444 0 0 6666 000 99 99 555555555555555 0 00000 111 000000000 4 0 22 0 0 1 99 22222 99 0 8888888 1 1 1111111 99 5 0 99 0 22222222 0 99 0000000000000000000000000000000000000 1 99 11111111111 7 111111 444444 999999999999999 444 0 7 22 7 77 8888888 7 7 7 99 7 0 7 1 99 7 000 0 77777777777777777777 888 0 7 7 4 3 1111111 33333333333 666 7 00000 9999 44 77 000000000000000 00 0 8 00000 0000 22 7 22 0 7 2222 0 3 88 8888888 0 8 8 888888 0 0 888 55 5 5 2 2 7 7 3 3 3333 7 0 0 0 88 0000000 2 0 222 5 0 0 8 2 2 5555555555 5 88 2 0 8 2 3 33 777777777777777777777777 7 7777777 3 77 3 3 7 333 777777 33 3 3 77 3333 3 3 3333 77 3 3 33 3333 5 0 5 0 0 000 55 5 55 5 0 55 0 00 0 00 2 000 0 55555 22 000 5 88 0000000000000000000000000 0 00000 444 0 0000 8 00000 0 0 0 00 4 0 8 0 0 2 0 0 0 88 0 00 4 0
consensus : GGGTCCG-TAAGTCTCGTCAT--GTG--ACTCGCGAGA---TAT-GACGTGAAATCGTACTTCC------GGGCAG-ATGTCAAAATG-GT----TCA-CAA--CGTA--AA-A-----TA------TGCNGAAAACCA---C-AAAAA-G-C---------TTAGT-AG-AA-A-GGCTAGAGAGCGG--TGGG-TA--GCAA--CA-G--AG---TTTTGAAATTTGTTC--TGG--GAAAGA--AGCC-CTGC--GT-AA--A-A---A-CGG--CTGTT---------GTA------GAAACGTCAATG--CA--GAAAC-TTTACT-----------ACA-A------AGTACAG------GTA----------T--G-TTTA-ACATCACGA-TC-GATCATGT-CATC--AAGTTG--T-T--AC-GTC-ATA-CCCGTAC--G-TATA-TAGATACAATCTGAGTCTTC-ATT---AANAT--A-C--AA-A--A--T---C---TCGATC-AAA-A-TCT-CTGCAAC-CAT--CATGT-----G-----C--GTAG-TT-----TAAATCGA-ATTCTTGAATCGA-AGTTG----CTGCCC---CGCCCC-CCCCCCCCCCCCCCTTAGA-ATT-----TGTCTCG----GT--GAAA-ACACC--AGCCGCACT-AGAATACAGCACAGC-TT-AGGTGGA-ATTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCGTTT-TCCTA--TTATGA--TTTTTA-CTTTTCATTTTCATTC-G-GAA-TTTACTTCATTTTAATATATGCATTTTCATTAAAGATAATTCTGAGGATATTAAAACA-GTACT-ACTANACTATC-ACATC-TGCCAGTGAAAC-T--GA-GTATCTCA-TGGGT--CAGTGTTGCTG-C-ACGCATTTAGCTGTA--TA-CTA-ATATAGTACAGTGC--AACTTGAA-TCATAATGATGTAAAACAGCTTACAGGGGCAG--AAACAGA-T------------GGGGGGGGG-GGCGGGGTGGCA-ACTTCATGAGGTCAAGA-TCTAGCCCACCCTTCAATCCAACACTTGTATTTA---TACCTTT---A--AGTTCTCG--AACCATAAAGTATTACTAA-TTTTAT-CG-ATTCTAGAAA-TAACTGT-GAATAT-TTTTTGTTAATATCTGATT--GCT----AAAAAACATTTCATNGATACCAGTAATTACTCNTTTCTAGTCCAGGGTCGCNGATGCACTAAAGGATTACTTNAATTATACTTATCANGTNATAACANTTTAGAATATTAGGCACCAACCTAGACGTTAATG--CAGTTAAACT---T-AACTTTTG-TTGCAATCTGGATCCGGATAGGTAACAT-ACATCT--GA-------------------AAGTGC-TTTGT-----ATAACATAA-ATCATA-TTGGCTTTAATATTACAACTCTTTTAG-ATATAAAAG-TAC-AAGC--ACACAAG-ACATGAAG-TGGAGCTGGAGGCGGA-TCAA-GCATCCTATAT-TTGA-CCTATAATTAAAAAAATGTATCCA-CAAGGCAAC
Reference ( family-4282 ) : GGGTCCG-TAAGTCTCGTCAT--GTG--ACTCGCGAGA---TAT-GACGTGAAATCGTACTTCC------GGGCAG-ATGTCAAAATG-GT----TCA-CNA--CGTA--AA-A-----TA------TGCNGAAAACCA---C-AAAAA-G-C---------TTAGT-AG-AA-A-GGCTAGAGAGCGG--TGGG-TA--GCAA--CA-G--AG---TTTTGAAATTTGTTC--TGG--GAAAGA--AGCC-CTGC--GT-AA--A-A---A-CGG--CTGTT---------GTA------GAAACGTCAATG--CA--GAAAC-TTTACT-----------ACA-A------AGTACAG------GTA----------T--G-TTTA-ACATCACGA-TC-GATCATGT-CATC--AAGTTG--T-T--AC-GTC-ATA-CCCGTAC--G-TANA-TAGATACAATCTGAGTCTTC-ATT---AANAT--A-C--AA-A--A--T---C---TCGATC-AAA-A-TCT-CTGCAAC-CAT--CATGT-----G-----C--GTAG-TT-----TAAATCGA-ATTCTTGAATCGA-AGTTG----CTGCCC---CGCCCC-CCCCCCCCCCCCCCTTAGA-ATT-----TGTCTCG----GT--GAAA-ACACC--AGCCGCACT-AGAATACAGCACAGC-TT-AGGTGGA-ATTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCGTTT-TCCTA--TTATGA--TTTCTA-CTTTTCATTTTCATTC-G-GAA-TTNACTTCATTTTAATATATGCATTTTCATTAAAGATAATTCTGAGGATATTAAAACA-GTACT-ACTANACTATC-ACATC-TGCCAGTGAAAC-T--GA-GTATCTCA-TGGGT--CAGTGTTGCTG-C-ACGCATTTAGCTGTA--TA-CTA-ATATAGTACAGTGC--AACTTGAA-TCATAATGATGTAAAACAGCTTACAGGGGCAG--AAACAGA-T------------GGGGGGGGG-GGCGGGGTGGCA-ACTTCATGAGGTCAAGA-TCTAGCCCACCCTTCAATCCAACACTTGTATTTA---TACCTTT---A--AGTTCTCG--AACCATAAAGTATTACTAATTTTTAT-CG-ATTCTAGAAA-TAACTGT-GAATAT-TTTTTGTTAATATCTGATT--GCT----AAAAAACATTTCATNGATACCAGTAATTACTCNTTTCTAGTCCAGGGTCGCNGATGCACTAAAGGATTACTTNAATTATACTTATCANGTNATAACANTTTAGAATATTAGGCACCAACCTAGACGTTAATG--CAGTTAAACT---T-AATTTTTG-TTGCAATCTGGATCCAGATAGGTAACAT-ACATCT--GA-------------------AAGTGC-TTTGT-----ATAACATAA-ATCATA-TTGGCTTTAATATTACAACTCTTTTAG-ATATAAAAG-TACAAAGC--ACACAAG-ACATGAAG-TGGAGCTGGAGGCGGA-TCAA-GCATCCTATAT-TTGA-CCTATAATTAAAAAAATGTATCCA-CAAGGCAAC
gi|1 : GGGTCCCCTAAGTCTCGTCAT--GTG--ACTCGCGAGAATCTA--GACGTGAAATCGTACTTCC------GGGCAGCAT-TCAAA-TGAGT----TCA-ACA--TGTA--AT-A-----AA------TGCTGAAAACCA---T-ACAAA-GTC---------TTAGT-AG-AA-A-GGCTAGTGAGCGGCTTGGG--A--GCGA--CA-GTAAA---TTTTGAAATTTGTTC--TGA--GAAAGA--AGCT-CTGC--GT-AA--A-A---A-TGG--CTGTT---------GTA------GAAGCGTCAATG--CA--GAAGC-TTTACT-----------ACA-A------AGTACCG------GT-----------T--G-TTTA-ACAT-ACGA-TC--AGCATG--CATTCAAAGTTG--T-TAAACAGTC-ATA-CTCGTAC--GTTAAACTAGATACAATCTGAGTCTTC-ATT---AAGAT--A-C--AA-A--A--T---C---TCGATC-AAA-A-TTT-CTGCAACTCAT--CATGT-----G-----C--GTAG-TT-----TGAATCGA-ATTCTTGAATCGA-AGTAG----CT-CCC---CACCCC-CCCCCCCCCCACTCTAAGA-ATT-----TGTCTCGTCTCGTCCGAAACACACC--AGCCGC-CT-AGAATACAGCACAGT-CA-AGGTGGA-ATTAT
gi|1 : ATTGTTTATTCTACGTAATGA--TTTTTA-CTTTTCATTTTCATTC-A-GAA-ATATCTTCATTTTAATATATGTA-TTTCAATAAGAAT-ATTCTGAAGATATTAAAACA-GTACTGACTAAGCTATC-ACATCTTGCCAGTG-AAT-T--G--GT-TCCCATTGGGT--CAGTGTTGCTG-C-ACACATTT-GCTGTA--T--CT--ATATAGTACAATGC--A--CTGAA-TCATAATTATGTAAAACAGCTTACAAGGGCAG--AACCAGA-TCCAATTTTTTGGGGGGGGGGG-GGGGGGATGGCA-ACTTCATGAGGTCAAG---CTAGCCCACCC-TCAATCCAACACTTGTATTTAGGTTACACTT---A--ATTCTTCG--ATCCATAAAGTATTAC-AA--TTTAT-TG-ATTCTAG-AA-CAATT-----ACA------TGT--ATAGC-GATT--GATAAAAAAAAAACATTTCATTGATACCAGTAATTACTTATTTCTAGT-CAGGGTCGTT--TGCAC--AAGG-TTACTTAAATTATATTTATCAAGTT-TAATAATTT--AATATTA-GCACCAACTTAGACA-TAATG--TAGTTAAACT---T-AATTTTTG--TGCAATTTGGATCCAGATAGGTAACA--ACATCT--GA-------------------AAGTGC-TTTGT-----ATAA-AT-A-ATCATATTTGGCTTTAATATAACAACTCTTTTAG-ATATAAAAG-TAC--AGC--ACACAAG-ACATGAAGCTGGA-CTGGAGGCCGG-TCAAGGCATCCTATAT-TTGA-CCTATAACT--AAAATTGTATCCA-CCAAGCAACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaactggattagatacaaaaaaatttctatattgtataaataagatatagtcactattgtttattctacgtaatgatttttacttttcattttcattcagaaatatcttcattttaatatatgtatttcaataagaatattctgaagatattaaaacagtactgactaagctatcacatcttgccagtgaattggttcccattgggtcagtgttgctgcacacatttgctgtatctatatagtacaatgcactgaatcataattatgtaaaacagcttacaagggcagaaccagatccaattttttgggggggggggggggggatggcaacttcatgaggtcaagctagcccaccctcaatccaacacttgtatttaggttacacttaattcttcgatccataaagtattacaatttattgattctagaacaattacatgtatagcgattgataaaaaaaaaacatttcattgataccagtaattacttatttctagtcagggtcgtttgcacaaggttacttaaattatatttatcaagtttaataatttaatattagcaccaacttagacataatgtagttaaacttaatttttgtgcaatttggatccagataggtaacaacatctgaaagtgctttgtataaataatcatatttggctttaatataacaactcttttagatataaaagtacagcacacaagacatgaagctggactggaggccggtcaaggcatcctatatttgacctataactaaaattgtatccaccaagcaacc
gi|10 : gggtcccctaagtctcgtcatgtgactcgcgagaatctagacgtgaaatcgtacttccgggcagcattcaaatgagttcaacatgtaataaatgctgaaaaccatacaaagtcttagtagaaaggctagtgagcggcttgggagcgacagtaaattttgaaatttgttctgagaaagaagctctgcgtaaaaatggctgttgtagaagcgtcaatgcagaagctttactacaaagtaccggttgtttaacatacgatcagcatgcattcaaagttgttaaacagtcatactcgtacgttaaactagatacaatctgagtcttcattaagatacaaaatctcgatcaaaatttctgcaactcatcatgtgcgtagtttgaatcgaattcttgaatcgaagtagctccccaccccccccccccccactctaagaatttgtctcgtctcgtccgaaacacaccagccgcctagaatacagcacagtcaaggtggaattatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaactggattagatacaaaaaaatttctatattgtataaataagatatagtcactCGTGAAATTGTACCCCC------AGACAA-CTAATAGGATG-GCCATATCAATAA--TGTACTGA-ACTCACTA------CGTTGAAAACAC---C-ACAAA-G-C---------TTATC-A---------C-----GGCGG--GGGG-TT--GCAG--CA-G--GG---TGTTGAAATATGT-C--TAGATGGAAGA--G----CTGT--GT-GA--A-ATTTA-AGG--CGGTT---------GTT------TAAGCGCCAGTG--C---GAGACATTTCCT-----------ACA-A------AGTACAG------GTA----------T--G-TTT--ACATTAc
gi|11 : TGTGCATC--AAGTTGG-T-C--AC--TC-ATA-TCCCTA---A-TGAA--AAATACA-TCT-AGTCTTC-AT----AATATTAA-CC-AA-A--AGGC---C---TCGACC-AAA-AATCTGCTGCAAC--ATTACATGT-----GTCCTTC--TTAG-TTGTTGATAGATCGA---TGCTGGATCGA-AGATG----CTACTC---CCCCCC-CCCCC-CCCCCCCCTTGGA-ATTGTAGCTTTCTC-----GT--GAAA-ACACCTGCGCCGCACT-AGtacagtca
gi|12 : GTAACAT-ACATCT--AA-------------------A--TGC-TTTGT-----ATAAC-TAAGATCATA-TGGGCTTTAA-ATTA-AACTTTTCTAGAATATAAAAG-TAC-AAGC--A-ACAAGTACATGAAG-TGGA-CTGGAGGCGGA-TAAT-GCAT-CTATAA-TT-A-CCTATAAT--AAAAATTGTATCCA-CAAGGCAAC
gi|13 : CTCGCGAGA---TAT-GACGTGAAATCGTACATCC------GGGCAG-ATGTCAAAATG-TT----TCA-CAA--CGTA--AACA-----TA------TGCAGAAAACCA---C-AAAAG-A-C---------TAAGT-AGAAA-A-AGCGAAAGAGCGG--TGGG-TA--GCCA--CA-G--AA---GTTTGACATTTATTC--TAG--GAAAGA--AGAC-CTGC--GT-AA--T-A---A-CGG--gcatattataggtatttaaaggtatctcataaaata
gi|14 : GGATCCAGATAGGTAACAT-GCATTTTTGAGTGCAATTCTATTATATCTAAATGC-TTTGT-----ATGACATAA-ATCGT----GGCTTTAATATTACA---CTTTTAG-ATATAGAAG-TAC-AAGCA-ACAC-AG-ACATGAA
gi|15 : C--G-TATA-TAGATACA-TCTGAGTCTTC-ATT---ACCA--------AA-AGTA--T---CAATTCAATC-AAA-A-TCT-CTGCAA--CATA-CATGT-----G-----CAGGTAGTTT-----TAAATCG--ATTCTTG-ATCGA-GGT
gi|16 : TC-ACATC-TGTCAGTGAAATAT--GA-CTATCTCA-TGTGT--CAGTTTTGCTG-CCAC-CATTTAGCTGCA--GAACTA-ATATAGTACAGTGC--AACTTGAA-TTATGATGAT
gi|17 : GCGGA-TCAA-GCATCCTATAT-T-GA-CCTATAATTAAAAAAATGTATCCACCAAGGCA
gi|18 : ATCGTTT-TCCTA--TTATGA-------A-TTTTTCA--TTCA----G-GAATTTTACTTTATTTT-ATAT-TGCA-TTTCATTAAAGATAATTccagattataggtaatgtaacaaagtacctcatacaatatacc
gi|19 : attgcagaattggaattataaaGGGTCTG-TAAGTCTCGTCAT--ATG--ATTTACGAGA---TA
gi|2 : ataTCCG-TAAGTCTCGTCATTGGCGGAACGCGCGATA---TATTGACGTGAA-TCGTACTTCC------GGGCAG-A-GTCAAAA---GT----TCA-CAA--CGTA--AA-A-----T--------GCCGAAAACCA------AACA-G-C---------T-AGT-AG-AA-ATGGCTAGAGAGC----TGGA-CA--GCAA--CACA--AG---TT--GAAATTTGTTT--CTG--AAAAGA--AGCCACTGC--GG-TA--A-A---A-CGG--TTGTTT--------GTA--------------------CG--AAAAC-TTTACT-----------ACA-AG-----AGTACAG------GTA----------T-----TGATACATCACGA-TCCGATCATGT-CATCCAAAGTTG--T-T--GC-GTC-ATA-CCCGTAC--G-TATA-T--ATAC-ATCTGAGTCTTC-ATT---TAAAT--A-CCAAA-A--G--G---C---TCAATCGAAA-A-TCT-CTG-AAA-CAT--AATAT-----G-----C---TAG-TT-----TAAATCGA-TTTCTT-AATCGA---TTG-------------------------CCCCCCCCCTTAGA-A---------ACTCG----GT--GAAA-ACACC--AG-CGCACTAAGAATACAGCACAGC-TTCAGGTGGA-Aaaac
gi|2 : agttcaatctttttcaatagtATCGTTT-TCCTA--TTATGA-------A-CTTTTCATTC-----C-A-GAA-TTTACTTTATTTTA-TA-AT-CATT--CATTAAAGATAATTCTGAG------AAAATACGTAC--A-TACACTATC-ACATC-TGTCAGT-AAAC-TATGA-GTATCTCA-TGGGTGGCAGTGTTGCTG-C-ACCCA-TTAGCTGTAGGTA-CTA-ATATA-TACAGTGC--AACTTGAATTCATAAT-ATGTTAAACAGCTTACAGGGGCAGGAAAACAGAGT------------GGGGAGGGGCGGCGGG--GGCACAC-TCATGAGTCCAAAAGTCTAGCCCACCCTCAAGTCCAACACTT---TTTA---TACCTTTTAAA--AGTTCTCGAAAACCATAAAGTA-TACTA--TTCTATGCG-ATTCTAGAAATTAAC-GT-GAATATATTTTTGTTAATATCTGATTTCGCT----AAAAAAattgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattggaattataaatcgttttcctattatgaacttttcattccagaatttactttattttataatcattcattaaagataattctgagaaaatacgtacatacactatcacatctgtcagtaaactatgagtatctcatgggtggcagtgttgctgcacccattagctgtaggtactaatatatacagtgcaacttgaattcataatatgttaaacagcttacaggggcaggaaaacagagtggggaggggcggcgggggcacactcatgagtccaaaagtctagcccaccctcaagtccaacactttttataccttttaaaagttctcgaaaaccataaagtatactattctatgcgattctagaaattaacgtgaatatatttttgttaatatctgatttcgctaaaaaatttgattttaaaataagaactatatttgtttacttg
gi|3 : agttcaatctttttcaatagttccgtaagtctcgtcattggcggaacgcgcgatatattgacgtgaatcgtacttccgggcagagtcaaaagttcacaacgtaaaatgccgaaaaccaaacagctagtagaaatggctagagagctggacagcaacacaagttgaaatttgtttctgaaaagaagccactgcggtaaaacggttgtttgtacgaaaactttactacaagagtacaggtattgatacatcacgatccgatcatgtcatccaaagttgttgcgtcatacccgtacgtatatatacatctgagtcttcatttaaataccaaaaggctcaatcgaaaatctctgaaacataatatgctagtttaaatcgatttcttaatcgattgcccccccccttagaaactcggtgaaaacaccagcgcactaagaatacagcacagcttcaggtggaaattgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattggaattataaGGTCCG-TAAGTCTCGTCAT--GTG--ACTCGCGAGA---TAT-GA-AT--AAT--TACTTCC------GGGCAG-ATGT--GAATG-GT----TCA-C-A--CGTA--AA-T-----TA------TGCAGAAAACCA---CGAAAAA-G-C---------TTAGT-AA-AA-A-TGGTGTAAGGCGG--TAGA-T---GCAA--TA-G--AA---GTTTGAAATTTGTTC--TGG--AAAAGA--AG-C-TTGC--ATCAAGTA-G---A-CGGTACTG-T---------GTA------GAAACCT---TG---------AC--TTACT-----------ACAGA------AGTACAG------GTA----------CCAG-TTAT-ACATCACGA-TC-GATCATGT-CATC--AAATTGTTT-T--AC-GTCAATA-CCCGTACTAG-TATA-TGATTACCATCTGAGTCTTCAATT---AAGAT--ACC--AATA--A--TGTCC---TAAATC-AGA-A-TCTACTG-AAA-CAT--TCTAT-----G-----C--GTTG-TT-----TAAATCGA-A-TCTT-AATCAATAGGTGTGCCCTGCCCTCTCGCCCCTCCTCCCCCCCCCCCTTAGAGATT-----TGTCCTG----TT--GAA----ACC--AG-CG-ACT-A-AATACAGCACAGTGCT-AGGTGGA-Atttgattttaaaataagaactatatttgtttacttg
gi|3 : taA--TTATAAAATTTCTA-TTATGTATTTTTATTT-GCGAA-TTAACTTCATTT--ATATATGCATTTTCATTAAAGATAATC----GGATATTAAA-CA-GT--T-ACTATACTATCCACACC-TGCCAGTGAAAC-T--GAAGTATCTCA-TTGGC----GTGTTG-TGTC-ACGCATTTAGCTGT---TA-CTCTATATAGTACAGTGTGTAACTTGAA-TCATAATGA-G-AAAACAGCTTACAGGGGCAG--AAACAGA------------------------GGTGGGGT------CTTCCTGAGGTCAAGA-TCTACCCCACCCTTCAATCCA-CACTGGTAATTA---TACCTTT---ACAAGTTCTCG--AACCATAATTTATTACTAATTTTTAT-TGGATTCTAGAAA-TAACTGTTGAATAT-TTTTTGTTAATATCTGATT--GCT----AAAAGACA-TTCATAAATACCattgatgatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtattgcagaattggagattataaaatttctattatgtatttttatttgcgaattaacttcatttatatatgcattttcattaaagataatcggatattaaacagttactatactatccacacctgccagtgaaactgaagtatctcattggcgtgttgtgtcacgcatttagctgttactctatatagtacagtgtgtaacttgaatcataatgagaaaacagcttacaggggcagaaacagaggtggggtcttcctgaggtcaagatctaccccacccttcaatccacactggtaattatacctttacaagttctcgaaccataatttattactaatttttattggattctagaaataactgttgaatattttttgttaatatctgattgctaaaagacattcataaatacc
gi|4 : taggtccgtaagtctcgtcatgtgactcgcgagatatgaataattacttccgggcagatgtgaatggttcacacgtaaattatgcagaaaaccacgaaaaagcttagtaaaaatggtgtaaggcggtagatgcaatagaagtttgaaatttgttctggaaaagaagcttgcatcaagtagacggtactgtgtagaaaccttgacttactacagaagtacaggtaccagttatacatcacgatcgatcatgtcatcaaattgttttacgtcaatacccgtactagtatatgattaccatctgagtcttcaattaagataccaataatgtcctaaatcagaatctactgaaacattctatgcgttgtttaaatcgaatcttaatcaataggtgtgccctgccctctcgcccctcctcccccccccccttagagatttgtcctgttgaaaccagcgactaaatacagcacagtgctaggtggaaattgatgatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtattgcagaattggagGGGTCCG-TAAGTCTCGTCAT--GTG--GCTCGCGAGA---TAT-GACGTGAAATCGTAATTCC------GGGCAG-ATGTCAAAATG-GT----TCA-CAA--CGTA--AATA-----TA------TGCAGAAGACCA---C-AACAT-T-C---------TTAAT-AG-AA-AAGGCTAGAAAGCGG--TGGA-TA--GCAA--CA-G--A----------AGTTTG-----------AAAGA--AGCT-CTGA--GT-AA--T-A---G-CGG--TTGTT---------GTA------GAAAAGTCAATT--CA---AGAC-TTTACT-----------ACA-A------AGTACAGTTACATGTA----------T--G-TTTA--CATCACGA-TC-GATCATGT-CATC--AAGTTGT-T-T--AC-GTC-ATA-CCCGTAC--G-TATA-TAGATAC-ATCTGAGTCTTC-GTTTTAAATAT--A-T-----------T---C---TTGATC-
gi|4 : ta-TT-----TAAAT--ATATTCTTGA-TCGC-GGTGG----CTGCCT---TGCCCC--CCCCCCCCCTCCTTTAGA-ATT-----TGTCTCG----GT--GAAA-ACACC--AG-CGCACT-AGAATACAGCACAGC-TT-AGGTGGA-Agcggtggctgccttgccccccccccccctcctttagaatttgtctcggtgaaaacaccagcgcactagaatacagcacagcttaggtggaaattgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattggaattataaattccttttcctattatgtataacatagaaatattgtcatctatgctttttaacttttcattttcatccaggaatttaaagctgacatgatttcataa
gi|4 : tagggtccgtaagtctcgtcatgtggctcgcgagatatgacgtgaaatcgtaattccgggcagatgtcaaaatggttcacaacgtaaatatatgcagaagaccacaacattcttaatagaaaaggctagaaagcggtggatagcaacagaagtttgaaagaagctctgagtaatagcggttgttgtagaaaagtcaattcaagactttactacaaagtacagttacatgtatgtttacatcacgatcgatcatgtcatcaagttgtttacgtcatacccgtacgtatatagatacatctgagtcttcgtTATGC--TTTTTAACTTTTCATTTTCATCCAG-GAA-TTTAattgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattggaattataaattccttttcctattatgtataacatagaaatattgtcatctatgctttttaacttttcattttcatccaggaatttaaagctgacatgatttcataa
gi|5 : tagggtccgtaagtctcgtcatgtggctcgcgagatatgacgtgaaatcgtaattccgggcagatgtcaaaatggttcacaacgtaaatatatgcagaagaccacaacattcttaatagaaaaggctagaaagcggtggatagcaacagaagtttgaaagaagctctgagtaatagcggttgttgtagaaaagtcaattcaagactttactacaaagtacagttacatgtatgtttacatcacgatcgatcatgtcatcaagttgtttacgtcatacccgtacgtatatagatacatctgagtcttcgttttaaatatattcttgatcgcggtggctgccttgccccccccccccctcctttagaatttgtctcggtgaaaacaccagcgcactagaatacagcacagcttaggtggaaattgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattggaattataaattccttttcctattatgtataacatagaaatattgtcatc---TAT-GACGTGAAGTCGTACGTCTCAGGAAAGGCAG-ATGTCAAAATG-GTA---TCA-CCAAACGTC--AATA-----TAGCACGATGCTGAAAACCAGAAC-AAACACG-CGACATCAAATTAAG-AA-AACA-GGCTAGAGAGGCG--TGAGCTACGGCAAGGCA-G--AGATTTTTTGCCATTTGTTCCTTGC--GAAAGAGAAGCC-GGGTCGGT-AA--ATA---ATCAG--CTGTCTGTTTGATCGTAAGAGGCGAAACGTCAATGAGCAATGAAGA-CTTGCTCTCTTGGATTTAAA-AGAGAGCAGTACCG------GTAAACACGGTAAT--G-TTTA--CATCACGCCTC-GATCATGT-GATC--AAGTTG--TGT--AC-GTC-ATATCCCATAT--G-TACA-TAGATAC--TCTGAGTCTTC-ATT---TAGAT--ACC--AA-A--G--T---C---TCGATC-AAACA-TCT-CTGCAACATAC--AATGTG----G-----C--GTaagctgacatgatttcataa
gi|6 : atcGGGTCGC-TAAGTCTCATCAT--GTG--ACTCGCGAGA---CAT-GACGTGAAGTCGTACTTTC------GGGTAG-TTGTCAGAATG-AC----TCA-CGA--ATTA--AA-AG----TA------TGCTGAAACCGA---C-AAAAA-G-C---------TTAGTGAA-AA-A-GGCTAGAGAGCGG--TGGA-TA--GCAA--TA-G--GT---TTTTGAAATTTGTTC--TGG--AAAAGG--AGCC-CTGC--GA-AA--T-A---A-ATG--TTGTT---------GTA------G-AAC----------------AC-TTTACT-----------ACA-A------AGTACAG------GTA----------T--GTTTTA-ATA-------------CATGT-CATC--AAGTTtgaccttgtgtatgaagactcgattcatctgatcgaagcatgtgggctctattgacaccgcgcatccccccttcctcgctcgcctcccactcttcctcttcagagaatttgtctgg
gi|6 : agctcaagctaata---TTGATC-AAA-A-TCT-CTGCAAC-ATT--CATGTGCGTAG-----C--GTAG-TTG----TAAATCG--ATTCTTG-ATTGA-TGTTG----tgatcaaaatctctgcaacattcatgtgcgtagcgtagttgtaaatcgattcttgattgatgttgtggtaacctttaaaaatatgttccaagttaaaacgccggagcactagaatat
gi|7 : agctcaagctaatagggtcgctaagtctcatcatgtgactcgcgagacatgacgtgaagtcgtactttcgggtagttgtcagaatgactcacgaattaaaagtatgctgaaaccgacaaaaagcttagtgaaaaaggctagagagcggtggatagcaataggtttttgaaatttgttctggaaaaggagccctgcgaaataaatgttgttgtagaacactttactacaaagtacaggtatgttttaatacatgtcatcaagtATCAGTA-TTACTCTTTTCTAGTCCAGGGTCGCAGATGCATTAAAGGATTACTTT-ATTA-ACTTATCATGTGATAACATTTTAGAATATTAGGCACCA--CTAGAGATTAATGGTCAGTTAAACT---TAAATTTTTGTTTGCA--CTGGATTCCGATA-GTAACATAACATCT------------------------AGTAA-TTTGT-----TTAACA-AA-ATATTA-TTGGCTTTAATATTACA---CTTTTAG-ATATTAAGGTTAC-AAGC--ACAC-AG-ACATGAAG-GGGAGCTGGAGGCGGATTCAA-GTATCTTATAT-TTTACCCTATACT--AAAAAAT-CACC---CAAGGCAACtggtaacctttaaaaatatgttccaagttaaaacgccggagcactagaatat
gi|8 : ACGTTAATG--ATATTAAGTTAAGT-AACCTTTG-TGGCAA-CTGGACCTGGAagattataggtaatttaacaaagtacctcatacattatacta
gi|8 : gACGTTAATGT-CAGTTAA-CT---T-AACTTTTG-GTGCAAT-TGGATCCAGATAAGTAACAT-GCATTT--TT-------------------GTGTGCATTTCTATACAATAACATAA-ACAATG-T---CTTTAATATTA-AA--------------AAAAG-TAC-AAGCCAACAC-AG-ACA-GAAG-TGGAGC--GAGGCTGA-TCAA-GCATCCTATATATTGA-CCTATAATTAAAAAAATGTATCCA-CAAGGCAtaatgtcagttaacttaacttttggtgcaattggatccagataagtaacatgcatttttgtgtgcatttctatacaataacataaacaatgtctttaatattaaaaaaagtacaagccaacacagacagaagtggagcgaggctgatcaagcatcctatatattgacctataattaaaaaaatgtatccacaaggcaccagatataggtaattgtaacaaagtacactcatacaat
gi|9 : gtccaggtccagttgccacaaaggttacttaacttaatatcattaT--GAAA-ACACC--AGC-GCACT-AGAATACAGCACTGC-TC-AGGTGGACATTATccagatataggtaattgtaacaaagtacactcatacaat
Alignments
lowQualScore : 111111 1111 333333333333333 11111 222222222 1 11111 1111111 11111111 5555555555555555555555555555555555555 22222222222 222222 111111 222222222222222 111 11 2222222 111 22 111 33333333333333333333 1 2222222 22222222222 22222 1111 11 11 222222222222222 11 22222 1111 1 1111 1 11 2222222 111111 111 1 1 2222 1 1 1111111 1 111 1 1 1 2222222222 11 1 11 999999999999999999999999 2222222 22 222 333333 11 11 1 1111 1 2222 22 11 2222 1 1 1 111 11 1 11 1 11 11 1 11 222 11111 11 111 8888888888888888888888888 22222 1111 22222 11 2 1 1 22
lowQualScore : 6 99 99 888 5 0 444444 5 5 5555 99999 66 222222222222222 1 22222 555 000000000 0 5 77 5 0 0 66 11111 66 5 5555555 0 0 8888888 66 2 5 66 5 44444444 5 66 5555555555555555555555555555555555555 2 55 77777777777 5 222222 666666 888888888888888 222 3 6 99 5 55 2222222 6 6 6 77 5 000 0 33 5 000 1 66666666666666666666 888 5 5 5 1 4 0000000 44444444444 888 5 00000 3333 11 11 555555555555555 33 8 0 00000 7777 99 6 99 5 6 2222 8 3 33 7777777 8 0 0 999999 8 1 555 66 2 5 3 3 6 6 7 3 6666 6 1 0 0 55 8888888 3 0 666 2 0 0 2 3 3 7777777777 2 33 3 0 8 3 7 88 222222222222222222222222 3 6666666 7 00 7 7 6 333 222222 88 7 44 7 3 7777 7 3 6666 00 7 7 88 8888 5 1 5 1 5 999 88 5 66 5 1 66 1 88 5 88 3 444 7 88888 99 999 4 6 88 7777777777777777777777777 8 00000 222 8 8888 0 77777 8 8 0 99 0 8 0 0 5 3 8 8 8 55 8 11 1 8
lowQualScore : . .. .. ... . . ...... . . .... ..... .. ............... . ..... ... ......... . . .. . . . .. ..... .. . ....... . . ....... .. . . .. . ........ . .. ..................................... . .. ........... . ...... ...... ............... ... . . .. . .. ....... . . . .. . ... . .. . ... . .................... ... . . . . . ....... ........... ... . ..... .... .. .. ............... .. . . ..... .... .. . .. . . .... . . .. ....... . . . ...... . . ... .. . . . . . . . . .... . . . . .. ....... . . ... . . . . . . .......... . .. . . . . . .. ........................ . ....... . .. . . . ... ...... .. . .. . . .... . . .... .. . . .. .... . . . . . ... .. . .. . . .. . .. . .. . ... . ..... .. ... . . .. ......................... . ..... ... . .... . ..... . . . .. . . . . . . . . . .. . .. . .
lowQualScore : 7 22 22 888 7 9 444444 0 0 6666 00000 99 555555555555555 0 00000 111 000000000 4 0 22 0 0 1 99 22222 99 0 8888888 1 1 1111111 99 5 0 99 0 22222222 0 99 0000000000000000000000000000000000000 1 99 11111111111 7 111111 444444 999999999999999 444 0 7 22 7 77 8888888 7 7 7 99 7 000 1 99 7 000 0 77777777777777777777 888 0 7 7 4 3 1111111 33333333333 666 7 00000 9999 44 77 000000000000000 00 0 8 00000 0000 22 7 22 0 7 2222 0 3 88 0000000 0 8 8 888888 0 4 888 55 5 5 2 2 7 7 3 3 3333 7 0 0 0 88 0000000 2 0 222 5 0 0 8 2 2 5555555555 5 88 2 0 8 2 3 33 777777777777777777777777 7 7777777 3 77 3 3 7 333 777777 33 3 77 3 3 3333 3 3 3333 77 3 3 33 3333 5 0 5 0 0 000 55 5 55 5 0 55 0 00 0 00 2 000 0 55555 22 000 6 5 88 0000000000000000000000000 0 00000 444 0 0000 8 00000 0 0 8 00 4 0 8 0 0 2 0 0 0 88 0 00 4 0
consensus : GGGTCCG-TAAGTCTCGTCAT--GTG--ACTCGCGAGA---TAT-GACGTGAAATCGTACTTCC------GGGCAG-ATGTCAAAATG-GT----TCA-C--AACGTA--AA-A-----TA------TGCNGAAAACCA---C-AAAAA-G-C---------TTAGT-AG-AA-A-GGCTAGAGAGCGG--TGGG-TA--GCAA--CA-G--AG---TTTTGAAATTTGTTC--TGG--GAAAGA--AGCC-CTGC--GT-AA--A-A---A-CGG--CTGTT---------GTA------GAAACGTCAATG--CA--GAAAC-TTTACT-----------ACA-A------AGTACAG------GTA----------T--G-TTTA-ACATCACGA-TC-GATCATGT-CATC--AAGTTG--T-T--AC-GTC-ATA-CCCGTAC--GTAT-A---TAGATACAATCTGAGTCTTC-ATT---AANAT--A-CC-AA-A--A--T---C---TCGATC-AAA-A-TCT-CTGCAAC-CAT--CATGT-----G-----C--GTAG-TT-----TAAATCGA-ATTCTTGAATCGA-AGTTG----CTGCCC---CGCCCC-CCCCCCCCCCCCCCTTAGA-ATT-----TGTCTCG----GT--GAAA-ACACC--AGCCGCACT-AGAATACAGCACAGC-TT-AGGTGGA-ATTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCGTTT-TCCTA--TTATGA--TTTTTA-CTTTTCATTTTCATTC-G-GAA-TTTACTTCATTTTAATATATGCATTTTCATTAAAGATAATTCTGAGGATATTAAAACA-GTACT-ACTANACTATC-ACATC-TGCCAGTGAAAC-T--GA-GTATCTCA-TGGGT--CAGTGTTGCTG-C-ACGCATTTAGCTGTA--TA-CTA-ATATAGTACAGTGC--AACTTGAA-TCATAATGATGTAAAACAGCTTACAGGGGCAG--AAACAGA-T------------GGGGGGGGG-GGCGGGGTGGCA-ACTTCATGAGGTCAAGA-TCTAGCCCACCCTTCAATCCAACACTTGTATTTA---TACCTTT---A--AGTTCTCG--AACCATAAAGTATTACTAATTTT-AT-CG-ATTCTAGAAA-TAACTGT-GAATAT-TTTTTGTTAATATCTGATT--GCT----AAAAAACATTTCATNGATACCAGTAATTACTCNTTTCTAGTCCAGGGTCGCNGATGCACTAAAGGATTACTTNAATTATACTTATCANGTNATAACANTTTAGAATATTAGGCACCAACCTAGACGTTAATG--CAGTTAAACT---T-AACTTTTG-TTGCAATCTGGATCCGGATAGGTAACAT-ACATCT--GA-------------------AAGTGC-TTTGT-----ATAACATAA-ATCATA-TTGGCTTTAATATTACAACTCTTTTAG-ATATAAAAG-TACAAGC--ACACAAG-ACATGAAG-TGGAGCTGGAGGCGGA-TCAA-GCATCCTATAT-TTGA-CCTATAATTAAAAAAATGTATCCA-CAAGGCAAC
Reference ( family-4282 ) : GGGTCCG-TAAGTCTCGTCAT--GTG--ACTCGCGAGA---TAT-GACGTGAAATCGTACTTCC------GGGCAG-ATGTCAAAATG-GT----TCA-C--AACGTA--AA-A-----TA------TGCNGAAAACCA---C-AAAAA-G-C---------TTAGT-AG-AA-A-GGCTAGAGAGCGG--TGGG-TA--GCAA--CA-G--AG---TTTTGAAATTTGTTC--TGG--GAAAGA--AGCC-CTGC--GT-AA--A-A---A-CGG--CTGTT---------GTA------GAAACGTCAATG--CA--GAAAC-TTTACT-----------ACA-A------AGTACAG------GTA----------T--G-TTTA-ACATCACGA-TC-GATCATGT-CATC--AAGTTG--T-T--AC-GTC-ATA-CCCGTAC--GTAT-A---TAGATACAATCTGAGTCTTC-ATT---AANAT--A-C--AA-A--A--T---C---TCGATC-AAA-A-TCT-CTGCAAC-CAT--CATGT-----G-----C--GTAG-TT-----TAAATCGA-ATTCTTGAATCGA-AGTTG----CTGCCC---CGCCCC-CCCCCCCCCCCCCCTTAGA-ATT-----TGTCTCG----GT--GAAA-ACACC--AGCCGCACT-AGAATACAGCACAGC-TT-AGGTGGA-ATTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCGTTT-TCCTA--TTATGA--TTTTTA-CTTTTCATTTTCATTC-G-GAA-TTTACTTCATTTTAATATATGCATTTTCATTAAAGATAATTCTGAGGATATTAAAACA-GTACT-ACTANACTATC-ACATC-TGCCAGTGAAAC-T--GA-GTATCTCA-TGGGT--CAGTGTTGCTG-C-ACGCATTTAGCTGTA--TA-CTA-ATATAGTACAGTGC--AACTTGAA-TCATAATGATGTAAAACAGCTTACAGGGGCAG--AAACAGA-T------------GGGGGGGGG-GGCGGGGTGGCA-ACTTCATGAGGTCAAGA-TCTAGCCCACCCTTCAATCCAACACTTGTATTTA---TACCTTT---A--AGTTCTCG--AACCATAAAGTATTACTAATTTT-AT-CG-ATTCTAGAAA-TAACTGT-GAATAT-TTTTTGTTAATATCTGATT--GCT----AAAAAACATTTCATNGATACCAGTAATTACTCNTTTCTAGTCCAGGGTCGCNGATGCACTAAAGGATTACTTNAATTATACTTATCANGTNATAACANTTTAGAATATTAGGCACCAACCTAGACGTTAATG--CAGTTAAACT---T-AACTTTTG-TTGCAATCTGGATCCGGATAGGTAACAT-ACATCT--GA-------------------AAGTGC-TTTGT-----ATAACATAA-ATCATA-TTGGCTTTAATATTACAACTCTTTTAG-ATATAAAAG-TACAAGC--ACACAAG-ACATGAAG-TGGAGCTGGAGGCGGA-TCAA-GCATCCTATAT-TTGA-CCTATAATTAAAAAAATGTATCCA-CAAGGCAAC
gi|1 : GGGTCCCCTAAGTCTCGTCAT--GTG--ACTCGCGAGAATCTA--GACGTGAAATCGTACTTCC------GGGCAGCAT-TCAAA-TGAGT----TCA-A--CATGTA--AT-A-----AA------TGCTGAAAACCA---T-ACAAA-GTC---------TTAGT-AG-AA-A-GGCTAGTGAGCGGCTTGGG--A--GCGA--CA-GTAAA---TTTTGAAATTTGTTC--TGA--GAAAGA--AGCT-CTGC--GT-AA--A-A---A-TGG--CTGTT---------GTA------GAAGCGTCAATG--CA--GAAGC-TTTACT-----------ACA-A------AGTACCG------GT-----------T--G-TTTA-ACAT-ACGA-TC--AGCATG--CATTCAAAGTTG--T-TAAACAGTC-ATA-CTCGTAC--GT-T-AAACTAGATACAATCTGAGTCTTC-ATT---AAGAT--A-C--AA-A--A--T---C---TCGATC-AAA-A-TTT-CTGCAACTCAT--CATGT-----G-----C--GTAG-TT-----TGAATCGA-ATTCTTGAATCGA-AGTAG----CT-CCC---CACCCC-CCCCCCCCCCACTCTAAGA-ATT-----TGTCTCGTCTCGTCCGAAACACACC--AGCCGC-CT-AGAATACAGCACAGT-CA-AGGTGGA-ATTAT
gi|1 : ATTGTTTATTCTACGTAATGA--TTTTTA-CTTTTCATTTTCATTC-A-GAA-ATATCTTCATTTTAATATATGTA-TTTCAATAAGAAT-ATTCTGAAGATATTAAAACA-GTACTGACTAAGCTATC-ACATCTTGCCAGTG-AAT-T--G--GT-TCCCATTGGGT--CAGTGTTGCTG-C-ACACATTT-GCTGTA--T--CT--ATATAGTACAATGC--A--CTGAA-TCATAATTATGTAAAACAGCTTACAAGGGCAG--AACCAGA-TCCAATTTTTTGGGGGGGGGGG-GGGGGGATGGCA-ACTTCATGAGGTCAAG---CTAGCCCACCC-TCAATCCAACACTTGTATTTAGGTTACACTT---A--ATTCTTCG--ATCCATAAAGTATTAC-AA-TTT-AT-TG-ATTCTAG-AA-CAATT-----ACA------TGT--ATAGC-GATT--GATAAAAAAAAAACATTTCATTGATACCAGTAATTACTTATTTCTAGT-CAGGGTCGTT--TGCAC--AAGG-TTACTTAAATTATATTTATCAAGTT-TAATAATTT--AATATTA-GCACCAACTTAGACA-TAATG--TAGTTAAACT---T-AATTTTTG--TGCAATTTGGATCCAGATAGGTAACA--ACATCT--GA-------------------AAGTGC-TTTGT-----ATAA-AT-A-ATCATATTTGGCTTTAATATAACAACTCTTTTAG-ATATAAAAG-TAC-AGC--ACACAAG-ACATGAAGCTGGA-CTGGAGGCCGG-TCAAGGCATCCTATAT-TTGA-CCTATAACT--AAAATTGTATCCA-CCAAGCAACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaactggattagatacaaaaaaatttctatattgtataaataagatatagtcactattgtttattctacgtaatgatttttacttttcattttcattcagaaatatcttcattttaatatatgtatttcaataagaatattctgaagatattaaaacagtactgactaagctatcacatcttgccagtgaattggttcccattgggtcagtgttgctgcacacatttgctgtatctatatagtacaatgcactgaatcataattatgtaaaacagcttacaagggcagaaccagatccaattttttgggggggggggggggggatggcaacttcatgaggtcaagctagcccaccctcaatccaacacttgtatttaggttacacttaattcttcgatccataaagtattacaatttattgattctagaacaattacatgtatagcgattgataaaaaaaaaacatttcattgataccagtaattacttatttctagtcagggtcgtttgcacaaggttacttaaattatatttatcaagtttaataatttaatattagcaccaacttagacataatgtagttaaacttaatttttgtgcaatttggatccagataggtaacaacatctgaaagtgctttgtataaataatcatatttggctttaatataacaactcttttagatataaaagtacagcacacaagacatgaagctggactggaggccggtcaaggcatcctatatttgacctataactaaaattgtatccaccaagcaacc
gi|10 : gggtcccctaagtctcgtcatgtgactcgcgagaatctagacgtgaaatcgtacttccgggcagcattcaaatgagttcaacatgtaataaatgctgaaaaccatacaaagtcttagtagaaaggctagtgagcggcttgggagcgacagtaaattttgaaatttgttctgagaaagaagctctgcgtaaaaatggctgttgtagaagcgtcaatgcagaagctttactacaaagtaccggttgtttaacatacgatcagcatgcattcaaagttgttaaacagtcatactcgtacgttaaactagatacaatctgagtcttcattaagatacaaaatctcgatcaaaatttctgcaactcatcatgtgcgtagtttgaatcgaattcttgaatcgaagtagctccccaccccccccccccccactctaagaatttgtctcgtctcgtccgaaacacaccagccgcctagaatacagcacagtcaaggtggaattatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaactggattagatacaaaaaaatttctatattgtataaataagatatagtcactCGTGAAATTGTACCCCC------AGACAA-CTAATAGGATG-GCCATATCAAT--AATGTACTGA-ACTCACTA------CGTTGAAAACAC---C-ACAAA-G-C---------TTATC-A---------C-----GGCGG--GGGG-TT--GCAG--CA-G--GG---TGTTGAAATATGT-C--TAGATGGAAGA--G----CTGT--GT-GA--A-ATTTA-AGG--CGGTT---------GTT------TAAGCGCCAGTG--C---GAGACATTTCCT-----------ACA-A------AGTACAG------GTA----------T--G-TTT--ACATTAc
gi|11 : TGTGCATC--AAGTTGG-T-C--AC--TC-ATA-TCCCTA-----ATGA---AAAATACA-TCT-AGTCTTC-AT----AATATTAA-CC-AA-A--AGGC---C---TCGACC-AAA-AATCTGCTGCAAC--ATTACATGT-----GTCCTTC--TTAG-TTGTTGATAGATCGA---TGCTGGATCGA-AGATG----CTACTC---CCCCCC-CCCCC-CCCCCCCCTTGGA-ATTGTAGCTTTCTC-----GT--GAAA-ACACCTGCGCCGCACT-AGtacagtca
gi|12 : GTAACAT-ACATCT--AA-------------------A--TGC-TTTGT-----ATAAC-TAAGATCATA-TGGGCTTTAA-ATTA-AACTTTTCTAGAATATAAAAG-TACAAGC--A-ACAAGTACATGAAG-TGGA-CTGGAGGCGGA-TAAT-GCAT-CTATAA-TT-A-CCTATAAT--AAAAATTGTATCCA-CAAGGCAAC
gi|13 : CTCGCGAGA---TAT-GACGTGAAATCGTACATCC------GGGCAG-ATGTCAAAATG-TT----TCA-C--AACGTA--AACA-----TA------TGCAGAAAACCA---C-AAAAG-A-C---------TAAGT-AGAAA-A-AGCGAAAGAGCGG--TGGG-TA--GCCA--CA-G--AA---GTTTGACATTTATTC--TAG--GAAAGA--AGAC-CTGC--GT-AA--T-A---A-CGG--gcatattataggtatttaaaggtatctcataaaata
gi|14 : GGATCCAGATAGGTAACAT-GCATTTTTGAGTGCAATTCTATTATATCTAAATGC-TTTGT-----ATGACATAA-ATCGT----GGCTTTAATATTACA---CTTTTAG-ATATAGAAG-TACAAGCA-ACAC-AG-ACATGAA
gi|15 : C--GTAT-A---TAGATACA-TCTGAGTCTTC-ATT---ACCA--------AA-AGTA--T---CAATTCAATC-AAA-A-TCT-CTGCAA--CATA-CATGT-----G-----CAGGTAGTTT-----TAAATCG--ATTCTTG-ATCGA-GGT
gi|16 : TC-ACATC-TGTCAGTGAAATAT--GA-CTATCTCA-TGTGT--CAGTTTTGCTG-CCAC-CATTTAGCTGCA--GAACTA-ATATAGTACAGTGC--AACTTGAA-TTATGATGAT
gi|17 : GCGGA-TCAA-GCATCCTATAT-T-GA-CCTATAATTAAAAAAATGTATCCACCAAGGCA
gi|18 : ATCGTTT-TCCTA--TTATGA-------A-TTTTTCA--TTCA----G-GAATTTTACTTTATTTT-ATAT-TGCA-TTTCATTAAAGATAATTccagattataggtaatgtaacaaagtacctcatacaatatacc
gi|19 : attgcagaattggaattataaaGGGTCTG-TAAGTCTCGTCAT--ATG--ATTTACGAGA---TA
gi|2 : ataTCCG-TAAGTCTCGTCATTGGCGGAACGCGCGATA---TATTGACGTGAA-TCGTACTTCC------GGGCAG-A-GTCAAAA---GT----TCA-C--AACGTA--AA-A-----T--------GCCGAAAACCA------AACA-G-C---------T-AGT-AG-AA-ATGGCTAGAGAGC----TGGA-CA--GCAA--CACA--AG---TT--GAAATTTGTTT--CTG--AAAAGA--AGCCACTGC--GG-TA--A-A---A-CGG--TTGTTT--------GTA--------------------CG--AAAAC-TTTACT-----------ACA-AG-----AGTACAG------GTA----------T-----TGATACATCACGA-TCCGATCATGT-CATCCAAAGTTG--T-T--GC-GTC-ATA-CCCGTAC--GTAT-A---T--ATAC-ATCTGAGTCTTC-ATT---TAAAT--A-CCAAA-A--G--G---C---TCAATCGAAA-A-TCT-CTG-AAA-CAT--AATAT-----G-----C---TAG-TT-----TAAATCGA-TTTCTT-AATCGA---TTG-------------------------CCCCCCCCCTTAGA-A---------ACTCG----GT--GAAA-ACACC--AG-CGCACTAAGAATACAGCACAGC-TTCAGGTGGA-Aaaac
gi|2 : agttcaatctttttcaatagtATCGTTT-TCCTA--TTATGA-------A-CTTTTCATTC-----C-A-GAA-TTTACTTTATTTTA-TA-AT-CATT--CATTAAAGATAATTCTGAG------AAAATACGTAC--A-TACACTATC-ACATC-TGTCAGT-AAAC-TATGA-GTATCTCA-TGGGTGGCAGTGTTGCTG-C-ACCCA-TTAGCTGTAGGTA-CTA-ATATA-TACAGTGC--AACTTGAATTCATAAT-ATGTTAAACAGCTTACAGGGGCAGGAAAACAGAGT------------GGGGAGGGGCGGCGGG--GGCACAC-TCATGAGTCCAAAAGTCTAGCCCACCCTCAAGTCCAACACTT---TTTA---TACCTTTTAAA--AGTTCTCGAAAACCATAAAGTA-TACT-ATTCT-ATGCG-ATTCTAGAAATTAAC-GT-GAATATATTTTTGTTAATATCTGATTTCGCT----AAAAAAattgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattggaattataaatcgttttcctattatgaacttttcattccagaatttactttattttataatcattcattaaagataattctgagaaaatacgtacatacactatcacatctgtcagtaaactatgagtatctcatgggtggcagtgttgctgcacccattagctgtaggtactaatatatacagtgcaacttgaattcataatatgttaaacagcttacaggggcaggaaaacagagtggggaggggcggcgggggcacactcatgagtccaaaagtctagcccaccctcaagtccaacactttttataccttttaaaagttctcgaaaaccataaagtatactattctatgcgattctagaaattaacgtgaatatatttttgttaatatctgatttcgctaaaaaatttgattttaaaataagaactatatttgtttacttg
gi|3 : agttcaatctttttcaatagttccgtaagtctcgtcattggcggaacgcgcgatatattgacgtgaatcgtacttccgggcagagtcaaaagttcacaacgtaaaatgccgaaaaccaaacagctagtagaaatggctagagagctggacagcaacacaagttgaaatttgtttctgaaaagaagccactgcggtaaaacggttgtttgtacgaaaactttactacaagagtacaggtattgatacatcacgatccgatcatgtcatccaaagttgttgcgtcatacccgtacgtatatatacatctgagtcttcatttaaataccaaaaggctcaatcgaaaatctctgaaacataatatgctagtttaaatcgatttcttaatcgattgcccccccccttagaaactcggtgaaaacaccagcgcactaagaatacagcacagcttcaggtggaaattgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattggaattataaGGTCCG-TAAGTCTCGTCAT--GTG--ACTCGCGAGA---TAT-GA-AT--AAT--TACTTCC------GGGCAG-ATGT--GAATG-GT----TCA-C---ACGTA--AA-T-----TA------TGCAGAAAACCA---CGAAAAA-G-C---------TTAGT-AA-AA-A-TGGTGTAAGGCGG--TAGA-T---GCAA--TA-G--AA---GTTTGAAATTTGTTC--TGG--AAAAGA--AG-C-TTGC--ATCAAGTA-G---A-CGGTACTG-T---------GTA------GAAACCT---TG---------AC--TTACT-----------ACAGA------AGTACAG------GTA----------CCAG-TTAT-ACATCACGA-TC-GATCATGT-CATC--AAATTGTTT-T--AC-GTCAATA-CCCGTACTAGTAT-A---TGATTACCATCTGAGTCTTCAATT---AAGAT--ACC--AATA--A--TGTCC---TAAATC-AGA-A-TCTACTG-AAA-CAT--TCTAT-----G-----C--GTTG-TT-----TAAATCGA-A-TCTT-AATCAATAGGTGTGCCCTGCCCTCTCGCCCCTCCTCCCCCCCCCCCTTAGAGATT-----TGTCCTG----TT--GAA----ACC--AG-CG-ACT-A-AATACAGCACAGTGCT-AGGTGGA-Atttgattttaaaataagaactatatttgtttacttg
gi|3 : taA--TTATAAAATTTCTA-TTATGTATTTTTATTT-GCGAA-TTAACTTCATTT--ATATATGCATTTTCATTAAAGATAATC----GGATATTAAA-CA-GT--T-ACTATACTATCCACACC-TGCCAGTGAAAC-T--GAAGTATCTCA-TTGGC----GTGTTG-TGTC-ACGCATTTAGCTGT---TA-CTCTATATAGTACAGTGTGTAACTTGAA-TCATAATGA-G-AAAACAGCTTACAGGGGCAG--AAACAGA------------------------GGTGGGGT------CTTCCTGAGGTCAAGA-TCTACCCCACCCTTCAATCCA-CACTGGTAATTA---TACCTTT---ACAAGTTCTCG--AACCATAATTTATTACTAATTTTTAT-TGGATTCTAGAAA-TAACTGTTGAATAT-TTTTTGTTAATATCTGATT--GCT----AAAAGACA-TTCATAAATACCattgatgatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtattgcagaattggagattataaaatttctattatgtatttttatttgcgaattaacttcatttatatatgcattttcattaaagataatcggatattaaacagttactatactatccacacctgccagtgaaactgaagtatctcattggcgtgttgtgtcacgcatttagctgttactctatatagtacagtgtgtaacttgaatcataatgagaaaacagcttacaggggcagaaacagaggtggggtcttcctgaggtcaagatctaccccacccttcaatccacactggtaattatacctttacaagttctcgaaccataatttattactaatttttattggattctagaaataactgttgaatattttttgttaatatctgattgctaaaagacattcataaatacc
gi|4 : taggtccgtaagtctcgtcatgtgactcgcgagatatgaataattacttccgggcagatgtgaatggttcacacgtaaattatgcagaaaaccacgaaaaagcttagtaaaaatggtgtaaggcggtagatgcaatagaagtttgaaatttgttctggaaaagaagcttgcatcaagtagacggtactgtgtagaaaccttgacttactacagaagtacaggtaccagttatacatcacgatcgatcatgtcatcaaattgttttacgtcaatacccgtactagtatatgattaccatctgagtcttcaattaagataccaataatgtcctaaatcagaatctactgaaacattctatgcgttgtttaaatcgaatcttaatcaataggtgtgccctgccctctcgcccctcctcccccccccccttagagatttgtcctgttgaaaccagcgactaaatacagcacagtgctaggtggaaattgatgatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtattgcagaattggagGGGTCCG-TAAGTCTCGTCAT--GTG--GCTCGCGAGA---TAT-GACGTGAAATCGTAATTCC------GGGCAG-ATGTCAAAATG-GT----TCA-C--AACGTA--AATA-----TA------TGCAGAAGACCA---C-AACAT-T-C---------TTAAT-AG-AA-AAGGCTAGAAAGCGG--TGGA-TA--GCAA--CA-G--A----------AGTTTG-----------AAAGA--AGCT-CTGA--GT-AA--T-A---G-CGG--TTGTT---------GTA------GAAAAGTCAATT--CA---AGAC-TTTACT-----------ACA-A------AGTACAGTTACATGTA----------T--G-TTTA--CATCACGA-TC-GATCATGT-CATC--AAGTTGT-T-T--AC-GTC-ATA-CCCGTAC--GTAT-A---TAGATAC-ATCTGAGTCTTC-GTTTTAAATAT--A-T-----------T---C---TTGATC-
gi|4 : ta-TT-----TAAAT--ATATTCTTGA-TCGC-GGTGG----CTGCCT---TGCCCC--CCCCCCCCCTCCTTTAGA-ATT-----TGTCTCG----GT--GAAA-ACACC--AG-CGCACT-AGAATACAGCACAGC-TT-AGGTGGA-Agcggtggctgccttgccccccccccccctcctttagaatttgtctcggtgaaaacaccagcgcactagaatacagcacagcttaggtggaaattgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattggaattataaattccttttcctattatgtataacatagaaatattgtcatctatgctttttaacttttcattttcatccaggaatttaaagctgacatgatttcataa
gi|4 : tagggtccgtaagtctcgtcatgtggctcgcgagatatgacgtgaaatcgtaattccgggcagatgtcaaaatggttcacaacgtaaatatatgcagaagaccacaacattcttaatagaaaaggctagaaagcggtggatagcaacagaagtttgaaagaagctctgagtaatagcggttgttgtagaaaagtcaattcaagactttactacaaagtacagttacatgtatgtttacatcacgatcgatcatgtcatcaagttgtttacgtcatacccgtacgtatatagatacatctgagtcttcgtTATGC--TTTTTAACTTTTCATTTTCATCCAG-GAA-TTTAattgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattggaattataaattccttttcctattatgtataacatagaaatattgtcatctatgctttttaacttttcattttcatccaggaatttaaagctgacatgatttcataa
gi|5 : tagggtccgtaagtctcgtcatgtggctcgcgagatatgacgtgaaatcgtaattccgggcagatgtcaaaatggttcacaacgtaaatatatgcagaagaccacaacattcttaatagaaaaggctagaaagcggtggatagcaacagaagtttgaaagaagctctgagtaatagcggttgttgtagaaaagtcaattcaagactttactacaaagtacagttacatgtatgtttacatcacgatcgatcatgtcatcaagttgtttacgtcatacccgtacgtatatagatacatctgagtcttcgttttaaatatattcttgatcgcggtggctgccttgccccccccccccctcctttagaatttgtctcggtgaaaacaccagcgcactagaatacagcacagcttaggtggaaattgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattggaattataaattccttttcctattatgtataacatagaaatattgtcatc---TAT-GACGTGAAGTCGTACGTCTCAGGAAAGGCAG-ATGTCAAAATG-GTA---TCA-CCAAACGTC--AATA-----TAGCACGATGCTGAAAACCAGAAC-AAACACG-CGACATCAAATTAAG-AA-AACA-GGCTAGAGAGGCG--TGAGCTACGGCAAGGCA-G--AGATTTTTTGCCATTTGTTCCTTGC--GAAAGAGAAGCC-GGGTCGGT-AA--ATA---ATCAG--CTGTCTGTTTGATCGTAAGAGGCGAAACGTCAATGAGCAATGAAGA-CTTGCTCTCTTGGATTTAAA-AGAGAGCAGTACCG------GTAAACACGGTAAT--G-TTTA--CATCACGCCTC-GATCATGT-GATC--AAGTTG--TGT--AC-GTC-ATATCCCATAT--GTAC-A---TAGATAC--TCTGAGTCTTC-ATT---TAGAT--A-CC-AA-A--G--T---C---TCGATC-AAACA-TCT-CTGCAACATAC--AATGTG----G-----C--GTaagctgacatgatttcataa
gi|6 : atcGGGTCGC-TAAGTCTCATCAT--GTG--ACTCGCGAGA---CAT-GACGTGAAGTCGTACTTTC------GGGTAG-TTGTCAGAATG-AC----TCA-C--GAATTA--AA-AG----TA------TGCTGAAACCGA---C-AAAAA-G-C---------TTAGTGAA-AA-A-GGCTAGAGAGCGG--TGGA-TA--GCAA--TA-G--GT---TTTTGAAATTTGTTC--TGG--AAAAGG--AGCC-CTGC--GA-AA--T-A---A-ATG--TTGTT---------GTA------G-AAC----------------AC-TTTACT-----------ACA-A------AGTACAG------GTA----------T--GTTTTA-ATA-------------CATGT-CATC--AAGTTtgaccttgtgtatgaagactcgattcatctgatcgaagcatgtgggctctattgacaccgcgcatccccccttcctcgctcgcctcccactcttcctcttcagagaatttgtctgg
gi|6 : agctcaagctaata---TTGATC-AAA-A-TCT-CTGCAAC-ATT--CATGTGCGTAG-----C--GTAG-TTG----TAAATCG--ATTCTTG-ATTGA-TGTTG----tgatcaaaatctctgcaacattcatgtgcgtagcgtagttgtaaatcgattcttgattgatgttgtggtaacctttaaaaatatgttccaagttaaaacgccggagcactagaatat
gi|7 : agctcaagctaatagggtcgctaagtctcatcatgtgactcgcgagacatgacgtgaagtcgtactttcgggtagttgtcagaatgactcacgaattaaaagtatgctgaaaccgacaaaaagcttagtgaaaaaggctagagagcggtggatagcaataggtttttgaaatttgttctggaaaaggagccctgcgaaataaatgttgttgtagaacactttactacaaagtacaggtatgttttaatacatgtcatcaagtATCAGTA-TTACTCTTTTCTAGTCCAGGGTCGCAGATGCATTAAAGGATTACTTT-ATTA-ACTTATCATGTGATAACATTTTAGAATATTAGGCACCA--CTAGAGATTAATGGTCAGTTAAACT---TAAATTTTTGTTTGCA--CTGGATTCCGATA-GTAACATAACATCT------------------------AGTAA-TTTGT-----TTAACA-AA-ATATTA-TTGGCTTTAATATTACA---CTTTTAG-ATATTAAGGTTACAAGC--ACAC-AG-ACATGAAG-GGGAGCTGGAGGCGGATTCAA-GTATCTTATAT-TTTACCCTATACT--AAAAAAT-CACC---CAAGGCAACtggtaacctttaaaaatatgttccaagttaaaacgccggagcactagaatat
gi|8 : ACGTTAATG--ATATTAAGTTAAGT-AACCTTTG-TGGCAA-CTGGACCTGGAagattataggtaatttaacaaagtacctcatacattatacta
gi|8 : gACGTTAATGT-CAGTTAA-CT---T-AACTTTTG-GTGCAAT-TGGATCCAGATAAGTAACAT-GCATTT--TT-------------------GTGTGCATTTCTATACAATAACATAA-ACAATG-T---CTTTAATATTA-AA--------------AAAAG-TACAAGCCAACAC-AG-ACA-GAAG-TGGAGC--GAGGCTGA-TCAA-GCATCCTATATATTGA-CCTATAATTAAAAAAATGTATCCA-CAAGGCAtaatgtcagttaacttaacttttggtgcaattggatccagataagtaacatgcatttttgtgtgcatttctatacaataacataaacaatgtctttaatattaaaaaaagtacaagccaacacagacagaagtggagcgaggctgatcaagcatcctatatattgacctataattaaaaaaatgtatccacaaggcaccagatataggtaattgtaacaaagtacactcatacaat
gi|9 : gtccaggtccagttgccacaaaggttacttaacttaatatcattaT--GAAA-ACACC--AGC-GCACT-AGAATACAGCACTGC-TC-AGGTGGACATTATccagatataggtaattgtaacaaagtacactcatacaat
Alignments
lowQualScore : 111111 1111 333333333333333 11111 222222222 1 11111 1111111 11111111 5555555555555555555555555555555555555 22222222222 222222 111111 222222222222222 111 11 2222222 111 22 222222222 222222222222 1 2222222 22222222222 22222 1111 11 11 222222222222222 11 22222 1111 1 1111 1 11 2222222 111111 111 1 1 2222 1 1 1111111 1 111 1 1 1 2222222222 11 1 11 999999999999999999999999 2222222 22 222 333333 11 11 1 1111 1 2222 22 11 2222 1 1 1 111 11 1 11 1 11 11 1 11 222 11111 11 111 8888888888888888888888888 22222 1111 22222 11 2 1 1 22
lowQualScore : 6 99 99 888 5 0 444444 5 5 5555 99999 66 222222222222222 1 22222 555 000000000 0 5 77 5 0 0 66 11111 66 5 5555555 0 0 8888888 66 2 5 66 5 44444444 5 66 5555555555555555555555555555555555555 2 55 77777777777 5 222222 666666 888888888888888 222 3 6 99 5 55 2222222 6 6 6 77 5 000 0 33 5 333333333 1 66 2 666666666666 1 5 5 5 1 4 0000000 44444444444 888 5 00000 3333 11 11 555555555555555 33 8 0 00000 7777 99 6 99 5 6 2222 8 3 33 7777777 8 0 0 999999 8 1 555 66 2 5 3 3 6 6 7 3 6666 6 1 0 0 55 8888888 3 0 666 2 0 0 2 3 3 7777777777 2 33 3 0 8 3 7 88 222222222222222222222222 3 6666666 7 00 7 7 6 333 222222 88 7 44 7 3 7777 7 3 6666 00 7 7 88 8888 5 1 5 1 5 999 88 5 66 5 1 66 1 88 5 88 3 444 7 88888 99 999 4 6 88 7777777777777777777777777 8 00000 222 8 8888 0 77777 8 8 0 99 0 8 0 0 5 3 8 8 8 55 8 11 1 8
lowQualScore : . .. .. ... . . ...... . . .... ..... .. ............... . ..... ... ......... . . .. . . . .. ..... .. . ....... . . ....... .. . . .. . ........ . .. ..................................... . .. ........... . ...... ...... ............... ... . . .. . .. ....... . . . .. . ... . .. . ......... . .. . ............ . . . . . . ....... ........... ... . ..... .... .. .. ............... .. . . ..... .... .. . .. . . .... . . .. ....... . . . ...... . . ... .. . . . . . . . . .... . . . . .. ....... . . ... . . . . . . .......... . .. . . . . . .. ........................ . ....... . .. . . . ... ...... .. . .. . . .... . . .... .. . . .. .... . . . . . ... .. . .. . . .. . .. . .. . ... . ..... .. ... . . .. ......................... . ..... ... . .... . ..... . . . .. . . . . . . . . . .. . .. . .
lowQualScore : 7 22 22 888 7 9 444444 0 0 6666 00000 99 555555555555555 0 00000 111 000000000 4 0 22 0 0 1 99 22222 99 0 8888888 1 1 1111111 99 5 0 99 0 22222222 0 99 0000000000000000000000000000000000000 1 99 11111111111 7 111111 444444 999999999999999 444 0 7 22 7 77 8888888 7 7 7 99 7 000 1 99 0 111111111 0 99 2 222222222222 4 0 7 7 4 3 1111111 33333333333 666 7 00000 9999 44 77 000000000000000 00 0 8 00000 0000 22 7 22 0 7 2222 0 3 88 0000000 0 8 8 888888 0 4 888 55 5 5 2 2 7 7 3 3 3333 7 0 0 0 88 0000000 2 0 222 5 0 0 8 2 2 5555555555 5 88 2 0 8 2 3 33 777777777777777777777777 7 7777777 3 77 3 3 7 333 777777 33 3 77 3 3 3333 3 3 3333 77 3 3 33 3333 5 0 5 0 0 000 55 5 55 5 0 55 0 00 0 00 2 000 0 55555 22 000 6 5 88 0000000000000000000000000 0 00000 444 0 0000 8 00000 0 0 8 00 4 0 8 0 0 2 0 0 0 88 0 00 4 0
consensus : GGGTCCG-TAAGTCTCGTCAT--GTG--ACTCGCGAGA---TAT-GACGTGAAATCGTACTTCC------GGGCAG-ATGTCAAAATG-GT----TCA-C--AACGTA--AA-A-----TA------TGCNGAAAACCA---C-AAAAA-G-C---------TTAGT-AG-AA-A-GGCTAGAGAGCGG--TGGG-TA--GCAA--CA-G--AG---TTTTGAAATTTGTTC--TGG--GAAAGA--AGCC-CTGC--GT-AA--A-A---A-CGG--CTGTT---------GTA------GAAACGTCAATG--CA--GAAAC-TTTACT-----------ACA-A------AGTACAG------GTA----------T--G-TTTA-ACATCACGA-TC-GATCATGT-CATC--AAGTTG--T-T--AC-GTC-ATA-CCCGTAC--GTAT-A---TAGATACAATCTGAGTCTTC-ATT---A----ANAT--ACCA--A-AA--T---CTCGATC-AAA-A-TCT-CTGCAAC-CAT--CATGT-----G-----C--GTAG-TT-----TAAATCGA-ATTCTTGAATCGA-AGTTG----CTGCCC---CGCCCC-CCCCCCCCCCCCCCTTAGA-ATT-----TGTCTCG----GT--GAAA-ACACC--AGCCGCACT-AGAATACAGCACAGC-TT-AGGTGGA-ATTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCGTTT-TCCTA--TTATGA--TTTTTA-CTTTTCATTTTCATTC-G-GAA-TTTACTTCATTTTAATATATGCATTTTCATTAAAGATAATTCTGAGGATATTAAAACA-GTACT-ACTANACTATC-ACATC-TGCCAGTGAAAC-T--GA-GTATCTCA-TGGGT--CAGTGTTGCTG-C-ACGCATTTAGCTGTA--TA-CTA-ATATAGTACAGTGC--AACTTGAA-TCATAATGATGTAAAACAGCTTACAGGGGCAG--AAACAGA-T------------GGGGGGGGG-GGCGGGGTGGCA-ACTTCATGAGGTCAAGA-TCTAGCCCACCCTTCAATCCAACACTTGTATTTA---TACCTTT---A--AGTTCTCG--AACCATAAAGTATTACTAATTTT-AT-CG-ATTCTAGAAA-TAACTGT-GAATAT-TTTTTGTTAATATCTGATT--GCT----AAAAAACATTTCATNGATACCAGTAATTACTCNTTTCTAGTCCAGGGTCGCNGATGCACTAAAGGATTACTTNAATTATACTTATCANGTNATAACANTTTAGAATATTAGGCACCAACCTAGACGTTAATG--CAGTTAAACT---T-AACTTTTG-TTGCAATCTGGATCCGGATAGGTAACAT-ACATCT--GA-------------------AAGTGC-TTTGT-----ATAACATAA-ATCATA-TTGGCTTTAATATTACAACTCTTTTAG-ATATAAAAG-TACAAGC--ACACAAG-ACATGAAG-TGGAGCTGGAGGCGGA-TCAA-GCATCCTATAT-TTGA-CCTATAATTAAAAAAATGTATCCA-CAAGGCAAC
Reference ( family-4282 ) : GGGTCCG-TAAGTCTCGTCAT--GTG--ACTCGCGAGA---TAT-GACGTGAAATCGTACTTCC------GGGCAG-ATGTCAAAATG-GT----TCA-C--AACGTA--AA-A-----TA------TGCNGAAAACCA---C-AAAAA-G-C---------TTAGT-AG-AA-A-GGCTAGAGAGCGG--TGGG-TA--GCAA--CA-G--AG---TTTTGAAATTTGTTC--TGG--GAAAGA--AGCC-CTGC--GT-AA--A-A---A-CGG--CTGTT---------GTA------GAAACGTCAATG--CA--GAAAC-TTTACT-----------ACA-A------AGTACAG------GTA----------T--G-TTTA-ACATCACGA-TC-GATCATGT-CATC--AAGTTG--T-T--AC-GTC-ATA-CCCGTAC--GTAT-A---TAGATACAATCTGAGTCTTC-ATT---A----ANAT--ACCA--A-AA--T---CTCGATC-AAA-A-TCT-CTGCAAC-CAT--CATGT-----G-----C--GTAG-TT-----TAAATCGA-ATTCTTGAATCGA-AGTTG----CTGCCC---CGCCCC-CCCCCCCCCCCCCCTTAGA-ATT-----TGTCTCG----GT--GAAA-ACACC--AGCCGCACT-AGAATACAGCACAGC-TT-AGGTGGA-ATTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCGTTT-TCCTA--TTATGA--TTTTTA-CTTTTCATTTTCATTC-G-GAA-TTTACTTCATTTTAATATATGCATTTTCATTAAAGATAATTCTGAGGATATTAAAACA-GTACT-ACTANACTATC-ACATC-TGCCAGTGAAAC-T--GA-GTATCTCA-TGGGT--CAGTGTTGCTG-C-ACGCATTTAGCTGTA--TA-CTA-ATATAGTACAGTGC--AACTTGAA-TCATAATGATGTAAAACAGCTTACAGGGGCAG--AAACAGA-T------------GGGGGGGGG-GGCGGGGTGGCA-ACTTCATGAGGTCAAGA-TCTAGCCCACCCTTCAATCCAACACTTGTATTTA---TACCTTT---A--AGTTCTCG--AACCATAAAGTATTACTAATTTT-AT-CG-ATTCTAGAAA-TAACTGT-GAATAT-TTTTTGTTAATATCTGATT--GCT----AAAAAACATTTCATNGATACCAGTAATTACTCNTTTCTAGTCCAGGGTCGCNGATGCACTAAAGGATTACTTNAATTATACTTATCANGTNATAACANTTTAGAATATTAGGCACCAACCTAGACGTTAATG--CAGTTAAACT---T-AACTTTTG-TTGCAATCTGGATCCGGATAGGTAACAT-ACATCT--GA-------------------AAGTGC-TTTGT-----ATAACATAA-ATCATA-TTGGCTTTAATATTACAACTCTTTTAG-ATATAAAAG-TACAAGC--ACACAAG-ACATGAAG-TGGAGCTGGAGGCGGA-TCAA-GCATCCTATAT-TTGA-CCTATAATTAAAAAAATGTATCCA-CAAGGCAAC
gi|1 : GGGTCCCCTAAGTCTCGTCAT--GTG--ACTCGCGAGAATCTA--GACGTGAAATCGTACTTCC------GGGCAGCAT-TCAAA-TGAGT----TCA-A--CATGTA--AT-A-----AA------TGCTGAAAACCA---T-ACAAA-GTC---------TTAGT-AG-AA-A-GGCTAGTGAGCGGCTTGGG--A--GCGA--CA-GTAAA---TTTTGAAATTTGTTC--TGA--GAAAGA--AGCT-CTGC--GT-AA--A-A---A-TGG--CTGTT---------GTA------GAAGCGTCAATG--CA--GAAGC-TTTACT-----------ACA-A------AGTACCG------GT-----------T--G-TTTA-ACAT-ACGA-TC--AGCATG--CATTCAAAGTTG--T-TAAACAGTC-ATA-CTCGTAC--GT-T-AAACTAGATACAATCTGAGTCTTC-ATT---A----AGAT--A-CA--A-AA--T---CTCGATC-AAA-A-TTT-CTGCAACTCAT--CATGT-----G-----C--GTAG-TT-----TGAATCGA-ATTCTTGAATCGA-AGTAG----CT-CCC---CACCCC-CCCCCCCCCCACTCTAAGA-ATT-----TGTCTCGTCTCGTCCGAAACACACC--AGCCGC-CT-AGAATACAGCACAGT-CA-AGGTGGA-ATTAT
gi|1 : ATTGTTTATTCTACGTAATGA--TTTTTA-CTTTTCATTTTCATTC-A-GAA-ATATCTTCATTTTAATATATGTA-TTTCAATAAGAAT-ATTCTGAAGATATTAAAACA-GTACTGACTAAGCTATC-ACATCTTGCCAGTG-AAT-T--G--GT-TCCCATTGGGT--CAGTGTTGCTG-C-ACACATTT-GCTGTA--T--CT--ATATAGTACAATGC--A--CTGAA-TCATAATTATGTAAAACAGCTTACAAGGGCAG--AACCAGA-TCCAATTTTTTGGGGGGGGGGG-GGGGGGATGGCA-ACTTCATGAGGTCAAG---CTAGCCCACCC-TCAATCCAACACTTGTATTTAGGTTACACTT---A--ATTCTTCG--ATCCATAAAGTATTAC-AA-TTT-AT-TG-ATTCTAG-AA-CAATT-----ACA------TGT--ATAGC-GATT--GATAAAAAAAAAACATTTCATTGATACCAGTAATTACTTATTTCTAGT-CAGGGTCGTT--TGCAC--AAGG-TTACTTAAATTATATTTATCAAGTT-TAATAATTT--AATATTA-GCACCAACTTAGACA-TAATG--TAGTTAAACT---T-AATTTTTG--TGCAATTTGGATCCAGATAGGTAACA--ACATCT--GA-------------------AAGTGC-TTTGT-----ATAA-AT-A-ATCATATTTGGCTTTAATATAACAACTCTTTTAG-ATATAAAAG-TAC-AGC--ACACAAG-ACATGAAGCTGGA-CTGGAGGCCGG-TCAAGGCATCCTATAT-TTGA-CCTATAACT--AAAATTGTATCCA-CCAAGCAACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaactggattagatacaaaaaaatttctatattgtataaataagatatagtcactattgtttattctacgtaatgatttttacttttcattttcattcagaaatatcttcattttaatatatgtatttcaataagaatattctgaagatattaaaacagtactgactaagctatcacatcttgccagtgaattggttcccattgggtcagtgttgctgcacacatttgctgtatctatatagtacaatgcactgaatcataattatgtaaaacagcttacaagggcagaaccagatccaattttttgggggggggggggggggatggcaacttcatgaggtcaagctagcccaccctcaatccaacacttgtatttaggttacacttaattcttcgatccataaagtattacaatttattgattctagaacaattacatgtatagcgattgataaaaaaaaaacatttcattgataccagtaattacttatttctagtcagggtcgtttgcacaaggttacttaaattatatttatcaagtttaataatttaatattagcaccaacttagacataatgtagttaaacttaatttttgtgcaatttggatccagataggtaacaacatctgaaagtgctttgtataaataatcatatttggctttaatataacaactcttttagatataaaagtacagcacacaagacatgaagctggactggaggccggtcaaggcatcctatatttgacctataactaaaattgtatccaccaagcaacc
gi|10 : gggtcccctaagtctcgtcatgtgactcgcgagaatctagacgtgaaatcgtacttccgggcagcattcaaatgagttcaacatgtaataaatgctgaaaaccatacaaagtcttagtagaaaggctagtgagcggcttgggagcgacagtaaattttgaaatttgttctgagaaagaagctctgcgtaaaaatggctgttgtagaagcgtcaatgcagaagctttactacaaagtaccggttgtttaacatacgatcagcatgcattcaaagttgttaaacagtcatactcgtacgttaaactagatacaatctgagtcttcattaagatacaaaatctcgatcaaaatttctgcaactcatcatgtgcgtagtttgaatcgaattcttgaatcgaagtagctccccaccccccccccccccactctaagaatttgtctcgtctcgtccgaaacacaccagccgcctagaatacagcacagtcaaggtggaattatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaactggattagatacaaaaaaatttctatattgtataaataagatatagtcactCGTGAAATTGTACCCCC------AGACAA-CTAATAGGATG-GCCATATCAAT--AATGTACTGA-ACTCACTA------CGTTGAAAACAC---C-ACAAA-G-C---------TTATC-A---------C-----GGCGG--GGGG-TT--GCAG--CA-G--GG---TGTTGAAATATGT-C--TAGATGGAAGA--G----CTGT--GT-GA--A-ATTTA-AGG--CGGTT---------GTT------TAAGCGCCAGTG--C---GAGACATTTCCT-----------ACA-A------AGTACAG------GTA----------T--G-TTT--ACATTAc
gi|11 : TGTGCATC--AAGTTGG-T-C--AC--TC-ATA-TCCCTA-----ATGA---AAAATACA-TCT-AGTCTTC-AT----A----ATATTAACCA--A-AAGGC---CTCGACC-AAA-AATCTGCTGCAAC--ATTACATGT-----GTCCTTC--TTAG-TTGTTGATAGATCGA---TGCTGGATCGA-AGATG----CTACTC---CCCCCC-CCCCC-CCCCCCCCTTGGA-ATTGTAGCTTTCTC-----GT--GAAA-ACACCTGCGCCGCACT-AGtacagtca
gi|12 : GTAACAT-ACATCT--AA-------------------A--TGC-TTTGT-----ATAAC-TAAGATCATA-TGGGCTTTAA-ATTA-AACTTTTCTAGAATATAAAAG-TACAAGC--A-ACAAGTACATGAAG-TGGA-CTGGAGGCGGA-TAAT-GCAT-CTATAA-TT-A-CCTATAAT--AAAAATTGTATCCA-CAAGGCAAC
gi|13 : CTCGCGAGA---TAT-GACGTGAAATCGTACATCC------GGGCAG-ATGTCAAAATG-TT----TCA-C--AACGTA--AACA-----TA------TGCAGAAAACCA---C-AAAAG-A-C---------TAAGT-AGAAA-A-AGCGAAAGAGCGG--TGGG-TA--GCCA--CA-G--AA---GTTTGACATTTATTC--TAG--GAAAGA--AGAC-CTGC--GT-AA--T-A---A-CGG--gcatattataggtatttaaaggtatctcataaaata
gi|14 : GGATCCAGATAGGTAACAT-GCATTTTTGAGTGCAATTCTATTATATCTAAATGC-TTTGT-----ATGACATAA-ATCGT----GGCTTTAATATTACA---CTTTTAG-ATATAGAAG-TACAAGCA-ACAC-AG-ACATGAA
gi|15 : C--GTAT-A---TAGATACA-TCTGAGTCTTC-ATT---ACCAAAAGT--ATCA--A---------TTCAATC-AAA-A-TCT-CTGCAA--CATA-CATGT-----G-----CAGGTAGTTT-----TAAATCG--ATTCTTG-ATCGA-GGT
gi|16 : TC-ACATC-TGTCAGTGAAATAT--GA-CTATCTCA-TGTGT--CAGTTTTGCTG-CCAC-CATTTAGCTGCA--GAACTA-ATATAGTACAGTGC--AACTTGAA-TTATGATGAT
gi|17 : GCGGA-TCAA-GCATCCTATAT-T-GA-CCTATAATTAAAAAAATGTATCCACCAAGGCA
gi|18 : ATCGTTT-TCCTA--TTATGA-------A-TTTTTCA--TTCA----G-GAATTTTACTTTATTTT-ATAT-TGCA-TTTCATTAAAGATAATTccagattataggtaatgtaacaaagtacctcatacaatatacc
gi|19 : attgcagaattggaattataaaGGGTCTG-TAAGTCTCGTCAT--ATG--ATTTACGAGA---TA
gi|2 : ataTCCG-TAAGTCTCGTCATTGGCGGAACGCGCGATA---TATTGACGTGAA-TCGTACTTCC------GGGCAG-A-GTCAAAA---GT----TCA-C--AACGTA--AA-A-----T--------GCCGAAAACCA------AACA-G-C---------T-AGT-AG-AA-ATGGCTAGAGAGC----TGGA-CA--GCAA--CACA--AG---TT--GAAATTTGTTT--CTG--AAAAGA--AGCCACTGC--GG-TA--A-A---A-CGG--TTGTTT--------GTA--------------------CG--AAAAC-TTTACT-----------ACA-AG-----AGTACAG------GTA----------T-----TGATACATCACGA-TCCGATCATGT-CATCCAAAGTTG--T-T--GC-GTC-ATA-CCCGTAC--GTAT-A---T--ATAC-ATCTGAGTCTTC-ATT---T----AAAT--ACCA--A-AAG-G---CTCAATCGAAA-A-TCT-CTG-AAA-CAT--AATAT-----G-----C---TAG-TT-----TAAATCGA-TTTCTT-AATCGA---TTG-------------------------CCCCCCCCCTTAGA-A---------ACTCG----GT--GAAA-ACACC--AG-CGCACTAAGAATACAGCACAGC-TTCAGGTGGA-Aaaac
gi|2 : agttcaatctttttcaatagtATCGTTT-TCCTA--TTATGA-------A-CTTTTCATTC-----C-A-GAA-TTTACTTTATTTTA-TA-AT-CATT--CATTAAAGATAATTCTGAG------AAAATACGTAC--A-TACACTATC-ACATC-TGTCAGT-AAAC-TATGA-GTATCTCA-TGGGTGGCAGTGTTGCTG-C-ACCCA-TTAGCTGTAGGTA-CTA-ATATA-TACAGTGC--AACTTGAATTCATAAT-ATGTTAAACAGCTTACAGGGGCAGGAAAACAGAGT------------GGGGAGGGGCGGCGGG--GGCACAC-TCATGAGTCCAAAAGTCTAGCCCACCCTCAAGTCCAACACTT---TTTA---TACCTTTTAAA--AGTTCTCGAAAACCATAAAGTA-TACT-ATTCT-ATGCG-ATTCTAGAAATTAAC-GT-GAATATATTTTTGTTAATATCTGATTTCGCT----AAAAAAattgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattggaattataaatcgttttcctattatgaacttttcattccagaatttactttattttataatcattcattaaagataattctgagaaaatacgtacatacactatcacatctgtcagtaaactatgagtatctcatgggtggcagtgttgctgcacccattagctgtaggtactaatatatacagtgcaacttgaattcataatatgttaaacagcttacaggggcaggaaaacagagtggggaggggcggcgggggcacactcatgagtccaaaagtctagcccaccctcaagtccaacactttttataccttttaaaagttctcgaaaaccataaagtatactattctatgcgattctagaaattaacgtgaatatatttttgttaatatctgatttcgctaaaaaatttgattttaaaataagaactatatttgtttacttg
gi|3 : agttcaatctttttcaatagttccgtaagtctcgtcattggcggaacgcgcgatatattgacgtgaatcgtacttccgggcagagtcaaaagttcacaacgtaaaatgccgaaaaccaaacagctagtagaaatggctagagagctggacagcaacacaagttgaaatttgtttctgaaaagaagccactgcggtaaaacggttgtttgtacgaaaactttactacaagagtacaggtattgatacatcacgatccgatcatgtcatccaaagttgttgcgtcatacccgtacgtatatatacatctgagtcttcatttaaataccaaaaggctcaatcgaaaatctctgaaacataatatgctagtttaaatcgatttcttaatcgattgcccccccccttagaaactcggtgaaaacaccagcgcactaagaatacagcacagcttcaggtggaaattgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattggaattataaGGTCCG-TAAGTCTCGTCAT--GTG--ACTCGCGAGA---TAT-GA-AT--AAT--TACTTCC------GGGCAG-ATGT--GAATG-GT----TCA-C---ACGTA--AA-T-----TA------TGCAGAAAACCA---CGAAAAA-G-C---------TTAGT-AA-AA-A-TGGTGTAAGGCGG--TAGA-T---GCAA--TA-G--AA---GTTTGAAATTTGTTC--TGG--AAAAGA--AG-C-TTGC--ATCAAGTA-G---A-CGGTACTG-T---------GTA------GAAACCT---TG---------AC--TTACT-----------ACAGA------AGTACAG------GTA----------CCAG-TTAT-ACATCACGA-TC-GATCATGT-CATC--AAATTGTTT-T--AC-GTCAATA-CCCGTACTAGTAT-A---TGATTACCATCTGAGTCTTCAATT---A----AGAT--ACCA--ATAA--TGTCCTAAATC-AGA-A-TCTACTG-AAA-CAT--TCTAT-----G-----C--GTTG-TT-----TAAATCGA-A-TCTT-AATCAATAGGTGTGCCCTGCCCTCTCGCCCCTCCTCCCCCCCCCCCTTAGAGATT-----TGTCCTG----TT--GAA----ACC--AG-CG-ACT-A-AATACAGCACAGTGCT-AGGTGGA-Atttgattttaaaataagaactatatttgtttacttg
gi|3 : taA--TTATAAAATTTCTA-TTATGTATTTTTATTT-GCGAA-TTAACTTCATTT--ATATATGCATTTTCATTAAAGATAATC----GGATATTAAA-CA-GT--T-ACTATACTATCCACACC-TGCCAGTGAAAC-T--GAAGTATCTCA-TTGGC----GTGTTG-TGTC-ACGCATTTAGCTGT---TA-CTCTATATAGTACAGTGTGTAACTTGAA-TCATAATGA-G-AAAACAGCTTACAGGGGCAG--AAACAGA------------------------GGTGGGGT------CTTCCTGAGGTCAAGA-TCTACCCCACCCTTCAATCCA-CACTGGTAATTA---TACCTTT---ACAAGTTCTCG--AACCATAATTTATTACTAATTTTTAT-TGGATTCTAGAAA-TAACTGTTGAATAT-TTTTTGTTAATATCTGATT--GCT----AAAAGACA-TTCATAAATACCattgatgatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtattgcagaattggagattataaaatttctattatgtatttttatttgcgaattaacttcatttatatatgcattttcattaaagataatcggatattaaacagttactatactatccacacctgccagtgaaactgaagtatctcattggcgtgttgtgtcacgcatttagctgttactctatatagtacagtgtgtaacttgaatcataatgagaaaacagcttacaggggcagaaacagaggtggggtcttcctgaggtcaagatctaccccacccttcaatccacactggtaattatacctttacaagttctcgaaccataatttattactaatttttattggattctagaaataactgttgaatattttttgttaatatctgattgctaaaagacattcataaatacc
gi|4 : taggtccgtaagtctcgtcatgtgactcgcgagatatgaataattacttccgggcagatgtgaatggttcacacgtaaattatgcagaaaaccacgaaaaagcttagtaaaaatggtgtaaggcggtagatgcaatagaagtttgaaatttgttctggaaaagaagcttgcatcaagtagacggtactgtgtagaaaccttgacttactacagaagtacaggtaccagttatacatcacgatcgatcatgtcatcaaattgttttacgtcaatacccgtactagtatatgattaccatctgagtcttcaattaagataccaataatgtcctaaatcagaatctactgaaacattctatgcgttgtttaaatcgaatcttaatcaataggtgtgccctgccctctcgcccctcctcccccccccccttagagatttgtcctgttgaaaccagcgactaaatacagcacagtgctaggtggaaattgatgatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtattgcagaattggagGGGTCCG-TAAGTCTCGTCAT--GTG--GCTCGCGAGA---TAT-GACGTGAAATCGTAATTCC------GGGCAG-ATGTCAAAATG-GT----TCA-C--AACGTA--AATA-----TA------TGCAGAAGACCA---C-AACAT-T-C---------TTAAT-AG-AA-AAGGCTAGAAAGCGG--TGGA-TA--GCAA--CA-G--A----------AGTTTG-----------AAAGA--AGCT-CTGA--GT-AA--T-A---G-CGG--TTGTT---------GTA------GAAAAGTCAATT--CA---AGAC-TTTACT-----------ACA-A------AGTACAGTTACATGTA----------T--G-TTTA--CATCACGA-TC-GATCATGT-CATC--AAGTTGT-T-T--AC-GTC-ATA-CCCGTAC--GTAT-A---TAGATAC-ATCTGAGTCTTC-GTTTTAA----ATAT--AT----------T---CTTGATC-
gi|4 : ta-TT-----TAAAT--ATATTCTTGA-TCGC-GGTGG----CTGCCT---TGCCCC--CCCCCCCCCTCCTTTAGA-ATT-----TGTCTCG----GT--GAAA-ACACC--AG-CGCACT-AGAATACAGCACAGC-TT-AGGTGGA-Agcggtggctgccttgccccccccccccctcctttagaatttgtctcggtgaaaacaccagcgcactagaatacagcacagcttaggtggaaattgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattggaattataaattccttttcctattatgtataacatagaaatattgtcatctatgctttttaacttttcattttcatccaggaatttaaagctgacatgatttcataa
gi|4 : tagggtccgtaagtctcgtcatgtggctcgcgagatatgacgtgaaatcgtaattccgggcagatgtcaaaatggttcacaacgtaaatatatgcagaagaccacaacattcttaatagaaaaggctagaaagcggtggatagcaacagaagtttgaaagaagctctgagtaatagcggttgttgtagaaaagtcaattcaagactttactacaaagtacagttacatgtatgtttacatcacgatcgatcatgtcatcaagttgtttacgtcatacccgtacgtatatagatacatctgagtcttcgtTATGC--TTTTTAACTTTTCATTTTCATCCAG-GAA-TTTAattgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattggaattataaattccttttcctattatgtataacatagaaatattgtcatctatgctttttaacttttcattttcatccaggaatttaaagctgacatgatttcataa
gi|5 : tagggtccgtaagtctcgtcatgtggctcgcgagatatgacgtgaaatcgtaattccgggcagatgtcaaaatggttcacaacgtaaatatatgcagaagaccacaacattcttaatagaaaaggctagaaagcggtggatagcaacagaagtttgaaagaagctctgagtaatagcggttgttgtagaaaagtcaattcaagactttactacaaagtacagttacatgtatgtttacatcacgatcgatcatgtcatcaagttgtttacgtcatacccgtacgtatatagatacatctgagtcttcgttttaaatatattcttgatcgcggtggctgccttgccccccccccccctcctttagaatttgtctcggtgaaaacaccagcgcactagaatacagcacagcttaggtggaaattgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattggaattataaattccttttcctattatgtataacatagaaatattgtcatc---TAT-GACGTGAAGTCGTACGTCTCAGGAAAGGCAG-ATGTCAAAATG-GTA---TCA-CCAAACGTC--AATA-----TAGCACGATGCTGAAAACCAGAAC-AAACACG-CGACATCAAATTAAG-AA-AACA-GGCTAGAGAGGCG--TGAGCTACGGCAAGGCA-G--AGATTTTTTGCCATTTGTTCCTTGC--GAAAGAGAAGCC-GGGTCGGT-AA--ATA---ATCAG--CTGTCTGTTTGATCGTAAGAGGCGAAACGTCAATGAGCAATGAAGA-CTTGCTCTCTTGGATTTAAA-AGAGAGCAGTACCG------GTAAACACGGTAAT--G-TTTA--CATCACGCCTC-GATCATGT-GATC--AAGTTG--TGT--AC-GTC-ATATCCCATAT--GTAC-A---TAGATAC--TCTGAGTCTTC-ATT---T----AGAT--ACCA--A-AG--T---CTCGATC-AAACA-TCT-CTGCAACATAC--AATGTG----G-----C--GTaagctgacatgatttcataa
gi|6 : atcGGGTCGC-TAAGTCTCATCAT--GTG--ACTCGCGAGA---CAT-GACGTGAAGTCGTACTTTC------GGGTAG-TTGTCAGAATG-AC----TCA-C--GAATTA--AA-AG----TA------TGCTGAAACCGA---C-AAAAA-G-C---------TTAGTGAA-AA-A-GGCTAGAGAGCGG--TGGA-TA--GCAA--TA-G--GT---TTTTGAAATTTGTTC--TGG--AAAAGG--AGCC-CTGC--GA-AA--T-A---A-ATG--TTGTT---------GTA------G-AAC----------------AC-TTTACT-----------ACA-A------AGTACAG------GTA----------T--GTTTTA-ATA-------------CATGT-CATC--AAGTTtgaccttgtgtatgaagactcgattcatctgatcgaagcatgtgggctctattgacaccgcgcatccccccttcctcgctcgcctcccactcttcctcttcagagaatttgtctgg
gi|6 : agctcaagctaataGTTTTA-AT---------ACAT--GTCATCA-AG--T---TT-GATC-AAA-A-TCT-CTGCAAC-ATT--CATGTGCGTAG-----C--GTAG-TTG----TAAATCG--ATTCTTG-ATTGA-TGTTG----tgatcaaaatctctgcaacattcatgtgcgtagcgtagttgtaaatcgattcttgattgatgttgtggtaacctttaaaaatatgttccaagttaaaacgccggagcactagaatat
gi|7 : agctcaagctaatagggtcgctaagtctcatcatgtgactcgcgagacatgacgtgaagtcgtactttcgggtagttgtcagaatgactcacgaattaaaagtatgctgaaaccgacaaaaagcttagtgaaaaaggctagagagcggtggatagcaataggtttttgaaatttgttctggaaaaggagccctgcgaaataaatgttgttgtagaacactttactacaaagtacaggtatATCAGTA-TTACTCTTTTCTAGTCCAGGGTCGCAGATGCATTAAAGGATTACTTT-ATTA-ACTTATCATGTGATAACATTTTAGAATATTAGGCACCA--CTAGAGATTAATGGTCAGTTAAACT---TAAATTTTTGTTTGCA--CTGGATTCCGATA-GTAACATAACATCT------------------------AGTAA-TTTGT-----TTAACA-AA-ATATTA-TTGGCTTTAATATTACA---CTTTTAG-ATATTAAGGTTACAAGC--ACAC-AG-ACATGAAG-GGGAGCTGGAGGCGGATTCAA-GTATCTTATAT-TTTACCCTATACT--AAAAAAT-CACC---CAAGGCAACtggtaacctttaaaaatatgttccaagttaaaacgccggagcactagaatat
gi|8 : ACGTTAATG--ATATTAAGTTAAGT-AACCTTTG-TGGCAA-CTGGACCTGGAagattataggtaatttaacaaagtacctcatacattatacta
gi|8 : gACGTTAATGT-CAGTTAA-CT---T-AACTTTTG-GTGCAAT-TGGATCCAGATAAGTAACAT-GCATTT--TT-------------------GTGTGCATTTCTATACAATAACATAA-ACAATG-T---CTTTAATATTA-AA--------------AAAAG-TACAAGCCAACAC-AG-ACA-GAAG-TGGAGC--GAGGCTGA-TCAA-GCATCCTATATATTGA-CCTATAATTAAAAAAATGTATCCA-CAAGGCAtaatgtcagttaacttaacttttggtgcaattggatccagataagtaacatgcatttttgtgtgcatttctatacaataacataaacaatgtctttaatattaaaaaaagtacaagccaacacagacagaagtggagcgaggctgatcaagcatcctatatattgacctataattaaaaaaatgtatccacaaggcaccagatataggtaattgtaacaaagtacactcatacaat
gi|9 : gtccaggtccagttgccacaaaggttacttaacttaatatcattaT--GAAA-ACACC--AGC-GCACT-AGAATACAGCACTGC-TC-AGGTGGACATTATccagatataggtaattgtaacaaagtacactcatacaat
Alignments
lowQualScore : 111111 1111 333333333333333 11111 222222222 1 11111 1111111 11111111 5555555555555555555555555555555555555 22222222222 222222 111111 222222222222222 111 11 2222222 111 22 222222222 222222222222 1 2222222 22222222222 22222 1111 11 11 222222222222222 11 22222 1111 1 1111 1 11 2222222 111111 111 1 1 2222 1 1 1111111 1 111 1 1 1 2222222222 11 1 11 999999999999999999999999 2222222 22 222 333333 11 11 1 1111 1 2222 22 11 2222 1 1 1 111 11 1 11 1 11 11 1 11 222 11111 11 111 8888888888888888888888888 22222 1111 22222 11 2 1 1 22
lowQualScore : 6 99 99 888 5 0 444444 5 5 5555 99999 66 222222222222222 1 22222 555 000000000 0 5 77 5 0 0 66 11111 66 5 5555555 0 0 8888888 66 2 5 66 5 44444444 5 66 5555555555555555555555555555555555555 2 55 77777777777 5 222222 666666 888888888888888 222 3 6 99 5 55 2222222 6 6 6 77 5 000 0 33 5 333333333 1 66 2 666666666666 1 5 5 5 1 4 0000000 44444444444 888 5 00000 3333 11 11 555555555555555 33 8 0 00000 7777 99 6 99 5 6 2222 8 3 33 7777777 8 0 0 999999 8 1 555 66 2 5 3 3 6 6 7 3 6666 6 1 0 0 55 8888888 3 0 666 2 0 0 2 3 3 7777777777 2 33 3 0 8 3 7 88 222222222222222222222222 3 6666666 7 00 7 7 6 333 222222 88 7 44 7 3 7777 7 3 6666 00 7 7 88 8888 5 1 5 1 5 999 88 5 66 5 1 66 1 88 5 88 3 444 7 88888 99 999 4 6 88 7777777777777777777777777 8 00000 222 8 8888 0 77777 8 8 0 99 0 8 0 0 5 3 8 8 8 55 8 11 1 8
lowQualScore : . .. .. ... . . ...... . . .... ..... .. ............... . ..... ... ......... . . .. . . . .. ..... .. . ....... . . ....... .. . . .. . ........ . .. ..................................... . .. ........... . ...... ...... ............... ... . . .. . .. ....... . . . .. . ... . .. . ......... . .. . ............ . . . . . . ....... ........... ... . ..... .... .. .. ............... .. . . ..... .... .. . .. . . .... . . .. ....... . . . ...... . . ... .. . . . . . . . . .... . . . . .. ....... . . ... . . . . . . .......... . .. . . . . . .. ........................ . ....... . .. . . . ... ...... .. . .. . . .... . . .... .. . . .. .... . . . . . ... .. . .. . . .. . .. . .. . ... . ..... .. ... . . .. ......................... . ..... ... . .... . ..... . . . .. . . . . . . . . . .. . .. . .
lowQualScore : 7 22 22 888 7 9 444444 0 0 6666 00000 99 555555555555555 0 00000 111 000000000 4 0 22 0 0 1 99 22222 99 0 8888888 1 1 1111111 99 5 0 99 0 22222222 0 99 0000000000000000000000000000000000000 1 99 11111111111 7 111111 444444 999999999999999 444 0 7 22 7 77 8888888 7 7 7 99 7 000 1 99 0 111111111 0 99 2 222222222222 4 0 7 7 4 3 1111111 33333333333 666 7 00000 9999 44 77 000000000000000 00 0 8 00000 0000 22 7 22 0 7 2222 0 3 88 0000000 0 8 8 888888 0 4 888 55 5 5 2 2 7 7 3 3 3333 7 0 0 0 88 0000000 2 0 222 5 0 0 8 2 2 5555555555 5 88 2 0 8 2 3 33 777777777777777777777777 7 7777777 3 77 3 3 7 333 777777 33 3 77 3 3 3333 3 3 3333 77 3 3 33 3333 5 0 5 0 0 000 55 5 55 5 0 55 0 00 0 00 2 000 0 55555 22 000 6 5 88 0000000000000000000000000 0 00000 444 0 0000 8 00000 0 0 8 00 4 0 8 0 0 2 0 0 0 88 0 00 4 0
consensus : GGGTCCG-TAAGTCTCGTCAT--GTG--ACTCGCGAGA---TAT-GACGTGAAATCGTACTTCC------GGGCAG-ATGTCAAAATG-GT----TCA-C--AACGTA--AA-A-----TA------TGCNGAAAACCA---C-AAAAA-G-C---------TTAGT-AG-AA-A-GGCTAGAGAGCGG--TGGG-TA--GCAA--CA-G--AG---TTTTGAAATTTGTTC--TGG--GAAAGA--AGCC-CTGC--GT-AA--A-A---A-CGG--CTGTT---------GTA------GAAACGTCAATG--CA--GAAAC-TTTACT-----------ACA-A------AGTACAG------GTA----------T--G-TTTA-ACATCACGA-TC-GATCATGT-CATC--AAGTTG--T-T--AC-GTC-ATA-CCCGTAC--GTAT-A---TAGATACAATCTGAGTCTTC-ATT---A----ANAT--ACCA--A-AA--T---CTCGATC-AAA-A-TCT-CTGCAAC-CAT--CATGT-----G-----C--GTAG-TT-----TAAATCGA-ATTCTTGAATCGA-AGTTG----CTGCCC---CGCCCC-CCCCCCCCCCCCCCTTAGA-ATT-----TGTCTCG----GT--GAAA-ACACC--AGCCGCACT-AGAATACAGCACAGC-TT-AGGTGGA-ATTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCGTTT-TCCTA--TTATGA--TTTTTA-CTTTTCATTTTCATTC-G-GAA-TTTACTTCATTTTAATATATGCATTTTCATTAAAGATAATTCTGAGGATATTAAAACA-GTACT-ACTANACTATC-ACATC-TGCCAGTGAAAC-T--GA-GTATCTCA-TGGGT--CAGTGTTGCTG-C-ACGCATTTAGCTGTA--TA-CTA-ATATAGTACAGTGC--AACTTGAA-TCATAATGATGTAAAACAGCTTACAGGGGCAG--AAACAGA-T------------GGGGGGGGG-GGCGGGGTGGCA-ACTTCATGAGGTCAAGA-TCTAGCCCACCCTTCAATCCAACACTTGTATTTA---TACCTTT---A--AGTTCTCG--AACCATAAAGTATTACTAATTTT-AT-CG-ATTCTAGAAA-TAACTGT-GAATAT-TTTTTGTTAATATCTGATT--GCT----AAAAAACATTTCATNGATACCAGTAATTACTCNTTTCTAGTCCAGGGTCGCNGATGCACTAAAGGATTACTTNAATTATACTTATCANGTNATAACANTTTAGAATATTAGGCACCAACCTAGACGTTAATG--CAGTTAAACT---T-AACTTTTG-TTGCAATCTGGATCCGGATAGGTAACAT-ACATCT--GA-------------------AAGTGC-TTTGT-----ATAACATAA-ATCATA-TTGGCTTTAATATTACAACTCTTTTAG-ATATAAAAG-TACAAGC--ACACAAG-ACATGAAG-TGGAGCTGGAGGCGGA-TCAA-GCATCCTATAT-TTGA-CCTATAATTAAAAAAATGTATCCA-CAAGGCAAC
Reference ( family-4282 ) : GGGTCCG-TAAGTCTCGTCAT--GTG--ACTCGCGAGA---TAT-GACGTGAAATCGTACTTCC------GGGCAG-ATGTCAAAATG-GT----TCA-C--AACGTA--AA-A-----TA------TGCNGAAAACCA---C-AAAAA-G-C---------TTAGT-AG-AA-A-GGCTAGAGAGCGG--TGGG-TA--GCAA--CA-G--AG---TTTTGAAATTTGTTC--TGG--GAAAGA--AGCC-CTGC--GT-AA--A-A---A-CGG--CTGTT---------GTA------GAAACGTCAATG--CA--GAAAC-TTTACT-----------ACA-A------AGTACAG------GTA----------T--G-TTTA-ACATCACGA-TC-GATCATGT-CATC--AAGTTG--T-T--AC-GTC-ATA-CCCGTAC--GTAT-A---TAGATACAATCTGAGTCTTC-ATT---A----ANAT--ACCA--A-AA--T---CTCGATC-AAA-A-TCT-CTGCAAC-CAT--CATGT-----G-----C--GTAG-TT-----TAAATCGA-ATTCTTGAATCGA-AGTTG----CTGCCC---CGCCCC-CCCCCCCCCCCCCCTTAGA-ATT-----TGTCTCG----GT--GAAA-ACACC--AGCCGCACT-AGAATACAGCACAGC-TT-AGGTGGA-ATTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCGTTT-TCCTA--TTATGA--TTTTTA-CTTTTCATTTTCATTC-G-GAA-TTTACTTCATTTTAATATATGCATTTTCATTAAAGATAATTCTGAGGATATTAAAACA-GTACT-ACTANACTATC-ACATC-TGCCAGTGAAAC-T--GA-GTATCTCA-TGGGT--CAGTGTTGCTG-C-ACGCATTTAGCTGTA--TA-CTA-ATATAGTACAGTGC--AACTTGAA-TCATAATGATGTAAAACAGCTTACAGGGGCAG--AAACAGA-T------------GGGGGGGGG-GGCGGGGTGGCA-ACTTCATGAGGTCAAGA-TCTAGCCCACCCTTCAATCCAACACTTGTATTTA---TACCTTT---A--AGTTCTCG--AACCATAAAGTATTACTAATTTT-AT-CG-ATTCTAGAAA-TAACTGT-GAATAT-TTTTTGTTAATATCTGATT--GCT----AAAAAACATTTCATNGATACCAGTAATTACTCNTTTCTAGTCCAGGGTCGCNGATGCACTAAAGGATTACTTNAATTATACTTATCANGTNATAACANTTTAGAATATTAGGCACCAACCTAGACGTTAATG--CAGTTAAACT---T-AACTTTTG-TTGCAATCTGGATCCGGATAGGTAACAT-ACATCT--GA-------------------AAGTGC-TTTGT-----ATAACATAA-ATCATA-TTGGCTTTAATATTACAACTCTTTTAG-ATATAAAAG-TACAAGC--ACACAAG-ACATGAAG-TGGAGCTGGAGGCGGA-TCAA-GCATCCTATAT-TTGA-CCTATAATTAAAAAAATGTATCCA-CAAGGCAAC
gi|1 : GGGTCCCCTAAGTCTCGTCAT--GTG--ACTCGCGAGAATCTA--GACGTGAAATCGTACTTCC------GGGCAGCAT-TCAAA-TGAGT----TCA-A--CATGTA--AT-A-----AA------TGCTGAAAACCA---T-ACAAA-GTC---------TTAGT-AG-AA-A-GGCTAGTGAGCGGCTTGGG--A--GCGA--CA-GTAAA---TTTTGAAATTTGTTC--TGA--GAAAGA--AGCT-CTGC--GT-AA--A-A---A-TGG--CTGTT---------GTA------GAAGCGTCAATG--CA--GAAGC-TTTACT-----------ACA-A------AGTACCG------GT-----------T--G-TTTA-ACAT-ACGA-TC--AGCATG--CATTCAAAGTTG--T-TAAACAGTC-ATA-CTCGTAC--GT-T-AAACTAGATACAATCTGAGTCTTC-ATT---A----AGAT--A-CA--A-AA--T---CTCGATC-AAA-A-TTT-CTGCAACTCAT--CATGT-----G-----C--GTAG-TT-----TGAATCGA-ATTCTTGAATCGA-AGTAG----CT-CCC---CACCCC-CCCCCCCCCCACTCTAAGA-ATT-----TGTCTCGTCTCGTCCGAAACACACC--AGCCGC-CT-AGAATACAGCACAGT-CA-AGGTGGA-ATTAT
gi|1 : ATTGTTTATTCTACGTAATGA--TTTTTA-CTTTTCATTTTCATTC-A-GAA-ATATCTTCATTTTAATATATGTA-TTTCAATAAGAAT-ATTCTGAAGATATTAAAACA-GTACTGACTAAGCTATC-ACATCTTGCCAGTG-AAT-T--G--GT-TCCCATTGGGT--CAGTGTTGCTG-C-ACACATTT-GCTGTA--T--CT--ATATAGTACAATGC--A--CTGAA-TCATAATTATGTAAAACAGCTTACAAGGGCAG--AACCAGA-TCCAATTTTTTGGGGGGGGGGG-GGGGGGATGGCA-ACTTCATGAGGTCAAG---CTAGCCCACCC-TCAATCCAACACTTGTATTTAGGTTACACTT---A--ATTCTTCG--ATCCATAAAGTATTAC-AA-TTT-AT-TG-ATTCTAG-AA-CAATT-----ACA------TGT--ATAGC-GATT--GATAAAAAAAAAACATTTCATTGATACCAGTAATTACTTATTTCTAGT-CAGGGTCGTT--TGCAC--AAGG-TTACTTAAATTATATTTATCAAGTT-TAATAATTT--AATATTA-GCACCAACTTAGACA-TAATG--TAGTTAAACT---T-AATTTTTG--TGCAATTTGGATCCAGATAGGTAACA--ACATCT--GA-------------------AAGTGC-TTTGT-----ATAA-AT-A-ATCATATTTGGCTTTAATATAACAACTCTTTTAG-ATATAAAAG-TAC-AGC--ACACAAG-ACATGAAGCTGGA-CTGGAGGCCGG-TCAAGGCATCCTATAT-TTGA-CCTATAACT--AAAATTGTATCCA-CCAAGCAACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaactggattagatacaaaaaaatttctatattgtataaataagatatagtcactattgtttattctacgtaatgatttttacttttcattttcattcagaaatatcttcattttaatatatgtatttcaataagaatattctgaagatattaaaacagtactgactaagctatcacatcttgccagtgaattggttcccattgggtcagtgttgctgcacacatttgctgtatctatatagtacaatgcactgaatcataattatgtaaaacagcttacaagggcagaaccagatccaattttttgggggggggggggggggatggcaacttcatgaggtcaagctagcccaccctcaatccaacacttgtatttaggttacacttaattcttcgatccataaagtattacaatttattgattctagaacaattacatgtatagcgattgataaaaaaaaaacatttcattgataccagtaattacttatttctagtcagggtcgtttgcacaaggttacttaaattatatttatcaagtttaataatttaatattagcaccaacttagacataatgtagttaaacttaatttttgtgcaatttggatccagataggtaacaacatctgaaagtgctttgtataaataatcatatttggctttaatataacaactcttttagatataaaagtacagcacacaagacatgaagctggactggaggccggtcaaggcatcctatatttgacctataactaaaattgtatccaccaagcaacc
gi|10 : gggtcccctaagtctcgtcatgtgactcgcgagaatctagacgtgaaatcgtacttccgggcagcattcaaatgagttcaacatgtaataaatgctgaaaaccatacaaagtcttagtagaaaggctagtgagcggcttgggagcgacagtaaattttgaaatttgttctgagaaagaagctctgcgtaaaaatggctgttgtagaagcgtcaatgcagaagctttactacaaagtaccggttgtttaacatacgatcagcatgcattcaaagttgttaaacagtcatactcgtacgttaaactagatacaatctgagtcttcattaagatacaaaatctcgatcaaaatttctgcaactcatcatgtgcgtagtttgaatcgaattcttgaatcgaagtagctccccaccccccccccccccactctaagaatttgtctcgtctcgtccgaaacacaccagccgcctagaatacagcacagtcaaggtggaattatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaactggattagatacaaaaaaatttctatattgtataaataagatatagtcactCGTGAAATTGTACCCCC------AGACAA-CTAATAGGATG-GCCATATCAAT--AATGTACTGA-ACTCACTA------CGTTGAAAACAC---C-ACAAA-G-C---------TTATC-A---------C-----GGCGG--GGGG-TT--GCAG--CA-G--GG---TGTTGAAATATGT-C--TAGATGGAAGA--G----CTGT--GT-GA--A-ATTTA-AGG--CGGTT---------GTT------TAAGCGCCAGTG--C---GAGACATTTCCT-----------ACA-A------AGTACAG------GTA----------T--G-TTT--ACATTAc
gi|11 : TGTGCATC--AAGTTGG-T-C--AC--TC-ATA-TCCCTA-----ATGA---AAAATACA-TCT-AGTCTTC-AT----A----ATATTAACCA--A-AAGGC---CTCGACC-AAA-AATCTGCTGCAAC--ATTACATGT-----GTCCTTC--TTAG-TTGTTGATAGATCGA---TGCTGGATCGA-AGATG----CTACTC---CCCCCC-CCCCC-CCCCCCCCTTGGA-ATTGTAGCTTTCTC-----GT--GAAA-ACACCTGCGCCGCACT-AGtacagtca
gi|12 : GTAACAT-ACATCT--AA-------------------A--TGC-TTTGT-----ATAAC-TAAGATCATA-TGGGCTTTAA-ATTA-AACTTTTCTAGAATATAAAAG-TACAAGC--A-ACAAGTACATGAAG-TGGA-CTGGAGGCGGA-TAAT-GCAT-CTATAA-TT-A-CCTATAAT--AAAAATTGTATCCA-CAAGGCAAC
gi|13 : CTCGCGAGA---TAT-GACGTGAAATCGTACATCC------GGGCAG-ATGTCAAAATG-TT----TCA-C--AACGTA--AACA-----TA------TGCAGAAAACCA---C-AAAAG-A-C---------TAAGT-AGAAA-A-AGCGAAAGAGCGG--TGGG-TA--GCCA--CA-G--AA---GTTTGACATTTATTC--TAG--GAAAGA--AGAC-CTGC--GT-AA--T-A---A-CGG--gcatattataggtatttaaaggtatctcataaaata
gi|14 : GGATCCAGATAGGTAACAT-GCATTTTTGAGTGCAATTCTATTATATCTAAATGC-TTTGT-----ATGACATAA-ATCGT----GGCTTTAATATTACA---CTTTTAG-ATATAGAAG-TACAAGCA-ACAC-AG-ACATGAA
gi|15 : C--GTAT-A---TAGATACA-TCTGAGTCTTC-ATT---ACCAAAAGT--ATCA--A---------TTCAATC-AAA-A-TCT-CTGCAA--CATA-CATGT-----G-----CAGGTAGTTT-----TAAATCG--ATTCTTG-ATCGA-GGT
gi|16 : TC-ACATC-TGTCAGTGAAATAT--GA-CTATCTCA-TGTGT--CAGTTTTGCTG-CCAC-CATTTAGCTGCA--GAACTA-ATATAGTACAGTGC--AACTTGAA-TTATGATGAT
gi|17 : GCGGA-TCAA-GCATCCTATAT-T-GA-CCTATAATTAAAAAAATGTATCCACCAAGGCA
gi|18 : ATCGTTT-TCCTA--TTATGA-------A-TTTTTCA--TTCA----G-GAATTTTACTTTATTTT-ATAT-TGCA-TTTCATTAAAGATAATTccagattataggtaatgtaacaaagtacctcatacaatatacc
gi|19 : attgcagaattggaattataaaGGGTCTG-TAAGTCTCGTCAT--ATG--ATTTACGAGA---TA
gi|2 : ataTCCG-TAAGTCTCGTCATTGGCGGAACGCGCGATA---TATTGACGTGAA-TCGTACTTCC------GGGCAG-A-GTCAAAA---GT----TCA-C--AACGTA--AA-A-----T--------GCCGAAAACCA------AACA-G-C---------T-AGT-AG-AA-ATGGCTAGAGAGC----TGGA-CA--GCAA--CACA--AG---TT--GAAATTTGTTT--CTG--AAAAGA--AGCCACTGC--GG-TA--A-A---A-CGG--TTGTTT--------GTA--------------------CG--AAAAC-TTTACT-----------ACA-AG-----AGTACAG------GTA----------T-----TGATACATCACGA-TCCGATCATGT-CATCCAAAGTTG--T-T--GC-GTC-ATA-CCCGTAC--GTAT-A---T--ATAC-ATCTGAGTCTTC-ATT---T----AAAT--ACCA--A-AAG-G---CTCAATCGAAA-A-TCT-CTG-AAA-CAT--AATAT-----G-----C---TAG-TT-----TAAATCGA-TTTCTT-AATCGA---TTG-------------------------CCCCCCCCCTTAGA-A---------ACTCG----GT--GAAA-ACACC--AG-CGCACTAAGAATACAGCACAGC-TTCAGGTGGA-Aaaac
gi|2 : agttcaatctttttcaatagtATCGTTT-TCCTA--TTATGA-------A-CTTTTCATTC-----C-A-GAA-TTTACTTTATTTTA-TA-AT-CATT--CATTAAAGATAATTCTGAG------AAAATACGTAC--A-TACACTATC-ACATC-TGTCAGT-AAAC-TATGA-GTATCTCA-TGGGTGGCAGTGTTGCTG-C-ACCCA-TTAGCTGTAGGTA-CTA-ATATA-TACAGTGC--AACTTGAATTCATAAT-ATGTTAAACAGCTTACAGGGGCAGGAAAACAGAGT------------GGGGAGGGGCGGCGGG--GGCACAC-TCATGAGTCCAAAAGTCTAGCCCACCCTCAAGTCCAACACTT---TTTA---TACCTTTTAAA--AGTTCTCGAAAACCATAAAGTA-TACT-ATTCT-ATGCG-ATTCTAGAAATTAAC-GT-GAATATATTTTTGTTAATATCTGATTTCGCT----AAAAAAattgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattggaattataaatcgttttcctattatgaacttttcattccagaatttactttattttataatcattcattaaagataattctgagaaaatacgtacatacactatcacatctgtcagtaaactatgagtatctcatgggtggcagtgttgctgcacccattagctgtaggtactaatatatacagtgcaacttgaattcataatatgttaaacagcttacaggggcaggaaaacagagtggggaggggcggcgggggcacactcatgagtccaaaagtctagcccaccctcaagtccaacactttttataccttttaaaagttctcgaaaaccataaagtatactattctatgcgattctagaaattaacgtgaatatatttttgttaatatctgatttcgctaaaaaatttgattttaaaataagaactatatttgtttacttg
gi|3 : agttcaatctttttcaatagttccgtaagtctcgtcattggcggaacgcgcgatatattgacgtgaatcgtacttccgggcagagtcaaaagttcacaacgtaaaatgccgaaaaccaaacagctagtagaaatggctagagagctggacagcaacacaagttgaaatttgtttctgaaaagaagccactgcggtaaaacggttgtttgtacgaaaactttactacaagagtacaggtattgatacatcacgatccgatcatgtcatccaaagttgttgcgtcatacccgtacgtatatatacatctgagtcttcatttaaataccaaaaggctcaatcgaaaatctctgaaacataatatgctagtttaaatcgatttcttaatcgattgcccccccccttagaaactcggtgaaaacaccagcgcactaagaatacagcacagcttcaggtggaaattgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattggaattataaGGTCCG-TAAGTCTCGTCAT--GTG--ACTCGCGAGA---TAT-GA-AT--AAT--TACTTCC------GGGCAG-ATGT--GAATG-GT----TCA-C---ACGTA--AA-T-----TA------TGCAGAAAACCA---CGAAAAA-G-C---------TTAGT-AA-AA-A-TGGTGTAAGGCGG--TAGA-T---GCAA--TA-G--AA---GTTTGAAATTTGTTC--TGG--AAAAGA--AG-C-TTGC--ATCAAGTA-G---A-CGGTACTG-T---------GTA------GAAACCT---TG---------AC--TTACT-----------ACAGA------AGTACAG------GTA----------CCAG-TTAT-ACATCACGA-TC-GATCATGT-CATC--AAATTGTTT-T--AC-GTCAATA-CCCGTACTAGTAT-A---TGATTACCATCTGAGTCTTCAATT---A----AGAT--ACCA--ATAA--TGTCCTAAATC-AGA-A-TCTACTG-AAA-CAT--TCTAT-----G-----C--GTTG-TT-----TAAATCGA-A-TCTT-AATCAATAGGTGTGCCCTGCCCTCTCGCCCCTCCTCCCCCCCCCCCTTAGAGATT-----TGTCCTG----TT--GAA----ACC--AG-CG-ACT-A-AATACAGCACAGTGCT-AGGTGGA-Atttgattttaaaataagaactatatttgtttacttg
gi|3 : taA--TTATAAAATTTCTA-TTATGTATTTTTATTT-GCGAA-TTAACTTCATTT--ATATATGCATTTTCATTAAAGATAATC----GGATATTAAA-CA-GT--T-ACTATACTATCCACACC-TGCCAGTGAAAC-T--GAAGTATCTCA-TTGGC----GTGTTG-TGTC-ACGCATTTAGCTGT---TA-CTCTATATAGTACAGTGTGTAACTTGAA-TCATAATGA-G-AAAACAGCTTACAGGGGCAG--AAACAGA------------------------GGTGGGGT------CTTCCTGAGGTCAAGA-TCTACCCCACCCTTCAATCCA-CACTGGTAATTA---TACCTTT---ACAAGTTCTCG--AACCATAATTTATTACTAATTTTTAT-TGGATTCTAGAAA-TAACTGTTGAATAT-TTTTTGTTAATATCTGATT--GCT----AAAAGACA-TTCATAAATACCattgatgatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtattgcagaattggagattataaaatttctattatgtatttttatttgcgaattaacttcatttatatatgcattttcattaaagataatcggatattaaacagttactatactatccacacctgccagtgaaactgaagtatctcattggcgtgttgtgtcacgcatttagctgttactctatatagtacagtgtgtaacttgaatcataatgagaaaacagcttacaggggcagaaacagaggtggggtcttcctgaggtcaagatctaccccacccttcaatccacactggtaattatacctttacaagttctcgaaccataatttattactaatttttattggattctagaaataactgttgaatattttttgttaatatctgattgctaaaagacattcataaatacc
gi|4 : taggtccgtaagtctcgtcatgtgactcgcgagatatgaataattacttccgggcagatgtgaatggttcacacgtaaattatgcagaaaaccacgaaaaagcttagtaaaaatggtgtaaggcggtagatgcaatagaagtttgaaatttgttctggaaaagaagcttgcatcaagtagacggtactgtgtagaaaccttgacttactacagaagtacaggtaccagttatacatcacgatcgatcatgtcatcaaattgttttacgtcaatacccgtactagtatatgattaccatctgagtcttcaattaagataccaataatgtcctaaatcagaatctactgaaacattctatgcgttgtttaaatcgaatcttaatcaataggtgtgccctgccctctcgcccctcctcccccccccccttagagatttgtcctgttgaaaccagcgactaaatacagcacagtgctaggtggaaattgatgatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtattgcagaattggagGGGTCCG-TAAGTCTCGTCAT--GTG--GCTCGCGAGA---TAT-GACGTGAAATCGTAATTCC------GGGCAG-ATGTCAAAATG-GT----TCA-C--AACGTA--AATA-----TA------TGCAGAAGACCA---C-AACAT-T-C---------TTAAT-AG-AA-AAGGCTAGAAAGCGG--TGGA-TA--GCAA--CA-G--A----------AGTTTG-----------AAAGA--AGCT-CTGA--GT-AA--T-A---G-CGG--TTGTT---------GTA------GAAAAGTCAATT--CA---AGAC-TTTACT-----------ACA-A------AGTACAGTTACATGTA----------T--G-TTTA--CATCACGA-TC-GATCATGT-CATC--AAGTTGT-T-T--AC-GTC-ATA-CCCGTAC--GTAT-A---TAGATAC-ATCTGAGTCTTC-GTTTTAA----ATAT--AT----------T---CTTGATC-
gi|4 : ta-TT-----TAAAT--ATATTCTTGA-TCGC-GGTGG----CTGCCT---TGCCCC--CCCCCCCCCTCCTTTAGA-ATT-----TGTCTCG----GT--GAAA-ACACC--AG-CGCACT-AGAATACAGCACAGC-TT-AGGTGGA-Agcggtggctgccttgccccccccccccctcctttagaatttgtctcggtgaaaacaccagcgcactagaatacagcacagcttaggtggaaattgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattggaattataaattccttttcctattatgtataacatagaaatattgtcatctatgctttttaacttttcattttcatccaggaatttaaagctgacatgatttcataa
gi|4 : tagggtccgtaagtctcgtcatgtggctcgcgagatatgacgtgaaatcgtaattccgggcagatgtcaaaatggttcacaacgtaaatatatgcagaagaccacaacattcttaatagaaaaggctagaaagcggtggatagcaacagaagtttgaaagaagctctgagtaatagcggttgttgtagaaaagtcaattcaagactttactacaaagtacagttacatgtatgtttacatcacgatcgatcatgtcatcaagttgtttacgtcatacccgtacgtatatagatacatctgagtcttcgtTATGC--TTTTTAACTTTTCATTTTCATCCAG-GAA-TTTAattgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattggaattataaattccttttcctattatgtataacatagaaatattgtcatctatgctttttaacttttcattttcatccaggaatttaaagctgacatgatttcataa
gi|5 : tagggtccgtaagtctcgtcatgtggctcgcgagatatgacgtgaaatcgtaattccgggcagatgtcaaaatggttcacaacgtaaatatatgcagaagaccacaacattcttaatagaaaaggctagaaagcggtggatagcaacagaagtttgaaagaagctctgagtaatagcggttgttgtagaaaagtcaattcaagactttactacaaagtacagttacatgtatgtttacatcacgatcgatcatgtcatcaagttgtttacgtcatacccgtacgtatatagatacatctgagtcttcgttttaaatatattcttgatcgcggtggctgccttgccccccccccccctcctttagaatttgtctcggtgaaaacaccagcgcactagaatacagcacagcttaggtggaaattgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattggaattataaattccttttcctattatgtataacatagaaatattgtcatc---TAT-GACGTGAAGTCGTACGTCTCAGGAAAGGCAG-ATGTCAAAATG-GTA---TCA-CCAAACGTC--AATA-----TAGCACGATGCTGAAAACCAGAAC-AAACACG-CGACATCAAATTAAG-AA-AACA-GGCTAGAGAGGCG--TGAGCTACGGCAAGGCA-G--AGATTTTTTGCCATTTGTTCCTTGC--GAAAGAGAAGCC-GGGTCGGT-AA--ATA---ATCAG--CTGTCTGTTTGATCGTAAGAGGCGAAACGTCAATGAGCAATGAAGA-CTTGCTCTCTTGGATTTAAA-AGAGAGCAGTACCG------GTAAACACGGTAAT--G-TTTA--CATCACGCCTC-GATCATGT-GATC--AAGTTG--TGT--AC-GTC-ATATCCCATAT--GTAC-A---TAGATAC--TCTGAGTCTTC-ATT---T----AGAT--ACCA--A-AG--T---CTCGATC-AAACA-TCT-CTGCAACATAC--AATGTG----G-----C--GTaagctgacatgatttcataa
gi|6 : atcGGGTCGC-TAAGTCTCATCAT--GTG--ACTCGCGAGA---CAT-GACGTGAAGTCGTACTTTC------GGGTAG-TTGTCAGAATG-AC----TCA-C--GAATTA--AA-AG----TA------TGCTGAAACCGA---C-AAAAA-G-C---------TTAGTGAA-AA-A-GGCTAGAGAGCGG--TGGA-TA--GCAA--TA-G--GT---TTTTGAAATTTGTTC--TGG--AAAAGG--AGCC-CTGC--GA-AA--T-A---A-ATG--TTGTT---------GTA------G-AAC----------------AC-TTTACT-----------ACA-A------AGTACAG------GTA----------T--GTTTTA-ATA-------------CATGT-CATC--AAGTTtgaccttgtgtatgaagactcgattcatctgatcgaagcatgtgggctctattgacaccgcgcatccccccttcctcgctcgcctcccactcttcctcttcagagaatttgtctgg
gi|6 : agctcaagctaataGTTTTA-AT---------ACAT--GTCATCA-AG--T---TT-GATC-AAA-A-TCT-CTGCAAC-ATT--CATGTGCGTAG-----C--GTAG-TTG----TAAATCG--ATTCTTG-ATTGA-TGTTG----tgatcaaaatctctgcaacattcatgtgcgtagcgtagttgtaaatcgattcttgattgatgttgtggtaacctttaaaaatatgttccaagttaaaacgccggagcactagaatat
gi|7 : agctcaagctaatagggtcgctaagtctcatcatgtgactcgcgagacatgacgtgaagtcgtactttcgggtagttgtcagaatgactcacgaattaaaagtatgctgaaaccgacaaaaagcttagtgaaaaaggctagagagcggtggatagcaataggtttttgaaatttgttctggaaaaggagccctgcgaaataaatgttgttgtagaacactttactacaaagtacaggtatATCAGTA-TTACTCTTTTCTAGTCCAGGGTCGCAGATGCATTAAAGGATTACTTT-ATTA-ACTTATCATGTGATAACATTTTAGAATATTAGGCACCA--CTAGAGATTAATGGTCAGTTAAACT---TAAATTTTTGTTTGCA--CTGGATTCCGATA-GTAACATAACATCT------------------------AGTAA-TTTGT-----TTAACA-AA-ATATTA-TTGGCTTTAATATTACA---CTTTTAG-ATATTAAGGTTACAAGC--ACAC-AG-ACATGAAG-GGGAGCTGGAGGCGGATTCAA-GTATCTTATAT-TTTACCCTATACT--AAAAAAT-CACC---CAAGGCAACtggtaacctttaaaaatatgttccaagttaaaacgccggagcactagaatat
gi|8 : ACGTTAATG--ATATTAAGTTAAGT-AACCTTTG-TGGCAA-CTGGACCTGGAagattataggtaatttaacaaagtacctcatacattatacta
gi|8 : gACGTTAATGT-CAGTTAA-CT---T-AACTTTTG-GTGCAAT-TGGATCCAGATAAGTAACAT-GCATTT--TT-------------------GTGTGCATTTCTATACAATAACATAA-ACAATG-T---CTTTAATATTA-AA--------------AAAAG-TACAAGCCAACAC-AG-ACA-GAAG-TGGAGC--GAGGCTGA-TCAA-GCATCCTATATATTGA-CCTATAATTAAAAAAATGTATCCA-CAAGGCAtaatgtcagttaacttaacttttggtgcaattggatccagataagtaacatgcatttttgtgtgcatttctatacaataacataaacaatgtctttaatattaaaaaaagtacaagccaacacagacagaagtggagcgaggctgatcaagcatcctatatattgacctataattaaaaaaatgtatccacaaggcaccagatataggtaattgtaacaaagtacactcatacaat
gi|9 : gtccaggtccagttgccacaaaggttacttaacttaatatcattaT--GAAA-ACACC--AGC-GCACT-AGAATACAGCACTGC-TC-AGGTGGACATTATccagatataggtaattgtaacaaagtacactcatacaat
blockSeqs : . TG GA . T CAGGAA . . CATA CCAA CT TATAGCACGA T GAAC CG GACATCAAA G GA C T . CTACG GG C AGATT TAGAT GA A A CG C AATTT T TA TGTTTGATCGTAAGAGGCGAAACGTCAATGAGCAATG G AT CTCTTGGATTT G GAGAGC TTACAT AACACGGTAATG ATA T C CG G CA TTTT . A T TA G . CA A TACCAA T TA C ATAATGTC C G C A G C CATTA GTCCTT AGG T GTTGA ATAT GG TA TGCCCTGCCCTCTCG TC G GTAGC . . . TG C A TTC C . . AATTTCT A TTTGC T T TA TA G T T A C G A C AC C C C . GA TATGA A . GGC C T C C T A AGGTACTA G GT A T G T T GA GTGGGGAGGGGC C GGCAC T AG T A G . TAAA AA T TA T T GCG A T TGTT TA T T TC . . A . T C AGA TA A T . T GA T AG G . T GTC A AAGT TT AC A G TA TTGAGTGCAATTCTATTATATCTAA A ATACA ATA G ATG AACT A T CA A T . G T T . A TT C TA T C
blockSeqs : . . . . . . . . A ATA . ACTCACTA A CG G . . G . A . TT . . GG CTTGC . C . . . GTAG . . GTTTAAGCGCCAGTGCG A T . . G . CCAG TA C . G . . GTC . . . . . . A . TTTAA A . T AAAGGC C . . . A C CATAC GCGTAG T . G ATT GA A CTACTCCC C . . . . . . C . GCT . . . TTTTT . TCCAG . T TA T G T T A . . . . T . T . . GA ATGA A . C C . . G T A AGAACTA G . A . G T . . . T GT . A T . . . ACA . . T T . TGG A . GT T T T . . T TC G TA T AT C A T TTGT . . ATA . ATT CA . . A . . . G T . . . TG . TA A .
blockSeqs : . . . . . . . . . CA . CATA C C A . . A . . . TA . . AA TAG . C . . . ATA . . GTAGAAAAGTCAATTCA G T . . . . TGT AA C . G . . TTT . . . . . . A . TT A . C TCAAGT C . . . . C CATA GG G . . AT G G CTGCCTTG . . . . . . . . . TT . . . . CA . A A A . . . A . . A TGAA A . . . . . . . A TACTCT . . A . . . T A . T G C G . T AAA . . TA . GT CA . . . . . . . . . . . T . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . CA . TATA A C G . . G . . . CA . . AG CTG . C . . . TA . . GTAGAAACCTTG A C . . . . TG A C . G . . TGT . . . . . . A . TA G . C AAAGG A . . . . C ACAT G G . . AA A G . . . . . . . . . . TC . . . G . T A T A . . AA . . AA . . . . . . . . G . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . CA . AGTA A C G . . A . . . TA . . AA TGG . C . . . AA . . TGTACGA . T . . . . TG A C . . . . TT . . . . . . A . TT T . T AAGT T . . . . . ACAT G G . . AT A T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . CG . TTA T C T . . A . . . TA . . GT TGG . . . . . TA . . GTAGAAC . . . . . . T A . . . . . . . . A G . C A C . . . . . CATT G . . . A G .
blockSeqs : . . . . . C . AT T . G . . . . . . T . . A . . . . . . TA . . . . C . T T . .
blockSeqCons : *** CATA*********** G** ** TA*** AG***** TGTAGAAACGCCGTGCG******************** AA* G* ** TTT**** *** A* AAGT******** NNNT*** ATT* G* CTGCCCC******** C* **** ** TT** ******* CG**** T* ATA G*** CA*** T* **
originalCons : GGGTCCG-TAAGTCTCGTCAT--GTG--ACTCGCGAGA---TAT-GACGTGAAATCGTACTTCC------GGGCAG-ATGTCAAAATG-GT----TCA-C--AACGTA--AA-A-----TA------TGCNGAAAACCA---C-AAAAA-G-C---------TTAGT-AG-AA-A-GGCTAGAGAGCGG--TGGG-TA--GCAA--CA-G--AG---TTTTGAAATTTGTTC--TGG--GAAAGA--AGCC-CTGC--GT-AA--A-A---A-CGG--CTGTT---------GTA------GAAACGTCAATG--CA--GAAAC-TTTACT-----------ACA-A------AGTACAG------GTA----------T--G-TTTA-ACATCACGA-TC-GATCATGT-CATC--AAGTTG--T-T--AC-GTC-ATA-CCCGTAC--GTAT-A---TAGATACAATCTGAGTCTTC-ATT---A----ANAT--ACCA--A-AA--T---CTCGATC-AAA-A-TCT-CTGCAAC-CAT--CATGT-----G-----C--GTAG-TT-----TAAATCGA-ATTCTTGAATCGA-AGTTG----CTGCCC---CGCCCC-CCCCCCCCCCCCCCTTAGA-ATT-----TGTCTCG----GT--GAAA-ACACC--AGCCGCACT-AGAATACAGCACAGC-TT-AGGTGGA-ATTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCGTTT-TCCTA--TTATGA--TTTTTA-CTTTTCATTTTCATTC-G-GAA-TTTACTTCATTTTAATATATGCATTTTCATTAAAGATAATTCTGAGGATATTAAAACA-GTACT-ACTANACTATC-ACATC-TGCCAGTGAAAC-T--GA-GTATCTCA-TGGGT--CAGTGTTGCTG-C-ACGCATTTAGCTGTA--TA-CTA-ATATAGTACAGTGC--AACTTGAA-TCATAATGATGTAAAACAGCTTACAGGGGCAG--AAACAGA-T------------GGGGGGGGG-GGCGGGGTGGCA-ACTTCATGAGGTCAAGA-TCTAGCCCACCCTTCAATCCAACACTTGTATTTA---TACCTTT---A--AGTTCTCG--AACCATAAAGTATTACTAATTTT-AT-CG-ATTCTAGAAA-TAACTGT-GAATAT-TTTTTGTTAATATCTGATT--GCT----AAAAAACATTTCATNGATACCAGTAATTACTCNTTTCTAGTCCAGGGTCGCNGATGCACTAAAGGATTACTTNAATTATACTTATCANGTNATAACANTTTAGAATATTAGGCACCAACCTAGACGTTAATG--CAGTTAAACT---T-AACTTTTG-TTGCAATCTGGATCCGGATAGGTAACAT-ACATCT--GA-------------------AAGTGC-TTTGT-----ATAACATAA-ATCATA-TTGGCTTTAATATTACAACTCTTTTAG-ATATAAAAG-TACAAGC--ACACAAG-ACATGAAG-TGGAGCTGGAGGCGGA-TCAA-GCATCCTATAT-TTGA-CCTATAATTAAAAAAATGTATCCA-CAAGGCAAC
finalCons : GGGTCCG-TAAGTCTCGTCAT--GTG--ACTCGCGAGA---TAT-GACGTGAAATCGTACTTCC------GGGCAG-ATGTCAAAATG-GT----TCA-C--AACGTA--AACATA-----------TGCNGAAAACCA---C-AAAAAG--C---------TTAGT-AG-AA-A-GGCTAGAGAGCGG--TGGGTA---GCAA--CA-GAG-----TTTTGAAATTTGTTC--TGG--GAAAGA--AGCC-CTGC--GT-AA--A-A---A-CGG--CTGTTTGTAGAAACGCCGTGCG--------------------AAAC-TTTACT-----------ACA-A------AGTACAG------GTA----------T--G-TTTAA-CATCACGA-TCG-ATCATGT-CATC--AAGTTGTTT----AC-GTC-ATA-CCCGTAC--GTAT-A---TAGATACA-TCTGAGTCTTC-ATT---A----ANAT--ACCAAAGT--------CTCGATC-AAA-A-TCT-CTGCAANNNT---CATGT-----G-----C--GTAG-TT-----TAAATCGATT-TCTTG-ATCGA-AGTTGCTGCCCC--------CCCCC-CCCCCCCCCCCCCTTAGA-ATT-----TGTCTCG----GT--GAAA-ACACC--AGCCGCACT-AGAATACAGCACAGCTT--AGGTGGA-ATTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCGTTT-TCCTA--TTATGA-------A-CTTTTCATTTTCACG----GAA-TTTACTTCATTTTAATATATGCATTTTCATTAAAGATAATTCTGAGGATATTAAAACA-GTACT-ACTANACTATC-ACATC-TGCCAGTGAAAC-T--GA-GTATCTCA-TGGGT--CAGTGTTGCTG-C-ACGCATTTAGCTGTA--TA-CTA-ATATAGTACAGTGC--AACTTGAA-TCATAATGATGTAAAACAGCTTACAGGGGCAG--AAACAGA-T------------GGGGGGGGG-GGCGGGGTGGCA-ACTTCATGAGGTCAAGA-TCTAGCCCACCCTTCAATCCAACACTTGTATTTA---TACCTTT---A--AGTTCTCG--AACCATAAAGTATTACTAATTTT-AT-CG-ATTCTAGAAA-TAACTGT-GAATAT-TTTTTGTTAATATCTGATT--GCT----AAAAAACATTTCATNGATACCAGTAATTACTCNTTTCTAGTCCAGGGTCGCNGATGCACTAAAGGATTACTTNAATTATACTTATCANGTNATAACANTTTAGAATATTAGGCACCAACCTAGACGTTAATG--CAGTTAAACT---T-AACTTTTG-TTGCAATCTGGATCCGGATAGGTAACAT-ACATCT--GA-------------------AAGTGC-TTTGT-----ATAACATAA-ATCATG---GGCTTTAATATTACA---CTTTTAG-ATATAAAAG-TACAAGC--ACACAAG-ACATGAAG-TGGAGCTGGAGGCGGA-TCAA-GCATCCTATAT-TT-A-CCTATAAT--AAAAAATGTATCCA-CAAGGCAAC
Alignments
lowQualScore : 111111 1111 333333333333 222222222 1 11111 1111111 11111111111 666666666666666 111111 1111 111 11 11 111 222222 222222222222 1 111111 3333333333333333333333333 11111 22222 44444444444444444444444444444444444444 11111 222222222 11111 1111 1 1111 1 11 22222 4444444 1 22 1 1 2222 1 1 2222 11 1 111 1 1 1 222222 11 11 1 11 999999999999999999999999 2222222 22 222 333333 11 11 1 1111 1 2222 22 11 2222 1 1 1 111 11 1 11 1 11 11 1 11 222 11111 11 111 8888888888888888888888888 22222 1 22222222 111 11 11 11 1 1 111 1 22
lowQualScore : 6 99 99 888 5 0 444444 5 5 5555 99999 888 222222222222 1 888 5 5 5 000000000 0 5 77 5 0 0 66 11111 66 5 5555555 0 0 8888888 66 2 5 66 5 99999999999 5 66 666 2 888888888888888 6 6 6 5 666666 5 0000 222 3 6 99 5 55 6 22 6 6 6 77 5 000 1 5 5 5 333333 1 66 2 555555555555 1 5 5 5 1 0 222222 5 2222222222222222222222222 5 77777 888 11111 5 88888888888888888888888888888888888888 1 66666 77 666666666 6 66666 7777 99 6 99 5 6 2222 8 0 33 55555 2 3 1111111 0 4 44 66 2 5 3 3 6 6 7 3 6666 6 1 0 0 2 5555 33 3 0 666 2 0 0 2 3 3 777777 33 2 33 3 0 8 3 7 88 222222222222222222222222 3 6666666 7 00 7 7 6 333 222222 88 7 44 7 3 7777 7 3 6666 00 7 7 88 8888 5 1 5 1 5 999 88 5 66 5 1 66 1 88 5 88 3 444 7 88888 99 999 4 6 88 7777777777777777777777777 8 00000 0 0 6 88888888 0 444 11 8 8 0 99 11 8 0 0 5 3 8 8 3 222 6 8 22 1 8
lowQualScore : . .. .. ... . . ...... . . .... ..... ... ............ . ... . . . ......... . . .. . . . .. ..... .. . ....... . . ....... .. . . .. . ........... . .. ... . ............... . . . . ...... . .... ... . . .. . .. . .. . . . .. . ... . . . . ...... . .. . ............ . . . . . . ...... . ......................... . ..... ... ..... . ...................................... . ..... .. ......... . ..... .... .. . .. . . .... . . .. ..... . . ....... . . .. .. . . . . . . . . .... . . . . . .... .. . . ... . . . . . . ...... .. . .. . . . . . .. ........................ . ....... . .. . . . ... ...... .. . .. . . .... . . .... .. . . .. .... . . . . . ... .. . .. . . .. . .. . .. . ... . ..... .. ... . . .. ......................... . ..... . . . ........ . ... .. . . . .. .. . . . . . . . . ... . . .. . .
lowQualScore : 7 22 22 888 7 9 444444 0 0 6666 00000 888 999999999999 0 888 0 0 0 000000000 4 0 22 0 0 1 99 22222 99 0 8888888 1 1 1111111 99 5 0 99 0 99999999999 0 99 666 5 777777777777777 7 7 7 7 444444 7 7777 444 0 7 22 7 77 7 77 7 7 7 99 7 000 7 7 7 0 111111 0 99 2 888888888888 4 0 7 7 4 7 999999 7 9999999999999999999999999 0 55555 888 88888 0 66666666666666666666666666666666666666 0 77777 77 777777777 7 77777 0000 22 7 22 0 7 2222 0 0 88 00000 5 2 5555555 0 0 88 55 5 5 2 2 7 7 3 3 3333 7 0 0 0 5 0000 22 2 0 222 5 0 0 8 2 2 222222 22 5 88 2 0 8 2 3 33 777777777777777777777777 7 7777777 3 77 3 3 7 333 777777 33 3 77 3 3 3333 3 3 3333 77 3 3 33 3333 5 0 5 0 0 000 55 5 55 5 0 55 0 00 0 00 2 000 0 55555 22 000 6 5 88 0000000000000000000000000 0 00000 8 8 0 22222222 8 000 00 0 0 8 00 44 0 8 0 0 2 0 0 2 222 0 0 00 4 0
consensus : GGGTCCG-TAAGTCTCGTCAT--GTG--ACTCGCGAGA---TAT-GACGTGAAATCGTACTTCC------GGGCAG-ATGTCAAAATG-GT----TCA-C--AACGTA---AAT--A-T------ATGCNGAAAACC---AC-AAA-AAG-C---------TTAGT-AG-AA-A-GGCTAGAGAGCGG--TGGG-TA--GCAA--CA-G--AG---TTTTGAAATTTGTTC--TGG--GAA--AGAAGCC-CTGC--GT-AA--A-A------A-CGG--CTGTTTGTAGAAG-GCC-G-TGC-GAGAC-TTTACTACA-A-AGTACA-G------GTA-T--G-TTTA-ACATCACGA-TC-GATCATGT-CATC--AAGTTG-TT-TAC-GTC-ATA-CCCGTAC--GTAT-A---TAGATA-C-ATCTGAGTCTTC-ATT----AANAT--ACCA--A-A--GT---CTCGATC-AAA-A-TCT-CTGCAA-CATT-C-ATGT-----G-----C--GT--A------G-TT-----TAAA---TCGAT-T--TCTTG-ATCGA-AG-------------TTG----CTGC----CC-----CCCCCCCCCC-----CCCCCC-CCCTT---------AGA-ATT-----TGTCTCG----GT--GAAA-ACACC--AGCCGCACT-AGAATACAGCACAGC-TT-AGGTGGA-ATTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCGTTT-TCCTA--TTATGA-----ACTTTTCATTTTCA--CGGAA-TTNACTTCATTTT-ATATATGCATTTTCATTAAAGATAATTCTGAGGATATTAAAACA-GTACT-ACTANACTATC-ACATCT-GCCAGTGAAAC--TGA-GTATCTCAT-GGGT--CAGTGTTGCTG-C-ACGCATTTAGCTGTA--TA-CTA-ATATAGTACAGTGC--AACTTGAA-TCATAATGATGTAAAACAGCTTACAGGGGCAG--AAACAGA-T------------GGGGGGGGG-GGCGGGGTGGCA-ACTTCATGAGGTCAAGA-TCTAGCCCACCCTTCAATCCAACACTTGTATTTA---TACCTTT---A--AGTTCTCG--AACCATAAAGTATTACTAATTTT-AT-CG-ATTCTAGAAA-TAACTGT-GAATAT-TTTTTGTTAATATCTGATT--GCT----AAAAAACATTTCATNGATACCAGTAATTACTCNTTTCTAGTCCAGGGTCGCNGATGCACTAAAGGATTACTTNAATTATACTTATCANGTNATAACANTTTAGAATATTAGGCACCAACCTAGACGTTAATG--CAGTTAAACT---T-AACTTTTG-TTGCAATCTGGATCCGGATAGGTAACAT-ACATCT--GA-------------------AAGTGC-TTTGTATA-----ACATAA-ATCAT--G---GGCTTTAATATTACA---CTTTT--AGA-TATAAAAG-TACAAGC--ACACAAG-ACATGAAG-TGGAGCTGGAGGCGGA-TCAA-GCATCCTATA-T-TTGA-CCTATAATTAAAAAAATGTATCCA-CAAGGCAAC
Reference ( family-4282 ) : GGGTCCG-TAAGTCTCGTCAT--GTG--ACTCGCGAGA---TAT-GACGTGAAATCGTACTTCC------GGGCAG-ATGTCAAAATG-GT----TCA-C--AACGTA---AAC--A-T------ATGCNGAAAACC---AC-AAA-AAG-C---------TTAGT-AG-AA-A-GGCTAGAGAGCGG--TGGG-TA--GCAA--CA-G--AG---TTTTGAAATTTGTTC--TGG--GAA--AGAAGCC-CTGC--GT-AA--A-A------A-CGG--CTGTTTGTAGAAACGCC-G-TGC-GAAAC-TTTACTACA-A-AGTACA-G------GTA-T--G-TTTA-ACATCACGA-TC-GATCATGT-CATC--AAGTTG-TT-TAC-GTC-ATA-CCCGTAC--GTAT-A---TAGATA-C-ATCTGAGTCTTC-ATT----AANAT--ACCA--A-A--GT---CTCGATC-AAA-A-TCT-CTGCAA-NNNT-C-ATGT-----G-----C--GT--A------G-TT-----TAAA---TCGAT-T--TCTTG-ATCGA-AG-------------TTG----CTGC----CC-----CCCCCCCCCC-----CCCCCC-CCCTT---------AGA-ATT-----TGTCTCG----GT--GAAA-ACACC--AGCCGCACT-AGAATACAGCACAGC-TT-AGGTGGA-ATTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCGTTT-TCCTA--TTATGA-----ACTTTTCATTTTCA--CGGAA-TTTACTTCATTTTAATATATGCATTTTCATTAAAGATAATTCTGAGGATATTAAAACA-GTACT-ACTANACTATC-ACATCT-GCCAGTGAAAC--TGA-GTATCTCAT-GGGT--CAGTGTTGCTG-C-ACGCATTTAGCTGTA--TA-CTA-ATATAGTACAGTGC--AACTTGAA-TCATAATGATGTAAAACAGCTTACAGGGGCAG--AAACAGA-T------------GGGGGGGGG-GGCGGGGTGGCA-ACTTCATGAGGTCAAGA-TCTAGCCCACCCTTCAATCCAACACTTGTATTTA---TACCTTT---A--AGTTCTCG--AACCATAAAGTATTACTAATTTT-AT-CG-ATTCTAGAAA-TAACTGT-GAATAT-TTTTTGTTAATATCTGATT--GCT----AAAAAACATTTCATNGATACCAGTAATTACTCNTTTCTAGTCCAGGGTCGCNGATGCACTAAAGGATTACTTNAATTATACTTATCANGTNATAACANTTTAGAATATTAGGCACCAACCTAGACGTTAATG--CAGTTAAACT---T-AACTTTTG-TTGCAATCTGGATCCGGATAGGTAACAT-ACATCT--GA-------------------AAGTGC-TTTGTATA-----ACATAA-ATCAT--G---GGCTTTAATATTACA---CTTTT--AGA-TATAAAAG-TACAAGC--ACACAAG-ACATGAAG-TGGAGCTGGAGGCGGA-TCAA-GCATCCTATA-T-TT-A-CCTATAAT--AAAAAATGTATCCA-CAAGGCAAC
gi|1 : GGGTCCCCTAAGTCTCGTCAT--GTG--ACTCGCGAGAATCTA--GACGTGAAATCGTACTTCC------GGGCAGCAT-TCAAA-TGAGT----TCA-A--CATGTA---A-T--A-A------ATGCTGAAAACC---AT-ACA-AAGTC---------TTAGT-AG-AA-A-GGCTAGTGAGCGGCTTGGG--A--GCGA--CA-GTAAA---TTTTGAAATTTGTTC--TGA--GAA--AGAAGCT-CTGC--GT-AA--A-A------A-TGG--CTG-TTGTAGAAGCGTCAA-TGCAGAAGC-TTTACTACA-A-AGTACC-G------GT--T--G-TTTA-ACAT-ACGA-TC--AGCATG--CATTCAAAGTTG-TTAAACAGTC-ATA-CTCGTAC--GT-T-AAACTAGATA-CAATCTGAGTCTTC-ATT----AAGAT--A-CA--A-A--AT---CTCGATC-AAA-A-TTT-CTGCAACTCAT-C-ATGT-----G-----C--GT--A------G-TT-----TGAA---TCGAA-T--TCTTGAATCGA-AG-------------TAG----CTCC----CC-----ACCCCCCCCC-----CCCCCA-CTCTA---------AGA-ATT-----TGTCTCGTCTCGTCCGAAACACACC--AGCCGC-CT-AGAATACAGCACAGT-CA-AGGTGGA-ATTAT
gi|1 : ATTGTTTATTCTACGTAATGATTTTTACTTTTCATTTTCATTCAGAA-ATATCTTCATTTTAATATATGTATTT-CAATAAGAATA-TTCTGAAGATATTAAAACA-GTACTGACTAAGCTATC-ACATCTTGCCAGTGAA-T--TG--GT-TCCCATTGGGT--CAGTGTTGCTG-C-ACACATTT-GCTGTA--T--CTA--TATAGTACAATGC--A--CTGAA-TCATAATTATGTAAAACAGCTTACAAGGGCAG--AACCAGA-TCCAATTTTTTGGGGGGGGGGG-GGGGGGATGGCA-ACTTCATGAGGTCAAG---CTAGCCCACCC-TCAATCCAACACTTGTATTTAGGTTACACTT---A--ATTCTTCG--ATCCATAAAGTATTAC-AA-TTT-AT-TG-ATTCTAG-AA-CAATT-----ACA------TGT--ATAGC-GATT--GATAAAAAAAAAACATTTCATTGATACCAGTAATTACTTATTTCTAGT-CAGGGTCGTT--TGCAC--AAGG-TTACTTAAATTATATTTATCAAGTT-TAATAATTT--AATATTA-GCACCAACTTAGACA-TAATG--TAGTTAAACT---T-AATTTTTG--TGCAATTTGGATCCAGATAGGTAACA--ACATCT--GA-------------------AAGTGC-TTTGTATA-----A-AT-A-ATCAT--ATTTGGCTTTAATATAACAACTCTTTT--AGA-TATAAAAG-TAC-AGC--ACACAAG-ACATGAAGCTGGA-CTGGAGGCCGG-TCAAGGCATCCTATA-T-TTGA-CCTATAAC--TAAAATTGTATCCA-CCAAGCAACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaactggattagatacaaaaaaatttctatattgtataaataagatatagtcactattgtttattctacgtaatgatttttacttttcattttcattcagaaatatcttcattttaatatatgtatttcaataagaatattctgaagatattaaaacagtactgactaagctatcacatcttgccagtgaattggttcccattgggtcagtgttgctgcacacatttgctgtatctatatagtacaatgcactgaatcataattatgtaaaacagcttacaagggcagaaccagatccaattttttgggggggggggggggggatggcaacttcatgaggtcaagctagcccaccctcaatccaacacttgtatttaggttacacttaattcttcgatccataaagtattacaatttattgattctagaacaattacatgtatagcgattgataaaaaaaaaacatttcattgataccagtaattacttatttctagtcagggtcgtttgcacaaggttacttaaattatatttatcaagtttaataatttaatattagcaccaacttagacataatgtagttaaacttaatttttgtgcaatttggatccagataggtaacaacatctgaaagtgctttgtataaataatcatatttggctttaatataacaactcttttagatataaaagtacagcacacaagacatgaagctggactggaggccggtcaaggcatcctatatttgacctataactaaaattgtatccaccaagcaacc
gi|10 : gggtcccctaagtctcgtcatgtgactcgcgagaatctagacgtgaaatcgtacttccgggcagcattcaaatgagttcaacatgtaataaatgctgaaaaccatacaaagtcttagtagaaaggctagtgagcggcttgggagcgacagtaaattttgaaatttgttctgagaaagaagctctgcgtaaaaatggctgttgtagaagcgtcaatgcagaagctttactacaaagtaccggttgtttaacatacgatcagcatgcattcaaagttgttaaacagtcatactcgtacgttaaactagatacaatctgagtcttcattaagatacaaaatctcgatcaaaatttctgcaactcatcatgtgcgtagtttgaatcgaattcttgaatcgaagtagctccccaccccccccccccccactctaagaatttgtctcgtctcgtccgaaacacaccagccgcctagaatacagcacagtcaaggtggaattatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaactggattagatacaaaaaaatttctatattgtataaataagatatagtcactCGTGAAATTGTACCCCC------AGACAA-CTAATAGGATG-GCCATATCAAT--AATGTACTGAACTCACT------ACGTTGAAAACA---CC-ACA-AAG-C---------TTATC-A---------C-----GGCGG--GGGG-TT--GCAG--CA-G--GG---TGTTGAAATATGT-C--TAGATGGA--AGAG----CTGT--GT-GA--A-ATTTAAGG-CGG--TTGTTT----AAGCGCCAG-TGC-GAGACATTTCCTACA-A-AGTACA-G------GTA-T--G-TTT--ACATTAc
gi|11 : TGTGCATC--AAGTTG-GT-CAC--TC-ATA-TCCCTA-----ATGA---AAAATA-C-ATCT-AGTCTTC-AT-----AATATTAACCA--A-AAGGC---CTCGACC-AAA-AATCTGCTGCAA-CATTAC-ATGT-----GTCCTTC--TT--A------G-TTGTTGATAGA---TCGAT-G---CTGG-ATCGA-AG-------------ATG----CTAC----TC-----CCCCCCCCCC-----CCCCCC-CCCTT---------GGA-ATTGTAGCTTTCTC-----GT--GAAA-ACACCTGCGCCGCACT-AGtacagtca
gi|12 : GTAACAT-ACATCT--AA-------------------A--TGC-TTTGTATA-----AC-TAAGATCATATG---GGCTTTAA-ATTAAA---CTTTTCTAGAATATAAAAG-TACAAGC--A-ACAAGTACATGAAG-TGGA-CTGGAGGCGGA-TAAT-GCATC-TATA-A-TT-A-CCTATAAT--AAAAATTGTATCCA-CAAGGCAAC
gi|13 : CTCGCGAGA---TAT-GACGTGAAATCGTACATCC------GGGCAG-ATGTCAAAATG-TT----TCA-C--AACGTA---AAC--A-T------ATGCAGAAAACC---AC-AAA-AGA-C---------TAAGT-AGAAA-A-AGCGAAAGAGCGG--TGGG-TA--GCCA--CA-G--AA---GTTTGACATTTATTC--TAG--GAA--AGAAGAC-CTGC--GT-AA--T-A------A-CGG--gcatattataggtatttaaaggtatctcataaaata
gi|14 : GGATCCAGATAGGTAACAT-GCATTTTTGAGTGCAATTCTATTATATCTAAATGC-TTTGTATG-----ACATAA-ATCGT--G---G-CTTTAATATTACA---CTTTT--AGA-TATAGAAG-TACAAGCA-ACAC-AG-ACATGAA
gi|15 : C--GTAT-A---TAGATA-C-ATCTGAGTCTTC-ATTACCAAAAGT--ATCA--A---------TTCAATC-AAA-A-TCT-CTGCAA-CATA-C-ATGT-----G-----CAGGT--A------GTTT-----TAAA---TCGA--T--TCTTG-ATCGA-GG-------------T
gi|16 : TC-ACATCT-GTCAGTGAAATA-TGA-CTATCTCAT-GTGT--CAGTTTTGCTG-CCAC-CATTTAGCTGCA--GAACTA-ATATAGTACAGTGC--AACTTGAA-TTATGATGAT
gi|17 : GCGGA-TCAA-GCATCCTATA-T-TG-A-CCTATAATTAAAAAAATGTATCCACCAAGGCA
gi|18 : ATCGTTT-TCCTA--TTATGA-----ATTTTTCA--TTCA---GGAATTTTACTTTATTTT-ATAT-TGCA-TTTCATTAAAGATAATTccagattataggtaatgtaacaaagtacctcatacaatatacc
gi|19 : attgcagaattggaattataaaGGGTCTG-TAAGTCTCGTCAT--ATG--ATTTACGAGA---TA
gi|2 : ataTCCG-TAAGTCTCGTCATTGGCGGAACGCGCGATA---TATTGACGTGAA-TCGTACTTCC------GGGCAG-A-GTCAAAA---GT----TCA-C--AACGTA---AA------------ATGCCGAAAACC---A---AA-CAG-C---------T-AGT-AG-AA-ATGGCTAGAGAGC----TGGA-CA--GCAA--CACA--AG---TT--GAAATTTGTTT--CTG--AAA--AGAAGCCACTGC--GG-TA--A-A------A-CGG--TTGTTTGTA-------C-G-----AAAAC-TTTACTACA-AGAGTACA-G------GTA-T-----TGATACATCACGA-TCCGATCATGT-CATCCAAAGTTG-TT--GC-GTC-ATA-CCCGTAC--GTAT-A---TA--TA-C-ATCTGAGTCTTC-ATT----TAAAT--ACCA--A-AA-GG---CTCAATCGAAA-A-TCT-CTG-AA-ACAT-A-ATAT-----G-----C---T--A------G-TT-----TAAA---TCGAT-T--TCTTA-ATCGA----------------TTG----C--------------CCCCC-----------------CCCTT---------AGA-A---------ACTCG----GT--GAAA-ACACC--AG-CGCACTAAGAATACAGCACAGC-TTCAGGTGGA-Aaaac
gi|2 : agttcaatctttttcaatagtATCGTTT-TCCTA--TTATGA-----ACTTTTCATTC-----CAGAA-TTTACTTTATTTT-ATA-AT-CA--TTCATTAAAGATAATTCTGAG------AAAATACGTAC--A-TACACTATC-ACATCT-GTCAGT-AAACTATGA-GTATCTCAT-GGGTGGCAGTGTTGCTG-C-ACCCA-TTAGCTGTAGGTA-CTA-ATATA-TACAGTGC--AACTTGAATTCATAAT-ATGTTAAACAGCTTACAGGGGCAGGAAAACAGAGT------------GGGGAGGGGCGGCGGG--GGCACAC-TCATGAGTCCAAAAGTCTAGCCCACCCTCAAGTCCAACACTT---TTTA---TACCTTTTAAA--AGTTCTCGAAAACCATAAAGTA-TACT-ATTCT-ATGCG-ATTCTAGAAATTAAC-GT-GAATATATTTTTGTTAATATCTGATTTCGCT----AAAAAAattgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattggaattataaatcgttttcctattatgaacttttcattccagaatttactttattttataatcattcattaaagataattctgagaaaatacgtacatacactatcacatctgtcagtaaactatgagtatctcatgggtggcagtgttgctgcacccattagctgtaggtactaatatatacagtgcaacttgaattcataatatgttaaacagcttacaggggcaggaaaacagagtggggaggggcggcgggggcacactcatgagtccaaaagtctagcccaccctcaagtccaacactttttataccttttaaaagttctcgaaaaccataaagtatactattctatgcgattctagaaattaacgtgaatatatttttgttaatatctgatttcgctaaaaaatttgattttaaaataagaactatatttgtttacttg
gi|3 : agttcaatctttttcaatagttccgtaagtctcgtcattggcggaacgcgcgatatattgacgtgaatcgtacttccgggcagagtcaaaagttcacaacgtaaaatgccgaaaaccaaacagctagtagaaatggctagagagctggacagcaacacaagttgaaatttgtttctgaaaagaagccactgcggtaaaacggttgtttgtacgaaaactttactacaagagtacaggtattgatacatcacgatccgatcatgtcatccaaagttgttgcgtcatacccgtacgtatatatacatctgagtcttcatttaaataccaaaaggctcaatcgaaaatctctgaaacataatatgctagtttaaatcgatttcttaatcgattgcccccccccttagaaactcggtgaaaacaccagcgcactaagaatacagcacagcttcaggtggaaattgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattggaattataaGGTCCG-TAAGTCTCGTCAT--GTG--ACTCGCGAGA---TAT-GA-AT--AAT--TACTTCC------GGGCAG-ATGT--GAATG-GT----TCA-C---ACGTA---AAT----T------ATGCAGAAAACC---ACGAAA-AAG-C---------TTAGT-AA-AA-A-TGGTGTAAGGCGG--TAGA-T---GCAA--TA-G--AA---GTTTGAAATTTGTTC--TGG--AAA--AGAAG-C-TTGC--ATCAAGTA-G------A-CGGTACTG--TGTAGAAA--CC-T-TG-----AC--TTACTACAGA-AGTACA-G------GTA-CCAG-TTAT-ACATCACGA-TC-GATCATGT-CATC--AAATTGTTT-TAC-GTCAATA-CCCGTACTAGTAT-A---TGATTACC-ATCTGAGTCTTCAATT----AAGAT--ACCA--ATA--ATGTCCTAAATC-AGA-A-TCTACTGAAA-CATT-C--TAT-----G-----C--GT--T------G-TT-----TAAA---TCGA--A--TCTTA-ATCAATAG-------------GTGTGCCCTGC----CCTCTCGCCCCTCCTCC-----CCCCCC-CCCTT---------AGAGATT-----TGTCCTG----TT--GAA----ACC--AG-CG-ACT-A-AATACAGCACAGTGCT-AGGTGGA-Atttgattttaaaataagaactatatttgtttacttg
gi|3 : taT-TTCTA--TTATGT-----ATTTTT-ATTTGC-----GAA-TTAACTTCATTT--ATATATGCATTTTCATTAAAGATAATC----GGATATTAAA-CA-GT--T-ACTATACTATCCACACCT-GCCAGTGAAAC--TGAAGTATCTCAT-TGGC----GTGTTG-TGTC-ACGCATTTAGCTGT---TA-CTCTATATAGTACAGTGTGTAACTTGAA-TCATAATGA-G-AAAACAGCTTACAGGGGCAG--AAACAGA------------------------GGTGGGGT------CTTCCTGAGGTCAAGA-TCTACCCCACCCTTCAATCCA-CACTGGTAATTA---TACCTTT---ACAAGTTCTCG--AACCATAATTTATTACTAATTTTTAT-TGGATTCTAGAAA-TAACTGTTGAATAT-TTTTTGTTAATATCTGATT--GCT----AAAAGACA-TTCATAAATACCattgatgatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtattgcagaattggagattataaaatttctattatgtatttttatttgcgaattaacttcatttatatatgcattttcattaaagataatcggatattaaacagttactatactatccacacctgccagtgaaactgaagtatctcattggcgtgttgtgtcacgcatttagctgttactctatatagtacagtgtgtaacttgaatcataatgagaaaacagcttacaggggcagaaacagaggtggggtcttcctgaggtcaagatctaccccacccttcaatccacactggtaattatacctttacaagttctcgaaccataatttattactaatttttattggattctagaaataactgttgaatattttttgttaatatctgattgctaaaagacattcataaatacc
gi|4 : taggtccgtaagtctcgtcatgtgactcgcgagatatgaataattacttccgggcagatgtgaatggttcacacgtaaattatgcagaaaaccacgaaaaagcttagtaaaaatggtgtaaggcggtagatgcaatagaagtttgaaatttgttctggaaaagaagcttgcatcaagtagacggtactgtgtagaaaccttgacttactacagaagtacaggtaccagttatacatcacgatcgatcatgtcatcaaattgttttacgtcaatacccgtactagtatatgattaccatctgagtcttcaattaagataccaataatgtcctaaatcagaatctactgaaacattctatgcgttgtttaaatcgaatcttaatcaataggtgtgccctgccctctcgcccctcctcccccccccccttagagatttgtcctgttgaaaccagcgactaaatacagcacagtgctaggtggaaattgatgatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtattgcagaattggagattataaaaGGGTCCG-TAAGTCTCGTCAT--GTG--GCTCGCGAGA---TAT-GACGTGAAATCGTAATTCC------GGGCAG-ATGTCAAAATG-GT----TCA-C--AACGTA---AAT--A-T------ATGCAGAAGACC---AC-AAC-ATT-C---------TTAAT-AG-AA-AAGGCTAGAAAGCGG--TGGA-TA--GCAA--CA-G--A----------AGTTTG-----------AA--AGAAGCT-CTGA--GT-AA--T-A------G-CGG--TTGTT-GTAGAAAAGTC-AATTC-AAGAC-TTTACTACA-A-AGTACA-GTTACATGTA-T--G-TTTA--CATCACGA-TC-GATCATGT-CATC--AAGTTG-TT-TAC-GTC-ATA-CCCGTAC--GTAT-A---TAGATA-C-ATCTGAGTCTTC-GTTTTA-AATAT--AT----------T---CTTGATC-
gi|4 : ta-TT-----TAAA---T--ATAT--TCTTG-ATCGC-GG-------------TGG----CTGC----CT-----TGCCCCCCCC-----CCCCCT-CCTTT---------AGA-ATT-----TGTCTCG----GT--GAAA-ACACC--AG-CGCACT-AGAATACAGCACAGC-TT-AGGTGGA-Agcggtggctgccttgccccccccccccctcctttagaatttgtctcggtgaaaacaccagcgcactagaatacagcacagcttaggtggaaattgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattggaattataaattccttttcctattatgtataacatagaaatattgtcatctatgctttttaacttttcattttcatccaggaatttaaagctgacatgatttcataa
gi|5 : tagggtccgtaagtctcgtcatgtggctcgcgagatatgacgtgaaatcgtaattccgggcagatgtcaaaatggttcacaacgtaaatatatgcagaagaccacaacattcttaatagaaaaggctagaaagcggtggatagcaacagaagtttgaaagaagctctgagtaatagcggttgttgtagaaaagtcaattcaagactttactacaaagtacagttacatgtatgtttacatcacgatcgatcatgtcatcaagttgtttacgtcatacccgtacgtatatagatacatctgagtcttcgt---TAT-GACGTGAAGTCGTACGTCTCAGGAAAGGCAG-ATGTCAAAATG-GTA---TCA-CCAAACGTC---AAT--A-TAGCACGATGCTGAAAACCAGAAC-AAACACG-CGACATCAAATTAAG-AA-AACA-GGCTAGAGAGGCG--TGAGCTACGGCAAGGCA-G--AGATTTTTTGCCATTTGTTCCTTGC--GAAAGAGAAGCC-GGGTCGGT-AA--ATA------ATCAG--CTGTCTGTattgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattggaattataaattccttttcctattatgtataacatagaaatattgtcatctatgctttttaacttttcattttcatccaggaatttaaagctgacatgatttcataa
gi|5 : atcACACG------GTAAT--G-TTTA--CATCACGCCTC-GATCATGT-GATC--AAGTTG-TG-TAC-GTC-ATATCCCATAT--GTAC-A---TAGATA-C--TCTGAGTCTTC-ATT----TAGAT--ACCA--A-A--GT---CTCGATC-AAACA-TCT-CTGCAA-CATA-CAATGTG----G-----C--GTTGACCTTGTG-TA-----TGAAGACTCGAT-TCATC-TG-ATCGA-AGCATGTGGGCTCTATTGACA-CCGCGCATCC-----CCCCTTCCTCGCTCGCCTCCCACTCTTCCTCTTCAGAGA-ATT-----TGTCTttgatcgtaagaggcgaaacgtcaatgagcaatgaagacttgctctcttggatttaaaagagagcagtaccggtaaacacggtaatgtttacatcacgcctcgatcatgtgatcaagttgtgtacgtcatatcccatatgtacatagatactctgagtcttcatttagataccaaagtctcgatcaaacatctctgcaacatacaatgtggcgttgaccttgtgtatgaagactcgattcatctgatcgaagcatgtgggctctattgacaccgcgcatccccccttcctcgctcgcctcccactcttcctcttcagagaatttgtctgg
gi|6 : atctatgacgtgaagtcgtacgtctcaggaaaggcagatgtcaaaatggtatcaccaaacgtcaatatagcacgatgctgaaaaccagaacaaacacgcgacatcaaattaagaaaacaggctagagaggcgtgagctacggcaaggcagagattttttgccatttgttccttgcgaaagagaagccgggtcggtaaataatcagctgtctgtttgatcgtaagaggcgaaacgtcaatgagcaatgaagacttgctctcttggatttaaaagagagcagtaccggtaaGGGTCGC-TAAGTCTCATCAT--GTG--ACTCGCGAGA---CAT-GACGTGAAGTCGTACTTTC------GGGTAG-TTGTCAGAATG-AC----TCA-C--GAATTA---AAA--G-T------ATGCTGAAACCG---AC-AAA-AAG-C---------TTAGTGAA-AA-A-GGCTAGAGAGCGG--TGGA-TA--GCAA--TA-G--GT---TTTTGAAATTTGTTC--TGG--AAA--AGGAGCC-CTGC--GA-AA--T-A------A-ATG--TTGTT-GTAGAA----------C----AC-TTTACTACA-A-AGTACA-G------GTA-T--GTTTTA-ATA-------------CATGT-CATC--AAGTTgg
gi|6 : agctcaagctaataGTTTTA-AT------ACAT--GTCATCA-A--GT---TT-GATC-AAA-A-TCT-CTGCAA-CATT-C-ATGTGCGTAG-----C--GT--A------G-TTG----TAAA---TCGA--T--TCTTG-ATTGA-TG-------------TTG----tgatcaaaatctctgcaacattcatgtgcgtagcgtagttgtaaatcgattcttgattgatgttgtggtaacctttaaaaatatgttccaagttaaaacgccggagcactagaatat
gi|7 : agctcaagctaatagggtcgctaagtctcatcatgtgactcgcgagacatgacgtgaagtcgtactttcgggtagttgtcagaatgactcacgaattaaaagtatgctgaaaccgacaaaaagcttagtgaaaaaggctagagagcggtggatagcaataggtttttgaaatttgttctggaaaaggagccctgcgaaataaatgttgttgtagaacactttactacaaagtacaggtatATCAGTA-TTACTCTTTTCTAGTCCAGGGTCGCAGATGCATTAAAGGATTACTTT-ATTA-ACTTATCATGTGATAACATTTTAGAATATTAGGCACCA--CTAGAGATTAATGGTCAGTTAAACT---TAAATTTTTGTTTGCA--CTGGATTCCGATA-GTAACATAACATCT------------------------AGTAA-TTTGTTTA-----ACAAAATATTAT--T---GGCTTTAATATTACA---CTTTT--AGA-TATTAAGGTTACAAGC--ACAC-AG-ACATGAAG-GGGAGCTGGAGGCGGATTCAA-GTATCTTATATT-TT-ACCCTATACT--AAAAAAT-CACC---CAAGGCAACtggtaacctttaaaaatatgttccaagttaaaacgccggagcactagaatat
gi|8 : ACGTTAATG--ATATTAAGTTAAGT-AACCTTTG-TGGCAA-CTGGACCTGGAagattataggtaatttaacaaagtacctcatacattatacta
gi|8 : gACGTTAATGT-CAGTTAA-CT---T-AACTTTTG-GTGCAAT-TGGATCCAGATAAGTAACAT-GCATTT--TT-------------------GTGTGCATTTCTATACAATAACATAA-ACAAT--G---T-CTTTAATATTAAA-----------------AAAAG-TACAAGCCAACACA-G-ACA-GAAG-TGGAGC--GAGGCTGA-TCAA-GCATCCTATA-TATTGA-CCTATAATTAAAAAAATGTATCCA-CAAGGCAtaatgtcagttaacttaacttttggtgcaattggatccagataagtaacatgcatttttgtgtgcatttctatacaataacataaacaatgtctttaatattaaaaaaagtacaagccaacacagacagaagtggagcgaggctgatcaagcatcctatatattgacctataattaaaaaaatgtatccacaaggcaccagatataggtaattgtaacaaagtacactcatacaat
gi|9 : gtccaggtccagttgccacaaaggttacttaacttaatatcattaT--GAAA-ACACC--AGC-GCACT-AGAATACAGCACTGC-TC-AGGTGGACATTATccagatataggtaattgtaacaaagtacactcatacaat