lowQualScore : 111111111111 11111111111111
lowQualScore : 6 0 333 222 00 5 111111111111 4444444444 111 333333 3333333 22 22222222222222 0 111 5 00 111 22 22222222 1111 11 3333 3
lowQualScore : . . ... ... .. . ............ .......... ... ...... ....... .. .............. . ... . .. ... .. ........ .... .. .... .
lowQualScore : 7 9 000 222 99 3 000000000000 6666666666 222 333333 6666666 66 11111111111111 7 999 1 99 999 44 55555555 5555 00 0000 0
consensus : ATAC-CCC-CC--GCTA---GC-G-AAG-C------G---G----------G---G------G-------G--T---------T----TA-T---AGTGAT--CC---TG--T--------G----TT--C----CGTCCGTTC
Reference ( gi|47 ) : ATAT-CCC-CT--GCTA---GT-G-AAG-C------A---G----------G---G------G-------G--T---------T----TA-T---AGTAAT--CC---TG--T--------G----TT--C----CGTCCATTC
gi|11 : ATAC-CCC-TTC-GCTA---GT-G-AAG-C------G---G----------G---G------G-------G--T---------T----TA-T---AGATAT--CC---TG--T--------T----AT--T----TGTCCATT
gi|15 : ATAC-CCC-CT--GCTA---GT-G-AAGCC------AAATG----------G---G------G-------A--T---------TAGGATA-T---AGTGAT--CC---TG--T--------G----TT--C----Ctgttcgtctgt
gi|28 : tATAC-CTC-CC--GCTA---GC-G-AAG-G------G---G----------G---G------G-------GGGT---------TA---TA-T---AGTGAT--CC---TG--T--------T----TT--C----CGTCCGTTtttagttc
gi|12 : ATAC-CCC-CT--GCTA---GG-G-AAG-T------G---G----------G---G------G-------G--TGTTGGGGTGT----TA-T---AATGAT--CC---TG--T--------G----TT--T----CATCCGTTtgt
gi|50 : ttATAC-ACC-TC--GCTA---GC-A-AAG-C------G---G----------G---G------G-------G--T---------T-----A-T---AGTGAT--CC---TG--T--------G----TT--C----CATC
gi|54 : attATAT-CTC--T--GCAA---GT-G-AAG-----------------------G---A------G-------G--T---------T----TA-T---AGCAAT--CC---TG--T--------G----TT--C----TGTCTGTTag
gi|24 : tttATAC-GCC-CT--GCTA---GT-A-AAG-C------G---G----------G---G------G-------A--T---------TTA--TA-T---AGTGAT--CA---TG-----------------T--C----CGTCTATTC
gi|16 : attATAC-CCC-CC--GCTA---GC-A-AAG-C------A---GG---------G---G------G-------G--T---------T----TA-T---AGTGAT--CC---Tatcc
gi|32 : ttATAT-TCC-CC--GCTA---GT-G-AAG-C------C---G----------G---G------G-------G--TTGAGGAG--T----TA-A---AGTAAT--TC---TG--T--------A----TT--T----CGTtcttgcatttagggattttgc
gi|26 : atcATAC-CCC-AT--GTTA---GC-G-AAA-C------A---G----------G---A------G-------G--T---------T----TA-T---TGTGAC--CC---TG--T--------T----TT--C----TGTCTGTT
gi|36 : ATAC-CCCGCT---CTA---GC-G-AAG-C------T---G----------G---G------G-------G--A---------T----TA-T---AATGAT--CT---TG--C--------A----TT--C----CGTCCGTTtgttctt
gi|48 : tATAT-CTC-CC--ACTA---GA-G-AAG-T----------G----------G---G------G-------G--T---------T----T--T---AATGTT--TC---TG--T--------G----TT--C----TGTCCATTCtgt
gi|21 : ATAC-CCT-CT--GTTA---GT-GGAAG-C----------G----------G---G------G-------G--T---------T----TA-T---AGTGAG--TC---TG--T--------T----GT--C----TGTCTGTTCgt
gi|2 : tATAC-CCC-TT--ACTA---GT-G-AAG-G------G---G----------G---G------G-------G--GGGG------T----TA-T---AGTGAT--CC---TG--TGACTAAGGG----TT--C----CGTCTGTTgttcat
gi|33 : tATAC-CCC-CC--AGTA---GT-G-AAA-C------A---G----------A---G------G-------G--T---------T----TA-T---AGTGAT---C---TA-----------A----AT--C----CATTCATTCtgttca
gi|51 : tATAC-CCC-CT--GCTA---GC-A-AAG-T------T---T----------G---G------G-------G--TGTTGGTTGGT----TA-T---AGTGAT--CC---TG--T--------G----Tatttg
gi|63 : tATAT-CCC-CC--GCTA---AT------------------------------------------------------------------TA-T---AGTGAT--CC---TG--T--------G----TT--C----CGTCCGTCC
gi|14 : attATAT-CTC-CC--GCTA---GCAG-AAG-C------G---G----------G---G------GTTGGGTAG--T---------TA---TAAT---AGTGAT--CC---TGT-T--------G----TT--C----gtc
gi|41 : attTATACCT-CC--GCTA---GG-G-AAG-C------A---G----------G---G------G-------A--T---------TA---TA-T---AGTGAT--CC---TG--A--------G----TT--C----CGTTTGTTCgttc
gi|25 : TATACCC-CC--GATA---GC-G-AAG-C------G---G----------G---A------G-------G--T---------T----TA-T---AGTGAC--CC---CG--T--------G----TT--T----CGTCg
gi|30 : TAC-CCC-TC--GCTA---GC-G-AAG-G------A---G----------G---G------G-------G--T---------------A-T---AGTGAT--CC---TG--T--------T----GT--C----CGTCCGTTgtttcgtccgt
gi|39 : tacccccTATACCT-CC--GCTA---GC-G-AAG-G------G---G----------G---G------G-------GG-T---------TAA--TA-T---AGTGAT--CC---TG--T--------T----TT--C----CGTCCGTTg
gi|52 : TAT-CCT-CTCTGCTA---AT-G-AAG-G------C---G----------G---G------A-------G--T---------T----TA-T---AGTGAT--CC---T---T--------G----TT--C----ATTCCATT
gi|19 : TATACCC-CA--GCTA---GT-GGAAA-C------G---T----------G---G------G-------G--T---------T----TA-T---AGTGAT--CC---TG--T--------T----GT--C----CGTCTGTCC
gi|53 : tTATACCC-CG--GCTA---AC-C-AAG-C----------G----------G---G------A-------G--T---------G----TG-T---GGTGAT--CC---TG--T--------G----TT--C----TGTCCGTTgtccg
gi|17 : tTAC-CCC-AC--GCT-----T-GCAAA-C------C---G----------G---C------C-------G--T---------T----TA-T---AGTGAT--CC---TG--T--------G----TT--T----CGTCCGTTC
gi|9 : ttccTATACCC-CT---CTA---GC-A-AAG-CC-----A---G----------G---G------G-------G--TGGGGG----T----TA-G---AGTGATACCC---TG--T--------G----TT--C----CATCCGTTatttgtg
gi|58 : AT-CCC-C---GCTA---GT-G-AAG-C------A---G----------G---G------T-------G--T---------T----GA-T---AGTGAC--CC---TG--T--------G----TTTAC----TGTCtgtact
gi|4 : T-CCC-CT--GCTA---GC-A-AAG-C------G---G----------A---T------G-------G--T---------T----TA-T---AGTCAT--CC---TG--T--------G----TT--C----CATCTGTTtga
gi|7 : ttatcatacccacccT-CCC-CC---CTC---AT-GCAAA-C------A---T----------G---G------A--------------------T----TA-T---AGTGAT--CC---TG--T--------G----TT--T----TGTCTGTTtgt
gi|20 : tcattataccccc-CCC-CC--GCTA---GC-G-AAG-C------G---GA---------G---G------G-------G--T---------T----TA-T---AGTGAT--CC---TG--T--------G----GT--C----CGTtgttta
gi|35 : aaccc-CCC-TT--GCTA---GC-GGAAG-T------G---G----------G---G------G-------G--T---------T----TA-T---AGTAAT--CC---TG--T--------T----GT--C----TGTCgggttcgttcg
gi|3 : c-CCC-CT--GCTA---GC-A-AAG-T------G---GAGAGGGGGGGG---G------G-------G--T---------G----TA-TTCTAGTGAT--CC---TG--T--------G----TT--C----TGTCtggttatcca
gi|31 : aa-CCC-CTC-ACTT---GC-G-AAG-C----------G----------A---G------G-------A--A---------T----AA-T---AGTGAT--CC---CG--A--------G----TT--C----CGTCCGTTCtttgttcatcc
gi|49 : taca-CCC-CT--GCTA---GT-G-AAG-T------A---G----------GGGAG------G-------G------------------------GGTA-------------T--------G----TT--C----CATCCGTTCgttc
gi|60 : ttctttttaca-CCC-CT--GCTA---GC-G-AAG-T------G---G----------G---T------T-------T--T---------T----TA-T---ATTGAT--CCAATTGTCT--------G----TT--C----g
gi|45 : gcCC-CC--GCTA---GT-G-AAA-T------G---G----------G---G------A-------G--T---------T----TA-C---AGTGAT--CC---TG--T--------G----TT--C----CATCCG
gi|46 : tacaCT-CT--GCTA---GC-GGAAG-T----------G----------G---T------G-------G--T---------T----TA-T---AATGCT--CC---TG--T--------T----GT--C----CGTTCGTTCctgt
gi|57 : caC-CC--ACTA---GC-A-AAG-C------A---G----------A---G------G-------G--C---------T----TA-T---AGTGAT--CC-------T--------G----TT--C----CGACCTTTCattc
gi|37 : aC-CC--GCTTT--GC-G-AAG-C----------G----------A---G------G-------G--T---------T----TA-T---AGTGAT--CC---TG--T--------G----TT--CCTTTCGTCCGTTattc
gi|68 : actgC-CC--ACTA---GC-C-TAG-T------A---G----------G---G------G----------T---------T----TA-T---AGTGAT--CC---TG--T--------G----TT--T----CATTCtg
gi|42 : t-CT--GCCACTCGT-G-AAG-C------G---G----------G---T------G-------G--T---------T----TA-TT--AGTGAT--CC---TG--T--------A----TT--C----CGTCCGTT
gi|62 : atata-CC--GCTA---GC-GGAAG-C------A---G----------G---G------G-------G--T---------T----TA-----AGTAAT--CC---TG--T--------T----GT--C----CGg
gi|44 : tactt-CT--GCTA---GG-A-AAG-C------G---G----------A---A------G-------G--T---------T----TA-T---AGTGAT--CCA--TT--T--------G-----T--C----CATCct
gi|64 : tattcta--GCTA---GT-G-AAG-A------A---G----------G---G------GGGG----G--T---------T----TA-T---AGTGAT--CC---TG--T--------T----AT--C----TGTCCAagttaat
gi|67 : --GTTA---GT-G-AAG-C------A---G----------G---GGGA---G-------G--G---------A----TA-T---GGTGAC--CC---TA--T--------G----TT--C----CGT
gi|23 : cCTA---GT-G-AAG-TTGGGGGA---G----------G---GAGTGGAG-------G--T---------T----TA-T---AGTGAC--CC---TG--T--------G----TT--C----CATCCGTTttg
gi|40 : aTA---GT-G-AAGGC------A---G----------G---G------G-------GATT---------T----TA-----AGTGAT--CC---TG--T--------G----TT--C----CGTCCTTTCtgttc
gi|27 : ccaaTA---GT-G-AGG-C------G---G----------G-------------------------------T----TA-T---AGCGAG--CC---TG--T--------GTTCGTT--C----CGTCCGTTCattcgtt
gi|70 : ttattatacacctt---GC-G-AAG-T------G---G----------G---G------G-------A--T---------T----TA-T---AGCGAT--TC---TG--T--------G----TT--C----CATCCGTTCgtt
gi|66 : -G-AAG-CG-----A---G----------G---G------G-------G--T---------TA---TA-T---AGTGAT--CC---TG--T--------G----TT--C----CGTCCGTTCg
gi|65 : -G-AGG-G------G---G----------G---G------G-------G--G---------T----TA-T---AGTGAT--CC---TG--T--------G----TT--CCATTCGTCCATTCgttcg
gi|22 : ggg-G-GAG-G------A---G----------G---G------G-------G--A---------T----TA-T---A-TGAT--CC---TG--T--------G----TT-------CGTCCGTT
gi|38 : tatgaa---G----------G---G------G-------G--TG--------T----TA-T---AGTGAT--CC---TG--T--------G----TT--C----CGCCCGTTtttgtttgtctgtccatcc
gi|72 : ccctcgctaataaaaagggggagg---G----------G---G------G-------G--TG--------T----TA-T---AGTGAT--CC---TGT-T--------G----TT-------TGTCCATT
gi|6 : g---G------G-------A--T---------T----TA-T---AGTGAT--CC---TG--T--------G----CT--C----CGTCCGTCCtgtgtg
gi|56 : ttccccgctagcaaaacggaggatgggggttgggt--T---------T----CA-T---AGTGAT--CC---TG--T--------G----TT--C----CGGCCATCCg
gi|55 : atccagctgt--T---------T----CA-T---AGTGAT--CC---TG--T--------G----TT--C----CGGCCATCCgtttgtctgtcccc
15 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): CCCTCGTTACTAAAGCAGGGGGGGGGGAATACCATGTATATGTGATCCATTGCGTTTTCGTCCGATCTCGTTCCC
Unaligned ( gi|5 ): TATTGTTAATCCCCGCAAGCGAAGCGGGAGGTTGAGTTAATATAGTGGGGTCGCTGTCTCCTTCCGTCT
Unaligned ( gi|8 ): ATAGCCTCCCAACCCCTCCCTGCTAGTGGAAGTTGGGTGGGGGGTGATAATGACTCTGTTGTCCCCCT
Unaligned ( gi|10 ): TTATACACCCCCACCCCTGGTAGCGCAGAAGTACTGGGGGAGGGTAAGTGATCCTGTTGTTTGTCCA
Unaligned ( gi|13 ): TAATCATACTTCCAGCTAGTAAAGCCGAGGGTTGAGGATTTAAAGAGATTATGTATTCTGTTCGC
Unaligned ( gi|18 ): TTATAACCCCGACATCGTAAGAGGGGAGGTTTATGGTGACTTTGCTGTCCGTCGGTTCGTTCGT
Unaligned ( gi|29 ): CATAACTCCTAGTGAATTGGGGGGGAAGTTTAATATAGTGATCGGGTTGTCGATCCGTTC
Unaligned ( gi|34 ): TATTATATCCCTGCTAGCAGAAGGGGGGGGGGGGGGGAATATTGATCCTGTCGTCCGTC
Unaligned ( gi|43 ): TCTTTTCCTACCCCACGCTTCAACCGGGCCGTTTTATAGTGACCTGTGTTCGTCCGT
Unaligned ( gi|59 ): AGCTTATAGTGATCCTGCTGTCCAACTGTTCATTCATCCATCCCCGCATCCC
Unaligned ( gi|61 ): CTTGTAGTGATCATGTTGTCCATCTGTTAATTCATTTGTCCCCACATCC
Unaligned ( gi|69 ): TTATACCCCTTCTAGTGAAGTGATCCTGTGTTCTGTTCGTCCGTC
Unaligned ( gi|71 ): CCCCTCTAGCAAAGCGAGCGCTTGTGGTGATCCTGATGTCAG
Unaligned ( gi|73 ): CCCCAATAACAAAGGGGAGGGGGGTGTTTTAGTGATCCTG
Unaligned ( gi|74 ): TATGCCCCCCACTAATGAAGCAATCCTGTGTTTCGT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111
lowQualScore : 0 33333333 1 3 333333 2222 6666666666 1111 2222 5555555555 22222222222222222 111 111 00 00 0 111 22 22222222 1111 00 1111 2222 11
lowQualScore : . ........ . . ...... .... .......... .... .... .......... ................. ... ... .. .. . ... .. ........ .... .. .... .... ..
lowQualScore : 8 44444444 4 4 444444 1111 4444444444 4444 0000 2222222222 77777777777777777 777 777 99 99 6 777 88 44444444 4444 99 4444 9999 00
consensus : ATACCCCC-CGCTA--------GC-G-AAG--C---G----G----------G----G----GG----------T---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----CG----TC--CGTTC
Reference ( family-4256 ) : ATACCCCC-CGCTA--------GC-G-AAG--C---G----G----------G----G----GG----------T---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----CG----TC--CGTTC
gi|11 : ATACCCCTTCGCTA--------GT-G-AAG--C---G----G----------G----G----GG----------T---------T-------T---AT---AGA--TAT--C-C---TG--T--------T----AT--T----TG----TC--CATT
gi|12 : ATACCCCC-TGCTA--------GG-G-AAG--T---G----G----------G----G----GG----------TGTTGGGGTGT-------T---AT---AAT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--T----CA----TC--CGTTtgttcgtctgt
gi|14 : ttATATCTCC-CGCTA--------GCAG-AAG--C---G----G----------GGGTTG----GG----------TAG-------T-------TATAAT---AGT--GAT--C-C---TG--T----------------------TG----TT--CGTTC
gi|15 : attATACCCCC-TGCTA--------GT-G-AAG--C---CAAATG----------G----G----GA----------T---------TAGGA---T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----CT----TT--AGTTC
gi|16 : tATACCCCC-CGCTA--------GC-A-AAG--CA--G----G----------G----G----GG----------T---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---T
gi|17 : ttTACCCCA-CGCTT--------GC-A-AAC--C---G----G----------C----C----G-----------T---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--T----CG----TC--CGTTCtcttgcatttagggattttgc
gi|18 : ttccCCC-CGACA--------TC-GTAAG--A---G----G----------G----GA---GG----------T---------T-------T---AT---GGT--GAC--T-T---TGC-T--------G-----T--C----CG----TC--GGTTCatttgtg
gi|19 : ttataaATACCCCA--GCTA--------GT-GGAAA--C---G----T----------G----G----GG----------T---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------T----GT--C----CG----TC--TGTCCgttcgt
gi|2 : ttATACCCCT-TACTA--------GT-G-AAG--G---G----G----------G----G----GG----------GGGG------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--TGACTAAGGG----TT--C----CG----TC--TGTTgtccg
gi|20 : tCCCCC-CGCTA--------GC-G-AAG--C---G----GA---------G----G----GG----------T---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----GT--C----CG----TG--GGTTCtgttca
gi|21 : aaccATACCCTC-TGTTA--------GT-GGAAG--C---G----G----------G----G-----G----------T---------T-------T---AT---AGT--GAG--T-C---TG--T--------T----GT--C----TG----TC--TGTTCgttcg
gi|22 : t-G-GAG--G---A----G----------G----G----GG----------A---------T-------T---AT---A-T--GAT--C-C---TG--T--------G----TT-------CG----TC--CGTTgttcat
gi|23 : tatgaa----G----------G----A----GG----------T---------T-------T---AT---AGT--GAC--C-C---TG--T--------G----TT--C----CA----TC--CGTTtttgtttgtctgtccatcc
gi|24 : actagtgaagttgggggagggagtATACGCCC-TGCTA--------GT-A-AAG--C---G----G----------G----G----GA----------T---------TTA-----T---AT---AGT--GAT--C-A---TG-----------------T--C----CG----TC--TATTCtgttc
gi|25 : attATACCCCC--GATA--------GC-G-AAG--C---G----G----------G----A----GG----------T---------T-------T---AT---AGT--GAC--C-C---CG--T--------G----TT--T----CG----T---CGTTatcc
gi|26 : tATACCCCA-TGTTA--------GC-G-AAA--C---A----G----------G----A----GG----------T---------T-------T---AT---TGT--GAC--C-C---TG--T--------T----TT--C----TG----TC--TGTTtcgtccgt
gi|27 : TA--------GT-G-AGG--C---G----G----------G-------------------------------T-------T---AT---AGC--GAG--C-C---TG--T--------GTTCGTT--C----CG----TC--CGTTCtgttctt
gi|28 : ttattatacaccttATACCTCC-CGCTA--------GC-G-AAG--G---G----G----------G----G----GGGG--------T---------TA------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------T----TT--C----CG----TC--CGTTgtt
gi|3 : CCCC-TGCTA--------GC-A-AAG--T---G----GAGAGGGGGGGG----G----GG----------T---------G-------T---ATTCTAGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----TG----TCTTTGTTCtgt
gi|30 : aaTACCCCT-CGCTA--------GC-G-AAG--G---A----G----------G----G----GG----------T---------------------AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------T----GT--C----CG----TC--CGTTatcc
gi|31 : tacccccACACCCCT-CACTT--------GC-G-AAG--C---G----A----------G----G----AA----------T---------A-----------AT---AGT--GAT--C-C---CG--A--------G----TT--C----CG----TC--CGTTCg
gi|32 : tATATTCCC-CGCTA--------GT-G-AAG--C---C----G----------G----G----GG----------TTGAGGAG--T-------T---AA---AGT--AAT--T-C---TG--T--------A----TT--T----CG----Tgttc
gi|33 : atcATACCCCC-CAGTA--------GT-G-AAA--C---A----G----------A----G----GG----------T---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-
gi|35 : tCCCCT-TGCTA--------GC-GGAAG--T---G----G----------G----G----GG----------T---------T-------T---AT---AGT--AAT--C-C---TG--T--------T----GT--C----TG----TC--TGtaaatccattcattcatttg
gi|36 : ATACCCCG-CTCTA--------GC-G-AAG--C---T----G----------G----G----GG----------A---------T-------T---AT---AAT--GAT--C-T---TG--C--------A----TT--C----CG----TC--CGTTgttatcca
gi|37 : tCC-CGCTTT-------GC-G-AAG--C---G----A----------G----G----G-----------T---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--CCTTTCG----TC--CGTTtgt
gi|38 : actgCCCT-CGCTAATAAAAAGGG-G-GAG------G----G----------G----G----GG----------TG--------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----CG----CC--CGTTtg
gi|39 : ATACCTCC--GCTA--------GC-G-AAG--G---G----G----------G----G----GGG---------T---------TAA-----T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------T----TT--C----CG----TC--CGTT
gi|4 : tCCCC-TGCTA--------GC-A-AAG--C---G----G----------A----T----GG----------T---------T-------T---AT---AGT--CAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----CA----TC--TGTT
gi|40 : ttatcatacccaccctTA--------GT-G-AAGG-C---A----G----------G----G----GGAT--------T---------T-------T---A----AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----CG----TC--CTTTCtgt
gi|41 : ccaaATACCTCC--GCTA--------GG-G-AAG--C---A----G----------G----G----GA----------T---------TA------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--A--------G----TT--C----CG----TT--TGTTCattcgtt
gi|42 : tC-CACTC--------GT-G-AAG--C---G----G----------G----T----GG----------T---------T-------T---ATT--AGT--GAT--C-C---TG--T--------A----TT--C----CG----TC--CGTTg
gi|43 : atatactgTACCCCA-CGCT----------T-C-AAC--C---G----G----------G----C----CG----------T---------T-------TT--AT---AGT--GA---C-C---TG--T--------G----TT-------CG----TC--CGTg
gi|44 : tcttttccC-TGCTA--------GG-A-AAG--C---G----G----------A----A----GG----------T---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-CA--TT--T--------G-----T--C----CA----TC--AGTT
gi|45 : tattctaTACACCC-CGCTA--------GT-G-AAA--T---G----G----------G----G----AG----------T---------T-------T---AC---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----CA----TC--CGTaat
gi|46 : CTC-TGCTA--------GC-GGAAG--T---G----G----------T----G----G-----------T---------T-------T---AT---AAT--GCT--C-C---TG--T--------T----GT--C----CG----TT--CGTTCctgt
gi|47 : caATATCCCC-TGCTA--------GT-G-AAG--C---A----G----------G----G----GG----------T---------T-------T---AT---AGT--AAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----CG----TC--CATTCattc
gi|48 : ATATCTCC-CACTA--------GA-G-AAG--T---G----G----------G----G----G-----------T---------T-------T----T---AAT--GTT--T-C---TG--T--------G----TT--C----TG----TC--CATTC
gi|5 : CCC-CGCAA--------GC-G-AAG--C---G----G----------G----A----GG----------T---------TGAGTTAAT---AT---AGTGGGGT--CGC---TG--T-------------CT--C----CT----TC--CGTgt
gi|50 : tattgttaatATACACCT-CGCTA--------GC-A-AAG--C---G----G----------G----G----GG----------T---------T-----------AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----CA----TC--ct
gi|51 : attATACCCCC-TGCTA--------GC-A-AAGTTT---G----G----------G----GTGTTGG----------TTGG------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----Tag
gi|52 : tATCCTCTC-TGCTA--------AT-G-AAG--G---C----G----------G----G----AG----------T---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---T---T--------G----TT--C----AT----TC--CATT
gi|53 : tATACCCCG--GCTA--------AC-C-AAG--C---G----G----------G----A----G-----------T---------G-------T---GT---GGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----TG----TC--CGTT
gi|54 : ttCTC-TGCAA--------GT-G-AAG----------------------G----A----GG----------T---------T-------T---AT---AGC--AAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----TG----TC--TGTT
gi|55 : tttatat----------T---------T-------C---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----CGGCCATC--CGTT
gi|56 : aatccagctgt----------T---------T-------C---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----CGGCCATC--CGTTtgtctgtccc
gi|57 : atccagctgtCC-CACTA--------GC-A-AAG--C---A----G----------A----G----GG----------C---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C-------T--------G----TT--C----CG----AC--CTTTCtgtctgtcccc
gi|58 : aCCC-CGCTA--------GT-G-AAG--C---A----G----------G----G----TG----------T---------T-------G---AT---AGT--GAC--C-C---TG--T--------G----TTTAC----TG----TC--TGattc
gi|6 : atCCC-CGCTA--------GC-A-AAA--C---G----GAGGAT-----G----G----GGGTTGGGTGGAT---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----CT--C----CG----TC--CGTCCa
gi|60 : ttCCCCC-TGCTA--------GC-G-AAG--T---G----G----------G----T----TT----------T---------T-------T---AT---ATT--GAT--C-CAATTGTCT--------G----TT--C----g
gi|62 : gC-CGCTA--------GCGG-AAG--C---A----G----------G----G----GG----------T---------T-------T---A----AGT--AAT--C-C---TG--T--------T----GT--C----CG----
gi|63 : tacttATATCCCC-CGCTA--------A-------------------------------------------------------------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----CG----TC--CGTCCct
gi|64 : attGCTA--------GT-G-AAG--AAGGG----G----------G----G----GG----------T---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------T----AT--C----TG----TC--CATgtc
gi|65 : -G-AGG--G---G----G----------G----G----GG----------G---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----CA----TT--CGTCC
gi|66 : ggg-G-AAG--C---GA---G----------G----G----GG----------T---------TA------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----CG----TC--CGTTCattc
gi|67 : -CGTTA--------GT-G-AAG--C---A----G----------G----G----GG----------A---------GGGA----T---AT---GGT--GAC--C-C---TA--T--------G----TT--C----CG----Tgttcg
gi|68 : CC-CACTA--------GC-C-TAG--T---A----G----------G----G----G-----------T---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--T----CA----TT--ttg
gi|69 : t---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----TG----TT--CGTCC
gi|7 : ttataccccttctagtga----GG----------A---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--T----TG----TC--TGTTgtc
gi|70 : tcattataccccctcccccctcatgcaaacat--------GC-G-AAG--T---G----G----------G----G----GA----------T---------T-------T---AT---AGC--GAT--T-C---TG--T--------G----TT--C----CA----TC--CGTTCtgttta
gi|71 : CCC-CTCTA--------GC-A-AAG--C---G----A----------G----C----G-----------C---------T-------T---GT---GGT--GAT--C-C---TGA-T--------G----Tg
gi|72 : ---G----G----------G----G----GG----------TG--------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TGT-T--------G----TT-------TG----TC--CATTcag
gi|73 : CCC-CAATA--------AC-A-AAG--G---G----GAGG-------G----G----GG----------TG--------T-------T---TT---AGT--GAT--C-C---TG--tgtgtg
gi|9 : ATACCCCT-C--TA--------GC-A-AAG--CC--A----G----------G----G----GG----------TGGGGG----T-------T---AG---AGT--GATACC-C---TG--T--------G----TT--C----CA----TC--CGTT
10 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): CCCTCGTTACTAAAGCAGGGGGGGGGGAATACCATGTATATGTGATCCATTGCGTTTTCGTCCGATCTCGTTCCC
Unaligned ( gi|8 ): ATAGCCTCCCAACCCCTCCCTGCTAGTGGAAGTTGGGTGGGGGGTGATAATGACTCTGTTGTCCCCCT
Unaligned ( gi|10 ): TTATACACCCCCACCCCTGGTAGCGCAGAAGTACTGGGGGAGGGTAAGTGATCCTGTTGTTTGTCCA
Unaligned ( gi|13 ): TAATCATACTTCCAGCTAGTAAAGCCGAGGGTTGAGGATTTAAAGAGATTATGTATTCTGTTCGC
Unaligned ( gi|29 ): CATAACTCCTAGTGAATTGGGGGGGAAGTTTAATATAGTGATCGGGTTGTCGATCCGTTC
Unaligned ( gi|34 ): TATTATATCCCTGCTAGCAGAAGGGGGGGGGGGGGGGAATATTGATCCTGTCGTCCGTC
Unaligned ( gi|49 ): TTCTTTTTACACCCCTGCTAGTGAAGTAGGGGAGGGGGTATGTTCCATCCGTTCG
Unaligned ( gi|59 ): AGCTTATAGTGATCCTGCTGTCCAACTGTTCATTCATCCATCCCCGCATCCC
Unaligned ( gi|61 ): CTTGTAGTGATCATGTTGTCCATCTGTTAATTCATTTGTCCCCACATCC
Unaligned ( gi|74 ): TATGCCCCCCACTAATGAAGCAATCCTGTGTTTCGT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111
lowQualScore : 0 33333333 1 3 333333 2222 6666666666 1111 2222 5555555555 22222222222222222 111 111 00 00 0 111 22 22222222 1111 00 1111 2222 11
lowQualScore : . ........ . . ...... .... .......... .... .... .......... ................. ... ... .. .. . ... .. ........ .... .. .... .... ..
lowQualScore : 8 44444444 4 4 444444 1111 4444444444 4444 0000 2222222222 77777777777777777 777 777 99 99 6 777 88 44444444 4444 99 4444 9999 00
consensus : ATACCCCC-CGCTA--------GC-G-AAG--C---G----G----------G----G----GG----------T---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----CG----TC--CGTTC
Reference ( family-4256 ) : ATACCCCC-CGCTA--------GC-G-AAG--C---G----G----------G----G----GG----------T---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----CG----TC--CGTTC
gi|11 : ATACCCCTTCGCTA--------GT-G-AAG--C---G----G----------G----G----GG----------T---------T-------T---AT---AGA--TAT--C-C---TG--T--------T----AT--T----TG----TC--CATT
gi|12 : ATACCCCC-TGCTA--------GG-G-AAG--T---G----G----------G----G----GG----------TGTTGGGGTGT-------T---AT---AAT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--T----CA----TC--CGTTtgttcgtctgt
gi|14 : ttATATCTCC-CGCTA--------GCAG-AAG--C---G----G----------GGGTTG----GG----------TAG-------T-------TATAAT---AGT--GAT--C-C---TG--T----------------------TG----TT--CGTTC
gi|15 : attATACCCCC-TGCTA--------GT-G-AAG--C---CAAATG----------G----G----GA----------T---------TAGGA---T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----CT----TT--AGTTC
gi|16 : tATACCCCC-CGCTA--------GC-A-AAG--CA--G----G----------G----G----GG----------T---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---T
gi|17 : ttTACCCCA-CGCTT--------GC-A-AAC--C---G----G----------C----C----G-----------T---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--T----CG----TC--CGTTCtcttgcatttagggattttgc
gi|18 : ttccCCC-CGACA--------TC-GTAAG--A---G----G----------G----GA---GG----------T---------T-------T---AT---GGT--GAC--T-T---TGC-T--------G-----T--C----CG----TC--GGTTCatttgtg
gi|19 : ttataaATACCCCA--GCTA--------GT-GGAAA--C---G----T----------G----G----GG----------T---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------T----GT--C----CG----TC--TGTCCgttcgt
gi|2 : ttATACCCCT-TACTA--------GT-G-AAG--G---G----G----------G----G----GG----------GGGG------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--TGACTAAGGG----TT--C----CG----TC--TGTTgtccg
gi|20 : tCCCCC-CGCTA--------GC-G-AAG--C---G----GA---------G----G----GG----------T---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----GT--C----CG----TG--GGTTCtgttca
gi|21 : aaccATACCCTC-TGTTA--------GT-GGAAG--C---G----G----------G----G-----G----------T---------T-------T---AT---AGT--GAG--T-C---TG--T--------T----GT--C----TG----TC--TGTTCgttcg
gi|22 : t-G-GAG--G---A----G----------G----G----GG----------A---------T-------T---AT---A-T--GAT--C-C---TG--T--------G----TT-------CG----TC--CGTTgttcat
gi|23 : tatgaa----G----------G----A----GG----------T---------T-------T---AT---AGT--GAC--C-C---TG--T--------G----TT--C----CA----TC--CGTTtttgtttgtctgtccatcc
gi|24 : actagtgaagttgggggagggagtATACGCCC-TGCTA--------GT-A-AAG--C---G----G----------G----G----GA----------T---------TTA-----T---AT---AGT--GAT--C-A---TG-----------------T--C----CG----TC--TATTCtgttc
gi|25 : attATACCCCC--GATA--------GC-G-AAG--C---G----G----------G----A----GG----------T---------T-------T---AT---AGT--GAC--C-C---CG--T--------G----TT--T----CG----T---CGTTatcc
gi|26 : tATACCCCA-TGTTA--------GC-G-AAA--C---A----G----------G----A----GG----------T---------T-------T---AT---TGT--GAC--C-C---TG--T--------T----TT--C----TG----TC--TGTTtcgtccgt
gi|27 : TA--------GT-G-AGG--C---G----G----------G-------------------------------T-------T---AT---AGC--GAG--C-C---TG--T--------GTTCGTT--C----CG----TC--CGTTCtgttctt
gi|28 : ttattatacaccttATACCTCC-CGCTA--------GC-G-AAG--G---G----G----------G----G----GGGG--------T---------TA------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------T----TT--C----CG----TC--CGTTgtt
gi|3 : CCCC-TGCTA--------GC-A-AAG--T---G----GAGAGGGGGGGG----G----GG----------T---------G-------T---ATTCTAGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----TG----TCTTTGTTCtgt
gi|30 : aaTACCCCT-CGCTA--------GC-G-AAG--G---A----G----------G----G----GG----------T---------------------AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------T----GT--C----CG----TC--CGTTatcc
gi|31 : tacccccACACCCCT-CACTT--------GC-G-AAG--C---G----A----------G----G----AA----------T---------A-----------AT---AGT--GAT--C-C---CG--A--------G----TT--C----CG----TC--CGTTCg
gi|32 : tATATTCCC-CGCTA--------GT-G-AAG--C---C----G----------G----G----GG----------TTGAGGAG--T-------T---AA---AGT--AAT--T-C---TG--T--------A----TT--T----CG----Tgttc
gi|33 : atcATACCCCC-CAGTA--------GT-G-AAA--C---A----G----------A----G----GG----------T---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-
gi|35 : tCCCCT-TGCTA--------GC-GGAAG--T---G----G----------G----G----GG----------T---------T-------T---AT---AGT--AAT--C-C---TG--T--------T----GT--C----TG----TC--TGtaaatccattcattcatttg
gi|36 : ATACCCCG-CTCTA--------GC-G-AAG--C---T----G----------G----G----GG----------A---------T-------T---AT---AAT--GAT--C-T---TG--C--------A----TT--C----CG----TC--CGTTgttatcca
gi|37 : tCC-CGCTTT-------GC-G-AAG--C---G----A----------G----G----G-----------T---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--CCTTTCG----TC--CGTTtgt
gi|38 : actgCCCT-CGCTAATAAAAAGGG-G-GAG------G----G----------G----G----GG----------TG--------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----CG----CC--CGTTtg
gi|39 : ATACCTCC--GCTA--------GC-G-AAG--G---G----G----------G----G----GGG---------T---------TAA-----T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------T----TT--C----CG----TC--CGTT
gi|4 : tCCCC-TGCTA--------GC-A-AAG--C---G----G----------A----T----GG----------T---------T-------T---AT---AGT--CAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----CA----TC--TGTT
gi|40 : ttatcatacccaccctTA--------GT-G-AAGG-C---A----G----------G----G----GGAT--------T---------T-------T---A----AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----CG----TC--CTTTCtgt
gi|41 : ccaaATACCTCC--GCTA--------GG-G-AAG--C---A----G----------G----G----GA----------T---------TA------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--A--------G----TT--C----CG----TT--TGTTCattcgtt
gi|42 : tC-CACTC--------GT-G-AAG--C---G----G----------G----T----GG----------T---------T-------T---ATT--AGT--GAT--C-C---TG--T--------A----TT--C----CG----TC--CGTTg
gi|43 : atatactgTACCCCA-CGCT----------T-C-AAC--C---G----G----------G----C----CG----------T---------T-------TT--AT---AGT--GA---C-C---TG--T--------G----TT-------CG----TC--CGTg
gi|44 : tcttttccC-TGCTA--------GG-A-AAG--C---G----G----------A----A----GG----------T---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-CA--TT--T--------G-----T--C----CA----TC--AGTT
gi|45 : tattctaTACACCC-CGCTA--------GT-G-AAA--T---G----G----------G----G----AG----------T---------T-------T---AC---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----CA----TC--CGTaat
gi|46 : CTC-TGCTA--------GC-GGAAG--T---G----G----------T----G----G-----------T---------T-------T---AT---AAT--GCT--C-C---TG--T--------T----GT--C----CG----TT--CGTTCctgt
gi|47 : caATATCCCC-TGCTA--------GT-G-AAG--C---A----G----------G----G----GG----------T---------T-------T---AT---AGT--AAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----CG----TC--CATTCattc
gi|48 : ATATCTCC-CACTA--------GA-G-AAG--T---G----G----------G----G----G-----------T---------T-------T----T---AAT--GTT--T-C---TG--T--------G----TT--C----TG----TC--CATTC
gi|5 : CCC-CGCAA--------GC-G-AAG--C---G----G----------G----A----GG----------T---------TGAGTTAAT---AT---AGTGGGGT--CGC---TG--T-------------CT--C----CT----TC--CGTgt
gi|50 : tattgttaatATACACCT-CGCTA--------GC-A-AAG--C---G----G----------G----G----GG----------T---------T-----------AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----CA----TC--ct
gi|51 : attATACCCCC-TGCTA--------GC-A-AAGTTT---G----G----------G----GTGTTGG----------TTGG------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----Tag
gi|52 : tATCCTCTC-TGCTA--------AT-G-AAG--G---C----G----------G----G----AG----------T---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---T---T--------G----TT--C----AT----TC--CATT
gi|53 : tATACCCCG--GCTA--------AC-C-AAG--C---G----G----------G----A----G-----------T---------G-------T---GT---GGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----TG----TC--CGTT
gi|54 : ttCTC-TGCAA--------GT-G-AAG----------------------G----A----GG----------T---------T-------T---AT---AGC--AAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----TG----TC--TGTT
gi|55 : tttatat----------T---------T-------C---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----CGGCCATC--CGTT
gi|56 : aatccagctgt----------T---------T-------C---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----CGGCCATC--CGTTtgtctgtccc
gi|57 : atccagctgtCC-CACTA--------GC-A-AAG--C---A----G----------A----G----GG----------C---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C-------T--------G----TT--C----CG----AC--CTTTCtgtctgtcccc
gi|58 : aCCC-CGCTA--------GT-G-AAG--C---A----G----------G----G----TG----------T---------T-------G---AT---AGT--GAC--C-C---TG--T--------G----TTTAC----TG----TC--TGattc
gi|6 : atCCC-CGCTA--------GC-A-AAA--C---G----GAGGAT-----G----G----GGGTTGGGTGGAT---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----CT--C----CG----TC--CGTCCa
gi|60 : ttCCCCC-TGCTA--------GC-G-AAG--T---G----G----------G----T----TT----------T---------T-------T---AT---ATT--GAT--C-CAATTGTCT--------G----TT--C----g
gi|62 : gC-CGCTA--------GCGG-AAG--C---A----G----------G----G----GG----------T---------T-------T---A----AGT--AAT--C-C---TG--T--------T----GT--C----CG----
gi|63 : tacttATATCCCC-CGCTA--------A-------------------------------------------------------------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----CG----TC--CGTCCct
gi|64 : attGCTA--------GT-G-AAG--AAGGG----G----------G----G----GG----------T---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------T----AT--C----TG----TC--CATgtc
gi|65 : -G-AGG--G---G----G----------G----G----GG----------G---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----CA----TT--CGTCC
gi|66 : ggg-G-AAG--C---GA---G----------G----G----GG----------T---------TA------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----CG----TC--CGTTCattc
gi|67 : -CGTTA--------GT-G-AAG--C---A----G----------G----G----GG----------A---------GGGA----T---AT---GGT--GAC--C-C---TA--T--------G----TT--C----CG----Tgttcg
gi|68 : CC-CACTA--------GC-C-TAG--T---A----G----------G----G----G-----------T---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--T----CA----TT--ttg
gi|69 : t---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----TG----TT--CGTCC
gi|7 : ttataccccttctagtga----GG----------A---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--T----TG----TC--TGTTgtc
gi|70 : tcattataccccctcccccctcatgcaaacat--------GC-G-AAG--T---G----G----------G----G----GA----------T---------T-------T---AT---AGC--GAT--T-C---TG--T--------G----TT--C----CA----TC--CGTTCtgttta
gi|71 : CCC-CTCTA--------GC-A-AAG--C---G----A----------G----C----G-----------C---------T-------T---GT---GGT--GAT--C-C---TGA-T--------G----Tg
gi|72 : ---G----G----------G----G----GG----------TG--------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TGT-T--------G----TT-------TG----TC--CATTcag
gi|73 : CCC-CAATA--------AC-A-AAG--G---G----GAGG-------G----G----GG----------TG--------T-------T---TT---AGT--GAT--C-C---TG--tgtgtg
gi|9 : ATACCCCT-C--TA--------GC-A-AAG--CC--A----G----------G----G----GG----------TGGGGG----T-------T---AG---AGT--GATACC-C---TG--T--------G----TT--C----CA----TC--CGTT
blockSeqs : ATAAAAAG A T AAGG AAAT AGAGGGGGGG GGTT TGTT GTTGGGTGGA GTTGGGGTGT ATA TCT AAT TC GACTAAGG TTCG CTTT GCCA TT
blockSeqs : T G G TTT A AGGAT . A GG TGAGGAGT T T A C . . . GCCA .
blockSeqs : . . G CA . AGG . . AT TGAGTTAA . . . A . . . . .
blockSeqs : . . G GC . A . . G GGGGGT . . . T . . . . .
blockSeqs : . . G CC . . . . . TAGGA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . GGGT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . TGGT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . GGGA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . AGT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . TTA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . TAA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . TA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . GT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . TA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . TA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . GT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . GT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . .
blockSeqs : . T . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons :
originalCons : ATACCCCC-CGCTA--------GC-G-AAG--C---G----G----------G----G----GG----------T---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----CG----TC--CGTTC
finalCons : ATACCCCC-CGCTA--------GC-G-AAG--C---G----G----------G----G----GG----------T---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----CG----TC--CGTTC
10 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): CCCTCGTTACTAAAGCAGGGGGGGGGGAATACCATGTATATGTGATCCATTGCGTTTTCGTCCGATCTCGTTCCC
Unaligned ( gi|8 ): ATAGCCTCCCAACCCCTCCCTGCTAGTGGAAGTTGGGTGGGGGGTGATAATGACTCTGTTGTCCCCCT
Unaligned ( gi|10 ): TTATACACCCCCACCCCTGGTAGCGCAGAAGTACTGGGGGAGGGTAAGTGATCCTGTTGTTTGTCCA
Unaligned ( gi|13 ): TAATCATACTTCCAGCTAGTAAAGCCGAGGGTTGAGGATTTAAAGAGATTATGTATTCTGTTCGC
Unaligned ( gi|29 ): CATAACTCCTAGTGAATTGGGGGGGAAGTTTAATATAGTGATCGGGTTGTCGATCCGTTC
Unaligned ( gi|34 ): TATTATATCCCTGCTAGCAGAAGGGGGGGGGGGGGGGAATATTGATCCTGTCGTCCGTC
Unaligned ( gi|49 ): TTCTTTTTACACCCCTGCTAGTGAAGTAGGGGAGGGGGTATGTTCCATCCGTTCG
Unaligned ( gi|59 ): AGCTTATAGTGATCCTGCTGTCCAACTGTTCATTCATCCATCCCCGCATCCC
Unaligned ( gi|61 ): CTTGTAGTGATCATGTTGTCCATCTGTTAATTCATTTGTCCCCACATCC
Unaligned ( gi|74 ): TATGCCCCCCACTAATGAAGCAATCCTGTGTTTCGT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111
lowQualScore : 0 33333333 1 3 333333 2222 6666666666 1111 2222 5555555555 22222222222222222 111 111 00 00 0 111 22 22222222 1111 00 1111 2222 11
lowQualScore : . ........ . . ...... .... .......... .... .... .......... ................. ... ... .. .. . ... .. ........ .... .. .... .... ..
lowQualScore : 8 44444444 4 4 444444 1111 4444444444 4444 0000 2222222222 77777777777777777 777 777 99 99 6 777 88 44444444 4444 99 4444 9999 00
consensus : ATACCCCC-CGCTA--------GC-G-AAG--C---G----G----------G----G----GG----------T---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----CG----TC--CGTTC
Reference ( family-4256 ) : ATACCCCC-CGCTA--------GC-G-AAG--C---G----G----------G----G----GG----------T---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----CG----TC--CGTTC
gi|11 : ATACCCCTTCGCTA--------GT-G-AAG--C---G----G----------G----G----GG----------T---------T-------T---AT---AGA--TAT--C-C---TG--T--------T----AT--T----TG----TC--CATT
gi|12 : ATACCCCC-TGCTA--------GG-G-AAG--T---G----G----------G----G----GG----------TGTTGGGGTGT-------T---AT---AAT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--T----CA----TC--CGTTtgttcgtctgt
gi|14 : ttATATCTCC-CGCTA--------GCAG-AAG--C---G----G----------GGGTTG----GG----------TAG-------T-------TATAAT---AGT--GAT--C-C---TG--T----------------------TG----TT--CGTTC
gi|15 : attATACCCCC-TGCTA--------GT-G-AAG--C---CAAATG----------G----G----GA----------T---------TAGGA---T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----CT----TT--AGTTC
gi|16 : tATACCCCC-CGCTA--------GC-A-AAG--CA--G----G----------G----G----GG----------T---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---T
gi|17 : ttTACCCCA-CGCTT--------GC-A-AAC--C---G----G----------C----C----G-----------T---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--T----CG----TC--CGTTCtcttgcatttagggattttgc
gi|18 : ttccCCC-CGACA--------TC-GTAAG--A---G----G----------G----GA---GG----------T---------T-------T---AT---GGT--GAC--T-T---TGC-T--------G-----T--C----CG----TC--GGTTCatttgtg
gi|19 : ttataaATACCCCA--GCTA--------GT-GGAAA--C---G----T----------G----G----GG----------T---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------T----GT--C----CG----TC--TGTCCgttcgt
gi|2 : ttATACCCCT-TACTA--------GT-G-AAG--G---G----G----------G----G----GG----------GGGG------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--TGACTAAGGG----TT--C----CG----TC--TGTTgtccg
gi|20 : tCCCCC-CGCTA--------GC-G-AAG--C---G----GA---------G----G----GG----------T---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----GT--C----CG----TG--GGTTCtgttca
gi|21 : aaccATACCCTC-TGTTA--------GT-GGAAG--C---G----G----------G----G-----G----------T---------T-------T---AT---AGT--GAG--T-C---TG--T--------T----GT--C----TG----TC--TGTTCgttcg
gi|22 : t-G-GAG--G---A----G----------G----G----GG----------A---------T-------T---AT---A-T--GAT--C-C---TG--T--------G----TT-------CG----TC--CGTTgttcat
gi|23 : tatgaa----G----------G----A----GG----------T---------T-------T---AT---AGT--GAC--C-C---TG--T--------G----TT--C----CA----TC--CGTTtttgtttgtctgtccatcc
gi|24 : actagtgaagttgggggagggagtATACGCCC-TGCTA--------GT-A-AAG--C---G----G----------G----G----GA----------T---------TTA-----T---AT---AGT--GAT--C-A---TG-----------------T--C----CG----TC--TATTCtgttc
gi|25 : attATACCCCC--GATA--------GC-G-AAG--C---G----G----------G----A----GG----------T---------T-------T---AT---AGT--GAC--C-C---CG--T--------G----TT--T----CG----T---CGTTatcc
gi|26 : tATACCCCA-TGTTA--------GC-G-AAA--C---A----G----------G----A----GG----------T---------T-------T---AT---TGT--GAC--C-C---TG--T--------T----TT--C----TG----TC--TGTTtcgtccgt
gi|27 : TA--------GT-G-AGG--C---G----G----------G-------------------------------T-------T---AT---AGC--GAG--C-C---TG--T--------GTTCGTT--C----CG----TC--CGTTCtgttctt
gi|28 : ttattatacaccttATACCTCC-CGCTA--------GC-G-AAG--G---G----G----------G----G----GGGG--------T---------TA------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------T----TT--C----CG----TC--CGTTgtt
gi|3 : CCCC-TGCTA--------GC-A-AAG--T---G----GAGAGGGGGGGG----G----GG----------T---------G-------T---ATTCTAGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----TG----TCTTTGTTCtgt
gi|30 : aaTACCCCT-CGCTA--------GC-G-AAG--G---A----G----------G----G----GG----------T---------------------AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------T----GT--C----CG----TC--CGTTatcc
gi|31 : tacccccACACCCCT-CACTT--------GC-G-AAG--C---G----A----------G----G----AA----------T---------A-----------AT---AGT--GAT--C-C---CG--A--------G----TT--C----CG----TC--CGTTCg
gi|32 : tATATTCCC-CGCTA--------GT-G-AAG--C---C----G----------G----G----GG----------TTGAGGAG--T-------T---AA---AGT--AAT--T-C---TG--T--------A----TT--T----CG----Tgttc
gi|33 : atcATACCCCC-CAGTA--------GT-G-AAA--C---A----G----------A----G----GG----------T---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-
gi|35 : tCCCCT-TGCTA--------GC-GGAAG--T---G----G----------G----G----GG----------T---------T-------T---AT---AGT--AAT--C-C---TG--T--------T----GT--C----TG----TC--TGtaaatccattcattcatttg
gi|36 : ATACCCCG-CTCTA--------GC-G-AAG--C---T----G----------G----G----GG----------A---------T-------T---AT---AAT--GAT--C-T---TG--C--------A----TT--C----CG----TC--CGTTgttatcca
gi|37 : tCC-CGCTTT-------GC-G-AAG--C---G----A----------G----G----G-----------T---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--CCTTTCG----TC--CGTTtgt
gi|38 : actgCCCT-CGCTAATAAAAAGGG-G-GAG------G----G----------G----G----GG----------TG--------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----CG----CC--CGTTtg
gi|39 : ATACCTCC--GCTA--------GC-G-AAG--G---G----G----------G----G----GGG---------T---------TAA-----T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------T----TT--C----CG----TC--CGTT
gi|4 : tCCCC-TGCTA--------GC-A-AAG--C---G----G----------A----T----GG----------T---------T-------T---AT---AGT--CAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----CA----TC--TGTT
gi|40 : ttatcatacccaccctTA--------GT-G-AAGG-C---A----G----------G----G----GGAT--------T---------T-------T---A----AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----CG----TC--CTTTCtgt
gi|41 : ccaaATACCTCC--GCTA--------GG-G-AAG--C---A----G----------G----G----GA----------T---------TA------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--A--------G----TT--C----CG----TT--TGTTCattcgtt
gi|42 : tC-CACTC--------GT-G-AAG--C---G----G----------G----T----GG----------T---------T-------T---ATT--AGT--GAT--C-C---TG--T--------A----TT--C----CG----TC--CGTTg
gi|43 : atatactgTACCCCA-CGCT----------T-C-AAC--C---G----G----------G----C----CG----------T---------T-------TT--AT---AGT--GA---C-C---TG--T--------G----TT-------CG----TC--CGTg
gi|44 : tcttttccC-TGCTA--------GG-A-AAG--C---G----G----------A----A----GG----------T---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-CA--TT--T--------G-----T--C----CA----TC--AGTT
gi|45 : tattctaTACACCC-CGCTA--------GT-G-AAA--T---G----G----------G----G----AG----------T---------T-------T---AC---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----CA----TC--CGTaat
gi|46 : CTC-TGCTA--------GC-GGAAG--T---G----G----------T----G----G-----------T---------T-------T---AT---AAT--GCT--C-C---TG--T--------T----GT--C----CG----TT--CGTTCctgt
gi|47 : caATATCCCC-TGCTA--------GT-G-AAG--C---A----G----------G----G----GG----------T---------T-------T---AT---AGT--AAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----CG----TC--CATTCattc
gi|48 : ATATCTCC-CACTA--------GA-G-AAG--T---G----G----------G----G----G-----------T---------T-------T----T---AAT--GTT--T-C---TG--T--------G----TT--C----TG----TC--CATTC
gi|5 : CCC-CGCAA--------GC-G-AAG--C---G----G----------G----A----GG----------T---------TGAGTTAAT---AT---AGTGGGGT--CGC---TG--T-------------CT--C----CT----TC--CGTgt
gi|50 : tattgttaatATACACCT-CGCTA--------GC-A-AAG--C---G----G----------G----G----GG----------T---------T-----------AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----CA----TC--ct
gi|51 : attATACCCCC-TGCTA--------GC-A-AAGTTT---G----G----------G----GTGTTGG----------TTGG------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----Tag
gi|52 : tATCCTCTC-TGCTA--------AT-G-AAG--G---C----G----------G----G----AG----------T---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---T---T--------G----TT--C----AT----TC--CATT
gi|53 : tATACCCCG--GCTA--------AC-C-AAG--C---G----G----------G----A----G-----------T---------G-------T---GT---GGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----TG----TC--CGTT
gi|54 : ttCTC-TGCAA--------GT-G-AAG----------------------G----A----GG----------T---------T-------T---AT---AGC--AAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----TG----TC--TGTT
gi|55 : tttatat----------T---------T-------C---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----CGGCCATC--CGTT
gi|56 : aatccagctgt----------T---------T-------C---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----CGGCCATC--CGTTtgtctgtccc
gi|57 : atccagctgtCC-CACTA--------GC-A-AAG--C---A----G----------A----G----GG----------C---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C-------T--------G----TT--C----CG----AC--CTTTCtgtctgtcccc
gi|58 : aCCC-CGCTA--------GT-G-AAG--C---A----G----------G----G----TG----------T---------T-------G---AT---AGT--GAC--C-C---TG--T--------G----TTTAC----TG----TC--TGattc
gi|6 : atCCC-CGCTA--------GC-A-AAA--C---G----GAGGAT-----G----G----GGGTTGGGTGGAT---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----CT--C----CG----TC--CGTCCa
gi|60 : ttCCCCC-TGCTA--------GC-G-AAG--T---G----G----------G----T----TT----------T---------T-------T---AT---ATT--GAT--C-CAATTGTCT--------G----TT--C----g
gi|62 : gC-CGCTA--------GCGG-AAG--C---A----G----------G----G----GG----------T---------T-------T---A----AGT--AAT--C-C---TG--T--------T----GT--C----CG----
gi|63 : tacttATATCCCC-CGCTA--------A-------------------------------------------------------------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----CG----TC--CGTCCct
gi|64 : attGCTA--------GT-G-AAG--AAGGG----G----------G----G----GG----------T---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------T----AT--C----TG----TC--CATgtc
gi|65 : -G-AGG--G---G----G----------G----G----GG----------G---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----CA----TT--CGTCC
gi|66 : ggg-G-AAG--C---GA---G----------G----G----GG----------T---------TA------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----CG----TC--CGTTCattc
gi|67 : -CGTTA--------GT-G-AAG--C---A----G----------G----G----GG----------A---------GGGA----T---AT---GGT--GAC--C-C---TA--T--------G----TT--C----CG----Tgttcg
gi|68 : CC-CACTA--------GC-C-TAG--T---A----G----------G----G----G-----------T---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--T----CA----TT--ttg
gi|69 : t---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--C----TG----TT--CGTCC
gi|7 : ttataccccttctagtga----GG----------A---------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TG--T--------G----TT--T----TG----TC--TGTTgtc
gi|70 : tcattataccccctcccccctcatgcaaacat--------GC-G-AAG--T---G----G----------G----G----GA----------T---------T-------T---AT---AGC--GAT--T-C---TG--T--------G----TT--C----CA----TC--CGTTCtgttta
gi|71 : CCC-CTCTA--------GC-A-AAG--C---G----A----------G----C----G-----------C---------T-------T---GT---GGT--GAT--C-C---TGA-T--------G----Tg
gi|72 : ---G----G----------G----G----GG----------TG--------T-------T---AT---AGT--GAT--C-C---TGT-T--------G----TT-------TG----TC--CATTcag
gi|73 : CCC-CAATA--------AC-A-AAG--G---G----GAGG-------G----G----GG----------TG--------T-------T---TT---AGT--GAT--C-C---TG--tgtgtg
gi|9 : ATACCCCT-C--TA--------GC-A-AAG--CC--A----G----------G----G----GG----------TGGGGG----T-------T---AG---AGT--GATACC-C---TG--T--------G----TT--C----CA----TC--CGTT
10 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): CCCTCGTTACTAAAGCAGGGGGGGGGGAATACCATGTATATGTGATCCATTGCGTTTTCGTCCGATCTCGTTCCC
Unaligned ( gi|8 ): ATAGCCTCCCAACCCCTCCCTGCTAGTGGAAGTTGGGTGGGGGGTGATAATGACTCTGTTGTCCCCCT
Unaligned ( gi|10 ): TTATACACCCCCACCCCTGGTAGCGCAGAAGTACTGGGGGAGGGTAAGTGATCCTGTTGTTTGTCCA
Unaligned ( gi|13 ): TAATCATACTTCCAGCTAGTAAAGCCGAGGGTTGAGGATTTAAAGAGATTATGTATTCTGTTCGC
Unaligned ( gi|29 ): CATAACTCCTAGTGAATTGGGGGGGAAGTTTAATATAGTGATCGGGTTGTCGATCCGTTC
Unaligned ( gi|34 ): TATTATATCCCTGCTAGCAGAAGGGGGGGGGGGGGGGAATATTGATCCTGTCGTCCGTC
Unaligned ( gi|49 ): TTCTTTTTACACCCCTGCTAGTGAAGTAGGGGAGGGGGTATGTTCCATCCGTTCG
Unaligned ( gi|59 ): AGCTTATAGTGATCCTGCTGTCCAACTGTTCATTCATCCATCCCCGCATCCC
Unaligned ( gi|61 ): CTTGTAGTGATCATGTTGTCCATCTGTTAATTCATTTGTCCCCACATCC
Unaligned ( gi|74 ): TATGCCCCCCACTAATGAAGCAATCCTGTGTTTCGT