lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 44444 1 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 222222 1 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 2222 1 4
lowQualScore : 3 66666 6 0 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 888888 55 5 6 5 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7 7777 7 0
lowQualScore : . ..... . . ................................................................................................. . ...... .. . . . .................................................................................................................................................. . .... . .
lowQualScore : 0 55555 0 7 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 888888 00 0 0 0 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 0000 0 0
consensus : ATNTCTGTGGTNGTAAT-TTTTAG-GTATATGC-ATAT-GTGAGTA--G----ATGA-TATC---T---NACGTNTAACGTTN-TGAN-----------ATATT--TTG---------CAATATCCCCCC------CCCCCCCCCCCCCCCCCCCNNCCCCCCCCCCCNNNNNNNNNCCACCCCCCCCCCCCCCCACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC--------CCCCC------T-----T-TTTTAA-------GG----CATG-TA---------CAGA--AT--G---AAC-----GT-AATTA------TTGT--ATGAT-AGATTTTCA--AAT--GCA---TGTAATATGCGGATAATAATGTTGTTTACTGT-ATAT
Reference ( gi|1 ) : ATATCTACGGT-GTAATATCTTAG-GTATATG--ATAT-GTGAGTG--G----ATGA-TATC---T---TATGTGTAATATTA-TGAA-----------ATATC--TTG---------CAATATCCCCCC------CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCGCCCCCCCCCCCCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC--------CCCCC------T-----T-TTTTAA-------GG----CATGATG---------CAGG--AT--G---AAT-----GT-AATTA------TTAT--ATGAT-AGATTCTCA--AAT--GCA---TGTAATAT--GGA-AATTATAGTCTTAACTGTAATATC
gi|6 : ATCTCTGTGGTTGTAAT-TTTTAGTGCATGTGC-GTAAAGTGGGCG--GCACCATTA-TACC---T---GAAGTGTA---TTA-TGAATAGAACAGAGTATATTCGTTG---------T--TAACCCACCTACTAACCCCCCCCCCCCCCCCCCCACC
gi|7 : cTATCTA--GTAGTAGTTTCTCAG-ATTTA-G--AT----TGAGTATAG----ATAAATATC---AAGATAAATTTCATGTT--TGAA-----------ATGTT--TAGACAAAGGATCAAGACCCCCTC------CCACCCCCCCCCCCCCCCCCACCCCCCCCCCC
gi|9 : TAAGATTTTCG-GTA-ATGCCAAAT-GTAAG-A--A----ATGA-AATAGAAT---TATGTTT--TGTTC-TGGT-----------GTATC--TT-----------AATATAGCCCC------CCCCCCCCCCCCCCCCCt
gi|13 : acaagattattgca--ATAT-ATGAGTA--G-----TGA-TATT---T---GACATGGAACATTGGTGAC-----------CT-TT--ATG---------CA-TATCCCCCC------CCCCCCCCCCCCC
gi|4 : acgattaatttaataacCCACCCCCCCCCCCCCCCACCCCCCCCCCCCCCCCGCCCCGCCCCCCCCCCCCCCCCC--------CCTTC------TGCCGAT-CTTCAATCATGGGGG----CATAATA---------AAGACTATGGG---AACTCGAGGTAAAATA------TTGT--GTAAT-A---TCTCAATAGT--GTA---TG--ATAT--
gi|12 : gCCCCCTCCCCCCCCCCCTCTTCCCCCCCCCCC--------CCCCC------T-----TAATTTA--------------CACG-T----------CAAG--CT--G---GTT-----GT-AATCAGACTGCTTGTTCATAATGAGATTTTCA--AA
gi|11 : CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC--------CTGGC------T-----T-TT---G-------GG----AATG-TGGGATTTTTTCAGA--A---G---AAG-----GT-TA-TA------TTA---ATGAT-AGTCTGTCA--AATTGACAGAGTGTAATA
gi|8 : tCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAGATACC-----------------TTTTAA-------GGTTTTTATATTA---------CATA--AC--GAAAAAC-----GT-A--TA------TTGT--ATCAG-AAATT--------T--GAA---TTTAAAATGCGGATAATAATGTTGTTTACTGT-ATAT
gi|14 : aCCCCCCCCACCCCCCCTCCCCCC--------CCCCCTTTTTTT-----T-TTTTAA-------GA---------------------AGG--GT--G---CAT-----AT--ATTA--------AT--TTGTT-TGGTTTGCA--AAT--GC
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): CCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAAGGCATATAATTAACAACATGCAAATCTGATAAATAGTATAATATGAAAATTTGCACAACATATTTTTGAAATGTTAATACTGTTAATGAAGACTAGCTTTGATGACGCTATATTT
Unaligned ( gi|3 ): CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTTATAATTTTGTTAAGTAGGAGTGTATATTAATTTGTAAGGCAACTGCTAGGGCTGAAGCTGTGACCAATTTGGAGTCTCAACTGCATTTTGCAGTGTGTAAATCATACTTTTTAAATGTCTAAT
Unaligned ( gi|5 ): CCCACCCCCTCTTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTTCCCACTTATTATCTATTTTAATTTCATGCAAGAGATATTTAGGGTAACAGGACTTATGTGTGTAACACAGAGCTTAACACTTAATATTAAAATCGA
Unaligned ( gi|10 ): GTGGAGACCATCATACGGGGAATGGTCTAATATATTTATCCTTCCCCCCACCCCATCCCCCCCCCCCCCCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTCCCACCCTCTCT
Unaligned ( gi|15 ): CCCCCCCCCCCCCCCCCCTTAATTTAAGAAAATGAAGTTGGGATTTTTTAAGGCAGTTTTATTAG
Unaligned ( gi|16 ): AAAACGTTATTGATCAAAATTTGAATTTAAAACGGCGGGTGTTAACGTTGTTGTATATGGT
Unaligned ( gi|17 ): CCCCCCCCCCTCCTGCACCCCCCCCCCCCTCCACTCCCAC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 1 1 11 11 2222222222 2222 111 11 5555555555555555555555555555555555 111111 777777777 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 11 111 11 1 2
lowQualScore : 1 4 0 0 0 3 3 88 1 11 2222222222 8 5555 1 7 1 111 44 8888888888888888888888888888888888 999999 22 000000000 7 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 000 3 6 22 3 99 11 777 3 77 5 4 3 2 4 0
lowQualScore : . . . . . . . .. . .. .......... . .... . . . ... .. .................................. ...... .. ......... . ............................................................................................ ... . . .. . .. .. ... . .. . . . . . .
lowQualScore : 0 0 0 0 0 2 2 00 0 22 8888888888 0 8888 0 8 0 222 22 3333333333333333333333333333333333 222222 00 555555555 0 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 888 7 7 88 2 22 00 555 2 55 5 0 0 5 0 0
consensus : ATNTCTGCGGT-GTAAT-TTTT-AG-GTATATGC-ATAT-GTGAGTA--G----ATGA-TATC----TNACGTGTAATGTTN-TGAN-----------ATATT--TTG---------CAATATCCCCCC------CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC--------CCT-----T-TTTTAA-------GGC----AT-G-T-G---------CAGG--AT--GAA---C-----GT-A-ATTA------TTGT--ATGAT-AGATTTTCA--AAT--GCA---TGTAATATGCGGATAATNATGNTNTTNACTGTAATAT
Reference ( family-4230 ) : ATNTCTGTGGTNGTAAT-TTTT-AG-GTATATGC-ATAT-GTGAGTA--G----ATGA-TATC----TNACGTNTAACGTTN-TGAN-----------ATATT--TTG---------CAATATCCCCCC------CCCCCCCCCCCCCCCCCCCNNCCCCCCCCCCCNNNNNNNNNCCACCCCCCCCCCCCCCCACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC--------CCT-----T-TTTTAA-------GGC----AT-G-T-A---------CAGA--AT--GAA---C-----GT-A-ATTA------TTGT--ATGAT-AGATTTTCA--AAT--GCA---TGTAATATGCGGATAATAATGTTGTTTACTGT-ATAT
gi|1 : ATATCTACGGT-GTAATATCTT-AG-GTATATG--ATAT-GTGAGTG--G----ATGA-TATC----TTATGTGTAATATTA-TGAA-----------ATATC--TTG---------CAATATCCCCCC------CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCGCCCCCCCCCCCCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC--------CCT-----T-TTTTAA-------GGC----AT-GAT-G---------CAGG--AT--GAA---T-----GT-A-ATTA------TTAT--ATGAT-AGATTCTCA--AAT--GCA---TGTAATAT--GGA-AATTATAGTCTTAACTGTAATAT
gi|10 : ATC----ATACGGGGAATGGTC-TAAT-----------ATATT--T---------------ATCCTTCC------CCCCACCCCATCCCCCCCCCCCCCCGCCCCCC-------CCCCCCCCCCCCCCCCTCCCACCCTCTCc
gi|11 : gtggagaccCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTG--------GCT-----T-TT---G-------GGA----AT-G-T-GGGATTTTTTCAGA--A---GAA---G-----GT-T-A-TA------TTA---ATGAT-AGTCTGTCA--AATTGACAGAGTGTAATAt
gi|12 : tCCCCCTCCCCCCCCCCCTCTTCCCCCCCCCCCCCC--------CCT-----TAATTTA----------C----AC-G-T-----------CAAG--CT--GGT---T-----GT-A-ATCAGACTGCTTGTTCATAATGAGATTTTCA--AA
gi|13 : C-ATAT-ATGAGTA--G-----TGA-TATT----TGACATGGAACATTGGTGAC-----------CT-TT--ATG---------CA-TATCCCCCC------CCCCCCCCCCCCC
gi|14 : acgattaatttaataaCCCCCCCCACCCCCCCTCCCCCCCCCCCTTTT--------TTT-----T-TTTTAA-------GA-----------------------AGG--GT--G-----C-----AT-ATATTAAT----TTGT------T-TGGTTTGCA--AAT--GC
gi|4 : CCACCCCCCCCCCCCCCCACCCCCCCCCCCCCCCCGCCCCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCT--------TCTGCCGAT-CTTCAATCATGGGGGC----ATAA-T-A---------AAGACTATGGGAA---CTCGAGGTAA-AATA------TTGT--GTAAT-A---TCTCAATAGT--GTA---TG--ATATc
gi|6 : gATCTCTGTGGTTGTAAT-TTTT-AGTGCATGTGC-GTAAAGTGGGCG--GCACCATTA-TACC----TGAAGTGTA---TTA-TGAATAGAACAGAGTATATTCGTTG---------T--TAACCCACCTACTAACCCCCCCCCCCCCCCCCCCACC
gi|7 : cTAGTAGTAGT-TTCTCAG-ATTTA-G----AT--TGAGTATAG----ATAAATATCAAGATAA-ATTTCATGTT--TGAA-----------ATGTT--TAGACAAAGGATCAAGACCCCCTC------CCACCCCCCCCCCCCCCCCCACCCCCCCCCCC
gi|8 : tatcCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAGATACCT-----T-TT--AA-------GGTTTTTAT-A-TTA---------CATA--AC--GAAAAAC-----GT-A---TA------TTGT--ATCAG-AAATTT----------GAA---TTTAAAATGCGGATAATAATGTTGTTTACTGT-ATATt
gi|9 : a-TTTT-CG-GTA-ATGCCAAAT-GTAAG-A--A----ATGA-AATAGAA-TTATGTTT--TGTTC-TGGT-----------GTATC--TT-----------AATATAGCCCC------CCCCCCCCCCCCCCCCC
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): CCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAAGGCATATAATTAACAACATGCAAATCTGATAAATAGTATAATATGAAAATTTGCACAACATATTTTTGAAATGTTAATACTGTTAATGAAGACTAGCTTTGATGACGCTATATTT
Unaligned ( gi|3 ): CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTTATAATTTTGTTAAGTAGGAGTGTATATTAATTTGTAAGGCAACTGCTAGGGCTGAAGCTGTGACCAATTTGGAGTCTCAACTGCATTTTGCAGTGTGTAAATCATACTTTTTAAATGTCTAAT
Unaligned ( gi|5 ): CCCACCCCCTCTTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTTCCCACTTATTATCTATTTTAATTTCATGCAAGAGATATTTAGGGTAACAGGACTTATGTGTGTAACACAGAGCTTAACACTTAATATTAAAATCGA
Unaligned ( gi|15 ): CCCCCCCCCCCCCCCCCCTTAATTTAAGAAAATGAAGTTGGGATTTTTTAAGGCAGTTTTATTAG
Unaligned ( gi|16 ): AAAACGTTATTGATCAAAATTTGAATTTAAAACGGCGGGTGTTAACGTTGTTGTATATGGT
Unaligned ( gi|17 ): CCCCCCCCCCTCCTGCACCCCCCCCCCCCTCCACTCCCAC
Alignments
lowQualScore : 2 1 1 11 1 2222222222 2222 11 5555555555555555555555555555555555 111 22222222 111 77777777777777777777777777777777777777777777777 1111 11 222 11 1 1
lowQualScore : 1 0 3 3 7 22 0 2222222222 8 5555 1 7 66 44 8888888888888888888888888888888888 111 2 3 99999999 3 444 8 0 3 77777777777777777777777777777777777777777777777 2222 3 8 99 33 333 77 5 1 1 1 1 5
lowQualScore : . . . . . .. . .......... . .... . . .. .. .................................. ... . . ........ . ... . . . ............................................... .... . . .. .. ... .. . . . . . .
lowQualScore : 0 0 3 3 3 55 0 8888888888 0 8888 0 8 33 22 3333333333333333333333333333333333 777 5 0 00000000 2 000 0 8 8 22222222222222222222222222222222222222222222222 6666 2 0 22 88 333 55 5 0 0 0 0 5
consensus : ATNTCTGCGGTTGTAAT-TTTTAG-GTATATGC-ATAT-GTGAGTA--G----ATGA-TATC----TNACGTGTAATGTTN-TGAN-----------ATATT--TTG---------CAATATCCCCCCCCC---CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCNCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC--------CCCCCCC---CTT-TTTTAAGG----CATG-TG---------CAGGATG---AACGTA-ATTA------TTGT--ATGAT-AGATTTTCAAAT--GCA---TGTAATATGCGGATAATNATGNTNTTNACTGTAATAT
Reference ( family-4230 ) : ATNTCTGCGGT-GTAAT-TTTTAG-GTATATGC-ATAT-GTGAGTA--G----ATGA-TATC----TNACGTGTAATGTTN-TGAN-----------ATATT--TTG---------CAATATCCCCCCCCC---CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC--------CCCCCCC---CTT-TTTTAAGG----CATG-TG---------CAGGATG---AACGTA-ATTA------TTGT--ATGAT-AGATTTTCAAAT--GCA---TGTAATATGCGGATAATNATGNTNTTNACTGTAATAT
gi|1 : ATATCTACGGT-GTAATATCTTAG-GTATATG--ATAT-GTGAGTG--G----ATGA-TATC----TTATGTGTAATATTA-TGAA-----------ATATC--TTG---------CAATATCCCCCCCCC---CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCGCCCCCCCCCCCCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC--------CCCCCCC---CTT-TTTTAAGG----CATGATG---------CAGGATG---AATGTA-ATTA------TTAT--ATGAT-AGATTCTCAAAT--GCA---TGTAATAT--GGA-AATTATAGTCTTAACTGTAATAT
gi|10 : ATC----ATACGGGGAATGGTC-TAAT-----------ATATT--T---------------ATCCTTCCCCC---CACCCCATCCCC-------CCCCCCCCCCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTCCCACCCTCTCc
gi|11 : gtggagaccCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC--------CCCCCCCTGGCTT-TT---GGG----AATG-TGGGATTTTTTCAGAA-G---AAGGTT-A-TA------TTA---ATGAT-AGTCTGTCAAATTGACAGAGTGTAATAt
gi|12 : tCCCCCTCCCCCCCCCCCTCTTCCCCCCCC--------CCCCCCC---CTTAATTTA-------CACG-T----------CAAGCTG---GTTGTA-ATCAGACTGCTTGTTCATAATGAGATTTTCAAA
gi|13 : C-ATAT-ATGAGTA--G-----TGA-TATT----TGACATGGAACATTGGTGAC-----------CT-TT--ATG---------CA-TATCCCCCCCCC---CCCCCCCCCC
gi|14 : acgattaatttaataaCCCCCCCCACCCCCCCTCCCCCCCCC--------CCTTTTT---TTT-TTTTAAGA---------------------AGGGTG-----CATATATTAAT----TTGT------T-TGGTTTGCAAAT--GC
gi|6 : ATCTCTGTGGTTGTAAT-TTTTAGTGCATGTGC-GTAAAGTGGGCG--GCACCATTA-TACC----TGAAGTGTA---TTA-TGAATAGAACAGAGTATATTCGTTG---------T--TAACCCACCTACTAACCCCCCCCCCCCCCCCCCCACCc
gi|7 : cTGAGTATAG----ATAAATATCAAGATAA-ATTTCATGTT--TGAA-----------ATGTT--TAGACAAAGGATCAAGACCCCCTCCCA---CCCCCCCCCCCCCCCCCACCCCCCCCCCC
gi|8 : tatctagtagtagtttctcagatttagatCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAGATACC------------TTTTAAGGTTTTTATATTA---------CATAACGAAAAACGTA---TA------TTGT--ATCAG-AAATT------T--GAA---TTTAAAATGCGGATAATAATGTTGTTTACTGT-ATATt
gi|9 : a-TTTTCG-GTA-ATGCCAAAT-GTAAG-A--A----ATGA-AATAGAA-TTATGTTT--TGTTC-TGGT-----------GTATC--TT-----------AATATAGCCCCCCC---CCCCCCCCCCCCCC
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): CCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAAGGCATATAATTAACAACATGCAAATCTGATAAATAGTATAATATGAAAATTTGCACAACATATTTTTGAAATGTTAATACTGTTAATGAAGACTAGCTTTGATGACGCTATATTT
Unaligned ( gi|3 ): CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTTATAATTTTGTTAAGTAGGAGTGTATATTAATTTGTAAGGCAACTGCTAGGGCTGAAGCTGTGACCAATTTGGAGTCTCAACTGCATTTTGCAGTGTGTAAATCATACTTTTTAAATGTCTAAT
Unaligned ( gi|4 ): GCCACCCCCCCCCCCCCCCACCCCCCCCCCCCCCCCGCCCCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTTCTGCCGATCTTCAATCATGGGGGCATAATAAAGACTATGGGAACTCGAGGTAAAATATTGTGTAATATCTCAATAGTGTATGATAT
Unaligned ( gi|5 ): CCCACCCCCTCTTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTTCCCACTTATTATCTATTTTAATTTCATGCAAGAGATATTTAGGGTAACAGGACTTATGTGTGTAACACAGAGCTTAACACTTAATATTAAAATCGA
Unaligned ( gi|15 ): CCCCCCCCCCCCCCCCCCTTAATTTAAGAAAATGAAGTTGGGATTTTTTAAGGCAGTTTTATTAG
Unaligned ( gi|16 ): AAAACGTTATTGATCAAAATTTGAATTTAAAACGGCGGGTGTTAACGTTGTTGTATATGGT
Unaligned ( gi|17 ): CCCCCCCCCCTCCTGCACCCCCCCCCCCCTCCACTCCCAC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 1 11 1 2222222222 2222 11 5555555555555555555555555555555555 22222222 1111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111 11 111 11 1 1
lowQualScore : 1 5 3 3 7 22 0 2222222222 8 5555 1 7 66 44 8888888888888888888888888888888888 2 1 44444444 111 3333333 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 000 3 6 22 8 99 11 777 3 77 5 1 1 1 1 5
lowQualScore : . . . . . .. . .......... . .... . . .. .. .................................. . . ........ ... ....... .................................................................... ... . . .. . .. .. ... . .. . . . . . .
lowQualScore : 0 5 3 3 3 55 0 8888888888 0 8888 0 8 33 22 3333333333333333333333333333333333 5 0 22222222 555 7777777 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 888 7 7 88 2 22 00 555 2 55 5 0 0 0 0 5
consensus : ATNTCTGCGGTTGTAAT-TTTTAG-GTATATGC-ATAT-GTGAGTA--G----ATGA-TATC----TNACGTGTAATGTTN-TGAN-----------ATATT--TTG---------CAATATCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC--------CCCCCCC---CTT-TTTTAA-------GG----CAT-G-TG---------CAGG--AT--G---AAC-----GT-A-ATTA------TTGT--ATGAT-AGATTCTCA--AAT--GCA---TGTAATATGCGGATAATNATGNTNTTNACTGTAATAT
Reference ( family-4230 ) : ATNTCTGCGGTTGTAAT-TTTTAG-GTATATGC-ATAT-GTGAGTA--G----ATGA-TATC----TNACGTGTAATGTTN-TGAN-----------ATATT--TTG---------CAATATCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCNCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC--------CCCCCCC---CTT-TTTTAA-------GG----CAT-G-TG---------CAGG--AT--G---AAC-----GT-A-ATTA------TTGT--ATGAT-AGATTTTCA--AAT--GCA---TGTAATATGCGGATAATNATGNTNTTNACTGTAATAT
gi|1 : ATATCTACGGT-GTAATATCTTAG-GTATATG--ATAT-GTGAGTG--G----ATGA-TATC----TTATGTGTAATATTA-TGAA-----------ATATC--TTG---------CAATATCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCGCCCCCCCCCCCCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC--------CCCCCCC---CTT-TTTTAA-------GG----CAT-GATG---------CAGG--AT--G---AAT-----GT-A-ATTA------TTAT--ATGAT-AGATTCTCA--AAT--GCA---TGTAATAT--GGA-AATTATAGTCTTAACTGTAATAT
gi|10 : ATC----ATACGGGGAATGGTC-TAAT-----------ATATT--T---------------ATCCTTCCCCCCACCCCATCCCC-------CCCCCCCCCCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTCCCACCCTCTCc
gi|11 : gtggagaccCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC--------CCCCCCCTGGCTT-TT---G-------GG----AAT-G-TGGGATTTTTTCAGA--A---G---AAG-----GT-T-A-TA------TTA---ATGAT-AGTCTGTCA--AATTGACAGAGTGTAATAt
gi|12 : tCCCCCTCCCCCCCCCCCTCTTCCCCCCCC--------CCCCCCC---CTTAATTTA--------------CAC-G-T----------CAAG--CT--G---GTT-----GT-A-ATCAGACTGCTTGTTCATAATGAGATTTTCA--AA
gi|13 : C-ATAT-ATGAGTA--G-----TGA-TATT----TGACATGGAACATTGGTGAC-----------CT-TT--ATG---------CA-TATCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
gi|14 : acgattaatttaataaCCCCCCCCACCCCCCCTCCCCCCCCC--------CCTTTTT---TTT-TTTTAA-------GA----------------------AGG--GT--G-----C-----AT-ATATTAAT----TTGT------T-TGGTTTGCA--AAT--GC
gi|4 : CCACCCCCCCCCCCCCCCACCCCCCCCCCCCCCCCGCCCCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCC--------TTCTGCC---GAT-CTTCAATCATGGGGG----CATAA-TA---------AAGACTATGGG---AACTCGAGGTAA-AATA------TTGT--GTAAT-A---TCTCAATAGT--GTA---TG--ATATc
gi|6 : gATCTCTGTGGTTGTAAT-TTTTAGTGCATGTGC-GTAAAGTGGGCG--GCACCATTA-TACC----TGAAGTGTA---TTA-TGAATAGAACAGAGTATATTCGTTG---------T--TAACCCACCTACTAACCCCCCCCCCCCCCCCCCCACC
gi|7 : cTGAGTATAG----ATAAATATCAAGATAA-ATTTCATGTT--TGAA-----------ATGTT--TAGACAAAGGATCAAGACCCCCTCCCACCCCCCCCCCCCCCCCCACCCCCCCCCCC
gi|8 : tatctagtagtagtttctcagatttagatCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAGATACC------------TTTTAA-------GGTTTTTAT-ATTA---------CATA--AC--GAAAAAC-----GT-A---TA------TTGT--ATCAG-AAATT--------T--GAA---TTTAAAATGCGGATAATAATGTTGTTTACTGT-ATATt
gi|9 : a-TTTTCG-GTA-ATGCCAAAT-GTAAG-A--A----ATGA-AATAGAA-TTATGTTT--TGTTC-TGGT-----------GTATC--TT-----------AATATAGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): CCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAAGGCATATAATTAACAACATGCAAATCTGATAAATAGTATAATATGAAAATTTGCACAACATATTTTTGAAATGTTAATACTGTTAATGAAGACTAGCTTTGATGACGCTATATTT
Unaligned ( gi|3 ): CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTTATAATTTTGTTAAGTAGGAGTGTATATTAATTTGTAAGGCAACTGCTAGGGCTGAAGCTGTGACCAATTTGGAGTCTCAACTGCATTTTGCAGTGTGTAAATCATACTTTTTAAATGTCTAAT
Unaligned ( gi|5 ): CCCACCCCCTCTTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTTCCCACTTATTATCTATTTTAATTTCATGCAAGAGATATTTAGGGTAACAGGACTTATGTGTGTAACACAGAGCTTAACACTTAATATTAAAATCGA
Unaligned ( gi|15 ): CCCCCCCCCCCCCCCCCCTTAATTTAAGAAAATGAAGTTGGGATTTTTTAAGGCAGTTTTATTAG
Unaligned ( gi|16 ): AAAACGTTATTGATCAAAATTTGAATTTAAAACGGCGGGTGTTAACGTTGTTGTATATGGT
Unaligned ( gi|17 ): CCCCCCCCCCTCCTGCACCCCCCCCCCCCTCCACTCCCAC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 1 11 1 2222222222 2222 11 5555555555555555555555555555555555 22222222 1111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111 11 111 11 1 1
lowQualScore : 1 5 3 3 7 22 0 2222222222 8 5555 1 7 66 44 8888888888888888888888888888888888 2 2 44444444 111 3333333 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 000 3 6 22 7 99 11 777 3 77 5 1 1 1 1 5
lowQualScore : . . . . . .. . .......... . .... . . .. .. .................................. . . ........ ... ....... .................................................................... ... . . .. . .. .. ... . .. . . . . . .
lowQualScore : 0 5 3 3 3 55 0 8888888888 0 8888 0 8 33 22 3333333333333333333333333333333333 5 5 22222222 555 7777777 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 888 7 7 88 8 22 00 555 2 55 5 0 0 0 0 5
consensus : ATNTCTGCGGTTGTAAT-TTTTAG-GTATATGC-ATAT-GTGAGTA--G----ATGA-TATC----TNACGTGTAATGTTN-TGAN-----------ATATT--TTG---------CAATATCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCNCCCCCCNCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC--------CCCCCCC---CTT-TTTTAA-------GG----CAT-G-TG---------CAGG--AT--G---AAC-----GT-A-ATTA------TTGT--ATGAT-AGATTCTCA--AAT--GCA---TGTAATATGCGGATAATNATGNTNTTNACTGTAATAT
Reference ( family-4230 ) : ATNTCTGCGGTTGTAAT-TTTTAG-GTATATGC-ATAT-GTGAGTA--G----ATGA-TATC----TNACGTGTAATGTTN-TGAN-----------ATATT--TTG---------CAATATCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC--------CCCCCCC---CTT-TTTTAA-------GG----CAT-G-TG---------CAGG--AT--G---AAC-----GT-A-ATTA------TTGT--ATGAT-AGATTCTCA--AAT--GCA---TGTAATATGCGGATAATNATGNTNTTNACTGTAATAT
gi|1 : ATATCTACGGT-GTAATATCTTAG-GTATATG--ATAT-GTGAGTG--G----ATGA-TATC----TTATGTGTAATATTA-TGAA-----------ATATC--TTG---------CAATATCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCGCCCCCCCCCCCCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC--------CCCCCCC---CTT-TTTTAA-------GG----CAT-GATG---------CAGG--AT--G---AAT-----GT-A-ATTA------TTAT--ATGAT-AGATTCTCA--AAT--GCA---TGTAATAT--GGA-AATTATAGTCTTAACTGTAATAT
gi|10 : ATC----ATACGGGGAATGGTC-TAAT-----------ATATT--T---------------ATCCTTCCCCCCACCCCATCCCCCCCCCCCCCCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTCCCACCCTCTCc
gi|11 : gtggagaccCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC--------CCCCCCCTGGCTT-TT---G-------GG----AAT-G-TGGGATTTTTTCAGA--A---G---AAG-----GT-T-A-TA------TTA---ATGAT-AGTCTGTCA--AATTGACAGAGTGTAATAt
gi|12 : tCCCCCTCCCCCCCCCCCTCTTCCCCCCCC--------CCCCCCC---CTTAATTTA--------------CAC-G-T----------CAAG--CT--G---GTT-----GT-A-ATCAGACTGCTTGTTCATAATGAGATTTTCA--AA
gi|13 : C-ATAT-ATGAGTA--G-----TGA-TATT----TGACATGGAACATTGGTGAC-----------CT-TT--ATG---------CA-TATCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
gi|14 : acgattaatttaataaCCCCCCCCACCCCCCCTCCCCCCCCC--------CCTTTTT---TTT-TTTTAA-------GA----------------------AGG--GT--G-----C-----AT-ATATTAAT----TTGT------T-TGGTTTGCA--AAT--GC
gi|4 : CCACCCCCCCCCCCCCCCACCCCCCCCCCCCCCCCGCCCCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCC--------TTCTGCC---GAT-CTTCAATCATGGGGG----CATAA-TA---------AAGACTATGGG---AACTCGAGGTAA-AATA------TTGT--GTAAT-A---TCTCAATAGT--GTA---TG--ATATc
gi|6 : gATCTCTGTGGTTGTAAT-TTTTAGTGCATGTGC-GTAAAGTGGGCG--GCACCATTA-TACC----TGAAGTGTA---TTA-TGAATAGAACAGAGTATATTCGTTG---------T--TAACCCACCTACTAACCCCCCCCCCCCCCCCCCCACC
gi|7 : cTGAGTATAG----ATAAATATCAAGATAA-ATTTCATGTT--TGAA-----------ATGTT--TAGACAAAGGATCAAGACCCCCTCCCACCCCCCCCCCCCCCCCCACCCCCCCCCCC
gi|8 : tatctagtagtagtttctcagatttagatCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAGATACC------------TTTTAA-------GGTTTTTAT-ATTA---------CATA--AC--GAAAAAC-----GT-A---TA------TTGT--ATCAG-AAATT--------T--GAA---TTTAAAATGCGGATAATAATGTTGTTTACTGT-ATATt
gi|9 : a-TTTTCG-GTA-ATGCCAAAT-GTAAG-A--A----ATGA-AATAGAA-TTATGTTT--TGTTC-TGGT-----------GTATC--TT-----------AATATAGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): CCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAAGGCATATAATTAACAACATGCAAATCTGATAAATAGTATAATATGAAAATTTGCACAACATATTTTTGAAATGTTAATACTGTTAATGAAGACTAGCTTTGATGACGCTATATTT
Unaligned ( gi|3 ): CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTTATAATTTTGTTAAGTAGGAGTGTATATTAATTTGTAAGGCAACTGCTAGGGCTGAAGCTGTGACCAATTTGGAGTCTCAACTGCATTTTGCAGTGTGTAAATCATACTTTTTAAATGTCTAAT
Unaligned ( gi|5 ): CCCACCCCCTCTTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTTCCCACTTATTATCTATTTTAATTTCATGCAAGAGATATTTAGGGTAACAGGACTTATGTGTGTAACACAGAGCTTAACACTTAATATTAAAATCGA
Unaligned ( gi|15 ): CCCCCCCCCCCCCCCCCCTTAATTTAAGAAAATGAAGTTGGGATTTTTTAAGGCAGTTTTATTAG
Unaligned ( gi|16 ): AAAACGTTATTGATCAAAATTTGAATTTAAAACGGCGGGTGTTAACGTTGTTGTATATGGT
Unaligned ( gi|17 ): CCCCCCCCCCTCCTGCACCCCCCCCCCCCTCCACTCCCAC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 1 11111 2222222222 2222 11 5555555555555555555555555555555555 22222222 1111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111 11 111 11 1 1
lowQualScore : 1 5 3 3 7 44444 2222222222 8 5555 1 7 66 44 8888888888888888888888888888888888 1 1 44444444 111 3333333 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 000 3 6 22 7 99 11 777 3 77 5 1 1 1 1 5
lowQualScore : . . . . . ..... .......... . .... . . .. .. .................................. . . ........ ... ....... .................................................................... ... . . .. . .. .. ... . .. . . . . . .
lowQualScore : 0 5 3 3 3 88888 8888888888 0 8888 0 8 33 22 3333333333333333333333333333333333 0 0 22222222 555 7777777 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 888 7 7 88 8 22 00 555 2 55 5 0 0 0 0 5
consensus : ATNTCTGCGGTTGTAAT-TTTTAG-GTATATGC-AT-ATGTGAGTA--G----ATGA-TATC----TNACGTGTAATGTTN-TGA-----------NATATT--TTG---------CAATATCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCNCCCCCCNCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC--------CCCCCCC---CTT-TTTTAA-------GG----CAT-G-TG---------CAGG--AT--G---AAC-----GT-A-ATTA------TTGT--ATGAT-AGATTCTCA--AAT--GCA---TGTAATATGCGGATAATNATGNTNTTNACTGTAATAT
Reference ( family-4230 ) : ATNTCTGCGGTTGTAAT-TTTTAG-GTATATGC-AT-ATGTGAGTA--G----ATGA-TATC----TNACGTGTAATGTTN-TGA-----------NATATT--TTG---------CAATATCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCNCCCCCCNCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC--------CCCCCCC---CTT-TTTTAA-------GG----CAT-G-TG---------CAGG--AT--G---AAC-----GT-A-ATTA------TTGT--ATGAT-AGATTCTCA--AAT--GCA---TGTAATATGCGGATAATNATGNTNTTNACTGTAATAT
gi|1 : ATATCTACGGT-GTAATATCTTAG-GTATATG--AT-ATGTGAGTG--G----ATGA-TATC----TTATGTGTAATATTA-TGA-----------AATATC--TTG---------CAATATCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCGCCCCCCCCCCCCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC--------CCCCCCC---CTT-TTTTAA-------GG----CAT-GATG---------CAGG--AT--G---AAT-----GT-A-ATTA------TTAT--ATGAT-AGATTCTCA--AAT--GCA---TGTAATAT--GGA-AATTATAGTCTTAACTGTAATAT
gi|10 : ATC----ATACGGGGAATGGTC-TAA-----------TATATT--T---------------ATCCTTCCCCCCACCCCATCCCCCCCCCCCCCCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTCCCACCCTCTCc
gi|11 : gtggagaccCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC--------CCCCCCCTGGCTT-TT---G-------GG----AAT-G-TGGGATTTTTTCAGA--A---G---AAG-----GT-T-A-TA------TTA---ATGAT-AGTCTGTCA--AATTGACAGAGTGTAATAt
gi|12 : tCCCCCTCCCCCCCCCCCTCTTCCCCCCCC--------CCCCCCC---CTTAATTTA--------------CAC-G-T----------CAAG--CT--G---GTT-----GT-A-ATCAGACTGCTTGTTCATAATGAGATTTTCA--AA
gi|13 : C-AT-ATATGAGTA--G-----TGA-TATT----TGACATGGAACATTGGTGA-----------CCT-TT--ATG---------CA-TATCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
gi|14 : acgattaatttaataaCCCCCCCCACCCCCCCTCCCCCCCCC--------CCTTTTT---TTT-TTTTAA-------GA----------------------AGG--GT--G-----C-----AT-ATATTAAT----TTGT------T-TGGTTTGCA--AAT--GC
gi|4 : CCACCCCCCCCCCCCCCCACCCCCCCCCCCCCCCCGCCCCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCC--------TTCTGCC---GAT-CTTCAATCATGGGGG----CATAA-TA---------AAGACTATGGG---AACTCGAGGTAA-AATA------TTGT--GTAAT-A---TCTCAATAGT--GTA---TG--ATATc
gi|6 : gATCTCTGTGGTTGTAAT-TTTTAGTGCATGTGC-GTAAAGTGGGCG--GCACCATTA-TACC----TGAAGTGTA---TTA-TGAATAGAACAGAGTATATTCGTTG---------T--TAACCCACCTACTAACCCCCCCCCCCCCCCCCCCACC
gi|7 : cTGAGTATAG----ATAAATATCAAGATAA-ATTTCATGTT--TGA-----------AATGTT--TAGACAAAGGATCAAGACCCCCTCCCACCCCCCCCCCCCCCCCCACCCCCCCCCCC
gi|8 : tatctagtagtagtttctcagatttagatCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAGATACC------------TTTTAA-------GGTTTTTAT-ATTA---------CATA--AC--GAAAAAC-----GT-A---TA------TTGT--ATCAG-AAATT--------T--GAA---TTTAAAATGCGGATAATAATGTTGTTTACTGT-ATATt
gi|9 : a-TTTTCG-GTA-ATGCCAA-ATGTAAG-A--A----ATGA-AATAGAA-TTATGTTT--TGTTC-TGG-----------TGTATC--TT-----------AATATAGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): CCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAAGGCATATAATTAACAACATGCAAATCTGATAAATAGTATAATATGAAAATTTGCACAACATATTTTTGAAATGTTAATACTGTTAATGAAGACTAGCTTTGATGACGCTATATTT
Unaligned ( gi|3 ): CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTTATAATTTTGTTAAGTAGGAGTGTATATTAATTTGTAAGGCAACTGCTAGGGCTGAAGCTGTGACCAATTTGGAGTCTCAACTGCATTTTGCAGTGTGTAAATCATACTTTTTAAATGTCTAAT
Unaligned ( gi|5 ): CCCACCCCCTCTTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTTCCCACTTATTATCTATTTTAATTTCATGCAAGAGATATTTAGGGTAACAGGACTTATGTGTGTAACACAGAGCTTAACACTTAATATTAAAATCGA
Unaligned ( gi|15 ): CCCCCCCCCCCCCCCCCCTTAATTTAAGAAAATGAAGTTGGGATTTTTTAAGGCAGTTTTATTAG
Unaligned ( gi|16 ): AAAACGTTATTGATCAAAATTTGAATTTAAAACGGCGGGTGTTAACGTTGTTGTATATGGT
Unaligned ( gi|17 ): CCCCCCCCCCTCCTGCACCCCCCCCCCCCTCCACTCCCAC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 1 11111 2222222222 2222 11 5555555555555555555555555555555555 22222222 1111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111 11 111 11 1 1
lowQualScore : 1 5 3 3 7 44444 2222222222 8 5555 1 7 66 44 8888888888888888888888888888888888 1 1 44444444 111 3333333 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 000 3 6 22 7 99 11 777 3 77 5 1 1 1 1 5
lowQualScore : . . . . . ..... .......... . .... . . .. .. .................................. . . ........ ... ....... .................................................................... ... . . .. . .. .. ... . .. . . . . . .
lowQualScore : 0 5 3 3 3 88888 8888888888 0 8888 0 8 33 22 3333333333333333333333333333333333 0 0 22222222 555 7777777 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 888 7 7 88 8 22 00 555 2 55 5 0 0 0 0 5
consensus : ATNTCTGCGGTTGTAAT-TTTTAG-GTATATGC-AT-ATGTGAGTA--G----ATGA-TATC----TNACGTGTAATGTTN-TGA-----------NATATT--TTG---------CAATATCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCNCCCCCCNCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC--------CCCCCCC---CTT-TTTTAA-------GG----CAT-G-TG---------CAGG--AT--G---AAC-----GT-A-ATTA------TTGT--ATGAT-AGATTCTCA--AAT--GCA---TGTAATATGCGGATAATNATGNTNTTNACTGTAATAT
Reference ( family-4230 ) : ATNTCTGCGGTTGTAAT-TTTTAG-GTATATGC-AT-ATGTGAGTA--G----ATGA-TATC----TNACGTGTAATGTTN-TGA-----------NATATT--TTG---------CAATATCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCNCCCCCCNCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC--------CCCCCCC---CTT-TTTTAA-------GG----CAT-G-TG---------CAGG--AT--G---AAC-----GT-A-ATTA------TTGT--ATGAT-AGATTCTCA--AAT--GCA---TGTAATATGCGGATAATNATGNTNTTNACTGTAATAT
gi|1 : ATATCTACGGT-GTAATATCTTAG-GTATATG--AT-ATGTGAGTG--G----ATGA-TATC----TTATGTGTAATATTA-TGA-----------AATATC--TTG---------CAATATCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCGCCCCCCCCCCCCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC--------CCCCCCC---CTT-TTTTAA-------GG----CAT-GATG---------CAGG--AT--G---AAT-----GT-A-ATTA------TTAT--ATGAT-AGATTCTCA--AAT--GCA---TGTAATAT--GGA-AATTATAGTCTTAACTGTAATAT
gi|10 : ATC----ATACGGGGAATGGTC-TAA-----------TATATT--T---------------ATCCTTCCCCCCACCCCATCCCCCCCCCCCCCCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTCCCACCCTCTCc
gi|11 : gtggagaccCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC--------CCCCCCCTGGCTT-TT---G-------GG----AAT-G-TGGGATTTTTTCAGA--A---G---AAG-----GT-T-A-TA------TTA---ATGAT-AGTCTGTCA--AATTGACAGAGTGTAATAt
gi|12 : tCCCCCTCCCCCCCCCCCTCTTCCCCCCCC--------CCCCCCC---CTTAATTTA--------------CAC-G-T----------CAAG--CT--G---GTT-----GT-A-ATCAGACTGCTTGTTCATAATGAGATTTTCA--AA
gi|13 : C-AT-ATATGAGTA--G-----TGA-TATT----TGACATGGAACATTGGTGA-----------CCT-TT--ATG---------CA-TATCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
gi|14 : acgattaatttaataaCCCCCCCCACCCCCCCTCCCCCCCCC--------CCTTTTT---TTT-TTTTAA-------GA----------------------AGG--GT--G-----C-----AT-ATATTAAT----TTGT------T-TGGTTTGCA--AAT--GC
gi|4 : CCACCCCCCCCCCCCCCCACCCCCCCCCCCCCCCCGCCCCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCC--------TTCTGCC---GAT-CTTCAATCATGGGGG----CATAA-TA---------AAGACTATGGG---AACTCGAGGTAA-AATA------TTGT--GTAAT-A---TCTCAATAGT--GTA---TG--ATATc
gi|6 : gATCTCTGTGGTTGTAAT-TTTTAGTGCATGTGC-GTAAAGTGGGCG--GCACCATTA-TACC----TGAAGTGTA---TTA-TGAATAGAACAGAGTATATTCGTTG---------T--TAACCCACCTACTAACCCCCCCCCCCCCCCCCCCACC
gi|7 : cTGAGTATAG----ATAAATATCAAGATAA-ATTTCATGTT--TGA-----------AATGTT--TAGACAAAGGATCAAGACCCCCTCCCACCCCCCCCCCCCCCCCCACCCCCCCCCCC
gi|8 : tatctagtagtagtttctcagatttagatCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAGATACC------------TTTTAA-------GGTTTTTAT-ATTA---------CATA--AC--GAAAAAC-----GT-A---TA------TTGT--ATCAG-AAATT--------T--GAA---TTTAAAATGCGGATAATAATGTTGTTTACTGT-ATATt
gi|9 : a-TTTTCG-GTA-ATGCCAA-ATGTAAG-A--A----ATGA-AATAGAA-TTATGTTT--TGTTC-TGG-----------TGTATC--TT-----------AATATAGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
blockSeqs : C T . T T CGTA CGGCACCA A AAGA T C AA GG ATAGAACAGAGTATATTCGTTGT G C AAAAGATA CCC TGGCTT ATCATGGGGGCATAATAAAGACTATGGGAACTCGAGGTAAAATA TCA G G GT G AT TG GAG T GC T A T G T .
blockSeqs : . . . CCAA TATAGA . GAA G C AA C AATGTTTAGACAAAGGATCAA A . CCC CTTA GGGAATGTGGGATTTTTTCAGAAGAAGGTTATA A A . GA T . . . T
blockSeqs : CAT TAG . . G A CA A CCTTTATGCA C . TTT TTT AGGTTTTTATATTACATAACGAAAAACGTATA G A . GG T . . . .
blockSeqs : AAA . . A T A C TGTATCTTAA . CTG GAT CACGTCAAGCTGGTTGTAATCAGACTGC A C . AA C . .
blockSeqs : . T . . . TATATTT . . . AGAAGGGTGCATATATTAAT . . . . . .
blockSeqCons : NAA******* CTATATTTAGA***********************
originalCons : ATNTCTGCGGTTGTAAT-TTTTAG-GTATATGC-AT-ATGTGAGTA--G----ATGA-TATC----TNACGTGTAATGTTN-TGA-----------NATATT--TTG---------CAATATCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCNCCCCCCNCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC--------CCCCCCC---CTT-TTTTAA-------GG----CAT-G-TG---------CAGG--AT--G---AAC-----GT-A-ATTA------TTGT--ATGAT-AGATTCTCA--AAT--GCA---TGTAATATGCGGATAATNATGNTNTTNACTGTAATAT
finalCons : ATNTCTGCGGTTGTAAT-TTTTAG-GTATATGC-AT-ATGTGAGNAA-------TGA-TATC----TNACGTGTAATGTTN-TGACTATATTTAGA-----------------------TATCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCNCCCCCCNCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC--------CCCCCCC---CTT-TTTTAA-------GG----CAT-G-TG---------CAGG--AT--G---AAC-----GT-A-ATTA------TTGT--ATGAT-AGATTCTCA--AAT--GCA---TGTAATATGCGGATAATNATGNTNTTNACTGTAATAT
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): CCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAAGGCATATAATTAACAACATGCAAATCTGATAAATAGTATAATATGAAAATTTGCACAACATATTTTTGAAATGTTAATACTGTTAATGAAGACTAGCTTTGATGACGCTATATTT
Unaligned ( gi|3 ): CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTTATAATTTTGTTAAGTAGGAGTGTATATTAATTTGTAAGGCAACTGCTAGGGCTGAAGCTGTGACCAATTTGGAGTCTCAACTGCATTTTGCAGTGTGTAAATCATACTTTTTAAATGTCTAAT
Unaligned ( gi|5 ): CCCACCCCCTCTTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTTCCCACTTATTATCTATTTTAATTTCATGCAAGAGATATTTAGGGTAACAGGACTTATGTGTGTAACACAGAGCTTAACACTTAATATTAAAATCGA
Unaligned ( gi|15 ): CCCCCCCCCCCCCCCCCCTTAATTTAAGAAAATGAAGTTGGGATTTTTTAAGGCAGTTTTATTAG
Unaligned ( gi|16 ): AAAACGTTATTGATCAAAATTTGAATTTAAAACGGCGGGTGTTAACGTTGTTGTATATGGT
Unaligned ( gi|17 ): CCCCCCCCCCTCCTGCACCCCCCCCCCCCTCCACTCCCAC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 1 11 1 33333 111 1111 77777777777777777777777777777 1 22222222 1111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111 11 111 11 1 1
lowQualScore : 1 5 3 3 7 22 0 1 55555 111 1 2 1111 77 99999999999999999999999999999 6 6 0 1 44444444 111 3333333 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 000 3 6 22 7 99 11 777 3 77 5 1 1 1 1 5
lowQualScore : . . . . . .. . . ..... ... . . .... .. ............................. . . . . ........ ... ....... .................................................................... ... . . .. . .. .. ... . .. . . . . . .
lowQualScore : 0 5 3 3 3 55 0 0 00000 777 0 2 5555 77 00000000000000000000000000000 7 7 8 0 22222222 555 7777777 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 888 7 7 88 8 22 00 555 2 55 5 0 0 0 0 5
consensus : ATNTCTGCGGTTGTAAT-TTTTAG-GTATATGC-ATAT-GTGAGCGG----ATGATATC---TTACGTGT--AATGTTN-TGA------C----TA--TATC--TN-G--ATATCCCC-CCCCC-CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCGCCCCCCNCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC--------CCCCCCC---CTT-TTTTAA-------GG----CAT-G-TG---------CAGG--AT--G---AAC-----GT-A-ATTA------TTGT--ATGAT-AGATTCTCA--AAT--GCA---TGTAATATGCGGATAATNATGNTNTTNACTGTAATAT
Reference ( family-4230 ) : ATNTCTGCGGTTGTAAT-TTTTAG-GTATATGC-ATAT-GTGAGNA-----ATGATATC---TNACGTGT--AATGTTN-TGA------C----TA--TATT--TA-G--ATATCCCC-CCCCC-CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCNCCCCCCNCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC--------CCCCCCC---CTT-TTTTAA-------GG----CAT-G-TG---------CAGG--AT--G---AAC-----GT-A-ATTA------TTGT--ATGAT-AGATTCTCA--AAT--GCA---TGTAATATGCGGATAATNATGNTNTTNACTGTAATAT
gi|1 : ATATCTACGGT-GTAATATCTTAG-GTATATG--ATAT-GTGAGTGG----ATGATATC---TTATGTGT--AATATTA-TGA------A-----A--TATC--TT-GCAATATCCCCCCCCCC-CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC-CCCCCCGCCCCCCCCCCCCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC--------CCCCCCC---CTT-TTTTAA-------GG----CAT-GATG---------CAGG--AT--G---AAT-----GT-A-ATTA------TTAT--ATGAT-AGATTCTCA--AAT--GCA---TGTAATAT--GGA-AATTATAGTCTTAACTGTAATAT
gi|10 : ATC---ATACGGGG--AATGGTC-TAA-----------TA--TATT--TA-------TCCTT-CCCCC-CACCCCATCCCCCCCCCCCCCCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTCCCACCCTCTCc
gi|11 : gtggagaccCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC--------CCCCCCCTGGCTT-TT---G-------GG----AAT-G-TGGGATTTTTTCAGA--A---G---AAG-----GT-T-A-TA------TTA---ATGAT-AGTCTGTCA--AATTGACAGAGTGTAATAt
gi|12 : tCCCCCTCCCCCCCCCCCTCTTCCCCCCCC--------CCCCCCC---CTTAATTTA--------------CAC-G-T----------CAAG--CT--G---GTT-----GT-A-ATCAGACTGCTTGTTCATAATGAGATTTTCA--AA
gi|13 : C-ATAT-ATGAGTA-----GTGATATT---TGACATGG--AACATTGGTGA------C----C-----TT--TATGC-ATATCCCC-CCCCC-CCCCCCCCCC
gi|14 : acgattaatttaataaCCCCCCCCACCCCCCCTCCCCCCCCC--------CCTTTTT---TTT-TTTTAA-------GA----------------------AGG--GT--G-----C-----AT-ATATTAAT----TTGT------T-TGGTTTGCA--AAT--GC
gi|4 : CCACCCCCCCCCCCCCCCACCCCCCCCCCCCCCCCGCCCCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCC--------TTCTGCC---GAT-CTTCAATCATGGGGG----CATAA-TA---------AAGACTATGGG---AACTCGAGGTAA-AATA------TTGT--GTAAT-A---TCTCAATAGT--GTA---TG--ATATc
gi|6 : gATCTCTGTGGTTGTAAT-TTTTAGTGCATGTGC-GTAAAGTGGGCGGCACCATTATACC---TGAAGTGT--A---TTA-TGAATAGAACAGAGTA--TATTCGTT-G--TTAACCCA-CCTAC-TAACCCCCCCCCCCCCCCCCCCACC
gi|7 : cATT---TCATGTTTGAAATGTTT-AGA------C----AAAGGATC--AA-G--A---CCCC-CTCCCACCCCCCCCCCCCCCCCCACCCCCCCCCCC
gi|8 : tatctagtagtagtttctcagatttagattgagtatagataaatatcaagataaCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAGATACC------------TTTTAA-------GGTTTTTAT-ATTA---------CATA--AC--GAAAAAC-----GT-A---TA------TTGT--ATCAG-AAATT--------T--GAA---TTTAAAATGCGGATAATAATGTTGTTTACTGT-ATATt
gi|9 : a-TTTTCG-GTA-ATGCCAAAT-GTAAGAA-----ATGAAATAGAATTATGTTT----TGTTC-TGG-----------TG--TATC--TT-A--ATATAGCC-CCCCC-CCCCCCCCCCCCCC
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): CCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAAGGCATATAATTAACAACATGCAAATCTGATAAATAGTATAATATGAAAATTTGCACAACATATTTTTGAAATGTTAATACTGTTAATGAAGACTAGCTTTGATGACGCTATATTT
Unaligned ( gi|3 ): CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTTATAATTTTGTTAAGTAGGAGTGTATATTAATTTGTAAGGCAACTGCTAGGGCTGAAGCTGTGACCAATTTGGAGTCTCAACTGCATTTTGCAGTGTGTAAATCATACTTTTTAAATGTCTAAT
Unaligned ( gi|5 ): CCCACCCCCTCTTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTTCCCACTTATTATCTATTTTAATTTCATGCAAGAGATATTTAGGGTAACAGGACTTATGTGTGTAACACAGAGCTTAACACTTAATATTAAAATCGA
Unaligned ( gi|15 ): CCCCCCCCCCCCCCCCCCTTAATTTAAGAAAATGAAGTTGGGATTTTTTAAGGCAGTTTTATTAG
Unaligned ( gi|16 ): AAAACGTTATTGATCAAAATTTGAATTTAAAACGGCGGGTGTTAACGTTGTTGTATATGGT
Unaligned ( gi|17 ): CCCCCCCCCCTCCTGCACCCCCCCCCCCCTCCACTCCCAC