lowQualScore : 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111 11111 11111 2222222222222222222 11 1 777777777777777
lowQualScore : 2 6 0 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 00000 9 4 33333 4 8888 66666 4 9999999999999999999 5 6 77 33 6 111111111111111 2
lowQualScore : . . . ..................................................................................................................................................................................................................... ..... . . ..... . .... ..... . ................... . . .. .. . ............... .
lowQualScore : 0 7 9 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 00000 7 0 99999 0 5555 55555 0 2222222222222222222 0 0 55 33 3 000000000000000 5
consensus : TACT-GTGGTTTCATCAATTTTCATGGGCAATC-----T------GCAN------CAAA-TTTCGCGGATTTGTTAA-----AAAATACA---------TT---------TA-TG------C--------ATGGAAAGC--TTCT------------------CAA-AATT---TT---TCCTTT------ATNAGCAA---AA-----AC-----TGTG---C---TTTG-T-----TGAT-----CACTT-GATTTNATA-GT-CTGG----TACAACC----A-TG-----A---AAA--C-ACGAAA-ATTGGTATTCAACGAAAAATNATGAAACCACGGTATCCTANNAATTTATTCANTCCT
Reference ( gi|1 ) : TGCT-GTGGTTTCGTCAATTTTCATAGACAATCA---TTG-----GCAG------CAAA-TTCGGTGGATTTGTTAA-----AAAATACA---------TT---------TA-TG---------------ATGGAGAGC--TTCT------------------CAA-AATC--GTT---TCCTTT------AACAGCAA---AA-----AC-----TGTG---T---GTTT-T-----TGAT-----CATTT-GATTTTGCA-GT-CTGG----TACAACT----A-TG-----A---CAA--C-ATTGAA-ATTGGTGTTCAATGAAAAATTATGAAACCTCAGTAATCTATGA---TATTCAGTCCTATT
gi|6 : TACT-GTGGTTTCATCAATTTTCATGAACAA----------------AA------C--A-TTTTGTGGATTTGATAATCAGTAAAGTTCA---------TTGA-------TA-TGTATTGTC--------ATTAAGAGC--CTTT------------------CTA-TGTT---CT---TCCATT------ATGAGTAA---AATTTTCAC-----TTTG------------T-----TGAT-----TACTT-TATATTACA-AT-CTGG----CAAAACC----A-AG-----A---TAA--T-A
gi|3 : TACT-GTGGTTTTATCAATTTTCAT---CA---------------GCAT------CAAATTTTTGTGGATTGGCAAA-----AAAAAACAACCCCTAGTTT---------TGTTGATAATTTC-------ATGGAAACC--T-------------------------AATC--TTTTACTCCTTTATGGGCAAAAGTCA---AA-----AC-----T-TG---C---ACTT-TATAACTAAT-----CGGTT-GATATTGTG-AT-CTGT----AACAACC----AGTG-----A---AAA--C-AATGAA-Aaa
gi|16 : aTACT-GTAGTTTCATCAATTTTCATa
gi|4 : gaaGCTAGTGGTTTC----ATTTCCATGGGCAATC-----TGTCTAAGCAG------TACA-T-------ATTCCTCAA---------TGCT---------TT---------TA-T-------------------------------------------------CAA-CAT----TA---TCATTT------ATCGACAA---AA------C-----TGTA---C---TTTG-T-----TGAT-----CACCA-GATTTAATA-GT-CCGA----TACAGCC----A-TG-----A----AAGCC-ACGAAA-ATTGATATTCAACGAAATATT-TGAAACCg
gi|14 : ataCT-GTAGTTTCATCAATTTTCATGGG-AATCAGATTTC-----ACAGACTTTTCAAA-CTAAACAGATTCGTT---------AATACA---------T
gi|2 : T-GTGGTTCCATCAATT----------GTCC---TTG-----GCAT------CAAA-TTCCATAGATTTGTT-----------T-TG---------TTGCTTGGCAATA-TC---------------ATTGAAAGC--TTC------------------------ACT--TCT---TCTTTT------TGT-GCAA---AA-----AT-----TGCA---C---TTTG-T-----TGAT-----TATTT-CATTTAATG-GT-CTGG----TACAGCC----A-TGAGAAAA---AAA--T-ATCAAACATTGGTATTC---CCAAAATGATGAAACCACAATcatcttca
gi|5 : TCATCAATTTTCATGG------------------GCAT------CAAA-TTCCACACATTT-TTCA-----CAAATACA---------AT---------TT-TGTTACTACTTAATTTCACGGAGAGC--TTC-------------------------------T---TTCTTT------ATGAGCAA---AT-----AT-------TG---T---ATTA-T-----TAAT-----CACTT-GA--AAGAAGGT-CAGA----TACTACA----A-TG-----A---AAA--C-Acctaagtgattagtacatgtaca
gi|7 : tgAGA-TTTTATGGATTTATCAA-----AAAACACA---------GT---------TG-TA---------------TTGACAAGTAATTCTGTGAACAACTAAACGCAGCAATAATC----T---TCCTTT------ATGAACAA---AA-----AT-----TGAGCACT---CTTT-T-----TGGTGATTTCACTT-GATTTTGTA-GT-TTGG----CACAACCACGAA-TG-----A---AAA--C-AATGGA-gtaacaagacattgaagtcccc
gi|10 : AAC--TACT------------------AAA-AATTCAGTT---T---TT------ATTAGTAA---AA-----AC-----TGAA---CACAGT----------GAT-----CACTT-GATTTTATA-GT-TTAGCTATTATAACC----A-TGAAA--A---CAA--C-A--GAA-ATCTGTACTCAACGAAAAA-CATAAAACC
gi|11 : aT---TCCTTT------ATAAGCAA---AA-----AA-----TGTT---T---TTTTCT-----TGAT-----CA-TT-GATTTAATG-GTCCTGG----TATGATC----A-TG-----A---AAA--CTATGAAA-ATTTGTATTCAAC-AAAAATGATGAAACC
gi|9 : c---TCATTT------ATCGACAA---AA------C-----TGTA---C---TTTG-T-----TGAT-----CACCAAGATTTAATA-GT-CCGA----TACAGCC----A-TG-----A---AAG--CCACGAAA-ATTGATATTCAACGAAATATTTTGAAAC--CGGT--TCTAGAA------TCAGTTCTac
gi|8 : attaCTGT------AACAGCGATGAAA-----ACAAGATTGTA---C---TTTG-T-----TAAT-----CAGTT-GATTTCCTG-AT-TTGT----AACATGG----A-TG-----AAAGCAA--C-A--AAG-ATTGGTATCCAATGAAAAATACCGAAACCACAGTATCTTATCAATTTATTCATTC
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TCAATTTTCATTGGGTTAAAATTTTCATGGATTTTTCACAAAATACAATTTGGTTAATACATAATTTCATGAAAGCTTAACTTATATTTTTGA
Unaligned ( gi|13 ): AATTTTCCTTTATGAAAACAAACAAAACATTTTCTTTTCGTGGTTGATCCTTGATTCCGTAATCTGACACGCCATGAAAACAACGGA
Unaligned ( gi|15 ): TCATTTTCATGGTTATCAAATTCCATGGATTTATCAAACACAGTTTTGTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111 1 11 222
lowQualScore : 1 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 55 999999 7777777 11111111 8888888 555 44 1 3 1 44 3 7777 7777 3 88888 3 3 6 4 66 22 22 111 1
lowQualScore : . .............................................................................................................................................. . .. ...... ....... ........ ....... ... .. . . . .. . .... .... . ..... . . . . .. .. .. ... .
lowQualScore : 4 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 00 666666 0000000 22222222 5555555 888 66 0 3 0 66 3 1111 1111 3 33333 3 3 7 3 11 77 00 555 0
consensus : TACTGTGGTTTCATCAATTTTCATGGGCAAT----G--ATCAAA-TTTCGCGGATTTGTTAA-----A--AAATACA---------TT---------TA-TG--------------CATNG------A-AAGC--TTCT-----CAA------------AT--T-T--T--TCCTTTATGAG--CA------AA---AAC-TGTAC------TTT-----G-T---TGAT--CACTT-GATTTNATA--GTC-TGG----TACAACC----A-TG-----AAAA-C-A-CGAAAATTGGTATTCAACGAAAAATNATGAAACCACAGTATCCTATNAATTTATTCANTCCT
Reference ( family-42 ) : TACTGTGGTTTCATCAATTTTCATGGGCAATC--TG-CANCAAA-TTTCGCGGATTTGTTAA-----A--AAATACA---------TT---------TA-TG--------------CATGG------A-AAGC--TTCT-----CAA-----------AAT--T-T--T--TCCTTTATNAG--CA------AA---AAC-TGTGC------TTT-----G-T---TGAT--CACTT-GATTTNATA--GTC-TGG----TACAACC----A-TG-----AAAA-C-A-CGAAAATTGGTATTCAACGAAAAATNATGAAACCACGGTATCCTANNAATTTATTCANTCCT
gi|1 : TGCTGTGGTTTCGTCAATTTTCATAGACAATCATTGGCAGCAAA-TTCGGTGGATTTGTTAA-----A--AAATACA---------TT---------TA-TG---------------ATGG------A-GAGC--TTCT-----CAA-----------AAT--CGT--T--TCCTTTAACAG--CA------AA---AAC-TGTGT------GTT-----T-T---TGAT--CATTT-GATTTTGCA--GTC-TGG----TACAACT----A-TG-----ACAA-C-A-TTGAAATTGGTGTTCAATGAAAAATTATGAAACCTCAGTAATCTATGA---TATTCAGTCCT
gi|10 : -AAAC--TACT-----AAA-----------AAT--T-CAGT--T--TTTATTAG--TA------AA---AAC-TGAAC------ACA-----G-T----GAT--CACTT-GATTTTATA--GTT-TAGCTATTATAACC----A-TG-----AAAA-CAA-CAGAAATCTGTACTCAACGAAAAA-CATAAAACCatt
gi|11 : --T--TCCTTTATAAG--CA------AA---AAA-TGTTT------TTT-----TCT---TGAT--CA-TT-GATTTAATG--GTCCTGG----TATGATC----A-TG-----AAAA-CTA-TGAAAATTTGTATTCAAC-AAAAATGATGAAACCAC
gi|13 : c--T-T--T--TCCTTTATGAAAACA------AACAAAACATTTTC------TTTTCGTGG-T---TGAT--C-CTT-GATTCCGTA--ATC-TGA----CAC-GCC----A-TG-----AAAA-C-A-
gi|14 : aaCTGTAGTTTCATCAATTTTCATGGG-AAT---------CAGA-TTTCACAGACTTTTCAA-----ACTAAACAGA---------TT---------acgga
gi|16 : TACTGTAGTTTCATCAATTTTCATGcgttaatacatcatcttca
gi|2 : gaaTGTGGTTCCATCAATTGTCCTTGGCA----------TCAAA-TTCCATAGATTTGTT-------------T-TG---------TTGCTTGGCAATA-T---------------CATTG------A-AAGC--TTC---------------------AC--T-T--C--TTCTTTTTGTG--CA------AA---AAT-TGCAC------TTT-----G-T---TGAT--TATTT-CATTTAATG--GTC-TGG----TACAGCC----A-TGAGAAAAAAA-T-ATCAAACATTGGTATTC--C-CAAAATGATGAAACCACA--ATCCTA
gi|3 : TACTGTGGTTTTATCAATTTTCAT---CA------G-CATCAAATTTTTGTGGATTGGCAAA-----A--AAAAACAACCCCTAGTTT---------TGTTGATAATTT-------CATGG------A-AACC--TAAT-----C---------------T--T-T--TACTCCTTTATGGG--CAAAAGTCAA---AACTTGCAC------TTT-----A-TAACTAAT--CGGTT-GATATTGTG--ATC-TGT----AACAACC----AGTG-----AAAA-CAA-TGAAAAagtgattagtacatgtaca
gi|4 : aGTGGTTTCAT----TTCCATGGGCAATC--TG-----------TC----------TAA-----G--CAGTACA---------T-----------A-TT--------------CCTC-------A-ATGC--TTTTAT---CAA-----------CAT--T-A--T---CATTTATCGA--CA------AA---A-C-TGTAC------TTT-----G-T---TGAT--CACCA-GATTTAATA--GTC-CGA----TACAGCC----A-TG-----AAAGCC-A-CGAAAATTGATATTCAACGAAATATT-TGAAACC
gi|5 : atagctaTCATCAATTTTCATGGGCA----------TCAAA-TTCCACACATTT-TTCA-----C--AAATACA---------AT---------TT-TGTTACTACTTAATTTCACGG------A-GAGC--TTCT--------------------------------TTCTTTATGAG--CA------AA---TAT-TGTA--------TT-----A-T---TAAT--CACTT-GA---AAGAAGGTC-AGA----TACTACA----A-TG-----AAAA-C-A-
gi|6 : tgTACTGTGGTTTCATCAATTTTCATGAACAA--------AACA---TTTTGTGGATTTGATAATCAGTA--AAGTTCA---------TTGA-------TA-TG--------------TATTGTCATTAA-GAGC--CTTT-----CTA-----------TGT--T-C--T--TCCATTATGAG--TA------AA---ATT-TTCAC------TTT-----G-T---TGAT--TACTT-TATATTACA--ATC-TGG----CAAAACC----A-AG-----ATAA-T-A-gtaacaagacattgaagtcccc
gi|7 : AGA-TTTTATGGATTTATCAA-----A--AAACACA---------GT---------T---G--------------TATTG------ACAAGTAATTCTGTGAACAACTAAACGCAGCAATAAT-C--T--TCCTTTATGAA--CA------AA---AAT-TGAGCACTCTTTTT-----G-G---TGATTTCACTT-GATTTTGTA--GTT-TGG----CACAACCACGAA-TG-----AAAA-C-A-aa
gi|8 : ------AA---GAT-TGTAC------TTT-----G-T---TAAT--CAGTT-GATTTCCTG--ATT-TGT----AACATGG----A-TG-----AAAG-C-AACAAAGATTGGTATCCAATGAAAAATACCGAAACCACAGTATCTTATCAATTTATTCATTCatgga
gi|9 : ctgtaacagcgatgaaaac--T-T--A--TCATTTATCGA--CA------AA---A-C-TGTAC------TTT-----G-T---TGAT--CACCAAGATTTAATA--GTC-CGA----TACAGCC----A-TG-----AAAG-CCA-CGAAAATTGATATTCAACGAAATATTTTGAAACC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TCAATTTTCATTGGGTTAAAATTTTCATGGATTTTTCACAAAATACAATTTGGTTAATACATAATTTCATGAAAGCTTAACTTATATTTTTGA
Unaligned ( gi|15 ): TCATTTTCATGGTTATCAAATTCCATGGATTTATCAAACACAGTTTTGTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 55555555555 11111 11111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111 1 222
lowQualScore : 0 88888888888 4 00000 1 4 55555555 0 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 555 555555 666 77 7777 88888 555 44 1 3 1 44 3 7777 7777 3 88888 3 3 6 4 66 6 1 111 1
lowQualScore : . ........... . ..... . . ........ . .............................................................................................. ... ...... ... .. .... ..... ... .. . . . .. . .... .... . ..... . . . . .. . . ... .
lowQualScore : 2 99999999999 4 88888 9 4 22222222 4 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 555 444444 888 99 1111 33333 888 66 0 3 0 66 3 1111 1111 3 33333 3 3 7 3 11 7 0 555 0
consensus : TACTGTGGTTTCATCAATTTTCATGGGCAAT-AT------CAA-ATTCC-GCGGATTTGT-TAA-----A--AAATACA---------TT---------TAT-G--------------CATNG------A-GAGC--TTCT---------------CA--A-AN--T--TT--TCCTTTATG--AGCA------AAAAC-TG--TACT----TT-----GT---TGAT--CACTT-GATTTNATA--GT-CTGG----TACAACC----A-TG-----AAAA-C-A-CGAAAATTGGTATTCAACGAAAAATNATGAAACCACAGTATCCTATNAATTTATTCANTCCT
Reference ( family-42 ) : TACTGTGGTTTCATCAATTTTCATGGGCAATGAT------CAA-ATTTC-GCGGATTTGT-TAA-----A--AAATACA---------TT---------TAT-G--------------CATNG------A-AAGC--TTCT---------------CA--A-AT--T--TT--TCCTTTATG--AGCA------AAAAC-TG--TACT----TT-----GT---TGAT--CACTT-GATTTNATA--GT-CTGG----TACAACC----A-TG-----AAAA-C-A-CGAAAATTGGTATTCAACGAAAAATNATGAAACCACAGTATCCTATNAATTTATTCANTCCT
gi|1 : TGCTGTGGTTTCGTCAATTTTCATAGACAATCATTGGCAGCAA-ATTCG-GTGGATTTGT-TAA-----A--AAATACA---------TT---------TAT-G---------------ATGG------A-GAGC--TTCT---------------CA--A-AA--TCGTT--TCCTTTAAC--AGCA------AAAAC-TG--TGTG----TT-----TT---TGAT--CATTT-GATTTTGCA--GT-CTGG----TACAACT----A-TG-----ACAA-C-A-TTGAAATTGGTGTTCAATGAAAAATTATGAAACCTCAGTAATCTATGA---TATTCAGTCCT
gi|10 : TTTATT--AGTA------AAAAC-TG--AACA----CA-----GT----GAT--CACTT-GATTTTATA--GT-TTAGCTATTATAACC----A-TG-----AAAA-CAA-CAGAAATCTGTACTCAACGAAAAA-CATAAAACCatt
gi|11 : aaactactaaaaattcagttT--TCCTTTATA--AGCA------AAAAA-TGT-TTTT----TT-----CT---TGAT--CA-TT-GATTTAATG--GTCCTGG----TATGATC----A-TG-----AAAA-CTA-TGAAAATTTGTATTCAAC-AAAAATGATGAAACCAC
gi|13 : c--T--TT--TCCTTTATGAAAACAAAC---AAAACATT--TTCT----TTTCGTGGT---TGAT--C-CTT-GATTCCGTA--AT-CTGA----CAC-GCC----A-TG-----AAAA-C-A-
gi|14 : aaCTGTAGTTTCATCAATTTTCATGGG----AAT------CAG-ATTTC-ACAGACTTTT-CAA-----ACTAAACAGA---------TT---------acgga
gi|15 : ATTTTCATGG----TTAT------CAA-ATTCC-ATGGATTTAT-CAA-----A--cgttaatacatcatcttca
gi|16 : tcTACTGTAGTTTCATCAATTTTCATGcacagttttgtt
gi|2 : gaaTGTGGTTCCATCAATTGTCCTTGGCA----T------CAA-ATTCC-ATAGATTTGT-T-------------T-TG---------TTGCTTGGCAATAT----------------CATTG------A-AAGC--TTC----------------------AC--T--TC--TTCTTTTTG--TGCA------AAAAT-TG--CACT----TT-----GT---TGAT--TATTT-CATTTAATG--GT-CTGG----TACAGCC----A-TGAGAAAAAAA-T-ATCAAACATTGGTATTC--C-CAAAATGATGAAACCACA--ATCCTA
gi|3 : TACTGTGGTTTTATCAATTTTCATCAGCA----T------CAA-ATTTTTGTGGATTGGC-AAA-----A--AAAAACAACCCCTAGTTT---------TGTTGATAATTT-------CATGG------A-AACC--TAAT---------------C------T--T--TTACTCCTTTATG--GGCAAAAGTCAAAACTTG--CACT----TT-----ATAACTAAT--CGGTT-GATATTGTG--AT-CTGT----AACAACC----AGTG-----AAAA-CAA-TGAAAAagtgattagtacatgtaca
gi|4 : aGTGGTTTCAT----TTCCATGGGCAAT-------------------------CTGTCTAA-----G--CAGTACA---------T-----------AT-T--------------CCTC-------A-ATGC--TTTTAT-------------CA--A-CA--T--TA--TCATTTATC--GACA------AAA-C-TG--TACT----TT-----GT---TGAT--CACCA-GATTTAATA--GT-CCGA----TACAGCC----A-TG-----AAAGCC-A-CGAAAATTGATATTCAACGAAATATT-TGAAACC
gi|5 : atagctaTCATCAATTTTCATGGGCA----T------CAA-ATTCC-ACACATTT-T-TCA-----C--AAATACA---------AT---------TTT-GTTACTACTTAATTTCACGG------A-GAGC--TTCT--------------------------------TTCTTTATG--AGCA------AATAT-TG--TA------TT-----AT---TAAT--CACTT-GA---AAGAAGGT-CAGA----TACTACA----A-TG-----AAAA-C-A-
gi|6 : tgTACTGTGGTTTCATCAATTTTCATGAACAA-----------AACATTTT-GTGGATTTGA-TAATCAGTA--AAGTTCA---------TTGA-------TAT-G--------------TATTGTCATTAA-GAGC--CTTT---------------CT--ATGT--T--CT--TCCATTATG--AGTA------AAATT-TT--CACT----TT-----GT---TGAT--TACTT-TATATTACA--AT-CTGG----CAAAACC----A-AG-----ATAA-T-A-gtaacaagacattgaagtcccc
gi|7 : AG-ATTTT-ATGGATTTAT-CAA-----A--AAACACA---------GT---------T---G--------------TATTG------ACAAGTAATTCTGTGAACAACTAAACGCAGCA-ATAAT--CT--TCCTTTATG--AACA------AAAAT-TGAGCACTCTTTTT-----GG---TGATTTCACTT-GATTTTGTA--GT-TTGG----CACAACCACGAA-TG-----AAAA-C-A-aa
gi|8 : ------AAGAT-TG--TACT----TT-----GT---TAAT--CAGTT-GATTTCCTG--AT-TTGT----AACATGG----A-TG-----AAAG-C-AACAAAGATTGGTATCCAATGAAAAATACCGAAACCACAGTATCTTATCAATTTATTCATTCatgga
gi|9 : ctgtaacagcgatgaaaac--T--TA--TCATTTATC--GACA------AAA-C-TG--TACT----TT-----GT---TGAT--CACCAAGATTTAATA--GT-CCGA----TACAGCC----A-TG-----AAAG-CCA-CGAAAATTGATATTCAACGAAATATTTTGAAACC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TCAATTTTCATTGGGTTAAAATTTTCATGGATTTTTCACAAAATACAATTTGGTTAATACATAATTTCATGAAAGCTTAACTTATATTTTTGA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 44444444444 11111111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111 1 222
lowQualScore : 0 22 44444444444 4 4 666 1 4 55555555 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 555 555555 666 77 7777 88888 555 44 1 3 1 44 3 7777 7777 3 88888 3 3 6 4 66 6 1 111 1
lowQualScore : . .. ........... . . ... . . ........ . ................................................................................................. ... ...... ... .. .... ..... ... .. . . . .. . .... .... . ..... . . . . .. . . ... .
lowQualScore : 1 88 88888888888 4 4 000 9 4 22222222 4 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 555 444444 888 99 1111 33333 888 66 0 3 0 66 3 1111 1111 3 33333 3 3 7 3 11 7 0 555 0
consensus : TACTGTGGTTTCATCAATTTTCATGGGCAAT-AT------CAA-A-TTCCGCGGATTTGT-TAA-----A--AAATACA---------TT---------TA-TG--------------CATNG------A-GAGC--TTCT------------------CAA-AAT--T---T---TCCTTTATG--AGCA------AAAAC-TG--TACT----TT-----GT---TGAT--CACTT-GATTTNATA--GT-CTGG----TACAACC----A-TG-----AAAA-C-A-CGAAAATTGGTATTCAACGAAAAATNATGAAACCACAGTATCCTATNAATTTATTCANTCCT
Reference ( family-42 ) : TACTGTGGTTTCATCAATTTTCATGGGCAAT-AT------CAA-A-TTCCGCGGATTTGT-TAA-----A--AAATACA---------TT---------TA-TG--------------CATNG------A-GAGC--TTCT------------------CAA-ANT--T---T---TCCTTTATG--AGCA------AAAAC-TG--TACT----TT-----GT---TGAT--CACTT-GATTTNATA--GT-CTGG----TACAACC----A-TG-----AAAA-C-A-CGAAAATTGGTATTCAACGAAAAATNATGAAACCACAGTATCCTATNAATTTATTCANTCCT
gi|1 : TGCTGTGGTTTCGTCAATTTTCATAGACAATCATTGGCAGCAA-A-TTCGGTGGATTTGT-TAA-----A--AAATACA---------TT---------TA-TG---------------ATGG------A-GAGC--TTCT------------------CAA-AATCGT---T---TCCTTTAAC--AGCA------AAAAC-TG--TGTG----TT-----TT---TGAT--CATTT-GATTTTGCA--GT-CTGG----TACAACT----A-TG-----ACAA-C-A-TTGAAATTGGTGTTCAATGAAAAATTATGAAACCTCAGTAATCTATGA---TATTCAGTCCT
gi|10 : AAC--TACT------------------AAA-AAT--TCAGT---T--TTTATT--AGTA------AAAAC-TG--AACA----CA-----GT----GAT--CACTT-GATTTTATA--GT-TTAGCTATTATAACC----A-TG-----AAAA-CAA-CAGAAATCTGTACTCAACGAAAAA-CATAAAACCatt
gi|11 : a---T---TCCTTTATA--AGCA------AAAAA-TGT-TTTT----TT-----CT---TGAT--CA-TT-GATTTAATG--GTCCTGG----TATGATC----A-TG-----AAAA-CTA-TGAAAATTTGTATTCAAC-AAAAATGATGAAACCAC
gi|13 : c-AAT--T---T---TCCTTTATGAAAACAAAC---AAAACATT--TTCT----TTTCGTGGT---TGAT--C-CTT-GATTCCGTA--AT-CTGA----CAC-GCC----A-TG-----AAAA-C-A-
gi|14 : CTGTAGTTTCATCAATTTTCATGGG-A---AT------CAG-A-TTTCACAGACTTTT-CAA-----ACTAAACAGA---------TT---------acgga
gi|15 : ATTTTCATGGT---T-AT------CAA-A-TTCCATGGATTTAT-CAA-----A--cgttaatacatcatcttca
gi|16 : tcTACTGTAGTTTCATCAATTTTCATGcacagttttgtt
gi|2 : gaaTGTGGTTCCATCAATTGTCCTTGGCA----T------CAA-A-TTCCATAGATTTGT-T-------------T-TG---------TTGCTTGGCAATA-T---------------CATTG------A-AAGC--TTC-----------------------ACT--T---C---TTCTTTTTG--TGCA------AAAAT-TG--CACT----TT-----GT---TGAT--TATTT-CATTTAATG--GT-CTGG----TACAGCC----A-TGAGAAAAAAA-T-ATCAAACATTGGTATTC--C-CAAAATGATGAAACCACA--ATCCTA
gi|3 : TACTGTGGTTTTATCAATTTTCAT---CAGC-AT------CAA-ATTTTTGTGGATTGGC-AAA-----A--AAAAACAACCCCTAGTTT---------TGTTGATAATTT-------CATGG------A-AACC--T----------------------AA-TCT--T---TTACTCCTTTATG--GGCAAAAGTCAAAACTTG--CACT----TT-----ATAACTAAT--CGGTT-GATATTGTG--AT-CTGT----AACAACC----AGTG-----AAAA-CAA-TGAAAAagtgattagtacatgtaca
gi|4 : aGTGGTTTCAT----TTCCATGGGCAAT-------------------------CTGTCTAA-----G--CAGTACA---------T-----------A-TT--------------CCTCA------A-T-GC--TTTTAT----------------CAA-CAT--T---A---TCATTTATC--GACA------AAA-C-TG--TACT----TT-----GT---TGAT--CACCA-GATTTAATA--GT-CCGA----TACAGCC----A-TG-----AAAGCC-A-CGAAAATTGATATTCAACGAAATATT-TGAAACC
gi|5 : atagctaTCATCAATTTTCATGGGCA----T------CAA-A-TTCCACACATTT-T-TCA-----C--AAATACA---------AT---------TT-TGTTACTACTTAATTTCACGG------A-GAGC--TTCT-----------------------------------TTCTTTATG--AGCA------AATAT-TG--TA------TT-----AT---TAAT--CACTT-GA---AAGAAGGT-CAGA----TACTACA----A-TG-----AAAA-C-A-
gi|6 : tgTACTGTGGTTTCATCAATTTTCATGAACAA-----------AACA-TTTTGTGGATTTGA-TAATCAGTA--AAGTTCA---------TTGA-------TA-TG--------------TATTGTCATTAA-GAGC--CTTT------------------CTA-TGT--TC--T---TCCATTATG--AGTA------AAATT-TT--CACT----TT-----GT---TGAT--TACTT-TATATTACA--AT-CTGG----CAAAACC----A-AG-----ATAA-T-A-gtaacaagacattgaagtcccc
gi|7 : AG-A-TTTTATGGATTTAT-CAA-----A--AAACACA---------GT---------T---G--------------TATTG------ACAAGTAATTCTGTGAACAACTAAACGCAGCAATAAT--C---T---TCCTTTATG--AACA------AAAAT-TGAGCACTCTTTTT-----GG---TGATTTCACTT-GATTTTGTA--GT-TTGG----CACAACCACGAA-TG-----AAAA-C-A-aa
gi|8 : ------AAGAT-TG--TACT----TT-----GT---TAAT--CAGTT-GATTTCCTG--AT-TTGT----AACATGG----A-TG-----AAAG-C-AACAAAGATTGGTATCCAATGAAAAATACCGAAACCACAGTATCTTATCAATTTATTCATTCatgga
gi|9 : ctgtaacagcgatgaaaacT--T---A---TCATTTATC--GACA------AAA-C-TG--TACT----TT-----GT---TGAT--CACCAAGATTTAATA--GT-CCGA----TACAGCC----A-TG-----AAAG-CCA-CGAAAATTGATATTCAACGAAATATTTTGAAACC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TCAATTTTCATTGGGTTAAAATTTTCATGGATTTTTCACAAAATACAATTTGGTTAATACATAATTTCATGAAAGCTTAACTTATATTTTTGA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 44444444444 1111 11111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111 1 222
lowQualScore : 0 22 44444444444 4 0000 1 4 55555555 0 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 555 555555 666 44 7777 8888888 555 44 1 3 1 44 3 7777 7777 3 88888 3 3 6 4 66 6 1 111 1
lowQualScore : . .. ........... . .... . . ........ . .................................................................................................. ... ...... ... .. .... ....... ... .. . . . .. . .... .... . ..... . . . . .. . . ... .
lowQualScore : 1 88 88888888888 4 4444 9 4 22222222 4 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 555 444444 888 66 1111 5555555 888 66 0 3 0 66 3 1111 1111 3 33333 3 3 7 3 11 7 0 555 0
consensus : TACTGTGGTTTCATCAATTTTCATGGGCAAT-AT------CAA-ATTCC-GCGGATTTGT-TAA-----A--AAATACA---------TT---------TAT-G--------------CATNG------A-GAGC--T--TCT------------------CAA-AAT--T---T--TCCTTTATG--AGCA------AAAAC-TG--TACT----TT-----G-T---TGAT--CACTT-GATTTNATA--GTC-TGG----TACAACC----A-TG-----AAAA-C-A-CGAAAATTGGTATTCAACGAAAAATNATGAAACCACAGTATCCTATNAATTTATTCANTCCT
Reference ( family-42 ) : TACTGTGGTTTCATCAATTTTCATGGGCAAT-AT------CAA-ATTCC-GCGGATTTGT-TAA-----A--AAATACA---------TT---------TAT-G--------------CATNG------A-GAGC--T--TCT------------------CAA-AAT--T---T--TCCTTTATG--AGCA------AAAAC-TG--TACT----TT-----G-T---TGAT--CACTT-GATTTNATA--GTC-TGG----TACAACC----A-TG-----AAAA-C-A-CGAAAATTGGTATTCAACGAAAAATNATGAAACCACAGTATCCTATNAATTTATTCANTCCT
gi|1 : TGCTGTGGTTTCGTCAATTTTCATAGACAATCATTGGCAGCAA-ATTCG-GTGGATTTGT-TAA-----A--AAATACA---------TT---------TAT-G---------------ATGG------A-GAGC--T--TCT------------------CAA-AATCGT---T--TCCTTTAAC--AGCA------AAAAC-TG--TGTG----TT-----T-T---TGAT--CATTT-GATTTTGCA--GTC-TGG----TACAACT----A-TG-----ACAA-C-A-TTGAAATTGGTGTTCAATGAAAAATTATGAAACCTCAGTAATCTATGA---TATTCAGTCCT
gi|10 : AAC--T--ACT------------------AAA-AAT--TCAGT--T--TTTATT--AGTA------AAAAC-TG--AACA----CA-----G-T----GAT--CACTT-GATTTTATA--GTT-TAGCTATTATAACC----A-TG-----AAAA-CAA-CAGAAATCTGTACTCAACGAAAAA-CATAAAACCatt
gi|11 : a---T--TCCTTTATA--AGCA------AAAAA-TG--TTTT----TT-----TCT---TGAT--CA-TT-GATTTAATG--GTCCTGG----TATGATC----A-TG-----AAAA-CTA-TGAAAATTTGTATTCAAC-AAAAATGATGAAACCAC
gi|13 : c-AAT--T---T--TCCTTTATGAAAACAAAC---AAAACATT--TTCT----TTTCGTGG-T---TGAT--C-CTT-GATTCCGTA--ATC-TGA----CAC-GCC----A-TG-----AAAA-C-A-
gi|14 : CTGTAGTTTCATCAATTTTCATGGG-A---AT------CAG-ATTTC-ACAGACTTTT-CAA-----ACTAAACAGA---------TT---------acgga
gi|15 : ATTTTCATGGT---T-AT------CAA-ATTCC-ATGGATTTAT-CAA-----A--cgttaatacatcatcttca
gi|16 : tcTACTGTAGTTTCATCAATTTTCATGcacagttttgtt
gi|2 : gaaTGTGGTTCCATCAATTGTCCTTGGCA----T------CAA-ATTCC-ATAGATTTGT-T-------------T-TG---------TTGCTTGGCAATAT----------------CATTG------A-AAGC--T--TC-----------------------ACT--T---C--TTCTTTTTG--TGCA------AAAAT-TG--CACT----TT-----G-T---TGAT--TATTT-CATTTAATG--GTC-TGG----TACAGCC----A-TGAGAAAAAAA-T-ATCAAACATTGGTATTC--C-CAAAATGATGAAACCACA--ATCCTA
gi|3 : TACTGTGGTTTTATCAATTTTCAT---CAGC-AT------CAA-ATTTTTGTGGATTGGC-AAA-----A--AAAAACAACCCCTAGTTT---------TGTTGATAATTT-------CATGG------A-AACC--TAATCT------------------------T--T---TACTCCTTTATG--GGCAAAAGTCAAAACTTG--CACT----TT-----A-TAACTAAT--CGGTT-GATATTGTG--ATC-TGT----AACAACC----AGTG-----AAAA-CAA-TGAAAAagtgattagtacatgtaca
gi|4 : aGTGGTTTCAT----TTCCATGGGCAAT-------------------------CTGTCTAA-----G--CAGTACA---------T-----------AT-T--------------CCTCA------A-T-GC--T--TTTAT----------------CAA-CAT--T---A--TCATTTATC--GACA------AAA-C-TG--TACT----TT-----G-T---TGAT--CACCA-GATTTAATA--GTC-CGA----TACAGCC----A-TG-----AAAGCC-A-CGAAAATTGATATTCAACGAAATATT-TGAAACC
gi|5 : atagctaTCATCAATTTTCATGGGCA----T------CAA-ATTCC-ACACATTT-T-TCA-----C--AAATACA---------AT---------TTT-GTTACTACTTAATTTCACGG------A-GAGC--T--TCT----------------------------------TTCTTTATG--AGCA------AATAT-TG--TA------TT-----A-T---TAAT--CACTT-GA---AAGAAGGTC-AGA----TACTACA----A-TG-----AAAA-C-A-
gi|6 : tgTACTGTGGTTTCATCAATTTTCATGAACAA-----------AACATTTT-GTGGATTTGA-TAATCAGTA--AAGTTCA---------TTGA-------TAT-G--------------TATTGTCATTAA-GAGC--C--TTT------------------CTA-TGT--TC--T--TCCATTATG--AGTA------AAATT-TT--CACT----TT-----G-T---TGAT--TACTT-TATATTACA--ATC-TGG----CAAAACC----A-AG-----ATAA-T-A-gtaacaagacattgaagtcccc
gi|7 : AG-ATTTT-ATGGATTTAT-CAA-----A--AAACACA---------GT---------T---G--------------TATTG------ACAAGTAAT--TCTGTGAACAACTAAACGCAGCAATAAT--C---T--TCCTTTATG--AACA------AAAAT-TGAGCACTCTTTTT-----G-G---TGATTTCACTT-GATTTTGTA--GTT-TGG----CACAACCACGAA-TG-----AAAA-C-A-aa
gi|8 : ------AAGAT-TG--TACT----TT-----G-T---TAAT--CAGTT-GATTTCCTG--ATT-TGT----AACATGG----A-TG-----AAAG-C-AACAAAGATTGGTATCCAATGAAAAATACCGAAACCACAGTATCTTATCAATTTATTCATTCatgga
gi|9 : ctgtaacagcgatgaaaacAT--T---A--TCATTTATC--GACA------AAA-C-TG--TACT----TT-----G-T---TGAT--CACCAAGATTTAATA--GTC-CGA----TACAGCC----A-TG-----AAAG-CCA-CGAAAATTGATATTCAACGAAATATTTTGAAACC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TCAATTTTCATTGGGTTAAAATTTTCATGGATTTTTCACAAAATACAATTTGGTTAATACATAATTTCATGAAAGCTTAACTTATATTTTTGA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 44444444444 1111 11111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111 1 222
lowQualScore : 0 22 44444444444 4 0000 1 4 55555555 0 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 555 555555 666 44 7777 8888888 555 44 1 3 1 44 3 7777 7777 3 88888 3 3 6 4 66 6 1 111 1
lowQualScore : . .. ........... . .... . . ........ . .................................................................................................. ... ...... ... .. .... ....... ... .. . . . .. . .... .... . ..... . . . . .. . . ... .
lowQualScore : 1 88 88888888888 4 4444 9 4 22222222 4 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 555 444444 888 66 1111 5555555 888 66 0 3 0 66 3 1111 1111 3 33333 3 3 7 3 11 7 0 555 0
consensus : TACTGTGGTTTCATCAATTTTCATGGGCAAT-AT------CAA-ATTCC-GCGGATTTGT-TAA-----A--AAATACA---------TT---------TAT-G--------------CATNG------A-GAGC--T--TCT------------------CAA-AAT--T---T--TCCTTTATG--AGCA------AAAAC-TG--TACT----TT-----G-T---TGAT--CACTT-GATTTNATA--GTC-TGG----TACAACC----A-TG-----AAAA-C-A-CGAAAATTGGTATTCAACGAAAAATNATGAAACCACAGTATCCTATNAATTTATTCANTCCT
Reference ( family-42 ) : TACTGTGGTTTCATCAATTTTCATGGGCAAT-AT------CAA-ATTCC-GCGGATTTGT-TAA-----A--AAATACA---------TT---------TAT-G--------------CATNG------A-GAGC--T--TCT------------------CAA-AAT--T---T--TCCTTTATG--AGCA------AAAAC-TG--TACT----TT-----G-T---TGAT--CACTT-GATTTNATA--GTC-TGG----TACAACC----A-TG-----AAAA-C-A-CGAAAATTGGTATTCAACGAAAAATNATGAAACCACAGTATCCTATNAATTTATTCANTCCT
gi|1 : TGCTGTGGTTTCGTCAATTTTCATAGACAATCATTGGCAGCAA-ATTCG-GTGGATTTGT-TAA-----A--AAATACA---------TT---------TAT-G---------------ATGG------A-GAGC--T--TCT------------------CAA-AATCGT---T--TCCTTTAAC--AGCA------AAAAC-TG--TGTG----TT-----T-T---TGAT--CATTT-GATTTTGCA--GTC-TGG----TACAACT----A-TG-----ACAA-C-A-TTGAAATTGGTGTTCAATGAAAAATTATGAAACCTCAGTAATCTATGA---TATTCAGTCCT
gi|10 : AAC--T--ACT------------------AAA-AAT--TCAGT--T--TTTATT--AGTA------AAAAC-TG--AACA----CA-----G-T----GAT--CACTT-GATTTTATA--GTT-TAGCTATTATAACC----A-TG-----AAAA-CAA-CAGAAATCTGTACTCAACGAAAAA-CATAAAACCatt
gi|11 : a---T--TCCTTTATA--AGCA------AAAAA-TG--TTTT----TT-----TCT---TGAT--CA-TT-GATTTAATG--GTCCTGG----TATGATC----A-TG-----AAAA-CTA-TGAAAATTTGTATTCAAC-AAAAATGATGAAACCAC
gi|13 : c-AAT--T---T--TCCTTTATGAAAACAAAC---AAAACATT--TTCT----TTTCGTGG-T---TGAT--C-CTT-GATTCCGTA--ATC-TGA----CAC-GCC----A-TG-----AAAA-C-A-
gi|14 : CTGTAGTTTCATCAATTTTCATGGG-A---AT------CAG-ATTTC-ACAGACTTTT-CAA-----ACTAAACAGA---------TT---------acgga
gi|15 : ATTTTCATGGT---T-AT------CAA-ATTCC-ATGGATTTAT-CAA-----A--cgttaatacatcatcttca
gi|16 : tcTACTGTAGTTTCATCAATTTTCATGcacagttttgtt
gi|2 : gaaTGTGGTTCCATCAATTGTCCTTGGCA----T------CAA-ATTCC-ATAGATTTGT-T-------------T-TG---------TTGCTTGGCAATAT----------------CATTG------A-AAGC--T--TC-----------------------ACT--T---C--TTCTTTTTG--TGCA------AAAAT-TG--CACT----TT-----G-T---TGAT--TATTT-CATTTAATG--GTC-TGG----TACAGCC----A-TGAGAAAAAAA-T-ATCAAACATTGGTATTC--C-CAAAATGATGAAACCACA--ATCCTA
gi|3 : TACTGTGGTTTTATCAATTTTCAT---CAGC-AT------CAA-ATTTTTGTGGATTGGC-AAA-----A--AAAAACAACCCCTAGTTT---------TGTTGATAATTT-------CATGG------A-AACC--TAATCT------------------------T--T---TACTCCTTTATG--GGCAAAAGTCAAAACTTG--CACT----TT-----A-TAACTAAT--CGGTT-GATATTGTG--ATC-TGT----AACAACC----AGTG-----AAAA-CAA-TGAAAAagtgattagtacatgtaca
gi|4 : aGTGGTTTCAT----TTCCATGGGCAAT-------------------------CTGTCTAA-----G--CAGTACA---------T-----------AT-T--------------CCTCA------A-T-GC--T--TTTAT----------------CAA-CAT--T---A--TCATTTATC--GACA------AAA-C-TG--TACT----TT-----G-T---TGAT--CACCA-GATTTAATA--GTC-CGA----TACAGCC----A-TG-----AAAGCC-A-CGAAAATTGATATTCAACGAAATATT-TGAAACC
gi|5 : atagctaTCATCAATTTTCATGGGCA----T------CAA-ATTCC-ACACATTT-T-TCA-----C--AAATACA---------AT---------TTT-GTTACTACTTAATTTCACGG------A-GAGC--T--TCT----------------------------------TTCTTTATG--AGCA------AATAT-TG--TA------TT-----A-T---TAAT--CACTT-GA---AAGAAGGTC-AGA----TACTACA----A-TG-----AAAA-C-A-
gi|6 : tgTACTGTGGTTTCATCAATTTTCATGAACAA-----------AACATTTT-GTGGATTTGA-TAATCAGTA--AAGTTCA---------TTGA-------TAT-G--------------TATTGTCATTAA-GAGC--C--TTT------------------CTA-TGT--TC--T--TCCATTATG--AGTA------AAATT-TT--CACT----TT-----G-T---TGAT--TACTT-TATATTACA--ATC-TGG----CAAAACC----A-AG-----ATAA-T-A-gtaacaagacattgaagtcccc
gi|7 : AG-ATTTT-ATGGATTTAT-CAA-----A--AAACACA---------GT---------T---G--------------TATTG------ACAAGTAAT--TCTGTGAACAACTAAACGCAGCAATAAT--C---T--TCCTTTATG--AACA------AAAAT-TGAGCACTCTTTTT-----G-G---TGATTTCACTT-GATTTTGTA--GTT-TGG----CACAACCACGAA-TG-----AAAA-C-A-aa
gi|8 : ------AAGAT-TG--TACT----TT-----G-T---TAAT--CAGTT-GATTTCCTG--ATT-TGT----AACATGG----A-TG-----AAAG-C-AACAAAGATTGGTATCCAATGAAAAATACCGAAACCACAGTATCTTATCAATTTATTCATTCatgga
gi|9 : ctgtaacagcgatgaaaacAT--T---A--TCATTTATC--GACA------AAA-C-TG--TACT----TT-----G-T---TGAT--CACCAAGATTTAATA--GTC-CGA----TACAGCC----A-TG-----AAAG-CCA-CGAAAATTGATATTCAACGAAATATTTTGAAACC
blockSeqs : GC GCAT C TTGT T C TCAGTA GTTGTATTGACAAGTAATTCTGTGAACAACTAAACGCAGCAATAATCT GAA AAAGTC ACA AG CTTT TCGTGG AAC TT C A T AG C CTAT ACGA G AGAAA C A T G CA G C ATT T
blockSeqs : GC TAT . CAC A . ACT ACCCCTAGTTTTGTTGATAATTTCATGGAAACCTAATCTTTTAC T AAC ACT . . TC . . C . A . . . . . . . T A G GA .
blockSeqs : GC AT . CAT G . A TTGATATGTATTGTCATTAAGAGCCTTTCTATGTTCT A . AC . . G . . T . C . . . . . . . A . G GA
blockSeqs : AC AT . CAT G . A ATTTTGTTACTACTTAATTTCACGGAGAGCTTCT G . AA . . G . . G . A . . . . . . . C . G AC
blockSeqs : G T . CAC G . G TTGCTTGGCAATATCATTGAAAGCTTCACTTC G . AT . . A . . C . T . . . . . . . . . . TT
blockSeqs : T T . TGT G . C TATTCCTCAATGCTTTTATCAACATTA C . AT . . G . . C . A . . . . . . . . . . T
blockSeqs : C A . TAT A . A G . TT . . A . . C . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . AT . . G . . C . T . . . . . . . . .
blockSeqs : G . AT . . G . . G . T . . . . . . . . .
blockSeqs : C . C . . G . . C . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . G . . . . A . . . . . . . . .
blockSeqCons : AT*********
originalCons : TACTGTGGTTTCATCAATTTTCATGGGCAAT-AT------CAA-ATTCC-GCGGATTTGT-TAA-----A--AAATACA---------TT---------TAT-G--------------CATNG------A-GAGC--T--TCT------------------CAA-AAT--T---T--TCCTTTATG--AGCA------AAAAC-TG--TACT----TT-----G-T---TGAT--CACTT-GATTTNATA--GTC-TGG----TACAACC----A-TG-----AAAA-C-A-CGAAAATTGGTATTCAACGAAAAATNATGAAACCACAGTATCCTATNAATTTATTCANTCCT
finalCons : TACTGTGGTTTCATCAATTTTCATGGGCAAT---------CAA-ATTCC-GCGGATTTGT-TAA-----A--AAATACA---------TT---------TAT-G--------------CATNG------A-GAGC--T--TCT------------------CAA-AAT--T---T--TCCTTTATG--AGCA------AAAAC-TG--TACT----TT-----G-T---TGAT--CACTT-GATTTNATA--GTC-TGG----TACAACC----A-TG-----AAAA-C-A-CGAAAATTGGTATTCAACGAAAAATNATGAAACCACAGTATCCTATNAATTTATTCANTCCT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TCAATTTTCATTGGGTTAAAATTTTCATGGATTTTTCACAAAATACAATTTGGTTAATACATAATTTCATGAAAGCTTAACTTATATTTTTGA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111111 11111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111 1 222
lowQualScore : 9 99999999999 4 666 1 4 55555555 0 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 555 555555 666 77 7777 88888 555 44 1 3 1 44 3 7777 7777 3 88888 3 3 6 4 66 6 1 111 1
lowQualScore : . ........... . ... . . ........ . .................................................................................................. ... ...... ... .. .... ..... ... .. . . . .. . .... .... . ..... . . . . .. . . ... .
lowQualScore : 4 22222222222 4 000 9 4 22222222 4 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 555 444444 888 99 1111 33333 888 66 0 3 0 66 3 1111 1111 3 33333 3 3 7 3 11 7 0 555 0
consensus : TACTGTGGTTTCATCAATTTTCATGGGCAATCA---------A-A-TTCCGCGGATTTGT-TAA-----A--AAATACA---------TT---------TA-TG--------------CATNG------A-GAGC--T--TCT------------------CAA-AAT--T---T--TCCTTTATG--AGCA------AAAAC-TG--TACT----TT-----GT---TGAT--CACTT-GATTTNATA--GT-CTGG----TACAACC----A-TG-----AAAA-C-A-CGAAAATTGGTATTCAACGAAAAATNATGAAACCACAGTATCCTATNAATTTATTCANTCCT
Reference ( family-42 ) : TACTGTGGTTTCATCAATTTTCATGGGCAATCA---------A-A-TTCCGCGGATTTGT-TAA-----A--AAATACA---------TT---------TA-TG--------------CATNG------A-GAGC--T--TCT------------------CAA-AAT--T---T--TCCTTTATG--AGCA------AAAAC-TG--TACT----TT-----GT---TGAT--CACTT-GATTTNATA--GT-CTGG----TACAACC----A-TG-----AAAA-C-A-CGAAAATTGGTATTCAACGAAAAATNATGAAACCACAGTATCCTATNAATTTATTCANTCCT
gi|1 : TGCTGTGGTTTCGTCAATTTTCATAGACAATCATTGGCAGCAA-A-TTCGGTGGATTTGT-TAA-----A--AAATACA---------TT---------TA-TG---------------ATGG------A-GAGC--T--TCT------------------CAA-AATCGT---T--TCCTTTAAC--AGCA------AAAAC-TG--TGTG----TT-----TT---TGAT--CATTT-GATTTTGCA--GT-CTGG----TACAACT----A-TG-----ACAA-C-A-TTGAAATTGGTGTTCAATGAAAAATTATGAAACCTCAGTAATCTATGA---TATTCAGTCCT
gi|10 : AAC--T--ACT------------------AAA-AAT--TCAGT--T--TTTATT--AGTA------AAAAC-TG--AACA----CA-----GT----GAT--CACTT-GATTTTATA--GT-TTAGCTATTATAACC----A-TG-----AAAA-CAA-CAGAAATCTGTACTCAACGAAAAA-CATAAAACCatt
gi|11 : a---T--TCCTTTATA--AGCA------AAAAA-TGT-TTTT----TT-----CT---TGAT--CA-TT-GATTTAATG--GTCCTGG----TATGATC----A-TG-----AAAA-CTA-TGAAAATTTGTATTCAAC-AAAAATGATGAAACCAC
gi|13 : c-AAT--T---T--TCCTTTATGAAAACAAAC---AAAACATT--TTCT----TTTCGTGGT---TGAT--C-CTT-GATTCCGTA--AT-CTGA----CAC-GCC----A-TG-----AAAA-C-A-
gi|14 : CTGTAGTTTCATCAATTTTCATGGG-AATCA---------G-A-TTTCACAGACTTTT-CAA-----ACTAAACAGA---------TT---------acgga
gi|15 : ATTTTCATGGTTA-TCA---------A-A-TTCCATGGATTTAT-CAA-----A--cgttaatacatcatcttca
gi|16 : tcTACTGTAGTTTCATCAATTTTCATGcacagttttgtt
gi|2 : gaaTGTGGTTCCATCAATTGTCCTTGGCA-TCA---------A-A-TTCCATAGATTTGT-T-------------T-TG---------TTGCTTGGCAATA-T---------------CATTG------A-AAGC--T--TC-----------------------ACT--T---C--TTCTTTTTG--TGCA------AAAAT-TG--CACT----TT-----GT---TGAT--TATTT-CATTTAATG--GT-CTGG----TACAGCC----A-TGAGAAAAAAA-T-ATCAAACATTGGTATTC--C-CAAAATGATGAAACCACA--ATCCTA
gi|3 : TACTGTGGTTTTATCAATTTTCATCAGC-ATCA---------A-ATTTTTGTGGATTGGC-AAA-----A--AAAAACAACCCCTAGTTT---------TGTTGATAATTT-------CATGG------A-AACC--TAATCT------------------------T--T---TACTCCTTTATG--GGCAAAAGTCAAAACTTG--CACT----TT-----ATAACTAAT--CGGTT-GATATTGTG--AT-CTGT----AACAACC----AGTG-----AAAA-CAA-TGAAAAagtgattagtacatgtaca
gi|4 : aGTGGTTTCAT----TTCCATGGGCAATC-------------------------TGTCTAA-----G--CAGTACA---------T-----------A-TT--------------CCTCA------A-T-GC--T--TTTAT----------------CAA-CAT--T---A--TCATTTATC--GACA------AAA-C-TG--TACT----TT-----GT---TGAT--CACCA-GATTTAATA--GT-CCGA----TACAGCC----A-TG-----AAAGCC-A-CGAAAATTGATATTCAACGAAATATT-TGAAACC
gi|5 : atagctaTCATCAATTTTCATGGGCA-TCA---------A-A-TTCCACACATTT-T-TCA-----C--AAATACA---------AT---------TT-TGTTACTACTTAATTTCACGG------A-GAGC--T--TCT----------------------------------TTCTTTATG--AGCA------AATAT-TG--TA------TT-----AT---TAAT--CACTT-GA---AAGAAGGT-CAGA----TACTACA----A-TG-----AAAA-C-A-
gi|6 : tgTACTGTGGTTTCATCAATTTTCATGAACAA--A---------ACA-TTTTGTGGATTTGA-TAATCAGTA--AAGTTCA---------TTGA-------TA-TG--------------TATTGTCATTAA-GAGC--C--TTT------------------CTA-TGT--TC--T--TCCATTATG--AGTA------AAATT-TT--CACT----TT-----GT---TGAT--TACTT-TATATTACA--AT-CTGG----CAAAACC----A-AG-----ATAA-T-A-gtaacaagacattgaagtcccc
gi|7 : A---------G-A-TTTTATGGATTTAT-CAA-----A--AAACACA---------GT---------T---G--------------TATTG------ACAAGTAAT--TCTGTGAACAACTAAACGCAGCAATAAT--C---T--TCCTTTATG--AACA------AAAAT-TGAGCACTCTTTTT-----GG---TGATTTCACTT-GATTTTGTA--GT-TTGG----CACAACCACGAA-TG-----AAAA-C-A-aa
gi|8 : ------AAGAT-TG--TACT----TT-----GT---TAAT--CAGTT-GATTTCCTG--AT-TTGT----AACATGG----A-TG-----AAAG-C-AACAAAGATTGGTATCCAATGAAAAATACCGAAACCACAGTATCTTATCAATTTATTCATTCatgga
gi|9 : ctgtaacagcgatgaaaacAT--T---A--TCATTTATC--GACA------AAA-C-TG--TACT----TT-----GT---TGAT--CACCAAGATTTAATA--GT-CCGA----TACAGCC----A-TG-----AAAG-CCA-CGAAAATTGATATTCAACGAAATATTTTGAAACC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TCAATTTTCATTGGGTTAAAATTTTCATGGATTTTTCACAAAATACAATTTGGTTAATACATAATTTCATGAAAGCTTAACTTATATTTTTGA