lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 333333333333 1 44444444444444444 22222 11 222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 11 1 111 111111 1111111111 1111111 22222 111 111111111 111111
lowQualScore : 222222222222 1 0 0 77777777777777777 3 00000 8 11 444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 5 0 4 777 77 4 5 33 22 2 2 1 66 888 2 1 4 9999 4 4 777 777777 999 4 8888888888 4 1 99 55555 1 44 3 0000000 77 44 3 5 99999 7 5 4 4 4 66 4 333 8 777777777 55 55 3 3 1 444444 666 3 666 55 55 3 99999 0 666 0 55 4 44 44 44 3 3 55
lowQualScore : ............ . . . ................. . ..... . .. ...................................................... . . . . ... .. . . .. .. . . . .. ... . . . .... . . ... ...... ... . .......... . . .. ..... . .. . ....... .. .. . . ..... . . . . . .. . ... . ......... .. .. . . . ...... ... . ... .. .. . ..... . ... . .. . .. .. .. . . ..
lowQualScore : 333333333333 2 0 2 00000000000000000 2 44444 0 00 222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 0 1 4 888 11 4 0 99 88 6 2 3 11 222 6 4 4 4444 4 4 888 111111 222 0 6666666666 0 3 77 99999 2 66 3 8888888 99 66 3 0 55555 9 7 4 4 4 11 4 444 0 888888888 00 00 6 6 4 333333 444 6 444 00 00 6 11111 2 444 3 00 0 22 22 22 1 1 44
consensus : NGGTGACTCG--G-TGG-AGCAATGTGGCCCGTGTAC-CTCTTGTCATATT-GTACAA-GT----CATCATTTTTTA-GCCAGTTT-A--AAGA-----C-----AGC---------------------ACA----------------TG-CAA-GTTA-CAA---AACTTTCCG-T-GTAAACAC-TGATAAGTTAAACGGCTTT--GGAAA-CATNTGTATC-TGACAT----A-GGG-AACAG---ATCTTGT--C---TAATCT--AC-AAGTC-TC------T-AAGATGGCCAT-GT-CTTACACATGTA--TTTT-TT-------GAC--TTG--CTGTG-TAAACGGGCCT-T---A-AAACGTAATAA-CGAAATCA-TC-T-ACT--AGC-AT--TTCGA-T-------A-TATT--T--A-ACG-ATAGCG-A----GC---TT-CCA---TACG--A--TACGT-AGGTT-----TAAATGTC---CAAGTC--AGTCG-TTGACTG--T--A--AAAGTC-AGCC-CA-TCTCGCAAAAGTCC
Reference ( gi|4 ) : CGGTGACTCG--G-TGGCAATAATGTGGCCCATGTAC-CTCTTGTCATATT-GTACAA-GT----CATCATTTTTTA-TCCAGTTT-A--AAGA-----C-----AGC---------------------ACA----------------TG-CAA-GTTA-CAA---AACTTTCCA-T-GTCAACAC-GGATAAGTTAAACGACTTT--GGAAA-GATTTGTATC-TGACAT----A-GGG-AACAG---ATCTTGT--C---TAATCT--AC-AAGTT-TC------T-AAGATGGTCAT-GT-CTTACACATGTA--TTTT-TT-------GAC--TTG--CTGTG-TAAACGGGCCT-T---C-AAACGTACTAA-CGAAATCA-TC-T-ACT--AGC-AT--TTCGA-T-------A-TATT--T--A-ACG-ATAGCG-A----GC---TT-CCA---TACA--A--TACGT-AGGTT-----TAAATGTC---CAAGTC--AGTCG-TTGACTG--T--A--AAAGTC-AGCC-CA-CCTCGCAAAAATCC
gi|2 : GGTGACTCG--G-GGTGAGCAATGTGCCCCGTGTAC-CTCTTGTCATA--------------------ATTTGT-A-GCCAGTTTTA--AAGA-----C-----AGC---------------------ACAGCTAGTCTCTTGAACATGGCAA-GTTATCAA---AACTTTCCG-T--TAAACAC-TGATAAGTAAAACGGCTTTTTGGAAA-CATTTGTATCCTGACAT----A-GAG-AATATCTTATCTTGTTTC---TAAGC---A--AAGTC-TC------T-A-GATGGCCATTGT-CT-ATACATGTA--TTTT-TT-------GACT-TTG--CTGTG-TAAACGGGCCT-T---A-AAAACTAATAA-CGAAATCA-TCTT-ACTGAAGC-A---TTGGA-T---------TATT--T--AGACG-ATA-CGAA----GC---TT--CA---TACG--A--TACGTAAGGTT-----T-AATGTC---CAA-TC--GATCG-TTGACTG--TAAA--AAAGTC-A-CA-CA-TCTCGCAAAA
gi|1 : tagcagagaagttaaaatttccatggatgttccccgacaaagtgcaggaaaaagattcgttaaaaatcatggccccatggtttggataagtcatcaaattaggcatacattaataacgttaaatggaaaatattaatatggggcaaGGTGACTCGATG-TGG--GCAATGTGGCCATTATATTCTCCCGTTTTCTTCGCACAATGTTTCTCATCATTTTTTAGTCCATTTT-ATTAAGA-----CAGCACAGCTGGTACATTGTAGTTTTGAAAACAA---------------TG-CAATGTTA-CGAGTAAAGTTTCCG-TTGT-AACACTGAATGAATTAAACGGCTTT--G-AAA-CATCTGTATC-TGACAT----ACGGGTAACAG---GTCTTGT--CTCTTAATAT--AC-AAGTTCTC------T-AAGA----------------------A--TTGT-TC---------C--TTG--CTGTG-TAAACGGTCCTATAAAT-AAACGTAATAA-GGAAATCATTC-TAACT--AGCTAT--TTCGA-T-------ACTATT--TTAA-ACGTATAGCG-A----GCTTTTT-CCATCGTACG--ATTTACGT-AGCTTTTTTATATATGTCTCTTATGTCTTAGTCGTTTCACTGTTT--AACAAATTC-GTCC-CATTCTCGCAATAAg
gi|3 : agagaagttaaggatttttcatggattgtttccggacaaatgtgcagcgaaaaggtctttgtgtctaataactcagtttggtcccatggtttgatgaggtgccatcagaagatctagtgggcatgacatgccaatagcttaaatggaaaatgcttttaaacttaatttgggtcataGACTCG--GGTGGCAAT----TGGCCCATGTAC-CTCTTGTCATATT-GTACAA-GT----CATCATTTT-----CCAGTTA-A--AGAA-----C-----AGC---------------------ACA----------------TG-CAA-GTTA-CAA-----CTTTCCAAT-GTCAACA--GGATAAGTTAAACGACTTT--GGAAA-A--TTGT-TC-TGACAT----A-GGG---CAG---ATCTTGT------TAATCT--AC-AAGTT-TC------T-AAGATGTTCAT-GT--TTACACATGTA--TTTT----------GAC--TTG--CTGTG-TAAACG---CT-C---C-AACGGTACTAAACGAAATCA-TC-T-ACT--AGC-A---TTCGATT-------A-TATT--T--A-ACG-ATAGCG-A----GC---TT-CCA---TACA--A--TACGT-GAG-T-----TAAATGTC---CAAGTC--AGTCG-TTGACTG--T-----AAAGTC-AGCCTCA-CCTCGCAAAAATgt
gi|5 : ggaaagggtttgttaaaatcatggtcccaggATGTGGCCCATGTAC-CTCTTGTAATATT-TTTCAA-TA----AATTTTGTTTTA-GCCAGTTT-A--AAGATCGTAC-----CGCTAGGTTTTTGA----------ACA----------------TG-CAA-GTTA-CAA---AATTTTCCG-T-GTAAACAC-TGATA------------TT--GGAAACAATTTGTATC-TGACAT----A--GG-AACAG---ATCTGGT--C---TAATCT--AC-AAGTC-TC------TCAAGATGGCCAT-GT-CTTATACATGTAATTTTT-TT-------GAC--TTG--CTGTG-T-AACGGGCCT-TA--A-AAACGTAATAA-CGAAATCA-TC-T-ACT--AGC-AT--TTCGA-T-------A-TATT--T--A-ACG-ATAGCG-A----CC---TT-CCA---TACGATA--TACGT-AGGTT-----TAAA-----------------TCG-TTGACTG--T--A--AAAGTCAAGCC-CA-TCTCGCAAAAGTC
gi|6 : ATAATTTTTTA-GCTAGTTT-A--AAGA-----T-----AGC---------------------ACAGCTAATTTTGAACA--TG-CAA-GTTA-CAA---AACTTTCCG-T-GTAAACAC-TGATA-------------T--GGAAA-CATTTGTATC-TGACAT----A-GGG-AACAG---ATCTGGT--C---TA-TCT--AC-AAGTC-TC------T-AAGATGGCCAT-GT-CTTATACATGTA--TTTT-TT-------GAC--TTG--CTGTG-TAAACGGGCCT-T---A-AAACGTAATAA-CGAAATCA-TC-T-ACT--AGG-AT--TTCGA-T-------A-TATT--T--A-ACG-ATAGGG-A----GC---TT-CCA---TACG--A--TACGT-AGGTT-----TAAATGTC---CAAGTC--AGTCG-TCGACTG--T--A--AAAGTC-AGCC-CA-TCTCGCAAA
gi|7 : ---------------------ACA----------------TG-CAA-GTTA-CGA---AAGTTTCCG-T-GTAAACAC-TGATGAATTAAACGGCTTT--GGAAA-CATCTGTATC-TGACAT----A-GGG-AACAT---GTCTTGT--C---TAATAT--AC-AAGTC-TC------T-AAGATG----------------------------TT---------C--TTG--CTGTG-TAAACGGGCCT-T---A-AAACGTAATAA-CGAAATCA-TC-T-ACT--AGC-AT--TTCGA-T-------A-TATT--T--A-ACG-ATAGCG-A----GC---TT-CCA---TACG--A--TACGT-AGGTT-----TAAATGTC---CAAGTC--AGTCG-TTGACTG--T--A--AAAGTC-AGCC-CA-TCTCGCAAAAGTCC
gi|8 : gttttga---------------------ACA----------------TG-C---GTGC-CAA---AACTTGTTA-T-GTAAACAC-TGATAAGTCAAA-GACTT---GGAAA-CACATGTGTT-GGACATCCATA-GGG-AATAG---ATCTTGTT-C---TAATCA--AC-AAGTC-----------AAGA----CAT-CTTCTTACACATGTA--TGTT-TT-------GAC--TTG--CTACA-TGAACGGG
gi|12 : agcaaattttgaacatgcaagttctgA----------------TG-CAT-GT---CAA---AACTTGCTG-T-GTACACAC-TGATAAGTCAAA-GATTCT--GGAAA-TGCGTGTGTC-GCACGT----A-GGA-AAC
gi|9 : aaaaatattgatgttgtatagtatgtgttgtt-CAA---CACTTGCTG-T-GTAAACAA-TGATAAATTAAA-GACTTT--GGAAA-CCTGTGTGTC-GGACAT----A-GAG-AATAG---ATCTAGTT-C---TAATCA--AC-AAGT---C------T-AAGGCGTTCGT-GT-CTCACACATGTA--TGTT-TT-------GAC--TAG--CTGTG-TAAACAGGCCgcgtatgtcg
gi|15 : tctgacaggcgcatG---ATATTGC--T---CGATCTTTATTAAGTT-TTGCTGTGT-AAAATAGGCGC--T-TTTACACATGTA--TTTTGTT-------GACTTTTGACCTGTGTTAAACGGGCCC-T---CTAAA
gi|18 : T--C---TAATCA--AC-AAGT---C------T-ATGATGGTCAT-GC-CTTACACATATA--TTGT-TT-------GAC--TTG--CTATG-
gi|20 : gcAGATGTTCAT-GT-CTTACACATTTA--TGTT-TT-------GAC--TTG--CTGTG-TAAACGGGC
gi|10 : TGTA--TTTT-TTTCAAAAAGAC--TAA--TT-TG-TAAA---GCCT-T-------ATATAC-----------A-TT-T-GAT--AGC-GTAATCCGGGT-------A-TATGGAT--A-A---ATCGCG-AAAAGGT---TT-CCG---TATA--T--CA----AGCTT--------ATGTG---AAAGTC--AGTCG-CAAACCG--T--A--AAAGTC-AGCC-CA-TCTCGCAAAAGTCCgt
gi|17 : AATCA-CC-T-AAT--AAC-A-------A-T---------TATT--T--A-ACA-CTATCG-C----GT---TT-CAA---TACA--A--TACGC-AGGTT-----TAAATGTC---CAAGTC--Aat
gi|11 : cacgtaatgactctA-TG-T-ACC--AAC-AT--TTCGA-TTATACATA-CATT--T--C-ATG-ATATCG-T----GC---TT-CCA---TACA--A--TACAC-AGGCT-----TAACAGTC---CATGTC--TGTTG-TTGAATG--T--A--AAATTC-AGTT----CTTCACGAAAAT
gi|13 : ttaaagacataataagcctatcatgataataa-T-------A-CATT--T--C-ATG-ATATCG-TTT--GC---TTTCCA---TACA--A--TACAC-A-GCT-----TAACAGTC---CATGTC--TGTTG-TGAATGG--T--A--AAATTC-AGTT----CTTCACGAAAATgtcc
gi|16 : TT--T--A-ACG-ATAGCG-A----GC---TT-CCA---TACG--A--TAATT-AGATT-----TAAGTGTC---CAAGTC--AGTCG-TTGACTG--T--A--AAAGTC-AGCC-CA-TCTCGCAAAAGTCCgttccaat
gi|23 : CTG--T--A--AAAGTC-AGTC-CA-TCTCGCAAAAGTTCa
gi|24 : TG--T--A--AAAGTC-AGCC-CA-TCTCGCAAAAatta
gi|22 : G--T--A--AAAGTT-AGCC-CT-TCTCGCAAAAGTCCg
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ACGGAGTCAGAGAAATTAAACGTTTACTAGATGTTCCTCGCATAATGCAGGAAGAAGTTTATTAAGAGCATGGCTCCATGGTTTGGGTGTGGCCATCAAA
Unaligned ( gi|19 ): GATGTTCCCGACAAAGTGCAGGAAAAGATTCGTTAAAAATCATGGCCCCATGGTTTGGAT
Unaligned ( gi|21 ): GAACATATTCGTAAGCCAAGTATTCGACTTTCATGAAAGGAAGTCCATGCGA
Alignments
lowQualScore : 1 22222 2222222 11111 22222222222 6666666666666666 11111111 2222222222222222 111111 11111 1111111 11111111 111111111
lowQualScore : 0 77777 4 8 0 8 1 6666666 1 3 6 6 99 66666 33333333333 6666666666666666 4 9999 33333333 6666666666666666 8 0 4 0 1 000000 4 4 0 4 8888 4 4 777 55 00000 3 4 3 0 99 3 0 3 44 3 0000000 77 44 3 4 88888 8 4 55 88888888 8 8 4 4 55 4 5 3 555555555 4444 3 1 6666 555 3 555 555 44 3 88888 555 44 3 33 33 33 2 2 2 2
lowQualScore : . ..... . . . . . ....... . . . . .. ..... ........... ................ . .... ........ ................ . . . . . ...... . . . . .... . . ... .. ..... . . . . .. . . . .. . ....... .. .. . . ..... . . .. ........ . . . . .. . . . ......... .... . . .... ... . ... ... .. . ..... ... .. . .. .. .. . . . .
lowQualScore : 0 22222 6 0 8 0 0 0000000 0 2 7 7 22 77777 88888888888 7777777777777777 4 4444 11111111 5555555555555555 0 7 0 8 4 111111 0 9 4 0 5555 0 0 888 55 00000 7 0 6 4 66 3 4 3 22 1 0000000 33 22 1 0 11111 0 0 55 55555555 0 0 0 0 55 0 7 6 444444444 9999 3 8 5555 888 3 888 444 66 3 33333 888 66 6 99 99 99 9 9 9 9
consensus : NGGTGACTCGG-TGTG-AGCAATGTGGCCCATGTAC-CTCTTGTCATATT-GTACAA-GT----CATCATTTTTTAG-CCAGTTT-A--AAGA-----CAGC-----------ACA----------------TG-CA----AGTT------A-CA----------------AAACTTTCCG-TGTAAACACTG-ATAAGTTAAACGAC--TTTGGAAAC-ATNTGTAT-CTGACAT----A-GGG-AACA---GATCTTG--T-C---TAATCTACAAG-TCTCT-AAGATGGTCA-TGT-CTTACACATGTA--TTTT-TT-------GAC--TTG--CTGTG-TAAACGGGCCT-T-A---AA-ACG-T--AATAA--------CGA-AATCA-TC-T-ACT--AGC-ATTTCGA-T-------A-TATTT--A-ACG-ATAGCG-A--GC---TT-CCA---TACG--A--TACGT-AGGTT-----TAAATGTC---CAAGTC--AGTCG-TTGACTG--T--A--AAAGTC-AGCC-CA-TCTCGCAA-AAGTCC
Reference ( family-4104 ) : NGGTGACTCGG-TG-G-AGCAATGTGGCCCGTGTAC-CTCTTGTCATATT-GTACAA-GT----CATCATTTTTTAG-CCAGTTT-A--AAGA-----CAGC-----------ACA----------------TG-CA----AGTT------A-CA----------------AAACTTTCCG-TGTAAACACTG-ATAAGTTAAACGGC--TTTGGAAAC-ATNTGTAT-CTGACAT----A-GGG-AACA---GATCTTG--T-C---TAATCTACAAG-TCTCT-AAGATGGCCA-TGT-CTTACACATGTA--TTTT-TT-------GAC--TTG--CTGTG-TAAACGGGCCT-T-A---AA-ACG-T--AATAA--------CGA-AATCA-TC-T-ACT--AGC-ATTTCGA-T-------A-TATTT--A-ACG-ATAGCG-A--GC---TT-CCA---TACG--A--TACGT-AGGTT-----TAAATGTC---CAAGTC--AGTCG-TTGACTG--T--A--AAAGTC-AGCC-CA-TCTCGCAA-AAGTCC
gi|1 : GGTGACTCGA-TGTG-GGCAATGTGGCCATTATATTCTCCCGTTTTCTTCGCACAATGTTTCTCATCATTTTTTAGTCCATTTT-ATTAAGA-----CAGC-----------ACAGCTGG-----------TA-CATTGTAGTTTTGAAAA-CAATGCAATGTTACGAGTAAAGTTTCCGTTGT-AACACTGAATGAATTAAACGGC--TTT-GAAAC-ATCTGTAT-CTGACAT----ACGGGTAACA---GGTCTTG--T-CTCTTAATATACAAGTTCTCT-AAGA----------------------A--TTGT-TC---------C--TTG--CTGTG-TAAACGGTCCTAT-AAATAA-ACG-T--AATAA--------GGA-AATCATTC-TAACT--AGCTATTTCGA-T-------ACTATTTTAA-ACGTATAGCG-A--GCTTTTT-CCATCGTACG--ATTTACGT-AGCTTTTTTATATATGTCTCTTATGTCTTAGTCGTTTCACTGTTT--AACAAATTC-GTCC-CATTCTCGCAATAAGT
gi|10 : agagaagttaaggatttttcatggattgtttccggacaaatgtgcagcgaaaaggtctttgtgtctaataactcagtttggtcccatggtttgatgaggtgccatcagaagatctagtgggcatgacatgccaatagcttaaatggaaaatgcttttaaacttaatttgggtcataTGTA--TTTT-TTTCAAAAAGAC--TAA--TT-TG-TAAA---GCCT-T-A---TATACA-TTTGATAG--------CGT-AATC--------CG--GGT-ATATGGA-T-------A-AATC-----GCG-AAAA---G--GT---TT-CCG---TAT---A--T---C-AAGCT-----TA--TGTG---AAAGTC--AGTCG-CAAACCG--T--A--AAAGTC-AGCC-CA-TCTCGCAA-AAGTCC
gi|11 : T-T-A---AAGACA-T--AATAAGCCTATCATGATAATAAATG-T-ACC--AAC-ATTTCGA-TTATACATA-CATTT--C-ATG-ATATCG-T--GC---TT-CCA---TACA--A--TACAC-AGGCT-----TAACAGTC---CATGTC--TGTTG-TTGAATG--T--A--AAATTC-AGTT-CT-TCACGAAA-ATGTCCat
gi|12 : A----------------TG-CA----TGT---------CA----------------AAACTTGCTG-TGTACACACTG-ATAAGTCAAA-GAT--TCTGGAAAT-GCGTGTGT-CGCACGT----A-GGA-AAC
gi|13 : aaaaatattgatgttgtatagtatgtgttgtt-T-------A-CATTT--C-ATG-ATATCG-TTTGC---TTTCCA---TACA--A--TACAC-A-GCT-----TAACAGTC---CATGTC--TGTTG-TGAATGG--T--A--AAATTC-AGTT-CT-TCACGAAA-ATGTTCgcgtatgtcg
gi|15 : T-AAAATAGGCG-C-T-TTTACACATGTA--TTTTGTT-------GACTTTTGACCTGTGTTAAACGGGCCC-T-caat
gi|16 : gatattgctcgatctttattaagttttgctgtgTTT--A-ACG-ATAGCG-A--GC---TT-CCA---TACG--A--TAATT-AGATT-----TAAGTGTC---CAAGTC--AGTCG-TTGACTG--T--A--AAAGTC-AGCC-CA-TCTCGCAA-AAGTCCctaaa
gi|17 : -ACG-T--AATGA--------CTCTAATCA-CC-T-AAT--AAC-A-----A-T---------TATTT--A-ACA-CTATCG-C--GT---TT-CAA---TACA--A--TACGC-AGGTT-----TAAATGTC---CAAGTC--Aa
gi|18 : c--T-C---TAATCAACAAG-TCTAT---GATGGTCA-TGC-CTTACACATATA--TTGT-TT-------GAC--TTG--CTATG-
gi|2 : gcGGTGACTCGG-GGTG-AGCAATGTGCCCCGTGTAC-CTCTTGTCATA--------------------ATTTGT-AG-CCAGTTTTA--AAGA-----CAGC-----------ACAGCTAGTCTCTTGAACATGGCA----AGTT------ATCA----------------AAACTTTCCG-T-TAAACACTG-ATAAGTAAAACGGCTTTTTGGAAAC-ATTTGTATCCTGACAT----A-GAG-AATATCTTATCTTGTTT-C---TAAGC-A-AAG-TCTCT--AGATGGCCATTGT-C-TATACATGTA--TTTT-TT-------GACT-TTG--CTGTG-TAAACGGGCCT-T-A---AA-AAC-T--AATAA--------CGA-AATCA-TCTT-ACTGAAGC-A-TTGGA-T---------TATTT--AGACG-ATA-CGAA--GC---TT--CA---TACG--A--TACGTAAGGTT-----T-AATGTC---CAA-TC--GATCG-TTGACTG--TAAA--AAAGTC-A-CA-CA-TCTCGCAA-AAG
gi|20 : tagcagagaagttaaaatttccatggatgttccccgacaaagtgcaggaaaaagattcgttaaaaatcatggccccatggtttggataagtcatcaaattaggcatacattaataacgttaaatggaaaatattaatatggggcaaAGATGTTCA-TGT-CTTACACATTTA--TGTT-TT-------GAC--TTG--CTGTG-TAAACGGGC
gi|22 : G--T--A--AAAGTT-AGCC-CT-TCTCGCAA-AAGTCCgt
gi|23 : CTG--T--A--AAAGTC-AGTC-CA-TCTCGCAA-AAGTTCattgat
gi|24 : TG--T--A--AAAGTC-AGCC-CA-TCTCGCAA-AAGatta
gi|3 : GACTCGGGTG-G---CAAT-TGGCCCATGTAC-CTCTTGTCATATT-GTACAA-GT----CATCATTTT-----CCAGTTA-A--AGAA-----CAGC-----------ACA----------------TG-CA----AGTT------A-CA----------------A--CTTTCCAATGTCAACAG-G-ATAAGTTAAACGAC--TTTGGAAA--AT-TGT-T-CTGACAT----A-GGG---CA---GATCTTG--T-----TAATCTACAAG-TTTCT-AAGATGTTCA-TGT--TTACACATGTA--TTTT----------GAC--TTG--CTGTG-TAAACGCTCC---------A-ACGGT--ACTAAA-------CGA-AATCA-TC-T-ACT--AGC-A-TTCGATT-------A-TATTT--A-ACG-ATAGCG-A--GC---TT-CCA---TACA--A--TACGT-GAG-T-----TAAATGTC---CAAGTC--AGTCG-TTGACTG--T-----AAAGTC-AGCCTCA-CCTCGCAA-AAAT
gi|4 : ggaaagggtttgttaaaatcatggtcccaggGGTGACTCGG-TG-GCAATAATGTGGCCCATGTAC-CTCTTGTCATATT-GTACAA-GT----CATCATTTTTTAT-CCAGTTT-A--AAGA-----CAGC-----------ACA----------------TG-CA----AGTT------A-CA----------------AAACTTTCCA-TGTCAACACGG-ATAAGTTAAACGAC--TTTGGAAAG-ATTTGTAT-CTGACAT----A-GGG-AACA---GATCTTG--T-C---TAATCTACAAG-TTTCT-AAGATGGTCA-TGT-CTTACACATGTA--TTTT-TT-------GAC--TTG--CTGTG-TAAACGGGCCT-T-C---AA-ACG-T--ACTAA--------CGA-AATCA-TC-T-ACT--AGC-ATTTCGA-T-------A-TATTT--A-ACG-ATAGCG-A--GC---TT-CCA---TACA--A--TACGT-AGGTT-----TAAATGTC---CAAGTC--AGTCG-TTGACTG--T--A--AAAGTC-AGCC-CA-CCTCGCAA-AAATCC
gi|5 : cATGTGGCCCATGTAC-CTCTTGTAATATT-TTTCAA-TA----AATTTTGTTTTAG-CCAGTTT-A--AAGATCGTACCGCTAGGTTTTTGAACA----------------TG-CA----AGTT------A-CA----------------AAATTTTCCG-TGTAAACACTG-ATA--------------TTGGAAACAATTTGTAT-CTGACAT----A--GG-AACA---GATCTGG--T-C---TAATCTACAAG-TCTCTCAAGATGGCCA-TGT-CTTATACATGTAATTTTT-TT-------GAC--TTG--CTGTG-T-AACGGGCCT-TAA---AA-ACG-T--AATAA--------CGA-AATCA-TC-T-ACT--AGC-ATTTCGA-T-------A-TATTT--A-ACG-ATAGCG-A--CC---TT-CCA---TACGATA--TACGT-AGGTT-----TAAA-----------------TCG-TTGACTG--T--A--AAAGTCAAGCC-CA-TCTCGCAA-AAGTC
gi|6 : ATAATTTTTTAG-CTAGTTT-A--AAGA-----TAGC-----------ACAGCTAATTTTGAACA--TG-CA----AGTT------A-CA----------------AAACTTTCCG-TGTAAACACTG-ATA---------------TGGAAAC-ATTTGTAT-CTGACAT----A-GGG-AACA---GATCTGG--T-C---T-ATCTACAAG-TCTCT-AAGATGGCCA-TGT-CTTATACATGTA--TTTT-TT-------GAC--TTG--CTGTG-TAAACGGGCCT-T-A---AA-ACG-T--AATAA--------CGA-AATCA-TC-T-ACT--AGG-ATTTCGA-T-------A-TATTT--A-ACG-ATAGGG-A--GC---TT-CCA---TACG--A--TACGT-AGGTT-----TAAATGTC---CAAGTC--AGTCG-TCGACTG--T--A--AAAGTC-AGCC-CA-TCTCGCAA-
gi|7 : -----------ACA----------------TG-CA----AGTT------A-CG----------------AAAGTTTCCG-TGTAAACACTG-ATGAATTAAACGGC--TTTGGAAAC-ATCTGTAT-CTGACAT----A-GGG-AACA---TGTCTTG--T-C---TAATATACAAG-TCTCT-AAGATG----------------------------TT---------C--TTG--CTGTG-TAAACGGGCCT-T-A---AA-ACG-T--AATAA--------CGA-AATCA-TC-T-ACT--AGC-ATTTCGA-T-------A-TATTT--A-ACG-ATAGCG-A--GC---TT-CCA---TACG--A--TACGT-AGGTT-----TAAATGTC---CAAGTC--AGTCG-TTGACTG--T--A--AAAGTC-AGCC-CA-TCTCGCAA-AAGTCC
gi|8 : gttttga-----------ACA----------------TG-C------GTG------C-CA----------------AAACTTGTTA-TGTAAACACTG-ATAAGTCAAA-GAC--TT-GGAAAC-ACATGTGT-TGGACATCCATA-GGG-AATA---GATCTTG--TTC---TAATCAACAAG-TC----AAGA----CA-TCTTCTTACACATGTA--TGTT-TT-------GAC--TTG--CTACA-TGAACGGG
gi|9 : agcaaattttgaacatgcaagttctg-CA----------------ACACTTGCTG-TGTAAACAATG-ATAAATTAAA-GAC--TTTGGAAAC-CTGTGTGT-CGGACAT----A-GAG-AATA---GATCTAG--TTC---TAATCAACAAG-TCT---AAGGCGTTCG-TGT-CTCACACATGTA--TGTT-TT-------GAC--TAG--CTGTG-TAAACAGGCC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ACGGAGTCAGAGAAATTAAACGTTTACTAGATGTTCCTCGCATAATGCAGGAAGAAGTTTATTAAGAGCATGGCTCCATGGTTTGGGTGTGGCCATCAAA
Unaligned ( gi|19 ): GATGTTCCCGACAAAGTGCAGGAAAAGATTCGTTAAAAATCATGGCCCCATGGTTTGGAT
Unaligned ( gi|21 ): GAACATATTCGTAAGCCAAGTATTCGACTTTCATGAAAGGAAGTCCATGCGA
Alignments
lowQualScore : 2222222 11111 22222222222 6666666666666666 11111111 2222222222222222 1 11111 1111111 11111111 111111111
lowQualScore : 9 7 8 0 8 1 6666666 1 3 6 6 99 66666 33333333333 6666666666666666 4 9999 33333333 6666666666666666 8 0 4 0 1 0 0 55 4 4 0 4 8888 4 4 777 55 00000 3 4 3 0 77 3 0 3 44 3 0000000 77 44 3 4 88888 8 4 55 88888888 8 8 4 4 55 4 5 3 555555555 4444 3 1 6666 555 3 555 555 44 3 88888 555 44 3 33 33 33 2 2 2 2
lowQualScore : . . . . . . ....... . . . . .. ..... ........... ................ . .... ........ ................ . . . . . . . .. . . . . .... . . ... .. ..... . . . . .. . . . .. . ....... .. .. . . ..... . . .. ........ . . . . .. . . . ......... .... . . .... ... . ... ... .. . ..... ... .. . .. .. .. . . . .
lowQualScore : 2 0 0 8 0 0 0000000 0 2 7 7 22 77777 88888888888 7777777777777777 4 4444 11111111 5555555555555555 0 7 0 8 4 0 3 55 0 9 4 0 5555 0 0 888 55 00000 7 0 6 4 33 3 4 3 22 1 0000000 33 22 1 0 11111 0 0 55 55555555 0 0 0 0 55 0 7 6 444444444 9999 3 8 5555 888 3 888 444 66 3 33333 888 66 6 99 99 99 9 9 9 9
consensus : NGGTGACTCGGTGTGAGCAATGTGGCCCATGTA-CCTCTTGTCATATT-GTACAA-G----TCATCATTTTTTAG-CCAGTTT-A--AAGA-----CAGC-----------ACA----------------TG-CA----AGTT------A-CA----------------AAACTTTCCG-TGTAAACACTG-ATAAGTTAAACGAC--TTTGGAAAC-ATNTGTAT-CTGACAT----A-GGG-AACA---GATCTTG--T-C---TAATCTACAAG-TCTCT-AAGATGGTCA-TGT-CTTACACATGTA--TTTT-TT-------GAC--TTG--CTGTG-TAAACGGGCCT-T-A---AA-ACG-T--AATAA--------CGA-AATCA-TC-T-ACT--AGC-ATTTCGA-T-------A-TATTT--A-ACG-ATAGCG-A--GC---TT-CCA---TACG--A--TACGT-AGGTT-----TAAATGTC---CAAGTC--AGTCG-TTGACTG--T--A--AAAGTC-AGCC-CA-TCTCGCAA-AAGTCC
Reference ( family-4104 ) : NGGTGACTCGGTGTGAGCAATGTGGCCCATGTA-CCTCTTGTCATATT-GTACAA-G----TCATCATTTTTTAG-CCAGTTT-A--AAGA-----CAGC-----------ACA----------------TG-CA----AGTT------A-CA----------------AAACTTTCCG-TGTAAACACTG-ATAAGTTAAACGAC--TTTGGAAAC-ATNTGTAT-CTGACAT----A-GGG-AACA---GATCTTG--T-C---TAATCTACAAG-TCTCT-AAGATGGTCA-TGT-CTTACACATGTA--TTTT-TT-------GAC--TTG--CTGTG-TAAACGGGCCT-T-A---AA-ACG-T--AATAA--------CGA-AATCA-TC-T-ACT--AGC-ATTTCGA-T-------A-TATTT--A-ACG-ATAGCG-A--GC---TT-CCA---TACG--A--TACGT-AGGTT-----TAAATGTC---CAAGTC--AGTCG-TTGACTG--T--A--AAAGTC-AGCC-CA-TCTCGCAA-AAGTCC
gi|1 : GGTGACTCGATGTGGGCAATGTGGCCATTATATTCTCCCGTTTTCTTCGCACAATGTTTCTCATCATTTTTTAGTCCATTTT-ATTAAGA-----CAGC-----------ACAGCTGG-----------TA-CATTGTAGTTTTGAAAA-CAATGCAATGTTACGAGTAAAGTTTCCGTTGT-AACACTGAATGAATTAAACGGC--TTT-GAAAC-ATCTGTAT-CTGACAT----ACGGGTAACA---GGTCTTG--T-CTCTTAATATACAAGTTCTCT-AAGA----------------------A--TTGT-TC---------C--TTG--CTGTG-TAAACGGTCCTAT-AAATAA-ACG-T--AATAA--------GGA-AATCATTC-TAACT--AGCTATTTCGA-T-------ACTATTTTAA-ACGTATAGCG-A--GCTTTTT-CCATCGTACG--ATTTACGT-AGCTTTTTTATATATGTCTCTTATGTCTTAGTCGTTTCACTGTTT--AACAAATTC-GTCC-CATTCTCGCAATAAGT
gi|10 : agagaagttaaggatttttcatggattgtttccggacaaatgtgcagcgaaaaggtctttgtgtctaataactcagtttggtcccatggtttgatgaggtgccatcagaagatctagtgggcatgacatgccaatagcttaaatggaaaatgcttttaaacttaatttgggtcataTGTA--TTTT-TTTCAAAAAGAC--TAA--TT-TG-TAAA---GCCT-T-A---TATACA-TTTGATAG--------CGT-AATC--------CG--GGT-ATATGGA-T-------A-AATC-----GCG-AAAA---G--GT---TT-CCG---TAT---A--T---C-AAGCT-----TA--TGTG---AAAGTC--AGTCG-CAAACCG--T--A--AAAGTC-AGCC-CA-TCTCGCAA-AAGTCC
gi|11 : T-T-A---AAGACA-T--AATAAGCCTATCATGATAATAAATG-T-ACC--AAC-ATTTCGA-TTATACATA-CATTT--C-ATG-ATATCG-T--GC---TT-CCA---TACA--A--TACAC-AGGCT-----TAACAGTC---CATGTC--TGTTG-TTGAATG--T--A--AAATTC-AGTT-CT-TCACGAAA-ATGTCCat
gi|12 : A----------------TG-CA----TGT---------CA----------------AAACTTGCTG-TGTACACACTG-ATAAGTCAAA-GAT--TCTGGAAAT-GCGTGTGT-CGCACGT----A-GGA-AAC
gi|13 : aaaaatattgatgttgtatagtatgtgttgtt-T-------A-CATTT--C-ATG-ATATCG-TTTGC---TTTCCA---TACA--A--TACAC-A-GCT-----TAACAGTC---CATGTC--TGTTG-TGAATGG--T--A--AAATTC-AGTT-CT-TCACGAAA-ATGTTCgcgtatgtcg
gi|15 : T-AAAATAGGCG-C-T-TTTACACATGTA--TTTTGTT-------GACTTTTGACCTGTGTTAAACGGGCCC-T-caat
gi|16 : gatattgctcgatctttattaagttttgctgtgTTT--A-ACG-ATAGCG-A--GC---TT-CCA---TACG--A--TAATT-AGATT-----TAAGTGTC---CAAGTC--AGTCG-TTGACTG--T--A--AAAGTC-AGCC-CA-TCTCGCAA-AAGTCCctaaa
gi|17 : -ACG-T--AATGA--------CTCTAATCA-CC-T-AAT--AAC-A-----A-T---------TATTT--A-ACA-CTATCG-C--GT---TT-CAA---TACA--A--TACGC-AGGTT-----TAAATGTC---CAAGTC--Aa
gi|18 : c--T-C---TAATCAACAAG-TCTAT---GATGGTCA-TGC-CTTACACATATA--TTGT-TT-------GAC--TTG--CTATG-
gi|2 : gcGGTGACTCGGGGTGAGCAATGTGCCCCGTGTA-CCTCTTGTCATA--------------------ATTTGT-AG-CCAGTTTTA--AAGA-----CAGC-----------ACAGCTAGTCTCTTGAACATGGCA----AGTT------ATCA----------------AAACTTTCCG-T-TAAACACTG-ATAAGTAAAACGGCTTTTTGGAAAC-ATTTGTATCCTGACAT----A-GAG-AATATCTTATCTTGTTT-C---TAAGC-A-AAG-TCTCT--AGATGGCCATTGT-C-TATACATGTA--TTTT-TT-------GACT-TTG--CTGTG-TAAACGGGCCT-T-A---AA-AAC-T--AATAA--------CGA-AATCA-TCTT-ACTGAAGC-A-TTGGA-T---------TATTT--AGACG-ATA-CGAA--GC---TT--CA---TACG--A--TACGTAAGGTT-----T-AATGTC---CAA-TC--GATCG-TTGACTG--TAAA--AAAGTC-A-CA-CA-TCTCGCAA-AAG
gi|20 : tagcagagaagttaaaatttccatggatgttccccgacaaagtgcaggaaaaagattcgttaaaaatcatggccccatggtttggataagtcatcaaattaggcatacattaataacgttaaatggaaaatattaatatggggcaaAGATGTTCA-TGT-CTTACACATTTA--TGTT-TT-------GAC--TTG--CTGTG-TAAACGGGC
gi|22 : G--T--A--AAAGTT-AGCC-CT-TCTCGCAA-AAGTCCgt
gi|23 : CTG--T--A--AAAGTC-AGTC-CA-TCTCGCAA-AAGTTCattgat
gi|24 : TG--T--A--AAAGTC-AGCC-CA-TCTCGCAA-AAGatta
gi|3 : GACTCGG-GTG-GCAAT-TGGCCCATGTA-CCTCTTGTCATATT-GTACAA-G----TCATCATTTT-----CCAGTTA-A--AGAA-----CAGC-----------ACA----------------TG-CA----AGTT------A-CA----------------A--CTTTCCAATGTCAACAG-G-ATAAGTTAAACGAC--TTTGGAAA--AT-TGT-T-CTGACAT----A-GGG---CA---GATCTTG--T-----TAATCTACAAG-TTTCT-AAGATGTTCA-TGT--TTACACATGTA--TTTT----------GAC--TTG--CTGTG-TAAACGCTCC---------A-ACGGT--ACTAAA-------CGA-AATCA-TC-T-ACT--AGC-A-TTCGATT-------A-TATTT--A-ACG-ATAGCG-A--GC---TT-CCA---TACA--A--TACGT-GAG-T-----TAAATGTC---CAAGTC--AGTCG-TTGACTG--T-----AAAGTC-AGCCTCA-CCTCGCAA-AAAT
gi|4 : ggaaagggtttgttaaaatcatggtcccaggGGTGACTCGGTGGCAATAATGTGGCCCATGTA-CCTCTTGTCATATT-GTACAA-G----TCATCATTTTTTAT-CCAGTTT-A--AAGA-----CAGC-----------ACA----------------TG-CA----AGTT------A-CA----------------AAACTTTCCA-TGTCAACACGG-ATAAGTTAAACGAC--TTTGGAAAG-ATTTGTAT-CTGACAT----A-GGG-AACA---GATCTTG--T-C---TAATCTACAAG-TTTCT-AAGATGGTCA-TGT-CTTACACATGTA--TTTT-TT-------GAC--TTG--CTGTG-TAAACGGGCCT-T-C---AA-ACG-T--ACTAA--------CGA-AATCA-TC-T-ACT--AGC-ATTTCGA-T-------A-TATTT--A-ACG-ATAGCG-A--GC---TT-CCA---TACA--A--TACGT-AGGTT-----TAAATGTC---CAAGTC--AGTCG-TTGACTG--T--A--AAAGTC-AGCC-CA-CCTCGCAA-AAATCC
gi|5 : cATGTGGCCCATGTA-CCTCTTGTAATATT-TTTCAA-T----AAATTTTGTTTTAG-CCAGTTT-A--AAGATCGTACCGCTAGGTTTTTGAACA----------------TG-CA----AGTT------A-CA----------------AAATTTTCCG-TGTAAACACTG-ATA--------------TTGGAAACAATTTGTAT-CTGACAT----A--GG-AACA---GATCTGG--T-C---TAATCTACAAG-TCTCTCAAGATGGCCA-TGT-CTTATACATGTAATTTTT-TT-------GAC--TTG--CTGTG-T-AACGGGCCT-TAA---AA-ACG-T--AATAA--------CGA-AATCA-TC-T-ACT--AGC-ATTTCGA-T-------A-TATTT--A-ACG-ATAGCG-A--CC---TT-CCA---TACGATA--TACGT-AGGTT-----TAAA-----------------TCG-TTGACTG--T--A--AAAGTCAAGCC-CA-TCTCGCAA-AAGTC
gi|6 : ATAATTTTTTAG-CTAGTTT-A--AAGA-----TAGC-----------ACAGCTAATTTTGAACA--TG-CA----AGTT------A-CA----------------AAACTTTCCG-TGTAAACACTG-ATA---------------TGGAAAC-ATTTGTAT-CTGACAT----A-GGG-AACA---GATCTGG--T-C---TA-TCTACAAG-TCTCT-AAGATGGCCA-TGT-CTTATACATGTA--TTTT-TT-------GAC--TTG--CTGTG-TAAACGGGCCT-T-A---AA-ACG-T--AATAA--------CGA-AATCA-TC-T-ACT--AGG-ATTTCGA-T-------A-TATTT--A-ACG-ATAGGG-A--GC---TT-CCA---TACG--A--TACGT-AGGTT-----TAAATGTC---CAAGTC--AGTCG-TCGACTG--T--A--AAAGTC-AGCC-CA-TCTCGCAA-
gi|7 : -----------ACA----------------TG-CA----AGTT------A-CG----------------AAAGTTTCCG-TGTAAACACTG-ATGAATTAAACGGC--TTTGGAAAC-ATCTGTAT-CTGACAT----A-GGG-AACA---TGTCTTG--T-C---TAATATACAAG-TCTCT-AAGATG----------------------------TT---------C--TTG--CTGTG-TAAACGGGCCT-T-A---AA-ACG-T--AATAA--------CGA-AATCA-TC-T-ACT--AGC-ATTTCGA-T-------A-TATTT--A-ACG-ATAGCG-A--GC---TT-CCA---TACG--A--TACGT-AGGTT-----TAAATGTC---CAAGTC--AGTCG-TTGACTG--T--A--AAAGTC-AGCC-CA-TCTCGCAA-AAGTCC
gi|8 : gttttga-----------ACA----------------TG-C------GTG------C-CA----------------AAACTTGTTA-TGTAAACACTG-ATAAGTCAAA-GAC--TT-GGAAAC-ACATGTGT-TGGACATCCATA-GGG-AATA---GATCTTG--TTC---TAATCAACAAG-TC----AAGA----CA-TCTTCTTACACATGTA--TGTT-TT-------GAC--TTG--CTACA-TGAACGGG
gi|9 : agcaaattttgaacatgcaagttctg-CA----------------ACACTTGCTG-TGTAAACAATG-ATAAATTAAA-GAC--TTTGGAAAC-CTGTGTGT-CGGACAT----A-GAG-AATA---GATCTAG--TTC---TAATCAACAAG-TCT---AAGGCGTTCG-TGT-CTCACACATGTA--TGTT-TT-------GAC--TAG--CTGTG-TAAACAGGCC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ACGGAGTCAGAGAAATTAAACGTTTACTAGATGTTCCTCGCATAATGCAGGAAGAAGTTTATTAAGAGCATGGCTCCATGGTTTGGGTGTGGCCATCAAA
Unaligned ( gi|19 ): GATGTTCCCGACAAAGTGCAGGAAAAGATTCGTTAAAAATCATGGCCCCATGGTTTGGAT
Unaligned ( gi|21 ): GAACATATTCGTAAGCCAAGTATTCGACTTTCATGAAAGGAAGTCCATGCGA
Alignments
lowQualScore : 2222222 11111 22222222222 6666666666666666 11111111 2222222222222222 1 11111 1111111 11111111 111111111
lowQualScore : 9 7 8 0 8 1 6666666 1 3 6 6 99 66666 33333333333 6666666666666666 4 9999 33333333 6666666666666666 8 0 4 0 1 0 0 55 4 4 0 4 8888 4 4 777 55 00000 3 4 3 0 77 3 0 3 44 3 0000000 77 44 3 4 88888 8 4 55 88888888 8 8 4 4 55 4 5 3 555555555 4444 3 1 6666 555 3 555 555 44 3 88888 555 44 3 33 33 33 2 2 2 2
lowQualScore : . . . . . . ....... . . . . .. ..... ........... ................ . .... ........ ................ . . . . . . . .. . . . . .... . . ... .. ..... . . . . .. . . . .. . ....... .. .. . . ..... . . .. ........ . . . . .. . . . ......... .... . . .... ... . ... ... .. . ..... ... .. . .. .. .. . . . .
lowQualScore : 2 0 0 8 0 0 0000000 0 2 7 7 22 77777 88888888888 7777777777777777 4 4444 11111111 5555555555555555 0 7 0 8 4 0 3 55 0 9 4 0 5555 0 0 888 55 00000 7 0 6 4 33 3 4 3 22 1 0000000 33 22 1 0 11111 0 0 55 55555555 0 0 0 0 55 0 7 6 444444444 9999 3 8 5555 888 3 888 444 66 3 33333 888 66 6 99 99 99 9 9 9 9
consensus : NGGTGACTCGGTGTGAGCAATGTGGCCCATGTA-CCTCTTGTCATATT-GTACAA-G----TCATCATTTTTTAG-CCAGTTT-A--AAGA-----CAGC-----------ACA----------------TG-CA----AGTT------A-CA----------------AAACTTTCCG-TGTAAACACTG-ATAAGTTAAACGAC--TTTGGAAAC-ATNTGTAT-CTGACAT----A-GGG-AACA---GATCTTG--T-C---TAATCTACAAG-TCTCT-AAGATGGTCA-TGT-CTTACACATGTA--TTTT-TT-------GAC--TTG--CTGTG-TAAACGGGCCT-T-A---AA-ACG-T--AATAA--------CGA-AATCA-TC-T-ACT--AGC-ATTTCGA-T-------A-TATTT--A-ACG-ATAGCG-A--GC---TT-CCA---TACG--A--TACGT-AGGTT-----TAAATGTC---CAAGTC--AGTCG-TTGACTG--T--A--AAAGTC-AGCC-CA-TCTCGCAA-AAGTCC
Reference ( family-4104 ) : NGGTGACTCGGTGTGAGCAATGTGGCCCATGTA-CCTCTTGTCATATT-GTACAA-G----TCATCATTTTTTAG-CCAGTTT-A--AAGA-----CAGC-----------ACA----------------TG-CA----AGTT------A-CA----------------AAACTTTCCG-TGTAAACACTG-ATAAGTTAAACGAC--TTTGGAAAC-ATNTGTAT-CTGACAT----A-GGG-AACA---GATCTTG--T-C---TAATCTACAAG-TCTCT-AAGATGGTCA-TGT-CTTACACATGTA--TTTT-TT-------GAC--TTG--CTGTG-TAAACGGGCCT-T-A---AA-ACG-T--AATAA--------CGA-AATCA-TC-T-ACT--AGC-ATTTCGA-T-------A-TATTT--A-ACG-ATAGCG-A--GC---TT-CCA---TACG--A--TACGT-AGGTT-----TAAATGTC---CAAGTC--AGTCG-TTGACTG--T--A--AAAGTC-AGCC-CA-TCTCGCAA-AAGTCC
gi|1 : GGTGACTCGATGTGGGCAATGTGGCCATTATATTCTCCCGTTTTCTTCGCACAATGTTTCTCATCATTTTTTAGTCCATTTT-ATTAAGA-----CAGC-----------ACAGCTGG-----------TA-CATTGTAGTTTTGAAAA-CAATGCAATGTTACGAGTAAAGTTTCCGTTGT-AACACTGAATGAATTAAACGGC--TTT-GAAAC-ATCTGTAT-CTGACAT----ACGGGTAACA---GGTCTTG--T-CTCTTAATATACAAGTTCTCT-AAGA----------------------A--TTGT-TC---------C--TTG--CTGTG-TAAACGGTCCTAT-AAATAA-ACG-T--AATAA--------GGA-AATCATTC-TAACT--AGCTATTTCGA-T-------ACTATTTTAA-ACGTATAGCG-A--GCTTTTT-CCATCGTACG--ATTTACGT-AGCTTTTTTATATATGTCTCTTATGTCTTAGTCGTTTCACTGTTT--AACAAATTC-GTCC-CATTCTCGCAATAAGT
gi|10 : agagaagttaaggatttttcatggattgtttccggacaaatgtgcagcgaaaaggtctttgtgtctaataactcagtttggtcccatggtttgatgaggtgccatcagaagatctagtgggcatgacatgccaatagcttaaatggaaaatgcttttaaacttaatttgggtcataTGTA--TTTT-TTTCAAAAAGAC--TAA--TT-TG-TAAA---GCCT-T-A---TATACA-TTTGATAG--------CGT-AATC--------CG--GGT-ATATGGA-T-------A-AATC-----GCG-AAAA---G--GT---TT-CCG---TAT---A--T---C-AAGCT-----TA--TGTG---AAAGTC--AGTCG-CAAACCG--T--A--AAAGTC-AGCC-CA-TCTCGCAA-AAGTCC
gi|11 : T-T-A---AAGACA-T--AATAAGCCTATCATGATAATAAATG-T-ACC--AAC-ATTTCGA-TTATACATA-CATTT--C-ATG-ATATCG-T--GC---TT-CCA---TACA--A--TACAC-AGGCT-----TAACAGTC---CATGTC--TGTTG-TTGAATG--T--A--AAATTC-AGTT-CT-TCACGAAA-ATGTCCat
gi|12 : A----------------TG-CA----TGT---------CA----------------AAACTTGCTG-TGTACACACTG-ATAAGTCAAA-GAT--TCTGGAAAT-GCGTGTGT-CGCACGT----A-GGA-AAC
gi|13 : aaaaatattgatgttgtatagtatgtgttgtt-T-------A-CATTT--C-ATG-ATATCG-TTTGC---TTTCCA---TACA--A--TACAC-A-GCT-----TAACAGTC---CATGTC--TGTTG-TGAATGG--T--A--AAATTC-AGTT-CT-TCACGAAA-ATGTTCgcgtatgtcg
gi|15 : T-AAAATAGGCG-C-T-TTTACACATGTA--TTTTGTT-------GACTTTTGACCTGTGTTAAACGGGCCC-T-caat
gi|16 : gatattgctcgatctttattaagttttgctgtgTTT--A-ACG-ATAGCG-A--GC---TT-CCA---TACG--A--TAATT-AGATT-----TAAGTGTC---CAAGTC--AGTCG-TTGACTG--T--A--AAAGTC-AGCC-CA-TCTCGCAA-AAGTCCctaaa
gi|17 : -ACG-T--AATGA--------CTCTAATCA-CC-T-AAT--AAC-A-----A-T---------TATTT--A-ACA-CTATCG-C--GT---TT-CAA---TACA--A--TACGC-AGGTT-----TAAATGTC---CAAGTC--Aa
gi|18 : c--T-C---TAATCAACAAG-TCTAT---GATGGTCA-TGC-CTTACACATATA--TTGT-TT-------GAC--TTG--CTATG-
gi|2 : gcGGTGACTCGGGGTGAGCAATGTGCCCCGTGTA-CCTCTTGTCATA--------------------ATTTGT-AG-CCAGTTTTA--AAGA-----CAGC-----------ACAGCTAGTCTCTTGAACATGGCA----AGTT------ATCA----------------AAACTTTCCG-T-TAAACACTG-ATAAGTAAAACGGCTTTTTGGAAAC-ATTTGTATCCTGACAT----A-GAG-AATATCTTATCTTGTTT-C---TAAGC-A-AAG-TCTCT--AGATGGCCATTGT-C-TATACATGTA--TTTT-TT-------GACT-TTG--CTGTG-TAAACGGGCCT-T-A---AA-AAC-T--AATAA--------CGA-AATCA-TCTT-ACTGAAGC-A-TTGGA-T---------TATTT--AGACG-ATA-CGAA--GC---TT--CA---TACG--A--TACGTAAGGTT-----T-AATGTC---CAA-TC--GATCG-TTGACTG--TAAA--AAAGTC-A-CA-CA-TCTCGCAA-AAG
gi|20 : tagcagagaagttaaaatttccatggatgttccccgacaaagtgcaggaaaaagattcgttaaaaatcatggccccatggtttggataagtcatcaaattaggcatacattaataacgttaaatggaaaatattaatatggggcaaAGATGTTCA-TGT-CTTACACATTTA--TGTT-TT-------GAC--TTG--CTGTG-TAAACGGGC
gi|22 : G--T--A--AAAGTT-AGCC-CT-TCTCGCAA-AAGTCCgt
gi|23 : CTG--T--A--AAAGTC-AGTC-CA-TCTCGCAA-AAGTTCattgat
gi|24 : TG--T--A--AAAGTC-AGCC-CA-TCTCGCAA-AAGatta
gi|3 : GACTCGG-GTG-GCAAT-TGGCCCATGTA-CCTCTTGTCATATT-GTACAA-G----TCATCATTTT-----CCAGTTA-A--AGAA-----CAGC-----------ACA----------------TG-CA----AGTT------A-CA----------------A--CTTTCCAATGTCAACAG-G-ATAAGTTAAACGAC--TTTGGAAA--AT-TGT-T-CTGACAT----A-GGG---CA---GATCTTG--T-----TAATCTACAAG-TTTCT-AAGATGTTCA-TGT--TTACACATGTA--TTTT----------GAC--TTG--CTGTG-TAAACGCTCC---------A-ACGGT--ACTAAA-------CGA-AATCA-TC-T-ACT--AGC-A-TTCGATT-------A-TATTT--A-ACG-ATAGCG-A--GC---TT-CCA---TACA--A--TACGT-GAG-T-----TAAATGTC---CAAGTC--AGTCG-TTGACTG--T-----AAAGTC-AGCCTCA-CCTCGCAA-AAAT
gi|4 : ggaaagggtttgttaaaatcatggtcccaggGGTGACTCGGTGGCAATAATGTGGCCCATGTA-CCTCTTGTCATATT-GTACAA-G----TCATCATTTTTTAT-CCAGTTT-A--AAGA-----CAGC-----------ACA----------------TG-CA----AGTT------A-CA----------------AAACTTTCCA-TGTCAACACGG-ATAAGTTAAACGAC--TTTGGAAAG-ATTTGTAT-CTGACAT----A-GGG-AACA---GATCTTG--T-C---TAATCTACAAG-TTTCT-AAGATGGTCA-TGT-CTTACACATGTA--TTTT-TT-------GAC--TTG--CTGTG-TAAACGGGCCT-T-C---AA-ACG-T--ACTAA--------CGA-AATCA-TC-T-ACT--AGC-ATTTCGA-T-------A-TATTT--A-ACG-ATAGCG-A--GC---TT-CCA---TACA--A--TACGT-AGGTT-----TAAATGTC---CAAGTC--AGTCG-TTGACTG--T--A--AAAGTC-AGCC-CA-CCTCGCAA-AAATCC
gi|5 : cATGTGGCCCATGTA-CCTCTTGTAATATT-TTTCAA-T----AAATTTTGTTTTAG-CCAGTTT-A--AAGATCGTACCGCTAGGTTTTTGAACA----------------TG-CA----AGTT------A-CA----------------AAATTTTCCG-TGTAAACACTG-ATA--------------TTGGAAACAATTTGTAT-CTGACAT----A--GG-AACA---GATCTGG--T-C---TAATCTACAAG-TCTCTCAAGATGGCCA-TGT-CTTATACATGTAATTTTT-TT-------GAC--TTG--CTGTG-T-AACGGGCCT-TAA---AA-ACG-T--AATAA--------CGA-AATCA-TC-T-ACT--AGC-ATTTCGA-T-------A-TATTT--A-ACG-ATAGCG-A--CC---TT-CCA---TACGATA--TACGT-AGGTT-----TAAA-----------------TCG-TTGACTG--T--A--AAAGTCAAGCC-CA-TCTCGCAA-AAGTC
gi|6 : ATAATTTTTTAG-CTAGTTT-A--AAGA-----TAGC-----------ACAGCTAATTTTGAACA--TG-CA----AGTT------A-CA----------------AAACTTTCCG-TGTAAACACTG-ATA---------------TGGAAAC-ATTTGTAT-CTGACAT----A-GGG-AACA---GATCTGG--T-C---TA-TCTACAAG-TCTCT-AAGATGGCCA-TGT-CTTATACATGTA--TTTT-TT-------GAC--TTG--CTGTG-TAAACGGGCCT-T-A---AA-ACG-T--AATAA--------CGA-AATCA-TC-T-ACT--AGG-ATTTCGA-T-------A-TATTT--A-ACG-ATAGGG-A--GC---TT-CCA---TACG--A--TACGT-AGGTT-----TAAATGTC---CAAGTC--AGTCG-TCGACTG--T--A--AAAGTC-AGCC-CA-TCTCGCAA-
gi|7 : -----------ACA----------------TG-CA----AGTT------A-CG----------------AAAGTTTCCG-TGTAAACACTG-ATGAATTAAACGGC--TTTGGAAAC-ATCTGTAT-CTGACAT----A-GGG-AACA---TGTCTTG--T-C---TAATATACAAG-TCTCT-AAGATG----------------------------TT---------C--TTG--CTGTG-TAAACGGGCCT-T-A---AA-ACG-T--AATAA--------CGA-AATCA-TC-T-ACT--AGC-ATTTCGA-T-------A-TATTT--A-ACG-ATAGCG-A--GC---TT-CCA---TACG--A--TACGT-AGGTT-----TAAATGTC---CAAGTC--AGTCG-TTGACTG--T--A--AAAGTC-AGCC-CA-TCTCGCAA-AAGTCC
gi|8 : gttttga-----------ACA----------------TG-C------GTG------C-CA----------------AAACTTGTTA-TGTAAACACTG-ATAAGTCAAA-GAC--TT-GGAAAC-ACATGTGT-TGGACATCCATA-GGG-AATA---GATCTTG--TTC---TAATCAACAAG-TC----AAGA----CA-TCTTCTTACACATGTA--TGTT-TT-------GAC--TTG--CTACA-TGAACGGG
gi|9 : agcaaattttgaacatgcaagttctg-CA----------------ACACTTGCTG-TGTAAACAATG-ATAAATTAAA-GAC--TTTGGAAAC-CTGTGTGT-CGGACAT----A-GAG-AATA---GATCTAG--TTC---TAATCAACAAG-TCT---AAGGCGTTCG-TGT-CTCACACATGTA--TGTT-TT-------GAC--TAG--CTGTG-TAAACAGGCC
blockSeqs : G A . . A GT C T . T . TCGTA TAGGTTTTTGA GCTAGTCTCTTGAACA G . AT . A . C C TT A G C CCAT . . TCT TT TC A . C GG T T AT G TCAAAAA TT AC T . AA T G TT GCCTATCA T A T . GA . T T TATACATA AG . A TTT . T . GAT . A . . . . . AA . A T . .
blockSeqs : T A . . A GT C T . . . . . GCTAATTTTGAACA . . A . . . A C . . T . . . . . . TC T . . GT . . . . . T . . . A G . . A T . . . . . T . A C . T AA . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T TA T T . . . . . . . . A . . . T C . . T . . . . . . C T . . GC . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . T . A C . T G . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . A . . . T C . . T . . . . . . C T . . TT . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . T . A A . G T . . . G . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . T . . . T . . . . . . C T . . TT . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . T . A A . T A . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . C . . . C . . . . . . C T . . GT . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . T . A A . G C . . . G . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . T . . . A . . . . . . C A . . GC . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . A A . G A . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . . . . . . C A . . GC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A A . G A . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . G A . . . G . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . G A . . . G . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : GT***** ** **************** **** A******* **************** C**** GT A**** A******** A*** *** *** ** ***** *** ** ** **
originalCons : NGGTGACTCGGTGTGAGCAATGTGGCCCATGTA-CCTCTTGTCATATT-GTACAA-G----TCATCATTTTTTAG-CCAGTTT-A--AAGA-----CAGC-----------ACA----------------TG-CA----AGTT------A-CA----------------AAACTTTCCG-TGTAAACACTG-ATAAGTTAAACGAC--TTTGGAAAC-ATNTGTAT-CTGACAT----A-GGG-AACA---GATCTTG--T-C---TAATCTACAAG-TCTCT-AAGATGGTCA-TGT-CTTACACATGTA--TTTT-TT-------GAC--TTG--CTGTG-TAAACGGGCCT-T-A---AA-ACG-T--AATAA--------CGA-AATCA-TC-T-ACT--AGC-ATTTCGA-T-------A-TATTT--A-ACG-ATAGCG-A--GC---TT-CCA---TACG--A--TACGT-AGGTT-----TAAATGTC---CAAGTC--AGTCG-TTGACTG--T--A--AAAGTC-AGCC-CA-TCTCGCAA-AAGTCC
finalCons : NGGTGACTCGGTGTGAGCAATGTGGCCCATGTA-CCTCTTGTCATATT-GTACAAGT-----CATCATTTTTTAG-CCAGTTT-A--AAGA-----CAGC-----------ACA----------------TG-CA----AGTTA-------CA----------------AAACTTTCCG-TGTAAACACTG-ATAAGTTAAACGAC--TTTGGAAAC-ATNTGTAT-CTGACAT----A-GGG-AACA---GATCTTG--TC----TAATCTACAAG-TCTCT-AAGATGGTCA-TGT-CTTACACATGTA--TTTT-TT-------GAC--TTG--CTGTG-TAAACGGGCCT-TA----AA-ACG-T--AATAA--------CGA-AATCA-TC-T-ACT--AGC-ATTTCGA-TA--------TATTTA---ACG-ATAGCG-A--GC---TT-CCA---TACG--A--TACGT-AGGTT-----TAAATGTC---CAAGTC--AGTCG-TTGACTG--T--A--AAAGTC-AGCC-CA-TCTCGCAA-AAGTCC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ACGGAGTCAGAGAAATTAAACGTTTACTAGATGTTCCTCGCATAATGCAGGAAGAAGTTTATTAAGAGCATGGCTCCATGGTTTGGGTGTGGCCATCAAA
Unaligned ( gi|19 ): GATGTTCCCGACAAAGTGCAGGAAAAGATTCGTTAAAAATCATGGCCCCATGGTTTGGAT
Unaligned ( gi|21 ): GAACATATTCGTAAGCCAAGTATTCGACTTTCATGAAAGGAAGTCCATGCGA
Alignments
lowQualScore : 2222222 11111 22222222222 6666666666666666 11111111 2222222222222222 1 11111 1111111 11111111 111111111
lowQualScore : 9 7 8 0 8 1 6666666 1 3 6 6 99 66666 33333333333 6666666666666666 4 9999 33333333 6666666666666666 8 0 4 0 1 0 0 55 4 4 0 4 8888 4 4 777 55 00000 3 4 3 0 77 3 0 3 44 3 0000000 77 44 3 4 88888 8 4 55 88888888 8 8 4 4 55 4 5 3 555555555 4444 3 1 6666 555 3 555 555 44 3 88888 555 44 3 33 33 33 2 2 2 2
lowQualScore : . . . . . . ....... . . . . .. ..... ........... ................ . .... ........ ................ . . . . . . . .. . . . . .... . . ... .. ..... . . . . .. . . . .. . ....... .. .. . . ..... . . .. ........ . . . . .. . . . ......... .... . . .... ... . ... ... .. . ..... ... .. . .. .. .. . . . .
lowQualScore : 2 0 0 8 0 0 0000000 0 2 7 7 22 77777 88888888888 7777777777777777 4 4444 11111111 5555555555555555 0 7 0 8 4 0 3 55 0 9 4 0 5555 0 0 888 55 00000 7 0 6 4 33 3 4 3 22 1 0000000 33 22 1 0 11111 0 0 55 55555555 0 0 0 0 55 0 7 6 444444444 9999 3 8 5555 888 3 888 444 66 3 33333 888 66 6 99 99 99 9 9 9 9
consensus : NGGTGACTCGGTGTGAGCAATGTGGCCCATGTA-CCTCTTGTCATATT-GTACAA-G----TCATCATTTTTTAG-CCAGTTT-A--AAGA-----CAGC-----------ACA----------------TG-CA----AGTT------A-CA----------------AAACTTTCCG-TGTAAACACTG-ATAAGTTAAACGAC--TTTGGAAAC-ATNTGTAT-CTGACAT----A-GGG-AACA---GATCTTG--T-C---TAATCTACAAG-TCTCT-AAGATGGTCA-TGT-CTTACACATGTA--TTTT-TT-------GAC--TTG--CTGTG-TAAACGGGCCT-T-A---AA-ACG-T--AATAA--------CGA-AATCA-TC-T-ACT--AGC-ATTTCGA-T-------A-TATTT--A-ACG-ATAGCG-A--GC---TT-CCA---TACG--A--TACGT-AGGTT-----TAAATGTC---CAAGTC--AGTCG-TTGACTG--T--A--AAAGTC-AGCC-CA-TCTCGCAA-AAGTCC
Reference ( family-4104 ) : NGGTGACTCGGTGTGAGCAATGTGGCCCATGTA-CCTCTTGTCATATT-GTACAA-G----TCATCATTTTTTAG-CCAGTTT-A--AAGA-----CAGC-----------ACA----------------TG-CA----AGTT------A-CA----------------AAACTTTCCG-TGTAAACACTG-ATAAGTTAAACGAC--TTTGGAAAC-ATNTGTAT-CTGACAT----A-GGG-AACA---GATCTTG--T-C---TAATCTACAAG-TCTCT-AAGATGGTCA-TGT-CTTACACATGTA--TTTT-TT-------GAC--TTG--CTGTG-TAAACGGGCCT-T-A---AA-ACG-T--AATAA--------CGA-AATCA-TC-T-ACT--AGC-ATTTCGA-T-------A-TATTT--A-ACG-ATAGCG-A--GC---TT-CCA---TACG--A--TACGT-AGGTT-----TAAATGTC---CAAGTC--AGTCG-TTGACTG--T--A--AAAGTC-AGCC-CA-TCTCGCAA-AAGTCC
gi|1 : GGTGACTCGATGTGGGCAATGTGGCCATTATATTCTCCCGTTTTCTTCGCACAATGTTTCTCATCATTTTTTAGTCCATTTT-ATTAAGA-----CAGC-----------ACAGCTGG-----------TA-CATTGTAGTTTTGAAAA-CAATGCAATGTTACGAGTAAAGTTTCCGTTGT-AACACTGAATGAATTAAACGGC--TTT-GAAAC-ATCTGTAT-CTGACAT----ACGGGTAACA---GGTCTTG--T-CTCTTAATATACAAGTTCTCT-AAGA----------------------A--TTGT-TC---------C--TTG--CTGTG-TAAACGGTCCTAT-AAATAA-ACG-T--AATAA--------GGA-AATCATTC-TAACT--AGCTATTTCGA-T-------ACTATTTTAA-ACGTATAGCG-A--GCTTTTT-CCATCGTACG--ATTTACGT-AGCTTTTTTATATATGTCTCTTATGTCTTAGTCGTTTCACTGTTT--AACAAATTC-GTCC-CATTCTCGCAATAAGT
gi|10 : agagaagttaaggatttttcatggattgtttccggacaaatgtgcagcgaaaaggtctttgtgtctaataactcagtttggtcccatggtttgatgaggtgccatcagaagatctagtgggcatgacatgccaatagcttaaatggaaaatgcttttaaacttaatttgggtcataTGTA--TTTT-TTTCAAAAAGAC--TAA--TT-TG-TAAA---GCCT-T-A---TATACA-TTTGATAG--------CGT-AATC--------CG--GGT-ATATGGA-T-------A-AATC-----GCG-AAAA---G--GT---TT-CCG---TAT---A--T---C-AAGCT-----TA--TGTG---AAAGTC--AGTCG-CAAACCG--T--A--AAAGTC-AGCC-CA-TCTCGCAA-AAGTCC
gi|11 : T-T-A---AAGACA-T--AATAAGCCTATCATGATAATAAATG-T-ACC--AAC-ATTTCGA-TTATACATA-CATTT--C-ATG-ATATCG-T--GC---TT-CCA---TACA--A--TACAC-AGGCT-----TAACAGTC---CATGTC--TGTTG-TTGAATG--T--A--AAATTC-AGTT-CT-TCACGAAA-ATGTCCat
gi|12 : A----------------TG-CA----TGT---------CA----------------AAACTTGCTG-TGTACACACTG-ATAAGTCAAA-GAT--TCTGGAAAT-GCGTGTGT-CGCACGT----A-GGA-AAC
gi|13 : aaaaatattgatgttgtatagtatgtgttgtt-T-------A-CATTT--C-ATG-ATATCG-TTTGC---TTTCCA---TACA--A--TACAC-A-GCT-----TAACAGTC---CATGTC--TGTTG-TGAATGG--T--A--AAATTC-AGTT-CT-TCACGAAA-ATGTTCgcgtatgtcg
gi|15 : T-AAAATAGGCG-C-T-TTTACACATGTA--TTTTGTT-------GACTTTTGACCTGTGTTAAACGGGCCC-T-caat
gi|16 : gatattgctcgatctttattaagttttgctgtgTTT--A-ACG-ATAGCG-A--GC---TT-CCA---TACG--A--TAATT-AGATT-----TAAGTGTC---CAAGTC--AGTCG-TTGACTG--T--A--AAAGTC-AGCC-CA-TCTCGCAA-AAGTCCctaaa
gi|17 : -ACG-T--AATGA--------CTCTAATCA-CC-T-AAT--AAC-A-----A-T---------TATTT--A-ACA-CTATCG-C--GT---TT-CAA---TACA--A--TACGC-AGGTT-----TAAATGTC---CAAGTC--Aa
gi|18 : c--T-C---TAATCAACAAG-TCTAT---GATGGTCA-TGC-CTTACACATATA--TTGT-TT-------GAC--TTG--CTATG-
gi|2 : gcGGTGACTCGGGGTGAGCAATGTGCCCCGTGTA-CCTCTTGTCATA--------------------ATTTGT-AG-CCAGTTTTA--AAGA-----CAGC-----------ACAGCTAGTCTCTTGAACATGGCA----AGTT------ATCA----------------AAACTTTCCG-T-TAAACACTG-ATAAGTAAAACGGCTTTTTGGAAAC-ATTTGTATCCTGACAT----A-GAG-AATATCTTATCTTGTTT-C---TAAGC-A-AAG-TCTCT--AGATGGCCATTGT-C-TATACATGTA--TTTT-TT-------GACT-TTG--CTGTG-TAAACGGGCCT-T-A---AA-AAC-T--AATAA--------CGA-AATCA-TCTT-ACTGAAGC-A-TTGGA-T---------TATTT--AGACG-ATA-CGAA--GC---TT--CA---TACG--A--TACGTAAGGTT-----T-AATGTC---CAA-TC--GATCG-TTGACTG--TAAA--AAAGTC-A-CA-CA-TCTCGCAA-AAG
gi|20 : tagcagagaagttaaaatttccatggatgttccccgacaaagtgcaggaaaaagattcgttaaaaatcatggccccatggtttggataagtcatcaaattaggcatacattaataacgttaaatggaaaatattaatatggggcaaAGATGTTCA-TGT-CTTACACATTTA--TGTT-TT-------GAC--TTG--CTGTG-TAAACGGGC
gi|22 : G--T--A--AAAGTT-AGCC-CT-TCTCGCAA-AAGTCCgt
gi|23 : CTG--T--A--AAAGTC-AGTC-CA-TCTCGCAA-AAGTTCattgat
gi|24 : TG--T--A--AAAGTC-AGCC-CA-TCTCGCAA-AAGatta
gi|3 : GACTCGG-GTG-GCAAT-TGGCCCATGTA-CCTCTTGTCATATT-GTACAA-G----TCATCATTTT-----CCAGTTA-A--AGAA-----CAGC-----------ACA----------------TG-CA----AGTT------A-CA----------------A--CTTTCCAATGTCAACAG-G-ATAAGTTAAACGAC--TTTGGAAA--AT-TGT-T-CTGACAT----A-GGG---CA---GATCTTG--T-----TAATCTACAAG-TTTCT-AAGATGTTCA-TGT--TTACACATGTA--TTTT----------GAC--TTG--CTGTG-TAAACGCTCC---------A-ACGGT--ACTAAA-------CGA-AATCA-TC-T-ACT--AGC-A-TTCGATT-------A-TATTT--A-ACG-ATAGCG-A--GC---TT-CCA---TACA--A--TACGT-GAG-T-----TAAATGTC---CAAGTC--AGTCG-TTGACTG--T-----AAAGTC-AGCCTCA-CCTCGCAA-AAAT
gi|4 : ggaaagggtttgttaaaatcatggtcccaggGGTGACTCGGTGGCAATAATGTGGCCCATGTA-CCTCTTGTCATATT-GTACAA-G----TCATCATTTTTTAT-CCAGTTT-A--AAGA-----CAGC-----------ACA----------------TG-CA----AGTT------A-CA----------------AAACTTTCCA-TGTCAACACGG-ATAAGTTAAACGAC--TTTGGAAAG-ATTTGTAT-CTGACAT----A-GGG-AACA---GATCTTG--T-C---TAATCTACAAG-TTTCT-AAGATGGTCA-TGT-CTTACACATGTA--TTTT-TT-------GAC--TTG--CTGTG-TAAACGGGCCT-T-C---AA-ACG-T--ACTAA--------CGA-AATCA-TC-T-ACT--AGC-ATTTCGA-T-------A-TATTT--A-ACG-ATAGCG-A--GC---TT-CCA---TACA--A--TACGT-AGGTT-----TAAATGTC---CAAGTC--AGTCG-TTGACTG--T--A--AAAGTC-AGCC-CA-CCTCGCAA-AAATCC
gi|5 : cATGTGGCCCATGTA-CCTCTTGTAATATT-TTTCAA-T----AAATTTTGTTTTAG-CCAGTTT-A--AAGATCGTACCGCTAGGTTTTTGAACA----------------TG-CA----AGTT------A-CA----------------AAATTTTCCG-TGTAAACACTG-ATA--------------TTGGAAACAATTTGTAT-CTGACAT----A--GG-AACA---GATCTGG--T-C---TAATCTACAAG-TCTCTCAAGATGGCCA-TGT-CTTATACATGTAATTTTT-TT-------GAC--TTG--CTGTG-T-AACGGGCCT-TAA---AA-ACG-T--AATAA--------CGA-AATCA-TC-T-ACT--AGC-ATTTCGA-T-------A-TATTT--A-ACG-ATAGCG-A--CC---TT-CCA---TACGATA--TACGT-AGGTT-----TAAA-----------------TCG-TTGACTG--T--A--AAAGTCAAGCC-CA-TCTCGCAA-AAGTC
gi|6 : ATAATTTTTTAG-CTAGTTT-A--AAGA-----TAGC-----------ACAGCTAATTTTGAACA--TG-CA----AGTT------A-CA----------------AAACTTTCCG-TGTAAACACTG-ATA---------------TGGAAAC-ATTTGTAT-CTGACAT----A-GGG-AACA---GATCTGG--T-C---TA-TCTACAAG-TCTCT-AAGATGGCCA-TGT-CTTATACATGTA--TTTT-TT-------GAC--TTG--CTGTG-TAAACGGGCCT-T-A---AA-ACG-T--AATAA--------CGA-AATCA-TC-T-ACT--AGG-ATTTCGA-T-------A-TATTT--A-ACG-ATAGGG-A--GC---TT-CCA---TACG--A--TACGT-AGGTT-----TAAATGTC---CAAGTC--AGTCG-TCGACTG--T--A--AAAGTC-AGCC-CA-TCTCGCAA-
gi|7 : -----------ACA----------------TG-CA----AGTT------A-CG----------------AAAGTTTCCG-TGTAAACACTG-ATGAATTAAACGGC--TTTGGAAAC-ATCTGTAT-CTGACAT----A-GGG-AACA---TGTCTTG--T-C---TAATATACAAG-TCTCT-AAGATG----------------------------TT---------C--TTG--CTGTG-TAAACGGGCCT-T-A---AA-ACG-T--AATAA--------CGA-AATCA-TC-T-ACT--AGC-ATTTCGA-T-------A-TATTT--A-ACG-ATAGCG-A--GC---TT-CCA---TACG--A--TACGT-AGGTT-----TAAATGTC---CAAGTC--AGTCG-TTGACTG--T--A--AAAGTC-AGCC-CA-TCTCGCAA-AAGTCC
gi|8 : gttttga-----------ACA----------------TG-C------GTG------C-CA----------------AAACTTGTTA-TGTAAACACTG-ATAAGTCAAA-GAC--TT-GGAAAC-ACATGTGT-TGGACATCCATA-GGG-AATA---GATCTTG--TTC---TAATCAACAAG-TC----AAGA----CA-TCTTCTTACACATGTA--TGTT-TT-------GAC--TTG--CTACA-TGAACGGG
gi|9 : agcaaattttgaacatgcaagttctg-CA----------------ACACTTGCTG-TGTAAACAATG-ATAAATTAAA-GAC--TTTGGAAAC-CTGTGTGT-CGGACAT----A-GAG-AATA---GATCTAG--TTC---TAATCAACAAG-TCT---AAGGCGTTCG-TGT-CTCACACATGTA--TGTT-TT-------GAC--TAG--CTGTG-TAAACAGGCC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ACGGAGTCAGAGAAATTAAACGTTTACTAGATGTTCCTCGCATAATGCAGGAAGAAGTTTATTAAGAGCATGGCTCCATGGTTTGGGTGTGGCCATCAAA
Unaligned ( gi|19 ): GATGTTCCCGACAAAGTGCAGGAAAAGATTCGTTAAAAATCATGGCCCCATGGTTTGGAT
Unaligned ( gi|21 ): GAACATATTCGTAAGCCAAGTATTCGACTTTCATGAAAGGAAGTCCATGCGA